CN112037857A - 菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质 - Google Patents

Abstract

本公开提供了菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质。该方法的一具体实施方式包括：接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息，将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。该实施方式实现了菌株基因组注释的准确查询。

Description

菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质

技术领域

本公开涉及计算机技术领域，具体涉及菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质。

背景技术

基因组注释是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释，是当前功能基因组学研究的一个热点。

随着微生物的分类、进化和功能相关的研究已进入基因组时代，需完善各微生物菌株的基因组测序和注释，以支撑微生物学的研究。

发明内容

本公开提出了菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质。

第一方面，本公开提供了一种菌株基因组注释查询方法，该方法包括：接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识；在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息；将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。

在一些可选的实施方式中，菌株基因组注释查询请求是通过如下步骤生成的：接收终端设备发送的菌株测序项目标识查询请求，其中，测序项目标识查询请求包括待查询菌株编号；在基因组注释数据库中查询菌株编号与待查询菌株编号一致的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识；根据查询到的菌株测序项目标识，生成菌株基因组注释查询请求。

在一些可选的实施方式中，菌株基因组测序信息还包括微生物保藏机构标识和菌株测序状态信息，其中，菌株测序状态信息用于表征是否已完成基因组测序；以及该方法还包括：接收终端设备发送的微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求，其中，微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求包括待查询微生物保藏机构标识；基于菌株基因组注释数据库和待查询微生物保藏机构标识，确定待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息；将菌株总体测序状态信息发送至终端设备，以供终端设备呈现菌株总体测序状态信息。

在一些可选的实施方式中，基于菌株基因组注释数据库和待查询微生物保藏机构标识，确定待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息，包括：在菌株基因组注释数据库中查询微生物保藏机构标识与待查询微生物保藏机构标识匹配的菌株基因组测序信息；在查询到的各菌株基因组测序信息中分别查询菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的第一基因组测序信息和菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的第二基因组测序信息；根据分别统计的各第一基因组测序信息与各第二基因组测序信息，生成待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

第二方面，本公开提供了一种菌株基因组注释查询装置，该装置包括：第一接收单元，被配置成接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识；查询单元，被配置成在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息；第一发送单元，被配置成将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。

在一些可选的实施方式中，菌株基因组注释查询请求是通过如下步骤生成的：接收终端设备发送的菌株测序项目标识查询请求，其中，测序项目标识查询请求包括待查询菌株编号；在基因组注释数据库中查询菌株编号与待查询菌株编号一致的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识；根据查询到的菌株测序项目标识，生成菌株基因组注释查询请求。

在一些可选的实施方式中，菌株基因组测序信息还包括微生物保藏机构标识和菌株测序状态信息，其中，菌株测序状态信息用于表征是否已完成基因组测序；以及该装置还包括：第二接收单元，被配置成接收终端设备发送的微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求，其中，微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求包括待查询微生物保藏机构标识；确定单元，被配置成基于菌株基因组注释数据库和待查询微生物保藏机构标识，确定待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息；第二发送单元，被配置成将菌株总体测序状态信息发送至终端设备，以供终端设备呈现菌株总体测序状态信息。

在一些可选的实施方式中，确定单元进一步被配置成：在菌株基因组注释数据库中查询微生物保藏机构标识与待查询微生物保藏机构标识匹配的菌株基因组测序信息；在查询到的各菌株基因组测序信息中分别查询菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的第一基因组测序信息和菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的第二基因组测序信息；根据分别统计的各第一基因组测序信息与各第二基因组测序信息，生成待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

第三方面，本公开提供了一种电子设备，包括：一个或多个处理器；存储装置，其上存储有一个或多个程序，当上述一个或多个程序被上述一个或多个处理器执行时，使得上述一个或多个处理器实现如第一方面中任一实现方式描述的方法。

第四方面，本公开提供了一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其中，该计算机程序被一个或多个处理器执行时实现如第一方面中任一实现方式描述的方法。

本公开提供的菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质，接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，然后根据菌株基因组注释查询请求所包括的待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，最后将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。整个过程可以根据菌株基因组注释查询请求所包括的待查询菌株测序项目标识，从菌株基因组注释数据库中确定出待查询菌株的基因组注释，并发送至发出查询请求的终端设备，以供终端设备呈现查询结果向用户显示，实现了菌株基因组注释的准确查询。

附图说明

通过阅读参照以下附图所作的对非限制性实施例所作的详细描述，本公开的其它特征、目的和优点将会变得更明显：

图1是本公开的一个实施例可以应用于其中的示例性系统架构图；

图2是根据本公开的菌株基因组注释查询方法的一个实施例的流程图；

图3是根据本公开的菌株基因组注释查询方法的又一个实施例的流程图；

图4是根据本公开的菌株基因组注释查询装置的一个实施例的结构示意图；

图5是适于用来实现本公开的电子设备的计算机系统的结构示意图。

具体实施方式

下面结合附图和实施例对本公开作进一步的详细说明。可以理解的是，此处所描述的具体实施例仅仅用于解释相关发明，而非对该发明的限定。另外还需要说明的是，为了便于描述，附图中仅示出了与有关发明相关的部分。

需要说明的是，在不冲突的情况下，本公开中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将参考附图并结合实施例来详细说明本公开。

图1示出了可以应用本公开的菌株基因组注释查询方法或菌株基因组注释查询装置的实施例的示例性系统架构100。

如图1所示，系统架构100可以包括终端设备101、102、103，网络104和服务器105。网络104用以在终端设备101和服务器105之间提供通信链路的介质。网络104可以包括各种连接类型，例如有线、无线通信链路或者光纤电缆等等。

用户可以使用终端设备101通过网络104与服务器105交互，以接收或发送消息等。终端设备101上可以安装有各种通讯客户端应用，例如菌株基因组测序信息查询应用、菌株基因组注释查询应用、网页浏览器应用等。

终端设备101可以是硬件，也可以是软件。当终端设备101为硬件时，可以是具有显示屏并且支持文本输入的各种电子设备，包括但不限于智能手机、平板电脑、膝上型便携计算机和台式计算机等等。当终端设备101为软件时，可以安装在上述所列举的电子设备中。其可以实现成多个软件或软件模块(例如用来提供菌株基因组注释查询服务)，也可以实现成单个软件或软件模块。在此不做具体限定。

服务器105可以是提供各种服务的服务器，例如对终端设备101发送的菌株基因组注释查询请求提供查询服务的后台服务器。后台服务器可以对接收到的基因组注释查询请求中的待查询菌株测序项目标识进行分析等处理，并将处理结果(例如待查询菌株的基因组注释)反馈给终端设备。

在一些情况下，本公开所提供的菌株基因组注释查询方法可以由服务器105执行，相应地，菌株基因组注释查询装置也可以设置于服务器105中。

需要说明的是，服务器105可以是硬件，也可以是软件。当服务器105为硬件时，可以实现成多个服务器组成的分布式服务器集群，也可以实现成单个服务器。当服务器105为软件时，可以实现成多个软件或软件模块(例如用来提供菌株基因组注释查询服务)，也可以实现成单个软件或软件模块。在此不做具体限定。

应该理解，图1中的终端设备、网络和服务器的数目仅仅是示意性的。根据实现需要，可以具有任意数目的终端设备、网络和服务器。

继续参考图2，其示出了根据本公开的菌株基因组注释查询方法的一个实施例的流程200。该菌株基因组注释查询方法，包括以下步骤：

步骤201，接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求。

在本实施例中，菌株基因组注释查询请求可以包括待查询菌株测序项目标识。这里，待查询菌株测序项目标识可以用于表征待查询菌株测序项目。菌株测序项目标识可以是预先定义的、用于区分不同菌株测序项目的标识，例如可以是英文字母、数字、或其组合等。通常来说，研究人员在为某个菌株开始基因组测序项目、并完成该菌株的基因组注释时，会分配该菌株测序项目标识。

终端设备可以向上述菌株基因组注释查询方法的执行主体(例如图1所示的服务器105)发送菌株基因组注释查询请求，上述执行主体可以从菌株基因组注释查询请求中获取待查询菌株测序项目标识。这里，终端设备可以是手机、平板电脑、台式电脑、笔记本电脑等。

在实践中，用户在进行查询时，例如，用户可以在终端设备的菌株基因组测序信息查询应用或菌株基因组注释查询应用的使用界面中选择待查询菌株测序项目标识，进而触发终端设备生成包括待查询菌株测序项目标识的菌株基因组注释查询请求并向服务器发送上述菌株基因组注释查询请求。又例如，用户也可以在终端设备的网页浏览器应用的浏览器地址栏中输入指定网址以访问菌株基因组注释查询平台网页，接着用户可以在终端设备呈现的菌株基因组注释查询平台网页中输入待查询菌株测序项目标识，并点击相应的用于触发查询菌株基因组注释的显示对象，进而触发终端设备生成包括待查询菌株测序项目标识的菌株基因组注释查询请求并向服务器发送上述菌株基因组注释查询请求。

在一些可选的实现方式中，菌株基因组注释查询请求可以是通过以下步骤生成的：首先可以接收终端设备发送的菌株测序项目标识查询请求，然后可以在基因组注释数据库中查询菌株编号与待查询菌株编号一致的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识，最后可以根据查询到的菌株测序项目标识，生成菌株基因组注释查询请求。

在该可选的实现方式中，测序项目标识查询请求可以包括待查询菌株编号。

终端设备可以向上述执行主体发送菌株测序项目标识查询请求，上述执行主体可以从测序项目标识查询请求中获取待查询菌株编号。上述执行主体可以设置菌株编号与待查询菌株编号一致的查询条件，在基因组注释数据库中查询满足该查询条件的菌株基因组测序信息，最后可以将查询到的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识添加至菌株基因组注释查询请求。

通过该实现方式，在用户未知待查询菌株测序项目标识的情况下，可以根据待查询菌株的菌株编号，确定出待查询菌株测序项目标识，进而能够生成包括待查询菌株测序项目标识的查询请求。

步骤202，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息。

在本实施例中，菌株基因组测序信息可以包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息。菌株编号可以是预先定义的、用于区分菌株的标识，例如可以是英文字母、数字、或其组合等。菌株编号也可以是各微生物保藏机构根据预设编号规则、分配给菌株的在该微生物保藏机构的编号。基因组注释可以是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释得到的。具体地，基因组注释可以包括测序信息和基因组注释结果。测序信息可以用于表征测序过程中涉及到的信息，例如测序技术等信息。基因组注释结果可以表征基因组注释过程中涉及到的参数和信息，例如已拼接或组装的基因片段、菌株的基因组浏览器(二代菌株的线性基因浏览器、三代菌株的环形基因浏览器)。

在实践中，研究人员可以通过对菌株的基因组序列进行基因组组分分析和基因功能分析，完成菌株基因组注释。

上述执行主体可以设置菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的查询条件，在菌株基因组注释数据库中查询满足该查询条件的菌株基因组测序信息。

步骤203，将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。

在本实施例中，上述执行主体可以将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释作为查询结果发送至发出查询请求的终端设备，以供终端设备呈现查询结果向用户显示。

本公开的上述实施例提供的方法，接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，然后根据菌株基因组注释查询请求所包括的待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，最后将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。整个过程可以根据菌株基因组注释查询请求所包括的待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中准确定位出菌株基因组测序信息，并将菌株基因组测序信息中的基因组注释作为查询结果，发送至发出查询请求的终端设备，以供终端设备呈现查询结果向用户显示，实现了菌株基因组注释的准确查询。

进一步参考图3，其示出了根据本公开的菌株基因组注释查询方法的又一个实施例的流程图。该菌株基因组注释查询方法的流程300，包括以下步骤：

步骤301，接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求。

步骤302，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息。

步骤303，将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。

在本实施例中，步骤301-步骤303的具体操作及其产生的技术效果与图2所示的实施例中步骤201-步骤203的具体操作及效果基本相同，在此不再赘述。

步骤304，接收终端设备发送的微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求。

在本实施例中，菌株基因组测序信息还可以包括微生物保藏机构标识和菌株测序状态信息。这里，菌株测序状态信息用于表征是否已完成基因组测序。微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求可以包括待查询微生物保藏机构标识。这里，微生物保藏机构标识可以是微生物保藏机构的名称缩写。

终端设备可以向上述执行主体发送微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求，上述执行主体可以从微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求中获取待查询微生物保藏机构标识。

步骤305，基于菌株基因组注释数据库和待查询微生物保藏机构标识，确定待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

在本实施例中，待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息可以用于表征待查询微生物保藏机构的所有菌株是否完成测序的总体状态。

在一些可选的实现方式中，上述执行主体还可以通过以下步骤确定待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息：首先可以在菌株基因组注释数据库中查询微生物保藏机构标识与待查询微生物保藏机构标识匹配的菌株基因组测序信息，然后可以在查询到的各菌株基因组测序信息中分别查询菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的第一基因组测序信息和菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的第二基因组测序信息，最后可以根据分别统计的各第一基因组测序信息与各第二基因组测序信息，生成待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

在该可选的实现方式中，上述执行主体可以设置微生物保藏机构标识与待查询微生物保藏机构标识匹配的查询条件，在菌株基因组注释数据库中查询满足该查询条件的菌株基因组测序信息，设置菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的查询条件，在该菌株基因组测序信息中查询满足该查询条件的第一基因组测序信息，设置菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的查询条件，在该菌株基因组测序信息中查询满足该查询条件的第二基因组测序信息，最后统计出各第一基因组测序信息与各第二基因组测序信息，生成待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。这里，待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息可以包括待查询微生物保藏机构的所有菌株数目、已完成基因组测序的菌株数目以及未完成基因组测序的菌株数目。例如，待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息例如可以是已完成基因组测序菌株数目3049个，未完成基因组测序的菌株数目1178个。

步骤306，将菌株总体测序状态信息发送至终端设备。

在本实施例中，上述执行主体可以将查询到的菌株总体测序状态信息作为查询结果发送至发出请求的终端设备，以供终端设备呈现查询结果向用户显示。

从图3中可以看出，与图2对应的实施例相比，本公开的上述实施例提供的方法流程300多出了对从终端设备收到的菌株总体测序状态信息查询请求进行处理并返回菌株总体测序状态信息作为查询结果的步骤。由此实现了对菌株总体测序状态信息的准确查询。

进一步参考图4，作为对上述各图所示方法的实现，本公开提供了一种菌株基因组注释查询装置的一个实施例，该装置实施例与图2所示的方法实施例相对应，该装置具体可以应用于各种电子设备中。

如图4所示，本实施例的菌株基因组注释查询装置400包括：第一接收单元401、查询单元402和第一发送单元403。其中，第一接收单元401，被配置成接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识；查询单元402，被配置成在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息；第一发送单元403，被配置成将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。

在本实施例中，菌株基因组注释查询装置400的第一接收单元401、查询单元402和第一发送单元403的具体处理及其所带来的技术效果可分别参考图2对应实施例中步骤201、步骤202和步骤203的相关说明，在此不再赘述。

在一些可选的实施方式中，菌株基因组注释查询请求可以是通过如下步骤生成的：接收终端设备发送的菌株测序项目标识查询请求，其中，测序项目标识查询请求包括待查询菌株编号；在基因组注释数据库中查询菌株编号与待查询菌株编号一致的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识；根据查询到的菌株测序项目标识，生成菌株基因组注释查询请求。

在一些可选的实施方式中，菌株基因组测序信息还包括微生物保藏机构标识和菌株测序状态信息，其中，菌株测序状态信息用于表征是否已完成基因组测序；以及该装置还包括：第二接收单元404，被配置成接收终端设备发送的微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求，其中，微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求包括待查询微生物保藏机构标识；确定单元405，被配置成基于菌株基因组注释数据库和待查询微生物保藏机构标识，确定待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息；第二发送单元406，被配置成将菌株总体测序状态信息发送至终端设备，以供终端设备呈现菌株总体测序状态信息。

在一些可选的实施方式中，确定单元405可以进一步被配置成：在菌株基因组注释数据库中查询微生物保藏机构标识与待查询微生物保藏机构标识匹配的菌株基因组测序信息；在查询到的各菌株基因组测序信息中分别查询菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的第一基因组测序信息和菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的第二基因组测序信息；根据分别统计的各第一基因组测序信息与各第二基因组测序信息，生成待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

需要说明的是，本公开提供的菌株基因组注释查询装置中各单元的实现细节和技术效果可以参考本公开中其它实施例的说明，在此不再赘述。

下面参考图5，其示出了适于用来实现本公开的电子设备的计算机系统500的结构示意图。图5示出的电子设备仅仅是一个示例，不应对本公开的功能和使用范围带来任何限制。

如图5所示，计算机系统500包括中央处理单元(CPU，Central Processing Unit)501，其可以根据存储在只读存储器(ROM，Read Only Memory)502中的程序或者从存储部分508加载到随机访问存储器(RAM，Random Access Memory)503中的程序而执行各种适当的动作和处理。在RAM 503中，还存储有系统500操作所需的各种程序和数据。CPU 501、ROM502以及RAM 503通过总线504彼此相连。输入/输出(I/O，Input/Output)接口505也连接至总线504。

以下部件连接至I/O接口505：包括触控屏、手写板、键盘或鼠标等的输入部分506；包括诸如阴极射线管(CRT，Cathode Ray Tube)、液晶显示器(LCD，Liquid CrystalDisplay)等以及扬声器等的输出部分507；包括硬盘等的存储部分508；以及包括诸如LAN(局域网，Local Area Network)卡、调制解调器等的网络接口卡的通信部分509。通信部分509经由诸如因特网的网络执行通信处理。

特别地，根据本公开的实施例，上文参考流程图描述的过程可以被实现为计算机软件程序。例如，本公开的实施例包括一种计算机程序产品，其包括承载在计算机可读介质上的计算机程序，该计算机程序包含用于执行流程图所示的方法的程序代码。在这样的实施例中，该计算机程序可以通过通信部分509从网络上被下载和安装。在该计算机程序被中央处理单元(CPU)501执行时，执行本公开的方法中限定的上述功能。需要说明的是，本公开的计算机可读介质可以是计算机可读信号介质或者计算机可读存储介质或者是上述两者的任意组合。计算机可读存储介质例如可以是——但不限于——电、磁、光、电磁、红外线、或半导体的系统、装置或器件，或者任意以上的组合。计算机可读存储介质的更具体的例子可以包括但不限于：具有一个或多个导线的电连接、便携式计算机磁盘、硬盘、随机访问存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、可擦式可编程只读存储器(EPROM或闪存)、光纤、便携式紧凑磁盘只读存储器(CD-ROM)、光存储器件、磁存储器件、或者上述的任意合适的组合。在本公开中，计算机可读存储介质可以是任何包含或存储程序的有形介质，该程序可以被指令执行系统、装置或者器件使用或者与其结合使用。而在本公开中，计算机可读的信号介质可以包括在基带中或者作为载波一部分传播的数据信号，其中承载了计算机可读的程序代码。这种传播的数据信号可以采用多种形式，包括但不限于电磁信号、光信号或上述的任意合适的组合。计算机可读的信号介质还可以是计算机可读存储介质以外的任何计算机可读介质，该计算机可读介质可以发送、传播或者传输用于由指令执行系统、装置或者器件使用或者与其结合使用的程序。计算机可读介质上包含的程序代码可以用任何适当的介质传输，包括但不限于：无线、电线、光缆、RF等等，或者上述的任意合适的组合。

可以以一种或多种程序设计语言或其组合来编写用于执行本公开的操作的计算机程序代码，程序设计语言包括面向对象的程序设计语言—诸如Java、Smalltalk、C++、Python，还包括常规的过程式程序设计语言—诸如“C”语言或类似的程序设计语言。程序代码可以完全地在用户计算机上执行、部分地在用户计算机上执行、作为一个独立的软件包执行、部分在用户计算机上部分在远程计算机上执行、或者完全在远程计算机或服务器上执行。在涉及远程计算机的情形中，远程计算机可以通过任意种类的网络——包括局域网(LAN)或广域网(WAN)—连接到用户计算机，或者，可以连接到外部计算机(例如利用因特网服务提供商来通过因特网连接)。

附图中的流程图和框图，图示了按照本公开各种实施例的系统、方法和计算机程序产品的可能实现的体系架构、功能和操作。在这点上，流程图或框图中的每个方框可以代表一个模块、程序段、或代码的一部分，该模块、程序段、或代码的一部分包含一个或多个用于实现规定的逻辑功能的可执行指令。也应当注意，在有些作为替换的实现中，方框中所标注的功能也可以以不同于附图中所标注的顺序发生。例如，两个接连地表示的方框实际上可以基本并行地执行，它们有时也可以按相反的顺序执行，这依所涉及的功能而定。也要注意的是，框图和/或流程图中的每个方框、以及框图和/或流程图中的方框的组合，可以用执行规定的功能或操作的专用的基于硬件的系统来实现，或者可以用专用硬件与计算机指令的组合来实现。

描述于本公开中所涉及到的单元可以通过软件的方式实现，也可以通过硬件的方式来实现。所描述的单元也可以设置在处理器中，例如，可以描述为：一种处理器包括第一接收单元、查询单元和第一发送单元。其中，这些单元的名称在某种情况下并不构成对该单元本身的限定，例如，第一接收单元还可以被描述为“接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求的单元”。

作为另一方面，本公开还提供了一种计算机可读介质，该计算机可读介质可以是上述实施例中描述的装置中所包含的；也可以是单独存在，而未装配入该装置中。上述计算机可读介质承载有一个或者多个程序，当上述一个或者多个程序被该装置执行时，使得该装置：接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识；在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息；将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。

以上描述仅为本公开的较佳实施例以及对所运用技术原理的说明。本领域技术人员应当理解，本公开中所涉及的发明范围，并不限于上述技术特征的特定组合而成的技术方案，同时也应涵盖在不脱离上述发明构思的情况下，由上述技术特征或其等同特征进行任意组合而形成的其它技术方案。例如上述特征与本公开中公开的(但不限于)具有类似功能的技术特征进行互相替换而形成的技术方案。

Claims (10)

1.一种菌株基因组注释查询方法，包括：

接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，所述菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识；

在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与所述待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，所述菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，所述菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息；

将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至所述终端设备。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述菌株基因组注释查询请求是通过如下步骤生成的：

接收终端设备发送的菌株测序项目标识查询请求，其中，所述测序项目标识查询请求包括待查询菌株编号；

在所述基因组注释数据库中查询菌株编号与所述待查询菌株编号一致的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识；

根据查询到的菌株测序项目标识，生成所述菌株基因组注释查询请求。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述菌株基因组测序信息还包括微生物保藏机构标识和菌株测序状态信息，其中，所述菌株测序状态信息用于表征是否已完成基因组测序；以及

所述方法还包括：

接收所述终端设备发送的微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求，其中，所述微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求包括待查询微生物保藏机构标识；

基于所述菌株基因组注释数据库和所述待查询微生物保藏机构标识，确定所述待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息；

将所述菌株总体测序状态信息发送至所述终端设备，以供所述终端设备呈现所述菌株总体测序状态信息。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述基于所述菌株基因组注释数据库和所述待查询微生物保藏机构标识，确定所述待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息，包括：

在所述菌株基因组注释数据库中查询微生物保藏机构标识与所述待查询微生物保藏机构标识匹配的菌株基因组测序信息；

在查询到的各菌株基因组测序信息中分别查询菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的第一基因组测序信息和菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的第二基因组测序信息；

根据分别统计的各所述第一基因组测序信息与各所述第二基因组测序信息，生成所述待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

5.一种菌株基因组注释查询装置，包括：

第一接收单元，被配置成接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，所述菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识；

查询单元，被配置成在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与所述待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，所述菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，所述菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息；

第一发送单元，被配置成将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至所述终端设备。

6.根据权利要求5所述的装置，其中，所述菌株基因组注释查询请求是通过如下步骤生成的：

接收终端设备发送的菌株测序项目标识查询请求，其中，所述测序项目标识查询请求包括待查询菌株编号；

在所述基因组注释数据库中查询菌株编号与所述待查询菌株编号一致的菌株基因组测序信息中的菌株测序项目标识；

根据查询到的菌株测序项目标识，生成所述菌株基因组注释查询请求。

7.根据权利要求5所述的装置，其中，所述菌株基因组测序信息还包括微生物保藏机构标识和菌株测序状态信息，其中，所述菌株测序状态信息用于表征是否已完成基因组测序；以及

所述装置还包括：

第二接收单元，被配置成接收所述终端设备发送的微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求，其中，所述微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息查询请求包括待查询微生物保藏机构标识；

确定单元，被配置成基于所述菌株基因组注释数据库和所述待查询微生物保藏机构标识，确定所述待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息；

第二发送单元，被配置成将所述菌株总体测序状态信息发送至所述终端设备，以供所述终端设备呈现所述菌株总体测序状态信息。

8.根据权利要求7所述的装置，其中，所述确定单元进一步被配置成：

在所述菌株基因组注释数据库中查询微生物保藏机构标识与所述待查询微生物保藏机构标识匹配的菌株基因组测序信息；

在查询到的各菌株基因组测序信息中分别查询菌株测序状态信息用于表征未完成基因组测序的第一基因组测序信息和菌株测序状态信息用于表征已完成基因组测序的第二基因组测序信息；

根据分别统计的各所述第一基因组测序信息与各所述第二基因组测序信息，生成所述待查询微生物保藏机构的菌株总体测序状态信息。

9.一种电子设备，包括：

一个或多个处理器；

存储装置，用于存储一个或多个程序；

当所述一个或多个程序被所述一个或多个处理器执行时，使得所述一个或多个处理器实现如权利要求1-4中任一所述的方法。

10.一种计算机可读介质，其上存储有计算机程序，其中，所述程序被处理器执行时实现如权利要求1-4中任一所述的方法。

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