BR112016015996B1 - Composição antibacteriana, método para a preparação de uma composição, método in vitro para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, e método in vitro para selecionar um indivíduo ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos - Google Patents

Abstract

COMPOSIÇÃO ANTIBACTERIANA, MÉTODO PARA A PREPARAÇÃO DE UMA COMPOSIÇÃO, MÉTODO PARA PREVER OU DETERMINAR A EFICÁCIA DE UMA TERAPIA DE BACTERIÓFAGO EM UM INDIVÍDUO, MÉTODO PARA SELECIONAR UM INDIVÍDUO OU DETERMINAR SE UM INDIVÍDUO É SUSCETÍVEL DE SE BENEFICIAR DE UMA TERAPIA COM BACTERIÓFAGOS, BACTERIÓFAGO, ÁCIDO NUCLEICO ISOLADO, E, POLIPEPTÍDEO ISOLADO. A presente invenção se refere à terapia por bacteriófago. Mais particularmente, a presente invenção se refere a novos bacteriófagos, tendo uma elevada especificidade contra cepas de Escherichia coli, a sua produção, componentes dos mesmos, composições compreendendo os mesmos e os seus usos na fagoterapia.

Description

CAMPO DE INVENÇÃO

[001] A presente invenção se refere a novos bacteriófagos, composições compreendendo o mesmo, sua produção, e as seus usos. A invenção é particularmente adaptada para o tratamento de uma infecção em um mamífero e para melhorar a condição de um indivíduo através da modificação da flora no dito indivíduo.

ANTECEDENTES DA INVENÇÃO

[002] Os bacteriófagos (ou fagos) são pequenos vírus que exibem a capacidade de infectar e matar bactérias, enquanto que não afetam as células doutros organismos. Inicialmente descritos há quase um século por William Twort, e descoberto independentemente logo em seguida por Felix d’Herelle, mais de 6000 bacteriófagos distintos foram descobertos e descritos morfologicamente, incluindo vírus de bactérias e archeias. A grande maioria destes vírus tem cauda enquanto uma pequena proporção é poliédrica, filamentosa ou pelomorfa. Eles podem ser classificados de acordo com sua morfologia, seu conteúdo genético (ADN vs. ARN), seu hospedeiro específico, o lugar onde vivem (vírus marinhos vs. outros habitats), e seu ciclo de vida. Como parasitas intracelulares de células bacterianas, fagos exibem diferentes ciclos de vida no interior do hospedeiro bacteriano: lítico, lisogênico, pseudolisogênico, e infecção crônica (Weinbauer, 2004; Drulis-Kawa, 2012). Fagos provocam a lise da célula hospedeira bacteriana, como uma parte normal do seu ciclo de vida. Fagos lisogênicos (também denominados fagos temperados) podem se replicar por meio do ciclo de vida lítica e provocar a lise da bactéria hospedeira, ou eles podem integrar o seu ADN no ADN bacteriano hospedeiro e se tornarem pró-fagos não infecciosos. Seja qual for o tipo de ciclo de vida de um fago, a primeira etapa é a ligação aos receptores da parede celular bacteriana antes que os fagos possam entrar nas bactérias. Este processo específico influencia o espectro das possíveis interações bactérias- fago.

[003] Os bacteriófagos são comumente usados como ferramentas de pesquisa para modificar as bactérias em experiências de laboratório.

[004] Devido à sua especificidade à célula hospedeira alvo, o uso de fagos como uma terapia para o tratamento de infecções agudas e crônicas vem sendo considerado, particularmente na dermatologia, oftalmologia, urologia, gastrologia, pediatria, otorrinolaringologia ou cirurgia. Este conceito de uso terapêutico de fagos para tratar a infecção bacteriana foi, no entanto, altamente controverso desde o início e não é amplamente aceito pela comunidade pública ou médica. Os primeiros estudos foram amplamente criticados por falta de controles adequados e resultados inconsistentes. A falta de reprodutibilidade e muitos resultados conflitantes obtidos nos vários estudos publicados levou o Council on Pharmacy ena Chemistry of the American Medical Association [Conselho de Farmácia e Química da Associação Médica Americana] a concluir que as evidências do valor terapêutico dos filtrados líticos foram em grande parte contraditórias, pouco convincentes, e recomendou pesquisas adicionais para confirmar os seus supostos benefícios.

[005] Desde a introdução dos antibióticos na década de 1940, pouca atenção foi dada a este campo da terapêutica, especialmente no mundo ocidental. Mas o uso extensivo de antibióticos conduziu ao surgimento generalizado e propagação de bactérias resistentes aos antibióticos em todo o mundo, causando problemas cada vez mais graves. Tem, portanto, se tornado um grande desafio terapêutico superar as opções terapêuticas limitadas restantes para tratar os principais micróbios resistentes a múltiplas drogas.

[006] Além disso, muitos microrganismos patogênicos residem dentro de biofilmes, tais biofilmes causam problemas adicionais na concepção de novos agentes antimicrobianos. A este respeito, as bactérias em crescimento como um biofilme em vez de formas de uma única célula (“planctônicas”) tendem a ser particularmente resistentes a agentes antimicrobianos e se torna particularmente difíceis do sistema imunológico do hospedeiro processar uma resposta adequada.

[007] E. coli, uma bactéria Gram-negativa, forma de haste curta que pertence ao gênero Escherichia e a família Enterobacteriaceae, mostra uma grande diversidade e frequência na flora microbiana humana ou animal. Foi revelado que, embora a maioria das cepas de E. colinão são patogênicas, elas podem causar infecções oportunistas. Além disso, algumas cepas de E. colisão altamente patogênicas e podem causar diversas doenças e sepsia em mamíferos, incluindo seres humanos. Vários relatórios associam enterobactérias Escherichia coli com infecções da pele e dos tecidos moles (SSTIs), uma das infecções mais comuns em pacientes de todas as faixas etárias. Em alguns casos moderados ou graves, estas infecções necessitam de hospitalização e terapia parenteral. E. coli foi notavelmente encontrada como sendo o agente causador da onfalite neonatal (Fraser et al., 2006), celulite localizada nos membros inferiores ou superiores (Brzozowski et al., 1997, Corredoira et al., 1994), fasciite necrosante (Afifi et al., 2008; Krebs et al., 2001), infecções de sítios cirúrgicos (Tourmousoglou et al., 2008), infecções pós queimaduras (Rodgers et al., 2000), e outros. Um estudo que monitorou SSTIs durante um período de 7 anos e que abrangeu três continentes (Europa, América Latina e América do Norte) mostrou E. coli sendo um importante agente causador, uma vez que foi a terceira espécie isolada mais prevalentes. E. coli, portanto, merece tratamento específico e orientação, especialmente tendo em conta o declínio dramático na susceptibilidade a antibióticos de cepas patogênicas de E. coli nos últimos anos, a sua diversidade, e sua presença substancial na flora microbiana.

[008] Além disso, a bactéria E. colié capaz de formar biofilmes, contribuindo para a sua maior resistência aos antibióticos. Tais biofilmes pode compreender mais do que um tipo de bactérias apoiadas e envolvidas por uma matriz extracelular excretada e auxiliam bactérias a colonizar várias superfícies. Biofilmes permitem que as bactérias possam anexar a superfícies e possam atingir densidades de população que doutra forma seriam insuportáveis, conferindo maior resistência não somente a antibióticos, mas a muitos estresses ambientais, incluindo toxinas, tais como metais pesados, alvejantes e outros produtos de limpeza. É conhecido que as bactérias dentro de biofilmes podem ser 100 a 1000 vezes mais resistentes aos antibióticos do que a mesma cepa de bactérias que cresça em formas planctônicas. Tal aumento da resistência significa que as bactérias que são sensíveis aos antibióticos, aparentemente, em um teste de laboratório podem ser resistentes à terapia em um ambiente clínico. Mesmo que alguns sejam limpos, os biofilmes podem fornecer reservatórios resistentes que permitem a rápida colonização uma vez que os antibióticos não estejam mais presentes. Por isso, é óbvio que os biofilmes são os principais fatores em muitas doenças humanas. Os tratamentos químicos não são adequados para serem usados contra biofilmes uma vez que é precisamente destes que eles evoluíram para combater. Abrasão física fornece um meio para interromper biofilmes. Infelizmente, muitas superfícies onde biofilmes sustentam a patogênese bacteriana são pouco adequadas à abrasão rigorosa, por exemplo, ossos, articulações, dispositivos médicos implantados, etc. Por exemplo, as superfícies de feridas ou queimaduras são extremamente sensíveis e delicadas. Mesmo onde a abrasão é ao mesmo tempo adequada e de uso rotineiro, a limpeza de biofilmes é limitada. Placa oral na superfície dos dentes é um biofilme e é parcialmente limpa pela escovação regular. No entanto, as bactérias são mantidas em superfícies não escovadas (por exemplo, nos espaços entre os dentes) e podem recolonizar superfícies limpas de forma rápida e eficaz. A partir disso, fica claro que as abordagens existentes para limpeza de biofilmes são de eficácia limitada.

[009] A capacidade de adaptação rápida e sua capacidade de formar biofilmes são as principais razões que identificam E. coli como patógenos oportunistas. Elas adquiriram o estatuto de agentes patogênicos hospitalares, e podem ser isoladas a partir de amostras clínicas retiradas das feridas, expectoração, bexiga, uretra, vagina, ouvidos, olhos e trato respiratório. O surgimento da resistência aos mais poderosos novos antibióticos em tais cepas clínicas de E. coli, que ocorreu mesmo durante o tratamento, torna a luta contra a E. coli hospitalar patogênica um grande problema.

[0010] Além disso, tem sido relatado que a condição patológica ou fisiológica de um indivíduo é influenciada pelo balanço de microrganismos na flora do indivíduo. Assim, modificando a flora microbiana, ou modificando o dito equilíbrio, ou restabelecendo o dito equilíbrio, pela destruição da população de E. coli, é também uma abordagem útil para melhorar a condição de um indivíduo.

[0011] Por conseguinte, existe uma grande necessidade de novos agentes antibacterianos ou composições que possam ser usados para destruir as cepas de E. coli, mesmo quando organizadas em biofilmes bacterianos, adequados para uso em terapia humana ou animal, bem como para descontaminação de materiais.

SUMÁRIO DA INVENÇÃO

[0012] Os inventores isolaram e caracterizaram novos bacteriófagos que apresentam atividade lítica específica para a Escherichia coli (E. coli), e que podem ser usados como agentes ativos em preparações farmacêuticas ou veterinárias, particularmente para o tratamento de infecções bacterianas de E. coli ou para modificar o equilíbrio microbiano em um indivíduo. Os novos bacteriófagos da invenção exibem uma forte atividade lítica, elevada seletividade, e podem por combinação induzir a destruição controlada de um grande espectro de células de E. coli.

[0013] Um objeto da invenção é proporcionar composições antibacterianas que compreendem, pelo menos um, preferencialmente, pelo menos dois bacteriófagos possuindo atividade lítica contra uma cepa de Escherichia coli, os ditos bacteriófagos sendo selecionados de entre os bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma.

[0014] Um outro objeto da presente invenção diz respeito a um bacteriófago possuindo atividade lítica contra uma cepa de Escherichia coli, o dito bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, preferencialmente pelo menos 97 % de identidade com a mesma. Em uma modalidade específica, os bacteriófagos da invenção exibem atividade lítica em cepas resistentes a múltiplos fármacos, em particular a uma E. colipatogênica resistente a antibióticos, tais como, preferencialmente cepas beta-lactamases de amplo espectro (BLAE) ou cepas de E. coli produtoras de verotoxina (VTEC).

[0015] Um outro objeto da invenção se refere a um bacteriófago, que é selecionado a partir BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, ou BP1229, possuindo um genoma compreendendo as sequências de nucleotídeos sequência SEQ ID NOs: 1 a 15, respectivamente, e as suas variantes, em que os ditos variantes retêm uma característica fenotípica do dito bacteriófago, e em que o dito bacteriófago e as suas variantes tem atividade lítica contra uma cepa de E. coli.

[0016] Um outro objeto da invenção reside em uma composição que compreende, pelo menos um bacteriófago, tal como definido acima. Em uma modalidade particular, as composições da invenção compreendem pelo menos dois bacteriófagos distintos, tal como definido acima, preferencialmente pelo menos três, ainda mais preferencialmente, pelo menos quatro bacteriófagos distintos como definidos acima. A composição específica da invenção compreende uma combinação de todos os bacteriófagos BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226 e BP1229.

[0017] Em um outro aspecto, a invenção está relacionada com um bacteriófago possuindo atividade lítica a uma cepa patogênica de E. coli, em que o bacteriófago é específico para a E. coli, ativo contra as cepas de E. coli resistentes a antibióticos, e tem um efeito lítico produtivo abaixo de 15.

[0018] A invenção também diz respeito a uma sequência isolada de ácido nucleico contida em um bacteriófago da invenção, e um polipeptídeo isolado codificado pelo dito ácido nucleico isolado.

[0019] Outro objeto da invenção é uma composição compreendendo um polipeptídeo tal como definido acima.

[0020] Um outro objeto da invenção é uma composição que compreende um ácido nucleico como definido acima.

[0021] As composições da invenção tipicamente compreendem ainda um veículo ou excipiente farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Eles podem ser líquidos, semilíquidos, sólidos ou liofilizados.

[0022] Um outro objeto da invenção se refere a um bacteriófago, ácido nucleico, polipeptídeo ou composição tal como definidos acima, para uso no tratamento de uma infecção em um mamífero, para modificar a flora microbiana em um mamífero, para a descontaminação de um material e/ou para matar uma bactéria E. coli ou para comprometer a integridade de um biofilme bacteriano.

[0023] A invenção se refere também ao uso de um ou vários bacteriófagos líticos para melhorar uma condição de um indivíduo ao modificar a flora microbiana no dito indivíduo. A flora microbiana pode ser modificada pela correção, adaptação ou restauração de um equilíbrio adequado de microrganismos na dita flora.

[0024] A invenção também se refere a um método para o tratamento de uma infecção em um mamífero, compreendendo a administração ao dito mamífero de pelo menos um bacteriófago, ácido nucleico, polipeptídeo ou composição tal como definidos acima.

[0025] A invenção também se refere a um método para o tratamento de uma superfície ou material suspeito de estar contaminado com uma bactéria E. coli, que compreende a aplicação à dita superfície ou material de pelo menos um bacteriófago, ácido nucleico, polipeptídeo ou composição tal como definidos acima. A superfície ou material pode ser uma superfície de, por exemplo, qualquer dispositivo, recipiente ou material de laboratório, tecido, etc.

[0026] Um outro objeto da invenção se refere a um método para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, em que o método compreende a etapa de determinar in vitro a atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção a pelo menos uma cepa de E. coli a partir da dita amostra sendo indicativo de um tratamento eficaz. O método compreende, ainda, opcionalmente a etapa de tratamento do indivíduo com pelo menos um bacteriófago possuindo uma atividade lítica a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo.

[0027] Em um outro aspecto, a invenção proporciona um método para selecionar um objeto ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos, em que o método compreende a etapa de determinar in vitro a atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção a uma a cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais dos ditos bacteriófagos da invenção consiste em pelo menos uma cepa de E. coli sendo indicativa de um indivíduo respondedor.

[0028] A invenção pode ser usada em qualquer mamífero, preferencialmente em seres humanos, ou no tratamento de qualquer material, incluindo materiais de laboratório ou em dispositivos médicos.

BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS

[0029] Figura 1: Eficiência in vitro dos bacteriófagos da invenção em combinações de cepas de E. coli em vários MOIs.

[0030] Figura 2: Eficácia in vivo dos bacteriófagos da invenção em combinações de cepas de E. coli a várias doses.

[0031] Figura 3: Eficácia dos bacteriófagos da invenção sobre a infecção mediada pela cepa SHI13 de E. coli in vivo. Φ IV: tratamento intravenoso; Φ IP: tratamento intraperitoneal; Φ SC: tratamento subcutâneo; Temp Inf.: controle infectado sem tratamento; Tem Genta.: controle infectado tratado com gentamicina.

[0032] Figura 4: Eficácia dos bacteriófagos da invenção em infecção mediada pela cepa SHI13 de E. coli in vivo: dose efet. Φ cone: concentração total (108 UFP/ml); Φ 1/10: concentração 10 vezes diluída; Φ 1/100: concentração 100 vezes diluída; Φ 1/1000: concentração 1000 vezes diluída; Tem infect.: controle infectado tratado com antibiótico.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO

[0033] A presente invenção se refere a novos bacteriófagos, os componentes dos mesmos, composições compreendendo o mesmo, a sua produção, e os seus usos como agentes antibacterianos, particularmente para o tratamento de uma infecção em um mamífero e para melhorar uma condição de um indivíduo pela modificação da flora microbiana no dito indivíduo.

DEFINIÇÕES

[0034] Para facilitar a compreensão da invenção, diversos termos são definidos abaixo.

[0035] Tal como aqui usado, o termo “bacteriófago” ou “fago” se refere a uma partícula funcional de fago compreendendo um genoma de ácido nucleico embalado em um envelope proteico ou capsídeo. O termo também se refere a partes do bacteriófago, incluindo, por exemplo, uma porção cabeça, ou um conjunto de componentes de fagos, que proporcionam substancialmente a mesma atividade funcional.

[0036] O termo “característica fenotípica” designa mais preferencialmente, a morfologia e/ou a gama de hospedeiros de um bacteriófago. Os métodos para fenotipagem de bacteriófagos são bem conhecidos per se na parte e incluem, por exemplo, a determinação da gama bacteriana hospedeira e/ou atividade contra o biofilme produzido por certas cepas de bactérias.

[0037] O termo “atividade lítica” tal como usado na presente invenção designa a propriedade de um bacteriófago de causar a lise de uma célula bacteriana. A atividade lítica de um bacteriófago pode ser testada em cepas de E. coli de acordo com técnicas conhecidas por si mesmas no assunto (ver também a seção experimental).

[0038] O termo “variante” de um bacteriófago de referência designa bacteriófagos que têm variação(ões) na sequência genômica e/ou polipeptídeo(s) codificado(s) assim como em relação ao dito bacteriófago de referência, mantendo a mesma característica fenotípica como o bacteriófago de referência. As variantes compreendem, tipicamente, por exemplo, mutações silenciosas, mutações conservadoras, deleções menores, e/ou em pequenas repetições de material genético, e retêm características fenotípicas do bacteriófago de referência. Em uma modalidade preferida, a variante da invenção retêm qualquer característica ou propriedade observável que é dependente do genoma do bacteriófago da invenção, isto é, características fenotípicas do dito bacteriófago e/ou atividade lítica contra as cepas de E. coli. As variantes preferidas têm menos de 5 % de variação de ácido nucleico, em comparação com o genoma do bacteriófago de referência, ainda mais preferencialmente menos do que 4 %, mais preferencialmente menos do que 2 %. Alternativamente, ou em combinação, as variantes têm preferencialmente menos de 5 % de variação de aminoácidos na sequência de um polipeptídeo codificado em relação a um polipeptídeo do bacteriófago de referência.

[0039] O termo “% de identidade” em relação a sequências de ácidos nucleicos designa o nível de identidade ou homologia entre as ditas sequências e pode ser determinado por técnicas conhecidas por si mesmas no assunto. Tipicamente, o % de identidade entre as duas sequências de ácidos nucleicos é determinado por meio de programas de computador tais como GAP fornecido no pacote de programa GCG (Manual do Programa para o Pacote Wisconsin, Versão 8, agosto de 1996, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wisconsin, EUA 53711) (Needleman, SB e Wunsch, CD., (1970), Journal of Molecular Biology, 48, 443-453). Com configurações ajustadas com, por exemplo, sequências de ADN (em particular: criação de penalidade GAP de 5.0 e extensão de penalidade GAP de 0,3), moléculas de ácido nucleico podem ser alinhadas umas com as outras usando o software de alinhamento Pileup disponível como parte do pacote de programas GCG.

[0040] O termo “fragmento” de um ácido nucleico designa tipicamente um fragmento com pelo menos 10 nucleotídeos consecutivos do dito ácido nucleico, mais preferencialmente pelo menos 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50 ou mais nucleotídeos consecutivos do dito ácido nucleico.

[0041] O termo “fragmento” de um polipeptídeo designa tipicamente um fragmento com pelo menos 5 aminoácidos consecutivos do dito polipeptídeo, mais preferencialmente pelo menos 10, 15, 20, 30, 40, 50 ou mais aminoácidos consecutivos do dito polipeptídeo.

[0042] O termo “cepa de ESBL E. coli” se refere a E. coli resistentes a antibióticos, mais especificamente a cepas de E. coli produtoras de beta-lactamases de espectro estendido [Extended-Spectrum Beta-Lactamases-producing E. coli].

[0043] O termo “VTEC” se refere a outro tipo de cepa de E. coli resistentes a antibióticos, mais especificamente a cepas de E. coli produtoras de verotoxina.

[0044] O termo “específico” ou “especificidade” em relação a um bacteriófago se refere ao tipo de hospedeiro que o dito bacteriófago é capaz de infectar. A especificidade é normalmente mediada pelas fibras da cauda de bacteriófagos, que estão envolvidos na interação com receptores expressos em células. Um bacteriófago “específico” para E. coli mais preferencialmente designa um bacteriófago, que pode infectar uma ou várias cepas de E. coli e a qual não pode infectar bactérias não E. coli sob condições fisiológicas.

[0045] Tal como aqui usado, o termo “polipeptídeo” se refere a polipeptídeos de qualquer tamanho, incluindo pequenos peptídeos de, por exemplo, de 5 a 20 aminoácidos, polipeptídeos mais longos, proteínas ou os seus fragmentos.

[0046] O termo “EPL” ou “Efeito Produtivo Lítico” designa a razão entre o tamanho da ruptura e tempo produtivo lítica de um determinado bacteriófago. O tamanho da ruptura e tempo produtivo lítico são parâmetros que definem a interação fago-hospedeiro e correspondem, respectivamente, ao rendimento médio das partículas do bacteriófago produzidas pela infecção de uma bactéria por um fago, e o tempo levado por um bacteriófago livre para lisar uma célula bacteriana.

[0047] No contexto da presente especificação, o termo “bacteriófago isolado” deve ser considerado como significando o material removido do seu ambiente original em que ocorre naturalmente. Em relação a um bacteriófago, o termo designa particularmente um fago que é, por exemplo, cultivado, purificado e/ou cultivado separadamente a partir do ambiente no qual está localizado naturalmente. No que diz respeito a um ácido nucleico ou polipeptídeo, o termo “isolado” designa, por exemplo, uma molécula de ácido nucleico ou polipeptídeo que está separado de pelo menos alguns dos componentes do seu ambiente natural, tais como, por exemplo, uma proteína, lipídeo, e/ou ácido nucleico.

[0048] Os termos “farmaceuticamente ou veterinário aceitável” tal como aqui usado se refere a qualquer material (por exemplo, veículo, excipiente ou veículo) que é compatível para uso em um indivíduo mamífero. Tal inclui soluções fisiologicamente aceitáveis ou veículos que são inofensivos ou não causam qualquer reação imune específica ou não específica significativa a um organismo ou que não anula a atividade biológica do composto ativo. Para a formulação da composição para uma preparação líquida, solução salina, água estéril, solução de Ringer, solução salina tamponada fisiológica, solução de infusão de albumina, solução de dextrose, solução de maltodextrina, glicerol, etanol, e suas misturas podem ser usados como um excipiente ou veículo farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Se necessário, outros aditivos convencionais tais como agentes espessantes, diluentes, tampões, conservantes, agentes tensoativos, antioxidantes e agentes bacteriostáticos podem ser adicionados. Além disso, diluentes, dispersantes, agentes tensoativos, ligantes e lubrificantes podem ser adicionalmente adicionados à composição para preparar formulações injetáveis, tais como soluções aquosas, suspensões, e emulsões, formulações orais, tais como comprimidos, cápsulas, grânulos, ou comprimidos, ou formulações em pó.

[0049] Tal como aqui usado, “UFP” significa unidade formadora de placas, como está bem definido na técnica. Bacteriófagos líticos lisam a célula hospedeira, promovendo uma zona de compensação (ou placa) em uma placa de cultura. Teoricamente, cada placa é formada por um fago e o número de placas multiplicado pelo fator de diluição é igual ao número total de fagos em uma preparação teste.

[0050] O termo “tratamento” ou “terapia” designa tanto um tratamento curativo e/ou tratamento profilático de uma doença. Um tratamento curativo é definido como um tratamento que resulta na cura ou um tratamento que resulta em alivio, melhoria e/ou elimina, reduz e/ou estabiliza os sintomas de uma doença ou o sofrimento que é causado direta ou indiretamente. Um tratamento profilático compreende tanto um tratamento que resulta na prevenção de uma doença e um tratamento de redução e/ou atraso na incidência de uma doença ou risco de sua ocorrência.

[0051] O termo “mamífero” inclui seres humanos bem como mamíferos não humanos tais como animais de estimação (por exemplo, cães, gatos, cavalos), ruminantes, ovelhas, cabras, porcos, etc.

[0052] O termo “biofilme”, tal como aqui usado é designado como uma formação bacteriana heterogênea que cresce em várias superfícies; preferencialmente, uma comunidade bacteriana que cresce incorporada em uma matriz de exopolissacarídeo aderida em superfícies sólidas biológicas ou não biológicas.

[0053] O termo “compromisso” como aqui usado se refere a qualquer alteração da integridade. Por comprometer um biofilme bacteriano, é entendido como uma penetração do biofilme por bacteriófagos, uma infecção de bactérias associadas a biofilmes e/ou uma lise dos mesmos e/ou uma compensação parcial ou total do biofilme (isto é, parando a colonização e/ou a interrupção dos biofilmes).

[0054] O termo “amostra”, tal como aqui usado, significa qualquer amostra contendo células. Exemplos de tais amostras incluem fluidos, tais como sangue, plasma, saliva, ou urina assim como biópsias, órgãos tecidos ou amostras de células. A amostra pode ser tratada antes do seu uso.

[0055] Tal como aqui usado, o termo “indivíduo” ou “paciente” se refere a um animal, preferencialmente a um mamífero, ainda mais preferivelmente a um ser humano, incluindo adultos e crianças. No entanto, o termo “indivíduo” também abrange os animais não humanos, em particular mamíferos, tais como cães, gatos, cavalos, vacas, porcos, ovelhas e primatas não humanos, entre outros.

[0056] O termo “eficácia” do tratamento ou “resposta” a uma terapia com bacteriófagos, tal como aqui usado se refere a um tratamento que resulta em uma diminuição no número de cepas de E. coli em um indivíduo após o tratamento com bacteriófago quando comparado com o número de cepas de E. coli antes do tratamento. Um indivíduo “bom respondedor” se refere a um indivíduo que mostra ou irá mostrar uma recuperação clinicamente significativa quando tratado com uma terapia com bacteriófagos.

[0057] O termo “coquetel” ou composição de bacteriófagos designa uma combinação de dois ou mais bacteriófagos distintos. Os bacteriófagos em um coquetel/composição são preferencialmente formulados em conjunto, ou seja, em um mesmo recipiente ou embalagem, embora possam ser usados como kits de partes em que os (ou alguns dos) bacteriófagos são formulados ou embalados separadamente e combinados, quando usados ou administrados.

DESCRIÇÃO DAS MODALIDADES

[0058] A presente invenção está relacionada com novas terapias de bacteriófagos. Mais particularmente, a presente invenção se refere a novos bacteriófagos, tendo uma elevada especificidade contra as cepas de Escherichia coli, o sua produção, os componentes dos mesmos, composições compreendendo os mesmos e as seus usos na fagoterapia.

BACTERIÓFAGOS

[0059] Em um primeiro aspecto, a invenção descreve o isolamento e caracterização de novos bacteriófagos que são específicos para cepas de E. coli e apresenta, quer isoladamente ou em combinação(ões), notável gama de espectro de hospedeiros de atividade lítica. Estes bacteriófagos foram selecionados a partir de amostras ambientais, isolados, e caracterizados. Tal como indicado, os bacteriófagos são, individualmente e em combinação(ões), ativos contra as cepas de E. coli. Eles são notavelmente eficazes contra as cepas patogênicas de E. coli, tais como cepas de E. coli resistentes a antibióticos. Além disso, os bacteriófagos da invenção têm um notável efeito produtivo lítico (“EPL”) abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente entre 0,1 e 10. Além disso, os bacteriófagos da invenção são específicos para as cepas de E. coli, isto é, eles não provocam a lise de bactérias não E. coli. Como será esclarecido mais adiante, a presente invenção mostra que estes bacteriófagos podem ser combinados e formulados em condições adequadas para uso como agentes farmacêuticos ou veterinários para exibir efeito antibacteriano alvo e muito potente contra um espectro controlado de cepas de E. coli.

[0060] Mais especificamente, os seguintes bacteriófagos foram selecionados e caracterizados. As suas sequências de ácidos nucleicos correspondentes são também indicadas. TABELA 1

[0061] O perfil lítico desses bacteriófagos foi determinado sobre um amplo número de cepas de E. coli. Estes bacteriófagos foram selecionados quanto à sua potência e combinação potencial, tal como descrito na tabela a seguir. Nesta tabela, o efeito lítico dos bacteriófagos sobre cepas de referência e resistentes a patógenos são apresentados para confirmar o elevado potencial lítico.

[0062] As caixas sombreadas são exemplos de cepas produtoras de E. coli.

[0063] Como pode ser visto a partir da tabela 2, os fagos têm individualmente poder lítico muito forte, e combinações (ou coquetéis) desses bacteriófagos podem ser produzidas que são capazes de matar todas as cepas testadas de E. coli, produzindo, assim, composições antibacterianas de amplo espectro.

[0064] Como uma ilustração, um coquetel de todos os 15 fagos da invenção é capaz de matar eficazmente todas as bactérias listadas na Tabela 2.

[0065] Além disso, a especificidade dos bacteriófagos foi testada em muitas cepas não E. coli. Mais particularmente, a seção experimental demonstra que os bacteriófagos da invenção não têm nenhum efeito lítico em bactérias selecionadas a partir de Pseudomonas aeruginosa, Acinebacter baumanii, Enterobacter aerogenes, Enterobacter asburiae, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumonia, Porteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophila e/ou Serratia marcescens.

[0066] Um objeto particular da invenção reside, portanto, em um bacteriófago possuindo atividade lítica contra uma cepa de E. coli e que tem um genoma que compreende uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 97 % de identidade com a mesma, preferencialmente, pelo menos, 98 % ou 99 % de identidade com a mesma.

[0067] Um objeto particular da invenção reside, portanto, em um bacteriófago possuindo atividade lítica contra uma cepa de E. coli e com um genoma que tem ou que é consistido de uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15.

[0068] Os bacteriófagos da invenção podem ser preparados por métodos de cultura, isolamento e purificação convencionais. Por exemplo, E. coli produtoras de bactérias são cultivadas, infectadas por uma amostra de um bacteriófago, e depois tratadas para remover as células bacterianas e detritos. A solução enriquecida com bacteriófagos pode ser plaqueada em um meio de, por exemplo, meio de ágar, com cepas hospedeiras de E. colisusceptíveis incorporadas para obter placas. Então, uma única placa pode ser escolhida para purificação subsequente do bacteriófago e amplificação. Um ou mais ciclos de amplificação seletiva dos bacteriófagos da invenção pode ser realizada, por exemplo, misturando os bacteriófagos com E. coli competentes, seguido pela adição de um meio de crescimento e incubação sob condições selecionadas de testes de crescimento. Em seguida à centrifugação, o sobrenadante amplificado foi filtrado através do filtro e submetido a outro ciclo de amplificação seletiva ou testado quanto à presença de atividade lítica. A titulação do fago em uma suspensão e a visualização da morfologia nas placas de bacteriófagos da invenção pode ser estimada através de métodos conhecidos, por exemplo, pela contagem de placa. Adicionalmente, o processamento dos bacteriófagos da invenção em várias formas (líquida, liofilizada, etc.) para curtos, longos, congelados ou qualquer outro tipo de armazenamento pode ser efetuado por qualquer método adequado como é bem conhecido na arte (ver Clark, 1962).

[0069] A atividade dos bacteriófagos da invenção pode ser avaliada por métodos bem conhecidos na arte, tais como ensaio de placa também conhecido como método duplo-ágar, com base no crescimento do bacteriófago com bactérias hospedeiras potenciais, e seguido da avaliação da sua capacidade em matar a célula hospedeira bacteriana. No método de ensaio em placa, o bacteriófago induz a lise das cepas de E. coli alvo após um período de incubação em meio de ágar suave, resultando em zonas de compensação na placa de cultura conhecidos como placas. Em um aspecto preferido, os bacteriófagos da invenção exibem, quer isoladamente ou em combinação, a atividade lítica de uma cepa patogênica de E. coli, incluindo a uma cepa de E. coli resistente a antibióticos, tais como uma cepa de ESBL E. coli. Além disso, estas variantes de bacteriófagos retém um fenótipo (por exemplo, a especificidade e atividade lítica) desses bacteriófagos pode ser produzida e/ou isolada por meio de técnicas conhecidas por si mesmas no assunto.

[0070] Em uma modalidade particular, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP539, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP539, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR54. BP539 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR15, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR54, ECOR62, ECOR64 e/ou ECOR71. BP539 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 1 ou que tenha pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 %) de identidade com a SEQ ID NO: 1. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP539, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP539, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir de um bacteriófago BP539 da invenção.

[0071] O bacteriófago BP539 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,1.

[0072] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP700, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP700, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR55. BP700, ou qualquer variante do mesmo, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR46, ECOR55, ECOR60 e/ou ECOR64. BP700 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 2 ou possuindo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 2. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP700, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP700, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP700 da invenção.

[0073] O bacteriófago BP700 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 2.

[0074] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP753, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP753, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR56. BP753, ou qualquer variante da mesma, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR10, ECOR48 e/ou ECOR56. BP753 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 3 ou que possui pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 3. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP753, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP753, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP753 da invenção.

[0075] O bacteriófago BP753 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 2.

[0076] Em um outro aspecto, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP814, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP814, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR55. BP814, ou qualquer variante do mesmo, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR46, ECOR50, ECOR55 e/ou ECOR64. BP814 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 4 ou possuindo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 4. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP814, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP814, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico a partir do bacteriófago BP814 da invenção.

[0077] O bacteriófago BP814 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,3.

[0078] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP953, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP953, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR55. BP953 ou qualquer variante é específica e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR1, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59 e/ou ECOR60. BP953 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 5 ou que possui pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 5. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP953, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP953, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP953 da invenção.

[0079] O bacteriófago BP953 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 3.

[0080] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP954, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP954, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR35. BP954, ou qualquer variante do mesmo, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR46 e/ou ECOR62. BP954 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 6 ou que possui pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 6. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP954, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP954, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP954 da invenção.

[0081] O bacteriófago BP954 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 3.

[0082] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com bacteriófago BP970, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP970, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli K12/DH5. BP970 ou qualquer variante é específica e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR1, ECOR2, ECOR5, ECOR10, ECOR13, ECOR15, ECOR28 e/ou ECOR72. BP970 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 7 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 7. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP970, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP970, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico a partir de bacteriófago BP970 da invenção.

[0083] O bacteriófago BP970 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 5.

[0084] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP1002, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1002, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, nas cepas de E. coli ECOR56. BP1002 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR15, ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR48, ECOR54, ECOR55, ECOR56, ECOR59, ECOR60 e/ou ECOR64. BP1002 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 8 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 8. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1002, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados por bacteriófago BP1002, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1002 da invenção.

[0085] O bacteriófago BP1002 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 5.

[0086] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP1151, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1151, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR56. BP1151 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR56, ECOR59, ECOR60, ECOR62, ECOR64 e/ou ECOR71. BP1151 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 9 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 9. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP1151, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1151, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico a partir do bacteriófago BP1151 da invenção.

[0087] O bacteriófago BP1151 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 10.

[0088] Em um outro aspecto, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP1155, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1155, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR59. BP1155 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59 e/ou ECOR71. BP1155 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 10 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 10. Também é proporcionada uma sequência isolada do ácido nucleico do bacteriófago BP1155, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1155, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1155 da invenção.

[0089] O bacteriófago BP1155 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,5.

[0090] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP1168, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1168, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR59. BP1168 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR35, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59, ECOR71 e/ou ECOR72. BP1168 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 11, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 11. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1168, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1168, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico do bacteriófago BP1168 da invenção.

[0091] O bacteriófago BP1168 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,8.

[0092] Em um outro aspecto, a invenção está relacionado com a bacteriófago BP1176, ou qualquer variante do mesmo. Bacteriófago BP1176, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR60. BP1176 ou qualquer variante é específica e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR4, ECOR13, ECOR15, ECOR24, ECOR28, ECOR35, ECOR55, ECOR56, ECOR59 e/ou ECOR60. BP1176 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 12, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 12. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1176, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1176, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1176 da invenção.

[0093] O bacteriófago BP1176 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferivelmente de cerca de 4.

[0094] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP1197, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1197, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli K12/DH5. BP1197 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR59, ECOR60, ECOR71 e/ou ECOR72. BP1197 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 13, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 13. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1197, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1197, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1197 da invenção.

[0095] O bacteriófago BP1197 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 1.

[0096] Em um aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP1226, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1226, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR59. BP1226 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR28, ECOR48, ECOR59, ECOR60 e/ou ECOR72. BP1226 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 14, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 14. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1226, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1226, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1226 da invenção.

[0097] O bacteriófago BP1226 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 5.

[0098] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com a o bacteriófago BP1229, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1229, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli K12/DH5. BP1229 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59, e/ou ECOR72. BP1229 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 15, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 15. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1229, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1229, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1229 da invenção.

[0099] O bacteriófago BP1229 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 6.

[00100] Ácidos nucleicos e polipeptídeos

[00101] A invenção também se refere a um ácido nucleico contido em um bacteriófago da invenção, ou qualquer fragmento de um tal ácido nucleico. O termo fragmento designa, mais preferencialmente, um fragmento que contém (ou consistindo em) um quadro aberto de leitura. O ácido nucleico pode ser ADN ou ARN, de cadeia simples ou dupla.

[00102] O ácido nucleico pode ser isolado a partir dos bacteriófagos depositados, ou produzido usando tecnologia de ADN recombinante (por exemplo, reação em cadeia da polimerase PCR), (clonagem), síntese enzimática ou química, ou suas combinações, de acordo com as técnicas gerais conhecidas por si mesmas no assunto. Também estão incluídas sequências homólogas e fragmentos das mesmas, incluindo, mas não se limitando a, variantes alélicas naturais e sequências de ácido nucleico modificado, no qual os nucleotídeos foram inseridos, deletados, substituídos, e/ou invertidos.

[00103] Em uma modalidade particular, a invenção se refere a um ácido nucleico compreendendo uma sequência selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, ou a uma sequência possuindo pelo menos 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou mais de identidade da sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15.

[00104] Em uma outra modalidade particular, a invenção se refere a um ácido nucleico compreendendo a sequência de um fragmento de uma sequência selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, ou um fragmento de uma sequência tendo pelo menos 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou mais de identidade de sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, o dito fragmento compreende um quadro aberto de leitura ou um elemento regulador, tal como um promotor.

[00105] Em uma modalidade particular, a invenção se refere a um ácido nucleico tendo ou que é consistida em uma sequência selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, ou a uma sequência possuindo pelo menos 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou mais de identidade de sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15.

[00106] O ácido nucleico da invenção pode estar na forma livre, ou clonado em um vetor.

[00107] Em um aspecto adicional, a invenção também se refere a um polipeptídeo isolado codificado por uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir da SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 , SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 e SEQ ID NO: 15. Os polipeptídeos podem ser produzidos através de técnicas conhecidas por si mesmas no assunto, tais como síntese, tecnologia do ADN recombinante, ou combinações das mesmas. Os polipeptídeos podem ser isolados ou purificados, e usados como agentes antibacterianos ou como reagentes para as análises in vitro.

COMPOSIÇÕES DA INVENÇÃO

[00108] Um aspecto da invenção se refere a composições que compreendem pelo menos um bacteriófago como descrito acima, mais preferivelmente pelo menos 2 ou mais e, opcionalmente, um excipiente farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Como descrito, os bacteriófagos da invenção têm atividade lítica muito potente contra as cepas de E. coli. As combinações destes bacteriófagos podem ser produzidas para expandir o espectro de hospedeiro e produzir composições antibacterianas altamente eficazes.

[00109] Mais particularmente, a invenção se refere a uma composição antibacteriana compreendendo, pelo menos dois bacteriófagos possuindo atividade lítica contra uma cepa de E. coli, o dito pelo menos dois bacteriófagos sendo selecionados de entre os bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade a estas, preferencialmente, pelo menos, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a mesma.

[00110] Em uma modalidade preferida, as composições da presente invenção compreendem pelo menos três, ainda mais preferencialmente pelo menos quatro bacteriófagos distintos selecionados de entre os bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, preferencialmente, pelo menos 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a mesma. As composições da invenção podem compreender pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 11, 12, 13, 14 ou todos os 15 bacteriófagos distintos como divulgado acima.

[00111] Um aspecto da invenção está relacionado com uma composição de pelo menos um bacteriófago selecionado de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, e as suas variantes.

[00112] A invenção também diz respeito a uma composição que compreende pelo menos dois bacteriófagos distintos selecionados a partir de BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, e as suas variantes.

[00113] Preferencialmente, uma composição da invenção compreende pelo menos três bacteriófagos distintos, mais preferivelmente, pelo menos, quatro bacteriófagos distintos, ainda mais preferivelmente pelo menos cinco bacteriófagos distintos, ainda mais preferivelmente pelo menos seis bacteriófagos distintas, mais preferencialmente pelo menos sete bacteriófagos distintas, mais preferivelmente pelo menos oito bacteriófagos distintos, ainda mais preferivelmente pelo menos nove bacteriófagos distintos e ainda mais preferivelmente pelo menos dez bacteriófagos distintos selecionados a partir de BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, e as suas variantes.

[00114] Em uma modalidade particular, uma composição da invenção compreende BP539 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP700, BP753, BP814, BP1151, BP1176, e BP1168.

[00115] Em uma outra modalidade particular, uma composição da invenção compreende BP1002 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP1151, BP1155, BP1168, BP1176 e BP1197.

[00116] Em uma outra modalidade particular, a composição compreende BP1155 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP1168, BP1197, BP1226, BP1229 e BP1176.

[00117] Em uma outra modalidade preferida, a composição compreende BP1151 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP1176, BP953, BP970, BP700 e BP1002.

[00118] Em uma outra modalidade preferida, a composição compreende BP953 e/ou BP 1168 e/ou BP1176, opcionalmente em combinação adicional com pelo menos um outro bacteriófago da invenção.

[00119] A invenção se refere particularmente a uma composição que compreende uma combinação de bacteriófagos BP953 + BP1168. Uma tal composição pode matar as cepas de E. colihemorrágicas testado 100 % e cerca de 70 % das 25 bactérias E. coli da Tabela 2 (ver Exemplo 3.1).

[00120] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP953 + BP1168 + BP1229. Essa composição pode matar as bactérias E. coli tipo O157, O144 e O104, incluindo as cepas hemorrágicas (ver Exemplo 3.2).

[00121] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP953 + BP1151 + BP1155 + BP1176. Uma tal composição pode matar 80 % de todas as bactérias E. coli testadas isoladas a partir de hospitais (ver Exemplo 3.3).

[00122] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP700 + BP953 + + BP970 + BP1002 + BP1176. Uma tal composição pode matar 100 % das bactérias E. coli tipo-ST131 testadas, pelo menos 80 % das bactérias ESBL E. coli testadas e, pelo menos, 93 % das bactérias E. coli tipo BMR testadas (ver Exemplo 3.4).

[00123] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP1002 + BP1151 + BP1155 + BP1168 + BP1176. Essa composição pode matar 100 % das bactérias E. coli testadas causadoras de meningite. (ver Exemplo 3.5).

[00124] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP539 + BP700 + BP753 + BP814 + BP1151 + BP1176 + BP1168. Uma tal composição pode matar cerca de 96 % das 24 bactérias E. coli da coleção ECOR da Tabela 2 (ver Exemplo 3.6).

[00125] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de todos os bacteriófagos BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, ou variantes dos mesmos. Uma tal composição pode matar 100 % das 25 bactérias E. coli da Tabela 2 (ver Exemplo 3.7).

[00126] Exemplos específicos de composições da invenção compreendem: . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 10 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 2 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 7 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 8 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 8 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 10 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; ou . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 1 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 2 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 3 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 4 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma.

[00127] Uma modalidade específica da invenção se refere a uma composição que compreende: . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 1 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 2 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 3 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade mesmos; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 4 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade mesmos; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 6 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 7 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 8 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade mesmos; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 10 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 13 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 14 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; e . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma.

[00128] As composições da invenção exercem atividade lítica contra o agente patogênico bacteriano E. coli. As composições da invenção podem ainda compreender agentes antibacterianos adicionais, particularmente outros bacteriófagos possuindo especificidade ao hospedeiro distinta.

[00129] As composições preferidas da invenção são líticas contra as cepas de E. coli resistentes a antibióticos.

[00130] Outras composições preferidas da invenção são líticas contra mais de que 90 % de todas as cepas bacterianas da coleção EcoR, uma coleção de E. coli de referência encontrada na natureza.

[00131] As composições antibacterianas da presente invenção podem estar em várias formas, tais como líquida, semilíquida, sólida ou formulações liofilizadas.

[00132] É desejado em um aspecto da invenção que a composição compreenda entre 10e2 e 10e12 UFP de pelo menos um bacteriófago da invenção, preferencialmente entre 10e5 e 10e10 UFP. Quando a composição antibacteriana compreende vários bacteriófagos tal como definido acima, é preferido que a composição compreendesse entre 10e2 e 10e12 UFP de cada bacteriófago da presente da invenção.

[00133] As composições da invenção podem compreender qualquer quantidade eficaz do(s) bacteriófago(s) selecionado(s). Preferencialmente, elas compreendem entre 10e2 e 10e12 UFP de cada um dos ditos bacteriófagos, preferencialmente entre 10e5 e 10e10 UFP. As quantidades relativas de cada tipo de bacteriófago em uma composição da invenção podem ser modificadas por um perito na arte. Tipicamente, quando a composição antibacteriana compreende vários bacteriófagos (n) distintos, tal como definido acima, o %A da quantidade total relativa de cada bacteriófago na composição é mais preferencialmente %A = (100/Ni)XV, em que n; representa o número de tipos distintos de bacteriófagos e V é um fator de variabilidade compreendido entre 0,2 e 5. Mais preferivelmente, V está compreendido entre 0,3 e 3, ainda mais preferencialmente entre 0,5 e 2, em geral, entre 0,8 e 1,5. Em uma modalidade típica, quando a composição antibacteriana compreende vários bacteriófagos tal como definido acima, é preferido que a composição compreendesse entre 10e2 e 10e12 UFP de cada bacteriófago da presente da invenção. Preferencialmente, cada tipo de bacteriófago está presente em uma composição da invenção em quantidades relativas aproximadamente iguais.

[00134] As composições da invenção compreendem preferencialmente um diluente ou veículo adequado, tal como um excipiente ou veículo farmaceuticamente ou veterinário aceitável. As composições de acordo com a presente invenção podem incluir qualquer excipiente ou veículo, tais como espessantes, diluentes, tampões, conservantes, agentes tensoativos e semelhantes, adicionalmente ao(s) bacteriófago(s) de escolha. Tal inclui soluções fisiologicamente aceitáveis ou veículos que são inofensivos ou não causam qualquer reação imune específica ou não específica significativa a um organismo ou que não anula a atividade biológica do bacteriófago. Para a formulação líquida, solução salina, água estéril, solução de Ringer, solução salina fisiológica tamponada, solução de infusão de albumina, solução de dextrose, solução de maltodextrina, glicerol, etanol, e suas misturas podem ser usadas como um excipiente ou veículo farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Se necessário, outros aditivos convencionais tais como agentes espessantes, diluentes, tampões, conservantes, agentes tensoativos, antioxidantes e agentes bacteriostáticos podem ser adicionados. Adicionalmente, diluentes, dispersantes, agentes tensoativos, ligantes e lubrificantes podem ser adicionalmente adicionados à composição para preparar formulações injetáveis, tais como soluções aquosas, suspensões, e emulsões, formulações orais, tais como comprimidos, cápsulas, grânulos, ou comprimidos, ou formulações em pó. As formulações para administração tópica podem incluir curativos, pensos, adesivos, filmes, pomadas, loções, cremes, géis, gotas, supositórios, sprays, nebulizadores, tampões, pensos higiênicos, líquidos e pós. As formulações para descontaminação ou para uso médico podem também incluem aerossóis ou sprays.

[00135] As composições da invenção podem ser usadas no campo da medicina, incluindo as áreas de medicina humana ou veterinária, por exemplo, o tratamento de uma infecção em um mamífero ou para a melhoria do estado de um indivíduo.

[00136] As composições podem ser usadas para matar a bactéria E. coli, em um organismo, para o tratamento de uma infecção. A composição também pode ser usada para melhorar a condição de um mamífero através da modificação da flora microbiana no dito mamífero. Em particular, as composições da invenção podem especificamente remover as cepas de E. coli na pele ou membranas mucosas de um mamífero, modificando, assim, a sua flora microbiana e restaurar um equilíbrio adequado.

[00137] Em uma modalidade particular, a invenção se refere também a um método para o tratamento de uma infecção em um mamífero, compreendendo a administração ao dito mamífero de uma composição ou bacteriófago ou ácido nucleico ou um polipeptídeo como definido acima.

[00138] Em uma modalidade particular, o método compreende a administração de pelo menos um, preferencialmente, pelo menos dois, ainda mais preferencialmente, pelo menos três bacteriófagos selecionados a partir BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, ou as suas variantes.

[00139] A invenção também se refere ao uso de uma composição, bacteriófago, ácido nucleico ou polipeptídeo, tal como descrito para a produção de um medicamento para o tratamento de uma infecção em um mamífero, ou para restaurar a flora microbiana no dito mamífero.

[00140] As composições ou agentes da invenção podem ser administrados por qualquer via conveniente, incluindo via intravenosa, oral, transdérmica, subcutânea, mucosa, intramuscular, intrapulmonar, intranasal, parenteral, retal, vaginal e tópica. Em uma modalidade preferida, os bacteriófagos ou composições são administrados por via tópica, por exemplo, pela aplicação na pele de um indivíduo. As composições podem ser administradas diretamente ou indiretamente, por exemplo, por meio de um suporte. A este respeito, as composições podem, por exemplo, ser aplicadas ou pulverizadas sobre a área atingida. As composições da invenção também podem ser administradas por via oral ou parenteral. A dosagem apropriada para a aplicação, pulverização, ou administração das composições da presente invenção podem ser ajustadas pelo perito na arte dependendo de uma variedade de fatores incluindo a formulação, modo de administração, idade, peso, sexo, condição, dieta do mamífero a ser tratada no momento da administração, via de administração e reação de sensibilidade. Um médico tendo capacidades normais na técnica pode facilmente determinar e prescrever a quantidade eficaz requerida da composição.

[00141] A dosagem pode também ser ajustada pelo perito na arte de modo em que é obtida uma atividade lítica contra E. coli resistentes aos antibióticos. Uma dose eficaz para obter uma atividade lítica in vivo inclui tipicamente uma concentração de pelo menos 10e2 UFP/ml, preferencialmente de cerca de 10e2 a 10e12 UFP/ml, dependendo da via de administração. A administração pode ser realizada apenas uma vez ou, se necessário, repetida.

[00142] As composições da invenção podem ser administradas para o tratamento de infecções por E. coli tipicamente no trato respiratório, trato urinário, queimaduras, feridas, orelha, pele e tecidos moles, gastrointestinais ou infecções pós-cirúrgicas.

[00143] Tal como apresentado na seção experimental, os bacteriófagos e composições da invenção são capazes de matar seletivamente as bactérias E. coli, in vitro ou in vivo. As composições podem destruir as misturas de diferentes bactérias E. coli, mesmo in vivo, até mesmo em baixa dosagem. Além disso, as composições da invenção são eficazes para matar as bactérias incorporadas em biofilmes, o que é particularmente importante para as bactérias patogênicas. Além disso, as composições e bacteriófagos da invenção são estritamente incapazes de afetar células de mamíferos, e são, portanto, específicas e desprovidas de efeitos adversos in vivo.

[00144] A invenção também se refere ao uso de uma composição, bacteriófago, ácido nucleico ou um polipeptídeo da invenção para a descontaminação de um material. Devido ao seu potente efeito antibacteriano, e a sua capacidade até mesmo de comprometer a integridade de um biofilme bacteriano, as composições da invenção podem ser usadas como agente de descontaminação, para eliminar ou pelo menos causar uma redução no número de bactérias em um material. Tais métodos podem ser aplicados ao tratamento de uma variedade de superfícies biológicas ou não biológicas em ambos os contextos médicos e não médicos, incluindo materiais sólidos ou dispositivos, tais como, por exemplo, lentes de contato, superfícies de dispositivos a serem implantados no organismo, tubos, tubos, recipientes de laboratório, têxteis, etc...

TESTES PREDITIVOS/DE DIAGNÓSTICO DA INVENÇÃO

[00145] A invenção também diz respeito a um método para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, em que o método compreende uma etapa de determinação de uma atividade lítica de um ou mais bacteriófago selecionados de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229 para uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, tal atividade lítica sendo indicativa de um tratamento eficaz. Em um aspecto preferido, o método compreende ainda opcionalmente uma etapa de tratamento do dito indivíduo com um ou mais bacteriófagos, com uma atividade lítica contra uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo.

[00146] Em um outro aspecto, a invenção proporciona um método para selecionar um objeto ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos, em que o método compreende a etapa de determinar uma atividade lítica de um ou mais bacteriófago selecionado de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229 a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais do bacteriófagos da invenção a pelo menos uma cepa de E. coli, indicando um indivíduo respondedor.

[00147] Um outro objeto da invenção se refere a um método para prever a resposta de um indivíduo a uma terapia com bacteriófagos, em que o método compreende a etapa de determinar uma atividade lítica de um ou mais bacteriófagos selecionado de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229 a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção sendo indicativa de uma boa resposta ao dito tratamento.

[00148] Outros aspectos e vantagens da presente invenção serão revelados na seguinte seção experimental, que é apenas ilustrativa.

EXEMPLOS MATERIAIS E MÉTODOS ISOLAMENTO DE FAGOS E PREPARAÇÃO

[00149] Bactérias E. coli RMD foram usadas para isolar e enriquecer cada bacteriófago virulento da água ambiental. As amostras ambientais e cultura durante a noite de bactérias em meio Luria Bertani (LB) foram misturadas e incubadas a 37 °C durante 24 h com agitação para enriquecer bacteriófagos específicos. Ao final da incubação, gotas de clorofórmio foram adicionadas à cultura. A cultura foi centrifugada a 11.000 g durante 5 minutos para remover as células bacterianas e detritos. O sobrenadante foi submetido a filtro de 0,2 Dm para remover as células bacterianas residuais. A solução enriquecida de fagos foi plaqueada em meio de agar LB com E. coli incorporada. As placas formadas nas placas após incubação de 24 horas a 37 °C. Uma única placa foi escolhida para subsequente purificação e amplificação do fago. O fago foi então armazenado a 4 °C em uma suspensão em meio LB ou solução salina fisiológica.

[00150] A titulação do fago em uma suspensão foi calculada por contagem de placa (Postic, 1961). Diluições de 10 vezes da suspensão foram entregues em um tecido seco da cepa em propagação. As placas foram lidas após incubação durante a noite. O método de contagem da placa também permitiu a visualização da morfologia das placas.

DETERMINAÇÃO DA GAMA DE HOSPEDEIROS

[00151] A gama de hospedeiros de bacteriófagos foi determinada entre uma coleção de 26 E. coli a partir da coleção ECOR. 109 células bacterianas foram misturadas em ágar derretido e esta mistura foi vertida em ágar sólido para fazer placas de ágar de dupla camada. Após a solidificação, soluções de bacteriófagos isolados foram semeadas em cada placa com diferentes cepas da bactéria. Depois de permitir durante 20 min que as manchas da semeadura fossem absorvidas, as placas foram invertidas e incubadas durante 24 h a 37 °C, antes do grau de lise tenha sido recuperado.

MICROSCOPIA ELETRÔNICA

[00152] Eletromicrografias de cada fago foram tiradas com um microscópio eletrônico de transmissão.

SEQUENCIAMENTO, ANÁLISE E ANOTAÇÃO DOS GENOMAS DOS FAGOS

[00153] Para isolar o ADN dos fagos, os fagos foram propagados como descrito acima. O ADN do fago foi isolado por extração com fenol:clorofórmio:álcool isoamílico (25:24:1, V/V), precipitação com etanol e solução em água. Sequenciamento do genoma inteiro foi feito e o algoritmo BLAST foi usado para determinar a semelhança com genes descritos na base de dados do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia [NCBI]. Os genomas foram verificados quanto a potenciais quadros abertos de leitura (ORF).

EXEMPLO 1: CARACTERÍSTICAS E CINÉTICA DO BACTERIOFAGO-HOSPEDEIRO

[00154] Experiências de crescimento de uma etapa foram realizadas de acordo com as descrições anteriores para primeiramente determinar o tempo produtivo lítico, taxa de adsorção, e, em seguida, o tamanho da ruptura do fago. Para determinar as taxas de adsorção, amostras foram tomadas em diferentes intervalos de tempo para analisar as partículas livres de fagos nas soluções. Para tempo produtivo e a determinação do tamanho da ruptura do fago, bactérias E. coli foram misturadas com soluções de fagos e os fagos foram deixados adsorvendo durante 15 min. A mistura foi submetida a centrifugação imediatamente a 5000 rpm durante 10 min para remover as partículas livres de fagos. O sedimento foi ressuspenso em 5 de meio LB fresco e a cultura foi incubada continuamente a 37 °C. As amostras foram tomadas a intervalos de 3 min e o título do fago foi determinado. Estes resultados permitiram calcular o número de fagos produzidos por bactérias (tamanho da ruptura), tempo de produção e efeito produtivo lítico (EPL), como mostrado na Tabela 3 abaixo. TABELA 3

[00155] Estes resultados mostram que todos os fagos têm potente capacidade de produção e taxa de absorção viral. A maioria dos fagos têm um EPL abaixo de 5, o que demonstra um perfil notável. O fago 539 é particularmente eficaz a este respeito. Além disso, os diferentes EPL e tempos de adsorção permitem criar coquetéis com variabilidade selecionada.

EXEMPLO 2: PREPARAÇÃO DE UMA COMPOSIÇÃO DE COQUETEL

[00156] As seguintes composições de coquetel são constituídas, cada uma compreendendo entre 10-9 e 10-10 pfu de cada bacteriófago: TABELA 4

[00157] As seguintes composições coquetel duais adicionais compreendendo todos os vários fagos são constituídas, cobrindo a mais importante diversidade de espécies de E. coli. TABELA 5A: COMPOSIÇÃO DE COQUETEL A: TABELA 5B: COMPOSIÇÃO DE COQUETEL B

EXEMPLO 3: SENSIBILIDADE DAS BACTÉRIAS AO COQUETEL DE BACTERIÓFAGOS DA INVENÇÃO

[00158] Várias cepas de bactérias foram testadas com um coquetel de bacteriófago da invenção a 2,109 bacteriófagos/ml. Diferentes concentrações bacterianas foram plaqueadas no coquetel de bacteriófagos a 2,109 bacteriófagos/ml e incubados durante 24 h a 37 °C.

[00159] Coquetéis são testados em distintas bactérias E. coli listadas na tabela 2, bem como as bactérias E. coli adicionais, incluindo tipos de bactérias E. coli causadoras da meningite da coleção R. Debré (37 cepas), BLSE (5 cepas) e ST131 (9 cepas), bactérias E. coli derivadas de pacientes hospitalizados (35 cepas) e E. coli hemorrágicas tipo O157, O144 e O104 (3 cepas). O % de espécies de bactérias sensíveis aos coquetéis estão listados na Tabela 6 a seguir:

EXEMPLO 3.1: EFICÁCIA DE COQUETEL I

[00160] Como se mostra na seguinte Tabela 6 abaixo, o coquetel I é capaz de destruir a 100 % das bactérias E. colihemorrágicas testadas. TABELA 6

[00161] Além disso, o coquetel I também pode destruir quase 70 % das 25 bactérias E. coli da tabela 2.

EXEMPLO 3.2: EFICÁCIA DE COQUETEL II

[00162] Como mostrado na seguinte Tabela 7, o coquetel II é capaz de destruir 100 % das bactérias E. coli hemorrágicas testadas. TABELA 7

[00163] Além disso, coquetel II também pode destruir 76 % das 25 bactérias E. coli da tabela 2.

EXEMPLO 3.3: EFICÁCIA DO COQUETEL III

[00164] Como se mostra na seguinte Tabela 8, o coquetel III é capaz de destruir, pelo menos, 80 % das cepas de E. coli testadas isoladas de pacientes hospitalizados. TABELA 8

EXEMPLO 3.4: EFICÁCIA DE COQUETEL IV

[00165] Como se mostra na seguinte Tabela 9, O coquetel IV é capaz de destruir as cepas tipo ST131 e BLSE de E. coli. TABELA 9

EXEMPLO 3.5: EFICÁCIA DE COQUETEL V

[00166] Como se mostra na seguinte Tabela 10, o coquetel V foi capaz de destruir 100 % das bactérias E. coli causadoras de meningite da coleção de R Debré. TABELA 10

EXEMPLO 3.6: EFICÁCIA DO COQUETEL VI

[00167] O coquetel VI é capaz de destruir a cerca de 96 % das 24 bactérias E. coli da coleção ECOR como listados na Tabela 2.

EXEMPLO 3.7: EFICÁCIA DE COQUETÉIS A E B

[00168] Coquetéis A e B são ambos capazes de 100 % das 25 bactérias E. coli listadas na tabela 2.

[00169] As bactérias foram ainda enumeradas e usadas para o cálculo da taxa de resistência (número de bactérias após incubação/número de bactérias plaqueadas). As taxas de resistência com coquetel A compreendendo os 15 tipos diferentes de bacteriófagos são mostradas na seguinte tabela 11: TABELA 11

[00170] Todas as bactérias testadas são sensíveis às composições da invenção.

EXEMPLO 4: ESPECIFICIDADE DO COQUETEL

[00171] A especificidade coquetel foi confirmada por meio de testes em dez espécies de bactérias, incluindo Pseudomonas aeruginosa, Acinebacter baumanii, Enterobacter aerogenes C, Enterobacter asburiae, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophila, Serratia marcescens.

[00172] A Tabela 12 resume a atividade lítica observada para cada bacteriófago usado independentemente ou em combinação, tal como uma mistura de 15 bacteriófagos. TABELA 12

[00173] A tabela acima mostra claramente que nenhuma atividade lítica sobre outras bactérias além das cepas de E. coli ocorreu. Os bacteriófagos e coquetel da invenção são, portanto, altamente específico para as cepas de E. coli.

EXEMPLO 5: EFICIÊNCIA DE BACTERIÓFAGOS NA CEPA DE E. COLI IN VITRO

[00174] Várias cepas da coleção EcoR foram escolhidas para representar a diversidade genética de E. coli e várias formas de resistência aos antibióticos. Cepas eram ou sensível ou resistente a um ou vários antibióticos. Elas foram cultivadas individualmente ou em combinação com 2 a 8 cepas. O coquetel de bacteriófago foi adicionado a um MOI de 1 a 10e-6, isto é, a uma razão de diluição (bactérias/fago) de 1 para 1 milhão.

[00175] Os resultados são apresentados na Figura 1 e na seguinte Tabela 13.

[00176] Tabela 13: Eficiência do coquetel de bacteriófagos obtidos in vitro sobre a mistura de E. coli: a 2,10e7 cfu/ml e em várias diluições:

[00177] As composições da invenção são capazes de matar uma mistura de 8 cepas diferentes de bactérias E. coli. O coquetel permanece eficiente contra as 8 cepas, a uma diluição de 1/1000.

EXEMPLO 6: EFICIÊNCIA DE BACTERIÓFAGOS SOBRE CEPAS DE E. COLI IN VIVO

[00178] Uma cepa SH113 isolada, coletada em um paciente queimado em 2011, foi usada para as seguintes experiências.

[00179] A cepa SH113 é resistente à ampicilina, ticarcilina, cefalotina, cefotaxima, ácido nalidíxico, norfloxacina, ofloxacina, ciprofloxacina.

[00180] Camundongo SKH1 (ou camundongo sem pelos) foi usado como modelo de camundongo com infecção por E. coli. MODUS OPERANDI: (VER TABELA 14 ABAIXO) - Camundongos foram imunodeprimidos por 3 injeções IP de 1,5 mg de ciclofosfamida (CY), a cada 2 dias a partir do dia 3 antes da infecção. - Os camundongos foram queimados na pele por 2 μl de iperita líquida a 30 mg/kg. - A infecção dois dias após a queimadura por injeção subcutânea de uma suspensão de bactérias no local queimado TABELA 14

[00181] Composições do coquetel foram preparadas de acordo com o exemplo 2 e compressas foram embebidas com o coquetel de bacteriófagos 10e7 fagos/ml antes de aplicar no Dia 0.

[00182] Várias concentrações de cepas de E. coli foram testadas com 100μl do coquetel de bacteriófagos. Como mostrado na Figura 2, todas as cepas de E. coli foram mortas após 6h de tratamento.

[00183] Após a administração da cepa SH113 de E. coli por injeção subcutânea os camundongos SKH1, todos os camundongos morreram na ausência do tratamento suplementar. Nos camundongos tratados por injeção de um coquetel de bacteriófagos, tal como apresentado na Tabela 9 acima, foi observada uma taxa de sobrevivência notável (ver Figura 3): 100 % de sobrevivência para os camundongos SKH1 tratados subcutaneamente ou intravenosamente e sobrevivência de 65 % para o tratamento via intraperitoneal. Em comparação, foi observada uma taxa de sobrevivência de 80 % para os camundongos SKH1 tratados por uma dose dupla do antibiótico gentamicina no Dia 0 + 6 h e durante 7 dias consecutivos, incluindo 2 injeções no Dia 1.

[00184] Uma notável taxa de sobrevivência de 100 % foi também obtida após o tratamento por via subcutânea com diluições 1/10, 1/100 e 1/1000 (por exemplo, 105 UFP por camundongo) do coquetel da invenção (ver Figura 4).

[00185] De acordo, as composições da invenção podem tratar uma infecção in vivo e podem induzir uma taxa de sobrevivência de 100 % em camundongos infectados.

REFERÊNCIAS

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Claims (15)

1. Composição antibacteriana, caraterizada por compreender pelo menos (a) um bacteriófago com atividade lítica a uma cepa de Escherichia coli (E. coli), e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9; (b) um bacteriófago com atividade lítica a uma cepa de E. coli, sendo selecionado de entre bacteriófagos possuindo um genoma que consiste em uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 8 e 10 a 15; e (c) um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável.

2. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caraterizada por compreender pelo menos (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9; (b) pelo menos dois bacteriófagos diferentes com atividade lítica para uma cepa de E. coli selecionados a partir bacteriófagos que têm um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 8 e 10 a 15, e (c) um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável.

3. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada por compreender pelo menos: (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9; (b) pelo menos três bacteriófagos diferentes com atividade lítica para uma cepa de E. coli selecionados a partir bacteriófagos que têm um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 8 e 10 a 15, e (c) um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável.

4. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada por compreender pelo menos: - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 5; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 10; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 12; e um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável; ou - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 8; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 10; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 11; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 12; e um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável; ou - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 1; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 2; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 3; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 4; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 12; e um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 11; e um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável.

5. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 ou 2, caraterizada por compreender - uma combinação do bacteriófago BP1151 (SEQ ID NO: 9) com pelo menos um bacteriófago adicional selecionado de BP700 (SEQ ID NO: 2), BP953 (SEQ ID NO: 5), BP970 (SEQ ID NO: 7), BP1002 (SEQ ID NO: 8), e BP1176 (SEQ ID NO: 12), e um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável; ou - uma combinação do bacteriófago BP1151 (SEQ ID NO: 9) com pelo menos BP539 (SEQ ID NO: 1), e um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável.

6. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 ou 2, caraterizada por compreender uma combinação de todos os bacteriófagos BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226 e BP1229 que consiste em uma sequência nucleotídica das SEQ ID NOs: 1 a 15, respectivamente, e um excipiente ou carreador farmaceuticamente aceitável.

7. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 6, caraterizada por ser lítica contra as cepas de E. coli resistentes a antibióticos.

8. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 7, caraterizada por ser uma formulação líquida, semilíquida, sólida ou liofilizada.

9. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caraterizada por compreender entre 10e2 e 10e12 UFP do cada bacteriófago.

10. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caraterizada por ser para o tratamento de uma infecção em um mamífero.

11. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caraterizada por ser para melhorar a condição de um mamífero através da modificação da flora microbiana no dito mamífero.

12. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caraterizada por ser para a descontaminação de um material.

13. Método para a preparação de uma composição, conforme definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado por compreender separadamente produzir os ditos bacteriófagos, e combinar os ditos bacteriófagos com um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável.

14. Método in vitro para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, caracterizado pelo método compreender a etapa de determinar in vitro a atividade lítica de uma cepa de Escherichia coli (E. coli) a partir de uma amostra do dito indivíduo de uma combinação de pelo menos (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9, e (b) um bacteriófago com atividade lítica a uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 8 e 10 a 15, e em que uma atividade lítica de dita combinação de ditos bacteriófagos para, pelo menos, uma cepa de E. coli a partir da dita amostra do dito indivíduo, é indicativo de um tratamento eficaz.

15. Método in vitro para selecionar um indivíduo ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos, caracterizado pelo método compreender a etapa de determinar in vitro uma atividade lítica de uma cepa de Escherichia coli (E. coli) a partir de uma amostra do dito indivíduo de uma combinação de pelo menos (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 9 para uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, e (b) um bacteriófago com atividade lítica a uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 8 e 10 a 15, e em que uma atividade lítica de dita combinação é indicativa de um indivíduo respondedor.