Verfahren zum Sortieren einzelsträngiger NukleinsäurenMethod of sorting single-stranded nucleic acids
Beschreibungdescription
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Verfahren zum Sortieren einzelsträngiger Nukleinsäuren sowie dessen Verwendung.The present invention relates to a method for sorting single-stranded nucleic acids and the use thereof.
Üblicherweise sind in einer typischen menschlichen Zelle bis zu ca. 30 000 Gene mit definierter Nukleinsäure-Abfolge aktiv, die immer den momentanen Zustand der Zelle charakterisieren. Der Zustand einer Zelle gibt beispielsweise eine erhöhte Zellteilungsaktivität (Reproduktionszelle;Usually, up to 30,000 genes with a defined nucleic acid sequence are active in a typical human cell, which always characterize the current state of the cell. The state of a cell, for example, indicates an increased cell division activity (reproductive cell;
Krebszelle) oder allgemein veränderte Stoffwechsel-Aktivitäten wieder, wie sie im Krankheitsfall oder üblicherweise bei Alterung auftreten. Der genetische Zeilzustand reagiert aber auch auf exogene Ursachen, wie ein verändertes Ernährungsverhalten oder Intoxikationen. Die Aktivität eines speziellen Gens kann beispielsweise über seine mRNA alsCancer cell) or generally altered metabolic activities as they occur in the event of illness or usually with aging. The genetic state of the cell also reacts to exogenous causes, such as changes in eating habits or intoxications. The activity of a specific gene can be, for example, via its mRNA
Transkriptionsprodukt oder über das resultierende Protein alsTranscription product or via the resulting protein as
Translationsprodukt bestimmt werden. Das mRNA- bzw. Proteinmuster einer Zelle spiegelt daher sehr genau deren momentanen Zustand wider.Translation product can be determined. The mRNA or protein pattern of a cell therefore reflects its current state very precisely.
Die Charakterisierung des Nukleinsäure-Profils von Zellen ist insbesondere auch im Zusammenhang mit dem Screenen pharmakologisch wirksamer Verbindungen in jüngster Zeit in den Vordergrund gerückt. So wurden bereits zahlreiche Methoden für die Charakterisierung des genetischen Zustandes einer Zelle bzw. deren Proteinprofils entwickelt.The characterization of the nucleic acid profile of cells has recently come to the fore, particularly in connection with the screening of pharmacologically active compounds. Numerous methods for characterizing the genetic state of a cell and its protein profile have already been developed.
Solche Methoden zur Bestimmung spezifischer, unterschiedlicher Nukleinsäure-Profile einer Zelle bedienen sich üblicherweise so genannter Arrays, d.h. spezieller Matrix-Systeme. Arrays sind definiert durch bestimmte Anordnungen immobilisierter Erkennungsspezies, die u.a. in der Diagnostik zwischenzeitlich eine bedeutende Rolle bei der simultanen
Bestimmung sogenannter Analyten spielen. Beispiele sind typische Nukleinsäüre-Arrays, wie sie in Southern et al., Genomics (1992) 13, 1 008, oder in den Patenten US 5,631 , 1 34 oder US 5,795,71 4 beschrieben sind.Such methods for determining specific, different nucleic acid profiles of a cell usually use so-called arrays, ie special matrix systems. Arrays are defined by certain arrangements of immobilized recognition species, which in the meantime play an important role in diagnostics, among others, in the simultaneous one Play determination of so-called analytes. Examples are typical nucleic acid arrays as described in Southern et al., Genomics (1992) 13, 1 008, or in patents US 5,631, 1 34 or US 5,795,71 4.
Aus WO 96/01 836 ist ein Array von DNA-Molekülen unterschiedlicher Sequenz bekannt, das mit Hilfe der Detektion spezieller Genabschnitte zur Diagnose pathogener Bakterien eingesetzt wird.From WO 96/01 836 an array of DNA molecules of different sequences is known, which is used for the diagnosis of pathogenic bacteria with the help of the detection of special gene segments.
US 5,795,714 beschreibt ein Verfahren zur Replikation eines Arrays von Nukleinsäure-Proben, das im technischen Maßstab bei der Herstellung von Diagnostika zum Screenen biologischer Proben mit speziellen Zielsequenzen eingesetzt werden kann. Dabei wird im Wesentlichen zur Erstellung eines Arrays von Sonden zuerst ein erster Nukleinsäure-Satz synthetisiert, der am 3'-Ende eine konstante Sequenz bestimmter Länge und am 5'-Ende eine zufällige Sequenz bestimmter Länge aufweist; dann wird ein zweiter Nukleinsäure-Satz mit Sequenzen synthetisiert, die komplementär zur konstanten Sequenz des ersten Nukleinsäure-Satzes sind; abschließend wird der erste Nukleinsäure-Satz mit dem zweiten Nukleinsäure-Satz hybridisiert und so das gewünschte Array von Sonden erhalten, die neben einer doppelsträngigen auch eine einzelsträngige Region besitzen, die wiederum die zufällige Sequenz aufweist.No. 5,795,714 describes a method for replicating an array of nucleic acid samples that can be used on an industrial scale in the production of diagnostics for screening biological samples with special target sequences. Essentially, to create an array of probes, a first set of nucleic acids is first synthesized, which has a constant sequence of a certain length at the 3 'end and a random sequence of a certain length at the 5' end; then a second set of nucleic acids is synthesized with sequences complementary to the constant sequence of the first set of nucleic acids; finally, the first set of nucleic acids is hybridized with the second set of nucleic acids and thus the desired array of probes is obtained which, in addition to a double-stranded region, also have a single-stranded region which in turn has the random sequence.
Die aus dem Stand der Technik bekannten Verfahren und Arrays sind zum Teil sehr aufwändig gestaltet und auf die Isolierung und Identifizierung spezieller Nukleinsäuren bzw. Proteine ausgelegt, weshalb sie sich auch überwiegend mehrerer Verfahrensschritte bedienen.The methods and arrays known from the prior art are in some cases very complex and designed for the isolation and identification of special nucleic acids or proteins, which is why they predominantly use several method steps.
Für die vorliegende Erfindung hat sich deshalb die Aufgabe gestellt, ein Verfahren zum Sortieren einzelsträngiger Nukleinsäuren bereitzustellen, bei dem die Nachteile des Standes der Technik mindestens teilweise beseitigt sind. Mit diesem Verfahren ist es insbesondere möglich, unter
Zuhilfenahme einer preiswerten und schnellen Methode und auf technisch relativ einfache Art und Weise, das gesamte Muster einzelsträngiger Nukleinsäuren einer Zelle abzubilden.The object of the present invention is therefore to provide a method for sorting single-stranded nucleic acids in which the disadvantages of the prior art are at least partially eliminated. With this method it is possible in particular With the help of an inexpensive and fast method and in a technically relatively simple way, the entire pattern of single-stranded nucleic acids of a cell can be reproduced.
Gelöst wurde diese Aufgabe mit Hilfe des erfindungsgemäßen Verfahrens, das dadurch gekennzeichnet ist, dass es sich bei den Fängersubstanzen um Oligonukleotide handelt mit 5'-terminalen invariablen Anker-Sequenzen, die in komplementärer Form mindestens einmal in jeder einzelstrangigen Nukleinsaure vorkommen, und mit 3'-terminalen variablen Diskriminierungs- Sequenzen, bestehend aus mehreren unterschiedlichen Abfolgen, vorzugsweise aus jeder möglichen Abfolge von < 10 Nukleotiden, die die Bildung von bestimmten Sorten der einzelstrangigen Nukleinsäuren ermöglichen.This object was achieved with the aid of the method according to the invention, which is characterized in that the capture substances are oligonucleotides with 5'-terminal invariable anchor sequences which occur in complementary form at least once in each single-stranded nucleic acid, and with 3 ' -terminal variable discrimination sequences, consisting of several different sequences, preferably each possible sequence of <10 nucleotides, which enable the formation of certain types of single-stranded nucleic acids.
Überraschenderweise hat sich bei der Anwendung dieses Verfahrens herausgestellt, dass das gesamte und somit vollständige Muster aller einzelstrangigen Nukleinsäuren einer Zelle reproduzierbar abgebildet werden kann, und auf diese Weise eine diagnostische Feststellung zum Status der untersuchten Zelle möglich ist. Dadurch kann dieses Verfahren mit Hilfe eines sogenannten "Sortier-Chips" nicht nur zum Screenen von pharmazeutisch und/oder bioaktiven Verbindungen benutzt werden, sondern es können auch im medizinischen Bereich feinste Veränderungen im Nukleinsäure-Pool von Zellen, insbesondere von Zellen mit hoher Teilungsrate dargestellt werden. Die Vielfalt dieser Möglichkeiten war so nicht vorherzusehen.Surprisingly, when using this method, it has been found that the entire and thus complete pattern of all single-stranded nucleic acids in a cell can be reproduced reproducibly, and a diagnostic determination of the status of the cell under investigation is possible in this way. As a result, with the aid of a so-called "sorting chip", this method can not only be used to screen pharmaceutical and / or bioactive compounds, but also in the medical field the finest changes in the nucleic acid pool of cells, in particular of cells with a high division rate, can be shown become. The variety of these possibilities could not have been foreseen.
Ein wesentliches Ziel des Verfahrens gemäß vorliegender Erfindung ist die Bildung von bestimmten Sorten der einzelstrangigen Nukleinsäuren. Dabei soll gemäß Definition der Begriff "Sorte" diejenigen einzelstrangigen Nukleinsäuren umfassen, die auf dem jeweiligen Matrix-System (beispielsweise einem Chip) einen definierten Verteilungsplatz einnehmen. Diese Sorte von Nukleinsäuren zeichnet sich dadurch aus, dass sie eine
selektive Hybridisierung mit einer spezifischen Fängersubstanz unter den jeweils gewählten Testbedingungen zeigt. Die verschiedenen, in der Probe vorhandenen Sorten von einzelstrangigen Nukleinsäuren, die durch das erfindungsgemäße Verfahren aufgetrennt werden, bilden vorzugsweise in ihrer Gesamtheit ein "Muster", das für den Zustand einer Zelle charakteristisch ist.An essential aim of the method according to the present invention is the formation of certain types of single-stranded nucleic acids. According to the definition, the term “variety” is intended to encompass those single-stranded nucleic acids which occupy a defined distribution site on the respective matrix system (for example a chip). This type of nucleic acid is characterized by the fact that it is a shows selective hybridization with a specific capture substance under the chosen test conditions. The various types of single-stranded nucleic acids present in the sample, which are separated by the method according to the invention, preferably form a "pattern" in their entirety which is characteristic of the condition of a cell.
Mit dem erfindungsgemäßen Verfahren sollen somit nicht bestimmte Nukleinsäuresequenzen, z.B. Sequenzen eines Zelltranskriptoms identifiziert und dargestellt werden, sondern es sollen vielmehr sich unterscheidende Muster gebildet werden, die einen bestimmten (momentanen) Zustand des Transkriptoms einer Zelle wiedergeben. Im Vordergrund des erfindungsgemäßen Verfahrens steht daher eine Zuordnung von Nukleinsäure-Mustern und nicht die Abbildung einzelner Gene, weshalb auch eine Matrix-Miniaturisierung möglich ist.The method according to the invention should therefore not be used to determine specific nucleic acid sequences, e.g. Sequences of a cell transcriptome are identified and displayed, but rather different patterns are to be formed which reflect a certain (current) state of the transcriptome of a cell. The focus of the method according to the invention is therefore an assignment of nucleic acid patterns and not the mapping of individual genes, which is why matrix miniaturization is also possible.
Mit dieser Technik kann z.B. im Rahmen einer Expressions-Analyse eine komplette Verteilung der in der Probe vorhandenen einzelstrangigen Nukleinsäuren auf einem Array erreicht werden. Dazu werden Fängersubstanzen (Capture-Sonden) in Form von Oligonukleotiden oder Nukleinsäureanaloga eingesetzt, welche alle potenziell möglichen Sequenzen abdecken. Nach Fertigstellung des Arrays werden dann die sich unterscheidenden Nukleinsäure-Pools auf verschiedenen Matrix-Plattformen (Chips) hybridisiert und die entstehenden Muster miteinander verglichen. Über geeignete Detektionssysteme (beispielsweise Fluoreszenz) kann das sich ergebende Muster des Nukleinsäure-Hybridisierungsereignisses angezeigt werden.With this technique e.g. In the context of an expression analysis, a complete distribution of the single-stranded nucleic acids present in the sample can be achieved on an array. For this purpose, capture substances (capture probes) in the form of oligonucleotides or nucleic acid analogs are used, which cover all potentially possible sequences. After completion of the array, the different nucleic acid pools are then hybridized on different matrix platforms (chips) and the resulting patterns are compared with one another. The resulting pattern of the nucleic acid hybridization event can be displayed via suitable detection systems (for example fluorescence).
Das vorliegende Verfahren bedient sich als bevorzugte Vertreter der einzelstrangigen Nukleinsäuren, die in einem Ausgangspool (Analyt) sortiert werden sollen, eines Transkriptoms, bei dem es sich insbesondere um RNA und/oder DNA handelt. Dabei kommen selbstverständlich alle Arten
einzelsträngiger bequenzen in Frage, wie beispielsweise RNA allgemein oder mRNA, cRNA, pRNA, DNA, wie z.B. cDNA, oder Nukleinsäureanaloga, wie PNA, LNA oder Kombinationen daraus.As a preferred representative of the single-stranded nucleic acids which are to be sorted in a starting pool (analyte), the present method uses a transcriptome, which is in particular RNA and / or DNA. Of course, all types come here single-stranded conveniences, such as RNA in general or mRNA, cRNA, pRNA, DNA, such as cDNA, or nucleic acid analogues, such as PNA, LNA or combinations thereof.
Auch bei den Fängersubstanzen (Capture-Sonden) ist innerhalb der beanspruchten Merkmale eine breite Variation möglich. Prinzipiell müssen diese Fängermoleküle jedoch zwei Teilabschnitte aufweisen, um als solche geeignet zu sein:A wide variation is also possible in the case of the capture substances (capture probes) within the claimed features. In principle, however, these capture molecules must have two sections in order to be suitable as such:
(i) einen invariablen, bindungsbedingenden Abschnitt, mit dem sämtliche im Analyten (Pool) vorkommenden einzelstrangigen(i) an invariable, binding-dependent section with which all single-stranded substances occurring in the analyte (pool)
Nukleinsäuren "gefangen" werden, und (ii) einen variablen und auf der Matrix verteilungsbedingendenNucleic acids are "captured", and (ii) a variable and distribution-dependent on the matrix
Abschnitt, der gegenüber den einzelstrangigen Nukleinsäuren diskriminierend wirkt.Section that has a discriminatory effect on single-stranded nucleic acids.
Unter dem Begriff "invariable Sequenz" versteht man gemäß vorliegender Erfindung einen einzelstrangigen Oligonukleotid-Abschnitt, aber auch eine einzelsträngige Sequenz von Oligonukleotid-Analoga, jeweils mit festgelegter Nukleotid-Abfolge.According to the present invention, the term “invariable sequence” means a single-stranded oligonucleotide section, but also a single-stranded sequence of oligonucleotide analogs, each with a defined nucleotide sequence.
Unter dem Begriff "variable Sequenz" versteht man im Sinne der Erfindung Nukleinsäure-Sequenzen, deren Abfolge in komplementärer Form mehrere unterschiedliche, z.B. > 10, vorzugsweise > 20, besonders bevorzugt > 50 Sequenzen und am meisten bevorzugt alle potenziell möglichen Sequenzen der einzelstrangigen, zu sortierenden Nukleinsäuren abdeckt.In the context of the invention, the term "variable sequence" is understood to mean nucleic acid sequences, the sequence of which in complementary form has several different, e.g. > 10, preferably> 20, particularly preferably> 50 sequences and most preferably covers all potentially possible sequences of the single-stranded nucleic acids to be sorted.
Dabei hat es sich für die vorliegende Erfindung als besonders günstig gezeigt, wenn als Anker-Sequenzen der Fängersubstanzen jeweils Nukleinbase-Abfolgen mit einer Länge von 1 0 bis 50 Nukleotiden und insbesondere von 1 5 bis 25 Nukleotiden eingesetzt werden. Besonders bevorzugt als Ankersequenzen ist eine Oligo-dT-Sequenz, z.B. zur Immobilisierung von PolyA-RNA-Molekülen oder eine Oligo-dA-Sequenz zur
Immoblisierung von PolyT-enthaltenden cDNA-Molekülen. Andere Ankersequenzen können Konsensus-Sequenzen oder konservierte Bereiche bestimmter Genklassen sein.It has been shown to be particularly advantageous for the present invention if nucleic acid sequences with a length of 10 to 50 nucleotides and in particular of 15 to 25 nucleotides are used as anchor sequences of the capture substances. An oligo-dT sequence, for example for immobilizing polyA-RNA molecules or an oligo-dA sequence, is particularly preferred as anchor sequences Immobilization of polyT-containing cDNA molecules. Other anchor sequences can be consensus sequences or conserved areas of certain gene classes.
Für bestimmte Anwendungsfälle kann es vorteilhaft sein, wenn die Fängersubstanzen in bevorzugt regelmäßiger Verteilung Nukleotidanaloga, z.B. sogenannte "Locked Nucleic Acids" (LNA), aufweisen, wobei sonst normale Nukleotid-Abfolgen an meist bestimmten Stellen (z.B. jede dritte Position) ein spezielles Nukleotid beinhalten, welches der Fängersubstanz hochaffine Eigenschaften verleiht. Die Bindungsfähigkeit gegenüber den einzelstrangigen Nukleinsäuren in der zu untersuchenden Probe kann dadurch gesteigert werden.For certain applications, it may be advantageous if the capture substances are preferably regularly distributed in nucleotide analogs, e.g. So-called "Locked Nucleic Acids" (LNA), whereby otherwise normal nucleotide sequences at mostly certain locations (e.g. every third position) contain a special nucleotide, which gives the capture substance high affinity properties. This can increase the binding capacity to the single-stranded nucleic acids in the sample to be examined.
Wie bereits beschrieben, kommt den 3'-terminalen, variablen Sequenzen der Fängersubstanz die eigentliche Diskriminierungsfunktion zur Sortenbildung zu. Um sämtliche relevanten Nukleinsäuren eines Analyten einem Sortiermuster zuzuführen, sieht die Erfindung vor, dass als bevorzugte 3'-Diskriminierungs-Sequenzen Kombinationen der Nukleinbasen Adenin, Cytosin, Guanin, Thymin, Uracil, Inosin und deren A n a l o g a v e r w e n d e t w e rd e n , w o b e i d i e L ä n g e d e r 3'-Diskriminierungs-Sequenzen günstigerweise von 3 bis 8 Nukleotide beträgt.As already described, the 3'-terminal, variable sequences of the catcher have the actual discrimination function for cultivar formation. In order to supply all the relevant nucleic acids of an analyte to a sorting pattern, the invention provides that combinations of the nucleic bases adenine, cytosine, guanine, thymine, uracil, inosine and their analogues are used as preferred 3'-discrimination sequences, the length of which 3 Discrimination sequences are advantageously from 3 to 8 nucleotides.
Die Anzahl der diskriminierenden Nukleotide (x) und die Anzahl der zur Verfügung stehenden Basen (meist 4, nämlich A, G, C, T) bedingen dabei die Größe der Matrix, die am Ende des Sortiervorganges das Abbildungsmuster trägt. Ist beispielsweise die diskriminierende Sequenz x = 3 Nukleotide lang, ergibt sich mit den 4 üblichen Basen Adenin, Guanin, Cytosin und Thymin eine maximal mögliche Fängersubstanz-Anzahl von 64 (43). Entsprechend ergeben sich bei einer 4 Nukleotide langen Diskriminierungs-Sequenz 256 (44), und bei einer 5 Nukleotiden langen
Diskriminierungs-Sequenz 1 024 (45) unterschiedliche Fängersubstanzen usw.The number of discriminating nucleotides (x) and the number of available bases (usually 4, namely A, G, C, T) determine the size of the matrix that carries the imaging pattern at the end of the sorting process. If, for example, the discriminating sequence is x = 3 nucleotides long, the maximum possible number of capture substances is 64 with the 4 common bases adenine, guanine, cytosine and thymine (4 3 ). Correspondingly, 256 (4 4 ) are obtained with a 4 nucleotide long discrimination sequence and with a 5 nucleotide long one Discrimination sequence 1 024 (4 5 ) different catcher substances etc.
Steht also auf einer entsprechenden Matrix eine große Anzahl von Besetzungsplätzen zur Verfügung, kann die Länge der diskriminierenden Sequenz auch länger sein, woraus natürlich auch eine höhere Auflösung des Verteilungsmusters resultiert.If there is a large number of occupancy positions available on a corresponding matrix, the length of the discriminating sequence can also be longer, which of course also results in a higher resolution of the distribution pattern.
Unter dem Begriff "Matrix" versteht man im Sinne der vorliegenden Erfindung Materialien in fester oder auch gelartiger Form. Dabei sind als Matrix gemäß Erfindung insbesondere Kunststoffe, Keramiken, Gläser, Metalle, wie z.B. Edelmetalle, kristalline Materialien und/oder Membranen, jeweils mit Halbleiter-Eigenschaften, geeignet. Diese können dabei auch als dünne Schichten vorliegen. Als besonders bevorzugt ist eine Matrix in Chipform anzusehen.For the purposes of the present invention, the term “matrix” is understood to mean materials in solid or gel-like form. In particular, plastics, ceramics, glasses, metals, such as e.g. Precious metals, crystalline materials and / or membranes, each with semiconductor properties, are suitable. These can also be in the form of thin layers. A matrix in chip form is to be regarded as particularly preferred.
Wie ebenfalls bereits beschrieben, werden die einzelstr ngigen Nukleinsäuren mit Hilfe der Fängersubstanz selektiv gebunden, die selbst auf der Matrix-Oberfläche immobilisiert, also gebunden ist.As also already described, the single-stranded nucleic acids are selectively bound with the aid of the capture substance, which itself is immobilized, that is to say bound, on the matrix surface.
Die Fängersubstanzen werden zu diesem Zweck gemäß Erfindung bevorzugt über eine bioaffine Wechselwirkung zwischen zwei Partnern eines Bindepaares, z.B. Biotin/Streptavidin oder Avidin bzw. Hapten/Antikörper etc., an die Matrix-Oberfläche gebunden. Besonders bevorzugt werden die Fängersubstanzen in biotinylierter Form mittels Streptavidin an die Matrix-Oberfläche gebunden, die vorzugsweise eine Schicht aus (bio-)molekularen Filamenten, wie Cellulose und Agarose, Gerüstproteinen, Hydrogelen oder Polyacrylamid, darstellt.For this purpose, the capture substances are preferred according to the invention via a bioaffine interaction between two partners of a binding pair, e.g. Biotin / streptavidin or avidin or hapten / antibodies etc., bound to the matrix surface. The capture substances in biotinylated form are particularly preferably bound to the matrix surface by means of streptavidin, which preferably represents a layer of (bio) molecular filaments, such as cellulose and agarose, framework proteins, hydrogels or polyacrylamide.
Die Fängersubstanzen (Capture-Sonden) werden ortsspezifisch immobilisiert, z.B. mittels Spannung an den für sie vorgesehenen Positionen des Arrays konzentriert und immobilisiert. Diese Festlegung
geschieht auf bekannte Weise durch Bindung der Biotinreste, die sich am 5'-Ende befinden, mit Streptavidin, das in der Matrix-Oberfläche festgelegt ist.The capture substances (capture probes) are immobilized in a site-specific manner, for example concentrated and immobilized by means of tension at the positions of the array intended for them. This definition happens in a known manner by binding the biotin residues, which are at the 5 'end, with streptavidin, which is fixed in the matrix surface.
Trägersysteme in Form von Halbleiterchips sind bekanntermaßen sehr gut geeignet, um elektronisch kontrollierbar spezifische Bindereaktionen von Nukleinsäuren an festgelegten, addressierbaren Stellen in Form eines Arrays durchzuführen.Carrier systems in the form of semiconductor chips are known to be very well suited to electronically controllable specific binding reactions of nucleic acids at fixed, addressable locations in the form of an array.
Aus diesem Grund sieht die vorliegende Erfindung auch vor, dass die Bindung der Fängersubstanzen auf der Matrix-Oberfläche kovalent, quasi-kovalent, supramolekular, physikalisch, im elektrischen Feld oder durch ein Molekularsieb erfolgt.For this reason, the present invention also provides that the capture substances are bound to the matrix surface covalently, quasi-covalently, supramolecularly, physically, in an electrical field or by means of a molecular sieve.
Hierdurch kann in besonders vorteilhafter Weise der zu sortierende Nukleinsäure-Pool (Analyt) einer Probe an einem Nukleinsäure-Array, beispielsweise auf einen Halbleiter-Chip, mit Hilfe eines elektrischen Feldes hybridisiert und anschließend die gebundenen Nukleinsäuren durch eine einfache Umkehrung der Polarität des elektrischen Feldes entfernt werden. Besonders geeignet sind deshalb elektronische Chip-Varianten.In this way, the nucleic acid pool (analyte) of a sample to be sorted on a nucleic acid array, for example on a semiconductor chip, can be hybridized with the aid of an electrical field in a particularly advantageous manner, and then the bound nucleic acids by simply reversing the polarity of the electrical field be removed. Electronic chip variants are therefore particularly suitable.
Das für das vorliegende Verfahren vorgesehene abschließende Auslesen ("Read Out") der festgelegten einzelstrangigen Nukleinsäuren erfolgt in einer bevorzugten Verfahrensvariante durch Darstellen der nun sortierten Nukleinsäure-Fraktionen als reproduzierbare Muster.In a preferred method variant, the final readout of the fixed single-stranded nucleic acids provided for the present method is carried out by displaying the now sorted nucleic acid fractions as reproducible patterns.
Unterschiedliche Muster, die aus verschiedenen Ausgangs-Analyten erhalten werden, können somit in reproduzierbarer Weise miteinander verglichen werden.Different patterns that are obtained from different starting analytes can thus be reproducibly compared with one another.
Aus diesem Grund sieht die vorliegende Erfindung neben dem eigentlichen Verfahren zum Sortieren einzelsträngiger Nukleinsäuren auch die
Verwendung dieses Verfahrens vor, wobei die Analyse einzelsträngiger Nukleinsäure-Muster, insbesondere in Schleimhaut-, Haarwurzel-, Blut-, Nerven- oder Reproduktionszellen, als bevorzugt anzusehen ist.For this reason, the present invention also sees the actual method for sorting single-stranded nucleic acids Use of this method before, the analysis of single-stranded nucleic acid patterns, in particular in mucous membrane, hair root, blood, nerve or reproductive cells, to be regarded as preferred.
Diese Zelltypen sind vor allem deshalb geeignet, da sie hohe Teiiungsraten aufweisen und auch relativ rasch auf exogene Einflüsse reagieren.These cell types are particularly suitable because they have high division rates and also react relatively quickly to exogenous influences.
Schließlich sieht die vorliegende Erfindung noch die Verwendung des beanspruchten Verfahrens zur Wirkungsdetektion von pharmazeutisch und/oder ernährungsphysiologisch wirksamen Verbindungen, wie Nahrungszusatz- oder -ergänzungsmittel, insbesondere von Mineralstoffen, Spurenelementen, organischen Säuren, wie Aminosäuren, Carbonsäuren und Fettsäuren, sowie deren Derivaten, Salzen und Mischungen vor.Finally, the present invention also provides the use of the claimed method for the detection of the activity of pharmaceutically and / or nutritionally active compounds, such as food additives or supplements, in particular of minerals, trace elements, organic acids, such as amino acids, carboxylic acids and fatty acids, and their derivatives, salts and mixtures.
Mit diesem neuen Verfahren ist es möglich, auf schnelle und preiswerte Art und Weise reproduzierbar Unterschiede im einzelstr ngigen Nukleinsäure- Pool unterschiedlicher Zellen innerhalb eines Individuums oder vergleichbarer Zellen verschiedener Individuen darzustellen, die auf Krankheiten, Mangel- oder Fehlernährung oder sonstige exogene Faktoren (Stress, Medikation) zurückzuführen sind und die sich das Ausprägungsbild (Phenotyp) betreffend beispielsweise im körperlichen und geistigen Zustand, im Verhalten und in der Psyche wiederspiegeln.With this new method it is possible to quickly and inexpensively reproduce differences in the single-stranded nucleic acid pool of different cells within an individual or comparable cells of different individuals, which are due to diseases, malnutrition or malnutrition or other exogenous factors (stress, Medication) and which are reflected in the manifestation (phenotype), for example in the physical and mental state, in behavior and in the psyche.
Das nachfolgende Beispiel und die Abbildungen veranschaulichen die genannten Vorteile des beanspruchen Verfahrens zum Sortieren einzelsträngiger Nukleinsäuren.
BeispielThe following example and the illustrations illustrate the advantages of the claimed method for sorting single-stranded nucleic acids. example
Eingesetzt wurden als Analyt je 250 ng PolyA-RNA aus Rattenleber250 ng of polyA-RNA from rat liver were used as analyte
» unbehandelter und behandelter Tiere.»Untreated and treated animals.
Bei den Tieren handelte es sich um 24 männliche Sprague-Dawley Ratten mit einem durchschnittlichen Gewicht von . 1 21 g ( ± 9,5), die in zwei Gruppen mit jeweils 1 2 Tieren eingeteilt waren. Alle Tiere erhielten per Schlundsonde viermal täglich eine halbsynthetische Diät (AIN 93G) verabreicht. Die Diät der Kontrollgruppe ("unbehandelt") enthielt 25 mg Zn/kg Diät, die der Mangelgruppe ("behandelt") 1 ,3 mg Zn/kg Diät. Nach 1 1 Tagen wurden die Tiere nach leichter Narkose dekapitiert und das Blut für biochemische Analysen in heparinisierten Röhren aufgefangen und konserviert. Die entnommenen Gewebeproben wurden schockgefroren und bei -80 ° C gelagert. Die Gesamt-RNA aus der Leber wurde mit Hilfe einer modifizierten Guanidinothiocyanat/Phenol-/Chloroform-Extraktion isoliert. Als Micro-Array wurde ein NanoChip™ Cartridge der Firma Nanogen, San Diego (USA) verwendet, dessen elektronischer Halbleiter-Chip 100 (1 0 x 10) besetzbare Plätze und 100 einzeln ansteuerbare Elektroden aufweist (maximale Ladungsdichte: ca. 109 Fragmente pro Fläche; Chipgröße: 0,7 cm2; Array-Ausdehnung: 2 mm2).The animals were 24 male Sprague-Dawley rats with an average weight of. 1 21 g (± 9.5), which were divided into two groups with 1 2 animals each. All animals received a semi-synthetic diet (AIN 93G) four times a day by gavage. The diet of the control group ("untreated") contained 25 mg Zn / kg diet, that of the deficient group ("treated") 1.3 mg Zn / kg diet. After 11 days, the animals were decapitated after light anesthesia and the blood was collected and preserved in heparinized tubes for biochemical analysis. The tissue samples taken were snap frozen and stored at -80 ° C. The total RNA from the liver was isolated using a modified guanidinothiocyanate / phenol / chloroform extraction. A NanoChip ™ cartridge from Nanogen, San Diego (USA) was used as the micro-array, the electronic semiconductor chip of which has 100 (1 x 10) occupied spaces and 100 individually controllable electrodes (maximum charge density: approx. 10 9 fragments per Area; chip size: 0.7 cm 2 ; array size: 2 mm 2 ).
Zum Auslesen der Nukleinsäure-Muster wurde eine NanoChip™ Molecular Biology Workstation der Firma Nanogen, San Diego (USA) verwendet, die über einen hochsensitiven Laser-basierten Fluoreszenz-Scanner verfügt. Sie weist zwei Laser auf, mit Anregungswellenlängen von 635 nm (Laser I) und 532 nm (Laser II).A NanoChip ™ Molecular Biology Workstation from Nanogen, San Diego (USA), which has a highly sensitive laser-based fluorescence scanner, was used to read out the nucleic acid patterns. It has two lasers, with excitation wavelengths of 635 nm (Laser I) and 532 nm (Laser II).
Die Detektion erfolgte mit Hilfe einer Photomultiplier-Methode (Strahlungswellenlänge I: 660 bis 720 nm (Cy 5); Emissionswellenlänge II: 550 bis 600 nm (Cy 3)) .
Verfahrensbeschreibung:Detection was carried out using a photomultiplier method (radiation wavelength I: 660 to 720 nm (Cy 5); emission wavelength II: 550 to 600 nm (Cy 3)). Process Description:
Die 64 Fängersubstanzen (Capture-Sonden) in Form von Oligonukleotiden, bestehend aus 1 8mer dT und 3 diskriminierenden Basen (siehe Tabelle 1 ), die an jeder dritten T-Basenstelle anstelle eines normalen Desoxyribonukleotids eine sogenannte Locked Nucleic Acid (LNA) aufwiesen, wurden mittels Spannung (2,0 Volt) an den vorgesehenen Positionen des Arrays 1 min lang konzentriert und immobilisiert (Verteilung siehe Tabelle 2) . Die Immobilisierung der biotinylierten Fängersubstanzen erfolgte durch Bindung über Streptavidin in der Agarose-Schicht von 2 Chips als Trägermatrix. Nach Immobilisierung der Capture-Sonden erfolgte die elektronische Hybridisierung. Dazu wurden die unmarkierten PolyA-RNA-Proben der behandelten und unbehandelten Tiere für 2 Minuten und unter 2, 1 Volt auf den beiden Chips hybridisiert. Nach der Hybridisierung erfolgte im Gerät eine Diskriminierungsreihe mittels Gegenspannung von -0,5 bis -1 ,08 Volt, um unspezifisch gebundene Moleküle zu entfernen. Nach der Diskriminierung wurde zur Markierung ein sogenanntes Enzymatic Reporting unter Einbau Fluoreszenz-markierter Nukleotide (Cy 5-CTP) durchgeführt. Mittels Laseranregung im Lesegerät wurde anschließend das Muster Fluoreszenz-optisch dargestellt (siehe Abbildung 3).The 64 capture substances in the form of oligonucleotides, consisting of 1 8mer dT and 3 discriminating bases (see Table 1), which had a so-called Locked Nucleic Acid (LNA) at every third T base site instead of a normal deoxyribonucleotide Concentrated and immobilized for 1 min at the intended positions of the array using voltage (2.0 volts) (for distribution see Table 2). The biotinylated capture substances were immobilized by binding via streptavidin in the agarose layer of 2 chips as the carrier matrix. After immobilization of the capture probes, the electronic hybridization took place. For this purpose, the unlabelled polyA-RNA samples of the treated and untreated animals were hybridized on the two chips for 2 minutes and under 2.1 volts. After the hybridization, a series of discrimination was carried out in the device using a counter voltage of -0.5 to -1.08 volt in order to remove non-specifically bound molecules. After the discrimination, a so-called Enzymatic Reporting was carried out with the incorporation of fluorescence-labeled nucleotides (Cy 5-CTP) for labeling. The pattern was then fluorescence-optically displayed by laser excitation in the reader (see Figure 3).
Aufgrund der dargestellten Fluoreszenz-Signale lassen sich unterschiedliche Muster der einzelstrangigen Nukleinsaure (RNA) von unbehandelten Tieren (Kontrollgruppe A) und behandelten Mangeltieren (Testgruppe B) reproduzierbar optisch darstellen.On the basis of the fluorescence signals shown, different patterns of single-stranded nucleic acid (RNA) from untreated animals (control group A) and treated deficient animals (test group B) can be reproduced optically.
Tabelle 1 : Sequenzen der 64 Capture-OligonukleotideTable 1: Sequences of the 64 capture oligonucleotides
1. 5 'Biotin-ττrττrττ7ττrττrττr-AAA (SEQ ID NO. 1 )1.5 'Biotin-ττrττrττ7ττrττrττr-AAA (SEQ ID NO.1)
2. 5 ' Biotin-TTr TTr TT7" TTr TTr TTr -AAG (SEQ ID NO. 2)2.5 'Biotin-TTr TTr TT7 " TTr TTr TTr -AAG (SEQ ID NO. 2)
3. 5 'Biotin-ττrττrττrττ7ττrττr-AAC (SEQ ID NO. 3)
. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AAT (SEQ ID NO. 4) . 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AGA (SEQ ID NO. 5) . 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AGG (SEQ ID NO. 6) . 5'Biot n-ττrττ7-ττrττrττrττr-AGC (SEQ ID NO. 7) . 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AGT (SEQ ID NO. 8)3.5 'Biotin-ττrττrττrττ7ττrττr-AAC (SEQ ID NO.3) , 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AAT (SEQ ID NO.4). 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AGA (SEQ ID NO. 5). 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AGG (SEQ ID NO.6). 5'Biot n-ττrττ7-ττrττrττrττr-AGC (SEQ ID NO.7). 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-AGT (SEQ ID NO. 8)
9. 5'Biot n-ττrττrττ7"ττrττrττr-ACA (SEQ ID NO. 9)9.5'Biot n-ττrττrττ7 " ττrττrττr-ACA (SEQ ID NO. 9)
10. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-ACG (SEQ ID NO.10)10. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-ACG (SEQ ID NO.10)
11. 5'Biot n-TTr TTT TTT TTT TTT TTT -ACC (SEQ ID NO.11)11. 5'Biot n-TTr TTT TTT TTT TTT TTT -ACC (SEQ ID NO.11)
12. 5'Bioti n-ττrττrττrττrττrττr-ACτ (SEQ ID NO.12)12. 5'Bioti n-ττrττrττrττrττrττr-ACτ (SEQ ID NO.12)
13. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-ATA (SEQ ID NO.13)13. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-ATA (SEQ ID NO.13)
14. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-ATG (SEQ ID NO.14)14. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-ATG (SEQ ID NO.14)
15. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-Aτc (SEQ ID NO.15)15. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-Aτc (SEQ ID NO.15)
16. 5'Biot n-ττrττrττrττ7-ττrττr-ATT (SEQ ID NO.16)16. 5'Biot n-ττrττrττrττ7-ττrττr-ATT (SEQ ID NO.16)
17. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GAA (SEQ ID NO.17)17. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GAA (SEQ ID NO.17)
18. 5'Biot n-TT7 TTT TTT TTT TTT TTT -GAG (SEQ ID NO.18)18.5'Biot n-TT7 TTT TTT TTT TTT TTT -GAG (SEQ ID NO.18)
19. 5'Biot n-ττr TTr TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ -GAC (SEQ ID NO.19)19. 5'Biot n-ττr TTr TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ -GAC (SEQ ID NO.19)
20. 5'Biot Π-TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ -GAT (SEQ ID NO.20)20. 5'Biot Π-TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ TTΓ -GAT (SEQ ID NO.20)
21. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GGA (SEQ ID NO.21 )21. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GGA (SEQ ID NO.21)
22. 5'Biot n-ττrττrττ7ττrττrττr-GGG (SEQ ID NO.22)22. 5'Biot n-ττrττrττ7ττrττrττr-GGG (SEQ ID NO.22)
23. 5'Biot n-TT7 TTT TTT TTT TTT TTT -GGC (SEQ ID NO.23)23. 5'Biot n-TT7 TTT TTT TTT TTT TTT -GGC (SEQ ID NO.23)
24. 5'Biot n-ττrττ7ττrττrττrττr-GGT (SEQ ID NO.24)24. 5'Biot n-ττrττ7ττrττrττrττr-GGT (SEQ ID NO.24)
25. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GCA (SEQ ID NO.25)25. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GCA (SEQ ID NO.25)
26. 5'Biot n-TT7 TTT TT7 TTr TT7 TTr -GCG (SEQ ID NO.26)26. 5'Biot n-TT7 TTT TT7 TTr TT7 TTr -GCG (SEQ ID NO.26)
27. 5'Biot n-TTrTTrTTrTT7-TT7TTr-GCC (SEQ ID NO.27)27. 5'Biot n-TTrTTrTTrTT7-TT7TTr-GCC (SEQ ID NO.27)
28. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GCτ (SEQ ID NO.28)28. 5'Biot n-ττrττrττrττrττrττr-GCτ (SEQ ID NO.28)
29. 5'Biot n-ττrττrττ7ττrττrττr-GTA (SEQ ID NO.29)29. 5'Biot n-ττrττrττ7ττrττrττr-GTA (SEQ ID NO.29)
30. 5'Biot n-ττrττrττ7"ττrττrττr-GTG (SEQ ID NO.30)30. 5'Biot n-ττrττrττ7 " ττrττrττr-GTG (SEQ ID NO.30)
31. 5'Biot n-ττrττrττ7ττrττrττr-Gτc (SEQ ID NO.31)31. 5'Biot n -ττrττrττ7ττrττrττr-Gτc (SEQ ID NO.31)
32. 5'Biot n-TTrTT7TT7-TTrTT7TTr-GTT (SEQ ID NO.32)32.5'Biot n-TTrTT7TT7-TTrTT7TTr-GTT (SEQ ID NO.32)
33. 5'Biot n-TTrTT7TT7TTrTT7TTr-CAA (SEQ ID NO.33)33.5'Biot n-TTrTT7TT7TTrTT7TTr-CAA (SEQ ID NO.33)
34. 5'Biot n-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CAG (SEQ ID NO.34)34.5'Biot n-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CAG (SEQ ID NO.34)
35. 5'Biot n-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CAC (SEQ ID NO.35)
36. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CAT (SEQ ID NO.36)35.5'Biot n-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CAC (SEQ ID NO.35) 36.5 ' Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CAT (SEQ ID NO.36)
37. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CGA (SEQ ID NO.37)37.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CGA (SEQ ID NO.37)
38. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CGG (SEQ ID NO.38)38.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CGG (SEQ ID NO.38)
39. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CGC (SEQ ID NO.39) 40. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CGT (SEQ ID NO.40)39.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CGC (SEQ ID NO.39) 40.5 ' Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CGT (SEQ ID NO.40)
41. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCA (SEQ ID NO.41 )41.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCA (SEQ ID NO.41)
42. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCG (SEQ ID NO.42)42.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCG (SEQ ID NO.42)
43. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCC (SEQ ID NO.43)43.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCC (SEQ ID NO.43)
44. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCT (SEQ ID NO.44) 45. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CTA (SEQ ID NO.45)44.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CCT (SEQ ID NO.44) 45.5''Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CTA (SEQ ID NO.45)
46. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CTG (SEQ ID NO.46)46.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -CTG (SEQ ID NO.46)
47. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CTC (SEQ ID NO.47)47.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CTC (SEQ ID NO.47)
48. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CTT (SEQ ID NO.48)48.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-CTT (SEQ ID NO.48)
49. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TAA (SEQ ID NO.49) 50. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TAG (SEQ ID NO.50)49.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TAA (SEQ ID NO.49) 50.5''Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TAG (SEQ ID NO.50)
51. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TAC (SEQ ID NO.51)51.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TAC (SEQ ID NO.51)
52. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TAT (SEQ ID NO.52)52.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TAT (SEQ ID NO.52)
53. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TGA (SEQ ID NO.53)53.5 ' Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TGA (SEQ ID NO.53)
54. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TGG (SEQ ID NO.54) 55. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TGC (SEQ ID NO.55)54.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TGG (SEQ ID NO.54) 55.5 ' Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TGC (SEQ ID NO.55)
56. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TGT (SEQ ID NO.56)56.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TGT (SEQ ID NO.56)
57. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TCA (SEQ ID NO.57)57.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TCA (SEQ ID NO.57)
58. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TCG (SEQ ID NO.58)58.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TCG (SEQ ID NO.58)
59. 5 ' Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TCC (SEQ ID NO.59) 60. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TCT (SEQ ID NO.60)59.5 'Biotin-TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 TT7 -TCC (SEQ ID NO.59) 60.5''Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TCT (SEQ ID NO.60)
61. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTA (SEQ ID NO.61)61.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTA (SEQ ID NO.61)
62. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTG (SEQ ID NO.62)62.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTG (SEQ ID NO.62)
63. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTC (SEQ ID NO.63)63.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTC (SEQ ID NO.63)
64. 5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTT (SEQ ID NO.64)
Tabelle 2: Verteilung der Fängersubstanzen (Capture-Sonden) auf einem Chip
64.5'Biotin-TT7TT7TT7TT7TT7TT7-TTT (SEQ ID NO.64) Table 2: Distribution of capture substances (capture probes) on a chip
Dargestellt ist die Verteilung der Fängersubstanzen auf einem Chip mit 1 0 x 10 Besetzungsplätzen; die Spalten 1 und 2 enthalten sequenzspezifische Kontrollgen-Oligonukleotide; leere Felder bedeuten unbesetzte Chipplätze.The distribution of the capture substances is shown on a chip with 1 0 x 10 filling positions; columns 1 and 2 contain sequence-specific control gene oligonucleotides; empty fields mean vacant chip spaces.
Die Read Out-Muster sind in Abbildung 1 gezeigt: (A) Kontroll- und (B) Mangeltier-RNA. Es sind signifikante Unterschiede in den Mustern beider Tiergruppen zu erkennen, die eine diagnostisch relevante Aussage ermöglichen.
The read out patterns are shown in Figure 1: (A) control and (B) manganese RNA. Significant differences can be seen in the patterns of both groups of animals, which enable a diagnostically relevant statement.