CN115335399A - 针对gprc5d靶结合结构域的抗独特型抗体以及相关组合物和方法 - Google Patents

针对gprc5d靶结合结构域的抗独特型抗体以及相关组合物和方法 Download PDF

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Abstract

提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体特异性识别抗GPRC5D抗体部分，特别是存在于重组受体中的抗GPRC5D抗体部分，所述重组受体包括嵌合抗原受体(CAR)。本公开文本进一步涉及抗独特型抗体用于特异性鉴定和/或选择表达此类重组受体的细胞诸如抗GPRC5D CAR T细胞的用途。本公开文本进一步涉及抗独特型抗体特异性激活此类细胞的用途。

Description

针对GPRC5D靶结合结构域的抗独特型抗体以及相关组合物和 方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年12月6日提交的标题为“ANTI-IDIOTYPIC ANTIBODIES TOGPRC5D-TARGETED BINDING DOMAINS AND RELATED COMPOSITIONS AND METHODS[针对GPRC5D靶结合结构域的抗独特型抗体以及相关组合物和方法]”的美国临时申请62/945,064和2020年8月5日提交的标题为“ANTI-IDIOTYPIC ANTIBODIES TO GPRC5D-TARGETEDBINDING DOMAINS AND RELATED COMPOSITIONS AND METHODS[针对GPRC5D靶结合结构域的抗独特型抗体以及相关组合物和方法]”的美国临时申请63/061,757的优先权，出于所有目的将其内容通过引用以其整体并入本文。
通过引用并入序列表
本申请是与电子格式的序列表一起提交申请的。序列表以2020年11月21日创建的名为735042022640SeqList.txt的文件提供，其大小为31,026字节。将在电子格式的序列表中的信息通过引用以其整体并入。
技术领域
在一些方面，本公开文本涉及抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别针对G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)的抗体，即抗GPRC5D抗体部分，特别是存在于重组受体(包括嵌合抗原受体(CAR))中的抗GPRC5D抗体部分。本公开文本进一步涉及抗独特型抗体用于特异性鉴定、检测或选择表达此类重组受体的细胞诸如抗GPRC5D CAR T细胞的用途。本公开文本进一步涉及抗独特型抗体特异性激活此类细胞的用途。
背景技术
有方法可用于使用表达重组受体(诸如含有胞外抗体抗原结合结构域的嵌合抗原受体(CAR))的工程化细胞的过继细胞疗法。各种策略可用于评估此类细胞在体外或体内对受试者的活性。需要改善的方法来特异性地评估CAR表达细胞的活性。提供了满足此类需求的方法、组合物和制品。
发明内容
本文提供了结合至或识别抗体及其抗原结合片段(包括抗体片段诸如scFv以及含有其的嵌合分子诸如嵌合抗原受体)的药剂。还提供了含有此类药剂的组合物和制品，包括包含所述药剂结合的表面(诸如固体表面，例如，板或珠)的那些。本文提供的实施方案还包括此类试剂、组合物和制品的用途和使用方法，包括用于检测、使用、操纵和/或刺激含有或疑似含有抗体或嵌合分子的细胞或疗法，诸如在CAR表达细胞的检测、刺激或使用中。
在一些实施方案中，本文提供了一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含：包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的重链可变(VH)区；以及包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的轻链可变(VL)区。
在一些实施方案中，本文还提供了一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含：VH区，所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及VL区，所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文还提供了一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含：VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的重链互补决定区1(CDR-H1)、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的轻链互补决定区1(CDR-L1)、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中，本文还提供了一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：VH区，所述VH区包含CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:25中所含的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3氨基酸序列；以及VL区，所述VH区包含CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:26中所含的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；并且所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列；并且所述VL区包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：重链，所述重链包含与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：包含SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列的重链；以及包含SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列的轻链。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
在任何此类实施方案中的一些中，所述单链片段包含定位在所述VH区与所述VL区之间的柔性接头。在任何此类实施方案中的一些中，所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段的单链片段是单链可变片段(scFv)。在任何此类实施方案中的一些中，所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至或识别所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的互补决定区(CDR)内的表位或包括其全部或部分。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段在或包含在嵌合抗原受体(CAR)的胞外部分的抗原结合结构域中；和/或所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合包括在或包含在CAR的胞外部分的抗原结合结构域中的所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段在或包含在嵌合抗原受体(CAR)的胞外部分的抗原结合结构域中；和/或所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合包括在或包含在CAR的胞外部分的抗原结合结构域中的所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。在任何此类实施方案中的一些中，所述scFv在或包含在CAR的胞外部分中；和/或所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合包括或包含在CAR的胞外部分中的所述scFv。在任何此类实施方案中的一些中，所述scFv在或包含在CAR的胞外部分中；和/或所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合包括或包含在CAR的胞外部分中的所述scFv。在一些实施方案中，所述CAR含有胞外结构域，所述胞外结构域含有抗原结合结构域，所述抗原结合结构域是或包含抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段，诸如scFv，例如SEQ ID NO:9中所示；跨膜结构域；和胞内结构域，所述胞内结构域含有CD3ζ信号传导结构域和共刺激信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激信号传导结构域是CD28(诸如人CD28)的胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激信号传导结构域是4-1BB(诸如人4-1BB)的胞内信号传导结构域。在任何此类实施方案中的一些中，所述CAR进一步包含经由间隔子与所述抗原结合结构域连接的跨膜结构域。在任何此类实施方案中的一些中，所述间隔子是免疫球蛋白间隔子，任选地其中所述间隔子包含SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述间隔子包含SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述跨膜结构域包含CD28的跨膜部分，所述CD28任选地是人CD28。在任何此类实施方案中的一些中，所述跨膜结构域包含人CD28的跨膜部分。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至所述CAR的间隔子结构域中的表位。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合或不特异性结合至CD28或其部分，所述CD28任选地是人CD28。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合或不特异性结合至人CD28或其部分。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至Fc结构域中的表位，所述Fc结构域任选地是人IgG1 Fc结构域。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至人IgG1 Fc结构域中的表位。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段结合至或识别人G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是包含所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的CAR的激动剂。
在任何此类实施方案中的一些中，当在溶液中时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂。
在任何此类实施方案中的一些中，当被固定至支持物或固定相时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂，任选地其中所述支持物或固定相是板或珠。在一些实施方案中，所述支持物是板或珠。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合至所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段与所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的结合亲和力(EC50)和/或解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1nM。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段与所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是人源化的。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是重组的。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是单克隆的。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是抗原结合片段。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗原结合片段选自Fab片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、scFv和单结构域抗体。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含免疫球蛋白恒定区的至少一部分。在任何此类实施方案中的一些中，免疫球蛋白恒定区的所述至少一部分包含Fc区或所述Fc的包含CH2和CH3结构域的部分。在任何此类实施方案中的一些中，所述恒定区源自人IgG。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含重链和/或轻链的免疫球蛋白恒定区的至少一部分。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含含有Fc区或所述Fc的包含CH2和CH3结构域的部分的重链恒定区和/或含有CL结构域的轻链恒定区。在任何此类实施方案中的一些中，所述恒定区来自IgG，任选地IgG1。在任何此类实施方案中的一些中，所述恒定区来自IgG1。在任何此类实施方案中的一些中，所述轻链恒定区来自κ轻链。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是完整抗体或全长抗体。
在一些实施方案中，本文还提供了一种缀合物，所述缀合物包含此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段和异源分子或部分。
在任何此类实施方案中的一些中，所述异源分子或部分是标记。在任何此类实施方案中的一些中，所述标记选自荧光染料、荧光蛋白、放射性同位素、发色团、金属离子、金颗粒、银颗粒、磁性颗粒、多肽、酶、链霉亲和素、生物素、发光化合物和寡核苷酸。在任何此类实施方案中的一些中，所述异源分子或部分是蛋白质、肽、核酸或小分子，其任选地是或包含毒素或Strep-标签。在任何此类实施方案中的一些中，所述异源分子或部分是或包含Strep-标签。
在一些实施方案中，本文还提供了一种或多种核酸分子，其编码此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段的重链和/或轻链。
在任何此类实施方案中的一些中，所述一种或多种核酸分子包含：编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:25中所示的重链可变区，(ii)与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链可变区，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:26中所示的轻链可变区，(v)与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链可变区，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述一种或多种核酸分子包含：编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:27中所示的重链，(ii)与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:28中所示的轻链，(v)与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
在任何此类实施方案中的一些中，编码所述重链和/或所述轻链的核苷酸序列包含信号序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述一种或多种核酸分子包含选自SEQ IDNO:29-32的一个或多个核苷酸序列。
在一些实施方案中，本文还提供了一种载体，所述载体包含此类实施方案中任一项的一种或多种核酸分子。
在一些实施方案中，本文还提供了一种细胞，所述细胞包含此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段、此类实施方案中任一项的核酸分子或此类实施方案中任一项的载体。
在一些实施方案中，本文还提供了一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在合适的宿主细胞中表达由此类实施方案中任一项的一种或多种核酸分子或此类实施方案中任一项的载体编码的重链和/或轻链；以及回收或分离所述抗体。
在一些实施方案中，本文还提供了一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在表达所述重链和/或轻链的条件下培养此类实施方案中任一项的细胞；以及回收或分离所述抗体。
在一些实施方案中，本文还提供了一种由此类实施方案中任一项的方法产生的抗独特型抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，本文还提供了一种组合物，所述组合物包含此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段、此类实施方案中任一项的缀合物或此类实施方案中任一项的细胞。
在任何此类实施方案中的一些中，所述组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
在一些实施方案中，本文还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包含此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段、此类实施方案中任一项的缀合物和此类实施方案中任一项的一种或多种核酸分子中的一种或多种以及任选地使用说明书。
在任何此类实施方案中的一些中，所述试剂盒进一步包含用于固定所述抗独特型抗体或其抗原结合片段或所述缀合物的试剂或支持物，其中所述试剂或支持物是珠、柱、微孔、棒、过滤器、条或可溶性寡聚链霉亲和素突变蛋白试剂。
在一些实施方案中，本文还提供了一种检测靶抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物接触；以及(b)检测与所述靶抗体或其抗原结合片段结合的所述抗独特型抗体。
在任何此类实施方案中的一些中，所述靶抗体或其抗原结合片段与细胞结合或在细胞表面上表达，并且(b)中的检测包括检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
在任何此类实施方案中的一些中，所述细胞在其表面上表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR。
在一些实施方案中，本文还提供了一种检测包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的方法，所述方法包括：(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物接触；以及(b)检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段被直接或间接标记用于检测。
在一些实施方案中，本文还提供了一种从细胞群体中选择细胞的方法，所述方法包括：(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞群体或与靶抗体或其抗原结合片段结合的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物接触；以及(b)选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
在任何此类实施方案中的一些中，通过基于亲和力的分离来选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的所述细胞。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是通过流式细胞术的。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是通过磁性激活细胞分选的。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段可逆地结合或固定至支持物或固定相。
在一些实施方案中，本文还提供了一种刺激细胞的方法，所述方法包括将包含表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞的输入组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物一起孵育，从而产生包含受刺激细胞的输出组合物。
在一些实施方案中，本文还提供了一种生产细胞组合物的方法，所述方法包括：(a)向细胞中引入一种或多种编码CAR的核酸分子，从而产生输入组合物；以及(b)将所述输入组合物与特异性结合至所述CAR的抗原受体的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物一起孵育，从而产生所述细胞组合物。
在任何此类实施方案中的一些中，(a)中的引入包括通过病毒转导、转座、电穿孔或化学转染将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
在任何此类实施方案中的一些中，(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的病毒载体转导将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中，任选地其中所述病毒载体是逆转录病毒载体或慢病毒载体。在一些实施方案中，所述病毒载体是逆转录病毒载体或慢病毒载体。
