CN110146705B - 检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用 - Google Patents
检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110146705B CN110146705B CN201910351759.7A CN201910351759A CN110146705B CN 110146705 B CN110146705 B CN 110146705B CN 201910351759 A CN201910351759 A CN 201910351759A CN 110146705 B CN110146705 B CN 110146705B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- gastric cancer
- kit
- chip
- protein
- tissue
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/62—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating the ionisation of gases, e.g. aerosols; by investigating electric discharges, e.g. emission of cathode
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/531—Production of immunochemical test materials
- G01N33/532—Production of labelled immunochemicals
- G01N33/535—Production of labelled immunochemicals with enzyme label or co-enzymes, co-factors, enzyme inhibitors or enzyme substrates
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57446—Specifically defined cancers of stomach or intestine
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Electrochemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Abstract
本发明提供了一种检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用。提供了如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在制备用于检测和/或诊断早期胃癌的试剂盒和/或芯片中的应用：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。根据上述蛋白的差异表达即可方便准确地判定待测样本进行是否为早期胃癌症样本。
Description
技术领域
本发明涉及临床医学领域，具体而言，涉及一种检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用。
背景技术
胃癌(Gastric Carcinoma)是指原发于胃的上皮源性恶性肿瘤。在我国，胃癌发病率仅次于肺癌，居第二位，死亡率排第三位。全球每年新发胃癌病例约120万，中国约占其中的40％。我国早期胃癌占比很低，仅约20％，大多数发现时已是进展期，总体5年生存率不足50％。近年来随着胃镜检查的普及，早期胃癌比例逐年增高。
由于胃癌在一般人群中的发病率较低(33/10万)，尽管胃镜逐渐普及，但内镜检查用于胃癌普查时需要消耗大量的人力、物力资源，且患者接受度低。
而疾病生物标志物是与病理生理过程相关的可测量的变化，可用于诊断疾病、监测病程、预测疾病预后和评估治疗效果等。因此，在早期用非侵入性的方法寻找的生物标志物对于胃癌的早期诊断、病程监测和预后有重要意义。
目前，针对胃癌相关的生物标志物，目前还未明确的报道。
发明内容
本发明的主要目的在于提供一种检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用，以改善现有技术中早期胃癌检测或诊断方法的便利性。
为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在制备用于检测早期胃癌的试剂盒和/或芯片中的应用：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
进一步地，试剂盒和/或芯片还包括对照，如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在胃癌组织中的表达水平显著高于对照中的表达水平用于检测早期胃癌：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5。
进一步地，试剂盒和/或芯片还包括对照，如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在胃癌组织中的表达水平显著低于对照中的表达水平用于检测和/或诊断早期胃癌：ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
进一步地，胃癌组织为新鲜的胃癌组织或包埋于石蜡切片中的胃癌组织；优选地，胃癌为弥漫型胃癌、肠型胃癌或混合型胃癌。
