CN110309903B - 细菌细胞3-8译码器及细胞计算机 - Google Patents

细菌细胞3-8译码器及细胞计算机 Download PDF

Info

Publication number
CN110309903B
CN110309903B CN201910613184.1A CN201910613184A CN110309903B CN 110309903 B CN110309903 B CN 110309903B CN 201910613184 A CN201910613184 A CN 201910613184A CN 110309903 B CN110309903 B CN 110309903B
Authority
CN
China
Prior art keywords
promoter
cell
characteristic signal
signal
branch line
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201910613184.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110309903A (zh
Inventor
陈梅
赵洪帅
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Minzu University of China
Original Assignee
Minzu University of China
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Minzu University of China filed Critical Minzu University of China
Priority to CN201910613184.1A priority Critical patent/CN110309903B/zh
Publication of CN110309903A publication Critical patent/CN110309903A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110309903B publication Critical patent/CN110309903B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06N—COMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N3/00—Computing arrangements based on biological models
    • G06N3/002—Biomolecular computers, i.e. using biomolecules, proteins, cells

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Computational Linguistics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Artificial Intelligence (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Evolutionary Computation (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Computing Systems (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Mathematical Physics (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本公开提出了一种细菌细胞3‑8译码器，基于第一细胞至第八细胞八种细胞，由第一特征信号启动子、第二特征信号启动子、第三特征信号启动子、组成型启动子、启动子抑制元件、启动子解抑制元件、指示信号元件、指示信号抑制元件以及指示信号解抑制元件组成。该译码器是一种多细胞计算部件，通过对启动子和指示信号的激活抑制操作，完成译码计算，具有计算的精准性、灵活性与易用性。且可以理解的是，本公开的细菌细胞3‑8译码器可以用于生物计算机、生物传感器等需要译码器的相关应用中，具有应用的广泛性。

