BR122021016789B1 - Vacinas contra hiv-1 compreendendo um ou mais antígenos epissenso de população, usos das mesmas para proteger um indivíduo de uma infecção por hiv-1, tratar hiv-1 e induzir uma resposta de células t de memória efetoras, bem como polipeptídeo e método para projetar e produzir as ditas vacinas - Google Patents

Abstract

A presente invenção refere-se a vacinas contra HIV-1 que compreendem um veículo e um antígeno epissenso na população determinado usando a abordagem EpiGraph. Também são fornecidas vacinas contra HIV-1 que compreendem um veículo, um antígeno epissenso de população e um antígeno personalizado. Também são fornecidos métodos para projetar e produzir uma vacina contra HIV-1 para um indivíduo que compreende projetar antígenos de vacina para cobrir idealmente a diversidade dentro de uma área geográfica usando uma sequência de aminoácidos gerada usando a abordagem EpiGraph e produzir o dito antígeno de vacina projetado. Também são fornecidos métodos para induzir uma resposta de células T de memória efetoras que compreende projetar a uma ou mais sequências de aminoácidos EpiGraph, produzir uma vacina que compreende a uma ou mais sequências de aminoácidos EpiGraph e um vetor, e administrar a vacina a um indivíduo. São adicionalmente fornecidos métodos para tratamento de HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz das vacinas contra HIV-1 descritas ao indivíduo em necessidade das mesmas.

Description

[001] Dividido do BR1120170068656, depositado em 05/10/2015.

REFERÊNCIAS REMISSIVAS AOS PEDIDOS DE DEPÓSITO CORRELATOS

[002] Este pedido reivindica o benefício de prioridade ao Pedido de patente provisório US n° de série 62/059.497, depositado em 3 outubro de 2014, e Pedido de patente provisório US n° de série 62/059.506, depositado em 3 de outubro de 2014, o qual está incorporado no presente documento, a título de referência em sua totalidade.

REFERÊNCIA À LISTAGEM DE SEQUÊNCIA ENVIADA ELETRONICAMENTE

[003] O conteúdo da listagem de sequência enviada eletronicamente em arquivo de texto ASCII (Nome: 3525.010PC02 Seq listing_ST25.txt; Tamanho: 3.634.253 bytes; e Data de Criação: 5 de outubro de 2015) depositado com o pedido está incorporado no presente documento a título de referência em sua totalidade.

CAMPO DA INVENÇÃO

[004] O presente assunto refere-se, em geral, a HIV e, em particular, a vacinas contra HIV.

ANTECEDENTES DA INVENÇÃO

[005] Em 2013, havia aproximadamente 2,3 milhões de novas infecções pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV), mais de 35 milhões de pessoas vivendo com HIV e 1,6 milhão de mortes por síndrome de imunodeficiência adquirida (AIDS). Embora grandes progressos tenham sido feitos no tratamento do HIV/AIDS, todos os indivíduos que vivem com o HIV terão de ser tratados com terapia anti-retroviral (TARV) durante o resto da vida, uma vez que a terapia com fármacos não é capaz de eliminar os reservatórios virais latentes existentes em células T CD4 + em repouso a uma frequência de cerca de 1/106 células. Consulte, Eriksson, S. 2013. PLoS Pathog 9:e1003174.

[006] As principais estratégias para purgar reservatórios de HIV latentes são geralmente destinadas a reativar o vírus latente utilizando inibidores de histona- desacetilase (HDAC), entretanto, estudos clínicos com inibidores de HDAC não têm diminuído consistentemente reservatórios latentes. Uma provável razão para isto reside na incapacidade de células T CD8+ específicas do HIV para eliminar as células T CD4+ em repouso.

[007] Apenas alguns casos foram documentados em que o HIV-1 foi eliminado de um indivíduo com uma infecção pré-existente. Até que uma terapia eficaz seja desenvolvida, os 35 milhões de indivíduos estimados vivendo com HIV-1 permanecerão sob fármacos antivirais para suprimir um reservatório viral que resistiu a todos os esforços de erradicação.

[008] Uma cura para a AIDS tem sido difícil, mas trabalhos recentes sugerem que o controle imunológico rigoroso pode eliminar o HIV ao longo do tempo. Especificamente, verificou-se que os macacos rhesus (RM) vacinados com vetores baseados em citomegalovírus (CMV) que expressam antígenos do vírus da imunodeficiência símia (SIV) foram inicialmente infectados, mas o SIV foi indetectável por vários critérios rigorosos um a dois anos após a infecção. Este resultado é ainda mais considerável devido ao fato de que a cepa SIVmac239 altamente virulenta usada nestes estudos impediu das as tentativas de vacina anteriores. Esses resultados expandiram o paradigma atual de um concentrado em uma vacina preventiva contra HIV para um em que uma imunoterapia para HIV/AIDS eventualmente se tornará uma parte essencial da luta contra esta pandemia. Dessa forma, além de uma vacina preventiva, ainda há a necessidade de uma terapia eficaz para tratar indivíduos portadores de HIV-1. Especificamente, ainda há a necessidade de projetar, fabricar e testar vacinas contra HIV profiláticas e terapêuticas na preparação para ensaios clínicos.

SUMÁRIO DA INVENÇÃO

[009] São fornecidos no presente documento polipeptídeos de HIV/SIV que compreendem uma ou mais sequências de antígenos no Gráfico de epítopos (EpiGraph) que compreendem sequências de aminoácidos correspondentes a HIV/SIV Gag, Nef, Pol, Env, incluindo sequências de comprimento total, porções das mesmas, ou qualquer combinação das mesmas. São fornecidos no presente documento polipeptídeos de HIV/SIV que compreendem uma ou mais sequências de antígenos epissenso na população que compreendem sequências de aminoácidos correspondentes a HIV/SIV Gag, Nef, Pol, Env ou uma combinação das mesmas. Também são fornecidos no presente documento um ou mais veículos que compreendem polipeptídeos de HIV/SIV que compreendem uma ou mais sequências de antígenos epissenso na população. São adicionalmente fornecidos no presente documento polipeptídeos de HIV/SIV que compreendem uma ou mais sequências de antígenos personalizadas que compreendem sequências de aminoácidos correspondentes a HIV/SIV Gag, Nef, Pol, Env ou uma combinação das mesmas. Os polipeptídeos de HIV/SIV da presente revelação podem compreender um ou mais antígenos personalizados a HIV-1, em que o polipeptídeo compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em: SEQ ID NOs: 692 a 696 e SEQ ID NOs: 754 a 789. Também são fornecidos no presente documento um ou mais veículos que compreendem polipeptídeos de HIV/SIV que compreendem uma ou mais sequências de antígenos personalizadas. As sequências de antígenos EpiGraph tendo SEQ ID NOs: 691 a 789 são fornecidas no presente documento.

[010] São fornecidos no presente documento vacinas contra HIV-1 que compreendem um ou mais veículos e um ou mais antígenos epissenso na população. Também são fornecidas no presente documento vacinas contra HIV-1 que compreendem um vetor capaz de expressar um antígeno epissenso na população e um ou mais antígenos personalizados.

[011] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 compreende epítopos de Gag, Pol, Nef, Env, Tat, Rev, Vpr, Vif ou Vpu. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 é um antígeno de fusão que compreende dois ou mais antígenos epissenso na população de HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 é essencial para o clado B do HIV-1 epidêmico nos Estados Unidos. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 é essencial para o clado 2 do HIV-1 regional epidêmico na Tailândia. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 é essencial para o conjunto global do grupo M do HIV-1.

[012] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 compreende epítopos de Gag. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Gag, Pol ou Nef. Em algumas modalidades, os epítopos da região conservada são epítopos da proteína capsidial p24 de Gag.

[013] Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 compreende epítopos de Gag, Pol, Nef, Env, Tat, Rev, Vpr, Vif ou Vpu. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 é essencial para o conjunto global do grupo M do HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 é essencial para o clado B do HIV- 1 epidêmico nos Estados Unidos.

[014] São adicionalmente fornecidos métodos para prevenção ou tratamento de infecção por HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz das vacinas contra HIV-1 descritas ao indivíduo em necessidade das mesmas. São adicionalmente fornecidos métodos para projetar e produzir uma vacina contra HIV-1 para um indivíduo que compreende sequenciar vírus HIV-1 em um indivíduo, selecionar antígenos de vacina projetados para cobrir idealmente a densidade dentro de uma área geográfica e inserir os antígenos de vacina em um vetor. Também são fornecidos no presente documento métodos para tratamento de infecção por HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz das vacinas reveladas ao indivíduo em necessidade das mesmas.

[015] Também são fornecidas no presente documento vacinas contra HIV-1 que compreendem um ou mais veículos e um antígeno epissenso na população determinados usando a abordagem de Gráfico de Epítopos. São adicionalmente fornecidos métodos para projetar antígenos de vacina para cobrir idealmente a diversidade dentro de uma área geográfica usando uma sequência de aminoácidos de antígeno de vacina gerada usando o método EpiGraph de seleção de sequência de aminoácidos de antígeno e produzindo o antígeno de vacina projetado. São adicionalmente fornecidos no presente documento métodos para projetar e produzir uma vacina contra HIV-1 para um indivíduo que compreende determinar a sequência de aminoácidos de vírus HIV-1 em um indivíduo por sequenciamento, selecionar antígenos de vacina projetados para cobrir idealmente a diversidade dentro de uma área geográfica usando uma sequência de aminoácidos de antígeno de vacina gerada usando o método de Gráfico de epítopos de seleção de sequência de aminoácidos de antígeno e inserir os antígenos de vacina em um vetor.

[016] Também são fornecidos métodos para induzir uma resposta de células T de memória efetoras que compreende determinar uma ou mais sequências de aminoácidos EpiGraph, gerar uma vacina que compreende a uma ou mais sequências de aminoácidos EpiGraph e um ou mais veículos, e administrar a vacina a um indivíduo que precisa da mesma. São adicionalmente fornecidos métodos para tratamento de HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz das vacinas contra HIV-1 descritas ao indivíduo em necessidade das mesmas. Também são fornecidos no presente documento métodos para proteção contra uma infecção por HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz das vacinas contra HIV-1 descritas ao indivíduo em necessidade das mesmas.

BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS

[017] A Figura 1A mostra um gráfico completo para o clado CRF01-AE da proteína Nef. O retângulo é uma inserção mostrada na Figura 1B.

[018] A Figura 1B representa a inserção da Figura 1A. Os nós são pontos cinzas e representam cada variante k-unidades de repetição, com k = 9. As bordas são linhas horizontais que conectam epítopos cujas sequências se sobrepõem por k - 1 aminoácidos, conforme mostrado nos dois primeiros epítopos (ea = VTSSNMNNA [SEQ ID NO: 790], eb = TSSNMNNAD [SEQ ID NO: 791]) no lado esquerdo superior. Embora as propriedades topológicas do gráfico não dependam das posições de nós, esse gráfico usa o eixo geométrico vertical para indicar a frequência de epítopo no conjunto de sequências-alvo, y = f(e), para cada nó. A posição horizontal x(e) = 1 + maxe‘eP(e)x(e’), em que P(e) é o conjunto de antecessores de e, fornece a esse gráfico a propriedade que todas as bordas direcionadas conectam a esquerda à direita. A trajetória ideal através desse gráfico se mantém o máximo possível nos valores y mais altos. A inserção mostra duas trajetórias através dos nós. A linha preta contínua é a trajetória ideal, e corresponde à sequência TSSNMNNADSVWLRAQEEE [SEQ ID NO: 792] enquanto a linha tracejada corresponde a TSSNMNNADCVWLRAQEEE [SEQ ID NO: 793]. A linha tracejada alcança valores f(e) maiores em 4 nós, porém a linha contínua tem f(e) maior para 5 nós, e ∑ f(e) é maior. Nota-se que não há trajetória que inclua os nós com os valores mais altos para todos os valores de x.

[019] A Figura 2 mostra nós de um gráfico de epítopo que mostra a cadeia de caracteres k de epítopo, e a frequência (f) que o epítopo é observado na posição no conjunto de sequências alinhadas, e a melhor pontuação cumulativa S de trajetórias compatíveis que terminam naquele nó. Os nós são dispostos em colunas com cada coluna correspondente à posição t associada ao epítopo. As linhas que conectam esses nós correspondem a epítopos adjacentes que são compatíveis. O objetivo é encontrar uma trajetória compatível através desse gráfico que maximize a soma dos valores de frequência em cada nó. As linhas mais grossas mostram uma trajetória que resulta em uma pontuação total ideal.

[020] A Figura 3 mostra que os nós da solução inicial (fornecidos por q1 = ARCHSLM [SEQ ID NO: 794] conforme mostrado na Figura 2 têm seus valores de frequência ajustados para zero, e as pontuações cumulativas S(t;e) são recomputadas com base nesses novos nós de frequência. Isso resulta em uma solução ideal para esse problema de cobertura de complementaridade: q2=DEFGKLM [SEQ ID NO: 795]. As linhas mais grossas mostram uma trajetória que resulta em uma pontuação total ideal.

[021] As Figuras 4A a B mostram o gráfico de epítopo associado a um conjunto de 690 sequências de proteínas Gag de clado B US [SEQ ID NOs. 1 a 690], cada uma alinhada a 556 posições. O eixo horizontal é a posição t, e as colunas de nós indicam os diferentes epítopos em cada posição. Os nós são dispostos de modo que os mais frequentes em cada posição estejam na parte inferior de cada coluna. O gráfico completo é mostrado na Figura 4A; uma inserção de perto do mesmo gráfico é mostrada na Figura 4B.

[022] As Figuras 5A a C mostram que a exclusão de variantes raras diminui a cobertura, porém apenas ligeiramente para Gag (Figura 5A), Nef (Figura 5B), e Pol (Figura 5C). A cobertura de soluções polivalentes (m = 2) é mostrada como uma função de conta mínima fo (isto é, a frequência de população do epítopo mais raro na vacina). As linhas tracejadas correspondem à cobertura fornecida pelo algoritmo sequencial direto; as linhas contínuas pretas são baseadas nas melhores soluções após 100 reinícios aleatórios. O eixo vertical, em todos os três gráficos, é limitado a uma faixa de 0,015.

[023] As Figuras 6A a B mostram uma cobertura de vacina de dois antígenos. As comparações que ilustram a cobertura de epítopo média por sequência das sequências de clado B contemporâneas isoladas nos Estados Unidos, que era considerada com uma população alvo hipotética para uma vacina terapêutica. Para ilustrar a cobertura de potencial epítopo de célula T (PTE) usando um par de sequências naturais dentro do clado como antígenos de vacina, 5000 pares aleatoriamente selecionados de sequências naturais de clado B (cinza) foram avaliados como potenciais vacinas, e a distribuição de cobertura média das 189 sequências US de clado B contemporâneas é mostrada no histograma cinza. Essa é comparada com a cobertura média fornecida por um conjunto de 2 Gráficos de epítopos de antígenos de grupo M (banco de dados M), um conjunto de dois antígenos de EpiGraphs de clado B global (banco de dados B), e uma vacina personalizada para clado B US em que as 2 melhores correspondências de um conjunto de 6 gráficos de epítopos representativos para fabricação foram selecionadas como uma correspondência “personalizada” para cada uma das 189 sequências naturais de clado B US. A Figura 6A mostra a comparação da proteína Gag completa. A Figura 6B mostra comparações apenas da região p24 conservada.

[024] A Figura 7 mostra o mapeamento de potencial cobertura de epítopo que abrange o proteoma de HIV.

[025] A Figura 8 mostra a potencial cobertura média de epítopo Gag das sequências U.S. de clado B de HIV-1 por antígenos de vacina diferentes. A Figura 8A mostra a cobertura média de epítopo Gag por antígenos de vacina individuais, e a Figura 8B mostra a cobertura média de epítopo Gag por pares de antígenos de vacina.

[026] As Figuras 9A a C mostram que os antígenos de HIV sintéticos projetados por Gráfico de epítopos são expressados como proteínas de comprimento total. As células HeLa foram transfectadas com plasmídeos de expressão que codificam: proteínas de fusão de gag e nef para HIV ou SIV (EpiGraph 1 de grupo M de HIV [SEQ ID NO: 705] e EpiGraph 2 de grupo M de HIV [SEQ ID NO: 707], proteínas de comprimento total SIVmac239, proteínas híbridas de variantes de SIV [SEQ ID NO: 713], e porções conservadas SIV de gag e nef [SEQ ID NO: 714]), como representado na Figura 9A; proteínas de polimerase de HIV ou SIV (SIVmac239 comprimento total (FL), proteínas híbridas de variantes de SIV [SEQ ID NO: 715], (EpiGraph 1 de grupo M de HIV [SEQ ID NO: 709] e EpiGraph 2 de grupo M de HIV [SEQ ID NO: 711], e porções conservadas SIV de pol [SEQ ID NO: 716]), como representado na Figura 9B; e proteínas de fusão de gag e nef para HIV (EpiGraph 1 de clado B gag/nef [SEQ ID NO: 701]) e EpiGraph 2 de clado B gag/nef [SEQ ID NO: 702]) e proteínas da polimerase para HIV (epi 1 de clado M pol [SEQ ID NO: 709]); EpiGraph 1 de clado B pol [SEQ ID NO: 703]); EpiGraph 2 de clado B pol [SEQ ID NO: 704]), como representado na Figura 9C. Todos os construtos de gag/nef incluem um marcador V5 carbóxi-terminal (Figura 9A), e todos os construtos de pol incluem um marcador HA carbóxi-terminal (Figuras 9B e 9C). Para a Figura 9B, 1 e 2 indicam múltiplos clones de cada construto. Os lisados foram colhidos 48 horas após a transfecção e imunomarcados usando anticorpos V5 (Figura 9A) ou HA (Figuras 9B e 9C). O peso molecular observado das proteínas é compatível com o peso molecular previsto para cada um dos construtos.

[027] As Figuras 10A a B mostram que antígenos sintéticos projetados por EpiGraph são expressados por vetores de CMV. Como representado na Figura 10A, polimerase de SIVmac 239 de expressão de cepa 68-1 RhCMV de comprimento total (FL), um híbrido de polimerases SIV de variantes de SIV diferentes [SEQ ID NO: 715], um gene de polimerase sintético baseado em EpiGraph 1 de HIV de grupo M global [SEQ ID NO: 709] ou EpiGraph 2 de HIV de grupo M global [SEQ ID NO: 711] foram construídos por mutagênese de BAC e reconstituídos em fibroblastos telomerizados de Rhesus. Como representado na Figura 10B, regiões conservadas de SIVmac239 de expressãod e cepa 68-1 RhCMV dos construtos de polimerase [SEQ ID NO: 716] também foram construídas por mutagênese de BAC e reconstituídos em fibroblastos telomerizados de Rhesus. Em todos os vetores, a expressão de antígeno é ativada pelo promotor Rh107 viral endógeno. Os péletes celulares foram coletados em CPE completo e imunomarcados para a etiqueta HA expressada na terminação carbóxi de cada proteína. Para pol conservado, dois clones independentes (2.1 e 2.2) são mostrados na Figura 10B.

[028] As Figuras 11A a C mostram regiões conservadas dentro de: Nef (Figura 11A), Gag (Figura 11B), e Pol (Figura 11C) definidas com base no potencial de cobertura de epítopo de célula T (PTE) por uma vacina bivalente (isto é, 2 antígenos).

[029] A Figura 12 ilustra a cobertura média de Epigraph de cada uma das regiões conservadas por antígenos de vacina diferentes, em comparação com as seções mais variáveis das proteínas.

DESCRIÇÃO DETALHADA DE MODALIDADES ILUSTRATIVAS

[030] Vários termos relacionados a aspectos da descrição são usados ao longo do relatório descritivo e reivindicações. Tais termos devem ser ter o seu significado comum na técnica, exceto onde indicado em contrário. Outros termos especificamente definidos devem ser interpretados de forma compatível com as definições fornecidas no presente documento.

[031] Como usado neste relatório descritivo e nas reivindicações em anexo, as formas no singular "um", "uma" e "o" incluem referentes no plural exceto onde o conteúdo indique claramente em contrário. Dessa forma, por exemplo, a referência a "uma célula" inclui uma combinação de duas ou mais células e similares.

[032] O termo "cerca" como usado no presente documento quando se refere a um valor mensurável como uma quantidade, uma duração temporal, e similares, pretende abranger variações de até ± 20% a partir do valor especificado, uma vez que tais variações são apropriadas para executar os métodos revelados. Exceto indicação em contrário, todos os números que expressam quantidades de ingredientes, propriedades tais como peso molecular, condições de reação e assim por diante usados no relatório descritivo e reivindicações devem ser entendidos como sendo modificados em todos os casos pelo termo "cerca". Consequentemente, exceto onde indicado em contrário, os parâmetros numéricos apresentados na descrição a seguir e nas reivindicações em anexo são aproximações que podem variar dependendo das propriedades desejadas que pretende-se obter pela presente invenção. No mínimo, e não como uma tentativa de limitar a aplicação da doutrina de equivalentes ao escopo das reivindicações, cada parâmetro numérico deve pelo menos ser interpretado à luz do número de dígitos significativos relatados e aplicando técnicas de arredondamento comuns.

[033] Apesar das faixas numéricas e dos parâmetros que estabelecem o amplo escopo da invenção serem aproximações, os valores numéricos apresentados nos exemplos específicos são relatados com a maior precisão possível. Qualquer valor numérico, entretanto, contém inerentemente certos erros necessariamente resultantes do desvio padrão encontrado em suas respectivas medidas de teste.

[034] Conforme empregado acima e ao longo da revelação, o termo "quantidade eficaz" refere-se a uma quantidade eficaz, em dosagens e durante períodos de tempo necessários, para se obter o resultado desejado no que se refere ao tratamento do distúrbio, condição ou efeito colateral relativo. Será avaliado que a quantidade eficaz de componentes da presente invenção irá variar de paciente para paciente não só com a vacina, componente ou composição particular selecionada, a via de administração e a capacidade dos componentes para obter um resultado desejado na indivíduo, mas também com fatores como o estado da doença ou a gravidade da condição a ser aliviada, os níveis hormonais, a idade, o sexo, o peso do indivíduo, a condição do paciente e a gravidade da condição patológica a ser tratada, medicação simultânea ou dietas especiais seguidas pelo paciente em particular, e outros fatores que os versados na técnica reconhecerão, sendo a dosagem apropriada à discrição do médico responsável. Os regimes de dosagem podem ser ajustados para proporcionar a resposta terapêutica melhorada. Uma quantidade eficaz é também uma em que quaisquer efeitos tóxicos ou prejudiciais dos componentes são compensados pelos efeitos terapeuticamente benéficos.

[035] O termo "administrar" significa administrar diretamente um composto ou composição da presente invenção, ou administrar um pró-fármaco, derivado ou análogo que formará uma quantidade equivalente do composto ativo ou substância dentro do corpo.

[036] Os termos "sujeito", "indivíduo" e "paciente" são usados no presente documento de forma intercambiável e referem-se a um animal, por exemplo, um ser humano, ao qual o tratamento, incluindo o tratamento profilático, com a composição farmacêutica de acordo com a presente invenção, é fornecido. O termo “indivíduo”, como usado no presente documento, refere-se a animais humanos e não humanos. Os termos "animais não humanos" e "mamíferos não humanos" são usados no presente documento de forma intercambiável e incluem todos os vertebrados, por exemplo, mamíferos, como primatas não humanos, (particularmente primatas maiores), ovelhas, cães, roedores (por exemplo, camundongo ou rato), porquinho- da-Índia, cabra, porco, gato, coelhos, vacas, cavalos e não mamíferos como répteis, anfíbios, galinhas e perus.

[037] O termo "coquetel" refere-se a um conjunto de antígenos destinado a ser administrado em combinação a um paciente.

[038] O termo "epissenso" refere-se a uma sequência consenso baseada em epítopo. A mesma é uma sequência cujos epítopos são compatíveis, o mais estreitamente possível, com os epítopos em um conjunto de referências de sequências naturais. Os termos "epítopo" e "epítopo potencial" referem-se a uma sequência de k caracteres (tipicamente k está na faixa de 8 a 12), frequentemente no contexto de uma subsequência de caracteres k de uma sequência de antígenos natural ou de vacina muito mais longa. As células T podem reconhecer tais peptídeos em uma resposta imunológica.

[039] O termo "EpiGraph" refere-se a uma nova estratégia computacional desenvolvida para criar sequências que proporcionam uma sequência epissenso ideal, ou conjunto de sequências que combinadas proporcionam cobertura ideal de uma população de diversas sequências virais.

[040] Os termos "sequência EpiGraph" ou "antígeno Epissenso" referem-se às inserções de vacina projetadas com base no algoritmo EpiGraph.

[041] O termo "antígeno epissenso de população" refere-se a uma sequência derivada com o algoritmo EpiGraph, que são "centrais" para uma população de sequências de HIV. A população poderia ser um clado específico de HIV, um agrupamento de sequências derivadas usando o algoritmo de agrupamento baseado em epítopo personalizado, ou a epidemia global. "Central" é definido em termos de compartilhamento de epítopos potenciais, por isso é uma sequência computacionalmente derivada que fornece a cobertura de epítopo média máxima da população.

[042] As sequências de EpiGraph podem ser usadas como uma solução para uma vacina preventiva profilática, ou podem ser adotadas como parte de estratégias mais complexas para o projeto de vacinas terapêuticas que poderiam ser personalizadas para corresponder a infecções individuais. O termo "conjunto de vacinas personalizadas " refere-se a um conjunto de sequências de antígenos de vacina projetadas para fabricação, a partir das quais um subconjunto de antígenos poderia ser selecionado para melhor corresponder ao vírus de um paciente para administração como uma vacina terapêutica.

[043] O termo "antígeno personalizado" ou "antígeno epissenso personalizado" refere-se a uma ou mais sequências de aminoácidos do "conjunto de vacinas personalizadas" que poderiam ser especificamente selecionadas com base em uma melhor correspondência com a cepa de HIV-1 infectante de um paciente para administração a esse paciente como uma vacina terapêutica.

[044] Como usado no presente documento, os termos "tratamento" ou "terapia" (bem como formas diferentes dos mesmos, incluindo curativos ou paliativos) referem-se ao tratamento de uma pessoa infectada. Como usado no presente documento, o termo "tratamento" inclui o alívio ou a redução de pelo menos um efeito adverso ou negativo ou sintoma de uma condição, doença ou distúrbio. Esta condição, doença ou desordem pode ser infecção por HIV.

[045] Como usado no presente documento, os termos "prevenção" ou "profilaxia" referem-se a impedir que um indivíduo seja infectado, ou reduzir o risco de um indivíduo ser infectado, ou parar a transmissão, ou reduzir o risco de transmissão, por exemplo, de HIV, SIV ou um vírus relacionado.

[046] “Farmaceuticamente aceitáveis" refere-se àqueles compostos, materiais, composições e/ou formas de dosagem que são, dentro do escopo de julgamento médico, adequados para contato com os tecidos de seres humanos e animais sem toxicidade excessiva, irritação, resposta alérgica ou outras complicações do problema compatíveis com uma relação benefício/risco razoável.

[047] Os vetores que podem ser usados incluem, mas não se limitam a, plasmídeos, vetores bacterianos e vetores virais. Os vetores virais incluem vetores de citomegalovírus (CMV). Uma vantagem destes vectores de CMV para utilização na aplicação de vacinas terapêuticas é que os mesmos criam um novo paradigma de epítopo de células T CD8+ e induzem respostas mais potentes e duradouras. Tem sido demonstrado em modelos animais que as vacinas baseadas nestes vetores virais podem eliminar infecções virais (Hansen, SG 2013. Science 340: 1237874), e assim estas abordagens têm o compromisso de uma vacina terapêutica, uma situação em que as vacinas personalizadas podem ser úteis.

[048] Outros vetores virais podem incluir poxvírus (vaccinia), incluindo vaccinia Ankara e canarypox; adenovírus, incluindo adenovírus tipo 5 (Ad5); rubéola; vírus sendai; rabdovírus; alfavírus; e vírus adeno-associados. Alternativamente, os antígenos da vacina EpiGraph podem ser administrados como componentes de DNA, RNA ou proteína de uma vacina. Como esta é uma estratégia de desenho de antígeno, os antígenos de vacina projetados para EpiGraph poderiam ser compatíveis com praticamente qualquer modo de administração de antígeno de vacina.

[049] Em certas modalidades, as vacinas projetadas que usam sequências de aminoácidos EpiGraph têm um único antígeno. Em certas modalidades, as vacinas projetadas que usam sequências de aminoácidos EpiGraph têm conjuntos de antígenos.

[050] Em certas modalidades, as sequências de antígenos EpiGraph podem ser usadas em um cenário de vacina profilática.

[051] Em certas modalidades, a estratégia EpiGraph pode ser usada para formar sequências que otimizam completamente a cobertura de epítopo para uma vacina profilática. Essa poderia ser uma sequência, ou várias sequências projetadas para se complementarem como uma vacina preventiva. As vacinas EpiGraph poderiam ser usadas em qualquer vetor, incluindo, mas não se limitando a, plasmídeos, vetores bacterianos e vetores virais.

[052] No algoritmo EpiGraph, as sequências naturais são caracterizadas por um gráfico grande de nós, sendo que cada nó corresponde a um epítopo que aparece nas sequências naturais. As bordas direcionadas conectam dois nós quando as duas cadeias de epítopos correspondentes são “compatíveis”, indicando que os últimos caracteres k-1 na primeira cadeia estão de acordo com os primeiros caracteres k-1 na segunda cadeia (por exemplo, “EPTAPPAEPTAP” [SEQ ID NO: 796] e “PTAPPAEPTAPP” [SEQ ID NO: 797] são compatíveis k=12-unidades de repetição). Se duas cadeias forem compatíveis, então, uma cadeia de comprimento k+1 (por exemplo, “EPTAPPAEPTAPP”) [SEQ ID NO: 798] contém ambos os epítopos. De modo mais genérico, uma trajetória através desse gráfico de nós e bordas corresponde a uma única cadeia que contém subcadeias de k-unidades de repetição correspondentes a cada um dos nós no gráfico. Cada nó é pesado de acordo com quantas sequências no conjunto de referências exibem uma subcadeia correspondente àquele nó. O algoritmo EpiGraph usa um esquema de programação dinâmica para encontrar a trajetória através desse gráfico completo que maximiza a soma desses pesos e, portanto, fornece a maior cobertura.

[053] Certas modalidades fornecidas incluem uma vacina contra HIV-1 que compreende um vetor e um antígeno epissenso na população, ou combinação de antígenos EpiGraph otimizados projetados para serem usados como um conjunto. Há muito vetores diferentes que poderiam ser usados para a vacina. Por exemplo, um tipo de vetor que pode ser usado em um vetor viral. Esses vetores virais podem incluir um citomegalovírus humano (HCMV), um poxvírus, adenovírus, rubéola, vírus sendai, rabdovírus, alfavírus ou vírus adeno-associado. A vacina também poderia ser aplicada como um gene que codifica a proteína EpiGraph, usando DNA, RNA ou incluída como uma proteína expressada ou parte de uma proteína.

[054] Em certas modalidades, o antígeno EpiGraph das vacinas reveladas pode ser derivado da proteína Gag do HIV-1. Em uma outra modalidade, a proteína Gag do HIV-1 foi inativada eliminando-se uma sequência de miristoilação na terminação N da proteína Gag do HIV-1. Em uma outra modalidade, o antígeno EpiGraph pode ser derivado da proteína Pol ou Nef do HIV-1, ou de fato qualquer outra proteína de HIV, incluindo Env, Tat, Rev, Vif ou Vpu.

[055] Em certas modalidades, o antígeno epissenso da população pode ser determinado usando a abordagem EpiGraph. Esse antígeno epissenso da população poderia ser, então, usado para criar uma vacina. Alternativamente, EpiGraphs poderiam ser projetados como uma combinação de sequências projetadas para serem usadas como um conjunto. O HIV-1 pode ser dividido em clados com base na localização geográfica. Em uma modalidade, o antígeno epissenso da população é essencial para o clado B do HIV-1 epidêmico nos Estados Unidos nas vacinas reveladas. Em uma outra modalidade, o antígeno epissenso da população é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul nas vacinas reveladas. Em uma outra modalidade, o antígeno epissenso da população é essencial para o clado 2 do HIV-1 regional epidêmico na Tailândia nas vacinas reveladas. Em uma outra modalidade, o antígeno epissenso da população é essencial para o conjunto global de grupo M do HIV-1 nas vacinas reveladas.

[056] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 compreende epítopos de Gag, Pol, Nef, Env, Tat, Rev, Vpr, Vif ou Vpu. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 691, SEQ ID NO: 697, SEQ ID NO: 698, SEQ ID NO: 699, ou SEQ ID NO: 700. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Gag, Pol ou Nef. Em algumas modalidades, os epítopos da região conservada são epítopos da proteína capsidial p24 de Gag.

[057] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 é um antígeno de fusão que compreende dois ou mais antígenos epissenso na população de HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso da população do HIV-1 que compreende epítopos Gag e um antígeno epissenso da população do HIV-1 que compreende epítopos Nef. Em algumas modalidades, o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população de HIV-1 que compreende epítopos de uma região conservada de Gag e um antígeno epissenso de população de HIV-1 que compreende epítopos de uma região conservada de Nef. Em algumas modalidades, os epítopos do antígeno de fusão da região conservada são epítopos da proteína capsidial p24 de Gag.

[058] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 é essencial para o clado B do HIV-1 epidêmico nos Estados Unidos. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso do clado B de população de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 730, SEQ ID NO: 732, ou SEQ ID NO: 778. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população do clado B de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 731, SEQ ID NO: 733, ou SEQ ID NO: 779. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso do clado B de população de HIV-1 compreende epítopos de Nef e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 734 ou SEQ ID NO: 736. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população do clado B de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Nef e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 735 ou SEQ ID NO: 737. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso do clado B de população de HIV-1 compreende epítopos de Pol e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 703, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 738, ou SEQ ID NO: 740. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população do clado B de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Pol e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 739 ou SEQ ID NO: 741. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado B de HIV-1 B é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso de população de clado B de HIV-1 que compreende epítopos de Gag e (2) um antígeno epissenso de população de clado B de HIV-1 que compreende epítopos de Nef, em que o antígeno de fusão compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 701 ou SEQ ID NO: 702. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso da população de clado B de HIV-1 é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso da população de clado B de HIV-1 que compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e (2) um antígeno epissenso da população de clado B de HIV-1 que compreende epítopos de uma região conservada de Nef.

[059] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso do clado C de população de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 744, ou SEQ ID NO: 766. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população do clado C de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 743, SEQ ID NO: 745, ou SEQ ID NO: 767. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso do clado C de população de HIV-1 compreende epítopos de Nef e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 746 ou SEQ ID NO: 748. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população do clado C de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Nef e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 747 ou SEQ ID NO: 749. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso do clado C de população de HIV-1 compreende epítopos de Pol e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 750 ou SEQ ID NO: 752. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população do clado C de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Pol e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 751 ou SEQ ID NO: 753. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado C de HIV-1 B é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso de população de clado C de HIV-1 que compreende epítopos de Gag e (2) um antígeno epissenso de população de clado C de HIV-1 que compreende epítopos de Nef. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso da população de clado C de HIV-1 é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso da população de clado C de HIV-1 que compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e (2) um antígeno epissenso da população de clado C de HIV-1 que compreende epítopos de uma região conservada de Nef.

[060] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 é essencial para o clado 2 do HIV-1 regional epidêmico na Tailândia. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 compreende epítopos de Gag. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso da população de clado 2 de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 compreende epítopos de Nef. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Nef. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 compreende epítopos de Pol. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Pol. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 B é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 que compreende epítopos de Gag e (2) um antígeno epissenso de população de clado 2 de HIV-1 que compreende epítopos de Nef. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso da população de clado 2 de HIV-1 é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso da população de clado 2 de HIV-1 que compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e (2) um antígeno epissenso da população de clado 2 de HIV-1 que compreende epítopos de uma região conservada de Nef.

[061] Em algumas modalidades, o antígeno epissenso na população de HIV- 1 é essencial para o conjunto global do grupo M do HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 718, SEQ ID NO: 720, ou SEQ ID NO: 754. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 719, SEQ ID NO: 721, ou SEQ ID NO: 755. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 compreende epítopos de Nef e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 722 ou SEQ ID NO: 724. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Nef e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 723 ou SEQ ID NO: 725. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 B é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 que compreende epítopos de Gag e (2) um antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 que compreende epítopos de Nef, em que o antígeno de fusão compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 705 ou SEQ ID NO: 707. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 B é um antígeno de fusão que compreende (1) um antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 que compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e (2) um antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 que compreende epítopos de uma região conservada de Nef, em que o antígeno de fusão compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 706 ou SEQ ID NO: 708. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 compreende epítopos de Pol e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 726, ou SEQ ID NO: 728. Em algumas modalidades, o antígeno epissenso de população de grupo M de HIV-1 compreende epítopos de uma região conservada de Pol e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 710, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 727, ou SEQ ID NO: 729.

[062] Em certas modalidades, as vacinas reveladas podem compreender adicionalmente um vetor de HCMV que compreende uma cadeia principal de HCMV e um antígeno personalizado selecionado para ser uma cepa de HIV-1 de melhor correspondência natural. Em uma outra modalidade, as vacinas reveladas podem compreender adicionalmente um vetor de HCMV que compreende uma cadeia principal de HCMV e um antígeno personalizado selecionado para ser uma cepa de HIV-1 diferente de melhor correspondência.

[063] Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 compreende epítopos de Gag, Pol, Nef, Env, Tat, Rev, Vpr, Vif ou Vpu. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado compreende uma sequência selecionada a partir de: SEQ ID NOs. 692 a 696; SEQ ID NOs. 756 a 765; SEQ ID NOs. 769 a 777; ou SEQ ID NOs. 780 a 789.

[064] Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695, ou SEQ ID NO: 696.

[065] Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 é essencial para o conjunto global do grupo M do HIV-1. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de grupo M de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em: SEQ ID NOs: 756 a 765. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de grupo M de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 757, SEQ ID NO: 759, SEQ ID NO: 761, SEQ ID NO: 763, ou SEQ ID NO: 765.

[066] Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de clado C de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em: SEQ ID NOs: 768 a 777. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado do clado C de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 769, SEQ ID NO: 771, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 775, ou SEQ ID NO: 777.

[067] Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de HIV-1 é essencial para o clado B do HIV-1 epidêmico nos Estados Unidos. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado de clado B de HIV-1 compreende epítopos de Gag e compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir do grupo que consiste em: SEQ ID NOs: 780 a 789. Em algumas modalidades, o antígeno personalizado do clado B de HIV-1 compreende epítopos da proteína capsidial p24 de Gag e compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 781, SEQ ID NO: 783, SEQ ID NO: 785, SEQ ID NO: 787, ou SEQ ID NO: 789.

[068] Em certas modalidades, métodos de tratamento de HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz de uma das vacinas reveladas ao indivíduo em necessidade da mesma. Em uma outra modalidade, a seleção de antígenos de vacina para cobrir idealmente a diversidade dentro de uma área geográfica usa uma sequência de antígenos de vacina gerada usando o método EpiGraph de seleção de sequência de antígenos.

[069] As modalidades da presente invenção incluem métodos de tratamento de infecção por HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz de qualquer uma dessas vacinas reveladas ao indivíduo em necessidade das mesmas.

[070] As modalidades da presente invenção também incluem métodos para induzir uma resposta de células T de memória efetoras que compreende determinar uma ou mais sequências EpiGraph, gerar uma vacina que compreende a uma ou mais sequências de aminoácidos EpiGraph e vetor, e administrar a vacina a um indivíduo que precisa da mesma. Em uma outra modalidade, são fornecidos métodos para induzir uma resposta de células T de memória efetoras em que a uma ou mais sequências de aminoácidos EpiGraph compreendem SEQ ID NO: 697, SEQ ID NO: 698, SEQ ID NO: 699, ou SEQ ID NO: 700. Essa vacina pode ser uma vacina profilática ou terapêutica.

[071] Avanços recentes em pesquisa de vacinas contra HIV incluem o conceito de uma vacina indutora de célula T de memória efetora (TEM) para prevenir infecção por HIV. Ao contrário de células T de memória centrais (TCM) induzidas por abordagens de vacina tradicionais, TEM são mantidas persistentemente nos tecidos linfoides e nos sítios efetores extralinfoides e estão imediatamente prontas para mediar a função efetora antiviral, proporcionando assim uma proteção imune constante nos portais de entrada viral e sítios de reativação viral. O sistema de vetor mais qualificado para induzir e manter indefinidamente TEM é derivado de CMV. Presumidamente devido à reativação de baixo nível contínua e/ou expressão gênica em células persistentemente infectadas, CMV mantém apenas a quantidade certa de estimulação imune de baixo nível persistente exigida para manutenção de TEM sem provocar a exaustão de células T.

[072] Em certas modalidades, o coquetel de antígenos personalizados pode ser usado em um cenário de vacina terapêutica. Por exemplo, a vacina personalizada pode usar uma estratégia de agrupamento de k-médias para um conjunto definido de 6 a 10 sequências que fornecem cobertura muito satisfatória de epítopos em uma população de pessoas que estão infectadas com um patógeno altamente variável, como HIV. O vírus que infecta um indivíduo pode ser sequenciado e 2 ou 3 vacinas personalizadas serão aplicadas que melhor cobrem o vírus infectante. A cobertura de epítopo será otimizada enquanto inculpabilidade de epítopos serão minimizados entre a vacina e a cepa infectante.

[073] Certas modalidades fornecidas incluem uma vacina contra HIV-1 que compreende um vetor de cadeia principal de HCMV, que é desprovido de certas regiões de gene de CMV e um antígeno epissenso de população. Em certas modalidades, a cadeia principal de HCMV pode ser desprovida da região de gene UL131A-128. Certas modalidades também podem incluir a deleção do gene da proteína tegumento pp71 (UL82). (Publicação de pedido de patente US nos 20140141038; 2008-0199493; 2013-0142823: e Publicação de Pedido internacional n° WO/2014/138209).

[074] Em certas modalidades, a presente revelação fornece vacinas que podem compreender uma segunda sequência de antígenos personalizada. Em certas modalidades, as vacinas podem compreender uma segunda, uma terceira ou mais sequências de antígenos personalizadas. O antígeno epissenso pode compreender a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 691. O antígeno personalizado pode compreender a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 ou SEQ ID NO: 696. Em uma modalidade, a primeira sequência de antígenos personalizada e a segunda sequência de antígenos personalizada compreendem duas das sequências de aminoácidos da SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 e SEQ ID NO: 696. Em uma outra modalidade, a primeira sequência de antígenos personalizada, a segunda sequência de antígenos personalizada e a terceira sequência de antígenos personalizada compreendem três das sequências de aminoácidos da SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 e SEQ ID NO: 696.

[075] Também são fornecidas sequências de antígenos personalizadas que podem compreender SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 ou SEQ ID NO: 696.

[076] Em certas modalidades, as vacinas reveladas podem compreender adicionalmente um vetor de HCMV que compreende uma cadeia principal de HCMV e um antígeno personalizado selecionado para ser uma cepa de HIV-1 de melhor correspondência natural. Em uma outra modalidade, as vacinas reveladas podem compreender adicionalmente um vetor de HCMV que compreende uma cadeia principal de HCMV e um antígeno personalizado selecionado para ser uma cepa de HIV-1 diferente de melhor correspondência (e distante).

[077] Em certas modalidades, o antígeno epissenso e o antígeno personalizado das vacinas reveladas podem ser derivados da proteína de Gag de HIV-1. Em uma outra modalidade, a proteína Gag do HIV-1 foi inativada eliminando- se uma sequência de miristoilação na terminação N da proteína Gag do HIV-1. Em uma outra modalidade, o antígeno epissenso e o antígeno personalizado podem ser derivados da proteína Pol ou Nef de HIV-1.

[078] Em certas modalidades, métodos de tratamento de HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz de uma das vacinas reveladas ao indivíduo em necessidade da mesma. Em uma outra modalidade, são fornecidos métodos para projetar e produzir uma vacina contra HIV-1 para um indivíduo que compreende sequenciar vírus HIV-1 em um indivíduo, selecionar antígenos de vacina projetados para cobrir idealmente a densidade dentro de uma área geográfica e inserir os antígenos de vacina em um vetor.

[079] Certas modalidades incluem métodos de tratamento de infecção por HIV-1 em um indivíduo que compreendem administrar uma quantidade eficaz de qualquer uma dessas vacinas reveladas ao indivíduo em necessidade das mesmas.

[080] Os exemplos a seguir são fornecidos para descrever as modalidades descritas no presente documento com mais detalhes. Os mesmos destinam-se a ilustrar, não limitar, as modalidades.

[081] Todos os documentos, patente e pedidos de patente citados no presente documento estão aqui incorporados, a título de referência, e podem ser empregados na prática da invenção.

EXEMPLOS Exemplo 1: Modelo gráfico para cobertura de epítopo ideal de sequências alinhadas.

[082] A existência de um conjunto S = {s1 , s2 , . . . , sN } de N sequências alinhadas foi presumida. Cada sequência é uma cadeia de caracteres alfabéticos (correspondentes aos vinte aminoácidos, possivelmente além de alguns caracteres especiais correspondentes a lacunas, desconhecidos e tais). Visto que as sequências estão alinhadas, todas têm o mesmo comprimento T, e as posições t = 1 . . . T são bem definidos de sequência para sequência; sn [t] será escrito como o t’ésimo caractere na n’ésima sequência. É útil introduzir a notação s[t : u] para a subsequência de s que começa na posição t e termina na posição u.

[083] Um potencial epítopo foi definido como uma sequência curta de k caracteres, tipicamente 8 a 12. Os epítopos de interesse são subsequências das sequências em S. De fato, uma sequência s pode ser concebida como uma lista de epítopos: e1 , . . . , eT -k+1, com et = s[t : t + k - 1]. Nota-se, entretanto, que para uma lista de epítopos que estão associados a uma sequência, é necessário que os epítopos sejam compatíveis. Especificamente, é necessário para qualquer par adjacente et e et+1 que os últimos k - 1 caracteres de et concordem cm os primeiros k - 1 caracteres de et+1; isto é: et [2 : k] = et+1 [1 : k - 1].

[084] Para cada epítopo e, uma frequência f (e) à qual pode estar associado conta a fração de sequências em S para que o epítopo apareça.

[085] Para o problema de coquetel geral, um conjunto de sequências artificiais Q = {q1 , . . . , qM } é necessário cujos epítopos têm propriedades úteis. Permitir que EQ seja o conjunto de todos os epítopos que aparecem em Q; isto é: EQ = {e | e = qm [t : t + k - 1] para alguma escolha de m, t}.

[086] Em particular, aqueles epítopos foram projetados para cobrir o máximo possível o conjunto de sequência S. O objetivo era otimizar a pontuação de cobertura ∑ f (e) em que a soma é mais de e ∈EQ

[087] Com M < N , e tipicamente M « N , nenhum epítopo, em geral, pode ser coberto.

[088] Para o problema de sequência alinhada, algumas simplificações podem ser feitas. Nesse caso, cada posição no alinhamento foi tratada como u m problema diferente (porém não independente). A função de frequência agora depende da posição: f (t, e) era o número de sequências em S para que e seja a subsequência de k-unidades de repetição que começou na posição t; dessa forma, f (t, e) = ∑ I (e = sn [t : t + k - 1])

[089] em que I é a função de indicador: é um se seu argumento for verdadeiro, e é zero de outro modo. O conjunto EQ também pode ser particionado de acordo com a posição em sequências q. Dessa forma: EQ [t] = {e | e = qm [t : t + k - 1] para m}

[090] Isso permite a produção de uma medição de cobertura para cada posição c[t] = ∑ eeEQ [t] f(t,e), a partir da qual uma cobertura total é dada por c = ∑t c[t].

[091] Para o caso especial trivial k = 1, os epítopos eram apenas os caracteres de aminoácido. Porém, mesmo que o problema fosse comum para resolver, a solução ainda era útil. Para M = 1, a melhor solução é dada pela sequência de consenso, com q1 [t] selecionado para ser o aminoácido que é mais comum na posição t. Para M = 2, alguém pode otimizar a cobertura considerando-se que q2 [t] seja o segundo aminoácido mais comum na posição t. E assim por diante para M maior.

[092] Para k > 1, o problema se torna não trivial, pois os epítopos se sobrepõem, e então cada c[t] não pode mais ser independentemente otimizado. O caso M = 1 era chamado o problema de “epissenso”, pois é como o consenso, exceto que é um consenso de epítopos que foi solicitado.

[093] Em um exemplo, o consenso e o epissenso k = 3 discordam: O consenso usou a letra mais popular em cada posição. O epissenso usou o “epítopo” mais popular, em que se chama um potencial epítopo de uma cadeia de 3 caracteres. A Tabela 1 expande esse exemplo para ilustrar a sobreposição de cadeias de epítopos.

[094] Tabela 1: São mostradas seis sequências e seus epítopos associados k = 3. A linha inferior mostra as sequências consenso (formadas a partir do caractere mais comum em cada posição) e os epítopos mais comuns em cada posição. Porém esses epítopos (em particular, EFG e CHS) são incompatíveis uns com os outros, assim os mesmos não podem ser combinados em uma única solução epissenso. Nesse caso, a melhor pontuação epissenso é dada (embora não exclusivamente) pela sequência ARCHSLM [SEQ ID NO: 794], que cobre 1+1+2+2+3=9 dentre 30 epítopos possíveis nas sequências. O consenso, ARCGSLM [SEQ ID NO: 799], cobre 1+1+1+1+3=7. Nota-se que um limite superior sobre essa pontuação pode ser obtido a partir da frequência dos epítopos mais populares em cada posição: nesse caso, que dá 2+2+2+2+3=11

[095] Resolvendo o problema de epissenso. O caso M=1 foi abordado primeiro, em que uma única sequência q cujos epítopos cobrem idealmente os epítopos em uma lista de sequências não alinhadas S foi solicitada. O algoritmo EpiGraph sob suposições adequadas alcança a solução ideal. Nas comparações, o algoritmo de consenso também foi considerado (muito simples e rápido) e a otimização por algoritmo genético (muito lento) conforme descrito em (Fisher, Nat Med. 2007 Jan;13(1):100-6, incorporado no presente documento, a título de referência). O algoritmo EpiGraph é ilustrado nas Figuras 1A e 1B.

[096] Em seguida, considerou-se o problema do coquetel mais comum de vacinas, com M> 1 e mostrou como o algoritmo de epissenso foi modificado para este problema mais comum.

[097] A Figura 2 mostra nós de um gráfico de epítopo, em que cada nó inclui a cadeia de k caracteres de epítopo, e a frequência (f) que o epítopo é observado na posição no conjunto de sequências alinhadas, e a melhor pontuação cumulativa S de trajetórias compatíveis que terminam naquele nó. Os nós foram dispostos em colunas com cada coluna correspondente à posição t associada ao epítopo. As linhas que conectam esses nós correspondem a epítopos adjacentes que eram compatíveis. O objetivo é encontrar uma trajetória compatível através desse gráfico que maximize a soma dos valores de frequência em cada nó.

[098] As linhas mais grossas na Figura 2 mostram uma trajetória que resulta em uma pontuação total ideal. Sempre haverá pelo menos uma tal trajetória, porém pode não ser exclusiva.

[099] A pontuação cumulativa S(t, e) foi definida como a maior pontuação possível começando em t = 1 e terminando no epítopo e na posição t. Foi observado que S(t = 1, e) = f (e) e que os valores de t > 1 podem ser recursivamente computados: S(t, e) = f (e) + maxe’ S(t - 1, e’ ), com e’ ∈E(t-1,e)

[0100] em que E (t - 1, e) é o conjunto de epítopos na posição t - 1 que são compatíveis com e, que está na posição t. Tendo computada esta pontuação cumulativa para todos os epítopos, a pontuação total foi encontrada para a melhor trajetória como a pontuação máxima na última coluna: Smax = maxe S(T - k + 1, e). Além disso, a mesma pode ser operada para trás a partir desse máximo para encontrar a trajetória ideal: e*T -k+1 = argmaxe S(T - k + 1, e) e*t-i = argmaxe' S(t - 1, e’) com e’∈E(t-1,e* t)

[0101] A sequência e*1, e*2, . . . , e*T-k definiu a sequência de epítopos compatíveis com a maior pontuação. A cadeia epissenso q é obtida retirando-se o primeiro caractere de cada epítopo: q[t] = et*[1], e terminando com o último epítopo: q[T - k : T ] = e Tk [1 : k].

[0102] O operador argmax pode não ter um valo exclusivo; se não tiver então haverá várias soluções para o problema de epissenso, todas as quais são ideais no sentido de cobertura.

[0103] Lacunas. Para alinhar as sequências, inserções e deleções têm de ser abordadas e isso introduz lacunas nas sequências alinhadas. Por exemplo, as sequências ARCCDEGH [SEQ ID NO: 806] e ARCDEFGH [SEQ ID NO: 807] estavam melhor alinhadas como ARCCDE-GH [SEQ ID NO: 808] e ARC-DEFGH [SEQ ID NO: 809]. Epítopos marcadores de posição foram desenvolvidos para lidar com essas lacunas no algoritmo EpiGraph.

[0104] Epítopos Marcadores de Posição: Os epítopos k = 3 eram ARC, RCC, CCD, CDE, DEG, EGH e ABC, BCD, CDE, DEF, EFG, FGH respectivamente; porém quando os epítopos foram alinhados pela primeira coluna lacunas precisam ser introduzidas naquela lista: ABC, BCC, CCD, CDE, DEG, EGH, -GH e ABC, BCD, CDE, -DE, DEF, EFG, FGH. As cadeias -GH e -DE eram epítopos marcadores de posição. Marcadores de posição não são contados na função de cobertura; isto é: f(t; -XY) = 0. Porém, os mesmos ainda eram úteis devido ao fato de poderem ser usados para definir a consistência de epítopos adjacentes.

[0105] Para sequências sem lacunas, dois epítopos adjacentes foram considerados compatíveis se os últimos caracteres k - 1 do primeiro epítopo concordarem com os primeiros caracteres k - 1 do segundo epítopo. Dessa forma, ABC e BCD são compatíveis, porém BCC e CDE não são. Quando lacunas forem introduzidas, então, um par é compatível se o segundo epítopo começar com um caractere com lacunas for considerado, e os caracteres k - 1 restantes correspondem aos últimos caracteres k - 1 do último epítopo. Dessa forma, CDE e - DE são compatíveis.

[0106] Para o algoritmo “drop-in-place”, uma sequência de “substrato” que é geralmente considerada a sequência consenso foi usada. Então, todos os epítopos em todas as posições foram adotados e classificados de acordo com a forma na qual os mesmos aparecem. Começando a partir do epitopo menos frequente, cada epítopo foi depositado no substrato substituindo-se os caracteres no substrato nas posições [t: t + k - 1] pelos caracteres no epitopo. Quando o epítopo mais frequentemente ocorrente foi depositado sobre o substrato, uma cadeia foi usada como a solução de epissenso q. Visto que os epítopos mais frequentes sobrescrevem os epítopos mais raros, maior cobertura de epítopo foi obtida. E uma vez que uma única seqüência q é sempre atualizada, a solução final será composta de epítopos compatíveis.

[0107] O algoritmo pode não ser totalmente determinístico, pois alguns epítopos podem ter frequências idênticas e, se suas posições estiverem sobrepostas, então o resultado final pode depender da ordem em que são depositados. Na implementação, a ordem que o algoritmo de classificação concede é adotada, mas há uma oportunidade de randomizar essas ordens e fazer múltiplas execuções do algoritmo, com algumas execuções possivelmente dando maiores pontuações.

[0108] Algoritmo “drop-in-place” heurístico. Nesse algoritmo, uma sequência de “substratos” foi adotada como a sequência consenso, porém a seleção de substrato raramente faz qualquer diferença. Todos os epítopos em todas as posições foram adotados e classificados de acordo com a forma na qual os mesmos aparecem. Começando a partir do epítopo menos frequente.

[0109] Cada epítopo foi “depositado” sobre o substrato substituindo-se os caracteres no substrato nas posições [t : t + k - 1] pelos caracteres no epítopo. Quando o epítopo mais frequentemente ocorrente foi finalmente depositado sobre o substrato, havia uma cadeia que foi usada como solução de epissenso q. Visto que os epítopos mais frequentes sobrescrevem os epítopos mais raros, uma grande cobertura de epítopo foi obtida. Uma vez que uma única seqüência q sempre estava sendo atualizada, a solução final era composta de epítopos compatíveis.

[0110] O algoritmo pode não ser totalmente determinístico, pois alguns epítopos podem ter frequências idênticas e, se suas posições estiverem sobrepostas, então o resultado final pode depender da ordem em que são depositados. Na implementação, a ordem que o algoritmo de classificação concede é adotada, mas há uma oportunidade de randomizar essas ordens e fazer múltiplas execuções do algoritmo, com algumas execuções possivelmente dando maiores pontuações. A utilidade dessa abordagem de múltiplas execuções randomizadas não foi investigada.

[0111] A solução depende apenas dos epítopos mais frequentes em cada posição, então, por exemplo na Tabela 1, será uma combinação compatível de DEF, EFG, CHJ, HJL, JLM. Se forem depositados nessa ordem (os quatro primeiros têm freqüência 2, o último tem freqüência 3), DECHJLM [SEQ ID NO: 810] é obtido para que a pontuação 0+0+2+2+3=7 supere o consenso, porém é menos que ideal. Se os mesmas forem depositados na ordem HJL, CHJ, EFG, DEF, JLM, DEFGJLM [SEQ ID NO: 811] poderia ser obtido com uma pontuação de 2+2+1+1+3=9, que é a pontuação ideal para esse exemplo. Essas duas soluções são ilustradas na Figura 3.

[0112] O problema de coquetel alinhado de vacinas (M > 1). Na solução de mosaico original, utilizando a otimização do algoritmo genético, todas os M das sequências de mosaico são otimizados ao mesmo tempo.

[0113] Soluções sequenciais. Uma maneira de estender as soluções de epissenso M = 1 para o problema M > 1 é modificar os algoritmos para otimizar a cobertura total de modo a otimizar a cobertura complementar. Isto é: dada uma solução de episódios q1, encontrar q2 que cobre o maior número possível dos epítopos restantes, não cobertos por q1.

[0114] Refinamento iterativo de soluções sequenciais. Dadas as soluções iniciais qi, q2,..., qM, uma nova estimativa para qi pode ser recomputada. Isso é feito começando com os valores de frequência originais para cada um dos epítopos, porém ajustando para zero aqueles epítopos que são cobertos por q2,..., qM. A otimização desse problema de cobertura complementar resulta em um novo qi. Pode-se percorrer todas as soluções iniciais dessa forma, cada vez otimizando a cobertura complementar.

[0115] Pontuação off-by-one. A análise mostrada até agora valoriza a cobertura apenas se um epítopo em uma sequência s for exatamente correspondido por um epítopo em uma sequência q. Mas, particularmente para epítopos mais longos, por exemplo, k = 12, um epítopo em uma sequência pode ainda ser eficaz se for uma correspondência aproximada. Por exemplo, uma concordância em ii dos i2 caracteres pode constituir uma cobertura satisfatória.

[0116] Resultados. Esses algoritmos foram comparados usando um conjunto de dados de 690 sequências.

[0117] A Figura 4 ilustra o aspecto do gráfico para tal conjunto de dados grande. A Figura 4 mostra o gráfico associado a um conjunto de dados de 690 sequências de proteínas Gag de clado B US [SEQ ID NOs. 1 a 690), cada uma alinhada a 556 posições. Os resultados são mostrados na Tabela 2. O eixo horizontal é a posição t, e as colunas de nós indicam os epítopos diferentes em cada posição. Os nós foram dispostos de modo que os mais frequentes fiquem na parte inferior. Os nós e bordas (indicando compatibilidade de nós adjacentes) são mostrados. O gráfico completo é mostrado em (a); uma inserção de perto do mesmo gráfico é mostrada em (b).

[0118] A Tabela 2 mostra uma comparação entre as pontuações de cobertura; essa é a fração dos epítopos (k = 12) nas sequências S que são cobertas (por correspondência exata) pelos epítopos nas sequências de vacina Q = {qi,...,qM}. TABELA 2

[0119] Para as soluções de EpiGraph global, as melhores sequências EpiGraph foram determinadas com base nas sequências de banco de dados de grupo M, clado B e clado C (incluindo até aproximadamente 2015), bem como a segunda sequência EpiGraph complementar para uma vacina bivalente para Gag, Pol e Nef. Uma vantagem inovadora do código EpiGraph sobre o projeto de mosaico é que permite a exclusão deliberada de epítopos raros, uma característica incluída no desenho das novas sequências, consulte a figura abaixo para um exemplo do impacto de excluir variantes raras do grupo M. A Figura 5A a C ilustra os valores finais de EpiGraph e vacinas Personalizadas que foram usadas.

Exemplo 2: Modelo gráfico para cobertura de epítopo ideal de sequências desalinhadas.

[0120] Um conjunto S = {s1 , s2 , . . . , sN } de N sequências de proteínas desalinhadas é adotado para caracterizar a variabilidade de um vírus sobre uma população alvo (por exemplo um clado filogenético, nacional ou global). Um epítopo potencial é uma subsequência de k aminoácidos (tipicamente k = 9). Cada epítopo potencial, e, é atribuído a uma frequência de número inteiro f(e) correspondente ao número de sequências em S em que e aparece. O problema monovalente é projetar uma única sequência artificial q que assemelha-se a uma proteína natural mas cobre idealmente os epítopos potenciais na população S. Escrevendo-se E (q) como o conjunto de epítopos que aparecem em q, a medição de cobertura é

[0121] O numerador é a soma das frequências de epítopos que aparecem em q, e o denominador é normalizado pela soma em todos os epítopos que aparecem em qualquer uma das sequências em S. Essa formulação pode ser expressada como um gráfico direcionado. Cada nó no gráfico corresponde a um epítopo diferente e, e uma borda direcionada conecta dois epítopos de comprimento- k (ea; eb) se aqueles epítopos se sobreporem por k-1 caracteres. Uma trajetória através do gráfico é uma sequência de nós ei, 62, ..., 6L, com uma borda de ei a eM para i = 1, ..., L-1. Tal trajetória corresponde a uma sequência de L+k-1 caracteres, que é o antígeno artificial q.

[0122] Se esse gráfico direcionado não tiver ciclos, então, EpiGraph encontra uma trajetória através do gráfico que maximiza rigorosamente a cobertura, fornecendo a solução ideal. Além disso, essa otimização é feita com esforço computacional que é escalonada apenas linearmente com o tamanho (como medido em nós e bordas) do gráfico. Na prática, o gráfico direcionado criado a partir de S pode não ser acíclico, embora muitas vezes quase seja, especialmente para valores maiores de k. Para esse caso, o gráfico foi “desciclado”, identificando-se iterativamente ciclos e, então, removendo-se as bordas de baixo valor até não haver ciclos.

[0123] Um “coquetel” polivalente de m > 1 antígenos pode ser criado executando-se EpiGraph sequencialmente, e otimizando-se a cobertura de epítopo complementar. Isso é realizado tratando-se os epítopos e que estavam incluídos nos primeiros antígenos como se suas frequências fossem zero e, então, executando-se Epigraph nessas frequências modificadas. Se for exigido que qualquer um dos epítopos nos primeiros antígenos complete uma trajetória (e gere uma proteína completa), os mesmos ainda estarão disponíveis, porém os mesmos serão desfavorecidos, visto que não contribuem mais para a pontuação de cobertura. Essa solução sequencial pode ser aprimorada usando refinamento iterativo.

Exemplo 3: Vacinas terapêuticas personalizadas.

[0124] Embora não seja viável construir uma vacina projetada para cada indivíduo, é viável sequenciar o vírus daquele indivíduo para tentar obter uma correspondência satisfatória de dentro de um pequeno conjunto de referências de opções de vacina. Primeiramente considerou-se uma população de teste de clado B baseado em US, concentrando-se na proteína Gag. Um conjunto de vacinas de referência baseado na África do Sul e um conjunto de vacinas global foram projetados, bem como um desenho de clado B baseado em US atualizado. p24 é a subproteína mais altamente conservada em Gag e pode ser excisada da proteína Gag maior para fornecer uma região conservada de ~230 aminoácidos de comprimento. Uma abordagem de região conservada também foi considerada como uma alternativa para Gag, talvez concentrando-se em regiões em Gag e Pol, possivelmente incluindo a extensão conservada de Nef bem como quaisquer outras proteínas de interesse.

[0125] Esta é uma questão de otimização muito diferente da tentativa de projetar um conjunto que fornece cobertura de população ideal para uma vacina profilática. No caso profiláctico, não se sabe que vírus podem ser encontrados pelo vacinado. Em caso terapêutico, a sequência viral infectante pode ser obtida e combinada.

[0126] A otimização foi feita considerando-se duas coisas: primeiro, maximizar as correspondências de vírus infectantes de um sujeito e, segundo, minimizar as incompatibilidades para que a resposta à vacina seja o mais direcionada possível nos epítopos relativos.

[0127] A filogenia dentro dos principais clados do HIV tende a ter uma estrutura pouca clara. Em vez disso, é um “starburst” com ramificações externas muito longas, e ramificações internas mal definidas muito curtas perto da base. Parte dessa estrutura provavelmente se deve à recombinação intra-subtipo. Embora seja difícil quantificar, a recombinação certamente está ocorrendo com relativa frequência e, por analogia com o que é visto em termos de recombinação inter-subtipo, é provável que seja extensa. Dada a estrutura da árvore, simplesmente usando agrupamento em uma árvore filogênica para definir o conjunto de referências de possíveis vacinas não será tão eficaz, pois as associações dentro do clado têm significado limitado a partir de uma "perspectiva de epítopo". Em vez disso, as relações de sequência deveriam ser consideradas pela medição relativa, e o conjunto de referências deveria ser selecionado com base em potenciais similaridades de epítopos entre cepas naturais e supostos projetos de vacina.

[0128] 12-unidades de repetição foram otimizadas considerando epítopos de classe II, porém o código pode usar qualquer comprimento k-unidades de repetição como um ponto de referência, em que k é o suposto comprimento de epítopo potencial. 9-unidades de repetição também foram usadas. No trabalho anterior com os mosaicos, a solução ideal para 9-unidades de repetição era quase ideal para outros comprimentos próximos (8, 10, 11, 12), e que se espera que transite com os novos algoritmos descritos aqui. 9 unidades de repetição foram usadas para certos conjuntos de vacinas personalizadas revelados no presente documento.

[0129] Idealmente foi definido em termos de cobertura de k-unidades de repetição. Isso é definido substituindo-se cada sequência por um “saco de epítopos”, isto é, uma lista desordenada de todos as k-unidades de repetição que aparecem na sequência. Um saco de epítopos pode ser definida para um conjunto de sequências fazendo uma lista de todas as k-unidades de repetição que aparecem em qualquer uma das sequências no conjunto. A cobertura de uma dada sequência S por um conjunto de sequências Q={qi,q2,...,qN} é fornecida pela fração de epítopos no saco de S que também estão na bolsa coletiva das sequências Q, em que Q deve ser uma combinação polivalente em um coquetel de vacina. Essa cobertura que foi otimizada. Uma outra quantidade de interesse era a fração de epítopos no saco de Q que não estão no saco de S. Embora não sejam (atualmente) usados diretamente na otimização, uma fração menor desses epítopos estranhos é preferida, e esses números são calculados para comparações e projeto experimental.

[0130] Seis (6) maneiras de encontrar “sequências centrais” foram avaliadas quando realiza-se o agrupamento para uma vacina Personalizada incorporada no código de análise de vacina personalizada (consulte abaixo). Uma solução EpiGraph foi considerada melhor, e foi usada para o código final. Várias estratégias de agrupamento também foram testadas.

[0131] Aqui estão as estratégias testadas para definir sequências centrais de agrupamentos baseadas em aminoácidos: 1) Consenso: O consenso era um padrão comum, obtido mediante a concatenação do aminoácido mais comum em um alinhamento. Baseado em Epítopo Potencial (k-unidades de repetição): 2) Epissenso: Essa abordagem resolve uma única sequência central dentro de uma população ou dentro de um agrupamento. Dois algoritmos foram testados para encontrar o epissenso. O primeiro é o algoritmo drop-in-place. Esse começa com o consenso como um “substrato”. Excluindo-se k-unidades de repetição muito raras (aqueles que são encontrados apenas 1 vez na população), começam com variantes de frequência baixas raras e substituem as k-unidades de repetição de consenso pela variante rara, então continuam substituindo por variantes, subindo na lista de todas as k-unidades de repetição com base na sua frequência, substituindo e sobrescrevendo por variantes cada vez mais frequentes até que as variantes mais frequentes em k-unidades de repetição sejam deixadas “permanecer”; sobrepondo k- unidades de repetição com maior freqüência naturalmente tendem a substituir peptídeos que se sobrepõem com frequências mais baixas. O segundo algoritmo é EpiGraph, o mesmo foi descrito no Exemplo 1. As sequências Epigraph são calculadas mais rapidamente do que os mosaicos GA, e assim foram prontamente incorporadas em um algoritmo de agrupamento exigido para projetar uma vacina personalizada. Em um experimento com um conjunto de 690 sequências alinhadas de 556 aminoácidos que compreendem a proteína Gag (SEQ ID NOs: 1 a 690), a solução EpiGraph estava muito próxima de um consenso, e também estava muito próxima do único melhor mosaico, com apenas uma diferença de aminoácidos dos outros dois centroides. 3) Sequencial: Essa abordagem resolve um conjunto de N sequências de opões de vacinas. Aqui, o epissenso é definido primeiro para a população, e esse é q1. Em seguida, todas as k-unidades de repetição que já estão cobertos por q1 são excluídos e a abordagem resolve a segunda sequência na série pelo mesmo processo drop-in-place, para produzir q2. Então, todos as k-unidades de repetição já cobertos por q1 e q2 são excluídos e a abordagem resolve q3 e assim por diante até ser resolvido para um conjunto de N sequências, cada uma incluindo versões cada vez mais raras dos epítopos potenciais. 4) Iterativo: Essa é uma versão iterativa do algoritmo sequencial. A mesma também produz um conjunto de N sequências de opções de vacinas, em geral, com melhor cobertura do que a abordagem sequencial, porém sem a ordenação preferencial que o algoritmo sequencial produz. Começando com uma solução sequencial qi, q2, ..., qN, todos os epítopos que estão no conjunto de sequências de dados são identificados e, então, os epítopos que são cobertos por q2, ..., qN são excluídos. Resolvendo-se o epissenso usando os epítopos restantes (não excluídos), um novo valor é obtido para qi. A etapa seguinte faz o mesmo com q2, excluindo os epítopos em qi, q3, ., qN. E assim por diante para q3 a qN. 5) Mosaico (mosaico GA): definido usando o algoritmo genético original (GA). Mosaico se refere ao algoritmo genético denominado Mosaico e/ou sequências de antígenos produzidas pelo GA. Aqui, um conjunto de mosaicos de tamanho N é resolvido para todos de uma vez, ou o único melhor mosaico pode ser resolvido para, fixo, e resolvido para um conjunto complementar de 5 para formar um total de 6 sequências de opções de vacinas. Essa estratégia foi empregada para permitir comparações diretas com estratégias de agrupamento descritas abaixo. 6) Mais natural: Essa abordagem resolve um conjunto de N sequências de opões de vacinas. A cepa natural em um conjunto é identificada como mais “centrada no epítopo”, isto é, tem as k-unidades de repetição mais comuns. Para encontrar a mesma, para cada k-unidade de repetição em uma determinada tensão natural, uma frequência pode ser atribuída àquela forma específica com base na sua frequência na população, e então somar as freqüências como uma medida de quão bem a cepa natural cobre a população. A cepa natural com a pontuação mais alta é a melhor cepa única, Nat.i. Então, as k-unidades de repetição que estão cobertas por Nat.i podem ser eliminadas do esquema de pontuação e o melhor complemento para Nat.2 pode ser selecionado encontrando a melhor cepa natural para a cobertura de epítopos excluindo os epítopos já cobertos por Nat.i. Isto é feito iterativamente, então k cepas naturais são colhidas, em que k é o número de opções de vacina que deseja-se considerar, e as mesmas são ordenadas, assim Nat.i é a melhor cepa única, Nat.2 o melhor complemento para Nat.i, Nat.3 o melhor complemento para (Nat.i + Nat.2).

[0132] As opções de vacinas que foram exploradas são projetadas de acordo com as seguintes estratégias gerais, comparando-se novas ideias para abordar especificamente as sequências de populações de vacinas terapêuticas que foram projetadas no passado para otimizar a cobertura da população.

[0133] Se todos os indivíduos fossem receber a mesma vacina (isto poderia funcionar melhor somente com regiões conservadas), o sequenciamento e personalização não são feitos - estes são projetos universais, não otimizados para cada indivíduo:

[0134] Consenso: Encontrar uma única sequência universal que melhor cobre a população. Os candidatos a esta seqüência 1-universal incluíram: um consenso de população, o melhor mosaico GA único, o epissenso e a cepa natural mais "epi-cêntrica".

[0135] EpiGraph: Encontrar 2 ou 3 sequências baseadas na população e conceda as mesmas a todos na população. Esta estratégia baseada em população foi comparada usando o mosaico GA, as melhores cepas naturais e a solução de mosaico sequencial e iterativo. Visto que EpiGraphs estão agora disponíveis, e um aprimoramento sobre Mosaicos como também pode-se excluir epítopos raros, pode- se usá-los.

[0136] Em contrapartida, para uma vacina personalizada, cada indivíduo poderia obter apenas as sequências de vacinas que melhor corresponderam à sua infecção: Fabricação, por exemplo, 6 seqüências de antígenos de vacina, e escolher o melhor, ou a melhor combinação de 2 ou 3 entre essas 6 para aplicação ao paciente; isto é, escolher aquelas que proporcionam a melhor cobertura da cepa infectante de um paciente, com o menor número de epitopos incompatíveis. Várias estratégias para esse cenário foram exploradas. a.As seqüências de agrupamentos com uma estratégia semelhante a k- médias para criar 6 agrupamentos, foram feitas 1.500 iterações (cada uma dessas iterações foi uma etapa de divisão e fusão de teste seguida de algumas iterações regulares) para os conjuntos finais, sequências centroides definidas a partir desses 6 agrupamentos para conjuntos de vacinas. A distância entre duas sequências foi definida como um menos a cobertura de epítopos de uma sequência pela outra sequência. Inicialmente, 6 cepas naturais aleatoriamente selecionadas foram usadas para produzir os agrupamentos. Isto forneceu um conjunto muito altamente relacionado de 6 sequências centroides. Foi constatado que se e uma diversidade mais natural fosse representada, isso criaria um conjunto de reagentes melhor para criar vacinas sob medida. Em seguida, os 6 agrupamentos foram produzidos com a maioria das 6 cepas naturais (Nat6) complementares visto que esses são muito distintivos e, então, reatribuídos ao centro com base nos agrupamentos como o epissenso, e iterativamente reagrupados e recentrados. Essa estratégia foi comparada a partir das 6 melhores cepas naturais e usando um consenso como o centroide de agrupamento em vez do epissenso, e o epissenso concedeu uma cobertura ligeiramente melhor. A imposição de um tamanho de agrupamento mínimo também proporcionou uma cobertura ligeiramente melhor (1, 5 e 20 como tamanhos de agrupamento mínimos foram testados), assim um tamanho mínimo de agrupamento foi incorporado como uma restrição. Um tamanho mínimo de 20 era melhor que 1 ou 5. Para implementar um tamanho mínimo, se em um dado ciclo o número de sequências em um tamanho de agrupamento cair abaixo do tamanho mínimo, os membros deste "agrupamento muito pequeno" são reatribuídos ao melhor centroide dos outros cinco agrupamentos. Para fazer um novo agrupamento para substituir o que foi perdido, o agrupamento que tem as maiores distâncias médias até o seu centroide foi dividido levando-se em consideração duas sequências naturais aleatórias dentro do agrupamento como centroides e reformando dois agrupamentos sobre os mesmos, recalculando os centroides e passando para a próxima etapa com estes novos seis agrupamentos. Os centroides desses agrupamentos estavam muito próximos do centro da árvore. Determinou-se a partir das sequências que isto se deve à replicação do consenso repetidamente dentro dos agrupamentos que dominam o sinal. b.Epissenso + (5 centros de agrupamento). Aqui, a sequência central foi definida, primeiro, para a população inteira usando o algoritmo EpiGraph (o epissenso de população), fixada para inclusão como um reagente de vacina. Quaisquer epítopos que correspondem ao epissenso de população foram excluídos das considerações de agrupamento. As sequências são agrupadas como antes, com um tamanho mínimo, mas desta vez 5 agrupamentos baseados em todos os epítopos potenciais, exceto aqueles encontrados no epissenso, assim os agrupamentos complementam o epissenso da população, foram almejados. Isso foi determinado para a melhor solução para Gag. Incluindo-se o epissenso da população em cada vacina personalizada de cada indivíduo, mesmo que uma dada k-unidades de repetição mais comum não seja evidente em suas sequências de HIV amostradas, o mesmo pode estar camuflado ou uma forma comum para a reversão, dado o aminoácido frequente do HIV que alterna entre formas comuns. A segunda sequência complementar de um dos 5 agrupamentos poderia então adicionar à variante uma reação cruzada potencial entre a vacina e a cepa infectante. c.Definir o melhor EpiGraph, adicionar 5 complementos de mosaico para obter um conjunto de seis (os 5 adicionados não são ordenados), ou definir o melhor natural, adicionar 5 naturais em série.

[0137] Após extensas comparações e refinamentos, privilegiou-se o uso do algoritmo EpiGraph para definir o centro de agrupamentos para vacinas personalizadas. É fornecido um conjunto de 6 antígenos de proteína Gag para a fabricação em um modelo personalizado, que visa uma vacina de grupo M global, uma vacina contemporânea do clado B e uma vacina C contemporânea do clado C para a África Austral. A comparação da cobertura de sequências de clados B contemporâneas naturais utilizando 2 sequências de clados B naturais, EpiGraphs de grupo M, EpiGraphs de clado B ou clado B personalizado é mostrada na Figura 6A a B; projetos personalizados de clado B proporcionam a melhor cobertura de epítopo.

[0138] Os vários cenários podem ser resumidos com alguns números como observado na Tabela 3, que são detonados por M, C, T, A e P. Estes são descritos abaixo em termos do número de "pílulas" (isto é, antígenos de vacina) para cada categoria: M=Fabricado, número total de pílulas criadas, a partir do qual algum subconjunto é selecionado para cada indivíduo. (Tipicamente, supõe que M=6 ou menos). C=Comum, essas pílulas que todos administram, possivelmente além de algumas pílulas personalizadas. T/A=Personalizadas/Alternativas, T é o número de pílulas personalizadas (dentre A alternativas) que são dadas a cada indivíduo, possivelmente em combinação com algumas pílulas comuns. P=Por-indivíduo total (T+C), o número de pílulas dados a cada indivíduo. TABELA 3

[0139] Na Tabela 3, os únicos números sublinhados indicam que, em média, mais de 60% das 12-unidades de repetição nas sequências naturais são cobertos pela vacina (SATISFATÓRIO), enquanto os números sublinhados duplos indicam que mais de 70% das 12-unidades de repetição em média não estão presentes na cepas naturais. C6-epi 2 0 2/6 6 1+5-Epi-C5 2 0 2/6 6

[0140] Personalizado - selecionar a melhor 1 de 6 para cada uma das 690 sequências de população: Não muito melhor (0,54 vs 0,51) do que apenas fazer um para toda a população, mas C6-epi é a melhor da classe se 6 vacinas que seriam feitas, e administrar uma das seis a um indivíduo com base em sua sequência.

[0141] Par personalizado híbrido: definir o centro de população, adicionar 1 de 5 centroides para melhor complementar uma sequência fixa para cobrir cada uma das seqüências de teste -

[0142] Três melhores híbridos - definir o centro da população, e 2 de 5 centroides para melhor complementar uma sequência fixa para cobrir a sequência de teste.

[0143] Comum: Todos recebem a mesma vacina com base na população, ou são administrados 1 ou 2 antígenos de vacina:

[0144] Correspondência exata 1+5-Epi-C5:

[0145] E off-by-one considerado uma correspondência 1+5-Epi-C5:

[0146] ** esses provavelmente são a melhor solução. Um epissenso de população foi feito, as 12-unidades de repetição encontradas no epissenso para agrupamento foram excluídas. Quando o epissenso de população é fixo e o melhor epissenso dos outros 5 agrupamentos complementares é escolhido para emparelhar com o mesmo, a mesma resposta é obtida como quando o melhor par entre as 6 variantes foi escolhido. Isso significa que o epissenso de população sempre foi um dos melhores pares.

[0147] Off by one: Para as estimativas acima, apenas correspondências perfeitas foram consideradas, para um epítopo para correspondência entre um coquetel de vacina e uma cepa natural, uma correspondência perfeita de 12/12 era necessária. As incompatibilidades são frequentemente bem tolerados, particularmente para epítopos de classe II, se uma correspondência exigir concordância de 11/12, uma incompatibilidade é 10/12 ou menos. A verdade está provavelmente entre isso, e 10/12 também pode ser aceitável em alguns casos. Aqui, a melhor opção é comparada com uma melhor opção de cepa natural, com correspondências perfeitas:

[0148] Correspondência perfeita (extraída da tabela acima):

[0149] E off-by-one considerado um a correspondência:

[0150] Três pílulas, uma comum (igual para todos). E duas pílulas personalizadas, o melhor par das cinco restantes.

Exemplo 4: Projeto e otimização de um coquetel de antígeno “personalizado” para clado B de HIV-1.

[0151] A diversidade de HIV no nível de população começa com evolução rápida dentro de cada hospedeiro infectado. Grande parte da diversidade dentro do hospedeiro é uma consequência direta de escape imunológico (Bar, K. J. 2012. PLoS Pathog 8:e1002721., Liu, M. K. 2013. J. Clin. Invest. 123:380 a 93, e variantes de escape surgem logo após a infecção (Fischer, W. 2010. PLoS One 5:e12303). O objetivo de vacinas profiláticas é eliminar rapidamente a cepa infectante ou impedir que a mesma infecte inicialmente. Uma vez que não se sabe qual cepa será transmitida, as vacinas profilácticas têm de induzir respostas imunológicas que sejam ativas contra qualquer variante que possa ser encontrada. Em contrapartida, uma imunoterapia pode ser dirigida contra uma população viral conhecida presente num dado hospedeiro. As vacinas profilácticas e terapêuticas contra HIV têm, portanto, de ser concebidas tendo em mente esses requisitos distintos. Conforme ilustrado na Figura 7, as soluções em mosaico aproximam-se da cobertura de epítopo máxima possível para uma determinada população de HIV. A figura também revela diferenças na conservação de proteínas do HIV, com grandes segmentos de Gag, Nef e Pol sendo altamente conservados, enquanto que a maior parte de Env, bem como a maioria das proteínas auxiliares pequenas (dados não mostrados) são altamente variáveis. Embora os mosaicos ofereçam uma solução quase ideal para a cobertura de epítopo em uma população para uma vacina profilática, os mesmos não exploram as informações adicionais para conhecer a sequência da cepa infectante alvejada em um ambiente terapêutico.

[0152] A implementação de uma estratégia de projeto de vacina personalizada requer a fabricação de um número gerenciável de reagentes de vacina que capturem maximamente a diversidade de epítopos da população alvo, sequenciamento de HIV do receptor de vacina infectado e, então, a seleção entre o grupo de reagentes de vacina do subconjunto de inserções de antígenos que melhor corresponde ao indivíduo. Dessa forma, a estratégia de vacina personalizada é conceitualmente diferente do moelo de vacina em mosaico.

[0153] 98% de aproximadamente 150.000 sequências de HIV que foram amostradas nos E.U.A. são clado B. Foram utilizadas as sequências de Gag B de clado B amostradas US, atualmente disponíveis a partir da base de dados HIV de Los Alamos. Havia 690 sequências de Gag intactas neste conjunto (SEQ ID NOs. 1 a 690), cada uma derivada de um indivíduo infectado diferente, representando uma seção transversal da diversidade de cepas de HIV US. Para maximizar a cobertura de epítopo de células T em uma vacina hipotética, ao mesmo tempo que define-se o número de sequências de Gag diferentes que precisam de estar contidas em um coquetel de vacinas, uma estratégia computacional inovadora que acopla o uso de um algoritmo de sequência consenso baseado em epítopo (ou “epissenso”) com agrupamento semelhante a k-médias. Ao contrário de uma sequência consenso simples, que adota o aminoácido mais comum em cada posição do alinhamento, o epissenso busca o epítopo mais comum (por exemplo, 12-unidades de repetição) partindo de cada posição do alinhamento. Entretanto, não se pode simplesmente adotar o epítopo mais comum em cada posição, pois os epítopos se sobrepõem, e isso pode levar a conflitos em aminoácidos nas proximidades. O objetivo é lidar com esses conflitos de uma forma que leve à cobertura máxima de epítopo de uma população por uma vacina.

[0154] Para definir um pequeno conjunto de antígenos para fabricação que representa a diversidade de epítopos na população, utilizou-se uma abordagem semelhante a k-médias para particionar as 690 sequências de Gag em agrupamentos distintos com base na similaridade de epítopos e as sequências epissenso separadas foram geradas para cada agrupamento para servir como a sequência central do agrupamento. A fabricação da cobertura de níveis de variantes individuais após 5 a 6 agrupamentos, e 6 vetores de vacina com 6 variantes de antígeno de HIV é viável, de modo que um conjunto de 6 antígenos seja inicialmente almejado. O algoritmo começa com 6 cepas naturais aleatoriamente selecionadas como sequências de centroides iniciais, e atribui cada uma das seqüências restantes a qualquer um dos 6 que estiver mais próximo. Dentro de cada um dos 6 agrupamentos, uma nova sequência centroide é computada, com base no epissenso das sequências naquele agrupamento. Então, todas as sequências são reatribuídas de acordo com qual dos novos centroides está mais próximo. Este processo converge para uma otimização semelhante a k-médias para o desenho dos 6 antígenos de vacina, que são adotados como os centroides epissenso dos agrupamentos individuais, e esses antígenos poderiam ser usados como um conjunto fabricado, a partir do qual selecionam-se aqueles que fornecem a melhor correspondência para uma dada vacina.

[0155] Verificou-se que uma abordagem híbrida aprimora substancialmente a cobertura do epítopo, ao mesmo tempo que minimiza aumentos em potenciais respostas específicas da vacina. Na estratégia híbrida, a sequência central foi computada para a população inteira (a população epissenso), e o agrupamento subsequente baseou-se exclusivamente em epítopos que não foram encontrados na sequência central. Desta forma, as sequências epissenso de agrupamentos complementam o epsissenso da população. Deste modo, o grupo de reagentes de 6 sequências consiste no epissenso de uma população e em cinco sequências de centroides de agrupamento complementar, e os indivíduos poderiam receber uma vacina personalizada de dois antígenos, o episenso de população emparelhado com a melhor sequência complementar. Esta estratégia produziu sequências mais diversas no conjunto de referências e aprimorou a cobertura potencial de sequências de Gag naturais na população de teste como observado na Tabela 4.

[0156] Tabela 4. Cobertura média por cepa de epítopos potenciais em Gag de clado B US por vacinas diferentes

[0157] Uma vacina personalizada, projeto com 2 ou 3 antígenos, foi fabricada para cada uma das 690 variantes, selecionadas a partir do epissenso de população e das 5 sequências complementares derivadas do agrupamento. Isto foi comparado com a cobertura potencial de epítopo de estratégias de vacinas baseadas na população, em que cada vacinado poderia receber a mesma vacina, em combinações em mosaico ou de melhor natural. "Administrado" indica o número de antígenos que poderiam estar incluídos em um coquetel de vacinas. “Fabricado" indica o tamanho do grupo de referência de antígenos de vacina que precisaria ser sintetizado para escolher entre a abordagem personalizada a ser utilizada. A "% compatível" indica o número médio de epítopos potenciais perfeitamente compatíveis entre cada uma das variantes de Gag naturais e a vacina; quanto mais alto for este valor, mais provavelmente as respostas à vacina apresentarão reatividade cruzada com variantes naturais A "% não compatível" representa a fração de epítopos potenciais na vacina que não são encontrados em uma dada sequência de Gag natural, calculada para cada uma das 690 sequências separadamente. então, a média é calculada. Quanto mais alto esse valor, maior é o potencial da vacina para obter respostas específicas da vacina que podem desviar das respostas de reatividade cruzada. O fator de aprimoramento indica o aumento em cobertura usando as novas opções de modelo de vacina propostas, em vez de usar uma melhor cepa única natural.

[0158] As soluções de vacina personalizadas otimizadas em 12-unidades de repetição são quase ideais para 9-unidades de repetição, e vice-versa, assim agrupamentos baseados em 12-unidades de repetição deveriam funcionar bem para a apresentação de epítopo de classe I e classe II como observado na Tabela 5.

[0159] Tabela 5. Permitir que uma única incompatibilidade de aminoácidos na avaliação de 9 unidades de repetição ou 12 unidades de repetição seja considerada como uma correspondência positiva quando se calcula a cobertura média de um modelo personalizado de 2 proteínas

[0160] Por fim, a abordagem de vacina personalizada teoricamente obtém ótimos resultados se 1 dentre 12 incompatibilidades forem toleradas em epítopos potenciais, em vez de exigir identidade (Tabela 5); dada esta medida mais indulgente e talvez biologicamente mais realista, aproximadamente 90% das respostas de vacina às vacinas personalizadas podem apresentar reatividade cruzada com epítopos em Gags naturais compatíveis. A abordagem de vacina personalizada foi superior aos mosaicos de populações, sequências consenso e as melhores cepas naturais em termos tanto de maximizar a cobertura de epítopo de sequências de Gag como minimizar epítopos específicos de vacina potencialmente prejudiciais (Figura 8). O código também pode ser aplicado a vacinas personalizadas usando múltiplas sequências em vez de usar um representante de indivíduos infectados e a aplicação da estratégia de modelo de vacina personalizada a diferentes populações (o clado C epidêmico na África do Sul, o clado 2 epidêmico regional na Tailândia, e conjunto de grupo M global) é explorada.

[0161] Os antígenos de vacina personalizada podem fornecer uma melhor cobertura (em comparação com antígenos baseados em população) de sequências naturais quando a cepa infectante é conhecida.

Exemplo 5: Vetores de expressão Dupla

[0162] Com o uso dos antígenos de epissenso de população e/ou os antígenos personalizados descritos no presente documento, vetores de expressão dupla são gerados, com cada um expressando um antígeno de Gag completo e um segundo antígeno de HIV. O segundo antígeno do HIV pode ser, por exemplo, uma proteína de fusão da transcriptase inversa (RT) e a parte central de Nef. A integrase não está incluída, uma vez que é um estimulador bastante insatisfatório de respostas de células T. Utilizando vetores CMV (por exemplo, vetores RhCMV ou HCMV) como vectores de expressão dupla, é possível induzir simultaneamente células T em dois antígenos SIV ou HIV diferentes.

[0163] Por exemplo, painéis de até seis vetores de HCMV contendo sequências de Gag personalizadas com base no algoritmo EpiGraph desenvolvido são gerados (um vetor que expressa um antígeno de epissenso de população de Gag e cinco vetores que expressam um antígeno de Gag baseado em agrupamento complementar) e painéis de antígenos que cobrem RT e a região central de Nef também são projetados. Um vetor que expressa um antígeno de epissenso de população de Gag mais dois vetores cada um que expressam um antígeno de Gag diferente pode ser selecionado dentre os cinco antígenos complementares baseados em agrupamentos. Estes vetores também podem conter uma de duas sequências complementares de HIV-1 EpiGraph RT/ nef. Quando não prevê-se que a personalização aprimora a cobertura devido à elevada conservação destas sequências, a solução de 2 mosaicos é mantida e usada para o vetor. Por exemplo, um mosaico RT/nef está incluído no vetor de epissenso de população e o outro é u sado nos vetores personalizados. Um painel de vetores de vacina baseado em HCMV que pode entrar na produção de vacina é gerado por sequenciamento dos vetores resultantes e caracterização dos mesmos para expressão de antígenos e crescimento in vitro.

[0164] As inserções de DNA otimizadas para códons sintéticos são geradas correspondendo ao mosaico Gag, RT e Nef e aos antígenos personalizados projetados no Exemplo 3.

Exemplo 6: Expressão temporária de antígenos virais desenvolvidos usando a abordagem EpiGraph.

[0165] Os antígenos projetados para maximizar a frequência de epítopo usando o algoritmo EpiGraph se assemelham a sequências naturais, mas já não codificam proteínas nativas. Embora as diretivas teóricas para a expressão destas sequências artificiais sejam aderidas na construção destas sequências, as proteínas codificadas pelas mesmas podem exibir perfis de expressão não antecipados ou não expressar uma proteína de comprimento total estável.

[0166] Para avaliar o perfil de expressão destas sequências no contexto de células de mamífero, as sequências de EpiGraph foram sintetizadas e clonadas para transfecção temporária. O DNA que codifica estes construtos foi sintetizado (Genscript, Piscataway, NJ) para conter locais de clonagem compatíveis para vectores plasmidiais (pcDNA3.1 e pOri). Todas as inserções foram otimizadas para o respectivo hospedeiro (rhesus, SIV ou humano, HIV). Cada construto também foi modificado para eliminar a atividade enzimática residual da sequência nativa como descrito em Kulkarni et al. Vaccine (2011). As posições deletadas eram baseadas na sequência de aminoácidos relativa a EpiGraph-1 de Clado B. Os aminoácidos excluídos incluem; "DTG" associado à atividade de protease (posições 81 a 83), "YMDD" associado à atividade de transcriptase reversa (posições 338 a 341), "E" associado à atividade de RNaseH (posição 633), "D" 779), "D" associado à atividade de Integrase (posição 831), e "E" associado à atividade de Integrase (posição 867). O DNA sintético foi reidratado em água e digerido com endonucleases de restrição (5 'NheI, 3' BamHI) seguido de inativação por calor. O vetor plasmidial foi linearizado com endonucleases compatíveis e tratado com fosfatase intestinal de vitelo para impedir a recircularização do vetor vazio. O vetor e fragmentos de inserção foram resolvidos por eletroforese em gel de agarose para confirmar os tamanhos de fragmento de digestão e limpos para ligação por kit de purificação por PCR (Thermo Scientific). As inserções foram ligadas a um vetor linearizado a uma relação de inserção para vetor de cerca de 3:1 durante 15 minutos à temperatura ambiente utilizando um kit de ligação rápida (Roche, Indianapolis, IN), transformadas em E. coli (DH5-alfa) quimicamente competente e colocadas em placas de seleção de antibióticos. O DNA das colônias resultantes foi rastreado por digestão de restrição de inserções

[0167] Os clones contendo cada uma das inserções corretas na orientação apropriada relativa ao promotor do vetor e às sequências de poli (A) foram desenvolvidas em cultura líquida para purificação de DNA plasmidial. As células Hela subconfluentes que crescem ativamente em placas de cultura de tecidos de 12 poços receberam 500ul de meio fresco (DMEM 10% de FBS) enquanto lipossomas eram preparados. Para gerar lipossomas contendo DNA plasmidial, 250 ul de meio isento de soro foram misturados com 500 ng de DNA plasmidial e 250 ul de meio isento de soro foram misturados com 2 uL de lipídeo (Lipofectamine 2000, Invitrogen). Após 5 minutos de incubação à temperatura ambiente, estas soluções foram combinadas, misturadas e incubadas durante 20 minutos. Os lipossomas contendo DNA (500 ul) formados durante este processo foram adicionados por gotejamento à cultura e deixados incubar 12 a 16 horas, após esse período a mistura de transfecção foi substituída por meio fresco. Após um dia adicional de incubação as culturas foram colhidas por raspagem e centrifugação. Os sobrenadantes foram removidos por aspiração e os péletes celulares foram lisados por ressuspensão em 100ul de corante de carga de gel contendo 5% de SDS e 10% de 2-mercaptoetanol e centrifugação através de coluna QiaShred (Qiagen, Valencia, CA).

[0168] A expressão das proteínas EpiGraph foi demonstrada por electroforese em gel de poliacrilamida SDS (SDS-page) e por Western blotting desenvolvido com anticorpos para o V5 ou marcador de epítopo de hemaglutinina manipulado em cada construto. Brevemente, géis de poliacrilamida a 10% foram preparados e carregados com 10 ul (10% de cada amostra) e submetidos à electroforese a 110 a 120 volts durante 90 minutos. As proteínas resolvidas foram transferidas para membranas de PVDF por blotting semisseco a 20 volts durante 45 a 50 minutos. A ligação não específica foi bloqueada com uma solução de 10% de leite em pó desnatado em solução salina tamponada com fosfato com tween-20 a 0,1% (PBS-T) durante 60 minutos. Os anticorpos de HA (Sigma) ou V5 (Santa Cruz) foram diluídos em solução de leite a 5% e incubados com membranas durante 1 hora seguido de 3 lavagens com PBS-T antes da adição de diluição 1: 2000 de anticorpo secundário anti-camundongo de cabra conjugado com peroxidase de raiz- forte (Santa Cruz) durante 1 hora. Subsequentemente, as manchas são lavadas três vezes em PBS-T e desenvolvidas com enzima quimiluminescência ligada à enzima (ECL, kit (Thermo-Pierce) e visualizadas com filme de raios-X.

[0169] Todos os construtos testados demonstraram expressão temporária robusta a proteínas do peso molecular previsto e confirmaram a sua utilidade para testes na cadeia principal de vetor CMV. (por exemplo, consulte as Figuras 9A a C ).

Exemplo 7: Engenharia de antígenos projetados por EpiGraph em construtos de BAC de vetor CMV e expressão de vírus reconstituídos.

[0170] Os antígenos de EpiGraph foram projetados para maximizar a cobertura de epítopos de células T representativos do espectro de sequências virais e clados de HIV a partir dos quais os mesmos foram gerados. Para utilizar estes antígenos de forma mais eficaz, os mesmos foram projetados em vetores CMV que demonstraram três vezes o espectro de células T CD8+ de plataformas concorrentes. A ampla apresentação de antígenos e os perfis de expressão ao longo da vida de vetores CMV demonstraram a capacidade de proteger e curar macacos rhesus infectados com SIV. O algoritmo de desenho de antigeno EpiGraph em combinação com vetores CMV pode proporcionar uma cobertura ainda maior do HIV dentro e entre clados quando aplicado a vacinas amplamente profiláticas ou vacinas focalizadas personalizadas.

[0171] As sequências EpiGraph que foram demonstradas como expressão em sistemas de transfecção temporários foram subclonadas no plasmídeo de recombinação (pOri) e transferidas para cadeias principais de CMV utilizando a recombinação de BAC. (Messerle et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 1997 Dec 23;94(26):14759 a 63; e Borst et al. J Virol. 1999 Oct;73(10):8320 a 9).

[0172] A recombinação de BAC facilita a manipulação de sequências de DNA grandes utilizando enzimas de recombinação reguladas por temperatura e metabólito no contexto da cepa EL250 de E. coli contendo um BAC parental. A recombinação é um processo sequencial em duas etapas que consiste na inserção da sequência de antígeno com um gene de resistência a antibióticos (canamicina) na região alvo seguido pela remoção de cassete de canamicina. Os fragmentos de inserção são amplificados por PCR a partir de DNA modelo contendo o antígeno de interesse mais canamicina utilizando iniciadores com braços de homologia longos (50+ pb).

[0173] Para preparar as células bacterianas para a etapa de inserção, culturas de cinco ml foram desenvolvidas de um dia para o outro a 30°C em Caldo Luria (LB) com cloranfenicol e diluído até 50 ml na manhã seguinte. As bactérias se desenvolveram durante aproximadamente 3 a 4 horas adicionais a 30°C (até um OD = 0,6) e depois submetidas a choque térmico por agitação a 42°C durante 15 minutos para induzir as enzimas de recombinação. Após esta indução, as bactérias foram peletizadas (3000 rpm, 10 minutos, 4°C) e, então, lavadas três vezes em água gelada. As células de E. coli se tornaram eletrocompetentes para receber o produto de PCR e a recombinação competente para inserção da sequência na região alvo do BAC. O elemento de inserção purificado (500 ng) foi combinado com 100 ul de E. coli competente em gelo, deslocado para um cadinho de 0,2 cm (Fisher) e eletroporado utilizando o aparelho Bio-rad MicroPulser. Após a eletroporação, as bactérias foram diluídas por adição de 900 ul de meio de cultura LB e deixadas se recuperarem a 30°C durante 2 horas antes do plaqueamento em placas de cloranfenicol/canamicina. As placas foram incubadas a 30°C durante dois dias e as colônias foram filtradas por digestão de restrição e PCR para eventos de recombinação.

[0174] Os construtos de BAC positivas para recombinação prosseguiram para a segunda etapa em que a cassete de canamicina foi excisado pela indução de arabinose da recombinase de Flip mediada por sítios FRT flanqueadores. Culturas de 5 ml foram desenvolvidas de um dia para o outro em LB + cloranfenicol e diluídas 1:10 na manhã seguinte. Após três horas de crescimento, as bactérias foram tratadas com L-arabinose (Arcos, concentração final de 0,1%) e induzidas durante 1,5 hora a 30°C. Após a indução, as bactérias foram aplicadas por esfregaço em placas de cloranfenicol e incubadas durante dois dias a 30°C. As colônias foram, então, replicadas em placas de cloranfenicol/canamicina e cloranfenicol para analisar clones que tinham perdido resistência à canamicina. Estes clones foram ainda analisados por digestão de restrição e PCR para confirmar o construto.

[0175] Reconstituição Viral: Para regenerar o vírus, o DNA de BAC foi transferido para células hospedeiras de mamífero permissivas para o crescimento viral. O DNA de BAC purificado a partir de 10 ml de uma cultura de um dia para o outro foi eletroporado em aproximadamente 1/5 de um frasco confluente de fibroblastos telomerizados (~ 200.000 células). Em suma, as células foram peletizadas (1.500 rpm, 5 minutos) e ressuspensas em 700 ul de Opti-Mem. Esta mistura de células foi, então, adicionada a 50 ul de DNA de BAC e misturada suavemente antes da transferência para um cadinho de 4 mm. A eletroporação foi realizada utilizando o Bio-rad GenePulser II em 0,25 kV e 0,95 uF. Após a eletroporação, as células foram plaqueadas em placas de 100 mm contendo DMEM + FBS a 10% e o meio foi mudado no dia seguinte para remover restos de células. As células foram observadas diariamente quanto à formação de placas e colhidas em CPE completa. As células ligadas restantes foram colhidas por raspador de células e peletizadas por centrifugação (1.500 rpm, 5 minutos), e o sobrenadante contendo o vetor viral reconstituído foi retido para a passagem do vírus recombinante. Os péletes celulares foram lisados por ressuspensão em 100ul de corante de carga de gel contendo 5% de SDS e 10% de 2-mercaptoetanol e centrifugação através de coluna QiaShred (Qiagen, Valencia, CA).

[0176] Expressão de EpiGraph Viral: A expressão das proteínas EpiGraph foi testada por eletroforese em gel de poliacrilamida SDS (SDS-page) e por Western blotting desenvolvido com anticorpos para o V5 ou marcador de epítopo de hemaglutinina manipulado em cada construto. Brevemente, géis de poliacrilamida a 10% foram preparados e carregados com 10 ul (10% de cada amostra) e submetidos à eletroforese a 110 a 120 volts durante 90 minutos. As proteínas resolvidas foram transferidas para membranas de PVDF por blotting semisseco a 20 volts durante 45 a 50 minutos. A ligação não específica foi bloqueada com uma solução de 10% de leite em pó desnatado em solução salina tamponada com fosfato com tween-20 a 0,1% (PBS-T) durante 60 minutos. Os anticorpos de HA (Sigma) ou V5 (Santa Cruz) foram diluídos em solução de leite a 5% e incubados com membranas durante 1 hora seguido de 3 lavagens com PBS-T antes da adição de diluição 1: 2000 de anticorpo secundário anti-camundongo de cabra conjugado com peroxidase de raiz-forte (Santa Cruz) durante 1 hora. Subsequentemente, as manchas foram lavadas três vezes em PBS-T e desenvolvidas com enzima quimiluminescência ligada à enzima (ECL, kit (Thermo-Pierce) e visualizadas com filme de raios-X.

[0177] Todos os construtos testados demonstraram expressão estável robusta a proteínas do peso molecular previsto, dessa forma, confirmando a sua utilidade para testes de imunogenicidade no modelo de vacina CMV em rhesus. (por exemplo, consulte a Figura 10A a B).

Exemplo 8 Vacinas Epigraph na População:

[0178] O algoritmo Epigraph foi utilizado para criar um conjunto de antígenos de vacina utilizando inicialmente vetores CMV, entretanto, outros sistemas de administração de vacinas podem ser utilizados.

[0179] O grupo M (global) foi considerado, bem como clado B e C (uso geograficamente limitado para regiões onde estes clados particulares são endêmicos). Antígenos de vacina Epigraph de Gag, Pol e Nef foram gerados. Grupos B e M são expressados.

Atributos de Design de Epigraph Básicos:

[0180] Os Epigraphs usam uma teoria de gráfico/abordagem de programação dinâmica para projetar antígenos que maximizam a potencial cobertura de epítopo de células T (PTE). Sob certas condições, os mesmos são matematicamente ideais e são muito computacionalmente eficientes. Os Epigraphs têm um benefício tangível adicional em relação a antígenos Mosaico, pelo fato de que o benefício de excluir epítopos cada vez mais raros nos construtos pode ser equilibrado tolerando-se custos de cobertura de PTE mínimos. Estes Epigraphs foram projetados considerando esse fato, permitindo um ligeiro custo de cobertura (0,005) para assegurar que mesmo os epítopos mais raros representados nos antígenos Epigraph foram observados em muitas das sequências de população (o número preciso depende do conjunto de dados de entrada).

[0181] Os conjuntos de dados de entrada para estes Epigraphs foram obtidos a partir do conjunto de alinhamento da sequência de banco de dados de HIV para cada uma das proteínas, Gag, Pol e Nef, incluindo uma sequência por pessoa, circa Set 2014. Sequências incompletas foram excluídas. Isto deixou os seguintes números de sequências para cada conjunto de proteínas, Nseqs é o número de sequências no alinhamento de entrada

[0182] Os conjuntos de antígenos Epigraph emparelhados para uma vacina bivalente foram sequencialmente resolvidos utilizando o algoritmo Epigraph para sequências não alinhadas. A solução sequencial foi utilizada, o que permite o uso do primeiro Epigraph como uma vacina monovalente em isolamento. Isso significa que os mesmos são projetados de modo que o melhor antígeno Epigraph único, um "epissenso", seja resolvido primeiro para fornecer a cobertura ideal de PTE de uma população, e, então, seja fixado para inclusão no design bivalente. O complemento é então resolvido para fornecer a melhor cobertura de PTE de população por um par bivalente de antígenos que contém o primeiro Epigraph, o epissenso. Os custos de cobertura foram mínimos em relação a uma solução de antígeno simultânea.

[0183] Uma análise foi, então, realizada para determinar o custo de cobertura de excluir variantes raras. Os dados são resumidos na tabela a seguir. fo é o limiar de epítopo raro. As sequências são produzidas após descartar todos os que aparecem em fo ou menos sequências. Em outras palavras, cada PTE que está na vacina apareceu em mais de fo sequências. Esses valores de fo eram os maiores possíveis enquanto alcançavam uma cobertura que estava dentro de 0,005 da cobertura máxima alcançada quando fo=0. Nseqs é o número de sequências no alinhamento de entrada.

[0184] Os antígenos Epigraph básicos foram projetados como proteínas completas, e estes foram expressados em vetores CMV e testados como proteínas de fusão Gag/Nef ou Pol com deleções feitas por segurança ou como as regiões mais conservadas de Gag e Nef fundidas ou as regiões mais conservadas de Pol fundidas. Listas de cada forma de proteína completa para a expressão no vetor CMV são incluídas abaixo com exemplos do grupo M e do clado B.

[0185] As regiões conservadas para antígenos de vacina são excisadas das proteínas Epigraph de comprimento total.

[0186] As regiões conservadas dentro de Gag, Pol e Nef foram definidas com base no potencial para a cobertura de PTE por uma vacina bivalente (isto é, 2 antígenos). Isto é, os mesmos eram baseados no potencial de dois antígenos otimizados para proporcionar cobertura PTE do clado B. As sequências para as regiões conservadas são mostradas na lista abaixo. Os limites foram selecionados para capturar a metade mais conservada de cada uma das três proteínas (Gag, Pol e Nef), no fragmento contíguo possível mais longo, então as regiões conservadas são intercaladas com seções mais variáveis. Em Gag, os contornos refletem simplesmente os contornos da proteína capsidial p24.

Exemplo 9: Antígenos Terapêuticos Personalizados

[0187] Para os antígenos personalizados, Gag ou a parte mais conservada de Gag, p24 foram usados. Para um projeto, os 2015 alinhamentos de grupo M completos de 4596 sequências foram usados, para fornecer uma solução global. Um alinhamento de 189 sequências de clado B contemporâneas foi isolado nos EUA, ou um alinhamento de 199 sequências de clado C contemporâneas da África do Sul. "Contemporâneo" refere-se a vírus que foram isolados após 2004; Todas as sequências amostradas na última década foram usadas para obter uma amostragem razoável de sequências de cada região. As sequências que não foram totalmente resolvidas ou estavam incompletas foram excluídas. Os vírus contemporâneos específicos de subtipos regionais foram selecionados, pois os mesmos representam correspondências satisfatórias para populações que seriam prováveis para estudos iniciais de prova de conceito para avaliação de vacinas personalizadas; usando conjuntos regionais de subtipo único, a diversidade de populações poderia ser limitada para aumentar o potencial de sucesso de uma vacina terapêutica contra o HIV.

[0188] Estes antígenos de vacina terapêuticos são projetados para serem usados em cenários de tratamento em que poderiam ser combinados ou “personalizados”, para o vírus infectante sequenciado da pessoa que receberia a vacina. 6 antígenos de vacina poderiam ser fabricados, as melhores 2 ou 3 correspondências a partir do conjunto para o vírus infectante de indivíduos poderiam ser dadas a um indivíduo para maximizar as correspondências entre a vacina e sua cepa infectante.

[0189] Assim, a Gag completa para cada epigraph é fornecida abaixo, para a fabricação da solução de 6 antígenos personalizados, com p24 como em negrito. Gag ou a p24 mais conservada poderia ser utilizada em uma vacina personalizada.

[0190] As pontuações de PTE compatíveis e as pontuações incompatíveis (número de extras), para a distribuição dos n melhores antígenos correspondentes dentre um grupo de m, para proteínas Gag ou a região p24 interior, em que os n são selecionados para cobrir melhor cada sequência individual na população alvo. As populações alvo são a população infectada por clado C contemporânea amostrada na África do Sul, ou a população de clado B contemporânea amostrada nos EUA. As melhores soluções usam um grupo de m=6 antígenos, e estão em negrito; essas são baseadas nas seis sequências mostradas acima.

[0191] Cobertura de Epítopo de Gag de clado C da África do Sul

[0192] Cobertura de Epítopo de Gag de p24 de clado C da África do Sul

[0193] Cobertura de Epítopo de Gag de clado B dos EUA

[0194] Cobertura de Epítopo de p24 de clado B dos EUA

Exemplo 10: Teste de vacina

[0195] As ramificações de vacina para teste inicial em CMV incluem: 1) Um único antígeno Gag de epissenso de população, essencial para o clado B epidêmico dos EUA; 2) O episenso de população mais uma proteína Gag personalizada selecionada para ser uma cepa natural de HIV-1 de melhor correspondência; 3) O epissenso de população mais uma proteína Gag personalizada selecionada para ser uma cepa de HIV-1 natural de melhor correspondência diferente (e distante); 4) O epissenso de população mais ambas as proteínas Gag da coorte 2 e 3. As respostas imunológicas resultantes são analisadas usando peptídeos de 15- unidades de repetição sobrepostos (sobreposição de 4 aminoácidos) correspondentes ao antígeno da vacina (para determinar as respostas específicas específicas de Gag induzidas pela vacina) e, então, à cepa de HIV-1 “alvo” e cepas de HIV não alvo selecionadas (consulte abaixo) para medir as respostas específicas da cepa e o nível de correspondência de epítopos (comparando sequências de Gag de HIV alvo vs. não alvo). Foi determinado que as inserções computacionalmente projetadas e as combinações de vetor proporcionam uma maior magnitude e respostas de células T mais amplas à cepa alvo, enquanto minimizam as respostas correspondentes à cepa não-alvo. Os resultados desta análise permitem testar experimentalmente as previsões de correspondência de epítopos geradas no Exemplo 1.

[0196] Quatro coortes de 5 Macacos Rhesus (RM) são inoculadas com 106 PFU de vetores HCMV da seguinte forma: a coorte 1 recebe um único vetor contendo a sequência de epissenso de clado B, a coorte 2 recebe o vetor de epissenso mais um único vetor de vacina personalizada, a coorte 3 recebe o epissenso mais um vetor de vacina personalizada diferente e a coorte 4 recebe o epissenso mais ambos os vetores de vacina personalizada. As vacinas são "personalizadas" para 2 cepas de HIV transmitidas/fundadoras representativas selecionadas a partir de um pequeno conjunto de 9 infecções por HIV de U.S. do clado B que foram extensivamente sequenciadas longitudinalmente; este painel representa um espectro de infecção natural comparável com o que poderia ser encontrado em um ensaio clínico humano. Essencialmente, estas duas cepas naturais divergentes estão sendo usadas como protótipos por pacientes. O par de elementos de inserção insertos de vacina, que é otimizado para um, será subideal para o outro e vice-versa, permitindo - através da determinação do reconhecimento cruzado a conjuntos de peptídeos que refletem cada sequência específica de cepa - análise recíproca da possibilidade de existir um benefício para a presente estratégia de correspondência de sequências personalizadas Além desta análise recíproca, a sequência das outras 7 infecções variará na sua "correspondência" relativa ao(s) elemento(s) de inserção do vetor de vacina selecionado(s) e analisando as respostas aos conjuntos de peptídeos que refletem as sequências destas outras 7 cepas de HIV, a reação entre a sequência de inserção de vetor e a combinação de vetor em magnitude e amplitude de respostas compatíveis versus incompatíveis será amplamente analisada. Parte da motivação para se concentrar neste conjunto de 9 cepas é que os genomas de comprimento total cuidadosamente sequenciados estão disponíveis a partir de amostras longitudinais. Os isolados também estão disponíveis como clones moleculares infecciosos, que podem ser úteis para avaliar respostas em estudos humanos subsequentes. Dessa forma, fazendo o trabalho de base em RM usando este conjunto, haverá um conjunto compatível de proteínas particularmente útil para comparações diretas entre respostas de macacos e seres humanos quando essas vacinas são avançadas em estudos em seres humanos.

[0197] Os macacos Rhesus (RM) são inoculados de forma subcutânea no dia 0 e semana 12 e acompanhados longitudinalmente durante um ano. Uma vez que a vacinação por vetores HCMV não é afetada pela imunidade anti-RhCMV pré- existente, os animais naturalmente infectados com RhCMV são utilizados para estas experiências. A análise de citocinas intracelulares por citometria de fluxo (ICS) é usada para determinar a resposta das células T CD4+ e CD8+ a peptídeos de 15 unidades de repetição consecutivos individuais compreendendo as sequências de vacina dentro das inserções de vacina administradas a cada animal (que irão compreender as respostas totais induzidas pela vacina). É, então, determinado que estas células T específicas de epítopo reconhecem variantes de epítopo tanto na cepa alvo como nas outras 8 cepas não-alvo. Para os peptídeos que mostram respostas a epítopos específicos de cepa, a magnitude, avidez funcional e características funcionais (produção de IFN-y, TNF-a, IL-2 e MIP-1β e externalização de CD107) destas respostas às variantes de peptídeos "parentais” são comparadas para determinar o grau de reatividade cruzada funcional. Em casos selecionados, a análise de truncagem é usada para identificar o epítopo nuclear para análises comparativas similares. Para determinar a porcentagem de células T CD8+ restritas a MHC-II presentes, mAbs "bloqueadores" específicos para MHC-I e MHC-II, e o peptídeo de ligação específico para MHC-II derivado da cadeia invariante, CLIP, são usados para inibir respostas de células T CD8+ específicas para gripe em PBMC, como foi feito anteriormente para respostas de SIV.

[0198] Independentemente dos resultados de iniciação de células T relacionados a genes específicos de vetor, a análise imunológica permite testar a hipótese de que as células T induzidas por vacinas personalizadas são superiores em relação à cobertura de epítopo de um dado reservatório natural de HIV em comparação com vacinas não personalizadas. O coquetel de 2 antígenos personalizado poderia provavelmente gerar respostas de células T com uma frequência pelo menos 25% maior de respostas com reatividade cruzada à sua cepa natural correspondente em comparação com epissenso individualmente (Tabela 5). Um teste também foi feito para determinar se a inclusão de 3 antígenos personalizados complementares em um coquetel induz mais reatividade cruzada ou se a diluição do antígeno ou a presença de um maior número de epítopos específicos da vacina necessários adicionando 3 em vez de 2 antígenos diminui realmente a magnitude ou amplitude da resposta com reatividade cruzada à proteína natural. Espera-se que as respostas das células T baseadas em CMV sejam muito mais amplas e, portanto, cobrem uma porcentagem muito maior de sequências do que a relatada anteriormente para outros vetores. Dessa forma, mesmo com um número relativamente pequeno de animais, deve haver respostas de epítopos suficientes para avaliar o impacto da variação da sequência no potencial de reatividade cruzada das respostas. O número e a magnitude de todas as respostas às vacinas são determinados usando conjuntos de peptídeos correspondentes à vacina. Uma vez que os peptídeos almejados são determinados, usa-se apenas aqueles peptídeos que são positivos em cada animal, determina-se o impacto de variação natural em cada peptídeo responsivo à vacina. As variantes naturais que são testadas são baseadas na variação encontrada em um painel de referência, incluindo ambas as Gags personalizadas e mal combinados. Métodos estatísticos de reamostragem não-paramétricos e computacionais são usados como as ferramentas principais para avaliar o impacto de variação do epítopo sobre a redução de magnitude ou a anulação de reconhecimento. Essas análises são complementadas, entretanto, usando modelos lineares generalizados como necessário para explorar o impacto de interações mais complexas sobre a reatividade cruzada de resposta de células T. SEQ ID NO: 691 Sequência epissenso de antígenos de vacina personalizada. MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQKIEVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQ AAADTGNSS QVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQML KETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRM YSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQ GVGGPGHKARVLAEAMSQVTN-- SATIMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDC--TERQANFLGKIWPSH- KGRPGNFLQ SRPEPT APPEESFRFGEETTTPS QKQEPIDKE LYP-LASLRSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 692 Sequência de antígenos 1 de vacina personalizada. MGARASVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSGGCRQILEQLQPSLQTGSEEL RSLYNTVATLYCVHQKIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKAQQ AAAAADTGNNS QVSQNYPIVQNMQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNSVGGHQAAMQML KETINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRM YSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQ GVGGPSHKARVLAEAMSQATN-- SATIMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDC--TERQVNFLGKIWPSH- KGRPGNFLQ NRPEPT APPAESFRFGEETTTPP QKQEPIDKE LYP-LASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 693 Sequência de antígenos 2 de vacina personalizada. MGARASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKRYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAEGCRQILGQLQPALQTGSEEL KSLFNTVATLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKAQP AAADTGSSS QVSQNYPIVQNMQGQMVHQAISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFAALSEGATPQDLNLMLNTVGGHQAAMQML KETINEEAAEWDRLHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKKWIIMGLNKIVRM YSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQ GVGGPSHKARVLAEAMSQATN-- SATIMMQRGNFKNQRKTIKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDC--TERQANFLGKIWPSH- KGRPGNFLQ NRPEPT APPAESFRFGEETTTPP QKQEPIDKE LYP-LASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 694 Sequência de antígenos 3 de vacina personalizada. MGARASVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSGGCRQILEQLQPSLQTGSEEL RSLYNTVATLYCVHQKIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKAQQ AAAAADTGNNS QVSQNYPIVQNMQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNSVGGHQAAMQML KETINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRM YSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQ GVGGPSHKARVLAEAMSQATN-- SATIMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDC--TERQVNFLGKIWPSH- KGRPGNFLQ NRPEPT APPAESFRFGEETTTPP QKQEPIDKE LYP-LASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 695 Sequência de antígenos 4 de vacina personalizada. MGARASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAEGCRQILGQLQPALQTGSEEL RSLYNTVATLYCVHQRIEVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKVQQ AAAADTGNSN QVSQNYPIVQNIQGQMVHQPLSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTIGGHQAAMQML KETINEEAADWDRLHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRM YSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQ GVGGPSHKARVLAEAMSQVTN-- SATIMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGKEGHQMKEC--TERQANFLGKIWPSY- KGRPGNFLQ SRPEPS APPEESFRFGEETATPS QKQEPIDKE LYP-LASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 696 Sequência de antígenos 5 de vacina personalizada. MGARASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHLVWASRELERFAVNPGLLETAEGCRQILGQLQPALQTGSEEL KSLFNTVATLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKAQQ AAADTGNNS QVSQNYPIVQNIQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFSALAEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQIL KETINEEAAEWDRLHPVQAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTHNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRM YSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQ GVGGPSHKARVLAEAMSQATN-- PATIMMQRGNFKNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKEC--TERQANFLGKIWPSY- KGRPGNFLQ SRPEPS APPEESFRFGEETTTPP QKQEPIDKE LYP-LTSLRSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 697 EpiGraph de Sequência de antígeno 1. MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQ AAADTGNSS QVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQML KETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRM YSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQ GVGGPGHKARVLAEAMSQVTN-- SATIMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDC--TERQANFLGKIWPSH- KGRPGNFLQ SRPEPT APPEESFRFGEETTTPS QKQEPIDKE LYP-LASLRSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 698 EpiGraph de Antígeno 1 de coquetel. MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQ AAADTGNSS QVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQML KETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRM YSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQ GVGGPGHKARVLAEAMSQVTN-- SATIMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDC--TERQANFLGKIWPSH- KGRPGNFLQ SRPEPT APPEESFRFGEETTTPS QKQEPIDKE LYP-LASLRSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 699 EpiGraph de Antígeno 2 de coquetel. MGARASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFALNPGLLETAEGCRQILGQLQPALQTGSEEL KSLFNTVATLYCVHQKIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKAQQ AAAAADTGNNS QVSQNYPIVQNMQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNLMLNTVGGHQAAMQIL KETINEEAADWDRLHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRM YSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRVYKTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQ GVGGPSHKARVLAEAMSQATN-- SATIMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGKEGHQMKEC--TERQANFLGKIWPSY- KGRPGNFLQ NRPEPT APPAESFRFGEETTTPP QKQEPIDKE LYP-LASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 700 EpiGraph de Antígeno 3 de coquetel. ARASVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHLVWASRELERFAINPGLLETSGGCRQILEQLQPSLQTGSEELRS LYNTVAVLYCVHQRIEVKDTKEALEKVEEEQNKSKKKVQQ AAADTGNSN QVSQNYPIVQNIQGQMVHQPISPRTLNAWVKVIEDKAFSPEVIPMFAALSEGATPQDLNTMLNTIGGHQAAMQML KDTINEEAAEWDRLHPVQAGPVAPGQMRDPRGSDIAGTTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRM YSPTSILDIKQGPKESFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCRTILKALGPAATLEEMMSACQ GVGGPSHKARILAEAMSQVTN-- STAIMMQRGNFKNQRKTVKCFNCGREGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCTERQRQANFLGKIWPSS- KGRPGNFLQ SRPEPS APPEESFRFGEETATPS QKQEPIDKE LYP-LTSLRSLFGNDPSLQ SEQ ID NO: 701 Epigraph 1 de fusão de gag/nef de HIV B MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIEVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNSSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPR TLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAP GQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRF YKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQ SRPEPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLKSLFGNDPSSQGGKWSKSSIVGWPAVRERMRRAEPA AEGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAATNADCAWLEAQEEEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLI YSQKRQDILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCFKLVPVEPEKVEEANEGENNSLLHPMSQHGMDDP EKEVLMWKFDSRLAFHHMARELHPEYYKDC SEQ ID NO: 702 Epigraph 2 de fusão de gag/nef de HIV B MGARASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFALNPGLLETSEGCKQILGQLQPALQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKCKKKAQQAAAAADTGNNSQVSQNYPIVQNMQGQMVHQALS PRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPV APGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTHNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVD RFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVTNS ATIMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKRGCWKCGKEGHQMKECTERQANFLGKIWPSYKGRPGNF LQNRPEPTAPPAESFRFGEETATPPQKQEPIDKEMYPLASLRSLFGNDPSQGGKWSKRSVPGWNTIRERMRRTEP AAEGVGAASRDLERHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEDEEVGFPVKPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGL IHSQKRQEILDLWVYNTQGYFPDWHNYTPGPGTRFPLTFGWCFKLVPVDPEQVEKANEGENNCLLHPMSLHGMDD PEREVLVWKFDSRLAFHHVAREKHPEYYKDC SEQ ID NO: 703 Epigraph 1 de pol de HIV B MFFRENLAFPQGKAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSLSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQ LKEALLADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCT LNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWR KLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYN VLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPP FLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKQLCKLLRGTKALTEVVPLTEEAEL ELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKIA TESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETK LGKAGYVTDRGRQKVVSLTDTTNQKTQAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKK EKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKC QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTNGSN FTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSA GERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDY GKQMAGDDCVASRQDED SEQ ID NO: 704 Epigraph 2 de pol de HIV B MFFREDLAFPQGEAREFPSEQTRANSPTSRELQVWGGDNNSPSEAGADRQGTVSLSFPQITLWQRPLVTVKIGGQ LKEALLADDTVLEEMSLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCT LNFPISPIETVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDSTKWR KLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTIPSTNNETPGIRYQYN VLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRKQNPEIVIYQLYVGSDLEIGQHRAKIEELRQHLLKWGFTTPDKKHQKEPP FLWMGYELHPDKWTVQPIELPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGAKALTEVIPLTKEAEL ELAENREILREPVHGVYYDPTKDLIAEIQKQGLGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARTRGAHTNDVRQLTEAVQKIT TESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIIGAETFYVDGASNRETK LGKAGYVTNRGRQKVISLTDTTNQKTLQAIYLALQDSGSEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIN KEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSTGIRKVLFLDGIDRAQEEHEKYHNNWRAMASDFNLPPIVAKEIVASCDK CQLKGEAIHGQVDCSPGIWQLCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPVKTVHTNGS NFTSATVKAACWWAGVKQEFGIPYNPQSQGVVSMNNELKKIIGQIRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGEYS AGERIIDIIATDIQTRELQKQITKIQNFRVYYRDNRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRD YGKQMAGDDCVAGRQDED SEQ ID NO: 705 Epigraph 1 de fusão de gag/nef de HIV M MGARASVLSGGKLDAWEKIRLRPGGKKKYRLKHLVWASRELERFALNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIEVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNSSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPR TLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAP GQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRF YKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFKGQKRIKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQS RPEPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLKSLFGNDPLSQGGKWSKSSIVGWPAVRERMRRAEPAA EGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAATNADCAWLEAQEEEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLIY SKKRQEILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCFKLVPVDPREVEEANEGENNCLLHPMSQHGMDDPE KEVLMWKFDSRLAFHHMARELHPEYYKDC SEQ ID NO: 706 Epigraph 1 conservado de gag/nef de HIV M MPIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETIN EEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVS ILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGP GHKARVLVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGI RYPLTFGWCFKLVP SEQ ID NO: 707 Epigraph 2 de fusão de gag/nef de HIV M MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAEGCQQIIEQLQSTLKTGSEEL KSLFNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKSQQKTQQAAAGTGSSSKVSQNYPIVQNAQGQMVHQPLSPR TLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPIPP GQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRF FKTLRAEQASQEVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHLARNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSNKGRPGNFPQ SRPEPTAPPAESFRFEETTPAPKQEPKDREPLTSLKSLFGSDPLSQGSKWSKSSIVGWPAIRERMRRTEPAAEGV GAASRDLERHGAITSSNTAANNADCAWLEAQEDEEVGFPVKPQVPLRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLDGLIYSQK RQDILDLWVYNTQGFFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCFKLVPVEPEKVEEANEGENNSLLHPMSLHGMDDPEREV LMWKFDSSLARRHMARELHPEFYKDC SEQ ID NO: 708 Epigraph 2 conservado de gag/nef de HIV M MPIVQNAQGQMVHQPLSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTIN EEAAEWDRVHPVHAGPIPPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPTS ILDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQASQEVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGP SHKARVLVGFPVKPQVPLRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLDGLIYSQKRQDILDLWVYNTQGFFPDWQNYTPGPGV RYPLTFGWCFKLVP SEQ ID NO: 709 Epigraph 1 de pol de HIV M MFFRENLAFPQGEAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSLSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQ LKEALLADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCT LNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWR KLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYN VLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLKWGFTTPDKKHQKEPP FLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVKQLCKLLRGAKALTDIVPLTEEAEL ELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQDQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKIA TESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETK LGKAGYVTDRGRQKVVSLTETTNQKTLQAIHLALQDSGSEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIK KEKVYLSWVPAHKGIGGNEQVDKLVSSGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPIVAKEIVASCDK CQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKVIHTNGS NFTSAAVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYS AGERIIDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD YGKQMAGDDCVAGRQDEDQ SEQ ID NO: 710 Epigraph 1 conservado de pol de HIV M MPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLV GPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPE NPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYT AFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQ HLLKWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVDCSPGIW QLCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKVIHTNGSNFTSAAVKAACWWAGIKQE FGIPYNPQSQGVVSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTKLQK QITKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVAGRQDEDQ SEQ ID NO: 711 Epigraph 2 de pol de HIV M MFFREDLAFPQGKAREFPSEQTRANSPTRGELQVWGGDNNSPSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVSIKVGGQ IKEALLADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLIGPTPVNIIGRNMLTQLGCT LNFPISPIDTVPVTLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALTEICKEMEKEGKITKIGPENPYNTPIFAIKKKDSTKWR KLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRKYTAFTIPSTNNETPGIRYQYN VLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRIKNPEIVIYQLYVGSDLEIGQHRAKIEELREHLLRWGFTTPDKKHQKEPP FLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLCKLLRGTKALTEVVPLTEEAEL ELAENREILKTPVHGVYYDPSKDLVAEIQKQGQGQWTYQIYQEPYKNLKTGKYARKRSAHTNDVRQLTEVVQKIA TESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTDYWQATWIPDWEFVNTPPLVKLWYQLEKDPIVGAETFYVDGAASRETK LGKAGYVTNRGRQKVVSLTDTTNQKTLHAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDRSESEVVNQIIEELIK KEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHERYHSNWRTMASDFNLPPVVAKEIVANCDK CQLKGEAIHGQVDCSPGMWQLCTHLEGKIILVAVHVASGYMEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPVKTIHTNGS NFTSTTVKAACWWAGIQQEFGIPYNPQSQGVVSMNNELKKIIGQVREQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRRGGIGGYS AGERIVDIIATDIQTRELQKQIIKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIKD YGKQMAGDDCVASRQDED SEQ ID NO: 712 Epigraph 2 conservado de pol de HIV M MPQITLWQRPLVSIKVGGQIKEALLADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLI GPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNFPISPIDTVPVTLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALTEICKEMEKEGKITKIGPE NPYNTPIFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRKYT AFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRIKNPEIVIYQLYVGSDLEIGQHRAKIEELRE HLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVDCSPGMW QLCTHLEGKIILVAVHVASGYMEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPVKTIHTNGSNFTSTTVKAACWWAGIQQE FGIPYNPQSQGVVSMNNELKKIIGQVREQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRRGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTRLQK QIIKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIKDYGKQMAGDDCVASRQDED SEQ ID NO: 713 Híbrido de gag/nef de SIV MGARGSVLSGKKTDELEKVRLRPGGRKKYMLKHIVWAARELDRFGSAESLLESKEGCQRILAVLAPLMPTGSEDL KSLFSTVCVVWCLHAEMKVKDTEEAKKTVQSHLVVESGTAETMPAQSRPTAPPSGRGGNYPVQQIGGNYVHLPLS PRTLNAWVKLIEEKKFGAEVVPGFQALSEGCTPYDINQMLNCVGDHQAAMQIIRDIINEEAADWDLQHPQPAPQQ GQLREPSGSDIAGTTSSVDEQIQWMYRQQNPIPVGNIYRRWIQLGLQKCVRMYNPTNILDVKQGPKEPFQSYVDR FYKSLRAEQTDAAVKNWMTQTLLIQNANPDCKLVLKGLGVNPTLEEMLTACQGVGGPGQKARLMAEALKDALTPG PIPFAAVQQRGQRKIIKCWNCGKTGHSARQCKAPRRKGCWKCGKAGHVMAKCPERQAGFLGFGPWGKKPHNFPMA QMPQGLTPTAPPADPAVDMLKNYMKMGKRQREKQRENRERPYKEVSEDLLHLSSLFGEDQPGGATSKRRSKPSGD LRQKLLRARGENYGRLWGELEDGSSQSLGGLGKGLSSRSCEGQKYSQGQFMNTPWKNPAEEKEKLPYRKQNIDDV DEEDNDLVGVSVRPKVPLRTMSYKLAIDMSHFIKEKGGLEGIYYSARRHRILDIYLEKEEGIIPDWQDYTSGPGI RYPKTFGWLWKLVPVDMSNEAQEDDTHYLVHPAQTHQWSDPWGEVLVWKFDPLLAHTYEAFVRHPEEFGWKSGLP KEEVERRLAARGLLKMADKKETR SEQ ID NO: 714 gag/nef conservada de SIV MPVQQIGGNYVHLPLSPRTLNAWVKLIEEKKFGAEVVPGFQALSEGCTPYDINQMLNCVGDHQAAMQIIRDIINE EAADWDLQHPQPAPQQGQLREPSGSDIAGTTSSVDEQIQWMYRQQNPIPVGNIYRRWIQLGLQKCVRMYNPTNIL DVKQGPKEPFQSYVDRFYKSLRAEQTDAAVKNWMTQTLLIQNANPDCKLVLKGLGVNPTLEEMLTACQGVGGPGQ KARLMVGVSVRPKVPLRTMSYKLAIDMSHFIKEKGGLEGIYYSARRHRILDIYLEKEEGIIPDWQDYTSGPGIRY PKTFGWLWKLVP SEQ ID NO: 715 Híbrido de pol de SIV MFFRAWPMGKEASQFPHGPDASGADTNCSPRGSSCGSTEELHEVGQKAERKAEGEQRETLQGGNGGFAAPQFSLW RRPVVTAHIEGQPVEVLLADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLGKRIKGTIMTGDTPINI FGRNLLTALGMSLNFPIAKVEPVKVALKPGKDGPKLKQWPLSKEKIVALREICEKMEKDGQLEEAPPTNPYNTPT FAIKKKDKNKWRMLIDFRELNRVTQDFTEVQLGIPHPAGLAKRKRITVLDIGDAYFSIPLDEEFRQYTAFTLPSV NNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQYTMRHVLEPFRKANPDVTLVQILIASDRTDLEHDRVVLQSKELLNSIGF STPEEKFQKDPPFQWMGYELWPTKWKLQKIELPQRETWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKNLCKMIRGKMAL TEGVQWTELAEAELEENRIILNQEQEGRYYREDKPLEATVLKNQDNQWTYKIHQGDRILKVGKYAKVKNTHTNGI RLLANVVQKIGKESIVIWGQTPFFHLPVEREVWDQWWTDYWQATWIPDWDFVSTPPLIRLVFNLVKEPIEKEEVY YIDGSCNRNSKEGKAGYVTDRGKEKVLVLEQATNQQALQAFLLALKDSGPKANIVTDSQYVLGIITGQPTESDSR IVAQIIEQMIKKSEVYIGWVPAHKGLGGNQEVDRLVSQEIRQVLFLESIEPAQEDHDKYHSNIKELAFKFGLPRL VAKQIVDTCNKCQQKGEAIHGQANSDLGTWQMCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGR WPITHLHTNGANFASQEVKMVAWWAGIEHTFGVPYNPQSQGVVAMNHHLKNQIDRIREQANSVETIVLMAVHCMN FKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFQQSKNSKFKNFRVYYREGRDQLWKGPGELLWKGEGAVILKVGTDIKV VPRRKAKIIKDYGGGKEVDSSSHMEDTGEAREVA SEQ ID NO: 716 pol conservado de SIV MPQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLGKRIKGTIMT GDTPINIFGRNLLTALGMSLNFPIAKVEPVKVALKPGKDGPKLKQWPLSKEKIVALREICEKMEKDGQLEEAPPT NPYNTPTFAIKKKDKNKWRMLIDFRELNRVTQDFTEVQLGIPHPAGLAKRKRITVLDIGDAYFSIPLDEEFRQYT AFTLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQYTMRHVLEPFRKANPDVTLVQILIASDRTDLEHDRVVLQSKE LLNSIGFSTPEEKFQKDPPFQWMGYELWPTKWKLQKIELPQRETWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYHGQANSDLGTW QMCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGRWPITHLHTNGANFASQEVKMVAWWAGIEHT FGVPYNPQSQGVVAMNHHLKNQIDRIREQANSVETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFQQ SKNSKFKNFRVYYREGRDQLWKGPGELLWKGEGAVILKVGTDIKVVPRRKAKIIKDYGGGKEVDSSSHMEDTGEA REVA SEQ ID NO: 717 Epigraph 1 de pol de HIV B FFRENLAFPQGKAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSLSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQL KEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIG CTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQ YNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKK HQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKQLCKLLRGTKALTEVVPL TEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE AVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGA ANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVSLTDTTNQKTELQAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQ IIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKE IVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV KTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNF KRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVV PRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED SEQ ID NO: 718 Epigraph 1 de gag de HIV M MGARASVLSGGKLDAWEKIRLRPGGKKKYRLKHLVWASRELERFALNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIEVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNSSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPR TLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAP GQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRF YKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFKGQKRIKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQS RPEPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLKSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 719 Epigraph 1 conservado de gag de HIV M PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINE EAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG HKARVL SEQ ID NO: 720 Epigraph 2 de gag de HIV M MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAEGCQQIIEQLQSTLKTGSEEL KSLFNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKSQQKTQQAAAGTGSSSKVSQNYPIVQNAQGQMVHQPLSPR TLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPIPP GQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRF FKTLRAEQASQEVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHLARNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSNKGRPGNFPQ SRPEPTAPPAESFRFEETTPAPKQEPKDREPLTSLKSLFGSDPLSQ SEQ ID NO: 721 Epigraph 2 conservado de gag de HIV M PIVQNAQGQMVHQPLSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPIPPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQASQEVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 722 Epigraph 1 de nef de HIV M MGGKWSKSSIVGWPAVRERMRRAEPAAEGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAATNADCAWLEAQEEEEVGFPVRPQVP LRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCFKLVPVDP REVEEANEGENNCLLHPMSQHGMDDPEKEVLMWKFDSRLAFHHMARELHPEYYKDC SEQ ID NO: 723 Epigraph 1 conservado de nef de HIV M VGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFG WCFKLVP SEQ ID NO: 724 Epigraph 2 de nef de HIV M MGSKWSKSSIVGWPAIRERMRRTEPAAEGVGAASRDLERHGAITSSNTAANNADCAWLEAQEDEEVGFPVKPQVP LRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLDGLIYSQKRQDILDLWVYNTQGFFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCFKLVPVEP EKVEEANEGENNSLLHPMSLHGMDDPEREVLMWKFDSSLARRHMARELHPEFYKDC SEQ ID NO: 725 Epigraph 2 conservado de nef de HIV M VGFPVKPQVPLRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLDGLIYSQKRQDILDLWVYNTQGFFPDWQNYTPGPGVRYPLTFG WCFKLVP SEQ ID NO: 726 Epigraph 1 de pol de HIV M FFRENLAFPQGEAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSLSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQL KEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIG CTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQ YNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLKWGFTTPDKK HQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVKQLCKLLRGAKALTDIVPL TEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQDQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE AVQKIATESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGA ANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVSLTETTNQKTELQAIHLALQDSGSEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQ IIEQLIKKEKVYLSWVPAHKGIGGNEQVDKLVSSGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPIVAKE IVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV KVIHTDNGSNFTSAAVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNF KRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVV PRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVAGRQDEDQ SEQ ID NO: 727 Epigraph 1 conservado de pol de HIV M PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTV LVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIG PENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRK YTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTK IEELRQHLLKWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVD CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKVIHTDNGSNFTSAAVKAAC WWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIA TDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDC VAGRQDEDQ SEQ ID NO: 728 Epigraph 2 de pol de HIV M FFREDLAFPQGKAREFPSEQTRANSPTRGELQVWGGDNNSPSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVSIKVGGQI KEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLIGPTPVNIIGRNMLTQLG CTLNFPISPIDTVPVTLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALTEICKEMEKEGKITKIGPENPYNTPIFAIKKKDSTK WRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRKYTAFTIPSTNNETPGIRYQ YNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRIKNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAKIEELREHLLRWGFTTPDKK HQKEPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLCKLLRGTKALTEVVPL TEEAELELAENREILKTPVHGVYYDPSKDLVAEIQKQGQGQWTYQIYQEPYKNLKTGKYARKRSAHTNDVRQLTE VVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTDYWQATWIPDWEFVNTPPLVKLWYQLEKDPIVGAETFYVDGA ASRETKLGKAGYVTNRGRQKVVSLTDTTNQKTELHAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDRSESEVVNQ IIEELIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHERYHSNWRTMASDFNLPPVVAKE IVANCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGMWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYMEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPV KTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIQQEFGIPYNPQSQGVVESMNNELKKIIGQVREQAEHLKTAVQMAVFIHNF KRRGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTRELQKQIIKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVV PRRKVKIIKDYGKQMAGDDCVASRQDED SEQ ID NO: 729 Epigraph 2 conservado de pol de HIV M PQITLWQRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTV LIGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNFPISPIDTVPVTLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALTEICKEMEKEGKITKIG PENPYNTPIFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRK YTAFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRIKNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAK IEELREHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVD CSPGMWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYMEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAAC WWAGIQQEFGIPYNPQSQGVVESMNNELKKIIGQVREQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRRGGIGGYSAGERIVDIIA TDIQTRELQKQIIKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIKDYGKQMAGDDC VASRQDED SEQ ID NO: 730 Epigraph 1 de gag de HIV B MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIEVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNSSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPR TLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAP GQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRF YKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQ SRPEPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 731 Epigraph 1 conservado de gag de HIV B PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINE EAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG HKARVL SEQ ID NO: 732 Epigraph 2 de gag de HIV B MGARASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFALNPGLLETSEGCKQILGQLQPALQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKRAQQAAADTGNNSQVSQNYPIVQNMQGQMVHQPISPR TLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQILKETINEEAADWDRLHPVHAGPVAP GQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRF YKVLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSAT IMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSYKGRPGNFLQ NRPEPTAPPAESFRFGEETTTPPQKQEPIDKDLYPLASLRSLFGNDPSS SEQ ID NO: 733 Epigraph 2 conservado de gag de HIV B PIVQNMQGQMVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQILKETINE EAADWDRLHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFYKVLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARIL SEQ ID NO: 734 Epigraph 1 de nef de HIV B MGGKWSKSSIVGWPAVRERMRRAEPAAEGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAATNADCAWLEAQEEEEVGFPVRPQVP LRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLIYSQKRQDILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCFKLVPVEP EKVEEANEGENNSLLHPMSQHGMDDPEKEVLMWKFDSRLAFHHMARELHPEYYKDC SEQ ID NO: 735 Epigraph 1 conservado de nef de HIV B GFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGLIYSQKRQDILDLWVYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGW CFKLVP SEQ ID NO: 736 Epigraph 2 de nef de HIV B MGGKWSKSSVVGWPAIRERMRRAEPAADGVGAASRDLERHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEDEEVGFPVKPQVP LRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQKRQEILDLWVYHTQGFFPDWQNYTPGPGTRFPLTFGWCFKLVPVDP DKVEEANEGENNCLLHPMSLHGMDDPEREVLVWKFDSRLAFHHVARELHPEYYKNC SEQ ID NO: 737 Epigraph 2 Conservado de nef de HIV B GFPVKPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQKRQEILDLWVYHTQGFFPDWQNYTPGPGTRFPLTFGW CFKLVP SEQ ID NO: 738 Epigraph 1 de pol de HIV B FFRENLAFPQGKAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSLSEAGADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQL KEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIG CTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQ YNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKK HQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKQLCKLLRGTKALTEVVPL TEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE AVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGA ANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVSLTDTTNQKTELQAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQ IIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKE IVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV KTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNF KRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVV PRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED SEQ ID NO: 739 Epigraph 1 Conservado de pol de HIV B PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTV LVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIG PENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRK YTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTK IEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVD CSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAAC WWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIA TDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDC VASRQDED SEQ ID NO: 740 Epigraph 2 de pol de HIV B FFREDLAFPQGEAREFPSEQTRANSPTRGELQVWGGDNNSPSEAGADRQGTVSLSFPQITLWQRPLVTIKVGGQL KEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLG CTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDSTK WRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTIPSTNNETPGIRYQ YNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRKQNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIEQHRTKIEELRQHLLKWGFTTPDKK HQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIMLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGAKALTEVIPL TEEAELELAENREILREPVHGVYYDPTKDLIAEIQKQGLGQWTYQIYQEPYKNLKTGKYARTRGAHTNDVRQLTE AVQKITTESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIIGAETFYVDGA ANRDTKLGKAGYVTNKGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGSEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQ IIEQLIKKEKIYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSSGIRKVLFLDGIDKAQEDHEKYHSNWKAMASDFNLPPIVAKE IVASCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPV KTVHTDNGSNFTSATVKAACWWAGVKQEFGIPYNPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEHLKTAVQMAVFIHNF KRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTRELQKQITKIQNFRVYYRDNRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVV PRRKVKIIRDYGKQMAGDDCVAGRQDED SEQ ID NO: 741 Epigraph 2 Conservado de pol de HIV B PQITLWQRPLVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTV LIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIG PENPYNTPIFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKEFRK YTAFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRKQNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIEQHRTK IEELRQHLLKWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIMLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVD CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAC WWAGVKQEFGIPYNPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIA TDIQTRELQKQITKIQNFRVYYRDNRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKQMAGDDC VAGRQDED SEQ ID NO: 742 Epigraph 1 de gag de HIV C MGARASILRGGKLDKWEKIRLRPGGKKHYMLKHLVWASRELERFALNPGLLETSEGCKQIMKQLQPALQTGTEEL RSLYNTVATLYCVHEKIEVRDTKEALDKIEEEQNKSQQKTQQAKAADGKVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLN AWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQM REPRGSDIAGTTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFFKT LRAEQATQDVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQANSNIMMQR SNFKGPKRIVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQSRPEP TAPPAEPTAPPAESFRFEETTPAPKQEPKDREPLTSLKSLFGSDPLSQ SEQ ID NO: 743 Epigraph 1 Conservado de gag de HIV C PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQATQDVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPG HKARVL SEQ ID NO: 744 Epigraph 2 de gag de HIV C MGARASVLRGEKLDKWERIRLRPGGKKRYMLKHIVWASRELEKFALNPGLLETAEGCKQIIKQLHPALQTGTEEL KSLFNTVATLYCVHKKIDVRDTKEALDKIEEEQNKCQQKTQQAEAADKGKVSQNYPIVQNLQGQMVHQALSPRTL NAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEGATPTDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQ MREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFFK VLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILRALGPGASLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQANNANIMM QRSNFKGSKRIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSNKGRPGNFLQNRP EPTAPPAEPTAPPAESFKFEETTPAPKQESKDREPLISLKSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 745 Epigraph 2 Conservado de gag de HIV C PIVQNLQGQMVHQALSPRTLNAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEGATPTDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFFKVLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILRALGPGASLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 746 Epigraph 1 de nef de HIV C MGGKWSKSSIVGWPAVRERIRRTEPAAEGVGAASQDLDKYGALTSSNTAHNNADCAWLQAQEEEEEVGFPVRPQV PLRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQGFFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCFKLVPVD PREVEEANEGENNCLLHPMSQHGMEDEDREVLKWQFDSSLARRHMARELHPEYYKDC SEQ ID NO: 747 Epigraph 1 Conservado de nef de HIV C GFPVRPQVPLRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQGFFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGW CFKLV SEQ ID NO: 748 Epigraph 2 de nef de HIV C MGSKWSKSSIVGWPAVRERMRRAEPAAEGVGAASRDLDKHGALTSSNTPANNADCAWLEAQEEEGEVGFPVKPQV PLRPMTYKGAFDLGFFLKEKGGLDGLIYSKKRQDILDLWVYNTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCYKLVPVD PSEVEEANKGENNCLLHPMSLHGMEDEHREVLKWKFDSSLARRHLAREKHPEFYKDC SEQ ID NO: 749 Epigraph 2 Conservado de nef de HIV C GFPVKPQVPLRPMTYKGAFDLGFFLKEKGGLDGLIYSKKRQDILDLWVYNTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGW CYKLV SEQ ID NO: 750 Epigraph 1 de pol de HIV C FFRENLAFPQGEAREFPSEQTRANSPTSRANSPTSRELQVRGDNPRSEAGAERQGTLNFPQITLWQRPLVSIKVG GQIKEALLDTGADDTVLEEINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLT QLGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALTAICEEMEKEGKITKIGPENPYNTPVFAIKKKD STKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEGFRKYTAFTIPSINNETPGI RYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRAQNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAKIEELREHLLKWGFTTP DKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIQLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGAKALTDI VPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGHDQWTYQIYQEPFKNLKTGKYAKMRTAHTNDVKQ LTEAVQKIAMESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWTDYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIAGAETFYV DGAANRETKIGKAGYVTDRGRQKIVSLTETTNQKTELQAIQLALQDSGSEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESEL VNQIIEQLIKKERVYLSWVPAHKGIGGNEQVDKLVSSGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASEFNLPPIV AKEIVASCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYYILKLAGR WPVKVIHTDNGSNFTSAAVKAACWWAGIQQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFI HNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTKELQKQIIKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDI KVVPRRKVKIIKDYGKQMAGADCVAGRQDEDQ SEQ ID NO: 751 Epigraph 1 Conservado de pol de HIV C PQITLWQRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVLEEINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTV LVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALTAICEEMEKEGKITKIG PENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEGFRK YTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRAQNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAK IEELREHLLKWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIQLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVD CSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYYILKLAGRWPVKVIHTDNGSNFTSAAVKAAC WWAGIQQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIA TDIQTKELQKQIIKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKVKIIKDYGKQMAGADC VAGRQDEDQ SEQ ID NO: 752 Epigraph 2 de pol de HIV C FFRENLAFQQGEAREFPSEQARANSPTSRANSPTSRELQVRGDNPCSEAGAERQGTFNFPQITLWQRPLVTIKVG GQIKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPRMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGKKAIGSVLVGPTPVNIIGRNLLT QLGCTLNFPISPIETIPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALTEICEEMEKEGKISKIGPENPYNTPIFAIKKKD STKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRKYTAFTIPSTNNETPGI RYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTRILEPFRAKNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIEQHRAKIEELREHLLRWGFTTP DKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIQLPEKESWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVKQLCKLLRGTKALTDI VPLTEEAELELAENREILREPVHGVYYDPSKELIAEIQKQGQDQWTYQIYQEPFKNLKTGKYAKRRTAHTNDVRQ LTEAVQKIALESIVIWGKIPKFRLPIQKETWEIWWTDYWQATWIPDWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIAGVETFYV DGAANRETKLGKAGYVTDKGRQKIVTLTETTNQKAELQAIQLALQDSGPEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESEI VNQIIEQLINKERIYLSWVPAHKGIGGNEQVDKLVSNGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHNNWRAMASDFNLPPVV AKEIVASCDQCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPAETGQETAYFILKLAGR WPVKIIHTDNGSNFTSTAVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVREQAEHLKTAVQMAVFI HNFKRRGGIGGYSAGERIIDIIASDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVLQDNSDI KVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVAGRQDED SEQ ID NO: 753 Epigraph 2 Conservado de pol de HIV C PQITLWQRPLVTIKVGGQIKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPRMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGKKAIGSV LVGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIETIPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALTEICEEMEKEGKISKIG PENPYNTPIFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRK YTAFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTRILEPFRAKNPEIVIYQYMDDLYVGSDLEIEQHRAK IEELREHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIQLPEKESWTVNDIQKLVGKLNWASQIYHGQVD CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPVKIIHTDNGSNFTSTAVKAAC WWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVREQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRRGGIGGYSAGERIIDIIA SDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPIWKGPAKLLWKGEGAVVLQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDC VAGRQDE SEQ ID NO: 754 EG-0 epissenso de Gag HIV M, Personalizado MGARASVLSGGKLDAWEKIRLRPGGKKKYRLKHLVWASRELERFALNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQRIEVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNSSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPR TLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAP GQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRF YKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFKGQKRIKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQS RPEPTAQSRPEPTAPPAESFRPQPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLKSLFGNDPLSQY SEQ ID NO: 755 EG-0 epissenso Conservado de gag de HIV M, Personalizado PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINE EAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG HKARVL SEQ ID NO: 756 CEN-1 de gag de HIV M, Personalizado MGARASVLTGGKLDAWERIRLRPGGKKKYRMKHLVWASRELERFAINPGLLETAEGCQQIIEQLQSTLKTGSEEL KSLFNTVATLWCVHQRIEIKDTKEALDKLEEVQNKSQQKTQQAAAGTGSSSKVSQNYPIVQNAQGQMVHQPLSPR TLNAWVKVVEEKGFNPEVIPMFSALSDGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPIPP GQMREPRESDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLHKIVRMYSPVGILDIKQGPKEPFRDYVDRF FKTLRAEQASQEVKNWMTETLLIQNANPDCKSILKALGTGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQAQHANI MMQRGNFKGQRKIKCFNCGKEGHLARNCRAPRKRGCWKCGQEGHQMKDCNERQANFLGKIWPSNKGRPGNFPQSR PEPTAPRTEPTAPPARPEPTAPPLQSRLEPTAPPAEPTAPPAENWGMGEEITSLLKQEQKDKEHPPPLVSLKSLF GNDPLLQ SEQ ID NO: 757 CEN-1 Conservado de gag de HIV M, Personalizado PIVQNAQGQMVHQPLSPRTLNAWVKVVEEKGFNPEVIPMFSALSDGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPIPPGQMREPRESDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLHKIVRMYSPVGI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQASQEVKNWMTETLLIQNANPDCKSILKALGTGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 758 CEN-2 de gag de HIV M, Personalizado MGARASILRGGKLDKWEKIRLRPGGKKHYMLKHIVWASRELEKFALNPDLLETSEGCKQIIKQLQPALQTGTEEL RSLFNTVATLYCVHEKIEVRDTKEALDKVEEEQNKSQQKTQQAKAADGKVSQNYPIVQNAQGQMVHQALSPRTLN AWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPSDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQM REPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVKMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFFKT LRAEQATQDVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQANSNIMMQR SNFKGPKRIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSNKGRPGNFLQNRPEP TAPPLQSRLEPTAPLEPTAPPEPTAPPAVVPTAPPVEPTAPPAEPTAPPAESFRFEETTPAPKQEPKDREPLTSL KSLFGSDPLSQ SEQ ID NO: 759 CEN-2 Conservado de gag de HIV M, Personalizado PIVQNAQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPSDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVKMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQATQDVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 760 CEN-3 de gag de HIV M, Personalizado MGSRASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCKQILGQLQPALQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKCKKKAQQAAAAADTGNNSQVSQNYPIVQNIQGQMVHQALS PRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPSDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAADWDRLHPVQAGPV APGQMRDPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPTSILDIKQGPKEPFRDYVD RFFKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQATNS AAIMMQRGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGRIWPSNKGRPGNF LQNRPEPTAPNFLQSRPEPSAPPEPTAPPEESFRFGEETATPSQKQEPTDKELYPLASLRSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 761 CEN-3 Conservado de gag de HIV M, Personalizado PIVQNIQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPSDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINE EAADWDRLHPVQAGPVAPGQMRDPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPTSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 762 CEN-4 de gag de HIV M, Personalizado MGTRASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAEGCRQILEQLQPALQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKCKKKAQQTAADTGNNSQVSQNYPIVQNMQGQMVHQPISPR TLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAP GQMREPKGSDIAGTTSNLQEQIGWMTHNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPTSILDIKQGPKEPFRDYVDRF FKTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARILAEAMSQATNSAN IMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSYKGRPGNFLQ NRPEPTAPPEPTAPPEESFGFGEETTTPPQKQEPIDKDLYPLASLRSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 763 CEN-4 Conservado de gag de HIV M, Personalizado PIVQNMQGQMVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMREPKGSDIAGTTSNLQEQIGWMTHNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPTSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPS HKARIL SEQ ID NO: 764 CEN-5 de gag de HIV M, Personalizado MGARASILSGGKLDAWERIRLRPGGKKKYRMKHLVWASRELDRFALNPSLLETAEGCQQIMEQLQPALKTGTEEL RSLFNTVATLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEIQNKSKQKTQQAAADTGNSSKVSQNYPIVQNAQGQMIHQSLSPR TLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPIPP GQMREPRGGDIAGTTSTPQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLHKLVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRF FKTLRAEQATQEVKGWMTETLLIQNANPDCKSILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVQHTNI MMQRGNFRGQKRIKCFNCGKEGHLARNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSSKGRPGNFPQSR PEPTAPQNRLEPTAPPAEPTAPPAEIFGMGEEITSPPKQEQKDREQAPPLVSLKSLFGNDLLSQ SEQ ID NO: 765 CEN-5 Conservado de gag de HIV M, Personalizado PIVQNAQGQMIHQSLSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNMMLNIVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPIPPGQMREPRGGDIAGTTSTPQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLHKLVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQATQEVKGWMTETLLIQNANPDCKSILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 766 EG-0 epissenso de gag HIV C, Personalizado MGARASILRGGKLDKWEKIRLRPGGKKHYMLKHLVWASRELERFALNPGLLETSEGCKQIMKQLQPALQTGTEEL RSLYNTVATLYCVHEKIEVRDTKEALDKIEEEQNKSQQKTQQAKAADGKVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLN AWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRLHPVHAGPVAPGQM REPRGSDIAGTTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFFKT LRAEQATQDVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQANSNIMMQR SNFKGPKRIVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQSRPEP TAPPAEPTAPPAESFRFEETTPAPKQEPKDREPLTSLKSLFGSDPLSQ SEQ ID NO: 767 EG-0 epissenso Conservado de gag HIV C, Personalizado PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRLHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFFKTLRAEQATQDVKNWMTDTLLVQNANPDCKTILRALGPGATLEEMMTACQGVGGPG HKARVL SEQ ID NO: 768 CEN-1 de gag HIV C, Personalizado MGARASILRGEKLDKWEKIKLRPGGKKRYMLKHLIWASRELERFALNPSLLETSEGCKQIIKQLQPALKTGTEEL RSLFNTVATLYCVHAGIEVRDTKEALDRIEEEQNKCQQKTQQAEAADKGKVSQNYPIVQNAQGQMVHQALSPRTL NAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEGATPSDLNSMLNTVGGHQAAMQMLKDTINDEAAEWDRVHPVHAGPIAPGQ MREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFFK CLRAEQATQEVKNWMTDTLLIQNANPDCKTILKALGPGASLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVNNANIMM QRGNFKGPKRIIKCFNCGKEGHLARNCRAPRKKGCWKCGQEGHQMKDCSNERQANFLGKLWPSHKGGRPGNFLQN RPEPTAPPVEPTAPPAEPTAPPAESFKFEETTPVPKQELKDREPLISLKSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 769 CEN-1 Conservado de gag de HIV C, Personalizado IVQNAQGQMVHQALSPRTLNAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEGATPSDLNSMLNTVGGHQAAMQMLKDTINDE AAEWDRVHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSIL DIRQGPKEPFRDYVDRFFKCLRAEQATQEVKNWMTDTLLIQNANPDCKTILKALGPGASLEEMMTACQGVGGPSH KARVL SEQ ID NO: 770 CEN-2 de gag HIV C, Personalizado MGARASILRGEKLDKWERIRLRPGGKKHYMIKHLVWASRELEKFALNPGLLETADGCKQIIKQLHPALQTGTEEL KSLYNTVATLYCVHERIEVRDTKEALDRIEEEQNKCQQKTQQAEAADKGKVSQNYPIVQNAQGQMVHQPISPRTL NAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEGATPTDLNTMLNTIGGHQAAMQILKDTINEEAVEWDRLHPVQAGPVAPGQ IREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTGNPPVPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFFK VLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKIILKGLGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVNNTNIMM QKSNFKGPKRTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKIWPSQKGRPGNFLQNRP EPTAPRPEPTAPPRLEPTAPPAEPSAPPAESFRFEGTTPAPKQESKDREPLISLKSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 771 CEN-2 Conservado de gag de HIV C, Personalizado PIVQNAQGQMVHQPISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEGATPTDLNTMLNTIGGHQAAMQILKDTINE EAVEWDRLHPVQAGPVAPGQIREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTGNPPVPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFFKVLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKIILKGLGPAATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 772 CEN-3 de gag HIV C, Personalizado MGARASILRGEKLDRWERIRLRPGGKKCYMLKHIVWASRELERFSLNPGLLETAEGCKQIIKQLHPALQTGTEEL KSLFNTVATLYCVHKKIDVRDTKEALDKVEEEQNKCQQKTQQAKAADEKVSQNYPIVQNIQGQMVHQALSPRTLN AWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEEATPQDLNTMLNAVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRVHPVHAGPIAPGQM REPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFFRV LRAEQATQEVKNWMTDTLLIQNANPDCKTILKALGPGASLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQANNINIMMQ RGNFKGPKRTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGKEGHQMKDCNERQANFLGRIWPSHKGRPGNFLQNRPE PTAPSAESFRQNRTEPTAPPARLEPTAPPAEPSAPPVESFRFEETTPALKQESKDREPLTSLRSLFGSDPLFQ SEQ ID NO: 773 CEN-3 Conservado de gag de HIV C, Personalizado PIVQNIQGQMVHQALSPRTLNAWVKVVEEKAFSPEIIPMFTALSEEATPQDLNTMLNAVGGHQAAMQMLKETINE EAAEWDRVHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFFRVLRAEQATQEVKNWMTDTLLIQNANPDCKTILKALGPGASLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 774 CEN-4 de gag HIV C, Personalizado MGARASVLRGEKLDKWERIRLRPGGKKQYMLKHIVWASRELEKFALNPGLLETAEGCKQIIKQLHPALQTGTEEL RSLFNTVATLYCVHKGIDVRDTKEALDKVEEEQNKCQQKTQQAEADKKVSQNYPIVQNIQGQMVHQPLSPRTLNA WVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPGDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINDEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMR EPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPVPVGEIYKRWIVLGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFFRTL RAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKNILRALGPGASLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQANNTNIMMQK SNFKGPRRIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGKEGHQMKDCNERQANFLGKIWPSNKGRPGNFLQNRPEP TAPQSRPEPTAPLEPTAPPAEPTAPPAESFKFEETTPAPKQEQKDREPLISLKSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 775 CEN-4 Conservado de gag de HIV C, Personalizado PIVQNIQGQMVHQPLSPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPGDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTIND EAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTNNPPVPVGEIYKRWIVLGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFFRTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKNILRALGPGASLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 776 CEN-5 de gag HIV C, Personalizado MGARASVLRGEKLDKWERIRLRPGGKKRYMLKHIVWASRELEKFALNPGLLETAEGCKQIIKQLQPALQTGTEEL KSLFNTVATLYCVHEKIDVRDTKEALDRIEEEQNKCQQKTQQAKAADEKVSQNYPIVQNAQGQMVHQALSPRTLN AWVKVIEEKGFNPEVIPMFTALSDGATPQDLNSMLNTVGGHQAAMQILKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPIAPGQM REPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTGNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFFKA LRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKNILRALGPGASLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQANNTNIMMQ RNNFKGPKRIIKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGRIWPSHKGGRPGNFLQNRP EPTAPPVEPTAPPAEPTAPPAESFKFEETTPTPKQEQKDREPLISLKSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 777 CEN-5 Conservado de gag de HIV C, Personalizado PIVQNAQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKGFNPEVIPMFTALSDGATPQDLNSMLNTVGGHQAAMQILKDTINE EAAEWDRVHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTGNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFFKALRAEQATQEVKNWMTETLLVQNANPDCKNILRALGPGASLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 778 EG-0 epissenso de gag de HIV B, Personalizado MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEEL KSLYNTVATLYCVHQKIDVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNSSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPR TLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAP GQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRF YKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSAT IMMQRGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQ SRPEPTAPPEPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLKSLFGNDPSSQ SEQ ID NO: 779 EG-0 epissenso Conservado de gag de HIV B, Personalizado PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINE EAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI LDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG HKARVL SEQ ID NO: 780 CEN-1 de gag de HIV C, Personalizado MGSRASVLSGGKLDQWEKIRLRPGGKKRYKLKHLVWASRELERFAVNPSLLETSEGCKQILGQLQPALQTGSEEL RSLYNTIAVLYCVHQRIEVKDTKEALEKIEEEQNKCKKKAQQAAAAAADTGNSNQVSQNYPIVQNMQGQMVHQAL SPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPADLNTMLNTIGGHQAAMQILKETINEEAAEWDRVHPVHAGP VAPGQMREPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPTSILDIKQGPKEPFRDYV DRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVTT PPAIMMQRGNFKNQRKIVKCFNCGKEGHLARNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCSERQANFLGKIWPSYKGRPGN FLQNRPEPTAPPAEPTAPPAESFRFGEETATPPQKQEPIDKEMYPLTSLRSLFGNDPSQ SEQ ID NO: 781 CEN-1 Conservado de gag de HIV B, Personalizado PIVQNMQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPADLNTMLNTIGGHQAAMQILKETINE EAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTSNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPTSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 782 CEN-2 de gag de HIV C, Personalizado MGSRASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKKYRLKHLVWASRELERYALNPGLLETAEGCRQILGQLQPALQTGSEEL KSLFNTVAVLYCVHQRIDVKDTKEALEKIEEEQNKSKKKTQQAAADTGNNSQVKVSQNYPIVQNIQGQMVHQALS PRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQILKETINDEAAEWDRTHPVHAGPV APGQMRDPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTHNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVD RFYKILRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQMTNS ATIMMQKGNFRNQRKTIKCFNCGKEGHLARNCRAPRKRGCWKCGQEGHQMKDCNERQANFLGKIWPSSKGRPGNF LQSRPESRPEPTAPPAEPTAPPAESFRFGEETATPPQKQEPIDKEMYPLASLRSLFGNDPSSK SEQ ID NO: 783 CEN-2 Conservado de gag de HIV B, Personalizado PIVQNIQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQILKETIND EAAEWDRTHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTHNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFYKILRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 784 CEN-3 de gag de HIV C, Personalizado MGARASILSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHIVWASRELERFALNPGLLETSGGCRQILEQLQPALQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQRIEVKDTKEALEKIEEEQNKCKKKAQQAAAAAADTGNNSQVSQNYPIVQNIQGQMVHQAL SPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPGDLNLMLNAVGGHQAAMQMLKDTINEEAADWDRLHPVQAGP VAPGQLREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTHNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYV DRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLIQNANPDCRTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQATS SATIMMQKGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCSERQANFLGKIWPSYKGRPGN FLQNRPEPTAPPAEPTAPPAESFRFGEETTTPPQKQEPTDKELYPLASLRSLFGNDPLSQ SEQ ID NO: 785 CEN-3 Conservado de gag de HIV B, Personalizado PIVQNIQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPGDLNLMLNAVGGHQAAMQMLKDTINE EAADWDRLHPVQAGPVAPGQLREPRGSDIAGTTSNLQEQIAWMTHNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLIQNANPDCRTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 786 CEN-4 de gag de HIV C, Personalizado MGARASILSGGELDKWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASNELERFALNPGLLETSDGCRQILGQLHPSLQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQRIEIKDTKEALEKIEEEQNKCKKKAQQAAAAQQAAAGTGNNSQVSQNYPIVQNMQGQMVH QALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQILKETINEEAAEWDRVHPVH AGPIAPGQIREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKKWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFR DYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPAHKARVLAEAMSQ ATNSAAIMMQKGNFRNQRRTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGQEGHQMKDCNERQANFLGRSWPSLKGR PGNFLQNRPEPSAPPEESFKFGEETTTPPQKQEPIDKDLYPLASLRSLFGNDPSST SEQ ID NO: 787 CEN-4 Conservado de gag de HIV B, Personalizado PIVQNMQGQMVHQALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQILKETINE EAAEWDRVHPVHAGPIAPGQIREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKKWIIMGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQATQEVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPA HKARVL SEQ ID NO: 788 CEN-5 de gag de HIV C, Personalizado MGSRASVLSGGKLDKWEKIRLRPGGKKKYQLKHIVWASRELERYALNPGLLETAEGCRQILEQLQPALQTGSEEL RSLYNTVAVLYCVHQKIEVKDTKEALEKVEEEQNKSKKRIQQAQQAAAADTGNSSKVSQNYPIVRNLQGQMVHQP ISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFSALAEGATPQDLNLMLNAVGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRMHPVHAG PVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDY VDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPSHKARVLAEAMSQVT NSTAIMMQRGNFKNQRKIVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKECTERQVNFLGKIWPSYKGRPG NFLQNRPEPTAPPAPPEESFRFGEGTTTPSQKQGTIDKELYPLTSLRSLFGNDPS SEQ ID NO: 789 CEN-5 Conservado de gag de HIV B, Personalizado PIVRNLQGQMVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFSALAEGATPQDLNLMLNAVGGHQAAMQMLKDTINE EAAEWDRMHPVHAGPVAPGQMREPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGEIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI LDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPS HKARVL SEQ ID NO: 790 VTSSNMNNA SEQ ID NO: 791 TSSNMNNAD SEQ ID NO: 792 TSSNMNNADSVWLRAQEEE SEQ ID NO: 793 TSSNMNNADCVWLRAQEEE SEQ ID NO: 794 ARCHSLM SEQ ID NO: 795 DEFGKLM SEQ ID NO: 796 EPTAPPAEPTAP SEQ ID NO: 797 PTAPPAEPTAPP SEQ ID NO: 798 EPTAPPAEPTAPP SEQ ID NO: 799 ARCGSLM SEQ ID NO: 800 ARCGSPM SEQ ID NO: 801 ARYGSLM SEQ ID NO: 802 AYCHSLM SEQ ID NO: 803 YRCHSLM SEQ ID NO: 804 DEFGSLM SEQ ID NO: 805 DEFGKLM SEQ ID NO: 806 ARCCDEGH SEQ ID NO: 807 ARCDEFGH SEQ ID NO: 808 ARCCDE-GH SEQ ID NO: 809 ARC-DEFGH SEQ ID NO: 810 DECHJLM SEQ ID NO: 811 DEFGJLM

Claims (18)

1. Vacina contra HIV-1 CARACTERIZADA pelo fato de que compreende um ou mais veículos que codificam um ou mais antígenos, em que o antígeno compreende a sequência de aminoácidos selecionada do grupo de SEQ ID NOs: 691 a 705, 707, 709, 711, 717, 718, 720, 722, 724 e 726 a 789.

2. Vacina contra HIV-1 CARACTERIZADA pelo fato de que compreende um ou mais veículos que codificam um ou mais antígenos epissenso de população, em que o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos selecionada do grupo de SEQ ID NOs: 691, 697 a 705, 707, 709, 711, 717, 718, 720, 722, 724, 726, 755, 766, 767, 778 e 779.

3. Vacina, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, CARACTERIZADA pelo fato de que: i) o veículo é DNA, proteína ou um vetor, ii) o veículo é um vetor viral ou um vetor bacteriano, iii) o veículo é um vetor viral compreendendo um citomegalovírus (CMV), poxvírus, adenovírus, rubéola, vírus sendai, rabdovírus, alfavírus ou cadeia principal de vírus adenoassociado, ou iv) o veículo é uma cadeia principal de CMV humano (HCMV) ou uma cadeia principal de CMV rhesus (RhCMV); em particular em que: a) a cadeia principal de CMV é desprovida da região de genes UL130-128, b) a cadeia principal de CMV é desprovida do gene UL82 que codifica a proteína tegumentar pp71, ou c) a cadeia principal de CMV é desprovida da região de genes UL130-128 e do gene UL82 que codifica a proteína tegumentar pp71.

4. Vacina, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, CARACTERIZADA pelo fato de que: i) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de Gag, Pol, Nef, Env, Tat, Rev, Vpr, Vif ou Vpu; ii) o antígeno epissenso de população compreende epítopos Gag, em que a sequência de aminoácidos do antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 697, SEQ ID NO: 698, SEQ ID NO: 699, ou SEQ ID NO: 700; SEQ ID NO: 718, SEQ ID NO: 720, SEQ ID NO: 730, SEQ ID NO: 732, SEQ ID NO: 742 ou SEQ ID NO: 744; iii) o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 731, SEQ ID NO: 733, SEQ ID NO: 743 ou SEQ ID NO: 745; iv) o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 722, SEQ ID NO: 724, SEQ ID NO: 734, SEQ ID NO: 736, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 748; v) o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 735, SEQ ID NO: 737, SEQ ID NO: 747 ou SEQ ID NO: 749; vi) o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 703, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 717, SEQ ID NO: 726, SEQ ID NO: 728, SEQ ID NO: 738, SEQ ID NO: 740, SEQ ID NO: 750 ou SEQ ID NO: 752; ou vii) o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 727, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 739, SEQ ID NO: 741, SEQ ID NO: 751 ou SEQ ID NO: 753; em particular em que: viii) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada do HIV; ix) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada de Gag, Pol ou Nef; ou x) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada da proteína do capsídeo p24 de Gag.

5. Vacina, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, CARACTERIZADA pelo fato de que o antígeno epissenso de população é um antígeno de fusão que compreende dois ou mais antígenos epissenso de população gerados pelo método EpiGraph; em particular em que: i) o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de Gag e um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de Nef; ii) o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada de Gag e um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada de Nef; iii) o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada da proteína do capsídeo p24 de Gag e um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada de Nef; ou iv) o antígeno de fusão compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 702, SEQ ID NO: 705, ou SEQ ID NO: 707.

6. Vacina, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, CARACTERIZADA pelo fato de que: i) o antígeno epissenso de população é essencial para o clado B do HIV-1 epidêmico nos Estados Unidos; ii) o antígeno epissenso de população é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul; iii) o antígeno epissenso de população é essencial para o clado 2 do HIV-1 epidêmico regional na Tailândia; ou iv) o antígeno epissenso de população é essencial para o conjunto global do grupo M do HIV-1.

7. Vacina, de acordo com a reivindicação 6, CARACTERIZADA pelo fato de que: i) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de Gag; ii) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada de Gag; iii) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada da proteína do capsídeo p24 de Gag; iv) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de Nef; v) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada de Nef; vi) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de Pol; ou vii) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de uma região conservada de Pol; em particular em que o antígeno epissenso de população compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 703, 704, 709, 711, 717, 718, 720, 722, 724 e 726 a 753.

8. Vacina, de acordo com a reivindicação 7, CARACTERIZADA pelo fato de que o antígeno epissenso de população é um antígeno de fusão que compreende dois ou mais antígenos epissenso de população, em que: i) o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de Gag e um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de Nef; ii) o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada de Gag e um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada de Nef; ou iii) o antígeno de fusão compreende um antígeno epissenso de população compreendendo epítopos de uma região conservada da proteína do capsídeo p24 de Gag e um antígeno epissenso de população que compreende epítopos de uma região conservada de Nef; em particular em que o antígeno de fusão compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 701, 702, 705 e 707.

9. Vacina contra HIV-1 CARACTERIZADA pelo fato de que compreende um ou mais veículos e um ou mais antígenos epissenso de população determinados usando a abordagem EpiGraph.

10. Uso de uma vacina, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 9, CARACTERIZADO pelo fato de que é na fabricação de um medicamento para proteger um indivíduo de uma infecção por HIV-1 ou para tratar HIV-1 em um indivíduo em necessidade do mesmo.

11. Vacina, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, CARACTERIZADA pelo fato de que compreende adicionalmente um ou mais antígenos personalizados, em que: i) o veículo é DNA, proteína ou um vetor, ii) o veículo é um vetor viral ou um vetor bacteriano, iii) o veículo é um vetor viral que compreende um citomegalovírus (CMV), poxvírus, adenovírus, rubéola, vírus sendai, rabdovírus, alfavírus ou cadeia principal de vírus adenoassociado, ou iv) o veículo é uma cadeia principal de CMV humano (HCMV) ou uma cadeia principal de CMV rhesus (RhCMV); em particular em que: a) a cadeia principal de CMV é desprovida da região de genes UL130-128, b) a cadeia principal de CMV é desprovida do gene UL82 que codifica a proteína tegumentar pp71, ou c) a cadeia principal de CMV é desprovida da região de genes UL130-128 e do gene UL82 que codifica a proteína tegumentar pp71.

12. Vacina, de acordo com a reivindicação 11, CARACTERIZADA pelo fato de que: i) o antígeno personalizado compreende epítopos de Gag; ii) o antígeno personalizado compreende epítopos de Gag, em que a sequência de aminoácidos do antígeno personalizado compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 ou SEQ ID NO: 696; iii) a vacina compreende um primeiro antígeno personalizado e um segundo antígeno personalizado, em que o primeiro antígeno personalizado e o segundo antígeno personalizado compreendem duas das sequências de aminoácidos de SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 e SEQ ID NO: 696; iv) a vacina compreende um primeiro antígeno personalizado, um segundo antígeno personalizado e um terceiro antígeno personalizado, em que o primeiro antígeno personalizado, o segundo antígeno personalizado e o terceiro antígeno personalizado compreendem três das sequências de aminoácidos das: SEQ ID NO: 692, SEQ ID NO: 693, SEQ ID NO: 694, SEQ ID NO: 695 e SEQ ID NO: 696; ou v) o antígeno personalizado compreende a sequência de aminoácidos de uma proteína Gag inativada, em que a sequência de aminoácidos da proteína Gag inativada foi inativada pela eliminação de uma sequência de miristoilação no N- terminal da proteína Gag; em particular em que: vi) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de Gag; vii) o antígeno epissenso de população compreende epítopos de Gag, em que a sequência de aminoácidos do antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 691; ou viii) o antígeno epissenso de população compreende a sequência de aminoácidos de uma proteína Gag inativada, em que a sequência de aminoácidos da proteína Gag inativada foi inativada pela eliminação de uma sequência de miristoilação no N-terminal da proteína Gag.

13. Vacina, de acordo com a reivindicação 11 ou 12, CARACTERIZADA pelo fato de que: i) o antígeno epissenso de população é essencial para o conjunto global do grupo M do HIV-1; ii) o antígeno epissenso de população é essencial para o clado C do HIV-1 epidêmico na África do Sul; iii) o antígeno epissenso de população é essencial para o clado B do HIV-1 epidêmico na África do Sul; ou iv) o antígeno epissenso de população é essencial para o clado 2 do HIV-1 epidêmico regional na Tailândia; em que: v) o antígeno epissenso de população e o antígeno personalizado compreendem epítopos de Gag; vi) o antígeno epissenso de população e o antígeno personalizado compreendem epítopos de uma região conservada de Gag; vii) o antígeno epissenso de população e o antígeno personalizado compreendem epítopos de uma região conservada da proteína do capsídeo p24 de Gag; viii) o antígeno epissenso de população e o antígeno personalizado compreendem epítopos de Nef; ou ix) o antígeno epissenso de população e o antígeno personalizado compreendem epítopos de Pol; em particular em que: a) o antígeno epissenso de população compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 754 a 755, 766 a 767 e 778 a 779; b) o antígeno epissenso de população compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 754 a 755, 766 a 767 e 778 a 779 e o antígeno personalizado compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 756 a 765, 768 a 777 e 780 a 789; c) a vacina compreende um primeiro antígeno personalizado e um segundo antígeno personalizado, em que o antígeno epissenso de população compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 754 a 755, 766 a 767 e 778 a 779, e em que o primeiro antígeno personalizado e o segundo antígeno personalizado compreendem duas das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 756 a 765, 768 a 777 e 780 a 789; ou d) a vacina compreende um primeiro antígeno personalizado, um segundo antígeno personalizado e um terceiro antígeno personalizado, em que o antígeno epissenso de população compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 754 a 755, 766 a 767 e 778 a 779, e em que o primeiro antígeno personalizado, o segundo antígeno personalizado e o terceiro antígeno personalizado compreendem três das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 756 a 765, 768 a 777 e 780 a 789.

14. Vacina, de acordo com qualquer uma das reivindicações 11 a 13, CARACTERIZADA pelo fato de que compreende ainda: i) um vetor de HCMV que compreende uma cadeia principal de HCMV e um antígeno personalizado selecionado para ser uma cepa de HIV-1 de melhor correspondência natural; ou ii) um vetor de HCMV que compreende uma cadeia principal de HCMV e um antígeno personalizado selecionado para ser uma cepa de HIV-1 de melhor correspondência diferente (e distante).

15. Uso de uma vacina, como definida em qualquer uma das reivindicações 11 a 14, CARACTERIZADO pelo fato de que é na fabricação de um medicamento para tratar HIV-1 em um indivíduo em necessidade da mesma.

16. Método para projetar e produzir uma vacina contra HIV-1 para um indivíduo CARACTERIZADO pelo fato de que compreende: (a) projetar antígenos de vacina EpiGraph para cobrir idealmente a diversidade dentro de uma área geográfica usando uma sequência de aminoácidos de antígeno de vacina gerada usando o método EpiGraph de seleção de sequência de aminoácidos de antígeno; e (b) produzir os ditos antígenos de vacina EpiGraph projetados; em particular em que o método compreende ainda as etapas de determinar a sequência de aminoácidos de vírus HIV-1 em um indivíduo e inserir os antígenos de vacina EpiGraph em um vetor.

17. Uso de uma vacina CARACTERIZADO pelo fato de que é na fabricação de um medicamento para induzir uma resposta de células T de memória efetoras, em que a vacina compreende um ou mais antígenos de vacina EpiGraph e um vetor, em que o antígeno de vacina EpiGraph compreende uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 691 a 705, 707, 709, 711, 712, 717, 718, 720, 722, 724 e 726 a 789.

18. Polipeptídeo CARACTERIZADO pelo fato de que compreende (i) um ou mais antígenos epissenso de população de HIV-1 determinados utilizando a abordagem de EpiGraph ou antígenos personalizados de HIV-1, e/ou (ii) uma sequência de aminoácidos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs: 691 a 705, 707, 709, 711, 712, 717, 718, 720, 722, 724 e 726 a 789.