CN108828229A - 食管癌肿瘤标志物组合及其应用 - Google Patents

食管癌肿瘤标志物组合及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN108828229A
CN108828229A CN201810618288.7A CN201810618288A CN108828229A CN 108828229 A CN108828229 A CN 108828229A CN 201810618288 A CN201810618288 A CN 201810618288A CN 108828229 A CN108828229 A CN 108828229A
Authority
CN
China
Prior art keywords
albumen
protein
cancer
esophagus
specific protein
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201810618288.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN108828229B (zh
Inventor
侯桂雪
訾金
任艳
刘斯奇
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen BGI Life Science Research Institute
Original Assignee
Shenzhen BGI Life Science Research Institute
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen BGI Life Science Research Institute filed Critical Shenzhen BGI Life Science Research Institute
Priority to CN201810618288.7A priority Critical patent/CN108828229B/zh
Publication of CN108828229A publication Critical patent/CN108828229A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN108828229B publication Critical patent/CN108828229B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/70—Mechanisms involved in disease identification
    • G01N2800/7023—(Hyper)proliferation
    • G01N2800/7028—Cancer

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)

Abstract

本发明公开了一种食管癌肿瘤标志物组合及其应用。本发明提供了用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为诊断或辅助诊断食管癌；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。所述用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质为用于检测血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质。本发明对于食管癌的诊断具有重大的应用推广价值。

