CN107617110A - 诱导t细胞辅助的组合物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及诱导T细胞辅助的组合物。本发明至少部分涉及包括MHC II结合肽的组合物、以及相关方法。在一个实施方案中，这些MHC II结合肽包括具有与天然HLA‑DP结合肽、HLA‑DQ结合肽、或者HLA‑DR结合肽至少70％一致性的肽。

Description

诱导T细胞辅助的组合物
本申请是申请号为201080042852.7的中国专利申请的分案申请，原申请是2010年8月24日提交的PCT国际申请PCT/US2010/002330于2012年3月26日进入中国国家阶段的申请。
相关申请
本申请要求于2009年8月26日提交的以及于2010年1月6日提交的美国临时申请61/237,147和61/335611的35 U.S.C.§119下的权益，其中每一项的全部内容通过引用结合在此。
技术领域
本发明涉及诱导T细胞辅助的组合物。
背景技术
通过T细胞辅助的伴随提供，某些疫苗的活性可以增强。通过可以与MHC II形成复合体的某些肽抗原的提呈，可以诱导T细胞辅助。所需要的是能够诱导用于疫苗应答的改进的T细胞辅助的组合物和方法。
发明内容
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：A-x-B；以及一种药学上可接受的赋形剂；其中x包括一个连接物或无连接物；其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：A-x-B；以及一种药学上可接受的赋形剂；其中x包括一个连接物或无连接物；其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：A-x-B；以及一种药学上可接受的赋形剂；其中x包括一个连接物或无连接物；其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：A-x-B；以及一种药学上可接受的赋形剂；其中x包括一个连接物或无连接物；其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，包括：A-x-B；以及一种药学上可接受的赋形剂；其中x包括一个连接物，该连接物包括酰胺连接物、二硫化物连接物、硫化物连接物、1，4-双取代1，2，3-三唑连接物、硫酯连接物、酰肼连接物、亚胺连接物、硫脲连接物、脒连接物、胺连接物；其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：A-x-B；以及一种药学上可接受的赋形剂；其中x包括一个连接物，该连接物包括肽序列、溶酶体蛋白酶切割位点、生物可降解聚合物、取代或未被取代的烷、烯、芳香族或杂环连接物、pH敏感的聚合物、异双功能连接物或低聚乙二醇间隔区；其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，其中x无连接物，包括酰胺连接物或肽连接物，其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，其中x是酰胺连接物、无连接物、或肽连接物，其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽，其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，其中x是酰胺连接物、无连接物、或肽连接物，其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽，其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，其中x是酰胺连接物、无连接物、或肽连接物，其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽，其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，其中x是酰胺连接物，其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种组合物，该组合物包括：编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，其中x是包括一个溶酶体蛋白酶切割位点的肽连接物，其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA DR结合肽至少70％一致性的肽，并且其中A和B彼此不具有100％一致性。
在一个方面，本发明涉及一种包括多肽的组合物，其序列包括具有与被提出为SEQID号：1-46的氨基酸序列的任何之一至少75％一致性的氨基酸序列。
在一个方面，本发明涉及包括编码多肽的分离核酸的的一种组合物，这种多肽的序列包括具有与被提出为SEQ ID号：1-46的氨基酸序列的任何之一至少75％一致性的氨基酸序列。
在一个方面，本发明涉及一种包括分离核酸的组合物，这种分离核酸的序列包括具有与被提出为SEQ ID号：47-68的核酸序列的任何之一至少60％一致性的核酸序列。
附图说明
图1显示了流式细胞术数据的代表性实例，这些数据显示在肽刺激的CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞中的IFN-γ表达。
图2显示了标准化为无刺激的CD4+/CD45RA中/CD62L高/IFN-γ+T细胞的中心记忆T细胞的百分数。II类肽嵌合体给出强的CD4记忆T细胞回忆应答。以4M的最终浓度添加肽。阴性和阳性PBMC对照分别用5种肽(5PP)的集合刺激或未刺激。在流式细胞分析以前，用CD4-FITC、CD45RA-PE、和CD62LCy7PE将细胞染色。然后将细胞用IFN-γ渗透、固定、并且染色。中心记忆T细胞是CD4+/CD45RA中/CD62L高/IFN-γ+。这些显示的值是在CD4+/CD62L门(gate)中发现的CD62L+/IFN-γ+细胞的百分数。通过减去针对每一供者的无刺激对照的值将这些值标准化。
图3显示(20个)供者中，响应于肽呈阳性的记忆T细胞的数量。如果在CD4+CD45RA低(CD4+CD45RAlow)细胞群中，值大于0.08％响应中心T细胞，那么供者被认为是阳性的。
图4显示了流式细胞术数据的代表性实例，这些数据显示在肽特异性CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞中的TNF-α和IFN-γ表达。II类肽嵌合体给出强的树突细胞/CD4中心记忆T细胞回忆应答。通过磁珠阴性选择分离单核细胞，并且在IL-4和GM-CSF中生长一周来诱导树突细胞(DC)分化。从低温保存的PBMC中分离自体CD4+细胞，并且在肽存在或不存在下，与DC一起培养。如前所述，检测到在中心记忆T细胞中的TNF-(和IFN-γ表达。未成熟的中心记忆T细胞表达IFN-γ/TNF-(和IL-2；定型的效应记忆T细胞只表达IL-4或IFN-γ。
图5示出在肽特异的显示在肽特异性CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞中的IL-4、TNF-α、或IFN-γ表达的百分数。显示在肽存在或不存在下，在树突细胞/自体CD4 T细胞共培养物中的细胞因子表达。显示通过流式细胞术收集的每75000个事件中，细胞因子阳性记忆T细胞的数量(标准化为无刺激的)。
图6显示在肽特异性CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞中的TNF-α(加上IFN-γ)或TNF-α(加上IL-4)共表达的百分数。显示在肽存在或不存在下，在树突细胞/自体CD4T细胞共培养物中的细胞因子共表达。
图7显示TT830pDTt变体(SEQ ID号分别为：13、108-113、126、114-118)。
图8显示在CD4+/CD45RA低中的CD62L+/IFN-γ+中心记忆T细胞的百分数(4个供者)。II类肽嵌合体给出强的CD4记忆T细胞回忆应答。中心记忆T细胞是CD4+/CD45RA低/CD62L+/IFN-γ+。这些显示的值是在CD4+/CD62L门中发现的CD62L+/IFN-γ+细胞的百分数。
图9显示使用具有腺病毒表位的嵌合肽的CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞的百分数(16个供者)。II类肽嵌合体给出强的CD4记忆T细胞回忆应答。中心记忆T细胞是CD4+/CD45RA低/CD62L+/IFN-γ+。这些显示的值是在CD4+/CD62L门中发现的CD62L+/IFN-γ+细胞的百分数。分别显示了SEQ ID号：13、17、19和20。
图10显示在腺病毒AdVkDTt变体中的CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞的百分数(16个供者)。修饰的AdVkDTt肽嵌合体给出强的CD4记忆T细胞回忆应答。中心记忆T细胞是CD4+/CD45RA低/CD62L+/IFN-γ+。这些显示的值是在CD4+/CD62L门中发现的CD62L+/IFN-γ+细胞的百分数。分别显示了SEQ ID号：71-73和127-129。
图11显示针对流行性感冒病毒的嵌合表位，其被选择用于高度保守的泛HLA-DR概图。分别显示了SEQ ID号：39-44、32和93-98。
图12显示在嵌合的保守流行性感冒病毒表位中的CD4+/CD45RA低/CD62L高中心记忆T细胞的百分数(5个供者)。修饰的高度保守的流行性感冒病毒肽嵌合体给出强的CD4记忆T细胞回忆应答。中心记忆T细胞是CD4+/CD45RA低/CD62L+/IFN-γ+。这些显示的值是在CD4+/CD62L门中发现的CD62L+/IFN-γ+细胞的百分数。分别显示了SEQ ID号：101-106。
图13显示使用发明组合物和合成纳米载体所产生的抗烟碱效价。
图14显示使用发明组合物和合成纳米载体产生的抗烟碱效价。
图15显示使用免疫表位数据库*(IEDB)T细胞表位预测程序的嵌合表位选择。对于每种肽，通过比较这些肽的得分与选自SWISSPROT数据库的五百万随机15mers的肽的得分，产生使用三种方法(ARB、SMM_align和Sturniolo)中的每一种的百分等级。然后这三种方法的百分等级被用来产生一致法的等级。小编号的百分等级表明高亲和力。预测的高亲和力结合(＜3顶部百分位数)为粗体。对于欧洲人群(保加利亚人、克罗埃西亚人、古巴人(Eu)、捷克人、芬兰人、格鲁吉亚人、爱尔兰人、北美(Eu)、斯洛文尼亚人)，给出了等位基因分布。
图16显示投射HLA-DR人群覆盖度的单一的和嵌合的表位-欧洲。
图17显示针对流行性感冒病毒A的单独的II类表位的预测结合分析。在表的第一列描述了SEQ ID号：78-82。
图18显示针对流行性感冒病毒A的嵌合表位的预测结合分析。
图19显示针对流行性感冒病毒A+B的保守的泛II类PB1嵌合肽。在表的第一列描述了SEQ ID号：101-106。
图20显示不损失对II类的预测结合亲和力的氨基酸置换。分别显示了SEQ ID号：120-122、3和123-125。
具体实施方式
在详细说明本发明以前，应当理解本发明并不局限于具体举例说明的材料或工艺参数，因为这些当然可以变化。还应当理解在此使用的术语只是为了说明本发明的具体实施方案的目的，并不旨在限制使用可替代的术语来说明本发明。
在此引用的所有出版物、专利和专利申请，无论在前或在后，都出于所有目的通过引用以其全文结合在此。
如在本说明书和随附的权利要求中所使用的那样，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指示物，除非该内容清楚地另外指明。例如，引用“一种聚合物”包括两种或更多种这样的分子的混合物，引用“一种溶剂”包括两种或更多种这样的溶剂的混合物，引用“一种粘合剂”包括两种或更多种这样的材料的混合物，并且以此类推。
A.序言
本发明的诸位发明人已经意外地并且令人惊讶地发现，通过实践在此披露的本发明，可以克服以上提到的问题和限制。具体而言，本发明的诸位发明人意外地并且令人惊讶地发现，有可能提供解决本领域的问题和限制的发明组合物、以及有关方法。
通过在疫苗中包含一种II类结合记忆表位，可以有益地增强对疫苗的免疫应答，以给出更强的抗体应答。然而，II类由三个不同基因集组成，(HLA-DR、DP和DQ)，每个集具有不同的表位结合亲和力。此外，这些基因中的每一个具有可以在人群中发现的若干等位基因，它们产生具有可变表位结合亲和力的蛋白质，这样使得单独的T细胞表位是II类等位基因限制性的。因此表位的II类限制性引起的一个问题在于该表位具有有限的人群覆盖度。为了得到宽的人群覆盖度，一种肽将必须被设计为对于DP、DQ、和DR而言是混杂的并且非选择性的。通过设计对于大多数人群已经暴露于其下并且具有宽泛的跨HLA II类等位基因的活性的抗原的特异性肽可以克服这一问题。具有宽泛的、但是有限的活性的单独的表位包括例如在普通疫苗中发现的表位，如破伤风毒素(TT)和白喉毒素(DT)。此外，在天然发生的病毒(如腺病毒(AdV))中发现的多数人群已经暴露于其下并且对其具有活性抗体效价的表位可能具有宽的人群覆盖度。理想地，设计的肽将具有对于显性DP4等位基因(DPA1*01/DPB1*401和DPA1*0103/DPB1*0402)的高亲和力表位和/或对于在人群中具有宽泛反应性的HLA-DR或HLA-DQ等位基因的高亲和力表位。为了鉴定宽覆盖度的II类肽，本发明的诸位发明人设计并且测试了基于预测的HLA II类亲和力的嵌合表位。
如实例中所示，本发明的基于预测的HLA II类亲和力而设计的肽给出了在人类中跨多个HLA II类DP、DQ、和DR等位基因的宽的覆盖度，并且给出了强的记忆T细胞活化。这些新的肽显示出跨若干II类等位基因的宽覆盖度，以及在产生CD4+记忆T细胞回忆应答方面的显著改进。
实例1-4展示了总的发明方法。实例5和6展示了肽的物理性质改变以及发明的获自或源于流行性感冒病毒的组合物。实例7-13展示了本发明的组合物的不同应用。
现在将更详细地说明本发明。
B.定义
“佐剂”是指并不构成特异性抗原，但是增强对共同给药的抗原的免疫应答的强度和持续时间的试剂。这样的佐剂可以包括但并不局限于：模式识别受体(例如Toll样受体、RIG-1和NOD样受体(NLR))的刺激剂、矿物盐(例如明矾，与肠道细菌(例如大肠杆菌、明尼苏达沙门菌、鼠伤寒沙门菌、或弗氏志贺菌)的单磷酰脂质(monphosphoryl lipid，MPL)A结合的明矾或分别与(AS04)、以上提到的细菌的MPL A特异结合的明矾)、皂苷(如QS-21、Quil-A、ISCOMs、ISCOMATRIXTM)、乳液(如MF59TM、 ISA 51和ISA 720)、AS02(QS21+角鲨烯+)、脂质体和脂质体配制品(如AS01)、合成的或特别制备的微颗粒和微载体(如淋病奈瑟菌(N.gonorrheae)、沙眼衣原体和其他细菌的源于细菌的外膜泡(OMV))、或壳聚糖颗粒、贮存形成剂(depot-forming agent)(如嵌段共聚物)、特异性修饰或制备的肽(例如胞壁酰二肽)、氨基烷基氨基葡糖苷4-磷酸酯(如RC529)、或蛋白质(如细菌类毒素或毒素片段)。
在实施方案中，佐剂包括针对模式识别受体(PRR)(包括但并不局限于Toll样受体(TLR)，特别是TLR 2、3、4、5、7、8、9和/或其组合)的激动剂。在其他实施方案中，佐剂包括针对Toll样受体3的激动剂、针对Toll样受体7和8的激动剂、或针对Toll样受体9的激动剂；优选地这些列举的佐剂包括咪唑喹啉，如R848；腺嘌呤衍生物(如在美国专利6,329,381(Sumitomo Pharmaceutical Company(住友制药株式会社)中披露的那些)；免疫刺激DNA；或免疫刺激RNA。在特定的实施方案中，合成纳米载体合并了作为佐剂化合物，它们是针对toll样受体(TLR)7&8的激动剂(“TLR7/8激动剂”)。它的效用是Tomai等人的美国专利6,696,076中披露的TLR7/8激动剂化合物，包括但是不局限于咪唑并喹啉胺、咪唑并吡啶胺、6，7-稠合环烷基咪唑并吡啶胺、以及1，2-桥接咪唑并喹啉胺。优选的佐剂包括咪喹莫特和瑞喹莫德(也称为R848)。在特定的实施方案中，佐剂可以是DC表面分子CD40的激动剂。在某些实施方案中，为了刺激免疫性而不是耐受性，合成纳米载体合并了促进DC成熟(对于启动幼稚T细胞而言是需要的)以及细胞因子(如I型干扰素，它促进抗体免疫应答)的产生的佐剂。在实施方案中，佐剂还可以包括免疫刺激RNA分子(例如但并不局限于dsRNA或聚I：C(TLR3刺激剂)、和/或在F.Heil(海尔)等人，“Species-Specific Recognition of Single-Stranded RNA via Toll-like Receptor 7 and 8”Science 303(5663)，1526-1529(2004)；J.Vollmer(福尔默)等人，“Immune modulation by chemically modifiedribonucleosides and oligoribonucleotides”WO 2008033432 A2；A.Forsbach(福尔斯巴赫)等人，“Immunostimulatory oligoribonucleotides containing specific sequencemotif(s)and targeting the Toll-like receptor 8 pathway”WO 2007062107 A2；E.Uhlmann(乌尔曼)等人，“Modified oligoribonucleotide analogs with enhancedimmunostimulatory activity”U.S.Pat.Appl.Publ.US 2006241076；G.Lipford(利甫福德)等人，“Immunostimulatory viral RNA oligonucleotides and use for treatingcancer and infections”WO 2005097993A2；G.Lipford(利甫福德)等人，“Immunostimulatory G，U-containing oligoribonucleotides，compositions，andscreening methods”WO 2003086280 A2中披露的那些。在一些实施方案中，佐剂可以是TLR-4激动剂(例如细菌脂多糖(LPS)、VSV-G、和/或HMGB-1)。在一些实施方案中，佐剂可以包括TLR-5激动剂(如鞭毛蛋白、或它的一部分或衍生物)，包括但并不局限于在美国专利6,130,082、6,585,980、和7,192,725中披露的那些。在特定的实施方案中，合成纳米载体结合了针对Toll样受体(TLR)-9的配体，如包括CpGs的免疫刺激DNA分子，它诱导I型干扰素分泌，并且刺激T细胞和B细胞活化，导致增加的抗体产生和细胞毒性T细胞应答(Krieg(克雷格)等人，CpG motifs in bacterial DNA trigger direct B cell activation.Nature(自然).1995.374：546-549；Chu(朱)等人，CpG oligodeoxynucleotides act asadjuvants that switch on T helper 1(Th1)immunity.J.Exp.Med.(实验医学杂志)1997.186：1623-1631；Lipford(利甫福德)等人，CpG-containing syntheticoligonucleotides promote B and cytotoxic T cell responses to protein antigen：a new class of vaccine adjuvants.Eur.J.Immunol(欧洲免疫学杂志).1997.27：2340-2344；Roman(罗曼)等人，Immunostimulatory DNA sequences function as T helper-1-promoting adjuvants.Nat.Med(自然医学).1997.3：849-854；Davis(戴维斯)等人，CpGDNA is a potent enhancer of specific immunity in mice immunized withrecombinant hepatitis B surface antigen.J.Immunol(免疫学期刊).1998.160：870-876；Lipford(利甫福德)等人，Bacterial DNA as immune cell activator.TrendsMicrobiol(微生物学进展).1998.6：496-500)；Krieg(克雷格)等人的美国专利6,207,646；Tuck(塔克)等人的美国专利7,223,398；Van Nest(范内斯特)等人的美国专利7,250,403；或Krieg(克雷格)等人的美国专利7,566,703。
在一些实施方案中，佐剂可以是从坏死细胞释放的促炎刺激物(例如尿酸盐晶体)。在一些实施方案中，佐剂可以是补体级联的活化组分(例如CD21、CD35，等)。在一些实施方案中，佐剂可以是免疫复合物的活化组分。这些佐剂还包括补体受体激动剂(如结合到CD21或CD35上的分子)。在一些实施方案中，补体受体激动剂诱导了合成纳米载体的内源补体调理作用。在一些实施方案中，佐剂是细胞因子，它是由细胞释放的小的蛋白质或生物因子(在5kD-20kD的范围内)，并且对细胞-细胞相互作用、通讯以及其他细胞的行为具有特殊作用。在一些实施方案中，该细胞因子受体激动剂是小分子、抗体、融合蛋白、或适体。
在实施方案中，至少一部分剂量的佐剂可以结合到合成纳米载体上，优选地，全部剂量的佐剂结合到合成纳米载体上。在其他实施方案中，至少一部分剂量的佐剂没有结合到合成纳米载体上。在实施方案中，该剂量的佐剂包括两个或更多种类型的佐剂。例如，而没有限制，可以结合作用于不同TLR受体的佐剂。作为一个实例，在一个实施方案中，TLR 7/8激动剂可以与TLR 9激动剂结合。在另一个实施方案中，TLR 7/8激动剂可以与TLR 4激动剂结合。仍在另一个实施方案中，TLR 9激动剂可以与TLR 3激动剂结合。
“给予”或“给药”表示以一种药理学上有用的方式将药物提供给受试者。
“抗原”表示B细胞抗原或T细胞抗原。
“B细胞抗原”表示或者被B细胞识别并且触发在B细胞中的免疫应答的任何抗原(例如，被B细胞上的B细胞受体特异性识别的抗原)。在一些实施方案中，是T细胞抗原的抗原也是B细胞抗原。在其他实施方案中，T细胞抗原并不也是B细胞抗原。B细胞抗原包括但并不局限于：蛋白质、肽、小分子、以及碳水化合物。在一些实施方案中，B细胞抗原是非蛋白抗原(即不是蛋白质或肽抗原)。在一些实施方案中，B细胞抗原是与传染因子相关的碳水化合物。在一些实施方案中，B细胞抗原是与传染因子相关的糖蛋白或糖肽。这些传染因子可以是细菌、病毒、真菌、原生动物、或寄生虫。在一些实施方案中，B细胞抗原是免疫原性差的抗原。在一些实施方案中，B细胞抗原是滥用的物质或其一部分。在一些实施方案中，B细胞抗原是上瘾的物质或其一部分。上瘾的物质包括但并不局限于：烟碱、麻醉剂、镇咳剂、镇静剂、以及安神剂。在一些实施方案中，B细胞抗原是毒素，例如来自化学武器或天然来源的毒素。B细胞抗原还可以是危险的环境因素。在一些实施方案中，B细胞抗原是一种自身抗原。在其他实施方案中，B细胞抗原是异体抗原、变应原、接触性致敏原、退行性疾病抗原、半抗原、传染病抗原、癌抗原、特应性疾病抗原、自身免疫疾病抗原、上瘾的物质、异种抗原、或代谢病酶或其酶产物。
“结合”或“结合的”或“偶联”(以及类似表述)表示使一个实体(例如一个部分)与另一个实体化学缔合。在一些实施方案中，该结合是共价的。在非共价的实施方案中，通过非共价相互作用介导非共价结合，这些非共价相互作用包括但并不局限于：电荷相互作用、亲和相互作用、金属配位、物理吸附、主客体相互作用、疏水相互作用、TT堆积相互作用、氢键相互作用、范德华相互作用、磁相互作用、静电相互作用、偶极-偶极相互作用、和/或它们的组合。
“衍生”表示取自一个源并且经过实质性修饰。例如，具有与天然肽或核酸(优选天然共有肽或核酸)仅50％一致性的肽或核酸将被称为衍生自天然肽或核酸。然而，衍生的核酸并不旨在包括具有仅仅由于遗传密码的简并性而与天然核酸序列(优选天然共有核酸序列)不一致的序列的核酸。实质性修饰是显著影响所讨论的材料的化学或免疫特性的修饰。如果所述衍生的肽和核酸相比于天然肽或核酸具有改变的化学或免疫特性，那么衍生的肽和核酸还可以包括具有与天然肽或核酸序列大于50％一致性的序列的那些。这些化学或免疫特性包括亲水性、稳定性、对MHC II的结合亲和力、以及与载体(如合成纳米载体)结合的能力。
“剂型”表示药物在适合给予受试者的一种介质、载体、媒介物、或装置中。
“包封的”或“包封”是指封装在合成纳米载体之内，优选完全封装在合成纳米载体之内。多数或所有包封的物质并不暴露于合成纳米载体外的局部环境。包封不同于在合成纳米载体表面上存在至少一部分物质，这使该物质暴露于合成纳米载体外的局部环境。在一个实施方案中，导致至少一部分物质存在于合成纳米载体表面上的方法是吸附。
“MHC II结合肽”表示以足够的亲和力结合II类主要组织相容性复合体的肽，以允许肽/MHC复合体与T细胞上的T细胞受体相互作用。通过使用常规技术，测量细胞因子产生和/或T细胞增殖可以确定肽/MHC复合体与T细胞上的T细胞受体的相互作用。在实施方案中，MHC II结合肽具有5000nM或更小，优选500nM或更小，并且更优选50nM或更小的用于结合MHC II分子上的亲和力IC50值。在实施方案中，根据本发明的MHC II结合肽(明确地包括第一、第二、和第三MHC II结合肽)具有等于或大于5-mer的长度，并且可以与蛋白质一样大。在其他实施方案中，根据本发明的MHC II结合肽(明确地包括第一、第二、和第三MHC II结合肽)具有从5-mer至50-mer，优选范围从5-mer至40-mer，更优选范围从5-mer至30-mer，并且仍更优选从6-mer至25-mer的长度。
“一致性”是指一致地位于一维序列比对中的氨基酸或残基或核酸碱基的百分比。一致性是所比较的序列有多接近的度量。在一个实施方案中，可以使用BESTFIT程序确定两个序列之间的一致性。在实施方案中，列举的MHC II结合肽(例如A、B，、或C)可以具有与天然HLA-DP结合肽、天然HLA-DQ结合肽、和/或天然HLA-DR结合肽至少70％、优选至少80％、更优选至少90％、甚至更优选至少95％、甚至更优选至少97％、或甚至更优选至少99％的一致性。在实施方案中，A、B、和C不是彼此100％一致的；并且在实施方案中，A和B不是彼此100％一致的。在实施方案中，列举的核酸可以具有与编码天然HLA-DP结合肽、天然HLA-DQ结合肽、和/或天然HLA-DR结合肽的核酸序列、或者与编码以上肽的序列互补的序列至少60％、优选至少70％、更优选至少80％、甚至更优选至少90％、甚至更优选至少95％、甚至更优选至少97％、或甚至更优选至少99％的一致性。
“分离的核酸”表示从它的天然环境分离的、并且以允许它的鉴定或使用的足够的量存在的核酸。分离的核酸可以是(i)在体外通过例如聚合酶链式反应(PCR)扩增；(ii)通过克隆重组生产；(iii)如通过切割和凝胶分离进行纯化；或(iv)通过例如化学合成而合成的核酸。分离的核酸是通过本领域熟知的重组DNA技术容易地可操作的核酸。因此，包含在其中5′和3′限制性酶切位点是已知的的载体中或者针对它的聚合酶链式反应(PCR)引物已经披露的核苷酸序列被认为是分离的，但是以其天然状态存在于它的天然宿主中的核酸序列不被认为是分离的。分离的核酸可以被基本上纯化，但是不必要被纯化。例如，在克隆或表达载体中分离的核酸是不纯的，其中在它所在的细胞中，可能只包括很小百分比的物质。然而，作为在此使用的术语，这样的核酸是分离的，因为通过本领域的那些普通技术人员已知的标准技术，它是容易地可操作的。在此提供的任何核酸都可以是分离的。
“分离的多肽”表示从它的天然环境分离的、并且以允许它的鉴定或使用的足够的量存在的多肽。这表示例如这些多肽可以被(i)通过表达克隆选择性地生产或(ii)如通过色谱法或电泳进行纯化。分离的蛋白质或多肽可以是但不必要是基本上纯的。由于在药物制剂中分离的多肽可以与药学上可接受的载体混合，按制剂的重量计多肽可能仅包括小的百分比。虽然如此，这种多肽是分离的，因为它已经从在活系统中可能与其相关的物质中分离出来，例如从其他蛋白质中分离出来。在此提供的任何肽或多肽都可以是分离的。
“连接物”表示通过单个共价键或多个共价键将两种化学组分连接在一起的部分。
“合成纳米载体的最大尺寸”表示沿合成纳米载体的任何轴测量的纳米载体的最大尺寸。“合成纳米载体的最小尺寸”是指沿合成纳米载体的任何轴测量的合成纳米载体的最小尺寸。例如，对于球形合成纳米载体，合成纳米载体的最大和最小尺寸将会是基本相同的，并且将会是它的直径的大小。类似地，对于立方体合成纳米载体，合成纳米载体的最小尺寸会是它的高、宽或长中最小的，而合成纳米载体的最大尺寸会是它的高、宽或长中最大的。在一个实施方案中，基于样品中合成纳米载体的总数，样品中至少75％、优选至少80％、更优选至少90％的合成纳米载体的最小尺寸是大于100nm。在一个实施方案中，基于样品中合成纳米载体的总数，样品中至少75％、优选至少80％、更优选至少90％的合成纳米载体的最大尺寸是等于或小于5(m。优选地，基于样品中合成纳米载体的总数，样品中至少75％、优选至少80％、更优选至少90％的合成纳米载体的最小尺寸是等于或大于110nm、更优选等于或大于120nm、更优选等于或大于130nm、并且仍更优选等于或大于150nm。优选地，基于样品中合成纳米载体的总数，样品中至少75％、优选至少80％、更优选至少90％的合成纳米载体的最大尺寸是等于或小于3μm、更优选等于或小于2μm、更优选等于或小于1μm、更优选等于或小于800nm、更优选等于或小于600nm、并且仍更优选等于或小于500nm。在优选的实施方案中，基于样品中合成纳米载体的总数，样品中至少75％，优选至少80％，更优选至少90％的合成纳米载体的最大尺寸是等于或大于100nm、更优选等于或大于120nm、更优选等于或大于130nm、更优选等于或大于140nm、并且仍更优选等于或大于150nm。通过将这些合成纳米载体悬浮在一种液体(通常是水性)介质中，并且使用动态光散射(例如使用一台Brookhaven ZetaPALS仪器)获得合成纳米载体大小的测量值。
“天然HLA-DP结合肽”表示获自或衍生自以允许肽/HLA-DP复合体与T细胞上的T细胞受体相互作用的足够的亲和力而与MHC II类人白细胞抗原DP特异性结合的性质的肽。在实施方案中，天然HLA-DP结合肽具有5000nM或更小、优选500nM或更小、并且更优选50nM或更小的用于MHC II类人白细胞抗原DP的亲和力IC50值。在实施方案中，天然HLA-DP结合肽包括获自或衍生自病毒、细菌或酵母的肽序列，其来源包括但并不局限于：破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒(EBV)、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒(RSV)、巨细胞病毒(CMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、和/或天花病毒。使用Immune Epitope Database*(IEDB)(http：//www.immuneepitope.org/)T细胞表位预测工具进行II类表位预测。对于每种肽，通过比较这些肽的得分与选自SWISSPROT数据库的五百万随机的15mers的肽的得分，产生用于三种方法(ARB、SMM_align和Sturniolo)中的每一种的百分等级。然后这三种方法的百分等级被用来产生一致法的等级。
天然“HLA-DQ结合肽”表示获自或衍生自以允许肽/HLA-DQ复合体与T细胞上的T细胞受体相互作用的足够的亲和力而与MHC II类人白细胞抗原DQ特异性结合的性质的肽。在实施方案中，天然HLA-DQ结合肽具有5000nM或更小、优选500nM或更小、并且更优选50nM或更小的针对MHC II类人白细胞抗原DQ的亲和力IC50值。在实施方案中，天然HLA-DQ结合肽包括获自或衍生自病毒、细菌或酵母的肽序列，其来源包括但并不局限于：破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒(EBV)、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒(RSV)、巨细胞病毒(CMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、和/或天花病毒。使用Immune Epitope Database*(IEDB)(http：//www.immuneepitope.org/)T细胞表位预测工具进行II类表位预测。对于每种肽，通过比较这些肽的得分与选自SWISSPROT数据库的五百万随机的15mers的肽的得分，产生用于三种方法(ARB、SMM_align和Sturniolo)中的每一种的百分等级。然后这三种方法的百分等级被用来产生一致法的等级。
天然“HLA-DR结合肽”表示获自或衍生自以允许肽/HLA-DR复合体与T细胞上的T细胞受体相互作用的足够的亲和力而与MHC II类人白细胞抗原DR特异性结合的性质的肽。在实施方案中，天然HLA-DR结合肽具有5000nM或更小、优选500nM或更小、并且更优选50nM或更小的针对MHC II类人白细胞抗原DR的亲和力IC50值。在实施方案中，天然HLA-DR结合肽包括获自或衍生自病毒、细菌或酵母的肽序列，其来源包括但并不局限于：破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒(EBV)、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒(RSV)、巨细胞病毒(CMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、和/或天花病毒。使用Immune Epitope Database*(IEDB)(http：//www.immuneepitope.org/)T细胞表位预测工具进行II类表位预测。对于每种肽，通过比较这些肽的得分与选自SWISSPROT数据库的五百万随机的15mers的肽的得分，产生用于三种方法(ARB、SMM_align和Sturniolo)中的每一种的百分等级。然后这三种方法的百分等级被用来产生一致法的等级。
“获得”表示取自一个来源而没有实质性的修饰。实质性修饰是显著影响所讨论的物质的化学或免疫特性的修饰。例如，作为一个非限制性实例，具有与天然肽或核苷酸序列(优选天然共有肽或核苷酸序列)大于90％、优选大于95％、优选大于97％、优选大于98％、优选大于99％、优选100％一致性的序列、以及并非显著不同于天然肽或核酸的化学和/或免疫特性的的肽或核酸将会被认为是获自天然肽或核苷酸序列。所获得的核酸旨在包括具有仅仅由于遗传密码的简并性而与天然共有核苷酸序列不一致的序列的核酸。这样的核酸甚至具有一个具有与天然核苷酸序列(优选天然共有核苷酸序列)小于90％一致性的序列。这些化学或免疫特性包括亲水性、稳定性、对MHC II的结合亲和力、以及与载体(如合成纳米载体)结合的能力。
“药学上可接受的赋形剂”表示在本发明的组合物、剂型、疫苗、以及类似物的配制实施方案中，与列举的肽一起使用的药理学无活性的物质。药学上可接受的赋形剂包括多种本领域已知的物质，包括但并不局限于：糖类(如葡萄糖、乳糖、以及类似物)、防腐剂(如抗微生物剂)、复原助剂、着色剂、盐水(如磷酸盐缓冲盐水)、缓冲剂、分散剂、稳定剂、其他在此说明的赋形剂、以及其他常规已知的这样的物质。
“受试者”是指动物，包括温血哺乳动物例如人和灵长类动物；鸟类；家养动物或家畜(如猫、狗、绵羊、山羊、牛、马和猪)；实验动物(如小鼠、大鼠和豚鼠)；鱼类；爬行动物；动物园和野生动物；等等。
“一种或多种合成纳米载体”表示在自然界不能找到的并且拥有至少在大小上小于或等于5微米的尺寸的离散物。白蛋白纳米颗粒一般被包括为合成纳米载体，然而在某些实施方案中，合成纳米载体并不包括白蛋白纳米颗粒。在实施方案中，合成纳米载体不包括壳聚糖。
合成纳米载体可以是，但并不局限于：一种或多种基于脂质的纳米颗粒、聚合物纳米颗粒、金属纳米颗粒、基于表面活性剂的乳液、树枝状聚合物、巴克球纳米颗粒(buckyball)、纳米线(nanowire)、病毒样颗粒、基于肽或蛋白质的颗粒(如白蛋白纳米颗粒)和/或使用一种纳米材料的组合开发的纳米颗粒(如脂质聚合物纳米颗粒)。合成纳米载体可以具有许多不同的形状，包括但并不局限于：球形、立方形、锥形、长方形、圆柱形、螺旋管形等等。根据本发明的合成纳米载体包括一个或多个表面。可以适合用于实践本发明的示例性的合成纳米载体包括：(1)Gref(格里夫)等人的美国专利5,543,158中披露的生物可降解纳米颗粒，(2)Saltzman(萨尔兹曼)等人的美国专利申请20060002852公开的聚合物纳米颗粒，(3)DeSimone(戴西蒙)等人的美国专利申请20090028910公开的石版印刷构建的(lithographically constructed)纳米颗粒，(4)von Andrian(冯 安德里安)等人的WO2009/051837的披露，或(5)Penades(佩纳德斯)等人的公开的美国专利申请2008/0145441中披露的纳米颗粒。在实施方案中，合成纳米载体可以拥有大于1∶1、1∶1.2、1∶1.5、1∶2、1∶3、1∶5、1∶7、或大于1∶10的长宽比。
根据本发明的合成纳米载体具有等于或小于大约100nm、优选地等于或小于100nm的最小尺寸，不包括具有使补体活化的羟基的表面，或者可替代地包括基本由不是使补体活化的羟基的部分组成的表面。在一个优选的实施方案中，根据本发明的合成纳米载体具有等于或小于大约100nm、优选地等于或小于100nm的最小尺寸，不包括实质上使补体活化的表面，或者可替代地包括基本由不实质上活化补体的部分组成的表面。在更优选的实施方案中，根据本发明的合成纳米载体具有等于或小于大约100nm、优选地等于或小于100nm的最小尺寸，不包括使补体活化的表面，或者可替代地包括基本由不使补体活化的部分组成的表面。在一个实施方案中，根据本发明的合成纳米载体不包括病毒样颗粒。
“T细胞抗原”表示CD4+T细胞抗原或CD8+T细胞抗原。“CD4+T细胞抗原表示通过CD4+T细胞识别并且触发在CD4+T细胞中的免疫应答的任何抗原，例如经由结合到II类主要组织相容性复合体分子(MHC)上的抗原或它的一部分的提呈而被CD4+T细胞上的T细胞受体特异性地识别的抗原。“CD8+T细胞抗原“表示通过CD8+T细胞识别并且触发在CD8+T细胞中的免疫应答的任何抗原，例如经由结合到I类主要组织相容性复合体分子(MHC)上的抗原或它的一部分的提呈而被CD8+T细胞上的T细胞受体特异性地识别的抗原。在一些实施方案中，是T细胞抗原的抗原也是B细胞抗原。在其他实施方案中，T细胞抗原并不也是B细胞抗原。T细胞抗原一般是蛋白质或肽，但是也可以是其他分子，例如脂质或糖脂类。T细胞抗原是刺激CD4+T细胞应答或CD8+T细胞应答的抗原。
“疫苗”表示提高对特定病原体或疾病的免疫应答的物质的组合物。疫苗典型地含有刺激受试者的免疫系统以识别特异性抗原为外来物质并且将它从受试者身体消除的因子。疫苗还建立免疫“记忆”，这样如果人被再攻击，那么抗原将被迅速识别并响应。疫苗可以是预防性的(例如阻止由任何病原体引起的以后的感染)、或治疗性的(例如用于治疗癌症的针对肿瘤特异性抗原的疫苗)。根据本发明的疫苗可以包括一种或多种MHC结合肽，或者一种或多种编码一种或多种MHC II结合肽的核酸，或者与编码一种或多种MHC II结合肽的一种或多种核酸互补的一种或多种核酸。
C.发明的肽&制造和使用它们的方法
在实施方案中，发明组合物和有关方法包括A-x-B，其中x可以包括一个连接物或无连接物，A包括第一MHC II结合肽，并且B包括第二MHC II结合肽。此外，在实施方案中，发明组合物和有关方法包括A-x-B-y-C，其中x可以包括一个连接物或无连接物，y可以包括一个连接物或无连接物，A包括第一MHC II结合肽，B包括第二MHC II结合肽，并且C包括第三MHC II结合肽。
在某些实施方案中，x、和/或y是存在的，可以不包括连接物，在这种情况下，A、B、C、和每一个的不同组合可以作为混合物存在于发明组合物中。可以作为混合物存在的这样的组合的实例包括，但并不局限于：A和B、A和B-y-C、A-x-B和C、A和B和C、等，其中“和”用来表示键的缺乏，并且“-x-”或“-y-”用来表示键的存在。这样的一种混合物方法可以用来容易地结合多种不同的MHC II结合肽，因此提供了使用的便利和/或在例如产生含有MHC II结合肽的残基的一个单个更大的分子方面的合成简单化。可以使用传统的药物混合方法配制混合物。这些包括液-液混合，其中有两种或更多种悬浮液，每一种含有一个或多个系列的肽，直接将这些悬浮液合并或经由一个或多个含有稀释剂的容器将它们混在一起。由于肽还可以按粉末的形式生产或储存，可以进行干粉末-粉末混合，因为可以在一种普通介质中重新悬浮两种或更多种粉末。取决于这些肽的特性和它们的相互作用潜力，可能存在赋予一种或另一种混合途径的优点。
可以使用常规药学制造和配制技术制造这些混合物，以实现有用的剂型。在Handbook of Industrial Mixing：Science and Practice，Edward(爱德华)L.Paul(保罗)、Victor(维克多)A.Atiemo(阿蒂莫)-Obeng(奥本)、以及Suzanne(苏珊娜)M.Kresta(克莱斯塔)编辑，2004，约翰·威利父子出版公司；以及Pharmaceutics：The Science ofDosage Form Design，第二版，M.E.Auten(奥滕)编辑，2001，丘吉尔利文斯顿出版社中可以发现适合在实践本发明中使用的技术。在实施方案中，典型的包括肽混合物的发明组合物可以包括无机或有机缓冲剂(例如磷酸、碳酸、乙酸、或柠檬酸的钠盐或钾盐)和pH调节剂(例如盐酸、氢氧化钠或氢氧化钾、柠檬酸或乙酸的盐、氨基酸和它们的盐)、抗氧化剂(例如抗坏血酸、α-生育酚)、表面活性剂(例如聚山梨醇20、聚山梨酯80、聚氧乙烯9-10壬基酚、去氧胆酸钠)、溶液和/或低温/冻干稳定剂(例如蔗糖、乳糖、甘露醇、海藻糖)、渗透调节剂(例如盐类或糖类)、抗细菌剂(例如苯甲酸、苯酚、庆大霉素)、防沫剂(例如聚二甲基硅酮(polydimethylsilozone))、防腐剂(例如硫柳汞、2-苯氧乙醇、EDTA)、聚合物稳定剂和粘度调节剂(例如聚乙烯吡咯烷酮、泊洛沙姆488、羧甲基纤维素)、以及共溶剂(例如甘油、聚乙二醇、乙醇)。
在实施方案中，如果x、和/或y存在，可以包括一个连接物。在实施方案中，连接物可以直接连接氨基酸-天然的或修饰的-这些氨基酸是MHC II结合肽的一部分，或者连接物可以添加原子(优选多个原子)以连接这些MHC II结合肽。由于许多原因，连接物可以是有用的，包括但并不局限于：合成的便利、促进化学裂解、MHC II结合肽的分离、化学反应活性位点(像一种二硫键)和/或蛋白酶切割位点的插入。连接物可以包括：在给予受试者时，在某些生理条件下切割的可切割连接物，以及在遇到发明组合物的典型生理条件下切割不良的非可切割的连接物。
在某些实施方案中，如果x、和/或y存在，可以包括一个连接物，该连接物包括酰胺连接物、二硫化物连接物、硫化物连接物、1，4-双取代1，2，3-三唑连接物、或亚胺连接物。另外的在实践本发明中有用的连接物包括：从硫醇和酸形成的硫酯连接物、从肼和酸形成的酰肼连接物、从胺和醛或酮形成的亚胺连接物、从硫醇和硫代异氰酸酯形成的硫脲连接物、从胺和亚氨酸酯形成的脒连接物、以及从胺和醛的还原氨化形成的胺连接物。在实施方案中，如果x和/或y存在，可以包括一个连接物，该连接物包括一个肽序列(优选包括一个溶酶体蛋白酶切割位点(例如一个组织蛋白酶切割位点)的序列)、一种生物可降解聚合物、一个取代或未被取代的烷、烯、芳香族或杂环连接物、一种pH敏感的聚合物、异双功能的连接物或一个低聚乙二醇间隔物。
可切割连接物包括，但并不局限于：肽序列(优选包括一个溶酶体蛋白酶切割位点的序列)、一种生物可降解聚合物、一种pH可降解聚合物、或一个二硫键。溶酶体蛋白酶切割位点包括已知被溶酶体蛋白酶特异性切割的肽序列，这些溶酶体蛋白酶包括丝氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、锌蛋白酶、金属蛋白酶、谷氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶(AMSH/STAMBP组织蛋白酶F、组织蛋白酶3、组织蛋白酶H、组织蛋白酶6、组织蛋白酶L、组织蛋白酶7/组织蛋白酶1、组织蛋白酶O、组织蛋白酶A、组织蛋白酶S、组织蛋白酶B、组织蛋白酶V、组织蛋白酶C/DPPI、组织蛋白酶X/Z/P、组织蛋白酶D、天冬酰胺内肽酶(Legumain))。生物可降解聚合物在许多生理条件下降解，而pH可降解聚合物在低(小于生理pH)pH条件下以加速的速率降解。在某些实施方案中，连接物的肽序列包括如在SEQ ID号：99或119中提出的一个氨基酸序列。
Pmglp(SEQ ID号：99)
Skvsvr(SEQ ID号：119)
另外的信息可以发现于以下文献中：A.Purcell(波塞尔)等人，“More than onereason to rethink the use of peptides in vaccine design”，J.Nat Rev DrugDiscov.，2007；5：404-14；R.Bei(贝)等人，“TAA polyepitope DNA-based vaccines：Apotential tool for cancer therapy”，生物医学与生物技术杂志(J Biomed Biotech.)，2010；102785：1-12；W.Wriggers(里格斯)等人，“Control of protein functionaldynamics by peptide linkers”，生物聚合物，2005；80(6)：736-46；J.Timmerman(蒂默曼)等人，“Carrier protein conjugate vaccines：the″missing link″to improvedantibody and CTL responses？”人类疫苗，2009年三月；5(3)：181-3；B.Law(劳)等人，“Proteolysis：a biological process adapted in drug delivery，therapy，andimaging”，Bioconjug Chem.，2009年九月；20(9)：1683-95。
酰胺连接物是在一个化学组分上的氨基与第二化学组分的羧基之间形成的连接物。可以使用具有适当保护的氨基酸或多肽的任何常规酰胺连接物形成化学作用来制造这些连接物。在一个实施方案中，可以在A和B(或者B和C，等)的总合成过程中形成列举的酰胺连接物，因此简化了x和/或y的产生。可以容易地安排这一类型的连接化学作用以包括一个可切割连接基团。
二硫化物连接物是在例如R1-S-S-R2形式的两个硫原子之间的连接物。可以通过氧化偶联两个相同的或不同的分子(如含有硫醇取代基(-SH)的肽)，优选通过使用例如以下形式的预形成的连接物来形成二硫化物连接物：其中氨基和/或羧基官能团被适当保护的H2N-R1-S-S-R2-CO2H。这一类型的连接化学对于会导致两个单独的记忆肽分离的还原性切割是敏感的。这是有意义的，因为可能在溶酶体中发现还原环境，这是具有免疫学重要性的目标区室。
可能使用酰肼和醛/酮化学作用来形成连接物。制备了在第一肽链末端含有一个酰肼或醛/酮官能团的第一肽。制备了第二肽，在第二肽链末端具有酰肼(如果第一肽含有醛/酮)或醛/酮(如果第一肽链含有酰肼)。然后允许这两种肽反应，该反应通过一个腙官能团连接这两种肽。通常，由此形成的腙键在酸性条件(如在溶酶体中发现的那些条件)下是可切割的。如果希望更大的连接物的稳定性，那么可以还原腙以形成对应的稳定的(不可切割的)烷基化酰肼(类似于胺与醛或酮的还原氨化以形成对应的烷基胺)。
可以使用多种化学作用并且可以使用多种不同的物质来形成不可切割的连接物。通常，在溶酶体pH条件下，在每个这样的不可切割的连接物稳定持续12小时以上的情况下，连接物就被认为是不可切割的。不可切割的连接物的实例包括但不局限于含有以下各项的组：胺类、硫化物类、三唑类、腙类、酰胺(酯)类、以及取代的或未被取代的烷类、烯类、芳香族化合物或杂环类、聚合物类、低聚乙二醇间隔物、和/或非天然的或化学修饰的氨基酸类。以下是若干普通方法的实例。该清单决不是完整的，并且很多其他方法是可能的。
硫化物连接物具有例如R1-S-R2的形式。可以通过硫醇的烷化、或通过将在一个分子(例如肽)上的硫醇迈克尔加成到在第二分子(例如肽)上的活化的烯、或通过将在一个分子(如肽)上的硫醇自由基加成到第二分子(如肽)上的烯来制造这样的连接物。该硫化物连接物还可以被预形成为以下物质，例如：其中氨基和/或羧基官能团被适当保护的H2N-R1-S-R2-CO2H。这一类型的连接物是抗切割的，但是可以被用来特异性连接两种适当取代的并且被保护的肽。
三唑连接物具体地可以是具有形式的1，2，3-三嗪，其中R1和R2可以是任何化学实体，并且通过附接在第一肽的叠氮化物到附接在第二肽的末端炔的1，3-偶极加成而制成。由Sharpless(夏普莱斯)等人，在应用化学，41(14)，2596，(2002)中详细说明了这一化学作用，并且通常被称为“夏普利斯点击化学”。制备了在第一肽链末端含有叠氮化物或炔官能团的第一肽。制备了第二肽，在该第二肽链末端具有一个炔(如果第一肽含有叠氮化物)或叠氮化物(如果第一肽含有炔)。然后在有或没有催化剂存在下，允许这两种肽在3+2环加成作用中反应，通过一个1，2，3-三嗪官能团连接这两种肽。
可以用硫“点击”化学来形成连接物。制备在第一肽链末端含有一个硫醇或烯官能团的第一肽。制备了第二肽，在该第二肽链末端具有烯(如果第一肽含有硫醇)或硫醇(如果第一肽含有烯)。允许这两种肽在光或自由基源存在下反应，通过一个硫化物官能团连接这两种肽。
可以用迈克尔加成化学作用来形成连接物。虽然许多迈克尔受体与供者对可以用于这一目的，这一方法的一个优选实例是使用硫醇作为迈克尔供者以及活化的烯作为迈克尔受体。这一化学作用不同于以上硫点击化学，因为烯需要成为缺电子的，并且游离基催化不是必需的。制备了在第一肽链末端含有一个硫醇或烯官能团的第一肽。制备了第二肽，在该第二肽链末端具有一个烯(如果第一肽含有硫醇)或硫醇(如果第一肽含有烯)。允许这两种肽在酸或碱的存在下反应，通过一个硫化物官能团连接这两种肽。
在实施方案中，A和B；A和C，B和C，以及A、B、和C，每一个都包括具有不同MHC II结合谱(binding repertoire)的肽。DP、DQ和DR是由独立的基因编码的蛋白质。在一个远交人群中，存在着大量的DP、DQ和DR的变体(等位基因)，并且每一等位基因具有不同特征的肽结合。例如，特定的天然HLA-DP结合肽可以结合一些DP等位基因而不是其他基因。肽“结合谱”是指在单独的肽将结合的DP、DQ和/或DR中发现的等位基因的组合。肽和/或它们的结合所有DP、DQ和/或DR等位基因的组合(因此在高百分比的人群中(直至高达并且包括100％的人群中)产生记忆回忆应答)的鉴定提供了一种提高疫苗效率的手段。
在实施方案中，A和B中的每一个包括获自或衍生自不同传染性生物的序列。在实施方案中，A、B和C中的每一个包括获自或衍生自不同传染性生物的肽序列。在实施方案中，优选的肽序列可以是能被T细胞识别的肽或蛋白质表位的序列。优选的肽序列包括获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒(EBV)、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒(RSV)、巨细胞病毒(CMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后，产生特异性针对感染性生物的人类CD4+记忆细胞的感染性生物的那些MHC II结合肽。在实施方案中，这些MHC II结合肽包括与获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒(EBV)、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒(RSV)、巨细胞病毒(CMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒、和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物的天然HLA-DP结合肽、天然HLA-DQ结合肽、和/或天然HLA-DR结合肽具有至少70％、优选至少80％、更优选至少90％、甚至更优选至少95％、甚至更优选至少97％、或甚至更优选至少99％一致性的肽。在实施方案中，选择A、B、和C，从而提供使用在以下实例1-6中概述的总策略的最佳免疫应答。
在某些实施方案中，为了以下目的，如加工、配制的便利，和/或为了改进在生物系统内的递送，增加MHC II结合肽的水溶解性可能是令人希望的。为了这个目的，可以通过添加亲水性N-和/或C-末端氨基酸，通过添加或修饰在结合位点之间的氨基酸序列，或者通过取代结合位点的氨基酸来实现亲水性的增加。例如可以借助于更低的GRAVY(总平均亲水性)得分来衡量亲水性的增加。当可行时，例如为了避免、或限制对结合亲和力的潜在负效应，可以改变预期修饰的设计。
一个潜在的修饰途径是基于邻近结合位点表位的氨基酸而添加非结合位点氨基酸，尤其是在如果那些侧翼氨基酸会增加肽的平均或局部亲水性的情况下。即，如果在它的天然延伸序列中的结合位点表位的侧翼是针对N-和/或C-末端侧的亲水性氨基酸，那么保留在肽中的那些侧翼亲水氨基酸的一些可以增加它的水溶解性。在侧翼序列缺乏下可能会增加溶解度，或者在这种情况下进一步增加亲水性是所希望的，那么可以理想地基于与天然序列的相似性作出非天然添加。可以通过指标(如Blosum 45或PAM 250矩阵)或通过本领域已知的其他手段判断氨基酸相似性。例如，如果一个表位具有-1.0的GRAVY评分，并且在N-末端以前是一个天然氨基酸序列EASF(GRAVY＝0.075)，那么延伸该肽以包括EASF会降低GRAVY评分。可替代地，对所述EASF前导序列的一个或多个置换(例如用S取代A、用N取代S、或用Y取代F(例如，EASY，GRAVY＝-0.95))或平截和取代(例如，NY，GRAVY＝-2.4)还可以提供增加的亲水性。
在一些情况下，减小肽的水溶解性可能是优选的，例如为了提高在疏水载体基质内的截留。在这样的情况下，可以作出类似于以上说明的那些的添加和置换，但是降低了亲水性。
在一个或多个pH值调节肽净电荷可以是进一步有利的。例如，在肽的pI(等电点pH)下观察到最小溶解度。在这种情况下，其中令人希望的是在pH 7.4具有降低的溶解度，而在pH 3.0具有增加的溶解度，那么可以作出针对氨基酸序列的修饰或添加以实现7.4的pI并且实现在pH 3.0的显著净正电荷。在碱性肽的情况下，添加酸性残基(如E或D或用E取代K)是可以减小pI的示例性修饰。
还可以通过使用本领域已知的技术添加或置换氨基酸或末端修饰基团来改进肽的生物或化学稳定性。实例包括但并不局限于：酰胺化和乙酰化，并且还可以包括置换，如用一个L或对重排更不敏感的其他氨基酸代替C-末端Q(Gln)。
在实施方案中，本发明针对一种包括多肽的组合物，其序列包括具有与被提出为SEQ ID号：1-46的氨基酸序列的任何之一(并且优选如在其他地方说明结合MHC II分子的多肽)至少75％一致性的氨基酸序列。
NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：1)(21，TT317557(950-969))；
TLLYVLFEV(SEQ ID号：2)(9，AdVhex64950(913-921))；
ILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：3)(15，TT27213(830-841))；
QSIALSSLMVAQAIPLVGEL(SEQ ID号：4)(20，DT 52336(331-350))；
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TLLYVLFEVILMQYIKANSKFIGI(SEQ号NO：6)(24，AdVTT830)；
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TLLYVLFEVKVSVRILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：12)(29，AdVkvsvrTT830)；
ILMQYIKANSKFIGIPMGLPQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：13)(32，TT830pmglpDTTrunc orTT830pDTt)；
ILMQYIKANSKFIGIKVSVRQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：14)(32，TT830kvsvrDTTruncl)；
TLLYVLFEVQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：15)(21，AdVDTt)；
TLLYVLFEVpmglpQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：16)(26，AdVpDTt)；
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TLLYVLFEVpmglp NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：18)(35，AdVpTT950)；
TLLYVLFEVkvsvr NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：19)(35，AdVkTT950)；
ILMQYIKAN SKFIGI QSIALSSLMVAQTLLYVLFEV(SEQ ID号：20)(36，TT830DTtAdV)；
TLLYVLFEV ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：21)(36，AdVTT830DTt)；
QSIALSSLMVAQAIPLV(SEQ ID号：22)(17，DTt-3)；
IDKISDVSTIVPYIGPALNI(SEQ ID号：23)(20，TT632)；
QSIALSSLMVAQAIPLVIDKISDVSTIVPYIGPALNI(SEQ ID号：24)(37，DTt-3TT632)；
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QSIALSSLMVAQAIPLVpmglpIDKISDVSTIVPYIGPALNI(SEQ ID号：26)(43，DTt-3pTT632)；
IDKISDVSTIVPYIGPALNIpmglpQSIALSSLMVAQAIPLV(SEQ ID号：27)(43，TT632pDTt-3)；
YVKQNTLKLAT(SEQ ID号：28)(11，minX)；
CYPYDVPDYASLRSLVASS(SEQ ID号：29)(19，7430)；
NAELLVALENQHTI(SEQ ID号：30)(14，31201t)；
TSLYVRASGRVTVSTK(SEQ ID号：31)(16，66325)；
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QILSIYSTVASSLALAIMVA(SEQ ID号：33)(20，ABW2)；
MVTGIVSLMLQIGNMISIWVSHSI(SEQ ID号：34)(24，ABP)；
EDLIFLARSALILRGSV(SEQ ID号：35)(17，AAT)；
CSQRSKFLLMDALKLSIED(SEQ ID号：36)(19，AAW)；
IRGFVYFVETLARSICE(SEQ ID号：37)(14，IRG)；
TFEFTSFFYRYGFVANFSMEL(SEQ ID号：38)(21，TFE)；
LIFLARSALILRkvsvrNAELLVALENQHTI(SEQ ID号：39)(31，AATk3120t)；
NAELLVALENQHTIkvsvrLIFLARSALILR(SEQ ID号：40)(31，3120tkAAT)；
ILSIYSTVASSLALAIkvsvrLIFLARSALILR(SEQ ID号：41)(33，ABW2kAAT)；
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LIFLARSALILRkvsvrCSQRSKFLLMDALKL(SEQ ID号：43)(32，AATkAAW)；
CSQRSKFLLMDALKLkvsvrLIFLARSALILR(SEQ ID号：44)(32，AAWkAAT)；
TFEFTSFFYRYGFVANFSMEL IRGFVYFVETLARSICE(SEQ ID NO：45)(38，TFEIRG)(SEQID号：103)；或
IRGFVYFVETLARSICE TFEFTSFFYRYGFVANFSMEL(SEQ ID NO：46)(38，IRGTFE)(SEQID号：104)。
可以使用许多常规技术制造根据本发明的肽，特别是MHC II结合肽。在某些实施方案中，可以使用标准方法(例如在使用Merrifield(梅里菲尔德)树脂或类似树脂的固相支持物上合成)来合成制造这些肽。这可以使用被设计针对这样的合成的机器来完成。
在替代的实施方案中，为了表达根据本发明的肽，尤其是MHC II结合肽，可以使用重组技术。在这样的实施方案中，将编码完整肽序列(以及连接物序列，如果适用的话)的核酸克隆到表达载体中，当转染到细胞系中时，该表达载体将被转录。在实施方案中，表达载体包括质粒、逆转录病毒、或除其他之外的腺病毒。可以使用标准分子生物学方法，例如通过使用聚合酶链式反应来产生DNA片段，然后将其纯化并克隆到表达载体中，然后转染到细胞系中，从而分离针对该肽(和连接基团，如果存在的话)的DNA。另外的对于实践本发明有用的技术可以发现于约翰·威利父子出版公司的Current Protocols in MolecularBiology 2007；Molecular Cloning：A Laboratory Manual(第三版)，Joseph(约瑟夫)Sambrook(萨姆布鲁克)，彼得麦克林癌症研究所，墨尔本，澳大利亚；David(大卫)Russell(鲁塞尔)，德克萨斯大学西南医学中心，达拉斯，冷泉港。
可以使用来自不同生物的细胞，例如CHO细胞、昆虫细胞(例如用于杆状病毒表达)、大肠杆菌等，以若干方式完成本发明的重组肽的生产。另外，为了得到最佳蛋白质翻译，可以修饰核酸序列以包括在细胞自其衍生的生物中普遍使用的的密码子。SEQ ID号1-46包括获自或衍生自破伤风类毒素、白喉毒素、和腺病毒肽的序列的实例，并且SEQ ID号47-68包括基于针对人类和大肠杆菌的优选密码子使用的等价DNA序列。使用针对特定物种中的密码子使用而优化的DNA可以允许最佳的重组蛋白质生产。使用频率数据(如从不同密码子使用记录可得的数据)可以针对在人类中的使用而优化密码子频率。一个这样的记录是密码子使用数据库，Y.Nakamura(中村)等人，“Codon usage tabulated from theinternational DNA sequence databases：status for the year 2000”，核酸研究，28，292(2000)。
在实施方案中，发明组合物包括编码在此提供的肽的核酸。这样的核酸可以编码A、B、或C、或它们的组合。该核酸可以是DNA或RNA，如mRNA。在实施方案中，发明组合物包括一种互补物，如一种全长互补物，或任何在此提供的核酸的简并(由于遗传密码的简并性)。
在实施方案中，该核酸编码A-x-B，其中x是一个酰胺连接物或肽连接物，A包括第一MHC II结合肽，并且B包括第二MHC II结合肽。另外，在实施方案中，该核酸编码A-x-B-y-C，其中x是一个酰胺连接物或肽连接物，y是一个酰胺连接物或肽连接物，A包括第一MHC II结合肽，B包括第二MHC II结合肽，并且C包括第三MHC II结合肽。
以下列出了某些感兴趣的序列。天然序列是组合物1，(C1)。基于人类密码子使用频率的最佳人类序列是组合物2，(C2)。使用The Sequence Manipulation Suite：JavaScript programs for analyzing and formatting protein andDNA sequences，生物技术，28：1102-1104，http：//www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html进行转换。
TT950：NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：1)
C1：aataattttaccgttagcttttggttgagggttcctaaagtatctgctagtcatttagaa(SEQID号：47)
AF154828 250-309
C2(人类)：
aacaacttcaccgtgagcttctggctgagagtgcccaaggtgagcgccagccacctggagacc(SEQID号：48)
TLLYVLFEV(SEQ ID号：2)
C1：acgcttctctatgttctgttcgaagt(SEQ ID号：49)
FJ025931 20891-20917
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtg(SEQ ID号：50)
TT830：ILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：3)
C1：attttaatgcagtatataaaagcaaattctaaatttataggtata(SEQ ID号：51)
X06214 2800-2844
C2(人类)：
Atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：52)
DT：QSIALSSLMVAQAIPLVGEL(SEQ ID号：4)
C1：caatcgatagctttatcgtctttaatggttgctcaagctataccattggtaggagagcta(SEQID号：53)
FJ858272 1066-1125
C2(人类)：
cagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatccccctggtgggcgagctg(SEQ ID号：54)
嵌合表位：
AdVTT950：TLLYVLFEVNNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：5)
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgaacaacttcaccgtgagcttctggctgagagtgcccaaggtgagcgccagccacctggagacc(SEQ ID号：55)
AdVTT830：TLLYVLFEVILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：6)
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQID号：56)
TT830 DT：ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQAIPLVGEL(SEQ ID号：7)
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatccagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatccccctggtgggcgagctg(SEQ ID号：57)
DT TT830：QSIALSSLMVAQAIPLVGELILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：8)
C2(人类)：
cagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatccccctggtgggcgagctgatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：58)
TT830DTtrunc：ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：9)
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatccagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccag(SEQ ID号：59)
DT trunc TT830：QSIALSSLMVAQAIILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：10)C2(人类)：
cagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatcatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：60)
切割普遍表位的预测的嵌合组织蛋白酶
AdVpmglpTT830：TLLYVLFEVPMG.LPILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：11)
C1(大肠杆菌)：
accctgctgtatgtgctgtttgaagtgccgatgggcctgccgattctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcatt(SEQ ID号：61)
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgcccatgggcctgcccatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：62)
AdVkvsvrTT830：TLLYVLFEVKVS.VRILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：12)
C1(大肠杆菌)：
accctgctgtatgtgctgtttgaagtgaaagtgagcgtgcgcattctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcatt(SEQ ID号：63)
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgaaggtgagcgtgagaatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：64)
TT830pmglpDTtrunc：ILMQYIKANSKFIGIPMG.LPQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：13)
C1(大肠杆菌)：
attctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcattccgatgggcctgccgcagagcattgcgctgagcagcctgatggtggcgcag(SEQ ID号：65)
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatccccatgggcctgccccagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccag(SEQ ID号：66)
TT830kvsvrDTtrunc：ILMQYIKANSKFIGIKVS.VRQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：14)
C1(大肠杆菌)：
attctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcattaaagtgagcgtgcgccagagcattgcgctgagcagcctgatggtggcgcag(SEQ ID号：67)
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatcaaggtgagcgtgagacagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccag(SEQ ID号：68)
在实施方案中，肽连接物包括一个溶酶体蛋白酶切割位点(例如一个组织蛋白酶切割位点)。在某些实施方案中，编码肽连接物的核酸序列包括被提出为SEQ ID号：69或70的核酸序列，它们的简并或互补物。
ccgatgggcctacca(SEQ ID NO：69)
aaggtctcagtgagaac(SEQ ID NO：70)
在实施方案中，A、B和/或C是由与天然HLA-DP、HLA-DQ、或HLA-DR结合肽至少70％一致性的发明核酸编码的。在某些实施方案中，A、B和/或C是由具有与天然HLA-DP、HLA-DQ、或HLA-DR结合肽优选至少75％、更优选至少80％、仍更优选至少85％、仍更优选至少90％、仍更优选至少95％、仍更优选至少97％、或甚至仍更优选至少99％一致性的核酸编码的。优选地，这样的核酸编码结合MHC II类分子的肽。
在实施方案中，因此核酸包括一个具有与编码天然HLA-DP、HLA-DQ、或HLA-DR结合肽的核酸序列至少60％一致性的核酸序列。在某些实施方案中，核酸具有与编码天然HLA-DP、HLA-DQ、或HLA-DR结合肽的核酸序列优选至少65％、更优选至少70％、仍更优选至少75％、仍更优选至少80％、仍更优选至少85％、仍更优选至少90％、仍更优选至少95％、仍更优选至少97％、或甚至仍更优选至少99％的一致性。
可以使用可以通过网络(ftp：/ncbi.nlm.nih.gov/pub/)获得的、由NCBI(Bethesda(贝塞斯达)，Maryland(马里兰)开发的不同的、公开可得的软件工具计算一致性百分数。示例性的工具包括在http：//wwww.ncbi.nlm.nih.gov可得的BLAST系统。可以使用Mac载体序列分析软件(牛津大学分子小组)获得配对和ClustalW比对(BLOSUM30矩阵建立)连同Kyte-Doolittle亲水分析。本发明还包含以上核酸的沃森-克里克互补物(Watson-Crick complements)(包括全长互补物)。
在此还提供的是与在此提供的任何核酸杂交的核酸。可以使用标准核酸杂交程序来鉴定具有所选择的一致性百分数的有关核酸序列。如在此使用的那样，术语“严紧条件”是指熟悉的领域所使用的参数。这样的参数包括盐、温度、探针长度等。在杂交时，生成的碱基错配的量的范围可以从接近0％(“高严紧性”)至大约30％(“低严紧性”)。高严紧性条件的一个实例是在65℃下在杂交缓冲液(3.5X SSC、0.02％聚蔗糖、0.02％聚乙烯吡咯烷酮、0.02％牛血清白蛋白、2.5mM NaH2PO4(pH7)、0.5％SDS、2mM EDTA)中的杂交。SSC是0.15M氯化钠/0.015M柠檬酸钠，pH 7；SDS是十二烷基硫酸钠；以及EDTA是乙二胺四乙酸。在杂交以后，例如，在室温下在2X SSC中，并且然后在高达68℃的温度下在0.1-0.5X SSC/0.1X SDS中洗涤在其上转移有核酸的薄膜。
在实施方案中，可以将核酸可操作地连接至启动子。可以使用原核调控区来完成在原核宿主中的表达。可以使用真核调控区来完成在真核宿主中的表达。通常，这样的区域将包括足以指导RNA合成的启动的启动子区域。在实施方案中，该核酸可以进一步包括转录和翻译调节序列，取决于宿主的性质。转录和翻译调节信号可以获自或衍生自病毒来源，如逆转录病毒、腺病毒、牛乳头瘤病毒、猴病毒等等。
在实施方案中，将核酸插入载体中，该载体能够将所希望的序列整合到宿主细胞染色体中。对于mRNA的最佳合成，可能还需要另外的元件。这些元件可以包括剪接信号、连同转录启动子、增强子、以及终止信号。
在实施方案中，将核酸结合到在接受宿主中能够自主复制的质粒或病毒载体中。为了这一目的，可以使用多种多样的载体中的任何一种，如原核载体和真核载体。真核载体可以是病毒载体。例如，而不通过限制的方式，载体可以是痘病毒载体、疱疹病毒载体、腺病毒载体或许多逆转录病毒载体中的任何一种。病毒载体包括引起插入DNA或插入RNA表达的DNA或RNA病毒。
可以通过多种适合的手段中的任何一种(即转化、转染、接合、原生质体融合、电穿孔、磷酸钙沉淀、直接显微注射法等等)将载体或其他构建体引入到适当的宿主细胞中。另外，可以直接将DNA或RNA注射到细胞中，或者在被粘附到微颗粒或纳米颗粒(例如在此提供的合成纳米载体)上以后使其推进穿过细胞膜。
D.发明肽的用途：组合物和方法
应当理解可以按任何适合的方式制造这些本发明的这些组合物，并且本发明绝不局限于可以使用在此说明的方法生产的组合物。适当方法的选择可能需要注意相关的特定部分的特性。
可以通过许多给药途径给予发明组合物，包括但并不局限于：肠胃外(例如皮下、肌内、静脉内、或真皮内)给药；口服给药、经鼻给药、经粘膜给药、直肠给药、眼部给药、或经皮给药。
在此说明的组合物和方法可以用来诱导、增强、抑制、指导、或重定向免疫应答。在此说明的组合物和方法可以用于预防和/或治疗多种病症，例如癌症、传染病、代谢病、退行性疾病、自身免疫性疾病、炎性疾病、免疫疾病、或其他失调和/或病症。在此说明的组合物和方法还可以用于治疗成瘾，例如对尼古丁或麻醉剂的成瘾。在此说明的组合物和方法还可以用于预防和/或治疗由于暴露于毒素、有害物质、环境毒素、或其他有害介质而导致的病症。在此说明的组合物和方法还可以用来诱导或增强T细胞增殖或细胞因子产生，例如当使在此提供的组合物在体内或体外与T细胞接触时。
在一个实施方案中，发明组合物可以与结合物、或非结合物、疫苗一起给予。在实施方案中，发明组合物可以与载体肽或蛋白质、或者与一种或多种抗原共价或非共价结合。有用的载体包括已知在结合疫苗中有用的载体蛋白，包括但并不局限于：破伤风类毒素(TT)、白喉类毒素(DT)、白喉毒素的无毒变异体、CRM19、来自B群脑膜炎奈瑟菌的外膜蛋白复合体、以及钥孔虫戚血蓝蛋白(KLH)。其他载体可以包括在别处说明的合成纳米载体、以及可能常规已知的其他载体。
可以使用常规的共价或非共价接合技术进行接合。对于在这样的结合的或常规的疫苗中利用本发明的组合物有用的技术包括但并不局限于在MD Lairmore(莱默尔)等人，“Human T-lymphotropic virus type 1 peptides in chimeric and multivalentconstructs with promiscuous T-cell epitopes enhance immunogenicity andovercome genetic restriction”，病毒学杂志，10月；69(10)：6077-89(1995)；CWRittershause(里特萧斯)等人，“Vaccine-induced antibodies inhibit CETP activityin vivo and reduce aortic lesions in a rabbit model of atherosclerosis”，动脉粥样硬化、血栓和血管生物学，九月；20(9)：2106-12(2000)；MV Chengalvala(查恩葛维拉)等人，“Enhanced immunogenicity of hepatitis B surface antigen by insertion ofa helper T cell epitope from tetanus toxoid”，疫苗，三月5日；17(9-10)：1035-41(1999)；NK Dakappagari(达卡帕葛里)等人，“A chimeric multi-human epidermalgrowth factor receptor-2 B cell epitope peptide vaccine mediates superiorantitumor responses”，免疫学杂志，四月15日；170(8)：4242-53(2003)；JT Garrett(加勒特)，“Novel engineered trastuzumab conformational epitopes demonstrate invitro and in vivo antitumor properties against HER-2/neu.”，免疫学杂志，六月；178(11)：7120-31(2007)中大致说明的那些。
在其他实施方案中，发明组合物可以在一种载体中结合抗原、或常规疫苗以形成一种可注射混合物。可以使用常规药学制造和配制技术制造这些混合物，以实现有用的剂型。在多种来源中可以发现适合在实践本发明中使用的技术，包括但并不局限于M.F.Powell(鲍威尔)等人，Vaccine Design，1995，施普林格出版社；或L.C.Paoletti(保莱蒂)等人，编辑，Vaccines：from Concept to Clinic.A Guide to the Development andClinical Testing of Vaccines for Human Use，1999，CRC出版社。
在实施方案中，发明组合物可以与合成纳米载体结合使用。根据本发明，可以使用各种各样的合成纳米载体。在一些实施方案中，合成纳米载体是球体或扁球体。在一些实施方案中，合成纳米载体是扁平的或盘状的。在一些实施方案中，合成纳米载体是立方体或立方形的。在一些实施方案中，合成纳米载体是卵形或椭圆形的。在一些实施方案中，合成纳米载体是圆柱体、椎体、或锥形。
通常希望使用一群在大小、形状、和/或构成方面较一致的合成纳米载体，这样每一合成纳米载体具有类似特性。例如，基于合成纳米载体的总数，至少80％、至少90％、或至少95％的合成纳米载体可以具有落在合成纳米载体的平均直径或平均尺寸的5％、10％或20％之内的最小尺寸或最大尺寸。在一些实施方案中，一群合成纳米载体就大小、形状、和/或构成而论可以是不均匀的。
合成纳米载体可以是实心的或空心的，并且可以包括一个或多个层。在一些实施方案中，每一层相对于其他一层或多层具有独特的构成和独特的特性。为了给出但是一个实例，合成纳米载体可以具有一个核/壳结构，其中核是一层(例如一个聚合物核)并且壳是一个第二层(例如一个脂质双层或单层)。合成纳米载体可以包括多个不同的层。
在一些实施方案中，合成纳米载体可以任选地包括一种或多种脂质。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括一种脂质体。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括一个脂质双层。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括一个脂质单层。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括一种微胶粒。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括一个核，该核包括被一个脂质层(例如脂质双层、脂质单层等)环绕的聚合物基质。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括被一个脂质层(例如脂质双层、脂质单层，等)环绕的非聚合物核(例如金属颗粒、量子点、陶瓷颗粒、骨颗粒、病毒颗粒、蛋白质、核酸、碳水化合物，等)。
在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括一种或多种聚合物。在一些实施方案中，可以由包被层(例如脂质体、脂质单层、微胶粒等)环绕这样一种聚合物。在一些实施方案中，合成纳米载体的不同元件可以与该聚合物偶联。
在一些实施方案中，一个免疫特征表面、靶向部分、寡核苷酸和/或其他元件可以与聚合物基质共价缔合。在一些实施方案中，由一个连接物介导共价缔合。在一些实施方案中，一个免疫特征表面、靶向部分、寡核苷酸和/或其他元件可以与聚合物基质非共价缔合。例如，在一些实施方案中，一个免疫特征表面、靶向部分、寡核苷酸和/或其他元件可以被封装在聚合物基质内、被聚合物基质环绕、和/或被分散遍及聚合物基质。可替代地或另外地，一个免疫特征表面、靶向部分、寡核苷酸和/或其他元件可以通过疏水性相互作用、电荷相互作用、范德华力等与聚合物基质缔合。
各种各样的聚合物以及用于从此形成聚合物基质的方法是常规已知的。通常，一种聚合物基质包括一种或多种聚合物。聚合物可以是天然的或非天然的(合成的)聚合物。聚合物可以是均聚物或包括两种或更多种单体的共聚物。在序列方面，共聚物可以是随机的、嵌段的，或者包括随机序列和嵌段序列的组合。典型地，根据本发明的聚合物是有机聚合物。
适合用于本发明中的聚合物的实例包括，但并不局限于：聚乙烯、聚碳酸酯(例如聚(1，3-二噁烷-2酮))、聚酐(例如聚(癸二酸酐))、聚丙基延胡索酸酯(polypropylfumerate)、聚酰胺(例如聚己内酰胺)、聚缩醛、聚醚、聚酯(例如聚丙交酯、聚乙二醇、丙交酯-乙交酯共聚物、聚己酸内酯、多羟基酸(例如聚(β-羟基烷酸酯)、聚(原酸酯)、聚氰基丙烯酸酯、聚乙烯醇、聚氨酯、聚磷腈、聚丙烯酸酯、聚甲基丙烯酸酯、聚脲、聚苯乙烯、以及聚胺、聚赖氨酸、聚赖氨酸-PEG共聚物、以及聚(乙烯亚胺)、聚(乙烯亚胺)-PEG共聚物。
在一些实施方案中，根据本发明的聚合物包括在21C.F.R.§177.2600下已经由美国食品与药品管理局(FDA)批准用于人的聚合物，包括但并不局限于聚酯(例如聚乳酸、聚(乳酸乙醇酸共聚物)、聚己内酯、聚戊内酯、聚(1，3-二噁烷-2酮))；聚酐(例如聚(癸二酸酐))；聚醚(例如聚乙二醇)；聚氨酯；聚甲基丙烯酸酯；聚丙烯酸酯；以及聚氰基丙烯酸酯。
在一些实施方案中，聚合物可以是亲水的。例如，聚合物可以包括阴离子基团(例如磷酸根、硫酸根、羧酸根)；阳离子基团(例如季胺基团)；或极性基团(例如羟基、硫醇基团、胺基团)。在一些实施方案中，包括亲水的聚合物基质的合成纳米载体在合成纳米载体内产生亲水环境。在一些实施方案中，聚合物可以是疏水的。在一些实施方案中，包括疏水的聚合物基质的合成纳米载体在合成纳米载体内产生疏水环境。在合成纳米载体内，选择亲水性或疏水性聚合物可以影响要合并(例如偶联)材料的性质。
在一些实施方案中，聚合物可以用一个或多个部分和/或官能团修饰。根据本发明，可以使用多个部分或官能团。在一些实施方案中，可以用聚乙二醇(PEG)、用碳水化合物、和/或用衍生自多糖类的非环状聚缩醛来将聚合物(Papisov(巴比索夫)，2001，ACSSymposium Series，786：301)修饰。可以使用Gref(格里夫)等人的美国专利号5543158、或Von Andrian(冯 安德里安)等人的WO公开WO2009/051837中的全部传授内容进行某些实施方案。
在一些实施方案中，可以用脂质或脂肪酸基团修饰聚合物。在一些实施方案中，脂肪酸基团可以是丁酸、己酸、辛酸、癸酸、月桂酸、肉豆蔻酸、棕榈酸、硬脂酸、花生酸、山嵛酸、或廿四烷酸中的一种或多种。在一些实施方案中，脂肪酸基团可以是棕榈烯酸、油酸、异油酸、亚麻酸、α-亚麻酸、γ-亚麻酸、花生四烯酸、二十碳烯酸、花生四烯酸、二十碳五烯酸、二十二碳六烯酸、或芥酸中的一种或多种。
在一些实施方案中，聚合物可以是聚酯，包括共聚物，这些共聚物包括乳酸和乙醇酸单元(例如聚(乳酸乙醇酸共聚物)和聚(丙交酯乙交酯共聚物))，在此统称为“PLGA”；以及包括乙醇酸单元的均聚物，在此称为“PGA”，以及乳酸单元(例如聚-L-乳酸、聚-D-乳酸、聚-D，L-乳酸、聚-L-丙交酯、聚-D-丙交酯、以及聚-D，L-丙交酯)，在此统称为“PLA”。在一些实施方案中，示例性的聚酯包括，例如多羟基酸；PEG共聚物和丙交酯与乙交酯的共聚物(例如PLA-PEG共聚物、PGA-PEG共聚物、PLGA-PEG共聚物)，以及它们的衍生物)。在一些实施方案中，聚酯包括例如聚(己内酯)、聚(己内酯)-PEG共聚物、聚(L-丙交酯--L-赖氨酸共聚物)、聚(丝氨酸酯)、聚(4-羟基-L-脯氨酸酯)、聚[α-(4-氨基丁基)-L-乙醇酸]、以及它们的衍生物。
在一些实施方案中，聚合物可以是PLGA。PLGA是一种生物相容的并且生物可降解的乳酸和乙醇酸的共聚物，并且多种形式的PLGA特征在于乳酸∶乙醇酸的比率。乳酸可以是L-乳酸、D-乳酸、或D，L-乳酸。可以通过改变乳酸∶乙醇酸的比率调整PLGA的降解速率。在一些实施方案中，根据本发明，将使用的PLGA特征在于大约85∶15、大约75∶25、大约60∶40、大约50∶50、大约40∶60、大约25∶75、或者大约15∶85约的乳酸∶乙醇酸比率。
在一些实施方案中，聚合物可以是一种或多种丙烯酸聚合物。在某些实施方案中，丙烯酸聚合物包括，例如丙烯酸和甲基丙烯酸的共聚物、甲基丙烯酸甲酯共聚物、甲基丙烯酸乙氧基乙酯、甲基丙烯酸氰基乙基酯、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、聚(丙烯酸)、聚(甲基丙烯酸)、甲基丙烯酸烷基酰胺共聚物、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(甲基丙烯酸酸酐)、甲基丙烯酸甲酯、聚甲基丙烯酸酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)共聚物、聚丙烯酰胺、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、甲基丙烯酸缩水甘油酯共聚物、聚腈基丙烯酸酯、以及包括一种或多种以上聚合物的组合。该丙烯酸聚合物可以包括具有低含量的季铵基团的丙烯酸酯和甲基丙烯酸酯的完全聚合的共聚物。
在一些实施方案中，聚合物可以是阳离子型聚合物。通常，阳离子型聚合物能够缩合和/或保护核酸(例如DNA、或它的衍生物)的带负电的链。含有胺的聚合物(例如聚(赖氨酸)(Zauner(泽纳)等人，1998，先进药物递送综述，30：97；以及Kabanov(卡巴诺夫)等人，1995，生物共轭化学，6：7)、聚(亚乙基亚胺)(PEI；Boussif(波希夫)等人，1995，美国科学院院刊，1995，92：7297)、以及聚(酰胺胺)树枝状聚合物(Kukowska(库科斯卡)-Latallo(拉塔罗)等人，1996，美国科学院院刊，93：4897；Tang(唐)等人，1996，生物共轭化学，7：703；以及Haensler(亨斯勒)等人，1993，生物共轭化学，4：372)在生理pH下是带正电的，在多种细胞系中与核酸形成离子对，并且介导转染。在实施方案中，本发明的合成纳米载体可以不包括(或可以排除)阳离子型聚合物。
在一些实施方案中，聚合物可以是带有阳离子侧链的可降解聚酯(Putnam(普特南)等人，1999，大分子，32：3658；Barrera(巴雷拉)等人，1993，美国化学会志，115：11010；Kwon(权)等人，1989，大分子，22：3250；Lim(林)等人，1999，美国化学会志，121：5633；以及Zhou(周)等人，1990，大分子，23：3399)。这些聚合物的实例包括聚(L-丙交酯L-赖氨酸共聚物)(Barrera(巴雷拉)等人，1993，美国化学会志，115：11010)、聚(丝氨酸酯)(Zhou(周)等人，1990，大分子，23：3399)、聚(4-羟基-L-脯氨酸酯)(Putnam(普特南)等人，1999，大分子，32：3658；以及Lim(林)等人，1999，美国化学会志，121：5633)、以及聚(4-羟基-L-脯氨酸酯)(Putnam(普特南)等人，1999，大分子，32：3658；以及Lim(林)等人，1999，美国化学会志，121：5633)。
，这些和其他聚合物的特性以及用于制备它们的方法在本领域中是熟知的(参见，例如美国专利6,123,727；5,804,178；5,770,417；5,736,372；5,716,404；6,095,148；5,837,752；5,902,599；5,696,175；5,514,378；5,512,600；5,399,665；5,019,379；5,010,167；4,806,621；4,638,045；以及4,946,929；Wang(王)等人，2001，美国化学会志，123：9480；Lim(林)等人，2001，美国化学会志，123：2460；Langer(朗格尔)，2000，化学研究评述，33：94；Langer(朗格尔)，1999，控释杂志，62：7；以及Uhrich(乌利希)等人，1999，化学评论，99：3181)。更一般地，在Concise Encyclopedia of Polymer Science and PolymericAmines and Ammonium Salts，Goethals(戈萨尔斯)编辑，培格曼出版社，1980中；在Principles of Polymerization by Odian，约翰·威利父子出版公司，第四版，2004中；在Allcock(阿尔库克)等人的Contemporary Polymer Chemistry，Prentice-Hall，1981中；在Deming(德明)等人，1997，自然，390：386中；以及在美国专利6,506,577、6,632,922、6,686,446、以及6,818,732中说明了用于合成某些适合的聚合物的多种方法。
在一些实施方案中，聚合物可以是线型聚合物或支化聚合物。在一些实施方案中，聚合物可以是树枝状聚合物。在一些实施方案中，聚合物可以是基本上彼此交联的。在一些实施方案中，聚合物可以基本上不交联。在一些实施方案中，聚合物可以根据本发明进行使用而不经过交联步骤。进一步理解的是，本发明的合成纳米载体可以包括嵌段共聚物、接枝共聚物、共混物、混合物、和/或任何以上及其他聚合物的加合物。本领域的那些技术人员将认识到，在此列出的聚合物代表根据本发明可以使用的聚合物的示例性的、而不是全面的清单。
在一些实施方案中，合成纳米载体可以不包括聚合组分。在一些实施方案中，合成纳米载体可以包括金属颗粒、量子点、陶瓷颗粒等。在一些实施方案中，非聚合物的合成纳米载体是非聚合组分的聚集体(例如金属原子(例如金原子)的聚集体)。
在一些实施方案中，合成纳米载体可以任选地包括一种或多种两亲实体。在一些实施方案中，两亲实体可以促进具有增加的稳定性、改进的均匀性、或增加的粘度的合成纳米载体的产生。在一些实施方案中，两亲实体可以与脂质膜(例如脂质双层、脂质单层等)的内部表面缔合。在本领域中已知的许多两亲实体可以适合用于制造根据本发明的合成纳米载体。这样的两亲实体包括，但并不局限于，磷酸甘油酯；磷脂酰胆碱；二棕榈酰磷脂酰胆碱(DPPC)；二油烯基磷脂酰基乙醇胺(DOPE)；二油烯基氧丙基三乙基铵(DOTMA)；二油酰基磷脂酰胆碱；胆固醇；胆固醇酯；二酰基甘油；二酰基甘油琥珀酸酯；二磷脂酰基甘油(DPPG)；十六烷醇；脂肪醇(例如聚乙二醇(PEG))；聚氧乙烯-9-月桂基醚；表面活性脂肪酸(例如棕榈酸或油酸)；脂肪酸；脂肪酸甘油单酯；脂肪酸甘油二酯；脂肪酸酰胺；脱水山梨糖醇三油酸酯甘氨胆酸酯；脱水山梨糖醇单月桂酸酯聚山梨醇酯20；聚山梨醇酯60；聚山梨醇酯65；聚山梨醇酯80；聚山梨醇酯85；聚氧乙烯单硬脂酸酯；表面活性素；泊洛沙姆；脱水山梨糖醇脂肪酸酯(例如脱水山梨糖醇三油酸酯)；卵磷脂；溶血卵磷脂；磷脂酰丝氨酸；磷脂酰肌醇；鞘磷脂；磷脂酰乙醇胺(脑磷脂)；心磷脂；磷脂酸；脑苷脂；双十六烷基磷酸酯；二棕榈酰磷脂酰甘油；硬脂酰胺；十二烷胺；十六烷胺；乙酰基棕榈酸酯；蓖麻油酸甘油酯；十八酸十六烷基酯；肉豆蔻酸异丙酯；四丁酚醛(tyloxapol)；聚(乙二醇)5000磷脂酰乙醇胺；聚(乙二醇)400-单硬脂酸酯；磷脂；具有高表面活性剂特性的合成的和/或天然的洗涤剂；脱氧胆酸酯；环糊精；离液序列高的盐；离子对试剂；以及它们的组合。两亲实体组分可以是不同两亲实体的混合物。本领域的那些技术人员将认识到，这是具有表面活性剂活性的物质的示例性的、而不是全面的清单。在有待根据本发明使用的合成纳米载体的产生中，可以使用任何两亲实体。
在一些实施方案中，合成纳米载体可以任选地包括一种或多种碳水化合物。碳水化合物可以是天然的或合成的。碳水化合物可以是衍生的天然碳水化合物。在某些实施方案中，碳水化合物包括单糖或二糖，包括但并不局限于：葡萄糖、果糖、半乳糖、核糖、乳糖、蔗糖、麦芽糖、海藻糖、纤维二糖(cellbiose)、甘露糖、木糖、阿拉伯糖、葡糖醛酸、半乳糖醛酸、甘露糖醛酸、葡糖胺、半乳糖胺、以及神经氨酸。在某些实施方案中，碳水化合物是一种多糖，包括但并不局限于：支链淀粉、纤维素、微晶纤维素、羟丙基甲基纤维素(HPMC)、羟基纤维素(HC)、甲基纤维素(MC)、右旋糖酐、环葡聚糖、糖原、羟乙基淀粉、卡拉胶、多聚糖(glycon)、直链淀粉、壳聚糖、N，O-羧甲基壳聚糖、藻胶和海藻酸、淀粉、甲壳质、菊糖、魔芋、葡萄甘露聚糖(glucommannan)、石耳素、肝素、透明质酸、凝胶多糖、以及黄原胶。在实施方案中，发明合成纳米载体并不包括(或特异性排除)碳水化合物，如多糖。在某些实施方案中，该碳水化合物可以包括一种碳水化合物衍生物，如一种糖醇，包括但并不局限于：甘露醇、山梨醇、木糖醇、赤藓糖醇、麦芽糖醇、以及乳糖醇。
根据本发明的组合物可以包括与药学上可接受的赋形剂结合的发明合成纳米载体或疫苗构建体。可以使用常规药学制造和配制技术制造该组合物，以实现有用的剂型。在一个实施方案中，发明合成纳米载体悬浮在无菌盐水中，用于与防腐剂一起注射。在实施方案中，典型的发明的组合物可以包括赋形剂，这些赋形剂包括无机或有机缓冲剂(例如磷酸、碳酸、乙酸、或柠檬酸的钠盐或钾盐)和pH调节剂(例如盐酸、氢氧化钠或氢氧化钾、柠檬酸或乙酸的盐、氨基酸和它们的盐)、抗氧化剂(例如抗坏血酸、α-生育酚)、表面活性剂(例如聚山梨醇20、聚山梨酯80、聚氧乙烯9-10壬基酚、去氧胆酸钠)、溶液和/或低温/冻干稳定剂(例如蔗糖、乳糖、甘露醇、海藻糖)、渗透调节剂(例如盐类或糖类)、抗细菌剂(例如苯甲酸、苯酚、庆大霉素)、防沫剂(例如聚二甲基硅酮)、防腐剂(例如硫柳汞、2-苯氧乙醇、EDTA)、聚合物稳定剂和粘度调节剂(例如聚乙烯吡咯酮、泊洛沙姆488、羧甲基纤维素)、以及共溶剂(例如甘油、聚乙二醇、乙醇)。
使用多种方法，包括但并不局限于C.Astete(阿斯泰特)等人，“Synthesis andcharacterization of PLGA nanoparticles”，生物材料科学-聚合物版，17卷，No.3，pp.247-289(2006)；K.Avgoustakis(艾格兹塔吉斯)，“Pegylated Poly(Lactide)and Poly(Lactide-Co-Glycolide)Nanoparticles：Preparation，Properties and PossibleApplications in Drug Delivery”，当代药物传输，1：321-333(2004)；C.Reis(里斯)等人，“Nanoencapsulation I.Methods for preparation of drug-loaded polymericnanoparticles”，纳米医学，2：8-21(2006)，根据本发明的MHC II结合肽可以被包封在合成纳米载体中。可以使用适合的将物质(如肽)包封在合成纳米载体中的其他方法，包括而不限于在Unger(安格)的美国专利6,632,671，2003年10月14日中披露的方法。在另一个实施方案中，如在M.Singh(辛格)等人，“Anionic microparticles are a potent deliverysystem for recombinant antigens from Neisseria meningitidis serotype B”，药物科学杂志，2月；93(2)：273-82(2004)中大致说明的那样，可以将MHC II结合肽吸附到合成纳米载体的表面。
在实施方案中，根据本发明的组合物可以包括抗原和/或佐剂。在实施方案中，根据本发明的疫苗可以包括与抗原和/或佐剂在一起的发明组合物。在别处说明了在实践本发明中有用的不同类型的抗原和/或佐剂。如在别处说明的那样，发明组合物的MHC II结合肽可以被共价地或非共价地偶联到抗原和/或佐剂上，或者它们可以与抗原和/或佐剂混合。在别处说明了用于偶联或混合物质的一般技术；这样的技术可以适用于将发明组合物的MHC II结合肽偶联到抗原和/或佐剂上，或者将这些肽与抗原和/或佐剂混合。关于可供使用的共价结合方法的详细说明，参见Hermanson(赫曼森)G T，“BioconjugateTechniques”，第二版，学术出版社，2008。除了共价连接以外，可以通过到预先形成的载体(例如合成纳米载体)上的吸附、或者通过在形成载体(如合成纳米载体)过程的包封来完成偶联。在一个优选的实施方案中，发明组合物的MHC II结合肽被偶联到合成纳米载体上，这些载体还偶联到抗原和/或佐剂上。
可以使用本领域已知的各种各样的方法制备合成纳米载体。例如，可以通过如纳米沉淀、使用流体通道的流动聚焦、喷雾干燥、单和双乳液溶剂蒸发、溶剂萃取、相分离、研磨、微乳液步骤、微制造、纳米制造、牺牲层、简单和复杂凝聚法的方法、以及本领域的那些普通技术人员熟知的其他方法形成合成纳米载体。可替代地或另外地，已经说明了用于单分散半导体，传导性的、磁性的、有机的、以及其他纳米材料的水性和有机溶剂合成(Pellegrino(佩莱格里诺)等人，2005，小物质，1：48；Murray(莫雷)等人，2000，材料科学年度评论，30：545；以及Trindade(特林达德)等人，2001，材料化学，13：3843)。在文献中已经说明了另外的方法(参见，例如Doubrow(都布罗)，Ed.，“Microcapsules andNanoparticles in Medicine and Pharmacy，”CRC Press，Boca Raton(波卡瑞顿)，1992；Mathiowitz(马西威兹)等人，1987，控释杂志，5：13；Mathiowitz(马西威兹)等人，1987，Reactive Polymers，6：275；以及Mathiowitz(马西威兹)等人，1988，应用聚合物科学杂志，35：755，以及还有美国专利5578325和6007845)。
使用多种方法通过包封在如所希望的合成纳米载体中可以偶联不同的物质，这些方法包括但并不局限于C.Astete(阿斯泰特)等人，“Synthesis and characterization ofPLGA nanoparticles”，生物材料科学-聚合物版，Vol.17，No.3，pp.247-289(2006)；K.Avgoustakis(艾格兹塔吉斯)，“Pegylated Poly(Lactide)and Poly(Lactide-Co-Glycolide)Nanoparticles：Preparation，Properties and Possible Applications inDrug Delivery”，当代药物传输，1：321-333(2004)；C.Reis(里斯)等人，“Nanoencapsulation I.Methods for preparation of drug-loaded polymericnanoparticles”，纳米医学，2：8-21(2006)。可以使用适合用于将物质(例如寡核苷酸)包封在合成纳米载体中的其他方法，包括而不限于在Unger(安格)的美国专利6,632,671(2003年10月14日)中披露的方法。
在某些实施方案中，通过纳米沉淀工艺或喷雾干燥来制备合成纳米载体。可以改变在制备合成纳米载体中使用的条件以产生具有希望的大小和特性(例如疏水性、亲水性、外部形态学、“粘性”、形状、等)的颗粒。制备合成纳米载体的方法和使用的条件(例如溶剂、温度、浓度、空气流速等)可以取决于有待偶联到合成纳米载体上的物质和/或该聚合物基质的构成。
如果通过任何以上方法制备的颗粒具有在希望的范围外的大小范围，那么可以按大小分类这些颗粒，例如使用一个筛。
应当理解可以按任何合适的方式制造这些本发明的组合物，并且本发明绝不局限于可以使用在此说明的方法生产的组合物。适当方法的选择可能需要注意被缔合的特定部分的特性。
在一些实施方案中，在无菌条件下制造发明合成纳米载体，或将其最终灭菌。这可以确保生成的组合物是无菌的并且非传染性的，因此当与有菌组合物比较时提高了安全性。这提供了有价值的安全措施，特别是当接受合成纳米载体的受试者具有免疫缺陷、正在遭受感染，和/或对感染敏感时。在一些实施方案中，发明合成纳米载体可以被冻干并储存在悬浮液中、或作为冻干粉末而储存，这取决于针对不丧失活性的延长时段的配制策略。
可以通过许多给药途径给予发明组合物，包括但并不局限于：肠胃外(例如皮下、肌内、静脉内、或真皮内)给药；口服给药、经鼻给药、经粘膜给药、直肠给药、眼部给药、或经皮给药。
E.实例
通过参考以下实例，本发明将更易于理解，包括这些实例仅为了说明本发明的某些方面和实施方案，而不是作为限制。
本领域的那些技术人员将理解的是，可以配置刚说明的实施方案的不同改编和修改，而不偏离本发明的范围和精神。以很多具体的模式并且根据在此说明的本发明的说明，可以由本领域的一位技术人员应用在本领域已知的其他适合的技术和方法。
因此，应当理解的是，可以不同于如在此具体说明来实践本发明。以上说明旨在是说明性的，而不是限制性的。在回顾以上说明时，许多其他实施方案对于本领域的那些技术人员而言将是显而易见的。因此，应当参考随附的权利要求、连同赋予这样的权利要求的等同物的全范围来确定本发明的范围。
实例1：产生通用的记忆肽
为了产生嵌合肽，使用Immune Epitope Database(IEDB)(http：//www.immuneepitope.org/)T细胞表位预测工具进行II类表位预测。对于每种肽，该预测工具产生用于三种方法(ARB、SMM_align和Sturniolo)中的每一种的百分等级。通过比较这些肽的得分与选自SWISSPROT数据库的五百万随机的15mers的肽的得分而产生等级。然后这三种方法的百分等级的中位数被用来产生一致法的等级。使用衍生自或获自不同来源的序列，可以产生有待使用一致法评估的肽，这些来源包括能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。在别处已经说明了这样的感染性生物的实例。
在一个具体的实施方案中，从破伤风毒素、白喉毒素或腺病毒中选择单独的蛋白质和肽表位，并且分析这些表位以鉴定预测的HLA-DR和HLA-DP表位。为了全蛋白质分析，基于一致性等级(预测的高亲和力结合剂)、以及跨HLA-DR等位基因的宽覆盖度来选择HLA-DR预测表位。此外，选择了对于HLA-DP0401和DP0402是预测的高亲和力结合剂的表位。选择用于DP的这两个等位基因，因为发现它们在北美人群中具有高百分比(大约75％)。基于来自单独的表位的结果，在某些实施方案中，产生了将给出预测的最宽覆盖度、以及高亲和力结合的嵌合肽。参见图15-16。如在图15中所示，与只具有A或B但不是这二者的组合物相比，可以产生具有更宽的预测覆盖度和更高亲和力的结合的具有A-x-B形式的组合物。
在一些情况下，在肽的接合处插入组织蛋白酶切割位点。合成了嵌合肽(GenScript(金斯瑞生物科技有限公司))并且再悬浮于水中，备用。
虽然以上说明的具体实施方案用来生产包括HLA-DR和HLA-DP结合肽的优化组合物，相同的技术可以用来生产包括HLA-DQ结合肽的优化组合物。
实例2：核心氨基酸序列评估
通过截短分析针对核心结合表位已经评估了HLA-DP和HLA-DR特异性表位两者(1，2)。已经发现，对于特异性HLA-II类蛋白的选择性的核心氨基酸序列在一些表位中是共有的。这样的一个实例是已经鉴定的构成针对HLA-DP4的肽结合特异性的一个超型的共同核心结合结构(3)。有可能的是，这些核心氨基酸保持允许高亲和力结合的结构构型。其结果是，有可能置换具有类似化学性质的非核心区氨基酸而不抑制结合II类的能力(4)。这可以使用替换分析法然后使用表位结合预测程序用实验方法来显示。为了进行该分析，引入了单独的氨基酸置换，并且使用IEDB T细胞结合预测工具确定对II类的预测的亲和力结合(参见图20)。
在这一情况下，显示了两个实例，其中在部分A，在一个腺病毒表位中的高达70％的置换并没有破坏用于结合DP4的亲和力。部分B展示了在破伤风类毒素表位中高达70％的置换，这些置换并不抑制它的对HLADR0101或HLADR0404(是DR等位基因的代表)的预测的结合。因此，通过修饰氨基酸序列产生具有宽的HLA覆盖度的高亲和力嵌合肽并不破坏肽结合MHC II的亲和力。此外，如在这一实例中所证明，通过置换氨基酸，可以实现改进的肽的预测亲和力。
虽然以上说明的具体实施方案用来例证包括HLA-DR或HLA-DP结合肽的优化组合物，相同技术可以用来生产包括HLA-DQ结合肽的优化组合物。
参考文献：
1.Truncation analysis of several DR binding epitopes。O′Sullivan(苏利文)D，Sidney(西德尼)J，Del(德尔)Guercio(格思欧)MF，Colón(科隆)SM，Sette(舍塔)A。免疫学杂志。1991年二月15日；46(4)：1240-6。
2.Adenovirus hexon T-cell epitope is recognized by most adults and isrestricted by HLA DP4，the most common class II allele.Tang(唐)J，Olive(奥利弗)M，Champagne(香槟)K，Flomenberg(弗洛门伯格)N，Eisenlohr(艾森罗尔)L，Hsu(徐)S，Flomenberg(弗洛门伯格)P。基因治疗、2004年九月；11(18)：1408-15。
3.HLA-DP4，the most frequent HLA II molecule，defimes a new supertypeofpeptide-binding specificity。Castelli(卡斯特里)FA，Buhot(布霍)C，Sanson(桑森)A，Zarour(萨鲁尔)H，Pouvelle(普维列)-Moratille(莫拉蒂列)S，Nonn(农内)C，Gahery(加埃里)-Ségard(塞加德)H，Guillet(吉列特)JG，Ménez(梅内)A，Georges(乔治斯)B，Maillère(梅列热)B。免疫学杂志。2002年十二月15日；169(12)：6928-34。
4.Prediction of CD4(+)T cell epitopes restricted to HLA-DP4molecules。Busson(布森)M，Castelli(卡斯特里)FA，Wang(王)XF，Cohen(科恩)WM，Charron(查伦)D，Ménez(梅内)A，Maillère(梅列热)B。免疫学方法。2006年12月20日；317(1-2)：144-51
实例3：肽评估
针对以下各项评估了包括嵌合表位肽的发明组合物：(1)回忆应答的效能；(2)针对随机人群抽样人群(N＝20)的回忆应答的频率；以及(3)在个体(N＝20)内的抗原特异性记忆T细胞的频率。
通过在体外用肽刺激人类PBMC 24小时并且然后用流式细胞术分析这些细胞来评估单个表位和嵌合表位的效能。活化的CD4中心记忆T细胞具有以下表型：CD4+CD45RAlowCD62L+IFN-γ+。为了估计在人群中对选择的表位的特异性回忆应答的频率，对于20名外周血供者评估了细胞因子表达的诱导。
简要地，从研究血液部门(剑桥)获得全血。在磷酸盐缓冲盐水(PBS)中1∶1稀释血液，并且然后将35mL覆盖在50mL管中的12mLs的菲柯尔-帕克溶液(ficoll-paque premium)(通用电气医疗集团)的顶部。在1400RPM旋转管30分钟，并且收集过渡相PBMC，在具有10％胎牛血清(FCS)的PBS中稀释，并且在1200rpm旋转10分钟。将细胞再悬浮在细胞冷冻介质(来自西格玛公司)中，并且立即在-80℃冷冻过夜。为了长期储存，将细胞转移至液氮中。如所需要将细胞解冻(37℃水浴)并且再悬浮于具有10％FCS的PBS中，旋转沉降并且再悬浮于培养基(RPMI[cellgro])中至5X 106个细胞/mL，该培养基添加有5％热灭活的人血清(西格玛公司)1-谷氨酰胺、青霉素和链霉素。
为了记忆T细胞回忆应答测定，在37℃ 5％CO2条件下，用4μM的根据本发明的肽(获自金斯瑞生物科技有限公司)在24孔板中培养细胞2小时。然后每mL的培养物添加一微升布雷菲德菌素(Golgiplug，BD)，并且将细胞放回37℃培养箱，放置4-6小时。然后将细胞转移至低温(27℃)培养箱(5％CO2)过夜，并且然后处理用于流式细胞术分析。通过用CD4-FITC、CD45RA-PE、CD62L-Cy7PE(BD)孵育细胞之后进行膜渗透和固定(BD)来进行活化记忆T细胞的检测。使用干扰素-γ-APC单克隆(BioLegend公司)检测干扰素-γ的细胞内表达。然后使用FACSCalibre流式细胞仪和Cellquest软件分析200,000-500,000个细胞。如果它们是CD4+、CD45RA中(CD45RAmedium)、CD62高(CD62Lhigh)以及IFN-γ阳性，那么将细胞评分为阳性。
显示被嵌合肽活化的流式细胞术数据的一个代表性实例显示于图1中，并且所有数据的概要显示于图2中。
数据显示：(1)与仅有的单独的肽相比，根据本发明的嵌合肽活化了更高数量的中心记忆T细胞，并且嵌合肽TT830pmglpDTt(含有一个组织蛋白酶切割位点)给出了最高应答。(2)与单独的肽相比，发明嵌合肽取得来自更多人的回忆应答，其中TT830pmglpD在20/20个供者中是阳性的(图3)。(3)与仅有它的单独的组分(TT830和DT)相比，含有一个组织蛋白酶切割位点的嵌合肽TT830pmglpDTt是更具有活性的，并且比相同但是没有切割位点的肽(TT830DT)更好，提示添加组织蛋白酶切割位点到发明嵌合肽中可以提供增强的回忆应答。(4)数据证实了显示在图15中的T细胞表位预测分析。该分析预测的是，由T830和DT表位两者组成的嵌合肽(TT830DTt)将会提供跨宽范围的HLA-DR等位基因的最高结合亲和力，并且包含组织蛋白酶切割位点(TT830pmglpDTt)增强了该应答。与单独AdV表位相比，添加TT830或TT950至DP特异性表位AdV并没有提高阳性应答细胞的数量。AdVTT830的高亲和力和宽覆盖度是由于在AdV和TT830接合处一个新表位的产生。虽然它们可以产生高亲和力的预测，新表位在免疫的个体中将不诱导记忆回忆应答。在表位之间包含一个组织蛋白酶切割位点消除了新表位。在一种情况下，插入一个组织蛋白酶切割位点消除了AdV表位(AdVpTT830)的活性，可能是由于证实的改变使该表位不适合于II类结合。
实例4：测试肽活化的记忆T细胞
当用特异性肽再活化时，早期中心记忆T细胞表达多种细胞因子(L-2、TNF-α、IFN-γ)，而定型的效应记忆T细胞被考虑为选择性表达针对TH2定型的效应细胞记忆的IL-4、以及针对TH1定型的效应细胞记忆的IFN-γ。使用树突细胞/CD4细胞共培养的多色细胞内细胞因子分析来测试肽活化的记忆T细胞的状态。
使用阴性选择磁珠(戴诺生物技术有限公司)分离人外周血单核细胞，并且在GM-CSF和IL-4存在下培养1周，以便诱导分化成树突细胞。使用磁珠分离(戴诺生物技术有限公司)分离同种异体CD4T细胞，并且在DC存在下，在存在或缺乏肽的情况下共培养。来自那个点的刺激和分析的试验计划与以上在实例2中说明的PBMC的试验计划相同。
用肽TTg30DT(SEQ.ID号7)和TT830pDTt(TT830pmglpDTTrunc或SEQ.ID号13)刺激导致TNF-α和IFN-γ的表达增加，而IL-4不增加(图4、5)。多色流式细胞术显示TT830DTt和TT830pDTt两者处理的PBMC具有肽诱导的TNF-(和IFN-γ的共表达，而不是TNF-α和IL-4的共表达(图6)，提示早期中心记忆T细胞被活化。
构建了一系列的嵌合肽，它们含有来自DP4特异性腺病毒表位的序列、连同来自TT和DT的HLA-DR表位，在这些表位之间具有或不具有组织蛋白酶连接物(图8)。如以上说明的那样，在37℃和5％CO2条件下，用4μM的根据本发明的肽(获自金斯瑞生物科技有限公司)在24孔板中培养细胞2小时。然后每mL的培养基添加一微升布雷菲德菌素(Golgiplug，BD)，并且将细胞放回37℃培养箱，放置4-6小时。然后将细胞转移至低温(27℃)培养箱(5％CO2)过夜，然后处理用于流式细胞术分析。通过用CD4-FITC、CD45RA-PE、CD62L-Cy7PE(BD)孵育细胞之后进行膜渗透和固定(BD)而进行活化记忆T细胞的检测。使用干扰素-γ-APC单克隆(BioLegend)检测干扰素-γ的细胞内表达。然后使用FACSCalibre流式细胞仪和Cellquest软件分析200,000-500,000个细胞。如果它们是CD4+、CD45RA中、CD62高以及IFN-γ阳性，那么将细胞评分为阳性。对4个供者记忆T细胞回忆应答的分析显示，与对含有‘kvsvr’组织蛋白酶切割位点的异源三聚体肽(AdVkDTt、AdVkTT950)的供者应答相比，单独的肽、和缺乏组织蛋白酶切割位点的异源二聚体肽产生了更弱的应答。此外，含有AdV、DT、和TT表位的异源三聚体肽(TT830DTAdV)在所有4名供者中也显示了回忆应答。
实例5：修饰MHC II结合肽以调整物理性质
如在图7中所示，产生了一系列的修饰的TT830pDTt(SEQ ID号13)序列以改变肽的特性。在别处已经说明了这些类型的修饰的总体范围和性质。修饰肽的初始目标在于：1)改进水溶解性(更低的GRAVY-总平均亲水性)，2)通过修饰N-和/或C-末端氨基酸来改变pI，3)改变内部连接(Cat S切割PMGLP)，并且以改变外部和内部连接两者。4)理解通过借助改变至组织蛋白酶B切割或产生替代的肽分解过程来修饰Cat S结合位点在内涵体腔(endosomal compartment)中加工肽的重要性。
此外，产生了AdVkDT序列的变化以改变肽的疏水性并且减少pI至接近中性pH。根据与在AdV衍生的表位的N-末端之前的天然氨基酸序列的相似性而部分地引导序列添加至N-末端。
AdVkDTd1 EESTLLYVLFEVkvsvrQSIALSSLMVAQK(30)，pI＝6.6-7.1(seq 71)
AdVkDTd2 ESTLLYVLFEVkvsvrQSIALSSLMVAQKE(30)，pI＝6.6-7.1(seq 72)
AdVkDTd3 KESTLLYVLFEVkvsvrQSIALSSLMVAQE(30)，pI＝6.6-7.1(seq 73)
显示了针对AdVkDT的变体(SEQ ID号71-73)的结果(图10)。与未刺激的(NS)对照相比，在来自3个不同的供者的所有试验中，AdVkDT变体(SEQ ID号71-73)诱导了强的回忆应答。
实例6：流行性感冒病毒特异性记忆肽
作为根据本发明的特异性单病原体优化的组合物的一个实例，使用美国国家健康研究院的Blast程序和来自http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi的数据库，结合使用免疫表位数据库(IEDB)(http：//www.immuneepitope.org/)T细胞表位预测工具的II类表位预测，鉴定了在A型流行性感冒病毒、A和B型流行性感冒病毒、或A、B、和C型流行性感冒病毒中是高度保守的泛HLA-DR表位(图11和12)。在图17-19中显示了单独的表位和嵌合表位的T细胞表位预测结果，并且测试了具有预测的高亲和力的嵌合表位产生记忆T细胞应答的能力。简要地：在37℃ 5％CO2条件下，用4μM的肽在24孔板中培养PBMC2小时。然后添加布雷菲德菌素A，并将细胞放回37℃培养箱中，放置4-6小时。然后将细胞转移至低温(27℃)培养箱(5％CO2)过夜，然后处理用于流式细胞术分析。通过用CD4-FITC、CD45RA-PE、CD62L-Cy7PE(BD)孵育细胞来进行活化记忆T细胞的检测。然后使用FACSCalibre流式细胞仪和Cellquest软件分析200,000-500,000个细胞。如果它们是CD4+、CD45RA中、CD62高以及IFN-γ阳性，那么将评分为阳性。
单独的表位：
嵌合表位：
在图11中显示了嵌合的流行性感冒病毒肽序列。在图12中显示了来自5个PBMC供者的T细胞记忆回忆应答。对于嵌合表位AAWkAAT、AATkABW2，、3120tkAAT、以及ABW2kAAT，记忆T细胞回忆应答是阳性的，但是在非嵌合H5限制性泛HLA-DR表位ABW9中不是阳性的。这些数据显示，在诱导记忆回忆应答中，含有流行性感冒病毒特异性肽的四个发明的嵌合保守表位是活性的。
实例7：合成纳米载体配制品(预示的)
根据Gerster(盖斯特)等人的美国专利5,389,640的实例99中提供的合成，合成了瑞喹莫德(aka R848)。使用常规结合策略，在塞莱克塔生物科学公司(SelectaBiosciences)制备了PLA-PEG-烟碱结合物。通过使用D，L-丙交酯(MW＝大约15KD-18KD)的开环聚合制备了PLA。通过NMR证实了PLA结构。从VWR科技产品公司(VWR scientific)购买聚乙烯醇(Mw＝11KD-31KD，85％水解)。这些用来制备以下溶液：
1.在二氯甲烷中的瑞喹莫德@7.5mg/mL
2.在二氯甲烷中的PLA-PEG-烟碱@100mg/mL
3.在二氯甲烷中的PLA@100mg/mL
4.在水中的肽@10mg/mL，该肽具有以下序列：ILMQYIKANSKFIGIPMGLPQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号13)
5.在水中的聚乙烯醇@50mg/mL。
将溶液#1(0.4mL)、溶液#2(0.4mL)、溶液#3(0.4mL)和溶液#4(0.1mL)合并在小的管形瓶中，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以50％振幅处将该混合物声处理40秒。向这一乳液添加溶液#5(2.0mL)，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以35％振幅将其声处理40秒，形成了第二乳液。将这一乳液添加至一个含有水(30mL)的烧杯中，并且在室温下将这一混合物搅拌2小时以形成纳米载体。用水(14mL)稀释一部分纳米载体分散体(1.0mL)，并且通过在一台具有100KD的薄膜截留分子量的Amicon Ultra离心过滤装置中进行离心将其浓缩。当体积大约为250μL时，添加水(15mL)，并且使用该Amicon装置将这些颗粒再一次浓缩至大约250μL。用磷酸盐缓冲盐水(pH＝7.5，15mL)以相同方式进行洗涤二次，并且用磷酸盐缓冲盐水稀释最终浓缩物至总体积为1.0mL。这被预期为提供具有大约2.7mg/mL浓度的最终纳米载体分散体。
实例8：合成纳米载体配制品(预示的)
根据Gerster(盖斯特)等人的美国专利5,389,640的实例99中提供的合成，合成了瑞喹莫德(aka R848)。在塞莱克塔生物科学公司(Selecta Biosciences)制备了PLA-PEG-烟碱结合物。通过使用D，L-丙交酯(MW＝大约15KD-18KD)的开环聚合制备了PLA。通过NMR证实了PLA结构。从VWR科技产品公司(VWR scientific)购买聚乙烯醇(Mw＝11KD-31KD，85％水解)。这些用来制备以下溶液：
1.在二氯甲烷中的PLA-R848结合物@100mg/mL
2.在二氯甲烷中的PLA-PEG-烟碱@100mg/mL
3.在二氯甲烷中的PLA@100mg/mL
4.在水中的肽@12mg/mL，该肽具有以下序列：TLLYVLFEVNNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号5)
5.在水中的聚乙烯醇@50mg/mL。
将溶液#1(0.25mL至0.75mL)、溶液#2(0.25mL)、溶液#3(0.25mL至0.5mL)和溶液#4(0.1mL)合并在小的管形瓶中，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以50％振幅将该混合物声处理40秒。向这一乳液添加溶液#5(2.0mL)，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以35％振幅将其声处理40秒，形成了第二乳液。将这一乳液添加至一个含有磷酸盐缓冲溶液(30mL)的烧杯中，并且在室温下搅拌这一混合物2小时以形成纳米颗粒。为了洗涤这些颗粒，将一部分纳米载体分散体(7.0mL)转移至一个离心管中，并且在5,300g旋转一小时，除去上清液，并且将沉淀再悬浮在7.0mL的磷酸盐缓冲盐水中。重复该离心步骤，并且将沉淀再悬浮在2.2mL的磷酸盐缓冲盐水中，以预期获得具有大约10mg/mL的最终纳米颗粒分散体。
实例9：发明组合物至载体蛋白的结合(预示的)
用另外的Gly-Cys在C-末端修饰一种肽(Seq ID号5)，用于经由在C-末端的Cys上的硫醇基结合至载体蛋白CRM197上。CRM197是在它的基本序列具有一个氨基酸改变的白喉毒素的无毒变异体。经由一个单个的核酸密码子改变，用谷氨酸取代存在于该分子的氨基酸位置52处的甘氨酸。由于这一改变，该蛋白质缺乏ADP-核糖基转移酶活性并且变得无毒。它具有58,408Da的分子量。
通过与过量的溴乙酸N-羟基琥珀酰亚胺酯(西格玛化工公司，圣路易斯，密苏里州)反应将CRM197的游离氨基溴乙酰化，将CRM197(15mg)溶解在1.0M NaHCO3(pH 8.4)中并且用冰冷却。将溴乙酸N-羟基琥珀酰亚胺酯溶液(在200μL二甲基甲酰胺(DMF)中，15mg)缓慢添加至CRM197溶液中，并且在室温下，在黑暗处轻轻混合2小时。然后通过经由用10K MWCO薄膜的透析进行渗滤来纯化生成的溴乙酰化的(活化的)蛋白质。通过使活化的CRM197与半胱氨酸反应，之后进行氨基酸分析并且定量生成的羧甲司坦(CMC)来确定溴乙酰化的程度。
将溴乙酰化的CRM197溶解在pH 9.0的1M碳酸钠/碳酸氢钠缓冲液中，并且在氩气下保持在2℃-8℃。将在pH 9.0的1M碳酸钠/碳酸氢钠缓冲液中的肽(TLLYVLFEVNNFTVSFWLRVPKVSASHLET-G-C(SEQ ID号：107；改性的SEQ ID号5))(10mg)的溶液添加至溴乙酰化的CRM197溶液中，并且在2℃-8℃搅拌该混合物15-20小时。然后在2℃-8℃用20倍摩尔过量的N-乙酰半胱氨酸给剩余的溴乙酰基团加帽4-8小时。然后在室温下通过在10K MWCO薄膜上的渗滤来对抗0.01M磷酸钠缓冲液/0.9％NaCl(pH 7.0)的渗滤，从而纯化生成的肽-CRM197结合物。通过SDS-PAGE，通过氨基酸分析收集并且分析渗余物、肽-CRM197结合物的蛋白质含量(Lowry(劳里)或Micro-BCA比色测定)、以及在小鼠中的免疫原性。
实例10：发明组合物与包括抗原的常规疫苗的混合物(预示的)
通过使用D，L-丙交酯(MW＝大约15KD-18KD)的开环聚合制备了PLA。通过NMR证实了PLA结构。从VWR科技产品公司(VWR scientific)购买聚乙烯醇(Mw＝11KD-31KD，87％-89％水解)。这些用来制备以下溶液：
1.在二氯甲烷中的PLA@100mg/mL
2.在二氯甲烷中的PLA-PEG@100mg/mL
3.在水溶液中的肽@10mg/mL，该肽具有SEQ ID号91的序列
4.在水或磷酸盐缓冲液中的聚乙烯醇@50mg/mL。
将溶液#1(0.5至1.0mL)、溶液#2(0.25至0.5mL)、和溶液#3(0.05至0.3mL)合并在玻璃压力管中，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以50％振幅将该混合物声处理40秒。向这一乳液中添加溶液#4(2.0至3.0mL)，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以30％振幅将其声处理40至60秒，形成了第二乳液。将这一乳液添加至一个含有磷酸盐缓冲溶液(30mL)的烧杯中，并且在室温下搅拌这一混合物2小时以形成纳米载体。为了洗涤这些颗粒，将一部分纳米载体分散体(27.0mL至30.0mL)转移至一个离心管中，并且在21,000g旋转45分钟，除去上清液，并且将沉淀再悬浮在30.0mL的磷酸盐缓冲盐水中。重复该离心步骤并且将沉淀再悬浮在8.1-9.3mL的磷酸盐缓冲盐水中。
离心4mL的等分部分的悬浮的合成纳米颗粒以沉降合成纳米载体。弃去上清液并且添加0.5mL的三价的流行性感冒病毒疫苗的悬浮液。搅拌联合疫苗以再悬浮纳米载体，并且在使用以前将生成的悬浮液储存在-20℃下。
实例11：发明组合物至金纳米载体的偶联(预示的)
步骤1.形成金纳米载体(AuNCs)：在一个装备有冷凝器的1L圆底烧瓶中，在有力搅拌下加热500mL的1mM HAuCl4的水溶液以回流10分钟。然后向搅拌的溶液迅速添加50mL的40mM的柠檬酸三钠溶液。将生成的深酒红色溶液保持回流25-30分钟，然后停止加热，并且冷却该溶液至室温。然后通过一个0.8μm薄膜过滤该溶液，以给出AuNCs溶液。使用可见光谱学和透射电子显微术表征AuNCs。AuNCs为ca.20nm直径，用柠檬酸盐加帽，在520nm具有峰值吸收。
步骤2.至AuNCs的直接肽结合：按以下步骤，将实例9的C-末端肽(含有C-末端半胱氨酸的SEQ ID号5的肽)偶联至AuNCs上：将145μl的肽溶液(10μM，在10mM的pH 9.0的碳酸盐缓冲液中)添加至1mL的20nm直径的柠檬酸盐加帽的金纳米颗粒(1.16nM)中，以产生为2500∶1的硫醇与金的摩尔比。在室温下在氩气下将该混合物搅拌1小时，以允许在金纳米颗粒上的硫醇与柠檬酸盐的完全交换。然后通过在12,000g离心30分钟来纯化肽-AuNCs结合物。滗出上清液，并且将含有肽-AuNCs的沉淀再悬浮于1mL的WFI水中，用于进一步分析和生物测定。
实例12：使用实例5的修饰组合物的合成纳米载体
根据Gerster(盖斯特)等人的美国专利5,389,640的实例99中提供的合成，合成了瑞喹莫德(aka R848)，并且使用酰胺连接物将其结合到PLGA上，形成了PLGA-R848。从湖岸生物材料公司(Lakeshore Biomaterials)购买PLGA(IV 0.10dL/g)和PLA(IV 0.21dL/g)。使用常规结合策略，在塞莱克塔生物科学公司(Selecta Biosciences)制备了PLA-PEG-烟碱结合物。从JT贝克化学公司(JT Baker)购买聚乙烯醇(Mw＝11KD-31KD，87％-89％水解)。
这些用于制备以下溶液：
1.在二氯甲烷中的PLA-R848@100mg/mL
2.在二氯甲烷中的PLA-PEG-烟碱@100mg/mL
3.在二氯甲烷中的PLA@100mg/mL
4.在包括10％DMSO、50％乳酸USP和40％的水的溶液中的肽@10mg/mL，该肽具有以下序列：EESTLLYVLFEVKVSVRQSIALSSLMVAQK(SEQ ID号：71)
5.在pH 8的磷酸盐缓冲液中的聚乙烯醇@50mg/mL
将溶液#1(0.5mL)、溶液#2(0.25mL)、和溶液#3(0.25mL)合并，并且将溶液#4(0.25mL)到一个小容器中，并且使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以50％振幅将该混合物声处理40秒。向这一乳液添加溶液#5(2.0mL)。使用Branson(布兰森)数字超声波仪250以30％振幅将该混合物声处理40秒，以形成第二乳液。然后将这一乳液添加至含有正在搅拌的70mM的pH 8的磷酸盐缓冲溶液(30mL)的50mL烧杯中，并且然后在室温下搅拌2小时，以形成合成纳米载体。
为了洗涤这些合成纳米载体，将一部分合成纳米载体分散体(27.5mL)转移至一个50mL离心管中，并且在4℃下在9500rpm(13,800g)旋转一小时，除去上清液，并且将沉淀再悬浮在27.5mL的PBS(磷酸盐缓冲盐水)中。重复该基于离心的洗涤步骤，并且将沉淀再悬浮在8.5g的磷酸盐缓冲盐水中，用于获得10mg/mL的标称的合成纳米载体分散体浓度。进行实际浓度的重量分析测定，并且随后在PBS中调整该浓度至5mg/mL。
通过在C57BL6小鼠中的接种研究来确定合成纳米载体配制品的免疫原性。根据一个时间表(最初在第0天，随后在第14天和28天追加)皮下注射到初次接受试验的C57BL6小鼠(每组5只小鼠)的后足(hind pad)中来进行接种。对于每次接种，总计注射100μg的纳米载体，每一后肢50μg。在第26、40、55、和67天收集血清。确定血清的抗烟碱抗体效价作为EC50值。以类似方式利用具有相同聚合物配方的合成纳米载体接种对照组，结合已知的鼠MHC II结合肽(卵清蛋白323-339酰胺)作为阳性对照，或者没有任何MHC II结合肽。数据显示于图13中。
实例13：使用发明组合物的合成纳米载体
从湖岸生物材料公司(Lakeshore Biomaterials)购买PLGA(5050 DLG 2.5A，IV0.25dL/g)。在塞莱克塔生物科学公司(Selecta Biosciences)制备了PLA-PEG-烟碱结合物。从JT贝克化学公司(JT Baker)购买聚乙烯醇(Mw＝11KD-31KD，87％-89％水解)。
这些用来制备以下溶液：
1.在二氯甲烷中的PLGA@100mg/mL
2.在二氯甲烷中的PLA-PEG-烟碱@100mg/mL
3.在包括在水中10％DMSO的溶剂中的肽@4mg/mL，该肽具有以下序列：ILMQYIKANSKFIGIPMGLPQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：13)
4.在pH 8的磷酸盐缓冲液中的聚乙烯醇@50mg/mL
在将溶液#3(0.25mL)添加到一个小容器中之前，将溶液#1(0.375mL)和溶液#3(0.125mL)合并并且用0.50mL的二氯甲烷稀释，然后使用一台Branson(布兰森)数字超声波仪250以50％振幅将该混合物声处理40秒。向这一乳液添加溶液#4(3.0mL)。使用Branson(布兰森)数字超声波仪250以30％振幅将该混合物声处理60秒，以形成第二乳液。然后将这一乳液添加至含有正在搅拌的70mM的pH 8的磷酸盐缓冲溶液(30mL)的50mL烧杯中，然后在室温下搅拌2小时，以形成合成纳米载体。
为了洗涤这些颗粒，将一部分合成纳米载体分散体(29mL)转移至一个50mL离心管中，并且在4℃下在21,000rcf旋转45分钟，除去上清液，并且将沉淀再悬浮在29mL的PBS(磷酸盐缓冲盐水)中。重复该基于离心的洗涤步骤，并且将沉淀再悬浮在在4.4g的PBS中，用于获得10mg/mL的标称的合成纳米载体分散体浓度。进行实际浓度的重量分析测定，并且随后在PBS中调整该浓度至5mg/mL。
通过在BALB/c小鼠中的接种研究来确定合成纳米载体配制品的免疫原性。刚好在注射之前，将合成纳米载体与鼠活性CpG佐剂、PS-1826混合。根据一个时间表(最初在第0天，随后在第14天和28天追加)皮下注射到初次接受试验的BALB/c小鼠(每组5只小鼠)的后足中来进行接种。对于每次接种，总计注射100μg的合成纳米载体和20μg的PS-1826，在后肢之间等量分配。在第26和40天采集血清。确定血清的抗烟碱抗体效价，作为EC50值。以类似方式利用具有类似聚合物配方的合成纳米载体接种对照组，其中阳性对照合成纳米载体结合有已知的鼠MHC II结合肽(卵清蛋白323-339酰胺)，而阴性对照纳米载体缺乏MHC II结合肽。结果显示于图14中。
以下内容对应于母案申请中的原始权利要求书，现作为说明书的一部分并入此处：
1.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物或无连接物；
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
2.如项1所述的组合物，其中x包括一个连接物，该连接物包括一个酰胺连接物、一个二硫化物连接物、一个硫化物连接物、一个1，4-双取代的1，2，3-三唑连接物、一个硫酯连接物、一个酰肼连接物、一个亚胺连接物、一个硫脲连接物、一个脒连接物、或一个胺连接物。
3.如项1所述的组合物，其中x包括一个连接物，该连接物包括一个肽序列、一个溶酶体蛋白酶切割位点、一种生物可降解聚合物、一个取代或未被取代的烷、烯、芳香族或杂环连接物、一个pH敏感的聚合物、异双功能的连接物或一个低聚乙二醇间隔物。
4.如项1所述的组合物，其中x不包括连接物，并且A和B包括存在于该组合物中的一种混合物。
5.如项1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
6.如项5所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
7.如项1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
8.如项7所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
9.如项1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
10.如项9所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
11.如项1所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
12.如项11所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
13.如项1所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
14.如项13所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
15.如项1所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
16.如项15所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
17.如项1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽具有范围从5-mer至50-mer的长度。
18.如项17所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽具有范围从5-mer至30-mer的长度。
19.如项18所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽具有范围从6-mer至25-mer的长度。
20.如项1所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽具有范围从5-mer至50-mer的长度。
21.如项20所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽具有范围从5-mer至30-mer的长度。
22.如项21所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽具有范围从6-mer至25-mer的长度。
23.如项1所述的组合物，其中该天然HLA-DP结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动后，产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
24.如项1所述的组合物，其中该天然HLA-DQ结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
25.如项1所述的组合物，其中该天然HLA-DR结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
26.如项1所述的组合物，其中A和B包括获自或衍生自不同的感染性生物的肽序列。
27.如项1所述的组合物，其中A和B包括获自或衍生自相同的感染性生物的肽序列。
28.如项1所述的组合物，其中A和B包括具有不同的MHC II结合谱的肽。
29.如项1所述的组合物，其中A、x、或B包括增加A-x-B的水溶解性的序列或化学修饰，其中该序列或化学修饰包括亲水性N-和/或C-末端氨基酸以及疏水性N-和/或C-末端氨基酸的添加、以实现大约7.4的pI并且在大约pH 3.0实现净正电荷的氨基酸置换、以及对重排敏感的氨基酸置换。
30.如项1所述的组合物，其中该组合物包括：
A-x-B-y-C；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中y可以包括一个连接物或无连接物；
其中C包括第三MHC II结合肽，并且该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A、B、和C彼此不具有100％一致性。
31.如项30所述的组合物，其中y包括一个连接物，该连接物包括一个酰胺连接物、一个二硫化物连接物、一个硫化物连接物、一个1，4-双取代的1，2，3-三唑连接物、一个硫酯连接物、一个酰肼连接物、一个亚胺连接物、一个硫脲连接物、一个脒连接物、或一个胺连接物。
32.如项30所述的组合物，其中y包括一个连接物，该连接物包括一个肽序列、一个溶酶体蛋白酶切割位点、一种生物可降解聚合物、一个取代或未被取代的烷、烯、芳香族或杂环连接物、一个pH敏感的聚合物、异双功能的连接物或一个低聚乙二醇间隔物。
33.如项30所述的组合物，其中y不包括连接物，并且A-x-B和C包括存在于该组合物中的一种混合物。
34.如项30所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
35.如项34所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
36.如项30所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
37.如项36所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
38.如项30所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
39.如项38所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
40.如项30所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽具有范围从5-mer至50-mer的长度。
41.如项40所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽具有范围从5-mer至30-mer的长度。
42.如项41所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽具有范围从6-mer至25-mer的长度。
43.如项30所述的组合物，其中该天然HLA-DP结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
44.如项30所述的组合物，其中该天然HLA-DQ结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
45.如项30所述的组合物，其中该天然HLA-DR结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
46.如项30所述的组合物，其中A、B、和C各自包括获自或衍生自不同的感染性生物的肽序列。
47.如项30所述的组合物，其中A、B、和C各自包括获自或衍生自相同的感染性生物的肽序列。
48.如项30所述的组合物，其中A、B和C各自包括具有不同的MHC II结合谱的肽。
49.如项30所述的组合物，其中A、x、B、y、或C包括增加A-x-B-y-C的水溶解性的序列或化学修饰，其中该序列或化学修饰包括亲水性N-和/或C-末端氨基酸以及疏水性N-和/或C-末端氨基酸的添加、以实现大约7.4的pI并且在大约pH 3.0实现净正电荷的氨基酸置换、以及对重排敏感的氨基酸置换。
50.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物或无连接物；
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
51.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物或无连接物；
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
52.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物或无连接物；
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
53.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物，该连接物包括一个酰胺连接物、一个二硫化物连接物、一个硫化物连接物、一个1，4-双取代的1，2，3-三唑连接物、一个硫酯连接物、一个酰肼连接物、一个亚胺连接物、一个硫脲连接物、一个脒连接物、或一个胺连接物。
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
54.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物，该连接物包括一个肽序列、一个溶酶体蛋白酶切割位点、一种生物可降解聚合物、一个取代或未被取代的烷、烯、芳香族或杂环连接物、一个pH敏感的聚合物、异双功能的连接物或一个低聚乙二醇间隔物。
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
55.一种组合物，包括：
编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，
其中x包括无连接物、一个酰胺连接物或一个肽连接物，
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
56.如项55所述的组合物，其中x是包括溶酶体蛋白酶切割位点的肽连接物。
57.如项55所述的组合物，其中x是无连接物，并且A和B中各自由在该组合物中的一个分开的分离核酸编码。
58.如项55所述的组合物，其中x是无连接物，并且A和B由在该组合物中的相同的分离核酸编码。
59.如项55所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
60.如项59所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
61.如项55所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
62.如项61所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
63.如项55所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
64.如项63所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
65.如项55所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
66.如项65所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
67.如项55所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
68.如项67所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
69.如项55所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
70.如项69所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
71.如项55所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽具有范围从5-mer至50-mer的长度。
72.如项71所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽具有范围从5-mer至30-mer的长度。
73.如项72所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽具有范围从6-mer至25-mer的长度。
74.如项55所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽具有范围从5-mer至50-mer的长度。
75.如项74所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽具有范围从5-mer至30-mer的长度。
76.如项75所述的组合物，其中该第二MHC II结合肽具有范围从6-mer至25-mer的长度。
77.如项55所述的组合物，其中该天然HLA-DP结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
78.如项55所述的组合物，其中该天然HLA-DQ结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
79.如项55所述的组合物，其中该天然HLA-DR结合肽包括一个肽序列，该肽序列荻自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
80.如项55所述的组合物，其中A和B包括获自或衍生自不同的感染性生物的肽序列。
81.如项55所述的组合物，其中A和B包括获自或衍生自相同的感染性生物的肽序列。
82.如项55所述的组合物，其中A和B包括具有不同的MHC II结合谱的肽。
83.如项55所述的组合物，其中A、x、或B包括增加A-x-B的水溶解性的序列或化学修饰，其中该序列或化学修饰包括亲水性N-和/或C-末端氨基酸以及疏水性N-和/或C-末端氨基酸的添加、以实现大约7.4的pI并且在大约pH 3.0实现净正电荷的氨基酸置换、以及对重排敏感的氨基酸置换。
84.如项55所述的组合物，其中该组合物包括：
编码包括A-x-B-y-C的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B-y-C的组合物；
其中y是一个酰胺连接物、无连接物、或一个肽连接物，
其中C包括第三MHC II结合肽，并且该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A、B、和C彼此不具有100％一致性。
85.如项84所述的组合物，其中y是包括溶酶体蛋白酶切割位点的肽连接物。
86.如项84所述的组合物，其中y是无连接物，并且A-x-B和C由在该组合物中的两个或更多个分开的分离核酸编码。
87.如项86所述的组合物，其中x是一个酰胺连接物或一个肽连接物，并且A-x-B和C由在该组合物中的分开的分离核酸编码。
88.如项86所述的组合物，其中x是一个酰胺连接物或一个肽连接物，并且A-x-B和C由在该组合物中的相同的分离核酸编码。
89.如项84所述的组合物，其中x是无连接物，并且A、B和C各自由在该组合物中的一个分开的分离核酸编码。
90.如项84所述的组合物，其中x是无连接物，并且A、B和C由在该组合物中的相同的分离核酸编码。
91.如项84所述的组合物，其中x是无连接物，并且A和B由在该组合物中的相同的分离核酸编码，并且C由在该组合物中的一个分开的分离核酸编码。
92.如项84所述的组合物，其中x是无连接物，并且A和C由在该组合物中的相同的分离核酸编码，并且B由在该组合物中的一个分开的分离核酸编码。
93.如项84所述的组合物，其中x是无连接物，并且A-x-B和C由在该组合物中的相同的分离核酸编码。
94.如项84所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
95.如项94所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
96.如项84所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
97.如项96所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
98.如项84所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
99.如项98所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
100.如项84所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽具有范围从5-mer至50-mer的长度。
101.如项100所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽具有范围从5-mer至30-mer的长度。
102.如项101所述的组合物，其中该第三MHC II结合肽具有范围从6-mer至25-mer的长度。
103.如项84所述的组合物，其中该天然HLA-DP结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
104.如项84所述的组合物，其中该天然HLA-DQ结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
105.如项84所述的组合物，其中该天然HLA-DR结合肽包括一个肽序列，该肽序列获自或衍生自破伤风杆菌、乙型肝炎病毒、人疱疹病毒、流行性感冒病毒、痘苗病毒、EB病毒、水痘病毒、麻疹病毒、劳氏肉瘤病毒、巨细胞病毒、水痘带状疱疹病毒、腮腺炎病毒、白喉棒状杆菌、人腺病毒、天花病毒和/或能够感染人类并且在感染启动之后产生特异性针对感染性生物的人CD4+记忆细胞的感染性生物。
106.如项84所述的组合物，其中A、B、和C各自包括获自或衍生自不同的感染性生物的肽序列。
107.如项84所述的组合物，其中A、B、和C各自包括获自或衍生自相同的感染性生物的肽序列。
108.如项84所述的组合物，其中A、B和C各自包括具有不同的MHC II结合谱的肽。
109.一种组合物，包括：
编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，
其中x是一个酰胺连接物、无连接物、或一个肽连接物，
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽，
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
110.一种组合物，包括：
编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，
其中x是一个酰胺连接物、无连接物、或一个肽连接物，
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
111.一种组合物，包括：
编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，
其中x是一个酰胺连接物、无连接物、或一个肽连接物，
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽，
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
112.一种组合物，包括：
编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，
其中x是一个酰胺连接物，
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
113.一种组合物，包括：
编码包括A-x-B的组合物的一种或多种分离核酸，其中当存在一种以上的分离核酸时，这些分离核酸一起编码包括A-x-B的组合物，
其中x是包括溶酶体蛋白酶切割位点的肽连接物，
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
114.一种组合物，该组合物包括一种或多种分离核酸，这些核酸是如项55至113的任一项所述的一种或多种分离核酸的全长互补物。
115.如项55至113的任一项所述的组合物，其中这一种或多种分离核酸是DNA或RNA。
116.一种组合物，包括：
包括如项1、30、或55所述的组合物的合成纳米载体。
117.如项116所述的组合物，进一步包括一种或多种抗原。
118.如项116所述的组合物，其中如项1、30或55所述的组合物的至少一部分存在于该合成纳米载体的表面上。
119.如项116所述的组合物，其中如项1、30或55所述的组合物的至少一部分被该合成纳米载体包封。
120.一种剂型，包括：
包括如项1、30、或55所述的组合物的一种疫苗。
121.如项120所述的剂型，进一步包括一种抗原。
122.如项120所述的剂型，进一步包括一种佐剂。
123.如项120所述的剂型，其中该疫苗包括一种合成纳米载体。
124.如项120所述的剂型，其中该疫苗包括结合到如项1所述的组合物上的一种载体。
125.一种包括多肽的组合物，该多肽的序列包括具有与以下氨基酸序列(被提出为SEQ ID号：1-46)中的任何一种至少75％一致性的氨基酸序列：
NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：1)(21，TT317557(950-969))；
TLLYVLFEV(SEQ ID号：2)(9，AdVhex64950(913-921))；
ILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：3)(15，TT27213(830-841))；
QSIALSSLMVAQAIPLVGEL(SEQ ID号：4)(20，DT 52336(331-350))；
TLLYVLFEVNNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：5)(30，AdVTT950)；
TLLYVLFEVILMQYIKANSKFIGI(SEQ号NO：6)(24，AdVTT830)；
ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQAIPLVGEL(SEQ ID号：7)(35，TT830DT)；
QSIALSSLMVAQAIPLVGELILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：8)(35，DTTT830)；
ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：9)(27，TT830DTtrunc)；
QSIALSSLMVAQAIILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：10)(29，DTtruncTT830)；
TLLYVLFEVPMGLPILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：11)(29，AdVpmglpiTT830)；
TLLYVLFEVKVSVRILMQYIKANSKFIGI(SEQ ID号：12)(29，AdVkvsvrTT830)；
ILMQYIKANSKFIGIPMGLPQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：13)(32，TT830pmglpDTTrunc)；
ILMQYIKANSKFIGIKVSVRQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：14)(32，TT830kvsvrDTTrunc1)；
TLLYVLFEVQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：15)(21，AdVDTt)；
TLLYVLFEVpmglpQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：16)(26，AdVpDTt)；
TLLYVLFEVkvsvrQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：17)(26，AdVkDTt)；
TLLYVLFEVpmglp NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：18)(35，AdVpTT950)；
TLLYVLFEVkvsvr NNFTVSFWLRVPKVSASHLET(SEQ ID号：19)(35，AdVkTT950)；
ILMQYIKANSKFIGI QSIALSSLMVAQTLLYVLFEV(SEQ ID号：20)(36，TT830DTtAdV)；
TLLYVLFEV ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQ(SEQ ID号：21)(36，AdVTT830DTt)；
QSIALSSLMVAQAIPLV(SEQ ID号：22)(17，DTt-3)；
IDKISDVSTIVPYIGPALNI(SEQ ID号：23)(20，TT632)
QSIALS SLMVAQAIPLVIDKISDVSTIVPYIGPALNI(SEQ ID号：24)(37，DTt-3TT632)；
IDKISDVSTIVPYIGPALNIQSIALSSLMVAQAIPLV(SEQ ID号：25)(37，TT632DTt-3)；
QSIALSSLMVAQAIPLVpmglpIDKISDVSTIVPYIGPALNI(SEQ ID号：26)(43，DTt-3pTT632)；
IDKISDVSTIVPYIGPALNIpmglpQSIALSSLMVAQAIPLV(SEQ ID号：27)(43，TT632pDTt-3)；
YVKQNTLKLAT(SEQ ID号：28)(11，minX)；
CYPYDVPDYASLRSLVASS(SEQ ID号：29)(19，7430)；
NAELLVALENQHTI(SEQ ID号：30)(14，31201t)；
TSLYVRASGRVTVSTK(SEQ ID号：31)(16，66325)；
EKIVLLFAIVSLVKSDQICI(SEQ ID号：32)(20，ABW1)；
QILSIYSTVASSLALAIMVA(SEQ ID号：33)(20，ABW2)；
MVTGIVSLMLQIGNMISIWVSHSI(SEQ ID号：34)(24，ABP)；
EDLIFLARSALILRGSV(SEQ ID号：35)(17，AAT)；
CSQRSKFLLMDALKLSIED(SEQ ID号：36)(19，AAW)；
IRGFVYFVETLARSICE(SEQ ID号：37)(14，IRG)；
TFEFTSFFYRYGFVANFSMEL(SEQ ID号：38)(21，TFE)；
LIFLARSALILRkvsvrNAELLVALENQHTI(SEQ ID号：39)(31，AATk3120t)；
NAELLVALENQHTIkvsvrLIFLARSALILR(SEQ ID号：40)(31，3120tkAAT)；
ILSIYSTVASSLALAIkvsvrLIFLARSALILR(SEQ ID号：41)(33，ABW2kAAT)；
LIFLARSALILRkvsvrILSIYSTVASSLALAI(SEQ ID号：42)(33，AATkABW2)；
LIFLARSALILRkvsvrCSQRSKFLLMDALKL(SEQ ID号：43)(32，AATkAAW)；
CSQRSKFLLMDALKLkvsvrLIFLARSALILR(SEQ ID号：44)(32，AAWkAAT)；
TFEFTSFFYRYGFVANFSMEL IRGFVYFVETLARSICE(SEQ ID号：45)(38，TFEIRG)；或
IRGFVYFVETLARSICE TFEFTSFFYRYGFVANFSMEL(SEQ ID号：46)(38，IRGTFE)
126.如项125所述的组合物，其中该多肽的序列包括一个具有与被提出为SEQ ID号：1-46中的氨基酸序列的任何之一至少85％一致性的氨基酸序列。
127.如项126所述的组合物，其中该多肽的序列包括一个具有与被提出为SEQ ID号：1-46中的氨基酸序列的任何之一至少95％一致性的氨基酸序列。
128.如项125所述的组合物，其中该多肽的序列包括具有与被提出为SEQ ID号：1-46中的氨基酸序列的任何之一的氨基酸序列。
129.一种包括编码多肽的分离核酸的组合物，该多肽的序列包括一个具有与被提出为SEQ ID号：1-46的氨基酸序列的任何之一至少75％一致性的氨基酸序列。
130.如项129所述的组合物，其中该多肽的序列包括一个具有与被提出为SEQ ID号：1-46的氨基酸序列的任何之一至少85％一致性的氨基酸序列。
131.如项130所述的组合物，其中该多肽的序列包括一个具有与被提出为SEQ ID号：1-46中的氨基酸序列的任何之一至少95％一致性的氨基酸序列。
132.如项130所述的组合物，其中该多肽的序列包括一个具有与被提出为SEQ ID号：1-46中的氨基酸序列的任何之一的氨基酸序列。
133.一种包括分离核酸的组合物，该分离核酸是如项129至132的任一项所述的分离核酸的全长互补物。
134.一种包括分离核酸的组合物，该分离核酸的序列包括一个具有与以下核酸序列(被提出为SEQ ID号：47-68)的任何之一至少60％一致性的核酸序列：
TT950 NNFTVSFWLRVPKVSASHLET
C1：aataattttaccgttagcttttggttgagggttcctaaagtatctgctagtcatttagaa(SEQID号：47)AF154828 250-309
C2(人类)：
aacaacttcaccgtgagcttctggctgagagtgcccaaggtgagcgccagccacctggagacc(SEQID号：48)
AdV TLLYVLFEV
C1：acgcttctctatgttctgttcgaagt(SEQ ID号：49)
FJ025931 20891-20917
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtg(SEQ ID号：50)
TT830：ILMQYIKANSKFIGI
C1：attttaatgcagtatataaaagcaaattctaaatttataggtata(SEQ ID号：51)
X06214 2800-2844
C2(人类)：
Atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：52)
DT：QSIALSSLMVAQAIPLVGEL
C1：caatcgatagctttatcgtctttaatggttgctcaagctataccattggtaggagagcta(SEQID号：53)
FJ858272 1066-1125
C2(人类)：
cagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatccccctggtgggcgagctg(SEQ ID号：54)
AdVTT950：TLLYVLFEVNNFTVSFWLRVPKVSASHLET
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgaacaacttcaccgtgagcttctggctgagagtgcccaaggtgagcgccagccacctggagacc(SEQ ID号：55)
AdVTT830：TLLYVLFEVILMQYIKANSKFIGI
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQID号：56)
TT830DT：ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQAIPLVGEL
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatccagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatccccctggtgggcgagctg(SEQ ID号：57)
DT TT830：QSIALSSLMVAQAIPLVGELILMQYIKANSKFIGI
C2(人类)：
cagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatccccctggtgggcgagctgatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：58)
TT830DTtrunc：ILMQYIKANSKFIGIQSIALSSLMVAQ
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatccagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccag(SEQ ID号：59)
DT trunc TT830：QSIALSSLMVAQAIILMQYIKANSKFIGI
C2(人类)：
cagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccaggccatcatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：60)
AdVpmglpTT830：TLLYVLFEVPMG.LPILMQYIKANSKFIGI
C1(大肠杆菌)：
accctgctgtatgtgctgtttgaagtgccgatgggcctgccgattctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcatt(SEQ ID号：61)
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgcccatgggcctgcccatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：62)
AdVkvsvrTT830：TLLYVLFEVKVS.VRILMQYIKANSKFIGI
C1(大肠杆菌)：
accctgctgtatgtgctgtttgaagtgaaagtgagcgtgcgcattctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcatt(SEQ ID号：63)
C2(人类)：
accctgctgtacgtgctgttcgaggtgaaggtgagcgtgagaatcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatc(SEQ ID号：64)
TT830pmglpDTtrunc：ILMQYIKANSKFIGIPMG.LPQSIALSSLMVAQ
C1(大肠杆菌)：
attctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcattccgatgggcctgccgcagagcattgcgctgagcagcctgatggtggcgcag(SEQ ID号：65)
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatccccatgggcctgccccagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccag(SEQ ID号：66)
TT830kvsvrDTtrunc：ILMQYIKANSKFIGIKVS.VRQSIALSSLMVAQ
C1(大肠杆菌)：
attctgatgcagtatattaaagcgaacagcaaatttattggcattaaagtgagcgtgcgccagagcattgcgctgagcagcctgatggtggcgcag(SEQ ID号：67)
C2(人类)：
atcctgatgcagtacatcaaggccaacagcaagttcatcggcatcaaggtgagcgtgagacagagcatcgccctgagcagcctgatggtggcccag(SEQ ID NO：68)。
135.如项134所述的组合物，其中该分离核酸的序列具有与被提出为SEQ ID号：47-68中的核酸序列的任何之一至少70％一致性。
136.如项135所述的组合物，其中该分离核酸的序列具有与被提出为SEQ ID号：47-68中的核酸序列的任何之一至少80％一致性。
137.如项136所述的组合物，其中该分离核酸的序列具有与被提出为SEQ ID号：47-68中的核酸序列的任何之一至少90％一致性。
138.如项134所述的组合物，其中该分离核酸的序列包括被提出为SEQ ID号：47-68中的核酸序列的任何之一的核酸序列。
139.一种包括分离核酸的组合物，该分离核酸是如项134至138的任一项所述的分离核酸的全长互补物。
140.一种剂型，包括：
一种包括如项125所述的组合物的合成纳米载体。
141.如项140所述的剂型，进一步包括一种抗原。
142.如项140所述的剂型，其中如项125所述的组合物的至少一部分存在于该合成纳米载体的表面上。
143.如项140所述的剂型，其中如项125所述的组合物的至少一部分被该合成纳米载体包封。
144.一种剂型，包括：
一种包括如项125或134所述的组合物的疫苗。
145.如项144所述的剂型，进一步包括一种抗原。
146.如项144所述的剂型，进一步包括一种佐剂。
147.如项144所述的剂型，其中该疫苗包括一种合成纳米载体。
148.如项144所述的剂型，其中该疫苗包括一种结合到如项125或134所述的组合物上的载体。
149.一种方法，包括：
将如项1至119或125至139的任一项所述的组合物给予一位受试者。
150.一种方法，包括：
将如项120至124或140至148的任一项所述的剂型给予一位受试者。

Claims (10)

1.一种组合物，包括：
A-x-B；以及
一种药学上可接受的赋形剂；
其中x包括一个连接物或无连接物；
其中A包括第一MHC II结合肽，并且该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽；
其中B包括第二MHC II结合肽，并且该第二MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少70％一致性的肽、具有与天然HLA-DQ结合肽至少70％一致性的肽、或者具有与天然HLA-DR结合肽至少70％一致性的肽，并且
其中A和B彼此不具有100％一致性。
2.如权利要求1所述的组合物，其中x包括一个连接物，该连接物包括一个酰胺连接物、一个二硫化物连接物、一个硫化物连接物、一个1，4-双取代的1，2，3-三唑连接物、一个硫酯连接物、一个酰肼连接物、一个亚胺连接物、一个硫脲连接物、一个脒连接物、或一个胺连接物。
3.如权利要求1所述的组合物，其中x包括一个连接物，该连接物包括一个肽序列、一个溶酶体蛋白酶切割位点、一种生物可降解聚合物、一个取代或未被取代的烷、烯、芳香族或杂环连接物、一个pH敏感的聚合物、异双功能的连接物或一个低聚乙二醇间隔物。
4.如权利要求1所述的组合物，其中x不包括连接物，并且A和B包括存在于该组合物中的一种混合物。
5.如权利要求1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少80％一致性的肽。
6.如权利要求5所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DP结合肽至少90％一致性的肽。
7.如权利要求1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少80％一致性的肽。
8.如权利要求7所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DQ结合肽至少90％一致性的肽。
9.如权利要求1所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少80％一致性的肽。
10.如权利要求9所述的组合物，其中该第一MHC II结合肽包括具有与天然HLA-DR结合肽至少90％一致性的肽。
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