AR127206A1 - NOVEL AAV CAPSIDS AND COMPOSITIONS CONTAINING THEM - Google Patents

NOVEL AAV CAPSIDS AND COMPOSITIONS CONTAINING THEM

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AR127206A1
AR127206A1 ARP220102649A ARP220102649A AR127206A1 AR 127206 A1 AR127206 A1 AR 127206A1 AR P220102649 A ARP220102649 A AR P220102649A AR P220102649 A ARP220102649 A AR P220102649A AR 127206 A1 AR127206 A1 AR 127206A1
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AR
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nucleic acid
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amino acid
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ARP220102649A
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James M Wilson
Jenny Agnes Sidrane
Qiang Wang
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Univ Pennsylvania
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Abstract

En el presente documento, se proporcionan cápsides de AAV novedosas y vectores de AAV recombinantes que las comprenden. En una realización, los vectores que utilizan una cápside de AAV novedosa muestran una transducción aumentada de un tejido objetivo seleccionado en comparación con un AAV de la técnica anterior. Reivindicación 1: Un virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende una cápside de AAV y tiene empaquetado, en dicha cápside de AAV, un genoma vectorial que comprende una secuencia de ácidos nucleicos exógenos que no son de AAV, donde la cápside de AAV se selecciona de: (a) una cápside de AAVhu95 producida por una secuencia de ácidos nucleicos que codifica una secuencia de aminoácidos prevista en la SEQ ID Nº 2 o una secuencia de aminoácido prevista que tiene al menos el 97% de identidad con esta, donde las posiciones de aminoácidos A67, A157, T412, y S483 de la SEQ ID Nº 2 no están cargadas; o (b) una cápside de AAVhu96 producida por una secuencia de ácidos nucleicos que codifica una secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 4 o una secuencia de aminoácido prevista que tiene al menos el 97% de identidad con esta, donde las posiciones de aminoácidos A67, E157, T412, y I483 de la SEQ ID Nº 4 no están cargadas. Reivindicación 10: Un de virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende: (A) una cápside de AAVhu95 que comprende una o más de: (1) la proteína de la cápside de AAVhu95 que comprende: una población heterogénea de proteínas de AAVhu95 vp1 seleccionadas de: proteínas de vp1 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 2, proteínas de vp1 producidas de la SEQ ID Nº 1 o proteínas vp1 producidas a partir de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a la SEQ ID Nº 1 que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 2, una población heterogénea de proteínas de AAVhu95 vp2 seleccionadas de: proteínas de vp2 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 21), proteínas vp2 producidas por una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 13), o proteínas vp2 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 13) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 21), una población heterogénea de proteínas de AAVhu95 vp3 seleccionadas de: proteínas de vp3 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 22), proteínas vp3 producidas a partir de una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 14), o proteínas vp3 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 14) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 22); y/o (2) una población heterogénea de proteínas vp1 que son el producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 2, una población heterogénea de proteínas vp2 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 21), y una población heterogénea de proteínas vp3 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica al menos los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 22), donde: las proteínas vp1, vp2 y vp3 contienen subpoblaciones con modificaciones de aminoácidos que comprenden al menos dos asparaginas (N) desamidadas en pares de asparagina-glicina en la SEQ ID Nº 2 y opcionalmente, también, comprenden subpoblaciones que comprenden otros aminoácidos desamidados, donde la desamidación da como resultado un cambio de aminoácido; y (b) un genoma vectorial en la cápside de AAVhu95, el genoma vectorial comprende una molécula de ácido nucleico que comprende secuencias de repetición terminal invertida de AAV y una secuencia de ácidos nucleicos que no corresponde a un AAV y que codifica un producto unido operativamente a secuencias que dirigen la expresión del producto en una célula efectora. Reivindicación 11: Un de virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende: (A) una cápside de AAVhu96 que comprende una o más de: (1) la proteína de la cápside de AAVhu96 que comprende: una población heterogénea de proteínas de AAVhu96 seleccionadas de: proteínas de vp1 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 4, proteínas de vp1 producidas de la SEQ ID Nº 3 o proteínas vp1 producidas a partir de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a la SEQ ID Nº 3 que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 4, una población heterogénea de proteínas de AAVhu96 vp2 seleccionadas de: proteínas de vp2 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 23), proteínas vp2 producidas por una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 15), o proteínas vp2 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 15) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 23), una población heterogénea de proteínas de AAVhu96 vp3 seleccionadas de: proteínas de vp3 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 24), proteínas vp3 producidas a partir de una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 16), o proteínas vp3 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 16) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 24); y/o (2) una población heterogénea de proteínas vp1 que son el producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 4, una población heterogénea de proteínas vp2 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 23), y una población heterogénea de proteínas vp3 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica al menos los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 24), donde las proteínas vp1, vp2 y vp3 contienen subpoblaciones con modificaciones de aminoácidos que comprenden al menos dos asparaginas (N) desamidadas en pares de asparagina-glicina en la SEQ ID Nº 4 y opcionalmente, también, comprenden subpoblaciones que comprenden otros aminoácidos desamidados, donde la desamidación da como resultado un cambio de aminoácido; y (b) un genoma vectorial en la cápside de AAVhu96, el genoma vectorial comprende una molécula de ácido nucleico que comprende secuencias de repetición terminal invertida de AAV y una secuencia de ácidos nucleicos que no corresponde a un AAV y que codifica un producto unido operativamente a secuencias que dirigen la expresión del producto en una célula efectora. Reivindicación 13: Una molécula de ácido nucleico recombinante caracterizada porque comprende un promotor y una secuencia de ácidos nucleicos exógena que codifica una proteína de la cápside de AAVhu95, donde dicha secuencia de ácidos nucleicos se selecciona de la SEQ ID Nº 1, una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 91% idéntica a la SEQ ID Nº 1, la SEQ ID Nº 10, o una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 99% idéntica a la SEQ ID Nº 10. Reivindicación 14: Una molécula de ácido nucleico recombinante caracterizada porque comprende un promotor y una secuencia de ácidos nucleicos exógena que codifica una proteína de la cápside de AAVhu96, donde dicha secuencia de ácidos nucleicos se selecciona de la SEQ ID Nº 3, una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 91% idéntica a la SEQ ID Nº 3, la SEQ ID Nº 11, o una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 99% idéntica a la SEQ ID Nº 11.Provided herein are novel AAV capsids and recombinant AAV vectors comprising them. In one embodiment, vectors utilizing a novel AAV capsid exhibit increased transduction of a selected target tissue compared to a prior art AAV. Claim 1: A recombinant adeno-associated virus (rAAV) characterized in that it comprises an AAV capsid and has packaged, in said AAV capsid, a vector genome comprising a sequence of exogenous non-AAV nucleic acids, where the AAV capsid is selects from: (a) an AAVhu95 capsid produced by a nucleic acid sequence that encodes an amino acid sequence predicted in SEQ ID NO: 2 or a predicted amino acid sequence that has at least 97% identity therewith, where the amino acid positions A67, A157, T412, and S483 of SEQ ID NO:2 are uncharged; or (b) an AAVhu96 capsid produced by a nucleic acid sequence that encodes an amino acid sequence of SEQ ID NO: 4 or a predicted amino acid sequence that has at least 97% identity therewith, where the amino acid positions A67, E157, T412, and I483 of SEQ ID NO: 4 are not loaded. Claim 10: A recombinant adeno-associated virus (rAAV) characterized in that it comprises: (A) an AAVhu95 capsid comprising one or more of: (1) the AAVhu95 capsid protein comprising: a heterogeneous population of AAVhu95 vp1 proteins selected from: vp1 proteins produced by the expression of a nucleic acid sequence encoding the predicted amino acid sequence 1 to 736 of SEQ ID NO: 2, vp1 proteins produced from SEQ ID NO: 1 or vp1 proteins produced from of a nucleic acid sequence at least 91% identical to SEQ ID NO: 1 encoding the predicted amino acid sequence 1 to 736 of SEQ ID NO: 2, a heterogeneous population of AAVhu95 vp2 proteins selected from: produced vp2 proteins by the expression of a nucleic acid sequence encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 138 to 736 of SEQ ID NO: 2 (or SEQ ID NO: 21), vp2 proteins produced by a sequence comprising at least nucleotides 412 to 2211 of SEQ ID NO: 1 (or SEQ ID NO: 13), or vp2 proteins produced from a nucleic acid sequence at least 91% identical to at least nucleotides 412 to 2211 of SEQ ID NO: 1 ( or SEQ ID NO: 13) encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 138 to 736 of SEQ ID NO: 2 (or SEQ ID NO: 21), a heterogeneous population of AAVhu95 vp3 proteins selected from: proteins vp3 proteins produced by the expression of a nucleic acid sequence that encodes the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 203 to 736 of SEQ ID NO: 2 (or SEQ ID NO: 22), vp3 proteins produced from a sequence comprising at least nucleotides 607 to 2211 of SEQ ID NO: 1 (or SEQ ID NO: 14), or vp3 proteins produced from a nucleic acid sequence at least 91% identical to at least nucleotides 607 to 2211 of the SEQ ID NO: 1 (or SEQ ID NO: 14) encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 203 to 736 of SEQ ID NO: 2 (or SEQ ID NO: 22); and/or (2) a heterogeneous population of vp1 proteins that are the product of a nucleic acid sequence encoding the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, a heterogeneous population of vp2 proteins that are the product of a nucleic acid sequence that encodes the amino acid sequence of at least about amino acids 138 to 736 of SEQ ID NO: 2 (or SEQ ID NO: 21), and a heterogeneous population of vp3 proteins that are the product of a nucleic acid sequence that encodes at least amino acids 203 to 736 of SEQ ID NO: 2 (or SEQ ID NO: 22), where: proteins vp1, vp2 and vp3 contain subpopulations with amino acid modifications comprising at least two asparagines (N) deamidated in asparagine-pairs glycine in SEQ ID NO: 2 and optionally also comprise subpopulations comprising other deamidated amino acids, where the deamidation results in an amino acid change; and (b) a vector genome in the AAVhu95 capsid, the vector genome comprising a nucleic acid molecule comprising AAV inverted terminal repeat sequences and a nucleic acid sequence that does not correspond to an AAV and that encodes an operably linked product to sequences that direct the expression of the product in an effector cell. Claim 11: A recombinant adeno-associated virus (rAAV) characterized in that it comprises: (A) an AAVhu96 capsid comprising one or more of: (1) the AAVhu96 capsid protein comprising: a heterogeneous population of selected AAVhu96 proteins of: vp1 proteins produced by the expression of a nucleic acid sequence encoding the predicted amino acid sequence 1 to 736 of SEQ ID NO: 4, vp1 proteins produced from SEQ ID NO: 3 or vp1 proteins produced from a nucleic acid sequence at least 91% identical to SEQ ID NO: 3 encoding the predicted amino acid sequence 1 to 736 of SEQ ID NO: 4, a heterogeneous population of AAVhu96 vp2 proteins selected from: vp2 proteins produced by the expression of a nucleic acid sequence encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 138 to 736 of SEQ ID NO: 4 (or SEQ ID NO: 23), vp2 proteins produced by a sequence comprising at least the nucleotides 412 to 2211 of SEQ ID NO: 3 (or SEQ ID NO: 15), or vp2 proteins produced from a nucleic acid sequence at least 91% identical to at least nucleotides 412 to 2211 of SEQ ID NO: 3 (or SEQ ID NO: 15) encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 138 to 736 of SEQ ID NO: 4 (or SEQ ID NO: 23), a heterogeneous population of AAVhu96 vp3 proteins selected from: vp3 proteins produced by the expression of a nucleic acid sequence encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 203 to 736 of SEQ ID NO: 4 (or SEQ ID NO: 24), vp3 proteins produced from a sequence comprising at least nucleotides 607 to 2211 of SEQ ID NO: 3 (or SEQ ID NO: 16), or vp3 proteins produced from a nucleic acid sequence at least 91% identical to at least nucleotides 607 to 2211 of SEQ ID No. 3 (or SEQ ID No. 16) encoding the predicted amino acid sequence of at least about amino acids 203 to 736 of SEQ ID No. 4 (or SEQ ID No. 24); and/or (2) a heterogeneous population of vp1 proteins that are the product of a nucleic acid sequence encoding the amino acid sequence of SEQ ID NO: 4, a heterogeneous population of vp2 proteins that are the product of a nucleic acid sequence that encodes the amino acid sequence of at least about amino acids 138 to 736 of SEQ ID NO: 4 (or SEQ ID NO: 23), and a heterogeneous population of vp3 proteins that are the product of a nucleic acid sequence that encodes at least amino acids 203 to 736 of SEQ ID NO: 4 (or SEQ ID NO: 24), wherein the proteins vp1, vp2 and vp3 contain subpopulations with amino acid modifications comprising at least two asparagines (N) deamidated in asparagine-glycine pairs in SEQ ID NO: 4 and optionally also comprise subpopulations comprising other deamidated amino acids, where the deamidation results in an amino acid change; and (b) a vector genome in the AAVhu96 capsid, the vector genome comprising a nucleic acid molecule comprising AAV inverted terminal repeat sequences and a nucleic acid sequence that does not correspond to an AAV and that encodes an operably linked product to sequences that direct the expression of the product in an effector cell. Claim 13: A recombinant nucleic acid molecule characterized in that it comprises a promoter and an exogenous nucleic acid sequence encoding an AAVhu95 capsid protein, wherein said nucleic acid sequence is selected from SEQ ID NO: 1, a nucleic acid sequence nucleic acid sequence at least about 91% identical to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 10, or a nucleic acid sequence at least about 99% identical to SEQ ID NO: comprises a promoter and an exogenous nucleic acid sequence encoding an AAVhu96 capsid protein, wherein said nucleic acid sequence is selected from SEQ ID NO: 3, a nucleic acid sequence at least about 91% identical to SEQ ID No. 3, SEQ ID NO: 11, or a nucleic acid sequence at least about 99% identical to SEQ ID NO: 11.

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