CN110088295A - 利用差异丰度的k-聚体对非靶标生物体的扩增整合性遗传物质耗尽 - Google Patents

利用差异丰度的k-聚体对非靶标生物体的扩增整合性遗传物质耗尽 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，其中应用k‑聚体(3)，与受试者的基因组(1)相比，该k‑聚体(3)在该至少一种微生物和/或病毒的基因组(2)中显示出频率和/或背景的差异。

Description

利用差异丰度的k-聚体对非靶标生物体的扩增整合性遗传物 质耗尽
技术领域
本发明涉及一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，其中应用k-聚体，与所述受试者的基因组相比，该k-聚体在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异。
背景技术
细菌、病毒或寄生虫感染一直是对人类的威胁，并将继续在世界上造成大量死亡。最广泛使用的对抗感染的策略是：
a)预防(例如通过接种疫苗)或
b)治疗(例如通过抗生素或抗病毒剂)。
对于这两种策略，都需要检测正在感染(用于治疗)或先前感染(以检查先前感染或接种疫苗是否提供免疫力)的诊断方法。
可以以各种方式检测受试者中的病原体感染，其中之一是检测受试者样品中病原体的核酸序列。
为此目的，可以进行样品中核酸序列的测序。
然而，当对受试者的复杂样品中的核酸序列进行测序时，用于检测病原体(例如细菌、病毒等)的诸如复杂生物学样本(例如血液、尿液等)的这类样品的直接测序，经常受到受试者自身核酸序列(例如(人)宿主DNA)的高背景水平的阻碍。
特别是对于血液，过量的人类DNA在可提取的DNA库中占据多达1010。对于传染病诊断，通常对受试者的核酸序列(例如人DNA)并不关注。因此，高度宿主污染的样品的直接测序是低效的，因此不具有成本效益。
目前，存在几种用于宿主(例如人)DNA去除的技术，但这些技术通常是昂贵的并且常常需要附加的样品制备步骤。
一些技术利用对人类DNA的耗尽，其是通过靶向真核DNA特性(例如存在CpG-甲基化位点和组蛋白)来进行的。这些技术涉及随后的抗体靶向，例如针对New EnglandInc.的NEB-Microbiome DNA富集试剂盒所描述的(https://www.neb.com/products/e2612-nebnext-microbiome-dna-enrichment-kit#pd-references)或在CN 104152437中所描述的。
此外，还可以使用细胞膜/壁的差异，这导致选择性裂解方法，例如使用MolzymGmbH&Co.KG的MolYsisTM可获得的(http://www.molzym.com/products/dna-isolation-products/pathogen-dna-molysis)或如US 7893251中所公开的。
然而，当宿主生物体改变和/或靶标生物体是密切相关的生物体(真核生物)时，这些技术则不起作用，所述密切相关的生物体例如是人类寄生虫恶性疟原虫(Plasmodiumfalciparum)，它是一种也显示出甲基化和组蛋白的生物体。
另外，存在其它富集技术，如微流体多重置换扩增(MDA)、DNA与组蛋白的超速离心以及人类细胞的选择性裂解等。
最近，Ge等人,“Preferential Amplification of Pathogenic Sequences”,Scientific Reports 5,Article number(文章编号):11047,(2015),doi:10.1038/srep11047提出了一种主要针对转录组设计的策略，其中可以预期病毒转录体。其原理是基于与2000个丰度最高的人类转录体不相匹配的8聚体、9聚体或10聚体。随后将这些“非人”引物用于逆转录反应以从RNA物质产生cDNA文库。
然而，需要进一步改进富集受试者样品中微生物和/或病毒的核酸序列的方法。
发明内容
发明人发现，通过利用基因签名(基因组标签，genomic signature)(本文指特异性k-聚体)差异的技术，选择性扩增微生物的核酸序列，即病原体DNA，可以实现微生物核酸序列富集的进一步改善。发明人发现，可以使用特异性k-聚体，通过选择显示出靶标和背景(background)之间的频率和/或背景(内容，context)差异的k-聚体，可优先扩增靶标序列。在从血液样品中无偏扩增细菌DNA的情况下，例如选择性扩增的靶标将对应于(一种或多种)微生物基因组的集合，而表示背景核酸序列的受试者对应于人类基因组。
根据第一方面，本发明涉及一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，该方法包括：
提供受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；
确定至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异；和
使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的病原体DNA序列，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
此外，在进一步的方面，公开了一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，该方法包括：
提供受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的病原体DNA序列，与所述受试者的基因组相比，所述k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
此外公开了一种数据库，其包含多种k-聚体，与受试者的基因组相比，所述k-聚体在至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异，所述微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，其特征在于，所述多种k-聚体具有6个核酸的长度。
此外，本发明涉及一种选择性扩增受试者的样品中的至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，该方法包括：
提供受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度并且所述至少一种k-聚体具有选自以下组I的核苷酸序列作为引物：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)，
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
还公开的是一种选择性扩增受试者的样品中的至少一种微生物的至少一种病原体DNA的方法，所述微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，该方法包括：
提供受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，其中所述k-聚体在其序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
此外，本发明提供了一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
至少一种k-聚体，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度并且所述至少一种k-聚体具有选自以下组I的核苷酸序列：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)，
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
此外，本发明提供了一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
至少一种k-聚体，在其序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
本发明的其它方面和实施方式在从属权利要求中公开，并且可以从以下描述、附图和实施例中获得，但不限于此。
附图说明
附图应说明本发明的实施方式并传达对其的进一步理解。结合说明书，它们用作对本发明的构思和原理的解释。可以结合附图推导出其它实施方式和许多所述优点。附图中的要素(元件)不一定彼此成比例。除非另有说明，否则在附图中用相同的附图标记表示相同的、功能等同的和作用相同的特征和组分(组件)。
图1显示了关于本发明实施例中特异性六聚体的主成分分析的结果。
图2描绘了本发明实施例中的六聚体频率的热图。
图3表示示出了使用本发明方法的多重置换扩增的示意图。
具体实施方式
定义
除非另外定义，否则本文使用的技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。
术语“核酸分子”是指具有确定序列的多核苷酸分子。它包括DNA分子、RNA分子、核苷酸类似物分子及其组合和衍生物，如具有并入的核苷酸类似物或cDNA的DNA分子或RNA分子。类似地，核酸序列是多核苷酸的序列，包括DNA序列、RNA序列、核苷酸类似物分子的序列及其组合和衍生物，例如具有并入的核苷酸类似物或cDNA的DNA分子或RNA分子。核酸序列，也称为核苷酸序列，是包含多于一个核苷酸的序列。其中包含的核苷酸没有特别限制，并且可以例如包括天然存在的核苷酸，例如在遗传物质中的，例如核苷酸碱基A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)、G(鸟嘌呤)、T(胸腺嘧啶)和/或U(尿嘧啶)。
在本发明的上下文中，受试者的“样品”是包含至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列的样品。样品的实例是：受试者如患者(例如人类患者)的样品，例如细胞、组织和/或活组织检查样本等；体液如血液、尿液、唾液、痰液、血浆、血清、细胞培养上清液、拭子样品等。还包括取自天然和/或人造环境的包含至少一种微生物和/或病毒的样品，例如土壤样品，例如具有脊椎动物、其它动物如昆虫等、和/或植物等的核酸序列背景；诸如污垢的沉积物等；生物膜，例如来自废物管理或在卫生设备中等等，和/或其它微生物聚生体(微生物群落，microbiological consortia)。根据某些实施方式，样品是患者样品(临床分离物)。示例性样品是患者的血清、血浆和/或全血。使用本方法，也可以一次使用多于一个样品。
在本说明书中，术语“微生物(microorganism)”包括术语微生物(microbe)。除非另有说明或显而易见，否则对微生物的类型没有特别限制，例如包括细菌、微观真菌(微小真菌)例如霉菌和/或酵母、微观藻类(微小藻类)、原生动物和其它原生生物、其它单细胞生物如变形虫等，以及它们的组合。其中的原生生物是指不是动物、植物或真菌的任何真核生物。根据某些实施方式，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌。
本发明中的受试者可以指所关注的个体生物体或生物体群组，其用于选择性地扩增至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列，例如在微生物群落中。其中不排除所述生物体群组还包括非存活的生物体的核酸序列，如裂解的细菌、病毒等。因此，还可以富集例如特定古细菌和/或细菌的核酸序列，其可以在包含微生物聚生体的样品中被选择性扩增。受试者可以是例如脊椎动物或无脊椎动物等动物、植物、真菌、微生物聚生体等，并且只要其样品包含所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列，对其没有特别限制。根据某些实施方式，受试者是脊椎动物或微生物聚生体。
本发明中的脊椎动物是指具有脊椎的动物，其包括哺乳动物-包括人类、鸟类、爬行动物、两栖动物和鱼类。根据某些实施方式，本发明方法中的受试者是脊椎动物，更优选哺乳动物，最优选人类，例如患者。在这方面，特别有利的是使用其中受试者具有高度保守的基因组的样品，例如人类。然而，其它生物也可以用作受试者，例如小鼠(用于例如用于医学分析的小鼠模型中)、大鼠等。
本发明中的k-聚体是指核酸数为k的核酸序列，k是具有2或更大值的整数。根据某些实施方式，k-聚体的长度为3至30个核酸，优选4至20个核酸，进一步优选5至15个核酸，例如5至12、6至11或6至10个核酸，特别是6至8个核酸，例如6、7和/或8个核酸。用作引物的k聚体可以是任何形状。
转录组是指含有生物体的一个细胞或者细胞群中的所有信使RNA分子的一组核酸序列。
相比之下，基因组是指生物体的整个遗传物质，包括基因，即整个生物体的编码区、非编码核酸序列如非编码DNA，包括来自线粒体和/或叶绿体的遗传物质。
微生物聚生体代表一组两个或更多个共生的微生物群，其实例是生物膜。在本发明中不排除微生物聚生体含有其它生物等，如病毒、疟原虫(plasmode)、变形虫、噬菌体等。在微生物聚生体中，使用本方法可以增强目标生物体的覆盖(覆盖量)。
等温扩增在恒定温度下进行，并且在这方面与聚合酶链式反应(PCR)不同。多重置换扩增(MDA)是一种核酸序列(例如DNA)扩增技术并且使用等温扩增。它通常使用高保真酶，例如Φ29DNA聚合酶，在恒定温度下进行。与常规PCR扩增技术相比，MDA通常产生具有较低错误频率的较大尺寸的产物。
本发明的第一方面涉及一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者样品，其包含至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；
确定至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，其在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异；和
使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列。
在这一方法中，样品可以任何方式提供或获得，优选非侵入性方式，并且可以例如作为体外样品提供或制备为体外样品。
此外，对于确定与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体，没有特别限制。因此，k-聚体可与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率差异、与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出背景差异、或者与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和背景的差异。
因此，与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中的频率差异是：与所述受试者中与受试者基因组相关的特异性k-聚体的量相比，所述至少一种微生物和/或病毒中与所述至少一种微生物和/或病毒的基因组大小相关的特异性k-聚体的量增加。这意味着与受试者的每个基因组大小的特异性k-聚体的量相比较，在所述至少一种微生物和/或病毒中，每个基因组大小的特异性k-聚体的量(即基因组中出现的数量)相对更加丰富。
背景(内容，context)差异是指与受试者的基因组相比，至少一种微生物和/或病毒中的k-聚体的核酸序列(例如模式)的差异，即如果仅在至少一种微生物和/或病毒中发现特异性k-聚体序列。
因此，所述确定还包括仅在至少一种微生物和/或病毒中发现特异性k-聚体的情况，从而在随后的扩增步骤中不发生受试者基因组的扩增。然而，还包括由于与受试者相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中扩增数目相对增加(即频率差异)导致的选择性扩增或两者的组合。
根据某些实施方式，与受试者的基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体的确定是使用数据库进行的，该数据库包含受试者和至少一种微生物和/或病毒的基因组。所述数据库没有特别限制，并且可以从例如可公开获得的数据库如NCBI、JGI IMG、(JGI)GOLD、MBGD、Ensembl、1000GenomesProject、Exome Aggregation Consortium等获得基因组数据，但也可以使用其它数据库。
因此，对与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中具有频率和/或背景差异的k-聚体的存在的数据分析没有特别地限制。可以搜索具有一定长度k的k-聚体并同时搜索具有不同长度k的k-聚体，因此在随后的扩增步骤中可以使用具有一种特定长度k的k-聚体或者具有多种长度k的k-聚体。根据某些实施方式，确定的k-聚体具有为3至30个核酸的长度，优选4至20个核酸，进一步优选5至15个核酸，例如5至12、6至11或6至10个核酸，特别是6至8个核酸，例如具有6、7和/或8个核酸的长度。
根据某些实施方式，确定多种k-聚体并将它们用作扩增样品中核酸序列的引物。这样，可以获得至少一种微生物和/或病毒的核酸序列富集的预料不到的增加。
根据某些实施方式，确定2-100000，例如5至100000，优选50至30000，进一步优选80至3000，例如100至200种k-聚体。
对于使用至少一种k-聚体作为引物对样品中的核酸序列进行的扩增，也没有特别限制，所述至少一种k-聚体是在确定与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体的步骤中确定的。如已经讨论的，还可以使用多种k-聚体作为引物。
对扩增方法没有特别限制，其可以是基于PCR(聚合酶链反应)类技术和/或基于等温扩增类技术，这些对于本领域技术人员来说是已知的。根据某些实施方式，使用等温扩增，优选多重置换扩增，使用确定的至少一种k-聚体作为引物扩增样品中的核酸序列。对于用于扩增的聚合酶也没有特别限制，可以是例如BST DNA酶、Φ29DNA聚合酶等。
在第二方面，本发明涉及一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列，与所述受试者的基因组相比，所述k-聚体在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异。
在第一方面的方法中，在确定与受试者基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体中，可以生成包括多种k-聚体的数据库，其中可以收集与受试者的基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的所有k-聚体。那么，与所有类型的特定受试者(例如，不同的人类)相比，其中产生的数据库对于所有类型的特定的至少一种微生物和/或病毒(例如大肠杆菌)均是特异性的，并且当样品的受试者再次是人类并且目标微生物再次是大肠杆菌时，该数据库可以用于进一步的选择性扩增中，不必再进行第一方面的方法中的确定步骤，这是因为从第一方面的方法中已经知晓特异性k-聚体的数据。这意味着对于特定类型的微生物和/或病毒和/或各自的多于一种和/或它们的混合物、以及对于特定类型的受试者，在与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体的确定中，所述至少一种k-聚体的确定只需进行一次，产生相比于所述特定受试者的基因组在特定至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的(多种)k-聚体的数据库。
然后，这一数据库可以用于在其它样品中适当地选择至少一种k-聚体，在所述其它样品中，与相同受试者的核酸序列相比，相同的特定至少一种微生物和/或病毒的核酸序列将被选择性地扩增。这种方法是本发明第二方面的方法。
因此，“获得或提供受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；和使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列，与受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异”可以按照本发明第一方面的方法那样进行，并且同样对其没有特别限制。
此外，第一方面的其它实施方式也适用于第二方面的方法，只要它们是适用的，例如关于多种k-聚体的使用等。
根据某些实施方式，在扩增样品中的核酸序列中，将与受试者的基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的多种k-聚体用作引物。
在第三方面，本发明还涉及一种数据库，其包含多种k-聚体，与受试者的基因组相比，所述多种k-聚体在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异。如上所述，在第一方面的方法中，在确定与受试者基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体中，可以获得这一数据库，其中所述数据库可以含有与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的所有k-聚体。另外，如上所讨论的，所述数据库因而对于特定受试者中的所述至少一种微生物和/或病毒是特异性的，并且在相同类型的受试者(例如，另一个人)的样品中要选择性扩增相同类型的所述特定至少一种微生物和/或病毒中的至少一种微生物和/或病毒(例如另一大肠杆菌)的核酸序列时，所述数据库可以相应地使用。
根据某些实施方式，针对该数据库的受试者是脊椎动物和/或微生物聚生体，例如脊椎动物，特别是人类。
发明人进一步发现，使用特异性k-聚体，分别是k-聚体集合(k-聚体组)，例如六聚体、七聚体和/或八聚体，特别是具有特定序列或至少特定序列部分，可以实现样品中至少一种微生物和/或病毒的核酸序列的进一步富集。
根据某些实施方式，第三方面的数据库的多种k-聚体中的至少一种k-聚体是具有选自下列组I、组II和/或组III的核苷酸序列的k-聚体：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)；
组II：CGNNNNN(SEQ ID No.13)、NCGNNNN(SEQ ID No.14)、NNCGNNN(SEQ IDNo.15)、NNNCGNN(SEQ ID No.16)、NNNNCGN(SEQ ID No.17)、NNNNNCG(SEQ ID No.18)、CGCGNNN(SEQ ID No.19)、CGNCGNN(SEQ ID No.20)、CGNNCGN(SEQ ID No.21)、CGNNNCG(SEQID No.22)、NCGCGNN(SEQ ID No.23)、NCGNCGN(SEQ ID No.24)、NCGNNCG(SEQ ID No.25)、NNCGCGN(SEQ ID No.26)、NNCGNCG(SEQ ID No.27)、NNNCGCG(SEQ ID No.28)、CGCGCGN(SEQID No.29)、CGCGNCG(SEQ ID No.30)、CGNCGCG(SEQ ID No.31)、NCGCGCG(SEQ ID No.32)；
组III：CGNNNNNN(SEQ ID No.33)、NCGNNNNN(SEQ ID No.34)、NNCGNNNN(SEQ IDNo.35)、NNNCGNNN(SEQ ID No.36)、NNNNCGNN(SEQ ID No.37)、NNNNNCGN(SEQ ID No.38)、NNNNNNCG(SEQ ID No.39)、CGCGNNNN(SEQ ID No.40)、CGNCGNNN(SEQ ID No.41)、CGNNCGNN(SEQ ID No.42)、CGNNNCGN(SEQ ID No.43)、CGNNNNCG(SEQ ID No.44)、NCGCGNNN(SEQ IDNo.45)、NCGNCGNN(SEQ ID No.46)、NCGNNCGN(SEQ ID No.47)、NCGNNNCG(SEQ ID No.48)、NNCGCGNN(SEQ ID No.49)、NNCGNCGN(SEQ ID No.50)、NNCGNNCG(SEQ ID No.51)、NNNCGCGN(SEQ ID No.52)、NNNCGNCG(SEQ ID No.53)、NNNNCGCG(SEQ ID No.54)、CGCGCGNN(SEQ IDNo.55)、CGCGNCGN(SEQ ID No.56)、CGCGNNCG(SEQ ID No.57)、CGNCGCGN(SEQ ID No.58)、CGNCGNCG(SEQ ID No.59)、CGNNCGCG(SEQ ID No.60)、NCGCGCGN(SEQ ID No.61)、NCGCGNCG(SEQ ID No.62)、NCGNCGCG(SEQ ID No.63)、NNCGCGCG(SEQ ID No.64)、CGCGCGCG(SEQ IDNo.65)；
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
因此，对于包含N的任何序列，多种序列是可能的，因为每个N可以代表例如A、C、G或T等，并且NN因此代表例如AA、AC、AG、AT、CA、CC、CG、CT、GA、GC、GG、GT、TA、TC、TG、TT等，依次类推。
根据某些实施方式，在所述数据库中可以含有多于一种具有选自组I、组II和/或组III的核苷酸序列的k-聚体，例如2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多种k-聚体。
根据某些实施方式，所述数据库包含选自以下的k-聚体或者k-聚体组合(即多种k-聚体)：
IV：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NNCGCG(SEQ ID No.11)、NNGCGC(SEQ IDNo.66)、NNCGGC(SEQ ID No.67)、NGCGCN(SEQ ID No.68)、NGCNGC(SEQ ID No.69)、GCCGNN(SEQ ID No.70)、GCGCNN(SEQ ID No.71)、CGNNGC(SEQ ID No.72)、NCGGCN(SEQ IDNo.73)、CGGCNN(SEQ ID No.74)、NNGCCG(SEQ ID No.75)、NGCCGN(SEQ ID No.76)、NGCNCG(SEQ ID No.77)、GCNCGN(SEQ ID No.78)、NCGNGC(SEQ ID No.79)、CGNGCN(SEQ IDNo.80)、GCNGCN(SEQ ID No.81)、GCNNGC(SEQ ID No.82)、GCNNCG(SEQ ID No.83)；
V：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)；
VI：CGNCGN(SEQ ID No.7)；
VII：CGACGN(SEQ ID No.84)；
VIII：CGACGC(SEQ ID No.85)；
IX：CGGCGC(SEQ ID No.86)；即以IV的24种k-聚体作为引物，以V的2种k-聚体作为引物，以VII的k-聚体作为引物，以VIII的k-聚体作为引物，或以IX的k-聚体作为引物。根据某些实施方式，所述数据库包含序列CGGCGC(IX)。
根据某些实施方式，第三方面数据库的多种k-聚体中的至少一种k-聚体是在其序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG的k-聚体。发明人发现，特别是k-聚体中(特别是六聚体、七聚体和/或八聚体中)的序列CG可以导致选择性扩增的进一步增强。
根据第二方面方法的某些实施方式，第三方面的上述数据库被用来选择在扩增样品中的核酸序列中用作引物的至少一种k-聚体，所述至少一种k-聚体与受试者的基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异。
在第四方面，本发明涉及一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；和
使用具有选自以下组I、组II和/或组III的核苷酸序列的至少一种k-聚体作为引物，扩增所述样品中的核酸序列：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)；
组II：CGNNNNN(SEQ ID No.13)、NCGNNNN(SEQ ID No.14)、NNCGNNN(SEQ IDNo.15)、NNNCGNN(SEQ ID No.16)、NNNNCGN(SEQ ID No.17)、NNNNNCG(SEQ ID No.18)、CGCGNNN(SEQ ID No.19)、CGNCGNN(SEQ ID No.20)、CGNNCGN(SEQ ID No.21)、CGNNNCG(SEQID No.22)、NCGCGNN(SEQ ID No.23)、NCGNCGN(SEQ ID No.24)、NCGNNCG(SEQ ID No.25)、NNCGCGN(SEQ ID No.26)、NNCGNCG(SEQ ID No.27)、NNNCGCG(SEQ ID No.28)、CGCGCGN(SEQID No.29)、CGCGNCG(SEQ ID No.30)、CGNCGCG(SEQ ID No.31)、NCGCGCG(SEQ ID No.32)；
组III：CGNNNNNN(SEQ ID No.33)、NCGNNNNN(SEQ ID No.34)、NNCGNNNN(SEQ IDNo.35)、NNNCGNNN(SEQ ID No.36)、NNNNCGNN(SEQ ID No.37)、NNNNNCGN(SEQ ID No.38)、NNNNNNCG(SEQ ID No.39)、CGCGNNNN(SEQ ID No.40)、CGNCGNNN(SEQ ID No.41)、CGNNCGNN(SEQ ID No.42)、CGNNNCGN(SEQ ID No.43)、CGNNNNCG(SEQ ID No.44)、NCGCGNNN(SEQ IDNo.45)、NCGNCGNN(SEQ ID No.46)、NCGNNCGN(SEQ ID No.47)、NCGNNNCG(SEQ ID No.48)、NNCGCGNN(SEQ ID No.49)、NNCGNCGN(SEQ ID No.50)、NNCGNNCG(SEQ ID No.51)、NNNCGCGN(SEQ ID No.52)、NNNCGNCG(SEQ ID No.53)、NNNNCGCG(SEQ ID No.54)、CGCGCGNN(SEQ IDNo.55)、CGCGNCGN(SEQ ID No.56)、CGCGNNCG(SEQ ID No.57)、CGNCGCGN(SEQ ID No.58)、CGNCGNCG(SEQ ID No.59)、CGNNCGCG(SEQ ID No.60)、NCGCGCGN(SEQ ID No.61)、NCGCGNCG(SEQ ID No.62)、NCGNCGCG(SEQ ID No.63)、NNCGCGCG(SEQ ID No.64)、CGCGCGCG(SEQ IDNo.65)；
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
根据某些实施方式，可以将选自以下组I、组II和/或组III的多于一种核苷酸序列用作引物，例如2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65或更多种。
根据某些实施方式，使用具有选自组I的核苷酸序列的至少一种k-聚体进行扩增。根据某些实施方式，使用六聚体作为引物进行扩增。
根据某些实施方式，使用具有选自组II的核苷酸序列的至少一种k-聚体进行扩增。根据某些实施方式，使用七聚体作为引物进行扩增。
根据某些实施方式，使用具有选自组III的核苷酸序列的至少一种k-聚体进行扩增。根据某些实施方式，使用八聚体作为引物进行扩增。
根据某些实施方式，使用选自以下的k-聚体或者k-聚体组合(即多种k-聚体)进行扩增：
IV：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NNCGCG(SEQ ID No.11)、NNGCGC(SEQ IDNo.66)、NNCGGC(SEQ ID No.67)、NGCGCN(SEQ ID No.68)、NGCNGC(SEQ ID No.69)、GCCGNN(SEQ ID No.70)、GCGCNN(SEQ ID No.71)、CGNNGC(SEQ ID No.72)、NCGGCN(SEQ IDNo.73)、CGGCNN(SEQ ID No.74)、NNGCCG(SEQ ID No.75)、NGCCGN(SEQ ID No.76)、NGCNCG(SEQ ID No.77)、GCNCGN(SEQ ID No.78)、NCGNGC(SEQ ID No.79)、CGNGCN(SEQ IDNo.80)、GCNGCN(SEQ ID No.81)、GCNNGC(SEQ ID No.82)、GCNNCG(SEQ ID No.83)；
V：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)；
VI：CGNCGN(SEQ ID No.7)；
VII：CGACGN(SEQ ID No.84)；
VIII：CGACGC(SEQ ID No.85)；
IX：CGGCGC(SEQ ID No.86)；即以IV的24种k-聚体作为引物，以V的2种k-聚体作为引物，以VII的k-聚体作为引物，以VIII的k-聚体作为引物，或以IX的k-聚体作为引物。根据某些实施方式，在具有序列CGGCGC(IX)的k-聚体作为引物存在的情况下进行扩增。
根据某些实施方式，在第四方面的方法中，进一步使用随机k-聚体进行扩增。根据某些实施方式，所述进一步的k-聚体具有与组I、组II和/或组III的至少一种k-聚体相同的长度，即为六聚体、七聚体和/或八聚体。根据某些实施方式，以1μmol L-1至1000μmol L-1的量添加所述组I、组II和/或组III的至少一种k-聚体，并且以1pmol L-1至100nmol L-1的量添加所述进一步的k-聚体。少量随机k-聚体(例如六聚体)的这种添加，例如以pmol L-1至nmol L-1范围的量添加，可以大大缩短扩增中的反应时间。
根据某些实施方式，第四方面的方法中的扩增是多重置换扩增，例如如上所述。
本发明的第五方面涉及一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列以及所述受试者的至少一种核酸序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列，所述至少一种k-聚体特别地具有3至30个核酸的长度，优选4至20个核酸，进一步优选5至15个核酸，例如5至12、6至11或6至10个核酸，特别是6至8个核酸，例如6、7和/或8个核酸，其中所述k-聚体在其序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG。如上文已经解释的，本发明人发现，任何k-聚体序列中序列CG的存在可以导致受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的核酸序列富集结果的改善，甚至比理论预期更好。
如在第四方面中一样，在第五方面的方法中，可以进一步使用随机k-聚体作为引物进行扩增。根据某些实施方式，进一步的k-聚体可以与所述至少一种k-聚体具有相同的长度，所述至少一种k-聚体在其序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG。根据某些实施方式，在序列中至少包含在k-聚体序列任何位置的序列CG的所述至少一种k-聚体以1μmolL-1至1000μmol L-1的量添加，并且所述进一步的k-聚体以1pmol L-1至100nmol L-1的量添加。
在第六方面，公开了一种用于DNA扩增的试剂盒，其包含：
至少一种聚合酶；和
具有选自以下组I、组II和/或组III的核苷酸序列的至少一种k-聚体：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)；
组II：CGNNNNN(SEQ ID No.13)、NCGNNNN(SEQ ID No.14)、NNCGNNN(SEQ IDNo.15)、NNNCGNN(SEQ ID No.16)、NNNNCGN(SEQ ID No.17)、NNNNNCG(SEQ ID No.18)、CGCGNNN(SEQ IDNo.19)、CGNCGNN(SEQ ID No.20)、CGNNCGN(SEQ ID No.21)、CGNNNCG(SEQID No.22)、NCGCGNN(SEQ ID No.23)、NCGNCGN(SEQ ID No.24)、NCGNNCG(SEQ ID No.25)、NNCGCGN(SEQ IDNo.26)、NNCGNCG(SEQ ID No.27)、NNNCGCG(SEQ ID No.28)、CGCGCGN(SEQID No.29)、CGCGNCG(SEQ ID No.30)、CGNCGCG(SEQ ID No.31)、NCGCGCG(SEQ ID No.32)；
组III：CGNNNNNN(SEQ ID No.33)、NCGNNNNN(SEQ ID No.34)、NNCGNNNN(SEQ IDNo.35)、NNNCGNNN(SEQ ID No.36)、NNNNCGNN(SEQ ID No.37)、NNNNNCGN(SEQ ID No.38)、NNNNNNCG(SEQ ID No.39)、CGCGNNNN(SEQ ID No.40)、CGNCGNNN(SEQ ID No.41)、CGNNCGNN(SEQ ID No.42)、CGNNNCGN(SEQ ID No.43)、CGNNNNCG(SEQ ID No.44)、NCGCGNNN(SEQ IDNo.45)、NCGNCGNN(SEQ ID No.46)、NCGNNCGN(SEQ ID No.47)、NCGNNNCG(SEQ ID No.48)、NNCGCGNN(SEQ ID No.49)、NNCGNCGN(SEQ ID No.50)、NNCGNNCG(SEQ ID No.51)、NNNCGCGN(SEQ ID No.52)、NNNCGNCG(SEQ ID No.53)、NNNNCGCG(SEQ ID No.54)、CGCGCGNN(SEQ IDNo.55)、CGCGNCGN(SEQ ID No.56)、CGCGNNCG(SEQ ID No.57)、CGNCGCGN(SEQ ID No.58)、CGNCGNCG(SEQ ID No.59)、CGNNCGCG(SEQ ID No.60)、NCGCGCGN(SEQ ID No.61)、NCGCGNCG(SEQ ID No.62)、NCGNCGCG(SEQ ID No.63)、NNCGCGCG(SEQ ID No.64)、CGCGCGCG(SEQ IDNo.65)；
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
根据某些实施方式，所述试剂盒可以包含多于一种选自以下组I、II和/或III的核苷酸序列，例如2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65或更多种k-聚体。
根据某些实施方式，所述试剂盒包含选自下列的一种k-聚体或者k-聚体组合(即多种k-聚体)：
IV：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NNCGCG(SEQ ID No.11)、NNGCGC(SEQ IDNo.66)、NNCGGC(SEQ ID No.67)、NGCGCN(SEQ ID No.68)、NGCNGC(SEQ ID No.69)、GCCGNN(SEQ ID No.70)、GCGCNN(SEQ ID No.71)、CGNNGC(SEQ ID No.72)、NCGGCN(SEQ IDNo.73)、CGGCNN(SEQ ID No.74)、NNGCCG(SEQ ID No.75)、NGCCGN(SEQ ID No.76)、NGCNCG(SEQ ID No.77)、GCNCGN(SEQ ID No.78)、NCGNGC(SEQ ID No.79)、CGNGCN(SEQ IDNo.80)、GCNGCN(SEQ ID No.81)、GCNNGC(SEQ ID No.82)、GCNNCG(SEQ ID No.83)；
V：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)；
VI：CGNCGN(SEQ ID No.7)；
VII：CGACGN(SEQ ID No.84)；
VIII：CGACGC(SEQ ID No.85)；
IX：CGGCGC(SEQ ID No.86)；即以IV的24种k-聚体作为引物，以V的2种k-聚体作为引物，以VII的k-聚体作为引物，以VIII的k-聚体作为引物，或以IX的k-聚体作为引物。根据某些实施方式，所述试剂盒包含序列CGGCGC(IX)作为引物。
此外，在第七方面中公开的是一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
至少一种k-聚体，其特别地具有3至30个核酸的长度，优选4至20个核酸，进一步优选5至15个核酸，例如5至12、6至11或6至10个核酸，特别是6至8个核酸，例如6、7和/或8个核酸酸，其在序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG。
第六方面和第七方面的试剂盒两者均可进一步包含多种核苷酸，并且两者均可用于适合的扩增技术中，例如如上所述，例如MDA。因此，第六方面和第七方面的试剂盒中的至少一种聚合酶可以是例如Φ29DNA聚合酶。
使用在第一方面的方法中确定的k-聚体的扩增方法，如MDA，可以包括在标准工作流程中，并且随后不需要额外的样品制备步骤。此外，使用此种k-聚体的扩增技术(例如MDA)使得能够实现样品富集和获得核酸序列(例如DNA)扩增，其中核酸(例如DNA)序列量足以用于测序。
使用第一方面的方法，在确定步骤中，在采用生物信息学分析(即可以确定k-聚体签名和/或频率差异的方法)之后，可以选择k-聚体的特异性亚组，例如其对每个宿主只需要进行一次，特别是对于高度保守的基因组。
如果合适，上述实施方式可以任意组合。本发明的其它可能实施方式和实施方案还包括前面或下面关于本发明的实施例未明确提及的特征的组合。特别地，本领域技术人员还会添加各个方面作为对本发明的相应基本形式的改进或添加。
本发明的进一步实施方式如下：
1.一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；
确定至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，其在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异；和
使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述k-聚体具有3至30个核酸的长度。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述受试者是脊椎动物或微生物聚生体。
4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中确定多种k-聚体并且在样品中核酸序列的扩增中将它们用作引物。
6.根据权利要求5所述的方法，其中确定5至100000种k-聚体。
7.根据权利要求6所述的方法，其中确定50至30000种k-聚体。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中与受试者的基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的所述至少一种k-聚体的确定，是使用包含所述受试者和所述至少一种微生物和/或病毒的基因组的数据库进行的。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用等温扩增，使用所述确定的至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述等温扩增是多重置换扩增。
11.一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景的差异。
12.根据权利要求11所述的方法，其中将与所述受试者的基因组相比在所述至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的多种k-聚体用作引物。
13.一种数据库，其包含与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的多种k-聚体。
14.根据权利要求13所述的数据库，其中所述受试者是脊椎动物和/或微生物聚生体。
15.根据权利要求11或12所述的方法，其中将权利要求13或14的数据库用来选择在样品中的核酸序列的扩增中用作引物的、与受试者的基因组相比在至少一种微生物和/或病毒的基因组中显示出频率和/或背景差异的至少一种k-聚体。
16.一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；和
使用具有选自以下组I、组II和/或组III的核苷酸序列的至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)；
组II：CGNNNNN(SEQ ID No.13)、NCGNNNN(SEQ ID No.14)、NNCGNNN(SEQ IDNo.15)、NNNCGNN(SEQ ID No.16)、NNNNCGN(SEQ ID No.17)、NNNNNCG(SEQ ID No.18)、CGCGNNN(SEQ ID No.19)、CGNCGNN(SEQ ID No.20)、CGNNCGN(SEQ ID No.21)、CGNNNCG(SEQID No.22)、NCGCGNN(SEQ ID No.23)、NCGNCGN(SEQ ID No.24)、NCGNNCG(SEQ ID No.25)、NNCGCGN(SEQ ID No.26)、NNCGNCG(SEQ ID No.27)、NNNCGCG(SEQ ID No.28)、CGCGCGN(SEQID No.29)、CGCGNCG(SEQ ID No.30)、CGNCGCG(SEQ ID No.31)、NCGCGCG(SEQ ID No.32)；
组III：CGNNNNNN(SEQ ID No.33)、NCGNNNNN(SEQ ID No.34)、NNCGNNNN(SEQ IDNo.35)、NNNCGNNN(SEQ ID No.36)、NNNNCGNN(SEQ ID No.37)、NNNNNCGN(SEQ ID No.38)、NNNNNNCG(SEQ ID No.39)、CGCGNNNN(SEQ ID No.40)、CGNCGNNN(SEQ ID No.41)、CGNNCGNN(SEQ ID No.42)、CGNNNCGN(SEQ ID No.43)、CGNNNNCG(SEQ ID No.44)、NCGCGNNN(SEQ IDNo.45)、NCGNCGNN(SEQ ID No.46)、NCGNNCGN(SEQ ID No.47)、NCGNNNCG(SEQ ID No.48)、NNCGCGNN(SEQ ID No.49)、NNCGNCGN(SEQ ID No.50)、NNCGNNCG(SEQ ID No.51)、NNNCGCGN(SEQ ID No.52)、NNNCGNCG(SEQ ID No.53)、NNNNCGCG(SEQ ID No.54)、CGCGCGNN(SEQ IDNo.55)、CGCGNCGN(SEQ ID No.56)、CGCGNNCG(SEQ ID No.57)、CGNCGCGN(SEQ ID No.58)、CGNCGNCG(SEQ ID No.59)、CGNNCGCG(SEQ ID No.60)、NCGCGCGN(SEQ ID No.61)、NCGCGNCG(SEQ ID No.62)、NCGNCGCG(SEQ ID No.63)、NNCGCGCG(SEQ ID No.64)、CGCGCGCG(SEQ IDNo.65)；
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述扩增是使用具有选自组I的核苷酸序列的至少一种k-聚体进行的。
18.根据权利要求16或17所述的方法，其中所述扩增使用选自下列中的一种k-聚体或者k-聚体组合进行：
IV：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NNCGCG(SEQ ID No.11)、NNGCGC(SEQ IDNo.66)、NNCGGC(SEQ ID No.67)、NGCGCN(SEQ ID No.68)、NGCNGC(SEQ ID No.69)、GCCGNN(SEQ ID No.70)、GCGCNN(SEQ ID No.71)、CGNNGC(SEQ ID No.72)、NCGGCN(SEQ IDNo.73)、CGGCNN(SEQ ID No.74)、NNGCCG(SEQ ID No.75)、NGCCGN(SEQ ID No.76)、NGCNCG(SEQ ID No.77)、GCNCGN(SEQ ID No.78)、NCGNGC(SEQ ID No.79)、CGNGCN(SEQ IDNo.80)、GCNGCN(SEQ ID No.81)、GCNNGC(SEQ ID No.82)、GCNNCG(SEQ ID No.83)；
V：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)；
VI：CGNCGN(SEQ ID No.7)；
VII：CGACGN(SEQ ID No.84)；
VIII：CGACGC(SEQ ID No.85)；
IX：CGGCGC(SEQ ID No.86)。
19.根据权利要求16至18中任一项所述的方法，其中进一步使用随机k-聚体进行扩增。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述进一步的k-聚体与所述组I、组II和/或组III的至少一种k-聚体具有相同的长度。
21.根据权利要求19或20所述的方法，其中以1μmol L-1至1000μmol L-1的量添加所述组I、组II和/或组III的至少一种k-聚体，并且以1pmol L-1至100nmol L-1的量添加所述进一步的k-聚体。
22.一种选择性扩增受试者样品中至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列的方法，包括：
获得或提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物和/或病毒的至少一种核酸序列和所述受试者的至少一种核酸序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的核酸序列，其中所述k-聚体在其序列中至少包含在该k-聚体序列任何位置的序列CG。
23.根据权利要求22所述的方法，其中进一步将随机k-聚体用于扩增。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述进一步的k-聚体与所述在序列中至少包含在k-聚体序列任何位置的序列CG的至少一种k-聚体具有相同的长度。
25.根据权利要求23或24所述的方法，其中以1μmol L-1至1000μmol L-1的量添加所述在序列中至少包含在k-聚体任何位置的序列CG的至少一种k-聚体，并且以1pmol L-1至100nmol L-1的量添加所述进一步的k-聚体。
26.一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
具有选自以下组I、组II和/或组III的核苷酸序列的至少一种k-聚体：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)；
组II：CGNNNNN(SEQ ID No.13)、NCGNNNN(SEQ ID No.14)、NNCGNNN(SEQ IDNo.15)、NNNCGNN(SEQ ID No.16)、NNNNCGN(SEQ ID No.17)、NNNNNCG(SEQ ID No.18)、CGCGNNN(SEQ ID No.19)、CGNCGNN(SEQ ID No.20)、CGNNCGN(SEQ ID No.21)、CGNNNCG(SEQID No.22)、NCGCGNN(SEQ ID No.23)、NCGNCGN(SEQ ID No.24)、NCGNNCG(SEQ ID No.25)、NNCGCGN(SEQ ID No.26)、NNCGNCG(SEQ ID No.27)、NNNCGCG(SEQ ID No.28)、CGCGCGN(SEQID No.29)、CGCGNCG(SEQ ID No.30)、CGNCGCG(SEQ ID No.31)、NCGCGCG(SEQ ID No.32)；
组III：CGNNNNNN(SEQ ID No.33)、NCGNNNNN(SEQ ID No.34)、NNCGNNNN(SEQ IDNo.35)、NNNCGNNN(SEQ ID No.36)、NNNNCGNN(SEQ ID No.37)、NNNNNCGN(SEQ ID No.38)、NNNNNNCG(SEQ ID No.39)、CGCGNNNN(SEQ ID No.40)、CGNCGNNN(SEQ ID No.41)、CGNNCGNN(SEQ ID No.42)、CGNNNCGN(SEQ ID No.43)、CGNNNNCG(SEQ ID No.44)、NCGCGNNN(SEQ IDNo.45)、NCGNCGNN(SEQ ID No.46)、NCGNNCGN(SEQ ID No.47)、NCGNNNCG(SEQ ID No.48)、NNCGCGNN(SEQ ID No.49)、NNCGNCGN(SEQ ID No.50)、NNCGNNCG(SEQ ID No.51)、NNNCGCGN(SEQ ID No.52)、NNNCGNCG(SEQ ID No.53)、NNNNCGCG(SEQ ID No.54)、CGCGCGNN(SEQ IDNo.55)、CGCGNCGN(SEQ ID No.56)、CGCGNNCG(SEQ ID No.57)、CGNCGCGN(SEQ ID No.58)、CGNCGNCG(SEQ ID No.59)、CGNNCGCG(SEQ ID No.60)、NCGCGCGN(SEQ ID No.61)、NCGCGNCG(SEQ ID No.62)、NCGNCGCG(SEQ ID No.63)、NNCGCGCG(SEQ ID No.64)、CGCGCGCG(SEQ IDNo.65)；
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
27.一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
在序列中至少包含在k-聚体序列任何位置的序列CG的至少一种k-聚体。
28.根据权利要求26或27所述的试剂盒，进一步包含多种核苷酸。
29.根据权利要求26至28中任一项所述的试剂盒，其中所述至少一种聚合酶是Φ29DNA聚合酶。
30.根据权利要求13或14所述的数据库，其中所述多种k-聚体中的至少一种k-聚体是具有选自下列组I、组II和/或组III的核苷酸序列的k-聚体：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ IDNo.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQID No.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)；
组II：CGNNNNN(SEQ ID No.13)、NCGNNNN(SEQ ID No.14)、NNCGNNN(SEQ IDNo.15)、NNNCGNN(SEQ ID No.16)、NNNNCGN(SEQ ID No.17)、NNNNNCG(SEQ ID No.18)、CGCGNNN(SEQ ID No.19)、CGNCGNN(SEQ ID No.20)、CGNNCGN(SEQ ID No.21)、CGNNNCG(SEQID No.22)、NCGCGNN(SEQ ID No.23)、NCGNCGN(SEQ ID No.24)、NCGNNCG(SEQ ID No.25)、NNCGCGN(SEQ ID No.26)、NNCGNCG(SEQ ID No.27)、NNNCGCG(SEQ ID No.28)、CGCGCGN(SEQID No.29)、CGCGNCG(SEQ ID No.30)、CGNCGCG(SEQ ID No.31)、NCGCGCG(SEQ ID No.32)；
组III：CGNNNNNN(SEQ ID No.33)、NCGNNNNN(SEQ ID No.34)、NNCGNNNN(SEQ IDNo.35)、NNNCGNNN(SEQ ID No.36)、NNNNCGNN(SEQ ID No.37)、NNNNNCGN(SEQ ID No.38)、NNNNNNCG(SEQ ID No.39)、CGCGNNNN(SEQ ID No.40)、CGNCGNNN(SEQ ID No.41)、CGNNCGNN(SEQ ID No.42)、CGNNNCGN(SEQ ID No.43)、CGNNNNCG(SEQ ID No.44)、NCGCGNNN(SEQ IDNo.45)、NCGNCGNN(SEQ ID No.46)、NCGNNCGN(SEQ ID No.47)、NCGNNNCG(SEQ ID No.48)、NNCGCGNN(SEQ ID No.49)、NNCGNCGN(SEQ ID No.50)、NNCGNNCG(SEQ ID No.51)、NNNCGCGN(SEQ ID No.52)、NNNCGNCG(SEQ ID No.53)、NNNNCGCG(SEQ ID No.54)、CGCGCGNN(SEQ IDNo.55)、CGCGNCGN(SEQ ID No.56)、CGCGNNCG(SEQ ID No.57)、CGNCGCGN(SEQ ID No.58)、CGNCGNCG(SEQ ID No.59)、CGNNCGCG(SEQ ID No.60)、NCGCGCGN(SEQ ID No.61)、NCGCGNCG(SEQ ID No.62)、NCGNCGCG(SEQ ID No.63)、NNCGCGCG(SEQ ID No.64)、CGCGCGCG(SEQ IDNo.65)；
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
31.根据权利要求13或14所述的数据库，其中所述多种k-聚体中的至少一种k-聚体是在序列中至少包含在k-聚体序列任何位置的序列CG的k-聚体。
实施例
现在将参考其几个实施例详细描述本发明。然而，这些实施例是说明性的，并不限制本发明的范围。
提供了患有败血症的人的血液样品，并且进行特定微生物和病毒的DNA序列的富集。下表1中给出了所述微生物和病毒以及用于获得其相应基因组的数据库。
表1：使用的生物体和基因组数据
在此，数据库条目如下：
NCBI登记号HG738867.1：
MYMC4100
生物体名称：大肠杆菌菌株K-12亚株MC4100(大肠杆菌)；种下名称(种内名称)：菌株：K-12亚株MC4100；生物样品：SAMEA3138816；提交人：EVOECOGENKIEL；日期：2013/11/06；组装水平(Assembly level)：全基因组；基因组表示(Genome representation)：完整；GenBank组装登记号：GCA_000499485.1(最新)；RefSeq组装登记号：GCF_000499485.1(最新)；RefSeq组装与GenBank组装同一性：是
NCBI登记号BX571856.1：
ASM1150vl
生物体名称：金黄色葡萄球菌金黄亚种MRSA252(厚壁菌门)；种下名称：菌株：MRSA252；生物样品：SAMEA1705935；提交人：Sanger Institute；日期：2004/06/25；组装水平：全基因组；基因组表示：完整；GenBank组装登记：GCA_000011505.1(最新)；RefSeq组装登记：GCF_000011505.1(最新)；RefSeq组装与GenBank组装同一性：是
NCBI登记号NC_022098.1：
ViralProj215788
生物体名称：咸潘多拉病毒(病毒)；提交人：NCBI RefSeq Genome Project；日期：2013/06/28；组装水平：全基因组；基因组表示：完整；GenBank组装登记：n/a；RefSeq组装登记：GCF_000911955.1(最新)；RefSeq组装与GenBank组装同一性：n/a
对于人类基因组，使用下列：人类hs37d5，即1000Genomes Project的参考组装序列hs37d5，可在ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/voll/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5ss.fa.gz获得。
将微生物的基因组与人类基因组进行比较，并且如通过基因组的比较确定的，发现了与人类基因组相比在微生物和病毒中基因组大小相对丰富的几种k聚体。简言之，从NCBI Genbank或通过1000Genomes Project的ftp访问下载相应的基因组。随后，确定k＝4-11范围的所有出现的k-聚体，计数并除以相应基因组内出现的k-聚体的总和。随后，将非人类基因组的k-聚体频率除以人类基因组的k-聚体频率以确定k-聚体富集(程度)。考虑到特别是较高k-聚体出现的极端值，即在细菌中仅出现1次而在人类中未出现的11-聚体，由于预期在扩增期间表现不佳而被排除。因此，应用过滤器来选择每基因组至少出现10次的k-聚体。
相对于人类DNA，三种微生物和病毒的100种最佳八聚体的实例如下表2所示。
表2：相比于人类DNA，三种不同生物体(与人类DNA相比)中的前100种8-聚体及其富集(倍数)，按平均值排序(大肠杆菌，金黄色葡萄球菌)
其它k-聚体可以获得类似结果。
例如，图1和图2描绘了特定六聚体在人类基因组与兼性病原体大肠杆菌基因组之间k-聚体频率的强烈差异。
图1显示了通过主成分分析(PCA)可视化的六聚体频率的全局差异，其中给出了特定主成分(PC)的轴。该实施例显示了图左下方的大肠杆菌六聚体和右方的人类DNA。线粒体DNA形成簇，x＝PC1(53.2％)约为20，y＝PC2(15.8％)约为-5至-10。
图2显示了大肠杆菌(顶部；左侧条的浅灰色部分)和人类DNA(底部)之间的六聚体频率热图。在底部以小条纹(左侧白色条纹)标记线粒体DNA。热图颜色是基于对数刻度。黑色表示低频，浅灰色表示高频。
两种微生物和病毒相对于人类DNA的100种最佳六聚体和七聚体及其平均富集(程度)如以下表3和表4所示。
表3：与人类DNA相比，三种不同生物体(即大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和咸潘多拉病毒)的前100种6-聚体及其平均富集(程度)
表4：与人类DNA相比，三种不同生物体(即大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和咸潘多拉病毒)的前100种7-聚体及其平均富集(程度)
此外，下表5中给出了通过来自NCBI Genbank基因的所有原核基因组与来自1000Genomes Project的所有人类基因组的比较发现的100种最佳六聚体，同时给出了它们对于NCBI Genbank的所有细菌(包括古细菌)的平均富集(程度)。
表5：通过来自NCBI Genbank基因的所有原核基因组与来自1000 GenomesProject的所有人类基因组的比较发现的前100种6-聚体以及它们的平均富集(程度)
表3和表5之间的比较表明，针对三种特定微生物和病毒发现的六聚体基本上也可以在包含大量原核生物的更广泛的数据库中找到，表明k-聚体在整个微生物和病毒中都很保守和均一。
获得的特异性k-聚体可用于优先扩增具有高人类DNA含量的样品(例如血液)中的细菌、古细菌和/或病毒DNA，如图3中具体所示。
图3显示了多重置换扩增的基本构思，其使用本实施例中获得的微生物和病毒的稀有六聚体-与人类DNA相比，其导致非人DNA的更高扩增。人类DNA 1显示在左侧，病原体DNA 2显示在右侧。中间示出的是在人类DNA中频率较低且在本方法中获得的k-聚体3。它们用于第一步骤S1，其中将含有人和病原体DNA的样品变性并杂交。如图所示，k-聚体选择性地更多与病原体DNA 2结合。在步骤S2中，此处使用Φ29 DNA聚合酶进行MDA，与人类DNA相比，导致右侧病原体DNA的优选等温扩增，即导致其富集。
表6至表9示出了在实施例中一种、两种或三种微生物的不同长度的特异性k-聚体的基因组比较的确定步骤中获得的理论富集因数(倍数)，其中还显示了结合位点的平均数以及与人类基因组相比具有频率和/或背景差异的每种k-聚体长度的潜在k-聚体的数量。为了表明后续基于扩增的方法的潜在最佳值，滤去显示富集(程度)小于4、每个非人基因组出现少于10次的k-聚体。在设置超过1个非人类生物体时，这些标准适用于所有生物体。
表6：与人类背景相比，三种生物体(即大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和咸潘多拉病毒)设置(环境，setting)中，k-聚体尺寸依赖性富集具有决定设计的多重置换扩增的性能的特征
表7：与人类背景相比，两种生物体(即大肠杆菌和金黄色葡萄球菌)设置中，k-聚体尺寸依赖性富集具有决定设计的多重置换扩增的性能的特征
表8：与人类背景相比，两种生物体(即大肠杆菌和咸潘多拉病毒)设置中，k-聚体尺寸依赖性富集具有决定设计的多重置换扩增的性能的特征
表9：与人类背景相比，一种生物体(即大肠杆菌)设置中，k-聚体尺寸依赖性富集具有决定设计的多重置换扩增的性能的特征
为了检验理论预测，获得六聚体组并在MDA富集测试中进行检验。获得的六聚体列于表10中。
表10：测试的六聚体
在表8中，应用了IUPAC模糊代码。随后，N代表A、C、G、T(即它们中的每一个)，因此得到表中给出的具有至少一个N的不同六聚体的混合物。
使用特定选择的引物组的示例性测试如下所示。测试的第一k-聚体组1含有表8的六聚体1-24，第二k-聚体组2含有表8的六聚体1-2，并且第三k-聚体组3含有编号1的六聚体。另外，第四k-聚体组3A含有六聚体CGACGN，第五k-聚体组5A含有六聚体CGACGC，并且第六k-聚体组5G含有k-聚体CGGCGC。
对于所述测试，将6000拷贝的人类gDNA(基因组DNA)分别与金黄色葡萄球菌、耳葡萄球菌或大肠杆菌混合(以便扩增前的最终拷贝数的比率为1:1)，并且插入到随后的MDA反应中。使用1mM dNTP、50μΜ相应的k-聚体和10单位Phi29聚合酶，在30℃下反应进行4小时。反应后，将混合物在65℃下温育10分钟以使反应失活。随后，使用相应细菌的16S rRNA基因与用于人类DNA的ESR1基因，通过qPCR确定富集的效力。此外，使用金黄色葡萄球菌细菌的mecA基因确定富集的效力。作为对照，在没有六聚体的情况下也进行一次实验。在对比例中，取用随机六聚体。
下表11、12和13中示出了选择的结果。
表11：用大肠杆菌进行实验
表12：用金黄色葡萄球菌进行实验
表13：用耳葡萄球菌进行实验
从表11、12和13可以看到，用特定的六聚体或六聚体组作为引物可以进一步改善细菌DNA的富集。
为了在真实的临床环境中测试两个k-聚体组3和3A，通过将细菌细胞掺入来自健康供体的捐赠EDTA血液中来模拟败血症情形。因此，将大肠杆菌和金黄色葡萄球菌(MRSA)二者的100个细胞掺入健康人类供体的8mL EDTA血液中。每种细菌的最终浓度为12.5CFU/mL。随后，通过Molysis试剂盒提取DNA，随后用k-聚体组3或3A进行MDA反应。反应之后(本发明)，由牛津纳米孔测序文库制备试剂盒(连接测序试剂盒1D)制备DNA。使用BWA-MEM软件(0.7.11版本,见Li H.(2013)Aligning sequence reads,clone sequences and assemblycontigs with BWA-MEM.arXiv:1303.3997vl)将得到的fastq读取结果相对于人类、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的基因组进行作图。通过bash脚本语言和软件R分析生成的sam文件。
对于每种病原体，细胞的起始浓度为12.5CFU mL-1。在DNA水平上，这大致对应于人类DNA的109个DNA碱基中相应病原体的1个DNA碱基。实验数据的分析显示病原体DNA浓度在1.0-3.1％之间，表明总病原体DNA富集约为107(参见关于k-聚体组3A应用的表14和关于k-聚体组3应用的表15中的相对碱基对)。尺寸选择将以因数4-5进一步富集病原体DNA碱基对浓度，使最终DNA浓度超过10％病原体浓度。
表14：使用k-聚体组3A的测序结果。100个大肠杆菌细胞+100个葡萄球菌细胞在8mL EDTA血液中(对于每种病原体，12.5cfu/mL)，牛津纳米孔化学R9.5；1D2协议
表15：使用k-聚体组3的测序结果。100个大肠杆菌细胞+100个葡萄球菌细胞在8mLEDTA血液中(对于每种病原体，12.5cfu/mL)，牛津纳米孔化学R9.5；1D协议
使用本方法，基于与来自受试者(例如来自人类患者)的不需要的背景核酸相比在来自至少一种微生物和/或病毒(例如一种或多种病原体)的靶核酸中k-聚体频率和/或k-聚体背景的差异，可以针对预期应用具体调整k-聚体长度及k-聚体序列的分布。
使用本方法，在基因组水平而不是在加权和/或组织依赖性转录组水平上选择k-聚体，导致改善的结果。
通过本方法产生的核酸序列(例如DNA)片段可以匹配当前的长读(long-read)测序(例如DNA测序)技术。
本发明能够提高序列辅助诊断的效率，并且特别在病原体检测中获得更高的灵敏度。
序列表
<110> 西门子医疗有限公司（Siemens Healthcare GmbH)
<120> 利用差异丰度的k-聚体对非靶标生物体的扩增整合性遗传物质耗尽
<130> 201621237
<160> 486
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(6)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 1
cgnnnn 6
<210> 2
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> n是a, c, g,或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (4)..(6)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 2
ncgnnn 6
<210> 3
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(2)
<223> n是a, c, g,或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(6)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 3
nncgnn 6
<210> 4
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(3)
<223> n是a, c, g,或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (6)..(6)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 4
nnncgn 6
<210> 5
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(4)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 5
nnnncg 6
<210> 6
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(6)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 6
cgcgnn 6
<210> 7
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(3)
<223> n是a, c, g,或t
<220>
<221> misc_feature
<222> (6)..(6)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 7
cgncgn 6
<210> 8
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(4)
<223> n是a, c, g,或t
<400> 8
cgnncg 6
<210> 9
<211> 6
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<220>
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<400> 481
cgaagc 6
<210> 482
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<400> 482
gccgga 6
<210> 483
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<400> 483
gcggaa 6
<210> 484
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<400> 484
cgacaa 6
<210> 485
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<400> 485
cttcgc 6
<210> 486
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> k-聚体
<400> 486
caaccg 6

Claims (23)

1.一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，所述方法包括：
提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；
确定至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异；以及
使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物，扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，确定多种k-聚体，并且在对所述样品中的所述病原体DNA序列进行扩增中使用所述多种k-聚体作为引物。
3.根据权利要求2所述的方法，其中，确定5至100000种k-聚体。
4.根据权利要求3所述的方法，其中，确定50至30000种k-聚体。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，与所述受试者的基因组相比在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异的所述至少一种k-聚体的确定，是使用包含所述受试者和所述至少一种微生物的基因组的数据库进行的。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，是利用等温扩增进行的。
7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述等温扩增是多重置换扩增。
8.一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，所述方法包括：
提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
9.根据权利要求8所述的方法，其中，使用多种k-聚体作为引物，与所述受试者的基因组相比，所述多种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异。
10.根据权利要求8或9所述的方法，其中，使用数据库来选择在对所述样品中的所述病原体DNA序列的扩增中用作引物的所述至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异，所述数据库包含多种与受试者的基因组相比在至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异的k-聚体。
11.一种选择性扩增受试者的样品中的至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，所述方法包括：
提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度并且所述至少一种k-聚体具有选自以下组I的核苷酸序列作为引物：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ ID No.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQ IDNo.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)，
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
12.根据权利要求11所述的方法，其中，使用选自下列的k-聚体或者k-聚体组合进行所述扩增：
IV:CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NNCGCG(SEQ ID No.11)、NNGCGC(SEQ ID No.66)、NNCGGC(SEQ ID No.67)、NGCGCN(SEQ ID No.68)、NGCNGC(SEQ ID No.69)、GCCGNN(SEQ IDNo.70)、GCGCNN(SEQ ID No.71)、CGNNGC(SEQ ID No.72)、NCGGCN(SEQ ID No.73)、CGGCNN(SEQ ID No.74)、NNGCCG(SEQ ID No.75)、NGCCGN(SEQ ID No.76)、NGCNCG(SEQ 30 IDNo.77)、GCNCGN(SEQ ID No.78)、NCGNGC(SEQ ID No.79)、CGNGCN(SEQ ID No.80)、GCNGCN(SEQ ID No.81)、GCNNGC(SEQ ID No.82)、GCNNCG(SEQ ID No.83)；
V：CGNCGN(SEQ ID No.7)、NCGNCG(SEQ ID No.10)；
VI：CGNCGN(SEQ ID No.7)；
VII：CGACGN(SEQ ID No.84)；
VIII：CGACGC(SEQ ID No.85)；
IX：CGGCGC(SEQ ID No.86)。
13.根据权利要求11或12所述的方法，其中，进一步使用随机k-聚体用于扩增。
14.根据权利要求13所述的方法，其中，所述进一步的k-聚体与组I、组II和/或组III的所述至少一种k-聚体具有相同的长度。
15.根据权利要求13或14所述的方法，其中，以1μmol L-1至1000μmol L-1的量添加组I、组II和/或组III的所述至少一种k-聚体，并且以1pmol L-1至100nmol L-1的量添加所述进一步的k-聚体。
16.一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA的方法，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，所述方法包括：
提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，其中所述k-聚体在其序列中至少包含在所述k-聚体序列的任何位置的序列CG，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
17.根据权利要求16所述的方法，其中，进一步使用随机k-聚体用于扩增。
18.根据权利要求17所述的方法，其中，所述进一步的k-聚体与在其序列中至少包含在k-聚体序列的任何位置的序列CG的所述至少一种k-聚体具有相同的长度。
19.根据权利要求17或18所述的方法，其中，在其序列中至少包含在k-聚体序列的任何位置的序列CG的所述至少一种k-聚体以1μmol L-1至1000μmol L-1的量添加，并且所述进一步的k-聚体以1pmol L-1至100nmol L-1的量添加。
20.一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
至少一种k-聚体，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度并且所述至少一种k-聚体具有选自以下组I的核苷酸序列：
组I：CGNNNN(SEQ ID No.1)、NCGNNN(SEQ ID No.2)、NNCGNN(SEQ ID No.3)、NNNCGN(SEQ ID No.4)、NNNNCG(SEQ ID No.5)、CGCGNN(SEQ ID No.6)、CGNCGN(SEQ ID No.7)、CGNNCG(SEQ ID No.8)、NCGCGN(SEQ ID No.9)、NCGNCG(SEQ ID No.10)、NNCGCG(SEQ IDNo.11)、CGCGCG(SEQ ID No.12)，
其中N是任何核苷酸，优选A、T、G、C或U。
21.一种用于DNA扩增的试剂盒，包含：
至少一种聚合酶；和
至少一种k-聚体，在其序列中至少包含在所述k-聚体序列的任何位置的序列CG，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
22.根据权利要求20或21所述的试剂盒，进一步包含多种核苷酸。
23.根据权利要求20至22中任一项所述的试剂盒，其中，所述至少一种聚合酶是Φ29DNA聚合酶。
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Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023006175A1 (de) * 2021-07-26 2023-02-02 Siemens Aktiengesellschaft Verfahren zur klassifizierung mindestens einer nukleinsäuresequenz sowie vorrichtung, computerprogramm, computerlesbares speichermedium und digitales abbild

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20040126764A1 (en) * 2002-12-20 2004-07-01 Lasken Roger S. Nucleic acid amplification
US20120028243A1 (en) * 2009-01-30 2012-02-02 Etat Francais Represente Par Le Delegue General Pour L'armement Amplification genique statistique pour l'identification sans a priori de micro-organismes par sequencage sans etape de clonage
US20130309676A1 (en) * 2012-05-18 2013-11-21 Alfred E. Mann Foundation For Scientific Research Biased n-mers identification methods, probes and systems for target amplification and detection
WO2015085105A1 (en) * 2013-12-04 2015-06-11 University Of Alaska Fairbanks Methods and compositions for enriching non-host sequences in host samples
WO2016164259A1 (en) * 2015-04-08 2016-10-13 Saint Louis University Method for template-dependent multiple displacement amplification

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5525471A (en) 1994-10-12 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Enzymatic degrading subtraction hybridization
US6218529B1 (en) * 1995-07-31 2001-04-17 Urocor, Inc. Biomarkers and targets for diagnosis, prognosis and management of prostate, breast and bladder cancer
US20060210967A1 (en) 2004-07-02 2006-09-21 Agan Brian K Re-sequencing pathogen microarray
DE102005009479A1 (de) 2005-03-02 2006-09-07 Molzym Gmbh & Co. Kg Verwendung von Nukleasen zum Abbau von Nukleinsäure in Gegenwart von chaotropen Agenzien und/oder Tensiden
KR101312241B1 (ko) 2010-04-27 2013-09-27 사회복지법인 삼성생명공익재단 증폭억제시발체를 이용하는 유전자 돌연변이 검출 방법
US20130020998A1 (en) 2011-07-21 2013-01-24 Ryan Robert Howard Intelligent Battery With Off-Line Spare Battery Charging and Output Regulation System
US9410172B2 (en) 2013-09-16 2016-08-09 General Electric Company Isothermal amplification using oligocation-conjugated primer sequences
CN104152437A (zh) 2014-08-12 2014-11-19 上海派森诺生物科技有限公司 一种应用于甲基结合蛋白测序中的甲基化dna富集方法

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20040126764A1 (en) * 2002-12-20 2004-07-01 Lasken Roger S. Nucleic acid amplification
US20120028243A1 (en) * 2009-01-30 2012-02-02 Etat Francais Represente Par Le Delegue General Pour L'armement Amplification genique statistique pour l'identification sans a priori de micro-organismes par sequencage sans etape de clonage
US20130309676A1 (en) * 2012-05-18 2013-11-21 Alfred E. Mann Foundation For Scientific Research Biased n-mers identification methods, probes and systems for target amplification and detection
WO2015085105A1 (en) * 2013-12-04 2015-06-11 University Of Alaska Fairbanks Methods and compositions for enriching non-host sequences in host samples
WO2016164259A1 (en) * 2015-04-08 2016-10-13 Saint Louis University Method for template-dependent multiple displacement amplification

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