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- Système d'expression, vecteur d'intégration et cellule transformée par ce vecteur d'intégration
L'invention concerne un système d'expression utilisable pour la production de glucose oxydase et, plus particulièrement, capable d'effectuer la production extracellulaire de la glucose oxydase.
L'invention concerne également un vecteur d'intégration contenant ce système d'expression et une cellule transformée par ce vecteur d'intégration.
La glucose oxydase est classée dans le système international selon la référence E. C. 1.1. 3.4. ou ss-D-glucose : oxygène-1-oxydo- réductase. Cette enzyme catalyse la réaction d'oxydation du 5-D-glucose en D-glucono--lactone qui est ensuite hydrolysé en acide gluconique. Cette réaction produit du peroxyde d'hydrogène, qui est transformé en oxygène et en eau par l'action de la catalase produite par les souches d'Aspergillus niger sauvages.
La glucose oxydase est naturellement produite par certaines souches de champignons filamenteux et notamment par des souches d'Aspergillus. Malheureusement, la glucose oxydase produite par ces souches d'Aspergillus n'est pas sécrétée de manière efficace dans le milieu de culture de ces souches, la glucose oxydase ne traversant pas la paroi cellulaire (VITTEVEEN C. F. B. et al., Applied and Environmental Microbiology, 1992,58 (4), pages 1190-1194). Industriellement la glucose oxydase est donc traitée comme une enzyme intracellulaire. Les cellules d'Aspergillus doivent être disloquées préalablement à la récupération et à la purification de la glucose oxydase. L'étape supplémentaire de dislocation des cellules, avant la récolte, est contraignante et difficile à réaliser industriellement, par ailleurs elle entraîne des chutes de rendement assez importantes.
En effet, après la dislocation des cellules, la suspension aqueuse obtenue contient la glucose oxydase en solution ainsi que
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d'autres enzymes et des polypeptides, mais également beaucoup de constituants cellulaires plus ou moins solubles. Une étape de purification comportant plusieurs opérations de séparation est donc indispensable pour obtenir la glucose oxydase pure ou industriellement utilisable. C'est pourquoi une production extracellulaire de la glucose oxydase, c'est-à-dire la sécrétion de l'enzyme dans le milieu de culture, a longtemps été recherchée.
Par ailleurs, une méthode de production de glucose oxydase dans laquelle de la catalase ne serait présente qu'en quantités minimales dans le milieu, a longtemps été recherchée. Ceci a pour but d'éviter que le peroxyde d'hydrogène, formé lors de la réaction catalysée par la glucose oxydase, ne soit dégradé en oxygène et en eau par la catalase présente dans le milieu.
Dans ce contexte, on propose dans la demande de brevet WO 89/12675 de transformer une levure avec un plasmide. Ce plasmide contient la séquence du promoteur d'une déhydrogénase (ADH2-GAP) de levure, la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase d'Aspergillus niger ou la séquence du signal de sécrétion de 1'l'a-mating factor"de Saccharomyces cerevisiae, la séquence mature de la glucose oxydase d'Aspergillus niger et le terminateur d'une déhydrogénase (GAP) de levure. La levure transformée (Saccharomyces cerevisiae) sécrète la glucose oxydase.
Dans la demande de brevet européen 0 357 127, on décrit un système d'expression utilisable pour la production de chymosine bovine. Ce système d'expression comprend la séquence du promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus niger, la séquence du peptide signal de la glucoamylase d'Aspergillus niger, la séquence codante de la chymosine bovine et la séquence du terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus niger. Une souche transformée d'Aspergillus niger, contenant ce système d'expression, permet d'obtenir la chymosine bovine.
A l'heure actuelle, un système d'expression permettant d'obtenir l'expression et une sécrétion efficace de la glucose oxydase par une souche transformée de champignon filamenteux contenant ce système d'expression, n'est pas connu.
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La présente invention a pour premier but de fournir un système d'expression permettant d'obtenir la glucose oxydase dans le milieu de culture, où la souche transformée contenant ce système d'expression est cultivée. Ce système d'expression permet d'obtenir une production substantiellement extracellulaire de la glucose oxydase. Ce système d'expression permet de plus d'obtenir une composition enzymatique contenant de la glucose oxydase pratiquement sans catalase.
Par glucose oxydase, on entend une enzyme qui catalyse la réaction d'oxydation du 0--D-glucose en D-glucono--lactone qui est ensuite hydrolysé en acide gluconique. Cette enzyme est classée dans le système international selon la référence E. C. 1.1. 3.4. ou 0-D-glucose : oxygène-l-oxydoréductase. Cette définition inclut les enzymes naturelles et les enzymes modifiées, telles que les enzymes dont la séquence de nucléotides ou d'acides aminés a été modifiée par des techniques de génie génétique ou par des techniques de mutagénèse.
La présente invention a également pour but de fournir un vecteur d'intégration et un plasmide contenant le système d'expression décrit ci-dessus.
La présente invention a également pour but de fournir une souche transformée d'Aspergillus, et plus particulièrement une souche transformée d'Aspergillus foetidus, qui exprime et sécrète dans son milieu de culture la glucose oxydase avec un haut niveau de productivité. La sécrétion de la glucose oxydase par cette souche transformée est substantiellement extracellulaire.
La présente invention a également pour but de fournir un procédé de production de glucose oxydase mettant en oeuvre une souche de champignon filamenteux qui produit beaucoup de glucose oxydase et la sécrète presque complètement de façon extracellulaire.
A cet effet, l'invention concerne un système d'expression utilisable pour la production extracellulaire de glucose oxydase, caractérisé en ce qu'il comprend au moins :
EMI3.1
- la séquence du promoteur de la glucoamylase, - la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase, et
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- la séquence mature de la glucose oxydase.
Habituellement, le système d'expression comprend également la séquence d'un terminateur.
L'invention concerne un système d'expression utilisable pour la production de glucose oxydase, caractérisé en ce qu'il comprend au moins : - la séquence du promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus,
EMI4.1
- la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase d'Aspergillus foetidus, - la séquence mature de la glucose oxydase d'Aspergillus foetidus, et - la séquence du terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus.
Par système d'expression, on entend une unité moléculaire intégrée dans le génome d'un champignon filamenteux et capable de fournir à ce champignon l'information génétique nécessaire à la biosynthèse de la glucose oxydase.
Par promoteur de la glucoamylase, on entend le ou les promoteur (s) de transcription. Le promoteur qui est constitué d'une séquence d'ADN montrant une forte activité de transcription, peut être précédé par des séquences d'ADN qui stimulent la transcription, telles que des séquences connues sous le nom de"enhancers"ou"Upstream Activating Sequences". Le promoteur contient des séquences de contrôle de transcription qui influent sur l'expression de l'ADN codant fusionné. La séquence du promoteur de la glucoamylase comprend les séquences qui contrôlent la transcription et qui interviennent lors de l'expression de la glucoamylase.
Habituellement, la séquence du promoteur de la glucoamylase provient d'un champignon filamenteux. Généralement, elle provient d'une souche d'Aspergillus. De préférence, elle provient d'une souche appartenant au groupe Aspergillus niger, telle que notamment une souche d'Aspergillus niger, d'Aspergillus foetidus, d'Aspergillus awamori ou d'Aspergillus ficuum. De manière particulièrement préférée, elle provient d'une souche
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d'Aspergillus niger ou d'une souche d'Aspergillus foetidus.
Des souches d'Aspergillus niger et des souches d'Aspergillus foetidus, d'où peut provenir la séquence du promoteur de la glucoamylase, sont connues, telles que notamment la souche d'Aspergillus niger NRRL 3 (AGRICULTURAL RESEARCH SERVICE CULTURE COLLECTION (NRRL), 1815 North University Street, Peoria, Illinois 61604, USA), la souche d'Aspergillus niger ATCC 13496 (AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION, 12301 Parklawn drive, Rockville, Maryland 20852-1776, USA), la souche d'Aspergillus niger ATCC 22343, la souche d'Aspergillus niger ATCC 46890, la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 10254, la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916. De préférence, la séquence du promoteur de la glucoamylase provient d'une souche d'Aspergillus foetidus. De manière particulièrement préférée, elle provient de la souche d'Aspergillus foetidus SE4.
La molécule d'ADN comprenant la séquence de nucléotides SEQ ID NO : 7 code pour le promoteur de la souche d'Aspergillus foetidus SE4.
Par la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase, on entend une séquence d'ADN correspondant à une séquence d'acides aminés qui est naturellement liée de façon opérationnelle à la terminaison aminée de la séquence mature de la glucose oxydase. Le gène codant pour la glucose oxydase a été cloné et séquencé, la séquence en acides aminés qui a été déduite de cette étude montre la présence d'une préséquence ayant certaines caractéristiques d'un peptide signal, mais plus complexes (WHITTINGTON H. et al., Curr. Genet., 18 (1990), pages 531-536).
C'est pourquoi, dans cette demande, la partie du gène de structure, qui code pour le peptide signal supposé, est nommé"séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase"et la partie de gène de structure, qui code pour la glucose oxydase en tant que telle, est nommé"séquence mature de la glucose oxydase".
Habituellement, la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase provient d'une souche de champignon filamenteux.
Généralement, elle provient d'une souche d'Aspergillus ou d'une souche de Penicillium. De préférence, elle provient d'une souche
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appartenant au groupe Aspergillus niger, telle que notamment une souche d'Aspergillus niger, d'Aspergillus foetidus, d'Aspergillus awamori ou d'Aspergillus ficuum. De manière particulièrement préférée, elle provient d'une souche d'Aspergillus niger ou d'une souche d'Aspergillus foetidus. De bons résultats ont été obtenus avec la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus niger NRRL 3 (AGRICULTURAL RESEARCH SERVICE CULTURE COLLECTION (NRRL), 1815 North University Street, Peoria, Illinois 61604, USA). Cette séquence a été publiée dans The Journal of Biological Chemistry, 1990,265 (7), pages 3793- 3802.
De bons résultats ont également été obtenus avec la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 (AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION, 12301 Parklawn Drive, Rockville, Maryland 20852-1776, USA).
Le système d'expression selon l'invention comprend la séquence mature de la glucose oxydase. Par séquence mature de la glucose oxydase, on entend la partie de la séquence qui est traduite en protéine active, c'est-à-dire la séquence codante de la glucose oxydase qui correspond au gène de structure de la glucose oxydase sans la séquence du signal de sécrétion. La séquence codante (gène de structure) comprend la séquence du signal de sécrétion et la séquence mature de la glucose oxydase.
Habituellement, la séquence mature de la glucose oxydase provient d'une souche de champignon filamenteux. Généralement, elle provient d'une souche d'Aspergillus ou d'une souche de Penicillium. De préférence, elle provient d'une souche appartenant au groupe Aspergillus niger, telle que notamment une souche d'Aspergillus niger, d'Aspergillus foetidus, d'Aspergillus awamori ou d'Aspergillus ficuum. De manière particulièrement préférée, elle provient d'une souche d'Aspergillus niger ou d'une souche d'Aspergillus foetidus. De bons résultats ont été obtenus avec la séquence mature de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus niger NRRL 3. Cette séquence a été publiée dans The Journal of Biological Chemistry, 1990,265 (7), pages 3793- 3802.
De bons résultats ont également été obtenus avec la
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séquence mature de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 (AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION).
Dans une variante préférée de l'invention, la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase et la séquence mature de la glucose oxydase proviennent du même champignon filamenteux.
D'excellents résultats ont été obtenus avec un système d'expression, selon l'invention, comprenant la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 et la séquence mature de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916. D'excellents résultats ont également été obtenus avec un système d'expression, selon l'invention, comprenant la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus niger NRRL 3 et la séquence mature de la glucose oxydase de la souche d'Aspergillus niger NRRL 3.
Par terminateur, on entend le ou les terminateur (s) de transcription. La séquence du terminateur d'une protéine est une séquence d'ADN qui agit pour terminer la transcription de cette protéine. La séquence du terminateur contient également des séquences de polyadénylation qui stabilisent le mARN.
Habituellement, la séquence du terminateur provient d'un champignon filamenteux. Dans cette demande, n'importe quel terminateur fonctionnel dans un champignon filamenteux peut convenir.
Des terminateurs sont connus de l'homme du métier. Comme exemples de terminateur d'origine fongique connu, on peut citer le terminateur trpC, celui d'une glucoamylase, celui d'une amylase, celui d'une alpha-amylase, celui d'une protéase aspartique, celui d'une phosphatase acide, celui d'une lipase, celui d'une cellulase, celui d'une enzyme glycolytique, celui d'une isomérase, celui d'une glucanase, celui d'une hydrolase, celui d'une déhydrogénase, et en particulier, le terminateur trpC d'Aspergillus nidulans, le terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus niger, celui de l'alpha-amylase d'Aspergillus niger, celui de la protéase aspartique de Mucor miehei, celui de la phosphatase acide d'Aspergillus niger, celui d'une alcool-déhydrogénase d'Aspergillus nidulans. Généralement, la séquence du terminateur
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provient d'une souche d'Aspergillus.
De préférence, elle provient d'une souche appartenant au groupe Aspergillus niger, telle que notamment une souche d'Aspergillus niger, d'Aspergillus foetidus, d'Aspergillus awamori ou d'Aspergillus ficuum. De manière particulièrement préférée, elle provient d'une souche d'Aspergillus niger ou d'une souche d'Aspergillus foetidus. Dans une variante préférée, la séquence du terminateur est la séquence du terminateur de la glucoamylase. De préférence, la séquence du terminateur de la glucoamylase provient d'une souche d'Aspergillus foetidus. De manière particulièrement préférée, elle provient de la souche d'Aspergillus foetidus SE4. La molécule d'ADN comprenant la séquence de nucléotides SEQ ID NO : 8 code pour le terminateur de la souche d'Aspergillus foetidus SE4.
Dans une variante préférée de l'invention, la séquence du promoteur de la glucoamylase et la séquence du terminateur de la glucoamylase proviennent du même champignon filamenteux. De bons résultats ont été obtenus avec un système d'expression, selon l'invention, comprenant la séquence du promoteur de la glucoamylase de la souche d'Aspergillus foetidus et la séquence du terminateur de la glucoamylase de la souche d'Aspergillus foetidus. D'excellents résultats ont été obtenus avec un système d'expression, selon l'invention, comprenant la séquence du promoteur de la glucoamylase de la souche d'Aspergillus foetidus SE4 et la séquence du terminateur de la glucoamylase de la souche d'Aspergillus foetidus SE4.
De préférence, dans le système d'expression selon l'invention, la séquence du promoteur est positionnée en amont de la séquence du signal de sécrétion, qui elle-même est positionnée en amont de la séquence mature, cette séquence mature est positionnée en amont de la séquence du terminateur. Ces positionnemments sont choisis de telle sorte que, dans des conditions appropriées, ils permettent l'expression de la glucose oxydase sous le contrôle des signaux de transcription, c'est-à-dire du promoteur et du terminateur.
De préférence, les séquences comprises dans le système d'expression sont liées de façon opérationnelle. La séquence du
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promoteur de glucoamylase est liée de façon opérationnelle à la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase. La séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase est liée de façon opérationnelle à la séquence mature de la glucose oxydase.
La séquence mature de la glucose oxydase est liée de fa ; on opérationnelle à la séquence du terminateur.
L'invention concerne également un procédé de préparation d'un système d'expression comprenant au moins la séquence du promoteur de la glucoamylase, la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase, la séquence mature de la glucose oxydase, et la séquence d'un terminateur. Ce procédé comprend :
- l'isolement de la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase et de la séquence mature de la glucose oxydase à partir de l'ADN génomique d'un microorganisme qui produit cette glucose oxydase, et - l'introduction de la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase et de la séquence mature de la glucose oxydase dans un vecteur contenant la séquence du promoteur de la gluco- amylase et la séquence d'un terminateur, cette introduction étant faite dans un site choisi de telle sorte que le positionnement des séquences permettent l'expression de la glucose oxydase sous le contrôle dudit promoteur et dudit terminateur.
L'invention concerne également un vecteur d'intégration contenant le système d'expression, tel que défini ci-dessus, et apte à permettre l'expression de la glucose oxydase.
Le principe de l'invention s'applique également à un vecteur d'expression contenant le système d'expression, tel que défini ci-dessus, et apte à permettre l'expression de la glucose oxydase.
Par vecteur d'intégration, on entend toute séquence d'ADN qui comprend un réplicon et d'autres régions d'ADN (séquences de nucléotides) et qui est fonctionnelle indépendamment de l'hôte comme une unité d'expression génique complète. Par unité d'expression génique complète, on entend le gène de structure et la ou les régions (s) du promoteur et la ou les région (s) de régu-
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lation nécessaire pour la transcription et la traduction. Par gène de structure, on entend la séquence codante qui est utilisée pour la transcription en ARN et permet la synthèse de la protéine par l'hôte.
De préférence, ce vecteur d'intégration est un plasmide. De bons résultats ont été obtenus avec le plasmide pFGOD.
L'invention concerne également une cellule transformée (cellule hôte) par le vecteur d'intégration défini ci-dessus.
Cette cellule transformée est choisie de telle sorte que la séquence du promoteur de glucoamylase et la séquence du terminateur comprises dans le système d'expression soient reconnues par cette cellule transformée, c'est-à-dire qu'elles sont compatibles et fonctionnelles pour cette cellule transformée, la séquence du promoteur de la glucoamylase et la séquence du terminateur comprises dans le système d'expression remplissent leurs fonctions respectives de signal de transcription, comme respectivement un promoteur et un terminateur, pour la cellule transformée.
Habituellement, la cellule transformée est une cellule de champignon filamenteux. Généralement, la cellule transformée est une cellule d'Aspergillus. De préférence, la cellule transformée est une cellule appartenant au groupe des souches d'Aspergillus niger. De manière particulièrement préférée, la cellule transformée est une cellule d'Aspergillus niger, d'Aspergillus foetidus, d'Aspergillus awamori ou d'Aspergillus ficuum. De bons résultats ont été obtenus avec une cellule transformée d'Aspergillus niger, et plus particulièrement avec une cellule transformée de la souche d'Aspergillus niger NRRL 3. D'excellents résultats ont été obtenus avec une cellule transformée d'Aspergillus foetidus, et plus particulièrement avec une cellule transformée de la souche d'Aspergillus foetidus SE4.
Dans une variante préférée de l'invention, la cellule transformée par le vecteur d'intégration dérive de la souche d'où provient la séquence du promoteur de la glucoamylase et/ou la séquence du terminateur, séquence comprise dans le système d'expression. D'excellents résultats ont été obtenus avec une
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cellule-transformée d'Aspergillus foetidus SE4. Cette cellule transformée par un vecteur d'intégration contient un système d'expression selon l'invention, ce système d'expression comprenant la séquence du promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 et la séquence du terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4. Les meilleurs résultats ont été obtenus avec une cellule transformée par le vecteur d'intégration pFGOD.
Par ch mignon filamenteux, on entend les microorganismes eucaryotes comprennent toutes les formes filamenteuses de la division Eumycota. Dans cette division sont inclus les groupes Zygomycètes, Ascomycètes, Basidiomycètes et les champignons imparfaits incluant les Hyphomycètes. Les genres suivants sont compris dans cette définition : Aspergillus, Trichoderma, Neurospora, Podospora, Endothia, Mucor, Cochiobolus, Pyricularia, Penicillium, Humicola.
L'invention concerne également la souche purifiée et isolée d'Aspergillus foetidus SE4tr. Cette souche transformée SE4tr est obtenue à partir de la souche SE4. Elle diffère de cette souche SE4 par le fait qu'elle contient une ou plusieurs copies du plasmide pFGOD intégré dans son génome.
La souche d'Aspergillus foetidus SE4 a été obtenue à partir de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 par mutagénèse et sélectionnée sur la base d'une production améliorée en glucoamylase.
L'invention concerne également un procédé pour la production extracellulaire de glucose oxydase caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : - transformation d'une cellule par un vecteur d'intégration contenant un système d'expression tel que défini ci-dessus dans des conditions permettant l'expression et la crétion de la glucose oxydase, - culture de la cellule transformée dans un milieu de culture adéquat, et - récupération de la glucose oxydase sécrétée.
Le milieu de fermentation obtenu après la culture de la
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cellule-transformée contient la majeure partie de la glucose oxydase. En effet, la glucose oxydase est substantiellement sécrétée dans le milieu de culture par la souche transformée. La glucose oxydase obtenue par le procédé de l'invention est extracellulaire.
Le milieu de fermentation obtenu après la culture de la cellule transformée ne contient pratiquement pas de catalase.
Ceci permet d'obtenir une composition enzymatique contenant la glucose oxydase substantiellement sans catalase.
La glucose oxydase a de nombreuses applications industrielles, telles que, par exemple, dans les industries alimentaires, les industries pharmaceutiques et les industries chimiques.
Elle est notamment employée pour mesurer le taux de glucose dans le sang et peut, pour cette application, être incorporée dans un kit de diagnostic. La glucose oxydase obtenue selon l'invention présente un avantage dans cette application puisqu'elle n'est pas contaminée par de la catalase.
La glucose oxydase peut être utilisée pour mesurer la concentration de glucose et d'oxygène.
La glucose oxydase peut être utilisée comme anti-oxydant, pour enlever l'oxygène ou le glucose, notamment dans certains produits alimentaires ou certaines boissons.
La glucose oxydase peut également être introduite dans les dentifrices pour la prévention des caries.
La glucose oxydase a été incorporée à certaines peintures pour prévenir la corrosion.
La figure 1 représente la carte de restriction du plasmide pUCGOD.
La figure 2 représente la carte de restriction du plasmide pFGA1.
La figure 3 représente la carte de restriction du plasmide pFGA2.
La figure 4 représente la carte de restriction du plasmide pFGA2MUT.
La figure 5 représente la carte de restriction du
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plasmide pFGOD.
La figure 6 (figure 6a et figure 6b) représente la séquence de nucléotides (SEQ ID NO : 7) codant pour le promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4.
La figure 7 représente la séquence de nucléotides (SEQ ID NO : 8) codant pour le terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4.
Les symboles et abréviations utilisés dans ces figures sont explicités dans le tableau 1.
TABLEAU 1
EMI13.1
<tb>
<tb> Symbole <SEP> Signification
<tb> Abréviation
<tb> AMPR <SEP> gène <SEP> apportant <SEP> la <SEP> résistance <SEP> à <SEP> l'ampicilline
<tb> ORI <SEP> origine <SEP> de <SEP> réplication <SEP> dans <SEP> E. <SEP> coli
<tb> GOD <SEP> séquence <SEP> codante <SEP> de <SEP> la <SEP> glucose <SEP> oxydase
<tb> d'Aspergillus <SEP> foetidus <SEP> ATCC <SEP> 14916
<tb> 5'GA <SEP> promoteur <SEP> de <SEP> la <SEP> glucoamylase
<tb> d'Aspergillus <SEP> foetidus <SEP> SE4
<tb> 3'GA <SEP> terminateur <SEP> de <SEP> la <SEP> glucoamylase
<tb> d'Aspergillus <SEP> foetidus <SEP> SE4
<tb> GA <SEP> séquence <SEP> codante <SEP> de <SEP> la <SEP> glucoamylase
<tb> d'Aspergillus <SEP> foetidus <SEP> SE4
<tb>
La présente invention est illustrée par les exemples suivants.
Exemple 1 Isolement de la séquence codante de la glucose oxydase d'Aspergillus foetidus ATCC 14916
On réalise une culture de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 sur un milieu nutritif liquide ACM ("Aspergillus Complete Medium") qui contient 2 % (poids/volume) d'extrait de malt, 0,1 % (poids/volume) de peptone (DIFCO) et 2 X (poids/volume) de glucose. Après une incubation de 48 heures à 32 oC, le mycélium est récolté.
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L'ADN génomique de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 est isolé selon la technique décrite dans GARBER, R. C. and YODER, O. L., Anal. Biochem. 135 (1983), pages 416-422.
On réalise le mélange suivant :
EMI14.1
<tb>
<tb> H20 <SEP> distillée <SEP> 62 <SEP> ni
<tb> Tampon <SEP> PCR <SEP> (lOx) <SEP> 10 <SEP> ul
<tb> dNTPs <SEP> (2,5 <SEP> mM <SEP> chacun) <SEP> 8 <SEP> Il
<tb> Oligonucléotide <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> : <SEP> 1 <SEP> (20 <SEP> pM) <SEP> 5 <SEP> Il
<tb> Oligonucléotide <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> :
<SEP> 2 <SEP> (20 <SEP> pM) <SEP> 5 <SEP> Il
<tb> ADN <SEP> génomique <SEP> (dilutions <SEP> 10-1 <SEP> à <SEP> 10-4) <SEP> 10 <SEP> ll
<tb> Taq-polymérase <SEP> (5 <SEP> U/pl) <SEP> 0, <SEP> 2 <SEP> pl
<tb>
Le tampon PCR, sous la citation" (lOx) Reaction Buffer composition", l'abréviation dNTPs, qui signifie tous les nucléotides dATP, dTTP, dGTP et dCTP, et le produit Taq-polymérase sont décrits dans la notice du kit vendu sous le nom"GENEAMP DNA AMPLIFICATION REAGENT KIT with AMPLITAQ Recombinant Taq DNA Polymerase" (PERKIN ELMER CETUS).
L'ADN génomique isolé de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916, est mis en oeuvre dans ce mélange à une concentration de 1 ug/pl.
La séquence codante de la glucose oxydase d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 a été isolée selon la technique de la"PCR" (technique de la"Polymerase Chain Reaction"décrite dans SAIKI, R. K., et al., SCIENCE, 239 (1988), pages 487-491).
EMI14.2
Les séquences des oligonucléotides synthétiques mis en oeuvre lors de cette étude sont les suivantes : SEQ ID NO : 1 5'-TGATGATCAGGATCCGGCGGCCGCACCTCAGCAATGCAGACTCTCCTTGTGAGCTCGCTTGTG-
BamHI NotI SEQ ID NO : 2 5'-TCGATGAAGCTTCACTCACTGCATGGAAGCATAATCTTCCAAGATAGCATC-3' SEQ ID NO : 3
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5'-GATGCTATCTTGGAAGATTATGCTTCCATGCAGTGAGTGAAGCTTCATCGA-3'
HindIII
La séquence SEQ ID NO : 2 est le complément de la séquence SEQ ID NO : 3.
La séquence de l'oligonucléotide SEQ ID NO : 1 contient les informations pour les sites de restriction BamHI et NotI, les informations pour la région 5'non-traduite de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 et le début de la séquence codante de la glucose oxydase.
La séquence de l'oligonucléotide SEQ ID NO : 2 et, son complément, l'oligonucléotide SEQ ID NO : 3 contiennent les nucléotides qui correspondent à la fin de la séquence codante de la glucose oxydase et les informations complémentaires pour le site de restriction HindIII.
La technique utilisée pour construire les oligonucléotides synthétiques est décrite dans BEAUCAGE, S. L. et al (1981), Tetrahedron Letters, 22, pages 1859-1882, en utilisant des P-cyanoéthyl phosphoramidites dans un appareil de BIOSEARCH CYCLONE SYNTHESIZER.
EMI15.1
Les conditions suivies pour la"PCR"sont les suivantes : 2 minutes à 95 DC, puis 30 cycles d'une série comprenant 1 minute à 95 C, 1 minute à 60 C et 2 minutes à 72 C, puis 10 minutes à 72 oC, puis une température de 20 C est maintenue. Tous les autres paramètres utilisés pour cette"PCR"correspondent à ceux décrits dans la notice du kit vendu sous le nom"GENEAMP DNA AMPLIFICATION REAGENT KIT with AMPLITAQ Recombinant Taq DNA Polymerase" (PERKIN ELMER CETUS).
Un fragment d'ADN d'environ 1,8 kb (1 kb = 1000 paires de bases) a été isolé comme décrit ci-dessus. Il a été comparé à l'aide de la technique de l'analyse par restriction (analyse décrite dans Molecular Cloning-a laboratory manual-MANIATIS et al., (Cold Spring Harbor Laboratory) 1982, pages 374-379) à la séquence publiée dans The Journal of Biological Chemistry, 1990, 265 (7), pages 3793-3802. Aucune différence essentielle n'a été trouvée.
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Le fragment d'ADN ainsi obtenu est digéré avec les enzymes de restriction BamHI et HindIII, puis est ligaturé, selon la technique de ligation décrite dans Molecular Cloning-a laboratory manual-SAMBROOK et al. - second edition, 1989, pages 1.68-1. 69, avec le plasmide pUC18 (CLONTECH laboratories, nO 6110-1), qui a été préalablement digéré aux sites BamHI et HindIII. Le vecteur pUCGOD (figure 1) est ainsi obtenu.
Exemple 2 Construction du plasmide pFGA2MUT
Le plasmide pFGA2MUT (figure 4) contient le gène de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 dans lequel on a créé un site de clonage NotI entre le promoteur et la partie codante du gène de la glucoamylase, et un site de clonage HindIII entre la partie codante et le terminateur du gène de la glucoamylase. Ces deux sites de clonage NotI et HindIII sont créés par mutagénèse, comme décrit ci-après.
Le gène de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 est isolé selon la description suivante.
L'ADN chromosomique de la souche d'Aspergillus foetidus SE4 est isolé selon la technique de GARBER et al., comme décrit à l'exemple 1. Cet ADN chromosomique isolé est digéré partiellement avec l'enzyme de restriction SauIIIA et les fragments ayant une taille de 8 à 10 kob rent isolés et purifiés par un gradient de sucrose (15 à 40 X) selon la technique décrite dans AUSUBEL, F. M. et al. (1989), Current Protocols in Molecular Biology (John VILLEY and Sons), pages 5.3. 2-5.3. 8. Ces fragments isolés et purifiés sont introduits dans le plasmide pBR322 (CLONTECH LABORATORIES catalogue n 6210-1), qui a été préalablement digéré par l'enzyme de restriction BamHI. On transforme ensuite la souche d'E. coli DH5a (décrite par HANAHAN, D., J. Mol. Biol.
(1983) 166, pages 557-580 et vendue par BETHESDA RESEARCH LABORATORIES (BRL), B. R. L. Focus (1986) 8, page 9).
Environ 15000 clones d'E. coli transformés sont criblés à l'aide de la technique d'hybridation (SAMBROOK et al., pages 9.52-9. 55) en utilisant l'oligonucléotide synthétique suivant (SEQ ID N0 : 4) :
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5'-GATTCATGGTTGAGCAACGAAGCGA-3'
On se base sur la séquence de nucléotides de la glucoamylase publiée par BOEL et al., EMBO J. 3 (1984), pages 1097-1102.
On isole une colonie qui hybride avec cet oligonucléotide.
On analyse les sites de restriction et on constate que cette souche contient le gène complet de la glucoamylase, c'est-à-dire le promoteur, le terminateur et la région codante ainsi que le signal de sécrétion.
Le fragment de 8,7 kb a été introduit, comme décrit ci-dessus, dans le plasmide pBR322 au site BamHI.
On crée ainsi le vecteur pFGA1 (figure 2), qui contient un insert d'ADN d'Aspergillus de 8,7 kb. Cet insert est la seule différence entre le plasmide pBR322 et le vecteur pFGA1.
On construit, comme suit, un plasmide qui est dérivé du vecteur pFGA1 et qui contient un insert moins grand que celui du vecteur pFGA1. Le vecteur pFGA1 est digéré par l'enzyme de restriction EcoRI, puis, à partir de ceci, on isole le fragment EcoRI d'une taille d'environ 5 kb contenant le promoteur, la région codante et le terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 en suivant la méthode décrite par ZHU et al., 1985.
Ce fragment EcoRI est ensuite inséré dans le plasmide pUC18, qui a été préalablement digéré par l'enzyme de restriction EcoRI.
On crée ainsi le vecteur pFGA2 (figure 3).
Les séquences nucléotidiques du promoteur et du terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 ont été déterminées par la méthode de terminaison de chaînes utilisant des dideoxynucléotides, de SANGER et al. (1977) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, pages 5463-5467.
L'analyse de cette séquence montre la présence d'un promoteur et d'un terminateur. On identifie la séquence de nucléotides (SEQ ID NO : 7) codant pour le promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4. On identifie la séquence de nucléotides (SEQ ID NO : 8) codant pour le terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4.
Les nucléotides qui n'ont pas été déterminés avec certitude, ont été représentés par le symbole N.
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La figure 6 représente la séquence de nucléotides codant pour le promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4.
La figure 7 représente la séquence de nucléotides codant pour le terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4.
Les oligonucléotides synthétiques utilisés pour initier les réactions d'élongation par la T7 DNA polymérase ont été synthétisés par la méthode de BEAUCAGE et al. (1981) Tetrahedron letters 22, pages 1859-1882. Le séquençage a été effectué suivant le protocole donné par le fournisseur du kit de séquençage (PHARMACIA), en procédant à une dénaturation de l'ADN double brin par traitement avec du NaOH.
La stratégie de séquençage est décrite par SAMBROOK, 1989, pages 13.15 et 13.17. Les gels de polyacrylamide pour le séquen- çage ont été effectués suivant la technique décrite par SAMBROOK, 1989, pages 13.45-13. 58.
On construit, comme suit, un plasmide qui est dérivé du plasmide pFGA2 et qui contient le gène de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 dans lequel le promoteur et le terminateur sont séparés de la partie codante par des sites de restriction NotI et HindIII. On crée ainsi deux sites de restriction NotI et HindIII dans le plasmide pFGA2, qui contient le promoteur et le terminateur. Le promoteur et le terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4 sont séparés par des sites de restriction NotI et HindIII créés par deux mutagénèses dirigées suivant la procédure décrite dans la notice technique du kit de mutagénèse (BIORAD)"MUTA-GENE PHAGEMID in vitro Mutagenesis Kit".
Les oligonucléotides synthétiques utilisés au cours de cette procédure sont les suivants, respectivement SEQ ID NO : 5 et SEQ ID NO : 6 :
EMI18.1
5'-GCCTGAGCTTCATCCCCAGCGCGGCCGCATCATTACACCTCAGCAATGT-3' NotI 5'-TGACTGACACCTGGCGGTGAAAGCTTCAATCAATCCATTTCGCTATAGTT-3' HindIII
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On obtient ainsi le vecteur pFGA2HUT qui contient le site de restriction NotI au début de la région 5'non-traduite du gène de la glucoamylase et le site de clivage HinDIII après le stop-codon dans la région 3'non-traduite de la glucoamylase.
Exemple 3 Construction du vecteur d'intégration
Suite à la digestion du plasmide pUCGOD obtenu comme décrit à l'exemple 1 avec les deux enzymes de restriction NotI et HindIII, un fragment contenant la séquence codante de la glucose oxydase et la région 5'non-traduite du gène de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4, est isolé en suivant la technique décrite par ZHU, J. D. et al., BIO/TECHNOLOGY, 3,1985, pages 1014-1016.
La digestion partielle et compléte des plasmides avec des enzymes de restriction est effectuée en suivant la technique décrite par SAMBROOK et al. 1989, chapitres 5.28-5. 32.
Ce fragment est introduit dans le site de clonage NotI-HindIII du plasmide pFGA2MUT, obtenu comme décrit à l'exemple 2. Ce plasmide contient le promoteur et le terminateur du gène de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4, séparés par les sites de clonage NotI et HindIII, créés par mutagènèse dirigée. La partie codante de la glucoamylase est donc remplacée par la partie codante de la glucose oxydase.
Le vecteur pFGOD (figure 5) est ainsi obtenu. Ce vecteur pFGOD contient la séquence codante de la glucose oxydase, qui comprend son propre signal de sécrétion, sous le contrôle des signaux de transcription de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus. Ce vecteur contient le système d'expression qui comprend les séquences suivantes : - la séquence du promoteur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4, - la séquence du signal de sécrétion de la glucose oxydase d'Aspergillus foetidus ATCC 14916, - la séquence mature de la glucose oxydase d'Aspergillus foetidus
ATCC 14916, et - la séquence du terminateur de la glucoamylase d'Aspergillus foetidus SE4.
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Exemple 4 Transformation de la souche d'Aspergillus foetidus SE4
La souche d'Aspergillus foetidus SE4 dérive de la souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916.
La souche d'Aspergillus foetidus ATCC 14916 est d'abord soumise à un traitement de mutagénèse par ultra-violet selon la technique décrite dans PONTECORVO, G., ROPER, J. A., HEMMONS, L. M., MACDONALD, K. D., and BUFTON, A. W. J., Advances in Genetics 5 (1953), pages 141-238.
Les souches traitées sont étalées sur un milieu nutritif gélosé POTATO DEXTROSE AGAR (DIFCO) auquel a été ajouté l'amidon (5 X en poids/volume). Après une incubation de 48 heures à 32 oC, les colonies présentant un halo d'hydrolyse d'amidon le plus grand sont prélevées et repiquées sur le milieu nutritif gélosé.
On isole une souche produisant beaucoup de glucoamylase. Cette souche nommée SE4 présente des conidies brunes décolorées.
Le vecteur pFGOD est ensuite introduit dans la souche d'Aspergillus foetidus SE4 par cotransformation selon la technique décrite dans CARREZ et al., GENE, 94 (1990), pages 147-154.
Le plasmide p3SR2, qui contient le gène de l'acétamidase d'Aspergillus nidulans (amdS), est utilisé comme marqueur sélectif.
Le plasmide p3SR2 est décrit dans Hynes, M. J., Corrick, C. M., and King, J. A., Mol. Cell. Biol., 3 (1983), pages 1430-1439. On effectue la transformation avec ce plasmide selon la technique décrite par KELLY, J. M. and HYNES, M. J., EMBO J. 4 (1985), pages 475-479.
La souche d'Aspergillus foetidus SE4 a été transformée avec des quantités équimolaires des plasmides p3SR2 et pFGOD.
Environ 350 souches transformées sont obtenues. Ces souches transformées sont sélectionnées sur le milieu gélosé A contenant de l'ABTS (BOEHRINGER) pour détecter la production de glucose oxydase. Les colonies des souches transformées qui sécrètent aussi la glucose oxydase dans le milieu de culture, sont entourées d'un halo vert après 2 heures d'incubation à 32 oC.
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Le milieu A est formé du milieu CZAPEK DOX AGAR (DIFCO) auquel on ajoute 10 % (poids/volume) de glucose, 0,05 X (poids/volume) d'ABTS (2, 2'-azino-di- (3-éthylbenzthiazoline sulfonate)), (BOEHRINGER) et 8 mg/l de peroxydase de raifort (46 Purpurogallin Unités/mg, SIGMA).
Environ 40 X des souches transformées sécrètent la glucose oxydase, elles ont donc intégré, dans leur génome, le vecteur de sélection p3SR2 et le vecteur d'intégration pFGOD.
Exemple 5 Isolement et purification des souches transformées
Les souches transformées présentant le halo le plus grand sont isolées et repiquées sur un milieu gélosé POTATO DEXTROSE AGAR (DIFCO). 50 souches transformées sont mises en culture à 32 oe sur ce milieu jusqu'à sporulation.
Les spores sont récoltées, diluées dans de l'eau physiologique puis étalées sur le milieu gélosé A de telle sorte que des colonies individuelles soient obtenues. Les colonies venant d'une seule spore et présentant un halo large sont repiquées sur le milieu gélosé POTATO DEXTROSE AGAR. Ces colonies sont mises en culture à 32 oe sur ce milieu gélosé jusqu'à sporulation.
Les conidies purifiées des souches transformées sont récoltées et conservées. Ces souches transformées d'Aspergillus foetidus sont dénommées SE4tr.
Exemple 6 Production de glucose oxydase par la souche transformée d'Aspergillus foetidus SE4tr
Les conidies purifiées, obtenues à l'exemple 5, sont mises en culture dans un milieu liquide riche contenant de l'extrait de malt (DIFCO) (2 X en poids), de la peptone (DIFCO) (0,1 X en poids), de l'amidon hydrolysé (10 % en poids) et du carbonate de calcium (3,5 % en poids). Le pH du milieu de culture est ajusté à
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un pH 6 par l'addition d'ammoniac. La culture est réalisée à 32 C sous agitation et est suivie durant 5 jours.
Puis, la culture obtenue est centrifugée à 5000 tours/minute pendant 15 minutes (BECKMAN JA-10). On mesure l'activité enzymatique (glucose oxydase) de la biomasse, après avoir cassé et
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disloqué les cellules par broyage de la biomasse gelée avec de l'azote liquide, (production dite intracellulaire) et du surnageant (production dite extracellulaire) selon la technique décrite dans FIEDUREK, J., et al., Enzyme Microb. Technol.
8 (1986), pages 734-736.
Les résultats d'activité enzymatique obtenus sont comparés avec ceux de la souche d'Aspergillus foetidus non transformée (souche SE4). La production intracellulaire de glucose oxydase de la souche transformée (souche SE4tr) en comparaison avec celle de la souche non transformée (souche SE4) est multipliée par un facteur de 5 à 10 et la production extracellulaire est multipliée par un facteur de 5000 à 10000.
On observe une forte augmentation de la production extracellulaire de glucose oxydase. En effet, la souche transformée sécrète presque la totalité de la glucose oxydase, qu'elle produit, dans le milieu de culture. La glucose oxydase produite par la souche non transformée n'est pratiquement pas sécrétée dans le milieu de culture. Une étape de dislocation des cellules de la souche non transformée est alors indispensable pour récupérer la glucose oxydase, ce qui n'est plus nécessaire avec la souche transformée selon l'invention. La production de glucose oxydase par la souche transformée SE4tr est substantiellement extracellulaire.
Par ailleurs, on ne détecte pratiquement pas de catalase dans le surnageant du milieu de fermentation obtenu après la culture de la souche transformée SE4tr.
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LISTE DE SEQUENCES (1) INFORMATIONS GENERALES : (i) DEPOSANT : (A) NOM : SOLVAY (Société Anonyme) (B) RUE : rue du Prince Albert, 33 (C) VILLE : Bruxelles (E) PAYS : Belgique (F) CODE POSTAL : 1050 (G) TELEPHONE : (02) 509.61. 11 (ii) TITRE DE L'INVENTION : Système d'expression, vecteur d'intégration et cellule transformée par ce vecteur d'intégration (iii) NOMBRE DE SEQUENCES : 8 (iv) FORME LISIBLE PAR ORDINATEUR : (A) TYPE DE SUPPORT : Floppy disk (B) ORDINATEUR : IBM PC compatible (C) SYSTEME D'EXPLOITATION : PC-DOS : MS-DOS (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 1 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 63 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (oligonucléotide synthétique) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
SEQ ID NO : 1 :
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TGATGATCAG GATCCGGCGG CCGCACCTCA GCAATGCAGA CTCTCCTTGT GAGCTCGCTT 60 GTG 63 (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 2 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 51 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (oligonucléotide synthétique) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO : 2 :
TCGATGAAGC TTCACTCACT GCATGGAAGC ATAATCTTCC AAGATAGCAT C 51 (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 3 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 51 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (oligonucléotide synthétique) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
SEQ ID NO : 3 :
GATGCTATCT TGGAAGATTA TGCTTCCATG CAGTGAGTGA AGCTTCATCG A 51
<Desc/Clms Page number 25>
(2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 4 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 25 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (oligonucléotide synthétique) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO : 4 : GATTCATGGT TGAGCAACGA AGCGA 25 (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 5 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 49 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (oligonucléotide synthétique) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO : 5 :
GCCTGAGCTT CATCCCCAGC GCGGCCGCAT CATTACACCT CAGCAATGT 49 (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 6 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE :
<Desc/Clms Page number 26>
(A) LONGUEUR : 50 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (oligonucléotide synthétique) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO : 6 :
TGACTGACAC CTGGCGGTGA AAGCTTCAAT CAATCCATTT CGCTATAGTT 50 (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 7 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 2045 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN génomique (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO : 7 :
GAATTCCCGA CATCGGTCAT TGGCCTCCTC GCTGATCTCC CTTTGGTACA GTCGGCTACC 60 AATGCTCTCG AGGATTGCCT GAACATTGAC ATTCGGCGTC CGGCCGGGAC CACCGCGGAC 120 TCGAAGCTGC CTGTGCTGGT CTGGATCTTT GGCGGAGGCT TTGAACTTGG TTCAAAGGCG 180 ATGTATGATG GTACAACGAT GGTATCATCG TCGATAGACA AGAACATGCC TATCGTGTTT 240 GTAGCAATGA ATTATCGCGT GGGAGGTTTC GGGTTCTTGC CCGGAAAGGA GATCCTGGAG 300
<Desc/Clms Page number 27>
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GACGGGTCCG CGAACCTAGG GCTCCTGGAC CAACGCCTTG CCCTGCAGTG GGTTGCCGAC 360 AACATCGAGG CCTTTGGTGG AGACCCGGAC AAGGTGACGA TTTGGGGAGA ATCAGCAGGA 420 GCCATTCGTT TGACTAGATG ACTTGTACGA CGGAAACATC ACTTACAAGG ATAAGCCCTT 480 GTTCCGGGGG GCCATCATGG ACTCCGGTAG TGTTGTTCCC GCAGACCCCG TCGATGGGGT 540 CAAGGGACAG CAAGTATATG ATGCGGTAGT GGAATCTGCA GGCTGTTCCT CTTCTAACGA 600 CACCCTAGCT TGTCTGCGTG AACTAGACTA CACCGACTTC CTCAATGCGG CAAACTCCGT 660 GCCAGGCATT TTAAGCTACC ATTCTGTGGC GTTATCATAT GTGCCTCGAC CGGACGGGAC 720
GGCGTTGTCG GCATCACCGG ACGTTTTGGG CAAAGCAGGG AAATATGCTC GGGTCCCGTT 780 CATCGTGGGC GACCAAGAGG ATGAGGGGAC CTTATTCGCC TTGTTTCAGT CCAACATTAC 840 GACGATCGAC GAGGTGGTCG ACTACCTGGC CTCATACTTC TTCTATGACG CTAGCCGAGA 900 GCAGCTTGAA GAACTAGTGG CCCTGTACCC AGACACCACC ACGTACGGGT CTCCGTTCAG 960 ACAGCGCGGC CAACAACTGG TATCCGCAAT TTAAGCGATT GGCCGCCATT CTCGGCGACT 1020 TGGTCTTCAC CATTACCGGC GGGCATTCCT CTCGTATGCA GAGGAAATCT CCCCTGATCT 1080 TCCGAACTGG TCGTACCTGG CGACCTATGA CTATGGCACC CCAGTTCTGG GGACCTTCCA 1140 CGGAAGTGAC CTGCTGCAGG TGTTCTATGG GATCAAGCCA AACTATGCAG CTAGTTCTAG 1200 CCACACGTAC TATCTGAGCT TTGTGTATAC GCTGGATCCG AACTCCAACC GGGGGGAGTA 1260 CATTGAGTGG CCGCAGTGGA AGGAATCGCG GCAGTTGATG AATTTCGGAG CGAACGACGC 1320 CAGTCTCCTT ACGGATGATT TCCGCAACGG GACATATGAG TTCATCCTGC AGAATACCGC 1380
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GGCGTTCCAC ATCTGATGCC ATTGGCGGAG GGGTCCGGAC GGTCAGGAAC
TTAGCCTTAT 1440
EMI28.1
GAGATGAATG ATGGACGTGT CTGGCCTCGG AAAAGGATAT ATGGGATCAT GATAGTACTA 1500 GCCATATTAA TGAAGGGCAT ATACCACGCG TTGGACCTGC GTTATAGCTT CCCGTTAGTT 1560 ATAGTACCAT CGTTATACCA GCCAATCAAG TCACCACGCA CGACCGGGGA CGGCGAATCC 1620 CCGGGAATTG AAAGAAATTG CATCCCAGGC CAGTGAGGCA GCGATTGGCC ACCTCTCCAA 1680 GGCACAGGGC CATTCTGCAG CGCTGGTGGA TTCATCGCAA TTTCCCCCGG CCCGGCCCGA 1740 CACCGCTATA GGCTGGTTCT CCCACACCAT CGGAGATTCG TCGCCTAATG TCTCGTCCGT 1800 TCACAAGCTG AAGAGCTTGA AGTGGCGAGA TGTCTCTGCA GGAATTCAAG CTAGATGCTA 1860 AGCGATATTG CATGGCAATA TGTGTTGATG CATGTGCTTC TTCCTTCAGC TTCCCCTCGT 1920 GCAGATGAGG TTTGGCTATA AATTGAAGTG GTTGGTCGGG GTTCCGTGAG GGGCTGAAGT 1980 GCTTCCTCCC TTTTAGACGC AACTGAGAGC CTGAGCTTCA TCCCCAGCAT CATTACACCT 2040 CAGCA 2045 (2) INFORMATION POUR LA SEQ ID NO : 8 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE :
(A) LONGUEUR : 836 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN génomique (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO : 8 :
<Desc/Clms Page number 29>
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CAATCAATCC ATTTCGCTAT AGTTAAAGGA TGGGGATGAG GGCAATTGGT TATATGATCA 60 TGTATGTAGT GGGTGTGCAT AATAGTAGTG AAATGGAAGC CAGTCATGTG ATTGTAATCG 120 ACCGACGGAA TTGAGGATAT CCGGAAATAC AGACACCGTG AAAGCCATGG TCTTTCCTTC 180 GTGTAGAAGA CCAGACAGAC AGTCCCTGAT TTACCCTTGC ACAAAGCACT AGAAAATTAG 240 CATTCCATCC TTCTCTGCTT GCTCTGCTGA TATCACTGTC ATTCAATGCA TAGCCATGAG 300 CTCATCTTAG ATCCAAGCAC GTAAATTCCA TAGCCGAGGT CCACAGTGGA GCAGCAACAT 360 TCCCCATCAT TGCTTTTCCC CCAGGGGNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 420
EMI29.2
480 NNNNWNW NNNNNW 660 NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN
NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 480
EMI29.3
NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 540 NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 600 NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 660 NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 720 NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN 780 NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNNNNNNGAA GAATTC 836
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- Expression system, integration vector and cell transformed by this integration vector
The invention relates to an expression system which can be used for the production of glucose oxidase and, more particularly, capable of carrying out the extracellular production of glucose oxidase.
The invention also relates to an integration vector containing this expression system and a cell transformed by this integration vector.
Glucose oxidase is classified in the international system according to the reference E. C. 1.1. 3.4. or ss-D-glucose: oxygen-1-oxidoreductase. This enzyme catalyzes the oxidation reaction of 5-D-glucose to D-glucono - lactone which is then hydrolyzed to gluconic acid. This reaction produces hydrogen peroxide, which is transformed into oxygen and water by the action of catalase produced by strains of wild Aspergillus niger.
Glucose oxidase is naturally produced by certain strains of filamentous fungi and in particular by strains of Aspergillus. Unfortunately, the glucose oxidase produced by these strains of Aspergillus is not efficiently secreted into the culture medium of these strains, the glucose oxidase not crossing the cell wall (VITTEVEEN CFB et al., Applied and Environmental Microbiology, 1992, 58 (4), pages 1190-1194). Industrially glucose oxidase is therefore treated as an intracellular enzyme. Aspergillus cells must be disrupted prior to the recovery and purification of glucose oxidase. The additional step of dislocation of the cells, before harvesting, is restrictive and difficult to carry out industrially, moreover it leads to fairly significant drops in yield.
Indeed, after the dislocation of the cells, the aqueous suspension obtained contains glucose oxidase in solution as well as
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other enzymes and polypeptides, but also many more or less soluble cellular constituents. A purification step comprising several separation operations is therefore essential to obtain pure or industrially usable glucose oxidase. This is why an extracellular production of glucose oxidase, that is to say the secretion of the enzyme in the culture medium, has long been sought.
Furthermore, a method of producing glucose oxidase in which catalase would be present only in minimal amounts in the medium, has long been sought. This is to prevent the hydrogen peroxide, formed during the reaction catalyzed by glucose oxidase, from being degraded into oxygen and water by the catalase present in the medium.
In this context, it is proposed in patent application WO 89/12675 to transform a yeast with a plasmid. This plasmid contains the yeast dehydrogenase promoter (ADH2-GAP) sequence, the Aspergillus niger glucose oxidase secretion signal sequence or the α-mating factor secretion signal sequence " of Saccharomyces cerevisiae, the mature glucose oxidase sequence of Aspergillus niger and the terminator of a yeast dehydrogenase (GAP) .The transformed yeast (Saccharomyces cerevisiae) secretes glucose oxidase.
European patent application 0 357 127 describes an expression system which can be used for the production of bovine chymosin. This expression system includes the Aspergillus niger glucoamylase promoter sequence, the Aspergillus niger glucoamylase signal peptide sequence, the bovine chymosin coding sequence and the Aspergillus niger glucoamylase terminator sequence . A transformed strain of Aspergillus niger, containing this expression system, makes it possible to obtain bovine chymosin.
At present, an expression system making it possible to obtain the expression and efficient secretion of glucose oxidase by a transformed strain of filamentous fungus containing this expression system is not known.
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The primary object of the present invention is to provide an expression system making it possible to obtain glucose oxidase in the culture medium, where the transformed strain containing this expression system is cultured. This expression system makes it possible to obtain a substantially extracellular production of glucose oxidase. This expression system also makes it possible to obtain an enzymatic composition containing glucose oxidase practically without catalase.
By glucose oxidase is meant an enzyme which catalyzes the oxidation reaction of 0 - D-glucose to D-glucono - lactone which is then hydrolyzed to gluconic acid. This enzyme is classified in the international system according to the reference E. C. 1.1. 3.4. or 0-D-glucose: oxygen-l-oxidoreductase. This definition includes natural enzymes and modified enzymes, such as enzymes whose nucleotide or amino acid sequence has been modified by genetic engineering techniques or by mutagenesis techniques.
The present invention also aims to provide an integration vector and a plasmid containing the expression system described above.
The present invention also aims to provide a transformed strain of Aspergillus, and more particularly a transformed strain of Aspergillus foetidus, which expresses and secretes in its culture medium glucose oxidase with a high level of productivity. The secretion of glucose oxidase by this transformed strain is substantially extracellular.
The present invention also aims to provide a method for producing glucose oxidase using a filamentous fungus strain which produces a lot of glucose oxidase and secretes it almost completely extracellularly.
To this end, the invention relates to an expression system which can be used for the extracellular production of glucose oxidase, characterized in that it comprises at least:
EMI3.1
- the glucoamylase promoter sequence, - the glucose oxidase secretion signal sequence, and
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- the mature glucose oxidase sequence.
Usually, the expression system also includes the sequence of a terminator.
The invention relates to an expression system which can be used for the production of glucose oxidase, characterized in that it comprises at least: - the glucoamylase promoter sequence of Aspergillus foetidus,
EMI4.1
- the sequence of the Aspergillus foetidus glucose oxidase secretion signal, - the mature sequence of Aspergillus foetidus glucose oxidase, and - the sequence of the Aspergillus foetidus glucoamylase terminator.
The expression system is understood to mean a molecular unit integrated into the genome of a filamentous fungus and capable of providing this fungus with the genetic information necessary for the biosynthesis of glucose oxidase.
By glucoamylase promoter is meant the transcription promoter (s). The promoter, which consists of a DNA sequence showing strong transcription activity, can be preceded by DNA sequences which stimulate transcription, such as sequences known as "enhancers" or "Upstream Activating Sequences ". The promoter contains transcription control sequences which influence the expression of the fused coding DNA. The glucoamylase promoter sequence includes the sequences which control transcription and which are involved in the expression of glucoamylase.
Usually the glucoamylase promoter sequence is from a filamentous fungus. Generally, it comes from a strain of Aspergillus. Preferably, it comes from a strain belonging to the Aspergillus niger group, such as in particular a strain of Aspergillus niger, Aspergillus foetidus, Aspergillus awamori or Aspergillus ficuum. In a particularly preferred manner, it comes from a strain
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Aspergillus niger or a strain of Aspergillus foetidus.
Strains of Aspergillus niger and strains of Aspergillus foetidus, from which the glucoamylase promoter sequence may originate, are known, such as in particular the strain of Aspergillus niger NRRL 3 (AGRICULTURAL RESEARCH SERVICE CULTURE COLLECTION (NRRL) , 1815 North University Street, Peoria, Illinois 61604, USA), Aspergillus niger ATCC 13496 (AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION, 12301 Parklawn drive, Rockville, Maryland 20852-1776, USA), Aspergillus niger ATCC 22343 , the Aspergillus niger ATCC 46890 strain, the Aspergillus foetidus ATCC 10254 strain, the Aspergillus foetidus ATCC 14916 strain. Preferably, the glucoamylase promoter sequence originates from an Aspergillus foetidus strain. In a particularly preferred manner, it comes from the strain of Aspergillus foetidus SE4.
The DNA molecule comprising the nucleotide sequence SEQ ID NO: 7 codes for the promoter of the strain of Aspergillus foetidus SE4.
By the sequence of the glucose oxidase secretion signal is meant a DNA sequence corresponding to an amino acid sequence which is naturally operably linked to the amino terminus of the mature glucose oxidase sequence. The gene coding for glucose oxidase has been cloned and sequenced, the amino acid sequence which has been deduced from this study shows the presence of a presequence having certain characteristics of a signal peptide, but more complex (WHITTINGTON H. et al. ., Curr. Genet., 18 (1990), pages 531-536).
This is why, in this application, the part of the structural gene, which codes for the supposed signal peptide, is named "sequence of the secretion signal of glucose oxidase" and the part of structural gene, which codes for glucose. oxidase as such is called the "mature glucose oxidase sequence".
Usually the sequence of the glucose oxidase secretion signal comes from a filamentous fungus strain.
Generally, it comes from a strain of Aspergillus or a strain of Penicillium. Preferably, it comes from a strain
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belonging to the Aspergillus niger group, such as in particular a strain of Aspergillus niger, Aspergillus foetidus, Aspergillus awamori or Aspergillus ficuum. In a particularly preferred manner, it comes from a strain of Aspergillus niger or from a strain of Aspergillus foetidus. Good results have been obtained with the glucose oxidase secretion signal sequence of the Aspergillus niger NRRL 3 strain (AGRICULTURAL RESEARCH SERVICE CULTURE COLLECTION (NRRL), 1815 North University Street, Peoria, Illinois 61604, USA). This sequence was published in The Journal of Biological Chemistry, 1990,265 (7), pages 3793-3802.
Good results have also been obtained with the sequence of the glucose oxidase secretion signal of the Aspergillus foetidus strain ATCC 14916 (AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION, 12301 Parklawn Drive, Rockville, Maryland 20852-1776, USA).
The expression system according to the invention comprises the mature sequence of glucose oxidase. By mature glucose oxidase sequence is meant the part of the sequence which is translated into active protein, that is to say the coding sequence of glucose oxidase which corresponds to the structural gene for glucose oxidase without the sequence of secretion signal. The coding sequence (structural gene) comprises the sequence of the secretory signal and the mature sequence of glucose oxidase.
Usually the mature glucose oxidase sequence comes from a filamentous fungus strain. Generally, it comes from a strain of Aspergillus or a strain of Penicillium. Preferably, it comes from a strain belonging to the Aspergillus niger group, such as in particular a strain of Aspergillus niger, Aspergillus foetidus, Aspergillus awamori or Aspergillus ficuum. In a particularly preferred manner, it comes from a strain of Aspergillus niger or from a strain of Aspergillus foetidus. Good results have been obtained with the mature glucose oxidase sequence of the Aspergillus niger NRRL 3 strain. This sequence was published in The Journal of Biological Chemistry, 1990,265 (7), pages 3793-3802.
Good results have also been obtained with the
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mature glucose oxidase sequence of the Aspergillus foetidus ATCC 14916 strain (AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION).
In a preferred variant of the invention, the sequence of the glucose oxidase secretion signal and the mature sequence of glucose oxidase originate from the same filamentous fungus.
Excellent results have been obtained with an expression system according to the invention comprising the sequence of the signal of secretion of glucose oxidase from the strain of Aspergillus foetidus ATCC 14916 and the mature sequence of glucose oxidase from the strain of Aspergillus foetidus ATCC 14916. Excellent results have also been obtained with an expression system according to the invention comprising the sequence of the glucose oxidase secretion signal of the strain of Aspergillus niger NRRL 3 and the sequence mature glucose oxidase from the Aspergillus niger NRRL 3 strain.
By terminator is meant the transcription terminator (s). The terminator sequence of a protein is a DNA sequence that acts to complete the transcription of that protein. The terminator sequence also contains polyadenylation sequences which stabilize the mRNA.
Usually the terminator sequence comes from a filamentous fungus. In this application, any functional terminator in a filamentous fungus may be suitable.
Terminators are known to those skilled in the art. Examples of terminators of known fungal origin include the terminator trpC, that of a glucoamylase, that of an amylase, that of an alpha-amylase, that of an aspartic protease, that of an acid phosphatase , that of a lipase, that of a cellulase, that of a glycolytic enzyme, that of an isomerase, that of a glucanase, that of a hydrolase, that of a dehydrogenase, and in particular, the terminator Aspergillus nidulans trpC, the terminator of Aspergillus niger glucoamylase, that of Aspergillus niger alpha-amylase, that of Mucor miehei aspartic protease, that of Aspergillus niger acid phosphatase, that of an alcohol dehydrogenase from Aspergillus nidulans. Typically the terminator sequence
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comes from a strain of Aspergillus.
Preferably, it comes from a strain belonging to the Aspergillus niger group, such as in particular a strain of Aspergillus niger, Aspergillus foetidus, Aspergillus awamori or Aspergillus ficuum. In a particularly preferred manner, it comes from a strain of Aspergillus niger or from a strain of Aspergillus foetidus. In a preferred variant, the terminator sequence is the glucoamylase terminator sequence. Preferably, the glucoamylase terminator sequence is from a strain of Aspergillus foetidus. In a particularly preferred manner, it comes from the strain of Aspergillus foetidus SE4. The DNA molecule comprising the nucleotide sequence SEQ ID NO: 8 codes for the terminator of the strain of Aspergillus foetidus SE4.
In a preferred variant of the invention, the sequence of the glucoamylase promoter and the sequence of the glucoamylase terminator originate from the same filamentous fungus. Good results have been obtained with an expression system according to the invention, comprising the sequence of the glucoamylase promoter of the Aspergillus foetidus strain and the sequence of the glucoamylase terminator of the Aspergillus foetidus strain. Excellent results have been obtained with an expression system according to the invention comprising the sequence of the glucoamylase promoter of the Aspergillus foetidus SE4 strain and the sequence of the glucoamylase terminator of the Aspergillus foetidus strain SE4.
Preferably, in the expression system according to the invention, the promoter sequence is positioned upstream of the secretion signal sequence, which itself is positioned upstream of the mature sequence, this mature sequence is positioned upstream of the terminator sequence. These positions are chosen so that, under appropriate conditions, they allow the expression of glucose oxidase under the control of the transcription signals, that is to say the promoter and the terminator.
Preferably, the sequences included in the expression system are operably linked. The sequence of
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Glucoamylase promoter is operably linked to the sequence of the glucose oxidase secretion signal. The glucose oxidase secretion signal sequence is operably linked to the mature glucose oxidase sequence.
The mature glucose oxidase sequence is linked in fa; one operational to the terminator sequence.
The invention also relates to a method for preparing an expression system comprising at least the glucoamylase promoter sequence, the glucose oxidase secretion signal sequence, the mature glucose oxidase sequence, and the sequence d 'a terminator. This process includes:
- the isolation of the sequence of the glucose oxidase secretion signal and the mature sequence of glucose oxidase from the genomic DNA of a microorganism which produces this glucose oxidase, and - the introduction of the sequence of the signal for the secretion of glucose oxidase and of the mature sequence of glucose oxidase in a vector containing the sequence of the gluco-amylase promoter and the sequence of a terminator, this introduction being made in a site chosen so that the positioning of the sequences allows the expression of glucose oxidase under the control of said promoter and said terminator.
The invention also relates to an integration vector containing the expression system, as defined above, and capable of allowing the expression of glucose oxidase.
The principle of the invention also applies to an expression vector containing the expression system, as defined above, and capable of allowing the expression of glucose oxidase.
By integration vector is meant any DNA sequence which comprises a replicon and other regions of DNA (nucleotide sequences) and which is functional independently of the host as a complete gene expression unit. By complete gene expression unit is meant the structural gene and the region (s) of the promoter and the region (s) of regu-
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required for transcription and translation. By structural gene is meant the coding sequence which is used for transcription into RNA and allows the synthesis of the protein by the host.
Preferably, this integration vector is a plasmid. Good results have been obtained with the plasmid pFGOD.
The invention also relates to a cell transformed (host cell) by the integration vector defined above.
This transformed cell is chosen so that the glucoamylase promoter sequence and the terminator sequence included in the expression system are recognized by this transformed cell, that is to say that they are compatible and functional for this. transformed cell, the glucoamylase promoter sequence and the terminator sequence included in the expression system fulfill their respective transcription signal functions, as a promoter and a terminator, respectively, for the transformed cell.
Usually the transformed cell is a filamentous fungus cell. Generally, the transformed cell is an Aspergillus cell. Preferably, the transformed cell is a cell belonging to the group of strains of Aspergillus niger. In a particularly preferred manner, the transformed cell is a cell of Aspergillus niger, Aspergillus foetidus, Aspergillus awamori or Aspergillus ficuum. Good results have been obtained with a transformed cell of Aspergillus niger, and more particularly with a transformed cell of the strain of Aspergillus niger NRRL 3. Excellent results have been obtained with a transformed cell of Aspergillus foetidus, and more particularly with a transformed cell of the Aspergillus foetidus SE4 strain.
In a preferred variant of the invention, the cell transformed by the integration vector is derived from the strain from which the glucoamylase promoter sequence and / or the terminator sequence originates, a sequence included in the expression system. Excellent results have been obtained with a
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cell-transformed Aspergillus foetidus SE4. This cell transformed with an integration vector contains an expression system according to the invention, this expression system comprising the sequence of the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase promoter and the sequence of the Aspergillus foetidus glucoamylase terminator SE4. The best results have been obtained with a cell transformed with the integration vector pFGOD.
By filamentous cute ch is meant eukaryotic microorganisms comprising all the filamentous forms of the Eumycota division. In this division are included the groups Zygomycetes, Ascomycetes, Basidiomycetes and imperfect fungi including Hyphomycetes. The following genera are included in this definition: Aspergillus, Trichoderma, Neurospora, Podospora, Endothia, Mucor, Cochiobolus, Pyricularia, Penicillium, Humicola.
The invention also relates to the purified and isolated strain of Aspergillus foetidus SE4tr. This transformed strain SE4tr is obtained from the strain SE4. It differs from this strain SE4 in that it contains one or more copies of the plasmid pFGOD integrated into its genome.
The Aspergillus foetidus SE4 strain was obtained from the Aspergillus foetidus ATCC 14916 strain by mutagenesis and selected on the basis of improved glucoamylase production.
The invention also relates to a process for the extracellular production of glucose oxidase, characterized in that it comprises the following steps: - transformation of a cell by an integration vector containing an expression system as defined above in conditions allowing the expression and the cretion of glucose oxidase, - culture of the transformed cell in an adequate culture medium, and - recovery of the secreted glucose oxidase.
The fermentation medium obtained after the culture of the
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cell-transformed contains most of the glucose oxidase. In fact, glucose oxidase is substantially secreted into the culture medium by the transformed strain. The glucose oxidase obtained by the process of the invention is extracellular.
The fermentation medium obtained after culturing the transformed cell contains practically no catalase.
This makes it possible to obtain an enzymatic composition containing glucose oxidase substantially without catalase.
Glucose oxidase has many industrial applications, such as, for example, in the food, pharmaceutical and chemical industries.
It is used in particular to measure the level of glucose in the blood and can, for this application, be incorporated into a diagnostic kit. The glucose oxidase obtained according to the invention has an advantage in this application since it is not contaminated with catalase.
Glucose oxidase can be used to measure the concentration of glucose and oxygen.
Glucose oxidase can be used as an antioxidant, to remove oxygen or glucose, in particular in certain food products or certain drinks.
Glucose oxidase can also be introduced into toothpaste to prevent cavities.
Glucose oxidase has been incorporated into some paints to prevent corrosion.
FIG. 1 represents the restriction map of the plasmid pUCGOD.
FIG. 2 represents the restriction map of the plasmid pFGA1.
FIG. 3 represents the restriction map of the plasmid pFGA2.
FIG. 4 represents the restriction map of the plasmid pFGA2MUT.
Figure 5 shows the restriction map of
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plasmid pFGOD.
FIG. 6 (FIG. 6a and FIG. 6b) represents the nucleotide sequence (SEQ ID NO: 7) coding for the promoter of the glucoamylase of Aspergillus foetidus SE4.
FIG. 7 represents the nucleotide sequence (SEQ ID NO: 8) coding for the terminator of the glucoamylase of Aspergillus foetidus SE4.
The symbols and abbreviations used in these figures are explained in table 1.
TABLE 1
EMI13.1
<tb>
<tb> Symbol <SEP> Meaning
<tb> Abbreviation
<tb> AMPR <SEP> gene <SEP> bringing <SEP> the <SEP> resistance <SEP> to <SEP> ampicillin
<tb> ORI <SEP> origin <SEP> from <SEP> replication <SEP> in <SEP> E. <SEP> coli
<tb> GOD <SEP> sequence Coding <SEP> <SEP> from <SEP> the <SEP> glucose <SEP> oxidase
<tb> of Aspergillus <SEP> fetus <SEP> ATCC <SEP> 14916
<tb> 5'GA <SEP> promoter <SEP> from <SEP> the <SEP> glucoamylase
<tb> of Aspergillus <SEP> fetus <SEP> SE4
<tb> 3'GA <SEP> terminator <SEP> from <SEP> the <SEP> glucoamylase
<tb> of Aspergillus <SEP> fetus <SEP> SE4
<tb> GA <SEP> sequence Coding <SEP> <SEP> from <SEP> the <SEP> glucoamylase
<tb> of Aspergillus <SEP> fetus <SEP> SE4
<tb>
The present invention is illustrated by the following examples.
Example 1 Isolation of the Coding Sequence of Glucose Oxidase from Aspergillus foetidus ATCC 14916
A culture of the strain of Aspergillus foetidus ATCC 14916 is carried out on a liquid nutritive medium ACM ("Aspergillus Complete Medium") which contains 2% (weight / volume) of malt extract, 0.1% (weight / volume) of peptone (DIFCO) and 2 X (weight / volume) of glucose. After an incubation of 48 hours at 32 oC, the mycelium is harvested.
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The genomic DNA of the Aspergillus foetidus ATCC 14916 strain is isolated according to the technique described in GARBER, R. C. and YODER, O. L., Anal. Biochem. 135 (1983), pages 416-422.
The following mixture is produced:
EMI14.1
<tb>
<tb> H20 <SEP> distilled <SEP> 62 <SEP> nor
<tb> Buffer <SEP> PCR <SEP> (lOx) <SEP> 10 <SEP> ul
<tb> dNTPs <SEP> (2.5 <SEP> mM <SEP> each) <SEP> 8 <SEP> It
<tb> Oligonucleotide <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP>: <SEP> 1 <SEP> (20 <SEP> pM) <SEP> 5 <SEP> It
<tb> Oligonucleotide <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP>:
<SEP> 2 <SEP> (20 <SEP> pM) <SEP> 5 <SEP> It
<tb> DNA <SEP> genomics <SEP> (dilutions <SEP> 10-1 <SEP> to <SEP> 10-4) <SEP> 10 <SEP> ll
<tb> Taq-polymerase <SEP> (5 <SEP> U / pl) <SEP> 0, <SEP> 2 <SEP> pl
<tb>
The PCR buffer, under the citation "(10) Reaction Buffer composition", the abbreviation dNTPs, which means all the nucleotides dATP, dTTP, dGTP and dCTP, and the product Taq-polymerase are described in the instructions for the kit sold under the name "GENEAMP DNA AMPLIFICATION REAGENT KIT with AMPLITAQ Recombinant Taq DNA Polymerase" (PERKIN ELMER CETUS).
The genomic DNA isolated from the Aspergillus foetidus ATCC 14916 strain is used in this mixture at a concentration of 1 μg / μl.
The coding sequence of the glucose oxidase of Aspergillus foetidus ATCC 14916 was isolated according to the technique of "PCR" (technique of the "Polymerase Chain Reaction" described in SAIKI, RK, et al., SCIENCE, 239 (1988), pages 487-491).
EMI14.2
The sequences of the synthetic oligonucleotides used in this study are as follows: SEQ ID NO: 1 5'-TGATGATCAGGATCCGGCGGCCGCACCTCAGCAATGCAGACTCTCCTTGTGAGCTCGCTTGTG-
BamHI NotI SEQ ID NO: 2 5'-TCGATGAAGCTTCACTCACTGCATGGAAGCATAATCTTCCAAGATAGCATC-3 'SEQ ID NO: 3
<Desc / Clms Page number 15>
5'-GATGCTATCTTGGAAGATTATGCTTCCATGCAGTGAGTGAAGCTTCATCGA-3 '
HindIII
The sequence SEQ ID NO: 2 is the complement of the sequence SEQ ID NO: 3.
The sequence of the oligonucleotide SEQ ID NO: 1 contains the information for the BamHI and NotI restriction sites, the information for the 5'-untranslated region of Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase and the start of the coding sequence of the glucose oxidase.
The sequence of the oligonucleotide SEQ ID NO: 2 and, its complement, the oligonucleotide SEQ ID NO: 3 contain the nucleotides which correspond to the end of the coding sequence of the glucose oxidase and the additional information for the HindIII restriction site .
The technique used to construct synthetic oligonucleotides is described in BEAUCAGE, S. L. et al (1981), Tetrahedron Letters, 22, pages 1859-1882, using P-cyanoethyl phosphoramidites in a BIOSEARCH CYCLONE SYNTHESIZER apparatus.
EMI15.1
The conditions followed for the "PCR" are as follows: 2 minutes at 95 DC, then 30 cycles of a series comprising 1 minute at 95 C, 1 minute at 60 C and 2 minutes at 72 C, then 10 minutes at 72 oC , then a temperature of 20 C is maintained. All the other parameters used for this "PCR" correspond to those described in the instructions for the kit sold under the name "GENEAMP DNA AMPLIFICATION REAGENT KIT with AMPLITAQ Recombinant Taq DNA Polymerase" (PERKIN ELMER CETUS).
An approximately 1.8 kb DNA fragment (1 kb = 1000 base pairs) was isolated as described above. It was compared using the restriction analysis technique (analysis described in Molecular Cloning-a laboratory manual-MANIATIS et al., (Cold Spring Harbor Laboratory) 1982, pages 374-379) to the published sequence in The Journal of Biological Chemistry, 1990, 265 (7), pages 3793-3802. No essential differences were found.
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The DNA fragment thus obtained is digested with the restriction enzymes BamHI and HindIII, then is ligated, according to the ligation technique described in Molecular Cloning-a laboratory manual-SAMBROOK et al. - second edition, 1989, pages 1.68-1. 69, with the plasmid pUC18 (CLONTECH laboratories, nO 6110-1), which was previously digested at the BamHI and HindIII sites. The vector pUCGOD (FIG. 1) is thus obtained.
Example 2 Construction of the plasmid pFGA2MUT
Plasmid pFGA2MUT (FIG. 4) contains the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase gene in which a NotI cloning site has been created between the promoter and the coding part of the glucoamylase gene, and a HindIII cloning site between the part coding and terminator of the glucoamylase gene. These two cloning sites NotI and HindIII are created by mutagenesis, as described below.
The Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase gene is isolated as described below.
The chromosomal DNA of the Aspergillus foetidus SE4 strain is isolated according to the technique of GARBER et al., As described in Example 1. This isolated chromosomal DNA is partially digested with the restriction enzyme SauIIIA and the fragments having a size of 8 to 10 kob rent isolated and purified by a sucrose gradient (15 to 40 X) according to the technique described in AUSUBEL, FM et al. (1989), Current Protocols in Molecular Biology (John VILLEY and Sons), pages 5.3. 2-5.3. 8. These isolated and purified fragments are introduced into the plasmid pBR322 (CLONTECH LABORATORIES catalog No. 6210-1), which has been previously digested with the restriction enzyme BamHI. The E. strain is then transformed. coli DH5a (described by HANAHAN, D., J. Mol. Biol.
(1983) 166, pages 557-580 and sold by BETHESDA RESEARCH LABORATORIES (BRL), B. R. L. Focus (1986) 8, page 9).
About 15,000 clones of E. transformed coli are screened using the hybridization technique (SAMBROOK et al., pages 9.52-9.55) using the following synthetic oligonucleotide (SEQ ID NO: 4):
<Desc / Clms Page number 17>
5'-GATTCATGGTTGAGCAACGAAGCGA-3 '
It is based on the nucleotide sequence of the glucoamylase published by BOEL et al., EMBO J. 3 (1984), pages 1097-1102.
A colony is isolated which hybridizes with this oligonucleotide.
The restriction sites are analyzed and it is found that this strain contains the complete glucoamylase gene, that is to say the promoter, the terminator and the coding region as well as the secretion signal.
The 8.7 kb fragment was introduced, as described above, into the plasmid pBR322 at the BamHI site.
The vector pFGA1 (FIG. 2) is thus created, which contains an 8.7 kb Aspergillus DNA insert. This insert is the only difference between the plasmid pBR322 and the vector pFGA1.
A plasmid which is derived from the vector pFGA1 and which contains a smaller insert than that of the vector pFGA1 is constructed as follows. The vector pFGA1 is digested with the restriction enzyme EcoRI, then, from this, the EcoRI fragment with a size of approximately 5 kb containing the promoter, the coding region and the terminator of Aspergillus glucoamylase is isolated. fetidus SE4 following the method described by ZHU et al., 1985.
This EcoRI fragment is then inserted into the plasmid pUC18, which has been previously digested with the restriction enzyme EcoRI.
The vector pFGA2 is thus created (FIG. 3).
The nucleotide sequences of the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase promoter and terminator were determined by the chain termination method using dideoxynucleotides, of SANGER et al. (1977) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, pages 5463-5467.
Analysis of this sequence shows the presence of a promoter and a terminator. The nucleotide sequence (SEQ ID NO: 7) coding for the promoter of the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase is identified. The nucleotide sequence (SEQ ID NO: 8) coding for the terminator of Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase is identified.
Nucleotides which have not been determined with certainty have been represented by the symbol N.
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FIG. 6 represents the nucleotide sequence coding for the promoter of the glucoamylase of Aspergillus foetidus SE4.
Figure 7 shows the nucleotide sequence encoding the terminator of Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase.
The synthetic oligonucleotides used to initiate the elongation reactions with T7 DNA polymerase were synthesized by the method of BEAUCAGE et al. (1981) Tetrahedron letters 22, pages 1859-1882. The sequencing was carried out according to the protocol given by the supplier of the sequencing kit (PHARMACIA), by proceeding to denaturation of the double stranded DNA by treatment with NaOH.
The sequencing strategy is described by SAMBROOK, 1989, pages 13.15 and 13.17. The polyacrylamide gels for sequencing were carried out according to the technique described by SAMBROOK, 1989, pages 13.45-13. 58.
A plasmid is derived, as follows, which is derived from the plasmid pFGA2 and which contains the glucoamylase gene from Aspergillus foetidus SE4 in which the promoter and the terminator are separated from the coding part by NotI and HindIII restriction sites. Two restriction sites NotI and HindIII are thus created in the plasmid pFGA2, which contains the promoter and the terminator. The promoter and the terminator of the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase are separated by NotI and HindIII restriction sites created by two mutagenesis directed according to the procedure described in the technical notice for the mutagenesis kit (BIORAD) "MUTA-GENE PHAGEMID in vitro Mutagenesis Kit ".
The synthetic oligonucleotides used during this procedure are the following, respectively SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6:
EMI18.1
5'-GCCTGAGCTTCATCCCCAGCGCGGCCGCATCATTACACCTCAGCAATGT-3 'NotI 5'-TGACTGACACCTGGCGGTGAAAGCTTCAATCAATCCATTTCGCTATAGTT-3' HindIII
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This gives the vector pFGA2HUT which contains the NotI restriction site at the start of the 5 ′ untranslated region of the glucoamylase gene and the HinDIII cleavage site after the stop codon in the 3 ′ untranslated region of the glucoamylase .
Example 3 Construction of the integration vector
Following the digestion of the plasmid pUCGOD obtained as described in Example 1 with the two restriction enzymes NotI and HindIII, a fragment containing the coding sequence of glucose oxidase and the 5 ′ untranslated region of the glucoamylase gene Aspergillus foetidus SE4, is isolated using the technique described by ZHU, JD et al., BIO / TECHNOLOGY, 3.1985, pages 1014-1016.
The partial and complete digestion of the plasmids with restriction enzymes is carried out according to the technique described by SAMBROOK et al. 1989, chapters 5.28-5. 32.
This fragment is introduced into the NotI-HindIII cloning site of the plasmid pFGA2MUT, obtained as described in Example 2. This plasmid contains the promoter and the terminator of the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase gene, separated by the cloning sites NotI and HindIII, created by site-directed mutagenesis. The coding part of glucoamylase is therefore replaced by the coding part of glucose oxidase.
The vector pFGOD (FIG. 5) is thus obtained. This pFGOD vector contains the coding sequence of glucose oxidase, which includes its own secretion signal, under the control of the transcription signals of the glucoamylase of Aspergillus foetidus. This vector contains the expression system which comprises the following sequences: - the sequence of the Aspergillus foetidus SE4 glucoamylase promoter, - the sequence of the Aspergillus foetidus ATCC 14916 glucose oxidase secretion signal, - the mature sequence glucose oxidase from Aspergillus foetidus
ATCC 14916, and - the glucoamylase terminator sequence of Aspergillus foetidus SE4.
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Example 4 Transformation of the Aspergillus foetidus SE4 strain
The Aspergillus foetidus SE4 strain is derived from the Aspergillus foetidus ATCC 14916 strain.
The strain of Aspergillus foetidus ATCC 14916 is first subjected to a mutagenesis treatment by ultraviolet according to the technique described in PONTECORVO, G., ROPER, JA, HEMMONS, LM, MACDONALD, KD, and BUFTON, AWJ, Advances in Genetics 5 (1953), pages 141-238.
The treated strains are spread on a POTATO DEXTROSE AGAR agar nutrient medium (DIFCO) to which the starch has been added (5 X by weight / volume). After an incubation of 48 hours at 32 oC, the colonies exhibiting the greatest halo of starch hydrolysis are removed and subcultured on the agar nutrient medium.
We isolate a strain producing a lot of glucoamylase. This strain named SE4 presents discolored brown conidia.
The vector pFGOD is then introduced into the strain of Aspergillus foetidus SE4 by cotransformation according to the technique described in CARREZ et al., GENE, 94 (1990), pages 147-154.
Plasmid p3SR2, which contains the Aspergillus nidulans acetamidase gene (amdS), is used as a selective marker.
The plasmid p3SR2 is described in Hynes, M. J., Corrick, C. M., and King, J. A., Mol. Cell. Biol., 3 (1983), pages 1430-1439. The transformation is carried out with this plasmid according to the technique described by KELLY, J. M. and HYNES, M. J., EMBO J. 4 (1985), pages 475-479.
The Aspergillus foetidus SE4 strain was transformed with equimolar amounts of the plasmids p3SR2 and pFGOD.
About 350 transformed strains are obtained. These transformed strains are selected on agar medium A containing ABTS (BOEHRINGER) to detect the production of glucose oxidase. The colonies of the transformed strains which also secrete glucose oxidase into the culture medium are surrounded by a green halo after 2 hours of incubation at 32 oC.
<Desc / Clms Page number 21>
Medium A is formed from CZAPEK DOX AGAR medium (DIFCO) to which 10% (weight / volume) of glucose, 0.05 X (weight / volume) of ABTS (2, 2'-azino-di- (3) are added. -ethylbenzthiazoline sulfonate)), (BOEHRINGER) and 8 mg / l of horseradish peroxidase (46 Purpurogallin Units / mg, SIGMA).
About 40% of the transformed strains secrete glucose oxidase, so they have integrated into their genome the selection vector p3SR2 and the integration vector pFGOD.
Example 5 Isolation and purification of the transformed strains
The transformed strains with the largest halo are isolated and subcultured on a POTATO DEXTROSE AGAR agar medium (DIFCO). 50 transformed strains are cultured at 32 oe on this medium until sporulation.
The spores are harvested, diluted in physiological water and then spread on the agar medium A so that individual colonies are obtained. Colonies coming from a single spore and presenting a broad halo are subcultured on the POTATO DEXTROSE AGAR agar medium. These colonies are cultured at 32 oe on this agar medium until sporulation.
The purified conidia of the transformed strains are harvested and stored. These transformed strains of Aspergillus foetidus are called SE4tr.
Example 6 Production of glucose oxidase by the transformed strain of Aspergillus foetidus SE4tr
The purified conidia, obtained in Example 5, are cultured in a rich liquid medium containing malt extract (DIFCO) (2 X by weight), peptone (DIFCO) (0.1 X by weight ), hydrolyzed starch (10% by weight) and calcium carbonate (3.5% by weight). The pH of the culture medium is adjusted to
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pH 6 by the addition of ammonia. The culture is carried out at 32 ° C. with stirring and is followed for 5 days.
Then, the culture obtained is centrifuged at 5000 rpm for 15 minutes (BECKMAN JA-10). The enzymatic activity (glucose oxidase) of the biomass is measured, after breaking and
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disrupted the cells by grinding the frozen biomass with liquid nitrogen (so-called intracellular production) and the supernatant (so-called extracellular production) according to the technique described in FIEDUREK, J., et al., Enzyme Microb. Technol.
8 (1986), pages 734-736.
The results of enzymatic activity obtained are compared with those of the non-transformed Aspergillus foetidus strain (strain SE4). The intracellular production of glucose oxidase of the transformed strain (strain SE4tr) in comparison with that of the untransformed strain (strain SE4) is multiplied by a factor of 5 to 10 and the extracellular production is multiplied by a factor of 5000 to 10000.
There is a sharp increase in extracellular glucose oxidase production. Indeed, the transformed strain secretes almost all of the glucose oxidase, which it produces, in the culture medium. Glucose oxidase produced by the unprocessed strain is practically not secreted into the culture medium. A step of dislocation of the cells of the non-transformed strain is then essential to recover the glucose oxidase, which is no longer necessary with the strain transformed according to the invention. The production of glucose oxidase by the transformed strain SE4tr is substantially extracellular.
Furthermore, practically no catalase is detected in the supernatant of the fermentation medium obtained after the culture of the transformed strain SE4tr.
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SEQUENCE LIST (1) GENERAL INFORMATION: (i) DEPOSITOR: (A) NAME: SOLVAY (Société Anonyme) (B) RUE: rue du Prince Albert, 33 (C) CITY: Brussels (E) COUNTRY: Belgium (F) POSTAL CODE: 1050 (G) TELEPHONE: (02) 509.61. (Ii) TITLE OF THE INVENTION: Expression system, integration vector and cell transformed by this integration vector (iii) NUMBER OF SEQUENCES: 8 (iv) FORM READABLE BY COMPUTER: (A) TYPE OF SUPPORT : Floppy disk (B) COMPUTER: IBM compatible PC (C) OPERATING SYSTEM: PC-DOS: MS-DOS (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 1: (i) CHARACTERISTICS OF THE SEQUENCE: (A) LENGTH : 63 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) NUMBER OF STRANDS: simple (D) CONFIGURATION: linear (ii) TYPE OF MOLECULE: nucleic acid (synthetic oligonucleotide) (xi) DESCRIPTION OF THE SEQUENCE:
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TTAGCCTTAT 1440
EMI28.1
GAGATGAATG ATGGACGTGT CTGGCCTCGG AAAAGGATAT ATGGGATCAT GATAGTACTA 1500 GCCATATTAA TGAAGGGCAT ATACCACGCG TTGGACCTGC GTTATAGCTT CCCGTTAGTT 1560 ATAGTACCAT CGTTATACCA GCCAATCAAG TCACCACGCA CGACCGGGGA CGGCGAATCC 1620 CCGGGAATTG AAAGAAATTG CATCCCAGGC CAGTGAGGCA GCGATTGGCC ACCTCTCCAA 1680 GGCACAGGGC CATTCTGCAG CGCTGGTGGA TTCATCGCAA TTTCCCCCGG CCCGGCCCGA 1740 CACCGCTATA GGCTGGTTCT CCCACACCAT CGGAGATTCG TCGCCTAATG TCTCGTCCGT 1800 TCACAAGCTG AAGAGCTTGA AGTGGCGAGA TGTCTCTGCA GGAATTCAAG CTAGATGCTA 1860 AGCGATATTG CATGGCAATA TGTGTTGATG CATGTGCTTC TTCCTTCAGC TTCCCCTCGT 1920 GCAGATGAGG TTTGGCTATA AATTGAAGTG GTTGGTCGGG GTTCCGTGAG GGGCTGAAGT 1980 GCTTCCTCCC TTTTAGACGC AACTGAGAGC CTCCAGTACTCC 2G
(A) LENGTH: 836 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) NUMBER OF STRANDS: simple (D) CONFIGURATION: linear (ii) TYPE OF MOLECULE: genomic DNA (xi) DESCRIPTION OF THE SEQUENCE: SEQ ID NO : 8:
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EMI29.1
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