AT500963B1 - METHOD FOR ANALYZING BAND PICTURES - Google Patents
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Description
2 AT 500 963 B12 AT 500 963 B1
Die Erfindung betrifft ein Verfahren gemäß dem Oberbegriff des Patentanspruches 1. Das erfindungsgemäße Verfahren kann vor allem zur Auswertung von Proben in Antidoping-Testlabors eingesetzt werden. 5 Die Erfindung betrifft vor allem ein Verfahren zur Korrektur von nichthomogenem Hintergrund in digitalen EPO (Erythropoietin)-Gelbildem und zur Berechnung einer Cut-off-Linie" (Referenzlinie), die als Doping-Positivitätskriterium verwendet wird. Die zugrundeliegenden digitalen Gelbilder werden insbesondere mit Hilfe von isoelektrischer Elektrofokussierung (Elektrophorese) gewonnen und mit Bildaufnahme- und/oder Bildverarbeitungseinrichtungen erstellt. Die annä-io hemd rechteckigen Bandenstrukturen befinden sich in vorzugsweise senkrecht verlaufenden Spuren des Bildes und sind überwiegend waagrecht ausgerichtet (ein typisches Beispiel für ein Protein-Gelbild ist in Fig.1 abgebildet). Das Bild veranschaulicht die angehäuften Ablagerungen von Glykoproteinformen auf der Basis von isoelektrischer Elektrofokussierung und "double blotting". 15The invention relates to a method according to the preamble of claim 1. The method according to the invention can be used in particular for the evaluation of samples in anti-doping test laboratories. The invention relates above all to a method for the correction of non-homogeneous background in digital EPO (erythropoietin) images and for the calculation of a cut-off line " (Reference line), which is used as a doping-positivity criterion. The underlying digital gel images are obtained in particular with the aid of isoelectric electro-focusing (electrophoresis) and created with image recording and / or image processing equipment. The annealed rectangular band structures are located in preferably perpendicular tracks of the image and are predominantly horizontal (a typical example of a protein gel image is shown in Figure 1). The picture illustrates the accumulated deposits of isoelectric electro-focusing glycoprotein forms and "double blotting". 15
Peptidhormone wie EPO sind in Ausdauersportarten wie Langlauf oder Radsport aufgrund ihres leistungssteigemden Effekts und der schweren Nachweisbarkeit weit verbreitet. Das Hauptziel von rEPO (rekombinantes EPO)-Doping ist die Steigerung der Produktion roter Blutkörperchen, was zu erhöhter Sauerstofftransportkapazität des Blutes führt. Es können dadurch Leistungs-20 Steigerungen von bis zu 10% erreicht werden. Während menschliches EPO - ein Glykoprotein -in den Nieren produziert wird, wird rEPO z.B. in Ovariumszellen von chinesischen Hamstern produziert.Peptide hormones such as EPO are widely used in endurance sports such as cross-country skiing or cycling because of their performance enhancing effect and heavy detectability. The main goal of rEPO (recombinant EPO) doping is to increase red blood cell production, which results in increased oxygen transport capacity of the blood. It can achieve a performance increase of up to 10%. While human EPO - a glycoprotein - is produced in the kidneys, rEPO is e.g. produced in ovarian cells of Chinese hamsters.
