CN111276222A - 一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及Python应用与开发技术领域，具体涉及一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法。本发明所述的方法包含以下几个步骤：1.导入模块，2.环境初始化，3转换核心代码的撰写，4.转换关键方法的撰写，5.输出转换后文件路径。本发明结合Python编程技术开创了一种简单快捷，成熟的图像转换方法，针对目前越来越广泛使用的医学图像文件，解决了其需要特定程序才能打开的不便，并且提供了连续转换的便利功能，达到提高医学图像文件易使用性，易转换性的作用。
Description
技术领域
本发明涉及Python应用与开发技术领域，具体涉及一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法。
背景技术
随着医疗科技的发展，DICOM被广泛应用于放射医疗、心血管成像以及放射诊疗诊断设备上，并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中，DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。但对于病患及医学系学生来说，dicom格式的图像文件需要特定的程序才能打开，在各种生活情景中造成了各种不便。
本发明结合Python编程技术开创了一种简单快捷，成熟的图像转换方法，针对目前越来越广泛使用的医学图像文件，解决了其需要特定程序才能打开的不便，并且提供了连续转换的便利功能，达到提高医学图像文件易使用性，易转换性的作用。
发明内容
本发明结合Python编程技术开创了一种简单快捷，成熟的图像转换方法，针对目前越来越广泛使用的医学图像文件，解决了其需要特定程序才能打开的不便，并且提供了连续转换的便利功能，达到提高医学图像文件易使用性，易转换性的作用。
本发明解决上述技术问题的技术方案是：
所述的方法包含以下几个步骤：
步骤一：根据程序运行需求，导入所需的模块；
步骤二：环境的初始化，包括变量，路径等；
步骤三：图像转换核心代码的撰写；
步骤四：图像转换关键方法的撰写；
步骤五：转换成功的图像的路径拼接及显示。
所述的步骤一中，根据程序运行需求，导入所需模块的具体步骤如下:
（1）导入基于ITK内核的Python封装层：SimpleITK模块；
（2）导入支持高级大量的维度数组与矩阵运算的模块：Numerical Python（numpy）模块；
（3）导入用以链接OpenCV的模块：cv2模块；
（4）导入用以实现与具体平台无关的操作系统功能的os模块；
（5）导入图像处理模块：Image模块；
（6）导入时间模块：time模块。
所述的步骤二中，环境的初始化的具体步骤如下:
（1）设置计数器counter，令它为1；
（2）设置要转换的医学图像文件的路径，比如：path = "/Users/test"；
（3）使用os.listdir() 方法，将括号中路径下包含的文件或文件夹的名字的列表返回给filename，比如：filename = os.listdir(path)；
（4）输出filename的内容到屏幕上，给用户确认列表中的文件是否就是要转换的全部医学图像文件。
所述的步骤三中，图像转换核心代码的撰写的具体步骤如下：
（1）用一条判断语句实现代码的合理调用：if __name__ == '__main__'；
实现了当该模块被直接运行时，才允许运行之后的语句；
（2）写一个for()循环，并且读取dicom文件的相关信息；
（3）获取dicom文件的array：用SimpleITK读取图像数据的坐标顺序 zyx，具体的数据格式类似于 （1，height，width）的形式，比如：img_array = sitk.GetArrayFromImage(ds_array)；
（4）设置中间变量temp，将图像的array信息赋给temp；
（5）获取array中的height和width，并将其中最大的值赋给中间变量 high，其中最小的值赋给中间变量low；
（6）调用图像转换的关键方法，比如：transform_to_jpg(img_array, low, high,output_path)；
（7）实现了图像的转换，输出提示信息'FINISHED'。
所述的步骤四中，图像转换关键方法的撰写的具体步骤如下：
（1）调用np.array()方法，构建一个图像数据信息的数组；
（2）对数组中的每一个数据进行处理变换，方法为： transform = (img- array[0])/( array[1]- array[0]) ；
（3）将像素值范围设置为[0,255]，且数据类型转换成astype；
（4）调用cv2模块的imwrite()方法，四个输入参数分别为：图像的array 信息，中间变量high，low的值，转换的输出路径。
所述的步骤五中，转换成功的图像的路径拼接及显示的具体步骤如下：
（1）设置输出文件夹的路径，比如：outputpath = "/Users/output/"；
（2）设置每一个转换成功的jpg文件的文件名，第一个为1，下一个累 加一，为二，以此类推；
（3）在文件名之后加上jpg文件的后缀名，比如fullname = firstname + '.jpg'；
（4）将jpg文件的文件名及文件夹路径合并在一起输出到屏幕上。
本发明结合Python编程技术开创了一种简单快捷，成熟的图像转换方法，针对目前越来越广泛使用的医学图像文件，解决了其需要特定程序才能打开的不便，并且提供了连续转换的便利功能，达到提高医学图像文件易使用性，易转换性的作用。
附图说明
下面结合附图对本发明进一步说明：
图1是本发明方法流程图。
具体实施方式
如图1所示，本发明具体包含以下几个步骤 ：
步骤一：根据程序运行需求，导入各种所需的模块：SimpleITK 模块， numpy模块， cv2模块，os模块，time模块，image模块；
步骤二：环境的初始化，包括：计数器变量的初始化，待转换文件路径的设置，待转换文件列表的读取，待转换文件列表的输出；
步骤三：用一条判断语句实现代码的合理调用：if __name__ == '__main__'；
实现了当该模块被直接运行时，才允许运行之后的语句；
步骤四：写一个for()循环，并且读取dicom文件的相关信息；
步骤五：获取dicom文件的array：用SimpleITK读取图像数据的坐标顺序zyx，具体的数据格式类似于 （1，height，width）的形式，比如：img_array = sitk.GetArrayFromImage(ds_array)；
步骤六：设置中间变量temp，将图像的array信息赋给temp；
步骤七：获取array中的height和width，并将其中最大的值赋给中间变量 high，其中最小的值赋给中间变量low；
步骤八：调用图像转换的关键方法，比如：transform_to_jpg(img_array, low, high,output_path)；
步骤九：实现了图像的转换，输出提示信息'FINISHED'；
步骤十：调用np.array()方法，构建一个图像数据信息的数组；
步骤十一：对数组中的每一个数据进行处理变换，方法为： transform = (img- array[0])/( array[1]- array[0]) ；
步骤十二：将像素值范围设置为[0,255]，且数据类型转换成astype；
步骤十三：调用cv2模块的imwrite()方法，四个输入参数分别为：图像的array 信息，中间变量high，low的值，转换的输出路径；
步骤十四：先设置输出文件夹的路径，比如：outputpath = "/Users/output/"；
步骤十五：设置每一个转换成功的jpg文件的文件名，第一个为1，下一个累 加一，为二，以此类推；
步骤十六：在文件名之后加上jpg文件的后缀名，比如fullname = firstname + '.jpg'；
步骤十七：将jpg文件的文件名及文件夹路径合并在一起输出到屏幕上。
Claims (6)
1.一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法，其特征在于：所述的方法包含以下几个步骤：
步骤一：根据程序运行需求，导入各种所需的模块；
步骤二：环境的初始化，包括变量，路径，计数器等；
步骤三：图像转换核心代码的撰写；
步骤四：图像转换关键方法的撰写；
步骤五：转换成功的图像的路径拼接及显示。
2.根据权利要求1所述的一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法，其特征在于：所述的步骤一中，根据程序运行需求，导入所需模块的具体步骤如下:
步骤一：导入基于ITK内核的Python封装层：SimpleITK模块；
步骤二：导入支持高级大量的维度数组与矩阵运算的模块：Numerical Python（numpy）模块；
步骤三：导入用以链接OpenCV的模块：cv2模块；
步骤四：导入用以实现与具体平台无关的操作系统功能的os模块；
步骤五：导入图像处理模块：Image模块；
步骤六：导入时间模块：time模块。
3.根据权利要求1所述的一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法，其特征在于：所述的步骤二中，环境的初始化的具体步骤如下:
步骤一：设置计数器counter，令它为1；
步骤二：设置要转换的医学图像文件的路径，比如：path = "/Users/test"；
步骤三：使用os.listdir() 方法，将括号中路径下包含的文件或文件夹的名字的列表返回给filename，比如：filename = os.listdir(path)；
步骤四：输出filename的内容到屏幕上，给用户确认列表中的文件是否就是要转换的全部医学图像文件。
4.根据权利要求1所述的一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法，其特征在于：所述的步骤三中，图像转换核心代码的撰写的具体步骤如下：
步骤一：用一条判断语句实现代码的合理调用：if __name__ == '__main__'；
实现了当该模块被直接运行时，才允许运行之后的语句；
步骤二：写一个for()循环，并且读取dicom文件的相关信息；
步骤三：获取dicom文件的array：用SimpleITK读取图像数据的坐标顺序 zyx，具体的数据格式类似于 （1，height，width）的形式，比如：img_array = sitk.GetArrayFromImage(ds_array)；
步骤四：设置中间变量temp，将图像的array信息赋给temp；
步骤五：获取array中的height和width，并将其中最大的值赋给中间变量 high，其中最小的值赋给中间变量low；
步骤六：调用图像转换的关键方法，比如：transform_to_jpg(img_array, low, high,output_path)；
步骤七：实现了图像的转换，输出提示信息'FINISHED'。
5.根据权利要求1所述的一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法，其特征在于：所述的步骤四中，图像转换关键方法的撰写的具体步骤如下：
步骤一：调用np.array()方法，构建一个图像数据信息的数组；
步骤二：对数组中的每一个数据进行处理变换，方法为： transform = (img- array[0])/( array[1]- array[0]) ；
步骤三：将像素值范围设置为[0,255]，且数据类型转换成astype；
步骤四：调用cv2模块的imwrite()方法，四个输入参数分别为：图像的array 信息，中间变量high，low的值，转换的输出路径。
6.根据权利要求1所述的一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法，其特征在于：所述的步骤五中，转换成功的图像的路径拼接及显示的具体步骤如下：
步骤一：先设置输出文件夹的路径，比如：outputpath = "/Users/output/"；
步骤二：设置每一个转换成功的jpg文件的文件名，第一个为1，下一个累 加一，为二，以此类推；
步骤三：在文件名之后加上jpg文件的后缀名，比如fullname = firstname + '.jpg'；
步骤四：将jpg文件的文件名及文件夹路径合并在一起输出到屏幕上。
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| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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| CN201811473058.2A CN111276222A (zh) | 2018-12-05 | 2018-12-05 | 一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法 |
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| CN201811473058.2A Pending CN111276222A (zh) | 2018-12-05 | 2018-12-05 | 一种基于python实现医学图像文件连续转换成jpg映像文件的方法 |
Country Status (1)
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|---|---|
| CN (1) | CN111276222A (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112365958A (zh) * | 2020-10-20 | 2021-02-12 | 浙江工业大学 | 一种dicom文件信息读取及图像格式转换方法 |
-
2018
- 2018-12-05 CN CN201811473058.2A patent/CN111276222A/zh active Pending
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112365958A (zh) * | 2020-10-20 | 2021-02-12 | 浙江工业大学 | 一种dicom文件信息读取及图像格式转换方法 |
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20200612 |
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