CN108192982A - 基于二代测序技术的检测y-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 - Google Patents
基于二代测序技术的检测y-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108192982A CN108192982A CN201810068408.0A CN201810068408A CN108192982A CN 108192982 A CN108192982 A CN 108192982A CN 201810068408 A CN201810068408 A CN 201810068408A CN 108192982 A CN108192982 A CN 108192982A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- primer
- sequence
- substitution
- following
- single strand
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了基于二代测序技术的检测Y‑STR基因座的试剂盒及其专用引物组合。本发明提供的引物组合，由序列表中序列1至序列38所示的38种DNA分子组成。实验证明，采用本发明提供的基于二代测序技术的检测Y‑STR基因座的试剂盒检测标准品2800M中19个Y‑STR基因座的STR分型，分型结果准确。本发明提供的试剂盒具有重要的应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及法医学技术领域，具体涉及基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒及其专用引物组合。
背景技术
人类的Y染色体短串联重复(Y-chromosome short tandem repeats，Y-STR)是指存在于Y染色体上非重组区的短串联重复片段。Y-STR基因座是目前应用最广泛的遗传标记之一，其重复单元约2-6bp，具有父系遗传的生物特征，能够由父亲稳定的遗传给儿子。Y-STR检测技术在法医学中常应用于父系家族的亲权鉴定、身份不详男尸的身源确定、男性犯罪嫌疑人的排除及常染色体STR检测无法区分遗传信息的混合斑检验。
目前，主要是利用毛细管电泳(capillary electrophoresis，CE)针对各Y-STR基因座进行长度多态性方面的分型检测。常用的CE商业化Y-STR分型试剂盒有：Y23(Promega公司的产品)、Y(Promega公司的产品)、Yfiler(ThermoFisher Scientific公司的产品)和Yfiler Plus(Thermo Fisher Scientific公司的产品)等。由于CE只能对基因座的长度进行分型，核苷酸数量相等的所有等位基因被认为是同一个等位基因，容易导致一些序列不同但长度相同的等位基因被判别为同一等位基因，而且侧翼部分存在的序列差异也无法检测并利用。
近年来，二代测序(Next generation sequencing，NGS)技术已经应用于法医学STR分型研究。相比于CE分型，NGS技术在Y-STR基因座的分析中具有很多优势：1、样本输入量低，使得微量样本及降解样本检材的分型研究变为可能；2、准确性高，能够全部覆盖基因座的每个碱基并通过产出高测序深度保证Y-STR基因座各等位基因的高概率精确判断的严谨性；3、能够获得Y-STR等位基因间的核苷酸差异(Nucleotide Variation)信息,由于核心重复结构存在差异或扩增区段内存在变异(侧翼序列的碱基突变或插入缺失)，序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因，这种Y-STR序列多态性是个体识别分析的宝贵资源；4、成本低，通过对每个样本检材添加标签一次可以同时对多个样本进行平行测序，既节约了时间又降低了测序成本。
目前，针对法医学需求的二代测序商业化试剂的研发尚处于起步阶段，因此市面上基于二代测序的Y-STR基因座的商业化试剂盒较少。在illumina公司和Thermo Fisher公司推出的基于二代测序技术的STR分型的商业化试剂盒中包含有部分的Y-STR基因座。以上试剂盒价格昂贵，配套的数据分析程序只能针对各自试剂盒中固有基因座的测序数据进行分析，具有一定的局限性。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何进行Y-STR分型。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了引物组合。
本发明所提供的引物组合，可由引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37和引物38组成。
所述引物1可为如下A1)或A2)：
A1)序列表中的序列1所示的单链DNA分子；
A2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子。
所述引物2可为如下A3)或A4)：
A3)序列表中的序列2所示的单链DNA分子；
A4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子。
所述引物3可为如下A5)或A6)：
A5)序列表中的序列3所示的单链DNA分子；
A6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
所述引物4可为如下A7)或A8)：
A7)序列表中的序列4所示的单链DNA分子；
A8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子。
所述引物5可为如下A9)或A10)：
A9)序列表中的序列5所示的单链DNA分子；
A10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子。
所述引物6可为如下A11)或A12)：
A11)序列表中的序列6所示的单链DNA分子；
A12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子。
所述引物7可为如下A13)或A14)：
A13)序列表中的序列7所示的单链DNA分子；
A14)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子。
所述引物8可为如下A15)或A16)：
A15)序列表中的序列8所示的单链DNA分子；
A16)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子。
所述引物9可为如下A17)或A18)：
A17)序列表中的序列9所示的单链DNA分子；
A18)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子。
所述引物10可为如下A19)或A20)：
A19)序列表中的序列10所示的单链DNA分子；
A20)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子。
所述引物11可为如下B1)或B2)：
B1)序列表中的序列11所示的单链DNA分子；
B2)将序列11经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列11具有相同功能的DNA分子。
所述引物12可为如下B3)或B4)：
B3)序列表中的序列12所示的单链DNA分子；
B4)将序列12经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列12具有相同功能的DNA分子。
所述引物13可为如下B5)或B6)：
B5)序列表中的序列13所示的单链DNA分子；
B6)将序列13经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列13具有相同功能的DNA分子。
所述引物14可为如下B7)或B8)：
B7)序列表中的序列14所示的单链DNA分子；
B8)将序列14经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列14具有相同功能的DNA分子。
所述引物15可为如下B9)或B10)：
B9)序列表中的序列15所示的单链DNA分子；
B10)将序列15经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列15具有相同功能的DNA分子。
所述引物16可为如下B11)或B12)：
B11)序列表中的序列16所示的单链DNA分子；
B12)将序列16经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列16具有相同功能的DNA分子。
所述引物17可为如下B13)或B14)：
B13)序列表中的序列17所示的单链DNA分子；
B14)将序列17经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列17具有相同功能的DNA分子。
所述引物18可为如下B15)或B16)：
B15)序列表中的序列18所示的单链DNA分子；
B16)将序列18经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列18具有相同功能的DNA分子。
所述引物19可为如下B17)或B18)：
B17)序列表中的序列19所示的单链DNA分子；
B18)将序列19经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列19具有相同功能的DNA分子。
所述引物20可为如下B19)或B20)：
B19)序列表中的序列20所示的单链DNA分子；
B20)将序列20经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列20具有相同功能的DNA分子。
所述引物21可为如下C1)或C2)：
C1)序列表中的序列21所示的单链DNA分子；
C2)将序列21经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列21具有相同功能的DNA分子。
所述引物22可为如下C3)或C4)：
C3)序列表中的序列22所示的单链DNA分子；
C4)将序列22经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列22具有相同功能的DNA分子。
所述引物23可为如下C5)或C6)：
C5)序列表中的序列23所示的单链DNA分子；
C6)将序列23经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列23具有相同功能的DNA分子。
所述引物24可为如下C7)或C8)：
C7)序列表中的序列24所示的单链DNA分子；
C8)将序列24经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列24具有相同功能的DNA分子。
所述引物25可为如下C9)或C10)：
C9)序列表中的序列25所示的单链DNA分子；
C10)将序列25经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列25具有相同功能的DNA分子。
所述引物26可为如下C11)或C12)：
C11)序列表中的序列26所示的单链DNA分子；
C12)将序列26经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列26具有相同功能的DNA分子。
所述引物27可为如下C13)或C14)：
C13)序列表中的序列27所示的单链DNA分子；
C14)将序列27经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列27具有相同功能的DNA分子。
所述引物28可为如下C15)或C16)：
C15)序列表中的序列28所示的单链DNA分子；
C16)将序列28经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列28具有相同功能的DNA分子。
所述引物29可为如下C17)或C18)：
C17)序列表中的序列29所示的单链DNA分子；
C18)将序列29经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列29具有相同功能的DNA分子。
所述引物30可为如下C19)或C20)：
C19)序列表中的序列30所示的单链DNA分子；
C20)将序列30经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列30具有相同功能的DNA分子。
所述引物31可为如下D1)或D2)：
D1)序列表中的序列31所示的单链DNA分子；
D2)将序列31经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列31具有相同功能的DNA分子。
所述引物32可为如下D3)或D4)：
D3)序列表中的序列32所示的单链DNA分子；
D4)将序列32经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列32具有相同功能的DNA分子。
所述引物33可为如下D5)或D6)：
D5)序列表中的序列33所示的单链DNA分子；
D6)将序列33经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列33具有相同功能的DNA分子。
所述引物34可为如下D7)或D8)：
D7)序列表中的序列34所示的单链DNA分子；
D8)将序列34经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列34具有相同功能的DNA分子。
所述引物35可为如下D9)或D10)：
D9)序列表中的序列35所示的单链DNA分子；
D10)将序列35经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列35具有相同功能的DNA分子。
所述引物36可为如下D11)或D12)：
D11)序列表中的序列36所示的单链DNA分子；
D12)将序列36经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列36具有相同功能的DNA分子。
所述引物37可为如下D13)或D14)：
D13)序列表中的序列37所示的单链DNA分子；
D14)将序列37经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列37具有相同功能的DNA分子。
所述引物38可为如下D15)或D16)：
D15)序列表中的序列38所示的单链DNA分子；
D16)将序列38经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列38具有相同功能的DNA分子。
所述的引物组合中，所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4、所述引物5、所述引物6、所述引物7、所述引物8、所述引物9、所述引物10、所述引物11、所述引物12、所述引物13、所述引物14、所述引物15、所述引物16、所述引物17、所述引物18、所述引物19、所述引物20、所述引物21、所述引物22、所述引物23、所述引物24、所述引物25、所述引物26、所述引物27、所述引物28、所述引物29、所述引物30、所述引物31、所述引物32、所述引物33、所述引物34、所述引物35、所述引物36、所述引物37和所述引物38的摩尔比具体可为2：2：1：1：2：2：2：2：2：2：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：2：2：1：1：1：1：1：1：1：1：2：2：2：2。
为解决上述技术问题，本发明还提供了一种基于Y-STR基因座的复合扩增体系。
本发明所提供的基于Y-STR基因座的复合扩增体系，可包括上述任一所述引物组合。
所述引物3、所述引物4、所述引物11、所述引物12、所述引物13、所述引物14、所述引物15、所述引物16、所述引物17、所述引物18、所述引物19、所述引物20、所述引物21、所述引物22、所述引物23、所述引物24、所述引物27、所述引物28、所述引物29、所述引物30、所述引物31、所述引物32、所述引物33和所述引物34在所述复合扩增体系中的浓度具体可为0.3μM。
所述引物1、所述引物2、所述引物5、所述引物6、所述引物7、所述引物8、所述引物9、所述引物10、所述引物25、所述引物26、所述引物35、所述引物36、所述引物37和所述引物38在所述复合扩增体系中的浓度具体可为0.6μM。
所述复合扩增体系还可包括进行PCR扩增反应所需的试剂；所述“进行PCR扩增反应所需的试剂”不包括PCR扩增反应所需的引物。
上述任一所述复合扩增体系可为20μL，由10μL Master Mix、9μL引物组合的水溶液和1μL模板组成。Master Mix具体可为公安部物证鉴定中心产品。所述模板具体可为浓度为1ng/μL的标准品2800M的水溶液。所述标准品2800M具体可为Promega公司的产品，产品目录号为DD7101。
含有上述任一所述引物组合的试剂盒也属于本发明的保护范围；所述试剂盒的用途可为如下(h1)或(h2)或(h3)或(h4)：(h1)Y-STR分型；(h2)SNP分型；(h3)Indel分型；(h4)检测遗传标记。
本发明还保护上述任一所述复合扩增体系或所述试剂盒的制备方法；该制备方法可包括将上述任一所述引物组合中的各条引物单独包装的步骤。
本发明还保护上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途可为如下(h1)或(h2)或(h3)或(h4)：(h1)Y-STR分型；(h2)SNP分型；(h3)Indel分型；(h4)检测遗传标记。
本发明还保护上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系在检测Y-STR分型和/或SNP分型和/或Indel分型和/或检测遗传标记中的应用。
相比于illumina公司的ForenSeqTM DNA Signature Prep Kit，本发明提供的基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒中包含9个新的Y-STR基因座(DYS444、DYS446、DYS449、DYS458、DYS485、DYS504、DYS593、DYS627和DYS641),提供更多新的遗传信息。而且本发明提供的复合扩增体系中所有Y-STR基因座的最大扩增子长度都小于300bp，而ForenSeqTM DNA Signature Prep Kit中有约29.1％(7/24)基因座的最大扩增子长度大于300bp，不利于降解检材的分析。实验证明，采用本发明提供的基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒检测标准品2800M中19个基因座的STR分型，分型结果准确。本发明提供的试剂盒具有重要的应用价值。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
标准品2800M为Promega公司的产品，产品目录号为DD7101。Agencourt AMPure XP5mL Kit为Beckman Coulter公司的产品，产品目录号为A63880。NanoDrop 2000定量仪为Thermo Fisher Scientific公司的产品。Miseq FGx二代测序仪为Illumina公司的产品。TruSeq DNA PCR-Free HT Library Prep Kit为Illumina公司的产品，产品目录号为FC-121-3003。KAPA Library Quantification Kit为KAPA公司的产品，产品目录号为KK4824。
实施例1、基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒的制备
一、引物组合的制备
引物组合由38条引物组成，用于检测19个Y-STR基因座。各个Y-STR基因座的名称、扩增Y-STR基因座对应的引物名称和引物的核苷酸序列等信息详见表1。各个Y-STR基因座对应的引物在hg19人类参考基因组(hg19人类基因组的信息见网址http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit)中的PCR扩增产物的长度和核苷酸序列详见表2。
表1
表2
二、基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒的制备
基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒包括引物混合物。引物混合物由步骤一制备的38条引物混合而成。
实施例2、基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒的应用
一、DNA样本准备
取标准品2800M，用超纯水稀释，获得浓度为1ng/μL的标准品2800M水溶液。
二、文库制备
1、PCR扩增
以步骤一获得的标准品2800M水溶液为模板，以实施例1步骤二制备的引物混合物为引物，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。
反应体系为20μL，由10μL Master Mix(公安部物证鉴定中心产品)、9μL引物混合物和1μL标准品2800M水溶液组成。该反应体系中，引物3、引物4、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33和引物34的浓度为0.3μM，引物1、引物2、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物25、引物26、引物35、引物36、引物37和引物38的浓度为0.6μM。
反应程序：95℃11min；94℃30s，60℃2min，72℃1min，28个循环；60℃60min；4℃保存。
2、纯化和定量
(1)取PCR扩增产物，按照Agencourt AMPure XP 5mL Kit的说明书步骤进行纯化。
(2)完成步骤(1)后，将PCR扩增产物采用NanoDrop 2000定量仪进行定量，得到PCR纯化产物。
3、文库制备
取PCR纯化产物，按照TruSeq DNA PCR-Free HT Library Prep Kit的说明书操作步骤依次进行末端修复、末端修复产物纯化、连接A-tail、连接Adapter和连接产物的纯化，然后按照KAPA Library Quantification Kit的说明书步骤进行文库定量及文库标准化，完成文库制备。
三、上样测试
取步骤二制备的文库，利用测序试剂Miseq Reagent Nano Kit v2(illumina公司的产品)在Miseq FGx二代测序仪进行测序。
实验结果见表3。结果表明，标准品2800M得到了完整的STR分型，完全能够满足法医STR检验的要求。
表3
| Y-STR基因座 | 等位基因基因型 | 核心序列 |
| DYS570 | 17 | [TTTC]17 |
| DYS438 | 9 | [TTTTC]9 |
| DYS635 | 21 | [TCTA]4[TGTA]2[TCTA]2[TGTA]2[TCTA]11 |
| DYS504 | 15 | [TCCT]15 |
| DYS444 | 12 | [TAGA]12 |
| DYS627 | 20 | [GAAA]20 |
| DYS522 | 12 | [GATA]12 |
| DYS549 | 13 | [GATA]13 |
| DYS458 | 17 | [GAAA]17 |
| DYS481 | 22 | [CTT]22 |
| DYS449 | 18 | [TTTC]18 |
| DYS641 | 10 | [TAAA]10 |
| DYS576 | 18 | [AAAG]18 |
| DYS446 | 16 | [TCTCT]16 |
| DYS460 | 11 | [ATAG]11 |
| DYS485 | 16 | [TTT][TTA]15 |
| DYS439 | 12 | [AGAT]12 |
| DYS643 | 10 | [CTTTT]10 |
| DYS593 | 8 | [AAAAT]8 |
实施例3、基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒的准确性验证
取1ng标准品2800M，按照DNATyperTMY26(公安部物证鉴定中心的产品)的说明书步骤进行毛细管电泳检测，得到基因座的等位基因基因型。分型结果详见表4第2列。
按照实施例2的步骤检测标准品2800M，得到基因座的等位基因基因型。分型结果详见表4第3列。
结果表明，实施例1制备的基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒与DNATyperTMY26重合的基因座，在标准品2800M样本中的分型结果完全一致。
表4
注：“-”表示不存在。
<110> 公安部物证鉴定中心
<120> 基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒及其专用引物组合
<160> 38
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 1
gctgtgtcct ccaagttc 18
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 2
gctgaaatgc agatattccc 20
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 3
tggggaatag ttgaacggt 19
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 4
ggcaacaaga gtgaaactc 19
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 5
tggaatgctc tcttggctt 19
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 6
accagcccaa atatccatc 19
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 7
tctacaccac tgtgccaag 19
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 8
gagggaggga gggaaagag 19
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 9
tgtgaaccat ttggcatg 18
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 10
tcacgttgtt caagggtc 18
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 11
gcgcaggatt ccatctaa 18
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 12
tacttcctcc ctccctcc 18
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 13
tgatagatga atagataggc ggg 23
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 14
gttctgggga accagtga 18
<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 15
gcaattaggt aggtaaagag gaa 23
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 16
tttggtggca taagtggtaa 20
<210> 17
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 17
ctgcagactg agcaacag 18
<210> 18
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 18
ttacaagcat gagccacc 18
<210> 19
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 19
aggaatgtgg ctaacgct 18
<210> 20
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 20
ccagaaggtt gcaagact 18
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 21
tctcctcctc tttctttcct 20
<210> 22
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 22
ccattgcact ctaggttgg 19
<210> 23
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 23
ctgagatcgc ctgctgct 18
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 24
aacaatatca cctagctgtg g 21
<210> 25
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 25
cagccaagca acatagca 18
<210> 26
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 26
tgaaggagga gatgggagt 19
<210> 27
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 27
tcagtcttgt cctgtccca 19
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 28
agcttgtacc actgcactca 20
<210> 29
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 29
caagacagta gcaagcacaa g 21
<210> 30
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 30
tccatatcat ctatcctctg cc 22
<210> 31
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 31
gcagacttcg ccactacat 19
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 32
gcctgggtga caagagttat 20
<210> 33
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 33
tacataggtg gagacagata ga 22
<210> 34
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 34
gcctggcttg gaattcttt 19
<210> 35
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 35
gccatgcctg gttaaacta 19
<210> 36
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 36
tgtaaccaaa caccaccca 19
<210> 37
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 37
cctgggcaac agagtgag 19
<210> 38
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 38
tgctgattgg aaccactt 18
Claims (9)
1.引物组合，由引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37和引物38组成；
所述引物1为如下A1)或A2)：
A1)序列表中的序列1所示的单链DNA分子；
A2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；
所述引物2为如下A3)或A4)：
A3)序列表中的序列2所示的单链DNA分子；
A4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物3为如下A5)或A6)：
A5)序列表中的序列3所示的单链DNA分子；
A6)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子；
所述引物4为如下A7)或A8)：
A7)序列表中的序列4所示的单链DNA分子；
A8)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；
所述引物5为如下A9)或A10)：
A9)序列表中的序列5所示的单链DNA分子；
A10)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子；
所述引物6为如下A11)或A12)：
A11)序列表中的序列6所示的单链DNA分子；
A12)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子；
所述引物7为如下A13)或A14)：
A13)序列表中的序列7所示的单链DNA分子；
A14)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子；
所述引物8为如下A15)或A16)：
A15)序列表中的序列8所示的单链DNA分子；
A16)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子；
所述引物9为如下A17)或A18)：
A17)序列表中的序列9所示的单链DNA分子；
A18)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子；
所述引物10为如下A19)或A20)：
A19)序列表中的序列10所示的单链DNA分子；
A20)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子；
所述引物11为如下B1)或B2)：
B1)序列表中的序列11所示的单链DNA分子；
B2)将序列11经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列11具有相同功能的DNA分子；
所述引物12为如下B3)或B4)：
B3)序列表中的序列12所示的单链DNA分子；
B4)将序列12经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列12具有相同功能的DNA分子；
所述引物13为如下B5)或B6)：
B5)序列表中的序列13所示的单链DNA分子；
B6)将序列13经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列13具有相同功能的DNA分子；
所述引物14为如下B7)或B8)：
B7)序列表中的序列14所示的单链DNA分子；
B8)将序列14经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列14具有相同功能的DNA分子；
所述引物15为如下B9)或B10)：
B9)序列表中的序列15所示的单链DNA分子；
B10)将序列15经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列15具有相同功能的DNA分子；
所述引物16为如下B11)或B12)：
B11)序列表中的序列16所示的单链DNA分子；
B12)将序列16经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列16具有相同功能的DNA分子；
所述引物17为如下B13)或B14)：
B13)序列表中的序列17所示的单链DNA分子；
B14)将序列17经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列17具有相同功能的DNA分子；
所述引物18为如下B15)或B16)：
B15)序列表中的序列18所示的单链DNA分子；
B16)将序列18经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列18具有相同功能的DNA分子；
所述引物19为如下B17)或B18)：
B17)序列表中的序列19所示的单链DNA分子；
B18)将序列19经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列19具有相同功能的DNA分子；
所述引物20为如下B19)或B20)：
B19)序列表中的序列20所示的单链DNA分子；
B20)将序列20经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列20具有相同功能的DNA分子；
所述引物21为如下C1)或C2)：
C1)序列表中的序列21所示的单链DNA分子；
C2)将序列21经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列21具有相同功能的DNA分子；
所述引物22为如下C3)或C4)：
C3)序列表中的序列22所示的单链DNA分子；
C4)将序列22经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列22具有相同功能的DNA分子；
所述引物23为如下C5)或C6)：
C5)序列表中的序列23所示的单链DNA分子；
C6)将序列23经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列23具有相同功能的DNA分子；
所述引物24为如下C7)或C8)：
C7)序列表中的序列24所示的单链DNA分子；
C8)将序列24经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列24具有相同功能的DNA分子；
所述引物25为如下C9)或C10)：
C9)序列表中的序列25所示的单链DNA分子；
C10)将序列25经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列25具有相同功能的DNA分子；
所述引物26为如下C11)或C12)：
C11)序列表中的序列26所示的单链DNA分子；
C12)将序列26经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列26具有相同功能的DNA分子；
所述引物27为如下C13)或C14)：
C13)序列表中的序列27所示的单链DNA分子；
C14)将序列27经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列27具有相同功能的DNA分子；
所述引物28为如下C15)或C16)：
C15)序列表中的序列28所示的单链DNA分子；
C16)将序列28经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列28具有相同功能的DNA分子；
所述引物29为如下C17)或C18)：
C17)序列表中的序列29所示的单链DNA分子；
C18)将序列29经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列29具有相同功能的DNA分子；
所述引物30为如下C19)或C20)：
C19)序列表中的序列30所示的单链DNA分子；
C20)将序列30经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列30具有相同功能的DNA分子；
所述引物31为如下D1)或D2)：
D1)序列表中的序列31所示的单链DNA分子；
D2)将序列31经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列31具有相同功能的DNA分子；
所述引物32为如下D3)或D4)：
D3)序列表中的序列32所示的单链DNA分子；
D4)将序列32经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列32具有相同功能的DNA分子；
所述引物33为如下D5)或D6)：
D5)序列表中的序列33所示的单链DNA分子；
D6)将序列33经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列33具有相同功能的DNA分子；
所述引物34为如下D7)或D8)：
D7)序列表中的序列34所示的单链DNA分子；
D8)将序列34经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列34具有相同功能的DNA分子；
所述引物35为如下D9)或D10)：
D9)序列表中的序列35所示的单链DNA分子；
D10)将序列35经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列35具有相同功能的DNA分子；
所述引物36为如下D11)或D12)：
D11)序列表中的序列36所示的单链DNA分子；
D12)将序列36经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列36具有相同功能的DNA分子；
所述引物37为如下D13)或D14)：
D13)序列表中的序列37所示的单链DNA分子；
D14)将序列37经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列37具有相同功能的DNA分子；
所述引物38为如下D15)或D16)：
D15)序列表中的序列38所示的单链DNA分子；
D16)将序列38经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列38具有相同功能的DNA分子。
2.如权利要求1所述的引物组合，其特征在于：所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4、所述引物5、所述引物6、所述引物7、所述引物8、所述引物9、所述引物10、所述引物11、所述引物12、所述引物13、所述引物14、所述引物15、所述引物16、所述引物17、所述引物18、所述引物19、所述引物20、所述引物21、所述引物22、所述引物23、所述引物24、所述引物25、所述引物26、所述引物27、所述引物28、所述引物29、所述引物30、所述引物31、所述引物32、所述引物33、所述引物34、所述引物35、所述引物36、所述引物37和所述引物38的摩尔比为2：2：1：1：2：2：2：2：2：2：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：2：2：1：1：1：1：1：1：1：1：2：2：2：2。
3.一种基于Y-STR基因座的复合扩增体系，包括权利要求1或2所述引物组合。
4.如权利要求3所述复合扩增体系，其特征在于：
所述引物3、所述引物4、所述引物11、所述引物12、所述引物13、所述引物14、所述引物15、所述引物16、所述引物17、所述引物18、所述引物19、所述引物20、所述引物21、所述引物22、所述引物23、所述引物24、所述引物27、所述引物28、所述引物29、所述引物30、所述引物31、所述引物32、所述引物33和所述引物34在所述复合扩增体系中的浓度为0.3μM；
所述引物1、所述引物2、所述引物5、所述引物6、所述引物7、所述引物8、所述引物9、所述引物10、所述引物25、所述引物26、所述引物35、所述引物36、所述引物37和所述引物38在所述复合扩增体系中的浓度为0.6μM。
5.如权利要求3或4所述复合扩增体系，其特征在于：所述复合扩增体系还包括进行PCR扩增反应所需的试剂；所述“进行PCR扩增反应所需的试剂”不包括PCR扩增反应所需的引物。
6.含有权利要求1或2所述引物组合的试剂盒；所述试剂盒的用途为如下(h1)或(h2)或(h3)或(h4)：(h1)Y-STR分型；(h2)SNP分型；(h3)Indel分型；(h4)检测遗传标记。
7.权利要求3至5任一所述复合扩增体系或权利要求6所述试剂盒的制备方法，包括将权利要求1或2所述引物组合中的各条引物单独包装的步骤。
8.权利要求1或2所述引物组合，或，权利要求3至5任一所述复合扩增体系，在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为如下(h1)或(h2)或(h3)或(h4)：(h1)Y-STR分型；(h2)SNP分型；(h3)Indel分型；(h4)检测遗传标记。
9.权利要求1或2所述引物组合，或，权利要求3至5任一所述复合扩增体系，在检测Y-STR分型和/或SNP分型和/或Indel分型和/或检测遗传标记中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810068408.0A CN108192982B (zh) | 2018-01-24 | 2018-01-24 | 基于二代测序技术的检测y-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810068408.0A CN108192982B (zh) | 2018-01-24 | 2018-01-24 | 基于二代测序技术的检测y-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108192982A true CN108192982A (zh) | 2018-06-22 |
| CN108192982B CN108192982B (zh) | 2022-02-11 |
Family
ID=62590942
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810068408.0A Active CN108192982B (zh) | 2018-01-24 | 2018-01-24 | 基于二代测序技术的检测y-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108192982B (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112342303A (zh) * | 2020-12-04 | 2021-02-09 | 郑州高新生物技术有限公司 | 一种基于ngs的人类y染色体str和snp遗传标记联合检测体系及检测方法 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106148552A (zh) * | 2016-08-31 | 2016-11-23 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 人类y染色体30个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN107099529A (zh) * | 2017-07-05 | 2017-08-29 | 公安部物证鉴定中心 | 基于二代测序技术的检测基因座的试剂盒及其专用引物组合 |
-
2018
- 2018-01-24 CN CN201810068408.0A patent/CN108192982B/zh active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106148552A (zh) * | 2016-08-31 | 2016-11-23 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 人类y染色体30个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN107099529A (zh) * | 2017-07-05 | 2017-08-29 | 公安部物证鉴定中心 | 基于二代测序技术的检测基因座的试剂盒及其专用引物组合 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| SO YEUN KWON等: "Investigation into the sequence structure of 23 Y chromosomal STR loci using massively parallel sequencing", 《FORENSIC SCIENCE INTERNATIONAL: GENETICS》 * |
| XIAOQIN QIAN等: "Next Generation Sequencing Plus (NGS+) with Y-chromosomal Markers for Forensic Pedigree Searches", 《SCIENTIFIC REPORTS》 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112342303A (zh) * | 2020-12-04 | 2021-02-09 | 郑州高新生物技术有限公司 | 一种基于ngs的人类y染色体str和snp遗传标记联合检测体系及检测方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108192982B (zh) | 2022-02-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7021148B2 (ja) | 性染色体におけるコピー数変異を判定するための方法 | |
| Kukurba et al. | RNA sequencing and analysis | |
| US20210024996A1 (en) | Method for verifying bioassay samples | |
| CN108138220A (zh) | 遗传分析的系统和方法 | |
| WO2019144582A1 (zh) | 用于检测基因突变和已知、未知基因融合类型的高通量测序靶向捕获目标区域的探针和方法 | |
| CN105358714A (zh) | 从含有少量靶标dna的样品富集dna测序文库 | |
| McConkey | Human genetics: the molecular revolution | |
| CN108517363A (zh) | 一种基于二代测序的个体识别体系、试剂盒及其用途 | |
| CN105039322B (zh) | Dna标签序列及测序文库构建方法和试剂盒 | |
| US20180010180A1 (en) | Methods and systems for sequencing long nucleic acids | |
| CN108624700A (zh) | 基于二代测序技术同步检测124个微单倍型基因座的试剂盒及其专用引物对组合 | |
| CN110603327A (zh) | Pcr引物对及其应用 | |
| CN107099529A (zh) | 基于二代测序技术的检测基因座的试剂盒及其专用引物组合 | |
| CN111286548A (zh) | 基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒及其使用的引物组合 | |
| Mondal et al. | Targeted sequencing of the human X chromosome exome | |
| WO2020232635A1 (zh) | 基于甲基化dna目标区域构建测序文库及系统和应用 | |
| CN107236727B (zh) | 多基因捕获测序的单链探针制备方法 | |
| CN108192982A (zh) | 基于二代测序技术的检测y-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 | |
| CN107083442B (zh) | 一种brca1/2基因变异联合检测试剂盒及其应用 | |
| Zascavage et al. | Deep-sequencing technologies and potential applications in forensic DNA testing | |
| CN113416769A (zh) | 基于二代测序技术检测无对照样本的微卫星不稳定的方法、组合物和用途 | |
| WO2019061199A1 (zh) | 一种同时进行目标区域和全基因扩增的引物组合物及扩增方法和应用 | |
| CN107674920A (zh) | 嵌合体多重pcr引物组合物和检测方法 | |
| CN114746560A (zh) | 改进甲基化多核苷酸结合的方法、组合物和系统 | |
| CN108179199B (zh) | 基于二代测序技术检测x-str基因座的试剂盒及其专用引物组合 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |