CN104497099A - 一种气相扩散型结晶芯片及使用方法 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种气相扩散型结晶芯片及使用方法,其特征在于:①所述结晶芯片是由一个表面加工有微管道结构且具有疏水特性的基片和一个表面平整且具有亲水特性的基片键合构成;②表面加工有微管道结构的基片为圆盘状微流控芯片,包含多组辐射状对称排列的微结构单元,每个单元的结构至少包含一个结晶微反应腔、一个微隔离腔和一段结晶剂储液微管道,其中微隔离腔两侧通过连接微管道分别与微反应腔和结晶剂储液微管道相连,使得结晶微反应腔中的结晶液和结晶剂储液微管道中的结晶剂处于一个共通的空间,彼此之间发生气相物质交换。所述的气相扩散型结晶芯片,克服了现有结晶微流控芯片无法实现气相扩散型结晶操作的不足,大大降低珍贵样品和试剂的消耗。
Description
技术领域
本发明涉及一种气相扩散型结晶芯片及使用方法,可应用于生物大分子的结晶条件高通量筛选和优化等领域。
背景技术
生物大分子结构与功能的研究是生命科学的基本问题之一,对分子生物学、蛋白质工程以及新药研制等都具有重要意义。基于X射线衍射的晶体学技术是研究生物大分子三维结构的主要手段,根据国际蛋白质结构数据库(PDB,www.pdb.org)中的数据可知,X射线衍射技术解析了88%以上的蛋白质结构。X射线衍射技术应用于生物大分子结构解析的前提是要获得合适的单晶,然而从纯度很高的蛋白质到生长出具备衍射质量蛋白质晶体的成功率不足13%,因此目前生物大分子结构研究的最大瓶颈就在于生物大分子的结晶。生物大分子的结晶过程是一个非常复杂的过程,目前主要通过经验性地大量试验去筛选和优化结晶条件。对于一个生物大分子来说,要筛选出其合适的结晶条件,往往要经过数百次甚至上千次组合试验。如果采用传统的手工微孔板技术进行结晶条件的筛选和优化,这往往是一个非常艰巨的任务,需要耗费大量的人力、时间和珍贵的样品,效率低下,严重限制了生物大分子结构与功能方面的研究。虽然目前自动化微量移液装置的出现大大降低了生物大分子结晶操作的劳动强度,并提高了结晶实验通量,但是该类装置价格昂贵、灵活性较差,且整个结晶过程仍为自发、被动形式,成功率较低,对生物大分子结构与功能方面研究的贡献比重较小。近年来,快速发展的微流控技术为生物大分子结晶条件的高通量、快速筛选提供了一个新的平台,最典型的两个技术:一个是加州理工大学Quake等人利用微腔体结合PDMS(polydimethysilane,PDMS)阀构建的微阵列液-液扩散型蛋白质结晶芯片[Hansen CL,Skordalakes E,Berger JM,Quake SR:A robust and scalablemicrofluidic metering method that allows protein crystal growth by freeinterface diffusion.Proc Natl Acad Sci USA 2002,99:16531-16536.],另一个是芝加哥大学的Ismagilov等人利用液滴型微流控芯片发展起来的微批量型蛋白质结晶芯片[Zheng B,Roach LS,Ismagilov RF:Screening of ProteinCrystallization Conditions on a Microfluidic Chip Using Nanoliter-SizeDroplets.J.AM.CHEM.SOC.2003,125:11170-11171.]。相比于传统的蛋白质结晶条件筛选技术,微流控技术具有许多明显的优势:(1)降低样品和试剂消耗量;(2)增加筛选条件的总数;(3)加快试验速度。虽然微流控技术在蛋白质结晶条件筛选方面受到广泛关注和研究,但是目前该技术在蛋白质结晶方面并未得到充分应用和挖掘。传统的蛋白质结晶方法主要有气相扩散结晶法、批量结晶法、液-液扩散结晶法和透析结晶法。虽然Quake研究小组和Ismagilov研究小组分别成功地实现了可进行液-液扩散结晶和批量结晶的微流控芯片,但是目前结构生物学实验室中应用最广泛的气相扩散结晶方法还未在微流控平台上真正实现,由于每种结晶方法可筛选的结晶条件和范围都有差异,且常规结构生物学实验人员更熟悉和偏爱气相扩散结晶方法,因此导致现有的微流控结晶芯片并未得到广泛接纳和应用。而且,现有的微流控结晶芯片与传统的微孔板结晶装置一样,仍然是只适用于自发、被动式的结晶,结晶过程中无法实现对结晶体系主动的调控和原位优化。为了实现微流控技术在结构生物学领域的广泛应用,充分发挥微流控技术低耗样、高通量、快速的优势,进一步提高生物大分子结晶效率,促进结构生物学的快速发展,迫切需要发展新型、可实现气相扩散结晶模式以及具备主动调控功能的微流控结晶芯片。
发明内容
本发明的目的是提供一种气相扩散型结晶芯片及使用方法,应用于生物大分子高通量结晶条件筛选和优化。
本发明提供的一种气相扩散型结晶芯片,其特征在于:
①所述结晶芯片是由一个表面加工有微管道结构且具有疏水特性的基片和一个表面平整且具有亲水特性的基片键合构成,使得该芯片利用毛细作用力实现微量液相样品在微管道中的自动化进样;表面加工有微管道结构的基片为圆盘状微流控芯片,包含多组辐射状对称排列的微结构单元,每个单元的结构至少包含一个结晶微反应腔、一个微隔离腔和一段结晶剂储液微管道,其中微隔离腔两侧通过连接微管道分别与微反应腔和结晶剂储液微管道相连,使得结晶微反应腔中的结晶液和结晶剂储液微管道中的结晶剂处于一个共通的空间,彼此之间可以发生气相物质交换,从而可以实现基于气相扩散模式的结晶筛选和优化实验。
②所述圆盘状微流控芯片呈辐射状排列的每个结构单元除了包含一段样品定容管道外至少还包含一个结晶剂进样口、一段结晶剂进样微管道、一段样品定容微管道、一个通气管道、一个结晶微反应腔、一个微隔离腔以及一个短结晶剂储液微管道,其中样品定容微管道和结晶剂定容管道的一端均与微反应腔相连。
③所述圆盘状微流控芯片中每个单元的定容微管道和微反应腔连接处的定容微管道端的截面小于微反应腔端的截面,从而使得两者相连处因管道截面突变形成毛细微阀结构,实现流体控制。
④所述圆盘状微流控芯片利用毛细疏水阀和离心力的协同作用实现微量样品和结晶剂的并行定量分配和混合。
⑤所述的微隔离腔两侧通过一组连接管道分别与结晶微反应腔和结晶剂储液管道相连,且连接微管道与微隔离腔连接处的界面大大小于定容微管道与结晶反应腔连接处的截面,使得连接微管道与微隔离腔的连接处形成具有更大阻力的毛细微阀,阻止样品和结晶剂离心分配过程中从结晶微反应腔进入微隔离腔中。
⑥所述圆盘状微流控芯片中每个单元的结晶剂储液微管道中包含的结晶剂浓度和成分通过更换相应结晶剂进样口的溶液进行调节,从而利用结晶微反应腔中结晶液和结晶剂储液微管道中结晶剂之间化学势差的变化,主动调控结晶微反应腔中结晶液的过饱和度和过饱和速率。
⑦圆盘状微流控芯片中还包含油相进样口、油相进样微管道和油相废液口,用以完成液样分配后在管道中充入石蜡油,隔离各结晶微反应腔。
本发明所述的气相扩散型结晶芯片的使用方法如下:首先,将待结晶的样品和结晶剂分别滴加在结晶芯片对应的进样口,使其在毛细作用的驱动下自动充满相应的进样微管道和定容微管道,并因毛细疏水阀的阻力作用而自动停在定容微管道与微反应腔相接处;然后,利用胶带密封芯片所有进样口,并将芯片置于离心装置上,通过离心力作用使得各定容微管道中的样品和试剂克服毛细疏水阀的阻力进入对应的结晶微反应腔中混合,从而实现的结晶样品和结晶试剂的高通量并行定量分配和混合;完成结晶样品和结晶剂分配后,剥离结晶样品进样口胶带,并滴加石蜡油,石蜡油将在毛细力作用下充满样品进样微管道和定容微管道,隔离各个结晶微反应腔;最后,将一层低通透性薄膜贴附于芯片上表面,抑制结晶过程中样品的水分和溶剂的挥发;最后将芯片置于设定的常温环境下,进行结晶实验。
本发明所述的气相扩散型结晶芯片也可应用于结晶液饱和速率的梯度调控,其特征在于:完成结晶芯片的样品和结晶剂进样和分配后,剥离密封各结晶试剂进样口的胶带,并吸干各进样口的结晶试剂;然后,根据梯度设定在各进样口中滴加不同浓度和配比的结晶试剂,使芯片上各结晶微反应腔中的结晶液与相应结晶剂储液微管道中的结晶试剂之间化学势差呈梯度分布,从而使得各结晶微反应腔中结晶液扩散失溶剂和趋向饱和的速率也呈梯度分布。由于结晶的成功与否以及结晶形成的晶体质量与结晶液的过饱和度和过饱和速率有很大关系,因此梯度式、系统地调节结晶体系的过饱和度和过饱和速率可以快速筛选较为优化的结晶条件。
另外,本发明所述的气相扩散型结晶芯片还可应用于原位优化结晶结果,其特征在于:若观测到结晶芯片的结晶微反应腔中出现沉淀或众多小晶体或微晶,可剥离相应结晶试剂进样口的密封胶带,并吸干该进样口的结晶剂,加入水溶液,再以胶带重新密封结晶剂进样口。由于水溶液化学势高于结晶液的化学势,水分子将从结晶剂储液微管道扩散至结晶微反应腔的结晶液中,从而降低结晶液的饱和度,使得其中的沉淀、小晶体或微晶重新溶解。待绝大多数沉淀、小晶体或微晶溶解后,再次剥离相应结晶试剂进样口的密封胶带,并吸干该进样口的水溶液,加入浓度低于初始筛选浓度的结晶剂,以胶带重新密封结晶剂进样口后静置结晶。相对于初筛的结晶过程,结晶剂进样口中加入低浓度结晶剂的情况,可以使得结晶过程在相对缓慢的过饱和速率和较低的过饱和度结晶体系中进行。若一次调整未能获得理想的晶体,可多次重复上述步骤,逐步调整结晶剂浓度,直至结晶微反应腔中形成体积较大的、适于X射线衍射分析的单晶。
总之,本发明提供的气相扩散型结晶芯片,克服了现有结晶微流控芯片无法实现气相扩散型结晶操作的不足,与传统的基于微孔板的悬滴式或座滴式气相扩散型结晶装置相比,可大大降低珍贵样品和试剂的消耗,且该芯片采用毛细微阀和离心力的协同作用的流体驱动和控制方式,可简便快速地实现微量样品和结晶剂的并行定量分配和混合,大大降低了实验人员的操作强度,具有明显的操作和成本优势。另外,相对于传统的结晶方法和现有微流控结晶技术,本发明提供的气象扩散型结晶芯片具有更高的灵活度,不仅可高通量筛选生物大分子结晶条件,而且还可梯度调控结晶液的过饱和速率以及原位优化初筛的结晶条件,一方面可大大拓展结晶条件筛选范围,另一方面也可提高结晶实验效率、降低结晶实验成本。
附图说明
图1为本发明气相扩散型结晶芯片组合结构示意图。
图2-(1)为本发明气相扩散型结晶芯片平面结构示意图;图2-(2)为图2-(1)中微结构单元结构放大示意图。
图3为本发明气相扩散型结晶芯片中结晶微反应腔局部放大示意图。
图4-(1)为本发明气相扩散型结晶芯片实施毛细自动充样后平面示意图;图4-(2)为图4-(1)虚线部分的放大示意图。
图5为本发明气相扩散型结晶芯定量分配平面示意图。
图6-(1)为本发明气相扩散型结晶芯片实施离心分配后平面示意图;图6-(2)为图6-(1)中虚线的放大示意图。
具体实施方式
下面结合实施例进一步说明本发明的实质性特点和显著的进步。
实施例1
如图1所示,本发明气相扩散型结晶芯片为一种复合式圆盘形微流体芯片,该芯片由一表面加工有微管道且具有疏水特性的基片(1)和另一表面具有亲水特性的平整基片(2)键合构成(如图1所示);其中,基片(1)为圆盘状微流控芯片,它包含多组辐射状对称排列的微结构单元,所有的微结构单元均通过样品进样微结构(包括样品进样口(3)、样品进样微管道(4)和样品定容微管道(5))串连起来(如图2-(1)所示),其中每个结构单元除了包含一段样品定容微管道(5)外,还包含一个结晶剂进样口(6)、一段结晶剂进样微管道(7)、一段结晶剂定容微管道(8)、一个通气管道(9)、一个结晶微反应腔(10)、一个微隔离腔(11)和一段结晶剂储液微管道(12)(如图2-(2)所示),其中样品定容微管道(5)和结晶剂定容微管道(8)的一端均与结晶微反应腔(10)相连,且连接处定容微管道的截面小于结晶微反应腔的截面,使得此处因管道截面的突变形成毛细微阀结构,实现流体控制;另外,微隔离腔(11)两侧通过一组连接微管道(13)分别与结晶微反应腔(10)和结晶剂储液微管道(12)相连,且连接微管道与微隔离腔连接处的截面大大小于定容微管道与结晶微反应腔(10)连接处的截面(如图3所示),使得此处形成阻截能力更强的毛细微阀,阻止离心分配过程中微反应腔的液体因离心力作用进入微隔离腔,而导致结晶液与结晶剂储液直接接触。为了隔离各结晶微反应腔,保证结晶过程中各结晶微反应腔中气相扩散过程的独立性,圆盘状微流控芯片中还包含油相进样口(14)、油相进样微管道(15)和油相废液口(16),用以在完成液样分配后在管道中充入石蜡油,隔离各结晶微反应腔。
气相扩散型结晶芯片工作时,首先通过移液器在样品进样口(3)和结晶剂进样口(6)中分别加入待结晶的样品和结晶剂,液样在毛细力的作用下自动填充进样管道,并因毛细微阀作用,停止于结晶微反应腔(10)前(如图4-1和4-2所示)。然后利用胶带密封结晶芯片所有结晶剂进样口,并将芯片放置并固定于离心机上,通过旋转芯片,利用离心力使待结晶的样品溶液和结晶剂克服毛细微阀的阻力作用进入结晶微反应腔(10)中混合,由于微管道中液体所受离心的方向是从圆心辐射向外的,所以每个单元的微管道中仅有样品定容微管道(5)和结晶剂定容微管道(8)中的液体被离心至结晶微反应腔(10)中从而实现定量分配混合,形成结晶液(如图5阴影部分所示);另外,由于结晶剂进样口被密封,离心过程中结晶剂进样口中的结晶剂不会被“甩”出芯片,因此,在离心结束后,毛细作用将驱使结晶剂重新充满结晶剂定容微管道和结晶剂储液微管道完成样品和结晶剂分配后,在油相进样口(14)加入石蜡油,在毛细作用下,石蜡油自动充满油相进样微管道(15)和样品定容微管道(5),然后再次离心,使得石蜡油进入结晶微反应腔,封闭结晶液内侧(即靠近圆心的一侧),实现对各结晶微反应腔的隔离(如图6-(1)和6-(2)所示)。最后,用一层低通透性的聚偏二氯乙烯(PVDC)膜贴附在结晶芯片上表面,以防止芯片中溶剂的挥发,并将结晶芯片放置于4℃或25℃条件下进行结晶,间隔一定时间后对结晶芯片中各结晶微反应腔中结晶结果进行观察,以此确定合适的结晶条件。
实施例2
将实施例1制备的气相扩散型结晶芯片应用于梯度调控蛋白质结晶液饱和度,筛选优化的结晶条件,其方式为:首先如实施例1所述,在结晶芯片中完成蛋白质样品和结晶剂的进样和分配,并剥离密封各结晶试剂进样口的胶带,以吸水纸吸干各进样口的结晶剂;然后,根据梯度设计范围,在各进样口中滴加不同浓度和配比的结晶试剂,使得芯片上各结晶微反应腔中的结晶液与相应结晶剂储液微管道中的结晶试剂之间的化学势差呈梯度分布,从而使得各结晶微反应腔中蛋白质结晶液的溶剂扩散损失速率和趋向饱和的速率也呈梯度分布,由于蛋白质结晶液的过饱和度和过饱和速率对其形成晶体的大小和质量有直接影响,因此通过梯度式、系统地调控蛋白质结晶液的饱和速率,可以快速、高效地筛选出较优化的蛋白质结晶条件。
实施例3
将实施例1制备的气相扩散型结晶芯片应用于结晶初筛结果的原位优化,其方式为:首先如实施例1所述,将蛋白质样品溶液与多组结晶试剂定量分配混合,进行结晶条件的筛选;若观测到结晶芯片的某些结晶微反应腔中出现沉淀或者大量的小晶体或微晶,可剥离相应结晶试剂进样口的密封胶带,并吸干该进样口的结晶剂,在其中加入水溶液,再以胶带重新密封结晶剂进样口。由于水溶液的化学势高于结晶微反应腔中结晶液的化学势,因此,水分子将从结晶剂储液微管道经微隔离腔扩散至结晶微反应腔中,降低结晶液的饱和度,使得结晶微反应腔中的沉淀、小晶体或微晶重新溶解;观察到结晶微反应腔中绝大多数沉淀、小晶体或微晶溶解后,再次剥离相应结晶试剂进样口的密封胶带,并吸干该进样口的水溶液,再加入浓度比初始筛选浓度低的结晶剂,以胶带密封结晶剂进样口后重新静置结晶。由于在低饱和度的结晶液中,晶体生长速率与晶核生成速率的比值较大,结晶所形成的晶体也较大,晶形较完整,因此通过适当降低结晶剂的浓度,可以调控结晶液的趋向饱和的速率和结晶过程,优化结晶结果。若一次调控在结晶芯片中未获得适于衍射分析的单晶,可多次重复上述步骤,逐步调整结晶剂浓度,直至结晶微反应腔中形成体积较大的、适于X射线衍射分析的单晶。
Claims (10)
1.一种气相扩散型结晶芯片,其特征在于:
①所述结晶芯片是由一个表面加工有微管道结构且具有疏水特性的基片和一个表面平整且具有亲水特性的基片键合构成,使得该芯片利用毛细作用力实现微量液相样品在微管道中的自动化进样;
②表面加工有微管道结构的基片为圆盘状微流控芯片,包含多组辐射状对称排列的微结构单元,每个单元的结构至少包含一个结晶微反应腔、一个微隔离腔和一段结晶剂储液微管道,其中微隔离腔两侧通过连接微管道分别与微反应腔和结晶剂储液微管道相连,使得结晶微反应腔中的结晶液和结晶剂储液微管道中的结晶剂处于一个共通的空间,彼此之间可以发生气相物质交换,从而可以实现基于气相扩散模式的结晶筛选和优化实验。
2.根据权利要求1所述的结晶芯片,其特征在于所述圆盘状微流控芯片呈辐射状排列的每个结构单元除了包含一段样品定容管道外至少还包含一个结晶剂进样口、一段结晶剂进样微管道、一段样品定容微管道、一个通气管道、一个结晶微反应腔、一个微隔离腔以及一个短结晶剂储液微管道,其中样品定容微管道和结晶剂定容管道的一端均与微反应腔相连。
3.根据权利要求1所述的结晶芯片,其特征在于所述圆盘状微流控芯片中每个单元的定容微管道和微反应腔连接处的定容微管道端的截面小于微反应腔端的截面,从而使得两者相连处因管道截面突变形成毛细微阀结构,实现流体控制。
4.根据权利要求1所述的结晶芯片,其特征在于所述圆盘状微流控芯片利用毛细疏水阀和离心力的协同作用实现微量样品和结晶剂的并行定量分配和混合。
5.根据权利要求1或2所述的结晶芯片,其特征在于所述的微隔离腔两侧通过一组连接管道分别与结晶微反应腔和结晶剂储液管道相连,且连接微管道与微隔离腔连接处的界面小于定容微管道与结晶反应腔连接处的截面,使得连接微管道与微隔离腔的连接处形成具有更大阻力的毛细微阀,阻止样品和结晶剂离心分配过程中从结晶微反应腔进入微隔离腔中。
6.根据权利要求1所述的结晶芯片,其特征在于所述圆盘状微流控芯片中每个单元的结晶剂储液微管道中包含的结晶剂浓度和成分通过更换相应结晶剂进样口的溶液进行调节,从而利用结晶微反应腔中结晶液和结晶剂储液微管道中结晶剂之间化学势差的变化,主动调控结晶微反应腔中结晶液的过饱和度和过饱和速率。
7.根据权利要求1所述的结晶芯片,其特征在于圆盘状微流控芯片中还包含油相进样口、油相进样微管道和油相废液口,用以完成液样分配后在管道中充入石蜡油,隔离各结晶微反应腔。
8.使用按权利要求1所述的气相扩散型结晶芯片的方法,其特征在于包含以下步骤:
1)将待结晶的样品和结晶剂分别滴加在对应的进样口,使其在毛细作用的驱动下自动充满进样微管道和定容微管道,并因毛细疏水阀的阻力作用而自动停在定容微管道与微反应腔相接处;
2)利用胶带密封芯片所有结晶剂进样口,并将芯片置于离心装置上,通过旋转芯片,利用离心力使定容微管道中的样品和试剂克服毛细疏水阀的阻力进入微反应腔混合,从而实现定量分配和混合;
3)完成样品分配后,在芯片微管道中充入石蜡油,隔离各个结晶微反应腔,然后在芯片上表面贴附一层低通透性薄膜,抑制结晶过程中样品的水分和溶剂的挥发;
4)最后将芯片置于设定的常温环境下,进行结晶实验。
9.所述的气相扩散型结晶芯片用于结晶液饱和度的梯度调控,其特征在于:结晶芯片完成样品和试剂进样和分配后,剥离密封各结晶试剂进样口的胶带,并吸干各进样口的结晶剂;然后,根据梯度设计,在各进样口中滴加不同浓度和配比的结晶试剂,使得芯片上各结晶微反应腔中的结晶液与相应结晶剂储液微管道中的结晶试剂之间的化学势差呈梯度分布,从而使得各结晶微反应腔中结晶液的溶剂扩散损失速率和趋向饱和的速率也呈梯度分布,即可实现对芯片上各结晶反应腔中结晶液饱和度的梯度调控。
10.所述的气相扩散型结晶芯片用于原位优化的结晶初筛,其特征在于:对于结晶芯片的结晶微反应腔中出现沉淀或众多小晶体或微晶的情况,可剥离相应结晶试剂进样口的密封胶带,并吸干该进样口的结晶剂,加入水溶液,再以胶带重新密封结晶剂进样口,使得结晶微反应腔中的沉淀、小晶体或微晶重新溶解;待绝大多数沉淀、小晶体或微晶溶解后,再次剥离相应结晶试剂进样口的密封胶带,并吸干该进样口的水溶液,加入浓度低于初始筛选浓度的结晶剂,以胶带重新密封结晶剂进样口后静置结晶;可多次重复上述步骤,逐步调整结晶剂浓度,直至结晶微反应腔中形成体积较大的、适于X射线衍射分析的单晶。
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