CN104232629A - 检测脂环酸杆菌属微生物的组合物 - Google Patents

检测脂环酸杆菌属微生物的组合物 Download PDF

Info

Publication number
CN104232629A
CN104232629A CN201410354031.7A CN201410354031A CN104232629A CN 104232629 A CN104232629 A CN 104232629A CN 201410354031 A CN201410354031 A CN 201410354031A CN 104232629 A CN104232629 A CN 104232629A
Authority
CN
China
Prior art keywords
seq
nos
nucleic acid
acidocaldarius
aggregation
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201410354031.7A
Other languages
English (en)
Inventor
王彧
包赟
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Pall Corp
Original Assignee
Pall Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Pall Corp filed Critical Pall Corp
Publication of CN104232629A publication Critical patent/CN104232629A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Fruits And Vegetables (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Non-Alcoholic Beverages (AREA)

Abstract

检测脂环酸杆菌属微生物的组合物。本发明提供了核酸，核酸集合物，载体，试剂盒及用于食物中微生物的灵敏及特异检测的方法。所述核酸包括选自SEQ ID NOs：1-15的核苷酸序列，且长度至多为35个核苷酸。

Description

检测脂环酸杆菌属微生物的组合物
将电子提交的材料以引用方式并入本文
同此一并提交的并标识如下：2013年6月4日，文件名为《712628ST25.TXT》的一个13,658字节ASCII(文本)的计算机可读核苷酸/氨基酸序列表以引用方式全部并入本文。
背景技术
微生物(例如细菌)可能使生产过程中的或生产后的食物(例如果汁)变质。有些微生物可能导致食物变质和几种不良作用之任一种或多种，例如难闻的气味，讨厌的味道，以及食物食用不安全。未能准确而快速地检测使食物变质的微生物的存在可能增加食物变质的风险。快速而准确检测使食物变质的微生物的障碍可能包括，例如：用于检测该微生物的传统微生物学方法的持续时间冗长。该些传统方法可能需平均10-12天完成。准确检测的另一个障碍可能包括，例如：一些使食物变质的微生物的基因组序列与不使食物变质的微生物的基因组序列相似。
据此，需求用于检测使食物变质的微生物的改良组合物及方法。
发明内容
本发明的实施方案提供了核酸，其包含选自SEQ ID NOs：1-15的核苷酸序列且长度至多为35个核苷酸。
本发明的另一实施方案提供了核酸集合物，包括两种或更多种核酸，其中，每种核酸包含选自SEQ ID NOs：1-15的核苷酸序列且长度至多为35个核苷酸。
本发明的又一实施方案提供了载体，包括固定在该载体上的本发明的核酸或核酸集合物。
本发明的另一实施方案提供了用于检测食物中一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在的方法，该方法包括：(a)获得至少一种包含从食物中分离的微生物核酸的测试样品；(b)在允许本发明的核酸与所述微生物核酸之间形成复合物的条件下使本发明的核酸、核酸集合物或载体之任一种与所述至少一种测试样品接触；(c)检测所述复合物；以及(d)比较所述复合物在所述至少一种测试样品中的存在与缺少微生物核酸的阴性样品中复合物不存在，其中所述复合物的检测表明一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在。
本发明的优选实施方案提供了用于检测食物中一种或多种使食物变质的脂环酸杆菌属微生物的存在的方法，该方法包括：(a)获得至少一种包含从食物中分离的微生物核酸的测试样品；(b)在允许本发明的核酸与所述微生物核酸之间形成复合物的条件下使本发明的核酸、核酸集合物或载体之任一种与所述至少一种测试样品接触；(c)检测所述复合物；以及(d)比较所述复合物在所述至少一种测试样品中的存在与缺少微生物核酸的阴性样品中复合物不存在，其中所述复合物的检测表明一种或多种使食物变质的脂环酸杆菌属微生物的存在。
具体实施方式
本发明的实施方案提供了核酸，包括选自SEQ ID NOs：1-15的核苷酸序列且长度至多为35个核苷酸。在本发明的实施方案中，核苷酸序列可能包括附加核苷酸以至于长度至多为35个核苷酸。在这点上，本发明的实施方案提供了选自SEQ ID NOs：31-74且长度至多为35个核苷酸的核苷酸序列。在本发明的又一实施方案中，核酸包括选自SEQ ID NOs：16-30的核苷酸序列且长度至多为35个核苷酸。核酸可能具有至多为35个核苷酸的任何长度。例如：核酸可能具有至多为34，33，32，31，30，29，28，27，26，25，24，23，22，21，20，19，18，17，16或15个核苷酸的长度。在本发明的又一实施方案中，核酸可能由选自SEQ ID NOs：1-74的核苷酸序列组成。
在一实施方案中，核酸是分离或纯化的。本发明的核酸提供正向引物、反向引物以及探针，其可有利地与微生物核酸特异地杂交，用于检测食物中一种或多种微生物的存在。在一些实施方案中，引物与探针与特定的微生物属(此处称属特异性核酸)内的多个物种的核酸特异地杂交。在其他实施方案中，引物与探针与特定的微生物种(此处称种特异性核酸)的核酸特异地杂交。
本发明的属特异性核酸可用于检测食物样品中一种或多种可能或不可能使食物变质的微生物的存在。在本发明的实施方案中，该属特异性核酸可以特异地检测脂环酸杆菌属内的多种不同的微生物菌种之两种或更多种的存在。采用本发明的属特异性核酸检测的脂环酸杆菌属菌种的数量不限于且可包括，例如，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23或更多的脂环酸杆菌属菌种。采用本发明的属特异性核酸检测的脂环酸杆菌属菌的数量不限于且可包括，例如，10，20，30，40，50，60，70，80，90，100，110，120，130，140，150，160，170，180，190，200或更多的脂环酸杆菌属菌。通过本发明的属特异性核酸特异地检测的微生物示例菌种包括酸热脂环酸杆菌(Alicyclobacillus acidocaldarius)，污染脂环酸杆菌(Alicyclobacillus contaminans)，二硫化物氧化脂环酸杆菌(Alicyclobacillus disulfidooxidans)，苛求污染脂环酸杆菌(Alicyclobacillus fastidiosus)，氧化铁脂环酸杆菌(Alicyclobacillusferrooxydans)，橘皮苷脂环酸杆菌(Alicyclobacillus hesperidum)，果实脂环酸杆菌(Alicyclobacillus pomorum)，糖脂环酸杆菌(Alicyclobacillussacchari)，嗜酸耐热异养菌(Alicyclobacillus sendaiensis)，静冈市脂环酸杆菌(Alicyclobacillus shizuokensis)，抗逆性脂环酸杆菌(Alicyclobacillus tolerans)，火神脂环酸杆菌(Alicyclobacillusvulcanalis)，腾冲市脂环酸杆菌(Alicyclobacillus tengchongenesis)，酸土脂环酸杆菌(Alicyclobacillus acidoterrestris)，嗜酸脂环酸杆菌(Alicyclobacillus acidiphilus)，环庚基脂环酸杆菌(Alicyclobacilluscycloheptanicus)以及草脂环酸杆菌(Alicyclobacillus herbarius)的一种或多种。在优选实施方案中，本发明的属特异性核酸特异地检测酸土脂环酸杆菌，嗜酸脂环酸杆菌，环庚基脂环酸杆菌以及草脂环酸杆菌的一种或多种。在本发明的实施方案中，本发明的属特异性核酸可包含或由选自SEQ ID NOs：1-3，16-18及31-41的核苷酸序列组成。
本发明的种特异性核酸可能用于检测一种或多种使食物样品变质的微生物的存在。在本发明的实施方案中，本发明的核酸可能特定地检测使食物样品变质的脂环酸杆菌属内的多种不同的微生物菌种之任一种或多种的存在。可通过本发明的核酸特异地检测的使食物样品变质的微生物示例菌种包括酸土环脂酸杆菌，嗜酸脂环酸杆菌，环庚基脂环酸杆菌以及草脂环酸杆菌的一种或多种。在本发明的实施方案中，该种特异性核酸可能包含或由选自SEQ ID NOs：4-15，19-30及42-74的核苷酸序列组成。表1-4列出了本定明的属特异性核和种特异性核酸以及可采用本发明的核酸特异地检测的微生物的示例菌种。
表1
表2
表3
表4
本发明的核酸具有许多优势。该些优势可能包括，例如：微生物的快速、灵敏及特异检测。与使用例如市售的基于定量聚合酶链反应(qPCR)的方法检测一种引起腐败的菌种相比，本发明的核酸的组合也可以用于检测更大量的可导致变质的脂环酸杆菌属内的菌种，包括，例如：四个菌种。与使用例如市售的基于qPCR的方法检测38种脂环酸杆菌属菌相比，本发明的核酸也可以用于检测更大量的菌株，例如：超过200种脂环酸杆菌属菌。本发明的核酸的实施方案也使检测可能或不可能产生变质的脂环酸杆菌的存在成为可能，其有利地为确定脂环酸杆菌属微生物的存在大致提供了快速、灵敏的初步筛选测试。在测试可导致变质的脂环酸杆菌属微生物的特定菌种的存在之前，可以有利地采用该初步筛选测试。由于引起腐败的脂环酸杆菌属菌种与不引起腐败的脂环酸杆菌属菌种之间的高序列相似性，对产生变质的脂环酸杆菌属菌种的特异检测可能是挑战性的，本发明的核酸的实施方案有利地特异地检测产生变质的脂环酸杆菌属菌种。据此，本发明的核酸有利地使检测产生变质的脂环酸杆菌属微生物的存在以及避免食物中异味的污染及产生成为可能。
本发明的核酸能够特异地检测任何类型的微生物核酸。在本发明的一实施方案中，微生物核酸是DNA。在另一实施方案中，本发明的核酸是由任何SEQ IDNOs：1-74的互补核苷酸序列组成的核酸。与任何SEQ ID NOs：1-74互补的核酸可以检测微生物RNA。
本发明也提供了包含核苷酸序列的核酸，该核苷酸序列与本文描述的任何核酸同一性达至少约70％或更多，例如：约80％，约90％，约91％，约92％，约93％，约94％，约95％，约96％，约97％，约98％，或约99％。
在一实施方案中，本发明的核酸进一步地包括可检测标记。该标记可以是任何适应于检测本发明的核酸与微生物核酸杂交例如，复合物的标记。示例性可检测标记可以包括放射性标记，非放射性标记，荧光标记及化学发光标记的一种或多种。
本发明的另一实施方案提供了包括两种或更多种本文描述的核酸的核酸集合物。在本发明的一实施方案中，该集合物可以包括或进一步地包括与本文描述的任何核酸互补的核苷酸序列。该集合物可以包括任何合适数量的本发明的核酸。例如，该集合物可能包括约2-约75或更多的核酸，约10或更少至约70或更多的核酸，约20或更少至约60或更多的核酸，约30或更少至约50或更多的核酸。就这点而言，该集合物可能包括2或更多，3或更多，4或更多，5或更多，6或更多，7或更多，8或更多，9或更多，10或更多，11或更多，12或更多，13或更多，14或更多，15或更多，16或更多，17或更多，18或更多，19或更多，20或更多，21或更多，22或更多，23或更多，24或更多，25或更多，26或更多，27或更多，28或更多，29或更多，30或更多，31或更多，32或更多，33或更多，34或更多，35或更多，36或更多，37或更多，38或更多，39或更多，40或更多，41或更多，42或更多，43或更多，44或更多，45或更多，46或更多，47或更多，48或更多，49或更多，50或更多，51或更多，52或更多，53或更多，54或更多，55或更多，56或更多，57或更多，58或更多，59或更多，60或更多，61或更多，62或更多，63或更多，64或更多，65或更多，66或更多，67或更多，68或更多，69或更多，70或更多，71或更多，72或更多，73或更多，74或更多的核酸。尽管集合物中的所述两种或更多种核酸可相互相似，但是在优选的实施方案中，所述两种或更多种核酸彼此不同。据此，所述两种或更多种不同的核酸可能有利地与两种或更多种不同的微生物核酸杂交，从而检测食物中两种或更多种不同的微生物的存在。
在本发明的一实施方案中，核酸集合物包括第一核酸与第二核酸。第一核酸可能是本文描述的任何正向引物，第二核酸可能是本文描述的任何反向引物。就这点而言，该集合物可包括包含选自SEQ ID NOs：1，4，7，10，13，16，19，22，25，28，31-34，42-45，53-57，67及71-72的第一核酸和包含选自SEQ ID NOs：2，5，8，11，14，17，20，23，26，29，35-41，46-52，58-66，68-70及73-74的第二核酸，其中，两种或更多种核酸之每种的长度至多为35个核苷酸。在本发明的一实施方案中，该集合物包括核苷酸序列，该核苷酸序列包含：(a)SEQ ID NOs：1-2；(b)SEQ ID NOs：4-5；(c)SEQ ID NOs：7-8；(d)SEQ ID NOs：10-11；或(e)SEQ ID NOs：13-14，其中，两种或更多种核酸之每种的长度至多为35个核苷酸。在本发明的另一实施方案中，该集合物包括核酸，该核酸由下述组成：(a)SEQ ID NOs：16-17；(b)SEQ ID NOs：19-20；(c)SEQ ID NOs：22-23；(d)SEQ ID NOs：25-26；或(e)SEQ ID NOs：28-29。本文描述的集合物的核苷酸序列可能具有本发明其他方面描述的任何合适的长度。
在本发明的一实施方案中，该集合物的第一和第二核酸都是属特异性核酸。就这点而言，该集合物的第一和第二核酸可都与两种或更多种脂环酸杆菌属菌种杂交。在一实施方案中，该集合物可能包括属特异性集合物，其包括：(1)SEQ ID NOs：1与2；(2)SEQ ID NOs：1与17；(3)SEQ ID NOs：1与35；(4)SEQ ID NOs：1与36；(5)SEQ ID NOs：1与37；(6)SEQ ID NOs：1与38；(7)SEQ ID NOs：1与39；(8)SEQ ID NOs：1与40；(9)SEQ ID NOs：1与41；(10)SEQ ID NOs：16与2；(11)SEQ ID NOs：16与17；(12)SEQ ID NOs：16与35；(13)SEQ ID NOs：16与36；(14)SEQ ID NOs：16与37；(15)SEQID NOs：16与38；(16)SEQ ID NOs：16与39；(17)SEQ ID NOs：16与40；(18)SEQ ID NOs：16与41；(19)SEQ ID NOs：31与2；(20)SEQ ID NOs：31与17；(21)SEQ ID NOs：31与35；(22)SEQ ID NOs：31与36；(23)SEQID NOs：31与37；(24)SEQ ID NOs：31与38；(25)SEQ ID NOs：31与39；(26)SEQ ID NOs：31与40；(27)SEQ ID NOs：31与41；(28)SEQ ID NOs：32与2；(29)SEQ ID NOs：32与17；(30)SEQ ID NOs：32与35；(31)SEQ IDNOs：32与36；(32)SEQ ID NOs：32与37；(33)SEQ ID NOs：32与38；(34)SEQ ID NOs：32与39；(35)SEQ ID NOs：32与40；(36)SEQ ID NOs：32与41；(37)SEQ ID NOs：33与2；(38)SEQ ID NOs：33与17；(39)SEQ ID NOs：33与35；(40)SEQ ID NOs：33与36；(41)SEQ ID NOs：33与37；(42)SEQID NOs：33与38；(43)SEQ ID NOs：33与39；(44)SEQ ID NOs：33与40；(45)SEQ ID NOs：33与41；(46)SEQ ID NOs：34与2；(47)SEQ ID NOs：34与17；(48)SEQ ID NOs：34与35；(49)SEQ ID NOs：34与36；(50)SEQID NOs：34与37；(51)SEQ ID NOs：34与38；(52)SEQ ID NOs：34与39；(53)SEQ ID NOs：34与40；或(54)SEQ ID NOs：34与41。
在其他实施方案中，正向引物与反向引物都与相同微生物菌种的核酸杂交。就这点而言，该集合物的第一和第二核酸都与酸土脂环酸杆菌的核酸杂交。在一实施方案中，该集合物可能包括酸土脂环酸杆菌特异性集合物，其包括：(1)SEQ ID NOs：4与5；(2)SEQ ID NOs：4与20；(3)SEQ ID NOs：4与46；(4)SEQ ID NOs：4与47；(5)SEQ ID NOs：4与48；(6)SEQ ID NOs：4与49；(7)SEQ ID NOs：4与50；(8)SEQ ID NOs：4与51；(9)SEQ ID NOs：4与52；(10)SEQ ID NOs：19与5；(11)SEQ ID NOs：19与20；(12)SEQ ID NOs：19与46；(13)SEQ ID NOs：19与47；(14)SEQ ID NOs：19与48；(15)SEQID NOs：19与49；(16)SEQ ID NOs：19与50；(17)SEQ ID NOs：19与51；(18)SEQ ID NOs：19与52；(19)SEQ ID NOs：42与5；(20)SEQ ID NOs：42与20；(21)SEQ ID NOs：42与46；(22)SEQ ID NOs：42与47；(23)SEQID NOs：42与48；(24)SEQ ID NOs：42与49；(25)SEQ ID NOs：42与50；(26)SEQ ID NOs：42与51；(27)SEQ ID NOs：42与52；(28)SEQ ID NOs：43与5；(29)SEQ ID NOs：43与20；(30)SEQ ID NOs：43与46；(31)SEQ IDNOs：43与47；(32)SEQ ID NOs：43与48；(33)SEQ ID NOs：43与49；(34)SEQ ID NOs：43与50；(35)SEQ ID NOs：43与51；(36)SEQ ID NOs：43与52；(37)SEQ ID NOs：44与5；(38)SEQ ID NOs：44与20；(39)SEQ ID NOs：44与46；(40)SEQ ID NOs：44与47；(41)SEQ ID NOs：44与48；(42)SEQID NOs：44与49；(43)SEQ ID NOs：44与50；(44)SEQ ID NOs：44与51；(45)SEQ ID NOs：44与52；(46)SEQ ID NOs：45与5；(47)SEQ ID NOs：45与20；(48)SEQ ID NOs：45与46；(49)SEQ ID NOs：45与47；(50)SEQID NOs：45与48；(51)SEQ ID NOs：45与49；(52)SEQ ID NOs：45与50；(53)SEQ ID NOs：45与51；或(54)SEQ ID NOs：45与52。
在另一实施方案中，该集合物的第一和第二核酸可都与嗜酸脂环酸杆菌杂交。就这点而言，该集合物可能包括：(1)SEQ ID NOs：7与8；(2)SEQ ID NOs：7与23；(3)SEQ ID NOs：7与58；(4)SEQ ID NOs：7与59；(5)SEQ ID NOs：7与60；(6)SEQ ID NOs：7与61；(7)SEQ ID NOs：7与62；(8)SEQ ID NOs：7与63；(9)SEQ ID NOs：7与64；(10)SEQ ID NOs：7与65；(11)SEQ ID NOs：7与66；(12)SEQ ID NOs：22与8；(13)SEQ ID NOs：22与23；(14)SEQ IDNOs：22与58；(15)SEQ ID NOs：22与59；(16)SEQ ID NOs：22与60；(17)SEQ ID NOs：22与61；(18)SEQ ID NOs：22与62；(19)SEQ ID NOs：22与63；(20)SEQ ID NOs：22与64；(21)SEQ ID NOs：22与65；(22)SEQ ID NOs：22与66；(23)SEQ ID NOs：53与8；(24)SEQ ID NOs：53与23；(25)SEQ IDNOs：53与58；(26)SEQ ID NOs：53与59；(27)SEQ ID NOs：53与60；(28)SEQ ID NOs：53与61；(29)SEQ ID NOs：53与62；(30)SEQ ID NOs：53与63；(31)SEQ ID NOs：53与64；(32)SEQ ID NOs：53与65；(33)SEQ ID NOs：53与66；(34)SEQ ID NOs：54与8；(35)SEQ ID NOs：54与23；(36)SEQ IDNOs：54与58；(37)SEQ ID NOs：54与59；(38)SEQ ID NOs：54与60；(39)SEQ ID NOs：54与61；(40)SEQ ID NOs：54与62；(41)SEQ ID NOs：54与63；(42)SEQ ID NOs：54与64；(43)SEQ ID NOs：54与65；(44)SEQ ID NOs：54与66；(45)SEQ ID NOs：55与8；(46)SEQ ID NOs：55与23；(47)SEQ IDNOs：55与58；(48)SEQ ID NOs：55与59；(49)SEQ ID NOs：55与60；(50)SEQ ID NOs：55与61；(51)SEQ ID NOs：55与62；(52)SEQ ID NOs：55与63；(53)SEQ ID NOs：55与64；(54)SEQ ID NOs：55与65；(55)SEQ ID NOs：55与66；(56)SEQ ID NOs：56与8；(57)SEQ ID NOs：56与23；(58)SEQ IDNOs：56与58；(59)SEQ ID NOs：56与59；(60)SEQ ID NOs：56与60；(61)SEQ ID NOs：56与61；(62)SEQ ID NOs：56与62；(63)SEQ ID NOs：56与63；(64)SEQ ID NOs：56与64；(65)SEQ ID NOs：56与65；(66)SEQ ID NOs：56与66；(67)SEQ ID NOs：57与8；(68)SEQ ID NOs：57与23；(69)SEQ IDNOs：57与58；(70)SEQ ID NOs：57与59；(71)SEQ ID NOs：57与60；(72)SEQ ID NOs：57与61；(73)SEQ ID NOs：57与62；(74)57与63；(75)57与64；(76)SEQ ID NOs：57与65；或(77)SEQ ID NOs：57与66。
在另一实施方案，该集合物的第一和第二核酸可能都与环庚基脂环酸杆菌杂交。就这点而言，该集合物可能包括：(1)SEQ ID NOs：10与11；(2)SEQ IDNOs：10与26；(3)SEQ ID NOs：10与68；(4)SEQ ID NOs：10与69；(5)SEQ ID NOs：10与70；(6)SEQ ID NOs：25与11；(7)SEQ ID NOs：25与26；(8)SEQ ID NOs：25与68；(9)SEQ ID NOs：25与69；(10)SEQ ID NOs：25与70；(11)SEQ ID NOs：67与11；(12)SEQ ID NOs：67与26；(13)SEQ IDNOs：67与68；(14)SEQ ID NOs：67与69；或(15)SEQ ID NOs：67与70。
在另一实施方案中，该集合物的第一和第二核酸可能都与草脂环酸杆菌杂交。就这点而言，该集合物可能包括：(1)SEQ ID NOs：13与14；(2)SEQ IDNOs：13与29；(3)SEQ ID NOs：13与73；(4)SEQ ID NOs：13与74；(5)SEQ ID NOs：28与14；(6)SEQ ID NOs：28与29；(7)SEQ ID NOs：28与73；(8)SEQ ID NOs：28与74；(9)SEQ ID NOs：71与14；(10)SEQ ID NOs：71与29；(11)SEQ ID NOs：71与73；(12)SEQ ID NOs：71与74；(13)SEQ IDNOs：72与14；(14)SEQ ID NOs：72与29；(15)SEQ ID NOs：72与73；或(16)SEQ ID NOs：72与74。
在本发明的一实施方案中，核酸集体物可能包括至少一引物与探针，优选至少一正向引物，至少一反向引物以及至少一探针。该探针可能包括本发明其他方面描述的任何核酸。就这点而言，该集合物可能包括：(a)选自SEQ ID NOs：1，4，7，10，13，16，19，22，25，28，31-34，42-45，53-57，67与71-72的第一核酸；(b)选自SEQ ID NOs：2，5，8，11，14，17，20，23，26，29，35-41，46-52，58-66，68-70与73-74的第二核酸；以及(c)选自SEQ ID NOs：3，6，9，12，15，18，21，24，27与30的第三核酸，其中，每种核酸的长度至少为35个核苷酸。
在本发明的一实施方案中，该集合物的第一，第二和第三核酸都为属特异性核酸。就这点而言，该集合物的第一，第二和第三核酸都可与两种或更多种脂环酸杆菌属菌种的核酸杂交。在一实施方案中，该集合物包括与本文描述的任何属特异性集合物(1)-(54)组合的SEQ ID NOs：3或18。在一实施方案中，该集合物可能包括属特异性集合物，其包括：(1)SEQ ID NOs：1-3；(2)SEQ ID NOs：1，3与17；(3)SEQ ID NOs：1，3与35；(4)SEQ ID NOs：1，3与36；(5)SEQ ID NOs：1，3与37；(6)SEQ ID NOs：1，3与38；(7)SEQID NOs：1，3与39；(8)SEQ ID NOs：1，3与40；(9)SEQ ID NOs：1，3与41；(10)SEQ ID NOs：16，3与2；(11)SEQ ID NOs：16，3与17；(12)SEQID NOs：16，3与35；(13)SEQ ID NOs：16，3与36；(14)SEQ ID NOs：16，3与37；(15)SEQ ID NOs：16，3与38；(16)SEQ ID NOs：16，3与39；(17)SEQ ID NOs：16，3与40；(18)SEQ ID NOs：16，3与41；(19)SEQ ID NOs：31，3与2；(20)SEQ ID NOs：31，3与17；(21)SEQ ID NOs：31，3与35；(22)SEQ ID NOs：31，3与36；(23)SEQ ID NOs：31，3与37；(24)SEQ IDNOs：31，3与38；(25)SEQ ID NOs：31，3与39；(26)SEQ ID NOs：31，3与40；(27)SEQ ID NOs：31，3与41；(28)SEQ ID NOs：32，3与2；(29)SEQ ID NOs：32，3与17；(30)SEQ ID NOs：32，3与35；(31)SEQ ID NOs：32，3与36；(32)SEQ ID NOs：32，3与37；(33)SEQ ID NOs：32，3与38；(34)SEQ ID NOs：32，3与39；(35)SEQ ID NOs：32，3与40；(36)SEQ IDNOs：32，3与41；(37)SEQ ID NOs：33，3与2；(38)SEQ ID NOs：33，3与17；(39)SEQ ID NOs：33，3与35；(40)SEQ ID NOs：33，3与36；(41)SEQ ID NOs：33，3与37；(42)SEQ ID NOs：33，3与38；(43)SEQ ID NOs：33，3与39；(44)SEQ ID NOs：33，3与40；(45)SEQ ID NOs：33，3与41；(46)SEQ ID NOs：34，3与2；(47)SEQ ID NOs：34，3与17；(48)SEQ ID NOs：34，3与35；(49)SEQ ID NOs：34，3与36；(50)SEQ ID NOs：34，3与37；(51)SEQ ID NOs：34，3与38；(52)SEQ ID NOs：34，3与39；(53)SEQ IDNOs：34，3与40；(54)SEQ ID NOs：34，3与41；(55)SEQ ID NOs：1，2与18；(56)SEQ ID NOs：1，18与17；(57)SEQ ID NOs：1，18与35；(58)SEQ ID NOs：1，18与36；(59)SEQ ID NOs：1，18与37；(60)SEQ ID NOs：1，18与38；(61)SEQ ID NOs：1，18与39；(62)SEQ ID NOs：1，18与40；(63)SEQ ID NOs：1，18与41；(64)SEQ ID NOs：16，18与2；(65)SEQ IDNOs：16，18与17；(66)SEQ ID NOs：16，18与35；(67)SEQ ID NOs：16，18与36；(68)SEQ ID NOs：16，18与37；(69)SEQ ID NOs：16，18与38；(70)SEQ ID NOs：16，18与39；(71)SEQ ID NOs：16，18与40；(72)SEQ IDNOs：16，18与41；(73)SEQ ID NOs：31，18与2；(74)SEQ ID NOs：31，18与17；(75)SEQ ID NOs：31，18与35；(76)SEQ ID NOs：31，18与36；(77)SEQ ID NOs：31，18与37；(78)SEQ ID NOs：31，18与38；(79)SEQ IDNOs：31，18与39；(80)SEQ ID NOs：31，18与40；(81)SEQ ID NOs：31，18与41；(82)SEQ ID NOs：32，18与2；(83)SEQ ID NOs：32，18与17；(84)SEQ ID NOs：32，18与35；(85)SEQ ID NOs：32，18与36；(86)SEQ IDNOs：32，18与37；(87)SEQ ID NOs：32，18与38；(88)SEQ ID NOs：32，18与39；(89)SEQ ID NOs：32，18与40；(90)SEQ ID NOs：32，18与41；(91)SEQ ID NOs：33，18与2；(92)SEQ ID NOs：33，18与17；(93)SEQ IDNOs：33，18与35；(94)SEQ ID NOs：33，18与36；(95)SEQ ID NOs：33，18与37；(96)SEQ ID NOs：33，18与38；(97)SEQ ID NOs：33，18与39；(98)SEQ ID NOs：33，18与40；(99)SEQ ID NOs：33，18与41；(100)SEQID NOs：34，18与2；(101)SEQ ID NOs：34，18与17；(102)SEQ ID NOs：34，18与35；(103)SEQ ID NOs：34，18与36；(104)SEQ ID NOs：34，18与37；(105)SEQ ID NOs：34，18与38；(106)SEQ ID NOs：34，18与39；(107)SEQ ID NOs：34，18与40；或(108)SEQ ID NOs：34，18与41。
在本发明的一实施方案中，该集合物的第一，第二和第三核酸都为酸土脂环酸杆菌特异性核酸。就这点而言，该集合物的第一，第二和第三核酸都可与酸土脂环酸杆菌的核酸杂交。在一实施方案中，该集合物可包括与本文描述的任何酸土脂环酸杆菌特异性集合物(1)-(54)组合的SEQ ID NOs：6或21。在一实施方案中，该集合物可能包括酸土脂环酸杆菌特异性集合物，其包括：(1)SEQ ID NOs：4-6；(2)SEQ ID NOs：4，6与20；(3)SEQ ID NOs：4，6与46；(4)SEQ ID NOs：4，6与47；(5)SEQ ID NOs：4，6与48；(6)SEQ IDNOs：4，6与49；(7)SEQ ID NOs：4，6与50；(8)SEQ ID NOs：4，6与51；(9)SEQ ID NOs：4，6与52；(10)SEQ ID NOs：19，6与5；(11)SEQ ID NOs：19，6与20；(12)SEQ ID NOs：19，6与46；(13)SEQ ID NOs：19，6与47；(14)SEQ ID NOs：19，6与48；(15)SEQ ID NOs：19，6与49；(16)SEQ IDNOs：19，6与50；(17)SEQ ID NOs：19，6与51；(18)SEQ ID NOs：19，6与52；(19)SEQ ID NOs：42，6与5；(20)SEQ ID NOs：42，6与20；(21)SEQ ID NOs：42，6与46；(22)SEQ ID NOs：42，6与47；(23)SEQ ID NOs：42，6与48；(24)SEQ ID NOs：42，6与49；(25)SEQ ID NOs：42，6与50；(26)SEQ ID NOs：42，6与51；(27)SEQ ID NOs：42，6与52；(28)SEQ IDNOs：43，6与5；(29)SEQ ID NOs：43，6与20；(30)SEQ ID NOs：43，6与46；(31)SEQ ID NOs：43，6与47；(32)SEQ ID NOs：43，6与48；(33)SEQ ID NOs：43，6与49；(34)SEQ ID NOs：43，6与50；(35)SEQ ID NOs：43，6与51；(36)SEQ ID NOs：43，6与52；(37)SEQ ID NOs：44，6与5；(38)SEQ ID NOs：44，6与20；(39)SEQ ID NOs：44，6与46；(40)SEQ IDNOs：44，6与47；(41)SEQ ID NOs：44，6与48；(42)SEQ ID NOs：44，6与49；(43)SEQ ID NOs：44，6与50；(44)SEQ ID NOs：44，6与51；(45)SEQ ID NOs：44，6与52；(46)SEQ ID NOs：45，6与5；(47)SEQ ID NOs：45，6与20；(48)SEQ ID NOs：45，6与46；(49)SEQ ID NOs：45，6与47；(50)SEQ ID NOs：45，6与48；(51)SEQ ID NOs：45，6与49；(52)SEQ IDNOs：45，6与50；(53)SEQ ID NOs：45，6与51；(54)SEQ ID NOs：45，6与52；(55)SEQ ID NOs：4-6；(56)SEQ ID NOs：4，21与20；(57)SEQ IDNOs：4，21与46；(58)SEQ ID NOs：4，21与47；(59)SEQ ID NOs：4，21与48；(60)SEQ ID NOs：4，21与49；(61)SEQ ID NOs：4，21与50；(62)SEQ ID NOs：4，21与51；(63)SEQ ID NOs：4，21与52；(64)SEQ ID NOs：19，21与5；(65)SEQ ID NOs：19，21与20；(66)SEQ ID NOs：19，21与46；(67)SEQ ID NOs：19，21与47；(68)SEQ ID NOs：19，21与48；(69)SEQ ID NOs：19，21与49；(70)SEQ ID NOs：19，21与50；(71)SEQ ID NOs：19，21与51；(72)SEQ ID NOs：19，21与52；(73)SEQ ID NOs：42，21与5；(74)SEQ ID NOs：42，21与20；(75)SEQ ID NOs：42，21与46；(76)SEQ ID NOs：42，21与47；(77)SEQ ID NOs：42，21与48；(78)SEQ ID NOs：42，21与49；(79)SEQ ID NOs：42，21与50；(80)SEQ ID NOs：42，21与51；(81)SEQ ID NOs：42，21与52；(82)SEQ ID NOs：43，21与5；(83)SEQ ID NOs：43，21与20；(84)SEQ ID NOs：43，21与46；(85)SEQ ID NOs：43，21与47；(86)SEQ ID NOs：43，21与48；(87)SEQ ID NOs：43，21与49；(88)SEQ ID NOs：43，21与50；(89)SEQ ID NOs：43，21与51；(90)SEQ ID NOs：43，21与52；(91)SEQ ID NOs：44，21与5：(92)SEQ ID NOs：44，21与20；(93)SEQ ID NOs：44，21与46；(94)SEQ ID NOs：44，21与47；(95)SEQ ID NOs：44，21与48；(96)SEQ ID NOs：44，21与49；(97)SEQ ID NOs：44，21与50；(98)SEQ ID NOs：44，21与51；(99)SEQ ID NOs：44，21与52；(100)SEQ ID NOs：45，21与5；(101)SEQ ID NOs：45，21与20；(102)SEQ ID NOs：45，21与46；(103)SEQ ID NOs：45，21与47；(104)SEQ ID NOs：45，21与48；(105)SEQ ID NOs：45，21与49；(106)SEQ ID NOs：45，21与50；(107)SEQ ID NOs：45，21与51；或(108)SEQ IDNOs：45，21与52。
在本发明的一实施方案中，该集合物的第一，第二和第三核酸都为嗜酸脂环酸杆菌特异性核酸。就这点而言，该集合物的第一，第二和第三核酸都可与嗜酸脂环酸杆菌的核酸杂交。在一实施方案中，该集合物可能包括与本文描述的任何嗜酸脂环酸杆菌特异性集合物(1)-(77)组合的SEQ ID NOs：9或24。在一实施方案中，该集合物可能包括嗜酸脂环酸杆菌特异性集合物，其包括：(1)SEQ ID NOs：7-9；(2)SEQ ID NOs：7，9与23；(3)SEQ ID NOs：7，9与58；(4)SEQ ID NOs：7，9与59；(5)SEQ ID NOs：7，9与60；(6)SEQ IDNOs：7，9与61；(7)SEQ ID NOs：7，9与62；(8)SEQ ID NOs：7，9与63；(9)SEQ ID NOs：7，9与64；(10)SEQ ID NOs：7，9与65；(11)SEQ ID NOs：7，9与66；(12)SEQ ID NOs：22，9与8；(13)SEQ ID NOs：22，9与23；(14)SEQ ID NOs：22，9与58；(15)SEQ ID NOs：22，9与59；(16)SEQ IDNOs：22，9与60；(17)SEQ ID NOs：22，9与61；(18)SEQ ID NOs：22，9与62；(19)SEQ ID NOs：22，9与63；(20)SEQ ID NOs：22，9与64；(21)SEQ ID NOs：22，9与65；(22)SEQ ID NOs：22，9与66；(23)SEQ ID NOs：53，9与8；(24)SEQ ID NOs：53，9与23；(25)SEQ ID NOs：53，9与58；(26)SEQ ID NOs：53，9与59；(27)SEQ ID NOs：53，9与60；(28)SEQ IDNOs：53，9与61；(29)SEQ ID NOs：53，9与62；(30)SEQ ID NOs：53，9与63；(31)SEQ ID NOs：53，9与64；(32)SEQ ID NOs：53，9与65；(33)SEQ ID NOs：53，9与66；(34)SEQ ID NOs：54，9与8；(35)SEQ ID NOs：54，9与23；(36)SEQ ID NOs：54，9与58；(37)SEQ ID NOs：54，9与59；(38)SEQ ID NOs：54，9与60；(39)SEQ ID NOs：54，9与61；(40)SEQ IDNOs：54，9与62；(41)SEQ ID NOs：54，9与63；(42)SEQ ID NOs：54，9与64；(43)SEQ ID NOs：54，9与65；(44)SEQ ID NOs：54，9与66；(45)SEQ ID NOs：55，9与8；(46)SEQ ID NOs：55，9与23；(47)SEQ ID NOs：55，9与58；(48)SEQ ID NOs：55，9与59；(49)SEQ ID NOs：55，9与60；(50)SEQ ID NOs：55，9与61；(51)SEQ ID NOs：55，9与62；(52)SEQ IDNOs：55，9与63；(53)SEQ ID NOs：55，9与64；(54)SEQ ID NOs：55，9与65；(55)SEQ ID NOs：55，9与66；(56)SEQ ID NOs：56，9与8；(57)SEQ ID NOs：56，9与23；(58)SEQ ID NOs：56，9与58；(59)SEQ ID NOs：56，9与59；(60)SEQ ID NOs：56，9与60；(61)SEQ ID NOs：56，9与61；(62)SEQ ID NOs：56，9与62；(63)SEQ ID NOs：56，9与63；(64)SEQ IDNOs：56，9与64；(65)SEQ ID NOs：56，9与65；(66)SEQ ID NOs：56，9与66；(67)SEQ ID NOs：57，9与8；(68)SEQ ID NOs：57，9与23；(69)SEQ ID NOs：57，9与58；(70)SEQ ID NOs：57，9与59；(71)SEQ ID NOs：57，9与60；(72)SEQ ID NOs：57，9与61；(73)SEQ ID NOs：57，9与62；(74)SEQ ID NOs：57，9与63；(75)SEQ ID NOs：57，9与64；(76)SEQ IDNOs：57，9与65；(77)SEQ ID NOs：57，9与66；(78)SEQ ID NOs：7，8与24；(79)SEQ ID NOs：7，24与23；(80)SEQ ID NOs：7，24与58；(81)SEQ ID NOs：7，24与59；(82)SEQ ID NOs：7，24与60；(83)SEQ ID NOs：7，24与61；(84)SEQ ID NOs：7，24与62；(85)SEQ ID NOs：7，24与63；(86)SEQ ID NOs：7，24与64；(87)SEQ ID NOs：7，24与65；(88)SEQ IDNOs：7，24与66；(89)SEQ ID NOs：22，24与8；(90)SEQ ID NOs：22，24与23；(91)SEQ ID NOs：22，24与58；(92)SEQ ID NOs：22，24与59；(93)SEQ ID NOs：22，24与60；(94)SEQ ID NOs：22，24与61；(95)SEQ ID NOs：22，24与62；(96)SEQ ID NOs：22，24与63；(97)SEQ ID NOs：22，24与64；(98)SEQ ID NOs：22，24与65；(99)SEQ ID NOs：22，24与66；(100)SEQ ID NOs：53，24与8；(101)SEQ ID NOs：53，24与23；(102)SEQ ID NOs：53，24与58；(103)SEQ ID NOs：53，24与59；(104)SEQ ID NOs：53，24与60；(105)SEQ ID NOs：53，24与61；(106)SEQ ID NOs：53，24与62；(107)SEQ ID NOs：53，24与63；(108)SEQ ID NOs：53，24与64；(109)SEQ ID NOs：53，24与65；(110)SEQ ID NOs：53，24与66；(111)SEQ ID NOs：54，24与8；(112)SEQ ID NOs：54，24与23；(113)SEQ ID NOs：54，24与58；(114)SEQ ID NOs：54，24与59；(115)SEQ ID NOs：54，24与60；(116)SEQ ID NOs：54，24与61；(117)SEQ ID NOs：54，24与62；(118)SEQ ID NOs：54，24与63；(119)SEQ ID NOs：54，24与64；(120)SEQ ID NOs：54，24与65；(121)SEQ ID NOs：54，24与66；(122)SEQ ID NOs：55，24与8；(123)SEQ ID NOs：55，24与23；(124)SEQ ID NOs：55，24与58；(125)SEQ ID NOs：55，24与59；(126)SEQ ID NOs：55，24与60；(127)SEQ ID NOs：55，24与61；(128)SEQ ID NOs：55，24与62；(129)SEQ ID NOs：55，24与63；(130)SEQ ID NOs：55，24与64；(131)SEQ ID NOs：55，24与65；(132)SEQ ID NOs：55，24与66；(133)SEQ ID NOs：56，24与8；(134)SEQID NOs：56，24与23；(135)SEQ ID NOs：56，24与58；(136)SEQ ID NOs：56，24与59；(137)SEQ ID NOs：56，24与60；(138)SEQ ID NOs：56，24与61；(139)SEQ ID NOs：56，24与62；(140)SEQ ID NOs：56，24与63；(141)SEQ ID NOs：56，24与64；(142)SEQ ID NOs：56，24与65；(143)SEQ ID NOs：56，24与66；(144)SEQ ID NOs：57，24与8；(145)SEQ ID NOs：57，24与23；(146)SEQ ID NOs：57，24与58；(147)SEQ ID NOs：57，24与59；(148)SEQ ID NOs：57，24与60；(149)SEQ ID NOs：57，24与61；(150)SEQ ID NOs：57，24与62；(151)SEQ ID NOs：57，24与63；(152)SEQ ID NOs：57，24与64；(153)SEQ ID NOs：57，24与65；或(154)SEQ IDNOs：57，24与66；
在本发明的一实施方案中，该集合物的第一，第二和第三核酸都为环庚基脂环酸杆菌特异性核酸。就这点而言，该集合物的第一，第二和第三核酸都可与环庚基脂环酸杆菌的核酸杂交。在一实施方案中，该集合物可包括与本文描述的任何环庚基脂环酸杆菌特异性集合物(1)-(15)组合的SEQ ID NOs：12或27。在一实施方案中，该集合物可能包括环庚基脂环酸杆菌特异性集合物，其包括：(1)SEQ ID NOs：10-12；(2)SEQ ID NOs：10，12与26；(3)SEQ IDNOs：10，12与68；(4)SEQ ID NOs：10，12与69；(5)SEQ ID NOs：10，12与70；(6)SEQ ID NOs：25，12与11；(7)SEQ ID NOs：25，12与26；(8)SEQ ID NOs：25，12与68；(9)SEQ ID NOs：25，12与69；(10)SEQ ID NOs：25，12与70；(11)SEQ ID NOs：67，12与11；(12)SEQ ID NOs：67，12与26；(13)SEQ ID NOs：67，12与68；(14)SEQ ID NOs：67，12与69；(15)SEQ ID NOs：67，12与70；(16)SEQ ID NOs：10，11与27；(17)SEQ ID NOs：10，27与26；(18)SEQ ID NOs：10，27与68；(19)SEQ ID NOs：10，27与69；(20)SEQ ID NOs：10，27与70；(21)SEQ ID NOs：25，27与11；(22)SEQ ID NOs：25，27与26；(23)SEQ ID NOs：25，27与68；(24)SEQ ID NOs：25，27与69；(25)SEQ ID NOs：25，27与70；(26)SEQ ID NOs：67，27与11；(27)SEQ ID NOs：67，27与26；(28)SEQ ID NOs：67，27与68；(29)SEQ ID NOs：67，27与69；或(30)SEQ ID NOs：67，27与70；
在本发明的一实施方案中，该集合物的第一，第二和第三核酸都为草脂环酸杆菌特异性核酸。就这点而言，该集合物的第一，第二和第三核酸都可与草脂环酸杆菌的核酸杂交。在一实施方案中，该集合物可能包括与本文描述的任何草脂环酸杆菌特异性集合物(1)-(16)组合的SEQ ID NOs：15或30。在一实施方案中，该集合物可包括草脂环酸杆菌特异性集合物，其包括：(1)SEQID NOs：13-15；(2)SEQ ID NOs：13，15与29；(3)SEQ ID NOs：13，15与73；(4)SEQ ID NOs：13，15与74；(5)SEQ ID NOs：28，15与14；(6)SEQID NOs：28，15与29；(7)SEQ ID NOs：28，15与73；(8)SEQ ID NOs：28，15与74；(9)SEQ ID NOs：71，15与14；(10)SEQ ID NOs：71，15与29；(11)SEQ ID NOs：71，15与73；(12)SEQ ID NOs：71，15与74；(13)SEQ IDNOs：72，15与14；(14)SEQ ID NOs：72，15与29；(15)SEQ ID NOs：72，15与73；(16)SEQ ID NOs：72，15与74；(17)SEQ ID NOs：13，14与30；(18)SEQ ID NOs：13，30与29；(19)SEQ ID NOs：13，30与73；(20)SEQ IDNOs：13，30与74；(21)SEQ ID NOs：28，30与14；(22)SEQ ID NOs：28，30与29；(23)SEQ ID NOs：28，30与73；(24)SEQ ID NOs：28，30与74；(25)SEQ ID NOs：71，30与14；(26)SEQ ID NOs：71，30与29；(27)SEQ IDNOs：71，30与73；(28)SEQ ID NOs：71，30与74；(29)SEQ ID NOs：72，30与14；(30)SEQ ID NOs：72，30与29；(31)SEQ ID NOs：72，30与73；或(32)SEQ ID NOs：72，30与74。
在一实施方案中，该集合物包括两种或更多种核酸，其包含(a)SEQ ID NOs：1-3；(b)SEQ ID NOs：4-6；(c)SEQ ID NOs：7-9；(d)SEQ ID NOs：10-12；或(e)SEQ ID NOs：13-15，其中，每种核酸的长度至多为35个核苷酸。在另一实施方案中，该集合物包括两种或更多种核酸，其由以下组成：(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ ID NOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；或(e)SEQ ID NOs：28-30。在一实施方案中，该集合物可能包括一个或多个SEQID NOs：1-74的互补序列。
该核酸集合物可包括单独地用于或与上述描述的任何属特异性核酸结合地用于检测本文描述的任一种，两种，三种或四种脂环酸杆菌属菌种的核酸。在本发明的一实施方案中，该核酸集合物包括与本文描述的任何属特异性核酸结合地用于检测本文描述的四种脂环酸杆菌属菌种的核酸。
本文使用的“核苷酸序列”或“核酸”包括“多核苷酸”，“寡核苷酸”以及“核酸分子”，并且一般指DNA或RNA的聚合物，其可以是单链或双链，合成的或从天然源料获得的(例如分离的和/或纯化的)，其可以包括天然，非天然或改性核苷酸，并且包括天然，非天然或改性核苷酸间连键，例如代替未改性寡核苷酸的核苷酸之间发现的磷酸二酯的氨基磷酸键或硫代磷酸键。通常优选地，本发明的核酸不包括任何插入、缺失、和/或替换。然而，在本文讨论的一些举例中，该核酸可能适合包括一个或多个插入、缺失、和/或替换。
本发明的核酸可以采用本领域已知的程序在化学合成和/或酶连接反应的基础上构建。例如，详见由Sambrook等人发表的纽约冷泉港实验室出版社2001年出版的《分子克隆：实验指南》第3版，以及由Ausubel等人发表的纽约格林出版协会与约翰威立国际出版社1994年出版的《现代分子生物学实施技术》。核酸可以采用天然存在的核苷酸或用于提高分子生物稳定性或用于提高经杂交形成的双链体的物理稳定性的以不同的方式修饰的核苷酸(例如：硫代磷酸衍生物及吖啶取代核苷酸)化学合成。可以用于产生核酸的修饰的核苷酸示例包括，但不限于，5-氟尿嘧啶，5-溴尿嘧啶，5-氯尿嘧啶，5-碘尿嘧啶，次黄嘌呤，黄嘌呤，4-乙酰胞嘧啶，5-(羧羟甲基)尿嘧啶，5-羧甲基氨甲基-2-硫代尿苷，5-羧甲基氨甲基尿嘧啶，二氢尿嘧啶，β-D-半乳糖Q核苷，肌苷，N6-异戊烯基腺嘌呤，1-甲基鸟嘌呤，1-甲基肌苷，2，2-二甲基鸟嘌呤，2-甲基腺嘌呤，2-甲基鸟嘌呤，3-甲基胞嘧啶，5-甲基胞嘧啶，N6-取代腺嘌呤，7-甲基鸟嘌呤，5-甲基氨甲基尿嘧啶，5-甲氧基氨基甲基-2-硫脲嘧啶，β-D-甘露糖Q核苷，5’-甲氧基羧甲基尿嘧啶，5-甲氧基尿嘧啶，2-甲硫基-N6-异戊烯基腺嘌呤，尿嘧啶-5-羟乙酸(v)，wybutoxosine，假尿嘧啶，Q核苷，2-巯基胞嘧啶，5-甲基-2-硫脲嘧啶，2-硫脲嘧啶，4-硫脲嘧啶，5-甲基尿嘧啶，尿嘧啶-5-羟乙酸甲脂，3-(3-氨基-3-N-2-羧甲基丙基)尿嘧啶以及2，6-二氨基嘌呤。或者，本发明的一种或多种核酸可以从Macromolecular Resources(美国科罗拉多州柯林斯堡)以及Synthegen(美国得克萨斯州休斯顿)等公司购买。
本发明一实施方案提供了包含用于特异地检测一种或多种微生物的一种或多种菌种的核酸集合物的试剂盒。该试剂盒包括一种或多种单独地用于或与本文描述的任何属特异性集合物结合地用于检测本文描述的任一种，两种，三种或四种脂环酸杆菌属菌种的核酸集合物。在本发明的一实施方案中，该试剂盒包括与本文描述的任何属特异性集合物结合地用于检测本文描述的四种脂环酸杆菌属菌种的核酸集合物。在本发明的一实施方案中，该试剂盒可能进一步地包括DNA聚合酶、缓冲液、脱氧核糖核苷酸三磷酸(dNTP)以及Mg++的任一种或多种。
DNA聚合酶不受限制并且可以为任何适合qPCR或PCR的DNA聚合酶。DNA聚合酶示例包括栖热水生菌(Taq)聚合酶以及强烈火球菌(Pfu)聚合酶。
缓冲液不受限制，可能为任何适合qPCR或PCR的缓冲液。缓冲液示例包括氯化钾(KCl)，三羟甲基氨基甲烷(Tris)与氯化镁(MgCl2)的混合物以及硫酸铵(NH4)2SO4，三羟甲基氨基甲烷-氯化氢(Tris-HCl)，MgCl2，β-巯基乙醇与乙二胺四乙酸(EDTA)的组合。
本发明的一实施方案提供了包含本文描述的固定在其上的本发明的任何核酸或核酸集合物的载体。本发明的另一实施方案提供了一种包含固定在其上的待测试的样品的载体，并且一种或多种核酸或一种或多种核酸集合物应用于载体。该载体可能是适合固定本发明的核酸的任何载体。美国专利No.6821771描述了典型的载体，其以引用方式全部并入本文。其他典型的载体包括GENEDISC板，可从美国纽约州华盛顿港市的颇尔公司买到。
载体可能进一步地包括可检测标记。该标记可以是任何适合于检测本发明的核酸与微生物核酸的复合物的标记。示例性的可检测标记可包括放射性际记，非放射性标记，荧光标记及化学发光标记的一种或多种。
本发明的又一实施方案提供了检测食物中一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在的方法，该方法包括：(a)获得至少一种包含从食物中分离的微生物核酸的测试样品；(b)在允许本发明核酸与微生物核酸之间形成复合物的条件下使本文描述的本发明的核酸，核酸集合物或载体之一与至少一种测试样品接触；(c)检测该复合物；以及(d)比较该复合物在至少一种测试样品中的存在与缺少微生物核酸的阴性样本中复合物不存在，其中该复合物的检测表明一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在。
该方法可包括：获得待测试的食物样品以及以任何适合的方法在样品中培育微生物。例如，倘若食物是果汁，样品可能是浓缩果汁，巴氏消毒果汁，未经巴氏消毒的果汁，其他果汁或者果汁添加剂或成分的一种或多种。果汁添加剂及成分可能包括，例如，水(例如冷凝水和/或加入最终果汁产品的水)，可溶解的添加剂以及像糖(固态或液态)之类的甜味剂的一种或多种。
该方法可包括：在本领域已知的任何适合的培养基中培养微生物。培养基可能根据待测试的食物及微生物的性质选择。典型的培养基可能包括酵母-蔗糖-葡萄糖(YSG)培养基，土豆葡萄糖培养基，用于脂环酸杆菌(BAT)培养基的浓汤。
微生物可以在本领域已知的任何合适的温度下培养任何时间。选择的培养温度与时间取决于待测试的食物与微生物的性质。例如，微生物可以在温度约为40-约60摄氏度，优选约45-约50摄氏度下培养。微生物可以培养约1-约14天，优选约2-约7天。
该方法可包括：采用本领域已知的任何合适的方式从微生物提取核酸。核酸可能是RNA和/或DNA。本领域已知的用于提取核酸的方案可能根据待测试的食物，微生物及核酸的性质选择。优选地，采用裂解革兰氏阳性细菌及革兰氏阴性细菌以及不使用聚合酶链反应(PCR)抑制剂回收可测试数量的DNA的方式来提取核酸。核酸的提取可以使用根据厂家指示使用多种市面上的核酸提取试剂盒之任一种进行。典型的DNA提取试剂盒包括，例如PFOOD试剂盒(可从美国纽约州华盛顿港市的颇尔公司买到)。
该方法包括：在允许本发明核酸与微生物核酸之间形成复合物的条件下使本发明的核酸，核酸集合物或载体与至少一种测试样品接触。就这点而言，该方法包括：在允许本发明核酸与本领域已知的微生物核酸特异杂交的条件下使提取的核酸样品与本发明的核酸接触。该方法可包括：使用本领域已知的任何合适的类型的PCR扩增本发明的核酸与微生物核酸。
该方法包括：检测复合物。该复合物可能使用，例如，本领域已知的放射性标记或染料检测。在优选的实施方案中，该方法包括：使用，例如，激光，测量荧光染料发射的光。检测复合物可任选地进一步地包括：测量形成的复合物的数量。
该方法可进一步地包括：比较复合物在至少一种测试样品中的存在与缺少微生物核酸的阴性样品中复合物不存在。至少一种测试样品中存在复合物表明一种或多种微生物的存在，至少一种测试样品中缺少复合物表明一种或多种微生物的缺少。在本发明的一实施方案，该方法包括：确定由缺少微生物核酸的阴性样品中的标记产生的信号的背景值，以及比较信号的背景值与测试样品中检测到的信号值。测试样品的信号值高于或低于阴性样品测量的信号值可能表明一种或多种微生物的存在。
在一实施方案中，该方法任选地包括：比较至少一种测试样品中的复合物数量与缺少微生物核酸的阴性样品中的复合物数量，其中，至少一种测试样品中的复合物数量增加表明一种或多种微生物的存在。就这点而言，倘若样品中检测的复合物数量不多于缺少微生物核酸的阴性样品中检测的复合物数量，则样品对于使食物变质的微生物是阴性的。倘若样品中检测的复合物数量多于缺少微生物核酸的阴性样品中检测的复合物数量，则样品对于使食物变质的微生物是阳性的。
该方法可能有利地包括：同时测试多于一种食物样品中的微生物的存在。就这点而言，至少一种测试样品可能是先后或同时测试的两种或更多种不同的样品，例如：3或更多，4或更多，5或更多，6或更多，7或更多，8或更多，9或更多，10或更多，11或更多，12或更多，13或更多，14或更多，15或更多，16或更多，17或更多，18或更多，19或更多，20或更多的，先后或同时的样品。
该方法可能包括：检测任一种或多种使食物变质的微生物的存在。在本发明的一实施方案中，该方法包括：检测食物样品中一种或多种可或不能使食物变质的脂环酸杆菌属的微生物的存在。就这点而言，该方法可包括：使用本文描述的任何属特异性核酸或其集合物检测脂环酸杆菌属中多种不同的微生物菌种之任两种或更多种的存在。
在另一实施方案中，该方法包括：检测食物样品中一种或多种产生变质的微生物菌种的存在。就这点而言，该方法可包括：使用本文描述的任何种特异性核酸或其核酸集合物检测食物样品中产生变质的脂环酸杆菌中多种不同的微生物菌种之任两种或更多种的存在。该包括可能包括：检测酸土脂环酸杆菌，嗜酸脂环酸杆菌，环庚基脂环酸杆菌及草脂环酸杆菌的任一种或多种。
该方法可能包括：检测任何食物中的微生物。食物可能是，例如，乳制品；脂肪，油及脂肪乳剂；食用冰(包括，例如冰冻果子露及果汁冰糕)；水果及蔬菜(包括，例如蘑菇及真菌，根及块茎，豆和豆荚，以及芦荟)；海藻；坚果和种子；糖果；谷类及谷类食品；焙烤食品(例如，面包)；肉及肉制品(包括，例如家禽和野味)；鱼及鱼制品(包括软体动物，甲壳动物以及棘皮动物)；蛋及蛋制品；甜味剂，包括，例如蜂蜜及糖(固态或液态)；盐，调料，汤，酱，色拉，蛋白质产品；特别具有营养价值的食物；以及饮料(例如：水，果汁，啤酒及红酒)之任一种或多种。在优选的实施方案中，食物是果汁。
本发明的另一实施方案提供了检测环境中一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在的方法，该方法包括：(a)获得至少一种包含从环境中分离的微生物核酸的测试样品；(b)在允许本发明的核酸与微生物核酸之间形成复合物的条件下使本文描述的本发明的核酸，核酸集合物或载体之一与至少一种测试样品接触；(c)检测该复合物；以及(d)比较该复合物在至少一种测试样品中的存在与缺少微生物核酸的阴性样本中复合物不存在，其中该复合物的检测表明一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在。在本发明的一实施方案中，环境是指食物生产，加工和/或包装(例如装瓶)发生的环境。例如，环境样品可能是空气样品或来自食物生产，加工和/或包装(例如装瓶)采用的物体表面的样品。例如，表面可为瓶子表面或可以用于包装食物。该方法可另外在本发明的其他方面中加以描述。
此处使用的术语“分离的”指远离天然环境。术语“纯化的”指纯度增加了，其中，“纯度”是相对术语，没必须被理解为绝对纯度。例如，纯度可以至少为约50％，可大于60％，70％或80％，90％或可以是100％。
下述实施例进一步地阐述本发明，当然，但不能限制本发明的范围。
实施例1
该实施例表明使用本发明的核酸检测通常是脂环酸杆菌属(脂环酸杆菌属的种)中的微生物以及酸土脂环酸杆菌，嗜酸脂环酸杆菌，环庚基脂环酸杆菌与草脂环酸杆菌。
脂环酸杆菌属菌种是从美国典型培养物保藏中心(ATCC)或莱布尼兹研究所DSMZ-德意志微生物保藏中心(DSM)获得的。基因组DNA是采用DNA提取试剂盒(可从美国纽约州华盛顿港市的颇尔公司买到)从酸热脂环酸杆菌(ATCC43034)，酸土脂环酸杆菌(DSM2498)，嗜酸脂环酸杆菌(DSM14558)，环庚基脂环酸杆菌(ATCC49029)以及草脂环酸杆菌(DSM13609)分离的(“靶DNA”)。细菌DNA是使用10mM的Tris-pH8.3稀释成每微升含150000个基因组单位(GU)。Tris-pH8.3缓冲液(10mM)作为无靶对照(NTC)。
包括正向引物(SEQ ID NO：16)，反向引物(SEQ ID NO：17)以及探针(SEQID NO：18)的核酸的属特异性(脂环酸杆菌属的种)集合物用于测试来自于酸热脂环酸杆菌的DNA。包括正向引物(SEQ ID NO：19)，反向引物(SEQ ID NO：20)以及探针(SEQ ID NO：21)的核酸的酸土脂环酸杆菌特异性集合物用于测试来自于酸土脂环酸杆菌的DNA。包含正向引物(SEQ ID NO：22)，反向引物(SEQ ID NO：23)以及探针(SEQ ID NO：24)的核酸的嗜酸脂环酸杆菌特异性集合物用于测试来自于嗜酸脂环酸杆菌的DNA。包含正向引物(SEQ ID NO：25)，反向引物(SEQ ID NO：26)以及探针(SEQ ID NO：27)的核酸的环庚基脂环酸杆菌特异性集合物用于测试来自于环庚基脂环酸杆菌的DNA。包括正向引物(SEQ ID NO：28)，反向引物(SEQ ID NO：29)以及探针(SEQ ID NO：30)的核酸的草脂环酸杆菌特异性集合物用于测试来自于草脂环酸杆菌的DNA。每个菌种的DNA是在零(无靶对照(NTC))及每PCR孔含25GU或每PCR孔含12.5GU下测试的。探针是在5’用6-FAM荧光染料以及在3’用BHQ1淬灭剂标记的。
GENEDISC板(可从美国纽约州华盛顿港市的颇尔公司买到)根据厂家的说明书制备。
定量(q)PCR混合试剂盒(“Master Mix”)(包含在GENEDISC检测试剂盒之内，可从美国纽约州华盛顿港市的颇尔公司买到)单独用于制备每种核酸集合物，(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ ID NOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；和(e)SEQ ID NOs：28-30。引物在PCR混合物中的浓度为300nM，探针在PCR混合物中的浓度为200nM。使用适于GENEDISC循环仪的条形码阅读器(可从美国纽约州华盛顿港市的颇尔公司买到)扫描混合液袋获得的GENEDISC板上的条形码以及Master Mix袋中包含的识别卡上的条形码。根据厂家的说明书使样本名称进入GENEDISC循环仪中。标记与每一GENEDISC板分区对应的1.5毫升微管。使Master Mix涡旋2秒钟，然后简单离心2秒钟，加入Master Mix(6微升)至每个微管内。关闭微管。在台式离心机对DNA样品离心15秒钟。
使用移液管将每个菌种的DNA样品(6μl)转移至包含相对应的Master Mix的微管内。关闭微管以阻止交叉污染。轻轻地混合微管2秒钟，然后使用微型离心机离心2秒钟。将来自于每一微管的12微升混合液加入至合适的GENEDISC板分区。据此，(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ ID NOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；和(e)SEQ ID NOs：28-30之每种与相对应的DNA样品加入至同样的GENEDISC板的分隔区内。
加载GENEDISC板。注入盖安装在GENEDISC板的顶部，轻压注入盖以保证无泄漏并启动真空。倘若GENEDISC循环仪表明抽真空达90％完全，轻敲GENEDISC板以去除剩余的气泡。释放真空之后移除盖子。将矿物油(4滴)加载到每一GENEDISC板分区。将注入盖置于GENEDISC板上并启动真空。真空循环结束时移除注入盖并使用70％酒精清洗干净。检查孔以确保没有可能使试剂盒报废的部分填满或不均匀填满的孔存在。
在指定的位置更换注入盖。仔细插入GENEDISC板至GENEDISC循环仪中，关闭GENEDISC循环仪的盖子。在热循环条件下进行PCR，热循环条件包括四种温度，即112摄氏度，108摄氏度，50摄氏度以及60摄氏度。45次循环中的每次循环时间为80秒。在PCR结束之时，移除并丢弃GENEDISC板。
分析数据，实时PCR数据依照循环阈值(Ct)量化。同时确定PCR效率及线性度。
在靶分子缺少的情况下NTC测量非特异性信号。如表5所示，对于该NTC测量的Ct值大于38，其被认为是背景信号，小于38的Ct值被认为对于微生物的存在是阳性的。如表5所示，(a)SEQ ID NOs：16-18(AAS)；(b)SEQ ID NOs：19-21(AAT)；(c)SEQ ID NOs：22-24(AAP)；(d)SEQ ID NOs：25-27(ACH)；和(e)SEQ ID NOs：28-30(AHB)的核酸集合物提供的Ct值小于给予NTC的值。因此，(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ ID NOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；和(e)SEQ ID NOs：28-30在每PCR孔含12.5GU及25GU下各自检测酸热脂环酸杆菌DNA，酸土脂环酸杆菌DNA，嗜酸脂环酸杆菌DNA，环庚基脂环酸杆菌DNA以及草脂环酸杆菌DNA。抑制对照在样品或样品污染物存在的情况下提供阳性PCR信号以及测量PCR抑制程度。
表5
实施例2
该实施例表明用于检测靶脂环酸杆菌DNA的本发明的核酸的灵敏度。
依照实施例1的程序进行滴定实验测试分别用于检测不同数量的酸热脂环酸杆菌DNA，酸土脂环酸杆菌DNA，嗜酸脂环酸杆菌DNA，环庚基脂环酸杆菌DNA以及草脂环酸杆菌DNA(靶DNA)的(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ ID NOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；和(e)SEQ ID NOs：28-30之每种的能力。靶DNA测量的数量是每PCR孔含10000，1000，100，50及10GU。结果表明(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ IDNOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；和(e)SEQ ID NOs：28-30之每种都能够检测数量为每PCR孔含10000，1000，100，50及10GU的各自靶DNA。据此，本发明的核酸检测极限(LOD)为10GU基因DNA。
实施例3
该实施例表明本发明的核酸的特异性。
基因组DNA是从4种变质性脂环酸杆菌属菌种，7种非变质性脂环酸杆菌属菌种(表6)以及15种非脂环酸杆菌属菌种(表7)分离的，并依照实施例1描述的程序稀释。Tris-pH8.3缓冲液(10mM)作为无靶对照(NTC)。
(a)SEQ ID NOs：16-18；(b)SEQ ID NOs：19-21；(c)SEQ ID NOs：22-24；(d)SEQ ID NOs：25-27；和(e)SEQ ID NOs：28-30之每种都用于根据实施例1的程序测试来自于表6与7中微生物的DNA样品。所有的探针是在5’用6-FAM荧光染料以及在3’用BHQ1淬灭剂或5’用ROX荧光染料以及在3’用BHQ2淬灭剂标记的。
表6
S是变质性菌种
NS是非变质性菌种
表7
如实施例1所述，对于该NTC测量的Ct值大于38，其被认为是背景信号。因此，小于38的Ct值对于微生物的存在是阳性的。
如表6与7所示，SEQ ID NOs：19-21，SEQ ID NOs：22-24，SEQ ID NOs：25-27及SEQ ID NOs：28-30之每种在每PCR孔含1000GU的情况下各自特异地检测酸土脂环酸杆菌DNA，嗜酸脂环酸杆菌DNA，环庚基脂环酸杆菌DNA以及草脂环酸杆菌DNA。然而，在非靶脂环酸杆菌DNA与来自于非脂环酸杆菌DNA菌种的DNA存在的情况下仅检测到背景信号。据此，SEQ ID NOs：19-21对酸土脂环酸杆菌具有很强的特异性，SEQ ID NOs：22-24对嗜酸脂环酸杆菌具有很强的特异性，SEQ ID NOs：25-27对环庚基脂环酸杆菌具有很强的特异性，以及SEQ ID NOs：28-30对草脂环酸杆菌具有很强的特异性。
如表6与7所示，属特异性SEQ ID NOs：16-18在每PCT孔含1000GU的情况下检测引起腐败的及不引起腐败的脂环酸杆菌属菌种DNA。然而，在来自于非脂环酸杆菌属菌种的DNA存在的情况下仅检测到背景信号。据此，SEQ ID NOs：16-18对脂环酸杆菌属微生物的基因具有很强的特异性。
实施例4
该实施例表明使用本发明的核酸检测通常是脂环酸杆菌属(脂环酸杆菌的微生物种)的变质性以及酸土脂环酸杆菌，嗜酸脂环酸杆菌，环庚基脂环酸杆菌与草脂环酸杆菌中。
实施例1的程序是在96-孔板中总量为25微升PCR反应混合物内使用来自于每个菌种的1.2微升样品DNA下进行。阴性对照是2.5微升水。PCR采用热循环条件在APPLIED BIOSYSTEMS STEPONEPLUS实时PCR系统(Carlsbad，CA)上进行的。热循环条件包括在95摄氏度下持续15秒钟(变性)及在60摄氏度下持续60秒钟(退火及延展)的40次循环。
结果与实施例1获得的结果一致。
所有的参考文献，包括本文引用的出版物，专利申请及专利都以引用方式并入本文，如同每个参考文献都独立地特定地以引用方式并入本文并以其整体列出。
除非另外指明或与本文相矛盾，描述本发明(特别是下列权利要求)的术语“一种”、“一个”、“该”、“所述”、“至少一种”以及类似提及包括单复数，除非另外指明或与本文相矛盾，紧跟一个或多个项列表的术语“至少一种”(例如，“A与B至少一种”)指选自该列表项(A或B)或该列表项的两种或更多种的组合(A和B)之一项。除非另外指明，术语“包括”、“具有”、“包含”以及“含有”是指开放式的术语(例如，指“包含，但不限于”)。除非另外指明，本文数值范围的叙述仅打算作为用于各自涉及该范围内的每个独立值的简化方法，并且每个独立值都被并入该说明书中，正如本文独立叙述的一样。除非另外指明或与本文相矛盾，本文描述的所有方法都可以按任何合适的顺序进行。除非另外声明，本文描述的全部实施例或典型语言(例如：“诸如”，“例如”，“如”)仅用于更好地阐述本发明，并无意于限制本发明的范围。该说明书的语言应当表示为对本发明实践必不可少的任何未声明的要素。
本文描述的本发明的优选实施方案，包含发明人已知的用于实施本发明的最佳模式。本领域的技术人员通过阅读前面的描述更容易理解优选实施方案的更改。发明人期望本领域的普通技术人员采用这种合适的更改，且发明人打算使本发明得以实践而不仅如本文具体描述的。据此，本发明包括法律许可范围内的所附权利要求叙述的主题的所有修改及等同形式。而且，除非另外指明或与本文相矛盾，本发明包含所有可能的更改中的上述的要素的任意组合。

Claims (19)

1.核酸，其包含选自SEQ ID NOs：1-15的核苷酸序列，且长度至多为35个核苷酸。
2.权利要求1的核酸，其包含选自SEQ ID NOs：31-74的核苷酸序列，且长度至多为35个核苷酸。
3.权利要求1的核酸，其包括选自SEQ ID NOs：16-30的核苷酸序列，且长度至多为35个核苷酸。
4.权利要求1-3之任一项的核酸，由选自SEQ ID NOs：1-74的核苷酸序列组成。
5.核酸集合物，包括两种或更多种权利要求1-3之任一项的核酸。
6.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸包括两种或更多种不同的核酸。
7.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸包括：
(a)包含选自SEQ ID NOs：1，4，7，10，13，16，19，22，25，28，31-34，42-45，53-57，67及71-72的核苷酸序列的第一核酸；以及
(b)包含选自SEQ ID NOs：2，5，8，11，14，17，20，23，26，29，35-41，46-52，58-66，68-70以及73-74的核苷酸序列的第二核酸；
其中，所述两种或更多种核酸之每种的长度至多为35个核苷酸。
8.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸包含：
(a)SEQ ID NOs：1-2；
(b)SEQ ID NOs：4-5；
(c)SEQ ID NOs：7-8；
(d)SEQ ID NOs：10-11；或
(e)SEQ ID NOs：13-14；
其中，所述两种或更多种核酸之每种的长度至多为35个核苷酸。
9.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸包含：
(a)SEQ ID NOs：16-17；
(b)SEQ ID NOs：19-20；
(c)SEQ ID NOs：22-23；
(d)SEQ ID NOs：25-26；或
(e)SEQ ID NOs：28-29。
10.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸包含：
(a)选自SEQ ID NOs：1，4，7，10，13，16，19，22，25，28，31-34，42-45，53-57，67及71-72的第一核酸；
(b)选自SEQ ID NOs：2，5，8，11，14，17，20，23，26，29，35-41，46-52，58-66，68-70以及73-74的第二核酸：
(c)选自SEQ ID NOs：3，6，9，12，15，18，21，24，27以及30的第三核酸；
其中，所述两种或更多种核酸之每种的长度至多为35个核苷酸。
11.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸包含：
(a)SEQ ID NOs：1-3；
(b)SEQ ID NOs：4-6；
(c)SEQ ID NOs：7-9；
(d)SEQ ID NOs：10-12；或
(e)SEQ ID NOs：13-15；
其中所述核酸之每一种的长度至多为35个核苷酸。
12.权利要求5的集合物，其中，所述两种或更多种核酸由如下组成：
(a)SEQ ID NOs：16-18；
(b)SEQ ID NOs：19-21；
(c)SEQ ID NOs：22-24；
(d)SEQ ID NOs：25-27；或
(e)SEQ ID NOs：28-30。
13.载体，包括根据权利要求1-3之任一项的且固定在该载体上的核酸。
14.根据权利要求13的载体，进一步地包括可检测标记。
15.检测食物中一种或多种脂环酸杆菌属微生物存在的方法，该方法包括：
(a)获得至少一种包含从食物中分离的微生物核酸的测试样品；
(b)在允许权利要求1-3之任一项的核酸与所述微生物核酸之间形成复合物的条件下使所述权利要求1-3之任一项的核酸与所述至少一测试样品接触；
(c)检测所述复合物；以及
(d)比较所述复合物在所述至少一种测试样品中的存在与缺少微生物核酸的阴性样品中复合物不存在，其中所述复合物的检测表明一种或多种脂环酸杆菌属微生物的存在。
16.根据权利要求15的方法，包括检测一种或多种使食物变质的微生物的存在。
17.根据权利要求15的方法，包括检测一种或多种选自酸土脂环酸杆菌(Alicyclobacillus acidoterrestris)，嗜酸脂环酸杆菌(Alicyclobacillusacidiphilus)，环庚基脂环酸杆菌(Alicyclobacillus cycloheptanicus)及草脂环酸杆菌(Alicyclobacillus herbarius)的微生物的存在。
18.根据权利要求15的方法，其中所述食物是饮料。
19.根据权利要求15的方法，其中所述食物是果汁。
CN201410354031.7A 2013-06-06 2014-06-06 检测脂环酸杆菌属微生物的组合物 Pending CN104232629A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US13/911,733 2013-06-06
US13/911,733 US9382591B2 (en) 2013-06-06 2013-06-06 Compositions for detecting Alicyclobacillus microorganisms

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN104232629A true CN104232629A (zh) 2014-12-24

Family

ID=50841666

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410354031.7A Pending CN104232629A (zh) 2013-06-06 2014-06-06 检测脂环酸杆菌属微生物的组合物

Country Status (7)

Country Link
US (1) US9382591B2 (zh)
EP (1) EP2811035A3 (zh)
JP (1) JP2014236727A (zh)
CN (1) CN104232629A (zh)
BR (1) BR102014013670A2 (zh)
CA (1) CA2853518C (zh)
SG (1) SG10201609571VA (zh)

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1418257A (zh) * 2000-03-14 2003-05-14 大塚制药株式会社 嗜酸菌的核酸引物及鉴定嗜酸菌的方法
WO2004063699A2 (en) * 2002-12-02 2004-07-29 The Ohio State University Research Foundation Rapid detection of microorganisms
WO2005055725A1 (ja) * 2003-12-12 2005-06-23 Nichirei Foods Inc. アセロラ果実由来物質を用いた細菌増殖抑制又は阻止剤
CN1852992A (zh) * 2003-10-08 2006-10-25 札幌啤酒株式会社 脂环酸杆菌属细菌检测用引物
CN1993482A (zh) * 2004-08-04 2007-07-04 三得利株式会社 细菌检测器具、细菌检测方法及细菌检测试剂盒
CN101879181A (zh) * 2004-02-27 2010-11-10 巴克斯特国际公司 用于检测腹膜透析溶液中的微生物污染物的方法和组合物
CN102134608A (zh) * 2011-01-11 2011-07-27 西北农林科技大学 一种苹果汁中脂环酸芽孢杆菌pcr快速特异性检测方法
CN102747162A (zh) * 2012-07-23 2012-10-24 甘肃农业大学 三种细菌的pcr检测引物及其应用

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2812306B1 (fr) 2000-07-28 2005-01-14 Gabriel Festoc Systeme d'amplification en chaine par polymerse de sequences nucleiques cibles
US20040265850A1 (en) 2002-12-02 2004-12-30 Hua Wang Rapid detection of microorganisms
DE10344057B3 (de) * 2003-09-23 2005-06-09 Vermicon Ag Verfahren zum spezifischen Schnellnachweis getränkeschädlicher Mikroorganismen
CN1910289B (zh) 2004-01-07 2012-05-23 日立化成研究中心公司 用于检测hiv的引物和探针
US7476733B2 (en) 2005-03-25 2009-01-13 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Development of a real-time PCR assay for detection of pneumococcal DNA and diagnosis of pneumococccal disease
FR2926560A1 (fr) 2008-01-21 2009-07-24 Millipore Corp Procede d'extraction et de purification d'acides nucleiques sur membrane
US8790899B2 (en) 2009-09-01 2014-07-29 Richard A. Robison Real-time PCR assays for rapid detection and differentiation of the Clostridium botulinum toxin genes A, B, E, and F

Patent Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1418257A (zh) * 2000-03-14 2003-05-14 大塚制药株式会社 嗜酸菌的核酸引物及鉴定嗜酸菌的方法
WO2004063699A2 (en) * 2002-12-02 2004-07-29 The Ohio State University Research Foundation Rapid detection of microorganisms
CN1852992A (zh) * 2003-10-08 2006-10-25 札幌啤酒株式会社 脂环酸杆菌属细菌检测用引物
WO2005055725A1 (ja) * 2003-12-12 2005-06-23 Nichirei Foods Inc. アセロラ果実由来物質を用いた細菌増殖抑制又は阻止剤
CN101879181A (zh) * 2004-02-27 2010-11-10 巴克斯特国际公司 用于检测腹膜透析溶液中的微生物污染物的方法和组合物
CN1993482A (zh) * 2004-08-04 2007-07-04 三得利株式会社 细菌检测器具、细菌检测方法及细菌检测试剂盒
US20070212715A1 (en) * 2004-08-04 2007-09-13 Mikiko Yamanaka Bacteria detection device, bacteria detection method and bacteria detection kit
CN102134608A (zh) * 2011-01-11 2011-07-27 西北农林科技大学 一种苹果汁中脂环酸芽孢杆菌pcr快速特异性检测方法
CN102747162A (zh) * 2012-07-23 2012-10-24 甘肃农业大学 三种细菌的pcr检测引物及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
YAMAZAKI K ET AL.: "SEPECIFIC PRIMERS FOR DETECTION OF ALICYCLOBACILLUS ACIDOTERRESTRIS BY RT-PCR", 《LETTERS IN APPIED MICROBIOLOGY》 *

Also Published As

Publication number Publication date
JP2014236727A (ja) 2014-12-18
EP2811035A2 (en) 2014-12-10
US20140363811A1 (en) 2014-12-11
CA2853518C (en) 2017-01-03
SG10201609571VA (en) 2016-12-29
BR102014013670A2 (pt) 2017-10-31
CA2853518A1 (en) 2014-12-06
EP2811035A3 (en) 2015-03-18
US9382591B2 (en) 2016-07-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Justé et al. Recent advances in molecular techniques to study microbial communities in food-associated matrices and processes
US9546405B2 (en) Detection of Listeria species in food and environmental samples, methods and compositions thereof
US11965216B2 (en) Detection of one or more pathogens
Koo et al. Detection of Listeria monocytogenes from a model food by fluorescence resonance energy transfer-based PCR with an asymmetric fluorogenic probe set
JP6236690B2 (ja) 食品変敗微生物を検出するための組成物
JP7253947B2 (ja) プライマー及びマンゴーの検出方法
CN114207154A (zh) 用于检测一种或多种病原体的选择性富集肉汤
CN103930564A (zh) 食品中乳酸产生细菌的检测和定量
CN104232629A (zh) 检测脂环酸杆菌属微生物的组合物
KR101961652B1 (ko) 바이셀라 비리데센스의 특이적 프라이머 및 이를 이용한 바이셀라 비리데센스의 검출방법
Ahmed et al. Detection of Salmonella Spp. in Meat and Meat Products by Culture, Biochemical and Molecular Characterization in Duhok City
JP5873356B2 (ja) モニリエラ属真菌の検出方法
Artuvan et al. In food safety control overview of using Real-Time PCR
KR101351805B1 (ko) 리스테리아 모노사이토제네스 검출용 프라이머, 프로브 세트 및 이를 이용한 정량적 검출방법
WO2024011249A1 (en) Compositions and methods for detecting thermophilic acidophilic bacteria in foodstuffs
Fratamico et al. Applications of the polymerase chain reaction for detection, identification, and typing of food-borne microorganisms
KR101776467B1 (ko) 클루이베로마이세스 마르시아누스 검출 및 정량용 프라이머 세트 및 이를 포함하는 클루이베로마이세스 마르시아누스 검출 및 정량 방법
Riffiani et al. Specific primer for rapid detection and identification of probiotic Lactiplantibacillus plantarum
Udomsil Molecular-based techniques for quantification of starter cultures and monitoring of microbial profiles and their roles in fish sauce fermentation

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20141224