CN102918158B - 与多囊卵巢综合征相关的snp、包含snp的芯片及其应用 - Google Patents

与多囊卵巢综合征相关的snp、包含snp的芯片及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN102918158B
CN102918158B CN201080067164.6A CN201080067164A CN102918158B CN 102918158 B CN102918158 B CN 102918158B CN 201080067164 A CN201080067164 A CN 201080067164A CN 102918158 B CN102918158 B CN 102918158B
Authority
CN
China
Prior art keywords
pcos
snp
gene
polycystic ovary
ovary syndrome
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201080067164.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN102918158A (zh
Inventor
陈子江
贺林
师咏勇
马金龙
赵跃然
赵涵
石玉华
耿玲
游力
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
SHANDONG SHANDA AFFILIATED REPRODUCTION HOSPITAL CO Ltd
Shanghai Jiaotong University
Shandong University
Original Assignee
SHANDONG SHANDA AFFILIATED REPRODUCTION HOSPITAL CO Ltd
Shanghai Jiaotong University
Shandong University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by SHANDONG SHANDA AFFILIATED REPRODUCTION HOSPITAL CO Ltd, Shanghai Jiaotong University, Shandong University filed Critical SHANDONG SHANDA AFFILIATED REPRODUCTION HOSPITAL CO Ltd
Publication of CN102918158A publication Critical patent/CN102918158A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN102918158B publication Critical patent/CN102918158B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了与多囊卵巢综合征（PCOS）相关的SNP，这些SNP在数以千计的中国PCOS病例中被发现。本发明还提供了具有所述SNP的探针和包括一个或多个这些探针的芯片。所述探针和芯片可以用于筛选、预测或诊断PCOS。

