CN110891588A - 拟肽大环化合物及其用途 - Google Patents

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Abstract

本公开描述了拟肽大环化合物的合成和使用拟肽大环化合物治疗病况的方法。本公开还描述了将拟肽大环化合物与至少一种附加药学活性剂联合使用以治疗诸如癌症等病况的方法。

Description

拟肽大环化合物及其用途
交叉引用
本申请要求2017年5月11日提交的第62/504,922号美国临时申请、2017年10月13日提交的第62/571,881号美国临时申请和2018年3月30日提交的第62/650,527号美国临时申请的权益，这些临时申请各自通过引用整体并入本文。
背景技术
人转录因子蛋白质p53响应于DNA损伤和细胞应激而诱导细胞周期停滞和凋亡，从而在保护细胞免于恶性转化方面发挥关键作用。E3泛素连接酶MDM2(也称为HDM2)通过中和p53反式激活活性的直接结合相互作用而负调节p53的功能。由缺失、突变或MDM2过表达引起的p53活性丧失是人类癌症的最常见缺陷。
援引并入
本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同明确地且分别地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用而并入。
发明内容
在一些实施方案中，本公开提供了一种治疗有需要的受试者中的病况的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种药学活性剂，其中该拟肽大环化合物和至少一种药学活性剂以超过61分钟的时间间隔施用。
附图说明
图1显示了用SP262和SP154处理导致HCT-116p53+/+细胞中的PD-L1表达降低，而HCT-116p53-/-细胞中的PD-L1表达不降低。
图2示出了在“3+3”剂量递增试验中使用的给药方案(DR)。
图3显示了在A组(左图)和B组(右图)中测试的所有剂量水平下患者血浆中的药物浓度水平。
图4显示了在0.83mg/kg或更高的剂量水平下，在周期1的第1、2或3天(C1D1、C1D2、C1D3)的血浆MIC-1与基线水平相比的增加倍数水平。
图5显示了瀑布图，其示出了在1期剂量递增试验的患者中AP1的抗肿瘤活性。
图6显示了针对33名患者的抗肿瘤活性研究的结果。
图7显示了当以≥3.2mg/kg/周期给予AP1时，具有CR、PR和SD的可评价p53-WT患者的药物使用时间。
图8中的图A显示了一名50岁的外周T细胞淋巴瘤(PTCL)患者。图8中的图B显示在六个周期的AP1治疗后，淋巴结恢复到其正常大小，并且不再被PET示踪剂检测为癌性的。图8中的图C显示了一名73岁的Merkel细胞癌(MCC)患者的图像。图8中的图D显示在一个周期的AP1治疗后，皮肤病变的大小减小，并且仅留下轻微的瘢痕组织。
图9的左图显示了在用AP1治疗之前，加入2期研究的第一名患者的PET扫描。图9的右图显示了在2个周期的AP1治疗后，加入2期研究的第一名患者的PET扫描。
图10的上图显示了对于媒介物和采用20mg/kg AP1的治疗，骨髓中的人CD45植入的百分比。图10的下图显示了在用媒介物处理或施用AP1后，小鼠的存活百分比。
图11显示了在不同数目的MCF-7细胞在37℃下生长24小时生长期后，在指定的时间点测量的，使用WST-1试验测定的MCF-7细胞增殖的图示。
图12显示了当用不同浓度的瑞博西尼(ribociclib)处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图13显示了当用AP1或AP1加不同浓度的瑞博西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图14显示了当用不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。用瑞博西尼或瑞博西尼与浓度为0.1μM、0.3μM和1μM的AP1的组合处理MCF-7细胞。
图15显示了当用瑞博西尼或瑞博西尼加不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图16显示了瑞博西尼在MCF-7细胞中的联合指数图。
图17显示了当用不同浓度的阿贝西尼(abemaciclib)处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图18显示了当用AP1或AP1加不同浓度的阿贝西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图19显示了当用不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图20显示了当用阿贝西尼或阿贝西尼加不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图21显示了当单独用帕博西尼(palbociclib)处理细胞时MCF-7细胞的细胞增殖。
图22显示了当单独用AP1处理细胞时MCF-7细胞的细胞增殖。
图23显示了当同时用固定量的AP1和不同量的帕博西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图24显示了当同时用固定量的帕博西尼和不同量的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图25显示了当在72h期间内用不同浓度的AP1和帕博西尼以不同顺序处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
图26显示了当用AP1预处理细胞24h，随后用不同浓度的帕博西尼处理时；以及当用不同浓度的帕博西尼预处理细胞24h，随后用固定量的AP1处理时，MCF-7细胞的增殖。
图27显示了当用不同浓度的AP1预处理细胞24h，随后用固定量的帕博西尼处理时；以及当用固定量的帕博西尼预处理细胞，随后用不同浓度的AP1处理时，MCF-7细胞的增殖。
图28显示了当单独用帕博西尼处理细胞时的MOLT-3细胞增殖。
图29显示了当单独用AP1处理细胞时的MOLT-3细胞增殖。
图30显示了使用WST-1试验用AP1和帕博西尼处理MCF-7细胞的联合指数图。
图31显示了使用CyQUANT用AP1和帕博西尼处理MCF-7细胞的联合指数图。
图32显示了AP1、帕博西尼或AP1+帕博西尼联合治疗对SJSA-1骨肉瘤异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。
图33显示了AP1、帕博西尼或AP1+帕博西尼联合治疗对MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。
图34显示了用媒介物处理的MCF-7.1人乳腺癌异种移植物处理的小鼠的单个肿瘤体积。
图35中的图A显示了用AP1 20mg/kg qwk×4治疗的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图B显示了用帕博西尼75mg/kg qd×22治疗的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图C显示了用AP1治疗并在施用AP1后6h用帕博西尼治疗的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图D显示了用帕博西尼治疗并在施用AP1后6h用AP1治疗的小鼠的单个肿瘤体积。
图36显示了AP1、帕博西尼或AP1+帕博西尼联合治疗对A549异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。
图37中的图A显示了媒介物处理对A549异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。图37中的图B显示了媒介物处理对A549异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。
图38显示了当用单独的曲美替尼(trametinib)或曲美替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。
图39显示了用AP1和曲美替尼处理C32细胞的联合指数图。
图40显示了当用单独的AP1或AP1加不同浓度的曲美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。
图41显示了当用不同浓度的AP1和不同浓度的曲美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。
图42显示了当用单独的AP1或AP1加不同浓度的曲美替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图43显示了当不用药剂、用单独的AP1、单独的曲美替尼或0.03μM AP1加1.0nM曲美替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图44显示了当用单独的曲美替尼或曲美替尼加不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图45显示了用AP1和曲美替尼处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
图46显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的曲美替尼处理细胞时的A375细胞增殖。
图47显示了当用单独的曲美替尼或曲美替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的A375细胞增殖。
图48显示了用AP1和曲美替尼处理A375黑素瘤细胞的联合指数图。
图49显示了当用不同的比尼替尼(binimetinib)和AP1处理细胞时的C32细胞增殖。
图50显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的比尼替尼处理细胞时的C32细胞增殖。
图51显示了当用单独的比尼替尼或比尼替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。
图52显示了用AP1和比尼替尼处理C32细胞的联合指数图。
图53显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的比尼替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图54显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的比尼替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图55显示了当用单独的比尼替尼或比尼替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图56显示了用AP1和比尼替尼处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
图57显示了当用单独的AP1或AP1联合不同组合的pimasertib处理细胞时的C32细胞增殖。
图58显示了当用不同浓度的AP1和pimasertib处理细胞时的C32细胞增殖。
图59显示了当用单独的pimasertib或pimasertib联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。
图60显示了用AP1和pimasertib处理C32细胞的联合指数图。
图61显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图62显示了当用AP1和pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图63显示了当用单独的pimasertib或pimasertib联合不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图64显示了用AP1和pimasertib处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
图65显示了当用单独的AP1或AP1联合不同组合的司美替尼(selumetinib)处理细胞时的C32细胞增殖。
图66显示了当用不同浓度的AP1和司美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。
图67显示了当用单独的司美替尼或司美替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。
图68显示了用AP1和司美替尼处理C32细胞的联合指数图。
图69显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图70显示了当用AP1和pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图71显示了当用单独的pimasertib或pimasertib联合不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。
图72显示了用AP1和pimasertib处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
图73显示了用于研究AP1治疗AML的效果的联合治疗和给药方案。
图74按天显示了AP1或紫杉醇治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。
图75按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。
图76在显示生长的Log10轴上按天显示了AP1或紫杉醇治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。
图77在显示生长的Log10轴上按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。
图78按天显示了AP1或紫杉醇治疗对单个小鼠肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图79按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对单个小鼠肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图80按天显示了AP1或紫杉醇治疗对中值肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图81按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对中值肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图82按天显示了AP1或紫杉醇治疗对平均(±1StDev)肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图83按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对平均(±1StDev)肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图84按天比较了用AP1、紫杉醇治疗或用AP1+紫杉醇联合治疗对肿瘤体积与基线相比的平均％变化的结果。
图85按天比较了用AP1、紫杉醇治疗或用AP1+紫杉醇联合治疗对肿瘤体积与基线相比的平均％变化的结果。
图86按研究组显示了用AP1、紫杉醇治疗或用AP1+紫杉醇联合治疗对第28天单个肿瘤体积与基线相比的％变化的影响。
图87显示了用AP1、艾立布林(eribulin)治疗或用AP1+艾立布林联合治疗对肿瘤体积的平均％变化的影响。
图88显示了用AP1、艾立布林治疗或用AP1+艾立布林联合治疗对第28天单个肿瘤体积与基线相比的％变化的影响。
图89显示了在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中，按照AP1、
Figure BDA0002364426360000081
或
Figure BDA0002364426360000082
联合治疗的各种给药方案治疗的小鼠在12天时期内的归一化体重的变化。
图90显示了在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中，按照各种给药方案治疗的小鼠在12天时期内的肿瘤体积(mm3)变化。
图91中的图A显示了媒介物处理对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图91中的图B显示了抗PD-1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图91中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图91中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-1联合治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
图92中的图A显示了媒介物处理对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图92中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图92中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图92中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
图93中的图A显示了媒介物处理对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图93中的图B显示了抗PD-1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图93中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图93中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-1联合治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
图94中的图A显示了媒介物处理对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图94中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图94中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图94中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
图95中的图A显示了媒介物处理对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图95中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图95中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图95中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
图96中的图A显示了媒介物处理对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图96中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图96中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图96中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
图97中的图A显示了媒介物处理对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图97中的图B显示了抗CTLA-49H10治疗对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图97中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图97中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗CTLA-4联合治疗对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。
具体实施方式
人转录因子蛋白质p53响应于DNA损伤和细胞应激而诱导细胞周期停滞和凋亡，从而在保护细胞免于恶性转化方面发挥关键作用。E3泛素连接酶MDM2(也称为HDM2)通过中和p53反式激活活性的直接结合相互作用而负调节p53的功能。p53反式激活活性的中和导致p53蛋白质从核输出，其靶向p53以供经由泛素化-蛋白酶体途径降解。由缺失、突变或MDM2过表达引起的p53活性丧失是人类癌症的最常见缺陷。表达野生型p53的肿瘤易受到稳定或提高活性p53浓度的药剂的攻击。
MDMX(MDM4)是p53的负调节剂，并且在MDM2和MDMX的p53结合界面之间存在显著的结构同源性。p53-MDM2和p53-MDMX的蛋白质-蛋白质相互作用由p53的同一个15个残基的α螺旋反式激活域介导，该α螺旋反式激活域插入MDM2和MDMX的表面上的疏水性裂隙内。p53的这个域内的三个残基(F19、W23和L26)对与MDM2和MDMX的结合至关重要。
本文提供了能调节p53活性的基于p53的拟肽大环化合物和能抑制p53与MDM2和/或p53与MDMX蛋白之间相互作用的基于p53的拟肽大环化合物。本文还提供了基于p53的拟肽大环化合物和附加治疗剂在治疗病况中的用途。此外，本文提供了能够用于治疗疾病，例如癌症和其它过度增殖性疾病的基于p53的拟肽大环化合物和附加治疗剂。
定义
如本文所用的，术语“大环化合物”是指这样的分子：其具有包括由至少9个共价键合的原子形成的环或环形的化学结构。
如本文所用的，术语“拟肽大环化合物”或“交联的多肽”是指包含通过多个肽键连接的多个氨基酸残基和至少一个大环形成连接体的化合物，所述大环形成连接体在第一天然存在的或非天然存在的氨基酸残基(或类似物)与同一分子内的第二天然存在的或非天然存在的氨基酸残基(或类似物)之间形成大环。拟肽大环化合物包括其中大环形成连接体将第一氨基酸残基(或类似物)的α碳连接至第二氨基酸残基(或类似物)的α碳的实施方案。拟肽大环化合物任选地包含处于一个或多个氨基酸残基和/或氨基酸类似物残基之间的一个或多个非肽键，且除了形成大环化合物的任意残基外，任选地还包含一个或多个非天然存在的氨基酸残基或氨基酸类似物残基。当在拟肽大环化合物的背景下提及时，“相应的非交联多肽”被理解为涉及与该大环化合物长度相同并且包含对应于该大环化合物的野生型序列的等同天然氨基酸的多肽。
AP1为α螺旋烃交联的多肽大环化合物，其氨基酸序列的长度小于20个氨基酸，来源于野生型人p53蛋白质的反式激活域。AP1在野生型人p53蛋白质的反式激活域中相对于彼此的相同位置含有苯丙氨酸、色氨酸和亮氨酸氨基酸。AP1具有跨越在该氨基酸序列的i到i+7位置的氨基酸的单个交联，并且在i+7位置与羧基末端之间具有超过三个氨基酸。AP1与人MDM2和MDM4结合，并且具有如通过电喷雾离子化质谱法测得的950-975m/e的观测质量。
如本文所用的，术语“稳定性”是指如通过圆二色性、NMR或另一种生物物理测量法测量的，拟肽大环化合物在溶液中维持确定的二级结构，或在体外或体内对蛋白水解降解作用的抗性。本文预期的二级结构的非限制性实例是α-螺旋、310螺旋、β-转角和β-折叠。
如本文所用的，术语“螺旋稳定性”是指如通过圆二色性或NMR测量的，拟肽大环化合物维持α-螺旋结构。在一些实施方案中，与相应的非交联的大环化合物相比，如通过圆二色性确定的，拟肽大环化合物在α-螺旋度上可表现出至少1.25、1.5、1.75或2倍的增加。
术语“氨基酸”是指同时含有氨基和羧基的分子。合适的氨基酸包括但不限于天然存在的氨基酸的D-和L-异构体，以及通过有机合成或其它代谢途径制备的非天然存在的氨基酸。本文所用的术语氨基酸包括但不限于α-氨基酸、天然氨基酸、非天然氨基酸和氨基酸类似物。
术语“α-氨基酸”是指含有的氨基和羧基都结合到被指定为α-碳的碳上的分子。
术语“β-氨基酸”是指含有均为β构型的氨基和羧基的分子。
术语“天然存在的氨基酸”是指在自然界合成的肽中通常发现的20种氨基酸中的任一种，已知其单字母缩写为A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y和V。
下表示出了天然氨基酸的性质一览：
Figure BDA0002364426360000121
“疏水性氨基酸”包括小疏水性氨基酸和大疏水性氨基酸。“小疏水性氨基酸”为甘氨酸、丙氨酸、脯氨酸及其类似物。“大疏水性氨基酸”为缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸及其类似物。“极性氨基酸”为丝氨酸、苏氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、酪氨酸及其类似物。“带电荷氨基酸”为赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸及其类似物。
术语“氨基酸类似物”是指在结构上类似于氨基酸并且在拟肽大环化合物的形成中可代替氨基酸的分子。氨基酸类似物包括但不限于β-氨基酸和其中氨基或羧基被相似反应性的基团取代(例如，用仲胺或叔胺取代伯胺，或用酯取代羧基)的氨基酸。
术语“非天然氨基酸”是指并非在自然界合成的肽中通常发现的二十种氨基酸(已知其单字母缩写为A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y和V)之一的氨基酸。非天然氨基酸或氨基酸类似物包括但不限于根据以下的结构：
Figure BDA0002364426360000141
Figure BDA0002364426360000151
Figure BDA0002364426360000161
Figure BDA0002364426360000171
氨基酸类似物包括β-氨基酸类似物。β-氨基酸类似物的实例包括但不限以下：环状β-氨基酸类似物；β-丙氨酸；(R)-β-苯丙氨酸；(R)-1,2,3,4-四氢-异喹啉-3-乙酸；(R)-3-氨基-4-(1-萘基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-萘基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-溴苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-碘苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-吡啶基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-五氟-苯基丁酸；(R)-3-氨基-5-己烯酸；(R)-3-氨基-5-己炔酸；(R)-3-氨基-5-苯基戊酸；(R)-3-氨基-6-苯基-5-己烯酸；(S)-1,2,3,4-四氢-异喹啉-3-乙酸；(S)-3-氨基-4-(1-萘基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-萘基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-溴苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-碘苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-吡啶基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-五氟-苯基丁酸；(S)-3-氨基-5-己烯酸；(S)-3-氨基-5-己炔酸；(S)-3-氨基-5-苯基戊酸；(S)-3-氨基-6-苯基-5-己烯酸；1,2,5,6-四氢吡啶-3-甲酸；1,2,5,6-四氢吡啶-4-甲酸；3-氨基-3-(2-氯苯基)-丙酸；3-氨基-3-(2-噻吩基)-丙酸；3-氨基-3-(3-溴苯基)-丙酸；3-氨基-3-(4-氯苯基)-丙酸；3-氨基-3-(4-甲氧苯基)-丙酸；3-氨基-4,4,4-三氟-丁酸；3-氨基己二酸；D-β-苯丙氨酸；β-亮氨酸；L-β-高丙氨酸；L-β-高天冬氨酸γ-苄酯；L-β-高谷氨酸δ-苄酯；L-β-高异亮氨酸；L-β-高亮氨酸；L-β-高甲硫氨酸；L-β-高苯丙氨酸；L-β-高脯氨酸；L-β-高色氨酸；L-β-高缬氨酸；L-Nω-苄氧羰基-β-高赖氨酸；Nω-L-β-高精氨酸；O-苄基-L-β-高羟脯氨酸；O-苄基-L-β-高丝氨酸；O-苄基-L-β-高苏氨酸；O-苄基-L-β-高酪氨酸；γ-三苯甲基-L-β-高天冬酰胺；(R)-β-苯丙氨酸；L-β-高天冬氨酸γ-叔丁酯；L-β-高谷氨酸δ-叔丁酯；L-Nω-β-高赖氨酸；Nδ-三苯甲基-L-β-高谷氨酰胺；Nω-2,2,4,6,7-五甲基-二氢苯并呋喃-5-磺酰基-L-β-高精氨酸；O-叔丁基-L-β-高羟基-脯氨酸；O-叔丁基-L-β-高丝氨酸；O-叔丁基-L-β-高苏氨酸；O-叔丁基-L-β-高酪氨酸；2-氨基环戊烷羧酸；和2-氨基环己烷羧酸。
氨基酸类似物包括丙氨酸、缬氨酸、甘氨酸或亮氨酸的类似物。丙氨酸、缬氨酸、甘氨酸或亮氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：α-甲氧基甘氨酸；α-烯丙基-L-丙氨酸；α-氨基异丁酸；α-甲基-亮氨酸；β-(1-萘基)-D-丙氨酸；β-(1-萘基)-L-丙氨酸；β-(2-萘基)-D-丙氨酸；β-(2-萘基)-L-丙氨酸；β-(2-吡啶基)-D-丙氨酸；β-(2-吡啶基)-L-丙氨酸；β-(2-噻吩基)-D-丙氨酸；β-(2-噻吩基)-L-丙氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-D-丙氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-L-丙氨酸；β-(3-吡啶基)-D-丙氨酸；β-(3-吡啶基)-L-丙氨酸；β-(4-吡啶基)-D-丙氨酸；β-(4-吡啶基)-L-丙氨酸；β-氯-L-丙氨酸；β-氰基-L-丙氨酸；β-环己基-D-丙氨酸；β-环己基-L-丙氨酸；β-环戊烯-1-基-丙氨酸；β-环戊基-丙氨酸；β-环丙基-L-Ala-OH·二环己基铵盐；β-叔丁基-D-丙氨酸；β-叔丁基-L-丙氨酸；γ-氨基丁酸；L-α,β-二氨基丙酸；2,4-二硝基-苯基甘氨酸；2,5-二氢-D-苯基甘氨酸；2-氨基-4,4,4-三氟丁酸；2-氟-苯基甘氨酸；3-氨基-4,4,4-三氟-丁酸；3-氟-缬氨酸；4,4,4-三氟-缬氨酸；4,5-脱氢-L-leu-OH·二环己基铵盐；4-氟-D-苯基甘氨酸；4-氟-L-苯基甘氨酸；4-羟基-D-苯基甘氨酸；5,5,5-三氟-亮氨酸；6-氨基己酸；环戊基-D-Gly-OH·二环己基铵盐；环戊基-Gly-OH·二环己基铵盐；D-α,β-二氨基丙酸；D-α-氨基丁酸；D-α-叔丁基甘氨酸；D-(2-噻吩基)甘氨酸；D-(3-噻吩基)甘氨酸；D-2-氨基己酸；D-2-茚满基甘氨酸；D-烯丙基甘氨酸·二环己基铵盐；D-环己基甘氨酸；D-正缬氨酸；D-苯基甘氨酸；β-氨基丁酸；β-氨基异丁酸；(2-溴苯基)甘氨酸；(2-甲氧基苯基)甘氨酸；(2-甲苯基)甘氨酸；(2-噻唑基)甘氨酸；(2-噻吩基)甘氨酸；2-氨基-3-(二甲氨基)-丙酸；L-α,β-二氨基丙酸；L-α-氨基丁酸；L-α-叔丁基甘氨酸；L-(3-噻吩基)甘氨酸；L-2-氨基-3-(二甲氨基)-丙酸；L-2-氨基己酸二环己基-铵盐；L-2-茚满基甘氨酸；L-烯丙基甘氨酸·二环己基铵盐；L-环己基甘氨酸；L-苯基甘氨酸；L-炔丙基甘氨酸；L-正缬氨酸；N-α-氨基甲基-L-丙氨酸；D-α,γ-二氨基丁酸；L-α,γ-二氨基丁酸；β-环丙基-L-丙氨酸；(N-β-(2,4-二硝基苯基))-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代亚环己-1-基)乙基)-D-α,β-二氨基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧环己-1-亚基)乙基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-4-甲基三苯甲基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-烯丙氧羰基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基)-D-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基)-L-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-D-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-L-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-烯丙氧羰基)-L-α,γ-二氨基丁酸；D-α,γ-二氨基丁酸；4,5-脱氢-L-亮氨酸；环戊基-D-Gly-OH；环戊基-Gly-OH；D-烯丙基甘氨酸；D-环己基高丙氨酸；L-1-芘基丙氨酸；L-2-氨基己酸；L-烯丙基甘氨酸；L-环己基高丙氨酸；和N-(2-羟基-4-甲氧基-Bzl)-Gly-OH。
氨基酸类似物包括精氨酸或赖氨酸的类似物。精氨酸和赖氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：瓜氨酸；L-2-氨基-3-胍基丙酸；L-2-氨基-3-脲基丙酸；L-瓜氨酸；Lys(Me)2-OH；Lys(N3)-OH；Nδ-苄氧羰基-L-鸟氨酸；Nω-硝基-D-精氨酸；Nω-硝基-L-精氨酸；α-甲基-鸟氨酸；2,6-二氨基庚二酸；L-鸟氨酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代-环己-1-亚基)乙基)-D-鸟氨酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧-环己-1-亚基)乙基)-L-鸟氨酸；(Nδ-4-甲基三苯甲基)-D-鸟氨酸；(Nδ-4-甲基三苯甲基)-L-鸟氨酸；D-鸟氨酸；L-鸟氨酸；Arg(Me)(Pbf)-OH；Arg(Me)2-OH(不对称的)；Arg(Me)2-OH(对称的)；Lys(ivDde)-OH；Lys(Me)2-OH·HCl；Lys(Me)3-OH氯化物；Nω-硝基-D-精氨酸；和Nω-硝基-L-精氨酸。
氨基酸类似物包括天冬氨酸或谷氨酸的类似物。天冬氨酸和谷氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：α-甲基-D-天冬氨酸；α-甲基-谷氨酸；α-甲基-L-天冬氨酸；γ-亚甲基-谷氨酸；(N-γ-乙基)-L-谷氨酰胺；[N-α-(4-氨基苯甲酰基)]-L-谷氨酸；2,6-二氨基庚二酸；L-α-氨基辛二酸；D-2-氨基己二酸；D-α-氨基辛二酸；α-氨基庚二酸；亚氨基二乙酸；L-2-氨基己二酸；苏-β-甲基-天冬氨酸；γ-羧基-D-谷氨酸γ,γ-二-叔丁酯；γ-羧基-L-谷氨酸γ,γ-二-叔丁酯；Glu(OAll)-OH；L-Asu(OtBu)-OH；和焦谷氨酸。
氨基酸类似物包括半胱氨酸和甲硫氨酸的类似物。半胱氨酸和甲硫氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于Cys(法呢基)-OH、Cys(法呢基)-OMe、α-甲基-甲硫氨酸、Cys(2-羟乙基)-OH、Cys(3-氨丙基)-OH、2-氨基-4-(乙硫基)丁酸、丁硫氨酸、丁硫氨酸亚砜胺、乙硫氨酸、甲硫氨酸甲基锍氯化物、硒代甲硫氨酸、磺丙氨酸、[2-(4-吡啶基)乙基]-DL-青霉胺、[2-(4-吡啶基)乙基]-L-半胱氨酸、4-甲氧苄基-D-青霉胺、4-甲氧苄基-L-青霉胺、4-甲基苄基-D-青霉胺、4-甲基苄基-L-青霉胺、苄基-D-半胱氨酸、苄基-L-半胱氨酸、苄基-DL-高半胱氨酸、氨甲酰基-L-半胱氨酸、羧乙基-L-半胱氨酸、羧甲基-L-半胱氨酸、二苯基甲基-L-半胱氨酸、乙基-L-半胱氨酸、甲基-L-半胱氨酸、叔丁基-D-半胱氨酸、三苯甲基-L-高半胱氨酸、三苯甲基-D-青霉胺、胱硫醚、高胱氨酸、L-高胱氨酸、(2-氨基乙基)-L-半胱氨酸、硒代-L-胱氨酸、胱硫醚、Cys(StBu)-OH和乙酰氨甲基-D-青霉胺。
氨基酸类似物包括苯丙氨酸和酪氨酸的类似物。苯丙氨酸和酪氨酸的氨基酸类似物的实例包括β-甲基-苯丙氨酸、β-羟基苯丙氨酸、α-甲基-3-甲氧基-DL-苯丙氨酸、α-甲基-D-苯丙氨酸、α-甲基-L-苯丙氨酸、1,2,3,4-四氢异喹啉-3-甲酸、2,4-二氯-苯丙氨酸、2-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、2-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、2-溴-D-苯丙氨酸、2-溴-L-苯丙氨酸、2-氯-D-苯丙氨酸、2-氯-L-苯丙氨酸、2-氰基-D-苯丙氨酸、2-氰基-L-苯丙氨酸、2-氟-D-苯丙氨酸、2-氟-L-苯丙氨酸、2-甲基-D-苯丙氨酸、2-甲基-L-苯丙氨酸、2-硝基-D-苯丙氨酸、2-硝基-L-苯丙氨酸、2,4,5-三羟基-苯丙氨酸、3,4,5-三氟-D-苯丙氨酸、3,4,5-三氟-L-苯丙氨酸、3,4-二氯-D-苯丙氨酸、3,4-二氯-L-苯丙氨酸、3,4-二氟-D-苯丙氨酸、3,4-二氟-L-苯丙氨酸、3,4-二羟基-L-苯丙氨酸、3,4-二甲氧基-L-苯丙氨酸、3,5,3’-三碘-L-甲状腺原氨酸、3,5-二碘-D-酪氨酸、3,5-二碘-L-酪氨酸、3,5-二碘-L-甲状腺原氨酸、3-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、3-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、3-氨基-L-酪氨酸、3-溴-D-苯丙氨酸、3-溴-L-苯丙氨酸、3-氯-D-苯丙氨酸、3-氯-L-苯丙氨酸、3-氯-L-酪氨酸、3-氰基-D-苯丙氨酸、3-氰基-L-苯丙氨酸、3-氟-D-苯丙氨酸、3-氟-L-苯丙氨酸、3-氟-酪氨酸、3-碘-D-苯丙氨酸、3-碘-L-苯丙氨酸、3-碘-L-酪氨酸、3-甲氧基-L-酪氨酸、3-甲基-D-苯丙氨酸、3-甲基-L-苯丙氨酸、3-硝基-D-苯丙氨酸、3-硝基-L-苯丙氨酸、3-硝基-L-酪氨酸、4-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、4-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、4-氨基-D-苯丙氨酸、4-氨基-L-苯丙氨酸、4-苯甲酰基-D-苯丙氨酸、4-苯甲酰基-L-苯丙氨酸、4-双(2-氯乙基)氨基-L-苯丙氨酸、4-溴-D-苯丙氨酸、4-溴-L-苯丙氨酸、4-氯-D-苯丙氨酸、4-氯-L-苯丙氨酸、4-氰基-D-苯丙氨酸、4-氰基-L-苯丙氨酸、4-氟-D-苯丙氨酸、4-氟-L-苯丙氨酸、4-碘-D-苯丙氨酸、4-碘-L-苯丙氨酸、高苯丙氨酸、甲状腺氨酸、3,3-二苯丙氨酸、甲状腺原氨酸、乙基-酪氨酸和甲基-酪氨酸。
氨基酸类似物包括脯氨酸的类似物。脯氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于3,4-脱氢-脯氨酸、4-氟-脯氨酸、顺-4-羟基-脯氨酸、噻唑烷-2-甲酸和反-4-氟-脯氨酸。
氨基酸类似物包括丝氨酸和苏氨酸的类似物。丝氨酸和苏氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于3-氨基-2-羟基-5-甲基己酸、2-氨基-3-羟基-4-甲基戊酸、2-氨基-3-乙氧丁酸、2-氨基-3-甲氧丁酸、4-氨基-3-羟基-6-甲基庚酸、2-氨基-3-苄氧丙酸、2-氨基-3-苄氧丙酸、2-氨基-3-乙氧丙酸、4-氨基-3-羟基丁酸和α-甲基丝氨酸。
氨基酸类似物包括色氨酸的类似物。色氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：α-甲基-色氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-D-丙氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-L-丙氨酸；1-甲基-色氨酸；4-甲基-色氨酸；5-苄氧基-色氨酸；5-溴-色氨酸；5-氯-色氨酸；5-氟-色氨酸；5-羟基-色氨酸；5-羟基-L-色氨酸；5-甲氧基-色氨酸；5-甲氧基-L-色氨酸；5-甲基-色氨酸；6-溴-色氨酸；6-氯-D-色氨酸；6-氯-色氨酸；6-氟-色氨酸；6-甲基-色氨酸；7-苄氧基-色氨酸；7-溴-色氨酸；7-甲基-色氨酸；D-1,2,3,4-四氢-去甲哈尔满-3-甲酸；6-甲氧基-1,2,3,4-四氢去甲哈尔满-1-甲酸；7-氮杂色氨酸；L-1,2,3,4-四氢-去甲哈尔满-3-甲酸；5-甲氧基-2-甲基-色氨酸；和6-氯-L-色氨酸。
在一些实施方案中，氨基酸类似物是外消旋的。在一些实施方案中，使用氨基酸类似物的D型异构体。在一些实施方案中，使用氨基酸类似物的L型异构体。在其它实施方案中，氨基酸类似物包含为R或S构型的手性中心。在又一些其它实施方案中，β-氨基酸类似物的氨基基团被诸如叔丁氧羰基(BOC基团)、9-芴甲氧羰基(FMOC)、甲苯磺酰基等保护基团取代。在一些其它实施方案中，β-氨基酸类似物的羧酸官能团例如作为其酯衍生物被保护。在一些实施方案中，使用氨基酸类似物的盐。
“非必需”氨基酸残基是相对于多肽的野生型序列可能发生改变而不消除或基本不消除其基本生物学或生物化学活性(例如，受体结合或激活)的残基。“必需”氨基酸残基是当相对于多肽的野生型序列发生改变时导致多肽的基本生物学或生物化学活性消除或基本消除的残基。
“保守氨基酸置换”是其中氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基所替代的氨基酸置换。本领域中已定义了具有相似侧链的氨基酸残基的家族。这些家族包括具有碱性侧链的氨基酸(例如，K、R、H)、具有酸性侧链的氨基酸(例如，D、E)、具有不带电荷的极性侧链的氨基酸(例如，G、N、Q、S、T、Y、C)、具有非极性侧链的氨基酸(例如，A、V、L、I、P、F、M、W)、具有β分支的侧链的氨基酸(例如，T、V、I)和具有芳香族侧链的氨基酸(例如，Y、F、W、H)。因此，多肽中预测的非必需氨基酸残基例如被来自同一侧链家族的另一种氨基酸残基所替代。可接受的置换的其它实例是基于电子等排考虑(例如，正亮氨酸取代甲硫氨酸)或其它性质(如2-噻吩丙氨酸取代苯丙氨酸，或6-Cl-色氨酸取代色氨酸)的置换。
术语“封端基团”是指出现在本发明拟肽大环化合物的多肽链的羧基末端或氨基末端的化学部分。羧基末端的封端基团包括未修饰的羧酸(即-COOH)或具有取代基的羧酸。例如，羧基末端可被氨基取代，从而在C末端产生羧酰胺。各种取代基包括但不限于伯胺、仲胺和叔胺，仲胺包括聚乙二醇化的仲胺。用于C末端的代表性的仲胺封端基团包括：
Figure BDA0002364426360000241
氨基末端的封端基团包括未修饰的胺(即-NH2)或具有取代基的胺。例如，氨基末端可被酰基取代，从而在N-末端生成羧酰胺。各种取代基包括但不限于取代的酰基，包括C1-C6羰基、C7-C30羰基和聚乙二醇化的氨基甲酸酯。用于N-末端的代表性封端基团包括但不限于4-FBzl(4-氟-苄基)及以下：
Figure BDA0002364426360000251
在本文中与大环化合物或大环形成连接体一起使用的术语“元”是指形成或可以形成大环的原子，并且不包括取代基或侧链原子。以此类推，环癸烷、1,2-二氟-癸烷和1,3-二甲基环癸烷都被认为是十元大环化合物，因为氢或氟取代基或甲基侧链都没有参与形成大环。
当用作分子结构的一部分时，符号
Figure BDA0002364426360000252
是指单键或者反式或顺式双键。
术语“氨基酸侧链”是指连接到氨基酸中的α-碳(或另一个骨架原子)上的部分。例如，丙氨酸的氨基酸侧链是甲基，苯丙氨酸的氨基酸侧链是苯甲基，半胱氨酸的氨基酸侧链是硫甲基，天冬氨酸的氨基酸侧链是羧甲基，酪氨酸的氨基酸侧链是4-羟基苯甲基，等等。也包括其它非天然存在的氨基酸侧链，例如，自然产生的氨基酸侧链(例如，氨基酸代谢物)或合成制备的氨基酸侧链(例如，α,α-二取代的氨基酸)。
术语“α,α-二取代的氨基酸”是指包含的氨基和羧基都结合到碳(α-碳)上而该碳(α-碳)连接到两个天然或非天然氨基酸侧链上的分子或部分。
术语“多肽”包括通过共价键(例如，酰胺键)连接的两个或更多个天然或非天然存在的氨基酸。本文所述的多肽包括全长蛋白质(例如，完全加工的蛋白质)以及较短的氨基酸序列(例如，天然存在的蛋白质的片段或合成的多肽片段)。
术语“第一C末端氨基酸”是指最靠近C末端的氨基酸。术语“第二C末端氨基酸”是指连接在第一C末端氨基酸的N末端处的氨基酸。
本文所用的术语“大环化试剂”或“大环形成试剂”是指任何可以用来通过介导两个反应性基团之间的反应而制备拟肽大环化合物的试剂。该反应性基团可以是，例如，叠氮和炔，在这种情况下，大环化试剂包括但不限于Cu试剂，如提供反应性Cu(I)物质的试剂，如CuBr、CuI或CuOTf，以及通过加入诸如抗坏血酸或抗坏血酸钠的还原剂可以原位转化为活性Cu(I)试剂的Cu(II)盐，如Cu(CO2CH3)2、CuSO4和CuCl2。大环化试剂另外还可以包括，例如，本领域已知的Ru试剂，如Cp*RuCl(PPh3)2、[Cp*RuCl]4，或其它可以提供反应性Ru(II)物质的Ru试剂。在其它情况下，反应性基团为末端烯烃。在这样的实施方案中，大环化试剂或大环形成试剂为复分解催化剂，包括但不限于稳定的后过渡金属卡宾络合物催化剂，如VIII族过渡金属卡宾催化剂。例如，这样的催化剂为具有+2氧化态、电子计数为16且五配位的Ru和Os金属中心。在其它实例中，催化剂具有W或Mo中心。在一些实施方案中，反应性基团为巯基。在一些实施方案中，大环化试剂为，例如，用两个巯基反应性基团如卤素基团官能化的连接体。
术语“卤代”或“卤素”是指氟、氯、溴或碘或其基团。
术语“烷基”是指含有指定数目的碳原子的直链或支链烃链。例如，C1-C10表示该基团中具有1-10(含端值)个碳原子。在没有指定任何数值时，“烷基”是其中具有1-20(含端值)个碳原子的链(直链或支链)。
术语“亚烷基”是指二价烷基(即，-R-)。
术语“烯基”是指具有一个或多个碳-碳双键的直链或支链烃链。烯基部分含有指定数目的碳原子。例如，C2-C10表示该基团具有2-10(含端值)个碳原子。术语“低级烯基”是指C2-C6烯基链。在没有指定任何数值时，“烯基”是具有2-20(含端值)个碳原子的链(直链或支链)。
术语“炔基”是指具有一个或多个碳-碳叁键的直链或支链烃链。炔基部分含有指定数目的碳原子。例如，C2-C10表示该基团具有2-10(含端值)个碳原子。术语“低级炔基”是指C2-C6炔基链。在没有指定任何数值时，“炔基”是具有2-20(含端值)个碳原子的链(直链或支链)。
术语“芳基”是指6碳单环或10碳双环的芳香环系，其中各环的0、1、2、3或4个原子被取代基取代。芳基的实例包括苯基、萘基等。术语“芳基烷氧基”是指被芳基取代的烷氧基。
“烷基芳基(arylalkyl)”是指其中芳基的氢原子中的一个被如上定义的C1-C5烷基取代的如上定义的芳基。烷基芳基的代表性实例包括但不限于：2-甲基苯基、3-甲基苯基、4-甲基苯基、2-乙基苯基、3-乙基苯基、4-乙基苯基、2-丙基苯基、3-丙基苯基、4-丙基苯基、2-丁基苯基、3-丁基苯基、4-丁基苯基、2-戊基苯基、3-戊基苯基、4-戊基苯基、2-异丙基苯基、3-异丙基苯基、4-异丙基苯基、2-异丁基苯基、3-异丁基苯基、4-异丁基苯基、2-仲丁基苯基、3-仲丁基苯基、4-仲丁基苯基、2-叔丁基苯基、3-叔丁基苯基和4-叔丁基苯基。
“酰胺基芳基(arylamido)”是指其中芳基的氢原子中的一个被一个或多个-C(O)NH2基团取代的如上定义的芳基。酰胺基芳基的代表性实例包括：2-C(O)NH2-苯基、3-C(O)NH2-苯基、4-C(O)NH2-苯基、2-C(O)NH2-吡啶基、3-C(O)NH2-吡啶基和4-C(O)NH2-吡啶基。
“杂环基烷基(alkylheterocycle)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被杂环取代的如上定义的C1-C5烷基。杂环基烷基的代表性实例包括但不限于：-CH2CH2-吗啉、-CH2CH2-哌啶、-CH2CH2CH2-吗啉和-CH2CH2CH2-咪唑。
“酰胺基烷基(alkylamido)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被-C(O)NH2基团取代的如上定义的C1-C5烷基。酰胺基烷基的代表性实例包括但不限于：-CH2-C(O)NH2、-CH2CH2-C(O)NH2、-CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH(C(O)NH2)CH3、-CH2CH(C(O)NH2)CH2CH3、-CH(C(O)NH2)CH2CH3、-C(CH3)2CH2C(O)NH2、-CH2-CH2-NH-C(O)-CH3、-CH2-CH2-NH-C(O)-CH3-CH3和-CH2-CH2–NH-C(O)-CH＝CH2。
“羟烷基(alkanol)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被羟基取代的如上定义的C1-C5烷基。羟烷基的代表性实例包括但不限于：-CH2OH、-CH2CH2OH、-CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH(OH)CH3、-CH2CH(OH)CH2CH3、-CH(OH)CH3和-C(CH3)2CH2OH。
“羧基烷基(alkylcarboxy)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被-COOH基团取代的如上定义的C1-C5烷基。羧基烷基的代表性实例包括但不限于：-CH2COOH、-CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH3、-CH2CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH2CH3、-CH(COOH)CH2CH3和-C(CH3)2CH2COOH。
本文使用的术语“环烷基”包括具有3-12个碳、优选3-8个碳、更优选3-6个碳的饱和的和部分不饱和的环烃基团，其中环烷基另外任选地被取代。一些环烷基包括但不限于：环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基和环辛基。
术语“杂芳基”是指芳香族的5-8元单环、8-12元双环或11-14元三环的环系，其如果是单环则具有1-3个杂原子，如果是双环则具有1-6个杂原子，或者如果是三环则具有1-9个杂原子，所述杂原子选自O、N或S(例如，如果是单环、双环或三环，分别为碳原子和1-3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中各个环的0、1、2、3或4个原子被取代基取代。杂芳基的实例包括吡啶基、呋喃基(furyl或furanyl)、咪唑基、苯并咪唑基、嘧啶基、噻吩基(thiophenyl或thienyl)、喹啉基(quinolinyl)、吲哚基、噻唑基等。
术语“杂芳基烷基”或术语“杂芳烷基”是指被杂芳基取代的烷基。术语“杂芳基烷氧基”是指被杂芳基取代的烷氧基。
术语“杂环基”是指非芳香族的5-8元单环、8-12元双环或11-14元三环的环系，其如果是单环则具有1-3个杂原子，如果是双环则具有1-6个杂原子，或者如果是三环则具有1-9个杂原子，所述杂原子选自O、N或S(例如，如果是单环、双环或三环，分别为碳原子和1-3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中各个环的0、1、2或3个原子被取代基取代。杂环基的实例包括哌嗪基、吡咯烷基、二氧杂环己基、吗啉基、四氢呋喃基等。
术语“取代基”是指取代任何分子、化合物或部分上的第二原子或基团如氢原子的基团。合适的取代基包括但不限于卤素、羟基、巯基、氧代、硝基、卤代烷基、烷基、烷芳基、芳基、芳烷基、烷氧基、硫代烷氧基、芳氧基、氨基、烷氧羰基、酰胺基、羧基、链烷磺酰基、烷基羰基和氰基。
在一些实施方案中，本文公开的化合物包含一个或多个不对称中心，因而作为外消旋体或外消旋混合物、单一对映异构体、单独的非对映异构体和非对映体混合物存在。除非另外明确地指出，包括这些化合物的所有这样的异构体形式。在一些实施方案中，本文公开的化合物也呈现为多种互变异构形式，在这些情况下，所述化合物包括本文所述化合物的所有互变异构形式(例如，如果环系的烷基化作用导致在多个位置发生烷基化，那么本发明包括所有这些反应产物)。除非另外明确地指出，包括这些化合物的所有这些异构体形式。除非另外明确地指出，包括本文所述化合物的所有晶形。
如本文所用的，术语“增加”和“减少”分别意味着导致至少5％的统计学显著的(即，p<0.1)增加或减少。
如本文所用的，提及变量的数值范围旨在表示变量等于该范围内的任意值。因此，对于本身不连续的变量，该变量等于该数值范围内的任意整数值，包括该范围的端点。类似地，对于本身连续的变量，该变量等于该数值范围内的任意实值，包括该范围的端点。作为实例，而不是限制，如果变量本身是不连续的，描述为具有0-2之间的值的变量取0、1或2的值；而如果变量本身是连续的，则取0.0、0.1、0.01、0.001的值或≥0且≤2的其它任何实值。
如本文所用的，除非另外特别指出，单词“或”以“和/或”的包含性含义使用，而非“任一/或”的排它性的含义。
术语“平均”表示对于每个数据点通过进行至少3次独立的重复而获得的平均值。
术语“生物活性”包括大环化合物的结构和功能性质。生物活性是，例如，结构稳定性、α-螺旋性、对靶标的亲和性、对蛋白水解降解的抗性、细胞透性、细胞内稳定性、体内稳定性或其任意组合。
术语“结合亲和力”是指结合相互作用的强度，例如拟肽大环化合物与靶标之间的结合相互作用的强度。结合亲和力可以表示为，例如，平衡解离常数(“KD”)，其表示单位为浓度的量度(例如M、mM、μM、nM等)。在数字上，结合亲和力和KD值相反地变化，从而使得较低的结合亲和力对应于较高的KD值，而较高的结合亲和力对应于较低的KD值。在需要高结合亲和力的情况下，“改善的”结合亲和力是指较高的结合亲和力，因此指较低的KD值。
如本文所用的，术语“治疗”被定义为向患者应用或施用治疗剂，或者向从患者分离的组织或细胞系应用或施用治疗剂，所述患者患有疾病、疾病症状或具有患病倾向，其目的是治愈、恢复、减轻、解除、改变、矫正、缓解、改善或影响疾病、疾病症状或患病倾向。
本文使用的术语“联合疗法”或“联合治疗”或“组合”表示用至少两种不同的治疗剂进行的任意形式的同时或平行治疗。
术语“体外效力”是指测试化合物如拟肽大环化合物在体外测试系统或试验中产生有益结果的程度。例如，体外效力可以测量为“IC50”或“EC50”值，其表示测试化合物在测试系统中产生50％的最大效应的浓度。
术语“体外效力之比”或“体外效力比”是指来自第一试验(分子)与来自第二试验(分母)的IC50或EC50值的比值。因此，针对试验1相比于试验2的改善的体外效力比是指较低的表示为IC50(试验1)/IC50(试验2)或EC50(试验1)/EC50(试验2)的比值。此概念也可表征为在试验1中相比于在试验2中的“改善的选择性”，这可能是由于针对靶标1的IC50或EC50值的降低，也可能是由于针对靶标2的IC50或EC50值的升高。
如本申请中所用的，“生物样品”是指来源于正常或患病受试者的身体的任何流体或其它物质，如血液、血清、血浆、淋巴、尿、唾液、泪液、脑脊液、乳汁、羊水、胆汁、腹水、脓等。术语“生物样品”的含义内还包括器官或组织提取物，以及其中已经培养有来自受试者的任何细胞或组织制品的培养液。生物样品可以是可从中获得遗传物质的任何样品。生物样品还可包括固体或液体癌细胞样品或样本。癌细胞样品可以是癌细胞组织样品。在一些实施方案中，癌细胞组织样品可从手术切除的组织获得。生物样品的示例性来源包括细针抽吸、芯针活检、真空辅助的活检、切开活检、切除活检、钻取活检、刮取活检或皮肤活检。在一些情况下，生物样品包括细针抽吸样品。在一些实施方案中，生物样品包括组织样品，包括例如切除活检、切开活检或其它活检。生物样品可包括两种或更多种来源的混合物；例如，细针抽吸物和组织样品。组织样品和细胞样品还可在不进行侵入式手术的情况下通过例如用细针刺取胸壁或腹壁或乳房、甲状腺或其它部位的肿块，并取出细胞物质(细针抽吸活检)而获得。在一些实施方案中，生物样品为骨髓抽吸物样品。生物样品可以通过本领域已知的方法获得，如本文提供的活检方法、擦拭、刮擦、静脉切开术或任何其它合适的方法。
如本文所用的，术语“实体瘤”或“实体癌”是指通常不含有囊肿或液体区域的肿瘤。如本文所用的实体瘤包括肉瘤、癌和淋巴瘤。在多个实施方案中，白血病(血液癌症)不是实体瘤。
可通过本文提供的方法治疗的实体瘤癌症包括但不限于肉瘤、癌和淋巴瘤。在特定实施方案中，可根据所述方法治疗的实体瘤包括但不限于乳房、肝、神经母细胞瘤、头、颈、眼、口腔、咽喉、食道、食管、胸部、骨、肺、肾、结肠、直肠或其它胃肠道器官、胃、脾、骨骼肌、皮下组织、前列腺、乳腺、卵巢、睾丸或其它生殖器官、皮肤、甲状腺、血液、淋巴结、肾、肝、胰腺以及脑或中枢神经系统的癌症。可用本方法治疗的实体瘤包括除淋巴癌以外的肿瘤和/或转移(无论位于何处)，例如脑和其它中枢神经系统肿瘤(包括但不限于脑膜、脑、脊髓、颅神经和中枢神经系统其它部分的肿瘤，例如胶质母细胞瘤或髓母细胞瘤)；头和/或颈癌；乳腺肿瘤；循环系统肿瘤(包括但不限于心脏、纵隔和胸膜以及其它胸腔内器官、血管肿瘤和肿瘤相关血管组织)；排泄系统肿瘤(包括但不限于肾、肾盂、输尿管、膀胱、其它和未指定的泌尿器官的肿瘤)；胃肠道肿瘤(包括但不限于食管、胃、小肠、结肠、结直肠、直肠乙状结肠连接部、直肠、肛门和肛管的肿瘤，累及肝和肝内胆管、胆囊、其它和未指定的胆道部分、胰腺、其它器官和消化器官的肿瘤)；口腔肿瘤(包括但不限于唇、舌、牙龈、口底、腭和口腔其它部分、腮腺和唾液腺其它部分、扁桃体、口咽、鼻咽、梨状隐窝、下咽以及唇、口腔和咽的其它部位的肿瘤)；生殖系统肿瘤(包括但不限于外阴、阴道、子宫颈、子宫体、子宫、卵巢和与女性生殖器官有关的其它部位、胎盘、阴茎、前列腺、睾丸和与男性生殖器官有关的其它部位的肿瘤)；呼吸道肿瘤(包括但不限于鼻腔和中耳、副鼻窦、喉、气管、支气管和肺的肿瘤，例如小细胞肺癌或非小细胞肺癌)；骨骼系统肿瘤(包括但不限于骨和四肢关节软骨、骨关节软骨及其它部位的肿瘤)；皮肤肿瘤(包括但不限于皮肤的恶性黑素瘤、非黑素瘤皮肤癌、皮肤的基底细胞癌、皮肤的鳞状细胞癌、间皮瘤、卡波西肉瘤)；以及累及包括周围神经和自主神经系统、结缔组织和软组织、腹膜后腔和腹膜、眼睛和附件、甲状腺、肾上腺和其它内分泌腺及相关结构在内的其它组织的肿瘤，继发性和未指明的淋巴结恶性肿瘤、呼吸系统和消化系统的继发性恶性肿瘤以及其它部位的继发性恶性肿瘤。
在一些实例中，通过本发明方法治疗的实体瘤是胰腺癌、膀胱癌、结肠癌、肝癌、结直肠癌(结肠癌或直肠癌)、乳腺癌、前列腺癌、肾癌、肝细胞癌、肺癌、卵巢癌、宫颈癌、胃癌、食道癌、头颈癌、黑素瘤、神经内分泌癌、CNS癌、脑肿瘤、骨癌、皮肤癌、眼肿瘤、绒膜癌(胎盘的肿瘤)、肉瘤或软组织癌。
在一些实例中，通过本发明方法治疗的实体瘤选自膀胱癌、骨癌、乳腺癌、宫颈癌、CNS癌、结肠癌、眼肿瘤、肾癌、肝癌、肺癌、胰腺癌、绒膜癌(胎盘的肿瘤)、前列腺癌、肉瘤、皮肤癌、软组织癌或胃癌。
在一些实例中，通过本发明的方法治疗的实体瘤是乳腺癌。可以通过本发明方法治疗的乳腺癌的非限制性实例包括原位导管癌(DCIS或导管内癌)、原位小叶癌(LCIS)、侵袭性(或浸润性)导管癌、侵袭性(或浸润性)小叶癌、炎性乳腺癌、三阴性乳腺癌、乳头的佩吉特病、叶状瘤(叶状肿瘤或叶状囊性肉瘤)、血管肉瘤、腺样囊性(或囊性腺样)癌、低度腺鳞癌、髓样癌、乳头状癌、小管癌、化生性癌、微乳头状癌和混合癌。
在一些实例中，通过本发明方法治疗的实体瘤是骨癌。可以通过本发明方法治疗的骨癌的非限制性实例包括骨肉瘤、软骨肉瘤、尤因肉瘤家族肿瘤(ESFT)。
在一些实例中，通过本发明方法治疗的实体瘤是皮肤癌。可以通过本发明方法治疗的皮肤癌的非限制性实例包括黑素瘤、基底细胞皮肤癌和鳞状细胞皮肤癌。
在一些实例中，通过本发明方法治疗的实体瘤是眼肿瘤。可以通过本发明方法治疗的眼肿瘤的非限制性实例包括以下眼肿瘤：脉络膜痣、脉络膜黑素瘤、脉络膜转移、脉络膜血管瘤、脉络膜骨瘤、虹膜黑素瘤、葡萄膜黑素瘤、眼内淋巴瘤、黑素细胞瘤、转移性视网膜毛细血管瘤、RPE先天性肥大、RPE腺瘤或视网膜母细胞瘤。
在一些实施方案中，通过本文公开的方法治疗的实体瘤不包括已知与HPV(人乳头瘤病毒)相关的癌症。所排除的组包括HPV阳性宫颈癌、HPV阳性肛门癌和HPV头颈癌，如口咽癌。
如本文所用的术语“液体癌”是指存在于体液如血液、淋巴和骨髓中的癌细胞。液体癌包括白血病、骨髓瘤和液体淋巴瘤。液体淋巴瘤包括含有囊肿或液体区域的淋巴瘤。如本文所用的液体癌不包括实体瘤，例如不含有囊肿或液体区域的肉瘤和癌或实体淋巴瘤。
可通过本文提供的方法治疗的液体癌包括但不限于白血病、骨髓瘤和液体淋巴瘤。在特定的实施方案中，可根据本文描述的方法治疗的液体癌包括但不限于液体淋巴瘤、白血病和骨髓瘤。可根据本文描述的方法治疗的示例性液体淋巴瘤和白血病包括但不限于慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤、B细胞幼淋巴细胞性白血病、淋巴浆细胞性淋巴瘤(例如瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症)、脾边缘区淋巴瘤、浆细胞骨髓瘤、浆细胞瘤、单克隆免疫球蛋白沉积疾病、重链病、结外边缘区B细胞淋巴瘤(也称为MALT淋巴瘤)、结节边缘区B细胞淋巴瘤(nmzl)、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、纵隔(胸腺)大B细胞淋巴瘤、血管内大B细胞淋巴瘤、原发性渗出性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤/白血病、T细胞幼淋巴细胞性白血病、T细胞大颗粒淋巴细胞性白血病、侵袭性NK细胞白血病、成年T细胞白血病/淋巴瘤、结节外NK/T细胞淋巴瘤、鼻型、肠病型T细胞淋巴瘤、肝脾T细胞淋巴瘤、母细胞性NK细胞淋巴瘤、蕈样肉芽肿病/塞扎里综合征、原发性皮肤CD30阳性T细胞淋巴增生性病症、原发性皮肤间变性大细胞淋巴瘤、淋巴瘤样丘疹病、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤、外周T细胞淋巴瘤、未指明的间变性大细胞淋巴瘤、经典霍奇金淋巴瘤(结节性硬化型、混合细胞型、富淋巴细胞型、淋巴细胞消耗或未消耗型)和以结节性淋巴细胞为主的霍奇金淋巴瘤。
液体癌的实例包括涉及造血来源的增生性/赘生性细胞的癌症，例如由髓样、淋巴样或红细胞谱系或其前体细胞引起的癌症。示例性的病症包括：急性白血病，例如成红细胞白血病和急性巨核母细胞白血病。其它示例性的骨髓病症包括但不限于急性早幼粒细胞白血病(APML)、急性髓性白血病(AML)和慢性髓性白血病(CML)；淋巴样恶性肿瘤包括但不限于急性淋巴母细胞性白血病(ALL)，其包括B-谱系ALL和T-谱系ALL、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、幼淋巴细胞性白血病(PLL)、多发性骨髓瘤、多毛细胞白血病(HLL)和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症(WM)。其它形式的恶性液体淋巴瘤包括但不限于非霍奇金淋巴瘤及其变型、成年T细胞白血病/淋巴瘤(ATL)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)、巨粒淋巴细胞白血病(LGF)、霍奇金病和里德-斯特恩伯格病(Reed-Sternberg disease)。例如，液体癌包括但不限于急性淋巴细胞性白血病(ALL)；T-细胞急性淋巴细胞性白血病(T-ALL)；间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)；慢性髓细胞性白血病(CML)；急性髓样白血病(AML)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；B细胞慢性淋巴细胞性白血病(B-CLL)；弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)；嗜酸粒细胞过多/慢性嗜酸粒细胞增多；和伯基特淋巴瘤。
在一些实施方案中，所述癌症包括急性淋巴母细胞性白血病；急性髓样白血病；AIDS相关癌症；AIDS相关淋巴瘤；慢性淋巴细胞性白血病；慢性髓性白血病；慢性骨髓增生性病症；成年T细胞白血病/淋巴瘤(ATL)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)；霍奇金淋巴瘤；多发性骨髓瘤；多发性骨髓瘤/浆细胞肿瘤；非霍奇金淋巴瘤；或原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤。在多个实施方案中，所述液体癌可以是B细胞慢性淋巴细胞性白血病、B细胞淋巴瘤-DLBCL、生发中心样B细胞淋巴瘤-DLBCL、活化B细胞样B细胞淋巴瘤-DLBCL或伯基特淋巴瘤。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗的受试者是被诊断为或已经被诊断为患有缺乏p53灭活突变和/或表达野生型p53的癌症的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗癌症的受试者是倾向于或易患缺乏p53灭活突变和/或表达野生型p53的癌症的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗癌症的受试者是处于发生缺乏p53灭活突变和/或表达野生型p53的癌症的危险中的人。在一些实例中，p53灭活突变可以是p53蛋白质的DNA结合域中的突变。在一些实例中，p53灭活突变可以是错义突变。在多个实例中，该癌症可以被确定为缺乏一种或多种p53灭活突变，该突变选自残基R175、G245、R248、R249、R273和R282中的一个或多个处的突变。癌症中p53灭活突变的缺乏和/或野生型的存在可以通过本领域已知的适当方法来确定，例如通过测序、基于阵列的测试、RNA分析和诸如PCR等扩增方法。
在某些实施方案，所述人类受试者对于本领域已知的一种或多种其它标准癌症治疗是难治性的和/或无法忍受的。在一些实施方案中，所述人类受试者曾经经历至少一种未成功的既往癌症治疗和/或疗法。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤被确定为缺乏p53灭活突变和/或表达野生型p53。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人，该肿瘤被确定为缺乏p53灭活突变和/或表达野生型p53。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人，该肿瘤被确定为缺乏p53灭活突变和/或表达野生型p53。如本文所用的，p53灭活突变是导致p53的体外凋亡活性丧失(或降低)的任何突变。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤被确定为具有p53功能获得突变。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人，该肿瘤被确定为具有p53功能获得突变。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人，该肿瘤被确定为具有p53功能获得突变。如本文所用的，p53功能获得突变是使得突变p53发挥出的致癌功能超出其相对于野生型p53肿瘤抑制功能的负主导的任何突变。p53功能获得突变蛋白质可表现出新的活性，该新活性可对肿瘤进展的各个阶段和抗癌治疗的抗性增加有积极贡献。因此，在一些实施方案中，根据本文提供的组合物治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤被确定为具有p53功能获得突变。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有并非p53阴性的肿瘤的人。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患并非p53阴性的肿瘤的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生并非p53阴性的肿瘤的危险中的人。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤表达具有功能部分丧失突变的p53。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人，该肿瘤表达具有功能部分丧失突变的p53。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人，该肿瘤表达具有功能部分丧失突变的p53。如本文所用的，“p53功能部分丧失”突变是指该突变p53表现出一定水平的正常p53功能，但其程度更低或更缓慢。例如，p53功能部分丧失可指细胞的细胞分裂被阻滞为更低程度或更缓慢。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤表达具有拷贝丧失突变和灭活突变的p53。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人，该肿瘤表达具有拷贝丧失突变和灭活突变的p53。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人，该肿瘤表达具有拷贝丧失突变和灭活突变的p53。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤表达具有拷贝丧失突变的p53。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人，该肿瘤表达具有拷贝丧失突变的p53。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人，该肿瘤表达具有拷贝丧失突变的p53。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤表达具有一个或多个沉默突变的p53。在其它实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是倾向于或易患肿瘤的人，该肿瘤表达具有一个或多个沉默突变的p53。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是处于发生肿瘤的危险中的人，该肿瘤表达具有一个或多个沉默突变的p53。本文使用的沉默突变是不引起编码的p53氨基酸序列发生改变的突变。
在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗肿瘤的受试者是被诊断为或已经被诊断为具有肿瘤的人，该肿瘤被确定为缺乏显性p53灭活突变。如本文所用的，显性p53灭活突变或显性失活突变是其中突变的p53抑制或破坏野生型p53基因的活性的突变。
拟肽大环化合物
在一些实施方案中，拟肽大环化合物具有式(I)：
Figure BDA0002364426360000381
其中：
-每个A、C、D和E独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物，并且每个末端D和E独立任选地包括封端基团；
-每个B独立地为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360000382
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代，或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v和w独立地为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20或1-10的整数；
-u为1-10，例如1-5、1-3或1-2的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数，例如x+y+z之和为2、3或6；且
-n为1-5的整数。
在一些实施方案中，v和w为1-30的整数。在一些实施方案中，w为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20或3-10的整数。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其它实施方案中，x+y+z之和为6。
在一些实施方案中，w为3-10，例如3-6、3-8、6-8或6-10的整数。在一些实施方案中，w为3。在其它实施方案中，w为6。在一些实施方案中，v为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20或1-10的整数。在一些实施方案中，v为2。
在本文所述任何通式的实施方案中，L1和L2单独地或组合地不形成三唑或硫醚。
在一个实例中，R1和R2中的至少一个为未取代或被卤素-取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代或被卤素-取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其它实施方案中，R1和R2为甲基。
在一些实施方案中，x+y+z至少为3。在其它实施方案中，x+y+z为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其它实施方案中，x+y+z之和为6。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不相同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。类似地，当u大于1时，每种化合物可包括相同或不同的拟肽大环化合物。例如，化合物可包括含有不同连接体长度或化学组成的拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含为α-螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。在其它实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
Figure BDA0002364426360000401
在其它实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
在一些实施方案中，还提供了下式的拟肽大环化合物：
Figure BDA0002364426360000402
其中：
-Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
-每个D和E独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物；
-R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-R8为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-v为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20或1-10的整数；
-w为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20或3-10的整数；且
-n为1-5的整数。
在一些实施方案中，v和w为1-30的整数。在一些实施方案中，w或v为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20或3-10的整数。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其它实施方案中，x+y+z之和为6。
在本文所述任何通式的一些实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少四个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少五个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少六个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少七个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360000421
其中：
-Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
-每个D独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物；
-每个E独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物，例如选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
-R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-R8为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-v为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20或1-10的整数；
-w为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20或3-10的整数；且
-n为1-5的整数。
在上述通式的一些实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少四个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少五个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少六个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其它实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少七个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。
在一些实施方案中，w为3-10，例如3-6、3-8、6-8或6-10的整数。在一些实施方案中，w为3。在其它实施方案中，w为6。在一些实施方案中，v为1-10的整数。在一些实施方案中，v为2。
在本文所述任何通式的实施方案中，L1和L2单独地或组合地不形成三唑或硫醚。
在一个实例中，R1和R2中的至少一个为未取代的或被卤素–取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代的或被卤素–取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其它实施方案中，R1和R2为甲基。
在一些实施方案中，x+y+z至少为3。在其它实施方案中，x+y+z为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其它实施方案中，x+y+z之和为6。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不相同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。类似地，当u大于1时，每种化合物可包含相同或不同的拟肽大环化合物。例如，化合物可以包括含有不同连接体长度或化学组成的拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包括为α-螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。在其它实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
Figure BDA0002364426360000453
在其它实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
在一些实施方案中，式(I)的拟肽大环化合物具有式(Ia)：
Figure BDA0002364426360000451
其中：
-每个A、C、D和E独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物；
-每个B独立地为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360000452
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个L独立地为大环形成连接体；
-每个L’独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基，其中每一个任选地被R5取代，或者是键，或者与R1以及结合至R1和L’两者的原子一起形成环；
-每个L”独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基，其中每一个任选地被R5取代，或者是键，或者与R2以及结合至R2和L”两者的原子一起形成环；
-每个R1独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代，或者与L’以及结合至R1和L’两者的原子一起形成环；
-每个R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代，或者与L”以及结合至R2和L”两者的原子一起形成环；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-n为1-5的整数；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v和w独立地为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-40、1-25、1-20、1-15或1-10的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数，例如x+y+z为2、3或6；且
-u为1-10，例如1-5、1-3或1-2的整数。
在一些实施方案中，L为式–L1–L2–的大环形成连接体。在一些实施方案中，每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；且n为1-5的整数。
在一个实例中，R1和R2中的至少一个为未取代的或被卤素-取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代的或被卤素-取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其它实施方案中，R1和R2为甲基。
在一些实施方案中，x+y+z至少为2。在其它实施方案中，x+y+z为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。类似地，当u大于1时，每种化合物可包括相同或不同的拟肽大环化合物。例如，化合物可包括含有不同连接体长度或化学组成的拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含为螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。在其它实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
Figure BDA0002364426360000471
在其它实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的螺旋。
在一个实施方案中，式(I)的拟肽大环化合物为：
Figure BDA0002364426360000481
其中每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代。
在相关实施方案中，式(I)的拟肽大环化合物为：
Figure BDA0002364426360000482
其中每个R1’和R2’独立地为氨基酸。
在其它实施方案中，式(I)的拟肽大环化合物是以下所示任何通式的化合物：
Figure BDA0002364426360000483
Figure BDA0002364426360000491
其中“AA”表示任何天然或非天然氨基酸侧链，且
Figure BDA0002364426360000492
为如上定义的[D]v、[E]w，且n为0至20、50、100、200、300、400或500的整数。在一些实施方案中，n为0。在其它实施方案中，n小于50。
以下示出了大环形成连接体L的示例性实施方案。
Figure BDA0002364426360000501
在其它实施方案中，为了促进细胞摄取，进一步修饰式I化合物中的D和/或E。在一些实施方案中，将拟肽大环化合物脂质化(lipidating)或PEG化有利于细胞摄取、提高生物利用度、增强血液循环、改变药代动力学、降低免疫原性和/或降低所需的给药频率。
在其它实施方案中，式I化合物中的[D]和[E]中的至少一个代表包含另外的大环形成连接体的部分，使得该拟肽大环化合物包含至少两个大环形成连接体。在特定实施方案中，拟肽大环化合物包含两个大环形成连接体。在一个实施方案中，u为2。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有式(I)：
Figure BDA0002364426360000502
其中：
-每个A、C、D和E独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物；
-每个B独立地为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360000503
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代，或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为下式的大环形成连接体
Figure BDA0002364426360000511
其中每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v和w独立地为1-1000的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数；
-u为1-10的整数；且
-n为1-5的整数。
在一个实例中，R1和R2中的至少一个为未取代或被卤素-取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代或被卤素-取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其它实施方案中，R1和R2为甲基。
在一些实施方案中，x+y+z至少为2。在其它实施方案中，x+y+z为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。
在一些实施方案中，前两个由E表示的氨基酸中的每一个包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链。在一些实施方案中，前三个由E表示的氨基酸中的每一个包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链。在一些实施方案中，前四个由E表示的氨基酸中的每一个包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链。在一些实施方案中，关于由E表示的Xaa13为i+1、i+2、i+3、i+4、i+5和/或i+6的一个或多个或每个氨基酸包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链。
在一些实施方案中，由E表示的第一C末端氨基酸和/或第二C末端氨基酸包含疏水性侧链。例如，由E表示的第一C末端氨基酸和/或第二C末端氨基酸包含疏水性侧链，例如小疏水性侧链。在一些实施方案中，由E表示的第一C末端氨基酸、第二C末端氨基酸和/或第三C末端氨基酸包含疏水性侧链。例如，由E表示的第一C末端氨基酸、第二C末端氨基酸和/或第三C末端氨基酸包含疏水性侧链，例如小疏水性侧链。在一些实施方案中，关于由E表示的Xaa13为i+1、i+2、i+3、i+4、i+5和/或i+6的一个或多个或每个氨基酸包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链。
在一些实施方案中，w为1至1000。例如，由E表示的第一氨基酸包含小疏水性侧链。在一些实施方案中，w为2至1000。例如，由E表示的第二氨基酸包含小疏水性侧链。在一些实施方案中，w为3至1000。例如，由E表示的第三氨基酸包含小疏水性侧链。例如，由E表示的第三氨基酸包含小疏水性侧链。在一些实施方案中，w为4至1000。在一些实施方案中，w为5至1000。在一些实施方案中，w为6至1000。在一些实施方案中，w为7至1000。在一些实施方案中，w为8至1000。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含为α-螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。在其它实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
Figure BDA0002364426360000531
在其它实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
在一些实施方案中，L为式
Figure BDA0002364426360000532
的大环形成连接体。
在一些实施方案中，L为式
Figure BDA0002364426360000533
Figure BDA0002364426360000534
的大环形成连接体；或其互变异构体。
以下示出了大环形成连接体L的示例性实施方案。
Figure BDA0002364426360000535
Figure BDA0002364426360000541
Figure BDA0002364426360000551
在形成三唑交联体中使用的氨基酸根据以下所示的图例来表示。在每个氨基酸α位置处的立体化学是S，除非另有说明。对于叠氮氨基酸，所示的碳原子的数目是指α碳与末端叠氮基团之间的亚甲基单位数目。对于炔烃氨基酸，所示的碳原子的数目是指α位置与三唑部分之间的亚甲基单位加上衍生自该炔烃的三唑基团内的两个碳原子的数目。
Figure BDA0002364426360000552
Figure BDA0002364426360000561
在一些实施方案中，本文所述的任何大环形成连接体可以与表1、表1a、表1b或表1c中所示的任何序列任意组合使用，也可以与本文所述的任何R–取代基任意组合使用。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物包含至少一个α-螺旋基序。例如，式I化合物中的A、B和/或C包含一个或多个α-螺旋。一般来说，α-螺旋每圈包含3至4个氨基酸残基。在一些实施方案中，拟肽大环化合物的α-螺旋包括1至5圈，因此包含3至20个氨基酸残基。在特定实施方案中，α-螺旋包括1圈、2圈、3圈、4圈或5圈。在一些实施方案中，大环形成连接体稳定化在拟肽大环化合物内包含的α-螺旋基序。因此，在一些实施方案中，选择大环形成连接体L从第一Cα到第二Cα的长度，以提高α-螺旋的稳定性。
在一些实施方案中，大环形成连接体跨越α-螺旋的1圈至5圈。在一些实施方案中，大环形成连接体跨越α-螺旋的大约1圈、2圈、3圈、4圈或5圈。在一些实施方案中，大环形成连接体的长度为每圈α-螺旋大约
Figure BDA0002364426360000562
至
Figure BDA0002364426360000563
或每圈α-螺旋大约
Figure BDA0002364426360000564
至
Figure BDA0002364426360000565
当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，长度等于大约5个碳-碳键至13个碳-碳键，大约7个碳-碳键至11个碳-碳键，或大约9个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，长度等于大约8个碳-碳键至16个碳-碳键，大约10个碳-碳键至14个碳-碳键，或大约12个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，长度等于大约14个碳-碳键至22个碳-碳键，大约16个碳-碳键至20个碳-碳键，或大约18个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，长度等于大约20个碳-碳键至28个碳-碳键，大约22个碳-碳键至26个碳-碳键，或大约24个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，长度等于大约26个碳-碳键至34个碳-碳键，大约28个碳-碳键至32个碳-碳键，或大约30个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，连接含有大约4个原子至12个原子，大约6个原子至10个原子，或大约8个原子。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，连接含有大约7个原子至15个原子，大约9个原子至13个原子，或大约11个原子。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，连接含有大约13个原子至21个原子，大约15个原子至19个原子，或大约17个原子。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，连接含有大约19个原子至27个原子，大约21个原子至25个原子，或大约23个原子。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，连接含有大约25个原子至33个原子，大约27个原子至31个原子，或大约29个原子。
当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约17元至25元、大约19元至23元或大约21元的环。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约29元至37元、大约31元至35元或大约33元的环。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约44元至52元、大约46元至50元或大约48元的环。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约59元至67元、大约61元至65元或大约63元的环。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约74元至82元、大约76元至80元或大约78元的环。
在其它实施方案中，提供了式(II)或(IIa)的拟肽大环化合物：
Figure BDA0002364426360000571
其中：
-每个A、C、D和E独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物，并且末端D和E独立任选地包括封端基团；
-每个B独立地为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360000581
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个v和w独立地为1-1000的整数；
-u为1-10的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数；且
-n为1-5的整数。
在一个实例中，L1和L2单独地或组合地不形成三唑或硫醚。
在一个实例中，R1和R2中的至少一个是未取代的或被卤素–取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代的或被卤素–取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其它实施方案中，R1和R2为甲基。
在一些实施方案中，x+y+z之和至少为1。在其它实施方案中，x+y+z之和至少为2。在其它实施方案中，x+y+z之和为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不相同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含为α-螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。在其它实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
Figure BDA0002364426360000591
在其它实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
以下示出了大环形成连接体-L1-L2-的示例性实施方案。
Figure BDA0002364426360000601
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有式(III)或式(IIIa)，或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0002364426360000602
其中：
-每个Aa、Ca、Da、Ea、Ab、Cb和Db独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物；
-每个Ba和Bb独立地为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360000603
[-NH-L4-CO-]、[-NH-L4-SO2-]或[-NH-L4-]；
-每个Ra1独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或者Ra1形成连接至Da或Ea氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；或与La一起形成未取代或取代的环；
-每个Ra2独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或者Ra2形成连接至Da或Ea氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；或与La一起形成未取代或取代的环；
-每个Rb1独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或者Rb1形成连接至Db氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；或与Lb一起形成未取代或取代的环；
-每个R3独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代或取代的，或者为H；
-每个La独立地为大环形成连接体，并且任选地与未取代或取代的Ra1或Ra2形成环；
-每个Lb独立地为大环形成连接体，并且任选地与未取代或取代的Rb1形成环；
-每个L’独立地为大环形成连接体；
-每个L4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，其中任一个为未取代或取代的；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基，其中任一个为未取代或取代的；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2、OCO2、NR3、CONR3、OCONR3、OSO2NR3、NR3q、CONR3q、OCONR3q或OSO2NR3q，其中每个R3q独立地为附接至Ra1、Ra2或Rb1的附接点；
-Ra7为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或是与Da氨基酸形成的环状结构的一部分；
-Rb7为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或是与Db氨基酸形成的环状结构的一部分；
-Ra8为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或是与Ea氨基酸形成的环状结构的一部分；
-Rb8为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或1-1000个氨基酸残基的氨基酸序列；
-每个va和vb独立地为0-1000的整数；
-每个wa和wb独立地为0-1000的整数；
-每个ua和ub独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10，其中ua+ub至少为1；
-每个xa和xb独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；
-每个ya和yb独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；
-每个za和zb独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；且
-每个n独立地为1、2、3、4或5。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有式(III)或式(IIIa)，或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0002364426360000621
其中：
-每个Aa、Ca、Da、Ea、Ab、Cb和Db独立地为天然或非天然氨基酸或氨基酸类似物；
-每个Ba和Bb独立地为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360000631
[-NH-L4-CO-]、[-NH-L4-SO2-]或[-NH-L4-]；
-每个Ra1独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或者Ra1形成连接至Da或Ea氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；或与La一起形成未取代或取代的环；
-每个Ra2独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或者Ra2形成连接至Da或Ea氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；或与La一起形成未取代或取代的环；
-每个Rb1独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，其中任一个为未取代或取代的；或者为H；或者Rb1形成连接至Db氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；或与Lb一起形成未取代或取代的环；
-每个R3独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代，或者为H；
-每个La独立地为大环形成连接体，并且任选地与未取代或取代的Ra1或Ra2形成环；
-每个Lb独立地为大环形成连接体，并且任选地与未取代或取代的Rb1形成环；
-每个L’独立地为大环形成连接体；
-每个L4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，其中任一个为未取代的或被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2、OCO2、NR3、CONR3、OCONR3、OSO2NR3、NR3q、CONR3q、OCONR3q或OSO2NR3q，其中每个R3q独立地为附接至Ra1、Ra2或Rb1的附接点；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个Ra7独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代；或者为H；或是与Da氨基酸形成的环状结构的一部分；
-Rb7为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代；或者为H；或是与Db氨基酸形成的环状结构的一部分；
-每个Ra8独立地为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代；或者为H；或是与Ea氨基酸形成的环状结构的一部分；
-Rb8为烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代；或者为H；或1-1000个氨基酸残基的氨基酸序列；
-每个va和vb独立地为0-1000的整数；
-每个wa和wb独立地为0-1000的整数；
-每个ua和ub独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10，其中ua+ub至少为1；
-每个xa和xb独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；
-每个ya和yb独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；
-每个za和zb独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；且
-每个n独立地为1、2、3、4或5。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物具有以上定义的通式，或其药学上可接受的盐，其中：
-每个La独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体，并且任选地与未取代或取代的Ra1或Ra2形成环；
-每个Lb独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体，并且任选地与未取代或取代的Rb1形成环；
-每个L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，其中任一个为未取代的或被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基，其中任一个为未取代的或被R5取代；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2、OCO2、NR3、CONR3、OCONR3、OSO2NR3、NR3q、CONR3q、OCONR3q或OSO2NR3q，其中每个R3q独立地为附接至Ra1、Ra2或Rb1的附接点；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；且
-每个R6独立地为H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有以上定义的通式，其中La和Lb之一为含双硫醚的大环形成连接体。在一些实施方案中，La和Lb之一为式–L1–S–L2–S–L3–的大环形成连接体。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有以上定义的通式，其中La和Lb之一为含双砜的大环形成连接体。在一些实施方案中，La和Lb之一为式–L1–SO2–L2–SO2–L3–的大环形成连接体。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有以上定义的通式，其中La和Lb之一为含双亚砜的大环形成连接体。在一些实施方案中，La和Lb之一为式–L1–S(O)–L2–S(O)–L3–的大环形成连接体。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物包含一种或多种二级结构。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物包含为α-螺旋的二级结构。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物包含为β-发夹折叠的二级结构。
在一些实施方案中，ua为0。在一些实施方案中，ua为0，且Lb为交联α-螺旋二级结构的大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为0，且Lb为交联β-发夹二级结构的大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为0，且Lb为交联α-螺旋二级结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为0，且Lb为交联β-发夹二级结构的含烃大环形成连接体。
在一些实施方案中，ub为0。在一些实施方案中，ub为0，且La为交联α-螺旋二级结构的大环形成连接体。在一些实施方案中，ub为0，且La为交联β-发夹二级结构的大环形成连接体。在一些实施方案中，ub为0，且La为交联α-螺旋二级结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ub为0，且La为交联β-发夹二级结构的含烃大环形成连接体。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物仅包含α-螺旋二级结构。在其它实施方案中，所述拟肽大环化合物仅包含β-发夹二级结构。
在其它实施方案中，所述拟肽大环化合物包含二级结构的组合，其中所述二级结构为α-螺旋和β-发夹结构。在一些实施方案中，La和Lb为含烃、含三唑或含硫大环形成连接体的组合。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物包含La和Lb，其中La为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋结构的含三唑大环形成连接体。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物包含La和Lb，其中La为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹结构的含三唑大环形成连接体。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物包含La和Lb，其中La为交联α-螺旋结构的含三唑大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物包含La和Lb，其中La为交联β-发夹结构的含三唑大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体。
在一些实施方案中，ua+ub至少为1。在一些实施方案中，ua+ub＝2。
在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联α-螺旋二级结构的含三唑大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联α-螺旋二级结构的含三唑大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联β-发夹二级结构的含三唑大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联β-发夹二级结构的含三唑大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体。
在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联α-螺旋二级结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋二级结构的含三唑大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联α-螺旋二级结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹二级结构的含三唑大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联β-发夹二级结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋二级结构的含三唑大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联β-发夹二级结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹二级结构的含三唑大环形成连接体。
在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为具有α-螺旋二级结构的含烃大环形成连接体，且Lb为含硫大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为具有β-发夹二级结构的含烃大环形成连接体，且Lb为含硫大环形成连接体。
在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为含硫大环形成连接体，且Lb为具有α-螺旋二级结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为含硫大环形成连接体，且Lb为具有β-发夹二级结构的含烃大环形成连接体。
在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联α-螺旋结构的含烃大环形成连接体。在一些实施方案中，ua为1，ub为1，La为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体，且Lb为交联β-发夹结构的含烃大环形成连接体。
在一些实施方案中，Rb1为H。
除非另有说明，否则任何化合物(包括拟肽大环化合物、大环化合物前体和其它组合物)也意在包括仅在是否存在一个或多个同位素富集的原子方面不同的化合物。例如，涉及除了氢原子被氘或氚替代或者碳原子被13C或14C替代以外具有所述结构的化合物。
在一些实施方案中，本文公开的化合物可以在构成此类化合物的一个或多个原子处含有非自然比例的原子同位素。例如，该化合物可以用诸如例如氚(3H)、碘-125(125I)或碳-14(14C)的放射性同位素进行放射性标记。在其它实施方案中，一个或多个碳原子被硅原子替代。本文涉及本文公开的化合物的所有同位素变化，无论是放射性的还是非放射性的。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％或至少95％相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少60％相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少65％相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少70％相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少75％相同的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％或至少95％相同。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少60％相同。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少65％相同。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少70％相同。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少75％相同。
拟肽大环化合物的制备
拟肽大环化合物可以通过本领域已知的众多方法中的任意方法来制备。例如，在表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中由“$”或“$r8”表示的任何残基可以被替换为能够与同一分子中的第二残基形成交联体的残基或这样的残基的前体。
α,α-二取代的氨基酸和氨基酸前体可以在拟肽大环化合物前体多肽的合成中使用。例如，“S5-烯烃氨基酸”是(S)-α-(2’-戊烯基)丙氨酸，且“R8-烯烃氨基酸”是(R)-α-(2’-辛烯基)丙氨酸。在将这样的氨基酸掺入前体多肽中之后，末端烯烃与复分解反应催化剂反应，从而导致拟肽大环化合物的形成。在多个实施方案中，下列氨基酸可用于合成拟肽大环化合物：
Figure BDA0002364426360000691
在其它实施方案中，所述拟肽大环化合物为式IV或IVa。在这样的实施方案中，使用在α-位含有另外的取代基R-的氨基酸前体。这样的氨基酸在希望的位置并入大环化合物前体中，其可以处于交联体被取代的位置，或者，备选地，在大环化合物前体序列中的其它位置。然后根据指定的方法实现前体的环化。
药学上可接受的盐
本发明提供本文描述的任何治疗性化合物的药学上可接受的盐的用途。药学上可接受的盐包括，例如，酸加成盐和碱加成盐。添加至化合物以形成酸加成盐的酸可以是有机酸或无机酸。添加至化合物以形成碱加成盐的碱可以是有机碱或无机碱。在一些实施方案中，药学上可接受的盐是金属盐。在一些实施方案中，药学上可接受的盐是铵盐。
金属盐可以通过向本发明化合物添加无机碱而产生。无机碱由与诸如氢氧根、碳酸根、碳酸氢根或磷酸根等碱性平衡离子配对的金属阳离子组成。该金属可以是碱金属、碱土金属、过渡金属或主族金属。在一些实施方案中，该金属是锂、钠、钾、铯、铈、镁、锰、铁、钙、锶、钴、钛、铝、铜、镉或锌。
在一些实施方案中，金属盐为锂盐、钠盐、钾盐、铯盐、铈盐、镁盐、锰盐、铁盐、钙盐、锶盐、钴盐、钛盐、铝盐、铜盐、镉盐或锌盐。
铵盐可以通过向本发明化合物添加氨或有机胺而产生。在一些实施方案中，该有机胺是三乙胺、二异丙胺、乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、吗啉、N-甲基吗啉、哌啶、N-甲基哌啶、N-乙基哌啶、二苄胺、哌嗪、吡啶、吡唑、吡咯唑(pipyrrazole)、咪唑、吡嗪或哌咯嗪(pipyrazine)。
在一些实施方案中，铵盐是三乙胺盐、二异丙胺盐、乙醇胺盐、二乙醇胺盐、三乙醇胺盐、吗啉盐、N-甲基吗啉盐、哌啶盐、N-甲基哌啶盐、N-乙基哌啶盐、二苄胺盐、哌嗪盐、吡啶盐、吡唑盐、吡咯唑盐、咪唑盐、吡嗪盐或哌咯嗪盐。
酸加成盐可以通过向本发明化合物添加酸而产生。在一些实施方案中，该酸是有机的。在一些实施方案中，该酸是无机的。在一些实施方案中，该酸为盐酸、氢溴酸、氢碘酸、硝酸、亚硝酸、硫酸、亚硫酸、磷酸、异烟酸、乳酸、水杨酸、酒石酸、抗坏血酸、龙胆酸、葡糖酸、葡糖醛酸(glucaronic acid)、蔗糖酸(saccaric acid)、甲酸、苯甲酸、谷氨酸、泛酸、乙酸、丙酸、丁酸、富马酸、琥珀酸、甲磺酸、乙磺酸、苯磺酸、对甲苯磺酸、柠檬酸、草酸或马来酸。合适的酸式盐的实例包括乙酸盐、己二酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、丁酸盐、柠檬酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、甲酸盐、延胡索酸盐、乙醇酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、乳酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、帕莫酸盐(palmoate)、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、水杨酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐和十一酸盐(undecanoate)。由合适的碱衍生的盐包括碱金属盐(例如，钠盐)、碱土金属盐(例如，镁盐)、铵盐和N-(烷基)4 +盐。
在一些实施方案中，所述盐是盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、硝酸盐、亚硝酸盐、硫酸盐、亚硫酸盐、磷酸盐、异烟酸盐、乳酸盐、水杨酸盐、酒石酸盐、抗坏血酸盐、龙胆酸盐、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、糖二酸盐、甲酸盐、苯甲酸盐、谷氨酸盐、泛酸盐、乙酸盐、丙酸盐、丁酸盐、富马酸盐、琥珀酸盐、甲烷磺酸盐(甲磺酸盐)、乙磺酸盐、苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、柠檬酸盐、草酸盐或马来酸盐。
本发明化合物的纯度
本文的任何化合物可以被纯化。本文的化合物可以是至少1％纯、至少2％纯、至少3％纯、至少4％纯、至少5％纯、至少6％纯、至少7％纯、至少8％纯、至少9％纯、至少10％纯、至少11％纯、至少12％纯、至少13％纯、至少14％纯、至少15％纯、至少16％纯、至少17％纯、至少18％纯、至少19％纯、至少20％纯、至少21％纯、至少22％纯、至少23％纯、至少24％纯、至少25％纯、至少26％纯、至少27％纯、至少28％纯、至少29％纯、至少30％纯、至少31％纯、至少32％纯、至少33％纯、至少34％纯、至少35％纯、至少36％纯、至少37％纯、至少38％纯、至少39％纯、至少40％纯、至少41％纯、至少42％纯、至少43％纯、至少44％纯、至少45％纯、至少46％纯、至少47％纯、至少48％纯、至少49％纯、至少50％纯、至少51％纯、至少52％纯、至少53％纯、至少54％纯、至少55％纯、至少56％纯、至少57％纯、至少58％纯、至少59％纯、至少60％纯、至少61％纯、至少62％纯、至少63％纯、至少64％纯、至少65％纯、至少66％纯、至少67％纯、至少68％纯、至少69％纯、至少70％纯、至少71％纯、至少72％纯、至少73％纯、至少74％纯、至少75％纯、至少76％纯、至少77％纯、至少78％纯、至少79％纯、至少80％纯、至少81％纯、至少82％纯、至少83％纯、至少84％纯、至少85％纯、至少86％纯、至少87％纯、至少88％纯、至少89％纯、至少90％纯、至少91％纯、至少92％纯、至少93％纯、至少94％纯、至少95％纯、至少96％纯、至少97％纯、至少98％纯、至少99％纯、至少99.1％纯、至少99.2％纯、至少99.3％纯、至少99.4％纯、至少99.5％纯、至少99.6％纯、至少99.7％纯、至少99.8％纯或至少99.9％纯。
制剂和给药
药物组合物
本文公开的药物组合物包含拟肽大环化合物及其药学上可接受的衍生物或前药。“药学上可接受的衍生物”意指本文公开的化合物的任何药学上可接受的盐、酯、酯的盐、前药或其它衍生物，其在向接受者施用后能够(直接或间接地)提供本文公开的化合物。尤其有利的药学上可接受的衍生物是当向哺乳动物施用时可以提高该化合物的生物利用度(例如，通过提高口服施用的化合物进入血液的吸收)，或相对于母体物质增加活性化合物向生物区室(例如，脑或淋巴系统)的递送的那些衍生物。一些药学上可接受的衍生物包含提高水溶性或跨过胃肠粘膜的主动转运的化学基团。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物通过共价或非共价地连接的合适的官能团进行修饰，以提高选择性的生物学性质。这样的修饰包括那些提高进入给定生物区室(例如，血液、淋巴系统、中枢神经系统)的生物学渗透性、提高口服利用度、增加溶解度以允许注射施用、改变代谢以及改变排泄率的修饰。
为了由本文公开的化合物制备药物组合物，药学上可接受的载体包括固体或液体载体。固体形式的制剂包括粉剂、片剂、丸剂、胶囊剂、扁囊剂、栓剂和分散颗粒剂。固体载体可以是一种或多种物质，其也可以作为稀释剂、调味剂、粘合剂、防腐剂、片剂崩解剂或包封材料发挥作用。
在粉剂中，载体是细碎的固体，其与细碎的活性成分混合。在片剂中，活性成分与具有必要粘合性质的载体按照适当的比例混合，并压制成需要的形状和大小。
合适的固体赋形剂是碳水化合物或蛋白质填料，包括但不限于：糖，包括乳糖、蔗糖、甘露醇或山梨醇；来自玉米、小麦、水稻、马铃薯或其它植物的淀粉；纤维素，如甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素或羧甲基纤维素钠；和树胶，包括阿拉伯树胶和黄蓍胶；以及蛋白质，如明胶和胶原蛋白。如果需要的话，加入崩解剂或增溶剂，如交联的聚乙烯吡咯烷酮、琼脂、藻酸或其盐如藻酸钠。
液体形式的制剂包括溶液、悬浮液和乳液，例如，水或水/丙二醇溶液。对于肠胃外注射，液体制剂可以在聚乙二醇水溶液中配制成溶液。
药物制剂可以是单位剂型。在这样的形式中，制剂细分为含有适量活性成分的单位剂量。单位剂型可以是包装制剂，该包装包含不连续量的制剂，如包装的片剂、胶囊和小瓶或安瓿中的粉末。另外，单位剂型也可以是胶囊、片剂、扁囊剂或锭剂本身，或者可以是包装形式的适当数目的这些剂型中的任一种。
当一种或多种本文公开的组合物包含拟肽大环化合物和一种或多种附加治疗剂或预防剂的组合时，该化合物和附加药剂都应该以通常在单一治疗方案中施用的剂量的大约1-100％的剂量水平，更优选大约5-95％的剂量水平存在。在一些实施方案中，附加药剂作为多剂量方案的一部分与一种或多种本文公开的化合物分开施用。或者，这些药剂是单一剂型的一部分，在单一组合物中与本文公开的化合物混合在一起。
给药模式
有效量的本发明的拟肽大环化合物可以作为单剂量或多剂量通过任何接受的给药模式施用。在一些实施方案中，肠胃外施用本发明的拟肽大环化合物，例如通过皮下、肌肉内、鞘内、静脉内或硬膜外注射。例如，静脉内、动脉内、皮下或通过输注施用所述拟肽大环化合物。在一些实例中，静脉内施用所述拟肽大环化合物。在一些实例中，动脉内施用所述拟肽大环化合物。
无论所选择的给药途径如何，本发明的拟肽大环化合物和/或本发明的药物组合物均配制成药学上可接受的剂型。通过与其它药物类似的方法，可将根据本发明的拟肽大环化合物配制用于以任何方便的方式施用以用于人类或兽医学中。
在一个方面，本公开提供了包含与一种或多种药学上可接受的载体(添加剂)和/或稀释剂一起配制的、治疗有效量的一种或多种上述拟肽大环化合物的药物制剂。在一个实施方案中，一种或多种本文所述的拟肽大环化合物被配制用于肠胃外给药，本文公开的一种或多种拟肽大环化合物可被配制为水性或非水性溶液、分散液、悬浮液或乳液，或可在临使用前重建成无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。这样的制剂可包含糖、醇、抗氧化剂、缓冲液、抑菌剂、使该制剂与意向接受者的血液等渗的溶质，或悬浮剂或增稠剂。这些组合物还可含有辅剂，如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。可通过包含各种抗细菌剂和抗真菌剂，例如，对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚山梨酸等，确保防止微生物作用于主题化合物。还可期望组合物中包含等渗剂，如糖、氯化钠等。此外，可通过包含延缓吸收的药剂如单硬脂酸铝和明胶，导致可注射药物形式的延长吸收。若需要，可在使用前，用例如等渗盐水溶液或右旋糖溶液稀释该制剂。在一些实例中，所述拟肽大环化合物被配置为水溶液并静脉内施用。
给药量和频率
可采用各种技术确定剂量。所选择的剂量水平可取决于多种因素，包括所采用的特定拟肽大环化合物的活性，给药途径，给药时间，所采用的特定拟肽大环化合物的排出或代谢速率，治疗的持续时间，与所采用的特定拟肽大环化合物联合使用的其它药物、化合物和/或物质，所治疗的患者的年龄、性别、体重、状况、总体健康和既往医疗史，以及医学领域公知的其它因素。剂量值还可随待缓解的状况的严重程度而变化。对于任何特定的受试者，可根据个体需要以及施用该组合物或监督该组合物的施用的人的专业判断而随时间调整具体剂量方案。
医师或兽医可开具所需的化合物的有效量。例如，该医师或兽医可以以低于达到所需治疗效果所需水平的水平开始在药物组合物中采用的本发明化合物的给药，并逐渐增加剂量直到实现所需的效果。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物的合适的每日剂量可以是为有效产生治疗效果的最低剂量的拟肽大环化合物的量。这样的有效剂量通常将取决于上述因素。将在给定患者中产生最有效治疗的任何特定拟肽大环化合物的准确给药时间和量将取决于特定拟肽大环化合物的活性、药代动力学和生物利用度，患者的生理学状况(包括年龄、性别、疾病类型和阶段、总体身体状况、对给定剂量的响应性和药物类型)、给药途径，等等。
剂量可基于每kg患者体重的拟肽大环化合物的量。或者，可通过参考拟肽大环化合物的血浆浓度来确定本发明的剂量。例如，可以使用最大血浆浓度(Cmax)和从时间0至无穷大的血浆浓度-时间曲线下面积(AUC)。
施用于受试者的拟肽大环化合物的量可以是约1μg/kg、25μg/kg、50μg/kg、75μg/kg、100μμg/kg、125μg/kg、150μg/kg、175μg/kg、200μg/kg、225μg/kg、250μg/kg、275μg/kg、300μg/kg、325μg/kg、350μg/kg、375μg/kg、400μg/kg、425μg/kg、450μg/kg、475μg/kg、500μg/kg、525μg/kg、550μg/kg、575μg/kg、600μg/kg、625μg/kg、650μg/kg、675μg/kg、700μg/kg、725μg/kg、750μg/kg、775μg/kg、800μg/kg、825μg/kg、850μg/kg、875μg/kg、900μg/kg、925μg/kg、950μg/kg、975μg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、60mg/kg、70mg/kg、80mg/kg、90mg/kg或100mg/kg受试者体重。
施用于受试者的拟肽大环化合物的量可以是约0.01mg/kg至约100mg/kg受试者体重。在一些实施方案中，所施用的拟肽大环化合物的量为约0.01-10mg/kg、约0.01-20mg/kg、约0.01-50mg/kg、约0.1-10mg/kg、约0.1-20mg/kg、约0.1-50mg/kg、约0.1-100mg/kg、约0.5-10mg/kg、约0.5-20mg/kg、约0.5-50mg/kg、约0.5-100mg/kg、约1-10mg/kg、约1-20mg/kg、约1-50mg/kg或约1-100mg/kg人类受试者体重。在一些实施方案中，所施用的拟肽大环化合物的量为约0.1mg/kg、0.2mg/kg、0.3mg/kg、0.4mg/kg、0.5mg/kg、0.6mg/kg、0.7mg/kg、0.8mg/kg、0.9mg/kg、10mg/kg、11mg/kg、12mg/kg、13mg/kg、14mg/kg、15mg/kg、16mg/kg、17mg/kg、18mg/kg、19mg/kg或20mg/kg受试者体重。在一些实施方案中，所施用的拟肽大环化合物的量约为5mg/kg。在一些实施方案中，所施用的拟肽大环化合物的量约为10mg/kg。在一些实施方案中，所施用的拟肽大环化合物的量约为15mg/kg。
在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.28mg、约3.56mg、约7.12mg、约14.24mg/kg或约20mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约0.16mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约0.32mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约0.64mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.28mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约3.56mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约7.12mg/kg受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约14.24mg/kg受试者体重。
在一些实施方案中，药学上可接受的量的拟肽大环化合物每周1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14次施用于受试者。在一些实施方案中，每周一次施用约0.5-约20mg或约0.5-约10mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。每周一次施用例如约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，每周一次施用约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg/kg人类受试者体重，并且每周一次施用该拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg/kg人类受试者体重，并且每周一次施用该拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，每周两次施用约0.5-约20mg或约0.5-约10mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。例如，每周约两次施用约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，每周两次施用约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg/kg人类受试者体重，并且每周两次施用该拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg/kg人类受试者体重，并且每周两次施用该拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，每周3、4、5、6或7次施用约0.5-约20mg或约0.5-约10mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。例如，每周3、4、5、6或7次施用约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，每周3、4、5、6或7次施用约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg/kg人类受试者体重，并且每周3、4、5、6或7次施用该拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg/kg人类受试者体重，并且每周3、4、5、6或7次施用该拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，药学上可接受的量的拟肽大环化合物每1、2、3、4、5、6、7或8周一次施用于受试者。在一些实施方案中，每2、3或4周一次施用约0.5-约20mg或约0.5-约10mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。例如，每2或3周一次施用约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，每2或3周一次施用约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约20mg拟肽大环化合物/kg人类受试者体重。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg/kg人类受试者体重，并且每2周一次施用该拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg/kg人类受试者体重，并且每2周一次施用该拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg/kg人类受试者体重，并且每3周一次施用该拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的拟肽大环化合物的量为约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg/kg人类受试者体重，并且每3周一次施用该拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，药学上可接受的量的拟肽大环化合物在一段时间内逐渐施用于受试者。在一些实施方案中，一定量的拟肽大环化合物可以在约0.1h至约24h的一段时间内逐渐施用于受试者。在一些实施方案中，一定量的拟肽大环化合物可以在约0.1h、约0.2h、约0.3h、约0.4h、约0.5h、约0.6h、约0.7h、约0.8h、约0.9h、约1h、约1.5h、约2h、约2.5h、约3h、约3.5h、约4h、约4.5h、约5h、约5.5h、约6h、约6.5h、约7h、约7.5h、约8h、约8.5h、约9h、约9.5h、约10h、约10.5h、约11h、约11.5h、约12h、约12.5h、约13h、约13.5h、约14h、约14.5h、约15h、约15.5h、约16h、约16.5h、约17h、约17.5h、约18h、约18.5h、约19h、约19.5h、约20h、约20.5h、约21h、约21.5h、约22h、约22.5h、约23h、约23.5h或约24h的一段时间内施用于受试者。在一些实施方案中，药学上可接受的量的拟肽大环化合物在约0.5h的一段时间内逐渐施用。在一些实施方案中，药学上可接受的量的拟肽大环化合物在约1h的一段时间内逐渐施用。在一些实施方案中，药学上可接受的量的拟肽大环化合物在约1.5h的一段时间内逐渐施用。
只要在临床上有必要，就可以继续拟肽大环化合物的施用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可以施用超过1天、超过1周、超过1个月、超过2个月、超过3个月、超过4个月、超过5个月、超过6个月、超过7个月、超过8个月、超过9个月、超过10个月、超过11个月、超过12个月、超过13个月、超过14个月、超过15个月、超过16个月、超过17个月、超过18个月、超过19个月、超过20个月、超过21个月、超过22个月、超过23个月或超过24个月。在一些实施方案中，施用一种或多种本发明的拟肽大环化合物少于1周、少于1个月、少于2个月、少于3个月、少于4个月、少于5个月、少于6个月、少于7个月、少于8个月、少于9个月、少于10个月、少于11个月、少于12个月、少于13个月、少于14个月、少于15个月、少于16个月、少于17个月、少于18个月、少于19个月、少于20个月、少于21个月、少于22个月、少于23个月或少于24个月。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物可以在治疗周期内1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20次施用于受试者。在一些实施方案中，拟肽大环化合物可以在治疗周期内2、4、6或8次施用于受试者。在一些实施方案中，拟肽大环化合物可以在治疗周期内4次施用于受试者。在一些实施方案中，治疗周期为7天、14天、21天或28天长。在一些实施方案中，治疗周期为21天长。在一些实施方案中，治疗周期为28天长。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用，并且施用持续两个周期。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用，并且施用持续三个周期。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用，并且施用持续4、5、6、7、8、9、10个或超过10个周期。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用，并且施用持续两个周期。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用，并且施用持续三个周期。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用，并且施用持续4、5、6、7、8、9、10个或超过10个周期。
在一些实施方案中，一种或多种本发明的拟肽大环化合物持续地长期施用。在一些实施方案中，一种或多种本发明的拟肽大环化合物的施用持续直到记录到疾病进展、不可接受的毒性，或者患者或医师决定中止施用。
在一些实施方案中，本发明的化合物可以用来治疗一种病况。在一些实施方案中，本发明的化合物可以用来治疗两种病况。在一些实施方案中，本发明的化合物可以用来治疗三种病况。在一些实施方案中，本发明的化合物可以用来治疗四种病况。在一些实施方案中，本发明的化合物可以用来治疗五种病况。
使用方法
在一个方面，本文提供了新型拟肽大环化合物，其可在竞争性结合试验中用于鉴别可与拟肽大环化合物所模拟的蛋白质或肽的天然配体相结合的物质。例如，在p53/MDMX系统中，基于p53的标记的拟肽大环化合物可以与竞争性结合MDMX的小分子一起在MDMX结合试验中使用。竞争结合研究允许在体外快速评价及确定对于p53/MDMX系统具有特异性的候选药物。可以使用本文公开的任何拟肽大环化合物及其结合配偶体进行这类结合研究。进一步提供了生成抗拟肽大环化合物的抗体的方法。在一些实施方案中，这些抗体特异性地结合拟肽大环化合物和拟肽大环化合物相关的前体肽，如p53。例如，这样的抗体破坏天然的蛋白质-蛋白质相互作用，例如p53与MDMX之间的结合。
在其它方面，本文提供了处理处于患与分子(包括p53、MDM2或MDMX)的异常(例如，不足或过量)表达或活性有关的疾病的危险中(或易患所述疾病)或患有所述疾病的受试者的预防方法和治疗方法。
在另一个实施方案中，病症至少部分地是由p53或MDM2或MDMX的异常水平(例如，过度表达或不足表达)引起的，或由显示异常活性的p53或MDM2或MDMX的存在引起的。这样，由源自p53的拟肽大环化合物导致的p53或MDM2或MDMX水平和/或活性的降低或者p53或MDM2或MDMX水平和/或活性的提高用来例如缓解或减轻病症的负面症状。
另一方面，本文提供了通过干扰结合配偶体之间(例如，p53与MDM2或p53与MDMX之间)的相互作用或结合来治疗或预防疾病(包括过度增殖性疾病和炎性病症)的方法。这些方法包括向包括人类的温血动物施用有效量的化合物。在一些实施方案中，一种或多种本文公开的化合物的施用诱导细胞生长停滞或凋亡。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物可以用来治疗、预防和/或诊断癌症和肿瘤性病状。如本文所用的，术语“癌症”、“过度增殖的”和“肿瘤性的”指具有自主生长能力的细胞，即，以快速增殖的细胞生长为特征的异常状态或病状。过度增殖性的和肿瘤性的疾病状态可以分类为病理性的，即，表现或构成疾病状态；或者可以分类为非病理性的，即，偏离正常但与疾病状态无关。该术语意味着包括所有类型的癌性生长或致癌过程、转移性的组织或恶性转化的细胞、组织或器官，而与组织病理类型或侵入阶段无关。转移性肿瘤可以由许多原发性肿瘤类型产生，包括但不限于：乳腺、肺、肝、结肠和卵巢源的肿瘤类型。“病理性过度增殖”细胞出现于以恶性肿瘤生长为特征的疾病状态中。非病理性过度增殖细胞的实例包括与创伤修复有关的细胞增殖。细胞增殖和/或分化疾病的实例包括癌症，例如，癌瘤、肉瘤或转移性疾病。在一些实施方案中，拟肽大环化合物是用于控制乳腺癌、卵巢癌、结肠癌、肺癌、这些癌症的转移等的新型治疗剂。
癌症或肿瘤性疾病的实例包括但不限于：纤维肉瘤、肌肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、成骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤因氏瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、胃癌、食道癌、直肠癌、胰腺癌、卵巢癌、前列腺癌、子宫癌、头颈癌、皮肤癌、脑癌、鳞状细胞癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓样癌、支气管原癌、肾细胞癌、肝细胞瘤、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯肿瘤、子宫颈癌、睾丸癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑脊膜瘤、黑素瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、白血病、淋巴瘤或卡波西肉瘤。
在一些实施方案中，所述癌症是头颈癌、黑素瘤、肺癌、乳腺癌或神经胶质瘤。
增殖性疾病的实例包括造血系统肿瘤性疾病。如本文所用的，术语“造血系统肿瘤性疾病”包括涉及造血系统起源的(例如，源自骨髓、淋巴或红细胞谱系的)增生性/肿瘤性细胞或其前体细胞的疾病。该疾病可起因于分化不良的急性白血病，例如，成红细胞白血病和急性巨核母细胞性白血病。另外的示例性的骨髓疾病包括但不限于：急性早幼粒细胞白血病(APML)、急性髓性白血病(AML)和慢性髓性白血病(CML)；淋巴样恶性肿瘤包括但不限于急性淋巴母细胞性白血病(ALL)，包括B-谱系ALL和T-谱系ALL、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、幼淋巴细胞性白血病(PLL)、多毛细胞白血病(HLL)和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症(WM)。其它形式的恶性淋巴瘤包括但不限于：非霍奇金淋巴瘤及其变化形式、外周T细胞淋巴瘤、成年T细胞白血病/淋巴瘤(ATL)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)、巨粒淋巴细胞白血病(LGF)、霍奇金病和里德-斯特恩伯格病。
乳腺的细胞增殖和/或分化疾病的实例包括但不限于：增生性乳腺疾病，包括，例如，上皮细胞增生、硬化性腺病和小导管乳头状瘤；肿瘤，例如，诸如纤维腺瘤、叶状瘤和肉瘤的间质肿瘤，和诸如大导管乳头状瘤的上皮肿瘤；乳腺癌，包括原位(非侵袭性)癌(包括原位导管癌(包括佩吉特病)和原位小叶癌)和侵袭性(浸润性)癌(包括但不限于，浸润性导管癌、浸润性小叶癌、髓样癌、胶体(粘液)癌、小管癌和侵袭性乳头状癌)；和混杂性的恶性肿瘤。男性乳房疾病包括但不限于男性乳腺发育症和癌。
皮肤的细胞增殖性和/或分化性病症的实例包括但不限于增殖性皮肤病，如黑素瘤，包括粘膜黑素瘤、浅表扩散性黑素瘤、结节性黑素瘤、雀斑(例如，恶性雀斑样痣、恶性雀斑样黑素瘤或肢端着色斑性黑素瘤)、无黑色素黑素瘤、结缔组织增生性黑素瘤、具有斯皮茨痣特征的黑素瘤、具有小痣样细胞的黑素瘤、息肉状黑素瘤和软组织黑素瘤；基底细胞癌，包括小结基底细胞癌、表面基底细胞癌、结节性基底细胞癌(侵蚀性溃疡)、囊性基底细胞癌、疤痕性基底细胞癌、色素性基底细胞癌、异位基底细胞癌、浸润性基底细胞癌、痣样基底细胞癌综合征、息肉状基底细胞癌、孔样基底细胞癌和平库斯纤维上皮瘤；鳞状细胞癌，包括棘皮瘤(巨细胞棘皮瘤)、腺样鳞状细胞癌、基底细胞样鳞状细胞癌、透明细胞鳞状细胞癌、印戒细胞鳞状细胞癌、梭形细胞鳞状细胞癌、马乔林溃疡、凯拉增生性红斑和Bowen病；或其它皮肤或皮下肿瘤。
肺的细胞增殖和/或分化疾病的实例包括但不限于：支气管原癌，包括类肿瘤综合征、细支气管肺泡癌、神经内分泌肿瘤，例如，支气管类癌瘤、混杂性肿瘤和转移性肿瘤；胸膜的病状，包括炎性胸腔积液、非炎性胸腔积液、气胸和胸膜肿瘤，包括孤立性纤维瘤(胸膜纤维瘤)和恶性间皮瘤。
