CN110564837B

CN110564837B - 一种遗传代谢病基因芯片及其应用

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Publication number: CN110564837B
Application number: CN201910721690.2A
Authority: CN
Inventors: 王梅
Original assignee: Beijing Mormecon Medical Laboratory Co ltd
Current assignee: Beijing Mormecon Medical Laboratory Co ltd
Priority date: 2019-08-06
Filing date: 2019-08-06
Publication date: 2022-06-14
Anticipated expiration: 2039-08-06
Also published as: CN110564837A

Abstract

本发明公开了一种遗传代谢病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下53基因的探针：MTHFR、SUGCT、MVK、GCSH、IVD、CPS1、HCFC1、MCCC1、PRODH、PCCA、PNPLA2、TAT、MMACHC、GLDC、HGD、OPLAH、MUT、GCDH、MLYCD、GIF、TH、LMBRD1、LMF1、OXCT1、PAH、SPR、AUH、AASS、GRHPR、HLCS、SLC25A13、ETFA、DLD、PCCB、ACADSB、ACADVL、MCEE、AHCY、ASL、CBS、GCH1、HADHA、HAL、ASPA、CPT1A、HADH、HADHB、SLC22A5、FAH、OPA3、SLC25A20、CD320和CTH。本发明的基因芯片一次检测数百个基因上发生的所有突变；高深度测序实现对突变检测的准确性。

Description

一种遗传代谢病基因芯片及其应用

技术领域

本发明属于生物技术领域，更具体而言涉及遗传检测，特别是一种遗传代谢病基因芯片及其应用。

背景技术

遗传代谢病是因维持机体正常代谢所必需的某些由多肽和(或)蛋白组成的酶、受体、载体及膜泵生物合成发生遗传缺陷，即编码这类多肽(蛋白)的基因发生突变而导致的疾病。多为单基因遗传病，遗传代谢病一部分病因由基因遗传导致。单基因遗传病种类超过4000种，我国每年新生儿发病人数超过一万人，对人群健康危害极大，其中以遗传代谢性疾病为主。遗传代谢病对人体损伤极大，常见有神经系统异常、代谢性酸中毒和酮症、严重呕吐、肝脏肿大或肝功能不全、特殊气味、容貌怪异、皮肤和毛发异常、眼部异常、耳聋等，多数遗传代谢病伴有神经系统异常，在新生儿期发病者可表现为急性脑病，造成痴呆、脑瘫、甚至昏迷、死亡等严重并发症。

现有高效低成本的检测方法主要是液相色谱串联质谱法及气相色谱质谱法(统称质谱法)检测遗传代谢性疾病，其在临床应用最为广泛，在世界范围内均是检测遗传代谢病的首选方案。然而，以质谱法检测的血液及尿液中的小分子化合物异常来间接推断相应的基因存在缺陷，并不是诊断的金标准，需要基因检测最终确认。随着高通量测序技术的发展与成熟，人全基因组测序已经成为单基因遗传代谢病基因突变研究和诊断的重要工具。

通过全基因组测序对被测样本进行全基因组扫描，可实现对基因突变零遗漏，从而成为单基因遗传代谢病基因突变研究和诊断的有效工具。全基因组测序需要产生大量的测序数据量，测序成本高，因此测序深度不可能太深。对于检查基因突变而言，想要实现突变检查的零遗漏，全基因组测序确实难以担当此任。特别是对于，一次检测数百个基因上发生的所有突变，高深度测序才能实现对突变检测的准确性。

出于成本原因，如今临床上对遗传代谢病的检测通常是先进行质谱法检测，根据需要或者患者选择，再进行基因检测以进行最终确认。由于人类基因组的大小约为3Gb，对其进行全基因组测序总计约需90Gb测序数据。巨大的数据量要求所致高昂的测序成本，导致全基因组测序应用于遗传代谢病的基因诊断受到限制。现有的基因捕获+二代测序方法检测的基因数量多在4000个以上，成本较高，且针对性不强。这使得检测阳性患者需要进行前后两次检测，费事费力。而且，大多数情况下，基因检测尚未纳入医疗体系或医保范围，造成患者及其家属的严重经济负担。

因此，本领域需要一种与现有质谱法检测范围直接对应且成本较低的基因检测方法来服务于临床。

发明内容

本发明人经过对大量临床病人的基因组数据进行分析，提供了一组基因探针，通过包括这些基因探针的基因芯片，实现对遗传代谢病的基因检测。

因此，在第一方面，本发明提供了一种遗传代谢病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下53基因的探针：MTHFR、SUGCT、MVK、GCSH、IVD、CPS1、HCFC1、MCCC1、PRODH、PCCA、PNPLA2、TAT、MMACHC、GLDC、HGD、OPLAH、MUT、GCDH、MLYCD、GIF、TH、LMBRD1、LMF1、OXCT1、PAH、SPR、AUH、AASS、GRHPR、HLCS、SLC25A13、ETFA、DLD、PCCB、ACADSB、ACADVL、MCEE、AHCY、ASL、CBS、GCH1、HADHA、HAL、ASPA、CPT1A、HADH、HADHB、SLC22A5、FAH、OPA3、SLC25A20、CD320和CTH。

在一个实施方案中，这所述53个基因涵盖近79.6％的遗传代谢病病例的基因突变(见表1)。

在一个实施方案中，所述基因芯片还包括针对如下55个基因的探针：SUCLA2、BCKDHA、BCKDHB、UMPS、DBT、DHFR、IDH2、ALDH6A1、DNAJC19、ETFB、MAT1A、PTS、QDPR、SUCLG1、ABCD4、GK、ACADS、ACAT1、D2HGDH、ETHE1、MTRR、ABHD5、BTD、CPT2、ETFDH、HMGCL、ACSF3、ALDH5A1、ARG1、BCAT2、DHTKD1、HPD、MCCC2、MMAB、OTC、SLC25A15、ACADM、ADK、AGXT、ALDH4A1、AMT、ASS1、BCAT1、DNAJC12、HIBCH、HMGCS2、HOGA1、MMAA、MOCS1、MOCS2、MTR、OAT、PCBD1、PPM1K和TMLHE。

在一个实施方案中，这所述基因的突变如表1所示。

在一个实施方案中，检测这些突变位点的探针分别包括SEQ ID NO:7-113的探针或SEQ ID NO:7-218的探针。在优选的实施方案中，检测这些突变位点的探针分别还包括这样的探针，即上述探针的位点被突变碱基替换的探针。

在第二方面，本发明提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括根据本发明第一方面中涉及的探针。

在第三方面，本发明提供了本发明第一方面中涉及的探针或本发明第二方面的试剂盒在制备用于检测遗传代谢病的检测试剂中的用途。

在一个实施方案中，所述探针和试剂盒与生化检测联用，例如衍生化方法。衍生化法是指在一定条件下，在样本中加入衍生化试剂使之与被测组分(目标物质)进行衍生化反应，反应的产物更有利于仪器的检测和分离。

在第四方面，本发明提供了一种利用基因芯片筛查受试者基因突变的方法，所述方法包括：

1)提取所述受试者的基因组DNA，或者提取所述受试者的RNA，反转录成cDNA；

2)将所述DNA或cDNA打断至200-300bp的范围；

3)对上述打碎的基因组DNA进行DNA小片段文库的制备；

4)将DNA小片段文库和本发明第一方面的基因芯片进行杂交，检测基因突变。

在一个实施方案中，在步骤2)中采用illumina TruSeq DNA librarypreparation试剂盒，进行DNA小片段文库的制备。

在一个实施方案中，对于未检测到基因突变的受试者，对其进行生化检测，例如衍生化方法。

在第五方面中，本发明还提供了本发明第一方面的基因芯片用于检测遗传代谢病的用途。

本发明的方法和基因芯片至少有如下优点：相对于全基因组测序，大大节约了所需要的测序数据量；一次性检测疾病相关致病基因的所有突变，实现对疾病基因诊断的零遗漏，为疾病的治疗和干预提供保障；高深度的测序，实现对基因突变的高准确性检测；成本低，一次检测数百个基因上发生的所有突变；高深度测序实现对突变检测的准确性。

具体实施方式

通过参考示范性实施例，本发明的目的和功能以及用于实现这些目的和功能的方法将得以阐明。然而，本发明并不受限于以下所公开的示范性实施例；可以通过不同形式来对其加以实现。说明书的实质仅仅是帮助相关领域技术人员综合理解本发明的具体细节。

在本发明中，基因组位置是依据(H.sapiens,hg19,GRCh37,February 2009)的版本进行，但本领域技术人员应理解，这样的基因组位置可以对应于其他版本的基因组数据的位置，只要基因的相对位置对应上即可。

在本发明中，采用本领域通用表示法表示突变。例如，突变(c.1072C>T；p.P358S)中，c表示编码序列，p表示蛋白质，DNA水平的突变对应蛋白质水平的突变。突变(c.1865+1G>A；splicing)中，c.1865+1G>A表示c.1865后面是内含子，+1表示该内含子的第1位，这位的G突变为A；splicing表示剪接错误。

对于本发明说明书和权利要求书中，提及基因序列，本领域技术人员应当理解，实际包括互补双链的任意一条，或者两条。为了方便，在本说明书和权利要求书中，虽然多数情况下只给出了一条链，但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如提及一条探针序列，实际上包括该序列以及其互补序列。例如，提及SEQ ID NO:7-218，实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解，利用一条链可以检测另一条链，反之亦然。

本申请中的基因序列包括DNA形式或RNA形式，公开其中一种，意味着另一种也被公开。例如提及一条探针序列，实际也包括相应的RNA序列。

1.遗传代谢病基因的试剂盒制备

通过长期临床积累，发明人确认了111个遗传代谢性疾病，如表2所示，通过OMIM数据库获得液相色谱串联质谱法及气相色谱质谱法所检测的111种遗传代谢性疾病对应的基因共140个，如表1所示。所述试剂盒包括如下方法制备的遗传代谢病基因DNA探针文库：1)根据人类参考基因组HG19，结合Ensembl、CCDS、Gencode、VEGA、SNP以及CytoBand数据库，获取以下表1中遗传代谢病基因的所有编码序列。

与液相色谱串联质谱法及气相色谱质谱(质谱法)111种遗传代谢病检测对比：1)质谱法通过检测血液及尿液中的特定小分子化合物含量来间接推断相应的基因缺陷，属于间接诊断，不是金标准检测方法。基因检测为金标准检测。2)质谱检测法无法对胎儿羊水进行检测，不能单独应用于产前诊断。而基因检测可以。3)质谱法111种遗传代谢病中，有近一半需要基因检测进行分型，不同类型预后及治疗不同。4)部分患者(比如新生女婴)尿液难以获取，基因检测不存在此问题。5)患者不同阶段血尿内代谢产物会有极大变化，因此常需反复检测，费时费力。基因检测只需一次即可完成。

与其技术路线相同的基因检测对比：1)成本低，耗时短。本产品全完匹配质谱法111种遗传代谢病，只需检测108个特定基因，如表5所示。全外显子检测或医学外显子检测基因数均在5000以上，费时费力。2)精准度高。本产品设计的平均测序深度为300层，20层覆盖度99.5％以上，较其他项目平均100层，20层覆盖度95％以上有显著提高。可以更加准确测定全部基因20bp以内的各类突变，以及推断20bp以上大片段缺失及重复。3)特殊突变类型设计。常规全外显子检测仅包括外显子区域，本产品针对部分基因的内含子及启动子区域热点突变进行额外设计，比如SLC25A13,内含子3kb插入，TH基因启动子区域热点突变，较常规外显子测序可提高检出率。4)缩短用时。本产品计划一周内可以获得最终分析结果，而常规外显子测序用时均在一个月以上。

表1：140个基因的染色体位置和突变总结

表2遗传代谢病基因列表(基因名称来自www.genenames.org)

在这些基因中，包括91个血氨基酸肉碱谱异常病例的基因和70个尿有机酸谱异常病例的基因(见以下表3和表4)。

表3：91个血氨基酸肉碱谱异常病例的基因

AASS

CD320

HCFC1

MUT

ALDH4A1

ETFA

MAT1A

PTS

ABCD4

CPT1A

HGD

OPA3

ALDH6A1

ETFB

MCCC1

QDPR

ABHD5

CPT2

HIBCH

OTC

AMT

ETFDH

MCCC2

SLC25A13

ACADM

CTH

HLCS

PAH

ARG1

FAH

MCEE

SLC25A15

ACADS

DBT

HMGCL

PCBD1

ASL

GCDH

MMAA

SLC25A20

ACADSB

DHFR

HMGCS2

PCCA

ASS1

GCH1

MMAB

SPR

ACADVL

DHTKD1

HPD

PCCB

AUH

GCSH

MMACHC

SUCLA2

ACSF3

DLD

IVD

PNPLA2

BCAT1

GIF

MOCS1

SUCLG1

ADK

DNAJC12

LMBRD1

PPM1K

BCAT2

GLDC

MOCS2

SUGCT

AHCY

DNAJC19

LMF1

PRODH

BCKDHA

HADH

MTHFR

TAT

BTD

HADHB

MTRR

TMLHE

BCKDHB

HADHA

MTR

TH

CBS

HAL

SLC22A5

表4：70个尿有机酸谱异常病例的基因

ABCD4

CPS1

HMGCS2

MVK

ARG1

FAH

MCEE

PPM1K

ACADM

D2HGDH

HOGA1

OAT

ASL

GCDH

MLYCD

SLC25A13

ACADS

DBT

HPD

OPA3

ASPA

GIF

MMAA

SLC25A15

ACADVL

DLD

IDH2

OPLAH

ASS1

GK

MMAB

SUCLA2

ACAT1

DNAJC19

IVD

OTC

AUH

GRHPR

MMACHC

SUCLG1

ACSF3

ETFA

LMBRD1

OXCT1

BCKDHA

HCFC1

MOCS1

SUGCT

AGXT

ETFB

LMF1

PAH

BCKDHB

HGD

MOCS2

TAT

ALDH5A1

ETFDH

MCCC1

PCCA

BTD

HLCS

MUT

UMPS

ALDH6A1

ETHE1

MCCC2

PCCB

CD320

HMGCL

在本实施例中，本发明的受试者选择在北京福佑龙惠遗传病诊所中进行；探针设计，实验、测序分析委托商业化生物技术服务公司艾吉泰康(北京)生物有限公司完成。针对所述基因的编码序列，由5’往3’方向，按照序列反向互补的原则，从第一个碱基开始设计长度为100bp的探针序列，并且每两个相邻的探针序列之间滑动一个碱基重叠。

将针对所述基因的探针和探针通过商业基因芯片公司制备基因芯片，每个探针序列进行三次重复。检测中的突变位点的探针分别还包括这样的探针，即上述探针的位点被突变碱基替换的探针。

在本发明中，在每个探针序列的5’端和3’端，分别添加TAGGTGTGTAGGCGC(SEQ IDNO.1)和GTCAGCTAGTACGCA(SEQ ID NO.2)序列，这是为了PCR扩增富集探针而加入的引物结合序列，这样使用一对引物即可实现对所有探针的扩增。

在本发明中，对于正向引物(SEQ ID NO.3:TTAGATAGGTGTGTAGGCGC)和反向引物(SEQ ID NO.4:TAAGGTGCGTACTAGCTGAC)，选择这对引物是因为它们在人基因组上没有同源序列，对PCR扩增不会产生干扰，它们自身之间也没有重叠和干扰。

2)针对每个编码序列，由5’往3’方向，按照序列反向互补的原则，从第一个碱基开始设计长度为100bp的探针序列，并且每两个相邻的探针序列之间存在1bp的重叠；

3)在每个探针序列的5’端和3’端，分别添加TAGGTGTGTAGGCGC(SEQ ID NO.1)和GTCAGCTAGTACGCA(SEQ ID NO.2)序列，形成两端带有同样序列的探针序列列表；

4)采用寡核苷酸原位合成技术，在芯片上进行寡核苷酸的大规模合成上述探针序列列表中的序列；

5)用氨水将芯片上的寡核苷酸洗脱下列，溶于100微升的超纯水中，形成寡核苷酸混合物；

6)通过PCR的方法，采用5’端带有生物素标记的正向引物(SEQ ID NO.3:TTAGATAGGTGTGTAGGCGC)和5’端带有同样标记的反向引物(SEQ ID NO.4:TAAGGTGCGTACTAGCTGAC)，对寡核苷酸混合物进行扩增，形成带生物素标记的遗传代谢病基因DNA探针文库。

反应体系如下：

试剂名称	体积
		KAPA 2G Buffer B 5×	10μl
dNTP(10mM each)	1μl
		正向引物(25μM)	0.5μl
反向引物(25μM)	0.5μl
		寡核苷酸混合物	5μl
KAPA 2G robust DNA Taq	0.8μl
		H<sub>2</sub>O	32.2μl

反应条件如下：

2.遗传代谢病基因的试剂盒筛查突变

1)取600例人受试者的基因组DNA 1μg，采用超声破碎仪，打断至200-300bp的范围；

2)采用Illumina TruSeq DNA library preparation试剂盒，进行DNA小片段文库的制备；

3)将DNA小片段文库和上述制备的遗传代谢病基因DNA探针文库进行液相杂交，进行遗传代谢病基因的捕获；

4)采用PCR，以Illumina PE PCR primer 1.0(SEQ ID NO.5:

AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT)和IlluminaPE PCR primer 2.0(SEQ ID NO.6:

CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT)为引物，对捕获后的产物进行扩增，得到测序文库；

反应体系如下：

试剂名称	体积
		捕获产物	10μl
PE PCR primer 1.0(25μM)	2.5μl
		PE PCR primer 2.0(25μM)	2.5μl
Phusion High-Fidelity 2×PCR Master Mix	25μl
		超纯水	10ul

反应条件如下：

5)采用Illumina高通量测序仪Hiseq 4000，对测序文库进行上机测序，得到遗传代谢病基因的测序数据；

6)利用BWA MEM软件，将测序数据与到人类参考基因组HG19进行比对，所用的参数为：bwa mem-M-k 40-t 8-R"@RG\tID:Hiseq\tPL:Illumina\tSM:sample"，从而得到与参考基因组不同的单核苷酸多态性、插入或缺失，即所检测到的基因突变。

在检测到的结果中，600例受试者中有523例测得有至少有一个基因突变，其中348例为两个等位基因均发生突变，或者X染色体基因发生突变(对于男性而言)，另外175例其中一个等位基因发生突变。表5示出了病例在108个基因突变位点中的分布

表5：108个基因

根据对受试者基因的测序结果，108个基因设计针对这些基因的检测探针，通过包括所述探针的基因芯片可以检测近87.2％的遗传代谢病病例：MTHFR、SUGCT、MVK、GCSH、IVD、CPS1、HCFC1、MCCC1、PRODH、PCCA、PNPLA2、TAT、MMACHC、GLDC、HGD、OPLAH、MUT、GCDH、MLYCD、GIF、TH、LMBRD1、LMF1、OXCT1、PAH、SPR、AUH、AASS、GRHPR、HLCS、SLC25A13、ETFA、DLD、PCCB、ACADSB、ACADVL、MCEE、AHCY、ASL、CBS、GCH1、HADHA、HAL、ASPA、CPT1A、HADH、HADHB、SLC22A5、FAH、OPA3、SLC25A20、CD320、CTH、SUCLA2、BCKDHA、BCKDHB、UMPS、DBT、DHFR、IDH2、ALDH6A1、DNAJC19、ETFB、MAT1A、PTS、QDPR、SUCLG1、ABCD4、GK、ACADS、ACAT1、D2HGDH、ETHE1、MTRR、ABHD5、BTD、CPT2、ETFDH、HMGCL、ACSF3、ALDH5A1、ARG1、BCAT2、DHTKD1、HPD、MCCC2、MMAB、OTC、SLC25A15、ACADM、ADK、AGXT、ALDH4A1、AMT、ASS1、BCAT1、DNAJC12、HIBCH、HMGCS2、HOGA1、MMAA、MOCS1、MOCS2、MTR、OAT、PCBD1、PPM1K、TMLHE。

为了简化本发明的基因芯片，综合考虑探针成本和检出率的性价比对所述基因芯片包括的探针进行优化，所述基因芯片包括针对53个基因的探针可以检测79.6％的遗传代谢病病例：MTHFR、SUGCT、MVK、GCSH、IVD、CPS1、HCFC1、MCCC1、PRODH、PCCA、PNPLA2、TAT、MMACHC、GLDC、HGD、OPLAH、MUT、GCDH、MLYCD、GIF、TH、LMBRD1、LMF1、OXCT1、PAH、SPR、AUH、AASS、GRHPR、HLCS、SLC25A13、ETFA、DLD、PCCB、ACADSB、ACADVL、MCEE、AHCY、ASL、CBS、GCH1、HADHA、HAL、ASPA、CPT1A、HADH、HADHB、SLC22A5、FAH、OPA3、SLC25A20、CD320、CTH。

另外，有38个基因没有发现突变病例支持：A1CF、A2M、A2ML1、A3GALT2、A4GALT、AACS、AADAC、AADACL2、AADAT、AAGAB、AANAT、AAR2、AARS、AARS2、AASDH、AATF、ABAT、ABCA8、ABCB5、ABCC3、ABCE1、ACAD9、ACBD3、ACCS、ACE、ACER3、ACOT1、ACOT4。

表6：针对53个基因区域的代表性捕获探针

表7：针对另外55个基因区域的代表性捕获探针

对于像申请人这样的遗传代谢病专科医院或者科室，患者来了之后先用本申请的基因芯片进行检测，这样可以省去大部分人的生化检测，节约成本和时间，并且根据患者的预算可以选择覆盖基因较少(53个基因)的芯片或者覆盖基因较多(108个基因)的芯片。对于本申请基因芯片检测不到的少数病例可以考虑其他生化检测或基因检测，例如相关基因的基因组测序。因此，本申请包括基因检测与生化检测联用的技术方案。

对于基因利用本发明的基因芯片未检测到的受试者，以色谱分析为技术手段，对生物样本进行精确的定量分析和定性。在一个实施方案中，检测植物固醇谱、尿结石风险因子、脂肪酸谱、全氨基酸谱、游离肉碱酯酰肉碱谱、尿有机酸谱等。使用衍生化法技术进行实验(检测分析)：1、应用串联质谱检测血液中氨基酸谱及游离肉碱酯酰肉碱谱，是目前普遍采用的遗传代谢病检测技术，在临床的疾病诊断和新生儿筛查领域有广泛应用，这种方法的好处就是快速高通量，非常适合做新生儿筛查，不足之处是降低了样本定性定量的准确性。2、为了满足临床对于数据准确性的高要求，采用的是衍生化法的样本处理技术。衍生化法是指在一定条件下，在样本中加入衍生化试剂使之与被测组分(目标物质)进行衍生化反应，反应的产物更有利于仪器的检测和分离。通过衍生化反应，可以提高样品检测的灵敏度，改善样品混合物的分离度，从而大大提高样本定性定量的准确性。简单的说就是将被测物质甲基化，使同分异构体区分出来。该步骤要耗费的时间是非衍生化方法的4-5倍，同时也增加了试剂的成本，但是更适合用于临床诊断，可为疾病的确诊提供更精确的数据分析。3、在尿有机酸的检测方法中，发明人也采用了耗时耗力的衍生化样本处理技术，去除了尿液中大量的杂质干扰，同时，在进行气质联用仪检测时，采用了更为复杂的仪器分析方法，每个样本的仪器数据采集时间长达60分钟，实现了尿样中132种有机酸的完全分离和准确的定性定量。由于采用衍生化样本处理技术，和更精准的仪器分析技术，发明人的全氨基酸谱和游离肉碱酯酰肉碱谱分析，以及尿有机酸谱检测技术，与非衍生化方法的筛查技术相比，衍生化法更为准确可靠，也更符合以诊断为目的临床医生的需要；目前衍生化方法作为肝脏移植术患者移植后的的病情监控上成为国际通行标准。发明人已经实现了在甲基丙二酸尿症患者肝移植前后，多次检测氨基酸肉碱谱及尿有机酸谱，以便监测移植术后的病情。通常在移植术前，移植术后3天，7天，14天，30天，分别进行采样检测，可使医生准确掌握肝移植患者的病情改善情况。

虽然已经结合优选实施例对本发明进行了描述，但应当理解本发明的保护范围并不局限于这里所描述的实施例。结合这里披露的本发明的说明和实践，本发明的其他实施例对于本领域技术人员都是易于想到和理解的。说明和实施例仅被认为是示例性的，本发明的真正范围和主旨均由权利要求所限定。

Claims

1.一种遗传代谢病基因芯片，所述基因芯片包括针对如下 53 个基因的探针：MTHFR、SUGCT、MVK、GCSH、IVD、CPS1、HCFC1、MCCC1、PRODH、PCCA、PNPLA2、TAT、MMACHC、GLDC、HGD、OPLAH、MUT、GCDH、MLYCD、GIF、TH、LMBRD1、LMF1、OXCT1、PAH、SPR、AUH、AASS、GRHPR、HLCS、SLC25A13、ETFA、DLD、PCCB、ACADSB、ACADVL、MCEE、AHCY、ASL、CBS、GCH1、HADHA、HAL、ASPA、CPT1A、HADH、HADHB、SLC22A5、FAH、OPA3、SLC25A20、CD320和CTH；

所述探针序列为：SEQ ID NO:7-113。

2.根据权利要求 1 的基因芯片，所述基因芯片还包括针对如下 55 个基因的探针：SUCLA2、BCKDHA、BCKDHB、UMPS、DBT、DHFR、IDH2、ALDH6A1、DNAJC19、ETFB、MAT1A、PTS、QDPR、SUCLG1、ABCD4、GK、ACADS、ACAT1、D2HGDH、ETHE1、MTRR、ABHD5、BTD、CPT2、ETFDH、HMGCL、ACSF3、ALDH5A1、ARG1、BCAT2、DHTKD1、HPD、MCCC2、MMAB、OTC、SLC25A15、ACADM、ADK、AGXT、ALDH4A1、AMT、ASS1、BCAT1、DNAJC12、HIBCH、HMGCS2、HOGA1、MMAA、MOCS1、MOCS2、MTR、OAT、PCBD1、PPM1K和TMLHE；

所述探针序列为：SEQ ID NO:114-218。

3.一种试剂盒，所述试剂盒包括根据权利要求 1 或 2 所述的基因芯片。

4.权利要求 1 或 2 所述的基因芯片在制备用于检测遗传代谢病的检测试剂中的用途。

5.根据权利要求 4 的用途，所述基因芯片与生化检测联用。

6.根据权利要求 5 的用途，所述生化检测使用衍生化方法。

7.权利要求 3所述的试剂盒在制备用于检测遗传代谢病的检测试剂中的用途。

8.根据权利要求 7 的用途，所述试剂盒与生化检测联用。

9.根据权利要求 8 的用途，所述生化检测使用衍生化方法。