Description

细菌细胞3-8译码器及细胞计算机
技术领域
本公开涉及合成生物学技术领域，具体而言，涉及一种细菌细胞3-8译码器及细胞计算机。
背景技术
细胞计算部件的构建是目前的热点问题之一。目前，已经成功构建出细胞与、或、非等各类逻辑门以及双稳态开关、存储器、计数器等细胞计算部件。
译码器是一种具有“翻译”功能的逻辑线路，其功能是将具有特定含义的编码进行辨别，并转换成控制信号。如果有n个二进制输入线，则最多可译码转换成2n个输出数据。译码器在有广泛的用途，可用于代码转换、终端数字显示、数据分配，存贮器寻址和组合控制信号等，是一种常用的计算部件。
3-8译码器的输入是3位二进制代码，3位二进制代码共有23＝8种组合，故输出是与这8种组合一一对应的8个输出信号。3-8译码器的真值表如表一所示。
表一
Figure GDA0002356211470000011
Figure GDA0002356211470000021
从表中可以看出，对3位二进制代码的任意一种组合，都只打开一位不同的输出位，从而对应唯一一种输出(如000打开Out8位，输出为00000001；001打开Out7位，输出为00000010)，达到译码功能。就目前来说，尚无在细胞中构建的译码器。
发明内容
为了解决现有技术中的问题，本公开实施例提供了一种细菌细胞3-8译码器，由此，通过对启动子和指示信号的激活抑制操作，完成译码计算，具有计算的精准性、灵活性与易用性。且可以理解的是，本公开的细菌细胞3-8译码器可以用于生物计算机、生物传感器等需要译码器的相关应用中，具有应用的广泛性。
第一方面，本公开提供了一种细菌细胞3-8译码器，基于第一细胞至第八细胞八种细胞，由第一特征信号启动子、第二特征信号启动子、第三特征信号启动子、组成型启动子、启动子抑制元件、启动子解抑制元件、指示信号元件、指示信号抑制元件以及指示信号解抑制元件组成；其中，第一特征信号、第二特征信号、第三特征信号为三种化学信号，作为输入信号，所述三种化学信号存在状态记录为1，所述三种化学信号不存在状态记录为0；基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，若所述细胞表达指示信号，表示该细胞输出为1，若所述细胞不表达指示信号，表示该细胞输出为0。
本细菌细胞3-8译码器的输入输出如表二所示。表二如下：
表二
Figure GDA0002356211470000031
本细菌细胞3-8译码器的基因线路图如图1到图8所示。其中，P1启动子为第一特征信号启动子，响应第一特征信号；P2启动子为第二特征信号启动子，响应第二特征信号；P3启动子为第三特征信号启动子，响应第三特征信号；Pcons启动子为组成型启动子。启动子抑制元件能抑制启动子发挥作用，启动子解抑制元件能解除启动子的抑制作用，使其能响应相应信号。指示信号抑制元件能抑制指示信号基因的转录表达，指示信号解抑制元件能解除指示信号抑制元件的抑制作用。
优选地，所述第一细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第二特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号解抑制元件以及第二终止子组成；第二分支线路由所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件、所述指示信号元件以及终止子组成。
优选地，所述第二细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第二特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号元件、第二终止子组成；第二分支线路由所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
优选地，所述第三细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第三特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号元件、第二终止子组成；第二分支线路由所述第二特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
优选地，所述第四细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第二特征信号启动子、所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
优选地，所述第五细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第二特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第三特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号元件、第二终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
优选地，所述第六细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第二特征信号启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
优选地，所述第七细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第三特征信号启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
优选地，所述第八细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述组成型启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子、所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
结合图1-8，需要说明的是，本公开的一种细菌细胞3-8译码器的工作原理为：当输入为000时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第三细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第四细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第五细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第六细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第七细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件，生成指示信号；第二分支线路不工作，输出为1。系统输出为00000001。
当输入为001时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，由于存在着指示信号抑制元件，指示信号被抑制，无指示信号表达，输出为0；第二细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第三细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第四细胞中，第一分支线路不工作；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第五细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第六细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出0；第七细胞中，工作状况为第一分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号元件，生成指示信号；第二分支线路不工作，输出为1；第八细胞中，第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0。系统输出为00000010。
当输入为010时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为无线路工作，输出0；第三细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第四细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第五细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子解抑制元件，因为不存在第三特征信号，相对应的启动子仍然不启动，指示信号不表达；第二分支线路不工作，输出为0；第六细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号元件，生成指示信号；第二分支线路不工作，输出为1；第七细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0。系统输出为00000100。
当输入为011时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，由于存在指示信号抑制元件，指示信号被抑制，无指示信号表达，输出为0；第二细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第三细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第四细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第二特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第五细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子的解抑制元件，第三特征信号启动子启动，表达指示信号元件，生成指示信号；第二分支线路不工作，输出为1；第六细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第七细胞中，工作状况为第一分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0。系统输出为00001000。
当输入为100时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因为不存在第二特征信号，其对应的启动子仍然不启动；第二分支线路不工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因此不存在第二特征信号，其对应的启动子仍然不启动；第二分支线路不工作，输出为0；第三细胞中，工作状况为第一分支线路为第一特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子解抑制元件，因为不存在第三特征信号，相对应的启动子仍然不启动；第二分支线路不工作，输出为0；第四细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路不工作，输出为1；第五细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第六细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第七细胞中，工作状况为第一分支线路不工作，第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，输出为0。系统输出为00010000。
当输入为101时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因为不存在第二特征信号，其对应的启动子仍然不启动；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，由于存在指示信号抑制元件，指示信号被抑制，无指示信号表达，输出为0；第二细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子解抑制元件，因为不存在第二特征信号，其对应的启动子仍然不启动；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第三细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第三特征信号，其对应的启动子启动，表达指示信号元件，生成指示信号；第二分支线路不工作，输出为1；第四细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号元件表达，无指示信号表达，输出为0；第五细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子不工作，第三特征信号启动子的启动子解抑制元件被第三特征信号启动子抑制元件抑制，尽管存在第三特征信号，也无法工作；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第六细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第一特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第七细胞中，工作状况为第一分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号元件表达，无指示信号表达，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0。系统输出为00100000。
当输入为110时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第二特征信号，其相对应的启动子启动，表达指示信号解抑制元件；第二分支线路不工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第二特征信号，第二特征信号启动子启动，表达指示信号元件，生成指示信号；第二分支线路不工作，输出为1；第三细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子的解抑制元件，因为不存在第三特征信号，其对应的启动子仍然不启动；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第四细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号元件表达，无指示信号表达，输出为0；第五细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子的解抑制元件，因为不存在第三特征信号，其对应的启动子仍然不启动；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第六细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第七细胞中，工作状况为第一分支线路不工作；第二分支线路的第一特征信号启动子、第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，无指示信号表达，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子、第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0。系统输出为01000000。
当输入为111时，各细胞工作状况和输出如下：第一细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第二特征信号，其对应的启动子启动，表达指示信号解抑制元件；第二分支线路中的第三特征信号启动子启动，因为存在指示信号解抑制元件，第三特征信号启动子表达指示信号元件，生成指示信号，输出为1；第二细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第二特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第二特征信号，其对应的启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第三细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第三特征信号，其对应的启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第四细胞中，工作状况为第一分支线路的第一特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号元件表达，无指示信号表达，输出为0；第五细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达第三特征信号启动子的解抑制元件，因为存在第三特征信号，其对应的启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第六细胞中，工作状况为第一分支线路的第二特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0；第七细胞中，工作状况为第一分支线路的第三特征信号启动子启动，表达指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子、第二特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号元件表达，无指示信号表达，输出为0；第八细胞中，工作状况为第一分支线路中的组成型启动子启动指示信号元件；第二分支线路的第一特征信号启动子、第二特征信号启动子、第三特征信号启动子启动，表达指示信号抑制元件，抑制第一分支线路中的指示信号生成，无指示信号表达，输出为0。系统输出为10000000。
可以理解的是，本公开提出的细菌细胞3-8译码器也可作为2-4译码器使用，例如，对第二信号和第三信号而言，只用第五细胞、第六细胞、第七细胞和第八细胞即可完成2-4译码器功能(即00对应第八细胞为1，输出为0001；01对应第七细胞为1，输出为0010；10对应第六细胞为1，输出为0100；11对应第五细胞为1，输出为1000)。
本公开提出的一种细菌细胞3-8译码器，是一种多细胞计算部件，通过对启动子和指示信号的激活抑制操作，完成译码计算，具有计算的精准性、灵活性与易用性。且可以理解的是，本公开的细菌细胞3-8译码器可以用于生物计算机、生物传感器等需要译码器的相关应用中，具有应用的广泛性。
第二方面，本公开实施例提供了一种细胞计算机，其特征在于，包含所述细菌细胞3-8译码器。
本发明提供的一种细菌细胞3-8译码器，该译码器通过对启动子和指示信号的激活抑制操作，完成译码计算，具有计算的精准性、灵活性与易用性。且可以理解的是，本公开的细菌细胞3-8译码器可以用于生物计算机、生物传感器等需要译码器的相关应用中，具有应用的广泛性。
附图说明
为了更清楚地说明本公开实施例的技术方案，下面对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍：
图1为细菌细胞3-8译码器中第一细胞内的基因线路设计示意图；
图2为细菌细胞3-8译码器中第二细胞内的基因线路设计示意图；
图3为细菌细胞3-8译码器中第三细胞内的基因线路设计示意图；
图4为细菌细胞3-8译码器中第四细胞内的基因线路设计示意图；
图5为细菌细胞3-8译码器中第五细胞内的基因线路设计示意图；
图6为细菌细胞3-8译码器中第六细胞内的基因线路设计示意图；
图7为细菌细胞3-8译码器中第七细胞内的基因线路设计示意图；
图8为细菌细胞3-8译码器中第八细胞内的基因线路设计示意图；
图9为本发明实施例一的第一细胞内的基因线路设计示例图；
图10为本发明实施例一的第二细胞内的基因线路设计示例图；
图11为本发明实施例一的第三细胞内的基因线路设计示例图；
图12为本发明实施例一的第四细胞内的基因线路设计示例图；
图13为本发明实施例一的第五细胞内的基因线路设计示例图；
图14为本发明实施例一的第六细胞内的基因线路设计示例图；
图15为本发明实施例一的第七细胞内的基因线路设计示例图；