进一步地，表达水平为基因层面的表达水平、转录层面的表达水平或蛋白质层面的表达水平，优选地，蛋白层面的表达水平通过质谱、western印迹及ELISA的方法中的一种或多种进行检测。
进一步地，胃癌为胃腺癌、腺鳞癌、鳞癌或贲门癌。
为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种检测早期胃癌的试剂盒，该试剂盒包括鉴定如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物的试剂：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
进一步地，试剂为鉴定胃癌蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂，优选抗体检测试剂为单克隆抗体。
为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种检测早期胃癌的芯片，芯片上设置有鉴定如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物的试剂：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
进一步地，试剂为鉴定胃癌蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂，优选抗体检测试剂为单克隆抗体。
应用本发明的技术方案，通过筛选在胃癌组织与对照组织中的表达水平存在显著差异的蛋白，其中ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5中的任一种或多种蛋白在胃癌组织中的表达水平显著高于在对照组织中的表达水平；而ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL中的任意一种或多种蛋白在胃癌组织中的表达水平显著低于在对照组织中的表达水平。因此，根据上述蛋白相比对照中的低表达或高表达，即可用于制备检测、预测、辅助预测或者筛查早期胃癌的试剂盒和/或芯片中。
具体实施方式
需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将结合实施例来详细说明本发明。
本申请中的胃癌分期是指国际抗癌联盟的TNM分期，是根据原发灶、淋巴结是否有远处转移来确定的不同分期，其中T代表原发灶侵犯的范围，N指淋巴结转移的情况，M指是否存在远处脏器的转移，TNM分期比较准确得到反映肿瘤的早中晚级别，一般分为I期、II期、III期及V期。其中，本申请中的早期胃癌一般指T1期的胃癌。
本申请中的检测的涵义包括仅指检测而不做判断、既检测又判断(或者叫诊断或筛查)或既检测及预后等。
如背景技术所提到的，现有技术中针对胃癌的蛋白标志物还比较少，为改善现有早期胃癌通过胃镜检测的不利性，本申请通过以人早期胃癌的组织石蜡切片为原料，从中筛选了差异表达的蛋白来作为早期胃癌诊断的标志物，从而为早期胃癌的检测和/或诊断提供了一种非创伤性的检测方法。
基于所筛选出来的胃癌蛋白标志物，申请人提出了本申请的技术方案。在第一种典型的实施方式中，提供了如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在制备用于检测早期胃癌的试剂盒和/或芯片中的应用：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
上述蛋白在胃癌组织与对照组织中的表达水平存在显著差异，其中ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5中的任一种或多种蛋白在胃癌组织中的表达水平显著高于在对照组织中的表达水平；而ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL中的任意一种或多种蛋白在胃癌组织中的表达水平显著低于在对照组织中的表达水平。因此，根据上述蛋白相比对照中的低表达或高表达，即可用于预测或辅助预测早期胃癌。
在一些优选的实施例中，上述试剂盒和/或芯片还包括对照，如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在胃癌组织中的表达水平显著高于对照中的表达水平用于检测和/或诊断早期胃癌：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5。
在另一些优选的实施例中，试剂盒和/或芯片还包括对照，如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物在胃癌组织中的表达水平显著低于对照中的表达水平用于检测和/或诊断早期胃癌：ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
在本申请中，胃癌组织可以为新鲜的胃癌组织或包埋于石蜡切片中的胃癌组织，两种组织存储形式的不同不影响蛋白的检测，只是在蛋白的提取分离步骤上略有差异。上述应用中，对照可以选择任何非胃癌组织的部位，优选对照为旁癌组织。
还需要说明的是，本申请的上述胃癌蛋白标志物的应用中，胃癌可适用于现有各种类型的胃癌，本申请中的胃癌既可以是按照癌症发生的组织进行分类的胃腺癌、腺鳞癌、鳞癌或贲门癌，也可以是按照分子特征进行分类的弥漫型胃癌、肠型胃癌或混合型胃癌。上述不同组织的胃癌中，优选为胃腺癌，胃腺癌在胃癌中的发病率最高。胃腺癌可以是上述弥漫型胃癌、肠型胃癌或混合型胃癌中的任意一种。
上述应用中，各胃癌蛋白标志物的表达水平可以是基因层面的，也可以是转录层面的，还可以是蛋白质层面的。不同层面的表达水平可以采用现有的方法进行检测，比如，基因层面上，可以目的蛋白标志物的基因组DNA进行PCR检测，比如高通量测序的方法；在转录层面上，可以通过对目的蛋白标志物的mRNA进行检测，也可以通过高通量测序来实现；在蛋白质层面上，其表达水平的高低可以通过现有的检测蛋白表达量的方法进行检测。包括但不仅限于通过质谱、western印迹及ELISA的方法中的一种或多种进行检测。优选采用质谱进行鉴定，其具有检测通量大的优势，便于根据整体检测效果进行判断。
基于上述应用，在本申请第二种典型的实施方式中，还提供了一种检测和/或诊断早期胃癌的试剂盒，该试剂盒包括鉴定如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物的试剂：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
优选地，上述试剂为鉴定胃癌蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂，优选抗体检测试剂为单克隆抗体。
在本申请第三种典型的实施方式中，还提供了一种检测和/或诊断早期胃癌的芯片，芯片上设置有鉴定如下任意一种或多种胃癌蛋白标志物的试剂：ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
优选地，试剂为鉴定胃癌蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂，优选抗体检测试剂为单克隆抗体。
下面将结合具体的实施例来进一步说明本申请的有益效果。
第一部分，基于石蜡包埋的早期胃癌样本(11个病例共22个样本)的蛋白制备方法，详细步骤如下：
(一)、切片：
取已经包埋好的蜡块，用解剖刀去除组织块周围多余的石蜡，把组织块修成梯形；
将蜡块固定在切片机上，调整切片厚度为5微米，进行切片；
用毛笔或牙签挑取切片到展片机中进行展片，温度为45℃；
用载玻片捞片(至少捞两个载玻片，一片实验，一片备用)，蜡片摆正后，铅笔编号，竖直放置载玻片晾干，然后置于烤片机上60℃烤片2小时；
置于切片盒-20℃存放。
(二)、蛋白提取
切片-20℃取出后，置于切片架上，60℃烤箱烘烤1小时；
复室温后，进行脱蜡，具体过程和时间如下：二甲苯Ⅰ，10分钟；二甲苯Ⅱ，10分钟；二甲苯Ⅲ(说明：二甲苯I、II和III只表示三次，在浓度上无区别)，10分钟；100％乙醇，10分钟；95％乙醇，10分钟；90％乙醇，10分钟；85％乙醇，10分钟；75％乙醇，10分钟；蒸馏水Ⅰ，10分钟；蒸馏水Ⅱ，10分钟。
置于通风处干燥后，用手术刀片把切片刮至装有100微升的50mM NH4HCO3溶液的EP管中。
(三)、蛋白还原烷基化，酶解肽段：
加入0.5微升1M DTT，56℃加热30分钟后，恢复室温，加入1M IAA，室温避光30分钟；再加入0.5微升1M DTT，室温15分钟；
加入3微克质谱测序级胰酶，37℃混匀消化过夜；
次日，加入200微升50％乙腈和0.1％甲酸溶液，室温震荡混匀5分钟，10000g离心5分钟，取上清置于一新管；重复一次，两次上清合并，真空浓缩仪60℃抽干肽段。
(四)、脱盐：
1.抽干后的肽段用100微升0.1％甲酸溶液复溶；脱盐程序如下：
自制脱盐柱：T400枪头+2层C18膜+1mgC18粉末；
脱盐柱活化：
100％ACN，100微升，1000g,离心1min；
50％ACN，100微升，1000g,离心3min；
80％ACN，100微升，1000g,离心2min；
50％ACN，100微升，1000g,离心3min；
脱盐柱平衡：0.1％FA，100微升，1000g,离心4min；重复一次；
肽段上样：溶解的肽段加入到脱盐柱，1000g,离心4min；离心后的液体重复上样一次；
清洗盐分：0.1％FA，100微升，1000g,离心4min；重复一次；
肽段洗脱：脱盐柱至于一新的收集管中，加入100微升25％ACN+0.1％FA，1000g,离4min，收集洗脱的样品真空浓缩仪60℃抽干肽段，送于液质联用质谱分析。
第二部分：质谱分离检测：
取5uL第一部分制成的肽段溶液置于96孔上样板进行色谱进样；
色谱分离梯度设置如下：
流动相A：100％色谱级水+0.2％甲酸；
流动相B：80％色谱级乙腈+0.2％甲酸；
色谱梯度：75分钟梯度；
| 时间 | 持续时间 | 流速(纳升/分钟) | B％ |
| 0 | 0 | 600 | 8 |
| 6 | 16 | 600 | 16 |
| 51 | 35 | 600 | 30 |
| 66 | 15 | 600 | 42 |
| 67 | 1 | 600 | 95 |
| 75 | 8 | 600 | 95 |
质谱仪Q-Exactive HF(Thermo)设置如下：
一级质谱，扫描范围:300-1400m/z，分辨率:120000(@m/z 200)，AGC target(自动增益目标):3e6，Maximum IT(最大注入时间):80ms；
二级扫描，Isolation window(隔离窗口)：1.6Da，分辨率:15000(@m/z 200)，AGCtarget:2e4，Maximum IT:20ms，Microscans(微扫描)：1，MS2Activation Type(二级活化类型)：HCD(高能碰撞模式)，NCE(碰撞能量)：27；二级扫描个数Top30。
DDA扫描模式结束后，Isolation window:1.6Da，分辨率:15000(@m/z 200)，AGCtarget:2e4，Maximum IT:40ms，Microscans:1，MS2Activation Type:HCD，NCE:27。
第三部分，对质谱数据进行Firmiana(一站式蛋白质组学数据分析云系统)搜库处理，计算蛋白标志物在各组织样本中的表达量。
分析结果：共实施11例早期胃癌及癌旁组织，共鉴定5515个蛋白。通过取平均峰面积及平均PSM(Propensity Score Matching，倾向评分匹配)两个指标对两种组织中表达量存在显著差异的蛋白进行筛选，筛选结果见表1和表2。
表1：
| 蛋白标志物 | S<sub>对照</sub> | S<sub>癌组织</sub> | S<sub>癌组织</sub>/S<sub>对照</sub> | PSM<sub>癌组织</sub> |
| ASL | 33421295.39 | 463322183 | 13.86308273 | 7.545454545 |
| CHGA | 30336909.54 | 330332945 | 10.88881333 | 7.181818182 |
| DSP | 96386958.07 | 1165093169 | 12.08766406 | 24.72727273 |
| EML4 | 31608489.91 | 614007265.9 | 19.4253907 | 5.545454545 |
| EPRS | 53612716.38 | 552212769.6 | 10.3000334 | 11.27272727 |
| GCN1L1 | 14857965.14 | 965651932.4 | 64.99220607 | 7.272727273 |
| KRT13 | 1480600494 | 17474721960 | 11.80245585 | 26.54545455 |
| PIGR | 12986276.02 | 261145252.3 | 20.10932557 | 7.363636364 |
| SAFB | 2380728.95 | 33737691.64 | 14.17116032 | 5.272727273 |
| SF3B1 | 12839419.4 | 176246432.1 | 13.72697835 | 6.454545455 |
| TJP2 | 4929857.626 | 63289082.56 | 12.83791285 | 6.909090909 |
| OLFM4 | 8149862.535 | 275006315.8 | 33.74367538 | 6.181818182 |
| ANPEP | 3694621.187 | 208580763.8 | 56.45525028 | 6.363636364 |
| CES2 | 39516211.22 | 411827639 | 10.42173898 | 5.636363636 |
| SERPINB5 | 3227920.204 | 281729441.1 | 87.27893607 | 5 |
表2：
| 蛋白标志物 | S<sub>对照</sub> | S<sub>癌组织</sub> | S<sub>癌组织/</sub>S<sub>对照</sub> | PSM<sub>对照</sub> |
| ATP4A | 2825098926 | 478936299.8 | 0.169529 | 24 |
| CKB | 31574614082 | 4903692530 | 0.155305 | 61.45455 |
| CKMT2 | 529047763.9 | 37692978.17 | 0.071247 | 5.125 |
| FAM129A | 263130341.7 | 34041575.32 | 0.129372 | 6.909091 |
| KANK2 | 803337272.4 | 121871592.1 | 0.151707 | 9.818182 |
| NDUFS2 | 858682286.8 | 107385776.6 | 0.125059 | 6 |
| PGA3 | 26037671186 | 3078670231 | 0.118239 | 7.555556 |
| PGA4 | 25859553151 | 3071398274 | 0.118772 | 6.888889 |
| PGA5 | 25859553151 | 3071398274 | 0.118772 | 6.888889 |
| RSU1 | 1573054779 | 132429162.2 | 0.084186 | 5.818182 |
| SORBS2 | 260752748.2 | 38069711.43 | 0.145999 | 9 |
| SUCLG2 | 1644133996 | 263425830.7 | 0.160222 | 8.545455 |
| DMD | 488290315.8 | 56841035.84 | 0.116408 | 8.272727 |
| SVIL | 134047687.1 | 18254965.89 | 0.136183 | 6.6 |
表1中，S代表平均峰面积，从中可以看出，S癌组织/S癌旁组织≥10，癌组织中鉴定蛋白PSM>5的蛋白如下：
ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5。
从表2中可以看出，S癌组织/S癌旁组织≤0.2，癌旁组织中鉴定的蛋白PSM>5的蛋白如下：ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD、SVIL。
为了进一步验证上述筛选到的蛋白标志物能够用于检测不同类型的早期胃癌，本申请对临床上已经确定了分型的三种胃癌进行了验证，即还提供了实施例2(混合型胃癌)、实施例3(弥漫胃癌)和实施例4(肠型胃癌)进行验证，这三个实施例的具体检测步骤同实施例1，检测结果分别见表3至表8。
表3：混合型胃癌中上调表达的蛋白标志物
| 蛋白标志物 | S<sub>对照</sub> | S<sub>癌组织</sub> | S<sub>癌组织</sub>/S<sub>对照</sub> | PSM<sub>癌组织</sub> |
| ASL | 27450942.45 | 38752346.62 | 1.411694578 | 6 |
| CHGA | 43723007.04 | 2216122.853 | 0.050685509 | 2 |
| DSP | 44102874.27 | 221533031.8 | 5.023097371 | 21 |
| EML4 | 4433440.275 | 4837563.536 | 1.091153424 | 3 |
| EPRS | 58822890.06 | 152192649.9 | 2.58730317 | 9 |
| GCN1L1 | 0 | 47716643.14 | 1000 | 9 |
| KRT13 | 451834784.8 | 1445996191 | 3.200276383 | 6 |
| PIGR | 7873177.397 | 158867521.9 | 20.17832368 | 13 |
| SAFB | 3060785.407 | 71429420.37 | 23.33695796 | 8 |
| SF3B1 | 9986331.996 | 19432095.69 | 1.945869184 | 5 |
| TJP2 | 0 | 23586604.89 | 1000 | 9 |
| OLFM4 | 0 | 273380119.2 | 1000 | 12 |
| ANPEP | 0 | 47100573.05 | 1000 | 6 |
| CES2 | 0 | 48827940.64 | 1000 | 6 |
| SERPINB5 | 0 | 19221683.59 | 1000 | 4 |
表4：混合型胃癌中下调表达的蛋白标志物
表5：弥漫型胃癌中上调表达的蛋白标志物
| 蛋白标志物 | S<sub>对照</sub> | S<sub>癌组织</sub> | S<sub>癌组织</sub>/S<sub>对照</sub> | PSM<sub>癌组织</sub> |
| ASL | 0 | 49964268.67 | 1000 | 8 |
| CHGA | 22740799 | 3181327.1 | 0.139895 | 2 |
| DSP | 39353740.06 | 67719520.19 | 1.72079 | 9 |
| EML4 | 39522859.49 | 17584312.27 | 0.444915 | 3 |
| EPRS | 38583247.76 | 119027952.2 | 3.084965 | 14 |
| GCN1L1 | 0 | 71794332.85 | 1000 | 8 |
| KRT13 | 441839694.3 | 3030372264 | 6.858533 | 12 |
| PIGR | 40553769.23 | 288886367.7 | 7.123539 | 11 |
| SAFB | 0 | 19977050.51 | 1000 | 5 |
| SF3B1 | 0 | 17347311.32 | 1000 | 5 |
| TJP2 | 0 | 17716933.24 | 1000 | 8 |
| OLFM4 | 0 | 138183153.1 | 1000 | 5 |
| ANPEP | 3834781.609 | 40277350.35 | 10.50317 | 8 |
| CES2 | 93471211.85 | 77780578.63 | 0.832134 | 4 |
| SERPINB5 | 0 | 10096341.44 | 1000 | 5 |
表6：弥漫型胃癌中下调表达的蛋白标志物
| 蛋白标志物 | S<sub>对照</sub> | S<sub>癌组织</sub> | S<sub>癌组织</sub>/S<sub>对照</sub> | PSM<sub>对照</sub> |
| ATP4A | 263367987.5 | 86897657.19 | 0.329948 | 7 |
| CKB | 1602332244 | 83349246.35 | 0.052017 | 17 |
| CKMT2 | 10626308.45 | 13210073.35 | 1.243148 | 1 |
| FAM129A | 39477946.09 | 3438331.152 | 0.087095 | 6 |
| KANK2 | 38597266.28 | 12067458.1 | 0.312651 | 5 |
| NDUFS2 | 34798926.43 | 236391833.8 | 6.793078 | 3 |
| PGA3 | 0 | 0 | 1000 | 0 |
| PGA4 | 0 | 0 | 1000 | 0 |
| PGA5 | 0 | 0 | 1000 | 0 |
| RSU1 | 116360985.9 | 5589182.386 | 0.048033 | 3 |
| SORBS2 | 25912143 | 0 | 0 | 3 |
| SUCLG2 | 90792110.01 | 50919052.53 | 0.560831 | 9 |
| DMD | 25433014.26 | 3927016.109 | 0.154406 | 4 |
| SVIL | 466470989.7 | 0 | 0 | 6 |
表7：
表8：
| 蛋白标志物 | S<sub>对照</sub> | S<sub>癌组织</sub> | S<sub>癌组织</sub>/S<sub>对照</sub> | PSM<sub>对照</sub> |
| ATP4A | 9819659635 | 456274905.9 | 0.046465 | 56 |
| CKB | 41913690880 | 4503165260 | 0.107439 | 105 |
| CKMT2 | 370335608.4 | 35909829.59 | 0.096966 | 9 |
| FAM129A | 127881481.9 | 0 | 0 | 5 |
| KANK2 | 124782603 | 84317540.04 | 0.675716 | 9 |
| NDUFS2 | 392108854.5 | 210885950.3 | 0.537825 | 11 |
| PGA3 | 1.02E+11 | 357190465.4 | 0.003502 | 15 |
| PGA4 | 1.01E+11 | 357190465.4 | 0.003537 | 12 |
| PGA5 | 1.01E+11 | 357190465.4 | 0.003537 | 12 |
| RSU1 | 252952995.1 | 240936296.6 | 0.952494 | 7 |
| SORBS2 | 238999376.8 | 30584891.98 | 0.127971 | 9 |
| SUCLG2 | 1188619505 | 480133376.7 | 0.403942 | 12 |
| DMD | 17478773.02 | 75831371.26 | 4.338484 | 2 |
| SVIL | 50290167.38 | 19165950.81 | 0.381107 | 6 |
Ps:表3-表8中的数值为1000代表上调或下调无穷大时默认为1000.
从表3和表8中可以看出，在采用本申请的蛋白标志物进行癌症检测时，在不同类型的癌症病例中上调或下调表达的蛋白标志物有所不同(各实施例见表下划线的蛋白标志物)。
以上调的蛋白为例，实施例2所示的病例中，所检测的15个蛋白标志物中同时上调表达的有13个(除CHGA、EML4外)，也就是说，从15个上调表达的蛋白中选择除CHGA或EML4之外的任一个蛋白，只要同样上调，即可确定为早期胃癌。实施例2上调表达的13个蛋白标志物中，符合S癌组织/S癌旁组织≥10，癌组织中鉴定蛋白PSM>5的蛋白有：DSP、GCN1L1、PIGR、SAFB、TJP2、OLFM4、ANPEP及CES2。
实施例3所示的病例中，所检测的15个蛋白标志物中同时上调表达的有12个(除CHGA、EML4及CES2外)，也就是说，从15个上调表达的蛋白中选择除(CHGA、EML4及CES2之外的任一个蛋白，只要同样上调，即可确定为早期胃癌。实施例3上调表达的13个蛋白标志物中，符合S癌组织/S癌旁组织≥10，癌组织中鉴定蛋白PSM>5的蛋白有：ASL、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP及SERPINB5。
实施例4所示的病例中，所检测的15个蛋白标志物中同时上调表达的有13个(除OLFM4、ANPEP外)，也就是说，从15个上调表达的蛋白中选择除OLFM4及ANPEP外的任一个蛋白，只要同样上调，即可确定为早期胃癌。实施例4上调表达的13个蛋白标志物中，符合S癌组织/S癌旁组织≥10，癌组织中鉴定蛋白PSM>5的蛋白有：ASL、DSP、EPRS、KRT13、SF3B1及SERPINB5。
从三个实施例可以看出，当本申请所提供的用于检测上调表达的蛋白标志物中，只要有一个蛋白被检测出符合S癌组织/S癌旁组织≥10，癌组织中鉴定的蛋白PSM>5，即可判定该样本为早期胃癌。类似地，下调表达的蛋白标志物中，只要有一个蛋白被检测出符合S癌组织/S癌旁组织≤0.2，癌旁组织中鉴定的蛋白PSM>5，即可判定该样本为早期胃癌。
也就是说，当采用本申请的蛋白标志物在进行检测时，只要上述任意一个上调表达的蛋白标志物的确是上调表达了，或者任意一个下调表达的蛋白标志物的确下调表达了，则可以判断属于早期胃癌。
从以上的描述中，可以看出，本发明上述的实施例通过从胃癌组织和旁癌组织中的差异表达的蛋白中，找到了上述表1和表2所示的能够表征在胃癌组织中上调或下调表达的蛋白，这些蛋白能够作为胃癌的标志物进行胃癌的诊断或检测。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (14)
1.鉴定胃组织样本中的如下多种胃癌蛋白标志物的试剂在制备用于检测早期胃癌的试剂盒和/或芯片中的应用：
ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂盒和/或芯片还包括对照，如下多种所述胃癌蛋白标志物在胃癌组织中的表达水平显著高于所述对照中的表达水平用于检测早期胃癌：
ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂盒和/或芯片还包括对照，如下多种所述胃癌蛋白标志物在胃癌组织中的表达水平显著低于所述对照中的表达水平用于检测早期胃癌：
ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
4.根据权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述胃癌组织为新鲜的胃癌组织或包埋于石蜡切片中的胃癌组织。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述胃癌根据Lauren分型为弥漫型胃癌、肠型胃癌或混合型胃癌。
6.根据权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述表达水平为蛋白质层面的表达水平。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，
所述蛋白质层面的表达水平通过质谱、western印迹及ELISA的方法中的一种或多种进行检测。
8.根据权利要求1至3中任一项所述的应用，其特征在于，所述胃癌为胃腺癌、腺鳞癌、鳞癌或贲门癌。
9.一种检测早期胃癌的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括鉴定胃组织样本中的如下多种胃癌蛋白标志物的试剂：
ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
