CN108875299B - 一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统及其检索方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统及其检索方法,包括如下步骤:建立葡萄膜炎SNP数据库以及数据库管理系统,按照与葡萄膜炎SNP数据库的框架模板一一对应的框架模板整理SNP数据,得到整理好SNP数据的EXCEL表,并通过数据上传导入模块导入到葡萄膜炎SNP数据库中;通过搜索匹配处理模块接收用户输入的检索请求以及关键词,根据用户检索时输入的葡萄膜炎SNP数据库的框架模板中的葡萄膜炎类型、SNP编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个进行搜索匹配,选出葡萄膜炎SNP数据库中匹配的结果进行展示。其可以使研究者们准确地,快速地及全面地获取不同类型葡萄膜炎SNP信息数据。
Description
技术领域
本发明涉及葡萄膜炎单核苷酸多态性数据检索领域,特别涉及一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统及其检索方法。
背景技术
葡萄膜炎是一种全球性的致盲性眼内炎症疾病,该眼病与一系列的影响因素相关(感染,全身系统性疾病及外伤等等)。近十年来,根据在多种国际著名期刊上的文献报道,越来越多的证据表明遗传因素也参与了该病的发病机制过程当中。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500~1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。随着二代基因测序技术的发明,研究者们发现了大量SNP与各种疾病(糖尿病,高血压及风湿性关节炎等等)以及多种类型的葡萄膜炎相关。与此同时,SNP与各种疾病的数据量也在飞速增长。在这种情况下,如何能让研究者们快速且准确地获取SNP数据成了一个主要的问题。
虽然在国外已有一些针对其他不同疾病相关的SNP数据库网站,如“PESNPdb”针对的是子癫前期,“RAvariome”针对的是风湿性关节炎等。因此,面对如此多的信息数据,目前并没有任何一种网站或者数据库可以满足研究者对这些信息数据进行快速搜索及浏览。但是这些数据库基本没有报道葡萄膜炎相关的SNP位点信息。并且葡萄膜炎不同于其他疾病,该病分为多种亚类,因此,目前检索葡萄膜炎SNP数据的方法存在如下缺点:
(1)查找葡萄膜炎SNP数据的不便利性
现有查找葡萄膜炎SNP相关信息数据主要是通过Pubmed文献数据库来进行相关文献搜索后,再提取文献中所需要的数据。该过程繁琐耗时,并且很难找全。
(2)目前世界上缺乏葡萄膜炎SNP数据库
整合这些数据最好的方式就是建立数据库,目前在国际上存在针对不同疾病的SNP数据库,然而这些并未报道葡萄膜炎所相关的SNP数据。
(3)目前SNP数据整合方式不全面
据上所述,目前SNP数据库除了缺乏葡萄膜炎相关SNP的信息之外,其所报道SNP信息并不全面,大多数数据库仅报道了SNP与疾病是否存在统计学联系,但是并没有报道更多文献中有价值的数据(如研究方法,研究人群,人群数量,在人群中不同等位基因的频率及数量等等),这些数据对于研究者在葡萄膜炎遗传学研究上具有很大作用。
因此,研究者们无法准确地,快速地及全面地获取不同类型葡萄膜炎SNP信息数据成了研究葡萄膜炎遗传学机制的一大难题!
发明内容
本发明的目的是针对现有技术对应的不足,提供一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统及其检索方法,其可以使研究者们准确地,快速地及全面地获取不同类型葡萄膜炎SNP信息数据。
本发明的目的是采用下述方案实现的:一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统,包括:管理者登录模块,所述管理者登录模块用于管理者账号的登录实现数据库安全管理(根据需求可以建立多个不同管理者账号,可便于多人同时进行管理);
数据上传导入模块,所述数据上传导入模块用于接收用户输入的导入请求,将整理好SNP数据的EXCEL表格中的数据导入到葡萄膜炎SNP数据库中;用于整理SNP数据的EXCEL表格的框架模板与葡萄膜炎SNP数据库的数据表的框架模板一一对应;
关键词输入模块,所述关键词输入模块用于获取用户(在浏览器的相应网站的搜索框中)输入的关键词,并向搜索匹配处理模块发送搜索请求;
搜索匹配处理模块,所述搜索匹配处理模块用于接收关键词输入模块的搜索请求以及对应的关键词,根据用户输入的葡萄膜炎SNP数据库的框架模板中的葡萄膜炎类型、SNP编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个进行搜索匹配,选出葡萄膜炎SNP数据库中匹配的结果;
搜索结果展示模块,所述搜索结果展示模块用于对匹配的结果进行展示;
用户信息反馈模块,所述用户信息反馈模块用于供用户在发现搜索信息遗漏或者错误时上传反馈信息给管理员;
数据操纵模块,所述数据操纵模块用于对葡萄膜炎SNP数据库中的数据进行更新、修改、删除这些操作。由管理员对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎SNP数据库中;
搜索结果展示模块包括简略结果展示模块和详细结果展示模块,所述简略结果展示模块用于展示初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介;详细结果展示模块用于根据用户的触控操作展示SNP在文献中的详细数据,包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP是否与疾病相关,文献的来源。使用者提交关键词后,数据库若能匹配关键词,则搜索结果展示模块会显示所有匹配关键词的简略形式的结果,若不匹配,则搜索结果展示模块提示无该关键词信息;当点击简略形式的结果后,搜索结果展示模块会进入详细形式的结果显示,其中会显示更详细的数据信息。
本数据库管理系统还包括结果筛选模块,所述结果筛选模块用于根据用户发送的筛选请求,对匹配结果进行进一步筛选。用户可以通过选择设定的筛选选项如“人群(population)”及“文献发表日期(publication datas)”来触发进一步筛选。
葡萄膜炎SNP数据库的数据表内整理的数据包括SNP的基本信息和SNP在文献中的研究信息,所述SNP的基本信息包括SNP编号(SNP),基因名称(gene),基因编号(gene id),等位基因类型(RefSNP Alleles),该SNP功能(Functional Consequence),最小等位基因频率(Global MAF/simple size);所述SNP在文献中的研究信息包括研究方法(method),葡萄膜炎类型(Related disease),研究人群(Ethnicity),人群数量(Total case/totalcontrol),在人群中不同等位基因的频率(Freq.Case/Freq.control)及数量(case/control),该SNP是否与疾病相关(P value/Pc value),文献的来源(PMID)及是否进行功能验证(Function)。
数据库管理系统还包括数据库导读模块,所述数据库导读模块,用于指导新用户如何使用该数据库,同时,该模块也是进入其他模块的主要途径,例如该用户可通过该模块进入以下的“关键词输入模块”,“用户信息反馈模块”等;所述葡萄膜炎SNP数据库为网站数据库;该葡萄膜炎SNP数据库可通过任何浏览器链接;数据库管理系统通过网页的形式进行体现。
所述数据库管理系统还包括分析模块,所述分析模块用于将数据库中的葡萄膜炎相关SNP数据输入到KOBAS通路分析软件后,将分析得到的结果进行展示。在众多葡萄膜炎类型中,白塞病和小柳原田综合症是在SNP研究数目最多的两种葡萄膜炎类型,因此,我们将两种葡萄膜炎相关的SNP数据进行分析后,将这两种葡萄膜炎相关的通路放置在分析模块以供给用户浏览。
一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的检索方法,包括如下步骤:
1)建立葡萄膜炎SNP数据库以及上述数据库管理系统,按照与葡萄膜炎SNP数据库的框架模板一一对应的框架模板整理SNP数据,得到整理好SNP数据的EXCEL表,并将整理好SNP数据的EXCEL表格中的数据通过数据上传导入模块导入到葡萄膜炎SNP数据库中;
2)当用户检索时,通过关键词输入模块输入关键词,并向搜索匹配处理模块发送搜索请求;搜索匹配处理模块接收用户的搜索请求以及对应的关键词,根据用户检索时输入的葡萄膜炎类型、SNP编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个进行搜索匹配,选出葡萄膜炎SNP数据库中匹配的结果并发送给搜索结果展示模块对匹配的结果进行展示;使用者提交关键词后,数据库若能匹配关键词,则搜索结果展示模块会显示所有匹配的结果,若不匹配,则搜索结果展示模块提示无该关键词信息;
3)当用户在发现搜索信息遗漏或者错误时通过用户信息反馈模块上传反馈信息给管理员,用户信息反馈模块接收用户上传的反馈信息,由管理员在后台对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎SNP数据库中。
搜索结果展示模块包括简略结果展示模块和详细结果展示模块,在关键词匹配后首先通过简略结果展示模块展示初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介;通过点击简略结果展示模块展示的标题,触发SNP在文献中的详细数据的展示,SNP在文献中的详细数据包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP是否与疾病相关,文献的来源;在结果展示时,当结果筛选模块接收到用户发送筛选请求时,则根据用户发送的筛选请求,对匹配结果进行进一步筛选后通过搜索结果展示模块进行展示。
整理SNP数据的方法为:首先从Pubmed文献数据库中搜索文献,以“uveitis(葡萄膜炎)”合并“single nucleotide polymorphism(单核苷酸多态性)”为关键词进行搜索,在这些文献中,排除Meta分析的文章以及排除数据显示不全的文献,经过筛选得到了若干篇文献,在这若干篇文献中提取所需要的SNP与疾病相关的信息数据,将这些数据整理到设定的框架模板中。
葡萄膜炎SNP数据库的数据表内整理的数据包括SNP的基本信息和SNP在文献中的研究信息,所述SNP的基本信息包括SNP编号(SNP),基因名称(gene),基因编号(gene id),等位基因类型(RefSNP Alleles),该SNP功能(Functional Consequence),最小等位基因频率(Global MAF/simple size);所述SNP在文献中的研究信息包括研究方法(method),葡萄膜炎类型(Related disease),研究人群(Ethnicity),人群数量(Total case/totalcontrol),在人群中不同等位基因的频率(Freq.Case/Freq.control)及数量(case/control),该SNP是否与疾病相关(P value/Pc value),文献的来源(PMID)及是否进行功能验证(Function)。
本发明具有的优点是:本发明根据研究者们在研究过程中的需要及葡萄膜炎分类复杂的特点,设计了一个符合研究者们研究需求的SNP信息整理框架,该框架覆盖信息全面且归类明确,能够使研究者们快速且准确的获取到其所需要的SNP信息数据,本发明的数据容器能有效地将复杂的葡萄膜炎SNP数据进行统一化、规范化整理,从而可以使研究者们快速且准确地获取其所需要的不同类型葡萄膜炎的SNP详细信息,从而能够促进葡萄膜炎在遗传学机制上的发展,很大程度上提升研究者的工作效率及准确度。所述用户信息反馈模块用于收集前台用户反馈页面反馈的信息,并由管理员在后台对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎SNP数据库中;且通过本发明所设计的数据容器前后台系统,除了能够提供给用户获取信息外,良好的后台管理系统能够及时更新上传及更改网站系统数据,并且能够收集用户反馈信息,从而根据用户的需求进行修改。
葡萄膜炎的类型具有多样性,我们将这些葡萄膜炎类型细分,由于一个SNP是否与疾病相关是体现在(P value/Pc value)上,也就是P值,这个整理在数据库中,可以在查找SNP信息的时候一起显示,当P值显示小于0.05的时候就显示这个SNP与该类型的葡萄膜炎具有相关性,若大于定于0.05表示没有相关性。因此,采用本专利申请的方案可以很便利地搜索到具体某个SNP与某个类型葡萄膜炎的关系。
附图说明
图1为本发明的葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的检索方法的流程图;
图2为本发明提供的使用者向数据容器获取葡萄膜炎SNP数据的流程图;
图3为本发明提供的后台管理使用者反馈信息处理的流程图;
图4为本发明用于整理SNP数据的EXCEL框架模板的示意图;
图5为本发明数据库的框架模板的示意图;
图6为本发明使用者反馈信息的框架模板的示意图;
图7为本发明的网站首页示意图;
图8为本发明的专门的搜索页面的示意图;
图9为本发明显示出的搜索结果页面的示意图;
图10为本发明的SNP详细数据页面的示意图。
具体实施方式
参见图1至图3,一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统,包括:管理者登录模块,所述管理者登录模块用于管理者账号的登录实现数据库安全管理(根据需求可以建立多个不同管理者账号,可便于多人同时进行管理);
数据上传导入模块,所述数据上传导入模块用于接收用户输入的导入请求,将整理好SNP数据的EXCEL表格中的数据导入到葡萄膜炎SNP数据库中;用于整理SNP数据的EXCEL表格的框架模板(如图5所示)与葡萄膜炎SNP数据库的数据表的框架模板一一对应;
关键词输入模块,所述关键词输入模块用于获取用户(在浏览器的相应网站的搜索框中)输入的关键词,并向搜索匹配处理模块发送搜索请求;
搜索匹配处理模块,所述搜索匹配处理模块用于接收关键词输入模块的搜索请求以及对应的关键词,根据用户输入的葡萄膜炎SNP数据库的框架模板中的葡萄膜炎类型、SNP编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个进行搜索匹配,选出葡萄膜炎SNP数据库中匹配的结果;
搜索结果展示模块,所述搜索结果展示模块用于对匹配的结果进行展示;
用户信息反馈模块,所述用户信息反馈模块用于供用户在发现搜索信息遗漏或者错误时上传反馈信息给管理员;
数据操纵模块,所述数据操纵模块用于对葡萄膜炎SNP数据库中的数据进行更新、修改、删除这些操作。由管理员对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎SNP数据库中;
搜索结果展示模块包括简略结果展示模块和详细结果展示模块,所述简略结果展示模块用于展示初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介;详细结果展示模块用于根据用户的触控操作展示SNP在文献中的详细数据,包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP是否与疾病相关,文献的来源。使用者提交关键词后,数据库若能匹配关键词,则搜索结果展示模块会显示所有匹配关键词的简略形式的结果,若不匹配,则搜索结果展示模块提示无该关键词信息;当点击简略形式的结果后,搜索结果展示模块会进入详细形式的结果显示,其中会显示更详细的数据信息。
优选地,本数据库管理系统还包括结果筛选模块,所述结果筛选模块用于根据用户发送的筛选请求,对匹配结果进行进一步筛选。用户可以通过选择设定的筛选选项如“人群(population)”及“文献发表日期(publication datas)”来触发进一步筛选。
优选地,数据库管理系统还包括数据库导读模块,所述数据库导读模块,用于指导新用户如何使用该数据库,同时,该模块也是进入其他模块的主要途径,例如该用户可通过该模块进入以下的“关键词输入模块”,“用户信息反馈模块”等。
优选地,所述数据库管理系统还包括分析模块,所述分析模块用于将数据库中的葡萄膜炎相关SNP数据输入到KOBAS通路分析软件后,将分析得到的结果进行展示。在众多葡萄膜炎类型中,白塞病和小柳原田综合症是在SNP研究数目最多的两种葡萄膜炎类型,因此,我们将两种葡萄膜炎相关的SNP数据进行分析后,将这两种葡萄膜炎相关的通路放置在分析模块以供给用户浏览。
所述葡萄膜炎SNP数据库为网站数据库;数据库管理系统通过网页的形式进行开发;该葡萄膜炎SNP数据库可通过任何浏览器链接。
葡萄膜炎SNP数据库的数据表内整理的数据包括SNP的基本信息和SNP在文献中的研究信息,所述SNP的基本信息包括SNP编号(SNP),基因名称(gene),基因编号(gene id),等位基因类型(RefSNP Alleles),该SNP功能(Functional Consequence),最小等位基因频率(Global MAF/simple size);所述SNP在文献中的研究信息包括研究方法(method),葡萄膜炎类型(Related disease),研究人群(Ethnicity),人群数量(Total case/totalcontrol),在人群中不同等位基因的频率(Freq.Case/Freq.control)及数量(case/control),该SNP是否与疾病相关(P value/Pc value),文献的来源(PMID)及是否进行功能验证(Function)。
一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的检索方法,包括如下步骤:
1)建立葡萄膜炎SNP数据库以及上述数据库管理系统,按照与葡萄膜炎SNP数据库的框架模板一一对应的框架模板整理SNP数据,得到整理好SNP数据的EXCEL表,并将整理好SNP数据的EXCEL表格中的数据通过数据上传导入模块导入到葡萄膜炎SNP数据库中;
2)当用户检索时,通过关键词输入模块输入关键词,并向搜索匹配处理模块发送搜索请求;搜索匹配处理模块接收用户的搜索请求以及对应的关键词,根据用户检索时输入的葡萄膜炎类型、SNP编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个进行搜索匹配,选出葡萄膜炎SNP数据库中匹配的结果并发送给搜索结果展示模块对匹配的结果进行展示;使用者提交关键词后,数据库若能匹配关键词,则搜索结果展示模块会显示所有匹配的结果,若不匹配,则搜索结果展示模块提示无该关键词信息;
3)当用户在发现搜索信息遗漏或者错误时通过用户信息反馈模块上传反馈信息给管理员,用户信息反馈模块接收用户上传的反馈信息,由管理员在后台对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎SNP数据库中。用户信息反馈模块收集前台用户反馈页面反馈的信息(如图6所示),并由管理员在后台对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎SNP数据库中。
搜索结果展示模块包括简略结果展示模块和详细结果展示模块,在关键词匹配后首先通过简略结果展示模块展示初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介;通过点击简略结果展示模块展示的标题,触发SNP在文献中的详细数据的展示,SNP在文献中的详细数据包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP是否与疾病相关,文献的来源;在结果展示时,当结果筛选模块接收到用户发送筛选请求时,则根据用户发送的筛选请求,对匹配结果进行进一步筛选后通过搜索结果展示模块进行展示。搜索结果页面上还设有供用于操作的筛选选项包括“人群(population)”及“文献发表日期(publication datas)”供用户对初步得到搜索匹配结果进行进一步筛选。
整理SNP数据的方法为:首先从Pubmed文献数据库中搜索文献,以“uveitis(葡萄膜炎)”合并“single nucleotide polymorphism(单核苷酸多态性)”为关键词进行搜索,在这些文献中,排除Meta分析的文章(备注:meta分析的文献会引用其他文献的数据,会导致数据重复)以及排除数据显示不全的文献,经过筛选得到了若干篇文献,在这若干篇文献中提取所需要的SNP与疾病相关的信息数据,将这些数据整理到设定的框架模板中。经过整理,本实施例收集到了1104条SNP在葡萄膜炎研究上的数据,上传到数据容器,使用者可以通过在线的数据网站系统(UVEOGENE database:www.uvogene.com)进行检索。
本发明提供一个可以实时整理并容纳葡萄膜炎SNP数据的数据容器,该数据容器可通过任何通讯数据(电脑,平板电脑及手机等)浏览器链接,可以随时链接并获取其中自己想要的数据信息。
根据研究者们的研究习惯,整理了一个EXCEL框架模板(如图4所示),该模板能满足大多数对于葡萄膜炎SNP数据库的信息需求,这样能将错乱复杂的SNP信息数据规范化,方便研究者使用。然后根据这样的模板框架,整理文献中的SNP数据,并且这个框架模板与数据容器的框架模板相对应,因此在数据上传导入模块中,可以直接通过导入整理好数据的EXCEL表格,将数据内容快速导入到数据容器中。为了达到数据容器中数据信息的精确性及完整性,收集用户提供信息的反馈也是十分重要的。若用户发现数据容器中有信息数据的遗漏,可以通过前台用户反馈页面,发送信息给数据库管理者。管理者可以在后台对这些信息进行审核,审核通过后,可将用户提供的信息补入至数据容器中。
葡萄膜炎SNP数据库的数据表内整理的数据包括SNP的基本信息和SNP在文献中的研究信息,所述SNP的基本信息包括SNP编号(SNP),基因名称(gene),基因编号(gene id),等位基因类型(RefSNP Alleles),该SNP功能(Functional Consequence),最小等位基因频率(Global MAF/simple size);所述SNP在文献中的研究信息包括研究方法(method),葡萄膜炎类型(Related disease),研究人群(Ethnicity),人群数量(Total case/totalcontrol),在人群中不同等位基因的频率(Freq.Case/Freq.control)及数量(case/control),该SNP是否与疾病相关(P value/Pc value),文献的来源(PMID)及是否进行功能验证(Function)。
数据库管理系统主要通过网页的形式进行体现。将数据容器的框架模板中的“葡萄膜炎类型;SNP编号,基因名称”作为三个关键词,方便使用者对数据容器中的SNP信息数据进行获取。这三个关键词可以通过组合型的方式进行搜索,可以帮助使用者更快速,更精准的去获取信息。获取结果显示分为简略形式和详细形式。使用者提交关键词后,数据容器若能匹配该关键词,数据容器则会显示所有匹配关键词的简略形式的结果,若不匹配,曾提示无该关键词信息。使用者可以通过点击简略形式的结果,进入详细形式的结果显示,其中会显示更详细的数据信息。
所述葡萄膜炎SNP数据库为网站数据库;该葡萄膜炎SNP数据库可通过任何浏览器链接;数据库管理系统通过网页的形式进行体现,详细说明如下:
(1)数据库管理系统主页:进入网站首页(如图7所示),可以看到左侧有个快速搜索框(Quick Search),通过快速搜索框,用户可以以“SNP编号(SNP),SNP相关基因(Gene)及疾病(disease)”为关键词进行快速查找自己所需要的SNP数据。为了方便用户能尽快了解该网站使用方法,在主页下方有一简单的使用指导。
(2)数据库管理系统搜索页面:通过上方标题栏,点击“Search”,可以进入专门的搜索页面(如图8所示),根据用户需要可以组合性使用这三个关键词进行搜索。
(3)数据库管理系统搜索结果页面:完成搜索后,就显示出搜索结果页面(如图9所示),在结果页面用户可以初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介,除此之外,用户也可以通过右侧的“人群(population)”及“文献发表日期(publication datas)”来进一步筛选。
(4)SNP详细数据页面:点击任意一条词条,我们可以进入SNP详细数据页面(如图10所示),从这个数据页面,我们可以得到SNP在文献中的详细数据(包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP是否与疾病相关,文献的来源等等)。
本发明针对目前对查找葡萄膜炎SNP数据信息的不便利性及复杂性,建立了一个针对葡萄膜炎SNP数据的数据库网站系统去整理这些信息数据,将这些信息规范化,供给研究者们进行获取。研究者们可以通过这个数据库网站,十分便利、快速及准确地找到他们所需要的数据,很大程度上提高了研究者们的工作效率。并且该数据容器的后台管理程序,进一步的管理,更新及反馈用户信息,使该系统能不断更新及完善。
针对葡萄膜炎的类型多样性及目前已存在的SNP数据库的整合方式不全面性以及目前研究者们的需求,本发明设计了针对葡萄膜炎SNP信息整理框架及方法,通过该方法,本发明可以系统性并且具有条理性地将这些错综复杂的不同类型葡萄膜炎SNP数据进行整理,并且上传到数据库网站系统中,方便研究者用户们进行使用,极大程度上解决了目前研究者对于获取葡萄膜炎SNP信息数据不便利性,不全面性且不准确性的问题。
以上所述仅为本发明的优选实施例,并不用于限制本发明,显然,本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样,倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内,则本发明也意图包含这些改动和变型在内。
Claims (10)
1.一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的数据库管理系统,其特征在于,包括:
管理者登录模块,所述管理者登录模块用于管理者账号的登录实现数据库安全管理;
数据上传导入模块,所述数据上传导入模块用于接收用户输入的导入请求, 将整理好SNP 数据的 EXCEL 表格中的数据导入到葡萄膜炎 SNP 数据库中;用于整理 SNP 数据的EXCEL 表格的框架模板与葡萄膜炎 SNP 数据库的数据表的框架模板一一对应;
关键词输入模块,所述关键词输入模块用于获取用户输入的关键词,并向搜索匹配处理模块发送搜索请求;
搜索匹配处理模块,所述搜索匹配处理模块用于接收关键词输入模块的搜索请求以及对应的关键词,根据用户输入的葡萄膜炎类型、SNP 编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个在葡萄膜炎 SNP 数据库中进行搜索匹配,选出葡萄膜炎 SNP 数据库中匹配的结果;
搜索结果展示模块,所述搜索结果展示模块用于对匹配的结果进行展示; 用户信息反馈模块,所述用户信息反馈模块用于供用户在发现搜索信息遗
漏或者错误时上传反馈信息给管理员;
数据操纵模块,所述数据操纵模块用于对葡萄膜炎 SNP 数据库中的数据进行增加、修改、删除这些操作,由管理员对这些信息进行审核,审核通过后, 将用户提供的信息补入至葡萄膜炎 SNP 数据库中。
2.根据权利要求 1 所述的数据库管理系统,其特征在于:搜索结果展示模块包括简略结果展示模块和详细结果展示模块,所述简略结果展示模块用于展
示初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介;详细结果展示模块用于根据用户的触控操作展示 SNP 在文献中的详细数据,包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该 SNP 是否与疾病相关和文献的来源。
3.根据权利要求 1 所述的数据库管理系统,其特征在于:还包括结果筛选模块,所述结果筛选模块用于根据用户发送的筛选请求,对匹配结果进行进一步筛选。
4.根据权利要求 1 所述的数据库管理系统,其特征在于:葡萄膜炎 SNP 数据库的数据表内整理的数据包括 SNP 的基本信息和 SNP 在文献中的研究信息, 所述 SNP 的基本信息包括 SNP 编号,基因名称,基因编号,等位基因类型,该SNP 功能和最小等位基因频率;所述 SNP 在文献中的研究信息包括研究方法,葡萄膜炎类型,研究人群,人群数量,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP 是否与疾病相关和文献的来源及是否进行功能验证。
5.根据权利要求 1 所述的数据库管理系统,其特征在于:还包括分析模块, 所述分析模块用于将数据库中的葡萄膜炎相关 SNP 数据输入到 KOBAS 通路分析软件后,将分析得到的结果进行展示。
6.根据权利要求1所述的数据库管理系统,其特征在于:还包括数据库导读模块,所述数据库导读模块,用于指导新用户如何使用该数据库,同时,该模块也是进入其他模块的途径;所述葡萄膜炎SNP数据库为网站数据库;该葡萄膜炎SNP数据库可通过任何浏览器链接;数据库管理系统通过网页的形式进行体现。
7.一种葡萄膜炎单核苷酸多态性数据的检索方法,其特征在于,包括如下步骤:
建立葡萄膜炎 SNP 数据库以及权利要求 1 至 6 任一所述的数据库管理系统,按照与葡萄膜炎 SNP 数据库的数据表的框架模板一一对应的 EXCEL 表格整理 SNP 数据,得到整理好 SNP 数据的 EXCEL 表,并将整理好 SNP 数据的 EXCEL 表格中的数据通过数据上传导入模块导入到葡萄膜炎SNP 数据库中;
当用户检索时,通过关键词输入模块输入关键词,并向搜索匹配处理模块发送搜索请求;搜索匹配处理模块接收用户的搜索请求以及对应的关键词, 根据用户检索时输入的葡萄膜炎类型、SNP 编号、基因名称这三个关键词中的一个或多个进行搜索匹配,选出葡萄膜炎 SNP 数据库中匹配的结果并发送给搜索结果展示模块对匹配的结果进行展示;使用者提交关键词后,数据库若能匹配关键词,则搜索结果展示模块会显示所有匹配的结果,若不匹配,则搜索结果展示模块提示无该关键词信息;
当用户在发现搜索信息遗漏或者错误时通过用户信息反馈模块上传反馈信息给管理员,用户信息反馈模块接收用户上传的反馈信息,由管理员在后台对这些信息进行审核,审核通过后,将用户提供的信息补入至葡萄膜炎 SNP 数据库中。
8.根据权利要求 7 所述的方法,其特征在于:搜索结果展示模块包括简略结果展示模块和详细结果展示模块,在关键词匹配后首先通过简略结果展示模块展示初步得到搜索匹配的数据量及数据的简介;通过点击简略结果展示模块展示的标题,触发 SNP 在文献中的详细数据的展示,SNP 在文献中的详细数据包括:研究方法,研究人群,人群数量,研究的葡萄膜炎类型,在人群中不同等位基因的频率及数量,该 SNP 是否与疾病相关和文献的来源;在结果展示时, 当结果筛选模块接收到用户发送筛选请求时,则根据用户发送的筛选请求,对匹配结果进行进一步筛选后通过搜索结果展示模块进行展示。
9.根据权利要求 7 所述的方法,其特征在于:整理 SNP 数据的方法为:首先从Pubmed文献数据库中搜索文献,以“uveitis”合并“single nucleotide polymorphism”为关键词进行搜索,在这些文献中,排除Meta 分析的文章以及排除数据显示不全的文献,经过筛选得到了若干篇文献,在这若干篇文献中提取所需要的 SNP 与疾病相关的信息数据,将这些数据整理到设定的框架模板中。
10.根据权利要求 7 所述的方法,其特征在于:葡萄膜炎SNP 数据库的数据表内整理的数据包括 SNP 的基本信息和 SNP 在文献中的研究信息,所述 SNP 的基本信息包括SNP 编号,基因名称,基因编号,等位基因类型,该 SNP 功能和最小等位基因频率;所述SNP 在文献中的研究信息包括研究方法,葡萄膜炎类型,研究人群,人群数量,在人群中不同等位基因的频率及数量,该SNP 是否与疾病相关和文献的来源及是否进行功能验证。
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