CN104962636A - 一种文昌鸡白麻表型相关分子标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明属于品种选育技术领域，具体公开了一种文昌鸡白麻表型相关分子标记及其应用。所述分子标记为SLC45A2基因编码区1154bp处的G/C突变。本发明首次发现导致文昌鸡白麻表型的致因突变，通过检测个体的上述致因突变的基因型，就可以知道该黄麻个体是否携带白麻表型相关的基因变异。利用该发明无需进行测交，而且准确率达100%。以该分子标记建立的选育黄麻羽表型文昌鸡纯系的方法周期短、速度快、准确率高。

Description

一种文昌鸡白麻表型相关分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及品种选育技术领域，具体地，涉及一种文昌鸡白麻表型相关分子标记及其应用。
背景技术
文昌鸡群体中变异丰富毛色表型，导致选育具有统一的黄麻羽表型文昌鸡纯系十分困难。选育过程中常遇到的问题是黄麻羽亲本产生具有白麻表型（企业亦称其为珍珠白）的后代。常规方法是通过测交的方法剔除携带白麻等位基因的个体，该方法缺点是（1）周期长。整个过程从杂交到根据后代表型辨别黄麻公鸡的基因型需要约45天左右；（2）无法做到100%准确。因为该方法是根据7个后代的表型来计算黄麻公鸡为某种基因型的概率，其无法做到100%准确；（3）涉及环节较多，容易出错。该方法设计人工授精、集蛋、标记种蛋、集中入孵、出孵、标记鸡苗、表型鉴别等一系列的步骤，如果其中一个步骤出错都会导致结果的不准确。
发明内容
本发明的目的是为了克服现有技术的上述不足，提供一种文昌鸡白麻表型相关分子。该分子标记可以辅助选择的方法剔除携带白麻羽等位基因的公鸡个体。
本发明的另一个目的是提供一种利用文昌鸡白麻表型相关分子标记辅助选择的方法选育黄麻羽表型文昌鸡纯系的方法。
为了实现上述目的，本发明是通过以下方案予以实现的：
一种文昌鸡白麻表型相关分子标记，所述分子标记为SLC45A2基因编码区1154bp处的G/C突变。
不同的毛色相关基因的变异导致了个体不同的毛色表型。本发明通过研究发现SLC45A2基因编码区1154bp处的G/C突变与白麻表型完全连锁，上述突变导致了对应编码蛋白385位氨基酸的Gly到Ala的变异。可能是该错义突变导致了蛋白结构发生变化，导致嗜黑素合成通路受阻，从而产生白麻表型。
如上所述的文昌鸡白麻表型相关分子标记在选育黄麻羽表型文昌鸡中的应用。
一种选育黄麻羽表型文昌鸡纯系的方法，包括如下步骤：
  S1.提取待测黄麻鸡公鸡的血液DNA，以黄麻鸡公鸡血液DNA为模板、SEQ ID NO：2~3所示引物进行PCR扩增；
S2.将扩增产物直接测序，若基因型为GC型，该个体为携带白麻突变的黄麻鸡，若基因型为GG型，该个体为黄麻鸡纯合子；
S3.通过S2的结果判断，将携带白麻羽等位基因的公鸡个体剔除，从而获得黄麻羽表型文昌鸡纯系。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
本发明首次发现导致文昌鸡白麻表型的致因突变，通过检测个体的上述致因突变的基因型，我们就可以知道该黄麻个体是否携带白麻表型相关的基因变异。利用该发明无需进行测交，而且准确率达100%。
将该分子标记应用到黄麻羽表型文昌鸡的选育过程中，使整个选育过程具有以下优点：
（1）周期短，速度快：从拿到待检个体血样到决定被检个体的选淘只需要2天时间，每人每天至少可以完成144个体的检测。
（2）准确率100%。由于该方法是检测与白麻表型相关的致因突变的基因型，因此该方法可以做到100%的准确。
（3）环节少，不易出错。整个过程只涉及采样和基因型分型两个步骤，因此不易出错。
附图说明
图1为覆盖突变位点的扩增序列。
图2为白麻表型文昌鸡与非白麻表型品种目的片段测序结果示意图；测序结果从上到下依次是：红色原鸡（RJ）、杏花鸡（XH）、清远麻鸡（QM）、BW（霸王山鸡）、文昌鸡黄麻表型个体（WCY）、文昌鸡白麻表型个体（WCW）、固始鸡（GS）。
具体实施方式
下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
实施例1
S1.引物设计
以NCBI数据库中鸡SLC45A2基因CDS序列（Genbank登录号： DQ900700.1）为参考，设计一对引物，该引物扩增得到的DNA序列如SEQ ID NO:1所示，全长244 bp，如图1所示，括号内为突变位点。引物由上海捷瑞生物科技有限公司合成。引物序列如下：
上游引物F：5’-CCTTTTGTGATTGTTGTGGT-3’；
下游引物R：5’-ACTGCTGAGAATGTAATACTTGTT-3’。
S2.筛选分子标记
S21.实验材料：白麻羽文昌鸡纯系24只，黄麻文昌鸡12只、黄麻羽固始鸡12只、杏花鸡12只、清远麻鸡12只、红色原鸡12只，霸王山鸡12只。
S22. PCR扩增
首先提取S21所述各种鸡的血液DNA，DNA提取方法为：采用一次性注射器从鸡翅下静脉中抽取约1mL血液，注入经高压灭菌并装有约200μL的2%无菌EDTA抗凝剂的1.5mL离心管中，轻轻摇匀，记录翅号，-20℃保存备用。基因组DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法（奥斯泊F等，1998）。
配置总体积为30 μL的PCR反应体系中，各成分如表1所示。
表1 PCR 反应体系（30μL）
PCR反应扩增程序为：94℃变性3min，32次循环（94℃30s，58℃30s，72℃1min）72℃延伸10min，得到PCR扩增产物。
S23.测序分型：回收PCR产物后，送测序公司测序，将各种品种鸡的测序结果进行比对（见图2）。图2中所指即为目的位点，图1中所示非白麻表型的红色原鸡（RJ）、杏花鸡（XH）、清远麻鸡（QM）、霸王山鸡（BW）、文昌鸡黄麻鸡（WCY）和固始鸡（GS）均为CC型，文昌鸡白麻鸡（WCW）为GG型。
由图2可以看出：SLC45A2基因编码区1154bp处的G/C突变与白麻表型完全连锁，上述突变导致了对应编码蛋白385位氨基酸的Gly到Ala的变异。可能是该错义突变导致了蛋白结构发生变化，导致嗜黑素合成通路受阻，从而产生白麻表型。
实施例2
    分子标记的基因型检测及应用：利用实施例1所述方法，统计各品种每个变异位点的等位基因频率，统计结果如表2所示。
表2.不同表型个体目的等位基因的基因频率
注：“（）”中的数字为被检个体数目
    由表2可知，含有C等位基因的个体均为文昌白麻鸡，具有G等位基因的个体均为非文昌白麻鸡，即所检测的个体基因型均与羽色相符，说明检测该位点的基因型能有效，能剔除携带白麻羽等位基因的公鸡个体。

Claims (3)

1.一种文昌鸡白麻表型相关分子标记，其特征在于，所述分子标记为SLC45A2基因编码区1154bp处的G/C突变。
2.权利要求1所述的分子标记在选育黄麻羽表型文昌鸡纯系中的应用。
3.一种选育黄麻羽表型文昌鸡纯系的方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1.提取待测黄麻鸡公鸡的血液DNA，以黄麻鸡公鸡血液DNA为模板、SEQ ID NO：2~3所示引物进行PCR扩增；
S2.将扩增产物直接测序，若基因型为GC型，该个体为携带白麻突变的黄麻鸡，若基因型为GG型，该个体为黄麻鸡纯合子；
S3.通过S2的结果判断，将携带白麻羽等位基因的公鸡个体剔除，从而获得黄麻羽表型文昌鸡纯系。
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CN103789305A (zh) * 2014-01-23 2014-05-14 华中农业大学 一种鸡金银羽位点基因型的分子鉴定方法
CN104593358A (zh) * 2014-12-22 2015-05-06 江苏省家禽科学研究所 一种邵伯鸡鉴定用引物及其应用和快速鉴定邵伯鸡的方法

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ULRIKA GUNNARSSON等: "Mutations in SLC45A2 Cause Plumage Color Variation in Chicken and Japanese Quail", 《GENETICS》 *

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