10.根据权利要求9所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂为鉴定所述胃癌蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂。
11.根据权利要求10所述的试剂盒，其特征在于，所述抗体检测试剂为单克隆抗体。
12.一种检测早期胃癌的芯片，其特征在于，所述芯片上设置有鉴定胃组织样本中的如下多种胃癌蛋白标志物的试剂：
ASL、CHGA、DSP、EML4、EPRS、GCN1L1、KRT13、PIGR、SAFB、SF3B1、TJP2、OLFM4、ANPEP、CES2、SERPINB5、ATP4A、CKB、CKMT2、FAM129A、KANK2、NDUFS2、PGA3、PGA4、PGA5、RSU1、SORBS2、SUCLG2、DMD及SVIL。
13.根据权利要求12所述的芯片，其特征在于，所述试剂为鉴定所述胃癌蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂。
14.根据权利要求13所述的芯片，其特征在于，所述抗体检测试剂为单克隆抗体。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910351759.7A CN110146705B (zh) | 2019-04-28 | 2019-04-28 | 检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910351759.7A CN110146705B (zh) | 2019-04-28 | 2019-04-28 | 检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110146705A CN110146705A (zh) | 2019-08-20 |
| CN110146705B true CN110146705B (zh) | 2022-05-13 |
Family
ID=67593980
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201910351759.7A Active CN110146705B (zh) | 2019-04-28 | 2019-04-28 | 检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN110146705B (zh) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112746107A (zh) * | 2020-12-30 | 2021-05-04 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | 胃癌相关生物标志物及其在诊断中的应用 |
Family Cites Families (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120053080A1 (en) * | 2009-03-09 | 2012-03-01 | Juan Cui | Protein markers identification for gastric cancer diagnosis |
| US9310370B2 (en) * | 2009-05-15 | 2016-04-12 | Pacific Edge Limited | Markers for detection of gastric cancer |
| US20110059452A1 (en) * | 2009-08-18 | 2011-03-10 | Vanderbilt University | Methods of screening for gastric cancer |
| EP2620772A1 (en) * | 2012-01-25 | 2013-07-31 | APP Latvijas Biomedicinas petijumu un studiju centrs | Gastric cancer biomarkers and methods of use thereof |
| US10724101B2 (en) * | 2016-03-18 | 2020-07-28 | The Chinese University Of Hong Kong | Biomarker SCNN1B for gastric cancer |
| US10294530B2 (en) * | 2016-03-30 | 2019-05-21 | The Chinese University Of Hong Kong | Biomarker FOXF2 for gastric cancer |
-
2019
- 2019-04-28 CN CN201910351759.7A patent/CN110146705B/zh active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN110146705A (zh) | 2019-08-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Rodrigo et al. | MALDI-TOF MS as evolving cancer diagnostic tool: a review | |
| Abramovitz et al. | Optimization of RNA extraction from FFPE tissues for expression profiling in the DASL assay | |
| KR101788414B1 (ko) | 간암 조기 진단용 바이오마커 및 그 용도 | |
| US8450057B2 (en) | Diagnostic tests using gene expression ratios | |
| CN105067822B (zh) | 用于食管癌诊断的标志物 | |
| US20140243433A1 (en) | Marker genes for prostate cancer classification | |
| Pastor et al. | Proteomic biomarkers in lung cancer | |
| CA3068688A1 (en) | Biomarker for detecting colorectal cancer | |
| Cappellesso et al. | miR‐130A as a diagnostic marker to differentiate malignant mesothelioma from lung adenocarcinoma in pleural effusion cytology | |
| WO2019048588A1 (en) | PANEL OF PROTEIN BIOMARKERS AND MIXED AUTO-ANTIBODIES FOR THE DIAGNOSIS OF COLORECTAL CANCER | |
| US20220275456A1 (en) | Differentiation marker gene set, method, and kit for differentiating or classifying subtype of breast cancer | |
| JP6441215B2 (ja) | 肺組織像を細分類するためのｓｒｍ／ｍｒｍ分析 | |
| CN110146705B (zh) | 检测早期胃癌的试剂盒或芯片、胃癌蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用 | |
| JP2010066225A (ja) | 質量分析法を利用した複数癌腫の血液検出のための方法および生物マーカー | |
| Shan et al. | Molecular analyses of prostate tumors for diagnosis of malignancy on fine-needle aspiration biopsies | |
| KR20070088979A (ko) | 암진단용 마커 단백질, 그리고 이를 이용한 암진단방법 및암 진단키트 | |
| CN113866413B (zh) | 一种结直肠癌诊断标志物及其应用 | |
| Chen et al. | Identification of biomarkers to improve diagnostic sensitivity of sporadic colorectal cancer in patients with low preoperative serum carcinoembryonic antigen by clinical proteomic analysis | |
| EP2620772A1 (en) | Gastric cancer biomarkers and methods of use thereof | |
| CN110554189A (zh) | 胰腺癌诊断标志物及其应用 | |
| JP2007263896A (ja) | 肺癌患者の術後予後予測のための生物マーカー及びその方法 | |
| Xu et al. | MALDI‐MS derived prognostic protein markers for resected non‐small cell lung cancer | |
| CN108913772B (zh) | 基于捕获测序的bMSI检测技术 | |
| US20060246466A1 (en) | Identification of biomarkers for detecting gastric carcinoma | |
| US20240053343A1 (en) | Biomarkers signature(s) for the prevention and early detection of gastric cancer |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| CB02 | Change of applicant information | ||
| CB02 | Change of applicant information |
Address after: 100195 No. 150, building 1, zone B, No. 80, xingshikou Road, Haidian District, Beijing Applicant after: BEIJING GUHAI TIANMU BIOMEDICAL TECHNOLOGY Co.,Ltd. Address before: No. 301-183, floor 3, building 2, zone B, central liquid cold and heat source environmental system industrial base project, No. 80, xingshikou Road, Haidian District, Beijing 102206 Applicant before: BEIJING GUHAI TIANMU BIOMEDICAL TECHNOLOGY Co.,Ltd. |
|
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |