CN107532194B - 细菌鉴别及抗微生物剂敏感性试验 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了用于细菌鉴别和抗微生物剂敏感性试验的组合物、方法和试剂盒,用于治疗例如急性和慢性感染包括感染性疾病。本发明可特别用于导致乳腺炎的细菌的鉴别,及用于抗生素敏感性试验以便于鉴别适当的乳腺炎治疗。

Description

细菌鉴别及抗微生物剂敏感性试验
技术领域
本发明涉及细菌鉴别和抗微生物剂敏感性试验以治疗例如急性和慢性感染,包括感染性疾病。本发明特别用于鉴别导致乳腺炎的细菌,及涉及抗微生物剂敏感性试验以便于鉴别乳腺炎的适当治疗。
发明背景
近几十年来,在临床微生物学领域和感染性疾病的治疗与管理中具有重大进展。然而,危及生命及使生命衰竭的系统性和局部微生物感染仍是人和动物医疗健康方面的主要问题。此外,多药抗性生物体的出现增加了面对人和兽医医疗健康实践的挑战。
不足或者不适当治疗微生物感染在很大程度上与导致许多源自医院和农场的感染的多药抗性菌株的产生相关。药物抗性、特别是抗生素抗性,通常在用于治疗感染的抗生素是以未有效根除感染物质的方式不当选择、处方或者是在不良的患者顺从性或农业活动时发生。进一步地,当无效或者非必需的抗生素被处方时,存在的任何感染细菌持续繁殖不缓解,通常导致危及生命的并发症,迫使需要昂贵的、激进性治疗,包括另外不必要的住院治疗。因此,潜在感染物质的精确及快速诊断对于改良患者照护、降低医疗照护成本及保持抗微生物剂效力是关键的。
人或动物的感染可以由细菌及其它病原体导致。抗微生物剂包括抗生素用于试图杀死细菌群体或者抑制其生长,作为对抗感染的一种方式。致病菌的候选名单及对抗普通或重要细菌的抗微生物剂的第一和第二选择在例如“Pharmacology”,Rang&Dale 1987,Churchchill Livingstone中列出。用于人和兽医学中的典型的抗微生物剂包括抗生素。例如,苄基青霉素(或者青霉素G)是选择用于链球菌、肺炎球菌、脑膜炎球菌、淋球菌和非产生青霉素酶葡萄球菌所致感染的药物。在产生β-内酰胺酶的葡萄球菌情况中,推荐使用氯唑西林。另一方面,苄基青霉素对于革兰氏阴性菌如大肠型细菌例如大肠杆菌通常几乎无效。广谱抗生素对于大肠型细菌通常是活性的。典型的广谱抗生素是氨苄西林、阿莫西林或者头孢菌素类如头孢噻肟或者头孢噻呋。
常用的抗生素可以分类为氨基糖苷类、碳青霉烯类和单环内酰胺类、头孢菌素类、氯霉素类、林可酰胺类、大环内酯类、pleuromutilins、糖肽类、多肽类、青霉素类、多粘菌素类、喹诺酮类、磺胺类和四环素类等。
其它类型的抗微生物剂包括例如乳链菌肽、银或者desinfectives等。
感兴趣地,在世界范围内给予的大多数抗微生物剂不是给予人患者,而是给予用于食品生产的动物,包括牛、羊、猪、鸡和鱼。给予这些动物抗生素以治疗感染的及其它原因的动物的疾病。
在食品生产中抗微生物剂的大量应用及抗生素通过来自农业场所的动物和人污水和流水非计划地广泛释放进入环境中具有公共卫生影响,最清晰可见的是与人体中食物传播性疾病相关的动物耐药细菌。此外,未知的性质和数量意义是潜在的抗性基因从动物源细菌至人病原体的传代。
对感染的患者立即进行抗微生物剂治疗可以在成功治疗、长期残疾或者甚至死亡之间产生差别。不幸地,抗微生物剂的使用和滥用驱使耐药细菌无情地扩展,导致传统治疗方案的失效。事实上,世界卫生组织已经将抗生素抗性及多药抗性细菌或者“超级细菌”的演变鉴定为人群长期存活的显著威胁。
抗微生物剂治疗典型地在感染或者疾病检测之后立即进行。治疗选择通常基于专业机构针对在人和动物中特定细菌感染(例如耳、喉、乳房或者子宫等)推荐的第一或第二选择的抗微生物剂。
如果在治疗之前鉴别感染或者感染性疾病致病菌是有利的,由此可以选择给予适当的抗微生物剂用于治疗。然而,已知细菌类型不总是足以选择适当的抗微生物剂治疗。例如,在葡萄球菌的情况中,如果其是非产生青霉素酶的葡萄球菌,首选药物是苄基青霉素。然而,这种类型的信息在治疗之前通常未知或者必然在选择性和/或差别细菌富集检测之后出现。
理想地,希望在治疗之前进行抗微生物剂敏感性试验,这不仅支持抗微生物剂治疗方案的选择,而且还支持适当剂量的选择。然而,由于必须在确定的实验室中进行试验,转回时间>若干天,因此这种方法受到一些限制。在此期间,感染保持未处理或者已经用(例如)广谱抗微生物剂处理以试图对抗感染。不足为奇地,这种实践导致过度使用抗生素及因此在许多细菌菌种产生药物抗性(例如抗生素抗性)。
乳腺炎
乳腺炎是哺乳动物乳腺的一种炎症性疾病。在兽医学中,最重要和最常遇到的乳腺炎是牛科动物的,特别是乳牛的。
乳牛群典型培育用于生产牛乳。在24小时期间挤奶直至2-3次的惯例使得牛的乳腺倾向于感染。此外,在自动挤奶的机械装置的情况中,装置在牛之间传递使用,意味着感染易于从一个动物传播至另一动物。
乳腺具有抗细菌病原体的许多天然防御机制。然而,由于不良的动物饲养或者通过在泌乳周期中某些时候的生理学变化,这些防御机制可以被高水平的细菌攻击而胜过。例如,干奶和产犊时期与相对高的乳腺炎发生率相关。
乳腺炎可以由许多不同的革兰氏阳性和阴性细菌菌种导致。最通常涉及牛乳腺炎的那些细菌菌种分为两类。第一类包括宿主病原体,如金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)和无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)。这些细菌生活于动物乳房皮肤上或者乳房本身中,且是畜群中其它牛的感染源。第二类包括环境病原体,如乳房链球菌(Streptococcus uberis)和大肠杆菌(Escherichia coli)。这些病原体在乳牛的直接环境中发现,且因此存在经常感染的危险。
由上述鉴定的细菌导致的乳腺炎可以表现为临床或者亚临床疾病。
临床乳腺炎是对于感染的一种炎症反应,导致可见的异常乳(例如颜色、纤维蛋白凝块)。随着炎症程度增加,乳房的改变(肿胀、热、痛、红)也可以变得明显。仅包括局部迹象的临床病例称作轻度或中度病例。如果炎症反应包括全身性反应(发热、厌食、休克),该病例称作重度病例。如果发作非常迅速,如重度临床病例经常发生的,称作急性重度乳腺炎。更严重受影响的牛趋于在受影响部位的更多浆液性分泌物。也就是说,临床乳腺炎较轻微的表现是最典型的。
亚临床乳腺炎是存在感染而无明显的局部炎症或者全身性反应的迹象。尽管可以出现短时发生异常乳或乳房炎症,这些感染大部分是无症状的,如果感染持续至少2个月则称作慢性感染。一旦确定感染,许多这些感染持续牛的整个泌乳期或生命期。检测最佳是通过检验乳的体细胞计数(SCC)(主要是中性粒细胞)而进行。
尽管可以获得各种治疗选项,但是乳腺炎仍然是乳品业中导致经济损失的主要因素。目前,治疗牛乳腺炎(乳房炎症)以及治疗子宫炎(子宫炎症)的主要方法是抗生素治疗。
作为抗微生物剂第一和第二选择的推荐通常由政府机构或者疾病专业机构提出。牛乳腺炎可以由革兰氏阳性和阴性菌导致。最常见和重要的细菌是乳房链球菌、金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、无乳链球菌、停乳链球菌和大肠杆菌。乳腺炎牛乳与健康牛乳相比稠度改变。乳腺炎牛乳可有凝结块,质地可以是水样及稀或稠。乳腺炎牛乳的颜色可以介于黄色与褐色之间。
此外,通常乳腺炎乳具有体细胞高计数,可以直至数百万个/毫升,这与健康牛乳不同。
市场上有许多针对牛乳腺炎的细菌检测试剂盒,可用于鉴别导致农场感染的细菌的类型。例如,“The Overnighter”(WO 2007/032691)描述了微生物学生长装置和容器。所述生长基质基于琼脂培养基(凝胶类型),细菌鉴别通过比色改变示出。细菌鉴别在24-48小时内发生。
WO 1999/18439和WO 2011/139263描述了快速膜基需氧和大肠杆菌/大肠型细菌计数检测。快速需氧计数膜检测在乳样品中发现的所有需氧菌,而大肠杆菌/大肠型细菌膜仅支持革兰氏阴性菌的生长。一旦已经确定乳腺炎感染由革兰氏阳性或者革兰氏阴性菌所致,可以做出治疗决定以解决感染。
CHECK-UP乳腺炎诊断工具,农场乳腺炎检测,Farm Medix,http://www.farmmedix.com/是一种琼脂平板,包含4个条带以鉴别乳房链球菌、金黄色葡萄球菌、葡萄球菌SPP和大肠杆菌。检测时间是15-24小时。
然而,这些试验无一提供抗微生物剂敏感性试验。
牛乳腺炎只是感染的一个典型实例。乳腺炎也可以发生于人体或者其它产乳动物。子宫炎是许多其它细菌感染中的另一典型感染。这些细菌感染的治疗通常经历不了解细菌的类型或者抗微生物剂敏感性的困扰,可导致选择不适当的抗微生物剂治疗感染,结果导致另一抗微生物剂治疗。
本申请人现在揭示了细菌鉴别的新方法,特别是关于已知导致感染如乳腺炎和子宫炎的细菌。进一步地,本申请人令人惊奇地揭示了基于比色的抗微生物剂敏感性试验的新方法,其可以对得自人和非人动物的生物样品直接进行试验。这种方法提供了关于(例如)细菌对于抗微生物剂的敏感性的“实时”信息,为治疗选择提供信息。这些特征及其它优势通过如下描述将显而易见。
发明概述
在此描述和请求保护的本发明具有许多属性和实施方案,包括但不限于在本发明概述中阐述或者描述或者提及的那些内容。这不意图包括所有内容,在此描述和请求保护的本发明不限于或受限于本发明概述中鉴定的特征或实施方案,所述特征或实施方案只是为了例证本发明而无限制之意。
本发明一方面提供了对得自人或非人动物的生物样品进行抗微生物剂敏感性试验的方法,其中所述人或非人动物感染一或多种导致感染的细菌或者处于被一或多种导致感染的细菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及敏感性培养基的反应混合物,所述敏感性培养基包含生长培养基、抗微生物剂、基于颜色的pH指示剂和稳定剂;及
(ii)当将所述样品加入所述敏感性培养基中时,通过观测颜色改变确定所述样品中一或多种细菌对于所述抗微生物剂的敏感性,
其中,所述pH指示剂在反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制所述一或多种导致感染的细菌的生长。
本发明另一方面提供了对得自人或非人动物的生物样品包括乳进行抗微生物剂敏感性试验的方法,其中所述人或非人动物可以被一或多种导致感染的细菌感染或者处于被一或多种导致感染的细菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及包含敏感性培养基的反应混合物,所述敏感性培养基包含抗微生物剂和基于颜色的pH指示剂,及
(ii)当将所述样品加入所述敏感性培养基时,通过观测颜色改变确定所述样品中一或多种细菌对于所述抗微生物剂的敏感性,
其中,所述pH指示剂在所述反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制所述一或多种导致感染的细菌生长。
本发明再一方面提供了一种在人或非人动物中鉴别D族链球菌的方法,其中所述人或非人动物可以被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及鉴别培养基的反应混合物,所述鉴别培养基包含七叶苷、柠檬酸铁及稳定剂,及
(ii)鉴别D群链球菌是否存在于所述样品中,
其中,七叶苷和柠檬酸铁在反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制D群链球菌的生长,
及其中,所述样品中D群链球菌的鉴别通过所述反应混合物颜色变黑而证实,
其中所述样品中D群链球菌的鉴别表明所述人或非人动物被所述D群链球菌感染或者处于所述D群链球菌感染的危险中。
本发明另一方面提供了一种在人或非人动物中鉴别D群链球菌的方法,其中所述人或非人动物可能被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的包括乳的生物样品及鉴别培养基的反应混合物,所述鉴别培养基包含七叶苷和柠檬酸铁,及
(ii)鉴别D群链球菌是否存在于所述样品中,
其中,七叶苷和柠檬酸铁在反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制所述乳样品中D群链球菌的生长,
及其中,所述样品中D群链球菌的鉴别通过所述反应混合物颜色变黑而证实,
其中所述样品中D群链球菌的鉴别表明所述人或非人动物被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中。
本发明另一方面提供了一种在人或非人动物中鉴别凝固酶阳性葡萄球菌的方法,其中所述人或非人动物可能被凝固酶阳性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阳性葡萄球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及鉴别培养基的反应混合物,所述鉴别培养基包含亚碲酸盐和稳定剂,及
(ii)鉴别凝固酶阳性葡萄球菌是否存在于所述样品中,
其中,亚碲酸盐在所述反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制凝固酶阳性葡萄球菌生长,
及其中,所述样品中凝固酶阳性葡萄球菌的鉴别通过在所述反应混合物中出现黑色沉淀物而证实,
其中所述样品中凝固酶阳性葡萄球菌的鉴别表明所述人或非人动物被凝固酶阳性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阳性葡萄球菌感染的危险中。
本发明再一方面提供了一种在人和非人动物中鉴别凝固酶阴性葡萄球菌的方法,其中所述人或非人动物被凝固酶阴性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阴性葡萄球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)根据本文所述方法确定凝固酶阳性葡萄球菌不存在于所述样品中,
(ii)提供包含得自同一人或非人动物的生物样品及鉴别培养基的反应混合物,所述鉴别培养基包含高浓度盐、碳水化合物来源和基于颜色的pH指示剂,及
(iii)鉴别凝固酶阴性葡萄球菌是否存在于所述样品中,
其中,pH指示剂在所述反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制凝固酶阴性葡萄球菌的生长,
及其中,所述第二个反应混合物中的碳水化合物来源选自如下的一或多种:葡萄糖、果糖、麦芽糖、蔗糖、甘油、半乳糖、甘露糖和乳糖,
及其中,凝固酶阴性葡萄球菌的鉴别通过由于pH改变导致的所述反应混合物中颜色改变而证实,
其中所述样品中凝固酶阴性葡萄球菌的鉴别表明所述人或非人动物被凝固酶阴性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阴性葡萄球菌感染的危险中。
本发明再一方面提供了一种在人或非人动物中鉴别一或多种细菌的方法,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的乳样品及鉴别培养基的反应混合物,及
(ii)根据本文所述任何方法鉴别所述乳样品中是否存在导致乳腺炎的一或多种细菌,修改之处是所述反应混合物不需要稳定剂。
本发明再一方面提供了一种检测试剂盒,用以:
(i)鉴别人或非人动物中的一或多种导致感染的细菌,和/或
(ii)对在人或非人动物中导致感染的细菌进行抗微生物剂敏感性试验,
所述检测试剂盒包含根据本发明所述任何方法对得自人或非人动物的检测样品进行细菌鉴别和/或抗微生物剂敏感性试验的试剂以及使用说明书。
附图简述
图1示出暴露于不同水平卡那霉素的金黄色葡萄球菌随着时间的生长抑制。对照(实心方框)、0.5μg/mL卡那霉素(圆形)、1.0μg/mL卡那霉素(加号+)、2.0ug/mL卡那霉素(空心方框)、4.0ug/mL卡那霉素(叉号)和8ug/mL卡那霉素(三角形)。
图2示出根据本发明的方法鉴别/区分金黄色葡萄球菌与凝固酶阴性葡萄球菌。
图3示出根据本发明的方法通过出现黑色沉淀物目测鉴别金黄色葡萄球菌。
一般定义
除非特别指出,本文所用所有技术和科学术语均具有与本领域(例如微生物学、免疫学、免疫组织化学、蛋白质化学和生物化学)技术人员通常了解的相同含义。
在本文提及数字范围(例如1-10)时是指也包括该范围内的所有相关数字(例如1、1.1、2、3、3.9、4、5、6、6.5、7、8、9和10)及也包括该范围内的任何有理数范围(例如2-8、1.5-5.5及3.1-4.7),及因此包括本文明确揭示的所有范围的所有子范围。这些仅是特别提及的实例,在列举的最低值与最高值之间所有可能的数值组合均被认为以相似方式明确包含在本申请中。
术语“和/或”,例如“X和/或Y”应理解为是指“X和Y”或者“X或Y”,及均应认为提供对这两个含义或者任一含义的明确支持。