Description

食管癌肿瘤标志物组合及其应用
技术领域
本发明涉及一种食管癌肿瘤标志物组合及其应用。
背景技术
食管鳞状上皮细胞癌是由癌前病变-鳞状上皮细胞不典型增生逐级发展，由轻而重，量变到质变，长期而缓慢的演变结果。食管癌的整个发展病程约20-30年，待发展为浸润癌并不同程度地阻塞管腔或僵化管壁时，才出现下咽困难症状。食管癌的癌前病变是鳞状上皮细胞不典型增生，经轻度-中度-重度不典型增生-原位癌，并继续发展成累及不同深度的浸润癌。
食管脱落细胞学检查可以作为食管癌的初筛方法，可疑阳性者再经内镜检查，活检病理证实。直接应用内镜检查加碘染色和指示性活检的技术结合，对高危人群进行筛查和早诊。这种方法敏感度较高，特异性较强，可以查出不同程度的癌前病变。但该方法需要对医生的经验要求较高，且由于活检不可能检测患者食管的各个部位，因此对于整体的病变情况缺乏准确的判断。目前较多的局限于食管癌高发地区开展，并不适用于普查。目前临床上尚无合适的血清食管癌标志物。
基于蛋白质组发现肿瘤相关的标志物是近些年来肿瘤标志物研究的一个热点。如何选择灵敏度和特异性好的标志物来进行临床确认，是肿瘤标志物研究中的一个难点。
发明内容
本发明的目的是提供一种食管癌肿瘤标志物组合及其应用。
本发明提供了用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为诊断或辅助诊断食管癌；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。所述用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质为用于检测血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质。
本发明还保护用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置在制备系统中的应用；所述系统的用途为诊断或辅助诊断食管癌；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。所述用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置为用于检测血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置。所述装置具体可为后面所述的辅助诊断食管癌的装置。
本发明还保护一种用于诊断或辅助诊断食管癌的试剂盒，包括用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。所述用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质为用于检测血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质。
本发明还保护一种用于诊断或辅助诊断食管癌的系统，包括用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。所述用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置为用于检测血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置。所述装置具体可为后面所述的辅助诊断食管癌的装置。
本发明还保护特异蛋白质组合作为标志物在诊断或辅助诊断食管癌中的应用；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
本发明还保护一种辅助诊断食管癌的装置，包括检测装置、参照装置和比对装置；
检测装置用于检测参照组中各个参照者和待测者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度；参照组由n例食管癌患者与m例非食管癌健康者组成；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白；n为自然数，m为自然数；
参照装置用于接收检测装置输出的所有参照者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息，将参照组中的所有食管癌患者设定为食管癌组，将参照组中的所有非食管癌健康者设定为非食管癌组，将参照组中的所有参照者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息设定为已知分组信息；
比对装置用于接收检测装置输出的待测者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息和参照装置输出的已知分组信息，将待测者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息设定为未知信息，利用聚类分析比较未知信息与已知分组信息数据集，判断待测者属于食管癌组还是非食管癌组。
所述丰度具体体现为质谱物理信号强度。
所述丰度具体体现为质谱物理信号强度以2为底的对数值。
n为5-20之间的自然数。m为5-20之间的自然数。
n＝10。m＝10。
用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置具体可为LC-MS仪器。
用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置具体可为waters nanoAcquity液相色谱仪和QTRAP5500质谱仪。
检测装置具体可为LC-MS仪器。
检测装置具体可为waters nanoAcquity液相色谱仪和QTRAP5500质谱仪。
参照装置具体可为计算机。
比对装置具体可为计算机。
血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的检测方法具体包括如下步骤：提取血清总蛋白，进行烷基化处理，然后采用Trypsin进行酶解，收集酶解产物，冷冻干燥后进行MRM蛋白定量，获得五种蛋白的质谱物理信号强度。
利用聚类分析比较未知信息与已知分组信息数据集具体是利用聚类分析的算法metaboanalyst中biomarker analysis模块的tester方法比较未知信息与已知分组信息数据集。
所述特异蛋白质组合由以下五种蛋白质组成：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
所述特异蛋白质组合还包括以下蛋白质：ERP44蛋白、DNM1蛋白、LGALS3BP蛋白、DNM蛋白和TYPH蛋白。所述特异蛋白质组合由以下十种蛋白质组成：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白、H4蛋白、ERP44蛋白、DNM1蛋白、LGALS3BP蛋白、DNM蛋白和TYPH蛋白。
所述特异蛋白质组合还包括以下蛋白质中的至少一种：ERP44蛋白、DNM1蛋白、LGALS3BP蛋白、DNM蛋白、TYPH蛋白、LG3BP蛋白、PSMB8蛋白、TNC蛋白、EEF1G蛋白、RL11蛋白、HLA-DRB1蛋白、SERPINF1蛋白、EPIPL蛋白、THBS1蛋白、TUBA4A蛋白、ENPL蛋白、ALDH18A1蛋白、MYL12蛋白、ERP70蛋白、MPO蛋白、HSP90B1蛋白、PDIA1蛋白、MYL12A蛋白、K1C17蛋白、HSPA5蛋白、EIF2S2蛋白、PRS4蛋白、TBA4A蛋白、HEL-S-89n蛋白、POSTN蛋白、TRA1蛋白、EPPK1蛋白、G3BP1蛋白、LTF蛋白、TSP1蛋白、RPLP2蛋白、GSTO1蛋白、NCL蛋白、RPN1蛋白、P4HB蛋白、APMAP蛋白、GANAB蛋白和EEF1A1蛋白。所述特异蛋白质组合由以下四十八种蛋白质组成：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白、H4蛋白、ERP44蛋白、DNM1蛋白、LGALS3BP蛋白、DNM蛋白、TYPH蛋白、LG3BP蛋白、PSMB8蛋白、TNC蛋白、EEF1G蛋白、RL11蛋白、HLA-DRB1蛋白、SERPINF1蛋白、EPIPL蛋白、THBS1蛋白、TUBA4A蛋白、ENPL蛋白、ALDH18A1蛋白、MYL12蛋白、ERP70蛋白、MPO蛋白、HSP90B1蛋白、PDIA1蛋白、MYL12A蛋白、K1C17蛋白、HSPA5蛋白、EIF2S2蛋白、PRS4蛋白、TBA4A蛋白、HEL-S-89n蛋白、POSTN蛋白、TRA1蛋白、EPPK1蛋白、G3BP1蛋白、LTF蛋白、TSP1蛋白、RPLP2蛋白、GSTO1蛋白、NCL蛋白、RPN1蛋白、P4HB蛋白、APMAP蛋白、GANAB蛋白和EEF1A1蛋白。
本发明还保护用于检测3种蛋白质的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的功能为诊断或辅助诊断食管癌。
本发明还保护3种蛋白质作为标志物在诊断或辅助诊断食管癌中的应用。
以上任一所述3种蛋白质为：GLU2B蛋白、FINC蛋白和KRT16蛋白。
本发明的发明人利用组织、血清蛋白质学联合研究方法找到了食管癌相关肿瘤标志物。MRM定量是质谱定量的“金标准”。相对于传统的基于抗体技术的靶向蛋白的定量而言，MRM技术通过一个蛋白的多条肽段，以及每条肽段相应的多个碎片信息来进行定量，可以显著的降低定量的假阳性，提升定量的准确度。同时，由于不依赖于抗体，所以可以在较短的时间内实现上百个蛋白的同时定量，大大提高了可定量蛋白的通量。MRM技术与SWATH技术有很多的共同点。首先，二者在定性的标准上是相似的，这主要体现为不同于依赖于数据库搜索的DDA数据，MRM和SWATH对靶标肽段的可信度评判都是依赖于肽段碎裂后产生的碎片离子的共流出以及碎片离子之间的相对强度，保留时间等，目前可以采用mProphet算法构建target-decoy的方法来进行定性；其次，二者在定量的方法上也是一致的，不同于基于报告离子的同位素标记定量方法如iTRAQ，TMT标记等，也不同于基于一级肽段离子的提取色谱峰的峰面积或者谱图数目的定量方法如label-free，SILAC等，MRM和SWATH技术都是依赖于二级碎片离子峰面积的定量，由于采用多个碎片离子的峰面积进行定量，具有更好的定量准确度，可以采用MSstats进行定量分析。基于MRM与SWATH在定性上的一致性，SWATH提取到的靶标肽段相应的碎片离子，可以直接转换成MRM方法，更进一步的简化了MRM方法建立的流程；而基于二者定量上的一致型，MRM和SWATH数据之间的相关性相对于传统的iTRAQ,label-free等定量技术可能更好。在这里，本发明的发明人利用SWATH技术和MRM技术联合进行食管癌蛋白标志物的筛选，加速验证过程以及提高验证的通量。本发明用SWATH方法从食管癌与食管癌旁组织中筛选肿瘤组织特异高表达的潜在蛋白标志物，再利用MRM与SWATH良好衔接的特点，从食管癌患者血清与正常人血清中定量潜在的蛋白标志物。从中筛选肿瘤标志物。经过数据分析找到最佳蛋白组合，再在部分食管癌与正常人血清中验证相关的标志物组合。
本发明对于食管癌的诊断具有重大的应用推广价值。
附图说明
图1为对于SWATH技术中定量到的蛋白质，选择“差异倍数>2，p-value<0.05”作为差异蛋白的阈值的结果。
图2为根据mProphet得分对MRM检测到的每条肽段相应的q-value进行作图的结果。
图3为各个志愿者48种蛋白质的质谱物理信号强度进行PCA分析的结果。
图4为实施例2中的部分示例性结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
实施例1、食管癌组织蛋白质组学分析
一、通过对肿瘤组织与癌旁组织进行分析获得差异蛋白
采用10对样本(每对样本为来自同一食管癌患者的食管癌组织及癌旁组织，10对样本分别来自10位患者，均为知情同意的志愿者)。将10对样本中的10份食管癌组织混合，得到食管癌肿瘤组织混合样品。将10对样本中的10份癌旁组织混合，得到食管癌癌旁组织混合样品。
(一)采用SWATH技术获取差异蛋白
将食管癌肿瘤组织混合样品和食管癌癌旁组织混合样品分别进行如下操作：
1、进行组织研磨和裂解，然后提取总蛋白，然后采用Bradford法进行蛋白定量。
2、取步骤1得到的总蛋白，进行烷基化处理。
3、取100μg步骤2得到的总蛋白，采用Trypsin进行酶解，收集酶解产物(含有蛋白酶切得到的肽段)，进行冷冻干燥。
4、取步骤3的产物，进行HPLC-SWATH检测。
采用eksigent 415nano液相进行分离。色谱柱为Thermo Acclaim PepMap100(75μm,50cm,C18,3μm,100A)。流动相流速为300nL/min。流动相由A液和B液组成。A液：2％(体积百分含量)乙腈水溶液。B液：80％(体积百分含量)乙腈水溶液。液相梯度设置见表1。
表1
时间(min) A液占流动相的体积份数(％) B液占流动相的体积份数(％)
0 95 5
2 92 8
210 68 32
223 47 53
225 20 80
230 20 80
230.1 95 5
240 95 5
以0时刻至2min时刻为例，对表1进行示例性描述如下：在0min时刻，A占流动相的体积份数为95％；0min时刻至2min时刻，A液占流动相的体积份数由95％线性下降至92％。
采用QTOF5600质谱。质谱参数：离子喷雾电压，2500V；气帘气，35；GAS1,9；GAS2,0；TOF累积时间：50ms；扫描范围为350-2,000Da；以25Da为窗口采集二级信息，累积扫描时间：70ms。
每种样品进行3次上述步骤，合并结果后进行蛋白信息的提取。
提取到的高可信度的蛋白质，利用MSstats算法进行蛋白丰度差异的计算。MSstats算法主要是依照于每个蛋白中检测到的肽段，在SWATH采集中所采集到的碎片离子的峰面积来进行定量计算，在碎片离子的水平上计算出食管癌肿瘤组织与食管癌癌旁组织之间的差异，依照混合线性模型转换成蛋白质之间的差异倍数。对于SWATH技术中定量到的蛋白质，选择“差异倍数>2，p-value<0.05”作为差异蛋白的阈值。结果见图1，在SWATH数据中共定量到2070个蛋白，其中有294个在食管癌肿瘤组织中高表达。
(二)利用MRM方法获得潜在食管癌蛋白标志物
由于MRM与SWATH在蛋白质定性标准和定量方法上的高度相关性，采用SWATH定量到的在食管癌肿瘤组织中高度表达的蛋白相应的SWATH信息进行MRM方法的建立。在对SWATH信息过滤采用如下标准：1)肽段长度在7-25个氨基酸；2)尽量避免非固定修饰，如Met等；3)无漏切(如trypsin酶切后的RR/KR/KK等)。由于SWATH信息可以直接转换为MRM方法，因而大大的提高了MRM方法建立的通量。
针对步骤(一)得到的294个在食管癌肿瘤组织中高表达的蛋白，得到146个符合上述过滤标准的蛋白，在SWATH信息中提取每个蛋白中可以检测到的肽段以及碎片信息利用skyline构建MRM方法。与SWATH肽段可信度评估相同，MRM色谱峰也可以利用mProphet打分来判断可信度，从而可以尽量减少合成肽段建立及确认方法所附带的时间和金钱上的消耗。
对于基于SWATH信息得到的MRM方法，在食管癌肿瘤组织和食管癌癌旁组织中分别进行检测，根据mProphet得分，对MRM检测到的每条肽段相应的q-value进行作图，见图2。146个蛋白中所检测的大部分肽段满足q-value小于0.05，即可以在MRM中检测到该肽段，最终确定了353条高可信度的肽段，对应于129个蛋白，平均每个蛋白有3条左右的肽段用于最终的定量分析。
二、运用MRM方法比较食管癌患者与正常人血清中潜在食管癌肿瘤标志物表达量差异
步骤一中的10位食管癌患者志愿者，10位非食管癌健康者志愿者。
采用MRM技术检测(检测方法同实施例2的步骤1至4)各个志愿者血清中的129种蛋白质，最终在血清中检测到了48种，该48种蛋白质在10位食管癌患者血清中以及10位非食管癌健康者血清中，均可以检测到。
为了确定MRM在血清中定量的重复性，对检测前的样本制备(包括去除高丰度蛋白、蛋白酶解等)进行重复性评估。对48种蛋白在5次技术重复中的定量变异系数(CV)进行计算，75％以上的蛋白的CV<25％，表明技术重复性较好，可以进行之后的MRM定量分析。
10位食管癌患者与10位非食管癌健康者血清中上述48种蛋白质的质谱物理信号强度(每种蛋白质的质谱物理信号强度与该蛋白质的含量趋势一致，可以反应蛋白质浓度)取以2为底的对数值，结果见表2。
表2
将患者组(上述10位食管癌患者志愿者)和对照组(上述10位非食管癌健康者志愿者)各个志愿者上述48种蛋白质的质谱物理信号强度进行PCA分析。结果见图3(图3中，每个点代表1个样本)。48种蛋白质可以很好的区分食管癌患者与非食管癌健康者。
以48种蛋白质为对象，分别从中取3种蛋白质的所有组合形式、5种蛋白质的所有组合形式、10种蛋白质的所有组合形式以及48种蛋白质的组合形式，对所有组合形式进行受试者工作特征曲线(ROC)分析，比较受试者曲线下面积，最后得出四组最优组合。3种蛋白质的最优组合为表2中序号为1-3的3种蛋白质的组合，受试者曲线下面积为0.993。5种蛋白质的最优组合为表2中序号为1-5的5种蛋白质的组合，受试者曲线下面积为0.999。10种蛋白质的最优组合为表2中序号为1-10的10种蛋白质的组合，受试者曲线下面积为0.999。48种蛋白质的组合，受试者曲线下面积为0.999。受试者曲线下面积为0.999，表示对于食管癌的诊断准确率可达到99.9％。在诊断准确率相同的情况下，为了便于应用和节省成本，选取最少蛋白数目组合，即表2中序号为1-5的5种蛋白质的组合作为判别食管癌患者与非食管癌健康者的蛋白标志物。
表2中序号为1至5的5种蛋白质的具体信息见表3。
表3
FC：与健康者相比，食管癌患者血清中该蛋白的倍数，正数代表上调/负数代表下调。
实施例2、食管癌肿瘤标志物的应用
受试者：20例食管癌患者(知情同意的志愿者)和20例非食管癌健康者。
样本：受试者的血清。
1、取样本，提取总蛋白。
2、取步骤1得到的总蛋白，进行烷基化处理。
3、取100μg步骤2得到的总蛋白，采用Trypsin进行酶解，收集酶解产物(含有蛋白酶切得到的肽段)，进行冷冻干燥。
4、取步骤3的产物，进行MRM蛋白定量。
LC-MS参数：
采用waters nanoAcquity液相色谱进行分离，色谱柱为BEH C18(1.7μm,75μm×200mm),柱温箱温度为35℃。Trap阶段采用6μl/min流速，5min，trap过程结束后，采用梯度方式进行肽段的洗脱。洗脱过程中，流动相流速为300nL/min。流动相由A液和B液组成。A液：2％(体积百分含量)乙腈水溶液。B液：80％(体积百分含量)乙腈水溶液。
液相梯度设置见表4。
表4
时间(min) A％ B％
0 95 5
40 65 35
45 10 90
50 10 90
50.1 95 5
60 95 5
以0时刻至40min时刻为例，对表4进行示例性描述如下：在0min时刻，A占流动相的体积份数为95％；0min时刻至40min时刻，A液占流动相的体积份数由95％线性下降至65％。
QTRAP5500质谱：离子喷雾电压,2500V；气帘气，25；GAS1，20；GAS2,0；Q1和Q3，单位分辨率。碎裂能量(collision energy,CE)由一系列基于母离子质荷比的方程计算，CE＝a*m/z+b,其中参数a和b分别设置为：母离子带电状态未知，0.044和6；单电荷离子，0.058和10；双电荷离子，0.044和9。
进行蛋白信息的提取，获得每位受试者COCA1蛋白、FINC蛋白、GLU2B蛋白、H4蛋白和KRT16蛋白的质谱物理信号强度。
5、将受试者步骤4得到的结果与实施例1的步骤二获得的10位食管癌患者与10位非食管癌健康者血清中上述5种蛋白质的质谱物理信号强度进行联合分析。
实施例1中的10位食管癌患者与10位非食管癌健康者组成参照组。
联合分析参数：利用聚类分析的算法metaboanalyst(http://www.metaboanalyst.ca/)中biomarker analysis模块的tester方法，将参照组中的所有食管癌患者设定为食管癌组，将参照组中的所有非食管癌健康者设定为非食管癌组，将参照组中的所有参照者血清样本中上述5种蛋白质的质谱物理信号强度取以2为底的对数值后设定为已知分组信息，将受试者上述五种蛋白质的质谱物理信号强度取以2为底的对数值后设定为未知信息，已知分组信息和未知信息的数据集进行比较，判断受试者属于食管癌组还是非食管癌组。
20例食管癌患者均划入食管癌人群组。
20例非食管癌健康者均划入非食管癌人群组。
部分示例性结果见图4。

Claims (10)

1.用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为诊断或辅助诊断食管癌；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
2.用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置在制备系统中的应用；所述系统的用途为诊断或辅助诊断食管癌；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
3.一种用于诊断或辅助诊断食管癌的试剂盒，包括用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的物质；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
4.一种用于诊断或辅助诊断食管癌的系统，包括用于检测特异蛋白质组合中各个蛋白质的装置；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
5.特异蛋白质组合作为标志物在诊断或辅助诊断食管癌中的应用；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白。
6.一种辅助诊断食管癌的装置，包括检测装置、参照装置和比对装置；
检测装置用于检测参照组中各个参照者和待测者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度；参照组由n例食管癌患者与m例非食管癌健康者组成；所述特异蛋白质组合包括以下五种蛋白质：GLU2B蛋白、FINC蛋白、COCA1蛋白、KRT16蛋白和H4蛋白；n为自然数，m为自然数；
参照装置用于接收检测装置输出的所有参照者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息，将参照组中的所有食管癌患者设定为食管癌组，将参照组中的所有非食管癌健康者设定为非食管癌组，将参照组中的所有参照者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息设定为已知分组信息；
比对装置用于接收检测装置输出的待测者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息和参照装置输出的已知分组信息，将待测者血清样本中特异蛋白质组合中各个蛋白质的丰度的信息设定为未知信息，利用聚类分析比较未知信息与已知分组信息数据集，判断待测者属于食管癌组还是非食管癌组。
7.如权利要求1所述的试剂盒、如权利要求2所述的系统、如权利要求3所述的试剂盒、如权利要求4所述的系统、如权利要求5所述的应用或如权利要求6所述的装置，其特征在于：所述特异蛋白质组合还包括以下蛋白质：ERP44蛋白、DNM1蛋白、LGALS3BP蛋白、DNM蛋白和TYPH蛋白。
8.如权利要求1所述的试剂盒、如权利要求2所述的系统、如权利要求3所述的试剂盒、如权利要求4所述的系统、如权利要求5所述的应用或如权利要求6所述的装置，其特征在于：所述特异蛋白质组合还包括以下蛋白质中的至少一种：ERP44蛋白、DNM1蛋白、LGALS3BP蛋白、DNM蛋白、TYPH蛋白、LG3BP蛋白、PSMB8蛋白、TNC蛋白、EEF1G蛋白、RL11蛋白、HLA-DRB1蛋白、SERPINF1蛋白、EPIPL蛋白、THBS1蛋白、TUBA4A蛋白、ENPL蛋白、ALDH18A1蛋白、MYL12蛋白、ERP70蛋白、MPO蛋白、HSP90B1蛋白、PDIA1蛋白、MYL12A蛋白、K1C17蛋白、HSPA5蛋白、EIF2S2蛋白、PRS4蛋白、TBA4A蛋白、HEL-S-89n蛋白、POSTN蛋白、TRA1蛋白、EPPK1蛋白、G3BP1蛋白、LTF蛋白、TSP1蛋白、RPLP2蛋白、GSTO1蛋白、NCL蛋白、RPN1蛋白、P4HB蛋白、APMAP蛋白、GANAB蛋白和EEF1A1蛋白。
9.用于检测3种蛋白质的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为诊断或辅助诊断食管癌；所述3种蛋白质为：GLU2B蛋白、FINC蛋白和KRT16蛋白。
10.3种蛋白质作为标志物在诊断或辅助诊断食管癌中的应用；所述3种蛋白质为：GLU2B蛋白、FINC蛋白和KRT16蛋白。
CN201810618288.7A 2018-06-15 2018-06-15 食管癌肿瘤标志物组合及其应用 Active CN108828229B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810618288.7A CN108828229B (zh) 2018-06-15 2018-06-15 食管癌肿瘤标志物组合及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810618288.7A CN108828229B (zh) 2018-06-15 2018-06-15 食管癌肿瘤标志物组合及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN108828229A true CN108828229A (zh) 2018-11-16
CN108828229B CN108828229B (zh) 2021-03-16

Family

ID=64142293

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201810618288.7A Active CN108828229B (zh) 2018-06-15 2018-06-15 食管癌肿瘤标志物组合及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN108828229B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113491772A (zh) * 2020-03-20 2021-10-12 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) P4hb抑制剂在治疗或预防肿瘤恶病质中的用途

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009016691A1 (en) * 2007-07-30 2009-02-05 Oncotherapy Science, Inc. Cancer associated gene ly6k
WO2009049129A1 (en) * 2007-10-11 2009-04-16 The Ohio State University Research Foundation Methods and compositions for the diagnosis and treatment of esphageal adenocarcinomas
WO2011090166A1 (ja) * 2010-01-22 2011-07-28 株式会社医学生物学研究所 食道癌マーカー
US20120107955A1 (en) * 2010-09-03 2012-05-03 Purdue Research Foundation Metabolite biomarkers for the detection of esophageal cancer using ms
CN105572355A (zh) * 2015-03-13 2016-05-11 中国医学科学院肿瘤医院 检测食管癌的生物标志物

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009016691A1 (en) * 2007-07-30 2009-02-05 Oncotherapy Science, Inc. Cancer associated gene ly6k
WO2009049129A1 (en) * 2007-10-11 2009-04-16 The Ohio State University Research Foundation Methods and compositions for the diagnosis and treatment of esphageal adenocarcinomas
WO2011090166A1 (ja) * 2010-01-22 2011-07-28 株式会社医学生物学研究所 食道癌マーカー
US20120107955A1 (en) * 2010-09-03 2012-05-03 Purdue Research Foundation Metabolite biomarkers for the detection of esophageal cancer using ms
CN105572355A (zh) * 2015-03-13 2016-05-11 中国医学科学院肿瘤医院 检测食管癌的生物标志物

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113491772A (zh) * 2020-03-20 2021-10-12 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) P4hb抑制剂在治疗或预防肿瘤恶病质中的用途
CN113491772B (zh) * 2020-03-20 2022-04-22 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) P4hb抑制剂在治疗或预防肿瘤恶病质中的用途

Also Published As

Publication number Publication date
CN108828229B (zh) 2021-03-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6672411B2 (ja) 癌療法を示すためのｓｒｍアッセイ
CN102027373B (zh) 发现用于前列腺癌诊断和治疗之生物标志物和药物靶标的方法及其确立的生物标志物测定
Chen et al. Elevated level of anterior gradient-2 in pancreatic juice from patients with pre-malignant pancreatic neoplasia
Tamura et al. Discovery of lipid biomarkers correlated with disease progression in clear cell renal cell carcinoma using desorption electrospray ionization imaging mass spectrometry
US20060068452A1 (en) Differential protein expression patterns related to disease states
AU3367100A (en) LCM (Laser capture microdissection) for cellular protein analysis
CN101393165A (zh) 一种检测糖尿病肾病血清标本中差异表达的蛋白质谱的方法
US20160320398A1 (en) SRM/MRM Assay for Subtyping Lung Histology
EP3092495B1 (en) Srm assay for pd-l1
Liu et al. Potential biomarkers for esophageal carcinoma detected by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry
CN108828229A (zh) 食管癌肿瘤标志物组合及其应用
Song et al. MALDI‐TOF‐MS analysis in low molecular weight serum peptidome biomarkers for NSCLC
CN116148482A (zh) 用于乳腺癌患者鉴定的设备及其制备用途
CN107003371A (zh) 用于确定主体患胰腺癌的可能性的方法
CN111289756A (zh) 卵巢癌肺转移成瘤相关的尿液标志物
JP7507165B2 (ja) 胃がんマーカー、及びこれを用いた検査方法
Recber et al. Optimization and normalization strategies for long term untargeted HILIC-LC-qTOF-MS based metabolomics analysis: Early diagnosis of breast cancer
CN106093241A (zh) 可用于检测喉癌的标志物及其用途
Annunziata et al. Ovarian cancer in the proteomics era
CN117589991B (zh) 一种用于乳腺癌患者her2表达状态鉴定的生物标志物、模型、试剂盒及用途
KR102370435B1 (ko) 유방암의 아형 분류에 사용되는 단백질의 질량분석기 기반 정량 방법 및 그 용도
CN117147737B (zh) 用于食管鳞癌诊断的血浆组合标志物及试剂盒与检测方法
CA2525740A1 (en) Biomarkers for the differential diagnosis of pancreatitis and pancreatic cancer
CN116819084A (zh) 用于胃癌患者her2表达状态鉴定的试剂盒的鉴定方法及用途
CN114441768A (zh) 一种用于前列腺癌评估的分子指标ApoA1表位肽，试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant