CN108615051B - 基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法及系统 - Google Patents

基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法及系统 Download PDF

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Abstract

一种人工智能技术领域基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法及系统,包括:获取眼底图像;将同一眼底图像导入微血管瘤病变识别模型、出血病变识别模型和渗出病变识别模型中进行识别;根据识别结果提取病变特征信息,再采用经训练的SVM分类器对提取的病变特征信息分类,获得分类结果;微血管瘤病变识别模型通过提取眼底图像中微血管瘤病变候选区域再输入CNN模型进行训练得到;出血病变识别模型、渗出病变识别模型分别通过对眼底图像中出血病变区域、渗出病变区域进行标注,再输入FCN模型进行训练得到。本发明降低了对网络模型描述能力的要求,使得模型容易训练,并且能够针对不同的病变对病变灶区域进行定位勾画,方便医生进行临床筛查。

Description

基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法及系统
技术领域
本发明涉及人工智能领域,是一种基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法及系统。
背景技术
我国糖尿病患者基数庞大并成逐年上升的趋势,糖尿病性视网膜病变是糖尿病的严重并发症之一,是20~65岁人群中最主要的致盲原因,不仅给社会和患者的家庭造成了极大的危害和负担,而且使得糖尿病患者的生存质量大大下降。
由于糖尿病性视网膜病变所导致的失明是可预防的,故早期发现、早期干预是防止糖尿病致盲最有效的手段。但是糖尿病引起的视网膜病变早期,病人基本没有不适感,不进行筛查很容易被忽视延误治疗,造成对视力不可逆转的损伤。
目前深度学习被广泛应用于医学图像处理,可以极大的提高医生临床筛查的效率。然而目前成熟的深度学习模型都采用监督学习模式,但是大量高质量标注的医学影像数据很难获取,导致深度学习训练中使用的医学图像一般都滞后于自然图像;特别是在糖尿病性视网膜病变中,患者的视网膜眼底图像复杂,常出现多种病变共存的状态,在有限素材限制下,难以提高检测效率。因此如何用规模较小的训练集得到泛化能力较强的模型是深度学习在医学领域应用迫切需要解决的问题。
发明内容
本发明针对现有技术存在的上述不足,提出了一种基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法及系统,降低了对网络模型描述能力的要求,使得模型容易训练,并且能够针对不同的病变对病变灶区域进行定位勾画,方便医生进行临床筛查。
本发明是通过以下技术方案实现的:
本发明涉及一种基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法,包括:
获取待识别眼底图像;
将同一待识别眼底图像分别导入微血管瘤病变识别模型、出血病变识别模型和渗出病变识别模型中进行识别;根据识别结果提取病变特征信息,再采用经训练的支持向量机分类器对提取的病变特征信息分类,获得眼底图像对应的病变等级分类结果;
所述微血管瘤病变识别模型通过提取眼底图像中微血管瘤病变候选区域,进行微血管瘤病变区域和非微血管瘤病变区域标注,再输入CNN模型进行训练得到;
所述出血病变识别模型通过对眼底图像中出血病变区域和非出血病变区域进行标注,再输入FCN模型进行训练得到;
所述渗出病变识别模型通过对眼底图像中渗出病变区域和非渗出病变区域进行标注,再输入FCN模型进行训练得到。
所述微血管瘤病变识别模型基于CNN模型训练得到,包括以下步骤:
A1,图像预处理:提取绿色通道图像,对绿色通道图像使用r-polynomial变换进行图像灰度矫正,再利用高斯滤波进行去噪处理,得到矫正图像I′W
A2,微血管瘤病变候选区域Icandidate提取:在矫正图像I′W上随机选取一个像素点,以该像素点作为基准,以角度α为步长生成不同尺度的线性结构元素,利用生成的线性结构元素对矫正图像I′W进行形态学处理,得到不同尺度线性结构元素的响应结果,保留每个像素点对应的最小响应结果Iclosed,得到Icandidate=Iclosed-I′W,对Icandidate进行混合阈值分割提取;
A3,数据标注:对微血管瘤病变候选区域Icandidate分割提取的结果进行病变和非病变标注,生成训练集;
A4,模型训练:输入训练集至CNN模型进行训练,得到微血管瘤病变识别模型。
所述出血病变识别模型和渗出病变识别模型均基于FCN模型训练得到,包括以下步骤:
B1,通过图像处理对眼底图像进行病变区域和非病变区域标注,生成训练集;
B2,使用U-net网络结构构建FCN模型,每次随机取训练集中部分已标注数据进行训练,得到训练后的病变识别模型;训练采用的代价函数是DICE。
所述对眼底图像的标注还生成测试集,对已训练模型采用测试集测试,评估已训练模型的识别能力。
所述对眼底图像的标注还生成验证集,在模型训练中采用验证集进行修正,防止网络过拟合。
所述图像处理包括以下步骤:
C1,从图像中提取眼底区域;
C2,使用中值滤波对提取的眼底区域进行图像增强,对增强后的结果进行灰度归一化处理;
C3,对归一化处理的结果进行阈值分割,然后使用面积特征筛选出病变候选区域。
所述支持向量机分类器通过对训练集对应的病变特征信息进行分类训练得到。
所述病变特征信息包括但不限于病变区域的个数、面积、形状、灰度、圆度和横纵比。
一种基于上述方法对糖尿病视网膜图像分类的系统,包括:
微血管瘤识别模块,用于使用微血管瘤病变识别模型对待检图像进行识别,标注待检图像中的微血管瘤病变部位并获取相应的病变特征信息;
出血识别模块,用于使用出血病变识别模型对待检图像进行识别,对识别得到的出血病变区域进行分割并获取相应的病变特征信息;
渗出识别模块,用于使用渗出病变识别模型对待检图像进行识别,对识别得到的渗出病变区域进行分割并获取相应的病变特征信息;
分类模块,用于对识别待检图像得到的各病变区域的病变特征信息进行分类以获取待检图像病变等级分类结果。
技术效果
本发明基于深度学习分别对微血管瘤、出血、渗出病变进行识别,并能自动标注出病变区域位置和大小,相对于传统人为提取特征结合图像处理的方法,减小了糖尿病视网膜病变识别系统的开发难度;由于针对不同的病变采取了不同的神经网络模型,因此保存的模型针对特定的病变识别具有更高的精度和更强的适用性,综合微血管瘤、出血、渗出三种病变的多个特征进行分类,具有更高的分类准确率,可以更加有效地辅助医生进行临床筛查工作。
附图说明
图1为实施例1中方法流程图;
图2为实施例1中微血管瘤候选区域提取效果图;
图3为实施例1中微血管瘤病变区域标记图;
图4为实施例1中出血病变部位标记图;
图5为实施例1中渗出病变部位标记图。
具体实施方式
下面结合附图及具体实施方式对本发明进行详细描述。
实施例1
如图1所示,本实施例涉及一种基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类方法,包括:
获取待识别眼底图像;
将同一待识别眼底图像分别导入微血管瘤病变识别模型、出血病变识别模型和渗出病变识别模型中进行识别;根据识别结果提取病变特征信息,再采用经训练的支持向量机分类器对提取的病变特征信息分类,获得眼底图像对应的病变等级分类结果;
所述微血管瘤病变识别模型通过提取眼底图像中微血管瘤病变候选区域,进行微血管瘤病变区域和非微血管瘤病变区域标注,再输入CNN模型进行训练得到;
所述出血病变识别模型通过对眼底图像中出血病变区域和非出血病变区域进行标注,再输入FCN模型进行训练得到;
所述渗出病变识别模型通过对眼底图像中渗出病变区域和非渗出病变区域进行标注,再输入FCN模型进行训练得到。
所述微血管瘤病变识别模型基于CNN模型训练得到,包括以下步骤:
A1,图像预处理:提取绿色通道图像,对绿色通道图像使用r-polynomial变换进行图像灰度矫正,再利用高斯滤波进行去噪处理,得到矫正图像I′W;所述r-polynomial变换,即
Figure GDA0002554779040000041
其中,r是多项式的幂,取值为2;μmin是灰度最小值,取值为0;μma+是灰度最大值,取值为1;G是提取的绿色通道图像;μW(i,j)是绿色通道图像以(i,j)为中心、半径为W的邻域内灰度均值;IW是利用r-polynomial变换得到灰度均衡化图像;
A2,微血管瘤病变候选区域Icandidate提取:在矫正图像I′W上随机选取一个像素点,以该像素点作为基准,以10°~25°为步长,优选地,以15°为步长生成不同尺度的线性结构元素,利用生成的线性结构元素对矫正图像I′W进行形态学处理,得到不同尺度线性结构元素的响应结果,保留每个像素点对应的最小响应结果Iclosed,得到Icandidate=Iclosed-I′W,对Icandidate进行混合阈值分割提取,提取效果如图2所示;
所述混合阈值分割提取的条件为:
Figure GDA0002554779040000042
其中,K为常数,代表形态学处理中微血管瘤病变候选区域的最大个数,优选地,取值为120;CC代表统计病变候选区域个数的函数;
tl是设置的最小阈值,tu是设置的最大阈值,t6为满足CC条件的阈值,ts是以0.002步长逐渐增长的阈值;
将ts从Icandidate的最小值按照最小灰度间隔增加到Icandidate的最大灰度值,直到函数CC统计的个数满足上式的条件为止,使用阈值tK二值化Icandidate提取得到微血管瘤病变候选区域的二值图;
A3,数据标注:对微血管瘤病变候选区域Icandidate分割提取的结果进行病变和非病变标注,生成训练集;
A4,模型训练:输入训练集至CNN模型进行训练,得到微血管瘤病变识别模型。
在此我们使用了400张含有微血管瘤的眼底图像进行训练,训练得到的模型对分割部位是否为微血管瘤分类的敏感性、特异性均达到90%;最终得到的微血管瘤病变区域如图3所示。
所述出血病变识别模型和渗出病变识别模型均基于FCN模型训练得到,包括以下步骤:
B1,通过图像处理对眼底图像进行病变区域和非病变区域标注,生成训练集;
B2,使用U-net网络结构构建FCN模型,每次随机取训练集中部分已标注数据进行训练,得到训练后的病变识别模型;训练采用的代价函数是DICE。
所述DICE代价函数为:
Figure GDA0002554779040000051
其中,X是标签图,Y是结果图。
所述对眼底图像的标注还生成测试集,对已训练模型采用测试集测试,评估已训练模型的识别能力。
所述对眼底图像的标注还生成验证集,在模型训练中采用验证集进行修正,通过修正可以调整网络参数,防止网络过拟合;还可以通过验证集确定网络结构,控制模型复杂程度;根据验证集的不同,测试集输入后得到的结果存在差异,可以根据情况,选择符合我们需求的最优模型。
所述图像处理算法,具体步骤为:
C1,从图像中提取眼底区域;
C2,使用中值滤波对提取的眼底区域进行图像增强,对增强后的结果进行灰度归一化处理;
C3,对归一化处理的结果进行阈值分割,然后使用面积特征进行区域的筛选,获取分割结果。
使用FCN模型做出血、渗出识别还可以根据实际数据的分布情况,调整训练样本中病变样本、过检样本和漏检样本的比例,提高模型的精度和泛化能力,而无需重新设计算法,降低了算法开发强度,提高算法开发效率。
由于出血病灶区域的面积一般较大,因此适合使用训练好的出血病变识别模型进行图像中的出血区域分割。我们利用图像处理算法,即可获得对应的病变区域和非病变区域分割结果标签,得到出血病变识别模型,在训练中共标注1000张有出血的训练样本。为了抑制过检,加入了400张无出血的训练样本进行训练。经测试,模型对于眼底出血进行识别特异性达到89%,DR2数据中出血识别的敏感性达到89%,DR3数据出血识别的敏感性为100%。出血的识别效果图如附图4所示。
由于渗出与其他正常眼底结构在形态和色彩上有明显区别,相对于出血识别难度更小,因此使用渗出病变识别模型即可得到良好的识别结果。我们利用图像处理算法,即可获得对应的病变区域和非病变区域分割结果标签,得到渗出病变识别模型,在训练中共标注800张有渗出的训练样本。为了抑制过检,加入了300张无渗出的训练样本以及100张与渗出相似的病变(神经纤维层、玻璃膜疣)样本进行训练。最终得到的模型对于判断图像是否有渗出的敏感性达到86%,特异性达到87%。渗出的识别效果如附图5所示。
由于每种病变的识别结果不可能百分之百准确,因此直接按照临床上的分期标准根据每种病变的识别结果进行分期会造成图片诊断结果的特异性较低,因此我们使用三种病变的识别结果作为特征训练支持向量机分类器,进行图片最终诊断结果的判断,对DR3识别的敏感性超过99%,DR2识别的敏感性达到85%,DR1识别的敏感性达到80%,特异性为80%。
通过上述方法,我们不仅在图片有无病变的识别上得到了一个较高的准确率,并且实现了对于图像中病灶区域位置的标注。
所述支持向量机分类器通过结合微血管瘤病变识别模型、出血病变识别模型和渗出病变识别模型识别结果提取得到的病变特征信息,将病变特征信息输入到SVM分类器中进行训练得到。
所述病变特征信息包括但不限于病变区域的个数、面积、形状、灰度、圆度和横纵比。
一种基于上述方法对糖尿病视网膜图像分类的系统,包括:
微血管瘤识别模块,用于使用微血管瘤病变识别模型对待检图像进行识别,标注待检图像中的微血管瘤病变部位并获取相应的病变特征信息;
出血识别模块,用于使用出血病变识别模型对待检图像进行识别,对识别得到的出血病变区域进行分割并获取相应的病变特征信息;
渗出识别模块,用于使用渗出病变识别模型对待检图像进行识别,对识别得到的渗出病变区域进行分割并获取相应的病变特征信息;
分类模块,用于对识别待检图像得到的各病变区域的病变特征信息进行分类以获取待检图像病变等级分类结果。
本发明实施例具有可扩展性,目前包含了三种典型糖尿病眼底病变的识别模型;随着疾病病理变化及检测需要,我们可以根据深度学习技术训练相应病变的识别模型,增加相应病变的识别模块。
需要强调的是:以上仅是本发明的较佳实施例而已,并非对本发明作任何形式上的限制,凡是依据本发明的技术实质对以上实施例所作的任何简单修改、等同变化与修饰,均仍属于本发明技术方案的范围内。