在本说明书中,单词“包含”应理解为是指包含指定成分、整数或者步骤或者一组成分、整数或步骤,但是不除外任何其它成分、整数或步骤或者一组成分、整数或步骤。
在本说明书中,除非特别指出或者上下文特别要求,在提及单一步骤、组合物、步骤组或组合物组应涵盖一和多个(即一或更多个)这些步骤、组合物、步骤组或组合物组。
选择的定义
术语“微生物”在本文用于描述任何真核或原核微生物,包括例如细菌、酵母、真菌、病毒等。
术语“感染”在本文用于描述在机体部分或组织中病原性微生物的侵袭和增殖,其可以产生随后的组织损伤及通过各种细胞或毒性机制进展为明显的疾病。
术语“链球菌”在本文用于是指一种链球菌或者一群链球菌。
术语“D群链球菌”在本文用于是指一种D群链球菌或者一群D群链球菌。举例的D群链球菌包括但不限于乳房链球菌、牛链球菌(Streptococcus bovis)和马链球菌(Streptococcus equinis)。
术语“凝固酶阴性葡萄球菌”在本文用于描述不具有使纤维蛋白原转变为纤维蛋白的蛋白质酶凝固酶的那些葡萄球菌。举例的凝固酶阴性葡萄球菌包括但不限于产色葡萄球菌(Staphylococcus chromogenes)、模拟葡萄球菌(Staphylococcus simulans)、木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、猪葡萄球菌(Staphylococcus hyicus)、溶血葡萄球菌(Staphylococcus hemolyticus)、阿尔莱特葡萄球菌(Staphylococcus arlettae)金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureusd)、鸡葡萄球菌(Staphylococcus gallinarum)、缓慢葡萄球菌(Staphylococcus lentus)、伪中间型葡萄球菌(Staphylococcus pseudintermedius)、腐生葡萄球菌(Staphylococcussaprophyticus)、沃氏/巴氏葡萄球菌(Staphylococcus warneri/pasteuri)、金黄色葡萄球菌(一些菌株是凝固酶阴性的)。
术语“凝固酶阳性葡萄球菌”在本文用于描述具有使纤维蛋白原转变为纤维蛋白的蛋白质酶凝固酶的那些葡萄球菌。举例的凝固酶阳性葡萄球菌包括但不限于金黄色葡萄球菌、海豚葡萄球菌(Staphylococcus delphini)、猪葡萄球菌(Staphylococcus hyicus)、中间型葡萄球菌(Staphylococcus intermedius)、水獭葡萄球菌(Staphylococcuslutrae)、伪中间型葡萄球菌(Staphylococcus pseudintermedius)和施氏葡萄球菌凝结亚种(Staphylococcus schleiferi subsp.)。
术语“大肠型细菌”在本文用于描述杆状、革兰氏阴性细菌,其使乳糖发酵产生酸和气体。
术语“指示剂”或者“指示剂组合物”在本文用于描述特定化合物或分子,包括但不限于如下一或多种:酚红、溴甲酚紫、溴百里酚蓝、溴甲酚绿、甲基红、甲基紫、石蕊、中性红、萘酚肽、甲酚红、甲酚肽、酚肽、2,4-dimitrophenol、赤藓红二钠盐、苯并红紫4B、N,N-二甲基-对-(间-甲苯基偶氮)amiline、对-二甲基氨基偶氮苯、4,4’-Bis(2-氨基-1-萘基偶氮)-2,2’-均二苯乙烯二磺酸、四溴酚肽乙酯钾盐、溴酚蓝、刚果红、甲基橙、乙基橙、4-(4-二甲基氨基-1-萘基偶氮)-3-甲氧基苯磺酸、刃天青、4-苯偶氮-1-萘基胺、乙基红2-(对-二甲基氨基苯偶氮基)吡啶、4-(对-乙氧基苯偶氮基)-间-亚苯基-二胺盐酸盐、间苯二酚蓝、茜素红S、丙基红、氯酚红、对-硝基酚、茜素2-(2,4-二硝基苯偶氮基)1-萘酚-3,6-二磺酸二钠盐、6,8-二硝基-2,4-(1H)喹唑啉二酮、亮黄、间-硝基酚、姜黄(姜黄素)、间甲酚紫、4,4’-Bis(4-氨基-1-萘基偶氮)-2,2’-均二苯乙烯二磺酸、百里酚蓝、对-萘酚苯甲醇、酚肽、邻-甲酚肽、乙基二(2,4-二甲苯基)醋酸盐/酯。为免生疑,术语指示剂包括pH指示剂。
术语“对象”在本文用于描述人和非人哺乳动物。举例的非人动物包括但不限于牛、绵羊、鹿、马、猪、鸡、鱼、狗、猫、小鼠、大鼠、灵长类动物(包括大猩猩、猕猴和黑猩猩),负鼠及其它农场动物或动物园动物。因此,本发明描述的测定、方法和试剂盒用于人和非人动物,特别用于但不限于人、灵长类动物、农场动物包括牛、绵羊、山羊、猪、鹿、羊驼、美洲鸵、水牛、伴侣动物和/或纯种动物,包括猫、狗和马。进一步地,虽然对象优选活生物体,但是本发明也可用于死后分析。
术语“样品”或者“生物样品”在本文是指取自或者源自对象的任何样品。这种样品可得自对象,或者可以得自打算提供给对象的生物材料。例如,样品可以得自待评估的源自人或非人动物的血液或者乳。样品包括取自或者源自任何对象的样品,如来自正常健康对象和/或用于了解感染性微生物的水平的健康对象。优选的样品是体液样品。如本文所用,术语“体液样品”是指获得的用于例如诊断、预后、分类或者评估感兴趣的对象的目的的体液样品。在某些实施方案中,这种样品可以为了确定感染的严重性而获得。样品可以是本领域已知的任何样品,其中可以检测一或多种微生物。例如包括任何体液如全血样品、血浆、血清、乳、卵巢滤泡液样品、精液样品、脑脊液样品、来自子宫的液体样品、唾液、痰液、尿液、胸腔积液、间隙液、滑液、淋巴液、泪液,但是全血样品、血浆、血清和乳特别适用于本发明。此外,本领域技术人员认识到某些体液样品在分级分离或者纯化之后更易于分析,例如将全血分离为血清或者血浆成分。
术语“测试条”在本文用于指可进行本发明的测定和方法的检测平板、孔、小瓶或者容器的任何结构。例如,如本文所述,细菌鉴别和/或抗微生物剂敏感性试验同时、单独或者相继运行。
术语“定性敏感性”试验在本文用于描述产生通常表明一微生物或细胞样本对于特定抗微生物剂产品是否敏感或者抗性的检测结果的装置和方法。根据涉及的方法,通常使用仅一或两种浓度的抗微生物剂产品。敏感性或者抗性的程度在定性敏感性试验中不报道。
术语“定量敏感性试验”在本文用于描述产生检测结果的检测装置和方法,所述检测结果提供关于抗微生物剂产品足以抑制微生物生长的浓度的数据。典型地,对于微生物样本,使用覆盖抗微生物剂产品治疗浓度范围的多个不同稀释度的抗微生物剂产品。术语最小抑制浓度(MIC)通常用于指由微生物的定量敏感性试验提供的结果,定义为抗微生物剂产品产生微生物生长抑制作用的最小浓度。
术语“抗微生物剂”在本文用于描述杀死或者抑制微生物包括例如细菌、酵母、真菌、病毒、寄生物等生长的物质。抑制微生物或一群微生物生长的抗微生物剂被称作抑微生物剂(例如在抑制细菌生长的抗菌剂的情况中是抑细菌剂)。相似地,杀死微生物或一群微生物的抗微生物剂被称作杀微生物剂(例如在杀死细菌的抗菌剂情况中是杀菌剂)。举例的合适抗微生物剂在下文列出。
如本文所用,术语“治疗”和“处理”是指治疗性处理及预防性措施。发明详述
本发明涉及已知在人和非人动物中导致感染或者感染性疾病的细菌的鉴别。本发明还涉及抗生素敏感性试验以确定导致感染的细菌及其特定菌株对哪种抗生素敏感。
1.细菌鉴别
如果鉴别了导致感染或者感染性疾病的细菌,对于指导治疗决策是有益的,以便可以选择合适的抗微生物剂进行治疗。也就是说,在得自人或非人动物的生物样品中鉴别导致感染或者感染性疾病的细菌可用于为随后的治疗提供治疗选项信息。导致感染或感染性疾病的细菌的鉴别也可以用于绘制与感染性疾病爆发相关的和/或规定的地理参数内细菌的流行图。进一步地,与某些疾病状态如乳腺炎和子宫炎相关的导致感染或感染性疾病的细菌的鉴别信息可用于构建用于监测与某些感染性疾病相关的历史和季节变化及地理爆发的信息数据库。
本发明人揭示了新方法以鉴别生物样品中的细菌,包括但不限于链球菌和葡萄球菌的鉴别。
令人惊奇地,申请人揭示了通过在包含七叶苷、柠檬酸铁和稳定剂的鉴别培养基中富集,可以在得自人或非人动物的生物样品中鉴别出链球菌、特别是D群链球菌,包括(例如)乳房链球菌。例如,D群链球菌包括乳房链球菌,将七叶苷水解为七叶亭和葡萄糖。七叶亭与柠檬酸铁反应产生培养基颜色变黑,从而提供D群链球菌独特的可检测变化。稳定剂如(例如)乳的存在用于抑制七叶苷和柠檬酸铁对于细菌生长的抑制活性(参见例如实施例2中表2a-2e,其中使用标准富集培养基证实这些分析物的抑制作用)。这意味着增加浓度的七叶苷和柠檬酸铁可用于本发明的方法中以增强D群链球菌的鉴别。这对于用于其中背景颜色与导致感染的微生物相关的临床样品特别重要。这一点在下文进一步详细论述。
为清晰起见,术语“富集”是指增加样品中细菌数目以进行检测和鉴别的任何本领域已知的技术。这种技术不仅包括富集,还包括培养以及正或负生长选择技术。
因此,本发明一方面提供了一种鉴别在人或非人动物中D群链球菌的方法,其中所述人或非人动物可以被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及包含七叶苷、柠檬酸铁和稳定剂的鉴别培养基的反应混合物,及
(ii)鉴别D群链球菌是否存在于所述样品中,
其中,七叶苷和柠檬酸铁在反应混合物中的存在量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制D群链球菌生长,
及其中,所述样品中D群链球菌的鉴别通过反应混合物变黑而证实,
其中所述样品中D群链球菌的鉴别表明所述人或非人动物被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中。
在一个实例中,所述稳定剂包括乳源蛋白或者乳源蛋白提取物。举例的乳源蛋白质或者乳源蛋白质提取物包括但不限于α-酪蛋白、β-酪蛋白(包括A1、A2、A3、B、C、D、E及F变体的一或多种)、酪蛋白钠(例如包括α-酪蛋白、β-酪蛋白和κ-酪蛋白)、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白及乳或者乳粉,以及其组合。
乳蛋白及提取物可以得自任何遗传来源,包括但不限于http:// ansci.illinois.edu/static/ansc438/Milkcompsynth/milkcomp_table.html所述那些。酪蛋白钠可以得自Sigma Chemicals(Cat#C8654)。
在一个实例中,D群链球菌选自乳房链球菌、牛链球菌和马链球菌。
在根据本发明第一方面的另一个实例中,鉴别培养基进一步包含选自富集培养基、生长培养基和选择培养基的一或多种的成分。术语“富集”、“生长”和“选择”为相关领域技术人员熟知。进一步地,用于本发明方法的合适的富集、生长和选择培养基的实例也为相关领域技术人员已知。进一步地,富集、生长和选择培养基的非限制性实例在下文实施例中描述。
在根据本发明的第一方面的另一实例中,组合样品与鉴别培养基的步骤进一步包括将细菌富集一段时间以足以鉴别一或多种细菌是否存在于所述样品中。
在另一个实例中,富集细菌的步骤包括在25℃-45℃培养6-48小时。为免生疑及仅为例证,在25-45℃培养包括在25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44或45℃培养。相似地,为免生疑及仅为例证,培养6-48小时包括培养6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47或48小时。
鉴别培养基可包含任何富集、生长和/或选择培养基,足以富集样品中存在的细菌以进行鉴别。最低限度,鉴别培养基必须支持细菌的生长和选择以鉴别感兴趣的细菌。足以支持细菌生长的举例的富集培养基在实施例1中列举。然而,例如根据要富集的细菌,非限制性实例包括胰蛋白酶大豆肉汤(Tryptic Soy Broth)、Mueller Hinton肉汤、MacConkey肉汤、甘露醇盐肉汤(Mannitol Salt Broth)、七叶苷叠氮肉汤(Esculin Azide Broth)、Giolitti Cantoni肉汤。技术人员了解本发明不限于液体富集培养基和相关的培养技术,如果需要或者希望,可以使用其它培养基和技术。例如,在包含希望的富集、生长和/或选择培养基的琼脂凝胶上培养样品。
在根据本发明第一方面的一个实例中,鉴别D群链球菌的鉴别培养基包含胰蛋白酶大豆肉汤。
除了支持细菌生长的鉴别培养基之外,鉴别培养基进一步包含至少一种选择培养基以促进感兴趣的细菌的鉴别。为了选择D群链球菌,选择培养基包含七叶苷、柠檬酸铁和稳定剂。七叶苷和柠檬酸铁在选择培养基中存在的量为,如果不存在支持生长的所述稳定剂,正常抑制细菌生长的量。
七叶苷组合柠檬酸铁用作选择培养基以鉴别D群链球菌。七叶苷和柠檬酸铁典型以低浓度使用,因为增加的化合物浓度可能抑制样品内细菌的生长。参见实施例1和表5及实施例3。典型地,将至多100μL样品与10mL的七叶苷肉汤混合或者播布于七叶苷琼脂上。体积比为大约1:100。这个及相似的体积比具有使得阳性反应(培养基变黑)可见的优势及在专业实验室中可行。为了给外行人提供可行方法,在1:10与10:1之间的体积比更适用。实施例3表6示出典型使用的0.1%的七叶苷浓度和0.05%的柠檬酸铁浓度导致在乳中乳房链球菌的微弱比色检测。这个问题与临床样品的背景颜色相关。申请人令人惊奇地发现较高浓度的七叶苷和柠檬酸铁在存在稳定剂(例如)乳源蛋白或者乳源蛋白提取物条件下不抑制D群链球菌生长,检测样品中存在的D群链球菌可以通过裸眼便利地鉴别(阳性反应=出现培养基变黑)。
因此,在根据本发明第一方面的一个实例中,鉴别培养基进一步包含0.1%-2.0%的七叶苷,特别是0.50%的七叶苷。0.1-2.0%的七叶苷包括但不限于0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9和2.0%的七叶苷,及包含之间的任何和所有数值,包括(例如)0.25%的七叶苷。
在一个相关实例中,鉴别培养基包含0.05%-1.0%的柠檬酸铁,特别是0.25%的柠檬酸铁。0.05-1.0%的柠檬酸铁包括但不限于0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9和1.0%的柠檬酸铁,及包含之间的任何和所有数值,包括(例如)0.125%柠檬酸铁。技术人员已知柠檬酸铁可以各种形式存在,包括但不限于柠檬酸铁铵以及其它游离或盐形式。
在进一步相关的实例中,鉴别培养基包含0.50%七叶苷和0.25%柠檬酸铁,将生物样品与鉴别培养基组合的步骤包括在37℃培养细菌16-24小时。
根据本发明的这个方面,生物样品可以选自乳、子宫液体样品、全血样品、血浆、血清、卵巢滤泡液样品、精液样品、脑脊液、唾液、痰液、尿液、胸腔积液、间隙液、滑液、淋巴液和泪液。
进一步地,在其中生物样品是乳(例如来自人或非人动物如牛科动物)的情况中,在反应混合物中不需要稳定剂。
因此,本发明另一方面提供了一种鉴别人或非人动物中D群链球菌的方法,其中所述人或非人动物可能被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的包括乳的生物样品与包含七叶苷和柠檬酸铁的鉴别培养基的反应混合物,及
(ii)鉴别所述样品中是否存在D群链球菌,
其中,所述反应混合物中七叶苷和柠檬酸铁的存在量,如果所述乳样品中不存在所述稳定剂,足以抑制D群链球菌的生长,
及其中,所述样品中D群链球菌的鉴别通过反应混合物变黑而证实,
其中所述样品中鉴别出D群链球菌表示所述人或非人动物被D群链球菌感染或者处于D群链球菌感染的危险中。
由于链球菌是革兰氏阳性菌,因此鉴别培养基可进一步包含一或多种革兰氏阴性抗微生物剂,例如针对革兰氏阴性菌的抗生素。重要地,针对革兰氏阴性菌的抗微生物剂的存在不影响革兰氏阳性链球菌的富集。包含针对革兰氏阴性菌的抗微生物剂将促进D群链球菌富集以进行鉴别。
因此,在另一相关实例中,鉴别D群链球菌的鉴别培养基进一步包含针对革兰氏阴性菌的抗微生物剂。
举例的革兰氏阴性抗生素包括单环内酰胺类,包括但不限于氨曲南。
通常希望特异性鉴别和/或区分凝固酶阳性和凝固酶阴性葡萄球菌。已知导致感染的葡萄球菌的类型可以影响治疗决定。
令人惊奇地,申请人还揭示了鉴别和区分凝固酶阳性和凝固酶阴性葡萄球菌的新方法。
首先,通过在包含亚碲酸盐的鉴别培养基中富集,可以在得自人或非人动物的生物样品中鉴别凝固酶阳性葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)。申请人令人惊奇地揭示亚碲酸盐选择性抑制凝固酶阴性菌的生长。
其次,如果检测到无凝固酶阳性葡萄球菌富集,接着从该生物样品中平行鉴别凝固酶阴性菌可以通过在包含高水平盐(例如氯化钠)、选择性碳水化合物源和pH指示剂的鉴别培养基中富集而实现。高浓度盐仅支持凝固酶阳性和凝固酶阴性葡萄球菌的生长。在亚碲酸盐富集培养基中不存在黑色沉淀物及细菌在包含高盐组合希望的碳水化合物源的鉴别培养基中的生长使得可以间接鉴别凝固酶阴性葡萄球菌,通过pH的变化而问询。也就是说,在存在希望的碳水化合物源的条件下,凝固酶阴性菌将碳水化合物转变为酸化产物,导致可测量的pH变化。如图2示出。
因此,本发明再一方面提供了一种鉴别人或非人动物中凝固酶阳性葡萄球菌的方法,其中所述人或非人动物可能被凝固酶阳性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阳性葡萄球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及包含亚碲酸盐和稳定剂的鉴别培养基的反应混合物,及
(ii)鉴别凝固酶阳性葡萄球菌是否存在于所述样品中,
其中,亚碲酸盐在所述反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制凝固酶阳性葡萄球菌的生长,
及其中,所述样品中凝固酶阳性葡萄球菌的鉴别通过所述反应混合物出现黑色沉淀物而证实,
其中,所述样品中凝固酶阳性葡萄球菌的鉴别表示所述人或非人动物被凝固酶阳性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阳性葡萄球菌感染的危险中。
在本发明这个方面的实例中,凝固酶阳性葡萄球菌是金黄色葡萄球菌。
在本发明这个方面的另一实例中,鉴别培养基包含0.5%-30%的1%亚碲酸盐溶液,特别是10%-22%的1%亚碲酸盐溶液。在一个相关实例中,亚碲酸盐是亚碲酸钾。
在一个相关实例中,鉴别培养基包含10%的1%亚碲酸钾溶液,及提供包含生物样品和鉴别培养基的反应混合物的步骤包括在25-45℃培养细菌7-48小时。
在根据本发明这个方面的方法不能鉴别得自人或非人动物的生物样品中的凝固酶阳性葡萄球菌的情况中,可进一步问询所述样品以间接确定凝固酶阴性葡萄球菌的存在。
因此,本发明再一方面提供了一种鉴别人和非人动物中凝固酶阴性葡萄球菌的方法,其中所述人或非人动物感染了凝固酶阴性葡萄球菌或者处于凝固酶阴性葡萄球菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)根据本发明所述方法确定样品中不存在凝固酶阳性葡萄球菌,
(ii)提供包含得自同一人或非人动物的生物样品及包含高浓度盐、碳水化合物源和基于颜色的pH指示剂的鉴别培养基的的反应混合物,及
(iii)鉴别所述样品中是否存在凝固酶阴性葡萄球菌,
其中,所述反应混合物中所述pH指示剂存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制凝固酶阴性葡萄球菌的生长,
及其中,所述反应混合物中的碳水化合物源选自葡萄糖、果糖、麦芽糖、蔗糖、甘油、半乳糖、甘露糖和乳糖的一或多种,
及其中,凝固酶阴性葡萄球菌的鉴别通过由pH变化导致的所述反应混合物颜色变化而证实,
其中,所述样品中凝固酶阴性葡萄球菌的鉴别表示所述人或非人动物被凝固酶阴性葡萄球菌感染或者处于凝固酶阴性葡萄球菌感染的危险中。
在一个实例中,高浓度盐包括≥7.5%(w/v)氯化钠。或者,高浓度盐包括≥7.5%(w/v)氯化钾或者相关领域技术人员已知的其它盐。
碳水化合物源选自葡萄糖、果糖、麦芽糖、蔗糖、甘油、半乳糖、甘露糖和乳糖。重要地,碳水化合物源不包括甘露醇、海藻糖、鼠李糖、木糖或者阿拉伯糖。
在进一步相关实例中,pH指示剂选自酚红、溴甲酚紫和溴百里酚蓝。在再进一步实例中,pH指示剂是酚红,得自细菌生长的培养基的酸化导致颜色由红色变为黄色。
在进一步实例中,凝固酶阴性葡萄球菌选自产色葡萄球菌、模拟葡萄球菌、木糖葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、阿尔莱特葡萄球菌、鸡葡萄球菌、缓慢葡萄球菌、腐生葡萄球菌、沃氏葡萄球菌/巴氏葡萄球菌、路邓葡萄球菌(Staphylococcuslugdunensis)、施氏葡萄球菌(Staphylococci schleiferi)和山羊葡萄球菌(Staphylococci caprae)。在一个实例中,凝固酶阴性葡萄球菌选自表皮葡萄球菌、路邓葡萄球菌、施氏葡萄球菌和山羊葡萄球菌。
在一个实例中,稳定剂包括乳源蛋白质和乳源蛋白质提取物。乳源蛋白质或者乳源蛋白质提取物例如包括但不限于α-酪蛋白、β-酪蛋白(包括A1、A2、A3、B、C、D、E和F变体的一或多种)、酪蛋白钠(例如包括α-酪蛋白、β-酪蛋白和κ-酪蛋白)、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白及乳和乳粉,以及其组合。
在根据本发明方法的进一步实例中,生物样品选自乳、尿液、血清、血浆、痰液和粪便。
重要地,本发明的方法可特别用于例如鉴别在人和非人动物中导致乳腺炎或子宫炎的细菌。特别地,本发明的方法可用于鉴别在牛科动物如奶牛中导致乳腺炎的细菌。
因此,本发明再一方面提供了一种鉴别人或非人动物中导致乳腺炎的一或多种细菌的方法,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的乳样品及鉴别培养基的反应混合物;及
(ii)根据本发明任何所述方法鉴别所述乳样品中是否存在一或多种导致乳腺炎的细菌,修改之处是反应混合物不需要稳定剂。
在一个相关实例中,根据本发明这个方面的方法进一步包括鉴别其它导致乳腺炎的细菌,如大肠型细菌。导致乳腺炎的大肠型细菌的一个实例是大肠杆菌(Escherichiacoli)。
因此,在进一步相关实例中,当希望确定大肠型细菌是否存在于生物样品包括但不限于乳中时,鉴别培养基包含牛胆汁和pH指示剂,所述样品中大肠型细菌的鉴别通过当将样品与鉴别培养基组合时颜色由红色变为黄色而证实。
在相关实例中,鉴别培养基包含MacConkey肉汤作为牛胆汁的来源。
在进一步相关实例中,基于颜色的pH指示剂选自酚红、溴甲酚紫和溴百里酚蓝。
在进一步实例中,导致乳腺炎的细菌选自金黄色葡萄球菌、乳房链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、大肠杆菌,及凝固酶阴性葡萄球菌,包括产色葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、表皮葡萄球菌、猪葡萄球菌、溶血葡萄球菌、阿尔莱特葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、鸡葡萄球菌、缓慢葡萄球菌、伪中间型葡萄球菌、腐生葡萄球菌、沃氏葡萄球菌/巴氏葡萄球菌、牛棒杆菌(Corynebacterium bovis)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、Entercoccis faecium、绿浅气球菌(Aerococcus viridans)、阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)、诺卡氏菌种、催产克雷白杆菌(Klebsiella oxttoca)、化脓隐秘杆菌(Arcanobacterium pyogenes)、芽孢杆菌和变形杆菌。
关于子宫炎,可以使用得自子宫的液体样品进行本发明第一、第三和第四方面的方法以鉴别导致感染的细菌。
很可能所述人或非人动物的感染是由超过一种细菌所致。因此,可以对同一样品平行进行本发明的方法以在不同水平问询感染的性质。例如,本发明描述的鉴别方法可以在平行测试条中进行,由此可以同时、单独或者相继地鉴别导致感染的细菌。参见关于乳腺炎的非限制性实例-实施例4。
在本发明的细菌鉴别方法的实例中,所述感染是乳腺炎,及导致感染的细菌是D群链球菌。在一个相关实例中,D群链球菌包括但不限于乳房链球菌。
在本发明的细菌鉴别方法的另一个实例中,所述感染是乳腺炎,及导致感染的细菌是葡萄球菌。在一个相关实例中,所述葡萄球菌包括但不限于金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌。
在本发明的细菌鉴别方法的再一个实例中,所述感染是乳腺炎,及导致感染的细菌是D群链球菌和大肠杆菌或者革兰氏阴性菌。在一个相关实例中,所述D群链球菌包括但不限于乳房链球菌。
在本发明的细菌鉴别方法的进一步实例中,所述感染是乳腺炎,及导致感染的细菌是葡萄球菌和大肠杆菌或者革兰氏阴性菌。在一个相关实例中,所述葡萄球菌包括但不限于金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌。
在本发明的细菌鉴别方法的再一个实例中,所述感染是乳腺炎,及导致感染的细菌是D群链球菌、葡萄球菌和大肠杆菌或者革兰氏阴性菌。在一个相关实例中,所述D群链球菌包括但不限于乳房链球菌。在进一步相关实例中,所述葡萄球菌包括但不限于金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌。
如先前定义,本发明的测试条包含足以进行本发明的测定和方法的任何平板、孔、小瓶或者容器配置。这包括为了鉴别细菌以及进行抗微生物剂敏感性试验的目的(参见下文)。
在本发明的某些实例中,测试条包括预制的包含测试孔的平板(例如96孔微阵列平板),或者以不同配置如(例如)1×10、1×8、1×6、1×4、2×3、2×5、3×3、3×4、3×8、4×8、4×12等预制的测试孔。在其它实例中,测试孔、小瓶或者容器预先充填本发明的细菌鉴别培养基。这样可以将生物样品直接加入测试条和/或测试孔中以进行在样品中细菌的富集及随后的鉴别。
已知的细菌鉴别检测试剂也可以包含在单独的测试孔、小瓶或者容器中,以鉴别待检测的生物样品中的细菌。例如,测试孔、小瓶或者容器中可以充填胰蛋白酶大豆肉汤和酚红以简便地确立在样品中革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的鉴别。
2.抗微生物剂敏感性试验
尽管了解关于鉴别导致感染或者感染性疾病的细菌的信息对于选择合适的抗微生物剂进行治疗是有利的,但是关于得自人或非人动物的样品内存在的细菌的类型的信息不总是足够的。例如,可能的是导致感染的特定细菌菌株对于先前已知杀死或抑制相同细菌生长的常规抗微生物剂(例如抗生素)已经产生药物抗性。进一步地,某些细菌菌株可能更易感于某些抗微生物剂或抗微生物剂类别。因此,有利的是进行实时抗生素敏感性试验以试图了解导致感染的细菌对于某些抗微生物剂的治疗易感到哪种程度。这个信息也可用于记录针对与感染性疾病相关的历史、季节和地理性爆发的有效治疗以构建信息数据库。此外,通过进行定量敏感性试验,例如通过系列稀释分析,可以关于感染的人或非人动物的后续治疗的剂量优化获得信息。
虽然已知抗微生物剂敏感性试验的概念(例如Watts et al.(2008)PerformanceStandards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests forBacteria Isolated from Animals;Approved Standard.Third Edition,28(8)Clinicaland Laboratory Standards Institute,Wayne,Pennsylvania,USA),但是仍存在与现有技术相关的限制。例如,常规的基于实验室的检测费时(即直至多天)且包括在检测之前分离和随后培养细菌。这是因为每个检测均需要特定的细菌接种体。这意味着细菌培养必须生长至指数对数期,因为许多抗微生物剂仅有效对抗分裂的细菌(例如青霉素)。常规的基于实验室的检测不仅费时,而且还需要细菌培养、分离和普通微生物学领域的专业知识。同时,患者需要等待结果而不接受治疗或者接受治疗而无关于细菌感染的特定了解。在任一情况中,均可能存在对于患者的负面及甚至危及生命的后果,更不必说导致与药物抗性相关的问题。
希望对于得自人或非人动物的生物样品可以直接进行抗微生物剂敏感性试验。这种方法可以基于在液体培养中的比色检测,其可以由外行人员易于检测和使用。然而,通常与使用临床细菌样品相关的问题是由于感染所致的背景颜色。例如在乳腺炎的情况中,这种颜色根据感染的严重度可以描述为黄色至褐色。相似地,包含尿液的生物样品可含有微量血液,意味着临床样品可具有红色背景色。粪便样品可以是黄色、褐色或者甚至含有血液。这种背景颜色对于比色检测读数可能产生困难。
进一步地,在足以掩盖与感染相关的样品的任何背景颜色的浓度使用颜色指示剂有一些限制。例如,实施例2表2a-2c表明常用的颜色指示剂酚红对于细菌生长的抑制作用。也就是说,为了掩盖与样品相关的任何背景颜色,可能需要在实际上抑制细菌生长及因此富集的浓度加入酚红。当比色技术用于抗微生物剂敏感性试验时,如果有关于抗微生物剂的潜在效力的任何可用信息,结果几乎没有。因此,比色检测是困难的,且通常需要细菌分离之后应用选择性或者区分性富集培养基。克服这个问题的一种方法是稀释临床样品,例如100倍、1000倍或者10000倍以降低背景颜色和/或除去抑制剂作用。然而,这些稀释度通常是不希望的,因为其削弱了敏感性试验的灵敏性。或者,一些样品在在希望的时间点获取,然后铺板于琼脂凝胶上进行细菌细胞计数。然而,这种方法甚至更费时,且难以由外行人员完成。
本申请人令人惊奇地揭示了基于颜色的pH指示剂对细菌生长的抑制作用可以通过使用一或多种稳定剂而有效地抑制,意味着增加浓度的pH指示剂如(例如)酚红不仅可以用在细菌鉴别测定中,也可以用于抗微生物剂敏感性试验中。使用增加浓度的基于颜色的指示剂的优势是所述比色检测可以使用临床样品进行,从而消除与(i)必须进行预分离技术和(ii)待检测样品的感染所致背景颜色污染相关的潜在问题。
因此,本发明提供了可以使用基于比色改变的生长抑制测定进行的细菌抗生素敏感性试验。进一步地,本发明便利地提供了可以由外行人员使用的方法和试剂盒以进行抗生素敏感性试验以选择合适的治疗。
因此,本发明一方面提供了一种对得自人或非人动物的生物样品进行抗微生物剂敏感性试验的方法,其中所述人或非人动物可能被一或多种导致感染的细菌感染或者处于被一或多种导致感染的细菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及包含用于生长的培养基、抗微生物剂、基于颜色的pH指示剂和稳定剂的敏感性培养基的反应混合物,及
(ii)通过当将所述样品加入所述敏感性培养基中时观测颜色变化而确定所述样品中所述一或多种细菌对于所述抗微生物剂的敏感性,
其中,所述pH指示剂在所述反应混合物中存在的量,如果不存在所述稳定剂,抑制所述一或多种导致感染的细菌的生长。
在本发明这个方面的一个实例中,其中所述细菌是革兰氏阳性菌,所述稳定剂包括乳源蛋白或者乳源蛋白提取物。举例的乳源蛋白或者乳源蛋白提取物包括但不限于α-酪蛋白、β-酪蛋白(包括A1、A2、A3、B、C、D、E和F变体的一或多种)、酪蛋白钠(例如包括α-酪蛋白、β-酪蛋白和κ-酪蛋白)、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白及乳汁或乳粉,以及其组合。
在本发明这个方面的另一个实例中,其中所述细菌是革兰氏阴性菌,所述稳定剂包括碳水化合物。根据本发明这个方面的碳水化合物例如包括但不限于葡萄糖、甘露醇、乳糖、海藻糖和蔗糖。
重要地,选择性培养基必须完成两项功能,即(i)支持细菌生长以富集细菌,及(ii)包含足以鉴别细菌在存在抗微生物剂条件下对于生长抑制的敏感性的一或多种成分。
在本发明的一个实例中,所述基于颜色的pH指示剂选自酚红、溴甲酚紫、溴百里酚蓝、溴甲酚绿、甲基红、甲基紫、石蕊、中性红、萘酚肽、甲酚红、甲酚肽、酚肽、2,4-二硝基苯酚、赤藓红二钠盐、苯并红紫4B、N,N-二甲基-对-(间-甲苯基偶氮)苯胺、对-二甲基氨基偶氮苯、4,4’-二(2-氨基-1-萘基偶氮)-2,2’-均二苯乙烯二磺酸、四溴酚肽乙酯钾盐、溴酚蓝、刚果红、甲基橙、乙基橙、4-(4-二甲基氨基-1-萘基偶氮)-3-甲氧基苯磺酸、刃天青、4-苯偶氮-1-萘基胺、乙基红2-(对-二甲基氨基苯偶氮基)吡啶、4-(对-乙氧基苯偶氮基)-间-亚苯基-二胺盐酸盐、间苯二酚蓝、茜素红S、丙基红、氯酚红、对-硝基酚、茜素2-(2,4-二硝基苯偶氮基)1-萘酚-3,6-二磺酸二钠盐、6,8-二硝基-2,4-(1H)喹唑啉二酮、亮黄、间-硝基酚、姜黄(姜黄素)、间甲酚紫、4,4’-二(4-氨基-1-萘基偶氮)-2,2’-均二苯乙烯二磺酸、百里酚蓝、对-萘酚苯甲醇、酚肽、邻-甲酚肽、乙基二(2,4-二甲苯基)醋酸盐/酯。
在一个相关实例中,基于颜色的pH指示剂选自酚红、溴甲酚紫和溴百里酚蓝。
在本发明的进一步相关实例中,基于颜色的pH指示剂是酚红。
在另一个实例中,酚红以0.0035-0.30%、0.005-0.1%及0.01-0.1%加入。特别地,加入的酚红的浓度是0.0125%-0.03%。在0.0035-0.30%浓度,酚红的颜色足以掩盖与待检测样品相关的任何背景颜色。
进一步地,本发明涵盖了使用足以在即将加入待检测样品之前将反应混合物的pH调节为希望的pH的pH调节剂(即酸和碱)。例如,在希望起始pH为7.2的情况中,反应混合物为pH7.0,可以加入例如氢氧化钠以将pH调节为7.2。这些类型的pH调节修改为本领域技术人员已知。
如先前所论述,稳定剂的目的是抑制基于颜色的pH指示剂对细菌生长的抑制作用。当检测革兰氏阳性菌的抗微生物剂敏感性时,合适的稳定剂例如是乳源蛋白或者乳源蛋白提取物,如例如α-酪蛋白、β-酪蛋白(包括A1、A2、A3、B、C、D、E和F变体的一或多种)、酪蛋白钠(例如包括α-酪蛋白、β-酪蛋白和κ-酪蛋白)、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白及乳汁或乳粉,以及其组合。当检测革兰氏阴性菌的抗微生物剂敏感性时,合适的稳定剂例如是碳水化合物,例如葡萄糖、甘露醇、乳糖、海藻糖和蔗糖。当与表2a-2c对比时,稳定剂对于抑制增加浓度的酚红的生长抑制作用的作用从表4a-4d列出的结果中显而易见。
此外,可能希望检测不同浓度的抗微生物剂或者抗微生物剂组合的效力,以确定在后续治疗中的有效剂量。
因此,在本发明第六方面的一个实例中,组合生物样品与包含抗微生物剂的敏感性培养基的步骤包括定量敏感性试验。定量敏感性试验在本文特别定义,可以使用例如系列稀释的待检测的抗微生物剂或者通过使用预选浓度的待检测的抗微生物剂完成。本发明的定量敏感性试验的实例在实施例6中提供。
在本发明第六方面的一些实例中,抗微生物剂是抗生素或者抗生素组合。
在一个相关实例中,抗生素或者抗生素组合选自青霉素、头孢菌素、大环内酯类、林可酰胺类、氟苯尼考、喹啉类、单环内酰胺类、四环素类、氨基糖苷类、磺胺类、多粘菌素类和糖肽类。
在本发明第六方面的其它实例中,组合生物样品与敏感性培养基的步骤包括在25-45℃培养细菌7-48小时。
本发明的抗微生物剂敏感性试验在少于24小时的时间进行,但是少于12小时和少于7小时也是合适的。虽然鉴别时间最终依赖于检测的临床或生物样品中的细菌接种体,但是也参考图1所示,其示出了细菌生长抑制与时间的函数。这些数据表明在<7小时的敏感性读数可能提供了误导信息,因此重要的是评定随时间的抗微生物剂敏感性。
在本发明的其它实例中,抗微生物剂敏感性试验用于确定细菌对于抗生素的敏感性以用于治疗乳腺炎或子宫炎。这包括从怀疑具有乳腺炎或者子宫炎感染的人或非人动物获得乳样品,根据本发明的方法进行抗生素敏感性试验。通过对得自人或非人动物的乳样品进行“实时”抗生素敏感性试验,可以确定导致感染的细菌对于除了任何其它抗微生物剂之外的某些抗生素或者抗生素组合的敏感性。这种方法还消除了当基于细菌鉴别分析特别选择了抗生素时由药物抗性细菌产生的潜在问题。因此提高了成功治疗所述人或非人动物的可能性。
虽然使用得自人或非人动物的样品进行抗微生物剂敏感性试验赋予的优势,其也可以用于与抗微生物剂敏感性试验平行确定鉴别导致感染的细菌。例如,在研究乳腺炎或子宫炎中。因此,本发明还涵盖了双重方法和检测试剂盒以进行细菌鉴别和抗生素敏感性试验。参考实施例7,其提供了组合的本发明的细菌鉴别与敏感性试验的实例。
如本文所述,稳定剂的目的是抑制基于颜色的pH指示剂的抑制作用。本发明的稳定剂的一个实例是乳。因此,在待检测样品是乳的情况中,例如在关于乳腺炎或子宫炎的敏感性试验中,不需要包括稳定剂。
因此,本发明另一方面提供了一种对包含得自人或非人动物的乳的生物样品进行抗微生物剂敏感性试验的方法,其中所述人或非人动物可能被一或多种导致感染的细菌感染或者处于被一或多种导致感染的细菌感染的危险中,所述方法包括:
(i)提供包含得自人或非人动物的生物样品及包含抗微生物剂和基于颜色的pH指示剂的敏感性培养基的反应混合物,及
(ii)当将所述样品加入所述敏感性培养基时,通过观测颜色变化确定所述样品中所述一或多种细菌对于所述抗微生物剂的敏感性,
其中,所述反应混合物中所述pH指示剂存在的量,如果不存在所述稳定剂,足以抑制所述一或多种导致感染的细菌的生长。
在一个相关实例中,选择的用于对得自怀疑感染乳腺炎的人或非人动物的样品进行抗微生物剂敏感性试验的抗生素包括选自如下的抗生素:阿莫西林、氨苄西林、苄青霉素或青霉素G、羧苄西林、克拉维酸、氯唑西林、双氯西林、氟氯西林、甲氧西林、萘夫西林、苯唑西林、青霉素G氨乙酯、苯氧甲基青霉素或青霉素V、舒巴坦、三唑巴坦、cefracetrile、头孢氨苄、头孢噻吩、头孢匹林、头孢呋辛、头孢噻呋、头孢喹肟、红霉素、竹桃霉素、泰乐菌素、克林霉素、林可霉素、吡利霉素、氟苯尼考、达氟沙星、二氟沙星、恩诺沙星、依巴沙星、马波沙星、奥比沙星、沙氟沙星、环丙沙星、氨曲南、土霉素、四环素、二氢链霉素、新霉素、卡那霉素、链霉素、庆大霉素、磺胺嘧啶、磺胺甲恶唑、磺胺多辛及万古霉素。
本发明的敏感性试验的基本方法包括利用具有阴性生长对照孔或容器、阳性生长对照孔或容器及测试孔或测试容器的测试板(panel)检测微生物对于预选浓度的抗微生物剂产品的生长抑制作用的敏感性。术语“孔”或者“容器”在本说明书中可互换使用,应理解术语“容器”通常是指承纳检测分析物的任何合适结构。本发明的方法不依赖于使用多孔板或者多孔平板,可以使用单独的各个容器。由于便于内外操作保温仪以及本领域技术人员熟知的其它原因,优选板或平板法。
怎样进行本发明的敏感性试验的一个实例在下文实施例2和6中描述。合适的用于微生物培养的培养基包括在本领域已知的培养基中的胰蛋白酶大豆肉汤、Mueller Hinton肉汤、MacConkey肉汤和七叶苷肉汤。培养本发明的微生物的常用富集培养基实例在实施例1中列出。
选择的生长培养基的浓度可以是目前用于敏感性试验工业的标准浓度范围。
也希望提供直接使用的包含分析物的抗微生物剂敏感性和/或细菌鉴别检测试剂盒,其具有足以在短期至中等时期运输和贮存期间存活的保存限期。一些抗微生物剂(例如)青霉素或者头孢菌素抗生素当在室温长期贮存时在水相介质中降解。如果药物降解发生在保存期,则未知在检测时的真实药物浓度,产生提供错误信息如假阴性检测结果的可能性。
特别可用于抗生素情况中的避免这个限制的一种方法是提供干燥或冻干的抗微生物剂,包括抗生素。另一方法是冷冻抗微生物剂,包括抗生素。
为了供给终端用户便利的直接使用的抗微生物剂敏感性试验,抗微生物剂必须是化学稳定的用于贮存。如果选择的抗微生物剂(例如抗生素)与敏感性培养基一起包含在检测试剂盒中并在冷冻仪中贮存,或者如果选择的药物是干燥或冻干的,可以实现这个目的。例如,包含希望的抗微生物剂的敏感性培养基可以以希望的浓度加入检测试剂盒的孔中,然后在75℃干燥30分钟。现在提供包含选择的抗生素的敏感性培养基以干燥的薄膜形式存在于孔或容器内,其可以在室温贮存较长时间(例如几个月或几年)。在希望的时间点例如用临床样品体积充填取样装置。当加入敏感性培养基时,重建包含具有抗生素的敏感性培养基的薄膜。
包含希望的抗微生物剂的敏感性培养基可以以希望的浓度加入检测试剂盒的孔中,然后冻干(在-20℃在大气压下冷冻样品,然后降低压力至(例如)0.001bar在-20℃冷冻24小时,然后提高温度至25℃保持24小时,然后提高压力至大气压)。包含选择的抗生素的敏感性培养基以粉块形式提供在孔或容器中,其可以在室温贮存较长时间(例如几个月或几年)。在希望的时间点,可以将取样装置充填例如临床样品体积。然后当将临床样品与粉块组合时,立即重建包含具有抗生素的敏感性培养基的粉块。
因此,在本发明的一个实例中,在加入待检测样品之前,包含选择的抗微生物剂的选择性培养基在测试孔或容器中以冷冻干燥或冻干形式存在。这种方法在检测之前使得抗生素可以在延长的保存限期(>几个月)保持活性。
作为非限制性说明,发现如果一般的富集培养基如含有0.0125%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤在冷冻干燥后形成相对松散的粉末/结块,其可以容易地重建。在这种情况中,可以冷冻干燥20μl这种培养基,然后加入预定体积的含有106cfu/ml乳房链球菌的乳重建。冷冻干燥的富集培养基在几分钟内重建,及轻敲一或两次小瓶使得通过裸眼观测到成为均质混合物。然后将这个样品保温大约16小时。乳房链球菌的生长使得富集培养基变为黄色。
如先前定义,本发明的测试条包含足以进行本发明的测定和方法的任何配置的平板、孔、小瓶或者容器。这包括为了鉴别细菌以及进行抗微生物剂敏感性试验之目的(见下文所述)。
在本发明的某些实例中,测试条包括预制的包含测试孔的平板(例如96孔微阵列平板),或者以不同配置如1×10、1×8、1×6、1×4、2×3、2×5、3×3、3×4、3×8、4×8、4×12等预制的测试孔。在其它实例中,测试孔、小瓶或者容器预先充填了本发明的细菌鉴别培养基。这样使得生物样品直接加入测试条和/或测试孔以富集及随后鉴别样品中的细菌。
3.抗微生物剂
如前文定义,术语“抗微生物剂”是指杀死或者抑制微生物、包括例如细菌、酵母、真菌、病毒、寄生物等生长的物质。
举例的抗微生物剂包括但不限于抗生素、抗病毒剂、含银组合物、包含天然抗微生物剂的植物如真芦荟、蔓越莓、葡萄柚皮、绿茶、龙蒿(taragon)等的提取物。
进一步地,合适的抗生素类别的实例包括但不限于青霉素、头孢菌素类、大环内酯类、林可酰胺类、氟苯尼考、喹诺酮类、单环内酰胺类,四环素类、氨基糖苷类、磺胺类、多粘菌素类和糖肽类。这些类别内举例的特定抗生素如下文列出。
青霉素类包括但不限于阿莫西林、氨苄西林、阿洛西林、苄青霉素/青霉素G、羧苄西林、克拉维酸、氯唑西林、环青霉素、双氯西林、氟氯西林、海他西林、美西林、甲氧西林、美洛西林、萘夫西林、苯唑西林、青霉素G氨乙酯、苯氧甲基青霉素/青霉素V、哌拉西林、舒巴坦、替卡西林、三唑巴坦。
头孢菌素类包括但不限于头孢乙腈、头孢羟氨苄、头孢氨苄、头孢来星、头孢洛宁、头孢噻啶、头孢噻吩、头孢匹林、头孢曲秦、头孢氮氟、头孢西酮、头孢唑林、头孢拉定、头孢沙定、头孢替唑、头孢克洛、头孢尼西、头孢丙烯、头孢呋辛、头孢唑喃、头孢美唑、头孢替坦、头孢西丁、头孢卡品、头孢达肟、头孢地尼、头孢托仑、头孢他美、头孢克肟、头孢甲肟、头孢地嗪、头孢噻肟、头孢维星、头孢咪唑、头孢泊肟、头孢特仑、ceftamere、头孢布烯、头孢噻呋、头孢噻林、头孢唑肟、头孢曲松、cefclidine、头孢吡肟、头孢瑞南、头孢噻利、头孢唑兰、头孢匹罗、头孢喹肟、头孢比普、头孢洛林、ceftolozane。
大环内酯类包括但不限于阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、泰利霉素、碳霉素A、交沙霉素、吉他霉素、麦迪霉素/乙酸麦迪霉素、竹桃霉素、索利霉素、螺旋霉素、醋竹桃霉素、泰洛星、罗红霉素。
林可酰胺类包括但不限于克林霉素、林可霉素、吡利霉素。
喹诺酮类包括但不限于达氟沙星、二氟沙星、恩氟沙星、依巴沙星、马波沙星、奥比沙星、沙氟沙星、环丙沙星。
单环内酰胺类包括但不限于氨曲南。
四环素类包括但不限于多西环素、金霉素、氯莫环素、地美环素、赖甲四环素、甲氯环素、美他环素、米诺环素、土霉素、青哌环素、罗利环素、四环素。
氨基糖苷类包括但不限于二氢链霉素、新霉素、卡那霉素、链霉素、庆大霉素。
磺胺类包括但不限于磺胺嘧啶、磺胺甲恶唑、磺胺多辛。
多粘菌素类包括但不限于多粘菌素B、粘菌素。
糖肽类包括但不限于万古霉素、替考拉宁、阿伏帕星。
其它抗生素包括但不限于碳青霉烯类、氯霉素、pleuromutilins、多肽。
根据本发明的方法和试剂盒,抗生素是以游离形式或者各种盐形式使用。例如,苄基青霉素可以作为钾、钠或者普鲁卡因盐使用,氯唑西林作为钠盐或苄星青霉素盐使用,头孢噻呋作为酸、盐酸盐或者钠盐使用,头孢匹林作为钠盐或者苄星青霉素盐使用,头孢唑林可以游离形式或者钠盐形式使用,土霉素作为盐酸盐使用,新霉素作为三硫酸盐使用,头孢氨苄作为一水合物使用及二氢链霉素作为硫酸盐使用。根据在例如敏感性试验或者随后治疗方案如治疗乳腺炎中使用的抗生素,技术人员已知适合使用的抗生素形式(即游离形式或是特定的盐)。
在本发明的一个实例中,对乳腺炎乳样品进行的敏感性试验中使用的抗生素包括但不限于普鲁卡因盐形式的苄基青霉素、盐酸盐形式的土霉素、一水合物形式的头孢氨苄、三硫酸盐形式的新霉素、硫酸盐形式的二氢链霉素、游离形式的氨曲南、盐酸盐形式的头孢噻呋及钠盐形式的氯唑西林。进一步地,可以考虑抗生素组合用于本发明方法中。例如包括但不限于普鲁卡因盐形式的苄基青霉素组合钠盐形式的氯唑西林,以及盐酸盐形式的土霉素组合三硫酸盐形式的新霉素。
4.检测试剂盒/生产产品
本发明还涵盖了试剂盒及包含检测分析物的检测试剂盒以进行本发明的细菌鉴别和抗微生物剂敏感性试验。
因此,本发明提供了检测试剂盒,用于:
(i)鉴别人或非人动物中一或多种导致感染的细菌,和/或
(ii)对在人或非人动物中导致感染的细菌进行抗微生物剂敏感性试验,
所述检测试剂盒包含根据本说明书描述的任何方法对人或非人动物检测样品进行细菌鉴别和/或抗微生物剂敏感性试验的试剂以及使用说明书。
所述检测试剂盒可包含液体或者冻干形式的进行抗微生物剂药敏性试验和/或细菌鉴别的试剂。然而,优选已经冻干及在使用之前可立即快速重悬于溶液中的试剂。这延长了产品的保存限期。此外,冻干的试剂和培养基可进一步包含水分清除剂如亲水性胶体硅以除去过量的水分/水含量。再者,包含水分清除剂进一步延长本发明的检测试剂盒的保存限期。
典型的冷冻干燥或者冻干方法包括如下步骤:
步骤1:固化
(i)用液体培养基充填优选的样品容器,
(ii)在大气压下用培养基充填样品容器并在-40℃冷冻(可以在冷冻干燥仪或者在单独的冷冻仪中进行,-称作固化的步骤(步骤1),
(iii)将具有冷冻培养基的样品容器移至冷冻干燥仪中。
步骤2:升华干燥(初级干燥)
·降低压力,典型低于100Pa,
·起始温度-40℃,温度持续升高至-10℃,升温斜度为0.06℃/分钟,然后在-10℃保持8小时。
步骤3:解吸干燥(二级干燥)
·降低压力,典型低于100Pa,
·起始温度-10℃,将温度持续升高至40℃,升温斜度为1.5℃/分钟,然后在40℃保持6小时。
步骤4:密封(任选)
·在降低压力下将橡胶盖推向样品容器以保护冷冻干燥的培养基。
步骤5:增加压力至大气压并取出样品
在本发明的某些实例中,可以根据上述方法制备包含冷冻干燥的/冻干的鉴别培养基和/或敏感性试验培养基(单独的试管)的测试条。然后可以将测试条运输至使用地点(例如农场),在此可加入生物样品(例如乳)以产生反应混合物进行表型筛选。
根据本说明书的教导,技术人员将意识到测试条根据应用性质及细菌是(i)潜在鉴别的和/或(ii)针对抗微生物剂敏感性而筛选的目的而包含不同试剂(鉴别/敏感性培养基)。
例如及仅是举例说明,将抗生素敏感性测试条包装以含有冷冻干燥的生长培养基(例如胰蛋白酶大豆肉汤)、抗生素(例如苄基青霉素,系列稀释)、pH指示剂(例如酚红)及任选含有稳定剂(例如一或多种酪蛋白)。然后将测试条在铝制药袋或者塑料药袋或者真空塑料药袋和/或含有硅胶小袋(水分清除剂)中密封,运输至希望的检测地点。加入检测样品(例如生物样品,参见上文)将获得敏感性培养基的重悬液,提供用于根据本发明所述方法的反应混合物。
***
实施例
实施例1:材料与方法
1.细菌培养常用的富集培养基
胰蛋白酶大豆肉汤(pH~7.3)(%w/v)
Figure BDA0001445710420000301
MacConkey肉汤(pH~7.3)(%w/v)
Figure BDA0001445710420000302
七叶苷琼脂(%w/v)
Figure BDA0001445710420000303
Figure BDA0001445710420000311
七叶苷叠氮肉汤(pH~7.2)(%w/v)
Figure BDA0001445710420000312
甘露醇盐琼脂(%w/v)
Figure BDA0001445710420000313
甘露醇盐肉汤(pH~7.3)(%w/v)
Figure BDA0001445710420000314
Figure BDA0001445710420000321
Baird Parker琼脂(%w/v)
Figure BDA0001445710420000322
Giolitti Cantoni肉汤基质(%w/v)pH~6.9
Figure BDA0001445710420000323
在19mL Giolitti Cantoni肉汤基质中加入1.05mL(~5.24%)或者当检测肉类时加入0.105mL(~0.55%)的1%亚碲酸盐溶液。
Mueller Hinton肉汤(%w/v)
Figure BDA0001445710420000324
Figure BDA0001445710420000331
2.细菌样品
细菌样品1:
胰蛋白酶大豆肉汤中大肠杆菌/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102
细菌样品2:
胰蛋白酶大豆肉汤中金黄色葡萄球菌/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102
细菌样品3:
胰蛋白酶大豆肉汤中乳房链球菌/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102
细菌样品4:
全脂加工乳中大肠杆菌/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102
细菌样品5:
全脂加工乳中金黄色葡萄球菌/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102;h)~106.5
细菌样品6:
全脂加工乳中乳房链球菌/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102
细菌样品7:
全脂加工乳中表皮葡萄球菌(凝固酶阴性)/cfu/mL
a)~108;b)~107;c)~106;d)~105;e)~104;f)~103;g)~102;h)~106.5
细菌样品8(%v/v)(无细菌)
全脂加工乳 100%
细菌样品9:
全脂加工乳中无乳链球菌/cfu/mL
a)~106;b)~103
细菌样品10:
尿液中大肠杆菌/cfu/mL
a)107;b)105;c)103
细菌样品11:
尿液中乳房链球菌/cfu/mL
a)107;b)105;c)103
细菌样品12:
胰蛋白酶大豆肉汤中表皮葡萄球菌/cfu/mL
a)107;b)105
3.牛乳腺炎临床细菌样品
样品ID:1-8得自新西兰南岛农场。
4.组合物
组合物1:(%w/v)
MacConkey肉汤单一浓度 99.9875%
酚红 0.0125%
Figure BDA0001445710420000341
Figure BDA0001445710420000351
组合物3(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 99.96%
溴甲酚紫 0.04%
Figure BDA0001445710420000352
组合物5(%v/v)
Giolitti Cantoni肉汤 98.77%
1%w/v亚碲酸钾溶液 1.23%
组合物6(%v/v)
Giolitti Cantoni肉汤 98.0%
1%w/v亚碲酸钾溶液 2.0%
组合物7(%v/v)
Giolitti Cantoni肉汤 83.33%
1%w/v亚碲酸钾溶液 16.67%
组合物8(%v/v)
Giolitti Cantoni肉汤 88.89%
1%w/v亚碲酸钾溶液 11.11%
组合物9(%v/v)
甘露醇盐肉汤 98.77%
1%w/v亚碲酸钾溶液 1.23%
组合物10(%v/v)
甘露醇盐肉汤 93.02%
0.1%w/v亚碲酸钾溶液 6.98%
组合物11(%v/v)
甘露醇盐肉汤 100%
组合物12(%v/v)
甘露醇盐肉汤 49.385%
蒸馏水 49.385%
1%w/v亚碲酸钾溶液 1.23%
组合物13(%v/v)
甘露醇盐肉汤 50%
蒸馏水 50%
组合物14(%w/v)
甘露醇盐肉汤 98.75%
乳糖 1.25%
组合物15(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 96.362%
酚红 0.025%
1%w/v亚碲酸钾溶液 3.614%
组合物16(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 96.374%
酚红 0.0125%
1%w/v亚碲酸钾溶液 3.614%
组合物17(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 93.0%
酚红 0.023%
1%w/v亚碲酸钾溶液 6.977%
组合物18(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 99.625%
七叶苷 0.25%
柠檬酸铁铵 0.125%
组合物19(%w/v)
MacConkey肉汤 99.975%
酚红 0.025%
组合物20(%v/v)
Giolitti Cantoni肉汤基质93.82%
1%w/v亚碲酸钾溶液 6.18%
组合物21(%v/v)
Figure BDA0001445710420000371
组合物22(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 99.625%
七叶苷 0.5%
柠檬酸铁铵 0.25%
组合物23(%w/v)
MacConkey肉汤 98.98%
酚红 0.02%
氯唑西林钠 1.0%
组合物24(%w/v)
胰蛋白酶大豆肉汤 99.98%
酚红 0.02%
组合物25(%w/v)
Figure BDA0001445710420000381
组合物26(%w/v)
Mueller Hinton肉汤 99.9875%
酚红 0.0125%
组合物27(%w/v)
Figure BDA0001445710420000382
Figure BDA0001445710420000383
组合物29-54在表90中列出。
组合物55 g g
酚红 0.0125% 0.001
甘露醇盐肉汤 8.0% 0.800
水(无菌) 91.9875% 9.199
总体积 100.0% 10.000
组合物56
甘露醇 3.39%
甘氨酸 0.21%
氯化锂 0.17%
丙酮酸钠 0.51%
胰蛋白酶大豆肉汤 95.72%
总计 100.00%
组合物57
组合物56 90.0%
1%亚碲酸钾溶液 10.0%
组合物58
甘露醇 3.39%
甘氨酸 0.21%
氯化锂 0.17%
丙酮酸钠 0.51%
亲水性胶体硅 5.00%
胰蛋白酶大豆肉汤 90.72%
总计 100.00%
组合物59
组合物60 78.1%
1%亚碲酸钾溶液 21.9%
实施例2:抗生素敏感性试验
1.基于检测开发和验证的预备试验
在这个实施例中,使用如下缩写:McC=MacConkey肉汤;TSB=胰蛋白酶大豆肉汤
于MacConkey肉汤中的革兰氏阴性菌包括大肠杆菌加上额外的酚红(大肠型细菌的富集培养基);MacConkey肉汤用于乳和水中大肠型细菌的检测。
Figure BDA0001445710420000401
如果革兰氏阴性菌包括大肠杆菌在MacConkey肉汤加上过量酚红中生长,然后正如预期地颜色最初是红色,随着细菌生长转变为黄色。重要地,黄色保持直至48小时。参见下表1。
表2a示出在一般的富集培养基中生长的大肠杆菌,这是抗生素敏感性试验所需的。结果表明随着酚红浓度增加,红色强度增加,反应黄色也如此(数据未示出)。为了简便起见,本文描述的结果简单地表示为红色或者黄色。然而,可以测量与颜色变化相关的动力学。参见后文。
正如预期,当大肠杆菌在一般富集培养基中生长时,发生了颜色从红色变为黄色。然而,这种颜色变化是不稳定的,在~11.5小时之后从黄色降回为橙色/红色。虽然在T=0和T=24的红色色调之间可以存在一些可辨别的差异,但是这不是令人满意的。进一步地,鉴于许多基于颜色的pH指示剂的细菌生长抑制作用,由于此原因简单地在检测中加入更多的例如酚红也不是令人满意的。在表2b和2c中举例说明,其中研究了金黄色葡萄球菌和乳房链球菌的生长与增加的酚红浓度之间的函数关系。
重要地,比色试验的成功依赖于在整个取样窗口期间保持稳定的颜色变化。在细菌鉴别和/或抗生素敏感性试验的情况中,希望~24小时的取样窗口期。
本发明通过包含一或多种稳定剂克服了这些限制,所述稳定剂抑制基于颜色的pH指示剂的潜在抑制作用。因此,在检测中可以使用增加浓度的基于颜色的pH指示剂(例如酚红),从而实现与细菌生长相关的颜色变化的稳定性。本发明的稳定剂的一个实例是乳。
2.抗生素敏感性试验
在这个实施例中,使用液体培养基以使得可以早期及简便地鉴别敏感的抗微生物剂,以支持治疗细菌感染的抗微生物剂选择。其还可以检测临床样品中的细菌如革兰氏阳性和/或阴性菌,和/或可以从颜色变化的动力学分析中估计接种体。这种液体培养基的基础是一般液体富集培养基,例如胰蛋白酶大豆肉汤(大豆-酪蛋白消化培养基),但是也可以是Mueller Hinton肉汤。这种TSB培养基具有过量浓度的pH指示剂如酚红和/或溴甲酚紫及乳汁。然后将这种培养基与人或动物的临床样品如原料乳、尿液、粪便、血液、痰液或者其它类型拭子样品(swap sample)混合。如果临床样品是乳样品,则不需要另外加入乳。比色分析可以通过裸眼或者通过光学读数器如通过CCD摄像芯片或者光电二极管进行。
在下表中,给出了检测样品中大概的细菌接种体。例如,106、107和108。技术人员将意识到108的接种体是近似值,可代表非限制性例如7.6×107或者8.4×108
Figure BDA0001445710420000421
Figure BDA0001445710420000431
Figure BDA0001445710420000441
如果发生颜色变化,则可以监测其逐渐发生。颜色变化的起始点依赖于接种体。因此,动力学颜色变化曲线可以根据时间及估算的初始接种体确定。
在存在稳定剂的情况中,包括的酚红的浓度可以在35μg/ml-3000μg/ml、50μg/ml-1000μg/ml及特别是在100μg/ml-500μg/ml之间,组合乳汁或者乳粉作为稳定剂。
根据下文阐述的抗生素敏感性试验实施例,使用(临床)样品进行直至24小时试验。
下文实施例中包含的稳定剂是加工的乳(深蓝色顶部)及因此具有白颜色。
表3示出大肠杆菌于80μl McC/20μl乳汁中;接种体指的是在乳汁中cfu/ml。正如预期,表3中的结果与表1一致。
表4a示出大肠杆菌于80μl TSB/20μl乳汁中;接种体是指在乳汁中cfu/ml。令人惊奇地,表4a的结果示出实际上酚红浓度对于颜色变化无影响(除了在7h及接种体103cfu/ml之外)。在关键时期的11.5h-23.5h之间颜色变化保持恒定,尽管存在过量的酚红。当与表2a数据对比时这是出人意料的,表明乳汁在抑制增加浓度的酚红的抑制作用中的稳定作用。
令人惊奇地,表4b中的结果示出金黄色葡萄球菌在存在不同浓度酚红的条件下在23.5h无抑制。之前时间点,酚红浓度为0.25mg/ml及以上的几种情况示出略微延迟的颜色反应。当与表2b中的数据对比时,这些结果再次是出人意料的。
相似地,表4c示出乳房链球菌的生长是不同酚红浓度非依赖性的。再次,这些结果与表2c中的数据对比是出人意料的。
如表4d所示,对于凝固酶阴性菌表皮葡萄球菌也获得相同结果。
如表4e所示,过量浓度的溴甲酚紫在所有研究的接种体中不抑制乳房链球菌的生长。令人感兴趣地,典型富集培养基如MacConkey肉汤中溴甲酚紫的典型浓度低大约40倍。
总之及出人意料地,这些数据示出使用增加浓度的基于颜色的pH指示剂观测到的生长抑制作用可以在存在稳定剂例如乳汁的条件下被抑制。因此,增加浓度的基于颜色的pH指示剂可用于提供强力的比色检测以评定细菌对于一或多种抗微生物剂的敏感性。
实施例3:临床样品中的D群链球菌鉴别
七叶苷琼脂或七叶苷肉汤或其它典型含有七叶苷的培养基只含有七叶苷或者组合柠檬酸铁。这种培养基基于其水解七叶苷的能力可用于培养和区分细菌。举例的本发明的七叶苷琼脂或肉汤的成分包括:
七叶苷琼脂
成分/L:
Figure BDA0001445710420000461
七叶苷叠氮肉汤
成分/L:
Figure BDA0001445710420000462
D群链球菌例如乳房链球菌将七叶苷水解为七叶亭和葡萄糖,其与柠檬酸铁反应产生变为褐色/黑色培养基。富集培养基中存在的典型的七叶苷浓度是0.1%和柠檬酸铁浓度为0.05%。在这个实施例中,柠檬酸铁在此是指柠檬酸铁铵,但是可以使用其它形式。
然而,较高浓度的七叶苷和/或柠檬酸铁可以导致细菌生长的抑制。为了例证这一点,将D群链球菌、特别是乳房链球菌在胰蛋白酶大豆肉汤中在存在如下成分的条件下生长:(i)0.1%七叶苷和0.05%柠檬酸铁,(ii)1.0%七叶苷和0.5%柠檬酸铁,(iii)2.0%七叶苷和1.0%柠檬酸铁及(iv)5.0%七叶苷和2.5%柠檬酸铁。简而言之,将乳房链球菌播布于胰蛋白酶大豆肉汤(TSB)中并生长,然后将20μL稀释液与含有浓度如表5所示的七叶苷和柠檬酸铁的100μL TSB混合(接种体为~106和~104cfu/mL)。最初乳房链球菌七叶苷/柠檬酸铁培养基的颜色是透明黄色。在~16h和~48h之后检测颜色。结果在表5中示出。
表5:100μL七叶苷/柠檬酸铁/TSB培养基中乳房链球菌;80μL TSB/七叶苷/柠檬酸铁+20μL细菌于TSB(2)中;接种体是指在TSB(2)中cfu/mL
10<sup>6</sup>cfu/ml 10<sup>4</sup>cfu/ml
0.1%七叶苷+0.05%柠檬酸铁 黑色 黑色
1%七叶苷+0.5%柠檬酸铁 非黑色 非黑色
2%七叶苷+1%柠檬酸铁 非黑色 非黑色
5%七叶苷+2.5%柠檬酸铁 非黑色 非黑色
这些数据示出在包含TSB的富集培养基中在0.1%七叶苷和0.05%柠檬酸铁及在1.0%七叶苷和0.5%柠檬酸铁之间,乳房链球菌生长抑制。
然而,在对临床样品使用相同方法中有限制,因为临床样品可能是在由于感染(例如D群链球菌感染)所致的强背景颜色下获取。换句话说,在存在七叶苷和柠檬酸铁条件下由D群链球菌产生的黑色/褐色沉淀物的检测也许被与临床样品相关的背景颜色掩盖。
基于表5所示结果,由于这些分析物的生长抑制作用,因此不可能简单地增加样品中七叶苷(即>1.0%)和柠檬酸铁(即>0.5%)的浓度以增加沉淀物的检测。
令人惊奇地,本申请人揭示了包含稳定剂(例如乳汁)可以抑制显著增加的浓度的七叶苷和柠檬酸铁的生长抑制作用。
例如,如上述进行相同试验,只是这一次使用得自怀疑乳腺炎感染的牛科动物的临床乳汁样品。
即使对于呈现“白色”的临床乳汁样品,本申请人观测到颜色反应与使用包含降低浓度的七叶苷和柠檬酸铁(即0.1%七叶苷和0.05%柠檬酸铁)的TSB获得的相同结果相比较弱。尽管如此,尝试通过将乳汁样品掺入乳房链球菌以产生有益的结果(数据未示出)。
然而,申请人揭示了增加量的七叶苷和柠檬酸铁可用于乳源临床样品中。例如,在至少2%七叶苷和1%柠檬酸铁浓度,乳房链球菌的生长不被抑制。这些数据在表6中示出,参考培养基开始变黑色(参考上文化学描述)。这些数据与在存在TSB条件下进行的相似试验形成对比(表5)。
因此,申请人令人惊奇地揭示乳汁成分抑制七叶苷和柠檬酸铁的生长抑制性质,从而在存在D群链球菌条件下稳定培养基的黑色形成。因此甚至在临床样品具有相关的显著背景颜色的情况中也可以鉴别D群链球菌。
注意,在上述试验中,检测的临床样品是得自怀疑乳腺炎感染的牛科动物的乳汁。如果检测非乳汁临床样品,需要包含稳定剂(例如液体或粉末形式的乳)以抑制根据本发明使用的较高浓度七叶苷和柠檬酸铁的生长抑制作用。
表6:乳房链球菌于100μL七叶苷/柠檬酸铁/TSB培养基+20uL乳汁中;接种体指定是在乳汁中cfu/mL
10<sup>6</sup>cfu/ml 10<sup>4</sup>cfu/ml
0.1%七叶苷+0.05%柠檬酸铁 浅灰色 浅灰色
1%七叶苷+0.5%柠檬酸铁 黑色 黑色
2%七叶苷+1%柠檬酸铁 黑色 黑色
5%七叶苷+2.5%柠檬酸铁 非黑色 非黑色
颜色在~16h和~48h之后检测。
申请人进一步揭示了含有0.5%七叶苷和0.25%柠檬酸铁及80μL掺入乳房链球菌的乳汁样品的TSB及还含有100μg/ml氨曲南浓度(对许多革兰氏阴性菌如大肠杆菌具有活性的抗生素)和/或组合0.5mg/mL酚红,导致容易检测到的颜色变化。检测到没有由酚红或氨曲南所致对乳房链球菌的抑制作用。
实施例4:临床样品中葡萄球菌鉴别(区分和选择性)
通常希望区分凝固酶阳性与凝固酶阴性葡萄球菌。获知凝固酶葡萄球菌的类型可以影响治疗决定。
传统地,使用检测胞外葡萄球菌凝固酶的试管凝固酶试验或者检测细菌细胞表面上存在的聚集因子(结合的凝固酶)的玻片凝固酶试验区分凝固酶阳性与阴性葡萄球菌。
或者,BBLTMStaphyloslideTMLatex Test是一种乳胶玻片凝集试验,以区分具有金黄色葡萄球菌通常呈现的聚集因子和/或蛋白质A的葡萄球菌与不具有这些性质的葡萄球菌。
BBLTMStaphyloslideTMLatex Test由人纤维蛋白原和IgG包被的蓝色乳胶粒子组成。基于混合乳胶试剂与具有聚集因子或蛋白质A的葡萄球菌菌落,发生交联,导致可见的乳胶粒子凝集。这种凝集在金黄色葡萄球菌尤为显著。如果既不存在聚集因子也不存在蛋白质A,则不发生凝集,结果被认为是阴性的。最常见的凝固酶和蛋白质A阴性葡萄球菌分离株是表皮葡萄球菌。
这些凝固酶试验(玻片、试管和乳胶粒子)需要在琼脂平板上培养样品。
甘露醇盐肉汤(MSB;在实施例1中提及)是一种选择性培养基,用于分离假定的病原性葡萄球菌。大多数其它细菌均被高浓度氯化钠抑制。
MSB包含蛋白胨,其提供为生长必需的氮、维生素、矿物质和氨基酸。MSB,这个名字提示,还包含甘露醇,其是碳水化合物能量源。氯化钠提供必需的电解质用于转运和渗透平衡。甘露醇由细菌降解产生酸化产物,可以在存在pH指示剂条件下检测。在酚红的情况中,酸化产物的产生导致颜色从红色变为黄色。这通过随后在35±2℃时18-24小时及在48小时后进行的生长抑制测定所证实。
Figure BDA0001445710420000491
已知表皮葡萄球菌从葡萄糖、果糖、麦芽糖、蔗糖和甘油中需氧地产生酸,70-90%的菌株从半乳糖、甘露糖和乳糖中需氧地产生酸。从甘露醇、海藻糖、鼠李糖、木糖或者阿拉伯糖中不产生酸(Parisi(1985)Microbiological Reviews 49(2):126-139)。
也已知甘露醇盐培养基可用于选择性生长葡萄球菌及可以用于区分凝固酶阳性葡萄球菌(金黄色葡萄球菌)与凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)如表皮葡萄球菌。问题是在牛乳腺炎的情况中,乳汁含有乳糖(平均4-5%)及因此CNS在MSB中能产生酸,导致黄色颜色变化。因此对于乳汁样品,使用甘露醇盐培养基不能区分凝固酶阳性与阴性葡萄球菌。
或者,Baird Parker琼脂(参考实施例1中举例配方)用于检测和计数食物中的金黄色葡萄球菌。该培养基的选择性是由于存在氯化锂和1%亚碲酸钾,其抑制除了葡萄球菌之外的生物体的生长。凝固酶阳性葡萄球菌的区分基于亚碲酸钾和卵黄乳状液。含有卵磷脂酶的葡萄球菌分解卵黄,导致在菌落周围形成透明带。沉淀物的不透明带可以由于脂肪酶活性而形成。亚碲酸钾的还原是凝固酶阳性葡萄球菌的特征,导致菌落变黑色。琼脂是固化剂。
Baird Parker琼脂含有~1%亚碲酸盐溶液。预期的生长结果如下示出:
Figure BDA0001445710420000501
这些数据表明凝固酶阳性与阴性葡萄球菌的区分通过使用Baird Parker琼脂是不可靠的。
或者,Giolitti-Cantoni肉汤基质在分离程序中用于从食物中富集金黄色葡萄球菌。氯化锂抑制革兰氏阴性菌。亚碲酸钾组合甘氨酸抑制除了葡萄球菌之外的革兰氏阳性菌。
当检测肉类产品时,将1.05ml或0.105ml的1%亚碲酸盐溶液加入19ml的GiolittiCantoni肉汤基质(GC)中。然后典型地将1g或1ml样品加入19ml Giolitti Cantoni/亚碲酸盐肉汤中。因此,GC中亚碲酸盐溶液浓度典型在5%-0.5%。样品浓度为在GiolittiCantoni肉汤中大约5%。
Figure BDA0001445710420000502
预期结果:读数试管的培养基变黑色(阳性反应)与不变黑色(阴性反应)。如果发生变黑色,对Baird Parker琼脂进行传代培养以证实金黄色葡萄球菌的分离。
没有迹象表明表皮葡萄球菌在Giolitti/Cantoni/亚碲酸盐肉汤中如何表现。应期望与Baird Parker肉汤无不同,因为推荐是对Baird Parker琼脂传代培养。
上文列出的葡萄球菌的这些培养基无一自身可以给出理想的方案以接受快速及简单地区分凝固酶阳性与阴性葡萄球菌(金黄色葡萄球菌vs CNS)。
1%亚碲酸钾溶液通常加入:
·Baird Parker培养基~1%
·对于Giolitti Cantoni培养基在0.5%-5%之间变化。
关于葡萄球菌实验的定义:
黑色意味着在小瓶/孔底部积累的黑色沉淀。
SA:金黄色葡萄球菌(凝固酶阳性);SE:表皮葡萄球菌(凝固酶阴性)
%亚碲酸盐溶液,除非指出
Figure BDA0001445710420000521
Figure BDA0001445710420000531
表7的结果表明凝固酶阳性和阴性葡萄球菌在保温后形成黑色沉淀。鉴于本领域的知识这不是出人意料的。
表8的结果示出增加浓度的亚碲酸盐溶液(1%或10%)的作用。将GiolittiCantoni(GC)肉汤和细菌样品以50/50混合。即使10%亚碲酸盐溶液也不能抑制凝固酶阴性葡萄球菌(SE)培养基变黑色。
典型地,GC培养基用于食品业,将这个培养基用于临床样品以区分凝固酶阳性与阴性菌不是显而易见的。
尽管上述知识,但是仍令人惊奇地发现亚碲酸盐可用于区分凝固酶阳性和阴性葡萄球菌。
如果接种体不超过107cfu/ml,鉴别了三种培养基能区分凝固酶阳性葡萄球菌(金黄色葡萄球菌)与凝固酶阴性葡萄球菌(表皮葡萄球菌)。实现金黄色葡萄球菌的富集及同时抑制表皮葡萄球菌:
1.Giolitti Cantoni+亚碲酸盐溶液+细菌样品(80μl+10μl+20μl)
2.甘露醇盐肉汤+亚碲酸盐溶液+细菌样品(80μl+1μl+20μl)
3.胰蛋白酶大豆肉汤+过量酚红+3-6μl亚碲酸盐溶液
实现表皮葡萄球菌富集及颜色变化
4.甘露醇盐肉汤+细菌乳汁样品(80μl+20μl),原则上表皮葡萄球菌从中可以产生酸的任何碳水化合物来源如乳糖
新组合(2个小瓶/孔)
·1+4;
·2+4;
·3+4;
特定实施例
Giolitti Cantoni亚碲酸盐肉汤
令人惊奇地,发现如果将Giolitti Cantoni肉汤、亚碲酸盐溶液和细菌样品以8:1:2混合,则可以区分凝固酶阳性与阴性葡萄球菌(在细菌样品中接种体等于或低于107cfu/ml)(表9和10)。因此这种或相似培养基可以鉴别凝固酶阳性葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)并抑制凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)。临床细菌样品通常含有低于108cfu/ml。
如果发生变黑色,则随着时间黑色沉淀量逐渐增加,显而易见的黑色沉淀的开始时间依赖于接种体,结合校准曲线(黑色沉淀随着时间的出现)可以估算临床样品中的初始接种体。
表9:葡萄球菌、亚碲酸盐溶液组合GC;80μl培养基+10μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
接种体 t=0h
cfu/ml 10<sup>8</sup> 10<sup>7</sup> 10<sup>6</sup> 10<sup>4</sup> 10<sup>3</sup> 10<sup>2</sup> 0(无细菌)
SA 白色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
SE 白色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
t=16h
SA 黑色 黑色 黑色 黑色 黑色 白色 白色
SE 黑色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
t=24h
SA 黑色 黑色 黑色 黑色 黑色 白色 白色
SE 黑色 灰色 白色 白色 白色 白色 白色
表10:葡萄球菌、亚碲酸盐溶液组合GC;80μl培养基+10μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
接种体 t=0h
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>6.5</sup> 10<sup>6</sup> 10<sup>4</sup> 10<sup>3</sup> 10<sup>2</sup> 0(无细菌)
SA 白色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
SE 白色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
t=16h
SA 黑色 黑色 黑色 黑色 黑色 灰色 白色
SE 白色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
t=48h
SA 黑色 黑色 黑色 黑色 黑色 黑色 白色
SE 白色 白色 白色 白色 白色 白色 白色
甘露醇盐/亚碲酸盐肉汤
表11:葡萄球菌、亚碲酸盐溶液组合MSB;80μl培养基+6μl碲酸盐溶液(0.1%)+20μl细菌于乳汁中
Figure BDA0001445710420000551
表12:葡萄球菌、亚碲酸盐溶液组合MSB;80μl培养基+1μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
Figure BDA0001445710420000561
表13:葡萄球菌、1%亚碲酸盐溶液于MSB中、40μl培养基+40μl H2O+1μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
Figure BDA0001445710420000562
黑色/黄色=黑色沉淀与黄色培养基
黑色/橙色=黑色沉淀与橙色培养基
黑色/粉色=黑色沉淀与粉色培养基
灰色/橙色=灰色沉淀与橙色培养基
灰色/黄色=灰色沉淀与黄色培养基
表14:表皮葡萄球菌;甘露醇盐肉汤+/-1.25%乳糖
Figure BDA0001445710420000563
令人惊奇地,如果接种体在108-106cfu/ml或者低于至少24小时,发现在MSB或MSB/H2O混合物中甚至~1μl亚碲酸盐也抑制表皮葡萄球菌富集。如果无亚碲酸盐存在,则发生表皮葡萄球菌富集及因此发生颜色变化(乳糖存在于乳汁中)(对照)。金黄色葡萄球菌在存在1%亚碲酸盐溶液条件下富集并导致黑色沉淀。这是鉴别凝固酶阳性葡萄球菌的新方式。
即使0.6μl亚碲酸盐溶液也产生合理的结果,但是极为接近边界。优选~1μl亚碲酸盐溶液。
如果存在含有乳糖或者纯乳糖或者其它碳水化合物来源(其使得表皮葡萄球菌可以产生酸)的乳汁,随后富集发生颜色变化。这在本发明情况中是希望的。结果,权利要求书应还包括孔组合,其中孔1含有至少MSB/亚碲酸盐溶液和细菌样品,孔2含有MSB/乳汁和/或乳糖和/或其它碳水化合物源(其可以使得凝固酶阴性葡萄球菌产生酸)以及细菌样品。这种孔组合可以鉴别临床样品的凝固酶阳性或阴性菌。
也可以估算初始的接种体。如在GC章节中描述相同的原理。
胰蛋白酶大豆肉汤/酚红/亚碲酸盐肉汤
表15:葡萄球菌;亚碲酸盐溶液组合TSB/0.25mg/ml酚红;80μl培养基+3μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
Figure BDA0001445710420000571
表16:葡萄球菌;亚碲酸盐溶液组合Tsb+0.125mg/ml酚红;80μl培养基+1μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
Figure BDA0001445710420000572
Figure BDA0001445710420000581
表17:葡萄球菌;亚碲酸盐溶液组合TSB+0.25mg/ml酚红;80μl培养基+6μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
Figure BDA0001445710420000582
令人惊奇地,发现组合TSB与过量酚红例如0.125mg/ml或更多组合3μl或6μl亚碲酸盐溶液能抑制表皮葡萄球菌(CNS)富集直至48h培养时间,但是同时富集金黄色葡萄球菌,其导致具有颜色变化的黑色沉淀。
也可以估算初始接种体。
实施例5:细菌鉴别
表18和19的缩写:
GC10%T
80μl Giolitti Cantoni基质肉汤+10μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
MSB
80μl甘露醇盐肉汤+20μl细菌于乳汁中
TSB/Fer/FerCit
80μl含有0.25%七叶苷和0.125%柠檬酸铁铵的胰蛋白酶大豆肉汤+20μl细菌于乳汁中
McC/PR 0.25mg/ml
80μl含有0.025%酚红的MacConkey肉汤(单一浓度)+20μl细菌于乳汁中
TSB/PR 0.25mg/ml
80μl含有0.025%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤+20μl细菌于乳汁中
TSB/PR 0.125mg/ml
80μl含有0.0125%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤+20μl细菌于乳汁中
TSB/PR 0.05mg/ml
80μl含有0.005%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤+20μl细菌于乳汁中
黑色/白色
黑色沉淀与白色培养基
黑色/黄色
黑色沉淀与黄色培养基
灰色/粉色
灰色沉淀与粉色培养基
乳汁中的细菌是104cfu/ml和106cfu/ml。表18和19示出在保温t=0小时和t=24小时时每个孔的颜色。GC10%T是凝固酶阳性葡萄球菌(金黄色葡萄球菌)的选择性和区分培养基。只有金黄色葡萄球菌在这两个细菌浓度示出黑色沉淀。在GC10%T中所有其它细菌在(表皮葡萄球菌、大肠杆菌和乳房链球菌)均无黑色沉淀。MSB是葡萄球菌的选择性培养基。金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌培养基在t=24小时均表现为颜色变为黄色。大肠杆菌和乳房链球菌培养基保持粉色。如果临床样品中存在所述细菌之一,组合GC10%T与MSB可以区分凝固酶阳性与阴性葡萄球菌。如果GC10%T是白色无黑色沉淀,但是MSB是黄色,则所述临床样品含有凝固酶阴性葡萄球菌。如果GC10%T具有黑色沉淀而MSB是黄色,则所述临床样品含有凝固酶阳性葡萄球菌。TSB/Esc/FerCit是乳房链球菌所属的D群链球菌的选择性培养基。只有乳房链球菌在24小时后将此培养基转变为黑色。所有其它研究的细菌(金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌)在t=24小时不改变D群链球菌培养基的颜色。McC/PR0.25mg/ml是大肠型细菌的选择性培养基。只有大肠杆菌在t=24小时改变培养基的颜色。所有其它研究的细菌(金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、乳房链球菌)在t=24小时不改变大肠型细菌富集培养基的颜色。对于所有四种研究的细菌,一般富集培养基TSB/PR0.25mg/ml、TSB/PR0.125mg/ml和TSB/PF0.05mg/ml在t=24小时改变颜色。
这种一般性、选择性和区分培养基组合可以鉴别D群链球菌、凝固酶阳性和阴性葡萄球菌及大肠型细菌以及任何其它细菌(未鉴别)。
表18:80μl组合物2b、2c、2d、8、11或19+20μl细菌样品5c或5e或20μl细菌样品7c或7e
Figure BDA0001445710420000601
表19:80μl组合物2b、2c、2d、8、11或19+20μl细菌样品4c或4e或20μl细菌样品6c或6e
Figure BDA0001445710420000602
表20的缩写:
GC5.25%T
80μl Giolitti Cantoni基质肉汤+5.25μl亚碲酸盐溶液+20μl细菌于乳汁中
MSB2-0.5%T
60μl MSB+5.25μl亚碲酸盐(0.1%)+5μl LiCl+1.2μl甘氨酸+8.55μl H2O+20μl细菌于乳汁中
TSB/Fer/FerCit2
80μl含有0.5%七叶苷和0.25%柠檬酸铁铵的胰蛋白酶大豆肉汤+20μl细菌于乳汁中
McCCLXPR0.2mg/ml
80μl含有0.02%酚红和1%氯唑西林钠的MacConkey肉汤(单一浓度)+20μl细菌于乳汁中
TSB/PR0.2mg/ml
80μl含有0.02%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤+20μl细菌于乳汁中
保温无乳链球菌(B群链球菌)在24小时后不改变研究的选择性或区分性富集培养基(GC5.25%T、MSB2-0.5%T、TSB/Esc/FerCit2/McCCLXPR0.2mg/ml)的颜色。只有一般性富集培养基(TSB/PR0.2mg/ml)在保温24小时后变为黄色。
表20:80μl组合物20、21、22、23或24+20μl细菌样品6c或20μl细菌样品9a或9b
Figure BDA0001445710420000611
实施例6:组合的细菌鉴别和抗微生物剂敏感性试验
临床牛乳腺炎乳汁样品由新西兰南岛地区兽医诊所收集。将样品贮存在冷冻仪中几个月并冷冻运输至检测机构。在这个实施例中,术语“临床”是指奶牛具有乳房感染的临床症状,例如奶牛行为异常、乳汁凝块、乳房肿胀等。在包含24孔(3×8孔)的微孔平板中进行检测。
1.平板配置#1
每个孔的富集培养基的液体体积在表21中列出。此外,用实验室移液管在每个孔中加入20μl临床乳腺炎样品。
Figure BDA0001445710420000621
表22:临床牛乳腺炎样品标识号(ID)1、2、3和4在保温之前0小时每个孔中培养基的颜色(表21,平板配置#1)
Figure BDA0001445710420000631
表23:临床牛乳腺炎样品标识号ID 1在37℃保温22小时后每个孔中培养基的颜色(表21,平板配置#1)
Figure BDA0001445710420000632
表24:临床牛乳腺炎样品标识号ID 2在37℃保温22小时后每个孔中培养基的颜色(表21,平板配置#1)
Figure BDA0001445710420000633
表25:临床牛乳腺炎样品标识号ID 2在37℃保温48小时后每个孔中培养基的颜色(表21,平板配置#1)
Figure BDA0001445710420000641
表26:临床牛乳腺炎样品标识号ID 3在37℃保温22小时后每个孔中培养基的颜色(表21,平板配置#1)
Figure BDA0001445710420000642
表27:临床牛乳腺炎样品标识号ID 4在37℃保温22小时后每个孔中培养基的颜色(表21,平板配置#1)
Figure BDA0001445710420000643
缩写:
1. 80μl GC+10ul Tell:80μl Giolitti Cantoni基质肉汤+10μl亚碲酸盐溶液(1%);
2. 80μl TSB/Esc/Fer Cit:80μl含有0.25%七叶苷和0.125%柠檬酸铁铵的胰蛋白酶大豆肉汤;
3. 80μl TSB/Esc/Fer Cit+10μl Genta:80μl含有0.25%七叶苷和0.125%柠檬酸铁铵的胰蛋白酶大豆肉汤+10μl庆大霉素溶液10mg/ml;
4. 80μl McC/PR25:80μl含有0.0125%酚红的MacConkey肉汤(单一浓度);
5. 80μl TSB/PR25:80μl含有0.0125%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤。
细菌鉴别
列A-C及行1和2用于细菌鉴别。A1:凝固酶阳性葡萄球菌;A2:葡萄球菌;B1:D群链球菌;B2:D群链球菌;C1:一般富集培养基(革兰氏阳性和革兰氏阴性菌);C2:大肠型细菌。
抗微生物剂敏感性试验
列A3-A8:系列稀释的苄基青霉素钾。列B3-B8:系列稀释的头孢噻呋盐酸盐。列C3-C8:系列稀释的氯唑西林钠。以游离形式列出的抗生素浓度范围在4μg/ml-0.05μg/ml。
最小抑制物质浓度(MIC)在此定义为如下浓度:如果在两个孔之间发生颜色变化(具有药物浓度1的一个孔保持红色,具有药物浓度2的另一孔是黄色,而药物浓度1高于药物浓度2),则MIC是药物浓度1的数值。
表21示出微孔平板配置#1;药物:苄基青霉素钾;氯唑西林钠;头孢噻呋盐酸盐;每个孔中药物浓度(A3-C8)基于80μl组合物+10μl药物溶液+20μl临床乳腺炎乳汁样品,相当于以μg/ml列出的药物浓度;将20μl临床牛乳腺炎乳汁样品加入每个孔(A1-C8)中。
表22示出对于样品ID 1、2、3、4(参考),在将临床乳腺炎样品加入每个孔中之后在保温之前(t=0小时)每个孔中富集培养基的颜色。
表23示出在37℃保温22小时后,样品ID 1的每个富集培养基的颜色。孔B1和B2中富集培养基转变为黑色,C1转变为黄色。在孔A1、A2、C2中无颜色变化。因此,这个临床样品含有D群链球菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄青霉素的MIC为0.1μg/ml,对于头孢噻呋和氯唑西林为0.5μg/ml。
表24示出样品ID 2在37℃保温22小时后每个富集培养基的颜色。孔B1中富集培养基变为黑色,C1变为黄色。在孔A1、A2、B2、C2中无颜色变化。因此,这个临床样品含有D群链球菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素的MIC>4ug/ml,对于头孢噻呋为1μg/ml,对于氯唑西林为0.5μg/ml。表25示出样品ID 2在37℃保温48小时后每个富集培养基的颜色。孔B2保持黑色,孔A1具有黑色沉淀,A2变为黄色。因此,这个样品也具有凝固酶阳性葡萄球菌。这里一个变化是这种葡萄球菌是产生β-内酰胺酶的葡萄球菌,因为苄基青霉素在至少直至4μg/ml的药物浓度不敏感。
表26示出样品ID 3在37℃保温22小时后每个富集培养基的颜色。孔C1和C2中富集培养基变为黄色。在孔A1、A2、B1、B2中无颜色变化。因此,这个临床样品含有大肠型细菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素和氯唑西林的MIC>4μg/ml,对于头孢噻呋为1μg/ml。
表27示出样品ID 4在37℃保温22小时后每个富集培养基的颜色。孔A1中富集培养基具有黑色沉淀,A2、C1变为黄色。在孔B1、B2、C2中无颜色变化。因此,这个临床样品含有凝固酶阳性葡萄球菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素的MIC>4μg/ml,对于头孢噻呋为1μg/ml及氯唑西林为0.5μg/ml。这里的一个变化是这种葡萄球菌是产生β-内酰胺酶的葡萄球菌,因为苄基青霉素在至少直至4μg/ml的药物浓度不敏感。
2.平板配置#2
每个孔的富集培养基的液体体积在表28中列出。此外,每个孔接受来自移液管的1滴临床样品,平均大约35mg。这是通过称重在加入临床乳腺炎样品之前与之后的孔平板的重量而确定的。然后将此重量除以24。
缩写
1. 80μl GC+10μl Tell:80μl Giolitti Cantoni基质肉汤+10μl亚碲酸盐溶液(1%);
2. 80μl TSB/Esc/Fer Cit:80μl含有0.25%七叶苷和0.125%柠檬酸铁铵的胰蛋白酶大豆肉汤;
3. 80μl TSB/Esc/Fer Cit+10μl Genta:80μl含有0.25%七叶苷和0.125%柠檬酸铁铵的胰蛋白酶大豆肉汤+10μl庆大霉素溶液10mg/ml;
4. 80μl McC/PR25:80μl含有0.0125%酚红的MacConkey肉汤(单一浓度);及
5. 80μl TSB/PR25:80μl含有0.0125%酚红的胰蛋白酶大豆肉汤。
Figure BDA0001445710420000681
表29:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)5、6、7和8,在保温之前0小时每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000691
表30:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)5,在37℃保温23小时后每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000692
表31:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)6,在37℃保温23小时后每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000693
表32:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)7,在37℃保温23小时后每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000701
表33:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)8,在37℃保温23小时后每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000702
表34:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)3,在37℃保温7、11和23小时后每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000703
Figure BDA0001445710420000704
Figure BDA0001445710420000711
Figure BDA0001445710420000712
表35:对于临床牛乳腺炎样品标识符(ID)6,在37℃保温7、11和23小时后每个孔中培养基的颜色(表28,平板配置#2)
Figure BDA0001445710420000713
Figure BDA0001445710420000714
Figure BDA0001445710420000715
Figure BDA0001445710420000721
细菌鉴别
列A-C和行1和2用于细菌鉴别。A1:凝固酶阳性葡萄球菌;A2:葡萄球菌;B1:D群链球菌;B2:-;C1:一般富集培养基(革兰氏阳性和革兰氏阴性);C2:大肠型细菌。
抗微生物剂敏感性试验
列A3-A8:系列稀释的苄基青霉素钾。药物浓度以游离形式给出,范围在4μg/ml-0.05μg/ml。列B3-B8:系列稀释的头孢噻呋盐酸盐。药物浓度以游离形式给出,范围在4μg/ml-0.05μg/ml。列C3-C8:系列稀释的氯唑西林钠。药物浓度以游离形式给出,范围在4μg/ml-0.05μg/ml。
表29示出对于样品ID 5、6、7、8(参考),在将临床乳腺炎样品加入每个孔中之后在保温前(t=0小时)每个孔中富集培养基的颜色。表30示出对于样品ID5在37℃保温23小时后的每个富集培养基的颜色。孔B1中富集培养基颜色变为黑色,C1变为黄色。在孔A1、A2、C2中无颜色变化。因此这个临床样品含有D群链球菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素的MIC<0.05μug/ml,对于头孢噻呋和氯唑西林为0.5μg/ml。
表31示出对于样品ID6在37℃保温23小时后的每个富集培养基的颜色。孔C1和C2中富集培养基变为黄色。在孔A1、A2、B1中无颜色变化。因此,这个临床样品含有大肠型细菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素和氯唑西林的MIC>4μg/ml,对于头孢噻呋为2μg/ml。
表32示出对于样品ID7在37℃保温23小时后每个富集培养基的颜色。孔A1中富集培养基具有黑色沉淀,A2、C1变为黄色。在孔B1、C2中无颜色变化。因此这个临床样品含有凝固酶阳性葡萄球菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素和氯唑西林的MIC为0.5μg/ml,对于头孢噻呋为1μg/ml。
表33示出对于样品ID8在37℃保温23小时后每个富集培养基的颜色。孔B1中富集培养基颜色变为黑色,A2、C1变为黄色。在孔A1、C2中无颜色变化。因此,这个临床样品含有凝固酶阴性葡萄球菌和D群链球菌。抗微生物剂敏感性试验示出对于苄基青霉素的MIC<0.05μg/ml,对于头孢噻呋和氯唑西林为0.5μg/ml。
表34和35示出对于临床样品ID3和6,在37℃保温后在时间点t=7小时、t=11小时和t=22-23小时,每个富集培养基的颜色变化。两个样品均含有大肠型细菌。每个孔的参考颜色在表22和29中给出。
表34示出对于样品ID3,在保温7小时和11小时后与参考(t=0小时)相比在任何富集培养基中均无颜色变化。在保温22小时,在富集培养基中出现颜色变化(也见表22及其描述)。
表35示出对于样品ID6,在7小时发生富集培养基颜色变化,然后与在7小时对比在11小时和23小时保持不变。表34和35中颜色变化对比示出样品ID6具有高接种体,样品ID 3具有低接种体。对孔中颜色进行系列检验例如每小时或者每15分钟检验一次,可以确定颜色变化的起始点。例如示出大肠杆菌富集培养基中颜色随着时间的校准曲线可以估算临床大肠杆菌样品的接种体。对于任何其它革兰氏阳性或革兰氏阴性菌均是相同的。
表36-38示出根据本发明进行的抗生素敏感性试验的进一步实例。表36,金黄色葡萄球菌在Mueller Hinton和胰蛋白酶大豆肉汤中在预保温和在15-24小时之间的抗生素敏感性试验。表37和38,乳房链球菌和大肠杆菌与加入革兰氏阴性菌特异性抗生素氨曲南的抗微生物剂敏感性试验。表38-49示出抗生素敏感性试验的进一步实例,结果与本发明所述相符。
Figure BDA0001445710420000741
Figure BDA0001445710420000751
Figure BDA0001445710420000761
表40:细菌样品4c、4e、5c、5e、6d在37℃保温0小时后每个孔中培养基的颜色(表39,平板配置#3)
Figure BDA0001445710420000771
表41:细菌样品4c,在37℃保温~16小时后每个孔中培养基的颜色(表39,平板配置#3)
Figure BDA0001445710420000772
表42:细菌样品4e,在37℃保温~16小时后每个孔中培养基的颜色(表39,平板配置#3)
Figure BDA0001445710420000773
表43:细菌样品5c,在37℃保温~16小时后每个孔中培养基的颜色(表39,平板配置#3)
Figure BDA0001445710420000774
Figure BDA0001445710420000781
表44:细菌样品5e,在37℃保温~16小时后每个孔中培养基的颜色(表39,平板配置#3)
Figure BDA0001445710420000782
表45:细菌样品6d,在37℃保温~16小时后每个孔中培养基的颜色(表39,平板配置#3)
Figure BDA0001445710420000783
表46:80μl细菌样品5c+20μl组合物28a,b,c或d;在37℃保温;表中示出每个孔中培养基的颜色
0h 15h
组合物28a 红色 黄色
组合物28b 红色 黄色
组合物28c 红色 黄色
组合物28d 红色 黄色
Figure BDA0001445710420000791
表48:细菌样品5e在35℃保温0-24小时后每个孔中培养基的颜色(表47,平板配置#4)
Figure BDA0001445710420000801
Figure BDA0001445710420000802
实施例7:稳定剂
本发明很大程度上令人惊奇地及未预料地揭示了细菌可以在包含生长抑制量的鉴别培养基和/或pH指示剂的生长培养基中在存在一或多种稳定剂的条件下培养。增加浓度的鉴别培养基和/或pH指示剂导致检测中灵敏性增加,因为反应混合物中表型变化可以更容易及可靠地观测。
本发明最初的试验是在存在乳汁的条件下就革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌进行。申请人观测到鉴别培养基和/或pH指示剂可以增加至在另外情况中抑制细菌生长的浓度。例如,参见表49-52(在胰蛋白酶大豆肉汤和酚红(在生长抑制浓度)中培养的金黄色葡萄球菌、乳房链球菌、表皮葡萄球菌和大肠杆菌)与表53-56(仅存在乳粉的相同试验)的结果对比。结果表明在对照试验中乳粉具有对抗酚红的生长抑制作用的稳定作用(即表49-52)。进一步地,表5、6、79-86(乳房链球菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌)的结果表明当细菌在鉴别培养基在另外情况中抑制生长的浓度下培养时乳汁的稳定作用。
乳汁(包括乳粉)的主要成分包括酪蛋白和碳水化合物。申请人随后检测了酚红对于相同细菌在存在酪蛋白钠(包含α-酪蛋白、β-酪蛋白和κ-酪蛋白)和乳糖的条件下的生长抑制作用。表53-64中的数据提供了初步观点,即在革兰氏阳性菌(即金黄色葡萄球菌、乳房链球菌、表皮葡萄球菌)情况中的稳定作用是由酪蛋白提供,而在革兰氏阴性菌(大肠杆菌)情况中的稳定作用是由碳水化合物提供。
申请人试图研究不同乳蛋白和乳蛋白提取物(例如α-酪蛋白、β-酪蛋白(包括A1、A2、A3、B、C、D、E和F变体的一或多种)、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白及乳汁或乳粉)以及不同的碳水化合物(例如葡萄糖、甘露醇、乳糖、海藻糖和蔗糖)对于观测的生长抑制作用的稳定作用。将表65-86中这些数据与表90(即组合物)联合读取呈现。这些数据示出根据培养的细菌,对革兰氏阴性菌的生长抑制作用的稳定作用由葡萄糖、甘露醇、乳糖、海藻糖和蔗糖(较低程度)提供,而对革兰氏阳性菌的生长抑制作用的稳定作用由α-酪蛋白、β-酪蛋白(包括A1、A2、A3、B、C、D、E和F变体的一或多种)、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白及乳汁或乳粉提供。
实施例8:尿液样品
表87-89中呈现的结果表明本发明方法在非乳样品,即掺有大肠杆菌和乳房链球菌的尿液,中的效力。表87、88示出在准临床样品中革兰氏阴性菌(例如大肠杆菌)与糖(即乳糖和/或海藻糖)在存在生长抑制量的酚红的条件下生长。此外,表89示出在准临床样品中革兰氏阳性菌(例如乳房链球菌)与乳蛋白(即牛乳清蛋白、乳白蛋白、酪蛋白钠等)在存在生长抑制量的酚红的条件下生长。
Figure BDA0001445710420000821
Figure BDA0001445710420000831
Figure BDA0001445710420000841
Figure BDA0001445710420000851
Figure BDA0001445710420000861
Figure BDA0001445710420000871
Figure BDA0001445710420000881
Figure BDA0001445710420000891
Figure BDA0001445710420000901
Figure BDA0001445710420000911
Figure BDA0001445710420000921
Figure BDA0001445710420000931
表70细菌:大肠杆菌
80μl组合物2e,33,34,38,39+20μl细菌样品1b,1d或1f
接种体 t=0h 对照
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup> 0(无细菌)
组合物2e 红色 红色 红色 红色
组合物33 红色 红色 红色 红色
组合物34 红色 红色 红色 红色
组合物38 红色 红色 红色 红色
组合物39 红色 红色 红色 红色
t=12h
组合物2e 橙色/红色 橙色/红色 橙色/红色 红色
组合物33 橙色/红色 橙色/红色 橙色/红色 红色
组合物34 黄色 黄色 黄色 红色
组合物38 橙色/红色 橙色/红色 橙色/红色 红色
组合物39 橙色/红色 橙色/红色 橙色/红色 红色
t=24h
组合物2e 红色 红色 红色 红色
组合物33 红色 红色 红色 红色
组合物34 黄色 黄色 黄色 红色
组合物38 红色 红色 红色 红色
组合物39 红色 红色 红色 红色
表71细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物2e,33,34,35,36,37,38,39+20μl细菌样品2b,2d,或2f
Figure BDA0001445710420000941
Figure BDA0001445710420000951
表72细菌:乳房链球菌
80μl组合物2e,33,34,35,36,37,38,39+20μl细菌样品3b,3d,或3f
Figure BDA0001445710420000952
Figure BDA0001445710420000961
表73细菌:大肠杆菌
80μl组合物40,43或45+20μl细菌样品1b,1d或1f
接种体 t=0h 对照
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup> 0(无细菌)
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物50 红色 红色 红色 红色
组合物51 红色 红色 红色 红色
t=12h
组合物49 黄色 黄色 黄色 红色
组合物50 黄色 黄色 黄色 红色
组合物51 黄色 黄色 黄色 红色
t=24h
组合物49 黄色 黄色 黄色 红色
组合物50 黄色 黄色 黄色 红色
组合物51 黄色 黄色 黄色 红色
表74细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物40,43或45+20μl细菌样品2b,2d,或2f
接种体 t=0h 对照
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup> 0(无细菌)
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物50 红色 红色 红色 红色
组合物51 红色 红色 红色 红色
t=24h
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物50 红色 红色 红色 红色
组合物51 红色 红色 红色 红色
表75细菌:乳房链球菌
80μl组合物40,43或45+20μl细菌样品3b,3d,或3f
接种体 t=0h 对照
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup> 0(无细菌)
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物50 红色 红色 红色 红色
组合物51 红色 红色 红色 红色
t=24h
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物50 红色 红色 红色 红色
组合物51 红色 红色 红色 红色
表76细菌:大肠杆菌
80μl组合物2e,53或54+20μl细菌样品1b,1d或1f
Figure BDA0001445710420000962
Figure BDA0001445710420000971
表77细菌:乳房链球菌
80μl组合物2e,53或54+20μl细菌样品3b,3d或3f
接种体 t=0h
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup>
组合物2e 红色 红色 红色
组合物53 红色 红色 红色
组合物54 红色 红色 红色
t=24h
组合物2e 红色 红色 红色
组合物53 黄色 黄色 黄色
组合物54 黄色 黄色 黄色
表78细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物2e,53或54+20μl细菌样品2b,2d,或2f
接种体 t=0h
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup>
组合物2e 红色 红色 红色
组合物53 红色 红色 红色
组合物54 红色 红色 红色
t=24h
组合物2e 红色 红色 红色
组合物53 黄色 黄色 黄色
组合物54 黄色 黄色 黄色
表79细菌:表皮葡萄球菌
80μl组合物55+20μl细菌样品12a或12b
接种体 t=0h t=0h
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup>
组合物55 红色 红色
t=19h t=19h
组合物55 红色 红色
表80细菌:表皮葡萄球菌
80μl组合物55+20μl细菌样品7b或7d
接种体 t=0h t=0h
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup>
组合物55 红色 红色
t=19h t=19h
组合物55 黄色 黄色
表81细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物55+20μl细菌样品2d,或2f
接种体 t=0h t=0h
cfu/ml 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup>
组合物55 红色 红色
t=19h t=19h
组合物55 红色 红色
表82细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物55+20μl细菌样品5d,或5f
接种体 t=0h t=0h
cfu/ml 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup>
组合物55 红色 红色
t=19h t=19h
组合物55 黄色 黄色
表83细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物57+20μl细菌样品2d,或2f
接种体 t=0h t=0h
cfu/ml 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup>
组合物57 浅黄色 浅黄色
t=19h t=19h
组合物57 浅黄色 浅黄色
表84细菌:金黄色葡萄球菌
80μl组合物57+20μl细菌样品5d,或5f
接种体 t=0h t=0h
cfu/ml 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup>
组合物57 白色 白色
t=19h t=19h
组合物57 黑色 黑色
表85细菌:金黄色葡萄球菌
80μl冻干组合物59+80μl细菌样品2c,2d,2e,2f或2g
接种体 t=0h
cfu/ml 10<sup>6</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>4</sup> 10<sup>3</sup> 10<sup>2</sup>
组合物59 浅黄色 浅黄色 浅黄色 浅黄色 浅黄色
t=16h
组合物59 浅褐色 浅褐色 浅黄色 浅黄色 浅黄色
表86细菌:金黄色葡萄球菌
80μl冻干组合物59+80μl细菌样品5c,5d,5e,5f或5g
接种体 t=0h
cfu/ml 10<sup>6</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>4</sup> 10<sup>3</sup> 10<sup>2</sup>
组合物59 白色 白色 白色 白色 白色
t=16h
组合物59 黑色 黑色 黑色 黑色 黑色
表87细菌:大肠杆菌
80μl组合物2e,33或49+20μl细菌样品10a,10b或10c
Figure BDA0001445710420000981
Figure BDA0001445710420000991
表88细菌:大肠杆菌
80μl组合物2e,36或37+20μl细菌样品10a,10b,10c
接种体 t=0h 对照
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup> 0(无细菌)
组合物2e 红色 红色 红色 红色
组合物36 红色 红色 红色 红色
组合物37 红色 红色 红色 红色
t=24h
组合物2e 红色 红色 红色 红色
组合物36 红色 红色 红色 红色
组合物37 红色 红色 红色 红色
表89细菌:乳房链球菌
80μl组合物2e,36,40,49,33或52+20μl细菌样品11a,11b或11c
接种体 t=0h 对照
cfu/ml 10<sup>7</sup> 10<sup>5</sup> 10<sup>3</sup> 0(无细菌)
组合物2e 红色 红色 红色 红色
组合物39 红色 红色 红色 红色
组合物52 红色 红色 红色 红色
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物36 红色 红色 红色 红色
组合物37 红色 红色 红色 红色
t=24h
组合物2e 红色 红色 红色 红色
组合物39 黄色 黄色 黄色 红色
组合物52 黄色 黄色 黄色 红色
组合物49 红色 红色 红色 红色
组合物36 黄色 黄色 黄色 红色
组合物37 黄色 黄色 黄色 红色
Figure BDA0001445710420001001
Figure BDA0001445710420001011
***
在本说明书中参考或者提及的所有专利、出版物、学术论文、网站及其他文献和材料均表示本发明所述领域技术人员的水平,每个这种参考的文献和材料在此均以其全部内容并入作参考。申请人保留权利以将来自任何这种专利、出版物、学术论文、网站、电子信息及其它参考材料或文献的任何和所有材料和信息物理性并入本说明书中。
尽管通过实施例描述了本发明,但应意识到在不偏离权利要求书限定的范围内可以对本发明进行改变和修改。此外,在存在特定特征的等价物的情况中,这种等价物特别掺入本说明书中,如同在本说明书中特别提及一样。本文描述的特定测定和方法代表优选的实施方案,是举例说明而无限制本发明范围之意。其它方面和实施方案将为本领域技术人员基于这个说明书所了解,且涵盖在权利要求书限定的本发明精神范围内。本领域技术人员明白在不偏离本发明范围和精神时可以对本发明进行各种替换和修改。在此举例描述的本发明可以在不存在特别提及是必需的任何一或多个元件或限制条件下实施。因此,在例如本文描述或使用的每种情况中,在本发明的实施方案或实例中,任何术语“包含”、“基本由…组成”和“由…组成”在本说明书中可以与另两个术语互换使用。术语“包含”、“包括”、“含有”等也是广义无限制。本发明举例描述的测定和方法可以适当地以不同步骤顺序实施,非必须限于与本文指出的或者权利要求书中限定的步骤顺序。进一步地,如本文及在所附权利要求书中所用或描述,除非上下文特别指出,单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数形式。在任何情况下都不可将专利解释为限于本文特别揭示的特定实例或实施方案或方法。
已经描述的术语和表达法用作描述术语及没有限制,在使用这些术语和表达法中也没有意图排除示出和描述的任何等价特征或者其部分,但是应意识到可以在本发明权利要求范围内进行各种修改。因此,应了解尽管本发明已经通过优选实施方案和任选特征加以特别揭示,但是本领域技术人员可以对本发明进行各种修改和改变,这种修改和改变被认为在本发明描述的并由所附权利要求书限定的范围内。
本发明在本说明书中已经广泛及一般描述。在一般揭示范围内的每个较窄种类和次一般性组群也组成了本发明的一部分。这包括本发明的一般描述及从类属中除去任何主题的附带条件或负面限制,无论去除的材料是否在本文特别列举。
其它实施方案在如下权利要求书范围内。此外,在本发明的特征或各方面关于马库什基团描述的情况中,本领域技术人员将意识到本发明也因此关于马库什基团的任何个体成员或亚组成员进行描述。

Claims (13)

1.一种抗微生物剂敏感性培养基在制备用于对得自人或非人动物的生物样品进行抗微生物剂敏感性试验的方法中的试剂盒中的用途,其中所述人或非人动物可能被一或多种导致感染的细菌感染或者处于被一或多种导致感染的细菌感染的危险中,所述抗微生物剂敏感性培养基包含生长培养基、抗微生物剂、基于颜色的pH指示剂及稳定剂,
其中,存在≥0.0035%的所述pH指示剂,
以及其中对于革兰氏阳性细菌,所述稳定剂是乳源蛋白或者乳源蛋白提取物,
以及其中对于革兰氏阴性细菌,所述稳定剂是碳水化合物。
2.权利要求1的用途,其中所述乳源蛋白或者乳源蛋白提取物包括选自如下的一或多种:α-酪蛋白、β-酪蛋白、酪蛋白钠、κ-酪蛋白、β-乳球蛋白、乳清蛋白、乳白蛋白、乳铁蛋白、乳或乳粉,及其组合。
3.权利要求1的用途,其中所述乳源蛋白或者乳源蛋白提取物包括选自如下的一或多种:β-酪蛋白A1、A2、A3、B、C、D、E和F变体的一或多种、α-酪蛋白钠、β-酪蛋白钠和κ-酪蛋白钠。
4.权利要求1的用途,其中所述碳水化合物选自葡萄糖、甘露醇、乳糖、海藻糖和蔗糖。
5.权利要求1-4任一项的用途,其中所述生物样品选自乳、子宫液体样品、全血样品、血浆、血清、卵巢滤泡液样品、精液样品、脑脊液、唾液、痰液、尿液、胸腔积液、间隙液、滑液、淋巴液和泪液。
6.权利要求1-5任一项的用途,其中所述基于颜色的pH指示剂选自酚红、溴甲酚紫和溴百里酚蓝。
7.权利要求1-6任一项的用途,其中所述基于颜色的pH指示剂是酚红。
8.权利要求7的用途,其中酚红的存在量是反应混合物的0.0035%-0.30%。
9.权利要求1-8任一项的用途,其中所述敏感性培养基包含选自胰蛋白酶大豆肉汤和Mueller Hinton肉汤的一或多种生长培养基。
10.权利要求1-9任一项的用途,其中所述感染是乳腺炎或者子宫炎。
11.权利要求10的用途,其中所述乳腺炎或者子宫炎是牛乳腺炎或者牛子宫炎,及其中所述导致牛乳腺炎或者牛子宫炎的细菌选自如下一或多种属:链球菌属、葡萄球菌属和革兰氏阴性菌。
12.权利要求1-11任一项的用途,其中所述方法进一步包括在抗微生物剂敏感性试验之前、同时或者之后的细菌鉴别步骤。
13.检测试剂盒,其包含:
(i)细菌生长培养基;
(ii)基于颜色的pH指示剂,其存在的量为大于或等于0.0035%;
(iii)稳定剂,其包含乳源蛋白或者乳源蛋白提取物或碳水化合物;
(iv)抗微生物剂;以及
(v)任选包含对生物样品进行抗微生物剂敏感性试验的说明书。
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