CN109686456A - 一种肿瘤精准用药解读系统及方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种肿瘤精准用药解读系统及方法，该系统包括：文献检阅子系统对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析同时和用户上传的文献资源在预处理后作为肿瘤用药指导证据；知识库子系统对肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存；知识管理子系统对肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行处理和更新，获得目标知识；报告处理子系统根据用户提供的变异数据调用目标知识，并进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并管理报告。基于本发明可以实现从个体多组学基因检测结果层面提供用药指导，提高了指导用药的可利用性，满足临床指导的需求，辅助临床医生做出临床用药和治疗决策。

Description

一种肿瘤精准用药解读系统及方法

技术领域

本发明涉及信息处理技术领域，特别是涉及一种肿瘤精准用药解读系统及方法。

背景技术

随着精准医疗概念的盛行和技术的发展，越来越多的国内外机构开始提供这类医疗技术服务，尤其是肿瘤的精准医疗，大量的机构开始了相关的基因检测服务，也有部分机构开始提供基因检测结果的解读服务。但是，现有的这些服务都存在一定的局限性。主要体现在下面几个方面。

对于某些医疗分析机构仍然采用的是纯手工的方式收集整理数据，然后继续以手工的方式出具用药指导报告，这种方式效率较低并且也不能保证其准确性。部分机构在数据收录时并不能完全收录相关用药信息，并且对已有基因数据不能充分利用，对数据的利用性较差；并且现有的机构的用药解读通常是以基因变异为中心，无法根据药物进行指导，对临床医生的指导价值较低。

因此，现有技术中对肿瘤精准用药的解读在准确性、数据利用性和指导价值上都存在着一定的缺陷，使得可利用性较差，无法很好地满足临床指导的需求。

发明内容

针对于上述问题，本发明提供一种肿瘤精准用药解读系统及方法，实现了提高指导用药的可利用性，满足临床指导的需求。

为了实现上述目的，本发明提供了如下技术方案：

一种肿瘤精准用药解读系统，该系统包括：文献检阅子系统、知识库子系统、知识管理子系统和报告处理子系统，其中，

所述文献检阅子系统，用于对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析，将解析结果和用户上传的文献资源在预处理后作为肿瘤用药指导证据；

所述知识库子系统，用于对所述肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存；

所述知识管理子系统，用于对所述知识库子系统中的肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行处理和更新，获得目标知识；

所述报告处理子系统，用于根据用户提供的变异数据调用所述知识库子系统中的目标知识，并对调用的目标知识进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并对生成的报告进行在线管理。

可选地，所述文献检阅子系统包括：

文献检索模块、文献添加模块、肿瘤药物基因组关键词管理模块、文献解析模块、上传模块，其中，

所述文献检索模块，用于根据用户输入的关键词，在线对外部数据库进行检索，获得检索结果；

所述文献添加模块，用于查看所述文献检索模块获得的检索结果，并接收满足预设权限的用户的操作指令，确定与所述用户操作指令对应的目标文献，并将所述目标文献进行保存；

所述肿瘤药物基因组关键词管理模块，用于收录满足预设关键词条件的肿瘤药物基因组学相关的关键词；

所述文献解析模块，用于对文献添加模块中的目标文献进行解析，并在解析结果中进行关键词高亮显示；

所述上传模块，用于获取已下载至本地的文献资料，并将所述文献资料上传至所述文献检阅子系统。

可选地，所述文献检阅子系统还包括：角色管理模块、字段管理模块、文献分配模块、文献阅读模块、数据审核模块和数据提交模块，其中，

所述角色管理模块，用于对所述文献检阅子系统中的账户信息及与所述账户信息对应的账户角色进行管理，所述账户角色包括数据管理员、审阅者和阅读者；

所述字段管理模块，用于根据用户的需求，确定需要收集的文献数据字段和类型；

所述文献分配模块，用于将数据管理员添加并由系统解析好的文献，或者由数据管理员上传的文献资料分配给对应的阅读者和审阅者；

所述文献阅读模块，用于响应于所述阅读者对文献的阅读，将阅读后的数据根据所述字段管理模块确定的字段进行整理与收集；

所述数据审核模块，用于将阅读者和/或审阅者阅读，和/或审阅后收集的数据发送至审阅者和/或数据管理员，实现所述审阅者和所述数据管理员对所述数据的审核；

所述数据提交模块，用于将所述数据管理员审核后的数据提交到所述知识库子系统中。

可选地，所述知识库子系统包括数据库构建模块、数据下载模块、数据清洗模块、数据整合模块和证据分级模块，其中，

所述数据库构建模块，用于确定要采集的数据集及所述数据集的相关结构信息，根据所述数据集和所述结构信息构建数据库；

所述数据下载模块，用于根据下载指令，从公共数据源下载获得原始数据；

所述数据清洗模块，用于对所述数据下载模块获得的原始数据进行数据清洗，获得清洗后的数据；

所述数据整合模块，用于根据所述数据库构建模块中确定的结构信息，对所述清洗后的数据进行整合，得到目标数据集；

所述证据分级模块，用于根据AMP指南标准对所述目标数据集进行分级，并将所述目标数据集按照分级存储。

可选地，对所述目标数据集进行分级，获得的等级包括第一等级、第二等级、第三等级和第四等级，其中，

所述第一等级表征药监局批准或临床指南收录的针对特定癌症的治疗证据数据，或者临床指南收录的针对特定癌种的诊断或预后证据；

所述第二等级表征临床试验或其他基于人群的研究并获得专家共识的、针对特定癌症的治疗、诊断或预后证据数据；

所述第三等级表征利用药监局批准的药物治疗其他癌症的证据，或者正在作为临床试验准入标准的生物标志物证据，或者基于多个小试验得出的具有临床意义的诊断或预后证据；

所述第四等级表征临床前研究显示具有治疗意义的生物标志物证据，或者小试验或个例报道显示能够帮助疾病诊断或预后的生物标志物证据。

可选地，其特征在于，所述知识管理子系统包括：

知识查询模块、知识管理模块、数据导入模块和数据导出模块，其中，

所述知识查询模块，用于提供数据查询接口，实现用户对知识库子系统中的数据进行查询；

所述知识管理模块，用于对所述知识库子系统中的数据进行管理，实现对知识库子系统中的数据的更新；

所述数据导入模块，用于提供数据导入接口，将本地批量整理好的数据导入到所述知识库子系统中；

所述数据导出模块，用于提供所述知识库子系统中的数据导出接口，实现对目标数据的导出。

可选地，所述知识管理模块包括知识添加单元、知识删除单元和知识修改单元，其中，

所述知识添加单元，用于对所述知识库子系统中的数据进行知识添加，得到更新后的数据；

所述知识删除单元，用于删除所述知识库子系统中满足预设删除条件的数据；

所述知识修改单元，用于对所述知识库子系统中的知识进行修改，获得精准的数据。

可选地，所述报告处理子系统包括：报告生成模块、报告审核模块和报告管理模块，其中，

所述报告生成模块，用于调用所述知识库中的数据，对用户上传的变异数据进行用药解读，并生成用药解读报告；

所述报告审核模块，用于对所述用药解读报告进行审核，并对审核后的用药解读报告进行展示调整，获得目标解读报告；

所述报告管理模块，用于对所述目标解读报告进行管理，实现用户对所述目标管理解读报告的查看和下载。

可选地，所述报告处理子系统还包括：账户管理模块、模版管理模块和数据上传模块，其中，

所述账户管理模块，用于管理所述肿瘤精准用药解读系统的用户信息，使得每个账户的用户获取到与所述账户匹配的用药解读报告；

所述模板管理模块，用于系统管理员更新、上传与存储报告模板，使得所述报告生成模块调用该模板，填入系统解读结果数据，生成目标解读报告；

所述数据上传模块，用于接收用户上传的变异数据，并提供模版和癌症类型选择接口，实现用户对癌症类型和报告模块的选择。

一种肿瘤精准用药解读方法，包括：

对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析，将解析结果和用户上传的文献资料在预处理后作为肿瘤用药指导证据；

对所述肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存；

对所述知识库子系统中的肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行处理和更新，获得目标知识；

根据用户提供的变异数据调用所述知识库子系统中的目标知识，并对调用的目标知识进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并对生成的报告进行在线管理。

相较于现有技术，本发明提供了一种肿瘤精准用药解读系统和方法，在该系统中通过文献检阅子系统能够收集临床级别和文献级别的肿瘤用药指导证据，保证了数据的充分利用，并且能够在知识管理子系统中针对所述用药指导证据进行实时更新，保证了数据的准确性和时新性，同时能够针对变异数据进行肿瘤精准用药解读，可以实现从个体多组学基因检测结果层面提供用药指导，最大程度上提高了指导用药的可利用性，满足临床指导的需求，辅助临床医生做出临床用药和治疗决策。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据提供的附图获得其他的附图。

图1为本发明实施例提供的一种肿瘤精准用药解读系统的结构示意图；

图2为本发明实施例提供的肿瘤精准用药证据类型及来源的示意图；

图3为本发明实施例提供的一种肿瘤精准用药解读方法的流程示意图。

具体实施方式

下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

本发明的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”和“第二”等是用于区别不同的对象，而不是用于描述特定的顺序。此外术语“包括”和“具有”以及他们任何变形，意图在于覆盖不排他的包含。例如包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备没有设定于已列出的步骤或单元，而是可包括没有列出的步骤或单元。

在本发明实施例中提供了一种肿瘤精准用药解读系统，参见图1，该系统包括：文献检阅子系统101、知识库子系统102、知识管理子系统103和报告处理子系统104，其中，

文献检阅子系统101，用于对对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析，将解析结果和用户上传的文献资源在预处理后作为肿瘤用药指导证据。

其中，所述预处理主要是指进行人工阅读和审阅等相关处理，还可以包括对文献数据的规范处理等，本发明不做具体限制。所述肿瘤用药指导证据包括临床级别和文献级别的药物基因组学证据，以及药品上市信息、临床试验信息、药物-药物相互作用、食物-药物相互作用、药代动力学证据、药品价格信息、药物信息、癌种信息、变异信息、基因信息、临床试验单位信息、临床试验与药物、癌种、变异、基因的关联信息等。

对应的，文献检阅子系统101可以在线检索PubMed和PMC等文献数据库，并将检索结果列表在系统中进行展示，用户确定需要的文献后点击添加，相应的文献摘要或全文经过解析后导入后台数据库，或者用户可以上传已经下载到本地的需要阅读的文献资料，然后可以在线阅读添加并解析好的文献或者上传到系统中的文献资料，并根据字段管理模块确定的数据收集字段收集整理肿瘤用药指导证据。

在本发明的另一实施例中文献检阅子系统101可以包括文献检索模块、文献添加模块、肿瘤药物基因组关键词管理模块、文献解析模块、上传模块和角色管理模块、字段管理模块、文献分配模块、文献阅读模块、数据审核模块、数据提交模块。

其中，角色管理模块可以对文件检阅子系统的账户和账户角色进行管理，系统角色分为数据管理员、审阅者和阅读者三种；

文献检索模块可以根据用户提交的关键词，在线对PubMed和PMC等文献数据库进行检索，检索结果暂存在临时数据表中，供后续的文献添加模块调用；

文献添加模块可查看文献检索模块得到的文献检索结果列表，数据管理员根据各文献的标题及摘要等信息，勾选确定目标文献，批量添加到后台数据库表中；

肿瘤药物基因组关键词管理模块收录有丰富的肿瘤药物基因组学相关关键词，包括肿瘤/癌症、基因、变异、药物等多种类型的名称及同义词，需要说明的是，肿瘤药物基因组关键词管理模块中收录的关键词与文献检索模块中用户输入的关键词不同，文献检索模块的关键词是用户在检索框内提交的，用于检索文献的；而肿瘤药物基因组关键词管理模块中的关键词是用于文献内容解析的，例如根据该模块收录的关键词，将文献中相应部分高亮显示，方便后续的文献阅读和审阅。

文献解析模块在文献添加模块工作的同时，对文献摘要或全文中的肿瘤药物基因组学关键词进行高亮显示，便于下一步的文献阅读和审阅；

上传模块(由于文档的格式一般为PDF格式，所以也可以称为PDF上传模块)可以上传已经提前下载到本地的PDF格式的药品说明书、各种临床指导文件以及其他文献资料等；

字段管理模块用于确定需要收集的数据字段和类型；

文献分配模块是数据管理员将添加或上传到系统中的文献分别分配给两个阅读者和一个审阅者；

文献阅读模块可以让阅读者对已经分配的文献进行阅读，将其中的数据收集整理到字段管理模块确定的数据收集框中，然后提交到后台临时数据表中；

数据审核模块可以让审阅者对阅读者收集的数据进行在线审核，也可以让数据管理员对阅读者和审阅者提交的数据进行同时审核；

数据提交模块则可以将数据管理员最终提交的数据添加到知识库中。

知识库子系统102，用于对所述肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存，其中，所述肿瘤用药的关联数据包括：各国或各地区药监局批准上市的抗肿瘤药物、各官方机构注册登记的肿瘤临床试验信息、药物-药物相互作用信息、食物-药物相互作用信息、药物基本信息、变异基本信息、癌种基本信息、基因基本信息等。

该知识库子系统102表征了精准用药知识库系统，用于收录已经整理好的用药指导相关数据。

在本发明的另一实施例中，该知识库子系统102可以包括：数据库构建模块、数据下载模块、数据清洗模块、数据整合模块和证据分级模块。

其中，数据库构建模块，包括调研确定需要的数据集和结构信息，结构信息表示各个数据集需要分成哪些数据库表、各数据库表需要哪些字段以及怎么进行关联、各个字段的数据类型及数据长度等；

数据下载模块是从各个公共数据源下载原始数据，常用的公共数据源包括：从FDA、EMA等官网下载药品说明书，从NCCN、ASCO、CSCO、ESMO等官网下载临床诊疗指南、从广东省药学会官网下载2018版超药品说明书用药目录、从CIViC，OncoKB，Cancer GenomeInterpreter(CGI)等数据库下载药物基因组学数据，从COSMIC、ClinVar、MyVariant.info、CIViC等数据库下载变异数据，从HGNC下载基因数据，从DrugBank、PubChem等数据库下载药物数据、从DiseaseOntology、ICD10、MalaCards等数据库下载疾病数据，从ClinicalTrials.gov和药物临床试验登记与信息公示平台(ChinaDrugTrials)等数据库下载药物临床试验数据，从DrugBank等数据库下载药物相互作用、食物-药物相互作用等数据，从NCCN药物数据库和NCCN生物标志物数据库下载癌症精准用药证据等；

数据清洗模块是对下载的数据进行清洗，主要包括检查数据一致性，处理无效值和缺失值，发现并举证各下载数据中的错误；

数据整合模块，是根据数据库构建模块中确定的数据库及数据字段和数据类型，对不同来源的数据分别进行整理，然后进行整合，去除重复数据，得到最终的数据集；

证据分级模块，是对上述数据整合模块以及前述文献检阅子系统中得到的用药指导证据和药力动力学证据按照AMP(Association for Molecular Pathology，分子病理学协会)指南的标准进行分级，即按照数据原始来源进行分级，在本发明实施例的一方面中分为四级：第一等级、第二等级、第三等级和第四等级，在另一方面中可以根据实际需求进行更多层级的分类。

例如，第一等级标识药监局批准或临床指南收录的、针对特定癌种的治疗证据，或者临床指南收录的针对特征癌种的诊断或预后证据；第二等级标识临床试验或其他基于人群的研究并获得专家共识的、针对特定癌种的治疗、诊断或预后证据；第三等级表示利用药监局批准的药物治疗其他癌种的证据，或者正在作为临床试验注入标准的生物标注物证据，或者基于多个小试验得出的具有临床意义的诊断或预后证据；第四等级表示临床前研究显示具有治疗意义的生物标志物证据，或者一些小试验或个例报道显示能够帮助疾病诊断或预后的生物标志物证据。

知识管理子系统103，用于对所述知识库子系统中的肿瘤用药指导证据进行处理和更新，获得目标知识。

知识管理子系统103可以在线对知识库中的精准用药知识进行增、删、改、查等操作，方便及时更新知识库。

在本发明的另一实施例中，知识管理子系统包括：知识查询模块、知识管理模块、数据导入模块和数据导出模块。

知识查询模块提供知识数据的查询功能，方便在线查询知识库中的知识，例如通过提供数据查询的数据接口；

知识管理模块包括知识添加单元、知识删除单元和知识修改模块，知识添加单元提供知识数据的添加功能，方便随时添加新的数据，更新知识库；知识删除单元可以在线删除冗余或过时的数据，确保数据的非冗余性和准确性；知识修改单元提供对知识数据的在线修改功能，能够对语言表述不够清晰的用药证据进行在线修改，确保所有语句通顺，不会导致理解偏差。

数据导入模块提供了知识数据的批量导入功能，在本地经过程序处理及人工检阅后得到的精准用药知识可以通过该数据导入模块批量导入到知识库中，避免了直接登录后台数据库导入数据的繁琐操作，也确保了知识库中数据的安全性。

数据导出模块可以将所选的数据表整表导出，方便在本地对数据进行批量处理。

报告处理子系统104，用于根据用户提供的变异数据调用所述知识库子系统中的目标知识，并对调用的目标知识进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并对生成的报告进行在线管理。

报告处理子系统可以调用知识库中的数据，对用户上传的变异数据进行精准用药解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并提供报告的管理、下载和用户反馈等功能。

在本发明的另一实施例中，报告处理子系统包括：报告生成模块、报告审核模块和报告管理模块、账户管理模块、模版管理模块和数据上传模块。

账户管理模块用于管理系统用户账户，使得各个用户只能看到自己账户下的报告；

模版管理模块用于管理报告模版，全部模版可以采用LaTeX源代码编写，不同模版其样式、包含的数据类型或数据源中的一种或多种都不一样，方便不同的用户根据自己的实际需求进行选择；

数据上传模块是为了方便用户上传已经经过数据分析后得到的变异数据，以及选择相应的癌种类型和报告模版等；

报告生成模块会调用知识库中的数据，对用户上传的变异数据进行精准用药解读：首先罗列与所上传基因变异相关的用药指导相关证据，然后以各个药物为中心，根据相应的规则从证据中总结出哪些药物是可用的，哪些是不可用的，最终将相应的信息替换到所选的报告模块中，生成精准用药解读报告；

报告审核模块可以对生成的解读报告进行审核，以确保没有数据问题，同时调整优化报告的展示，使之更加美观；

报告管理模块对用户账户下的所有报告进行管理，用户可以登录系统查看或下载历史报告，也可以对报告进行反馈。

本发明提供了一种肿瘤精准用药解读系统，在该系统中通过文献检阅子系统能够收集临床级别和文献级别的肿瘤用药指导证据，保证了数据的充分利用，并且能够在知识管理子系统中针对所述用药指导证据进行实时更新，保证了数据的准确性和时新性，同时能够针对变异数据进行肿瘤精准用药解读，可以实现从个体多组学基因检测结果层面提供用药指导，最大程度上提高了指导用药的可利用性，满足临床指导的需求，辅助临床医生做出临床用药和治疗决策。

下面以具体的应用过程对本发明提供的肿瘤精准用药解读系统进行说明，在本发明的另一实施例中，文献检阅子系统包括角色管理模块、文献检索模块、文献添加模块、肿瘤药物基因组关键词管理模块、文献解析模块、PDF上传模块、字段管理模块、文献分配模块、文献阅读模块、数据审核模块以及数据提交模块。

首先通过角色管理模块，创建了三个系统用户，分别赋予角色为CuratorA，CuratorB和ReviewerC，即两个文献阅读者A和B，一个文献审阅者C。

在肿瘤药物基因组关键词管理模块中，设置了抗肿瘤药物列表、肿瘤相关基因列表、MeSH疾病词条、MeSH药物词条以及表示基因型和用药反应及相关变化的关键词，如“efficacy”，“metabolism”，“dosage”，“response”，“sensitivity”，“increase”，“increased”，“higher”，“resistance”，“reduced”，“decreased”等等，这些关键词将在文献解析模块中被使用。

字段管理模块可以根据知识库中相应的数据库表，设计数据收集框的字段名称、字段类型和字段长度，用于后续的数据收集；例如在这个优选地实施例中，设计的字段包括癌种名称、阶段、患者状态、基因、变异、药物、用药描述、用药指导、证据来源、证据等级等。

然后在文献检索模块中，按照NCBI PubMed和NCBI PubMed Central(PMC)文献检索系统的关键词构建方法，对我们需要的关键词“Non-small Cell Lung Cancer”、“EGFR”、“T790M”、“TKI”进行组合，以期在文献标题范围内进行关键词检索，得到用于文献检索的词条“(EGFR[Title])AND(Non-small Cell Lung Cancer[Title])AND(T790M[Title])AND(TKI[Title])”，经调用PMC API接口检索后，得到5篇按发表时间倒序排序的英文文献(排序方式采用默认的时间倒序排序方式，检索时间为2018年7月27日上午10时38分)，检索结果每页默认展示20篇文献，每篇文献展示勾选框、序号、标题、作者、期刊相关信息以及PMCID等信息，检索结果信息会保存在后台数据库，方便随时回头查看此次检索结果。

接着可以利用文献添加模块，通过查看文献的标题及文献所在期刊，确定并勾选需要的文献，然后通过点击“添加”按钮将选择的文献添加到系统之中；如果文献之前已经被添加到系统了，则文献将无法被勾选，以免重复添加。

文献在添加到系统的同时，系统会调用文献解析模块，利用肿瘤药物基因组关键词管理模块中设置的各类关键词，对文献标题、摘要、全文(如果检索的是PMC就有全文，检索PubMed就只有标题和摘要)中的相关关键词进行高亮显示：1)解析以句子为单位，2)不同类型(药物、基因、癌种名称、药物反应、反应变化)的关键词用不同的字体和背景颜色进行高亮展示，3)同一句子中按照含有的关键词类型数量，在句首用大红色五角星标注：五种类型都有的标五颗星，只有其中四种类型的则标四颗星，以此类推，4)高亮的方式为在相应的文本位置处添加HTML代码；经过这样的高亮解析之后，该文献对应的文本内容在被展示到网页中时，就能很清晰地看到重点语句和关键词，方便后面的文献阅读和审阅。

除了在线进行英文文献检索之外，文献检阅系统还提供了PDF上传模块，可以对已经存在于本地的PDF格式的各类文献资源进行上传，利用系统的文献阅读等功能收集其中的数据，是对文献检索功能的一个完美补充。

已经添加并解析的文献，或者经上传后的PDF文献，经由数据管理员调用文献分配模块，同一篇文献同时分配给了三个用户，即A，B，C，角色分别为Curator，Curator和Reviewer。

被分配到文献的两个Curators可以利用文献阅读模块进行阅读了：根据页面左边的数据收集框确定的字段信息，从页面右边展示的解析后的网页格式文献或者上传的PDF格式的文献中提取相应的数据，再填到数据收集框中，待全部填完并确认无误之后即可进行数据提交；由于有的文献会得出多条用药指导结论，所以该系统也支持同一篇文献提交多套数据。

待同一篇文献的两个Curators阅读完成并提交了数据之后，Reviewer即可对两人提交的数据结合原文献进行审阅；对于两者一致并且Reviewer对照原文确认无误的数据，可以直接通过审阅，而对于两者不一致或者经Reviewer对照原文确认有误或者有疑问的数据，Reviewer有权将数据返回给Curators，让其重新阅读与提交了；只有最终确认没有问题之后，Reviewer提交审阅后的数据给数据管理员，后者再经过同样的审阅模式审阅并确认无误之后，即可利用数据提交模块提交最终的数据到知识库中。

在文献检阅系统的该优选实施例中，所使用的系统角色名称(CuratorA，CuratorB，ReviewerC)、数据收集字段(字段名称、字段类型、字段长度)、文献检索所使用的数据库(PubMed和PMC)、文献检索用到的关键词和词组、检索结果的展示方式与展示条数、文献解析过程中涉及的关键词类型及相应的标注方式和颜色、文献解析单位(句子)及标注方式(五角星、红色、HTML代码)、文献分配涉及的用户数量和分别的角色(两个Curator，一个Reviewer，一个数据管理员)、文献阅读的方式(左侧展示文献，左侧收集数据)、文献审阅的方式(提交后Reviewer先审阅，然后数据管理员再审阅)、系统模块的不同组合或组合顺序、模块名称或数量等的任何形式变换，均应同等视作本专利的保护范围。

在本发明的另一个实施例中，精准用药知识库子系统包括数据库构建模块、数据下载模块、数据清洗模块、数据整理与整合模块以及证据分级模块。其中：

数据库构建模块确定精准用药知识数据集类型，主要包括癌种、基因、变异、药物、临床试验、药物/药物相互作用、药物/食物相互作用、用药指导/药物基因组学等基本信息，以及药物-基因、癌种-基因、癌种-变异、临床试验-癌种、临床试验-基因、临床试验-变异、临床试验-药物等关联信息；然后根据确定的数据集类型，设计相应的数据库表：包括数据库表名、字段名、字段类型和字段长度等。

数据下载模块从各公开数据源下载相应的数据到本地，主要包括：1)从FDA、EMA等各国/地区药监局网站下载抗肿瘤药物的药品说明书；2)从各药品/药品厂家官网下载中文版的药品说明书；3)从NCCN、ASCO、CSCO、ESMO等肿瘤临床诊疗指南官网下载诊疗指南；4)从OncoKB，CIViC，PharmGKB等数据库下载用药指导/药物基因组学相关数据；5)从ClinicalTrials.gov和药物临床试验登记与信息公示平台(ChinaDrugTrials)下载分别在美国和中国登记的临床试验数据；6)从DiseaseOntology、ICD10、MeSH以及MalaCards下载疾病相关数据；7)从HGNC数据库下载人类基因相关数据；8)从COSMIC、ClinVar、MyVariant.info、CIViC、dbSNP等数据库下载变异相关数据；9)从Drugs@FDA、DrugBank，PharmGKB等数据库下载药物相关数据，包括药品上市信息、药物-药物相互作用以及食物-药物相互作用等信息。

数据清洗模块即利用Perl脚本对下载的各个数据集进行初步的整理，去除有问题及不需要的数据，保留信息类型无误的、与肿瘤和肿瘤精准用药相关的各类数据集。保留下来的各个数据集经过数据整理与整合模块先按照数据库构建模块确定的各数据库表格式分别进行整理，然后再对同一个数据库表的数据进行整合，去除重复数据，得到整合后的无冗余肿瘤精准用药数据库。肿瘤精准用药证据类型及来源见图2所示。

在整合过程中，会对每一条用药指导相关证据进行用药指导判断：根据具体的证据描述来判断针对证据中特定癌种患者的特定突变，特定药物是否可以被推荐使用(证据用药判定)：

1)如果证据中带有诸如“适用于”、“推荐使用”、“可以使用”、“可以考虑使用”、“敏感”、“抑制肿瘤生长”等关键词，且证据描述中没有其他能够对这些关键词表达的意义进行变化或扭转的用词，则判定该药物对于带有该突变的该癌种患者是“推荐使用”的；

2)如果证据中带有诸如“不适用于”、“禁用于”、“耐药”、“不敏感”、“毒性增强”等关键词，且证据描述中没有其他能够对这些关键词表达的意义进行变化或扭转的用词，则判定该药物对于带有该突变的该癌种患者是“不推荐使用”的；

3)如果证据中带有诸如“安全性尚未得到验证”、“有效性尚未得到验证”等关键词，则判定该药物对于带有该突变的该癌种患者是否可用是“不确定”的。

对于每一条用药指导证据，其可能涉及一个/种变异，对应一个药物，即“单变异单药用药”证据，这是最简单也是最常见的证据类型，直接按照上述规则进行用药判定即可；对于部分涉及一个/种变异、多个药物的证据，即联合用药证据，继续按照上述规则进行用药判定，但是判定结果会加上“联合用药”标签；对于另一部分涉及多个/种变异、一个药物的证据，即多位点用药证据，依然可以按照上述规则进行用药判定，判定结果会加上“多变异用药”标签；剩下的少量证据同时涉及多个/种变异、多个药物，即为多变异联合用药证据，按照上述规则判定，并标注“多变异联合用药”；另外还有一种情况，证据中的用药指导涉及的不是某种突变型，而是野生型，如贝达药业研发的盐酸埃克替尼片2011年6月版药品说明书中提到，不推荐本品用于EGFR野生型非小细胞肺癌患者，再如安进公司帕尼单抗(Panitumumab)2017年6月版药品说明书中提到，帕尼单抗适用于KRAS或NRAS野生型的转移性结直肠癌患者的治疗，这类用药证据涉及的是特定基因的野生型，在依照上述规则进行用药判定的同时，加上“野生型用药”标签。除了第一种和最后一种情况，其他三种情况在报告生成与管理系统中进行个体用药判定时会有特殊的处理方式。

上述提及的各种用药证据均是针对特定癌种的用药证据，即适应症用药证据。但是在NCCN指南和《广东省药学会2018版超药品说明书用药目录》等临床指南和专家共识有专门推荐，用药监局(如FDA、EMA、NMPA等)批准上市的针对其他癌种的药物来治疗另一种癌症，即所谓的超适应症用药证据。这类证据也被收录在精准用药知识库系统中。

整合得到的用药指导/药物基因组学数据库表中的用药证据经由证据分级模块进行分级，分级严格按照AMP指南分类标准进行，即按照数据原始来源分成第一等级、第二等级、第三等级和第四等级，第一等级表示药监局批准或临床指南收录的、针对特定癌种的治疗证据，或者临床指南收录的、针对特定癌种的诊断或预后证据；第二等级表示临床试验或其他基于人群的研究并获得专家共识的、针对特定癌种的治疗、诊断或预后证据；第三等级表示利用药监局批准的药物治疗其他癌种的证据，或者正在作为临床试验准入标准的生物标注物证据，或者基于多个小试验得出的具有临床意义的诊断或预后证据；第四等级表示临床前研究显示具有治疗意义的生物标志物证据，或者一些小试验或个例报道显示能够帮助疾病诊断或预后的生物标志物证据。

在精准用药知识库系统的该优选实施例中，数据集类型名称(癌种、基因、变异、药物、临床试验、药物/药物相互作用、药物/食物相互作用、用药指导/药物基因组学证据、药物-基因、癌种-基因、癌种-变异、临床试验-癌种、临床试验-基因、临床试验-变异、临床试验-药物)、各数据下载来源、证据判定规则所使用的代号(推荐使用、不推荐使用、不确定)以及所利用的关键词、证据分级所采用的标准、系统模块的不同组合或组合顺序、模块名称或数量等的任何形式变换，均应同等视作本专利的保护范围。

在本发明的另一实施例中，精准用药知识管理子系统包括知识查询模块、知识添加模块、知识删除模块、知识修改模块、数据导入模块和数据导出模块，其中：

知识查询模块提供知识数据的在线查询功能，可以根据癌种、阶段、基因、变异、药物、用药指导、证据等级等字段单独或组合进行查询，查看相应的用药指导证据，例如通过药物名称“克唑替尼”检索，得到来自药品说明书、NCCN、ASCO、CSCO、ESMO等临床指南以及多篇文献的440条用药指导证据，针对MET、ALK等不同基因的不同变异，有推荐的用药指导也有不推荐的用药指导。通过该查询模块，可以对知识库中的数据有一个非常直观的了解。

知识添加模块可以帮助在线更新知识数据，例如2018年7月26日，默沙东公司宣布，其PD-1抑制剂药物帕博利珠单抗(Pembrolizumab)正式获得中国国家药品监督管理局审批，用于经一线治疗失败的不可切除或转移性黑色素瘤的治疗。像这样时新的药品上市信息和用药指导信息就可以通过该知识添加模块实现及时更新，确保知识库中的信息能够跟上最新的药品监管和研发进展。

知识删除模块和知识修改模块可以对已经存在于知识库中的知识数据进行操作。对于临床试验信息来说，其状态是处于动态变化的过程中，例如某个临床试验，在最初被知识库收录时处于“尚未招募”状态，但是过了一段时间，状态变更为“招募中”，这时候就需要通过知识修改模块来修改状态信息了，可能又过了若干月或者若干年，患者招募完成，不再招募新的患者了，或者时间到了临床试验的完成日期了，那这个临床试验对我们的报告系统来说意义就不大了，需要删除，这时候就需要通过知识删除模块来进行了。通过这两个模块，也能确保我们的知识数据处于动态更新的过程中。

数据导入模块和数据导出模块主要是为了方便数据管理员对知识库中的数据进行批量处理，例如从一个新的数据源中整理得到了一批新的数据，需要先通过数据导出模块从现有数据库中将相应数据库表中的数据导出，与新得到的数据进行整合与去重之后，再通过数据导入模块将整合后的数据导入到数据库表中，以实现对数据库表的更新，同时避免重复数据的存在。

在精准用药知识管理系统的该优选实施例中，知识数据的在线查询字段(癌种、阶段、基因、变异、药物、用药指导、证据等级)及字段组合、数据更新方式(在线添加、修改、删除、数据上传、数据下载)、知识删除和修改所使用的实例(临床试验)、系统模块的不同组合或组合顺序、模块名称或数量等的任何形式变换，均应同等视作本专利的保护范围。

在本发明的另一实施例中，报告生成与管理子系统包含账户管理模块、模板管理模块、数据上传模块、报告生成模块、报告审核模块和报告管理模块。其中：

账户管理模块主要是管理用户账户。该系统中的所有肿瘤精准用药解读报告均是以用户账户为单位进行管理，某一个用户账户生成的报告只能由该账户的用户本身进行查看与下载，其他用户不能进行查看与下载。

模板管理模块主要是用于管理该系统的报告模板。本系统的报告模板均是采用LaTex源代码编写而成，所有模板文件均是在本地的TexStudio软件上进行修改、完善并确定最终版本之后，通过该模板管理模块进行上传，存储到系统之中，同时记录模板的更新信息。整个系统的模板，根据所展示的信息类型种类或数量的不同分成了完整版、完整注释版、临床版、临床注释版、文献版、文献注释版以及定制版等多个版本，每个版本在系统中都会有相应的描述信息以及示例报告，用户可以很清楚地了解到不同版本的差异，从而选择最适合自己的版本。

数据上传模块是面向终端用户的功能。用户可以根据自己具体的样本信息，选择相应的参数：癌种、临床分期、患者状态、参考基因组、是否需要超适应症用药证据、是否需要阴性位点证据、是否需要临床试验信息、是否需要药品上市信息、是否需要药物-药物相互作用信息、是否需要食物-药物相互作用信息、是否需要药代动力学证据以及报告模板等等，然后选择VCF格式、文本格式或者预定义好的Excel格式的变异数据，自定义报告名称，然后就可以上传数据并开始生成报告了。

报告生成模块即利用用户上传的变异数据、选择的报告模板以及设定的相关参数，从知识库中调取相应的知识数据，利用如下规则生成解读报告：

1)首先，利用后台的Perl脚本，对用户上传的VCF格式、文本格式或Excel格式的变异数据进行注释，然后与知识库中的变异数据进行匹配：

对于VCF格式的数据，首先利用ANNOVAR软件进行注释，获取到突变相关信息，如特定转录本上的碱基变化或者氨基酸变化等信息，然后依次用绝对位置信息和标准HGVS表示等方式与知识库中收录的相应变异数据进行匹配；

对于文本格式的数据，首先调用MyVariant.info软件进行注释，获取到变异相关的更多信息，如其他的常见表达词条等，以尽可能提高与系统中变异数据的匹配率；

对于Excel格式的变异数据，由于Excel模板已经提前定义好了各个字段的数据类型与格式，用户只需要提前按照要求填好各个字段，如起始位置/终止位置/原始序列/变异序列、氨基酸变化的HGVS表达、碱基变化的HGVS表达、常见同义词表达(“基因:变异名”)、rs号、COSMIC号、CIViC变异ID等等，上传后即可与知识库中对应的字段进行匹配；Excel格式不仅可以提交SNP、Indel等VCF所能够提交的数据类型，还可以提交诸如基因融合、基因表达、染色体重排、甲基化状态、是否野生型等等其他类型的数据，用以全方位支持各种类型的变异数据的解读，所述变异数据不仅仅是基因层面的变异，也可以是染色体层面的变异或者表观层面的变异等等。

2)其次，将匹配上的知识库变异相关的用药指导信息调出，根据用户提前选择的癌种、临床分期、患者状态、证据类型、数据源等参数进行一步筛选，得到最终用于展示在报告中的用药指导证据，填充到所选定报告模板的证据列表部分(临床级别适应症证据、临床级别超适应症证据、文献证据、阴性位点证据和药代动力学证据等)；同时，根据用户选择的癌种和临床分期等参数，从知识库中提取相应的上市治疗药物，填充到报告模板的药物批准信息部分；接着，根据上述证据中涉及的药物，从知识库中提取相应的药物-药物相互作用及食物-药物相互作用等信息，填充到报告模板的相应部分；根据癌种类型、变异、基因以及上述证据中的药物，从知识库中提取相应的临床试验信息，填充到报告模板的相应部分；根据变异基因和上述证据中的药物，从知识库中提取相应的介绍信息，如基因的临床意义和生物学意义、药物的作用机制和各种适应症等，然后填充到报告模板的相应部分。

但是需要注意的是，直接调取的用药指导信息仅限于涉及一个/种变异的用药证据，而对于多个/种变异的用药证据，即多变异用药和多变异联合用药证据，要求多个位点同时存在时才能进行调取。

3)接着，根据上一步提取出来的各种用药证据，以药物为中心进行用药证据总结，在个体层面确定各个药物是否可以被推荐使用(个体用药判定)：

a)如果同一个药物相关的全部证据都是“推荐使用”，则说明对于当前所提供的全部变异而言，该药物是可以被“推荐使用”的；

b)如果同一个药物相关的全部证据都是“不推荐使用”，则说明对于当前所提供的全部变异而言，该药物是“不推荐使用”的；

c)如果同一个药物相关的证据中，有的是“推荐使用”而有的是“不推荐使用”，或者有的证据显示该药物是否可用是“不确定”的，则该药物“不确定”是否可用，需要临床医生参考各具体证据，结合患者的个体情况进行综合考量后决定。

需要注意的是，对于单变异联合用药证据和多变异联合用药证据，只能作为最终的联合用药方案的证据，参与相应方案的个体用药判定，而不能视作其中某个或某几个药物单独使用时的证据。

在进入靶向治疗和免疫药物治疗之前，抗肿瘤药物的批准几乎都是针对特定的癌种类型进行的，很少将生物标志物同时考虑在内，因此各国各地区的药物监管机构所批准的这类抗肿瘤药物其实也是潜在的“推荐使用”药物，这些药物结合上述证据，一起构成了用药指导证据，并参与报告生成与管理系统个体用药判定的生成。

4)在确定“推荐药物”、“不推荐药物”和“不确定药物”列表后，相应药物及对应总结描述信息(包括但不限于相关支持证据的代号及文字总结)分别填入到报告模板的解读结果部分，至此，解读报告最核心的数据均已完成填充。接下来将样本信息(包括患者基本信息、病理信息和送检信息等)、检测结果(检测项目、变异列表等)以及其他信息(名词释义、参考文献、检测位点列表等)分别填充到报告模板的相应部分，在生成报告ID、完善其他细节部分之后，LaTex文本版的报告即成型了。

报告审核模块使用者为系统管理员/报告管理员，可以对报告生成模块中生成的LaTex文本版报告进行审核，以确定没有数据问题。如果审核过程中有发现数据有问题，需要根据报告生成策略一步步回溯，确定问题源头，然后登录精准用药知识管理系统完善相应的数据后再重新生成报告，如此反复，直到没有问题为止。由于不同的证据其描述长短不一，检测到的位点数量也不尽相同，所以导致相同模板生成的不同报告其展现效果也略有差异，系统管理员/报告管理员可以手动调整报告的LaTex源代码，使报告看起来更加美观。审核完毕后，系统管理员/报告管理员点击确认按钮，后台调用LaTex编译工具，生成PDF版的精准用药解读报告。

报告管理模块可对系统用户相关的报告进行管理，包括报告的在线查看、下载以及信息反馈等，也可以根据知识库版本或者报告模板的更新，点击按钮更新报告。

在报告生成与管理系统的该优选实施例中，报告模板开发和修改所使用的软件(TexStudio)、模板的版本类型与名称(完整版、完整注释版、临床版、临床注释版、文献版、文献注释版以及定制版等)、报告生成所用的参数类型与名称(癌种、临床分期、患者状态、参考基因组、是否需要超适应症用药证据、是否需要阴性位点证据、是否需要临床试验信息、是否需要药品上市信息、是否需要药物-药物相互作用信息、是否需要食物-药物相互作用信息、是否需要药代动力学证据以及报告模板等)、VCF格式变异数据的注释方式(ANNOVAR注释、位点匹配、HGVS表达匹配等)、文本格式变异数据的注释方式(MyVariant.info注释等)、Excel格式变异数据的注释方式(提前制定Excel模板、字段名称、字段类型)、用药决策规则(推荐使用、不推荐使用、不确定，药品批准信息参与决策规则的制定)、报告审核方式和对象(数据准确性、结构美观性，针对数据的审核不直接操作数据本身，而是通过精准用药知识管理系统更新知识库)、系统模块的不同组合或组合顺序、模块名称或数量等的任何形式变换，均应同等视作本专利的保护范围。

综上所述，基于本发明提供的肿瘤精准用药解读系统，可以实现以下功能：

a)专注于肿瘤多组学基因检测数据的解读，涉及用于解读的信息的获取、知识库整理、知识库更新及解读报告的生成与管理全过程；

b)文献检阅系统能够对文献进行在线检索、添加、解析、上传、阅读、审阅及数据提交，所有的操作均可以在线完成，即实现“关键词进，知识数据出”的一站式操作；

b1.四重检阅(具体的，两个Curators，一个Reviewer和一个数据管理员)，确保数据准确性；

b2.关键词高亮解析，可以帮助阅读/审阅者更快更准确地定位到文章关键部分，也更快更准确地获取到重点信息；

b3.定义的数据收集框字段可以与知识库一致，能够实现在线检索并阅读文献，然后收集数据导入知识库中，告别本地操作，数据更新随时随地可以进行；

c)精准用药知识库系统建立了一个信息类型齐全、数据源丰富、用药证据时新且详尽的肿瘤精准用药知识库，全方位支持肿瘤基因检测数据的全方位精准用药解读；

c1.信息类型齐全：除了其他机构普遍有的用药指导/药物基因组学证据，该系统还收集了药品上市信息、临床试验信息、药代动力学证据、药物-药物相互作用、食物-药物相互作用等能够辅助临床医生做出临床决策的重要信息，这些信息几乎没有其他相关发明专利同时提及；

c2.数据源丰富：美国、中国、欧盟等药物监管机构批准的药物信息及相应的药品说明书、以及三个国家和地区的临床肿瘤学会(ASCO、CSCO、ESMO)发布的各种肿瘤临床诊疗指南、肿瘤临床诊疗权威的NCCN指南，OncoKB，PharmGKB，CIViC等权威科研型数据库和各种英文文献等，几乎没有发明专利能够涵盖如此之广的不同类型的数据源；

c3.证据类型充分：同时收录来源于各数据源的适应症用药证据和来源于临床诊疗指南和专家共识的超适应症用药证据。无论超适应症用药证据还是适应症用药证据，根据各证据中涉及的变异数量和药物种类，均细分为野生型用药、单变异单药用药、多变异用药、联合用药以及多变异联合用药等五种证据类型；

c3.证据等级分类：参考权威的AMP指南证据分类标准，对全部用药指导证据进行严格分级，按照证据可信度强弱依次分为第一等级、第二等级、第三等级、第四等级等四种等级；

c4.结论明确：每一条证据都经过临床医学专家阅读与审核，根据语意表达将全部证据判定为“推荐使用”或者“不推荐使用”或者“不确定”，结论明确了当；

d)精准用药知识管理系统提供了对知识库数据的在线增删改查等操作，也能够实现一站式地数据更新；

e)报告生成与管理系统根据用户上传的VCF、文本或Excel格式的变异数据，调用相关软件和知识库对其进行注释与解读，然后将注释和解读结果填入LaTex版报告模板中，生成肿瘤基因检测精准解读报告，并能够进行在线管理。

e1.从个体多组学基因检测层面给出用药指导，为临床医生给出直截了当的、基于全部用药指导证据的用药指导结论，每种药物是否推荐使用一目了然，不再需要临床医生面对大量的证据再去做综合判断，这个工作目前没有任何一个发明专利提及；

e2.解读报告中给出的药代动力学证据、药物相互作用信息以及食物药物相互作用信息，在药物是否可用的基础上，进一步给出了这些药物如何使用的信息(包括剂量的调整、联合用药禁忌、食物禁忌等)，为真正实现“精准用药”助力；

e3.解读报告给出的临床试验信息均是根据患者相关的癌种、分期、基因及变异、潜在有益药物等进行匹配的，依次按照匹配的关键词类型数量进行倒序排列，能够为患者找到匹配度最高的临床试验，便于临床医生与患者或患者家属讨论后做出是否参与相关临床试验以及参与哪个临床试验的决策。

参见图3，在本发明实施例中还提供了一种肿瘤精准用药解读方法，该方法包括：

S301、对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析，将解析结果和用户上传的文献资料在预处理后作为肿瘤用药指导证据；

S302、对所述肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存；

S303、对所述知识库子系统中的肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行处理和更新，获得目标知识；

S304、根据用户提供的变异数据调用所述知识库子系统中的目标知识，并对调用的目标知识进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并对生成的报告进行在线管理。

由于上述方法应用于肿瘤精准用药解读系统，则各个步骤分别应用于上述系统实施例中的文献检阅子系统、知识库子系统、知识管理子系统和报告处理子系统，因此对于上述各个步骤的子步骤请参见上述各个实施例中的各个子系统的执行过程，在本实施例中不进行一一赘述。

本说明书中各个实施例采用递进的方式描述，每个实施例重点说明的都是与其他实施例的不同之处，各个实施例之间相同相似部分互相参见即可。对于实施例公开的装置而言，由于其与实施例公开的方法相对应，所以描述的比较简单，相关之处参见方法部分说明即可。

对所公开的实施例的上述说明，使本领域专业技术人员能够实现或使用本发明。对这些实施例的多种修改对本领域的专业技术人员来说将是显而易见的，本文中所定义的一般原理可以在不脱离本发明的精神或范围的情况下，在其它实施例中实现。因此，本发明将不会被限制于本文所示的这些实施例，而是要符合与本文所公开的原理和新颖特点相一致的最宽的范围。

Claims (10)

1.一种肿瘤精准用药解读系统，其特征在于，该系统包括：文献检阅子系统、知识库子系统、知识管理子系统和报告处理子系统，其中，

所述文献检阅子系统，用于对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析，将解析结果和用户上传的文献资源在预处理后作为肿瘤用药指导证据；

所述知识库子系统，用于对所述肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存；

所述知识管理子系统，用于对所述知识库子系统中的肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行处理和更新，获得目标知识；

所述报告处理子系统，用于根据用户提供的变异数据调用所述知识库子系统中的目标知识，并对调用的目标知识进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并对生成的报告进行在线管理。

2.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述文献检阅子系统包括：

文献检索模块、文献添加模块、肿瘤药物基因组关键词管理模块、文献解析模块、上传模块，其中，

所述文献检索模块，用于根据用户输入的关键词，在线对外部数据库进行检索，获得检索结果；

所述文献添加模块，用于查看所述文献检索模块获得的检索结果，并接收满足预设权限的用户的操作指令，确定与所述用户操作指令对应的目标文献，并将所述目标文献进行保存；

所述肿瘤药物基因组关键词管理模块，用于收录满足预设关键词条件的肿瘤药物基因组学相关的关键词；

所述文献解析模块，用于对文献添加模块中的目标文献进行解析，并在解析结果中进行关键词高亮显示；

所述上传模块，用于获取已下载至本地的文献资料，并将所述文献资料上传至所述文献检阅子系统。

3.根据权利要求2所述的系统，其特征在于，所述文献检阅子系统还包括：角色管理模块、字段管理模块、文献分配模块、文献阅读模块、数据审核模块和数据提交模块，其中，

所述角色管理模块，用于对所述文献检阅子系统中的账户信息及与所述账户信息对应的账户角色进行管理，所述账户角色包括数据管理员、审阅者和阅读者；

所述字段管理模块，用于根据用户的需求，确定需要收集的文献数据字段和类型；

所述文献分配模块，用于将数据管理员添加并由系统解析好的文献，或者由数据管理员上传的文献资料分配给对应的阅读者和审阅者；

所述文献阅读模块，用于响应于所述阅读者对文献的阅读，将阅读后的数据根据所述字段管理模块确定的字段进行整理与收集；

所述数据审核模块，用于将阅读者和/或审阅者阅读，和/或审阅后收集的数据发送至审阅者和/或数据管理员，实现所述审阅者和所述数据管理员对所述数据的审核；

所述数据提交模块，用于将所述数据管理员审核后的数据提交到所述知识库子系统中。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述知识库子系统包括数据库构建模块、数据下载模块、数据清洗模块、数据整合模块和证据分级模块，其中，

所述数据库构建模块，用于确定要采集的数据集及所述数据集的相关结构信息，根据所述数据集和所述结构信息构建数据库；

所述数据下载模块，用于根据下载指令，从公共数据源下载获得原始数据；

所述数据清洗模块，用于对所述数据下载模块获得的原始数据进行数据清洗，获得清洗后的数据；

所述数据整合模块，用于根据所述数据库构建模块中确定的结构信息，对所述清洗后的数据进行整合，得到目标数据集；

所述证据分级模块，用于根据AMP指南标准对所述目标数据集进行分级，并将所述目标数据集按照分级存储。

5.根据权利要求4所述的系统，其特征在于，对所述目标数据集进行分级，获得的等级包括第一等级、第二等级、第三等级和第四等级，其中，

所述第一等级表征药监局批准或临床指南收录的针对特定癌症的治疗证据数据，或者临床指南收录的针对特定癌种的诊断或预后证据；

所述第二等级表征临床试验或其他基于人群的研究并获得专家共识的、针对特定癌症的治疗、诊断或预后证据数据；

所述第三等级表征利用药监局批准的药物治疗其他癌症的证据，或者正在作为临床试验准入标准的生物标志物证据，或者基于多个小试验得出的具有临床意义的诊断或预后证据；

所述第四等级表征临床前研究显示具有治疗意义的生物标志物证据，或者小试验或个例报道显示能够帮助疾病诊断或预后的生物标志物证据。

6.根据权利要求5所述的系统，其特征在于，所述知识管理子系统包括：

知识查询模块、知识管理模块、数据导入模块和数据导出模块，其中，

所述知识查询模块，用于提供数据查询接口，实现用户对知识库子系统中的数据进行查询；

所述知识管理模块，用于对所述知识库子系统中的数据进行管理，实现对知识库子系统中的数据的更新；

所述数据导入模块，用于提供数据导入接口，将本地批量整理好的数据导入到所述知识库子系统中；

所述数据导出模块，用于提供所述知识库子系统中的数据导出接口，实现对目标数据的导出。

7.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述知识管理模块包括知识添加单元、知识删除单元和知识修改单元，其中，

所述知识添加单元，用于对所述知识库子系统中的数据进行知识添加，得到更新后的数据；

所述知识删除单元，用于删除所述知识库子系统中满足预设删除条件的数据；

所述知识修改单元，用于对所述知识库子系统中的知识进行修改，获得精准的数据。

8.根据权利要求7所述的系统，其特征在于，所述报告处理子系统包括：报告生成模块、报告审核模块和报告管理模块，其中，

所述报告生成模块，用于调用所述知识库中的数据，对用户上传的变异数据进行用药解读，并生成用药解读报告；

所述报告审核模块，用于对所述用药解读报告进行审核，并对审核后的用药解读报告进行展示调整，获得目标解读报告；

所述报告管理模块，用于对所述目标解读报告进行管理，实现用户对所述目标管理解读报告的查看和下载。

9.根据权利要求8所述的系统，其特征在于，所述报告处理子系统还包括：账户管理模块、模版管理模块和数据上传模块，其中，

所述账户管理模块，用于管理所述肿瘤精准用药解读系统的用户信息，使得每个账户的用户获取到与所述账户匹配的用药解读报告；

所述模板管理模块，用于系统管理员更新、上传与存储报告模板，使得所述报告生成模块调用该模板，填入系统解读结果数据，生成目标解读报告；

所述数据上传模块，用于接收用户上传的变异数据，并提供模版和癌症类型选择接口，实现用户对癌症类型和报告模块的选择。

10.一种肿瘤精准用药解读方法，其特征在于，包括：

对外部数据库进行检索，获得检索结果，并对检索结果进行解析，将解析结果和用户上传的文献资料在预处理后作为肿瘤用药指导证据；

对所述肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行保存；

对所述知识库子系统中的肿瘤用药指导证据及与肿瘤用药的关联数据进行处理和更新，获得目标知识；

根据用户提供的变异数据调用所述知识库子系统中的目标知识，并对调用的目标知识进行解读，生成肿瘤精准用药解读报告，并对生成的报告进行在线管理。