在任何此类实施方案中的一些中，(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的转座子转座将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
在任何此类实施方案中的一些中，(a)中的引入包括通过电穿孔或转染包含所述一种或多种核酸分子的载体将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
在任何此类实施方案中的一些中，所述方法进一步包括在步骤(a)之前激活所述细胞的步骤。在任何此类实施方案中的一些中，所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与CD3激动剂和任选地CD28激动剂接触。在任何此类实施方案中的一些中，所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与包含激动性抗CD3和抗CD28抗体的试剂接触。
在任何此类实施方案中的一些中，所述孵育在所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至所述CAR的条件下进行，从而在所述输入组合物中的一个或多个细胞中诱导或调节信号。在任何此类实施方案中的一些中，所述细胞包括T细胞。在任何此类实施方案中的一些中，所述T细胞包括CD4+和/或CD8+ T细胞。
在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至固体支持物，所述固体支持物任选地包含或缀合到试剂，所述试剂包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。在任何此类实施方案中的一些中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至可溶性试剂，所述可溶性试剂任选地是或包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。在任何此类实施方案中的一些中，所述试剂包括链霉亲和素突变蛋白。
在任何此类实施方案中的一些中，所述孵育持续至少或约至少5分钟、10分钟、30分钟、60分钟、2小时、6小时、12小时、24小时、36、48小时、72小时或96小时。
在任何此类实施方案中的一些中，所述输入组合物包含作为占所述组合物中的总细胞的百分比少于或少于约60％、少于或少于约50％、少于或少于约40％、少于或少于约30％、少于或少于约20％或者少于或少于约10％的CAR表达细胞。
在任何此类实施方案中的一些中，所述输出组合物中CAR表达细胞的数量与所述输入组合物中CAR表达细胞的数量相比增加了大于1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、10倍或更多；和/或与所述组合物中的总细胞相比，所述输出组合物中CAR表达细胞的百分比增加了大于10％、20％、40％、50％、60％、70％、80％或更多。
在任何此类实施方案中的一些中，在所述引入和/或所述孵育之前，不针对CAR表达细胞进行所述细胞的选择或富集。
在一些实施方案中，本文还提供了一种纯化抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物接触；以及(b)分离包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物。
在任何此类实施方案中的一些中，包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的所述复合物通过基于亲和力的分离来分离。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是基于磁性的分离。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
在一些实施方案中，本文还提供了一种耗尽细胞的方法，所述方法包括向受试者施用包含特异性结合至靶抗体或其抗原结合片段的此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物的组合物，其中所述受试者已被施用表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
在任何此类实施方案中的一些中，所述耗尽是通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)进行的。
在任何此类实施方案中的一些中，所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
在任何此类实施方案中的一些中，所述单链片段包含scFv。在任何此类实施方案中的一些中，所述单链片段是单链可变片段(scFv)。
在任何此类实施方案中的一些中，所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ IDNO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
在任何此类实施方案中的一些中，所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。在任何此类实施方案中的一些中，所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文还提供了一种制品，所述制品包含此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或其抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物以及使用所述抗独特型抗体或其抗原结合片段进行以下项目的说明书：检测靶抗体或其抗原结合片段或包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR；和/或从细胞群体中选择或富集表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的工程化细胞；和/或刺激输入组合物，所述输入组合物包含表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
在一些实施方案中，本文还提供了一种制品，所述制品包含：结合试剂，所述结合试剂包含含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR的胞外结构域，所述胞外结构域或其部分包含所述靶抗体或其抗原结合片段；以及此类实施方案中任一项的抗独特型抗体或抗原结合片段或此类实施方案中任一项的缀合物。
在任何此类实施方案中的一些中，所述结合试剂是第一结合试剂，并且所述制品进一步包含第二结合试剂，所述第二结合试剂包含所述CAR的胞外结构域或其部分。
在任何此类实施方案中的一些中，所述第一结合试剂和第二结合试剂的CAR或其部分的胞外结构域相同。
在任何此类实施方案中的一些中，所述制品进一步包含使用所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和第二结合试剂以使用免疫测定来测定样品中的与所述结合试剂结合的分子的存在或不存在的说明书，任选地其中所述免疫测定是桥式免疫测定或夹心免疫测定，任选地其中所述样品来自已被施用细胞疗法的受试者，所述细胞疗法包含用包含靶抗体的CAR工程化的细胞，所述靶抗体是所述或其抗原结合片段。
在任何此类实施方案中的一些中，所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和/或第二结合试剂被可检测地标记或能够产生可检测信号。
在任何此类实施方案中的一些中，所述第一结合试剂和第二结合试剂之一附接至固体支持物或能够附接至固体支持物，并且所述第一结合试剂和第二结合试剂中的另一个被可检测地标记或能够产生可检测信号。
在任何此类实施方案中的一些中，所述制品进一步包含固体支持物，任选地其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一直接或间接与生物素连接，并且所述固体支持物包含链霉亲和素包被的表面。
在任何此类实施方案中的一些中，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。在任何此类实施方案中的一些中，所述单链片段包含scFv。在任何此类实施方案中的一些中，所述单链片段是单链可变片段(scFv)。
在任何此类实施方案中的一些中，所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ IDNO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
在任何此类实施方案中的一些中，所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。在任何此类实施方案中的一些中，所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
附图说明
图1A和图1B描绘了测定的结果，其中通过以下方式评估抗独特型(抗ID)抗体的特异性结合至用抗GPRC5D CAR工程化的T细胞的能力：将抗ID抗体与用抗GPRC5DCAR或对照CAR工程化的T细胞一起孵育，并且然后检测结合水平。
图2A-2B描绘了测定的结果，所述测定使用用抗GPRC5D CAR或对照CAR工程化的报告细胞系，将其与可溶性抗ID抗体或板结合的抗ID抗体一起孵育来测试某些抗ID抗体对T细胞刺激的激动活性。
图3描绘了测定的结果，所述测定测试了候选抗ID抗体的特异性结合至经工程化以表达抗GPRC5D CAR的原代T细胞的能力。
具体实施方式
本文提供了诸如抗独特型抗体及其抗原结合片段的药剂，其结合至或识别抗GPRC5D抗体部分(诸如重组受体(包括嵌合抗原受体)中存在的抗GPRC5D抗体部分)。还提供了其用途和使用方法，以及包含此类药剂的组合物和制品，包括用于特异性鉴定、选择和/或刺激和/或激活表达或包含靶抗体或片段的细胞，诸如抗GPRC5D CAR T细胞。在一些实施方案中，所提供的抗体可以用于特异性鉴定和/或选择各种抗GPRC5D CAR，诸如结合至细胞表面或在细胞表面上表达的CAR，并且也可以用于特异性激活表达靶CAR的细胞，诸如CAR T细胞。在一些实施方案中，提供了抗体，所述抗体特异于所提供的抗GPRC5D抗体或源自其的抗体片段，包括含有源自此类抗体的可变区的抗体和CAR和/或含有其中所含独特位的抗体。
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异于抗GPRC5D抗体或源自其的抗体片段，包括含有源自此类抗GPRC5D抗体的可变区的抗GPRC5D抗体和CAR和/或含有其中所含独特位的抗GPRC5D抗体。所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段可以用作用于各种目的的试剂，包括基于检测、身份或选择或鉴定重组受体(例如，CAR)中存在的靶抗体的能力；激动工程化细胞的活性的能力，所述工程化细胞含有或表达具有含有靶抗体的胞外结构域和胞内信号传导结构域的重组受体(例如，CAR)；或拮抗或阻断靶抗体(例如，由工程化细胞表达的重组受体中存在的)与其靶抗原的结合。
在一些实施方案中，提供了其用途和使用方法，以及包含此类抗独特型抗体或其抗原结合片段的组合物和制品，包括用于特异性检测、鉴定或选择工程化细胞，所述工程化细胞表达或包含作为由工程化细胞(诸如抗GPRC5D CAR T细胞)表达或在其上表达的重组受体(例如，CAR)的一部分靶抗体或片段。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段可以用于特异性鉴定和/或选择各种抗GPRC5D CAR，诸如结合至细胞表面或在其上表达的CAR。
在一些实施方案中，提供了其用途和使用方法，以及包含此类抗独特型抗体或其抗原结合片段的组合物和制品，用于激动、刺激或激活工程化细胞，所述工程化细胞含有或表达重组受体(例如，CAR)，所述重组受体具有含有抗GPRC5D靶抗体的胞外结构域和胞内信号传导结构域。在此类实施方案中，所提供的抗独特型抗体及其抗原结合片段包括这样的抗独特型抗体和抗原结合片段，其中结合至作为由工程化细胞表达或在其上表达的重组受体(例如，CAR)的胞外结构域的一部分所含的靶抗体或片段导致刺激或激活工程化细胞的激动剂活性。在一些实施方案中，结合至构成重组受体的靶抗体会激活重组受体的信号传导结构域以启动或介导下游信号传导事件，从而导致细胞中转录因子或其他信号传导分子的激活、工程化细胞的增殖、细胞因子的产生、细胞毒性活性或其他效应子活性。在一些实施方案中，所提供的抗体可以用于特异性刺激或激活表达靶CAR的细胞，诸如CAR T细胞。
在一些方面，与用于检测、鉴定、操纵和/或影响和/或工程化表达CAR并且特别是含有抗GPRC5D抗体scFv胞外结构域的CAR或含有识别的独特型的CAR的细胞的常规试剂相比，所提供的抗独特型抗体提供了优点。在某些可用的方法中，检测样品中CAR或CAR表达细胞的存在或不存在或量(和/或CAR的刺激或操纵)通过评估替代分子的存在或不存在或量来进行，所述替代分子诸如包含在编码CAR的构建体中并且因此用作其表达的间接或替代标记物的替代分子。在某些可用的方法中，使用通用抗体试剂和/或不特异于所评估的特定CAR的试剂(例如，与可能具有除抗原结合区以外的相似或相同结构域的其他CAR相比)进行检测；例如，此类抗体可以包含识别间隔子或来自CAR结构域来源物种的其他结构域的抗物种抗体和/或识别在靶标以及还有其他嵌合受体的间隔子区中使用的特定组分的抗体。在设计用于检测CAR的存在或不存在的某些可用方法中，使用识别CAR恒定区的试剂进行检测。在一些情况下，针对替代分子或标记物的试剂也可能不适合特异性刺激或诱导工程化细胞(例如，CAR-T细胞)的激活，因为替代标记物或分子不含信号传导结构域或因为信号传导结构域经由从CAR不同的信号传导通路来介导信号传导。在某些可用的方法中，通过使用通用试剂诸如抗CD3/CD28识别剂来刺激CAR细胞。某些方法使用CAR的重组配体(例如，GPRC5D-Fc)。此类方法在某些上下文中可能不是完全令人满意的和/或具有某些限制。在一些情况下，CAR配体诸如GPRC5D可能不总是完全有效，例如，对于在复杂流式细胞术组套中使用或如果希望使用可溶性试剂进行激动剂介导的刺激。在一些情况下，CAR配体诸如GPRC5D或GPRC5D-Fc可能不总是完全有效，例如，因为对于某些用途(例如，对于在复杂流式细胞术组套中使用或如果希望使用可溶性试剂进行激动剂介导的刺激)，配体对CAR或其形式或结构的亲和力可能不是最佳的。需要改善的方法和药剂，包括提供改善的灵敏度和/或选择性的那些。本文提供了满足此类需要的实施方案。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体及其抗原结合片段克服了这些挑战中的一项或多项，包括关于与靶抗体配体相关的低结合亲和力和/或与针对靶抗体恒定区的抗体试剂相关的非特异性结合的挑战。所提供的抗独特型抗体包括这样的抗体，其提供了对其靶抗体或其抗原结合片段具有高亲和力和特异性两者的试剂。在一些实施方案中，与GPRC5D-Fc和目前可用于检测或鉴定CAR的其他试剂相比，所提供的抗体对其靶抗体或其抗原结合片段(诸如所提供的抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)展现出更大的特异性和结合亲和力。
在一些实施方案中，所提供的方法和用途包括体外或离体方法和用途，包括用于检测或定量含有抗GPRC5D靶抗体作为其胞外抗原结合结构域的一部分的重组受体(例如，CAR)在工程化细胞上的表达或用于评估或监测表达重组受体(例如，CAR)的工程化细胞的功能活性的那些。在一些实施方案中，所提供的方法和用途包括体内方法和用途，涉及将抗独特型抗体施用于已施用或有待施用表达其中抗GPRC5D靶抗体构成胞外结构域的重组受体(例如，CAR)的工程化细胞的受试者，包括用于检测受试者中的此类工程化细胞的方法；用于在受试者体内刺激或激活此类工程化细胞的方法；或在一些情况下用于在受试者体内消融或杀伤工程化细胞的方法。此外，在某些实施方案中，本文提供的抗独特型抗体及其抗原结合片段包括选择作为包含其靶标抗体或其抗原结合片段的嵌合受体的激动剂或拮抗剂的那些，从而允许选择性检测、分离、消融和/或耗尽(例如，经由抗体依赖性细胞介导的细胞毒性ADCC杀伤)和/或刺激或激活具有结合至其表面或在其表面上表达的此类嵌合受体的细胞。本文提供了抗独特型抗体激动剂，其展现出刺激(诸如激活)CAR的活性，所述CAR含有源自所提供的抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的胞外结合结构域。在一些方面，此类抗体可以用于刺激和扩增特定的CAR表达细胞的方法，包括用于产生和制备CAR表达细胞的方法。
在某些实施方案中，在所提供的抗独特型抗体及其抗原结合片段中，本文提供了选择作为在其胞外结构域中含有所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的重组受体(诸如CAR)的激动剂的那些，从而允许选择性刺激或激活具有结合至其表面或在其表面上表达的此类重组受体(例如，CAR)的细胞。在一些实施方案中，本文提供了作为激动剂的抗独特型抗体，所述激动剂展现出刺激(诸如激活)CAR的活性，所述CAR含有源自抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的胞外结合结构域。在一些方面，此类抗体可以用于特异性刺激或激活CAR表达细胞的方法中。在特定的实施方案中，所述重组受体(例如，CAR)含有信号传导结构域，当被激动剂抗独特型抗体或抗原结合片段接合时，所述信号传导结构域能够诱导或激活工程化细胞中的一种或多种下游信号传导级联，导致转录因子的激活增加、效应基因的表达的改变或靶蛋白的激活或抑制、细胞中的磷酸化或去磷酸化事件、或一种或多种效应子功能。例如，所提供的含有靶抗GPRC5D抗体的重组受体包括含有胞内结构域的抗GPRC5D CAR，所述胞内结构域具有CD3ζ信号传导结构域以及在一些情况下共刺激信号传导结构域(例如，4-1BB信号传导结构域)。在一些实施方案中，所提供的激动剂抗独特型抗体或抗原结合片段与T细胞上表达的CAR的结合导致中的一种或多种：NF-κB激活、Nur77表达的上调、炎性细胞因子产生(例如，IFN-γ、TNF-α)的诱导、T细胞增殖和/或细胞毒性活性。例如，如本文例子中所示，某些抗独特型抗体或抗原结合片段展现出激动剂活性，以刺激或激活含有靶抗GPRC5D抗原结合结构域的CAR-T细胞，包括能够诱导Nur77表达(例如，基于报告物测定中的报告物表达)、细胞因子的增殖和/或产生。在一些实施方案中，刺激或激活的方法是重组受体(例如，CAR)依赖性或特异性的。在一些实施方案中，刺激或激活重组受体(例如，CAR)工程化细胞的方法可以在体外或离体进行，诸如在特异性刺激和扩增CAR表达细胞的方法中，包括在产生和制备CAR表达细胞的方法中。在一些实施方案中，刺激或激活的方法可以在先前已接受重组受体(例如，CAR)工程化细胞施用的受试者体内进行，诸如以在受试者体内重新激发或诱导工程化细胞的扩增，例如在受试者中观察或检测到工程化细胞的峰值数量时或之后的时间。
在某些实施方案中，在所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段中，本文提供了可用于在受试者中诱导或消融细胞杀伤的方法中的那些。在此类实施方案的特定方面，所述抗独特型抗体是含有Fc区的抗体，例如是全长抗体的完整体。通常，Fc区经由Fc与激活性Fc受体(例如，FcγRIII，诸如在NK细胞上表达的)的结合(这可以介导抗体依赖性细胞毒性(ADCC))而负责效应子功能。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体与工程化细胞上表达的重组受体(例如，CAR)的靶抗体的结合导致体内工程化细胞的消融和/或耗尽，例如，通过经由抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)的杀伤。在一些实施方案中，此类方法或用途可以在向受试者施用抗独特型抗体或抗原结合片段后诸如在受试者已接受工程化细胞施用后的某个时间在体内进行。在一些实施方案中，在受试者不再希望工程化细胞(例如，CAR T细胞)的活性时的时间，例如，如果受试者展现出无法以其他方式通过抗炎剂或类固醇消退的一种或多种严重毒性体征或症状，可以将所提供的抗独特型抗体施用于受试者。
本文还提供了编码所提供的抗独特型抗体和片段的核酸，以及表达和产生这些抗独特型抗体和片段的细胞，诸如重组细胞。还提供了制备和使用抗独特型抗体和片段以及表达或含有抗独特型抗体和片段的细胞的方法。
本申请中提及的所有出版物(包括专利文献、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用以其整体并入，在程度上如同每个单独的出版物通过引用单独并入。如果本文所述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开的申请和其他出版物中所述的定义相反或在其他方面不一致，则本文所述的定义优先于通过引用并入本文的定义。
本文使用的章节标题只是出于组织的目的，而不应解释为限制所描述的主题。
I.抗独特型抗体
在一些方面，提供了结合至或识别靶抗GPRC5D抗体部分的结合分子，诸如抗独特型抗体或其抗原结合片段(“抗ID”)。
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体，其包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的重链可变(VH)区以及含有SEQID NO:8中所示的氨基酸序列的轻链可变(VL)区。在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体，其包含具有SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的重链互补决定区1(CDR-H1)、具有SEQ ID NO:2中所示的氨基酸序列的CDR-H2和具有SEQ ID NO:3中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及具有SEQ ID NO:4中所示的氨基酸序列的轻链互补决定区1(CDR-L1)、具有SEQ ID NO:5中所示的氨基酸序列的CDR-L2和具有SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的CDR-L3。在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体，其为单链片段，其中单链片段的VL区和VH区通过包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列的柔性接头连接。在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体，其为包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列的单链可变片段(scFv)。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体包括结合至或识别源自靶抗GPRC5D抗体的可变结构域(Fv)诸如单链Fv(scFv)的抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体结合至或识别Fv的特定表位或区域，通常是包含一个或多个互补决定区的表位或区域。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体结合至或识别与Fv互补位重叠的表位或区域。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体包括特异性结合至源自靶抗GPRC5D抗体的可变结构域(Fv)诸如单链Fv(scFv)的抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体包括结合至或识别作为靶嵌合抗原受体(CAR)的胞外结构域的一部分而包含的抗GPRC5D部分的那些。在一些实施方案中，靶CAR含有抗原结合部分，所述抗原结合部分含有靶抗体分子或者靶抗体的抗原结合片段或部分。在一些实施方案中，靶CAR包含抗原结合结构域，所述抗原结合结构域是源自靶抗体的VH和VL链的scFv。在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别含有源自靶抗体的scFv的抗GPRC5D CAR。CAR的示例性特征将在下面进一步描述。
本文的术语“抗体”是以最广义使用，并且包括多克隆和单克隆抗体，包括完整抗体和功能性(抗原结合)抗体片段，包括抗原结合的片段(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、单链抗体片段(包括单链可变片段(scFv))和单结构域抗体(例如，sdAb、sdFv、纳米抗体)片段。所述术语涵盖免疫球蛋白的基因工程化的和/或以其他方式修饰的形式，诸如胞内抗体、肽体、嵌合抗体、完全人抗体、人源化抗体和异缀合抗体、多特异性(例如，双特异性)抗体、双抗体、三抗体和四抗体、串联二-scFv、串联三-scFv。除非另有说明，否则术语“抗体”应当理解为涵盖其功能性抗体片段。所述术语还涵盖完整或全长抗体，包括任何类别或亚类(包括IgG及其亚类、IgM、IgE、IgA和IgD)的抗体。
术语“抗独特型抗体”是指识别、靶向和/或结合抗体的独特位(诸如抗原结合片段)的抗体(包括其抗原结合片段)。抗体的独特位可以包括但不必限于在抗体的一个或多个互补决定区(CDR)、抗体的可变区、和/或此类可变区和/或此类CDR的局部部分或部分、和/或前述的任何组合内的残基。CDR可以是选自以下中的一个或多个：CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3、CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3。抗体的可变区可以是重链可变区、轻链可变区、或重链可变区和轻链可变区的组合。抗体的重链可变区和/或轻链可变区的部分片段或部分可以是这样的片段，所述片段包括在抗体的重链可变区或轻链可变区内的2个或更多个、5个或更多个、或10个或更多个连续氨基酸，例如从约2至约100、从约5至约100、从约10至约100、从约2至约50、从约5至约50、或从约10至约50个连续氨基酸；所述独特位可以包括多个不连续的氨基酸延伸段(stretch)。抗体的重链可变区和轻链可变区的部分片段可以是这样的片段，所述片段包括在可变区内的2个或更多个、5个或更多个、或10个或更多个连续氨基酸，例如从约2至约100、从约5至约100、从约10至约100、从约2至约50、从约5至约50、或从约10至约50个连续氨基酸，并且在一些实施方案中含有一个或多个CDR或CDR片段。CDR片段可以是在CDR内的连续或非连续的2个或更多个、或5个或更多个氨基酸。因此，抗体的独特位可以是在抗体的重链可变区或轻链可变区内的、含有一个或多个CDR或一个或多个CDR片段的从约2至约100、从约5至约100、从约10至约100、从约2至约50、从约5至约50、或从约10至约50个连续氨基酸。在另一个实施方案中，独特位可以是位于抗体的可变区(例如，CDR位点)的单个氨基酸。
在一些实施方案中，独特位是抗体的可变部分内的任何单一抗原决定簇或表位。在一些情况下，它可以与抗体的实际抗原结合位点重叠，并且在其他情况下，它可以包含在抗体的抗原结合位点之外的可变区序列。在一些实施方案中，抗体的单独独特位的集合被称为此类抗体的“独特型”。
术语“互补决定区”和“CDR”与“高变区”或“HVR”同义，在本领域中是已知的，是指抗体可变区内的非连续氨基酸序列，其赋予抗原特异性和/或结合亲和力。通常，在每个重链可变区中有三个CDR(CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)，并且在每个轻链可变区中有三个CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3)。“框架区”和“FR”在本领域中是已知的，是指重链和轻链的可变区的非CDR部分。通常，在每个全长重链可变区中有四个FR(FR-H1、FR-H2、FR-H3和FR-H4)，并且在每个全长轻链可变区中有四个FR(FR-L1、FR-L2、FR-L3和FR-L4)。
给定CDR或FR的精确氨基酸序列边界可以使用许多熟知的方案中的任一种容易地确定，包括以下文献中所述的那些：Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins ofImmunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes ofHealth,Bethesda,MD(“Kabat”编号方案)；Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948(“Chothia”编号方案)；MacCallum等人,J.Mol.Biol.262:732-745(1996),“Antibody-antigen interactions:Contact analysis and binding site topography,”J.Mol.Biol.262,732-745.”(“Contact”编号方案)；Lefranc MP等人,“IMGT uniquenumbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Igsuperfamily V-like domains,”Dev Comp Immunol,2003年1月；27(1):55-77(“IMGT”编号方案)；和Honegger A和Plückthun A,“Yet another numbering scheme forimmunoglobulin variable domains:an automatic modeling and analysis tool,”JMol Biol,2001年6月8日；309(3):657-70(“AbM”编号方案)。
给定CDR或FR的边界可能根据用于鉴定的方案而变化。例如，Kabat方案是基于结构比对的，而Chothia方案是基于结构信息的。Kabat和Chothia方案的编号都基于最常见的抗体区域序列长度，其中通过插入字母(例如“30a”)提供插入，并且在一些抗体中出现缺失。这两种方案将某些插入和缺失(“插入缺失(indel)”)放置在不同的位置，从而产生不同的编号。Contact方案基于对复杂晶体结构的分析，并且在许多方面与Chothia编号方案相似。
下表1列出了分别通过Kabat、Chothia和Contact方案鉴定的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3以及CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3的示例性位置边界。对于CDR-H1，使用Kabat和Chothia两种编号方案列出残基编号。FR位于CDR之间，例如FR-L1位于CDR-L1与CDR-L2之间，依此类推。应注意，因为所示的Kabat编号方案在H35A和H35B处放置插入，所以当使用所示的Kabat编号惯例进行编号时，Chothia CDR-H1环的末端根据环的长度在H32与H34之间变化。
表1
Figure BDA0003776503090000131
1-Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes of Health,马里兰州贝塞斯达
2-Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948
因此，除非另有规定，否则应当理解给定抗体或其区域(诸如其可变区)的“CDR”或“互补决定区”或单独指定的CDR(例如，CDR-H1、CDR-H2)涵盖如由任何上述方案所定义的一个(或特定的)互补决定区。例如，在声明特定的CDR(例如，CDR-H3)含有给定VH或VL氨基酸序列中的相应CDR的氨基酸序列的情况下，应理解，这样的CDR具有在可变区内的相应CDR(例如，CDR-H3)的序列，如由任何上述方案所定义的。在一些实施方案中，规定了指定的CDR序列。
同样，除非另有规定，否则应当理解给定抗体或其区域(诸如其可变区)的FR或单独指定的一个或多个FR(例如，FR-H1、FR-H2)涵盖如由任何已知方案所定义的一个(或特定的)框架区。在一些情形中，规定了用于鉴定特定的CDR、FR或者FR或CDR的方案，诸如通过Kabat、Chothia或Contact方法定义的CDR。在其他情况下，给出了CDR或FR的特定氨基酸序列。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链中参与抗体与抗原的结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，每个结构域包含四个保守框架区(FR)和三个CDR。(参见例如，Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007))。单一VH或VL结构域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以使用来自结合抗原的抗体的VH或VL结构域分离结合所述特定抗原的抗体，以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见，例如Portolano等人,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人,Nature 352:624-628(1991)。
所提供的抗体包括抗体片段。“抗体片段”是指不同于完整抗体的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体所结合抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。在特定实施方案中，抗体是包含可变重链区和/或可变轻链区的单链抗体片段，诸如scFv。
单结构域抗体是包含抗体的全部或部分重链可变结构域或者全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞产生。在一些实施方案中，所述抗体是重组产生的片段，如包含天然不存在的排列的片段(诸如具有通过合成接头(例如，肽接头)连接的两个或更多个抗体区域或链的那些)，和/或可能并非通过天然存在的完整抗体的酶消化产生的片段。在一些方面，所述抗体片段是scFv。
“人源化”抗体是如下抗体，其中所有或基本上所有CDR氨基酸残基都源自非人CDR并且所有或基本上所有框架区(FR)氨基酸残基都源自人FR。在一些实施方案中，非人抗体的人源化形式，例如鼠抗体，是含有源自非人免疫球蛋白的最少序列的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体是来自非人物种的抗体，其具有来自非人物种的一个或多个互补决定区(CDR)和来自人免疫球蛋白分子的框架区(FR)。在一些实施方案中，人源化抗体任选地可以包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。非人抗体的“人源化形式”是指非人抗体的变体，其已经经历人源化以典型地降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，CDR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。(参见，例如Queen,美国专利号5,585,089和Winter,美国专利号5,225,539。)此类嵌合单克隆抗体和人源化单克隆抗体可以通过本领域已知的重组DNA技术产生。
在某些实施方案中，人源化抗体是人免疫球蛋白(受体抗体)，其中来自受体的重链可变区的残基被具有所希望的特异性、亲和力和/或能力的来自诸如小鼠、大鼠、兔或非人灵长类动物的非人物种(供体抗体)的重链可变区的残基替代。在一些情况下，人免疫球蛋白的FR残基被相应的非人残基替代。此外，人源化抗体可以包含在受体抗体或供体抗体中未发现的残基。在一些实施方案中，改变编码人可变重链和可变轻链的核酸序列，以用编码非人抗体序列(供体序列)中的相应CDR的序列替代人(受体)序列的一个或多个CDR序列。在一些实施方案中，所述人受体序列可以包含源自不同基因的FR。在特定的实施方案中，人源化抗体将含有至少一个并且典型地两个可变结构域的基本上全部，其中全部或基本上全部的高变环与非人免疫球蛋白的高变环对应，并且全部或基本上全部的FR是人免疫球蛋白序列的那些FR。在一些实施方案中，所述人源化抗体任选地也将包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，典型地是人免疫球蛋白恒定区的至少一部分。关于进一步的细节，参见例如Jones等人,Nature 321:522-525(1986)；Riechmann等人,Nature 332:323-329(1988)；以及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992)。还可参见例如，Vaswani和Hamilton,Ann.Allergy,Asthma&Immunol.1:105-115(1998)；Harris,Biochem.Soc.Transactions 23:1035-1038(1995)；Hurle和Gross,Curr.Op.Biotech.5:428-433(1994)；和美国专利号6,982,321和7,087,409，将其通过引用并入本文。在一些实施方案中，本文提供了人源化抗独特型抗体。
在特定的实施方案中，抗体，例如抗独特型抗体，是人源化的。在某些实施方案中，通过任何合适的已知手段将抗体人源化。例如，在一些实施方案中，人源化抗体可具有一个或多个从非人来源引入的氨基酸残基。这些非人氨基酸残基通常称为“输入”残基，其典型地取自“输入”可变结构域。在特定的实施方案中，人源化基本上可以通过按照Winter和同事的方法来进行(Jones等人(1986)Nature 321:522-525；Riechmann等人(1988)Nature332:323-327；Verhoeyen等人(1988)Science 239:1534-1536)，诸如通过用高变区序列取代人抗体的相应序列。因此，此类“人源化”抗体是嵌合抗体(美国专利号4,816,567)，其中显著少于完整的人可变结构域用非人物种的相应序列取代。在某些实施方案中，人源化抗体是人抗体，其中一些高变区残基和可能的一些FR残基用啮齿动物抗体中的类似位点的残基取代。
编码全长抗体的序列可以随后通过将呈现的可变重链和可变轻链序列连接到人恒定重链和恒定轻链区而获得。合适的人恒定轻链序列包括κ和λ恒定轻链序列。合适的人恒定重链序列包括IgG1、IgG2和编码具有呈现的免疫刺激特性的IgG1突变体的序列。此类突变体可能具有降低的激活补体和/或抗体依赖性细胞毒性的能力并且描述在美国专利号5,624,821；WO 99/58572、美国专利号6,737,056中。合适的恒定重链还包括包含取代E233P、L234V、L235A、A327G、A330S、P331S和残基236的缺失的IgG1。在另一个实施方案中，全长抗体包括IgA、IgD、IgE、IgM、IgY或IgW序列。
合适的人供体序列可以通过将由小鼠供体序列编码的肽序列与一组人序列、优选与由人种系免疫球蛋白基因或成熟抗体基因编码的序列进行序列比对来确定。具有高序列同源性、优选具有确定的最高同源性的人序列可以用作受体序列用于人源化过程。
除了将人CDR交换为小鼠CDR之外，还可以对人供体序列进行进一步的操纵，以获得编码具有优化特性(诸如抗原的亲和力)的人源化抗体的序列。
此外，经改变的人受体抗体可变结构域序列也可以呈现为编码对应于非人供体序列的轻可变区(Carter和Presta，美国专利号6,407,213)的位置4、35、38、43、44、46、58、62、64、65、66、67、68、69、73、85、98和重可变区的位置2、4、36、39、43、45、69、70、74、75、76、78、92的一个或多个氨基酸(根据Kabat编码系统)。
在特定的实施方案中，通常希望将抗体人源化，同时保留对抗原的高亲和力和其他有利的生物特性。为了达到此目的，在一些实施方案中，通过使用亲本序列和人源化序列的三维模型分析亲本序列和各种概念性人源化产物的过程来制备人源化抗体。三维免疫球蛋白模型通常是可获得的并且是本领域技术人员所熟悉的。还可获得说明和展示所选候选免疫球蛋白序列的可能三维构象结构的计算机程序。通过检查这些展示容许分析残基在候选免疫球蛋白序列发挥功能中的可能作用，即分析影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基。通过这种方式，可以从受体序列和输入序列中选出FR残基并组合，从而得到希望的抗体特征，诸如对一种或多种靶抗原的亲和力增加。通常，高变区残基直接且最实质地涉及对抗原结合的影响。
在特定的实施方案中，用于制备人源化抗体的人轻链和重链二者可变结构域的选择对于降低抗原性可能是重要的。根据所谓的“最佳拟合”方法，用啮齿动物抗体的可变结构域序列对已知人可变结构域序列的整个文库进行筛选。然后接受与啮齿动物最接近的人序列作为人源化抗体的人框架。参见例如，Sims等人(1993)J.Immunol.151:2296；Chothia等人(1987)J.Mol.Biol.196:901。另一种方法使用源自特定轻链或重链亚组的所有人抗体的共有序列的特定框架。相同的框架可以用于几种不同的人源化抗体。参见例如，Carter等人(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285；Presta等人(1993)J.Immunol.,151:2623。
所提供的抗体包括人抗体。“人抗体”是具有与人或人细胞或者利用人抗体库或其他人抗体编码序列(包括人抗体文库)的非人来源产生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。所述术语不包括包含非人抗原结合区的非人抗体的人源化形式，诸如所有或基本上所有CDR都是非人的那些。
人抗体可以通过将免疫原施用至转基因动物来制备，所述转基因动物已经被修饰以响应于抗原激发产生完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物典型地含有人免疫球蛋白基因座的全部或部分，其替代内源免疫球蛋白基因座，或者其存在于染色体外或随机整合至动物染色体中。在此类转基因动物中，通常已经使内源免疫球蛋白基因座失活。人抗体也可以源自含有源自人库的抗体编码序列的人抗体文库，包括噬菌体展示和无细胞文库。
所提供的抗体包括单克隆抗体，包括单克隆抗体片段。如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同质抗体的群体(即，构成所述群体的单独抗体是相同的，但含有天然存在的突变或在单克隆抗体制剂的产生期间产生的可能变体除外，此类变体通常以少量存在)获得或在所述群体内的抗体。与典型地包括针对不同表位的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂的每种单克隆抗体针对抗原上的单一表位。所述术语不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。单克隆抗体可以通过多种技术制备，包括但不限于从杂交瘤产生、重组DNA方法、噬菌体展示和其他抗体展示方法。
A.针对靶抗GPRC5D抗体的抗ID抗体
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体结合至或识别如上所述靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体，所述抗独特型抗体特异性结合至如上所述靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。示例性抗体或其抗原结合片段在下面提供。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的VH区和与SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的VL区。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和具有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的VH区和与SEQID NO:8中所示的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的VL区。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和具有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别scFv，所述scFv包含与SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别具有SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列的scFv。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体，所述靶抗GPRC5D抗体是scFv，所述scFv包含与SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别具有SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列的scFv。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的CDR-H1、具有SEQ ID NO:2中所示的氨基酸序列的CDR-H2和具有SEQ ID NO:3中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及具有SEQ ID NO:4中所示的氨基酸序列的CDR-L1、具有SEQ ID NO:5中所示的氨基酸序列的CDR-L2和具有SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段，所述靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的CDR-H1、具有SEQ ID NO:2中所示的氨基酸序列的CDR-H2和具有SEQ ID NO:3中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及具有SEQ ID NO:4中所示的氨基酸序列的CDR-L1、具有SEQID NO:5中所示的氨基酸序列的CDR-L2和具有SEQ ID NO:6中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段具有与包含具有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和具有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区的靶抗GPRC5D抗体相同的独特型。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体与包含含有SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的VL区的抗体或其抗原结合片段竞争结合至包含具有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和具有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区的靶抗GPRC5D抗体。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段与包含具有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和具有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区的靶抗GPRC5D抗体竞争结合。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体竞争结合至抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段与包含具有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和具有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区的抗GPRC5D抗体。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别CAR中所含的靶抗GPRC5D抗体的抗原结合结构域。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别如CAR中所含的靶抗GPRC5D抗体的抗原结合结构域。在一些实施方案中，所述CAR是如章节II中所述的任一种。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段包含VH区，所述VH区与SEQ ID NO:25中所示的VH区氨基酸序列具有至少90％序列同一性，诸如与其具有至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性；以及VL区，所述VL区与SEQ ID NO:26中所示的VL区氨基酸序列具有至少90％序列同一性，诸如与其具有至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段包含VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段包含VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:18中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:19中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ IDNO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段包含VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:20中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQID NO:21中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ IDNO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3，其分别包含SEQ ID NO:25中所示的VH区氨基酸序列中所含的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3的氨基酸序列；以及CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3，其分别包含SEQ ID NO:26中所示的VL区氨基酸序列中所含的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3的氨基酸序列。
在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区含有框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4序列，其分别与SEQ ID NO:25所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，所述VH区含有框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4序列，其分别与SEQ ID NO:25所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％的序列同一性。在一些实施方案中，所述VH区含有框架区1(FR1)、FR2、FR3和FR4序列，其分别与SEQ ID NO:25所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和FR4具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％的序列同一性。
在一些任何此类实施方案中，所述VL区包含框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4，其分别与SEQ ID NO:26所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，所述VL区包含框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4序列，其分别与SEQID NO:26所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％的序列同一性。在一些实施方案中，所述VL区包含框架区1(FR1)、FR2、FR3和FR4序列，其分别与SEQ ID NO:26所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和FR4具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％的序列同一性。
在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区含有框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4序列，其分别与SEQ ID NO:25所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少90％的序列同一性，并且所述VL区包含框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4，其分别与SEQ ID NO:26所示氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，所述VH区含有框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4序列，其分别与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％序列同一性，并且所述VL区包含框架区1(FR1)、FR2、FR3和/或FR4序列，其分别与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和/或FR4具有至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％序列同一性。在一些实施方案中，所述VH区含有框架区1(FR1)、FR2、FR3和FR4序列，其分别与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和FR4具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％序列同一性，并且所述VL区包含框架区1(FR1)、FR2、FR3和FR4序列，其分别与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的FR1、FR2、FR3和FR4具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、98％、99％序列同一性。
在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区具有SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述VL区具有SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列。在任何此类实施方案中的一些中，所述VH区具有SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列，并且所述VL区具有SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中，结合至或识别抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体是单链抗体片段，诸如scFv或双抗体。在一些实施方案中，单链抗体包括连接两个抗体结构域或区域(诸如可变重链(VH)区和可变轻链(VL)区)的一个或多个接头。接头典型地是肽接头，例如，柔性和/或可溶性肽接头。接头包括富含甘氨酸和丝氨酸和/或在一些情况下苏氨酸的那些接头。在一些实施方案中，接头还包括带电荷的残基(诸如赖氨酸和/或谷氨酸)，其可以改善溶解度。在一些实施方案中，接头进一步包含一个或多个脯氨酸。
在一些实施方案中，抗独特型抗体是完整抗体或全长抗体。在一些实施方案中，抗ID可以含有免疫球蛋白恒定区的至少一部分，诸如一个或多个恒定区结构域。在一些实施方案中，恒定区包括轻链恒定区(CL)和/或重链恒定区1(CH1)。在一些实施方案中，抗ID包含CH2和/或CH3结构域，诸如Fc区。在一些实施方案中，Fc区是人IgG(诸如IgG1或IgG4)的Fc区。
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列中所含的重链恒定区和SEQ IDNO:28中所示的氨基酸序列所含的轻链恒定区。在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列中所含的重链恒定区具有至少90％序列同一性的重链恒定区和与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列中所含的轻链恒定区具有至少90％序列同一性的轻链恒定区。
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含含有与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的重链和含有与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的轻链。
在一些实施方案中，提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列的轻链。
在一些实施方案中，抗独特型抗体是抗原结合片段。在一些实施方案中，抗原结合片段选自抗原结合的片段(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab’片段、Fv片段、单链可变片段(scFv)或单结构域抗体。
因此，提供了单链抗体片段(诸如scFv和双抗体)，特别是人单链片段，典型地包含连接两个抗独特型抗体结构域或区域(诸如VH和VL结构域)的一个或多个接头。接头典型地是肽接头，例如柔性和/或可溶性肽接头，诸如富含甘氨酸和丝氨酸的肽接头。
在一些方面，富含甘氨酸和丝氨酸(和/或苏氨酸)的接头包含至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的此类氨基酸。在一些实施方案中，它们包含至少或至少约50％、55％、60％、70％或75％的甘氨酸、丝氨酸和/或苏氨酸。在一些实施方案中，接头基本上完全由甘氨酸、丝氨酸和/或苏氨酸组成。接头的长度通常在约5个与约50个氨基酸之间，典型地在为或约10个与为或约30个之间，例如10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个或30个，并且在一些例子中长度在10个与25个氨基酸之间。
在一些实施方案中，抗独特型抗体包括分离的抗体。在一些实施方案中，抗ID是人源化的、重组的和/或单克隆的。在一些实施方案中，抗ID是人的。
在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体是人源化的。在特定的实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体的所有或基本上所有CDR氨基酸残基源自靶抗GPRC5D抗体非人CDR。在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。
在某些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体包括人免疫球蛋白(受体抗体)，其中受体重链可变区的残基被结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的非人抗独特型抗体的重链可变区的残基替代。在一些情况下，人免疫球蛋白的FR残基被相应的非人残基替代。在一些实施方案中，所述人源化抗体含有源自不同基因的FR。在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体含有免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，典型地是人免疫球蛋白的至少一部分。
在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体含有改变的人受体抗体可变结构域序列，所述改变的人受体抗体可变结构域序列已呈现为编码对应于非人供体序列的轻可变区的位置4、35、38、43、44、46、58、62、64、65、66、67、68、69、73、85、98(Kabat)以及重可变区的位置2、4、36、39、43、45、69、70、74、75、76、78、92(Kabat)的一个或多个氨基酸残基。
在某些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体是人源化的。在特定的实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体含有结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的非人抗独特型抗体的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3区中的一个或多个。在一些实施方案中，CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3区中的一些或所有含有一个或多个氨基酸修饰。在一些实施方案中，所述修饰用人残基替代非人氨基酸残基。在特定的实施方案中，CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3中的一个或多个插入人抗体的FR区。在特定的实施方案中，非人抗独特型抗体的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3是具有分别在SEQ ID NO:25和26中所示的氨基酸的VH和VL区的CDR。在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3中的全部都插入人抗体的FR。
在特定的实施方案中，CDR和FR区是如通过Kabat、Chothia、AbM和/或和Contact方案鉴定的区域。
在特定的实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的非人抗独特型抗体的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3中的一个或多个或全部插入人抗体的框架区。在某些实施方案中，所述人抗体是IgA、IgD、IgE、IgG和IgM抗体。
在特定的实施方案中，所述人抗体是人IgA、IgD、IgE、IgG和IgM的亚类之一，例如人IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2。在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的非人抗独特型抗体的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3中的一个或多个或全部插入来自和/或源自人抗体的抗原结合区的框架区。在某些实施方案中，所述抗原结合片段来自和/或源自人IgA、IgD、IgE、IgG和IgM抗体。不同类别的人免疫球蛋白的亚基结构和三维构型是众所周知的并且通常描述在例如Abbas等人Cellular and Mol.Immunology,第4版(W.B.Saunders,Co.,2000)中。在一些实施方案中，人抗体或其抗原结合片段可以是较大融合分子的一部分，通过人抗体与一种或多种其他蛋白质或肽的共价或非共价结合而形成。
在一些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的非人抗独特型抗体的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3和CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3中的一个或多个或全部插入具有Fc区的全部或部分的人抗体或其抗原结合片段的框架区。在某些实施方案中，结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的人源化抗独特型抗体含有Fc区的全部或部分。在一些实施方案中，所述Fc区具有一个或多个修饰，诸如在一个或多个氨基酸位置的氨基酸修饰(例如，取代、插入或缺失)。可以进行此类修饰，例如以改善半衰期，改变与一种或多种类型的Fc受体的结合和/或改变效应子功能。在一些实施方案中，相对于未经修饰的Fc区，经修饰的Fc区改变了(例如降低了)与FcαRs的结合。在某些实施方案中，人源化抗独特型抗体含有经修饰的Fc区的全部或部分，相对于未经修饰的Fc区，所述经修饰的Fc区具有改变的(例如，降低的)与Fc受体的结合。改变其与Fc受体结合的Fc修饰的非限制性例子描述于例如美国专利号7,217,797和7,732,570；以及美国申请号US 2010/0143254和2010/0143254中。
在某些实施方案中，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合亲和力(EC50)和/或解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1nM，诸如在为或约1nM与为或约15nM之间，例如在为或约5与为或约10nM之间。在某些实施方案中，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段的EC50为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1nM，诸如在为或约1nM与为或约15nM之间，例如在为或约5与为或约10nM之间。在某些实施方案中，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段的解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1nM、诸如在为或约1nM与为或约15nM之间，例如在为或约5与为或约10nM之间。在某些实施方案中，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段与无关于靶抗GPRC5D部分的部分的结合程度为抗体与靶抗GPRC5D部分的结合程度为小于、为或约10％，如例如通过放射免疫测定(RIA)测量的。在一些实施方案中，当固定在支持物诸如珠或板上时，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段是含有靶抗GPRC5D抗体的抗原结合结构域的CAR的激动剂。
