CN110300598A - Klrg1消耗治疗 - Google Patents

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Abstract

治疗受试者的方法可以包括给予有其需要的受试者有效量的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂，从而在体内消耗CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞。治疗受试者的方法可以包括给予有其需要的受试者有效量的具有效应杀伤功能的KLRG1消耗剂。组合物，例如抗KLRG1抗体，可以包含KLRG1消耗剂。所述方法和组合物可用于其中KLRG1过表达的各种疾病，例如自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤。

Description

KLRG1消耗治疗
本申请要求于2016年9月16日提交的申请号为62/395,551的美国临时申请的权益，其内容通过引用整体并入本文。
发明领域
总的来说，本发明涉及表达KLRG1的细胞的消耗治疗和疗法。在各个实施方案中，本发明更具体地涉及用于自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤的表达KLRG1的细胞的消耗治疗和疗法。
背景
由于细胞毒性T细胞的攻击，在许多疾病中发生细胞损伤。例如，致病性细胞毒性T细胞是疾病包涵体肌炎中发生的肌肉破坏的关键因素(Arahata和Engel，1984，Arahata和Engel，1986，Arahata和Engel，1988，Amemiya等，2000)。类似的细胞毒性T细胞对组织的损伤机制涉及其他自身免疫疾病(Blanco等，2005)，例如多发性硬化症(Zang等，2004，Friese和Fugger，2009)、类风湿性关节炎(Carvalheiro等，2014)、银屑病(Hijnen等，2013)、炎症性肠病(Muller等，1998，Bisping等，2001)、自身免疫性甲状腺疾病(Okajima等，2009)，1型糖尿病(Faustman和Davis，2009)、斑秃(Xing等，2014)、白塞氏病(Yu等，2004)、强直性脊柱炎(Schirmer等，2002，Trevino等，2004)和原发性胆汁性肝硬化(Kita，2007)。在实体器官移植中也存在类似的损伤机制，例如在与CD8+T细胞对组织的攻击相关的移植情况下发生的移植物抗宿主病和器官排斥反应中(Bueno和Pestana，2002)，其中高效的增加的分化T细胞，例如T效应记忆(TEM)和T效应记忆RA(TEMRA)的比例增加(D'Asaro等，2006，Betjes等，2012)。另外，某些白血病和淋巴瘤也涉及CD8+T细胞的异常扩增。特别地，T细胞大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)是以晚期分化的CD8+T细胞的扩增为特征的白血病，并且NK细胞淋巴增殖性疾病是以NK细胞扩增为特征的白血病(Lamy和Loughran，2011)。鼻外NK/T细胞淋巴瘤是相关的疾病(Takata等，2015)。包涵体肌炎可能与T细胞大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)基本重叠。在一个系列中，58％的IBM患者符合公布的T-LGLL诊断标准(Greenberg等，2016)。已经鉴定了由细胞毒性T细胞表达的许多细胞表面分子。然而，基于靶向这些分子的治疗发展是有限的，并且仍然需要利用这些靶点的用于各种适应症的新疗法，所述适应症包括自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤。
发明概述
本发明至少部分基于以下发现：已知存在于衰老的细胞毒性T细胞上的细胞表面标志物—杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)也存在于具有高杀伤潜力的细胞毒性T细胞上。例如，在包涵体肌炎的情况下，KLRG1标志直接杀伤健康肌肉细胞的T细胞。与关于小鼠和人血液中表达KLRG1的T细胞的衰老和失活性质的先前研究的教导不同，表达KLRG1的T细胞可以是致病性的，并且因此是细胞消耗治疗的有利靶点。例如，给予有其需要的受试者有效量的具有抗体依赖性细胞毒性(ADCC)效应功能的KLRG1消耗剂(例如，表达KLRG1的细胞的消耗剂)可以消除或减少损伤健康细胞的细胞毒性T细胞和/或NK细胞的数量。
因此，本发明具有许多治疗用途。例如，本发明可用于治疗包涵体肌炎(IBM)。更广泛地，本发明可用于治疗，包括在某些情况下预防与表达KLRG1的细胞相关的各种疾病(即通过消耗表达KLRG1的细胞)。本发明的实施方案包括治疗，和在某些情况下预防自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤。
本发明的优点包括优先靶向CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞用于消耗的能力以及潜在的更高的效力和减少的副作用。表达KLRG1的免疫细胞群比表达CD2+或CD3+的总T细胞群更丰富地表达细胞毒性分子，并且比CD52+对细胞毒性T细胞更具特异性，因此具有更高效力的潜力。KLRG1是随着抗原经历而增加的标志物，预测更具特异性的抗原定向的免疫应答，并且因此具有更高的效力和减少的副作用的潜力。
在各个方面，本发明提供治疗受试者的方法，包括给予有其需要的受试者有效量的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂(表达KLRG1的细胞的消耗剂)，从而在体内消耗CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞。KLRG1消耗剂可以特异性地靶向并消耗表达KLRG1的CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞。
在各个方面，本发明提供治疗受试者的方法，其包括给予有其需要的受试者有效量的具有效应杀伤功能的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂(表达KLRG1的细胞的消耗剂)。KLRG1消耗剂可以特异性地靶向并消耗病原性或以其他方式有害的或不需要的表达KLRG1的细胞。
在各个方面，本发明使用杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂(表达KLRG1的细胞的消耗剂)。
在各个方面，本发明使用编码消耗剂的mRNA或cDNA。
在各个方面，本发明使用包含有效量的消耗剂的药物组合物。
如本领域技术人员将理解的，上述任何方面可以与以下任何一个或多个特征组合。
在各个实施方案中，消耗剂是抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物。
在各个实施方案中，抗体是单克隆的。
在各个实施方案中，抗体或其抗原结合片段或抗体模拟物包含人抗体或人源化抗体。
在各个实施方案中，抗体或其抗原结合片段或抗体模拟物包含：a.结合KLRG1的全长抗体Fab抗体，其具有效应功能的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；b.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的补体依赖性细胞毒性(CDC)；c.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的抗体药物缀合物(ADC)；d.Fc-钙粘素融合蛋白；e.融合蛋白E-钙粘素/Fc；f.融合蛋白R-钙粘素/Fc；g.融合蛋白N-钙粘素/Fc；h.嵌合抗原受体；或i.多特异性抗体。
在各个实施方案中，嵌合抗原受体和其中嵌合抗原受体包含移植到T细胞上的KLRG1抗体的特异性部分。
在各个实施方案中，多特异性抗体包含双特异性抗体或三特异性抗体。
在各个实施方案中，消耗剂结合KLRG1。
在各个实施方案中，KLRG1是人KLRG1的胞外域。
在各个实施方案中，消耗剂与人和猕猴KLRG1的胞外域交叉反应。
在各个实施方案中，消耗剂结合至KLRG1的胞外域的表位，其中表位在人和猕猴中至少90％相同。
在某些实施方案中，消耗剂结合至KLRG1并且不是克隆13F12F2、14C2A07、REA261、13A2、SA231A2、2F1、13A2或REA261。
在某些方面，本发明使用杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂，而不是描述于申请号为PCT/US17/35621的PCT申请中的任何药剂。
在某些实施方案中，消耗剂结合至KLRG1并且不是小鼠抗体。
在各个实施方案中，消耗剂结合KLRG1，从而标记CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞用于消耗。
在各个实施方案中，消耗剂结合KLRG1，从而诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC)。
在各个实施方案中，消耗剂选择性地靶向并消耗表达KLRG1的T细胞和/或NK细胞。
在各个实施方案中，通过向受试者提供编码消耗剂的mRNA来给予消耗剂。
在各个实施方案中，受试者患有自身免疫疾病。
在各个实施方案中，自身免疫疾病是类风湿性关节炎、银屑病、包涵体肌炎(IBM)、多发性硬化、溃疡性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、特发性血小板减少性紫癜、原发性胆汁性胆管炎或1型糖尿病。
在各个实施方案中，受试者患有移植排斥或有发生移植排斥的风险。
在各个实施方案中，移植排斥是肾排斥，优选移植后T细胞介导的肾排斥。
在各个实施方案中，受试者患有恶性血液病。
在各个实施方案中，恶性血液病是白血病。
在各个实施方案中，白血病是T细胞白血病、NK细胞白血病、大颗粒淋巴细胞白血病(LGLL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL)。
在各个实施方案中，受试者患有淋巴瘤。
在各个实施方案中，淋巴瘤是T细胞淋巴瘤，优选为间变性大细胞淋巴瘤。
在各个实施方案中，受试者患有实体瘤。
在各个实施方案中，实体瘤是乳腺癌、胃癌、卵巢癌、前列腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、黑色素瘤、肺癌、肾癌或舌癌。肺癌可以是例如非小细胞肺癌。肾癌可以是例如肾细胞癌。
在各个实施方案中，治疗方法还包括给予受试者有效量的检查点调节剂治疗。
在各个实施方案中，KLRG1消耗剂和检查点调节剂治疗是协同的。
在各个实施方案中，检查点调节剂治疗包括抗PD-1治疗、抗PD-L1治疗或抗CTLA-4治疗。
在各个实施方案中，受试者先前的癌症治疗已经失败或受试者未对先前的癌症治疗作出响应。
在各个实施方案中，本发明使用KLRG1消耗剂来制备用于治疗或预防自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病或实体瘤的药物。
当参考附图和以下说明时，本发明的技术的这些和其他优点将是显而易见的。
附图的简要说明
图1显示与辅助T细胞相比，人KLRG1在更高比例的细胞毒性T细胞和NK细胞上表达。
图2A和2B显示T细胞上的KLRG1的表达随分化增加而增加的进展。
图3显示与正常肌肉相比，在IBM肌肉中KLRG1基因表达增加。十二次IBM肌肉活组织检查与5次正常肌肉活组织检查相比较。
图4通过免疫组织化学显示在包涵体肌炎中KLRG1在肌肉侵袭性T细胞上的表达(示出4名患者样品)。
图5显示KLRG1在淋巴结中的表达，证明在淋巴结中绝大多数CD8+T细胞不表达KLRG1。
图6A和6B显示免疫小鼠对KLRG1的血清反应。
图7显示源自杂交瘤克隆的抗体与人KLRG1胞外域的结合。
图8A-8C显示与年龄匹配的健康个体相比，IBM患者血液中的KLRG1+T细胞的丰度增加。
图9A和9B显示在患有包涵体肌炎和大颗粒淋巴细胞白血病的患者中KLRG1在CD8+CD57+血液T细胞上的表达。
图10A和10B通过免疫组织化学分别显示了在大颗粒淋巴细胞白血病(LGLL)和慢性淋巴细胞白血病(CLL)中KLRG1在组织侵袭性白血病细胞上的表达。
图11显示在来自患有溃疡性结肠炎的患者的肠活组织检查中KLRG1略微过表达。
图12显示在患有特发性血小板减少性紫癜的患者中KLRG1过表达。
图13显示在来自患有淋巴细胞性结肠炎的患者的结肠活组织检查中KLRG1过表达。
图14显示在来自患有移植后T细胞介导的肾排斥的患者的肾活组织检查中KLRG1过表达。
图15显示与正常CD4+T细胞相比，KLRG1在来自患有间变性大细胞淋巴瘤的患者的淋巴结中过表达。
图16显示在来自患有类风湿性关节炎的患者的滑膜活组织检查中KLRG1过表达。
图17显示在来自患有银屑病的患者的皮肤活组织检查中KLRG1过表达。
图18显示在患有原发性胆汁性胆管炎的患者的肝脏活组织检查中KLRG1过表达。
图19显示在来自患有1型糖尿病的患者的胰腺组织中KLRG1过表达。
图20显示在来自患有T细胞大颗粒淋巴细胞白血病的患者的血液中KLRG1过表达。
图21显示在T细胞白血病和淋巴瘤中T细胞表达KLRG1。
图22显示在患有多发性硬化症的患者的脑中KLRG1略微过表达。
图23显示了表达KLRG1的T细胞对许多肿瘤类型的广泛浸润。
图24A-24C显示3名患者中的KLRG1+细胞浸润黑色素瘤。
图24D显示正常皮肤中没有KLRG1+细胞。
图25显示4名患者中的KLRG1+细胞浸润肾细胞癌肿瘤。
图26显示4名患者中的KLRG1+细胞浸润非小细胞肺癌肿瘤。
图27A-27C显示使用KLGR1消耗剂消耗CD8+CD57+终末分化细胞。
图28显示在来自患有舌癌的患者的舌活组织检查中KLRG1过表达。
虽然本发明包括多种不同形式的实施方案，但仅有几个具体实施方案显示在附图中并且将在本申请中详细描述，应理解本发明的公开内容将被认为是技术原理的范例，并且不意欲将本发明限制到所说明的实施方案。
序列简述
SEQ ID NO:1为人KLRG1胞外域(ECD)同种型1的序列。
SEQ ID NO:2为人KLRG1 ECD同种型2的序列。
SEQ ID NO:3为猕猴KLRG1 ECD的序列。
详细描述
本发明至少部分基于以下发现：已知存在于衰老细胞毒性T细胞上的细胞表面标志物KLRG1也存在于具有高杀伤潜力的细胞毒性T细胞上。在包涵体肌炎的情况下，KLRG1标志直接杀伤人肌肉细胞的T细胞。与关于小鼠和人血液中表达KLRG1的T细胞的衰老和失活性质的先前研究的教导不同，某些样品中表达KLRG1的T细胞是致病性的，因此是消耗治疗的有利靶点。例如，给予有其需要的受试者有效量的具有抗体依赖性细胞毒性(ADCC)效应功能的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消除剂可以消除或减少损伤细胞的细胞毒性T细胞的数量。因此，本发明具有许多治疗用途，特别是在其中相对于健康受试者过表达KLRG1，例如1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍和/或更高倍的病原细胞子集的疾病中。病原细胞的子集可以是例如CD8+细胞毒性T细胞或NK细胞。例如，本发明可用于治疗包涵体肌炎。更普遍地，本发明可用于治疗，并且在某些情况下预防自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤。
本发明的优点包括优先靶向CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞用于消耗的能力。本发明的优点还包括更高的效力和减少的副作用。例如，表达KLRG1的免疫细胞群比表达CD2+或CD3+的总T细胞群更丰富地表达细胞毒性分子，并且比CD52对细胞毒性T细胞更具特异性，因此具有更高效力的潜力；并且KLRG1是随着抗原经历而增加的标志物，预测更具特异性的抗原定向的免疫应答，因此具有更高的效力和减少的副作用的潜力。
在各个方面，本发明提供治疗受试者的方法，包括给予有其需要的受试者有效量的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂，从而在体内消耗CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞。治疗可以用于自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤(以下讨论的实例)。
在各个方面，本发明还提供了治疗受试者的方法，包括给予有其需要的受试者有效量的具有效应杀伤功能的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂。同样，治疗可以用于自身免疫疾病、移植排斥、恶性血液病和实体瘤(以下讨论的实例)。
在各个方面，本发明使用杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂。在各个方面，本发明使用编码消耗剂的mRNA或cDNA。在各个方面，本发明使用包含有效量的消耗剂的药物组合物。
下面进而讨论本发明的各个特征，包括KLRG1及其配体、消耗剂、药物组合物、治疗和给予，以及说明性实例。
杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)及其配体
杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)是II型跨膜蛋白质，并且是调节T细胞和NK细胞的活性的共抑制受体。其细胞外部分包含C型凝集素结构域，其已知的配体是钙粘素，并且其细胞内部分包含基于免疫受体酪氨酸的抑制基序(ITIM)结构域，负责T细胞受体(TCR)介导的信号传导的共抑制(Tessmer等，2007)。在各个实施方案中，配体可以是E-钙粘素、N-钙粘素、R-钙粘素、或其组合。
与人相比，KLRG1在啮齿动物中的分布和功能有所区别。KLRG1最初是在啮齿动物肥大细胞系上鉴定的(Guthmann等，1995)，在人肥大细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞或中性粒细胞上不表达(Voehringer等，2002)。人KLRG1是比小鼠KLRG1更强效的共抑制受体。用人淋巴细胞仅观察到生理条件下KLRG1介导的抑制，因为KLRG1二聚体比单体具有更强的效力，并且人KLRG1仅仅形成二聚体，而小鼠KLRG1作为单体和二聚体存在(Hofmann等，2012)。
人的KLRG1表达局限于T细胞和NK细胞。与辅助T细胞相比，其以更高的比例在细胞毒性T细胞和NK细胞上表达(图1，淋巴细胞子集的KLRG1表达，人血流式细胞术)。具体地，图1显示KLRG1在细胞毒性CD8+T细胞和NK细胞上的表达比在CD4+辅助细胞上更高。如图2A和2B所示出的，在CD8+细胞毒性T细胞群中，KLRG1表达增加与抗原特异性效力增加相关。具体地，图2A和2B显示T细胞上的KLRG1的表达随分化增加而增加。图2A(CD8+T细胞子集的细胞毒性和细胞因子，人血基因表达)显示T细胞的细胞毒性潜力从TN→TCM→TEM→TEMRA增加。图2B(通过流式细胞术得到的人血CD8+亚群的KLRG1+CD6+T细胞的百分比)显示KLRG1表达从TN→TCM→TEM→TEMRA增加。当CD8+细胞毒性T细胞响应抗原分化时，从初始T细胞到中枢记忆T细胞、效应记忆T细胞和效应记忆RA细胞，它们表达的KLRG1的量增加。因此，KLRG1标志具有高细胞毒性杀伤能力的细胞。这种细胞毒性可能是不希望的(在自身免疫疾病和移植排斥的情况下)或希望的(在癌症或慢性感染性疾病的情况下)。
由于KLRG1在人中的功能与KLRG1在小鼠中的功能差别很大，小鼠的数据对于人疾病的治疗的适用性是有限的。然而，几乎完全没有公开的人疾病的KLRG1的平移数据。没有公开的通过免疫组织化学对任何人患病的或健康的组织样品中KLRG1表达的研究。有4项公开的包含关于通过流式细胞术对人患病的组织样品，但不是外周血单核细胞(PBMC)中KLRG1表达的少量数据的研究：肝细胞癌(Brunner等，2015)和肾细胞癌(Attig等，2009)中的肿瘤浸润性淋巴细胞；黑色素瘤中的肿瘤浸润的淋巴结(Legat等，2013)；以及类风湿性关节炎和脊柱关节病中的滑膜T细胞(Melis等，2014)。约5项公开的研究包含少量关于患病的PBMC中KLRG1表达的数据(参见如实施例2中的参考)。
KLRG1是免疫衰老的标志物(Akbar和Henson，2011，Apetoh等，2015)。
在各个方面和实施方案中，KLRG1是人或猕猴KLRG1，优选为人KLRG1，包括其任何功能性部分。例如，KLRG1可以是人KLRG1-ECD同种型1(SEQ ID NO:1)，包括其任何功能性部分。
在各个方面和实施方案中，KLRG1是人KLRG1-ECD同种型2(SEQ ID NO:2)，包括其任何功能性部分。
在各个方面和实施方案中，KLRG1是猕猴KLRG1(SEQ ID NO:3)，包括其任何功能性部分。
消耗剂
在各个方面和实施方案中，本发明提供了治疗受试者的方法，其包括给予有其需要的受试者有效量的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂。如本文所用，术语“消耗剂”是显著减少特定细胞群数量的药剂。消耗剂靶向的细胞群由至少一种特征鉴定，例如细胞表面标志物(例如，KLRG1相对于其他细胞的存在和/或过表达)。在“KLRG1消耗剂”的情况下，该药剂减少表达和/或过表达KLRG1的细胞的数目(例如，KLRG1消耗剂不消耗分离的KLRG1，而是消耗以KLRG1为特征的细胞)。
在各个实施方案中，本发明的方法中使用的消耗剂能够将靶向的细胞群的数量相对于未处理的靶细胞或用IgG1同种型抗体处理的靶细胞减少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％和/或100％。
在各个实施方案中，本发明的方法中使用的消耗剂是抗体或其抗原结合片段或抗体模拟物，其具有效应功能的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)，效应功能的补体依赖性细胞毒性(CDC)；效应功能的抗体-药物缀合物(ADC)；特异性结合到靶向的细胞类型(例如，对靶向的细胞类型有特异性的受体的配体)，并通过缀合至具有效应ADCC或CDC功能的药物或免疫球蛋白而实现细胞杀伤的融合蛋白；特异性靶向(例如，结合)并消耗细胞类型(例如，通过诱导细胞死亡或破坏，例如通过毒素递送或代谢改变)的小分子药剂。
在各个实施方案中，消耗剂是抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物。术语“抗体”以最宽泛的意义使用，并且涵盖例如单一的抗KLRG1单克隆抗体。本文使用的术语“单克隆抗体”是指由基本上同质的抗体群获得的抗体，例如除了可能以少量存在的可能的自然发生的突变以外，组成群的单一抗体是相同的。抗体可以是单克隆的。抗体可以是人抗体或人源化抗体。
“抗体片段”可以包括完整抗体的一部分，优选为完整抗体的抗原结合区或可变区。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
“Fv”包括包含完整抗原识别和结合位点的最小抗体片段。该区域由紧密的、非共价连接的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在该构型中，每一可变域的三个CDR相互作用以在VH-VL二聚体的表面上限定抗原结合位点。六个CDR共同为抗体赋予抗原结合特异性。但是，即使单个可变域(或仅包含三个对抗原具有特异性的CDR的Fv的一半)也有识别和结合抗原的能力，但是比完整的结合位点的亲和力低。Fab片段也包含轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab片段通过在重链CH1结构域的羧基末端添加几个残基而区别于Fab'片段，所述重链CH1结构域包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH在本文中代表其中恒定域的半胱氨酸残基(多个半胱氨酸残基)带有游离的巯基的Fab'。F(ab')2抗体片段最初是作为其间具有铰链半胱氨酸的Fab'片段对而产生的。其它的抗体片段的化学偶联也是已知的。
根据免疫球蛋白重链的恒定域的氨基酸序列，免疫球蛋白可以分为不同的类别。有五种主要的免疫球蛋白类别：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，这些中的几种可以进一步分为子类别(同种型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA和IgA2。“单链Fv”或“sFv”抗体片段包含抗体的VH结构域和VL结构域，其中这些结构域以单多肽链存在。优选地，Fv多肽进一步包含VH结构域和VL结构域之间的多肽接头，其使得sFv形成希望的用于抗原结合的结构。
在各个实施方案中，抗体或其抗原结合片段、或抗体模拟物包括人抗体或人源化抗体。非人(例如，鼠科的)抗体的人源化形式为嵌合免疫球蛋白、免疫球蛋白链或其包含源自非人免疫球蛋白的最小序列的片段(如Fv、Fab、Fab'、F(ab')2或抗体的其它抗原结合子序列)。人源化抗体包括人免疫球蛋白(受体抗体)，其中来自受体的互补决定区(CDR)的残基被来自具有希望的特异性、亲和性和能力的非人物种(供体抗体)，如小鼠、大鼠或兔的CDR的残基替代。在一些情况下，人免疫球蛋白的Fv框架残基被对应的非人残基替代。人源化抗体也可以包含在受体抗体中、在输入的CDR或框架序列中均不存在的残基。通常，人源化抗体将包含至少一个，通常是两个可变域的基本上全部，在所述可变域中，CDR区的全部或基本上全部对应于非人免疫球蛋白的CDR区，并且FR区的全部或基本上全部是人免疫球蛋白共有序列的FR区。用于人源化非人抗体的方法是本领域中熟知的。
例如，也可以使用本领域已知的选择和/或突变方法使消耗剂成为亲和力成熟的。通常，“亲和力成熟的”抗体是在其一个或多个高可变区中具有一种或多种变化，导致抗体对抗原的亲和力相对于不具有这些变化(多种变化)的亲本抗体改善的抗体。在一个实施方案中，亲和力成熟的抗体对靶抗原具有纳摩尔或甚至是皮摩尔的亲和力。优选的亲和力成熟的抗体具有比由其制备成熟的抗体的起始抗体(通常为鼠科的、人源化的或人的)高5倍、更优选10倍、甚至更优选20或30倍的亲和力。
与特定的多肽或特定的多肽上的表位“结合”、与特定的多肽或特定的多肽上的表位“特异性结合”或对特定的多肽或特定的多肽上的表位“有特异性”的抗体是与特定的多肽或特定的多肽上的表位结合，而基本上不与任何其它多肽或多肽表位结合的抗体。因此，KLRG1消耗剂包括根据本发明的抗KLRG1抗体的功能等同物。KLRG1消耗剂可以是与KLRG1(例如，人KLRG1)，例如在细胞表面上的天然KLRG1结合或特异性结合的结合剂。在一些情况下，KLRG1结合剂可以与各种类似的KLRG1蛋白(例如，具有对一种KLRG1，如人KLRG1的最高亲和力和对其他的KLRG1，如小鼠KLRG1的较低亲和力)交叉反应。
在各个实施方案中，消耗剂是阻断或拮抗结合剂。“阻断”或“拮抗”意味着药剂(例如，抗体或其结合片段/模拟物)是抑制或降低其结合的抗原的生物活性的药剂。某些阻断剂或拮抗剂基本上或完全地抑制抗原的生物活性。例如，KLRG1结合剂可以阻断KLRG1信号传导(例如，从而破坏KLRG1信号传导并且激活CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞)。
在各个实施方案中，抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物包括：a.结合KLRG1的全长抗体Fab抗体，其具有效应功能的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；b.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的补体依赖性细胞毒性(CDC)；c.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的抗体药物缀合物(ADC)；d.Fc-钙粘素融合蛋白；e.融合蛋白E-钙粘素/Fc；f.融合蛋白R-钙粘素/Fc；g.融合蛋白N-钙粘素/Fc；h.嵌合抗原受体；或i.多特异性抗体。
在各个实施方案中，嵌合抗原受体包含移植到T细胞上的KLRG1抗体的特异性部分。
在各个实施方案中，多特异性抗体包含双特异性抗体或三特异性抗体。
在各个实施方案中，消耗剂结合KLRG1。
在各个实施方案中，KLRG1是人KLRG1的胞外域。
在各个实施方案中，消耗剂与人和猕猴KLRG1的胞外域交叉反应。
在各个实施方案中，消耗剂结合至KLRG1的胞外域的表位，其中表位在人和猕猴中至少90％相同。
在各个实施方案中，消耗剂结合至KLRG1并且不是小鼠抗体。
在各个实施方案中，消耗剂结合KLRG1，从而标记CD8+细胞毒性T和/或NK细胞用于消耗。
在各个实施方案中，消耗剂结合KLRG1，从而诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC)。
在各个实施方案中，消耗剂选择性地靶向并消耗表达KLRG1的T细胞和/或NK细胞。
在某些实施方案中，消耗剂是新的并且不是先前已知的抗体。已知的抗KLRG1抗体包括：克隆13F12F2(eBioscience)，其为与胞外域结合并且已经在流式细胞术中证实了对人细胞的反应性的小鼠抗人KLRG1抗体；克隆14C2A07(Biolegend)和SA231A2(Biolegend)，其被报道为抗人KLRG1抗体；克隆13A2(EBioscience)，据称其结合与克隆13F12F2类似的表位；克隆REA261(Miltenyi Biotec)，其也被报道结合人KLRG1；和克隆2F1，其为仓鼠抗小鼠KLRG1抗体，其被一些销售商(例如，Biolegend)报道为对人有反应性，而其他销售商(例如，Abcam)报道了其仅对小鼠的反应性。这些抗体的测试没有证实对人KLRG1的反应性。(销售商描述了已知的抗E-钙粘素抗体，包括以下实例：克隆67A4、克隆MB2和克隆HECD1(均由Abcam销售)；eBioscience销售的DECMA1；和BD Biosciences销售的克隆36/E-钙粘素。)在各个实施方案中，KLRG1拮抗剂包括与KLRG1结合并且不是克隆13F12F2、14C2A07、SA231A2或2F1的结合剂。
在各个实施方案中，KLRG1消耗剂可以通过向受试者提供编码消耗剂的mRNA给予。mRNA方法正在由Moderna Therapeutics，CureVac等开发。
药物组合物
在各个实施方案中，将KLRG1消耗剂(表达KLRG1的细胞的消耗剂)制备为药物组合物，例如作为用作药物的药物组合物。在各个实施方案中，药物组合物用作用于自身免疫疾病(例如，类风湿关节炎、银屑病、包涵体肌炎(IBM)、多发性硬化症、溃疡性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎，特发性血小板减少性紫癜、或1型糖尿病)；移植排斥(例如，肾排斥、优选移植后T细胞介导的肾排斥)；恶性血液病(例如白血病，例如T细胞白血病、NK细胞白血病、大颗粒淋巴细胞白血病(LGLL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL)或淋巴瘤例如T细胞淋巴瘤，优选间变性大细胞淋巴瘤)；或实体瘤(例如乳腺癌、胃癌、卵巢癌、前列腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、黑色素瘤、肺癌、舌癌)的药物。
本领域技术人员可以根据已知的方法将KLRG1消耗剂配制成药物组合物。
药物组合物可以包含载体。本文使用的“载体”可以包括药学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂，其对以所使用的剂量和浓度暴露于其的细胞和受试者是无毒的(或相对无毒的)。生理上可接受的载体通常是pH缓冲水溶液。生理上可接受的载体的实例包括缓冲剂，如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸；低分子量(小于约10个残基)的多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖醇，如甘露醇或山梨醇；成盐的平衡离子，如钠离子；和/或非离子表面活性剂，如TWEENTM、聚乙二醇(PEG)和PLURONICSTM。
在各个实施方案中，KLRG1消耗剂包含在可注射制剂，例如皮下、静脉内、肌肉内、鞘内或腹膜内注射制剂中。可注射的制剂可以是水溶液，例如生理上相容的缓冲液，如Hanks溶液、林格氏溶液或生理盐水缓冲液中的水溶液。可注射的制剂可以包含配制剂(formulatory agent)，如助悬剂、稳定剂和/或分散剂。供选择地，KLRG1消耗剂可以是干燥的或粉状形式的，用于在使用前用适合的载体，例如无菌无热原的水构成。
在某些实施方案中，KLRG1消耗剂不是公开于申请号为PCT/US17/35621的PCT申请中的任何KLRG1/配体结合剂。
治疗和给予
本发明提供了包括向有其需要的受试者给予根据本文公开的任一方面或实施方案的KLRG1消耗剂(表达KLRG1的细胞的消耗剂)，或根据本文公开的任一方面或实施方案的药物组合物的方法。在各个实施方案中，受试者为人。在各个实施方案中，根据本发明的方法在体内(例如，与离体相反的)实施。本文使用的“治疗”可以指治疗性处理和预防性和防范性措施，其中目的是预防或减缓(减轻)被靶向的病理病症或障碍。需要治疗的人可以包括已经患有障碍的人、倾向于患上障碍的人或要预防障碍的人。
在各个实施方案中，本发明提供用于治疗与过表达KLRG-1相关的病症的方法。在优选的实施方案中，本发明靶向表达高于正常水平的KLRG-1的细胞子集，例如T细胞和/或NK细胞。
在各个方面和实施方案中，本发明提供了用于治疗自身免疫疾病的方法。自身免疫疾病可以是例如类风湿性关节炎、银屑病、包涵体肌炎(IBM)、多发性硬化，溃疡性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、特发性血小板减少性紫癜、原发性胆汁性胆管炎或1型糖尿病。如本文所述，细胞毒性T细胞涉及这些疾病的发病机理。根据本发明，这样的细胞毒性T细胞的消耗提供了治疗益处。
在各个方面和实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防移植排斥的方法。移植排斥可以是例如肾排斥(例如，移植后T细胞介导的肾排斥)。
在各个方面和实施方案中，本发明提供了用于治疗恶性血液病的方法。恶性血液病可以是，例如白血病，如T细胞白血病、NK细胞白血病、大颗粒淋巴细胞白血病(LGLL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL)。恶性血液病可以是，例如淋巴瘤，如T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)或血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITCL)。如本文所述，KLRG1由这些白血病和淋巴瘤中的T细胞以与正常或活化的T细胞的基因表达相似的程度表达，其大部分表达KLRG1。根据本发明，这样的细胞毒性T细胞的消耗提供了治疗益处。
在各个方面和实施方案中，本发明提供了用于治疗实体瘤的方法。实体瘤可以是例如乳腺癌、胃癌、卵巢癌、前列腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、黑色素瘤或肺癌。KLRG1是T细胞和NK细胞上存在的共抑制受体，与其配体的结合导致T细胞和NK细胞的抑制。这些抑制的T细胞和NK细胞还表现出抑制其他T细胞和NK细胞的功能(不希望受任何特定理论的束缚，可能通过占据空间或其他细胞-细胞相互作用)。例如，表达KLRG1的T细胞与其在癌细胞表面上表达的配体E-钙粘素的结合可阻止不表达KLRG1的T细胞到达癌细胞表面并杀死癌细胞。去除这样的抑制的表达KLRG1的细胞(例如，无效的T细胞和/或NK细胞)可以使正常功能的免疫系统细胞成功攻击癌细胞。例如，实验表明在人乳腺癌细胞上的E-钙粘素的表达通过NK细胞上的KLRG1影响曲妥珠单抗介导的ADCC(Yamauchi等，2011)。
“给予”和“治疗”当其应用于动物、人、实验受试者、细胞、组织、器官或生物流体时可以包括使外源性药物、治疗剂、诊断剂或组合物与动物、人、受试者、细胞、组织、器官或生物流体接触。“给予”和“治疗”包括体内的，以及在一些实施方案中体外的或离体的治疗。在各个实施方案中，所述方法在体内进行。
“治疗(Treat)”或“治疗(treating)”是指从内部或从外部给予具有一种或多种疾病症状或疑似患有疾病的受试者或患者治疗剂，如包含本发明的任一消耗剂的组合物，所述药剂对所述疾病症状或疾病具有治疗活性。通常，药剂以有效缓解被治疗的受试者或群体的一种或多种疾病症状的量给予，无论通过以任何临床上可测定的程度诱导这样的症状(多种症状)的消退或是抑制这样的症状(多种症状)的进展。有效缓解任何特定疾病症状的治疗剂的量可以根据如患者的疾病状态、年龄和体重，和药物在受试者中引发希望的应答的能力的因素变化。疾病症状是否已经被缓解可以通过医师或其他有技能的保健提供者通常使用的任何临床测量来评价，所述临床测量用以评价该症状的严重性或进展状态。
因此，在各个实施方案中，术语“有效量”是使得特定的所述目的实现的KLRG1消耗剂的浓度或量。KLRG1消耗剂的“有效量”可以根据经验确定。而且，“治疗有效量”是有效地用于实现所述治疗效果的KLRG1消耗剂的浓度或量。该量也可以根据经验确定。
在各个实施方案中，可以通过向受试者提供编码消耗剂的mRNA来给予KLRG1消耗剂。
在各个实施方案中，治疗可以延长受试者的生存。在各个实施方案中，治疗可以预防或减少癌症的进展和/或转移。
以下实施例是说明性的，并非限制性的。在审阅该公开内容后，技术的许多变化对于本领域技术人员而言将变得显而易见。因此，技术的范围不应参考实施例决定，而是应当参考所附权利要求以及其全部等同方案的范围来确定。
实施例
实施例1：KLRG1的抗体
通过用纯化的重组蛋白抗原：人KLRG1-ECD同种型1(SEQ ID NO:1)、人KLRG1-ECD同种型2(SEQ ID NO:2)和猕猴KLRG1 ECD(SEQ ID NO:3)免疫小鼠产生结合KLRG1的抗体。使用重组KLRG1蛋白每两周免疫Balb/c和SJL小鼠，并且在第二次和第四次免疫后收集血清用于测试。
图6A显示在免疫的小鼠中对猕猴KLRG1的特异性血清应答。图6B显示在免疫的小鼠中对人KLRG1的特异性血清应答。通过ELISA测定抗KLRG1抗体活性。显示通过在小鼠中产生识别人和猕猴KLRG1的抗体介导应答。
图7显示从免疫的小鼠分离的9个杂交瘤克隆的剂量依赖性结合曲线。通过首先在免疫吸附96孔板上固定人KLRG1(SEQ ID NO:2)，接着暴露于剂量依赖性滴定的抗体来进行ELISA。通过抗小鼠HRP缀合的检测使结合的抗体可视化。因此，图7显示从免疫的小鼠的脾脏分离的脾细胞能够产生识别KLRG1的抗体。
实施例2：CD8+和NK细胞中KLRG1的基因表达高于CD4+T细胞，并且KLRG1表达与CD8+T细胞细胞毒性的潜力相关
细胞毒性细胞由CD8+T细胞和NK细胞组成。通过从PubMed ID#s(PMID)为12393723、20394788、23966413、26583066和27566818的出版物中来自健康供体的流式细胞术数据的公开的图提取，分析证明与CD4+T辅助细胞(相对倍数1.0)相比，KLRG1+细胞在CD8+(相对倍数2.5)T细胞和CD56+NK细胞(相对倍数2.4)中的百分比更高(图1)。CD8+细胞毒性T细胞响应抗原暴露，从初始细胞分化为越来越有效的效应细胞，其特征在于中枢记忆(TCM)细胞、效应记忆(TEM)细胞和效应(TEMRA)细胞。如通过细胞毒性分子颗粒酶和细胞因子的基因表达所反映的，这些分化的子集内的CD8+T细胞的细胞毒性潜力与通过流式细胞术获得的这些子集内的KLRG1+细胞的比例高度相关(图2A和2B)。对从欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)的Array Express数据库的数据集E-TABM-40中可获得的微阵列数据进行图2A中的基因表达分析。图2B中的流式细胞术数据是从所示的一系列出版物中提供的公布的图和表格中提取出来的，所述出版物特别是PubMed ID#s(PMID)为12393723、16140789、18657274、22347406、24022692、24391639和26611787的那些，以及在discovery.ucl.ac.uk/1317772/1/1317772.pdf在线公开的论文。
实施例3：包涵体肌炎(IBM)
图3显示对来自Gene Expression Omnibus(GEO)数据集GSE39454的微阵列数据的分析。与正常肌肉相比，在IBM肌肉中观察到KLRG1表达增加。
图4显示来自20名IBM患者的肌肉活组织检查样品的免疫组织化学染色。在图4中显示了来自四名患者的代表性免疫组织化学染色的图像，其显示KLRG1+浸润细胞(染黑的)攻击所有患者的肌纤维。同种型对照用作阴性对照(未显示)。
图5显示KLRG1在淋巴结中CD8+T细胞(染黑)上的有限表达，表明在表达KLRG1的细胞消耗后，预测的保护性记忆T细胞的相对保留。显示了两个人淋巴结样品的代表性染色图像。同种型对照用作阴性对照(未显示)。
图8A和8B显示IBM患者(图8A)和健康供体(图8B)的代表性实例流式细胞术结果。与健康供体(图8B)相比，在IBM患者中观察到CD8+KLRG1+T细胞数量增加(图8A)。每组的平均年龄为65岁。图8C显示IBM患者和健康供体的平均％总血液淋巴细胞。
图9A和9B显示，通过流式细胞术，在患有IBM和T细胞大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)的患者中，一部分CD8+CD57+白血病细胞(如图9A中的P2所示)表达KLRG1(图9B，如示出的来自图9A的有框的细胞)
图10A和10B分别通过免疫组织化学显示了在患有IBM和T-LGLL的患者和患有IBM和慢性淋巴细胞白血病的患者中攻击肌肉的KLRG1+浸润细胞(染黑的)。同种型对照用作阴性对照(未显示)。
实施例4：溃疡性结肠炎
图11显示与5名具有正常肠的患者相比，来自74名患有活动期溃疡性结肠炎的患者的肠活组织检查的表达数据(E-GEOD-59071)的分析。与具有正常肠的患者相比，在患有活动期溃疡性结肠炎的患者的肠活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(1.27倍比率)。从欧洲生物信息学研究所的ArrayExpress数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，溃疡性结肠炎是根据本发明的治疗的有吸引力的靶点。
实施例5：结合人KLRG1的抗体的产生
与KLRG1的细胞外部分结合的抗体可以通过几种包括但不限于以下的技术产生：小鼠杂交瘤技术、噬菌体展示、酵母展示、retrocyte展示、人源化小鼠技术、核糖体展示。其他的和另外的方法是本领域已知的并且可以就本发明的应用来开发。
例如，小鼠杂交瘤技术可以用于产生与KLRG1结合并消耗表达KLRG1的细胞的抗体。可以使用常用于产生抗体的小鼠品系，例如Balb/c或SJL品系。可以以2周的间隔用抗原反复注射多只小鼠以产生免疫应答。几种形式的抗原可以单独注射或组合注射，并且添加已知的增强宿主对外来抗原的免疫应答的佐剂，如KLH(钥孔戚血蓝蛋白)。抗原可以是纯化的重组KLRG1、编码KLRG1的cDNA、在其表面上表达KLRG1的细胞或源自KLRG1的序列的肽的形式。
每次给予小鼠抗原后，可以通过ELISA滴度监测针对KLRG1的免疫应答。可以通过首先在适合的ELISA微量滴定板上固定重组KLRG1进行ELISA。12小时孵育后，可以用磷酸盐盐水清洗板并用1％BSA的磷酸盐缓冲盐水溶液封闭。源自免疫的小鼠的血清可以在磷酸盐缓冲盐水中连续稀释，使之与微量滴定板中的表面结合抗原相互作用。可以洗去过量的血清并可以使用标准技术，如加入与HRP缀合的抗小鼠抗体使结合量可视化。可以用抗原强化免疫小鼠直到可以在从小鼠取出脾脏时可以在其血清中检测到足够高水平的信号。可以使用本领域中使用的标准方案将源自免疫的小鼠的脾细胞与获得的黑色素瘤(SP2/0)融合。得到的杂交瘤细胞可以表达和分泌抗体，所述抗体可以使用ELISA检测与重组KLRG1的结合以及可以使用FACS检测与细胞表达的KLRG1的结合。产生具有理想结合特性的抗体的杂交瘤细胞系可以是亚克隆的，并且抗体的可变区可以测序。使用这些小鼠可变区和人恒定区的重组抗体可以通过标准技术产生，并且可以以功能分析(例如，针对结合和/或消耗活性)来评价。
实施例6：使用抗KLRG1抗体消耗CD8+CD57+终末分化细胞
图27A-C显示在肝素中收集的人全血的流式细胞术，其将基线与使用IgG1同种型抗体(Iso)、抗KLRG1小鼠/人IgG1嵌合抗体CHI101(101)、抗KLRG1小鼠/人IgG1嵌合体抗体CHI104(104)和抗CD2抗体siplizumab(Sip)(已知的有效的T细胞消耗抗体，用作阳性对照)孵育2.5小时对比。抗体CHI101和CHI104导致CD8+CD57+T细胞和CD8+D57+NK细胞的选择性消耗。
实施例7：舌癌
图28显示与31名没有舌癌的患者相比，来自90名患有舌癌的患者的舌活组织检查的表达数据(GSE34115)的分析。在患有舌癌的患者的舌活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(2.16倍比率)。从欧洲生物信息学研究所的ArrayExpress数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，舌癌是根据本发明的治疗的有吸引力的靶点。
实施例8：特发性血小板减少性紫癜
图12显示与2名健康人相比，来自2名患有ITP的患者的血液CD3+T细胞表达数据(GSE574)的分析。在患有ITP患者的CD3+T细胞中观察到KLRG1的表达增加(2.69倍比率)。从国家生物信息学中心(National Center for Bioinformatics)的Gene ExpressionOmnibus数据库获得数据集，并分析KLRG1表达。因此，特发性血小板减少性紫癜是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例9：淋巴细胞性结肠炎
图13显示与4名健康人的结肠活组织检查相比，来自4名患有淋巴细胞性结肠炎的患者的结肠活组织检查的表达数据(GSE65107)的分析。在患有淋巴细胞性结肠炎的患者的结肠活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(3.8倍比率)。从国家生物信息学中心的GeneExpression Omnibus数据库获得数据集，并分析KLRG1表达。因此，淋巴细胞性结肠炎是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例10：肾移植排斥
图14显示与肾切除术相比，来自患有肾移植排斥的患者的表达数据(GSE36059)的分析。在肾移植排斥的肾活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(2.69倍比率)。从国家生物信息学中心的Gene Expression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达，并通过NextBio进行另外的分析。因此，肾移植排斥是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例11:间变性大细胞淋巴瘤
图15显示与来自5名患者的淋巴结的正常CD4+T细胞相比，来自6名患有间变性大细胞淋巴瘤的患者的淋巴结活组织检查的表达数据(GSE6338)的分析。在来自患有间变性大细胞淋巴瘤的患者的淋巴结活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(3.55倍比率)。从国家生物信息学中心的Gene Expression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，间变性大细胞淋巴瘤是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例12：类风湿性关节炎
图16显示与正常受试者相比，来自患有类风湿性关节炎的患者的滑膜活组织检查的表达数据(GSE1919)的分析。在患有类风湿性关节炎的患者的滑膜活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(3.55倍比率)。从国家生物信息学中心的Gene Expression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，类风湿性关节炎是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例13：银屑病
图17显示与正常受试者相比，来自患有银屑病的患者的皮肤活组织检查的表达数据(GSE52471)的分析。在患有银屑病的患者的皮肤活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(1.14倍比率)。从国家生物信息学中心的Gene Expression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，银屑病是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例14：原发性胆汁性胆管炎
图18显示与正常受试者相比，来自患有原发性胆汁性胆管炎并最终需要肝移植的患者的肝活组织检查的表达数据(GSE79850)的分析。在患有原发性胆汁性胆管炎的患者的肝活组织检查中观察到KLRG1的表达增加(6.03倍比率)。从国家生物信息学中心的GeneExpression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，原发性胆汁性胆管炎是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例15：1型糖尿病
图19显示与正常受试者相比，来自患有1型糖尿病的患者的胰腺的表达数据(GSE72492)的分析。在患有1型糖尿病的患者的胰腺中观察到KLRG1的表达增加(1.66倍比率)。从国家生物信息学中心的Gene Expression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，1型糖尿病是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例16：大颗粒淋巴细胞白血病
图20显示与正常受试者相比，来自患有T细胞大颗粒淋巴细胞白血病的患者的血液的表达数据(GSE10631)的分析。在来自患有T细胞大颗粒淋巴细胞白血病的患者的血液中观察到类似的或增加的KLRG1表达(1.39倍比率)。从国家生物信息学中心的GeneExpression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，这些T细胞大颗粒淋巴细胞白血病样品含有KLRG1，并且T细胞大颗粒淋巴细胞白血病是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例17：T细胞白血病和淋巴瘤
图21显示来自患有各种T细胞白血病和淋巴瘤的患者的淋巴瘤活组织检查的表达数据(GSE19069)的分析，包括间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITCL)和外周T细胞淋巴瘤(PTCL)。与正常T细胞相比，在各种T细胞淋巴瘤中观察到类似的KLRG1表达(范围为0.45-1.52倍的增加)。从国家生物信息学中心的Gene ExpressionOmnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，这些T细胞淋巴瘤含有表达KLRG1的T细胞，并且是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例18：多发性硬化
图22显示与正常脑相比，来自患有多发性硬化的患者的脑活组织检查的表达数据(GSE5839)的分析。与对照脑相比，观察到KLRG1的表达升高(1.23倍)。从国家生物信息学中心的Gene Expression Omnibus数据库获得数据集并分析KLRG1表达。因此，多发性硬化症是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例19：在人癌症中KLRG1的表达增加
图23显示在各种各样的癌症中肿瘤浸润淋巴细胞表达KLRG1，如通过RNAseq表达检测的。从TCGA数据库下载TCGA原始RNAseq数据。分析了32种癌症类型的癌组织样品(N＝9,755)。X轴表示log 2RPKM值，Y轴包含癌症类型，每个点表示单个癌组织样品中KLRG1的表达水平。
图23显示了在许多癌症类型的肿瘤样品中KLRG1的表达。从左到右列出的癌症类型是：葡萄膜黑色素瘤、子宫癌、子宫癌肉瘤、甲状腺癌、胸腺瘤、睾丸生殖细胞肿瘤、黑色素瘤、肉瘤、直肠腺癌、前列腺癌、嗜铬细胞瘤、胰腺癌、卵巢囊腺癌、间皮瘤、肺鳞状细胞癌、肺腺癌、肝细胞肝癌、肾乳头状细胞癌、肾透明细胞癌、肾嫌色细胞癌、头颈部鳞状细胞癌、多形性成胶质细胞瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、结肠腺癌、胆管癌、宫颈癌和子宫颈内癌、乳腺浸润性癌、脑低级胶质瘤、膀胱癌、肾上腺皮质癌和急性髓性白血病。因此，这些癌症是根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例20：黑色素瘤
图24A-C显示来自3名患者的人黑色素瘤活组织检查的免疫组织化学。结果证明大量KLRG1+细胞(染黑的)浸润肿瘤。同种型对照用作阴性对照(未显示)。图24D显示在正常皮肤中不存在KLRG1+细胞。KLRG1+细胞在肿瘤组织中的存在使得黑色素瘤成为根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例21：肾细胞癌
图25显示来自4名患者的人肾细胞癌活组织检查的免疫组织化学。结果证明大量KLRG1+细胞(染黑的)浸润肿瘤。同种型对照用作阴性对照(未显示)。KLRG1+细胞在肿瘤组织中的存在使得肾细胞癌成为根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
实施例22：非小细胞肺癌
图26显示来自4名患者的人非小细胞肺癌活组织检查的免疫组织化学。观察到大量KLRG1+细胞(染黑的)浸润肿瘤。同种型对照用作阴性对照(未显示)。KLRG1+细胞在肿瘤组织中的存在使得非小细胞肺癌成为根据本发明的治疗的特别有吸引力的靶点。
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序列表
<110> 布里格姆妇女医院有限公司(The Brigham and Women's Hospital, Inc.)
儿童医学中心公司(Children's Medical Center Corporation)
<120> KLRG1消耗治疗
<130> FIC19210022P
<150> US 62/395,551
<151> 2016-09-16
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 135
<212> PRT
<213> 人(Human)
<400> 1
Cys Gln Gly Ser Asn Tyr Ser Thr Cys Ala Ser Cys Pro Ser Cys Pro
1 5 10 15
Asp Arg Trp Met Lys Tyr Gly Asn His Cys Tyr Tyr Phe Ser Val Glu
20 25 30
Glu Lys Asp Trp Asn Ser Ser Leu Glu Phe Cys Leu Ala Arg Asp Ser
35 40 45
His Leu Leu Val Ile Thr Asp Asn Gln Glu Met Ser Leu Leu Gln Val
50 55 60
Phe Leu Ser Glu Ala Phe Cys Trp Ile Gly Leu Arg Asn Asn Ser Gly
65 70 75 80
Trp Arg Trp Glu Asp Gly Ser Pro Leu Asn Phe Ser Arg Ile Ser Ser
85 90 95
Asn Ser Phe Val Gln Thr Cys Gly Ala Ile Asn Lys Asn Gly Leu Gln
100 105 110
Ala Ser Ser Cys Glu Val Pro Leu His Trp Val Cys Lys Lys Cys Pro
115 120 125
Phe Ala Asp Gln Ala Leu Phe
130 135
<210> 2
<211> 129
<212> PRT
<213> 人(Human)
<400> 2
Cys Gln Gly Ser Asn Tyr Ser Thr Cys Ala Ser Cys Pro Ser Cys Pro
1 5 10 15
Asp Arg Trp Met Lys Tyr Gly Asn His Cys Tyr Tyr Phe Ser Val Glu
20 25 30
Glu Lys Asp Trp Asn Ser Ser Leu Glu Phe Cys Leu Ala Arg Asp Ser
35 40 45
His Leu Leu Val Ile Thr Asp Asn Gln Glu Met Ser Leu Leu Gln Val
50 55 60
Phe Leu Ser Glu Ala Phe Cys Trp Ile Gly Leu Arg Asn Asn Ser Gly
65 70 75 80
Trp Arg Trp Glu Asp Gly Ser Pro Leu Asn Phe Ser Arg Ile Ser Ser
85 90 95
Asn Ser Phe Val Gln Thr Cys Gly Ala Ile Asn Lys Asn Gly Leu Gln
100 105 110
Ala Ser Ser Cys Glu Val Pro Leu His Trp Val Cys Lys Lys Val Arg
115 120 125
Leu
<210> 3
<211> 129
<212> PRT
<213> 猕猴(Cynomolgus)
<400> 3
Cys Gln Gly Ser Lys Tyr Ser Thr Cys Ala Ser Cys Pro Ser Cys Pro
1 5 10 15
Asp His Trp Met Lys Tyr Gly Asn His Cys Tyr Tyr Phe Ser Val Glu
20 25 30
Lys Lys Asp Trp Ile Ser Ser Leu Glu Phe Cys Leu Ala Arg Asp Ser
35 40 45
His Leu Leu Met Ile Thr Asp Lys Gln Glu Met Ser Leu Leu Gln Asp
50 55 60
Phe Leu Ser Glu Ala Phe His Trp Val Gly Leu Arg Asn Asn Ser Gly
65 70 75 80
Trp Arg Trp Glu Asp Gly Ser Pro Leu Asn Phe Ser Arg Ile Tyr Ser
85 90 95
Asn Ser Leu Val Gln Thr Cys Gly Ala Ile Asn Lys Asn Ser Leu Gln
100 105 110
Ala Ser Ser Cys Glu Val Ser Leu Gln Trp Val Cys Lys Lys Val Arg
115 120 125
Leu

Claims (38)

1.一种治疗受试者的方法，其包括给予有其需要的受试者有效量的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂，从而在体内消耗CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞。
2.权利要求1所述的方法，其中所述KLRG1消耗剂具有效应杀伤功能。
3.权利要求1所述的方法，其中所述KLRG1消耗剂是抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物。
4.权利要求3所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。
5.权利要求3所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物包括人抗体或人源化抗体。
6.权利要求3所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物包括：
a.结合KLRG1的全长抗体Fab抗体，其具有效应功能的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；
b.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的补体依赖性细胞毒性(CDC)；
c.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的抗体药物缀合物(ADC)；
d.Fc-钙粘素融合蛋白；
e.融合蛋白E-钙粘素/Fc；
f.融合蛋白R-钙粘素/Fc；
g.融合蛋白N-钙粘素/Fc；
h.嵌合抗原受体；或
i.多特异性抗体。
7.权利要求6所述的方法，其包括嵌合抗原受体，并且其中所述嵌合抗原受体包含移植到T细胞上的KLRG1抗体的特异性部分。
8.权利要求6所述的方法，其包括多特异性抗体，并且其中所述多特异性抗体包括双特异性抗体或三特异性抗体。
9.权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述消耗剂结合KLRG1的胞外域。
10.权利要求9所述的方法，其中所述KLRG1是人KLRG1同种型1或2的胞外域。
11.权利要求9或10所述的方法，其中所述消耗剂与人和猕猴KLRG1的胞外域交叉反应。
12.权利要求9或10所述的方法，其中所述消耗剂结合至KLRG1的胞外域的表位，其中所述表位在人和猕猴中至少90％相同。
13.权利要求9或10所述的方法，其中所述消耗剂结合至KLRG1并且不是(a)克隆13F12F2、14C2A07、REA261、13A2、SA231A2、2F1、13A2或REA261；和/或(b)描述于申请号为PCT/US17/35621的PCT申请中的药剂。
14.权利要求9或10所述的方法，其中所述消耗剂结合至KLRG1并且不是小鼠抗体。
15.权利要求9或10所述的方法，其中所述消耗剂结合KLRG1，从而标记CD8+细胞毒性T细胞和/或NK细胞用于消耗。
16.权利要求9或10所述的方法，其中所述消耗剂结合KLRG1，并且诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性CDC。
17.权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述消耗剂选择性地靶向并消耗表达KLRG1的T细胞和/或NK细胞。
18.权利要求1-17中任一项所述的方法，其中通过向受试者提供编码所述消耗剂的mRNA来给予所述消耗剂。
19.权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述受试者患有自身免疫疾病。
20.权利要求19所述的方法，其中所述自身免疫疾病是类风湿性关节炎、银屑病、包涵体肌炎(IBM)、多发性硬化、溃疡性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、特发性血小板减少性紫癜或1型糖尿病。
21.权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述受试者患有移植排斥或有发生移植排斥的风险。
22.权利要求21所述的方法，其中所述移植排斥是肾排斥。
23.权利要求24所述的方法，其中所述肾排斥是移植后T细胞介导的肾排斥。
24.权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述受试者患有恶性血液病。
25.权利要求24所述的方法，其中所述恶性血液病是白血病。
26.权利要求25所述的方法，其中所述白血病是T细胞白血病、NK细胞白血病、大颗粒淋巴细胞白血病(LGLL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL)。
27.权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述受试者患有淋巴瘤。
28.权利要求27所述的方法，其中所述淋巴瘤是T细胞淋巴瘤，优选为间变性大细胞淋巴瘤。
29.权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述受试者患有实体瘤。
30.权利要求29所述的方法，其中所述实体瘤是乳腺癌、胃癌、卵巢癌、前列腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤、黑色素瘤、肺癌、肾癌或舌癌。
31.用于细胞消耗的杀伤细胞凝集素样受体G1(KLRG1)消耗剂，其任选地排除描述于申请号为PCT/US17/35621的PCT申请中的任何药剂。
32.权利要求31所述的消耗剂，其中所述消耗剂是抗体或其抗原结合片段，或抗体模拟物，其包括：
a.结合KLRG1的全长抗体Fab抗体，其具有效应功能的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；
b.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的补体依赖性细胞毒性(CDC)；
c.结合KLRG1的抗体，其具有效应功能的抗体药物缀合物(ADC)；
d.Fc-钙粘素融合蛋白；
e.融合蛋白E-钙粘素/Fc；
f.融合蛋白R-钙粘素/Fc；
g.融合蛋白N-钙粘素/Fc；
h.嵌合抗原受体；或
i.多特异性抗体。
33.编码权利要求31或32所述的消耗剂的mRNA或cDNA。
34.一种药物组合物，其用作根据权利要求1-18中任一项所述的方法中的消耗剂。
35.权利要求24-30中任一项所述的方法，其还包括给予所述受试者有效量的检查点调节剂治疗。
36.权利要求35所述的方法，其中所述KLRG1消耗剂和检查点调节剂指疗是协同的。
37.权利要求35或36中任一项所述的方法，其中所述检查点调节剂治疗包括抗PD-1治疗、抗PD-L1治疗或抗CTLA-4治疗。
38.权利要求24-30或35-37中任一项所述的方法，其中所述受试者先前的癌症治疗已经失败或受试者未对先前的癌症治疗作出响应。
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