图16为本发明实施例一的第八细胞内的基因线路设计示例图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本申请进行进一步的详细介绍。
在下述介绍中，术语“第一”、“第二”仅为用于描述的目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性。下述介绍提供了本公开的多个实施例，不同实施例之间可以替换或者合并组合，因此本申请也可认为包含所记载的相同和/或不同实施例的所有可能组合。因而，如果一个实施例包含特征A、B、C，另一个实施例包含特征B、D，那么本申请也应视为包括含有A、B、C、D的一个或多个所有其他可能的组合的实施例，尽管该实施例可能并未在以下内容中有明确的文字记载。
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下通过实施例，并结合附图，对本发明一种细菌细胞3-8译码器的具体实施方式进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。
实施例一
本实施例用于对IPTG(第一信号)，aTc(第二信号)，Arabinose(第三信号)三种信号的输入情况进行译码；采用绿色荧光作为指示信号；采用CRISPR/dCas9系统实现指示信号抑制，dCas9蛋白是一种失去Cas9切割活性的蛋白，无法切割DNA，但可结合在DNA上阻止转录的发生，利用sgRNA引导dCas9蛋白与相应的DNA片段结合，从而阻止转录的发生使基因元件无法表达；采用DNA定点重组酶Cre/loxP系统的翻转功能实现启动子解抑制/抑制；采用DNA定点重组酶FLP/frt系统的翻转功能实现指示信号解抑制/抑制。
启动子和特征信号的选择如下：
第一启动子：第一信号IPTG启动的启动子Plac
第二启动子：第二信号aTc启动的启动子Ptet
第三启动子：第三信号Arabinose启动的启动子PBAD
指示信号：绿色荧光蛋白GFP
具体的，第一到第八细胞的线路图如图9到图16所示。本实施例的工作原理为：当输入为000时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第三细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第四细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第五细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第六细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第七细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP，生成绿色荧光；8-2线路不工作，输出为1。系统输出为00000001。
当输入为001时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为1-1线路不工作；1-2线路的PBAD启动子启动，但GFP处于反向状态，无绿色荧光生成，输出为0；第二细胞中，工作状况为2-1线路不工作；2-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第三细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第四细胞中，工作状况为4-1线路不工作；4-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第五细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第六细胞中，工作状况为6-1线路不工作；6-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第七细胞中，工作状况为7-1线路的PBAD启动子启动GFP，生成绿色荧光；7-2线路不工作，输出为1；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1线路中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为00000010。
当输入为010时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为无线路工作，输出为0；第三细胞中，工作状况为3-1线路不工作；3-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第四细胞中，工作状况为4-1线路不工作；4-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第五细胞中，工作状况为5-1线路的Ptet启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为不存在Arabinose，PBAD启动子仍然不启动，GFP不表达，无绿色荧光生成；5-2线路不工作，输出为0；第六细胞中，工作状况为6-1线路的Ptet启动子启动，表达GFP，生成绿色荧光；6-2线路不工作，输出为1；第七细胞中，工作状况为7-1线路不工作；7-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1线路中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为00000100。
当输入为011时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为1-1线路不工作；1-2线路的PBAD启动子启动，但GFP处于反向状态，无绿色荧光生成，输出为0；第二细胞中，工作状况为2-1线路不工作；2-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第三细胞中，工作状况为3-1线路不工作；3-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第四细胞中，工作状况为4-1线路不工作；4-2线路的Ptet、PBAD启动子表达sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第五细胞中，工作状况为5-1线路的Ptet启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为存在Arabinose，PBAD启动子启动，表达GFP，生成绿色荧光；5-2线路不工作，输出为1；第六细胞中，工作状况为6-1线路的Ptet启动子启动GFP；6-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制6-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第七细胞中，工作状况为7-1线路的PBAD启动子启动GFP；7-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制7-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的Ptet、PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为00001000。
当输入为100时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为1-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为不存在aTc，Ptet启动子仍然不启动；1-2线路不工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为2-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为不存在aTc，Ptet启动子仍然不启动；2-2线路不工作，输出为0；第三细胞中，工作状况为3-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为不存在Arabinose，PBAD启动子仍然不启动；3-2线路不工作，输出为0；第四细胞中，工作状况为4-1线路的Plac启动子启动，表达GFP，生成绿色荧光；4-2线路不工作，输出为1；第五细胞中，工作状况为5-1线路不工作；5-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第六细胞中，工作状况为6-1线路不工作；6-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第七细胞中，工作状况为7-1线路不工作；7-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为00010000。
当输入为101时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为1-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为不存在aTc，Ptet启动子仍然不启动；1-2线路的PBAD启动子启动，但GFP处于反向状态，无绿色荧光生成，输出为0；第二细胞中，工作状况为2-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为不存在aTc，Ptet启动子仍然不启动；2-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第三细胞中，工作状况为3-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为存在Arabinose，PBAD启动子启动，表达GFP，生成绿色荧光；3-2线路不工作，输出为1；第四细胞中，工作状况为4-1线路的Plac启动子启动，表达GFP；4-2线路的PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制4-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第五细胞中，工作状况为5-1线路的Ptet启动子不工作，PBAD为反向，无法工作；5-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第六细胞中，工作状况为6-1线路不工作；6-2线路的Plac、PBAD启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第七细胞中，工作状况为7-1线路的PBAD启动子启动GFP；7-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制7-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的Plac、PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为00100000。
当输入为110时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为1-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为存在aTc，Ptet启动子启动，表达FLP重组酶，1-2线路中frt位点间的反向GFP翻转为正向；1-2线路不工作，输出为0；第二细胞中，工作状况为2-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为存在aTc，Ptet启动子启动，表达GFP，生成绿色荧光；2-2线路不工作，输出为1；第三细胞中，工作状况为3-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为不存在Arabinose，PBAD启动子仍然不启动；3-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第四细胞中，工作状况为4-1线路的Plac启动子启动GFP；4-2线路的Ptet启动子表达sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制4-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第五细胞中，工作状况为5-1线路的Ptet启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为不存在Arabinose，PBAD启动子仍然不启动；5-2线路的Plac启动子启动，表达sgRNA_GFP，输出为0；第六细胞中，工作状况为6-1线路的Ptet启动子启动GFP；6-2线路的Plac启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制6-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第七细胞中，工作状况为7-1线路不工作；7-2线路的Plac、Ptet启动子启动sgRNA_GFP，无绿色荧光生成，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的Plac、Ptet启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为01000000。
当输入为111时，各细胞工作状况和输出为：第一细胞中，工作状况为1-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为存在aTc，Ptet启动子启动，表达FLP重组酶，1-2线路中frt位点间的反向GFP翻转为正向；1-2线路中的PBAD启动子启动表达GFP，生成绿色荧光，输出为1；第二细胞中，工作状况为2-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向Ptet启动子翻转为正向，因为存在aTc，Ptet启动子启动GFP；2-2线路的PBAD启动子启动，表达sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制2-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第三细胞中，工作状况为3-1线路的Plac启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为存在Arabinose，PBAD启动子启动GFP；3-2线路的Ptet启动子启动，表达sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制3-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第四细胞中，工作状况为4-1线路的Plac启动子启动GFP；4-2线路的Ptet、PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制4-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第五细胞中，工作状况为5-1线路的Ptet启动子启动，表达Cre重组酶，位于loxP位点间的反向PBAD启动子翻转为正向，因为存在Arabinose，PBAD启动子启动GFP；5-2线路的Ptet启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制5-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第六细胞中，工作状况为6-1线路的Ptet启动子启动GFP；6-2线路的Plac、PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制6-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第七细胞中，工作状况为7-1线路的PBAD启动子启动GFP；7-2线路的Plac、Ptet启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制7-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0；第八细胞中，工作状况为8-1线路中的组成型启动子启动GFP；8-2线路的Plac、Ptet、PBAD启动子启动sgRNA_GFP，sgRNA_GFP抑制8-1中的GFP表达，无绿色荧光生成，输出为0。系统输出为10000000。
本实施例中，sgRNA设计按照CRISPR/dCas9系统要求，各细胞应选用或构建能确保Ptet、PBAD、Plac、CRISPR/dCas9工作的E.coli菌株或其他菌株。组成型启动子选择在相应菌株中正常工作的启动子。线路构建于质粒上，各细胞内不同质粒线路应选择不同抗性作为筛选标志。质粒构建及转化入宿主细胞遵循常规分子克隆操作方法。信号输入采用常规诱导表达方法，各输出细胞需分开培养。结果检测可选用荧光显微镜、流式细胞仪等可检测绿色荧光蛋白的设备。
此外，为了便于理解与应用，对本译码器的使用方法进行以下说明。
首先，根据基因线路图组装基因线路。具体的基因线路构建部分的工作为连接基因部件，基因线路中的部件为有功能的DNA片段，DNA连接采用DNA连接酶作为工具，DNA连接酶是一种商业化产品，各公司产品都有对应的使用说明书，按照说明书操作即可。
以实验室常用的NEB T4 DNA连接酶为例，连接过程为：
①构建连接体系如下：
试剂 用量(μL)
T4 DNA连接酶缓冲液(10×) 2
载体DNA 2
插入DNA 2
T4 DNA连接酶 1
ddH<sub>2</sub>O 13
总计 20
②反应条件
16℃16小时。
③结果检测
将连接产物转化到感受态细胞中，培养，挑单菌落测序验证。
进一步地，将基因线路封装入细胞内。具体的，细胞封装是指将构建好的基因线路和质粒载体连接，然后转化入合适的细胞内。质粒载体是一种环状DNA分子，用于运载DNA片段，是一种商业化产品，各公司产品都有对应的使用说明书，按照说明书操作即可。转化是指通过热刺激或电刺激使质粒进入细胞，是分子生物学中的一种成熟技术，实验室中常用热刺激方式，一般具体步骤如下：取感受态细胞一管(100μL)，加入质粒(或连接产物)，冰上放置30分钟；将管放置于42℃水浴中90秒，在冰浴中迅速冷却2分钟；加入100μL LB培养基，37℃培养30分钟；涂板过夜培养，挑单菌落测序验证。
使用本3-8译码器的方法步骤如下：将转化入基因线路的第一细胞至第八细胞分别按1：100分别加入含LB液体培养基的试管中(标记为试管1、2、…、8)，放入摇床中振荡培养6-8小时至OD600为0.6-0.8时；向试管1到8分别加入待测样本，将试管1到8放入摇床中继续振荡培养12-16小时；在荧光显微镜下观测试管1到8的绿色荧光，记录结果。
实施例二
本实施例将实施例一中的CRISPR/dCas9系统用CRISPR/ddCpf1取代，达到抑制基因表达效果。ddCpf1蛋白与dCas9蛋白类似，无法切割DNA，但可结合在DNA上阻止转录的发生，利用sgRNA引导ddCpf1蛋白与相应的DNA片段结合，从而阻止转录的发生使基因元件无法表达。本实施例中，sgRNA设计按照CRISPR/ddCpf1系统要求，应选用或构建能确保CRISPR/ddCpf1工作的E.coli菌株或其他菌株，其他均与实施例一相同。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
以上结合具体实施例描述了本公开的基本原理，但是，需要指出的是，在本公开中提及的优点、优势、效果等仅是示例而非限制，不能认为这些优点、优势、效果等是本公开的各个实施例必须具备的。另外，上述公开的具体细节仅是为了示例的作用和便于理解的作用，而非限制，上述细节并不限制本公开为必须采用上述具体的细节来实现。
另外，如在此使用的，在以“至少一个”开始的项的列举中使用的“或”指示分离的列举，例如“A、B或C的至少一个”的列举意味着A或B或C，或AB或AC或BC，或ABC(即A和B和C)。此外，措辞“示例的”不意味着描述的例子是优选的或者比其他例子更好。
为了示例和描述的目的已经给出了以上描述。此外，此描述不意图将本公开的实施例限制到在此公开的形式。尽管以上已经讨论了多个示例方面和实施例，但是本领域技术人员将认识到其某些变型、修改、改变、添加和子组合。

Claims (10)

1.一种细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于第一细胞至第八细胞八种细胞，由第一特征信号启动子、第二特征信号启动子、第三特征信号启动子、组成型启动子、启动子抑制元件、启动子解抑制元件、指示信号元件、指示信号抑制元件以及指示信号解抑制元件组成；
其中，第一特征信号、第二特征信号、第三特征信号为三种化学信号，作为输入信号，所述三种化学信号存在状态记录为1，所述三种化学信号不存在状态记录为0；
基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，若所述细胞表达指示信号，表示该细胞输出为1，若所述细胞不表达指示信号，表示该细胞输出为0。
2.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第一细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第二特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号解抑制元件以及第二终止子组成；第二分支线路由所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件、所述指示信号元件以及终止子组成。
3.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第二细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第二特征信号启动子、所述第二特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号元件、第二终止子组成；第二分支线路由所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
4.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第三细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第三特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号元件、第二终止子组成；第二分支线路由所述第二特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
5.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第四细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第一特征信号启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第二特征信号启动子、所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
6.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第五细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第二特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的解抑制元件、第一终止子、所述第三特征信号启动子、所述第三特征信号启动子的抑制元件、所述指示信号元件、第二终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
7.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第六细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第二特征信号启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
8.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第七细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述第三特征信号启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
9.根据权利要求1所述的细菌细胞3-8译码器，其特征在于，基于所述第一细胞至所述第八细胞，构建八种包含不同基因线路的细菌细胞，作为八位输出信号，包括：所述第八细胞内的基因线路由两个分支线路组成，第一分支线路由所述组成型启动子、所述指示信号元件以及终止子组成；第二分支线路由所述第一特征信号启动子、所述第二特征信号启动子、所述第三特征信号启动子、所述指示信号抑制元件以及终止子组成。
10.一种细胞计算机，其特征在于，包含若干如权利要求1-9任一项所述细菌细胞3-8译码器。
CN201910613184.1A 2019-07-09 2019-07-09 细菌细胞3-8译码器及细胞计算机 Active CN110309903B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910613184.1A CN110309903B (zh) 2019-07-09 2019-07-09 细菌细胞3-8译码器及细胞计算机

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910613184.1A CN110309903B (zh) 2019-07-09 2019-07-09 细菌细胞3-8译码器及细胞计算机

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110309903A CN110309903A (zh) 2019-10-08
CN110309903B true CN110309903B (zh) 2020-03-31

Family

ID=68078432

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910613184.1A Active CN110309903B (zh) 2019-07-09 2019-07-09 细菌细胞3-8译码器及细胞计算机

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110309903B (zh)

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109072243A (zh) * 2016-02-18 2018-12-21 哈佛学院董事及会员团体 通过crispr-cas系统进行的分子记录的方法和系统

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU1159697A (en) * 1995-11-13 1997-06-05 University Of Rochester Production of somatic mosaicism in mammals using a recombinatorial substrate
JP6419082B2 (ja) * 2012-12-13 2018-11-07 マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー リコンビナーゼに基づく論理／メモリシステム
WO2015188191A1 (en) * 2014-06-06 2015-12-10 Wong Wilson W Dna recombinase circuits for logical control of gene expression
CN107937328B (zh) * 2017-11-30 2018-09-14 中央民族大学 基于细胞的比较器及应用与细胞计算机
CN109784464B (zh) * 2018-12-19 2019-10-11 中央民族大学 一种细菌细胞顺序识别器以及细胞计算机

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109072243A (zh) * 2016-02-18 2018-12-21 哈佛学院董事及会员团体 通过crispr-cas系统进行的分子记录的方法和系统

Also Published As

Publication number Publication date
CN110309903A (zh) 2019-10-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Andrews et al. Trade‐offs and utility of alternative RADseq methods: reply to Puritz et al.
Platt et al. The insertion of two amino acids into a transcriptional inducer converts it into a galactokinase
Megías et al. Draft genome sequence of Pantoea ananatis strain AMG521, a rice plant growth-promoting bacterial endophyte isolated from the Guadalquivir marshes in southern Spain
Lockhart et al. Molecular biological detection of anaerobic gut fungi (Neocallimastigales) from landfill sites
Iorizzo et al. Against the traffic: the first evidence for mitochondrial DNA transfer into the plastid genome
Smolina et al. Genome‐and transcriptome‐assisted development of nuclear insertion/deletion markers for C alanus species (C opepoda: C alanoida) identification
CN110309903B (zh) 细菌细胞3-8译码器及细胞计算机
Hao et al. Genome sequence of the arsenite-oxidizing strain Agrobacterium tumefaciens 5A
Thompson et al. Red Sea SAR11 and Prochlorococcus single-cell genomes reflect globally distributed pangenomes
Shtratnikova et al. Complete genome sequence of Mycobacterium sp. strain VKM Ac-1817D, capable of producing 9α-hydroxy-androst-4-ene-3, 17-dione from phytosterol
Yamamoto et al. Complete genome sequence of Methanolinea tarda NOBI-1T, a hydrogenotrophic methanogen isolated from methanogenic digester sludge
Sasaki et al. Fast co‐evolution of anti‐silencing systems shapes the invasiveness of Mu‐like DNA transposons in eudicots
CN110288076B (zh) 指示信号在不同伴随信号下优先级的细菌细胞计算部件
Van Horn et al. De novo whole-genome sequence of Xylella fastidiosa subsp. multiplex strain BB01 isolated from a blueberry in Georgia, USA
Frey et al. Zinc‐responsive coactivator recruitment by the yeast Zap1 transcription factor
Chen et al. Complete genome sequence of Ralstonia solanacearum FJAT-1458, a potential biocontrol agent for tomato wilt
Lu et al. Complete genome sequence of Klebsiella pneumoniae strain HKUOPLC, a cellulose-degrading bacterium isolated from giant panda feces
Narihiro et al. Draft genome sequences of Methanoculleus horonobensis strain JCM 15517, Methanoculleus thermophilus strain DSM 2373, and Methanofollis ethanolicus strain JCM 15103, hydrogenotrophic methanogens belonging to the family Methanomicrobiaceae
Itoh et al. Draft genome sequence of Agarivorans sp. strain Toyoura001, isolated from an abalone gut
Adam et al. Draft genome sequences of three Arcobacter strains of pig and dairy cattle manure origin
Yang et al. Draft genome sequence of Marinobacter sp. strain LZ-6, isolated from the toxic dinoflagellate Alexandrium catenella
Ibacache-Quiroga et al. Genome sequence of Cobetia sp. strain MM1IDA2H-1, a hydrocarbon-degrading and biosurfactant-producing marine bacterium
Fouteau et al. Genome Sequence of Piezophilic Bacterium Desulfovibrio profundus Strain 500-1, Isolated from a Deep Sediment Layer in the Japan Sea
Salah et al. Draft whole-genome sequence of the alkaliphilic Alishewanella aestuarii strain HH-ZS, isolated from historical lime kiln waste-contaminated soil
Qiu et al. Complete genome sequence of Proteiniborus sp. MB09-C3, isolated from the feces of the black soldier fly larvae

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant