CN106062004A - 人靶标 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及人感兴趣的靶标(TOI)、抗TOI的配体、试剂盒组合物及方法。

Description

人靶标
技术领域
本文所述的技术尤其涉及配体，例如用于疾病治疗的抗体或捕获剂(trap)、方法、组成物、试剂盒及用途。
背景技术
已公认人个体的序列有差异且近来已有数人进行了基因组测序，例如JamesWatson及Craig Venter。个体基因组序列的比较已揭示其基因组的编码及非编码部分的序列差异。这种人变异中的一些是显著的且造成个体间的表型差异。在极端情况中，这种变异将导致遗传疾病。千人基因组计划的目标为是将人基因组的序列编目，涉及对来自不同的技术公认的人种族群体的极大取样个体的基因组进行测序。
发明概要
经由应用人遗传变异分析及合理设计的序列选择，本发明提供改良的人患者诊断及疗法。重要的是，本发明能够定制针对个别人患者基因型或表型的药品。
发明人对大量天然存在的基因组人TOI序列的分析揭示不同人群体存在显著变异且提供使个别人患者与针对靶标的定制医学及诊断方法之间关联的能力。按照本发明，这种发现的技术应用因此有助于人的更好治疗、预防及诊断且通过实现药品及疗法个人化而为患者提供裨益。此举提供更好处方、药品消耗较少及药物功效几率提升及患者的更好诊断的优势。
此外，发明人意外地意识到一些较罕见的天然形式，尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用且更好服务那些群体中的患者。
由此，发明人意识到本发明在指导抗TOI的配体选择以便向人患者施用用于治疗和/或预防TOI介导或相关疾病及状况方面存在显著的工业及医学应用。以此方式，患者接受如患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供与此类治疗有关的患者的基因分型和/或表型分型，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医学功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)及避免医药处方不当及浪费。
为此，本发明提供：
在第一组态中
一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向人施用抗TOI的配体以靶向人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中所述人的TOI由具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码和/或其中所述人的TOI由具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码；其中
b.在步骤(a)之前，所述人已基因分型为或经基因分型为该核苷酸序列阳性或已表型分型为或经表型分型为该TOI变体阳性。
在第二组态中
一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向人施用抗TOI的配体以靶向人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI由具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码；其中
b.在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够结合该TOI变体。
在第三组态中
一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向人施用抗TOI的配体以靶向人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI为由具有大于50％的累积人等位基因频率和/或具有大于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的变体；其中
b.在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或具有小于50％的总人基因型频率的变体核苷酸序列阴性；或已表型分型为或经表型分型为由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI变体阴性。
在第四组态中
一种抗人TOI的配体，用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中且其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列，该方法包含向人施用该配体。
在第五组态中
一种配体，其结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI，用于包含使用该配体靶向该人TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的步骤的方法，该方法包含向人施用该配体。
在第六组态中
一种药物组合物或试剂盒，其用于治疗或预防由TOI介导的状况或疾病。
在第七组态中
一种产生抗人TOI抗体结合位点的方法，该方法包含获得多个抗TOI抗体结合位点，筛选结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI，或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽的抗体结合位点，及分离在筛选步骤中结合的抗体结合位点。
在第八组态中
一种产生抗人TOI抗体的方法，该方法包含用包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI，或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽使非人脊椎动物(例如小鼠或大鼠)免疫，及分离结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI的抗体，及任选地产生分离抗体的TOI结合片段或衍生物。
在第九组态中
一种用于人TOI基因分型的试剂盒，其中该试剂盒包含具有特异性杂交至所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列的核酸；和/或该核酸包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的核苷酸序列或为其反义序列。
在第十组态中
抗TOI的配体在制造用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI，该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列。
在第十一组态中
抗TOI的配体在制造靶向该人TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI。
在第十二组态中
一种靶向TOI用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法，该方法包含向人施用抗TOI的配体，该人包含所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列，藉此靶向由该核苷酸序列编码的TOI。
在第十三组态中
一种对人核酸样品进行TOI基因分型的方法，该方法包含鉴别该样品中具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的存在。
在第十四组态中
一种对人蛋白质样品进行TOI分型的方法，该方法包含鉴别该样品中由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的TOI氨基酸序列的存在。
在一个实例中，TOI为选PCSK9、VEGF-A及IL6受体的人TOI。在一个实例中，TOI为人IL4Ra、PDGF-B、PDGFR-B或Ang-2。
第十五组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中
(i)该配体(例如抗体或片段)包含
(a)由人V区核苷酸序列编码的可变结构域，其中该V核苷酸序列来源于人VH、D及JH基因区段或人VL及JL基因区段的重组；或
(b)由C区基因区段编码的恒定区结构域；
其中(a)的该等基因区段的第一基因区段或(b)的该C区基因区段包含编码第一氨基酸多态性的第一单核苷酸多态性(SNP)；及
(ii)该人的基因组包含该第一SNP或其中该人表达(a')包含该第一氨基酸多态性的抗体可变结构域或(b')包含该第一氨基酸多态性的抗体恒定结构域。
第十六组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由包含来源于人V基因区段及人J基因区段(及当可变结构域为VH结构域时任选存在的人D基因区段)的重组的人抗体可变结构域的抗体或片段组成；及其中人基因组包含该人V基因区段和/或人表达包含来源于该人V基因区段及人J基因区段(及任选存在的人D基因区段)的重组的抗体可变结构域的抗体。
第十六组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人PCSK9受体组成)包含由第一恒定区核苷酸序列编码的人重链恒定结构域；及其中人基因组包含与该第一恒定区核苷酸序列相同的重链恒定区核苷酸序列和/或人表达包含该人恒定结构域的抗体。
第十七组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu且其中人基因组包含编码该Asp或Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有该Asp或Leu的人γ-1恒定区的抗体。
第十八组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala；及其中人基因组包含编码该所选氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
第十九组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys；及其中人基因组包含编码该Val或Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有该Val或Cys的人κ轻链恒定区的抗体。
第二十组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域，其中该VH基因区段选自：(i)IGHV1-18*01且人基因组包含人IGHV1-18*01核苷酸序列或人表达包含来源于人IGHV1-18*01重组的可变结构域的抗体；或(ii)IGVH1-46*01且人基因组包含人IGHV1-46*01核苷酸序列或人表达包含来源于人IGHV1-46*01重组的可变结构域的抗体。
第二十一组态提供本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，其中该抗体或片段包含来源于人VL基因区段及人JL基因区段的重组的VL结构域，其中该VL基因区段选自：(i)IGKV4-1*01且人基因组包含人IGKV4-1*01核苷酸序列或人表达包含来源于人IGKV4-1*01的重组的可变结构域的抗体；(ii)IGLV2-14*01且人基因组包含人IGLV2-14*01核苷酸序列或人表达包含来源于人IGLV2-14*01的重组的可变结构域的抗体；或(iii)IGKV1-13*02且人基因组包含人IGKV1-13*02核苷酸序列或人表达包含来源于人IGKV1-13*02的重组的可变结构域的抗体。
第二十二组态提供一种在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4RA蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。如下文所进一步解释，在许多群体中所发现的人中的天然存在的IL-4Ra变体中发现这种氨基酸变异。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
第二十三组态提供一种用于在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的配体(例如抗体或抗体片段)，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
第二十四组态提供一种靶向人IL4Ra的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4RA蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
第二十五组态提供一种靶向人IL4Ra的配体(例如抗体或抗体片段)，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在第21-25组态中任一者的一个实施例中，(i)该抗体或片段包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
另外或替代地，在第21-25组态中任一者的一个实施例中，(i)该抗体或片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ IDNO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在第二十六组态中，本文描述一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人Nav1.7蛋白质包含选自以下氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ IDNO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。本发明也提供用于该方法的对应配体，例如抗体或抗体片段。
在一些实施例中，该氨基酸选以下中的任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。在一些实施例中，该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。在一些实施例中，该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
在一些实施例中，该人所包含的恒定区基因区段为生殖系基因区段。在一些实施例中，该方法另外包含在该施用之前，选择包含(ii)的该核苷酸序列的人。
在一些实施例中，已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一些实施例中，该方法另外包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。在一些实施例中，确定步骤包含分析该人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。在一些实施例中，确定包含使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含该等连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。在一些实施例中，该确定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该确定以多格式进行。在一些实施例中，该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
在一些实施例中，该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一些实施例中，该人进一步确定为或已进一步确定为实质上抗疼痛或瘙痒治疗的。在一些实施例中，该人正在接受或已接受疼痛或抗瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。在一些实施例中，该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。在一些实施例中，该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。在一些实施例中，该人已诊断患有疼痛或瘙痒疾病或状况。
在一些实施例中，该配体片段在该人中治疗疼痛或瘙痒疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在一些实施例中，该核苷酸序列包含一或多个选自rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318的SNP。
在第二十七组态中，本文描述一种治疗人的由VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人VEGF-A的抗VEGF-A的配体(例如抗VEGF-A捕获剂、抗体或抗体片段)，该人VEGF-A由包含选自以下的SNP的VEGF-A核苷酸序列表达：rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039、rs699946、rs2146323、rs1413711、rs833068、rs833069、rs3025000及rs1570360，其中该人包含具有该所选SNP的VEGF-A核苷酸序列。本发明也提供用于该方法的对应配体，例如抗体或抗体片段。
在第二十八组态中，本文描述一种治疗人的由VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人VEGF-A的抗VEGF-A的配体(例如抗VEGF-A捕获剂、抗体或抗体片段)，其中该人包含(i)在SNP rs10490924位置处包含G的ARMS2核苷酸序列；(ii)在SNP rs1061170位置处包含T或在rs3766404位置处包含T的CFH核苷酸序列；或(iii)包含SNP rs4576072或rs6828477的VEGFR2核苷酸序列，其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的氨基酸，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。这种SNP与眼部疾病或状况的抗VEGF-A治疗后的反应改良相关。本发明也提供用于该方法的对应配体，例如抗体或抗体片段。
在第二十九组态中，本文描述一种治疗人的VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向人施用抗人VEGF-A配体，其中该人包含(i)包含选自rs142404523(也即对应于位置776的C)及在rs1800818位置处的C(也即对应于位置735的C)的SNP的PDGF-B核苷酸序列；或(ii)包含选自rs246395(也即对应于位置2601的G)及rs74943037(也即对应于位置1391的T)的SNP的PDGFR-B核苷酸序列。本发明也提供用于该方法的对应配体，例如抗体或抗体片段。
在第27-29组态中任一者的一个实例中，该配体包含抗体恒定区(例如抗体Fc区)。任选地，该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的氨基酸，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。
在第27-29组态中任一者的一个实例中，该疾病或状况为眼部状况或癌症；或血管生成或新血管生成。
在第27-29组态中任一者的一个实例中，该方法另外包含拮抗该人的PDGF-B。
在第27-29组态中任一者的一个实例中，该方法另外包含拮抗该人的血管生成素-2(Ang2)。
在第三十组态中，本发明提供：
一种治疗人的由PD-L1介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1的配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达。
举例而言，提供一种治疗人的由PD-L1介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1的配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
举例而言，提供一种治疗人癌症或降低该癌症的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1的配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
举例而言，提供一种治疗人自体免疫疾病或状况或降低该自体免疫疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1的配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
举例而言，提供一种治疗人的炎性疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1的配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
在第三十一组态中，本发明提供用于第三十组态的方法的抗人PD-L1的配体(例如抗体、抗体片段或人PD-L1捕获剂)。
在第三十二组态中，本发明提供：一种通过靶向人的免疫细胞TOI(例如PD-1)的人癌症免疫疗法的方法，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体(例如抗体或抗体片段)，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域，其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中该第二结构域由该配体的该γ-4重链恒定区所包含。
此组态也提供以下方面：
一种通过靶向人的PD-1的人癌症免疫疗法的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段特异性结合由PD-1核苷酸序列编码的PD-1，该PD-1核苷酸序列包含选自表23所陈列的变异的SNP，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该所选SNP的PD-1核苷酸序列。
一种通过靶向人的PD-1的人癌症免疫疗法的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段特异性结合由PD-1核苷酸序列编码的PD-1，该PD-1核苷酸序列包含选自表23中陈列的变异(例如选自rs36084323、rs10204225、rs11568821、rs2227981及rs2227982)的SNP(第一多态性)，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该所选SNP的PD-1核苷酸序列。
一种治疗人癌症的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段抑制PD-L1或PD-L2结合包含第一氨基酸多态性的PD-1，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)编码包含该第一氨基酸多态性的PD-1的PD-1核苷酸序列，或该人表达包含该第一氨基酸多态性的PD-1。
在替代方案中，代替“癌症免疫疗法的方法”或“治疗癌症的方法”，本发明实际上提供“治疗自体免疫疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法”或“治疗炎性疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法”且TOI多态性与自体免疫或炎性疾病或状况相关。
本发明也提供用于该等方法中的任一者的配体(例如捕获剂、抗体或抗体片段)。
在第三十三组态中，本发明提供：一种治疗人疾病或状况(例如贫血)或降低该疾病或状况的风险的方法，其中该疾病或状况由TOI介导，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体(例如抗体或抗体片段)，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域，任选地其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中该第二结构域由该配体的该γ-4重链恒定区所包含；其中该TOI选自人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴。
在第三十四组态中，本发明提供：
一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含该SEQ ID NO:78中的Asp358Ala或Val385Ile。在此组态的各种实施例中，该配体及人的恒定和/或可变区匹配。本发明的此组态也提供对应配体、用途及试剂盒。
在第三十五组态中，本发明提供
一种抗感兴趣的靶标(TOI)的配体，用于治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由该TOI介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)的核苷酸序列编码的TOI变体；其中该人包含具有该SNP的编码TOI的核苷酸序列。
一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用特异性结合TOI变体的抗TOI的配体，该TOI变体由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)的核苷酸序列编码；其中该人包含具有该SNP的编码TOI的核苷酸序列。
一种抗感兴趣的靶标(TOI)配体在制造用于靶向人的该TOI以治疗或预防由TOI介导的疾病或状况的方法的药剂中的用途，该配体特异性结合包含由TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI变体，该TOI核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中且该人包含具有该SNP的编码TOI的核苷酸序列。
在该配体、方法或用途的一个实例中，该配体包含由包含第二SNP的核苷酸序列编码的重链γ-1、2、3或4恒定区，且其中该人分别包含具有该第二SNP的重链γ-1、2、3或4恒定区。
在该配体、方法或用途的一个实例中，该配体包含来源于人V基因区段及人J基因区段(及当可变结构域为VH结构域时任选存在的人D基因区段)的重组的人抗体可变结构域；及其中该人的基因组包含该人V基因区段和/或该人表达包含来源于该人V基因区段及人J基因区段(及任选存在的人D基因区段)的重组的抗体可变结构域的抗体。本发明另外提供方案、配体及试剂盒。
任何组态或与任何TOI相关的实例如下：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ基因区段，或该人表达包含具有在SEQID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ结构域；或(ii)包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3的Vκ基因区段或该人表达包含具有在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3的Vκ结构域。
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。
(vii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(viii)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(ix)其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg。
(x)其中该配体包含由第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段(例如IGHG3*01)，或该人表达包含由该第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区的抗体。
(xi)其中该配体包含由第一人ε重链恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区的抗体。
(xii)其中该配体包含由第一人μ重链恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区的抗体。
(xiii)其中该配体包含由第一人α重链恒定区基因区段编码的人α重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人α重链恒定区的抗体。
(xiv)其中该配体包含由第一人δ重链恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区的抗体。
(xv)其中该配体包含由第一人κ轻链恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区的抗体。
(xvi)其中该配体包含由第一人λ轻链恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区的抗体。
在一些实施例中，该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可吸入或可注射制剂中。
在一些实施例中，该配体的人γ-4重链恒定区包含SEQ ID NO:73的氨基酸序列或其ADCC失活形式。
在一些实施例中，人γ-4重链恒定区包含228P及235E。
任选地，在本发明中，TOI选自以下人TOI：PCSK9、IL6R、IL4Ra、VEGF-A、胎盘生长因子(PGF)、PDGF-B、PDGFR-B、Ang-2、Nav1.7、Nav1.8、Nav1.9、PD-1、PD-L1、ICOS、BMP6、铁调素调节蛋白(hemojuvelin)、膜铁转运蛋白(ferroportin)、TMPRSS6、运铁蛋白(transferrin)、人血色素沉着病蛋白(HFE)及硬骨素。
举例而言，TOI为PCSK9。
举例而言，TOI为IL6R。
举例而言，TOI为IL4Ra。
举例而言，TOI为VEGF-A。
举例而言，TOI为胎盘生长因子(PGF)。
举例而言，TOI为PDGF-B。
举例而言，TOI为PDGFR-B。
举例而言，TOI为Ang-2。
举例而言，TOI为Nav1.7。
举例而言，TOI为Nav1.8。
举例而言，TOI为Nav1.9。
举例而言，TOI为PD-1。
举例而言，TOI为PD-L1。
举例而言，TOI为ICOS。
举例而言，TOI为BMP6。
举例而言，TOI为铁调素调节蛋白。
举例而言，TOI为膜铁转运蛋白。
举例而言，TOI为TMPRSS6。
举例而言，TOI为运铁蛋白。
举例而言，TOI为人血色素沉着病蛋白(HFE)。
举例而言，TOI为硬骨素。
举例而言，在本发明的任何方面、实例、实施例或组态中，抗TOI(例如PCSK9或IL4Ra)配体(例如捕获剂、抗体或片段)包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。在替代方案中，该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段包含SNP rs56069819且其中该人包含具有SNPrs56069819的VH基因区段。
SNP rs56069819根据千人基因组阶段I数据库以11％的平均累积频率存在于人中，但在AFR(23％)、EUR(13％)、ASW(27％)、LWK(15％)、YRI(28％)、CEU(19％)及GBR(15％)群体中较高，因此在一个实施例中，当抗TOI(例如PCSK9或IL4Ra)抗体或片段包含SEQ IDNO:40的框架1或包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段包含SNP rs56069819时，该人具有选自AFR、EUR、ASW、LWK、YRI、CEU及GBR祖先(ancestry)的祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。举例而言，该人具有CEU祖先。举例而言，该人具有GBR祖先。在一个实例中，所选人祖先为这种列出的祖先中的一者且TOI包含由SNP编码的氨基酸变异(突变)，该SNP以高于根据千人基因组的平均累积频率存在于该人群体。举例而言，该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变S752A的IL4R蛋白质且该人具有YRI祖先。在此情况下，编码该突变的SNP以及SNPrs56069819以高于平均累积频率存在于YRI群体。本发明的此通用方面因此尤其适用于定制该群体成员的基因组概况。
在一个实例中，该配体特异性结合人PCSK9形式f。
在一个实例中，该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、e、p及aj。
在一个实例中，该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。
在一个实例中，该人具有ASW祖先且该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、e、p及aj；任选地该配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实例中，该人具有LWK祖先且该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、e、p及aj；任选地该配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实例中，该人具有YRI祖先且该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、e、p及aj；任选地该配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实例中，该人具有CEU祖先且该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、e、p及aj；任选地该配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实例中，该人具有GBR祖先且该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、e、p及aj；任选地该配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实例中，该人的基因组包含选自SEQ ID NO:29、32、34及36的核苷酸序列，其中该抗体或片段分别特异性结合选自以下形式的人PCSK9：f、e、I及aj，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域，该VH基因区段包含具有SEQ ID NO:39或其互补序列的核苷酸序列。任选地，其中VH基因区段为VH3-23*04(SEQ ID NO:38)。
附图简要说明
此专利或申请案档案含有至少一个彩制附图。具有彩色附图的此专利或专利申请公开案的复本将在申请及支付必需费用之后由专利局提供。
图1展示PCSK9表面变异残基的计算机模型。
图2描绘包含SNP rs56069819的人VH3-23等位基因在千人基因组计划数据库中的累积等位基因频率分布(此类等位基因指示“C”，且最频繁的等位基因(其不包含此SNP)指示“A”)。该图展示包含SNP rs56069819的VH3-23等位基因以11％的累积频率存在于视为整体的所有人种族群体中，而在某些特定人种族子群体(ASW、LWK、YRI、CEU及GBR)中，此类等位基因以高于平均的累积频率存在。在该图中指明以高于平均的包含SNP rs56069819的人VH3-23等位基因的出现率发现于各种子群体中的那些人PCSK9变体形式(标记“变体”)。
图3描绘由获自IMGT数据库(在全球信息网www.IMGT.org上可获得)的VH3-23*04编码的框架及CDR。图3按出现的次序分别揭示核苷酸序列作为SEQ ID NO 117、117、117、119、119、119、120、122、124、39及125。图3按出现的次序分别揭示编码氨基酸序列作为SEQID NO 118、118、118、118、118、118、121、123、123、38及126。
图4描绘VH3-23*04的序列。VH3-23*04的部分包含rs56069819(SEQ ID NO:38)的FW1残基变化。描绘编码rs56069819(SEQ ID NO:39)的核酸序列的部分。描绘由VH3-23*04编码的FW1(SEQ ID NO:40)。
具体实施方式
熟习此项技术者将知晓翻译成氨基酸变体的SNP或其它变化可造成欲针对的人靶标的构象或活性的变异性。这已在个性化医学引起极大关注，其中蛋白质与核苷酸变异性的基因分型及知识用于更有效地定制患者的药品及诊断个性化医学。本发明提供特异性针对人感兴趣的靶标(TOI)的较罕见变体形式的定制医药及测试。
本发明利用人遗传变异分析及合理设计的序列选择的能力。按照本发明，这种方法的技术应用有助于人的更好治疗、预防及诊断且通过提供选择及实现个性化医学及治疗而为患者提供裨益。此举提供更好处方、药品消耗较少及患者的药物功效及更好诊断的几率提升的优势。
作为基因组序列变异资料的来源，熟习此项技术者应了解由以下提供的可用数据库及资源(包括其更新)：
1.HapMap(The International HapMap Consortium.2003；在全球信息网hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.en上可获得)。HapMap计划为旨在比较不同个体的遗传序列以鉴别含有共享遗传变体的染色体区的国际计划。HapMap www网站提供鉴别染色体区及其中的变体的工具，以及深入至群体水平频率数据的选项。
2.千人基因组计划(The 1000 Genomes Project Consortium 2010；在全球信息网1000genomes.org/上可获得)。此资源提供来自25个相异群体组中的一者的至少2500个未鉴别的个体的完整基因组序列。
3.日本SNP数据库(H.Haga等人2002；在全球信息网snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index.html上可获得)。基于鉴别190,562个人遗传变异的研究。
本发明涉及天然存在的人基因组靶标序列变体的鉴别及编目，包括那些发现与特定人种族群体隔离且在许多人个体中相对低频率或罕见的变体。
本发明的一方面基于满足较罕见但仍相当大的罹患或可能罹患(也即处于风险中)由感兴趣的靶标介导或与其相关的疾病或状况的人个体群对定制药剂及诊断的合意性的序列选择的合理设计。在设计本发明的本方面的此合理设计时，发明人考虑天然存在的靶标变异序列在多个不同人种族群体中的流行性的传播，以及针对此类群体的重要性，该等群体中许多个体可能呈现所分析变体中的一或多个的基因型和/或表型。作为此设计的一部分，发明人了解采用此项技术公认的人种族群体分类法的重要性，且在此方面，发明人基于由千人基因组计划所采用的公认的人种族群体来分析及设计，因为此为且将继续为由科学及医学团体所广泛采用的资源。
因此，在本发明的此方面中，发明人设计以下变异序列选择准则，这种准则为发明人意识到应提供有用医学药物及诊断以满足人群体的定制需要的准则。
选择准则
以下的三个或四个：
●具有35％或35％以下的累积人等位基因频率的天然存在的人靶标变体序列；
●具有40％或40％以下的总人基因型频率的天然存在的人靶标变体序列；
●在许多不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类；参见下表4)中发现的天然存在的人靶标变体序列；及
●在分布遍及此类许多不同种族群体的许多个体中发现的天然存在的人靶标变体序列。
作为考虑，发明人的选择包括相较于未改变靶标蛋白中的氨基酸残基的沉默变异，选择在对应TOI形式(也即非同义变异)中产生氨基酸变异的核苷酸变异。
在一个实施方案中，累积人等位基因频率为30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至20％或1％至15％或1％至10％范围内。
在一个实施方案中，总人基因型频率为35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至约15％、1％至10％、1％至约10％或1％至5％或1％至约5％范围内。
在一个实施方案中，天然存在的人靶标变体序列发现于至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类)中。
在一个实施方案中，天然存在的人靶标变体序列发现于分布遍及此类许多不同种族群体中的至少20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、130、140或150个个体中。
在一个实例中，应用以下准则：
●具有15％或15％以下的累积人等位基因频率的天然存在的人靶标变体序列；
●具有20％或20％以下的总人基因型频率的天然存在的人靶标变体序列；
●在至少5个不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类)中发现的天然存在的人靶标变体序列；及
●在分布遍及此类许多不同种族群体的许多个体中发现的天然存在的人靶标变体序列。
在一个实例中，参考如本文所述的一或多个人基因组序列数据库应用准则。举例而言，准则为如应用于千人基因组数据库的那些准则。
举例而言，在本发明的任何方面实施例、实施方案或组态中，千人基因组数据库发布13。举例而言，千人基因组数据库呈其在2013年10月1日的最新版本。
任选地，进一步序列分析及3D计算机模型(例如参见图1)也可用作额外选择准则：变异氨基酸残基(对比人TOI的最常见形式)在靶标上表面暴露的变体为选择所需的，因为发明人将其视为有助于确定靶标表面形状及可能有助于如何及何处出现配体结合于靶标上。
包含以下生物信息方案以鉴别用于本发明中的人序列：
(a)鉴别含有感兴趣的靶标序列的基因组区(‘靶标基因组区’，)且使用匹配由千人基因组计划或国际HapMap计划(或另一所选人基因数据库)所使用的序列装配的坐标计算基因组坐标。
(b)鉴别定位至(a)中先前鉴别的基因组区的基因组变体。撷取每一超群体的变体的等位基因频率，且优选为可获得此类数据的子群体。千人基因组计划的VWC工具可用于此步骤。
(c)过滤来自靶标基因组区的基因组变体清单以仅含有归类为‘非同义单核苷酸多态性(SNP)’或基因组‘插入或缺失(插入缺失)’的变体。进一步过滤以包括仅存在于外显子序列中的那些变体。“非同义”指产生氨基酸变异(也即排除沉默突变)的核苷酸变异。
(d)使超群体(例如‘欧洲祖先’、‘东亚祖先’、‘西非祖先’、‘美洲’及‘南亚祖先’)中的每一个所鉴别变体中的每一个的群体频率数据相关以鉴别与少于两个超群体隔离的那些变体。进一步使所有鉴别的变体与子群体(例如，‘欧洲祖先’超群体可细分成诸如‘CEU-具有北欧或西欧祖先的犹他州居民’、‘TSI意大利托斯卡纳人’及‘来自英格兰及苏格兰的英国人’)中的每一个相关且产生变体在超群体内的罕见性的第二评分。
(e)收集对用于本发明中的特定子群体展示隔离的一或多个序列，例如根据如本文所述的选择准则。
人群体
任选地，种族群体选自千人基因组计划数据库中所鉴别的那些种族群体。在此方面，参见表4，其提供千人基因组计划数据库所基于的种族群体的详情。
N A Rosenberg等人(Science 2002年12月20日：第298卷第5602期2342-2343)研究不同地理祖先人群体的遗传结构。总计取样52个群体，其为具有以下祖先的群体：
非洲祖先
(姆布蒂俾格米人(Mbuti Pygmies)、巴卡俾格米人(Biaka Pygmies)、桑人(Sanpeoples)及尼日尔-科尔多凡(Niger-Kordofanian)语言者(斑图(Bantu)、约鲁巴(Yoruba)或曼登卡(Mandenka)群体)，
欧亚祖先
(欧洲祖先(奥克尼人(Orcadian)、阿迪格人(Adygel)、巴斯克人(Basque)、法国人、俄罗斯人、意大利人、撒丁岛人(Sardinian)、托斯卡纳人(Tuscan))、
中东祖先(莫扎比特人(Mozabite)、贝都因人(Bedouin)、德鲁士人(Druze)、巴勒斯坦人(Palestinians))、
中/南亚祖先(俾路支人(Balochl)、布拉灰人(Brahul)、莫克兰人(Makrani)、信德人(Sindhi)、帕坦人(Pathan)、布鲁肖人(Burusho)、哈扎拉人(Hazara)、维吾尔人(Uygur)、卡拉什人(Kalash)))，
东亚祖先
(汉族人、傣族人(Dal)、达斡尔族人(Daur)、赫哲族人(Hezhen)、拉祜族人(Lahu)、苗族人(Miao)、鄂伦春族人(Oroqen)、畲族人(She)、土家族人(Tujia)、土族人(Tu)、锡伯族人(Xibo)、彝族人(Yi)、蒙古族人(Mongola)、纳西族人(Naxi)、柬埔寨人(Cambodian)、日本人、雅库特人(Yakut))、海洋祖先(美拉尼西亚人(Melanesian)、巴布亚人(Papuan))；或
美洲祖先
(卡利吉亚纳人(Karitiana)、苏鲁族人(Surui)、哥伦比亚人(Colombian)、马雅人(Maya)、皮马人(Pima))。
The International HapMap Project,Nature,2003年12月18日；426(6968):789-96揭示HapMap计划的目标：通过在来自具有部分非洲、亚洲及欧洲祖先的群体的DNA样品中确定一百万或更多序列变体的基因型、其频率及其之间的关联程度来确定人基因组中DNA序列变异的常见型式。不同地理祖先的相关人群体包括约鲁巴、日本、中国、北欧及西欧群体。更具体的：
具有北欧或西欧祖先的犹他州群体(在1980年由人多形性研究中心(Centre d'Etude du Polymorphisme Humain，CEPH)采集的样品)；
来自尼日利亚伊巴丹(Ibadan,Nigeria)的具有约鲁巴人祖先的群体；
具有日本祖先的群体；及
来自中国的具有中国汉族祖先的群体。
作者引用较早出版物表明祖先地理为取样人群体的合理根据。
本发明中所用的人群体的适合样品如下：
(a)欧洲祖先
(b)北欧祖先；西欧祖先；托斯卡纳祖先；英国祖先、芬兰祖先或伊比利亚祖先。
(c)更具体的，具有北欧和/或西欧祖先的犹他州居民群体；意大利的托斯卡纳人群体；英格兰和/或苏格兰的英国人群体；芬兰的芬兰人群体；或西班牙的伊比利亚人群体。
(a)东亚祖先
(b)日本祖先；中国祖先或越南祖先。
(c)更具体的，日本东京的日本人群体；中国北京的中国汉族人群体；西双版纳的中国傣族人群体；越南胡志明市(Ho Chi Minh City,Vietnam)的京族人(Kinh)群体；或美国科罗拉多州丹佛(Denver,Colorado,USA)的中国人群体。
(a)西非祖先
(b)约鲁巴祖先；卢希亚祖先(Luhya ancestry)；冈比亚祖先(Gambianancestry)；或马拉维祖先(Malawian ancestry)。
(c)更具体的，在尼日利亚伊巴丹的约鲁巴人群体；在肯尼亚韦布耶(Webuye,Kenya)的卢希亚人群体；在冈比亚西部区(Western Division,The Gambia)的冈比亚人群体；或在马拉维布兰太尔(Blantyre,Malawi)的马拉维人群体。
(a)美洲人群体
(b)美国本土祖先；非洲-加勒比祖先(Afro-Caribbean ancestry)；墨西哥祖先；波多黎各祖先；哥伦比亚祖先；或秘鲁祖先。
(c)更具体的，在美国西南部的非洲祖先群体；在密西西比州杰克逊(Jackson,MS)的非洲美国人群体；在巴巴多斯(Barbados)的非洲加勒比人群体；在加利福尼亚州洛杉矶(Los Angeles,CA)的墨西哥祖先群体；在波多黎各的波多黎各人群体；在哥伦比亚麦德林(Medellin,Colombia)的哥伦比亚人群体；或在秘鲁利马(Lima,Peru)的秘鲁人群体。
(a)南亚祖先
(b)阿霍姆祖先(Ahom ancestry)；卡亚斯塔祖先(Kayadtha ancestry)；雷迪祖先(Reddy ancestry)；马拉塔(Maratha)；或旁遮普祖先(Punjabi ancestry)。
(c)更具体的，在印度阿萨姆邦(State of Assam,India)的阿霍姆人群体；在印度加尔各答(Calcutta,India)的卡亚斯塔人群体；在印度海得拉巴(Hyderabad,India)的雷迪人群体；在印度孟买(Bombay,India)的马拉塔人群体；或在巴基斯坦拉合尔(Lahore,Pakistan)的旁遮普人群体。
在本发明的任何组态中，在一个实施例中，每一人群体选自以上标记“(a)”的群体。
在本发明的任何组态中，在另一实施例中，每一人群体选自以上标记“(b)”的群体。
在本发明的任何组态中，在另一实施例中，每一人群体选自以上标记“(c)”的群体。
在一个实施例中，种族群体选自以下：具有欧洲祖先的种族群体、东亚种族群体、具有西非祖先的种族群体、具有美洲祖先的种族群体及具有南亚祖先的种族群体。
在一个实施例中，种族群体选自以下：具有北欧祖先的种族群体；或具有西欧祖先的种族群体；或具有托斯卡纳祖先的种族群体；或具有英国祖先的种族群体；或具有冰岛祖先的种族群体；或具有芬兰祖先的种族群体；或具有伊比利亚祖先的种族群体；或具有日本祖先的种族群体；或具有中国祖先的种族群体；或越南祖先种族群体；或具有约鲁巴祖先的种族群体；或具有卢希亚祖先的种族群体；或具有冈比亚祖先的种族群体；或具有马拉维祖先的种族群体；或具有美国本土祖先的种族群体；或具有非洲-加勒比祖先的种族群体；或具有墨西哥祖先的种族群体；或具有波多黎各祖先的种族群体；或具有哥伦比亚祖先的种族群体；或具有秘鲁祖先的种族群体；或具有阿霍姆祖先的种族群体；或具有卡亚斯塔祖先的种族群体；或具有雷迪祖先的种族群体；或具有马拉塔的种族群体；或具有旁遮普祖先的种族群体。
抗靶标配体
本发明提供针对罹患或可能罹患由TOI介导或与TOI相关的疾病或状况的人的有用的抗靶标配体。举例而言，该配体按照本发明特异性结合TOI变体。该配体可抑制或拮抗靶标的活性，例如，该配体中和靶标。熟习此项技术者应熟悉一般中和配体，诸如抗体或抗体片段，且可易于体外或在活体内分析中测试特异性结合和/或中和靶标的适合配体。
抗体“片段”包含完整抗体的一部分，更好为完整抗体的抗原结合和/或可变区。抗体片段的实例包括dAb、Fab、Fab′、F(ab′)2及Fv片段；双功能抗体；线性抗体；单链抗体分子及由抗体片段形成的多特异性抗体。
在一个实施例中，本发明的配体为或包含抗体或抗体片段，例如抗体或包含人可变区(及也任选存在的人恒定区)的片段。抗TOI或TOI结合或靶向抗体及片段可根据任何已知方法来制备，例如使用经TOI免疫的转殖基因小鼠(例如KymouseTM或VelocimouseTM、或OmnimouseTM、XenomouseTM、HuMab MouseTM或MeMo MouseTM)、大鼠(例如OmniratTM)、骆驼、鲨鱼、兔、鸡或其它非人动物，随后任选地使恒定区和/或可变区人源化以产生人或人源化抗体。在一个实例中，可使用展示技术，诸如酵母、噬菌体或核糖体展示，如熟习此项技术者应显而易知。在从转基因动物、噬菌体展示库或其它库分离抗体前导物后，可在另一步骤中进行例如使用展示技术的标准亲和力成熟。适合技术的代表性实例描述于US20120093818(Amgen,Inc)中，其以引用的方式并入本文中，例如在段落[0309]至[0346]中所陈述的方法。尽管这是参考PCSK9，但按照本发明的最广泛的范畴，抗体产生方法可应用于其它TOI。
一般而言，VELOCIMMUNETM或其它小鼠或大鼠可用感兴趣的抗原攻击，且自表达抗体的小鼠回收淋巴细胞(诸如B细胞)。淋巴细胞可与骨髓瘤细胞株融合以制备永生杂交瘤细胞株，且此类杂交瘤细胞株经筛选及选择以鉴别产生特异性针对感兴趣的抗原的抗体的杂交瘤细胞株。可分离编码重链及轻链的可变区的DNA且连接至重链及轻链的所需同型恒定区。此类抗体蛋白质可在诸如CHO细胞的细胞中产生。或者，编码抗原特异性嵌合抗体或轻链及重链的可变结构域的DNA可直接自抗原特异性淋巴细胞分离。
起初，分离具有人可变区及小鼠恒定区的高亲和力嵌合抗体。如下所述，对抗体进行表征且选择所需特征，包括亲和力、选择性、表位等。小鼠恒定区用所需人恒定区置换以产生本发明的完全人抗体，例如野生型或经修饰的IgG1或IgG4(例如，US2011/0065902中的SEQ ID NO:751、752、753，这些序列以引用的方式并入本文中供本发明的配体使用)。虽然所选恒定区可根据特定用途而改变，但高亲和力抗原结合及靶标特异性特征存在于可变区。
在一个实例中，本发明的配体为或包含在严格条件下杂交至TOI变异序列的核酸，例如RNA，例如siRNA，例如杂交包含一或多个变异核苷酸(对比最常见TOI序列，例如参考千人基因组计划数据库)的核苷酸序列。
靶标结合能力、特异性及亲和力(Kd、Koff和/或Kon)可通过此项技术中的任何常规方法来确定，例如通过表面等离子共振(SPR)。如本文所用，“Kd”一词意欲指特定抗体-抗原相互作用的平衡解离常数。
在一个实施例中，表面等离子共振(SPR)在25℃下进行。在另一实施例中，SPR在37℃下进行。
在一个实施例中，SPR在诸如约pH 7的生理pH值下或在pH 7.6下(例如使用pH 7.6的Hepes缓冲生理食盐水(也称为HBS-EP))进行。
在一个实施例中，SPR在生理盐水平进行，例如150mM NaCl。
在一个实施例中，SPR在以体积计不超过0.05％的清洁剂水平进行，例如在0.05％的P20(聚山梨醇酯20；例如Tween-20TM)及3mM的EDTA存在下。
在一个实例中，SPR在25℃或37℃下在pH 7.6的缓冲液中、150mM NaCl、0.05％清洁剂(例如P20)及3mM EDTA下进行。缓冲液可含有10mM Hepes。在一个实例中，SPR在25℃或37℃下在HBS-EP中进行。HBS-EP购自Teknova Inc(California；目录号H8022)。
在一个实例中，配体(例如抗体)的亲和力通过以下步骤使用SPR来确定：
1.使抗小鼠(或物种匹配的其它相关人、大鼠或非人脊椎动物抗体恒定区)IgG(例如BiacoreTM BR-1008-38)偶合至生物传感器芯片(例如GLM芯片)，诸如通过伯胺偶合；
2.使抗小鼠IgG(或其它匹配物种抗体)暴露于测试IgG抗体以捕获芯片上的测试抗体；
3.使测试抗原在1024nM、256nM、64nM、16nM、4nM及0nM(也即仅缓冲液)下在芯片的捕获表面上通过；及
4.及例如在上文所论述的SPR条件下(例如在25℃下生理缓冲液中)使用表面等离子共振确定测试抗体结合测试抗原的亲和力。SPR可使用任何标准SPR设备进行，诸如通过BiacoreTM或使用ProteOn XPR36TM
捕获表面的再生可使用10mM甘氨酸在pH 1.7下进行。这移除所捕获的抗体且使得表面可用于其它相互作用。结合数据可使用标准技术拟合成固有1:1模型，例如使用ProteOn XPR36TM分析软件的固有模型。
在一个实例中，本发明的配体容纳于医学容器中，例如小瓶、注射器、IV容器或注射装置(例如眼内或玻璃体内注射装置)。在一个实例中，该配体为体外的，例如在无菌容器中。在一个实例中，本发明提供一种包含本发明的配体、封装及说明书的试剂盒，用于治疗或预防或诊断人的由TOI介导的疾病或状况。在一个实例中，说明书指示人应在该配体施用于人之前经基因分型为本发明的TOI变异序列。在一个实例中，说明书指示人应在该配体施用于人之前经表型分型为本发明的TOI变体。在一个实例中，人为中国(例如汉)民族且说明书为中文(例如国语)。在一个实例中，说明书包含向该人施用阿利若单抗(alirocumab)或依伏洛单抗(evolocumab)的说明。
本发明涉及以下方面中陈述的概念。
1.一种抗感兴趣的靶标(TOI)的配体，用于治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由该TOI介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)的核苷酸序列编码的TOI变体；其中该人包含具有该SNP的编码TOI的核苷酸序列。
2.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用特异性结合TOI变体的抗TOI的配体，该TOI变体由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)的核苷酸序列编码；其中该人包含具有该SNP的编码TOI的核苷酸序列。
3.一种抗感兴趣的靶标(TOI)配体在制造用于靶向人的该TOI以治疗或预防由TOI介导的疾病或状况的方法的药剂中的用途，该配体特异性结合包含由TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI变体，该TOI核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中且该人包含具有该SNP的编码TOI的核苷酸序列。
4.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中该配体包含由包含第二SNP的核苷酸序列编码的重链γ-1、2、3或4恒定区，且其中该人分别包含具有该第二SNP的重链γ-1、2、3或4恒定区。
5.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中该配体包含来源于人V基因区段及人J基因区段(及当可变结构域为VH结构域时任选存在的人D基因区段)的重组的人抗体可变结构域；及其中该人的基因组包含该人V基因区段和/或该人表达包含来源于该人V基因区段及人J基因区段(及任选存在的人D基因区段)的重组的抗体可变结构域的抗体。
6.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中各SNP编码非同义氨基酸变异和/或其中各SNP编码在所述靶标上表面暴露的氨基酸。
7.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中该配体为抗体或抗体片段；或其中该配体为捕获剂。
8.如任何前述方面的配体、方法或用途，该方法包含确定该人为TOI变体阳性，任选地其中该确定步骤包含确定该人为编码该TOI变体的核苷酸变体阳性。
9.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中该配体能够特异性结合两种或更多种不同的TOI变体，这些变体各自由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的SNP的核苷酸序列编码。
10.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中该TOI变体已确定为或经确定为存在于至少两个不同人种族群体。
11.如任何前述方面的配体、方法或用途，其中该累积人等位基因频率为在自至少15个不同人种族群体取样且包含至少1000个序列的天然存在的序列的数据库中的频率。
12.试剂盒，用于治疗或预防如任何前述方面中所述的由TOI介导的状况或疾病，该试剂盒包含该配体，其中该第一SNP见于至少2个不同种族群体中；及任选地与用于治疗和/或预防人的该疾病或状况的标记或说明书组合；任选地其中该标记或说明书包含由监管机构发布的营销授权编号；任选地其中该试剂盒包含具有该配体的注射笔或IV容器。
13.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含由CH1核苷酸序列编码的人γ重链CH1结构域；及其中该人的基因组包含与该CH1核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH1结构域的抗体。
14.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含由CH2核苷酸序列编码的人γ重链CH2结构域；及其中该人的基因组包含与该CH2核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH2结构域的抗体。
15.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含由CH3核苷酸序列编码的人γ重链CH3结构域；及其中该人的基因组包含与该CH3核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH3结构域的抗体。
16.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含由CH4核苷酸序列编码的人γ重链CH4结构域；及其中该人的基因组包含与该CH4核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH4结构域的抗体。
17.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含由Fc核苷酸序列编码的人γ重链Fc区；及其中该人的基因组包含与该Fc核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γFc区的抗体。
18.如方面13至17中任一者的配体、方法、用途或试剂盒，其中该人已基因分型为或经基因分型为该重链恒定区核苷酸序列阳性。
19.如方面13至18中任一者的配体、方法、用途或试剂盒，其中该人已表型分型为或经表型分型为该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
20.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含人IGHG1*01γ-1重链恒定区；或人IGHG2*01 γ-1重链恒定区。
21.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该配体包含
a)人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu；或
b)人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ IDNO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala；或
c)人γ-3重链恒定区，该人γ-3重链恒定区由IGHG3*01恒定区基因区段编码且其中该人包含IGHG3*01恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-3重链恒定区的抗体，该人γ-3重链恒定区由IGHG3*01恒定区基因区段编码；或
(i)人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中该第二结构域由该配体的该γ-4重链恒定区所包含。
22.如任何前述方面的配体、方法、用途或试剂盒，其中该TOI选自以下人TOI：
a)PCSK9(任选地其中该疾病或状况选自脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)、II型糖尿病、高血压及心血管疾病或状况)，
b)IL6R(任选地其中该疾病或状况选自炎性疾病或状况、炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病(Crohn's disease)、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征(Sjorgen's syndrome)、气道炎症、卡斯尔曼氏病(Castleman'sdisease)、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病)，
c)IL4Ra(任选地其中该疾病或状况选自哮喘、COPD、炎性肠病、纤维化状况、过敏症、移植排斥、迟发型超敏反应、接触超敏反应、鼻息肉及鼻窦炎)，
d)VEGF-A(任选地其中该疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
e)PDGF-B(任选地其中该疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
f)PDGFR-B(任选地其中该疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
g)血管生成素(例如Ang-2)(任选地其中该疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
h)Nav1.7(任选地其中该疾病或状况选自疼痛、瘙痒或离子通道病，例如慢性疼痛、神经痛、疼痛性糖尿病神经病变(PDN)、疱疹后神经病变(PHN)、三叉神经痛(TN)、脊髓损伤疼痛、多发性硬化疼痛、幻肢痛、中风后疼痛、慢性背痛、骨关节炎疼痛、癌症相关疼痛、HIV相关疼痛、炎性痛、原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)或离子通道病相关疼痛失觉(CIP))，
i)PD-L1(任选地其中该疾病或状况选自癌症、自体免疫疾病或状况、病毒感染及炎性疾病或状况，例如实体瘤、乳癌、肺癌(例如非小细胞肺癌)、结肠癌、卵巢癌、黑素瘤(例如IV期黑素瘤)、膀胱癌、肝癌(例如肝细胞癌)、肾脏癌、唾液腺癌、胃癌(stomach cancer)、胃癌(gastric cancer)、神经胶质瘤、胰腺癌、甲状腺癌、胸腺上皮癌、头癌和/或颈癌、多发性骨髓瘤、T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、肾细胞癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、血液赘瘤、转移性结肠直肠癌、子宫或子宫颈癌、白血病(例如急性骨髓性白血病)、弥漫性大B细胞淋巴瘤、滤泡中心淋巴瘤、前列腺癌、梅克尔细胞癌(Merkel cellcarcinoma)、HIV感染、丙型肝炎感染或埃博拉感染(Ebola infection))。
j)PD-1(任选地其中该疾病或状况为癌症，例如选自肾细胞癌；血液赘瘤；IV期黑素瘤；非小细胞肺癌；转移性胃癌；乳癌；实体瘤；膀胱癌；头颈癌、结肠直肠癌、神经胶母细胞瘤、胃癌、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、子宫颈癌、骨髓白血病(例如急性骨髓白血病及慢性骨髓白血病)，
k)BMP6(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
l)铁调素调节蛋白(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
m)铁调素(hepcidin)(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
n)膜铁转运蛋白(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
o)TMPRSS6(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
p)运铁蛋白(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))；及
q)人血色素沉着病蛋白(HFE)(任选地其中该疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))。
本发明涉及以下条项中陈述的概念。
条项1一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防(例如至少40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％)该疾病或状况，其中该人的TOI由具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码；
其中
在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为该核苷酸序列阳性或已表型分型为或经表型分型为该TOI变体阳性，或该方法包含在步骤(a)之前，将该人基因分型为该核苷酸序列阳性或将该人表型分型为该TOI变体阳性。
在本文任何方面、组态、实例、实施例、条项或概念中，可使用生物信息学确定频率。
在本文任何方面、组态、实例、实施例、条项或概念中，可参照包含至少1000或2000个人序列的数据库确定频率。
在本文任何方面、组态、实例、实施例、条项或概念中，“杂合的人基因型频率”意谓样品或数据库中或人中出现一个罕见变异等位基因及出现一个另一等位基因(杂合态)的所有基因型的累积频率，例如千人基因组数据库中基因型的累积频率。
在本文任何方面、组态、实例、实施例、条项或概念中，“纯合的人基因型频率”意谓出现两个变异等位基因(纯合态)的累积频率，例如千人基因组计划数据库中基因型的累积频率。
在本文任何方面、组态、实例、实施例、条项或概念中，“总人基因型频率”意谓杂合的加纯合的人基因型频率的总和。
在本文任何方面、组态、实例、实施例、条项或概念中，“累积人等位基因频率”指变异等位基因(例如SNP)在样品或数据库中或在人中，例如在千人基因组计划数据库中的所有出现率的总和。
条项2：如条项1的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够例如以下文揭示的亲和力(Kd)结合该TOI变体。
在一个实例中，该配体为(或已确定为)TOI的中和剂。在一个实例中，在人中(例如在临床试验中)进行确定。在一个实例中，在非人中，例如在小鼠、大鼠、兔、猪、狗、绵羊或非人灵长类(例如食蟹猕猴、恒河猴或狒狒)中进行确定。
条项3：一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防(例如至少40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％)该疾病或状况，其中该人的TOI由具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码；
其中
b.在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够例如以下文揭示的亲和力(Kd)结合该TOI变体。
在一个实例中，该配体为(或已确定为)TOI的中和剂。在一个实例中，在人中(例如在临床试验中)进行确定。在一个实例中，在非人中，例如在小鼠、大鼠、兔、猪、狗、绵羊或非人灵长类(例如食蟹猕猴、恒河猴或狒狒)中进行确定。
条项4：如条项3的方法，其中该人的基因组包含编码该TOI变体的核苷酸序列；及在步骤(a)之前，该核苷酸序列已确定为或经确定为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率。
该TOI变体并非最频繁的。
条项5：如条项3或4的方法，其中在步骤(a)之前该人已基因分型为或经基因分型为该变异核苷酸序列阳性，或该方法包含在步骤(a)之前将该人基因分型为该变异核苷酸序列阳性。
条项6：如任何前述条项的方法，其中在步骤(a)之前该人已表型分型为或经表型分型为该TOI变体阳性，或该方法包含在步骤(a)之前将该人表型分型为该变异核苷酸序列阳性。
条项7：如任何前述条项的方法，其中该频率小于10％或15％(例如1％至10％)。
在一个实施例中，累积人等位基因频率为30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至20％或1％至15％或1％至10％范围内。
在一个实施例中，总人基因型频率为35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至约15％、1％至10％、1％至约10％或1％至5％或1％至约5％范围内。
条项8：如任何前述条项的方法，其中该配体能够结合两种或更多种不同TOI变体，这些变体各自由具有小于50％的累积人等位基因频率(例如1％至10％)和/或具有小于50％的总人基因型频率(例如1％至20％)的核苷酸序列编码。
在一个实施例中，各TOI变体的累积人等位基因频率为30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至20％或1％至15％或1％至10％范围内。
在一个实施例中，各TOI变体的总人基因型频率为35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至约15％、1％至10％、1％至约10％或1％至5％或1％至约5％范围内。
条项9：一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防(例如至少40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％)该疾病或状况，其中该人的TOI为由具有大于50％的累积人等位基因频率(例如最高频率)和/或具有大于50％的总人基因型频率(例如最高频率)的核苷酸序列编码的变体；
其中
b.在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的变异核苷酸序列阴性；或表型分型为由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI变体阴性；
或
在步骤(a)之前，该方法包含将该人基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的变异核苷酸序列阴性；或将该人表型分型为由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI变体阴性。
在一个实施例中，在(a)中，累积人等位基因频率为55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％或90％以上但小于95％、96％、97％、98％、99％或100％(例如在51％至80％范围内)。
在一个实施例中，在(a)中，总人基因型频率为55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％或90％以上但小于95％、96％、97％、98％、99％或100％(例如在51％至80％范围内)。
在一个实施例中，在(b)中，累积人等位基因频率为30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至20％或1％至15％或1％至10％范围内。
在一个实施例中，在(b)中，总人基因型频率为35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至约15％、1％至10％、1％至约10％或1％至5％或1％至约5％范围内。
条项10：如条项9的方法，其中在步骤(a)之前，该人已表型分型为或经表型分型为最频繁的TOI变体阳性或基因分型其核苷酸序列。
在一个实施例中，在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为累积人等位基因频率为55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％或90％以上但小于95％、96％、97％、98％、99％或100％(例如在51％至80％范围内)的TOI变异核苷酸序列阳性或表型分型为其TOI变体。
在一个实施例中，在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为总人基因型频率为55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％或90％以上但小于95％、96％、97％、98％、99％或100％(例如在51％至80％范围内)的TOI变异核苷酸序列阳性或表型分型为其TOI变体。
条项11：如条项9或10的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够结合最频繁的TOI变体。
条项12：如条项9、10或11的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为实质上不能中和或抑制步骤(b)中所述的该TOI变体。
“实质上不能中和或抑制”意谓：中和或抑制小于最频繁的TOI变体的抑制或中和的50％、25％、10％、5％或0.5％。
条项13：如条项9至12中任一项的方法，其中该配体能够结合最频繁的TOI变体。
条项14：如条项9至13中任一项的方法，其中该配体能够结合两种或更多种不同TOI变体，这些变体各自由具有大于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码。
在一个实施例中，各TOI变体由累积人等位基因频率为55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％或90％以上但小于95％、96％、97％、98％、99％或100％(例如在51％至80％范围内)的核苷酸序列编码。
在一个实施例中，各TOI变体由总人基因型频率为55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％或90％或90％以上但小于95％、96％、97％、98％、99％或100％(例如在51％至80％范围内)的核苷酸序列编码。
条项15：如任何前述条项的方法，其中步骤(a)中所述的该变异核苷酸序列已确定为或经确定为存在于至少2个不同人种族群体，例如表4中的至少2、3、4、5、6、7、8或9个不同人种族群体。
条项16：如任何前述条项的方法，其中该人频率为自至少15、20或25个不同人种族群体取样且包含至少1000个序列的天然存在的序列的数据库中的频率。在一个实施例中，该数据库为如本文所述的千人基因组计划数据库。
条项17：一种用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法的抗人TOI配体，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中且其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列，该方法包含向该人施用该配体。
在替代方案中，条项17提供用于如条项1至16中任一项的方法的抗人TOI配体，该方法包含向该人施用该配体。
在一个实施例中，累积人等位基因频率为30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至20％或1％至15％或1％至10％范围内。
在一个实施例中，总人基因型频率为35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％或5％以下，例如在1％至25％、1％至20％、1％至15％、1％至约15％、1％至10％、1％至约10％或1％至5％或1％至约5％范围内。
条项18：如条项17的配体，其中该配体已确定为或经确定为能够结合由该核苷酸序列编码的人TOI。
在替代方案中，条项18提供一种结合人TOI的配体，该TOI包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列，该配体用于包含使用该配体靶向人的该TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的步骤的方法，该方法包含向该人施用该配体。
条项19：一种结合人TOI的配体，该TOI包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列，该配体用于如条项1至16中任一项的方法，该方法包含向该人施用该配体。
条项20：如条项17至19中任一项的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率的该TOI核苷酸序列阳性。
如条项17至19中任一项的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的总人基因型频率的该TOI核苷酸序列阳性。
条项21：如条项17至20中任一项的配体，其中该人已表型分型为或经表型分型为由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI阳性。
条项22：如条项17至21中任一项的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列杂合的；任选地其中该人已基因分型为或经基因分型为包含具有小于50％的累积人等位基因频率的TOI核苷酸序列及具有大于50％的累积人等位基因频率(例如具有最高累积人等位基因频率)和/或具有大于50％的总人基因型频率(例如具有最高总人基因型频率)的TOI核苷酸序列。
条项23：如条项17至22中任一项的配体，其中该人的基因组已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列纯合的。
条项24：如条项17至23中任一项的配体，其中该配体包含结合人TOI的抗体结合位点，该TOI包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列；及任选地已确定为或经确定为能够如此结合。
条项25：如条项24的配体，其中该配体为抗体或抗体片段。
条项26：如条项17至23中任一项的配体，其中该配体包含特异性杂交至具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列；和/或该配体包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或为其反义序列。
在一个实施例中，该配体包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列的至少10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50或100个连续核苷酸或为其反义序列。
条项27：如条项17至26中任一项的配体，其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列且该序列见于至少2个不同种族群体(例如见于至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个不同人种族群体(例如按照表4中的群体))。在一个实例中，数字参考千人基因组计划数据库。
如条项17至26中任一项的配体，其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列且该序列见于遍及至少2个这些不同种族群体分布的至少20个个体(例如，见于遍及此类许多不同种族群体分布的至少20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、130、140或150个个体)。在一个实例中，数字参考千人基因组计划数据库。
条项28：一种药物组合物或试剂盒，用于治疗或预防如任何前述条项中所述的由TOI介导的状况或疾病，该组合物或试剂盒包含如条项17至27中任一项的配体；及任选地与用于治疗和/或预防人的该疾病或状况的标记或说明书组合；任选地其中该标记或说明书包含营销授权编号(例如FDA或EMA授权编号)；任选地其中该试剂盒包含具有该配体的注射笔或IV容器。
在一个实例中，该标记或说明书涵盖或描述包含由如条项17所述的核苷酸序列编码的TOI变体的人的用途。
条项29：一种产生抗人TOI抗体结合位点的方法，该方法包含获得多个抗TOI抗体结合位点，筛选结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽的抗体结合位点，及分离在筛选步骤中结合的抗体结合位点。
在本文任何方面的一个实施例中，该抗体、片段或结合位点为重组的。
在替代方案中，条项29提供：一种产生抗人TOI抗体的方法，该方法包含用包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽使非人脊椎动物(例如小鼠或大鼠)免疫，及分离结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI的抗体，及任选地产生分离的抗体的TOI结合片段或衍生物。
例如在任何方面、组态、实例或实施例中，关于配体、抗体或蛋白质的“分离的”一词意谓标的配体、抗体、蛋白质等(1)不含应正常与其一起发现的至少一些其它蛋白质，(2)基本上不含相同来源(例如相同物种)的其它蛋白质，(3)由不同物种的细胞表达，(4)已与至少约50％的在自然界中与其结合的多核苷酸、脂质、碳水化合物或其它材料分离，(5)可操作地与在自然界中不与其结合的多肽结合(通过共价或非共价相互作用)，或(6)在自然界中不存在。通常，“分离的”配体、抗体、蛋白质等构成给定样品的至少约5％、至少约10％、至少约25％、或至少约50％。合成来源的基因组DNA、cDNA、mRNA或其它RNA或其任何组合可编码此类分离的配体、抗体蛋白质等。更好地，分离的配体、抗体蛋白质等实质上不含在其天然环境中发现的将干扰其治疗性、诊断性、预防性、研究或其它用途的蛋白质或多肽或其它污染物。
举例而言，“分离的”抗体为已自其产生环境的组分鉴别、分离和/或回收(例如以天然或重组方式)的抗体。更好地，分离的多肽不与来自其产生环境的所有其它组分结合，例如使得抗体已分离至FDA可核准或经核准的标准。其产生环境的污染物组分(诸如由经重组转染细胞产生的)为将通常干扰抗体的研究、诊断性或治疗性用途的物质，且可包括酶、激素及其它蛋白质或非蛋白质溶质。在更好实施例中，多肽将经纯化：(1)至如由例如劳里法(Lowry method)确定的大于95重量％的抗体，及在一些实施例中，至大于99重量％；(2)足以通过使用转杯式测序仪获得N端或内部氨基酸序列的至少15个残基的程度，或(3)至在使用考马斯蓝(Coomassie blue)或更好银染料的非还原或还原条件下通过SDS-PAGE的均质性。分离的抗体包括原位在重组细胞内的抗体，因为抗体的天然环境应不存在至少一个组分。然而，分离的多肽或抗体通常将通过至少一个纯化步骤制备。
免疫缀合物
本发明涵盖结合诸如细胞毒素、化学治疗药物、免疫抑制剂或放射性同位素的治疗性部分(“免疫缀合物”)的配体(例如抗体)。细胞毒素剂包括对细胞不利的任何试剂。适合于形成免疫缀合物的细胞毒素剂及化学治疗剂的实例为现有技术中已知，参见例如WO05/103081。
双特异性物
本发明的抗体可为单特异性、双特异性或多特异性。多特异性mAb可对一个靶标多肽的不同表位具有特异性或可含有对一个以上靶标多肽具有特异性的抗原结合结构域。参见例如Tutt等人(1991)J.Immunol.147:60-69。人抗TOI(例如抗PCSK9)mAb可连接至另一功能性分子(例如，另一肽或蛋白质)或与其共表达。举例而言，抗体或其片段可功能上连接(例如通过化学偶合、遗传融合、非共价结合或以其它方式)至一或多个其它分子实体(诸如另一抗体或抗体片段)以产生具有第二结合特异性的双特异性或多特异性抗体。
在本发明的情形中可使用的例示性双特异性抗体格式涉及使用第一免疫球蛋白(Ig)CH3结构域及第二Ig CH3结构域，其中该第一及第二Ig CH3结构域彼此至少一个氨基酸不同，且其中与缺乏氨基酸差异的双特异性抗体相比，至少一个氨基酸差异减少双特异性抗体与蛋白质A的结合。在一个实施例中，第一Ig CH3结构域结合蛋白质A且第二Ig CH3结构域含有减少或消除蛋白质A结合的突变，诸如H95R修饰(通过IMGT外显子编号；通过EU编号的H435R)。第二CH3可进一步包含Y96F修饰(通过IMGT；通过EU的Y436F)。在第二CH3内可发现的其它修饰包括：在IgG1抗体的情况下，D16E、L18M、N44S、K52N、V57M及V821(通过IMGT；通过EU的D356E、L358M、N384S、K392N、V397M及V422I)；在IgG2抗体的情况下，N44S、K52N及V82I(IMGT；通过EU的N384S、K392N及V422I)；及在IgG4抗体的情况下，Q15R、N44S、K52N、V57M、R69K、E79Q及V82I(通过IMGT；通过EU的Q355R、N3845、K392N、V397M、R409K、E419Q及V422I)。上述双特异性抗体格式上的变异涵盖在本发明的范畴内。
条项30：如条项29的方法，包含获得编码该抗体、片段、衍生物或结合位点的核酸及任选存在的将该核酸插入表达载体中的步骤。
条项31：一种用于人TOI基因分型的试剂盒，其中该试剂盒包含具有特异性杂交至所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列的核酸；和/或该核酸包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的至少10个(例如至少10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50或100个)连续核苷酸或为其反义序列。
举例而言，该核酸杂交至核苷酸紧邻侧翼的区，该核苷酸与具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的TOI核苷酸序列的对应核苷酸相比为变体。在一个实例中，该核酸杂交至两个或两个以上此类变异核苷酸。
特异性杂交在如熟习此项技术者应显而易知的严格条件下，例如在65℃下5×SSC、5×登哈特氏试剂(Denhardt's reagent)及0.5％SDS的条件。
条项32：一种用于人TOI基因分型或表型分型的试剂盒，其中该试剂盒包含如条项17至27中任一项的配体或通过如条项29至31中任一项的方法产生的抗体、片段或衍生物。
举例而言，该配体特异性结合包含与由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI的对应氨基酸相比变异的氨基酸的表位。在一个实例中，该配体特异性结合包含两个或两个以上此类变异氨基酸的表位。在一个实例中，特异性结合意谓如通过SPR所确定的亲和力(Kd)为1mM、100nM、10nM或1nM或1nM以下的结合。
“表位”一词为由抗体结合的抗原区。表位可定义为结构性或功能性的。功能性表位一般为结构性表位的子集且具有直接有助于相互作用的亲和力的那些残基。表位也可为构象的，也即由非线性氨基酸组成。在某些实施例中，表位可包括决定子，这些决定子为诸如氨基酸、糖侧链、磷酰基或磺酰基的分子的化学活性表面分组，且在某些实施例中，可具有特异性三维结构特征和/或荷质比特征。
条项33：一种抗TOI的配体在制造用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI，该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列。
条项34：一种抗TOI的配体在制造靶向该人TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI。
如条项33或34的用途，其中该配体、人、疾病或状况如条项1至27中任一项。
条项35：一种靶向TOI用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法，该方法包含向人施用抗TOI的配体，该人包含所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列，藉此靶向由该核苷酸序列编码的TOI。
条项36：如条项35的方法，其中该方法包含用该配体靶向包含氨基酸序列的人TOI以治疗和/或预防该人的该疾病或状况，其中该氨基酸序列由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码。
条项37：一种对人核酸样品进行TOI基因分型的方法，该方法包含鉴别该样品中具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的存在。
在一个实例中，该方法包含自人获得TOI核酸样品且随后进行鉴别步骤。
条项38：一种对人蛋白质样品进行TOI分型的方法，该方法包含鉴别该样品中由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的TOI氨基酸序列的存在。
在一个实例中，该方法包含自人获得TOI蛋白质样品且随后进行鉴别步骤。
条项39：如条项37或38的方法，包含自人获得血清、血液、粪便、毛发、尿液或唾液的样品，藉此获得该核酸或蛋白质样品用于鉴别该序列的步骤。
条项40：如条项37至39中任一项的方法，包含使用如条项17至27中任一者的配体以进行该鉴别步骤。
条项41：一种诊断试剂盒，包含能够结合人TOI的配体，该配体包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列；及用于进行如条项38或39的方法的说明书。
条项42：一种诊断试剂盒，包含核酸探针，该探针包含特异性杂交具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列；及用于进行如条项38或39的方法的说明书。
条项43：如任何前述条项的方法、配体、组合物、试剂盒或用途，其中该TOI由累积人等位基因频率为1％至10％和/或总人基因型频率为1％至约15％或1％至15％的核苷酸序列编码。
条项44：如任何前述条项的方法、配体、组合物、试剂盒或用途，其中该TOI为选自表5的人TOI；任选地用于治疗和/或预防如表5中所陈述的对应疾病或状况。
举例而言，TOI为人PCSK9，例如成熟、裂解、自催化或活性PCSK9。在一个实例中，疾病为心血管疾病，诸如高脂血症。
本发明的配体适用于例如特异性结合分析、人基因分型或表型分型、TOI的亲和力纯化及筛选分析以鉴别TOI活性的其它拮抗剂。一些本发明的配体适用于抑制TOI结合同源人受体或蛋白质、或抑制TOI介导的活性。
本发明涵盖具有经修饰的糖基化型态的抗TOI(例如PCSK9)抗体配体。在一些应用中，移除不合需要的糖基化位点的修饰可为有用的，或例如移除海藻糖部分以增加抗体依赖性细胞毒性(ADCC)功能(参见Shield等人(2002)JBC 277:26733)。在其它应用中，可进行半乳糖基化修饰以便修饰补体依赖性细胞毒性(CDC)。
在一个实例中，本发明提供一种包含本发明的配体的药物组合物，其中该配体为或包含特异性结合TOI(例如，如本文所述的罕见变体)的重组人抗体或其片段及药物学可接受的载剂。在一个实施例中，本发明提供一种组合物，其为本发明的抗体配体或抗体的抗原结合片段与第二治疗剂的组合。第二治疗剂可为抗炎剂、抗血管生成剂、止痛剂、利尿剂、化学治疗剂、抗赘生剂、血管舒张剂、血管收缩剂、抑制素、β阻断剂、营养剂、佐剂、抗肥胖剂及抗糖尿病剂中的任一者。
“药物学可接受”指由美国联邦或州政府的监管机构核准或可核准，或在美国药典或用于动物(包括人)的其它一般公认药典中列出。“药物学可接受的载剂、赋形剂或佐剂”指可与药剂(例如，本文描述的任何抗体或抗体链)一起施用于个体且当以足以递送治疗量该药剂的剂量施用时不破坏该药剂的药理学活性且无毒性的载剂、赋形剂或佐剂。
在一个实例中，本发明提供一种使用本发明的抗TOI的配体(例如，本发明的抗体或抗体的抗原结合部分)抑制TOI活性的方法，其中该治疗性方法包含施用治疗有效量的包含该配体的药物组合物。所治疗的病症为通过移除、抑制或降低TOI活性来改良、改善、抑制或预防的任何疾病或状况。
“治疗有效量”一词意谓施用产生所需效应的量。精确量将视治疗目的而定且将由熟习此项技术者使用已知技术可确定(参见例如Lloyd(1999)The Art,Science andTechnology of Pharmaceutical Compounding)。
“特异性结合”一词或其类似者意谓配体(例如抗体或其抗原结合片段)与在生理条件下相对稳定的抗原形成复合物。特异性结合可通过至少约1×10-6M或1×10-6M以下的平衡解离常数表征(例如，KD愈小表示结合愈紧密)。确定两个分子是否特异性结合的方法为此项技术中所熟知的，且包括例如平衡透析、表面等离子共振及其类似方法。然而，特异性结合人TOI的分离的抗体可展现与其它抗原(诸如来自另一物种的TOI分子)的交叉反应性。此外，尽管如此，结合人TOI及一或多个额外抗原的多特异性抗体(例如双特异性物)仍视为如本文所用的“特异性结合”TOI的抗体。
基因分型及表型分型
熟习此项技术者应熟悉可用于精确基因分型及应用于本发明的技术。这种技术包括以下。
1 基于杂交的方法
1.1 动态等位基因特异性杂交
1.2 分子信标
1.3 SNP微阵列
2 基于酶的方法
2.1 限制性片段长度多态性
2.2 基于PCR的方法
2.3 瓣状(flap)核酸内切酶
2.4 引物延伸
2.5 5'-核酸酶
2.6 寡核苷酸连接分析
3 基于DNA物理特性的其它扩增后方法
3.1 单链构象多态性
3.2 温度梯度凝胶电泳
3.3 变性高效液相层析
3.4 整个扩增子的高分辨率熔融
3.5 DNA错配结合蛋白的使用
3.6 SNPlex(SNPlexTM为由Applied Biosystems出售的专属基因分型平台)。
诸如焦磷酸测序的下一代测序技术也为有用的。
也参考GB2444410A及其中揭示的基因分型方法，该文献以全文引用的方式并入本文中。
小型化分析，诸如具有寡核苷酸试剂固定于小表面上的微阵列，经常提议用于大规模突变分析及高通量基因分型(人基因组中单核苷酸多态性的大规模鉴别、定位及基因分型(Wang DG,Fan JB,Siao CJ,Berno A,Young P,Sapolsky R,Ghandour G,Perkins N,Winchester E,Spencer J,Kruglyak L,Stein L,Hsie L,Topaloglou T,Hubbell E,Robinson E,Mittmann M,Morris MS,Shen N,Kilburn D,Rioux J,Nusbaum C,Rozen S,Hudson TJ,Lipshutz R,Chee M,Lander ES,Science.1998 May 15；280(5366):1077-82)。其它高通量方法通过等位基因特异性探针的示差杂交、引物延伸、连接及裂解来辨别等位基因(综述Accessing genetic variation:genotyping single nucleotidepolymorphisms,AC,Nat Rev Genet.2001年12月；2(12):930-42；综述Techniquespatents for SNP genotyping,Twyman RM,Primrose SB,Pharmacogenomics.2003年1月；4(1):67-79)。
一种用于完全自动化、大规模SNP分析的方法为“均相”分析，也即在无分离步骤的情况下的单相分析，允许在扩增期间持续不断的监测。最初设计用于定量实时PCR的TaqManTM分析(Applied Biosystems)为也用于确定DNA突变状态的均相、单步骤分析(参见例如A.A.Komar(编),Single Nucleotide Polymorphisms,Methods in MolecularBiology 578,DOI 10.1007/978-1-60327-411-1_19,Humana Press,a part of SpringerScience+Business Media,LLC；及Single Nucleotide Polymorphisms,Methods inMolecular BiologyTM第578卷,2009,第293-306页,The TaqMan Method for SNPGenotyping,Gong-Qing Shen等人)。TaqMan SNP基因分型分析利用AmpliTaq GoldTM DNA聚合酶的5′-核酸外切酶活性以裂解杂交至ssDNA的含有SNP的序列的双重标记探针。裂解使5′-荧光团与3′-抑止剂分离，产生可检测荧光信号。使用携带不同荧光团的两个等位基因特异性探针准许在无任何PCR后处理的情况下在同一管中进行SNP确定。基因型由在扩增结束时两个荧光探针的强度的比率来确定。因此，仅使用端点数据而非利用定量研究中实时PCR数据的完整集合。
通过使用经验证的预进行的基因分型分析促进以高通量、自动化方式的TaqMan SNP基因分型，但也可使用定制分析(High-throughput genotypingwith single nucleotide polymorphisms,Ranade K,Chang MS,Ting CT,Pei D,HsiaoCF,Olivier M,Pesich R,Hebert J,Chen YD,Dzau VJ,Curb D,Olshen R,Risch N,CoxDR,Botstein D,Genome Res.2001年7月；11(7):1262-8；Assessment of two flexibleand compatible SNP genotyping platforms:TaqMan SNP Genotyping Assays and theSNPlex Genotyping System,De la Vega FM,Lazaruk KD,Rhodes MD,Wenz MH,MutatRes.2005年6月3日；573(1-2):111-35)。分析结果可通过配备有实时热循环仪的基因分型软件(例如Bio-Rad的IQ软件、Applied Biosystems的序列检测软件)自动确定。
单核苷酸多态性(SNP)可使用TaqManTM实时PCR分析(Applied Biosystems)及在扩增结束时基于报导探针信号指派基因型的市售软件加以确定。使用完整过程的TaqMan实时数据的用于SNP自动基因型识别的算法可供使用(A.Callegaro等人,Nucleic AcidsRes.2006；34(7):e56,Published online 2006年4月14日.doi:10.1093/nar/gkl185,PMCID:PMC1440877)。该算法为独特的，因为其根据空白(无DNA样品)与杂合的样品丛集的行为将样品分类。此分类方法消除对阳性对照的需要且准许甚至在不存在基因型类别的情况下，例如当一个等位基因为罕见时，进行精确基因分型。
熟习此项技术者应熟悉可用于精确表型分型及应用于本发明的技术。这种技术包括使用分离的靶标蛋白的氨基酸测序及不同变体(例如最常见变体)的序列的比较。在严格条件下特异性及选择性结合在SNP区域的抗体也可用于鉴别特定变体。在另一方法中，确定基因型且例如通过电子杂交翻译确定对应氨基酸序列(表型)。
治疗性施用及剂型
本发明提供包含本发明的抗TOI的配体(例如抗体或其抗原结合片段)的治疗性组合物。根据本发明的治疗性组合物的施用应与适合载剂、赋形剂及并入剂型中的其它药剂一起施用以提供改良的输送、递送、耐受性及其类似物。众多适当剂型可见于所有医药化学家已知的处方集：Remington's Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Company,Easton,Pa中。这种剂型包括例如粉末、糊剂、软膏、胶状物、蜡、油、脂质、含有脂质(阳离子或阴离子)的微脂粒(诸如LIPOFECTINTTM)、DNA结合物、无水吸收糊剂、水包油及油包水乳液、乳液卡波蜡(carbowax)(各种分子量的聚乙二醇)、半固体凝胶及含有卡波蜡的半固体混合物。也参见Powell等人“Compendium of excipients for parenteral formulations”PDA(1998)J Pharm Sci Technol 52:238-311。
剂量可视待施用个体的年龄及体型、靶标疾病、状况、施用途径及其类似物而改变。当本发明的配体(例如抗体)用于治疗成人患者的与TOI相关的各种状况及疾病时，静脉内施用正常在每公斤体重约0.01至约20mg、更佳约0.02至约7、约0.03至约5、或约0.05至约3mg单次剂量的本发明的抗体为有利的。视状况的严重程度而定，可调整治疗的频率及持续时间。
各种递送系统为已知的且可用于施用本发明的配体或药物组合物，例如，通过例如囊封于脂质体、微粒、微胶囊、能够表达突变病毒的重组细胞、受体介导的胞吞作用所提供的配体(参见例如Wu等人(1987)J.Biol.Chem.262:4429-4432)。引入方法包括(但不限于)皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外及经口途径。配体或组合物可通过任何便利途径施用，例如通过输注或快速注射、通过经由上皮或黏膜皮肤内层(例如口腔黏膜、直肠黏膜及肠黏膜等)吸收且可与其它生物学活性剂一起施用。可全身性或局部施用。
配体或药物组合物也可在小泡(特别是脂质体)中递送(参见Langer(1990)Science 249:1527-1533；Treat等人(1989)in Liposomes in the Therapy ofInfectious Disease and Cancer,Lopez Berestein及Fidler(编),Liss,New York,第353-365页；Lopez-Berestein,ibid.,第317-327页；一般参见ibid.)。
在某些情况中，配体或药物组合物可在控制释放系统中递送。在一个实施例中，可使用泵(参见Langer,同上；Sefton(1987)CRC Crit.Ref.Biomed.Eng.14:201)。在另一实施例中，可使用聚合材料；参见Medical Applications of Controlled Release,Langer及Wise(编),CRC Pres.,Boca Raton,Fla.(1974)。在另一实施例中，控制释放系统可置放在组合物靶标的附近，因此仅需要全身性剂量的一部分(参见例如Goodson,in MedicalApplications of Controlled Release,同上,第2卷,第115-138页,1984)。
可注射制剂可包括用于静脉内、皮下、皮内及肌肉内注射、点滴注射等的剂型。这种可注射制剂可通过公开已知的方法制备。举例而言，可注射制剂可例如通过将上文所述的抗体或其盐溶解、悬浮或乳化于习知地用于注射液的无菌水性介质或油性介质中来制备。作为注射液的水性介质，存在例如生理食盐水、含有葡萄糖及其它辅助药剂的等渗溶液等，其可与适当助溶剂组合使用，诸如醇(例如乙醇)、多元醇(例如丙二醇、聚乙二醇)、非离子表面活性剂[例如，聚山梨醇酯80、HCO-50(氢化蓖麻油的聚氧化乙烯(50mol)加合物)]等。作为油性介质，采用例如芝麻油、大豆油等，其可与诸如苯甲酸苯甲酯、苯甲醇等的助溶剂组合使用。由此制备的注射液更好填充于适当安瓿中。本发明的药物组合物可用标准针头及注射器皮下或静脉内递送。此外，关于皮下递送，笔式递送装置易于在递送本发明的药物组合物时应用。此类笔式递送装置可为可再用或抛弃式的。可再用笔式递送装置一般利用含有药物组合物的可替换药筒。一旦已施用药筒内的所有药物组合物且药筒为空，可易于弃去空药筒且用含有药物组合物的新药筒替换。可接着再使用笔式递送装置。在抛弃式笔式递送装置中，不存在可替换药筒。实际上，抛弃式笔式递送装置用容纳在该装置内的储集器中的药物组合物预填充。一旦清空储集器的药物组合物，弃去整个装置。
许多可再用笔式及自助注射器递送装置应用于本发明的配体或药物组合物的皮下递送。实例包括(但当然不限于)AUTOPENTM(Owen Mumford,Inc.,Woodstock,UK)、DISETRONICTM笔(Disetronic Medical Systems,Burghdorf,Switzerland)、HUMALOG MIX75/25TM笔、HUMALOGTM笔、HUMALIN 70/30TM笔(Eli Lilly and Co.,Indianapolis,Ind.)、NOVOPENTMI、II及III(Novo Nordisk,Copenhagen,Denmark)、NOVOPEN JUNIORTM(NovoNordisk,Copenhagen,Denmark)、BDTM笔(Becton Dickinson,Franklin Lakes,N.J.)、OPTIPENTTM、OPTIPEN PROTM、OPTIPEN STARLETTM及OPTICLIKTTM(sanofi-aventis,Frankfurt,Germany)，仅提名数种。应用于本发明的药物组合物的皮下递送的抛弃式笔式递送装置的实例包括(但当然不限于)SOLOSTARTM笔(sanofi-aventis)、FLEXPENTM(NovoNordisk)及KWIKPENTM(Eli Lilly)。
上文所述的用于经口或非经肠使用的药物组合物宜制备成适于拟合配体剂量的单位剂量的剂型(dosage form)。单位剂量的此类剂型包括例如锭剂、丸剂、胶囊、注射液(安瓿)、栓剂等。所含有之前述抗体的量一般为每单位剂量的剂型约5至约500mg；尤其在注射液形式中，前述抗体更好含在约5至约100mg及约10至约250mg另一剂型中。
例示性TOI
例如在本发明的任何组态、方面、概念、实例或组态中，该TOI或各TOI选自以下：ABCF1；ACVR1；ACVR1B；ACVR2；ACVR2B；ACVRL1；ADORA2A；聚集蛋白聚糖；AGR2；AICDA；AWl；AIG1；AKAP1；AKAP2；AIYIH；淀粉状蛋白β；AMHR2；ANGPT1；ANGPT2；ANGPTL3；ANGPTL4；ANPEP；APC；APOC1；AR；Axl；AZGP1(锌-a-糖蛋白)；B7.1；B7.2；BAD；BAFF；BAG1；BAI1；BCL2；BCL6；BDNF；BLNK；BLR1(MDR15)；B1yS；BMP1；BMP2；BMP3B(GDF1O)；BMP4；BMP6；BMP8；BMPR1A；BMPR1B；BMPR2；BPAG1(网蛋白)；BRCA1；Cl9orflO(IL27w)；C3；C4A；C5；C5R1；CANT1；CASP1；CASP4；CAV1；CB1；CCBP2(D6/JAB61)；CCL1(I-309)；CCL11(嗜酸性粒细胞趋化因子)；CCL13(MCP-4)；CCL15(MIP-id)；CCL16(HCC-4)；CCL17(TARC)；CCL18(PARC)；CCL19(MIP-3b)；CCL2(MCP-1)；MCAF；CCL2O(MIP-3a)；CCL21(MIP-2)；SLC；exodus-2；CCL22(MDC/STC-1)；CCL23(MPIF-1)；CCL24(MPIF-2I嗜酸性粒细胞趋化因子-2)；CCL25(TECK)；CCL26(嗜酸性粒细胞趋化因子-3)；CCL27(CTACK/ILC)；CCL28；CCL3(MIP-1a)；CCL4(MIP-1b)；CCL5(RANTES)；CCL7(MCP-3)；CCL8(mcp-2)；CCNA1；CCNA2；CCND1；CCNE1；CCNE2；CCR1(CKR1/HM145)；CCR2(mcp-1RB/RA)；CCR3(CKR3/CMKBR3)；CCR4；CCR5(CMKBR5/ChemR13)；CCR6(CMKBR6/CKR-L3/STRL22/DRY6)；CCR7(CKR7/EBI1)；CCR8(CMKBR8/TER1/CKR-L1)；CCR9(GPR-9-6)；CCRL1(VSHK1)；CCRL2(L-CCR)；CD7,CD164；CD19；CD1C；CD2O；CD200；CD-22；CD24；CD28；CD3；CD37；CD38；CD3E；CD3G；CD3Z；CD4；CD4O；CD4OL；CD44；CD45RB；CD52；CD69；CD72；CD74；CD79A；CD79B；CD8；CD8O；CD81；CD83；CD86；CD96；CD207；CDH1(E-钙黏素)；CDH10；CDH12；CDH13；CDH18；CDH19；CDH20；CDH5；CDH7；CDH8；CDH9；CDK2；CDK3；CDK4；CDK5；CDK6；CDK7；CDK9；CDKN1A(p2lWap1/Cip1)；CDKN1B(p27Kip1)；CDKNIC；CDKN2A(p16lNK4a)；CDKN2B；CDKN2C；CDKN3；CEBPB；CELSR3；CER1；CHGA；CHGB；壳质酶；CHRNG；CHST10；CKLFSF2；CKLFSF3；CKLFSF4；CKLFSF5；CKLFSF6；CKLFSF7；CKLFSF8；CLDN3；CLDN7(紧密连接蛋白-7)；CLN3；CLU(丛生蛋白)；CMKLR1；CMKOR1(RDC1)；CNR1；COL18A1；COL1A1；COL4A3；COL6A1；CR2；CRP；CSF1(M-CSF)；CRLF2；CSF2(GM-CSF)；CSF3(GCSF)；CTLA4；CTNNB1(b-连环蛋白)；CTSB(组织蛋白酶B)；CX3CL1(SCYDi)；CX3CR1(V28)；CXCR6；CXCL1(GRO1)；CXCL1O(IP-10)；CXCL11(I-TAC/IP-9)；CXCL12(SDF1)；CXCL13；CXCL14；CXCL16；CXCL2(GRO2)；CXCL3(GRO3)；CXCL5(ENA-78I LIX)；CXCL6(GCP-2)；CXCL9(MIG)；CXCR3(GPR9/CKR-L2)；CXCR4；CXCR6(TYMSTR ISTRL33I Bonzo)；CYB5；CYC1；CYSLTR1；DAB2IP；DAND5；DES；DKFZp451J0118；DNCL1；DPP4；E2F1；ECGF1；EDG1；EFNAI；EFNA3；EFNB2；EGF；EGFR；ELAC2；ENG；ENO1；ENO2；ENO3；EphA4；EPHB4；EPO；ERBB2(Her-2)；EREG；ERK8；ESR1；ESR2；F3(TF)；FADD；FasL；FASN；FCER1A；FCER2；FCGR3A；FCRL4；FGF；FGF1(aFGF)；FGF1O；FGF11；FGF12；FGF12B；FGF13；FGF14；FGF16；FGF17；FGF18；FGF19；FGF2(bFGF)；FGF2O；FGF21；FGF22；FGF23；FGF3(int-2)；FGF4(HST)；FGF5；FGF6(HST-2)；FGF7(KGF)；FGF8；FGF9；FGFR3；FIGF(VEGFD)；FIL1(EPSILON)；FIL1(ZETA)；FLJ12584；FLJ25530；FLRT1(纤维连接蛋白)；FLT1；FOS；FOSL1(FRA-l)；FY(DARC)；GABRP(GABAa)；GAGEB1；GAGEC1；半乳糖凝集素-3；GALNAC4S-65T；GATA3；GDF5；GFI1；GGT1；GHR；GM-CSF；GNAS1；GNRH1；GPR2(CCR1O)；GPR31；GPR44；GPR81(FKSG8O)；GPR87；GPR137C；GRCC10(C10)；GRP；GSN(钙结合微丝蛋白)；GSTP1；HAVCR1；HAVCR2；HDAC4；EDAC5；HDAC7A；HDAC9；铁调素；铁调素调节蛋白；HGF；HIF1A；HIP1；组胺及组胺受体；HLA-A；HLA-DRA；HM74；HMOX1；HUMCYT2A；ICEBERG；ICOS；1D2；IFN-a；IFNA1；IFNA2；IFNA4；IFNA5；IFNA6；IFNA7；IFNB1；IFNγ；TFNW1；IGBP1；IGF1；IGF1R；IGF2；IGFBP2；IGFBP3；IGFBP6；IL-1；IL10；IL10RA；IL10RB；IL11；IL11RA；IL-12；IL12A；IL12B；IL12RB1；IL12RB2；1L13；IL13RA1；IL13RA2；1L14；1L15；IL15RA；IL16；1L17；IL17B；IL17C；IL17R；1L18；IL18BP；IL18R1；IL18RAP；1L19；IL1A；IL1B；IL1F1O；IL1F5；IL1F6；IL1F7；IL1F8；IL1F9；IL1HY1；IL1R1；IL1R2；IL1RAP；IL1RAPL1；IL1RAPL2；IL1RL1；IL1RL2IL1RN；1L2；1L20；IL2ORA；IL21R；1L22；1L22R；1L22RA2；1L23；1L24；1L25；1L26；1L27；1L28A；1L28B；1L29；IL2RA；IL2RB；IL2RG；1L3；1L30；IL3RA；1L4；IL4R；1L5；IL5RA；1L6；IL6受体；IL6ST(糖蛋白130)；1L7；TL7R；1L8；IL8RA；IL8RB；IL8RB；1L9；IL9R；ILK；INHA；INHBA；INSL3；INSL4；IRAK1；IRAK2；ITGA1；ITGA2；1TGA3；ITGA6(a6整合素)；ITGAV；ITGB3；ITGB4(b 4整合素)；JAG1；JAK1；JAK3；JUN；K6HF；KAI1；KDR；MTLG；KLF5(GC盒BP)；KLF6；KLK10；KLK12；KLK13；KLK14；KLK15；KLK3；KLK4；KLK5；KLK6；KLK9；KRT1；KRT19(角蛋白19)；KRT2A；KRTHB6(头发特异性II型角蛋白)；LAG3；LAMA5；LEP(瘦素)；LIGHT；Lingo-p75；Lingo-Troy；LPS；LRP5；LTA(TNF-b)；LTB；LTB4R(GPR16)；LTB4R2；LTBR；MACMARCKS；MAG或Omgp；MAP2K7(c-Jun)；MDK；MIB1；中期因子；MIF；MIP-2；MK167(Ki-67)；MMP2；MMP9；MS4A1；MSMB；MT3[金属硫蛋白-ifi(metallothionectin-ifi)]；MTSS 1；MUC 1(粘蛋白)；MYC；MYD88；NCK2；神经蛋白聚糖；Nav1.7；Nav1.8；NFKB 1；NFKB2；NGFB(NGF)；NGFR；NgR-Lingo；NgR-Nogo66(Nogo)；NgR-p75；NgR-Troy；NME1(NM23A)；NOX5；NPPB；NROB1；NROB2；NR1D1；NR1D2；NR1H2；NR1H3；NR1H4；NR1I2；NR1I3；NR2C1；NR2C2；NR2E1；NR2E3；NR2F1；NR2F2；NR2F6；NR3C1；NR3C2；NR4A1；NR4A2；NR4A3；NR5A1；NR5A2；NR6A1；NRP1；NRP2；NT5E；NTN4；ODZ1；OPG；OPRD1；OX40L；OX40；P2RX7；PAP；PART1；PATE；PAWR；PCA3；PCNA；PCSK9,PD-1,PD-L1；PDGFA；PDGFB；PECAM1；PF4(CXCL4)；PGF；PGR；磷酸蛋白聚糖；PIAS2；胎盘生长因子(PIGF)；PIK3CG；PLAU(uPA)；PLG；PLXDC1；PPBP(CXCL7)；PPID；PR1；PRKCQ；PRKD1；PRL；PROC；PROK2；PSAP；PSCA；PTAFR；PTEN；PTGS2(COX-2)；PTN；RAC2(p2lRac2)；RARB；RGS1；RGS13；RGS3；RNF11O(ZNF144)；ROBO2；ROR1；S100A2；SCGB1D2(亲脂素B)；SCGB2A1(乳腺珠蛋白2)；SCGB2A2(乳腺珠蛋白1)；SCYE1(内皮单核细胞活化细胞因子)；SDF2；SERPINA1；SERPINIA3；SERPINB5(乳腺丝氨酸蛋白酶抑制物)；SERPINE1(PAT-i)；SERPINF1；SHBG；SLA2；SLC2A2；SLC33A1；SLC43A1；SLIT2；SPP1；SPRR1B(Spri)；ST6GAL1；STAB1；STAT6；STEAP；STEAP2；TB4R2；TBX21；TCP1O；TDGF1；TEK；TGFA；TGFB1；TGFB1I1；TGFB2；TGFB3；TGFBI；TGFBR1；TGFBR2；TGFBR3；TH1L；THBS1(血小板结合蛋白-1)；THBS2；THBS4；THPO；TIE(Tie-i)；TIM3；TMP3；组织因子；TLR1O；TLR2；TLR3；TLR4；TLR5；TLR6；TLR7；TLR8；TLR9；TMPRSS6；TNF；TNF-a；TNFAIP2(B94)；TNFAIP3；TNFRSF1 1A；TNFRSF1A；TNFRSF1B；TNFRSF21；TNFRSF5；TNFRSF6(Fas)；TNFRSF7；TNFRSF8；TNFRSF9；TNFSF1O(TRAIL)；TNFSF1 1(TRANCE)；TNFSF12(APO3L)；TNFSF13(April)；TNFSF13B；TNFSF14(HVEM-L)；TNFSF1 5(VEGI)；TNFSF1 8；TNFSF4(0X40配体)；TNFSF5(CD4O配体)；TNFSF6(FasL)；TNFSF7(CD27配体)；TNFSF8(CD3O配体)；TNFSF9(4-1BB配体)；TOLLIP；Toll样受体；TOP2A(拓扑异构酶lia)；TP53；TPM1；TPM2；TRADD；TRAF1；TRAF2；TRAF3；TRAF4；TRAF5；TRAF6；TRAIL；TREM1；TREM2；TRPC6；TSLP；TWEAK；VEGFA；VEGFB；VEGFC；多功能蛋白聚糖；VHL C5；VLA-4；Wnt7A；XCL1(淋巴细胞趋化因子)；XCL2(SCM-lb)；XCR1(GPR5/CCXCR1)；YY1；及ZFPM2。
在一个实例中，TOI为选自表5的人TOI。
在一个实例中，TOI为OX40配体。
在一个实例中，TOI为OX40。
在一个实例中，TOI为PCSK9。
在一个实例中，TOI为IL6受体(IL-6R)。
在一个实例中，TOI为LIGHT。
在一个实例中，TOI为VEGF-A。
在一个实例中，TOI为TNFα。
在一个实例中，TOI为PIGF。
在一个实例中，TOI为IGF1R。
在一个实例中，TOI为OPG。
在一个实例中，TOI为ICOS。
在一个实例中，TOI为NGF。
在一个实例中，TOI为BMP6。
在一个实例中，TOI为膜铁转运蛋白。
在一个实例中，TOI为TMPRSS6。
在一个实例中，TOI为铁调素调节蛋白。
在一个实例中，TOI为VEGF受体。
在一个实例中，TOI为PDGF受体。
在一个实例中，TOI为干细胞因子受体。
在一个实例中，TOI为铁调素。
在一个实例中，TOI为IL-4受体α。
在一个实例中，TOI为硬骨素。
在一个实例中，TOI为IL-13受体。
在一个实例中，TOI为CD7。
在一个实例中，TOI为δ样配体-4(Dll4)。
在一个实例中，TOI为HGF。
在一个实例中，TOI为血管生成素-2(Ang2)。
在一个实例中，TOI为GDF8。
在一个实例中，TOI为ERBB3。
在一个实例中，TOI为IL-17受体。
在一个实例中，TOI为CD40。
在一个实例中，TOI为CD40配体。
在一个实例中，TOI为EGFR。
在一个实例中，TOI包含如本文关于TOI所述的突变或由如本文关于TOI所述的包含SNP的核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该TOI；或人包含编码具有该突变的该TOI的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人PCSK9且在SEQ ID NO:1中具有突变I474、E670G、N425S或Q619P。任选地，另外人包含具有该突变的该PCSK9；或人包含编码具有该突变的该PCSK9的核苷酸序列。在替代方案中，例如本文中若PCSK9陈述为具有特异性“形式”，例如形式f、c、r、p、e、h、aj或q，在替代方案中，PCSK9为包含选自SEQ ID NO:1中的R46L、A53V、N425S、A443T、I474V、Q619P及E670G的突变(例如包含突变I474、E670G、N425S或Q619P)的人PCSK9；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有I474V且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有E670G且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有Q619P且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有N425S且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有R46L且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加人的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有A53V且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加人的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有A443T且人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加人的胆固醇)。
举例而言，TOI为人IL6R且包含SEQ ID NO:78中的突变D358A或V385I。任选地，另外人包含具有该突变的该IL6R；或人包含编码具有该突变的该IL6R的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人IL4Ra且包含选自以下的突变：SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A。任选地，另外人包含具有该突变的该IL4Ra；或人包含编码具有该突变的该IL4Ra的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人Nav1.7且包含选自以下的突变：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，例如突变为1161W。任选地，另外人包含具有该突变的该Nav1.7；或人包含编码具有该突变的该Nav1.7的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人VEGF-A且由包含选自以下的SNP的VEGF-A核苷酸序列编码：rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039、rs699946、rs2146323、rs1413711、rs833068、rs833069、rs3025000及rs1570360。任选地，另外人包含具有该突变的该VEGF-A；或人包含编码具有该突变的该VEGF-A的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人PDGF-B且由包含选自rs142404523(也即对应于位置776的C)及在rs1800818的位置处的C(也即对应于位置735的C)的的SNP的PDGF-B核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该PDGF-B；或人包含编码具有该突变的该PDGF-B的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人PDGFR-B且由包含选自rs246395(也即对应于位置2601的G)及rs74943037(也即对应于位置1391的T)的SNP的PDGFR-B核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该PDGFR-B；或人包含编码具有该突变的该PDGFR-B的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人PD-L1且由包含选自本文所列举的PD-L1 SNP的群的SNP的PD-L1核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该PD-L1；或人包含编码具有该突变的该PD-L1的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人PD-1且由包含选自本文所列举的PD-1 SNP的群的SNP的PD-L1核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该PD-1；或人包含编码具有该突变的该PD-1的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人血管生成素(例如Ang-2)且由包含选自本文所列举的血管生成素(例如Ang-2)SNP的群的SNP的血管生成素(例如Ang-2)核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该血管生成素(例如Ang-2)；或人包含编码具有该突变的该血管生成素(例如Ang-2)的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人BMP6且由包含选自本文所列举的BMP6SNP的群的SNP的BMP6核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该BMP6；或人包含编码具有该突变的该BMP6的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人铁调素调节蛋白且由包含选自本文所列举的铁调素调节蛋白SNP的群的SNP的铁调素调节蛋白核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该铁调素调节蛋白；或人包含编码具有该突变的该铁调素调节蛋白的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人铁调素且由包含选自本文所列举的铁调素SNP的群的SNP的铁调素核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该铁调素；或人包含编码具有该突变的该铁调素的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人膜铁转运蛋白且由包含选自本文所列举的膜铁转运蛋白SNP的群的SNP的膜铁转运蛋白核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该膜铁转运蛋白；或人包含编码具有该突变的该膜铁转运蛋白的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人TMPRSS6且由包含选自本文所列举的TMPRSS6 SNP的群的SNP的TMPRSS6核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该TMPRSS6；或人包含编码具有该突变的该TMPRSS6的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人运铁蛋白且由包含选自本文所列举的运铁蛋白SNP的群的SNP的运铁蛋白核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该运铁蛋白；或人包含编码具有该突变的该运铁蛋白的核苷酸序列。
举例而言，TOI为人血色素沉着病蛋白(HFE)且由包含选自本文所列举的HFE SNP的群的SNP的HFE核苷酸序列编码。任选地，另外人包含具有该突变的该HFE；或人包含编码具有该突变的该HFE的核苷酸序列。
为方便起见，下文提供本说明书、实例及随附申请专利范围中所用的一些术语及短语的含义。除非另外说明或上下文暗示，否则以下术语及短语包括下文所提供的含义。提供定义以辅助描述特定实施例，且不意欲限制所主张的发明，因为本发明的范畴仅由申请专利范围限制。除非另外定义，否则本文中所用的所有技术及科学术语具有与本发明所属领域的一般技术者通常所理解相同的含义。若此项技术中术语的用法与本文提供的其定义之间存在显而易见的不一致，应以本说明书内提供的定义为准。
为方便起见，此处收集本文、本说明书、实例及所附申请专利范围中采用的某些术语。
“降低(decrease)”、“减少(reduced)”或“减少(reduction)”等词均在本文中用以意谓降低统计学上显著的量。在一些实施例中，“减少(reduce)”、“减少(reduction)”或“降低(decrease)”通常意谓相比于参考含量(例如缺少给定治疗)降低至少10％，且可包括例如降低至少约10％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约98％、至少约99％或更多。如本文所用，“减少(reduction)”并未涵盖相比于参考含量完全减少。降低可为更好降至对于无给定病症的个体而言正常范围内接受的含量。然而，例如出于降低或减少胆固醇含量的目的，例如减少约5-10个点可视为“降低”或“减少”。
在本发明的所有实施例的某些方面中，使用“抑制”一词。抑制指相比于参考含量(例如缺少给定治疗)降低至少10％，且可包括例如降低至少约10％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约98％、至少约99％或更多(包括相比于参考含量100％抑制)。“完全抑制”指相比于参考含量100％抑制。
“增加(increased)”、“增加(increase)”、“增强(enhance)”或“活化(activate)”等词均在本文中用以意谓增加统计学上显著的量。在一些实施例中，“增加(increased)”、“增加(increase)”、“增强(enhance)”或“活化(activate)”等词可意谓相比于参考含量增加至少10％，例如相比于参考含量增加至少约20％、或至少约30％、或至少约40％、或至少约50％、或至少约60％、或至少约70％、或至少约80％、或至少约90％或直至及包括100％增加、或任何10-100％之间的增加，或相比于参考含量增加至少约2倍、或至少约3倍、或至少约4倍、或至少约5倍或至少约10倍、或在2倍与10倍或更多之间的任何增加。在指标或症状的情形下，“增加”为此类含量的统计学上显著的增加。
如本文所用，“实质上”一词指展现感兴趣的特征或特性的全部或接近全部范围或程度的定性条件。生物学领域的一般技术者应理解生物学及化学现象很少(若存在)进行完全和/或继续进行至完全或实现或避免绝对结果。因此“实质上”一词在本文中用以撷取许多生物学及化学现象中固有的可能缺乏完整性。为了去除疑问，“实质上”可指感兴趣的特征或特性的至少90％范围或程度，例如至少90％、至少92％、至少95％、至少98％、至少99％或99％以上。
如本文所用，“对象”意谓人或动物。通常，动物为脊椎动物，诸如灵长类、啮齿动物、驯养动物或赛事动物。灵长类包括黑猩猩、食蟹猕猴、蜘蛛猴、及短尾猿，例如恒河猴。啮齿动物包括小鼠、大鼠、土拨鼠、雪貂、兔及仓鼠。在一些实施例中，个体为哺乳动物，例如灵长类(例如人)。“个体(individual)”、“患者(patient)”及“对象(subject)”等词在本文中可互换使用。在一些实施例中，对象可为非人脊椎动物，例如灵长类、啮齿动物、小鼠、大鼠、猪、绵羊、斑马鱼、蛙等。
更好地，对象为哺乳动物。哺乳动物可为人、非人灵长类、小鼠、大鼠、犬、猫、马或牛，但不限于这种实例。除人以外的哺乳动物可有利地用作代表疾病或状况(例如心脏血管状况)的动物模型的个体。对象可为雄性或雌性。
对象可为先前已诊断患有或鉴别为罹患或患有需要治疗的状况或与此类状况相关的一或多种并发症，且任选地已针对该状况或与该状况相关的一或多种并发症进行治疗的对象。或者，对象也可为先前尚未诊断为患有该状况或与该状况相关的一或多种并发症的对象。举例而言，对象可为展现该状况或与该状况相关的一或多种并发症的一或多个风险因素的对象或并未展现风险因素的对象。
对于特定状况的治疗“有需要的对象”或“有需要的人”可为患有该状况(诸如胆固醇含量增加)、诊断为患有该状况或处于罹患该状况的风险的对象。
如本文所用，“蛋白质”及“多肽”等词在本文中可互换使用以指示一系列通过邻接残基的α胺基与羧基之间的肽键彼此连接的氨基酸残基。“蛋白质”及“多肽”等词指具有天然氨基酸的氨基酸聚合物。当提及“经修饰的多肽”时，是指包括经修饰的氨基酸(例如磷酸化、糖化、糖基化等)及氨基酸类似物的多肽，与其尺寸或功能无关。关于相对较大多肽常使用“蛋白质”及“多肽”，而关于较小多肽常使用“肽”一词，但在此项技术中这种术语的用法重迭。当提及基因产物及其片段时，“蛋白质”及“多肽”等词在本文中可互换使用。因此，例示性多肽或蛋白质包括基因产物、具有指定序列的天然存在的蛋白质。也可使用肽同源物、肽直系同源物、肽旁系同源物、肽片段及其它等效物，肽的变体、片段及类似物，因为这种术语为一般熟习此项技术者所理解。
如本文所用，“核酸”或“核酸序列”一词指并入核糖核酸、脱氧核糖核酸单元的任何分子，优选为聚合分子。核酸可为单链或双链。单链核酸可为变性双链DNA的一个核酸链。或者，其可为非来源于任何双链DNA的单链核酸。在一个方面中，核酸可为DNA。在另一方面中，核酸可为RNA。适合的核酸分子为DNA，包括基因组DNA或cDNA。其它适合的核酸分子为RNA，包括mRNA。在一些方面中，也可使用核酸的类似物。
如本文所用，“核酸探针”一词指具有可杂交至靶标核酸序列(例如特异性杂交至靶标序列)的核酸序列的分离的寡核苷酸分子。在一些实施例中，核酸探针可另外包含可检测标签。在一些实施例中，核酸探针可附着至固体表面。在一些实施例中，核酸为约5个核苷酸至约100个核苷酸长。
如本文所用，“siRNA”一词指形成包含实质上彼此互补的两个单独RNA链的RNA分子的核酸。通常，siRNA为至少约15-40个核苷酸长(例如双链siRNA的各互补序列为约15-40个核苷酸长，且双链siRNA为约15-40个碱基对长，优选为约19-25个碱基核苷酸，例如19、20、21、22、23、24或25个核苷酸长)。在一些实施例中，siRNA可为平端。在一些实施例中，siRNA可包含在各链上具有约0、1、2、3、4或5个核苷酸长的3'和/或5'突出端。突出端的长度为两链之间独立的，也即一链上的突出端的长度并非视第二链上的突出端的长度而定。siRNA分子也可包含3'羟基。在一些实施例中，siRNA可包含5'磷酸基。当siRNA存在或表达于与靶标基因(例如靶标RNA)相同的细胞中时，siRNA能够减少或抑制基因或靶标RNA的表达。基因表达的siRNA依赖性转录后沉默涉及在由siRNA引导的位点处切割靶标RNA分子。
如本文所用，“PCSK9”或“第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶”指参与调节低密度脂蛋白受体(LDLR)蛋白质的含量的丝氨酸蛋白酶(Horton等人,2007；Seidah及Prat,2007)。已展示PCSK9直接与LDLR蛋白质相互作用，与LDLR一起经吞噬，且在内体通路中与LDLR共免疫荧光(Lagace等人,2006)。PCSK9为丝氨酸蛋白酶的枯草杆菌蛋白酶(S8)家族中的前激素-前蛋白转换酶(Seidah等人,2003)。已知各种物种的PCSK9的序列，例如人PCSK9(NCBI Gene ID No：255738)。本文提供多种PCSK9亚型的核苷酸及多肽序列，例如SEQ IDNO:1-37。
PCSK9以前形式及成熟形式两者存在。PCSK9前形式的自催化发生在Gln152与Ser153(VFAQ|SIP(SEQ ID NO:116))之间(Naureckiene等人,2003)，且已展示为其自细胞分泌所需(Seidah等人,2003)。在此裂解之前的非活性形式可在本文中称为PCSK9的“非活性”、“前形式”或“未经加工”形式。通过自催化作用产生的C端片段可在本文中称为“成熟”、“经裂解”、“经加工”或“活性”PCSK9。本文提供前形式及成熟PCSK9亚型的实例，参见例如SEQ ID NO:1-27。
如本文所用，PCSK9的“催化结构域”指对应于PCSK9的(例如SEQ ID NO:1的)位置153至449的PCSK9多肽的部分。如本文所用，PCSK9的“C端结构域”指对应于PCSK9的(例如SEQ ID NO:1的)位置450-692的PCSK9多肽的部分。
如本文所用，“由PCSK9介导的”疾病或状况指由PCSK9的变化(例如表达量的变化、活性的变化)和/或PCSK9的变异或突变的存在引起或表征的疾病或状况。此类疾病或状况的非限制性实例可包括例如脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症；血脂异常；高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)、II型糖尿病、高血压及心血管疾病或状况。另一实例为急性冠状动脉综合征。在一个实例中，该疾病或状况为发炎性或自体免疫疾病或状况。鉴别和/或诊断此类疾病及状况的方法为一般技术的执业医师所熟知。
处于患有或罹患由PCSK9介导的疾病或状况风险的个体可为展现此类疾病或状况的一或多个病征或症状或具有此类疾病或状况的一或多个风险因素的个体，例如过重、胆固醇含量升高、包含已知易患该疾病或状况(例如胆固醇含量升高)的一或多个遗传多态性，诸如在LDLR(编码低密度脂蛋白受体)或APOB(编码载脂蛋白B)中或在PCSK9基因中具有突变和/或具有此类疾病或状况的家族病史。
如本文所用，“配体”指可结合(例如特异性结合)至第二分子或受体的分子。在一些实施例中，配体可为例如抗体、抗体片段、抗体部分和/或亲和抗体(affibody)。
如本文所用的“变体”一词指因一或多个氨基酸或核酸缺失、添加而不同于多肽或核酸(例如人中最常见者，例如如本文所揭示的数据库(诸如千人基因组计划数据库)中最频繁的)然而仍保留天然存在的分子的一或多个特异性功能或生物活性的肽或核酸。氨基酸取代包括用不同的天然存在的氨基酸残基置换氨基酸的改变。在多肽中所含有的氨基酸残基用具有类似的与极性、侧链官能基或尺寸有关的特征的另一天然存在的氨基酸置换的情况下，此类取代可归类为“保守性”。此类保守性取代为此项技术中所熟知的。本发明所涵盖的取代也可为“非保守性”，其中存在于肽中的氨基酸残基经具有不同特性的氨基酸(诸如来自不同群组的天然存在的氨基酸)取代(例如用丙氨酸取代带电荷或疏水性氨基酸)，或者天然存在的氨基酸经非常规氨基酸取代。在一些实施例中，氨基酸取代为保守性。当参考多核苷酸或多肽使用时也涵盖在变体一词内，指相比于参考多核苷酸或多肽(例如相比于野生型多核苷酸或多肽)可分别在一级、二级或三级结构改变的多核苷酸或多肽。
PCSK9的变体提供在本文别处。PCSK9的变体可包括本文中描述为a、f、c、r、p、m、eh、aj及q的形式。本文提供这种变体的序列，参见例如SEQ ID NO:1-27及表1、2或6。
在一些方面中，可使用利用此项技术中熟知的方法分离或产生的“合成变体”、“重组变体”或“经化学修饰的”多核苷酸变体或多态变体。“经修饰的变体”可包括如下所述的保守性或非保守性氨基酸变化。多核苷酸变化可引起由参考序列编码的多肽中的氨基酸取代、添加、缺失、融合及截断。一些方面使用包括插入变体、缺失变体或具有氨基酸取代的经取代变体，包括氨基酸及正常不存在于作为变体基础的肽序列中的其它分子的插入及取代)，例如(但不限于)插入正常不存在于人蛋白质中的鸟氨酸。当描述多肽时，“保守性取代”一词指实质上不改变多肽活性的多肽的氨基酸组成的变化。举例而言，保守性取代指用具有类似化学特性的不同氨基酸残基取代氨基酸残基。保守性氨基酸取代包括用异亮氨酸或缬氨酸置换亮氨酸，用谷氨酸置换天冬氨酸或用丝氨酸置换苏氨酸。
“保守性氨基酸取代”由用另一具有类似结构和/或化学特性的氨基酸置换一个氨基酸产生，诸如用异亮氨酸或缬氨酸置换亮氨酸，用谷氨酸置换天冬氨酸或用丝氨酸置换苏氨酸。因此，特定氨基酸序列的“保守性取代”指取代对于多肽活性并不关键的那些氨基酸或用具有类似特性(例如酸性、碱性、带正电荷或带负电荷、极性或非极性等)的其它氨基酸取代氨基酸，使得甚至关键氨基酸的取代并不减少肽的活性(也即肽穿透血液大脑障壁(BBB)的能力)。提供功能上类似的氨基酸的保守取代表为此项技术中所熟知。举例而言，以下六组各含有彼此为保守性取代的氨基酸：1)丙氨酸(A)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)；2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)；3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)；4)精氨酸(R)、赖氨酸(K)；5)异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、缬氨酸(V)；及6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)。(也参见Creighton,Proteins,W.H.Freeman and Company(1984)，其以全文引用的方式并入本文中。)在一些实施例中，若变化并未减少肽的活性，则改变、添加或缺失单个氨基酸或较小百分比的氨基酸的个别取代、缺失或添加也可视为“保守性取代”。插入或缺失通常在约1至5个氨基酸范围内。保守性氨基酸的选择可基于欲取代的氨基酸在肽中的位置来选择，例如若氨基酸在肽之外部且暴露于溶剂或在内部且未暴露于溶剂。
在替代实施例中，可基于现有氨基酸的位置(也即其暴露于溶剂)(也即若相比于未暴露于溶剂的定位于内部的氨基酸而言氨基酸暴露于溶剂或存在于肽或多肽之外表面上)选择将取代现有氨基酸的氨基酸。此类保守性氨基酸取代的选择为此项技术中所熟知，例如，如Dordo等人,J.MoI Biol,1999,217,721-739及Taylor等人,J.Theor.Biol.119(1986)；205-218及S.French与B.Robson,J.MoI.Evol.19(1983)171中所揭示。因此，可选择适合于蛋白质或肽之外部上的氨基酸(也即暴露于溶剂的氨基酸)的保守性氨基酸取代，例如(但不限于)可使用以下取代：用F取代Y、用S或K取代T、用A取代P、用D或Q取代E、用D或G取代N、用K取代R、用N或A取代G、用S或K取代T、用N或E取代D、用L或V取代I、用Y取代F、用T或A取代S、用K取代R、用N或A取代G、用R取代K、用S、K或P取代A。
在替代实施例中，也可选择所涵盖的适合于蛋白质或肽的内部的氨基酸的保守性氨基酸取代，例如可使用适合于蛋白质或肽的内部的氨基酸(也即氨基酸不暴露于溶剂)的保守性取代，例如(但不限于)，可使用以下保守性取代：其中Y经F取代、T经A或S取代、I经L或V取代、W经Y取代、M经L取代、N经D取代、G经A取代、T经A或S取代、D经N取代、I经L或V取代、F经Y或L取代、S经A或T取代及A经S、G、T或V取代。在一些实施例中非保守性氨基酸取代也涵盖在变体一词内。
如本文所用，“抗体”指IgG、IgM、IgA、IgD或IgE分子或其抗原特异性抗体片段(包括(但不限于)Fab、F(ab')2、Fv、二硫化物连接的Fv、scFv、单结构域抗体、封闭构象多特异性抗体、二硫化物连接的scfv、双功能抗体)，无论来源于天然产生抗体的任何物种或通过重组DNA技术形成；无论分离自血清、B细胞、杂交瘤、转染瘤、酵母或细菌。可使用常规技术使抗体人源化。
如本文所述，“抗原”为由抗体试剂上的结合位点所结合的分子。通常，抗原由抗体配体结合且能够提高活体内抗体反应。抗原可为多肽、蛋白质、核酸或其它分子或其部分。“抗原决定子”一词指由抗原结合分子、且更具体的由该分子的抗原结合位点识别的抗原上的表位。
如本文所用，“抗体片段”一词指包括至少一个免疫球蛋白可变结构域或免疫球蛋白可变结构域序列且特异性结合给定抗原的多肽。抗体片段可包含抗体或包含抗体的抗原结合结构域的多肽。在一些实施例中，抗体片段可包含单克隆抗体或包含单克隆抗体的抗原结合结构域的多肽。举例而言，抗体可包括重(H)链可变区(在本文中简称为VH)及轻(L)链可变区(在本文中简称为VL)。在另一实例中，抗体包括两个重(H)链可变区及两个轻(L)链可变区。“抗体片段”一词涵盖抗体的抗原结合片段(例如单链抗体、Fab及sFab片段、F(ab')2、Fd片段、Fv片段、scFv及结构域抗体(dAb)片段(参见例如de Wildt等人,EurJ.Immunol.1996；26(3):629-39；其以全文引用的方式并入本文中))以及完整抗体。抗体可具有IgA、IgG、IgE、IgD、IgM(以及其亚型及组合)的结构特征。抗体可来自任何来源，包括小鼠、兔、猪、大鼠及灵长类(人及非人灵长类)及灵长类化抗体。抗体也包括中间体、人源化抗体、嵌合抗体及其类似物。
如本文所用，“抗体可变结构域”指包括互补决定区(CDR；也即CDR1、CDR2及CDR3)及框架区(FR)的氨基酸序列的抗体分子的轻链及重链部分。VH指重链的可变结构域。VL指轻链的可变结构域。根据本发明中所用的方法，分配至CDR及FR的氨基酸位置可根据Kabat(Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institutes ofHealth,Bethesda,Md.,1987及1991))或根据IMGT命名法来定义。
D结构域或区指抗体链的多样性结构域或区。J结构域或区指抗体链的连接结构域或区。
抗体“基因区段”，例如VH基因区段、D基因区段或JH基因区段指具有编码抗体的该部分的核酸序列的寡核苷酸，例如VH基因区段为包含编码多肽VH结构域的核酸序列的寡核苷酸。
VH及VL区可进一步细分成高变区，称为“互补决定区”(“CDR”)，穿插有较保守的区，称为“框架区”(“FR”)。已精确界定框架区及CDR的范围(参见IMGT或Kabat,E.A.,等人(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,U.S.Departmentof Health and Human Services,NIH出版物第91-3242号及Chothia,C.等人(1987)J.Mol.Biol.196:901-917；其以全文引用的方式并入本文中)。各VH及VL通常由自氨基端至羧基端按以下顺序排列的三个CDR及四个FR组成：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。
在本文中可互换使用的“抗原结合片段”或“抗原结合结构域”等词用于指保留特异性结合感兴趣的靶标的能力的全长抗体的一或多个片段。涵盖在全长抗体的“抗原结合片段”一词内的结合片段的实例包括(i)Fab片段，由VL、VH、CL及CH1结构域组成的单价片段；(ii)F(ab')2片段，包括两个通过处于铰链区的二硫键连接的Fab片段的二价片段；(iii)由VH及CH1结构域组成的Fd片段；(iv)由抗体单臂的VL及VH结构域组成的Fv片段；(v)dAb片段(Ward等人,(1989)Nature 341:544-546；其以全文引用的方式并入本文中)，其由VH或VL结构域组成；及(vi)保留特异性抗原结合功能性的分离的互补决定区(CDR)。
如本文所用，“抗体结合位点”一词指包含抗体的一或多个CDR且能够结合抗原的多肽或结构域。举例而言，多肽包含CDR3(例如HCDR3)。举例而言，多肽包含抗体的可变结构域的CDR 1及2(例如HCDR1及2)或CDR 1-3(例如HCDR1-3)。在一个实例中，抗体结合位点由单个可变结构域(例如VH或VL结构域)提供。在另一实例中，结合位点包含VH/VL对或两个或两个以上此类配对。
如本文所用，“特异性结合”一词指两个分子、化合物、细胞和/或粒子之间的化学相互作用，其中第一实体以比其结合非靶标的第三实体大的特异性及亲和力结合第二靶标实体。举例而言，在诊断性测试中，配体的特异性结合可区分如本文所述的两种变异PCSK9蛋白质。在一些实施例中，特异性结合可指第一实体对第二靶标实体的亲和力为对第三非靶标实体的亲和力的至少10倍、至少50倍、至少100倍、至少500倍、至少1000倍或更大。在经由杂交相互作用的寡核苷酸链的情形下，特异性结合可为“特异性杂交”。
另外且如本文所述，重组人(化)抗体可经进一步优化以降低可能存在的免疫原性，同时维持功能活性，以用于人的疗法。就此而言，功能活性意谓多肽能够呈现与如本文所述的重组抗体或其抗体试剂相关的一或多个已知功能活性。此类功能活性包括例如结合靶标分子的能力。
“免疫”一词指向动物施用一或多个抗原以便可在动物中产生抗体的步骤。一般而言，免疫包含将抗原注射至动物中。免疫可涉及一或多次抗原施用。适合的方法为如熟习此项技术者已知的初打-加打及RIMMS程序。
如本文所用，“亲和抗体”指对靶标蛋白(例如对PCSK9或其变体)具有高结合亲和力的相对较小的合成蛋白质分子。亲和抗体由来源于葡萄球菌蛋白质A的IgG结合结构域的三个螺旋束结构域组成。蛋白质结构域由58个氨基酸序列组成，其中13个随机化氨基酸得到一系列亲和抗体变体。尽管显著小于抗体(亲和抗体重约6kDa，而抗体通常重约150kDa)，亲和抗体分子像抗体一样起作用，因为其结合位点与抗体的结合位点的表面积大致相等。
如本文所用，“VH3-23*04”指包含SEQ ID NO:38的多肽序列的人VH结构域变体。相较于参考序列，由于编码VH结构域的核酸序列中存在rs56069819 SNP，故VH3-23*04具有缬氨酸残基而非亮氨酸残基(参见图3及图4；L24V，编号包括信号序列；位置5处的缬氨酸展示于图4中)。如本文所用，“rs56069819”指VH基因区段中自腺苷至胞嘧啶(或胸腺嘧啶至鸟嘌呤，视所读取的DNA链而定)的突变或变异，产生编码VH3-23*04的VH结构域。Rs56069819描绘于图4及SEQ ID NO:39，其展现T->G突变(应注意，RS5606819的dbSNP项描绘另一链，其包含A->C突变)。VH3-23*04的进一步描述可见于例如美国专利公开案2013/0071405中；其以全文引用的方式并入本文中。
如本文所用，“确定(determine)”或“确定(determining)”指例如通过定量或定性分析确定。如本文所用，“已确定”可指基于先前获得的信息或同时获得的信息确定。
在本发明的所有实施例的一些方面中，选择可包括自动化，诸如在输入相关数据(诸如种族或一组SNP数据)后可基于本文阐述的说明书进行确定的计算机实施软件程序。
如本文所用，“测定”指评估、评价、定量、量测或表征分析物，例如量测样品中分析物的含量、鉴别分析物或检测样品中是否存在分析物。在一些实施例中，测定指检测感兴趣的分析物是否存在。在一些实施例中，测定指定量分析物的量，例如提供分析物丰度的浓度或程度的量测。在一些实施例中，测定指计数存在于样品和/或样本中的分析物分子的数目，例如确定分析物复本数。
如本文所用，“多任务(multiplex)”指同时及在同一反应容器中对两个或两个以上(通常三个或三个以上)不同靶标序列，例如对PCSK9的两个或两个以上亚型、或PCSK9及额外靶标进行方法或处理。多任务分析通常包括以多任务格式分析10-50；10-100；10-1000、10-5000、10-10000个反应，诸如多壁、阵列或多通道反应。
也常使用机器人技术使分析或多任务分析自动化，且该分析或多任务分析通常通过计算机软件执行且可包括机器人操作样品、自动或机器人选择阳性或阴性结果、分析靶标(诸如核酸多态性或蛋白质变体)是否存在。
如本文所用，“生物样品”或“测试样品”一词表示自生物体获取或分离的样品，例如来自个体的样品。例示性生物样品包括(但不限于)生物流体样品；血清；血浆；尿液；唾液；毛发、上皮细胞、皮肤、肿瘤活检体和/或组织样品等。该词也包括上述样品的混合物。“测试样品”或“生物样品”一词也包括未经处理或经预处理(pretreated/pre-processed)的生物样品。对于核酸的分析，生物样品应通常包含至少一个包含核酸的细胞。
测试样品可通过自个体移出细胞样品来获得，但也可通过使用先前分离的细胞(例如在先前时间点分离且由同一人或另一人分离)来实现。此外，测试样品可为新鲜收集或先前收集、冷藏、冷冻或以其它方式保藏的样品。
在一些实施例中，测试样品可为未经处理的测试样品。如本文所用，短语“未经处理的测试样品”指除稀释和/或悬浮于溶液中以外尚未进行任何先前样品预处理的测试样品。处理测试样品的例示性方法包括(但不限于)离心、过滤、超声处理、匀浆化、加热、冷冻及解冻及其组合。在一些实施例中，测试样品可为冷冻测试样品，例如冷冻组织。冷冻样本可在采用本文所述的方法、测定及系统之前解冻。在解冻之后，冷冻样本可在经受本文所述的方法、测定及系统之前离心。在一些实施例中，测试样品为澄清的测试样品，例如通过离心及收集包含澄清的测试样品的上清液。在一些实施例中，测试样品可为经预处理的测试样品，例如由选自离心、过滤、解冻、纯化及其任何组合的处理产生的上清液或滤液。在一些实施例中，测试样品可用化学和/或生物试剂处理。在处理期间可采用化学和/或生物试剂保护和/或维持样品的稳定性，包括其中的生物分子(例如核酸及蛋白质)。一种例示性试剂为蛋白酶抑制剂，其一般用于在处理期间保护或维持蛋白质的稳定性。熟习此项技术者充分了解适合于确定如本文所述的表达产物的含量所需的生物样品预处理的方法及过程。
如本文所用，“基因分型”指确定细胞和/或个体在基因组内的一或多个位置处的特异性等位基因组成的过程，例如通过确定在该位置处的核酸序列。基因分型指核酸分析和/或核酸含量的分析。如本文所用，“表型分型”指确定细胞和/或个体的表达产物的标识和/或组成的过程，例如通过确定表达产物的多肽序列。表型分型指蛋白质分析和/或蛋白质含量的分析。
如本文所用，“核酸扩增”一词指核酸序列的额外复本的产生，且通常使用此项技术中熟知的聚合酶链反应(PCR)或连接酶链反应(LCR)技术进行(Dieffenbach,C.W.及G.S.Dveksler(1995)PCR Primer,a Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,Plainview,N.Y.)。其它扩增方法也涵盖在本发明的方面中。
“等位基因特异性扩增”一词指引物(例如等位基因特异性引物)中的至少一者选自基因的多态性区域(例如单核苷酸多态性)的反应(例如PCR反应)，其中该多态性位于或接近引物的3'末端。错配引物将不引发扩增，而匹配引物将引发扩增。扩增产物的出现指示多态性的存在。
如本文所用，“测序”指确定DNA(脱氧核糖核酸)或RNA(核糖核酸)链中核苷酸碱基的精确顺序或蛋白质中氨基酸残基或肽的精确顺序。可使用Sanger测序或下一代高通量测序进行核酸测序。
如本文所用，“下一代测序”指由于并行进行及读取数千至数百万测序反应而具有以超过使用常规测序方法(例如Sanger测序)可能的速度对寡核苷酸进行测序的能力的寡核苷酸测序技术。下一代测序方法/平台的非限制性实例包括大规模平行标记测序(LynxTherapeutics)；454焦磷酸测序(454Life Sciences/Roche Diagnostics)；固相、可逆染料-终止子测序(Solexa/Illumina)：SOLiD技术(Applied Biosystems)；离子半导体测序(ION Torrent)；DNA纳米球测序(Complete Genomics)；及购自Pacific Biosciences、Intelligen Bio-systems、Oxford Nanopore Technologies及Helicos Biosciences的技术。下一代测序技术及相关测序引物的限制及设计参数为此项技术中所熟知(参见例如Shendure等人,“Next-generation DNA sequencing”,Nature,2008,第26卷,第10期,1135-1145；Mardis,“The impact of next-generation sequencing technology ongenetics”,Trends in Genetics,2007,第24卷,第3期,第133-141页；Su等人,“Next-generation sequencing and its applications in molecular diagnostics”ExpertRev Mol Diagn,2011,11(3):333-43；Zhang等人,“The impact of next-generationsequencing on genomics”,J Genet Genomics,2011,38(3):95-109；(Nyren,P.等人AnalBiochem 208:17175(1993)；Bentley,D.R.Curr Opin Genet Dev 16:545-52(2006)；Strausberg,R.L.等人Drug Disc Today 13:569-77(2008)；美国专利第7,282,337号；美国专利第7,279,563号；美国专利第7,226,720号；美国专利第7,220,549号；美国专利第7,169,560号；美国专利第6,818,395号；美国专利第6,911,345号；美国公开案第2006/0252077号；第2007/0070349号；及第20070070349号；其以全文引用的方式并入本文中)。
如本文所用，“核酸杂交”指互补RNA及DNA链的配对以及互补DNA单链的配对。在一些实施例中，核酸杂交可指通过使核酸样品与探针杂交来确定核酸序列和/或标识的方法，例如Northern或Southern印记分析或微阵列分析。
如本文所用，“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”、“治疗(treating)”或“改善(amelioration)”等词指治疗性治疗，其中目标为逆转、缓解、改善、抑制、减缓或终止与疾病或病症相关的状况的进展或严重程度。“治疗”一词包括减少或缓解状况、疾病或病症的至少一个不良效应或症状。若一或多个症状或临床指标减少，则治疗一般为“有效的”。或者，若疾病的进展减少或中止，则治疗为“有效的”。也即，“治疗”包括与在不存在治疗下将预期的相比，不仅改良症状或指标，且也停止或至少减缓症状的进展或恶化。有益或所需临床结果包括(但不限于)可检测或不可检测地缓解一或多个症状，减轻疾病程度，稳定(也即不恶化)疾状况态，延迟或减缓疾病进展，改善或缓和疾状况态、缓解(部分或全部)和/或减少死亡。疾病的“治疗”一词也包括提供疾病的症状或副作用的缓解(包括缓解性治疗)。对于有效的治疗而言，不涵盖完全治愈。在某些方面中，方法也可包括治愈。
如本文所用，“药物组合物”一词指活性剂与药物学可接受的载剂(例如通常用于医药行业中的载剂)的组合。短语“药物学可接受”在本文中用于指在合理医学判断范畴内，适用于与人及动物的组织接触而无过度毒性、刺激、过敏反应或其它问题或并发症、与合理益处/风险比相匹配的化合物、物质、组合物和/或剂型。
如本文所用，“施用”一词指通过在所需位点处至少部分递送药剂的方法或途径将如本文所揭示的化合物置于个体中。包含本文揭示的化合物的药物组合物可通过产生个体的有效治疗的任何适当途径来施用。
可分开或同时施用多种组合物。分开施用指在不同时间(例如相隔至少10、20、30或10-60分钟，或相隔1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12小时)施用两种组合物。也可相隔24小时或相隔更长时间施用组合物。或者，可同时施用两种或更多种组合物，例如相隔小于10分钟或小于5分钟。在一些方面中，可以混合物形式施用同时施用的组合物，各组分具有或不具有类似或不同的延时释放机制。
如本文所用，“接触”指用于将药剂递送或暴露于至少一个复合物、酶或细胞的任何适合的方式。例示性递送方法包括(但不限于)直接递送至细胞培养基、灌注、注射或熟习此项技术者熟知的其它递送方法。
如本文所用，“获得”指任何获取、固持、取得或拥有例如样品的方法。自个体获得生物样品可包含在具有或不具有对象的主动参与的情况下自个体物理移出样品(例如抽血或获取头发或唾液样品)；接受来自对象的样品(例如对象自身收集唾液或头发样品且提供该样品，例如在出于该目的提供的容器中)；或自储存设施、医疗设施或医疗提供者取得样品。自人或对象获得指例如抽血或获取组织或细胞样品的主动步骤。
如本文所用，“胆固醇水平”指总胆固醇、LDL胆固醇、HDL胆固醇和/或甘油三酯中的一或多个的水平。胆固醇水平可为对象血液中胆固醇的水平。
如本文所用，关于胆固醇水平，“维持”指预防水平恶化(例如增加)。在一些实施例中，维持特定水平指使得胆固醇水平未随时间推移增加超过10％的过程。维持也可指维持先前达到的水平。举例而言，若人已接受抑制素治疗，可维持使用抑制素治疗达到的胆固醇水平。
在一些实施例中，根据本文所述的方法治疗的对象先前已使其胆固醇水平减少。如本文所用，“先前减少”指示在先前时间点，对象经历胆固醇水平的降低。降低可归因于施用药物组合物(例如施用如本文所述的组合物或另一组合物，例如抑制素)或归因于另一原因，例如饮食变化和/或运动。
针对高胆固醇水平的现有治疗为施用抑制素。如本文中所提及，“抑制素”(也称为HMG-CoA还原酶抑制剂)为酶HMG-coA还原酶的抑制剂，其介导肝脏中的胆固醇产生。抑制素通过竞争性结合HMG-CoA还原酶阻止HMG-CoA结合该酶且藉此抑制该还原酶的活性(例如甲羟戊酸的产生)。抑制素的非限制性实例可包括阿托伐他汀(atorvastatin，LIPITORTM)、氟伐他汀(fluvastatin，LESCOLTM)、洛伐他汀(lovastatin，MEVACORTM、ALTOCORTM)、匹伐他汀(pitavastatin，LIVALOTM)、普伐他汀(pravastatin，PRAVACHOLTM)、罗素他汀(rosuvastatin，CRESTORTM)及辛伐他汀(simvastatin，ZOCORTM)。抑制素可与其它药剂组合施用，例如依泽替米贝(ezetimibe)与辛伐他汀的组合。
一些对象为或变得对抑制素治疗具有抗性。如本文所用，“对抑制素治疗具有抗性”或“对抑制素治疗的反应性减少”指相比于参考水平个体展现对抑制素施用统计上显著降低的反应。参考水平可为例如对象群体的平均反应或个别对象在早先日期的水平。熟习此项技术者易于量测对抑制素治疗的反应，例如量测胆固醇水平、胆固醇水平的变化和/或HMG-CoA还原酶活性。
如本文所用，“可检测标记”一词指可检测(例如量测和/或确定)是否存在的分子或部分。可检测标记可包含例如光吸收染料、荧光染料或放射性标记。可检测标记、检测其的方法及将其并入至试剂(例如抗体及核酸探针)中的方法为此项技术中所熟知。
在一些实施例中，可检测标记可包括可通过光谱、光化学、生物化学、免疫化学、电磁波、放射性化学或化学方式(诸如荧光、化学荧光或化学发光)或任何其它适当方式检测的标记。用于本文所述的方法的可检测标记可为一级标记(其中该标记包含直接可检测的部分或产生直接可检测部分的部分)或二级标记(其中该可检测标记结合另一部分以产生可检测信号，例如使用二级及三级抗体的免疫标记中所常见)。可检测标记可通过共价或非共价方式连接至试剂。或者，可检测标记可诸如通过直接标记经由配体-受体结合对排列实现与试剂结合的分子或其它此类特异性识别分子来连接。可检测标记可包括(但不限于)放射性同位素、生物发光化合物、发色团、抗体、化学发光化合物、荧光化合物、金属螯合物及酶。
在其它实施例中，可检测标记可为荧光化合物。当荧光标记暴露于恰当波长的光时，可接着由于荧光检测其存在。在一些实施例中，可检测标记可为荧光染料分子或荧光团，包括(但不限于)荧光素、藻红素、藻蓝蛋白、邻苯二甲醛、荧光胺、Cy3TM、Cy5TM、别藻蓝蛋白、Texas Red、派瑞丹宁叶绿素、花青、串联缀合物(诸如藻红素-Cy5TM)、绿色荧光蛋白、若丹明、荧光异硫氰酸盐(FITC)及Oregon GreenTM、若丹明及衍生物(例如Texas red及四若丹明异硫氰酸盐(TRITC))、生物素、藻红素、AMCA、CyDyesTM、6-羧基荧光素(通常通过缩写FAM及F已知)、6-羧基-2',4',7',4,7-六氯荧光素(HEX)、6-羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基荧光素(JOE或J)、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基若丹明(TAMRA或T)、6-羧基-X-若丹明(ROX或R)、5-羧基若丹明-6G(R6G5或G5)、6-羧基若丹明-6G(R6G6或G6)及若丹明110；花青染料，例如Cy3、Cy5及Cy7染料；香豆素，例如伞酮；苯甲亚胺染料，例如Hoechst33258；啡啶染料，例如Texas Red；乙锭染料；吖啶染料；氮杂芴染料；啡恶嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料，例如花青染料(诸如Cy3、Cy5等)；BODIPY染料及喹啉染料。在一些实施例中，可检测标记可为放射性标记，包括(但不限于)3H、125I、35S、14C、32P及33P。在一些实施例中，可检测标记可为酶，包括(但不限于)辣根过氧化酶及碱性磷酸酶。酶促标记可产生例如化学发光信号、颜色信号或荧光信号。所涵盖的用作可检测标记的酶可包括(但不限于)苹果酸脱氢酶、葡萄球菌核酸酶、△-V-类固醇异构酶、酵母醇脱氢酶、α-甘油磷酸脱氢酶、丙糖磷酸异构酶、辣根过氧化酶、碱性磷酸酶、天冬酰胺酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶、核糖核酸酶、尿素酶、过氧化氢酶、葡萄糖-VI-磷酸脱氢酶、淀粉酶及乙酰胆碱酯酶。在一些实施例中，可检测标记为化学发光标记，包括(但不限于)光泽精(lucigenin)、鲁米诺(luminol)、荧光素(luciferin)、异鲁米诺(isoluminol)、沙罗马克吖锭酯(theromatic acridinium ester)、咪唑、吖锭盐及乙二酸酯。在一些实施例中，可检测标记可为光谱比色标记，包括(但不限于)胶体金或彩色玻璃或塑料(例如聚苯乙烯、聚丙烯及乳胶)珠粒。
在一些实施例中，试剂也可经可检测标签标记，诸如c-Myc、HA、VSV-G、HSV、FLAG、V5、HIS或生物素。也可使用其它检测系统，例如生物素-抗生蛋白链菌素系统。在此系统中，对感兴趣的生物标志物具有免疫反应性(也即具有特异性)的抗体经生物素标记。使用抗生蛋白链菌素-过氧化酶缀合物及显色底物确定结合生物标志物的生物素标记抗体的数量。此类抗生蛋白链菌素过氧化酶检测试剂盒为市售的，例如来自DAKO；Carpinteria,CA。试剂也可使用荧光发射金属(诸如152Eu)或其它镧系元素可检测地标记。这种金属可使用诸如二伸乙三胺五乙酸(DTPA)或乙二胺四乙酸(EDTA)的金属螯合基附着至试剂。
如本文所用，“授权编号”或“营销授权编号”指在管理机构确定特定医疗产品和/或组合物可在该机构的司法管辖权下的区域中销售和/或提供用于出售后由该机构所颁布的编号。如本文所用，“管理机构”指负责评价(例如医疗产品和/或组合物的安全性及功效)及控制此类产品和/或组合物在给定区域中的出售/销售的机构中的一者。美国的食品与药物管理局(FDA)及欧洲的欧洲药物管理局(EPA)仅为此类管理机构的两个实例。其它非限制性实例可包括SDA、MPA、MHPRA、IMA、ANMAT、香港卫生署药物办公室(Hong Kong Departmentof Health-Drug Office)、CDSCO、Medsafe及KFDA。
如本文所用，“注射装置”指设计用于进行注射的装置，注射包括临时流体偶联该注射装置至人体的组织(通常皮下组织)的步骤。注射另外包括施用一定量的液体药物至组织中及自组织去偶联或移出注射装置。在一些实施例中，注射装置可为静脉内装置或IV装置，其为当目标组织为循环系统内的血液(例如静脉中的血液)时使用的注射装置的类型。注射装置的常见但非限制性实例为针头及针筒。
如本文所用，“缓冲液”指能够吸收一定数量的酸或碱而不经历pH值强烈变化的化学剂。
如本文所用，“封装”指如何将组分组织和/或约束至适于分配和/或使用的单元中。封装可包括例如盒子、袋子、注射器、安瓿、小瓶、管子、贝壳掀盖式封装、屏障和/或容器以维持无菌性、标记等。
如本文所用，“说明书”指制品的直接容器上书面、印刷或图形事项的展示，例如在含有医药活性剂的小瓶上展示的书面材料、或在含有感兴趣的组合物的试剂盒中所包括的关于感兴趣的产品的组成及用途的详情。说明书阐述所预期施用或进行的治疗方法。
如本文所用，“固体表面”指适合于生物分子附着的对象。固体表面的非限制性实例可包括粒子(包括(但不限于)琼脂糖或乳胶珠粒或粒子或磁性粒子)、珠粒、纳米粒子、聚合物、基板、载片、盖玻片、培养盘、培养皿、孔、膜和/或格栅。固体表面可包括许多不同材料，包括(但不限于)聚合物、塑料、树脂、多糖、基于硅或二氧化硅的材料、碳、金属、无机玻璃及膜。
如本文所用，对象的“分类”，例如对象祖先的分类指确定对象是否具有起源于特定地理区域的生物学祖先，且因此可能具有在历史上占据该区域的群体中发现的特定遗传变体。分类可包含例如获得关于对象家族的信息、访问对象或家族成员关于其生物学家族祖先和/或遗传测试。分类可基于千人基因组计划所用的基础，如熟习此项技术者应熟悉。在一些实施例中，若至少对象的基因组包含与具有该祖先的其它人共有的大量不同等位基因(例如参照千人基因组计划数据库确定)，例如至少10、20、30、40、50或100或100个以上共有等位基因，则该对象可分类为具有特定祖先。特定祖先群的缩写提供于表4。
“统计学上显著”或“显著”一词指统计学显著性且一般意谓两个标准差(2SD)或更大差异。
除在操作实例中或另外指示的地方外，本文中所用的表示成分的量或反应条件的所有数字应理解为在所有情况下均由“约”一词修饰。当与百分比结合使用时，“约”一词可意谓±1％。
如本文所用，关于组合物、方法及其相应组分使用“包含(comprising)”或“包含(comprises)”一词，这些相应组分对该方法或组合物而言为必需的，然而仍开放包括未规定的要素，无论其是否为必需的。
“由……组成”一词指如本文所述的组合物、方法及其相应组分，其排除实施例的该描述中未列举的任何要素。
如本文所用，“主要由…组成”一词指给定实施例所需的那些要素。该词准许并不显著影响该实施例的基本及新颖或功能性特征的要素的存在。
除非上下文另外明确指示，否则“一(a/an)”及“该(the)”单数词包括多个指示物。类似地，除非上下文另外明确指示，否则词语“或”意欲包括“及”。尽管类似或等效于本文所述的方法及材料可用于本发明的实践或测试，但下文描述适合的方法及材料。缩写“例如(e.g.)”来源于拉丁语exempli gratia，且在本文中用以指示非限制性实例。因此，缩写“例如(e.g.)”与“例如(for example)”一词同义。
细胞生物学及分子生物学中常见词的定义可见于“The Merck Manual ofDiagnosis and Therapy”,第19版,由Merck Research Laboratories出版,2006(ISBN 0-911910-19-0)；Robert S.Porter等人(编),The Encyclopedia of Molecular Biology,由Blackwell Science Ltd.出版,1994(ISBN 0-632-02182-9)；Benjamin Lewin,Genes X,由Jones&Bartlett Publishing出版,2009(ISBN-10:0763766321)；Kendrew等人(编),,Molecular Biology and Biotechnology:a Comprehensive Desk Reference,由VCHPublishers,Inc.出版,1995(ISBN 1-56081-569-8)及Current Protocols in ProteinSciences 2009,Wiley Intersciences,Coligan等人,编。
除非另外陈述，否则本发明使用如例如以下中所述的标准程序进行：Sambrook等人,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(第4版),Cold Spring Harbor LaboratoryPress,Cold Spring Harbor,N.Y.,USA(2012)；Davis等人,Basic Methods in MolecularBiology,Elsevier Science Publishing,Inc.,New York,USA(1995)或Methods inEnzymology:Guide to Molecular Cloning Techniques第152卷,S.L.Berger及A.R.Kimmel编,Academic Press Inc.,San Diego,USA(1987)；Current Protocols inProtein Science(CPPS)(John E.Coligan,等人,编,John Wiley and Sons,Inc.),Current Protocols in Cell Biology(CPCB)(Juan S.Bonifacino等人编,John Wileyand Sons,Inc.)及Culture of Animal Cells:A Manual of Basic Technique by R.IanFreshney,出版商:Wiley-Liss；第5版(2005),Animal Cell Culture Methods(Methods inCell Biology,第57卷,Jennie P.Mather及David Barnes编,Academic Press,第1版,1998)，这些文献均以全文引用的方式并入本文中。
其它词在本文中定义于本发明的各种方面的描述中。
所有专利及其它公开案；包括参考文献、所颁布的专利、公开专利申请案及同在申请中的专利申请案；本申请案通篇引用出于描述及揭示例如此类公开案中所述可与本文所述的技术结合使用的方法的目的明确地以引用的方式并入本文中。在本申请案的申请日期之前仅提供这种公开案的揭示内容。在此方面不应将任何内容理解为承认由于先前发明或因任何其它原因本发明人未授权提前这些揭示案的日期。关于日期的所有陈述或关于这种文献的内容的表述基于本申请者可用的信息且不构成任何关于这种文献的日期或内容的正确性的承认。
本发明的实施例的描述并不意欲为详尽的或将本发明限制于所揭示的精确形式。虽然本文中出于说明性目的描述本发明的特定实施例及实例，但相关领域的技术人员将认识到，在本发明的范畴内各种等效修改为可能的。举例而言，虽然方法步骤或功能以给定顺序提出，但替代实施例可以不同顺序执行功能或功能可实质上同时执行。本文所提供的本发明的教示内容可按需要应用于其它程序或方法。可组合本文所述的各种实施例以提供其它实施例。本发明的方面可经修改(若需要)以采用以上参考文献及申请案的组合物、功能及概念，得到本发明的其它实施例。此外，由于生物学功能等效性考虑因素，可对蛋白质结构进行一些改变而不影响种类或量的生物学或化学作用。可鉴于实施方式来对本发明进行这种及其它改变。所有此类修改均意欲包括在随附申请专利范围的范畴内。
上述实施例中的任一者的特定要素可组合或取代其它实施例中的要素。另外，虽然在这种实施例的内容中已描述与本发明的某些实施例相关的优势，但其它实施例也可展现这些优势，且并非所有实施例必定需要展示这些优势以属于本发明的范畴内。
应了解，本文所述的特定组态、方面、实例、条项及实施例以说明方式展示且并不作为本发明的限制。可在不背离本发明的范畴的情况下在各种实施例中采用本发明的主要特征。熟习此项技术者应认识到或能够使用不超过常规的研究确定本文所述的特定程序的许多等效物。此类等效物视为在本发明的范畴内且由申请专利范围所涵盖。本说明书中提及的所有公开案及专利申请案指示熟习本发明所属技术者的技术水准。所有公开案及专利申请案均以引用的方式并入本文，其程度如同每一个别公开案或专利申请案特定且单独地指示为以引用的方式并入。当与“包含”一词结合用于申请专利范围和/或本说明书中时，词语“一(a/an)”的使用可意谓“一个(one)”，但其也与“一或多个”、“至少一个”及“一个或多于一个”的含义相符。尽管本发明支持涉及仅替代及“和/或”的定义，但除非明确指示为仅替代或替代相互排斥，否则“或”一词在申请专利范围中的使用用于意谓“和/或”。在本申请案通篇，“约”一词用于指示值包括装置、用以确定该值的方法的固有误差变异或研究个体当中存在的变异。
如本说明书及申请专利范围中所用，词语“包含(comprising)”(及包含的任何形式，诸如“包含(comprise)”及“包含(comprises)”)、“具有(having)”(及具有的任何形式，诸如“具有(have)”及“具有(has)”)、“包括(including)”(及包括的任何形式，诸如“包括(includes)”及“包括(include)”)或“含有(containing)”(及含有的任何形式，诸如“含有(contains)”及“含有(contain)”为包括性或开放的且并不排除额外未列出的要素或方法步骤。
除非自上下文另外显而易见，否则本发明的任何部分可与本发明的任何其它部分组合阅读。
本文中(例如申请专利范围中)通过“SEQ ID NO:”提及序列参照表中出现的序列；类似地，(例如申请专利范围中)提及“SEQ ID NO:中”的位置编号参照本文表(例如按照表6、10及17)中出现的序列。因此，举例而言，“对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu”指分别在本文表10中所展示的SEQ ID NO:42的位置204及206处标记的Asp及Leu。
本文中所揭示或主张的所有组合物和/或方法可根据本发明在无不当实验的情况下制备及执行。虽然已根据优选实施例描述本发明的组合物及方法，但熟习此项技术者应清楚变化可在不背离本发明的概念、精神及范畴的情况下应用于本文所述的组合物和/或方法及方法的步骤或步骤顺序中。对熟习此项技术者显而易见的所有这些类似取代及修改视为在由随附申请专利范围所定义的本发明的精神、范畴及概念内。
本发明更详细地描述于以下非限制性实例中。
本文所述的技术的一些实施例可根据以下编号段落中的任一者来定义：
1.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.选择TOI多态变体为阳性的人，其中该人的TOI由包含具有小于50％的累积人等位基因频率的等位基因的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由包含具有小于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码；及
b.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI以治疗或预防该疾病或状况。
在第一替代方案中，段落1提供：
一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用特异性结合TOI变体的抗TOI的配体(例如抗体或抗体片段)，该TOI变体由包含具有小于50％的累积人等位基因频率(例如小于40％、35％、30％、35％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％)的SNP的核苷酸序列编码，和/或其中该TOI变体由包含具有小于50％的总人基因型频率(例如小于40％、35％、30％、35％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％)的SNP的核苷酸序列编码；其中该人包含具有该SNP的(例如该)编码TOI的核苷酸序列；其中
(i)该配体(例如抗体或片段)包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段包含SNP，且其中该人包含具有该SNP的(例如该)VH区段；或
(ii)该配体(例如抗体或片段)包含来源于人Vλ区段及人Jλ区段的重组的Vλ结构域，该人Vλ区段包含SNP，且其中该人包含具有该SNP的(例如该)Vλ区段；或
(iii)该配体(例如抗体或片段)包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段包含SNP，且其中该人包含具有该SNP的(例如该)Vκ区段；或
(iv)该配体(例如抗体或片段)包含由包含SNP的核苷酸序列编码的重链恒定区(例如γ-1、2、3或4恒定区)，且其中该人包含具有该SNP的(例如该)重链恒定区(例如分别为γ-1、2、3或4恒定区)；或
(v)该配体(例如抗体或片段)包含由包含SNP的核苷酸序列编码的λ链恒定，且其中该人包含具有该SNP的(例如该)λ链恒定区；或
(vi)该配体(例如抗体或片段)包含由包含SNP的核苷酸序列编码的κ链恒定，且其中该人包含具有该SNP的(例如该)κ链恒定区。
在第二替代方案中，段落1提供：
一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用特异性结合TOI变体的抗TOI的配体(例如抗体或抗体片段)，该TOI变体包含具有小于50％的累积人等位基因频率(例如小于40％、35％、30％、35％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％)的单个氨基酸变异(也即在人TOI变体之间存在差异的位置处的单个氨基酸)和/或其中该氨基酸变体具有小于50％(例如小于40％、35％、30％、35％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％)的总人基因型频率；其中该人表达包含该单个氨基酸变异的TOI蛋白质；其中
(i)该配体(例如抗体或片段)包含具有相同单个氨基酸变异的VH结构域，且其中该人表达包含该单个氨基酸变异的VH结构域；或
(ii)该配体(例如抗体或片段)包含具有单个氨基酸变异的Vλ结构域，且其中该人表达包含相同单个氨基酸变异的Vλ结构域；或
(iii)该配体(例如抗体或片段)包含具有单个氨基酸变异的Vκ结构域，且其中该人表达包含相同单个氨基酸变异的Vκ结构域；或
(iv)该配体(例如抗体或片段)包含具有单个氨基酸变异的重链恒定区(例如γ-1、2、3或4恒定区，例如其中该恒定区为Fc、CH1、CH2或CH3)，且其中该人表达具有相同单个氨基酸变异的重链恒定区(例如γ-1、2、3或4恒定区，例如其中该恒定区分别为Fc、CH1、CH2或CH3)；或
(v)该配体(例如抗体或片段)包含具有单个氨基酸变异的λ链恒定区，且其中该人表达具有相同单个氨基酸变异的λ链恒定区；或
(vi)该配体(例如抗体或片段)包含具有单个氨基酸变异的κ链恒定区，且其中该人表达具有相同单个氨基酸变异的κ链恒定区。
“包含单个氨基酸变异”一词包括TOI序列中存在其它氨基酸变异的可能性。
在一个实例中，本文中的频率根据千人基因组数据库，例如阶段I数据库或如Ensembl(在全球信息网ensembl.org上可获得)中例如在2013年10月1日或2014年10月1日所示。
在一个实例中，各SNP编码非同义氨基酸变异，也即SNP不为沉默突变。
任选地，该方法包含在施用之前选择包含该核苷酸序列的该人。
在TOI为人PCSK9的第三替代方案中，段落1提供：
一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该PCSK9包含具有SEQ ID NO:1中如本文所定义的突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段在对应于SEQ ID NO:40的位置5的氨基酸处编码缬氨酸，且其中该人包含(i)编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段及(ii)编码第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该PCSK9包含在SEQ ID NO:1中具有该突变的C端结构域。
在TOI为人PCSK9的第四替代方案中，段落1提供：
一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该PCSK9包含具有SEQ ID NO:1中如本文所定义的突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体包含来源于人VL区段及人JL区段的重组的VL结构域，该人VL区段为本文中所揭示的Vλ或Vκ，且其中该人包含(i)该VL基因区段及(ii)编码第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该PCSK9包含在SEQ ID NO:1中具有该突变的C端结构域。
在TOI为人PCSK9的第五替代方案中，段落1提供：
一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该PCSK9包含具有SEQ ID NO:1中如本文所定义的突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体包含由本文中所揭示的人CH、Cλ或Cκ基因区段编码的C结构域，且其中该人包含(i)该C基因区段及(ii)编码第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该PCSK9包含在SEQ ID NO:1中具有该突变的C端结构域。
以下段落涉及如段落1的替代方案中的任一者。
2.如段落1的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够特异性结合该TOI变体。
3.如段落1或2的方法，其包含确定该人为TOI多态变体阳性，任选地其中该确定步骤包含确定该人为编码该TOI变体的核苷酸变体阳性。
4.如段落3的方法，其中该确定步骤包含分析自该人获得的生物样品的编码该TOI多态变体的核苷酸多态性。
5.如段落3或4的方法，其中该确定步骤包含分析自该人获得的生物样品的对应于该TOI多态变体的蛋白质。
6.如任何前述段落的方法，其中该频率小于15％。
7.如任何前述段落的方法，其中该频率小于10％。
8.如任何前述段落的方法，其中该配体能够特异性结合两种或更多种不同TOI变体，这些变体各自由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码。
9.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.选择包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的变异核苷酸序列为阴性的人；或该人为由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码的TOI变体阴性；及
b.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI为由包含具有大于50％的累积人等位基因频率和/或具有大于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码的变体。
10.如段落9的方法，其包含确定该人为该TOI多态变体阳性，任选地其中该确定包含该人已表型分型为或经表型分型为最频繁的TOI变体阳性或已基因分型为或经基因分型为其核苷酸序列阳性。
11.如段落10的方法，其中确定包含测定该核苷酸序列以确定该等位基因的存在。
12.如段落11的方法，其中该测定包含核酸扩增。
13.如段落11或12的方法，其中该测定包含杂交、测序或下一代测序。
14.如段落11-13中任一项的方法，其另外包含自该人获得生物样品的步骤。
15.如段落9-14中任一项的方法，其中该配体已确定为或经确定为能够特异性结合最频繁的TOI变体。
16.如段落9-15中任一项的方法，其中该配体已确定为或经确定为实质上不能中和或抑制该TOI变体。
17.如段落9-16中任一项的方法，其中该配体能够特异性结合最频繁的TOI变体。
18.如段落9-17中任一项的方法，其中该配体能够特异性结合两种或更多种不同TOI变体，这些变体各自由包含具有大于50％的累积人等位基因频率的等位基因的核苷酸序列编码。
19.如任何前述段落的方法，其中该TOI多态变体已确定为或经确定为存在于至少两个不同人种族群体。
20.如任何前述段落的方法，其中该累积人等位基因频率为自至少15个不同人种族群体取样且包含至少1000个序列的天然存在的序列的数据库中的频率。
21.如前述段落中任一项的方法，其中该配体为抗体、抗体片段或亲和抗体。
22.如前述段落中任一项的方法，其中该配体包含特异性杂交至包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列；和/或该配体包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或为其反义序列。
23.如前述段落中任一项的方法，其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率的等位基因且该等位基因见于至少2个不同种族群体。
24.一种组合物，其包含能够结合感兴趣的靶标的配体，该靶标由包含具有小于50％的累积人等位基因频率的等位基因的核苷酸序列编码且该等位基因见于至少2个不同种族群体；及任选存在的药物学可接受的载剂及任选存在的用于治疗和/或预防人的该疾病或状况的标记或说明书；任选地其中该标记或说明书包含由管理机构发布的营销授权编号。
25.一种用于治疗或预防由如任何前述段落中所述的感兴趣的靶标介导的状况或疾病的试剂盒，该试剂盒包含能够特异性结合感兴趣的靶标的配体，该靶标由包含具有小于50％的累积人等位基因频率的等位基因的核苷酸序列编码且该等位基因见于至少2个不同种族群体中；及任选地与用于治疗和/或预防人的该疾病或状况的标记或说明书组合；任选地其中该标记或说明书包含由管理机构发布的营销授权编号；任选地其中该试剂盒包含具有该配体的注射笔或IV容器。
26.如段落24的组合物或如段落25的试剂盒，其中该管理机构为FDA或EMA。
27.一种产生抗人TOI抗体结合位点的方法，该方法包含获得多个抗TOI抗体结合位点，筛选结合包含由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI或其包含由包含具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的等位基因的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽的抗体结合位点，及分离在筛选步骤中结合的抗体结合位点。
28.一种产生抗人TOI抗体的方法，该方法包含用包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI，或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽使非人脊椎动物(例如小鼠或大鼠)免疫，及分离结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI的抗体，及任选地产生分离抗体的TOI结合片段或衍生物。
29.如段落28的方法，其中该非人脊椎动物为小鼠或大鼠。
30.如段落29或30的方法，其包含获得编码该抗体、片段、衍生物或结合位点的核酸及任选地将该核酸插入表达载体中的步骤。
31.一种用于人TOI基因分型的试剂盒，其中该试剂盒包含具有特异性杂交至所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列的核酸；和/或该核酸包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或为其反义序列。
32.一种用于人TOI基因分型或表型分型的试剂盒，其中该试剂盒包含能够结合由包含具有小于50％的累积人等位基因频率的等位基因的核苷酸序列编码的感兴趣的靶标的配体或通过如段落28至30中任一项的方法产生的抗体、片段或衍生物。
33.如段落32的试剂盒，其中该等位基因见于至少2个不同种族群体中。
34.一种抗TOI的配体在制造用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体特异性结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI，该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列。
35.一种抗TOI的配体在制造用于靶向人的该TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体特异性结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI。
36.一种靶向感兴趣的靶标(TOI)用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法，该方法包含向人施用抗TOI的配体，该人包含具有所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的TOI核苷酸序列，藉此靶向由该核苷酸序列编码的TOI。
37.如段落36的方法，其中该方法包含用该配体靶向包含氨基酸序列的人TOI以治疗和/或预防该人的该疾病或状况，其中该氨基酸序列由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码。
38.一种对人的核酸样品进行感兴趣的靶标(TOI)基因分型的方法，该方法包含测定该样品中包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的存在。
39.一种对人的蛋白质样品进行感兴趣的靶标(TOI)分型的方法，该方法包含测定该样品的由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的TOI核苷酸序列编码的TOI氨基酸序列的存在。
40.如段落38或39的方法，其包含自人获得血清、血液、粪便、毛发、尿液或唾液的样品，藉此获得该核酸或蛋白质样品用于测定该序列的步骤。
41.如段落38-40中任一项的方法，其包含使用能够靶向包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的核酸序列的配体或能够特异性结合由该核酸序列编码的TOI的配体以进行该鉴别步骤。
42.一种诊断试剂盒，其包含能够结合感兴趣的人靶标(TOI)的配体，该配体包含由包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列；及用于进行如段落38-41中任一项的方法的说明书。
43.一种诊断试剂盒，其中该配体选自抗体、抗体片段、抗体部分、亲和抗体、寡核苷酸、经修饰的寡核苷酸、反义寡核苷酸、siRNA及微RNA。
44.一种诊断试剂盒，其包含核酸探针，该探针包含特异性杂交包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的等位基因的感兴趣的靶标(TOI)的核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列；及用于进行如段落38或39的方法的说明书。
45.如任何前述段落的方法、配体、组合物、试剂盒或用途，其中该TOI由具有1％至10％的累积人等位基因频率和/或具有1％至约15％或1％至15％的总人基因型频率的核苷酸序列编码。
46.如任何前述段落的方法、配体、组合物、试剂盒或用途，其中该TOI为选自表5的人TOI；任选地用于治疗和/或预防如表5中所陈述的对应疾病或状况。
47.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含向经确定为该TOI多态变体阳性的人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI以治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI由包含具有小于50％的累积人等位基因频率的等位基因的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由包含具有小于50％的总人基因型频率的等位基因的核苷酸序列编码。
48.如段落47的方法，其中该抗TOI的配体选自抗体、抗体部分、抗体片段、亲和抗体、反义寡核苷酸、siRNA及微RNA。
49.一种特异性结合如段落1所定义的TOI的抗TOI的配体，其用于如任何前述段落的方法(例如用于如段落1至8及19至23中任一项的方法)。
50.如段落49的配体，其中该配体为抗TOI捕获剂、抗体或抗体片段。
51.如段落49或50的配体，其中该配体用于皮下或静脉内施用人或由可注射制剂所包含。
52.一种注射装置，其包含如段落49至51中任一项的配体。
额外定制针对人患者的基因型和/或表型的配体
如本文所述，本发明涵盖结合位点特异性已与一或多种变异人TOI(例如PCSK9或IL6R)匹配的配体(例如抗体及片段)。另外或替代地(及如下文非限制性实例中所进一步说明)，本发明的任选存在的方面提供该配体的其它特征与患者的基因型或表型匹配。在此方面，举例而言，本发明包括使人患者的氨基酸序列变异与一或多个配体序列或结合位点外的结构域匹配的能力。举例而言，若该配体包含或由人TOI结合抗体或抗人TOI受体Fc融合体组成，本发明的此方面提供一或多个恒定区结构域(例如Fc)与患者基因型或表型的较多定制匹配。另外或替代地，预期结合位点中的序列变异可类似地匹配患者的基因型或表型。本发明人已通过考虑编码该配体的一或多个部分的序列中的SNP出现(可变域和/或恒定区域所来源的一个、多个或所有基因区段中的SNP出现)来实现此举。本发明人意识到将配体与见于待治疗上和/或预防上治疗的患者中的一或多个对应变异SNP匹配将为合乎需要的。匹配可涉及设计特异性针对患者的已知表型和/或基因型的配体，或匹配可涉及通过确定在患者的表型或基因型中的变异与配体氨基酸和/或对应核苷酸中的变异之间存在对应关系来选择配体。
本发明人的关键考虑因素为需要促进配体与患者身体的兼容性，且详言的对所施用的配体的可能的患者免疫系统反应。举例而言，已观察到接受人或人源化抗体药物的人患者可建立针对输入抗体的免疫反应(所谓的HAHA反应)，其使得患者由于患者免疫系统将药物识别为外来的而产生抗药物抗体。举例而言，研究已表明接受目前出售最多的抗体药品HUMIRATM(阿达木单抗(adalimumab))的一些患者建立针对该药品的HAHA免疫反应，且此可不利地影响治疗。参考JAMA.2011；305(14):1460-1468.doi:10.1001/jama.2011.406:“Development of Antidrug Antibodies Against Adalimumab and Association WithDisease Activity and Treatment Failure During Long-term Follow-up”,GMBartelds等人。作者推断此研究的结果展示抗药物抗体的出现与人RA患者的阿达木单抗治疗的负面结果相关。据报导，具有抗阿达木单抗抗体的患者不仅比不含抗阿达木单抗抗体的患者更通常且更早停止治疗，且其也在治疗期间具有更高疾病活性且仅很少得到缓解。另外，据报导该资料展示三分的二的抗阿达木单抗抗体阳性患者在前28周治疗中出现这种抗体，且抗阿达木单抗抗体的存在实质上影响血清阿达木单抗浓度。
因此，此HAHA主题为重要关注点且监管当局已对此加以考虑。举例而言，欧洲药物管理局(EMA)已颁布“Guideline on immunogenicity assessment of monoclonalantibodies intended for in vivo clinical use”(在全球信息网ema.europa.eu/docs/en_GB/document_library/Scientific_guideline/2012/06/WC500128688.pdf上可获得的；EMA/CHMP/BMWP/86289/2010、EMEA/CHMP/BMWP/14327/2006的附录)，其于2012年12月1日开始实行。因此，研究人员鉴别及评估抗抗体药物出现及效应的风险为较好的做法。
本发明的本方面通过更接近地针对患者定制配体自身(以及其特异性)而有助于满足在设计及施用抗人TOI药品用于治疗和/或预防人TOI相关疾病及状况时的这种考虑因素。
本发明人也考虑定制配体恒定区(例如抗体或含有Fc的配体)中的变异的合意性，注意随后将向患者施用的恒定区调节至各个组分(诸如患者的Fc受体)应与患者中的恒定区相互作用。良好Fc/Fc受体相互作用对于药物再循环(经由FcRn)以得到有用的活体内半衰期或用于细胞杀死(例如用于癌症适应症)而言可为重要的。因此，以此方式有可能使恒定区(例如Fc)的效应功能更接近适应该患者以提高功效。举例而言，更有效的药物为优选患者治疗所需要且可提供降低剂量和/或给药频率的可能性。
因此，在此方面的实例中，本发明提供以下(以条项形式陈述)：
1.本发明的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中
(i)该配体(例如抗体或片段)包含
(c)由人V区核苷酸序列编码的可变结构域，其中该V核苷酸序列来源于人VH、D及JH基因区段或人VL及JL基因区段的重组；或
(d)由C区基因区段编码的恒定区结构域；
其中(a)的这些基因区段的第一基因区段或(b)的该C区基因区段包含编码第一氨基酸多态性的第一单核苷酸多态性(SNP)；及
(ii)该人的基因组包含该第一SNP或其中该人表达(a')包含该第一氨基酸多态性的抗体可变结构域或(b')包含该第一氨基酸多态性的抗体恒定结构域。
2.如条项1的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中如体外结合测定中所确定，该人的血液实质上不包含特异性结合包含该第一氨基酸多态性的结构域的抗体。
3.如条项2的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中SPR用于进行该测定。
在替代方案中，使用ELISA。
4.如条项1至3中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含该第一基因区段(当(a)适用时)或该C区基因区段(当(b)适用时)。
5.如条项1至4中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中(a)的这些区段的该第一区段或第二区段或(b)的该C区基因区段包含编码第二氨基酸多态性的第二SNP；及其中该人的基因组包含该第二SNP或其中该人表达(a”)包含该第二氨基酸多态性的抗体可变结构域或(b”)包含该第一及第二氨基酸多态性的抗体恒定区结构域。
6.如条项5的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含该第一及第二氨基酸多态性的抗体可变结构域。
7.如条项5或6的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该基因组的该第一及第二SNP由同一抗体基因区段所包含。
举例而言，该基因组的该第一及第二SNP由IGHG1*01基因区段所包含且(a)的该第一区段为IGHG1*01基因区段。
举例而言，该基因组的该第一及第二SNP由IGHG2*01基因区段所包含且(a)的该第一区段为IGHG2*01基因区段。
8.如条项1至7中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中各SNP为可变区基因区段SNP。
9.如条项1至7中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中各SNP为恒定区基因区段SNP，例如各SNP为γ-1恒定区基因区段SNP、或γ-2恒定区基因区段SNP、或γ-3恒定区基因区段SNP、或γ-4恒定区基因区段SNP。
10.如条项9的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该第一SNP为CH1、CH2、CH3或CH4基因区段SNP和/或该第二SNP为CH1、CH2、CH3或CH4基因区段SNP。
11.如条项1至8中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中各SNP为可变结构域SNP，例如VH结构域SNP或Vκ结构域SNP或VλSNP。
12.如条项1至11中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中(b)的该恒定区结构域由抗体Fc区所包含。
13.如条项1至12中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如抗体或片段)已经确定以例如由SPR所确定的1nM或1nM以下(例如100或10pM或10pM以下)的KD特异性结合如本文所揭示的一或多种人TOI变体。
14.本发明(例如，如条项1至13中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，该抗体或片段包含来源于人V基因区段及人J基因区段(及当可变结构域为VH结构域时，任选存在的人D基因区段)的重组的人抗体可变结构域；及其中该人的基因组包含该人V基因区段和/或该人表达包含来源于该人V基因区段及人J基因区段(及任选存在的人D基因区段)的重组的抗体可变结构域的抗体。
在一个实例中，该V基因区段为WO2013041844、千人基因组数据库和/或www.imgt.org中所揭示的V基因区段中的任一者，其揭示内容(包括与序列相关的揭示内容)以明确引用的方式并入本文中供本发明使用。
15.本发明(例如，如条项1至14中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由第一恒定区核苷酸序列编码的人重链恒定结构域；及其中该人的基因组包含与该第一恒定区核苷酸序列相同的重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人恒定结构域的抗体。
16.本发明(例如，如条项1至15中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH1核苷酸序列编码的人γ重链CH1结构域；及其中该人的基因组包含与该CH1核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH1结构域的抗体。
17.本发明(例如，如条项1至16中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH2核苷酸序列编码的人γ重链CH2结构域；及其中该人的基因组包含与该CH2核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH2结构域的抗体。
18.本发明(例如，如条项1至17中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH3核苷酸序列编码的人γ重链CH3结构域；及其中该人的基因组包含与该CH3核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH3结构域的抗体。
19.本发明(例如，如条项1至18中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH4核苷酸序列编码的人γ重链CH4结构域；及其中该人的基因组包含与该CH4核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH4结构域的抗体。
20.本发明(例如，如条项1至19中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由Fc核苷酸序列编码的人γ重链Fc区；及其中该人的基因组包含与该Fc核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γFc区的抗体。
21.如条项16至20中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人γ重链为人γ-1重链。
22.如条项16至20中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人γ重链为人γ-2重链。
23.如条项16至20中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中配体包含人IGHG1*01 γ-1重链恒定区。
24.如条项16至20中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中配体包含人IGHG2*01 γ-1重链恒定区。
25.如条项15至24中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该重链恒定区核苷酸序列阳性。
26.如条项23的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG1*01核苷酸序列阳性。
27.如条项24的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG2*01核苷酸序列阳性。
28.如条项16至24中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
29.如条项28的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，(i)当从属于条项23时，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG1*01 γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性，或(ii)当从属于条项24时，其中该人已表型分型为人IGHG2*01 γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
30.如条项16至24及26至29中任一项的方法或用途，其包含将该人基因分型为该γ重链恒定区核苷酸序列阳性，例如该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc核苷酸序列阳性；该人IGHG1*01 γ重链恒定区CH1、CH2、CH3、CH4或Fc核苷酸序列阳性；或该人IGHG2*01 γ重链恒定区CH1、CH2、CH3、CH4或Fc核苷酸序列阳性。
31.如条项16至24及26至30中任一项的方法或用途，其包含将该人表型分型为该γ重链恒定区阳性，例如该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性；该人IGHG1*01γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性；或该人IGHG2*01 γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
定制配体的实例
本发明人分析大量代表性人样品中的氨基酸变异及分布。分析的结果(例如抗体基因区段)展示于表9中。
在第一实例中，本发明人鉴别单独或以组合形式针对较罕见IGH-γ-1SNP 204D(观察到的累积频率为0.296)与206L(观察到的累积频率为0.283)的可能性。这种残基为CH3结构域的一部分，且因而其形成抗体Fc区的一部分。因此，出于如上文所论述的原因，这种CH3变异与患者匹配尤其有益。因此，此实例提供在以下条项中所陈述的方面。
32.本发明(例如，如条项1至31中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu，且其中该人的基因组包含编码此类Asp或Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Asp或Leu的人γ-1恒定区的抗体。
熟习此项技术者应熟悉用于确定人的基因组序列的技术，例如通过使用含有基因组DNA和/或RNA的样品、使用生物信息学或其它计算机工具测序及比较以比较取样序列与人等位基因的序列(例如，如本文所揭示的IMGT、百人基因组或其它数据库中所展示)。在一个实例中，样品为血液或唾液或脸颊拭子样品。
33.如条项32的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu。
34.如条项32或33的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含编码此类Asp及Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Asp及Leu的人γ-1恒定区的抗体。
35.如条项32、33或34的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人IGHG1*01 γ-1重链恒定区，例如由人IGHG1*01编码的Fc、CH1、CH2和/或CH3结构域。
36.如条项32至35中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含人IGHG1*01核苷酸序列，或该人表达包含由人IGHG1*01核苷酸序列编码的人恒定结构域的抗体。
37.如条项32至36中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含由人IGHG1*01编码的铰链区。
38.如条项32至37中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含具有SEQ ID NO:61的重链。
39.如条项32至38中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人具有欧洲祖先。
如表9中所示，204D及206L见于此类人中。
40.如条项32至39中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该Asp和/或Leu阳性。
41.如条项32至40中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG1*01阳性。
42.如条项32至41中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG1*01 CH3阳性。
43.如条项32至42中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含编码该Asp和/或Leu的密码子；包含人IGHG1*01；或包含人IGHG1*01 CH3。
44.如条项32至43中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的表型包含该Asp和/或Leu；人IGHG1*01区；或人IGHG1*01 CH3。
44a.如条项32至44中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含具有此类Asp及Leu的人γ-1恒定区的抗体。
在第二实例中，本发明人鉴别针对IGH-γ-2 SNP的可能性。此包括考虑Fc区变异，就此而言，本发明人集中于Fc区中的位置161及257。因此，此实例提供在以下条项中所陈述的方面。
45.本发明(例如，如条项1至31中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala的氨基酸；及其中该人的基因组包含编码此类所选氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类所选氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
46.如条项45的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含(i)对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ IDNO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe及任选存在的(ii)对应于SEQID NO:44的位置161的Val和/或对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala；及其中该人的基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
此实例关注于CH1变异。
47.如条项45或46的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含(i)对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQID NO:44的位置257的Ala及任选存在的(ii)选自对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn及对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe的氨基酸；及其中该人的基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
此实例关注于Fc变异。
48.如条项45至47中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人IGHG2*01 γ-2重链恒定区，例如由人IGHG2*01编码的Fc、CH1、CH2和/或CH3结构域。
49.如条项45至48中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含人IGHG2*01核苷酸序列，或该人表达包含由人IGHG2*01核苷酸序列编码的人恒定结构域的抗体。
50.如条项45至49中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含由人IGHG2*01编码的铰链区。
51.如条项45至50中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含具有SEQ ID NO:63或65的重链。
52.如条项45至51中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人具有欧洲、非裔美国人或欧裔美国人祖先。
53.如条项45至52中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为这些Pro、Asn、Phe、Val及Ala中的一者、多者或全部为阳性。
54.如条项45至53中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG2*01阳性。
55.如条项45至54中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG2*01 CH1阳性。
56.如条项45至55中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG2*01 CH2阳性。
57.如条项45至56中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG2*01 CH3阳性。
58.如条项45至57中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含编码这些Pro、Asn、Phe、Val及Ala中的一者、多者或全部的密码子；包含人IGHG2*01；或包含人IGHG2*01 CH1、CH2和/或CH3。
59.如条项45至58中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的表型包含这些Pro、Asn、Phe、Val及Ala中的一者、多者或全部；人IGHG2*01区；或人IGHG2*01 CH1、CH2和/或CH3。
60.如条项45至59中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含具有此类Pro、Asn、Phe、Val及Ala的人γ-2恒定区的抗体。
在第三实例中，本发明人阐述人κ恒定区变异。因此，本发明的本方面也提供以下各者。
61.本发明(例如，如条项1至60中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys；及其中该人的基因组包含编码此类Val或Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Val或Cys的人κ轻链恒定区的抗体。
62.如条项61的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys。
63.如条项61或62的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含编码此类Val及Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Val及Cys的人κ恒定区的抗体。
64.如条项61至63中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含人IGKC*01 κ轻链恒定区。
65.如条项61至64中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含具有SEQ ID NO:62或66的轻链。
66.如条项61至65中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含来源于人Vκ基因区段与人Jκ基因区段的重组的轻链可变结构域，其中该Jκ基因区段为IGKJ2*01(SEQ ID NO:57)。
67.如条项61至66中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为该Val和/或Cys阳性。
68.如条项61至67中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGKC*01阳性。
69.如条项61至68中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGKC*01结构域阳性。
70.如条项61至69中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含编码该Val和/或Cys的密码子；或包含人IGKC*01。
71.如条项61至70中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的表型包含此类Val和/或Cys；或包含人IGKC*01结构域。
72.如条项61至71中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含具有此类Val及Cys的人κ恒定结构域的抗体，例如表达人IGKC*01恒定结构域。
在第四实例中，本发明人阐述人λ恒定区变异。因此，此实例提供在以下条项中所陈述的方面。
73.本发明(例如，如条项1至60中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人IGLC2*01轻链恒定区；及其中该人的基因组包含人IGLC2*01核苷酸序列，或该人表达包含人轻链IGLC2*01恒定区的抗体。
74.如条项73的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体包含具有SEQ IDNO:64的轻链。
75.如条项73或74的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGLC2*01阳性。
76.如条项73至75中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGLC2*01结构域阳性。
77.如条项73至76中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含人IGLC2*01。
78.如条项73至77中任一项的方法或用途，其包含选择表型包含人IGLC2*01结构域的该人。
79.如条项73至78中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含人λIGLC2*01恒定结构域的抗体。
在第五实例中，本发明人阐述人重链可变区变异。因此，此实例提供在以下条项中所陈述的方面。
80.本发明(例如，如条项1至79中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域，其中该VH基因区段选自以下：(i)IGHV1-18*01且该人的基因组包含人IGHV1-18*01核苷酸序列或人表达包含来源于人IGHV1-18*01的重组的可变结构域的抗体；或(ii)IGVH1-46*01且该人的基因组包含人IGHV1-46*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGHV1-46*01的重组的可变结构域的抗体。
81.如条项80的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含由人IGHG2*01编码的CH1结构域、CH2结构域、CH3结构域、铰链或Fc中的一者、多者或全部。
82.如条项80或81的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含具有SEQ ID NO:63或65的重链。
83.如条项80至82中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该所选VH基因区段阳性、人IGHV1-18*01或IGVH1-46*01阳性。
84.如条项80至83中任一项的方法或用途，其包含将该人基因分型为该所选VH基因区段阳性，例如人IGHV1-18*01或IGVH1-46*01阳性。
在第六实例中，本发明人阐述人轻链可变区变异。因此，此实例提供在以下条项中所陈述的方面。
85.本发明(例如，如条项1至84中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，其中该抗体或片段包含来源于人VL基因区段及人JL基因区段的重组的VL结构域，其中该VL基因区段选自以下：(i)IGKV4-1*01且该人的基因组包含人IGKV4-1*01核苷酸序列，或该人表达包含来源于人IGKV4-1*01的重组的可变结构域的抗体；(ii)IGLV2-14*01且该人的基因组包含人IGLV2-14*01核苷酸序列，或该人表达包含来源于人IGLV2-14*01的重组的可变结构域的抗体；或(iii)IGKV1-13*02且该人的基因组包含人IGKV1-13*02核苷酸序列，或该人表达包含来源于人IGKV1-13*02的重组的可变结构域的抗体。
86.如条项85的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体包含具有SEQ IDNO:62、64或66的轻链。
87.如条项85或86的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含来源于人Vκ基因区段及人Jκ基因区段的重组的轻链可变结构域，其中该Jκ基因区段为IGKJ2*01(SEQ ID NO:57)；其中(i)或(iii)适用。
88.如条项85至87中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该所选VL基因区段阳性，例如人IGKV4-1*01、IGLV2-14*01或IGKV1-13*02阳性。
89.如条项88的方法或用途，其包含将该人基因分型为该所选VL基因区段阳性，例如将该人基因分型为人IGKV4-1*01、IGLV2-14*01或IGKV1-13*02阳性。
90.如条项1至89中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如抗体或片段)以如通过SPR所确定的1nM或1nM以下(例如100、10或1pM或1pM以下)的解离常数(Kd)结合该人TOI。
在一个特定实施例中，本发明的配体、抗体或片段包含Fc区，其中该Fc区包含选自以下的至少一个非天然氨基酸残基：如通过Kabat中给出的EU指数所编号的234D、234E、234N、234Q、234T、234H、234Y、234I、234V、234F、235A、235D、235R、235W、235P、235S、235N、235Q、235T、235H、235Y、235I、235V、235F、236E、239D、239E、239N、239Q、239F、239T、239H、239Y、240I、240A、240T、240M、241W、241L、241Y、241E、241R、243W、243L 243Y、243R、243Q、244H、245A、247L、247V、247G、251F、252Y、254T、255L、256E、256M、262I、262A、262T、262E、263I、263A、263T、263M、264L、264I、264W、264T、264R、264F、264M、264Y、264E、265G、265N、265Q、265Y、265F、265V、265I、265L、265H、265T、266I、266A、266T、266M、267Q、267L、268E、269H、269Y、269F、269R、270E、280A、284M、292P、292L、296E、296Q、296D、296N、296S、296T、296L、296I、296H、269G、297S、297D、297E、298H、298I、298T、298F、299I、299L、299A、299S、299V、299H、299F、299E、305I、313F、316D、325Q、325L、325I、325D、325E、325A、325T、325V、325H、327G、327W、327N、327L、328S、328M、328D、328E、328N、328Q、328F、328I、328V、328T、328H、328A、329F、329H、329Q、330K、330G、330T、330C、330L、330Y、330V、330I、330F、330R、330H、331G、331A、331L、331M、331F、331W、331K、331Q、331E、331S、331V、331I、331C、331Y、331H、331R、331N、331D、331T、332D、332S、332W、332F、332E、332N、332Q、332T、332H、332Y、332A、339T、370E、370N、378D、392T、396L、416G、419H、421K、440Y及434W。任选地，Fc区可包含熟习此项技术者已知的额外和/或替代性非天然氨基酸残基(参见例如，美国专利5,624,821；6,277,375；6,737,056；PCT专利公开案WO 01/58957；WO 02/06919；WO 04/016750；WO04/029207；WO 04/035752及WO 05/040217)。
在一个实例中，该配体、抗体或片段包含特异性结合TOI(例如PCSK9、LDL受体、IL4Ra、IL6R、PD-L1、PD-1、PDGF-B、PDGFR-B、血管生成素、BMP6、铁调素调节蛋白、铁调素、膜铁转运蛋白、运铁蛋白、HFE、TMPRSS6、VEGFA、Nav1.8或Nav1.7)的一或多个人结合位点。在一个实施例中，结合位点包含或由人抗体可变结构域或TOI的人受体(例如VEGFA的人受体结合位点)组成。此外，该配体、抗体或片段可任选地为完全人(例如包含人恒定区，例如具有或不具有人CL区的人Fc区)。在一个实例中，该配体为阿柏西普(aflibercept)、阿利若单抗、萨里鲁单抗(sarilumab)或度皮鲁单抗(dupilumab)。完全人配体当用于本发明的情形中时使与人患者的兼容性最大化，其中V和/或C区按照本文描述定制为人基因型和/或表型。
本文所述的技术的一些实施例可根据以下编号段落中任一项来定义：
1.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI由具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码；
其中
b.在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为该核苷酸序列阳性或表型分型为该TOI变体阳性。
2.如段落1的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够结合该TOI变体。
3.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI由具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码和/或其中该人的TOI由具有小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码；
其中
b.在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够结合该TOI变体。
4.如段落3的方法，其中该人的基因组包含编码该TOI变体的核苷酸序列；及在步骤(a)之前，该核苷酸序列已确定为或经确定为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率。
5.如段落3或4的方法，其中在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为该变异核苷酸序列阳性。
6.如任何前述段落的方法，其中在步骤(a)之前，该人已表型分型为或经表型分型为该TOI变体阳性。
7.如任何前述段落的方法，其中该频率小于10％或15％。
8.如任何前述段落的方法，其中该配体能够结合两种或更多种不同TOI变体，这些变体各自由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码。
9.一种治疗或预防人疾病或状况的方法，其中该疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中，该方法包含
a.向该人施用抗TOI的配体以靶向该人的TOI变体且治疗或预防该疾病或状况，其中该人的TOI为由具有大于50％的累积人等位基因频率和/或具有大于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的变体；
其中
b.在步骤(a)之前，该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的变异核苷酸序列阴性；或已表型分型为或表型分型为由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI变体阴性。
10.如段落9的方法，其中在步骤(a)之前，该人已表型分型为或经表型分型为最频繁的TOI变体阳性或基因分型其核苷酸序列。
11.如段落9或10的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为能够结合最频繁的TOI变体。
12.如段落9、10或11的方法，其中在步骤(a)之前，该配体已确定为或经确定为实质上不能中和或抑制步骤(b)中所述的该TOI变体。
13.如段落9至12中任一项的方法，其中该配体能够结合最频繁的TOI变体。
14.如段落9至13中任一项的方法，其中该配体能够结合两种或更多种不同TOI变体，这些变体各自由具有大于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列编码。
15.如任何前述段落的方法，其中步骤(a)中所述的该变异核苷酸序列已确定为或经确定为存在于至少2个不同人种族群体。
16.如任何前述段落的方法，其中该人频率为自至少15个不同人种族群体取样且包含至少1000个序列的天然存在的序列的数据库中的频率。
17.一种用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法的抗人TOI配体，其中该TOI以不同多态变体形式存在于人中且其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列，该方法包含向该人施用该配体。
18.如段落17的配体，其中该配体已确定为或经确定为能够结合由该核苷酸序列编码的人TOI。
19.一种配体，其结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI，用于包含使用该配体靶向该人TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的步骤的方法，该方法包含向该人施用该配体。
20.如段落17至19中任一项的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率的该TOI核苷酸序列阳性。
如段落17至19中任一项的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的总人基因型频率的该TOI核苷酸序列阳性。
21.如段落17至20中任一项的配体，其中该人已表型分型为或经表型分型为由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的TOI阳性。
22.如段落17至21中任一项的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列杂合的；任选地其中该人已基因分型为或经基因分型为包含具有小于50％的累积人等位基因频率的TOI核苷酸序列及具有大于50％的累积人等位基因频率和/或具有大于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列。
23.如段落17至22中任一项的配体，其中该人的基因组已基因分型为或经基因分型为具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列纯合的。
24.如段落17至23中任一项的配体，其中该配体包含结合人TOI的抗体结合位点，该TOI包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列；及任选地已确定为或经确定为能够实现此类结合。
25.如段落24的配体，其中该配体为抗体或抗体片段。
26.如段落17至23中任一项的配体，其中该配体包含特异性杂交至具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列；和/或该配体包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或为其反义序列。
27.如段落17至26中任一项的配体，其中该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率的核苷酸序列且该序列见于至少2个不同种族群体。
28.一种用于治疗或预防如任何前述段落中所述的由TOI介导的状况或疾病的药物组合物或试剂盒，该组合物或试剂盒包含如段落17至27中任一项的配体；及任选地与用于治疗和/或预防人的该疾病或状况的标记或说明书组合；任选地其中该标记或说明书包含营销授权编号(例如FDA或EMA授权编号)；任选地其中该试剂盒包含具有该配体的注射笔或IV容器。
29.一种产生抗人TOI抗体结合位点的方法，该方法包含获得多个抗TOI抗体结合位点，筛选结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽的抗体结合位点，及分离在筛选步骤中结合的抗体结合位点。
30.一种产生抗人TOI抗体的方法，该方法包含用包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI或其包含由具有最高累积人等位基因频率和/或最高总人基因型频率的编码TOI的核苷酸序列编码的对应序列的氨基酸变异的肽使非人脊椎动物(例如小鼠或大鼠)免疫，及分离结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的TOI的抗体，及任选地产生分离的抗体的TOI结合片段或衍生物。
31.如段落29或30的方法，其包含获得编码该抗体、片段、衍生物或结合位点的核酸及任选地将该核酸插入表达载体中的步骤。
32.一种用于人TOI基因分型的试剂盒，其中该试剂盒包含具有特异性杂交至所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列的核酸；和/或该核酸包含核苷酸序列，所述核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或为其反义序列。
33.一种用于人TOI基因分型或表型分型的试剂盒，其中该试剂盒包含如段落17至27中任一项的配体或通过如段落29至31中任一项的方法产生的抗体、片段或衍生物。
34.一种抗TOI的配体在制造用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI，该人的基因组包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列。
35.一种抗TOI的配体在制造用于靶向人的该TOI以治疗和/或预防由TOI介导的疾病或状况的药剂中的用途，该配体结合包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI。
36.一种靶向TOI用于治疗和/或预防人的TOI介导的疾病或状况的方法，该方法包含向人施用抗TOI的配体，该人包含所选具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列，藉此靶向由该核苷酸序列编码的TOI。
37.如段落36的方法，其中该方法包含用该配体靶向包含氨基酸序列的人TOI以治疗和/或预防该人的该疾病或状况，其中该氨基酸序列由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的核苷酸序列编码。
38.一种对人核酸样品进行TOI基因分型的方法，该方法包含鉴别该样品中具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列的存在。
39.一种对人蛋白质样品进行TOI分型的方法，该方法包含鉴别该样品中由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的TOI氨基酸序列的存在。
40.如段落38或39的方法，其包含自人获得血清、血液、粪便、毛发、尿液或唾液的样品，藉此获得该核酸或蛋白质样品用于鉴别该序列的步骤。
41.如段落38至40中任一项的方法，其包含使用如段落17至27中任一项的配体进行该鉴别步骤。
42.一种诊断试剂盒，其包含能够结合人TOI的配体，该TOI包含由具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列；及用于进行如段落38或39的方法的说明书。
43.一种诊断试剂盒，其包含核酸探针，该探针包含特异性杂交具有小于50％的累积人等位基因频率和/或小于50％的总人基因型频率的TOI核苷酸序列或其RNA转录物的核苷酸序列；及用于进行如38或39段落的方法的说明书。
44.如任何前述段落的方法、配体、组合物、试剂盒或用途，其中该TOI由具有1％至10％的累积人等位基因频率和/或具有1％至约15％或1％至15％的总人基因型频率的核苷酸序列编码。
45.如任何前述段落的方法、配体、组合物、试剂盒或用途，其中该TOI为选自表5的人TOI；任选地用于治疗和/或预防如表5中所陈述的对应疾病或状况。
46.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中
(i)该配体(例如抗体或片段)包含
(e)由人V区核苷酸序列编码的可变结构域，其中该V核苷酸序列来源于人VH、D及JH基因区段或人VL及JL基因区段的重组；或
(f)由C区基因区段编码的恒定区结构域；
其中(a)的这些基因区段的第一基因区段或(b)的该C区基因区段包含编码第一氨基酸多态性的第一单核苷酸多态性(SNP)；及
(ii)该人的基因组包含该第一SNP或其中该人表达(a')包含该第一氨基酸多态性的抗体可变结构域或(b')包含该第一氨基酸多态性的抗体恒定结构域。
47.如段落46的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中如体外结合测定所确定，该人的血液实质上不包含特异性结合包含该第一氨基酸多态性的结构域的抗体。
48.如段落47的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中SPR用于进行该测定。
49.如段落46至48中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含该第一基因区段(当(a)适用时)或该C区基因区段(当(b)适用时)。
50.如段落46至49中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中(a)的这些区段的该第一区段或第二区段或(b)的该C区基因区段包含编码第二氨基酸多态性的第二SNP；及其中该人的基因组包含该第二SNP或其中该人表达(a”)包含该第二氨基酸多态性的抗体可变结构域或(b”)包含该第一及第二氨基酸多态性的抗体恒定区结构域。
51.如段落50的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含该第一及第二氨基酸多态性的抗体可变结构域。
52.如段落50或51的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该基因组的该第一及第二SNP由同一抗体基因区段所包含。
53.如段落46至52中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中各SNP为可变区基因区段SNP。
54.如段落46至52中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中各SNP为恒定区基因区段SNP，例如各SNP为γ-1恒定区基因区段SNP、或γ-2恒定区基因区段SNP、或γ-3恒定区基因区段SNP或γ-4恒定区基因区段SNP。
55.如段落54的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该第一SNP为CH1、CH2、CH3或CH4基因区段SNP和/或该第二SNP为CH1、CH2、CH3或CH4基因区段SNP。
56.如段落46至53中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中各SNP为可变结构域SNP，例如VH结构域SNP、或Vκ结构域SNP、或VλSNP。
57.如段落46至56中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中(b)的该恒定区结构域由抗体Fc区所包含。
58.如段落46至57中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如抗体或片段)已经确定以例如通过SPR所确定的1nM或1nM以下(例如100或10pM或10pM以下)的KD特异性结合如本文所揭示的一或多种人TOI变体。
59.如任何前述段落(例如，如段落46至58中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，该抗体或片段包含来源于人V基因区段及人J基因区段(及当可变结构域为VH结构域时，任选存在的人D基因区段)的重组的人抗体可变结构域；及其中该人的基因组包含该人V基因区段和/或该人表达包含来源于该人V基因区段及人J基因区段(及任选存在的人D基因区段)的重组的抗体可变结构域的抗体。
60.如任何前述段落(例如，如段落46至59中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由第一恒定区核苷酸序列编码的人重链恒定结构域；及其中该人的基因组包含与该第一恒定区核苷酸序列相同的重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人恒定结构域的抗体。
61.如任何前述段落(例如，如段落46至60中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH1核苷酸序列编码的人γ重链CH1结构域；及其中该人的基因组包含与该CH1核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH1结构域的抗体。
62.如任何前述段落(例如，如段落46至61中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH2核苷酸序列编码的人γ重链CH2结构域；及其中该人的基因组包含与该CH2核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH2结构域的抗体。
63.如任何前述段落(例如，如段落46至62中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH3核苷酸序列编码的人γ重链CH3结构域；及其中该人的基因组包含与该CH3核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH3结构域的抗体。
64.如任何前述段落(例如，如段落46至63中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由CH4核苷酸序列编码的人γ重链CH4结构域；及其中该人的基因组包含与该CH4核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γCH4结构域的抗体。
65.如任何前述段落(例如，如段落46至64中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的人TOI受体组成)包含由Fc核苷酸序列编码的人γ重链Fc区；及其中该人的基因组包含与该Fc核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或该人表达包含该人γFc区的抗体。
66.如段落61至65中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人γ重链为人γ-1重链。
67.如段落61至65中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人γ重链为人γ-2重链。
68.如段落61至65中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中配体包含人IGHG1*01 γ-1重链恒定区。
69.如段落61至65中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中配体包含人IGHG2*01 γ-1重链恒定区。
70.如段落60至69中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该重链恒定区核苷酸序列阳性。
71.如段落68的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG1*01核苷酸序列阳性。
72.如段落69的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG2*01核苷酸序列阳性。
73.如段落61至69中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
74.如段落63的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，(i)当从属于条项23时，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG1*01 γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性，或(ii)当从属于条项24时，其中该人已表型分型为人IGHG2*01 γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
75.如段落61至69及71至74中任一项的方法或用途，其包含将该人基因分型为该γ重链恒定区核苷酸序列阳性，例如该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc核苷酸序列阳性；该人IGHG1*01 γ重链恒定区CH1、CH2、CH3、CH4或Fc核苷酸序列阳性；或该人IGHG2*01 γ重链恒定区CH1、CH2、CH3、CH4或Fc核苷酸序列阳性。
76.如段落61至69及71至75中任一项的方法或用途，其包含将该人表型分型为该γ重链恒定区阳性，例如该γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性；该人IGHG1*01γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性；或该人IGHG2*01 γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc阳性。
77.如任何前述段落(例如，如条项46至76中任一项)的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ IDNO:42的位置206的Leu，且其中该人的基因组包含编码此类Asp或Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Asp或Leu的人γ-1恒定区的抗体。
78.如段落77的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu。
79.如段落77或78的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含编码此类Asp及Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类Asp及Leu的人γ-1恒定区的抗体。
80.如段落77、78或79的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人IGHG1*01 γ-1重链恒定区，例如由人IGHG1*01编码的Fc、CH1、CH2和/或CH3结构域。
81.如段落77至80中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含人IGHG1*01核苷酸序列或该人表达包含由人IGHG1*01核苷酸序列编码的人恒定结构域的抗体。
82.如段落77至81中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含由人IGHG1*01编码的铰链区。
83.如段落77至82中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含具有SEQ ID NO:61的重链。
84.如段落77至83中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人具有欧洲祖先。
85.如段落77至84中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该Asp和/或Leu阳性。
86.如段落77至85中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG1*01阳性。
87.如段落77至86中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG1*01 CH3阳性。
88.如段落77至87中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含编码该Asp和/或Leu的密码子；包含人IGHG1*01；或包含人IGHG1*01 CH3。
89.如段落77至88中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的表型包含该Asp和/或Leu；人IGHG1*01区；或人IGHG1*01 CH3。
90.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala；及其中该人的基因组包含编码此类所选氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类所选氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
91.如段落90的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含(i)对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ IDNO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe及任选存在的(ii)对应于SEQID NO:44的位置161的Val和/或对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala；及其中该人的基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
92.如段落90或91的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含(i)对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQID NO:44的位置257的Ala及任选存在的(ii)选自以下的氨基酸：对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn及对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe；及其中该人的基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
93.如段落90至92中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人IGHG2*01 γ-2重链恒定区，例如由人IGHG2*01编码的Fc、CH1、CH2和/或CH3结构域。
94.如段落90至93中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含人IGHG2*01核苷酸序列或该人表达包含由人IGHG2*01核苷酸序列编码的人恒定结构域的抗体。
95.如段落90至94中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含由人IGHG2*01编码的铰链区。
96.如段落90至95中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含具有SEQ ID NO:63或65的重链。
97.如段落90至96中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人具有欧洲、非裔美国人或欧裔美国人祖先。
98.如段落90至97中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为这些Pro、Asn、Phe、Val及Ala中的一者、多者或全部为阳性。
99.如段落90至98中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGHG2*01阳性。
100.如段落90至99中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG2*01 CH1阳性。
101.如段落90至100中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG2*01 CH2阳性。
102.如段落90至101中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGHG2*01 CH3阳性。
103.如段落90至102中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含编码这些Pro、Asn、Phe、Val及Ala中的一者、多者或全部的密码子；包含人IGHG2*01；或包含人IGHG2*01 CH1、CH2和/或CH3。
104.如段落90至103中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的表型包含这些Pro、Asn、Phe、Val及Ala中的一者、多者或全部；人IGHG2*01区；或人IGHG2*01 CH1、CH2和/或CH3。
105.如段落90至104中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含具有此类Pro、Asn、Phe、Val及Ala的人γ-2恒定区的抗体。
106.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys；及其中该人的基因组包含编码此类Val或Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类Val或Cys的人κ轻链恒定区的抗体。
107.如段落106的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys。
108.如段落106或107的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人的基因组包含编码此类Val及Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类Val及Cys的人κ恒定区的抗体。
109.如段落106至108中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含人IGKC*01 κ轻链恒定区。
110.如段落106至109中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含具有SEQ ID NO:62或66的轻链。
111.如段落106至110中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体组成，其中该抗体包含来源于人Vκ基因区段及人Jκ基因区段的重组的轻链可变结构域，其中该Jκ基因区段为IGKJ2*01(SEQ ID NO:57)。
112.如段落106至111中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为该Val和/或Cys阳性。
113.如段落106至112中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGKC*01阳性。
114.如段落106至113中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGKC*01结构域阳性。
115.如段落106至114中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的基因组包含编码该Val和/或Cys的密码子；或包含人IGKC*01。
116.如段落106至115中任一项的方法或用途，其包含选择该人，该人的表型包含此类Val和/或Cys；或包含人IGKC*01结构域。
117.如段落106至116中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含具有此类Val及Cys的人κ恒定结构域的抗体，例如表达人IGKC*01恒定结构域。
118.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如包含或由抗体或片段或融合Fc的TOI受体组成)包含人IGLC2*01轻链恒定区；及其中该人的基因组包含人IGLC2*01核苷酸序列或该人表达包含人轻链IGLC2*01恒定区的抗体。
119.如段落118的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体包含具有SEQ IDNO:64的轻链。
120.如段落118或119的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为人IGLC2*01阳性。
121.如段落118至120中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已表型分型为或经表型分型为人IGLC2*01结构域阳性。
122.如段落118至212中任一项的方法或用途，其包含选择基因组包含人IGLC2*01的该人。
123.如条项73至77中任一项的方法或用途，其包含选择表型包含人IGLC2*01结构域的该人。
124.如段落108至123中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人表达包含人λIGLC2*01恒定结构域的抗体。
125.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域，其中该VH基因区段选自以下：(i)IGHV1-18*01且该人的基因组包含人IGHV1-18*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGHV1-18*01重组的可变结构域的抗体；或(ii)IGVH1-46*01且该人的基因组包含人IGHV1-46*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGHV1-46*01重组的可变结构域的抗体。
126.如段落125的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含由人IGHG2*01编码的CH1结构域、CH2结构域、CH3结构域、铰链或Fc中的一者、多者或全部。
127.如段落125或126的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含具有SEQ ID NO:63或65的重链。
128.如段落125至127中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该所选VH基因区段阳性、人IGHV1-18*01或IGVH1-46*01阳性。
129.如段落125至128中任一项的方法或用途，其包含将该人基因分型为该所选VH基因区段阳性，例如人IGHV1-18*01或IGVH1-46*01阳性。
130.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体包含或由抗体或片段组成，其中该抗体或片段包含来源于人VL基因区段及人JL基因区段的重组的VL结构域，其中该VL基因区段选自以下：(i)IGKV4-1*01且该人的基因组包含人IGKV4-1*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGKV4-1*01的重组的可变结构域的抗体；(ii)IGLV2-14*01且该人的基因组包含人IGLV2-14*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGLV2-14*01的重组的可变结构域的抗体；或(iii)IGKV1-13*02且该人的基因组包含人IGKV1-13*02核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGKV1-13*02的重组的可变结构域的抗体。
131.如段落130的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体包含具有SEQ IDNO:62、64或66的轻链。
132.如段落130或131的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该抗体或片段包含来源于人Vκ基因区段及人Jκ基因区段的重组的轻链可变结构域，其中该Jκ基因区段为IGKJ2*01(SEQ ID NO:57；其中(i)或(iii)适用。
133.如段落130至132中任一项的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该人已基因分型为或经基因分型为该所选VL基因区段阳性，例如人IGKV4-1*01、IGLV2-14*01或IGKV1-13*02阳性。
134.如段落133的方法或用途，其包含将该人基因分型为该所选VL基因区段阳性，例如将该人基因分型为人IGKV4-1*01、IGLV2-14*01或IGKV1-13*02阳性。
135.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该配体(例如抗体或片段)以如通过SPR所确定的1nM或1nM以下(例如100、10或1pM或1pM以下)的解离常数(Kd)结合该人TOI。
136.如任何前述段落的配体、方法、用途、试剂盒或组合物，其中该TOI为人PCSK9或人IL-6R。
在本文全篇中，诸如在本文申请专利范围中，与序列相关的位置编号指本文表中陈述的位置，例如表10或17中所列举。
实例
实例1：罕见PCSK9变体
第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)为参与调节低密度脂蛋白受体(LDLR)蛋白质的含量的丝氨酸蛋白酶(Horton等人，2007；Seidah及Prat，2007)。体外实验已展示添加PCSK9至HepG2细胞降低细胞表面LDLR的含量(Benjannet等人,2004；Lagace等人,2006；Maxwell等人,2005；Park等人,2004)。小鼠实验已展示增加PCSK9蛋白质含量降低肝脏中LDLR蛋白质的含量(Benjannet等人,2004；Lagace等人,2006；Maxwell等人,2005；Park等人,2004)，而PCSK9基因剔除小鼠肝脏中LDLR的含量增加(Rashid等人,2005)。另外，已鉴别导致血浆LDL的水平增加或降低的各种人PCSK9突变(Kotowski等人,2006；Zhao等人,2006)。已展示PCSK9直接与LDLR蛋白质相互作用，与LDLR一起经吞噬，且在内体通路中与LDLR共免疫荧光(Lagace等人,2006)。
PCSK9为丝氨酸蛋白酶的枯草杆菌蛋白酶(S8)家族中之前激素-前蛋白转换酶(Seidah等人,2003)。人具有可在S8A及S8B亚科之间划分的九种前激素-前蛋白转换酶(Rawlings等人,2006)。弗林(furin)、PC1/PC3、PC2、PACE4、PC4、PC5/PC6及PC7/PC8/LPC/SPC7归类于S8B亚科中。来自小鼠弗林及PC1的不同结构域的晶体及NMR结构揭示枯草杆菌蛋白酶样前结构域及催化结构域，且P结构域直接C端连接至催化结构域(Henrich等人,2003；Tangrea等人,2002)。基于此亚科内的氨基酸序列相似性，预测所有七个成员具有类似结构(Henrich等人,2005)。SKI-1/S1P及PCSK9归类于S8A亚科中。与这种蛋白质的序列比较也表明存在枯草杆菌蛋白酶样前结构域及催化结构域(Sakai等人,1998；Seidah等人,2003；Seidah等人,1999)。在这种蛋白质中，催化结构域C端的氨基酸序列更可变且未表明存在P结构域。
前激素-前蛋白转换酶以酶原形式表达且其经由多步骤加工成熟。在此加工中，前结构域的功能为双重的。前结构域首先充当伴随蛋白且为催化结构域的恰当折迭所需(Ikemura等人,1987)。一旦催化结构域折迭，自催化发生在前结构域与催化结构域之间。在此初始裂解反应之后，前结构域仍结合催化结构域，此时其接着充当催化活性的抑制剂(Fu等人,2000)。当条件恰当时，在前结构域内的位点处通过第二自催化事件进行成熟(Anderson等人,1997)。在此第二裂解事件发生后，前结构域及催化结构域解离，产生活性蛋白酶。
PCSK9酶原的自催化发生在Gln152与Ser153(VFAQ|SIP(SEQ ID NO:116))之间(Naureckiene等人,2003)，且已展示为其自细胞分泌所需(Seidah等人,2003)。在PCSK9之前结构域内的位点处尚未观察到第二自催化事件。经纯化的PCSK9由可通过非还原SDS-PAGE分离的两种物质组成；17Kd的前结构域及65Kd的催化结构域加C端结构域。PCSK9在无其抑制性前结构域的情况下尚未分离，且PCSK9的催化活性的量测值已为可变的(Naureckiene等人,2003；Seidah等人,2003)。
在某些实施例中，PCSK9多肽包括末端残基，诸如(但不限于)前导序列残基、靶向残基、氨基端甲硫氨酸残基、赖氨酸残基、标签残基和/或融合蛋白残基。“PCSK9”也已称为FH3、NARC1、HCHOLA3、第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶及调节神经细胞凋亡的转换酶1。PCSK9基因编码属于分泌性枯草杆菌酶家族的蛋白酶K亚科之前蛋白转换酶蛋白质。“PCSK9”一词指示前蛋白及前蛋白的自催化后生成的产物两者。当仅提及自催化产物(诸如结合裂解PCSK9的抗原结合蛋白或配体)时，蛋白质可称为“成熟”、“裂解”、“经加工”或“活性”PCSK9。当仅提及非活性形式时，蛋白质可称为PCSK9的“非活性”、“前形式”或“未经加工”形式。PCSK9一词也涵盖并入以下PCSK9氨基酸序列的翻译后修饰的PCSK9分子：诸如已经糖基化的PCSK9序列、信号序列已裂解的PCSK9序列、前结构域已自催化结构域裂解但尚未与催化结构域分离的PCSK9序列(参见例如，US20120093818A1的图1A及图1B；其以全文引用的方式并入本文中)。
本发明提供抗PCSK9配体；及如本文所述的PCSK9结合或靶向配体。这些配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、用于人基因分型或表型分型、PCSK9(具体的人PCSK9或其配体)的亲和纯化及在筛选测定中鉴别PCSK9活性的其它拮抗剂。本发明的一些配体适用于抑制PCSK9与LDLR的结合或抑制PCSK9介导的活性。
已基于靶向及中和所谓的“野生型”人PCSK9(其为通常存在的形式)开发抗PCSK9配体(例如抗体及反义RNA)(参见例如US20120093818A1及US20110065902A1；其中的每一者以全文引用的方式并入本文中)。尽管此类疗法适用于携带此形式的人PCSK9的人患者，但本发明人认为其适用于研究靶向人群体中PCSK9的更罕见但仍天然存在的形式的可能性。以此方式，发明人了解较罕见人PCSK9形式的天然存在及分布，这些人PCSK9形式可充当切合由PCSK9活性介导或与PCSK9活性相关的疾病及状况的人治疗、预防及诊断的有用靶标(在蛋白质或核酸水平下)。此尤其提供不含常见PCSK9基因或蛋白质(也即如US20120093818A1及US20110065902A1中用于产生抗体的形式a或a')的人的定制疗法、预防及诊断。
技术人员应知晓翻译成氨基酸变异的SNP或其它变化可造成欲针对的人靶标的活性和/或构象的变异。此已在使用蛋白质与核苷酸变异性的基因分型及知识以更有效地定制患者的药品及诊断的个性化医学引起极大关注。因此，本发明提供特异性针对较罕见PCSK9多态变体形式的定制医药及测试。在由本发明人确定的许多实例中，此类形式或“等位基因”(在核苷酸水平下)包含对应常见形式核苷酸及氨基酸序列在核苷酸及氨基酸水平下的多个变化，也即在核苷酸水平下存在翻译成人蛋白质靶标中的多个对应变化的多个非同义变化。
此外，本发明人意外地意识到较罕见的天然形式尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，本发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体中提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用。
在此认知下，本发明人意识到本发明在指导抗PCSK9配体选择以便施用人患者用于治疗和/或预防PCSK9介导或相关疾病及状况方面存在显著行业及医学应用。以此方式，患者接受如患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供患者的基因分型和/或表型分型与此类治疗结合，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医学功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)及避免医药处方不当及浪费。
在出现此想法时，本发明人决定基于以下准则确定一组人PCSK9变体，这种准则为本发明人意识到应提供适用于人群体的定制需要的医学药物及诊断的准则。本发明人选择具有4个以下准则的至少3者的变体：
●累积人等位基因频率在1％至10％范围内的PCSK9变体；
●总人基因型频率在1％至约15％范围内的PCSK9变体；
●在许多不同人种族群体中发现的PCSK9变体(使用千人基因组计划的标准分类，其为此项技术中接受的标准；参见下表4)；及
●在分布遍及此类许多不同种族群体的许多个体中发现的PCSK9变体。
基于这种准则，本发明人鉴别下表1中列出的变体(不包括形式a)。
作为考虑，本发明人的选择包括相较于未改变靶标蛋白中的氨基酸残基的沉默变异，选择在对应PCSK9形式中产生氨基酸变异的核苷酸变异(也即非同义变异)。
变异等位基因核苷酸序列
因此，
(i)除等位基因f的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“I474V”的位置处包含GTC密码子而非ATC密码子以外，等位基因f的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(ii)除等位基因c在SEQ ID NO:28中标记“E670G”的位置处包含GGG密码子而非GAG密码子以外，等位基因c的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(iii)除等位基因r的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“I474V”的位置处包含GTC密码子而非ATC密码子；及在SEQ ID NO:28中标记“E670G”的位置处包含GGG密码子而非GAG密码子以外，等位基因r的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(iv)除等位基因p的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“A53V”的位置处包含GTC密码子而非GCC密码子；及在SEQ ID NO:28中标记“I474V”的位置处包含GTC密码子而非ATC密码子以外，等位基因p的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(v)除等位基因m的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“A443T”的位置处包含ACC密码子而非GCC密码子以外，等位基因m的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(vi)除等位基因e的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“N425S”的位置处包含AGT密码子而非AAT密码子；及在SEQ ID NO:28中标记“I474V”的位置处包含GTC密码子而非密码子以外，等位基因e的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(vii)除等位基因h的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“A443T”的位置处包含ACC密码子而非GCC密码子；及在SEQ ID NO:28中标记“Q619P”的位置处包含CCG密码子而非CAG密码子以外，等位基因h的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；
(viii)除等位基因aj的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“R46L”的位置处包含CTT密码子而非CGT密码子；及在SEQ ID NO:28中标记“I474V”的位置处包含GTC密码子而非ATC密码子以外，等位基因aj的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同；及
(ix)除等位基因q的核苷酸序列在SEQ ID NO:28中标记“A53V”的位置处包含GTC密码子而非GCC密码子；及在SEQ ID NO:28中标记“E670G”的位置处包含GGG密码子而非GAG密码子以外，等位基因q的核苷酸序列与SEQ ID NO:28相同。
变体前形式氨基酸序列
(编号按照以上所述的SEQ ID NO:1)
(A)除形式f的氨基酸序列包含位置474处的缬氨酸以外，形式f的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(B)除形式c的氨基酸序列包含位置670处的甘氨酸以外，形式c的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(C)除形式r的氨基酸序列包含位置474处的缬氨酸及位置670处的甘氨酸以外，形式r的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(D)除形式p的氨基酸序列包含位置53处的缬氨酸及位置474处的缬氨酸以外，形式p的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(E)除形式m的氨基酸序列包含位置443处的苏氨酸以外，形式m的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(F)除形式e的氨基酸序列包含位置425处的丝氨酸及位置474处的缬氨酸以外，形式e的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(G)除形式h的氨基酸序列包含位置443处的苏氨酸及位置619处的脯氨酸以外，形式h的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；
(H)除形式aj的氨基酸序列包含位置46处的亮氨酸及位置474处的缬氨酸以外，形式aj的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同；及
(I)除形式q的氨基酸序列包含位置53处的缬氨酸及位置670处的甘氨酸以外，形式q的氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸编号31至(且包括)氨基酸编号692的氨基酸序列相同。
变体成熟形式氨基酸序列
(编号按照以上所述的SEQ ID NO:1)
(A')除形式f的氨基酸序列包含位置474处的缬氨酸以外，形式f的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(B')除形式c的氨基酸序列包含位置670处的甘氨酸以外，形式c的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(C')除形式r的氨基酸序列包含位置474处的缬氨酸及位置670处的甘氨酸以外，形式r的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(D')除形式p的氨基酸序列包含位置474处的缬氨酸以外，形式p的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(E')除形式m的氨基酸序列包含位置443处的苏氨酸以外，形式m的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(F')除形式e的氨基酸序列包含位置425处的丝氨酸及位置474处的缬氨酸以外，形式e的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(G')除形式h的氨基酸序列包含位置443处的苏氨酸及位置619处的脯氨酸以外，形式h的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；
(H')除形式aj的氨基酸序列包含位置474处的缬氨酸以外，形式aj的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同；及
(I')除形式q的氨基酸序列包含位置670处的甘氨酸以外，形式q的氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同。
p的成熟形式与f及aj的成熟形式相同。
c的成熟形式与q的成熟形式相同。
进一步序列分析及3D电子杂交模型化(参看图1)揭示所选变异也满足以下选择准则：
●变异氨基酸残基(对比人PCSK9的常见形式)见于靶标的成熟形式中(也即前结构域外)的PCSK9变体；及
●变异氨基酸残基(对比人PCSK9的常见形式)在靶标上表面暴露的PCSK9变体，本发明人将其视为有助于确定靶标的表面形状及可能有助于如何及何处出现配体结合于靶标上。
如图1中所示，经鉴别的位置425、443、474、619及670(见于本发明的所选变异中)均为表面暴露的且在前结构域外。变异位置425及443在催化结构域上表面暴露，而变异位置474、619及670在C端结构域上表面暴露。
在第一实例中，本发明针对治疗具有天然存在的较罕见天然PCSK9等位基因、基因型及表型(较罕见蛋白质形式)的人的需要。在此方面，本发明提供以下方面：
在第一方面中：一种用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况的方法的抗人PCSK9配体，该人的基因组包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列，其中该方法包含向该人施用该配体。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在替代方案中，该核苷酸序列编码在SEQ ID NO:1中具有突变R46L、A53V、N425S、A443T、I474V、Q619P及E670G(例如包含突变I474、E670G、N425S或Q619P)的人PCSK9；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有I474V且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有E670G且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有Q619P且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有N425S且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有R46L且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加该人的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQID NO:1中具有A53V且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加该人的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ IDNO:1中具有A443T且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加该人的胆固醇)。
在第二方面中：如方面1的配体，其中该配体已确定为或确定为能够结合选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9。
在替代方案中，该配体已确定为或确定为能够结合在SEQ ID NO:1中具有突变R46L、A53V、N425S、A443T、I474V、Q619P及E670G(例如包含突变I474、E670G、N425S或Q619P)的人PCSK9；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有I474V且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有E670G且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有Q619P且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有N425S且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如降低该人的胆固醇或维持降低的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有R46L且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加该人的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有A53V且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加该人的胆固醇)；举例而言，PCSK9在SEQ ID NO:1中具有A443T且该人任选地包含此类PCSK9或编码此类PCSK9的核苷酸序列(例如，其中该方法用于治疗或预防血脂异常，例如增加该人的胆固醇)。
在任何方面的一个实例中，该配体结合(或已确定结合)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的两种、三种、四种或四种以上人PCSK9或该替代方案中的这些PCSK9。
在任何方面的一个实例中，该配体包含特异性结合PCSK9的蛋白质结构域，例如选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或该替代方案中的这些PCSK9。
“特异性结合”一词或其类似者意谓配体(例如抗体或其抗原结合片段)与在生理条件下相对稳定的抗原形成复合物。特异性结合可通过至少约1×10-6M或1×10-6M以下的平衡解离常数表征(例如KD愈小表示结合愈紧密)。确定两个分子是否特异性结合的方法为此项技术中所熟知的，且包括例如平衡透析、表面等离子共振及其类似方法。然而，特异性结合人PCSK9的分离的抗体可展现与其它抗原(诸如来自另一物种的PCSK9分子)的交叉反应性。此外，尽管如此，结合人PCSK9及一或多个额外抗原的多特异性抗体(例如双特异性物)仍视为如本文所用的“特异性结合”PCSK9的抗体。
在任何方面的一个实例中，该配体包含或由模拟LDL受体的EGFA结构域的蛋白质组成且特异性结合PCSK9，例如选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或该替代方案中的这些PCSK9。
在任何方面的一个实例中，该配体拮抗PCSK9，例如选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或该替代方案中的这些PCSK9。
在任何方面的一个实例中，该方法包含(在施用该配体之前)确定该配体能够结合选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或该替代方案中的这些PCSK9的步骤。
在任何方面的一个实例中，结合通过SPR确定。在任何方面的一个实例中，结合通过ELISA确定。
在任何方面的一个实例中，这些形式为成熟形式。
在任何方面的一个实例中，这些形式为前形式。
在第三方面中：一种配体，其结合(i)该替代方案的PCSK9或(ii)包含选自SEQ IDNO:4-27的氨基酸序列的人PCSK9，用于包含使用该配体靶向人的该PCSK9以治疗和/或预防由PCSK9介导的疾病或状况的步骤的方法，该方法包含向该人施用该配体。
在一个实例中，该疾病或状况由(i)该替代方案的PCSK9或(ii)包含选自SEQ IDNO:4-27的氨基酸序列的人PCSK9介导。
在一个实例中，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:4-23、26及27；或选自SEQ ID NO:4-14及18-27；或选自SEQ ID NO:4-14、18-23、26及27。这种序列为未包含46L且符合上文陈述的准则的天然存在的序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:18、19或20，其包含与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:10、11、12、26及27，其包含作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:10-14及18-27；或选自SEQ ID NO:10-14、18-23、26及27。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:1-3(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的序列。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:4。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:5。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:6。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:7。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:8。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:9。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:10。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:11。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:12。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:13。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:14。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:15。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:16。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:17。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:18。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:19。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:20。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:21。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:22。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:23。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:24。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:25。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:26。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:27。
在第四方面中：如方面3的配体，其中该人的基因组包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列；或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第五方面中：如任何前述方面的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列的阳性。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第六方面中：如任何前述方面的配体，其中该人已表型分型为或经表型分型为(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或至少其催化结构域或C端结构域的阳性。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第七方面中：如任何前述方面的配体，其中该方法包含将该人基因分型为选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列的阳性；或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列的阳性。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第八方面中：如任何前述方面的配体，其中该方法包含将该人表型分型为(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或至少其催化结构域或C端结构域的阳性。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第九方面中：如任何前述方面的配体，其中该人已基因分型为或经基因分型为选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列杂合的；或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列杂合的；任选地其中该人已基因分型为或经基因分型为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列及选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列；或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列。
“杂合的”此处意谓在人的基因型中，一个等位基因包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列，且另一等位基因可为任何PCSK9(例如形式a、a'或包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列的等位基因)。
在一个实例中，该方法包含(在施用该配体之前)将该人基因分型为选自SEQ IDNO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列杂合的；任选地也将该人基因分型为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列及选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。
这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第十方面中：如方面1至9中任一项的配体，其中该人的基因组已基因分型为或经基因分型为选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列纯合的；或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列纯合的。
“纯合的”此处意谓在人的基因型中，每一等位基因包含选自SEQ ID NO:29-37的相同核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列。
在一个实例中，该方法包含将该人基因分型为选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列纯合的；或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列纯合的。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第十一方面中：如任何前述方面的配体，其中该配体包含结合(i)该替代方案的PCSK9或(ii)包含选自SEQ ID NO:4-27的氨基酸序列的人PCSK9的抗体结合位点，且任选地已确定为或确定为能够实现此类结合。
在一个实例中，该方法包含(在施用该配体之前)确定该配体能够结合该人PCSK9的步骤。
在一个实例中，结合为特异性结合。在一个实例中，该配体以1mM、100nM、10nM或1nM或1nM以下的亲和力(Kd)结合(或已确定为结合)至PCSK9。在一个实施例中，亲和力不低于10、100或1000fM。
在一个实例中，结合或亲和力通过SPR或ELISA确定。
在一个实例中，该疾病或状况由包含选自SEQ ID NO:4-27的氨基酸序列的人PCSK9介导。
在一个实例中，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:4-23、26及27；或选自SEQ ID NO:4-14及18-27；或选自SEQ ID NO:4-14、18-23、26及27。这种序列为未包含46L且符合上文陈述的准则的天然存在的序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:18、19或20，其包含与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:10、11、12、26及27，其包含作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该氨基酸序列选自SEQ ID NO:10-14及18-27；或选自SEQ ID NO:10-14、18-23、26及27。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:1-3(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的序列。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:4。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:5。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:6。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:7。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:8。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:9。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:10。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:11。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:12。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:13。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:14。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:15。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:16。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:17。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:18。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:19。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:20。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:21。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:22。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:23。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:24。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:25。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:26。
在一个实例中，该氨基酸序列为SEQ ID NO:27。
在第十二方面中：如方面11的配体，其中该配体为抗体或抗体片段。举例而言，该抗体或抗体片段为PCSK9拮抗剂，例如中和PCSK9。
此类抗体的实例揭示于例如WO 2008/057457、WO2008/057458、WO 2008/057459、WO 2008/063382、WO 2008/133647、WO 2009/100297、WO 2009/100318、WO 201 1/037791、WO 201 1/053759、WO 201 1/053783、WO 2008/125623、WO 2011/072263、WO 2009/055783、WO 2010/029513、WO 2011/11 1007、WO 2010/077854中，此类抗体的揭示内容及序列以全文引用的方式并入本文中供本发明使用。一个特定实例为AMG 145(Amgen)、LY3015014(EliLilly)或阿利若单抗。该配体宜为或包含阿利若单抗。或者，该配体为或包含依伏洛单抗。
在一个实例中，该配体为SAR236553/REGN727(Sanofi Aventis/Regeneron)或其PCSK9结合衍生物。
在一个实例中，该配体包含或由结合PCSK9的中和抗体组成，其中该抗体结合PCSK9且降低PCSK9结合LDLR的可能性。
如方面11的配体，其中该配体为PCSK9拮抗剂，例如中和PCSK9。
在本发明的任何方面的一个实例中，该配体包含或由选自以下的配体组成：依伏洛单抗、1D05-IgG2(Merck&Co.)、ALN-PCS02(Alnylam)、RN316(Pfizer-Rinat)、LY3015014(Eli Lilly)及阿利若单抗(SAR236553/REGN727；Sanofi Aventis/Regeneron)。
在第十三方面中：如方面1至10中任一项的配体，其中(i)该配体包含特异性杂交至选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列(或杂交至编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列)，或特异性杂交至该序列的反义序列或RNA转录物的连续核苷酸序列，其中该连续核苷酸序列分别杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28中的至少一个核苷酸或杂交至其反义序列或RNA转录物；和/或(ii)该配体包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列(或编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列)或为这些连续核苷酸的反义序列或RNA版本，其中该连续核苷酸序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28中的核苷酸。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在一个实施例中，该配体包含该核苷酸序列的至少10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50或100个连续核苷酸。
在第十四方面中：如任何前述方面的配体，其中该疾病或状况为高脂血症、高胆固醇血症(例如家族性高胆固醇血症)、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化或心血管疾病或状况。
如任何前述方面的配体，其中该疾病或状况为高胆固醇血症、高脂血症、高胆固醇血症、血脂异常、胆汁郁积性肝病、肾病综合征、甲状腺功能低下、肥胖症、动脉粥样硬化或心血管疾病。
在一个实例中，该疾病或状况为高胆固醇血症。如本文所用，“高胆固醇血症”一词指胆固醇含量升高超过所需含量的状况。在一些实施例中，此表示血清胆固醇含量升高。在一些实施例中，所需含量考虑熟习此项技术者已知(且在US20120093818中描述或提及)的各种“风险因素”。
如任何前述方面的配体，其中该人鉴别为家族性高胆固醇血症、不耐受抑制素、不受抑制素控制的杂合的或处于罹患高胆固醇血症、血脂异常、胆汁郁积性肝病、肾病综合征、甲状腺功能低下、肥胖症、动脉粥样硬化或心血管疾病的风险。
在第十五方面中：如任何前述方面的配体，其中该疾病或状况与LDL胆固醇升高相关。
在美国及一些其它国家，胆固醇水平以毫克(毫克)胆固醇/分升(dL)血液来量测。加拿大及大部分欧洲国家以毫莫耳(mmol)/公升(L)血液来量测胆固醇。如下为普通指南理想范围及升高范围。
*加拿大及欧洲指南略微不同于美国指南。这种转换基于美国指南。
因此，升高的LDL胆固醇为160mg/dL或更高(4.1mmol/L或更高)。
在第十六方面中：如任何前述方面的配体，其中该配体抑制结合人LDL受体的人PCSK9且任选地已确定为或经确定为能够实现此类抑制。
在一个实例中，该方法包含(在施用该配体之前)确定该配体能够实现此类抑制。
抑制确定为例如在rtp、ph7、37摄氏度下和/或在人体的生理条件下血液或血清样品中的抑制。
在第十七方面中：如任何前述方面的配体，其中该人抗或实质上抗该疾病或状况的抑制素(例如阿伏他汀和/或氟伐他汀)治疗。
在第十八方面中：如任何前述方面的配体，其中该配体用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况，
(i)该人的基因组包含SEQ ID NO:29且其中该人具有ASW、YRI、GBR、TSI、CLM、LWK、MXL、JPT、PUR、IBS、FIN或CEU祖先；或
(ii)该人的基因组包含SEQ ID NO:30且其中该人具有ASW、YRI、GBR、TSI、CLM、CHB、LWK、CHS、JPT、PUR、FIN或CEU祖先；或
(iii)该人的基因组包含SEQ ID NO:32且其中该人具有ASW、GBR、TSI、CLM、JPT、PUR、IBS、FIN或CEU祖先；或
(iv)该人的基因组包含SEQ ID NO:33且其中该人具有LWK、ASW、YRI或CLM祖先；或
(v)该人的基因组包含SEQ ID NO:34且其中该人具有LWK、ASW或YRI祖先；或
(vi)该人的基因组包含SEQ ID NO:35且其中该人具有PUR、TSI、FIN或CEU祖先；或
(vii)该人的基因组包含SEQ ID NO:36且其中该人具有LWK、ASW或YRI祖先；或
(viii)该人的基因组包含SEQ ID NO:37且其中该人具有CHS、ASW、JPT、PUR或CHB祖先。
在第十九方面中：如任何前述方面的配体，其中该配体用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况
(i)该人表达PCSK9形式f且其中该人具有ASW、YRI、GBR、TSI、CLM、LWK、MXL、JPT、PUR、IBS、FIN或CEU祖先；或
(ii)该人表达PCSK9形式c且其中该人具有ASW、YRI、GBR、TSI、CLM、CHB、LWK、CHS、JPT、PUR、FIN或CEU祖先；或
(iii)该人表达PCSK9形式p且其中该人具有ASW、GBR、TSI、CLM、JPT、PUR、IBS、FIN或CEU祖先；或
(iv)该人表达PCSK9形式m且其中该人具有LWK、ASW、YRI或CLM祖先；或
(v)该人表达PCSK9形式e且其中该人具有LWK、ASW或YRI祖先；或
(vi)该人表达PCSK9形式h且其中该人具有PUR、TSI、FIN或CEU祖先；或
(vii)该人表达PCSK9形式aj且其中该人具有LWK、ASW或YRI祖先；或
(viii)该人表达PCSK9形式q且其中该人具有CHS、ASW、JPT、PUR或CHB祖先。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第二十方面中：一种用于治疗和/或预防PCSK9介导的状况或疾病的药物组合物或试剂盒(例如，如方面14或15中所述)，该组合物或试剂盒包含如任何前述方面的配体及任选存在的抑制素(例如塞若伐他汀(cerovastatin)、阿托伐他汀、辛伐他汀、匹伐他汀(pitavastin)、罗素他汀、氟伐他汀、洛伐他汀或普伐他汀)；及任选地与用于治疗和/或预防人的该疾病或状况(例如涵盖如方面18或19中所述的人治疗)的标记或说明书组合；任选地其中该标记或说明书包含营销授权编号(例如FDA或EMA授权编号)；任选地其中该标记或说明书包含向该人施用阿利若单抗或依伏洛单抗的说明；任选地其中该试剂盒包含具有该配体(及例如也具有抑制素)的IV或注射装置。
在第二十一方面中：一种产生抗人PCSK9抗体结合位点的方法，该方法包含获得多个抗PCSK9抗体结合位点，筛选结合(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或其催化结构域或C端结构域或肽的抗体结合位点，该人PCSK9或其催化结构域或C端结构域或肽包含SEQ ID NO:1、2或3的对应序列的氨基酸变异，及分离在筛选步骤中结合的抗体结合位点，及任选地产生分离的抗体的形式f、c、r、p、m、e、h、aj或qPCSK9结合片段或衍生物。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在此方面及下一方面的一个实例中，该多个结合位点包含或由多个4链抗体或其片段(例如dAb、Fab或scFv)组成。适用于产生多个结合位点以供筛选的方法包括噬菌体展示(产生抗体结合位点的噬菌体展示库)、核糖体展示(产生抗体结合位点的核糖体展示库)、酵母展示(产生抗体结合位点的酵母展示库)、或用PCSK9表位使非人脊椎动物(例如啮齿动物，例如小鼠或大鼠，例如VelocimouseTM、KymouseTM、XenomouseTM、Aliva MouseTM、HuMab MouseTM、OmnimouseTM、OmniratTM或MeMo MouseTM)免疫及分离抗体产生细胞的谱(例如B细胞、浆细胞或成浆细胞谱)和/或分离的抗体的谱。
在一个实例中，该方法包含选择各特异性结合包含SEQ ID NO:1、2或3的对应序列的氨基酸变异的人PCSK9表位的一或多个抗体结合位点。
在第二十二方面中：一种产生抗人PCSK9抗体的方法，该方法包含用(i)该替代方案的PCSK9或(ii)包含选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的氨基酸序列的氨基酸序列的人PCSK9或其催化结构域或C端结构域或肽使非人脊椎动物(例如小鼠或大鼠)免疫，该人PCSK9或其催化结构域或C端结构域或肽包含SEQ ID NO:1、2或3的对应序列的氨基酸变异，及分离结合包含选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9或其催化结构域或C端结构域或肽的抗体，该人PCSK9或其催化结构域或C端结构域或肽包含SEQ ID NO:1、2或3的对应序列的氨基酸变异，及任选地产生分离的抗体的形式f、c、r、p、m、e、h、aj或q PCSK9结合片段或衍生物。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第二十三方面中：如方面21或22的方法，其包含获得编码该抗体、片段、衍生物或结合位点的核酸及任选地将该核酸插入表达载体中的步骤。
举例而言，该方法包含分离包含该核酸的细胞(例如B细胞、成浆细胞、浆细胞或记忆细胞)，其中该细胞获自已用PCSK9表位免疫的非人脊椎动物。
在第二十四方面中：一种用于人PCSK9基因分型的试剂盒，其中该试剂盒包含以下核酸：(i)包含特异性杂交至(i)编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列或(ii)选自SEQ IDNO:29-37的核苷酸序列或至少其催化结构域或C端结构域编码序列、或特异性杂交至该序列的反义序列或RNA转录物的10个或10个以上(例如10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100个或100个以上)连续核苷酸序列，其中该连续核苷酸序列杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至其反义序列或RNA转录物；和/或(ii)包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列(或(i)的核苷酸序列)的至少10个或10个以上(例如10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100个或100个以上)核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列或RNA版本，其中该连续核苷酸序列包含存在于该所选序列且不存在于SEQ IDNO:28的至少一个核苷酸。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第二十五方面中：一种用于人PCSK9基因分型或表型分型的试剂盒，其中该试剂盒包含如方面1至19中任一项的配体或通过如方面21至23中任一项的方法产生的抗体、片段或衍生物。
在第二十六方面中：一种抗PCSK9配体在制造用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况的药剂中的用途，该抗PCSK9配体结合(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9，该人的基因组包含(iii)编码(i)的该PCSK9的核苷酸序列；或(iv)选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列，任选地如方面18或19中所述用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第二十七方面中：一种抗PCSK9配体在制造靶向人的该PCSK9以治疗和/或预防由PCSK9介导的疾病或状况的药剂中的用途，该抗PCSK9配体结合(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9，任选地如方面18或19中所述靶向人的PCSK9。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
该配体可为本文中所揭示的任何抗PCSK9配体。
在第二十八方面中：如方面26或27的用途，其中该配体、人、疾病或状况如方面1至19中的任一项。
在第二十九方面中：一种靶向PCSK9用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况的方法，该方法包含向人施用抗PCSK9配体，该人包含(i)编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列或(ii)选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列，藉此靶向由该核苷酸序列编码的PCSK9。
该配体可为本文中所揭示的任何抗PCSK9配体。
在第三十方面中：如方面29的方法，其中该方法包含用该配体靶向选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9以治疗和/或预防该人的该疾病或状况。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第三十一方面中：一种治疗和/或预防人的由PCSK9介导的疾病或状况的方法，该方法包含通过向该人施用配体靶向(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9，该配体结合该PCSK9，从而治疗和/或预防该人的该疾病或状况。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
该配体可为本文中所揭示的任何抗PCSK9配体。
在第三十二方面中：如方面31的方法，其中该人的基因组包含选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:29-35及37；或选自SEQ ID NO:29-32及34-37；或选自SEQ ID NO:29-32、34、35及37。这种序列为未编码46L且符合上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。这种群组包含与LDL-C升高相关的变体。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34，其编码与LDL-C升高相关的425S(Pisciotta等人2006)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31及37，其编码作为冠状动脉粥样硬化严重程度的指标的670G(Chen等人2005)。
在一个实例中，该核苷酸序列选自SEQ ID NO:31、32、34、35、36及37；或选自SEQID NO:31、32、34、35及37。这种序列为具有天然存在的与SEQ ID NO:28(形式a)的差异的组合且符合上文陈述的准则的等位基因(单倍型)序列。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:29。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:30。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:31。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:32。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:33。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:34。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:35。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:36。
在一个实例中，该核苷酸序列为SEQ ID NO:37。
在第三十三方面中：如方面29至32中任一项的方法，其中该人已基因分型为或基因分型为选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列的阳性。
在第三十四方面中：如方面29至33中任一项的方法，其中该人已表型分型为或表型分型为(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9的阳性。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第三十五方面中：如方面29至34中任一项的方法，其中该方法包含将该人基因分型为(i)编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列或(ii)选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列的阳性。
在第三十六方面中：如方面29至35中任一项的方法，其中该方法包含将该人表型分型为(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9序列的阳性。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第三十七方面中：如方面29至36中任一项的方法，其中该人已基因分型为或基因分型为(i)的该核苷酸序列或选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列杂合的；任选地其中该人已基因分型为或基因分型为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列及(i)的该核苷酸序列或选自SEQ IDNO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列。
在第三十八方面中：如方面29至37中任一项的方法，其中该人的基因组已基因分型为或基因分型为(i)的该核苷酸序列或选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列纯合的。
在第三十九方面中：如方面29至38中任一项的方法，其中该方法包含在向该人施用该配体之前，将该人基因分型为(i)的该核苷酸序列或选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列，其中该配体经确定能够结合由该所选序列编码的PCSK9。
在第四十方面中：如方面29至39中任一项的方法，其中该配体、人、疾病或状况如方面1至19中的任一项。
在第四十一方面中：如方面29至40中任一项的方法，其用于治疗和/或预防如方面14或15中所述的状况或疾病，该方法包含向该人施用该配体及抑制素(例如塞若伐他汀、阿托伐他汀、辛伐他汀、匹伐他汀、罗素他汀、氟伐他汀、洛伐他汀或普伐他汀)。
在第四十二方面中：如方面41的方法，其中该配体及抑制素分开施用。
在第四十三方面中：如方面41的方法，其中该配体及抑制素同时施用。
在第四十四方面中：如方面29至43中任一项的方法，其中该配体通过皮下注射施用。
在第四十五方面中：一种对人的核酸样品进行PCSK9基因分型的方法，该方法包含鉴别该样品中(i)编码该替代方案的PCSK9的核苷酸序列或(ii)选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其催化结构域或C端结构域编码序列的存在。
在第四十六方面中：一种对人的蛋白质样品进行PCSK9分型的方法，该方法包含鉴别该样品中(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9的存在。
在一个实例中，这些形式为成熟形式。
在一个实例中，这些形式为前形式。
在第四十七方面中：如方面45或46的方法，其包含自人获得血清、血液、粪便、毛发、组织、细胞、尿液或唾液的样品，藉此获得该核酸或蛋白质样品且用于鉴别该序列的步骤。
在第四十八方面中：如方面45至47中任一项的方法，其包含使用如方面1至19中任一项的配体进行该鉴别步骤。
在第四十九方面中：一种治疗和/或预防人患者的心血管疾病或状况或与LDL胆固醇升高相关的疾病或状况(例如高胆固醇血症)的方法，其中该患者正在接受或先前已接受该疾病或状况的抑制素治疗，该方法包含使用如方面45至48中任一项的方法将该患者分型及施用如方面1至19中任一项的配体，藉此治疗该人或预防该疾病或状况；任选地也减少或停止抑制素治疗。
在一个实例中，该减少或停止包含减少抑制素的剂量和/或给药频率。
在第五十方面中：一种诊断、治疗或预防试剂盒，其包含能够结合或已确定为或确定为能够结合选自SEQ ID NO:4-27的氨基酸序列的配体及用于进行如方面46至49中任一项的方法的说明书和/或指示或涵盖如方面1至19中任一项所定义的向人施用该配体的标记或说明书。
在第五十一方面中：一种诊断、治疗或预防试剂盒，其包含核酸探针，该核酸探针包含特异性杂交至(i)的核苷酸序列或选自SEQ ID NO:29-37的核苷酸序列或其反义序列或RNA转录物的核苷酸序列，及用于进行如方面45、47或48的方法的说明书。
在本发明的实例中，该配体特异性结合人PCSK9，例如(i)该替代方案的PCSK9或(ii)本文中所揭示的罕见PCSK9变体(例如一种、两种、三种、三种以上或所有成熟形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q)中的一或多个及也任选存在的a和/或a'形式。举例而言，该配体特异性结合成熟形式f和/或c以及形式a。举例而言，该配体特异性结合包含突变E670G的人PCSK9且也结合在SEQ ID NO:1中具有突变I474V、Q619P或N425S的人PCSK9。举例而言，该配体特异性结合包含突变E670G的人PCSK9且也结合在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的人PCSK9。举例而言，该配体特异性结合包含突变E670G的人PCSK9且也结合在SEQ ID NO:1中具有突变Q619P的人PCSK9。举例而言，该配体特异性结合包含突变E670G的人PCSK9且也结合在SEQID NO:1中具有突变N425S的人PCSK9。此类结合的确定可通过如此项技术中已知的任何抗体结合测试来进行，例如通过表面等离子共振。举例而言，分别以至少1mM、100nM、1nM、100pM、10pM或1pM的Kd结合各此类形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的PCSK9，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合该所选形式。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式f，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式f。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式c，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式c。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式r，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式r。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式p，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式p。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式m，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式m。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式e，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式e。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式h，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式h。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式aj，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式aj。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在一个实例中，该配体结合形式a及形式q，其中该配体以结合形式a的Kd的至少60、70、80、90或95％的Kd(通过SPR确定)结合形式q。在一个实施例中，两种形式皆为成熟形式。在一个实施例中，两种形式皆为前形式。
在本发明的实例中，该配体中和人PCSK9，例如本文中所揭示的罕见PCSK9变体(例如一种、两种、三种、三种以上或所有成熟形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q)中的一或多个及也任选存在的a和/或a'形式。举例而言，该配体中和成熟形式f和/或c以及形式a。中和的确定可例如通过US20120093818A1(Amgen,Inc)或US20110065902A1(RegeneronPharmaceuticals,Inc)中所揭示的任何中和分析方法来进行。结合或靶向PCSK9的本发明的配体适用于例如US20120093818A1及US20110065902A1中所揭示的治疗及预防应用，这种特定揭示内容以引用的方式并入本文中用于本发明中及用于本文申请专利范围中可能的包含内容。
在该配体用于治疗应用的实施例中，抗原结合蛋白可抑制、干扰或调节PCSK9(例如本文中所揭示的罕见变体中的一或多个及也任选存在的a和/或a'形式)的一或多个生物学活性。在一个实施例中，配体特异性结合人PCSK9(例如本文中所揭示的罕见变体中的一或多个及也任选存在的a和/或a'形式)和/或实质上抑制人PCSK9(例如本文中所揭示的罕见变体中的该一或多个及也任选存在的a和/或a'形式)与LDLR的结合达至少20％，例如20％-40％、40-60％、60-80％、80-85％或85％以上(例如通过在体外竞争性结合分析中量测结合)。在一个实例中，该配体为抗体。
在一个实施例中，该配体以小于(较紧密地结合)10-7、10-8、10-9、10-10、10-11、10-12、10-13M的Kd结合一种、两种或更多种本文中所揭示的罕见变体及也任选存在的a和/或a'形式。在一个实例中，使用SPR确定Kd。
在一个实施例中，该配体阻断LDLR与一或多种本文中所揭示的罕见PCSK9变体(及也任选存在的a和/或a'形式)的结合的IC50值小于1mM、1000nM至100nM、100nM至10nM、10nM至1nM、1000pM至500pM、500pM至200pM、小于200pM、200pM至150pM、200pM至100pM、100pM至10pM、10pM至1pM。
在一个实施例中，该配体阻断LDLR与PCSK9的a和/或a'形式的结合的IC50值比阻断LDLR与一或多种本文中所揭示的罕见PCSK9变体(例如包含选自SEQ ID NO:4至27的序列的一或多种PCSK9蛋白质)的结合的IC50值大(也即更大抑制性)不超过1000、100、90、80、70、60、50、40、30、20或10倍。另外或替代地，例如，该配体阻断LDLR与(i)a和/或a'形式的结合的IC50值小于1mM、1000nM至100nM、100nM至10nM、10nM至1nM、1000pM至500pM、500pM至200pM、小于200pM、200pM至150pM、200pM至100pM、100pM至10pM、10pM至1pM，例如在1mM至1pM范围内(例如1mM至100pM；10nM至100pM；1nM至10pM；或100pM至1pM)及阻断LDLR与(ii)一或多种包含选自SEQ ID NO:4至27的序列的PCSK9蛋白质的结合的IC50值小于1mM、1000nM至100nM、100nM至10nM、10nM至1nM、1000pM至500pM、500pM至200pM、小于200pM、200pM至150pM、200pM至100pM、100pM至10pM、10pM至1pM，例如在1mM至1pM范围内(例如1mM至100pM；10nM至100pM；1nM至10pM；或100pM至1pM)。
在一个实施例中，该配体结合PCSK9的a和/或a'形式的结合亲和力(Kd)相对于结合包含选自SEQ ID NO:4至27的序列的PCSK9的结合亲和力超过至多10％、超过至多20％、超过至多40％、超过至多50％、超过至多55％、超过至多60％、超过至多65％、超过至多70％、超过至多75％、超过至多80％、超过至多85％、超过至多90％、超过至多95％或超过至多100％(也即双倍)。此类结合量测可使用此项技术中已知的多种结合分析来进行，例如使用表面等离子共振(SPR)，诸如通过BiacoreTM或使用ProteOn XPR36TM 或使用(Sapidyne Instruments,Inc)。
在一个实施例中，表面等离子共振(SPR)在25℃下进行。在另一实施例中，SPR在37℃下进行。
在一个实施例中，SPR在诸如约pH 7的生理pH值下或在pH 7.6下(例如使用pH 7.6的Hepes缓冲生理食盐水(也称为HBS-EP))进行。
在一个实施例中，SPR在生理盐含量下进行，例如150mM NaCl。
在一个实施例中，SPR在以体积计不超过0.05％的清洁剂含量下进行，例如在0.05％的P20(聚山梨醇酯20；例如Tween-20TM)及3mM的EDTA存在下。
在一个实例中，SPR在25℃或37℃下在pH 7.6的缓冲液中、150mM NaCl、0.05％清洁剂(例如P20)及3mM EDTA下进行。缓冲液可含有10mM Hepes。在一个实例中，SPR在25℃或37℃下在HBS-EP中进行。HBS-EP购自Teknova Inc(California；目录号H8022)。
在一个实例中，该配体(其为抗体)的亲和力通过以下步骤使用SPR来确定：
1.使抗小鼠(或其它相关脊椎动物)IgG(例如Biacore BR-1008-38)偶合至生物传感器芯片(例如GLM芯片)，诸如通过伯胺偶合；
2.使抗小鼠IgG(脊椎动物抗体)暴露于测试IgG抗体以捕获芯片上的测试抗体；
3.使测试抗原在1024nM、256nM、64nM、16nM、4nM及0nM(也即仅缓冲液)下在芯片的捕获表面上穿过；及
4.及例如在上文所论述的SPR条件下(例如在25℃下生理缓冲液中)使用表面等离子共振确定测试抗体结合测试抗原的亲和力。SPR可使用任何标准SPR设备进行，诸如通过BiacoreTM或使用ProteOn XPR36TM
捕获表面的再生可使用10mM甘氨酸在pH 1.7下进行。此移除所捕获的抗体且使得表面可用于其它相互作用。结合数据可使用标准技术拟合成固有1:1模型，例如使用ProteOn XPR36TM分析软件的固有模型。
在一个实施例中，本发明的配体的分析或测试在pH7下或实质上在pH7下(例如对于体外测试及分析)及在rtp下或实质上在rtp下进行。
本发明的抗PCSK9抗体的IgG2重链恒定结构域的一个实例具有如SEQ ID NO:154(US20120093818A1的图3KK)中所示的氨基酸序列，该序列以引用的方式并入本文中。
本发明的抗PCSK9抗体的IgG4重链恒定结构域的一个实例具有如SEQ ID NO:155(US20120093818A1的图3KK)中所示的氨基酸序列，该序列以引用的方式并入本文中。
抗PCSK9抗体的κ轻链恒定结构域的一个实例具有如SEQ ID NO:157(图3KK)中所示的氨基酸序列，该序列以引用的方式并入本文中。
抗PCSK9抗体的λ轻链恒定结构域的一个实例具有如SEQ ID NO:156(US20120093818A1的图3KK)中所示的氨基酸序列，该序列以引用的方式并入本文中。
在本发明的实例中，该配体结合成熟PCSK9，例如一或多种本文中所揭示的罕见变体的成熟形式及也任选存在的a和/或a'形式。
在本发明的实例中，该配体结合PCSK9的催化结构域，例如一或多种本文中所揭示的罕见变体的成熟形式及也任选存在的a和/或a'形式的催化结构域。
在本发明的实例中，该配体结合PCSK9之前结构域，例如一或多种本文中所揭示的罕见变体的成熟形式及也任选存在的a和/或a'形式之前结构域。
在一些实施例中，该配体结合PCSK9的V结构域，例如一或多种本文中所揭示的罕见变体的成熟形式及也任选存在的a和/或a'形式的V结构域。在一些实施例中，该配体结合PCSK9(例如一或多种本文中所揭示的罕见变体的成熟形式及也任选存在的a和/或a'形式)的V结构域且防止(或减少例如至少10％)PCSK9结合LDLR。在一些实施例中，该配体结合PCSK9(例如一或多种本文中所揭示的罕见变体的成熟形式及也任选存在的a和/或a'形式)的V结构域，且虽然其不防止(或减少)PCSK9与LDLR的结合，但该配体防止或减少(例如至少10％)经由PCSK9介导中对LDLR的有害活性。
在本发明的实例中，该配体为或包含完全人抗体。在一个实例中，该配体包含人可变区或人源化可变区。
在一个实例中，本发明的配体特异性结合(i)该替代方案的PCSK9或(ii)选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。举例而言，该氨基酸选自以下：46L、53V、425S、443T、474V、619P及670G(如SEQ ID NO:1中所用的编号)。举例而言，该氨基酸选自以下：425S、443T、474V、619P及670G(如SEQ IDNO:1中所用的编号)。举例而言，该氨基酸选自425S及443T(如SEQ ID NO:1中所用的编号)。举例而言，该氨基酸选自474V、619P及670G(如SEQ ID NO:1中所用的编号)。在一个实例中，该PCSK9形式为成熟形式。在一个实例中，该PCSK9形式为前形式。在一个实例中，该配体也特异性结合形式a和/或a'。在一个实施例中，该配体特异性结合形式f PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式c PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式r PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式p PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式m PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式ePCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式h PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式aj PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式q PCSK9的表位，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。
在一个实施例中，配体特异性结合选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9之前结构域。在一个实例中，该配体也特异性结合形式a和/或a'之前结构域。在一个实施例中，该配体特异性结合形式f PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式c PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式r PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式p PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式m PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式e PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式h PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式aj PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式q PCSK9之前结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。
在一个实施例中，配体特异性结合选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9的催化结构域。在一个实例中，该配体也特异性结合形式a和/或a'的催化结构域。在一个实施例中，该配体特异性结合形式f PCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式c PCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式rPCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式p PCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式m PCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式ePCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式h PCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式aj PCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式qPCSK9的催化结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。
在一个实施例中，配体特异性结合选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9的C端结构域。在一个实例中，该配体也特异性结合形式a和/或a'的C端结构域。在一个实施例中，该配体特异性结合形式f PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式c PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式r PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式p PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式m PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式e PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式h PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式aj PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式q PCSK9的C端结构域，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。
在一个实施例中，配体特异性结合选自形式f、c、r、p、m、e、h、aj及q的人PCSK9的底物结合沟槽(参见Cunningham等人,Nat Struct Mol Biol.2007年5月；14(5):413-9.电子版2007年4月15日,“Structural and biophysical studies of PCSK9 and its mutantslinked to familial hypercholesterolemia”，其以全文引用的方式并入本文中)。在一个实例中，该配体也特异性结合形式a和/或a'的底物结合沟槽。在一个实施例中，该配体特异性结合形式f PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式c PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式r PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式p PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式m PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式e PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式h PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式aj PCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。在一个实施例中，该配体特异性结合形式qPCSK9的底物结合沟槽，其中该表位包含至少一个在形式a中未发现的氨基酸。
参考US20120093818A1(Amgen,Inc)，其全部揭示内容并入本文中。本专利申请案揭示用于本发明中的相关配体以及可参照本发明使用的产生及测试配体的实例及方法。
在一个实例中，该配体为或包含US20120093818A1(Amgen,Inc)的表2中所揭示的抗体或为其PCSK9结合衍生物。
在一个实施例中，本发明的PCSK9结合配体选自US20120093818A1(Amgen,Inc)中(例如US20120093818A1的段落[0009]至[0014]及[0058]至[0063])所揭示的抗原结合蛋白；这种揭示内容(包括此类蛋白质的序列)全部如同本文中明确所述以引用的方式并入本文中，且用于一或多个技术方案中可能的包含内容或用于本发明中。
在此段落中，SEQ ID NO为如US20120093818A1(Amgen,Inc)中所出现的SEQ ID NO且这种序列如同本文中明确所述以引用的方式并入本文中且用于一或多个技术方案中可能的包含内容或用于本发明中。在一些方面中，本发明的配体包含结合PCSK9的分离的抗原结合蛋白，该抗原结合蛋白包含：A)选自以下的一或多个重链互补决定区(CDRH)：(i)CDRH1，来自选自以下的序列中的CDRH1：SEQ ID NO:74、85、71、72、67、87、58、52、51、53、48、54、55、56、49、57、50、91、64、62、89、65、79、80、76、77、78、83、69、81及60；(ii)CDRH2，来自选自以下的序列中的CDRH2：SEQ ID NO:74、85、71、72、67、87、58、52、51、53、48、54、55、56、49、57、50、91、64、62、89、65、79、80、76、77、78、83、69、81及60；(iii)CDRH3，来自选自以下的序列中的CDRH3：SEQ ID NO:74、85、71、72、67、87、58、52、51、53、48、54、55、56、49、57、50、91、64、62、89、65、79、80、76、77、78、83、69、81及60；及(iv)含有一或多个不超过4个氨基酸的氨基酸取代、缺失或插入的(i)、(ii)及(iii)的CDRH；B)选自以下的一或多个轻链互补决定区(CDRL)：(i)CDRL1，来自选自以下的序列中的CDRL1：SEQ ID NO:5、7、9、10、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、26、28、30、31、32、33、35、36、37、38、39、40、42、44及46；(ii)CDRL2，来自选自以下的序列中的CDRL2：SEQ ID NO:5、7、9、10、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、26、28、30、31、32、33、35、36、37、38、39、40、42、44及46；(iii)CDRL3，来自选自以下的序列中的CDRL3：SEQ ID NO:5、7、9、10、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、26、28、30、31、32、33、35、36、37、38、39、40、42、44及46；及(iv)含有一或多个不超过4个氨基酸的氨基酸取代、缺失或插入的(i)、(ii)及(iii)的CDRL；或C)一或多个A)的重链CDRH及一或多个B)的轻链CDRL。在一些实施例中，该分离的抗原结合蛋白包含至少一个A)的CDRH及至少一个B)的CDRL。在一些实施例中，该分离的抗原结合蛋白包含至少两个A)的CDRH及至少两个B)的CDRL。在一些实施例中，该分离的抗原结合蛋白包含该CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2及CDRL3。在一些实施例中，A)的CDRH选自以下中的至少一者：(i)CDRH1氨基酸序列，选自选自SEQ ID NO:67、79、89及49的序列中的CDRH1；(ii)CDRH2氨基酸序列，选自选自SEQ ID NO:67、79、89及49的序列中的CDRH2；(iii)CDRH3氨基酸序列，选自选自SEQ IDNO:67、79、89及49的序列中的CDRH3；及(iv)含有一或多个不超过2个氨基酸的氨基酸取代、缺失或插入的(i)、(ii)及(iii)的CDRH。此外，B)的CDRL选自以下中的至少一者：(i)CDRL1氨基酸序列，选自选自SEQ ID NO:12、35、32及23的序列中的CDRL1；(ii)CDRL2氨基酸序列，选自选自SEQ ID NO:12、35、32及23的序列中的CDRL2；(iii)CDRL3氨基酸序列，选自选自SEQ ID NO:12、35、32及23的序列中的CDRL3；及(iv)含有一或多个不超过2个氨基酸的氨基酸取代、缺失或插入的(i)、(ii)及(iii)的CDRL；或C)一或多个A)的重链CDRH及一或多个B的轻链CDRL。在一些实施例中，A)的该CDRH选自以下中的至少一者：(i)SEQ ID NO:67中的CDRH1氨基酸序列的CDRH1氨基酸序列；(ii)SEQ ID NO:67中的CDRH2氨基酸序列的CDRH2氨基酸序列；(iii)SEQ ID NO:67中的CDRH3氨基酸序列的CDRH3氨基酸序列；及(iv)含有一或多个不超过2个氨基酸的氨基酸取代、缺失或插入的(i)、(ii)及(iii)的CDRH；B)的该CDRL选自以下中的至少一者：(i)SEQ ID NO:12中的CDRL1氨基酸序列的CDRL1氨基酸序列；(ii)SEQ ID NO:12中的CDRL2氨基酸序列的CDRL2氨基酸序列；(iii)SEQ ID NO:12中的CDRL3氨基酸序列的CDRL3氨基酸序列；及(iv)含有一或多个不超过2个氨基酸的氨基酸取代、缺失或插入的(i)、(ii)及(iii)的CDRL；或C)一或多个A)的重链CDRH及一或多个B)的轻链CDRL。在一些实施例中，该抗原结合蛋白包含A)SEQ ID NO:67中的CDRH1序列的CDRH1、SEQ IDNO:67中的CDRH2序列的CDRH2、及SEQ ID NO:67中的CDRH3序列的CDRH3，及B)SEQ ID NO:12中的CDRL1序列的CDRL1、SEQ ID NO:12中的CDRL2序列的CDRL2、及SEQ ID NO:12中的CDRL3序列的CDRL3。在一些实施例中，该抗原结合蛋白包含与选自以下的氨基酸序列具有至少80％序列相同性的重链可变区(VH)：SEQ ID NO:74、85、71、72、67、87、58、52、51、53、48、54、55、56、49、57、50、91、64、62、89、65、79、80、76、77、78、83、69、81及60，和/或与选自以下的氨基酸序列具有至少80％序列相同性的轻链可变区(VL)：SEQ ID NO:5、7、9、10、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、26、28、30、31、32、33、35、36、37、38、39、40、42、44及46。在一些实施例中，该VH具有与选自以下的氨基酸序列的至少90％序列相同性：SEQ ID NO:74、85、71、72、67、87、58、52、51、53、48、54、55、56、49、57、50、91、64、62、89、65、79、80、76、77、78、83、69、81及60，和/或该VL具有与选自以下的氨基酸序列的至少90％序列相同性：SEQID NO:5、7、9、10、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、26、28、30、31、32、33、35、36、37、38、39、40、42、44及46。在一些实施例中，该VH选自以下：SEQ ID NO:74、85、71、72、67、87、58、52、51、53、48、54、55、56、49、57、50、91、64、62、89、65、79、80、76、77、78、83、69、81及60，和/或该VL选自以下：SEQ ID NO:5、7、9、10、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、26、28、30、31、32、33、35、36、37、38、39、40、42、44及46。
在本发明的任何方面的一个实例中，PCSK9靶向或结合配体包含或由US20120093818A1(Amgen,Inc)中所揭示的AMG145或31H4、16F12、11F1、8A3或21B12、或包含AMG145、31H4、16F12、11F1、8A3或21B12的可变结构域的抗体组成，其揭示内容(包括序列)如同本文中明确所述以引用的方式并入本文中且用于一或多个技术方案中可能的包含内容或用于本发明中。优选地，PCSK9靶向或结合配体包含或由AMG145组成。
在一个实例中，本发明的AMG145或其它配体经糖基化，例如具有人糖基化(例如通过CHO、Cos或Hek293细胞产生)。在一个实例中，本发明的配体在CHO中产生。
参考US20110065902A1(Regeneron Pharmaceuticals,Inc)，其全部揭示内容并入本文中。本专利申请案揭示用于本发明中的相关配体以及可参照本发明使用的产生及测试配体及确定医学功效的实例及方法。
参考以下PCT申请案，其全部揭示内容并入本文中。这种申请案揭示用于本发明中的相关配体以及可参照本发明使用的产生及测试配体及确定医学功效的实例及方法。
WO2008057457
WO2008057458
WO2008057459
WO2008063382
WO2008133647
WO2009100297
WO2009100318
WO2011037791
WO2011053759
WO2011053783
WO2008125623
WO2011072263
WO2009055783
WO2010029513
WO2011111007
WO2010077854
PCSK9的抗体配体描述于例如WO 2008/057457、WO 2008/057458、WO 2008/057459、WO 2008/063382、WO 2008/125623及US 2008/0008697中；其中的每一者以全文引用的方式并入本文中。
在一个实例中，该配体为或包含US20110065902A1的实例中所揭示的抗体(例如316P或300N)或为其PCSK9结合衍生物。所有这种揭示内容(包括此类蛋白质的序列及对应核苷酸序列)如同本文中明确所述以引用的方式并入本文中且用于一或多个技术方案中可能的包含内容或用于本发明中。在一个实施例中，该配体为或包含US20110065902A1中所揭示的抗体316P或300N的可变结构域或为(或包含)此类抗体或其PCSK9结合衍生物。
在一个实施例中，该配体为或包含抗体阿利若单抗或SAR236553/REGN727(SanofiAventis/Regeneron)的可变结构域或为(或包含)此类抗体或其PCSK9结合衍生物。在一个实例中，阿利若单抗经糖基化，例如具有人糖基化(例如通过CHO、Cos或Hek293细胞产生)。优选地，该配体为阿利若单抗或SAR236553/REGN727。
在一个实施例中，该配体为或包含抗体依伏洛单抗的可变结构域或为(或包含)此类抗体或其PCSK9结合衍生物。在一个实例中，该抗体经糖基化，例如具有人糖基化(例如通过CHO、Cos或Hek293细胞产生)。优选地，该配体为依伏洛单抗。
在一个实施例中，该配体选自依伏洛单抗、1D05-IgG2(Merck&Co.)、ALN-PCS02(Alnylam)、RN316(Pfizer-Rinat)及阿利若单抗。
在一个实施例中，该配体选自以下(按照US2011/0065902的序列及定义，其以引用的方式并入本文中)：
1.一种特异性结合hPCSK9的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:218/226的HCVR/LCVR氨基酸序列对的重链及轻链CDR。
2.如概念1的抗体或抗原结合片段，其包含具有SEQ ID NO:220、222、224、228、230及232的重链及轻链CDR氨基酸序列。
3.如概念2的抗体或抗原结合片段，其包含具有SEQ ID NO:218的氨基酸序列的HCVR及具有SEQ ID NO:226的氨基酸序列的LCVR。
4.一种抗体或其抗原结合片段，其结合与包含具有SEQ ID NO:220、222、224、228、230及232的重链及轻链CDR氨基酸序列的抗体于hPCSK9上的相同表位。
5.一种抗体或其抗原结合片段，其与包含具有SEQ ID NO:220、222、224、228、230及232的重链及轻链CDR氨基酸序列的抗体竞争结合hPCSK9。
在一个实施例中，该配体选自以下(按照US2012/0093818的序列及定义，其以引用的方式并入本文中)：
1.一种分离的中和抗原结合蛋白，其结合包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的PCSK9蛋白质，其中该中和抗原结合蛋白降低PCSK9对于LDLR的LDLR降低效应，其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:46的氨基酸序列的轻链且其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ IDNO:60的氨基酸序列的重链。
2.如概念2的分离的中和抗原结合蛋白，其中该抗原结合蛋白为LDLR非竞争性中和抗原结合蛋白。
3.如概念2的分离的中和抗原结合蛋白，其中该抗原结合蛋白为LDLR竞争性中和抗原结合蛋白。
4.一种选择性结合PCSK9的抗原结合蛋白，其中该抗原结合蛋白以小于100pM的Kd结合PCSK9。
5.一种以第一方式结合SEQ ID NO:303的PCSK 9蛋白质的抗原结合蛋白，其中该抗原结合蛋白以第二方式结合PCSK9的变体，其中该PCSK9变体具有至少一个在选自以下的位置处的点突变：SEQ ID NO:303的207、208、185、181、439、513、538、539、132、351、390、413、582、162、164、167、123、129、311、313、337、519、521及554，其中该第一方式包含第一EC50、第一Bmax、或第一EC50及第一Bmax，其中该第二方式包含第二EC50、第二Bmax、或第二EC50及第二Bmax，且其中该第一方式的值不同于该第二方式的值，且其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:46的氨基酸序列的轻链，且其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链。
6.如概念6的抗原结合蛋白，其中该第一方式包含第一Bmax，其中该第二方式包含与该第一Bmax不同的第二Bmax，且其中该PCSK9变体具有至少一个选自以下的点突变：D162R、R164E、E167R、S123R、E129R、A311R、D313R、D337R、R519E、H521R及Q554R。
7.如概念6的抗原结合蛋白，其中该抗原结合蛋白在与LDLR结合PCSK9的位置重迭的位置处结合PCSK9。
8.一种制备结合包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的PCSK9蛋白质的抗原结合蛋白的方法，其中该抗原结合蛋白降低PCSK9对LDLR的LDLR降低效应，该方法包含：提供包含编码该抗原结合蛋白的核酸序列的宿主细胞及使该宿主细胞维持在表达该抗原结合蛋白的条件下，其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:46的氨基酸序列的轻链，且其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链。
9.一种用于治疗或预防对象的与血清胆固醇水平升高相关的状况的方法，该方法包含向有需要的对象同时或依序施用有效量的分离的中和抗原结合蛋白与提升LDLR蛋白质可用性的药剂，其中该分离的抗原结合蛋白结合包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的PCSK9蛋白质，其中该中和抗原结合蛋白降低PCSK9对LDLR的LDLR降低效应，其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:46的氨基酸序列的轻链，且其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链。
10.如概念10的方法，其中该提升LDLR蛋白质可用性的药剂包含抑制素。
11.一种结合PCSK9的抗原结合蛋白，其中当该抗原结合蛋白结合PCSK9时，该抗体位于距PCSK9的以下残基中的至少一者8埃或8埃以下：S153、S188、I189、Q190、S191、D192、R194、E197、G198、R199、V200、D224、R237、D238、K243、S373、D374、S376、T377、F379、I154、T187、H193、E195、I196、M201、V202、C223、T228、S235、G236、A239、G244、M247、I369、S372、C375或C378，其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:46的氨基酸序列的轻链，且其中该抗原结合蛋白包含具有SEQ ID NO:60的氨基酸序列的重链。
该配体可用于一或多种疾病或状况或其易感性的治疗、疗法、预防和/或诊断，其中此类疾病或状况包含US20120093818A1(Amgen,Inc)及US20110065902A1(RegeneronPharmaceuticals,Inc)中所揭示的那些疾病或状况，例如US20120093818A1的段落[0375]至[0383]中所揭示的疾病或状况，其揭示内容以全文引用的方式并入本文中用于本文中一或多个技术方案的包含内容。
该配体可施用如US20120093818A1(Amgen,Inc)或US20110065902A1中所述表征的人。
该配体可以US20120093818A1(Amgen,Inc)或US20110065902A1中所揭示的形式或组合施用，其揭示内容以引用的方式并入本文中。举例而言，该配体如US20120093818A1(Amgen,Inc)或US20110065902A1中所述(例如，如US20120093818A1的段落[0384]至[0412]中所揭示)与药物、赋形剂、稀释剂或载剂组合，其揭示内容以引用的方式并入本文中，且本发明也关于包含本发明的配体与此类其它药剂的组合的对应药物组合物。
该配体可用于如US20120093818A1(Amgen,Inc)或US20110065902A1中(例如US20120093818A1的段落[0413]至[0415]中)所陈述的诊断方法，其揭示内容以引用的方式并入本文中。
诊断应用
在一些实施例中，本发明的配体为诊断工具。该配体可用于分析样品和/或个体中存在的PCSK9的量。如熟习此项技术者应了解，此类配体无需为中和配体。在一些实施例中，该诊断配体不为中和配体。在一些实施例中，该诊断配体结合与中和配体所结合不同的表位。在一些实施例中，该两种配体并未彼此竞争。
在一些实施例中，本发明的配体用于或提供于检测哺乳动物组织或细胞中的PCSK9的分析试剂盒和/或方法，以便筛检/诊断与PCSK9水平变化相关的疾病或病症。该试剂盒包含结合PCSK9的配体及用于指示该配体与PCSK9的结合(若存在)及任选存在的PCSK9蛋白质水平的工具。可使用各种用于指示配体存在的工具。举例而言，可将荧光团、其它分子探针或酶连接至该配体且可以多种方式观测该配体的存在。筛选此类病症的方法可涉及使用该试剂盒，或仅使用所揭示配体中的一者及确定该配体是否结合样品中的PCSK9。如熟习此项技术者应了解，PCSK9水平高或升高将导致较大量的该配体结合样品中的PCSK9。因此，配体结合程度可用于确定样品中PCSK9的多少。PCSK9的量超过预定量(例如无PCSK9相关病症的个人应具有的量或范围)的对象或样品可表征为患有PCSK9介导的病症。在一些实施例中，本发明提供向服用抑制素的对象施用该配体以便确定该抑制素是否已增加该对象中PCSK9的量的方法。
在一些实施例中，该配体为非中和配体且用于确定接受ABP和/或抑制素治疗的对象中PCSK9的量。
在一些实施例中，本发明的配体可特异性结合人PCSK9(例如一种、两种或更多种本文中所揭示的罕见变体形式)且特征在于以下中的至少一者：(i)能够相对于给药前水平减少血清总胆固醇至少约25-35％且维持该减少经至少24天时间段；(ii)能够相对于给药前水平减少血清LDL胆固醇至少约65-80％且维持该减少经至少24天时间段；(iii)能够相对于给药前水平减少血清LDL胆固醇至少约40-70％且维持该减少经至少60或90天时间段；(iv)能够相对于给药前水平减少血清甘油三酯至少约25-40％；(v)相对于给药前水平未减少血清HDL胆固醇或减少血清HDL胆固醇不超过5％。在一些实施例中，提供分离的核酸分子且其编码该配体。在一些实施例中，提供表达载体且其包含该核酸分子。在一些实施例中，提供药物组合物且其可包含该配体及药物学可接受的载剂。在一些实施例中，提供一种治疗使用本发明的PCSK9拮抗剂配体改善、改良、抑制或预防的疾病或状况的方法。该方法可包含向有需要的对象施用治疗量的该药物组合物或配体。在一些实施例中，该对象为罹患高胆固醇血症、高脂血症；指定LDL清除术；鉴别为家族性高胆固醇血症、不耐受抑制素、不受抑制素控制的杂合的；处于罹患高胆固醇血症、血脂异常、胆汁郁积性肝病、肾病综合征、甲状腺功能低下、肥胖症、动脉粥样硬化及心血管疾病的风险的人对象。在一些实施例中，向对象提供一种提供治疗或疗法的方法。在一些实施例中，该方法包含经至少60至90天减少血清胆固醇至少约40-70％。在一些实施例中，提供一种接受治疗或疗法的方法，该方法可包含以每60至90天一次的频率接受其配体。
在一个方面中，本发明提供本发明的配体，其为或包含特异性结合及抑制人第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(hPCSK9，例如一种、两种或更多种本文中所揭示的罕见变体形式及任选存在的形式a和/或形式a')的人抗体或人抗体的抗原结合片段，其特征在于如通过ALT及AST量测所确定，能够相对于给药前水平经24、60或90天时间段减少人的血清LDL胆固醇40-80％，极少减少或不减少血清HDL胆固醇和/或极少或无可量测的对肝功能的效应。
在一个实施例中，本发明的配体包含特异性结合hPCSK9的抗体或抗体的抗原结合片段且其特征在于以下中的至少一者：
(i)能够相对于给药前水平减少血清总胆固醇至少约25-35％且维持该减少经至少24天时间段，血清总胆固醇优选减少至少约30-40％；
(ii)能够相对于给药前水平减少血清LDL胆固醇至少约65-80％且维持该减少经至少24天时间段；
(iii)能够相对于给药前水平减少血清甘油三酯至少约25-40％；
(iv)相对于给药前水平不减少血清HDL胆固醇或减少血清HDL胆固醇不超过5％。
关于这种词的定义及任选存在的特征参见US2011/0065902，其揭示内容以全文引用的方式并入本文中。
在一个实施例中，本发明包含特异性结合hPCSK9的抗体或抗体的抗原结合片段且其特征在于以下中的至少一者：
(i)能够相对于给药前水平减少血清LDL胆固醇至少约40-70％且维持该减少经至少60或90天时间段；
(ii)能够相对于给药前水平减少血清甘油三酯至少约25-40％；
(iii)相对于给药前水平不减少血清HDL胆固醇或减少血清HDL胆固醇不超过5％。
在一个实施例中，该抗体或抗原结合片段表征为展现在pH 5.5下对hPCSK9的结合亲和力(KD)相对于在pH 7.4下的KD增强，如通过等离子表面共振所量测。在一个特定实施例中，该抗体或其片段展现在酸性pH值下对PCSK9的亲和力相对于中性pH值增强至少20倍、至少40倍或至少50倍，如通过表面等离子共振所量测。
在一个实施例中，该抗体或抗原结合片段表征为未展现相对于中性pH值在酸性pH值下对PCSK9的结合亲和力增强，如通过表面等离子共振所量测。在一个特定实施例中，该抗体或其片段在酸性pH值下展现降低的结合亲和力。
在另一实施例中，该抗体或抗原结合片段结合人、人GOF突变D374Y、食蟹猕猴、恒河猴、小鼠、大鼠及仓鼠PCSK9。
在一个实施例中，该抗体或抗原结合片段结合人及猴PCSK9，但未结合小鼠、大鼠或仓鼠PCSK9。
在一个实施例中，本发明包含一种抗体或抗体的抗原结合片段，该抗体或抗体的抗原结合片段包含US2011/0065902的段落[023]-[037]中的任一者中所揭示的重链可变区(HCVR)、轻链可变区(LCVR)、HCDR1、HCDR2、HCDR3中的一或多个，其揭示内容以引用的方式并入本文中。
在一个相关实施例中，本发明包含特异性结合hPCSK9的抗体或抗体的抗原结合片段，其中该抗体或片段包含在选自以下SEQ ID NO(使用US2011/0065902中的序列编号)的重链及轻链序列对内所含有的重链及轻链CDR结构域：2/10、18/20、22/24、26/34、42/44、46/48、50/58、66/68、70/72、74/82、90/92、94/96、98/106、114/116、118/120、122/130、138/140、142/144、146/154、162/164、166/168、170/178、186/188、190/192、194/202、210/212、214/216、218/226、234/236、238/240、242/250、258/260、262/264、266/274、282/284、286/288、290/298、306/308、310/312、314/322、330/332、334/336、338/346、354/356、358/360、362/370、378/380、382/384、386/394、402/404、406/408、410/418、426/428、430/432、434/442、450/452、454/456、458/466、474/476、478/480、482/490、498/500、502/504、506/514、522/524、526/528、530/538、546/548、550/552、554/562、570/572、574/576、578/586、594/596、598/600、602/610、618/620、622/624、626/634、642/644、646/648、650/658、666/668、670/672、674/682、690/692、694/696、698/706、714/716、718/720、722/730、738/740及742/744。在一个实施例中，CDR序列包含在选自以下氨基酸序列对的HCVR及LCVR内：SEQ ID NO:50/58、66/68、70/72、74/82、90/92、94/96、122/130、138/140、142/144、218/226、234/236、238/240、242/250、258/260、262/264、314/322、330/332及334/336。在更特定实施例中，CDR序列包含在选自SEQ ID NO:90/92或218/226的HCVR/LCVR序列内。
在一个实例中，本发明提供一种包含本发明的配体的药物组合物，其中该配体包含或由特异性结合hPCSK9的重组人抗体或其片段及药物学可接受的载剂组成。在一个实施例中，本发明提供一种组合物，该组合物为本发明的配体(例如抗体或抗体的抗原结合片段)与第二治疗剂的组合。该第二治疗剂可为适宜与本发明的配体组合的任何药剂，例如能够通过抑制3-羟基-3-甲基戊二酰基(HMG)-辅酶A(CoA)还原酶诱导细胞消除胆固醇合成的药剂，诸如例如塞若伐他汀、阿托伐他汀、辛伐他汀、匹伐他汀、罗素他汀、氟伐他汀、洛伐他汀、普伐他汀等；能够抑制胆固醇吸收及或胆酸再吸收；能够增加脂蛋白代谢(诸如烟酸)；和/或在胆固醇消除中发挥作用的LXR转录因子的活化剂，诸如22-羟基胆固醇。
在一个实例中，本发明提供一种使用本发明的抗PCSK9配体(例如本发明的抗体或抗体的抗原结合部分)抑制hPCSK9活性的方法，其中这些治疗方法包含施用治疗有效量的包含本发明的抗体或抗体的抗原结合片段的药物组合物。所治疗的病症为通过移除、抑制或降低PCSK9活性来改良、改善、抑制或预防的任何疾病或状况。通过本发明的治疗方法可治疗的特定群体包括指定LDL清除术的对象、具有PCSK9活化突变(功能获得突变，“GOF”)的对象、患有杂合的家族性高胆固醇血症(heFH)的对象；患有原发性高胆固醇血症的不耐受抑制素或不受抑制素控制的对象；及处于罹患高胆固醇血症风险的可预防治疗的对象。其它适应症包括与诸如2型糖尿病、胆汁郁积性肝病(原发性胆汁性肝硬化)、肾病综合征、甲状腺功能低下、肥胖症的继发性病因相关的血脂异常；及动脉粥样硬化及心血管疾病的预防及治疗。
在本发明方法的特定实施例中，本发明的配体(例如本发明的抗hPCSK9抗体或抗体片段)适用于减少升高的总胆固醇、非HDL胆固醇、LDL胆固醇和/或载脂蛋白B(载脂蛋白B100)。
本发明的配体(例如抗体或抗原结合片段)可单独或与第二药剂(例如HMG-CoA还原酶抑制剂和/或另一脂质降低药物)组合使用。
治疗群体
本发明提供用于治疗需要本发明的组合物或配体的人患者的治疗方法。虽然生活方式的改良及常规药物治疗常常成功地减少胆固醇水平，但并非所有患者能够使用此类方法达到建议的目标胆固醇水平。尽管积极使用常规疗法，但诸如家族性高胆固醇血症(FH)的各种状况似乎对LDL-C水平的降低具有抗性。纯合的及杂合的家族性高胆固醇血症(hoFH、heFH)为与过早动脉粥样硬化血管疾病相关的状况。然而，诊断患有hoFH的患者大部分对常规药物疗法无反应且具有受限的治疗选项。具体的，使用通过抑制胆固醇合成及上调肝LDL受体来减少LDL-C的抑制素治疗可对LDL受体不存在或有缺陷的患者具有极小效应。近来已报导，在用最大剂量的抑制素治疗的患有基因型确定的hoFH的患者中，平均LDL-C减少仅为不到约20％。向此方案添加依泽替米贝10毫克/天导致LDL-C水平总体减少27％，其仍与最佳值相距甚远。同样，许多患者对抑制素无反应、不充分受抑制素疗法控制或无法耐受抑制素疗法；一般，这种患者不能使用替代性治疗实现胆固醇控制。对可解决当前治疗选项的短处的新颖治疗存在大量未满足的医学需要。
通过本发明的治疗方法可治疗的特定群体包括指定LDL清除术的患者、具有PCSK9活化(GOF)突变、杂合的家族性高胆固醇血症(heFH)的对象；患有原发性高胆固醇血症的不耐受抑制素或不受抑制素控制的对象；及处于罹患高胆固醇血症风险的可预防治疗的对象。
治疗性施用及剂型
本发明提供包含本发明的抗PCSK9配体、抗体或其抗原结合片段的治疗性组合物。根据本发明的治疗性组合物的施用应与适合载剂、赋形剂及并入剂型中的其它药剂一起施用以提供改良的输送、递送、耐受性及其类似物。众多适当剂型可见于所有医药化学家已知的处方集：Remington's Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Company,Easton,Pa中。这种剂型包括例如粉末、糊剂、软膏、胶状物、蜡、油、脂质、含有脂质(阳离子或阴离子)的小泡(诸如LIPOFECTINTTM)、DNA缀合物、无水吸收糊剂、水包油及油包水乳液、乳液卡波蜡(各种分子量的聚乙二醇)、半固体凝胶及含有卡波蜡的半固体混合物。也参见Powell等人“Compendium of excipients for parenteral formulations”PDA(1998)J PharmSci Technol 52:238-311。
剂量可视待施用对象的年龄及体型、靶标疾病、状况、施用途径及其类似物而改变。当本发明的配体(例如抗体)用于治疗成人患者的与PCSK9相关的各种状况及疾病(包括高胆固醇血症)、与LDL及载脂蛋白B相关的病症及脂质代谢病症及其类似物时，静脉内施用正常在每公斤体重约0.01至约20mg、更佳约0.02至约7、约0.03至约5、或约0.05至约3mg单次剂量的本发明的配体或抗体为有利的。视状况的严重程度而定，可调整治疗的频率及持续时间。
各种递送系统为已知的且可用于施用本发明的药物组合物，因此，本发明的组合物通过例如囊封于脂质体、微粒、微胶囊、能够表达突变病毒的重组细胞、受体介导的胞吞作用提供该配体(参见例如Wu等人(1987)J.Biol.Chem.262:4429-4432)。引入方法包括(但不限于)皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外及经口途径。该组合物可通过任何便利途径施用，例如通过输注或快速注射、通过经由上皮或黏膜皮肤内层(例如口腔黏膜、直肠黏膜及肠黏膜等)吸收且可与其它生物学活性剂一起施用。可全身性或局部施用。
该药物组合物也可在小泡(具体的脂质体)中递送(参见Langer(1990)Science249:1527-1533；Treat等人(1989)in Liposomes in the Therapy of InfectiousDisease and Cancer,Lopez Berestein及Fidler(编),Liss,New York,第353-365页；Lopez-Berestein,ibid.,第317-327页；一般参见ibid.)。
在某些情况中，该药物组合物可在控制释放系统中递送。在一个实施例中，可使用泵(参见Langer,同上；Sefton(1987)CRC Crit.Ref.Biomed.Eng.14:201)。另一实施例中，可使用聚合材料；参见Medical Applications of Controlled Release,Langer及Wise(编),CRC Pres.,Boca Raton,Fla.(1974)。在另一实施例中，控制释放系统可置放在组合物靶标的附近，因此仅需要全身性剂量的一部分(参见例如Goodson,in MedicalApplications of Controlled Release,同上,第2卷,第115-138页,1984)。
可注射制剂可包括用于静脉内、皮下、皮内及肌肉内注射、点滴注射等的剂型。这种可注射制剂可通过公开已知的方法制备。举例而言，可注射制剂可例如通过将上文所述的抗体或其盐溶解、悬浮或乳化于常规地用于注射液的无菌水性介质或油性介质中来制备。作为注射液的水性介质，存在例如生理食盐水、含有葡萄糖及其它辅助药剂的等渗溶液等，其可与适当助溶剂组合使用，诸如醇(例如乙醇)、多元醇(例如丙二醇、聚乙二醇)、非离子表面活性剂[例如，聚山梨醇酯80、HCO-50(氢化蓖麻油的聚氧化乙烯(50mol)加合物)]等。作为油性介质，采用例如芝麻油、大豆油等，其可与诸如苯甲酸苯甲酯、苯甲醇等的助溶剂组合使用。由此制备的注射液优选填充于适当安瓿中。本发明的药物组合物可用标准针头及注射器皮下或静脉内递送。此外，关于皮下递送，笔式递送装置易于在递送本发明的药物组合物时应用。此类笔式递送装置可为可再用或抛弃式的。可再用笔式递送装置一般利用含有药物组合物的可替换药筒。一旦已施用药筒内的所有药物组合物且药筒为空，可易于弃去空药筒且用含有药物组合物的新药筒替换。可接着再使用笔式递送装置。在抛弃式笔式递送装置中，不存在可替换药筒。实际上，抛弃式笔式递送装置用容纳在该装置内的储集器中的药物组合物预填充。一旦清空储集器的药物组合物，弃去整个装置。
许多可再用笔式及自助注射器递送装置应用于本发明的药物组合物的皮下递送。实例包括(但当然不限于)AUTOPENTM(Owen Mumford,Inc.,Woodstock,UK)、DISETRONICTM笔(Disetronic Medical Systems,Burghdorf,Switzerland)、HUMALOG MIX 75/25TM笔、HUMALOGTM笔、HUMALIN 70/30TM笔(Eli Lilly and Co.,Indianapolis,Ind.)、NOVOPENTMI、II及III(Novo Nordisk,Copenhagen,Denmark)、NOVOPEN JUNIORTM(Novo Nordisk,Copenhagen,Denmark)、BDTM笔(Becton Dickinson,Franklin Lakes,N.J.)、OPTIPENTTM、OPTIPEN PROTM、OPTIPEN STARLETTM及OPTICLIKTTM(sanofi-aventis,Frankfurt,Germany)，仅提名数种。应用于本发明的药物组合物的皮下递送的抛弃式笔式递送装置的实例包括(但当然不限于)SOLOSTARTM笔(sanofi-aventis)、FLEXPENTM(Novo Nordisk)及KWIKPENTM(Eli Lilly)。
上文所述的用于经口或非经肠使用的药物组合物宜制备成适于拟合活性成分剂量的单位剂量的剂型。单位剂量的此类剂型包括例如锭剂、丸剂、胶囊、注射液(安瓿)、栓剂等。所含有的前述抗体的量一般为每单位剂量的剂型约5至约500mg；尤其在注射液形式中，前述抗体优选含在约5至约100mg及约10至约250mg另一剂型中。
本发明提供本发明的配体(例如抗体或抗体片段)适用于治疗与多种涉及hPCSK9的状况相关的高胆固醇血症的治疗方法。本发明的抗PCSK9配体(例如抗体或抗体片段)特别适用于高胆固醇血症及其类似物的治疗。组合疗法可包括本发明的抗PCSK9配体与例如以下任何药剂中的一或多个，该药剂(1)通过抑制3-羟基-3-甲基戊二酰基(HMG)-辅酶A(CoA)还原酶诱导细胞消除胆固醇合成，诸如西立伐他汀、阿托伐他汀、辛伐他汀、匹伐他汀、罗素他汀、氟伐他汀、洛伐他汀、普伐他汀；(2)抑制胆固醇吸收及或胆酸再吸收；(3)增加脂蛋白代谢(诸如烟酸)；及在胆固醇消除中发挥作用的LXR转录因子的活化剂，诸如22-羟基胆固醇；或诸如依泽替米贝加辛伐他汀的固定组合；抑制素与胆汁树脂(例如消胆胺(cholestyramine)、考来替泼(colestipol)、考来维仑(colesevelam))、烟酸加抑制素(例如烟酸与洛伐他汀)的固定组合；或与其它脂质降低剂，诸如Ω-3-脂肪酸乙酯(例如奥马可(omacor))。
定制针对罕见PCSK9变体型态的抗体
如上文所概述，本发明包括通过选择具有基于以下基因区段的可变结构域的基于抗体的配体进一步定制人治疗的可能性，这些基因区段通常在发现变体PCSK9形式符合本发明的选择准则的种族群体的人中发现。下文提供包含来源于人VH3-23的重组的抗体VH结构域的配体的实例。
本发明人分析各种人VH3-23等位基因的频率及分布且意识到使用基于包含SNPrs56069819的人VH3-23等位基因的配体的合意性。此SNP对应于在编码蛋白质序列的位置24处的亮氨酸变为该位置处的缬氨酸(L24V变化)且该SNP处于人染色体14上的坐标106268889。
图2展示包含SNP rs56069819的人VH3-23等位基因在千人基因组计划数据库中的累积等位基因频率分布(此类等位基因指示“C”，且最频繁的等位基因(其不包含此SNP)指示“A”)。该图展示包含SNP rs56069819的VH3-23等位基因以11％的累积频率存在于视为整体的所有人种族群体中，而在某些特定人种族子群体(ASW、LWK、YRI、CEU及GBR)中，此类等位基因以高于平均的累积频率存在。在该图中指明以高于平均的包含SNP rs56069819的人VH3-23等位基因的出现率见于各种子群体中的那些人PCSK9变体形式(标记“变体”)。表7展示VH3-23变体及其包含的SNP，以及如千人基因组计划数据库中所发现的其累积等位基因频率。
值得注意的是，包含SNP rs56069819的人VH3-23等位基因以所有群体11％的频率的几乎双倍频率见于CEU群体中。对于ASW及YRI群体，频率超过该群体的四分之一。因此，本发明有利地使得能够选择包含抗体或抗体片段的配体，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域，该VH基因区段包含具有SNPrs56069819(dbSNP编号，如上文所述的构筑编号)的核苷酸序列。
在一个实例中，可通过选择特异性结合选自以下形式的人PCSK9的此类配体进一步定制治疗：f、c、m、e、h、p、q及aj，此类形式为人群体ASW、LWK、YRI、CEU及GBR中出现的形式。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的人PCSK9，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的人PCSK9(例如形式f、r、p、e或aj)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于减少该人的胆固醇或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的人PCSK9(例如形式c、r或q)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于减少该人的胆固醇或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变Q619P的人PCSK9(例如形式h)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于减少该人的胆固醇或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变N425S的人PCSK9(例如形式e)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于减少该人的胆固醇或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变R46L的人PCSK9(例如形式aj)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于增加该人的胆固醇水平。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变A53V的人PCSK9(例如形式p或q)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于增加该人的胆固醇水平。
在一个实例中，该配体特异性结合在SEQ ID NO:1中具有突变A443T的人PCSK9(例如形式m或h)，其中该人具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。任选地，该人包含基因区段VH3-23*04和/或编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的该PCSK9的核苷酸序列。在一个实例中，该配体另外为包含来源于人基因区段VH3-23*04的重组的VH结构域的抗体或片段。任选地，该配体用于治疗或预防该人的血脂异常，例如用于增加该人的胆固醇水平。
在一个实例中，该VH基因区段为VH3-23*04，其为人群体ASW、LWK、YRI、CEU及GBR中通常发现的包含SNP rs56069819的变体。
在一个实例中，该配体用于治疗和/或预防人的PCSK9介导的疾病或状况，该人表达选自以下形式的人PCSK9：f、c、m、e、h、p、q及aj。
在一个实例中，该配体用于治疗和/或预防具有ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先的人的PCSK9介导的疾病或状况。
在一个实施例中，该配体用于治疗和/或预防具有ASW祖先的人的PCSK9介导的疾病或状况，其中该人表达选自f、c、m、e、h、p及q的PCSK9或该人包含如表6中陈述的对应核苷酸或氨基酸序列。任选地，此配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实施例中，该配体用于治疗和/或预防具有LWK祖先的人的PCSK9介导的疾病或状况，其中该人表达选自f、c、m、e及h的PCSK9或该人包含如表6中陈述的对应核苷酸或氨基酸序列。任选地，此配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实施例中，该配体用于治疗和/或预防具有YRI祖先的人的PCSK9介导的疾病或状况，其中该人表达选自f、c、m、e及h的PCSK9或该人包含如表6中陈述的对应核苷酸或氨基酸序列。任选地，此配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实施例中，该配体用于治疗和/或预防具有CEU祖先的人的PCSK9介导的疾病或状况，其中该人表达选自f、c、p及aj的PCSK9或该人包含如表6中陈述的对应核苷酸或氨基酸序列。任选地，此配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实施例中，该配体用于治疗和/或预防具有GBR祖先的人的PCSK9介导的疾病或状况，其中该人表达选自f、c及p的PCSK9或该人包含如表6中陈述的对应核苷酸或氨基酸序列。任选地，此配体包含来源于人VH3-23*04的重组的VH结构域。
在一个实例中，该配体为阿利若单抗。
在本文中任何组态或TOI的其它实施例中，如上文较充分地解释，本发明提供针对基于替代性人VH基因区段或基于Vκ、Vλ或恒定区基因区段的人接受者的基因型和/或表型定制的配体(进一步参见表9的代表性变体)。
举例而言，本发明的配体包含或由抗体组成，该抗体包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域，其中该VH基因区段选自以下：(i)IGHV1-18*01且该人的基因组包含人IGHV1-18*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGHV1-18*01的重组的可变结构域的抗体；或(ii)IGVH1-46*01且该人的基因组包含人IGHV1-46*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGHV1-46*01的重组的可变结构域的抗体。
举例而言，本发明的配体包含或由抗体组成，该抗体包含来源于人VL基因区段及人JL基因区段的重组的VL结构域，其中该VL基因区段选自以下：(i)IGKV4-1*01且该人的基因组包含人IGKV4-1*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGKV4-1*01的重组的可变结构域的抗体；(ii)IGLV2-14*01且该人的基因组包含人IGLV2-14*01核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGLV2-14*01的重组的可变结构域的抗体；或(iii)IGKV1-13*02且该人的基因组包含人IGKV1-13*02核苷酸序列或该人表达包含来源于人IGKV1-13*02的重组的可变结构域的抗体。
举例而言，本发明人鉴别单独或以组合形式针对较罕见IGH-γ-1 SNP 204D(观察到的累积频率为0.296)及206L(观察到的累积频率为0.283)的可能性。这种残基为CH3结构域的一部分，且因而其形成抗体Fc区的一部分。因此，出于如上文所论述的原因，这种CH3变异与患者匹配尤其有益。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由抗体组成，该抗体包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人的基因组包含编码此类Asp或Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类Asp或Leu的人γ-1恒定区的抗体。此类配体的实例为阿利若单抗。
在另一实例中，本发明人鉴别针对IGH-γ-2 SNP的可能性。此包括考虑Fc区变异，就此而言，本发明人集中于Fc区中的位置161及257。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由抗体组成，该抗体包含具有选自以下的氨基酸的人γ-2重链恒定区：对应于SEQ IDNO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala；及其中该人的基因组包含编码此类所选氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类所选氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。此类配体的实例为依伏洛单抗或玻可昔单抗(bococizumab)。
在另一实例中，本发明人阐述人κ恒定区变异。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由抗体组成，该抗体包含具有对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ IDNO:50的位置87的Cys的人κ轻链恒定区；及其中该人的基因组包含编码此类Val或Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列或该人表达包含具有此类Val或Cys的人κ轻链恒定区的抗体。此类配体的实例为阿利若单抗或玻可昔单抗。
在另一实例中，发明人阐述人λ恒定区变异。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由抗体组成，该抗体包含人IGLC2*01轻链恒定区；及其中该人的基因组包含人IGLC2*01核苷酸序列或该人表达包含人轻链IGLC2*01恒定区的抗体。此类配体的实例为依伏洛单抗。
其它例示性配体如以下段落1-17。
1.一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含具有由人γ重链恒定区基因区段SNP编码的第一氨基酸的人γ重链恒定区，且该抗体或片段特异性结合包含具有选自SEQ ID NO:1中的I474V、Q619P、N425S及E670G(例如选自I474V及E670G)的突变的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该PCSK9氨基酸序列的核苷酸序列且包含具有该SNP的人γ重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该第一氨基酸的人γ恒定区的抗体。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在替代方案中，段落1提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且该抗体或片段特异性结合包含在SEQ IDNO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有此类Asp及Leu的人γ-1恒定区的抗体。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。在另一实施例中，该突变为N425S。在另一实施例中，该突变为Q619P。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且该抗体或片段特异性结合包含在SEQ IDNO:1中具有突变I474V的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含IGHG1*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且该抗体或片段特异性结合包含在SEQ IDNO:1中具有突变E670G的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含IGHG1*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含具有选自SEQ IDNO:1中的I474V、Q619P、N425S及E670G(例如选自I474V及E670G)的突变的C端结构域，其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
2.如段落1的抗体或抗体片段，其中该抗体包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区。
3.如段落1或2的抗体或抗体片段，其中该抗体包含IGHG1*01人重链恒定区。
4.如段落1至3中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已确定为包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白的核苷酸序列。
5.如段落1至4中任一项的抗体或抗体片段，该方法包含确定该人包含编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白的核苷酸序列的步骤，其中该确定步骤任选地在向该人施用该抗体之前进行。
6.如段落5的抗体或抗体片段，其中该确定步骤包含分析该人的生物样品关于编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
7.如段落6的抗体或抗体片段，其中该分析包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
8.如段落6或7的抗体或抗体片段，其中该分析包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该分析以多任务格式进行。
9.如段落1至8中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于向经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性的人施用。
10.如段落1至9中任一项的抗体或抗体片段，其中抗体或抗体片段用于向正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小的人施用。
11.如段落9或10的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
12.如段落6至10中任一项的抗体或抗体片段，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如段落1至12中任一项的抗体或抗体片段，其中该人指示为编码包含该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列，或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
14.如段落1至13中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
15.如段落1至14中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
16.如段落1至15中任一项的抗体或抗体片段，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
17.如段落1至16中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性方法如以下段落1-18。
1.一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ IDNO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有此类Asp及Leu的人γ-1重链恒定区的抗体及(ii)编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V的C端结构域的该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列。该抗体或片段任选地包含IGHG1*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变E670G的C端结构域的该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列。该抗体或片段任选地包含IGHG1*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，其中该抗体或片段包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列。
2.如段落1的方法，其包含在该施用之前，选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如段落1的人。
3.如段落1或2的方法，其中该抗体包含具有对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的人γ-1重链恒定区。
4.如段落1、2或3的方法，其中该抗体包含IGHG1*01人重链恒定区。
5.如段落1至4中任一项的方法，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
6.如段落1至5中任一项的方法，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
7.如段落6的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
8.如段落7的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
9.如段落7或8的方法，其中该分析包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
10.如段落1至9中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
11.如段落1至10中任一项的方法，其中该人正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小。
12.如段落10或11的方法，其中该抗体或抗体片段与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
13.如段落7至9中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
14.如段落1至13中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
15.如段落1至14中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
16.如段落1至15中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
17.如段落1至16中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
18.如段落1至17中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用而施用，和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性配体如以下段落1-17。
1.一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体包含具有选自以下的氨基酸的人γ-2重链恒定区：对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且该抗体或片段特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有此类Pro、Asn、Phe、Val及Ala的人γ-2恒定区的抗体。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且该抗体或片段特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且该抗体或片段特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含IGHG2*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，其中该抗体或片段包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列。
2.如段落1的抗体或抗体片段，其中该抗体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ IDNO:44的位置257的Ala。
3.如段落1或2的抗体或抗体片段，其中该抗体包含IGHG2*01人重链恒定区。
4.如段落1至3中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
5.如段落1至4中任一项的抗体或抗体片段，该方法包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，其中该确定步骤任选地在向该人施用该抗体之前进行。
6.如段落5的抗体或抗体片段，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
7.如段落6的抗体或抗体片段，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
8.如段落6或7的抗体或抗体片段，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
9.如段落1至8中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于向经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性的人施用。
10.如段落1至9中任一项的抗体或抗体片段，其中抗体或抗体片段用于向正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小的人施用。
11.如段落9或10的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
12.如段落6至8中任一项的抗体或抗体片段，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如段落1至12中任一项的抗体或抗体片段，其中该人指示为编码包含该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列，或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
14.如段落1至13中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
15.如段落1至14中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
16.如段落1至15中任一项的抗体或抗体片段，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
17.如段落1至16中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性方法如以下段落1-18。
1.一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含具有选自以下的氨基酸的人γ-2重链恒定区：对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有此类Pro、Asn、Phe、Val及Ala的人γ-2重链恒定区的抗体及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474的C端结构域，其中该抗体或片段包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变I474的C端结构域。该抗体或片段任选地包含IGHG2*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域，其中该抗体或片段包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ IDNO:44的位置257的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变E670G的C端结构域。该抗体或片段任选地包含IGHG2*01人重链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQ ID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
2.如段落1的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的该人。
3.如段落1或2的方法，其中该抗体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala。
4.如段落1、2或3的方法，其中该抗体包含IGHG2*01人重链恒定区。
5.如段落1至4中任一项的方法，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
6.如段落1至5中任一项的方法，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
7.如段落6的方法，其中该确定步骤包含分析该人的生物样品关于编码包含在SEQID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
8.如段落7的方法，其中该分析包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
9.如段落7或8的方法，其中该分析包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该分析以多任务格式进行。
10.如段落1至9中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
11.如段落1至10中任一项的方法，其中该人正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小。
12.如段落10或11的方法，其中该抗体或抗体片段与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
13.如段落7至9中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
14.如段落1至13中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
15.如段落1至14中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
16.如段落1至15中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
17.如段落1至16中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
18.如段落1至17中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用而施用，和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性配体如以下段落1-17。
1.一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGKC*01人轻链恒定区基因区段，或该人表达包含具有此类Val及Cys的人κ轻链恒定区的抗体。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGKC*01人轻链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含IGKC*01人轻链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含IGKC*01人轻链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含IGKC*01人轻链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且其中该人包含(i)IGKC*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
2.如段落1的抗体或抗体片段，其中该抗体包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys。
3.如段落1或2的抗体或抗体片段，其中该抗体包含IGKC*01人κ链恒定区。
4.如段落1至3中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
5.如段落1至4中任一项的抗体或抗体片段，该方法包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，其中该确定步骤任选地在向该人施用该抗体之前进行。
6.如段落5的抗体或抗体片段，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
7.如段落6的抗体或抗体片段，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
8.如段落6或7的抗体或抗体片段，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
9.如段落1至8中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于向经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性的人施用。
10.如段落1至9中任一项的抗体或抗体片段，其中抗体或抗体片段用于向正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小的人施用。
11.如段落9或10的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
12.如段落6至10中任一项的抗体或抗体片段，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如段落1至12中任一项的抗体或抗体片段，其中该人指示为编码包含该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列，或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
14.如段落1至13中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
15.如段落1至14中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
16.如段落1至15中任一项的抗体或抗体片段，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
17.如段落1至16中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性方法如以下段落1-18。
1.一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且其中该人包含(i)IGKC*01人轻链恒定区基因区段，或该人表达包含具有此类Val及Cys的人κ轻链恒定区的抗体及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474的C端结构域，其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且其中该人包含(i)IGKC*01人轻链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变I474的C端结构域。该抗体或片段任选地包含IGKC*01人轻链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域，其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且其中该人包含(i)IGKC*01人轻链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变E670G的C端结构域。该抗体或片段任选地包含IGKC*01人轻链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val及对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys，且其中该人包含(i)IGKC*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
2.如段落1的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的该人。
3.如段落1或2的方法，其中该抗体包含人κ轻链恒定区，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQ ID NO:50的位置84的Val或对应于SEQ ID NO:50的位置87的Cys。
4.如段落1、2或3的方法，其中该抗体包含IGKC*01人κ链恒定区。
5.如段落1至4中任一项的方法，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
6.如段落1至5中任一项的方法，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
7.如段落6的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
8.如段落7的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
9.如段落7或8的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
10.如段落1至9中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
11.如段落1至10中任一项的方法，其中该人正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小。
12.如段落10或11的方法，其中该抗体或抗体片段与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
13.如段落7至9中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
14.如段落1至13中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
15.如段落1至14中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
16.如段落1至15中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
17.如段落1至16中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
18.如段落1至17中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用而施用，和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性配体如以下段落1-15。
1.一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区的抗体。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
一个实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474V的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
另一实例提供：
一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列且包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区基因区段。该抗体或片段任选地包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区，且其中该人包含(i)IGLC2*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
2.如段落1的抗体或抗体片段，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ IDNO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
3.如段落1或2的抗体或抗体片段，该方法包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，其中该确定步骤任选地在向该人施用该抗体之前进行。
4.如段落3的抗体或抗体片段，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
5.如段落4的抗体或抗体片段，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
6.如段落4或5的抗体或抗体片段，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
7.如段落1至6中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于向经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性的人施用。
8.如段落1至7中任一项的抗体或抗体片段，其中抗体或抗体片段用于向正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小的人施用。
9.如段落7或8的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
10.如段落4至8中任一项的抗体或抗体片段，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如段落1至10中任一项的抗体或抗体片段，其中该人指示为编码包含该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列，或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
12.如段落1至11中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
13.如段落1至12中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
14.如段落1至13中任一项的抗体或抗体片段，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
15.如段落1至14中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性方法如以下段落1-16。
1.一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区且其中该人包含(i)IGLC2*01人轻链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区的抗体，及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
一个实例提供：
一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有突变I474的C端结构域，其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区且其中该人包含(i)IGLC2*01人轻链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变I474的C端结构域。该抗体或片段任选地包含IGLC2*01人轻链恒定区。
另一实例提供：
一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有突变E670G的C端结构域，其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区且其中该人包含(i)IGLC2*01人轻链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变E670G的C端结构域。该抗体或片段任选地包含IGLC2*01人轻链恒定区。
在一个实例中，该抗体或抗体片段已确定为特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含人IGLC2*01 λ轻链恒定区，且其中该人包含(i)IGLC2*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
2.如段落1的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的该人。
3.如段落1或2的方法，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
4.如段落1至3中任一项的方法，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
5.如段落4的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
6.如段落5的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
7.如段落5或6的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
8.如段落1至7中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
9.如段落1至8中任一项的方法，其中该人正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小。
10.如段落8或9的方法，其中该抗体或抗体片段与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
11.如段落5至7中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
12.如段落1至11中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
13.如段落1至12中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
14.如段落1至13中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
15.如段落1至14中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
16.如段落1至15中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用而施用，和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性配体如以下段落1-15。
1.一种抗体或抗体片段，其用于(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的人可变结构域，其中该VH基因区段如条项80至90中任一项所定义，且该抗体或片段特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)氨基酸序列，该氨基酸序列包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该人包含编码该氨基酸序列的核苷酸序列，且包含该VH基因区段或表达包含来源于该人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域的抗体。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
2.如段落1的抗体或抗体片段，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ IDNO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
3.如段落1或2的抗体或抗体片段，该方法包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，其中该确定步骤任选地在向该人施用该抗体之前进行。
4.如段落3的抗体或抗体片段，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
5.如段落4的抗体或抗体片段，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
6.如段落4或5的抗体或抗体片段，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
7.如段落1至6中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于向经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性的人施用。
8.如段落1至7中任一项的抗体或抗体片段，其中抗体或抗体片段用于向正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小的人施用。
9.如段落7或8的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
10.如段落4至8中任一项的抗体或抗体片段，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如段落1至10中任一项的抗体或抗体片段，其中该人指示为编码包含该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:28的核苷酸序列，或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
12.如段落1至11中任一项的抗体或抗体片段，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
13.如段落1至12中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
14.如段落1至13中任一项的抗体或抗体片段，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
15.如段落1至14中任一项的抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段用于通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
其它例示性方法如以下段落1-16。
1.一种(a)在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平或(b)靶向人的PCSK9的方法，
该方法包含向该人施用特异性结合第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的抗体或抗体片段，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该PCSK9突变(例如I474V或E670G)的C端结构域，其中该抗体或片段包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的人可变结构域，其中该VH基因区段如条项80至90中任一项所定义，且其中该人包含(i)包含该VH基因区段或表达包含来源于该人VH基因区段、人D基因区段及人JH基因区段的重组的VH结构域的抗体及(ii)编码该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)的核苷酸序列，该第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域。
在一个实施例中，该突变为I474V。在另一实施例中，该突变为E670G。
在(b)的一个实施例中，该抗体或片段治疗或减少该人的胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
2.如段落1的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的该人。
3.如段落1或2的方法，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
4.如段落1至3中任一项的方法，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
5.如段落4的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
6.如段落5的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
7.如段落5或6的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
8.如段落1至7中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
9.如段落1至8中任一项的方法，其中该人正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小。
10.如段落8或9的方法，其中该抗体或抗体片段与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
11.如段落5至7中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
12.如段落1至11中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
13.如段落1至12中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
14.如段落1至13中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
15.如段落1至14中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
16.如段落1至15中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用而施用，和/或包含在可注射制剂中。
在替代方案中，代替如本文所述的“减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的”方法，该方法为“治疗和/或预防人PCSK9介导的状况或疾病的”(例如与本文中所揭示的高胆固醇血症或低胆固醇血症或任何其它PCSK9介导的疾病或状况相关)，且突变实际上选自R46L、A53V、N425S、A443T、I474V、Q619P及E670G的群。因此，在此替代方案中，任何此类实施例如本文书面揭示，但所述突变选自此群组。在一个实例中，突变为R46L。在一个实例中，突变为A53V。在一个实例中，突变为N425S。在一个实例中，突变为A443T。在一个实例中，突变为I474V。在一个实例中，突变为Q619P。在一个实例中，突变为E670G。
方案
A：本发明另外提供以下方案、配体及试剂盒。
1.一种通过靶向罕见变异人PCSK9用于治疗人的人PCSK9介导的疾病或状况的方法，该方法包含向该人施用已确定为特异性结合该PCSK9变体的配体(例如抗体或片段)；其中该人表达该PCSK9变体或该人的基因组包含编码该PCSK9变体的核苷酸序列；其中该人对该疾病或状况进行治疗。
在替代方案中，条项1提供：
一种靶向罕见变异人PCSK9的方法，该方法包含向该人施用已确定为特异性结合该PCSK9变体的配体(例如抗体或片段)；其中该人表达该PCSK9变体或该人的基因组包含编码该PCSK9变体的核苷酸序列。在一个实施例中，该人对该疾病或状况进行治疗。
该变异PCSK9可例如为如本文所述的任何罕见变体。
举例而言，提供：
1a.一种通过靶向包含C端结构域氨基酸多态性(与SEQ ID NO:1相比)的PCSK9治疗人的PCSK9介导的疾病或状况的方法，该方法包含向该人施用已确定为特异性结合PCSK9的配体(例如抗体或片段)，该PCSK9包含具有该PCSK9突变(例如I474V或670G)(根据SEQ IDNO:1编号)的C端结构域；其中该人表达该PCSK9或该人的基因组包含编码该PCSK9的核苷酸序列；其中该人对该疾病或状况进行治疗。
举例而言，提供：
1b.一种靶向包含C端结构域氨基酸多态性(与SEQ ID NO:1相比)的PCSK9的方法，该方法包含向该人施用已确定为特异性结合PCSK9的配体(例如抗体或片段)，该PCSK9包含具有该PCSK9突变(例如I474V或670G)(根据SEQ ID NO:1编号)的C端结构域；其中该人表达该PCSK9或该人的基因组包含编码该PCSK9的核苷酸序列；任选地其中该人对该疾病或状况进行治疗。
在一实施例中，该特异性结合的确定参考结合测定数据，例如如使用SPR或ELISA来确定。确定可例如参考印刷的公开案中的信息，例如通过了解本发明或另一专利申请案中或期刊论文中存在的数据。一旦具备此类知识(例如在不存在另一结合测试的情况下)，技术人员即能够通过本发明的指示治疗基因型或表型匹配配体的结合特异性的相关人。
该抗体或片段可根据本文中的任何组态、实例、实施例、方面、条项或段落。
在一实施例中，该方法包含在该施用之前选择包含编码PCSK9的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1(例如1a)中的该人。
2.如条项1的方法，其包含在该施用之前例如使用SPR或ELISA确定该配体特异性结合该PCSK9的步骤。
3.如条项1或2的方法，其中与该PCSK9的该特异性结合为以1nM或1nM以下，例如100、10或1pM或1pM以下的解离常数(Kd)结合。
4.如条项1至3中任一项(例如条项1a)的方法，其中该状况为LDL-胆固醇升高或由LDL-胆固醇升高所引起。
5.如条项4的方法(例如当从属于条项1a时)，其中该状况选自脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
6.如条项1至5中任一项的方法(例如当从属于条项1a时)，其中该人已确定为包含以下的核苷酸序列，所述核苷酸序列编码包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
7.如条项1至6中任一项的方法(例如当从属于条项1a时)，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，其中该确定步骤任选地在向该人施用该抗体之前进行。
8.如条项7的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
9.如条项8的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
10.如条项8或9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
11.如条项1至10中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
12.如条项1至11中任一项的方法，其中该人正接受或已接受抑制素治疗或对抑制素治疗的反应减小。
13.如条项11或12的方法，其中该抗体或抗体片段与该抑制素治疗分开或同时向该人施用。
14.如条项8至10中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
15.如条项1至14中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
16.如条项1至15中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
17.如条项1至16中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该至少一个状况的风险：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
18.如条项1至17中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
19.如条项1至18中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
20.一种用于如条项1至19中任一项的方法的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性地结合该PCSK9。
21.一种试剂盒，其包含如条项20的配体及实施如条项1至19中任一项的方法的说明书。
B：本发明另外提供以下方案、配体及试剂盒。
1.一种在有需要的人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平的方法，该方法包含：
a.通过向该人施用抗人PCSK9配体(例如抗体或片段)进行该人的初始治疗，持续初始治疗时间段，其中(i)该配体已确定为特异性结合包含具有该PCSK9突变(例如I474V或670G)(根据SEQ ID NO:1编号)的C端结构域的PCSK9；(ii)该人表达该PCSK9或该人的基因组包含编码该PCSK9的核苷酸序列及(iii)该人已接受或正接受抑制素治疗以降低或维持胆固醇水平；其中该初始治疗包含向该人施用单次或多次剂量的该配体；
b.确定在该初始治疗时间段后(i)终止抑制素治疗(ii)使人停止抑制素治疗；或(iii)减少抑制素治疗；及
c.在该时间段已逾期之后继续向该患者施用该配体，从而在该人中减少胆固醇水平或维持先前减少的胆固醇水平。
在一实施例中，该特异性结合的确定参考结合测定数据，例如如使用SPR或ELISA来确定。确定可例如参考印刷的公开案中的信息，例如通过了解本发明或另一专利申请案中或期刊论文中存在的数据。一旦具备此类知识(例如在不存在另一结合测试的情况下)，技术人员即能够通过本发明的指示治疗基因型或表型匹配配体的结合特异性的相关人。
该抗体或片段可根据本文中的任何组态、实例、实施例、方面、条项或段落。
施用医药有效量的该配体。
在一实施例中，该方法包含在该施用之前选择包含编码PCSK9的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1中的该人。
在一实例中，初始治疗时间段为7天、14天、21天、28天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月或1年。
2.如条项1的方法，其中该人具有或罹患抑制素相关的记忆丧失或抑制素相关的神经退化状况，或具有或增加糖尿病(例如抑制素相关糖尿病)的风险。
3.如条项1或2的方法，其包含在该初始治疗之前确定该人具有或罹患抑制素相关的记忆丧失或抑制素相关的神经退化状况，或具有或增加糖尿病(例如抑制素相关糖尿病)的风险的步骤。
4.如条项2或3的方法，其包含在步骤(b)之后(例如在步骤(c)期间)确定该记忆丧失或该神经退化状况已改良。
5.如条项1至4中任一项的方法，其中该人的年龄超过40岁(例如50岁或50岁以上、55岁或55岁以上、60岁或60岁以上、65岁或65岁以上或70岁或70岁以上)。
6.如条项1至5中任一项的方法，其中步骤(c)包含确定在该初始治疗时间段之后增加该待施用的配体的剂量及向该人施用该增加的剂量。
7.如条项1至6中任一项的方法，其中步骤(b)包含确定该人对于通过抑制素治疗不耐受或难治。
8.如条项1至7中任一项的方法，其中该初始治疗包含除该配体之外向该人施用抑制素、非诺贝特(fenofibrate，例如TricorTM或LofibraTM)或依泽替米贝。
9.如条项1至8中任一项的方法，其中步骤(b)包含在步骤(c)期间终止或减少抑制素、非诺贝特(例如TricorTM或LofibraTM)或依泽替米贝治疗。
10.如条项1至9中任一项的方法，其包含在步骤(c)期间使该配体剂量增加(也即与该初始治疗剂量相比增加)。
11.如条项1至10中任一项的方法，其中在该初始治疗之前该人已接受高剂量抑制素治疗，且其中步骤(c)包含除该配体之外施用较低(例如中等或低)剂量抑制素治疗。
技术人员熟悉高、中等及低剂量治疗的含义(及如何根据各患者，例如患者的身体质量确定)。举例而言，抑制素选自罗素他汀、阿托伐他汀及辛伐他汀。
举例而言，每日抑制素剂量如下：低：10至20mg(例如10mg)；中等：>20且<60mg(例如40mg)；高：60-100mg(例如80mg)。
12.如条项1至10中任一项的方法，其中在该初始治疗之前该人已接受中等剂量抑制素治疗，且其中步骤(c)包含除该配体之外施用较低(例如中等)剂量抑制素治疗或无抑制素。
13.如条项1至10中任一项的方法，其中在该初始治疗之前该人已接受低剂量抑制素治疗，且其中步骤(c)包含除该配体之外未施用抑制素。
14.如条项1至13中任一项的方法，其包含在该初始治疗之前例如使用SPR或ELISA确定该配体特异性结合该PCSK9的步骤。
15.如条项1或14的方法，其中特异性结合该PCSK9为以1nM或1nM以下，例如100、10或1pM或1pM以下的解离常数(Kd)结合。
16.如条项1至15中任一项的方法，其中该人处于罹患选自以下的状况的风险或罹患该状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
17.如条项16的方法，其中步骤(c)在该人中治疗该状况或降低该状况的风险。
18.如条项1至17中任一项的方法，其中该人已确定为包含编码以下的核苷酸序列：包含在SEQ ID NO:1中具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或由SEQ ID NO:29或30的核苷酸序列编码的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白。
19.如条项1至18中任一项的方法，其包含确定该人包含以下的核苷酸序列的步骤，所述核苷酸序列编码包含具有该突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9和/或包含该突变(例如I474V或E670G)的第9型前蛋白转换酶枯草杆菌蛋白酶(PCSK9)变异蛋白，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
20.如条项19的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列。
21.如条项20的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的至少一个核苷酸或杂交至反义序列，从而当至少一个编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含至少一个存在于该所选序列且不存在于SEQ ID NO:28的核苷酸，从而当编码包含在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有在SEQ ID NO:1中具有突变(例如I474V或E670G)的C端结构域的PCSK9。
22.如条项20或21的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
23.如条项1至22中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对抑制素治疗具有抗性。
24.如条项20至22中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
25.如条项1至24中任一项的方法，其中该人指示为编码包含该突变(例如I474V或E670G)的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQID NO:28的核苷酸序列或该人指示为编码在SEQ ID NO:1中具有该突变I474V或E670G的PCSK9 C端结构域的核苷酸序列纯合的。
26.如条项1至25中任一项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)及高血压。
27.如条项1至26中任一项的方法，其中该核苷酸序列为SEQ ID NO:29或30。
28.如条项1至27中任一项的方法，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可注射制剂中。
29.一种用于如条项1至28中任一项的方法的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合该PCSK9。
30.一种试剂盒，其包含如条项29的配体及实施如条项1至28中任一项的方法的说明书。
在本发明的任何方面的一个实例中，该配体(例如抗体或片段，例如阿利若单抗、玻可维单抗(bocovizumab)或依伏洛单抗、或包含316P或31H4的可变结构域的抗体或片段)以75至150mg的每两周剂量(例如经两周时间段施用75至150mg一次或两次)向该人施用。在一个实例中，该配体用于此类向人施用。
本发明的配体与PCSK9变体的特异性结合的确定
结合的SPR确定方法
通过SPR使用ProteOn XPR36TM数组系统(BioRad)进行抗体与PCSK9变体的结合。通过伯胺偶合在GLC生物传感器芯片上形成抗人IgG表面(Jackson Labs 109-005-008)。测试抗体以配体形式捕获于此表面上。PCSK9变体用作测定物且以256nM、64nM、16nM、4nM及1nM经过所捕获的抗体。使用缓冲注射液(也即0nM)移除基线偏移及注射人工制品双重参考结合曲线。使用100mM磷酸移除所捕获的抗体使捕获表面再生，允许进行另一捕获及结合循环。使用ProteOn XPR36数组系统测定软件固有的1:1模型测定所产生的结合传感器图谱。该测定在25℃下进行且使用1×HBS-EP(Teknova)作为操作缓冲液。
资料
测试三种抗体且所得结合数据呈现于下文(表3)。抗体316P及31H4为US20110065902A1中所揭示的抗体(这种抗体及其可变结构域的序列以引用的方式并入本文中用于本发明中的可能用途及本文申请专利范围中可能的包含内容)。抗体316P包含来源于人VH3-23*04及JH2*01(具有D)的重组的重链可变结构域及来源于人Vκ4-1*01及Jκ2*01的重组的轻链可变结构域。
依伏洛单抗包含人IGHG2*01重链及人IGLC2*01 λ轻链、来源于人IGHV1-18*01及IGHJ6*01(具有D区段)的重组的VH及来源于人IGLV2-14*01及IGLJ2*01的重组的Vλ。
表3：配体对于PCSK9变体的结合特异性的SPR确定
结果
结果展示所有测试抗体同等地结合PCSK9变体，任何所见结合变化在此类强亲和力相互作用的实验误差内。
因此，本发明确定具有以下型态的抗体可特异性结合本发明的一或多种变体：
1.包含来源于人IGHV3-23*04及IGHJH2*01(具有D)的重组的重链可变结构域及来源于人IGKV4-1*01及IGKJ2*01的重组的轻链可变结构域的抗体(例如316P或阿利若单抗)；或
2.包含来源于人IGHV1-18*01及IGHJ6*01(具有D区段)的重组的人重链可变结构域及来源于人IGLV2-14*01及IGLJ2*01的重组的轻链可变结构域的抗体(例如依伏洛单抗)。
因此，根据本发明，技术人员由此考虑到需要确定配体与PCSK9变体的特异性结合。此确定的应用陈述在上文本发明的方法及其它方面的情形中。
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实例2：IL4受体α(IL4Ra；CD124)
白介素-4(IL-4，也称为B细胞刺激因子或BSF-1)最初通过其响应于低浓度的针对表面免疫球蛋白的抗体刺激9种B细胞的能力表征。IL-4已展示具有广泛范围的生物学活性，包括T细胞、肥大细胞、粒细胞、巨核细胞及红血球的生长刺激。IL-4诱发休眠B细胞中Il类主要组织兼容复合体分子的表达且增强由受激B细胞分泌IgE及IgGI同型。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4RA蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。本发明也提供对应配体。
本发明提供抗IL4Ra配体；及如本文所述的IL4Ra结合或靶向配体。这些配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、IL4Ra(具体的人IL4Ra或其配体)的亲和力纯化及在筛选测定中鉴别IL4Ra活性的其它拮抗剂。本发明的一些配体适用于抑制IL4Ra与IL4的结合或抑制IL4Ra介导的活性。
已基于靶向及中和所谓的“野生型”人IL4Ra(其为通常存在的形式(参见例如SEQID NO:67))开发抗IL4Ra配体(例如抗体及反义RNA)。尽管此类疗法适用于携带此形式的人IL4RA的人患者，但本发明人认为其适用于研究靶向人群体中IL4Ra的更罕见但仍天然存在的形式的可能性。以此方式，本发明人了解较罕见人IL4Ra形式的天然存在及分布，这些人IL4Ra形式可充当切合由IL4Ra活性介导或与IL4Ra活性相关的疾病及状况的人治疗、预防及诊断的有用靶标(在蛋白质或核酸水平下)。此尤其提供不含常见IL4Ra基因或蛋白质的人的定制疗法、预防及诊断。
技术人员应知晓翻译成氨基酸变异的SNP或其它变化可造成欲针对的人靶标的活性和/或构象的变异。此已在使用蛋白质与核苷酸变异性的基因分型及知识以更有效地定制患者的药品及诊断的个性化医学引起极大关注。因此，本发明提供特异性针对较罕见IL4Ra多态变体形式的定制医药及测试。此类形式或“等位基因”(在核苷酸水平下)包含对应常见形式核苷酸及氨基酸序列在核苷酸及氨基酸水平下的一或多个变化，也即在核苷酸水平下存在翻译成人蛋白质靶标中的一或多个对应变化的一或多个非同义变化。
此外，本发明人意外地意识到较罕见的天然形式尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，本发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体中提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用。
在此认知下，本发明人意识到本发明在指导抗IL4Ra配体选择以便施用人患者用于治疗和/或预防IL4Ra介导或相关疾病及状况方面存在显著行业及医学应用。以此方式，患者接受如患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供患者的基因分型和/或表型分型与此类治疗结合，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医学功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)及避免医药处方不当及浪费。
在出现此想法时，在此非限制性实例中，本发明人决定基于以下准则确定一组人IL4Ra变体，这种准则为本发明人意识到应提供适用于人群体的定制需要的医学药物及诊断的准则。本发明人选择具有4个以下准则的至少3者的变体：
累积人等位基因频率为35％或35％以下的天然存在的人IL4Ra变异；
总人基因型频率为约50％或50％以下的天然存在的人IL4Ra变异；
在许多不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类；参见下表2)中发现的天然存在的人IL4Ra变异；及
在分布遍及此类许多不同种族群体的许多对象中发现的天然存在的人IL4Ra变异。
基于这种准则，本发明人鉴别下表11中列出的变体。作为额外或替代考虑，本发明人的选择包括相较于未改变靶标蛋白中的氨基酸残基的沉默变异，选择在对应IL4Ra形式中产生氨基酸变异的核苷酸变异(也即非同义变异)。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4RA蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。如下文所进一步解释，在许多群体中所发现的人中的天然存在的IL-4Ra变体中发现这种氨基酸变异。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
一个实例也提供一种在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的配体(例如抗体或抗体片段)，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在一个实例中，本发明提供一种靶向人的IL4Ra的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4RA蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ IDNO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗该人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
一个实例也提供一种靶向人的IL4Ra的配体(例如抗体或抗体片段)，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗该人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在一个实施例中，(i)该抗体或片段包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
另外或替代地，在一个实施例中，(i)该抗体或片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
IL-4的生物学活性由IL-4的特异性细胞表面受体介导。人IL-4受体α(hlL-4Ra)描述于例如美国专利第5,599,905号、第5,767,065号及第5,840,869号中。针对hlL-4R的抗体描述于美国专利第5,717,072号中。
使用针对hlL-4R的抗体的方法描述于美国专利第5,714,146号；第5,985,280号；及第6,716,587号中。
人IL-4Ra(也称IL-4Rα)亚单位(Swiss Prot寄存编号P24394)为以高亲和力结合人IL-4的140kDa 1型膜蛋白(Andrews等人J.Biol.Chem(2002)277:46073-46078)。IL-4/IL-4Ra复合物可经由IL-4上的结构域与常见γ链(γc，CD132)或IL-13Rα1亚单位二聚化形成两种不同信号传导复合物，通常分别称为I型及II型受体。或者，IL-13可结合IL-13Rα1以形成IL-13/IL-13Rα1复合物，该复合物募集IL-4Rα亚单位以形成II型受体复合物。因此，IL-4Rα介导IL-4及IL-13两者的生物学活性(由Gessner等人,Immunobiology,201:285,2000综述)。体外研究已展示IL-4及IL-13活化许多细胞类型的效应功能，例如T细胞、B细胞、嗜伊红血球、肥大细胞、嗜碱性血球、气管平滑肌细胞、呼吸道上皮细胞、肺纤维母细胞及内皮细胞(由Steinke等人,Resp Res,2:66,2001及Willis-Karp,Immunol Rev,202:175,2004综述)。
IL-4结合其受体(IL-4R)经由诱发B细胞的IgE合成及T细胞分化成Th2表型而对哮喘中存在的气道炎症的发展至关重要。度皮鲁单抗为设计用于异位性疾病治疗的单克隆抗体。其结合白介素-4受体的α亚单位。经由阻断IL-4Rα，度皮鲁单抗调节IL-4及IL-13通路的信号传导，这些通路已涉及于过敏性疾病的病理生理学中。根据本发明的抗IL4Ra配体、抗体及片段可例如用于治疗过敏性疾病或降低该疾病的风险。
在一个实例中，该配体、抗体或片段用于治疗过敏性哮喘、嗜酸性哮喘或异位性皮肤炎或降低过敏性哮喘、嗜酸性哮喘或异位性皮肤炎的风险，任选地其中该抗体为度皮鲁单抗。
除其在哮喘中的作用之外，IL-4Ra已与许多其它病变联系在一起，例如以下(根据本发明的抗IL4Ra配体、抗体及片段可例如用于治疗这种疾病或状况中的任一者或降低这种疾病或状况中的任一者的风险)：
慢性阻塞性肺病(COPD)包括具有不同程度慢性支气管炎、小气道疾病及肺气肿的患者群体且通过进行性不可逆肺功能衰退对当前基于哮喘的疗法回应不良进行表征。COPD的潜在病因仍未充分了解。“荷兰假说”提出COPD及哮喘存在共同易感性且因此类似机制可造成两种病症的发病机制(Sluiter等人,Eur Respir J,)。Zheng等人(J Clin Invest,106(9):1081-93,2000)已论证小鼠肺中IL-13的过度表达引起肺气肿、升高黏液产生及炎症，反映人COPD的方面。此外，AHR，也即过敏性炎症鼠类模型的IL-13依赖性反应，已展示吸烟者肺功能衰退的预测(Tashkin等人,Am J Respir Crit Care Med,153(6Pt 1):1802-11,1996)。也已在IL-13启动子多态性与罹患COPD的易感性之间建立联系(Van Der PouwKraan等人,Genes Immun,3(7):436-9,2002)。征兆因此为IL-4/IL-13通路且具体的IL-13在COPD的发病机制中发挥重要作用。
除哮喘之外，IL-4/Il-13通路已与其它纤维化状况联系起来，如全身性硬化症(Hasegawa等人,J Rheumatol,24(2):328-32,1997)、肺纤维化(Hancock等人,Am J RespirCell Mol Biol,18(1):60-5,1998)、寄生虫诱发性肝纤维化(Fallon等人,J Immunol,164(5):2585-91,2000；Chiaramonte等人,J Clin Invest,104(6):777-85,1999；ChiaramonteHepatology 34(2):273-82,2001)及囊肿性纤维化(Hauber等人,.J.Cyst Fibr,2:189,2003)。
IL-4及在一定程度上IL-13为B细胞介导的活性的关键，诸如B细胞增殖、免疫球蛋白分泌及FcεR的表达。IL-4Ra抑制剂的临床应用包括例如用于过敏症疗法以抑止IgE合成(包括例如异位性皮肤炎及食物过敏)、用于移植疗法以预防移植排斥、以及抑止迟发型超敏反应或接触超敏反应。
Il-4R拮抗剂也可用作过敏症免疫疗法的佐剂及用作疫苗佐剂。
已描述人群体中的IL-4Ra多态性(由Gessner等人,Immunobiology,201:285,2000综述)且已报导一些群体中与IgE水平或临床特异性的关联。举例而言，V75R576IL-4Rα与过敏性哮喘及IL-4Rα功能增强相关(Risma等人J.Immunol.169(3):1604-1610,2002)。
根据本发明的抗IL4Ra配体、抗体及片段任选地以高效力中和IL-4Ra，例如EP2604628的实例中所更详细地描述。中和意谓抑制由IL-4Ra介导的生物活性。根据本发明的配体、抗体及片段可中和由IL-4Ra介导的一或多种活性。抑制的生物活性可能通过防止IL-4Ra与γ链(或IL-13Ra)及结合的可溶性配体中的任一者(例如IL-4或IL-13)形成信号传导复合物来介导。
IL-4或IL-13信号传导经由其含有IL-4Ra的受体复合物中和可通过IL-4或IL-13刺激的TF-1细胞增殖的抑制来量测。
根据本发明的配体、抗体或片段为例如度皮鲁单抗或WO 08/054606(Regeneron)、EP2604628(Medimmune)、WO 01/92340(immnunex)或WO 05/047331(Immunex)中所揭示的任一者，其揭示内容(包括序列，例如VH、VL及重链及轻链序列)以引用的方式并入本文中用于本文一或多个技术方案中可能的包含内容。根据该配体的另一方面，根据本发明的抗体或片段能够结合人白介素-4受体α(hIL-4Ra)及食蟹猕猴白介素-4受体α(cyIL-4Ra)。食蟹猕猴IL-4Ra cDNA序列展示为SEQ ID NO:455EP2604628。在一个特定实施例中，该抗体或片段为人抗体或片段。根据本发明的配体、抗体或片段为例如包含度皮鲁单抗的VH和/或VL或包含度皮鲁单抗的重链和/或轻链的抗体或片段。在一个实施例中，该配体、抗体或片段包含具有SEQ ID NO:69的VH结构域。在一个实施例中，该配体、抗体或片段包含具有SEQ ID NO:70的VL结构域。在一个实施例中，该配体、抗体或片段包含具有SEQ ID NO:71的重链。在一个实施例中，该配体、抗体或片段包含具有SEQ ID NO:72的轻链。
在一个特定实施例中，本发明的配体、抗体或片段包含Fc区，其中该Fc区包含选自以下的至少一个非天然氨基酸残基：如通过Kabat中给出的EU指数所编号的234D、234E、234N、234Q、234T、234H、234Y、234I、234V、234F、235A、235D、235R、235W、235P、235S、235N、235Q、235T、235H、235Y、235I、235V、235F、236E、239D、239E、239N、239Q、239F、239T、239H、239Y、240I、240A、240T、240M、241W、241L、241Y、241E、241R.243W、243L 243Y、243R、243Q、244H、245A、247L、247V、247G、251F、252Y、254T、255L、256E、256M、262I、262A、262T、262E、263I、263A、263T、263M、264L、264I、264W、264T、264R、264F、264M、264Y、264E、265G、265N、265Q、265Y、265F、265V、265I、265L、265H、265T、266I、266A、266T、266M、267Q、267L、268E、269H、269Y、269F、269R、270E、280A、284M、292P、292L、296E、296Q、296D、296N、296S、296T、296L、296I、296H、269G、297S、297D、297E、298H、298I、298T、298F、299I、299L、299A、299S、299V、299H、299F、299E、305I、313F、316D、325Q、325L、325I、325D、325E、325A、325T、325V、325H、327G、327W、327N、327L、328S、328M、328D、328E、328N、328Q、328F、328I、328V、328T、328H、328A、329F、329H、329Q、330K、330G、330T、330C、330L、330Y、330V、330I、330F、330R、330H、331G、331A、331L、331M、331F、331W、331K、331Q、331E、331S、331V、331I、331C、331Y、331H、331R、331N、331D、331T、332D、332S、332W、332F、332E、332N、332Q、332T、332H、332Y、332A、339T、370E、370N、378D、392T、396L、416G、419H、421K、440Y及434W。任选地，Fc区可包含熟习此项技术者已知的额外和/或替代性非天然氨基酸残基(参见例如，美国专利5,624,821；6,277,375；6,737,056；PCT专利公开案WO 01/58957；WO 02/06919；WO 04/016750；WO04/029207；WO 04/035752及WO 05/040217)。
根据本发明的配体、抗体或片段用于治疗或预防例如WO 08/054606(Regeneron)、EP2604628(Medimmune)、WO 01/92340(immnunex)及WO 05/047331(Immunex)中的任一者中所揭示的任何疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，这些疾病及状况的揭示内容以引用的方式并入本文中用于本文一或多个技术方案中可能的包含。
本发明进一步涵盖该配体、抗体或片段在制造用于减弱或抑制人的IL-4Ra介导的疾病或病症的药物中的用途。通过本发明的配体、抗体或片段治疗的IL-4Ra介导或相关的病症包括例如关节炎(包括脓毒性关节炎)、疱疹样皮炎、慢性特发性风疹、硬皮病、肥厚性疤痕、惠普耳氏病(Whipple's Disease)、良性前列腺增生、肺病(诸如轻度、中度或重度哮喘)、发炎性病症(诸如炎性肠病)、过敏性反应、川崎病(Kawasaki disease)、镰状细胞疾病、彻奇-斯全司综合征(Churg-Strauss syndrome)、格雷弗氏病(Grave's disease)、子痫前症、休格连氏综合征(Sjogren's syndrome)、自体免疫淋巴组织增生综合征、自体免疫性溶血性贫血、巴雷斯特氏食道症(Barrett's esophagus)、自体免疫葡萄膜炎、肺结核及肾病。
在治疗或诊断中可使用本发明的配体、抗体或片段的特定状况包括：哮喘、COPD(例如慢性支气管炎、小气道疾病或肺气肿)、炎性肠病、纤维化状况(例如全身性硬化症、肺纤维化、寄生虫诱发性肝纤维化或囊肿性纤维化)、过敏症(例如异位性皮肤炎、尘螨过敏、宠物过敏或食物过敏)、预防移植排斥的移植疗法、抑止迟发型超敏反应或接触超敏反应、作为过敏症免疫疗法的佐剂或作为疫苗佐剂。在一个实例中，该方法及配体用于治疗或预防鼻息肉和/或鼻窦炎(或降低其风险)。
因此，本发明的配体、抗体或片段适用作治疗涉及IL-4、IL-13或IL-4Ra表达和/或活性的状况的治疗剂。一个实施例尤其为一种治疗方法，其包含向有需要的患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中IL-4Ra活化的功能结果减少。另一实施例尤其为一种治疗方法，其包含(i)鉴别展现IL-4、IL-13或IL-4Ra表达或活性的患者，及(ii)向该患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中IL-4Ra活化的功能结果减弱。根据本发明的有效量为调节(例如减少)IL-4Ra活化的功能结果以便调节(例如降低或减轻)所治疗的特定疾病或病症的至少一种症状的严重程度，但不必治愈疾病或病症的量。因此，本发明的一个实施例为一种治疗本文所提及的病症中的任一者的至少一种症状或降低该症状的严重程度的方法，其包含单独或在与此项技术中已知或本文所述的另一适当药物的组合治疗方案中向有需要的患者施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以使得病症中的任一者的至少一种症状的严重程度降低。本发明的另一实施例尤其为一种拮抗IL-4Ra的至少一个效应的方法，其包含接触或施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以便拮抗IL-4Ra的该至少一个效应，例如IL-4Ra与IL-4形成复合物(活性信号传导之前驱物)的能力。
在一个实例中，本发明的配体、抗体或片段可与用于治疗癌症的另一治疗剂组合使用。欲组合使用的适合的药剂包括EP2604628(例如段落[0287])中所揭示的那些药剂，其揭示内容以引用的方式并入本文中。
定制针对较罕见IL4Ra变体型态的抗体
如本文所概述(例如在实例1中的PCSK9的情形下)，本发明包括通过选择具有基于以下基因区段的可变结构域和/或恒定结构域的基于抗体的配体来进一步定制人治疗的可能性，这些基因区段在发现变体TOI形式符合本发明的选择准则的种族群体的许多人中发现。细节上作必要修改后此也适用，其中TOI为如本发明实例中的人IL4Ra。因此，与定制可变和/或恒定结构域相关的本文中的所有揭示内容均适用于与IL4Ra相关的本发明实例，且可组合用于本文中的一或多个技术方案。
如实例1中所述，提供配体的实例，其包含来源于人IGHV基因区段的重组的抗体VH结构域，这些基因区段包含在存在人变异(也即其中SNP出现在人中)的HCDR1或FW3中的位置处的所选核苷酸。
其它信息提供于表4中，其展示在这种位置处的变异，以及与许多人群体相关的遍及千人基因组计划数据库的变体分布。
在其它实施例中，如上文更全面解释，本发明提供基于替代性人VH基因区段或基于Vκ、Vλ或恒定区基因区段针对人接受者的基因型和/或表型而定制的配体(进一步参见代表性变体的表9)。
在一个实例中，按照此指导，所选配体为度皮鲁单抗。
因此其它实例为：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
在替代方案中，此实例(i)提供：
其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段包含SNP rs56069819且其中该人包含具有SNP rs56069819的VH基因区段。
(ii)其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ基因区段，或该人表达包含具有在SEQID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ结构域；或(ii)包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3的Vκ基因区段或该人表达包含具有在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3的Vκ结构域。
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。
(vii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(viii)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(ix)其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg。
举例而言，按照实例(ix)，本发明人鉴别针对IGH-γ-4变异的可能性且鉴别变异189L及289R单独或组合的效用，由于这种残基为CH3结构域的一部分，且因此其形成抗体Fc区的一部分。因此，出于如上文所论述的原因，这种CH3变异与患者匹配尤其有益。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由包含人γ-4重链恒定区的抗体组成，该人γ-4重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:73的位置189的Leu或对应于SEQ ID NO:73的位置289的Arg且其中该人的基因组包含编码此类Leu和/或Arg的γ-4重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Leu和/或Arg的人γ-4恒定区的抗体。此类配体的实例为度皮鲁单抗。
本发明的配体与IL4RA变体的特异性结合的确定
可使用实例1中所述的SPR方法进行本发明的配体与IL4Ra变体的特异性结合。
实施例提供如下：
具有VH定制的方法
1.一种在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4Ra蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4Ra蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中(i)该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在替代方案中，条项1提供：
一种靶向人的IL4Ra的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4Ra蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4Ra蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中(i)该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗该人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。该疾病任选地为哮喘。该疾病任选地为异位性皮肤炎。该疾病任选地为鼻息肉和/或鼻窦炎。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变I75V。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变E400A。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变C431R。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变S503P。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变Q576R。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变S752A。
2.如条项1的方法，其中该IL4Ra包含SEQ ID NO:67中的突变I75V及Q576R且该疾病任选地为哮喘。该疾病任选地为异位性皮肤炎。该疾病任选地为鼻息肉和/或鼻窦炎。
Q576R及I75V与气管发炎疾病(例如哮喘)相关。举例而言，参见Clin ExpAllergy.2003 Aug；33(8):1111-7,“Polymorphisms in the interleukin-4 andinterleukin-4 receptor alpha chain genes confer susceptibility to asthma andatopy in a Caucasian population”,BeghéB等人(I75V替代地称为I50V)；J Asthma.2010Apr；47(3):238-44.doi:10.3109/02770900903509099,“Association and gene-geneinteractions of eight common single-nucleotide polymorphisms with pediatricasthma in middle china”,Wu X等人；Clin Exp Allergy.2004 Oct；34(10):1570-5,“Haplotypes of the interleukin-4 receptor alpha chain gene associate withsusceptibility to and severity of atopic asthma”,AM等人，全部以引用的方式并入本文中。
3.如条项1或2的方法，其中(ii)的该核苷酸序列包含核苷酸突变3223T(dB SNP编号)。
此变异与气管发炎疾病(例如哮喘)相关。
4.如任何前述条项的方法，其中各该人VH基因区段包含SEQ ID NO:39。
5.如任何前述条项的方法，其中由该人包含的VH基因区段为生殖系VH基因区段。
6.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质。
8.如任何前述条项的方法，其包含确定该人包含以下的步骤：(a)编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或(b)包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
9.如条项8的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
10.如条项9的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个寡核苷酸探针接触，该寡核苷酸探针包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含编码该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的核苷酸序列，从而当至少一个编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列存在，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含该IL4Ra蛋白质，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
11.如条项9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
12.如条项9或11的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列杂合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:68的核苷酸序列，或该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列纯合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
14.如任何前述条项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对哮喘治疗具有抗性。
15.如任何前述条项的方法，其中该人正接受或已接受哮喘治疗或对哮喘治疗的反应减小。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况；异位性疾病或状况；呼吸道疾病或状况；与IgE升高相关的疾病或状况；或与IL-4和/或IL-13活性升高相关的疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病(Wegener'sgranulomatosis)。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该状况的风险：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含选自rs1805010、rs1805011、rs1805012、rs1805015、rs1801275及rs1805016的一或多种SNP。
21.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过吸入、静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的方法，其中该VH结构域包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列。
具有VH定制的配体
1.一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况(例如哮喘)或降低该疾病或状况的风险的方法，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中(i)该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在替代方案中，段落1提供：
一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于靶向人的IL4Ra的方法，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中(i)该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗该人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如段落1的配体，其中该IL4Ra包含SEQ ID NO:67中的突变I75V及Q576R且该疾病任选地为哮喘。
如段落1或2的配体，其中(ii)的该核苷酸序列包含核苷酸突变3223T(dB SNP编号)。
如任何前述段落的配体，其中各该人VH基因区段包含SEQ ID NO:39。
3.如任何前述段落的配体，其中由该人包含的VH基因区段为生殖系VH基因区段。
4.如任何前述段落的配体，该方法包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如段落1的人。
5.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质。
6.如任何前述段落的配体，该方法包含确定该人包含以下的步骤：(a)编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或(b)包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
7.如段落8的配体，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
8.如段落9的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个寡核苷酸探针接触，该寡核苷酸探针包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含编码该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的核苷酸序列，从而当至少一个编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列存在，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含该IL4Ra蛋白质，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
9.如段落9的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
10.如段落9或11的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列杂合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:68的核苷酸序列，或该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列纯合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
12.如任何前述段落的配体，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对哮喘治疗具有抗性。
13.如任何前述段落的配体，其中该人正接受或已接受哮喘治疗或对哮喘治疗的反应减小。
14.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况；异位性疾病或状况；呼吸道疾病或状况；与IgE升高相关的疾病或状况；或与IL-4和/或IL-13活性升高相关的疾病或状况。
15.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
16.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
17.如任何前述段落的配体，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该状况的风险：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
18.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含选自rs1805010、rs1805011、rs1805012、rs1805015、rs1801275及rs1805016的一或多种SNP。
19.如任何前述段落的配体，其中该抗体或抗体片段用于吸入、静脉内或皮下施用和/或包含在可吸入或可注射制剂中。
20.如任何前述段落的配体，其中该VH结构域包含SEQ ID NO:69的氨基酸序列。
具有C区定制的方法
1.一种在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4Ra蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4Ra蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在替代方案中，条项1提供：
一种靶向人的IL4Ra的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人IL4Ra蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人IL4Ra蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗该人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变I75V。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变E400A。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变C431R。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变S503P。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变Q576R。
在本发明的方法或配体的一个实例中，该IL4Ra包含突变S752A。
2.如条项1的方法，其中该IL4Ra包含SEQ ID NO:67中的突变I75V及Q576R且该疾病任选地为哮喘。
3.如条项1或2的方法，其中(ii)的该核苷酸序列包含核苷酸突变3223T(dB SNP编号)。
4.如任何前述条项的方法，其中该人γ-4重链恒定区包含SEQ ID NO:73。
5.如任何前述条项的方法，其中该人表达包含人IGHG4*01重链恒定区的抗体。
6.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质。
8.如任何前述条项的方法，其包含确定该人包含以下的步骤：(a)编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或(b)包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
9.如条项8的方法，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
10.如条项9的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个寡核苷酸探针接触，该寡核苷酸探针包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含编码该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的核苷酸序列，从而当至少一个编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列存在，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含该IL4Ra蛋白质，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
11.如条项9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
12.如条项9或11的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列杂合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:68的核苷酸序列，或该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列纯合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
14.如任何前述条项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对哮喘治疗具有抗性。
15.如任何前述条项的方法，其中该人正接受或已接受哮喘治疗或对哮喘治疗的反应减小。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况；异位性疾病或状况；呼吸道疾病或状况；与IgE升高相关的疾病或状况；或与IL-4和/或IL-13活性升高相关的疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该状况的风险：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含选自rs1805010、rs1805011、rs1805012、rs1805015、rs1801275及rs1805016的一或多种SNP。
21.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过吸入、静脉内或皮下施用而施用和/或包含在可吸入或可注射制剂中。
具有恒定区定制的配体
1.一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于在有需要的人中治疗IL4Ra介导的疾病或状况(例如哮喘)或降低该疾病或状况的风险的方法，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在替代方案中，段落1提供：
一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于靶向人的IL4Ra的方法，其中该配体特异性结合人IL4RA蛋白质，该人IL4RA蛋白质包含选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变；
其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该IL4RA蛋白质的核苷酸序列，该IL4RA蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
在一个实例中，该人罹患IL4Ra介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗该人的IL4Ra介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如段落1的配体，其中该IL4Ra包含SEQ ID NO:67中的突变I75V及Q576R且该疾病任选地为哮喘。
3.如段落1或2的配体，其中(ii)的该核苷酸序列包含核苷酸突变3223T(dB SNP编号)。
4.如任何前述段落的配体，其中该人γ-4重链恒定区包含SEQ ID NO:73。
5.如任何前述段落的配体，其中该人表达包含人IGHG4*01重链恒定区的抗体。
6.如任何前述段落的配体，该方法包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如段落1的人。
7.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质。
8.如任何前述段落的配体，该方法包含确定该人包含以下的步骤：(a)编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变和/或(b)包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的IL4Ra蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
9.如段落8的配体，其中该确定步骤包含测定该人的生物样品关于编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
10.如段落9的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个寡核苷酸探针接触，该寡核苷酸探针包含编码IL4Ra蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中该连续核苷酸的序列包含编码该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变的核苷酸序列，从而当至少一个编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列存在，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含该IL4Ra蛋白质，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
11.如段落9的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
12.如段落9或11的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列杂合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:68的核苷酸序列，或该人指示为编码该IL4Ra蛋白质的核苷酸序列纯合的，该IL4Ra蛋白质包含该选自SEQ ID NO:67中的I75V、E400A、C431R、S503P、Q576R及S752A的突变。
14.如任何前述段落的配体，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对哮喘治疗具有抗性。
15.如任何前述段落的配体，其中该人正接受或已接受哮喘治疗或对哮喘治疗的反应减小。
16.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况；异位性疾病或状况；呼吸道疾病或状况；与IgE升高相关的疾病或状况；或与IL-4和/或IL-13活性升高相关的疾病或状况。
17.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
18.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断患有选自以下的至少一个状况：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
19.如任何前述段落的配体，其中该抗体或抗体片段治疗该人的选自以下的至少一个状况或降低该状况的风险：气管炎性疾病或状况、慢性阻塞性肺病、哮喘、肺炎、过敏性肺炎、伴有嗜伊红血球增多的肺浸润、环境性肺病、肺炎、支气管扩张、囊肿性纤维化、间质性肺病、原发性肺高血压、肺血栓栓塞、肋膜病症、纵隔病症、隔膜病症、换气不足、换气过度、睡眠呼吸暂停、急性呼吸窘迫综合征、间皮瘤、肉瘤、移植排斥反应、移植物抗宿主病、肺癌、过敏性鼻炎、过敏症、石棉沉着病、曲菌瘤、曲菌病、支气管扩张、慢性支气管炎、肺气肿、嗜酸性肺炎、特发性肺纤维化、侵入性肺炎球菌病、流感、非结核分枝杆菌、肋膜积液、肺尘埃沉着症、肺孢子虫病、肺炎、肺放线菌病、肺泡蛋白沉着症、肺炭疽、肺水肿、肺栓塞、肺部炎症、肺组织细胞增生症X、肺高血压、肺奴卡菌病、肺结核、肺静脉闭塞病、类风湿性肺病、类肉瘤病及韦格纳氏肉芽肿病。
20.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含选自rs1805010、rs1805011、rs1805012、rs1805015、rs1801275及rs1805016的一或多种SNP。
21.如任何前述段落的配体，其中该抗体或抗体片段用于吸入、静脉内或皮下施用和/或包含在可吸入或可注射制剂中。
在与IL4Ra相关的任何其它实例或实施例、条项或段落的一个实例中，该IL4Ra突变为75V且该人具有AFR或ASN祖先，例如该人的祖先选自ASW、LWK、CHS或JPT。全部这种祖先均具有大于平均47％的频率的75V。
在与IL4Ra相关的任何其它实例或实施例、条项或段落的一个实例中，该IL4Ra突变为400A且该人具有AFR祖先，例如该人的祖先选自ASW、LWK及YRI。全部这种祖先均具有大于平均频率的400A。
在与IL4Ra相关的任何其它实例或实施例、条项或段落的一个实例中，该IL4Ra突变为431R且该人具有AFR或AMR祖先，例如该人的祖先选自YRI、CLM、MXL、PUR或CEU。全部这种祖先均具有大于平均频率的431R。
在与IL4Ra相关的任何其它实例或实施例、条项或段落的一个实例中，该IL4Ra突变为752A且该人具有AFR祖先，例如该人的祖先选自ASW、LWK及YRI。全部这种祖先具有37-39％频率，其大于752A的平均频率。
频率此处参照千人基因组数据库(版本20110521)。
在与IL4Ra相关的任何其它实例或实施例、条项或段落的一个实例中，该IL4Ra突变为75V且该人具有AFR或ASN祖先，例如该人的祖先选自ASW、LWK、CHS或JPT。全部这种祖先均具有大于平均47％的频率的75V。
SNP rs1805010(编码75V；参见表11)根据千人基因组阶段I数据库以47％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASN、ASW、LWK、MXL、CHS及JPT群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR或ASN祖先，例如具有ASW、LWK、MXL、CHS或JPT祖先。因此，在一个实施例中，当其中该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变I75V的IL4R蛋白质时，该人包含SNP rs1805010；及该人任选地具有AFR或ASN祖先，例如具有ASW、LWK、MXL、CHS或JPT祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有ASN祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有MXL祖先。举例而言，该人具有CHS祖先。举例而言，该人具有JPT祖先。
SNP rs1805011(编码400A；参见表11)根据千人基因组阶段I数据库以22％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。因此，在一个实施例中，当其中该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变E400A的IL4R蛋白质时，该人包含SNP rs1805011；及该人任选地具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。
SNP rs1805012(编码431R；参见表11)根据千人基因组阶段I数据库以10％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、AMR、EUR、YRI、CLM、MXL、PUR、CEU及GBR群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR、AMR或EUR祖先，例如具有YRI、CLM、MXL、PUR、CEU或GBR祖先。因此，在一个实施例中，当其中该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变C431R的IL4R蛋白质时，该人包含SNP rs1805012；及该人任选地具有AFR、AMR或EUR祖先，例如具有YRI、CLM、MXL、PUR、CEU或GBR祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有AMR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。举例而言，该人具有CLM祖先。举例而言，该人具有MXL祖先。举例而言，该人具有PUR祖先。举例而言，该人具有CEU祖先。举例而言，该人具有GBR祖先。
SNP rs1805015(编码503P；参见表11)根据千人基因组阶段I数据库以21％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK、YRI、PUR及GBR群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR或ASW祖先，例如具有LWK、YRI、PUR或GBR祖先。因此，在一个实施例中，当其中该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变S503P的IL4R蛋白质时，该人包含SNPrs1805015；及该人任选地具有AFR或ASW祖先，例如具有LWK、YRI、PUR或GBR祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。举例而言，该人具有PUR祖先。举例而言，该人具有GBR祖先。
SNP rs1801275(编码576R；参见表11)根据千人基因组阶段I数据库以35％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。因此，在一个实施例中，当其中该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变Q576R的IL4R蛋白质时，该人包含SNP rs1801275；及该人任选地具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。
SNP rs1805016(编码752A；参见表11)根据千人基因组阶段I数据库以12％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。因此，在一个实施例中，当其中该配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变S752A的IL4R蛋白质时，该人包含SNP rs1805016；及该人任选地具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。
IGHV3-23 SNP rs56069819根据千人基因组阶段I数据库以11％的平均累积频率存在于人中，但在AFR(23％)、EUR(13％)、ASW(27％)、LWK(15％)、YRI(28％)、CEU(19％)及GBR(15％)群体中较高，因此在一个实施例中，当抗TOI(例如PCSK9或IL4Ra)抗体或片段包含SEQ ID NO:40的框架1或包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域时，该人VH区段包含SNP rs56069819，该人具有AFR、EUR、ASW、LWK、YRI、CEU或GBR祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。举例而言，该人具有CEU祖先。举例而言，该人具有GBR祖先。
实例3：Nav1.7(SCN9A；ETHA；FEB3B；GEFSP7；NE-NA；NENA；PN1；SFNP)
参考J Clin Invest.2007年12月；117(12):3603-9,“Mutations in sodium-channel gene SCN9A cause a spectrum of human genetic pain disorders”,DrenthJP&Waxman SG(以引用的方式并入本文中)。电压闸控钠通道在动作电位的产生及传导中发挥关键作用且因此对通过大部分可激发细胞的电信号传导为重要的。钠通道为完整膜蛋白且包含形成电压敏感性及离子选择性孔隙的大α亚单位及可调节通道闸控的动力学及电压依赖性的较小辅助β亚单位。迄今，已知钠通道α亚单位的9种亚型(Nav1.1-Nav1.9)，各具有独特中心及周边神经系统分布。四种密切相关的钠通道(Nav1.1、-1.2、-1.3及-1.7)由位于染色体2q24.3上的丛集内的一组4个基因(分别为SCN1A、SCN2A、SCN3A及SCN9A)编码。Nav1.7在疼痛感觉中具有关键作用。此外，由KO研究及动物疼痛模型将呈现Nav1.7在炎性痛中发挥主要作用。
Nav1.7位于周边神经元且在这种细胞的动作电位产生中发挥重要作用。最新遗传研究已鉴别三种不同人疼痛病症中的Nav1.7功能障碍。Nav1.7的功能获得错义突变已展示造成原发性红斑性肢痛症(PE)及阵发性剧痛症(PEPD)，而Nav1.7的无义突变导致Nav1.7功能丧失及称为离子通道病相关疼痛失觉(CIP)的状况，也即一种患病对象不能感觉身体疼痛的罕见病症。最新研究已展示不同类型的通道病(由离子通道亚单位或调节其的蛋白质的功能受干扰所引起的疾病)全部涉及同一Nav1.7钠通道，为这种病症的基础。
Nav1.7由包含26个外显子的113.5-kb基因SCN9A(OMIM 603415)编码(图1A，Drenth&Waxman)。所编码的钠通道由1977个氨基酸组织成4个结构域，每一结构域具有6个跨膜区段组成，且主要表达于背根神经节(DRG)神经元及交感神经节神经元中(图1B，Drenth&Waxman)。免疫组化研究展示Nav1.7存在于靠近神经元放电起始的脉冲触发带的称为神经突的神经元线状突出的远程。有趣的是，大部分表达Nav1.7的DRG神经元为疼痛感应(感受伤害性)，表明此钠通道在疼痛发病机制中的作用。
Cell.2014年6月5日；157(6):1393-404.doi:10.1016/j.cell.2014.03.064.Epub2014年5月22日；“A monoclonal antibody that targets a NaV1.7 channel voltagesensor for pain and itch relief”,Lee JH等人及2011(两者以引用的方式并入本文中)描述针对人Nav1.7的单克隆抗体的产生。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。本发明也提供对应配体。
本发明提供抗Nav1.7的配体；及如本文所述的Nav1.7结合或靶向配体。这些配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、Nav1.7(尤其人Nav1.7或其配体)的亲和力纯化及在筛检测定中鉴别Nav1.7活性的其它拮抗剂。一些本发明的配体适用于抑制Nav1.7介导的活性。
已基于靶向及中和所谓的“野生型”人Nav1.7(其为通常存在的形式(参见例如SEQID NO:75))开发抗Nav1.7的配体(例如抗体及反义RNA)。尽管此类疗法适用于携带此形式的人NAV1.7的人患者，但本发明人认为其适用于研究靶向人群体中Nav1.7的更罕见但仍天然存在的形式的可能性。以此方式，本发明人了解较罕见人Nav1.7形式的天然存在及分布，这些人Nav1.7形式可充当切合由NAV1.7活性介导或与NAV1.7活性相关的疾病及状况的人治疗、预防及诊断的有用靶标(在蛋白质或核酸水平下)。此尤其提供不含常见Nav1.7基因或蛋白质的人的定制疗法、预防及诊断。
技术人员应知晓翻译成氨基酸变异的SNP或其它变化可造成欲针对的人靶标的活性和/或构象的变异。此已在使用蛋白质与核苷酸变异性的基因分型及知识以更有效地定制患者的药品及诊断的个性化医学引起极大关注。因此，本发明提供特异性针对较罕见Nav1.7多态变体形式的定制医药及测试。此类形式或“等位基因”(在核苷酸水平下)包含对应常见形式核苷酸及氨基酸序列在核苷酸及氨基酸水平下的一或多个变化，也即存在一或多个在核苷酸水平下的非同义(也称为“错义”)变化，其翻译成人蛋白质靶标中的一或多个对应变化。
此外，本发明人意外地意识到较罕见的天然形式尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，本发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体中提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用。
在此认知下，本发明人了解本发明在指导抗Nav1.7配体选择以便施用人患者用于治疗和/或预防Nav1.7介导或相关疾病及状况方面存在显著行业及医学应用。以此方式，患者接受如患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供患者的基因分型和/或表型分型与此类治疗结合，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医学功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)及避免医药处方不当及浪费。
在出现此想法时，在此非限制性实例中，本发明人决定基于以下准则确定一组人Nav1.7变体，这种准则为本发明人意识到应提供适用于人群体的定制需要的医学药物及诊断的准则。本发明人选择具有4个以下准则的至少3者的变体：
具有35％或35％以下的累积人等位基因频率的天然存在的人Nav1.7变异；
具有约50％或50％以下的总人基因型频率的天然存在的人Nav1.7变异；
在许多不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类；参见下表2)中发现的天然存在的人Nav1.7变异；及
在分布遍及此类许多不同种族群体的许多对象中发现的天然存在的人Nav1.7变异。
基于这种准则，本发明人鉴别下表12中列出的变体(参见其它变体)。作为额外或替代考虑，本发明人的选择包括相较于未改变靶标蛋白中的氨基酸残基的沉默变异，选择在对应Nav1.7形式中产生氨基酸变异的核苷酸变异(也即非同义变异)。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。如下文所进一步解释，在许多群体中所发现的人中的天然存在的Nav1.7变体中发现这种氨基酸变异。该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
举例而言，该氨基酸选自(a)至(e)中的任一者：
a)136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；或
b)996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；或
c)277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；或
d)395K、1200L及1235L；或
e)422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
氨基酸(a)-(d)在Drenth&Waxman中论述为与疼痛状况(不希望的疼痛增加或减少)相关。因此，在一个实施例中，该疾病或状况为疼痛疾病或状况且该氨基酸选自(a)、(b)、(c)或(d)。因此，在一个实施例中，该疾病或状况为瘙痒疾病或状况且该氨基酸选自(a)、(b)、(c)或(d)。在一个实例中，该疾病为PE且该氨基酸选自(a)。在一个实例中，该疾病为PEPD且该氨基酸选自(b)。在一个实例中，该疾病为CIP且该氨基酸选自(c)或(d)。在一个实例中，该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况且该氨基酸选自(e)。
在一个实施例中，该疼痛为慢性疼痛。
在一个实施例中，该疼痛为神经痛，例如慢性神经痛。举例而言，该疼痛为疼痛性糖尿病神经病变(PDN)、疱疹后神经病变(PHN)或三叉神经痛(TN)。
在一个实例中，该疼痛为脊髓损伤疼痛、多发性硬化疼痛、幻肢痛、中风后疼痛、慢性背痛、骨关节炎疼痛、癌症相关疼痛或HIV相关疼痛。
在一个实施例中，该疼痛为炎性痛，例如慢性炎性痛。
在一个实施例中，该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关。
在一个实施例中，该疾病或状况选自原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
任选地，NAV介导的疾病或状况选自以下中的任一者：
a.神经病性或神经性疼痛(例如产生自疼痛性糖尿病神经病变(PDN)、疱疹后神经病变(PHN)、中心神经病变、周边神经病变、三叉神经痛(TN)、感觉缺失、脊髓损伤、多发性硬化、幻肢痛、痛觉过敏、痛觉过度、感觉异常、疼痛、中风后疼痛及HIV相关疼痛、背痛、慢性背痛、骨关节炎、癌症、突发性疼痛、红斑肢痛症[例如原发性红斑性肢痛症]、阵发性30剧痛症、神经压迫和/或卡压[诸如腕隧道综合征、踝隧道综合征、尺神经卡压、压迫神经根病变、根性下背痛、脊神经根病变、脊神经根压迫、腰椎管狭窄、坐骨神经压迫、肋间神经痛]、神经炎、化学疗法的疼痛、先天性缺陷/离子通道病[例如离子通道病相关疼痛失觉及先天性疼痛失觉]或慢性酒精中毒[酒精中毒性多发性神经病])；
b.炎性痛(诸如骨关节炎疼痛、慢性背痛、类风湿性关节炎疼痛、癌症疼痛、突发性疼痛、与烧伤相关的疼痛、脑炎疼痛、骨裂疼痛、神经炎疼痛、自体免疫疾病疼痛、手术后疼痛、牙痛、与细菌感染相关的疼痛、与放射线疗法相关的疼痛、与痛风相关的疼痛及肠激躁综合征疼痛)；
c.来自创伤的疼痛(诸如来自撕裂、切口、烧伤、外来物体或枪弹和/或弹片损伤、脊髓损伤、臂丛撕裂、神经挤压和/或卡压(诸如腕隧道综合征、踝隧道综合征、尺神经卡压、压迫神经根病变、根性下背痛、脊神经根病变、脊神经根压迫、腰椎管狭窄、坐骨神经压迫、肋间神经痛)、神经切断、术后疼痛、牙痛及毒素暴露)；
d.来自感染的疼痛(诸如疱疹后神经病变(PHN)、HIV相关疼痛天花感染、脑炎、疱疹感染及细菌感染)；
e.来自恶性病的疼痛(诸如癌症疼痛、突发性疼痛及神经压迫疼痛)；
f.内脏疼痛(诸如肾绞痛或输尿管绞痛、肠激躁综合征、心绞痛或心肌疼痛、心律不整、月经痛、间质性膀胱炎、直肠疼痛、与腹泻相关的疼痛、阑尾炎、胆囊炎及胰脏炎)；
g.代谢或慢性疾病疼痛(诸如与多发性硬化相关、癌症疼痛、突发性疼痛、与痛风相关的疼痛、周边糖尿病神经病变、与慢性酒精中毒相关的疼痛[酒精中毒性多发性神经病]、尿毒症疼痛、与甲状腺功能低下相关的疼痛及与维生素缺乏相关的疼痛)；
h.头痛(诸如紧张性头痛、偏头痛及丛集性头痛)；
i.特发性疼痛(诸如三叉神经痛、复杂区域疼痛综合征[例如复杂区域疼痛综合征I和/或复杂区域疼痛综合征II]、异常疼痛或肌肉纤维疼痛)；
j.呼吸道疼痛(诸如与哮喘相关的疼痛、哮喘、慢性咳嗽中(例如哮喘和/或慢性阻塞性肺病中)的气管超反应性)；或
k.其它疼痛(诸如与激素疗法、糖尿病、甲状腺功能低下、癫痫症、共济失调、周期性麻痹、急性瘙痒或慢性瘙痒相关的疼痛)。
在一个实例中，NAV介导的疾病或状况选自疼痛性糖尿病神经病变、疱疹后神经病变、三叉神经痛、骨关节炎、慢性背痛、神经压迫疼痛(例如坐骨神经压迫)或癌症疼痛；或选自偏头痛、术后疼痛及肌肉纤维疼痛。
在一个实例中，本发明的配体包含抗人Nav1.7结合位点，其中该结合位点为人或人源化结合位点，例如该结合位点包含或由人或人源化抗体可变结构域或多个可变结构域(例如人VH/VL结合位点)组成。另外或替代地，该配体包含一或多个人抗体恒定区(例如人抗体CH1、CH2、CH3(或这种中的全部)或Fc)。在一个实例中，该配体为包含人或人源化可变区及人恒定区的抗体(例如，带有一或多个突变以使人患者中的Fc功能增强或衰减)。
一个实例提供一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的配体(例如抗体或抗体片段)，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该人Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，本发明提供一种靶向人的Nav1.7的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
一个实例也提供一种用于靶向人的Nav1.7的配体(例如抗体或抗体片段)，该方法包含向该人施用该配体，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在一个实施例中，(i)该抗体或片段包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
另外或替代地，在一个实施例中，(i)该抗体或片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该配体、抗体或片段用于治疗疼痛或瘙痒或降低疼痛或瘙痒的风险，任选地其中该抗体为人源化小鼠或骆驼科(例如大羊驼或骆驼)抗体。
在一个特定实施例中，抗Nav1.7配体、抗体或片段也特异性结合选自Nav1.1-1.9的另一Nav，例如其特异性结合Nav1.8或1.9。
在一个特定实施例中，本发明的抗Nav1.7配体、抗体或片段包含Fc区，其中该Fc区包含选自以下的至少一个非天然氨基酸残基：如通过Kabat中给出的EU指数所编号的234D、234E、234N、234Q、234T、234H、234Y、234I、234V、234F、235A、235D、235R、235W、235P、235S、235N、235Q、235T、235H、235Y、235I、235V、235F、236E、239D、239E、239N、239Q、239F、239T、239H、239Y、240I、240A、240T、240M、241W、241L、241Y、241E、241R、243W、243L、243Y、243R、243Q、244H、245A、247L、247V、247G、251F、252Y、254T、255L、256E、256M、262I、262A、262T、262E、263I、263A、263T、263M、264L、264I、264W、264T、264R、264F、264M、264Y、264E、265G、265N、265Q、265Y、265F、265V、265I、265L、265H、265T、266I、266A、266T、266M、267Q、267L、268E、269H、269Y、269F、269R、270E、280A、284M、292P、292L、296E、296Q、296D、296N、296S、296T、296L、296I、296H、269G、297S、297D、297E、298H、298I、298T、298F、299I、299L、299A、299S、299V、299H、299F、299E、305I、313F、316D、325Q、325L、325I、325D、325E、325A、325T、325V、325H、327G、327W、327N、327L、328S、328M、328D、328E、328N、328Q、328F、328I、328V、328T、328H、328A、329F、329H、329Q、330K、330G、330T、330C、330L、330Y、330V、330I、330F、330R、330H、331G、331A、331L、331M、331F、331W、331K、331Q、331E、331S、331V、331I、331C、331Y、331H、331R、331N、331D、331T、332D、332S、332W、332F、332E、332N、332Q、332T、332H、332Y、332A、339T、370E、370N、378D、392T、396L、416G、419H、421K、440Y及434W。任选地，Fc区可包含熟习此项技术者已知的额外和/或替代性非天然氨基酸残基(参见例如，美国专利5,624,821；6,277,375；6,737,056；PCT专利公开案WO 01/58957；WO 02/06919；WO 04/016750；WO 04/029207；WO 04/035752及WO 05/040217)。
根据本发明的配体、抗体或片段用于治疗例如WO2011/051351中所揭示的任何疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，这些疾病及状况的揭示内容以引用的方式并入本文中用于本文一或多个技术方案中可能的包含内容。对获得及测试抗体的指导也可见于该PCT申请案。
本发明进一步涵盖该配体、抗体或片段在制造用于减弱或抑制人的Nav1.7介导的疾病或病症的药物中的用途。由本发明的配体、抗体或片段治疗的Nav1.7介导或相关病症包括例如疼痛或瘙痒疾病或状况。
因此，本发明的配体、抗体或片段适用作涉及Nav1.7表达和/或活性的状况的治疗中的治疗剂。一个实施例尤其为一种治疗方法，其包含向有需要的患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中Nav1.7活化的功能结果减少。另一实施例尤其为一种治疗方法，其包含(i)鉴别展现Nav1.7表达或活性的患者，及(ii)向该患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中Nav1.7活化的功能结果减弱。根据本发明的有效量为调节(例如减少)Nav1.7活化的功能结果以便调节(例如降低或减轻)所治疗的特定疾病或病症的至少一种症状的严重程度，但不必治愈疾病或病症的量。因此，本发明的一个实施例为一种治疗本文所提及的病症中的任一者的至少一种症状或降低该症状的严重程度的方法，其包含单独或在与此项技术中已知或本文所述的另一适当药物的组合治疗方案中向有需要的患者施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以使得病症中的任一者的至少一种症状的严重程度降低。本发明的另一实施例尤其为一种拮抗Nav1.7的至少一个效应的方法，其包含接触或施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以便拮抗Nav1.7的该至少一个效应，例如Nav1.7形成离子通道(诸如钠通道)的能力。
定制针对较罕见Nav1.7变体型态的抗体
如本文所概述(例如在实例1中的PCSK9的情形下)，本发明包括通过选择具有基于以下基因区段的可变结构域和/或恒定结构域的基于抗体的配体来进一步定制人治疗的可能性，这些基因区段在发现变体TOI形式符合本发明的选择准则的种族群体的许多人中发现。细节上作必要修改后此也适用，其中TOI为如本发明实例中的人Nav1.7。因此，与定制可变和/或恒定结构域相关的本文中的所有揭示内容均适用于与Nav1.7相关的本发明实例，且可组合用于本文中的一或多个技术方案。
如实例1中所述，提供配体的实例，其包含来源于人IGHV基因区段的重组的抗体VH结构域，这些基因区段包含在存在人变异(也即其中SNP出现在人中)的HCDR1或FW3中的位置处的所选核苷酸。
其它信息提供于表4中，其展示在这种位置处的变异，以及与许多人群体相关的遍及千人基因组计划数据库的变体分布。
在其它实施例中，如上文更全面解释，本发明提供基于替代性人VH基因区段或基于Vκ、Vλ或恒定区基因区段针对人接受者的基因型和/或表型而定制的配体(进一步参见代表性变体的表9)。
因此其它实例为：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ基因区段，或该人表达包含具有在SEQID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ结构域；或(ii)包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3的Vκ基因区段或该人表达包含具有在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3的Vκ结构域。
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。
(vii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(viii)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(ix)其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg。
(x)其中该配体包含由第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段(例如IGHG3*01)，或该人表达包含由该第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区的抗体。
(xi)其中该配体包含由第一人ε重链恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区的抗体。
(xii)其中该配体包含由第一人μ重链恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区的抗体。
(xiii)其中该配体包含由第一人α重链恒定区基因区段编码的人α重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人α重链恒定区的抗体。
(xiv)其中该配体包含由第一人δ重链恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区的抗体。
(xv)其中该配体包含由第一人κ轻链恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区的抗体。
(xvi)其中该配体包含由第一人λ轻链恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区的抗体。
这种实例尽管在本发明Nav1.7实例的情形下描述，但仍适用于本发明，因为本发明涉及本文中的任何其它TOI，且因此可组合且用于与任何TOI相关的本文申请专利范围。在这种实例中的任一者中，该配体任选地为抗体，例如人或人源化抗体(例如人源化小鼠、大鼠或骆驼科抗体)。
人恒定区的ADCC功效为：IgG1≥IgG3>>IgG4≥IgG2
人恒定区的CDC功效为：IgG3≥IgG1>>IgG2≈IgG4
因此，Nav1.7配体可为有利的，因为该配体包含γ-4或γ-2恒定区(例如按照上文实例)。举例而言，γ-4为IgG4PE(也即具有228Pro及235Glu的γ-4恒定区)。举例而言，γ-2为IgG2Δa。
举例而言，按照实例(ix)，本发明人鉴别针对IGH-γ-4变异的可能性且鉴别变异189L及289R单独或组合的效用，由于这种残基为CH3结构域的一部分，且因此其形成抗体Fc区的一部分。因此，出于如上文所论述的原因，这种CH3变异与患者匹配尤其有益。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由包含人γ-4重链恒定区的抗体组成，该人γ-4重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:73的位置189的Leu或对应于SEQ ID NO:73的位置289的Arg且其中该人的基因组包含编码此类Leu和/或Arg的γ-4重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Leu和/或Arg的人γ-4恒定区的抗体。
本发明的配体与NAV1.7变体的特异性结合的确定
可使用实例1中所述的SPR方法进行本发明的配体与Nav1.7变体的特异性结合。
实施例提供如下：
具有VH定制的方法
1.一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个替代方案中，条项1提供：
一种靶向人中Nav1.7的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含源自人VH区段、人D基因区段与人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下中的任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
3.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
4.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
5.如任何前述条项的方法，其中该人包含的该VH基因区段为生殖系VH基因区段。
6.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的方法，其中已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
8.如任何前述条项的方法，其包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
9.如条项8的方法，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
10.如条项9的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
11.如条项9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
12.如条项9或11的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
14.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐疼痛或瘙痒治疗。
15.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受疼痛或瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种如权利要求16或17的状况。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中如权利要求16或17的状况或降低该状况的风险。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含一或多个选自以下的SNP：rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318。
21.如任何前述条项的方法，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的方法，其中该VH结构域包含氨基酸序列SEQ ID NO:69。
本文优选地，Nav1.7突变为1161W(在一些公开案中也称为1150W，例如Reimann等人(Proc Natl Acad Sci U S A.2010年3月16日；107(11):5148-53.doi:10.1073/pnas.0913181107.Epub 2010年3月8日；“Pain perception is altered by a nucleotidepolymorphism in SCN9A”；Reimann F等人)。此描述1150W(也即1161W)与正常人中增加的疼痛感知(下临限值)的关系。编码1161W的SNP rs6746030在千人基因组阶段I数据库中表示为在所有人群体中具有11％的累积频率，但高于AFR、AMR、EUR、ASW、YRI、CLM、CEU、GBR、IBS及TSI群体中的平均累积频率。因此，在一个实施例中，人具有AFR、AMR、EUR、ASW、YRI、CLM、CEU、GBR、IBS或TSI祖先，特异性结合人Nav1.7的配体包含突变R1161W且人包含具有突变R1161W的Nav1.7或人包含SNP rs6746030。在一个实例中，人具有AFR祖先。在一个实例中，人具有AMR祖先。在一个实例中，人具有EUR祖先。在一个实例中，人具有ASW祖先。在一个实例中，人具有YRI祖先。在一个实例中，人具有CLM祖先。在一个实例中，人具有CEU祖先。在一个实例中，人具有GBR祖先。在一个实例中，人具有IBS祖先。在一个实例中，人具有TSI祖先。在一个实例中，人具有SNP rs6746030及恒定区或可变区SNP(突变)高于平均累积频率的祖先。
具有VH定制的配体
1.一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况(例如哮喘)或降低该疾病或状况的风险的方法中，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含源自人VH区段、人D基因区段与人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个替代方案中，段落1提供：
一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于靶向人中Nav1.7的方法中，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含源自人VH区段、人D基因区段与人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下中任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
3.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
4.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
5.如任何前述条项的配体，其中该人包含的该VH基因区段为生殖系VH基因区段。
6.如任何前述条项的配体，该方法包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的配体，其中已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
8.如任何前述条项的配体，该方法包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
9.如条项8的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
10.如条项9的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
11.如条项9的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
12.如条项9或11的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的配体，其中该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
14.如任何前述条项的配体，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐疼痛或瘙痒治疗。
15.如任何前述条项的配体，其中该人正在接受或已接受疼痛或瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。
16.如任何前述条项的配体，其中该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。
17.如任何前述条项的配体，其中该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
18.如任何前述条项的配体，其中该人已诊断为患有至少一种如权利要求16或17的状况。
19.如任何前述条项的配体，其中该抗体或抗体片段治疗该人中如权利要求16或17的状况或降低该状况的风险。
20.如任何前述条项的配体，其中该核苷酸序列包含一或多个选自以下的SNP：rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318。
21.如任何前述条项的配体，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的配体，其中该VH结构域包含氨基酸序列SEQ ID NO:69。
γ-4恒定区定制的方法
1.一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个替代方案中，条项1提供：
一种靶向人中Nav1.7的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下中的任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
3.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
4.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
5.如任何前述条项的方法，其中该人包含的该恒定区基因区段为生殖系基因区段。
6.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的方法，其中已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
8.如任何前述条项的方法，其包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
9.如条项8的方法，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
10.如条项9的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
11.如条项9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
12.如条项9或11的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
14.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐疼痛或瘙痒治疗。
15.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受疼痛或瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种如权利要求16或17的状况。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中如权利要求16或17的状况或降低该状况的风险。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含一或多个选自以下的SNP：rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318。
21.如任何前述条项的方法，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的方法，其中该配体的该人γ-4重链恒定区包含氨基酸序列SEQ ID NO:73或其ADCC失活形式。
23.如任何前述条项的方法，其中该人γ-4重链恒定区包含228P及235E。
具有γ-4恒定区定制的配体
1.一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况(例如疼痛)或降低该疾病或状况的风险的方法中，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个替代方案中，段落1提供：
一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于靶向人中Nav1.7的方法中，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下中任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
3.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
4.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
5.如任何前述条项的配体，其中该人包含的该VH基因区段为生殖系VH基因区段。
6.如任何前述条项的配体，该方法包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的配体，其中已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
8.如任何前述条项的配体，该方法包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
9.如条项8的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
10.如条项9的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
11.如条项9的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
12.如条项9或11的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的配体，其中该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
14.如任何前述条项的配体，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐疼痛或瘙痒治疗。
15.如任何前述条项的配体，其中该人正在接受或已接受疼痛或瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。
16.如任何前述条项的配体，其中该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。
17.如任何前述条项的配体，其中该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
18.如任何前述条项的配体，其中该人已诊断为患有至少一种如权利要求16或17的状况。
19.如任何前述条项的配体，其中该抗体或抗体片段治疗该人中如权利要求16或17的状况或降低该状况的风险。
20.如任何前述条项的配体，其中该核苷酸序列包含一或多个选自以下的SNP：rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318。
21.如任何前述条项的配体，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的配体，其中该配体的该人γ-4重链恒定区包含氨基酸序列SEQ ID NO:73或其ADCC失活形式。
23.如任何前述条项的配体，其中该人γ-4重链恒定区包含228P及235E。
γ-2恒定区定制的方法
1.一种在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个替代方案中，条项1提供：
一种靶向人中Nav1.7的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人Nav1.7蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下中的任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
3.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
4.如任何前述条项的方法，其中该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
5.如任何前述条项的方法，其中该人包含的该恒定区基因区段为生殖系基因区段。
6.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的方法，其中已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
8.如任何前述条项的方法，其包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
9.如条项8的方法，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
10.如条项9的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
11.如条项9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
12.如条项9或11的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
14.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐疼痛或瘙痒治疗。
15.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受疼痛或瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种如权利要求16或17的状况。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中如权利要求16或17的状况或降低该状况的风险。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含一或多个选自以下的SNP：rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318。
21.如任何前述条项的方法，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的方法，其中该配体的该人γ-2重链恒定区包含IGHG2*01氨基酸序列或其ADCC失活形式。
具有γ-2恒定区定制的配体
1.一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于在有需要的人中治疗Nav1.7介导的疾病或状况(例如疼痛)或降低该疾病或状况的风险的方法中，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个替代方案中，段落1提供：
一种配体(例如抗体或抗体片段)，其用于靶向人中Nav1.7的方法中，其中该配体特异性结合人Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；
其中(i)该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala；及
其中(ii)该人包含编码该Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
在一个实例中，该人罹患Nav1.7介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的Nav1.7介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
2.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下中任一者：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P及1449V；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
3.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下：996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I及1627K；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
4.如任何前述条项的配体，其中该氨基酸选自以下：277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)及1689X(其中X为除W以外的氨基酸)；任选地，其中该疾病或状况为疼痛疾病或状况。
5.如任何前述条项的配体，其中该人包含的该VH基因区段为生殖系VH基因区段。
6.如任何前述条项的配体，该方法包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
7.如任何前述条项的配体，其中已确定该人包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G和/或包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
8.如任何前述条项的配体，该方法包含以下步骤：确定该人包含(a)编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G；和/或(b)包含该选自以下的氨基酸的Nav1.7蛋白质：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
9.如条项8的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
10.如条项9的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，其中该连续核苷酸序列包含编码该选自以下的氨基酸的核苷酸序列：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，从而当存在至少一个编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G时，形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测存在该复合物确定该人包含Nav1.7蛋白质，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
11.如条项9的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
12.如条项9或11的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
13.如任何前述条项的配体，其中该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列杂合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G，任选地，其中该人进一步指示为包含SEQ ID NO:76的核苷酸序列，或该人指示为编码Nav1.7蛋白质的核苷酸序列纯合的，该Nav1.7蛋白质包含该选自以下的氨基酸：136I、216S、241T、395K、848T、858H、858F、863P、1449V、996C、1298F、1298D、1299F、1461T、1462V、1464I、1627K、277X(其中X为除R以外的氨基酸)、328X(其中X为除Y以外的氨基酸)、395K、459X(其中X为除S以外的氨基酸)、693X(其中X为除E以外的氨基酸)、767X(其中X为除I以外的氨基酸)、830X(其中X为除R以外的氨基酸)、897X(其中X为除W以外的氨基酸)、1200L、1235L、1488X(其中X为除R以外的氨基酸)、1659X(其中X为除K以外的氨基酸)、1689X(其中X为除W以外的氨基酸)、422D、490N、943L、1002L、1161W及1919G。
14.如任何前述条项的配体，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐疼痛或瘙痒治疗。
15.如任何前述条项的配体，其中该人正在接受或已接受疼痛或瘙痒治疗或已降低对疼痛或瘙痒治疗的反应性。
16.如任何前述条项的配体，其中该疾病或状况为疼痛或瘙痒疾病或状况。
17.如任何前述条项的配体，其中该疾病或状况为离子通道病或与离子通道病相关；或选自以下：原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)及离子通道病相关疼痛失觉(CIP)。
18.如任何前述条项的配体，其中该人已诊断为患有至少一种如权利要求16或17的状况。
19.如任何前述条项的配体，其中该抗体或抗体片段治疗该人中如权利要求16或17的状况或降低该状况的风险。
20.如任何前述条项的配体，其中该核苷酸序列包含一或多个选自以下的SNP：rs6746030、rs3750904、rs58022607、rs4369876、rs13402180及rs12478318。
21.如任何前述条项的配体，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过吸入、静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可吸入或可注射制剂中。
22.如任何前述条项的配体，其中该配体的该人γ-2重链恒定区包含IGHG2*01氨基酸序列或其ADCC失活形式。
表4：千人基因组计划人群体
下文为按照千人基因组计划序列的种族群体的汇总。
群体
欧洲祖先
具有北欧及西欧祖先(CEU)的犹他洲居民(CEPH)
意大利托斯卡纳人(TSI)
来自英格兰及苏格兰的英国人(GBR)
来自芬兰的芬兰人(FIN)
西班牙的伊比利亚人群体(IBS)
东亚祖先
中国北京的中国汉族人(CHB)
日本东京的日本人(JPT)
中国南部汉族人(CHS)
西双版纳的中国傣族人(CDX)
越南胡志明市的京族人(KHV)
科罗拉多州丹佛的中国人(CHD)(仅试验3个)
西非祖先
群体
尼日利亚伊巴丹的约鲁巴人(YRI)
肯尼亚威布耶的卢赫雅人(LWK)
冈比亚西部地区的冈比亚人(GWD)
马拉维布兰太尔的马拉维人(MAB)
西非群体(TBD)
美洲人
美国西南部的非洲祖先(ASW)
密西西比杰克逊的非洲美国人(AJM)
巴巴多斯岛的非洲加勒比海人(ACB)
加利福尼亚州洛杉矶的墨西哥祖先(MXL)
波多黎各的波多黎各人(PUR)
哥伦比亚麦德林的哥伦比亚人(CLM)
秘鲁利马的秘鲁人(PEL)
南亚祖先
印度阿萨姆邦的阿洪人
印度加尔各答的克亚萨人
印度海得拉巴雷迪人
印度孟买的马拉地人
巴基斯坦拉合尔的旁遮普人
表5：TOI及相关疾病、状况及实例配体
表10：其它序列
实例4：罕见IL6R变体
白介素-6(IL-6)为复杂的细胞因子，其在发炎反应调节中起关键作用。白介素-6(IL-6)通过配体结合IL-6受体(IL-6R；也称为CD126)链及常见信号转导链糖蛋白130(gp130；也称为CD130)发信号，其也由对IL-11、IL-27、白血病抑制因子、抑瘤素M(OSM)、睫状神经营养因子(CNTF)及心营养素1(CT1)特异的受体啮合。可溶性形式的IL-6R(sIL-6R)可通过金属蛋白酶TNFα转化酶(TACE；也称为ADAM17)及ADAM10或者剪接mRNA蛋白水解分裂mIL-6R产生。IL-6反应通过IL-6、IL-6R及两个gp130分子组成的高亲和力四聚复合物(或由两个IL-6、两个mIL-6R及两个gp130分子组成的六聚复合物)在表达mIL-6R的细胞中传统地诱导。或者，在缺乏mIL-6R的细胞中在已称为反信号传导的过程中，sIL-6-IL-6R复合物直接结合gp130且通过gp130发信号。已在若干慢性发炎疾病及癌症中报导高水平的IL-6及sIL-6R。已描述靶向IL-6及IL-6R系统的不同组分的若干药物，包括IL-6特异性单克隆抗体(mAb)(例如CNTO 328)、IL-6R特异性mAb(例如托西利单抗)及可溶性gp130-Fc(IL-6R反信号传导的拮抗剂)。参见“Averting inflammation by targeting the cytokineenvironment”,Manfred Kopf,Martin F.Bachmann&Benjamin J.Marsland,NatureReviews Drug Discovery 9,703-718(2010年9月),doi:10.1038/nrd2805(以引用的方式并入本文中)的评论。
IL-6受体基因中的遗传性变异与具有发炎组分的若干人疾病(包括冠心病、类风湿性关节炎及哮喘)的风险有关。IL-6受体基因中的非同义变体(IL6R Asp358Ala；rs2228145A>C)与增加的哮喘敏感性有关。认为变体通过调节sIL6R(通过裂解细胞表面受体及通过替代性拼接可溶性IL6R同功异构物产生)与膜结合的IL-6R(涉及于传统IL6R信号传导中)之间的平衡来发挥其功能机制。Ferreira等人据首次报导显示此非同义变体的少量等位基因(Ala358)直接控制个别免疫细胞上的IL-6R水平且这种蛋白质水平差异转换成IL6R信号传导中的功能减损。
Ferreira等人指出尽管传统IL6R信号传导负责管理T细胞抑制，但IL6R反信号传导(经sIL6R)似乎促进肺中的T辅助2细胞极化。IL6R已显示在人呼吸道的上皮细胞、平滑肌及血管内皮，及支气管肺泡灌洗术流体(BALF)的巨噬细胞及粒细胞中表达。哮喘患者中BALF中的可溶性IL6R水平相较于对照组升高，且在过敏原攻击时进一步升高，指示sIL6R在肺及相关组织的情形中的重要作用。与这种发现相符，如上所述，358Ala也与增加的哮喘严重程度有关。作者也提供两个独立群体中此非同义变体与1型糖尿病(T1D)风险的关联的证据且确认rs2228145为循环可溶性IL6R(sIL6R)水平的浓度(据报导每份少量等位基因358Ala；rs2228145[C]复本，sIL6R中有34.6％增加)的主要决定因素。作者提供非同义变体rs2228145调节表面与sIL6R的平衡且也影响免疫细胞对IL6刺激的反应性的证据。此机制加强358Ala对IL-6/IL-6R通路的作用。
Revez等人评述可溶性白介素6受体水平的主要遗传性决定因素为定位至IL6R裂解位点的变体rs2228145。据报导，对于各Ala等位基因，sIL6R血清水平提高约20ng ml且哮喘风险提高1.09倍。然而，作者推断此变体不解释sIL6R水平的全部遗传可能性。IL6R中的额外独立变异可因此促成sIL6R水平变化及影响哮喘风险。作者估算IL6R中有471种变异且在360名个体中测试这种与sIL6R血清水平的关联。内含子变体(rs12083537)与独立于rs4129267的sIL6R水平有关(P＝0.0005)，rs4129267为rs2228145的代表单核苷酸多态性。在354名个体的复制组中观测到rs12083537的显著及一致关联(P＝0.033)。各rs12083537:A等位基因使sIL6R血清水平增加2.4ng ml。两个群体中mRNA水平的分析不鉴别rs12083537与IL6R转录程度之间的关联。另一方面，来自16705例哮喘及30809例对照组的结果显示rs12083537:A等位基因使哮喘风险增加1.04倍(P＝0.0419)。
J C Galicia等人研究IL6R多态性与可溶性IL6受体的血清水平的关联。总之，对115名健康志愿者进行基因分型，其中70名分析sIL6R水平。使用PCR/RFLP方法，选择两个重要多晶型位置进行基因分型：外显子9中的48892A/C(D358A)及启动子区中的-183G/A。在外显子9中，C等位基因载体具有较高sIL6R水平(P<0.0001)，显示此对应于IL-6Rα的蛋白水解分裂位点的序列变化剧烈影响血清sIL6R水平。在启动子区中，G等位基因载体相较于A等位基因载体具有较低sIL6R水平(P<0.0082)。
Esparza-Gordillo等人检验来自公共储存库的所有全基因组关联研究结果且选择与任何发炎特点显著相关的318个遗传标志物。这种标志物视为候选物且以3步骤方法测试与异位性皮肤炎(AD)的关联，包括7个研究群体，具有7130名AD患者及9253名对照对象。据报导，IL-6受体中的功能氨基酸变化(IL-6R Asp358Ala；rs2228145)与AD显著有关。基于2个独立群体的调查产生显示特异性倾向于持久形式的AD的IL-6R 358Ala的群组。358Ala的载体具有增加的可溶性IL6R血清水平，纯合的载体显示2倍提高。此外，作者报导AD患者中的sIL6R水平高于对照对象。作者推断研究支持影响发炎的遗传性变体在AD病因中的重要性。此外，其鉴别影响疾病预后且更具体的倾向于持久性AD的IL6R功能性遗传性变体。
人IL6R的抗体描述于US8043617、US5670373、US5817790、EP409607及下文表13中的那些公开案中。治疗方法描述于US5888510、US8043617、US6723319及下表13中的那些公开案中。ActemraTM(托西利单抗)为阻断传统信号传导及反信号传导的抗IL-6R试剂的人源化实例。当针对抗体时，本发明涉及具有完全人(非人源化)可变区(及任选地也具有人恒定区)的抗体。
类风湿性关节炎(RA)为特征为滑膜组织慢性发炎，导致关节架构损坏的自体免疫疾病。公认诸如肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-1(IL-1)及白介素-6(IL-6)的细胞因子在RA中观测到的关节发炎及软骨损伤中起作用。IL-6为对许多细胞类型具有生物作用的多效性细胞因子。IL-6在发炎细胞因子级联中通常被视为在TNF或IL-1下游且因此可表示多种发炎过程中的常见通路因子。IL-6信号传导的阻断因此提供改善RA及其它炎性疾病的多个病原特征的可能性。
美国专利第5,888,510号；第6,723,319号及第2001/0001663号中提及使用IL-6R拮抗剂的治疗方法。例示性抗IL-6R抗体描述于美国专利第7,582,298号；第6,410,691号；第5,817,790号；第5,795,695号；第6,670,373号及第7,582,298号中。
在某些实施例中，IL6R多肽包括末端残基，诸如(但不限于)前导序列残基、靶向残基、氨基末端甲硫氨酸残基、赖氨酸残基、标签残基和/或融合蛋白残基。“IL6R”也已称为白介素-6受体子单元α、CD126；IL-6R-1；IL-6RA；IL6Q；IL6RA；IL6RQ；及gp80。
本发明提供抗IL6R配体；及如本文所描述的IL6R结合或靶向配体。配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、用于将人基因分型或表型分型、IL6R的亲和力纯化，尤其人IL6R或其配体及在筛检测定中以识别IL6R活性的其它拮抗剂。本发明的一些配体适用于抑制IL6R与IL6和/或gp130的结合或抑制IL6R介导的活性。
已基于靶向及中和所谓的“野生型”人IL6R(其为通常存在的形式)开发抗IL6R配体(例如抗体及反义RNA)(参见例如SEQ ID NO:78)。尽管此类疗法适用于携带此形式的人IL6R的人患者，但本发明人认为其适用于研究靶向人群体中IL6R的较罕见但仍天然存在的形式的可能性。以此方式，本发明人能够洞察可充当有用靶标(以蛋白或核酸水平)的较罕见人IL6R形式的天然存在及分布，这些有用靶标用于切合由IL6R活性介导或与IL6R活性相关的疾病及状况的人治疗、预防及诊断。此尤其提供不含常见IL6R基因或蛋白质的人的定制疗法、预防及诊断。
熟习此项技术者将知晓翻译成氨基酸变体的SNP或其它变化可导致待针对的人靶标的活性和/或构象的变异。此举已产生对个体化用药的极大兴趣，其中使用蛋白与核苷酸变异的基因分型及知识以更有效地定制患者的药品及诊断。因此，本发明提供定制药剂且测试针对较罕见IL6R多态性变体形式的特异性。此类形式或“等位基因”(在核苷酸水平下)包含来自相应常见形式核苷酸及氨基酸序列在核苷酸及氨基酸水平下的一或多种变化，也即存在一或多种在核苷酸水平下的非同义变化，其翻译成人蛋白质靶标中的一或多种对应变化。
此外，发明人意外地意识到较罕见的天然形式，尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，本发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体中提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用。
由此认识，发明人意识到本发明在引导抗IL6R配体的选择以便施用人患者用于治疗和/或预防IL6R介导或相关疾病及状况方面存在显著工业及医学应用。以此方式，患者接受如由患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供患者的基因分型和/或表型分型与此类治疗结合，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医疗功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体的较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)且避免医药处方不当及浪费。
就此想法，在此非限制性实例中本发明人决定基于以下准则确定一组人IL6R变体，这种准则为本发明人意识到将提供有用医疗药物及诊断以满足人群体的定制需求的准则。本发明人选择具有以下4个准则中的至少3者的变体：
●具有35％或以下的累积人等位基因频率的天然存在的人IL6R变异；
●具有约50％或以下的总人基因型频率的天然存在的人IL6R变异；
●在许多不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类；参见下表14)中发现的天然存在的人IL6R变异；及
●在遍及此类许多不同种族群体分布的许多个体中发现的天然存在的人IL6R变异。
基于这种准则，本发明人鉴别出下表13中所列的变体。作为一考虑因素，本发明人的选择包括相较于并不更改靶标蛋白中的氨基酸残基的沉默变异选择在对应IL6R形式中产生氨基酸变异(也即非同义变异)的核苷酸变异。
定制罕见IL6R变体型态的抗体
如上文所概述，本发明包括进一步通过选择具有基于基因区段的可变域和/或恒定域的基于抗体的配体来定制人的治疗的可能性，这些基因区段存在于发现其变异IL6R形式满足本发明的选择准则的种族群体的许多人中。针对包含重组在HCDR1或FW3中人存在变异的位置处(也即人中出现SNP处)包含所选定核苷酸的人IGHV基因区段产生的抗体VH结构域的配体提供实例。
本发明人分析人IGHV变异且将其用于基于包含这些所选定核苷酸选择配体且用于与人接收基因型和/或表型匹配。本发明人鉴别使用基因VH基因区段的效用，这些区段编码(i)包含SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1且其中该人包含编码包含SEQ IDNO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1的VH基因区段，或人表达包含包含SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1的VH结构域；或(ii)包含SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3且其中该人包含编码包含SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3的VH基因区段或人表达包含包含SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3的VH结构域。其它信息提供于表14中，其显示在这种位置处的变异，以及与许多人群体相关的遍及千人基因组计划数据库的变体分布。
在其它实施例中，如上文更全面解释，本发明提供基于替代性人VH基因区段或基于Vκ、Vλ或恒定区基因区段针对人接受者的基因型和/或表型而定制的配体(参看代表性变体的另一表16)。
在一个实例中，遵照此指导，所选配体可为萨瑞鲁单抗(sarilumab)。
因此其它实例为：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iii)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含SEQ ID NO:113中所示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码包含SEQID NO:113中所示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ基因区段，或该人表达包含包含SEQ ID NO:113中所示的位置7处的Pro的CDR3的Vκ结构域；或(ii)包含SEQ ID NO:115中所示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码包含SEQ ID NO:115中所示的位置15处的Ser的FW3的Vκ基因区段，或该人表达包含包含SEQ ID NO:115中所示的位置15处的Ser的FW3的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu。
(v)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn、SEQID NO:83中所示的位置76处的Phe、SEQ ID NO:83中所示的位置161处的Val及SEQ ID NO:83中所示的位置257处的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含这些选定的SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn、SEQ ID NO:83中所示的位置76处的Phe、SEQ ID NO:83中所示的位置161处所示的Val或SEQ ID NO:83中所示的位置257处所示的Ala。
(vi)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:93中所示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQID NO:93中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:93中所展示的位置87处的Cys。
(vii)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
举例而言，根据实例(iv)，本发明人鉴别满足单独或组合形式的较罕见IGH-γ-1SNP 204D(观测到的累积频率为0.296)与206L(观测到的累积频率为0.283)的可能性。这种残基为CH3域的部分，且因而其形成抗体Fc区的部分。因此，出于如上文所论述的原因，将这种CH3变异与患者匹配尤其有益。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由包含人γ-1重链恒定区的抗体组成，该人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:81的位置204处的Asp或对应于SEQ ID NO:81的位置206的Leu，且其中人的基因组包含编码此类Asp或Leu的γ-1重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Asp或Leu的人γ-1恒定区的抗体。此类配体的实例为萨瑞鲁单抗。
在另一实例中，根据实例(v)，本发明人鉴别处理IGH-γ-2 SNP的可能性。此包括Fc区变异的考虑因素，就此而言，本发明人致力于Fc区中的位置161及257。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由包含人γ-2重链恒定区的抗体组成，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：对应于SEQ ID NO:83的位置72处的Pro、对应于SEQ ID NO:83的位置75处的Asn、对应于SEQ ID NO:83的位置76处的Phe、对应于SEQ ID NO:83的位置161处的Val及对应于SEQ ID NO:83的位置257处的Ala；且其中该人的基因组包含编码此类选定氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类选定氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
在另一实例中，根据实例(vi)，本发明人阐述人κ恒定区变异。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由包含人κ轻链恒定区的抗体组成，该人κ轻链恒定区包含对应于SEQID NO:93的位置84处的Val或对应于SEQ ID NO:93的位置87处的Cys；且其中该人的基因组包含编码此类Val或Cys的κ轻链恒定区核苷酸序列，或该人表达包含具有此类Val或Cys的人κ轻链恒定区的抗体。此类配体的实例为萨瑞鲁单抗。
在另一实例中，根据实例(vii)，本发明人阐述人λ恒定区变异。因此，在此实例中，本发明的配体包含或由包含人IGLC2*01轻链恒定区的抗体组成；且其中该人的基因组包含人IGLC2*01核苷酸序列或该人表达包含人轻链IGLC2*01恒定区的抗体。
本发明的配体特异性结合IL6R变体的确定
本发明的配体特异性结合IL6R变体可使用以下方法进行。
SPR确定结合的方法
通过SPR使用ProteOn XPR36TM阵列系统(BioRad)进行抗体与IL6R变体的结合。通过伯胺偶合在GLC生物传感器芯片上形成抗人IgG表面(Jackson Labs 109-005-008)。在此表面上捕获配体形式的测试抗体。将IL6R变体用作分析物且以256nM、64nM、16nM、4nM及1nM通过所捕获的抗体。使用缓冲液注射液(也即0nM)使参考结合曲线加倍以移除基线偏移及注射液人工制品。使用移除捕获抗体的100mM磷酸使捕获表面再生以允许另一捕获与结合循环。使用ProteOn XPR36阵列系统分析软件固有的1:1模型分析所产生的结合传感器图谱。在25℃下进行测定且使用1xHBS-EP(Teknova)作为操作缓冲液。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码(i)包含在SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1的VH基因区段，或该人表达包含包含在SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1的VH结构域；或(ii)包含在SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3的VH基因区段，或该人表达包含包含在SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3的VH结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
在一个实例中，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala。
在一个实例中，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Val385Ile。
2.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该配体包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH基因区段包含(a)SEQ ID NO:84中所示的第86号核苷酸处的T且其中该人包含具有SEQ ID NO:84中所示的第86号核苷酸处的T的VH基因区段；或(b)SEQ ID NO:84中所示的第272号核苷酸处的C且其中该人包含具有SEQ ID NO:84中所示的第272号核苷酸处的C的VH基因区段；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
3.如任何前述条项的方法，其中该人VH基因区段各自包含SEQ ID NO:108。
4.如任何前述条项的方法，其中该人VH基因区段各自包含SEQ ID NO:110。
5.如任何前述条项的方法，其中该VH结构域来源于人VH区段IGHV3-9*01、人D基因区段及人JH区段的重组。
6.如任何前述条项的方法，其中该VH结构域包含SEQ ID NO:111的FW3序列。
7.如任何前述条项的方法，其中该人包含的该VH基因区段为生殖系VH基因区段。
8.如任何前述条项的方法，其中该配体包含具有该VH结构域的人γ-1重链及包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段。
9.如任何前述条项的方法，其中该抗体或片段包含IGHG1*01人重链恒定区。
10.如任何前述条项的方法，其中该人具有AMR、ASN或EUR祖先。
举例而言，该人具有CHB、CHS、JPT、CEU或FIN祖先。这种祖先具有极高的(大于85％，例如大于90％或甚至100％)SNP(FW3SNP)累积频率，且因此本发明的配体非常适于治疗或预防此类人中人IL6R介导的疾病或状况。
11.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
12.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
13.如任何前述条项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
14.如条项13的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
15.如条项14的方法，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
16.如条项14的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
17.如条项14或16的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
18.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
19.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
20.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
21.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
22.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
23.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
24.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
25.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
26.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，
其中该配体包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码(i)包含在SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1的VH基因区段，或该人表达包含包含在SEQ ID NO:109中所示的位置4处的Phe的CDR1的VH结构域；或(ii)包含在SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3且其中该人包含编码包含在SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3的VH基因区段，或该人表达包含包含在SEQ ID NO:111中所示的位置33处的Thr的FW3的VH结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.一种抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，
其中该配体包含来源于人VH基因区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH基因区段包含(a)SEQ ID NO:84中所示的第86号核苷酸处的T且其中该人包含具有SEQ ID NO:84中所示的第86号核苷酸处的T的VH基因区段；或(b)SEQ ID NO:84中所示的第272号核苷酸处的C且其中该人包含具有SEQ ID NO:84中所示的第272号核苷酸处的C的VH基因区段；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
3.如任何前述段落的配体，其中该人VH基因区段各自包含SEQ ID NO:108。
4.如任何前述段落的配体，其中该人VH基因区段各自包含SEQ ID NO:110。
5.如任何前述段落的配体，其中该VH结构域来源于人VH区段IGHV3-9*01、人D基因区段及人JH区段的重组。
6.如任何前述段落的配体，其中该VH结构域包含SEQ ID NO:111的FW3序列。
7.如任何前述段落的配体，其中该人包含的该VH基因区段为生殖系VH基因区段。
8.如任何前述段落的配体，其中该配体包含具有该VH结构域的人γ-1重链及包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的天冬氨酸及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段。
9.如任何前述段落的配体，其中该抗体或片段包含IGHG1*01人重链恒定区。
10.如任何前述段落的配体，其中该人具有AMR、ASN或EUR祖先。
举例而言，该人具有CHB、CHS、JPT、CEU或FIN祖先。
11.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
12.如任何前述段落的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
13.如段落12的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
如段落13的配体，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
14.如段落13的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
15.如段落13或15的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
16.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
17.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
19.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
20.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
21.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
22.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
23.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
24.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
25.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如条项1的方法，其中该配体包含具有该VH结构域的人γ-1重链及包含SEQ IDNO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段。
3.如任何前述条项的方法，其中该抗体或片段包含IGHG1*01人重链恒定区。
4.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
5.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
6.如任何前述条项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
7.如条项6的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
8.如条项7的方法，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
9.如条项7的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
10.如条项7或9的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
12.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”任选地选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
13.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
14.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
15.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
16.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，
其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如任何段落1的配体，其中该配体包含具有该VH结构域的人γ-1重链及包含SEQID NO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段。
3.如任何前述段落的配体，其中该抗体或片段包含IGHG1*01人重链恒定区。
4.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
5.如任何前述段落的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
6.如段落5的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
7.如段落6的配体，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
8.如段落6的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
9.如段落6或8的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
10.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
11.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
12.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
13.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
14.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
15.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
16.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如条项1的方法，其中该配体包含具有该Vκ结构域的人κ链及包含SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的Cys的人κ链恒定区且其中该人包含IGKC*01人κ链恒定区基因区段。
3.如任何前述条项的方法，其中该抗体或片段包含IGKC*01人κ链恒定区。
4.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
5.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
6.如任何前述条项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
7.如条项6的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
8.如条项7的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
9.如条项7的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
10.如条项7或9的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
12.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
13.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
14.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
15.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
18.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，
其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如任何段落1的配体，其中该配体包含具有该Vκ结构域的人κ链及包含SEQ IDNO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的Cys的人κ链恒定区，且其中该人包含IGKC*01人κ链恒定区基因区段。
3.如任何前述段落的配体，其中该抗体或片段包含IGKC*01人κ链恒定区。
4.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
5.如任何前述段落的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
6.如段落5的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
如段落6的配体，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
7.如段落6的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
8.如段落6或8的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
9.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
10.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
11.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
12.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
13.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
14.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
15.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
16.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)在SEQ ID NO:113中所示的位置7处包含Pro的CDR3且其中该人包含编码在SEQ ID NO:113中所示的位置7处包含Pro的CDR3的Vκ基因区段，或该人表达包含在SEQ ID NO:113中所示的位置7处包含Pro的CDR3的Vκ结构域；或(ii)在SEQ ID NO:115中所示的位置15处包含Ser的FW3且其中该人包含编码在SEQ ID NO:115中所示的位置15处包含Ser的FW3的Vκ基因区段，或该人表达包含在SEQ ID NO:115中所示的位置15处包含Ser的FW3的Vκ结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile；
其中该配体包含来源于人Vκ基因区段及人Jκ区段重组的Vκ结构域，该人Vκ基因区段包含(a)SEQ ID NO:98中所示的第199号核苷酸处的T且其中该人包含具有SEQ ID NO:98中所示的第199号核苷酸处的T的Vκ基因区段；或(b)SEQ ID NO:98中所示的第284号核苷酸处的C且其中该人包含SEQ ID NO:98中所示的第284号核苷酸处的T的Vκ基因区段；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
3.如任何前述条项的方法，其中该人Vκ基因区段各自包含SEQ ID NO:112。
4.如任何前述条项的方法，其中该人Vκ基因区段各自包含SEQ ID NO:114。
5.如任何前述条项的方法，其中该Vκ结构域来源于人Vκ区段IGKV3-11*01及人Jκ区段的重组。
6.如任何前述条项的方法，其中该Vκ结构域包含SEQ ID NO:115的FW3序列。
7.如任何前述条项的方法，其中该人包含的该Vκ基因区段为生殖系Vκ基因区段。
8.如任何前述条项的方法，其中该配体包含具有该Vκ结构域的人κ链及包含SEQID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的Cys的人κ链恒定区且其中该人包含IGKC*01人κ链恒定区基因区段。
9.如任何前述条项的方法，其中该抗体或片段包含IGKC*01人重链恒定区。
10.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
11.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
12.如任何前述条项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
13.如条项12的方法，其中确定步骤包含析来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列分，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
14.如条项13的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
15.如条项13的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
16.如条项13或15的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
17.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
18.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
19.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
20.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
21.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
22.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
23.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
24.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
25.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
26.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，
其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)在SEQ ID NO:113中所示的位置7处包含Pro的CDR3且其中该人包含编码在SEQ ID NO:113中所示的位置7处包含Pro的CDR3的Vκ基因区段，或该人表达包含在SEQ ID NO:113中所示的位置7处包含Pro的CDR3的Vκ结构域；或(ii)在SEQ ID NO:115中所示的位置15处包含Ser的FW3且其中该人包含编码在SEQ ID NO:115中所示的位置15处包含Ser的FW3的Vκ基因区段，或该人表达包含在SEQ ID NO:115中所示的位置15处包含Ser的FW3的Vκ结构域；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.一种抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，
其中该配体包含来源于人Vκ基因区段及人Jκ区段重组的Vκ结构域，该人Vκ基因区段包含(a)SEQ ID NO:98中所示的第199号核苷酸处的T且其中该人包含具有SEQ ID NO:98中所示的第199号核苷酸处的T的Vκ基因区段；或(b)SEQ ID NO:98中所示的第284号核苷酸处的C且其中该人包含SEQ ID NO:98中所示的第284号核苷酸处的T的Vκ基因区段；及
其中该人包含编码该IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
3.如段落1或2的配体，其中该人VH基因区段各自包含单核苷酸多态性rs182958807和/或rs191612627。
4.如任何前述段落的配体，其中该人Vκ基因区段各自包含SEQ ID NO:112。
5.如任何前述段落的配体，其中该人Vκ基因区段各自包含SEQ ID NO:114。
6.如任何前述段落的配体，其中该Vκ结构域来源于人Vκ区段IGKV3-11*01及人Jκ区段的重组。
7.如任何前述段落的配体，其中该Vκ结构域包含SEQ ID NO:115的FW3序列。
8.如任何前述段落的配体，其中该人包含的该Vκ基因区段为生殖系Vκ基因区段。
9.如任何前述段落的配体，其中该配体包含具有该Vκ结构域的人κ链及包含SEQID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的Cys的人κ链恒定区且其中该人包含IGKC*01人κ链恒定区基因区段。
10.如任何前述段落的配体，其中该抗体或片段包含IGKC*01人重链恒定区。
11.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
12.如任何前述段落的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
13.如段落12的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
14.如段落14的配体，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
15.如段落13的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
16.如段落13或14的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
17.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
19.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
20.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
21.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
22.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
23.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
24.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
25.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
26.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358AlaVal385Ile的IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，这些人γ-1重链恒定区包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp或SEQ IDNO:81中所示的位置206处的Leu，及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体、抗体或抗体片段已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如条项1的方法，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区。
3.如任何前述条项的方法，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
4.如条项1、2或3的方法，其中该抗体或片段包含IGHG1*01人重链恒定区。
5.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
6.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
7.如条项1至6中任一项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
8.如条项7的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
9.如条项8的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
10.如条项8的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
11.如条项8或10的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
12.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
13.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
14.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
15.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
21.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种在有需要的人中用于治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的抗IL6R的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的天冬氨酸或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如段落1的配体，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区。
3.如任何前述段落的配体，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp及SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
4.如段落1、2或3的配体，其中该配体包含IGHG1*01人重链恒定区。
5.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
6.如段落1至5中任一项的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
7.如段落6的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
8.如段落7的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
9.如段落7的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
10.如段落7或9的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
12.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
13.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
14.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
15.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
16.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
17.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
19.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
20.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358AlaVal385Ile的IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，其中该配体包含具有选自以下的氨基酸的人γ-2重链恒定区：SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn、SEQ ID NO:83中所示的位置76处的Phe、SEQ ID NO:83中所示的位置161处的Val及SEQ ID NO:83中所示的位置257处的Ala，且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，这些人γ-2重链恒定区包含这些选定SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn、SEQID NO:83中所示的位置76处的Phe、SEQ ID NO:83中所示的位置161处的Val或SEQ ID NO:83中所示的位置257处的Ala；及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
2.如条项1的方法，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，其包含(i)SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn、SEQ ID NO:83中所示的位置76处的Phe，及任选地包含(ii)SEQ ID NO:83中所示的位置161处的Val和/或SEQ IDNO:83中所示的位置257处的Ala；及其中人基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
在一个实例中，该配体、抗体或抗体片段已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
3.如任何前述条项的方法，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，其包含(i)SEQ IDNO:83中所示的位置161处的Val及SEQ ID NO:83中所示的位置257处的Ala，及任选地包含(ii)选自以下的氨基酸：SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn及SEQ ID NO:83中所示的位置76处的Phe；及其中人基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
4.如条项1、2或3的方法，其中该抗体或片段包含IGHG2*01人重链恒定区。
5.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
6.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
7.如条项1至6中任一项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
8.如条项7的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
9.如条项8的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
10.如条项8的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
11.如条项8或10的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
12.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
13.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
14.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
15.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
21.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种在有需要的人中用于治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的抗IL6R配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，其中该配体包含具有SEQ ID NO:81中所示的位置204处的Asp或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu的人γ-1重链恒定区，且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含SEQ ID NO:81中所示的位置204处的天冬氨酸或SEQ ID NO:81中所示的位置206处的Leu及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如段落1的配体，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，其包含(i)SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQ ID NO:83中所示的位置75处的Asn、SEQ ID NO:83中所示的位置76处的Phe，及任选地包含(ii)SEQ ID NO:83中所示的位置161处的Val和/或SEQ IDNO:83中所示的位置257处的Ala；及其中人基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
3.如任何前述段落的配体，其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含(i)SEQ ID NO:83中所示的位置161处的Val及SEQ ID NO:83中所示的位置257处的Ala，及任选地包含(ii)选自以下的氨基酸：SEQ ID NO:83中所示的位置72处的Pro、SEQID NO:83中所示的位置75处的Asn及SEQ ID NO:83中所示的位置76处的Phe；且其中人基因组包含编码(i)的此类氨基酸的γ-2重链恒定区核苷酸序列或人表达包含具有(i)的此类氨基酸的人γ-2恒定区的抗体。
4.如段落1、2或3的配体，其中该配体包含IGHG2*01人重链恒定区。
5.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
6.如段落1至5中任一项的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
7.如段落6的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
8.如段落7的配体，其中该测定包含
使生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及
检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
9.如段落7的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
10.如段落7或9的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
12.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
13.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
14.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
15.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
16.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
17.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
19.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
20.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，其中该配体包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val或SEQ ID NO:93中所示的位置87的Cys的人κ链恒定区且其中该人包含(i)IGKC1*01人重链恒定区基因区段，或人表达包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处对应的Val或SEQ ID NO:93中所示的位置87处的Cys的人κ链恒定区的抗体，及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体、抗体或抗体片段已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如条项1的方法，其中该配体包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的位置87处的Cys的人κ链恒定区。
3.如任何前述条项的方法，其中该配体包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的位置87处的Cys的人κ恒定区，且其中该人(i)IGKC*01人κ链恒定区基因区段及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
4.如条项1、2或3的方法，其中该配体包含IGKC1*01人κ链恒定区。
5.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
6.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
7.如条项1至6中任一项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
8.如条项7的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
9.如条项8的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
10.如条项8的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
11.如条项8或10的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
12.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
13.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
14.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
15.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
16.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
17.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
18.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
19.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
20.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
21.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的抗IL6R的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，其中该配体包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val或SEQ ID NO:93中所示的位置87的Cys的人κ链恒定区且其中该人包含(i)IGKC1*01人重链恒定区基因区段，或人表达包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处对应的Val或SEQ ID NO:93中所示的位置87处的Cys的人κ链恒定区的抗体，及(ii)编码包含SEQ IDNO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如段落1的配体，其中该配体包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的位置87处的半胱氨酸的人κ链恒定区。
3.如任何前述段落的配体，其中该配体包含具有SEQ ID NO:93中所示的位置84处的Val及SEQ ID NO:93中所示的位置87处的Cys的人κ恒定区且其中该人包含(i)IGKC*01人κ链恒定区基因区段及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
4.如段落1、2或3的配体，其中该配体包含IGKC1*01人κ链恒定区。
5.如任何前述段落的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
6.如段落1至5中任一项的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
7.如段落6的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
8.如段落7的配体，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
9.如段落7的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
10.如段落7或9的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
11.如任何前述条项的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
12.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
13.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
14.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
15.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
16.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
17.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
18.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
19.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
20.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下条项的方法：
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01λ链恒定区的抗体，及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体、抗体或抗体片段已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如任何前述条项的方法，其包含在该施用之前选择包含(ii)的该核苷酸序列的人，其中该人为如条项1的人。
3.如任何前述条项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
4.如条项1至3中任一项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
5.如条项4的方法，其中确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
6.如条项5的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
7.如条项5的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
8.如条项5或7的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
9.如任何前述条项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
10.如任何前述条项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
11.如任何前述条项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
12.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
13.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
14.如任何前述条项的方法，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
15.如任何前述条项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
16.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如任何前述条项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
22.如任何前述条项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用，和/或包含在可注射制剂中。
在本发明的一实施例中，提供根据以下段落的配体：
1.一种用于在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的抗IL6R的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体，及(ii)编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列。
在一个实例中，该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
2.如段落1的配体，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
3.如段落1或2的配体，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列；和/或包含该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
4.如段落3的配体，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile。
5.如段落4的配体，其中该测定包含使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
6.如段落4的配体，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
7.如段落4或6的配体，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
8.如任何前述段落的配体，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
9.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗的人施用。
在本文的任何实施例中，“抗TNFα治疗”选自以下：使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)及依那西普(例如)治疗。
10.如任何前述段落的配体，其中该配体用于向正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性的人施用。
11.如任何前述段落的配体，其中该配体用于单独或与甲胺喋呤或抗TNFα治疗同时向人施用。
12.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
13.如任何前述段落的配体，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
14.如任何前述段落的配体，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
15.如任何前述段落的配体，其中该配体治疗该人的至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
16.如任何前述段落的配体，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNPrs28730736。
17.如任何前述段落的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
方案
A：本发明进一步提供以下方案、配体及试剂盒。
1.一种用于通过靶向罕见变异人IL6R治疗人中的人IL6R介导的疾病或状况的方法，该方法包含向该人施用已确定为特异性结合该IL6R变体的配体(例如抗体或片段)；其中该人表达该IL6R变体或包含编码该IL6R变体的核苷酸序列的人基因组；其中该人针对该疾病或状况进行治疗。
变体IL6R可例如为包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。在一个实例中，IL6R包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala。在一个实例中，IL6R包含SEQ ID NO:78中的突变Val385Ile。
在一个实例中，IL6R为人可溶性IL6R。
在一个实例中，IL6R为人细胞表面IL6R。
在一实施例中，该特异性结合的确定参考结合测定数据，例如如使用SPR或ELISA来确定。确定可例如参考印刷的公开案中的信息，例如通过了解本发明或另一专利申请案中或期刊论文中存在的数据。一旦具备了此类信息(例如在不存在另一结合测试的情况下)，技术人员即能够通过本发明的指示治疗基因型或表型符合配体的结合特异性的相关人。
该抗体或片段可根据本文中的任何组态、实例、实施例、方面、条项或段落。
在一实施例中，该方法包含在该施用之前选择包含编码IL6R的该核苷酸序列的人，其中人为条项1(例如1a)中的该人。
2.如条项1的方法，其包含在该施用之前例如使用SPR或ELISA确定该配体特异性地结合该IL6R的步骤。
3.如条项1或2的方法，其中与该IL6R的该特异性结合为以1nM或1nM以下，例如100、10或1pM或1pM以下的解离常数(Kd)结合。
4.如条项1至3中任一项(例如条项1a)的方法，其中该疾病或状况为炎性疾病或状况。
5.如条项4的方法(例如当依附于条项1a时)，其中该疾病或状况选自以下：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
在本文的任何实施例中，关节炎为中度至重度类风湿性关节炎或全身型幼年特发性关节炎。
6.如条项1至5中任一项(例如当依附于条项1a时)的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
7.如条项1至6中任一项(例如当依附于条项1a时)的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向人施用抗体之前进行。
8.如条项7的方法，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码IL6R的核苷酸序列，该核苷酸序列编码包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R。
9.如条项8的方法，其中该测定包含使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
10.如条项8或9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
11.如条项1至10中任一项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα治疗。
12.如条项1至11中任一项的方法，其中该人正在接受或已接受抗TNFα治疗或已降低对抗TNFα治疗的反应性。
13.如条项11或12的方法，其中该抗体或抗体片段单独地或与该抗TNFα治疗同时向人施用。
14.如条项8至10中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
15.如条项1至14中任一项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
16.如条项1至15中任一项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如条项1至16中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段治疗该人中至少一种选自以下的状况或降低该状况的风险：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
18.如条项1至17中任一项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNP rs28730736。
19.如条项1至18中任一项的方法，其中该抗体或抗体片段通过静脉内施用或皮下施用来施用和/或包含在可注射制剂中。
20.一种用于如条项1至19中任一项的方法的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合该IL6R。
21.一种试剂盒，其包含如条项20的配体及实施如条项1至19中任一项的方法的说明书。
B：本发明进一步提供以下方案、配体及试剂盒。
1.一种在有需要的人中治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含：
a.通过向该人施用抗人IL6R配体(例如抗体或片段)来进行该人的初始治疗持续初始治疗时段，其中(i)该配体已确定为特异性结合包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质；(ii)该人表达该IL6R或包含编码该IL6R的核苷酸序列的人基因组；及(iii)该人已接受或正在接受抗TNFα治疗以治疗IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险；其中该初始治疗包含向人施用单个或多个剂量的配体；
b.确定以(i)终止抗TNFα治疗，(ii)使该人避免抗TNFα治疗；或在该初始治疗时段之后减少抗TNFα治疗；及
c.在该时段到期后继续向该患者施用该配体，藉此治疗该人中IL6R介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在一实施例中，该特异性结合的确定参考结合测定数据，例如如使用SPR或ELISA来确定。确定可例如参考印刷的公开案中的信息，例如通过了解本发明或另一专利申请案中或期刊论文中存在的数据。一旦具备了此类信息(例如在不存在另一结合测试的情况下)，技术人员即能够通过本发明的指示治疗基因型或表型符合配体的结合特异性的相关人。
该抗体或片段可根据本文中的任何组态、实例、实施例、方面、条项或段落。
施用医药有效量的该配体。
在一实施例中，该方法包含在该施用之前选择包含编码IL6R的该核苷酸序列的人，其中人为条项1中的该人。
在一实例中，初始治疗时段为7天、14天、21天、28天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月或1年。
2.如条项1的方法，其中该人具有或遭受抗TNFα治疗相关副作用。
副作用的实例选自以下：病毒载体中的B型肝炎感染、过敏性反应、神经系统状况、血液状况、心脏衰竭、免疫反应(例如狼疮样综合征)、肝脏状况及新银屑病或恶化银屑病。在一个实例中，治疗为阿达木单抗治疗。
3.如条项1或2的方法，其包含在该初始治疗之前确定人具有或遭受抗TNFα治疗相关副作用的步骤。
4.如条项2或3的方法，其包含在步骤(b)之后(例如在步骤(c)期间)确定副作用减少。
5.如条项1至4中任一项的方法，其中该人的年龄超过40岁(例如50岁或50岁以上、55岁或55岁以上、60岁或60岁以上、65岁或65岁以上或70岁或70岁以上)。
6.如条项1至5中任一项的方法，其中步骤(c)包含确定以在该初始治疗时段之后增加该待施用的配体的剂量及向该人施用该增加的剂量。
7.如条项1至6中任一项的方法，其中步骤(b)包含确定该人不耐或耐抗TNFα治疗的治疗。
8.如条项1至7中任一项的方法，其中该初始治疗包含除该配体以外向该人施用使用或不使用甲胺喋呤的英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)或依那西普(例如)治疗。
9.如条项1至8中任一项的方法，其中步骤(b)包含在步骤(c)期间终止或减少英利昔单抗(例如)、阿达木单抗(例如)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(例如)、戈利木单抗(例如)或依那西普(例如)治疗。
10.如条项1至9中任一项的方法，其包含在步骤(c)期间使该配体剂量增加(也即与初始治疗剂量相比增加)。
11.如条项1至10中任一项的方法，其中该人在初始治疗之前已接受高剂量抗TNFα治疗，且其中步骤(c)包含除该配体以外施用较低(例如中等或低)剂量抗TNFα治疗。
技术人员熟悉高、中及低剂量治疗的含义(及如何根据各患者，例如患者的身体质量确定)。
12.如条项1至10中任一项的方法，其中在该初始治疗之前该人已接受中等剂量抗TNFα治疗，且其中步骤(c)包含除该配体之外施用较低(例如低)剂量斯达汀治疗或无抗TNFα。
13.如条项1至10中任一项的方法，其中该人在初始治疗之前已接受低剂量抗TNFα治疗，且其中步骤(c)包含除了该配体以外不施用抗TNFα。
14.如条项1至13中任一项的方法，其包含在该初始治疗之前例如使用SPR或ELISA确定该配体特异性结合该IL6R的步骤。
15.如条项1或14的方法，其中特异性结合该IL6R为以1nM或1nM以下，例如100、10或1pM或1pM以下的解离常数(Kd)结合。
16.如任何条项1至15的方法，其中该人已处于选自以下的状况的风险中或罹患该状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
17.如条项16的方法，其中步骤(c)在该人中治疗该状况或降低该状况的风险。
18.如条项1至17中任一项的方法，其中该人已确定为包含编码包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质。
19.如条项1至18中任一项的方法，其包含确定以下的步骤：人包含编码包含SEQID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R的核苷酸序列和/或包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质，任选地，其中该确定步骤在向该人施用抗体之前进行。
20.如条项19的方法，其中该确定步骤包含测定来自人的生物样品关于编码包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R的核苷酸序列。
21.如条项20的方法，其中该测定包含
使该生物样品与至少一个包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸序列或包含这些连续核苷酸的反义序列的寡核苷酸探针接触，该IL6R蛋白质包含SEQID NO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile，，其中该连续核苷酸序列包含编码SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的核苷酸序列，藉此当存在编码包含SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质的至少一个核苷酸序列时形成复合物；及检测存在或不存在该复合物，其中检测复合物的存在确定人包含具有SEQ IDNO:78中的该突变Asp358Ala和/或Val385Ile的IL6R蛋白质。
22.如条项20或21的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多重形式进行。
23.如条项1至22中任一项的方法，其中该人进一步确定为或已进一步确定为实质上耐抗TNFα(例如阿达木单抗、英利昔单抗或依那西普)治疗。
24.如条项20至22中任一项的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
25.如条项1至24中任一项的方法，其中该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列杂合的，任选地，其中该人进一步指示为包含核苷酸序列SEQ ID NO:79，或该人指示为编码包含SEQ ID NO:78中的该突变Asp358Ala或Val385Ile的IL6R蛋白质的核苷酸序列纯合的。
26.如条项1至25中任一项的方法，其中该人已诊断为患有至少一种选自以下的状况：炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、呼吸道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病。
27.如条项1至26中任一项的方法，其中该核苷酸序列包含SNP rs2228145和/或SNP rs28730736。
28.如条项1至27中任一项的方法，其中该配体(例如抗体或抗体片段)通过静脉内施用或皮下施用来施用和/或包含在可注射制剂中。
29.一种用于如条项1至28中任一项的方法的配体(例如抗体或片段)，其中该配体特异性结合该IL6R。
30.一种试剂盒，其包含如条项29的配体及实施如条项1至28中任一项的方法的说明书。
在本发明的任何方面的一实例中，以75至200mg的每两周剂量(例如经两周时段施用150至1200mg一次或两次，例如每周一次或每隔一周一次150mg或200mg)向人施用配体(例如抗体或片段，例如萨瑞鲁单抗)。在一个实例中，配体用于此类向人施用。
rs12083537
参考本文所述的本发明的任何组态、方面、实施例或实例，在一实施例中，人包含具有突变2913A>G(SEQ ID NO:79)的IL6R核苷酸序列(也即其中人包含SNP rs12083537)。在一个实例中，人已针对该突变进行基因分型。在一个实例中，该方法包含针对该突变对人进行基因分型(例如在施用配体之前)。在一个实例中，人罹患哮喘或处于罹患哮喘的风险中。在一个实例中，配体或方法用于治疗、预防或降低人中的哮喘风险。在一个实例中，配体或方法治疗或降低人中的哮喘风险。
因此，在本文的本发明的任何组态、方面、实施例或实例的替代方案中，代替短语“其中该人包含编码包含SEQ ID NO:78中的该Asp358Ala或Val385Ile的该IL6R蛋白质的核苷酸序列”，可改写为“其中该人包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，其中该核苷酸序列包含SEQ ID NO:79中的突变2913A>G”或“其中该人包含编码IL6R蛋白质的核苷酸序列，其中该核苷酸序列包含SNP rs12083537”或“其中该人基因组包含SNP rs12083537”。此外，在一个实例中，该IL6R蛋白质包含SEQ ID NO:78中的突变Asp358Ala或Val385Ile。
SNP rs2228145(编码358A；参见表13)根据千人基因组阶段I数据库以32％的平均累积频率存在于人中，但在AMR、ASN、EUR、CLM、MXL、PUR、CHB、CHS、JPT、CEU、GBR、IBS及TSI群体中较高；因此在一实施例中，人具有AMR、ASN或EUR祖先，例如具有CLM、MXL、PUR、CHB、CHS、JPT、CEU、GBR、IBS及TSI祖先。在一实施例中，因此，当其中配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变Asp358Ala的IL6R蛋白质时，人包含SNP rs2228145；及任选地，人具有AMR、ASN或EUR祖先，例如具有CLM、MXL、PUR、CHB、CHS、JPT、CEU、GBR、IBS及TSI祖先。举例而言，该人具有AMR祖先。举例而言，该人具有ASN祖先。举例而言，该人具有EUR血统。举例而言，该人具有CLM祖先。举例而言，该人具有MXL祖先。举例而言，该人具有PUR祖先。举例而言，该人具有CHB祖先。举例而言，该人具有JPT祖先。举例而言，该人具有CEU祖先。举例而言，该人具有GBR祖先。举例而言，该人具有IBS祖先。举例而言，该人具有TSI祖先。
SNP rs28730736(编码385I；参见表13)根据千人基因组阶段I数据库以5％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一实施例中，人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。在一实施例中，因此，当其中配体(例如抗体或片段)特异性结合包含突变Val385Ile的IL6R蛋白质时，人包含SNP rs28730736；及任选地人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK及YRI祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有ASW祖先。举例而言，该人具有LWK祖先。举例而言，该人具有YRI祖先。
参考文献：
本文引用的参考文献以全文引用的方式并入
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表14：千人基因组计划人群体
下文为按照千人基因组计划序列的种族群体的汇总。
(a)百人基因组群体
(b)超级群体
AFR，非洲人
AMR，随意混血美洲人
ASN，东亚人
EUR，欧洲人
SAN，南亚人
(c)群体祖先
欧洲祖先
具有北欧及西欧祖先(CEU)的犹他洲居民(CEPH)
意大利托斯卡纳人(TSI)
来自英格兰及苏格兰的英国人(GBR)
来自芬兰的芬兰人(FIN)
西班牙的伊比利亚人群体(IBS)
东亚祖先
中国北京的中国汉族人(CHB)
日本东京的日本人(JPT)
中国南部汉族人(CHS)
西双版纳的中国傣族人(CDX)
越南胡志明市的京族人(KHV)
科罗拉多州丹佛的中国人(CHD)(仅试验3个)
西非祖先
尼日利亚伊巴丹的约鲁巴人(YRI)
肯尼亚威布耶的卢赫雅人(LWK)
冈比亚西部地区的冈比亚人(GWD)
马拉维布兰太尔的马拉维人(MAB)
西非群体(TBD)
美洲人
美国西南部的非洲祖先(ASW)
密西西比杰克逊的非洲美国人(AJM)
巴巴多斯岛的非洲加勒比海人(ACB)
加利福尼亚州洛杉矶的墨西哥祖先(MXL)
波多黎各的波多黎各人(PUR)
哥伦比亚麦德林的哥伦比亚人(CLM)
秘鲁利马的秘鲁人(PEL)
南亚祖先
印度阿萨姆邦的阿洪人
印度加尔各答的克亚萨人
印度海得拉巴雷迪人
印度孟买的马拉地人
巴基斯坦拉合尔的旁遮普人
表15：例示性抗IL6R揭示例如抗体和/或抗体片段、测定法、处理、剂型、试剂盒、方法及适应症且适用于本发明的任何及所有方面
表17：序列
实例5：VEGF-A、PDGF-B通路及ANG-2
VEGF-A也称为VEGF、血管内皮生长因子A、MVCD1、VEGF-A、血管内皮生长因子、血管渗透性因子及VPF。人VEGF-A结合人FLT1/VEGFR1及KDR/VEGFR2受体。已观察到人亚型，包括VEGF-165及VEGF-145。
血管内皮生长因子(VEGF)为血管内皮细胞的高特异性有丝分裂原。由于单一VEGF基因的替代性拼接，产生五种VEGF亚型。这种亚型不同之处在于其分子质量及生物特性，诸如其结合细胞-表面乙酰肝素-硫酸蛋白多糖的能力。VEGF的表达通过活化致癌基因且通过多种细胞因子应对低氧而增强。VEGF诱导内皮细胞增生，促进细胞迁移且抑制细胞凋亡。活体内VEGF诱导血管生成以及血管渗透，且在调节血小管生成中发挥中心作用。失调VEGF表达促成通过促进肿瘤血管生成来产生实体瘤及通过异常血管生成表征的数种额外疾病的病源学。因此，抑制VEGF信号传导消除广泛多种肿瘤的产生。各种VEGF形式结合两种酪氨酸激酶受体，人VEGFR-1(flt-1)及VEGFR-2(KDR/flk-1)，其几乎完全在内皮细胞中表达。另外，内皮细胞表达神经纤毛蛋白-1及神经纤毛蛋白-2共受体，其选择性结合VEGF的165氨基酸形式(VEGF165)。
VEGF为血管生成的关键调节剂，且其在产生细胞中的表达通过过多外部因子调节。不直接刺激血管生成的细胞因子、生长因子及促性腺激素可通过调节VEGF在特异性细胞类型中的表达来调节血管生成且因此施加间接血管生成或抗血管生成影响。可增强VEGF产生的因子包括纤维母细胞生长因子4(FGF-4)、PDGF、肿瘤坏死因子α、转型生长因子β(TGF-β)、角质细胞生长因子(KGF)、IGF-I、白介素1β(IL-1β)及IL-6。
血管生成在许多疾病(包括新生血管性年龄相关性黄斑变性(AMD))中具有因果作用。血管生成的关键调节因子，包括血管内皮生长因子(VEGF)、纤维母细胞生长因子2、色素上皮衍生的生长因子、血管生成素及细胞外基质分子的鉴别已促进靶向基本病理学血管生成过程的新颖治疗剂的研发。其中，VEGF经由其对内皮细胞增生及存活、血管渗透性及眼部发炎的促进充当许多眼部新生血管性状况的“主控开关”。抗VEGF剂现可获得，诸如阿柏西普(EYLEATM)、贝伐单抗(bevacizumab)(AVASTINTM)、兰尼单抗(ranibizumab)(LUCENTISTM)及派加替尼钠(pegaptanib sodium)(MACUGENTM)，新生血管性AMD的适体。不同于结合所有VEGF亚型的贝伐单抗，派加替尼仅靶向负责病理学眼部新血管生成的亚型VEGF165。
Flt-1(VEGFR-1；Unitprot ID：P17948)为血管内皮生长因子的两种人受体中的一种。另一种为KDR(VEGFR-2；Uniprot ID：P35968)。flt-1蛋白质由含有七个免疫球蛋白样结构域的外部结构域、跨膜区及含有酪氨酸激酶结构域的细胞质区组成。与受体酪氨酸激酶家族的其它成员相比，flt-1的激酶结构域在具有约70个氨基酸的插入序列的两种区段中。已综述VEGF受体的生物学(Neufeld等人,(1999)FASEB Journal.13:11-22；Zachary(1998)Experimental Nephrology.6:480-487)且已鉴别酪氨酸磷酸化位点(Ito等人,(1998)J.Biol.Chem.273:23410-23418)。
认为flt-1在调节组织架构产生脉管中可为重要的同时第二VEGF受体(KDR，VEGFR-2)介导内皮细胞中的VEGF的促进细胞分裂及血管生成影响。支持此理论的证据来自小鼠的基因剔除研究(Fong等人,(1995)Nature.376:66-70)。VEGF及其受体在许多肿瘤类型中过度表达且VEGF功能的阻断抑制血管生成且抑止肿瘤生长同时VEGF的过度表达增强血管生成及肿瘤生长(Skobe等人,(1997)Nature Medicine 3:1222-1227)。
flt-1cDNA(EMBL寄存编号X51602，7680bp)编码具有1338个氨基酸的成熟蛋白质。鼠flt-1基因的结构已确定(Kondo等人,(1998)Gene 208:297-305)且已用于预测人基因内的内含子/外显子边界。人基因的启动子区已表征(Ikeda等人,(1996)Growth Factors.13:151-162；Morishita等人,(1995)J Biol Chem 270:27948-27953；EMBL寄存编号D64016,1745bp)。组织成30个外显子的flt-1基因已定位至染色体13q12(Rosnet等人(1993)Oncogene 8:73-179)。参见EP1130123A2。
糖尿病视网膜病变(DR)
糖尿病视网膜病变(DR)，糖尿病的微血管并发症，为成人失明的主要病因。已明确DR由遗传及环境因素决定。糖尿病的较长持续时间、血糖及高血压的较不良控制为罹患DR的主要风险因素。然而，遗传因素也在DR的发病机制中起重要作用。在过去三十年中，患糖尿病的人数已在全球范围内增加超过两倍，使其成为所有国家的最重要公众健康挑战之一。在糖尿病表现的15年内，DR出现在75％患有2型糖尿病的患者及几乎所有患有1型糖尿病的患者中。证据支持遗传学在决定DR风险中的重要作用。
已将VEGF-A暗示为罹患DR的主要促成者。VEGF-A可诱导DR的最早变化，包括白细胞淤滞、血液-视网膜屏障崩溃及DR进展中的黄斑水肿及新血管生成。VEGF-A基因位于人染色体6p21.3上且由8个外显子组成。表明VEGF-A基因中的遗传变体影响VEGF-A蛋白质表达的水平。迄今，许多研究已研究人VEGF-A基因中的多态性与DR之间的关联。已研究5-非翻译区中的-634G/C(+405G/C或rs2010963)多态性及VEGF-A基因的启动子区中的-2578C/A(-2549I/D(在与-2578C/A的高连锁不平衡中)或rs699947)多态性。
年龄相关性黄斑变性(AMD)
年龄相关性黄斑变性(AMD)为导致视觉障碍且占年龄大于65岁的西方个体的登记失明的所有情况中的一半的神经退化性疾病。在美国大约八百万人有早期或中期AMD的症状，其中大约一百万将在随后五年内罹患晚期AMD。估计AMD影响全世界约5千万人且衰老群体增加使得AMD成为重要公众健康关注点及研究工作的主要焦点。AMD为临床异质及遗传复杂疾病，其中涉及多种环境及遗传风险因素。尽管流行病学研究已将抽烟、饮酒、曝光、饮食、药物及高血压与AMD的风险联系，但家族性聚集及双生子研究已表明遗传变异也可在疾病中起重要作用。
现将抗VEGF疗法视为治疗新生血管性AMD的护理标准。最广泛使用的治疗中的两种为兰尼单抗及贝伐单抗。兰尼单抗(Genentech，CA，USA)，一种用于AMD的USFDA核准的抗VEGF疗法，为结合VEGF的重组、片段、单克隆抗体。另一方面，尽管未经FDA核准用于眼部治疗，贝伐单抗(Genentech)为据报导具有与兰尼单抗类似的功能的全长单克隆抗体。已提供经FDA核准用于转移性结肠癌的贝伐单抗作为眼部血管生成病症的标签外治疗。个体遗传变异可影响这种两种药物中的治疗反应。
息肉状黑素瘤(PCV)
已将称为息肉状黑素瘤(PCV)的湿性AMD的子集鉴别为临床实体。PCV为重要的，因为其可为来自某些亚洲及黑人群体的AMD的视觉丧失的主要病因。
PCV的独特临床特征包括一或多种出血性色素上皮脱离(PED)、大量分泌物及黄斑外包括周边的疾病。存在对乳头周围“息肉”的偏好。患者也典型地较年轻。
越来越多证据表明患有新生血管性AMD的亚洲患者具有AMD变异，也即，息肉状黑素瘤(PCV)，其通过具有内脉络膜血管异常的息肉状病变表征。PCV在亚洲对象中较流行，据报导与欧洲对象的10％相比，其占新生血管性AMD的约50％。研究已展示与光动力疗法(PDT)组合的抗VEGF疗法(兰尼单抗)相比于兰尼单抗单药疗法与较有利结果相关。
视网膜血管瘤样增生(RAP)
隐性CNV的范围内的另一AMD变异为视网膜血管瘤样增生(RAP)，其代表约12％-15％的新生血管性AMD。其与用视网膜吻合术或CNV增生视网膜内毛细管相关。
糖尿病黄斑水肿(DME)
糖尿病黄斑水肿(DME)，患有糖尿病的对象视觉损失的最常见病因，为独立于DR范围评估的单独分类，因为其可在DR的任何阶段罹患。认为DR及DME的发病机制与周细胞损失、产生微动脉瘤的基底膜变厚及内皮细胞损失、血液-视网膜屏障崩溃、发炎增加及血管渗漏相关。存在数种用于DME的治疗模式。DME的激光治疗的目标为通过靶向视网膜上渗漏的区域使疾病进展减缓。也已展示玻璃体内曲安奈德(IVTA)显著减缓DME，其在一周时作用最大且持续3-6个月。
视网膜静脉阻塞(RVO)
视网膜静脉阻塞(RVO)为在糖尿病视网膜病变之后在老年人中最常见的视网膜血管病症且通常与诸如高血压、高脂血症、糖尿病和/或动脉硬化血管病症的全身性病症相关。视阻塞的位点而定，将其分类为视网膜分支静脉阻塞(BRVO)或视网膜中央静脉阻塞(CRVO)且进一步分成缺血性(未灌注)或未缺血性(灌注)RVO，各用不同预后及治疗。黄斑水肿及视网膜新血管生成为视觉障碍的两种最常见病因；因此，用激光光凝的眼部处理、糖皮质激素或抗VEGF剂的玻璃体内注射以及其它外科或全身性疗法已集中于这两种后遗症。
早产儿视网膜病(ROP)
ROP仍为儿童失明的主要病因之一。在ROP之后阶段中，异常或病理血管的新血管生成出现，其归因于视网膜不成熟，且导致视网膜牵引、脱离、出血及漏斗组态，最终导致不佳视觉。新血管生成主要由VEGF驱动，且目前1型ROP的推荐治疗为通过激光周边切除。
血管生成及血管生成抑制剂
血管生成为形成新血管。此过程涉及内皮细胞的迁移、生长及分化，其沿血管的内壁排列。血管生成过程由体内化学信号控制。这种信号可刺激损害血管的修复及新血管的形成。其它化学信号，称为血管生成抑制剂，干扰血管形成。通常，使这种化学信号的刺激及抑制作用平衡以使得仅在需要时及在需要之处形成血管。新血管生成为通过红血球灌注形成功能性微血管网状结构。新血管生成不同于血管生成，因为血管生成主要通过来自预先存在血管的毛细管芽及新枝的突起及生长表征。
血管生成在癌生长及散布中起关键作用。血液供应为肿瘤生长超过几毫米尺寸所需。肿瘤可通过释放刺激血管生成的化学信号使此血液供应形成。肿瘤也可刺激附近正常细胞以产生血管生成信号传导分子。所得新血管用氧气及养分“喂养”生长肿瘤，允许癌细胞侵入附近组织，在身体中移动，且形成癌细胞的新群落，此称为癌转移。因为肿瘤无法生长超过某一尺寸或在无血液供应的情况下散布，所以研究集中于尝试发现阻断肿瘤血管生成的方式，想法为血管生成抑制剂将防止或减慢癌生长。类似地，眼部疾病及状况，诸如AMD及DR，与血管生成相关，且抑制剂也适用于治疗或预防这种疾病及状况。
因此，本发明的抗VEGF(也即，VEGF-A)配体及抗体适用于治疗、预防这些眼部状况及癌(例如，实体瘤)中的一或多个或降低其风险。
血管生成需要将信号传导分子(诸如血管内皮生长因子(VEGF))结合正常内皮细胞表面上的受体。当VEGF及其它内皮生长因子结合其在内皮细胞上的受体时，引发促进新血管生长及存活的这种细胞内的信号。在此过程中，血管生成抑制剂干扰各种步骤。举例而言，贝伐单抗为特异性识别及结合VEGF的抗VEGF单克隆抗体。阿柏西普为结合VEGF的VEGF受体Fc融合体。其它血管生成抑制剂，包括索拉非尼及舒尼替尼(sunitinib)，结合内皮细胞表面上的受体或下游信号传导通路中的其它蛋白质，阻断其活性。
除靶向人VEGF-A以针对眼部状况或癌(或一般血管生成或新血管生成)以外或替代地，靶向血小板衍生生长因子通路(例如靶向PDGF-B和/或PDGFR-B)或血管生成素-2通路可为适用的。以下提供其它细节。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人VEGF-A蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。本发明也提供对应配体。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗PDGF-B(也即血小板衍生生长因子-β)介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PDGF-B蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。本发明也提供对应配体。
本发明提供抗VEGF-A配体；及如本文所述的VEGF-A结合或靶向配体。配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、VEGF-A(尤其人VEGF-A或其配体)的亲和力纯化，及在筛检测定中鉴别VEGF-A活性的其它拮抗剂。一些本发明配体适用于抑制VEGF-A介导的活性。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗PDGFR-B(也即血小板衍生生长因子-β受体)介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PDGFR-B蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。本发明也提供对应配体。
本发明提供抗PDGF-B配体；及如本文所述的PDGF-B结合或靶向配体。配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、PDGF-B(尤其人PDGF-B或其配体)的亲和力纯化及在筛检测定中鉴别PDGF-B活性的其它拮抗剂。一些本发明配体适用于抑制PDGF-B介导的活性。
本发明提供抗VEGF-A配体；及如本文所述的VEGF-A结合或靶向配体。配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、VEGF-A(尤其人VEGF-A或其配体)的亲和力纯化，及在筛检测定中鉴别VEGF-A活性的其它拮抗剂。一些本发明配体适用于抑制VEGF-A介导的活性。
本发明提供抗PDGFR-B配体；及如本文所述的PDGFR-B结合或靶向配体。配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、PDGFR-B(尤其人PDGFR-B或其配体)的亲和力纯化，及在筛检测定中鉴别PDGFR-B活性的其它拮抗剂。一些本发明配体适用于抑制PDGFR-B介导的活性。
已基于靶向及中和所谓“野生型”人VEGF-A(其为通常存在的形式)开发抗VEGF-A配体(例如抗体及反义RNA)。尽管此类疗法适用于携带此形式的人VEGF-A的人患者，但本发明人认为其适用于研究靶向人群体中VEGF-A的较罕见但仍天然存在的形式的可能性。以此方式，本发明人了解较罕见人VEGF-A形式的天然存在及分布，这些人VEGF-A形式可充当切合由VEGF-A活性介导或与VEGF-A活性相关的疾病及状况的人治疗、预防及诊断的有用靶标(在蛋白质或核酸水平下)。此尤其提供不含常见VEGF-A基因或蛋白质的人的定制疗法、预防及诊断。
熟习此项技术者应知晓翻译成氨基酸变异的SNP或其它变化可造成欲针对的人靶标的活性和/或构象的变异。此已在使用蛋白质与核苷酸变异性的基因分型及知识以更有效地定制患者的药品及诊断的个性化医学中引起极大关注。因此，本发明提供特异性针对较罕见VEGF-A多态变体形式的定制医药及测试。此类形式或“等位基因”(在核苷酸水平下)包含来自对应常见形式核苷酸及氨基酸序列在核苷酸及氨基酸水平下的一或多个变化，也即存在一或多个在核苷酸水平下的非同义(也称为“错义”)变化，其翻译成人蛋白质靶标中的一或多个对应变化。
此外，本发明人意外地意识到较罕见的天然形式尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，本发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体中提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用。具体的，人VEGF-A变异与VEGF-A介导的疾病或状况(诸如眼部状况或癌症)的发病率或风险增加相关。另外或替代地，VEGF-A变异与治疗眼部状况之后的反应改良相关。本发明人在表18-20中测定了这些变异且设计了变体的集合。如那些表中所示，本发明人也评估了也与诸如眼部状况或癌症的疾病或状况的发病率或风险或治疗眼部状况之后的反应改良相关的其它人靶标的变异。在此方面，因此，本发明提供如以下在此实例中陈述的各种方面及概念。
本发明人了解到本发明在指导抗TOI(VEGF-A、PDGF-B和/或PDGFR-B)配体选择以便向人患者施用用于治疗和/或预防VEGF-A、PDGF-B和/或PDGFR-B介导或相关疾病及状况方面存在显著工业及医学应用。以此方式，患者接受如患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供患者的基因分型和/或表型分型与此类治疗结合，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医学功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)及避免医药处方不当及浪费。
在出现此想法时，在非限制性实施例中，本发明人决定基于以下准则确定一组人VEGF-A、PDGF-B及PDGFR-B变体，这种准则为本发明人意识到应提供适用于人群体的定制需要的医学药物及诊断的准则。本发明人选择具有4个以下准则的至少3者的变体：
具有35％或35％以下的累积人等位基因频率的天然存在的人TOI(VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B)变体；
具有约50％或50％以下的总人基因型频率的天然存在的人TOI变体；
在许多不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类；参见下表2)中发现的天然存在的人TOI变体；及
在分布遍及此类许多不同种族群体的许多个体中发现的天然存在的人TOI变体。
基于这种准则，本发明人鉴别列于以下的变体。
此外，本发明人也在以下人TOI中鉴别适用变体：补体因子H(CFH)、补体组分2(C2)、凝血酶原、亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)、因子V、ARMS2、VEGFR2及HTRA1。如表18-20的标题指示，审查员意识到此类变体具有适用相关性。
在一个实例中，本发明配体包含抗TOI(例如抗人VEGF-A)结合位点，其中结合位点为人或人源化结合位点，例如结合位点包含或由人或人源化抗体可变结构域或多个可变结构域(例如，人VH/VL结合位点)组成。另外或替代地，配体包含一或多个人抗体恒定区(例如人抗体CH1、CH2、CH3(或这种中的所有)或Fc)。在一个实例中，配体为包含人或人源化可变区及人恒定区的抗体(例如，带有一或多种突变以使人患者中的Fc功能增强或衰减)。
在一个实例中，本发明提供一种靶向人的VEGF-A的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人VEGF-A蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人VEGF-A蛋白质由包含如本文所述的VEGF-A SNP的人VEGF-A核苷酸编码。在一个实例中，该人罹患VEGF-A介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。在一个实例中，该状况包含血管生成或新血管生成。
在一个实例中，本发明提供一种靶向人的PDGF-B的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PDGF-B蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人PDGF-B蛋白质由包含如本文所述的PDGF-B SNP的人PDGF-B核苷酸编码。在一个实例中，该人罹患PDGF-B介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的PDGF-B介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。在一个实例中，该状况包含血管生成或新血管生成。
在一个实例中，本发明提供一种靶向人的PDGFR-B的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PDGFR-B蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)，该人PDGFR-B蛋白质由包含如本文所述的PDGFR-B SNP的人PDGFR-B核苷酸编码。在一个实例中，该人罹患PDGFR-B介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的PDGFR-B介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。在一个实例中，该状况包含血管生成或新血管生成。
在一实施例中，(i)抗体或片段包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ ID NO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域；且其中(ii)该人包含编码这些VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B的该核苷酸序列。
另外或替代地，在一个实施例中，(i)抗体或片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及其中(ii)该人包含编码这些VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B的该核苷酸序列。
在一个特定实施例中，本发明的抗VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B配体，抗体或片段包含Fc区，其中该Fc区包含选自以下的至少一个非天然氨基酸残基：如通过Kabat中给出的EU指数所编号的234D、234E、234N、234Q、234T、234H、234Y、234I、234V、234F、235A、235D、235R、235W、235P、235S、235N、235Q、235T、235H、235Y、235I、235V、235F、236E、239D、239E、239N、239Q、239F、239T、239H、239Y、240I、240A、240T、240M、241W、241L、241Y、241E、241R、243W、243L、243Y、243R、243Q、244H、245A、247L、247V、247G、251F、252Y、254T、255L、256E、256M、262I、262A、262T、262E、263I、263A、263T、263M、264L、264I、264W、264T、264R、264F、264M、264Y、264E、265G、265N、265Q、265Y、265F、265V、265I、265L、265H、265T、266I、266A、266T、266M、267Q、267L、268E、269H、269Y、269F、269R、270E、280A、284M、292P、292L、296E、296Q、296D、296N、296S、296T、296L、296I、296H、269G、297S、297D、297E、298H、298I、298T、298F、299I、299L、299A、299S、299V、299H、299F、299E、305I、313F、316D、325Q、325L、325I、325D、325E、325A、325T、325V、325H、327G、327W、327N、327L、328S、328M、328D、328E、328N、328Q、328F、328I、328V、328T、328H、328A、329F、329H、329Q、330K、330G、330T、330C、330L、330Y、330V、330I、330F、330R、330H、331G、331A、331L、331M、331F、331W、331K、331Q、331E、331S、331V、331I、331C、331Y、331H、331R、331N、331D、331T、332D、332S、332W、332F、332E、332N、332Q、332T、332H、332Y、332A、339T、370E、370N、378D、392T、396L、416G、419H、421K、440Y及434W。任选地，Fc区可包含熟习此项技术者已知的额外和/或替代非天然氨基酸残基(参见例如，美国专利5,624,821、6,277,375、6,737,056；PCT专利公开案WO 01/58957、WO 02/06919、WO 04/016750、WO 04/029207、WO 04/035752及WO 05/040217)。
根据本发明的配体、抗体或片段(例如抗VEGF-A配体、抗体或片段)用于治疗或防止例如US2012064621A1或US7704500B2中所揭示的任何疾病或状况或降低任何疾病或状况的风险(或治疗或预防任何疾病或状况或降低任何疾病或状况的风险)，这些疾病及状况的揭示内容以引用的方式并入本文中用于本文一或多个申请专利范围中可能的包含内容。对获得及测试抗体的指导也可见于该PCT申请案。用于本发明的适合抗VEGF-A配体、抗体或片段揭示于US2012064621A1或US7704500B2中，其(包括其序列)的揭示内容以引用的方式并入本文中用于本文一或多个申请专利范围中可能的包含内容。
本发明进一步涵盖抗TOI(例如VEGF-A)的配体、抗体或片段在制造用于减弱或抑制人的TOI(例如VEGF-A)介导的疾病或病症的药物中的用途。通过本发明的配体、抗体或片段治疗的VEGF-A介导或相关病症包括例如下文描述的病症。
因此，本发明的配体、抗体或片段适用作涉及TOI(例如VEGF-A)表达和/或活性的状况的治疗中的治疗剂。一个实施例尤其为一种治疗方法，其包含向有需要的患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中TOI活化的功能结果减少。另一实施例尤其为一种治疗方法，其包含(i)鉴别展现TOI表达或活性的患者，及(ii)向该患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中TOI活化的功能结果减弱。根据本发明的有效量为调节(例如减少)TOI活化的功能结果以便调节(例如降低或减轻)所治疗的特定疾病或病症的至少一种症状的严重程度，但不必治愈疾病或病症的量。因此，本发明的一个实施例为一种治疗本文所提及的病症中的任一者的至少一种症状或降低症状的严重程度的方法，其包含单独或在与此项技术中已知或本文所述的另一适当药物的组合治疗疗程中向有需要的患者施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以使得病症中的任一者的至少一种症状的严重程度降低。本发明的另一实施例尤其为一种拮抗TOI的至少一种影响的方法，其包含接触或施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以使得拮抗TOI的该至少一种影响，例如促进或维持血管生成或新血管生成的能力。
针对罕见TOI(VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B)变体型态定制抗体
如本文所概述(例如在实例1中的PCSK9的情况下)，本发明包括进一步通过选择具有基于基因区段的可变结构域和/或恒定结构域的基于抗体的配体来定制人治疗的可能性，这些基因区段在发现变体TOI形式符合本发明的选择准则的种族群体的许多人中发现。细节上作必要修改后此也适用，其中TOI为如本发明实例中的人VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B。因此，与定制可变和/或恒定结构域相关的本文中的所有揭示内容均适用于与VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B相关的本发明实例，且可组合用于本文一或多个申请专利范围。
如实例1中所描述，提供配体的实例，其包含来源于人IGHV基因区段的重组的抗体VH结构域，这些基因区段包含在存在人变异(也即其中SNP出现在人中)的HCDR1或FW3中的位置处的所选核苷酸。
其它信息提供于表4中，其展示在这种位置处的变异，以及与许多人群体相关的遍及千人基因组计划数据库的变体分布。
在其它实施例中，如上文更全面解释，本发明提供基于替代性人VH基因区段或基于Vκ、Vλ或恒定区基因区段针对人接受者的基因型和/或表型而定制的配体(参见代表性变体的另一表9)。
因此其它实例为：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码CDR3的Vκ基因区段，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro，或该人表达包含CDR3的Vκ结构域，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro；或(ii)包含在SEQ IDNO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码FW3的Vκ基因区段，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser或该人表达包含FW3的Vκ结构域，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser。
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。
(vii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(viii)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(ix)其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg。
(x)其中该配体包含由第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段(例如IGHG3*01)，或该人表达包含由该第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区的抗体。
(xi)其中该配体包含由第一人ε重链恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区的抗体。
(xii)其中该配体包含由第一人μ重链恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区的抗体。
(xiii)其中该配体包含由第一人α重链恒定区基因区段编码的人α重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人α重链恒定区的抗体。
(xiv)其中该配体包含由第一人δ重链恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区的抗体。
(xv)其中该配体包含由第一人κ轻链恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区的抗体。
(xvi)其中该配体包含由第一人λ轻链恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区的抗体。
对于VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B配体，对于该配体，包含γ-1或γ-2恒定区(例如按照以上实施例(i)至(xvi))可为有利的。举例而言，该配体包含该γ-1恒定区，例如符合实施例(v)的ADCC或CDC增强恒定区。
本发明的配体与VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B变体的特异性结合的确定
可使用实例1中所描述的SPR方法进行本发明的配体与VEGF-A、PDGF-B或PDGFR-B变体的特异性结合。
人多态性
参考文献
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6.Molecular Vision 2010；16:1958-1981<http://www.molvis.org/molvis/v16/a213>,Tong Y等人。总的，根据作者，所述人基因组流行病学(HuGE)系统综述呈现HTRA1 rs11200638 G→A多态性、LOC387715/ARMS2rs10490924 G→T多态性及AMD之间的关联的有力证据，且表明这种基因均在此疾病中起重要作用。也概括且论述AMD的潜在基因-基因及基因-环境相互作用及可能机制。
7.J.Pers.Med.2013,3,40-69；doi:10.3390/jpm3010040,“PersonalizedMedicine in Ophthalmology:From Pharmacogenetic Biomarkers to Therapeutic andDosage Optimization”,Frank S Ong等人。此综述评述：在玻璃体内贝伐单抗的情况下，CFH Y402H基因型，TC及TT显示与CC基因型相比超过五倍增加的改良。数据显示在用贝伐单抗治疗之后，患者的视力自20/248改良至20/166(TT)且自20/206改良至20/170(TC)，但对于CC基因型(p＝0.016)，实际上自20/206降低至20/341。在具有两倍患者数目之前瞻性研究中，确认CC基因型具有如通过距离及阅读视力量测的更糟结果。在用玻璃体内兰尼单抗的类似实验中，针对CFH的TC及TT基因型显示与CC基因型相比较少注射的改良。复发分析显示CFH Y402H风险等位基因(CC)纯合的患者37％更可能需要额外兰尼单抗注射(p＝0.04)。另一研究发现ARMS2中69S纯合的对象具有减少的中央分支视网膜厚度且与在兰尼单抗治疗之后ARMS2rs10490924及rs1061170基因型中的视力改良相比无视力结果改良。将遗传学及环境因素联系在一起，BMI≥30的CFH Y402H纯合的CC基因型及抽烟据报导赋予最大风险。
8.Expert Rev Ophthalmol.2013年4月1日；8(2):127-140.doi:10.1586/eop.13.3,“Genetic risk,ethnic variations and pharmacogenetic biomarkers inage-related macular degeneration and polypoidal choroidal vasculopathy”,JaneZ.Kuo等人。此文章评述：补体因子H(CFH)基因变异赋予晚期AMD的7.4倍增加的可能性。AMD为归因于各种基因及环境相互作用具有复杂遗传型式的常见复杂病症。然而，尽管这种挑战，AMD代表“常见疾病常见变异”理论的反常实例，其中在CFH基因上鉴别的数种变异对疾病结果相对较大影响。尽管通过染色体1上的补体因子H(CFH)观察AMD的最公认及一致关联，近期研究也显示补体通路中的其它候选基因，染色体10q26上的ARMS2/HTRA1、LIPC、CETP及TIMP2也为与AMD相关的敏感基因位点。在2005年，三个独立研究组在与AMD易感性高度相关的染色体1上的CFH基因中鉴别常见编码变体，Y402H(rs1061170)，对于所有AMD报导胜算比(OR)在2.5至3.3范围内且对于晚期AMD高达7.4。Y402H变体产生酪氨酸至组氨酸取代。AMD中的CFH的关联表明补体级联在罹患AMD中起关键作用且现也被视为AMD易感性的主要促成者。除CFH及补体通路以外，在染色体10q26处的区也携带AMD易感性，即年龄相关的黄斑病易感性2(ARMS2)及需要高温的因子H(HTRA1)基因的额外信号。ARMS2内的敏感变体调节HTRA1的启动子活性也有可能，因此ARMS2/HTRA1均促成AMD易感性。在一个欧洲研究中，在HTRA1的启动子区处的SNP rs11200638赋予49.3％可归因风险且风险等位基因与高mRNA及HTRA1的蛋白质表达及水平相关。同一SNP的风险等位基因在中国高度重要且与具有野生型等位基因的对象相比具有10倍罹患AMD的风险。两种VEGF多态性，rs699947及rs2146323，与PDT治疗反应显著相关。分别相较于反应者中的40％、48％及12％，对于AA、AC及CC，rs699947的等位基因频率在未反应者中为14％、39％及46％(p＝0.0008)。分别相较于反应者中的24％、38％及38％，对于AA、AC及CC，rs2146323的等位基因频率在未反应者中为4％、32％及64％(p＝0.0369)。因此，VEGF中的两种SNP中的C等位基因与无反应者对PDT的较高速率相关(对于rs699947，p＝0.0003且对于rs2146323，p＝0.0036)。在典型脉络膜新生血管(CNV)中，凝血酶原(G20210A)及MTHFR(C677A)与PDT反应者显著相关。在隐性CNV中，凝血酶原(G20210A)及因子V(G1691A)与PDT反应者显著相关。两个研究展示在兰尼单抗或贝伐单抗注射之后具有在ARMS2rs10490924(A69S)下纯合的TT风险等位基因的对象的更糟视力改良。其它候选基因研究发现具有在VEGF的rs1413711下的风险基因型(CC)的患者在兰尼单抗之后具有更显著视力增加，在VEGF的rs699946下的G等位基因与在玻璃体内贝伐单抗或三合一疗法(用玻璃体内贝伐单抗及曲安奈德(triamcinolone acetonide)的PDT)之后的较好视力预后显著相关。在检查兰尼单抗治疗之后CFH(Y402H；rs1061170)、ARMS2(A69S；rs10490924)、VEGF(rs699947及rs833069)、KDR(rs2071559及rs7671745)、LPR5(rs3736228)、及FZD4(rs10898563)下的风险等位基因的累积影响的研究中，无CFH及ARMS2中的高风险等位基因的对象与具有高风险等位基因(p＝0.009)的对象相比具有显著较多视力改良。与具有所有4风险等位基因的对象的无改良相比，无4风险等位基因的对象的平均视力改良为10个字母。通过将VEGF添加至模型中，其发现具有CFH、ARMS2及VEGF中的所有6风险等位基因的对象在兰尼单抗治疗之后展现10个字母的平均损失，而其它等位基因组均展现改良(p<0.0001)，表明对治疗的反应率较不良的风险等位基因的累积作用。全面综合分析发现在ARMS2/HTRA1(rs10490924，OR＝2.27，p<0.00001；rs11200638，OR＝2.72，p<0.00001)、CFH(rs1061170，OR＝1.72，p<0.00001；rs800292，OR＝2.10，p<0.00001)或补体通路(C2；rs547154，OR＝0.56，p＝0.01)下的变体与PCV显著相关，在ARMS2/HTRA1中的变体下观察到较高胜算比。ARMS2/HTRA1与PCV的较强关联由亚洲群体的许多研究支持。
9.Survey of Ophthalmology,第59卷,Issue 1,2014年1月-2月,第1-18页,“Predictors of anti-VEGF treatment response in neovascular age-relatedmacular degeneration”,Finger等人。作者综述新生血管性年龄相关性黄斑变性中抗血管内皮生长因子(VEGF)治疗反应的预测因子的证据。发现在CFH基因中评估的仅一半以下SNP及在VEGF基因中评估的15％SNP与视力结果或在跟踪期间所需的注射数目相关。
10.Ophthalmology.2013Jan；120(1):115-21.doi:10.1016/j.ophtha.2012.10.006.Epub 2012年11月11日,“Variants in the VEGFA gene andtreatment outcome after anti-VEGF treatment for neovascular age-relatedmacular degeneration2”,Abedi F等人。作者推断：与抗VEGF治疗的药物遗传关联可影响新生血管性AMD中的视力结果。在具有tSNP rs3025000中的T等位基因的患者中，在6个月时存在显著较好视力结果且患者属于在3、6及12个月用抗VEGF治疗的反应者组的机率较高。携带在SNP rs3025000下的T等位基因的患者的视力(VA)结果与关键临床试验但用较少注射的结果类似。
11.Ophthalmology.2014年4月；121(4):905-10.doi:10.1016/j.ophtha.2013.10.047.Epub 2013年12月21日,“Polymorphisms in vascularendothelial growth factor receptor 2 are associated with better responserates to ranibizumab treatment in age-related macular degeneration”,HermannMM等人。作者在患有新生血管性AMD的366名患者中评估VEGF基因及其受体(VEGFR)中的单核苷酸多态性(SNP)与对兰尼单抗的反应率的关联。单变量差异分析(ANOVA)揭示VEGFR2基因中的SNP rs4576072对12个月之后VA改变的显著影响(F[1,235]＝14.05；P＝0.02)。逐步线性回归分析返回具有VEGFR2基因中的SNP rs4576072及rs6828477的模型(P＝0.01)作为12个月后VA改变的独立预测因子，与无少量等位基因的患者的0.03logMAR损失相比，在具有3种贡献少量等位基因的患者中在最小分辨角的对数(logMAR)量表上VA平均增加0.26。
12.Research and Reports in Neonatology 2011:1 5-11；“VEGF 936C>T ispredictive of threshold retinopathy of prematurity in Japanese infants with a30-week gestational age or less”,Yagi M等人。使用调节孕龄及出生体重的多变量对数分析，作者发现VEGF 936C>T多态性及氧气施用的持续时间为临限ROP的独立风险因素。
13.Clin Cancer Res 2009；15(17)2009年,9月1日,第5297-5302页,DOI:10.1158/1078-0432.CCR-08-2576,“The Role of Vascular Endothelial Growth FactorGenetic Variability in Cancer”,Bryan P.Schneider等人。作者评述最近已研究VEGF的遗传变异作为贝伐单抗的潜在预测生物标记。在关键试验E2100中，VEGF-1154 AA及VEGF-2578 AA基因型预测中间总存活改良，而VEGF-634 CC及VEGF-1498 TT基因型预测免受3-4级高血压。若经验证，则这种发现可帮助指引哪组患者亚群应接受贝伐单抗。
本发明人将以下SNP鉴别为本发明感兴趣的SNP。
表18：眼部状况的多态性风险因素
NB：如此项技术中已知，SNP位置表示为染色体编号:核苷酸位置，例如6:43768652为人染色体6上的核苷酸编号43768652。ARMS2也称为年龄相关的黄斑病易感性蛋白质2、ARMD8及ARMS2_HUMAN LOC387715。
表19：与改良眼部反应相关的多态性
表20：与改良癌症反应相关的多态性
因此本发明提供以下概念：
与VEGF-A介导的疾病及状况相关的人VEGF-A SNP
1.一种治疗人的由VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人VEGF-A的抗VEGF-A配体(例如抗VEGF-A捕获剂、抗体或抗体片段)，该人VEGF-A由包含选自以下的SNP的VEGF-A核苷酸序列表达：rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039、rs699946、rs2146323、rs1413711、rs833068、rs833069、rs3025000及rs1570360，其中该人包含具有该所选SNP的VEGF-A核苷酸序列。
本文中，可使用样品VEGF-A使用熟习此项技术者已知的常规方法，例如ELISA或SPR(例如使用如本文所述的方法)测试特异性结合。举例而言，VEGF-A由来自该人或另一人的样品，例如血清或血液样品提供。
在一个实例中，该配体包含抗体恒定区(例如抗体Fc区)。任选地，该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的氨基酸，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。任选地，此恒定区由配体的Fc区所包含。
在一个实例中，该配体包含特异性结合人VEGF-A的抗VEGF-A结合位点。任选地，该结合位点包含一或多个抗体可变结构域或一或多个人VEGF-A受体结构域。在一个实例中，特异性结合的Kd为1mm或1mm以下(也即1mM或较强结合)，例如1nM或1nM以下；或100pM或100pM以下；或10pM或10pM以下。可例如通过评估配体与来自该人或包含VEGF-A的另一人的样品中的该VEGF-A的结合来确定特异性结合。在一个实例中，该样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
任选地，该VEGF-A为VEGF-A-165亚型。
在一个实例中，该配体为抗VEGF-A捕获剂，例如阿柏西普。在一个实例中，配体为EYLEATM。
在一个实例中，该配体为抗VEGF-A抗体或抗体片段，例如ESBA1008、贝伐单抗或兰尼单抗。在一个实例中，该配体为AVASTINTM或LUCENTISTM。
在一个实例中，该配体为抗VEGF锚蛋白重复序列蛋白质(DARPin)，例如abiciparpegol。
在一个实例中，该配体为NCE(此项技术中的所谓新化学实体(New ChemicalEntity))，例如舒尼替尼。
在一个实例中，该状况选自以下：血管生成、新血管生成、眼部血管生成及实体瘤血管生成。
在一个实例中，该状况为视网膜下新血管生成。
在一个实例中，该疾病或状况为血管生成疾病或状况。
任选地该疾病或状况为血管生成眼部状况或血管生成癌症，例如实体瘤、胃肠癌、结肠直肠癌、肝癌、乳癌、卵巢癌、非小细胞肺癌、甲状腺癌、口腔癌或血癌。
任选地该血管生成疾病或状况选自以下：银屑病、类风湿性关节炎、血管瘤、血管纤维瘤、糖尿病视网膜病变、角膜新血管生成及新生血管性青光眼。
任选地该疾病或状况为或包含该人的血管渗透性(例如眼部血管渗透性)、水肿或发炎。
举例而言，该疾病或状况选自以下：脑水肿(例如与脑损伤、中风或脑肿瘤相关的水肿)；与发炎性病症相关(例如与银屑病或关节炎、类风湿性关节炎或哮喘相关)的水肿；与灼痛相关的水肿；腹水或肋膜积液(例如与肿瘤、发炎或外伤相关)；慢性呼吸道炎症；毛细管渗漏综合征；败血症；肾病(例如与蛋白质渗漏增加相关)；及眼部病症(例如年龄相关性黄斑变性或糖尿病视网膜病变)。
在一个实例中，该方法用于降低或降低该人的血管生成疾病或状况中的VEGF-A介导的内皮细胞维持或增生的风险。
在一个实例中，该血管生成疾病或状况为以上所述的血管生成疾病或状况，例如血管生成眼部状况。
在一个实例中，该方法用于使该人的VEGF-A介导的疾病或状况中的新血管生成消退。
在一个实例中，该方法用于治疗人的新血管生成或降低新血管生成的风险，其中该人具有VEGF-A配体难治性新血管生成。
在一个实例中，在该配体的该施用之前该人已诊断患有该疾病或状况。
举例而言，该人对用抗VEGF-A配体(例如阿柏西普、舒尼替尼、贝伐单抗或兰尼单抗)的治疗部分或完全具有抗性。
在一个实例中，该配体通过静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可注射制剂中。
2.如概念1的方法，其中该状况为眼部状况，例如糖尿病视网膜病变或早产儿视网膜病。
在一个实例中，该状况为糖尿病视网膜病变(DR)。
在一个实例中，该状况为年龄相关性黄斑变性(AMD)，例如，渗出性AMD。
在一个实例中，该状况为息肉状黑素瘤(PCV)。
在一个实例中，该状况为视网膜血管瘤样增生(RAP)。
在一个实例中，该状况为糖尿病黄斑水肿(DME)。
在一个实例中，该状况为视网膜静脉阻塞(RVO)。
在一个实例中，该状况为早产儿视网膜病(ROP)。
在一个替代方案中，代替“一种治疗人的由VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法”，本发明关于“一种改良人视力的方法”。
3.如概念1或2的方法，其中该SNP选自rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039及rs699946。
在一个实例中，该SNP为rs699947且任选地该状况为DR。
在一个实例中，该SNP为rs833061且任选地该状况为DR。
在一个实例中，该SNP为rs2010963且任选地该状况为DR。
在一个实例中，该SNP为rs3025039且任选地该状况为DR。
在一个实例中，该SNP为rs699946且任选地该状况为DR。
4.如概念1或2的方法，其中该SNP选自rs699947、rs2146323、rs1413711、rs699946、rs833068、rs833069及rs3025000。
如表19中所示，这种SNP与眼部治疗(例如光动力疗法(PDT)或VEGF-A拮抗)之后眼部反应改良相关。
在一个实例中，该SNP为rs699947，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs2146323，例如，该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs1413711，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs699946，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs833068，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs833069，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs3025000，例如该SNP纯合的。
5.如概念3或4的方法，其中该人为该SNP纯合的。
在另一实例中，该人为该SNP杂合的。
6.如概念2至5中任一项的方法，其中该方法进一步包含用光动力疗法治疗该人。
举例而言，该方法进一步包含与将该配体施用至该人同时或在将该配体施用至该人之后用PDT治疗该人。
7.如概念1的方法，其中该疾病或状况为癌症。
8.如概念7的方法，其中该SNP为rs699947或rs1570360。
在一个实例中，该SNP为rs699947，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs1570360，例如该SNP纯合的。
9.如任何前述概念的方法，其中该人包含(a)包含SNP rs11200638的HTRA1核苷酸序列；(b)包含SNP rs10490924的ARMS2核苷酸序列；(c)包含SNP rs800292、在rs1061170位置处的T或在rs3766404位置处的A的CFH核苷酸序列；(d)包含SNP rs547154的补体组分2(C2)核苷酸序列；(e)包含SNP rs1799963的凝血酶原核苷酸序列；(f)包含SNP rs1801133的MTHFR核苷酸序列；(g)包含SNP rs6025的因子V核苷酸序列；或(h)包含SNP rs4576072或rs6828477的VEGFR2核苷酸序列。
在一个实例中，该人包含HTRA1核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs11200638。
在一个实例中，该人包含ARMS2核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs10490924。
在一个实例中，该人包含CFH核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs800292。
在一个实例中，该人包含CFH核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs1061170。
在一个实例中，该人包含CFH核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs3766404。
在一个实例中，该人包含补体组分2(C2)核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs547154。
在一个实例中，该人包含凝血酶原核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs1799963。
在一个实例中，该人包含MTHFR核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs1801133。
在一个实例中，该人包含因子V核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs6025。
在一个实例中，该人包含VEGFR2核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs4576072。
在一个实例中，该人包含VEGFR2核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs6828477。
10.如概念2至6中任一项的方法，其中该人包含(a)包含SNP rs11200638的HTRA1核苷酸序列；(b)包含SNP rs10490924的ARMS2核苷酸序列；(c)包含SNP rs800292的CFH核苷酸序列；或(d)包含SNP rs547154的补体组分2(C2)核苷酸序列。
这种SNP为眼部状况的风险因素。
在一个实例中，该眼部状况为DR或ROP且该方法用于治疗DR或ROP或降低DR或ROP的风险。
11.如概念2至6中任一项的方法，其中该人包含(i)包含在SNP rs10490924位置处的G的ARMS2核苷酸序列；(ii)包含在SNP rs1061170或rs3766404位置处的T的CFH核苷酸序列；(iii)包含SNP rs1799963的凝血酶原核苷酸序列；(iv)包含SNP rs1801133的MTHFR核苷酸序列；(v)包含SNP rs6025的因子V核苷酸序列；或(vi)包含SNP rs4576072或rs6828477的VEGFR2核苷酸序列。
这种SNP与在眼部疾病或状况的治疗(例如PDT和/或VEGF-A拮抗)之后的反应改良相关。
在一个实例中，该眼部状况为DR且该方法用于治疗DR或降低DR的风险。
与眼部疾病或状况的抗VEGF-A治疗之后的反应改良相关的SNP
12.一种治疗人的由VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人VEGF-A的抗VEGF-A配体(例如抗VEGF-A捕获剂、抗体或抗体片段)，其中该人包含(i)包含在SNP rs10490924位置处的G的ARMS2核苷酸序列；(ii)包含在SNP rs1061170位置处的T或在rs3766404位置处的T的CFH核苷酸序列；或(iii)包含SNP rs4576072或rs6828477的VEGFR2核苷酸序列，其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ IDNO:42的位置206的Leu的氨基酸，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。
这种SNP与眼部疾病或状况的抗VEGF-A治疗后的反应改良相关。
在一个实例中，该眼部状况为DR且该方法用于治疗DR或降低DR的风险。
在一个实例中，该人包含ARMS2核苷酸序列，该核苷酸序列包含在例如呈纯合的形式的SNP rs10490924处的G。
在一个实例中，该人包含CFH核苷酸序列，该核苷酸序列包含在例如呈纯合的形式的SNP rs1061170处的T。
在一个实例中，该人包含CFH核苷酸序列，该核苷酸序列包含在例如呈纯合的形式的SNP rs3766404处的T。
在一个实例中，该人包含VEGFR2核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs4576072。在一个实例中，该人包含VEGFR2核苷酸序列，该核苷酸序列包含例如呈纯合的形式的SNP rs6828477。
13.如概念12的方法，其中该状况为眼部状况，例如糖尿病视网膜病变或早产儿视网膜病。
在一个实例中，该状况为糖尿病视网膜病变(DR)。
在一个实例中，该状况为年龄相关性黄斑变性(AMD)，例如，渗出性AMD。
在一个实例中，该状况为息肉状黑素瘤(PCV)。
在一个实例中，该状况为视网膜血管瘤样增生(RAP)。
在一个实例中，该状况为糖尿病黄斑水肿(DME)。
在一个实例中，该状况为视网膜静脉阻塞(RVO)。
在一个实例中，该状况为早产儿视网膜病(ROP)。
在一个替代方案中，代替“一种治疗人的由VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法”，本发明关于“一种改良人视力的方法”。
14.如概念12或13的方法，其中该人进一步包含选自rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039及rs699946的VEGF-A SNP。
在一个实例中，该SNP为rs699947。
在一个实例中，该SNP为rs833061。
在一个实例中，该SNP为rs2010963。
在一个实例中，该SNP为rs3025039。
在一个实例中，该SNP为rs699946。
15.如概念12至14中任一项的方法，其中该方法进一步包含用光动力疗法治疗该人。
举例而言，该方法进一步包含与将该配体施用至该人同时或在将该配体施用至该人之后用PDT治疗该人。
16.如概念12的方法，其中该疾病或状况为癌症。
17.如概念16的方法，其中该人进一步包含VEGF-A SNP rs699947或rs1570360。
在一个实例中，该SNP为rs699947，例如该SNP纯合的。
在一个实例中，该SNP为rs1570360，例如该SNP纯合的。
VEGF-A及PDGF-B通路的拮抗
PDGF-B也称为IBGC5、PDGF-2、PDGF2、SIS、SSV及c-sis。血小板衍生生长因子受体β(PDGFRB)也称为CD140B、IBGC4、IMF1、JTK12、PDGFR-1及PDGFR1。
PDGF为可在眼部新血管生成中起作用的生长因子且经记载为周细胞以及平滑肌细胞、纤维母细胞及其它间叶细胞细胞类型的有丝分裂原。周细胞似乎对维持现有血管至关重要且在眼部状况(诸如脉络膜新生血管)的成熟过程中可为重要的。假设存在内皮细胞的VEGF依赖的阶段，其与对新形成新生血管性血管中的PDGF戒断的反应的阶段重迭。现有成熟血管可与对抗VEGF阻断的抗性或脉络膜新生血管的快速复发相关。
展现PDGF刺激血管生成及周细胞募集。认为视网膜血管中之周细胞的损失与脉管的异常及不稳定性(包括形成微动脉瘤及血管渗透性)相关。伴随PDGF阻断之周细胞的损失可与成熟新血管生成的消退相关。周细胞在所选条件下产生VEGF-A，可能从而在存在VEGF-A的广泛抑制时保护内皮细胞。
参考Am J Pathol.2006年6月；168(6):2036-53；“Inhibition of platelet-derived growth factor B signaling enhances the efficacy of anti-vascularendothelial growth factor therapy in multiple models of ocularneovascularisation”；Jo N等人Jo等人展现如与仅用VEGF-A阻断相比，具有VEGF-A及PDGF-B的特异性阻断的实验模型中的新血管生成的抑制增加。此外，新血管生成变得对VEGF-A阻断进展更具有抗性。共同抑制VEGF-A及PDGF-B造成对仅抗VEGF-A不反应的新血管生成的消退。
也参考：
Angiogenesis.2014年7月；17(3):553-62.doi:10.1007/s10456-013-9402-5.Epub 2013年10月24日；“Antagonism of PDGF-BB suppresses subretinalneovascularization and enhances the effects of blocking VEGF-A2”；Dong A等人
MAbs.2010年1月-2月；2(1):20-34.Epub 2010年1月2日；“A dual-targetingPDGFRbeta/VEGF-A molecule assembled from stable antibody fragmentsdemonstrates anti-angiogenic activity in vitro and in vivo”；Mabry R等。
经由同时施用抗VEGF-A靶向及PDGF-BB通路靶向之周细胞及内皮细胞功能的治疗方案组合抑制适用于阻断内皮细胞中的旁分泌及自分泌VEGF信号传导。
因此，本发明的此方面提供以下。
18.如任何前述概念的方法，其中该方法进一步包含拮抗该人的PDGF-B。
在本文中的任何方面的实例中，该方法包含向该人施用REGN2176-3(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。REGN2176-3包含阿柏西普。
19.如概念18的方法，其中该方法包含与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用抗PDGF-B配体。
在一个实例中，这些抗VEGF-A及抗PDGF-B配体共同由向该人施用的医药剂型包含。在本文中的任何方面的实例中，该方法包含向该人施用REGN2176-3(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。
在一个实例中，施用双特异性配体(例如捕获剂或抗体或抗体片段)，其中该配体包含人VEGF-A结合位点及人PDGF-B结合位点。
在一个实例中，该抗PDGF-B配体拮抗由(i)的该PDGF-B核苷酸序列编码的人PDGF-B。
在一个实例中，该抗PDGF-B配体包含或由抗PDGF-B抗体或片段、抗PDGF-B捕获剂、抗PDGF-B适体(例如E10030或FOVISTATM)或抗PDGF-B NCE(此项技术中的所谓新化学实体)组成。
适用于并入抗体中以用于本发明的抗PDGF-B通路抗体及可变区的实例揭示于WO2014109999A1中，其具体的包括此类抗体及可变区的其中序列的揭示内容，以及使用的测试方法及医学疾病及状况(其适用于本发明)如同在本文中明确写入一般并入本文中且以提供可并入本文概念中的特征的揭示内容。
在本文中的一个实例中，该抗PDGF-B配体特异性结合人PDGF-B二聚体(也即所谓PDGF-BB)。
20.如概念18的方法，其中该方法包含与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用抗PDGFR-B配体。
在一个实例中，这些抗VEGF-A及抗PDGFR-B配体共同由向该人施用的医药剂型包含。在一个实例中，施用双特异性配体(例如捕获剂或抗体或抗体片段)，其中该配体包含人VEGF-A结合位点及人PDGFR-B结合位点。参考Dong等人，其描述适合实例。
在一个实例中，该PDGFR-B配体拮抗由(ii)的该PDGF-B核苷酸序列编码的人PDGFR-B。
在本文中的一个实例中，该抗PDGFRB拮抗受体与人PDGF-B二聚体(也即所谓PDGF-BB)的结合，例如其中该PDGF-B由(i)的核苷酸序列编码。
适合的PDGFRβ特异性抑制剂揭示于WO2008130704中，例如其揭示内容及序列以引用的方式并入本文中。
21.如任何前述概念的方法，其中在施用该抗VEGF-A配体之前该人已接受人PDGF-B或PDGFR-B拮抗剂。
VEGF-A及血管生成素通路的拮抗
血管生成素为内皮细胞受体Tie2的配体且为血管发育及血管生成所必需。不同于其它家族成员，血管生成素-2(Ang2)由血管生成及血管重塑的位点处的内皮细胞(包括肿瘤)剧烈上调。在具有VEGF及Ang2的组合阻断的临床前模型中观察到增强的抗肿瘤作用。
Ang2通路起作用以重塑血管且具体的，在发育及病理学血管生成期间具有活性。但其几乎缺乏成熟、静止脉管。因此组合Ang2/VEGF阻断导致新血管的存活及成熟降低以及抑制病理学渗漏。Ang2抑制也阻断由VEGF抑制无效的模型系统中的发炎驱动的血管重塑，表明组合阻断具有较高治疗效益的潜能。
因此本发明进一步提供：
22.如概念1至17中任一项的方法，其包含拮抗该人的血管生成素(例如Ang2)。
在一个实例中，该方法包含向该人施用内司法单抗(nesvacumab)(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。
23.如概念22的方法，其中该方法包含与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用抗Ang2配体(例如内司法单抗)。
在一个实例中，该抗Ang2配体包含或由抗Ang2抗体或片段、抗Ang2捕获剂、抗Ang2适体或抗Ang2NCE(此项技术中的所谓新化学实体)组成。
24.如概念22的方法，其中抗Ang2受体(例如抗人Tie2)配体与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用。
25.如概念1至24中任一项的方法，其中在施用该抗VEGF-A配体之前该人已接受人Ang2或Ang2受体(例如Tie2)拮抗剂。
26.如任何前述概念的方法，其中该抗VEGF-A配体(例如抗VEGF-A抗体、抗体片段或VEGF-A捕获剂)包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ IDNO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的氨基酸，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。
任选地，此恒定区由配体的Fc区所包含。
在一个实施例中，本发明的配体为包含SEQ ID NO:127的多肽，例如包含或由SEQID NO:127的多肽组成的VEGF-A捕获剂。
27.如概念1至25中任一项的方法，其中该抗VEGF-A配体(例如抗VEGF-A抗体、抗体片段或VEGF-A捕获剂)包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：对应于SEQ ID NO:44的位置72的Pro、对应于SEQ ID NO:44的位置75的Asn、对应于SEQID NO:44的位置76的Phe、对应于SEQ ID NO:44的位置161的Val及对应于SEQ ID NO:44的位置257的Ala，且其中该人包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-2重链恒定区的抗体。
任选地，此恒定区由配体的Fc区所包含。
举例而言，该配体为包含融合至人γ-1或γ-2重链恒定区(例如如概念26或27中所定义的恒定区)的一或多个人VEGF-A受体结构域序列的VEGF-A捕获剂。在一个实例中，该捕获剂包含第一及第二(例如仅包含两种)VEGF-A受体结构域序列，例如第一及第二人Flt1结构域序列；或第一及第二人KDR结构域序列；或Flt结构域序列及KDR结构域序列。在一个实例中，该捕获剂包含以下多肽(N端的C端)的二聚体：融合至概念26的人γ-1重链恒定区或概念27的人γ-2重链恒定区的人Flt1Ig样C2型2结构域序列及人KDR Ig样C2型3结构域序列。在一个实例中，该恒定区为抗体Fc区的部分。
用于本发明中的适合人Flt1Ig样C2型2结构域序列显示于SEQ ID NO:129中。用于本发明中的适合人KDR Ig样C2型3结构域序列显示于SEQ ID NO:130中。
28.如概念1至27中任一项的方法，其中该抗VEGF-A配体为人抗VEGF-A抗体、抗体片段或VEGF-A捕获剂。
29.如任何前述概念的方法，其包含在该施用之前，选择包含该VEGF-A、HTRA1、ARMS2、CFH、C2、MTHFR、凝血酶原、因子V或VEGFR2 SNP的人，其中该人为概念1或12的人。
30.如概念1至28中任一项的方法，其中该人经确定包含该VEGF-A、HTRA1、ARMS2、CFH、C2、MTHFR、凝血酶原、因子V或VEGFR2 SNP。
31.如概念1至28中任一项的方法，其包含确定该人包含该VEGF-A、HTRA1、ARMS2、CFH、C2、MTHFR、凝血酶原、因子V或VEGFR2 SNP的步骤，任选地其中该确定步骤在将该配体施用至该人之前进行。
32.如概念31的方法，其中该确定步骤包含针对该VEGF-A、HTRA1、ARMS2、CFH、C2、MTHFR、凝血酶原、因子V或VEGFR2 SNP测定来自该人的生物样品。
33.如概念32的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
34.一种抗VEGF-A配体(例如抗VEGF-A抗体、抗体片段或VEGF-A捕获剂)，其用于如概念1至33中任一项的方法。
35.如概念34的配体，其中该抗VEGF-A配体为人抗VEGF-A抗体、抗体片段或VEGF-A捕获剂(例如阿柏西普)。
36.如概念34或35的配体，其中该配体通过静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可注射制剂中。
C2 SNP rs547154在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中具有10％的平均累积等位基因频率；对于AFR群体，具有15％的频率且也对于以下人群体，频率在平均以上：PUR、IBS、GBR、ASW、LWK、YRI。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况或其它VEGF-A介导的疾病或状况的高风险且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含C2 SNP rs547154且具有AFR、PUR、IBS、GBR、ASW、LWK或YRI祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。
VEGF-A SNP rs1413711在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中具有64％的平均累积等位基因频率；对于AFR及ASN群体，分别具有80％及71％的频率且也对于以下人群体，频率在平均以上：ASW、LWK、YRI、PUR、CHB、CHS及JPT。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况的改良治疗且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含VEGF-A SNP rs1413711(例如呈纯合的形式)且具有AFR、ASN、ASW、LWK、YRI、PUR、CHB、CHS或JPT祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有ASN祖先。在一个实例中，该方法用于改良该人的视力。
VEGF-A SNP rs699946在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中具有26％的平均累积等位基因频率；对于ASN群体，具有42％的频率且也对于以下人群体，频率在平均以上：PUR 34％、CHB 45％、CHS 41％及JPT 40％。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况的改良治疗且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含VEGF-A SNP rs699946(例如呈纯合的形式)且具有ASN、ASW、PUR、CHB、CHS或JPT祖先。举例而言，该人具有ASN祖先。在一个实例中，该方法用于改良该人的视力。
VEGF-A SNP rs3025000在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中具有26％的平均累积等位基因频率；对于AMR、ASN及EUR群体，分别具有30％、42％及27％的频率且也对于以下人群体，频率在平均以上：MXL(29％)、PUR(38％)、CHB(45％)、CHS(41％)、JPT(40％)、CEU(30％)、GBR(27％)、IBS(39％)及TSI(31％)。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况的改良治疗且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含VEGF-A SNP rs3025000(例如呈纯合的形式)且具有AMR、ASN、EUR、MXL、PUR、CHB、CHS、JPT、CEU、GBR、IBS或TSI祖先。举例而言，该人具有AMR祖先。举例而言，该人具有ASN祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。
凝血酶原SNP rs1799963几乎完全在高加索人中；此SNP在千人基因组数据库中指示为在以下人群体中具有在平均以上的累积等位基因频率：AMR、EUR、TSI、GBR及PUR。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况的改良治疗且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含凝血酶原SNP rs1799963(例如呈纯合的形式)且具有高加索、AMR、EUR、TSI、GBR或PUR祖先。举例而言，该人具有高加索祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。在一个实例中，该状况为CNV。
MTHFR SNP rs1801133在千人基因组数据库中指示为在以下人群体中具有在平均以上的累积等位基因频率：AMR、ASN、EUR、CHB、CLM、IBS、JPT、MXL、PUR及TSI。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况的改良治疗且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含MTHFR SNP rs1801133(例如呈纯合的形式)且具有AMR、ASN、EUR、CHB、CLM、IBS、JPT、MXL、PUR或TSI祖先。举例而言，该人具有高加索祖先。举例而言，该人具有AMR祖先。举例而言，该人具有ASN祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。在一个实例中，该状况为CNV。
VEGFR2 SNP rs4576072在千人基因组数据库中指示为在所有人群体具有8％的平均累积等位基因频率；对于AMR及EUR群体，分别具有10％及11％的频率且也对于以下人群体，频率在平均以上：PUR(14％)、CEU(9％)、GBR(13％)及TSI(13％)。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有眼部疾病或状况的改良治疗且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含VEGFR2 SNP rs4576072(例如呈纯合的形式)且具有AMR、EUR、PUR、CEU、GBR或TSI祖先。举例而言，该人具有AMR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。在一个实施例中，来自rs4576072及rs6828477的3或4种VEGFR2 SNP提供改良的治疗。因此，例如该人包含选自rs4576072及rs6828477的VEGFR2 SNP的3或4个复本，例如该人包含GG(也即该人包含呈纯合的形式的VEGFR2 SNP rs4576072)及AA或AG(也即该人包含例如呈纯合的形式的VEGFR2 SNP rs6828477)；或GA(rs4576072)及AA(rs6828477)。
向包含PDFG-B通路SNP风险因素的人施用人VEGF-A配体
在血管中于形成中的内皮细胞(EC)通过在正常组织中及在病理学情况(包括癌症)下血管生成期间的周细胞的募集来稳定。较小血管及毛细管中的内皮细胞与周细胞、为血管形成及功能提供重要支持的间叶细胞来源的细胞相互作用。许多研究描述血小板衍生生长因子(PDGF)家族成员在胚胎发育期间募集周细胞及产生周细胞与血管内皮的关联的重要性。惊人地，缺乏PDGF-B/PDGFR-β信号传导轴的组分的小鼠基本上不含周细胞，且因此由于畸形血管死于微出血。参考Blood.2011年9月8日；118(10):2906-2917,2011年7月21日在线预先公开,doi:10.1182/blood-2011-01-331694,“Pericytes promote endothelialcell survival through induction of autocrine VEGF-A signaling and Bcl-wexpression”,Franco M等人。作者描述新形成的血管新枝主要经由内皮顶端细胞分泌血小板衍生生长因子β(PDGF-BB)来募集周细胞。周细胞通过沿着PDGF-BB的基质保留梯度迁移及通过当其到达新芽的顶端时的增生性爆发作出反应。相互地，当其成熟时周细胞上调细胞结合VEGF-A的表达且经募集成新形成的血管。作者发现除产生以旁分泌方式起作用的VEGF-A以外，周细胞通过肿瘤内皮细胞刺激VEGF-A的自分泌表达。作者提出一种经由同时施用VEGF靶向抗体及PDGF-BB/PDGFRβ靶向抗体以阻断EC中的旁分泌及自分泌VEGF信号传导的周细胞及内皮细胞功能的治疗方案组合抑制。
因此本发明提供以下方面：
1.一种治疗人的VEGF-A介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向人施用抗人VEGF-A配体、抗人PDGF-B配体或抗PDGFR-B配体，其中该人包含(i)包含选自rs142404523(也即对应于位置776的C)及在rs1800818位置处的C(也即对应于位置735的C)的SNP的PDGF-B核苷酸序列；或(ii)包含选自rs246395(也即对应于位置2601的G)及rs74943037(也即对应于位置1391的T)的SNP的PDGFR-B核苷酸序列。
为人VEGF-A的拮抗剂的抗VEGF-A配体的适合实例为阿柏西普、舒尼替尼、ESBA1008、贝伐单抗或兰尼单抗。在一个实例中，该配体包含或由抗VEGF-A抗体或片段(例如ESBA1008、贝伐单抗或兰比珠单抗)、抗VEGF-A捕获剂(例如融合至抗体Fc区的VEGF-A受体结合位点，例如阿柏西普)、适体或NCE(此项技术中的所谓新化学实体，例如舒尼替尼)组成。
在本文中的任何方面的实例中，该方法包含向该人施用REGN2176-3(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。REGN2176-3包含阿柏西普及抗PDGF-B配体。
在一个实施例中，该所选SNP(例如rs246395)与来自该人的周细胞的VEGF-A分泌，例如来自该人的周细胞(例如眼部周细胞或在该患者的实体瘤的位点处的周细胞)的维持或增加VEGF-A分泌相关。因此，施用抗VEGF-A配体应对也靶向此类分泌VEGF-A有利。举例而言，当疾病或状况为血管生成或新血管生成或与这种中的一或两者相关时，此为适用的。
对于PDGF-B，在rs1800818位置处的C(也即-735C)在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中具有37％的平均累积等位基因频率；对于AFR及EUR群体分别具有62％及41％的频率(也即在平均以上)以及对于以下人群体频率在平均以上：ASW 60％、LWK 58％、YRI 68％、CEU 46％、FIN 46％、IBS 50％及TSI 38％。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有血管生成或其它VEGF-A介导的疾病或状况的高风险且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含PDGF-B核苷酸序列，该核苷酸序列包含-735C，也即在PDGF-B SNP rs1800818位置处的C且其中该人具有AFR、EUR、ASW、LWK、YRI、CEU、FIN、IBS或TSI祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。
对于PDGF-B，SNP rs142404523(-776T>C)在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中具有8％的平均累积等位基因频率；对于AFR及EUR群体分别具有17％及10％的频率(也即在平均以上)以及对于以下人群体频率在平均以上：ASW 16％、LWK 18％、YRI 16％、PUR 11％、CEU 11％、FIN 9％、GBR 12％及IBS 18％。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有血管生成或其它VEGF-A介导的疾病或状况的高风险且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含PDGF-B SNP rs142404523且具有AFR、EUR、ASW、LWK、YRI、PUR、CEU、FIN、GBR或IBS祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。
对于PDGFR-B，SNP rs246395(2601A>G)在千人基因组数据库中指示在所有人群体中对于G具有23％的平均累积等位基因频率；对于AMR及EUR群体分别具有29％及30％的频率(也即在平均以上)以及对于以下人群体频率在平均以上：CLM(36％)、MXL(25％)、PUR(26％)、CEU(39％)、GBR(30％)、IBS(29％)及TSI(31％)。因此，当人属于这种群体之一时，其可具有血管生成或其它VEGF-A介导的疾病或状况的高风险且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含PDGFR-B SNP rs246395且具有AMR、EUR、CLM、MXL、PUR、CEU、GBR、IBS或TSI祖先。举例而言，该人具有AMR祖先。举例而言，该人具有EUR祖先。
对于PDGFR-B，SNP rs74943037在千人基因组数据库中指示为在所有人群体中对于G具有3％的平均累积等位基因频率；对于AFR群体具有10％的频率(也即在平均以上)以及对于以下人群体频率在平均以上：ASW 8％、LWK 14％及YRI 8％。因此，当人祖先属于这种群体之一时，人可具有血管生成或其它VEGF-A介导的疾病或状况的高风险且本发明包含向该人施用该配体。因此，在一个实施例中，该人包含PDGFR-B SNP rs74943037且具有AFR、ASW、LWK或YRI祖先。举例而言，该人具有AFR祖先。
2.如方面1的方法，其中该人为该所选SNP纯合的(例如rs246395纯合的或在rs1800818位置处的C纯合的(也即对应于位置-735的C纯合的))。
这些纯合子可具有该疾病或状况的增加的严重程度或风险。
3.如方面1或2的方法，其中该人包含具有(i)的SNP的PDGF-B核苷酸序列及具有(ii)的SNP的PDFGR-B核苷酸序列。
举例而言，该人包含在rs1800818位置处的C及rs246395。在另一实例中，该人包含在rs1800818位置处的C及rs74943037。
举例而言，该人包含rs142404523及rs246395。在另一实例中，该人包含rs142404523及rs74943037。
4.如方面1至3中任一项的方法，其中该人包含(a)包含选自以下的SNP的VEGF-A核苷酸序列：rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039、rs699946、rs2146323、rs1413711、rs833068、rs833069、rs3025000及rs1570360；(b)包含SNP rs11200638的HTRA1核苷酸序列；(c)包含SNP rs10490924的ARMS2核苷酸序列；(d)包含SNP rs800292、rs1061170或rs3766404的补体因子H(CFH)核苷酸序列；(e)包含SNP rs547154的补体组分2(C2)核苷酸序列；(f)包含SNP rs1799963的凝血酶原核苷酸序列；(g)包含SNP rs1801133的MTHFR核苷酸序列；(h)包含SNP rs6025的因子V核苷酸序列；或(i')包含SNP rs4576072或rs6828477的VEGFR2核苷酸序列。
在一个实例中，该人包含(a)的SNP。
举例而言，该人包含rs699947且任选地该状况为DR或实体瘤。
举例而言，该人包含rs833061且任选地该状况为DR或实体瘤。
举例而言，该人包含rs2010963且任选地该状况为DR或实体瘤。
举例而言，该人包含rs3025039且任选地该状况为DR或实体瘤。
举例而言，该人包含rs699946且任选地该状况为DR或实体瘤。
举例而言，该人包含rs2146323。
举例而言，该人包含rs1413711，任选地该人为该SNP纯合的。
举例而言，该人包含rs833068，任选地该人为该SNP纯合的。
举例而言，该人包含rs833069，任选地该人为该SNP纯合的。
举例而言，该人包含rs3025000。
举例而言，该人包含rs1570360。
在一个实例中，该人包含(a)及(b)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(c)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(d)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(e)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(f)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(g)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(h)的SNP。在一个实例中，该人包含(a)及(i')的SNP。
任选地在本文中的任何方面中，该配体特异性结合VEGF-A或拮抗VEGF-A，例如由包含(a)的SNP的VEGF-A核苷酸序列编码的VEGF-A。在一个实例中，此可通过特异性结合来自人的体外样品(例如血清或血液样品)中的VEGF-A或拮抗该VEGF-A来确定，其中该人包含该VEGF-A核苷酸序列。可例如通过如熟习此项技术者将已知的SPR或ELISA来确定特异性结合。熟习此项技术者也将熟悉针对VEGF-A拮抗的标准测定。另外，在一个实例中，该人的基因组包含(a)的该SNP。
5.如方面1至4中任一项的方法，其中该人包含人VEGF-A核苷酸序列，该核苷酸序列包含选自以下的SNP：rs699947、rs833061、rs2010963、rs3025039、rs699946、rs2146323、rs1413711、rs833068、rs833069、rs3025000及rs1570360，且该配体拮抗由该核苷酸序列编码的VEGF-A。
在本文中的任何方面的一个实例中，该VEGF-A为VEGF-A-(165)亚型。
6.如方面1至5中任一项的方法，其中该方法进一步包含拮抗该人的PDGF-B。
在本文中的任何方面的实例中，该方法包含向该人施用REGN2176-3(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。REGN2176-3包含阿柏西普。
7.如方面6的方法，其中该方法包含与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用抗PDGF-B配体。
在一个实例中，这些抗VEGF-A及抗PDGF-B配体共同由向该人施用的医药剂型包含。在本文中的任何方面的实例中，该方法包含向该人施用REGN2176-3(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。
在一个实例中，该抗PDGF-B配体拮抗由(i)的该PDGF-B核苷酸序列编码的人PDGF-B。
在一个实例中，该抗PDGF-B配体包含或由抗PDGF-B抗体或片段、抗PDGF-B捕获剂、抗PDGF-B适体(例如E10030(FOVISTATM)，其描述于例如美国专利第6,207,816号、第5,731,144号、第5,731,424号及第6,124,449号中；这些专利中的每一者以全文引用的方式并入本文中)或抗PDGF-B NCE(此项技术中的所谓新化学实体)组成。
适用于并入抗体中以用于本发明的抗PDGF-B通路抗体及可变区的实例揭示于WO2014109999A1中，其具体的包括此类抗体及可变区的其中序列的揭示内容，以及使用的测试方法及医学疾病及状况(其适用于本发明)如同在本文中明确写入一般并入本文中且以提供可并入本文方面中的特征的揭示内容。
在本文中的一个实例中，该抗PDGF-B配体特异性结合人PDGF-B二聚体(也即所谓PDGF-BB)。
8.如方面6的方法，其中该方法包含与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用抗PDGFR-B配体。
在一个实例中，这些抗VEGF-A及抗PDGFR-B配体共同由向该人施用的医药剂型包含。
在一个实例中，该PDGFR-B配体拮抗由(ii)的该PDGF-B核苷酸序列编码的人PDGFR-B。
在本文中的一个实例中，该抗PDGFRB拮抗受体与人PDGF-B二聚体(也即所谓PDGF-BB)的结合，例如其中该PDGF-B由(i)的核苷酸序列编码。
适合的PDGFRβ特异性抑制剂揭示于WO2008130704中，例如其揭示内容及序列以引用的方式并入本文中。
9.如方面1至8中任一项的方法，其中在施用该抗VEGF-A配体之前该人已接受人PDGF-B或PDGFR-B拮抗剂。
10.如方面1至9中任一项的方法，其中该状况选自血管生成、新血管生成、眼部血管生成及实体瘤血管生成。
在一个实例中，该状况为视网膜下新血管生成。
11.如方面1至9中任一项的方法，其中该疾病或状况为血管生成疾病或状况。
任选地该疾病或状况为血管生成眼部状况或血管生成癌症，例如实体瘤、胃肠癌、结肠直肠癌、肝癌、乳癌、卵巢癌、非小细胞肺癌、甲状腺癌、口腔癌或血癌。
任选地该血管生成疾病或状况选自以下：银屑病、类风湿性关节炎、血管瘤、血管纤维瘤、糖尿病视网膜病变、角膜新血管生成及新生血管性青光眼。
12.如方面1至11中任一项的方法，其中该疾病或状况为或包含该人的血管渗透性(例如眼部血管渗透性)、水肿或发炎。
举例而言，该疾病或状况选自以下：脑水肿(例如与脑损伤、中风或脑肿瘤相关的水肿)；与发炎性病症相关(例如与银屑病或关节炎、类风湿性关节炎或哮喘相关)的水肿；与灼痛相关的水肿；腹水或肋膜积液(例如与肿瘤、发炎或外伤相关)；慢性呼吸道炎症；毛细管渗漏综合征；败血症；肾病(例如与蛋白质渗漏增加相关)；及眼部病症(例如年龄相关性黄斑变性或糖尿病视网膜病变)。
13.如方面1至12中任一项的方法，其用于降低或降低该人的血管生成疾病或状况中的VEGF-A介导的内皮细胞维持或增生的风险。
在一个实例中，该血管生成疾病或状况为以上所述的血管生成疾病或状况，例如血管生成眼部状况。
14.如方面1至12中任一项的方法，其用于使该人的VEGF-A介导的疾病或状况中的新血管生成消退。
15.如方面1至12中任一项的方法，其用于治疗人的新血管生成或降低新血管生成的风险，其中该人具有VEGF-A配体难治性新血管生成。
举例而言，该人对用抗VEGF-A配体(例如阿柏西普、舒尼替尼、贝伐单抗或兰尼单抗)的治疗部分或完全具有抗性。
16.如方面1至15中任一项的方法，其包含拮抗该人的血管生成素-2(Ang2)。
血管生成素为内皮细胞受体Tie2的配体且为血管发育及血管生成所必需。不同于其它家族成员，血管生成素-2(Ang2)由血管生成及血管重塑的位点处的内皮细胞(包括肿瘤)剧烈上调。在具有VEGF及Ang2的组合阻断的临床前模型中观察到增强的抗肿瘤作用。
在一个实例中，该方法包含向该人施用内司法单抗(RegeneronPharmaceuticals,Inc)。
17.如方面16的方法，其中该方法包含与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用抗Ang2配体(例如内司法单抗)。
在一个实例中，该抗Ang2配体包含或由抗Ang2抗体或片段、抗Ang2捕获剂、抗Ang2适体或抗Ang2NCE(此项技术中的所谓新化学实体)组成。
18.如方面16的方法，其中抗Ang2受体(例如抗人Tie2)配体与该抗VEGF-A配体同时或依序向该人施用。
19.如方面1至18中任一项的方法，其中在施用该抗VEGF-A配体之前该人已接受人Ang2或Ang2受体(例如Tie2)拮抗剂。
20.一种抗TOI(例如VEGF-A)配体(例如抗体、抗体片段或TOI捕获剂)，其用于如方面1至19中任一项的方法。
21.如方面20的配体，其中该配体为人抗VEGF-A抗体、抗体片段或VEGF-A捕获剂(例如阿柏西普)。
22.如方面20或21的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
适用于所有实例、实施例、概念及方面的通用任选存在的特征
任选地提供方法或配体，其中抗TOI(例如VEGF-A)配体(例如抗体、抗体片段或TOI捕获剂)包含人γ-1重链恒定区，其包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQID NO:42的位置206的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，这些人γ-1重链恒定区包含对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp或对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu。
举例而言，该配体为包含融合至人γ-1重链恒定区(例如如前一段中所定义的恒定区)的一或多个人VEGF-A受体结构域序列的VEGF-A捕获剂。在一个实例中，该捕获剂包含第一及第二(例如仅包含两种)VEGF-A受体结构域序列，例如第一及第二人Flt1结构域序列；或第一及第二人KDR结构域序列；或Flt结构域序列及KDR结构域序列。在一个实例中，该捕获剂包含人Flt1Ig样C2型2结构域序列及人KDR Ig样C2型3结构域序列(例如以此顺序在N端至C端方向上)。
在一个实施例中，本发明的配体为包含或具有SEQ ID NO:127，例如，包含或由SEQID NO:127的二聚体组成的VEGF-A捕获剂。
在一个实例中，该状况为眼部血管生成病症。
在一个实例中，该状况选自以下：AMD，年龄相关性黄斑变性；BRVO，视网膜分支静脉阻塞；CNV，脉络膜新生血管；mCNV，由病理性近视所引起的脉络膜新生血管；CRVO，中央视网膜静脉阻塞；DME，糖尿病黄斑水肿；青光眼；黄斑水肿；PCV，息肉状黑素瘤；RAP，视网膜血管瘤样增生；视网膜新血管生成；ROP，早产儿视网膜病；及RVO，视网膜静脉阻塞。
在一个实例中，该状况为渗出性AMD。
在一个实例中，该方法用于治疗与图形样营养不良相关的成人发病型卵形脱离(Adult-Onset Detachments Associated With Pattern Dystrophy)。
在一个实例中，该方法用于治疗图形样营养不良。
在一个实例中，该方法用于例如通过施用(抗PDGF BB)加该抗VEGF配体(例如阿柏西普、贝伐单抗或兰尼单抗)治疗新生血管性AMD中的视网膜下纤维化。
在一个实例中，该人年龄为≥50岁，例如该人年龄为大于55、60、65或70岁。
在一个实例中，该状况为眼部状况且该抗VEGF-A配体与光动力疗法(PDT)组合施用例如以用于治疗或预防PCV。
在一个实例中，该状况为眼部状况且该抗VEGF-A配体与激光治疗和/或IVTA治疗组合施用例如以用于治疗或预防DME。
在一个实例中，该状况为眼部状况且该抗VEGF-A配体与激光光凝和/或玻璃体内注射糖皮质激素组合施用。
在一个实例中，该状况为眼部状况且该抗VEGF-A配体与PDT及曲安奈德组合施用。任选地，该配体在玻璃体内施用。
在一个实例中，该人罹患高血压、高脂血症、糖尿病和/或动脉硬化血管病症。任选地，该状况为RVO且进一步任选地该人年龄大于60岁。
在一个实例中，当本文中提及RVO时，该RVO为缺血(未灌注)或未缺血(灌注)RVO。
在一个实例中，当本文中提及ROP时，其为1型ROP。
在一个实例中，该状况为ROP且该抗VEGF-A配体与激光治疗组合施用。
在一个实施例中，该人的身体质量指数(BMI)≥30和/或该人为吸烟者。这种为风险因素，例如其中该疾病或状况为眼部疾病或状况。
任选地眼部疾病或状况症状开始与开始用根据本发明的配体治疗之间相隔少于3或2或2周。
在一个实例中，该AMD为新生血管性(nv)AMD、“湿性”AMD或萎缩性或“干性”AMD。
在一个实例中，当向该人施用该配体时，根据年龄相关的眼病研究分类(参见，例如Augood CA等人,“Prevalence of agerelated maculopathy in older Europeans:theEuropean Eye Study(EUREYE)”,Arch Ophthalmol.2006；124:529e35)，眼部状况或疾病(例如AMD)为IV期疾病。
在一个实施例中，其中该疾病或状况为眼部疾病或状况(例如AMD、PCV、DR或CNV)，该配体通过眼内注射，例如玻璃体内注射向该人施用。
持续性血管生成可导致或加重某些疾病，诸如银屑病、类风湿性关节炎、血管瘤、血管纤维瘤、糖尿病视网膜病变及新生血管性青光眼。VEGF活性的抑制剂将适用作这些疾病及其它VEGF诱导的病理学血管生成及血管渗透性状况(诸如肿瘤血管生成)的治疗。因此，在一个实施例中，本发明在实例5中提供一种治疗与血管生成相关的状况或降低该状况的风险的方法(或用于该方法的配体)，其中该状况为银屑病、类风湿性关节炎、血管瘤、血管纤维瘤、糖尿病视网膜病变及新生血管性青光眼。在一个实施例中，本发明在实例5中提供一种治疗肿瘤血管生成或降低肿瘤血管生成的风险的方法(或用于该方法的配体)。
举例而言，但并非限制，本发明的方法可适用于治疗通过以下表征的临床状况：血管渗透性、水肿或发炎，诸如与损伤、中风或肿瘤相关的脑水肿；与发炎性病症(诸如银屑病或关节炎，包括类风湿性关节炎)相关的水肿；哮喘；与灼痛相关的全身性水肿；与肿瘤、发炎或外伤相关的腹水及肋膜积液；慢性呼吸道发炎；毛细管渗漏综合征；败血症；与蛋白质渗漏增加相关的肾病；及眼部病症，诸如年龄相关性黄斑变性及糖尿病视网膜病变。因此，在一个实施例中，本发明在实例5中提供一种治疗这种状况中的任一者或降低其风险的方法(或用于该方法的配体)。
在一个实例中，本发明的方法包含向患者依序施用多种剂量的VEGF拮抗剂。本发明的方法包括以每8周或8周以上一次的频率向患者施用多种剂量的VEGF拮抗剂。
涵盖各种施用途径以用于本发明的方法，包括例如，局部施用或眼内施用(例如玻璃体内施用)。可通过任何已知递送系统和/或施用方法向患者施用配体(或包含该配体的医药剂型)。在某些实施例中，配体通过眼部、眼内、玻璃体内或结膜下注射向患者施用。在其它实施例中，配体可通过局部施用向患者施用，例如，经由滴眼剂或含有该配体的其它液体、凝胶、软膏、或流体且可直接应用于眼部。其它可能施用途径包括例如，皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外及经口。
以各种剂量向患者施用的抗VEGF配体的量在大多数情况下为治疗有效量。如本文所用，短语“治疗有效量”意谓产生血管生成眼部病症的一或多种症状或标志的可检测改良的配体的剂量，或抑制、预防、减轻或延迟血管生成眼部病症的进展的配体的剂量。在抗VEGF抗体或基于VEGF受体的嵌合分子(例如VEGF捕获剂，例如阿柏西普)，诸如VEGFR1R2-FcΔC1(a)的情况下，治疗有效量可为约0.05mg至约5mg，例如约0.05mg、约0.1mg、约0.15mg、约0.2mg、约0.25mg、约0.3mg、约0.35mg、约0.4mg、约0.45mg、约0.5mg、约0.55mg、约0.6mg、约0.65mg、约0.7mg、约0.75mg、约0.8mg、约0.85mg、约0.9mg、约1.0mg、约1.05mg、约1.1mg、约1.15mg、约1.2mg、约1.25mg、约1.3mg、约1.35mg、约1.4mg、约1.45mg、约1.5mg、约1.55mg、约1.6mg、约1.65mg、约1.7mg、约1.75mg、约1.8mg、约1.85mg、约1.9mg、约2.0mg、约2.05mg、约2.1mg、约2.15mg、约2.2mg、约2.25mg、约2.3mg、约2.35mg、约2.4mg、约2.45mg、约2.5mg、约2.55mg、约2.6mg、约2.65mg、约2.7mg、约2.75mg、约2.8mg、约2.85mg、约2.9mg、约3.0mg、约3.5mg、约4.0mg、约4.5mg或约5.0mg抗体或基于受体的嵌合分子。
给药方案
对于抗TOI的配体(例如抗VEGF-A抗体或捕获剂，例如阿柏西普)，在本发明的范畴内的给药方案的特定、非限制性实例如下：
a.通过玻璃体内注射每4周(每月)一次施用2mg(0.05mL)配体。
b.通过玻璃体内注射第一个8周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射每8周一次施用2mg(0.05mL)配体。
c.通过玻璃体内注射第一个8周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射在基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)的较低频繁基础上施用2mg(0.05mL)配体。
d.通过玻璃体内注射第一个8周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用2mg(0.05mL)配体。
e.通过玻璃体内注射第一个12周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射每8周一次施用2mg(0.05mL)配体。
f.通过玻璃体内注射第一个12周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射在基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)的较低频繁基础上施用2mg(0.05mL)配体。
g.通过玻璃体内注射第一个12周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用2mg(0.05mL)配体。
h.通过玻璃体内注射第一个16周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射每8周一次施用2mg(0.05mL)配体。
i.通过玻璃体内注射第一个16周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射在基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)的较低频繁基础上施用2mg(0.05mL)配体。
j.通过玻璃体内注射第一个16周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用2mg(0.05mL)配体。
k.通过玻璃体内注射第一个20周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射每8周一次施用2mg(0.05mL)配体。
l.通过玻璃体内注射第一个20周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射在基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)的较低频繁基础上施用2mg(0.05mL)配体。
m.通过玻璃体内注射第一个20周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用2mg(0.05mL)配体。
n.通过玻璃体内注射第一个24周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射每8周一次施用2mg(0.05mL)配体。
o.通过玻璃体内注射第一个24周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射在基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)的较低频繁基础上施用2mg(0.05mL)配体。
p.通过玻璃体内注射第一个24周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用2mg(0.05mL)配体。
q.通过玻璃体内注射第一个28周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射每8周一次施用2mg(0.05mL)配体。
r.通过玻璃体内注射第一个28周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射在基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)的较低频繁基础上施用2mg(0.05mL)配体。
s.通过玻璃体内注射第一个28周每4周一次施用2mg(0.5mL)配体，随后经由玻璃体内注射基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用2mg(0.05mL)配体。
t.通过玻璃体内注射以单一初始剂量形式施用2mg(0.05mL)配体，随后基于视觉和/或解剖结果(如由医师或其它合格医疗专业人员评估)临机应变(PRN)施用额外剂量。
一般技术者将了解上述给药方案的变化且这些变化也在本发明的范畴内。举例而言，基于患者特征、疾病严重程度及通过医师或其它合格医疗专业人员进行的其它诊断评估，可改变向患者施用的配体的量和/或剂型的体积。
当该方法或配体用于治疗眼部状况或疾病或降低该状况或疾病的风险时，在一个实例中该方法改良人的最佳矫正视力。
最佳矫正视力：
可使用ETDRS方案(糖尿病视网膜病变早期治疗研究组)在4公尺处评估眼睛的视力功能。视力检查者通常经鉴定以确保BCVA的一致量测。
一个实例方法中的方法在52周时与基线相比防止ETDRS表上大于或等于15个字母的视力损失。另外或替代地，该方法提供以下中的一或多个：(a)自基线至第52周，ETDRS表上的字母计分改变；(b)自基线至第52周，ETDRS表上增加15个或15个以上字母；(c)自基线至第52周，总NEI VFQ-25计分改变；及(d)自基线至第52周，CNV区域(例如其中该状况为CNV)改变。
在一个实施例中，该配体为包含一或多种基于VEGF受体的嵌合分子(在本文中也称作“VEGF捕获剂”或“VEGFT”)的VEGF拮抗剂。在本发明的情形中可使用的例示性VEGF拮抗剂为多聚合VEGF结合蛋白，其包含两种或更多种在本文中称为“VEGFR1R2-FcAC1(a)”或“阿柏西普”的基于VEGF受体的嵌合分子。
涵盖各种配体或抗体施用途径以用于本发明的方法，包括例如，局部施用或眼内施用(例如玻璃体内施用)。
本发明的方法任选地包含向患者依序施用多种剂量的配体，例如VEGF拮抗剂。如本文所用，“依序施用”意谓在不同时间点，例如，在由预定时间间隔(例如小时、天、周或月)分隔的不同天数向患者施用各种剂量的配体。本发明包括包含依序向患者施用单一初始剂量的配体，随后施用一或多种第二剂量的配体，随后施用一或多种第三剂量的配体的方法。
术语“初始剂量”、“第二剂量”及“第三剂量”指施用配体的暂时顺序。因此，“初始剂量”为在治疗方案开始时施用的剂量(也称为“基线剂量”)；“第二剂量”为在初始剂量之后施用的剂量；且“第三剂量”为在第二剂量之后施用的剂量。初始、第二及第三剂量可均含有相同量的配体，但就施用频率而言一般将彼此不同。然而在某些实施例中，初始、第二和/或第三剂量中含有的配体的量在治疗过程期间将彼此不同(例如适当时调高或调低)。
实例6：PD-L1及PD-1
在本发明中应用PD-L1变异
人PD-L1也称为CD274、B7-H、B7H1、B7-H1、B7同源物1、MGC142294、MGC142296、PDCD1L1、PDCD1LG1、PDCD1配体1、PDL1、程序性细胞死亡1配体1及程序性死亡配体1；且具有Uniprot号Q9NZQ7及NCBI基因ID号29126。PD-L1为由人染色体9上的CD274基因编码的290氨基酸I型跨膜蛋白。PD-L1表达涉及参与例如通过病毒(尤其包括例如HIV、HBV、HCV及HTLV)、通过细菌(尤其包括例如幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori))及通过寄生虫(包括例如曼氏裂体吸虫(Schistosoma mansoni))的慢性感染的免疫反应的逃避。CD274/PD-L1表达也涉及抗肿瘤免疫活性的抑制。肿瘤表达可通过宿主T细胞识别的抗原，但肿瘤的免疫清除为罕见的。此失败部分由于肿瘤微环境的免疫抑制。许多肿瘤上的PD-L1表达为此抑制环境的组分且可与其它免疫抑制信号共同起作用。已展示原位在广泛多种实体瘤上的PD-L1表达，这些实体瘤包括乳房、肺、结肠、卵巢、黑素瘤、膀胱、肝脏、唾液、胃、神经胶质瘤、甲状腺、胸腺上皮、头部及颈部(Brown J A等人,2003.J.Immunol.170:1257-66；Dong H等人2002.Nat.Med.8:793-800；Hamanishi J,等人2007.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104:3360-65；Strome S E等人2003.Cancer Res.63:6501-5；Inman B A等人2007.Cancer 109:1499-505；Konishi J等人2004.Clin.Cancer Res.10:5094-100；Nakanishi J等人2007.CancerImmunol.Immunother.56:1173-82；Nomi T等人2007.Clin.Cancer Res.13:2151-57；Thompson R H et al.2004.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101:17174-79；Wu C,Zhu Y,JiangJ,Zhao J,Zhang X G,Xu N.2006.Acta Histochem.108:19-24)。此外，PD-1表达在肿瘤浸润淋巴细胞上上调，且此也可促成肿瘤免疫抑制(Blank C等人2003.J.Immunol.171:4574-81)。在卵巢癌中，PD-L1表达与上皮内但非基质、浸润CD8T细胞反向相关，表明PD-L1抑制CD8T细胞的肿瘤内迁移(Hamanishi J等人2007.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104:3360-65)。PD-L1 mRNA的翻译由PTEN损失及Akt的随后活化，致肿瘤性中的常见事件增强(Parsa A T等人2007.Nat.Med.13:84-88)。最重要地，将肿瘤上的PD-L1表达与疾病结果联系的研究显示PD-L1表达与肾癌、卵巢癌、膀胱癌、乳癌、胃癌及胰腺癌的不利预后强烈相关(HamanishiJ等人2007.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104:3360-65；Inman B A等人2007.Cancer 109:1499-505；Konishi J等人2004.Clin.Cancer Res.10:5094-100；Nakanishi J等人2007.Cancer Immunol.Immunother.56:1173-82；Nomi T等人2007.Clin.Cancer Res.13:2151-57；Thompson R H等人2004.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101:17174-79；Wu C,Zhu Y,Jiang J,Zhao J,Zhang X G,Xu N.2006.Acta Histochem.108:19-24)。此外，这种研究表明肿瘤上的PD-L1表达的较高水平可促进肿瘤期进展及侵袭至较深组织结构中。
PD-1通路也可在血液科恶性病中起作用。PD-L1在多发性骨髓瘤细胞上表达但不在正常浆细胞上表达(Liu J等人2007.Blood 110:296-304)。PD-L1在一些原发性T细胞淋巴瘤，尤其间变性大细胞T淋巴瘤上表达(Brown J A等人,2003.J.Immunol.170:1257-66)。PD-1在血管免疫母细胞淋巴瘤的T细胞上高度表达，且PD-L1在相关滤泡树突状细胞网状结构上表达(Dorfman D M等人2006.Am.J.Surg.Pathol.30:802-10)。在节状淋巴细胞为主型的霍奇金淋巴瘤中，与淋巴细胞性和/或组织细胞(L&H)细胞相关的T细胞表达PD-1。使用由PD-1连接诱导的基因读取结果的微阵列测定表明肿瘤相关T细胞对原位在霍奇金淋巴瘤中的PD-1信号作出反应(Chemnitz J M等人2007.Blood 110:3226-33)。PD-1及PD-L1在HTLV-1介导的成人T细胞白血病的CD4 T细胞及淋巴瘤上表达(Shimauchi等人2007.Int.J.Cancer 121:2585-90)。这种肿瘤细胞对TCR信号反应较低。
动物模型研究展现肿瘤上的PD-L1抑制T细胞活化及肿瘤细胞的溶解且在一些情况下，导致肿瘤特异性T细胞死亡增加(Dong H等人2002.Nat.Med.8:793-800；Hirano F等人2005.Cancer Res.65:1089-96)。肿瘤相关APC也可利用PD-1:PD-L通路控制抗肿瘤T细胞反应。肿瘤相关骨髓DC的群体上的PD-L1表达由肿瘤环境因素上调(Curiel T J等人2003.Nat.Med.9:562-67)。B16黑素瘤的肿瘤引流淋巴结中的浆细胞样树突状细胞(DC)表达IDO，其使调节T细胞的抑制活性剧烈活化。IDO处理的调节T细胞的抑制活性需要细胞与表达IDO的DC接触(Sharma M D等人2007.J.Clin.Invest.117:2570-82)。
US8507663论述CD274/PD-L1基因表达的特异性抑制。也参考WO2011066389、WO2010036959、WO 2010077634、WO 03099196、WO 2013181634、WO2007005874、US20090317368及US7635757。
本发明人进行PD-L1的天然人变异且鉴别以下感兴趣的变异以应用于本发明。
表21：人PD-L1变体
1、2、3、4-根据Ensembl，dbSNP；参考转录物ENST00000381577(此转录物的序列全部并入本文中)。
如下读取表格：举例而言，对于rs12551333以下意谓Asp49His，也即由SNPrs12551333编码在位置49处的组氨酸。
D/H 49
参考文献
1.Asia Pac J Clin Oncol.2014年6月；10(2):e1-6.doi:10.1111/ajco.12037.Epub 2012年11月21日；“Association between single nucleotidepolymorphism of PD-L1 gene and non-small cell lung cancer susceptibility in aChinese population”；Chen Y等人。
作者公开以下：
目的：
为了评估PD-L1基因的多态性与中国群体的非小细胞肺癌(NSCLC)的易感性之间的相关性。
方法：
总共293名患有NSCLC的中国患者及相同种族来源的293个年龄及性别匹配对照参与此研究。使用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)确定PD-L1基因的内含子4中位置8923处的A/C多态性类型。测定A/C基因型、等位基因频率及NSCLC易感性之间的相互作用。
结果：
NSCLC患者及对照的A/C基因型频率显著不同。NSCLC患者的AC及CC频率比对照高(分别为16.4％相对于8.9％，1.0％相对于0.3％)。NSCLC患者的C等位基因频率比对照高(9.2％相对于4.8％)。注意两组之间的A及C等位基因频率的显著差异(χ(2)＝8.864，P＝0.003)。发现携带C等位基因的个体的NSCLC风险比携带A等位基因的个体高(OR＝2.203；95％CI 1.262-3.242)。在轻度吸烟者(≤20包-年)及重度吸烟者(>20包-年)中，携带C等位基因的个体的NSCLC风险比携带A等位基因的个体高(分别为轻度吸烟者OR＝1.847，95％CI1.001-3.409；重度吸烟者OR＝3.252，95％CI 1.196-8.845)。
结论：
PD-L1基因中位置8923处的A/C多态性与NSCLC易感性关联。PD-L1多态性在NSCLC中，尤其在具有C等位基因的患者中起作用。
2.Eur J Endocrinol.2008年6月；158(6):817-22.doi:10.1530/EJE-07-0649.Epub 2008年3月5日.
“Association of an A/C single nucleotide polymorphism in programmedcell death-ligand 1 gene with Graves'disease in Japanese patients”；Hayashi M等人。
作者公开以下：
目标：程序性细胞死亡-1(PD-1)及其配体(PD-L1及PD-L2)抑制T细胞增生及活化。此抑制下调免疫反应。研究PD-L1多态性与格雷弗氏病的关联。
设计：研究PD-L1内含子4中位置8923处的A/C多态性与GD的关联。
患者：研究包括327名GD患者及192个对照，其中跟踪252名GD患者超过5-10年。
量测：使用PCR-限制性片段长度多态性方法确定PD-L1内含子4位置8923A/C多态性类型。
结果：GD患者及对照的A/C基因型频率显著不同。GD患者的A/C及C/C频率比对照高。GD患者的A/A频率比对照低。GD患者的C等位基因频率比对照高。跟踪总共252名GD患者超过5-10年；200名停止服用抗甲状腺药物(ATD)而52名持续服用ATD。在这种200名中，176名持续缓解且24名复发甲状腺高能症。注意缓解患者与复发患者的阳性TBII、阳性甲状腺刺激抗体及ATD治疗的持续时间的显著差异。注意两者的A等位基因及C等位基因频率的显著差异。未实现缓解的GD患者的C等位基因频率比实现缓解的GD患者高。
结论：PD-L1中位置8923处的A/C多态性与GD相关。PD-L1多态性在罹患GD中起作用。具有PD-L1基因中位置8923处的C等位基因的GD患者难以实现缓解。
3.Rheumatology(Oxford).2011年10月；50(10):1809-13.doi:10.1093/rheumatology/ker211.Epub 2011年7月26日；“Effects of genetic polymorphisms ofprogrammed cell death 1 and its ligands on the development of ankylosingspondylitis”；Huang C等人。
具有PD-1 GG基因型的人对象的僵直性脊椎炎(AS)风险明显比具有AA基因型的人对象高。具有PD-L2 CT基因型的对象的AS风险比具有CC基因型的对象低。PD-1 G-536A、PD-L1 A8923C及PD-L2 C47103T的组合基因型似乎也与罹患AS相关。
结论.结果表明PD-1 G-536A、PD-L1 A8923C及PD-L2 C47103T多态性与AS的存在相关。
4.J Clin Endocrinol Metab.2009年12月；94(12):5139-45.doi:10.1210/jc.2009-1404.Epub 2009年10月22日；“Programmed death ligand 1(PD-L1)genevariants contribute to autoimmune Addison's disease and Graves'diseasesusceptibility”；Mitchell AL等人。
作者公开以下：
内容背景：
尽管许多研究，但仍未发现对自体免疫疾病的大量遗传易感性的原因。最近，将程序性死亡配体1(PD-L1)基因中的单核苷酸多态性(SNP)与日本患者群组的格雷弗氏病(GD)相关。我们的目的为确定PD-L1的变体是否也与自体免疫艾迪森氏病(autoimmuneAddison's disease，AAD)相关及在英国患GD患者中复制先前关联。
设计及患者：
测定具有315名AAD对象及316名健康对照的英国群组的PD-L1内的八种SNP。随后在具有342名挪威AAD病例及379名对照的群组中及在496名英国GD对象中重复我们的实验。
结果：
所研究的八种SNP中的三种，PD-L1基因的部分单倍型阻断在英国群组中展示与AAD及GD的适度关联，最大证据在标记RS1411262处[英国AAD胜算比1.33(5-95％信赖区间1.02-1.73)，P(基因型)＝0.028；GD胜算比1.36(5-95％信赖区间1.07-1.72)，P(基因型)＝0.033]。在挪威AAD群组中确认在相同三种标记处的与基因型的关联[P(基因型)＝0.011-0.020]。在AAD及GD群组中均观察到在最相关等位基因处的隐性影响。这种序列为未编码46L且满足上文陈述的准则的天然存在的等位基因(单倍型)序列。
结论：
我们确认PD-L1变体在GD易感性中的作用且将这种发现扩展至展现患有AAD的两个北欧患者群组中的关联。PD-L1连接在这种自体免疫病症中施加适度影响的越来越多的已知易感性基因位点。
5.J Clin Immunol.2007年11月；27(6):563-7.Epub 2007年6月28日；“Polymorphisms of genes for programmed cell death 1 ligands in patients withrheumatoid arthritis”；Wang SC等人。
作者公开以下：
为了研究程序性细胞死亡1(PD-L)的配体在类风湿性关节炎(RA)的发病机制中的作用，129名患有RA的患者及125名无关健康对照参与此研究。通过聚合酶链反应(PCR)/直接测序或PCR/反应片段长度多态性的方法确定PD-L1及PD-L2多态性。患有RA的患者及健康对照的PD-L1 6777 C/G基因型分布无显著不同。患有RA的患者及对照的PD-L1 6777 C/G多态性的等位基因频率也无显著不同。也可在患有RA的患者及对照的PD-L2 47103 C/T及47139 T/C多态性的表型及等位基因频率中发现类似结果。具有PD-L1 6777 G的患者的类风湿性节结的流行性与无PD-L1 6777 G的患者相比较高(p＝0.005，OR＝4.0，95％CI＝1.5-10.9)。相比之下，PD-L2 47103 C/T及47139 T/C多态性与类风湿性节结的出现不相关。此研究展现在台湾群组中PD-L1及PD-L2多态性与对RA的易感性不相关。PD-L1 6777 G与类风湿性节结的流行性相关。
6.Hum Genet.2013年6月；132(6):641-8.doi:10.1007/s00439-013-1275-6.Epub2013年2月21日；“A miR-570 binding site polymorphism in the B7-H1 gene isassociated with the risk of gastric adenocarcinoma”；Wang W等人。
因为B7-H1蛋白质的过度表达据报导与胃癌的疾病进展紧密相关，所以作者研究B7-H1的3'未翻译区(3'-UTR)处的miRSNP在罹患胃癌的风险中的可能作用。在对205名胃腺癌患者及393名非癌症对照的此关联研究中，其发现病例及对照的常见C>G多态性(rs4143815)的基因型分布明显不同(P＝1.32×10(-8))。与CC纯合子相比，GG纯合子及G等位基因载体分别展示胃腺癌的3.73倍(P＝2.98×10(-8))及1.85倍(P＝0.002)增加的风险。分层分析指示变体基因型与包括分化级别、肿瘤浸润深度及肿瘤节点转移(TNM)期的胃癌的临床病理学特征具有较强关联(P<0.001)。荧光素酶报导子测定指示此SNP可能通过妨碍miR-570与B7-H1 mRNA之间的相互作用造成胃癌中的异常B7-H1蛋白质表达。这种结果与我们的假设一致且指示影响B7-H1表达的遗传多态性改变癌症易感性。
7.Clinical cancer research:an official journal of the AmericanAssociation for Cancer Research/15(3):971-9；公开日期:02/01/2009；“Overexpression of PD-L1significantly associates with tumor aggressivenessand postoperative recurrence in human hepatocellular carcinoma”；Qiang G等人。
作者公开以下：
目的肿瘤细胞上的程序性细胞死亡1配体1及2(PD-L)的异常表达使抗肿瘤免疫力衰减，产生肿瘤免疫逃避。在此研究中，我们研究人肝细胞癌(HCC)中的PD-L的表达以定义其在治愈手术之后的预后显著性。
实验设计使用免疫组化来研究在含经历手术的240名随机选择HCC患者的组织微阵列上的PD-L表达以及颗粒酶B+细胞毒性及FoxP3+调节T细胞浸润。在具有125名HCC患者的独立群组中进一步验证结果。通过Western印记测定检测HCC细胞株上的PD-L表达。
结果PD-L1表达较高的患者具有与表达较低的患者相比明显较不良的预后。尽管具有PD-L2的较高表达的患者也具有较不良存活率，但复发的不同为非统计显著的。多变量分析将PD-L1的肿瘤表达鉴别为手术后复发的独立预测因子。在PD-L表达与颗粒酶B+淋巴细胞浸润之间未发现相关，而在PD-L表达及FoxP3+淋巴细胞浸润之间检测到显著正相关。此外，肿瘤浸润细胞毒性及调节T细胞也为存活及复发的独立预后因子。在独立数据集中验证PD-L1表达的预后值。
结论我们的资料首次表明PD-L1状态可为HCC患者复发的新预测因子且为研发抗此致命恶性病的靶向PD-L1/PD-1通路的新颖疗法提供基本原理。
使用此分析，本发明人设计适用于针对PD-L1介导的疾病及状况，诸如癌症、自体免疫或炎性疾病及如以下更全面描述的状况的以下本发明方面。因此，本发明提供以下方面。
在一个实例中，本发明提供一种在有需要的人中治疗PD-L1介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。本发明也提供对应配体。在一个实施例中，该PD-L1由包含表21中陈述的变异，例如包含这些SNP(例如RS1411262和/或rs4143815；或8923C和/或395C)中的一或多个的PD-L1核苷酸序列编码。在一个优选实施例中，该变异为8923C。
本发明提供抗PD-L1配体；及如本文所描述的PD-L1结合或靶向配体。配体具有多种效用。举例而言，一些配体适用于特异性结合测定、人基因分型或表型分型、PD-L1(尤其人PD-L1或其配体)的亲和力纯化及在筛检测定中鉴别PD-L1活性的其它拮抗剂。一些本发明配体适用于抑制PD-L1介导的活性。
已基于靶向及中和所谓“野生型”人PD-L1(其为通常存在的形式)开发抗PD-L1配体(例如抗体及反义RNA)。尽管此类疗法适用于携带此形式的人PD-L1的人患者，但本发明人认为其适用于研究靶向人群体中PD-L1的较罕见但仍天然存在的形式的可能性。以此方式，本发明人了解较罕见人PD-L1形式的天然存在及分布，这些人PD-L1形式可充当切合由PD-L1活性介导或与PD-L1活性相关的疾病及状况的人治疗、预防及诊断的有用靶标(在蛋白质或核酸水平下)。此尤其提供不含常见PD-L1基因或蛋白质的人的定制疗法、预防及诊断。
熟习此项技术者应知晓翻译成氨基酸变异的SNP或其它变化可造成欲针对的人靶标的活性和/或构象的变异。此已在使用蛋白质与核苷酸变异性的基因分型及知识以更有效地定制患者的药品及诊断的个性化医学中引起极大关注。因此，本发明提供特异性针对较罕见PD-L1多态变体形式的定制医药及测试。此类形式或“等位基因”(在核苷酸水平下)包含来自对应常见形式核苷酸及氨基酸序列在核苷酸及氨基酸水平下的一或多个变化，也即存在一或多个在核苷酸水平下的非同义(也称为“错义”)变化，其翻译成人蛋白质靶标中的一或多个对应变化。
此外，本发明人意外地意识到较罕见的天然形式尽管以相比常见形式低得多的频率存在于人中，仍然呈现在多个及种族不同的人群体中且通常每一呈现种族群体具有许多人实例。因此，本发明人意识到靶向此类较罕见形式将在许多人种族群体中提供有效治疗、预防或诊断，从而扩展本发明的效用。具体的，人PD-L1变异与PD-L1介导的疾病或状况(诸如癌症)的发病率或风险增加相关。本发明人在表21中分析了这些变异且设计了变体的集合。在此方面，因此，本发明提供如以下在此实例中陈述的各种方面及方面。
本发明人了解到本发明在指导抗TOI(PD-L1)配体选择以便施用人患者用于治疗和/或预防PD-L1介导或相关疾病及状况方面存在显著工业及医学应用。以此方式，患者接受如患者的遗传或表型组成所决定的按其需要定制的药物及配体。与此同时，本发明提供患者的基因分型和/或表型分型与此类治疗结合，从而使得药物与患者恰当匹配。此举提高医学功效的几率、降低使用与患者不匹配的药物或配体较差治疗的可能性(例如功效不佳和/或副作用)及避免医药处方不当及浪费。
在出现此想法时，在此非限制性实例中，本发明人决定基于以下准则确定一组人PD-L1变体，这种准则为本发明人意识到应提供适用于人群体的定制需要的医学药物及诊断的准则。在一个实施例中，本发明人选择具有4个以下准则的至少3者的变体：
具有49％或35％或35％以下的累积人等位基因频率的天然存在的人TOI变体；
具有约50％或50％以下的总人基因型频率的天然存在的人TOI变体；
在许多不同人种族群体(使用千人基因组计划的标准分类；参见下表2)中发现的天然存在的人TOI变体；及
在分布遍及此类许多不同种族群体的许多个体中发现的天然存在的人TOI变体。
在一个实例中，本发明配体包含抗PD-L1结合位点，其中结合位点为人或人源化结合位点，例如结合位点包含或由人或人源化抗体可变结构域或多个可变结构域(例如，人VH/VL结合位点)组成。另外或替代地，配体包含一或多个人抗体恒定区(例如人抗体CH1、CH2、CH3(或这种中的所有)或Fc)。在一个实例中，配体为包含人或人源化可变区及人恒定区的抗体(例如，带有一或多种突变以使人患者中的Fc功能增强或衰减)。
在一个实例中，本发明提供一种靶向人的PD-L1的方法，该方法包含向该人施用特异性结合由包含如本文所述的PD-L1的人PD-L1核苷酸编码的人PD-L1蛋白质的配体(例如抗体或抗体片段)。在一个实例中，该人罹患PD-L1介导的疾病或状况或在该疾病或状况的风险下。在一个实例中，该方法治疗人的PD-L1介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险。
在一个实施例中，(i)该抗体或片段包含来源于人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
优选地，另外或替代地在一个实施例中，抗PDL-1配体(例如抗体或片段)包含如本文所述的γ-1恒定区(例如IGHG1*01恒定区)。
另外或替代地，在一个实施例中，(i)该抗体或片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg。
在一个特定实施例中，本发明的抗PD-L1配体，抗体或片段包含Fc区，其中该Fc区包含选自以下的至少一个非天然氨基酸残基：如通过Kabat中给出的EU指数所编号的234D、234E、234N、234Q、234T、234H、234Y、234I、234V、234F、235A、235D、235R、235W、235P、235S、235N、235Q、235T、235H、235Y、235I、235V、235F、236E、239D、239E、239N、239Q、239F、239T、239H、239Y、240I、240A、240T、240M、241W、241L、241Y、241E、241R、243W、243L、243Y、243R、243Q、244H、245A、247L、247V、247G、251F、252Y、254T、255L、256E、256M、262I、262A、262T、262E、263I、263A、263T、263M、264L、264I、264W、264T、264R、264F、264M、264Y、264E、265G、265N、265Q、265Y、265F、265V、265I、265L、265H、265T、266I、266A、266T、266M、267Q、267L、268E、269H、269Y、269F、269R、270E、280A、284M、292P、292L、296E、296Q、296D、296N、296S、296T、296L、296I、296H、269G、297S、297D、297E、298H、298I、298T、298F、299I、299L、299A、299S、299V、299H、299F、299E、305I、313F、316D、325Q、325L、325I、325D、325E、325A、325T、325V、325H、327G、327W、327N、327L、328S、328M、328D、328E、328N、328Q、328F、328I、328V、328T、328H、328A、329F、329H、329Q、330K、330G、330T、330C、330L、330Y、330V、330I、330F、330R、330H、331G、331A、331L、331M、331F、331W、331K、331Q、331E、331S、331V、331I、331C、331Y、331H、331R、331N、331D、331T、332D、332S、332W、332F、332E、332N、332Q、332T、332H、332Y、332A、339T、370E、370N、378D、392T、396L、416G、419H、421K、440Y及434W。任选地，Fc区可包含熟习此项技术者已知的额外和/或替代非天然氨基酸残基(参见例如，美国专利5,624,821、6,277,375、6,737,056；PCT专利公开案WO 01/58957、WO 02/06919、WO 04/016750、WO 04/029207、WO 04/035752及WO 05/040217)。
据本发明的配体、抗体或片段(例如抗-PD-L1抗体片段)用于治疗或预防例如US8507663、WO2011066389、WO2010036959、WO 2010077634、WO 03099196、WO 2013181634、WO2007005874、US20090317368或US7635757中所揭示的任何疾病或状况或降低任何疾病或状况的风险(或治疗或防止任何疾病或状况或降低任何疾病或状况的风险)，这些疾病及状况的揭示内容以引用的方式并入本文中用于本文一或多个方面中可能的包含内容。对获得及测试抗体的指导也可见于这种公开案。用于本发明的适合抗PD-L1配体、抗体或片段揭示于这种公开案中，其(包括其序列)的揭示内容以引用的方式并入本文中用于本文一或多个方面中可能的包含内容。
本发明进一步涵盖抗PD-L1配体、抗体或片段在制造用于减弱或抑制人的PD-L1介导的疾病或病症的药物中的用途。通过本发明的配体、抗体或片段治疗的PD-L1介导或相关病症包括例如下文描述的病症。
因此，本发明的配体、抗体或片段适用作涉及PD-L1表达和/或活性的状况的治疗中的治疗剂。一个实施例尤其为一种治疗方法，其包含向需要其的患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中PD-L1活化的功能结果减少。另一实施例尤其为一种治疗方法，其包含(i)鉴别展现PD-L1表达或活性的患者，及(ii)向该患者施用有效量的本发明的配体、抗体或片段，其中PD-L1活化的功能结果减弱。根据本发明的有效量为调节(例如减少)PD-L1活化的功能结果以便调节(例如降低或减轻)所治疗的特定疾病或病症的至少一种症状的严重程度，但不必治愈疾病或病症的量。因此，本发明的一个实施例为一种治疗本文所提及的病症中的任一者的至少一种症状或降低症状的严重程度的方法，其包含单独或在与此项技术中已知或本文所述的另一适当药物的组合治疗疗程中向有需要的患者施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以使得病症中的任一者的至少一种症状的严重程度降低。本发明的另一实施例尤其为一种拮抗PD-L1的至少一种影响的方法，其包含接触或施用有效量的一或多种本发明的配体、抗体或片段，以使得拮抗PD-L1的该至少一种影响，例如促进或维持癌症、自体免疫状况或发炎性状况的能力。
定制抗PD-L1配体
如本文所概述(例如在实例1中的PCSK9的情况下)，本发明包括进一步通过选择具有基于基因区段的可变结构域和/或恒定结构域的基于抗体的配体来定制人治疗的可能性，这些基因区段在发现变体TOI形式符合本发明的选择准则的种族群体的许多人中发现。细节上作必要修改后此也适用，其中TOI为如本发明实例中的人PD-L1。因此，与定制可变和/或恒定结构域相关的本文中的所有揭示内容均适用于与PD-L1相关的本发明实例，且可组合用于本文中的一或多个方面。
如实例1中所描述，提供配体的实例，其包含来源于人IGHV基因区段的重组的抗体VH结构域，这些基因区段包含在存在人变异(也即其中SNP出现在人中)的HCDR1或FW3中的位置处的所选核苷酸。
其它信息提供于表4中，其展示在这种位置处的变异，以及与许多人群体相关的遍及千人基因组计划数据库的变体分布。
在其它实施例中，如上文更全面解释，本发明提供基于替代性人VH基因区段或基于Vκ、Vλ或恒定区基因区段针对人接受者的基因型和/或表型而定制的配体(参见代表性变体的另一表9)。
因此其它实例为：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含IGHV3-7*01 VH基因区段或该人表达来源于人VH区段IGHV3-7*01、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含IGKV1-12*01 Vκ基因区段或该人表达来源于人Vκ区段IGKV1-12*01及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码CDR3的Vκ基因区段，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro，或该人表达包含CDR3的Vκ结构域，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro；或(ii)包含在SEQ IDNO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码FW3的Vκ基因区段，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser或该人表达包含FW3的Vκ结构域，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser。
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。在一个实例中，恒定区为Fc增强，例如ADCC或CDC增强。熟习此项技术者将知晓增强ADCC或CDC的技术(例如已知C区突变)。
(vii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(viii)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(ix)其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg。
(x)其中该配体包含由第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段(例如IGHG3*01)，或该人表达包含由该第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区的抗体。
(xi)其中该配体包含由第一人ε重链恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区的抗体。
(xii)其中该配体包含由第一人μ重链恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区的抗体。
(xiii)其中该配体包含由第一人α重链恒定区基因区段编码的人α重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人α重链恒定区的抗体。
(xiv)其中该配体包含由第一人δ重链恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区的抗体。
(xv)其中该配体包含由第一人κ轻链恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区的抗体。
(xvi)其中该配体包含由第一人λ轻链恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区的抗体。
一般而言，在一个实例中，配体包含Fc增强，例如ADCC或CDC增强重链恒定区。熟习此项技术者将知晓增强ADCC或CDC的技术(例如已知C区突变；去岩藻糖基化以增强ADCC)。此适用于本文先前实例1中的任一者。
因此，对于PD-L1配体，对于该配体，包含γ-1或γ-2恒定区(例如按照以上实施例(i)至(xvi))可为有利的。举例而言，该配体包含该γ-1恒定区，例如符合实施例(v)的ADCC或CDC增强恒定区。
在一个实例中，配体(例如抗体)结合选自IL-2、IL-12、IL-15或IL-21的细胞因子。在一个实例中，细胞因子为IL-2。
在一个实例中，例如在状况为病毒感染情况下，配体(例如抗体)包含如本文所定义的γ-4恒定区及其中Fc失活IgG4，任选存在的该IgG4(S228P)。
本发明的配体与PD-L1变体的特异性结合的确定
可使用实例1中所描述的SPR方法进行本发明的配体与PD-L1变体的特异性结合。
举例而言，因此本发明提供以下方面：
1.一种治疗人的由PD-L1介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达。
举例而言，提供一种治疗人的由PD-L1介导的疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
举例而言，提供一种治疗人癌症或降低该癌症的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
举例而言，提供一种治疗人自体免疫疾病或状况或降低该自体免疫疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
举例而言，提供一种治疗人的炎性疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，该方法包含向该人施用特异性结合人PD-L1的抗PD-L1配体(例如抗PD-L1捕获剂、抗体或抗体片段)，该人PD-L1由包含选自表21中列出的变异的PD-L1核苷酸序列表达，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
本文中，可使用样品PD-L1使用熟习此项技术者已知的常规方法，例如ELISA或SPR(例如使用如本文所述的方法)测试特异性结合。举例而言，PD-L1由来自该人或另一人的样品，例如血清或血液样品提供。
在一个实例中，该配体包含特异性结合人PD-L1的抗PD-L1结合位点。任选地，该结合位点包含一或多个抗体可变结构域或一或多个人PD-L1受体结构域。在一个实例中，特异性结合的Kd为1mm或1mm以下(也即1mM或较强结合)，例如1nM或1nM以下；或100pM或100pM以下；或10pM或10pM以下。可例如通过评估配体与来自该人或包含PD-L1的另一人的样品中的该PD-L1的结合来确定特异性结合。在一个实例中，该样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
在一个实例中，该配体选自以下：wher MEDI4736(Medimmune)、杜瓦路单抗(durvalumab)、RG-7446(Genentech,Roche,Chugai,MPDL3280A)、MPDL3280A(Genentech)、STI-A1014(Sorrento Therapeutics Inc)、MSB-0010718C(Merck Serono)、MDX1105(Bristol-Myers Squibb)及BMS-936559(Bristol-Myers Squibb)。任选地该配体与抗CTLA-4配体(例如抗体或片段)，例如曲美单抗组合施用。举例而言，MEDI4736或杜瓦路单抗与抗CTLA-4配体(例如抗体或片段)，例如曲美单抗组合施用。
在一个实例中，该配体为抗PD-L1抗体或抗体片段，例如杜瓦路单抗。
在一个实例中，该配体为NCE(此项技术中的所谓新化学实体)。
在一个实例中，在该配体的该施用之前该人已诊断患有该疾病或状况。
举例而言，该人对用抗PD-L1配体(例如抗PD-L1NCE)的治疗部分或完全具有抗性。
在一个实例中，该配体通过静脉内或皮下施用来施用和/或包含于可注射制剂中。
2.如方面1的方法，其中该核苷酸序列包含对应于SNP rS1411262、SNPrs4143815、8923C或395C的核苷酸。
3.如方面1或2的方法，其中该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
任选地，该人为该变体纯合的。或者，该人为该变体杂合的。
在一个实例中，该配体包含抗体恒定区(例如抗体Fc区)。
4.如方面1至3中任一项的方法，其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的氨基酸，且任选地其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。
举例而言，该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含选自对应于SEQ ID NO:42的位置204的Asp及对应于SEQ ID NO:42的位置206的Leu的氨基酸，且其中该人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含具有该所选氨基酸的人γ-1重链恒定区的抗体。在一个实施例中，此与在以上方面1下陈述的任何实例组合。
任选地，该配体的此恒定区由Fc区，例如增强Fc区包含。
任选地，该配体包含IGHG1*01人重链恒定区。
5.如方面1至4中任一项的方法，其中该疾病或状况为癌症(例如实体瘤)、自体免疫疾病或状况、或炎性疾病或状况。
在一个实例中，癌症选自以下：乳癌、肺癌(例如非小细胞肺癌)、结肠癌、卵巢癌、黑素瘤(例如IV期黑素瘤)、膀胱癌、肝癌(例如肝细胞癌)、肾脏癌、唾液腺癌、胃癌(stomachcancer)、胃癌(gastric cancer)、神经胶质瘤、胰腺癌、甲状腺癌、胸腺上皮癌、头癌和/或颈癌、多发性骨髓瘤、T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、肾细胞癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、血液赘瘤、转移性结肠直肠癌、子宫或子宫颈癌、白血病(例如急性骨髓性白血病)、弥漫性大B细胞淋巴瘤、滤泡中心淋巴瘤、前列腺癌及梅克尔细胞癌。
或者，该疾病或状况为病毒感染，例如HIV、丙型肝炎或埃博拉感染。
或者，该疾病或状况为骨髓发育不良综合征。
在一个实例中，该状况为癌症，例如转移性癌症。
6.如方面1至5中任一项的方法，其包含在该施用之前，选择包含该PD-L1核苷酸序列的人，其中该人为方面1的人。
7.如方面1至6中任一项的方法，其中该人经确定包含该PD-L1核苷酸序列。
8.如方面1至6中任一项的方法，其包含确定该人包含该PD-L1核苷酸序列的步骤，任选地其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
9.如方面8的方法，其中该确定步骤包含针对包含该所选变异的PD-L1核苷酸序列测定来自该人的生物样品。
10.如方面9的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中包含该所选变异的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至该所选变异或杂交至反义序列，从而当至少一个包含该所选变异的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含具有该所选变异的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中连续核苷酸的该序列包含该所选变异，从而当包含该所选变异的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
11.如方面10的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
12.如方面1至11中任一项的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对PD-L1或PD-1治疗具有抗性。
13.如方面1至11中任一项的方法，其中该人正在接受或已接受PD-L1或PD-1治疗或已降低对PD-L1或PD-1治疗的反应性。
14.如方面9的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
15.如方面1至14中任一项的方法，其中该人已诊断患有癌症、自体免疫疾病或状况、或炎性疾病或状况。
16.如方面1至15中任一项的方法，其中该配体通过静脉内或皮下注射来施用和/或包含于可注射制剂中。
17.如方面1至16中任一项的方法，其中该配体为人的。
18.一种抗人PD-L1配体(例如抗体、抗体片段或人PD-L1捕获剂)，其用于如方面1至17中任一项的方法。
19.如方面18的配体，其中该配体为人抗人PD-L1抗体(例如杜瓦路单抗)、抗体片段或人PD-L1捕获剂。
20.如方面18或19的配体，其中该配体用于静脉内或皮下施用和/或包含于可注射制剂中。
对于rs148170925，千人基因组阶段1数据库指示在人群体中缺失(也即存在于SNP上)的累积频率为60％且不存在SNP(也即TG存在于染色体位置9:5454642-5454643处)的累积频率为40％。以下人群体的SNP不存在的频率在平均以上：AMR(45％)、EUR(54％)、ASW(44％)、CLM(42％)、MXL(44％)、PUR(49％)、CEU(60％)、FIN(57％)、GBR(56％)、IBS(46％)及TSI(46％)；在本发明的一个实施例中，该人具有这种祖先中的任一者。以下人群体的SNP存在的频率在平均以上：AFR(67％)、ASN(76％)、LWK(77％)、YRI(65％)、CHB(73％)、CHS(79％)、JPT(75％)；在本发明的一个实施例中，该人具有这种祖先中的任一者。
实例7：针对癌症、自体免疫及发炎性应用的TOI
实例7A：肿瘤靶向及免疫肿瘤学应用
肿瘤微环境为促成肿瘤引发、肿瘤进展及对疗法的反应的癌症生物学的重要方面。免疫系统的细胞及分子为肿瘤微环境的基本组分。重要地，治疗策略可利用免疫系统特异性靶向肿瘤细胞且由于可能产生持久消退及防止癌症患者复发的诱导肿瘤特异性免疫记忆的可能性，此为尤其吸引人的。
肿瘤微环境的组成及特征广泛变化且在确定抗肿瘤免疫反应中为重要的。举例而言，免疫系统的某些细胞，包括天然杀伤细胞、树突状细胞(DC)及效应T细胞，可驱动有效抗肿瘤反应。然而，肿瘤细胞通常诱导免疫抑制微环境，其易于产生免疫细胞的免疫抑制群体，诸如骨髓衍生抑制细胞及调节T细胞。了解肿瘤免疫调节的复杂性对于研发免疫疗法为重要的。产生各种策略以增强抗肿瘤免疫反应，包括基于DC的疫苗及克服“免疫检查点”的抑制信号传导通路的拮抗剂。
本发明提供涉及向人施用抗TOI的配体的方法，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域。
具体的，本发明提供一种靶向人肿瘤的方法且例如，在此情况下TOI为肿瘤抗原(例如肿瘤特异性抗原或肿瘤相关抗原，如熟练受讯者将了解)。举例而言，TOI选自以下：人PD-L1、α胎蛋白(AFP)、癌胚抗原(CEA)、CA-125、MUC-1、上皮肿瘤抗原(ETA)及黑素瘤相关抗原(MAGE)。
任选地配体包含人细胞因子变异氨基酸序列，任选地细胞因子选自IL-2、IL-12、IL-15及IL-21，例如其中当该配体为包含Fc区的抗体或片段或捕获剂时，该序列融合至该配体的一或多个重链和/或轻链的N端。
在一个实例中，细胞因子为人IL-2且序列包含选自142I、129D、76L、38L及27T的多态性。举例而言，该序列包含142I及129D。这种位置指示为多形且与Ensembl及dbSNP中的SNP相关。在一个实施例中，该配体包含IL-2氨基酸序列，该氨基酸序列包含该组的多态性中的一个、一个以上或所有。在一个实例中，细胞因子包含SEQ ID NO:134。
在一个实例中，细胞因子为人IL-21且序列包含选自32Q、40R、43I、98V、106K、112A、113G、134K及135E的多态性。举例而言，序列包含32Q及40R。这种位置指示为多态性的且与Ensembl及dbSNP中的SNP相关。在一个实施例中，配体包含IL-21氨基酸序列，该氨基酸序列包含该组的多态性中的一个、一个以上或所有。
在一个替代方案中，提供一种癌症免疫疗法的方法且例如，在此情况下TOI为人免疫细胞抗原(例如其中抗原为人天然杀伤细胞、树突状细胞(DC)或效应T细胞抗原)。在另一实例中，TOI为免疫检查点靶标。
在一个实施例中，TOI为人PD-1。在一个实施例中，TOI为人PD-L1或PD-L2。在另一实施例中，靶标为人CTLA-4。在另一实施例中，靶标为人LAG-3。在另一实施例中，靶标为人TIM-3。在一个实施例中，TOI为人OX40(且任选地配体拮抗TOI)。在一个实施例中，TOI为人KIR。在一个实施例中，TOI为人CD137(且任选地配体拮抗TOI)。在一个实施例中，TOI为人CD27(且任选地配体拮抗TOI)。在一个实施例中，TOI为人CD70。在一个实施例中，TOI为人B7-H3。在一个实施例中，TOI为人KIR。在一个实施例中，TOI为人GITR(且任选地配体拮抗TOI)。在一个实例中，配体包含如上所述的人细胞因子变异氨基酸序列，该细胞因子适用于癌症的免疫疗法。在不提及促效剂的情况下，配体可例如拮抗TOI。
在一个实例中，配体选自表22的配体。
表22：配体
在任一替代方案的一个实例中，该方法治疗癌症，例如本文所揭示(例如如实例5、6或此实例7中所揭示)的任何癌症或降低该癌症的风险。
因此，一个替代方案提供：一种通过靶向人的免疫细胞TOI的人癌症免疫疗法的方法，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域。
举例而言，TOI为PD-1(也称为PDCD1、程序性细胞死亡1、PD1及CD279)、CTLA-4、LAG-3或TIM-3。举例而言，TOI为人PD-1且第一多态性为本文所述的PD-1多态性(例如表23中列出的变异)。举例而言，多态性由本文所述的PD-1 SNP编码。
可能需要在此替代方案的方法中阻断(不必完全如同IgG1格式)TOI且人IgG4可优选用于在癌症免疫疗法设置中进行此。因此，在一个实施例中，配体包含人γ-4恒定区，其中该恒定区包含该第二结构域。重要地，根据本发明，使恒定区多态性与人的基因组匹配，从而使干扰免疫反应最小化，如可需要在当前癌症免疫疗法设置中最小化。“阻断”TOI意谓例如拮抗TOI与同源受体或人生物靶标的结合，例如阻断PD-1结合PD-L1和/或PD-L2、CTLA-4结合B7-1或B7-2、或CD28结合B7-1或B7-2。
就本发明的癌症免疫疗法设置而言，γ-4为具有228Pro或235Glu的γ-4恒定区可为有利的。在一个实例中，恒定区为IgG4PE(也即具有228Pro或235Glu的γ-4恒定区)。在一个实例中，配体包含人IGHG4*01铰链S10>P恒定区。
因此在一个实例中，配体包含本文(例如实例1及以下中的任一者中)所揭示的任何人γ-4恒定区。
因此本发明提供以下概念：
1.一种通过靶向人的免疫细胞TOI(例如PD-1)的人癌症免疫疗法的方法，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体(例如抗体或抗体片段)，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域，其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；且其中该第二结构域由该配体的该γ-4重链恒定区包含。
任选地，该TOI为人免疫细胞抗原(例如其中该抗原为人天然杀伤细胞、树突状细胞(DC)或效应T细胞抗原)。
程序性死亡-1(PD-1)受体充当免疫检查点，其限制旁观者组织损害且防止在发炎性反应期间产生自体免疫。PD-1通过活化T细胞表达且在抗原呈递细胞上结合其配体、PD-L1及PD-L2之后下调T细胞效应功能。在患有癌症的患者中，PD-1在肿瘤浸润淋巴细胞上的表达及其与配体在肿瘤及免疫细胞上在肿瘤微环境中的相互作用破坏抗肿瘤免疫性且支持癌症免疫疗法中PD-1阻断的基本原理。在一个尤其优选实施例中，提供一种通过靶向人PD-1的人癌症免疫疗法的方法。
2.如概念1的方法，其中该第一和/或第二多态性分别由具有小于50％的累积人等位基因频率的SNP编码。
任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
3.如任何前述概念的方法，其中该第一结构域为抗体可变结构域或受体结构域。
4.如任何前述概念的方法，其中该第二结构域为抗体结构域，任选地为抗体可变结构域或恒定结构域。
5.如任何前述概念的方法，其中该第二结构域为抗体Fc区的结构域。
6.如概念1至4中任一项的方法，其中这些第一及第二结构域为抗体可变结构域，任选地其中这些可变结构域分别特异性结合第一及第二人TOI，其中这些TOI不同。
7.如概念1至4中任一项的方法，其中这些第一及第二结构域为受体结构域，任选地其中这些受体结构域分别特异性结合第一及第二人TOI，其中这些TOI不同。
8.如概念6或7的方法，其中该第一结构域包含第三氨基酸多态性，其中该人表达(iii)包含该第三氨基酸多态性的结构域。
任选地该人表达该第二TOI变体。在一个实例中，该第二TOI为人免疫细胞表面抗原或肿瘤抗原。
任选地该第三多态性由累积人频率小于50％的SNP编码。任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
在一个实例中，该第一结构域为抗体可变结构域(例如本文所述的任何本发明V结构域，该人VH3-23*04如本文所述)且(iii)的结构域为抗体可变结构域。举例而言，这些第一结构域及(iii)的结构域为VH结构域。举例而言，这些第一结构域及(iii)的结构域为Vκ结构域。举例而言，这些第一结构域及(iii)的结构域为Vλ结构域。
在一个实例中，该第一结构域为受体结合位点且(iii)的结构域为这些受体结合位点结构域。
9.一种方法，其根据概念1、2及8组合。
10.如概念1至3中任一项的方法，其中该第二结构域为任选地选自IL-2、IL-12、IL-15及IL-21的人细胞因子变体的结构域，且(ii)的结构域为该细胞因子变体的结构域。
在一个实例中，该第二结构域为人IL-2的结构域且该第二多态性选自142I、129D、76L、38L及27T。举例而言，该第二结构域包含142I及129D。这种位置指示为多态性的且与Ensembl及dbSNP中的SNP相关。在一个实施例中，该配体包含IL-2氨基酸序列，该氨基酸序列包含该组的多态性中的一个、一个以上或所有。
在一个实例中，该第二结构域为人IL-21的结构域且该第二多态性选自32Q、40R、43I、98V、106K、112A、113G、134K及135E。举例而言，该第二结构域包含32Q及40R。这种位置指示为多形且与Ensembl及dbSNP中的SNP相关。在一个实施例中，配体包含IL-21氨基酸序列，该氨基酸序列包含该组的多态性中的一个、一个以上或所有。
11.如任何前述概念的方法，其中该人表达该第一和/或第二结构域。
12.如任何前述概念的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中。
举例而言，这些第一及第二多态性中的每一者分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中。举例而言，这些第一、第二及多态性中的每一者分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中。
任选地，这些第一、第二和/或第三(参见以下)多态性分别出现在至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个如表4中所定义的不同人群体中。
13.如概念12的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别出现在千人基因组阶段I数据库中的至少15种人中。
在一个实施例中，该第一、第二和/或第三多态性见于至少20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、130、140或150种分布遍及这些许多不同人群体的人个体中。
14.如任何前述概念的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中且由具有小于50％的累积人等位基因频率的SNP编码。
任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
15.如任何前述概念的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别由具有小于50％的总人基因型频率的SNP编码。
任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
16.如任何前述概念的方法，其中这些第一及第二结构域为人，任选地其中该配体完全为人。
17.如任何前述概念的方法，其中该配体为抗TOI捕获剂、抗体或抗体片段。
18.如任何前述概念的方法，其中该配体特异性结合两种或更多种人TOI，例如这些第一及第二TOI。
19.如任何前述概念的方法，其中该配体通过注射向该人施用或该配体由可注射制剂提供。
20.如任何前述概念的方法，其中在施用该配体之前该人已或经基因分型为该TOI变异核苷酸序列阳性，或该方法包含在施用该配体之前，将该人基因分型为该变异核苷酸序列阳性。
21.如任何前述概念的方法，其中在施用该配体之前该人已或经表型分型为该TOI变体阳性，或该方法包含在施用该配体之前将该人表型分型为该变体阳性。
22.如任何前述概念的方法，其包含在该施用之前选择包含该第一TOI多态性的人，其中该人为概念1的人。
23.如任何前述概念的方法，其中该人经确定包含该第一和/或第二TOI变体或编码该/这些TOI变体的核苷酸序列。
24.如任何前述概念的方法，其包含确定该人包含编码该第一多态性的第一TOI核苷酸序列的步骤，任选地其中该确定步骤在向该人施用该配体之前进行。
25.如概念24的方法，其中该确定步骤包含针对该核苷酸序列测定来自该人的生物样品。
26.如概念25的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中包含编码该第一多态性的SNP的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至该SNP或杂交至反义序列，从而当至少一个包含该SNP的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含具有该SNP的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中连续核苷酸的该序列包含该SNP，从而当包含该SNP的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
c.检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含该第一TOI核苷酸序列。
27.如概念25的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
28.如任何前述概念的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对癌症治疗具有抗性。
29.如任何前述概念的方法，其中该人正在接受或已接受癌症治疗或已降低对癌症治疗的反应性。
30.如概念25的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
31.如任何前述概念的方法，其中该人经诊断患有该疾病或状况。
32.一种抗TOI的配体(例如抗体、抗体片段或捕获剂)，其用于任何前述概念的方法。举例而言，该TOI为人PD-1(例如该配体为派姆单抗、拉立珠单抗(lambrolizumab)或KEYTRUDATM)。在一个实例中，该配体为尼沃单抗或OPDIVOTM。举例而言，该TOI为人CTLA-4，例如该配体为伊匹立单抗、YERVOYTM、曲美单抗、替西单抗(ticilimumab)、贝拉西普(belatacept)或NulojixTM。
在一个实施例中，该捕获剂为受体Fc融合体(也即例如以二聚体形式融合至抗体Fc区的受体结构域)，其中该受体特异性结合该TOI。
33.如概念32的配体，其中该配体完全为人的。
34.如概念32或33的配体，其中该配体用于通过注射施用或该配体由可注射制剂提供；其中该配体用于局部或吸入施用或该配体由局部或可吸入制剂提供。
在一个实例中，该第一、第二和/或第三多态性分别：
d.具有15％或15％以下的累积人等位基因频率；
e.具有20％或20％以下的总人基因型频率；
f.见于至少5个不同人群体中(使用千人基因组计划的标准分类，例如按照阶段I数据库)；且
g.见于分布遍及这些许多不同群体的许多个体中。
在一个实例中，参考如本文所述的一或多个人基因组序列数据库应用准则。举例而言，准则为如应用于千人基因组数据库的准则。
举例而言，在本发明的任何方面实例、实施例或组态中，千人基因组数据库版本13或阶段I。举例而言，千人基因组数据库呈其最新版本，如2013年10月1日或2014年10月1日。
在一个实例中，该人为该第一多态性纯合的。另外或替代地，该人为该第一多态性纯合的。另外或替代地，该人为该第三多态性纯合的。举例而言，该人为这些第一及第二多态性纯合的。
在一个实例中，根据本文揭示内容中的任一者该方法涉及将该人选择、基因分型或表型分型为该TOI变体(也即在本发明情况下，为包含该多态性的人PD-1或编码此多态性的核苷酸序列)阳性。在一个实例中，根据以上概念中的任一者该方法涉及确定步骤或其中该人经确定包含该变异TOI变体(例如在本发明情况下，为包含该多态性的人PD-1或编码此多态性的核苷酸序列)。
在一个实例中，该第一多态性为本文所述的人PD-1氨基酸多态性或由本文所述的人PD-1 SNP编码。
在一个实例中，其中该TOI为人PD-1，该第一多态性由选自以下的SNP编码：rs7568402、rs28699177、rs28542728、rs118117097、rs28570544、rs118027315、rs191919871、rs6707556及rs142909968。
本发明进一步提供以下特定方面：
1.一种通过靶向人的PD-1的人癌症免疫疗法的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段特异性结合包含第一氨基酸多态性的PD-1，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)编码包含该第一氨基酸多态性的PD-1的PD-1核苷酸序列，或该人表达包含该第一氨基酸多态性的PD-1。
第一替代方面1提供：
一种通过靶向人的PD-1的人癌症免疫疗法的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段特异性结合由PD-1核苷酸序列编码的PD-1，该PD-1核苷酸序列包含选自表23中陈列的变体(例如选自rs36084323、rs10204225、rs11568821、rs2227981及rs2227982)的SNP(第一多态性)，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该所选SNP的PD-1核苷酸序列。
以下进一步论述这种SNP。
第一替代方面1提供：
一种治疗人癌症的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段抑制PD-L1或PD-L2结合包含第一氨基酸多态性的PD-1，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)编码包含该第一氨基酸多态性的PD-1的PD-1核苷酸序列，或该人表达包含该第一氨基酸多态性的PD-1。在一个实例中，该人包含PD-1核苷酸序列，该核苷酸序列包含选自实例6中所揭示的PD-L1 SNP，或PD-1 SNP rs36084323、rs10204225、rs11568821、rs2227981及rs2227982的SNP；任选地其中该人经确定包含该SNP或该方法包含在施用该抗体或片段之前确定该人包含该SNP。
在一个实例中，该抗体或片段特异性结合人PD-L1、PD-L2或PD-1。在一个实例中，该抗体或片段特异性结合人PD-L1。在一个实例中，该抗体或片段特异性结合人PD-1。
举例而言，该PD-L1包含实例6中所描述的PD-L1多态性或由包含实例6中所描述的PD-L1 SNP的PD-L1核苷酸序列编码。
举例而言，该PD-1包含本文(例如在表23中)所述的PD-1多态性或由包含本文(例如在表23中)所述的PD-1 SNP(例如，选自rs36084323、rs10204225、rs11568821、rs2227981及rs2227982的SNP)的PD-1核苷酸序列编码。以下进一步论述这种SNP。
2.如方面1的方法，其中该第一多态性或所选SNP为对应于SNP rs36084323、rs10204225、rs11568821、rs2227981或rs2227982的核苷酸。
3.如方面1或2的方法，其中该人为该第一多态性或所选SNP纯合的。
4.如任何前述方面的方法，其中该配体包含IGHG4*01人重链恒定区。
5.如任何前述方面的方法，其中该癌症选自以下：肾细胞癌、血液赘瘤、IV期黑素瘤、非小细胞肺癌、转移性胃癌、乳癌、实体瘤、膀胱癌、头颈癌、结肠直肠癌、神经胶母细胞瘤、胃癌、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、子宫颈癌、骨髓白血病(例如急性骨髓白血病及慢性骨髓白血病)。在一个实施例中，该癌症不为黑素瘤。在一个实施例中，该癌症不为肺癌。在一个实施例中，该癌症不为非小细胞肺癌。
6.如任何前述方面的方法，其包含在该施用之前，选择包含(ii)的该PD-L1核苷酸序列的人，其中该人为方面1的人。
7.如任何前述方面的方法，其中该人经确定包含(ii)的该PD-L核苷酸序列。
8.如任何前述方面的方法，其包含确定该人包含(ii)的该PD-L核苷酸序列的步骤，任选地其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
9.如方面8的方法，其中该确定步骤包含针对包含该所选变异的PD-L核苷酸序列测定来自该人的生物样品。
10.如方面9的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中包含该所选变异的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至该所选变异或杂交至反义序列，从而当至少一个包含该所选变异的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含具有该所选变异的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中连续核苷酸的该序列包含该所选变异，从而当包含该所选变异的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
c.检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含具有该所选变异的PD-L1核苷酸序列。
11.如方面10的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
12.如任何前述方面的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定实质上对癌症、PD-L1或PD-1治疗具有抗性。
举例而言，该人经进一步确定或已经进一步确定对化学疗法治疗具有抗性。
13.如任何前述方面的方法，其中该人正在接受或已接受癌症(例如化学疗法)、PD-L1或PD-1治疗或已降低对癌症(例如化学疗法)、PD-L1或PD-1的反应性。
14.如方面9的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
15.如任何前述方面的方法，其中该配体通过静脉内或皮下注射来施用和/或包含于可注射制剂中。
16.如任何前述方面的方法，其中该配体为人，例如人抗体或抗体片段。
17.一种抗人PD-1配体(例如抗体、抗体片段或捕获剂)，其用于任何前述方面的方法。
举例而言，该配体为派姆单抗、拉立珠单抗或KEYTRUDATM。在一个实例中，该配体为尼沃单抗或OPDIVOTM。
在一个实施例中，该捕获剂为受体Fc融合体(也即例如以二聚体形式融合至抗体Fc区的受体结构域)，其中该受体特异性结合人PD-1。
18.如方面17的配体，其中该配体完全为人的。
19.如方面17或18的配体，其中该配体用于通过注射施用或该配体由可注射制剂提供；其中该配体用于局部或吸入施用或该配体由局部或可吸入制剂提供。
任选地，在组态、概念、方面、实施例或实例中的任一者中，以下任选存在的特征中的一或多个适用。
任选地，该癌症选自以下：肾细胞癌、血液赘瘤、IV期黑素瘤、非小细胞肺癌、转移性胃癌、乳癌、实体瘤、膀胱癌、头颈癌、结肠直肠癌、神经胶母细胞瘤、胃癌、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、子宫颈癌、骨髓白血病(例如急性骨髓白血病及慢性骨髓白血病)。在一个实施例中，该癌症不为黑素瘤。在一个实施例中，该癌症不为肺癌。在一个实施例中，该癌症不为非小细胞肺癌。
任选地，该癌症为肾细胞癌。
任选地，该癌症为局部晚期或转移性癌、局部晚期或转移性黑素瘤、或局部晚期或转移性非小细胞肺癌。
任选地，该癌症为尿道上皮癌。
任选地，该癌症为复发性或转移性头部及颈部鳞状细胞癌。
任选地，该癌症为PD-L1阳性晚期或转移性非小细胞肺癌。
任选地，该癌症为多发性骨髓瘤。
任选地，该癌症为晚期黑素瘤。
任选地，该癌症为晚期梅克尔细胞癌。
任选地，该癌症为实体瘤，例如晚期实体瘤。
在一个实例中，该配体包含人IgG4PE恒定区。
在一个实例中，该配体为派姆单抗、拉立珠单抗或KEYTRUDATM。在一个实例中，该配体为尼沃单抗或OPDIVOTM。
TOI多态性例如与癌症(诸如本文所揭示的任何癌症)相关。
本发明也提供用于任何癌症治疗或本发明的免疫疗法方法的抗TOI的配体(例如人PD-1、PD-L1或PD-L2捕获剂，或抗人PD-1、PD-L1或PD-L2抗体或片段)。
任选地，配体(例如抗体或抗体片段)根据以下选项之一：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于选自IGHV3-33*01及IGHV3-7*01的人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含该所选VH基因区段或该人表达来源于该所选人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于选自IGKV3-11*01及IGKV1-12*01的人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含该所选Vκ基因区段或该人表达来源于该所选人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码CDR3的Vκ基因区段，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro，或该人表达包含CDR3的Vκ结构域，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro；或(ii)包含在SEQ IDNO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码FW3的Vκ基因区段，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser或该人表达包含FW3的Vκ结构域，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser。
任选地，代替γ-4恒定区，配体(例如捕获剂、抗体或片段)包含根据以下选项中的任一项的重链恒定区：
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。在一个实例中，恒定区为Fc增强，例如ADCC或CDC增强。熟习此项技术者将知晓增强ADCC或CDC的技术(例如已知C区突变)。
(vii)其中该配体包含由第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段(例如IGHG3*01)，或该人表达包含由该第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区的抗体。
任选地，配体(例如抗体或抗体片段)根据以下选项之一：
(viii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(ix)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(x)其中该配体包含由第一人ε重链恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区的抗体。
(xii)其中该配体包含由第一人μ重链恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区的抗体。
(xiii)其中该配体包含由第一人α重链恒定区基因区段编码的人α重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人α重链恒定区的抗体。
(xiv)其中该配体包含由第一人δ重链恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区的抗体。
(xv)其中该配体包含由第一人κ轻链恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区的抗体。
(xvi)其中该配体包含由第一人λ轻链恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区的抗体。
参考文献
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人多态性及SNP
发明人进行PD-1的天然人变异的评估且鉴别以下感兴趣的变异以应用于本发明。
表23：人PD-1变体
1、2、3、4-根据Ensembl，dbSNP；参考转录物ENST00000334409(此转录物的序列全部并入本文中)。
+-rs36084323根据千人基因组阶段I数据库以17％的平均累积频率存在于人中，但在AMR、ASN、MXL、CHB、CHS及JPT群体中较高；因此在一个实施例中，人具有ASN祖先，例如具有MXL、CHB、CHS或JPT祖先。
++-rs11568821根据千人基因组阶段I数据库以5％的平均累积频率存在于人中，但在AMR、EUR、PUR、CEU、GBR、IBS及TSI群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AMR或EUR祖先，例如具有CEU、GBR、IBS或TSI祖先。
+++-rs2227981根据千人基因组阶段I数据库以38％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、EUR、ASW、LWK、YRI、CEU、GBR、IBS及TSI群体中较高；因此在一个实施例中，该人具有AFR或EUR祖先，例如具有ASW、LWK、YRI、CEU、GBR、IBS或TSI祖先。
+++-rs2227982根据千人基因组阶段I数据库以16％的平均累积频率存在于人中，但在ASN、CHB、CHS及JPT群体中较高；因此在一个实施例中，人具有ASN祖先，例如具有CHB、CHS或JPT祖先。
使用此分析，本发明人已设计适用于针对疾病及状况(诸如癌症、自体免疫或炎性疾病及状况)的在此实例7中陈述的本发明的组态、方面、概念、实例及实施例。
在一个实施例中，人包含选自表23的第1列中的SNP的SNP；任选地配体也特异性结合由包含该SNP的核苷酸序列编码的PD-1。
在一个实施例中，配体(例如捕获剂、抗体或抗体片段)特异性结合包含如表23中所示的对应变体的PD-1或由包含或编码表23中所示的SNP或氨基酸变体的核苷酸序列编码。
举例而言，SNP选自rs36084323、rs10204225、rs11568821、rs2227981及rs2227982。举例而言，SNP为rs36084323。举例而言，SNP为rs10204225。举例而言，SNP为rs11568821。举例而言，SNP为rs2227981。举例而言，SNP为rs2227982。
在一个实例中，SNP及适应症为在此实例7中所揭示的参考文献中的任一者中提及的SNP/适应症组合。
在一个实例中，适应症为再生不全性贫血且SNP为在rs36084323位置处的G。
实例7B：自体免疫、炎性及其它疾病应用
在一个替代方案中，代替“一种癌症免疫疗法的方法”或“一种治疗癌症的方法”，如在实例7A中表达的本发明可代替地理解为“一种治疗自体免疫疾病或状况或降低该自体免疫疾病或状况的风险的方法”或“一种治疗炎性疾病或状况或降低该炎性疾病或状况的风险的方法”且TOI多态性与自体免疫或炎性疾病或状况相关。细节上作必要修改后此实例的其它非癌症特征适用于这种替代方案。TOI(例如PD-1)包含该第一多态性或由包含该所选SNP的核苷酸序列编码。
举例而言，自体免疫疾病或状况选自类风湿性关节炎、糖尿病(例如I型糖尿病)、格雷弗氏病、多发性硬化及系统性红斑狼疮。
举例而言，炎性疾病或状况选自类风湿性关节炎、僵直性脊椎炎、银屑病、哮喘、结肠炎及异位性皮肤炎。举例而言，该方法用于治疗僵直性脊椎炎或降低僵直性脊椎炎的风险。在一个实例中，人具有中国(例如CHS)祖先。
参考文献
(a)Vibanco-Pérez N,Gutiérrez-Franco J,Duran-Avelar M,Agraz-Cibrian J,Jiménez-Alvarez M,S and Zambrano-Zaragoza J(2013).Association ofPD1.1 and PD1.6 polymorphisms with ankylosing spondylitis.Front.Immunol.Conference Abstract:15th International Congress of Immunology(ICI).doi:10.3389/conf.fimmu.2013.02.0079。
已鉴别PD1基因中的各种SNP，诸如PD1.1(rs36084323)、PD1.3(rs11568821)、PD1.5(rs2227981)及PD1.9(rs2227982)。其中，已将PD1.3、PD1.5及PD1.9与不同人群体的自体免疫病症相关联。PD1.1及PD1.6为与其它自体免疫疾病(诸如类风湿性关节炎、I型糖尿病及系统性红斑狼疮)相关的分别在-600G/A(rs36084323)及+8669G/A(rs10204225)处的两种单核苷酸多态性。
(b)Rheumatol Int.2011年2月；31(2):209-13.doi:10.1007/s00296-009-1264-1.Epub 2009年12月12日；“Programmed cell death 1 gene polymorphisms isassociated with ankylosing spondylitis in Chinese Han population”；Liu X等人。
据报导患有僵直性脊椎炎的患者及对照的PD-1.9的基因型分布明显不同(P＝0.025)。患者的PD-1.9的TC基因型及T等位基因的频率比对照高(P＝0.026及0.004)。此外，AS患者的CT单倍型(PD-1.5 C/T、PD-1.9T/C)的频率明显比对照高(21.6％相对于13.9％，P＝0.002)。与患者相比CC单倍型在对照中较常见。
(c)Tissue Antigens.2003年12月；62(6):492-7；“Association of a putativeregulatory polymorphism in the PD-1 gene with susceptibility to type1diabetes”,Nielsen C等人。
发现人PD-1内含子7146G/A SNP与罹患人1型糖尿病相关。
(d)Inflammation.2011年12月；34(6):707-12.doi:10.1007/s10753-010-9282-4；“Study of programmed cell death 1(PDCD1)gene polymorphims in Iranianpatients with ankylosing spondylitis”,Soleimanifar N等人。
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(f)Arthritis Rheum.2005年6月；52(6):1665-9；“Association of aPDCD1polymorphism with renal manifestations in systemic lupus erythematosus”；Johansson M等人。
(g)Arthritis Rheum.2005年4月；52(4):1058-62；“A new haplotype of PDCD1is associated with rheumatoid arthritis in Hong Kong Chinese”；Kong EK等人。
(h)Ann Neurol.2005年7月；58(1):50-7；“A PD-1 polymorphism is associatedwith disease progression in multiple sclerosis”；Kroner A等人。
(i)Leuk Lymphoma.2013年10月；54(10):2251-4.doi:10.3109/10428194.2013.772605.Epub 2013年3月4日；“Association between polymorphisms inPDCD1 gene and aplastic anemia in Chinese Han population；Wu Z等人。
实例8：铁调节
铁代谢的多种遗传病症的存在表明铁缺乏的遗传贡献。为此目的，本发明人评估铁稳态通路且例如铁调素调节蛋白-BMP6-铁调素-膜铁转运蛋白轴的人蛋白质的天然存在的变异。
BMP6也称为骨形态生成蛋白6、BMP-6、VGR-1、VG-1-R、VG-1-相关蛋白质、Vg1相关序列、植物相关(TGFB相关)细胞因子及植物相关生长因子(TGFB相关)。
间质蛋白酶-2(也称为TMPRSS6)为肝脏中的铁调节激素铁调素的重要调节剂；间质蛋白酶-2使膜结合铁调素调节蛋白裂解且因此改变骨形态生成蛋白(BMP)信号传导。铁调素调节蛋白及铁调素在视网膜铁稳态中起重要作用；其也在视网膜中表达。
本发明提供涉及向人施用抗TOI的配体的铁稳态的方法，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域。特别适用的方法为TOI选自人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴的方法。
A：适应症及人
任选地，该方法为增加或维持增加的血液铁，例如治疗贫血或降低贫血的风险；或治疗铁缺乏；或治疗慢性炎症贫血(ACI)或降低慢性炎症贫血的风险；或治疗慢性疾病贫血(ACD)或降低慢性疾病贫血的风险；或治疗与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血或降低该贫血的风险；或治疗血色素沉着病或降低血色素沉着病的风险的方法。
在一个实施例中，患者为血液透析患者且任选地TOI选自人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴(例如TOI为包含A736V多态性的TMPRSS6；或例如人包含A736V多态性)。
在一个实施例中，患者为冠心病患者。在一个实施例中，人罹患炎性疾病或状况，例如急性急性发炎。
在一个实施例中，该方法用于治疗血色素沉着病或降低血色素沉着病的风险。
在一个实施例中，该方法用于降低或维持人的降低的铁调素水平。
在一个实施例中，该方法用于调节(例如增加；例如减少)人的红血球生成且任选地TOI选自人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴(例如TOI为包含A736V多态性的TMPRSS6；或例如人包含A736V多态性)。
在一个实施例中，该方法用于治疗人的铁超载或降低铁超载的风险。
在一个实施例中，该方法用于治疗人的铁难治性缺铁性贫血(IRIDA)或降低铁难治性缺铁性贫血的风险。
B：人多态性及SNP
此部分B的任何特征可与以上部分A的任何特征组合。举例而言，人和/或TOI包含如下所述的SNP且本发明的方法或配体根据A的一或多种特征包含施用抗TOI的配体。
本发明人进行参与人铁稳态的基因及蛋白质的天然人变异的评估且鉴别以下感兴趣的变异以应用于本发明。
表24：铁稳态-人多态性及SNP
1、2、3、4-根据Ensembl，dbSNP；
5-参考转录物ENST00000283147(此转录物的序列全部并入本文中)。
6-除参考转录物ENST00000442782(此转录物的序列全部并入本文中)的rs2543519之外；参考转录物ENST00000346753(此转录物的序列全部并入本文中)；
7-参考转录物ENST00000309234(此转录物的序列全部并入本文中)；
8-参考转录物ENST00000377833(此转录物的序列全部并入本文中)；
9-参考转录物ENST00000261024(此转录物的序列全部并入本文中)；
10-参考转录物ENST00000336751(此转录物的序列全部并入本文中)；
11-参考转录物ENST00000222304(此转录物的序列全部并入本文中)；
*-rs111588693根据千人基因组阶段I数据库以34％的平均累积频率存在于人中，但在EUR、CEU、FIN、GBR、IBS及TSI群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及BMP6，例如施用抗BMP6配体，该人具有EUR祖先，例如具有CEU、FIN、GBR、IBS或TSI祖先。
**-rs3811647根据千人基因组阶段I数据库以34％的平均累积频率存在于人中，但在ASN、CHB、CHS及JPT群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及运铁蛋白，例如施用抗运铁蛋白配体，该人具有ASN祖先，例如具有CHB、CHS或JPT祖先。
***-rs855791根据千人基因组阶段I数据库以40％的平均累积频率存在于人中，但在AMR、ASN、CLM、MXL、PUR、CHB、CHS及JPT群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及TMPRSS6，例如施用抗TMPRSS6配体，该人具有AMR或ASN祖先，例如具有CLM、MXL、PUR、CHB、CHS或JPT祖先。
****-rs1421312根据千人基因组阶段I数据库以44％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及TMPRSS6，例如施用抗TMPRSS6配体，该人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK或YRI祖先。
#-rs10904850根据千人基因组阶段I数据库以21％的平均累积频率存在于人中，但在EUR、CEU、FIN、GBR、IBS及TSI群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及CUBN，例如施用抗CUBN配体，该人具有EUR祖先，例如具有CEU、FIN、GBR、IBS或TSI祖先。
##-rs11568350根据千人基因组阶段I数据库以1％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及膜铁转运蛋白，例如施用抗膜铁转运蛋白配体，该人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK或YRI祖先。
###-rs7540883根据千人基因组阶段I数据库以2％的平均累积频率存在于人中，但在AFR、ASW、LWK及YRI群体中较高；因此在一个实施例中，其中该方法涉及铁调素调节蛋白，例如施用抗铁调素调节蛋白配体(例如抗体或捕获剂，诸如人HJV-Fc二聚体)，该人具有AFR祖先，例如具有ASW、LWK或YRI祖先。
SNP rs111588693编码BM6之前蛋白的裂解位点区域中的氨基酸，且因此可能需要靶向由包含人的rs111588693的核苷酸序列编码的BMP6，任选地其中该人包含具有该SNP的BMP6核苷酸序列。
在一个实施例中，人包含选自表24的第1列中的SNP的SNP；任选地配体也特异性结合由包含该SNP的核苷酸序列编码的蛋白质(例如，该人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴的TOI)。
在一个实施例中，配体(例如捕获剂、抗体或抗体片段)特异性结合包含如表24中所示的对应变体的TOI蛋白质(例如该人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴的TOI)或由包含或编码表24中所示的SNP或氨基酸变体的核苷酸序列编码。
举例而言，该TOI为人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴的蛋白质。在一个实例中，该TOI为人铁调素调节蛋白。在一个实例中，该TOI为人BMP6(且任选地包含氨基酸28Q或由包含SNP rs111588693的BMP6核苷酸序列编码；在一个实施例中人表达包含该变体的BMP6)。在一个实例中，该TOI为人铁调素。在一个实例中，该TOI为人膜铁转运蛋白。在一个实例中，该TOI为人运铁蛋白(且任选地由包含SNPrs3811647的运铁蛋白核苷酸序列编码；在一个实施例中人表达包含该变体的运铁蛋白)。在一个实例中，该TOI为人TMPRSS6(且任选地包含一或多种选自A736V、Y141C、I212T、R271Q、S304L及C510S的变体；或由包含SNP rs855791或rs1421312或编码一或多种选自该组的变体的TMPRSS6核苷酸序列编码；在一个实施例中人表达包含该变体的TMPRSS6)。举例而言，TMPRSS6包含变体A736V且任选地人表达包含变体A736V的TMPRSS6。在一个实例中，TOI为人红铁灵(erythroferrone)。在一个实例中，该TOI为人血色素沉着病蛋白HFE(且任选地包含氨基酸282Y或由包含SNP rs1800562的HFE核苷酸序列编码；在一个实施例中人表达包含该变体的HFE)。在一个实例中，该TOI为人CUBN核苷酸序列的产物或人包含CUBN核苷酸序列，该核苷酸序列包含SNP rs10904850；在一个实施例中，人表达包含该变体的CUBN蛋白质。CUBN也称为cubilin及内因子-钴胺素受体。膜铁转运蛋白也称为溶质载体家族40成员1(SLC40A1)或铁调节转运体1。铁调素调节蛋白(haemojuvelin)也称为铁调素调节蛋白(hemojuvelin)、HFE2A、HJV、JH及RGMC。
在一个实例中，人包含chr.2p14上的SNP rs2698530和/或chr.22q11上的rs987710。
可能需要在此替代方案的方法中阻断(不必完全如同IgG1格式)TOI且人IgG4可优选用于在铁调节设置中进行此。因此，在一个实施例中，配体包含人γ-4恒定区。对于本发明的铁调节设置，γ-4为具有228Pro或235Glu的γ-4恒定区可为有利的。在一个实例中，恒定区为IgG4PE(也即具有228Pro或235Glu的γ-4恒定区)。在一个实例中，配体包含人IGHG4*01铰链S10>P恒定区。
因此在一个实例中，配体包含本文(例如实例1及以下中的任一者中)所揭示的任何人γ-4恒定区。
参考文献
(a)Nutr Hosp.2012年11月-12月；27(6):2142-5.doi:10.3305/nh.2012.27.6.6154；“Intronic SNP rs3811647 of the human transferrin genemodulates its expression in hepatoma cells”；Blanco-Rojo R等人。
运铁蛋白(Tf)在维持全身性铁稳态中发挥关键功能。Tf基因的表达由转录机制控制。作者推断SNP rs3811647的A等位基因以可能成为在不同群体群组中观察的血清运铁蛋白水平的相互-个别变化的基础的方式增加Tf表达。
(b)J Med Genet.2013年9月；50(9):593-8.doi:10.1136/jmedgenet-2013-101673.Epub 2013年6月21日；“Associations of common variants in HFE and TMPRSS6with iron parameters are independent of serum hepcidin in a generalpopulation:a replication study”；Galesloot TE等人。
作者发现HFE rs1800562及TMPRSS6 rs855791为血清铁、铁蛋白、运铁蛋白饱和度及总铁结合能力的HFE及TMPRSS6相关变化的主要决定子。
(c)BMC Nephrol.2013年22日；14:48.doi:10.1186/1471-2369-14-48；“TheA736V TMPRSS6 polymorphism influences hepcidin and iron metabolism in chronichemodialysis patients:TMPRSS6and hepcidin in hemodialysis”；Pelusi S等人。
A736V TMPRSS6多态性为健康对象的铁代谢的主要遗传决定子。作者报导TMPRSS6736 V变体与较高铁调素水平相关(p＝0.017)。在无急性发炎及明显铁缺乏(C反应性蛋白质<1mg/dl且铁蛋白>30ng/ml；n＝86)的患者中，铁调素与较低红血球平均体积相关(p＝0.002)，表明其促成铁受限制的红血球生成。与先前结果一致，在无急性发炎及严重铁缺乏的患者中，“高铁调素”736V TMPRSS6变体与较高红血球生成素维持剂量相关(p＝0.016)，与亚临床发炎无关(p＝0.02)。
(d)PLoS One.2012；7(6):e38339.doi:10.1371/journal.pone.0038339.Epub2012年6月22日；“Associations between single nucleotide polymorphisms in iron-related genes and iron status in multiethnic populations”；McLaren CE等人。
三个染色体区展示遍及多个群体的关联，包括TF及TMPRSS6基因中及染色体18q21上的SNP。TMPRSS6中的新颖SNP rs1421312与白人的血清铁相关(p＝3.7×10(-6))且在非洲裔美国人中复制(p＝0.0012)。TF基因区中的二十个SNP与白人的总铁结合能力相关(p<4.4×10(-5))；六个SNP在其它种族中复制(p<0.01)。在10p13上CUBN基因中的SNPrs10904850与非洲裔美国人的血清铁相关(P＝1.0×10(-5))。
(e)PLoS One.2011年3月31日；6(3):e17390.doi:10.1371/journal.pone.0017390；“Genome-wide association study identifies genetic lociassociated with iron deficiency”；McLaren CE等人。
在满足全基因组统计显著性的全基因组关联研究中鉴别五个SNP的与至少一种铁量度的关联，这些SNP为chr.2p14上的rs2698530；chr.3q22上的rs3811647，运铁蛋白(TF)基因区中的已知SNP；chr.6p22上的rs1800562，HFE基因的C282Y突变；chr.7p21上的rs7787204；及chr.22q11上的rs987710(GWAS观察对于所有，P<1.51×10(-7))。在总铁结合能力及TF基因中的SNP rs3811647之间观察到关联(GWAS观察P＝7.0×10(-9)。测定揭示chr.2p14上的rs2698530与铁状态结果之间的较强关联。
(f)Hum Mutat.2010年5月；31(5):E1390-405.doi:10.1002/humu.21243；“NovelTMPRSS6mutations associated with iron-refractory iron deficiency anemia(IRIDA)”；De Falco L等人。
导致人之间质蛋白酶-2蛋白分解活性废除的突变与归因于高铁调素水平的铁难治性缺铁性贫血(IRIDA)相关。作者描述属于7个不相关家庭的12名IRIDA患者且鉴别沿基因序列散布的10个(9个新颖)TMPRSS6突变：5个错义，1个无意义及4个读框转移。预测读框转移及无义突变产生缺乏催化结构域的截断蛋白质。错义突变(Y141C、I212T、R271Q、S304L及C510S)的因果作用由电子杂交测定、其在100个对照染色体中不存在及涉及残基的较高保留展现。LDLRA结构域电子杂交模型中的C510S突变导致削弱间质蛋白酶-2活化的分子内结构不平衡。也评估对铁调素启动子及I212T及R271Q变体的蛋白分解活性的体外影响，这些变体对于前一突变展现降低的抑制作用，但出人意料地对于显现体外沉默突变的R271Q展现正常功能。基于mRNA表达研究，I212T也可减少产生的蛋白质的总量，可能干扰mRNA稳定性。共同地，的结果扩展与IRIDA相关的TMPRSS6突变的型式且提出针对一些新颖错义突变的因果关系的模型。
本发明提供以下概念：
1.一种治疗人疾病或状况或降低该疾病或状况的风险的方法，其中该疾病或状况由TOI介导，该TOI以多种因一或多个氨基酸多态性而不同的变体形式存在于人中，该方法包含向该人施用配体(例如抗体或抗体片段)，该配体包含第一及第二蛋白质结构域，其中该第一结构域特异性结合包含第一氨基酸多态性的TOI变体，其中该第二结构域包含第二多态性，且其中该人表达(i)包含该第一氨基酸多态性的TOI；及(ii)包含该第二多态性的蛋白质结构域，任选地其中该配体包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；且其中该第二结构域由该配体的该γ-4重链恒定区包含。
任选地，该TOI选自人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴。在一个实例中，该TOI为人铁调素调节蛋白。在一个实例中，该TOI为人BMP6。在一个实例中，该TOI为人TMPRSS6。在一个实例中，该TOI为人铁调素。在一个实例中，该TOI为人膜铁转运蛋白。在一个实例中，该TOI为人HFE。在一个实例中，该TOI为人运铁蛋白。“人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴”的TOI为人蛋白质(例如由肝脏表达)，其为包含铁调素调节蛋白、BMP6、TMPRSS6、铁调素、膜铁转运蛋白及运铁蛋白的铁调节通路的部分。
举例而言，该方法可用于部分A中陈述的目的或适应症中的任一者。在一个实例中，该方法用于调节人的铁。在一个实例中，该铁为血液铁或循环铁或游离铁。
在一个实例中，该方法为降低人的贫血的方法。
2.如概念1的方法，其中该第一和/或第二多态性分别由具有小于50％的累积人等位基因频率的SNP编码。
任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
3.如任何前述概念的方法，其中该第一结构域为抗体可变结构域或受体结构域。
4.如任何前述概念的方法，其中该第二结构域为抗体结构域，任选地为抗体可变结构域或恒定结构域。
5.如任何前述概念的方法，其中该第二结构域为抗体Fc区的结构域。
6.如概念1至4中任一项的方法，其中这些第一及第二结构域为抗体可变结构域，任选地其中这些可变结构域分别特异性结合第一及第二人TOI，其中这些TOI不同。
任选地，该第二TOI选自人铁调素调节蛋白-BMP6-TMPRSS6-铁调素-膜铁转运蛋白-运铁蛋白轴。在一个实例中，该第二TOI为人铁调素调节蛋白。在一个实例中，该第二TOI为人BMP6。在一个实例中，该第二TOI为人TMPRSS6。在一个实例中，该第二TOI为人铁调素。在一个实例中，该第二TOI为人膜铁转运蛋白。在一个实例中，该第二TOI为人HFE。在一个实例中，该第二TOI为人运铁蛋白。
7.如概念1至4中任一项的方法，其中这些第一及第二结构域为受体结构域，任选地其中这些受体结构域分别特异性结合第一及第二人TOI，其中这些TOI不同。
8.如概念6或7的方法，其中该第一结构域包含第三氨基酸多态性，其中该人表达(iii)包含该第三氨基酸多态性的结构域。
任选地该人表达该第二TOI变体。
任选地该第三多态性由累积人频率小于50％的SNP编码。任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
在一个实例中，该第一结构域为抗体可变结构域(例如本文所述的任何本发明V结构域，该人VH3-23*04如本文所述)且(iii)的结构域为抗体可变结构域。举例而言，这些第一结构域及(iii)的结构域为VH结构域。举例而言，这些第一结构域及(iii)的结构域为Vκ结构域。举例而言，这些第一结构域及(iii)的结构域为Vλ结构域。
在一个实例中，该第一结构域为受体结合位点且(iii)的结构域为这些受体结合位点结构域。
9.一种方法，其根据概念1、2及8组合。
10.如任何前述概念的方法，其中该人表达该第一和/或第二结构域。
11.如任何前述概念的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中。
举例而言，这些第一及第二多态性中的每一者分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中。举例而言，这些第一、第二及多态性中的每一者分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中。
任选地，这些第一、第二和/或第三(参见以下)多态性分别出现在至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个如表4中所定义的不同人群体中。
12.如概念11的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别出现在千人基因组阶段I数据库中的至少15种人中。
在一个实施例中，该第一、第二和/或第三多态性见于至少20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、130、140或150种分布遍及这些许多不同人群体的人对象中。
13.如任何前述概念的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别见于至少5个如表4中所定义的不同人群体中且由具有小于50％的累积人等位基因频率的SNP编码。
任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
14.如任何前述概念的方法，其中该第一、第二和/或第三多态性分别由具有小于50％的总人基因型频率的SNP编码。
任选地该频率小于45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、4％、3％、2％或1％。
15.如任何前述概念的方法，其中这些第一及第二结构域为人，任选地其中该配体完全为人。
16.如任何前述概念的方法，其中该配体为抗TOI捕获剂、抗体或抗体片段。
17.如任何前述概念的方法，其中该配体特异性结合两种或更多种人TOI，例如这些第一及第二TOI。
18.如任何前述概念的方法，其中该配体通过注射向该人施用或该配体由可注射制剂提供。
19.如任何前述概念的方法，其中在施用该配体之前该人已或经基因分型为该TOI变异核苷酸序列阳性，或该方法包含在施用该配体之前，将该人基因分型为该变异核苷酸序列阳性。
20.如任何前述概念的方法，其中在施用该配体之前该人已或经表型分型为该TOI变体阳性，或该方法包含在施用该配体之前将该人表型分型为该变体阳性。
21.如任何前述概念的方法，其包含在该施用之前选择包含该第一TOI多态性的人，其中该人为概念1的人。
22.如任何前述概念的方法，其中该人经确定包含该第一和/或第二TOI变体或编码该/这些TOI变体的核苷酸序列。
23.如任何前述概念的方法，其包含确定该人包含编码该第一多态性的第一TOI核苷酸序列的步骤，任选地其中该确定步骤在向该人施用该配体之前进行。
24.如概念23的方法，其中该确定步骤包含针对该核苷酸序列测定来自该人的生物样品。
25.如概念24的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中包含编码该第一多态性的SNP的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至该SNP或杂交至反义序列，从而当至少一个包含该SNP的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含具有该SNP的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中连续核苷酸的该序列包含该SNP，从而当包含该SNP的核苷酸序列存在时，形成复合物；及检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人包含第一TOI核苷酸序列。
26.如概念24的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
27.如任何前述概念的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对贫血治疗具有抗性。
28.如任何前述概念的方法，其中该人正在接受或已接受贫血治疗或已降低对贫血治疗的反应性。
29.如概念25的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
30.如任何前述概念的方法，其中该人经诊断患有该疾病或状况。
31.一种抗TOI的配体(例如抗体、抗体片段或捕获剂)，其用于任何前述概念的方法。
在一个实施例中，该捕获剂为受体Fc融合体(也即例如以二聚体形式融合至抗体Fc区的受体结构域)，其中该受体特异性结合该TOI。
32.如概念31的配体，其中该配体完全为人。
33.如概念31或32的配体，其中该配体用于通过注射施用或该配体由可注射制剂提供。
在一个实例中，该第一、第二和/或第三多态性分别：
h.具有15％或15％以下的累积人等位基因频率；
i.具有20％或20％以下的总人基因型频率；
j.见于至少5个不同人群体中(使用千人基因组计划的标准分类，例如按照阶段I数据库)；且
k.见于分布遍及这些许多不同群体的许多对象中。
在一个实例中，参考如本文所述的一或多个人基因组序列数据库应用准则。举例而言，准则为如应用于千人基因组数据库的准则。
举例而言，在本发明的任何方面实例、实施例或组态中，千人基因组数据库版本13或阶段I。举例而言，千人基因组数据库呈其最新版本，如2013年10月1日。
在一个实例中，该人为该第一多态性纯合的。另外或替代地，该人为该第一多态性纯合的。另外或替代地，该人为该第三多态性纯合的。举例而言，该人为这些第一及第二多态性纯合的。
在一个实例中，根据本文揭示内容中的任一者该方法涉及将该人选择、基因分型或表型分型为该TOI变体(也即在本发明情况下，为包含该多态性的人PD-1或编码此多态性的核苷酸序列)阳性。在一个实例中，根据以上概念中的任一者该方法涉及确定步骤或其中该人经确定包含该变异TOI变体(例如在本发明情况下，为包含该多态性的人PD-1或编码此多态性的核苷酸序列)。
在一个实例中，该第一多态性为本文所述的人BMP6氨基酸多态性或由本文所述的人BMP6SNP编码。
在一个实例中，其中该TOI为人BMP6，该第一多态性由SNP rs111588693编码。
本发明进一步提供以下特定方面：
1.一种通过靶向人的选自BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、铁调素及TMPRSS6的人TOI治疗人贫血或降低该贫血的风险的方法，该方法包含向该人施用抗体或抗体片段，其中该抗体或抗体片段特异性结合包含第一氨基酸多态性的该TOI的变体，其中该抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)编码包含该第一氨基酸多态性的PD-1的PD-1核苷酸序列，或该人表达包含该第一氨基酸多态性的PD-1。
优选地，任何组态、概念、方面、实例或实施例的捕获剂、抗体或片段包含IgG4PE恒定区。
在任何组态、概念、方面、实例或实施例的实例中，使用抗TOI(例如抗BMP6)抗体。
第一方面提供：
一种治疗人的贫血或降低该贫血的风险的方法，该方法包含向该人施用抗BMP6捕获剂、抗体或抗体片段，其中该捕获剂、抗体或抗体片段特异性结合由包含SNPrs111588693的BMP6核苷酸序列编码的人BMP6，其中该捕获剂、抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该SNP的BMP6核苷酸序列；任选地其中该人经确定包含该SNP或该方法包含在施用该抗体或片段之前确定该人包含该SNP。
第二方面提供：
一种治疗人的贫血或降低该贫血的风险的方法，该方法包含向该人施用抗铁调素调节蛋白捕获剂、抗体或抗体片段，其中该捕获剂、抗体或抗体片段特异性结合由包含SNPrs7540883的铁调素调节蛋白核苷酸序列编码的人铁调素调节蛋白，其中该捕获剂、抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该SNP的铁调素调节蛋白核苷酸序列；任选地其中该人经确定包含该SNP或该方法包含在施用该抗体或片段之前确定该人包含该SNP。
第三方面提供：
一种治疗人的贫血或降低该贫血的风险的方法，该方法包含向该人施用抗膜铁转运蛋白捕获剂、抗体或抗体片段，其中该捕获剂、抗体或抗体片段特异性结合由包含SNPrs11568350的膜铁转运蛋白核苷酸序列编码的人膜铁转运蛋白，其中该捕获剂、抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该SNP的膜铁转运蛋白核苷酸序列；任选地其中该人经确定包含该SNP或该方法包含在施用该抗体或片段之前确定该人包含该SNP。
第四方面提供：
一种治疗人的贫血或降低该贫血的风险的方法，该方法包含向该人施用抗TMPRSS6捕获剂、抗体或抗体片段，其中该捕获剂、抗体或抗体片段特异性结合由选自rs855791、rs1421312、rs2543519、rs2235324的SNP的TMPRSS6核苷酸序列编码的人TMPRSS6，其中该捕获剂、抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该所选SNP的TMPRSS6核苷酸序列；任选地其中该人经确定包含该SNP或该方法包含在施用该抗体或片段之前确定该人包含该SNP。
第五方面提供：
一种治疗人的贫血或降低该贫血的风险的方法，该方法包含向该人施用抗铁调素捕获剂、抗体或抗体片段，其中该捕获剂、抗体或抗体片段特异性结合由包含SNPrs146776859的铁调素核苷酸序列编码的人铁调素，其中该捕获剂、抗体或抗体片段包含人γ-4重链恒定区，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg且其中该人包含(i)IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，该人γ-4重链恒定区包含在SEQ IDNO:73中所展示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所展示的位置289处的Arg；及(ii)包含该SNP的铁调素核苷酸序列；任选地其中该人经确定包含该SNP或该方法包含在施用该抗体或片段之前确定该人包含该SNP。
2.如方面1的方法，其中该人为该所选SNP纯合的。
3.如任何前述方面的方法，其中该配体包含IGHG4*01人重链恒定区，例如其中该恒定区为具有228Pro和/或235Glu的γ-4恒定区。
4.如任何前述方面的方法，其中该贫血选自慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；或与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血。
5.如任何前述方面的方法，其包含在该施用之前，选择包含(ii)的该BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6或铁调素核苷酸序列的人，其中该人为方面1的人。
6.如任何前述方面的方法，其中该人经确定包含(ii)的该BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6或铁调素核苷酸序列。
7.如任何前述方面的方法，其包含确定该人包含(ii)的该BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6或铁调素核苷酸序列的步骤，任选地其中该确定步骤在向该人施用该抗体之前进行。
8.如方面7的方法，其中该确定步骤包含分别针对包含该所选变异的BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6或铁调素核苷酸序列测定来自该人的生物样品。
9.如方面8的方法，其中该测定包含使该生物样品接触
a.a.至少一个包含至少10个连续核苷酸的序列的寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针可特异性杂交至及鉴别该生物样品中包含该所选变异的核苷酸序列或特异性杂交至该序列的反义序列，其中该核酸杂交至该所选SNP或杂交至反义序列，从而当至少一个包含该所选SNP的核苷酸序列存在时，形成复合物；和/或
b.b.至少一个寡核苷酸探针，该寡核苷酸探针包含具有该所选SNP的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸的序列或包含这些连续核苷酸的反义序列，其中连续核苷酸的该序列包含该所选SNP，从而当包含该所选SNP的核苷酸序列存在时，形成复合物；及
c.检测该复合物是否存在，其中检测存在该复合物确定该人分别包含具有该所选SNP的BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6或铁调素核苷酸序列。
10.如方面9的方法，其中该测定包含核酸扩增及任选存在的一或多种选自测序、下一代测序、核酸杂交及等位基因特异性扩增的方法，和/或其中该测定以多任务格式进行。
11.如任何前述方面的方法，其中该人经进一步确定或已经进一步确定为实质上对贫血治疗(例如EPO)具有抗性。
举例而言，该人经进一步确定或已经进一步确定为对贫血治疗(例如EPO)具有抗性。
12.如任何前述方面的方法，其中该人正在接受或已接受贫血治疗(例如EPO)或已降低对贫血治疗(例如EPO)的反应性。
13.如方面8的方法，其中该生物样品包含该人的血清、血液、粪便、组织、细胞、尿液和/或唾液。
14.如任何前述方面的方法，其中该捕获剂、抗体或片段通过静脉内或皮下注射来施用和/或包含于可注射制剂中。
15.如任何前述方面的方法，其中该捕获剂、抗体或片段为人，例如人抗体或抗体片段。
16.一种抗人TOI捕获剂、抗体或抗体片段，其用于如任何前述方面的方法，其中该TOI选自BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6及铁调素。
在一个实施例中，该捕获剂为铁调素调节蛋白或受体Fc融合体(也即例如以二聚体形式融合至抗体Fc区的受体结构域)，其中该受体特异性结合选自BMP6、膜铁转运蛋白、铁调素调节蛋白、TMPRSS6及铁调素的TOI或与该TOI竞争。
17.如方面16的配体，其中该捕获剂、抗体或抗体片段完全为人。
18.如方面16或17的配体，其中该捕获剂、抗体或抗体片段用于通过注射施用或该捕获剂、抗体或抗体片段由可注射制剂提供。
任选地，在组态、概念、方面、实施例或实例中的任一者中，以下任选存在的特征中的一或多个适用。
任选地，配体(例如捕获剂、抗体或抗体片段)根据以下选项之一：
(i)其中该配体包含来源于人VH区段(例如人VH3-23*04)、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，该人VH区段编码SEQ ID NO:40的框架1且其中该人包含编码SEQ IDNO:40的框架1的VH基因区段，或该人表达包含SEQ ID NO:40的框架1的VH结构域。
(ii)其中该配体包含来源于选自IGHV3-33*01及IGHV3-7*01的人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域，且其中该人包含该所选VH基因区段或该人表达来源于该所选人VH区段、人D基因区段及人JH区段的重组的VH结构域。
(iii)其中该配体包含来源于选自IGKV3-11*01及IGKV1-12*01的人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，且其中该人包含该所选Vκ基因区段或该人表达来源于该所选人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域。
(iv)其中该配体包含来源于人Vκ区段及人Jκ区段的重组的Vκ结构域，该人Vκ区段编码(i)包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro的CDR3且其中该人包含编码CDR3的Vκ基因区段，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro，或该人表达包含CDR3的Vκ结构域，该CDR3包含在SEQ ID NO:36中所展示的位置7处的Pro；或(ii)包含在SEQ IDNO:38中所展示的位置15处的Ser的FW3且其中该人包含编码FW3的Vκ基因区段，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser或该人表达包含FW3的Vκ结构域，该FW3包含在SEQ ID NO:38中所展示的位置15处的Ser。
任选地，代替γ-4恒定区，配体(例如捕获剂、抗体或片段)包含根据以下选项中的任一项的重链恒定区：
(v)其中该配体包含人γ-1重链恒定区，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu且其中该人包含(i)IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，该人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所展示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所展示的位置206处的Leu。
(vi)其中该配体包含人γ-2重链恒定区，该人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala且其中该人包含(i)IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或该人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，该人γ-2重链恒定区包含该所选在SEQ ID NO:6中所展示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所展示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所展示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所展示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所展示的位置257处的Ala。在一个实例中，恒定区为Fc增强，例如ADCC或CDC增强。熟习此项技术者将知晓增强ADCC或CDC的技术(例如已知C区突变)。
(vii)其中该配体包含由第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段(例如IGHG3*01)，或该人表达包含由该第一人IGHG3(例如IGHG3*01)恒定区基因区段编码的人γ-3重链恒定区的抗体。
任选地，配体(例如抗体或抗体片段)根据以下选项之一：
(viii)其中该配体包含人κ链恒定区，该人κ链恒定区包含在SEQ ID NO:16中所展示的位置84处的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys且其中该人包含(i)IGKC1*01人κ链恒定区基因区段，或该人表达包含人κ链恒定区的抗体，该人κ链恒定区包含对应于SEQ ID NO:16中所展示的位置84的Val或在SEQ ID NO:16中所展示的位置87处的Cys。
(ix)其中该配体包含人IGLC1*01 λ链恒定区且其中该人包含(i)人IGLC1*01 λ链恒定区基因区段，或该人表达包含人IGLC1*01 λ链恒定区的抗体。
(x)其中该配体包含由第一人ε重链恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人ε重链恒定区的抗体。
(xii)其中该配体包含由第一人μ重链恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人μ重链恒定区的抗体。
(xiii)其中该配体包含由第一人α重链恒定区基因区段编码的人α重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人α重链恒定区的抗体。
(xiv)其中该配体包含由第一人δ重链恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人δ重链恒定区的抗体。
(xv)其中该配体包含由第一人κ轻链恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人κ轻链恒定区的抗体。
(xvi)其中该配体包含由第一人λ轻链恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区且其中该人包含(i)该第一恒定区基因区段，或该人表达包含由该第一恒定区基因区段编码的人λ轻链恒定区的抗体。

Claims (22)

1.抗感兴趣的靶标(TOI)的配体，用于治疗或预防人疾病或状况的方法，其中所述疾病或状况由所述TOI介导，其中所述TOI以不同多态变体存在于人中，所述方法包含向所述人施用所述配体，其中所述配体特异性结合由包含SNP(第一SNP)的核苷酸序列编码的TOI变体，所述SNP具有小于50％的累积人等位基因频率和/或具有小于50％的总人基因型频率；其中所述人包含具有所述SNP的编码TOI的核苷酸序列。
2.治疗或预防人疾病或状况的方法，其中所述疾病或状况由感兴趣的靶标(TOI)介导，其中所述TOI以不同多态变体存在于人中，所述方法包含向所述人施用特异性结合TOI变体的抗TOI的配体，所述TOI变体由包含SNP(第一SNP)的核苷酸序列编码，所述SNP具有小于50％的累积人等位基因频率和/或具有小于50％的总人基因型频率；其中所述人包含具有所述SNP的编码TOI的核苷酸序列。
3.抗感兴趣的靶标(TOI)的配体在制造用于靶向人的所述TOI以治疗或预防由TOI介导的疾病或状况的方法中的药剂中的用途，所述配体特异性结合包含由TOI核苷酸序列编码的氨基酸序列的人TOI变体，所述TOI核苷酸序列包含具有小于50％的累积人等位基因频率和/或具有小于50％的总人基因型频率的SNP(第一SNP)，其中所述TOI以不同多态变体存在于人中且所述人包含具有所述SNP的编码TOI的核苷酸序列。
4.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中所述配体包含由包含第二SNP的核苷酸序列编码的重链γ-1、2、3或4恒定区，且其中所述人分别包含具有所述第二SNP的重链γ-1、2、3或4恒定区。
5.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中所述配体包含衍生自人V基因区段及人J基因区段(及当可变结构域为VH结构域时任选存在的人D基因区段)的重组的人抗体可变结构域；及其中所述人的基因组包含所述人V基因区段和/或所述人表达包含抗体可变结构域的抗体，所述抗体可变结构域衍生自所述人V基因区段及人J基因区段(及任选存在的人D基因区段)的重组。
6.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中各SNP编码非同义氨基酸变异和/或其中各SNP编码在所述靶标上表面暴露的氨基酸。
7.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中所述配体为抗体或抗体片段；或其中所述配体为捕获剂。
8.任意前述权利要求的配体、方法或用途，所述方法包含确定所述人对于所述TOI变体为阳性，任选地其中所述确定步骤包含确定所述人对于编码所述TOI变体的核苷酸变体为阳性。
9.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中所述配体能够特异性结合两种或更多种不同的TOI变体，每种TOI变体由包含SNP的核苷酸序列编码，所述SNP具有小于50％的累积人等位基因频率和/或具有小于50％的总人基因型频率。
10.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中所述TOI变体已经确定为或经确定为存在于至少两个不同人种族群体中。
11.任意前述权利要求的配体、方法或用途，其中所述累积人等位基因频率为在来自至少15个不同人种族群体取样且包含至少1000个序列的天然存在的序列的数据库中的频率。
12.试剂盒，用于治疗或预防任意前述权利要求所述的由TOI介导的状况或疾病，所述试剂盒包含所述配体，其中所述第一SNP见于至少2个不同种族群体中；及任选地所述配体与用于治疗和/或预防人的所述疾病或状况的标记或说明书组合；任选地其中所述标记或说明书包含由管理机构核发的上市许可编号；任选地其中所述试剂盒包含具有所述配体的注射笔或IV容器。
13.任意前述权利要的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含由CH1核苷酸序列编码的人γ重链CH1结构域；及其中所述人的基因组包含与所述CH1核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或所述人表达包含所述人γCH1结构域的抗体。
14.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含由CH2核苷酸序列编码的人γ重链CH2结构域；及其中所述人的基因组包含与所述CH2核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或所述人表达包含所述人γCH2结构域的抗体。
15.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含由CH3核苷酸序列编码的人γ重链CH3结构域；及其中所述人的基因组包含与所述CH3核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或所述人表达包含所述人γCH3结构域的抗体。
16.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含由CH4核苷酸序列编码的人γ重链CH4结构域；及其中所述人的基因组包含与所述CH4核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或所述人表达包含所述人γCH4结构域的抗体。
17.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含由Fc核苷酸序列编码的人γ重链Fc区；及其中所述人的基因组包含与所述Fc核苷酸序列相同的γ重链恒定区核苷酸序列和/或所述人表达包含所述人γFc区的抗体。
18.权利要求13至17任一项的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述人已经基因分型为或经基因分型为对于所述重链恒定区核苷酸序列为阳性。
19.权利要求13至18任一项的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述人已经表型分型为或经表型分型为对于所述γ重链恒定结构域CH1、CH2、CH3、CH4或Fc为阳性。
20.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含人IGHG1*01γ-1重链恒定区；或人IGHG2*01γ-1重链恒定区。
21.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述配体包含
a)人γ-1重链恒定区，所述人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所示的位置206处的Leu，且其中所述人包含IGHG1*01人重链恒定区基因区段，或所述人表达包含人γ-1重链恒定区的抗体，所述人γ-1重链恒定区包含在SEQ ID NO:4中所示的位置204处的Asp或在SEQ ID NO:4中所示的位置206处的Leu；或
b)人γ-2重链恒定区，所述人γ-2重链恒定区包含选自以下的氨基酸：在SEQ ID NO:6中所示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所示的位置161处的Val及在SEQ ID NO:6中所示的位置257处的Ala，且其中所述人包含IGHG2*01人重链恒定区基因区段，或所述人表达包含人γ-2重链恒定区的抗体，所述人γ-2重链恒定区包含所述所选在SEQ ID NO:6中所示的位置72处的Pro、在SEQ ID NO:6中所示的位置75处的Asn、在SEQ ID NO:6中所示的位置76处的Phe、在SEQ ID NO:6中所示的位置161处的Val或在SEQ ID NO:6中所示的位置257处的Ala；或
c)人γ-3重链恒定区，所述人γ-3重链恒定区由IGHG3*01恒定区基因区段编码且其中所述人包含IGHG3*01恒定区基因区段，或所述人表达包含人γ-3重链恒定区的抗体，所述人γ-3重链恒定区由IGHG3*01恒定区基因区段编码；或
(ii)人γ-4重链恒定区，所述人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所示的位置289处的Arg，且其中所述人包含IGHG4*01人重链恒定区基因区段，或所述人表达包含人γ-4重链恒定区的抗体，所述人γ-4重链恒定区包含在SEQ ID NO:73中所示的位置189处的Leu或在SEQ ID NO:73中所示的位置289处的Arg；及其中第二结构域由所述配体的所述γ-4重链恒定区所包含。
22.任意前述权利要求的配体、方法、用途或试剂盒，其中所述TOI选自以下人TOI：
a)PCSK9(任选地其中所述疾病或状况选自脂质紊乱、高脂蛋白血症、高脂血症、血脂异常、高胆固醇血症、心脏病发作、中风、冠心病、动脉粥样硬化、外周血管病、跛行(例如与胆固醇升高相关的跛行)、II型糖尿病、高血压及心血管疾病或状况)，
b)IL6R(任选地其中所述疾病或状况选自炎性疾病或状况、炎性肠病(IBD)、克罗恩氏病、类风湿性关节炎、银屑病、细支气管炎、牙龈炎、移植排斥、同种移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、哮喘、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒性休克、溃疡性结肠炎、舍格林氏综合征、气道炎症、卡斯尔曼氏病、牙周炎、异位性皮肤炎、系统性红斑狼疮及冠心病)，
c)IL4Ra(任选地其中所述疾病或状况选自哮喘、COPD、炎性肠病、纤维化状况、过敏、移植排斥、迟发型超敏反应、接触超敏反应、鼻息肉及鼻窦炎)，
d)VEGF-A(任选地其中所述疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
e)PDGF-B(任选地其中所述疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
f)PDGFR-B(任选地其中所述疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
g)血管生成素(例如Ang-2)(任选地其中所述疾病或状况选自眼部状况、癌症；血管生成、新血管生成、糖尿病视网膜病变(DR)、年龄相关性黄斑变性(AMD)、息肉状黑素瘤(PCV)、视网膜血管瘤样增生(RAP)、糖尿病黄斑水肿(DME)、视网膜静脉阻塞(RVO)及早产儿视网膜病(ROP))，
h)Nav1.7(任选地其中所述疾病或状况选自疼痛、瘙痒或离子通道病，例如慢性疼痛、神经痛、疼痛性糖尿病神经病变(PDN)、疱疹后神经病变(PHN)、三叉神经痛(TN)、脊髓损伤疼痛、多发性硬化疼痛、幻肢痛、中风后疼痛、慢性背痛、骨关节炎疼痛、癌症相关疼痛、HIV相关疼痛、炎性痛、原发性红斑性肢痛症(PE)、阵发性剧痛症(PEPD)或离子通道病相关疼痛失觉(CIP))，
i)PD-L1(任选地其中所述疾病或状况选自癌症、自体免疫疾病或状况、病毒感染及炎性疾病或状况，例如实体瘤、乳癌、肺癌(例如非小细胞肺癌)、结肠癌、卵巢癌、黑素瘤(例如第IV期黑素瘤)、膀胱癌、肝癌(例如肝细胞癌)、肾脏癌、唾液腺癌、胃癌(stomach cancer)、胃癌(gastric cancer)、神经胶质瘤、胰腺癌、甲状腺癌、胸腺上皮癌、头癌和/或颈癌、多发性骨髓瘤、T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、肾细胞癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、血液赘瘤、转移性结肠直肠癌、子宫或子宫颈癌、白血病(例如急性骨髓性白血病)、弥漫性大B细胞淋巴瘤、滤泡中心淋巴瘤、前列腺癌、梅克尔细胞癌、HIV感染、丙型肝炎感染或埃博拉感染)，
j)PD-1(任选地其中所述疾病或状况为癌症，例如选自肾细胞癌；血液赘瘤；第IV期黑素瘤；非小细胞肺癌；转移性胃癌；乳癌；实体瘤；膀胱癌；头颈癌、结肠直肠癌、神经胶母细胞瘤、胃癌、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、子宫颈癌、骨髓白血病(例如急性骨髓白血病及慢性骨髓白血病)，
k)BMP6(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
l)铁调素调节蛋白(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
m)铁调素(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
n)膜铁转运蛋白(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
o)TMPRSS6(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))，
p)运铁蛋白(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))；及
q)人血色素沉着病蛋白(HFE)(任选地其中所述疾病或状况选自贫血；铁缺乏；慢性炎症贫血(ACI)；慢性疾病贫血(ACD)；与癌症、肾脏状况或GvHD相关的贫血；血色素沉着病及铁难治性缺铁性贫血(IRIDA))。
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