BR112020008308A2 - polipeptídeo, polinucleotídeo, vetor, coleção de dois ou mais vetores, composição farmacêutica e kit - Google Patents

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Abstract

A presente invenção refere-se a polipeptídeos compreendendo um fragmento de uma cadeia invariante de teleósteo opcionalmente fundida com um ou mais antígenos ou uma cadeia invariante de teleósteo fundida com um ou mais antígenos ou fragmentos antigênicos dos mesmos, um polinucleotídeo que codifica tais polipeptídeos, vetores que compreendem esses polinucleotídeos, coleção de vetores compreendendo esses polinucleotídeos e o uso de tais polipeptídeos, polinucleotídeos e vetores para o tratamento ou prevenção de doenças, particularmente doenças tumorais. Os polipeptídeos da cadeia invariante de teleósteo ou seus fragmentos agem como um potencializador de células T convertendo sequências antigênicas não imunogênicas em antígenos imunogênicos para células T.

Description

“POLIPEPTÍDEO, POLINUCLEOTÍDEO, VETOR, COLEÇÃO DE DOIS OU MAIS VETORES, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA E KIT”
[001] A presente invenção refere-se a polipeptídeos compreendendo um fragmento de uma cadeia invariante de teleósteo opcionalmente fundida a um ou mais antígenos ou uma cadeia invariante de teleósteo fundida a um ou mais antígenos ou fragmentos antigênicos dos mesmos, um polinucleotídeo que codifica tais polipeptídeos, vetores que compreendem esses polinucleotídeos, coleção de vetores compreendendo esses polinucleotídeos e o uso de tais polipeptídeos, polinucleotídeos e vetores para o tratamento ou prevenção de doenças, particularmente doenças tumorais. Os polipeptídeos da cadeia invariante de teleósteo ou seus fragmentos agem como “potencializador de célula T” convertendo sequências antigênicas não imunogênicas em antígenos imunogênicos para células T.
ANTECEDENTES DA INVENÇÃO
[002] Ocasionalmente as vacinas suscitam uma resposta imune de células T abaixo do ideal (resposta subótima) ou não chegam a suscitar tal resposta. Este fenômeno de fraca indução da resposta imune por células T é mais frequentemente observado nos casos de vacinações em que os antígenos alvo são completamente automoléculas (próprias), por exemplo, antígenos específicos para câncer (antígenos câncer-específicos), ou moléculas parcialmente próprias, por exemplo, neoantígenos específicos para câncer (também designados neoantígenos câncer-específicos). Os neoantígenos câncer-específicos derivam principalmente de mutações pontuais nas regiões codificantes de genes, que levam a variantes nucleotídicos únicos não sinônimos resultantes da alteração de um aminoácido. Uma única alteração de aminoácido em uma sequência proteica muito raramente gera um novo epítopo capaz de induzir uma resposta imune potente. Na maioria dos casos, esta pequena alteração não gera um novo epítopo ou pode gerar um epítopo muito fraco. Devido à tolerância central pré-existente contra autoantígenos, a indução de respostas imunes potentes contra antígenos câncer-específicos através da vacinação continua a ser uma tarefa difícil. Para superar a falta ou baixa imunogenicidade de antígenos e neoantígenos câncer-específicos, várias estratégias foram empregadas para resgatar a falta/baixa imunogenicidade de algumas vacinas genéticas. Foi demonstrado que a cadeia invariante (INV) melhora a indução de células T CD8+ no contexto da vacinação genética. A cadeia invariante é uma proteína chaperona de moléculas do complexo principal de histocompatibilidade (MHC) de classe II, necessária para a sua maturação e montagem. A INV também desempenha um papel na apresentação de peptídeos antigênicos, e foi demonstrado que ela aumenta a indução de células T quando fundida a um antígeno no contexto da vacinação genética. Foi descrita uma capacidade melhorada de imunização com um vetor lentiviral expressando ovalbumina fundida à INV (Rowe et al. 2006 Mol Ther 13 (2) 310-9). Posteriormente, vários relatórios documentaram a indução aprimorada de respostas de células T CD8+ por adenovírus humano 5 e vetores de DNA plasmidial que expressam antígenos fundidos com INV.
[003] Na vacinação contra o câncer, é importante evitar a fuga do tumor através do surgimento de novos antígenos câncer-específicos não reconhecidos pelas células T induzidas pela vacina. O desafio de uma vacina contra o câncer na cura do câncer é induzir uma população diversificada de células T imunes, capaz de reconhecer e eliminar o maior número possível de células cancerosas ao mesmo tempo, para diminuir a chance das células cancerosas “escaparem” da resposta de células T. Portanto, é desejável que a vacina codifique um número bastante grande de antígenos específicos para câncer. Isso é particularmente relevante para a abordagem de vacina personalizada recentemente descrita, baseada em neoantígenos específicos para câncer (câncer-específicos). A fim de otimizar a probabilidade de sucesso,
o maior número possível de neoantígenos deve ser visado pela vacina, entretanto, o tamanho máximo de inserção dos vetores é limitado. As sequências da INV de comprimento total (completa) ou grandes fragmentos da mesma ocupam uma porção relativamente grande da inserção do antígeno da vacina. Portanto, é preferível o uso de polipeptídeo curto como potencializador de células T no contexto da vacinação anticâncer, especialmente quando se utiliza vários antígenos específicos para câncer na vacina.
[004] As plataformas de vacinação genética baseadas em adenovírus, em particular o vetor viral de adenovírus derivado de grandes símios (GAd), mostraram-se muito potentes para indução de respostas de células T e os adenovírus derivados de grandes primatas são adequados para codificar antígenos grandes no formato de genes artificiais compostos por polinucleotídeos que codificam fragmentos de diferentes proteínas ligadas uma após a outra (Borthwick, N., et al., Mol Ther, 2014. 22(2): p. 464-75).
Inesperadamente, quando usado no contexto de neoantígenos câncer- específicos, nenhuma resposta imune mediada por células T foi induzida.
[005] Os presentes inventores identificaram sequências INV específicas capazes de restaurar a imunogenicidade, que também são referidas no presente pedido como “sequência de aminoácidos potencializadora de células T”. Tal sequência de aminoácidos potencializadora de células T foi adequada em superar a falta ou fraca imunogenicidade de neoantígenos. Em particular, dois fragmentos curtos de uma INV não humana de Teleostei foram identificados, ambos não incluindo o domínio transmembranar que atuava como potentes potencializadores de células T.
[006] O uso de INVs humanas ou de INVs de espécies filogeneticamente relacionadas pode resultar em indução indesejada de uma resposta imune contra esta autossequência (sequência próprias) no contexto de vacinação. A resposta autoimune seria neste caso direcionada para tecidos normais nos quais a INV é expressa. Os presentes inventores descobriram surpreendentemente que INVs de teleósteos, embora bastante diferentes das INVs de mamíferos, aumentam a resposta das células T contra antígenos em mamíferos, esse efeito de melhora de resposta das células T é exercido em vários antígenos fundidos a uma cadeia invariante de teleósteo e que um fragmento INV de teleósteo curto já é suficiente para suscitar esta resposta.
Assim, a presente invenção fornece, entre outros: (i) um potencializador aprimorado da resposta de células T contra antígenos em mamíferos, com uma menor probabilidade de provocar respostas indesejadas de células T contra tecidos saudáveis, (ii) um potencializador da resposta de células T contra múltiplos antígenos, e (iii) um fragmento curto capaz de ativar células T que maximiza a capacidade de fundir um grande número de antígenos ou fragmentos antigênicos destes.
DESCRIÇÃO RESUMIDA DA INVENÇÃO
[007] Em um primeiro aspecto, a presente invenção provê um polipeptídeo compreendendo: (a) um fragmento de uma cadeia invariante (INV) de um Teleostei, que possui atividade potencializadora da resposta de células T, compreendendo ou consistindo em 16 a 27 aminoácidos do domínio proximal de membrana (MPD) de uma INV de Teleostei, em que o MPD é preferencialmente caracterizado pela seguinte sequência de aminoácidos: X1 QKX2 QIHTLQKX3 SX4 RX5 X6 X7 QX8 TRX9 SX10 AV em que: X1 é G, D, S ou N; X2 é E ou Q; X3 é N ou S; X4 é D ou E;
X5 é M ou L; X6 é G, N, S ou T; X7 é K ou R; X8 é L ou M; X9 é S, T ou A; e X10 é Q ou H; e em que os 16 a 27 aminoácidos do MPD são preferencialmente pelo menos 70% idênticos à SEQ ID NO: 7; e opcionalmente um ou mais antígenos ou seus fragmentos antigênicos; ou (b) uma INV de comprimento total (completa) de Teleostei de SEQ ID NO: 1 ou uma variante da mesma, que possui atividade potencializadora da resposta de células T, em que a sequência de aminoácidos do MPD da variante é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 7 e um ou mais antígenos ou fragmentos antigênicos dos mesmos.
[008] Em um segundo aspecto, a presente invenção refere-se a um polinucleotídeo que codifica o polipeptídeo do primeiro aspecto da presente invenção.
[009] Em um terceiro aspecto, a presente invenção refere-se a um vetor compreendendo o polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção.
[010] Em um quarto aspecto, a presente invenção refere-se a uma coleção de dois ou mais vetores diferentes, em que os vetores diferentes compreendem um polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da presente invenção que codifica um polipeptídeo diferente de acordo com o primeiro aspecto da presente invenção.
[011] Em um quinto aspecto, a presente invenção refere-se a uma composição farmacêutica compreendendo o polipeptídeo do primeiro aspecto da presente invenção, um polinucleotídeo do segundo aspecto da presente invenção ou um vetor do terceiro aspecto da presente invenção ou coleção de vetores do quarto aspecto da invenção e um excipiente farmaceuticamente aceitável e, opcionalmente, um ou mais adjuvantes.
[012] Em um sexto aspecto, a presente invenção refere-se a um kit de partes compreendendo a composição farmacêutica do quinto aspecto da presente invenção e, embalado separadamente, pelo menos um imunomodulador, por exemplo, um modulador de uma molécula de ponto de verificação (MCM) ou pelo menos um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM, ou um vetor compreendendo o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM.
[013] Em um sétimo aspecto, a presente invenção refere-se a um polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, um polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou um vetor ou uma coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção para uso como um medicamento.
[014] Em um oitavo aspecto, a presente invenção refere-se ao polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, um polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou um vetor ou uma coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção, ou uma composição farmacêutica de acordo com o quinto aspecto da invenção ou kits compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com o sexto aspecto da invenção para uso na prevenção ou tratamento de uma doença proliferativa, preferencialmente o câncer, doença viral ou doença bacteriana.
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[015] Fig. 1: Imunogenicidade de vetores GAd em doses de 5 x 107 vp ou 5 x 108 vp. Os vetores codificam INV de peixe-mandarim de comprimento total (completa) (MF_INV_FL), a versão truncada da INV de peixe-mandarim (resíduo 1 a 81, MF_INV_SH), as formas variantes A (resíduo 62 a 88, MF_INV_A) e B (resíduo 66 a 81, MF_INV_B) da INV de peixe- mandarim ligadas ao antígeno pentatópico CT26. Penta representa o antígeno pentatópico CT26 sem a sequência INV do peixe-mandarim ou um fragmento da mesma e com apenas uma metionina inicial. Os valores relatados foram obtidos por um ensaio ELISpot em células esplênicas de animais imunizados.
Os esplenócitos foram estimulados ex vivo duas semanas após a vacinação com um conjunto de cinco peptídeos sintéticos correspondentes às sequências dos cinco neoantígenos câncer-específicos contendo a mutação. As respostas são expressas como número de células T produzindo IFNγ por milhões de esplenócitos. É mostrado na parte inferior o número de camundongos mostrando uma resposta positiva de um número total de 6 camundongos imunizados para cada construção de vetor testada. A linha tracejada representa o limiar para uma resposta positiva.
[016] Fig. 2: Alinhamento de cadeias invariantes de várias espécies de Teleostei. A primeira caixa caracteriza o domínio transmembrana de 26 aminoácidos (TMD). O domínio proximal da membrana (MPD) é imediatamente C-terminal da TMD e destacado com uma segunda caixa. A localização e extensão do fragmento de cadeia invariante curta de 16 aminoácidos longos MF_INV_B compreendido no MPD é destacado por uma série de asteriscos (*) abaixo da segunda caixa. As sequências INV são de cima para baixo as sequências de aminoácidos de acordo com a SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: SEQ ID NO: 1 e SEQ ID NO: 2.
[017] Fig. 3: Imunogenicidade de vetores GAd que codificam vinte neoantígenos CT26. Os camundongos foram imunizados com 5 x 10 7 de cada vetor GAd (MF_INV_A-20, incluindo a cadeia invariante MF, FRAG_A, sem CT26-20) e após 2 semanas as respostas imunes foram mensuradas por ensaio ELISpot em células esplênicas. São mostradas as respostas (número de células T que produzem IFNγ por milhões de esplenócitos) a um conjunto de 20 peptídeos sintéticos correspondentes às sequências de 20 sequências de neoantígenos codificadas. Os valores mostrados são médias +/- EPM das medições realizadas em 6 camundongos/grupo.
DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO
[018] Antes de a presente invenção ser descrita em detalhes abaixo, deve ser entendido que a presente invenção não está limitada à metodologia, protocolos e reagentes específicos aqui descritos, pois estes podem variar. Também é preciso entender que a terminologia utilizada no presente é utilizada apenas para o propósito de descrever exemplos de realizações específicos, e não se destina a limitar o escopo da presente invenção, que será limitada apenas pelas reivindicações anexas. A menos que definido de outra forma, todos os termos técnicos e científicos utilizados no presente têm o mesmo significado que é comumente compreendido por um técnico hábil no assunto.
[019] Preferencialmente, os termos aqui utilizados são definidos como descrito em “A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations)”, Leuenberger H.G.W., Nagel B. e Kölbl H., Eds., Helvetica Chimica Acta, CH-4010 Basileia, Suíça (1995), e como descrito em “Pharmaceutical Substances: Syntheses, Patents, Applications” por Axel Kleemann e Jurgen Engel, Thieme Medical Publishing, 1999; o “Merck Index: An Encyclopedia of Chemicals, Drugs, and Biologicals”, editado por Susan Budavari et al., CRC Press, 1996; e a United States Pharmacopeia-25/National
Formulary-20, publicada pela United States Pharmcopeial Convention, Inc., Rockville Md., 2001.
[020] Ao longo do relatório descritivo e reivindicações a seguir, e a menos que o contexto dite o contrário, a palavra “compreender” e variações gramaticais como “compreendendo” e “compreendido”, será entendida por implicar a inclusão de uma característica, inteiro ou etapa ou grupo de características, inteiros ou etapas declarados, mas não a exclusão de qualquer outra característica, inteiro ou etapa ou grupo de inteiros ou etapas. Nas passagens seguintes, diferentes aspectos da invenção são definidos em mais detalhes. Cada aspecto assim definido pode ser combinado com qualquer outro aspecto ou aspectos, a menos que seja declaradamente indicado de outra forma. Em particular, qualquer característica indicada como preferida ou vantajosa pode ser combinada com qualquer outra característica ou características indicadas como preferidas ou vantajosas.
[021] Vários documentos são citados ao longo do presente relatório descritivo. Cada um dos documentos aqui citado (incluindo todas as patentes, pedidos de patentes, publicações científicas, especificações de fabricantes, instruções etc.), seja supra ou infra citados, é integralmente incorporado ao presente como referência. Nada aqui deve ser interpretado como uma admissão de que a invenção não tem direito a antedatar tal divulgação em virtude de invenção anterior.
DEFINIÇÕES
[022] A seguir, são fornecidas algumas definições de termos frequentemente usados neste relatório descritivo. Esses termos terão, em cada caso de seu uso, no restante do relatório descritivo, o significado e os significados preferidos definidos respectivamente.
[023] O termo domínio transmembrana (TMD) utilizado na presente invenção para se referir ao TMD de sequências da cadeia invariante
(INVs) é definido como o segmento de aminoácidos começando a 17 resíduos N-terminais do resíduo Gln (Q) conservado em todas INVs e finalizando nos 8 resíduos C-terminais do Q conservado, incluindo um total de 26 resíduos.
[024] O termo domínio proximal de membrana (MPD) é utilizado na presente invenção para se referir ao segmento de 27 resíduos imediatamente C-terminais do TMD de INVs.
[025] O termo “adjuvante” é usado na presente invenção como substâncias que aumentam a resposta imune ao antígeno. Além disso, os adjuvantes também evoluíram como substâncias que podem ajudar na estabilização de formulações de antígenos. Os adjuvantes são adicionados às vacinas para estimular a resposta do sistema imunológico ao antígeno alvo, mas não fornecem imunidade. Os adjuvantes são necessários para melhorar o encaminhamento e as respostas imunes adaptativas aos antígenos. Os adjuvantes aplicam seus efeitos através de diferentes mecanismos. Por exemplo, estendendo a presença do antígeno no sangue ou/e auxiliando as células apresentadoras de antígenos a absorver o antígeno e/ou ativando macrófagos e linfócitos e/ou apoiando a produção de citocinas. Alguns adjuvantes, como o alume, funcionam como sistemas de entrega, gerando depósitos que capturam antígenos no local da injeção, proporcionando uma liberação lenta que continua para estimular o sistema imunológico. Entre os tipos descritos de adjuvantes estão: i) Compostos inorgânicos: alume, hidróxido de alumínio, fosfato de alumínio, hidróxido fosfato de cálcio; ii) Óleo mineral: óleo de parafina; iii) Produtos bacterianos: bactérias Bordetella pertussis mortas, Mycobacterium bovis, toxoides; iv) orgânicos não bacterianos: esqualeno; v) Sistemas de distribuição: detergentes (Quil A), vi, saponinas vegetais de Quillaja (vide Quillaia), soja, Polygala senega; vii) Citocinas: IL-1, IL-2, IL-12; viii) Combinação: adjuvante completo de Freund, adjuvante incompleto de Freund.
[026] O termo “imunomodulador” é usado na presente invenção para referir qualquer medicamento ou substância que tenha efeito no sistema imunológico. Um imunomodulador pode ajustar a resposta imune ao nível correto por: i) fortalecer sistemas imunológicos fracos; ii) controlar sistemas imunológicos hiperativos. Uma classe específica de imunomoduladores capazes de fortalecer sistemas imunológicos fracos são moduladores de moléculas de ponto de verificação imunológico (MCM) que consistem em: i) MCMs ativadores agonísticos, como um membro da superfamília do receptor de fator de necrose tumoral (TNF), de preferência CD27, CD40, OX40, GITR ou CD137; ii) MCMs inibidores antagonísticos como PD-1, CD274, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, TIM-3, VISTA ou membro da superfamília B7-CD28, CD28 ou ICOS ou um antagonista de um ligante do mesmo.
[027] Outra classe de imunomoduladores que pode fortalecer sistemas imunes fracos são as citocinas, que atuam como fatores de crescimento de células T. Exemplos preferidos de tais citocinas são IL-2, IL-12, IL-15 ou IL-17.
[028] O termo “antígeno” é usado no contexto da presente invenção para se referir a qualquer estrutura reconhecida por moléculas da resposta imune, por exemplo, anticorpos, receptores de células T (TCRs) e similares. Os antígenos preferidos são proteínas celulares ou estranhas (exógenas) (por exemplo, bacterianas ou fúngicas virais) que estão associadas a uma doença específica. Os antígenos são reconhecidos por receptores de antígeno altamente variáveis (receptor de células B ou receptor de células T) do sistema imunológico adaptativo e podem provocar uma resposta imune humoral ou celular. Os antígenos que desencadeiam essa resposta também são chamados de imunógenos. Uma fração das proteínas dentro das células,
independentemente de serem estranhas ou celulares, é processada em peptídeos menores e é apresentada pelo complexo de histocompatibilidade principal (MHC).
[029] O termo “fragmento antigênico do mesmo” refere-se a uma parte de um determinado antígeno que ainda é reconhecido por uma molécula do sistema imunológico. Um fragmento antigênico compreenderá pelo menos um epítopo ou determinante antigênico. De preferência, os fragmentos antigênicos da invenção compreendem pelo menos um epítopo de célula T.
[030] O termo “epítopo”, também conhecido como determinante antigênico, é usado no contexto da presente invenção para se referir ao segmento de um antígeno, preferencialmente peptídeo que é ligado por moléculas do sistema imunológico, por exemplo, receptores de células B, receptores de células T ou anticorpos. Os epítopos ligados por anticorpos ou células B são referidos como “epítopos de células B” e os epítopos ligados por células T são referidos como “epítopos de células T”. Nesse contexto, o termo “ligação” refere-se preferencialmente a uma ligação específica, que é definida como uma ligação com uma constante de associação entre o anticorpo ou o receptor de células T (TCR) e o respectivo epítopo de 1 x 10 5 M-1 ou mais, de preferência 1x106 M-1, 1x107 M-1, 1 x 108 M-1 ou mais. O especialista está bem ciente de como determinar a constante de associação (vide, por exemplo, Caoili, S.E. (2012) Advances in Bioinformtics Vol. 2012). De preferência, a ligação específica de anticorpos a um epítopo é mediada pela região Fab (fragmento de ligação ao antígeno) do anticorpo, a ligação específica de uma célula B é mediada pela região Fab do anticorpo compreendido pelo receptor de célula B e a ligação específica de uma célula T é mediada pela região variável (V) do receptor de célula T. Os epítopos das células T são apresentados na superfície de uma célula apresentadora de antígeno, onde estão ligados às moléculas do Complexo Principal de Histocompatibilidade
(MHC). Existem pelo menos duas classes diferentes de moléculas MHC denominadas moléculas MHC classe I e II, respectivamente. Os epítopos apresentados pela via do MHC-I provocam uma resposta por linfócitos T citotóxicos (células CD8+), enquanto os epítopos apresentados pela via do MHC-II provocam uma resposta por células T auxiliares (células CD4 +). Os epítopos das células T apresentados pelas moléculas MHC de Classe I são tipicamente peptídeos entre 8 e 11 aminoácidos de comprimento e os epítopos de células T apresentados pelas moléculas MHC de Classe II são tipicamente peptídeos entre 13 e 17 aminoácidos de comprimento. As moléculas do MHC de Classe III também apresentam epítopos não peptídicos, como glicolipídios.
Consequentemente, o termo “epítopo de célula T” refere-se preferencialmente a um peptídeo de 8 a 11 ou 13 a 17 aminoácidos de comprimento que pode ser apresentado por uma molécula do MHC de classe I ou MHC de classe II. Os epítopos geralmente consistem de agrupamentos de superfície quimicamente ativos de aminoácidos que podem ou não conter cadeias laterais de açúcar e normalmente possuem características estruturais tridimensionais específicas, bem como características de carga específicas. Os epítopos conformacionais e não conformacionais são distinguidos pelo fato de que a ligação ao primeiro, mas não ao último é perdida na presença de solventes desnaturantes.
[031] O termo “antígeno específico para câncer” (ou ainda “antígeno câncer-específico”) é usado no contexto da presente invenção para se referir a uma proteína que é especificamente expressa em células de câncer ou que é mais abundante em células de câncer do que em células saudáveis.
Os antígenos câncer-específicos incluem os seguintes tipos de antígenos: (i) oncofetal (normalmente expresso apenas em tecidos fetais e em células somáticas cancerosas); ou (ii) oncoviral (codificado por vírus transformadores tumorigênicos); ou
(iii) superexpresso/acumulado (expresso pelo tecido normal e neoplásico, com o nível de expressão altamente elevado nas neoplasias), por exemplo, tirosinase em melanomas ou receptor Her-2 em câncer de mama; ou (iv) câncer-testículo (expresso apenas por células cancerosas e tecidos reprodutivos adultos, como testículo e placenta); ou (v) restrito à linhagem (expresso em grande parte por um único histótipo de câncer); ou (vi) isoforma câncer-específica (alteração da composição do éxon transcrito).
[032] O termo “neoantígeno específico para câncer” (ou ainda “neoantígeno câncer-específico”) é usado no contexto da presente invenção para se referir a um antígeno não presente nas células normais/da linhagem germinativa, mas que ocorre, em particular, nas células de câncer transformadas. Um neoantígeno câncer-específico pode compreender um ou mais, por exemplo, 2, 3, 4, 5 ou mais neoepítopos. É preferido que o comprimento de cada neoantígeno câncer-específico incluído no polipeptídeo da presente invenção seja selecionado de modo a garantir que haja uma baixa probabilidade de compreender epítopos que ocorrem em células normais/da linhagem germinativa. Tipicamente, pode-se verificar que o neoantígeno câncer-específico compreende 12 ou menos aminoácidos C-terminais e/ou N- terminais com alteração(ões) de aminoácidos que criaram um neoepítopo.
[033] O neoantígeno câncer-específico é preferencialmente gerado por uma mutação que ocorre no nível do DNA e em que a proteína mutada pode compreender: a) uma ou mais alterações de aa único provocadas por uma mutação pontual não sinônima SNV; e/ou b) uma sequência de aminoácidos que não é tipo selvagem causada por inserções/deleções resultando em peptídeo originado da mudança da fase de leitura; e/ou c) uma sequência de aminoácidos que não é tipo selvagem causada pela alteração dos limites do éxon ou por mutações que geram retenção de íntrons; e/ou d) uma proteína de câncer mutada gerada por um evento de fusão de genes.
[034] Um neoantígeno que é o resultado de uma ou mais alterações de único aminoácido causadas por uma SNV não sinônima de mutação pontual genômica é referido no contexto da presente invenção como um peptídeo mutante de aminoácido único.
[035] O termo “peptídeo de mudança da fase de leitura” é usado no contexto da presente invenção para se referir ao produto não tipo selvagem completo da tradução do segmento codificante da proteína de um polinucleotídeo compreendendo uma mutação de inserção ou deleção que causa uma alteração na Fase de Leitura Aberta (ORF - Open Reading Frame).
[036] O termo “fase de leitura aberta” abreviada como “ORF” (do inglês open reading frame) é usado no contexto da presente invenção para se referir a uma sequência de nucleotídeos que pode ser traduzida em uma sequência consecutiva de aminoácidos. Normalmente, uma ORF contém um códon de início, uma região subsequente geralmente com um comprimento que é múltiplo de 3 nucleotídeos, mas não contém um códon de terminação (TAG, TAA, TGA, UAG, UAA ou UGA) na dada fase de leitura. Uma ORF codifica uma proteína na qual os aminoácidos nos quais ela pode ser traduzida formam uma cadeia de peptídeos ligados.
[037] O termo “polinucleotídeo” ou “ácido nucleico” inclui polímeros de nucleotídeos de fita simples e dupla. Os nucleotídeos compreendendo o polinucleotídeo podem ser ribonucleotídeos ou desoxirribonucleotídeos ou uma forma modificada de qualquer tipo de nucleotídeo. As referidas modificações incluem modificações de base, tais como derivadas de bromouridina e inosina, modificações de ribose, como 2',3'- didesoxirribose e modificações na ligação internucleotídica, como fosforotioato, fosforoditioato, fosforosselenoato, fosforodiselenoato, fosfororoanilotioato, fosforodaniladato e fosforoamidato. Exemplos de polinucleotídeos são DNA e RNA.
[038] Um “polinucleotídeo isolado” é DNA ou RNA de origem genômica, mRNA, cDNA ou sintético ou alguma combinação dos mesmos que não está associada a todo ou a parte de um polinucleotídeo no qual o polinucleotídeo isolado é encontrado na natureza ou está ligado a um polinucleotídeo ao qual não está ligado na natureza.
[039] O termo “cassete de expressão” é usado no contexto da presente invenção para se referir a um polinucleotídeo que compreende pelo menos uma sequência de ácido nucleico que deve ser expressa, por exemplo, um ácido nucleico que codifica a cadeia de neoantígenos câncer-específicos fundidos com a cadeia invariante da presente invenção ou fragmentos da mesma, operacionalmente ligado a sequências de controle da transcrição e tradução. De preferência, um cassete de expressão inclui elementos de regulação cis para expressão eficiente de um determinado gene, como promotor, sítio de iniciação e/ou sítio de poliadenilação. Preferencialmente, um cassete de expressão contém todos os elementos adicionais necessários para a expressão do polinucleotídeo na célula de um paciente. Assim, um cassete de expressão típico contém um promotor operacionalmente ligado à sequência de polinucleotídeo a ser expressa e os sinais necessários para a poliadenilação eficiente do transcrito, sítios de ligação ao ribossomo e de terminação da tradução. Elementos adicionais do cassete podem incluir, por exemplo, facilitadores/acentuadores (enhancers). Um cassete de expressão preferencialmente também contém uma região de terminação da transcrição a jusante do gene estrutural para proporcionar uma terminação eficiente. A região de terminação pode ser obtida do mesmo gene que a sequência promotora ou pode ser obtida de um gene diferente.
[040] O termo “operacionalmente ligado”, conforme usado no contexto da presente invenção, refere-se a um arranjo de elementos, em que os componentes descritos são configurados de modo a desempenhar sua função usual. Um polinucleotídeo está “operacionalmente ligado” quando ele é colocado em uma relação funcional com outra sequência de ácido nucleico. Por exemplo, um promotor está operacionalmente ligado a um ou mais transgenes, se isso afetar a transcrição de um ou mais transgenes. Além disso, os elementos de controle operacionalmente ligados a uma sequência codificante são capazes de efetuar a expressão da sequência codificante. Os elementos de controle não precisam ser contíguos com a sequência codificante, desde que funcionem direcionando sua expressão. Assim, por exemplo, as sequências transcritas ainda não traduzidas intervenientes podem estar presentes entre uma sequência promotora e a sequência codificante e a sequência do promotor pode ser considerada “operacionalmente ligada” à sequência codificante.
[041] O termo “vetor” ou “vetor de expressão” são utilizados de maneira alternada e se referem a um polinucleotídeo, um polinucleotídeo dentro de algum tipo de envelope, por exemplo, um revestimento viral ou um lipossoma ou um polinucleotídeo complexado com proteínas capazes de serem introduzidos ou de introduzir o polinucleotídeo da presente invenção em uma célula, preferencialmente uma célula de mamífero. Exemplos de vetores incluem, mas não se limitam a, plasmídeos, cosmídeos, fagos, lipossomas, vírus ou cromossomos artificiais. Em particular, um vetor é usado para transportar o promotor e o polinucleotídeo da invenção para uma célula hospedeira adequada. Os vetores de expressão podem conter sequências polinucleotídicas de “replicon” que facilitam a replicação autônoma do vetor de expressão em uma célula hospedeira. Uma vez na célula hospedeira, o vetor de expressão pode se replicar independentemente ou de maneira coincidente com o DNA cromossômico do hospedeiro, e várias cópias do vetor e seu DNA inserido podem ser geradas. No caso de serem utilizados vetores de expressão incompetentes de replicação - o que geralmente ocorre por razões de segurança - o vetor não pode se replicar, mas apenas desempenhar a expressão direta do polinucleotídeo. Dependendo do tipo de vetor de expressão, o vetor de expressão pode ser perdido da célula, ou seja, expressa apenas transitoriamente os neoantígenos codificados pelo polinucleotídeo, ou pode ser estável na célula. Os vetores de expressão contêm tipicamente cassetes de expressão, ou seja, os elementos necessários que permitem a transcrição do polinucleotídeo para dentro de uma molécula de mRNA. Se o polinucleotídeo for um RNA, a transcrição não é necessária e, portanto, as moléculas de RNA requerem apenas elementos de controle da tradução.
[042] O termo “sequência de aminoácidos potencializadora de células T” refere-se a uma sequência de polipeptídeos que quando fundida a uma sequência do antígeno aumenta a indução de células T no contexto de uma vacina genética.
[043] O termo “atividade potencializadora da resposta de células T” refere-se a compostos, em particular polipeptídeos, que aumentam a resposta de células T desafiadas com um antígeno. Um exemplo de tal composto seria o polipeptídeo da presente invenção, em particular se acoplado a uma sequência antigênica. O polipeptídeo aumentaria a resposta das células T aos referidos antígenos em comparação com a resposta das células T ao antígeno sozinho no contexto da vacinação. Os ensaios adequados para medir a resposta das células T são conhecidos no estado da técnica e incluem a medição de citocinas liberadas por células T ativadas, como interferon gama (IFN-γ) por ELISpot ou coloração intracelular de citocinas (ICS), que detecta a produção e o acúmulo de citocinas dentro do retículo endoplasmático após o estímulo da célula. Um composto com atividade potencializadora da resposta de células T, aumenta a resposta de células T como, por exemplo, exemplificado por um aumento na liberação de citocinas.
[044] Os termos “preparação” e “composição”, tal como utilizados no contexto da presente invenção, pretendem incluir a formulação do composto ativo, por exemplo, os vetores andenovirais de grandes símios da presente invenção com um veículo e/ou excipiente.
[045] “Farmaceuticamente aceitável”, conforme utilizado no contexto da presente invenção, significa aprovado por uma agência reguladora do governo federal ou governo estadual ou inscrita na Farmacopeia Norte- Americana ou outras farmacopeias geralmente reconhecidas para uso em animais, e mais especificamente para uso em humanos.
[046] O termo “veículo” ou “transportador”, conforme utilizado na presente invenção, refere-se a uma substância farmacologicamente inativa tal como, mas não limitada a, um diluente, excipiente, tensoativos, estabilizantes, soluções tampão fisiológicas ou veículos com os quais o ingrediente terapeuticamente ativo é administrado. Tais veículos farmacêuticos podem ser líquidos ou sólidos. Os veículos líquidos incluem, mas não se limitam a, líquidos estéreis, tais como soluções salinas em água e óleos, incluindo, mas não se limitando àquelas de origem petrolífera, animal, vegetal ou sintética, tais como óleo de amendoim, óleo de soja, óleo mineral, óleo de gergelim e similares. Soluções salinas e soluções de dextrose aquosa e de glicerol também podem ser empregadas como veículos líquidos, especialmente para soluções injetáveis. Uma solução salina é um veículo preferido quando a composição farmacêutica é administrada por via intravenosa. Exemplos de veículos farmacêuticos adequados são descritos em “Remington's Pharmaceutical Sciences” por E.W. Martin.
[047] Os “excipientes” farmacêuticos adequados incluem amido, glicose, lactose, sacarose, gelatina, malte, arroz, farinha, carbonato de cálcio, sílica gel, estearato de sódio, monoestearato de glicerol, talco, cloreto de sódio, leite desnatado em pó, glicerol, propileno glicol, água, etanol e etc.
[048] Os “tensoativos” incluem tensoativos aniônicos, catiônicos e não iônicos tais como, mas não se limitando a, desoxicolato de sódio, dodecilsulfato de sódio, Triton X-100 e polissorbatos como polissorbato 20, polissorbato 40, polissorbato 60, polissorbato 65 e polissorbato 80.
[049] Os “estabilizantes” incluem, mas não se limitam a manitol, sacarose, trealose, albumina, bem como antagonistas de proteínase e/ou nuclease.
[050] “Solução tampão fisiológica” que pode ser usada no contexto da presente invenção inclui, mas não se limita a, solução de cloreto de sódio, água desmineralizada, bem como soluções tampão orgânicas ou inorgânicas adequadas, tais como, mas não se limitando a; tampão fosfato, tampão citrato, tampão tris(tris(hidroximetil)aminometano), tampão HEPES (ácido [4-(2-hidroxietil)piperazina]etanossulfônico) ou tampão MOPS (ácido 3- morfolino-1-propano-sulfônico). A escolha do respectivo tampão depende em geral da molaridade do tampão desejado. O tampão de fosfato é adequado, por exemplo, para soluções de injeção e infusão.
[051] Uma “quantidade eficaz” ou “quantidade terapeuticamente eficaz” é uma quantidade de um agente terapêutico suficiente para atingir a finalidade pretendida. A quantidade eficaz de um determinado agente terapêutico irá variar com fatores como a natureza do agente, a via de administração, o tamanho e espécie do animal para receber o agente terapêutico e o objetivo de administração. A quantidade eficaz em cada caso individual pode ser determinada empiricamente por um perito no assunto, de acordo com métodos estabelecidos no estado da técnica.
[052] Tal como utilizado na presente invenção, “tratar”, “tratando”, “tratamento” ou “terapia” de uma doença ou distúrbio significa realizar um ou mais dos seguintes: (a) reduzir a gravidade do distúrbio; (b) limitar ou prevenir o desenvolvimento de sintomas característicos do(s) distúrbio(s) a ser(em) tratado(s); (c) inibir a piora dos sintomas característicos do(s) distúrbio(s) a ser(em) tratado(s); (d) limitar ou prevenir a recorrência do(s) distúrbio(s) em um indivíduo que já teve o(s) distúrbio(s); e (e) limitar ou prevenir a recorrência de sintomas em indivíduos que anteriormente eram sintomáticos para o(s) distúrbio(s).
EXEMPLOS DE REALIZAÇÃO DA INVENÇÃO
[053] Em um primeiro aspecto, a presente invenção provê um polipeptídeo compreendendo: (a) um fragmento de uma INV de um Teleostei, que preferencialmente possui atividade potencializadora da resposta de células T, compreendendo ou consistindo entre 16 a 27 aminoácidos contíguos do domínio proximal de membrana (MPD) de uma INV de Teleostei, em que o MPD é preferencialmente caracterizado pela seguinte sequência de aminoácidos (SEQ ID NO: 31): X1 QKX2 QIHTLQKX3 SX4 RX5 X6 X7 QX8 TRX9 SX10 AV em que: X1 é G, D, S ou N, preferencialmente G ou S; e mais preferencialmente G; X2 é E ou Q; preferencialmente E; X3 é N ou S; preferencialmente N; X4 é D ou E; preferencialmente E;
X5 é M ou L; preferencialmente M; X6 é G, N, S ou T; preferencialmente S, G ou T, e mais preferencialmente S; X7 é K ou R; preferencialmente K; X8 é L ou M; preferencialmente L; X9 é S, T ou A; preferencialmente S; e X10 é Q ou H; preferencialmente Q; e em que os 16 a 27 aminoácidos do MPD são preferencialmente pelo menos 70% idênticos à SEQ ID NO: 7; e opcionalmente um ou mais antígenos ou seus fragmentos antigênicos; ou (b) uma INV de comprimento total (completa) de Teleostei de SEQ ID NO: 1 ou uma variante da mesma, que possui atividade potencializadora da resposta de células T, em que a sequência de aminoácidos do MPD da variante é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 7; e um ou mais antígenos ou fragmentos antigênicos dos mesmos.
[054] De modo geral, é desejável que o fragmento de uma INV seja o mais curto possível enquanto ainda mantém o seu efeito estimulador de antígeno de células T. Preferencialmente, o fragmento de modo mais preferido consiste em 16 a 27, 17 a 26, 18 a 25, 19 a 24, 20 a 23, 21 a 22 aminoácidos contínuos do MPD de uma INV.
[055] Embora o fragmento da INV possa compreender outras sequências N e/ou C-terminalmente do MPD, é preferível que tais sequências não estejam compreendidas no fragmento e, portanto, é preferível que o fragmento seja constituído pelo respectivo trecho de aminoácidos contínuo do
MPD.
[056] Se o fragmento da INV compreender sequências adicionais N- e/ou C-terminais do MPD, é preferido que o fragmento compreenda todo o MPD, ou seja, 27 aminoácidos. É preferido ainda que o fragmento não compreenda o TMD, mas compreenda aminoácidos C-terminais adicionais da INV. Preferencialmente, estes aminoácidos C-terminais são imediatamente consecutivos ao MPD.
[057] A sequência do MPD é preferencialmente baseada na sequência MPD de peixe-mandarim de acordo com a SEQ ID NO: 7.
Preferencialmente, o fragmento compreende ou consiste em 16 a 27 aminoácidos do MPD, em que o MPD é pelo menos 75%, mais preferencialmente pelo menos 80%, mais preferencialmente pelo menos 85%, mais preferencialmente pelo menos 90%, mais preferencialmente pelo menos 95% idêntico à SEQ ID NO: 7.
[058] O fragmento pode compreender sequências adicionais de aminoácidos N e/ou C-terminais de uma INV. Assim, prefere-se que o fragmento de comprimento total da INV tenha entre 16 a 80, 17 a 72, 18 a 55, 19 a 50, 20 a 45, 21 a 40, 22 a 35, 23 a 30 aminoácidos contíguos.
[059] Em um exemplo de realização preferido, o fragmento compreende ou consiste no MPD caracterizado pela sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 31. Preferencialmente, este MPD compreende pelo menos a sequência de aminoácidos QIHTLQKX3 SX4 RX5 X6 X7 QX8 (SEQ ID NO: 51), em que X3 é N ou S; preferencialmente N; X4 é D ou E; preferencialmente E; X5 é M ou L; preferencialmente M; X6 é G, N, S ou T; preferencialmente S, G ou T, e mais preferencialmente S;
X7 é K ou R; preferencialmente K; X8 é L ou M; preferencialmente L.
[060] No contexto do presente exemplo de realização preferido, é particularmente preferido que este fragmento compreenda a SEQ ID NO: 51 e entre 0 e 11, isto é, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou 11, aminoácidos adicionais de um MPD, que podem estar presentes nas porções N- e/ou C-terminais da SEQ ID NO: 51. Preferencialmente, esses 1 a 11 aminoácidos adicionais compartilham pelo menos 70% de identidade com a SEQ ID NO: 7.
Preferencialmente, o fragmento inteiro incluindo a sequência central de acordo com a SEQ ID NO: 51 é pelo menos 70% idêntica à SEQ ID NO: 7, mais preferencialmente pelo menos 75%, mais preferencialmente pelo menos 80%, ainda mais preferencialmente pelo menos 85% ou pelo menos 90% idêntica à SEQ ID NO: 7. Em cada caso, é preferível que o fragmento tenha atividade potencializadora da resposta de células T. É ainda preferido que não haja mais sequências de cadeias INV contínuas ao N- e C-terminal do fragmento, e é ainda mais preferido que o fragmento seja a única sequência INV no polipeptídeo.
[061] Em um exemplo de realização preferido do polipeptídeo do primeiro aspecto da invenção, a sequência de aminoácidos: (a) do MPD da alternativa (a) do primeiro aspecto é qualquer uma das SEQ ID NOs: 7 a 12, isto é, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12; ou (b) do fragmento INV da alternativa (a) do primeiro aspecto da invenção compreende qualquer uma das sequências de SEQ ID NOs: 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 ou 18, preferencialmente 7 ou 13; ou consiste em qualquer uma das sequências de SEQ ID NOs: 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 ou 18, preferencialmente 7 ou 13; ou
(c) da cadeia invariante de Teleostei da alternativa (b) do primeiro aspecto da invenção é qualquer uma das sequências de SEQ ID NOs: 1 a 6.
[062] Se o fragmento consistir em 16 a 27 aminoácidos do MPD de uma INV, os fragmentos preferidos terão um comprimento de 16 a 27, 17 a 26, 18 a 25, 19 a 24, 20 a 23, 21 a 22 aminoácidos contínuos do MPD da INV de acordo com a SEQ ID NO: 7 a 12.
[063] Em cada caso descrito acima, o fragmento ou variante possui atividade potencializadora da resposta de células T. A atividade potencializadora da resposta de células T pode ser medida por métodos conhecidos no estado da técnica ou conforme estabelecido nos experimentos anexos. É preferível que a atividade potencializadora da resposta de células T seja pelo menos 50%, preferencialmente pelo menos 80% da atividade potencializadora da resposta de células T do fragmento INV de acordo com a SEQ ID NO: 13, quando acoplada ao mesmo antígeno ou cadeia de antígenos.
[064] Em um exemplo de realização específico do polipeptídeo da alternativa (a) do primeiro aspecto da invenção, o fragmento consiste em pelo menos 16 a 27 aminoácidos N-terminais do MPD e: (i) 1 a 26 aminoácidos consecutivos do domínio transmembranar (TMD) de uma INV de Teleostei imediatamente N-terminal do MPD, em que o TMD da INV de Teleostei é preferencialmente caracterizado pela seguinte sequência de aminoácidos (SEQ ID NO: 32): AY1KY2AY3LTTLY4CLLY5Y6SQVFTAYY7VF em que: Y1 é L ou F, preferencialmente L; Y2 é I ou V, preferencialmente V; Y3 é G ou A, preferencialmente G;
Y4 é T ou A, preferencialmente T; Y5 é L ou V, preferencialmente L; Y6 é A ou S, preferencialmente A; e Y7 é M ou T, preferencialmente M; e/ou (ii) 1 a 19 aminoácidos consecutivos da INV de Teleostei imediatamente C-terminal do MPD, é preferencialmente caracterizado pela seguinte sequência de aminoácidos (SEQ ID NO: 33): APZ1Z2MZ3Z4PMZ5SLPZ6Z7Z8DZ9Z10 em que: Z1 é M, V ou A, preferencialmente M ou V, mais preferencialmente M; Z2 é R ou K, preferencialmente K; Z3 é H, A ou Q, preferencialmente M ou H, mais preferencialmente H; Z4 é M ou L, preferencialmente M; Z5 é N ou S, preferencialmente N; Z6 é M ou L, preferencialmente L; Z7 é M, L ou V, preferencialmente L; Z8 é M ou S, preferencialmente M; Z9 é F ou Y, preferencialmente F; e Z10 é T ou S, preferencialmente T.
[065] Se o fragmento compreender sequências de aminoácidos adicionais N e/ou C-terminais de uma INV, é preferível que o comprimento total do fragmento da INV seja entre 28 a 72, 30 a 65 ou 35 a 46 aminoácidos contíguos.
[066] Foi surpreendentemente encontrado pelos presentes inventores que uma forte resposta de células T a dois ou mais antígenos, preferencialmente neoantígenos, pode ser induzida pela fusão do fragmento INV da alternativa (a) do primeiro aspecto da invenção ou a INV alternativa (b) do primeiro aspecto da invenção com dois ou mais antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos. Isso permite a indução simultânea de uma resposta de células T contra múltiplos antígenos. Assim, em relação à alternativa (a) do primeiro aspecto da invenção e à alternativa (b) do primeiro aspecto da invenção, é preferido que o polipeptídeo compreenda múltiplos antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos. Por exemplo, é preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, mais preferencialmente pelo menos 20 antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 100 antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes.
[067] Para acomodar o número máximo de antígenos diferentes dentro de um polipeptídeo, é particularmente preferido que o polipeptídeo compreenda fragmentos antigênicos dos antígenos.
[068] Os antígenos são escolhidos dependendo da respectiva aplicação terapêutica. Se a vacinação terapêutica ou profilática contra uma doença proliferativa for desejada, o antígeno é selecionado a partir de um antígeno câncer-específico ou um neoantígeno câncer-específico. Conforme estabelecido acima, em particular no contexto da vacinação contra o câncer, é preferido que o polipeptídeo do primeiro aspecto compreenda dois ou mais antígenos diferentes. É preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 antígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, mais preferencialmente pelo menos 20 antígenos câncer-
específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 antígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos
100 antígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 antígenos câncer-
específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 antígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes.
Alternativamente, é preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, mais preferencialmente pelo menos 20 neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 100 neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes.
Alternativamente, é preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 antígenos ou neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, mais preferencialmente pelo menos 20 antígenos ou neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 antígenos ou neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 100 antígenos ou neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 antígenos ou neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 antígenos ou neoantígenos câncer-específicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes.
[069] Alternativamente, o antígeno é uma proteína viral ou um fragmento antigênico da mesma, uma proteína bacteriana ou um fragmento antigênico da mesma ou uma proteína fúngica ou um fragmento antigênico da mesma.
[070] De modo geral, a vacinação profilática ou terapêutica contra infecção viral, bacteriana ou fúngica não requer tantos antígenos diferentes para ser eficaz em comparação com a vacinação na terapia de doenças proliferativas. No entanto, existem alguns vírus como, por exemplo, o HIV que apresentam uma grande diversidade de epítopos, particularmente nas proteínas do revestimento. Para suscitar uma ampla resposta imune, múltiplos antígenos podem ser incluídos. Assim, é preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 antígenos virais diferentes ou fragmentos antigênicos dos mesmos, mais preferencialmente pelo menos 20 antígenos virais ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 antígenos virais ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 100 antígenos virais ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 antígenos virais ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 antígenos virais ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes. Os antígenos podem ser escolhidos a partir de diferentes cepas do mesmo vírus e/ou a partir de diferentes espécies virais. Neste último caso, a vacina permite a imunização contra uma variedade de espécies virais diferentes.
[071] Alternativamente, é preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 antígenos bacterianos diferentes ou fragmentos antigênicos dos mesmos, mais preferencialmente pelo menos 20 antígenos bacterianos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 antígenos bacterianos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 100 antígenos bacterianos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 antígenos bacterianos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 antígenos bacterianos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes.
[072] Alternativamente, é preferido que o polipeptídeo compreenda pelo menos 5 antígenos fúngicos diferentes ou fragmentos antigênicos dos mesmos, mais preferencialmente pelo menos 20 antígenos fúngicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 50 antígenos fúngicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 100 antígenos fúngicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes, ainda mais preferencialmente pelo menos 200 antígenos fúngicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes e ainda mais preferencialmente pelo menos 300 antígenos fúngicos ou fragmentos antigênicos dos mesmos diferentes.
[073] Em todos os exemplos de realização acima, é preferido que os antígenos sejam antígenos de células T. Os antígenos de células T são aqueles que são apresentados pelo MHC e suscitam uma resposta de células T.
[074] Preferencialmente, o antígeno ou cada um dos antígenos ou fragmentos destes tem(têm) um comprimento entre 6 a 100 aminoácidos,
mais preferencialmente 7-50 e mais preferencialmente de 8 a 30 amino ácidos.
[075] Em um exemplo de realização preferido do polipeptídeo do primeiro aspecto da invenção, um ou mais antígenos e/ou um ou mais fragmentos antigênicos dos mesmos estão localizados C-terminalmente no fragmento da INV de acordo com a alternativa (a) do primeiro aspecto de a invenção ou da INV completa, de acordo com a alternativa (b) do primeiro aspecto da invenção. É particularmente preferido que os antígenos e/ou seus fragmentos antigênicos sejam imediatamente C-terminais à INV de acordo com a alternativa (a) ou (b) do primeiro aspecto da invenção.
[076] É preferido que os polipeptídeos da invenção sejam produzidos dentro das células do paciente a ser vacinado. A expressão intracelular é um pré-requisito para a apresentação pelo MHC e, portanto, estimulação da resposta de células T. Consequentemente, em um segundo aspecto, a presente invenção refere-se a um polinucleotídeo que codifica o polipeptídeo do primeiro aspecto da presente invenção. Preferencialmente, o polinucleotídeo é um DNA ou RNA. Mais preferencialmente, o polinucleotídeo é DNA. O RNA é preferencialmente usado para obter diretamente a tradução do polipeptídeo codificado. O DNA que codifica o polipeptídeo do primeiro aspecto é tipicamente inserido em cassetes de expressão, que transcrevem diretamente o mRNA que codifica os polipeptídeos da invenção. No entanto, o polinucleotídeo também pode ser RNA se o polinucleotídeo estiver compreendido em um vetor e o vetor for um RNA vírus. Um RNA preferido para aplicação direta é um RNA auto-amplificante (SAM).
[077] Em um terceiro aspecto, a presente invenção refere-se a um vetor compreendendo o polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção. Preferencialmente, o polinucleotídeo da presente invenção está operacionalmente ligado a uma sequência de controle de expressão.
[078] Dois ou mais vetores são usados, se o número de antígenos diferentes ou fragmentos antigênicos dos mesmos a serem entregues a um paciente é maior do que um polinucleotídeo que codifica o polipeptídeo de fusão INV e todos os antígenos ou fragmentos antigênicos dos mesmos não podem ser acomodados no vetor escolhido. Consequentemente, em um quarto aspecto, a presente invenção refere-se a uma coleção de dois ou mais vetores diferentes, em que os vetores diferentes compreendem um polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da presente invenção que codifica um polipeptídeo diferente de acordo com o primeiro aspecto da presente invenção.
[079] O vetor do terceiro aspecto ou a coleção de vetores do quarto aspecto, em que o vetor em cada caso é selecionado independentemente a partir do grupo que consiste em um plasmídeo; um cosmídeo; uma partícula lipossômica, um vetor viral ou uma partícula semelhante a vírus; preferencialmente, um vetor de alfavírus, um vetor de vírus da encefalite equina venezuelana (VEE), um vetor de vírus Sindbis (SIN), um vetor de vírus da floresta Semliki (SFV), um vetor de citomegalovírus símio ou humano (CMV), um vetor de citomegalovírus símio ou humano (CMV), um vetor de vírus de coriomeningite por linfócitos (LCMV), um vetor retroviral, um vetor lentiviral, um vetor adenoviral, um vetor de vírus adenoassociado, um vetor de poxvírus, um vetor de vírus vaccinia ou um vetor de vaccinia ankara modificado (MVA). Em geral, é preferível que uma coleção de vetores, em que cada membro da coleção compreende um polinucleotídeo que codifica um antígeno diferente ou fragmentos do mesmo e que, portanto, é tipicamente administrado simultaneamente, utiliza o mesmo tipo de vetor, por exemplo, um vetor derivado de adenovírus.
[080] Os vetores mais preferidos são vetores adenovirais, em particular vetores adenovirais derivados de grandes símios humanos ou não humanos. Os grandes símios preferidos dos quais os adenovírus são derivados são os de chimpanzé (Pan), gorila (gorila) e orangotangos (Pongo), de preferência Bonobo (Pan paniscus) e o chimpanzé comum (Pan troglodytes).
Normalmente, os adenovírus não humanos de grandes primatas não humanos são isolados a partir de amostras de fezes do respectivo macaco. Os vetores mais preferidos são vetores adenovirais não replicantes baseados nos vetores hAd5, hAd11, hAd26, hAd35, hAd49, ChAd3, ChAd4, ChAd5, ChAd6, ChAd7, ChAd8, ChAd9, ChAd10, ChAd11, ChAd16, ChAd17, ChAd19, ChAd20, ChAd22, ChAd24, ChAd26, ChAd30, ChAd31, ChAd37, ChAd38, ChAd44, ChAd55, ChAd63, ChAd73, ChAd82, ChAd83, ChAd146, ChAd147, PanAd1, PanAd2 e PanAd3 ou vetores Ad4 e Ad7 competentes para replicação. Os adenovírus humanos hAd4, hAd5, hAd7, hAd11, hAd26, hAd35 e hAd49 são bem conhecidos no estado da técnica. Os vetores baseados no ChAd3, ChAd4, ChAd5, ChAd6, ChAd7, ChAd8, ChAd9, ChAd10, ChAd11, ChAd16, ChAd17, ChAd19, ChAd20, ChAd22, ChAd24, ChAd26, ChAd30, ChAd31, ChAd37, ChAd38, ChAd44, ChAd63 e ChAd82 de ocorrência natural estão descritos em detalhes no documento WO 2005/071093. Os vetores baseados nos vetores PanAd1, PanAd2, PanAd3, ChAd55, ChAd73, ChAd83, ChAd83, ChAd146 e ChAd147 de ocorrência natural estão descritos em detalhes no documento WO 2010/086189.
[081] Em um quinto aspecto, a presente invenção refere-se a uma composição farmacêutica compreendendo o polipeptídeo do primeiro aspecto da presente invenção, um polinucleotídeo do segundo aspecto da presente invenção ou um vetor do terceiro aspecto da presente invenção ou coleção de vetores do quarto aspecto da invenção e um excipiente farmaceuticamente aceitável e, opcionalmente, um ou mais adjuvantes.
[082] Os presentes inventores descobriram que a administração de, pelo menos, um imunomodulador, por exemplo, um modulador de molécula de ponto de verificação imunológico (MCM), melhora adicionalmente a força da resposta das células T para o antígeno ou fragmento do mesmo. Assim, em um exemplo de realização preferido do sexto aspecto, a composição farmacêutica compreende, pelo menos, um imunomodulador, por exemplo, um MCM, ou, pelo menos, um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM, ou partícula de vetor ou lipossômica que compreende o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM.
[083] Em um sexto aspecto, a presente invenção refere-se a um kit de partes compreendendo a composição farmacêutica do quinto aspecto da presente invenção e, embalado separadamente, pelo menos um imunomodulador, por exemplo, um MCM ou pelo menos um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM, ou um vetor compreendendo o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM.
[084] Em um exemplo de realização preferido do quinto ou sexto aspecto, o imunomodulador é um MCM e é selecionado a partir do grupo que consiste em: (a) um agonista de um membro da superfamília do receptor do fator de necrose tumoral (TNF), de preferência CD27 (por exemplo, Varlilumabe), CD40 (por exemplo, CP-870,893), OX40 (por exemplo, INCAGN01949 ou MEDI0562), GITR (por exemplo, MEDI1873) ou CD137 (por exemplo, Utomilumabe); (b) um antagonista de PD-1 (por exemplo, pembrolizumabe ou nivolumabe), CD274 (atezolizumabe ou Durvalumabe), A2AR (por exemplo, Preladenant), B7-H3 (por exemplo MGA271), B7-H4, BTLA, CTLA-4 (por exemplo, Tremelimumabe ou AGEN1884), IDO, KIR, LAG3, TIM-3 (por exemplo, CA-327 ou RMT3-23) ou VISTA (por exemplo,
CA-170) ou um antagonista de um membro da superfamília de B7-CD28, preferencialmente de CD28 ou ICOS ou um antagonista de um ligante do mesmo.
[085] Outros imunomoduladores referidos são citocinas que atuam como fatores de crescimento de células T, em particular IL-2, IL-12 ou IL-15.
[086] Em um sétimo aspecto, a presente invenção refere-se a um polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, um polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou um vetor ou uma coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção para uso como um medicamento.
[087] Em um oitavo aspecto, a presente invenção refere-se ao polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, um polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou um vetor ou uma coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção, ou uma composição farmacêutica de acordo com o quinto aspecto da invenção ou kits compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com o sexto aspecto da invenção para uso na prevenção ou tratamento de uma doença proliferativa, preferencialmente o câncer, doença viral, doença fúngica ou doença bacteriana.
[088] Em um exemplo de realização preferido, o polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, o polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou o vetor ou uma coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção, ou a composição ou kits farmacêuticos compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com o quinto aspecto da invenção, o câncer é selecionado a partir do grupo que consiste em neoplasias malignas do lábio, cavidade oral, faringe, um órgão digestivo, órgão respiratório, órgão intratorácico, osso, cartilagem articular,
pele, tecido mesotelial, tecidos moles, mama, órgãos genitais femininos, órgãos genitais masculinos, trato urinário, cérebro e outras partes do sistema nervoso central, glândula tireoide, glândulas endócrinas, tecido linfoide e tecido hematopoiético.
[089] Em um exemplo de realização preferido, o polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, o polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou o vetor ou uma coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção, ou a composição ou kits farmacêuticos compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com o quinto aspecto da invenção, em que pelo menos um imunomodulador, por exemplo, um MCM, ou pelo menos um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM, ou um vetor ou partícula lipossômica que compreende o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, por exemplo, um MCM é administrado antes, concomitantemente ou subsequentemente à administração do polipeptídeo de acordo com o primeiro aspecto da invenção, do polinucleotídeo de acordo com o segundo aspecto da invenção, ou do vetor ou coleção de vetores de acordo com o terceiro ou quarto aspecto da invenção, ou da composição ou kits farmacêuticos compreendendo tais composições farmacêuticas de acordo com o quinto aspecto da invenção.
[090] Em um exemplo de realização preferido do oitavo aspecto da invenção, a administração do modulador de uma molécula de ponto de verificação é iniciada antes do início da administração da vacina, ou a administração do inibidor do ponto de verificação é iniciada após o início da administração da vacina, ou a administração do inibidor do ponto de verificação é iniciada simultaneamente com o início da administração da vacina.
[091] Em um exemplo de realização preferido do oitavo aspecto da invenção, o regime de vacinação é um regime de vacinação de “dose inical-
reforço” (prime-boost) heterólogo com dois vetores virais diferentes. As combinações preferidas são o vetor adenoviral derivado de grandes símios para a imunização inicial e um vetor de poxvírus, vetor de vírus vaccinia ou vetor de vaccinia ankara modificado (MVA) para a imunização de reforço. De preferência, estes são administrados sequencialmente com um intervalo de pelo menos 1 semana, preferencialmente de 6 semanas.
EXEMPLOS EXEMPLO 1 FUSÃO DE NEOANTÍGENOS À CADEIA INVARIANTE DE PEIXE-MANDARIM OU SEUS
FRAGMENTOS GERA IMUNOGENICIDADE NO CONTEXTO DE VACINAÇÃO CONTRA O ADENOVÍRUS DE GRANDES SÍMIOS
[092] Os neoantígenos câncer-específicos selecionados são gerados por 5 variantes de nucleotídeo único (SNVs) não sinônimas, o tipo mais comum de mutação encontrada nos tumores. A sequência de aminoácidos de cada neoantígeno câncer-específico possui o aminoácido mutado colocado em seu centro, flanqueado a montante e a jusante por 12 aminoácidos tipo selvagem (wt) para um comprimento total de 25 aa (Tabela 1). As sequências dos neoantígenos são unidas cabeça a cauda para formar o antígeno artificial.
[093] Um vetor adenoviral de Grandes Símios (GAd) que codifica um pentatopo contendo 5 neoantígenos câncer-específicos (Tabela 1) precedido por um iniciador de metionina (Penta: SEQ ID NO: 25) derivado de tumor murino CT26 é incapaz de induzir uma resposta imune contra neoantígenos câncer-específicos (Figura 1), a menos que uma sequência da cadeia invariante (INV) de peixe-mandarim (MF_INV_FL: SEQ ID NO: 26) ou uma versão truncada da INV de peixe-mandarim compreendendo os resíduos 1 a 81 que incluem o domínio transmembranar (MF_INV_SH, SEQ ID NO: 27) ou um fragmento da sequência INV de peixe-mandarim precedido por um iniciador de metionina (MF_INV_A: SEQ ID NO: 28; MF_INV_B: SEQ ID NO: 29) é colocado no N-terminal do pentatopo. Em todas as construções, uma sequência peptídica HA (SEQ ID NO: 30) com a finalidade de monitorar a expressão é fundida a jusante do pentatopo.
[094] A potência imunológica foi avaliada em camundongos consanguíneos BalBC após imunização intramuscular única, na dose de 5 × 108 ou 5 × 107 (vp) partículas de vírus GAd para cada uma das vacinas. Os esplenócitos foram coletados três semanas após a imunização e testados por ELISpot IFN-γ por células estimulantes na presença do pool de peptídeos sintéticos com 25mer correspondentes a cada um dos 5 neoantígenos câncer- específicos. Os ensaios ELISpot para IFNγ foram realizados em suspensões de célula única de baço. Placas MSIP S4510 (Millipore, Billerica, MA) foram revestidas com 10 µg/mL de anticorpo anti-IFN-γ (U-CyTech Utrecht, Holanda) e incubadas durante a noite a 4ºC. Após a lavagem e bloqueio, os esplenócitos de camundongo foram plaqueados em duplicatas em duas densidades diferentes (1 x 106 e 5 x 105 células por poço) e estimuladas durante a noite com um conjunto de peptídeos compreendendo os cinco peptídeos de 25mers a uma concentração final de 1 μg/mL. O diluente peptídico dimetilsulfóxido (Sigma-Aldrich, Milão, Itália) foi usado como controle negativo. As placas foram desenvolvidas por incubações subsequentes com anticorpo anti-IFN-γ biotinilado (U-CyTech Utrecht, Holanda), conjugado de estreptavidina-fosfatase alcalina (BD Biosciences, San Jose, CA) e finalmente com uma solução de revelação em 1 etapa de 5-bromo-4-cloro-3-indoil-fosfato/tetrazolio nitroazul (Thermo Fisher Scientific, Rokford, IL). Utilizou-se um sistema de análise por vídeo de leitor de placas automatizado para o ensaio ELISA-spot. Os dados do ensaio ELISpot foram expressos como SFCs de IFN-γ por milhão de esplenócitos.
[095] As respostas imunes (número de células T que produzem
IFN-γ por milhão de esplenócitos) são mostradas na Figura 1. As respostas foram consideradas positivas se; (i) a média dos poços com antígeno fosse superior a 20 colônias formadoras de manchas SFC/10 6 PBMC; e (ii) se fosse excedido em três vezes o valor de referência dos poços incubados com o diluente peptídico DMSO. Conforme mostrado na Figura 1, a adição de INV de peixe-mandarim ou um fragmento da mesma converteu o antígeno Penta não imunogênico em um antígeno imunogênico com taxa de resposta de 100% nos animais vacinados com MF_INV_FL ou MF_INV_A na dose de 5 × 108 vp. Em particular, a vacinação a 5 × 108 vp com as construções contendo os fragmentos curtos MF_INV_A ou MF_INV_B induziram a imunogenicidade em níveis comparáveis aos observados para as construções contendo o comprimento total da INV de peixe-mandarim (MF_INV_FL) ou contendo a versão truncada da INV de peixe-mandarim possuindo apenas os resíduos de 1 a 81 que incluem o domínio transmembranar (MF_INV_SH). A vacinação a 5 × 107 vp (Figura 1) pôde discriminar a potência de diferentes potencializadores de células T, de modo que as construções contendo os fragmentos curtos MF_INV_A foram as únicas capazes de resgatar a imunogenicidade em 100% dos camundongos em níveis comparáveis aos observados para as construções contendo a INV completa de peixe-mandarim (MF_INV_FL).
[096] A versão truncada da INV de peixe-mandarim compreendendo os resíduos de 1 a 81, que inclui o domínio transmembranar (MF_INV_SH), é por sua vez inferior à construção MF_INV_A, e é capaz de induzir uma resposta imune na dosagem mais baixa apenas em 1 em cada 6 camundongos.
TABELA 1
[097] Antígeno penta: composição do antígeno penta. Os neoantígenos CT26 estão presentes no antígeno Penta montado na ordem mostrada. O aminoácido mutado é indicado em negrito e sublinhado para cada neoantígeno.
SEQ ID NO Neoantígeno Gene 20 LLPFYPPDEALEIGLELNSSALPPT SLC4A3 21 ILPQAPSGPSYATYLQPAQAQMLTP E2F8 22 KPLRRNNSYTSYIMAICGMPLDSFR SLC20A1 23 VIQTSKYYMRDVIAIESAWLLELAP DHX35 24 HIHRAGGLFVADAIQVGFGRIGKHF AGXT2L2 EXEMPLO 2
[098] A capacidade do fragmento da cadeia Invariante de peixe- mandarim MF_INV_A (SEQ ID NO: 7) de potencializar a resposta imune induzida pela vacina foi posteriormente testada usando um novo antígeno artificial contendo um número maior (20) de neoantígenos do modelo murino CT26. Todos os cinco neoantígenos presentes na construção MF_INV_A do Exemplo 1 (Tabela 1) foram incluídos no novo antígeno, mas em uma ordem diferente em comparação com a construção MF_INV_A (Tabela 2). Foram gerados dois vetores GAd, cada um codificando os mesmos 20 neoantígenos, unidos cabeça a cauda na ordem dada na Tabela 2: construção CT26-20 com apenas um iniciador de metionina precedendo o antígeno (SEQ ID NO: 49) e construção MF_INV_A-20 onde a cadeia invariante de peixe-mandarim FRAG_A (SEQ ID NO: 7) precedida por um iniciador de metionina é colocada no N-terminal do antígeno (SEQ ID NO: 50). Em todas as construções, uma sequência peptídica HA (SEQ ID NO: 30) com a finalidade de monitorar a expressão é fundida a jusante do pentatopo.
[099] As respostas imunes foram avaliadas in vivo em camundongos BALBC endogâmicos (n = 6 por grupo) após uma única imunização intramuscular com uma dose de 5x107 partículas virais (vp). Os esplenócitos foram coletados duas semanas após a imunização e testados por
ELISpot para IFNγ estimulando as células na presença de um conjunto de 20 peptídeos sintéticos correspondentes às sequências dos neoantígenos codificados. Como observado anteriormente utilizando o antígeno pentatópico pequeno, a presença da cadeia invariante MF FRAG_A (SEQ ID NO: 7) potencializou fortemente as respostas de células T após a vacinação (Figura 3), independentemente da ordem e do número total de neoantígenos codificados.
TABELA 2
[100] Composição de antígeno das construções CT26-20 e MF_INV_A-20: Identidade dos 20 neoantígenos CT26 presentes nos antígenos CT26-20 e MF_INV_A-20 montados. Os neoantígenos estão presentes no antígeno na ordem exibida. O aminoácido mutado é indicado em negrito e sublinhado para cada neoantígeno. As SEQ ID NOs: 20 a 24 correspondem aos cinco neoantígenos presentes no pentatopo (vide a Tabela 1).
SEQ ID NO Neoantígeno 34 LRTAAYVNAIEKIFKVYNEAGVTFT 35 SNFTVDCSKAGNDMLLVGVHGPRTP 21 ILPQAPSGPSYATYLQPAQAQMLTP 36 ESDRNKESSDQTSVNMNGLENKISY 20 LLPFYPPDEALEIGLELNSSALPPT 37 QTSPTGILPTTSNSISTSEMTWKSS 38 AVQKLNLQNLVILQAPENLTLSNLS 39 TSIPSVSNALNWKEFSFIQSTLGYV 40 IIQVSPKDIQLTIFPSKSVKEGDTV 24 HIHRAGGLFVADAIQVGFGRIGKHF 41 HSGQNHLKEMAISVLEARACAAAGQ 23 VIQTSKYYMRDVIAIESAWLLELAP
SEQ ID NO Neoantígeno
42 KASKKGMWSEGNSSHTIRDLKYTIE
43 LPGFKGVKGHSGIDGLKGQPGAQGV
44 ALGSLALMIWLMTTPHSHETEQKRL
45 SWIHCWKYLSVQSQLFRGSSLLFRR
22 KPLRRNNSYTSYIMAICGMPLDSFR
46 EVATRMQSFGMKIVGYDPIISPEVA
47 TVSVVALHDDMENQPLIGIQSTAIP
48 FPEFARYTTPEDTTPEPGEDPRVTR

Claims (15)

REIVINDICAÇÕES
1. POLIPEPTÍDEO, caracterizado por compreender: (a) um fragmento de uma cadeia invariante (INV) de um Teleostei compreendendo ou consistindo em 16 a 27 aminoácidos do domínio proximal de membrana (MPD) de uma INV de Teleostei, em que o MPD compreende a seguinte sequência de aminoácidos (SEQ ID NO: 31): X1 QKX2 QIHTLQKX3 SX4 RX5 X6 X7 QX8 TRX9 SX10 AV em que: X1 é G, D, S ou N; X2 é E ou Q; X3 é N ou S; X4 é D ou E; X5 é M ou L; X6 é G, N, S ou T; X7 é K ou R; X8 é L ou M; X9 é S, T ou A; e X10 é Q ou H; e em que os 16 a 27 aminoácidos do MPD são preferencialmente pelo menos 70% idênticos à SEQ ID NO: 7; e opcionalmente um ou mais antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos; ou (b) uma INV de comprimento total (completa) de Teleostei de SEQ ID NO: 1 ou uma variante da mesma, que possui atividade potencializadora da resposta de células T, em que a sequência de aminoácidos do MPD da variante é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 7 e um ou mais antígenos e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos.
2. POLIPEPTÍDEO, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pela sequência de aminoácidos; (a) do MPD de acordo com a alternativa (a) da reivindicação 1 ser qualquer uma das SEQ ID NOs: 7 a 12; ou (b) do fragmento de acordo com a alternativa (a) da reivindicação 1 compreender ou consistir em qualquer uma das SEQ ID NOs: 7 a 18; ou (c) da cadeia invariante de Teleostei de acordo com a alternativa (b) da reivindicação 1 ser qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 6.
3. POLIPEPTÍDEO, de acordo com a reivindicação 1 (a) ou reivindicação 2, alternativa (a) ou (b), caracterizado pelo fragmento consistir em pelo menos 16 a 27 aminoácidos N-terminais do MPD e: (i) 1 a 26 aminoácidos consecutivos do domínio transmembranar (TMD) de uma INV de Teleostei imediatamente N-terminal do MPD, em que o TMD da INV de Teleostei é preferencialmente compreendido pela seguinte sequência de aminoácidos (SEQ ID NO: 32): AY1KY2AY3LTTLY4CLLY5Y6SQVFTAYY7VF em que: Y1 é L ou F; Y2 é I ou V; Y3 é G ou A; Y4 é T ou A; Y5 é L ou V;
Y6 é A ou S; e Y7 é M ou T; e/ou (ii) 1 a 19 aminoácidos consecutivos da INV de Teleostei imediatamente C-terminal do MPD, é preferencialmente compreendido pela seguinte sequência de aminoácidos (SEQ ID NO: 33): APZ1Z2MZ3Z4PMZ5SLPZ6Z7Z8DZ9Z10 em que: Z1 é M, V ou A; Z2 é R ou K; Z3 é H, A ou Q; Z4 é M ou L; Z5 é N ou S; Z6 é M ou L; Z7 é M, L ou V; Z8 é M ou S; Z9 é F ou Y; e Z10 é T ou S.
4. POLIPEPTÍDEO, de acordo com qualquer uma das reivindicações de 1 a 3, caracterizado pelo antígeno em cada caso ser independentemente selecionado a partir do grupo que consiste em um antígeno câncer-específico, um neoantígeno câncer-específico ou, uma proteína viral, uma proteína bacteriana, em que preferencialmente: (i) o polipeptídeo compreende pelo menos cinco antígenos diferentes e/ou fragmentos antigênicos dos mesmos; e/ou (ii) o um ou mais antígenos e/ou um ou mais fragmentos antigênicos do mesmo são C-terminais do fragmento da INV de acordo com a alternativa (a) da reivindicação 1 ou a INV de comprimento total de acordo com a alternativa (b) da reivindicação 1.
5. POLINUCLEOTÍDEO, caracterizado por codificar o polipeptídeo de acordo com qualquer uma das reivindicações de 1 a 4, em que o polinucleotídeo é preferencialmente DNA ou RNA, mais preferencialmente DNA.
6. VETOR, caracterizado por compreender o polinucleotídeo de acordo com a reivindicação 5.
7. COLEÇÃO DE DOIS OU MAIS VETORES diferentes, caracterizada pelos vetores diferentes compreenderem um polinucleotídeo de acordo com a reivindicação 5, que codifica um polipeptídeo diferente de acordo com as reivindicações de 1 a 4.
8. VETOR, de acordo com a reivindicação 9 ou coleção de vetores de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo vetor em cada caso ser independentemente selecionado a partir do grupo que consiste em um plasmídeo; um cosmídeo; uma partícula lipossômica, um vetor viral ou uma partícula semelhante a vírus; preferencialmente, um vetor de alfavírus, um vetor de vírus da encefalite equina venezuelana (VEE), um vetor de vírus Sindbis (SIN), um vetor de vírus da floresta Semliki (SFV), um vetor de citomegalovírus símio ou humano (CMV), um vetor de citomegalovírus símio ou humano (CMV), um vetor de vírus de coriomeningite por linfócitos (LCMV), um vetor retroviral, um vetor lentiviral, um vetor adenoviral, um vetor de vírus adenoassociado, um vetor de poxvírus, um vetor de vírus vaccinia ou um vetor de vaccinia ankara modificado (MVA), em que o vetor adenoviral é preferencialmente um vetor adenoviral de grande símios (GAd), mais preferencialmente um vetor adenoviral de chimpanzé ou bonobo ou gorila.
9. COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, caracterizada por compreender o polipeptídeo de qualquer uma das reivindicações de 1 a 4, o polinucleotídeo da reivindicação 5, ou vetor(es) de qualquer uma das reivindicações de 6 a 8, um excipiente farmaceuticamente aceitável e, opcionalmente, um ou mais adjuvantes.
10. COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, de acordo com a reivindicação 9, caracterizada por compreender pelo menos um imunomodulador, ou pelo menos um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, ou um vetor ou partícula lipossômica que compreende o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador.
11. KIT, caracterizado por compreender a composição farmacêutica de acordo com a reivindicação 9 e, embalado separadamente, pelo menos um imunomodulador, ou pelo menos um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, ou um vetor compreendendo o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador.
12. COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, de acordo com a reivindicação 10 ou o kit de partes de acordo com a reivindicação 11, caracterizada por: (i) o imunomodulador ser um MCM e ser selecionado a partir do grupo que consiste em: (a) um agonista de um membro da superfamília do receptor de fator de necrose tumoral (TNF), de preferência de CD27, CD40 (por exemplo, CP-870.893), OX40, GITR ou CD137; e/ou (b) um antagonista de DP-1, CD274, A2AR, B7-H3 (por exemplo MGA271), B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, a LAG-3, a TIM-3, ou VISTA ou um antagonista de um membro da superfamília B7-CD28, preferencialmente de
CD28 ou ICOS ou um antagonista de um ligantedo mesmo; e/ou (ii) o imunomodulador ser um fator de crescimento de células T, preferencialmente IL-2, IL-12 ou IL-15.
13. POLIPEPTÍDEO, de acordo com as reivindicações 1 a 4, polinucleotídeo de acordo com a reivindicação 5, vetor ou coleção de vetores de acordo com as reivindicações 6 a 8, ou uma composição farmacêutica ou kit compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com as reivindicações de 9 a 12 caracterizado por ser para uso na prevenção ou tratamento de uma doença proliferativa, preferencialmente o câncer, doença viral, doença fúngica ou doença bacteriana.
14. POLIPEPTÍDEO, de acordo com qualquer uma das reivindicações de 1 a 4, polinucleotídeo de acordo com a reivindicação 5, vetor ou coleção de vetores de acordo com as reivindicações de 6 a 8, ou uma composição farmacêutica ou kit compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com as reivindicações de 9 a 12, caracterizado pelo câncer ser selecionado a partir do grupo que consiste em neoplasias malignas do lábio, cavidade oral, faringe, um órgão digestivo, órgão respiratório, órgão intratorácico, osso, cartilagem articular, pele, tecido mesotelial, tecidos moles, mama, órgãos genitais femininos, órgãos genitais masculinos, trato urinário, cérebro e outras partes do sistema nervoso central, glândula tireoide, glândulas endócrinas, tecido linfoide e tecido hematopoiético.
15. POLIPEPTÍDEO, de acordo com as reivindicações de 1 a 4, polinucleotídeo de acordo com a reivindicação 5, vetor ou coleção de vetores de acordo com as reivindicações de 6 a 8, composição farmacêutica ou kits compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com as reivindicações de 9 a 12, caracterizado pelo imunomodulador, ou pelo menos um polinucleotídeo que codifica o imunomodulador, ou vetor ou partícula lipossômica que compreende o polinucleotídeo que codifica o imunomodulador,
ser administrado antes, concomitantemente ou subsequentemente à administração do polipeptídeo de acordo com as reivindicações de 1 a 4, do polinucleotídeo de acordo com a reivindicação 5, do vetor ou coleção de vetores de acordo com as reivindicações de 6 a 8, ou da composição farmacêutica ou kit compreendendo essas composições farmacêuticas de acordo com as reivindicações de 9 a 12.
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