CN112037865B - 物种科学名称确定方法、装置、电子设备及存储介质 - Google Patents
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Abstract
本公开提供了物种科学名称确定方法、装置、电子设备及存储介质。该方法的一具体实施方式包括：获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合，基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，响应于未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，响应于查找到目标物种的其他名称集合，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，以及将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。该实施方式提高了物种科学名称的查全率。
Description
技术领域
本公开涉及计算机技术领域，具体涉及物种科学名称确定方法、装置、电子设备及存储介质。
背景技术
自然界的物种种类极其繁多，每个物种都有自己的名称，但同一物种在不同的国家或地区往往有不同的叫法，这样不便于国际间的交流。
为了确保物种名称的统一性，依照国际生物命名法规对物种进行命名，得到物种的科学名称(学名)。例如按照双名法，每个物种的科学名称可以由两部分组成，第一部分是属名，第二部分是种名，有时种名后面还有命名者的姓名，有时命名者的姓名可以省略。
在科研人员实际使用物种名称的过程中，除了可能出现使用物种的俗名、曾用名来表示物种的情况，还有可能出现由于绝大多数物种的科学名称拼写复杂而导致科学名称拼写错误的情况。这些情况都会直接或间接地影响很多方面，例如物种信息检索、文献检索、以及国内外的学术交流等。
发明内容
本公开提出了物种科学名称确定方法、装置、电子设备及存储介质。
第一方面，本公开提供了一种物种科学名称确定方法，该方法包括：一种物种科学名称确定方法，包括：获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合；基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，以及将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号，其中，物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息包括科学名称和分类号；响应于未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，微生物保藏记录数据库用于存储菌株信息，菌株信息包括菌株编号和菌株所属物种的名称；响应于查找到目标物种的其他名称集合，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，以及将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实施方式中，物种信息还包括非科学名称，非科学名称包括曾用名和俗名；以及基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，包括：在物种分类数据库中查找科学名称与待确定名称一致的第一物种信息；响应于未查找到科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，在物种分类数据库中查找非科学名称与待确定名称一致的第一物种信息。
在一些可选的实施方式中，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，包括：从至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库；对目标微生物保藏记录数据库执行以下其他名称集合确定操作：基于菌株编号集合，从目标微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，至少两个微生物保藏记录数据库包括标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录；响应于未查找到目标物种的其他名称集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库，继续执行其他名称集合确定操作。
在一些可选的实施方式中，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，包括：从其他名称集合中选取其他名称，作为目标其他名称；对目标其他名称执行以下第二物种信息确定操作：在物种分类数据库中查找科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，在物种分类数据库中查找非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，从其他名称集合中未选取过的其他名称中选取其他名称，作为目标其他名称，继续执行第二物种信息确定操作。
在一些可选的实施方式中，上述方法还包括：响应于在至少两个微生物保藏记录数据库中未查找到目标物种的其他名称集合，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实施方式中，上述方法还包括：响应于基于其他名称集合，在物种分类数据库中未查找到与目标物种对应的第二物种信息，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
第二方面，本公开提供了一种物种科学名称确定装置，该装置包括：
一种物种科学名称确定装置，包括：获取单元，被配置成获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合；第一查找单元，被配置成基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，以及将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号，其中，物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息包括科学名称和分类号；第二查找单元，被配置成响应于未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，微生物保藏记录数据库用于存储菌株信息，菌株信息包括菌株编号和菌株所属物种的名称；第三查找单元，被配置成响应于查找到目标物种的其他名称集合，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，以及将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实施方式中，物种信息还包括非科学名称，非科学名称包括曾用名和俗名；以及第一查找单元，进一步被配置成：在物种分类数据库中查找科学名称与待确定名称一致的第一物种信息；响应于未查找到科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，在物种分类数据库中查找非科学名称与待确定名称一致的第一物种信息。
在一些可选的实施方式中，第二查找单元，进一步被配置成：从至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库；对目标微生物保藏记录数据库执行以下其他名称集合确定操作：基于菌株编号集合，从目标微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，至少两个微生物保藏记录数据库包括标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录；响应于未查找到目标物种的其他名称集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库，继续执行其他名称集合确定操作。
在一些可选的实施方式中，第三查找单元，进一步被配置成：从其他名称集合中选取其他名称，作为目标其他名称；对目标其他名称执行以下第二物种信息确定操作：在物种分类数据库中查找科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，在物种分类数据库中查找非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，从其他名称集合中未选取过的其他名称中选取其他名称，作为目标其他名称，继续执行第二物种信息确定操作。
在一些可选的实施方式中，上述装置还包括：第四查找单元，被配置成响应于在至少两个微生物保藏记录数据库中未查找到目标物种的其他名称集合，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实施方式中，上述装置还包括：第五查找单元，被配置成响应于基于其他名称集合，在物种分类数据库中未查找到与目标物种对应的第二物种信息，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
第三方面，本公开提供了一种电子设备，包括：一个或多个处理器；存储装置，其上存储有一个或多个程序，当上述一个或多个程序被上述一个或多个处理器执行时，使得上述一个或多个处理器实现如第一方面中任一实现方式描述的方法。
第四方面，本公开提供了一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其中，该计算机程序被一个或多个处理器执行时实现如第一方面中任一实现方式描述的方法。
本公开提供的物种科学名称确定方法、装置、电子设备及存储介质，通过获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合，然后基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，以及将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号，响应于未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，响应于查找到目标物种的其他名称集合，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，以及将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号，整个过程包括直接利用待确定名称在物种分类数据库中查找物种的科学名称和分类号，在直接利用待确定名称无法确定物种的科学名称和分类号的情况下，利用菌株编号在微生物保藏记录数据库中查找物种的其他名称，进而再利用其他名称在物种分类数据库中查找物种的科学名称和分类号，分别从物种的待确定名称和对应的菌株编号的角度，进行目标物种的科学名称和分类号的查找，提高物种的科学名称的查全率。
附图说明
通过阅读参照以下附图所作的对非限制性实施例所作的详细描述，本公开的其它特征、目的和优点将会变得更明显：
图1是本公开的一个实施例可以应用于其中的示例性系统架构图；
图2是根据本公开的物种科学名称确定方法的一个实施例的流程图；
图3是根据本公开的物种科学名称确定方法的又一个实施例的流程图；
图4是根据本公开的物种科学名称确定装置的一个实施例的结构示意图；
图5是适于用来实现本公开的电子设备的计算机系统的结构示意图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本公开作进一步的详细说明。可以理解的是，此处所描述的具体实施例仅仅用于解释相关发明，而非对该发明的限定。另外还需要说明的是，为了便于描述，附图中仅示出了与有关发明相关的部分。
需要说明的是，在不冲突的情况下，本公开中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将参考附图并结合实施例来详细说明本公开。
图1示出了可以应用本公开的物种科学名称确定方法或物种科学名称确定装置的实施例的示例性系统架构100。
如图1所示，系统架构100可以包括终端设备101、网络102和服务器103。网络102用以在终端设备101和服务器103之间提供通信链路的介质。网络102可以包括各种连接类型，例如有线、无线通信链路或者光纤电缆等等。
用户可以使用终端设备101通过网络102与服务器103交互，以接收或发送消息等。终端设备101上可以安装有各种通讯客户端应用，例如微生物基本信息查找应用、网页浏览器应用等。
终端设备101可以是硬件，也可以是软件。当终端设备101为硬件时，可以是具有显示屏并且支持文本输入的各种电子设备，包括但不限于智能手机、平板电脑、膝上型便携计算机和台式计算机等等。当终端设备101为软件时，可以安装在上述所列举的电子设备中。其可以实现成多个软件或软件模块(例如用来提供目标物种的科学名称和分类号确定服务)，也可以实现成单个软件或软件模块。在此不做具体限定。
服务器103可以是提供各种服务的服务器，例如对终端设备101发送的获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合提供目标物种的科学名称和分类号确定服务的后台服务器。后台服务器可以对接收到的目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合进行分析等处理，并将处理结果(例如目标物种的科学名称和分类号)反馈给终端设备。
在一些情况下，本公开所提供的物种科学名称确定方法可以由终端设备101和服务器103共同执行，例如，“获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合”的步骤可以由终端设备101执行，其余步骤可以由服务器103执行。本公开对此不做限定。相应地，物种科学名称确定装置也可以分别设置于终端设备101和服务器103中。
在一些情况下，本公开所提供的物种科学名称确定方法可以由服务器103执行，相应地，物种科学名称确定装置也可以设置于服务器103中，这时，系统架构100也可以不包括终端设备101。
在一些情况下，本公开所提供的物种科学名称确定方法可以由终端设备101执行，相应地，物种科学名称确定装置也可以设置于终端设备101中，这时，系统架构100也可以不包括服务器103。
需要说明的是，服务器103可以是硬件，也可以是软件。当服务器103为硬件时，可以实现成多个服务器组成的分布式服务器集群，也可以实现成单个服务器。当服务器103为软件时，可以实现成多个软件或软件模块(例如用来提供目标物种的科学名称和分类号确定服务)，也可以实现成单个软件或软件模块。在此不做具体限定。
应该理解，图1中的终端设备、网络和服务器的数目仅仅是示意性的。根据实现需要，可以具有任意数目的终端设备、网络和服务器。
继续参考图2，其示出了根据本公开的物种科学名称确定方法的一个实施例的流程200。该物种科学名称确定方法，包括以下步骤：
步骤201，获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合。
在本实施例中，上述物种科学名称确定方法的执行主体(例如图1所示的服务器103)可以从可以本地或者远程地从与上述执行主体网络连接的其他电子设备获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合。例如，上述执行主体可以从为菌株信息管理平台提供服务的服务器中获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合。这里，目标物种的待确定名称可以是由科研人员整理的、需要校验是否为目标物种的科学名称的名称。菌株编号可以是菌株的原始编号，也可以是各保藏中心根据编号规则分配给菌株的保藏中心编号。
步骤202，基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息。
在本实施例中，物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息可以包括科学名称和分类号。物种分类数据库可以是NCBI(National Center of BiotechnologyInformation，美国国家生物技术信息中心)中的Taxonomy物种分类数据库。科学名称是依照国际生物命名法规，为每个物种命名的唯一科学名称。分类号是分配给每个物种的唯一标识。
上述执行主体可以设置科学名称与待确定名称匹配的查找条件，在物种分类数据库中查找满足该查找条件的第一物种信息。如果查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，转到步骤203执行。如果未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，转到步骤204执行。
步骤203，将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
步骤204，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合。
在本实施例中，微生物保藏记录数据库用于存储菌株信息，菌株信息可以包括菌株编号和菌株所属物种的名称。这里，可以将根据目标物种对应的菌株编号集合中的菌株编号所确定的菌株所属物种的科学名称，确定为目标物种的其他名称集合。
上述执行主体可以在步骤202中未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息的情况下，继续设置菌株编号与菌株编号集合中的任一菌株编号匹配的查找条件，在至少两个微生物保藏记录数据库中查找满足该查找条件的目标物种的其他名称集合。如果查找到目标物种的其他名称集合，转到步骤205执行。
步骤205，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息。
在本实施例中，上述执行主体可以在步骤204中查找到目标物种的其他名称集合，继续设置科学名称与其他名称集合中的任一其他名称匹配的查找条件，在物种分类数据库中查找满足该查找条件的第二物种信息。如果查找到与目标物种对应的第二物种信息，转到步骤206执行。
步骤206，将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实现方式中，如果在步骤204中未查找到目标物种的其他名称集合，转到步骤207执行。
步骤207，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在该可选实现方式中，上述执行主体可以计算待确定名称与物种分类数据库中的各类物种信息之间的相似度，然后判断其中的最高相似度是否大于预设的相似度阈值，将大于预设相似度阈值的物种信息作为推荐物种信息。这里，预设相似度阈值可以是基于大量数据的验证结果，根据验证结果中待确定名称为拼写错误的情况对应的相似度来确定的。例如预设相似度阈值可以为85％，即表明当相似度大于预设相似度阈值85％时，待确定名称为拼写错误的情况。如果确定最高相似度小于等于预设的预设相似度阈值时，上述执行主体可以将最高相似度以及对应的物种信息输出，由专业人员核查所输出的物种信息中的科学名称和分类号是否分别为目标物种的科学名称和分类号。
可选地，上述执行主体可以使用LD(Levenshtein Distance，编辑距离)算法计算待确定名称与物种信息之间的相似度，LD算法适用于计算两个字符串之间的相似度，两个字符串之间的编辑距离越小，相似度越大，LD算法简单易于计算，可以检测出物种的待确定名称为拼写错误的情况。
该可选实现方式可以在未查找到目标物种的其他名称集合的情况下，根据预先设置相似度阈值确定出推荐物种信息，可以在待确定名称为拼写错误的情况下，确定出目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实现方式中，如果在步骤205中未查找到与目标物种对应的第二物种信息，转到步骤208执行。
步骤208，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在该可选实现方式中，上述执行主体还可以利用其他名称集合，在物种分类数据库中还未查找到目标物种对应的第二物种信息的情况下，计算待确定名称与物种分类数据库中的各类物种信息之间的相似度，然后判断其中的最高相似度是否大于预设的相似度阈值。如果最高相似度大于预设的相似度阈值，上述执行主体可以将大于预设相似度阈值的物种信息作为推荐物种信息。如果确定最高相似度小于等于预设的预设相似度阈值时，上述执行主体可以将最高相似度以及对应的物种信息输出，由专业人员核查所输出的物种信息中的科学名称和分类号是否分别为目标物种的科学名称和分类号。
该可选实现方式可以在利用其他名称集合未查找到目标物种对应的第二物种信息的情况下，根据预先设置相似度阈值确定出推荐物种信息，可以在待确定名称为拼写错误的情况下，确定出目标物种的科学名称和分类号。
本公开的上述实施例提供的方法，通过直接利用待确定名称在物种分类数据库中查找物种的科学名称和分类号，在直接利用待确定名称无法确定物种的科学名称和分类号的情况下，利用菌株编号在微生物保藏记录数据库中查找物种的其他名称，进而再利用其他名称在物种分类数据库中查找物种的科学名称和分类号，分别从物种的待确定名称和对应的菌株编号的角度，进行目标物种的科学名称和分类号的查找，提高物种科学名称的查全率。并且可以通过记录在物种分类数据库中已查找到的分类号，确定现有物种中已经确定科学名称的物种，同时也方便以后进行各种科研分析工作，例如利用分类号进行检索和标注信息。
进一步参考图3，其示出了根据本公开的物种科学名称确定方法的又一个实施例的流程图。该物种科学名称确定方法的流程300，包括以下步骤：
步骤301，获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合。
在本实施例中，步骤301的具体操作及其产生的技术效果与图2所示的实施例中步骤201的具体操作及效果基本相同，在此不再赘述。
步骤302，在物种分类数据库中查找科学名称与待确定名称一致的第一物种信息。
在本实施例中，上述执行主体可以设置科学名称与待确定名称一致的查找条件，在物种分类数据库中查找到第一物种信息。如果查找到科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，转到步骤3021执行。如果未查找到科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，转到步骤3022执行。
步骤3021，将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
步骤3022，在物种分类数据库中查找非科学名称与待确定名称一致的第一物种信息。
在本实施例中，物种信息还可以包括非科学名称，非科学名称可以包括曾用名和俗名。非科学名称可以是在不同国家或者地区对物种的不同称谓、叫法，例如银杏的学名为“Ginkgo biloba L.”，其在中国有“白果树”、“灵眼”、“佛柑”等非科学名称。
上述执行主体可以在步骤302中未查找到第一物种信息的情况下，设置非科学名称与待确定名称一致的查找条件，在物种分类数据库中查找到第一物种信息。如果查找到非科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，转到步骤30221执行。如果未查找到非科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，转到步骤30222执行。
步骤30221，将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
步骤30222，从至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库。
在本实施例中，至少两个微生物保藏记录数据库可以包括标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录。这里，标准微生物菌种数据库(Refstrain)收录了每个物种的菌株的保藏记录。全球微生物资源目录(GCM，GlobalCatalogue of Microorganisms)是由WDCM(World Data Centre for Microorganisms，世界微生物数据中心)承建的，其整合收录了世界各国的微生物保藏中心所提供的微生物菌种资源数据。保藏中心资源目录例如可以是国际知名的保藏中心ATCC(American TypeCulture Collection，美国菌种保藏中心)、JCM(Joint Genome Institute，联合基因组研究所)、CGMCC(China General Microbiological Culture Collection Center，中国普通微生物菌种保藏管理中心)等。
上述执行主体可以采用各种实现方式从至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库。例如，可以采取随机选取的方式。例如，还可以按照预先设置的排序进行依次选取，预先设置的排序例如从开始到结尾依次可以是标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录。执行完步骤30222后转到步骤303执行。
步骤303，基于菌株编号集合，从目标微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合。
在本实施例中，针对菌株编号集合中的每个菌株编号，上述执行主体可以从目标微生物保藏记录数据库中查找菌株编号与该菌株编号一致的菌株信息，将菌株信息中的菌株所属物种的名称确定为目标物种的其他名称。上述执行主体可以将根据菌株编号集合中的每个菌株编号确定出的其他名称确定为目标物种的其他名称集合。如果未查找到目标物种的其他名称集合，转到步骤3031执行。如果查找到目标物种的其他名称集合，转到步骤3032执行。
步骤3031，从至少两个微生物保藏记录数据库中未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库。
在本实施例中，上述执行主体可以在第一个微生物保藏记录数据库中未查找到目标物种的其他名称集合的情况下，在未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库作为目标微生物保藏记录数据库，继续执行步骤303。
步骤3032，从其他名称集合中选取其他名称，作为目标其他名称。
在本实施例中，执行完步骤3032后转到步骤304执行。
步骤304，物种分类数据库中查找科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息。
在本实施例中，上述执行主体可以设置科学名称与目标其他名称一致的查找条件，在物种分类数据库中查找第二物种信息。如果查找到科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，转到步骤3041执行。如果未查找到科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，转到步骤3042执行。
步骤3041，将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
步骤3042，在物种分类数据库中查找非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息。
在本实施例中，上述执行主体可以设置非科学名称与目标其他名称一致的查找条件，在物种分类数据库中查找第二物种信息。如果查找到非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，转到步骤30421执行。如果未查找到非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，转到步骤30422执行。
步骤30421，将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
步骤30422，从其他名称集合中未选取过的其他名称中选取其他名称，作为目标其他名称。
在本实施例中，上述执行主体可以从未选取过的其他名称中选取其他名称，继续执行步骤304。
在一些可选的实现方式中，如果在至少两个微生物保藏记录数据库中未查找到目标物种的其他名称集合，转到上述步骤207执行。
在一些可选的实现方式中，如果在物种分类数据库中未查找到与目标物种对应的第二物种信息，转到步骤上述步骤208执行。
从图3中可以看出，本公开的上述实施例提供的方法，整个过程通过在物种分类数据库中按照科学名称和非科学名称对待确定名称与各类物种信息进行匹配，提高了第一物种信息的查全率。并且可以利用菌株编号集合在不同的微生物保藏记录数据库中查找并搜集目标物种的其他名称集合，由于各个菌株信息可能存储在不同的微生物保藏记录数据库中，通过依次在各个微生物保藏记录数据库中查找菌株信息，进而更全面的查找出目标物种的其他叫法名称。进而可以利用菌株编号集合在不同的微生物保藏记录数据库中查找并确定出目标物种的其他名称集合，继续利用目标物种的其他名称集合在物种分类数据库中查找目标物种的科学名称，提高了物种科学名称的查全率。并且在未查找到目标物种的其他名称集合的情况下或未查找到目标物种对应的第二物种信息的情况下，根据预先设置相似度阈值确定出推荐物种信息，可以在待确定名称为拼写错误的情况下，确定出目标物种的科学名称和分类号。
进一步参考图4，作为对上述各图所示方法的实现，本公开提供了一种物种科学名称确定装置的一个实施例，该装置实施例与图2所示的方法实施例相对应，该装置具体可以应用于各种电子设备中。
如图4所示，本实施例的物种科学名称确定装置400包括：获取单元401、第一查找单元402、第二查找单元403和第三查找单元404。其中，获取单元401，被配置成获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合；第一查找单元402，被配置成基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，以及将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号，其中，物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息包括科学名称和分类号；第二查找单元403，被配置成响应于未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，微生物保藏记录数据库用于存储微生物信息，微生物信息包括菌株编号和菌株所属物种的名称；第三查找单元404，被配置成响应于查找到目标物种的其他名称集合，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，以及将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在本实施例中，物种科学名称确定装置400的获取单元401、第一查找单元402、第二查找单元403和第三查找单元404的具体处理及其所带来的技术效果可分别参考图2对应实施例中步骤201、步骤202、步骤203和步骤204的相关说明，在此不再赘述。
在一些可选的实施方式中，物种信息还包括非科学名称，非科学名称包括曾用名和俗名；以及第一查找单元402，可以进一步被配置成：在物种分类数据库中查找科学名称与待确定名称一致的第一物种信息；响应于未查找到科学名称与待确定名称一致的第一物种信息，在物种分类数据库中查找非科学名称与待确定名称一致的第一物种信息。
在一些可选的实施方式中，第二查找单元403，可以进一步被配置成：从至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库；对目标微生物保藏记录数据库执行以下其他名称集合确定操作：基于菌株编号集合，从目标微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，至少两个微生物保藏记录数据库包括标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录；响应于未查找到目标物种的其他名称集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库，继续执行其他名称集合确定操作。
在一些可选的实施方式中，第三查找单元404，可以进一步被配置成：从其他名称集合中选取其他名称，作为目标其他名称；对目标其他名称执行以下第二物种信息确定操作：在物种分类数据库中查找科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，在物种分类数据库中查找非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到非科学名称与目标其他名称一致的第二物种信息，从其他名称集合中未选取过的其他名称中选取其他名称，作为目标其他名称，继续执行第二物种信息确定操作。
在一些可选的实施方式中，上述装置还可以包括：第四查找单元，被配置成响应于在至少两个微生物保藏记录数据库中未查找到目标物种的其他名称集合，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
在一些可选的实施方式中，上述装置还可以包括：第五查找单元，被配置成响应于基于其他名称集合，在物种分类数据库中未查找到与目标物种对应的第二物种信息，在物种分类数据库中查找物种信息与待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
需要说明的是，本公开提供的物种科学名称确定装置中各单元的实现细节和技术效果可以参考本公开中其它实施例的说明，在此不再赘述。
下面参考图5，其示出了适于用来实现本公开的电子设备的计算机系统500的结构示意图。图5示出的电子设备仅仅是一个示例，不应对本公开的功能和使用范围带来任何限制。
如图5所示，计算机系统500包括中央处理单元(CPU，Central Processing Unit)501，其可以根据存储在只读存储器(ROM，Read Only Memory)502中的程序或者从存储部分508加载到随机访问存储器(RAM，Random Access Memory)503中的程序而执行各种适当的动作和处理。在RAM 503中，还存储有系统500操作所需的各种程序和数据。CPU 501、ROM502以及RAM 503通过总线504彼此相连。输入/输出(I/O，Input/Output)接口505也连接至总线504。
以下部件连接至I/O接口505：包括触控屏、手写板、键盘或鼠标等的输入部分506；包括诸如阴极射线管(CRT，Cathode Ray Tube)、液晶显示器(LCD，Liquid CrystalDisplay)等以及扬声器等的输出部分507；包括硬盘等的存储部分508；以及包括诸如LAN(局域网，Local Area Network)卡、调制解调器等的网络接口卡的通信部分509。通信部分509经由诸如因特网的网络执行通信处理。
特别地，根据本公开的实施例，上文参考流程图描述的过程可以被实现为计算机软件程序。例如，本公开的实施例包括一种计算机程序产品，其包括承载在计算机可读介质上的计算机程序，该计算机程序包含用于执行流程图所示的方法的程序代码。在这样的实施例中，该计算机程序可以通过通信部分509从网络上被下载和安装。在该计算机程序被中央处理单元(CPU)501执行时，执行本公开的方法中限定的上述功能。需要说明的是，本公开的计算机可读介质可以是计算机可读信号介质或者计算机可读存储介质或者是上述两者的任意组合。计算机可读存储介质例如可以是——但不限于——电、磁、光、电磁、红外线、或半导体的系统、装置或器件，或者任意以上的组合。计算机可读存储介质的更具体的例子可以包括但不限于：具有一个或多个导线的电连接、便携式计算机磁盘、硬盘、随机访问存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、可擦式可编程只读存储器(EPROM或闪存)、光纤、便携式紧凑磁盘只读存储器(CD-ROM)、光存储器件、磁存储器件、或者上述的任意合适的组合。在本公开中，计算机可读存储介质可以是任何包含或存储程序的有形介质，该程序可以被指令执行系统、装置或者器件使用或者与其结合使用。而在本公开中，计算机可读的信号介质可以包括在基带中或者作为载波一部分传播的数据信号，其中承载了计算机可读的程序代码。这种传播的数据信号可以采用多种形式，包括但不限于电磁信号、光信号或上述的任意合适的组合。计算机可读的信号介质还可以是计算机可读存储介质以外的任何计算机可读介质，该计算机可读介质可以发送、传播或者传输用于由指令执行系统、装置或者器件使用或者与其结合使用的程序。计算机可读介质上包含的程序代码可以用任何适当的介质传输，包括但不限于：无线、电线、光缆、RF等等，或者上述的任意合适的组合。
可以以一种或多种程序设计语言或其组合来编写用于执行本公开的操作的计算机程序代码，程序设计语言包括面向对象的程序设计语言—诸如Java、Smalltalk、C++、Python，还包括常规的过程式程序设计语言—诸如“C”语言或类似的程序设计语言。程序代码可以完全地在用户计算机上执行、部分地在用户计算机上执行、作为一个独立的软件包执行、部分在用户计算机上部分在远程计算机上执行、或者完全在远程计算机或服务器上执行。在涉及远程计算机的情形中，远程计算机可以通过任意种类的网络——包括局域网(LAN)或广域网(WAN)—连接到用户计算机，或者，可以连接到外部计算机(例如利用因特网服务提供商来通过因特网连接)。
附图中的流程图和框图，图示了按照本公开各种实施例的系统、方法和计算机程序产品的可能实现的体系架构、功能和操作。在这点上，流程图或框图中的每个方框可以代表一个模块、程序段、或代码的一部分，该模块、程序段、或代码的一部分包含一个或多个用于实现规定的逻辑功能的可执行指令。也应当注意，在有些作为替换的实现中，方框中所标注的功能也可以以不同于附图中所标注的顺序发生。例如，两个接连地表示的方框实际上可以基本并行地执行，它们有时也可以按相反的顺序执行，这依所涉及的功能而定。也要注意的是，框图和/或流程图中的每个方框、以及框图和/或流程图中的方框的组合，可以用执行规定的功能或操作的专用的基于硬件的系统来实现，或者可以用专用硬件与计算机指令的组合来实现。
描述于本公开中所涉及到的单元可以通过软件的方式实现，也可以通过硬件的方式来实现。所描述的单元也可以设置在处理器中，例如，可以描述为：一种处理器包括获取单元、第一查找单元、第二查找单元和第三查找单元。其中，这些单元的名称在某种情况下并不构成对该单元本身的限定，例如，获取单元还可以被描述为“获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合的单元”。
作为另一方面，本公开还提供了一种计算机可读介质，该计算机可读介质可以是上述实施例中描述的装置中所包含的；也可以是单独存在，而未装配入该装置中。上述计算机可读介质承载有一个或者多个程序，当上述一个或者多个程序被该装置执行时，使得该装置：获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合；基于待确定名称，在物种分类数据库中查找与待确定名称匹配的第一物种信息，以及将第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号，其中，物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息包括科学名称和分类号；响应于未查找到与待确定名称匹配的第一物种信息，基于菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找目标物种的其他名称集合，其中，微生物保藏记录数据库用于存储微生物信息，微生物信息包括菌株编号和菌株所属物种的名称；响应于查找到目标物种的其他名称集合，基于其他名称集合，在物种分类数据库中查找与目标物种对应的第二物种信息，以及将第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为目标物种的科学名称和分类号。
以上描述仅为本公开的较佳实施例以及对所运用技术原理的说明。本领域技术人员应当理解，本公开中所涉及的发明范围，并不限于上述技术特征的特定组合而成的技术方案，同时也应涵盖在不脱离上述发明构思的情况下，由上述技术特征或其等同特征进行任意组合而形成的其它技术方案。例如上述特征与本公开中公开的(但不限于)具有类似功能的技术特征进行互相替换而形成的技术方案。
Claims (10)
1.一种物种科学名称确定方法，包括：
获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合；
基于所述待确定名称，在物种分类数据库中查找与所述待确定名称匹配的第一物种信息，以及将所述第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号，其中，所述物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息包括科学名称和分类号；
响应于未查找到与所述待确定名称匹配的第一物种信息，基于所述菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找所述目标物种的其他名称集合，其中，所述微生物保藏记录数据库用于存储菌株信息，菌株信息包括菌株编号和菌株所属物种的名称；
响应于在所述至少两个微生物保藏记录数据库中未查找到所述目标物种的其他名称集合，在所述物种分类数据库中查找物种信息与所述待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将所述推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号；
响应于查找到所述目标物种的其他名称集合，基于所述其他名称集合，在所述物种分类数据库中查找与所述目标物种对应的第二物种信息，以及将所述第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号；
响应于在所述物种分类数据库中未查找到与所述目标物种对应的第二物种信息，在所述物种分类数据库中查找物种信息与所述待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将所述推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述物种信息还包括非科学名称，非科学名称包括曾用名和俗名；以及
所述基于所述待确定名称，在物种分类数据库中查找与所述待确定名称匹配的第一物种信息，包括：
在所述物种分类数据库中查找科学名称与所述待确定名称一致的第一物种信息；
响应于未查找到科学名称与所述待确定名称一致的第一物种信息，在所述物种分类数据库中查找非科学名称与所述待确定名称一致的第一物种信息。
3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述基于所述菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找所述目标物种的其他名称集合，包括：