Claims (8)

1.一种基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征在于,包括:
微血管瘤识别模块,用于使用微血管瘤病变识别模型对待检图像进行识别,标注待检图像中的微血管瘤病变部位并获取相应的病变特征信息;所述微血管瘤病变识别模型基于CNN模型训练得到,包括以下步骤:
A1,图像预处理:提取绿色通道图像,对绿色通道图像使用r-polynomial变换进行图像灰度矫正,再利用高斯滤波进行去噪处理,得到矫正图像I′W
A2,微血管瘤病变候选区域Icandidate提取:在矫正图像I′W上随机选取一个像素点,以该像素点作为基准,以角度α为步长生成不同尺度的线性结构元素,利用生成的线性结构元素对矫正图像I′W进行形态学处理,得到不同尺度线性结构元素的响应结果,保留每个像素点对应的最小响应结果Iclosed,得到Icandidate=Iclosed-I′W,对Icandidate进行混合阈值分割提取;
A3,数据标注:对微血管瘤病变候选区域Icandidate分割提取的结果进行病变和非病变标注,生成训练集;
A4,模型训练:输入训练集至CNN模型进行训练,得到微血管瘤病变识别模型;
出血识别模块,用于使用出血病变识别模型对待检图像进行识别,对识别得到的出血病变区域进行分割并获取相应的病变特征信息;
渗出识别模块,用于使用渗出病变识别模型对待检图像进行识别,对识别得到的渗出病变区域进行分割并获取相应的病变特征信息;
分类模块,用于对识别待检图像得到的各病变区域的病变特征信息进行分类以获取待检图像病变等级分类结果。
2.根据权利要求1所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述r-polynomial变换为:
Figure FDA0002554779030000011
其中,r是多项式的幂,取值为2;μmin是灰度最小值,取值为0;μmax是灰度最大值,取值为1;G是提取的绿色通道图像;μW(i,j)是绿色通道图像以(i,j)为中心、半径为W的邻域内灰度均值;IW是利用r-polynomial变换得到灰度均衡化图像。
3.根据权利要求2所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述混合阈值分割提取的条件为:
Figure FDA0002554779030000021
其中,K为常数,代表形态学处理中微血管瘤病变候选区域的最大个数,CC代表统计病变候选区域个数的函数;
t1是设置的最小阈值,tu是最大阈值,tk为满足CC条件的阈值,ts是以0.001~0.004步长逐渐增长的阈值;
将ts从Icandidate的最小值按照最小灰度间隔增加到Icandidate的最大灰度值,直到函数CC统计的个数满足上式的条件为止,使用阈值tK二值化Icandidate提取得到微血管瘤病变候选区域的二值图。
4.根据权利要求1所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述出血病变识别模型和渗出病变识别模型均基于FCN模型训练得到,包括以下步骤:
B1,通过图像处理对眼底图像进行病变区域和非病变区域标注,生成训练集;
B2,使用U-net网络结构构建FCN模型,每次随机取训练集中部分已标注数据进行训练,得到训练后的病变识别模型;训练采用的代价函数是DICE。
5.根据权利要求4所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述对眼底图像的标注还生成测试集,对已训练模型采用测试集测试,评估已训练模型的识别能力。
6.根据权利要求4所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述对眼底图像的标注还生成验证集,在模型训练中采用验证集进行修正,防止网络过拟合。
7.根据权利要求1所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述分类模块采用支持向量机分类器,支持向量机分类器通过对训练集对应的病变特征信息进行分类训练得到。
8.根据权利要求1或7所述基于深度学习的糖尿病视网膜图像分类系统,其特征是,所述病变特征信息包括病变区域的个数、面积、形状、灰度、圆度和横纵比。
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