Description

与多囊卵巢综合征相关的SNP、包含SNP的芯片及其应用
技术领域
本发明涉及与多囊卵巢综合征相关的SNP、包含SNP的芯片及其应用。
背景技术
多囊卵巢综合征是一种临床症状，表现为存在以下两种或多种特征：长期的排卵过少或停止排卵、雄性激素过量和多囊卵巢1。作为无排卵性不孕症的最主要原因，PCOS影响了6-8%的育龄女性2-3。此外，PCOS与重要的内分泌代谢紊乱和广泛范围的不利后遗症（包括血脂障碍、动脉硬化症、胰岛素抗性和2型糖尿病4-6）有关。患有PCOS的女性中，大约50%存在胰岛素抗性7。在患有葡萄糖耐量降低（IGT）和糖尿病的女性中，大约20%承认在年轻时患有PCOS8-10。
目前还没有完全弄清楚PCOS的发病机理。遗传倾向早已被认为是机理之一，但是在遗传因素和环境因素之间存在复杂的相互作用。已经对至少70种候选基因进行了关联性研究，这些基因主要涉及生殖激素、胰岛素抗性和慢性炎症，如卵泡刺激素受体（FSHR）、细胞色素P450家族11A（CYP11A）、胰岛素受体（INSR）和白细胞介素6（IL-6）11-15；但是，没有任何基因与PCOS相关联16。基于阵列的全基因组单核苷酸多态性（SNP）关联性分析可以替代地提供一种全面的、无偏差的方法以大范围地筛查患者、检测该疾病的易感基因。本文进行了一项全基因组病例-对照相关性研究以鉴定中国汉族人群中PCOS的遗传标记。
发明内容
发明人已经确定了中国汉族人群PCOS的三个易感基因座：2p16.3、2p21和9q33.3。在本次大规模GWA研究中，在额外的独立重复中进一步验证了与PCOS最显著相关的遗传变异体。在29种变异体中，28种在中国北部汉族人群PCOS个体中完全重复，20种在中国中部和南部汉族人群中重复。尽管中国北部和南部汉族人群之间存在遗传差异17，但是这些风险等位基因在中国PCOS女性中相当普遍。
所有PCOS相关的变异体分别定位于以下三种基因之一：LHCGR(rs13405728)、THADA(rs12468394)和DENND1A(rs10986105)。LHCGR编码与促黄体激素（LH）和绒毛膜促性腺素（HCG）有关的G蛋白偶联受体。在卵巢中，LHCGR在排卵前卵泡的后期的粒层细胞中表达。重要地，在粒层细胞分化过程中的LHCGR的诱导使得排卵前卵泡对中期LH峰有响应，导致排卵和释放成熟卵母细胞22。在女性中，LHCGR的失活（或功能丧失）突变与增加的LH、扩大的卵巢、经量异常、对LH或HCG的抗性和不育有关23,24，尽管受影响的女性中的活性突变产生雄激素过多症，但对生殖异常没有其它影响25。
THADA首先在由于染色体重组形成的甲状腺腺瘤中得以鉴定，所述基因重组导致THADA断裂并与过氧化物酶体增殖激活受体γ（PPARG）的一个内含子融合26。最近，在大型欧洲GWA研究中，THADA(rs7578597)被鉴定为T2D的易感基因27；但是，随后在中国患者28、芬兰患者29和印度患者30的T2D研究中，该结果没有得到重复。在德国人中，THADA中rs7578597和T2D有一定的关联倾向（p=0.055）31。在中国人中，THADA与T2D没有关系，但是在葡萄糖耐性测试中发现，THADA与2小时胰岛素水平有关系28。具有风险等位基因的PCOS患者具有更大的发展胰岛素抗性的可能性，因此应当监视他们的T2D。
THADA的功能还没有充分表征，但是一些证据暗示它可能涉及死亡受体途径和细胞凋亡32。THADA在所有组织中广泛表达，特别是在淋巴细胞、自然杀伤细胞和单核细胞中高表达。这暗示了THADA在免疫反应中的作用。在固有性和/或适应性免疫反应中，THADA可能作为引起系统性疾病如PCOS的炎症信号途径中的细胞因子参与反应。
DENND1A，是另一个相关联的9q33.3基因，编码DENN域（在正常和赘生性细胞中差异表达），所述DENN域可以与1型肿瘤坏死因子受体（TNFR1）杂交，作为死亡域-死亡域交互作用的负调控因子33。之前已经报导，血清TNFR1升高与肥胖的PCOS个体相关；但是，在相同的PCOS病例群体中，TNF-α没有同时增加34，表明在所述TNF系统中，其它细胞因子激活TNF受体或负调控因子丧失抑制功能。发明人推断，在具有成因性DENND1A风险等位基因的PCOS患者中，DENND1A不能正常抑制，导致升高的TNFR1进一步诱导细胞凋亡和激活炎症途径。
总体上，THADA和DENND1A似乎都是通过慢性炎症发病机理在PCOS中起作用。最近的研究已经显示，一些炎症介体，如C-反应性蛋白(CRP)、TNF-α和纤溶酶原激活物抑制物-1(PAI-1)在PCOS女性中增加35,36。同样已知肥胖（在50-70%的PCOS中存在37）与慢性系统性炎症和增加的炎症细胞因子有关38。此外，已经证明了胰岛素抗性和炎症之间的相关性39。如所说明的，肥胖和胰岛素抗性是与PCOS最相关的两个特征。发明人推断，已经鉴定的易感基因，THADA和DENND1A可能作为改变卵巢功能和导致PCOS的促炎细胞因子。
将来自基因型2型糖尿病个体的数据（同时分析的）与本研究融合以确定发明人已鉴定的PCOS相关因素是否也与T2D相关。确实，在患有PCOS的女性中，胰岛素敏感性减少35%-40%，减少量在数量上与T2D中的减少量相似40。但是，在中国汉族人群中的研究没有发现在T2D中的这些相关因素。因此，即使共有相同的特征，如肥胖、代谢异常、胰岛素抗性和心血管疾病的高风险性，PCOS和T2D被假定具有对于它们发病机理而言独立的易感因子。
综上所述，该大型GWA研究显示，在中国汉族人群中，LHCGR、THADA和DENND1A中的遗传变异体与多囊卵巢综合征密切相关，但是与2型糖尿病不相关。
基于上面的描述，本发明提供具有SNP的THADA、LHCGR和DENND1A基因，其中THADA基因具有一个或多个来自NCBI数据库的SNP：rs11891936(A/G)、rs17030684(T/C)、rs4340576(G/A)、rs12468394(A/C)、rs7567607(A/G)、rs13429458(C/A)、rs7568365(T/C)、rs7582497(G/A)、rs10176241(G/A)、rs6744642(T/C)、rs12478601(T/C)、rs1038822(C/T)、rs7559891(A/G)、rs1873555(G/A)、rs7596052(A/G)、rs10165527(A/G)、rs6726014(T/A)、rs2374551(G/C)、rs6731009(C/T)、rs10179648(A/G)和rs7558302(T/C)；LHCGR基因具有来自NCBI数据库的SNP：rs13405728(G/A)；DENND1A基因具有来自NCBI数据库的一个或多个SNP：rs10818854(A/G)、rs7857605(C/T)、rs2479106(G/A)、rs1778890(C/T)、rs1627536(A/T)和rs10986105(C/A)。
如在本文中所使用的，（M/N）表示SNP中的次要等位基因/主要等位基因。
本发明进一步提供具有上述SNP的探针，用于筛选、预测或诊断PCOS，其中所述探针的核苷酸序列在表5中列出或为Seq ID.No.1-56。
本发明进一步提供包括一个或多个上述探针的芯片。
本发明进一步提供一种包括上述芯片的试剂盒，所述试剂盒用于筛选、预测或诊断PCOS。
本发明进一步提供一种筛选、预测或诊断PCOS的方法，其中，所述方法使用本文所述的芯片和/或试剂盒，其中，该方法主要包括以下步骤：提取患者的外周血DNA并用所述PCOS芯片杂交；筛选并分析相关的SNP等位基因信息的结果以预测PCOS的风险。
附图说明
图1：PCOS的全基因组相关性筛选。
显示了用于SNP的负log10P，通过的质量控制5×10-8（上面的线）是全球显著水平，而10-6是本研究中使用的阈值。
