CN101415836A - 检测血液中基因转录本的方法及其用途 - Google Patents

检测血液中基因转录本的方法及其用途 Download PDF

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CN101415836A CNA2004800235497A CN200480023549A CN101415836A CN 101415836 A CN101415836 A CN 101415836A CN A2004800235497 A CNA2004800235497 A CN A2004800235497A CN 200480023549 A CN200480023549 A CN 200480023549A CN 101415836 A CN101415836 A CN 101415836A
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刘宗正
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Abstract

本发明大体涉及鉴定包括疾病和非疾病状况的状况生物标志物以及生物标志物的鉴定组合物。本发明还提供诊断疾病、监测疾病进展和区别性诊断疾病的方法。本发明还提供用于诊断、监测疾病进展和差异性诊断疾病的试剂盒。

Description

检测血液中基因转录本的方法及其用途
发明领域
本申请涉及血液中生物标志物的鉴定、鉴定的生物标志物及其组合、以及涉及生物标志物用于监测个体状况的应用的方法。
表格
本申请包括同样的两张光盘(2光盘：表格拷贝1和表格拷贝2)，对应的纸质拷贝已被省略，但根据2002年9月6日修改的专利合作条约行政指令的s.801和附录C(s.801 and Annex C of the Patent Cooperation Treaty AdministrativeInstructions)，这些是本申请的一部分。每张光盘含有以下文件：
      表        描述                   大小/kb          创建             文本文件名称
1     1A        与共病的高血压         19               2004-06-18       TABLE1A.TXT
                相关的序列表格
2     1B        与共病的肥胖           20               2004-06-18       TABLE1B.TXT
                相关的序列表格
3     1C        与共病的变态反应       14               2004-06-18       TABLE1C.TXT
                相关的序列表格
4     1D        与共病的系统性类固     13               2004-06-18       TABLE1D.TXT
                醇相关的序列表格
5     1E        与高血压(Chondro)      48               2004-06-18       TABLE1E.TXT
                相关的序列表格
6    1F         与肥胖(Chondro)               54       2004-06-18              TABLE1F.TXT
                相关的序列表格
7    1G         仅与共病的高血压               13       2004-06-16              TABLE1G.TXT
                相关的序列表格
8    1H         与高血压OA都                  5        2004-06-16              TABLE1H.TXT
                相关的序列表格
9    1I         仅与共病的肥胖                 12       2004-06-16              TABLE1I.TXT
                相关的序列表格
10   1J         与肥胖OA都                    4        2004-06-16              TABLE1J.TXT
                相关的序列表格
11   1K         仅与共病的变态反应             6        2004-06-16              TABLE1K.TXT
                相关的序列表格
12   1L         与变态反应OA都                6        2004-06-16              TABLE1L.TXT
                相关的序列表格
13   1M         与共病的类固醇都               8        2004-06-16              TABLE1M.TXT
                相关的序列表格
14   1N         与类固醇OA都                  5        2004-06-16              TABLE1N.TXT
                相关的序列表格
15   1O         与分化的系统性类固醇           9        2004-06-16              TABLE1O.TXT
                相关的序列表格
16   1P         与糖尿病                       28       2004-06-16              TABLE1P.TXT
                相关的序列表格
17   1Q         与高脂血症                     34       2004-06-16              TABLE1Q.TXT
                相关的序列表格
18   1R         与肺病                        21       2004-06-16              TABLE1R.TXT
                相关的序列表格
19         1S           与膀胱癌                 146           2004-06-16               TABLE1S.TXT
                        相关的序列表格
20         1T           与膀胱癌分期             83            2004-06-16               TABLE1T.TXT
                        相关的序列表格
21         1U           与冠状动脉疾病           117           2004-06-16               TABLE1U.TXT
                        相关的序列表格
22         1V           与类风湿性关节炎         78            2004-06-16               TABLE1V.TXT
                        相关的序列表格
23         1W           与类风湿性关节炎         44            2004-06-16               TABLE1W.TXT
                        相关的序列表格
24         1X           与抑郁                   36            2004-06-16               TABLE1X.TXT
                        相关的序列表格
25         1Y           与OA分期                 7             2004-06-16               TABLE1Y.TXT
                        相关的序列表格
26         1Z           与肝癌                   109           2004-06-16               TABLE1Z.TXT
                        相关的序列表格
27         1AA          与精神分裂症             110           2004-06-16               TABLE1AA.TXT
                        相关的序列表格
28         1AB          与恰加斯病               34            2004-06-16               TABLE1AB.TXT
                        相关的序列表格
29         1AC          与哮喘(Chondro)          13            2004-06-18               TABLE1AC.TXT
                        相关的序列表格
30         1AD          与哮喘(Affy)             15            2004-06-16               TABLE1AD.TXT
                        相关的序列表格
           1AE          与肺癌                   31            2004-06-16               TABLE
                        相关的序列表格                                                  1AE.TXT
           1AG          与高血压(Affymetrix)     29            2004-06-16               TABLE1AG.TXT
                        相关的序列表格
    1AH           与肥胖(Affymetrix)           35        2004-06-16        TABLE1AH.TXT
                  相关的序列表格
    1AI           与强直性脊柱炎(Affy)         65        2004-06-16        TABLE1AI.TXT
                  相关的序列表格
31  2             与OA仅减影                   4         2004-06-16        TABLE2.TXT
                  (OA Only Subtraction)
                  相关的序列表格
32  3A            与精神分裂症v.MDS            51        2004-06-16        TABLE3A.TXT
                  相关的序列表格
33  3B            与肝炎v.肝癌                 96        2004-06-16        TABLE3B.TXT
                  相关的序列表格
34  3C            与膀胱癌v.肾癌               114       2004-06-16        TABLE3C.TXT
                  相关的序列表格
35  3D            与膀胱癌v.睾丸癌             121       2004-06-16        TABLE3D.TXT
                  相关的序列表格
36  3E            与睾丸癌v.肾癌               132       2004-06-16        TABLE3E.TXT
                  相关的序列表格
37  3F            与肝癌v.胃癌                 15        2004-06-16        TABLE3F.TXT
                  相关的序列表格
38  3G            与肝癌v.结肠癌               27        2004-06-16        TABLE3G.TXT
                  相关的序列表格
39  3H            与胃癌v.结肠癌               30        2004-06-16        TABLE3H.TXT
                  相关的序列表格
40       3I        与OA v.RA                  49              2004-06-16              TABLE3I.TXT
                   相关的序列表格
42       3K        与恰加斯病v.心衰            3              2004-06-16              TABLE3K.TXT
                   相关的序列表格
43       3L        与恰加斯病v.CAD             4              2004-06-16              TABLE3L.TXT
                   相关的序列表格
45       3N        与CAD v.心衰                3              2004-06-16              TABLE3N.TXT
                   相关的序列表格
47       3P        与无症状恰加斯病v.          17             2004-06-16              TABLE3P.TXT
                   有症状恰加斯病
                   相关的序列表格
48       3Q        与阿尔茨海默病v.            13             2004-06-16              TABLE3Q.TXT
                   精神分裂症
                   相关的序列表格
49       3R与      阿尔茨海默病v.              12             2004-06-16              TABLE3R.TXT
                   躁狂型抑郁症
                   相关的序列表格
50       4A        与OA v.对照                 112            2004-06-16              TABLE4A.TXT
                   (ChondroChip)
                   相关的序列表格
51       4B        与OA v.对照(Affy)           144            2004-06-16              TABLE4B.TXT
                   相关的序列表格
52       4C        与OA轻度v.对照              67             2004-06-16              TABLE4C.TXT
                   (ChondroChip)
                   相关的序列表格
53       4D        与OA轻度v.对照(Affy)        153            2004-06-16              TABLE 4D.TXT
                   相关的序列表格
54        4E           与OA中度v.对照             44            2004-06-16            TABLE4E.TXT
                       (ChondroChip)
                       相关的序列表格
55        4F           与OA中度v.对照(Affy)       152           2004-06-16            TABLE4F.TXT
                       相关的序列表格
56        4G           与OA明显v.对照             46            2004-06-16            TABLE4G.TXT
                       (ChondroChip)
                       相关的序列表格
57        4H           与OA明显v.对照(Affy)       173           2004-06-16            TABLE4H.TXT
                       相关的序列表格
58        4I           与OA严重v.对照             61            2004-06-16            TABLE4I.TXT
                       (ChondroChip)
                       相关的序列表格
59        4J           与OA严重v.对照(Affy)       160           2004-06-16            TABLE4J.TXT
                       相关的序列表格
60        4K           与OA轻度v.中度             24            2004-06-16            TABLE4K.TXT
                       (ChondroChip)
                       相关的序列表格
61        4L           与OA轻度v.中度(Affy)       127           2004-06-16            TABLE4L.TXT
                       相关的序列表格
62        4M           与OA轻度v.明显             21            2004-06-16            TABLE4M.TXT
                       (ChondroChip)
                       相关的序列表格
63        4N           与OA轻度v.明显(Affy)       101           2004-06-16            TABLE4N.TXT
                       相关的序列表格
64        4O           与OA轻度v.严重             35            2004-06-16            TABLE4O.TXT
                       (ChondroChip)
                       相关的序列表格
65       4P             与OA轻度v.严重(Affy)          180         2004-06-16          TABLE4P.TXT
                        相关的序列表格
66       4Q             与OA中度v.明显                21          2004-06-16          TABLE4Q.TXT
                        (ChondroChip)
                        相关的序列表格
67       4R             与OA中度v.明显(Affy)          115         2004-06-16          TABLE4R.TXT
                        相关的序列表格
68       4S             与OA中度v.严重                15          2004-06-16          TABLE4S.TXT
                        (ChondroChip)
                        相关的序列表格
69       4T             与OA中度v.严重(Affy)          173         2004-06-16          TABLE4T.TXT
                        相关的序列表格
70       4U             与OA明显v.严重                13          2004-06-16          TABLE4U.TXT
                        (ChondroChip)
                        相关的序列表格
71       4V             与OA明显v.严重(Affy)          193         2004-06-16          TABLE4V.TXT
                        相关的序列表格
72       5A             与牛皮癣v.对照                24          2004-06-16          TABLE5A.TXT
                        相关的序列表格
73       5B             与甲状腺疾病v.对照            82          2004-06-16          TABLE5B.TXT
                        相关的序列表格
74       5C             与肠易激综合征v.对照          24          2004-06-16          TABLE5C.TXT
                        相关的序列表格
75       5D             与骨质疏松症v.对照            21          2004-06-16          TABLE5D.TXT
                        相关的序列表格
76       5E             与偏头痛v.对照                50          2004-06-16          TABLE5E.TXT
                        相关的序列表格
77    5F           与湿疹v.对照                 15            2004-06-16              TABLE5F.TXT
                   相关的序列表格
78    5G           与NASH v.对照                83            2004-06-16              TABLE5G.TXT
                   相关的序列表格
79    5H           与阿尔茨海默病v.对照         51            2004-06-16              TABLE5H.TXT
                   相关的序列表格
80    5I           与躁狂型抑郁v.对照           65            2004-06-16              TABLE5I.TXT
                   相关的序列表格
81    5J           与Crohn’s结肠炎v.对照       8             2004-06-16              TABLE5J.TXT
                   相关的序列表格
82    5K           与慢性胆囊炎v.对照           16            2004-06-16              TABLE5K.TXT
                   相关的序列表格
83    5L           与心衰v.对照                 38            2004-06-16              TABLE5L.TXT
                   相关的序列表格
84    5M           与宫颈癌v.对照               69            2004-06-16              TABLE5M.TXT
                   相关的序列表格
88    5N           与胃癌v.对照                 53            2004-06-16              TABLE5N.TXT
                   相关的序列表格
89    5O           与肾癌v.对照                 81            2004-06-16              TABLE5O.TXT
                   相关的序列表格
90    5P           与睾丸癌v.对照               12            2004-06-16              TABLE5P.TXT
                   相关的序列表格
91    5Q      与结肠癌v.对照               83              2004-06-16                 TABLE5Q.TXT
              相关的序列表格
92    5R      与乙型肝炎v.对照             39              2004-06-16                 TABLE5R.TXT
              相关的序列表格
93    5S      与胰腺癌v.对照               46              2004-06-16                 TABLE5S.TXT
              相关的序列表格
95    5T      与无症状恰加斯病v.对照       18              2004-06-16                 TABLE5T.TXT
              相关的序列表格
96    5U      与有症状恰加斯病v.对照       17              2004-06-16                 TABLE5U.TXT
              相关的序列表格
      5V      与晚期膀胱癌v.对照           66              2004-06-16                 TABLE5V.TXT
              相关的序列表格
97    6A      与癌症(所有类型)v.对照4      2               2004-06-16                 TABLE6A.TXT
              相关的序列表格
      6B      与心血管疾病v.对照           13              2004-06-16                 TABLE6B.TXT
              相关的序列表格
      6C      与神经病v.对照               69              2004-06-16                 TABLE6C.TXT
              相关的序列表格
      7A      与v.除             12              2004-06-16                 TABLE7A.TXT
              Celebrex以外的所有Cox
              抑制剂相关的序列表格
98    7B      与
Figure A200480023549D00192
v.对照           12              2004-06-16                 TABLE7B.TXT
              相关的序列表格
99      7C           与
Figure A200480023549D00201
v.对照                 12               2004-06-18             TABLE7C.TXT
                     相关的序列表格
100     7D           与
Figure A200480023549D00202
v.除                   11               2004-06-16             TABLE7D.TXT
                     
Figure A200480023549D00203
以外的所有Cox
                     抑制剂相关的序列表格
101     7E           与NSAIDS v.对照                 15               2004-06-16             TABLE7E.TXT
                     相关的序列表格
102     7F           与可的松v.对照                  51               2004-06-16             TABLE7F.TXT
                     相关的序列表格
103     7G           与Visco Supplement v.对照       72               2004-06-16             TABLE7G.TXT
                     相关的序列表格
104     7H           与Lipitorv.对照                 32               2004-06-16             TABLE7H.TXT
                     相关的序列表格
105     7I           与吸烟者v.不吸烟者              6                2004-06-16             TABLE7I.TXT
                     相关的序列表格
        8A           识别序列相关信息的              12,488           2004-06-17             TABLE8A.TXT
                     Affymetrix注释母表
        8B           识别序列相关信息的              3,536            2004-06-17             TABLE8B.TXT
                     ChondroChip注释母表
        11           与已知基因序列具有″非          187              2004-06-21             TABLE11.TXT
                     显著匹配″的表1-7的223个
                     EST序列的Patent-In列表
发明背景
血液是人体的人循环系统的关键部分。很多细胞类型形成包括白细胞的血液组织，由粒细胞(中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞)和无粒细胞(淋巴细胞和单核细胞)、红细胞、血小板以及可能的很多其它未发现的细胞类型组成。
造血系统中的细胞更新是巨大的。据报道人体中每天更新超过一万亿个细胞，包括2千万红细胞和7百万中性粒细胞(Ogawa 1993)。
现有技术中缺乏诊断、预测和监测疾病进展和消退以及鉴定与一种或多种状况相关的标志物的简单非侵入性方法。尽管近来已经将表达阵列表型分析用于疾病生物标志物的鉴定和/或分类，生物标志物的来源仍限制于在组织中差异表达的那些，因此要求侵入性诊断操作(例如见Alon U，Barkai N，Notterman DA，Gish K，Ybarra S，Mack D，Levine AJ：Broad patterns of gene expression revealed by clustering analysisof tumor and normal colon tissues probed by oligonucleotide arrays.Proc Natl AcadSci USA 1999，96：6745-6750；Schummer M，Ng WV，Bumgarner RE，Nelson PS，Schummer B，Bednarski DW，Hassell L，Baldwin RL，Karlan BY，Hood LComparative hybridization of an array of 21500 ovarian cDNAs for the discovery ofgenes overexpressed in ovarian carcinomas.Gene 1999，238：375-385；van′t Veer LJ，Dai H，van de Vijver MJ，He YD，Hart AA，Mao M，Peterse HL，van der Kooy K，Marton MJ，Witteveen AT，et al.：Gene expression profiling predicts clinical outcomeof breast cancer.Nature 2002，415：530-536；
发明内容
本发明提供鉴定用于诊断状况的生物标志物以及生物标志物及其组合的最小侵入性的方法，其中状况的生物标志物从简单的血样中被鉴定。还涉及使用所述生物标志物，尤其是用于诊断、预测和监测包括疾病和非疾病状况的状况的方法和试剂盒。因此，提供了诊断疾病、监测疾病进展和区别性诊断疾病的方法，以及用于诊断、监测疾病进展和区别性诊断疾病的试剂盒。
此处所述的方法要求使用血样，因此与常规实践中使用组织样品生物标志物检测疾病比较所述方法是最小侵入性的。
还公开了鉴定在两个群体之间差异表达的生物标志物的手段的代表性方法，其中第一个群体具有一种状况，而第二个群体具有第二种状况或没有状况。由此鉴定的生物标志物可用于诊断具有一种状况的个体，或区别性诊断具有第一种或第二种状况的个体。
此处所述的方法和产品的显示的其它和进一步的方法、特性和优点从以下提供的优选实施方案的说明中将是显而易见的。这些实施方案的目的是为了公开。
附图说明
本发明的上述特性、优点和目的以及将变清晰的其它内容被达到并可以被详细理解，并且通过附图中举例说明的某些实施方案可以更具体的描述以上简单描述的本发明。这些附图形成说明书的一部分。然而，需要注意，附图举例说明本发明的优选实施方案，因此不应认为限制它们的范围。
图1是与不具有骨关节炎或高血压的个体(“正常”)的RNA表达谱相比，同时具有骨关节炎和高血压的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图2是与不具有肥胖或骨关节炎的个体(“正常”)的RNA表达谱相比，被鉴定为同时具有此处所述骨关节炎和肥胖的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图3是与不具有变态反应或骨关节炎的个体(“正常”)的RNA表达谱相比，被鉴定为同时具有此处所述骨关节炎和变态反应的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图4是与不接受系统性类固醇并且不具有骨关节炎的个体(“正常”)的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述骨关节炎并接受系统性类固醇的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图5是与非高血压个体和正常个体的样品的RNA表达谱相比，具有高血压的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图6是与正常个体和非肥胖个体的RNA表达谱相比，被鉴定为此处所述肥胖的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图7的维恩图表示比较高血压和OA患者与没有高血压或OA的个体(表1A)、高血压和OA患者与OA患者(表1G)以及两组基因之间交叉关系(表1H)的分析汇总表。
图8的维恩图表示比较肥胖和OA患者与没有肥胖或OA的个体(表1B)、肥胖和OA患者与OA患者(表1I)以及两组基因之间交叉关系(表1J)的分析汇总表。
图9的维恩图表示比较变态反应和OA患者与没有变态反应或OA的个体(表IC)、变态反应和OA患者与OA患者(表1K)以及两组基因之间交叉关系(表1L)的分析汇总表。
图10的维恩图表示比较系统性类固醇和OA患者与没有变态反应且不暴露于系统性类固醇的个体(表1D)、系统性类固醇和OA患者与OA患者(表1M)以及两组基因之间交叉关系(表IN)的分析汇总表。
图11是被鉴定为具有OA并且是三种类型系统性类固醇之一的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示，所述三种类型系统性类固醇包括激素替代疗法、节育和泼尼松。
图12是与正常的和非2型糖尿病的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述2型糖尿病的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图13是与正常的和非高脂血症患者的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述高脂血症的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图14是与正常的和非肺病的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述肺病的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图15是与非膀胱癌的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述膀胱癌的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图16是与非膀胱癌的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述晚期膀胱癌或早期膀胱癌的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图17是与非冠状动脉病的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述冠状动脉病(CAD)的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图18是与非类风湿性关节炎的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述类风湿性关节炎的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图19是与非抑郁的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述抑郁的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图20是与没有骨关节炎的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述各期骨关节炎的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图21是与没有肝癌的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述肝癌的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图22是与没有精神分裂症的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述精神分裂症的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图23是与没有恰加斯病的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述有症状的或无症状的恰加斯病的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图24是与具有OA但没有哮喘的个体相比，被鉴定为具有哮喘和OA的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图25是与具有精神分裂症的个体相比，被鉴定为具有躁郁综合征的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。
图26表示患者的OA各期与患者年龄组之间关系的示意图。
图27表示用微阵列实验鉴定的CAD外周血细胞中过表达基因的RT-PCR，这些基因包括PBP、PF4和F13A。
图28表示“Blood Chip”，具有来源于外周血细胞cDNA文库的10,368种PCR产物的cDNA微阵列片。颜色代表与标记有Cy3(绿色)或Cy5(红色)的探针的杂交。黄色斑点表示两种探针共有的杂交。在片A中，正常血细胞RNA样品标记有Cy3，而CAD血细胞RNA样品标记有Cy5。在片B中，Cy3和Cy5交换标记RNA样品。(聚类分析显示正常和CAD样品之间截然不同的基因表达谱。)
具体实施方式
此处公开了本领域技术人员将会理解的方法，作为鉴定与根据感兴趣的状况在血液中差异表达的一种或多种核酸转录本对应的生物标志物的代表性手段，其中所述感兴趣的状况包括疾病、疾病分期以及其他非疾病状况。此处还公开了含如此鉴定的生物标志物的组合物、生物标志物本身，以及使用所述生物标志物的方法。这些方法包括使用这些生物标志物诊断个体是否具有感兴趣状况或感兴趣的状况分期，以及区分两种或多种状况。还公开了作为用于诊断个体是否具有感兴趣状况的、以试剂盒为代表的产品。
在本发明的一个实施方案中，从具有感兴趣状况的一个或多个个体收集血样，并从所述血样分离RNA。在一个优选实施方案中，血样是未经预分级的全血。在另一个优选实施方案中，血样是外周血白细胞。在另一个优选实施方案中，血样是外周血单核细胞(PBMC)。
生物标志物的鉴定是通过测量一种或多种RNA转录本或其合成核酸拷贝(cDNA、cRNA等)的水平，所述测量对象是具有感兴趣状况或不具有所述感兴趣状况和/或健康且正常的一个或多个个体。在一个实施方案中，一种或多种RNA转录本的水平的测定是通过定量本发明的RNA物质的水平。例如在一个实施方案中，质谱可用于定量一种或多种RNA转录本的水平(Koster et al.，1996；Fu et al.，1998)。在一个优选实施方案中，用微阵列分析测定一种或多种RNA转录本的水平。在另一个优选实施方案中，用定量RT-PCR测定一种或多种RNA转录本的水平。根据本发明，可以使用本技术领域的其它常规分子生物学、微生物学和重组DNA技术以定量或半定量测量一种或多种RNA转录本。文献中充分解释了这些技术。例如见Sambrook，Fritsch & Maniatis，＂Molecular Cloning：A Laboratory Manual(1982)；＂DNA Cloning：A Practical Approach，＂Volumes I and II(D.N.Glover ed.1985)；＂Oligonucleotide Synthesis＂(M.J.Gait ed.1984)；＂Nucleic Acid Hybridization＂[B.D.Hames & S.J.Higgins eds.(1985)]；＂Transcription and Translation＂[B.D.Hames &S.J.Higgins eds.(1984)]；＂Animal Cell Culture＂[R.I.Freshney，ed.(1986)]；＂Immobilized Cells And Enzymes＂[IRL Press，(1986)]；B.Perbal，＂A Practical GuideTo Molecular Cloning＂(1984)。在一个优选实施方案中，定量RT-PCR可用于测量/定量血液中转录本的目的。
在一个优选实施方案中，将来自具有感兴趣状况的一群样品的一种或多种RNA转录本的表达水平与来自不具有所述感兴趣状况的一群样品的表达水平进行比较，以鉴定能区分这两个群体的生物标志物。在另一个优选实施方案中，将来自具有第一种感兴趣状况的一群样品的一种或多种RNA转录本的表达水平与来自第二种感兴趣状况的一群样品的表达水平进行比较，以鉴定能区分所述状况的生物标志物。在另一个优选实施方案中，当比较两群个体以鉴定感兴趣状况的生物标志物时，选择所述群体使得它们共有不是所述状况的至少一种表型。更优选的，所述群体具有两种或更多、三种或更多、四种或更多等的共有表型。所述表型意思是指不是感兴趣状况的任何性状，例如，在一个优选实施方案中，用于鉴定状况生物标志物的群体内的个体具有相似的年龄、性别、身体质量指数(BMI)。
鉴定的生物标志物可用于确定个体是否具有感兴趣状况。正如本领域技术人员理解，根据本领域技术人员所理解的“分类预测(class prediction)”方法，可以使用鉴定的生物标志物或鉴定的生物标志物的组合来表征未知样品。
以下术语将具有如下给出的定义：
“cDNA”定义为拷贝-DNA或互补-DNA，它是mRNA转录本的逆转录反应的产物。“RT-PCR”表示逆转录聚合酶链式反应并导致产生与mRNA模板互补的cDNA。RT-PCR包括“QRT-PCR”，即定量实时逆转录聚合酶链式反应，它使用标记物质(means)定量mRNA转录水平，并且可以用cDNA制备和扩增步骤的一步或两步操作方案进行。标记物质可以包括
Figure A200480023549D00261
绿色嵌入(intercolating)染料；
Figure A200480023549D00262
探针和Molecular 
Figure A200480023549D00263
以及本领域技术人员明白的其它物质。
术语“寡核苷酸”定义为由两个或更多、优选超过三个的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸组成的分子。其确切大小将依赖于很多因素，这些因素又取决于寡核苷酸的最终功能和用途。长度上限可以是15，20，25，30，40或50个核苷酸。此处所用的术语“引物”指一种寡核苷酸，无论是纯化的限制性消化液中天然存在的或合成制备的，当置于诱导合成与核酸链互补的引物延伸产物的条件下时，即在存在核苷酸和诱导剂如DNA聚合酶并在合适的温度和pH条件下，它能用作合成起始点。引物可以是单链或双链，并且必须足够长以在诱导剂存在下引发所期望延伸产物的合成。引物的确切长度将依赖于很多因素，包括温度、引物来源和所用方法。例如，对于诊断应用，根据靶序列的复杂性，寡核苷酸引物典型含有15-25个或更多核苷酸，尽管它可以含更少核苷酸。与确定引物适当长度有关的因素容易由本领域普通技术人员所知。
如此处所用，随机序列引物表示具有随机序列的引物组合物，所述随机序列即不针对特异性序列。这些序列具有与多核苷酸互补以与所述多核苷酸杂交的足够的核苷酸，并且引物序列不需要反映模板的确切序列。
“限制性片段长度多态性”表示通过限制性内切核酸酶消化产生的DNA片段长度的变化而检测到的DNA序列的变化。
根据本领域普通技术人员已知的常规Northern杂交技术，标准Northern印迹测试可用于确认从植物获得的组织或细胞中或其它组织中的mRNA的相对量。Northern印迹使用杂交探针如放射性标记的cDNA，含有全长、单链DNA或长度至少20(优选至少30、更优选至少50、最优选至少100)个连续核苷酸的DNA序列的片段。DNA杂交探针可用本领域技术人员已知的很多不同方法中的任一种进行标记。这些研究最常用的标记物是放射性元素、酶、暴露于紫外线时发荧光的化学物等。多种荧光材料是已知的，可用作标记物。这些例如包括荧光素、罗丹明、金胺、TexasRed、AMCA蓝和Lucifer Yellow。具体的检测物质是在山羊中制备并通过异硫氰酸酯偶联荧光素的抗兔抗体。蛋白质也可用放射性元素或酶标记物。放射性标记物可通过当前可用的任何计数方法检测。优选的同位素可以选自3H、14C、32P、35S、36Cl、51Cr、57Co、58Co、59Fe、90Y、125I、131I和186Re。也可用酶标记物，并可以通过现在使用的比色、分光光度、荧光分光光度、电流测量或气体测量技术进行检测。通过与桥接分子如碳二亚胺、二异氰酸酯、戊二醛等反应将酶偶联到选定的颗粒上。能用于这些方法的很多酶是已知的，可以使用。优选的是过氧化物酶、β-葡萄糖醛酸酶、β-D-葡萄糖苷酶、β-D-半乳糖苷酶、脲酶、葡萄糖氧化酶加过氧化物酶以及碱性磷酸酶。对于替代性标记物质和方法的内容，例如参考美国专利No.3,654,090、3,850,752和4,016,043。
如此处所用，“核酸阵列”和“微阵列”表示连接到支持物上的多种独特的核酸(或“核酸成员”)，其中每个核酸成员连接到支持物上独特的预先选择区域。在一个实施方案中，连接到支持物表面的核酸探针是DNA。在一个优选实施方案中，连接到支持物表面的核酸探针是cDNA或寡核苷酸。在另一个优选实施方案中，连接到支持物表面的核酸探针是经聚合酶链式反应(PCR)合成的cDNA。如此处所用，术语“核酸”可与术语“多核苷酸”互换。在另一个优选实施方案中，“核酸阵列”表示连接到硝酸纤维素或用于Southern和/或Northern印迹技术的其它膜上的多种独特的核酸。
如此处所用，“个体”表示人对象或非人对象如哺乳动物、无脊椎动物、脊椎动物、大鼠、马、狗、猫、牛、鸡、鸟、小鼠、啮齿动物、灵长类、鱼、蛙和鹿。此处的实例并非将本发明的方法限制到仅仅人对象，因为这些方法可用于兽医学、动物科学等领域。术语“个体”表示不具有状况的人对象和非人对象，也包括被诊断具有如此处所用的一种或多种状况的人和非人对象。“共病个体”或“共病(comorbidity)”或“被认为共病的个体”是具有如此处所用的超过一种状况的个体。例如被诊断具有骨关节炎和高血压的患者被认为表现为共病。
如此处所用，“检测”表示通过本领域技术人员已知的或很多书及实验手册(例如见Ausubel et al.Short Protocols in Molecular Biology(1995)3rd Ed.John Wiley &Sons，Inc.)中教导的任何方法，确定一种或多种RNA转录本如cDNA、RNA或EST的存在。例如，检测方法包括但不限于RNA指纹分析、Northern印迹、聚合酶链式反应、连接酶链式反应、Qbeta复制酶、等温扩增方法、链置换扩增、基于转录的扩增系统、核酸酶保护(S1核酸酶或RNAse保护测试)以及公开于WO88/10315、WO89/06700、PCT/US87/00880、PCT/US89/01025中的方法。
如此处所用，本发明的“状况”表示生物的模式或状态，包括物理、情感、精神或病理状态。状况可以是“遗传”因素和/或“环境”因素的结果。“遗传因素”指作为个体遗传背景结果固有的遗传而来的因素或特征。“环境因素”指非遗传得来的、作为暴露于内部或外部影响的结果的那些因素。在本发明的一个实施方案中，状况是如此处所用的疾病。在本发明的另一个实施方案中，状况是如此处所用的疾病分期。在本发明的另一个实施方案中，状况是非疾病的生物的模式或状态。例如在一个实施方案中，非疾病的状况是随时间推移而致的状况。随时间推移而致的状况可以包括但不限于记忆丧失、皮肤弹性丧失、肌肉张力丧失和性欲丧失。在本发明的另一个实施方案中，非疾病的状况是治疗。治疗可以包括但不限于疾病缓解治疗(diseasemodifying treatment)以及用于减轻疾病症状的治疗。例如治疗可以包括对本发明疾病特异的药物。在一个优选实施方案中，治疗可以包括对以下疾病特异的药物：阿尔茨海默病、心血管疾病、躁郁综合征、精神分裂症、糖尿病和骨关节炎。例如，治疗可以包括但不限于
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Figure A200480023549D00282
NSAIDS、可的松、Visco supplement、
Figure A200480023549D00283
Figure A200480023549D00284
Figure A200480023549D00285
Figure A200480023549D00286
Figure A200480023549D00287
Figure A200480023549D00288
Figure A200480023549D00291
Figure A200480023549D00292
Figure A200480023549D00293
Figure A200480023549D00294
Figure A200480023549D00295
Figure A200480023549D00296
Figure A200480023549D00297
Figure A200480023549D00298
Figure A200480023549D00299
Figure A200480023549D002910
Figure A200480023549D002911
Mellarin、Serentil、
Figure A200480023549D002912
Figure A200480023549D002913
Figure A200480023549D002914
Figure A200480023549D002915
Figure A200480023549D002917
Figure A200480023549D002918
癸酸
Figure A200480023549D002920
Figure A200480023549D002921
Figure A200480023549D002922
Figure A200480023549D002923
Figure A200480023549D002924
Figure A200480023549D002925
锂、抗惊厥药(如卡马西平)和抗抑郁药和
Figure A200480023549D002926
。更一般的以及另外，治疗可包括下文中描述的任何治疗或药物：the Compendium of Pharmaceuticals and Specialties，CanadianPharmaceutical Association；26th edition，June，1991；Krogh，Compendium ofPharnaaceuticals and Specialties，Canadian Pharmaceutical Association；27th edition，April，1992。在进一步的实施方案中，本发明的非疾病的状况是对环境因素的反应，所述环境因素包括但不限于污染、环境毒素、铅中毒、汞中毒、暴露于遗传修饰生物、暴露于放射性、杀虫剂(pesticide)、农药(insecticide)和香烟烟雾、醇或运动。在进一步的实施方案中，状况是健康状态。
如此处所用，本发明的疾病包括但不限于血液病、血脂疾病、自身免疫病、关节炎(包括骨关节炎、类风湿性关节炎、狼疮、变态反应、幼年型类风湿性关节炎等)、骨或关节病、心血管疾病(包括心衰、先天性心脏病；风湿热、瓣膜性心脏病；肺原性心脏病、心肌病、心肌炎、心包疾病；血管疾病如动脉硬化症、急性心肌梗死、缺血性心脏病等)、肥胖、呼吸疾病(包括哮喘、局限性肺炎、肺炎、肺部感染、肺病、支气管扩张、肺结核、囊性纤维化、间质性肺病、慢性支气管炎肺气肿、肺动脉高血压、肺血栓栓塞、急性呼吸窘迫综合征等)、高脂血症、内分泌失调、免疫紊乱、传染病、肌肉消瘦和全身消瘦疾病、神经系统疾病(包括偏头痛、癫痫发作、癫痫症、脑血管疾病、阿尔茨海默病、痴呆、帕金森病、共济失调、运动神经元疾病、颅神经疾病、脊髓病、脑膜炎等)包括神经退行性和/或神经精神性疾病和心境障碍(包括精神分裂症、焦虑、双极性精神障碍；躁郁症等)、皮肤病、肾病、硬皮病、中风、遗传性出血性毛细血管扩张、糖尿病、与糖尿病相关的疾病(如PVD)、高血压、Gaucher’s病、囊性纤维化、镰刀型细胞贫血、肝病、胰病、眼、耳、鼻和/或喉病、影响生殖器官的疾病、胃肠道疾病(包括结肠疾病、脾、阑尾、胆囊等的疾病)等。为进一步讨论人疾病，参见Mendelian Inheritance in Man：A Catalog of HumanGenes and Genetic Disorders by Victor A.McKusick(12th Edition(3 volume set)June 1998，Johns Hopkins University Press，ISBN：0801857422)和Harrison′sPrinciples of Internal Medicine by Braunwald，Fauci，Kasper，Hauser，Longo，&Jameson(15th Edition 2001)，其全部内容引入此处。
在本发明的另一个实施方案中，疾病涉及免疫紊乱，如与基因过表达或突变基因表达相关的免疫紊乱(例如自身免疫病，如糖尿病、关节炎(包括类风湿性关节炎、幼年型类风湿性关节炎、骨关节炎、牛皮癣性关节炎)、多发性硬化、脑脊髓炎、重症肌无力、系统性红斑狼疮、自身免疫性甲状腺炎、皮炎(包括特应性皮炎和湿疹性皮炎)、牛皮癣、斯耶格伦综合征、局限性回肠炎、溃疡性结肠炎、口疮性溃疡、虹膜炎、结膜炎、角膜结膜炎、溃疡性结肠炎、哮喘、过敏性哮喘、皮肤红斑狼疮、硬皮病、阴道炎、直肠炎、药疹、麻风逆转反应、麻风结节性红斑、自身免疫性葡萄膜炎、变应性脑脊髓炎、急性坏死性出血性脑病、自发性双侧进行性感觉神经性听力损失、再生障碍性贫血、纯红细胞贫血、自发性血小板减少、多软骨炎、韦格纳肉芽肿病、慢性活动性肝炎、Stevens-Johnson综合征、自发性口炎性腹泻、扁平苔癣、格雷夫斯病、结节病、原发性胆汁性肝硬变、后葡萄膜炎(uveitis posterior)和间质性肺纤维化)、移植物-宿主病、移植病例和变态反应。
在另一个实施方案中，本发明的疾病是细胞增殖性和/或分化性疾病，包括但不限于癌，如癌瘤(carcinoma)、肉瘤或其它转移性疾病等。如此处所用，术语“癌”表示具有自主生长能力的细胞，即特征为快速增殖性细胞生长的异常状态。“癌”意思包括所有类型癌性生长或致瘤过程、转移性组织或恶性转化的细胞、组织或器官，与组织病理类型或入侵阶段无关。癌的实例包括但不限于实体瘤和白血病，包括：胺前体摄取脱羧细胞瘤(apudoma)、迷芽瘤、鳃原瘤、恶性类癌瘤综合征、类癌瘤心脏病、癌瘤(如Walker、基细胞癌、基底鳞状癌、Brown-Pearce、管癌、Ehrlich肿瘤、原位、Krebs 2、梅克尔细胞癌、粘液癌、非小细胞肺癌、燕麦细胞癌、乳头状癌、硬癌、细支气管癌、支气管癌、鳞状细胞癌和移行细胞癌)、组织细胞疾病、白血病(如B细胞白血病、混合细胞白血病、裸细胞白血病、T细胞白血病、T细胞慢性白血病、HTLV-II-相关的白血病、淋巴细胞急性白血病、淋巴细胞慢性白血病、肥大细胞白血病和骨髓性白血病)、恶性组织细胞增多病、霍奇金病、免疫增生性小、非霍奇金淋巴瘤、浆细胞瘤、网状内皮组织增殖、黑素瘤、成软骨细胞瘤、软骨瘤、软骨肉瘤、纤维瘤、纤维肉瘤、巨细胞瘤、组织细胞瘤、脂肪瘤、脂肪肉瘤、间皮瘤、粘液瘤、粘液肉瘤、骨瘤、骨肉瘤、尤因瘤、滑膜瘤、腺纤维瘤、腺淋巴瘤、癌肉瘤、脊索瘤、颅咽管瘤、无性细胞瘤、错构瘤、间充质瘤、中肾瘤、肌肉瘤、成釉细胞瘤、牙骨质瘤、牙瘤、畸胎瘤、胸腺瘤、滋养层肿瘤、腺癌、腺瘤、胆管瘤、胆脂瘤、圆柱瘤、囊腺癌、囊腺瘤、颗粒细胞肿瘤、两性胚细胞瘤、肝细胞瘤、汗腺腺瘤、胰岛细胞瘤、莱迪希(Leydig)细胞瘤、乳头状瘤、塞尔托利(Sertoli)细胞瘤、膜(theca)细胞瘤、平滑肌瘤、平滑肌肉瘤、成肌细胞瘤、mymoma、肌肉瘤、横纹肌瘤、横纹肌肉瘤、室管膜瘤、神经节瘤、神经胶质瘤、成神经管细胞瘤、脑(脊)膜瘤、神经鞘瘤、神经母细胞瘤、神经上皮瘤、神经纤维瘤、神经瘤、副神经节瘤、非嗜铬性副神经节瘤、血管角质瘤、血管淋巴样增生伴嗜酸细胞增多、硬化型血管瘤、血管瘤病、血管球瘤、血管内皮瘤、血管瘤、血管外皮细胞瘤、血管肉瘤、淋巴管瘤、淋巴管肌瘤、淋巴管肉瘤、松果体瘤、癌肉瘤、软骨肉瘤、囊性肉瘤、phyllodes、纤维肉瘤、血管肉瘤、leimyosarcoma、白血病性肉瘤、脂肪肉瘤、淋巴管肉瘤、肌肉瘤、粘液肉瘤、卵巢癌、横纹肌肉瘤、肉瘤(如尤因肉瘤、试验肉瘤、卡波西肉瘤和肥大细胞肉瘤)、赘生物(如骨、乳房、消化系统、结直肠、肝、胰、垂体、睾丸、眼窝、头颈、中枢神经系统、听觉、骨盆、呼吸道和泌尿生殖器)、神经纤维瘤病和子宫颈非典型增生，以及细胞已被永生化或转化的其它状况。
“心血管疾病”在此处定义为心血管系统的任何疾病或障碍，包括动脉硬化、心脏瓣膜疾病、心律不齐和直立性低血压、休克、心内膜炎、主动脉及其分支的疾病、外周血管系统的疾病，以及作为影响心脏或血管的疾病的先天性心脏病。心血管疾病包括冠状动脉病、心衰和高血压。
此处所用的“神经病”定义为神经系统的疾病，包括涉及中枢神经系统(脑、脑干和小脑)、周围神经系统(包括颅神经)和自主神经系统(其中部分位于中枢和周围神经系统)的疾病。具体而言，神经病包括阿尔茨海默病、精神分裂症和躁郁综合征。
如此处所用，本发明的“群体”或“个体群体”表示两个或多个个体的群体，其中所述个体共同具有至少单个感兴趣状况。本发明的群体也可以具有两种或多种共有状况。本发明的群体也可以由不具有感兴趣状况的两个或多个个体组成。
如此处所用，“诊断”表示证明个体具有特定状况的更高可能性的能力。诊断也表示证明个体不具有特定状况的更高可能性的能力。更具体而言，“诊断”表示证明与第二种状况相比个体更可能具有一种状况的能力。更具体而言，“诊断”表示一种方法，其中有更高可能性证明个体被恰当表征为具有某种状况(“真阳性”)或恰当表征为不具有某种状况(“真阴性”)，而使个体被不恰当表征为具有所述状况(“假阳性”)或不恰当表征为不具有所述状况(“假阴性”)。
如此处所用，“治疗”表示药(drug)、药物(pharmaceutical)、营养品(nutraceutical)的施用或能够逆转或改善疾病状况的病理、产生可测量的状况变化的其他形式治疗方案，所述变化通过的症状数或严重性或所述状况影响的减少来测量，由医生来判断。在一个优选实施方案中，本发明的治疗是疾病的治疗。在另一个优选实施方案中，本发明的治疗是选自下组的疾病的治疗：肝癌、膀胱癌、胆囊癌、脑癌、前列腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肾癌、胃癌、结肠癌、肺癌、乳癌、鼻咽癌、胰腺癌、骨关节炎、抑郁、高血压、心衰、肥胖、类风湿性关节炎、高脂血症、肺病、恰加斯病、变态反应、精神分裂症和哮喘、躁郁综合征、强直性脊柱炎、Guillain Barre综合征、纤维肌痛症、多发性硬化、肌营养不良、化脓性关节变形(septic jointarthroplasty)、肝炎、局限性回肠炎或结肠炎、或恶性高热易感性、牛皮癣、甲状腺疾病、肠易激综合征、骨质疏松、偏头痛、湿疹或心杂音。
如此处所用，“对治疗的反应”表示由“应用治疗”而导致的状况的生理变化，其中“治疗”包括药物、营养品(neutraceutical)和其它药或治疗方案。对治疗反应的相对成功由医生判断。如此处所用，术语“治疗方案”意思是从单次应用或剂量到经一段时间的多次应用一个或多个剂量的治疗过程。
如此处所用，“生物标志物”是对应核酸转录本的分子，该分子在血液中具有与感兴趣状况的某方面有关的定量差异的浓度或水平。如此，生物标志物包括相应的合成核酸共聚物，包括cRNA、cDNA等。核酸转录本包括从个体染色体和染色体外基因组中任何部分转录的任何核酸转录本，所述染色体外基因组例如包括线粒体基因组。优选的是，一种核酸转录本是RNA转录本，RNA转录本优选包括原始转录本、拼接后的转录本、选择性拼接后的转录本或mRNA。所述感兴趣状况的方面包括在进行生物标志物鉴定或测试的个体或个体组中所述状况的存在或缺少，还包括状况(包括疾病状况)的发展或消退阶段。例如，生物标志物是对应一种RNA转录本的分子，当与不具有所述感兴趣状况的个体群体的血液中的所述转录本的水平进行比较时，该转录本在具有至少一种感兴趣状况的个体或个体群体的血液中的存在水平增加或降低。术语生物标志物涉及的分子包括EST、cDNA、引物等。生物标志物可单独使用，或与一种或多种其他已鉴定的生物标志物组合使用，以诊断此处定义的感兴趣状况。
如此处所用，术语一种RNA转录本的“浓度或水平”表示给定生物标志物的可测量的量。一种RNA转录本的“浓度或水平”的测定可以通过用半定量方法如微阵列杂交或更定量的测量如实时定量RT-PCR测量RNA水平来实现，这种水平与该基因的表达程度成正比。一种RNA转录本的“浓度或水平”用本领域公知的方法测定。如此处所用，术语“差异表达”表示，与第二种样品或第二群样品中相同核酸转录本的RNA或蛋白质表达的量或水平相比，样品或一群样品中一种RNA转录本的“浓度或水平”表达水平的差异，所述表达水平通过RNA的量或水平来测量，或也可以包括测量由与所述核酸转录本对应的基因编码的蛋白质。术语“差异表达的”或“表达水平变化”表示，与第二种样品中给定生物标志物的可测量表达水平相比，样品中给定生物标志物可测量表达水平的增加或降低。术语“差异表达的”或“表达水平变化”也可以表示，与第二群样品中给定生物标志物的可测量表达水平相比，一群样品中给定生物标志物可测量表达水平的增加或降低。如此处所用，当表示单个样品时“差异表达的”可用所述样品中给定生物标志物表达水平与对照群体中所述给定生物标志物平均表达水平的比值来测量，其中所述比值不等于1.0。差异表达的也可用于包括，用表达水平比值或用p值，第一群样品与第二群样品或单个样品与一群样品之间的比较。当使用p值时，当p值小于0.1时，核酸转录本被认为在第一和第二群之间是差异表达的。更优选的是，p值小于0.05。更优选的是，p值小于0.01。更进一步优选的是，p值小于0.005。最优选的是，p值小于0.001。当基于表达水平比值确定核酸转录本是否差异表达时，如果第一种样品中核酸转录本表达水平与第二种样品的比值大于或小于1.0，则认为核酸转录本是差异表达的。例如大于1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20的比值或者小于1例如0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05的比值。在本发明的另一个实施方案中，如果第一群体的平均表达水平与第二群体的平均表达水平的比值大于或小于1.0，则认为核酸转录本是差异表达的。例如大于1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20的比值或者小于1例如0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05的比值。在本发明的另一个实施方案中，如果第一种样品的表达水平与第二群体的平均表达水平的比值大于或小于1.0，并且包括例如大于1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20的比值或者小于1例如0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05的比值，则认为核酸转录本是差异表达的。“差异性增加表达”表示，相对于标准如第二群体的平均表达水平，有1.1倍、1.2倍、1.4倍、1.6倍、1.8倍或更高。“差异性降低表达”表示，相对于标准如第二群体的平均表达水平，小于1.0倍、0.8倍、0.6倍、0.4倍、0.2倍、0.1倍或更低。
如果所述两种样品中的一种不含有所述核酸转录本的可检测表达，也称核酸转录本在两种样品中是差异表达的。通过包括已知浓度的一种或多种对照核酸转录本，产生基于对照核酸转录本量的标准曲线，从而推断“未知”核酸转录本的表达水平，例如从未知转录本相对于标准曲线的实时RT-PCR杂交强度推断“未知”核酸转录本的表达水平，可以实现核酸转录本表达水平的绝对定量。
在“血液中表达的”核酸转录本指在一种或多种血液细胞中表达的核酸转录本，其中所述血液细胞包括单核细胞、白细胞、淋巴细胞、红细胞、所有直接来自造血或间充质干细胞的其他细胞，或直接来自典型的组成血液的细胞的细胞。
术语“生物标志物”还包括对应或反映从可转录核酸的任何区域产生的转录本的任何分子，因为本发明涉及检测RNA或其等价物，即cDNA或EST。本发明的生物标志物包括但不限于翻译成蛋白质的区域，所述蛋白质对特定生物过程特异或参与特定生物过程，如凋亡、分化、胁迫反应、衰老、增殖等；细胞机制基因，如细胞周期、信号转导、有毒化合物代谢等；疾病相关基因，如参与癌症、精神分裂症、糖尿病、高血压、动脉硬化、病毒-宿主相互作用、感染等的基因。本发明的生物标志物包括但不限于从免疫应答基因转录的转录本。本发明的基因是状况的生物标志物，并可以是疾病的生物标志物，或此处定义的非疾病状况的生物标志物。
例如，生物分子可以反映或对应来自任何基因的转录本，包括癌基因(Hanahan，D.and R.A.Weinberg，Cell(2000)100：57；和Yokota，J.，Carcinogenesis(2000)21(3)：497-503)，其在细胞内的表达诱导该细胞从正常细胞转变为肿瘤细胞。产生生物标志物对应或反映的转录本的基因的实例包括但不限于，包括细胞因子基因(Rubinstein，M.，et al.，Cytokine Growth Factor Rev.(1998)9(2)：175-81)；独特型(Id)蛋白质基因(Benezra，R.，et al.，Oncogene(2001)20(58)：8334-41；Norton，J.D.，J.Cell Sci.(2000)113(22)：3897-905)；朊病毒基因(Prusiner，S.B.，et al.，Cell(1998)93(3)：337-48；Safar，J.，and S.B.Prusiner，Prog.Brain Res.(1998)117：421-34)；表达诱导血管生成的分子的基因(Gould，V.E.and B.M.Wagner，Hum.Pathol.(2002)33(11)：1061-3)；编码粘附分子的基因(Chothia，C.and E.Y.Jones，Annu.Rev.Biochem.(1997)66：823-62；Parise，L.V.，et al.，Semin.Cancer Biol.(2000)10(6)：407-14)；编码细胞表面受体的基因(Deller，M.C.，and Y.E.Jones，Curr.Opin.Struct.Biol.(2000)10(2)：213-9)；参与转移和/或侵入过程的蛋白质的基因(Boyd，D.，Cancer Metastasis Rev.(1996)15(1)：77-89；Yokota，J.，Carcinogenesis(2000)21(3)：497-503)；蛋白酶以及调节凋亡和细胞周期的分子的基因(Matrisian，L.M.，Curr.Biol.(1999)9(20)：R776-8；Krepela，E.，Neoplasma(2001)48(5)：332-49；Basbaum and Werb，Curr.Opin.Cell Biol.(1996)8：731-738；Birkedal-Hansen，et al.，Crit.Rev.Oral Biol.Med.(1993)4：197-250；Mignatti and Rifkin，Physiol.Rev.(1993)73：161-195；Stetler-Stevenson，et al.，Annu.Rev.Cell Biol.(1993)9：541-573；Brinkerhoff，E.，and L.M.Matrisan，Nature Reviews(2002)3：207-214；Strasser，A.，etal.，Annu.Rev.Biochem.(2000)69：217-45；Chao，D.T.and S.J.Korsmeyer，Annu.Rev.Immunol.(1998)16：395-419；Mullauer，L.，et al.，Mutat.Res.(2001)488(3)：211-31；Fotedar，R.，et al.，Prog.Cell Cycle Res.(1996)2：147-63；Reed，J.C.，Am.J.Pathol.(2000)157(5)：1415-30；D′Ari，R.，Bioassays(2001)23(7)：563-5)；或多药抗性基因，如MDR1基因(Childs，S.，and V.Ling，Imp.Adv.Oncol.(1994)21-36)。在另一个实施方案中，产生生物标志物对应或反映的转录本的基因的实例包括但不限于免疫应答基因或非免疫应答基因。免疫应答基因是位于主要组织相容性区域(MHC)以外的初级防御应答基因，首先被外来抗原触发以调节免疫应答。所有其他表达于血液中的基因都被认为是非免疫应答基因。例如，本领域技术人员将会认为免疫应答基因包括：细胞因子，包括白介素和干扰素如TNF-α、IL-10、IL-12、IL-2、IL-4、IL-10、IL-12、IL-13、TGF-β、IFN-γ；免疫球蛋白、补体等(例如见Bellardelli，F.Role of interferonsand other cytokines in the regulation of the immune response APMIS.1995 Mar；103(3)：161-79；)。
构建核酸阵列
可如下构建根据本发明的核酸微阵列(RNA、DNA、cDNA、PCR产物或EST)：
用4μl(1/10体积)的3M乙酸钠(pH5.2)和100μl(2.5体积)的乙醇沉淀核酸(RNA、DNA、cDNA、PCR产物或EST)(～40μl)，并在-20℃保存过夜。然后3,300rpm在4℃离心1小时。用50μl冰冷的70％乙醇洗涤所得沉淀并再次离心30分钟。然后空气干燥沉淀并良好重悬于50％二甲基亚砜(DMSO)或20μl 3×SSC中过夜。然后用机器人GMS 417或427点阵仪(Affymetrix，CA)将样品单份或双份沉积于Gamma Amino Propyl Silane(Corning CMT-GAPS or CMT-GAP2，Catalog No.40003,40004)或聚赖氨酸包被的片(Sigma Cat.No.P0425)上。微阵列上DNA斑点的边界用钻石划线器标记。本发明提供有10-20,000个不同DNA点在固体支持物上的阵列以制备阵列，并还可以包括双份或三份DNA。
将片子悬在盛有温暖的无颗粒ddH2O的盘上约1分钟(斑点将轻微溶胀但不相互混合)然后在70-80℃倒置加热块上快速干燥3秒以使阵列再水化。然后将DNA紫外交联到片子上(Stratagene，Stratalinker，65mJ-设置显示到＂650＂，它是650 x 100μJ)或在80℃烘干2—4小时。阵列放置于片架上。准备空片室并充满以下溶液：3.0克琥珀酸酐(Aldrich)溶于189ml 1-甲基-2-吡咯烷酮(快速加入试剂是关键的)；待最后一片琥珀酸酐溶解后立即混入21.0ml 0.2M硼酸钠并将溶液倒入片室。迅速并均匀的插入片架到片室中并用力上下摇几秒，确保片子绝不离开溶液，然后在轨道摇床上混合15-20分钟。然后轻轻将片架插入95℃ ddH2O中2分钟，随后在95％乙醇中插入5次。然后通过使过量乙醇滴在纸垫上以空气干燥片子。然后将阵列室温保存于片盒中直至使用。
核酸阵列
核酸阵列包含从核酸转录本或其区域中产生或与之互补的核酸序列的任意组合，其中包括血液中存在的核酸转录本。优选的是，为鉴定感兴趣疾病或状况的生物标志物，使用微阵列以最小化试验成本和时间。在一个实施方案中，微阵列是EST微阵列，其中包括与血液中表达基因互补的EST。根据本发明的微阵列优选包含10、100、500、1000、5000、10,000和15,000种核酸成员，更优选包含至少5000种核酸成员。所述核酸成员是已知的或此处所述的新核酸序列，或其任意组合。根据本发明的微阵列用于测试健康患者和有病患者的血样之间存在的转录本RNA表达谱的差异水平。
微阵列
微阵列包括涉及个体中表达的转录本的阵列。在一个实施方案中，涉及在人中表达的转录本的微阵列。在一个优选实施方案中，本发明的微阵列可以是基于cDNA的阵列或基于寡核苷酸的阵列。
寡核苷酸阵列
在一个优选实施方案中，使用
Figure A200480023549D00371
的基于寡核苷酸的微阵列。更具体而言，
Figure A200480023549D00372
 Human Genome U133(HG-U133)Set，由两个阵列组成，含有将近45,000个探针组，代表来自约33,000种良好证实的人类基因的超过39,000种的转录本。这种组合设计使用选自
Figure A200480023549D00374
dbEST和RefSeq的序列。更近时期，
Figure A200480023549D00375
又提供了代表超过47,000种转录本的U133 Plus 2.0GeneChip。随着作为人类基因组测序计划的结果将有更多基因和转录本被鉴定，预期将开发出新一代微阵列。
序列簇从UniGene数据库(Build 133，April 20，2001)创建。通过与多种其它公共数据库分析比较，它们被进一步优化，这些公共数据库包括Washington UniversityEST trace repository和University of California，Santa Cruz Golden Path人类基因组数据库(2001年4月发布)。
HG-U133A Array包括RefSeq数据库序列的代表和与以前Human GenomeU95Av2 Array上所展示序列相关的探针组。HG-U133B Array主要含有代表EST簇的探针组。
U133 Plus 2.0 Array包括GeneChip Human Genome U133 Set(U133A andU133B)上展示的所有探针组。U133 Plus 2.0包括另外6,500种基因，用于分析超过47,000种转录本。
基于cDNA的阵列
15K ChondroChipTM-ChondroChipTM是基于EST的微阵列，包括与也在人软骨细胞中表达基因互补的约15,000种EST。在使用降低冗余以增加独特基因百分比并因而涉及展示尽可能多的全基因组的微阵列的尝试下，根据试验使用各种版本的15 K ChondroChipTM。
ChondroChipTM上的对照-微阵列上使用两种类型的对照。
首先，阳性对照是在不同研究阶段之间表达水平不变的基因，用于监测：
a)结合到片子上的靶DNA，
b)点样质量和靶DNA在片子上的结合过程，
c)RNA样品的质量，和
d)逆转录和探针荧光标记的效率。
其次，阴性对照是来自不相关生物因而不可能与感兴趣样品交叉杂交的外部对照。它们用于监测：
a)片上背景荧光的变化，和
b)非特异性杂交。
当前在ChondroChipTM上有63个对照点，它们由以下组成：
类型                     数量
Figure A200480023549D00391
阳性对照                 2
Alien DNA                12
拟南芥(A.thaliana)DNA    10
点样缓冲液               41
BloodChipTM-也可以使用“BloodChipTM”。如图24所示BloodChip是具有来源于外周血细胞cDNA文库的10,368种PCR产物的cDNA微阵列片。
30 K BodyChipTM上-BodyChipTM是基于EST的微阵列，其中有来自BloodChipTM和ChondroChipTM的独特cDNA克隆。BodyChipTM包括超过30,000种基因。
鉴定根据本发明有用的生物标志物
采集血液
根据标准放血方法取血。根据本发明有用的血样是体积范围从少至一滴血到100ml的血样，更优选血样是10ml到60ml，甚至更优选血样是在25ml到40ml之间。根据本发明有用的血样的量足够用于根据本发明检测一种或多种基因。
在一个实施方案中，分离30ml血并在K3/EDTA管中保存于冰上。在另一个实施方案中，可以使用含如美国专利6,617,170中公开的稳定剂的血液保存管。在另一个实施方案中，由PreAnalytix，一个Qiagen/BD公司提供的PAXgeneTM血液RNA系统可用于采集血液。PAXgeneTM系统根据方便的BD VacutainerTM技术标准化。在另一个实施方案中，可以使用Applied Biosystems提供的TempusTM血液RNA收集管。TempusTM收集管提供含RNA稳定剂的封闭的真空塑料管用于全血收集、加工和随后的RNA分离。
在一个优选实施方案中，在24小时内从保存于冰上的所述血样中分离RNA，更优选在10小时内，甚至更优选在采集6小时内，最优选取血后立即。在另一个优选实施方案中，其中使用稳定剂，如PAXgeneTM系统中的，从所述血样分离RNA，可以在室温保存2-4天后分离，或在4℃保存几周后从血样中分离RNA。
分离并制备RNA
血样
在本发明的另一方面，此处所用的血样指不经预分级的全血样品，亚组血细胞的样品和特定类型血细胞的样品。因此，血样包括但不限于不经预分级的全血、从全血中分离的外周血白细胞(PBL)、粒细胞、无粒细胞、T淋巴细胞、B淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、嗜酸性粒细胞、嗜中性粒细胞、嗜碱性粒细胞、红细胞和血小板。
全血
在一个实施方案中，本发明的血样是不经预分级的全血。全血意思是未分级的 血液。全血包括血滴、针刺血。全血也包括除去血清或血浆的血。未经预分级的全血可直接使用，或者可以除去血清或血浆并从剩余血样中根据本领域已知的方法分离RNA或mRNA。优选使用未经预分级的全血，因为它避免耗费成本且费时地从血中分离出细胞类型的需要(Kimoto Kimoto Y(1998)Mol.Gen.Genet.258：233-239；Chelly J et al.(1989).Proc.Nat.Acad.Sci.USA.86：2617-2621；Chelly J et al.(1988).Nature 333：858-860)。在一个优选实施方案中，可通过离心，优选在300-800×g温和离心5-10分钟除去全血中的血浆或血清。在另一个优选实施方案中，在抽提RNA之前，向未经预分级的全血样品中加入裂解缓冲液。裂解缓冲液(1L)0.6g EDTA；1.0gKHCO2，8.2g NH4Cl，调到pH7.4(用NaOH)。与裂解缓冲液混合后，可以马上离心样品并根据本领域已知的方法(例如见Sambrook et al.)抽提含RNA或mRNA的细胞沉淀。
外周血白细胞
在另一个实施方案中，本发明的血样是外周血白细胞(PBL)样品。根据本领域公知的采血方法，从正常患者或从诊断或怀疑有疾病或状况的个体获得未经预分级的全血。用本领域已知的方法从血残余物中分离PBL。例如，可用
Figure A200480023549D0040113942QIETU
梯度分离PBL。
在另一个实施方案中，本发明的血样是粒细胞样品。在另一个实施方案中，本发明的血样是嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞或其任意组合的样品。在另一个实施方案中，本发明的血样是无粒细胞的样品。在另一个实施方案中，本发明的血样是淋巴细胞、单核细胞或其组合的样品。在另一个实施方案中，本发明的血样是T淋巴细胞、B淋巴细胞或其组合的样品。
在一个方面中，根据本领域公知的采血方法，从正常患者或从诊断或怀疑有疾病或状况的个体获得未经预分级的全血样品。根据本发明有用的未经预分级的全血样品的量足够用于根据本发明检测一种或多种核酸序列。在一个优选实施方案中，未经预分级的全血样品的量的范围是1μl到100ml，更优选10μl到50ml，甚至更优选10μl到25ml，最优选10μl到1ml。
用微阵列分析定量RNA
在本发明的一个实施方案中，用阵列测量具有某种状况或不具有某种状况的个体或个体群体中的转录本表达水平。在一个优选实施方案中，使用基于cDNA的微阵列或基于寡核苷酸的微阵列。例如使用ChondroChipTM或Affymetrix 
Figure A200480023549D00411
U133A、U133B或U133 Plus版。
使用Affymetrix 
Figure A200480023549D00412
平台(U133A和U133 Plus 2.0)的微阵列杂交实验优选根据
Figure A200480023549D00413
说明进行。
使用ChondroChipTM的微阵列杂交实验优选如下述进行。
从mRNA制备荧光DNA探针
制备荧光标记的靶核酸样品用于本发明的阵列分析。
在本发明一个实施方案中，使用2μg Oligo-dT引物与2μg从患者血样中分离的mRNA在总体积15μl中通过加热到70℃10分钟、然后在冰上冷却而退火，制备用于与ChondroChipTM微阵列杂交的标记cDNA。
在本发明另一个实施方案中，可使用20μg总RNA来制备杂交用的标记cDNA。
在本发明另一个实施方案中，可从总RNA或mRNA中扩增RNA(aRNA)。在一个优选实施方案中，aRNA从总RNA制备。根据已有技术用TRIzol抽提总RNA。然后用RNA Amplification Kit(Arcturus，Catalog #KIT0201)根据使用手册取每种样品0.1-0.5μg总RNA用于RNA扩增。然后将通过用1mM Cy3或Cy5(Pharmacia)的逆转录取2.5μg扩增的RNA用于探针标记。用于杂交的方案基于现有技术(H.Zhang 2002)。
通过在100μl体积中在42℃孵育样品1.5-2小时进行mRNA逆转录，体系中所含成分的终浓度为：50mM Tris-HCl(pH 8.3)、75mM KCl、3mM MgCl2、25mM DTT、25mM未标记dNTPs，400单位Superscript II(200U/μL，Gibco BRL)和15mM的Cy3或Cy5(Amersham)。然后加入15μl 0.1N NaOH在70℃孵育10分钟降解RNA。加入15μl 0.1N HCl中和反应混合物，用TE(10mM Tris，1mM EDTA)补充体积到500μl，并加入20μg Cot1人DNA(Gibco-BRL)。
在Centricon-30微浓缩器(Amicon)中离心从而纯化标记的靶核酸样品。如果两种不同的靶核酸样品(如来源于健康患者与有病患者的两种样品)通过与同一阵列杂交进行分析比较，则每种靶核酸样品用不同的荧光标记物(如Cy3和Cy5)标记并单独浓缩。将单独浓缩的靶核酸样品(标记有Cy3和Cy5)合并到新centricon中，用500μl TE洗涤，并再次浓缩到体积小于7μl。加入1μL的10μg/μl polyA RNA(Sigma，#P9403)和1μl的10μg/μl tRNA(Gibco-BRL，#15401-011)并用蒸馏水将体积调到9.5μl。为制备最终的靶核酸，加入2.1μl 20×SSC(1.5M NaCI，150mM柠檬酸钠(pH8.0))和0.35μl 10％SDS。
杂交
100℃加热2分钟变性标记的核酸，并在放到22mm x 22mm盖玻片下的核酸阵列上之前在37℃孵育20-30分钟。在定制的片室中用少量3×SSC维持湿润下在65℃杂交14到18小时。浸入含0.1％ SDS的2×SSC中并振荡2-5分钟，接着是1×SSC和0.1×SSC，从而洗涤阵列。最后，在Beckman GS-6台式离心机中在Microplus载体中在片架上于650RPM下离心2分钟以干燥阵列。
信号检测和数据生成
阵列与一种或多种标记靶核酸样品杂交以后，立即用GMS扫描仪418和Scanalyzer软件(Michael Eisen，Stanford University)扫描阵列，随后进行GeneSpringTM软件(Silicon Genetics，CA)分析。作为替代，可使用GMS扫描仪428和Jaguar软件随后用GeneSpringTM软件分析。
如果分析一种靶核酸样品，用一种荧光染料(如Cy3或Cy5)标记样品。
如此处所述与微阵列杂交以后，从用装配有激光激发源和适于Cy3或Cy5荧光的干涉滤光器的定制共聚焦显微镜获得的图像，确定微阵列上在相关核酸成员处的荧光强度。
微阵列上的Cy3或Cy5荧光染料的存在指示为靶核酸与微阵列上特定核酸成员的杂交。Cy3或Cy5荧光强度代表与微阵列上核酸成员杂交的靶核酸的量，也指示靶样品中特定核酸成员序列的表达水平。
杂交以后，从用装配有激光激发源和适于Cy3和Cy5荧光的干涉滤光器的定制共聚焦显微镜获得的图像，确定微阵列上在相关核酸成员处的荧光强度。在分辨率225μm2/像素和65,536级灰阶下分开扫描每种荧光。图像之间的归一化用于调整不同的标记效率和两种不同荧光的检测。它的完成是是通过手工匹配检测灵敏度以使一组内对照基因强度几乎相等，随后计算匹配这组基因的光强度需要的剩余标量。
微阵列上Cy3或Cy5荧光染料的存在指示为靶核酸与微阵列上特定核酸成员的杂交。Cy3或Cy5荧光强度代表与微阵列上核酸成员杂交的靶核酸的量，也指示靶样品中特定核酸成员序列的表达水平。如果阵列上核酸成员不显色，这指示该元件的表达水平不足以在样品中检测到。如果阵列上核酸成员显示单色，这指示标记基因仅在该细胞样品中表达。双色的出现指示该基因在两种组织样品中都表达。经归一化以后，Cy3和Cy5荧光强度的比指示作比较的两种样品中相关核酸成员序列的表达水平差异。不等于1.0的表达指示为差异基因表达。
阵列经Cy3和Cy5通道扫描并保存为独立的16位TIFF图像。用ScanalyzerTM软件加入并分析图像，该软件包括从阵列上每个点获取杂交强度数据的网格化步骤。收集每个点的荧光强度和背景扣除后的杂交强度，计算测量的Cy3和Cy5平均强度的比值。用线性回归方法进行归一化并设定测量的Cy5对Cy3强度的散布图的斜率为1。计算平均比值并用于重新比较数据并调整斜率为1。不等于1.0的比值经归一化后裁切用于鉴定差异表达的基因。
鉴定血液中差异表达RNA转录本的注释
在本发明的一个方面中，使用
Figure A200480023549D00431
 
Figure A200480023549D00432
平台(U133A和U133Plus 2.0)微阵列。本领域技术人员将会明白，
Figure A200480023549D00433
微阵列上每个“基因ID”代表与转录的RNA区域对应的很多寡核苷酸探针对，每个探针对由匹配和错配的寡核苷酸组成，其中匹配的寡核苷酸与人中转录的RNA 100％互补。错配的寡核苷酸与人中转录的RNA的区域或基因的区域小于100％互补。用于鉴定人状况生物标志物的本发明的微阵列包括U95阵列、U133A阵列、U133B阵列或U133 plus 2.0阵列。本领域技术人员将会明白，术语“基因ID”也可称为“点编号”或“点ID”或“探针组ID”。
Figure A200480023549D00441
使用的基因ID的实例是160020_at；1494_f_at，；或200003_s_at。
基因ID由Affymetrix注释，注释结果可见Affymetrix网址www.affymetrix.com。如此处所用，当用于微阵列时，“注释”是可用于鉴定表达的RNA以及可能的由表达的RNA翻译所得蛋白质的信息，这作为RNA与微阵列上探针对结合的结果而被测量。Affymetrix人类微阵列的注释主表公开于表8A。由表8A提供的注释的细节表示于下表9。
表9
 
Affymetrix 15k ChondroChip
探针组ID 克隆ID Affymetrix的探针ID或ChondroGene的cDNA克隆ID
目标描述 目标描述 所代表基因的描述
代表性公共ID 登录码 所代表基因的GenBank(或有些情况下一些Affy的内部ID)数据库识别符
重叠转录本 与靶序列匹配的染色体区域中发现的重叠转录本的细节
别名 基因名的同名
基因名 基因名 所代表基因的名称
基因符号 基因符号 所代表基因的正式符号
UniGene ID UniGene ID 所代表基因所属UniGene簇的识别符
Ensembl 所代表基因的Ensembl数据库识别符
LocusLink LocusLink 所代表基因的LocusLink数据库识别符
 
SwissProt 所代表基因的SwissProt数据库识别符
RefSeq蛋白质ID RefSeq蛋白质ID 所代表基因的Protein Reference Sequence数据库识别符
RefSeq转录本ID 所代表基因的Transcript ReferenceSequence数据库识别符
在本发明的另一方面中，使用基于cDNA阵列，如ChondroChipTM。与EST序列对应的序列点在微阵列上。所用序列包括用H.Zhang et al.Osteoarthritis andCartilage(2002)10，950-960中所述软骨组织文库克隆已经鉴定的那些。通过搜索可用数据库，包括通过NCBI可用的＂nt＂、＂nr＂、＂est＂、＂gss＂和＂htg＂数据库，以确定与已知基因或其它EST匹配的EST的公认识别符，从而注释本发明微阵列中差异表达的EST序列。根据任何已知方法对与已知基因匹配的EST进行功能表征。优选的，用BLAST算法(Altschul SF，Gish W，Miller W，Myers EW，Lipman DJ.Basic localalignment search tool.J Mol Biol 1990；215：403-10)将差异表达的EST序列与非冗余GenBank/EMBL/DDBJ和dbEST数据库进行比较。要对与已知基因或其它EST匹配的EST指定公认识别符，需要P＝10-10的最小值和核苷酸序列一致性>95％，其中序列一致性是非连锁群的或散布的。借助于National Center for BiotechnologyInformation(NCBI)网址www.ncbi.nlm.nih.gov上的UniGene、Entrez和PubMed，构建代表EST组中基因的非冗余列表。
根据已知方法从EST鉴定基因。为了从EST序列鉴定新基因，EST应优选至少长100个核苷酸，更优选长150个核苷酸，用于注释。优选的是，EST表现开放读码框特征(即能编码假想多肽)。
鉴定对应更大序列的EST以后，包含EST的更大序列的其它部分可用于阐明基因功能的测试，如分离由该基因编码的多肽、产生特异性抗这些多肽的抗体、鉴定这些多肽的结合伴侣(受体、配体、激动剂、拮抗剂等)和/或检测该基因在健康或患病个体中的表达(或缺失)。
另一方面，本发明提供与查询时序列数据库的任何公开已知序列不表现“显著匹配”的核酸序列。可通过探测基因组文库鉴定含这些类型新EST序列的更长基因组片段，还可用EST序列以衍生本领域已知的引物序列在cDNA文库中和/或通过进行聚合酶延伸反应(如RACE)鉴定更长的表达序列。通过FISH或其它技术可将更长片段在特定染色体上作图，并将它们的序列与基因组和/或表达序列数据库中的已知序列比较。
根据本领域公知的方法，由EST编码的氨基酸序列也可用于搜索数据库，如GenBank、SWISS-PROT、EMBL数据库、PIR蛋白质数据库、Vecbase或GenPept中的对应全长基因的氨基酸序列。
还有分析EST的替代方法。例如，用序列匹配、编辑和组装程序如PHRED和PHRAP(Ewing，et al.，1998，Genome Res.3：175，并入此处；和网址bozeman.genome.washington.edu)可将EST装配到连锁群中。通过用EST克隆鉴定编号将非重叠序列连锁群聚集成群组从而降低连锁群冗余度，对于单个EST cDNA克隆读到非重叠的5和3种序列是常见的。在一个方面中，借助于NCBI站点上的UniGene、Entrez和PubMed，使用BLAST算法将每个群组的共有序列与非冗余GenBank/EMBL/DDBJ和dbEST数据库进行比较。
用于点样到ChondroChipTM上的EST克隆已经用上述方法注释。结果报告为克隆名称和公开于ChondroChipTM注释母表8B中的注释。如此处所用，当用于ChondroChipTM时，“注释”可允许鉴定表达的RNA以及可能的由表达的RNA翻译所得蛋白质，这作为RNA与ChondroChipTM微阵列结合的结果而被测量。注释细节见上表9。
用实时定量RT-PCR测量血液中转录本的水平
在本发明的另一方面中，可以用定量方法确定本发明一种或多种转录本的水平，所述定量方法包括QRT-PCR，该方法将定量逆转录(RT)和聚合酶链式反应(PCR)联用，在来自血液(未预分级的全血、外周血白细胞、PBMC或另外的血液亚组分)的RNA上进行。
使用来自血液的总RNA或mRNA作为模板，用对本发明基因的转录部分特异的引物启动逆转录。可用商业软件(如Primer Designer 1.0，Scientific Sofware等)完成引物设计。随后将逆转录产物用作PCR模板。
通过使用由热稳定、DNA依赖的DNA聚合酶催化的多轮DNA复制循环扩增感兴趣靶序列，PCR提供一种快速扩增特定核酸序列的方法。PCR要求存在待扩增核酸、待扩增序列旁侧的两种单链寡核苷酸引物、DNA聚合酶、脱氧核糖核苷三磷酸、缓冲液和盐。
PCR方法在本领域公知。根据Mullis and Faloona，1987，Methods Enzymol.，155：335所述进行PCR，该文并入此处作为参考。
用模板DNA或cDNA(至少1fg；更通常1-1000ng)和至少25pmol寡核苷酸引物进行PCR。典型反应混合物包括：2μl DNA、25pmol寡核苷酸引物、2.5μl 10×PCR缓冲液1(Perkin-Elmer，Foster City，CA)、0.4μl 1.25μM dNTP、0.15μl(或2.5单位)Taq DNA聚合酶(Perkin-Elmer，Foster City，CA)和去离子水加到总体积25μl。覆盖矿物油并用可编程热循环仪进行PCR。
每步PCR循环的长度和温度以及循环数根据实际需要的严谨性调整。退火温度和时间根据预期引物退火到模板上的效率和可忍受的错配程度确定。优化引物退火条件的能力位于本领域一般技术人员的公知知识范围内。使用30℃到72℃之间的退火温度。模板分子的起始变性通常在92℃-99℃之间进行4分钟，随后是20-40轮循环，每轮由以下组成：变性(94-99℃ 15秒到1分钟)、退火(根据以上讨论确定温度；1-2分钟)和延伸(72℃ 1分钟)。最终延伸步骤一般在72℃进行4分钟，并可以跟随4℃无限长(0-24小时)的步骤。
用逆转录和PCR的两步方案或逆转录与PCR合并的单步方案，还可进行定量性的QRT-PCR，从而提供血液中一种或多种RNA转录本水平的定量测量。这些技术之一，对此有商品试剂盒如(Perkin Elmer，Foster City，CA)，用转录本特异性的反义探针进行。该探针对PCR产物(如来源于基因的核酸片段)特异，制成的探针具有与复合到寡核苷酸5’端复合的淬灭剂和荧光报告探针。不同荧光标志物连接到不同报告子上，从而允许在一个反应中测量两种产物。当Taq DNA聚合酶被活化后，通过其5’-3’核酸外切酶活性切掉模板结合的探针上的荧光报告子。在不存在淬灭剂的情况下，报告子发荧光。报告子的颜色变化与每种特定产物的量成比例并由荧光计测量；因此，测量每种颜色的量并定量PCR产物。在96孔板中进行PCR反应，从而同时处理和测量来源于很多个体的样品。
Figure A200480023549D00481
系统具有不需要凝胶电泳的另外的优点，并允许在使用标准曲线时进行定量。
用于定量检测PCR产物的第二种技术是使用嵌合染料(intercolating dye)如商品QuantiTectTM 
Figure A200480023549D00482
 Green PCR(Qiagen，Valencia California)。用 green作为荧光标记物进行RT-PCR，所述荧光标记物在PCR期间掺入PCR产物中，并产生与PCR产物量成比例的荧光。
Figure A200480023549D00484
和QuantiTectTM 
Figure A200480023549D00485
系统都可在逆转录RNA之后使用。
另外，已知可定量测量一种或多种转录本水平的其它系统，包括Molecular
Figure A200480023549D00486
，它使用具有荧光分子和淬灭剂分子的探针，探针能形成发夹结构，使得当处于发夹形式时荧光分子被淬灭，而当杂交时荧光增加，从而定量测量一种或多种RNA转录本。
根据本发明也可使用无需电泳定量检测PCR产物的几种其它技术(例如见PCRProtocols，A Guide to Methods and Applications，Innis et al.，Academic Press，Inc.N.Y.，(1990))。
鉴定有用的生物标志物
使用允许比较此处所述血液中一种或多种RNA转录本水平的技术，可以鉴定状况的有用生物标志物。例如，可以鉴定那些生物标志物，它们鉴定例如具有某种状态的个体或个体群体与不具有这种状态的个体或个体群体之间的一种或多种转录本的差异水平。
当比较两种或更多样品的差异时，如果测试假设(即RNA转录本不在不同水平表达)不为真则只存在观察到相似结果的小概率时，结果报告为具有统计显著性。小概率可定义为所比较结果被认为有显著差异的接受阈值水平。接受的低端阈值设置为但不限制于0.05(即在两个或更多相同群体之间观察到该结果的可能性是5％)，如此由统计方法确定的处于或低于此阈值的任何值都被认为具有显著性。
当比较两种或更多样品的相似性时，如果测试假设(即基因不在不同水平表达)不为真则只存在观察到相似结果的小概率时，结果报告为具有统计显著性。小概率可定义为所比较结果被认为有显著差异的接受阈值水平。接受的低端阈值设置为但不限制于0.05(即在两个或更多相同群体之间观察到该结果的可能性是5％)，如此由统计方法确定的高于此阈值的任何值不认为具有显著差异，因而是相似的。
优选地，用统计分析鉴定生物标志物。例如，可以使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或标准改进型t-检验如premutation t-检验。另外，当有三个或更多参照群体时，也可进行多组比较。在此情况下，可以使用统计检验如ANOVA或KruskalWallis，然后可以用post-hoc配对检验如t-检验、Tukey检验或Student-Newman-Keuls检验进行分析。本领域技术人员明白也可使用其它多组比较检验。例如见(Sokal andRohlf(1987)Introduction to Biostatistics 2nd edition，WH Freeman，New York)，Yeungand Bumgarner，Multiclass classification of microarray data with repeatedmeasurements：application to cancer Genome Biology 2003，4：R83；Breiman，L.(2001)Statistical Modeling，the two cultures Statistical Science 16(3)199-231，其中的全部内容并入此处。
为协助访问，例如为了比较、评价、恢复和/或修改，具有某种状况或不具有某种状况的患者的表达谱可以记录于数据库中，无论是计算装置可访问的关系型数据库或其它格式，或手工访问的带索引的谱文件如照片、模拟或数字成像、读出扩展表格等。数据库典型的编辑并维持在中央设施中，并可以本地和/或远程访问。
本领域技术人员将会明白，通过同时或非同时所产生的表达谱，可以进行怀疑具有感兴趣状况的测试个体的表达谱所示的血液中一种或多种转录本水平与具有所述感兴趣状况的个体之间的比较，以及具有疾病状况的某阶段或某进展程度的个体、不具有所述状况的个体或健康(“正常”)个体之间表达谱的类似比较，以诊断或预测所述测试个体。可以明白，数据库可用于产生所述比较。
因为经临床试验、进一步研究等从测试患者获得另外的测试样品，另外的数据可以根据此处公开的方法确定，同样可以加入数据库中，以提供更好的参照数据用于健康和/或无疾病患者和/或疾病的某阶段或进展程度与所述测试患者样品的比较。
组合生物标志物的能力提供更强能力以帮助区分两种群体，使得允许诊断疾病或状况。为了鉴定生物标志物的有用组合，评价生物标志物的每种可能组合或组诊断未知即具有或不具有特定状况的能力。
因此通过检测一种基因、两种或更多基因、三种或更多基因、四种或更多基因、五种或更多基因、六种或更多基因、七种或更多基因、八种或更多基因、九种或更多基因、十种或更多基因、十五种或更多基因、二十种或更多基因、三十种或更多基因、五十种或更多基因、一百种或更多基因、二百种或更多基因、三百种或更多基因、五百种或更多基因或对所研究的特定状况公开的所有基因的表达水平，可以进行诊断或预测。
表达谱用于诊断目的的应用
本领域技术人员将会明白，可以使用如前述已经鉴定为具有统计显著性的生物标志物的组合，以表征未知样品具有所述疾病，还是不具有所述疾病。这通常称为“分类预测”(class prediction)。
可用于分类预测分析的方法已经被充分描述，并且通常涉及使用已知分类的样品的训练期，和从训练数据产生算法的测试期，用于预测未知样品的分类(例如见Slonim，D.(2002)，Nature Genetics Supp.Vol 32 502-8，Raychaudhuri et al.(2001)Trends Biotechnol 19：189-193；Khan et al.(2001)Nature Med.7 673-9.；Golub et al.(1999)Science 286：531-7.Hastie et al.(2000)Genome Biol.1(2)Research0003.1-0003.21，以上所有参考并入此处)。
表达谱预测疾病状态的应用
还可以用已经被鉴定为如前述具有统计显著性在血液中产生差异水平转录本的基因的组合来预测无症状的个体是否将发生所述状况的症状，或者具有早期疾病状况的个体是否将发展为更晚期疾病状况。
例如，作为超过780位个体的分析结果，我们已经惊人地发现56岁或以上年龄组中的几乎所有个体具有中度、明显或严重OA，而且61岁或以上年龄组中的几乎所有个体仅具有明显或严重的OA(见图35和表3AE)，尽管仍有约50％超过65岁的加拿大人不显示骨关节炎的症状(Statistics Canada，Canadian Community HealthSurvey，2000/2001)。该数据表明，与不具有轻度OA的个体比较，具有轻度OA的个体有明显更高的机会发展成显著或严重OA。
Figure A200480023549D00511
因此，可以使用此处所述的分类预测分析方法，通过鉴定个体具有早期OA的个体，确定个体是否将发生晚期OA。
例如在临床试验期间获得另外的样品后，可以确定它们的表达谱，并使之与数据库中的相应对象数据相关联，也记录于所述数据库中。前述算法可用于在已有数据库中查询另外的样品，以通过允许OA预测和一种或多种RNA转录本特征的更大的关联而进一步优化预测性测定。
因此通过检测两种或更多基因、三种或更多基因、四种或更多基因、五种或更多基因、六种或更多基因、七种或更多基因、八种或更多基因、九种或更多基因、十种或更多基因、十五种或更多基因、二十种或更多基因、三十种或更多基因、五十种或更多基因、一百种或更多基因、二百种或更多基因、三百种或更多基因、五百种或更多基因或为鉴定轻度OA而公开的所有基因的表达水平，可以预测晚期OA。
此处引用以下参考文献：
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附表说明
表1表示与健康患者或不具有所述疾病或仅具有所述共病中一种的患者血样相比，具有疾病的患者或共病的患者血样中差异表达的基因。
表1A表示使用ChondroChipTM平台、与正常患者相比，具有骨关节炎和高血压的患者的血样中差异表达基因的身份。
表1B表示使用ChondroChipTM平台、与正常患者相比，具有骨关节炎和肥胖的患者的血样中差异表达基因的身份。
表1C表示使用ChondroChipTM平台、与正常患者相比，具有骨关节炎和变态反应的患者的血样中差异表达基因的身份。
表1D表示使用ChondroChipTM平台、与正常患者相比，具有骨关节炎和接受系统性类固醇的患者的血样中差异表达基因的身份。
表1E表示使用ChondroChipTM平台、与非高血压患者相比，具有高血压的患者的血样中差异表达基因的身份。
表1F表示使用ChondroChipTM平台、与非肥胖患者相比，具有肥胖的患者的血样中差异表达基因的身份。
表1G表示使用ChondroChipTM平台、与仅具有OA的患者相比，具有高血压和OA的患者的血样中差异表达基因的身份，其中已经除去表1A中鉴定的基因，以鉴定高血压独有的基因。
表1H表示表1A中鉴定的并与以下基因共有的基因的身份，所述以下基因是与仅具有OA的患者相比、具有高血压和OA的患者血样中差异表达的基因。
表1I表示与仅具有OA的患者相比，具有肥胖和OA的患者的血样中差异表达基因的身份，其中已经除去表1B中鉴定的基因，以鉴定肥胖独有的基因。
表1J表示表1B中鉴定的并与以下基因共有的基因的身份，所述以下基因是与具有OA的患者相比、具有肥胖和OA的患者血样中差异表达的基因。
表1K表示与仅具有OA的患者相比，具有变态反应和OA的患者血样中差异表达基因的身份，其中已经除去表1C中鉴定的基因，以鉴定变态反应独有的基因。
表1L表示表3C中鉴定的并与以下基因共有的基因的身份，所述以下基因是与仅具有OA的患者相比、具有变态反应和OA的患者血样中差异表达的基因。
表1M表示与仅具有OA的患者相比，接受系统性类固醇并具有OA的患者血样中差异表达基因的身份，其中已经除去表1D中鉴定的基因，以鉴定接受系统性类固醇的患者独有的基因。
表1N表示表1D中鉴定的并与以下基因共有的基因的身份，所述以下基因是与仅具有OA的患者相比、接受系统性类固醇并具有OA的患者血样中差异表达的基因。
表1O表示使用ChondroChipTM平台、接受节育、泼尼松或激素替代治疗并表现OA的患者血样中差异表达基因的身份。
表1P表示使用ChondroChipTM平台、与不具有II型糖尿病的患者相比，具有II型糖尿病的患者血样中差异表达基因的身份。
表1Q表示使用ChondroChipTM平台、与不具有高脂血症的患者相比，具有高脂血症的患者血样中差异表达基因的身份。
表1R表示使用ChondroChipTM平台、与不具有肺病的患者相比，具有肺病的患者血样中差异表达基因的身份。
表1S表示使用ChondroChipTM平台、与不具有膀胱癌的患者相比，具有膀胱癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表1T表示使用ChondroChipTM平台、具有早期膀胱癌、晚期膀胱癌或不具有膀胱癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表1U表示使用ChondroChipTM平台、与不具有CAD的患者相比，具有冠状动脉病(CAD)的患者血样中差异表达基因的身份。
表IV表示使用ChondroChipTM平台、与不具有类风湿性关节炎的患者相比，具有类风湿性关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表1W表示使用
Figure A200480023549D00551
平台、与不具有类风湿性关节炎的患者相比，具有类风湿性关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表1X表示使用ChondroChipTM平台、与不具有抑郁的患者相比，具有抑郁的患者血样中差异表达基因的身份。
表1Y表示使用ChondroChipTM平台、具有各期骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表1Z表示使用
Figure A200480023549D00552
平台、与不具有肝癌的患者相比，具有肝癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AA表示使用
Figure A200480023549D00553
平台、与不具有精神分裂症的患者相比，具有精神分裂症的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AB表示使用
Figure A200480023549D00554
平台、与不具有恰加斯病的患者相比，具有恰加斯病的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AC表示使用ChondroChipTM平台、与不具有哮喘的患者相比，具有哮喘的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AD表示使用平台、与不具有哮喘的患者相比，具有哮喘的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AE表示使用
Figure A200480023549D00556
平台、与不具有肺癌的患者相比，具有肺癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AG表示使用平台、与不具有高血压的患者相比，具有高血压的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AH表示使用平台、与不具有肥胖的患者相比，具有肥胖的患者血样中差异表达基因的身份。
表1AI表示使用
Figure A200480023549D00562
平台、具有强直性脊柱炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表2表示具有轻度或严重OA的患者血液中差异表达基因的身份，但其中已经去除与哮喘、肥胖、高血压、系统性类固醇和变态反应相关的基因。
表3表示与具有第二种疾病的患者相比、具有第一种疾病的患者血液中差异表达基因的身份，以允许区别诊断所述第一种和第二种疾病。
表3A表示使用平台、与躁郁综合征(MDS)相比，具有精神分裂症的患者血样中差异表达基因的身份。
表3B表示使用
Figure A200480023549D00564
平台、与肝癌相比，具有肝炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表3C表示使用
Figure A200480023549D00565
平台、与肝癌相比，具有膀胱癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表3D表示使用
Figure A200480023549D00566
平台、与睾丸癌相比，具有膀胱癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表3E表示使用
Figure A200480023549D00567
平台、与肾癌相比，具有睾丸癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表3F表示使用
Figure A200480023549D00568
平台、与胃癌相比，具有肝癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表3G表示使用
Figure A200480023549D00569
平台、与结肠癌相比，具有肝癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表3H表示使用
Figure A200480023549D005610
平台、与结肠癌相比，具有胃癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表3I表示使用
Figure A200480023549D005611
平台、与骨关节炎相比，具有类风湿性关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表3K表示使用平台、与心衰相比，具有恰加斯病的患者血样中差异表达基因的身份。
表3L表示使用
Figure A200480023549D00572
平台、与冠状动脉病相比，具有恰加斯病的患者血样中差异表达基因的身份。
表3N表示使用
Figure A200480023549D00573
平台、与心衰相比，具有冠状动脉病的患者血样中差异表达基因的身份。
表3P表示使用
Figure A200480023549D00574
平台、与有症状的恰加斯病相比，具有无症状的恰加斯病的患者血样中差异表达基因的身份。
表3Q表示使用
Figure A200480023549D00575
平台、与精神分裂症相比，具有阿尔茨海默病的患者血样中差异表达基因的身份。
表3R表示使用平台、与躁郁综合征相比，具有阿尔茨海默病的患者血样中差异表达基因的身份。
表4表示与具有一期骨关节炎的患者血样相比、具有另一期骨关节炎的患者血样中差异表达的基因，以允许监测疾病进展和/或消退。
表4A表示使用ChondroChipTM平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4B表示使用
Figure A200480023549D00577
平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4C表示使用ChondroChipTM平台、与不具有轻度骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4D表示使用
Figure A200480023549D00578
平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4E表示使用ChondroChipTM平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有中度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4F表示使用
Figure A200480023549D00579
平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有中度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4G表示使用ChondroChipTM平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有明显骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4H表示使用
Figure A200480023549D00581
平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有明显骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4I表示使用ChondroChipTM平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有严重骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4J表示使用
Figure A200480023549D00582
平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有严重骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4K表示使用ChondroChipTM平台、与具有中度骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4L表示使用
Figure A200480023549D00583
平台、与具有中度骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4M表示使用ChondroChipTM平台、与具有明显骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4N表示使用
Figure A200480023549D00584
平台、与具有明显骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4O表示使用ChondroChipTM平台、与具有严重骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4P表示使用
Figure A200480023549D00585
平台、与具有严重骨关节炎的患者相比、具有轻度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4Q表示使用ChondroChipTM平台、与具有明显骨关节炎的患者相比、具有中度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4R表示使用平台、与具有明显骨关节炎的患者相比、具有中度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4S表示使用ChondroChipTM平台、与具有严重骨关节炎的患者相比、具有中度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4T表示使用
Figure A200480023549D00587
平台、与具有严重骨关节炎的患者相比、具有中度骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4U表示使用ChondroChipTM平台、与具有严重骨关节炎的患者相比、具有明显骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表4V表示使用
Figure A200480023549D00591
平台、与具有严重骨关节炎的患者相比、具有明显骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表5表示与不具有所述疾病或状况的患者相比、具有感兴趣疾病或状况的患者血样中差异表达的基因。
表5A表示使用
Figure A200480023549D00592
平台、与不具有高血压的患者相比、具有牛皮癣的患者血样中差异表达基因的身份。
表5B表示使用
Figure A200480023549D00593
平台、与不具有甲状腺疾病的患者相比、具有甲状腺疾病的患者血样中差异表达基因的身份。
表5C表示使用
Figure A200480023549D00594
平台、与不具有肠易激综合征的患者相比、具有肠易激综合征的患者血样中差异表达基因的身份。
表5D表示使用
Figure A200480023549D00595
平台、与不具有骨关节炎的患者相比、具有骨关节炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表5E表示使用
Figure A200480023549D00596
平台、与不具有偏头痛的患者相比、具有偏头痛的患者血样中差异表达基因的身份。
表5F表示使用
Figure A200480023549D00597
平台、与不具有湿疹的患者相比、具有湿疹的患者血样中差异表达基因的身份。
表5G表示使用平台、与不具有NASH的患者相比、具有NASH的患者血样中差异表达基因的身份。
表5H表示使用
Figure A200480023549D00599
平台、与不具有阿尔茨海默病的患者相比、具有阿尔茨海默病的患者血样中差异表达基因的身份。
表5I表示使用
Figure A200480023549D005910
平台、与不具有躁郁综合征的患者相比、具有躁郁综合征的患者血样中差异表达基因的身份。
表5J表示使用
Figure A200480023549D0059123005QIETU
平台、与不具有Crohn’s结肠炎的患者相比、具有Crohn’s结肠炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表5K表示使用
Figure A200480023549D005912
平台、与不具有慢性胆囊炎的患者相比、具有慢性胆囊炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表5L表示使用
Figure A200480023549D00601
平台、与不具有心衰的患者相比、具有心衰的患者血样中差异表达基因的身份。
表5M表示使用
Figure A200480023549D00602
平台、与不具有宫颈癌的患者相比、具有宫颈癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表5N表示使用
Figure A200480023549D00603
平台、与不具有胃癌的患者相比、具有胃癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表5O表示使用
Figure A200480023549D00604
平台、与不具有肾癌的患者相比、具有肾癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表5P表示使用
Figure A200480023549D00605
平台、与不具有睾丸癌的患者相比、具有睾丸癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表5Q表示使用
Figure A200480023549D00606
平台、与不具有结肠癌的患者相比、具有结肠癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表5R表示使用
Figure A200480023549D00607
平台、与不具有乙型肝炎的患者相比、具有乙型肝炎的患者血样中差异表达基因的身份。
表5S表示使用
Figure A200480023549D00608
平台、与不具有胰腺癌的患者相比、具有胰腺癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表5T表示使用平台、与不具有恰加斯病的患者相比、具有无症状的恰加斯病的患者血样中差异表达基因的身份。
表5U表示使用
Figure A200480023549D006010
平台、与不具有恰加斯病的患者相比、具有有症状的恰加斯病的患者血样中差异表达基因的身份。
表5V表示使用
Figure A200480023549D006011
平台、与不具有膀胱癌的患者相比、具有膀胱癌的患者血样中差异表达基因的身份。
表6表示与不具有所述相关状况的患者血样相比、具有一系列相关状况之任一种的患者血样中差异表达的基因。
表6A表示使用
Figure A200480023549D006012
平台、与不具有癌症的患者相比、具有癌症的患者血样中差异表达基因的身份。
表6B表示使用
Figure A200480023549D00611
平台、与不具有心血管疾病的患者相比、具有心血管疾病的患者血样中差异表达基因的身份。
表6C表示使用
Figure A200480023549D00612
平台、与不具有神经病的患者相比、具有神经病的患者血样中差异表达基因的身份。
表7表示与不具有某种状况的患者血样相比、具有所述状况并且所述状况是治疗的患者血样中差异表达的基因。
表7A表示使用ChondroChipTM平台、与使用非
Figure A200480023549D00613
的Cox抑制剂的患者血样相比、使用
Figure A200480023549D00614
的患者血样中差异表达基因的身份。
表7B表示使用ChondroChipTM平台、与不使用
Figure A200480023549D00615
的患者血样相比、使用
Figure A200480023549D00616
的患者血样中差异表达基因的身份。
表7C表示使用ChondroChipTM平台、与不使用
Figure A200480023549D00617
的患者血样相比、使用
Figure A200480023549D00618
的患者血样中差异表达基因的身份。
表7D表示使用ChondroChipTM平台、与使用非
Figure A200480023549D00619
的Cox抑制剂的患者血样相比、使用的患者血样中差异表达基因的身份。
表7E表示使用ChondroChipTM平台、与不使用NSAIDS的患者血样相比、使用NSAIDS的患者血样中差异表达基因的身份。
表7F表示使用ChondroChipTM平台、与不使用可的松的患者血样相比、使用可的松的患者血样中差异表达基因的身份。
表7G表示使用ChondroChipTM平台、与不使用Visco Supplement的患者血样相比、使用Visco Supplement的患者血样中差异表达基因的身份。
表7H表示使用ChondroChipTM平台、与不使用
Figure A200480023549D006111
的患者血样相比、使用
Figure A200480023549D006112
的患者血样中差异表达基因的身份。
表7I表示使用ChondroChipTM平台、与非吸烟患者血样相比、吸烟患者血样中差异表达基因的身份。
表8A是表示表1-7中鉴定的基因ID与由
Figure A200480023549D006113
探针鉴定的基因之间关系的注释表，表1-7中的数据用
Figure A200480023549D006114
平台产生。
表9表示对ChondroChipTM和
Figure A200480023549D006115
微阵列结果的各种注释的描述。
表10表示不同OA分期发病率如何随男性和女性年龄变化。
表11表示Patent-In格式的、与已知基因序列“无显著匹配”的表1A-7I中的223种EST序列。
表12表示与正常血细胞比较在CAD外周血细胞中显示超过两倍差异表达的一系列基因。
为了举例说明本发明的各种实施方案给出以下实施例，它们并非以任何方式限制本发明。
实施例1
与正常个体的RNA表达谱相比、具有冠状动脉病的个体血样的RNA表达谱的血cDNA芯片微阵列数据分析。
如此处所述，用人外周血细胞cDNA文库的克隆构建微阵列。用GNS 417点阵仪(Affymetrix)将此处所述的人外周血细胞cDNA文库的克隆的共10,368种聚合酶链式反应(PCR)产物制作成阵列。用于微阵列分析的RNA分离自未经预分级的全血样品，这些全血样品来自接受血管扩张药物并等待搭桥手术的具有冠心病(80-90％狭窄)的三个男性患者和一个女性患者，以及三个健康男性对照。
使用从1pg总RNA高保真扩增mRNA的方法。经由oligo-dT引发的反义RNA逆转录将Cy5-或Cy3-dUTP掺入cDNA探针中。将标记探针纯化并浓缩到期望体积。根据Hegde方案进行预杂交和杂交(Hegde P et al.，A concise guide to cDNAmicroarray analysis.Biotechniques 2000；29：548-56)。杂交过夜并洗涤之后，用GMS418扫描仪在636nm(Cy5)和532nm(Cy3)波长处检测杂交信号(见图17)。两种RNA合并物交替用Cy5-和Cy3-dUTP标记，并且每项实验重复两次。使用GeneSpringTM 4.1.5(Silicon Genetics)的聚类分析显示由4个CAD和三个正常对照样品组成的截然不同的组。叠加不同波长扫描的两个图像。在定制网格上鉴定单个点。10,368个点中，除去不规则形状的点，选择10,012(96.6％)个点。使用由ScanAlyze提供的Ch1GTB2和Ch2GTB2值评价数据质量。仅选择Ch1GTB2和Ch2GTB2超过0.50的点。评价信号强度以后，留下8750(84.4％)个点。用所述两个通道的信号强度的散布图对信号强度进行归一化。归一化以后，在所述4个图像中β-肌动蛋白的表达比是1.00+0.21、1.11+0.22、1.14+0.20和1.30+0.18(24个β-肌动蛋白样品点在此片上作为阳性对照)。RNA差异表达评价为两波长信号强度的比值。在所有四组实验中相对于正常对照显示超过2倍差异表达的点被鉴定为CAD中外周血细胞差异表达的候选基因。在CAD外周血细胞中108个基因差异表达。CAD血细胞中43个基因下调，65个上调(见表12)。从中转录差异表达RNA转录本的这些基因的功能表征显示：RNA转录水平的差异表达发生在每种基因功能分类中，表明CAD患者的外周血细胞中发生复杂的变化。
进一步用Titan One-Tube RT-PCR试剂盒(Boehringer Mannheim)进行逆转录-PCR(RT-PCR)，研究从三个基因，即促血小板碱性蛋白(PBP)、血小板因子4(PF4)和凝血因子XIII A1(F13A)转录的RNA的差异表达，这三个基因已在微阵列分析中得以初步鉴定。反应溶液含有0.2mM每种dNTP、5mM DTT、1.5mMMgCl、0.1pg每种样品的总RNA和20pmol每种左右向引物：PBP(5′-GGTGCTGCTGCTTCTGTCAT-3′(SEQ ID NO：224)和5′-GGCAGATTTTCCTCCCATCC-3′)(SEQ ID NO：225)、F13A(5′-AGTCCACCGTGCTAACCATC-3′(SEQ ID NO：226)和5′-AGGGAGTCACTGCTCATGCT-3′)(SEQ ID NO：227)，以及PF4(5′GTTGCTGCTCCTGCCACTT 3′(SEQ ID NO：228)和5′GTGGCTATCAGTTGGGCAGT-3′)(SEQ ID NO：229)。RT-PCR步骤如下：1.逆转录：60℃ 30分钟；2.PCR：94℃ 2分钟，随后是94℃ 30s、最佳退火温度30s和68℃2分钟的30-35轮循环(根据每个基因优化)；3.最后延伸：68℃ 7分钟。PCR产物在1.5％琼脂糖凝胶上电泳。使用人(
Figure A200480023549D0063123358QIETU
β-肌动蛋白引物(5′-GCGAGAAGATGACCCAGATCAT-3′(SEQ ID NO：230)和5′-GCTCAGGAGGAGCAATGATCTT-3(SEQ ID NO：231)作为内对照。RT-PCR分析确认三种分泌蛋白：PBP、PF4和F13A的表达均在CAD血细胞中上调(见图27和17)。
表12
Figure A200480023549D00641
                 登录号          倍数              功能             蛋白质
                                 (平均)            分类             登录号
CAD中上调的基因
DNA聚合酶ζ的     AF035537        2.3               细胞周期         NP_002903
REV3样催化亚基
TGFB1诱导的      D86970          2.2               细胞周期         NP_510880
抗凋亡因子1
A disintegrin    AA044656        2.7               细胞信号传递     NP_001101
和金属蛋白酶
结构域10
Centaurin，δ2    AA351412        2                 细胞信号传递     NP_631920
氯离子细胞内通道 4AA411940       2.2               细胞信号传递     NP_039234
A型内皮素受体    D90348          2.1               细胞信号传递     NP_001948
与离子通道偶联   N33821          2.4               细胞信号传递     NP_777567
的谷氨酸受体
丝裂原活化的     L38486          3.7               细胞信号传递     NP_002395
蛋白激酶7
丝裂原活化的蛋   AB009356        4.5               细胞信号传递     NP_663306
激酶激酶激酶7
肉豆蔻酸化的     D10522          2.5               细胞信号传递     NP_002347
富含丙氨酸的
蛋白激酶C底物
NIMA相关激酶7    AA093324        3.5               细胞信号传递     NP_598001
PAK2             AA262968        3.5               细胞信号传递     Q13177
磷脂scramblasel  AA054476        3.3               细胞信号传递     NP_066928
血清除尽效应蛋白 Z30112          4.5               细胞信号传递     NP_004648
内收蛋白3                 AA029158          2.9                细胞结构           NP_063968
结蛋白                    AF167579          4.4                细胞结构           NP_001918
纤调蛋白                  W23613            2.9                细胞结构           NP_002014
层粘连蛋白β2              S77512            2.2                细胞结构           NP_002283
层粘连蛋白β3              L25541            2.4                细胞结构           NP_000219
骨粘连蛋白                Y00755            3.1                细胞结构           NP_003109
CD59抗原p18-20            W01111            2.4                细胞/机体防御      NP_000602
簇蛋白                    M64722            3.5                细胞/机体防御      NP_001822
F13A                      M14539            2.1                细胞/机体防御      NP_000120
防御素α1                  M26602            4.2                细胞/机体防御      NP_004075
PF4                       M25897            2.1                细胞/机体防御      NP_002610
PBP                       M54995            5.5                细胞/机体防御      NP_002695
E2F转录因子3              D38550            2.1                基因表达           NP_001940
早期生长应答蛋白1         M62829            2.7                基因表达           NP_001955
真核翻译延伸因子1α1       N86030            2.3                基因表达           NP_001393
真核翻译起始因子4E        M15353            2.1                基因表达           NP_001959
F-盒和WD-40               AB014596          2.7                基因表达           NP_387449
结构域蛋白1B
Makorin，                 AA331966          2.1                基因表达           NP_054879
环指蛋白，2
非典型泛素缀合酶1         N92776            2.5                基因表达           NP_057420
核受体亚家族1，I组，成员3 Z30425            4.7                基因表达           NP_005113
环指蛋白11                T08927            3                  基因表达           NP_055187
转导蛋白样分裂增强蛋白1         M99435        3.3          基因表达         NP_005068
碱性磷酸酶                      AB011406      2.2          代谢             NP_000469
肝/骨/肾
膜连蛋白A3                      M63310        3.4          代谢             NP_005130
支链氨基转移酶1，胞浆           AA336265      4.8          代谢             NP_005495.1
细胞色素b                       AF042500      2.5          代谢
谷氨酰胺酶                      D30931        2.6          代谢             NP_055720
溶血磷脂酶I                     AF035293      2.8          代谢             NP_006321
NADH脱氢酶1，                   AA056111      2.5          代谢             NP_002485
未知亚复合体1，6
kDa
磷酸果糖激酶                    M26066        2.2          代谢             NP_000280
泛醌-细胞色素C                  M22348        2.5          代谢             NP_006285
还原酶结合蛋白
CGI-110蛋白                     AA341061      2.4          未分类           NP_057131
Dactylidin                      H95397        2.7          未分类           NP_112225
Deleted in split-hand/split-    T24503       2.4          未分类           NP_006295
foot 1 region
卵泡素抑制素样蛋白1             R14219        2.7          未分类           NP_009016
FUS-相互作用蛋白1               W37945        2.8          未分类           NP473357
假想蛋白                        W47233        7            未分类           NP_112201
FLJ12619
EUROIMAGE 588495                N68247        2.7          未分类
的假想蛋白
假想蛋白                        AA251423      2.2          未分类           NP_057702
LOC51315
KIAA1705蛋白                    T80569        2.7          未分类           NP_009121.1
中胚层诱导早期应答蛋白1         AI650409      2.2          未分类           NP_065999
磷酸二酯酶4D-相互作用蛋白       AA740661      2.5          未分类           MP_055459
植入前蛋白3                   D59087             2.5            未分类                NP_056202
假想的核蛋白                  W33098             2.8            未分类                NP_115788
ORF1-FL49
与大鼠核遍在的                H09434             2.2            未分类                Q9H1E3
酪蛋白激酶2相似
与RIKEN相似                   AA297412           2.5            未分类                T02670
血影蛋白，β                   AI334431           2.5            未分类                Q01082
基质细胞来源因子受体1         H71558             4.1            未分类                NP_816929
硫氧还蛋白相关蛋白            AA421549           2.8            未分类                NP_110437
跨膜蛋白4超家族成员2          D29808             2.4            未分类                NP_004606
肿瘤内皮标志物8               D79964             2.5            未分类                NP_444262
CAD中下调的基因
CASP8和FADD-
                              AF015450           0.45           细胞周期              NP_003870
样凋亡调节因子
CD81抗原                      M33680             0.41           细胞周期              NP_004347
细胞分裂周期蛋白25B           M81934             0.4            细胞周期              NP_068660
DEAD/H(Asp-Glu-Ala-           AA985699           0.42           细胞周期              NP_694705
Asp/His)盒多肽27
F-盒和富含亮氨酸重复蛋白11    R98291             0.27           细胞周期              NP_036440
微型染色体维持缺陷3相关蛋白   H10286             0.43           细胞周期              NP_003897
蛋白磷酸酶2                   J02902             0.48           细胞周期              NP_055040
调节亚基，α型
甲状腺自身抗原70kDa           J04607             0.25           细胞周期              NP_001460
A disintegrin和               R32760             0.37           细胞信号传递
金属蛋白酶结构域17
激酶锚蛋白13                  M90360             0.31           细胞信号传递          NP_658913
钙蛋白酶抑制蛋白              AF037194           0.39           细胞信号传递          NP_006471
二酰基甘油激酶，α          AF064770         0.44         细胞信号传递             NP_001336
80kDa
γ-氨基丁酸B受体，1         AJ012187         0.42         细胞信号传递             NP_068705
肌醇多磷酸-5-              U84400           0.41         细胞信号传递             NP_005532
磷酸酶，145kDa
淋巴细胞特异性             X05027           0.45         细胞信号传递             NP_005347
蛋白质酪氨酸激酶
RAP1B，RAS癌基因           P09526           0.4          细胞信号传递             P09526
家族成员
Ras相关                    AF061836         0.43         细胞信号传递             NP_733835
(RalGDS/AF-6)结构域
家族1
CDC42-效应子蛋白3          AF104857         0.28         细胞信号传递             NP_006440
Leupaxin                   AF062075         0.31         细胞信号传递             NP_004802
膜联蛋白A6                 D00510           0.45         细胞结构                 NP_004024
RAN-结合蛋白9              AB008515         0.41         细胞结构                 NP_005484
胸腺素，β10                M20259           0.26         细胞结构                 NP_066926
粒酶A                      M18737           0.17         细胞/机体防御            NP_006135
血栓烷A合酶1               M80646           0.44         基因表达                 NP_112246
外被体蛋白质复合物，       AA357332         0.39         基因表达                 NP_057535
β亚基
冷诱导的RNA结合蛋白        H39820           0.27         基因表达                 NP_001271
富含亮氨酸                 U69609           0.44         基因表达                 NP_004726
重复相互作用蛋白1
蛋白酶体亚基，             D00762           0.31         基因表达                 NP_687033
α型，3
蛋白酶体亚基，             AF022815         0.35         基因表达                 NP_689468
α型，7
蛋白磷酸酶1G，             AI417405         0.5          基因表达                 NP_817092
γ型
核糖核酸酶/血管                M36717        0.44           基因表达          NP_002930
生成素抑制剂
RNA结合蛋白                    AF021819      0.3            基因表达          NP_009193
-调节亚基
信号转导和                     U16031        0.45           基因表达          NP_003144
转录活化蛋白6
转录因子A，                    M62810        0.41           基因表达          NP_036383
线粒体型
泛素特异性蛋白酶               AF017306      0.31           基因表达          NP_003354
脱氢酶/还原酶                  AA100046      0.46           代谢              NP_612461
SDR家族成员1
溶质载体家族25，成员6          J03592        0.3            代谢              NP_001627
骨肉瘤中扩增的                 U41635        0.45           未分类            NP_006803
活化T/LAK淋巴                  C00577        0.45           未分类            NP_009198
细胞表达的
核内膜整合蛋                   W00460        0.4            未分类            NP_055134
磷酸二酯酶4D-                  T95969        0.45           未分类            NP_055459
相互作用蛋白
肿瘤内皮标志物7，前体          N93789        0.45           未分类            NP_065138
Wiskott-Aldrich综合征A         F031588       0.22           未分类            NP_003378
蛋白相互作用蛋白
实施例2
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定高脂血症生物标志物的用途及其生物标志物的用途。如此处所用，“生物标志物”是对应并可特异性识别RNA转录本的基于核酸的任何物质。
如此处所用，“高脂血症”定义为与一般人群比较时脂蛋白谱的升高，包括乳糜微粒、极低密度脂蛋白(VLDL)、中密度脂蛋白(IDL)、低密度脂蛋白(LDL)和/或高密度脂蛋白(HDL)的升高。高脂血症包括高胆固醇血症和/或高甘油三酯血症。高胆固醇血症是指升高的禁食血浆总胆固醇水平>200mg/dL，和/或LDL-胆固醇水平>130mg/dL。理想水平的HDL-胆固醇是>60mg/dL。高甘油三酯血症是指血浆甘油三酯(TG)浓度超过90％或95％的同年龄和性别个体的水平，例如，过夜禁食后测定时TG>160mg/dL。
如下测定一个或多个具有高脂血症的个体所得血中表达的一种或多种RNA转录本的水平。从诊断为此处定义的高脂血症的患者获取全血样品。在所有情况下，高脂血症诊断由熟练的执业医师确认。用
Figure A200480023549D00701
试剂(GIBCO)从裂解血分离总mRNA。如上述制备每种血样的荧光标记探针。使每种探针变性并杂交到此处所述的15K Chondrogene Microarray Chip(ChondroChipTM)和/或Affymetrix 
Figure A200480023549D00702
微阵列上。微阵列上存在荧光染料表明靶核酸与微阵列上特定核酸成员杂交。荧光染料强度代表与微阵列上核酸成员杂交的靶核酸量，并指示靶样品中特定核酸成员序列的表达水平。
与未受高脂血症影响的患者的转录本表达水平相比、显示不同水平的那些转录本被鉴定作为所述感兴趣疾病的生物标志物。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析确定与健康患者相比具有高脂血症的患者全血样品中差异表达基因的鉴定。
可以用表1A中表示的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行分类或类型预测测试样品是具有高血压和OA，还是正常。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
图13是与正常的和非高脂血症患者的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述高脂血症的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何已知药物。所述的不具有胆固醇升高或甘油三酯升高的非高脂血症个体可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案下。
以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记为代表具有脂和/或胆固醇升高、正常或不具有脂或胆固醇升高的患者。“＊”表示被异常分类为具有高脂血症、正常或非高脂血症而非实际表现的患者。给出对高脂血症患者、非高脂血症患者和正常个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有高脂血症患者相比具有高脂血症患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1D中。
可以用表1D中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行分类或类型预测测试样品是具有高血压和OA，还是正常。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
除了高脂血症以外，对于以下疾病用以上方法步骤鉴定以下疾病的基因标志物：II型糖尿病、高血压、肥胖、肺病、膀胱癌、冠状动脉病、类风湿性关节炎、抑郁、骨关节炎、肝癌、精神分裂症、恰加斯病、哮喘、肺癌、心衰、牛皮癣、甲状腺病、肠易激综合征、骨质疏松、偏头痛、湿疹、NASH、阿尔茨海默病、躁郁综合征、Crohn结肠炎、慢性胆囊炎、宫颈癌、胃癌、肾癌、睾丸癌、结肠癌、乙型肝炎和胰腺癌。糖尿病
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定糖尿病生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所述，“糖尿病(diabetes或diabetes mellitus)”包括“1型糖尿病”(胰岛素依赖型糖尿病(IDDM))和“2型糖尿病”(胰岛素非依赖型糖尿病(NIDDM))。根据Harrison′s Principles of Internal Medicine 14th edition，1型和2型糖尿病是指过夜禁食后在至少两次独立测试中静脉血浆葡萄糖浓度≥140mg/dL，并且摄入75g葡萄糖后在第2小时和2小时测试的至少另外一次中静脉血浆葡萄糖浓度≥200mg/dL。鉴定为具有此处所述2型糖尿病的患者是通过上述方法确定的证明胰岛素非依赖型糖尿病的患者。取诊断为具有此处所述2型糖尿病的患者的全血样品。在所有情况下，2型糖尿病诊断由熟练的执业医师确认。图12是与不具有2型糖尿病的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述2型糖尿病的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。RNA表达谱用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生。用此处所述的15K Chondrogene Microarray Chip(ChondroChipTM)进行创建所述RNA表达谱的杂交。样品被分类并标记作为代表具有2型糖尿病的患者或对照个体。给出对2型糖尿病患者或对照测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox MannWhitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有2型糖尿病的患者相比具有2型糖尿病的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1P中。
可以用表1P中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行分类或类型预测未知患者的测试样品，以诊断所述具有2型糖尿病的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肺病的RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定肺病生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“肺病”涉及影响呼吸系统的任何疾病，包括支气管炎、慢性阻塞性肺病、肺气肿、哮喘和肺癌。鉴定为具有肺病的患者包括具有一种或多种上述状况的患者。在所有情况下，肺病诊断由熟练的执业医师确认。图14是与正常和非肺病个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述肺病的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。样品被分类并标记为代表具有肺病、正常或不具有肺病的患者。“＊”表示被异常分类而非实际表现的患者。给出对肺病患者、非肺病患者和正常个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有肺病患者相比具有肺病患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1R中。
可以用表1R中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有肺病的患者。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
膀胱癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定膀胱癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“膀胱癌”包括泌尿道内层的变移上皮，所述泌尿道从肾盂开始并延伸到输尿管、膀胱和尿道的约2/3。如此处所用，诊断为具有膀胱癌的患者包括用以下任何方法或其组合诊断的患者：泌尿细胞学评价、内窥镜评价是否存在恶性细胞、CT(计算机断层扫描)、MRI(磁共振成像)转移状态。在所有情况下，膀胱癌诊断由熟练的执业医师确认。图15是与非膀胱癌个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述膀胱癌的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。非膀胱癌个体不表现膀胱癌，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案下。用Affymetrix U133A芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有膀胱癌、或不具有膀胱癌的患者。“＊”表示被异常分类为膀胱癌或非膀胱癌而非实际表现的患者。给出用来创建所述图的具有膀胱癌和不具有膀胱癌患者测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox MannWhitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有膀胱癌患者相比具有膀胱癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1S中。
可以用表1S中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有膀胱癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
冠状动脉病
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定冠状动脉病生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“冠状动脉病(CAD)”定义为由冠状动脉造影术诊断的、至少一支冠状动脉有>50％腔径狭窄的状况，包括所述血管的粥样化狭窄及接下来阻塞的状况。CAD包括表现为绞痛、无症状性缺血、不稳定绞痛、心肌梗死、心律不齐、心衰和突然死亡的状况。鉴定为具有CAD的患者包括具有一种或多种上述状况的患者。在所有情况下，冠状动脉病诊断由熟练的执业医师确认。图17是与非冠状动脉病个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述冠状动脉病(CAD)的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。非冠状动脉病个体不表现冠状动脉病，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案下。用Affymetrix U133A芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有冠状动脉病或不具有冠状动脉病的患者。“＊”表示被异常分类为而非实际表现的患者。给出用来创建所述图的、对具有冠状动脉病或不具有冠状动脉病患者测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有冠状动脉病患者相比，具有冠状动脉病患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1U中。
可以用表1U中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有CAD的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
类风湿性关节炎
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定类风湿性关节炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“类风湿性关节炎(RA)”定义为以持续性炎性滑膜炎为特征的未知病因的慢性、多系统疾病。所述炎性滑膜炎通常涉及全身分布的周围关节。此处定义的具有RA的患者被鉴定为具有以下的一种或多种：(i)软骨破坏、(ii)骨侵蚀和/或(iii)关节变形。从诊断具有此处定义的类风湿性关节炎的患者获取全血样品。在所有情况下，类风湿性关节炎诊断由熟练的执业医师确认。图18是与非类风湿性关节炎个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述类风湿性关节炎的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何已知药物。非类风湿性关节炎个体不表现类风湿性关节炎病，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案下。用ChondroChipTM和Affymetrix U133A芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出使用ChondroChip的系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有类风湿性关节炎或不具有类风湿性关节炎的患者。“＊”表示被异常分类为而非实际表现的患者。给出用于创建所述图的-对具有类风湿性关节炎或不具有类风湿性关节炎患者测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有类风湿性关节炎患者相比，具有类风湿性关节炎患者中鉴定为p值<0.05的基因被列出。用ChondroChipTM阵列产生的数据列于表1V。用Affymetrix U133A芯片产生的数据列于表1W。
可以用表1V和1W中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有类风湿性关节炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
抑郁
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定抑郁生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“抑郁”包括抑郁性疾病或与医学疾病或物质滥用相关的抑郁，以及作为社会学形态的抑郁。定义为具有易于的患者主要基于临床症状进行诊断，所述临床症状包括抑郁情绪发作，其中以天为基础在超过2周的时间里个人显示抑郁情绪。抑郁情绪发作的特征可以是悲伤、淡漠、冷淡或易激惹，并且通常伴随许多植物神经功能的变化，包括睡眠模式、食欲和体重、疲劳、注意力和决策障碍。从诊断具有此处定义的抑郁的患者获取全血样品。在所有情况下，抑郁诊断由熟练的执业医师确认。图19是与非抑郁个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述抑郁的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何已知药物。非抑郁个体不表现抑郁，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案下。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有抑郁、不具有抑郁的患者或正常。“＊”表示被异常分类为而非实际表现的患者。给出用于创建所述图的、对具有抑郁、不具有抑郁的患者和正常个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用WilcoxMann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计分析进行分析，与不具有抑郁患者相比，具有抑郁患者中鉴定为p值<0.05的基因被列于表1X。
可以用表1X中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有抑郁的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定骨关节炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“骨关节炎”(OA)也称为“退行性关节病”，代表活动(可移动的、内衬滑膜的)关节的障碍。它是影响关节软骨和或随后影响下面的骨和支持组织从而导致疼痛、僵硬、移动问题和活动限制的一种状况。它最经常影响臀、膝、足和手，但也能影响其它关节。可根据Marshall(Marshall KW.J Rheumatol，1996：23(4)582-85)描述的体系对OA严重程度进行分级。简单的说，基于每个具体表面可见的最坏损害，将六个膝关节表面中的每个指定软骨评分等级。0级为正常(0分)，I级软骨是软的或胀的，但软骨表面完整(1分)。II级损害中，软骨表面不完整但损害不扩展到软骨下的骨(2分)。III级损害扩展到软骨下的骨，但骨既未被侵蚀也未被象牙化(3分)。IV级损害中，骨被象牙化或被侵蚀(4分)。通过所有六个软骨表面的得分总和计算整体OA评分。如果有任何相关疾病，如半月板撕裂，则向整体评分中加入额外分。基于总分，将每个患者分类到4组OA中的一组：轻度(1-6)、中度(7-12)、明显(13-18)和严重(>18)。如此处所用，鉴定具有OA的患者可分类到上述4组OA的任一组。从诊断具有此处定义的骨关节炎和特定期骨关节炎的患者获取全血样品。在所有情况下，骨关节炎和骨关节炎分期诊断由熟练的执业医师确认。图20是与正常个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述各期骨关节炎的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何已知药物。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表表现不同期骨关节炎的患者或正常。“＊”表示被异常分类为而非实际表现的患者。图20中给出用于创建所述图的、对骨关节炎患者或正常个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用ANOVA检验进行分析，具有轻度、中度、明显、严重或无骨关节炎的患者成对比较中鉴定为p值<0.05的基因列于表1Y中。
肝癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定肝癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“肝癌”表示癌起始于肝脏的原发性肝癌。原发性肝癌包括起始于肝脏的肝细胞瘤或肝细胞癌(HCC)以及癌在肝脏的胆管中发生的chonalgiomas。从诊断具有此处定义的肝癌的患者获取全血样品。在所有情况下，肝癌诊断由熟练的执业医师确认。图21是与非肝癌疾病个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述肝癌的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。对照样品不表现肝癌，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案之下。用 U133A芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有肝癌的患者或对照。给出对肝癌患者或对照测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有肝癌的患者相比，具有肝癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1Z中。
可以用表1Z中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有肝癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
精神分裂症
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定精神分裂症生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“精神分裂症”被定义为特征为曲解现实、思维和语言混乱并脱离社会现实的精神障碍。诊断具有“精神分裂症”的患者可包括具有以下诊断的任意一种的患者：急性精神分裂发作、边缘型精神分裂症、紧张症、紧张性精神分裂症、紧张型精神分裂症、无组织的精神分裂症、无组织型精神分裂症、青春期痴呆、青春型精神分裂症、潜伏性精神分裂症、妄想型精神分裂症(paranoic type schizophrenia)、妄想类精神分裂症(paranoid schizophrenia)、妄想性痴呆、妄想痴呆性精神分裂症、精神病、反应性精神分裂症等。从诊断具有此处定义的精神分裂症的患者获取全血样品。在所有情况下，精神分裂症诊断由熟练的执业医师确认。图22是与非精神分裂症个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述精神分裂症的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。对照样品不表现精神分裂症，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案之下。用
Figure A200480023549D00781
 U133A芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有精神分裂症的患者或对照个体。给出对精神分裂症患者或对照个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有精神分裂症的患者相比，具有精神分裂症的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1AA。
可以用表1AA中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有精神分裂症的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
恰加斯病
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定恰加斯病生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“恰加斯病”被定义为个体受原生动物寄生虫克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)感染的状况，包括急性和慢性感染。可通过显微检查新鲜抗凝血或血沉棕黄层、吉姆萨染色的薄和厚的血涂片和/或小鼠接种培养可能感染个体的血来检测寄生虫，从而诊断急性克氏锥虫感染。甚至在缺少以上阳性结果时，通过异体接种诊断向猎蝽科昆虫(reduviid bug)饲喂患者血随后检查昆虫感染，可以精确确定是否感染。可以通过检测特异性抗克氏锥虫抗原的抗体和/或克氏锥虫抗原的免疫沉淀和电泳确定慢性感染。
如此处所用，“有症状的恰加斯病”包括有症状的急性恰加斯病和有症状的慢性恰加斯病。急性有症状的恰加斯病的特征可以是以下的一种或多种：红斑和发胀区域(美洲锥虫肿)；局部淋巴结病；一般性淋巴结病；轻度肝脾大；眼睑和眼周组织的单侧无痛水肿；身体不适；发烧；厌食和/或面部和下端的水肿。有症状的慢性恰加斯病包括以下症状的一种或多种：心律紊乱、心肌病、血栓栓赛、心电图异常包括右束支阻塞；房室传导阻滞；室性早搏和快速性和慢速性心律异常；吞咽困难；吞咽痛、胸痛；反流；体重减轻、恶病质和肺部感染。
如此处所用，“无症状的恰加斯病”意思是指感染克氏锥虫但不表现急性或慢性疾病症状的个体。
从诊断具有此处定义的有症状的或无症状的恰加斯病的患者获取全血样品。在所有情况下，恰加斯病诊断由熟练的执业医师确认。图23是与无恰加斯病个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述有症状的恰加斯病、无症状的恰加斯病的个体或对照个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。对照样品不表现恰加斯病，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案之下。用
Figure A200480023549D00791
 U133A芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记作为代表具有有症状的恰加斯病、无症状的恰加斯病的个体或对照个体。给出对有症状的恰加斯病、无症状的恰加斯病的患者或对照个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。与没有恰加斯病的患者相比，具有恰加斯病的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1AB。与没有恰加斯病的患者相比，具有无症状的恰加斯病的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5T。与没有恰加斯病的患者相比，具有有症状的恰加斯病的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5U。
可以用表5U中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有有症状的恰加斯病的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。可以用表5T中给出的差异表达基因对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有无症状的恰加斯病的个体。
哮喘
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定哮喘生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“哮喘”表示特征为缩紧(气道周围肌肉收紧)和炎症(气道肿胀和刺激)的肺中的气道慢性疾病。缩紧和炎症一起引起气道狭窄，导致诸如气喘、咳嗽、胸紧和呼吸短促的症状。从诊断具有此处定义的哮喘的患者获取全血样品。在所有情况下，哮喘诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。用ChondroChipTM和Affymetrix芯片进行创建所述RNA表达谱的杂交。样品被分类并标记作为代表具有哮喘的患者或对照个体。给出对哮喘患者和对照测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。使用ChondroChipTM、与没有哮喘的患者相比具有哮喘的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1AD。使用
Figure A200480023549D00801
与没有哮喘的患者相比具有哮喘的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1AE。
可以用表1AD和表1AE中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有哮喘的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
高血压
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定高血压生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“高血压”定义为高血压或动脉压升高。鉴定为具有此处高血压的患者包括心血管事件发病风险增加的人和/或从设计治疗高血压的医疗中受益的人。鉴定为高血压的患者还可以包括收缩压>130mm Hg或舒张压>90mm Hg的人，或使用抗高血压药物的人。从诊断具有此处定义的高血压的患者获取全血样品。在所有情况下，高血压诊断由熟练的执业医师确认。图5是与非高血压个体和正常个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述高血压的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。非高血压个体不表现高血压，但可以表现其它医学状况并可以处于各种治疗方案之下。正常个体不表现任何已知状况。用此处所述的15K ChondrogeneMicroarray Chip(ChondroChipTM)进行创建所述RNA表达谱的杂交。样品被分类并标记作为代表具有高血压的患者或对照个体。给出对高血压患者、无高血压患者或对照测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有高血压的患者相比，具有高血压的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1E。表1AG表示通过使用
Figure A200480023549D00811
Figure A200480023549D00812
的类似实验产生的表达谱中，与没有高血压的患者相比具有高血压的患者中鉴定为p值<0.05的基因。
可以用表1E和表1AG中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有高血压的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肥胖
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定肥胖生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“肥胖”定义为引起健康风险的脂肪组织过量。肥胖评价为与年龄相关的高和重。被认为肥胖的患者包括但不限于身体质量指数或BMI(定义为kg体重除以(米身高)2)大于或等于30.0。从诊断具有此处定义的肥胖的患者获取全血样品。在所有情况下，肥胖诊断由熟练的执业医师确认。图6是与非肥胖个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述肥胖的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。用此处所述的15KChondrogene Microarray Chip(ChondroChipTM)进行创建所述RNA表达谱的杂交。样品被分类并标记作为代表具有肥胖的患者、不具有肥胖的患者和正常个体。给出对肥胖、不肥胖患者和正常个体测试的杂交谱数目。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有肥胖的患者相比具有肥胖的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1F。表1AH示出了通过使用
Figure A200480023549D00821
 
Figure A200480023549D00822
平台(U133A和U133 Plus 2.0)的类似实验产生的表达谱中、与没有肥胖的患者相比具有肥胖的患者中鉴定为p值<0.05的基因。
可以用表1F中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有肥胖的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
牛皮癣
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定牛皮癣生物标志物的用途及其生物标志物用途。
根据Stedman’s Online Medical Dictionary，27th Edition，此处所用的“牛皮癣”定义为一种常见的多因子遗传状况，其特征在于边界清楚的、离散的和汇合的、发红的、有银屑的斑丘疹发作；损害主要出现于肘、膝、头皮和躯干，显微学表现特征性角化不全和网嵴延长，并伴随因环鸟苷单磷酸降低而致表皮角化细胞过度时间缩短。从诊断具有此处定义的牛皮癣的患者获取全血样品。在所有情况下，牛皮癣诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生相对于此处所述不具有牛皮癣的、鉴定为具有牛皮癣的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00823
 
Figure A200480023549D00824
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有牛皮癣的患者相比具有牛皮癣的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5A。
可以用表5A中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有牛皮癣的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
甲状腺病
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定甲状腺病生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“甲状腺病”定义为甲状腺激素产生过度(甲状腺机能亢进)、甲状腺激素产生过少(甲状腺机能减退)、良性(非癌性)甲状腺疾病和甲状腺癌。根据MEDLINE plus Illustrated Medical Encyclopedia，甲状腺病包括甲状腺未分化癌、慢性淋巴性甲状腺炎(桥本病)、胶质结节性甲状腺肿(colloid nodular goiter)、甲状腺机能亢进、垂体机能亢进、甲状腺机能减退—原发性、甲状腺机能减退—继发性、髓样甲状腺癌、无痛(沉默性)甲状腺炎、甲状腺乳头瘤、亚急性甲状腺炎、甲状腺癌和先天性甲状腺肿。从诊断具有此处定义的甲状腺病的患者获取全血样品。在所有情况下，甲状腺病诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生鉴定为具有此处所述甲状腺病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00831
 
Figure A200480023549D00832
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有甲状腺病的患者相比，具有甲状腺病的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5B。
可以用表5B中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有甲状腺病的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肠易激综合征
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定肠易激综合征生物标志物的用途及其生物标志物用途。
根据MedicineNet，Inc.，一个在线保健媒体出版公司，此处所用的“肠易激综合征”定义为涉及消化道收缩(动力)异常的常见胃肠道疾病，其特征在于腹痛、气胀、粘液便和交替腹泻和便秘的不规则大便习惯、趋向变成慢性并且在若干年中时好时坏的症状。从诊断具有此处定义的肠易激综合征的患者获取全血样品。在所有情况下，肠易激综合征诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生鉴定为具有此处所述肠易激综合征的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00841
 
Figure A200480023549D00842
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有肠易激综合征的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有肠易激综合征的患者相比，具有肠易激综合征的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5C。
可以用表5C中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有肠易激综合征的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨质疏松
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定骨质疏松生物标志物的用途及其生物标志物用途。
根据Stedman′s Online Medical Dictionary，27th Edition，此处所用的“骨质疏松”定义为骨质减少或骨骼组织萎缩；特征为骨质减少和骨折风险增加的年龄相关疾病。从诊断具有此处定义的骨质疏松综合征的患者获取全血样品。在所有情况下，骨质疏松诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有骨质疏松的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述骨质疏松的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00843
 
Figure A200480023549D00844
平台(U133A和U133Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有骨质疏松的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox MannWhitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有骨质疏松的患者相比，具有骨质疏松的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5D。
偏头痛
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定偏头痛生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“偏头痛”定义为周期性出现的症候群，其特征为头痛(通常单侧)、眩晕、恶心和呕吐、畏光和光的闪烁性表现。根据Stedman′s Online Medical Dictionary，27th Edition，分类成典型偏头痛、普通偏头痛、偏头神经痛(cluster headache)、偏瘫性偏头痛、眼肌麻痹性偏头痛和眼型偏头痛。从诊断具有此处定义的偏头痛的患者获取全血样品。在所有情况下，偏头痛诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有偏头痛的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述偏头痛的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00851
Figure A200480023549D00852
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有偏头痛的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有偏头痛的患者相比，具有偏头痛的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5E。
可以用表5E中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有偏头痛的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
湿疹
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定湿疹生物标志物的用途及其生物标志物用途。
根据Stedman′s Online Medical Dictionary，27th Edition，此处所用的“湿疹”定义为皮肤的炎症状况，尤其是在急性期形成水疱，典型地为红斑、水肿、丘疹和结痂，随后经常出现苔藓样变并剥落，偶尔出现红斑微黑，罕见色素沉着过度；经常伴随痒和灼烧感；表皮内海绵层水肿形成小水疱；经常是遗传性的并与过敏性鼻炎和哮喘相关。从诊断具有此处定义的湿疹的患者获取全血样品。在所有情况下，湿疹头痛诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有湿疹的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述湿疹的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00861
 
Figure A200480023549D00862
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有湿疹的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有湿疹的患者相比，具有湿疹的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5F。
可以用表5F中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有湿疹的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
躁郁综合征
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定躁郁综合征生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“躁郁综合征”表示特征为交替性狂躁和抑郁的情绪疾病。从诊断具有此处定义的躁郁症的患者获取全血样品。在所有情况下，躁郁症诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有躁郁症的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述躁郁症的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00863
 
Figure A200480023549D00864
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有躁郁症的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有躁郁综合征的患者相比，具有躁郁综合征的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5I。
可以用表5I中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有躁郁综合征的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
Crohn’s结肠炎
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定Crohn’s结肠炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
根据Dorland’s Illustrated Medical Dictionary，此处所用的“Crohn’s结肠炎”定义为未知病因的慢性肉芽肿性炎症，涉及胃肠道从口到肛门的任意部分，但是经常涉及末端回肠结痂和肠壁变厚，经常导致肠梗阻和瘘与脓肿形成，具有治疗后的高复发率。在所有情况下，Crohn’s结肠炎诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有Crohn’s结肠炎的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述Crohn’s结肠炎的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00871
 
Figure A200480023549D0118125313QIETU
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有Crohn’s结肠炎的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有Crohn’s结肠炎的患者相比，具有Crohn’s结肠炎的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5J。
可以用表5J中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有Crohn’s结肠炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
慢性胆囊炎
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定慢性胆囊炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
根据Stedman′s Online Medical Dictionary，27th Edition，此处所用的“慢性胆囊炎”定义为胆囊的慢性炎症，通常在结石后继发，伴随淋巴细胞浸润和纤维化，这可使壁显著增厚。在所有情况下，慢性胆囊炎诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有慢性胆囊炎的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述慢性胆囊炎的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 
Figure A200480023549D00874
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有慢性胆囊炎的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有慢性胆囊炎的患者相比，具有慢性胆囊炎的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5K。
可以用表5K中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有慢性胆囊炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
宫颈癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定宫颈癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“宫颈癌”定义为子宫颈癌症，子宫颈是与阴道顶部连接的子宫部分。90％的宫颈癌产生于覆盖宫颈的扁平或“鳞状”细胞。剩余10％中的多数产生于通向子宫内的颈管上的分泌粘液的腺细胞。在所有情况下，宫颈癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有宫颈癌的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述宫颈癌的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00881
 
Figure A200480023549D00882
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有宫颈癌的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有宫颈癌的患者相比，具有宫颈癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5M。
可以用表5M中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有宫颈癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
胃癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定胃癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“胃癌”定义为胃的恶性肿瘤，最常见的类型是腺癌。胃分成。癌发生于胃的五个不同层的任一层。在所有情况下，胃癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有胃癌的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述胃癌的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 
Figure A200480023549D00892
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有胃癌的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有胃癌的患者相比，具有胃癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5N。
可以用表5N中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有胃癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肾癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定肾癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“肾癌”定义为肾的恶性肿瘤，最常见的类型是肾细胞癌。在所有情况下，肾癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有肾癌的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述肾癌的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00893
 
Figure A200480023549D00894
平台(U133A和U133Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有肾癌的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有肾癌的患者相比，具有肾癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5O。
可以用表5O中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有肾癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
睾丸癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定睾丸癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“睾丸癌”定义为睾丸中癌性(恶性)细胞的异常、快速和浸润性生长。在所有情况下，睾丸癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有睾丸癌的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述睾丸癌的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有睾丸癌的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有睾丸癌的患者相比，具有睾丸癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5P。
可以用表5P中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有睾丸癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
结肠癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定结肠癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“结肠癌”定义为结肠中的癌，包括产生于大肠内层的上皮癌，以及淋巴瘤、黑素瘤、类癌瘤和肉瘤。在所有情况下，结肠癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有结肠癌的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述结肠癌的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 
Figure A200480023549D00904
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有结肠癌的患者相比，具有结肠癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5Q。
可以用表5Q中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有结肠癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
乙型肝炎
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定乙型肝炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“乙型肝炎”是攻击人肝脏的乙型肝炎病毒(HBV)引起的严重疾病。该病毒能引起持续一生的感染、肝硬化(形成疤痕)、肝癌、肝衰竭和死亡。HBV经血液和血液制品和性传播水平传播。在围产期也有母婴的垂直传播。在所有情况下，乙型肝炎诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有肝炎的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述肝炎的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00911
 
Figure A200480023549D00912
平台(U133A和U133 Plus2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有肝炎的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有肝炎的患者相比，具有肝炎的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5R。
可以用表5R中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有乙型肝炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
胰腺癌
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定胰腺癌生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“胰腺癌”定义为结肠中的癌，包括产生于大肠内层的上皮癌，以及淋巴瘤、黑素瘤、类癌瘤和肉瘤。在所有情况下，胰腺癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有胰腺癌的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述胰腺癌的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00921
 
Figure A200480023549D0118125313QIETU
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有胰腺癌的患者相比，具有胰腺癌的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5S。
可以用表5S中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有胰腺癌的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定非酒精性脂肪性肝炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“非酒精性脂肪性肝炎(NASH)”定义为与脂肪在肝脏中积累相关的肝脏炎性疾病。NASH的病因仍不确定，组织学上类似于酒精性肝炎，但发生于非嗜酒的患者中，最常见于具有非胰岛素依赖性糖尿病的肥胖女性；临床上通常是无症状的或轻度症状，但可以发生纤维化或硬化。诊断通过肝脏活检确认。在所有情况下，非酒精性脂肪性肝炎诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有非酒精性脂肪性肝炎的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述非酒精性脂肪性肝炎的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00923
 
Figure A200480023549D00924
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有非酒精性脂肪性肝炎的患者相比，具有非酒精性脂肪性肝炎的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5G。
可以用表5G中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有非酒精性脂肪性肝炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
阿尔茨海默病
如此处所用，“阿尔茨海默病”指中枢神经系统的退行性疾病，其具体特征在于早老性智力减退。在所有情况下，阿尔茨海默病诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有阿尔茨海默病的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述阿尔茨海默病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 
Figure A200480023549D00932
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有阿尔茨海默病的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有阿尔茨海默病的患者相比，具有阿尔茨海默病的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5H。
可以用表5H中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有阿尔茨海默病的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
心衰
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定心衰生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“心衰”定义为心脏机能不全致使作为泵它不能维持血液循环，导致组织中产生充血和水肿；心衰的同义词有充血性心衰、心肌机能不全、心脏机能不全、心力衰竭，包括右心室衰竭、前向性心衰、后向性心衰和左心室心衰。产生的临床症状包括各种组合的呼吸短促或非压凹型水肿、enlarged tender liver、颈静脉充盈、肺罗音。在所有情况下，心衰诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有心衰的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述心衰的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00933
Figure A200480023549D00934
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有心衰的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有心衰的患者相比，具有心衰的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表5L。
可以用表5L中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有心衰的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
强直性脊柱炎
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定强直性脊柱炎生物标志物的用途及其生物标志物用途。
如此处所用，“强直性脊柱炎”表示影响脊椎骨之间关节和/或脊骨和骨盆之间关节的慢性炎性疾病，最终可引起受影响椎骨融合或生长到一起。在所有情况下，强直性脊柱炎诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有强直性脊柱炎的个体的RNA表达谱相比、鉴定为具有此处所述强直性脊柱炎的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D00941
 
Figure A200480023549D00942
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未列出)。样品分类并标记为代表具有强直性脊柱炎的患者或对照个体。各种实验按以上概述进行，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与没有强直性脊柱炎的患者相比，具有强直性脊柱炎的患者中鉴定为p值<0.05的基因列于表1AI。
可以用表1AI中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有强直性脊柱炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
实施例3
除了鉴定与状况相关的生物标志物以外，本发明也包括鉴定生物标志物的方法，其中所述生物标志物可以鉴定个体或个体群体中状况的标志物，尽管在相同个体或个体群体中存在一种或多种另外的状况。本发明也包括鉴定共病状况生物标志物的方法。以下实施例举例说明包含表现骨关节炎和各种另外状况的个体的方法实施方案，但本发明不限于这些组合的实施例。
骨关节炎和高血压
与正常个体的RNA表达谱比较，具有骨关节炎和高血压的共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析(ChondroChipTM Microarray DataAnalysis)。
本实施例证明要求保护的本发明用于检测具有骨关节炎和高血压的患者的生物标志物或其生物标志物用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和高血压的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和高血压诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D00951
试剂(GIBCO)从每个患者的全血中分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K ChondrogeneMicroarray Chip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-HillMedical Publishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、具有疾病的患者的全血样品中差异表达的基因。
图1是与正常个体的RNA表达谱相比，具有骨关节炎和高血压的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。在本实施例中，如此处所述，高血压患者也表现具有OA。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何药物。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品分类并标记为代表具有高血压的患者或正常个体。“＊”表示被异常分类为高血压或正常而表现相反的那些患者。给出对高血压患者或正常个体测定的杂交谱数目。861个差异表达基因被鉴定为在高血压患者和正常个体之间具有p值<0.05的差异表达。差异表达基因的身份列于表1A。
可以用表1A中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行测试样品是具有高血压和OA还是正常的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎和肥胖
为鉴定骨关节炎和肥胖RNA表达谱的生物标志物的、共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析(ChondroChipTM Microarray DataAnalysis)。
本实施例证明与健康患者全血样品相比、要求保护的本发明用于检测具有肥胖和OA的患者全血样品中差异基因表达的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和肥胖的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和肥胖诊断由熟练的执业医师确认。用试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15KChondrogene Microarray Chip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox MannWhitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、具有疾病的患者的全血样品中差异表达的基因。
图2是与正常个体的RNA表达谱相比，被鉴定为此处所述肥胖的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。在本实施例中，如此处所述，肥胖患者也表现具有OA。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何药物。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品分类并标记为代表具有肥胖的患者或正常个体。“＊”表示被异常分类为肥胖或正常而表现相反的那些患者。给出对具有OA的肥胖患者或正常个体测定的杂交谱数目。913个差异表达基因被鉴定为在具有OA的肥胖患者和正常个体之间具有p值<0.05的差异表达。差异表达基因的身份列于表1B。
可以用表1B中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行测试样品是具有肥胖和OA还是正常的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎和变态反应
与正常个体的RNA表达谱比较，具有骨关节炎和变态发应的共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
本实施例证明要求保护的本发明用于检测骨关节炎和变态反应的差异性生物标志物的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和变态反应的患者获取全血样品。这些患者根据其共病或多种疾病状态的表现进行分类。然后分析RNA表达谱，并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和变态反应诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D00971
试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、具有骨关节炎和变态反应的患者的全血样品中差异表达的基因。
图3是与正常个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述变态反应的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。在本实施例中，如此处所述，变态反应患者也表现具有OA。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何药物。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品分类并标记为代表具有变态反应的患者或正常个体。“＊”表示被异常分类为变态反应或正常而表现相反的那些患者。给出对具有变态反应的患者或正常个体测定的杂交谱数目。633个差异表达基因被鉴定为在具有变态反应的患者和正常个体之间具有p值<0.05的差异表达。差异表达基因的身份列于表1C。
可以用表1C中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行测试样品是具有变态反应和OA还是正常的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎和系统性类固醇
与正常个体的RNA表达谱比较，具有骨关节炎和接受系统性类固醇的共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
本实施例证明要求保护的本发明用于检测骨关节炎和接受系统性类固醇的患者的生物标志物的用途。
如此处所用，“系统性类固醇”表示作为医疗介入的结果而接受人工水平类固醇的人。这些系统性类固醇包括节育药、泼尼松和激素替代治疗中的激素。鉴定为接受系统性类固醇的人是接受上述治疗方案的一种或多种的人。
从诊断为此处定义的骨关节炎并接受系统性类固醇的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和系统性类固醇诊断由熟练的执业医师确认。
用试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、具有骨关节炎并接受系统性类固醇的患者的全血样品中差异表达的基因。
图4是与正常个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述接受系统性类固醇的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。在本实施例中，如此处所述，接受系统性类固醇的患者也表现具有OA。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何药物。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品分类并标记为代表接受系统性类固醇的患者或正常个体。“＊”表示被异常分类为系统性类固醇或正常而表现相反的那些患者。给出对具有系统性类固醇的患者或正常个体而测定的杂交谱数目。605个差异表达基因被鉴定为在具有系统性类固醇的患者和正常个体之间具有p值<0.05的差异表达。差异表达基因的身份列于表1D。
可以用表1D中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对患者测试样品进行分类或类型预测，指明所述患者是接受系统性类固醇并具有OA还是正常。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎和高血压与仅骨关节炎比较
与仅具有骨关节炎的患者的RNA表达谱比较，具有骨关节炎和高血压的个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
通过将来自具有骨关节炎和高血压的共病患者的血液的基因表达与来自仅具有OA的患者的全血样品进行比较，本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对高血压的生物标志物的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和变态反应的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与仅具有OA的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和/或高血压诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D00991
试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与仅具有OA的患者相比、具有疾病的患者的全血样品中差异表达的基因。
用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱(数据未给出)。鉴定从该分析产生的基因列表，除去那些已经在表1A中鉴定的基因，从而鉴定高血压独有的那些基因。790个差异表达基因被鉴定为在具有OA和高血压的患者与仅具有OA的个体之间具有p值<0.05的差异表达。577个基因被鉴定为高血压独有的。这些差异表达基因的身份列于表1G。还提供在表1A中鉴定的基因、在与仅具有OA的患者全血样品相比、具有骨关节炎和高血压的患者全血样品中差异表达的基因中共同发现的213个基因的基因列表。这些感兴趣的差异表达基因的身份列于表1H，并且在图7中可发现表示各组基因列表之间关系的文氏图。
可以用表1G中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法进行测试样品是具有高血压还是不具有高血压的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。也可以用表1H的基因对同时具有OA和高血压的个体进行分类。
骨关节炎和肥胖与仅骨关节炎比较
与仅具有骨关节炎的患者的RNA表达谱比较，具有骨关节炎和肥胖的共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
通过将来自具有骨关节炎和肥胖的共病患者的全血样品与来自仅具有OA的患者的全血样品的基因表达进行比较，本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对肥胖的生物标志物的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和肥胖的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与仅具有OA的患者的谱进行比较。
在所有情况下，疾病诊断由熟练的执业医师确认。用
Figure A200480023549D01001
试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene Microarray Chip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer ofBiostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)鉴定与仅具有OA的患者相比、具有肥胖和OA的患者的全血样品中差异表达的基因。
用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱(数据未给出)。671个差异表达基因被鉴定为在具有OA和肥胖的患者与仅具有OA的患者之间具有p值<0.05的差异表达。除去那些已经在表1B中鉴定的基因，从而鉴定肥胖独有的那些基因。这519个肥胖独有的基因的身份列于表1I。还提供在表1B中鉴定的基因、与仅具有OA的患者全血样品相比、在具有骨关节炎和肥胖的患者全血样品中差异表达的基因中共同发现的那些基因的基因列表。152个基因列于表1J。在图8中可发现表示各组基因列表之间关系的文氏图。
可以用表1I中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法进行测试样品是具有肥胖还是不具有肥胖的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。也可以用表1J的基因对同时具有OA和肥胖的个体进行分类。
骨关节炎和变态反应与仅骨关节炎比较
与仅具有骨关节炎的患者的RNA表达谱比较，具有骨关节炎(OA)和变态反应的个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
通过将来自具有骨关节炎和变态反应的共病患者的血液中的基因表达与来自仅具有OA的患者的全血样品进行比较，本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对变态反应的生物标志物的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和变态反应的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与仅受OA影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和变态反应诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01011
试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与仅具有OA的患者相比、具有变态反应和OA的患者的全血样品中差异表达的基因。
用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱(数据未给出)。498个差异表达基因被鉴定为在具有OA和变态反应的患者与仅具有OA的患者之间具有p值<0.05的差异表达。在498个已鉴定基因中间，除去那些已经在表1C中鉴定的基因，从而鉴定变态反应独有的那些基因。257个差异表达基因被鉴定为变态反应独有的。这些差异表达基因的身份列于表1K。还提供在表3C中鉴定的基因以及与仅具有OA的患者全血样品相比、具有骨关节炎和变态反应的患者全血样品中差异表达的基因中共同发现的241个基因的基因列表。这些感兴趣的差异表达基因的身份列于表1L，在图9中可发现表示各组基因列表之间关系的文氏图。
可以用表1K中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法进行测试样品是具有变态反应还是不具有变态反应的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。也可以用表1L的基因对同时具有OA和变态反应的个体进行分类。
骨关节炎和系统性类固醇与仅骨关节炎比较
与仅具有骨关节炎的患者的RNA表达谱比较，具有骨关节炎并接受系统性类固醇的共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
通过将来自具有骨关节炎和系统性类固醇的共病患者的血液的基因表达与来自仅具有OA的患者的全血样品进行比较，本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对系统性类固醇的生物标志物的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎并接受系统性类固醇的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与仅受OA影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和系统性类固醇诊断由熟练的执业医师确认。
用试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与仅具有OA的患者相比、具有OA并接受系统性类固醇的患者的全血样品中差异表达的基因。
用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱(数据未给出)。553个差异表达基因被鉴定为在具有OA并接受系统性类固醇的患者与仅具有OA的患者之间具有p值<0.05的差异表达。在553个已鉴定基因中间，除去那些已经在表1D中鉴定的基因，从而鉴定系统性类固醇独有的那些基因。362个差异表达基因被鉴定为系统性类固醇独有的。这些差异表达基因的身份列于表1M。还提供在表3D中鉴定的基因以及与仅具有OA的患者全血样品相比、在具有骨关节炎并接受系统性类固醇的患者全血样品中差异表达的基因中共同发现的191个基因的基因列表。这些感兴趣的差异表达基因的身份列于表1N，在图10中可发现表示各组基因列表之间关系的文氏图。
可以用表1M中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法进行测试样品是接受系统性类固醇还是不接受系统性类固醇的分类或类型预测。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。也可以用表1N的基因对同时具有OA并接受系统性类固醇的个体进行分类。
骨关节炎和系统性类固醇与正常比较以区分系统性类固醇的类型
与正常个体的RNA表达谱比较，具有骨关节炎并接受系统性类固醇的共病个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
通过将来自具有骨关节炎并接受泼尼松、节育药或使用激素的共病患者的血液与来自仅具有OA的患者的全血样品的基因表达进行比较，本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对系统性类固醇具体类型的生物标志物的用途。
如此处所用，“系统性类固醇”表示作为医疗介入的结果而接受人工水平类固醇的人。这些系统性类固醇包括节育药、泼尼松和激素替代治疗中的激素。鉴定为接受系统性类固醇的人是接受上述治疗方案的一种或多种的人。
从诊断为此处定义的骨关节炎并接受系统性类固醇的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，在系统性类固醇之间比较，并与不受任何疾病影响患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和系统性类固醇诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01031
试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、具有OA并接受系统性类固醇的患者的全血样品中差异表达的基因。
图11是与正常个体的RNA表达谱相比，接受此处所述的节育、泼尼松或激素替代治疗的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。在该实施例中，如此处所用，接受每种系统性类固醇的患者也表现OA。正常个体没有任何已知医学状况并且不使用任何已知药物。用ChondroChipTM进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记为代表接受节育、泼尼松、激素替代治疗或正常的患者。“＊”表示被异常分类的那些患者。给出对接受节育、泼尼松、激素替代治疗的患者或正常个体测定的杂交谱数目。396个基因被鉴定为在接受系统性类固醇的患者与正常个体之间具有p值<0.05的差异表达并被列出。这些差异表达基因的身份列于表1O。
可以用表1O中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法进行来自患者的测试样品指示为接受系统性类固醇并具有OA的患者还是正常个体的分类或类型预测。也可使用商业程序如SiliconGenetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎和哮喘与仅骨关节炎比较
与仅具有骨关节炎的患者的RNA表达谱比较，具有骨关节炎(OA)和哮喘的个体的全血样品的RNA表达谱的ChondroChipTM微阵列数据分析。
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对哮喘的生物标志物的用途。
从诊断为此处定义的骨关节炎和哮喘的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与仅受OA影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎和哮喘诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01041
试剂(GIBCO)从每个患者的血液分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的15K Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与仅具有OA的患者相比、具有哮喘和OA的患者的全血样品中差异表达的基因。图24是与具有OA的个体的RNA表达谱相比，具有此处所述哮喘和OA的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。用ChondroChipTM和Affymetrix Chip进行创建所述RNA表达谱的杂交。(以上给出系统树状图分析)。样品被分类并标记为代表具有哮喘和OA的患者或仅具有OA的患者。给出对具有哮喘的患者和不具有哮喘的患者测定的杂交谱数目。用以上概述的ChondroChipTM进行各种实验并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在具有OA和哮喘的患者与仅具有OA的患者之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表1AC。如此处所述用Affymetrix GeneChip平台(U133A和U133A Plus 2.0)、并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行另外的实验，在具有哮喘和不具有哮喘的患者之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表1AD。
实施例4
除了鉴定与特定疾病或状况相关的生物标志物的方法以外，本发明也包括鉴定区分状况不同分期的生物标志物的方法。以下实施例举例说明这些方法应用于鉴定与膀胱癌和骨关节炎特定分期相关的生物标志物的实施方案，然而本发明的此方面不限于这些具体状况。
膀胱癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有早期或晚期膀胱癌的个体的全血样品的RNA表达谱的Affymetrix芯片微阵列数据分析。
通过将来自具有晚期膀胱癌的个体与不具有膀胱癌的个体的血中的基因表达进行比较，本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对膀胱癌分期的生物标志物的用途。
如此处所用，“早期膀胱癌”包括这样的膀胱癌，其中在原发位置和根据Harrison’s Principles of Internal Medicine 14th edition经TNM分期体系定义的转移部位肿瘤解剖学程度的检测可以被认为是早期。更具体的，早期膀胱癌可以包括癌肿主要在浅表的那些情况。
如此处所用，“晚期膀胱癌”定义为这样的膀胱癌，其中在原发位置和根据Harrison’s Principles of Internal Medicine 14th edition经TNM分期体系定义的转移部位肿瘤解剖学程度的检测可以被认为是晚期。更具体的，晚期膀胱癌可以包括癌肿已经侵入肌肉并发生转移的那些情况。
从诊断为此处定义的早期或晚晚期膀胱癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，早期或晚期膀胱癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01061
试剂(GIBCO)从每个患者的血样分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133A Chip杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer ofBiostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、具有早期或晚晚期膀胱癌的患者的全血样品中差异表达的基因。
图16是与非膀胱癌的个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有此处所述晚期膀胱癌或早期膀胱癌的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。使用处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表单个个体的杂交模式。非膀胱癌个体不表现为膀胱癌，但是可以表现出其他医学状况并可以处于各种治疗方案下。使用Affymetrix Chip进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记为代表具有早期膀胱癌、晚期膀胱癌或不具有膀胱癌的患者。“＊”指示为被异常分类而非实际表现的患者。给出对早期膀胱癌、晚期膀胱癌或非膀胱癌测定的杂交谱数目。使用ANOVA分析3518个基因被鉴定为具有p值<0.05的差异表达。差异表达基因的身份示于表1T。各种实验如以上概述进行，并用Wilcox MannWhitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，与不具有膀胱癌的患者相比、在具有晚期膀胱癌任意期的患者之间鉴定为p值<0.05的基因示于表5V。
可以用表1T和/或5V中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有晚期膀胱癌、早期膀胱癌还是不具有膀胱癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎分期
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定全血样品中特异性针对骨关节炎各分期的生物标志物以允许监测疾病(进展或消退)的用途。
如此处所用，“骨关节炎”(OA)也称为“退行性关节病”，代表活动(可移动的、内衬滑膜的)关节的障碍。它是影响关节软骨和或随后下面的骨和支持组织、导致疼痛、僵硬、移动问题和活动限制的一种状况。它最经常影响臀、膝、足和手，但也能影响其它关节。
可根据Marshall(Marshall KW.J Rheumatol，1996：23(4)582-85)描述的体系对OA严重程度进行分级。简单的说，基于每个具体表面可见的最坏损害，将六个膝关节表面中的每个指定软骨评分等级。0级为正常(0分)，I级软骨软或胀但关节表面完整(1分)。II级损害中，软骨表面不完整但损害不扩展到软骨下的骨(2分)。III级损害扩展到软骨下的骨，但骨既未被侵蚀也未被象牙化(3分)。IV级损害中，骨被象牙化或被侵蚀(4分)。通过所有六个软骨表面的得分总和计算整体OA评分。如果有任何相关疾病，如半月板撕裂，则向整体评分中加入额外分。基于总分，将每个患者分类到4组OA中的一组：轻度(1-6)、中度(7-12)、明显(13-18)和严重(>18)。如此处所用，鉴定具有OA的患者可分类到上述4组OA的任一组。
从诊断为具有此处定义的骨关节炎以及特定分期骨关节炎的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。在所有情况下，骨关节炎以及骨关节炎分期的诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01071
试剂(GIBCO)从每个患者的血样分离总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Chondrogene MicroarrayChip(ChondroChipTM)杂交。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析(Glantz SA.Primer of Biostatistics.5th ed.New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)鉴定与健康患者相比、疾病患者的全血样品中差异表达的基因。
图20是与正常个体的RNA表达谱相比，被鉴定为具有骨关节炎的个体的全血样品的RNA表达谱的图形表示。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生表达谱。每列代表从单个个体获得的杂交模式。正常个体没有已知医学状况并且不使用任何已知药物。用ChondroChipTM和AffymetrixTM Chip进行创建所述RNA表达谱的杂交。以上给出系统树状图分析。样品被分类并标记为代表表现不同期骨关节炎的患者或正常个体。“＊”表示被异常分类为而非实际表现的患者。列出对骨关节炎患者或正常个体测定的杂交谱数目。差异表达基因用ANOVA检验进行分析被鉴定为差异表达并且那些基因被鉴定具有<0.05的p值。所述差异表达基因的身份列于表1Y。此外，如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验、并用成对比较进行分析，与不具有骨关节炎的患者相比、具有任意分期的骨关节炎的患者之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表4A和4B。
可以用表4A和4B中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的用于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述具有骨关节炎的个体。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在轻度骨关节炎和正常个体之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4C和4D。差异表达基因也鉴定为在中度骨关节炎和正常个体之间以p值<0.05差异表达。可以用表4C和/或4D中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是否具有轻度骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在中度骨关节炎和正常个体之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4E和4F。可以用表4E和/或4F中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是否具有中度骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
在明显骨关节炎和正常个体之间具有p值<0.05的差异表达的也被鉴定为差异表达基因。所述差异表达基因的身份列于表4G和4H。
可以用表4G和/或4H中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是否具有明显骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在严重骨关节炎患者和不具有骨关节炎的患者之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4I和4J。
可以用表4I和/或4J中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是否具有严重骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在轻度骨关节炎患者和中度骨关节炎患者之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4K和/4L。可以用表4K和/或4L中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有轻度还是中度骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在轻度骨关节炎患者和明显骨关节炎患者之间以p值<0.05的差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4M和4N。
可以用表4M和/或4N中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有轻度还是明显骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在轻度骨关节炎患者和严重骨关节炎患者之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4O和4P。
可以用表4O和/或4P中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有轻度还是严重骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也被鉴定为在中度骨关节炎患者和明显骨关节炎患者之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4Q和4R。
可以用表4Q和/或4R中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有中度还是明显骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在中度骨关节炎患者和严重骨关节炎患者之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4S和4T。
可以用表4S和/或4T中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有中度还是严重骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
差异表达基因也鉴定为在明显骨关节炎患者和严重骨关节炎患者之间以p值<0.05差异表达。所述差异表达基因的身份列于表4U和4V。
可以用表4U和/或4V中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有明显还是严重骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
实施例5
除了鉴定与特定疾病或状况或其分期相关的生物标志物的方法以外，本发明也包括鉴定区分两种状况的生物标志物的方法。这种成对的状况可以是紧密相关的，可以具有不相关的病因但显示相似的外显症状，或者可以不相关。以下实施例举例说明本发明此方面的方法实施方案，但本发明不限于这些实施方案。
躁郁综合征与精神分裂症比较RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分躁郁综合征和精神分裂症的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为MDS的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的精神分裂症的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有MDS的个体产生的谱与具有精神分裂症的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，MDS和精神分裂症诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有精神分裂症的个体RNA表达谱相比，鉴定为MDS个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在MDS患者与精神分裂症患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3A。
可以用表3A中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有精神分裂症还是具有MDS。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肝炎与肝癌比较RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分乙型肝炎和肝癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为乙型肝炎的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的肝癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有乙型肝炎的个体产生的谱与具有肝癌的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，乙型肝炎和肝癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有肝癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为乙型肝炎个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01111
Figure A200480023549D01112
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在乙型肝炎(MDS)患者与肝癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3B。
可以用表3B中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有肝炎还是具有肝癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
膀胱癌与肾癌比较RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分膀胱癌和肾癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为膀胱癌的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的肾癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并产生谱。在所有情况下，膀胱癌和肾癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有肾癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为膀胱癌个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在膀胱癌患者与肾癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3C。
可以用表3C中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有膀胱癌还是具有肾癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
膀胱癌与睾丸癌比较RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分膀胱癌和睾丸癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为膀胱癌的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的睾丸癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有膀胱癌的个体产生的谱与具有睾丸癌的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，膀胱癌和睾丸癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有睾丸癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为膀胱癌个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01131
Figure A200480023549D01132
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在膀胱癌患者与睾丸癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3D。
可以用表3D中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有膀胱癌还是具有睾丸癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱肾癌与睾丸癌比较RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分肾癌和睾丸癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为肾癌的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的睾丸癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有肾癌的个体产生的谱与具有睾丸癌的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，肾癌和睾丸癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有睾丸癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为肾癌个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在肾癌患者与睾丸癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3E。
可以用表3E中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有肾癌还是具有睾丸癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
肝癌与胃癌比较RNA表达谱
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分肝癌和胃癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为肝癌的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的胃癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有肝癌的个体产生的谱与具有胃癌的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，肝癌和胃癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有胃癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为肝癌体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01141
 
Figure A200480023549D01142
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在肝癌患者与胃癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3F。
可以用表3F中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有肝癌还是具有胃癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
肝癌与结肠癌比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分肝癌和结肠癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为肝癌的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的结肠癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有肝癌的个体产生的谱与具有结肠癌的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，肝癌和结肠癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有结肠癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为肝癌个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01144
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在肝癌患者与结肠癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3G。
可以用表3G中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有肝癌还是具有结肠癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
胃癌与结肠癌比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分胃癌和结肠癌的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为胃癌的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的结肠癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有胃癌的个体产生的谱与具有结肠癌的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，胃癌和结肠癌诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有结肠癌的个体RNA表达谱相比，鉴定为胃癌个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01151
Figure A200480023549D01152
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在胃癌患者与结肠癌患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3H。
可以用表3H中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有胃癌还是具有结肠癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎与类风湿性关节炎比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分OA和RA的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为OA的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的RA的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有OA的个体产生的谱与具有RA的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，OA和RA诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有RA的个体RNA表达谱相比，鉴定为OA个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01161
 
Figure A200480023549D01162
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在OA患者与RA患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3I。
可以用表3I中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有OA还是具有RA。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
恰加斯病与心衰比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分恰加斯病和心衰的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为恰加斯病的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的心衰的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有恰加斯病的个体产生的谱与具有心衰的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，恰加斯病和心衰诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有心衰的个体RNA表达谱相比，鉴定为具有恰加斯病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01164
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在恰加斯病患者与心衰患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3I。
可以用表3I中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有恰加斯病还是具有心衰。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
恰加斯病与冠状动脉病比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分恰加斯病和冠状动脉病的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为恰加斯病的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的冠状动脉病的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有恰加斯病的个体产生的谱与具有冠状动脉病的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，恰加斯病和冠状动脉病诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有冠状动脉病的个体RNA表达谱相比，鉴定具有恰加斯病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01171
 平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用WilcoxMann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在恰加斯病患者与冠状动脉病患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3L。
可以用表3L中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有恰加斯病还是具有冠状动脉病。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
冠状动脉病(CAD)与心衰比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分冠状动脉病(CAD)和心衰的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为冠状动脉病(CAD)的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的心衰的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有CAD的个体产生的谱与具有心衰的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，冠状动脉病和心衰诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有心衰的个体RNA表达谱相比，鉴定具有冠状动脉病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的 
Figure A200480023549D01174
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在冠状动脉病患者与心衰患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3N。
可以用表3N中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有冠状动脉病还是具有心衰。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
无症状恰加斯病与有症状恰加斯病比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分无症状恰加斯病和有症状恰加斯病的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为无症状恰加斯病的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的有症状恰加斯病的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有无症状恰加斯病的个体产生的谱与具有有症状恰加斯病的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，无症状恰加斯病和有症状恰加斯病诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有有症状恰加斯病的个体RNA表达谱相比，鉴定具有无症状恰加斯病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01181
Figure A200480023549D0118125313QIETU
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在无症状恰加斯病患者与有症状恰加斯病患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3P。
可以用表3P中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有恰加斯病还是具有有症状恰加斯病。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
阿尔茨海默病与精神分裂症比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分阿尔茨海默病病和精神分裂症的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为阿尔茨海默病的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的精神分裂症的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有阿尔茨海默病的个体产生的谱与具有精神分裂症的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，阿尔茨海默病和精神分裂症诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有精神分裂症的个体RNA表达谱相比，鉴定具有阿尔茨海默病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01191
 
Figure A200480023549D0118125313QIETU
平台(U133A和U133Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在阿尔茨海默病患者与精神分裂症比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3Q。
可以用表3Q中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有阿尔茨海默病还是具有精神分裂症。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
阿尔茨海默病与躁郁症比较
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定能区分阿尔茨海默病病和躁郁症的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
从诊断为阿尔茨海默病的患者获取全血样品，并从诊断为如此处定义的躁郁症的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱，并将具有阿尔茨海默病的个体产生的谱与具有躁郁症的个体产生的谱进行比较。在所有情况下，阿尔茨海默病和躁郁症诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与鉴定具有躁郁症的个体RNA表达谱相比，鉴定具有阿尔茨海默病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01193
 平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用WilcoxMann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在阿尔茨海默病患者与躁郁症比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表3R。
可以用表3R中给出的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以区分所述个体是具有阿尔茨海默病还是具有躁郁症。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
RNA表达谱
实施例5
除了鉴定区分两种疾病或状况的生物标志物的方法以外，本发明也包括鉴定对一组三种或更多种相关疾病或状况特异的生物标志物的方法。以下三个实施例给出鉴定以下组疾病或状况：癌症、心血管疾病和神经病的生物标志物的方法，及其鉴定的生物标志物。然而本发明不限于这三种疾病或状况。
癌症
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定癌症的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
如此处所述，“癌症”定义为任何的各种类型恶性赘生物，其中大多数侵入周围组织，可转移到几个部位，并可能在试图去除之后再次发生，如非充分治疗还可引起患者死亡；尤其是任何这样的上皮癌或肉瘤，但在一般应用中，尤其是前者。在所有情况下，癌症诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有癌症的个体RNA表达谱相比，鉴定具有癌症的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01201
 
Figure A200480023549D01202
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种实验，并用WilcoxMann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在癌症患者与没有癌症的患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表6A
可以用表6A中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的关于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述个体是否具有癌症。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
心血管疾病
本实施例证明要求保护的本发明在鉴定心血管疾病的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
如此处所述，“心血管疾病”定义为影响心脏或血管的疾病。心血管疾病包括冠状动脉病、心衰和高血压。在所有情况下，心血管疾病诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有心血管疾病的个体RNA表达谱相比，鉴定具有心血管疾病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01211
 平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在心血管疾病患者与没有心血管疾病的患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表6B。
可以用表6B中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的关于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述个体是否具有心血管疾病。
神经病
本实施例证明要求保护的本发明在鉴定神经病的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
如此处所述，“神经病”定义为神经系统的疾病，包括与中枢神经系统(脑、脑干和小脑)、周围神经系统(包括颅神经)和自主神经系统(部分位于中枢和周围神经系统中)有关的疾病。具体而言，神经病包括阿尔茨海默病、精神分裂症和躁郁综合征。在所有情况下，神经病诊断由熟练的执业医师确认。用此处所述的GeneSpringTM软件分析产生与不具有神经病的个体RNA表达谱相比，鉴定具有神经病的个体的全血样品的RNA表达谱。用此处所述的
Figure A200480023549D01213
 
Figure A200480023549D01214
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析，在神经病患者与没有神经病的患者比较之间鉴定为p值<0.05的那些基因列于表6C。
可以用表6C中给出的差异表达基因并结合本领域技术人员明白的和此处所述的关于分类预测的公知统计算法对未知患者的测试样品进行分类或类型预测，以诊断所述个体是否具有神经病。
实施例6
除了鉴定与特定组疾病或状况相关的生物标志物以外，本发明另一方面也包括鉴定与给予特定药物或外源物质、或特定组合的药物或外源物质相关的生物标志物。大体上，本发明的此方面提供一种向个体提供药物识别标志的方法。给予外源物质或药物可以经过任何途径，鉴定这些标志物的本方法可在所述给药之后的任何特定时间点应用。以下实施例举例说明本发明的这种药物识别标志方面的实施方案，但本发明不限于以下列举的这些含药物和外源物质、或者药物和外源物质组合的方法。
CelebrexR
Celebrex与其它COX抑制剂比较：
本实施例证明要求保护的本发明用于鉴定与CelebrexR相关的生物标志物的用途及其生物标志物的用途。
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从给予除CelebrexR以外的任何Cox抑制剂的个体获得的全血样品相比、从给予CelebrexR的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“Cox抑制剂”定义为共价修饰环氧合酶(Cox)的抗炎药。分析给予CelebrexR的个体的RNA表达谱，并与给予除CelebrexR外任何Cox抑制剂的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01221
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01222
 
Figure A200480023549D01223
平台(U133A和U133Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与给予除CelebrexR外任何Cox抑制剂的个体相比的、给予CelebrexR的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在给予除CelebrexR外任何Cox抑制剂的个体与给予CelebrexR的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7A。
Celebrex与无Celebrex比较：
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不给予CelebrexR的个体获得的全血样品相比、从给予CelebrexR的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。分析给予CelebrexR的个体的RNA表达谱，并与不给予CelebrexR的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01231
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的 
Figure A200480023549D01233
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox MannWhitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox MannWhitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不给予CelebrexR的个体相比的、给予CelebrexR的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不给予CelebrexR的个体与给予CelebrexR的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7B。
VioxxR
VioxxR与无VioxxR比较：
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不给予VioxxR的个体获得的全血样品相比、从给予VioxxR的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。分析给予VioxxR的个体的RNA表达谱，并与不给予VioxxR的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01234
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01235
 
Figure A200480023549D0118125313QIETU
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不给予VioxxR的个体相比的、给予VioxxR的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不给予VioxxR的个体与给予VioxxR的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7C。
VioxxR与其它COX抑制剂比较：
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从给予除VioxxR以外的任何Cox抑制剂的个体获得的全血样品相比、从给予VioxxR的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。
分析给予VioxxR的个体的RNA表达谱，并与给予除VioxxR外任何Cox抑制剂的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01241
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01242
 
Figure A200480023549D01243
平台(U133A和U133Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与给予除VioxxR外任何Cox抑制剂的个体相比的、给予VioxxR的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在给予除VioxxR外任何Cox抑制剂的个体与给予VioxxR的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7D。
非甾体抗炎药(NSAID)
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不给予非甾体抗炎药的个体获得的全血样品相比、从给予非甾体抗炎药的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。如此处定义，非甾体抗炎药定义为通过抑制前列腺素生成而发挥作用的一大类抗炎药。它们具有抗炎、镇痛和解热作用，包括：布洛芬、酮洛芬、吡罗昔康、萘普生、舒林酸、阿司匹林、碱式水杨酸胆碱、二氟尼柳、非诺洛芬、吲哚美辛、甲氯芬那酸盐(meclofenamate)、水杨酰水杨酸、托美汀和水杨酸镁。不包括具有抗炎活性的甾体化合物(如氢化可的松或泼尼松)。分析给予非甾体抗炎药的个体的RNA表达谱，并与不给予非甾体抗炎药的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01244
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01245
Figure A200480023549D01246
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不给予非甾体抗炎药的个体相比的、给予非甾体抗炎药的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不给予非甾体抗炎药的个体与给予非甾体抗炎药的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7E。
可的松
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不给予可的松的个体获得的全血样品相比、从给予可的松的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。分析给予可的松的个体的RNA表达谱，并与不给予可的松的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01251
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01252
 
Figure A200480023549D01253
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不给予可的松的个体相比的、给予可的松的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不给予可的松的个体与给予可的松的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7F。
Visco Supplement
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不给予Visco Supplement的个体获得的全血样品相比、从给予Visco Supplement的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。分析给予Visco Supplement的个体的RNA表达谱，并与不给予ViscoSupplement的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01254
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的 
Figure A200480023549D01256
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不给予Visco Supplement的个体相比的、给予ViscoSupplement的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不给予Visco Supplement的个体与给予Visco Supplement的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7G。
Lipitor
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不给予Liptor的个体获得的全血样品相比、从给予Liptor的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。分析给予Liptor的个体的RNA表达谱，并与不给予Liptor的个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01261
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01262
 
Figure A200480023549D01263
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不给予Liptor的个体相比的、给予Liptor的个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不给予Liptor的个体与给予Liptor的个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7H。
吸烟
本实施例证明：要求保护的本发明在检测与从不吸香烟和雪茄的个体获得的全血样品相比、从吸香烟和雪茄的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。分析吸烟个体的RNA表达谱并与不吸烟个体的谱进行比较。优选地，选择年龄和性别与所述比较个体匹配的健康个体。血样中总mRNA从每个个体获得并用
Figure A200480023549D01264
试剂(GIBCO)分离，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。用此处所述的
Figure A200480023549D01265
Figure A200480023549D01266
平台(U133A和U133 Plus 2.0)进行创建所述RNA表达谱的杂交(数据未给出)。如上概述进行各种试验，并用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行分析。通过使用Wilcox Mann Whitney秩和检验或此处所述的其它统计检验进行的统计分析来鉴定与不吸烟个体相比的、吸烟个体的全血样品中差异表达的基因。那些在不吸烟个体与吸烟个体之间鉴定为p值<0.05的差异表达基因列于表7I。
实施例7
通过去除与共病和其它疾病状态相关的基因，鉴定仅仅对OA特异的基因。
本实施例证明要求保护的本发明在检测与其它疾病状态相比、血液中骨关节炎特有的差异基因表达的用途。
全血样品从诊断为具有轻度OA或严重OA的患者获得，并与鉴定为此处定义的正常个体的个体进行比较。然后分析RNA表达谱以鉴定与正常相比OA中差异表达的基因。在所有情况下，OA诊断由合格的医生确认。
用试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的ChondroChipTM杂交。通过用Weltch ANOVA检验的统计分析(Michelson and Schofield，1996)鉴定与正常相比、轻度或严重OA患者全血样品中差异表达的基因。(系统树状图分析未给出。)
为鉴定不作为可能的共病结果而差异表达的、而是OA特有的血液中差异表达的基因，所述共病包括高血压、肥胖、哮喘、使用系统性类固醇或变态反应，去除鉴定为在两种OA中差异表达的基因以及鉴定为由于共病而差异表达的任何基因，如表1A(OA和高血压共病与正常比较)、表1B(OA和肥胖共病与正常比较)、表3C(OA和变态反应共病与正常比较)、表3D(OA和使用系统性类固醇共病与正常比较)，以及在鉴定具有哮喘和OA的人中共有的基因(表3AA)。相类似的，还去除肥胖(表3R)、高血压(表3P)、变态反应(表3T)、系统性类固醇(表3V)所特有的任何基因。作为这些比较的结果，鉴定OA个体特有的一系列基因。这些差异表达基因的身份列于表3AB。
本领域技术人员清楚，与简单去除与其它疾病状态相关的那些基因相比，可以使用更精确的分析并去除显示相同基因表达趋势的那些基因，例如去除在共病状态和单疾病状态都显示上调的那些基因，但保留显示不同基因表达趋势的那些基因，例如保留在共病状态显示上调而在单疾病状态显示下调的那些基因。
可以用表3AB列出的差异表达基因而不管个体是否表现共病并使用本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有OA还是不具有OA。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
脑癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有脑癌的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断为脑癌的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“脑癌”涉及颅内和颅外的所有形式的原发性脑肿瘤，包括以下的一种或多种：胶质母细胞瘤、室鼓膜瘤、胶质瘤、星形细胞瘤、神经管母细胞瘤、神经胶质瘤、少突胶质细胞瘤、脑膜瘤、视网膜母细胞瘤和颅咽管瘤。
从诊断具有此处所定义的脑癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与所述诊断具有疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，脑癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01281
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、脑癌患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer ofBiostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有脑癌OA还是不具有脑癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
前列腺癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有前列腺癌的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有前列腺癌的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“前列腺癌”涉及前列腺内起源的恶性癌症。鉴定具有前列腺癌的患者可以具有临床(经肛门指检或PSA测试)和/或病理确定的、任何分期的前列腺癌。可以根据美国癌症联合委员会的TNM或分期体系(the Staging System of theAmerican Joint Committee on Cancer，AJCC)确定前列腺癌分期。除了TNM体系以外，也可用其它体系，如Whitmore-Jewett体系对前列腺癌进行分期。
从诊断具有此处所定义的前列腺癌的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较，以鉴定在两组之间有差异的基因。同样，可以分析RNA表达谱，以区分前列腺艾的严重性。优选的，选择与诊断具有所述疾病或所述疾病特定分期的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，前列腺癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01291
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、前列腺癌患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical PublishingDivision，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有前列腺癌、具有前列腺癌特定分期、还是不具有前列腺癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
卵巢癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有卵巢癌的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有卵巢癌的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“卵巢癌”涉及卵巢内起源的恶性癌性生长。鉴定具有卵巢癌的患者可以具有任何分期的卵巢癌。通过组合影像检查信息以及剖腹术期间手术检查的结果进行分期。I到IV期用于描述癌症程度和是否已经扩展(转移)到更远距离的器官。
从诊断具有此处所定义的卵巢癌或卵巢癌特定分期的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病或所述疾病特定分期的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，卵巢癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01301
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、卵巢癌和/或卵巢癌特定分期患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有卵巢癌、具有卵巢癌特定分期、还是不具有卵巢癌。也可使用商业程序如SiliconGenetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
胃癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有胃癌的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有胃癌的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“胃癌”涉及胃内起源的恶性癌性生长，包括胃腺癌、原发性胃淋巴瘤和胃非淋巴样肉瘤。鉴定具有胃癌的患者也可以根据美国癌症联合委员会(AJCC)的体系确定的所述癌症分期进行分类。
从诊断具有此处所定义的胃癌或胃癌特定分期的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病或所述疾病特定分期的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，胃癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01302
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、胃癌和/或胃癌特定分期患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有胃癌、具有胃癌特定分期、还是不具有胃癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
乳癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有乳癌的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有乳癌的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“乳癌”涉及乳房内起源的癌性生长，包括侵入性和非侵入性乳癌如原位导管癌(DCIS)、原位小叶癌(LCIS)、浸润性导管癌和浸润性小叶癌。鉴定具有乳癌的患者也可以根据美国癌症联合委员会(AJCC)或TNM分类体系确定的所述癌症分期进行分类。
从诊断具有此处所定义的乳癌或乳癌特定分期的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病或所述疾病特定分期的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，乳癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01311
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、乳癌和/或乳癌特定分期患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有乳癌、具有乳癌特定分期、还是不具有乳癌。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
鼻咽癌
与正常个体的RNA表达谱相比，具有鼻咽癌的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有鼻咽癌的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“鼻咽癌”涉及从覆盖鼻咽表面并形成鼻炎内层的上皮细胞来源的癌性生长。鉴定具有鼻咽癌的患者也可以根据美国癌症联合委员会(AJCC)或TNM分类体系确定的所述癌症分期进行分类。
从诊断具有此处所定义的鼻咽癌或鼻咽癌特定分期的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病或所述疾病特定分期的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，鼻咽癌诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01321
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、鼻咽癌和/或鼻咽癌特定分期患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有鼻咽癌、具有鼻咽癌特定分期、还是不具有鼻咽癌。也可使用商业程序如SiliconGenetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
Guillain Barre综合征
与正常个体的RNA表达谱相比，具有Guillain Barre综合征的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有Guillain Barre综合征的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“Guillain Barre综合征”涉及急性、通常快速进行形式的炎性多神经病，其特征是肌肉无力和轻度远端感觉丧失。
从诊断具有此处所定义的Guillain Barre综合征的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，Guillain Barre综合征诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01331
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、Guillain Barre综合征患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有Guillain Barre综合征还是不具有Guillain Barre综合征。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
纤维肌痛症
与正常个体的RNA表达谱相比，具有纤维肌痛症的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有纤维肌痛症的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“纤维肌痛症”涉及广泛的慢性肌肉骨骼疼痛和疲劳。该疼痛来自结缔组织，如肌肉、肌腱和韧带，并且不涉及关节。从诊断具有此处所定义的纤维肌痛症的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，纤维肌痛症诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01341
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、纤维肌痛症患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical PublishingDivision，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有纤维肌痛症还是不具有纤维肌痛症。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
多发性硬化
与正常个体的RNA表达谱相比，具有多发性硬化的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有多发性硬化的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“多发性硬化”涉及与某些神经纤维周围髓鞘的丧失相关的慢性进行性神经病变。从诊断具有此处所定义的多发性硬化的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，多发性硬化诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01342
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、多发性硬化患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical PublishingDivision，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有多发性硬化还是不具有多发性硬化。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肌营养不良
与正常个体的RNA表达谱相比，具有肌营养不良的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有肌营养不良的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“肌营养不良”涉及肌肉系统的遗传性疾病，其特征在于骨骼肌的无力和萎缩。肌营养不良包括Duchennes’s肌营养不良、脂带肌营养不良、肌强直性萎缩、肌强直性肌营养不良、假肥大性肌营养不良和Steinhardt’s病。
从诊断具有此处所定义的肌营养不良的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，肌营养不良诊断由熟练的执业医师确认。
用试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、肌营养不良患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical PublishingDivision，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有肌营养不良还是不具有肌营养不良。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
化脓性关节变形
与正常个体的RNA表达谱相比，具有化脓性关节变形的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有化脓性关节变形的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“化脓性关节变形”涉及由细菌感染引起的关节炎症。
从诊断具有此处所定义的化脓性关节变形的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，化脓性关节变形诊断由熟练的执业医师确认。
用
Figure A200480023549D01361
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133AChip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、化脓性关节变形患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical PublishingDivision，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有化脓性关节变形还是不具有化脓性关节变形。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
肝炎
与正常个体的RNA表达谱相比，具有肝炎的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有肝炎的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。如此处所用，“肝炎”涉及由病毒或毒素引起的肝脏炎症，可以包括甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、丁型肝炎、戊型肝炎和己型肝炎。从诊断具有此处所定义的肝炎的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，肝炎诊断由熟练的执业医师确认。用试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的AffymetrixU133A Chip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、肝炎患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical PublishingDivision，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有肝炎还是不具有肝炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
恶性高热易感性
与正常个体的RNA表达谱相比，具有恶性高热易感性的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康患者获得的全血样品相比、从诊断具有恶性高热易感性的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。如此处所用，“恶性高热易感性”涉及骨骼肌钙调节的遗传药理性疾病，经常在常规麻醉之中或之后出现。
从诊断具有此处所定义的恶性高热易感性的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，恶性高热易感性诊断由熟练的执业医师确认。用
Figure A200480023549D01371
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的AffymetrixU133A Chip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康患者相比、恶性高热易感性患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill MedicalPublishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有恶性高热易感性还是不具有恶性高热易感性。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎马
与正常或非骨关节炎马的RNA表达谱相比，具有骨关节炎的马的全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康马获得的全血样品相比、从诊断具有马骨关节炎的马获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，马的“骨关节炎”涉及通过致跛而影响马的退行性关节病。尽管可以出现在任何关节，最常见区域是上膝关节、前球节、跗关节或前足的蹄关节。该状况可以由创伤、矿物质或膳食缺陷、老年、体型不良、过度劳累或感染引起。关节中可被破坏的不同结构是关节内软骨、关节内骨、关节囊、滑膜、关节周围韧带以及“滑膜关节”内的润滑液。在严重情况下，所有这些结构都受影响。例如在骨软骨病中，仅软骨可受影响。
无论何种原因，该疾病开始于润滑健康关节的滑液开始变稀。润滑性降低引起软骨垫破坏，并最终致使骨开始疼痛地互相磨。用于确认关节炎的诊断性检查包括X-射线、关节液分析和超声。
从诊断具有此处所定义的关节炎的马获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的马的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的马年龄和性别匹配的健康马。在所有情况下，骨关节炎诊断由熟练的执业兽医师确认。
用
Figure A200480023549D01381
试剂(GIBCO)分离从每匹马获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133A Chip和/或ChondroChipTM杂交。也可使用代表马基因组的马特异性微阵列。通过用WilcoxMann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康马相比、关节炎马全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-HillMedical Publishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对马的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述马是具有关节炎还是不具有关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
骨关节炎狗
与正常或非骨关节炎狗的RNA表达谱相比，具有骨关节炎的狗的全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从健康狗获得的全血样品相比、从诊断具有骨关节炎的狗获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，狗的“骨关节炎”是一种类型的退行性关节病，涉及软骨和骨的退化和变化。作为对关节内和关节周围炎症的反应，身体以关节结构周围的骨重建作为应答。这种过程可以是缓慢的和渐变性的并具有最少的外部症状，或是更快速进行性的并具有明显疼痛和不适。骨关节炎性变化还可以作为对关节感染和损伤的应答而出现。
从诊断具有此处所定义的骨关节炎的狗获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的狗的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的狗年龄和性别匹配的健康狗。在所有情况下，骨关节炎诊断由熟练的执业兽医师确认。
用
Figure A200480023549D01391
试剂(GIBCO)分离从每只狗获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133A Chip和/或ChondroChipTM杂交。也可使用代表犬基因组的犬特异性微阵列。通过用WilcoxMann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与健康狗相比、骨关节炎狗全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对狗的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述狗是具有骨关节炎还是不具有骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
躁郁综合征(MDS)与精神分裂症比较RNA表达谱
与具有精神分裂症的个体的RNA表达谱相比，具有躁郁综合征(MDS)的个体全血样品的RNA表达谱分析。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从精神分裂症患者获得的全血样品相比、从诊断具有MDS的患者获得的全血样品中差异基因表达的用途。
如此处所用，“躁郁综合征(MDS)”涉及特征为交替性狂躁和抑郁的情绪疾病。如此处所用，“精神分裂症”被定义为特征为曲解现实、思维和语言混乱并脱离社会接触的精神障碍。诊断具有“精神分裂症”的患者可包括具有以下诊断的任意一种的患者：急性精神分裂发作、边缘型精神分裂症、紧张症、紧张性精神分裂症、紧张型精神分裂症、无组织的精神分裂症、无组织型精神分裂症、青春期痴呆、青春型精神分裂症、潜伏性精神分裂症、妄想型精神分裂症、妄想类精神分裂症、妄想痴呆、妄想痴呆性精神分裂症、精神病、反应性精神分裂症等。
从诊断具有此处所定义的MDS或精神分裂症的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与不受任何疾病影响的患者的谱进行比较。优选的，选择与诊断具有所述疾病的患者年龄和性别匹配的健康患者。在所有情况下，MDS或精神分裂症诊断由熟练的执业医师确认。用
Figure A200480023549D01401
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。
变性每种探针并与此处所述的Affymetrix U133A Chip和/或ChondroChipTM杂交。通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与精神分裂症患者相比、MDS患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer of Biostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)。294个基因鉴定为在精神分裂症患者、MDS患者和对照个体之间以p值<0.05差异表达。差异表达基因的身份列于表3AC。
可以用上述鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有MDS、具有精神分裂症、还是正常。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
预测骨关节炎进展
分析个体全血样品的RNA表达谱以预测骨关节炎进展。
本实施例证明要求保护的本发明用于预测骨关节炎进展的用途。
如此处所用，“骨关节炎”是一种类型的退行性关节病，涉及软骨和骨的退化和变化。作为对关节内和关节周围炎症的反应，身体以关节结构周围的骨重建作为应答。这种过程可以是缓慢的和渐变性的并具有最少的外部症状，或是更快速进行性的并具有明显疼痛和不适。骨关节炎性变化还可以作为对关节感染和损伤的应答而出现。
从不具有任何骨关节炎症状的待检个体获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与具有轻度骨关节炎的个体的谱进行比较。
可以用此处鉴定的差异表达基因作为预测基因并结合本领域技术人员明白和此处所述的公知统计算法对所述个体的测试样品进行分类或类型预测，以确定所述个体是具有轻度骨关节炎还是不具有骨关节炎。也可使用商业程序如Silicon Genetics提供的那些(如GeneSpringTM)进行分类预测。
与诊断不具有轻度骨关节炎的个体相比，作为此处分类结果被鉴定为轻度骨关节炎的个体具有显著更高机会发生中度、明显和/或严重骨关节炎。
治疗
与不具有某种状况的个体的RNA表达谱相比，具有所述状况的个体全血样品的RNA表达谱的微阵列数据分析，其中所述个体针对所述状况接受治疗处理。
本实施例证明：要求保护的本发明用于检测与从未接受治疗处理的个体的RNA表达谱相比、从接受某种状况的治疗处理的个体获得的全血样品中差异基因表达的用途。
从接受治疗处理的患者获取全血样品。然后分析RNA表达谱并与未接受处理的患者的谱进行比较。
用
Figure A200480023549D01411
试剂(GIBCO)分离从每个患者获得血样中的总mRNA，并如上述制备每种血样的荧光标记探针。变性每种探针并与此处所述的微阵列如15KChondrogene Microarray Chip(ChondroChipTM)、Affymetrix Genechip或Blood chip杂交。
通过用Wilcox Mann Whitney秩和检验的统计分析鉴定与未接受处理的患者相比、接受治疗处理的患者全血样品中差异表达的基因(Glantz SA.Primer ofBiostatistics，5th ed.，New York，USA：McGraw-Hill Medical Publishing Division，2002)。然后具有p值<0.05的差异表达的被鉴定为差异表达基因。
本领域技术人员容易知道，可以对本发明进行相当修改以实现其目标并获得所述的结果和优点，以及此处固有的那些目标、结果和优点。
此处描述的这些实施例，以及方法、程序、处理、分子和特定化合物在此是优选实施方案的代表，它们是举例说明性的，不具有限制本发明范围的含义。
本领域技术人员可以对本发明进行其它改变并实现其它用途，这些都包括在权利要求范围定义的本发明实质内。
此处引用的所有专利、专利申请和公开文献全部经引用并入此处。尽管参考其优选实施方案已显示并描述本发明，本领域技术人员将知道，可以进行形式和细节的各种改变，它们都不偏离所附权利要求限定的本发明范围。

Claims (22)

1.鉴定感兴趣疾病的一种或多种生物标志物的方法，其中所述一种或多种生物标志物的每种对应RNA转录本，包括以下步骤：
a)确定从具有所述感兴趣疾病的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一种或多种RNA转录本的每种是所述感兴趣疾病的候选生物标志物；和
b)比较所述步骤a)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从不具有所述感兴趣疾病的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平，
其中在步骤b)的比较中显示不同水平的RNA转录本被鉴定为所述感兴趣疾病的生物标志物，
和/或
c)确定从具有所述感兴趣疾病的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一种或多种转录本的每种是所述感兴趣疾病的候选生物标志物；和
d)比较所述步骤c)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从具有所述感兴趣疾病的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种转录本的每种的水平，
其中在步骤d)的比较中显示相同水平的RNA转录本被鉴定为所述感兴趣疾病的生物标志物。
2.权利要求1的方法，其中所述疾病选自：肝癌、膀胱癌、脑癌、前列腺癌、卵巢癌、肾癌、胃癌、肺癌、乳癌、鼻咽癌、胰腺癌、骨关节炎、抑郁、高血压、心衰、肥胖、类风湿性关节炎、高脂血症、肺病、恰加斯病、变态反应、精神分裂症、哮喘、躁郁综合征、强直性脊柱炎、Guillain barre综合征、纤维肌痛症、多发性硬化、肌营养不良、化脓性关节变形、肝炎、局限性回肠炎或结肠炎、或恶性高热易感性、牛皮癣、甲状腺病、肠易激综合征、骨质疏松、偏头痛、湿疹或心杂音。
3.鉴定感兴趣疾病的进展或消退分期的一种或多种生物标志物的方法，其中所述一种或多种生物标志物的每种对应RNA转录本，包括以下步骤：
a)确定从具有所述感兴趣疾病某一阶段的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一个或多个个体处于所述感兴趣疾病的相同进展或消退分期，并且其中所述一种或多种转录本的每种是用于确定所述感兴趣疾病进展或消退分期的候选生物标志物；和
b)比较所述步骤a)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从处于所述感兴趣疾病的与步骤a)所述一个或多个个体不同的进展或消退分期的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种转录本的每种的水平，
其中在步骤b)的比较中显示不同水平的那些比较转录本被鉴定为所述感兴趣疾病进展或消退分期的生物标志物，
和/或
c)确定从具有所述感兴趣疾病某一阶段的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一个或多个个体处于所述感兴趣疾病的相同进展或消退分期，并且其中所述一种或多种转录本的每种是用于确定所述感兴趣疾病进展或消退分期的候选生物标志物；和
d)比较所述步骤c)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从处于所述感兴趣疾病的与步骤c)所述一个或多个个体相同的进展或消退分期的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平，
其中在步骤d)的比较中显示相同水平的那些比较转录本被鉴定为所述感兴趣疾病进展或消退分期的生物标志物。
4.权利要求3的方法，其中所述感兴趣疾病选自：肝癌、膀胱癌、脑癌、前列腺癌、卵巢癌、肾癌、胃癌、肺癌、乳癌、鼻咽癌、胰腺癌、骨关节炎、抑郁、高血压、心衰、肥胖、类风湿性关节炎、高脂血症、肺病、恰加斯病、变态反应、精神分裂症和哮喘、躁郁综合征、强直性脊柱炎、Guillain barre综合征、纤维肌痛症、多发性硬化、肌营养不良、化脓性关节变形、肝炎、局限性回肠炎或结肠炎、恶性高热易感性、牛皮癣、甲状腺病、肠易激综合征、骨质疏松、偏头痛、湿疹或心杂音、阿尔茨海默病、CAD、糖尿病或结直肠癌。
5.鉴定感兴趣状况的一种或多种生物标志物的方法，其中所述一种或多种生物标志物的每种对应RNA转录本，包括以下步骤：
a)确定从具有所述感兴趣状况的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一种或多种转录本的每种是所述感兴趣状况的候选生物标志物；和
b)比较所述步骤a)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从不具有所述感兴趣状况的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平，
其中在步骤b)的比较中显示不同水平的那些比较转录本被鉴定为所述感兴趣状况的生物标志物，
和/或
c)确定从具有所述感兴趣状况的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一种或多种RNA转录本的每种是所述感兴趣状况的候选生物标志物；和
d)比较所述步骤c)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从具有所述感兴趣状况的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平，
其中在步骤d)的比较中显示相同水平的那些比较转录本被鉴定为所述感兴趣状况的生物标志物。
6.权利要求5的方法，其中所述感兴趣状况是由于给予药物而导致的状况，其中所述药物选自：Celebrex、Vioxx、NSAIDS、可的松、透明质酸、系统性类固醇、激素替代治疗、pregnazone和节育药。
7.权利要求5的方法，其中所述感兴趣的状况是由于暴露于环境条件而致的状况，其中所述环境条件是吸烟。
8.鉴定区分一对疾病和/或状况的一种或多种生物标志物的方法，其中所述对由感兴趣的第一种和第二种疾病或状况组成，并且其中所述一种或多种生物标志物的每种对应RNA转录本，包括以下步骤：
a)确定从具有所述第一种感兴趣疾病或状况而不具有所述第二种感兴趣疾病或状况的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一种或多种转录本的每种是区分所述第一种感兴趣疾病或状况与所述第二种感兴趣疾病或状况的候选生物标志物；和
b)比较所述步骤a)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从具有所述第二种疾病或状况而不具有所述第一种感兴趣疾病或状况的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种基因转录本的每种的水平，
其中在步骤b)的比较中显示不同水平的那些比较转录本被鉴定为区分所述第一种感兴趣疾病或状况与所述第二种感兴趣疾病或状况的生物标志物。
9.权利要求8的方法，其中所述成对的疾病和/或状况的所述第一和第二种感兴趣疾病或状况选自：类风湿性关节炎、骨关节炎、精神分裂症、躁郁综合征、肝癌、肝炎、膀胱癌、肾癌、膀胱癌、睾丸癌、胰腺癌、肾癌、肝癌、胃癌、结肠癌、恰加斯病、心衰、冠状动脉病、无症状的恰加斯病、有症状的恰加斯病、阿尔茨海默病、变态反应、系统性类固醇、变态反应、II型糖尿病、肥胖、高血压、高脂血症、肺病、膀胱癌、哮喘、牛皮癣、甲状腺病、肠易激综合征、骨质疏松、偏头痛、湿疹、NASH、Crohn结肠炎、慢性胆囊炎、宫颈癌、心血管疾病和神经病。
10.权利要求1-2中任意一项的方法，其中所述感兴趣的疾病是高血压，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1A、1E、1P和1Q中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是肥胖，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1B、1F、1R和1S中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是变态反应，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1C、1T和1U中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是II型糖尿病，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1G中所列基因的一种或多种基因转录的，并且其中所述标志物不鉴定胰岛素基因；或其中所述感兴趣疾病是高脂血症，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1H中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是肺病，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1I中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是膀胱癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1J和1K中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是冠状动脉病，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1L中所列基因的一种或多种基因转录的，并且其中所述标志物不鉴定选自ANF、ZFP和
Figure A200480023549C0006200121QIETU
MyHC的基因；或其中所述感兴趣疾病是类风湿性关节炎，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1M中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是骨关节炎，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AB中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是抑郁，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1N中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是肝癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1X中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是恰加斯病，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1Z中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是哮喘，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AA中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是强直性脊柱炎，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AM中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是躁郁症，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AN中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是阿尔茨海默病，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AO中所列基因的一种或多种基因转录的，并且其中所述标志物不鉴定APP基因；或其中所述感兴趣疾病是宫颈癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AQ中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是胃癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AR中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是肾癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AS中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是睾丸癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AT中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是结肠癌，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AU中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是心衰，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AV中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是肝炎，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AW中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是局限性回肠炎或结肠炎，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AX中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是骨质疏松，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1AY中所列基因的一种或多种基因转录的；或其中所述感兴趣疾病是使用系统性类固醇，并且其中所述一种或多种RNA转录本是从选自表1D、1V、1W和1AD中所列基因的一种或多种基因转录的。
11.权利要求5、6或7中任意一项的方法，其中所述感兴趣疾病是给予系统性类固醇，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表1D、1V、1W和AD中所列基因的一种或多种基因转录的；其中所述感兴趣疾病是给予Celebrex，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表7B中所列基因的一种或多种基因转录的；其中所述感兴趣疾病是给予Vioxx，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表7C中所列基因的一种或多种基因转录的；其中所述感兴趣疾病是给予NSAIDs，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表7E中所列基因的一种或多种基因转录的；其中所述感兴趣疾病是给予可的松，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表7F中所列基因的一种或多种基因转录的；其中所述感兴趣疾病是给予Lipitor，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表7H中所列基因的一种或多种基因转录的；其中所述感兴趣疾病是一种吸烟，并且所述一种或多种RNA转录本是从选自表7I中所列基因的一种或多种基因转录的。
12.鉴定对一组相关的感兴趣疾病和/或状况特异的一种或多种生物标志物的方法，其中所述一组相关的感兴趣疾病和/或状况包含显示相似表型和/或起源于和/或影响相同生理系统、或具有相同或相似病因、或具有相同医学分类的那些疾病和/或状况，并且其中一种或多种生物标志物的每种对应基因转录本，包括以下步骤：
a)确定从具有所述一组相关的感兴趣疾病和/或状况之中一种感兴趣疾病和/或状况的一个或多个个体获得的血液中表达的一种或多种RNA转录本的水平，其中所述一种或多种转录本的每种是从作为所述一组相关的感兴趣疾病和/或状况的候选生物标志物的基因转录的，
b)比较所述步骤a)中所述一种或多种RNA转录本的每种的水平与从不具有所述一组相关的感兴趣疾病和/或状况之中一种感兴趣疾病和/或状况的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种基因转录本的每种的水平，
其中在步骤b)的比较中显示不同水平的那些比较转录本被鉴定为用于鉴定对所述一组相关的感兴趣疾病和/或状况的一种或多种生物标志物的生物标志物。
13.权利要求12的方法，其中所述一组相关的感兴趣疾病和/或状况选自以下的相关的疾病和/或状况：癌症、心血管疾病和神经病。
14.权利要求13的方法，其中癌症由宫颈癌、胃癌、肾癌、睾丸癌、膀胱癌、肝癌、肺癌和结肠癌组成。
15.权利要求13的方法，其中心血管疾病和/或状况由冠状动脉病、心衰和高血压组成。
16.权利要求13的方法，其中所述神经病和/或状况由阿尔茨海默病、躁郁症和精神分裂症组成。
17.诊断或预测怀疑具有所述感兴趣状况的个体中感兴趣状况和/或其进展或消退分期的方法，包括以下步骤：
a)确定从所述个体获得的血液中表达的、对应权利要求1-16和22中任意一项中鉴定的生物标志物的一种或多种基因转录本的水平，和
b)比较根据步骤a)所述血液中所述一种或多种基因转录本的每种的水平与从具有所述感兴趣状况的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种基因转录本的每种的水平，
c)比较根据步骤a)所述血液中所述一种或多种基因转录本的每种的水平与从不具有所述状况的一个或多个个体获得的血液中所述一种或多种基因转录本的每种的水平，
d)与步骤c)中所述转录本的水平相比，确定步骤a)的所述一种或多种基因转录本的水平是否与步骤b)中所述转录本的水平归于一类，其中所述确定指示步骤a)的所述个体是否具有所述感兴趣疾病。
18.包含权利要求1-16和22的任意一项中鉴定的一种或多种生物标志物的试剂盒。
19.诊断或预测感兴趣状况的试剂盒，包含：a)两种基因特异性引发物质，设计产生与权利要求1-16和22的任意一项中鉴定的一种或多种生物标志物对应的转录本互补的双链DNA，其中所述第一种引发物质含有能与所述RNA转录本杂交以产生延伸产物的序列，所述第二种引发物质能与所述延伸产物杂交；b)具有逆转录酶活性的酶；c)具有热稳定DNA聚合酶活性的酶和d)标记物质；其中所述引发物质用于检测待检对象中所述RNA转录本的定量表达水平。
20.监测感兴趣状况的治疗处理过程的试剂盒，包含：a)两种基因特异性引发物质，设计产生与权利要求1-16和22的任意一项中鉴定的一种或多种生物标志物对应的转录本互补的双链DNA，其中所述第一种引发物质含有能与所述RNA转录本杂交以产生延伸产物的序列，所述第二种引发物质能与所述延伸产物杂交；b)具有逆转录酶活性的酶；c)具有热稳定DNA聚合酶活性的酶和d)标记物质；其中所述引发物质用于检测待检对象中所述RNA转录本的定量表达水平。
21.监测冠状动脉病进展或消退的试剂盒，包含：a)两种基因特异性引发物质，设计产生与权利要求1-16和22的任意一项中鉴定的一种或多种生物标志物对应的转录本互补的双链DNA，其中所述第一种引发物质含有能与所述RNA转录本杂交以产生延伸产物的序列，所述第二种引发物质能与所述延伸产物杂交；b)具有逆转录酶活性的酶；c)具有热稳定DNA聚合酶活性的酶和d)标记物质；其中所述引发物质用于检测待检对象中所述RNA转录本的定量表达水平。
22.权利要求9的方法，其中所述成对的疾病和/或状况的所述第一和第二种感兴趣疾病或状况选自：分别的类风湿性关节炎和骨关节炎、分别的精神分裂症和躁郁综合征、分别的肝癌和肝炎、分别的膀胱癌和肾癌、分别的膀胱癌和睾丸癌、分别的睾丸癌和肾癌、分别的肝癌和胃癌、分别的肝癌和结肠癌、分别的胃癌和结肠癌、分别的恰加斯病和心衰、分别的恰加斯病和冠状动脉病、分别的冠状动脉病和心衰、分别的无症状的恰加斯病和有症状的恰加斯病、分别的阿尔茨海默病和精神分裂症，以及分别的阿尔茨海默病和躁郁症。
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Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Open date: 20090422