结肠的细胞增殖和/或分化疾病的实例包括但不限于：非肿瘤性息肉、腺瘤、家族性综合征、结直肠癌形成、结直肠癌和类癌瘤。
肝的细胞增殖和/或分化疾病的实例包括但不限于：结节性增生、腺瘤和恶性肿瘤，包括原发肝癌和转移性肿瘤。
卵巢的细胞增殖和/或分化疾病的实例包括但不限于：卵巢肿瘤，例如，体腔上皮肿瘤、浆液性肿瘤、粘液瘤、子宫内膜样瘤、透明细胞腺癌、囊腺纤维瘤、布伦纳瘤、表面上皮肿瘤；生殖细胞瘤，例如，成熟(良性)畸胎瘤、单胚层畸胎瘤、不成熟的恶性畸胎瘤、无性细胞瘤、内胚层窦瘤、绒毛膜癌；性索-间质肿瘤(sex cord-stomal tumors)，例如，粒层-卵泡膜细胞瘤、泡膜细胞瘤纤维瘤(thecomafibromas)、男性母细胞瘤、希尔细胞瘤(hill celltumors)和性腺母细胞瘤；和诸如克鲁肯贝格瘤的转移性肿瘤。
联合治疗
本发明的拟肽大环化合物与至少一种附加治疗剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的联合疗法可以用来治疗病况。在一些实施方案中，与当以治疗剂量单独施用时每种单独成分实现的累加效果相比，该联合疗法可产生显著更好的治疗结果。在一些实施方案中，与采用每种药剂的单药疗法相比，联合疗法中拟肽大环化合物或附加治疗剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的剂量可以减少，而仍能实现总体治疗效果。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加治疗剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以表现出协同作用。在一些实施方案中，拟肽大环化合物与附加治疗剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的协同作用可用来减少施用于受试者的药物总量，这减少了受试者经历的副作用。
本发明的拟肽大环化合物可以与至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂联合使用。在一些实施方案中，所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，能够调节与本发明的拟肽大环化合物相同或不同的靶标。在一些实施方案中，所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，能够调节与本发明的拟肽大环化合物相同的靶标，或者相同途径的其它组分，或者重叠组的靶酶。在一些实施方案中，所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，能够调节与本发明的拟肽大环化合物不同的靶标。
因此，在一个方面，本公开提供了用于治疗癌症的方法，该方法包括向有需要的受试者施用(a)有效量的本发明的拟肽大环化合物，和(b)有效量的至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，以提供联合疗法。在一些实施方案中，与单独施用拟肽大环化合物和单独施用所述至少一种附加药学活性剂的效果相比，联合疗法可具有增强的治疗效果。根据某些示例性实施方案，联合疗法具有协同治疗效果。根据该实施方案，与每种单个组分以治疗剂量单独施用所获得的相加效果相比，联合疗法产生显著更好的治疗结果(例如抗癌、细胞生长停滞、凋亡、分化诱导、细胞死亡等)。
联合疗法包括但不限于本发明的拟肽大环化合物与化疗剂、治疗性抗体和放射治疗的组合以提供协同治疗效果。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与一种或多种抗癌(抗肿瘤或细胞毒性)化疗药物联合使用。与本公开联合使用的合适的化疗剂包括但不限于：烷化剂，抗生素剂，抗代谢剂，激素剂，植物来源的药剂，抗血管生成剂，分化诱导剂，细胞生长停滞诱导剂，凋亡诱导剂，细胞毒性剂，影响细胞生物能量的药剂，生物制剂，例如单克隆抗体、激酶抑制剂和生长因子及其受体的抑制剂，基因治疗剂，细胞疗法，或者它们的任意组合。
在一些实施方案中，治疗有需要的受试者的癌症的方法可以包括向该受试者施用治疗有效量的抑制p53与MDM2和/或p53与MDMX之间相互作用的p53剂，和/或调节p53和/或MDM2和/或MDMX的活性的p53剂，和至少一种附加药学活性剂。在一些实例中，该p53剂选自有机或无机小分子；糖精；寡糖；多糖；肽、蛋白质、肽类似物、肽衍生物；抗体、抗体片段、拟肽；本发明的拟肽大环化合物；核酸；核酸类似物、核酸衍生物；由生物材料制成的提取物；天然存在的或合成的组合物；及其任意组合。
在一些实施方案中，所述p53剂选自RG7388(RO5503781，Idasanutlin)，RG7112(RO5045337)，nutlin3a，nutlin3b，nutlin3，nutlin2，含螺羟吲哚的小分子，1,4-二氮杂
Figure BDA0002364426360000871
1,4-苯并二氮杂
Figure BDA0002364426360000872
-2,5-二酮化合物，WK23，WK298，SJ172550，RO2443，RO5963，RO5353，RO2468，MK8242(SCH900242)，MI888，MI773(SAR405838)，NVPCGM097，DS3032b，AM8553，AMG232，NSC207895(XI006)，JNJ26854165(色德美坦)，RITA(NSC652287)，YH239EE，或其任意组合。在一些实例中，所述至少一种附加药学活性剂选自帕博西尼(PD0332991)；阿贝西尼(LY2835219)；瑞博西尼(LEE 011)；voruciclib(P1446A-05)；fascaplysin；arcyriaflavin；2-溴-12,13-二氢-5H-吲哚并[2,3-a]吡咯并[3,4-c]咔唑-5,7(6H)-二酮；3-氨基硫代吖啶酮(3-ATA)；反式-4-((6-(乙基氨基)-2-((1-(苯基甲基-1H-吲哚-5-基)氨基)-4-嘧啶基)氨基)-环己醇(CINK4)；1,4-二甲氧基吖啶-9(10H)-硫酮(NSC 625987)；2-甲基-5-(对甲苯基氨基)苯并[d]噻唑-4,7-二酮(ryuvidine)；和flavopiridol(阿伏西地)；及其任意组合。
a.与雌激素受体拮抗剂的联合治疗
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与雌激素受体拮抗剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与托瑞米芬
Figure BDA0002364426360000881
氟维司群
Figure BDA0002364426360000882
或柠檬酸他莫昔芬
Figure BDA0002364426360000883
联合使用。
氟维司群是选择性雌激素受体降解剂(SERD)，并适用于治疗抗雌激素治疗后具有疾病进展的绝经后妇女的激素受体阳性转移性乳腺癌。氟维司群是完全的雌激素受体拮抗剂，没有或几乎没有激动剂效果，并加速雌激素受体的蛋白酶体降解。氟维司群的口服生物利用度较差，并且通常通过肌肉内注射施用。氟维司群诱导的ErbB3和ErbB4受体表达使雌激素受体阳性乳腺癌细胞对调蛋白β1敏感。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与氟维司群联合使用。
b.与芳香酶抑制剂的联合治疗
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与芳香酶抑制剂联合使用。芳香酶抑制剂用于治疗绝经后女性的乳腺癌和男性的男性乳腺发育。当使用外部睾酮时，芳香酶抑制剂可以标签外使用，以减少雌激素的转化。芳香酶抑制剂也可用于高危女性中的化学预防。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与非选择性芳香酶抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可以与诸如氨鲁米特或睾内酯
Figure BDA0002364426360000884
等非选择性芳香酶抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与选择性芳香酶抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如阿那曲唑
Figure BDA0002364426360000885
来曲唑
Figure BDA0002364426360000886
依西美坦
Figure BDA0002364426360000887
伏罗唑
Figure BDA0002364426360000888
福美坦
Figure BDA0002364426360000889
或法倔唑
Figure BDA00023644263600008810
等选择性芳香酶抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与依西美坦联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与作用机理未知的芳香酶抑制剂如1,4,6-雄甾三烯-3,17-二酮(ATD)或4-雄甾烯-3,6,17-三酮联合使用。
c.与mTOR抑制剂的联合治疗
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与mTOR抑制剂联合使用。mTOR抑制剂是抑制雷帕霉素的机制性靶标(mTOR)的药物，雷帕霉素是一种丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白激酶，属于磷脂酰肌醇-3激酶(PDK)相关激酶(PIKK)家族。mTOR通过蛋白质复合物mTORC1和mTORC2的形成和信号传导来调节细胞代谢、生长和增殖。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如雷帕霉素、坦罗莫司(CCI-779)、依维莫司(RAD001)、地磷莫司(AP-23573)等mTOR抑制剂联合使用。在一个实例中，本发明的拟肽大环化合物与依维莫司
Figure BDA0002364426360000891
联合使用。依维莫司影响mTORC1蛋白质复合物，并可导致激酶AKT的高度激活，这可导致某些细胞类型中的更长的存活期。依维莫司与FKBP12(直接与mTORC1相互作用并抑制下游信号传导的蛋白质受体)结合。编码参与细胞周期和糖酵解过程的蛋白质的mRNA因此受损或改变，从而抑制肿瘤生长和增殖。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与mTOR抑制剂和芳香酶抑制剂联合使用。例如，该拟肽大环化合物可以与依维莫司和依西美坦联合使用。
d.与抗代谢物的联合治疗
抗代谢物是与细胞内的正常物质类似的化学治疗。当细胞将抗代谢物纳入细胞代谢时，细胞将无法分裂。抗代谢物是细胞周期特异性的，并且在细胞周期的特定阶段攻击细胞。
在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物与一种或多种抗代谢物如叶酸拮抗剂、嘧啶拮抗剂、嘌呤拮抗剂或腺苷脱氨酶抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶、氟尿苷(foxuridine)、阿糖胞苷、卡培他滨、吉西他滨、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、克拉屈滨、氟达拉滨、奈拉滨或喷司他丁等抗代谢物联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与卡培他滨
Figure BDA0002364426360000901
吉西他滨
Figure BDA0002364426360000902
或阿糖胞苷
Figure BDA0002364426360000903
联合使用。
e.与植物生物碱的联合治疗
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与植物生物碱联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如长春花生物碱、紫杉烷、鬼臼毒素或喜树碱类似物等植物生物碱联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如长春新碱、长春碱、长春瑞滨、紫杉醇、多西他赛、依托泊苷、替尼泊苷、伊立替康或托泊替康等植物生物碱联合使用。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与紫杉烷类如紫杉醇(
Figure BDA0002364426360000904
或
Figure BDA0002364426360000905
)和多西他赛
Figure BDA0002364426360000906
联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与紫杉醇联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与多西他赛联合使用。
f.与治疗性抗体的联合治疗
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与治疗性抗体联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与裸单克隆抗体如阿仑珠单抗
Figure BDA0002364426360000907
或曲妥珠单抗
Figure BDA0002364426360000908
联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与缀合的单克隆抗体，如放射性标记的抗体或化学标记的抗体联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与缀合的单克隆抗体，如替伊莫单抗
Figure BDA0002364426360000909
本妥昔单抗
Figure BDA00023644263600009010
ado-曲妥珠单抗
Figure BDA00023644263600009011
或denileukin diftitox
Figure BDA00023644263600009012
联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与双特异性单克隆抗体如博纳吐单抗(blinatumomab)
Figure BDA00023644263600009013
联合使用。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与抗CD20抗体如利妥昔单抗
Figure BDA00023644263600009014
阿托珠单抗
Figure BDA00023644263600009015
替伊莫单抗、托西莫单抗、奥法木单抗
Figure BDA00023644263600009016
ocaratuzumab、奥瑞珠单抗、TRU-015或维妥珠单抗联合使用。可以与本发明的拟肽大环化合物联合使用的其它抗体包括针对程序性细胞死亡(PD-1)受体的抗体，例如派姆单抗
Figure BDA0002364426360000911
或纳武单抗
Figure BDA0002364426360000912
g.与PD-L1和/或PD-1拮抗剂的联合治疗
PD-1途径包括免疫细胞共受体程序性死亡-1(PD-1)和PD-1配体PD-L1和PD-L2。PD-1途径介导肿瘤微环境中的局部免疫抑制。PD-1和PD-L1拮抗剂抑制免疫系统。在一些实施方案中，PD-1或PD-L1拮抗剂是分别特异性结合、阻断或下调PD-1或PD-L1的单克隆抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，PD-1或PD-L1拮抗剂是分别特异性结合、阻断或下调PD-1或PD-L1的化合物或生物分子。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与PD-1或PD-L1拮抗剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如MK-3475、纳武单抗
Figure BDA0002364426360000913
派姆单抗
Figure BDA0002364426360000914
人源化抗体(即h409Al l、h409A16和h409A17)、AMP-514、BMS-936559、MEDI0680、MEDI4736、MPDL3280A、MSB0010718C、MDX-1105、MDX-1106或pidilzumab等PD-1/PD-L1拮抗剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与作为免疫粘附分子如AMP-224的PD-1/PD-L1拮抗剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与PD-1/PD-L1拮抗剂联合使用，以治疗过表达PD-1或PD-L1的癌细胞或肿瘤。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与PD-1/PD-L1拮抗剂联合使用，以治疗过表达miR-34的癌细胞或肿瘤。
h.与抗激素疗法的联合治疗
抗激素疗法使用药剂来抑制选定的激素或作用。抗激素疗法通过用激素拮抗剂拮抗激素的功能和/或通过防止激素的产生来实现。在一些实施方案中，激素的抑制对于患有某些响应于特定激素的存在而生长的癌症的受试者可能是有益的。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与激素拮抗剂联合使用。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与抗雄激素、抗雌激素、芳香酶抑制剂或黄体生成素释放激素(LHRH)激动剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如比卡鲁胺
Figure BDA0002364426360000921
环丙孕酮
Figure BDA0002364426360000922
氟他胺
Figure BDA0002364426360000923
或尼鲁米特
Figure BDA0002364426360000924
等抗雄激素联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如氟维司群
Figure BDA0002364426360000925
雷洛昔芬
Figure BDA0002364426360000926
或他莫昔芬
Figure BDA0002364426360000927
Figure BDA0002364426360000928
等抗雌激素联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与诸如布舍瑞林
Figure BDA0002364426360000929
戈舍瑞林
Figure BDA00023644263600009210
或亮丙瑞林(
Figure BDA00023644263600009211
Lupron
Figure BDA00023644263600009212
)等LHRH激动剂联合使用。
i.与低甲基化(去甲基化)剂的联合治疗
低甲基化(去甲基化)剂抑制DNA甲基化，后者通过连续的细胞世代影响细胞功能，而不会改变基本的DNA序列。低甲基化剂可以阻断DNA甲基转移酶的活性。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如阿扎胞苷
Figure BDA00023644263600009213
或地西他滨
Figure BDA00023644263600009214
等低甲基化剂联合使用。
j.与抗炎剂的联合治疗
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与非甾体抗炎药(NSAID)、特异性COX-2抑制剂或皮质类固醇联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如阿司匹林、布洛芬、萘普生、塞来昔布、酮咯酸或双氯芬酸等NSAID联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如塞来昔布
Figure BDA00023644263600009215
罗非昔布或依托考昔等特异性COX-2抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如地塞米松或糖甾类(例如氢化可的松和泼尼松)等皮质类固醇联合使用。
k.与HDAC抑制剂的联合治疗
组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂是抑制组蛋白脱乙酰酶的化合物。HDAC抑制剂可以诱导p21表达，后者是p53活性的调节剂。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与HDAC抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如伏立诺他、罗米地辛
Figure BDA0002364426360000931
西达本胺、帕比司他
Figure BDA0002364426360000932
贝利司他(PDX101)、帕比司他(LBH589)、丙戊酸、莫西司他(MGCD0103)、abexinostat(PCI-24781)、恩替司他(MS-275)、SB939、resminostat(4SC-201)、吉维司他(ITF2357)、quisinostat(JNJ-26481585)、HBI-8000、kevetrin、CUDC-101、AR-42、CHR-2845、CHR-3996、4SC-202、CG200745、ACY-1215、ME-344、莱菔硫烷或曲古抑菌素A等AHDAC抑制剂联合使用。
l.与铂类抗肿瘤药的联合治疗
铂基抗肿瘤药是铂的配位络合物。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如顺铂、奥沙利铂、卡铂、奈达铂、四硝酸三铂、菲铂(phenanthriplatin)、吡铂或沙铂等铂基抗肿瘤药联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与顺铂或卡铂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与顺铂、platamin、新铂(neoplatin)、cismaplat、顺式二胺二氯铂(II)或CDDP
Figure BDA0002364426360000933
和卡铂(也称为顺式二氨(1,1-环丁烷二羧基)铂(II)；商品名
Figure BDA0002364426360000934
和
Figure BDA0002364426360000935
Figure BDA0002364426360000936
)联合使用。
m.与激酶抑制剂的联合治疗
蛋白质磷酸化的异常激活常常是癌症直接后果的驱动因素。激酶信号传导途径参与肿瘤生物学的表型，包括增殖、存活、运动、代谢、血管生成和逃避抗肿瘤免疫应答。
MEK抑制剂：MEK抑制剂是抑制促分裂原活化蛋白激酶MEK1和/或MEK2的药物。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与MEK1抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与MEK2抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与可以抑制MEK1和MEK2的药剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如曲美替尼
Figure BDA0002364426360000941
考比替尼(cobimetinib)、比尼替尼、司美替尼(AZD6244)、pimasertibe(AS-703026)、PD-325901、CI-1040、PD035901或TAK-733等MEK1/MEK2抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与曲美替尼联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物与考比替尼联合使用。
BRAF抑制剂：BRAF抑制剂是抑制丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B-raf(BRAF)蛋白的药物。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与BRAF抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与可抑制野生型BRAF的BRAF抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与可抑制突变BRAF的BRAF抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与可抑制V600E突变BRAF的BRAF抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如维罗非尼
Figure BDA0002364426360000942
达拉非尼
Figure BDA0002364426360000943
C-1、NVP-LGX818或索拉非尼
Figure BDA0002364426360000944
等BRAF抑制剂联合使用。
KRAS抑制剂：KRAS是在细胞信号传导中起开关作用的基因。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与KRAS抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与野生型KRAS抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与突变KRAS抑制剂联合使用。
BTK抑制剂：布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)是Tec激酶家族的一种非受体酪氨酸激酶，其参与B细胞受体信号传导。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与BTK抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如依鲁替尼或acalabrutinib等BTK抑制剂联合使用。
CDK抑制剂：CDK4和CDK6是细胞周期蛋白依赖性激酶，其控制细胞周期G1和S期之间的过渡。CDK4/CDK6活性在癌细胞中失调并且过度活跃。选择性CDK4/CDK6抑制剂可阻断细胞周期G1中期的细胞周期进程，从而停滞并阻止癌细胞的增殖。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与CDK4/CDK6抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如帕博西尼
Figure BDA0002364426360000951
瑞博西尼、trilaciclib、seliciclib、dinaciclib、milciclib、roniciclib、atuveciclib、briciclib、voruciclib或阿贝西尼等CDK4/CDK6抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与帕博西尼联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可用于与瑞博西尼联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与阿贝西尼联合使用。
在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物可与CDK4和/或CDK6的抑制剂和增强CDK4/6抑制剂的细胞抑制活性的药剂和/或将可逆性细胞停滞转化为不可逆的生长停滞或细胞死亡的药剂联合使用。示例性的癌症亚型包括NSCLC、黑素瘤、神经母细胞瘤、恶性胶质瘤、脂肪肉瘤和套细胞淋巴瘤。在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物还可与至少一种减轻CDKN2A(细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A)缺失的附加药学活性剂联合使用。在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物还可与至少一种减轻CDK9(细胞周期蛋白依赖性激酶9)异常的附加药学活性剂联合使用。
在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与CDK2、CDK7和/或CDK9抑制剂联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与CDK2、CDK7或CDK9抑制剂如seliciclib、voruciclib或milciclib联合使用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与诸如dinaciclib、roniciclib
Figure BDA0002364426360000952
或briciclib等CDK抑制剂联合使用。在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物还可与至少一种减轻CDKN2A(细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A)缺失的附加药学活性剂联合使用。
在一些实施方案中，在有需要的受试者中治疗癌症的方法可以包括向该受试者施用治疗有效量的p53剂和至少一种附加药学活性剂，该p53剂抑制p53与MDM2和/或p53与MDMX之间的相互作用，并且/或者调节p53和/或MDM2和/或MDMX的活性；其中所述至少一种附加药学活性剂调节CDK4和/或CDK6的活性，并且/或者抑制CDK4和/或CDK6。
ATM调节剂：本发明的拟肽大环化合物还可与调节ATM(上调或下调)的一种或多种药学活性剂联合使用。在一些实施方案中，本文所述的化合物可与一种或多种ATM调节剂协同作用。在一些实施方案中，一种或多种本文所述的化合物可与所有ATM调节剂协同作用
AKT抑制剂：在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物可与一种或多种抑制AKT(蛋白激酶B(PKB))的药学活性剂联合使用。在一些实施方案中，本文所述的化合物可与一种或多种AKT抑制剂协同作用。
n.与其它药学活性剂的联合治疗
在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物还可与至少一种减轻PTEN(磷酸酶和张力蛋白同源物)缺失的附加药学活性剂联合使用。
在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物还可与至少一种减轻Wip-1Alpha过表达的附加药学活性剂联合使用。
在一些实例中，本发明的拟肽大环化合物可与至少一种作为核苷代谢抑制剂的附加药学活性剂联合使用。可使用的示例性核苷代谢抑制剂包括卡培他滨、吉西他滨和阿糖胞苷(Arac)。
下表列出了用于本文所述方法的合适的附加药学活性剂。
Figure BDA0002364426360000961
Figure BDA0002364426360000971
Figure BDA0002364426360000981
Figure BDA0002364426360000991
联合治疗的施用
所述拟肽大环化合物或包含其的组合物，以及所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，或包含其的组合物，可以同时地施用(即同时施用)和/或顺序地施用(即顺序施用)。
根据某些实施方案，所述拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，在相同组合物中或在不同组合物中同时施用。本文所用的术语“同时施用”意为所述拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，以不超过数分钟，例如少于约15分钟、少于约10分钟、少于约5分钟或少于约1分钟的时间间隔施用。当药物同时施用时，该拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可包含于相同组合物(例如，包含该拟肽大环化合物和所述至少附加药学活性剂的组合物)中或不同组合物中(例如，该拟肽大环化合物包含于一种组合物中，而所述至少附加药学活性剂包含于另一种组合物中)。
根据另外的实施方案，所述拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，按顺序施用，即，在施用该附加药学活性剂之前或之后施用该拟肽大环化合物。本文所用的术语“顺序施用”意为拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，以超过数分钟，例如超过约15分钟、超过约20分钟或更多分钟、超过约30分钟或更多分钟、超过约40分钟或更多分钟、超过约50分钟或更多分钟、或者超过约60或更多分钟的时间间隔施用。在一些实施方案中，在附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在拟肽大环化合物之前施用药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂。拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，包含于不同的组合物中，该组合物可以包含于相同或不同的包装中。
在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的施用是并行的，即，拟肽大环化合物的施用期间和药剂的施用期间彼此重叠。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的施用是非并行的。例如，在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前终止施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在施用拟肽大环化合物之前终止施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂。这两个非并行施用之间的时间段可以在相隔数天到相隔数周的范围内。
基于给药医师的判断，可在治疗过程中调整所述拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的给药频率。当分开施用时，该拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂可以以不同的给药频率或间隔施用。例如，该拟肽大环化合物可以每周施用，而所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂可以更频繁或更不频繁地施用。或者，该拟肽大环化合物可以每周施用两次，而所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以更频繁或更不频繁地施用。此外，该拟肽大环化合物和所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以使用相同的给药途径或使用不同的给药途径来施用。
供疗法中使用的拟肽大环化合物和/或附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的治疗有效量可以随所治疗病况的性质、所需治疗时间的长度、患者的年龄和状况而不同，并且可以由主治医生确定。用于人类治疗的剂量可以在约0.01mg/kg至约1000mg/kg/天(例如，约0.01mg/kg至约100mg/kg/天、约0.01mg/kg至约10mg/kg/天、约0.1mg/kg至约100mg/kg/天、约0.1mg/kg至约50mg/kg/天、约0.1mg/kg至约10mg/kg/天)本文所述组合的一种或每种组分的范围内。在一些实施方案中，用于人类治疗的拟肽大环化合物的剂量在约0.01mg/kg至约100mg/kg/天(例如，约0.01mg/kg至约10mg/kg/天、约0.1mg/kg至约100mg/kg/天、约0.1mg/kg至约50mg/kg/天、约0.1mg/kg至约10mg/kg/天、约1mg/kg/天)的范围内。在一些实施方案中，用于人类治疗的附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的剂量可在约0.01mg/kg至约100mg/kg/天(例如，约0.1mg/kg至约100mg/kg/天、约0.1mg/kg至约50mg/kg/天、约10mg/kg/天或约30mg/kg/天)的范围内。所需剂量可以方便地以单剂量施用，或以适当的间隔按多剂量施用，例如每天两个、三个、四个或更多个亚剂量。
在一些实施方案中，例如当与至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂联合给予时，拟肽大环化合物的剂量可以以相对较低的剂量给予。在一些实施方案中，拟肽大环化合物的剂量可以是约1ng/kg至约100mg/kg。拟肽大环化合物的剂量可以是任何剂量，包括但不限于约1μg/kg、25μg/kg、50μg/kg、75μg/kg、100μμg/kg、125μg/kg、150μg/kg、175μg/kg、200μg/kg、225μg/kg、250μg/kg、275μg/kg、300μg/kg、325μg/kg、350μg/kg、375μg/kg、400μg/kg、425μg/kg、450μg/kg、475μg/kg、500μg/kg、525μg/kg、550μg/kg、575μg/kg、600μg/kg、625μg/kg、650μg/kg、675μg/kg、700μg/kg、725μg/kg、750μg/kg、775μg/kg、800μg/kg、825μg/kg、850μg/kg、875μg/kg、900μg/kg、925μg/kg、950μg/kg、975μg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、60mg/kg、70mg/kg、80mg/kg、90mg/kg或100mg/kg。
在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的剂量可以是约1ng/kg至约100mg/kg。附加药学活性剂的剂量可以是任何剂量，包括但不限于约1μg/kg、25μg/kg、50μg/kg、75μg/kg、100μμg/kg、125μg/kg、150μg/kg、175μg/kg、200μg/kg、225μg/kg、250μg/kg、275μg/kg、300μg/kg、325μg/kg、350μg/kg、375μg/kg、400μg/kg、425μg/kg、450μg/kg、475μg/kg、500μg/kg、525μg/kg、550μg/kg、575μg/kg、600μg/kg、625μg/kg、650μg/kg、675μg/kg、700μg/kg、725μg/kg、750μg/kg、775μg/kg、800μg/kg、825μg/kg、850μg/kg、875μg/kg、900μg/kg、925μg/kg、950μg/kg、975μg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、60mg/kg、70mg/kg、80mg/kg、90mg/kg或100mg/kg。
在一些实施方案中，附加药学活性剂的剂量是从附加药学活性剂的标签可见的批准剂量。在一些实施方案中，附加药学活性剂的剂量是600mg瑞博西尼；150mg或200mg阿贝西尼；125mg帕博西尼；2mg曲美替尼；175mg/m2、135mg/m2或100mg/m2紫杉醇；1.4mg/m2艾立布林；250mg/m2(乳腺癌)、100mg/m2(非小细胞肺癌)或125mg/m2(胰腺癌)
Figure BDA0002364426360001021
200mg
Figure BDA0002364426360001022
或240mg或480mg
Figure BDA0002364426360001023
或上述任何一种的药学上可接受的盐。在一些实施方案中，可以降低附加药学活性剂的批准剂量以解决不良副作用，如肾损害或肝损害。
拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以以单一单位剂型提供，以便一起服用或作为欲同时或相差一定时间施用的单独实体(例如在单独的容器中)服用。该时间差可以是1小时至1个月，例如1天至1周，例如48小时至3天。另外，有可能通过除附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之外的另一种给药方式来施用拟肽大环化合物。例如，静脉内施用拟肽大环化合物或附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，而全身或口服施用另一种可能是有利的。例如，静脉内施用拟肽大环化合物，而口服施用附加药学活性剂。
在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前约0.1小时、0.2小时、0.3小时、0.4小时、0.5小时、0.6小时、0.7小时、0.8小时、0.9小时、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前约6小时施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之后约0.1小时、0.2小时、0.3小时、0.4小时、0.5小时、0.6小时、0.7小时、0.8小时、0.9小时、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之后约6小时施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，在时间上在附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前1-24小时、2-24小时、3-24小时、4-24小时、5-24小时、6-24小时、7-24小时、8-24小时、9-24小时、10-24小时、11-24小时、12-24小时、1-30天、2-30天、3-30天、4-30天、5-30天、6-30天、7-30天、8-30天、9-30天、10-30天、11-30天、12-30天、13-30天、14-30天、15-30天、16-30天、17-30天、18-30天、19-30天、20-30天、21-30天、22-30天、23-30天、24-30天、25-30天、26-30天、27-30天、28-30天、29-30天、1-4周、2-4周、3-4周、1-12个月、2-12个月、3-12个月、4-12个月、5-12个月、6-12个月、7-12个月、8-12个月、9-12个月、10-12个月、11-12个月或其任意组合施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用拟肽大环化合物。例如，可以在施用CDKI(例如，seliciclib、瑞博西尼、阿贝西尼或帕博西尼)之前至少6小时施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂之前至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用拟肽大环化合物。例如，可以在施用CDKI(例如，seliciclib、瑞博西尼、阿贝西尼或帕博西尼)之前至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用拟肽大环化合物。例如，可以在施用CDKI(例如，seliciclib、瑞博西尼、阿贝西尼或帕博西尼)之前约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物与所述至少一种附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂在时间上同时施用。
在一些实施方案中，在时间上在附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之后施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，在施用拟肽大环化合物之前1-24小时、2-24小时、3-24小时、4-24小时、5-24小时、6-24小时、7-24小时、8-24小时、9-24小时、10-24小时、11-24小时、12-24小时、1-30天、2-30天、3-30天、4-30天、5-30天、6-30天、7-30天、8-30天、9-30天、10-30天、11-30天、12-30天、13-30天、14-30天、15-30天、16-30天、17-30天、18-30天、19-30天、20-30天、21-30天、22-30天、23-30天、24-30天、25-30天、26-30天、27-30天、28-30天、29-30天、1-4周、2-4周、3-4周、1-12个月、2-12个月、3-12个月、4-12个月、5-12个月、6-12个月、7-12个月、8-12个月、9-12个月、10-12个月、11-12个月或其任意组合施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂。在一些实施方案中，在施用拟肽大环化合物之前至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用附加药学活性剂。例如，可以在施用拟肽大环化合物之前至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用seliciclib、瑞博西尼、阿贝西尼或帕博西尼。
在一些实施方案中，在施用拟肽大环化合物之前至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用CDKI。例如，可以在施用拟肽大环化合物之前至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用seliciclib、瑞博西尼、阿贝西尼或帕博西尼。
在一些实施方案中，在施用拟肽大环化合物之前约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用CDKI。例如，可以在施用拟肽大环化合物之前约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用seliciclib、瑞博西尼、阿贝西尼或帕博西尼。
另外，本文考虑在施用拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之间采用休药期。休药期可以是在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之后，并且在施用拟肽大环化合物之前的天数。休药期可以是在施用拟肽大环化合物之后，并且在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前的天数。休药期可以是在顺序施用拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂中的一种或多种之后，并且在施用拟肽大环化合物、附加药学活性剂或另一种治疗剂之前的天数。例如，休药期可以是在顺序地先施用拟肽大环化合物、后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之后，并且在再次施用拟肽大环化合物之前的天数。例如，休药期可以是在顺序地先施用附加药学活性剂、后施用拟肽大环化合物之后，并且在施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前的天数。
适当地，休药期是1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天；或1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天、1-4、2-4或3-4周；或1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月的时段。
在一些实施方案中，按顺序首先施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，按顺序首先施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，随后施用拟肽大环化合物，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂。
在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后是可选的休药期；随后施用拟肽大环化合物连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月。例如，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月；随后是连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月的休药期；随后施用拟肽大环化合物连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月。
在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后施用拟肽大环化合物连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月随后是可选的休药期；随后施用附加药学活性剂。例如，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月；随后施用拟肽大环化合物连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后是可选的连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月的休药期；随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂。
在一些实施方案中，按顺序首先施用拟肽大环化合物，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂。在一些实施方案中，按顺序首先施用拟肽大环化合物，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后是可选的休药期；随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月。例如，拟肽大环化合物施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月；随后是连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月的休药期；随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后是可选的休药期；随后施用拟肽大环化合物。例如，拟肽大环化合物施用连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月；随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月，随后是可选的连续1-24、2-24、3-24、4-24、5-24、6-24、7-24、8-24、9-24、10-24、11-24或12-24小时；连续1-30、2-30、3-30、4-30、5-30、6-30、7-30、8-30、9-30、10-30、11-30、12-30、13-30、14-30、15-30、16-30、17-30、18-30、19-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30或29-30天，连续1-4、2-4或3-4周；或连续1-12、2-12、3-12、4-12、5-12、6-12、7-12、8-12、9-12、10-12或11-12个月的休药期；随后施用拟肽大环化合物。
在一些实施方案中，按顺序首先施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，按顺序首先施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物，随后是可选的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂。
在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续1至30天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续1至30天。在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续1至21天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续1至21天。在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续1至14天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续1至14天。在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续14天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续7天。在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂施用连续7天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续7天。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续1至30天，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续1至30天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续1至21天，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续1至21天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续1至14天，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续1至14天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续14天，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续14天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续7天，随后是可选的休药期，随后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂连续7天。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂中的一种施用连续2至30天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物和附加药学活性剂中的另一种连续2至30天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂中的一种施用连续2至21天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物和附加药学活性剂中的另一种连续2至21天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂中的一种施用连续2至14天，随后是1至14天的休药期，随后施用拟肽大环化合物和附加药学活性剂中的另一种连续2至14天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂中的一种施用连续3至7天，随后是3至10天的休药期，随后施用拟肽大环化合物和附加药学活性剂中的另一种连续3至7天。
在一些实施方案中，按顺序首先施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续3至21天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续3至21天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续3至21天，随后是1至14天的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续3至21天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续3至21天，随后是3至14天的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续3至21天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续21天，随后是可选的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续14天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续14天，随后是1至14天的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续14天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续7天，随后是3至10天的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续7天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续3天，随后是3至14天的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续7天。在一些实施方案中，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂施用连续3天，随后是3至10天的休药期，随后施用拟肽大环化合物连续3天。
在一些实施方案中，按顺序首先施用拟肽大环化合物，随后是可选的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续3至21天，随后是可选的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续3至21天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续3至21天，随后是1至14天的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续3至21天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续3至21天，随后是3至14天的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续3至21天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续21天，随后是可选的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续14天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续14天，随后是1至14天的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续14天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续7天，随后是3至10天的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续7天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续3天，随后是3至14天的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续7天。在一些实施方案中，拟肽大环化合物施用连续3天，随后是3至10天的休药期，随后施用细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂连续3天。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物每天施用一次、两次或三次，持续连续2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天，随后休息1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天(例如，不施用拟肽大环化合物/中止治疗)，为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27或28天的周期；并且在一天或更多天(例如，周期1的第1天)，在施用拟肽大环化合物之前、同时或之后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂。在一些实施方案中，联合疗法施用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12或13个周期，该周期为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27或28天。在一些实施方案中，联合疗法施用1至12或13个28天的周期(例如，约12个月)。
在一些实施方案中，本文提供了一种治疗病况或疾病的方法，其包括向有需要的患者施用治疗有效量的拟肽大环化合物联合治疗有效量的附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，以及次级活性剂，如检查点抑制剂。在一些实施方案中，拟肽大环化合物每天施用一次、两次或三次，持续连续2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天，随后休息1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天(例如，不施用拟肽大环化合物/中止治疗)，为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27或28天的周期；在一天或更多天(例如，周期1的第1天)，在施用拟肽大环化合物之前、同时或之后施用附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，并且每天、每周或每月施用次级药剂。在一些实施方案中，联合疗法施用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12或13个周期，该周期为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27或28天。在一些实施方案中，联合疗法施用1至12或13个28天的周期(例如，约12个月)。
在一些实施方案中，本文所述的联合疗法的施用调节至少一种检查点蛋白质(例如，PD-L1)的表达水平。因此，本文提供了确定至少检查点蛋白质的表达的方法，其中表达水平的确定在施用本文所述的联合疗法之前、期间和/或之后进行。可以将在施用本文所述的联合疗法之前、期间和/或之后确定的检查点蛋白质表达水平彼此比较，或与标准对照进行比较。这样的比较可以转化为确定所所施用的治疗的效力，其中在一个实施方案中，给定检查点蛋白质的表达水平降低表明联合疗法的有效性更高。在一些实施方案中，可以使用测定来监测或确定使用本文所述的联合疗法的治疗，以确定检查点蛋白质(例如，PD-L1、TIM-3、LAG-3、CTLA-4、OX40、Treg、CD25、CD127、FoxP3)的表达水平。确定此类检查点蛋白质的表达可以在用本文所述的联合疗法完成治疗之前、期间或之后进行。可以使用本领域已知的技术，包括例如流式细胞术，来确定表达。
在一些实施方案中，将本文所述的联合疗法的组分(例如，拟肽大环化合物和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂)周期性地施用于患者。在一些实施方案中，次级活性剂与本文提供的联合疗法以周期性给药的方式共同施用。周期性疗法包括施用活性剂一段时间，然后休息一段时间，然后重复该顺序给药。可以在规定的持续时间内，针对每种活性剂(例如，拟肽大环化合物和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂和/或次级药剂)独立地进行周期性疗法。在一些实施方案中，每种活性剂的周期性施用取决于施用给受试者的一种或多种活性剂。在一些实施方案中，拟肽大环化合物或细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂的施用固定了每种药剂的给药天数或持续时间。在一些实施方案中，拟肽大环化合物或细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂的施用固定了次级活性剂的给药天数或持续时间。
在一些实施方案中，连续(例如每天、每周、每月)施用拟肽大环化合物、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂和/或次级活性剂，而没有休息时间。周期性疗法可以减少对一种或多种疗法的抗性的产生，避免或减少一种疗法的副作用，和/或改善该治疗或治疗剂的功效。
在一些实施方案中，给药频率在大约每天给药至大约每月给药的范围内。在一些实施方案中，给药是每天一次、每天两次、每天三次、每天四次、每隔一天一次、每周两次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每四周一次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用两次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用三次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用四次。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物的给药频率在大约每天给药至大约每月给药的范围内。在一些实施方案中，拟肽大环化合物的给药是每天一次、每天两次、每天三次、每天四次、每隔一天一次、每周两次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每四周一次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的拟肽大环化合物每天施用一次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的拟肽大环化合物每天施用两次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的拟肽大环化合物每天施用三次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的拟肽大环化合物每天施用四次。
在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的给药频率在大约每天给药至大约每月给药的范围内。在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的给药是每天一次、每天两次、每天三次、每天四次、每隔一天一次、每周两次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每四周一次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂每天施用一次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂每天施用两次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂每天施用三次。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂每天施用四次。
在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次，持续一天至六个月、一周至三个月、一周至四周、一周至三周或从一周至两周。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次，持续一周、两周、三周或四周。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次，持续一周。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次，持续两周。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次，持续三周。在一些实施方案中，用于本文所述的联合疗法的化合物每天施用一次，持续四周。
治疗性组合物可以施用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20次或更多次，并且它们可以每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24小时或每1、2、3、4、5、6、7天或每1、2、3、4、5周或每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个月施用一次。
在一些实施方案中，每天进行拟肽大环化合物和/或附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的定期给药。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和/或附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的定期给药每天以一半的量进行两次。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物和/或附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的定期给药每3至11天进行一次；或每5至9天进行一次；或每7天进行一次；或每24小时进行一次。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和/或附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的定期给药每2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、6天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天或30天进行一次。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物和/或附加药学活性剂的定期给药每天进行一次、两次或三次。
对于拟肽大环化合物的每种给药方案，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的定期给药可以每16-32小时进行一次；或每18-30小时进行一次；或每20-28小时进行一次；或每22-26小时进行一次。在一些实施方案中，拟肽大环化合物的给药基本上在附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂之前。在一些实施方案中，附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的给药基本上在拟肽大环化合物的给药之前。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂可以施用至少4天的一段时间。在一些实施方案中，该时间段可以是5天至5年；或10天至3年；或2周至1年；或1个月至6个月；或3个月至4个月。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以在受试者的一生中施用。
用于联合治疗的药物组合物
根据某些实施方案，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，在单一药物组合物中施用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以以单一单位剂型提供以供一起服用。根据一些实施方案，该药物组合物进一步包含药学上可接受的稀释剂或载体。根据某些实施方案，拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，在不同的药物组合物中施用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以以单一单位剂量作为欲同时或相差一定时间施用的单独实体(例如，在单独的容器中)提供。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以通过相同的给药途径来施用。在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物和附加药学活性剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以通过不同的给药途径来施用。
在一些实施方案中，以已知用于治疗特定类型的癌症的治疗量施用所述至少一种附加药剂，例如本文所述的任何附加治疗剂。在一些实施方案中，以低于已知用于治疗疾病的治疗量的量施用所述至少一种附加药剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，即，施用亚治疗量的所述至少一种附加药剂。
施用于受试者的本发明的拟肽大环化合物和至少一种附加药剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以各自为约0.01mg/kg至约100mg/kg受试者体重。在一些实施方案中，施用于受试者的本发明的拟肽大环化合物和所述至少一种附加药剂，例如本文所述的任何附加治疗剂，可以各自为约0.01mg/kg至约1mg/kg、0.01mg/kg至约10mg/kg、0.01mg/kg至约100mg/kg、0.1mg至约1mg/kg、0.1mg/kg至约10mg/kg或0.1mg/kg至约100mg/kg受试者体重。在一些实施方案中，拟肽大环化合物和附加治疗剂，例如本文所述的任何附加治疗剂的剂量可以作为单剂量或多剂量施用。
序列同源性
两种或更多种肽可共有一定程度的同源性。例如，一对肽可具有高达约20％的成对同源性、高达约25％的成对同源性、高达约30％的成对同源性、高达约35％的成对同源性、高达约40％的成对同源性、高达约45％的成对同源性、高达约50％的成对同源性、高达约55％的成对同源性、高达约60％的成对同源性、高达约65％的成对同源性、高达约70％的成对同源性、高达约75％的成对同源性、高达约80％的成对同源性、高达约85％的成对同源性、高达约90％的成对同源性、高达约95％的成对同源性、高达约96％的成对同源性、高达约97％的成对同源性、高达约98％的成对同源性、高达约99％的成对同源性、高达约99.5％的成对同源性或高达约99.9％的成对同源性。例如，一对肽可具有至少约20％的成对同源性、至少约25％的成对同源性、至少约30％的成对同源性、至少约35％的成对同源性、至少约40％的成对同源性、至少约45％的成对同源性、至少约50％的成对同源性、至少约55％的成对同源性、至少约60％的成对同源性、至少约65％的成对同源性、至少约70％的成对同源性、至少约75％的成对同源性、至少约80％的成对同源性、至少约85％的成对同源性、至少约90％的成对同源性、至少约95％的成对同源性、至少约96％的成对同源性、至少约97％的成对同源性、至少约98％的成对同源性、至少约99％的成对同源性、至少约99.5％的成对同源性、至少约99.9％的成对同源性。
检测野生型p53和/或p53突变的方法
在一些实施方案中，缺乏p53灭活突变的受试者是用本发明化合物进行癌症治疗的候选者。在用本发明化合物治疗之前，应当测定来自患者组的癌细胞，以便确定p53灭活突变和/或野生型p53的表达。
p53途径的活性可以通过参与p53途径的基因的突变状态来确定，这些基因包括例如AKT1、AKT2、AKT3、ALK、BRAF、CDK4、CDKN2A、DDR2、EGFR、ERBB2(HER2)、FGFR1、FGFR3、GNA11、GNQ、GNAS、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1(MEK1)、MET、HRAS、NOTCH1、NRAS、NTRK2、PIK3CA、NF1、PTEN、RAC1、RB1、NTRK3、STK11、PIK3R1、TSC1、TSC2、RET、TP53和VHL。还可以评估调节p53活性的基因，包括例如，激酶：ABL1、JAK1、JAAK2、JAK3；受体酪氨酸激酶：FLT3和KIT；受体：CSF3R、IL7R、MPL和NOTCH1；转录因子：BCOR、CEBPA、CREBBP、ETV6、GATA1、GATA2、MLL、KZF1、PAX5、RUNX1、STAT3、WT1和TP53；表观遗传因子：ASXL1、DNMT3A、EZH2、KDM6A(UTX)、SUZ12、TET2、PTPN11、SF3B1、SRSF2、U2AF3、ZRSR2；RAS蛋白：HRAS、KRAS和NRAS；衔接子CBL和CBL-B；FBXW7、IDH1、IDH2和NPM1。
例如，可以经由原发性或转移性肿瘤切除(例如，肺切除术、肺叶切除术(lobetomy)、楔形切除术和开颅术)、原发性或转移性疾病活检(例如经支气管活检或针芯活检)、胸膜或腹水(例如FFPE细胞团块)、骨髓抽吸、骨髓凝结和骨髓活检或肿瘤富集区(实体瘤)的宏观解剖，从实体瘤或液体肿瘤获得癌细胞样品。
为了检测组织中的p53野生型基因和/或p53灭活突变的缺乏，可以从周围正常组织中分离癌组织。例如，可以从石蜡或冷冻切片分离组织。也可以通过流式细胞术将癌细胞与正常细胞分开。如果癌细胞组织被正常细胞高度污染，则检测突变可能更加困难。
分析野生型p53和/或p53突变的各种方法和试验适用于本发明。试验的非限制性示例包括聚合酶链反应(PCR)、限制性片段长度多态性(RFLP)、微阵列、Southern印迹法、Northern印迹法、Western印迹法、Eastern印迹法、H&E染色法、肿瘤的显微评估、下一代DNA测序(NGS)(例如DNA的提取、纯化、定量和扩增，文库制备)、免疫组织化学和荧光原位杂交(FISH)。
微阵列允许研究人员研究附接至表面的多个DNA序列，例如由玻璃或硅制成的DNA芯片，或者聚合物珠子或树脂。DNA序列与荧光或发光探针杂交。基于样品序列与探针杂交，然后洗涤并随后检测该探针，微阵列可以指示样品中存在寡核苷酸序列。荧光或发光信号的定量指示样品中存在已知的寡核苷酸序列。
PCR允许DNA寡聚物的快速扩增，并且可用于鉴别样品中的寡核苷酸序列。PCR实验包括使寡核苷酸样品与PCR混合物接触，该PCR混合物含有与靶序列互补的引物、一种或多种DNA聚合酶、脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)结构单元，包括dATP、dGTP、dTTP和dCTP，以及合适的缓冲液、盐和添加剂。如果样品含有与一对引物互补的寡核苷酸序列，则该实验扩增样品序列，该序列可被收集并鉴别。
在一些实施方案中，试验包括从癌样品扩增生物分子。该生物分子可以是核酸分子，如DNA或RNA。在一些实施方案中，所述试验包含核酸分子的环化，然后消化所环化的核酸分子。
在一些实施方案中，所述试验包括使生物体或从生物体收集的生物化学样品(如核酸样品)与寡核苷酸(如PCR引物)的文库接触。该文库可以含有任何数目的寡核苷酸分子。该寡核苷酸分子可以结合单独的DNA或RNA基序，或本文所述基序的任意组合。这些基序可以相隔任何距离，并且该距离可以是已知的或未知的。在一些实施方案中，同一文库中的两种或更多种寡核苷酸结合亲本核酸序列中相隔已知距离的基序。引物与亲本序列的结合可以基于引物与亲本序列的互补性而发生。例如，结合可以在退火或在严格条件下发生。
在一些实施方案中，使用试验的结果来设计新的寡核苷酸序列以备将来使用。在一些实施方案中，使用试验的结果来设计新的寡核苷酸文库以备将来使用。在一些实施方案中，试验的结果用于修改、改进或更新现有的寡核苷酸文库以备将来使用。例如，试验可以揭示先前未记录的核酸序列与靶物质的存在相关联。该信息可以用来设计或重新设计核酸分子和文库。
在一些实施方案中，文库中的一种或多种核酸分子包含条形码标签。在一些实施方案中，文库中的一种或多种核酸分子包含适于环化和切割经扩增的样品核酸序列的I型或II型限制位点。这样的引物可以用于环化PCR产物并切割PCR产物，以提供具有与样品生物体天然核酸序列不同组织化的序列的产物核酸序列。
在PCR实验之后，可以验证扩增序列的存在。用于寻找扩增序列的方法的非限制性实例包括DNA测序、全转录物组鸟枪法测序(WTSS或RNA-seq)、质谱法(MS)、微阵列、焦磷酸测序、柱纯化分析、聚丙烯酰胺凝胶电泳和由索引标记的引物产生的PCR产物的索引标签测序。
在一些实施方案中，扩增样品生物体中的超过一种核酸序列。在PCR产物混合物中分离不同核酸序列的方法的非限制性实例包括柱纯化、高校液相色谱法(HPLC)、HPLC/MS、聚丙烯酰胺凝胶电泳、大小排阻色谱法。
扩增的核酸分子可以通过测序来鉴别。核酸测序可以在自动化仪器上进行。测序实验可以平行地进行，以同时分析数十、数百或数千个序列。测序技术的非限制性实例如下。
在焦磷酸测序中，DNA在含有与油溶液中的引物包被的珠子结合的单个DNA模板的小水滴内扩增。将核苷酸添加至生长中的序列中，并且通过可见光证明每个碱基的添加。
离子半导体测序将核酸残基的添加作为与合成期间释放的氢离子相关的电信号的形式来检测。包含模板的反应孔用四种类型的核苷酸结构单元充满，一次一种。电信号的时序鉴别添加了哪种结构单元，并鉴别模板中相应的残基。
DNA纳米球使用滚环复制将DNA扩增成纳米球。纳米球的解链连接测序揭示了DNA序列。
在可逆染料方法中，使核酸分子与载玻片上的引物退火，并扩增。添加四种类型的荧光染料残基，其中每一种与天然核碱基互补，添加与核酸序列中的下一个碱基互补的残基，并从载玻片上漂洗未掺入的染料。添加四种类型的可逆终止子碱基(RT-碱基)，并且洗掉未掺入的核苷酸。荧光指示加入了染料残基，从而鉴别模板序列中的互补碱基。以化学方式除去染料残基，并重复该循环。
点突变的检测可以通过存在于癌细胞组织中的p53等位基因的分子克隆和对等位基因进行测序来完成。或者，可以利用聚合酶链反应直接从来自癌细胞组织的基因组DNA制品中扩增p53基因序列。然后可以确定扩增的序列的DNA序列。也可以检测p53基因的特定缺失。例如，针对p53基因或周围标志物基因的限制性片段长度多态性(RFLP)探针可用来对p53等位基因的丢失进行评分。
野生型p53基因的丢失也可以基于p53基因的野生型表达产物的丢失来检测。这样的表达产物包括mRNA以及p53蛋白质产物本身。点突变可以通过直接对mRNA进行测序或通过从mRNA制备的cDNA的分子克隆来检测。克隆的cDNA的序列可以使用DNA测序技术来确定。cDNA也可以通过聚合酶链反应(PCR)进行测序。
或者，可以使用错配检测来检测p53基因或mRNA产物中的点突变。该方法可以包括使用与人类野生型p53基因互补的标记的核糖核酸探针。核糖核酸探针和从癌细胞组织中分离的mRNA或DNA退火(杂交)在一起，随后用能够检测双链RNA结构中的一些错配的酶RNA酶A消化。如果通过RNA酶A检测到错配，则该酶在错配位点处切割。因此，当退火的RNA制品在电泳凝胶基质上分离时，如果错配已经被检测到并且被RNA酶A切割，则可以看到比用于核糖核酸探针和p53mRNA或DNA的全长双链RNA更小的RNA产物。核糖核酸探针不一定是p53mRNA或基因的全长，而可以是其中任一个的区段。如果核糖核酸探针仅包含p53mRNA或基因的区段，则希望使用许多这样的探针来筛选整个mRNA序列的错配。
以类似的方式，可以通过酶促或化学切割，使用DNA探针来检测错配。或者，可以通过错配的双链体相对于匹配的双链体的电泳迁移率的变化来检测错配。采用核糖核酸探针或DNA探针，可在杂交前使用PCR来扩增可能含有突变的细胞mRNA或DNA。
还可以使用等位基因特异性探针筛选已经使用聚合酶链反应扩增的来自癌细胞组织的p53基因的DNA序列。这些探针是核酸寡聚物，其中每一个都含有携带已知突变的p53基因序列的区域。例如，一个寡聚物可以是约30个核苷酸的长度，对应于p53基因序列的一部分。在编码p53基因第175个密码子的位置处，该寡聚物编码丙氨酸，而不是野生型密码子缬氨酸。通过使用一系列这样的等位基因特异性探针，可以筛选PCR扩增产物，以鉴定p53基因中先前鉴定的突变的存在。等位基因特异性探针与扩增的p53序列的杂交可以在例如尼龙滤膜上进行。与特定探针的杂交指示在癌细胞组织中存在与在等位基因特异性探针中相同的突变。
通过应用一系列多样化的高分辨率、高通量微阵列平台，可以促进癌细胞中p53基因结构变化的鉴定。基本上两种类型的阵列包括携带来自克隆的核酸(例如cDNA、BAC、粘粒)的PCR产物的阵列和使用寡核苷酸的阵列。这些方法可以提供调查全基因组DNA拷贝数异常和表达水平的方法，以允许将相同样品中基因表达过高和表达过低的癌细胞中的丢失、获得和扩增相关联。提供癌细胞中mRNA水平的估计的基因表达阵列已经产生了可以鉴定基因表达水平、选择性剪接事件和mRNA加工改变的外显子特异性阵列。
可以使用寡核苷酸阵列探询整个基因组中的单核苷酸多态性(SNP)以供连锁和关联研究，并且它们已经被适应于量化拷贝数异常和杂合性事件的丢失。DNA测序阵列可以允许对染色体区域、外显子组和全基因组进行重新测序。
基于SNP的阵列或其它基因阵列或芯片可以确定野生型p53等位基因的存在和突变的结构。单核苷酸多态性(SNP)——DNA中单个位点的变异——是基因组中最常见的变异类型。例如，人类基因组中估计有500-1000万个SNP。SNP可以是同义或非同义置换。由于遗传密码的简并性，同义SNP置换不会导致蛋白质中氨基酸的改变，但是可以以其它方式影响功能。例如，编码膜转运蛋白的基因中看似沉默的突变可减慢翻译，从而使肽链错误折叠，并产生功能性较低的突变膜转运蛋白。非同义SNP置换可以是错义置换或无义置换。当单个碱基改变导致蛋白质的氨基酸序列改变并且其失常导致疾病时，发生错义置换。当点突变导致转录的mRNA中密码子提前终止或无义密码子时，发生无义置换，其导致截短的且通常无功能的蛋白质产物。由于SNP在整个进化过程中以及在群体内高度保守，因此SNP图谱充当用于研究的优良基因型标志物。SNP阵列是研究全基因组的有用工具。
另外，SNP阵列可用于研究杂合性丢失(LOH)。LOH是等位基因失衡的一种形式，其可能是由等位基因的完全丢失或一个等位基因的拷贝数相对于另一个等位基因的增加造成的。虽然有其它基于芯片的方法(例如，比较基因组杂交只能检测基因组获得或缺失)，但SNP阵列具有检测由于单亲二体性(UPD)引起的拷贝数中性LOH的额外优势。在UPD中，来自一个亲本的一个等位基因或整个染色体丢失，导致另一个亲本等位基因的重复(单亲＝来自一个亲本，二体性＝重复)。在疾病情况下，当野生型等位基因(例如来自母本)丢失并且存在两个拷贝的杂合等位基因(例如来自父本)时，这种情况可能是病理性的。SNP阵列的这种使用在癌症诊断中具有巨大的潜力，因为LOH是大多数人类癌症的突出特征。SNP阵列技术显示，由于基因组缺失或UPD和基因组获得，癌症(例如胃癌、肝癌等)和血液恶性肿瘤(ALL、MDS、CML等)具有高LOH率。在本发明中，使用高密度SNP阵列来检测LOH允许鉴定等位基因不平衡的模式，以确定野生型p53等位基因的存在。
野生型p53基因的突变也可以基于p53基因的野生型表达产物的突变来检测。这类表达产物包括mRNA以及p53蛋白质产物本身。点突变可以通过直接对mRNA进行测序或者通过由mRNA制成的cDNA的分子克隆来检测。克隆的cDNA的序列可以采用DNA测序技术来确定。cDNA也可以经由聚合酶链反应(PCR)来测序。可以使用一组单克隆抗体，其中参与p53功能的每个表位由一种单克隆抗体代表。该组中单克隆抗体结合的丧失或扰动可指示p53蛋白的突变改变，因而指示p53基因本身的突变改变。突变p53基因或基因产物也可以在包括例如血清、粪便、尿和痰在内的身体样品中检测到。以上针对检测组织中的突变p53基因或基因产物所讨论的相同技术可以应用于其它身体样品。
野生型p53基因的丢失也可以通过筛选野生型p53蛋白功能的丧失来检测。尽管p53蛋白无疑具有的所有功能尚未阐明，但至少有两个特定功能是已知的。蛋白质p53与SV40大T抗原以及腺病毒E1B抗原结合。p53蛋白与这些抗原之一或两者结合的能力的丧失表明该蛋白质中的突变改变，其反映了基因本身的突变改变。或者，可以使用一组单克隆抗体，其中参与p53功能的每个表位由一种单克隆抗体代表。该组中单克隆抗体结合的丧失或扰动将指示p53蛋白的突变改变，因而指示p53基因本身的突变改变。任何检测改变的p53蛋白的方法都可以用来检测野生型p53基因的丢失。
试验
例如，拟肽大环化合物的性质通过使用下面所述的方法进行分析。在一些实施方案中，拟肽大环化合相对于缺乏本文所述的取代基的相应多肽具有改善的生物学性质。
a.用于测定α-螺旋度的试验
在溶液中，具有α-螺旋结构域的多肽的二级结构在随机卷曲结构和α-螺旋结构之间达到动态平衡，这通常被称为“百分螺旋度”。因此，例如，α-螺旋结构域在溶液中主要是随机卷曲，α-螺旋含量通常低于25％。另一方面，具有优化的连接体的拟肽大环化合物具有例如至少为相应的非交联多肽的2倍的α-螺旋度。在一些实施方案中，大环化合物具有高于50％的α-螺旋度。为了测定拟肽大环化合物的螺旋度，将化合物溶解于水溶液(例如，pH 7的50mM磷酸钾溶液或蒸馏水，达到25-50μM的浓度)。使用标准测量参数(例如，温度，20℃；波长，190-260nm；步级分辨率(step resolution)，0.5nm；速度，20nm/sec；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；路径长度，0.1cm)在分光偏振计上获得圆二色性(CD)谱。通过将平均残基椭圆度(例如，[Φ]222obs)除以模型螺旋十肽的报道值来计算各个肽的α-螺旋含量。
b.用于测量解链温度(Tm)的试验
含有二级结构如α-螺旋的拟肽大环化合物显示出例如比相应的非交联多肽更高的解链温度。拟肽大环化合物显示出>60℃的Tm，表明在水溶液中高度稳定的结构。为了分析大环形成对解链温度的影响，将拟肽大环化合物或未修饰的肽溶于蒸馏水中(例如，以50μM的终浓度)，并且通过使用标准参数(例如，波长，222nm；步级分辨率，0.5nm；速度，20nm/sec；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；温度上升速度，1℃/分钟；路径长度，0.1cm)在分光偏振计上测量椭圆度在一定温度范围(例如，4-95℃)内的变化来确定Tm。
c.蛋白酶抗性试验
肽骨架的酰胺键易受到蛋白酶的水解，从而致使肽化合物在体内易于快速降解。但是，肽螺旋的形成包埋酰胺骨架，因此可以保护其免于蛋白水解裂解。拟肽大环化合物可以经历体外胰蛋白酶的蛋白水解，以评价与相应的非交联多肽相比其降解速率的任何变化。例如，拟肽大环化合物和相应的非交联多肽与胰蛋白酶琼脂糖一起孵育，并在各个时间点通过离心猝灭反应，随后进行HPLC注入以根据280nm处的紫外吸收对残留的底物进行定量。简单来说，拟肽大环化合物和拟肽前体(5mcg)与胰蛋白酶琼脂糖(S/E～125)孵育0、10、20、90和180分钟。通过台式离心机高速离心猝灭反应；通过基于HPLC的在280nm处的峰检测对分离的上清液中残余的底物进行定量。蛋白水解反应显示出一级动力学，且速率常数k由ln[S]相对于时间的曲线确定(k＝-1X斜率)。
d.离体稳定性试验
具有优化的连接体的拟肽大环化合物具有例如至少为相应的非交联多肽的2倍的离体半衰期，且具有12小时或更长的离体半衰期。对于离体血清稳定性研究，可以使用多种试验。例如，将拟肽大环化合物和相应的非交联多肽(2mcg)与新鲜的小鼠、大鼠和/或人血清(2mL)一起在37℃下孵育0、1、2、4、8和24小时。为了测定完整化合物的水平，可以使用下面的程序：通过将100μl的血清转移到2ml离心管中，接着加入10μL的50％甲酸和500μL乙腈并在4±2℃下以14,000RPM离心10分钟来提取样品。然后将上清液转移到新的2ml管中，并在N2<10psi、37℃下在Turbovap上蒸发。样品在100μL的50:50乙腈:水中重建，并进行LC-MS/MS分析。
e.体外结合试验
为了评估拟肽大环化合物和拟肽前体与受体蛋白质的结合和亲和力，例如使用荧光偏振试验(FPA)。FPA技术使用偏振光和荧光示踪剂测量分子取向和分子迁移率。当用偏振光激发时，由于附接在具有高表观分子量的分子(例如，与大蛋白质结合的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂(例如，FITC)与附接在较小分子(例如，在溶液中游离的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂相比具有较慢的旋转速度，附接在具有高表观分子量的分子上的荧光示踪剂发射较高水平的偏振荧光。
例如，荧光标记的(fluoresceinated)拟肽大环化合物(25nM)与接受体蛋白质(25-1000nM)在结合缓冲液(140mM NaCl、50mM Tris-HCL，pH 7.4)中在室温下孵育30分钟。例如，用发光分光光度计通过荧光偏振测定结合活性。可以使用例如GraphPad Prism软件通过非线性回归分析来确定Kd值。在一些实施方案中，拟肽大环化合物显示出与相应的非交联多肽类似的或更低的Kd。
f.用于表征肽-蛋白质相互作用的拮抗剂的体外置换试验
为了评估拮抗肽与接受体蛋白质之间相互作用的化合物的结合和亲和力，例如，使用利用来源于拟肽前体序列的荧光标记的拟肽大环化合物的荧光偏振试验(FPA)。FPA技术使用偏振光和荧光示踪剂测量分子取向和分子迁移率。当用偏振光激发时，由于附接在具有高表观分子量的分子(例如，与大蛋白质结合的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂(例如，FITC)与附接在较小分子(例如，在溶液中游离的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂相比具有较低的旋转速度，附接在具有高表观分子量的分子上的荧光示踪剂发射较高水平的偏振荧光。拮抗荧光标记的拟肽大环化合物与接受体蛋白质之间相互作用的化合物将在竞争性结合FPA实验中进行检测。
例如，推定的拮抗剂化合物(1nM至1mM)和荧光标记的拟肽大环化合物(25nM)与接受体蛋白质(50nM)一起在结合缓冲液(140mM NaCl、50mM Tris-HCL，pH 7.4)中在室温下孵育30分钟。例如，用发光分光光度计通过荧光偏振测定拮抗剂结合活性。可以通过非线性回归分析来确定Kd值。任何类别的分子，如有机小分子、肽、寡核苷酸或蛋白质，都可以在该试验中作为推定的拮抗剂进行检测。
g.通过亲和选择-质谱法对蛋白质-配体结合的分析
为了评估测试化合物对蛋白质的结合和亲和力，例如采用亲和选择-质谱分析试验。按照以下对全系统对照实验概述的代表性程序，使用1μM拟肽大环化合物加5μM hMDM2进行蛋白质-配体结合实验。将40μM拟肽大环化合物储备溶液的1μL DMSO等份溶解在19μLPBS(含有150mM NaCl的50mM，pH 7.5磷酸盐缓冲液)中。得到的溶液通过反复吸液进行混合并通过在10 000g下离心10分钟进行澄清。向4μL等份得到的上清液中加入4μL 10μM hMDM2的PBS溶液。每个8.0μL实验样品因此含有在PBS中的浓度为5.0μM的40pmol(1.5μg)蛋白质，加1μM拟肽大环化合物和2.5％DMSO。针对每个浓度点如此制备的双份样品在室温下孵育60分钟，然后冷却至4℃，之后进行5.0μL注入液的大小排阻层析-LC-MS分析。将含有靶蛋白、蛋白质-配体复合体和未结合的化合物的样品注入到SEC柱上，通过快速SEC步骤将复合体与未结合的成分在该柱上分离。采用UV检测器监测SEC柱洗脱液，以证实在SEC柱的外水体积中洗脱的早期洗脱的蛋白质级分从保留在柱上的未结合的成分中良好地分离出来。在含有蛋白质和蛋白质-配体复合体的峰从主UV检测器洗脱后，它进入样品环路，在其中从SEC阶段的流上截下，并通过阀门机构直接转移到LC-MS。通过ESI-MS以预期的m/z观察拟肽大环化合物的(M+3H)3+离子，证实检测到蛋白质-配体复合体。
h.用于蛋白质-配体Kd滴定实验的分析
为了评估测试化合物对蛋白质的结合和亲和力，例如，进行蛋白质-配体Kd滴定实验。蛋白质-配体Kd滴定实验如下进行：制备连续稀释的滴定剂拟肽大环化合物储备溶液(5、2.5、...、0.098mM)的2μL DMSO等份，然后溶解在38μL PBS中。得到的溶液通过反复吸液进行混合并通过在10 000g下离心10分钟进行澄清。向4.0μL等份得到的上清液中加入4.0μL 10μM hMDM2的PBS溶液。每个8.0μL实验样品因此含有在PBS中的浓度为5.0μM的40pmol(1.5μg)蛋白质，不同浓度(125、62.5、...、0.24μM)的滴定肽和2.5％DMSO。针对每个浓度点如此制备的双份样品在室温下孵育30分钟，然后冷却至4℃，之后进行2.0μL注入液的SEC-LC-MS分析。通过ESI-MS观察(M+H)1+、(M+2H)2+、(M+3H)3+和/或(M+Na)1+离子；对提取的离子色谱图进行定量，然后与方程拟合，以推导出结合亲和力Kd。
i.通过亲和选择-质谱法进行竞争性结合实验的分析
为了确定测试化合物竞争性结合蛋白质的能力，例如，进行亲和选择-质谱分析试验。通过将三种化合物中每一种的2μL等份400μM储备溶液与14μL DMSO混合制备每种成分40μM的配体混合物。然后，将1μL等份的该每种成分40μM的混合物与滴定剂拟肽大环化合物连续稀释储备溶液(10、5、2.5、...、0.078mM)的1μL DMSO等份混合。将这些2μL样品溶解在38μL PBS中。得到的溶液通过反复吸液进行混合并通过在10 000g下离心10分钟进行澄清。向4.0μL等份得到的上清液中加入4.0μL 10μM hMDM2蛋白的PBS溶液。每个8.0μL实验样品因此含有在PBS中的浓度为5.0μM的40pmol(1.5μg)蛋白质，加0.5μM配体、2.5％DMSO和不同浓度(125、62.5、...、0.98μM)的滴定剂拟肽大环化合物。针对每个浓度点如此制备的双份样品在室温下孵育60分钟，然后冷却至4℃，之后进行2.0μL注入液的SEC-LC-MS分析。
j.在完整细胞中的结合分析
有可能通过免疫沉淀实验测定肽或拟肽大环化合物与其天然受体在完整细胞中的结合。例如，完整的细胞与荧光标记的(FITC-标记的)化合物在无血清的情况下孵育4小时，接着进行血清置换并进一步孵育4-18小时。然后使细胞沉淀，并在4℃下在裂解缓冲液(50mM Tris[pH7.6]、150mM NaCl、1％的CHAPS和蛋白酶抑制剂混合物)中孵育10分钟。以14,000rpm离心提取物15分钟，收集上清液，并与10μl山羊抗-FITC抗体一起孵育2小时，在4℃下旋转，接着进一步在4℃下与蛋白A/G Sepharose(50μl的50％微珠浆)孵育2小时。快速离心之后，将沉淀物在含有渐增的盐浓度(例如，150、300、500mM)的裂解缓冲液中洗涤。随后以150mM NaCl再平衡微珠，之后加入含有SDS的样品缓冲液并煮沸。离心之后，任选地使用4％-12％梯度的Bis-Tris凝胶对上清液进行电泳，接着转移到Immobilon-P膜上。封闭后，任选地将印迹与检测FITC的抗体一起孵育，也与一种或多种检测与拟肽大环化合物结合的蛋白质的抗体一起孵育。
k.细胞透性分析
与相应的非交联大环化合物相比，拟肽大环化合物例如具有更高的细胞透性。具有优化的连接体的拟肽大环化合物具有例如是相应的非交联大环化合物的至少2倍的细胞透性，并且常常观察到20％或更多的应用的拟肽大环化合物在4小时后已渗透入细胞。为了测量拟肽大环化合物和相应的非交联大环化合物的细胞透性，将完整的细胞与荧光标记的(例如荧光化的(fluoresceinated))拟肽大环化合物或相应的非交联大环化合物(10μM)一起在不含血清的培养基中37℃孵育4小时，用培养基洗涤2次，并与胰蛋白酶(0.25％)在37℃下孵育10分钟。再次洗涤细胞，并将其重悬浮于PBS中。分析细胞荧光。
l.细胞效力分析
例如，在基于细胞的杀伤试验中，使用多种致瘤和非致瘤的细胞系及源自人类或小鼠细胞群体的原代细胞测定某些拟肽大环化合物的效力。例如，在与拟肽大环化合物(0.5-50μM)一起孵育的24-96小时期间监测细胞的活力，以鉴定那些以EC50<10μM杀死细胞的化合物。检测细胞活力的几种标准分析是可以通过商业途径得到的，并且任选地用来评价拟肽大环化合物的效力。另外，测定膜联蛋白V和胱天蛋白酶激活的分析任选地用来评价拟肽大环化合物是否通过激活凋亡机制杀死细胞。例如，采用Cell Titer-glo试验，该试验确定随细胞内ATP浓度变化的细胞活力。
m.体内稳定性分析
为了研究拟肽大环化合物的体内稳定性，例如，向小鼠和/或大鼠通过静脉内、腹膜内、口服或吸入途径以0.1-50mg/kg的浓度施用化合物，并在注射后0'、5'、15'、30'、1小时、4小时、8小时和24小时抽取血样。然后如上所述通过LC-MS/MS测定25μL新鲜血清中的完整化合物的水平。
n.在动物模型中的体内效力
为了确定拟肽大环化合物在体内的抗致癌活性，例如，化合物单独给予(静脉内、腹膜内、口服、通过吸入或鼻途径)或与亚最佳剂量的相关化疗剂(例如，环磷酰胺、阿霉素、依托泊苷)联合给予。在一个实例中，在NOD-SCID小鼠遭受全身辐射3小时后，通过尾静脉注射稳定表达萤光素酶的5x 106RS4；11细胞(从急性淋巴细胞白血病患者的骨髓建立)。如果不予处理，在该模型中这种形式的白血病在3周内是致命的。例如，通过对小鼠注射D-萤光素(60mg/kg)并对麻醉的动物进行成像可以容易地监测该白血病。通过Living ImageSoftware进行光子通量(photonic flux)(光子/秒)的积分(integration)来对全身生物发光进行定量。例如，拟肽大环化合物单独地或与亚最佳剂量的相关化疗剂联合地通过尾静脉或静脉内途径以0.1mg/kg-50mg/kg的剂量向白血病小鼠施用(注射后10天/实验第1天，生物发光范围为14-16)7-21天。任选地，在整个实验过程中每隔一天对小鼠成像，并在实验期间每天监测其存活。在实验结束时任选地对死亡的小鼠进行尸体检查。另一种动物模型是将稳定表达萤光素酶的DoHH2(源自人类滤泡性淋巴瘤的细胞系)植入到NOD-SCID小鼠中。这些体内试验任选地产生初步的药代动力学、药效学和毒理学数据。
o.临床试验
为了确定拟肽大环化合物对于人类治疗的适用性，进行了临床试验。例如，可选择出被诊断为患有癌症并且需要治疗的患者并将他们分成治疗组和一个或多个对照组，其中，对治疗组施用拟肽大环化合物，而对照组接受安慰剂或已知的抗癌药物。这样，可以通过对患者组就诸如生存率和生活质量的因素进行比较来评价拟肽大环化合物的治疗安全性和有效性。在本实例中，相比于用安慰剂处理的患者对照组，用拟肽大环化合物治疗的患者组可以显示出提高的长期生存率。
实施例
实施例1：6-氯色氨酸Fmoc氨基酸的合成
Figure BDA0002364426360001361
6-氯-3-甲酰基-1H-吲哚-1-甲酸叔丁酯，1。在氩气下于0℃向搅拌中的无水DMF(12mL)的溶液中逐滴加入POCl3(3.92mL，43mmol，1.3当量)。在0℃下搅拌该溶液20分钟，然后逐滴加入6-氯吲哚(5.0g，33mmol，1当量)的无水DMF(30mL)溶液。使所得到的混合物升温至室温，并再搅拌2.5h。向反应混合物中加水(50mL)，并用4M NaOH水溶液(pH～8)中和该溶液。滤出所得到的固体，用水洗涤，并在真空下干燥。该材料无需额外的纯化而用于下一步。
在N2和室温下，向搅拌中的粗甲酰吲哚(33mmol，1当量)的THF(150mL)溶液中相继添加Boc2O(7.91g，36.3mmol，1.1当量)和DMAP(0.4g，3.3mmol，0.1当量)。在室温下搅拌所得混合物1.5h，减压蒸发溶剂。将残留物用EtOAc吸收，并用1N HC1洗涤，干燥并浓缩，得到呈白色固体的甲酰吲哚1(经2步，9g，98％)。1H NMR(CDCl3)δ:1.70(s,Boc,9H)；7.35(dd,1H)；8.21(m,3H)；10.07(s,1H)。
6-氯-3-(羟甲基)-1H-吲哚-1-甲酸叔丁酯，2。向化合物1(8.86g，32mmol，1当量)的乙醇(150mL)溶液中加入NaBH4(2.4g，63mmol，2当量)。在室温下搅拌反应液3h。浓缩反应混合物，并将残留物倒入乙醚和水中。分离有机层，用硫酸镁干燥并浓缩，从而得到白色固体(8.7g，98％)。这种材料无需额外的纯化而直接用于下一步。1H NMR(CDCl3)δ:1.65(s,Boc,9H)；4.80(s,2H,CH2)；7.21(dd,1H)；7.53(m,2H)；8.16(bs,1H)。
3-(溴甲基)-6-氯-1H-吲哚-1-甲酸叔丁酯，3。于-40℃向氩气下的化合物2(4.1g，14.6mmol，1当量)的二氯甲烷(50mL)溶液中加入三苯基膦(4.59g，17.5mmol，1.2当量)的二氯甲烷(50mL)溶液。在40℃下搅拌反应30分钟。然后向反应混合物中加入NBS(3.38g，19mmol，1.3当量)。使所得到的混合物升温至室温并搅拌过夜。蒸发二氯甲烷，加入四氯化碳(100mL)，搅拌混合物1h并过滤。将滤液浓缩，将其装入二氧化硅柱塞，并用25％EtOAc的己烷溶液快速洗脱。浓缩溶液，得到白色泡沫(3.84g，77％)。1H NMR(CDCl3)δ:1.66(s,Boc,9H)；4.63(s,2H,CH2)；7.28(dd,1H)；7.57(d,1H)；7.64(bs,1H)；8.18(bs,1H)。
αMe-6Cl-Trp(Boc)-Ni-S-BPB，4。在氩气下向S-Ala-Ni-S-BPB(2.66g，5.2mmol，1当量)和KO-tBu(0.87g，7.8mmol，1.5当量)中加入50mL DMF。将溴化物衍生化合物3(2.68g，7.8mmol，1.5当量)溶解在DMF(5.0mL)中，并使用注射器加入到反应混合物中。在环境温度下搅拌反应混合物1h。然后用5％的醋酸水溶液猝灭溶液，并用水稀释。在二氯甲烷中萃取所需产物，干燥并浓缩。在使用EtOAc和己烷作为洗脱液的正相上通过快速色谱法(固体加载)纯化油状产物4，得到红色固体(1.78g，45％产率)。M+H计算775.21，M+H观测775.26；1HNMR(CDC13)δ:1.23(s,3H,αMe)；1.56(m,11H,Boc+CH2)；1.82-2.20(m,4H,2CH2)；3.03(m,1H,CHα)；3.24(m,2H,CH2)；3.57和4.29(AB系统,2H,CH2(苯甲基),J＝12.8Hz)；6.62(d,2H)；6.98(d,1H)；7.14(m,2H)；7.23(m,1H)；7.32-7.36(m,5H)；7.50(m,2H)；7.67(bs,1H)；7.98(d,2H)；8.27(m,2H)。
6Cl-Trp(Boc)-Ni-S-BPB，5。在氩气下向Gly-Ni-S-BPB(4.6g，9.2mmol，1当量)和KO-tBu(1.14g，10.1mmol，1.1当量)中加入95mL DMF。将溴化物衍生化合物3(3.5g，4.6mmol，1.1当量)溶解在DMF(10mL)中，并使用注射器加入到反应混合物中。在环境温度下搅拌反应混合物1h。然后用5％的醋酸水溶液猝灭溶液，并用水稀释。在二氯甲烷中萃取所需产物，干燥并浓缩。在正相上使用EtOAc和己烷作为洗脱液通过快速色谱法(固体加载)纯化油状产物5，得到红色固体(5g，71％产率)。M+H计算761.20，M+H观测761.34；1H NMR(CDCl3)δ:1.58(m,11H,Boc+CH2)；1.84(m,1H)；1.96(m,1H)；2.24(m,2H,CH2)；3.00(m,1H,CHα)；3.22(m,2H,CH2)；3.45和4.25(AB系统,2H,CH2(苯甲基),J＝12.8Hz)；4.27(m,1H,CHα)；6.65(d,2H)；6.88(d,1H)；7.07(m,2H)；7.14(m,2H)；7.28(m,3H)；7.35-7.39(m,2H)；7.52(m,2H)；7.96(d,2H)；8.28(m,2H)。
Fmoc-αMe-6Cl-Trp(Boc)-OH，6。向50℃的3N HCl/MeOH(1/3，15mL)溶液中逐滴加入化合物4(1.75g，2.3mmol，1当量)的MeOH(5ml)溶液。原始材料在3-4h内消失。然后用冰浴使酸性溶液冷却至0℃，并用Na2CO3(1.21g，11.5mmol，5当量)水溶液将其猝灭。除去甲醇，并向悬浮液中添加8当量的Na2CO3(1.95g，18.4mmol)。然后添加EDTA二钠盐二水合物(1.68g，4.5mmol，2当量)，并搅拌所得悬浮液2h。添加Fmoc-OSu(0.84g，2.5mmol，1.1当量)的丙酮(50mL)溶液并搅拌该反应液过夜。用乙醚和1N HC1稀释该反应液。然后用硫酸镁干燥有机层，并在真空中浓缩。在正相上使用丙酮和二氯甲烷作为洗脱液纯化所需产物6，得到白色泡沫(0.9g，70％产率)。M+H计算575.19,M+H观测575.37；lH NMR(CDC13)1.59(s,9H,Boc)；1.68(s,3H,Me)；3.48(bs,2H,CH2)；4.22(m,1H,CH)；4.39(bs,2H,CH2)；5.47(s,1H,NH)；7.10(m,1H)；7.18(m,2H)；7.27(m,2H)；7.39(m,2H)；7.50(m,2H)；7.75(d,2H)；8.12(bs,1H)。
Fmoc-6Cl-Trp(Boc)-OH，7。向50℃下的3N HCl/MeOH(1/3，44mL)溶液中逐滴加入化合物5(5g，6.6mmol，1当量)在MeOH(10ml)中的溶液。原始材料在3-4h内消失。然后用冰浴使酸性溶液冷却至0℃，并用Na2CO3(3.48g，33mmol，5当量)水溶液将其猝灭。除去甲醇，并向悬浮液中添加8当量的Na2CO3(5.57g，52mmol)。向悬浮液中添加EDTA二钠盐二水合物(4.89g，13.1mmol，2当量)，并搅拌所得悬浮液2h。添加Fmoc-OSu(2.21g，6.55mmol，1.1当量)在丙酮(100mL)中的溶液，并搅拌反应液过夜。用乙醚和1N HC1稀释该反应液。然后用硫酸镁干燥有机层，并在真空中浓缩。在正相上使用丙酮和二氯甲烷作为洗脱液纯化所需产物7，得到白色泡沫(2.6g，69％产率)。M+H计算561.17，M+H观测561.37；1H NMR(CDC13)1.63(s,9H,Boc)；3.26(m,2H,CH2)；4.19(m,1H,CH)；4.39(m,2H,CH2)；4.76(m,1H)；5.35(d,1H,NH)；7.18(m,2H)；7.28(m,2H)；7.39(m,3H)；7.50(m,2H)；7.75(d,2H)；8.14(bs,1H)。
实施例2：拟肽大环化合物
通过用相对应的合成氨基酸替代两个或多个天然存在的氨基酸来设计拟肽大环化合物。替代发生在i和i+4以及i和i+7位。在固相条件下，使用rink amide AM树脂和Fmoc主链保护基团化学方法，人工地或使用自动化肽合成仪进行肽合成。对于天然Fmoc保护的氨基酸的偶联，使用10当量的氨基酸和1:1:2摩尔比的偶联试剂HBTU/HOBt/DIEA。非天然氨基酸(4当量)与1:1:2摩尔比的HATU/HOBt/DIEA偶联。合成肽的N末端被乙酰化，且C末端被酰胺化。
在反相C18柱上通过HPLC来实现交联化合物的纯化，以产生纯的化合物。通过LC/MS质谱法和氨基酸分析确认该纯产物的化学组成。
包括SP662、SP663和SP664在内的二炔交联的拟肽大环化合物的合成。以0.2mmol规模在PEG-PS树脂(加载0.45mmol/g)上合成完全保护的结合树脂的肽。通过采用在DMF中的20％(v/v)的哌啶对结合树脂的肽进行3×10min的处理来实现临时Fmoc基团的脱保护。用NMP(3×)、二氯甲烷(3×)和NMP(3×)洗涤后，通过与适当的预活化的Fmoc-氨基酸衍生物进行1×60min的孵育来实现每个连续氨基酸的偶联。在将偶联溶液转移至脱保护的结合树脂的肽之前，将所有被保护的氨基酸(0.4mmol)溶解在NMP中，并用HCTU(0.4mmol)和DIEA(0.8mmol)进行活化。偶联反应完成后，洗涤树脂，准备下一个脱保护/偶联循环。
在存在于NMP中的乙酸酐/DIEA的存在下进行氨基末端的乙酰化。对从完全组装的结合树脂的肽的等分试样所获得的已切割和脱保护的样品进行LC-MS分析以验证每个偶联的完成。在典型的实例中，将四氢呋喃(4ml)和三乙胺(2ml)加入到在40ml玻璃小瓶中的肽树脂(0.2mmol)中并摇动10分钟。然后加入Pd(PPh3)2Cl2(0.014g，0.02mmol)和碘化亚铜(0.008g，0.04mmol)，并将所得反应混合物在大气开放的同时机械摇动16小时。在室温下通过用TFA/H2O/TIS(95/5/5v/v)处理2.5h来将二炔环化的结合树脂的肽脱保护并从固体支持物上切下。将树脂过滤后，使TFA溶液在冷乙醚中沉淀并进行离心，以生产呈固体的所需产物。通过制备型HPLC对粗产物进行纯化。
包括SP665在内的单炔烃交联的拟肽大环化合物的合成。以0.1mmol规模在Rinkamide MBHA树脂(加载0.62mmol/g)上合成完全保护的结合树脂的肽。通过采用在NMP中的25％(v/v)的哌啶对结合树脂的肽进行2×20min的处理来实现临时Fmoc基团的脱保护。采用NMP和二氯甲烷进行充分的流动洗涤后，通过与适当的预活化的Fmoc-氨基酸衍生物进行1×60min的孵育来实现每个连续氨基酸的偶联。在将偶联溶液转移至脱保护的结合树脂的肽之前，将所有被保护的氨基酸(1mmol)溶解在NMP中，并用HCTU(1mmol)和DIEA(1mmol)进行活化。偶联反应完成后，对树脂进行充分的流动洗涤，准备下一个脱保护/偶联循环。
在存在于NMP/NMM中的乙酸酐/DIEA的存在下进行氨基末端的乙酰化。对从完全组装的结合树脂的肽的等分试样所获得的已切割和脱保护的样品进行LC-MS分析以验证每个偶联反应的完成。在一个典型的实例中，用DCM洗涤肽树脂(0.1mmol)。将树脂装入微波小瓶中。对容器进行抽真空并用氮气进行吹扫。加入六羰基钼(0.01当量)。将无水氯苯加入到反应容器中。然后加入2-氟苯酚(1当量)。将反应物装入微波炉，并在130℃下保持10分钟。当完成反应需要时，推动反应持续较长的一段时间。在室温下通过用TFA/H2O/TIS(94/3/3v/v)处理固体支持物3h来对炔烃复分解的树脂结合肽进行脱保护并将其从固体支持物上切下。将树脂过滤后，使TFA溶液在冷乙醚中沉淀并进行离心，以得到呈固体的所需产物。通过制备型HPLC对粗产物进行纯化。
表1示出了所制备的拟肽大环化合物的列表。
表1
Figure BDA0002364426360001411
Figure BDA0002364426360001421
Figure BDA0002364426360001431
Figure BDA0002364426360001441
Figure BDA0002364426360001451
Figure BDA0002364426360001461
Figure BDA0002364426360001471
Figure BDA0002364426360001481
Figure BDA0002364426360001491
Figure BDA0002364426360001501
Figure BDA0002364426360001511
Figure BDA0002364426360001521
Figure BDA0002364426360001531
Figure BDA0002364426360001541
Figure BDA0002364426360001551
Figure BDA0002364426360001561
Figure BDA0002364426360001571
表1a示出了拟肽大环化合物的选择。
表1a
Figure BDA0002364426360001572
Figure BDA0002364426360001581
表1b示出了拟肽大环化合物的进一步选择。
表1b
Figure BDA0002364426360001582
在上文和别处显示的序列中，使用了以下缩写：“Nle”表示正亮氨酸，“Aib”表示2-氨基异丁酸，“Ac”表示乙酰基，并且“Pr”表示丙酰基。由“$”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me S5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。由“$r5”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me R5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。由“$s8”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me S8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。由“$r8”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me R8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。“Ahx”表示氨基环己基连接体。
所述交联体是直链全碳交联体，其在每个氨基酸的α碳之间包含8个或11个碳原子。由“$/”表示的氨基酸是并非由任何交联体连接的α-Me S5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“$/r5”表示的氨基酸是未由任何交联体连接的α-Me R5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“$/s8”表示的氨基酸是未由任何交联体连接的α-Me S8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“$/r8”表示的氨基酸是未由任何交联体连接的α-Me R8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。
由“Amw”表示的氨基酸是氨基酸α-Me色氨酸。由“Aml”表示的氨基酸是氨基酸α-Me亮氨酸。由“Amf”表示的氨基酸是氨基酸α-Me苯丙氨酸。由“2ff”表示的氨基酸是氨基酸2-氟-苯丙氨酸。由“3ff”表示的氨基酸是氨基酸3-氟-苯丙氨酸。由“St”表示的氨基酸是包含两条戊烯基丙氨酸烯烃侧链且如所示每条侧链与另一氨基酸交联的氨基酸。由“St//”表示的氨基酸是包含两条不交联的戊烯基丙氨酸烯烃侧链的氨基酸。由“％St”表示的氨基酸是包含两条戊烯基丙氨酸烯烃侧链且如所示每条侧链通过完全饱和的烃交联与另一氨基酸交联的氨基酸。由“Ba”表示的氨基酸是β-丙氨酸。交联氨基酸的名称内的小写字母“e”或“z”(例如“$er8”或“$zr8”)表示双键构型(分别为E或Z)。在其它情况下，诸如“a”或“f”的小写字母表示D氨基酸(例如，分别为D-丙氨酸或D-苯丙氨酸)。
指定为“NmW”的氨基酸表示N-甲基色氨酸。指定为“NmY”的氨基酸表示N-甲基酪氨酸。指定为“NmA”的氨基酸表示N-甲基丙氨酸。“Kbio”表示连接至赖氨酸残基的侧链氨基的生物素基团。指定为“Sar”的氨基酸表示肌氨酸。指定为“Cha”的氨基酸表示环己基丙氨酸。指定为“Cpg”的氨基酸表示环戊基甘氨酸。指定为“Cba”的氨基酸表示环丁基丙氨酸。指定为“F4I”的氨基酸表示4-碘代苯丙氨酸。“7L”表示N15同位素亮氨酸。指定为“F3Cl”的氨基酸表示3-氯苯丙氨酸。指定为“F4cooh”的氨基酸表示4-羧基苯丙氨酸。指定为“F34F2”的氨基酸表示3,4-二氟苯丙氨酸。指定为“6clW”的氨基酸表示6-氯色氨酸。指定为“$rda6”的氨基酸表示经由二炔键交联至第二炔基氨基酸的α-Me R6-己炔基-丙氨酸炔基氨基酸。
指定为“$da5”的氨基酸表示α-Me S5-戊炔基-丙氨酸炔基氨基酸，其中该炔烃与第二炔基氨基酸形成二炔键的一半。指定为“$ra9”的氨基酸表示经由炔烃复分解反应与第二炔基氨基酸交联的α-Me R9-壬炔基-丙氨酸炔基氨基酸。指定为“$a6”的氨基酸表示经由炔烃复分解反应与第二炔基氨基酸交联的α-Me S6-己炔基-丙氨酸炔基氨基酸。指定“iso1”或“iso2”指示该拟肽大环化合物是单一异构体。
指定为“Cit”的氨基酸表示瓜氨酸。分别指定为“Cou4”、“Cou6”、“Cou7”和“Cou8”的氨基酸表示下列结构：
Figure BDA0002364426360001601
在一些实施方案中，拟肽大环化合物以多于一种异构体获得，例如这是由于交联体结构中双键的构型(E与Z)造成的。此类异构体能够或不能通过常规的色谱法分离。在一些实施方案中，一种异构体相对于其它异构体具有改善的生物学性质。在一个实施方案中，拟肽大环化合物的E交联体烯烃异构体相对于其Z对应物具有更好的溶解度、更好的靶标亲和性、更好的体内或体外效力、更高的螺旋度或提高的细胞透性。在一个实施方案中，拟肽大环化合物的Z交联体烯烃异构体相对于其E对应物具有更好的溶解度、更好的靶标亲和性、更好的体内或体外效力、更高的螺旋度或提高的细胞透性。
表1c显示了示例性的拟肽大环化合物：
表1c
Figure BDA0002364426360001602
Figure BDA0002364426360001611
Figure BDA0002364426360001621
Figure BDA0002364426360001631
Figure BDA0002364426360001641
Figure BDA0002364426360001651
在一些实施方案中，拟肽大环化合物不包括表2a所示的拟肽大环化合物：
表2a
Figure BDA0002364426360001661
Figure BDA0002364426360001671
在表2a中，所述肽可包含N-末端封端基团如乙酰基或另外的连接体，如在封端基团与肽序列的起点之间的β-丙氨酸。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物不包含如表2a所示的拟肽大环化合物结构。
在一些实施方案中，拟肽大环化合物不包括表2b所示的拟肽大环化合物：
表2b
Figure BDA0002364426360001672
Figure BDA0002364426360001681
Figure BDA0002364426360001691
Figure BDA0002364426360001701
Figure BDA0002364426360001711
Figure BDA0002364426360001721
Figure BDA0002364426360001731
Figure BDA0002364426360001741
Figure BDA0002364426360001751
Figure BDA0002364426360001761
Figure BDA0002364426360001771
Figure BDA0002364426360001781
Figure BDA0002364426360001791
Figure BDA0002364426360001801
Figure BDA0002364426360001811
Figure BDA0002364426360001821
Figure BDA0002364426360001831
Figure BDA0002364426360001841
在一些实施方案中，本文公开的拟肽大环化合物不包含如表2b所示的拟肽大环化合物结构。
表2c示出了包含D-氨基酸的非交联多肽的实例。
表2c
Figure BDA0002364426360001842
实施例3：使用Boc保护的氨基酸制备拟肽大环化合物
制备包含在第“i”位的R8氨基酸和在第“i+7”位的S5氨基酸的拟肽大环化合物的前体。在第“i+3”位的氨基酸为在固相合成中被合并的Boc保护的色氨酸。具体而言，在固相合成中使用如下所示的Boc保护的色氨酸：
Figure BDA0002364426360001851
在进行切割和脱保护步骤之前，使用钌催化剂进行复分解反应。通过HPLC分析确定环化后得到的组合物，发现其主要含有具有包含反式烯烃(“iso2”，包含在E构型中的双键)的交联体的初级拟肽大环化合物。出乎意料的是，分别观察到比例为90:10的反式和顺式产物。
实施例4：使用Boc保护的氨基酸制备拟肽大环化合物
首先将拟肽大环化合物溶解于纯的N,N-二甲基乙酰胺(DMA)中以制备在20-140mg/mL的浓度范围的20X储备溶液。将DMA储备溶液在含有2％Solutol-HS-15、25mM组氨酸和45mg/mL甘露醇的水性媒介物中稀释20倍，以获得拟肽大环化合物在5％DMA、2％Solutol-HS-15、25mM组氨酸和45mg/mL甘露醇中的1-7mg/ml的终浓度。通过反复移液或轻轻涡旋将终溶液轻轻地混合，然后在室温下将终溶液在超声波水浴中超声处理10分钟。使用7x目视放大器在通风橱中进行仔细的目视观察，以确定沉淀物是否在烧瓶底部上或作为悬浮物存在。根据需要检测另外的浓度范围，以确定每种拟肽大环化合物的最大溶解度极限。
实施例5：与MDMX复合的拟肽大环化合物的X射线共晶学
对于与肽46(表2b)的共结晶，将来自在DMSO中的100mM储备溶液的化学计算量的化合物加入到斑马鱼MDMX蛋白质溶液中。在建立结晶实验前，将该溶液在4℃下静置过夜。使用pET15b载体从大肠杆菌BL21(DE3)表达系统中获得蛋白质(残基15-129，L46V/V95L)。使细胞在37℃下生长并用1mM IPTG以0.7细胞的OD600进行诱导以使细胞在23℃下再生长18小时。使用Ni-NT琼脂糖随后使用以50mM NaPO4、pH 8.0、150mM NaCl和2mM TCEP缓冲的Superdex 75纯化蛋白质，并浓缩至24mg/ml。将缓冲液更换为20mM Tris(pH 8.0)，50mMNaCl和2mM DTT用于结晶实验。采用Nextal AMS筛#94得到初始晶体，且最终优化的储液为2.6M AMS，75mM的Hepes，pH 7.5。晶体在4℃下按常规作为薄片生长，并通过含有浓缩的(3.4M)丙二酸酯牵引晶体进行冷沉淀保护，然后骤冷，储存，并在液氮中装运。
在APS，在100°K且波长
Figure BDA0002364426360001861
的光束线31-ID(SGX-CAT)下进行数据收集。光束线配备有Rayonix 225-HE探测器。对于数据收集，采用0.8秒的曝光时间使晶体以1°的增量在整个180°进行旋转。使用Mosflm/scala(CCP4)以空间群C2(晶胞：a＝109.2786，b＝81.0836，
Figure BDA0002364426360001862
α＝90，β＝89.8577，γ＝90°)对数据进行处理并缩减。采用程序Molrep(CCP4)的分子置换通过采用结构的MDMX分量进行，并在非对称单元中鉴别了两个分子。采用程序Refmac仅对斑马鱼MDMX的两个分子进行初始精炼(CCP4)产生0.3424的R-因子(Rfree＝0.3712)和键的rmsd值
Figure BDA0002364426360001863
和角度(1.698°)。对于从Gln19开始且包括整个脂肪族钉(staple)的钉合肽成分的电子密度是非常明确的。使用CNX及数据进一步细化为
Figure BDA0002364426360001864
的分辨率产生了被很好地精炼(Rf＝0.2601,Rfree＝0.3162,
Figure BDA0002364426360001865
及rmsd角＝0.916°)的模型(由来自MDMX的1448个原子、来自钉合肽的272个原子和46个水分子组成)。
实施例6：α-螺旋度的圆二色性(CD)分析
使用分光偏振计通过CD光谱法分析肽溶液。使用温度控制器保持对光单元的温度控制。结果表示为从公式[θ]＝θobs·MRW/10*l*c计算得到的平均摩尔椭圆度[θ](degcm2dmol-1)，在该公式中，θobs为观察到的以毫度为单位的椭圆度，MRW为肽的平均残基重量(肽的分子量/残基数)，l为以厘米为单位的单元的光程长度，c为以mg/ml为单位的肽浓度。通过氨基酸分析确定肽浓度。在温和CD缓冲液(20mM磷酸，pH 2)中制备肽的储备溶液。使用该储备溶液在温和CD缓冲液或含有50％三氟乙醇(TFE)的CD缓冲液中制备0.05mg/ml的肽溶液，以用于在10mm光程单元中的分析。在4℃下，从195至250nm，以0.2nm的增量以及每分钟50nm的扫描速度扫描肽溶液的可变波长测量值。报告了六次扫描的平均值。
表3显示了针对选定的拟肽大环化合物的CD数据：
表3
Figure BDA0002364426360001871
实施例7：利用荧光偏振(FP)对MDM2的直接结合测定
该测定按照以下一般方案进行：
1.将MDM2(内部，41kD)稀释到FP缓冲液(高盐缓冲液-200mM NaCl，5mM CHAPS，pH 7.5)中，从而制备10μΜ工作储备溶液。
2.将30μl 10μΜ蛋白质储备溶液添加到96孔黑色HE微孔板(Molecular Devices)的A1和B1孔中。
3.将30μl FP缓冲液填充到第A2至A12、B2至B12、C1至C12和D1至D12列中。
4.蛋白质储备溶液从A1、B1经2或3倍系列稀释至A2、B2；A2、B2稀释至A3、B3；...在最后一个稀释点达到个位数的nM浓度。
5.用DMSO将1mM(在100％DMSO中)FAM标记的线性肽稀释到100μΜ(1:10稀释)。然后，用水从100μΜ稀释到10μΜ(1:10稀释)，然后用FP缓冲液从10μΜ稀释到40nM(1:250稀释)。这即为工作溶液，其在孔中将是10nΜ浓度(1:4稀释)。将稀释的FAM标记的肽保持在暗处，直至使用。
6.将10μl 10nΜFAM标记的肽添加到各孔中并孵育，并在不同时间点读数。5-FAM-BaLTFEHYWAQLTS-NH2的KD约为13.38nM。
实施例8：对MDM2的竞争性荧光偏振测定
将MDM2(41kD)稀释到FP缓冲液(高盐缓冲液-200mM NaCl，5mM CHAPS，pH 7.5)中，以制备84nM(2X)工作储备溶液。将20μl 84nM(2X)蛋白质储备溶液添加到96孔黑色微孔板的各孔中。用DMSO将1mM(在100％DMSO中的)FAM标记的线性肽稀释到100μΜ(1:10稀释)。然后，用水从100μΜ进一步稀释到10μΜ(1:10稀释)，并再次用FP缓冲液从10μΜ稀释到40nM(1:250稀释)。所得工作溶液在各孔中产生10nΜ浓度(1:4稀释)。将稀释的FAM标记的肽保持在暗处直至使用。
从1μΜ(终浓度)肽开始，用FP缓冲液制备未标记的肽剂量板。使用以下稀释方案为6个点进行5倍系列稀释。用DMSO将10mM溶液(在100％DMSO中)稀释到5mM(1:2稀释)；用H2O从5mM稀释到500μΜ(1:10稀释)；并用FP缓冲液从500μΜ稀释到20μΜ(1:25稀释)。从4μΜ(4X)为6个点进行5倍系列稀释。将10μl系列稀释的未标记的肽转移到充填有20μl 84nM蛋白质的各孔中。将10μl 10nΜ(4X)FAM标记的肽添加到各孔中，并在读取前将孔孵育3h。
实施例9：利用荧光偏振(FP)对MDMX的直接结合测定
将MDMX(40kD)稀释到FP缓冲液(高盐缓冲液-200mM NaCl，5mM CHAPS，pH 7.5)中，以制备10μΜ工作储备溶液。将30μl 10μΜ蛋白质储备溶液添加到96孔黑色微孔的A1和B1孔中。将30μl FP缓冲液填充到第A2至A12、B2至B12、C1至C12和D1至D12列中。通过从A1、B1到A2、B2；A2、B2到A3、B3；...在最后一个稀释点达到个位数的nM浓度，创建蛋白质储备溶液的2或3倍系列稀释。用DMSO将1mM(在100％DMSO中的)FAM标记的线性肽稀释到100μΜ(1:10稀释)。用水将所得溶液从100μΜ稀释到10μΜ(1:10稀释)，并再次用FP缓冲液从10μΜ稀释到40nM(1:250稀释)。该工作溶液在各孔中产生10nΜ浓度(1:4稀释)。将FAM标记的肽保持在暗处直至使用。将10μl 10nΜFAM标记的肽添加到各孔中，将板孵育，并在不同时间点读取。5-FAM-BaLTFEHYWAQLTS-NH2的KD约为51nM。
实施例10：对MDMX的竞争性荧光偏振测定
将MDMX(40kD)稀释到FP缓冲液(高盐缓冲液-200mM NaCl，5mM CHAPS，pH 7.5)中，以制备300nM(2X)工作储备溶液。将20μl 300nM(2X)蛋白质储备溶液添加到96孔黑色微孔板的各孔中。用DMSO将1mM(在100％DMSO中的)FAM标记的线性肽稀释到100μΜ的浓度(1:10稀释)。将溶液用水从100μΜ稀释到10μΜ(1:10稀释)，并用FP缓冲液从10μΜ进一步稀释到40nM(1:250稀释)。最终工作溶液产生每孔10nΜ的浓度(1:4稀释)。将稀释的FAM标记的肽保持在暗处直至使用。
从5μΜ(终浓度)肽开始，用FP缓冲液准备未标记的肽剂量板。使用以下稀释方案为6个点准备5倍系列稀释。用DMSO稀释10mM(在100％DMSO中的)溶液，以制备5mM(1:2稀释)溶液。将溶液用H2O从5mM稀释到500μΜ(1:10稀释)，并用FP缓冲液从500μΜ进一步稀释到20μΜ(1:25稀释)。从20μΜ(4X)为6个点准备5倍系列稀释。将10μl系列稀释的未标记的肽转移到填充有20μl 300nM蛋白质溶液的各孔中。将10μl 10nΜ(4X)FAM标记的肽添加到各孔中，并在读取前孵育3h。
实施例7至实施例10的结果在表4中示出。使用下列标度：“+”表示大于1000nM的值，“++”表示大于100nM且小于或等于1000nM的值，“+++”表示大于10nM且小于或等于100nM的值，而“++++”表示小于或等于10nM的值。
表4
Figure BDA0002364426360001891
Figure BDA0002364426360001901
Figure BDA0002364426360001911
Figure BDA0002364426360001921
Figure BDA0002364426360001931
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Figure BDA0002364426360001951
Figure BDA0002364426360001961
Figure BDA0002364426360001971
实施例11：针对MDM2和MDMX的竞争性结合ELISA测定
在室温下将p53-His6蛋白质(30nM/孔)在96孔板的孔中包被过夜。在实验当天，使用自动ELISA洗板器用1X PBS-吐温20(0.05％)洗板，并在室温下采用ELISA微孔封闭将板封闭30分钟。通过用1X PBS-吐温20(0.05％)洗板以洗掉过量的封闭剂。使用无菌水将肽从10mM DMSO储备溶液稀释至500μΜ工作储备溶液。在0.5％DMSO中进行进一步稀释，以在样品中保持DMSO浓度恒定。向孔中加入50μL体积的2X期望浓度的肽溶液，随后添加稀释的GST-MDM2或GST-HMDX蛋白质(最终浓度：10nM)。在室温下孵育样品2h，用PBS-吐温20(0.05％)洗板，之后添加100μL的在HRP稳定缓冲液中稀释至0.5μg/ml的HRP偶联抗GST抗体。将板与检测抗体孵育30min，洗板，并与100μL/孔的TMB-E底物溶液孵育高达30分钟。用1M HCL终止反应，并使用读板仪在450nm下测量吸光度。使用Graph Pad PRISM软件分析数据。
实施例12：细胞活力试验
在进行细胞活力试验前一天对细胞进行胰蛋白酶化，计数，并以预定密度接种在96孔板中。对每种细胞系使用以下细胞密度：SJSA-1：7500个细胞/孔；RKO：5000个细胞/孔；RKO-E6：5000个细胞/孔；HCT-116：5000个细胞/孔；SW-480：2000个细胞/孔；MCF-7：5000个细胞/孔。在细胞活力试验当天，在室温下将培养基替换为含有11％FBS的新鲜培养基(测定培养基)。向每孔中添加180μL测定培养基。制备不含细胞的对照孔，并且对照孔接收200μL培养基。
在室温下制备肽稀释液，并在室温下将稀释的肽溶液添加至细胞。在DMSO中制备肽的10mM储备溶液。利用1:3稀释方案系列在DMSO中稀释储备溶液，以得到10mM、3.3mM、1.1mM、0.33mM、0.11mM、0.03mM和0.01mM溶液。使用无菌水将系列DMSO稀释的肽稀释，产生一系列10X工作储备溶液。制备DMSO/无菌水(3％DMSO)溶液以用于对照孔。工作储备溶液浓度范围为300μΜ、100μΜ、30μΜ、10μΜ、3μΜ、1μΜ、0.3μΜ和0μΜ。使用多通道移液器在各稀释步骤充分混合所述溶液。
板的H行含有对照。H1-H3孔接收20μl测定培养基。H4-H9行接收20μl 3％DMSO-水媒介物。H10-H12孔接收不含细胞的单独培养基对照。MDM2小分子抑制剂Nutlin-3a(10mM)用作阳性对照。使用用于肽的相同稀释方案稀释Nutlin-3a。
向适当的孔中添加20μL 10X浓度的肽储备溶液，以在各孔中在200μl中达到终浓度。例如，20μL 300μΜ肽溶液+180μL培养基中的细胞＝在孔中在200μL体积中的30μΜ终浓度。使用移液管将溶液轻柔混合数次。终浓度范围是30μM、10μM、3μM、1μM、0.3μM、0.1μM、0.03μM和0μM。对强的肽进行进一步的稀释。对照包括未接收肽但与包含肽的孔包含相同浓度的DMSO的孔，和不含细胞的孔。将板在37℃下在潮湿的5％CO2气氛下孵育72小时。
使用MTT试剂测定细胞的活力。SJSA-1、RKO、RKO-E6、HCT-116细胞的活力在第3天测定。MCF-7细胞的活力在第5天测定。SW-480细胞的活力在第6天测定。在指定的孵育时间结束时，将板冷却到室温。从各孔中移除80μL测定培养基。然后向各孔中添加15μL解冻的MTT试剂。将板在37℃下在潮湿的5％CO2气氛下孵育2h。向各孔中添加100μL增溶试剂。将板在室温下摇动孵育1h，并使用多板读板仪读取570nM处的吸光度。分析相对于DMSO对照的细胞活力。
来自细胞活力试验的结果在表5和表6中示出。“+”表示大于30μM的值，“++”表示大于15μM且小于或等于30μM的值，“+++”表示大于5μM且小于或等于15μM的值，而“++++”表示小于或等于5μM的值。“IC50比”表示p53+/+细胞中的平均IC50相对于p53-/-细胞中的平均IC50的比值。
表5
Figure BDA0002364426360001991
Figure BDA0002364426360002001
Figure BDA0002364426360002011
Figure BDA0002364426360002021
表6
Figure BDA0002364426360002022
Figure BDA0002364426360002031
Figure BDA0002364426360002041
Figure BDA0002364426360002051
实施例13：p21ELISA测定
在进行测定前一天对SJSA1细胞进行胰蛋白酶化，计数，并以7500个细胞/100μL/孔的密度接种在96孔板中。在测定当天，将培养基替换为新鲜的RPMI-11％FBS(测定培养基)。向每孔中添加90μL测定培养基。不含细胞的对照孔接收100μL测定培养基。
在DMSO中制备肽的10mM储备溶液。利用1:3稀释方案在DMSO中系列稀释所述储备溶液，得到10mM、3.3mM、1.1mM、0.33mM、0.11mM、0.03mM和0.01mM溶液。使用无菌水对溶液进行33.3倍系列稀释，得到一系列10X工作储备溶液。制备DMSO/无菌水(3％DMSO)溶液以用于对照孔。工作储备溶液浓度范围为300μM、100μM、30μM、10μM、3μM、1μM、0.3μM和0μM。使用多通道移液器在各稀释步骤充分混合每种溶液。H行含有对照孔。H1-H3行接收10μL测定培养基。H4-H9孔接收10μL 3％DMSO-水溶液。H10-H12孔接收单独的培养基且不含细胞。HDM2小分子抑制剂Nutlin-3a(10mM)用作阳性对照。使用用于肽的相同稀释方案稀释Nutlin-3a。
向适当的孔中添加10μL 10X肽溶液，以在100μL体积中达到终浓度。例如，10μL300μΜ肽+90μl培养基中的细胞＝在孔中在100μL体积中的30μΜ终浓度。使用的终浓度范围是30μM、10μM、3μM、1μM、0.3μM和0μM。对照孔包括未接收肽但与包含肽的孔包含相同浓度的DMSO的孔，以及不含细胞的孔。
孵育后20h，从孔中吸出培养基；用1X PBS(不含Ca++/Mg++)洗涤细胞，并在冰上在60μL1X细胞裂解缓冲液(稀释到1X并补充有蛋白酶抑制剂和磷酸酶抑制剂的10X缓冲液)中裂解30min。将板在4℃下以5000rpm的速度离心8min。收集澄清的上清液并于-80℃冷冻直至进一步使用。使用来自BCA蛋白质检测试剂盒和BSA标准来测定裂解物的总蛋白质含量。每孔含有约6-7μg蛋白质。每孔使用50μl裂解物来建立p21ELISA测定。对于人类总p21ELISA测定，每孔使用50μL裂解物，并且各孔一式三份建立。
实施例14：胱天蛋白酶3检测试验：
在进行该试验前一天对SJSA1细胞进行胰蛋白酶化，计数，并以7500个细胞/100μL/孔的密度接种在96孔板中。在测定当天，将培养基替换为新鲜的RPMI-11％FBS测定培养基。向每孔中添加180μL测定培养基。对照孔不含细胞，并接收200μL培养基。
在DMSO中制备肽的10mM储备溶液。利用1:3稀释方案在DMSO中系列稀释储备溶液，得到10mM、3.3mM、1.1mM、0.33mM、0.11mM、0.03mM和0.01mM溶液。使用无菌水对溶液进行33.3倍系列稀释，得到一系列10X工作储备溶液。制备DMSO/无菌水(3％DMSO)溶液以用于对照孔。工作储备溶液浓度范围为300μM、100μM、30μM、10μM、3μM、1μM、0.3μM和0μM。使用多通道移液器在各稀释步骤充分混合每个孔。向适当的孔中添加20uL 10X工作储备溶液。板的H行具有对照孔。H1-H3孔接收20uL测定培养基。H4-H9孔接收20uL3％DMSO-水溶液。H10-H12孔接收培养基，并且不含细胞。MDM2小分子抑制剂Nutlin-3a(10mM)用作阳性对照。使用与肽相同的稀释方案稀释Nutlin。
向适当的孔中添加10μL 10X储备溶液，以在100μL总体积中达到终浓度。例如，10μL300μΜ肽+90μL培养基中的细胞＝在孔中在100μL体积中的30μΜ终浓度。使用的终浓度范围是30μM、10μM、3μM、1μM、0.3μM和0μM。对照不包含肽，但含有与包含肽的孔相同浓度的DMSO，以及不含细胞的孔。孵育后48h，从各孔中吸出80μL培养基。向每孔中添加100μL胱天蛋白酶3/7Glo测定试剂。将板在室温下在轻柔振荡下孵育1h。使用多板读板仪读取发光。数据作为相对于DMSO处理的细胞的胱天蛋白酶3激活进行分析。来自实施例13和14的结果示于表7中：
表7
Figure BDA0002364426360002071
Figure BDA0002364426360002081
Figure BDA0002364426360002091
实施例15：由拟肽大环化合物引起的细胞裂解
提前一天以7500个细胞/孔的密度并使用100μL/孔的生长培养基将SJSA-1细胞接种在透明平底板中。H行10-12列保持为空，以便用单独的培养基处理。在试验当天，将培养基更换为RPMI 1％FBS培养基，产生每孔90μL培养基。在100％的DMSO中制备拟肽大环化合物的10mM储备溶液。将拟肽大环化合物在100％的DMSO中进行连续稀释，进一步在无菌水中稀释20倍，以制备在5％DMSO/水中的工作储备溶液。拟肽大环化合物的浓度在500μM至62.5μM的范围内。
将10uL的各化合物溶液加入到90μL的SJSA-1细胞中，以在含0.5％DMSO的培养基中得到50μM至6.25μM的终浓度。阴性对照(非裂解)样品为单独的0.5％DMSO。阳性对照(裂解)样品包括10μM蜂毒肽和1％Triton X-100。将细胞板在37℃下孵育1h。在孵育1h后，通过显微镜检查细胞的形态。然后在室温下将该板以1200rpm离心5min。对于每种拟肽大环化合物和对照样品，将40μL上清液转移到透明的测定板上。使用LDH细胞毒性测定试剂盒测定LDH的释放。细胞裂解试验的结果示于表8中：
表8
Figure BDA0002364426360002101
Figure BDA0002364426360002111
Figure BDA0002364426360002121
实施例16：p53GRIP试验
p53GRIP试验监测响应于药物化合物或其它刺激物，蛋白质与p53和MDM2的相互作用以及GFP标记的p53的细胞转位。重组CHO-hIR细胞稳定地表达与增强绿色荧光蛋白(EGFP)的C-末端融合的人p53(1-312)和PDE4A4-MDM2(1-124)，后者是PDE4A4与MDM2(1-124)之间的融合蛋白。可以测量实验条件对p53和MDM2的相互作用的影响。
将CHO-hIR细胞常规维持在补充有1％青霉素-链霉素、0.5mg/ml遗传霉素、1mg/mlZeocin和10％FBS的Ham F12培养基中。在进行测定之前18-24h，使用培养基以7000个细胞/100μl/孔的密度将细胞接种至96孔板中。在试验当天，更新培养基，并向细胞添加PD-177以达到3μΜ的最终浓度以激活灶形成。对照孔保持不含PD-177。用PD-177刺激后24h，用减少血清的培养基洗涤细胞一次。向细胞添加50μL补充有PD-177(6μΜ)的减少血清的培养基。在无菌水中将肽从10mM DMSO储备溶液稀释至500μΜ工作储备溶液。在0.5％DMSO中进行进一步稀释，以保持DMSO浓度在样品之间恒定。最终的最高DMSO浓度是0.5％，并使用0.5％DMSO作为阴性对照。使用(-)-Nutlin-3(10mM)作为阳性对照。使用用于该肽的相同的稀释方案稀释Nutlin。
将50μL 2X期望浓度的肽溶液添加至适当的孔中以达到最终期望浓度。然后在湿润的5％CO2气氛和37℃下，细胞与肽孵育6h。在孵育后，在室温下通过轻轻地吸出培养基并每孔添加150μL固定溶液来固定细胞20分钟。每次用200μL PBS/孔洗涤固定的细胞4次。在最后一次洗涤结束时，添加100μL 1μΜHoechst染色溶液。将密封的板在黑暗中孵育至少30min，并用PBS洗涤，以除去过量的染色溶液。向每孔中添加PBS。培养板可在4℃下于黑暗中储存长达3天。利用使用10x物镜和针对Hoechst和GFP的XF-100滤光器组的分子转位模块对p53/MDM2的转位进行成像。将用于图像分析的每孔最小可接受细胞数设置成500个细胞。
实施例17：使用SP315、SP249和SP154进行MCF-7乳腺癌研究
进行异种移植研究以测试SP315、SP249和SP154在MCF-7乳腺癌异种移植模型中抑制裸鼠的肿瘤生长的效力。在一组中测试了阴性对照的钉合肽(SP252)和SP154的点突变(第19位F到A)。该阴性对照钉合肽在SJSA-1体外活力试验中显示无活性。在肿瘤细胞移植前一天(-1天)，将缓释90天的0.72mg的17β-雌二醇丸皮下(sc)植入至颈部上的后颈上。在第0天将MCF-7肿瘤细胞皮下植入至雌性裸(Crl:NU-Foxn1nu)鼠的侧腹。在第18天，使用卡尺测量所得到的sc肿瘤，以确定它们的长度和宽度，并对小鼠进行称重。使用公式(长x宽2)/2计算出肿瘤的尺寸，并表示为立方毫米(mm3)。将肿瘤小于85.3mm3或大于417.4mm3的小鼠从随后的组形成中排除。随机形成13组小鼠，每组10只，以使组平均肿瘤尺寸基本等同(组的平均值±组的标准偏差＝180.7±17.5mm3)。
SP315、SP249、SP154和SP252的给药溶液从在媒介物中配制的肽制备，该媒介物含有在pH 7的10mM组氨酸缓冲盐水溶液中的浓度为50mg/mL的MPEG(2K)-DSPE。该肽制剂在研究期间制备一次。该媒介物用作随后的研究中的媒介物对照物。
针对各组指定不同的治疗方案。组1，作为媒介物阴性对照组，在第18-39天接受每周三次以8mL/kg体重静脉内(I.V.)施用的媒介物。组2接受每周三次以30mg/kg静脉内注射的SP154。组3接受每周两次以40mg/kg静脉内注射的SP154。组4接受每周三次静脉内注射的6.7mg/kg的SP249。组5接受每周三次以26.7mg/kg静脉内注射的SP315。组6接受每周两次以20mg/kg静脉内注射的SP315。组7接受每周两次以30mg/kg静脉内注射的SP315。组8接受每周两次以40mg/kg静脉内注射的SP315。组9接受每周三次静脉内注射的30mg/kg的SP252。在给药期间，对小鼠进行称重，并且每周测量肿瘤1-2次。将肿瘤生长抑制率与媒介物组进行比较。体重变化和体重减轻值≥20％的小鼠的数目或死亡小鼠数目示于表9中。根据％TGI＝100-[(TuVol治疗-第x天–TuVol治疗-第18天)/(TuVol媒介物阴性对照-第x天-TuVol媒介物阴性对照-第18天)*100计算肿瘤生长抑制率(TGI)，其中x＝正在进行治疗效果评估的那一天。组1——媒介物阴性对照组——显示出良好的肿瘤生长速率。
在每周两次以40mg/kg给药时，2只小鼠在采用SP154治疗期间死亡。每周三次30mg/kg的SP154的给药方案产生84％的TGI。在以6.7mg/kg SP249给药三次的组中，4只小鼠死亡。对于用SP315治疗的所有组，未注意到体重减轻或死亡。每周两次40mg/kg的SP315的给药产生了最高的TGI(92％)。每周三次26.7mg/kg、每周两次20mg/kg、每周两次30mg/kg的SP315的给药方案分别产生86％、82％和85％的TGI。对于每周三次以30mg/kg SP252治疗的组，未注意到体重减轻或死亡。TGI在第32天为88％，到第39天减少至41％。
表9
Figure BDA0002364426360002151
*p≤0.05，相比于媒介物对照
实施例18：拟肽大环化合物降低免疫检查点蛋白质表达或抑制免疫检查点蛋白质活性的能力的测试
进行试验以确定所述拟肽大环化合物是否可以降低PD-L1活性或表达。用DMSO或10μM SP或20μM SP处理HCT-116p53+/+细胞和HCT-116p53-/-细胞。图1显示了用SP262和SP154处理导致HCT-116p53+/+细胞中的PD-L1表达降低，而HCT-116p53-/-细胞中的PD-L1表达不降低。在表达更高水平PD-L1的细胞系如A549细胞、H460细胞和同基因小鼠细胞系中进行类似的试验。
进行试验以确定所述拟肽大环化合物是否可以经miR-34a降低PD-L1活性或表达来增强针对肿瘤的免疫应答。进行试验以确定本发明的拟肽大环化合物是否模拟抗-PD-1和/或抗-PD-L1剂的免疫增强作用，具有诱导细胞周期停滞和凋亡的附加益处。
来自不同谱系的癌细胞MCF-7(乳腺)、HCT-116(大肠)、MV4-11(白血病)、DOHH2和A375(黑素瘤)与拟肽大环化合物一起给药。选择这些和其它细胞系以包括具有高水平PD-L1表达的细胞系，以及其它具有低水平PD-L1表达的细胞系。例如，使用流式细胞术测定PD-1、PD-L1和miR-34a的蛋白质水平和mRNA水平的变化。使用p53和p21作为对照。与流式细胞术测量平行地进行RT-PCR测定，以对样品中的miR-34a、miR-34b和/或miR-34c水平进行定量。给药后24、48和72小时得到完全剂量响应曲线。另外，平行地进行凋亡测量。
实施例19：针对AP1的I期剂量递增临床试验
在化合物AP1的1期开放标签、多中心、两组(arm)试验中进行了剂量递增研究。通过静脉内输注将AP1施用至患有标准疗法难治或不耐受或不存在标准疗法的、表达WT p53的晚期实体瘤或淋巴瘤的患者。该试验确立了当通过静脉内施用每周一次给药时，3.1mg/kg的AP1剂量为MTD(即不引起不可接受的副作用的药物的最高剂量)。该试验还评价了AP1的安全性、耐受性和药代动力学，并使用药效学生物标志物和成像评估对活性进行了初步评估。
71名患者参加了该剂量递增试验。该试验采用“3+3”剂量递增设计。前两个剂量水平的患者在28天的周期内连续三周每周一次接受AP1，或者在21天的周期内连续两周每周两次接受较低的剂量水平。该剂量递增研究用来评价不同的效益风险比，并为AP1临床开发期间的剂量选择提供支持证据。
从剂量水平4开始，将患有HPV相关癌症的患者从试验中排除，因为已知HPV会破坏WT p53。给药从相对较低的剂量水平开始，并且该方案在前三个剂量水平不要求患者具有WT p53或与HPV不相关的癌症，因为该试验主要关注AP1的安全性和耐受性。
为了确定用于该临床试验的特定WT p53患者，使用可商购获得的第三方测定和中心实验室对存档肿瘤组织样品或入组前从患者获取的新鲜活检样品进行下一代测序。
对于入组前的最初三个剂量水平，不要求患者为WT p53状态。入组后通过测试确定患者的WT p53状态。在以这些剂量水平完成至少一个周期的13名患者中，有7名被确认具有WT p53状态，4人的状态未知，另外2名患者被检测为突变p53阳性。从剂量水平4开始，WTp53状态是强制性资格标准。
使用药效学(PD)生物标志物和成像评估来确定临床活动性或患者对AP1的反应。PD生物标志物提供了关于中靶活性、特定患者类型反应的信息，并且提供了关于AP1对肿瘤的影响的早期见解。对于不同来源的生物样品，如肿瘤活检物、可检测到的循环肿瘤细胞、单核血细胞以及血液和骨髓样品，确定了AP1对潜在PD生物标志物的影响。根据样品类型，PD生物标志物包括MDMX、MDM2、p21、p53、凋亡、巨噬细胞抑制性细胞因子1或MIC-1的量度。标准的成像评估，如计算机断层扫描(CT)或正电子发射断层扫描(PET)，用来从患者获取图像。
使用针对实体瘤患者的实体瘤反应评价标准(RECIST)和针对淋巴瘤患者的2015年国际工作组(IWG)标准测量抗肿瘤活性。RECIST和IWG标准能够客观地评价肿瘤是进展、稳定还是大小缩小。还通过身体检查或经临床验证的血液或血清肿瘤标志物确定了抗肿瘤作用。
图2示出了在“3+3”剂量递增试验中使用的给药方案(DR)。DR-A描述了在28天的周期内连续三周每周一次接受AP1的患者。DR-B描述了在21天的周期内连续两周每周两次接受较低剂量AP1的患者。AP1的MTD为3.1mg/kg，并且多次递增剂量(MAD)终止于4.4mg/kg。
实施例20：AP1的药代动力学概况
AP1使用静脉内给药全身递送，因为这具有避免肝和胃肠酶对代谢的影响以及可再现的全身生物利用度的潜在优势。
图3显示了在A组(左图)和B组(右图)中测试的所有剂量水平下患者血浆中的药物浓度水平。AP1始终导致患者中观察到的最大药物血清浓度(Cmax)与剂量相关的增加，并且在较高剂量水平下，产生5到7小时之间的较长相应半衰期。在开始输注(SOI)后和结束输注(EOI)时的不同时间点收集数据。
实施例21：AP1的安全性结果
剂量递增试验的研究者认为，AP1通常良好耐受。迄今为止，≥10％的患者报告的最常见的药物相关事件是恶心、疲劳、呕吐、食欲下降、贫血、头痛和便秘。在大约50％的患者中观察到给药后淋巴细胞的短暂减少以及主要为1级和2级的异常，在几天内完全恢复。
有七名患者经历了与输注相关的反应，其中三名患者中止了AP1的给药。八名患者经历了剂量降低，包括两名已经接受研究治疗超过1年的患者和另一名接受研究治疗11个月的患者。对于3.1mg/kg每周一次给药，报告了一项3级疲劳的剂量限制性毒性(DLT)，并且对于4.4mg/kg每周一次给药，报告了四项DLT(3级碱性磷酸酶升高，3级低血压，3级贫血，4级嗜中性粒细胞减少)。报告了九项严重不良事件(SAE)，其中两项与AP1有关。这两项事件均为3级低血压，并且发生于3.1mg/kg和4.4mg/kg每周一次给药水平。至少可能与AP1相关的3/4级事件发生在15名患者中，包括贫血(n＝2)、血液碱性磷酸酶水平升高、腹泻、疲劳(n＝3)、低钠血症、低血压(n＝2)、缺氧、恶心、嗜中性粒细胞减少(n＝3)和呕吐。五名患者由于这些事件而中止了AP1治疗。
实施例22：AP1生物活性的生物标志物评估
使用几种探索性生物标志物来确认AP1的药理学或中靶生物活性，帮助患者招募，并帮助告知剂量选择。在1期剂量递增研究中，在初次输注后的几个时间点测量血浆MIC-1水平。
图4显示了在0.83mg/kg或更高的剂量水平下，在周期1的第1、2或3天(C1D1、C1D2、C1D3)的血浆MIC-1与基线水平相比的增加倍数水平。结果表明，在≥2.1mg/kg的剂量下，在AP1输注结束(EOI)后MIC-1血液水平的剂量相关性、机制性增加达到相比于基线的最大24小时MIC-1增加。在开始输注(SOI)后48小时观察到MIC-1的p53激活延长。
实施例23：AP1的临床活性
使用成像方法评估临床活动性或对AP1的反应。使用针对实体瘤患者的RECIST标准和针对淋巴瘤患者的IWG标准测量抗肿瘤活性，以客观地评价肿瘤是进展、稳定还是缩小。在药代动力学研究(实施例20)的A组(28天周期组)的剂量递增1期试验患者中，在基线时以及在两个周期的研究药物后，或者大约在初始给药后的56天内以及之后每2个周期，测量血浆AP1水平。对于药代动力学研究(实施例20)的B组(21天周期组)患者，在基线时以及在三个周期的研究药物后，或者大约在初始给药后的63天内以及之后每三个周期，测量血浆AP1水平。
图5显示了瀑布图，其示出了在1期剂量递增试验的患者中AP1的抗肿瘤活性。将每名可评价的患者(即，根据CT或PET-CT扫描具有可测量的疾病)的肿瘤体积变化百分比从最高值到最低值作图，或从低反应到高反应作图，该直方图的每个柱条按照根据RECIST或TvVG标准为该患者测得的最佳总体反应进行着色。
使用RECIST或IWG指南评价了57名患者，包括52名在图5中示出的进行CT或PET-CT扫描的患者，以及5名具有临床或客观疾病进展证据而未进行扫描的患者。在这些可评价的患者中，有25名(44％)患者在开始AP1治疗后的至少一次扫描中显示出疾病控制。有两例反应(CR)，两例部分反应(PR)，21例反应且肿瘤大小稳定(SD)。后者包括7名表现出肿瘤缩小的病情稳定患者。
将1期剂量递增试验的抗肿瘤活性与使用有价值的肿瘤药物如纳武单抗和派姆单抗的1期试验的结果顺利地进行了比较。57名患者中的AP1结果包括2例R、2例PR和21例(7例缩小)。对于39名用纳武单抗治疗的患者，结果为1例R、2例PR和12例SD(2例缩小)。对于30例用派姆单抗治疗的患者，结果为2例R、3例PR和11例SD(3例缩小)。
考虑到与持续临床发展最相关的剂量(≥3.2mg/kg/周期)下1期剂量递增试验的抗肿瘤活性，以及分析局限于具有WT p53的患者，AP1产生20/35(56％)的疾病控制率。图6显示了针对33名患者的抗肿瘤活性研究的结果。该研究还包括另外三名具有临床或客观疾病进展证据而未进行成像扫描的患者的结果。
患者继续接受AP1治疗的持续时间可作为抗肿瘤活性和对AP1疗法的持续反应的另一项指标。图7显示了当以≥3.2mg/kg/周期给予AP1时，具有CR、PR和SD的可评价p53-WT患者的药物使用时间。患者接受AP1的中值时间为147天，平均为192天，一名患者的最长时间为613天。三名患者接受AP1超过一年，并且自试验开始以来所有达到R或PR的患者仍接受AP1治疗。
图8中的图A至图8中的图D显示了在剂量递增1期试验中观察的两名CR患者的扫描。图8中的图A显示了一名50岁的外周T细胞淋巴瘤(PTCL)患者，PTCL是非霍奇金淋巴瘤的高度侵袭性形式。图像中显示了强烈的细胞代谢异常信号，表明患者胸部淋巴结中存在肿瘤。在六个周期的AP1治疗后，淋巴结恢复到其正常大小，并且不再被PET示踪剂检测为癌性的(图8中的图B)。
图8中的图C显示了一名73岁的Merkel细胞癌(MCC)患者的图像，MCC是一种高度侵袭性的皮肤癌。该患者表现出与MCC一致的皮肤病变。在一个周期的AP1治疗后，皮肤病变的大小减小，并且仅留下轻微的瘢痕组织(图8中的图D)。在用AP1进一步治疗后，来自先前肿瘤性皮肤区域的活检样品和PET-CT扫描显示该患者无癌症迹象。
实施例24：在外周T细胞淋巴瘤患者中采用AP1的2a期临床试验
根据剂量递增研究的结果以及在PTCL患者中观察到的完全反应，对PTCL患者进行了2a期临床试验。加入PTCL的2期研究的第一名患者达到了部分反应。图9的左图显示了在用AP1治疗之前，加入2期研究的第一名患者的PET扫描。图9的右图显示了在2个周期的AP1治疗后，加入2期研究的第一名患者的PET扫描。在开始用AP1治疗之前，一名39岁的男性患者在颈部、腋下、胸部和腹股沟淋巴结中表现出强烈的异常细胞代谢信号，指示癌症存在(图9的左图)。在用AP1治疗两个周期后，淋巴结吸收的指示淋巴结癌变的PET示踪剂的量明显减少(图9的右图)
表10显示了接受AP1治疗的7名PTCL患者的2a期研究结果，以及每名患者的状态、AP1治疗天数和最佳总体反应的细节。
表10
患者编号 研究 状态 治疗天数 最佳总体反应
1 剂量递增 进行中 487 CR
2 2a期 疾病进展 122 PR
3 2a期 进行中 134 SD
4 2a期 疾病进展 66 ODP
5 2a期 进行中 53 Tbd
6 2a期 进行中 32 Tbd
7 2a期 进行中 1 Tbd
实施例25：在体内异种移植模型中的存活
在体内异种移植模型中测试了AP1的总体存活率。5周后，人CD45白血病细胞的植入在媒介物中为1％至73％，在AP1治疗的动物中为0％至0.05％。用AP1治疗的小鼠的寿命明显长于用媒介物处理的小鼠。组1和组2的中值生存期分别为34天和83天(p<0.0001)。在治疗开始后130天评估长期存活，组2中22％的小鼠和组3中60％的小鼠仍然存活。
在体内植入模型中，AP1治疗使总体存活加倍。图10的上图显示了对于媒介物和采用20mg/kg AP1的治疗，骨髓中的人CD45植入的百分比。图10的下图显示了在用媒介物处理或施用AP1后，小鼠的存活百分比。
实施例26：WST-1细胞增殖试验
使用MTT测定的WST-1变型来测量细胞活力。WST-1是细胞不透性的、磺化的四唑鎓盐，其可用于检验细胞活力而不杀死细胞。人肿瘤细胞系MCF-7和MOLT-3分别在EMEM和RPMI1640中生长。所有培养基均在37℃和5％CO2下，补充有10％(v/v)的胎牛血清、100单位的青霉素和100μg/mL的链霉素。在给药之前，将MCF-7细胞切换至无血清培养基，并在37℃下生长过夜。在试验前一天，对细胞进行胰蛋白酶化，计数，并如下所示以预定的密度接种到96孔板中：MCF-7，5000个细胞/孔/200μL；MOLT-3，30,000个细胞/孔/200μL。
图11显示了在不同数目的MCF-7细胞在37℃下生长24小时生长期后，在指定的时间点测量的，使用WST-1试验测定的MCF-7细胞增殖的图示。MCF-7细胞未用任何肽或化合物处理。
实施例27：采用AP1和CDK4/CDK6抑制剂的联合疗法
a.采用AP1和瑞博西尼的联合疗法
使用实施例26中描述的WST-1试验测量MCF-7细胞增殖。用浓度为0μM、0.0003μM、0.001μM、0.003μM、0.01μM、0.03μM、0.1μM、0.3μM、1μM、3μM、10μM和30μM的瑞博西尼处理MCF-7细胞。图12显示了当用不同浓度的瑞博西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。用AP1或AP1与浓度为0.1μM、0.3μM、1μM和3μM的瑞博西尼的组合处理MCF-7细胞。AP1的浓度保持恒定。图13显示了当用AP1或AP1加不同浓度的瑞博西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
用浓度为0μM、0.0003μM、0.001μM、0.003μM、0.01μM、0.03μM、0.1μM、0.3μM、1μM、3μM、10μM和30μM的AP1处理MCF-7细胞。图14显示了当用不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。用瑞博西尼或瑞博西尼与浓度为0.1μM、0.3μM和1μM的AP1的组合处理MCF-7细胞。瑞博西尼的浓度保持恒定。图15显示了当用瑞博西尼或瑞博西尼加不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。图16显示了瑞博西尼在MCF-7细胞中的联合指数图。
b.采用AP1和阿贝西尼的联合疗法
用实施例26中描述的WST-1试验测量MCF-7细胞增殖。用浓度为0μM、0.0003μM、0.001μM、0.003μM、0.01μM、0.03μM、0.1μM、0.3μM、1μM、3μM、10μM和30μM的阿贝西尼处理MCF-7细胞。图17显示了当用不同浓度的阿贝西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。用AP1或AP1与浓度为0.1μM、0.3μM、1μM和3μM的阿贝西尼的组合处理MCF-7细胞。AP1的浓度保持恒定。图18显示了当用AP1或AP1加不同浓度的阿贝西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
用浓度为0μM、0.0003μM、0.001μM、0.003μM、0.01μM、0.03μM、0.1μM、0.3μM、1μM、3μM、10μM和30μM的AP1处理MCF-7细胞。图19显示了当用不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。用阿贝西尼或阿贝西尼与浓度为0.1μM、0.3μM和1μM的AP1的组合处理MCF-7细胞。阿贝西尼的浓度保持恒定。图20显示了当用阿贝西尼或阿贝西尼加不同浓度的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。c.采用AP1和帕博西尼的联合疗法
在MCF-7细胞上以各种药物剂量测试了AP1和帕博西尼的组合。接种各种MCF-7细胞数，并在接种后3-7天进行评价，以确定待接种的最佳细胞数，并确定处理持续时间。接种最佳数目的细胞，并用不同浓度的单独AP1或单独帕博西尼处理。开始处理后3-7天或120小时，使用WST-1试验或CyQUANT方法评价MCF-7细胞的活力。图21显示了当单独用帕博西尼处理细胞时MCF-7细胞的细胞增殖。图22显示了当单独用AP1处理细胞时MCF-7细胞的细胞增殖。确定了在AP1的IC50附近的许多浓度和在帕博西尼的IC50附近的许多浓度。经测定，AP1对MCF-7细胞的EC50为410nM。在MCF-7细胞上测试了用来获得EC50值的浓度，以测试AP1和帕博西尼联合治疗的效果。
接种最佳数目的MCF-7细胞，并用AP1和帕博西尼处理。将MCF-7细胞孵育3-5天或3-7天。在添加帕博西尼之前或添加帕博西尼之后，将AP1与帕博西尼同时添加至细胞。开始同时处理后，使用CyQUANT方法评价细胞的活力。图23显示了当同时用固定量的AP1和不同量的帕博西尼处理细胞时的MCF-7细胞增殖。图24显示了当同时用固定量的帕博西尼和不同量的AP1处理细胞时的MCF-7细胞增殖。
在开始处理后3-7天，使用WST-1试验或MTT测定评价细胞的活力。使用CyQUANT方法，使用不同浓度的AP1评价了按不同顺序添加AP1和帕博西尼的效果。图25显示了当在72h期间内用不同浓度的AP1和帕博西尼以不同顺序处理细胞时的MCF-7细胞增殖。图26显示了当用AP1预处理细胞24h，随后用不同浓度的帕博西尼处理时；以及当用不同浓度的帕博西尼预处理细胞24h，随后用固定量的AP1处理时，MCF-7细胞的增殖。AP1在进行或不进行帕博西尼处理的情况下抑制了MCF-7细胞生长。图27显示了当用不同浓度的AP1预处理细胞24h，随后用固定量的帕博西尼处理时；以及当用固定量的帕博西尼预处理细胞，随后用不同浓度的AP1处理时，MCF-7细胞的增殖。帕博西尼在进行或不进行AP1处理的情况下抑制了MCF-7细胞生长。
在MOLT-3细胞上以各种药物剂量测试了AP1和帕博西尼的组合。接种各种MOLT-3细胞数，并在接种后3-7天进行评价，以确定待接种的最佳细胞数，并确定处理时间。接种最佳数目的细胞，并用不同浓度的单独AP1或单独帕博西尼处理。开始处理后3-7天或120小时，使用WST-1试验或CyQUANT方法评价MOLT-3细胞的活力。图28显示了当单独用帕博西尼处理细胞时的MOLT-3细胞增殖。图29显示了当单独用AP1处理细胞时的MOLT-3细胞增殖。
在MCF-7细胞中使用WST-1和CyQUANT试验的AP1和帕博西尼的联合指数图。在MCF-7细胞中用AP1和帕博西尼处理的联合指数图显示出累加或增加的互补性。图30显示了使用WST-1试验用AP1和帕博西尼处理MCF-7细胞的联合指数图。图31显示了使用CyQUANT用AP1和帕博西尼处理MCF-7细胞的联合指数图。表14中显示了示例性的协同指数计算。数据表示为log(CI)。CI值：0-0.1，极强的协同作用；0.1-0.3，强协同作用；0.3-0.7，协同作用；0.7-0.85，中等协同作用；0.85-0.90，轻微的协同作用；0.90-1.10，接近累加；1.10-1.20，轻微的拮抗作用；1.20-1.45，中等拮抗作用；1.45-3.3，拮抗作用；3.3-10，强拮抗作用；10，极强的拮抗作用。
表14
AP1剂量(μM) 帕博西尼剂量(μM) 效果 CI
0.001 0.3 0.178 0.59570
0.003 0.3 0.184 0.59898
0.01 0.3 0.223 0.54530
0.03 0.3 0.25 0.62998
0.1 0.3 0.325 0.79278
0.3 0.3 0.532 0.68885
1.0 0.3 0.65 1.13080
3.0 0.3 0.743 1.92593
10.0 0.3 0.924 1.17267
30.0 0.3 0.945 2.32597
0.4 0.001 0.585 0.57898
0.4 0.003 0.553 0.67550
0.4 0.01 0.55 0.68802
0.4 0.03 0.545 0.71276
0.4 0.1 0.556 0.70459
0.4 0.3 0.608 0.61579
0.4 1.0 0.592 0.90805
0.4 3.0 0.614 1.46501
0.4 10.0 0.698 2.61449
0.4 30.0 0.999 0.02893
使用雌性无胸腺裸鼠，在SJSA-1骨肉瘤异种移植模型中测试了单独的AP1以及与帕博西尼联合的AP1的功效。向Charles River NCr nu/nu小鼠的胁腹皮下注射在0％
Figure BDA0002364426360002251
中的5x106个SJSA-1肿瘤细胞。细胞注射体积为0.1mL/小鼠。在研究开始时，小鼠为8-12周龄。当肿瘤达到100mm3-150mm3的平均大小时进行配对，并开始治疗方案。在研究结束前每两周进行一次体重和卡尺测量。
对单次观察体重减轻>30％或连续三次测量体重减轻>25％的任何单个动物施以安乐死。从研究中去除平均体重减轻>20％或死亡率>10％的任何组。该组不实施安乐死，并使小鼠恢复。在体重减轻>20％的组内，对达到单个体重减轻终点的个体实施安乐死。如果与组治疗有关的体重减轻恢复到初始体重的10％以内，则以较低剂量或更不频繁的给药时间表恢复给药。单独监测动物。实验的终点是2000mm3的肿瘤体积或60天，以先到者为准。对响应者跟踪更长的时间。当达到终点时，对动物施以安乐死。
将帕博西尼在乳酸钠缓冲液(50mM，pH 4.0)中制成溶液。使用水性磷酸盐缓冲盐水溶液或乳酸钠(50mM，pH 4.0)溶液作为媒介物。给药体积为10mL/kg(0.2mL/20g小鼠)，并且根据小鼠的体重调节体积。
图32显示了AP1、帕博西尼或AP1+帕博西尼联合治疗对SJSA-1骨肉瘤异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。数据显示，与用单独的媒介物、单独的AP1或单独的帕博西尼治疗的小鼠相比，用AP1和帕博西尼联合治疗的小鼠需要更长的持续时间才能达到相同的中值肿瘤体积。先用AP1治疗并在AP1给药后6h用帕博西尼治疗的小鼠需要更长的持续时间才能达到与先用帕博西尼治疗并在帕博西尼给药后6h用AP1治疗的小鼠相同的中值肿瘤体积。
表11显示了在SJSA-1骨肉瘤异种移植模型中，使用AP1和帕博西尼联合治疗的CDK抑制剂功效测试的结果。
表11
Figure BDA0002364426360002261
Figure BDA0002364426360002271
1使用d0和d22的媒介物中值体积计算
2定义为连续三次测量大于d1体积的150％
使用雌性无胸腺裸鼠，在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中测试了单独的AP1以及与帕博西尼联合的AP1的功效。在细胞植入前3天和研究持续期间，向雌性无胸腺裸鼠提供含有10μL/mL 17β-雌二醇补充物的饮用水。用0％
Figure BDA0002364426360002272
中的1x107个MCF-7.1肿瘤细胞在胁腹皮下处理Charles River NCI无胸腺裸鼠。细胞注射体积为0.1mL/小鼠。在研究开始时，小鼠为8-12周龄。当肿瘤达到100mm3-150mm3的平均大小时进行配对，并开始治疗方案。在研究结束前每两周进行一次体重和卡尺测量。
对单次观察体重减轻>30％或连续三次测量体重减轻>25％的任何单个动物施以安乐死。从研究中去除平均体重减轻>20％或死亡率>10％的任何组。该组不实施安乐死，而是使小鼠恢复。在体重减轻>20％的组内，对达到单个体重减轻终点的个体实施安乐死。如果与组治疗有关的体重减轻恢复到初始体重的10％以内，则以较低剂量或更不频繁的给药时间表恢复给药。单独监测动物。实验的终点是1000mm3的肿瘤体积或60天，以先到者为准。对响应者跟踪更长的时间。当达到终点时，对动物施以安乐死。
将帕博西尼在乳酸钠缓冲液(50mM，pH 4.0)中制成溶液。使用水性磷酸盐缓冲盐水溶液或乳酸钠(50mM，pH 4.0)溶液作为媒介物。给药体积为10mL/kg(0.2mL/20g小鼠)，并且根据小鼠的体重调节体积。
图33显示了AP1、帕博西尼或AP1+帕博西尼联合治疗对MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。数据显示，与用单独的媒介物、单独的AP1或单独的帕博西尼治疗的小鼠相比，用AP1和帕博西尼联合治疗的小鼠需要更长的持续时间才能达到相同的中值肿瘤体积。图34显示了用媒介物处理的MCF-7.1人乳腺癌异种移植物处理的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图A显示了用AP1 20mg/kg qwk×4治疗的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图B显示了用帕博西尼75mg/kg qd×22治疗的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图C显示了用AP1治疗并在施用AP1后6h用帕博西尼治疗的小鼠的单个肿瘤体积。图35中的图D显示了用帕博西尼治疗并在施用AP1后6h用AP1治疗的小鼠的单个肿瘤体积。数据显示，与使用单独的AP1或单独的帕博西尼治疗的小鼠相比，使用AP1和帕博西尼联合治疗的小鼠需要更长的持续时间才能达到相同的中值肿瘤体积。
表12显示了使用MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型的CDK抑制剂功效测试的结果。
表12
Figure BDA0002364426360002281
1使用d0和d22的媒介物中值体积计算
2定义为连续三次测量大于d1体积的150％
使用雌性无胸腺裸鼠，通过上述方法在A549异种移植模型中测试了单独的AP1以及与帕博西尼联合的AP1的功效。图36显示了AP1、帕博西尼或AP1+帕博西尼联合治疗对A549异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。图37中的图A显示了媒介物处理对A549异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。图37中的图B显示了媒介物处理对A549异种移植模型中的中值肿瘤体积的影响。箭头指示媒介物对照中的自发性肿瘤缩小。带*的箭头指示该研究的后期肿瘤的较差生长。
表13显示了在A549异种移植模型中的CDK抑制剂功效测试。
表13
Figure BDA0002364426360002291
1使用d0和d22的媒介物中值体积计算
2定义为连续三次测量大于d1体积的150％
实施例28：采用AP1和MEK抑制剂的联合疗法
a.采用AP1与曲美替尼的联合疗法
在人类黑素瘤肿瘤C32细胞上测试了AP1和曲美替尼的组合。图38显示了当用单独的曲美替尼或曲美替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。图39显示了用AP1和曲美替尼处理C32细胞的联合指数图。图40显示了当用单独的AP1或AP1加不同浓度的曲美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。图41显示了当用不同浓度的AP1和不同浓度的曲美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。
在MEL-JUSO细胞上测试了AP1和曲美替尼的组合。图42显示了当用单独的AP1或AP1加不同浓度的曲美替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图43显示了当不用药剂、用单独的AP1、单独的曲美替尼或0.03μM AP1加1.0nM曲美替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图44显示了当用单独的曲美替尼或曲美替尼加不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图45显示了用AP1和曲美替尼处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
在A375人黑素瘤细胞上测试了AP1和曲美替尼的组合。接种各种A375细胞数，并在3-7天后进行评价，以确定待处理的最佳细胞数，并确定最佳处理持续时间。接种最佳数目的细胞，并用不同浓度的单独AP1或单独曲美替尼处理。处理后3-7天，使用WST-1试验或MTT测定评价细胞的活力。确定了在AP1的IC50附近的许多浓度和在曲美替尼的IC50附近的许多浓度。AP1对A375细胞的EC50为70nM。
针对所选浓度的AP1与曲美替尼的联合处理，测试了A375细胞的细胞活力。接种最佳数目的A375细胞，并用AP1和曲美替尼处理细胞。在开始用AP1和曲美替尼同时或顺序处理后3-7天，使用WST-1试验或MTT测定评价细胞的活力。图46显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的曲美替尼处理细胞时的A375细胞增殖。图47显示了当用单独的曲美替尼或曲美替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的A375细胞增殖。图48显示了用AP1和曲美替尼处理A375黑素瘤细胞的联合指数图。
b.采用AP1和比尼替尼的联合疗法
在人黑素瘤肿瘤C32细胞上测试了AP1与比尼替尼的组合。C32细胞在补充有10％(v/v)胎牛血清、100单位的青霉素和100μg/mL链霉素的EMEM培养基中于37℃和5％CO2下生长。在进行测定前一天，对C32细胞进行胰蛋白酶化，计数，并以3000个细胞/孔/200μL接种在96孔板中。给细胞施用单独的AP1、单独的比尼替尼或AP1加比尼替尼。将细胞孵育72h，并使用MTT测定的WST-1变型测量细胞活力。图49显示了当用不同的比尼替尼和AP1处理细胞时的C32细胞增殖。图50显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的比尼替尼处理细胞时的C32细胞增殖。图51显示了当用单独的比尼替尼或比尼替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。图52显示了用AP1和比尼替尼处理C32细胞的联合指数图。对于C32细胞中采用AP1和比尼替尼的处理，联合指数图显示出累加或增加的互补性。
在MEL-JUSO细胞上测试了AP1和比尼替尼的组合。MEL-JUSO细胞在补充有10％(v/v)胎牛血清、100单位的青霉素和100μg/mL链霉素的EMEM培养基中于37℃和5％CO2下生长。在进行测定前一天，对MEL-JUSO细胞进行胰蛋白酶化，计数，并以3000个细胞/孔/200μL接种在96孔板中。向细胞施用单独的AP1、单独的比尼替尼或AP1加比尼替尼。将细胞孵育72h，并使用MTT测定的WST-1变型测量细胞活力。
图53显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的比尼替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图54显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的比尼替尼处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图55显示了当用单独的比尼替尼或比尼替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图56显示了用AP1和比尼替尼处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。对于MEL-JUSO细胞中采用AP1和比尼替尼的处理，联合指数图显示出累加或增加的互补性。
c.采用AP1和pimasertib的联合疗法
在人黑素瘤肿瘤C32细胞上测试了AP1和pimasertib的组合。图57显示了当用单独的AP1或AP1联合不同组合的pimasertib处理细胞时的C32细胞增殖。图58显示了当用不同浓度的AP1和pimasertib处理细胞时的C32细胞增殖。图59显示了当用单独的pimasertib或pimasertib联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。图60显示了用AP1和pimasertib处理C32细胞的联合指数图。
在MEL-JUSO细胞上测试了AP1和pimasertib的组合。图61显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图62显示了当用AP1和pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图63显示了当用单独的pimasertib或pimasertib联合不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图64显示了用AP1和pimasertib处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
d.采用AP1和司美替尼的联合疗法
在人黑素瘤C32细胞上测试了AP1和司美替尼的组合。图65显示了当用单独的AP1或AP1联合不同组合的司美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。图66显示了当用不同浓度的AP1和司美替尼处理细胞时的C32细胞增殖。图67显示了当用单独的司美替尼或司美替尼联合不同浓度的AP1处理细胞时的C32细胞增殖。图68显示了用AP1和司美替尼处理C32细胞的联合指数图。
在MEL-JUSO细胞上测试了AP1和pimasertib的组合。图69显示了当用单独的AP1或AP1联合不同浓度的pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图70显示了当用AP1和pimasertib处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图71显示了当用单独的pimasertib或pimasertib联合不同浓度的AP1处理细胞时的MEL-JUSO细胞增殖。图72显示了用AP1和pimasertib处理MEL-JUSO细胞的联合指数图。
实施例29：采用AP1和癌症药剂的联合疗法
a.急性髓样白血病治疗的临床开发
测试了AP1对表达WT p53的造血系统癌症——急性髓样白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)——患者的治疗。AML和MDS患者接受AP1或AP1联合阿糖胞苷。阿糖胞苷是用于治疗AML或MDS患者的重要药剂。联合治疗是肿瘤学中用来改善患者后果的标准治疗实践。图73显示了用于研究AP1治疗AML的效果的联合治疗和给药方案。
表14显示了AML研究的初始患者分析。在AP1给药之前和之后可获得骨髓活检物的可评价的患者中，3名患者显示病情稳定。
表14
Figure BDA0002364426360002331
b.采用AP1、紫杉醇和艾立布林的联合疗法
使用雌性无胸腺裸鼠，在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中测试了单独的AP1以及与紫杉醇或艾立布林联合使用的AP1的功效。表15显示了用于联合治疗的紫杉醇和艾立布林的给药组数和量。
表15
Figure BDA0002364426360002332
在细胞植入前3天和研究持续期间，向动物提供含有10μL/mL17β-雌二醇补充物的饮用水。通过皮下注射0％
Figure BDA0002364426360002333
中的1x107个MCF-7.1肿瘤细胞在胁腹处理CharlesRiver NCr nu/nu小鼠。细胞注射体积为0.1mL/小鼠。在研究开始时，小鼠为8-12周龄。当肿瘤达到100mm3-150mm3的平均大小时进行配对，并开始治疗方案。在研究结束前每两周进行一次体重和卡尺测量。对单次观察体重减轻>30％或连续三次测量体重减轻>25％的任何单个动物施以安乐死。平均体重减轻>20％或死亡率>10％的任何组不给予进一步的剂量。该组不实施安乐死，而是使其恢复。在体重减轻>20％的组内，对达到单个体重减轻终点的个体实施安乐死。如果与组治疗有关的体重减轻恢复到初始体重的10％以内，则以较低剂量或更不频繁的给药时间表恢复给药。根据具体情况，允许非治疗体重％恢复的例外。单独监测动物。实验的终点是1000mm3的肿瘤体积或60天，以先到者为准。对响应者跟踪更长的一段时间。当达到终点时，对动物施以安乐死。
将AP1制备为磷酸盐缓冲水溶液。在D5W中的5％乙醇和5％cremaphor
Figure BDA0002364426360002342
中制备紫杉醇。媒介物是磷酸盐缓冲的水溶液。给药体积为10mL/kg(0.2mL/20g小鼠)。针对每只小鼠的体重相应地调整体积。
表16显示了使用AP1、紫杉醇和艾立布林在MCF-7受试者中进行的紫杉醇联合疗法功效测试的结果。28天后，对存活的动物进行跟踪，直至达到肿瘤大小终点或死亡。
表16
Figure BDA0002364426360002341
Figure BDA0002364426360002351
图74按天显示了AP1或紫杉醇治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。图75按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。图76在显示生长的Log10轴上按天显示了AP1或紫杉醇治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。图77在显示生长的Log10轴上按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对单个小鼠肿瘤体积的结果。图78按天显示了AP1或紫杉醇治疗对单个小鼠肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。图79按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对单个小鼠肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图80按天显示了AP1或紫杉醇治疗对中值肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。图81按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对中值肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。图82按天显示了AP1或紫杉醇治疗对平均(±1StDev)肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。图83按天显示了AP1+紫杉醇联合治疗对平均(±1StDev)肿瘤体积与基线相比的％变化的结果。
图84按天比较了用AP1、紫杉醇治疗或用AP1+紫杉醇联合治疗对肿瘤体积与基线相比的平均％变化的结果。数据显示，采用5mg/kg AP1和10mg/kg紫杉醇的联合疗法；或5mg/kg AP1和15mg/kg紫杉醇的联合疗法在研究期间使肿瘤体积与基线相比的平均％变化减至最小。图85按天比较了用AP1、紫杉醇治疗或用AP1+紫杉醇联合治疗对肿瘤体积与基线相比的平均％变化的结果。数据显示，采用10mg/kg AP1和10mg/kg紫杉醇的联合疗法；或5mg/kg AP1和15mg/kg紫杉醇的联合疗法在研究期间使肿瘤体积与基线相比的平均％变化减至最小。
图86按研究组显示了用AP1、紫杉醇治疗或用AP1+紫杉醇联合治疗对第28天单个肿瘤体积与基线相比的％变化的影响。组1：对照；组2：AP1 10mg/kg；组3：AP1 5mg/kg；组4：紫杉醇15mg/kg；组5：紫杉醇10mg/kg；组7：AP1 10mg/kg+紫杉醇15mg/kg的联合治疗；组8：AP1 15mg/kg+紫杉醇15mg/kg的联合治疗；组9：AP1 10mg/kg+紫杉醇10mg/kg的联合治疗；组10：AP1 5mg/kg+紫杉醇10mg/kg。图87显示了用AP1、艾立布林(eribulin)治疗或用AP1+艾立布林联合治疗对肿瘤体积的平均％变化的影响。第1行：对照；第2行：AP1 10mg/kg+艾立布林0.1mg/kg的联合治疗；第3行：AP1 5mg/kg+艾立布林0.1mg/kg的联合治疗；第4行：AP1 10mg/kg；第5行：AP1 5mg/kg；第6行：艾立布林0.1mg/kg。图88显示了用AP1、艾立布林治疗或用AP1+艾立布林联合治疗对第28天单个肿瘤体积与基线相比的％变化的影响。组1：对照；组2：AP1 10mg/kg；组3：AP1 5mg/kg；组6：艾立布林0.1mg/kg；组11：AP1 10mg/kg+艾立布林0.1mg/kg的联合治疗；组12：AP1 5mg/kg+艾立布林0.1mg/kg的联合治疗。
c.采用AP1和
Figure BDA0002364426360002361
的联合疗法
Figure BDA0002364426360002362
也称为蛋白质结合型紫杉醇或纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇，是用来治疗乳腺癌、肺癌和胰腺癌的紫杉醇注射制剂。使用雌性无胸腺裸鼠，按照用于测试AP1联合紫杉醇的功效的方法，在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中测试了单独的AP1和与
Figure BDA0002364426360002363
联合的AP1的功效。
图89显示了在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中，按照AP1、
Figure BDA0002364426360002364
或
Figure BDA0002364426360002365
联合治疗的各种给药方案治疗的小鼠在12天时期内的归一化体重的变化。图90显示了在MCF-7.1人乳腺癌异种移植模型中，按照AP1、
Figure BDA0002364426360002366
或
Figure BDA0002364426360002367
联合治疗的各种给药方案治疗的小鼠在12天时期内的肿瘤体积(mm3)变化。
表17显示了用来获得关于使用AP1和
Figure BDA0002364426360002371
的联合治疗的功效的数据的给药方案。
表17
Figure BDA0002364426360002372
数据显示，组7、组6、组5和组4在治疗后导致肿瘤体积总体减小。在治疗后5天，组7的肿瘤体积减小最多。
实施例30：采用AP1和PD-1或PD-L1拮抗剂的联合疗法
a.用CloudmanS91恶性黑色素瘤肿瘤处理的小鼠
在同系小鼠模型中测试了AP1联合鼠抗PD-1、抗PD-L1或抗CTLA-4的功效。用于该研究的鼠同基因模型是用于CTLA-4的CT-26；用于PD-1的CloudmanS91、Colon26、EMT-6、A20和MC-38；和用于PD-L1的CloudmanS91、A20、MC-38和B16F10。
从D1开始以5mg/kg、10mg/kg或20mg/kg每只小鼠体重的剂量静脉内施用AP1。每周2次施用AP1，持续2周。抗PD-1在第3天以5mg/kg的剂量腹膜内(I.P.)施用，每周两次，持续两周。抗PD-L1在第3天以5mg/kg的剂量腹膜内施用，每周两次，持续两周。抗CTLA-4在第3天以5mg/kg的剂量腹膜内施用，然后在第6天和第10天以2.5mg/kg的剂量施用。终点基于肿瘤体积、体重和临床观察。
图91中的图A显示了媒介物处理对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图91中的图B显示了抗PD-1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图91中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图91中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-1联合治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
图92中的图A显示了媒介物处理对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图92中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图92中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图92中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用CloudmanS91恶性黑素瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
b.用A20淋巴瘤处理的小鼠
使用雌性BALB/c小鼠，在A20鼠淋巴瘤模型中测试了用单独的AP1以及AP1联合抗PD-1治疗的功效。用0％
Figure BDA0002364426360002381
中的1x106个A20细胞在胁腹皮下处理Charles River雌性BALB/c小鼠。细胞注射体积为0.1mL/小鼠。在研究开始时，小鼠为8-12周龄。当肿瘤达到90-120mm3的平均大小时进行配对，并开始治疗。在整个实验中每两周进行一次体重和卡尺测量。给药体积为10mL/kg，并针对每只小鼠的体重相应地调整体积。
对单次观察体重减轻>30％或连续三次测量体重减轻>25％的任何单个动物施以安乐死。平均体重减轻>20％或死亡率>10％的任何组不给予进一步的剂量。该组不实施安乐死，而是使其恢复。在体重减轻>20％的组内，对达到单个体重减轻终点的个体实施安乐死。如果与组治疗有关的体重减轻恢复到初始体重的10％以内，则以较低剂量或更不频繁的给药时间表恢复给药。根据具体情况，允许非治疗体重％恢复的例外。单独监测动物。实验的终点是2000mm3的肿瘤体积或45天，以先到者为准。对响应者跟踪更长的一段时间。当达到终点时，对动物施以安乐死。
使用抗PD-1RMP1-14(ratIgG)来测试使用AP1和抗PD-1联合治疗的疗效。表18显示了用来测试使用AP1和抗PD-1的联合治疗的功效的治疗方案。
表18
Figure BDA0002364426360002391
Figure BDA0002364426360002401
#对照
图93中的图A显示了媒介物处理对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图93中的图B显示了抗PD-1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图93中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图93中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-1联合治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
使用PBS中的抗PD-L1 10F.9G2来测试使用AP1和抗PD-L1的联合治疗的功效。媒介物和AP1的给药体积为10mL/kg，并针对每只小鼠的体重相应地进行调整。PBS和抗PD-L1的给药体积为0.2mL/小鼠，并且未针对体重进行调整。表19显示了用来测试使用AP1和抗PD-L1的联合治疗的功效的治疗方案。
表19
Figure BDA0002364426360002402
Figure BDA0002364426360002411
#对照
*μg/动物
图94中的图A显示了媒介物处理对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图94中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图94中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图94中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用A20鼠淋巴瘤模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
c.用M38同基因结肠癌处理的小鼠
使用C57BL/6雌性小鼠，在M38同基因结肠癌模型中测试了单独的AP1以及与抗PD-1和抗PD-L1联合的AP1的功效。
用异氟烷麻醉小鼠以供植入细胞以减少溃疡形成。用0％
Figure BDA0002364426360002421
中的5x105个MC38肿瘤细胞在胁腹皮下处理Charles River雌性C57BL/6小鼠。细胞注射体积为0.1mL/小鼠。在研究开始时，小鼠为8-12周龄。当肿瘤达到80-120mm3的平均大小时进行配对。在整个实验过程中每两周进行一次体重和卡尺测量。
对单次观察体重减轻>30％或连续三次测量体重减轻>25％的任何单个动物施以安乐死。平均体重减轻>20％或死亡率>10％的任何组不给予进一步的剂量。该组不实施安乐死，而是使其恢复。在体重减轻>20％的组内，对达到单个体重减轻终点的个体实施安乐死。如果与组治疗有关的体重减轻恢复到初始体重的10％以内，则以较低剂量或更不频繁的给药时间表恢复给药。根据具体情况，允许非治疗体重％恢复的例外。单独监测动物。实验的终点是1000mm3的肿瘤体积或45天，以先到者为准。对响应者跟踪更长的一段时间。当达到终点时，对动物施以安乐死。
使用抗PD-1RMP1-14(ratIgG)来测试使用AP1和抗PD-1联合治疗的功效。表20显示了用来测试使用AP1和抗PD-1的联合治疗的功效的治疗方案。
表20
Figure BDA0002364426360002422
Figure BDA0002364426360002431
#对照组
图95中的图A显示了媒介物处理对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图95中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图95中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图95中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
使用PBS中的抗PD-L1 10F.9G2来测试使用AP1和抗PD-L1的联合治疗的功效。媒介物和AP1的给药体积为10mL/kg，并针对每只小鼠的体重相应地进行调整。PBS和抗PD-L1的给药体积为0.2mL/小鼠，并且未针对体重进行调整。表21显示了用来测试使用AP1和抗PD-L1的联合治疗的功效的治疗方案。
表21
Figure BDA0002364426360002441
#对照组
*μg/动物
图96中的图A显示了媒介物处理对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图96中的图B显示了抗PD-L1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图96中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图96中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗PD-L1联合治疗对使用M38同基因结肠癌模型的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
d.用CT26未分化结肠癌细胞系处理的小鼠
在小鼠的CT26未分化结肠癌细胞系中测试了单独的AP1以及与抗CTLA-4联合的AP1的功效。
图97中的图A显示了媒介物处理对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图97中的图B显示了抗CTLA-49H10治疗对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的结果。图97中的图C显示了每周两次用20mg/kg的AP1治疗对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。图97中的图D显示了用每周两次20mg/kg的AP1和抗CTLA-4联合治疗对使用CT26未分化结肠癌细胞系的小鼠的肿瘤体积(mm3)的影响。虚线表示媒介物对照的中值肿瘤体积。
实施方案
以下非限制性实施方案提供了本发明的说明性示例，但是并非限制本发明的范围。
实施方案1.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002461
其中：
-Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
-每个D和E独立地为氨基酸；
-R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-R8为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-v为1-1000的整数；
-w为3-1000的整数；且
-n为1-5的整数。
实施方案2.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002471
其中：
-Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
-每个D和E独立地为氨基酸；
-R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的位置的大环形成连接体L’；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-R8为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-v为1-1000的整数；
-w为3-1000的整数；且
-n为1-5的整数。
实施方案3.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有改善的MDM2或MDMX结合亲和力。
实施方案4.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有降低的MDMX结合亲和力与MDM2结合亲和力之比。
实施方案5.实施方案1-4中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有改善的针对p53阳性肿瘤细胞系的体外抗肿瘤效力。
实施方案6.实施方案1-5中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物在p53阳性肿瘤细胞系中显示出改善的体外凋亡诱导。
实施方案7.实施方案1-6中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有改善的针对p53阳性肿瘤细胞系的体外抗肿瘤效力与针对p53阴性或突变肿瘤细胞系的体外抗肿瘤效力之比。
实施方案8.实施方案1-6中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有改善的针对p53阳性肿瘤的体内抗肿瘤效力。
实施方案9.实施方案1-8中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有改善的细胞透性。
实施方案10.实施方案1-9中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物相对于其中w为0、1或2的相应拟肽大环化合物具有改善的溶解度。
实施方案11.实施方案1-10中任一项的方法，其中Xaa5为Glu或其氨基酸类似物。
实施方案12.实施方案1-11中任一项的方法，其中Xaa5为Glu或其氨基酸类似物，并且其中所述拟肽大环化合物相对于其中Xaa5为Ala的相应拟肽大环化合物具有改善的结合亲和力、改善的溶解度、改善的细胞效力、改善的螺旋度、改善的细胞透性、改善的体内或体外抗肿瘤效力或改善的凋亡诱导。
实施方案13实施方案1-12中任一项的方法，其中每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸。
实施方案14.实施方案1-13中任一项的方法，其中[D]v为–Leu1-Thr2。
实施方案15.实施方案1-14中任一项的方法，其中w为3-10。
实施方案16.实施方案1-15中任一项的方法，其中w为3-6。
实施方案17.实施方案1-15中任一项的方法，其中w为6-10。
实施方案18.实施方案1-17中任一项的方法，其中w为6。
实施方案19.实施方案1-18中任一项的方法，其中v为1-10。
实施方案20.实施方案1-19中任一项的方法，其中v为2-10。
实施方案21.实施方案1-20中任一项的方法，其中v为2-5。
实施方案22.实施方案1-21中任一项的方法，其中v为2。
实施方案23.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物包含与选自表1、表1a、表1b或表1c中氨基酸序列的氨基酸序列至少约60％相同的氨基酸序列，并且其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002501
其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360002502
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v和w独立地为1-1000的整数；
-u为1-10的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数；
-n为1-5的整数；并且
其中所述拟肽大环化合物不是表2a或表2b的拟肽大环化合物。
实施方案24.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物包含与选自表1、表1a、表1b或表1c中氨基酸序列的氨基酸序列至少约60％相同的氨基酸序列，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002521
其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360002522
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v和w独立地为1-1000的整数；
-u为1-10的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数；
-n为1-5的整数；
其中w>2并且前两个由E表示的氨基酸中的每一个包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链，
条件是所述拟肽大环化合物不是表2a的拟肽大环化合物并且不具有以下序列：
Ac-RTQATF$r8NQWAibANle$TNAibTR-NH2，
Ac-$r8SQQTFS$LWRLLAibQN-NH2，
Ac-QSQ$r8TFSNLW$LLAibQN-NH2，
Ac-QS$r5QTFStNLW$LLAibQN-NH2，或
Ac-QSQQ$r8FSNLWR$LAibQN-NH2，
其中Aib代表2-氨基异丁酸，$代表通过包含一个双键的全碳交联体与另一个氨基酸侧链连接的α-Me S5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，$r5代表通过包含一个双键的全碳交联体与另一个氨基酸侧链连接的α-Me R5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，且$r8代表通过包含一个双键的全碳交联体与另一个氨基酸侧链连接的α-Me R8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。
实施方案25.实施方案24或25的方法，其中每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸。
实施方案26.实施方案24-25中任一项的方法，其中由E表示的第一C末端氨基酸和/或第二C末端氨基酸包含疏水性侧链。
实施方案27.实施方案27的方法，其中所述疏水性链是大疏水性侧链。
实施方案28.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物包含与选自表1、表1a、表1b或表1c中氨基酸序列的氨基酸序列至少约60％相同的氨基酸序列，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002541
其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、氨基酸类似物、
Figure BDA0002364426360002542
[-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
-每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[-R4-K-R4-]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v和w独立地为1-1000的整数；
-u为1-10的整数；
-每个x、y和z独立地为0-10的整数；
-n为1-5的整数；且
-w>2，
其中由E表示的第三氨基酸包含大疏水性侧链，
条件是所述拟肽大环化合物不是表2a的拟肽大环化合物并且不具有以下序列：Ac-Q$r8QQTFSN$WRLLAibQN-NH2。
实施方案29.实施方案28的方法，其中除由E表示的第三氨基酸以外的每个E为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸。
实施方案30.实施方案23-29中任一项的方法，其中w为3-10。
实施方案31.实施方案23-30中任一项的方法，其中w为3-6。
实施方案32.实施方案23-29中任一项的方法，其中w为6-10。
实施方案33.实施方案23-32中任一项的方法，其中w为6。
实施方案34.实施方案24-33中任一项的方法，其中v为1-10。
实施方案35.实施方案23-34中任一项的方法，其中v为3-10。
实施方案36.实施方案23-35中任一项的方法，其中v为3-5。
实施方案37.实施方案23-36中任一项的方法，其中v为3。
实施方案38.实施方案34-37中任一项的方法，其中[D]v为–Leu1-Thr2-Phe3。
实施方案39.实施方案28-38中任一项的方法，其中前两个由E表示的氨基酸中的每一个包含不带电荷的侧链或带负电荷的侧链。
实施方案40.实施方案28-38中任一项的方法，其中由E表示的第三氨基酸为选自异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、苯丙氨酸(F)、色氨酸(W)和酪氨酸(Y)的氨基酸。
实施方案41.实施方案1-40中任一项的方法，其中L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基，其中每一个任选地被R5取代。
实施方案42.实施方案1-40中任一项的方法，其中L1和L2独立地为亚烷基或亚烯基。
实施方案43.实施方案1-40中任一项的方法，其中L为亚烷基、亚烯基或亚炔基。
实施方案44.实施方案1-43中任一项的方法，其中L为亚烷基。
实施方案45.实施方案1-44中任一项的方法，其中L为C3-C16亚烷基。
实施方案46.实施方案1-44中任一项的方法，其中L为C10-C14亚烷基。
实施方案47.实施方案1-46中任一项的方法，其中R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代。
实施方案48.实施方案1-47中任一项的方法，其中R1和R2为H。
实施方案49.实施方案1-48中任一项的方法，其中R1和R2独立地为烷基。
实施方案50.实施方案1-49中任一项的方法，其中R1和R2为甲基。
实施方案51.实施方案1-50中任一项的方法，其中x+y+z＝6。
实施方案52.实施方案1-51中任一项的方法，其中u为1。
实施方案53.实施方案1-52中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物不是表2a或表2b的大环化合物。
实施方案54.实施方案1-53中任一项的方法，其中每个E为Ser或Ala或其类似物。
实施方案55.实施方案1-54中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物包含至少一个为氨基酸类似物的氨基酸。
实施方案56.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，该方法包括向该受试者施用
(a)治疗有效量的p53剂，其
(i)抑制p53与MDM2和/或p53与MDMX之间的相互作用，并且/或者
(ii)调节p53和/或MDM2和/或MDMX的活性；以及
(b)至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂
(i)调节CDK4和/或CDK6的活性，并且/或者
(ii)抑制CDK4和/或CDK6；
其中所述至少一种附加药学活性剂和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用。
实施方案57.实施方案56的方法，其中所述p53剂拮抗p53与MDM2蛋白质之间和/或p53与MDMX蛋白质之间的相互作用。
实施方案58.实施方案56或57的方法，其中所述至少一种附加药学活性剂与CDK4和/或CDK6结合。
实施方案59.实施方案56-58中任一项的方法，其中所述p53剂选自有机或无机小分子；糖精；寡糖；多糖；肽、蛋白质、肽类似物、肽衍生物；抗体、抗体片段、拟肽；实施方案1-55中任一项的拟肽大环化合物；核酸；核酸类似物、核酸衍生物；由生物材料制成的提取物；天然存在的或合成的组合物；及其任意组合。
实施方案60.实施方案56-59中任一项的方法，其中所述p53剂选自RG7388(RO5503781，idasanutlin)；RG7112(RO5045337)；nutlin3a；nutlin3b；nutlin3；nutlin2；含螺羟吲哚的小分子；1,4-二氮杂
Figure BDA0002364426360002581
1,4-苯并二氮杂
Figure BDA0002364426360002582
-2,5-二酮化合物；WK23；WK298；SJ172550；RO2443；RO5963；RO5353；RO2468；MK8242(SCH900242)；MI888；MI773(SAR405838)；NVPCGM097；DS3032b；AM8553；AMG232；NSC207895(XI006)；JNJ26854165(色德美坦)；RITA(NSC652287)；YH239EE；及其任意组合。
实施方案61.实施方案56-60中任一项的方法，其中所述至少一种附加药学活性剂选自有机或无机小分子；糖精；寡糖；多糖；肽、蛋白质、肽类似物、肽衍生物；抗体、抗体片段、拟肽；实施方案1-55中任一项的拟肽大环化合物；核酸；核酸类似物、核酸衍生物；由生物材料制成的提取物；天然存在的或合成的组合物；及其任意组合。
实施方案62.实施方案1-61中任一项的方法，其中所述至少一种附加药学活性剂选自帕博西尼(PD0332991)；阿贝西尼(LY2835219)；ribociclib(LEE 011)；voruciclib(P1446A-05)；fascaplysin；arcyriaflavin；2-溴-12,13-二氢-5H-吲哚并[2,3-a]吡咯并[3,4-c]咔唑-5,7(6H)-二酮；3-氨基硫代吖啶酮(3-ATA)、反式-4-((6-(乙基氨基)-2-((1-(苯基甲基)-1H-吲哚-5-基)氨基)-4-嘧啶基)氨基)-环己醇(CINK4)；1,4-二甲氧基吖啶-9(10H)-硫酮(NSC 625987)；2-甲基-5-(对甲苯基氨基)苯并[d]噻唑-4,7-二酮(ryuvidine)；和flavopiridol(阿伏西地)；seliciclib；dinaciclib；milciclib；roniciclib；atuveciclib；briciclib；riviciclib；trilaciclib(G1T28)；及其任意组合。
实施方案63.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002591
或其药学上可接受的盐。
实施方案64.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002592
或其药学上可接受的盐。
实施方案65.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是:
Figure BDA0002364426360002593
或其药学上可接受的盐。
实施方案66.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002594
或其药学上可接受的盐。
实施方案67.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002601
或其药学上可接受的盐。
实施方案68.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002602
或其药学上可接受的盐。
实施方案69.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002603
或其药学上可接受的盐。
实施方案70.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002604
或其药学上可接受的盐。
实施方案71.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002611
或其药学上可接受的盐。
实施方案72.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002612
或其药学上可接受的盐。
实施方案73.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002613
或其药学上可接受的盐。
实施方案74.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002621
或其药学上可接受的盐。
实施方案75.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002622
或其药学上可接受的盐。
实施方案76.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002623
或其药学上可接受的盐。
实施方案77.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002624
或其药学上可接受的盐。
实施方案78.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002631
或其药学上可接受的盐。
实施方案79.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002632
或其药学上可接受的盐。
实施方案80.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002633
或其药学上可接受的盐。
实施方案81.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002634
或其药学上可接受的盐。
实施方案82.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002641
或其药学上可接受的盐。
实施方案83.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002642
或其药学上可接受的盐。
实施方案84.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002643
或其药学上可接受的盐。
实施方案85.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002644
或其药学上可接受的盐。
实施方案86.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002651
或其药学上可接受的盐。
实施方案87.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002652
或其药学上可接受的盐。
实施方案88.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002653
或其药学上可接受的盐。
实施方案89.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002654
或其药学上可接受的盐。
实施方案90.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002661
或其药学上可接受的盐。
实施方案91.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002662
或其药学上可接受的盐。
实施方案92.实施方案1或2的方法，其中所述拟肽大环化合物是
Figure BDA0002364426360002663
或其药学上可接受的盐。
实施方案94.一种调节有需要的受试者中的p53和/或MDM2和/或MDMX活性的方法，其包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b和表1c任一个中的氨基酸序列至少约60％相同的氨基酸序列，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002671
或其药学上可接受的盐，其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、
Figure BDA0002364426360002672
[–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
-每个R1和R2独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[–R4–K–R4–]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v独立地为1–1000的整数；
-每个w独立地为1–1000的整数；
-u为1–10的整数；
-每个x、y和z独立地为0–10的整数；且
每个n独立地为1–5的整数。
实施方案95.一种拮抗有需要的受试者中p53与MDM2蛋白质之间和/或p53与MDMX蛋白质之间的相互作用的方法，其包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种附加药学活性剂，其中所述至少一种附加药学活性剂：
(a)选自考比替尼和比尼替尼，或者
(b)是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用；
其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b和表1c任一个中的氨基酸序列至少约60％相同的氨基酸序列，并且其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002681
或其药学上可接受的盐，其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、
Figure BDA0002364426360002682
[–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
-每个R1和R2独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[–R4–K–R4–]n，其中每一个任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v独立地为1–1000的整数；
-每个w独立地为1–1000的整数；
-u为1–10的整数；
-每个x、y和z独立地为0–10的整数；且
每个n独立地为1–5的整数。
实施方案96.实施方案1-95中任一项的方法，其中所述癌症选自头颈癌、黑素瘤、肺癌、乳腺癌、结肠癌、卵巢癌、NSCLC、胃癌、前列腺癌、白血病、淋巴瘤、间皮瘤、肾癌、非霍奇金淋巴瘤(NHL)和神经胶质瘤。
实施方案97.实施方案1-96中任一项的方法，其中施用亚治疗量的所述至少一种附加药学活性剂。
实施方案98.实施方案1-97中任一项的方法，其中施用治疗量的所述至少一种附加药学活性剂。
实施方案99.实施方案1-98中任一项的方法，其中所述至少一种附加药学活性剂包含考比替尼或比尼替尼。
实施方案100.实施方案1-98中任一项的方法，其中所述至少一种附加药学活性剂包含细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDKI)，并且所述CDKI和所述拟肽大环化合物以超过约61分钟的时间间隔施用。
实施方案101.实施方案1-98或100中任一项的方法，其中所述至少一种附加药学活性剂包括帕博西尼(PD0332991)；阿贝西尼(LY2835219)；瑞博西尼(LEE 011)；voruciclib(P1446A-05)；fascaplysin；arcyriaflavin；2-溴-12,13-二氢-5H-吲哚并[2,3-a]吡咯并[3,4-c]咔唑-5,7(6H)-二酮；3-氨基硫代吖啶酮(3-ATA)；反式-4-((6-(乙基氨基)-2-((1-(苯基甲基-1H-吲哚-5-基)氨基)-4-嘧啶基)氨基)-环己醇(CINK4)；1,4-二甲氧基吖啶-9(10H)-硫酮(NSC 625987)；2-甲基-5-(对甲苯基氨基)苯并[d]噻唑-4,7-二酮(ryuvidine)；和flavopiridol(阿伏西地)；seliciclib；dinaciclib；milciclib；roniciclib；atuveciclib；briciclib；riviciclib；trilaciclib；及其任意组合。
实施方案102.实施方案100或101的方法，其中所述拟肽大环化合物在施用所述细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂之前至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用。
实施方案103.实施方案100或101的方法，其中所述拟肽大环化合物在施用所述细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂之前至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用。
实施方案104.实施方案100或101的方法，其中所述拟肽大环化合物在施用所述细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂之前约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用。
实施方案105.实施方案100或101的方法，其中所述拟肽大环化合物在施用所述细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂之后至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用。
实施方案106.实施方案100或101的方法，其中所述拟肽大环化合物在施用所述细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂之后至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用。
实施方案107.实施方案100或101的方法，其中所述拟肽大环化合物在施用所述细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂之后约1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9,天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、1周、2周、三周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或其任意组合施用。
实施方案108.实施方案1-107中任一项的方法，其中施用附加治疗剂。
实施方案109.实施方案1-108中任一项的方法，其中所述受试者包含过表达PD-L1的癌细胞。
实施方案110.实施方案1-109中任一项的方法，其中所述受试者包含过表达PD-1的癌细胞。
实施方案111.实施方案1-110中任一项的方法，其中所述受试者包含过表达miR-34的癌细胞。
实施方案112.实施方案108-111中任一项的方法，其中所述附加治疗剂为PD-1拮抗剂。
实施方案113.实施方案108-112中任一项的方法，其中所述附加治疗剂为PD-L1拮抗剂。
实施方案114.实施方案108-113中任一项的方法，其中所述附加治疗剂为阻断PD-L1与PD-1结合的药剂。
实施方案115.实施方案108-114中任一项的方法，其中所述附加治疗剂与PD-1特异性结合。
实施方案116.实施方案108-115中任一项的方法，其中所述附加治疗剂与PD-L1特异性结合。
实施方案117.实施方案1-116中任一项的方法，其中PD-L1表达下调。
实施方案118.实施方案1-117中任一项的方法，其中PD-1表达下调。
实施方案119.实施方案1-118中任一项的方法，其中S期得到抑制。
实施方案120.实施方案1-119中任一项的方法，其中M期得到抑制。
实施方案121.实施方案1-120中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物拮抗p53与MDM2蛋白质之间的相互作用。
实施方案122.实施方案1-121中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物拮抗p53与MDMX蛋白质之间的相互作用。
实施方案123.实施方案1-122中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物拮抗p53与MDM2蛋白质之间和p53与MDMX蛋白质之间的相互作用。
实施方案124.实施方案1-123中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物拮抗p53与MDM2蛋白质之间和p53与MDMX蛋白质之间的相互作用。
实施方案201.一种治疗有需要的受试者中的病况的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种药学活性剂，其中所述拟肽大环化合物和所述至少一种药学活性剂以超过61分钟的时间间隔施用。
实施方案202.实施方案201的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure BDA0002364426360002741
或其药学上可接受的盐，其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、
Figure BDA0002364426360002742
[–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
-每个R1和R2独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[–R4–K–R4–]n，它们各自任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v独立地为1–1000的整数；
-每个w独立地为1–1000的整数；
-u为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；
-每个x、y和z独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；且
-每个n独立地为1、2、3、4或5。
实施方案203.实施方案202的方法，其中v为3-10。
实施方案204.实施方案202或203的方法，其中v为3。
实施方案205.实施方案202-204中任一项的方法，其中w为3-10。
实施方案206.实施方案202-205中任一项的方法，其中w为6。
实施方案207.实施方案202-206中任一项的方法，其中x+y+z＝6。
实施方案208.实施方案202-207中任一项的方法，其中每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基。
实施方案209.实施方案202-208中任一项的方法，其中每个L1和L2独立地为亚烷基或亚烯基。
实施方案210.实施方案202-209中任一项的方法，其中每个R1和R2独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代。
实施方案211.实施方案202-210中任一项的方法，其中每个R1和R2独立地为氢。
实施方案212.实施方案202-210中任一项的方法，其中每个R1和R2独立地为烷基。
实施方案213.实施方案202-210或212中任一项的方法，其中每个R1和R2独立地为甲基。
实施方案214.实施方案202-214中任一项的方法，其中u为1。
实施方案215.实施方案202-214中任一项的方法，其中每个E为Ser或Ala或其类似物。
实施方案216.实施方案201-215中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少60％相同的氨基酸序列。
实施方案217.实施方案201-216中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少70％相同的氨基酸序列。
实施方案218.实施方案201-217中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少80％相同的氨基酸序列。
实施方案219.实施方案201-218中任一项的方法，其中所述拟肽大环化合物与SP-153、SP-303、SP-331或SP-671至少60％相同。
实施方案220.实施方案201-219中任一项的方法，其中所述病况为癌症。
实施方案221.实施方案201-220中任一项的方法，其中所述癌症为淋巴瘤。
实施方案222.实施方案201-220中任一项的方法，其中所述癌症为乳腺癌。
实施方案223.实施方案201-220中任一项的方法，其中所述癌症为皮肤癌。
实施方案224.实施方案201-220中任一项的方法，其中所述癌症为白血病。
实施方案225.实施方案201-220中任一项的方法，其中所述癌症为黑素瘤。
实施方案226.实施方案201-220中任一项的方法，其中所述癌症为骨癌。
实施方案227.实施方案201-226中任一项的方法，其中所述至少一种药学活性剂、其药学上可接受的盐或其缀合物为细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)抑制剂。
实施方案228.实施方案201-227中任一项的方法，其中所述CDK抑制剂为帕博西尼。
实施方案229.实施方案201-227中任一项的方法，其中所述CDK抑制剂为阿贝西尼。
实施方案230.实施方案201-227中任一项的方法，其中所述CDK抑制剂为瑞博西尼。
实施方案231.实施方案201-226中任一项的方法，其中所述至少一种药学活性剂为促分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂。
实施方案232.实施方案201-226中任一项的方法，其中所述至少一种药学活性剂为微管抑制剂。
实施方案233.实施方案201-226或232中任一项的方法，其中所述微管抑制剂为艾立布林。
实施方案234.实施方案201-226或232中任一项的方法，其中所述微管抑制剂为紫杉醇。
实施方案235.实施方案201-226、232或234中任一项的方法，其中所述微管抑制剂为纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇。

Claims (35)

1.一种治疗有需要的受试者中的病况的方法，所述方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物和至少一种药学活性剂，其中所述拟肽大环化合物和所述至少一种药学活性剂以超过61分钟的时间间隔施用。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
Figure FDA0002364426350000011
或其药学上可接受的盐，其中：
-每个A、C、D和E独立地为氨基酸；
-每个B独立地为氨基酸、
Figure FDA0002364426350000012
[–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
-每个R1和R2独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
-每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代；
-每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
-每个L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基或[–R4–K–R4–]n，它们各自任选地被R5取代；
-每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
-每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
-每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R6独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
-每个R7独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
-每个R8独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
-每个v独立地为1–1000的整数；
-每个w独立地为1–1000的整数；
-u为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；
-每个x、y和z独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10；且
-每个n独立地为1、2、3、4或5。
3.根据权利要求2所述的方法，其中v为3-10。
4.根据权利要求3所述的方法，其中v为3。
5.根据权利要求2所述的方法，其中w为3-10。
6.根据权利要求5所述的方法，其中w为6。
7.根据权利要求2所述的方法，其中x+y+z＝6。
8.根据权利要求2所述的方法，其中每个L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基。
9.根据权利要求8所述的方法，其中每个L1和L2独立地为亚烷基或亚烯基。
10.根据权利要求2所述的方法，其中每个R1和R2独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素-取代。
11.根据权利要求10所述的方法，其中每个R1和R2独立地为氢。
12.根据权利要求10所述的方法，其中每个R1和R2独立地为烷基。
13.根据权利要求10所述的方法，其中每个R1和R2独立地为甲基。
14.根据权利要求2所述的方法，其中u为1。
15.根据权利要求2的方法，其中每个E为Ser或Ala或其类似物。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少60％相同的氨基酸序列。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少70％相同的氨基酸序列。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表1、表1a、表1b、表1c、表2a或表2b中列出的氨基酸序列至少80％相同的氨基酸序列。
19.根据权利要求16所述的方法，其中所述拟肽大环化合物与SP-153、SP-303、SP-331或SP-671至少60％相同。
20.根据权利要求1所述的方法，其中所述病况是癌症。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症是淋巴瘤。
22.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌。
23.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症是皮肤癌。
24.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症是白血病。
25.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症是黑素瘤。
26.根据权利要求20所述的方法，其中所述癌症是骨癌。
27.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种药学活性剂、药学上可接受的盐或其缀合物是细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)抑制剂。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述CDK抑制剂是帕博西尼。
29.根据权利要求27所述的方法，其中所述CDK抑制剂是阿贝西尼。
30.根据权利要求27所述的方法，其中所述CDK抑制剂是瑞博西尼。
31.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种药学活性剂是促分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂。
32.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种药学活性剂是微管抑制剂。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述微管抑制剂是艾立布林。
34.根据权利要求32所述的方法，其中所述微管抑制剂是紫杉醇。
35.根据权利要求34所述的方法，其中所述微管抑制剂是纳米颗粒白蛋白结合型紫杉醇。
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Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
PL3793609T3 (pl) * 2018-05-14 2024-05-13 Pfizer Inc. Preparat w postaci doustnego roztworu
US11091522B2 (en) 2018-07-23 2021-08-17 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and uses thereof
EP3877422A4 (en) * 2018-11-09 2022-08-24 G1 Therapeutics, Inc. THERAPEUTIC DOSING SCHEDULES FOR THE TREATMENT OF CANCER WITH ERIBULIN AND SELECTIVE CDK4/6 INHIBITOR COMBINATIONS
JP2022525416A (ja) * 2019-03-15 2022-05-13 エイルロン セラピューティクス，インコーポレイテッド ペプチド模倣大環状分子およびその使用
WO2021003192A1 (en) * 2019-07-02 2021-01-07 Effector Therapeutics, Inc. Methods of treating braf-mutated cancer cells

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008095063A1 (en) * 2007-01-31 2008-08-07 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Stabilized p53 peptides and uses thereof
US20120328692A1 (en) * 2011-06-24 2012-12-27 University Of Maryland, Baltimore Potent d-peptide antagonists of mdm2 and mdmx for anticancer therapy
US10471120B2 (en) * 2014-09-24 2019-11-12 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and uses thereof
CN107614003A (zh) * 2015-03-20 2018-01-19 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物及其用途
BR112018003985A2 (pt) * 2015-09-03 2018-09-25 Aileron Therapeutics Inc macrociclos peptidomiméticos e usos dos mesmos

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