从所述至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库；
对所述目标微生物保藏记录数据库执行以下其他名称集合确定操作：基于所述菌株编号集合，从所述目标微生物保藏记录数据库中查找所述目标物种的其他名称集合，其中，所述至少两个微生物保藏记录数据库包括标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录；
响应于未查找到所述目标物种的其他名称集合，从所述至少两个微生物保藏记录数据库中未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为所述目标微生物保藏记录数据库，继续执行所述其他名称集合确定操作。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中，所述基于所述其他名称集合，在所述物种分类数据库中查找与所述目标物种对应的第二物种信息，包括：
从所述其他名称集合中选取其他名称，作为目标其他名称；
对所述目标其他名称执行以下第二物种信息确定操作：在所述物种分类数据库中查找科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息，在所述物种分类数据库中查找非科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息；
响应于未查找到非科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息，从所述其他名称集合中未选取过的其他名称中选取其他名称，作为所述目标其他名称，继续执行所述第二物种信息确定操作。
5.一种物种科学名称确定装置，包括：
获取单元，被配置成获取目标物种的待确定名称以及对应的菌株编号集合；
第一查找单元，被配置成基于所述待确定名称，在物种分类数据库中查找与所述待确定名称匹配的第一物种信息，以及将所述第一物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号，其中，所述物种分类数据库用于存储物种信息，物种信息包括科学名称和分类号；
第二查找单元，被配置成响应于未查找到与所述待确定名称匹配的第一物种信息，基于所述菌株编号集合，从至少两个微生物保藏记录数据库中查找所述目标物种的其他名称集合，其中，所述微生物保藏记录数据库用于存储菌株信息，菌株信息包括菌株编号和菌株所属物种的名称；
第三查找单元，被配置成响应于查找到所述目标物种的其他名称集合，基于所述其他名称集合，在所述物种分类数据库中查找与所述目标物种对应的第二物种信息，以及将所述第二物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号；
第四查找单元，被配置成响应于在所述至少两个微生物保藏记录数据库中未查找到所述目标物种的其他名称集合，在所述物种分类数据库中查找物种信息与所述待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将所述推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号；
第五查找单元，被配置成响应于基于所述其他名称集合，在所述物种分类数据库中未查找到与所述目标物种对应的第二物种信息，在所述物种分类数据库中查找物种信息与所述待确定名称之间相似度最高且大于预设相似度阈值的推荐物种信息，以及将所述推荐物种信息中的科学名称和分类号分别确定为所述目标物种的科学名称和分类号。
6.根据权利要求5所述的装置，其中，所述物种信息还包括非科学名称，非科学名称包括曾用名和俗名；以及
所述第一查找单元，进一步被配置成：
在所述物种分类数据库中查找科学名称与所述待确定名称一致的第一物种信息；
响应于未查找到科学名称与所述待确定名称一致的第一物种信息，在所述物种分类数据库中查找非科学名称与所述待确定名称一致的第一物种信息。
7.根据权利要求6所述的装置，其中，所述第二查找单元，进一步被配置成：
从所述至少两个微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为目标微生物保藏记录数据库；
对所述目标微生物保藏记录数据库执行以下其他名称集合确定操作：基于所述菌株编号集合，从所述目标微生物保藏记录数据库中查找所述目标物种的其他名称集合，其中，所述至少两个微生物保藏记录数据库包括标准微生物菌种数据库、全球微生物资源目录以及保藏中心资源目录；
响应于未查找到所述目标物种的其他名称集合，从所述至少两个微生物保藏记录数据库中未选取过的微生物保藏记录数据库中选取微生物保藏记录数据库，作为所述目标微生物保藏记录数据库，继续执行所述其他名称集合确定操作。
8.根据权利要求5-7中任一项所述的装置，其中，所述第三查找单元，进一步被配置成：
从所述其他名称集合中选取其他名称，作为目标其他名称；
对所述目标其他名称执行以下第二物种信息确定操作：在所述物种分类数据库中查找科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息；响应于未查找到科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息，在所述物种分类数据库中查找非科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息；
响应于未查找到非科学名称与所述目标其他名称一致的第二物种信息，从所述其他名称集合中未选取过的其他名称中选取其他名称，作为所述目标其他名称，继续执行所述第二物种信息确定操作。
9.一种电子设备，包括：
一个或多个处理器；
存储装置，用于存储一个或多个程序；
当所述一个或多个程序被所述一个或多个处理器执行时，使得所述一个或多个处理器实现如权利要求1-4中任一所述的方法。
10.一种计算机可读介质，其上存储有计算机程序，其中，所述程序被处理器执行时实现如权利要求1-4中任一所述的方法。
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