图2：2p16.3、2p21和9q33.3上的PCOS相关信号。
基因座2p16.3(图2.A)、2p21(图2.B)和9q33.3(图2.C)的详细情况示出了全基因组显著相关性。上面的部分示出了来自GWAS（圆形和三角形）和meta分析（方形）的单一标记物相关性统计（作为-log10P；左边y轴）。在HapMap中的每个域交叉的重组率以淡蓝色示出（右边y轴）。每个域的基因组内容在下面部分表示。
具体实施方式
个体
通过多家医院的协作，本研究中的所有中国汉族样本获取于24家生殖和妇科诊所。第一阶段的样品（744个PCOS病例和895个对照）主要来自于中国北方的山东省；更多的重复样品（系列1和2）收集自贯穿中国大陆北部、中部和南部的21个省(3338个病例和5792个对照)17。额外收集了204组PCOS家庭三人以进行传递不平衡检测。病例和对照的临床特征在表1中示出。为进一步说明中国汉族人群中PCOS相关因素是否与2型糖尿病相关，在由1326个2型糖尿病病例和1159个对照（包括772个女性病例和821个女性对照）组成的未公开的T2D GWAS中检查所有显著变异体。
根据2003修订的关于与多囊卵巢综合征相关的诊断标准和长期健康风险的共识，即以下三种标准中的任何两种：少排卵或停止排卵，雄激素过多症的临床和/或生物化学迹象以及多囊卵巢形态学对所有被定义为PCOS病例的受影响的个体进行诊断。排除了具有月经稀发或雄激素过多症的其它原因的患者。通过由内科医生做全面临床检查从病例中收集临床信息。通过结构调查问卷从病例和对照收集其它的人口统计学信息。所有参与者提供书面知情同意书。该研究得到各家医院的制度上的伦理委员会许可并根据赫尔辛基宣言原则操作。
基因型分析
使用昂飞全基因组人类SNP阵列6.0进行全基因组基因型分析。如下所述进行GWAS数据的质量控制过滤：对照QC是0.4或更大的阵列被遗弃，不进行进一步数据分析。使用鸟铒运算法则产生基因型数据。对于样品过滤，排除产生的基因型少于95%的基因座的阵列。对于SNP过滤（在样品过滤之后），移除在病例样本或对照样本中呼叫率<95%的SNP。排除MAF（次要等位基因频率）<1%的SNP，或者在对照中明显偏离哈迪-温伯格平衡（HWE,P≤0.001）的SNP。一共649,264个SNP通过质量标准并用于后续分析。
下面的标准用于选择SNP以进行确认：判断来自GWAS的特别显著SNP（基于等位基因P值≤10-6）。具有模糊的基因型分散图块的那些从后续阶段中排除。
统计分析
为鉴定可能的人口分层，发明人使用PLINK软件包进行了多维标定（MDS）分析18。同时使用PLINK在单一标记物水平进行全基因组相关性分析以及在病例-对照样本中进行HWE分析。对于重复研究，使用SHEsis进行等位基因相关性分析19,20。Haploview用于全基因组P值图（图1）21。使用R qq.plot函数产生Q-Q图。使用meta分析整合GWAS和重复数据。使用R‘meta’包进行meta分析。使用Q-统计P-值评估三个阶段的不均一性。Mantel-Haenszel方法用于计算固定的效果评估。
实施例1：全基因组相关性研究
为鉴定中国汉族人群中的PCOS遗传易感性基因座，发明人进行了GWA研究，在昂飞SNP6.0上对744个受影响个体（病例）和895个对照中的906,600个SNP进行基因型分析。在QC过滤后，一共保留了649,264个SNP并进行统计学分析。基因组膨胀因子（λ＝1.097）表明由于人群分层的GWAS结果造成非常轻微的膨胀，而MDS分析证明没有明显的人群基础。初始分析揭示3个不同的基因座(2p16.3、2p21和9q33.3，包括15个SNP)显示全基因组显著相关性（P<5×10-8）。这些基因座中的最显著SNP是基因LHCGR(2p16.3)中的rs13405728(等位基因P值=1.29×10-8；让步比，0.61)、基因THADA(2p21)中的rs12468394(等位基因P值=3.99×10-10；让步比，0.60)和基因DENND1A(9q33.3)中的rs10986105(等位基因P值=9.78×10-10；让步比，2.08)(图1、2)。
实施例2：重复研究
为确认GWAS的发现，发明人对来自两个重复集的个体中的28个SNP（在GWAS中显示出最强相关性（P<10-6）的那些）进行基因型分析（表2）：系列1包括来自中国北部汉族的2840个PCOS病例和5012个对照的独立样本集；系列2包括来自中国中部汉族和南部汉族的其它498个PCOS病例和780个对照。在系列1重复中，29个SNP中的28个得以确认。在GWAS中发现的这些易感基因座中的所有被选择的SNP(基因LHCGR的1个SNP，基因THADA的21个SNP和基因DENND1A的6个SNP)均被确认，p值范围从1.18×10-7至5.55×10-16。此外，20个SNP在系列2重复研究中呈阳性，最显著的SNP是基因LHCGR中的rs13405728(p值=7.93×10-7)（表2）。
实施例3：组合分析
除了每个重复集的相关性测试外，发明人还使用mata分析对GWAS数据进行了组合分析。所述Mantel-Haenszel方法用于评估作为固定效果模型的所有分层的集中让步比。在结合GWAS和重复数据之后，在以下SNP处观察到最显著相关性：rs13429458(2p21，Pmeta＝1.73×10-23，让步比=0.67，95%CI:0.62-0.72)、rs13405728(2p16.3，Pmeta＝7.55×10-21，让步比=0.71，95%CI:0.67-0.77)和rs2479106(9q33.3，Pmeta=8.12×10-19，让步比=1.34，95%CI:1.26-1.43)（表2，图2）。在这三个易感基因座中的所有选择的SNP显示出显著相关性（p值范围从2.36×10-13至1.73×10-23）。所述结合分析的结果强烈地支持：基因LHCGR、THADA、DENND1A中的变异体与PCOS的易感性相关。
实施例4：逻辑回归
为降低年龄和身体质量指标（BMI）对结果的潜在影响，发明人使用年龄和BMI作为变量进行了疾病特性的逻辑回归分析。发明人使用模型Y=b0+b1×ADD+b2×年龄+b3.BMI+e以适应所述数据，其中Y表示显型（1表示疾病，0表示正常），ADD表示等位基因剂量（次要等位基因）的相加效果。所有初始相关的SNP在所述发现和重复1系列中仍然显著。在重复系列2中，由于样本数量少，调整后仍有3个SNP显著。但是，2p16.3、2p21和9q33.3处的相关性没有被年龄和BMI的效果覆盖。
实施例5：PCOS家庭三人中的传递不平衡检测
在204组家庭三人中，发明人对在PCOS GWAS中鉴定的全部28个SNP进行了传递不平衡检测（TDT）。尽管由于三人的数量少，发明人已经限定了统计效力，发明人仍然检测到6个显著的SNP（表3），全部位于发明人之前检测到的相同域内。这些结果进一步支持了发明人的显著发现。
实施例6：检测T2D中的PCOS相关因素
为说明那些相关因素是否与T2D相关，发明人额外地研究了在中国汉族人群中收集的未公开的T2D GWAS数据集（1326个2型糖尿病病例和1159个对照；772个女性病例和821个女性对照）。但是，发明人在PCOS中鉴定的SNP都没有在T2D GWAS中显示出名义上的显著性（P=0.05）。当发明人查看T2D GWAS数据中的女性样本时，仅9q33.2的2个SNP（rs1778890、rs10986105）显示边际显著性，其无法通过多个测试校正（表4）。明显地，2p16.3、2p21和9q33.3与PCOS的相关性不应当是PCOS和T2D之间密切关系的副产物。
实施例7：通过SNP芯片预测PCOS
使用微阵列打印机将SNP序列的等位基因特异寡核苷酸印刷在环氧包被的玻璃显微镜载片上。每个集一式两份印刷，以使得对于每一个SNP有四个主要和次要等位基因寡核苷酸点。在每一个载片上印刷12个这样的寡核苷酸块，以使得每一载片检测来自12个人的DNA。
提取患者的外周血DNA并与PCOS芯片杂交。筛选并分析与SNP等位基因信息相关的结果以预测PCOS风险。
表1：PCOS病例/对照个体的特征
*NHC、CHC和SHC分别表示中国北部汉族、中国中部汉族和中国南部汉族；BMI：身体质量指数；T：睾酮；HOMA-IR：稳态模型评估-胰岛素抗性指数。
表2：最显著SNP的GWAS、病例对照重复研究和Meta分析结果
Figure BDA00002500735500091
Figure BDA00002500735500101
表3：对于重复SNP的家庭基础相关性检测结果
  SNP   CHR   BP   等位基因a   Tb   U   OR   CHI-2   P
  rs17030684   2   43401632   T/C   42   82   0.5122   12.9   0.000328
  rs4340576   2   43409010   C/T   46   44   1.045   0.04444   0.833
  rs12468394   2   43414665   A/C   31   47   0.6596   3.282   0.07004
  rs7567607   2   43491689   T/C   53   63   0.8413   0.8621   0.3532
  rs13429458   2   43492342   G/T   31   63   0.4921   10.89   0.000965
  rs7568365   2   43492359   T/C   53   63   0.8413   0.8621   0.3532
  rs7582497   2   43492451   C/T   32   45   0.7111   2.195   0.1385
  rs10176241   2   43501680   G/A   37   63   0.5873   6.76   0.009322
  rs6744642   2   43525408   T/C   42   47   0.8936   0.2809   0.5961
  rs12478601   2   43575012   A/G   53   61   0.8689   0.5614   0.4537
  rs1038822   2   43591677   G/A   55   77   0.7143   3.667   0.05551
  rs7559891   2   43620543   T/C   46   52   0.8846   0.3673   0.5445
  rs1873555   2   43633169   C/T   30   46   0.6522   3.368   0.06646
  rs7596052   2   43635330   A/G   38   59   0.6441   4.546   0.03299
  rs10165527   2   43636372   T/C   26   37   0.7027   1.921   0.1658
  rs6726014   2   43636798   T/A   40   63   0.6349   5.136   0.02344
  rs2374551   2   43655884   G/C   38   66   0.5758   7.538   0.00604
  rs6731009   2   43656932   C/T   29   37   0.7838   0.9697   0.3248
  rs10179648   2   43661569   T/C   55   62   0.8871   0.4188   0.5175
  rs7558302   2   43690191   T/C   57   75   0.76   2.455   0.1172
  rs13405728   2   48831663   G/A   34   52   0.6538   3.767   0.05226
  rs10514258   5   82907513   G/A   21   21   1   0   1
  rs10818854   9   125486599   A/G   26   21   1.238   0.5319   0.4658
  rs7857605   9   125547434   G/A   32   32   1   0   1
  rs2479106   9   125565033   G/A   55   43   1.279   1.469   0.2254
  rs1778890   9   125571576   C/T   45   34   1.324   1.532   0.2159
  rs1627536   9   125582525   T/A   53   51   1.039   0.03846   0.8445
  rs10986105   9   125589776   C/A   38   32   1.188   0.5143   0.4733
a次要等位基因/主要等位基因；b传递的次要等位基因数量。
表4：在糖尿病病例和对照中的PCOS相关的SNP
Figure BDA00002500735500131
Figure BDA00002500735500141
a次要等位基因/主要等位基因
表5、用于PCOS芯片的SNP探针
Figure BDA00002500735500151
Figure BDA00002500735500161
参考文献：
1.Rotterdam ESHRE/ASRM-Sponsored PCOS Consensus Workshop Group:Revised 2003consensus on diagnostic criteria and longterm health risks related to polycystic ovarysyndrome.Fertil Steril 2004;81:19–25.
2.Goodarzi MO,Azziz R.Diagnosis,epidemiology，and genetics of the polycystic ovarysyndrome.Best Prac Res Clin Endocrinol Metab 2006;20:193–200.
3.Ehrmann DA,Barnes RB,Rosenfield RL,Cavaghan MK,Imperial J.Prevalence of impairedglucose tolerance and diabetes in women with polycystic ovary syndrome.Diabetes Care1999;22:141-6.
4.Carmina E.Cardiovascular risk and events in polycystic ovary syndrome.Climacteric 2009;12Suppl 1:22-5.
5.Kandaraki E,Christakou C,Diamanti-Kandarakis E.Metabolic syndrome and polycysticovary syndrome...and vice versa.Arq Bras Endocrinol Metabol 2009;53:227-37.
6.Wild S,Pierpoint T,Jacobs H,McKeigue P.Long-term consequences of polycystic ovarysyndrome:results of a 31year follow-up study.Hum Fertil(Camb)2000;3:101-5.
7.Legro RS,Castracane VD,Kauffman RP.Detecting insulin resistance in polycystic ovarysyndrome:purposes and pitfalls.Obstet Gynecol Surv 2004;59:141-54.
8.Espinós-Gómez JJ,Corcoy R,Calaf J.Prevalence and predictors of abnormal glucosemetabolism in Mediterranean women with polycystic ovary syndrome.Gynecol Endocrinol2009;25:199-204.
9.Kulshreshtha B,Ganie MA,Praveen EP，et al.Insulin response to oral glucose in healthy，leanyoung women and patients with polycystic ovary syndrome.Gynecol Endocrinol 2008;24:637-43.
10.Shi Y，Guo M,Yan J,et al.Analysis of clinical characteristics in large-scale Chinese womenwith polycystic ovary syndrome.Neuro Endocrinol Lett 2007;28:807-10.
11.Sudo S,Kudo M,Wada S,Sato O,Hsueh AJ,Fujimoto S.Genetic and functional analyses ofpolymorphisms in the human FSH receptor gene.Mol Hum Reprod 2002;8:893-9.
12.Gaasenbeek M,Powell BL,Sovio U,et al.Large-scale analysis of the relationship betweenCYP11A promoter variation,polycystic ovarian syndrome,and serum testosterone.J ClinEndocrinol Metab 2004;89:2408-13.
13.Wang Y，Wu X,Cao Y，Yi L,Chen J.A microsatellite polymorphism(tttta)n in the promoterof the CYP11a gene in Chinese women with polycystic ovary syndrome.Fertil Steril 2006;86:223–6.
14.Chen ZJ,Shi YH,Zhao YR,et al.Correlation between single nucleotide polymorphism ofinsulin receptor gene with polycystic ovary syndrome.Zhonghua Fu Chan Ke Za Zhi 2004;39:582–5.
15.Villuendas G，San Millán JL,Sancho J,Escobar-Morreale HF.The-597G-->A and-174G-->C polymorphisms in the promoter of the IL-6gene are associated withhyperandrogenism.J Clin Endocrinol Metab 2002;87:1134-41.
16.Simoni M,Tempfer CB,Destenaves B,Fauser BC.Functional genetic polymorphisms andfemale reproductive disorders:Part I:Polycystic ovary syndrome and ovarian response.HumReprod Update 2008;14:459-84
17.Xu S,Yin X,Li S,et al.Genomic dissection of population substructure of Han Chinese andits implication in association studies.Am J Hum Genet 2009;85:762-74.
18.Purcell S,Neale B,Todd-Brown K,et al.PLINK:a tool set for whole-genome association andpopulation-based linkage analyses.Am J Hum Genet 2007;81:559-75.
19.Shi YY，He L.SHEsis,a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium,haplotype construction,and genetic association at polymorphism loci.Cell research 2005;15,97-8.
20.Li Z,Zhang Z,He Z,et al.A partition-ligation-combination-subdivision EM algorithm forhaplotype inference with multiallelic markers:update of the SHEsis(http://analysis.bio-x.cn).Cell Res 2009;19:519-23.
21.Barrett,J.C.,Fry，B.,Maller,J.and Daly，M.J.Haploview:analysis and visualization of LDand haplotype maps.Bioinformatics 2005;21,263.
22.Segaloff DL.Chapter 4 Diseases Associated with Mutations of the Human Lutropin Receptor.Prog Mol Biol Transl Sci 2009;89C:97-114.
23.Latronico AC,Chai Y，Arnhold IJP，Liu X,Mendonca BB,Segaloff DL.A homozygousmicrodeletion in helix seven of the luteinizing hormone receptor associated with familialtesticular and ovarian resistance is due to both decreased cell surface expression and impairedGs activation by the cell surface receptor.Mol Endocrinol 1998;12:442-50.
24.Toledo SPA,Brunner HG，Kraaij R,et al.An inactivating mutation of the luteinizing hormonereceptor causes amenorrhea in a 46,XX female.J Clin Endocrinol Metab 1996;81:3850-4.
25.Latronico AC,Lins TS,Brito VN,Arnhold IJ,Mendonca BB.The effect of distinct activatingmutations of the luteinizing hormone receptor gene on the pituitary-gonadal axis in both sexes.Clin Endocrinol(Oxf)2000;53:609–13.
26.Drieschner N,Belge G，Rippe V，Meiboom M,Loeschke S,Bullerdiek J.Evidence for a 3p25breakpoint hot spot region in thyroid tumors of follicular origin.Thyroid 2006;16:1091–6.
27.Zeggini E,Scott LJ,Saxena R,et al.Meta-analysis of genome-wide association data andlarge-scale replication identifies additional susceptibility loci for type 2 diabetes.Nat Genet2008;40:638-45.
28.Hu C,Zhang R,Wang C,et al.PPARG，KCNJ11,CDKAL1,CDKN2A-CDKN2B,IDE-KIF11-HHEX,IGF2BP2 and SLC30A8 are associated with type 2 diabetes in a Chinesepopulation.PLoS One 2009;4:e7643.
29.StancákováA,Kuulasmaa T,Paananen J,et al.Association of 18 confirmed susceptibility locifor type 2 diabetes with indices of insulin release,proinsulin conversion,and insulinsensitivity in 5,327 nondiabetic Finnish men.Diabetes 2009;58:2129-36.
30.Sanghera DK,Been L,Ortega L,et al.Testing the association of novel meta-analysis-deriveddiabetes risk genes with type II diabetes and related metabolic traits in Asian Indian Sikhs.JHum Genet 2009;54:162-8.
31.Schleinitz D,
Figure BDA00002500735500191
A,
Figure BDA00002500735500192
Y，et al.Lack of significanteffects of the type 2 diabetessusceptibility loci JAZF1,CDC123/CAMK1D,NOTCH2,ADAMTS9,THADA,andTSPAN8/LGR5 on diabetes and quantitative metabolic traits.Horm Metab Res 2010;42:14-22.
32.Drieschner N,Kerschling S,Soller JT N,et al.A domain of the thyroid adenoma associatedgene(THADA)conserved in vertebrates becomes destroyed by chromosomal rearrangementsobserved in thyroid adenomas Gene 2007;403:110-7.
33.Del Villar K,Miller CA.Down-regulation of DENN/MADD,a TNF receptor binding protein,correlates with neuronal cell death in Alzheimer's disease brain and hippocampal neurons.Proc NatlAcad Sci U S A 2004;101:4210-5.
34.Olszanecka-Glinianowicz M,M,Zahorska-Markiewicz B,et al.Is the polycystic ovarysyndrome associated with chronic inflammation per se?Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol2007;133:197-202.
35.Benson S,Janssen OE,Hahn S,et al.Obesity，depression,and chronic low-gradeinflammation in women with polycystic ovary syndrome.Brain Behav Immun 2008;22:177-84.
36.González F,Rote NS,Minium J,Kirwan JP.Evidence of proatherogenic inflammation inpolycystic ovary syndrome.Metabolism.2009;58:954-62.
37.Ehrmann DA,Barnes RB,Rosenfield RL,Cavaghan MK,Imperial J.Prevalence of impairedglucose tolerance and diabetes in women with polycystic ovary syndrome.Diabetes Care1999;22:141-6.
38.Iyer A,Fairlie DP，Prins JB,Hammock BD,Brown L.Inflammatory lipid mediators inadipocyte function and obesity.Nat Rev Endocrinol 2010;6:71-82.
39.Bloomgarden ZT.Inflammation and insulin resistance.Diabetes Care 2003;26:1922-6.
40.O'Driscoll JB,Mamtora H,Higginson J,Pollock A,Kane J,Anderson DC.A prospectivestudy of the prevalence of clear-cut endocrine disorders and polycystic ovaries in 350 patientspresenting with hirsutism or androgenic alopecia.Clin Endocrinol(Oxf)1994;41:231-6.
Figure IDA00002500736200011
Figure IDA00002500736200021
Figure IDA00002500736200031
Figure IDA00002500736200041
Figure IDA00002500736200051
Figure IDA00002500736200061
Figure IDA00002500736200071

Claims (4)

1.用于筛选、预测或诊断PCOS的探针组，其特征在于，所述探针组中各探针的核苷酸序列分别如Seq ID.No.1-56所示。
2.包括如权利要求1所述的探针组的芯片。
3.权利要求2的芯片在制备用于筛选、预测或诊断PCOS的制剂中的应用。
4.包括权利要求2的芯片的试剂盒。
CN201080067164.6A 2010-05-31 2010-05-31 与多囊卵巢综合征相关的snp、包含snp的芯片及其应用 Active CN102918158B (zh)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/CN2010/073387 WO2011150545A1 (en) 2010-05-31 2010-05-31 Snps associated with polycystic ovary syndrome, chips comprising the same and use thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN102918158A CN102918158A (zh) 2013-02-06
CN102918158B true CN102918158B (zh) 2014-05-28

Family

ID=45066105

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201080067164.6A Active CN102918158B (zh) 2010-05-31 2010-05-31 与多囊卵巢综合征相关的snp、包含snp的芯片及其应用

Country Status (4)

Country Link
US (1) US8685647B2 (zh)
EP (1) EP2576787B1 (zh)
CN (1) CN102918158B (zh)
WO (1) WO2011150545A1 (zh)

Families Citing this family (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013176765A1 (en) * 2012-05-21 2013-11-28 The Penn State Research Foundation Compositions and methods relating to dennd1a variant 2 and polycystic ovary syndrome
EP2861735A4 (en) * 2012-06-18 2016-02-24 Shan Dong University SNP MARKER ASSOCIATED WITH POLYCYSTIC OVARIAL SYNDROME
EP4286517A3 (en) 2013-04-04 2024-03-13 President and Fellows of Harvard College Therapeutic uses of genome editing with crispr/cas systems
CN106102772B (zh) 2013-11-19 2020-10-16 弗吉尼亚联邦大学 用于预防和/或治疗与dennd1a变体2相关疾病的组合物和方法
CN104777242B (zh) * 2014-01-14 2016-08-17 中国科学院大连化学物理研究所 用于诊断多囊卵巢综合征的联合标志物、试剂盒和系统
CN104593513A (zh) * 2015-02-06 2015-05-06 上海中优医药高科技有限公司 一种卵巢反应相关基因的基因检测方法
WO2016160721A1 (en) 2015-03-27 2016-10-06 President And Fellows Of Harvard College Modified t cells and methods of making and using the same
EP3276003B1 (en) 2015-03-27 2022-07-20 Bonac Corporation Single-chain nucleic acid molecule having delivery function and gene expression control ability
WO2018195129A1 (en) 2017-04-17 2018-10-25 University Of Maryland, College Park Embryonic cell cultures and methods of using the same
CN109022565B (zh) * 2017-06-12 2022-02-11 山大生殖研发中心有限公司 多囊卵巢综合征的microRNA生物标记物和其应用
CN107190076B (zh) * 2017-06-28 2019-12-27 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 一种人肿瘤相关的甲基化位点及其筛选方法和用途
CN113049838A (zh) * 2019-12-27 2021-06-29 山东大学 多囊卵巢形态阈值和其在诊断多囊卵巢综合征中的应用
CN115364219A (zh) * 2021-12-02 2022-11-22 山东大学 Thada在制备糖代谢紊乱疾病预防及治疗药物中的应用
CN115372626A (zh) * 2022-07-12 2022-11-22 山东大学 Thada在制备糖代谢紊乱疾病筛选试剂中的应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20040074800A (ko) * 2003-02-19 2004-08-26 이수만 메틸렌테트라하이드로폴레이트 환원효소 유전자의 677번뉴클레오티드 위치의 단일 염기 다형성을 검출할 수 있는프라이머를 포함하는 다낭성 난포 증후군 진단용 조성물
EP1749891A1 (en) * 2004-05-27 2007-02-07 Neocodex Method and device for the in vitro detection of polycystic ovarian syndrome (pcos) and pathologies involving cardiovascular risk

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2006251402A1 (en) * 2005-05-23 2006-11-30 Universiteit Maastricht Genetic association of polymorphisms in the ATF6-alpha gene with insulin resistance phenotypes
US20110286997A1 (en) * 2007-03-13 2011-11-24 Hakon Hakonarson Genetic Alterations on Chromosome 16 and Methods of Use Thereof for the Diagnosis and Treatment of Type 1 Diabetes
US20110294680A1 (en) * 2008-02-22 2011-12-01 Duke University Methods and compositions for predicting success in addictive substance cessation and for predicting a risk of addiction

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20040074800A (ko) * 2003-02-19 2004-08-26 이수만 메틸렌테트라하이드로폴레이트 환원효소 유전자의 677번뉴클레오티드 위치의 단일 염기 다형성을 검출할 수 있는프라이머를 포함하는 다낭성 난포 증후군 진단용 조성물
EP1749891A1 (en) * 2004-05-27 2007-02-07 Neocodex Method and device for the in vitro detection of polycystic ovarian syndrome (pcos) and pathologies involving cardiovascular risk

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ID:NM_001083953;NCBI;《GENBANK》;20100411;全文 *
NCBI.ID:NM_001083953.《GENBANK》.2010,全文.
NCBI.ID：rs11891936.《GENBANK》.2004,全文. *

Also Published As

Publication number Publication date
EP2576787B1 (en) 2017-05-03
EP2576787A1 (en) 2013-04-10
US20120309642A1 (en) 2012-12-06
CN102918158A (zh) 2013-02-06
WO2011150545A1 (en) 2011-12-08
US8685647B2 (en) 2014-04-01
EP2576787A4 (en) 2013-04-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN102918158B (zh) 与多囊卵巢综合征相关的snp、包含snp的芯片及其应用
Zhernakova et al. Genetic analysis of innate immunity in Crohn's disease and ulcerative colitis identifies two susceptibility loci harboring CARD9 and IL18RAP
Mathias et al. A genome-wide association study on African-ancestry populations for asthma
Hester et al. Implication of European-derived adiposity loci in African Americans
Gao et al. Genetic variants of the T-cell immunoglobulin mucin 1 but not the T-cell immunoglobulin mucin 3 gene are associated with asthma in an African American population
Hunninghake et al. Sex-stratified linkage analysis identifies a female-specific locus for IgE to cockroach in Costa Ricans
Bell et al. Genome-wide linkage analysis for severe obesity in french caucasians finds significant susceptibility locus on chromosome 19q
De Kovel et al. Whole-genome linkage scan for epilepsy-related photosensitivity: a mega-analysis
Mersha et al. Genomic architecture of asthma differs by sex
Windelinckx et al. Comprehensive fine mapping of chr12q12-14 and follow-up replication identify activin receptor 1B (ACVR1B) as a muscle strength gene
Pereira et al. Effect of the G-308A polymorphism of the tumor necrosis factor α gene on the risk of ischemic heart disease and ischemic stroke: a meta-analysis
Tekola Ayele et al. Genome-wide associated loci influencing interleukin (IL)-10, IL-1Ra, and IL-6 levels in African Americans
Imamura et al. Genetic variants at CDC123/CAMK1D and SPRY2 are associated with susceptibility to type 2 diabetes in the Japanese population
Schauberger et al. Identification of ATPAF1 as a novel candidate gene for asthma in children
Yang et al. Combined effect of FTO and MC4R gene polymorphisms on obesity in children and adolescents in Northwest China: a case-control study
Qi et al. Interleukin-6 receptor gene variations, plasma interleukin-6 levels, and type 2 diabetes in US Women
Noble et al. Linkage disequilibrium with predisposing DR3 haplotypes accounts for apparent effects of tumor necrosis factor and lymphotoxin-α polymorphisms on type 1 diabetes susceptibility
Li et al. Differential regulation of the DNA methylome in adults born during the Great Chinese Famine in 1959–1961
Tewfik et al. Polymorphisms in interleukin‐1 receptor‐associated kinase 4 are associated with total serum IgE
Matesanz et al. The high producer variant of the Fc-receptor like-3 (FCRL3) gene is involved in protection against multiple sclerosis
CN103525899A (zh) 2型糖尿病易感基因位点及检测方法和试剂盒
Kukshal et al. Genetics of schizophrenia from a clinicial perspective
Chiang et al. Ultraconserved elements in the human genome: association and transmission analyses of highly constrained single-nucleotide polymorphisms
Bae et al. Genetic association analysis of ERBB4 polymorphisms with the risk of schizophrenia and SPEM abnormality in a Korean population
Yang et al. Genotype and haplotype determination of interleukin (IL) 1β (g.− 511C> T and g.+ 3954C> T) and IL-1RN in polycystic ovary syndrome

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant