CN108171697B - 一种基于簇的wmh自动提取系统 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种基于簇的WMH自动提取系统,包括:组织类型分割模块,用于对多位参与者的多个FLAIR图像和多个T1图像进行预处理;DARTEL标准分割模块,用于将所述组织类型分割模块得到的图像映射到DARTEL空间;去非脑组织模块,用于对DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像去除非脑组织,得到的图像分别记为D‑FLAIR图像和D‑T1图像;WMH分割模块,用于基于DARTEL空间对所述D‑FLAIR图像和D‑T1图像进行分割,得到WMH图谱;WMH精细划分模块,用于对所述WMH图谱进行精细划分,得到脑室内白质高信号区域PVWMH和深层白质高信号区域DWMH。本系统是一种自动的WMH提取系统,可以基于纵向数据集把白质病灶分割出来,并对能WMH进行精细划分,且具有良好的泛化性。

Description

一种基于簇的WMH自动提取系统
技术领域
本发明属于图像处理领域,具体来说,涉及一种基于簇的脑白质高信号(WMH)自动提取系统。
背景技术
脑白质高信号(WMH),也称为未知的高亮物体(UBO)是在T2加权磁共振成像(MRI)扫描中观察到的脑白质中的异常高信号区域,例如流体衰减反转恢复(FLAIR)序列。缺血诱导的脱髓鞘和轴突损失被认为是潜在的形成机制。许多因素,包括血管和遗传成分,都促进WMH的形成和发展。人群中约50%的40多岁成年人中存在且WHM比例随年龄增长而增加。
WHM作为脑缺血的生物标志物,与各种病理过程密切相关,包括中风和痴呆。中风患者的WMH积累显著高于健康对照组,更多的WMH负担与较差的卒中后认知表现有关。阿尔茨海默症(AD)是最常见的痴呆类型,在AD临床诊断6-10年前,发现了更大的WMH负担,这使WMH成为早期预测AD风险因子。此外,还有研究表明不同的认知领域和神经病理过程与异常的WMH位置相关。因此,提取WMH对于了解脑缺血在神经病理过程中的作用至关重要。
在评估WMH负担中常用视觉评估的方法。目前已经有为临床和研究目的开发了各种评估量表,包括与年龄有关的白质变化,Fazekas和Scheltens评级协议。随着对WMH与神经心理病理学之间关联的新认识,还有越来越多的对区域性的WMH的研究兴趣,以及快速增加的神经影像学数据集,这迫切需要一种有效的自动化WMH分割工具,而且该分割工具还具有可靠的结果。以前的研究提及了一些内部的WMH分割工具。然而,大多数这些工具都是为特定研究而设计的,而不是作为用户友好性和全面的软件包公开提供的。然而,大多数可用的WMH分割工具箱尚未在具有不同扫描仪和参数的不同样本中进行评估,或者通常不会在次区域提供关于WMH的综合信息。此外,他们通常不是完全自动化,需要手动跟踪研究队列中的几个大脑进行训练;大多数可用的WMH分割工具箱主要用于横向研究,不能适用于对纵向数据集的处理。
发明内容
针对相关技术中的上述技术问题,本发明提出一种基于簇的WMH自动提取系统,本系统是一种自动的WMH提取系统,可以基于纵向数据集把白质病灶分割出来,并对能WMH进行精细划分,且具有良好的泛化性。
为实现上述技术目的,本发明的技术方案如下:
一种基于簇的WMH自动提取系统,包括:
组织类型分割模块,用于对多位参与者的多个FLAIR图像和多个T1图像进行预处理,所述FLAIR图像和所述T1图像数量相等,且一一对应;
DARTEL标准分割模块,分别连接所述组织类型分割模块和所述去非脑组织模块,用于生成DARTEL模板,并将所述组织类型分割模块得到的图像映射到DARTEL空间;
去非脑组织模块,分别连接所述DARTEL标准分割模块和所述WMH分割模块,用于对所述DARTEL标准分割模块得到的DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像去除非脑组织,得到的图像分别记为D-FLAIR图像和D-T1图像;
WMH分割模块,分别连接所述去非脑组织模块和所述WMH精细划分模块,用于基于DARTEL空间对所述D-FLAIR图像和D-T1图像进行分割,得到WMH图谱;
WMH精细划分模块,用于对所述WMH图谱进行精细划分,运用距离阈值和脑模板的方法对所述WMH图谱进行进一步分割标注,得到脑室内白质高信号区域PVWMH和深层白质高信号区域DWMH。
在本发明的一个实施例中,所述多个FLAIR图像为纵向数据集中的图像,所述纵向数据集是指对于同一位参与者,在不同时间点上采集到的所述FLAIR图像构成的图像数据集合,是医学领域的一种特殊形式的数据。
对于纵向数据集,所述组织类型分割模块进一步包括:
配准单元,用于对每个所述FLAIR图像执行刚体配准,以第一时间点的T1图像为参考,对所有其他时间点的T1图像以及所有时间点的FLAIR图像为源图像执行刚体配准和重采样,得到配准并重采样的FLAIR图像;
T1图像分割单元,用于对每个所述T1图像进行组织类型分割,得到每个所述T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图,以及其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像。
对于纵向数据集,所述DARTEL标准分割模块进一步包括:
生成模板单元,用于基于所述第一时间点的T1图像生成DARTEL模板,并为所述第一时间点的T1图像生成一个从个体空间到DARTEL空间的变形流场;所述DARTEL模板的生成方式有两种:
创建模板:
所述创建模板的具体步骤包括:在DARTEL空间生成所述第一时间点的T1图像的模板;
现有模板:
将所述第一时间点的T1图像映射到本地空间已经建立的模板;
DARTEL空间映射单元,用于按照所述个体空间到DARTEL空间的变形流场,将每个所述配准并重采样的FLAIR图像、每个所述其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像、以及每个所述其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间,得到DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像。
在本发明的另一实施例中,所述多个FLAIR图像为横向数据集中的图像,所述横向数据集是指对于所有参与者,在同一时间点采集的所述FLAIR图像构成的图像数据集合。
对于横向数据集,所述组织类型分割模块进一步包括:
配准单元,用于对每个所述FLAIR图像执行刚体配准,以所述FLAIR图像为源图像,以对应的所述T1图像为参考,得到配准并重采样的FLAIR图像;
T1图像分割单元,用于对每个所述T1图像进行组织类型分割,得到每个所述T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图。
对于横向数据集,所述DARTEL标准分割模块进一步包括:
生成模板单元,用于基于所有所述T1图像生成DARTEL模板,并为每个所述T1图像生成一个从个体空间到DARTEL空间的变形流场;所述DARTEL模板的生成方式有两种:
创建模板:
所述创建模板的具体步骤包括:在DARTEL空间生成所有所述T1图像的平均模板;将每个所述T1图像映射到平均模板;
现有模板:
将所述T1图像映射到本地空间已经建立的模板;
DARTEL空间映射单元,用于按照所述个体空间到DARTEL空间的变形流场,将每个所述配准的FLAIR图像、每个所述T1图像、以及每个所述T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间,得到DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像。
所述WMH分割模块进一步包括:
FAST分割单元,用于对所述D-FLAIR图像进行三级组织类型分割,从所述D-FLAIR图像中分割候选簇,所述三级组织类型是WMH,灰质和白质,以及脑脊液;
KNN算法分割单元,用于基于簇和KNN算法从所述候选簇中划分出WMH和非WMH。
进一步地,所述基于簇和KNN算法从所述候选簇中划分出WMH和非WMH具体是基于解剖位置特征ALF、图像灰度特征IF和簇的尺寸特征来提取WMH;所述解剖位置特征ALF是采用组织概率描述所述簇的位置;所述图像灰度特征IF是采用图像灰度比来适应图像的不同灰度值;所述簇的尺寸特征为经过对数转换的簇的尺寸特征。
进一步地,所述簇为符合六连接计算规则的簇。
本发明的有益效果:
1.本发明通过引入DARTEL算法,按照个体空间到DARTEL空间流场,将T1图像和FLAIR图像映射到DARTEL空间,实现了对纵向数据集或横向数据集中的FLAIR图像或T1图像上的WMH的自动提取。同时通过建立针对纵向数据集的组织类型处理流程,克服了现有的WMH的提取方法仅适用于横向数据集的缺点,可以有效地将基于纵向数据集的白质病灶分割出来;
2.本发明是一种基于簇,并结合FAST和KNN算法对WMH进行提取的系统,本系统可以在具有不同扫描仪和参数的不同样本中进行评估,适用范围更广,提取结果更准确、更稳定,且可以对提取的WMH进行精细划分,在次区域提供关于WMH的综合信息。
3.本发明是一种全自动的提取系统,具有良好的泛化性,通过对任意选取的样本进行训练,即可实现对WMH的完全自动化的提取,并适用于其他样本,而不需要针对新的样本重新手动跟踪训练。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1是根据本发明的基于簇的WMH自动提取系统的模块图;
图2是根据本发明的基于簇的WMH自动提取系统的流程图。
图2中相关的英文解释如下:
INPUT:输入;raw FLAIR:(原始的)FLAIR图像;Raw T1:(原始的)T1图像;
COREGISTRATION:配准;Coreg FLAIR:配准的LFLAIR图像;
T1SEGMENTATION:T1分割;GM seg:灰质的概率图;WM seg:白质的概率图;CSFseg:脑脊液的概率图;
FAST:FMRIB’s Automated Segmentation Tool
DARTEL:Diffeomorphic Anatomical Registration Through ExponentiatedLie
RUN DARTEL:运行DARTEL;Flow Field:变形流场;
REGISTER TO DARTEL:配准到DARTEL空间;DARTEL T1:DARTEL空间的T1图像;DARTEL FLAIR:DARTEL空间的FLAIR图像;DARTEL GM:DARTEL空间的灰质的概率图;DARTELWM:DARTEL空间的白质的概率图;DARTEL CSF:DARTEL空间的脑脊液的概率图;
NON-BRAIN TISSUE REMOVAL:移除非脑组织;NBTR DARTEL T1:DAETEL空间中移除非脑组织的T1图像,即D-T1图像;NBTR DARTEL FLAIR:DAETEL空间中移除非脑组织的FLAIR图像,即D-FLAIR图像;
FAST SEGMENTATION:用FAST工具包进行分割;Bias field-corrected FLAIR:偏置场校正的D-FLAIR图像;Segments:用FAST分割D-FLAIR图像所得到的候选簇;
k-NN WMH EXTRACTION:用KNN算法提取WMH;DARTEL FLAIR:D-FLAIR图像;WMHprob.:WMH概率图;WMH:WMH图谱;
PARCELLATION INTO SUB-REGIONS:划分子区域;PV mask:脑室掩膜;Lobar mask:脑叶掩膜;Arterial mask:动脉掩膜。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图,对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
特别说明下,本发明中所述“一一对应”是指每位参与者都有一个T1图像和一个FLAIR图像,T1图像和FLAIR图像是一对一配对的,即T1图像和FLAIR图像的数量相等。“对应”是指当选定某一位参与者在某一个时间点的FLAIR图像时,则该位参与者在该时间点的T1图像即为“对应”的T1图像,其他的“对应”关系均同此理。
本实施例任意选取纵向数据集中的10位参与者的T1图像和FLAIR图像,利用本发明的基于簇的WMH自动提取系统进行WMH的提取及WMH的精细划分。参见图1和图2,以下详细介绍本发明的各个模块的工作流程:
实施例一:
对于纵向数据集,即对于同一位参与者,在不同时间点上采集到的FLAIR图像构成的图像数据集合,各模块工作流程如下:
一、组织类型分割模块
本模块是对T1图像和FLAIR图像进行预处理:对FLAIR图像进行配准,对T1图像进行组织分割,为T1图像和FLAIR图像映射到DARTEL空间做准备。
组织类型分割模块包括以下单元:
1)配准单元:由于T1图像通常比FLAIR图像分辨率高,而且有更好的对比度信息,可以用于生成DARTEL空间。因此,对于纵向数据集,以第一时间点的T1图像为参考,对所有其他时间点的T1图像以及所有时间点的FLAIR图像为源图像执行刚体配准和重采样。
2)T1图像分割单元:T1图像的组织分割对于将T1图像和FLAIR图像映射到DARTEL空间是至关重要的。因此,通过T1图像分割单元对每个T1图像进行组织分割,得到对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图。在纵向数据集中,此分割还包括其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像。
二、DARTEL标准分割模块
本模块用于生成DARTEL模板,并将配准的FLAIR图像、T1图像及T1图像分割得到的对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间。本模块包括以下单元:
1)生成模板单元:此单元目的是为每个T1图像生成一个从个体空间到DARTEL空间的变形流场。对于纵向数据集,本单元只对第一时间点的T1图像进行操作,将第一时间点的T1图像映射到DARTEL空间,创建DARTEL模板。也可根据“现有模板”:包括针对小于55岁,65到75岁,70到80岁的已创建模板进行模板选择。与实施例一相同,“现有模板”选项将本地空间中的T1图像映射到已建立的模板,这比“创建模板”耗费的计算时间要少很多。
2)DARTEL空间映射单元:按照个体空间到DARTEL空间变形流场,对于纵向数据集,每个配准并重采样的FLAIR图像、其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像,以及其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像对应的灰质、白质、脑脊液概率图都被映射到DARTEL空间。
三、去非脑组织模块
由于FAST分割单元需要颅骨剥离的脑图像作为输入,去非脑组织模块是利用DARTEL空间中的脑膜从DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像中去除非脑组织,得到的图像分别记为D-FLAIR图像和D-T1图像。
四、WMH分割模块
本模块用于基于DARTEL空间对所述D-FLAIR图像和D-T1图像进行分割,得到WMH概率图。本模块包括以下单元:
1)FAST分割单元:本单元基于FAST算法得到的三级组织掩膜,运用体素六连接计算规则,即构成簇的体素之间至少有一个面连接,得到全脑的候选簇。具体步骤为使用FAST工具包分割D-FLAIR图像,为KNN算法分割单元提供候选三级组织掩膜。考虑到空间强度变化,本单元首先对D-FLAIR图像进行偏置场校正,随后在校正后的D-FLAIR图像上使用FAST进行三级组织分割。FAST是考虑空间邻域信息的可靠和鲁棒的分割算法,通常用于组织类型分割(例如灰质(GM),白质(WM),脑脊液(CSF))。与GM或WM区域的强度不同,D-FLAIR图像中的WMH通常非常明亮。此外,D-FLAIR图像中的GM和WM对比度相对较低。本系统采用的D-FLAIR图像的三级组织类型分割,并生成候选三级掩膜。三级组织类型是指WMH,GM和WM,以及CSF。最后基于体素六连接计算规则构建全脑的候选簇。
2)KNN算法分割单元:基于簇和KNN算法从候选簇中划分出WMH和非WMH:
(1)KNN算法概述
KNN算法是一种用于分类的监督学习算法,其核心思想是:如果一个样本在特征空间中的k个最相邻的样本中的大多数属于某一个类别,则该样本也属于这个类别,并具有这个类别上样本的特性。该方法在确定分类决策上只依据最邻近的k个样本中的大多数样本的类别来决定待分样本所属的类别。该方法为训练集中的每个成员计算n个特征,以建立分类模型。当查询新的观察结果时,对新观察值(即新的簇)计算相同的n个特征,形成一个n维向量。在n维特征空间中,找到最接近查询向量的训练集中的k个向量,并且这些k邻近向量中的多数投票决定了新观察值的类别标签(即超过半数投票决定这个新的簇的类别是WHM)。同时,对新观察值计算类别得分(即概率),以表明新观测值属于WHM类的可能性。
(2)训练集和分类模型建立
在纵向数据集的10位参与者中,从分割算法的结果中导出的候选簇中目视检查并选择了WMH区域,剩下的候选簇被视为非WMH。将这10个大脑的WMH和非WMH簇作为内置KNN分类模型的训练集。
(3)特征空间计算
本发明的基于簇的WMH自动提取系统使用九个特征来提取WMH,九个特征包括图像灰度特征(IF)、解剖位置特征(ALF)和簇的尺寸特征三类,各类的具体特征如下:
IF包括以下四个特征:
本系统采用图像灰度比作为IF,而不是绝对灰度,以适应来自不同扫描仪设置的不同灰度值。具体来说,IF包括:
IF1:将候选簇的掩膜映射到D-T1图像上,以提取D-T1图像上对应区域的平均灰度,并计算其与D-T1图像上GM区域的平均灰度的比值。
IF2:D-FLAIR图像上候选簇的平均灰度与GM区域的平均灰度的比值。
IF3:将候选簇的掩膜映射到D-T1图像上,以提取D-T1图像上对应区域的平均灰度,并计算其与D-T1图像上WM区域的平均灰度的比值。
IF4:D-FLAIR图像上WM区域的候选簇平均灰度与D-FLAIR图像上候选簇的平均灰度的比值。
ALF也包括以下四个特征:
本系统采用组织概率来描述簇的位置,而不是质心的x-y-z坐标,通过测试中产生的组织概率来描述簇的位置可以使提取结果更准确、更稳定。对于所有ALF,我们使用平均值,而不是单个组织概率图,因为单个组织分割可能受到由于病理学异常强度的区域(如腔隙性梗塞和WMH)的显著影响,特别是当病变从WM扩散到GM时,可能混淆WM在单个空间中的分割。组织概率图的选择取决于DARTEL模板的选择。具体来说,ALF包括:
ALF1:簇的平均GM概率,即簇中所有体素的GM概率之和除以簇中的体素数。
ALF2:簇的平均WM概率,即簇中所有体素的WM概率之和除以簇中的体素数。
ALF3:簇的平均CSF概率,即簇中所有体素的CSF概率之和除以簇中的体素数。
ALF4:与侧脑室的平均距离。距离图是从DARTEL空间的脑室掩膜产生的。簇中所有体素的平均距离用作ALF4。
簇的尺寸特征为一个:
本系统采用对数转换的方式来描述簇的大小,而不是用实际的簇大小来描述簇的大小。
(4)使用KNN算法分割WMH
从FAST分割单元生成的候选簇中,使用基于本模块第(3)部分中所述的九个特征所构建的KNN分类模型,预测WMH概率图,得到最终WMH的簇。研究表明,相对较小的k对于基于簇的WMH提取是足够的。在本系统中,我们使用k=5进行所有WMH提取,然后将自定义的概率阈值应用于WMH概率图以产生WMH分割掩膜,得到WMH图谱。当k=5时,概率阈值取0.7,得到的WMH图谱的效果最好。
五、WHM精细划分模块
本模块将WMH分割模块提取的WMH图谱进一步细分为脑室白质高信号区域(PVWMH)和非PVWMH。通过将自定义的距离阈值应用于DARTEL空间中的侧脑室模板的距离图来生成脑室周围掩模。通过使用脑室掩膜可以将WMH图谱划分成PVWMH区域和非PVWMH区域。当距离阈值为10毫米时,得到的PVWMH和非PVWMH的分割结果最佳;当距离阈值为12毫米时,得到的PVWMH和非PVWMH的分割结果良好。非PVWMH区域包括在小脑、脑干和深层白质高信号区域(DWMH)。DWMH可以再进一步划分为脑叶区或动脉区的白质高信号区域。
实施例二:
对于横向数据集,即对于所有参与者,在同一时间点采集的FLAIR图像构成的图像数据集合,各模块工作流程如下:
一、组织类型分割模块
本模块是对T1图像和FLAIR图像进行预处理:对FLAIR图像进行配准,对T1图像进行组织分割,为T1图像和FLAIR图像映射到DARTEL空间做准备。
组织类型分割模块包括以下单元:
1)配准单元:由于T1图像通常比FLAIR图像分辨率高,而且有更好的对比度信息,可以用于生成DARTEL空间。因此,对于横向数据集,首先以T1图像为参考,以对应的FLAIR图像作为源图像执行刚体配准,然后,对刚体配准后的FLAIR图像进行重采样得到配准并重采样的FLAIR图像。
2)T1图像分割单元:T1图像的组织分割对于将T1图像和FLAIR图像映射到DARTEL空间是至关重要的。因此,通过T1图像分割单元对每个T1图像进行组织分割,得到对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图。
二、DARTEL标准分割模块
本模块用于生成DARTEL模板,并将配准的FLAIR图像、T1图像及T1图像分割得到的对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间。本模块包括以下单元:
1)生成模板单元:此单元目的是为每个T1图像生成一个从个体空间到DARTEL空间的变形流场。本单元提供了“创建模板”和使用“现有模板”两个选项。“创建模板”选项将首先在DARTEL空间上生成所有T1图像的平均模板,然后将每个T1图像映射到平均模板。“现有模板”选项将本地空间中的T1图像映射到已建立的模板,这比“创建模板”耗费的计算时间要少很多。“现有模板”包括针对小于55岁,65到75岁,70到80岁的已创建模板可供选择。
2)DARTEL空间映射单元:按照个体空间到DARTEL空间变形流场,对于横向数据集,将每个配准并重采样的FLAIR图像、每个T1图像、以及每个T1图像对应的灰质的概率图、白质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间。
在本实施例中,去非脑组织模块、WMH分割模块和WMH精细划分模块的工作流程与实施例一相同,此处不再赘述。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (1)

1.一种基于簇的WMH自动提取系统,其特征在于,包括:
组织类型分割模块,用于对多位参与者的多个FLAIR图像和多个T1图像进行预处理,所述FLAIR图像和所述T1图像数量相等,且一一对应;
DARTEL标准分割模块,分别连接所述组织类型分割模块和去非脑组织模块,用于生成DARTEL模板,并将所述组织类型分割模块得到的图像映射到DARTEL空间;
去非脑组织模块,分别连接所述DARTEL标准分割模块和WMH分割模块,用于对所述DARTEL标准分割模块得到的DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像去除非脑组织,得到的图像分别记为D-FLAIR图像和D-T1图像;由于FAST分割单元需要颅骨剥离的脑图像作为输入,去非脑组织模块是利用DARTEL空间中的脑膜从DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像中去除非脑组织;
WMH分割模块,分别连接所述去非脑组织模块和WMH精细划分模块,用于基于DARTEL空间对所述D-FLAIR图像和D-T1图像进行分割,得到WMH图谱;
所述WMH分割模块进一步包括:
FAST分割单元:基于FAST算法得到的三级组织掩膜,运用体素六连接计算规则,即构成簇的体素之间至少有一个面连接,得到全脑的候选簇;所述FAST分割单元,用于对所述D-FLAIR图像进行三级组织类型分割,从所述D-FLAIR图像中分割候选簇,所述三级组织类型是WMH,灰质和白质,以及脑脊液;
KNN算法分割单元:基于簇和KNN算法从候选簇中划分出WMH和非WMH;
所述基于簇和KNN算法从所述候选簇中划分出WMH和非WMH具体是基于解剖位置特征ALF、图像灰度特征IF和簇的尺寸特征来提取WMH;所述解剖位置特征ALF是采用组织概率描述所述簇的位置;所述图像灰度特征IF是采用图像灰度比来适应图像的不同灰度值;所述簇的尺寸特征为经过对数转换的簇的尺寸特征;所述簇为符合六连接计算规则的簇;
WMH精细划分模块,用于对所述WMH图谱进行精细划分,运用距离阈值和脑模板的方法对所述WMH图谱进行进一步分割标注,得到脑室内白质高信号区域PVWMH和深层白质高信号区域DWMH;
所述多个FLAIR图像为横向数据集中的图像,所述横向数据集是指对于所有参与者,在同一时间点采集的所述FLAIR图像构成的图像数据集合;
所述组织类型分割模块进一步包括:
配准单元,用于对每个所述FLAIR图像执行刚体配准,以所述FLAIR图像为源图像,以对应的所述T1图像为参考,得到配准并重采样的FLAIR图像;
T1图像分割单元,用于对每个所述T1图像进行组织类型分割,得到每个所述T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图;
所述DARTEL标准分割模块进一步包括:
生成模板单元,用于基于所有所述T1图像生成DARTEL模板,并为每个所述T1图像生成一个从个体空间到DARTEL空间的变形流场;所述DARTEL模板的生成方式有两种:
创建模板:
所述创建模板的具体步骤包括:在DARTEL空间生成所有所述T1图像的平均模板;将每个所述T1图像映射到平均模板;
现有模板:
将所述T1图像映射到本地空间已经建立的模板;
DARTEL空间映射单元,用于按照所述个体空间到DARTEL空间的变形流场,将每个所述配准的FLAIR图像、每个所述T1图像、以及每个所述T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间,得到DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像;
或者,所述多个FLAIR图像为纵向数据集中的图像,所述纵向数据集是指对于同一位参与者,在不同时间点上采集到的所述FLAIR图像构成的图像数据集合;
所述组织类型分割模块进一步包括:
配准单元,用于对每个所述FLAIR图像执行刚体配准,以第一时间点的T1图像为参考,对所有其他时间点的T1图像以及所有时间点的FLAIR图像为源图像执行刚体配准和重采样,得到配准并重采样的FLAIR图像;
T1图像分割单元,用于对每个所述T1图像进行组织类型分割,得到每个所述T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图,以及其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像;
所述DARTEL标准分割模块进一步包括:
生成模板单元,用于基于所述第一时间点的T1图像生成DARTEL模板,并为所述第一时间点的T1图像生成一个从个体空间到DARTEL空间的变形流场;所述DARTEL模板的生成方式有两种:
创建模板:
所述创建模板的具体步骤包括:在DARTEL空间生成所述第一时间点的T1图像的模板;
现有模板:
将所述第一时间点的T1图像映射到本地空间已经建立的模板;
DARTEL空间映射单元,用于按照所述个体空间到DARTEL空间的变形流场,将每个所述配准并重采样的FLAIR图像、每个所述其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像、以及每个所述其他时间点的T1图像配准到第一时间点的T1图像对应的白质的概率图、灰质的概率图和脑脊液的概率图映射到DARTEL空间,得到DARTEL空间的FLAIR图像和T1图像。
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