CN112005304A - 用于哺乳动物受试者中的可活化抗体种类的定量药理学建模的系统和方法 - Google Patents

用于哺乳动物受试者中的可活化抗体种类的定量药理学建模的系统和方法 Download PDF

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J·F·阿普加
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Abstract

本发明提供了可用于对哺乳动物受试者中活化结合多肽或可活化抗体的药理学作用建模的方法和系统。

Description

用于哺乳动物受试者中的可活化抗体种类的定量药理学建模 的系统和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求于2018年3月20日提交的美国临时申请号62/645,737，于2018年4月13日提交的美国临时申请号62/657,549，以及于2018年8月9日提交的美国临时申请号62/716,870的权益，所述临时申请的内容通过引用整体并入本文。
对序列表的引用
依据美国联邦法规(C.F.R.)第37章第1.821条，以计算机可读形式(ASCII格式)通过EFS-Web作为文件名CYTX_049_PCT_ST25.txt以电子方式随函提交的序列表通过引用并入本文。序列表的ASCII副本创建于2019年3月19日，并且大小为89kb。
背景技术
已证明基于抗体的疗法可有效治疗若干疾病，包括许多类型的癌症。然而，在一些情况下，由于靶标在患病组织和健康组织中的广泛表达，这些治疗性抗体具有中靶毒性。其它诸如施用后从循环中快速清除的限制因素进一步阻碍了它们作为疗法的有效使用。将可活化抗体设计成当暴露于诸如肿瘤中的靶组织的微环境时选择性地活化并结合，从而潜在地降低和抗体与广泛表达的结合靶标的结合相关的毒性。需要对受试者中可活化抗体的分布、药效学和药代动力学建模的方法和系统。
发明内容
本公开的一个方面涉及制备用于预测施用于受试者的可活化抗体的处置的定量系统药理学模型的方法。此类方法可以通过以下操作表征：(a)提供表征可活化抗体和/或活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的靶标区室之间的质量转移的至少一个关系式或参数；(b)提供表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的多个关系式和/或参数；(c)用以下速率常数对计算系统进行编程：(i)表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数，和(ii)表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数。
在某些实施方案中，所述靶标区室包括抗体或抗原结合片段(AB)特异性结合的靶标。在某些实施方案中，所述可活化抗体包括AB和前结构域，所述前结构域包括掩蔽部分(MM)和可裂解部分(CM)。与所述AB相比，所述可活化抗体对所述靶标的结合亲和力降低。在某些实施方案中，所述活化抗体包括AB，其相对于所述可活化抗体而言包括至少一个不再掩蔽所述AB的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化抗体相比，所述活化抗体对所述靶标的结合亲和力更高。
在某些实施方案中，所述可活化抗体是可活化的双特异性抗体，其包括(1)AB1和包括第一掩蔽部分(MM1)和第一可裂解部分(CM1)的第一前结构域，和(2)AB2和包括第二掩蔽部分(MM2)和第二可裂解部分(CM2)的第二前结构域。AB1和AB2各自可以与不同的靶标特异性结合。在一些实施方案中，AB1可以与靶细胞诸如肿瘤细胞上表达的靶抗原特异性结合，并且AB2可以与T细胞上表达的靶抗原特异性结合。当两个前结构域都掩蔽其各自的AB结构域时，与AB1和AB2相比，所述可活化的双特异性抗体对各自靶标的结合亲和力降低。在某些实施方案中，所述活化的双特异性抗体包括AB1或AB2，其相对于所述可活化的双特异性抗体而言包括至少一个不再掩蔽各AB1或AB2的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化的双特异性抗体相比，所述活化的双特异性抗体对去掩蔽的AB1或AB2的靶标的结合亲和力更高。在某些实施方案中，所述活化的双特异性抗体包括AB1或AB2，其相对于所述可活化的双特异性抗体而言AB1或AB2包括至少一个不再掩蔽各AB1或AB2的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化的双特异性抗体相比，所述活化的双特异性抗体对去掩蔽的AB1或AB2的靶标的结合亲和力更高。在此类实施方案中，所述活化的双特异性抗体可以同时与两种抗原结合，从而形成活化的双特异性抗体、AB1的靶细胞和AB2的靶细胞(例如，T细胞)的三聚体，其中所述两种细胞物理上相邻。
在某些实施方案中，所述反应中的至少一种是将所述可活化抗体转化为所述活化抗体的反应，所述活化抗体与所述可活化抗体相比结合靶标的亲和力增加，所述反应是通过以下进行的：(i)相对于所述可活化抗体中的所述AB而言，所述可活化抗体的至少一个前结构域的构象变化，或(ii)至少一个前结构域从所述AB上裂解。所述转化导致与可活化抗体相比，AB结合靶标的亲和力增加。
在一些情况下，将所得计算系统编程为(i)在一组限定的药理学条件下对一组表达式求解，其中所述一组表达式包括表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移的所述至少一个关系式或参数，和表征所述反应的所述多个关系式和/或参数，以及(ii)输出在所述一组限定的药理学条件下，所述可活化抗体施用于所述受试者之后，所述受试者体内的一种或多种预测的药效学和/或药代动力学参数值。
在某些实施方案中，所述方法可以包括以下操作中的一种或两种：通过使用对一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的第一测量，确定表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数；以及通过使用对所述一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的第二测量，确定表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数。对所述可活化抗体和/或活化抗体的所述第一测量可包括对取自施用了一个或多个剂量的所述可活化抗体的所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值的测量。对所述可活化抗体和/或所述活化抗体的所述第二测量可以是对取自施用了一个或多个剂量的所述可活化抗体的所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或活化抗体的浓度的时变值的测量。
在某些实施方案中，所述靶标区室表示所述受试者中的肿瘤，其中所述肿瘤表达所述靶标。在某些实施方案中，所述非靶标区室表示所述受试者的最初在施用时接受所述可活化抗体的部分。例如，所述非靶标区室可以至少表示所述受试者的血浆区室。
在某些实施方案中，所述反应中的第一反应发生在所述靶标区室中，并且所述反应中的第二反应发生在所述非靶标区室中。在某些实施方案中，表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的关系式是采用所述非靶标区室中所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的速率表达式。在某些实施方案中，所述方法另外包括提供表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的第二非靶标区室之间的质量转移的关系式或参数。所述第二非靶标区室可以表示所述受试者的一个或多个非肿瘤器官或组织。
在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体或所述可活化抗体的CM的裂解。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体与所述靶标的结合。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括对所述未裂解的可活化抗体的AB的去掩蔽，所述去掩蔽导致对所述AB结合所述靶标的抑制作用降低。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括随蛋白酶浓度变化的裂解所述CM的速率的关系式，其中所述CM是蛋白酶的底物。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式和/或参数包括靶标表达速率或所述靶标的量的关系式。
在某些实施方案中，所述药理学条件包括以下的一种或多种：所述可活化抗体的剂量，所述可活化抗体的剂量频率，与所述可活化抗体同时施用的其它药物，可活化抗体结合亲和力，活化抗体结合亲和力，所述MM的掩蔽效率，所述CM的裂解速率，所述靶标区室中的靶标浓度，以及两个或更多个区室之间所述可活化抗体的分配系数。在某些实施方案中，所述药效学和药代动力学参数值包括以下的一项或多项：靶标区室中所述可活化抗体的靶标占有率；外周区室中所述可活化抗体的靶标占有率；治疗窗；靶标区室中靶标介导的药物处置；外周区室中靶标介导的药物处置；血浆区室中靶标介导的药物处置；靶标区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；血浆区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；和外周区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度。
在某些实施方案中，确定表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数包括应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值。在某些实施方案中，所述目标函数是对数似然函数。在某些实施方案中，确定表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数包括应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值。在某些实施方案中，所述目标函数是对数似然函数。
在某些实施方案中，所述一组表达式包括一个或多个零阶速率关系式、一阶速率关系式和/或二阶速率关系式的表达式。在某些实施方案中，所述一组表达式包括：所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性微分方程；和所述靶标区室中活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述靶标区室中可活化抗体的时间依赖性微分方程。在某些实施方案中，将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：对所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测，以及对所述靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测。
本公开的另一方面涉及计算机程序产品，其包括非暂时性计算机可读介质，在所述非暂时性计算机可读介质上提供了用于使计算系统执行定量系统药理学模型以预测施用了可活化抗体的受试者的药效学和/或药代动力学参数值的指令。所述指令可以包括用于以下的指令：在一组限定的药理学条件下对一组表达式求解；并输出在所述一组限定的药理学条件下，向所述受试者施用所述可活化抗体之后，所述受试者的一种或多种预测的药效学和/或药代动力学参数值。
在某些实施方案中，所述一组表达式表示：(a)表征可活化抗体和/或活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的靶标区室之间的质量转移的至少一个关系式或参数，以及(b)表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的多个关系式和/或参数。
在某些实施方案中，所述靶标区室包括与AB结合的靶标。在某些实施方案中，所述可活化抗体包括AB和前结构域，所述前结构域包括MM和CM。与所述AB相比，所述可活化抗体对所述靶标的结合亲和力降低。在某些实施方案中，所述活化抗体包括AB，其相对于所述可活化抗体而言包括至少一个不再掩蔽所述AB的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化抗体相比，所述活化抗体对所述靶标的结合亲和力更高。
在某些实施方案中，所述反应中的至少一个是将可活化抗体转化为活化抗体的反应，所述活化抗体与所述可活化抗体相比结合靶标的亲和力更高。在某些实施方案中，所述转化步骤涉及相对于所述可活化抗体中的所述AB而言，所述可活化抗体的至少一个前结构域的构象变化，或至少一个前结构域从所述AB上裂解，由此所述转化引起与所述可活化抗体相比，所述AB结合靶标的亲和力增加。
在某些实施方案中，表征可活化抗体和/或活化抗体的所述质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数通过使用对一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的测量来确定。在某些实施方案中，表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值而确定。作为实例，所述目标函数可以是对数似然函数。
在某些实施方案中，表征可活化抗体和/或活化抗体的所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数通过使用对一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的测量来确定。在某些实施方案中，表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值来确定。作为实例，所述目标函数可以是对数似然函数。
在某些实施方案中，所述靶标区室表示所述受试者中的肿瘤，其中所述肿瘤表达所述靶标。在某些实施方案中，所述非靶标区室表示所述受试者的最初在施用时接受所述可活化抗体的部分。在一些情况下，所述非靶标区室至少表示所述受试者的血浆区室。
在某些实施方案中，所述反应中的第一反应发生在所述靶标区室中，并且所述反应中的第二反应发生在所述非靶标区室中。在某些实施方案中，表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的关系式是采用所述非靶标区室中所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的速率表达式。在某些实施方案中，所述一组表达式进一步表示表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的第二非靶标区室之间的质量转移的关系式或参数。作为实例，所述第二非靶标区室可以表示所述受试者的一个或多个非肿瘤器官或组织。
在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体或所述可活化抗体的CM的裂解。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体与所述靶标的结合。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括对所述未裂解的可活化抗体的AB的去掩蔽，所述去掩蔽导致对所述AB结合所述靶标的抑制作用降低。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括随蛋白酶浓度变化的裂解所述CM的速率的关系式，其中所述CM是蛋白酶的底物。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式和/或参数包括靶标表达速率或所述靶标的量的关系式。
在某些实施方案中，所述药理学条件包括以下的一种或多种：所述可活化抗体的剂量，所述可活化抗体的剂量频率，与所述可活化抗体同时施用的其它药物，可活化抗体结合亲和力，活化抗体结合亲和力，所述MM的掩蔽效率，所述CM的裂解速率，所述靶标区室中的靶标浓度，以及两个或更多个区室之间所述可活化抗体的分配系数。在某些实施方案中，所述药效学和药代动力学参数值包括以下的一项或多项：靶标区室中所述可活化抗体的靶标占有率；外周区室中所述可活化抗体的靶标占有率；治疗窗；靶标区室中靶标介导的药物处置；外周区室中靶标介导的药物处置；血浆区室中靶标介导的药物处置；靶标区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；血浆区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；和外周区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度。
在某些实施方案中，表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数(例如，对数似然函数)来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值而确定。在某些实施方案中，表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数(例如，对数似然函数)来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值来确定。
在某些实施方案中，所述一组表达式包括一个或多个零阶速率关系式、一阶速率关系式和/或二阶速率关系式的表达式。在某些实施方案中，所述一组表达式包括：所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性微分方程；和所述靶标区室中活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述靶标区室中可活化抗体的时间依赖性微分方程。在某些实施方案中，将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：对所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测，以及对所述靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测。
本公开的另一方面涉及预测在施用可活化抗体之后受试者的药效学和/或药代动力学参数值的方法。此类方法可以通过以下操作来表征：将一组限定的药理学条件输入到定量系统药理学模型中，所述模型具有用于在一组限定的药理学条件下对一组表达式求解的指令；以及从所述定量系统药理学模型接收在所述一组限定的药理学条件下，向所述受试者施用所述可活化抗体之后，所述受试者的一种或多种预测的药效学和/或药代动力学参数值。
在某些实施方案中，所述一组表达式表示：(a)表征可活化抗体和/或活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的靶标区室之间的质量转移的至少一个关系式或参数，以及(b)表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的多个关系式和/或参数。
在某些实施方案中，所述靶标区室包括与AB结合的靶标。在某些实施方案中，所述可活化抗体包括AB和前结构域，所述前结构域包括MM和CM。与所述AB相比，所述可活化抗体对所述靶标的结合亲和力降低。在某些实施方案中，所述活化抗体包括AB，其相对于所述可活化抗体而言包括至少一个不再掩蔽所述AB的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化抗体相比，所述活化抗体对所述靶标的结合亲和力更高。
在某些实施方案中，所述反应中的至少一个是将可活化抗体转化为活化抗体的反应，所述活化抗体与所述可活化抗体相比结合靶标的亲和力更高。在某些实施方案中，所述转化步骤涉及相对于所述可活化抗体中的所述AB而言，所述可活化抗体的至少一个前结构域的构象变化，或至少一个前结构域从所述AB上裂解，由此所述转化引起与所述可活化抗体相比，所述AB结合靶标的亲和力增加。
在某些实施方案中，所述方法另外包括使用所述一个或多个预测的药效学和药代动力学参数值来鉴定或选择对于从所述AB裂解所述MM具有选定易感性的治疗性可活化抗体。在某些实施方案中，所述方法进一步包括使用所述一个或多个预测的药效学和药代动力学参数值来鉴定或选择使用所述可活化抗体治疗患者的治疗方案。
在某些实施方案中，所述靶标区室表示所述受试者中的肿瘤，其中所述肿瘤表达所述靶标。在某些实施方案中，所述非靶标区室表示所述受试者的最初在施用后接受所述可活化抗体的部分。例如，所述非靶标区室可以至少表示所述受试者的血浆区室。
在某些实施方案中，所述反应中的第一反应发生在所述靶标区室中，并且所述反应中的第二反应发生在所述非靶标区室中。在某些实施方案中，表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的关系式是采用所述非靶标区室中所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的速率表达式。在某些实施方案中，所述方法另外包括提供表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的第二非靶标区室之间的质量转移的关系式或参数。所述第二非靶标区室可以表示所述受试者的一个或多个非肿瘤器官或组织。
在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体或所述可活化抗体的CM的裂解。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体与所述靶标的结合。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括对所述未裂解的可活化抗体的AB的去掩蔽，所述去掩蔽导致对所述AB结合所述靶标的抑制作用降低。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括随蛋白酶浓度变化的裂解所述CM的速率的关系式，其中所述CM是蛋白酶的底物。在某些实施方案中，表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式和/或参数包括靶标表达速率或所述靶标的量的关系式。
在某些实施方案中，所述一组表达式包括一个或多个零阶速率关系式、一阶速率关系式和/或二阶速率关系式的表达式。在某些实施方案中，所述一组表达式包括：所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性微分方程；和所述靶标区室中活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述靶标区室中可活化抗体的时间依赖性微分方程。在某些实施方案中，将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：对所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测，以及对所述靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测。
对于上面提出的每个方面描述的特征可以以任何组合采用，只要假设的组合中的任两个特征都彼此不矛盾即可。因此，本公开的实施方案包括上述方面的各种组合。
附图说明
图1A是在本公开的QSP模型中建模的不同种类的可活化抗体和活化抗体及其之间的转化途径的示意图。
图1B是在本公开的QSP模型中建模的各种生理区室及其之间的质量转移途径的示意图。
图2A是生成本公开的QSP模型的示例性方法的流程图。
图2B是使用本公开的QSP模型的示例性方法的流程图。
图3A-3C是显示猕猴中抗CD166可活化抗体的示例性PK研究的图表，该研究与猴子中可活化抗体的PK的本公开示例性QSP模型重叠。
图4A-4E是显示人中抗CD166可活化抗体的PK的本公开示例性QSP模型的图表。
图5是显示在多次施用后受试者中抗CD166可活化抗体的循环水平的本公开示例性QSP模型的图表。
图6是显示来自各种生理区室的抗CD166活化抗体的通量的示例性QSP模型的图表。
图7是用于实现本公开的QSP模型的示例性计算机系统的示意图。
图8A、图8B和图8C是本公开的完整抗PD-L1可活化抗体的血浆水平的示例性药代动力学数据。
图9A、图9B和图9C是在指定的给药方案后完整抗PD-L1可活化抗体的血浆水平的本公开QSP模型的示例性比较。
图10A和图10B是本公开的QSP模型的示例性图表，其显示了可活化抗体的施用剂量(图10A)或完整可活化抗体的Cmin(图10B)与在肿瘤中达到特定受体占有率的外周/肿瘤裂解比率的关系式。
图11A至图11D是同位素标记的单克隆抗体和可活化抗体从血浆中清除的示例性建模药代动力学图表。
图12A、图12B和图12C是肿瘤区室中已活化的可活化抗体与观察到的可活化抗体的量相比的QSP模型的示例性比较。
图13A和图13B是猕猴中抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1活化的可活化抗体的本公开示例性药代动力学数据和QSP模型。
图14A是人体中抗PD-1单克隆抗体帕博利珠单抗(pembrolizumab)的示例性药代动力学数据和QSP模型。图14B是抗PD-1单克隆抗体的受体占有率随剂量变化的本公开示例性QSP模型。
图15是在本公开的QSP模型中建模的不同种类的可活化的和活化的T细胞双特异性抗体及其之间的转化途径的示意图。
图16是在本公开的QSP模型中建模为与可活化的和活化的T细胞双特异性抗体有关的各种生理区室及其之间的质量转移途径的示意图。
图17是抗PD-1可活化抗体在以指定剂量施用之后的循环水平的本公开的人QSP模型的示意图。
图18显示了基于本公开的QSP建模并基于患者活检计算的在人肿瘤中施用的抗PD-1可活化抗体的示例性受体占有率(RO)。
具体实施方式
如本文所用，术语“可活化结合多肽”是指包含直接或间接连接至前结构域的结合部分(BM)的化合物。术语“结合部分”和“BM”在本文中可互换使用，是指能够特异性结合生物靶标的多肽。当呈未因前结构域的存在而受到修饰的形式时，BM是特异性结合生物靶标的多肽。术语“生物靶标”、“结合靶标”和“靶标”(当在结合的上下文中使用时)在本文中可互换地指可存在于哺乳动物受试者中的多肽。术语“分布”和“生物分布”在本文中可互换使用，是指活化结合多肽在哺乳动物受试者中的定位。
如本文所用，术语“可活化抗体”是指其中结合部分(BM)是抗体或其抗原结合片段(AB)的可活化结合多肽。当呈未因前结构域的存在而受到修饰的形式时，BM是特异性结合生物靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)。本文提供的涉及结合部分(BM)的实例、定义和描述应理解为适用于其中BM是抗体或其抗原结合片段(AB)的实施方案。类似地，在适当的情况下，本文提供的涉及抗体或其抗原结合片段(AB)的实例、定义和描述应理解为适用于其它BM实施方案。
如本文所用，术语“前结构域”是指包含掩蔽部分(MM)和可裂解部分(CM)的肽。前结构域起到掩蔽BM或AB的作用，直到可活化的结合多肽暴露于活化条件。如本文所用，术语“掩蔽部分”和“MM”在本文中可互换使用，是指当位于BM或AB附近时干扰BM或AB与生物靶标的结合的肽。术语“可裂解部分”和“CM”在本文可互换使用，是指易于进行裂解(例如，酶底物等)、键还原(例如，二硫键还原等)或其它物理构象变化的肽。CM相对于MM和BM或AB定位，使其裂解或其它物理构象变化导致MM从其最接近于BM或AB的位置释放。术语“活化条件”是指触发BM或AB的去掩蔽，并导致产生“活化结合多肽”(或“活化BP”)或“活化抗体”的条件。BM或AB去掩蔽通常产生与相应的可活化结合多肽或可活化抗体相比，对生物靶标具有更高的结合亲和力的活化结合多肽或活化抗体。通常，可活化结合多肽或可活化抗体在体内或体外特异性结合生物靶标。术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，是指包含天然存在的或非天然存在的氨基酸残基或氨基酸类似物的聚合物。
适合用于本发明实践中的可活化结合多肽或可活化抗体可以包含呈各种线性或环状构型(例如，经由半胱氨酸-半胱氨酸二硫键连接)的BM或AB和前结构域组分CM和MM，并且还可以包含一个或多个任选的接头部分，BM或AB、CM和/或MM部分可以通过接头部分彼此间接结合。适合用于在本发明实践中采用的可活化结合多肽中的接头可以是多种长度中的任何一种。合适的接头包括长度在以下范围内的那些接头：约1至约20个氨基酸，或约1至约19个氨基酸，或约1至约18个氨基酸，或约1至约17个氨基酸，或约1至约16个氨基酸，或约1至约15个氨基酸，或约2至约15个氨基酸，或约3至约15个氨基酸，或约3至约14个氨基酸，或约3至约13个氨基酸，或约3至约12个氨基酸。在一些实施方案中，ABP包含一个或多个接头，所述接头包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸。通常，所述接头是柔性接头。
示例性的柔性接头包括甘氨酸均聚物(G)n(其中n是至少为1的整数)、甘氨酸-丝氨酸聚合物，包括例如(GS)n(其中n是至少为1的整数)、(GSGGS)n(SEQ ID NO:68)(其中n是至少为1的整数)、(GGGS)n(SEQ ID NO:69)(其中n是至少为1的整数)、GGSG(SEQ ID NO:70)、GGSGG(SEQ ID NO:71)、GSGSG(SEQ ID NO:72)、GSGGG(SEQ ID NO:73)、GGGSG(SEQ IDNO:74)、GSSSG(SEQ ID NO:75)、GSSGGSGGSGGSG(SEQ ID NO:76)、GSSGGSGGSGG(SEQ ID NO:77)、GSSGGSGGSGGS(SEQ ID NO:78)、GSSGGSGGSGGSGGGS(SEQ ID NO:79)、GSSGGSGGSG(SEQID NO:80)、GSSGGSGGSGS(SEQ ID NO:81)、GGGS(SEQ ID NO:82)、GSSGT(SEQ ID NO:83)、GSSG(SEQ ID NO:84)、GGGSSGGSGGSGG(SEQ ID NO:223)、GGS等，并且另外包括甘氨酸-丙氨酸聚合物、丙氨酸-丝氨酸聚合物和本领域已知的其它柔性接头。
示例性的可活化结合多肽构型包括，例如，按照N端至C端方向或C端至N端方向：
(MM)-(CM)-(BM)
(BM)-(CM)-(MM)
(MM)-L1-(CM)-(BM)
(MM)-L1-(CM)-L2-(BM)
环[L1-(MM)-L2-(CM)-L3-(BM)]
(MM)-(CM)-(AB)
(AB)-(CM)-(MM)
(MM)-L1-(CM)-(AB)
(MM)-L1-(CM)-L2-(AB)
环[L1-(MM)-L2-(CM)-L3-(AB)]
其中L1、L2和L3中的每一个是可以相同或不同的接头肽。
可活化结合多肽或可活化抗体还可包括位于例如前结构域的氨基末端的间隔区。在一些实施方案中，间隔区直接连接到可活化结合多肽或可活化抗体的MM。在一些实施方案中，间隔区分别按照从N端到C端为间隔区-MM-CM-BM或间隔区-MM-CM-AB的结构排列直接连接到可活化结合多肽或可活化抗体的MM。直接连接到可活化抗体的MM的N端的间隔区的实例选自QGQSGS(SEQ ID NO:189)；GQSGS(SEQ ID NO:190)；QSGS(SEQ ID NO:191)；SGS；GS；S；QGQSGQG(SEQ ID NO:194)；GQSGQG(SEQ ID NO:195)；QSGQG(SEQ ID NO:196)；SGQG(SEQ ID NO:197)；GQG；QG；G；QGQSGQ(SEQ ID NO:200)；GQSGQ(SEQ ID NO:201)；QSGQ(SEQID NO:202)；SGQ；GQ；和Q。
在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QGQSGS(SEQ ID NO:189)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列GQSGS(SEQ ID NO:190)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QSGS(SEQ ID NO:191)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列SGS。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列GS。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列S。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QGQSGQG(SEQ ID NO:194)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列GQSGQG(SEQ ID NO:195)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QSGQG(SEQ ID NO:196)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列SGQG(SEQ ID NO:197)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列GQG。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QG。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列G。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QGQSGQ(SEQ ID NO:200)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列GQSGQ(SEQ ID NO:201)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列QSGQ(SEQ ID NO:202)。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列SGQ。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列GQ。在一些实施方案中，间隔区至少包含氨基酸序列Q。在一些实施方案中，可活化抗体不包含间隔区序列。
适合用于本文所采用的结合多肽中的可活化结合多肽包括在WO 2009/025846、WO2010/096838、WO 2010/081173、WO 2013/163631、WO 2013/192546、WO 2013/192550、WO2014/026136、WO 2014/052462、WO 2014/107599、WO 2014/197612、WO 2015/013671、WO2015/048329、WO 2015/066279、WO 2015/116933、WO 2016/014974、WO 2016/118629、WO2016/149201、WO 2016/179285、WO 2016/179257、WO 2016/179335、WO 2017/011580、WO2018/085555、WO 2018/165619、PCT/US2018/048965、PCT/US2018/055733、PCT/US2018/055717、PCT/US2018/067740和PCT/US2019/021449中描述的可活化结合多肽、经修饰的抗体和可活化抗体中的任何一种，上述专利中的每一个均通过引用整体并入。
适合用于本文所采用的结合多肽中的可活化抗体包括在WO 2009/025846、WO2010/081173、WO 2013/163631、WO 2013/192546、WO 2013/192550、WO 2014/026136、WO2014/052462、WO 2014/107599、WO 2014/197612、WO 2015/013671、WO 2015/048329、WO2015/066279、WO 2015/116933、WO 2016/014974、WO 2016/118629、WO 2016/149201、WO2016/179285、WO 2016/179257、WO 2016/179335、WO 2017/011580、WO 2018/085555、WO2018/165619、PCT/US2018/048965、PCT/US2018/055733、PCT/US2018/055717、PCT/US2018/067740和PCT/US2019/021449中描述的可活化抗体中的任何一种，上述专利中的每一个均通过引用整体并入。
通常，前结构域经由前结构域的CM直接或间接连接到BM或AB。可以将CM设计成通过组织中上调的蛋白水解活性(即，活化条件)，诸如许多癌症中存在的上调的蛋白水解活性而裂解。因此，可以设计可活化结合多肽或可活化抗体，使得它们主要在蛋白水解活性和所需的生物靶标共定位的靶标处理位点被活化。
适合用于本发明的可活化结合多肽中的可裂解部分包括那些作为蛋白酶底物的部分。通常，蛋白酶是细胞外蛋白酶。可以使用多种已知技术中的任何一种容易地鉴定合适的底物，所述技术包括美国专利号7,666,817、美国专利号8,563,269、PCT公开号WO 2014/026136，Boulware等人,“Evolutionary optimization of peptide substrates forproteases that exhibit rapid hydrolysis kinetics,”Biotechnolo.Bioeng.(2010)106.3:339-46中描述的那些技术，上述参考文献中的每一个特此通过引用整体并入。适于用作可裂解部分的示例性底物包括，例如是可由以下一种或多种蛋白酶裂解的底物的那些：ADAM、ADAM样或ADAMTS(例如ADAM8、ADAM9、ADAM10、ADAM12、ADAM15、ADAM17/TACE、ADAMDEC1、ADAMTS1、ADAMTS4、ADAMTS5)；天冬氨酸蛋白酶(例如，BACE、肾素等)；天冬氨酸组织蛋白酶(例如，组织蛋白酶D、组织蛋白酶E等)；半胱天冬酶(例如，半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、半胱天冬酶14等)；半胱氨酸蛋白酶(例如克鲁兹蛋白酶(Cruzipain)、豆荚蛋白酶(Legumain)、Otubain-2等)；激肽释放酶相关肽酶(KLK)(例如，KLK4、KLK5、KLK6、KLK7、KLK8、KLK10、KLK11、KLK13、KLK14等)；金属蛋白酶(例如，穿膜肽酶(Meprin)、中性内肽酶(Neprilysin)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、骨形态发生蛋白1(BMP-1)等)；基质金属蛋白酶(MMP)(例如，MMP1、MMP2、MMP3、MMP7、MMP8、MMP9、MMP10、MMP11、MMP12、MMP13、MMP14、MMP15、MMP16、MMP17、MMP19、MMP20、MMP23、MMP24、MMP26、MMP27等)；丝氨酸蛋白酶(例如，活化蛋白C、组织蛋白酶A、组织蛋白酶G、糜蛋白酶、凝血因子蛋白酶(例如，FVIIa、FIXa、FXa、FXIa、FXIIa等))；弹性蛋白酶、颗粒酶B、胍基苯甲酰酶(Guanidinobenzoatase)、HtrA1、人中性粒细胞弹性蛋白酶、乳铁蛋白、Marapsin、NS3/4A、PACE4、纤溶酶、前列腺特异性抗原(PSA)、组织纤溶酶原激活物(tPA)、凝血酶、类胰蛋白酶、尿激酶(uPA)、II型跨膜丝氨酸蛋白酶(TTSP)(例如，DESC1、DPP-4、FAP、Hepsin、蛋白裂解酶-2、MT-SP1/蛋白裂解酶、TMPRSS2、TMPRSS3、TMPRSS4等)，以及诸如此类。适合用于本发明的可活化结合多肽中的示例性CM包括例如WO 2010/081173、WO 2015/048329、WO 2015/116933和WO 2016/118629中描述的那些，上述专利中的每一个均通过引用整体并入本文。本文作为SEQ ID No:1-67提供了说明性CM。
选择MM使其降低BM特异性结合生物靶标的能力。这样，可活化结合多肽朝针对生物靶标的解离常数(Kd)通常大于相应的活化结合多肽与生物靶标的Kd。MM可以以多种方式抑制可活化结合多肽与生物靶标的结合。例如，MM可以结合BM，从而抑制可活化结合多肽与生物靶标的结合。MM可以变构或空间抑制可活化结合多肽与生物靶标的结合。在一些实施方案中，MM特异性结合至BM。可以使用多种已知技术中的任何一种来鉴定合适的MM。例如，可以使用美国专利申请公开号2009/0062142和2012/0244154，以及PCT公开号WO 2014/026136中描述的方法来鉴定肽MM，上述公开中的每一个特此通过引用整体并入。
在一些实施方案中，选择MM使得相对于相应BM(即，无前结构域)与相同靶标的结合，可活化结合多肽与生物靶标的结合减少至少约50％，或至少约60％，或至少约65％，或至少约70％，或至少约75％，或至少约80％，或至少约85％，或至少约90％，或至少约91％，或至少约92％，或至少约93％，或至少约94％，或至少约95％，或至少约96％，或至少约97％，或至少约98％，或至少约99％，甚至100％，持续至少约2小时，或至少约4小时，或至少约6小时，或至少约8小时，或至少约12小时，或至少约24小时，或至少约28小时，或至少约30小时，或至少约36小时，或至少约48小时，或至少约60小时，或至少约72小时，或至少约84小时，或至少约96小时，或至少约5天，或至少约10天，或至少约15天，或至少约30天，或至少约45天，或至少约60天，或至少约90天，或至少约120天，或至少约150天，或至少约180天，或至少约1个月，或至少约2个月，或至少约3个月，或至少约4个月，或至少约5个月，或至少约6个月，或至少约7个月，或至少约8个月，或至少约9个月，或至少约10个月，或至少约11个月，或至少约12个月或更长时间。
通常，选择MM使得可活化结合多肽针对生物靶标的Kd是BM(即，未经前结构域修饰的)的Kd的至少约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约10倍、约25倍、约50倍、约100倍、约250倍、约500倍、约1,000倍、约2,500倍、约5,000倍、约10,000倍、约100,000倍、约500,000倍、约1,000,000倍、约5,000,000倍、约10,000,000倍、约50,000,000或更高，或在约5至约10倍，或约10至约100倍，或约10至约1,000倍，或约10至约10,000或约10至约100,000倍，或约10至约1,000,000倍，或约10至约10至约10,000,000倍，或约100至约1,000倍，或约100至约10,000倍，或约100至约100,000倍，或约100至约1,000,000倍，或约100至约10,000,000倍，或约1,000至约10,000倍，或约1,000至约100,000倍，或约1,000至约1,000,000倍，或约1,000至约10,000,000倍，或约10,000至约100,000倍，或约10,000至约1,000,000倍，或约10,000至约10,000,000或约100,000至约1,000,00倍，或100,000至约10,000,000倍的范围内。
相反，选择MM使得BM(即，未经前结构域修饰的)针对生物靶标的Kd比相应的可活化结合多肽的结合亲和力低至少约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约10倍、约25倍、约50倍、约100倍、约250倍、约500倍、约1,000倍、约2,500倍、约5,000倍、约10,000倍、约100,000倍、约500,000倍、约1,000,000倍、约5,000,000倍、约10,000,000倍、约50,000,000倍或更多倍；或者在下述范围内：比相应的可活化结合多肽的结合亲和力低约5至约10倍，或约10至约100倍，或约10至约1,000倍，或约10至约10,000，或约10至约100,000倍，或约10至约1,000,000倍，或约10至约10至约10,000,000倍，或约100至约1,000倍，或约100至约10,000倍，或约100至约100,000倍，或约100至约1,000,000倍，或约100至约10,000,000倍，或约1,000至约10,000倍，或约1,000至约100,000倍，或约1,000至约1,000,000倍，或约1,000至约10,000,000倍，或约10,000至约100,000倍，或约10,000至约1,000,000倍，或约10,000至约10,000,000或约100,000至约1,000,00倍，或100,000至约10,000,000倍。
在一些实施方案中，MM针对BM的Kd比BM针对生物靶标的Kd高。在这些实施方案中，MM针对BM的Kd可以是BM针对生物目标的Kd的至少约5倍、至少约10倍、至少约25倍、至少约50倍、至少约100倍、至少约250倍、至少约500倍、至少约1,000倍、至少约2,500倍、至少约5,000倍、至少约10,000倍、至少约100,000倍、至少约1,000,000倍或甚至10,000,000倍。
说明性的MM包括作为SEQ ID NO:85-188提供的那些(用于抗CD166可活化抗体中)，以及WO 2009/025846、WO 2010/096838、WO 2010/081173、WO 2013/163631、WO 2013/192546、WO 2013/192550、WO 2014/026136、WO 2014/052462、WO 2014/107599、WO 2014/197612、WO 2015/013671、WO 2015/048329、WO 2015/066279、WO 2015/116933、WO 2016/014974、WO 2016/118629、WO 2016/149201、WO 2016/179285、WO 2016/179257、WO 2016/179335、WO 2017/011580、PCT/US2017/059740、美国临时申请序列号62/469,429、62/572,467和62/613,358中公开的那些，这些中的每一个均通过引用整体并入本文。
结合部分可以是能够特异性结合所需生物靶标的多种多肽中的任何一种。生物靶标的说明性类别包括细胞表面受体和分泌的结合蛋白(例如，生长因子等)、可溶性酶、结构蛋白(例如，胶原蛋白、纤连蛋白等)，以及诸如此类。合适的生物靶标包括，例如1-92-LFA-3、α4-整联蛋白、α-V-整联蛋白、α4β1-整联蛋白、AGR2、抗Lewis Y、Apelin J受体、APRIL、B7-H4、BAFF、BTLA、C5补体、C-242、CA9、CA19-9(Lewis a)、碳酸酐酶9、CD2、CD3、CD6、CD9、CD11a、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD40、CD40L、CD41、CD44、CD44v6、CD47、CD51、CD52、CD56、CD64、CD70、CD71、CD74、CD80、CD81、CD86、CD95、CD117、CD125、CD132(IL-2RG)、CD133、CD137、CD137、CD138、CD166、CD172A、CD248、CDH6、CEACAM5(CEA)、CEACAM6(NCA-90)、CLAUDIN-3、CLAUDIN-4、cMet、胶原蛋白、Cripto、CSFR、CSFR-1、CTLA-4、CTGF、CXCL10、CXCL13、CXCR1、CXCR2、CXCR4、CYR61、DL44、DLK1、DLL4、DPP-4、DSG1、EGFR、EGFRviii、内皮素B受体(ETBR)、ENPP3、EpCAM、EPHA2、ERBB3、RSV的F蛋白、FAP、FGF-2、FGF-8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、叶酸受体、GAL3ST1、G-CSF、G-CSFR、GD2、GITR、GLUT1、GLUT4、GM-CSF、GM-CSFR、GP IIb/IIIa受体、GP130、GPIIB/IIIA、GPNMB、GRP78、Her2/neu、HVEM、透明质酸酶、ICOS、IFNα、IFNβHGF、hGH、透明质酸酶、ICOS、IFNα、IFNβ、IFNγ、IgE、IgE受体(FceRI)、IGF、IGF1R、IL1B、IL1R、IL2、IL11、IL12p40、IL-12R、IL-12Rβ1、IL13、IL13R、IL15、IL17、IL18、IL21、IL23、IL23R、IL27/IL27R(wsx1)、IL29、IL-31R、IL31/IL31R、IL-2R、IL4、IL4-R、IL6、IL-6R、胰岛素受体、Jagged配体、Jagged 1、Jagged 2、LAG-3、LIF-R、Lewis X、LIGHT、LRP4、LRRC26、MCSP、间皮素、MRP4、MUC1、粘蛋白-16(MUC16、CA-125)、Na/KATP酶、中心粒细胞弹性蛋白酶、NGF、Nicastrin、Notch受体、Notch 1、Notch 2、Notch 3、Notch 4、NOV、OSM-R、OX-40、PAR2、PDGF-AA、PDGF-BB、PDGFRα、PDGFRβ、PD-1、PD-L1、PD-L2、磷脂酰丝氨酸、P1GF、PSCA、PSMA、RAAG12、RAGE、SLC44A4、磷酸鞘氨醇1、STEAP1、STEAP2、TAG-72、TAPA1、TGFβ、TIGIT、TIM-3、TLR2、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TMEM31、TNFα、TNFR、TNFRS12A、TRAIL-R1、TRAIL-R2、转铁蛋白、转铁蛋白受体、TRK-A、TRK-B、uPAR、VAP1、VCAM-1、VEGF、VEGF-A、VEGF-B、VEGF-C、VEGF-D、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、VISTA、WISP-1、WISP-2、WISP-3等。
在一些实施方案中，结合部分包含非抗体多肽，例如细胞表面受体的可溶性结构域、分泌的结合多肽、可溶性酶、结构蛋白及它们的部分和变体。如本文所用，术语“非抗体多肽”是指不包含抗体的抗原结合结构域的多肽。适合用作本文所采用的可活化结合多肽中的结合部分的说明性非抗体多肽包括以上所列生物靶标中的任何一种，以及其部分(例如，可溶性结构域)和变体。
在一个实施方案中，可活化结合多肽是可活化抗体。如本文所用，术语“可活化抗体”是指其中结合部分包含全长抗体或其一部分的可活化结合多肽。通常，在这些实施方案中，结合部分包含抗原结合结构域的至少一部分。术语“抗原结合结构域”在本文中是指免疫球蛋白分子的参与抗原结合的部分。抗原结合位点由重链(“H”)和轻链(“L”)的N端可变(“V)区的氨基酸残基形成。在重链和轻链的V区内三个高度相异的链段(称为“高变区”)插在称为“框架区域”或“FR”的更为保守的侧翼链段之间。因此，术语“FR”是指天然存在于免疫球蛋白中的高变区之间并且与高变区相邻的氨基酸序列。在抗体分子中，轻链的三个高变区和重链的三个高变区在三维空间中相对于彼此布置，以形成抗原结合表面。抗原结合表面与抗原的三维表面互补，并且每条重链和轻链的三个高变区称为“互补决定区”或“CDR”。每个结构域的氨基酸分配是根据免疫学感兴趣的蛋白质的Kabat序列的定义进行的(National Institutes of Health,Bethesda,MD(1987和1991))；Chothia和Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987)；Chothia等人，Nature 342:878-883(1989))。
可活化抗体可以包含，例如轻链和/或重链的一个或多个可变区或高变区(分别为VL和/或VH)、可变片段(Fv、Fab'片段、F(ab’)2片段、Fab片段、单链抗体(scAb)、单链可变区(scFv)、互补决定区(CDR)、结构域抗体(dAB)、BHH或BNAR类型的单结构域重链免疫球蛋白、单结构域轻链免疫球蛋白或已知会结合生物靶标的其它多肽。在一些实施方案中，可活化抗体包含含有两个Fab区和一个Fc区的免疫球蛋白。在一些实施方案中，可活化抗体是多价的，例如二价、三价等。在一些实施方案中，可活化抗体包含与可活化抗体的抗体组分(或其一部分)的VL结构域的N端连接的前结构域(例如，从N端到C端，MM-CM-VL，其中每个“-”是指直接或间接连接)。在一些实施方案中，可活化抗体包含与可活化抗体的抗体组分(或其一部分)的VH结构域的N端连接的前结构域(例如，从N端到C端，MM-CM-VH，其中每个“-”是指直接或间接连接)。
适合用于本文所采用的可活化结合多肽中的抗体及其部分(包括，例如单独的CDR，以及轻链和重链)包括WO 2009/025846、WO 2010/096838、WO 2010/081173、WO 2013/163631、WO 2013/192546、WO 2013/192550、WO 2014/026136、WO 2014/052462、WO 2014/107599、WO 2014/197612、WO 2015/013671、WO 2015/048329、WO 2015/066279、WO 2015/116933、WO 2016/014974、WO 2016/118629、WO 2016/149201、WO 2016/179285、WO 2016/179257、WO 2016/179335、WO 2017/011580、PCT/US2017/059740、美国临时申请序列号62/469,429、62/572,467和62/613,358中描述的那些，这些中的每一个均通过引用整体并入本文。可以在本发明的实践中采用的抗体或其部分的示例性特定来源包括，例如贝伐单抗(bevacizumab)(VEGF)、兰尼单抗(ranibizumab)(VEGF)、西妥昔单抗(cetuximab)(EGFR)、帕尼单抗(panitumumab)(EGFR)、英夫利昔单抗(infliximab)(TNFα)、阿达木单抗(adalimumab)(TNFα)、那他珠单抗(natalizumab)(整联蛋白α4)、巴利昔单抗(basiliximab)(IL2R)、依库丽单抗(eculizumab)(补体C5)、依法珠单抗(efalizumab)(CD11a)、托西莫单抗(tositumomab)(CD20)、替伊莫单抗(ibritumomab tiuxetan)(CD20)、利妥昔单抗(rituximab)(CD20)、奥美珠单抗(ocrelizumab)(CD20)、奥法木单抗(ofatumamab)(CD20)、奥比妥珠单抗(obinutuzumab)(CD20)、达克珠单抗(daclizumab)(CD25)、本妥昔单抗(brentuximab vedotin)(CD30)、吉妥珠单抗(gemtuzumab)(CD33)、吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin)(CD33)、阿仑单抗(alemtuzumab)(CD52)、阿昔单抗(abiciximab)(糖蛋白受体IIb/IIIa)、奥马珠单抗(omalizumab)(IgE)、曲妥珠单抗(trastuzumab)(Her2)、恩美曲妥珠单抗(trastuzumab emtansine)(Her2)、帕利珠单抗(palivizumab)(RSV的F蛋白)、伊匹单抗(ipilimumab)(CTLA-4)、曲美母单抗(tremelimumab)(CTLA-4)、Hu5c8(CD40L)、帕妥珠单抗(pertuzumab)(Her2-neu)、尔妥马单抗(ertumaxomab)(CD3/Her2-neu)、阿巴西普(abatacept)(CTLA-4)、他尼珠单抗(tanezumab)(NGF)、巴维昔单抗(bavituximab)(磷脂酰丝氨酸)、扎鲁木单抗(zalutumumab)(EGFR)、马帕木单抗(mapatumamab)(EGFR)、马妥珠单抗(matuzumab)(EGFR)、尼妥珠单抗(nimotuzumab)(EGFR)、ICR62(EGFR)、mAB 528(EGFR)、CH806(EGFR)、MDX-447(EGFR/CD64)、依决洛单抗(edrecolomab)(EpCAM)、RAV12(RAAG12)、huJ591(PSMA)、依那西普(etanercept)(TNF-R)、阿法西普(alefacept)(1-92-LFA-3)、阿那白滞素(ankinra)(IL-1Ra)、GC1008(TGFβ)、阿德木单抗(adecatumumab)(EpCAM)、芬妥木单抗(figitumamab)(IGF1R)、托珠单抗(tocilizumab)(IL-6受体)、优特克单抗(ustekinumab)(IL-12/IL-23)、地诺单抗(denosumab)(RANKL)、纳武单抗(nivolumab)(PD1)、派姆单抗(pembrolizumab)(PD1)、匹地利珠单抗(pidilizumab)(PD1)、MEDI0680(PD1)、PDR001(PD1)、REGN2810(PD1)、BGB-A317(PD1)、BI-754091(PD1)、JNJ-63723283(PD1)、MGA012(PD1)、TSR042(PD1)、AGEN2034(PD1)、INCSHR-1210(PD1)、JS001(PD1)、德瓦鲁单抗(durvalumab)(PD-L1)、阿特珠单抗(atezolizumab)(PD-L1)、阿维鲁单抗(avelumab)(PD-L1)、FAZ053(PD-L1)、LY-3300054(PD-L1)、KN035(PD-L1)等(括号中示出了生物靶标)。
在一个实施方案中，BM或AB包含抗CD166抗体或其部分。说明性的抗CD166抗体(或其部分)包括，例如，具有抗CD166抗体的VH区的全部或一部分的那些(包括，例如，由SEQ IDNO:205和SEQ ID NO:206编码的那些)和/或抗CD166抗体的VL区的全部或一部分(包括，例如，由SEQ ID NO:211-215编码的任何VL结构域。说明性的可活化抗CD166抗体包括包含具有对应于SEQ ID NO:217-221中的任一个的氨基酸序列的轻链和具有对应于SEQ ID NO:222的重链的可活化抗CD166抗体。适合用于本发明实践中的其它可活化抗CD166抗体及其部分包括WO 2016/179285中描述的那些，该专利通过引用整体并入本文。
QSP模型简介
如本文关于某些实施方案所述，定量系统药理学(“QSP”)模型不仅可以预测完整的可活化抗体种类在施用于受试者后的分布，而且可以预测一个或两个MM去掩蔽的各种活化抗体种类的分布。为此，QSP模型考虑到了可活化抗体特有的特性。此类特性的实例包括涉及可活化抗体的掩蔽部分(MM)的相互作用，其中与亲本抗体相比，MM降低了可活化抗体与其靶标的结合亲和力。此类相互作用包括裂解剂裂解可裂解部分(CM)，导致MM从可活化抗体中释放，以及MM在附接到可活化抗体上时由于前结构域的构象变化而“呼吸”，两者均可以导致可活化抗体的靶结合片段的去掩蔽。正如指出的那样，在一些实施方案中，MM通过作为前结构域的一部分的可裂解部分(CM)附接至AB，其中CM是可以充当蛋白酶底物的多肽。在一些情况下，该模型考虑到了掩蔽体的强度、底物的可裂解性以及亲本抗体的亲和力。
本文中的QSP模型考虑到了施用可活化抗体的受试者的“区室”。通常，但并不一定，区室包括靶标区室(例如，受试者身体中产生被可活化抗体靶向的抗原的部分)和至少一个非靶标区室(例如，受试者身体中通常施用可活化抗体的部分，诸如受试者的血浆)。对于每个区室，该QSP模型体现了影响可活化抗体的活性和/或处置的局部物理和化学过程。此类过程包括可活化抗体的区室间转移和可活化抗体的反应。反应的实例包括可活化抗体和活化抗体与靶标的结合，以及影响可活化抗体的MM部分的反应；例如，MM从可活化抗体上裂解，以及MM在附接至可活化抗体时进行呼吸。这些过程中的每一个都可以具有区室特异性；即，不同的区室提供影响可活化抗体种类的活性和处置的不同环境。
在一些实施方案中，QSP模型通过考虑以下的一些或所有因素来预测可活化抗体的分布和/或活性：抗体亲和力、掩蔽强度、底物稳定性、蛋白酶活性、受体密度、肿瘤灌注率、分配系数和体积。
流程图
图2A呈现了生成可活化抗体的QSP模型的示例方法的流程图。该方法用参考数字#100表示并且以操作#110开始，其中用于生成该模型的计算机系统接收关于将会在QSP模型中使用的区室的信息。正如所解释的那样，区室表示受试者身体的一部分，并且通常包括至少一个靶标区室和至少一个非靶标区室。通常对区室进行选择，因为它们与确定可活化抗体的时间依赖性浓度或量(质量或密度)和/或确定相关PK/PD参数有关。QSP模型将使用区室在受试者身体的区域之间提供边界，在所述区域中，可活化抗体受到不同环境的影响，因此会提供不同的反应和/或反应条件。可活化抗体可以经由物理转运机制(诸如扩散、灌注和/或主动转运)在区室间移动。此外，即使没有此类质量转运机制，区室中可活化抗体的浓度也可能由于渗透、降解(细胞外或细胞内)或抗体不一定会在区室间通过的其它被动或主动机制而变化。
在限定了该示例性实施方案中的区室的情况下，接下来系统接收每个区室中药理学相关种类的特性。参见操作#120，其中计算机系统接收该信息。选择这些种类，是因为它们影响可活化抗体的时间依赖性浓度或量。通常，可活化抗体是一个这样的种类。其它种类包括由于可活化抗体的一个或两个前结构域去掩蔽而产生的各种种类的活化抗体，去掩蔽可能是由裂解剂对CM的裂解和/或MM的构象去掩蔽而引起的。例如，如图1A的示意图所示，将可活化抗体描绘为具有两个连接的前结构域的完整种类(项目编号1，显示椭圆形附接并掩蔽两条臂，如上部三个构型所示)。该图还示意性地描绘了不同种类的活化抗体，包括具有一个构象上去掩蔽的前结构域的活化抗体(项目编号2)，具有两个构象上去掩蔽的前结构域的活化抗体(项目编号3)，去除了一个前结构域(例如，通过从可活化抗体上裂解而去除)的活化抗体(项目编号4)，去除了一个前结构域(例如，通过从可活化抗体上裂解而去除)并具有一个构象上去掩蔽的前结构域的活化抗体(项目编号5)，以及去除了两个前结构域(例如，通过从可活化抗体上裂解而去除)的活化抗体(项目编号6)。
靶标区室中的其它药理学相关种类包括通常为抗原的靶标的种类以及与各种上述种类的活化抗体结合的靶标的量。在一些靶标区室中，诸如当靶标区室是肿瘤区室时，药理学相关种类包括可活化抗体前结构域的蛋白酶或其它裂解剂的升高的水平和/或活性。QSP模型不一定假设所有区室中都存在所有种类或可活化抗体或活化抗体。例如，该模型可以假设在非靶标区室或外周或非肿瘤靶标区室中不存在蛋白酶。操作#120还可以包括指定一个或多个种类的浓度值。如果假设某一种类的浓度在该模型表示的持续时间内发生变化，则可以将浓度作为初始值提供。然而，如果假设该种类的浓度在整个持续时间内没有变化，则将浓度作为常数提供；例如，可以将靶标或非靶标区室中的抗原和/或蛋白酶的浓度假设为常数。
鉴定出区室和每个区室中的相关种类的情况下，计算机系统接收到一组表示区室中所述种类的质量转移和/或反应的关系式。参见操作#130。这些关系式可以包括速率常数、平衡常数、一个或多个种类的浓度等。在某些实施方案中，这些关系式中的一个或多个提供了由于特定的物理现象(例如，区室间驱动的质量转移或区室内的反应)而引起的某一种类的积聚或消耗的速率。在一些实施方案中，所述关系式中的一个或多个是两个或更多个种类的浓度之比或这些种类的产物之比(例如，平衡常数或分配系数)。在某些实施方案中，计算机系统获得这些关系式的参数，诸如速率常数。下面提供了这些参数的来源的实例以及确定这些参数的方法。
在接收到关系式的情况下，计算机系统使用速率常数、种类浓度和关系式的任何其它组成部分来生成一组表达式，计算系统可以使用该组表达式来执行QSP模型。参见操作#140。在某些实施方案中，该操作包括将来自该组关系式的信息组织成向量、矩阵、张量、指定的数据结构，和/或计算机系统可用于计算在限定的持续时间内一个或多个种类的时间依赖性浓度的其它构造。该组表达式通常是表征区室内种类的方程式或其它数学式的计算机可用表示。在某些实施方案中，该组表达式包括表示一个或多个区室的一个或多个微分方程的表达式。在某些实施方式中，操作#130和#140一起进行。换句话说，计算机系统直接接收该组表达式，而无需先将操作#130的关系式转换为一组计算机更可用的表达式。
在提供了该组表达式的情况下，计算机系统以准备好执行的形式用该组表达式对特定的计算系统进行编程。参见操作#150。在一些情况下，用于生成QSP模型的计算机系统与编程为执行该模型的特定计算系统相同。在其它情况下，这两个系统在物理上或逻辑上是不同的。操作#150的编程允许计算系统在提供有适当的初始条件(药理学条件)或其它信息时执行QSP模型。
在操作#110、#120、#130和/或#140中接收指令或数据是指由生成QSP模型的计算机系统执行的动作或对生成QSP模型的计算机系统的动作。这些动作可包括将信息输入和/或存储在存储器中，该存储器可由负责用构成QSP模型的指令和数据对计算系统进行编程的处理器访问。人类用户可间接负责使指令和/或数据传输到计算系统中可用于对QSP模型进行编程的部分。
图2B呈现了使用QSP模型测定施用给受试者的可活化抗体的处置和/或活性的示例方法的流程图。该方法用参考数字#200表示并且以操作#210开始，其中访问在执行QSP模型中所使用的计算系统或以其它方式使其可用于执行。在某些实施方案中，使用遵循图2A的过程的方法来生成QSP模型。无论如何，计算系统都用表示涉及受试者的一个或多个区室中的可活化抗体的质量转移和/或反应的表达式进行编程。
在QSP模型可用的情况下，计算系统可以接收和/或输入以预测可活化抗体和/或活化抗体的浓度和/或PK/PD特征的方式执行该模型所需的各种数据和/或命令。例如，计算系统可以接收和/或输入特定可活化抗体或活化抗体的所特有的特性。参见操作#220。此类特性的实例包括可活化抗体和/或活化抗体组分的生化特征；例如，AB的靶标结合特征、MM的掩蔽强度以及CM对蛋白水解裂解的易感性。该信息可以以各种形式提供，诸如亲和力常数、裂解速率常数等。
在某些实施方案中，不进行操作#220。可能是这样的情况：仅针对单一类型的可活化抗体设计或使用QSP模型，将该可活化抗体的生化特性纳入生成的QSP模型中。然而，当生成QSP模型以处理多种类型的可活化抗体时，该模型可用于确定对可活化抗体的重新设计或适度变化可如何影响受试者体内可活化抗体和/或活化抗体的PK/PD特性。
在操作#230中，计算系统接收或输入将要施用可活化抗体的受试者的状况。正如本文其它地方所解释的那样，此类状况有时称为内部参数，并且包括诸如受试者的质量和受试者中的肿瘤或其它靶标区室的特征之类的信息。可以通过对受试者进行一项或多项测试或测量来收集内部参数。例如，可以从活检和/或断层扫描中收集肿瘤的特征。
在操作#240中，计算系统接收或输入与向受试者施用可活化抗体相关的一种或多种药理学条件。此类药理学条件有时称为外部参数。正如本文所解释的那样，此类参数涉及受试者的治疗，并且它们可以包括关于如何将可活化抗体施用于受试者的各种详情；例如，在治疗方案中的剂量。
在内部参数和外部参数可用的情况下，该QSP模型即准备好执行。执行在图2B的操作#250中进行了描绘并且涉及对经由操作#230、#240以及任选地#250接收到的数据进行各种数学或数值运算。数学或数值运算遵循以下指令进行，所述指令例如用于对诸如图2A的操作#140中生成的一组表达式求解。
在执行期间或执行之后，计算系统输出与受试者的一个或多个区室中的可活化抗体和/或活化抗体的分布和/或活性相关的值。参见操作#260。这些值可以是所述区室(例如，血浆区室、外周区室和靶标区室)中的一种或多种中的可活化抗体浓度和活化抗体种类浓度或其量的时间依赖性表示。在某些实施方案中，所述值是PD或PK参数，诸如：靶标区室中各种种类的可活化抗体的靶标占有率；外周区室中各种种类的活化抗体的靶标占有率；治疗窗；靶标区室中靶标介导的药物处置；外周区室中靶标介导的药物处置；血浆区室中靶标介导的药物处置；靶标区室中各种种类的活化抗体和/或可活化抗体的浓度；血浆区室中各种种类的活化抗体和/或可活化抗体的浓度；和外周区室中各种种类的活化抗体和/或可活化抗体的浓度。
各种类的详情
可活化抗体的详情
正如本文所解释的那样，完整形式的可活化抗体是其中前结构域化学连接至抗体并且MM掩蔽抗体结合元件的种类。与亲本抗体相比，完整的可活化抗体与其靶标的结合亲和力较低。活化抗体的种类包括完全裂解的活化抗体(两个前结构域均从抗体上裂解)和部分裂解的活化抗体(一个前结构域与抗体连接而另一个前结构域从抗体上裂解)。此外，未裂解或部分裂解的可活化抗体或活化抗体可经历“呼吸”，其中连接至抗体臂的前结构域经历构象变化，该构象变化改变了MM抑制抗体与靶标的结合的程度。如本文所述，与完整的可活化抗体对靶标的结合亲和力相比，各种种类的活化抗体对与其特异性靶标的结合亲和力的抑制作用降低。
图1中提供了涉及可活化抗体和活化抗体种类的相互作用的示意图。将可活化抗体描绘为具有两个相连的前结构域的完整种类(项目编号1，显示椭圆形附接并掩蔽两条臂，如上部三个构型所示)，并且描绘了随后的不可逆裂解反应的连续阶段。第一和第二裂解反应产生单裂解的活化抗体种类(项目编号4和5；中间层)，随后产生双裂解的活化抗体(项目编号6；左下)。另外，该图示出了可逆性呼吸反应，反映了掩蔽体与抗体的结合。示出了除双裂解的亲本抗体以外的所有种类的呼吸构象。因此，该图示意性地描绘了不同种类的活化抗体，即具有一个构象上去掩蔽的前结构域的活化抗体(项目编号2)，具有两个构象上去掩蔽的前结构域的活化抗体(项目编号3)，去除了一个前结构域(例如，通过从可活化抗体上裂解而去除)的活化抗体(项目编号4)，去除了一个前结构域(例如，通过从可活化抗体上裂解而去除)并具有一个构象上去掩蔽的前结构域的活化抗体(项目编号5)，以及去除了两个前结构域(例如，通过从可活化抗体上裂解而去除)的活化抗体(项目编号6)。
具有两个MM的完整的可活化抗体种类掩蔽抗体结合元件，该抗体结合元件与亲本抗体相比以更低的结合亲和力结合靶标。去除了一个前结构域而另一个结合域被掩蔽的活化抗体，以及仅一个结合元件在构象上去掩蔽的活化抗体表现出与靶标的单价结合。图1对角线上的种类是具有呼吸和/或裂解反应的组合的可活化抗体，所述组合导致两条臂均可用于二价结合。可逆性呼吸事件(用双向箭头表示)和不可逆性裂解反应(用单向箭头表示)都可以在模型中捕获。
靶标的详情
在本公开的许多实施方案中，靶标是由本文所述的可活化抗体和活化抗体的亲本抗体特异性结合的抗原。有时将术语靶标扩展为包括不成比例地表达靶抗原的组织、器官、肿瘤等。在QSP模型的背景下，靶标在靶标区室中存在的量高于非靶标区室。QSP模型中的靶标区室包括例如肿瘤区室和外周区室两种。在该模型的一些实施方案中，肿瘤和外周区室都具有相同稳态量的可用于结合的靶标。在该模型的一些实施方案中，肿瘤和外周区室可具有不同稳态量的可用于结合的靶标，这可能是由于靶标合成的差异、靶标回收的差异或两者的差异所致。在靶向癌症的可活化抗体的背景下，靶标通常是与待治疗的肿瘤强烈相关的抗原。在一些实施方案中，靶标可以是与非癌适应症相关的抗原。
在某些实施方案中，QSP模型考虑到了一个或多个区室中的靶标数量。靶标浓度可能因区室而异。在某些实施方案中，将区室中的靶标浓度视为常数。在某些实施方案中，靶标浓度随时间变化。QSP模型可以各种方式对靶标浓度进行考虑。例如，预期的恒定靶标浓度可以纳入与一个种类的活化抗体结合的速率常数的值。或者，时变性靶标浓度可显式地出现在影响可活化抗体种类的处置或结合的速率表达式中。当使用时变性靶标浓度时，QSP模型可以呈现出靶标的表达速率、靶标的内吞速率，和/或任何特定区室(通常至少是靶标区室)内的再生速率。虽然本说明书已经提到靶标“浓度”，但是区室中靶标的量可以以其它方式反映，诸如通过总量(质量或摩尔量)反映。
蛋白酶的详情
正如本文所解释的那样，在可活化抗体或某些种类的活化抗体中与亲本抗体连接的前结构域可包括可用作裂解剂底物的CM。在一些实施方案中，该裂解剂是一种或多种靶标相关的蛋白酶；然后，相对于靶标中的其它位置在靶标附近优先裂解前结构域并释放，导致可活化抗体在预期作用部位局部活化，随后在非临床模型中的治疗指数增强。QSP模型可以显式或隐式地处理区室内的裂解剂(诸如蛋白酶)的量。如果进行显式处理，则蛋白酶的量作为恒定量或时变量存在于区室的关系式中。例如，蛋白酶的浓度可以存在于从可活化抗体裂解前结构域的速率表达式中。可替代地，蛋白酶的浓度可影响速率常数或其它影响特定区室中可活化抗体的处置的参数的值。
区室的详情
QSP模型将限定区室以在受试者身体的区域之间提供边界，在所述区域中，可活化抗体和活化抗体种类受到不同环境的影响，因此会提供不同的反应和/或反应条件。例如，一个区室可以包含相对高浓度的靶标(例如，抗原)和用于接头/底物的蛋白酶。不同的区室可能含有相对低浓度的这些种类，或者以反应性较低的形式(例如，嵌入细胞外基质中的形式)包含这些种类。通常针对模型选择区室，因为它们与确定可活化抗体的时间依赖性浓度或量(质量或密度)和/或确定相关PK/PD参数有关。
虽然QSP模型中的区室在受试者身体区域之间提供了边界，但这些模型通常设计成考虑到了可活化抗体和活化抗体种类经由物理转运机制(诸如扩散、灌注和/或主动转运)在区室之间的移动。此外，即使没有此类质量转运机制，区室中可活化抗体或活化抗体的浓度也可能由于渗透或抗体不一定会在区室间通过的其它机制而变化。
在某些实施方案中，QSP模型包括至少一个靶标区室和至少一个非靶标区室。与至少一个其它区室相比，靶标区室可以具有更高浓度或量的靶标。或者靶标区室可以表示受试者体内含有肿瘤或其它有害特征的环境；即，靶标区室是可活化抗体旨在减少疾病或其它有害作用的影响的区域。在某些实施方案中，靶标区室不是具有最高靶标浓度的区室，但是它确实含有选择性激活可活化抗体的环境；例如，它含有高浓度的将MM从可活化抗体上裂解的蛋白酶。
在一些情况下，非靶标区室是施用可活化抗体的区室。有时将此类区室称为“中央”区室。在一个实例中，非靶标区室是血浆区室。
在某些实施方案中，QSP模型采用三个或更多个区室。可以存在一个靶标区室和两个或更多个非靶标区室。例如，可以存在中央区室(可以是血浆区室)和“外周”区室，“外周”区室表示受试者中的一个或多个非靶标器官或组织。外周区室可以是生理性的，也可以不是生理性的；例如，它可以含有多个非靶标器官/组织，或甚至一个器官或组织的子集。
在一些情况下，区室不会直接映射到真实的生物系统。例如，区室映射到可活化抗体或活化抗体种类的PD/PK相关活性或处置的占位符。占位符可能是生物体中位置或功能未知的。
在图2(b)中描绘了QSP模型的区室排列的实例。所描绘的排列包括血浆区室、外周区室和肿瘤区室。同时，全部六种形式/种类的可活化抗体都分布到血浆区室、外周区室和肿瘤区室。在外周区室和肿瘤区室中，可活化抗体或活化抗体的子集可参与单价(1)或二价(2)结合，分别取决于呼吸或裂解的结合位点的数量。外周区室(3)中循环的可活化抗体和活化抗体以及未结合的可活化抗体和活化抗体，以及内化的可活化抗体和活化抗体(5)可以全部消除。可用于被可活化抗体和活化抗体结合的靶标(4)的量由区室中靶标的表达速率和内化速率决定。
反应和转运详情
正如所解释的那样，QSP模型使用质量转移和影响每个区室中的可活化抗体和活化抗体种类的浓度的反应的各种关系式和其它详情。例如，QSP模型可以基于可活化抗体和活化抗体的呼吸、裂解、血浆消除、组织和肿瘤生物分布、受体结合和/或受体-药物复合物内吞作用的机制。在某些实施方案中，用0阶、1阶和2阶质量作用关系式对反应进行建模。
在某些实施方案中，首先将可活化抗体描绘为具有两个前结构域的完整部分，其随后的不可逆裂解反应的连续阶段的特征在于捕获了底物蛋白水解速率和蛋白酶浓度的伪一阶反应速率常数k裂解(s-1)。第一和第二裂解反应分别产生单裂解的活化抗体种类，随后产生双裂解的亲本活化抗体。另外，在某些实施方案中，除了双裂解的亲本活化抗体之外的所有抗体都包括反映掩蔽体与亲本抗体的结合的可逆性呼吸反应。在一些实施方式中，呼吸反应以掩蔽体闭合(k闭合，s-1)和打开(k打开，s-1)的一阶速率常数的比率(K掩蔽)表示。可以将两个掩蔽体都闭合的可活化抗体种类建模成使其不与靶标结合，但是可以将一个掩蔽体闭合的单裂解活化抗体和一个掩蔽体打开的完整活化抗体都视为表现出与靶标单价结合。在某些实施方案中，如图1(b)中所描绘的，使所述种类的可活化抗体和活化抗体分布到血浆区室、外周区室和肿瘤区室。在某些实施方案中，假设所有游离的可活化抗体和活化抗体种类以相同的一阶速率常数k消除(s-1)从血浆区室中消除。该模型可以允许血浆区室中的可活化抗体和活化抗体种类分别以区室间转运速率常数k12(s-1)和k21(s-1)与外周区室平衡。该模型还可以允许血浆的可活化抗体和活化抗体种类分别以区室间转运速率常数k13(s-1)和k31(s-1)进一步分布到肿瘤区室。在一些实施方式中，常数k13(s-1)和k31(s-1)是从血浆与肿瘤的稳态可活化抗体和活化抗体浓度比(分配系数，p)以及血浆至肿瘤的灌注速率(Q(s-1))得到的。在外周区室和肿瘤区室中，单价和二价活化抗体种类可以分别以正向速率kon1(nM- 1s-1)，kon1和kon2(nM-1s-1)，和反向速率常数koff1(s-1)结合靶标。在某些实施方案中，kon2是在亲合力没有影响的假设下估计的(即，kon1＝kon2)。在外周和肿瘤中的靶标表达均可以分别由靶标合成和内吞速率常数ksynR(nmol s-1)和kendo(s-1)控制。在某些实施方式中，如下得到常数k13(s-1)和k31(s-1)，其描述了血浆与肿瘤比PT和肿瘤灌注速率QT(s-1)。
k13＝QTPT/(PT+V1/V2)
k31＝QT/(1+PTV2/V1)
以下是可以在QSP模型中使用的关系式的实例。在某些实施方案中，QSP模型采用这些关系式中的任何一个或多个。在某些实施方案中，QSP模型采用这些关系式中的任何两个或更多个。
产生裂解的活化抗体(AA)的速率(一阶)：
d[AA裂解的]/dt＝k裂解[AA未裂解的]
当然，这些表达式中可能有两种，一种是产生部分裂解的AA的表达式，第二种是产生完全裂解的AA的表达式。
“呼吸”构象的平衡(一阶)：
K掩蔽＝[k闭合/k打开]
从血浆(或其它区室)中消除(一阶)：
d[AA]/dt＝k消除[AA]
在任何给定的区室中，未裂解、部分裂解和完全裂解的三种AA中的每一种都存在这些表达式中的一种。
从任何一个区室到不同区室的质量转移(一阶)：
d[AA]/dt＝k12[AA]
在该表达式中，1和2表示两个不同的区室。三种AA种类中的每一种都可以存在单独的质量转移表达式。
AA与靶标的结合(二阶)：
d[AA]/dt＝-kon[AA][抗原]
在靶标区室和外周区室中的每一个中，单价(部分裂解的)和二价(完全裂解的)AA可以存在单独的表达式。
结合的AA从靶标释放(一阶)：
d[AA]/dt＝koff[AA结合]
靶标表达(零阶)：
d[抗原]/dt＝ksynR
靶标内吞作用(一阶)：
d[抗原]/dt＝-kendo[抗原]
计算系统中表示QSP模型的表达式
正如所讨论的那样，本公开的QSP模型执行表示数学表达式的指令，所述数学表达式表征每个区室中的一个或多个种类。数学表示作为每个区室中所述种类的关系和数量的一组表达式提供。在一些实施方式中，每个区室具有一个或多个单独的数学表达式，区室中所考虑的每个种类有一个数学表达式。所述表达式对应于控制关系，诸如上述的反应和转移现象。数学表示可以包括足以表示或预测(通过计算)感兴趣的区室中感兴趣的组分的时变浓度的所有信息。
例如，血浆区室可具有表示每个种类的可活化抗体和活化抗体(未裂解的、部分裂解的和完全裂解的)的反应和转运的数学表达式。同样地，靶标区室可以具有表示靶标、裂解剂(诸如蛋白酶)以及每个种类的可活化抗体和活化抗体的反应和转运的数学表达式。同样地，外周区室可以具有表示每个种类的可活化抗体和活化抗体的反应和转运的数学表达式。换句话说，如果要对靶标区室中未裂解的可活化抗体和活化抗体、部分裂解的活化抗体、完全裂解的活化抗体和靶标进行建模，则为靶标区室提供至少四个单独的数学表达式，靶标区室中每个种类提供一个数学表达式。
在某些实施方案中，数学表达式是微分方程，其提供了特定区室中感兴趣的种类的时间依赖性表示。微分方程可以包括速率常数或影响特定区室中感兴趣的种类的浓度或量的其它参数的向量和/或矩阵。在一些情况下，微分方程由以下方程表示：
Figure BDA0002739190770000171
在该表达式中，x是种类的浓度或数量，t是时间，k是零阶速率常数的向量，A是一阶速率常数的n×n矩阵，并且B是二阶速率常数的n×n矩阵。
在这些和其它实施方式中，通常通过数值手段同时求解各个区室中组分浓度的各个微分方程或其它数学表示，以提供每个区室中每种组分的时间依赖性值。在一个实例中，使用KroneckerBio版本0.4实施QSP模型，该版本是开源软件并且保持在以下网站上：github.com/kroneckerbio。作为另一个实例，使用MATLAB版本2015b(Mathworks,NatickMA)进行模拟运行、参数估计和参数扫描。
为了求解时间依赖性浓度，不但需要速率常数和有关反应和转运的其它信息(例如，经由编程到计算系统中的微分方程)，而且还需要一组受试者特有的参数。这些包括内部参数和外部参数。内部参数是受试者特有的并且在治疗该受试者的医师或临床医生的控制范围之外的参数。外部参数是受医师或临床医生控制的参数。内部参数的实例包括受试者的质量以及受试者特有的区室特征。对于靶标区室，相关参数的实例包括肿瘤的大小和靶标的浓度或生成速率。外部参数的实例包括所施用的可活化抗体的剂量、该可活化抗体的剂量频率、与该可活化抗体同时施用的其它药物等。
因此，在一些实施方式中，在逐个区室的基础上，用表示可活化抗体种类以及可能其它种类的活性和/或处置的数学表达式对计算系统进行编程。以这种方式编程的计算系统可以接收各种内部参数和/或外部参数作为输入，然后执行QSP模型以求解可活化抗体种类以及可能其它种类的时变浓度。在各种区室中这些各种组分的时变浓度下，可以生成各种药代动力学和药效学参数。这些参数的实例包括以下：靶标区室中可活化抗体的靶标占有率；外周区室中活化抗体和/或可活化抗体的靶标占有率；治疗窗；靶标区室中靶标介导的药物处置；外周区室中靶标介导的药物处置；血浆区室中靶标介导的药物处置；靶标区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；血浆区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；和外周区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度。
获得对QSP模型进行编程所需的速率常数和其它参数
可以从各种来源(包括文献参考和通过实验进行的校准)获得编程到QSP模型中(例如，包含在用于数值求解的常微分方程中)的速率常数和其它参数。校准可以在体外或体内进行。
在某些实施方案中，通过至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的可活化抗体浓度的时变值来完成确定消除或区室间转运的质量转移速率常数。类似地，在某些实施方案中，通过至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的可活化抗体浓度的时变值来完成确定抗体结合、裂解等的反应速率常数。这些确定可以单独针对活化抗体和/或可活化抗体进行。
在一些实施方案中，确定表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移或反应的速率常数或其它参数涉及应用目标函数来评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的可活化抗体和/或活化抗体的浓度的时变值。在一些实施方式中，目标函数是对数似然函数。
所公开的计算实施方案的背景
本文公开的某些实施方案涉及用于生成和/或使用QSP模型的系统。本文公开的某些实施方案涉及用于生成和/或使用在此类系统上实施的QSP模型的方法。用于生成QSP模型的系统可以配置为分析数据，以校准用于表示受试者中可活化抗体的活性和处置的表达式或关系式。在此类校准中，该系统可以测定表征受试者中的可活化抗体的速率常数或其它参数值。用于生成QSP模型的系统还可以配置为接收数据和指令，诸如表示受试者的一个或多个区室中的物理过程的程序代码。以这种方式，在此类系统上生成QSP模型或对其进行编程。用于使用QSP模型的编程系统可以配置为(i)接收输入，诸如表征受试者的药理学条件，以及(ii)执行确定受试者的一个或多个区室中的可活化抗体的处置和/或活性的指令。为此，该系统可以计算所述一个或多个区室中可活化抗体的时间依赖性浓度。
具有各种计算机体系结构中的任何一种的多种类型的计算系统可以用作公开的系统，用于实施QSP模型和用于生成和/或校准此类模型的算法。例如，该系统可以包括在一个或多个通用处理器或特别设计的处理器诸如可编程逻辑设备(例如，现场可编程门阵列(FPGA))上执行的软件部件。此外，该系统可以在单个设备上实施或分布在多个设备上。计算元件的功能可以相互合并，或者可以进一步拆分为多个子模块。
在一些实施方案中，在适当编程的系统上生成或执行QSP模型期间执行的代码可以以软件元件的形式体现，该软件元件可以存储在非易失性存储介质(诸如光盘、闪存设备、移动硬盘等)中，包括用于制造计算机设备(诸如个人计算机、服务器、网络设备等)的许多指令。
在一个层面上，软件元件作为由程序设计员/开发人员准备的一组命令来实施。然而，可由计算机硬件执行的模块软件是使用从设计到硬件处理器中的特定机器语言指令集或“本机指令”中选择的“机器代码”提交到存储器的可执行代码。机器语言指令集或本机指令集是硬件处理器已知的，并且基本上内置于硬件处理器中。这是系统和应用程序软件与硬件处理器进行通信的“语言”。每个本机指令都是处理体系结构识别的离散代码，并且所述离散代码可以指定用于算术、寻址或控制功能的特定寄存器；特定的存储器位置或偏移量；以及用于解释操作数的特定寻址模式。通过组合这些简单的本机指令可以建立更为复杂的操作，这些本机指令可以依次执行，或者另外通过控制流指令指导。
可执行软件指令和硬件处理器之间的相互关系是结构性的。换言之，指令本身是一系列符号或数值。它们本质上不会传达任何信息。它是处理器，通过设计将其预先配置为解释符号/数值，从而赋予指令以意义。
本文所用的模型可以配置为在单个位置的单台机器上，在单个位置的多台机器上或在多个位置的多台机器上执行。当采用多台机器时，各台机器可以针对其特定任务定制。例如，需要大量代码块和/或较大的处理能力的操作可以在大的和/或固定的机器上实施。此类操作可以在远离获取样品或输入数据的部位的硬件上实施；例如，在通过网络连接到捕获样品图像的现场设备的服务器或服务器场上实施。可以在现场用于临床评价的便携式或移动设备上实施计算量较小的操作。
另外，某些实施方案涉及有形和/或非暂时性计算机可读介质或包括用于进行各种计算机实施的操作的程序指令和/或数据(包括数据结构)的计算机程序产品。计算机可读介质的实例包括但不限于半导体存储设备、相变设备、磁性介质(诸如磁盘驱动器、磁带)、光学介质(诸如CD)、磁光介质以及特别是配置为存储和执行程序指令的硬件设备，诸如只读存储设备(ROM)和随机存取存储器(RAM)。计算机可读介质可以由终端用户直接控制，或者所述介质可以由终端用户间接控制。直接控制的介质的实例包括位于用户设施处的介质和/或未与其它实体共享的介质。间接控制的介质的实例包括用户可以经由外部网络和/或经由提供共享资源的服务(诸如“云”)间接访问的介质。程序指令的实例包括机器代码(诸如由编译程序生成的机器代码)和包含可以由计算机使用解释程序执行的更高级别代码的文件。
在各种实施方案中，以电子格式提供在所公开的方法和装置中采用的数据或信息。此类数据或信息可能包括与向受试者施用可活化抗体相关的药理学条件、受试者的内在特征、模型参数(诸如速率常数)、PK/PD结果等。如本文所用，以电子格式提供的数据或其它信息可用于存储在机器上以及在机器之间传输。常规地，以数字形式提供电子格式的数据，并且可以将其作为比特和/或字节存储在各种数据结构、列表、数据库等中。所述数据可以电子、光学等方式体现。
在某些实施方案中，QSP模型可以各自视为与用户和系统软件连接的应用软件的形式。系统软件通常与计算机硬件和相关存储器连接。在某些实施方案中，系统软件包括操作系统软件和/或固件以及系统中安装的所有中间件和驱动程序。系统软件提供了计算机的基本非任务特定功能。相反，模块和其它应用程序软件用于完成特定任务。模块的每个本机指令都存储在存储设备中，并用数值表示。
图7中描绘了示例计算机系统800。如图所示，计算机系统800包括输入/输出子系统802，其可以实现用于与人类用户交互的接口和/或其它取决于应用程序的计算机系统。本发明的实施方案可以在具有I/O子系统802的系统800上的程序代码中实施，I/O子系统802用于接收来自于人类用户的输入程序语句和/或数据(例如，经由GUI或键盘)并将其显示回给用户。I/O子系统802可以包括例如键盘、鼠标、图形用户界面、触摸屏或其它用于输入的界面，以及例如LED或其它平面显示器或其它用于输出的界面。本公开的实施方案的其它元件，诸如下单引擎208，可以用类似于计算机系统800的计算机系统来实现，但是，该计算机系统可能没有I/O。
程序代码可以存储在诸如永续性储存体810或存储器808或两者的非暂时性介质中。一个或多个处理器804从一个或多个非暂时性介质中读取程序代码，并执行该代码以使计算机系统能够完成通过本文的实施方案所进行的方法，诸如涉及生成或使用如本文所述的QSP模型的那些方法。本领域的技术人员将理解，处理器可以接受源代码，诸如用于执行训练和/或对操作进行建模的语句，并将源代码解释或编译为在处理器的硬件门水平上可以理解的机器代码。总线耦联I/O子系统802、处理器804、外周设备806、存储器808和永续性储存体810。
结果/实施例
实施例1：食蟹猴中抗CD166可活化抗体(AA)的药代动力学(PK)研究
在该示例性研究中，将抗CD166抗体试验品施用于食蟹猴试验受试者，并生成了示例性药代动力学(PK)数据。CD166也称为分化簇166、活化的白细胞粘附分子(ALCAM)和/或MEMD。CD166是癌症治疗中引人注目的靶标的一个实例，因为它在许多肿瘤类型中都高度且同源性表达，但是它在正常组织中的表达对于传统mAb来说将是成问题的。因此，将抗CD166抗体修饰为抗CD166可活化抗体可以在患者安全性和功效方面提供益处。
这些示例性数据可以用于告知本公开的QSP模型在分子种类水平和区室水平上具有不同底物(分别命名为S1和S2)和掩蔽体(分别命名为M1和M2)的抗CD166可活化抗体。
在该研究中，将亲本抗CD166抗体命名为CD166-mAb(0,0)，其轻链具有SEQ ID NO:207的可变轻链结构域(VL)并且其重链具有SEQ ID NO:206的可变重链结构域(VH)。将抗CD166活化抗体命名为：CD166-AA(M1,S1)，其轻链具有SEQ ID NO:212的VL并且其重链具有SEQ ID NO:206的VH；CD166-AA(M1,S2)，其轻链具有SEQ ID NO:214的VL并且其重链具有SEQ ID NO:206的VH；CD166-AA(M2,S1)，其轻链具有SEQ ID NO:211的VL并且其重链具有SEQ ID NO:206的VH；以及CD166-AA(M2,S2)，其轻链具有SEQ ID NO:213的VL并且其重链具有SEQ ID NO:206的VH。M1和M2是指不同的掩蔽部分(MM)，并且S1和S2是指不同的可裂解部分(CM)。命名为CD166-AA(M2,0)的第六试验品是MM为M1但缺少可裂解部分的抗CD166可活化抗体(轻链具有SEQ ID NO:215的VL并且重链具有SEQ ID NO:206的VH)。
第1天，通过缓慢静脉团注将六种试验品中的每一种施用于两只单独的食蟹猴(1只雄性、1只雌性)。每种试验品的剂量水平包括3mg/kg、5mg/kg和10mg/kg。在不同时间点测量受试者血清中抗CD166试验品的水平，直至施用后21天。使用基于夹层的比色ELISA方法测定来自PK研究的食蟹猴肝素锂血浆样品中的可活化抗体和抗体浓度。ELISA方法利用山羊抗人IgG(H+L)充当捕获抗体。通过固定化山羊抗人IgG(H+L)捕获标准品、质量控制(QC)样品和研究样品中的试验品。将辣根过氧化物酶(HRP)标记的山羊抗人IgG(H+L)连同检测试剂3,3’,5,5’-四甲基联苯胺(TMB)一起用于检测捕获的抗CD166原抗体(Probody)。
如图3A、图3B和图3C中所示，示出了在施用后的指定时间点，在食蟹猴中观察到的指定试验品的PK。图3A、图3B和图3C分别作为空心点示出了3mg/kg、5mg/kg和10mg/kg剂量的PK(试验品的总量)。
基于可活化抗体呼吸、裂解、一阶血浆消除、组织和肿瘤的生物分布、受体结合以及受体和受体-药物复合物内吞作用的已知机制，开发了本公开的QSP模型。用0阶、1阶和2阶质量作用反应对所有反应进行建模。
所有模型均使用KroneckerBio版本0.4实施。使用MATLAB版本2015b(Mathworks,Natick MA)进行模拟运行、参数估计和参数扫描。KroneckerBio是开源软件并且保持在https://github.com/kroneckerbio上。用于这些模拟的KroneckerBio版本在使用前经过测试，并由Applied BioMath(Lincoln,MA)存档。Kroneker将系统描述为具有以下形式的一组常微分方程：
Figure BDA0002739190770000201
其中k是0阶速率常数的向量，A是1阶速率常数的n×n矩阵，并且B是2阶速率常数的n×n矩阵。这些矩阵的值作为补充材料提供。
针对每种不同的可活化抗体分子的每个PK数据集校准本公开的QSP模型。对所有六种分子同时进行估计，假设分子间生理模型参数(血浆体积、靶标表达等)是恒定的，并且描述共同分子特征的参数(打开或裂解的原抗体的单价结合亲和力、一阶消除速率、中心到外周的分配速率)也是恒定的。使用以高斯对数似然函数进行的贝叶斯方法，同时估计描述分子间差异的参数(掩蔽强度和裂解速率)。简言之，对K掩蔽和k裂解的一系列参数值运行模拟。将模拟与数据进行比较，并计算对数似然函数。表1中示出了在本公开的QSP模型中使用或确定的示例性参数。
表1：猴子QSP模型中的示例性参数
Figure BDA0002739190770000202
表1和表2的参考文献：
(1)Dong JQ,Salinger DH,Endres CJ,Gibbs JP,Hsu CP,Stouch BJ,et al.“Quantitative prediction of human pharmacokinetics for monoclonal antibodies:retrospective analysis of monkey as a single species for first-in-humanprediction.”Clin Pharmacokinet.2011；50(2):131-42.
(2)Davies B,Morris T.“Physiological parameters in laboratory animalsand humans.”Pharm Res.1993；10(7):1093-5.
(3)Lauffenburger DA,Linderman JJ.Receptors models for binding,trafficking,and signaling.1993.
接下来，对本公开的QSP模型进行校准以符合所观察到的食蟹猴PK数据。鉴于每个分子的数据，进行参数扫描以计算K掩蔽比率和k裂解的似然性；将除K掩蔽和k裂解以外的参数设为表1的值。掩蔽体M2的边际概率产生了独立的最小值；掩蔽体M1的边际概率产生单边最小值，这表明它与非结合分子没有区别。对于亲本抗体(无掩蔽基团的CD166-mAb(0,0))，边际概率表明掩蔽强度必须非常低，这与没有掩蔽基团的分子是一致的。对于k裂解，S1和S2底物的边际概率与不可裂解的底物没有区别。同样，针对亲本抗体估计的k裂解为单边分布，只有非常高的速率是可能的，这与缺少可裂解底物的亲本抗体一致。虽然无法为可裂解底物估计唯一的k裂解，但对于k裂解<3e-7s-1的估计值，最大似然率的倒数是有界限的。
图3A、图3B和图3C建议本公开的QSP模型充分拟合为在输入评价中的剂量水平、掩蔽强度和底物上观察到的猴PK数据。最值得注意的是，在所有剂量水平上，观察到的数据均显示出QSP模型所捕获的亲本CD166-mAb(0,0)的靶标介导的药物处置(TMDD)的迹象。在3mg/kg的剂量水平，观察到的数据表明，TMDD总体上在CD166可活化抗体的处置方面的重要性降低，同时对于具有不可裂解底物的CD166可活化抗体(即，CD166-AA(M2,0))和具有最高掩蔽强度的CD166可活化抗体(CD166-AA(M2,S1)和CD166-AA(M2,S2))而言TMDD的迹象均最小化。这些总体趋势在5mg/kg和10mg/kg的剂量水平下同样明显，其中TMDD的贡献对于掩蔽强度相继升高(即M2的掩蔽强度>M1)的CD166可活化抗体而言降低；在k裂解保持固定到3e-7s-1的上限的情况下，单独通过掩蔽改变K掩蔽足以使本公开的QSP模型捕获总体趋势。
实施例2：人体中抗CD166可活化抗体(AA)的药代动力学(PK)QSP建模
在针对猴子PK数据进行校准后，使用本公开的QSP模型根据药物(例如K掩蔽和肿瘤(例如Q和RT)的一系列假设值预测人PK。相对于全身区室，也改变了肿瘤的k裂解的倍数增加以隐式捕获药物(底物稳定性)和肿瘤(蛋白酶活性)特性对PK的影响。如上表1所述，假设猴子和人之间的基本速率常数(例如k内吞、kon1、kon2、koff)和正常组织受体浓度相等；同样，假设k裂解的上限为3e-7s-1。使用体形变异测定法(allometry)对药代动力学参数k12、k21和k消除(s-1)进行定标。表2中汇总了人PK预测中使用的这些和其它参数值
表2：猴子QSP模型中的示例性参数
Figure BDA0002739190770000211
Figure BDA0002739190770000221
表2的参考文献：
(4)Parise CA,Bauer KR,Brown MM,Caggiano V.“Breast cancer subtypes asdefined by the estrogen receptor(ER),progesterone receptor(PR),and the humanepidermal growth factor receptor 2(HER2)among women with invasive breastcancer in California,1999-2004”.Breast J.2009；15(6):593-602.
(5)Ryu EB,Chang JM,Seo M,Kim SA,Lim JH,Moon WK.“Tumour volumedoubling time of molecular breast cancer subtypes assessed by serial breastultrasound”.Eur Radiol.2014；24(9):2227-35.
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图4A和图4B说明了在掩蔽结合抑制率(K掩蔽)递增的单个4.5mg/kg剂量的亲本抗CD166 mAb(0,0)和抗CD166可活化抗体之后，本公开的QSP模型对人血浆和外周的PK曲线的预测。在血浆和外周区室中，相对于总可活化抗体，亲本mAb暴露减少，并且有终末消除速率随着K掩蔽的增加而单调下降的迹象。这个观察结果与图4D一致，其中模型预测的外周摄取总体上趋向于随着K掩蔽的增加而降低，这表明随着K掩蔽的增加，外周TMDD对总体CD166可活化抗体清除的贡献降低。肿瘤区室(图4C)分别遵循随着K掩蔽的增加而增加暴露和降低终末消除速率的趋势。图4D表明增加K掩蔽与受体介导的肿瘤中的摄取的关系不是单调的，而是可以通过最优化。从图5看，在施用多个剂量的3mg/kg的CD166可活化抗体之后，本公开的QSP模型表明完整的CD166可活化抗体占血浆中总循环种类的大部分。
抗CD166可活化抗体的人PK的本公开QSP模型展示了可活化抗体相对于亲本mAb提供的增强的治疗窗，以及增加该窗的平台。例如，在猴子中在给定剂量水平下，示例性观察数据和模型预测显示相对于抗CD166可活化抗体，亲本抗CD166抗体的循环水平的暴露减少，并且进一步显示随着K掩蔽(即MM掩蔽效率)的增加而增加抗CD166可活化抗体暴露的趋势。猴子的示例性结果进一步表明，共享元件(诸如给定CM或MM)的分子可以分别通过k裂解和K掩蔽的共同估计来描述。而且，在这些实例中，本公开的QSP模型预测循环的可活化抗体逃脱与外周区室中靶标的结合，从而降低了总清除率。
在这些实例中应用于人类癌症患者的人类癌症模型中的本公开的QSP模型同样表明，相对于亲本mAb，可活化抗体的全身清除率降低，并且在外周和肿瘤中可活化抗体的暴露相应地增加。正如在猴子中所观察到的那样，模型预测的在人类中的变化显示，在人类癌症患者的QSP模型中，血浆中的可活化抗体暴露与K掩蔽相关。因此，随着K掩蔽的增加，可活化抗体的循环水平增强，这进一步预示外周和肿瘤中的可活化抗体水平(与循环水平平衡)同样随着K掩蔽的增加而增加。
本公开的QSP模型中的参数k裂解捕获了CM底物稳定性和蛋白酶活性两者。在肿瘤中相对于外周k裂解增加多倍的示例性情形下，如图6所示，示例性的QSP建模预测在肿瘤中相对于外周k裂解增加的假定倍数范围内没有来自肿瘤的裂解种类的净正通量(即裂解的活化抗体的肿瘤泄漏)。
实施例3：人体中抗PD-L1可活化抗体(AA)的药代动力学(PK)
在该临床研究中，在以各种剂量方案向受试者施用抗PD-L1可活化抗体(HC为SEQID NO:224和LC为SEQ ID NO:225)后，测定血浆中观察到的可活化抗体的水平。
在这些示例性研究中，使用经过验证的高效液相色谱串联质谱法(HPLC MS/MS)测定血浆样品中完整的和总的(即完整的加上活化的)可活化抗体(AA)水平，对于每种分析物而言所述方法的定量下限为0.657nM。使用涂有蛋白A的磁珠富集K2EDTA血浆样品中的免疫球蛋白(包括完整的和活化的可活化抗体)。用胰蛋白酶消化结合的蛋白质，并监测可活化抗体独有的两个肽片段：一个肽来自抗PD-L1可活化抗体重链，存在于完整和可活化形式的可活化抗体中(用于定量总的可活化抗体)，以及一个肽来自于前结构域，仅存在于完整形式的抗PD-L1可活化抗体中(用于定量完整的可活化抗体)。进行免疫捕获和消化步骤后，经由HPLC分析最终提取物，并使用正离子电喷雾进行MS/MS检测。
如图8A(线性)和图8B(半对数)所示，将三种不同剂量的可活化抗体(0.03mg/kg、0.1mg/kg和0.3mg/kg)以q2w方案施用于受试者，并在指定时间点使用上述方法测定完整的可活化抗体的量。下面表3中汇总了每种剂量下血浆中测得的完整可活化抗体的AUCτ和Cmax的中值和范围。
表3：抗PD-L1可活化抗体的PK数据
Figure BDA0002739190770000231
表3中的值是中值，其相应的范围在方括号([])中示出。AUCinf是评价到无穷大的曲线下面积。AUCτ是评价到给药间隔结束时的曲线下面积。Cmax是最大血浆浓度。Cmin是在τ时评估的最低血浆浓度。CL是清除率。Vss是分布容积。
在0.03mg/kg给药方案下完整AA的Cmin低于定量水平。表3中未显示的其它值当时不可用。
这些示例性结果证明，AUCinf、AUCτ和Cmax通常与剂量成比例。完整的可活化抗体的水平通常与阿特珠单抗(atezoluzimab)(抗PD-L1单克隆抗体)模型预测的水平一致(参见，如,Herbst,R.S.,等人,“Predictive correlates of response to the anti-PD-L1antibody MPDL3280A in cancer patients.”Nature第515卷(7528),第563-567页(2014))。
图8C示出了抗PD-L1可活化抗体以不同指示剂量(以mg/kg计)施用于受试者(以q2w方案施用于受试者)后的PK。使用上述方法测定每个剂量在指定时间点的完整可活化抗体的中值量。水平虚线表示所用测定法的定量下限。如图8C所示，完整的可活化抗体的血浆水平中值测量值与初始剂量相关，因此将由于施用最高剂量(30mg/kg)产生的血浆中完整AA的最高中值水平绘制为最上面的线，并且随后每条较下面的线表示由每下一个较低的剂量产生的完整AA的测得量。这些PK结果与使用本公开的模型对相同剂量下的可活化抗体的建模一致。相比之下，对亲本未掩蔽抗体(抗PD-L1)的相应建模显示了靶标介导的药物处置(TMDD)的迹象。
在另一个实例中，在向食蟹猴施用抗PD-L1可活化抗体(HC为SEQ ID NO:224并且LC为SEQ ID NO:225)之后，在单次施用20mg/kg、60mg/kg或200mg/kg的可活化抗体后，测定食蟹猴血浆中完整的和总的可活化抗体的水平。这些血浆水平是使用标准方案并使用本文所述的方法测量的。使用本公开的相应食蟹猴QSP模型对在相同施用剂量下的循环的完整可活化抗体和总可活化抗体的量进行建模。单次施用后的7天内，循环的可活化抗PD-L1抗体的完整量和总量的QSP模型和观察到的结果显示出高水平的一致性。
实施例4：人体中抗PD-L1可活化抗体(AA)的QSP建模
使用本公开的QSP模型对受试者中抗PD-L1可活化抗体(抗PD-L1 AA)的示例性PK进行建模，以测定在向受试者施用各种给药方案后随时间变化的可活化抗体的血浆浓度。
在该示例性QSP模型中，参数基于可活化抗体的已知或假定机制，而不依赖于相应可活化抗体的人PK数据。如图9A-9C所示，由每个图中绘制的点所指示的观察到的完整抗PD-L1可活化抗体(HC为SEQ ID NO:224并且LC为SEQ ID NO:225)的血浆水平的PK，与每个图中的曲线所指示的通过本公开的QSP模型所测定的PK显示出高度一致性。本公开的QSP模型还显示完整的和总的(即完整的和活化的)可活化抗体的水平将是相似的。
本公开的QSP模型的这些实例证明，例如，观察到的可活化抗体的PK与我们对QSP模型所示的可活化抗体的行为的机械理解一致。
实施例5：人体中抗PD-L1可活化抗体(AA)剂量的QSP建模
使用本公开的QSP模型对抗PD-L1可活化抗体(HC为SEQ ID NO:224并且LC为SEQID NO:225)的施用剂量与不同外周/肿瘤裂解比之间的关系进行建模，以便获得所需的肿瘤受体(或靶标)占有率。
该实施例中的QSP模型基于将观察到的抗PD-L1可活化抗体的PK数据与Herbst等人(2014)的数据拟合，如上所述，其显示了对单克隆抗PD-L1抗体PK的建模。这种拟合用于估计活化的可活化抗体的消除速率、外周/血浆区室的分布参数和PD-L1靶标表达水平，据推测这些与Herbst模型中使用的抗PD-L1单克隆抗体相同。其余QSP模型参数基于文献参考或从非临床数据得出。
如图10A中所示，使用本公开的示例性QSP模型测定在一定的裂解比范围内可活化抗体的适当施用剂量(mg/kg)以在肿瘤中获得95％的受体占有率(RO)。裂解比指示与外周区室相比在肿瘤区室中可活化抗体的相对裂解量。如图10A的示例性建模结果所示，如曲线所示，随着肿瘤/外周裂解比的增加，可活化抗体的所需施用剂量量减少。水平线指示单克隆抗体的相似模型，该单克隆抗体由于其缺乏前结构域，将不受裂解比的影响。类似地，如图10B中所示，使用本公开的示例性QSP模型测定在一定的裂解比范围内完整的可活化抗体的Cmin(mg/kg)以在肿瘤中获得95％的受体占有率(RO)。水平线指示单克隆抗体的相似模型，该单克隆抗体由于其缺乏前结构域，将不受裂解比的影响。
这些模型的结果表明，例如，目标Cmin的范围将为2至15μg/mL。例如，这些模型可用于支持临床试验中的剂量选择，并且可用于解释来自临床程序的PK数据。
在另一个实例中，使用本公开的QSP模型预测抗PD-L1可活化抗体(HC为SEQ IDNO:224并且LC为SEQ ID NO:225)在肿瘤中的受体占有率(RO)。参考图18，使用本公开的QSP模型对在向癌症患者施用3mg/kg、10mg/kg或30mg/kg的抗PD-L1可活化抗体之后的RO进行建模。图18针对给定剂量的图中的方框对应于基于外周与肿瘤中可活化抗体激活的假定相对速率(相对速率跨度为1至1x106)，通过本公开的QSP模型预测的RO范围。这些预测的RO对应于基于患者肿瘤活检计算的估计RO，对于每个给定的剂量以点指示估计RO。这些示例性结果证明，本公开的QSP模型可用于预测可活化抗体的RO。
实施例6：人体中同位素标记的抗PD-L1可活化抗体(AA)的PK的QSP建模
使用本公开的QSP模型对受试者中同位素标记的抗PD-L1可活化抗体的PK进行建模，以测定在以各种给药方案向受试者施用后随时间变化的可活化抗体的血浆浓度。
在89Zr标记的抗PD-L1单克隆抗体阿特珠单抗的先前模型中，显示低剂量的单克隆抗体从血清的清除率高。例如，低于1mg剂量的阿特珠单抗在施用后7-21天从血清中清除。因此，与1mg标记的单克隆抗体同时施用另外10mg量的“冷”(即，未标记的)单克隆抗体，以减轻标记的单克隆抗体的快速清除。
使用本公开的QSP模型，在不同的剂量下对抗PD-L1可活化抗体(HC为SEQ ID NO:224，LC为SEQ ID NO:225)的血清水平的PK进行建模，如图11A和图11B所示。在图11A中，使用QSP模型测定在施用1mg标记的单克隆抗体以及指定量(范围为1至1000mg)的未标记的单克隆抗体后，循环的89Zr标记的单克隆抗体阿特珠单抗的水平。图11A中描绘的示例性模型证明，循环的89Zr标记的单克隆抗体的水平随着共同施用的未标记抗体的量增加而增加。在图11B中，使用QSP模型测定在施用1mg标记的可活化抗体以及指定量(范围为1至1000mg)的未标记的可活化抗体后，循环的89Zr标记的抗PD-L1可活化抗体的水平。图11B中描绘的示例性模型证明，循环的89Zr标记的可活化抗体的水平不会随着共同施用的未标记抗体的量增加而明显增加。这些结果还显示，例如，与单克隆抗体相比，维持循环水平需要共同施用的未标记的可活化抗体的量较少。
如图11C和图11D所示，示例性的QSP建模结果证明，例如，如所示在将89Zr标记的抗PD-L1可活化抗体与1–1000mg未标记的可活化抗体共同施用后，QSP模型指示肿瘤区室中的标记水平随着共同施用的未标记的可活化抗体的量增加而降低(图11D)，而QSP模型所指示的外周区室中的标记量(图11C)基本上保持不变。
实施例7：抗PD-L1可活化抗体(AA)裂解的QSP建模
使用本公开的QSP模型对受试者肿瘤区室中活化的抗PD-L1可活化抗体的水平进行建模。
如图12A所示，观察到在小鼠异种移植肿瘤中形成的活化的抗PD-L1可活化抗体的量在较低的可活化抗体剂量下相对较高，指示动力学的非饱和阶段和饱和阶段。
使用本公开的QSP模型，在示例性研究中，对可活化抗体的裂解进行建模以评估蛋白酶的不同参数。在第一模型中(图12B)，以低Km(～nM范围)对蛋白酶进行建模，并且该模型证明在这种情形下，随着可活化抗体剂量的增加，蛋白酶变得被底物(即AA)饱和，从而导致完整的可活化抗体的量随着剂量的增加而增加。结果，这些较高剂量的完整可活化抗体开始与活化的可活化抗体竞争结合至靶标，并因此也与可活化抗体从肿瘤清除的机制竞争。因此，该模型证明在这种情形下，活化的可活化抗体从肿瘤区室的清除率降低，从而引起肿瘤区室中活化的可活化抗体的明显持续增加。如图12B中所示，该模型似乎与在肿瘤区室中观察到的活化的可活化抗体的量一致。
在第二模型中(图12C)，以高Km(～μM范围，是MMP和TACE酶典型的)对蛋白酶进行建模，并且该模型证明在这种情形下，完整的可活化抗体的量对于1-20mg/kg的剂量而言在线性动力学范围内。如图12C中所示，该模型似乎与在肿瘤区室中观察到的活化的可活化抗体的量不一致。
实施例8：人体中抗PD-1可活化抗体(AA)剂量的QSP建模
在该实施例中，使用本公开的QSP模型通过对抗PD-1可活化抗体(SEQ ID NO:226(重链)和SEQ ID NO:227(轻链))的施用剂量与受体结合、裂解、消除、组织和肿瘤的生物分布以及受体和受体-药物复合物内吞作用的各种机制之间的关系进行建模来估计抗PD-1可活化抗体的生物学有效剂量(BED)，以便获得所需的肿瘤受体(或目标)占有率。
在该实施例中，抗PD-1可活化抗体的估计BED基于抗PD-1单克隆抗体帕博利珠单抗的施用剂量与其靶受体占有率之间的关系的模型。对于帕博利珠单抗而言，群体PK/PD建模表明每三周施用2mg/kg和10mg/kg的帕博利珠单抗在黑素瘤患者中处于响应稳定期或接近响应稳定期。(参见，例如，Chatterjee M.S.,等人；“Population Pharmacokinetic/Pharmacodynamic Modeling of Tumor Size Dynamics in Pembrolizumab-TreatedAdvanced Melanoma.”CPT:Pharmacometrics&Systems Pharmacology(2017)6(1),第29-39页。)模拟进一步表明，相对于2mg/kg帕博利珠单抗之后的典型暴露量(即，与帕博利珠单抗相关的典型暴露量是每三周施用一次1mg/kg(q3w))，暴露量减少50％将无临床意义。可用的分析还表明在黑色瘤中接受1mg/kg至10mg/kg帕博利珠单抗的患者存在平坦的暴露-响应关系，并且该区间包括销售的2mg/kg和200mg固定剂量水平。
在该实施例中，抗PD-1可活化抗体的BED基于QSP模型估计的可活化抗体的肿瘤受体占有率(RO)，其对应于帕博利珠单抗在1mg/kg剂量水平之后的RO。80mg的BED(范围为80至240mg)是产生QSP模型估计的99.5％肿瘤RO所需的抗PD-1可活化抗体的预测剂量，该肿瘤RO是建模为遵照施用1mg/kg帕博利珠单抗的相同RO。
如本文所讨论的，开发本公开的QSP模型是为了捕获可活化抗体的受体结合、裂解、消除、组织和肿瘤的生物分布以及受体和受体-药物复合物内吞作用的已知机制。该实施例中使用的本公开的该QSP模型包括四(4)次不同的参数化。第一次和第二次参数化捕获了在抗PD-1可活化抗体和相应的抗PD-1单克隆抗体(SEQ ID NO:226(重链)和SEQ ID NO:228(轻链))之后的食蟹猴PK数据。抗PD-1单克隆抗体具有与抗PD-1可活化抗体相同的重链和轻链序列，但前者缺少前结构域。第三次和第四次参数化分别对应于施用帕博利珠单抗和抗PD-1可活化抗体之后的人类模型，并且在以下分别称为“人帕博利珠单抗QSP模型”和“人抗PD-1可活化抗体QSP模型”。抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体结合的参数从体外结合数据得出。
在将相应分子施用于食蟹猴后，针对猴子PK数据校准抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体的本公开的两个猴子QSP模型。使用本公开的人帕博利珠单抗QSP模型来估计人体中PD-1的浓度，并且基于来自前三个步骤输出的整合对本公开的人抗PD-1可活化抗体QSP模型进行参数化。最后，使用本公开的人抗PD-1可活化抗体QSP模型估计抗PD-1可活化抗体的可能BED。
表4：抗PD-1抗体(mAb)和可活化抗体(ActAb)的QSP模型中的示例性参数
Figure BDA0002739190770000261
Figure BDA0002739190770000271
表4的参考文献：
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在本公开的该示例性QSP模型中，根据文献假设帕博利珠单抗的解离常数(KD)为29pM。(参考文献(4)；Stroh等人。)基于实验ELISA测定法估计39pM的抗PD-1单克隆抗体的KD为39pM。在该实施例中，由于无法通过这些测定法单独测定kon1和koff1，因此将kon1固定为0.001nM-1s-1，这是单克隆抗体受体结合的典型值(参考文献(8)；Schlosshauer等人)。然后使用koff1＝kon1*KD计算解离速率。
在该示例性QSP模型中，假设完全活化的抗PD-1可活化抗体的结合与相应的抗PD-1单克隆抗体的结合相似。然后如下计算K掩蔽为83.3：
K掩蔽＝Kapp_PD-1ActAb/Kapp_PD-1 mAb
其中分别为0.320nM和26.7nM的Kapp_PD-1mAb和Kapp_PD-1ActAb是从细胞结合测定中获得的表观亲和力常数。
食蟹猴数据示例性结果的校准
在该示例性研究中，在施用抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体之后，将猴子抗PD-1单克隆抗体QSP模型和猴子抗PD-1可活化抗体QSP模型分别针对猴子PK数据进行校准。尽管进入该评价中的所有动物的抗药物抗体测试均为阳性，但只有一个子集的动物在第14天及之后的消除阶段表现出暴露量减少。通过检查鉴定在第14天及之后的消除阶段中暴露量降低的动物，并将其从校准中排除。将1和5mg/kg剂量水平的抗PD-1单克隆抗体位单独拟合，5mg/kg剂量水平的抗PD-1可活化抗体数据也一样。使用KroneckerBio 0.5内的优化包，使用对数加权平方和目标函数和线性误差函数，分别以0和0.1的常系数和比例系数来估计参数k12、k21、k消除。由方程Vc＝Cmax/D估计中央区室的容积(Vc)，其中Cmax分别是在施用一定剂量D的抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体(以nmol计)之后观察到的抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体的最大血浆浓度(以nM计)。假设每只动物的体重值为3kg。
表4提供了在施用抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体之后，分别将猴子抗PD-1单克隆抗体QSP模型和猴子抗PD-1可活化抗体QSP模型针对所观察到的食蟹猴PK数据进行校准。Vc估计值为90mL，并且假设外周分布容积(Vp)等于Vc。对于抗PD-1可活化抗体而言，估计k12、k21、k消除分别为1.15e-5秒-1、8.33e-6秒-1和6.71e-7秒-1。对于抗PD-1单克隆抗体而言，在1mg/kg和5mg/kg的CX-083剂量水平下获得的k12、k21、k消除估计值的几何平均值分别为1.46e-5秒-1、8.73e-6秒-1和8.63e-7秒-1。
猴子抗PD-1单克隆抗体QSP模型-(图13A)和猴子抗PD-1可活化抗体QSP模型预测的(图13B)PK数据分别充分捕获了所观察到的抗PD-1单克隆抗体和抗PD-1可活化抗体数据。在图13A和图13B中，在食蟹猴中对于指示的分子和剂量，实线指示模型估计的PK，而圆点指示所观察到的PK。
来自于100mg/kg剂量水平的抗PD-1可活化抗体的研究的可用食蟹猴表明，在7天的时间内作为完整部分在血浆中循环的可活化抗体的比例降低大约20％。使用猴抗PD-1可活化抗体QSP模型，使用这种观察到的完整的抗PD-1可活化抗体的比例的降低来估计k裂解。
表4中汇总了其它模型参数以及与这些参数来源有关的信息。
人体模型开发示例性结果
表4提供了用于估计人体内PD-1水平的模型参数。估计PD-1Css为8.3pM。如图14A中的示例性数据所示，人帕博利珠单抗QSP模型充分捕获了低剂量帕博利珠单抗的PK数据，其中对于指示的剂量，实线指示模型估计的PK，而点指示观察到的PK。
使用人帕博利珠单抗QSP模型，1mg/kg帕博利珠单抗的肿瘤RO为大约99.5％。
从图14B看，来自于本公开的人抗PD-1可活化抗体QSP模型的结果表明，在肿瘤中的k裂解相对于外周的k裂解的高比率(10000X)(裂解比)的限值情况下，抗PD-1可活化抗体达到99.5％肿瘤RO所需的剂量为大约1mg/kg。在低裂解比(1X)的限值情况下，来自于人CX-188QSP模型的结果表明，达到相同的目标肿瘤RO将会需要大约3mg/kg的剂量；在这些裂解比的中点(100X)进行评价时，所需的抗PD-1可活化抗体剂量为大约1mg/kg。假设体重为80kg，则相当于1至3mg/kg剂量范围的固定剂量范围为80至240mg。因此，基于本公开的QSP模型，80mg(范围为80至240mg)剂量是针对抗PD-1可活化抗体预测的BED。
从图17看，使用来自于本公开的示例性人QSP模型的结果估计抗PD-1可活化抗体(HC为SEQ ID NO:226并且轻链为SEQ ID NO:227)达到MABEL剂量(即，在体外巨细胞病毒(CMV)T细胞回忆测定法中刚好超过0.251ug/mL的EC50的估计剂量，定义为MABEL)所需的剂量。这种体外CMV抗原回忆测定法，其中可活化的抗PD-1抗体增强人原代外周血单核细胞(PBMC)中的T细胞活化，其EC50为0.251μg/mL。通过检查图17所示0.003mg/kg、0.01mg/kg和0.03mg/kg剂量的QSP建模结果，在施用0.01mg/kg的抗PD-1可活化抗体之后，Cmax值刚刚超过用原代人PBMC进行的体外CMV抗原回忆测定法中0.251ug/mL(1.6nM)的EC50。在施用0.01mg/kg的抗PD-1可活化抗体之后，QSP模型模拟表明，该可活化抗体将主要以完整种类的形式循环(在多个剂量的0.01mg/kg抗PD-1可活化抗体之后，模型预测的完整抗PD-1可活化抗体的曲线下面积与总PD-1可活化抗体的曲线下面积之比为96％(参见表5A-5D)。因此，对于活化的可活化抗体的可能贡献，没有进行额外校正。
表5A：可活化的抗PD-1抗体(ActAb)Q3Wx1
Figure BDA0002739190770000291
表5B：可活化的抗PD-1抗体(ActAb)Q3Wx5
Figure BDA0002739190770000292
表5C：可活化的抗PD-1抗体(ActAb)Q4Wx1
Figure BDA0002739190770000293
表5D：可活化的抗PD-1抗体(ActAb)Q4Wx5
Figure BDA0002739190770000294
基于这些示例性结果，并且假设体重为80kg，相当于0.01mg/kg剂量的固定剂量为0.8mg。因此，这些示例性结果显示，本公开的QSP模型可以用于估计达到特定功效的剂量。
实施例9：人体中可活化的T细胞双特异性抗体剂量的QSP建模
在该实施例中，使用本公开的QSP模型估计可活化的T细胞双特异性抗体的生物学有效剂量(BED)。如图15所示，本公开的该实施方案的QSP模型以类似于本文所述的各种种类的可活化单特异性抗体的方式考虑到了各种种类的可活化的和活化的T细胞双特异性抗体及其之间的转化途径。例如，如图15所示，描绘了示例性的可活化T细胞双特异性抗体的示意图，显示了T细胞双特异性抗体的各种可活化形式与活化形式之间的转化。在可活化T细胞双特异性抗体的这种示例性描述中，可活化双特异性抗体(项目编号1)包括两个各自具有掩蔽前结构域(A)的靶标特异性结合元件(AB1和AB2)，和两个各自具有掩蔽前结构域(B)的T细胞特异性结合元件。该图还示意性地描绘了不同种类的活化双特异性抗体，包括具有一个构象上去掩蔽的前结构域的活化双特异性抗体(项目编号2)，和例如通过裂解从可活化双特异性抗体中去除了一个前结构域的活化双特异性抗体(项目编号3)。该图还描绘了构象上活化或裂解活化的双特异性抗体可以可逆性地结合至其靶标(分别是项目编号4和5)。还设想到了双特异性抗体的其它活化形式，但这里未示出，诸如其中每个前结构域可以可逆性地并且在构象上去掩蔽或不可逆性地裂解。
示例性的转化反应及各种种类的可活化双特异性抗体和活化双特异性抗体可以存在于各种区室中(也以类似于各种区室的方式存在，并且相对于如本文所述的单特异性可活化抗体而言在各种区室之间进行转移)，其用于本公开的QSP模型中。正如本文所解释的那样，区室表示受试者身体的一部分，并且通常包括至少一个靶标区室和至少一个非靶标区室。例如，所述非靶标区室可以至少表示所述受试者的血浆区室。在另一个实例中，非靶标区室可以包括中央区室(可以是血浆区室)和“外周”区室，“外周”区室表示受试者中的一个或多个非靶标器官或组织。外周区室可以是生理性的，或可以不是生理性的；例如，它可以含有多个非靶标器官/组织，或甚至一个器官或组织的子集。在每个区室中，可以存在各种种类的可活化和活化(部分和完全)的T细胞双特异性抗体。
通常对区室进行选择，因为它们与确定可活化双特异性抗体的时间依赖性浓度或量(质量或密度)和/或确定相关PK/PD参数有关。QSP模型将使用区室在受试者身体的区域之间提供边界，在所述区域中，可活化双特异性抗体受到不同环境的影响，并因此会提供不同的反应和/或反应条件。可活化双特异性抗体可以经由物理转运机制(诸如扩散、灌注和/或主动转运)在区室间移动。此外，即使没有此类质量转运机制，区室中可活化双特异性抗体的浓度也可能由于渗透、降解(细胞外或细胞内)或抗体不一定会在区室间通过的其它被动或主动机制而变化。
图16中描绘了可活化双特异性抗体的本公开QSP模型的区室排列的实例。所描绘的排列包括外周组织(项目编号1)、血浆(项目编号2)和肿瘤(项目编号3)区室。同时，所有形式/种类的可活化双特异性抗体都可以分布到血浆区室、外周区室和肿瘤区室。在外周区室和肿瘤区室中，可活化双特异性抗体或活化双特异性抗体的子集可参与和其靶标中的一者或两者的单价或二价结合，这取决于每个结合位点处呼吸或裂解的前结构域的数量。例如，在外周组织区室中，活化的双特异性抗体可以与非肿瘤细胞上的靶抗原(例如EGFR)结合，如所描绘的那样(项目编号4和5)。类似地，在肿瘤区室中，活化的双特异性抗体可以与肿瘤细胞上的靶抗原(例如EGFR)结合(项目编号9和10)。在本公开的QSP模型的另一个特征中，在所描绘的三个区室中的任何一个中，活化的双特异性抗体都可以与T细胞上的T细胞特异性抗原(例如，CD3)结合，如所描绘的那样(项目编号5、6、7、8和9)。在本公开的QSP模型中，当活化的双特异性抗体结合T细胞和具有靶抗原的细胞两者以形成三聚体复合物(项目编号5和9)时，则具有靶抗原的细胞可以被T细胞杀伤。这种对靶标的杀伤可以受速率常数k杀伤控制。
在与可活化T细胞双特异性抗体有关的本公开的某些示例性人QSP模型中，该模型可以包括某些示例性假设。基于肿瘤的类型、T细胞分布等，人QSP模型可以假设在不同细胞类型中具有不同的靶抗原表达水平，在不同区室中具有不同的T细胞分布，对于不同类型的前结构域具有不同的裂解速率等。在一些实例中，肿瘤和非肿瘤区室中的细胞以相同的表达水平表达靶抗原(例如，每个细胞75,000个EGFR靶抗原)。在其它实施方案中，在肿瘤区室中的肿瘤细胞上靶抗原的靶标表达水平可以更高，反映了肿瘤细胞过度表达靶抗原的指示。在一些实施方案中，本公开的QSP模型假设每个区室中T细胞均等填充，并且在该模型过程中不增加或减少。在一些实施方案中，本公开的QSP模型假设每个区室中有相等数量的靶抗原表达细胞和T细胞(即，E:T比为1)。在一些实施方案中，本公开的QSP模型假设靶抗原表达细胞在肿瘤区室中以限定的假定速率在数量上倍增，但在非肿瘤区室中不倍增。在一些实施方案中，本公开的QSP模型假设可活化双特异性抗体上所有前结构域的裂解速率常数(k裂解)都相同，使得T细胞特异性结合部分(例如，抗CD3)的前结构域的裂解速率常数与靶抗原特异性结合部分(例如，抗EGFR)的前结构域的裂解速率常数相同。在一些实施方案中，本公开的QSP模型基于食蟹猴中靶标介导的药物分布估计来假设肿瘤区室的大小(例如，10mL)和靶抗原表达细胞的平均体积(例如，2x 10e-12L/个细胞)。
实施例10：人体中可活化T细胞双特异性抗体剂量的QSP建模
在该实施例中，使用本公开的人QSP模型估计可活化的T细胞双特异性抗体的生物学有效剂量(BED)，该可活化的T细胞双特异性抗体在其AB1和AB2均活化时能够与T细胞上的CD3受体和靶细胞(诸如肿瘤细胞)上的EGFR两者特异性结合。当活化的T细胞双特异性抗体同时结合两种细胞类型以形成双特异性抗体。靶细胞和T细胞的三聚体复合物时，T细胞对靶标的杀伤可以通过限定的一阶速率常数(k杀伤)实现。
在该实施例中，本公开的QSP模型基于已知或衍生的参数，诸如表5中列出的那些。建模的可活化双特异性抗体是抗CD3和抗EGFR可活化双特异性抗体。在该实施例中，QSP模型包括肿瘤区室中表达EGFR的肿瘤细胞的倍增时间的参数。可活化的双特异性抗体的BED基于预测可活化双特异性抗体的剂量的模型，该剂量将导致由于三聚体复合物形成而导致的肿瘤细胞杀伤而导致肿瘤细胞在肿瘤区室中郁滞。
在本公开的该示例性QSP模型中，在单次Q3W剂量后，预测可活化双特异性抗体的BED为0.170mg/kg，将会导致肿瘤区室中肿瘤细胞的细胞郁滞，以及产生18.3nM的血清Cmax。对八(8)个Q3W剂量的可活化双特异性抗体进行建模时，预测BED较低为0.086mg/kg且血清Cmax为9.3mg/kg，因为多个剂量将导致治疗药物和所得三聚体复合物达到稳态水平，预计这会导致更有效地杀伤肿瘤细胞。
表5：可活化T细胞双特异性抗体的人QSP模型中的示例性参数
Figure BDA0002739190770000311
Figure BDA0002739190770000321
其它实施方案
可以通过参考以下说明性条目来定义本发明：
1.一种对多个区室之间的可活化抗体建模的方法，所述方法包括：
(A)提供多个区室，其中每个区室包括多个种类的可活化抗体中的一种，所述多个种类包括：
(a)第一个种类，其包含一定量的未裂解的可活化抗体，
(b)第二个种类，其包含一定量的部分裂解的可活化抗体，
(c)第三个种类，其包含一定量的完全裂解的可活化抗体，和
(d)第四个种类，其包含一定量的完全去掩蔽的部分裂解的可活化抗体，
(B)提供从所述多个区室中选择的一对区室中的每一个之间的速率表达式，其中每个速率表达式反映给定一对区室中所述种类之间的转化速率；和
(C)确定在所述多个区室之间的种类分布，
(D)其中所述可活化抗体包含：
(i)特异性结合至靶标的抗体或其抗原结合片段(AB)，
(ii)与AB偶联的掩蔽部分(MM)，其抑制未裂解状态的可活化抗体的AB与所述靶标的结合，其中未裂解状态的所述可活化抗体的MM干扰所述AB与所述靶标的特异性结合，和
(iii)与所述AB偶联的可裂解部分(CM)，其中所述CM是充当裂解剂的底物的多肽，由此所述CM中未裂解的可活化抗体的裂解产生活化的可活化抗体；并且
(iv)其中未裂解状态的所述可活化抗体从N端到C端具有如下结构排列：MM-CM-AB或AB-CM-MM2。
1A.根据条目1所述的方法，其中所述多个种类包括：
(f)第五个种类，其包含一定量的部分去掩蔽的未裂解的可活化抗体，和(g)第六个种类，其包含一定量的完全去掩蔽的未裂解的可活化抗体。
2.根据条目1或1A所述的方法，所述方法包括：
(E)提供多个生理区室，所述多个生理区室包括(a)在血管区室中包含一定量的可活化抗体种类的第一生理区室，(b)在外周组织区室中包含一定量的可活化抗体种类的第二生理区室，和(c)在肿瘤区室中包含一定量的可活化抗体种类的第三生理区室，
(F)提供选自所述多个生理区室中的一对生理区室的每一个之间的速率表达式，其中每个速率表达式反映可活化抗体种类在给定一对生理区室之间的转运速率；并且
(G)提供每个生理区室的速率表达式，所述速率表达式反映可活化抗体种类从给定生理区室中消除的速率。
3.根据条目1或1A所述的方法，所述方法包括：
(E)提供多个生理区室，所述多个生理区室包括(a)在血浆区室中包含一定量的可活化抗体种类的第一生理区室，(b)在外周组织区室中包含一定量的可活化抗体种类的第二生理区室，和(c)在肿瘤区室中包含一定量的可活化抗体种类的第三生理区室，
(F)提供选自所述多个生理区室中的一对生理区室的每一个之间的平衡系数，其中每个平衡系数反映给定一对生理区室之间可活化抗体种类的比率；并且
(G)提供每个生理区室的速率表达式，所述速率表达式反映可活化抗体种类从给定生理区室中消除的速率。
4.根据条目1或1A所述的方法，所述方法包括：
(E)提供多个生理区室，所述多个生理区室包括：
(g)在血浆区室中包含一定量的可活化抗体种类的第一生理区室，(h)在外周组织区室中包含一定量的可活化抗体种类的第二生理区室，和(i)在肿瘤区室中包含一定量的可活化抗体种类的第三生理区室，
(F)提供选自所述多个生理区室中的一对生理区室的每一个之间的灌注速率，其中每个灌注速率反映可活化抗体种类在给定一对生理区室之间的转运速率；并且
(G)提供每个生理区室的速率表达式，所述速率表达式反映可活化抗体种类从给定生理区室中消除的速率。
5.根据条目1-4中任一项所述的方法，所述方法包括：
(E)在所述第二和第三生理区室的每一个中提供一定量的靶标，
其中对于每个生理区室而言，提供了所述靶标的合成速率和所述靶标的内吞速率，并且
其中给定生理区室中所述靶标的量基于所述给定区室中的所述合成速率和所述内吞速率。
6.根据条目2-5中任一项所述的方法，所述方法包括：
(a)在所述第二和第三生理区室的每一个中提供单价靶标占有区室和二价靶标占有区室，
其中所述单价靶标占有区室包含一定量的来自于所述给定生理区室中的所述第二、第三、第四、第五和第六种类区室的，与所述给定生理区室中的所述靶标结合的种类，
其中所述二价靶标占有区室包含一定量的来自于所述给定生理区室中的所述第三和第六种类区室的，与所述给定生理区室中的所述靶标结合的种类；并且
(b)提供第一结合速率表达式，其反映具有第一去掩蔽的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一结合元件与所述靶标的结合速率，(c)提供第二结合速率表达式，其反映具有第一掩蔽且未裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一结合元件与所述靶标的结合速率，(d)提供第三结合速率表达式，其反映具有第一裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一结合元件与所述靶标的结合速率，(e)提供第四结合速率表达式，其反映具有第二去掩蔽的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第二结合元件与所述靶标的结合速率，(f)提供第五结合速率表达式，其反映具有第二掩蔽且未裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第二结合元件与所述靶标的结合速率，(g)提供第六结合速率表达式，其反映具有第二裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第二结合元件与所述靶标的结合速率，(h)提供第一解离速率表达式，其反映具有去掩蔽的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一或第二结合元件的靶标释放速率，(i)提供第二解离速率表达式，其反映具有掩蔽且未裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一或第二结合元件的靶标释放速率，并且(j)提供第三解离速率表达式，其反映具有裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一或第二结合元件的靶标释放速率。
6A.根据条目2-5中任一项所述的方法，所述方法包括：
(a)在所述第二和第三生理区室的每一个中提供单价靶标占有区室和二价靶标占有区室，
其中所述单价靶标占有区室包含一定量的来自于所述给定生理区室中的所述第二、第三、第四、第五和第六种类区室的，与所述给定生理区室中的所述靶标结合的种类，
其中所述二价靶标占有区室包含一定量的来自于所述给定生理区室中的所述第三和第六种类区室的，与所述给定生理区室中的所述靶标结合的种类；并且
(b)提供第一平衡常数，其反映所述靶标与具有第一去掩蔽的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一结合元件之间的结合，(c)提供第二平衡常数，其反映所述靶标与具有第一掩蔽且未裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一结合元件之间的结合，(d)提供第三平衡常数，其反映所述靶标与具有第一裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一结合元件之间的结合，(e)提供第四平衡常数，其反映所述靶标与具有第二去掩蔽的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第二结合元件之间的结合，(f)提供第五平衡常数，其反映所述靶标与具有第二掩蔽且未裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第二结合元件之间的结合，并且(g)提供第六平衡常数，其反映所述靶标与具有第二裂解的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第二结合元件之间的结合，(h)提供第一解离速率表达式，其反映具有去掩蔽的抗原结合位点的所述可活化抗体种类的第一或第二结合元件的靶标释放速率。
7.根据条目2-6A中任一项所述的方法，所述方法包括确定在所述多个生理区室之间的种类分布。
8.根据条目6、条目6A和条目7中任一项所述的方法，所述方法包括确定在所述多个靶标占有区室之间的种类分布。
9.根据条目1-8中任一项所述的方法，其中确定所述多个种类区室之间的种类分布的步骤包括确定在多个时间点的分布。
10.根据条目2-9中任一项所述的方法，所述方法包括确定所述多个生理区室之间的种类分布，其包括确定在多个时间点的分布。
11.根据条目6-10中任一项所述的方法，所述方法包括确定所述多个靶标占有区室之间的种类分布，其包括确定在多个时间点的分布。
12.根据条目6-11中任一项所述的方法，其中确定所述多个种类区室之间的种类分布的步骤包括确定在多个时间点的分布。
13.根据条目1-12中任一项所述的方法，其中任意给定的一对种类区室之间的速率表达式的速率常数是一阶速率常数。
14.根据条目1-13中任一项所述的方法，其中(a)从所述第二种类区室到所述第一种类区室的转化速率表达式为零，(b)从所述第三种类区室到所述第二种类区室的转化速率表达式为零，(c)从所述第二种类区室到所述第四种类区室的转化速率表达式为零，(d)从所述第三种类区室到所述第六种类区室的转化速率表达式为零，或(e)从所述第六种类区室到所述第五种类区室的转化速率表达式为零。
15.一种校准受试者体内活化抗体种类的分布的模型的方法，所述方法包括：根据条目9至12中任一项所述的建模方法确定在多个时间点的活化抗体的种类分布；将所述模型中在所述多个时间点的可活化抗体的种类分布与在多个时间点在受试者中观察到的可活化抗体的种类分布进行比较；并且修改所述模型中的一个或多个参数，由此修改后的模型与所观察到的种类分布具有更高的一致性。
16.一种确定受试者中可活化抗体的剂量范围的方法，所述方法包括：根据条目9至12中任一项所述的建模方法，针对可活化抗体的给定剂量来确定在多个时间点的可活化抗体的种类分布；并且基于每个给定剂量下所述可活化抗体种类的建模分布，选择所述给定剂量施用于所述受试者。
17.根据条目16所述的方法，其中所述给定剂量的选择基于给定剂量下所述可活化抗体种类的建模血浆浓度。
生物序列表
下表A中示出了序列表。
表A.序列表
Figure BDA0002739190770000351
Figure BDA0002739190770000361
Figure BDA0002739190770000371
Figure BDA0002739190770000381
Figure BDA0002739190770000391
Figure BDA0002739190770000401
Figure BDA0002739190770000411
Figure BDA0002739190770000421
虽然出于清楚和理解的目的已经相当详细地描述了前述发明，但是本领域的技术人员通过阅读本公开将清楚，可以在不背离本发明的真实范围的前提下，在形式和细节上做出各种变化。应理解，本文所述的材料、实例和实施方案仅为了说明的目的，而非旨在限制，并且本领域技术人员将想到根据本发明的各种修改或变化，这些均包括在所附权利要求书的精神和范围之内。
序列表
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<211> 8
<212> PRT
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<223> 合成
<400> 20
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1 5
<210> 21
<211> 8
<212> PRT
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<223> 合成
<400> 21
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<212> PRT
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<400> 22
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Asn
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<400> 63
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 65
Ala Val Gly Leu Leu Ala Pro Pro Gly Gly Leu Ser Gly Arg Ser Asp
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<400> 66
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1 5 10 15
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<400> 67
Gly Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn His Gly Gly Val His Met Pro Leu
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Gly Ser Gly Gly Ser
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Gly Gly Gly Ser
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<400> 70
Gly Gly Ser Gly
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Gly Gly Ser Gly Gly
1 5
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<212> PRT
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<400> 72
Gly Ser Gly Ser Gly
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<212> PRT
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Gly Ser Gly Gly Gly
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Gly Gly Gly Ser Gly
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<211> 5
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Gly Ser Ser Ser Gly
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Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly
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Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly
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Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser
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Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser
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<400> 80
Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly
1 5 10
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<211> 11
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成
<400> 81
Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Ser
1 5 10
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<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<400> 82
Gly Gly Gly Ser
1
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<223> 合成
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<223> 合成
<400> 84
Gly Ser Ser Gly
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成
<400> 86
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 87
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<223> 合成
<400> 89
Pro Leu Cys Arg Pro Ile Glu Leu Leu Ala Ser Cys Pro Met Lys
1 5 10 15
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 90
Gly Ala Ala Cys Val Ser Ala Trp Gly Phe Phe Cys Glu Cys Cys
1 5 10 15
<210> 91
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 91
Asp Cys Ala Lys Asp Ile Leu His Leu Met Pro His Cys Ser Met
1 5 10 15
<210> 92
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 92
Asn Thr Cys Met His Pro Leu Leu Leu Gln Gly Cys Lys Thr Tyr
1 5 10 15
<210> 93
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 93
Tyr Leu Gly Cys Leu Leu Tyr Ala Gly Pro Gly Cys Glu Gly Gly
1 5 10 15
<210> 94
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 94
Ala Arg Cys Pro His Pro Leu Leu Leu Ser Ile Cys Glu Asn Asn
1 5 10 15
<210> 95
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 95
Glu Leu Cys Pro His Pro Leu Pro Phe Gly Phe Cys Asn Asn Tyr
1 5 10 15
<210> 96
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 96
Ala Leu Tyr Cys His Pro Pro Tyr Ile Arg Cys Glu Glu Met Thr
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<210> 97
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 97
Thr Ser Leu Cys His Pro Val Met Ile Met Tyr Cys Lys Thr Gly
1 5 10 15
<210> 98
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 98
Pro Leu Cys His Pro Leu Glu Gln Ala Ser Trp Cys Asn Met Asp
1 5 10 15
<210> 99
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 99
Pro His Pro Cys Pro Arg Thr Gly Ser Arg Met Cys His Phe Ser
1 5 10 15
<210> 100
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 100
Ser Gly Cys Arg His Pro Leu Pro Leu Lys Ala Cys Gly Thr Asn
1 5 10 15
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 101
Gly Leu Cys His Pro Ile Arg Leu His Asn Thr Gln Cys Thr Ile
1 5 10 15
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 102
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 103
Pro Ile Cys His Pro Leu Arg Glu Phe Met Asn Thr Cys Phe Lys
1 5 10 15
<210> 104
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 104
Asn Cys His Pro Leu Asp Val Val Gly Trp Leu Gly Cys Met Lys
1 5 10 15
<210> 105
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 105
Tyr Asn Asn Val Cys His Pro Leu Phe Cys Ser Gln His Thr Tyr
1 5 10 15
<210> 106
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 106
Thr Phe Cys His Pro Leu Phe Ser Leu Asn Tyr Cys Gly His Lys
1 5 10 15
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<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 107
Phe Cys His Pro Leu Thr Leu Ser Asn Asn Lys Gln Cys Asn Arg
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 108
Leu Ser His Cys Ala Val Leu Leu Leu Arg Val Cys Ser Gly Ser
1 5 10 15
<210> 109
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 109
Lys Ile His Cys His Pro Leu Arg Leu Gly Thr Cys Leu Val Gly
1 5 10 15
<210> 110
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 110
Glu Thr Cys Ala His Pro Leu Asp Met Arg Met Cys Arg His Asn
1 5 10 15
<210> 111
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 111
Pro Leu Cys Tyr Pro Leu Ile Leu Met Ser Ser Cys Trp Leu Gly
1 5 10 15
<210> 112
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 112
Tyr Gly Ile Cys His Pro Ala Pro Asp Leu Pro Cys Met Gln Ile
1 5 10 15
<210> 113
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 113
Thr Ala Cys His Pro Leu Tyr Asn Val Glu His Leu Cys Glu Ile
1 5 10 15
<210> 114
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 114
Thr Ala Cys Asn Lys Ser Val Cys Val Ala Gly Cys Cys Leu Leu
1 5 10 15
<210> 115
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 115
Leu His Pro Leu Cys Ser Tyr Met Lys Ser Cys Met Lys Asn Asn
1 5 10 15
<210> 116
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 116
Thr His Cys His Cys Met Val Tyr Phe Cys Pro Cys Arg Trp Ser
1 5 10 15
<210> 117
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 117
Pro Lys Cys Pro His Pro Leu His Leu Ala Asn Cys Tyr Ala Ser
1 5 10 15
<210> 118
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<220>
<221> 尚未归类的特性
<222> (12)..(12)
<223> Xaa =任何氨基酸
<400> 118
Lys Thr Cys Tyr His Pro Thr Pro Val Ile Ala Xaa Asn Ser Tyr
1 5 10 15
<210> 119
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 119
Ala Lys Cys Leu Pro Pro Leu Ile Gln Tyr Cys Arg Cys Ile Lys
1 5 10 15
<210> 120
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 120
His Ala Cys Gln His Pro Leu Gln Leu His Thr Cys Lys His Asn
1 5 10 15
<210> 121
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 121
Leu Cys His Pro Leu Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Asn
1 5 10 15
<210> 122
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 122
Trp Pro Leu Cys Ser Phe Gly Lys Ser Phe Cys Ala Gln Asn Ala
1 5 10 15
<210> 123
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 123
Glu Cys Gln Ser Phe Glu His Phe Leu Thr Asn Asn Cys His Ser
1 5 10 15
<210> 124
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 124
Ser Cys Lys His Pro Leu Val Met Pro Asn Leu Lys Cys Thr Arg
1 5 10 15
<210> 125
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 125
Tyr Pro Cys His Pro Leu Gln Leu Ser Ile Pro His Cys Thr Lys
1 5 10 15
<210> 126
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 126
Ile Cys His Pro Leu Thr His Thr Met Glu Tyr Met Cys Met Asn
1 5 10 15
<210> 127
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 127
Thr Leu Cys His Pro Leu Thr Phe Ser Val Pro Thr Cys Thr Asn
1 5 10 15
<210> 128
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 128
Pro Leu Cys Gln Pro Asn Arg Leu Leu Gln Ala Cys Gly Asn Thr
1 5 10 15
<210> 129
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 129
Thr Leu Cys Arg His Pro Leu Ala Leu Asp Gly Cys Gln Asn Asn
1 5 10 15
<210> 130
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 130
Gln Pro Met Cys Tyr Gln Pro Ala His Pro Leu Cys Asn Thr Ile
1 5 10 15
<210> 131
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 131
Ser Asn Cys His Pro Leu Leu Phe Gln His Tyr His Cys Met Leu
1 5 10 15
<210> 132
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 132
Glu Lys Cys Tyr His Pro Leu Thr Leu Ala His Cys Gln Asn His
1 5 10 15
<210> 133
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 133
Asn Lys Cys Phe Val His Pro Leu Ala Met Pro Asn Cys Asn Ser
1 5 10 15
<210> 134
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 134
Val Asn Asn Cys Leu Leu Met Thr Arg Ala His Cys Thr Ser Tyr
1 5 10 15
<210> 135
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 135
Leu Pro Cys Trp Ala Phe Ala Val Asn Pro Leu His Cys Gly Asp
1 5 10 15
<210> 136
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 136
Val Asn Asn Cys Leu Leu Met Thr Arg Ala His Cys Thr Ser Tyr
1 5 10 15
<210> 137
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 137
Ser Ser Cys Pro His Pro Leu Gly Leu Thr Gly Cys Asn Asp Lys
1 5 10 15
<210> 138
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 138
Asn Lys Cys Phe Val His Pro Leu Ala Met Pro Asn Cys Asn Ser
1 5 10 15
<210> 139
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 139
Phe Val Gly Cys His Ser Val Tyr Val Ser Gly Cys Leu Arg Ala
1 5 10 15
<210> 140
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 140
Asn Met Cys His Pro Pro His Asn Ile Tyr Ser Ile Cys Asn Met
1 5 10 15
<210> 141
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 141
Leu Thr Cys His Leu Leu Pro Gly Leu Thr Leu His Thr Lys
1 5 10
<210> 142
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 142
Arg Thr Cys His Pro Leu Pro Gly Leu Thr Leu His Cys Thr Lys
1 5 10 15
<210> 143
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 143
His Pro Leu Cys Phe Glu Ser Met Lys Asn Cys Phe Pro Asn Tyr
1 5 10 15
<210> 144
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 144
Thr Thr Cys His Pro Leu Ser Phe Thr His Asn Tyr Cys Ile Thr
1 5 10 15
<210> 145
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 145
Arg Asp Cys Gly Phe Asp Ala Val Arg Ala Asp Cys Leu Phe Gly
1 5 10 15
<210> 146
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 146
Arg Thr Cys Ser Thr His Pro Leu Thr Met Pro Gln Cys Asn Tyr
1 5 10 15
<210> 147
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 147
Met Lys Cys His Pro Leu Gln Leu Thr Gly Asn Thr Cys Ser Met
1 5 10 15
<210> 148
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 148
Ser Gly Cys Pro His Pro Leu Gln Leu Ile Thr Cys Ser Thr Ala
1 5 10 15
<210> 149
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 149
Lys Cys Phe Pro Ala Phe His Asp Gly Pro Leu Ala Cys Ala Ser
1 5 10 15
<210> 150
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 150
Leu Lys Cys Gln His Pro Leu Pro Met Ser His Cys Gln Pro Gln
1 5 10 15
<210> 151
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 151
Ala Phe Cys Gly Phe Ser Val Ile His Pro Leu Cys Ser Gly Ala
1 5 10 15
<210> 152
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 152
Ser Val His Cys Ala Val Leu Lys Leu Asp Gly Cys Leu Gly Trp
1 5 10 15
<210> 153
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 153
Thr Leu Pro Cys His Pro Ile Met Val Leu Gly Cys Thr Pro Met
1 5 10 15
<210> 154
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 154
His Tyr Pro Cys Met Lys Tyr Asn Pro Leu Asn Cys Ser Met Ser
1 5 10 15
<210> 155
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 155
Leu Lys Cys Pro His Pro Leu Ser Leu Asn Gly Cys Thr Leu Lys
1 5 10 15
<210> 156
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 156
Val Tyr Ser Cys Met Ala Asn Asn Pro Leu Asp Cys Phe Thr Gln
1 5 10 15
<210> 157
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 157
Pro Ile Cys His Pro Leu Val Thr Leu Met Ser Tyr Cys Asn Lys
1 5 10 15
<210> 158
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 158
Asp Trp Cys Ser Phe Trp Ala Gly Gln Ser Val Trp Cys Thr Ser
1 5 10 15
<210> 159
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 159
Ser Thr Cys His Pro Leu Thr Pro Phe His Asp Lys Cys Arg Tyr
1 5 10 15
<210> 160
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 160
Pro Val Cys Pro Pro Leu Val Thr Leu Met Ser Tyr Cys Asn Lys
1 5 10 15
<210> 161
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 161
Ser Thr Cys His Pro Leu Pro Thr Leu Met Pro Tyr Cys Asn Ser
1 5 10 15
<210> 162
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 162
Phe Pro Leu Cys Gly Ile Gly Pro Ala Phe Cys Asp Thr Thr Val
1 5 10 15
<210> 163
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 163
Pro Thr Cys His Pro Leu Val Leu Ser Val Pro Cys Pro Lys Ile
1 5 10 15
<210> 164
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 164
Gly Pro Leu Cys Asp Tyr Phe Val Phe Tyr Ser Cys Arg Gly Ser
1 5 10 15
<210> 165
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 165
His Thr Cys Tyr His Pro Leu Lys Leu Gly Gln Cys Glu Met Phe
1 5 10 15
<210> 166
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 166
Arg Thr Cys Ile His Pro Leu Pro Leu His Gln Cys His Lys Pro
1 5 10 15
<210> 167
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 167
Ala Cys His Pro Ile Asn Phe Asn Ser Ile Val Tyr Cys Asn Asn
1 5 10 15
<210> 168
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 168
Ser His Pro Cys Ser Val Val Asn Leu Pro Gly Cys Glu Pro Asp
1 5 10 15
<210> 169
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 169
Leu Cys His Pro Leu Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 170
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 170
Leu Cys Ala Pro Leu Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 171
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 171
Leu Cys His Ala Leu Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 172
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 172
Leu Cys His Pro Ala Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 173
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 173
Leu Cys His Pro Leu Ala Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 174
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 174
Leu Cys His Pro Leu Val Ala Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 175
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 175
Leu Cys His Pro Leu Val Leu Ser Ala Ala Glu Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 176
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 176
Leu Cys His Pro Leu Val Leu Ser Ala Trp Ala Ser Cys Ser Ser
1 5 10 15
<210> 177
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 177
Cys His Pro Leu Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys
1 5 10
<210> 178
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 178
His Pro Leu Val Leu
1 5
<210> 179
<400> 179
000
<210> 180
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 180
Leu Glu Gly Trp Cys Leu His Pro Leu Cys Leu Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 181
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 181
Leu Glu Gly Ala Cys Leu His Pro Leu Cys Leu Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 182
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 182
Leu Glu Gly Trp Cys Ala His Pro Leu Cys Leu Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 183
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 183
Leu Glu Gly Trp Cys Leu Ala Pro Leu Cys Leu Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 184
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 184
Leu Glu Gly Trp Cys Leu His Ala Leu Cys Leu Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 185
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 185
Leu Glu Gly Trp Cys Leu His Pro Ala Cys Leu Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 186
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 186
Leu Glu Gly Trp Cys Leu His Pro Leu Cys Ala Trp Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 187
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 187
Leu Glu Gly Trp Cys Leu His Pro Leu Cys Leu Ala Gly Ala Gly
1 5 10 15
<210> 188
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 188
Cys Leu His Pro Leu Cys
1 5
<210> 189
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 189
Gln Gly Gln Ser Gly Ser
1 5
<210> 190
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 190
Gly Gln Ser Gly Ser
1 5
<210> 191
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 191
Gln Ser Gly Ser
1
<210> 192
<400> 192
000
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<400> 194
Gln Gly Gln Ser Gly Gln Gly
1 5
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Gly Gln Ser Gly Gln Gly
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Gln Ser Gly Gln Gly
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Ser Gly Gln Gly
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Gln Gly Gln Ser Gly Gln
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Gly Gln Ser Gly Gln
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Gln Ser Gly Gln
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<400> 204
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<223> 合成
<400> 205
Gln Ile Thr Leu Lys Glu Ser Gly Pro Thr Leu Val Lys Pro Thr Gln
1 5 10 15
Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Tyr
20 25 30
Gly Met Gly Val Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu
35 40 45
Trp Leu Ala Asn Ile Trp Trp Ser Glu Asp Lys His Tyr Ser Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Ser Arg Leu Thr Ile Thr Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Met Thr Asn Met Asp Pro Val Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr
85 90 95
Cys Val Gln Ile Asp Tyr Gly Asn Asp Tyr Ala Phe Thr Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<223> 合成
<400> 206
Gln Ile Thr Leu Lys Glu Ser Gly Pro Thr Leu Val Lys Pro Thr Gln
1 5 10 15
Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Tyr
20 25 30
Gly Met Gly Val Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu
35 40 45
Trp Leu Ala Asn Ile Trp Trp Ser Glu Asp Lys His Tyr Ser Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Ser Arg Leu Thr Ile Thr Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Ile Thr Asn Val Asp Pro Val Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr
85 90 95
Cys Val Gln Ile Asp Tyr Gly Asn Asp Tyr Ala Phe Thr Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 207
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser
20 25 30
Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn
85 90 95
Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105 110
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<220>
<223> 合成
<400> 208
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser
20 25 30
Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Ser Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn
85 90 95
Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105 110
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<220>
<223> 合成
<400> 209
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Leu His Ser
20 25 30
Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser Asn Arg Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn
85 90 95
Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105 110
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<211> 112
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<220>
<223> 合成
<400> 210
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Leu His Ser
20 25 30
Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser Asn Arg Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Ser Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn
85 90 95
Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 211
<211> 152
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 211
Leu Cys His Pro Ala Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gly Leu Leu Ser Gly Arg
20 25 30
Ser Asp Asn His Gly Gly Gly Ser Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro
35 40 45
Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg
50 55 60
Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met
85 90 95
Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser
100 105 110
Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val
115 120 125
Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly
130 135 140
Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
145 150
<210> 212
<211> 152
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 212
Leu Cys His Pro Leu Val Ala Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gly Leu Leu Ser Gly Arg
20 25 30
Ser Asp Asn His Gly Gly Gly Ser Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro
35 40 45
Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg
50 55 60
Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met
85 90 95
Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser
100 105 110
Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val
115 120 125
Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly
130 135 140
Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
145 150
<210> 213
<211> 156
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 213
Leu Cys His Pro Ala Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ala Val Gly Leu Leu Ala Pro Pro Gly
20 25 30
Gly Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn His Gly Gly Ser Asp Ile Val Met
35 40 45
Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser
50 55 60
Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr
65 70 75 80
Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu
85 90 95
Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
100 105 110
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu
115 120 125
Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro
130 135 140
Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
145 150 155
<210> 214
<211> 156
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 214
Leu Cys His Pro Leu Val Ala Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ala Val Gly Leu Leu Ala Pro Pro Gly
20 25 30
Gly Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn His Gly Gly Ser Asp Ile Val Met
35 40 45
Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser
50 55 60
Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr
65 70 75 80
Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu
85 90 95
Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
100 105 110
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu
115 120 125
Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro
130 135 140
Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
145 150 155
<210> 215
<211> 146
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 215
Leu Cys His Pro Ala Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly
20 25 30
Gly Ser Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr
35 40 45
Pro Gly Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu
50 55 60
His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly
65 70 75 80
Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly
85 90 95
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu
100 105 110
Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala
115 120 125
Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu
130 135 140
Ile Lys
145
<210> 216
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 216
Gln Ile Thr Leu Lys Glu Ser Gly Pro Thr Leu Val Lys Pro Thr Gln
1 5 10 15
Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Tyr
20 25 30
Gly Met Gly Val Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu
35 40 45
Trp Leu Ala Asn Ile Trp Trp Ser Glu Asp Lys His Tyr Ser Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Ser Arg Leu Thr Ile Thr Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Ile Thr Asn Val Asp Pro Val Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr
85 90 95
Cys Val Gln Ile Asp Tyr Gly Asn Asp Tyr Ala Phe Thr Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser
115 120 125
Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val
145 150 155 160
Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala
165 170 175
Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val
180 185 190
Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His
195 200 205
Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys
210 215 220
Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly
225 230 235 240
Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met
245 250 255
Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
275 280 285
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
290 295 300
Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
305 310 315 320
Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
370 375 380
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
385 390 395 400
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
405 410 415
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
420 425 430
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
435 440 445
Pro Gly Lys
450
<210> 217
<211> 259
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 217
Leu Cys His Pro Ala Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gly Leu Leu Ser Gly Arg
20 25 30
Ser Asp Asn His Gly Gly Gly Ser Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro
35 40 45
Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg
50 55 60
Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met
85 90 95
Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser
100 105 110
Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val
115 120 125
Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly
130 135 140
Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val
145 150 155 160
Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser
165 170 175
Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln
180 185 190
Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val
195 200 205
Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu
210 215 220
Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu
225 230 235 240
Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg
245 250 255
Gly Glu Cys
<210> 218
<211> 259
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 218
Leu Cys His Pro Leu Val Ala Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ile Ser Ser Gly Leu Leu Ser Gly Arg
20 25 30
Ser Asp Asn His Gly Gly Gly Ser Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro
35 40 45
Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg
50 55 60
Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met
85 90 95
Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser
100 105 110
Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val
115 120 125
Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly
130 135 140
Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val
145 150 155 160
Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser
165 170 175
Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln
180 185 190
Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val
195 200 205
Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu
210 215 220
Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu
225 230 235 240
Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg
245 250 255
Gly Glu Cys
<210> 219
<211> 263
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 219
Leu Cys His Pro Ala Val Leu Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ala Val Gly Leu Leu Ala Pro Pro Gly
20 25 30
Gly Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn His Gly Gly Ser Asp Ile Val Met
35 40 45
Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser
50 55 60
Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr
65 70 75 80
Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu
85 90 95
Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
100 105 110
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu
115 120 125
Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro
130 135 140
Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala
145 150 155 160
Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser
165 170 175
Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu
180 185 190
Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser
195 200 205
Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu
210 215 220
Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val
225 230 235 240
Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys
245 250 255
Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
260
<210> 220
<211> 263
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 220
Leu Cys His Pro Leu Val Ala Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ala Val Gly Leu Leu Ala Pro Pro Gly
20 25 30
Gly Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn His Gly Gly Ser Asp Ile Val Met
35 40 45
Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro Ala Ser
50 55 60
Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr
65 70 75 80
Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu
85 90 95
Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
100 105 110
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu
115 120 125
Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln Asn Leu Glu Leu Pro
130 135 140
Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala
145 150 155 160
Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser
165 170 175
Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu
180 185 190
Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser
195 200 205
Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu
210 215 220
Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val
225 230 235 240
Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys
245 250 255
Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
260
<210> 221
<211> 253
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 221
Leu Cys His Pro Leu Val Ala Ser Ala Trp Glu Ser Cys Ser Ser Gly
1 5 10 15
Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly
20 25 30
Gly Ser Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr
35 40 45
Pro Gly Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu
50 55 60
His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu Tyr Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly
65 70 75 80
Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly
85 90 95
Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu
100 105 110
Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala
115 120 125
Gln Asn Leu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu
130 135 140
Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser
145 150 155 160
Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn
165 170 175
Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala
180 185 190
Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys
195 200 205
Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp
210 215 220
Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu
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Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
245 250
<210> 222
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 222
Gln Ile Thr Leu Lys Glu Ser Gly Pro Thr Leu Val Lys Pro Thr Gln
1 5 10 15
Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Tyr
20 25 30
Gly Met Gly Val Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu
35 40 45
Trp Leu Ala Asn Ile Trp Trp Ser Glu Asp Lys His Tyr Ser Pro Ser
50 55 60
Leu Lys Ser Arg Leu Thr Ile Thr Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Ile Thr Asn Val Asp Pro Val Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr
85 90 95
Cys Val Gln Ile Asp Tyr Gly Asn Asp Tyr Ala Phe Thr Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser
115 120 125
Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val
145 150 155 160
Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala
165 170 175
Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val
180 185 190
Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His
195 200 205
Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys
210 215 220
Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly
225 230 235 240
Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met
245 250 255
Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
275 280 285
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
290 295 300
Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
305 310 315 320
Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
370 375 380
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
385 390 395 400
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
405 410 415
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
420 425 430
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
435 440 445
Pro Gly Lys
450
<210> 223
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 223
Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly
1 5 10
<210> 224
<211> 442
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 224
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Trp Arg Asn Gly Ile Val Thr Val Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Lys Trp Ser Ala Ala Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val
100 105 110
Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala
115 120 125
Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu
130 135 140
Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly
145 150 155 160
Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser
165 170 175
Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu
180 185 190
Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr
195 200 205
Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro
210 215 220
Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro
225 230 235 240
Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr
245 250 255
Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn
260 265 270
Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg
275 280 285
Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val
290 295 300
Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser
305 310 315 320
Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys
325 330 335
Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu
340 345 350
Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe
355 360 365
Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu
370 375 380
Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe
385 390 395 400
Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly
405 410 415
Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr
420 425 430
Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly
435 440
<210> 225
<211> 264
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 225
Gln Gly Gln Ser Gly Ser Gly Ile Ala Leu Cys Pro Ser His Phe Cys
1 5 10 15
Gln Leu Pro Gln Thr Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser
20 25 30
Gly Gly Ile Ser Ser Gly Leu Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn His Gly
35 40 45
Gly Ser Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser
50 55 60
Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser
65 70 75 80
Ser Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu
85 90 95
Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe
100 105 110
Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu
115 120 125
Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Asp Asn Gly Tyr
130 135 140
Pro Ser Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val
145 150 155 160
Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys
165 170 175
Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg
180 185 190
Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn
195 200 205
Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser
210 215 220
Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys
225 230 235 240
Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr
245 250 255
Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
260
<210> 226
<211> 445
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 226
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Gly Tyr
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Tyr Ile Ser Asn Ser Gly Gly Asn Ala His Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Thr Arg Glu Asp Tyr Gly Thr Ser Pro Phe Val Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe
115 120 125
Pro Leu Ala Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu
130 135 140
Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp
145 150 155 160
Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu
165 170 175
Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser
180 185 190
Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro
195 200 205
Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro
210 215 220
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
225 230 235 240
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
245 250 255
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val
260 265 270
Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
275 280 285
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
290 295 300
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
305 310 315 320
Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser
325 330 335
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
340 345 350
Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val
355 360 365
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
370 375 380
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
385 390 395 400
Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
405 410 415
Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His
420 425 430
Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly
435 440 445
<210> 227
<211> 265
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 227
Gln Gly Gln Ser Gly Gln Gly Thr Ser Tyr Cys Ser Ile Glu His Tyr
1 5 10 15
Pro Cys Asn Thr His His Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ile Ser
20 25 30
Ser Gly Leu Leu Ser Gly Arg Ser Asp Asn Pro Gly Gly Gly Ser Asp
35 40 45
Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp
50 55 60
Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Glu Ser Val Asp Ala Tyr Gly
65 70 75 80
Ile Ser Phe Met Asn Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys
85 90 95
Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Asn Gln Gly Ser Gly Val Pro Ser Arg
100 105 110
Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser
115 120 125
Met Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Lys Asp
130 135 140
Val Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr
145 150 155 160
Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu
165 170 175
Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro
180 185 190
Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly
195 200 205
Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr
210 215 220
Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His
225 230 235 240
Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val
245 250 255
Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
260 265
<210> 228
<211> 218
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 228
Asp Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Glu Ser Val Asp Ala Tyr
20 25 30
Gly Ile Ser Phe Met Asn Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro
35 40 45
Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Asn Gln Gly Ser Gly Val Pro Ser
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser
65 70 75 80
Ser Met Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Lys
85 90 95
Asp Val Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105 110
Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln
115 120 125
Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr
130 135 140
Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser
145 150 155 160
Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr
165 170 175
Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys
180 185 190
His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro
195 200 205
Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210 215
<210> 229
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成
<400> 229
Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser
1 5

Claims (79)

1.一种制备用于预测施用于受试者的可活化抗体的处置的定量系统药理学模型的方法，所述方法包括：
(a)提供表征可活化抗体和/或活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的靶标区室之间的质量转移的至少一个关系式或参数，其中所述靶标区室包含抗体或抗原结合片段(AB)特异性结合的靶标，
其中所述可活化抗体包含AB和前结构域，其中所述前结构域包含掩蔽部分(MM)和可裂解部分(CM)，其中与所述AB相比，所述可活化抗体对所述靶标的结合亲和力降低，
其中所述活化抗体包含AB，其相对于所述可活化抗体而言包含至少一个不再掩蔽所述AB的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化抗体相比，所述活化抗体对所述靶标的结合亲和力更高，以及
(b)提供表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的多个关系式和/或参数，其中所述反应中的至少一个是(i)将所述可活化抗体转化为所述活化抗体的反应，所述活化抗体与所述可活化抗体相比结合所述靶标的亲和力增加，其中所述转化步骤包括相对于所述可活化抗体中的所述AB而言，所述可活化抗体的至少一个前结构域的构象变化或至少一个前结构域从所述AB上裂解掉，由此所述转化引起与所述可活化抗体相比，所述AB结合靶标的亲和力增加；
(c)通过使用对一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的第一测量，确定表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数；
(d)通过使用对所述一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的第二测量，确定表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数；
(e)用以下速率常数对计算系统进行编程：(i)表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数，和(ii)表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数，
由此将所述计算系统编程为(i)在一组限定的药理学条件下对一组表达式求解，其中所述一组表达式包括表征可活化抗体和/或活化抗体的质量转移的所述至少一个关系式或参数，和表征所述反应的所述多个关系式和/或参数，以及(ii)输出在所述一组限定的药理学条件下，所述可活化抗体施用于所述受试者之后，所述受试者体内的一种或多种预测的药效学和/或药代动力学参数值。
2.如权利要求1所述的方法，其中对所述可活化抗体和/或活化抗体的所述第一测量包括
对取自施用了一个或多个剂量的所述可活化抗体的所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值的测量。
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中对所述可活化抗体和/或所述活化抗体的所述第二测量包括对取自施用了一个或多个剂量的所述可活化抗体的所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或活化抗体的浓度的时变值的测量。
4.如权利要求1、2或3所述的方法，其中所述靶标区室表示所述受试者中的肿瘤，其中所述肿瘤表达所述靶标。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述非靶标区室表示所述受试者的最初在施用后接受所述可活化抗体的部分。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述非靶标区室至少表示所述受试者的血浆区室。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述反应的第一反应发生在所述靶标区室中，并且所述反应中的第二反应发生在所述非靶标区室中。
8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式是采用所述非靶标区室中所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的速率表达式。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其进一步包括提供表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的第二非靶标区室之间的质量转移的关系式或参数。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述第二非靶标区室表示所述受试者的一个或多个非肿瘤器官或组织。
11.如权利要求1至10中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述可活化抗体的CM的裂解。
12.如权利要求1至11中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体与所述靶标的结合。
13.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括对所述可活化抗体的AB的去掩蔽，导致对所述AB结合所述靶标的抑制作用降低。
14.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括随蛋白酶浓度变化的裂解所述CM的速率的关系式，其中所述CM是所述蛋白酶的底物。
15.如权利要求1至14中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式和/或参数包括靶标表达速率或所述靶标的量的关系式。
16.如权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述药理学条件包括以下的一种或多种：所述可活化抗体的剂量，所述可活化抗体的剂量频率，与所述可活化抗体同时施用的其它药物，可活化抗体结合亲和力，活化抗体结合亲和力，所述MM的掩蔽效率，所述CM的裂解速率，所述靶标区室中的靶标浓度，以及两个或更多个区室之间所述可活化抗体的分配系数。
17.如权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述药效学和药代动力学参数值包括以下的一项或多项：靶标区室中所述可活化抗体的靶标占有率；外周区室中所述可活化抗体的靶标占有率；治疗窗；靶标区室中靶标介导的药物处置；外周区室中靶标介导的药物处置；血浆区室中靶标介导的药物处置；靶标区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；血浆区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度；和外周区室中活化抗体和/或可活化抗体的浓度。
18.如权利要求1所述的方法，其中确定表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数包括应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述目标函数是对数似然函数。
20.如权利要求1至19中任一项所述的方法，其中确定表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数包括应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值。
21.如权利要求20所述的方法，其中所述目标函数是对数似然函数。
22.如权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述一组表达式包括一个或多个零阶速率关系式、一阶速率关系式和/或二阶速率关系式的表达式。
23.如权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述一组表达式包括：
所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性微分方程；和
所述靶标区室中活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述靶标区室中可活化抗体的时间依赖性微分方程。
24.如权利要求1至23中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测。
25.一种计算机程序产品，其包括非暂时性计算机可读介质，在所述非暂时性计算机可读介质上提供了用于使计算系统执行定量系统药理学模型以预测施用了可活化抗体的受试者的药效学和/或药代动力学参数值的指令，其中所述指令包括用于以下的指令：
在一组限定的药理学条件下对一组表达式求解，其中所述一组表达式表示：
(a)表征可活化抗体和/或活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的靶标区室之间的质量转移的至少一个关系式或参数，其中所述靶标区室包含至少所述活化抗体结合的靶标，
其中所述可活化抗体包含AB和前结构域，其中所述前结构域包含掩蔽部分(MM)和可裂解部分(CM)，其中与所述AB相比，所述可活化抗体对所述靶标的结合亲和力降低，
其中所述活化抗体包含AB，其相对于所述可活化抗体而言包含至少一个不再掩蔽所述AB的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化抗体相比，所述活化抗体对所述靶标的结合亲和力更高，以及
(b)表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的多个关系式和/或参数，其中所述反应中的至少一个是(i)将所述可活化抗体转化为所述活化抗体的反应，所述活化抗体与所述可活化抗体相比结合所述靶标的亲和力增加，其中所述转化步骤包括相对于所述可活化抗体中的所述AB而言，所述可活化抗体的至少一个前结构域的构象变化或至少一个前结构域从所述AB上裂解下，由此所述转化引起与所述可活化抗体相比，所述AB结合靶标的亲和力增加；以及
输出在所述一组限定的药理学条件下，向所述受试者施用所述可活化抗体之后，所述受试者的一种或多种预测的药效学和/或药代动力学参数值。
26.如权利要求25所述的计算机程序产品，其中表征可活化抗体和/或活化抗体的所述质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数通过使用对一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的测量来确定。
27.如权利要求25或26所述的计算机程序产品，其中表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值而确定。
28.如权利要求25至27中任一项所述的计算机程序产品，其中所述目标函数是对数似然函数。
29.如权利要求25至28中任一项所述的计算机程序产品，其中表征可活化抗体和/或活化抗体的所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数通过使用对一个或多个试验受试者体内或体外的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的测量来确定。
30.如权利要求25至29中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值来确定。
31.如权利要求30所述的计算机程序产品，其中所述目标函数是对数似然函数。
32.如权利要求25至31中任一项所述的计算机程序产品，其中所述靶标区室表示所述受试者中的肿瘤，其中所述肿瘤表达所述靶标。
33.如权利要求25至32中任一项所述的计算机程序产品，其中所述非靶标区室表示所述受试者的最初在施用后接受所述可活化抗体的部分。
34.如权利要求33所述的计算机程序产品，其中所述非靶标区室至少表示所述受试者的血浆区室。
35.如权利要求25至34中任一项所述的计算机程序产品，其中所述反应中的第一反应发生在所述靶标区室中，并且所述反应中的第二反应发生在所述非靶标区室中。
36.如权利要求25至35中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式是采用所述非靶标区室中所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的速率表达式。
37.如权利要求25至36中任一项所述的计算机程序产品，其进一步包括提供表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的第二非靶标区室之间的质量转移的关系式或参数。
38.如权利要求37所述的计算机程序产品，其中所述第二非靶标区室表示所述受试者的一个或多个非肿瘤器官或组织。
39.如权利要求25至38中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体或所述可活化抗体的CM的裂解。
40.如权利要求25至39中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体与所述靶标的结合。
41.如权利要求25至40中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括对所述未裂解的可活化抗体的AB的去掩蔽，导致对所述AB结合所述靶标的抑制作用降低。
42.如权利要求25至41中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括随蛋白酶浓度变化的裂解所述CM的速率的关系式，其中所述CM是蛋白酶的底物。
43.如权利要求25至42中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式和/或参数包括靶标表达速率或所述靶标的量的关系式。
44.如权利要求25至43中任一项所述的计算机程序产品，其中所述药理学条件包括以下的一种或多种：所述可活化抗体的剂量，所述可活化抗体的剂量频率，与所述可活化抗体同时施用的其它药物，可活化抗体结合亲和力，活化抗体结合亲和力，所述MM的掩蔽效率，所述CM的裂解速率，所述靶标区室中的靶标浓度，以及两个或更多个区室之间所述可活化抗体的分配系数。
45.如权利要求25至44中任一项所述的计算机程序产品，其中所述药效学和药代动力学参数值包括以下的一项或多项：靶标区室中所述可活化抗体的靶标占有率；外周区室中所述可活化抗体的靶标占有率；治疗窗；靶标区室中靶标介导的药物处置；外周区室中靶标介导的药物处置；血浆区室中靶标介导的药物处置；靶标区室中裂解的和/或未裂解的可活化抗体的浓度；血浆区室中裂解的和/或未裂解的可活化抗体的浓度；和外周区室中裂解的和/或未裂解的可活化抗体的浓度。
46.如权利要求25至45中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值而确定。
47.如权利要求46所述的计算机程序产品，其中所述目标函数是对数似然函数。
48.如权利要求25至47中任一项所述的计算机程序产品，其中表征所述反应中的至少一种的所述关系式或所述参数的速率常数通过应用目标函数来至少评价取自所述一个或多个试验受试者的样品中的所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的时变值来确定。
49.如权利要求48所述的计算机程序产品，其中所述目标函数是对数似然函数。
50.如权利要求25至49中任一项所述的计算机程序产品，其中所述一组表达式包括一个或多个零阶速率关系式、一阶速率关系式和/或二阶速率关系式的表达式。
51.如权利要求25至40中任一项所述的计算机程序产品，其中所述一组表达式包括：
所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性微分方程；和
所述靶标区室中活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述靶标区室中可活化抗体的时间依赖性微分方程。
52.如权利要求25至51中任一项所述的计算机程序产品，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测。
53.一种预测在施用可活化抗体之后受试者的药效学和/或药代动力学参数值的方法，其中所述方法包括：
将一组限定的药理学条件输入到定量系统药理学模型，所述模型包括用于在一组限定的药理学条件下对一组表达式求解的指令，其中所述一组表达式表示：
(a)表征可活化抗体和/或活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的靶标区室之间的质量转移的至少一个关系式或参数，其中所述靶标区室包含至少所述活化抗体结合的靶标，
其中所述可活化抗体包含AB和前结构域，其中所述前结构域包含掩蔽部分(MM)和可裂解部分(CM)，其中与所述AB相比，所述可活化抗体对所述靶标的结合亲和力降低，
其中所述活化抗体包含AB，其相对于所述可活化抗体而言包含至少一个不再掩蔽所述AB的前结构域或缺少至少一个前结构域，其中与所述可活化抗体相比，所述活化抗体对所述靶标的结合亲和力更高，以及
(b)表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的多个关系式和/或参数，其中所述反应中的至少一个是将所述可活化抗体转化为所述活化抗体的反应，所述活化抗体与所述可活化抗体相比结合所述靶标的亲和力增加，其中所述转化步骤包括相对于所述可活化抗体中的所述AB而言，所述可活化抗体的至少一个前结构域的构象变化或至少一个前结构域从所述AB上裂解下，由此所述转化引起与所述可活化抗体相比，所述AB结合靶标的亲和力增加；以及
从所述定量系统药理学模型接收在所述一组限定的药理学条件下，向所述受试者施用所述可活化抗体之后，所述受试者的一种或多种预测的药效学和/或药代动力学参数值。
54.如权利要求53所述的方法，其进一步包括使用所述一个或多个预测的药效学和药代动力学参数值来鉴定或选择对于从所述AB裂解所述MM具有选定易感性的治疗性可活化抗体。
55.如权利要求53或54所述的方法，其进一步包括使用所述一个或多个预测的药效学和药代动力学参数值来鉴定或选择使用所述可活化抗体治疗患者的治疗方案。
56.如权利要求53至55中任一项所述的方法，其中所述靶标区室表示所述受试者中的肿瘤，其中所述肿瘤表达所述靶标。
57.如权利要求53至55中任一项所述的方法，其中所述非靶标区室表示所述受试者的最初在施用后接受所述可活化抗体的部分。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述非靶标区室至少表示所述受试者的血浆区室。
59.如权利要求53至58中任一项所述的方法，其中所述反应中的第一反应发生在所述靶标区室中，并且所述反应中的第二反应发生在所述非靶标区室中。
60.如权利要求53至59中任一项所述的方法，其中表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体的质量转移的所述关系式是采用所述非靶标区室中所述可活化抗体和/或所述活化抗体的浓度的速率表达式。
61.如权利要求53至60中任一项所述的方法，其进一步包括提供表征所述可活化抗体和/或所述活化抗体在所述受试者的非靶标区室与所述受试者的第二非靶标区室之间的质量转移的关系式或参数。
62.如权利要求61所述的方法，其中所述第二非靶标区室表示所述受试者的一个或多个非肿瘤器官或组织。
63.如权利要求53至62中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的反应的所述多个关系式中的至少一个包括具有一个前结构域的所述活化抗体或所述可活化抗体的CM的裂解。
64.如权利要求53至63中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括所述活化抗体与所述靶标的结合。
65.如权利要求53至64中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括对所述可活化抗体的AB的去掩蔽，导致对所述AB结合所述靶标的抑制作用降低。
66.如权利要求53至65中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式中的至少一个包括随蛋白酶浓度变化的裂解所述CM的速率的关系式，其中所述CM是蛋白酶的底物。
67.如权利要求53至66中任一项所述的方法，其中表征所述非靶标区室和/或所述靶标区室中的所述反应的所述多个关系式和/或参数包括靶标表达速率或所述靶标的量的关系式。
68.如权利要求53至67中任一项所述的方法，其中所述一组表达式包括一个或多个零阶速率关系式、一阶速率关系式和/或二阶速率关系式的表达式。
69.如权利要求53至68中任一项所述的方法，其中所述一组表达式包括：
所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性微分方程；和
所述靶标区室中活化抗体的时间依赖性微分方程和/或所述靶标区室中可活化抗体的时间依赖性微分方程。
70.如权利要求53至69中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体的时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的时间依赖性浓度或量的预测。
71.如权利要求1至23中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的剂量和时间依赖性浓度或量的预测。
72.如权利要求25至51中任一项所述的计算机程序产品，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体的剂量和时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体的剂量和时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测。
73.如权利要求53至69中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体的剂量和时间依赖性浓度或量和/或所述靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测。
74.如权利要求1至23中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述靶标区室中所述可活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体的预测。
75.如权利要求25至51中任一项所述的计算机程序产品，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述靶标区室中所述可活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体的预测。
76.如权利要求53至69中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
对所述靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述靶标区室中所述可活化抗体占有的剂量和/或时间依赖性受体的预测。
77.如权利要求1至23中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，
对所述靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述靶标区室中所述可活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体的预测，以及
基于导致所述靶标区室中所述活化抗体和可活化抗体占有给定靶标的剂量，对生物有效剂量的预测。
78.如权利要求25至51中任一项所述的计算机程序产品，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
基于导致所述靶标区室中所述活化抗体和可活化抗体占有给定靶标的剂量，对生物有效剂量的预测。
79.如权利要求53至69中任一项所述的方法，其中将所述一组表达式配置为在所述定量系统药理学模型的执行期间，对时间依赖性微分方程进行数值求解以提供：
对所述非靶标区室中所述活化抗体占有的靶标的剂量和/或时间依赖性受体和/或所述非靶标区室中所述可活化抗体的剂量和/或时间依赖性浓度或量的预测，以及
基于导致所述靶标区室中所述活化抗体和可活化抗体占有给定靶标的剂量，对生物有效剂量的预测。
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