CN103562723B - 用于识别肿瘤细胞的标记、方法及其试剂盒 - Google Patents

用于识别肿瘤细胞的标记、方法及其试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN103562723B
CN103562723B CN201280021095.4A CN201280021095A CN103562723B CN 103562723 B CN103562723 B CN 103562723B CN 201280021095 A CN201280021095 A CN 201280021095A CN 103562723 B CN103562723 B CN 103562723B
Authority
CN
China
Prior art keywords
combination
cell
expression
cancer
prognosis
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201280021095.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN103562723A (zh
Inventor
曼吉里·巴克尔
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Oenkestm Pte Ltd
Original Assignee
Ou Are Telm Diagnostics (mauritius) Pte Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ou Are Telm Diagnostics (mauritius) Pte Ltd filed Critical Ou Are Telm Diagnostics (mauritius) Pte Ltd
Publication of CN103562723A publication Critical patent/CN103562723A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN103562723B publication Critical patent/CN103562723B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0693—Tumour cells; Cancer cells
    • C12N5/0695—Stem cells; Progenitor cells; Precursor cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • G01N33/57492—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds localized on the membrane of tumor or cancer cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/563—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor involving antibody fragments
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57415—Specifically defined cancers of breast
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Reproductive Health (AREA)

Abstract

本公开涉及用于识别癌症的预后的生物学标记(包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct‑4、Sox‑2、APC、β‑连环蛋白和P‑钙粘蛋白)的组合。本公开还涉及识别所述标记的方法、预测预后的方法和对于癌症的计划的个性化治疗的方法。本公开还涉及包含针对所述预测的所述标记的抗体的试剂盒／检测所述预测的所述标记的其它方法的试验。

Description

用于识别肿瘤细胞的标记、方法及其试剂盒
技术领域
本公开涉及用于识别癌症的预后的生物学标记的组合。本公开还涉及识别所述标记的方法、预测预后的方法和癌症的计划的个性化治疗的方法。本公开还涉及包含针对所述预测的所述标记的抗体的试剂盒／检测所述预测的所述标记的其它方法的试验。
背景技术
化学疗法/放射疗法：
在肿瘤学领域，癌细胞的检测、识别和表征是诊断的重要方面。在医学的众多挑战中没有一个比癌症的治疗和治愈具有更有争议的开端或经历更艰难的进展。大多数患者的有效治疗需要使身体中的每个器官阻止转移性疾病。大于70％的癌症患者经受化疗／放射疗法。
尽管在肿瘤学疗法中从多角度取得开创性进展，癌症治愈仍然是难以捉摸的。由于对放射和化学疗法的抗性的发展，因此尽管在某种程度上最大化疗法但晚期的实体恶性肿瘤仍然保持为治疗学挑战。例如，胶质母细胞瘤是利用目前仅提供减轻疼痛疗法的最致命的癌症之一。胶质母细胞瘤的护理标准由手术切除、离子化外部波束辐照(ionizingexternal beam irradiation)和化学疗法组成。放射疗法已是最有效的非外科的治疗方式，然而复发是基本普遍的。
然而，经受化疗／放疗的大多数患者会遭受治疗的不必要的严重副作用。此外，许多患者还表现出对治疗的抗性，导致治疗失败。
因此，对于研发可以确定处方的化疗／放疗的先验(priori)有效性的诊断试验存在需求。现今，基于诸如肿瘤组织学、肿瘤体积以及肿瘤分期等临床参数和日益发展的生物成像技术来作出治疗决定。考虑到周围正常组织的耐性限度，放疗／化疗剂量和计划以及与药物的组合被规定为经验类解决方案。因为目前的标准治疗处方并不将肿瘤的异质性／个体性考虑在内，所以这些疗法经常失败且患者经受不必要的副作用。
肿瘤通常具有两种细胞，CSC和肿瘤细胞。CSC仅构成一部分肿瘤并且通常占少数。肿瘤的本体由肿瘤细胞构成，肿瘤细胞不断分裂并且形成被称作“肿瘤”的实体大团块。
另一方面，CSC是几乎不分裂并且具有自我更新能力的静止细胞(休眠细胞，quiescent cells)，即按照它们制造作为它们自身的完美复制品的子细胞并且制造可以进行并分化成特定肿瘤的各种细胞的方式进行分裂(参考：The Biology of Cancer StemCells，Neethan A.Lobo et al，Annu.Rev.Cell Dev.Bio1.2007.23：675-99和Thetheoretical basis of cancer-stem-cell-based therapeutics of cancer：can it beput into practice？，Isidro Sa’nchez-Garcl’a et a1，BioEssays29：1269-1280)。
化疗／放疗争取通过靶向并杀死快速分裂的细胞来减少肿瘤尺寸。由于CSC几乎不分裂，因此它们不被这些疗法杀死并且幸存以再次制造肿瘤，这被称作癌症的“复发”。(参考：Chemotherapy and Cancer Stem Cells，Jeremy N.Rich et al，Cell Stem Cell1，October2007；Identification of Selective Inhibitors of Cancer Stem Cells byHigh-Throughput Screening，Piyush B.Gupta et al，Cell138，1-15，August21，2009；Identification and targeting of cancer stem cells，Tobias Schatton et al，BioEssays31：1038-1049；TUMOUR STEM CELLS AND DRUG RESISTANCE，Michael Dean etal，Nature Reviews，cancer，Volume5，April2005；Cancer stem cells in solid tumors，Patrick C.Hermann et al，SeminarsinCancer Biology(2008))。
依据上述参考文献可见，使用FACS(荧光激活细胞分选法)，已将CSC从基于它们具备的某种细胞表面标记的新生肿瘤中隔离出来。这些如100-200个细胞一样少的经隔离的CSC足以引发作为针对上达至10000-20000个非CSC／本体肿瘤细胞的新肿瘤。(参考：Prospective identification of tumorigenic breast cancer cells，Muhammad A1-Hajj et al，PNAS，April1，2003，vo1.100＿no.＿3983-3988；Identification ofa CancerStem Cell in Human Brain Tumors，Sheila K.Singh et al，CANCER RESEARCH63，5821—5828，September15，2003；Identification of human brain tumour initiating cells，Sheila K.Singh et al，NATURE|VOL432|18NOVEMBER2004)。90年代中期在血癌中识别出CSC，2003年首次在实体肿瘤中从乳腺癌，随后从脑癌和所有其它癌中识别出)。
CSC的存在和直接抵抗它们的药物的缺乏，可能是难倒我们治愈癌症的一个原因。许多制药公司和生物技术正致力于发明会专门靶向肿瘤中的这些CSC的药物，以防止癌症复发等。许多这些药物正在临床试验中。
化疗／放疗的抗性和治疗失败是由于在肿瘤中存在被称作癌症干细胞(CSC)的细胞。肿瘤本质上是异质的并且含有2种细胞，癌症干细胞和形成肿瘤本体的肿瘤细胞。然而长期以来已确认的是，不是所有的肿瘤细胞都具有引发新肿瘤或治疗后复发的潜力，近来的方法进展只出现了最终允许的CSC的识别并研究它们的生物学。已预期使CSC从越来越多的包括白血病以及乳房、脑、结肠、头和颈以及胰腺的肿瘤的人类癌症中隔离。对于不同的肿瘤已显示出，当与来自相同肿瘤的未分类种群相比时，CSC亚群的移植导致较高的肿瘤转移率。
CSC定义为肿瘤内部的细胞，其具备自我更新并产生包含肿瘤的所有癌细胞的异质世系(血统)的能力。这意味着CSC可能是能够通过对称或不对称分裂扩展CSC池或分化为癌症祖细胞的肿瘤细胞的小亚群。然而，这点是肿瘤依赖的并且在黑色素瘤CSC中导致总肿瘤细胞的显著较高的百分数。非干细胞在肿瘤内部构成所有癌细胞的本体，但是仅具有有限的增殖潜力并且是非致瘤的。
CSC的性能：CSC是存在于肿瘤中的静止细胞，并由此与构成肿瘤本体的迅速增殖的肿瘤细胞功能不同。由于本质上静止的CSC能够抵抗使化疗／放疗以及这些疗法靶向迅速分裂的肿瘤细胞的“合意的效果”。此外，CSC赋有多个离子通道／转运，较高的缺氧耐性和差异基因表达等，这有助于它们的抗化疗／放疗性现象。增加的数据体表明CSC和非CSC的生物差异对响应标准疗法是重要的并且大多数制药公司正使用这些差异来设计针对CSC的合理药物。对于放射疗法和化学疗法治疗的失败而言，一个根本的原因可能是关于根除癌症干细胞(CSC)的当前治疗的低疗效。渐增的证据表明CSC对细胞毒素／放射疗法的抗性并可以由此导致治疗失败。
存在于与本公开相似的领域中的当前技术包括Oncotype Dx和Mammaprint。这些是相似的，但是它们检测不到CSC的存在。它们评估患者中ER／PR和Her-2-neu途径的存在以评估患者是否需要手术后的化学疗法。目前，没有检测肿瘤中存在CSC的诊断试验，并由此不能预测复发时间以及化疗和放疗的有用性。此外，当前的方法在选择具体的化学疗法药物／组合方面不能提供帮助。
依据临床观点，这个观念的直接结果是只要消除所有CSC癌症疗法就可以治愈患者，并且单一存活的CSC可以引起复发或转移。此外，还意味着如果在开出化疗／放射疗法的处方之前针对CSC的存在评估肿瘤，则存在肿瘤学家可以预测治疗的有效性、更好地管理癌症治疗和在治疗无效的情况下降低对患者治疗的不必要的副作用的公平机会。自2004年发现第一种实体肿瘤CSC以来，在CSC生物学方面已有很大进展。CSC的含量、分布和敏感性的预测试验、微环境CSC生态位和标记应当用于在分级解决方案中允许疗法的基于CSC的个性化定制。
发明内容
因此，本公开涉及用于癌的预后的选自下组的生物学标记，该组包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合；一种用于具有癌或疑似具有癌的受试者的预后的试剂盒，所述试剂盒包含针对选自包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合的组中的生物学标记的抗体，可选地连同用于履行免疫组织化学和指导手册的有机溶剂、试剂、第二抗体、酶；一种识别是或疑似是肿瘤的生物样品中的细胞上的生物学标记的方法，所述方法包括以下行为：a)采集、固定、切片和用有机溶剂处理生物样品，接着使用预定样品稀释物进行抗原修复和b)添加针对选自自下组的生物学标记的第一抗体，该组包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合，以及添加与酶连接的第二抗体和用于获得用于识别生物学标记的显色反应或荧光与试剂；一种具有癌或疑似具有癌症的受试者的预后的方法，所述方法包括以下行为：a)采集来自受试者的生物样品并且识别在样品的细胞中选自下组的受体的表达或缺乏以获得表达识别细胞(expression identified cell)，该组包括雌激素受体、孕酮受体和Her-2-neu受体或它们的任意组合，b)用针对选自下组的生物学标记的抗体对步骤(a)的所述细胞实施免疫组织化学分析，该组包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合以及c)识别在样品的细胞中受体和一种或多种生物学标记的表达或缺乏并且使标记的识别与用于预测受试者的预后的预测疗效参考表相关联；以及一种治疗癌的方法，所述方法包括以下行为：a)针对生物样品中的肿瘤细胞识别选自包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合的组中的生物学标记，并且预测具有癌或疑似具有癌的受试者的预后，以及b)基于该预测，设计抑制癌的癌症疗法。
具体实施方式
本公开涉及用于癌的预后的选自包含CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或其任意组合的组的生物学标记。
在本公开的一个实施方式中，癌是乳腺癌。
在本公开的另一个实施方式中，标记位于选自下组的位置处的所述癌的肿瘤细胞上，该组包括细胞膜、细胞质、细胞核和核膜或它们的任意组合。
本公开还涉及用于具有癌或疑似具有癌的受试者的预后的试剂盒，所述试剂盒包含针对选自包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或其任意组合的组的生物学标记的抗体，可选地连同用于履行免疫组织化学和指导手册的有机溶剂、试剂、第二抗体、酶。
本公开还涉及一种识别是或疑似是肿瘤的生物样品中的细胞上的生物学标记的方法，所述方法包括以下行为：
a)采集、固定、切片和用有机溶剂处理生物样品，接着使用预定样品稀释物进行抗原修复并且添加针对选自下组的生物学标记的第一抗体，该组包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合；以及
b)添加与酶连接的第二抗体和用于获得用于识别生物学标记的显色反应或荧光的试剂。
在本公开的一个实施方式中，癌是乳腺癌。
在本公开的另一个实施方式中，有机溶剂选自包括乙醇和二甲苯或它们的任意组合的组。
在本公开的又另一个实施方式中，利用常规免疫组织化学技术在预定条件下实施采集、固定、切片和处理。
本公开还涉及一种具有癌或疑似具有癌的受试者的预后的方法，所述方法包括以下行为：
a)采集来自受试者生物样品并且识别在样品的细胞中下组的受体的表达或缺乏以获得表达识别细胞，该组包括雌激素受体、孕酮受体和Her-2-neu受体或其任意组合；
b)用针对选自下组的生物学标记的抗体对步骤(a)的所述细胞实施免疫组织化学分析，该组包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合；以及
c)识别在样品的细胞中受体和一种或多种生物学标记的表达或缺乏并且使标记的识别与用于预测受试者的预后的预测疗效参考表相关联。
在本公开的一个实施方式中，利用常规方法实施免疫组织化学分析，并且其中由于来自样品的细胞的染色，通过使完成该方法时所获得的显色反应或荧光可见来实施标记的识别。
在本公开的另一个实施方式中，相关联是基于选自下组的参数，该组包括染色的百分数、染色的强度和染色的位置或它们的任意组合；并且其中染色的位置选自包括细胞膜、细胞质、细胞核和核膜或它们的任意组合的组。
在本公开的又另一个实施方式中，相关联包括使染色的百分数乘以染色的强度得到预测分数，以便取决于生物学标记表达的位置将预后预测为好或坏。
在本公开的还另一个实施方式中，预测分数选自下组，该组包括约1至约80范围内的低分数、约81至约150范围内的中等分数和约150至约300范围内的高分数。
在本公开的还另一个实施方式中，预测疗效参考表为选自包括1、1A、2、2A、3、3A、4、4A、5、6、6A、7、7A、8、9和10或这些表的任意组合的组中的单独的表或表的组合。
本公开还涉及一种治疗癌的方法，所述方法包括以下行为：
a)针对生物样品中的肿瘤细胞识别选自包括CD44、CD24、ABCG2、ESA、ABCC4、CD133、Oct-4、Sox-2、APC、β-连环蛋白和P-钙粘蛋白或它们的任意组合的组中的生物学标记并且预测具有癌或疑似具有癌的受试者的预后；以及
b)基于该预测，设计抑制癌的癌症疗法。
本公开是使用免疫组织化学和逆转录聚合酶反应(RT-PCR)作为技术利用某种CSC特定标记评估肿瘤样品以找出在表示患者对标准疗法的反应的给定肿瘤中CSC／耐药性细胞的存在的诊断试验。标记的实例包括但不限于以下标记：CD44、CD133、CD24、Oct4、Sox2和存在于CSC上的离子转运体／通道如转运体的ABC家族即ABCG2和ABCC4、ESA、APC、P-连环蛋白、(磷酸化(phospho)、全磷酸化和非磷酸化的)B-钙粘蛋白。
本公开在用于肿瘤早期检测的肿瘤学领域中有效用。可能的癌症的诊断／预后将在计划化疗和处方的交替靶向治疗方面辅助肿瘤学家。还将使患者免于昂贵治疗的不必要的副作用。
本公开也涉及用于识别CSC的标记以及这些标记的组合和检测这种癌干细胞(CSC)的方法学。
通过参考以下用于仅说明的目的且不意图限制本公开的范围而提供的具体实施例可以获得更完整的理解。
以下实施例表示用于乳腺癌的预后的可以单独或彼此组合使用的各种标记。本文中所提供的实施例示出可能用于分析并达到具有或疑似具有癌症的受试者的预后的各种类的组合。关于如何通过认知标记的组合或单独认知标记得到解释，为了表示和清楚来组合本文中所提供的表。对于不能通过本文中的实施例明确说明的解释而言，可以单独使用或与本文中所提供的任意其它标记组合使用来自本文中所示的任意组合的任意表。所有的这类可能的组合以及这种组合的解释都落入本公开的范围内。因此，为了精确预后并基于这种预后为进一步治疗过程制定策略，本领域技术人员能够通过检查样品、得到结果以及使该结果与本文中所提供的标记的解释相比较来设想受试者的预后。
实施例
在本公开中，利用针对CD44和CD24的两种抗体实施IHC(免疫组织化学)以理解是否可以在这些患者中看见任何CSC信号。被找到的信号是CD44+／CD24-／low。
然而，基于FACS分析已知这两种标记存在于CSC上，它仅检测表面／膜相关的表达。FACS可以仅检测膜表达，因此尽管在许多情况下在细胞质中看见CD24表达，它仍被视作阴性的或者被标记为细胞质的。然而，IHC可以检测在膜和细胞质二者中CD24的存在，并且在许多情况下，可以在除膜之外的细胞质中或有时仅在细胞质中看见表达。因此，在表达完全是如本公开的某些表中所公开的细胞质的情况下，如果使用FACS检测则它们中的结果可以视作CD24-(CD24阴性)，与本公开中使用IHC不同。因为基于本公开的IHC的检测，所以检测膜以及细胞质和核膜表达。
在本公开的一个实施方式中，值得注意的是，癌／肿瘤结节状态／分期N0也有时反映坏疗效。然而，作为惯例，通常在结节分期中增长如：N2或N1反映坏疗效，而N0被认为没有转移至邻近的结节并由此导致好疗效／具有较不严重形式的癌／肿瘤。尽管如此，本公开中所公开的表10(病历)清楚地描述了在较低结节分期肿瘤情况下有坏疗效并且反之亦然。所以，不能完全依赖结节状态并由此需要样品的更深度分析，是因为不能单独基于这种现有技术，如结节状态识别进行好或坏的预后。因此，本公开清楚地反映了对于可以与现有技术如肿瘤结节状态组合的、识别癌细胞上存在的标记的需求和重要性。所以，本公开显然的是，染色细胞的％、染色的强度和各自标记的位置的组合被认为达到患者样品的正确预后。
在本公开的另一个实施方式中，还值得注意的是，下面反映的标记是待识别的，不仅在患者样品的癌干细胞／癌起始细胞／肿瘤起始细胞中，而相反地也包括样品的所有肿瘤细胞。
实施例1
用于识别本公开的患者样品中的标记的技术包括免疫组织化学(IHC)或RT-PCR。
使用如下的技术实施识别来自肿瘤的癌干细胞的过程：
从患者采集肿瘤样品。样品是通过将样品包埋在石蜡中以制成块而固定的福尔马林
↓
在载玻片上将该块切片
↓
使载玻片穿过一系列有机溶剂以脱水
↓
使用特定样品稀释物，在受控的实验条件下实施抗原修复
↓
然后将载玻片上的切片冷却至室温(RT)
↓
然后添加封闭剂
↓
然后添加针对抗原的第一抗体
↓
然后添加与酶连接的第二抗体
↓
然后添加用于获得显色反应的试剂
↓
观察用于识别染色的％、染色的强度和位置的染色。使所有这些结果相关联以达到用于识别肿瘤样品中CSC的存在并的结论并且达到所得到的好／坏疗效。
在本公开的一个实施方式中，在下面的详细方案中所提到的有机溶剂、试剂、第二抗体和酶仅用于说明的目的并且本质上不应当解释为限制性的。本公开设想并包括本领域技术人员已知且常用的这类溶剂、试剂、第二抗体和酶的所有可能的组合及替换。
为了进一步提供关于本公开中采用的方法的清楚性，如下提供免疫组织化学的详细方案：
IHC方案
A]涂覆载玻片并切割FFPE块的部分：
1.用自来水洗涤新的载玻片。
2.用1％酸醇溶液(1ml HCl+99ml70％乙醇)浸渍载玻片5分钟。
3.用蒸馏水洗涤载玻片一次以确保洗掉酸醇。
4.干燥载玻片。
5.室温(RT)下将载玻片浸渍于10％聚-L-赖氨酸水溶液(PLL)中15分钟。
6.除去载玻片并在RT下干燥它们。
7.使用Leica Microteome在这些PLL涂敷的载玻片上获取FFPE肿瘤块的3—5微米部分。
8.在60℃下孵育该部分3小时或过夜。
B]脱蜡方案：
1.在RT下于二甲苯-I中浸渍具有肿瘤部分的载玻片10分钟。
2.在RT下于二甲苯-II中浸渍载玻片10分钟。
3.在RT下于二甲苯-III中浸渍载玻片10分钟。
4.在RT下于100％乙醇中浸渍载玻片5分钟。
5.在RT下于100％乙醇中浸渍载玻片5分钟。
6.在RT下于70％乙醇中浸渍载玻片5分钟。
7.在RT下于70％乙醇中浸渍载玻片5分钟。
8.在RT下于D／W中浸渍载玻片5分钟。
9.在RT下于3％的H2O2处于甲醇中的溶液中浸渍载玻片20-30分钟。
C]抗原修复和免疫染色：
这个步骤对于各抗体／标记而言将是不同的。下面是抗体A和B的方案。如下是用于两种抗体的抗原修复的缓冲液：
pH7.4的1mM EDTA+10mM Tris-C1缓冲液
1.对于抗体A：通过使用压力锅条件在Tris-EDTA缓冲液中鸣笛3声(取决于你的压力锅，可以调整鸣笛数量。请避免过度蒸煮)进行最佳修复抗原。
对于抗体B：通过如下微波条件进行最佳修复抗原：
800瓦特进行6分钟
800瓦特进行6分钟
200瓦特进行15分钟
然而，也可以尝试如上的压力锅方法。
2.抗原修复之后，用30分钟在缓冲液自身中将载玻片冷却至RT。
3.在蒸馏水中洗涤载玻片2分钟。
4.在TBST(具有0.1％吐温20的三羟甲基氨基甲烷-缓冲盐水)中洗涤载玻片5分钟。
5.在TBST中洗涤载玻片5分钟。
6.用3％的BSA溶液封闭载玻片／如果你正在使用第二抗体的试剂盒然后酌情使用由试剂盒给定的封闭。
7.在RT下于缓冲液(见下文)中添加稀释的第一抗体60分钟。
8.在RT下于TBST中洗涤载玻片5分钟。
9.重复步骤#8两次。
10.按照试剂盒(建议的)适当的稀释度添加第二抗体即与抗小鼠抗体连接的HRP。在RT下培养30-60分钟。
11.在RT下于TBST中洗涤5分钟。
12.重复步骤#11两次。
13.按照试剂盒的建议添加底物DAB等。
14.按照试剂盒(建议)洗掉过量的底物。
15.具有苏木精的复染剂。
16通过在100％乙醇中浸渍5分钟洗掉过量的染色剂。
17.重复步骤#16。
18.干燥载玻片。
19.在RT下于二甲苯中洗涤一次进行5分钟。
20.在DPX／适当的封固介质中封固。
21.按照片材评分／分级载玻片。
各溶液的配方：
1.酸醇：1ml浓HCl+99ml70％乙醇
2.抗原修复缓冲液：10mM EDTA pH8.0+10mM Tris-C1pH7.4
3.第一抗体稀释缓冲液：10mM Tris-C1pH7.4+0.9％NaCl+0.5％BSA
4.封闭缓冲液：3—5％的处于Tris-C1pH7.4中的BSA，或使用由试剂盒给定的封闭液或依据你的方案。
5.TBST：10mM Tris-C1pH7.4+0.9％NaCl+0.1％吐温-20
进一步地，仅仅为了说明的目的，如下提供抗原修复所采用的特定样品稀释物、有机溶剂和实验条件。本领域技术人员将能够理解采用的各种参数和条件，因此对得到这种分析的方案而言本领域技术人员已知的所有各种替代和替换也在本公开的范围内：
抗体A-压力锅(PC)，Tris-EDTA(TE)pH7.4缓冲液，在设置2处2声鸣笛和在设置1处1声鸣笛；1：1400稀释度
抗体B-微波，50mM柠檬酸盐缓冲液pH6.0；‘高’设置-700W处微波／Cit6.0／7分钟；高-750W处5分钟；‘解冻’设置-200W处15分钟；稀释度1：50
抗体C-2N HCl，RT；1：300稀释
抗体E-在90℃下于50mM柠檬酸盐缓冲液pH6.0中水浴30分钟；稀释度1：600
抗体F-压力锅，柠檬酸盐缓冲液pH-6；在加热器上于设置1处1声鸣笛并在1设置处沸腾20分钟；稀释度1：200
抗体G-2N HCl，RT15分钟，1：50稀释度
抗体H-在设置2处PC／Cit6.0／2声鸣笛和设置1处1声鸣笛；稀释度1：1000
抗体I-压力锅(设置2处2分钟时2声鸣笛，设置1处1声鸣笛)，Cit6.0；稀释度1：1000
抗体J-压力锅，Cit6.0-压力锅(设置2处2分钟时2声鸣笛，设置1处1声鸣笛)；抗体稀释度1：50
抗体K-在柠檬酸盐中于90℃下水浴30分钟，pH6.0；1：100稀释度
抗体L-压力锅(2分钟时2声鸣笛，1分钟时1声鸣笛)，TE缓冲液7.4pH，购买的预稀释的抗体
抗体O-在柠檬酸盐缓冲液pH6.0下压力锅在设置2处2声鸣笛和在设置1处1声鸣笛
实施例2
本公开中所使用的抗体选自以下的一种或多种：
CD44：(参考：CD44Std.／HCAMAb-4(克隆156-3C11))
CD24：(参考：(CD24(GPI-连接的表面粘蛋白)Ab-2(克隆SN3b)
ABCG2：(参考：来自Novus Biologicals的NB-11093511)
ESA：(参考：Novocastra上皮特异性抗原)
ABCC4：(参考：ABCC4单克隆的抗体(M03)，克隆182)
CD133：(参考：来自Abnova的PAB-12663)
Oct-4：(参考：OCT4抗体(NB110-90606))
Sox-2：(来自Spring Biosciences的E-18600)
APC：(参考：Adenomateous Polyposis Coli基因产品)
P-钙粘蛋白：(参考：抗-P-钙粘蛋白抗体[56C1]，预稀释的(ab75442))
B-连环蛋白：(参考：抗活性-β-连环蛋白(抗-ABC)，克隆8E7)JBC-1870057。
在以下来自表1—9的所有表中，染色细胞的强度具有1至3范围内的值。此处，强度1=染色载玻片的非常浅的棕颜色，强度2=染色载玻片的中等棕颜色和强度3=染色载玻片的深棕颜色。中间色观察被称作1—2或2-3等。
进一步地，选自包含表1、1A、2、2A、3、3A、4、4A、5、6、6A、7、7A、8、9和10的组的本文中所提供的表可以由本领域技术人员单独使用或使用其表的任意组合以解释并达到用于预测具有或疑似具有癌症的受试者的预后的相关结果。在本公开中这些表也可以单独地或组合地被称作预测结果参考表。
表1A
表1A
应当在浸润边缘处(invasive edge)且不在DCIS边缘处评分A／CD44的表达。
M：细胞膜
C：细胞质
N：细胞核
NM：核膜
范围：低：1-80；中：81-150；高150起
用于评分所应用的公式：
列A的总数(细胞的％)／患者样品的数量=分数A
列B的总数(强度)／患者样品的数量=分数B
分数A乘以分数B=用于那个范畴内的那个标记的最终分数
记住仅在特定领域[标记的位置]而非那个范畴的所有患者样品中的实体己使用上述评分和公式。例如：对于标记A具有坏疗效的患者的ER-／PR-状态中，用于预测预后的评分按以下方式实施：
为了同时在膜和细胞质中获得标记A的表达的解释，仅考虑9个样品中6个，剩余的3个构成仅在膜中具有表达的样品。
类似地，为了单独在膜中获得标记A的表达的解释，仅考虑9个样品中3个，剩余6个构成同时在细胞质和膜中而非在单独在膜中具有表达的样品，这是在这个范畴内用于预测所需的标准。
采用类似的策略和转换用于解释所有样品、所有标记和ER／PR状态的结果。
注意：ER+／PR+好疗效：
在浸润边缘处评估标记A的存在或不存在是至关重要的。可能的是，具有DCIS病灶的整个肿瘤具有A的高表达，但是浸润边缘具有低的或无表达，因此它在浸润边缘处为实际表达，其对于标记A的结果的解释是非常重要的。
表1和表IA解释：
基于作为一组的ER+／PR+状态和作为另一组的ER-／PR-状态来隔离患者样品。关于这种表达的选择和隔离，针对表1中所提及的单独的标记或标记的组合(如本文获取的实施例：将与CD24组合的CD44考虑在内)的存在检查试验样品。
好和坏预后／疗效的结果应当在考虑到表1中所公开的染色强度连同标记的位置和染色的％的表达之后理想地示出标记状态。
在实施如前述实施例1所公开的工艺步骤之后，可以通过使3个实体即染色的％、染色强度和样品中标记的位置相关联来获得实施如表1A中所描述的好／坏疗效的模式。值得注意的是，在浸润边缘处评估标记A的存在或不存在是至关重要的。可能的是，具有DCIS病灶的整个肿瘤具有A的高表达，但是浸润边缘具有有低的或无表达，因此，这方面对于标记A的结果的解释而言是非常重要的。
如果在试验样品上进行前述的工艺步骤之后所获得的结果与好疗效的标记表达结果(如表1中所公开的)相符合，则可以参考按照表10(病历)具有好疗效的患者的跟随治疗模式，因此这类患者的治疗策略需要较少地随访或较少的积极治疗策略。然而，在与坏疗效的标记表达结果(如表1中所公开的)相符合的样品结果的情况下，则这类患者将需要更积极的随访以及需要采用或考虑待跟随的策略性治疗模式或者替换性治疗方法，其可以基本上包括特定于标记(本文的CD44和CD24)的这些组合进行研发和管理抗体以减少它的表达。
全世界已越来越多地认识到，在倾向于具有坏疗效的ER+／PR+组中存在患者的子集。我们上面提到的结果基于CD44和CD24的表达可以隔离具有潜在好和坏疗效的ER+／PR+妇女。然而，本领域技术人员将能够理解的是，基于上面提到的结果，治疗这些患者的一个方式是开出抗-CD44抗体的处方，是因为CD44在这些具有长期无病生存率(disease freesurvival)的希望的患者中的细胞膜中进行高度表达。另一方面，在具有潜在坏疗效的ER-／PR-患者中，CD44的全部表达都低，因此，对CD44的抗体将没有太多帮助。然而，重要的是，识别它们并用更靶向的药物、频繁并深入随访等适当地治疗它们以确保长期无病生存率。采用类似的策略来治疗具有各式标记表达的癌症患者，某些表达在下表中示出。
还值得注意的是，不能组合来自ER／PR各状态的好疗效。如前所述，通常+／+患者认为是好的预后实例并由此不需要进行积极治疗。通常地，每隔6—12个月实施+／+患者的随访，这对+／+坏疗效组可能太长。因此，在疗效的前述解释的情况下，可以推断，尤其针对+／+坏疗效实例／患者可以更频繁地随访以降低癌症在两次随访之间复发，被称作间隔复发。另一方面，-／-癌症是侵袭性癌症，因此具有好疗效的患者不必进行积极治疗。然而，具有坏疗效的-／-患者可以具有更详细的、有效的和创新的随访以尽可能早的赶上转移并开始治疗。
表2A
应当在浸润边缘处且不在DCIS边缘处评分A／CD44的表达。
M：细胞膜
C：细胞质
N：细胞核
NM：核膜
表2和表2A解释：
基于作为一组的ER+／PR+状态和作为另一组的ER-／PR-状态来隔离患者样品。关于这种表达的选择和隔离，针对表2中所提及的单独的标记或标记的组合(如这里获取实施例：将与ABCC4组合的CD44和CD24考虑在内)的存在检查试验样品。
好和坏预后／疗效的结果应当在考虑到表2中所公开的染色强度连同标记的位置和染色的％的表达之后理想地示出标记状态。
在实施如前述实施例1所公开的工艺步骤之后，可以通过使3个实体即染色的％、染色强度和样品中标记的位置相关联来获得实施如表2A中所描述的好／坏疗效的模式。值得注意的是，在浸润边缘处评估标记A的存在或不存在是至关重要的。可能的是，具有DCIS病灶的整个肿瘤具有A的高表达，但是浸润边缘具有有低的或无表达，因此，这方面对于标记A的结果的解释而言是非常重要的。
如果在试验样品上进行前述的工艺步骤之后所获得的结果与好疗效的标记表达结果(如表2中所公开的)相符合，则可以参考按照表10(病历)具有好疗效的患者的跟随治疗模式，因此这类患者的治疗策略需要较少地随访或较少的积极治疗策略。然而，在与坏疗效的标记表达结果(如表2中所公开的)相符合的样品结果的情况下，则这类患者将需要更积极的随访，以及需要采用或考虑待跟随的策略性治疗模式或者替换性治疗方法，其可以基本上包括特定于标记(本文的与ABCC4组合的CD44和与CD24)的这些组合进行研发和管理抗体以减少它的表达。
全世界已越来越多地认识到，在倾向于具有坏疗效的ER+／PR+组中存在患者的子集。我们上面提到的结果基于CD44和CD24的表达可以隔离具有潜在好和坏疗效的ER+／PR+妇女。然而，本领域技术人员将能够理解的是，基于上面提到的结果，治疗这些患者的一个方式是开出抗-CD44抗体的处方，是因为CD44在这些具有长期无病生存率的希望的患者中的细胞膜中进行高度表达。另一方面，在具有潜在坏疗效的ER-／PR-患者中，CD44的全部表达都低，因此，对CD44的抗体将没有太多帮助。然而，重要的是，识别它们并用更靶向的药物、频繁并深入随访等适当地治疗它们以确保长期无病生存率。采用类似的策略来治疗具有各式标记表达的癌症患者，某些表达在下表中示出。
值得注意的是，不能组合来自ER／PR各状态的好疗效。如前所述，通常+／+患者认为是好的预后实例并由此不需要进行积极治疗。每隔6—12个月实施+／+患者的随访，这对+／+坏疗效组可能太长。因此，在疗效的前述解释的情况下，可以推断，尤其针对+／+坏疗效实例／患者可以更频繁的随访以降低癌症在两次随访之间复发，被称作间隔复发。另一方面，-／-癌症是侵袭性癌症，因此具有好疗效的患者不必进行积极治疗。然而，具有坏疗效的-／-患者可以具有更详细的、有效的和创新的随访以尽可能早的赶上转移并开始治疗。
ABCC4是膜转运体。细胞使用它使化学疗法药物被泵出，因此当该标记的表达高时，细胞倾向于对CT(化学疗法)的更大抗性。另外，值得注意的是，这种转运体的细胞质的表达还帮助细胞泵出药物，这在治疗患者时应当被记住。具有ABCC4的高M或M+C表达的患者将是更加抗药物的，因此可能将具有坏预后／疗效并由此应当相应地治疗。
表3A
M：细胞膜
C：细胞质
N：细胞核
NM：核膜
表3和3A解释：
基于作为一组的ER+／PR+状态和作为另一组的ER-／PR-状态来隔离患者样品。关于这种表达的选择和隔离，针对表1中所提及的单独的标记或标记的组合(如本文获取的实施例：将与Sox-2组合的Oct-4考虑在内)的存在检查试验样品。
好和坏预后／疗效的结果应当在考虑到表3中所公开的染色强度连同标记的位置和染色的％的表达之后理想地示出标记状态。
在实施如前述实施例1所公开的工艺步骤之后，可以通过使3个实体即染色的％、染色强度和样品中标记的位置相关联来获得实施如表3A中所描述的好／坏疗效的模式。
如果在试验样品上进行前述的工艺步骤之后所获得的结果与好疗效的标记表达结果(如表3中所公开的)相符合，则可以参考按照表10(病历)具有好疗效的患者的跟随治疗模式，因此这类患者的治疗策略需要较少地随访或较少的积极治疗策略。然而，在与坏疗效的标记表达结果(如表3中所公开的)相符合的样品结果的情况下，则这类患者将需要更积极的随访以及需要采用或考虑待跟随的策略性治疗模式或者替换性治疗方法，其可以基本上包括特定于标记(本文的Oct-4和Sox-2)的这些组合进行研发和管理抗体以减少它的表达。
值得注意的是，不能组合来自ER／PR各状态的好疗效。如前所述，通常+／+患者认为是好的预后实例并由此不需要进行积极治疗。每隔6—12个月实施+／+患者的随访，这对+／+坏疗效组可能太长。因此，在疗效的前述解释的情况下，可以推断，尤其针对+／+坏疗效实例／患者可以更频繁的随访以降低癌症在两次随访之间复发，被称作间隔复发。另一方面，-／-癌症是侵袭性癌症，因此具有好疗效的患者不必进行积极治疗。然而，具有坏疗效的-／-患者可以具有更详细的、有效的和创新的随访以尽可能早的赶上转移并开始治疗。
表4A
M：细胞膜
C：细胞质
N：细胞核
NM：核膜
表4和4A解释：
基于作为一组的ER+／PR+状态和作为另一组的ER-／PR-状态来隔离患者样品。关于这种表达的选择和隔离，针对表4中所提及的单独的标记或标记的组合(如本文获取的实施例：将与B-连环蛋白组合的APC考虑在内)的存在检查试验样品。
好和坏预后／疗效的结果应当在考虑到表4中所公开的染色强度连同标记的位置和染色的％的表达之后理想地示出标记状态。
在实施如前述实施例1所公开的工艺步骤之后，可以通过使3个实体即染色的％、染色强度和样品中标记的位置相关联来获得实施如表4A中所描述的好／坏疗效的模式。
如果在试验样品上进行前述的工艺步骤之后所获得的结果与好疗效的标记表达结果(如表4中所公开的)相符合，则可以参考按照表10(病历)具有好疗效的跟随患者的治疗模式，因此这类患者的治疗策略需要较少地随访或较少的积极治疗策略。然而，在与坏疗效的标记表达结果(如表4中所公开的)相符合的样品结果的情况下，则这类患者将需要更积极的随访以及需要采用或考虑待跟随的策略性治疗模式或者替换性治疗方法，其可以基本上包括特定于标记(本文的APC和B-连环蛋白)的这些组合进行研发和管理抗体以减少它的表达。
还值得注意的是，不能组合来自ER／PR各状态的好疗效。如前所述，通常+／+患者认为是好的预后实例并由此不需要进行积极治疗。通常地，每隔6—12个月实施+／+患者的随访，这对+／+坏疗效组可能太长。因此，在疗效的前述解释的情况下，可以推断，尤其针对+／+坏疗效实例／患者可以更频繁的随访以降低癌症在两次随访之间复发，被称作间隔复发。另一方面，-／-癌症是侵袭性癌症，因此具有好疗效的患者不必进行积极治疗。然而，具有坏疗效的-／-患者可以具有更详细的、有效的和创新的随访以尽可能早的赶上转移并开始治疗。
表6A
M：细胞膜
C：细胞质
N：细胞核
NM：核膜
表6和6A解释：
基于作为一组的ER+／PR+状态和作为另一组的ER-／PR-状态来隔离患者样品。关于这种表达的选择和隔离，针对表6中所提及的单独的标记或标记的组合(如本文获取的实施例：单独将P-钙粘蛋白考虑在内)的存在检查试验样品。
好和坏预后／疗效的结果应当在考虑到染色强度连同表6中所公开的标记的位置和染色的％的表达之后理想地示出标记状态。
A在实施如前述实施例1所公开的工艺步骤之后，可以通过使3个实体即染色的％、染色强度和样品中标记的位置相关联来获得实施如表6A中所描述的好／坏疗效的模式。
如果在试验样品上进行前述的工艺步骤之后所获得的结果与好疗效的标记表达结果(如表6中所公开的)相符合，则可以参考按照表10(病历)具有好疗效的跟随患者的治疗模式，因此这类患者的治疗策略需要较少地随访或较少的积极治疗策略。然而，在与坏疗效的标记表达结果(如表6中所公开的)相符合的样品结果的情况下，则这类患者将需要更积极的随访以及需要采用或考虑待跟随的策略性治疗模式或者替换性治疗方法，其可以基本上包括特定于标记(本文的单独的P-钙粘蛋白)的这些组合进行研发和管理抗体以减少它的表达。
全世界已越来越多地认识到，在倾向于具有坏疗效的ER+／PR+组中存在患者的子集。我们上面提到的结果基于P-钙粘蛋白的表达可以隔离具有潜在好和坏疗效的ER+／PR+妇女。然而，本领域技术人员将能够理解的是，基于上面提到的结果，治疗这些患者的一个方式是开出抗-P-钙粘蛋白抗体的处方，是因为P-钙粘蛋白在这些具有长期无病生存率的希望的患者中的细胞膜中进行高度表达。另一方面，在具有潜在坏疗效的ER-／PR-患者中，P-钙粘蛋白的全部表达都低，因此，对P-钙粘蛋白的抗体将没有太多帮助。然而，重要的是，识别它们并用更靶向的药物、频繁并深入随访等适当地治疗它们以确保长期无病生存率。采用类似的策略治疗具有各式标记表达的癌症患者，某些表达在下表中示出。
还值得注意的是，不能组合来自ER／PR各状态的好疗效。如前所述，通常+／+患者认为是好的预后实例并由此不需要进行积极治疗。通常地，每隔6—12个月实施+／+患者的随访，这对+／+坏疗效组可能太长。因此，在疗效的前述解释的情况下，可以推断，尤其针对+／+坏疗效实例／患者可以更频繁的随访以降低癌症在两次随访之间复发，被称作间隔复发。另一方面，-／-癌症是侵袭性癌症，因此具有好疗效的患者不必进行积极治疗。然而，具有坏疗效的-／-患者可以具有更详细的、有效的和创新的随访以尽可能早的赶上转移并开始治疗。
表7A
应当在浸润边缘处且不在DCIS边缘处评分A／CD44的表达。
M：细胞膜
C：细胞质
N：细胞核
NM：核膜
表7和7A解释：
基于作为一组的ER+／PR+状态和作为另一组的ER-／PR-状态来隔离患者样品。关于这种表达的选择和隔离，针对表7中所提及的要么单独的标记要么标记的组合(如本文获取的实施例：将与CD24、Oct-4和Sox-2组合的CD44考虑在内)的存在检查试验样品。
好和坏预后／疗效的结果应当在考虑到表7中所公开的染色强度连同标记的位置和染色的％的表达之后理想地示出标记状态。
在实施如前述实施例1所公开的工艺步骤之后，可以通过使3个实体即染色的％、染色强度和样品中标记的位置相关联来获得实施如表7A中所描述的好／坏疗效的模式。值得注意的是，在浸润边缘处评估标记A的存在或不存在是至关重要的。可能的是，具有DCIS病灶的整个肿瘤具有A的高表达，但是浸润边缘具有有低的或无表达，因此，这方面对于标记A的结果的解释而言是非常重要的。
如果在试验样品上进行前述的工艺步骤之后所获得的结果与好疗效的标记表达结果(如表7中所公开的)相符合，则可以参考按照表10(病历)具有好疗效的跟随患者的治疗模式，因此这类患者的治疗策略需要较少地随访或较少的积极治疗策略。然而，在与坏疗效的标记表达结果(如表7中所公开的)相符合的样品结果的情况下，则这类患者将需要更积极的随访以及需要采用或考虑待跟随的策略性治疗模式或者替换性治疗方法，其可以基本上包括特定于标记(本文的与CD24、Oct-4和Sox-2组合的CD44)的这些组合进行研发和管理抗体以减少它的表达。
全世界已越来越多地认识到，在倾向于具有坏疗效的ER+／PR+组中存在患者的子集。我们上面提到的结果基于CD44和CD24的表达可以隔离具有潜在好和坏疗效的ER+／PR+妇女。然而，本领域技术人员将能够理解的是，基于上面提到的结果，治疗这些患者的一个方式是开出抗-CD44抗体的处方，是因为CD44在这些具有长期无病生存率的希望的患者中的细胞膜中进行高度表达。另一方面，在具有潜在坏疗效的ER-／PR-患者中，CD44的全部表达都低，因此，对CD44的抗体将没有太多帮助。然而，重要的是，识别它们并用更靶向的药物、频繁并深入随访等适当地治疗它们以确保长期无病生存率。采用类似的策略治疗具有各式标记表达的癌症患者，某些表达在下表中示出。
还值得注意的是，不能组合来自ER／PR各状态的好疗效。如前所述，通常+／+患者认为是好的预后实例并由此不需要进行积极治疗。通常地，每隔6—12个月实施+／+患者的随访，这对+／+坏疗效组可能太长。因此，在疗效的前述解释的情况下，可以推断，尤其针对+／+坏疗效实例／患者可以更频繁的随访以降低癌症在两次随访之间复发，被称作间隔复发。另一方面，-／-癌症是侵袭性癌症，因此具有好疗效的患者不必进行积极治疗。然而，具有坏疗效的-／-患者可以具有更详细的、有效的和创新的随访以尽可能早的赶上转移并开始治疗。

Claims (14)

1.一种用于乳腺癌的预后的下列的组合：
由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记。
2.根据权利要求1所述的组合，其中所述由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记的组合预后具有表达雌激素受体或孕酮受体或两者的细胞的受试者的乳腺癌。
3.根据权利要求1所述的组合，其中所述标记位于选自下组的位置处的受试者的肿瘤细胞上，该组包括细胞膜、细胞质和细胞核或它们的任意组合。
4.一种用于具有乳腺癌或疑似具有乳腺癌的受试者的预后的试剂盒，所述试剂盒包含针对下列组合的抗体：
a)由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记；
连同用于实施免疫组织化学的有机溶剂、用于获得显色反应的底物、第二抗体和酶以及指导手册。
5.针对由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记的组合的抗体在制备用于识别具有或疑似具有乳腺癌的受试者的生物样品中的细胞上的所述生物学标记的试剂中的用途，所述识别包括以下操作：
a)采集、固定、切片和用有机溶剂处理所述生物样品，接着使用预定样品稀释物进行抗原修复并且添加针对所述生物学标记的组合的第一抗体；以及
b)添加与酶结合的第二抗体和用于获得识别所述生物学标记的显色反应或荧光的底物。
6.根据权利要求4所述的试剂盒或根据权利要求5所述的用途，其中所述有机溶剂选自包括乙醇和二甲苯或它们的任意组合的组。
7.根据权利要求4所述的试剂盒或根据权利要求5所述的用途，其中所述由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记的组合预后具有表达雌激素受体或孕酮受体或两者的细胞的受试者的乳腺癌。
8.根据权利要求5所述的用途，其中利用常规免疫组织化学技术在预定条件下实施所述采集、固定、切片和处理。
9.针对由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记的组合的抗体在制备用于具有乳腺癌或疑似具有乳腺癌的受试者的预后的试剂盒中的用途，所述试剂盒包含：
针对所述生物学标记的组合的所述抗体；
连同用于实施免疫组织化学的有机溶剂、用于获得显色反应的底物、第二抗体和酶以及指导手册。
10.针对由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记的组合的抗体在制备用于具有乳腺癌或疑似具有乳腺癌的受试者的预后的试剂中的用途，所述预后包括以下操作：
a)采集来自所述受试者的生物样品并且识别在所述样品的细胞中选自下组的受体的表达或缺乏，该组包括雌激素受体、孕酮受体和人表皮生长因子受体2或它们的任意组合；
b)用所述抗体对步骤(a)的所述细胞实施免疫组织化学分析；以及
c)识别在所述样品的细胞中所述受体和所述生物学标记的表达或缺乏并且使所述标记的所述识别与相应的疗效相关联，所述疗效是基于分别提供如下的用于预测所述受试者的所述预后的预测结果参考表11、表13、表15和表16：
表11
表13
表15
表16
其中，所述低表达表示所述细胞的染色强度百分数在0至40％之间，并且所述高表达表示所述细胞的染色强度百分数大于40％上达至100％。
11.根据权利要求10所述的用途，其中利用常规方法实施所述免疫组织化学分析，并且其中由于来自所述样品的所述细胞的染色，通过使完成所述方法时所获得的显色反应或荧光可视化来实施所述标记的识别。
12.根据权利要求10所述的用途，其中所述相关联是基于选自下组的参数，该组包括染色的百分数、染色的强度和染色的位置或它们的任意组合；并且其中所述染色的所述位置选自包括细胞膜、细胞质和细胞核或它们的任意组合的组。
13.根据权利要求12所述的用途，其中所述相关联包括使所述染色的百分数乘以所述染色的强度以得到预测分数，或其中所述相关联是基于染色细胞的百分数而实施的，以便取决于所述生物学标记表达的位置将所述预后预测为好或坏。
14.针对由CD44、ABCC4、P-钙粘蛋白和β-连环蛋白组成的生物学标记的组合的抗体在制备用于治疗乳腺癌的试剂中的用途，所述治疗包括以下操作：
a)通过所述抗体识别生物样品中的肿瘤细胞上的生物学标记的组合并且预测具有乳腺癌或疑似具有乳腺癌的受试者的预后；以及
b)基于所述预测，设计用于抑制所述乳腺癌的癌症疗法。
CN201280021095.4A 2011-03-27 2012-03-26 用于识别肿瘤细胞的标记、方法及其试剂盒 Active CN103562723B (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
IN2835/CHE/2010 2011-03-27
IN2835CH2010 2011-03-27
PCT/IB2012/051427 WO2012131564A1 (en) 2011-03-27 2012-03-26 Markers for identifying tumor cells, methods and kit thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN103562723A CN103562723A (zh) 2014-02-05
CN103562723B true CN103562723B (zh) 2017-04-26

Family

ID=46877646

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201280021095.4A Active CN103562723B (zh) 2011-03-27 2012-03-26 用于识别肿瘤细胞的标记、方法及其试剂盒

Country Status (8)

Country Link
US (2) US8772455B2 (zh)
EP (1) EP2691776A4 (zh)
JP (1) JP2014515821A (zh)
KR (1) KR101621036B1 (zh)
CN (1) CN103562723B (zh)
AU (1) AU2012235767B2 (zh)
SG (1) SG193630A1 (zh)
WO (1) WO2012131564A1 (zh)

Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BR112015023493A2 (pt) 2013-03-15 2017-10-10 Varian Med Sys Inc método para tratamento de um tumor, método para identificar um sujeito, método para a seleção de um tratamento, e, kit
CN105339390A (zh) * 2013-04-29 2016-02-17 Ogd2药物 靶向o-乙酰化的gd2神经节苷脂作为针对癌症干细胞的新型治疗和诊断策略
JP6841609B2 (ja) 2015-07-10 2021-03-10 ３スキャン インコーポレイテッド 組織学的染色の空間的多重化
FR3044680B1 (fr) * 2015-12-02 2017-12-22 Univ Limoges Methode de detection de cellules souches cancereuses
MY195697A (en) * 2016-05-24 2023-02-05 Oncostem Pte Ltd Method of Prognosing and Predicting Breast Cancer Recurrence, Markers Employed Therein and Kit Thereof
CN106053172B (zh) * 2016-06-03 2018-10-30 浙江世纪康大医疗科技股份有限公司 一种edta抗原修复液
US10166406B2 (en) 2017-02-24 2019-01-01 Varian Medical Systems International Ag Radiation treatment planning and delivery using collision free regions
CN115429881A (zh) * 2022-09-02 2022-12-06 中国医学科学院基础医学研究所 铁螯合剂治疗β-连环蛋白活化突变的肿瘤

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101088089A (zh) * 2004-02-23 2007-12-12 鹿特丹伊拉斯姆斯大学医疗中心 通过基因表达图形对急性粒细胞性白血病进行分类、诊断和预后
CN101583624A (zh) * 2006-09-29 2009-11-18 昂考梅德药品有限公司 用于诊断和治疗癌症的组合物和方法

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100035240A1 (en) * 2004-08-10 2010-02-11 Cardiff Biologicals Limited Methods and kit for the prognosis of breast cancer
WO2007075672A2 (en) * 2005-12-23 2007-07-05 Lankenau Institute For Medical Research Prognostic cancer markers
WO2007114896A2 (en) 2006-03-31 2007-10-11 Ordway Research Institute Prognostic and diagnostic method for cancer therapy
EA018260B1 (ru) * 2006-09-29 2013-06-28 Онкомед Фармасьютикалз, Инк. Антитела к дельта-подобному лиганду 4 человека и их применение
US7968169B2 (en) * 2007-08-07 2011-06-28 The Boeing Company Compound contoured composite beams and fabrication methods
WO2009126310A2 (en) * 2008-04-10 2009-10-15 Massachusetts Institute Of Technology Methods for identification and use of agents targeting cancer stem cells
WO2011007853A1 (ja) * 2009-07-14 2011-01-20 リンク・ジェノミクス株式会社 癌特異的アイソフォームに対するモノクローナル抗体
WO2011113047A2 (en) * 2010-03-12 2011-09-15 The Johns Hopkins University Compositions and methods for characterizing breast cancer

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101088089A (zh) * 2004-02-23 2007-12-12 鹿特丹伊拉斯姆斯大学医疗中心 通过基因表达图形对急性粒细胞性白血病进行分类、诊断和预后
CN101583624A (zh) * 2006-09-29 2009-11-18 昂考梅德药品有限公司 用于诊断和治疗癌症的组合物和方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Expression of CD133,PAX2,ESA,and GPR30 in invasive ductal breast carcinomas;Liu qun,et al.;《Chinese Medical Journal》;20091231;第122卷(第22期);第2763-2769页 *
Multiple Lineages of Human Breast Cancer Stem/Progenitor Cells Identified by Profiling with Stem Cell Markers;Wendy W. Hwang-Verslues，et al.;《Plos One》;20091231;第4卷(第12期);第2页"Breast Cancer Cell Lines Heterogeneously Expressed Stem Cell Markers"部分，表1，附图5 *
微环境调控肾上腺皮质癌干细胞CD44、CXCR4、CD133和ABCG2表达的实验研究;罗佐杰;《中国博士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑》;20100815;参见摘要，第43-44页第1.2.2.2节 *

Also Published As

Publication number Publication date
EP2691776A1 (en) 2014-02-05
WO2012131564A1 (en) 2012-10-04
AU2012235767A1 (en) 2013-11-07
JP2014515821A (ja) 2014-07-03
US20120244556A1 (en) 2012-09-27
CN103562723A (zh) 2014-02-05
EP2691776A4 (en) 2015-04-15
US20140295459A1 (en) 2014-10-02
AU2012235767B2 (en) 2016-02-04
KR101621036B1 (ko) 2016-05-13
SG193630A1 (en) 2013-10-30
US8772455B2 (en) 2014-07-08
KR20140015500A (ko) 2014-02-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103562723B (zh) 用于识别肿瘤细胞的标记、方法及其试剂盒
Kim et al. EGFR in gastric carcinomas: prognostic significance of protein overexpression and high gene copy number
West et al. MYB expression and translocation in adenoid cystic carcinomas and other salivary gland tumors with clinicopathologic correlation
Akervall et al. A novel panel of biomarkers predicts radioresistance in patients with squamous cell carcinoma of the head and neck
Riener et al. Expression of the extracellular matrix protein periostin in liver tumours and bile duct carcinomas
Zucali et al. Insulin‐like growth factor‐1 receptor and phosphorylated AKT‐serine 473 expression in 132 resected thymomas and thymic carcinomas
Pusztaszeri et al. MYB immunostaining is a useful ancillary test for distinguishing adenoid cystic carcinoma from pleomorphic adenoma in fine‐needle aspiration biopsy specimens
Lodhia et al. Prioritizing therapeutic targets using patient-derived xenograft models
Edden et al. The use of molecular markers as a method to predict the response to neoadjuvant therapy for advanced stage rectal adenocarcinoma
Buckup et al. Plectin is a regulator of prostate cancer growth and metastasis
Matsuoka et al. The tumour stromal features are associated with resistance to 5‐FU‐based chemoradiotherapy and a poor prognosis in patients with oral squamous cell carcinoma
Tzanakis et al. Prognostic significance of p53 and Ki67 proteins expression in Greek gastric cancer patients
Miller et al. PD‐L1+ dendritic cells in the tumor microenvironment correlate with good prognosis and CD8+ T cell infiltration in colon cancer
Knoll et al. The ribosomal protein S6 in renal cell carcinoma: functional relevance and potential as biomarker
Krawczyk et al. HER2 status on persistent disseminated tumor cells after adjuvant therapy may differ from initial HER2 status on primary tumor
Cumberbatch et al. Identification of a subset of human non–small cell lung cancer patients with high PI3Kβ and low PTEN expression, more prevalent in squamous cell carcinoma
Yang et al. C23 protein meditates bone morphogenetic protein-2-mediated EMT via up-regulation of Erk1/2 and Akt in gastric cancer
Bose et al. Bax expression measured by AQUAnalysis is an independent prognostic marker in oral squamous cell carcinoma
Fleischmann et al. High‐level cytoplasmic cyclin D1 expression in lymph node metastases from prostate cancer independently predicts early biochemical failure and death in surgically treated patients
Fraune et al. Upregulation of PTTG1 is associated with poor prognosis in prostate cancer
Alves et al. Downregulation of AGR 2, p21, and cyclin D and alterations in p53 function were associated with tumor progression and chemotherapy resistance in epithelial ovarian carcinoma
Dalbagni et al. Prospective evaluation of p53 as a prognostic marker in T1 transitional cell carcinoma of the bladder
Ahmed et al. Akt and Hippo pathways in Ewing's sarcoma tumors and their prognostic significance
Beppu et al. Expression of cancer/testis antigens in salivary gland carcinomas with reference to MAGE‐A and NY‐ESO‐1 expression in adenoid cystic carcinoma
Chiappori et al. Features of potentially predictive biomarkers of chemotherapeutic efficacy in small cell lung cancer

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 1193648

Country of ref document: HK

GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: GR

Ref document number: 1193648

Country of ref document: HK

TR01 Transfer of patent right

Effective date of registration: 20200326

Address after: Shinka ha

Patentee after: Oenkestm Pte Ltd

Address before: Eberne, Mauritius

Patentee before: ONCOSTEM DIAGNOSTICS PVT. Ltd.

TR01 Transfer of patent right