Konventionelle Dopingsubstanzen wie anabole Steroide können mittels Gaschromatographie 25 (GC) und Massenspektroskopie (MS) nachgewiesen werden. Es ist mit diesen Techniken jedoch nicht möglich, die Anwendung von rEPO nachzuweisen, da das Molekulargewicht von Glykoproteinen in einem Bereich liegt, der weit außerhalb des Bereichs von GC-MS liegt. Es wurde festgestellt, dass zur Detektion von rEPO isoelektrische Fokussierung (IEF) in Gels und die "double blotting" Methode, die die in Gelen enthaltenen Proteine in ein adäquateres Medium 30 überträgt, geeignet sind. Durch Anwendung von chemiluminiszenter Reaktion wird ein endgültiges EPO Bild erzeugt (Fig.1). Die EPO-Dopingkontrolle hat zum Ziel, eine quantitative Charakteristik zu definieren und zu berechnen, die auf dem Vergleich der Positionen von Referenz-Standard-) rEPO-Banden und den Banden in den Spuren von Urinproben von Sportlern in digitalen EPO-Gelbildern beruht. 35Conventional doping substances such as anabolic steroids can be detected by gas chromatography 25 (GC) and mass spectrometry (MS). However, with these techniques, it is not possible to detect the application of rEPO since the molecular weight of glycoproteins is in the range well beyond the range of GC-MS. It was found that for the detection of rEPO isoelectric focusing (IEF) in gels and the " double blotting " Method, which transfers the proteins contained in gels in a more adequate medium 30, are suitable. By applying chemiluminescent reaction a final EPO image is generated (Fig.1). The purpose of the EPO Doping Control is to define and calculate a quantitative characteristic based on comparing the positions of reference standard REPO bands and the bands in the tracks of urine samples from athletes in EPO digital gel images. 35
In Fig.2 wird eine konventionelle Methode zur Berechnung der Referenz - "Cut-off-Linie" skizziert. Sie basiert auf der Verwendung von Standardgraphikwerkzeugen und einer manuellen Analyse. Auf der rechten Seite wird ein Profil der mittleren Zeilenintensitäten einer rEPO-Standardspur dargestellt. Der Benutzer sucht darin nach dem lokalen Maximum P,, das der 40 sauersten Bande der rEPO-Standardspur entspricht. Danach wird das Tal V, zwischen P, und dem nächsten lokalen Maximum in basischer Richtung gesucht und die Distanz P,V, = δ gemessen. Die Position der Cut-off-Linie wird schließlich als die Position definiert, die durch die Distanz δ von Pf aus in entgegengesetzter Richtung zum Tal V? gegeben ist. 45 Ziel der Erfindung ist es vor allem, eine exakte Erstellung einer Cut-off-Linie mit geringem Rechenaufwand zu erreichen und Banden unterschiedlicher Substanzen eindeutig trennen zu können.In Fig. 2, a conventional method for calculating the reference " cut-off line " outlined. It is based on the use of standard graphics tools and a manual analysis. On the right side a profile of the mean line intensities of a rEPO standard track is displayed. The user searches for the local maximum P ,, corresponding to the 40 worst-case band of the rEPO standard track. Thereafter, the valley V, between P, and the next local maximum in the basic direction is searched and the distance P, V, = δ is measured. Finally, the position of the cut-off line is defined as the position defined by the distance δ from Pf in the opposite direction to the valley V? given is. It is above all an object of the invention to be able to achieve an exact creation of a cut-off line with little computational effort and to be able to unambiguously separate bands of different substances.
Diese Ziele werden bei einem Verfahren der eingangs genannten Art mit den im Kennzeichen so des Patentanspruches 1 angegebenen Merkmalen erreicht.These objects are achieved in a method of the type mentioned above with the features indicated in the characterizing part of claim 1.
Die Exaktheit der Vorgangsweise wird erhöht bzw. die Rechenzeit wird herabgesetzt, wenn gemäß der Merkmalen des Anspruches 4 vorgegangen wird. Um die Spurbilder in eine definierte Ausgangslage für die Auswertung bringen zu können, sind die Merkmale des Anspruches 6 55 von Vorteil. Zur Abgrenzung von Spurbildem unterschiedlichre Stoffe wird vorteilhaft gemäß den 3 AT 500 963 B1The accuracy of the procedure is increased or the computing time is reduced when proceeding according to the features of claim 4. In order to bring the track images in a defined starting position for the evaluation, the features of claim 6 55 are advantageous. To delineate Spurbildem differentre substances is advantageous according to the 3 AT 500 963 B1
Merkmalen des Anspruches 7 vorgegangen.Characteristics of claim 7 proceeded.
Im folgenden wird die Erfindung anhand der Zeichnungen näher erklärt: 5 Fig.3 zeigt schematisch die Auswertung eines Spurbildes. Fig.4 zeigt schematisch die Bildung der Intensitätsvariabilität und der absoluten Differenzen. Fig.5 zeigt schematisch die Trennung von in einem Spurbild enthaltenen Banden von zwei unterschiedlichen Substanzen. Fig.6 zeigt schematisch ein Flussdiagramm des Verfahrens. io Im Folgenden wird die Berechnung einer Cut-off-Linie für ein rEPO-Spurbild erläutert.In the following the invention will be explained in more detail with reference to the drawings: FIG. 3 shows schematically the evaluation of a track image. 4 shows schematically the formation of the intensity variability and the absolute differences. 5 shows schematically the separation of bands contained in a track image of two different substances. 6 shows schematically a flowchart of the method. The following section explains how to calculate a cut-off line for a rEPO track image.
Es wird für jede Zeile des in digitaler Form vorliegenden Spurbildes ein einziger Intensitätswert Pmed(i) ermittelt. 15 Um ein Bildrauschen zu unterdrücken, wird vorteilhaft ein 1D Medianprofil (Spaltenvektor) Pmed(i) des gegebenen digitalen Standard-2D-Spurbildes L(ij) für alle Zeilen i-1,2,...,m anhand folgender Formel errechnet:A single intensity value Pmed (i) is determined for each line of the track image present in digital form. In order to suppress image noise, it is advantageous to calculate a 1D median profile (column vector) Pmed (i) of the given standard 2D digital lane image L (ij) for all lines i-1,2,..., M using the following formula:
Pmed(i) = median{L(i,j):j=1,2,...,n}, 20 wobei j die Spaltenindizes darstellt. Das bedeutet, dass der Median einer gegebenen Zeile / in n Intensitätswerten dieser Zeile des Spurbildes gefunden wird. Anstelle einer Medianbildung könnte eine andere Mittelwertbildung oder Wichtung der Intensitätswerte der Bildpunkt einer Zeile vorgenommen werden. 25Pmed (i) = median {L (i, j): j = 1,2, ..., n}, where j represents the column indices. This means that the median of a given line / n intensity values of this line of the track image is found. Instead of a median formation, another averaging or weighting of the intensity values of the pixel of a row could be undertaken. 25
Um irrelevante lokale Maxima des Medianprofils zu reduzieren, kann es durch einen Meanfilter geglättet werden. In Konvolutionsnotation wird das gefilterte Medianprofil Pai(i) durchIn order to reduce irrelevant local maxima of the median profile, it can be smoothed by a mean filter. In convolution notation, the filtered median profile Pai (i) is passed through
Pwi(i)=Pmeö(i)®f(i) 30 ausgedrückt, wobei f(i) den Konvolutionskem des Meanfilters darstellt.Pwi (i) = Pmeö (i) ff (i) 30, where f (i) represents the convolution kernel of the mean filter.
Im Folgenden wird eine Menge {(Ak Bk)} aller möglichen Partitionen des Spurbildes L(i,j) in benachbarte rechteckige Blöcke Afe Bto k= 1,2, .....r konstruiert (Fig.3) 35In the following, a set {(Ak Bk)} of all possible partitions of the track image L (i, j) is constructed into adjacent rectangular blocks Afe Bto k = 1,2, ..... r (FIG. 3) 35
Jeder Bildblock Ak wird in kontinuierlicher Notation (für reelle Variable x anstatt ganzzahlige Indizes /) durch ein Gesamtmaß m/A*) der Intensitätsvariabilität innerhalb des Blockes charakterisiert: 40 m,(Ak) = 1 a*Each image block Ak is characterized in continuous notation (for real variable x instead of integer indices /) by an overall measure m / A *) of the intensity variability within the block: 40 m, (Ak) = 1 a *
dPm (χ) dx | dxdPm (χ) dx | dx
Jeder Bildblock Bk wird in kontinuierlicher Notation durch eine Gesamtmaß mb(B^ der Intensi-45 tätsvariabilität innerhalb des Blockes charakterisiert: mb(Bk)~Each image block Bk is characterized in continuous notation by a total measure mb (B ^ of the intensity variability within the block: mb (Bk) ~
dPw i(x) dx \dx 50dPw i (x) dx \ dx 50
Wie in Fig.4 dargestellt, ist es möglich, dass basierend auf dem Vektor der Intensitätswerte Pfmfi) für die jeweils benachbarten Blöcke die jeweilige integrale Intensitätsvariabilität m/A*), mb(Bd, insbesondere für den oberen Block die Intensitätsvariabilität m/A*) und für den unteren Block die Intensitätsvariabilität mb(B*) ermittelt wird. Insbesondere kann für diese Blöcke über alle Zeilen die Summe der Absolutwerte der Differenzen der Intensitätswerte PwiO) von jeweils 55 4 AT 500 963 B1 zwei aufeinanderfolgenden Zeilen ermittelt werden. Für alle möglichen Positionen k der Trennungslinie zwischen zwei benachbarten Blöcken Ak, Bk werden zwei Funktionen definiert: nämlich eine Funktion topdown, die durch die Werte der 5 Intensitätsvariabilität m^A*) der Blöcke Ah Ah ..., Ar, gegeben ist, und ferner eine Funktion bottomup, die durch die Werte der Intensitätsvariabilität mb(BiJ der Blöcke Bh Sa Br gegeben ist.As shown in FIG. 4, it is possible that, based on the vector of the intensity values Pfmfi) for the respective adjacent blocks, the respective integral intensity variability m / A *), mb (Bd, in particular for the upper block, the intensity variability m / A * ) and for the lower block the intensity variability mb (B *) is determined. In particular, for all these blocks, the sum of the absolute values of the differences of the intensity values Pwi0) of each of two consecutive lines can be determined over each line. For all possible positions k of the dividing line between two adjacent blocks Ak, Bk two functions are defined: namely a function topdown given by the values of the intensity variable m ^ A *) of the blocks Ah Ah ..., Ar, and furthermore, a function bottomup given by the values of the intensity variability mb (BiJ of the blocks Bh Sa Br.
Es ist vorteilhaft, wenn die für die jeweiligen Blöcke ermittelte integrale Intensitätsvariabilität io normiert wird, vorzugsweise indem die erhaltene Summe durch die gegebenenfalls um 1 verringerte Zeiienanzahl des jeweiligen Blockes dividiert wird.It is advantageous if the integral intensity variability determined for the respective blocks is normalized, preferably by dividing the sum obtained by the number of rows of the respective block which may have been reduced by 1.
Schließlich wird für die diskrete Version dieser zwei Funktionen eine Differenzfunktion folgendermaßen definiert:Finally, for the discrete version of these two functions, a difference function is defined as follows:
Dif(k) = \Qi(k)-Q2(k)\.Dif (k) = \ Qi (k) -Q2 (k) \.
Dazu kann vorgesehen sein, dass der Reihe nach die für die der einen Spurgrenze näher gelegene Blöcke, insbesondere die oberen Blöcke, ermittelten Quotienten Qi(k) von den für die 20 benachbarten, der anderen Spurgrenze näher gelegenen Blöcke, insbesondere die unteren Blöcke, ermittelten Quotienten Q2(k) subtrahiert und die Absolutwerte der Differenzen gebildet werden.For this purpose, it may be provided that, in order, the quotients Qi (k) determined for the blocks located closer to the one track boundary, in particular the upper blocks, are determined from the blocks adjacent to the other track boundary, in particular the lower blocks Quotient Q2 (k) subtracted and the absolute values of the differences are formed.
Es wird eine Suche nach dem globalen Maximum dieser Funktion Dif(k) durchgeführt. Der 25 Zeilenindex dieses Maximums repräsentiert ein Paar von benachbarten Bildblöcken, für die die Differenz ihrer Intensitätsvariabilität am größten ist. Dieser Zeilenindex wird als der Zeilenindex der Cut-off-Linie angesehen.A search is made for the global maximum of this function Dif (k). The 25 line index of this maximum represents a pair of adjacent image blocks for which the difference in their intensity variability is greatest. This row index is considered the row index of the cut-off line.
Anhand der Fig.4 wird die Ermittlung der Differenz der Intensitätsvariabilität anhand eines Zah-30 lenbeispiels dargestellt. Das Profil Pai(i), das in Fig.4 oben dargestellt ist, wird für die einzelnen Zeilen ermittelt, indem die Intensitäten der digitalen Bildpunkte gemittelt werden, insbesondere wird eine Medianbildung vorgenommen. Für die einzelnen Zeilen besitzt das gefilterte Medianprofil Pfm(i) beispielsweise die in Form eines Vektors angeführten Zahlen. 35 Dieser Spaltenvektor wird in die den Blöcken Ak und ß* des jeweiligen Spurbildes (L(i,j)) entsprechende Teile aufgeteilt; dargestellt ist eine Aufteilung, bei der Block Ak vier Zeilen (Block A3) und der zugehörige Block Bk 16 Zeilen (Block ß3) besitzt.The determination of the difference in the intensity variability is illustrated by means of a number example with reference to FIG. The profile Pai (i), which is shown in Fig. 4 above, is determined for the individual lines by averaging the intensities of the digital pixels, in particular, a median formation is made. For the individual lines, the filtered median profile Pfm (i) has, for example, the numbers given in the form of a vector. 35 This column vector is divided into the blocks corresponding to the blocks Ak and β * of the respective track image (L (i, j)); a division is shown in which block Ak has four rows (block A3) and the associated block Bk has 16 rows (block β3).
Im nächsten Schritt werden für die einzelnen Blöcke die Absolutwerte der Differenzen der gefil-40 terten Medianwerte der einzelnen Zeilen gebildet.In the next step, the absolute values of the differences of the filtered median values of the individual lines are formed for the individual blocks.
Es erfolgt eine Summierung der Absolutwerte der Differenzen jeweils für die beiden Blöcke A3 und B3 und eine Quotientenbildung, in dem die für die einzelnen Blöcke ermittelte Summe um die um 1 verminderte Zeilenanzahl dividiert wird. Man erhält die Quotienten Qi(k) und Q2(k) 45 bzw. Qi(3) und Q2(3).There is a summation of the absolute values of the differences for the two blocks A3 and B3 and a quotient formation, in which the sum determined for the individual blocks is divided by the number of lines reduced by 1. The quotients Qi (k) and Q2 (k) 45 or Qi (3) and Q2 (3) are obtained.
In Folge wird die absolute Differenz Dif(3) dieser beiden Quotienten ermittelt; diese Ermittlung der Quotienten erfolgt für jede Partition des Spaltenvektors Pnn(i), so dass ein Differenzvektor Dif(k) erhalten wird. Das Maximum dieses Differenzvektors bestimmt die Lage der Cut-off-Linie. 50In consequence, the absolute difference Dif (3) of these two quotients is determined; this determination of the quotients takes place for each partition of the column vector Pnn (i), so that a difference vector Dif (k) is obtained. The maximum of this difference vector determines the position of the cut-off line. 50
Das generelle Schema der Berechnung der Intensitätsvariabilität innerhalb der Paare benachbarter Bildblöcke eines Spurbildes L(ij) wird vorteilhafterweise modifiziert, da nicht alle Blöcke gleich relevant sind. Ein Teil der Blöcke wird zweckmäßigerweise aufgrund ungenügender Information (zu geringe Anzahl von Zeilen) bzw. aufgrund des Vorabwissens über die Bandbrei-55 te in EPO Bildern ausgeschlossen. Die durchschnittliche Bandenbreite Bwav (empirischer Wert 5 AT 500 963 B1 in Anzahl von Pixel bzw. Zeilen) auf dem Niveau eines vorgegebenen oder berechneten durchschnittlichen Schwellwertes lnav wird dazu ermittelt. Im gefilterten Medianprofil PmO) wird das erste lokale Maximum (imaxref) von oben bzw. dessen Zeilenindex ermittelt, das größer ist als der Schwellwert lnav. Es wird sodann der erste relevante Bildblock A, als folgendes Teilbild des 5 Spurbildes definiert:The general scheme of calculating the intensity variability within the pairs of adjacent image blocks of a track image L (ij) is advantageously modified since not all blocks are equally relevant. Part of the blocks is expediently excluded due to insufficient information (too few number of lines) or due to the advance knowledge of the band width in EPO images. The average band width Bwav (empirical value 5 AT 500 963 B1 in number of pixels or lines) at the level of a predetermined or calculated average threshold value Inav is determined therefor. In the filtered median profile PmO), the first local maximum (imaxref) from above or its row index is determined, which is greater than the threshold value lnav. The first relevant image block A is then defined as the following sub-image of the 5-track image:
Ai(i,j) = {L(i,j): i=1,2,...,(imaxrel-1ABwav)lj=1,2,...,n}Ai (i, j) = {L (i, j): i = 1,2, ..., (imaxrel-1ABwav) lj = 1,2, ..., n}
In ähnlicher Vorgangsweise wird der letzte Bildblock Br anhand der Information über die durch-io schnittliche Bandenbreite in EPO Bildern folgendermaßen definiert:In a similar procedure, the last image block Br is defined using information about the average band width in EPO images as follows:
Bt(i,j) = {L(i,j): /= m - Bwav,..., m, j=1,2,...n}.Bt (i, j) = {L (i, j): / = m - Bwav, ..., m, j = 1,2, ... n}.
Es ist somit vorgesehen, dass zur Bestimmung der inneren Grenze des ersten Blockes Ai mit 15 der geringsten Zeilenanzahl, das Maximum des Verlaufs der Intensitätswerte Pmi(i,j) ermittelt wird, das den geringsten Abstand von einer der beiden, insbesondere der oberen, Spurgrenze Spt aufweist und einen vorgegebenen Schwellenwert lnav, insbesondere den Durchschnitts-bzw. Mittelwert der Intensitätswerte PmedÖ,) überschreitet. Ferner wird von dem Zeilenindex (imaxrel) dieses Maximums ein vorgegebener Wert, insbesondere die Hälfte der Zeilenzahl der 20 durchschnittlichen Bandbreite Bwav abgezogen und der sich ergebende Zeilenindex als innere Grenze des ersten Blockes Ai angesehen. Zur Bestimmung der inneren Grenze des letzten Blockes Ar mit der höchsten Zeilenanzahl rwird die vorhandene Spurgrenze um eine Zeilenanzahl entsprechend der durchschnittliche Bandbreite Bwm in Richtung in das Innere des Spurbildes verlegt und als innere Grenze des letzten Blockes Ar angesehen. 25It is thus provided that for determining the inner boundary of the first block Ai with 15 of the lowest number of lines, the maximum of the course of the intensity values Pmi (i, j) is determined, which is the smallest distance from one of the two, in particular the upper, track boundary Spt and a predetermined threshold Inav, in particular the average or. Mean value of the intensity values PmedÖ,) exceeds. Further, from the line index (imaxrel) of this maximum, a predetermined value, in particular half the line number of the average bandwidth Bwav, is subtracted and the resulting line index is regarded as the inner boundary of the first block Ai. In order to determine the inner boundary of the last block Ar having the highest number of lines r, the existing track boundary is shifted toward the inside of the track image by a line number corresponding to the average bandwidth Bwm and is regarded as the inner boundary of the last block Ar. 25
Diese ermittelten Grenzen für die Blöcke mit Mindestzeilenanzahl werden der Teilung des Spurbildes L(i,j) zugrundegelegt. Die Zeilenzahl der zu den Blöcke Ar konjugierten Blöcken B, ergibt sich, da die Summe der Zeilen der Blöcke Ar und der Blöcke Br der Gesamtzeilenzahl eines Spurbildes mit den Grenzen Spt und Spb entspricht. 30These determined limits for the blocks with minimum number of lines are based on the pitch of the track image L (i, j). The number of lines of the blocks B conjugated to the blocks Ar results because the sum of the lines of the blocks Ar and the blocks Br corresponds to the total number of lines of a track image having the boundaries Spt and Spb. 30
Die Auswertung einer NESP Standardspur, bei der die Banden im unteren, d.h. dem Bereich eines rEPO-Bildes gegenüberliegenden, Bereich des Spurbildes konzentriert sind, unterscheidet sich von der Auswertung einer rEPO-Standardspur durch zwei zusätzliche Schritte: Zuerst muss das Spurbild vor der Anwendung eines für rEPO-Auswertung zugeschnittenen Verfahrens 35 über eine Zeile bzw. horizontale Achse gespiegelt werden. Dadurch wird ein temporäres Spurbild erhalten, in dem die Banden im oberen Bereich konzentriert sind, was für EPO-Standardspuren charakteristisch und üblich ist. Anschließend wird auf dieses geometrisch transformierte Spurbild die zuvor beschriebene Vorgangsweise angewendet. Schließlich wird der so erhaltene Zeilenindex der Cut-off-Line in das ursprüngliche Koordinatensystem des 40 Eingangsbildes zurückgerechnet. Prinzipiell ist das erfindungsgemäße Verfahren in gleicher Weise auf rEPO und NESP Spurbilder anwendbar, z.B. könnte ein NESP Spurbild in seiner Bildebene um 180° verdreht der Auswertung zugrundegelegt werden.The evaluation of a standard NESP track in which the bands are at the bottom, i. In contrast to the evaluation of a rEPO standard track, two additional steps are used to concentrate the area of a rEPO image opposite to the area of a rEPO image: First, the track image must be aligned over one line or horizontal axis before applying a rEPO evaluation method be mirrored. This gives a temporary track image in which the bands are concentrated at the top, which is characteristic and common for EPO standard tracks. Subsequently, the procedure described above is applied to this geometrically transformed track image. Finally, the resulting line index of the cut-off line is recalculated into the original coordinate system of the input image. In principle, the method according to the invention is equally applicable to rEPO and NESP track images, e.g. could a NESP track image in its image plane rotated by 180 ° based on the evaluation.
Beim Vorliegen einer kombinierten rEPO+NESP-Standardspur in einem Spurbild sind zwei Cut-45 off-Lines zu berechnen; eine rEPO Cut-off-Line für den Teil der Spur, in dem rEPO Proteine konzentriert sind, und eine NESP Cut-off-Line für den Teil, in dem NESP Proteine konzentriert sind.If there is a combined rEPO + NESP standard track in a track image, calculate two Cut-45 off lines; a rEPO cut-off line for the part of the track where rEPO proteins are concentrated, and a NESP cut-off line for the part where NESP proteins are concentrated.
Bei Vorliegen von Spurbildem, die Bandenbereiche unterschiedlicher Substanzen oder Stoffe, so insbesondere von rEPO und NESP, enthalten wird zur Trennung der Bandenbereiche der unterschiedlichen Substanzen oder Stoffe für jede Zeile des Spurbildes ein Intensitätswert Pmed(i) ermittelt, z.B. durch Mittelwertbildung, gewichtete Mitteilung, Summierung oder Medianbildung der bzw. für die Intensitätswerte der einzelnen digitalen Bildpunkte dieser Zeile. Für ein kombiniertes rEPO+NESP 2D Spurbild L(i,j) wird somit zuerst, wie auch bei der oben beschriebenen 55 Vorgangsweise ein 1D Medianprofil Pmed(i) berechnet.In the presence of track images containing band regions of different substances or substances, in particular rEPO and NESP, an intensity value Pmed (i) is determined for separating the band regions of the different substances or substances for each line of the track image, e.g. by averaging, weighted message, summation or median formation of the intensity values of the individual digital pixels of this line. For a combined rEPO + NESP 2D track image L (i, j), a 1D median profile Pmed (i) is thus first calculated, as is the case with the procedure described above.
Claims (9)
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Applications Claiming Priority (1)
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AT500963B8 AT500963B8 (en) | 2007-02-15 |
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Family Applications (1)
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Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE4409211A1 (en) * | 1993-03-19 | 1994-09-22 | Olympus Optical Co | Method of processing densitograms of electrophoretic images |
US5949899A (en) * | 1996-10-01 | 1999-09-07 | Nebular Vision Research & Development Inc. | Apparatus for measuring and analyzing electrophoresis images |
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2004
- 2004-02-12 AT AT2232004A patent/AT500963B8/en not_active IP Right Cessation
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Also Published As
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AT500963A4 (en) | 2006-05-15 |
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
ELJ | Ceased due to non-payment of the annual fee |