还提供了编码所提供的结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段的核酸。所提供的核酸包括编码本文所述抗独特型抗体的那些。核酸可以包括包含天然和/或非天然存在的核苷酸和碱基的那些，例如包括具有骨架修饰的那些。在一些实施方案中，编码抗独特型抗体和/或其部分(例如，链)的一种或多种核酸分子包含编码VH区并且包括SEQ ID NO:29中所示的核苷酸序列的核苷酸序列，以及编码VL区并且包括SEQ ID NO:30中所示的核苷酸序列的核苷酸序列。在一些实施方案中，编码抗独特型抗体和/或其部分(例如，链)的一种或多种核酸分子包含编码重链并且包括SEQID NO:31中所示的核苷酸序列的核苷酸序列，以及编码轻链并且包括SEQ ID NO:32中所示的核苷酸序列的核苷酸序列。
还提供了例如用于生产抗体的含有核酸的载体、含有所述载体的宿主细胞。还提供了用于生产抗体的方法。在进一步的实施方案中，提供了包含此类核酸的一种或多种载体(例如，表达载体)。在进一步的实施方案中，提供了包含此类核酸的宿主细胞。在一个这样的实施方案中，宿主细胞包含(例如，已用以下进行转化)：(1)包含编码包含抗体VL的氨基酸序列和包含抗体VH的氨基酸序列的核酸的载体，或(2)包含编码包含抗体VL的氨基酸序列的核酸的第一载体和包含编码包含抗体VH的氨基酸序列的核酸的第二载体。在一些实施方案中，提供了一种制备抗独特型抗体的方法，其中所述方法包括在适用于表达抗体的条件下培养包含编码如以上所提供的抗体的核酸的宿主细胞，以及任选地从宿主细胞(或宿主细胞培养基)回收所述抗体。
示例性的核酸和载体包括具有SEQ ID NO:29-32中的一个或多个中所示的序列的核酸和载体及其CDR编码部分，以及与其具有至少为或约90、91、92、93、94、95、96、97、98或99％同一性的序列。核酸可以编码包含抗独特型抗体的VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻链和/或重链)。
B.示例性特征
可以通过各种已知测定对本文提供的抗独特型抗体鉴定、筛选或表征其物理/化学特性和/或生物活性。在一方面，测试抗独特型抗体的抗原结合活性，例如通过已知方法，诸如ELISA、蛋白质印迹和/或流式细胞术测定，包括基于细胞的结合测定，例如评估(例如，与荧光标记物缀合或带标签的)独特型抗体与呈现靶抗GPRC5D抗体部分的细胞的结合，在一些情况下与使用不表达靶抗GPRC5D抗体部分的细胞的结果进行比较。可以将结合亲和力测量为Kd或EC50。
在所提供的任何抗独特型抗体(例如，以上章节A中的所提供的任何抗体)的一些实施方案中，靶抗GPRC5D抗体部分是如以上章节A中提供的靶抗GPRC5D抗体。
在一些实施方案中，结合或识别靶抗GPRC5D部分的抗独特型抗体或抗原结合片段是特异性结合或优先结合(可互换使用)靶抗GPRC5D部分的抗独特型抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，结合或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体或抗原结合片段是特异性结合或优先结合(可互换使用)靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，特异性结合至靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体及其抗原结合片段包括具有特定表位特异性的抗体。在一些实施方案中，当抗体在蛋白质和/或大分子的复杂混合物中优先识别其靶抗原时，称抗体特异性地结合抗原。在一些实施方案中，当平衡解离常数<10-7或10-8M时，称抗体特异性结合或优先结合抗原。在一些实施方案中，平衡解离常数可以是<10-9M或<10-10M。在进一步的实施方案中，平衡解离常数可以是<10-11M或更小。在一些实施方案中，如果所述抗体以与抗体与其他物质的结合相比更大的亲和力、亲合力、更容易和/或更长的持续时间结合靶标，则所述抗体特异性结合或优先结合所述靶标。例如，如果与抗独特型抗体或抗原结合片段与(例如，CAR中所含的)非靶抗体的结合相比，它以更频繁、更迅速、更长的持续时间和/或更大的亲和力与(例如，CAR中所含的)靶抗GPRC5D抗体反应或缔合，则所述抗独特型抗体或抗原结合片段特异性或优先结合所述靶抗GPRC5D抗体。应理解，特异性结合或优先结合并不一定需要(尽管可以包括)专一结合。确定此类特异性或优先结合的方法包括免疫测定和其他结合测定。
已知多种用于评估结合亲和力和/或确定抗体是否特异性结合至特定结合配偶体的测定。确定抗体的结合亲和力在技术人员的水平内，诸如通过使用本领域熟知的多种结合测定中的任一种。各种结合测定是已知的并且包括但不限于例如ELISA KD、KinExA、流式细胞术和/或表面等离子共振装置，包括本文所述的那些。此类方法包括但不限于涉及
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或流式细胞术的方法。例如，在一些实施方案中，使用表面等离子体(SPR)分析，可以将
Figure BDA0003776503090000222
仪器用于确定两种蛋白质之间的复合物的结合动力学和常数(参见例如，Scatchard等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.51:660,1949；Wilson,Science 295:2103,2002；Wolff等人,Cancer Res.53:2560,1993；和美国专利号5,283,173、5,468,614或等效形式)。在分子结合至表面或从表面解离时，SPR测量传感器表面处分子浓度的变化。SPR信号的变化与靠近表面的质量浓度变化成正比，从而允许测量两个分子之间的结合动力学。可以通过监测当缓冲液经过芯片时折射率关于时间的变化来确定与复合物的解离常数。用于测量一种蛋白质与另一种蛋白质的结合的其他合适的测定包括例如免疫测定(诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)和放射免疫测定(RIA))，或通过借助荧光、紫外吸收、圆二色性或核磁共振(NMR)监测蛋白质的光谱或光学特性的变化来确定结合。其他示例性测定包括但不限于蛋白质印迹、ELISA、分析型超速离心、光谱法、流式细胞术、测序和用于检测蛋白质结合的其他方法。
在特定的实施方案中，与非靶抗体相比，本文公开的抗体及其抗原结合片段优先结合至靶抗GPRC5D抗体，使得所述抗体对靶抗GPRC5D抗体的结合亲和力比所述抗体对非靶抗体的结合亲和力大至少5倍、至少10倍、至少100倍或至少1000倍。非靶抗体包括针对不同抗原(例如，除GPRC5D之外)的抗体，或可以包括针对GPRC5D的抗体，其含有一个或多个与靶抗GPRC5D抗体不同的CDR或结合至GPRC5D的不同表位或结合位点。
在一些实施方案中，抗独特型抗体以与其他抗体最小的交叉反应特异性结合。在一些实施方案中，抗独特型抗体不与针对与靶抗GPRC5D抗体部分不同的抗原的抗体部分交叉反应。在一些实施方案中，抗独特型抗体不和与靶抗GPRC5D抗体部分不同的抗GPRC5D抗体部分交叉反应。
在一些实施方案中，抗独特型抗体确实和与靶抗GPRC5D抗体部分不同的抗GPRC5D抗体部分交叉反应。
在一些实施方案中，抗独特型抗体结合至或识别作为融合蛋白诸如重组受体的一部分的靶抗GPRC5D抗体部分。在一些实施方案中，抗独特型抗体不结合至融合蛋白的靶抗GPRC5D抗体部分外的任何表位。例如，在一些实施方案中，靶抗GPRC5D抗体部分是嵌合抗原受体(CAR)的抗原结合结构域或是其一部分，并且抗独特型抗体不结合抗原结合结构域外的任何表位。在一些实施方案中，CAR抗原结合结构域包含scFv或由其组成。
在一些实施方案中，抗独特型抗体结合至或识别靶抗GPRC5D抗体部分，其为CAR中所含的scFv。在一些实施方案中，抗独特型抗体结合至或识别与靶抗GPRC5D scFv的一个或多个互补决定区(CDR)重叠的表位。在一些实施方案中，抗独特型抗体不结合CAR中scFv外的任何表位；在一些实施方案中，它不结合至参考抗体。在一些实施方案中，参考抗体结合至或识别与靶抗体相同的抗原(例如，GPRC5D)和/或包含与靶抗体的相应的一个或多个框架区具有至少90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的一个或多个可变重框架区和/或可变轻框架区(在一些方面，所述一个或多个框架区包含重链和/或轻链的FR1、FR2、FR3和/或FR4)；和/或含有与靶抗体相同的重链和/或轻链v-基因(或v-基因使用)和/或源自与靶抗体相同的v-基因序列。在一些方面，参考抗体是靶抗GPRC5D抗体。
在一些实施方案中，包含作为scFv的靶抗GPRC5D抗体部分的CAR包含将scFv与其跨膜结构域连接的间隔子，并且抗独特型抗体不结合间隔子中的任何表位。在一些实施方案中，间隔子是源自CD28的序列，诸如来自CD28的胞外部分。在一些实施方案中，间隔子包含氨基酸序列SEQ ID NO:11。在一些实施方案中，抗独特型抗体不结合Fc结构域(诸如IgG1的Fc结构域)中的任何表位。在一些实施方案中，Fc结构域是缺少铰链区的IgG1 Fc结构域。
在一些实施方案中，抗独特型抗体结合至或识别靶CAR的胞外抗原结合结构域中所含的靶抗GPRC5D scFv(例如，SEQ ID NO:9中所示)。
在一些实施方案中，抗独特型抗体不与不同的CAR交叉反应。在一些实施方案中，抗独特型抗体不与不同的抗GPRC5D CAR交叉反应。在一些实施方案中，抗独特型抗体不与(例如，参考抗体的)抗GPRC5D抗体部分交叉反应，所述抗体部分具有一个或多个与靶抗GPRC5D scFv相比不同的独特位。在一些实施方案中，抗独特型抗体结合至或识别源自靶抗GPRC5D抗体的CAR的靶抗GPRC5D scFv。在一些实施方案中，靶抗GPRC5D抗体部分源自包含含有氨基酸序列SEQ ID NO:7的VH区和含有氨基酸序列SEQ ID NO:8的VL区的靶抗GPRC5D抗体，并且抗独特型抗体不与含有源自不同抗GPRC5D抗体的抗GPRC5D抗体部分的CAR交叉反应。
在一些实施方案中，抗独特型抗体是CAR的激动剂。当抗独特型抗体或其抗原结合片段与抗GPRC5D靶抗体的结合增加表达CAR的细胞(例如，T细胞)的活性(例如，增加的Nur77表达、增加的增殖、增加的细胞因子产生(例如，IFN-γ或TNFα)和/或增加的细胞毒性活性或细胞的其他效应活性)时，称抗独特型抗体或其抗原结合片段是在其胞外抗原结合结构域中含有靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的CAR的“激动剂”。例如，在一些实施方案中，抗独特型抗体或其抗原结合片段与CAR的胞外抗原结合结构域中所含的抗GPRC5D靶抗体的结合能够刺激或激活CAR，从而诱导或介导表达CAR的细胞的一种或多种活性。
在一些实施方案中，当在溶液中时，诸如当抗独特型抗体是可溶性的或未固定在支持物诸如珠或板上时，抗独特型抗体是CAR的激动剂。在一些实施方案中，当抗独特型抗体在溶液中时，诸如当抗独特型抗体是可溶性的或未固定支持物诸如珠或板上时，所提供的任何抗独特型抗体或其抗原结合片段是在其胞外抗原结合结构域中含有靶抗GPRC5D抗体的CAR的激动剂。在一些实施方案中，当抗独特型抗体在溶液中时，诸如当抗独特型抗体是可溶性的或未固定支持物诸如珠或板上时，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段是在其胞外抗原结合结构域中含有靶抗GPRC5D抗体的CAR的激动剂。
在一些实施方案中，抗独特型抗体是CAR的激动剂。在一些实施方案中，当固定在支持物诸如珠或板上时，抗独特型抗体是CAR的激动剂。在一些实施方案中，当固定在支持物诸如珠或板上时，所提供的任何抗独特型抗体或其抗原结合片段是含有靶抗体的抗原结合结构域的CAR的激动剂。在一些实施方案中，当固定在支持物诸如珠或板上时，所提供的任何一种结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段是含有靶抗GPRC5D抗体的抗原结合结构域的CAR的激动剂。当抗独特型抗体或其抗原结合片段能够增加CAR的活性(例如，通过与CAR结合或以其他方式与CAR缔合，对经工程化以表达CAR的细胞进行T细胞刺激)时，称抗独特型抗体或其抗原结合片段是含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR的“激动剂”。
在一些实施方案中，细胞的活性包括用重组受体(例如，CAR)工程化的细胞(例如，T细胞)的一种或多种功能或表型。在特定的实施方案中，所述细胞是靶抗GPRC5D CAR表达T细胞，并且所述活性包括T细胞的一种或多种功能或表型。在一些实施方案中，T细胞功能活性的测定包括但不限于细胞因子产生(例如，通过ELISPOT或ELISA)、胞内细胞因子染色、细胞增殖或细胞毒性淋巴细胞(CTL)测定。在一些实施方案中，可以测量T细胞的增殖反应，例如通过将3H-胸苷、BrdU(5-溴-2'-脱氧尿苷)或2'-脱氧-5-乙炔基尿苷(EdU)掺入T细胞的DNA中或使用诸如羧基荧光素二乙酸琥珀酰免疫调节化合物酯(CFSE)、CellTrace Violet或膜染料PKH26等染料的染料稀释测定。
在一些实施方案中，评估细胞(例如，T细胞)的功能活性包括在使靶抗GPRC5DCAR表达T细胞与抗独特型抗体或其抗原结合片段接触后测量来自T细胞的细胞因子产生。在一些情况下，此类所测量的细胞因子可以包括但不限于白介素-2(IL-2)、干扰素-γ(IFNγ)、白介素-4(IL-4)、TNF-α(TNFα)、白介素-6(IL-6)、白介素-10(IL-10)、白介素-12(IL-12)、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、CD107a和/或TGF-β(TGFβ)。测量细胞因子的测定是本领域所熟知的，并且包括但不限于ELISA、胞内细胞因子染色、流式微珠阵列、RT-PCR、ELISPOT、流式细胞术和在存在测试样品的情况下测试对相关细胞因子有反应的细胞的反应性(例如，增殖)的生物测定。
在一些实施方案中，评估细胞(例如，T细胞)的功能活性包括在使靶抗GPRC5DCAR表达T细胞与抗独特型抗体或其抗原结合片段接触后评估细胞表型，例如特定细胞表面标记物的表达。在一些实施方案中，评估T细胞(例如，T细胞疗法所施用的T细胞)中T细胞激活标记物、T细胞耗竭标记物和/或T细胞分化标记物的表达。用于评估的T细胞激活标记物、T细胞耗竭标记物和/或T细胞分化标记物包括本领域已知用于特定T细胞子集的任何标记物，例如CD25、CD38、人白细胞抗原-DR(HLA-DR)、CD69、CD44、CD137、KLRG1、CD62L低、CCR7低、CD71、CD2、CD54、CD58、CD244、CD160、程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)、淋巴细胞激活基因3蛋白(LAG-3)、T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域蛋白3(TIM-3)、细胞毒性T淋巴细胞抗原-4(CTLA-4)、B和T淋巴细胞衰减因子(BTLA)和/或基于T细胞免疫球蛋白和免疫受体酪氨酸的抑制基序结构域(TIGIT)(参见例如，Liu等人,Cell Death and Disease(2015)6,e1792)。在一些实施方案中，所评估的细胞表面标记物是CD25、PD-1和/或TIM-3。在一些实施方案中，所评估的细胞表面标记物是CD25。
在一些实施方案中，所提供的任何结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段不会通过暴露于可溶性GPRC5D或通过GPRC5D-Fc而阻断。
在一些实施方案中，所提供的任何抗独特型抗体或其抗原结合片段与靶抗GPRC5D抗体的结合不会通过暴露于可溶性GPRC5D或通过GPRC5D-Fc而阻断。在一些实施方案中，与不存在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的情况相比，在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的存在下，当抗独特型抗体或其抗原结合片段与靶抗GPRC5D抗体或用在其胞外结合结构域中含有靶抗GPRC5D抗体的重组受体(例如，CAR)工程化的细胞接触时，结合程度(例如，阳性细胞百分比、平均荧光强度或作为结合的量度的其他参数)基本上相同。在一些实施方案中，基本上相同的结合意指在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的存在下的结合程度(例如，阳性细胞百分比、平均荧光强度或作为结合的量度的其他参数)保留，诸如是在不存在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的情况下的结合的不小于85％、90％、92％、95％、97％或100％。
在一些实施方案中，抗独特型抗体是CAR的拮抗剂。在一些实施方案中，所提供的任何抗独特型抗体或其抗原结合片段与靶抗GPRC5D抗体的结合通过暴露于可溶性GPRC5D或通过GPRC5D-Fc而阻断。在一些实施方案中，与不存在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的情况相比，在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的存在下，当抗独特型抗体或其抗原结合片段与靶抗GPRC5D抗体或用在其胞外结合结构域中含有靶抗GPRC5D抗体的重组受体(例如，CAR)工程化的细胞接触时，结合程度(例如，阳性细胞百分比、平均荧光强度或作为结合的量度的其他参数)降低或减少。在一些实施方案中，降低或减少的结合意指在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的存在下的结合程度(例如，阳性细胞百分比、平均荧光强度或作为结合的量度的其他参数)减少，诸如是在不存在可溶性GPRC5D或GPRC5D-Fc的情况下的结合的小于60％、50％、40％、30％、20％、10％或更少。
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体能够以至少一定的亲和力(如通过许多已知方法中的任一种所测量的)结合靶抗GPRC5D部分诸如靶抗GPRC5D抗体。在一些实施方案中，亲和力由平衡解离常数(KD)表示；在一些实施方案中，亲和力由EC50表示。在某些实施方案中，抗独特型抗体与抗GPRC5D部分的结合亲和力(EC50)和/或解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM，诸如在为或约1nM与为或约15nM之间，例如在为或约5与为或约10nM之间。在某些实施方案中，抗独特型抗体对抗GPRC5D部分的EC50为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM，诸如在为或约1nM与为或约15nM之间，例如在为或约5与为或约10nM之间。在某些实施方案中，抗独特型抗体对抗GPRC5D抗体的解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM，诸如在为或约1nM与为或约15nM之间，例如在为或约5与为或约10nM之间。在一个实施方案中，抗独特型抗体与无关于靶抗GPRC5D部分的部分的结合程度为抗体与靶抗GPRC5D部分的结合的小于、为或约10％，如例如通过放射免疫测定(RIA)测量的。在一个实施方案中，抗独特型抗体与无关于靶抗GPRC5D部分的部分的结合程度为抗体与靶抗GPRC5D部分的结合的小于、为或约40％、30％、20％或10％，如例如通过放射免疫测定(RIA)测量的。
在一些实施方案中，所提供的任何抗独特型抗体或其抗原结合片段不会通过暴露于可溶性GPRC5D或通过GPRC5D-Fc而阻断。在一些实施方案中，所提供的任何结合至或识别靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段不会通过暴露于可溶性GPRC5D或通过GPRC5D-Fc而阻断。
C.生产抗体的方法
还提供了制备抗独特型抗体(诸如所提供的任何实施方案的抗独特型抗体)的方法。在一些实施方案中，对于抗独特型抗体的重组产生，可以将编码抗体(例如，如上所述)的核酸分离并且插入一种或多种载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。使用常规程序(例如，通过使用能够与编码抗体重链和轻链的基因特异性地结合的寡核苷酸探针)可以容易地分离和测序此类核酸。
因此，本文提供了生产抗独特型抗体或其抗原结合片段(诸如本文提供的任何实施方案)的方法，所述方法包括在合适的宿主细胞中表达由如本文提供的一种或多种核酸分子或载体编码的重链和/或轻链，并且回收或分离抗体。
除原核生物之外，真核微生物(诸如丝状真菌或酵母)也是编码抗体的载体的合适的克隆或表达宿主，包括其糖基化途径已经被修饰为模拟或接近人细胞中的那些糖基化途径从而产生具有部分或完全人糖基化模式的抗体的真菌和酵母菌株。参见Gerngross,Nat.Biotech.22:1409-1414(2004)和Li等人,Nat.Biotech.24:210-215(2006)。
可用于表达多肽的示例性真核细胞包括但不限于COS细胞，包括COS 7细胞；293细胞，包括293-6E细胞；CHO细胞，包括CHO-S、DG44.Lec13 CHO细胞和FUT8 CHO细胞；PER.
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细胞；以及NSO细胞。在一些实施方案中，可以在酵母中表达抗体重链和/或轻链。参见例如，美国公开号US 2006/0270045 A1。在一些实施方案中，基于其对重链和/或轻链进行所希望的翻译后修饰的能力来选择特定的真核宿主细胞。例如，在一些实施方案中，CHO细胞产生的多肽比在293细胞中产生的相同多肽具有更高的唾液酸化水平。
在一些实施方案中，在无细胞系统中产生抗独特型抗体。示例性无细胞系统描述于例如Sitaraman等人,Methods Mol.Biol.498:229-44(2009)；Spirin,TrendsBiotechnol.22:538-45(2004)；Endo等人,Biotechnol.Adv.21:695-713(2003)。
所提供的实施方案进一步包括用于表达和产生抗体和其他结合蛋白的载体和宿主细胞以及其他表达系统(包括真核和原核宿主细胞(包括细菌、丝状真菌和酵母)以及哺乳动物细胞(诸如人细胞))以及无细胞表达系统。
还提供了包含如本文所述的任何核酸或载体的宿主细胞。在一些实施方案中，提供了表达本文所述的抗独特型抗体或抗原结合片段的宿主细胞。宿主细胞中表达的所提供的抗独特型抗体或抗原结合片段可以通过任何合适的方法纯化。此类方法包括但不限于使用亲和基质或疏水相互作用色谱法。合适的亲和配体包括靶抗GPRC5D抗体或结合Fc区的药剂。例如，蛋白A、蛋白G、蛋白A/G或抗体亲和柱可以用于结合Fc区并且纯化包含Fc区的抗独特型抗体。疏水相互作用色谱法，例如丁基或苯基柱，也可以适用于纯化一些多肽，诸如抗体。离子交换色谱法(例如，阴离子交换色谱法和/或阳离子交换色谱法)也可以适用于纯化一些多肽，诸如抗体。混合模式色谱法(例如，反相/阴离子交换、反相/阳离子交换、亲水相互作用/阴离子交换、亲水相互作用/阳离子交换等)也可以适用于纯化一些多肽，诸如抗体。
抗独特型抗体或抗体部分可以是人源化抗体或人抗体。“人源化”抗体是这样的抗体，其中所有或基本上所有CDR氨基酸残基都源自非人CDR并且所有或基本上所有FR氨基酸残基都源自人FR。人源化抗体任选地可以包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。非人抗体的“人源化形式”是指非人抗体的变体，其已经经历人源化以典型地降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，CDR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
所提供的抗独特型抗体或抗体部分包括人抗体。“人抗体”是具有与人或人细胞或者利用人抗体库或其他人抗体编码序列(包括人抗体文库)的非人来源产生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。所述术语不包括包含非人抗原结合区的非人抗体的人源化形式，诸如所有或基本上所有CDR都是非人的那些。
人抗体可以通过将免疫原施用至转基因动物来制备，所述转基因动物已经被修饰以响应于抗原激发产生完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物典型地含有人免疫球蛋白基因座的全部或部分，其替代内源免疫球蛋白基因座，或者其存在于染色体外或随机整合至动物染色体中。在此类转基因动物中，通常已经使内源免疫球蛋白基因座失活。人抗体也可以源自含有源自人库的抗体编码序列的人抗体文库，包括噬菌体展示和无细胞文库。
D.免疫缀合物
在一些实施方案中，抗独特型抗体是免疫缀合物(抗独特型抗体免疫缀合物)或是其一部分，其中抗独特型抗体与一个或多个异源分子(诸如但不限于细胞毒性剂或显像剂)缀合。细胞毒性剂包括但不限于放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂(例如，美登木素生物碱(maytansinoid)、紫杉烷、甲氨蝶呤、阿霉素、长春花生物碱(长春新碱、长春花碱、依托泊苷)、多柔比星、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红霉素或其他嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段(诸如溶核酶)；抗生素；毒素，诸如小分子毒素或酶促活性毒素。在一些实施方案中，抗体与一种或多种细胞毒性剂(诸如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白质毒素，细菌、真菌、植物或动物来源的酶促活性毒素或其片段))或放射性同位素缀合。
抗独特型抗体免疫缀合物包括抗体与一种或多种药物缀合的抗独特型抗体-药物缀合物(ADC)，所述一种或多种药物包括但不限于美登木素生物碱(参见美国专利号5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235B1)；澳瑞他汀诸如一甲基澳瑞他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利号5,635,483和5,780,588和7,498,298)；尾海兔素；卡奇霉素或其衍生物(参见美国专利号5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001和5,877,296；Hinman等人,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；和Lode等人,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类药物诸如道诺霉素或多柔比星(参见Kratz等人,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等人,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等人,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等人,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等人,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；和美国专利号6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛；紫杉烷诸如多西他赛、紫杉醇、拉洛他赛、特西他赛(tesetaxel)和奥他赛；单端孢霉烯和CC1065。
抗独特型抗体免疫缀合物还包括这样的抗独特型抗体免疫缀合物，其中抗体与酶促活性毒素或其片段缀合，所述酶促活性毒素或其片段包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自绿脓假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒素A链、相思豆毒素A链、蒴莲根毒素(modeccin)A链、α-八叠球菌素、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII、和PAP-S)、苦瓜(Momordica charantia)抑制剂、麻风树毒蛋白、巴豆毒蛋白、肥皂草(Sapaonariaofficinalis)抑制剂、白树毒素、迈托毒素(mitogellin)、局限曲菌素、酚霉素(phenomycin)、伊诺霉素和单端孢霉烯。
抗独特型抗体免疫缀合物还包括这样的抗独特型抗体免疫缀合物，其中抗独特型抗体与放射性原子共轭以形成放射性共轭物。示例性放射性同位素包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。
抗独特型抗体和细胞毒性剂的缀合物可以使用许多已知的蛋白质偶联剂中的任何一种(例如，接头)来制备(参见Vitetta等人,Science 238:1098(1987))，WO 94/11026。接头可以是促进细胞毒性药物在细胞中的释放的“可切割接头”，诸如酸不稳定性接头、肽酶敏感性接头、光不稳定性接头、二甲基接头和含二硫键的接头(Chari等人,CancerRes.52:127-131(1992)；美国专利号5,208,020)。
还提供了抗独特型抗体免疫缀合物，所述抗独特型抗体免疫缀合物包含与标记(例如，可检测标记)附接的抗独特型抗体，所述标记可以间接或直接产生可检测信号。这些抗独特型抗体免疫缀合物可以用于研究或诊断应用。所述标记优选能够直接或间接地产生可检测信号。例如，所述标记可以是不透射线的或放射性同位素，例如3H、14C、32P、35S、123I、125I、131I；荧光(荧光团)或化学发光(发色团)化合物，诸如荧光素异硫氰酸盐、罗丹明或荧光素；酶，诸如碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或辣根过氧化物酶；成像剂；或金属离子。在一些实施方案中，所述标记是用于闪烁扫描研究的放射性原子，例如99Tc或123I，或用于核磁共振(NMR)成像(也称为磁共振成像，MRI)的旋转标记，诸如锆-89、碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。锆-89可以与多种金属螯合剂络合并与抗体缀合，例如用于PET成像(WO 2011/056983)。
可检测标记的例子包括但不限于放射性核苷酸、酶、辅酶、荧光剂、化学发光剂、色原、酶底物或辅因子、酶抑制剂、辅基复合物、自由基、颗粒、染料等。合适的酶的例子包括辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或乙酰胆碱酯酶；合适的辅基复合物的例子包括链霉亲和素/生物素和亲和素/生物素；合适的荧光材料的例子包括伞形酮、荧光素、异硫氰酸荧光素、罗丹明、二氯三嗪胺荧光素、丹磺酰氯或藻红蛋白、香豆素、Alexa488、俄勒冈绿488、罗丹明绿、Alexa 532、Cy3、Bodipy 588/586、Alexa586、TAMRA、Rox、Alexa 594、德克萨斯红、Bodipy 630/650、Cy5、Alexa647、IR Dye 680、IR Dye 680、IR Dye 700DX、Cy5.5、Alexa 750、IR Dye 800CW、IR Dye 800、Atto 532和Atto 465。
在一些实施方案中，抗独特型抗体免疫缀合物是间接可检测的。例如，特异于抗独特型抗体免疫缀合物并且含有可检测标记的二抗可以用于检测抗独特型抗体免疫缀合物。
E.变体
在某些实施方案中，与本文所述的抗独特型抗体的序列相比，抗独特型抗体包括一个或多个氨基酸变化，例如取代、缺失、插入和/或突变。示例性变体包括被设计为改善抗独特型抗体的结合亲和力和/或其他生物特性的那些。可以通过在编码抗独特型抗体的核苷酸序列中引入适当的修饰或通过肽合成来制备抗独特型抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗独特型抗体的氨基酸序列内的残基缺失和/或插入和/或取代。可以进行缺失、插入和取代的任何组合以得到最终的构建体，条件是最终的构建体具有所需特征，例如抗原结合。
在某些实施方案中，抗独特型抗体包含一个或多个氨基酸取代，例如与本文所述的抗独特型抗体序列相比。用于取代诱变的目的位点包括CDR和FR。可以将氨基酸取代引入目的抗独特型抗体中，并且针对如下所需活性筛选产物：例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、改善的半衰期和/或改善的效应子功能，诸如促进抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC)的能力。在一些实施方案中，变体抗独特型抗体展现出保留或改善的与靶抗GPRC5D抗体或其片段的结合。例如，在一些实施方案中，与未经修饰的抗独特型抗体相比，变体抗独特型抗体展现出与靶抗GPRC5D抗体的结合亲和力增加至少约10％(诸如至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、1000％或更多中的任一个)。
在一些实施方案中，亲本抗体(例如，人源化或人抗体)的CDR内的一个或多个残基被取代。在一些实施方案中，进行取代以将序列或序列中的位置恢复为种系序列，诸如在种系(例如，人种系)中发现的抗体序列，例如以降低免疫原性的可能性，例如在施用于人类个体后。
在一些实施方案中，在CDR“热点”(即，由在体细胞成熟过程中经历高频率突变的密码子编码的残基(参见例如，Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))和/或接触抗原的残基)中进行改变，并且对所得的变体VH或VL进行结合亲和力的测试。例如在Hoogenboom等人的Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人,编辑,HumanPress,新泽西州托托华,(2001))中已描述了通过构建二级文库和从其中重新选择的亲和力成熟。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法中的任何一种(例如，易错PCR、链改组或寡核苷酸指导的诱变)，将多样性引入选择进行成熟的可变基因中。然后建立二级文库。然后筛选所述文库以鉴定具有所希望的亲和力的任何抗体变体。用于引入多样性的另一种方法涉及CDR引导的方法，其中将几个CDR残基(例如，每次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定参与抗原结合的CDR残基。特别地，通常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，取代、插入或缺失可以在一个或多个CDR内发生，只要此类改变基本上不降低抗体结合抗原的能力。例如，可以在CDR中进行不显著降低结合亲和力的保守改变(例如，如本文所提供的保守取代)。例如，此类改变可以位于CDR中的抗原接触残基之外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个CDR不变，或者含有不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
氨基酸序列插入包括氨基和/或羧基末端融合，长度范围从一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽，以及单一或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N末端甲硫酰基残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括抗体的N末端或C末端与增加抗体的血清半衰期的酶或多肽的融合物。
修饰
在某些实施方案中，通过例如以下方式改变抗体以增加或降低抗体被糖基化的程度：通过去除或插入一个或多个糖基化位点、通过改变氨基酸序列和/或通过修饰附接至糖基化位点的一个或多个寡糖(例如，使用特定细胞系)。
示例性修饰、变体和细胞系描述于例如，专利公开号US 2003/0157108、US 2004/0093621、US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO 2002/031140；Okazaki等人J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人Biotech.Bioeng.87:614(2004)。Ripka等人Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请号US 2003/0157108 A1,Presta,L；和WO 2004/056312 A1，Yamane-Ohnuki等人Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等人,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO 2003/085107；WO 2003/011878(Jean-Mairet等人)；美国专利号6,602,684(Umana等人)；和US 2005/0123546(Umana等人)；WO 1997/30087(Patel等人)；WO 1998/58964(Raju,S.)；和WO 1999/22764(Raju,S.)中。
经修饰的抗体包括在Fc区中具有一个或多个氨基酸修饰的那些，诸如具有在一个或多个氨基酸位置处包含氨基酸修饰(例如，取代)的人Fc区序列或恒定区的其他部分(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc区)的那些。
可以进行此类修饰，例如以改善半衰期、改变与一种或多种类型的Fc受体的结合和/或改变效应子功能。
变体还包括半胱氨酸工程化的抗体，诸如“thioMAb”和其他半胱氨酸工程化的变体，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代，以便在可及位点处产生反应性硫醇基，例如用于缀合药剂和接头剂，以产生免疫缀合物。半胱氨酸工程化的抗体描述于例如美国专利号7,855,275和7,521,541中。
在一些实施方案中，修饰抗体以含有另外的非蛋白质部分，包括水溶性聚合物。示例性聚合物包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚1,3-二氧戊环、聚1,3,6-三氧杂环己烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、聚丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如，甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性而可以在制备中具有优点。所述聚合物可以具有任何分子量，并且可以有支链或无支链。附接至抗体的聚合物的数量可以变化，并且如果附接超过一种聚合物，则它们可以是相同或不同的分子。通常，用于衍生化的聚合物的数量和/或类型可以基于包括但不限于以下的考虑因素来确定：要改善的抗体的特定特性或功能、抗体衍生物是否将要用于在确定条件下的疗法等。
II.嵌合抗原受体(CAR)和基因工程化细胞
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至或识别嵌合抗原受体(CAR)(诸如含有源自如本文所述的靶抗GPRC5D抗体的抗原结合部分的抗GPRC5D CAR)的抗原结合部分。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合至在细胞(诸如与过继细胞疗法相关的细胞)上表达的此类CAR。在一些实施方案中，所述细胞包括通过基因工程化引入的一种或多种核酸，并且由此表达这样的核酸的重组或基因工程化CAR产物。在一些实施方案中，嵌合受体在被基因工程化至免疫细胞中时，可以调节T细胞活性，并且在一些情况下可以调节T细胞分化或稳态，由此产生在体内具有改善的寿命、存活和/或持久性的基因工程化的细胞，诸如用于过继细胞疗法方法中。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体可以用于调节这些活性中的一种或多种(包括激活、刺激和/或扩增表达靶CAR的工程化细胞)的方法。
在一些实施方案中，细胞包括根据所提供的方法通过基因工程化引入的一种或多种核酸，从而表达此类核酸的重组或基因工程化产物。在一些实施方案中，所述核酸是异源的，即通常不存在于细胞或从细胞获得的样品中，诸如从另一种生物体或细胞获得的核酸，例如，所述核酸通常不在进行工程化的细胞和/或此类细胞所来源的生物体中发现。在一些实施方案中，所述核酸不是天然存在的(诸如不是在自然界中发现的)核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。在特定实施方案中，核酸含有编码CAR的基因。
在一些实施方案中，所提供的方法可以与用于制造或制备基因工程化细胞的一个或多个处理步骤同时、依次、或相伴随地进行。所述方法的处理步骤可包括多个细胞处理步骤中单独的或组合的任何一个或多个步骤。在特定实施方案中，所述处理步骤包括用一种或多种核酸(例如，包含编码重组受体的基因的异源多核苷酸)转导或转染细胞。在某些实施方案中，用含有逆转录病毒载体(诸如编码用于在细胞中表达的重组产物的载体)的病毒载体粒子转导细胞。在某些实施方案中，用一种或多种非病毒核酸(例如，附加型质粒或转座子)转染细胞。所述方法可以进一步和/或可替代地包括其他处理步骤，诸如细胞的分离、分开、选择、洗涤、悬浮、稀释、浓缩和/或配制的步骤。在一些情况下，所述方法还可以包括用于培育、刺激或扩增细胞(例如，刺激细胞以诱导其增殖和/或激活)的离体步骤，在一些情况下，这可以按照所提供的方法进行。在一些实施方案中，所述方法包括从受试者分离细胞，将其制备、加工、培养和/或工程化，并且在低温保存之前或之后将它们重新引入同一受试者体内。
在一些实施方案中，所述方法包括按以下顺序进行的处理步骤，其中：首先从生物样品中分离出(诸如选择或分离)细胞(例如，原代细胞)；将所选择细胞与病毒载体粒子一起孵育以供转导；以及将转导的细胞配制于组合物中。在一些情况下，例如按照所提供的方法，诸如通过在刺激试剂的存在下刺激，将转导的细胞离体激活、扩增或增殖。在一些实施方案中，所述方法可以包括来自洗涤、悬浮、稀释和/或浓缩细胞中的一个或多个处理步骤，其可以在分离出(诸如分离或选择)、转导、刺激和/或配制步骤中的一个或多个之前、期间或同时或之后进行。
在特定实施方案中，在与一种或多种核酸接触之前不分离、选择或富集待转染或转导的细胞。在一些实施方案中，在使细胞与一种或多种核酸接触之前不选择细胞。在一些实施方案中，在使细胞与一种或多种核酸接触之前不富集待转染或转导的细胞。
在一些实施方案中，与结合所提供的方法制备、处理和/或孵育细胞结合(包括与制备含有基因工程化细胞的组合物结合)的一个或多个细胞处理步骤可以在离心室的内腔中进行，所述离心室诸如基本上刚性的室，其通常为圆柱形并且可围绕旋转轴旋转，这与其他可用的方法相比可以提供某些优点。在一些实施方案中，所有处理步骤都在同一个离心室中进行。在一些实施方案中，一个或多个处理步骤在不同的离心室(诸如相同类型的多个离心室)中进行。此类方法包括如国际公开号WO 2016/073602中所述的那些方法中的任一种。
示例性离心室包括由Biosafe SA生产和销售的那些，包括用于
Figure BDA0003776503090000311
和
Figure BDA0003776503090000312
2系统的那些，包括A-200/F和A-200离心室以及用于此类系统的各种试剂盒。示例性室、系统以及处理仪器和机柜描述于例如以下文献中：美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和公开的美国专利申请公开号US 2008/0171951，以及公开的国际专利申请公开号WO00/38762，将其各自的内容通过引用以其整体并入本文。取决于具体的过程(例如，稀释、洗涤、转导、配制)，选择适合于所述过程的具体试剂盒在技术人员的水平内。用于此类系统的示例性试剂盒包括但不限于由BioSafe SA以产品名CS-430.1、CS-490.1、CS-600.1或CS-900.2销售的单用式试剂盒。
在一些实施方案中，所述系统与其他仪器一起被包括和/或被放置与其他仪器联合，所述其他仪器包括用于操作、自动化、控制和/或监控所述系统中进行的各个处理步骤的各个方面的仪器。在一些实施方案中，这种仪器容纳于机柜中。在一些实施方案中，所述仪器包括机柜，所述机柜包括外壳，所述外壳含有控制电路、离心机、罩、电机、泵、传感器、显示器和用户界面。示例性装置描述于美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和US2008/0171951中。
在一些实施方案中，所述系统包含一系列容器，例如袋、管路、旋塞、夹子、连接器和离心室。在一些实施方案中，容器(诸如袋)包括一个或多个容器(诸如袋)，其在同一容器或单独的容器(诸如同一袋或单独的袋)中含有待转导或转染的细胞和载体粒子(例如，病毒载体粒子或非病毒质粒)。在一些实施方案中，所述系统还包括一个或多个容器(诸如袋)，所述容器含有介质，例如稀释剂和/或洗涤溶液，在所述方法期间将所述介质抽入室和/或其他部件中以稀释、重悬和/或洗涤组分和/或组合物。所述容器可以连接在系统中的一个或多个位置，诸如连接在对应于输入管线、稀释剂管线、洗涤管线、废液管线和/或输出管线的位置。
在一些实施方案中，所述系统(诸如封闭系统)是无菌的。在一些实施方案中，使系统部件的所有连接(诸如管路管线与容器通过连接器的连接)都处于无菌条件下。在一些实施方案中，使连接处于层流下。在一些实施方案中，在管路与容器之间使用产生无菌连接的无菌连接装置(诸如无菌焊接)进行连接。在一些实施方案中，无菌连接装置在足够高以维持无菌的热学条件下，诸如在至少200℃、诸如至少260℃或300℃的温度下实现连接。
在一些实施方案中，所述系统可以是一次性的，诸如单用式试剂盒。在一些实施方案中，单用式试剂盒可以用于一个或多个过程的多个循环中，诸如至少2、3、4、5或更多次，例如，在以连续或半连续方式进行的过程中。在一些实施方案中，所述系统(诸如单用式试剂盒)用于处理来自单一患者的细胞。在所述方法的各方面，所述过程不需要在同一封闭系统中(诸如在同一离心室中)进行，而是可以在不同的封闭系统下(诸如在不同的离心室中)进行；在一些实施方案中，此类不同的离心室位于方法中的各个点处，所述点被放置与同一系统相关联，诸如被放置与同一离心机相关联。在一些实施方案中，所有处理步骤都是在封闭系统中进行，其中每一个或多个处理步骤的全部或子集在同一或不同的离心室中进行。
A.靶嵌合抗原受体(CAR)
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合或识别靶CAR的胞外结构域，所述胞外结构域含有抗体或抗体片段的抗原结合结构域，其提供对所希望的抗原(例如，肿瘤抗原)的特异性并且可操作地连接或接连至胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，所述CAR含有抗原结合结构域，所述抗原结合结构域是如本文提供的靶抗体或其抗原结合片段的抗原结合结构域。在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体结合或识别靶CAR的胞外结构域，所述胞外结构域含有靶抗GPRC5D抗体或抗体片段的抗原结合结构域，其提供对(例如，肿瘤上表达的)GPRC5D抗原的特异性并且可操作地连接或接连至胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，所述CAR含有抗原结合结构域，所述抗原结合结构域是如本文提供(诸如章节I中所述)的抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗原结合结构域。在一些实施方案中，所述抗原结合结构域包括靶抗GPRC5D抗体或源自靶抗GPRC5D抗体的部分的抗体片段，如本文所述。因此，在一些实施方案中，本文提供了抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合或识别靶CAR的胞外结构域，其含有靶抗体或其抗原结合片段，诸如如本文(例如在章节I中)所述的靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，胞内信号传导结构域是激活胞内结构域部分，诸如T细胞激活性结构域，其提供初级激活信号。在一些实施方案中，胞内信号传导结构域含有或另外含有共刺激信号传导结构域以促进效应子功能。
在一些实施方案中，提供了工程化细胞(诸如T细胞)，其表达对特定抗原(或标记物或配体，诸如在特定细胞类型的表面上表达的抗原)具有特异性的CAR。在一些实施方案中，所述抗原是多肽。在一些实施方案中，其是碳水化合物或其他分子。在一些实施方案中，与正常或非靶向细胞或组织相比，所述抗原在疾病或病症的细胞(例如，肿瘤或致病细胞)上选择性表达或过表达。在其他实施方案中，所述抗原在正常细胞上表达和/或在工程化细胞上表达。
在特定实施方案中，重组受体(诸如嵌合受体)含有胞内信号传导区域，所述胞内信号传导区域包括胞质信号传导结构域(也可互换地称为胞内信号传导结构域)，诸如能够在T细胞中诱导初级激活信号的胞质(胞内)区域，例如T细胞受体(TCR)组分的胞质信号传导结构域(例如，CD3-zeta(CD3ζ)链的ζ链的胞质信号传导结构域或其功能变体或信号传导部分)；所述胞内信号传导区域包含基于免疫受体酪氨酸的激活基序(ITAM)。
在一些实施方案中，所述嵌合受体进一步含有结合至或识别配体(例如，抗原)的胞外配体结合结构域。在一些实施方案中，所述嵌合受体是CAR，所述CAR含有结合至或识别抗原的胞外抗原识别结构域。在一些实施方案中，所述配体(诸如抗原)是在细胞表面上表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述CAR是TCR样CAR，并且所述抗原是加工过的肽抗原，诸如胞内蛋白的肽抗原，其与TCR一样在主要组织相容性复合物(MHC)分子的背景下在细胞表面上被识别。
示例性抗原受体(包括CAR)以及将此类受体工程化并且引入细胞的方法包括例如以下文献中所述的那些：国际专利申请公开号WO 200014257、WO 2013126726、WO 2012/129514、WO 2014031687、WO 2013/166321、WO 2013/071154、WO 2013/123061；美国专利申请公开号US 2002131960、US 2013287748、US 20130149337；美国专利号6,451,995、7,446,190、8,252,592、8,339,645、8,398,282、7,446,179、6,410,319、7,070,995、7,265,209、7,354,762、7,446,191、8,324,353和8,479,118；以及欧洲专利申请号EP2537416；和/或以下文献中所述的那些：Sadelain等人,Cancer Discov.2013年4月；3(4):388-398；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338；Turtle等人,Curr.Opin.Immunol.,2012年10月；24(5):633-39；Wu等人,Cancer,2012年3月18(2):160-75。在一些方面，抗原受体包括如美国专利号7,446,190中所述的CAR，以及国际专利申请公开号WO/2014055668A1中所述的那些。CAR的例子包括如在任何上述出版物中披露的CAR，所述出版物诸如WO 2014031687、美国专利号8,339,645、美国专利号7,446,179、US 2013/0149337、美国专利号7,446,190、美国专利号8,389,282；Kochenderfer等人,2013,Nature Reviews Clinical Oncology,10,267-276(2013)；Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；和Brentjens等人,Sci TranslMed.2013 5(177)。还参见WO 2014031687、美国专利号8,339,645、美国专利号7,446,179、US 2013/0149337、美国专利号7,446,190和美国专利号8,389,282。
在一些实施方案中，CAR被构建为具有对特定抗原(或标记物或配体)的特异性，所述特定抗原诸如在过继疗法靶向的特定细胞类型中表达的抗原(例如，癌症标记物)和/或旨在诱导衰减应答的抗原(诸如在正常或未患病细胞类型上表达的抗原)。因此，CAR典型地在其胞外部分中包含一种或多种抗原结合分子，诸如一种或多种抗原结合片段、结构域或部分，或一种或多种抗体可变结构域，和/或抗体分子。在一些实施方案中，CAR包含抗体分子的一个或多个抗原结合部分，诸如源自单克隆抗体(mAb)的可变重链(VH)和可变轻链(VL)的单链抗体片段(scFv)。
在一些实施方案中，所述抗体或其抗原结合部分作为CAR的一部分在细胞上表达。在一些实施方案中，所述胞外抗原结合结构域连接至一种或多种胞内信号传导组分，在一些方面经由接头和/或一个或多个跨膜结构域。在一些实施方案中，此类分子典型地可以模拟或接近通过天然抗原受体(诸如TCR)的信号，并且模拟或接近任选地通过这种受体与共刺激受体的组合的信号。
在一些实施方案中，所述CAR含有抗体或抗原结合片段(例如，scFv)，所述抗体或抗原结合片段结合至或识别在细胞表面上表达的GPRC5D(诸如完整抗原)。在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段(scFv)包含如本文所述靶抗GPRC5D抗体中所含的CDR。
在一些实施方案中，所述抗原是GPRC5D并且被抗GPRC5D抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体或源自靶抗GPRC5D抗体的抗原结合片段)结合。
在一些实施方案中，所述抗原结合蛋白、抗体及其抗原结合片段识别全长抗体的抗原。在一些实施方案中，抗体的重链和轻链可以是全长的或者可以是抗原结合部分(Fab、F(ab')2、Fv或单链Fv片段(scFv))。在其他实施方案中，所述抗体重链恒定区选自例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD和IgE，特别是选自例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4，更特别是IgG1(例如，人IgG1)。在另一个实施方案中，抗体轻链恒定区选自例如κ或λ，特别是κ。
所提供的抗体包括抗体片段。“抗体片段”是指不同于完整抗体的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体所结合抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；可变重链(VH)区、单链抗体分子(诸如scFv)和单结构域VH单一抗体；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。在特定实施方案中，抗体是包含可变重链区和/或可变轻链区的单链抗体片段，诸如scFv。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链中参与抗体与抗原的结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，每个结构域包含四个保守框架区(FR)和三个CDR。(参见例如，Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007))。单一VH或VL结构域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以使用来自结合抗原的抗体的VH或VL结构域分离结合所述特定抗原的抗体，以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见，例如Portolano等人,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人,Nature 352:624-628(1991)。
单结构域抗体是包含抗体的全部或部分重链可变结构域或者全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体。在一些实施方案中，CAR包含特异性结合抗原的抗体重链结构域，所述抗原是诸如要靶向的细胞或疾病(诸如肿瘤细胞或癌细胞)的癌症标记物或细胞表面抗原，诸如本文所述或本领域已知的任何靶抗原。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞产生。在一些实施方案中，所述抗体是重组产生的片段，诸如包含天然不存在的排列的片段(诸如具有通过合成接头(例如，肽接头)连接的两个或更多个抗体区或链的那些)，和/或可不通过酶消化天然存在的完整抗体产生的片段。在一些实施方案中，所述抗体片段是scFv。
“人源化”抗体是这样的抗体，其中所有或基本上所有CDR氨基酸残基都源自非人CDR并且所有或基本上所有FR氨基酸残基都源自人FR。人源化抗体任选地可以包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。非人抗体的“人源化形式”是指非人抗体的变体，其已经经历人源化以典型地降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，CDR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
嵌合受体(诸如CAR)通常包含胞外抗原结合结构域，诸如抗体分子(例如，如本文所述的靶抗GPRC5D抗体)的一部分，通常是抗体的可变重(VH)链区和/或可变轻(VL)链区，例如scFv抗体片段。
在一些实施方案中，嵌合抗原受体包含含有抗体或抗体片段的胞外部分。在一些方面，嵌合抗原受体包含含有抗体或片段的胞外部分和胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，抗体或片段包括scFv。在一些实施方案中，scFv源自靶抗GPRC5D抗体并且包含SEQID NO:9中所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述重组受体(诸如CAR，诸如其抗体部分)进一步包含间隔子，所述间隔子可以是或包括免疫球蛋白恒定区的至少一部分或其变体或经修饰形式，诸如铰链区(例如，IgG4铰链区)和/或CH1/CL和/或Fc区。在一些实施方案中，恒定区或部分是人IgG(诸如IgG4或IgG1)的恒定区或部分。在一些方面，恒定区的部分用作抗原识别组分(例如，scFv)与跨膜结构域之间的间隔子区。与不存在间隔子的情况下相比，间隔子的长度可以提供抗原结合后增强的细胞反应性。在一些例子中，间隔子具有为或约12个氨基酸的长度或者具有不超过12个氨基酸的长度。示例性间隔子包括具有以下氨基酸的那些：至少约10至229个氨基酸、约10至200个氨基酸、约10至175个氨基酸、约10至150个氨基酸、约10至125个氨基酸、约10至100个氨基酸、约10至75个氨基酸、约10至50个氨基酸、约10至40个氨基酸、约10至30个氨基酸、约10至20个氨基酸或约10至15个氨基酸，并且包括任何列出的范围的端点之间的任何整数。在一些实施方案中，间隔子区具有约12个或更少的氨基酸、约119个或更少的氨基酸、或约229个或更少的氨基酸。示例性间隔子包括仅IgG4铰链、与CH2和CH3结构域连接的IgG4铰链或与CH3结构域连接的IgG4铰链。在一些实施方案中，间隔子具有SEQ ID NO:11中所示的序列。在一些实施方案中，间隔子包括铰链区、CH2区和CH3区的序列。在一些实施方案中，铰链、CH2和CH3中的一个或多个全部或部分地源自IgG4或IgG2。在一些情况下，所述铰链、CH2和CH3源自IgG4。在一些方面，所述铰链、CH2和CH3中的一个或多个是嵌合的并且含有源自IgG4和IgG2的序列。在一些例子中，间隔子含有IgG4/2嵌合铰链、IgG2/4CH2区、和IgG4 CH3区。在一些实施方案中，所编码的间隔子是或含有(i)SEQ ID NO:11中所示的序列；(ii)与SEQ ID NO:11具有至少95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的SEQ ID NO:11的功能变体；或(iii)(i)或(ii)的连续部分，其长度为至少125个氨基酸。在一些实施方案中，所编码的间隔子是或包含SEQ ID NO:11中所示的序列。示例性间隔子包括但不限于以下文献中所述的那些：Hudecek等人(2013)Clin.Cancer Res.,19:3153；国际专利申请公开号WO 2014031687、美国专利号8,822,647、公开的申请号US2014/0271635、WO 2019/090003(PCT/US2018/058811)或WO 2016/090320(PCT/US2015/064112)，将其内容通过引用特此并入。
在一些实施方案中，抗原受体包含与胞外结构域直接或间接连接的胞内结构域。在一些实施方案中，所述嵌合抗原受体包含连接胞外结构域和胞内信号传导结构域的跨膜结构域。在一些实施方案中，所述跨膜结构域与胞外结构域融合。在一些实施方案中，胞内信号传导结构域包含ITAM。例如，抗原识别结构域(例如，胞外结构域)通常与一种或多种胞内信号传导组分(诸如模拟通过抗原受体复合物(诸如TCR复合物)(在CAR的情况下)进行激活和/或经由另一种细胞表面受体传导信号的信号传导组分)连接。在一些实施方案中，嵌合受体包含在胞外结构域(例如，scFv)与胞内信号传导结构域之间连接或融合的跨膜结构域。因此，在一些实施方案中，抗原结合组分(例如，抗体)与一种或多种跨膜结构域和胞内信号传导结构域连接。
在一个实施方案中，使用与受体(例如，CAR)中的结构域之一天然地缔合的跨膜结构域。在一些情况下，通过氨基酸取代选择或修饰跨膜结构域，以避免这样的结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域结合，以使与受体复合物的其他成员的相互作用最小化。
在一些实施方案中，所述跨膜结构域源自天然或合成来源。在来源是天然的情况下，所述结构域在一些方面源自任何膜结合蛋白或跨膜蛋白。跨膜区包括源自以下的那些(即，至少包含以下的一个或多个跨膜区)：T细胞受体的α、β或ζ链，CD28，CD3ε，CD45，CD4，CD5，CD8，CD9，CD 16，CD22，CD33，CD37，CD64，CD80，CD86，CD 134，CD137，CD 154。可替代地，在一些实施方案中，所述跨膜结构域是合成的。在一些方面，合成跨膜结构域主要包含疏水性残基，诸如亮氨酸和缬氨酸。在一些方面，将在合成跨膜结构域的每个末端发现苯丙氨酸、色氨酸和缬氨酸的三联体。在一些实施方案中，所述连接是通过接头、间隔子和/或一个或多个跨膜结构域来实现。在一些方面，跨膜结构域含有CD28的跨膜部分。
在一些实施方案中，胞外结构域和跨膜结构域可以直接或间接连接。在一些实施方案中，胞外结构域和跨膜通过间隔子(诸如本文描述的任何间隔子)连接。在一些实施方案中，受体含有衍生出跨膜结构域的分子的胞外部分，诸如CD28胞外部分。
胞内信号传导结构域包括模拟或接近以下的那些：通过天然抗原受体的信号、通过这种受体与共刺激受体的组合的信号、和/或仅通过共刺激受体的信号。在一些实施方案中，短的寡肽或多肽接头(例如，长度在2与10个氨基酸之间的接头，诸如含有甘氨酸和丝氨酸的接头，例如甘氨酸-丝氨酸双联体)存在于CAR的跨膜结构域与胞质信号传导结构域之间并且在其间形成连接。
在一些方面，将T细胞激活描述为由两个类别的胞质信号传导序列来介导：通过TCR起始抗原依赖性初级激活的那些(初级胞质信号传导序列)，以及以非抗原依赖性方式作用以提供次级或共刺激信号的那些(次级胞质信号传导序列)。在一些方面，CAR包括此类信号传导组分中的一种或两种。
受体(例如，CAR)通常包括至少一种或多种胞内信号传导组分。在一些方面，CAR包括调节TCR复合物的初级激活的初级胞质信号传导序列。以刺激方式起作用的初级胞质信号传导序列可以含有信号传导基序(其称为免疫受体酪氨酸激活基序或ITAM)。含有ITAM的初级胞质信号传导序列的例子包括源自CD3ζ链、FcRγ、CD3γ、CD3δ和CD3ε的那些。在一些实施方案中，CAR中的一种或多种胞质信号传导分子含有源自CD3ζ的胞质信号传导结构域、其部分或序列。
在一些实施方案中，受体包括TCR复合物的胞内组分，诸如介导T细胞激活和细胞毒性的TCR CD3链，例如CD3ζ链。因此，在一些方面，抗原结合部分连接一个或多个细胞信号传导模块。在一些实施方案中，细胞信号传导模块包括CD3跨膜结构域、CD3胞内信号传导结构域和/或其他CD跨膜结构域。在一些实施方案中，所述受体(例如，CAR)进一步包括一种或多种另外的分子(诸如Fc受体γ、CD8、CD4、CD25或CD16)的一部分。例如，在一些方面，CAR或其他嵌合受体包括CD3-zeta(CD3-ζ)或Fc受体γ与CD8、CD4、CD25或CD16之间的嵌合分子。
在一些实施方案中，在连接CAR或其他嵌合受体后，所述受体的胞质结构域或胞内信号传导结构域激活免疫细胞(例如，工程化以表达所述CAR的T细胞)的正常效应子功能或应答中的至少一种。例如，在一些情境下，CAR诱导T细胞的功能，诸如细胞溶解活性或T辅助活性，诸如细胞因子或其他因子的分泌。在一些实施方案中，使用抗原受体组分或共刺激分子的胞内信号传导结构域的截短部分(例如，如果其转导效应子功能信号的话)代替完整的免疫刺激链。在一些实施方案中，所述一个或多个胞内信号传导结构域包括T细胞受体(TCR)的胞质序列，并且在一些方面还包括共受体(其在天然背景下与此类受体并行起作用以在抗原受体接合后启动信号转导)和/或此类分子的任何衍生物或变体的那些，和/或具有相同功能能力的任何合成序列。
在天然TCR的情况下，完全激活通常不仅需要经由TCR进行信号传导，而且还需要共刺激信号。因此，在一些实施方案中，为了促进完全激活，用于生成次级或共刺激信号的组分也包含在CAR中。在其他实施方案中，CAR不包含用于生成共刺激信号的组分。在一些方面，另外的CAR在同一细胞中表达，并且提供用于生成次级或共刺激信号的组分。
在一些方面，将T细胞激活描述为由两个类别的胞质信号传导序列来介导：通过TCR起始抗原依赖性初级激活的那些(初级胞质信号传导序列)，以及以非抗原依赖性方式作用以提供次级或共刺激信号的那些(次级胞质信号传导序列)。在一些方面，CAR包括此类信号传导组分中的一种或两种。
在一些实施方案中，所述嵌合抗原受体含有T细胞共刺激分子的胞内结构域。在一些实施方案中，CAR包括共刺激受体(诸如CD28、4-1BB、OX40、DAP10和ICOS)的信号传导结构域和/或跨膜部分。在一些方面，相同的CAR包含激活组分和共刺激组分两者。在一些实施方案中，嵌合抗原受体含有源自T细胞共刺激分子的胞内结构域或其功能变体，诸如在跨膜结构域与胞内信号传导结构域之间。在一些方面，T细胞共刺激分子是CD28或41BB。
在一些实施方案中，激活性结构域包含在一个CAR内，而共刺激组分是由识别另一种抗原的另一种CAR提供。在一些实施方案中，CAR包含均在同一细胞上表达的激活或刺激CAR、共刺激CAR(参见WO 2014/055668)。在一些方面，细胞包含一种或多种刺激或激活性CAR和/或共刺激CAR。在一些实施方案中，细胞进一步包含抑制性CAR(iCAR，参见Fedorov等人,Sci.Transl.Medicine,5(215)(2013年12月)，诸如识别除了与所述疾病或病症相关和/或为所述疾病或病症特有的抗原以外的抗原的CAR，其中通过靶向疾病的CAR递送的激活信号由于抑制性CAR与其配体的结合而有所减小或被抑制，例如以减小脱靶效应。
在某些实施方案中，胞内信号传导结构域包含与CD3(例如，CD3-ζ)胞内结构域连接的CD28跨膜和信号传导结构域。在一些实施方案中，胞内信号传导结构域包含连接至CD3ζ胞内结构域的嵌合CD28和CD137(4-1BB，TNFRSF9)共刺激结构域。
在一些实施方案中，CAR涵盖在胞质部分中的一个或多个(例如，两个或更多个)共刺激结构域和激活性结构域(例如，初级激活性结构域)。示例性CAR包含CD3ζ、CD28和4-1BB的胞内组分。
在一些实施方案中，抗原受体进一步包含标记物，和/或表达CAR或其他抗原受体的细胞还包括替代标记物，诸如细胞表面标记物，所述替代标记物可以用于确认细胞被转导或工程化以表达受体。在一些方面，所述标记物包括全部或部分(例如，截短形式)的CD34、NGFR或表皮生长因子受体，诸如此类细胞表面受体的截短形式(例如，tEGFR)。在一些实施方案中，编码标记物的核酸可操作地连接至编码接头序列(诸如可切割接头序列，例如T2A)的多核苷酸。例如，标记物以及任选地接头序列可以是如公开的专利申请号WO2014031687中所披露的任一种。例如，所述标记物可以是截短的EGFR(tEGFR)，其任选地连接至接头序列，诸如T2A可切割接头序列。在实施方案中，tEGFR含有SEQ ID NO:33中所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，tEGFR含有与SEQ ID NO:33中所示的序列具有或具有约75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或大于99％序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，标记物是并非在T细胞上天然发现的或并非在T细胞表面上天然发现的分子(例如，细胞表面蛋白)或其部分。在一些实施方案中，分子是非自身分子，例如非自身蛋白，即不被将过继转移细胞的宿主的免疫系统识别为“自身”的分子。
在一些实施方案中，所述标记物不提供任何治疗功能和/或不产生除了用作基因工程化标记物(例如，用于选择成功工程化的细胞)以外的作用。在其他实施方案中，标记物可以是治疗性分子或以其他方式发挥一些所希望作用的分子，诸如在体内会遇到的细胞的配体，诸如用于在过继转移和遇到配体时增强和/或减弱细胞反应的共刺激或免疫检查点分子。
在一些情况下，CAR被称为第一代、第二代和/或第三代CAR。在一些方面，第一代CAR是在抗原结合后仅提供CD3链诱导的信号的CAR；在一些方面，第二代CAR是提供这种信号和共刺激信号的CAR，诸如包括来自共刺激受体(诸如CD28或CD137)的胞内信号传导结构域的CAR；在一些方面，第三代CAR是包括不同共刺激受体的多个共刺激结构域的CAR。
在一些实施方案中，嵌合抗原受体包含含有本文所述抗体或片段(例如，靶抗体或其抗原结合片段，诸如靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)的胞外部分。在一些方面，嵌合抗原受体包含含有本文所述抗体或片段的胞外部分和胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，抗体或片段包括scFv或单结构域VH抗体，并且胞内结构域含有ITAM。在一些方面，胞内信号传导结构域包括CD3-zeta(CD3ζ)链的ζ链的信号传导结构域。在一些实施方案中，嵌合抗原受体包含设置在胞外结构域与胞内信号传导区之间的跨膜结构域。
在一些方面，跨膜结构域含有CD28的跨膜部分。胞外结构域和跨膜可以直接或间接连接。在一些实施方案中，胞外结构域和跨膜通过间隔子(诸如本文描述的任何间隔子)连接。在一些实施方案中，嵌合抗原受体含有T细胞共刺激分子的胞内结构域，诸如在跨膜结构域与胞内信号传导结构域之间。在一些方面，所述T细胞共刺激分子是CD28或4-1BB。
例如，在一些实施方案中，所述CAR含有抗体(例如，抗体片段)、是或含有CD28或其功能变体的跨膜部分的跨膜结构域、以及含有CD28的信号传导部分或其功能变体和CD3ζ的信号传导部分或其功能变体的胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，CAR含有抗体(例如，抗体片段)、跨膜结构域(其为或含有CD28的跨膜部分或其功能变体)、以及含有4-1BB的信号传导部分或其功能变体和CD3ζ的信号传导部分或其功能变体的胞内信号传导结构域。在一些此类实施方案中，受体进一步包括含有Ig分子(诸如人Ig分子)的一部分(诸如Ig铰链，例如IgG4铰链)的间隔子，诸如仅铰链间隔子。
在一些实施方案中，受体(例如，CAR)的跨膜结构域是人CD28的跨膜结构域(例如，人CD28(登录号：P10747.1)的27个氨基酸的跨膜结构域)或其变体，或是包含SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:12展现出至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列的跨膜结构域。
在一些实施方案中，所述嵌合抗原受体含有T细胞共刺激分子的胞内结构域。在一些方面，所述T细胞共刺激分子是CD28或4-1BB。
在一些实施方案中，胞内信号传导区包含人CD28的胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，诸如其41个氨基酸的结构域，和/或在天然CD28蛋白的位置186-187处具有LL至GG取代的这种结构域。在一些实施方案中，胞内信号传导结构域可以包含SEQ IDNO:34或35所示的氨基酸序列或者与SEQ ID NO:34或35展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，胞内区包含4-1BB的胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，诸如人4-1BB(登录号Q07011.1)的42个氨基酸的胞质结构域或其功能变体或部分，诸如SEQ ID NO:13所示的氨基酸序列或者与SEQ ID NO:13展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，胞内信号传导区包含人CD3链、任选地CD3ζ刺激信号传导结构域或其功能变体，诸如人CD3ζ(登录号：P20963.2)的同种型3的112个AA的胞质结构域或如美国专利号7,446,190或美国专利号8,911,993中所述的CD3ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，胞内信号传导区包含SEQ ID NO:14中所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:14展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些方面，间隔子仅含有IgG的铰链区，诸如仅IgG4或IgG1的铰链，诸如SEQ IDNO:11中所示的仅铰链间隔子。在其他实施方案中，间隔子是与CH2和/或CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链。在一些实施方案中，所述间隔子是与CH2和CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，诸如SEQ ID NO:37中所示。在一些实施方案中，间隔子是仅与CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，诸如SEQ ID NO:36中所示。在一些实施方案中，间隔子是或包含富甘氨酸-丝氨酸的序列或其他柔性接头，诸如已知的柔性接头。
例如，在一些实施方案中，CAR包括抗体(诸如抗体片段，包括scFv)、间隔子(诸如含有免疫球蛋白分子的一部分(诸如铰链区和/或重链分子的一个或多个恒定区)的间隔子，诸如含有Ig铰链的间隔子)、含有CD28衍生的跨膜结构域的全部或部分的跨膜结构域、CD28衍生的胞内信号传导结构域和CD3ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，CAR包括抗体或片段(诸如scFv)、间隔子(诸如任何含Ig铰链的间隔子)、CD28源跨膜结构域、4-1BB源胞内信号传导结构域和CD3ζ源信号传导结构域。
在一些实施方案中，编码此类CAR构建体的核酸分子例如在编码CAR的序列的下游进一步包括编码T2A核糖体跳跃元件的序列和/或tEGFR序列。在一些实施方案中，还可以产生表达抗原受体(例如，CAR)的T细胞以表达截短的EGFR(EGFRt)作为非免疫原性选择表位(例如，通过引入编码由T2A核糖体开关隔开的CAR和EGFRt的构建体以从相同构建体表达两种蛋白质)，然后可以使用所述截短的EGFR作为标记物来检测这样的细胞(参见例如，美国专利号8,802,374)。在一些实施方案中，单一启动子可以指导RNA的表达，所述RNA在单个开放阅读框(ORF)中含有两个或三个基因(例如，编码参与调节代谢通路的分子和编码重组受体)，所述基因由编码自切割肽(例如，2A序列)或蛋白酶识别位点(例如，弗林蛋白酶(furin))的序列彼此分开。因此，ORF编码单一多肽，其在翻译期间(在2A的情况下)或翻译后被处理成单独蛋白质。在一些情况下，肽(诸如T2A)可以导致核糖体跳过2A元件C末端处肽键的合成(核糖体跳跃)，导致2A序列末端与下游的下一个肽之间分开(参见例如deFelipe.Genetic Vaccines and Ther.2:13(2004)和deFelipe等人Traffic 5:616-626(2004))。许多2A元件是本领域已知的。可以用于本文公开的方法和核酸中的2A序列的例子包括但不限于来自以下的2A序列：口蹄疫病毒(F2A，例如SEQ ID NO:43)、马鼻炎A病毒(E2A，例如SEQ ID NO:41)、明脉扁刺蛾β四体病毒(Thosea asigna virus)(T2A，例如SEQID NO:38或45)以及猪捷申病毒-1(P2A，例如SEQ ID NO:39或40)，如美国专利公开号20070116690中所述。
由向受试者施用的细胞表达的重组受体(诸如CAR)通常识别或特异性结合在所治疗的疾病或病症或其细胞中表达、与所治疗的疾病或病症或其细胞相关和/或为所治疗的疾病或病症或其细胞所特有的分子。在与分子(例如，抗原)结合(例如，特异性结合)后，受体通常将免疫刺激信号(诸如ITAM转导的信号)递送至细胞中，从而促进靶向疾病或病症的免疫反应。例如，在一些实施方案中，所述细胞表达与抗原结合的CAR，所述抗原由疾病或病症的细胞或组织表达或与所述疾病或病症相关。受体可以是另一种受体，诸如免疫抑制或共刺激信号促进受体，诸如CCR或iCAR或非信号传导受体，例如用于使用抗体耗尽或消除细胞。
B.基因工程化细胞和产生细胞的方法
表达嵌合抗原受体的细胞包括工程化细胞。基因工程通常涉及将编码重组或工程化组分的核酸引入含有细胞的组合物中，诸如通过逆转录病毒转导、转染或转化。用于引入基因工程化组分(例如，重组受体，例如CAR)的各种方法是熟知的并且可以使用。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些，包括通过病毒(例如，逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔来进行。
1.用于基因工程化的载体和方法
还提供了编码嵌合抗原受体(CAR)的一种或多种多核苷酸(例如，核酸分子)、用于将细胞基因工程化以表达此类CAR的载体以及用于生产所述工程化细胞的方法。在一些实施方案中，载体含有编码CAR的核酸。在一些情况下，载体是病毒载体，诸如逆转录病毒载体，例如慢病毒载体或γ逆转录病毒载体。
在一些实施方案中，使用重组感染性病毒颗粒(例如像源自猿猴病毒40(SV40)、腺病毒、腺相关病毒(AAV)的载体)将重组核酸转移至细胞中。在一些实施方案中，使用重组慢病毒载体或逆转录病毒载体(诸如γ-逆转录病毒载体)将重组核酸转移到T细胞中(参见例如，Koste等人(2014)Gene Therapy 2014年4月3日.doi:10.1038/gt.2014.25；Carlens等人(2000)Exp Hematol 28(10):1137-46；Alonso-Camino等人(2013)Mol Ther Nucl Acids2,e93；Park等人,Trends Biotechnol.2011年11月29日(11):550-557)。
在一些实施方案中，逆转录病毒载体具有长末端重复序列(LTR)，例如源自莫洛尼鼠白血病病毒(MoMLV)、骨髓增生性肉瘤病毒(MPSV)、鼠胚胎干细胞病毒(MESV)、鼠干细胞病毒(MSCV)、脾病灶形成病毒(SFFV)或腺相关病毒(AAV)的逆转录病毒载体。大多数逆转录病毒载体源自鼠逆转录病毒。在一些实施方案中，逆转录病毒包括源自任何禽类或哺乳动物细胞来源的那些。所述逆转录病毒典型地是双嗜性的，这意味着它们能够感染包括人在内的若干种物种的宿主细胞。在一个实施方案中，待表达的基因替代逆转录病毒gag、pol和/或env序列。已经描述了许多例示性逆转录病毒系统(例如，美国专利号5,219,740、6,207,453、5,219,740；Miller和Rosman(1989)BioTechniques 7:980-990；Miller,A.D.(1990)Human Gene Therapy 1:5-14；Scarpa等人(1991)Virology 180:849-852；Burns等人(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033-8037；以及Boris-Lawrie和Temin(1993)Cur.Opin.Genet.Develop.3:102-109。
慢病毒转导方法是已知的。示例性方法描述于例如以下文献中：Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；Cooper等人(2003)Blood.101:1637-1644；Verhoeyen等人(2009)Methods Mol Biol.506:97-114；以及Cavalieri等人(2003)Blood.102(2):497-505。
在一些实施方案中，通过电穿孔将重组核酸转移到T细胞中(参见例如，Chicaybam等人,(2013)PLoS ONE 8(3):e60298；以及Van Tedeloo等人(2000)Gene Therapy7(16):1431-1437)。在一些实施方案中，通过转座将重组核酸转移到T细胞中(参见例如，Manuri等人(2010)Hum Gene Ther 21(4):427-437；Sharma等人(2013)Molec Ther Nucl Acids 2,e74；以及Huang等人(2009)Methods Mol Biol 506:115-126)。在免疫细胞中引入和表达遗传物质的其他方法包括磷酸钙转染(例如，如在Current Protocols in MolecularBiology,John Wiley&Sons,纽约州纽约中所述)、原生质体融合、阳离子脂质体介导的转染；钨粒子促进的微粒轰击(Johnston,Nature,346:776-777(1990))；以及磷酸锶DNA共沉淀(Brash等人,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034(1987))。
用于转移编码重组产物的核酸的其他方法和载体是例如在国际专利申请公开号WO 2014055668和美国专利号7,446,190中所述的那些。
在一些实施方案中，可以在扩增期间或之后例如用T细胞受体(TCR)或嵌合抗原受体(CAR)对细胞(例如，T细胞)进行转染。例如，用于引入所希望的受体的基因的这种转染可以用任何合适的逆转录病毒载体进行。然后可以使遗传修饰的细胞群体摆脱初始刺激物(例如，抗CD3/抗CD28刺激物)，随后用第二类型的刺激物例如经由从头引入的受体进行刺激。这种第二类型的刺激物可以包括呈肽/MHC分子形式的抗原性刺激物、遗传引入的受体的同源(交联)配体(例如，CAR的天然配体)或在新受体的框架内直接结合(例如，通过识别受体内的恒定区)的任何配体(诸如抗体)。参见例如，Cheadle等人,“Chimeric antigenreceptors for T-cell based therapy”Methods Mol Biol.2012；907:645-66或Barrett等人,Chimeric Antigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine第65卷:333-347(2014)。在一些实施方案中，根据提供的方法，用提供的抗独特型抗体刺激细胞。
在一些情况下，可以使用不需要激活细胞(例如，T细胞)的载体。在一些此类情况下，可以在激活之前选择和/或转导细胞。因此，可以在培养细胞之前或之后，并且在一些情况下在培养的至少一部分的同时或期间，将细胞工程化。
另外的核酸(例如，用于引入的基因)包括：用于改善治疗功效的那些，诸如通过促进所转移细胞的活力和/或功能；用于提供用于选择和/或评价细胞(诸如用于评估体内存活或定位)的遗传标记物的基因；用于改善安全性的基因，例如通过使细胞在体内对阴性选择敏感，如以下文献中所述：Lupton S.D.等人,Mol.and Cell Biol.,11:6(1991)；和Riddell等人,Human Gene Therapy 3:319-338(1992)；还参见Lupton等人的PCT/US91/08442和PCT/US94/05601的公开，所述文献描述了使用通过将显性阳性选择性标记物与阴性选择性标记物融合而衍生的双功能选择性融合基因。参见例如，Riddell等人,美国专利号6,040,177,第14-17栏。
2.用于基因工程化的细胞和细胞的制备
本文提供了细胞，包括含有嵌合抗原受体(CAR)的工程化细胞。还提供了此类细胞的群体和含有此类细胞的组合物。组合物包括含有细胞的输入组合物，其中一种或多种细胞已知或可能或将表达重组受体，所述重组受体能够由存在于与细胞一起孵育或接触的一个或多个颗粒上的结合分子识别或结合。组合物还包括通过所提供的方法产生的组合物，包括其中含有刺激或扩增的细胞的输出组合物，包括富集含有由颗粒的结合分子结合或识别的重组受体的细胞的组合物，诸如其中表达重组受体(例如，嵌合受体)的细胞组成组合物中的总细胞的或者某种类型的细胞(诸如T细胞或CD8+或CD4+细胞)的至少50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高百分比。因此，提供了表达重组受体(例如，CAR)的基因工程化细胞。
所述组合物包括用于施用(诸如用于过继细胞疗法)的药物组合物和配制品。还提供了用于工程化、生产或产生此类细胞的方法，用于将所述细胞和组合物给予受试者(例如，患者)的治疗方法，以及用于检测、选择、分离或分开此类细胞的方法。
在一些实施方案中，所述核酸是异源的，即通常不存在于细胞或从细胞获得的样品中，诸如从另一种生物体或细胞获得的核酸，例如，所述核酸通常不在进行工程化的细胞和/或此类细胞所来源的生物体中发现。在一些实施方案中，所述核酸不是天然存在的(诸如不是在自然界中发现的)核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
所述细胞通常是真核细胞，诸如哺乳动物细胞，并且典型地是人细胞。在一些实施方案中，所述细胞源自血液、骨髓、淋巴或淋巴器官，是免疫系统的细胞，诸如先天或适应性免疫的细胞，例如骨髓或淋巴细胞，包括淋巴细胞，典型地是T细胞和/或NK细胞。其他示例性细胞包括干细胞，诸如多潜能干细胞和多能干细胞，包括诱导多能干细胞(iPSC)。
细胞典型地是原代细胞，诸如直接从受试者分离和/或从受试者分离并且冷冻的那些。在一些实施方案中，细胞包括T细胞或其他细胞类型的一个或多个子集，诸如整个T细胞群体、CD4+细胞、CD8+细胞及其亚群，诸如由以下项所定义的那些：功能、激活状态、成熟度、分化的可能性、扩增、再循环、定位和/或持久能力、抗原特异性、抗原受体类型、在特定器官或区室中的存在、标记物或细胞因子分泌特征和/或分化程度。关于待治疗的受试者，所述细胞可以是同种异体的和/或自体的。所述方法包括现成的方法。在一些方面，诸如对于现成的技术，细胞是多能和/或多潜能的，诸如干细胞，诸如诱导多能干细胞(iPSC)。在一些实施方案中，所述方法包括从受试者分离细胞，将其制备、加工、培养和/或工程化，并且在低温保存之前或之后将它们重新引入同一受试者体内。
T细胞和/或CD4+和/或CD8+ T细胞的亚型和亚群包括幼稚T(TN)细胞、效应T细胞(TEFF)、记忆T细胞及其亚型(诸如干细胞记忆T(TSCM)、中央记忆T(TCM)、效应记忆T(TEM)或终末分化效应记忆T细胞)、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、未成熟T细胞、成熟T细胞、辅助T细胞、细胞毒性T细胞、粘膜相关恒定T(MAIT)细胞、天然存在和适应性调节T(Treg)细胞、辅助T细胞(诸如TH1细胞、TH2细胞、TH3细胞、TH17细胞、TH9细胞、TH22细胞、滤泡辅助T细胞)、α/βT细胞和δ/γT细胞。
在一些实施方案中，所述细胞是自然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中，所述细胞是单核细胞或粒细胞，例如，骨髓细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞、树突细胞、肥大细胞、嗜酸性粒细胞和/或嗜碱性粒细胞。
在一些实施方案中，所述细胞包括通过基因工程化引入的一种或多种核酸，并且由此表达这样的核酸的重组或基因工程化的产物。在一些实施方案中，所述核酸是异源的，即通常不存在于细胞或从细胞获得的样品中，诸如从另一种生物体或细胞获得的核酸，例如，所述核酸通常不在进行工程化的细胞和/或此类细胞所来源的生物体中发现。在一些实施方案中，所述核酸不是天然存在的(诸如不是在自然界中发现的)核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
在一些实施方案中，工程化细胞的制备包括一个或多个培养和/或制备步骤。用于引入编码转基因受体(诸如CAR)的核酸的细胞可以从样品(诸如生物样品，例如从受试者获得或源自受试者的生物样品)分离。在一些实施方案中，分离出细胞的受试者是患有疾病或病症或需要细胞疗法或将对其施用细胞疗法的受试者。在一些实施方案中，受试者是需要特定治疗性干预(诸如过继细胞疗法，其中细胞被分离、加工和/或工程化)的人。
因此，在一些实施方案中，细胞是原代细胞，例如原代人细胞。样品包括直接取自受试者的组织、流体和其他样品、以及来源于一个或多个加工步骤(诸如分离、离心、基因工程化(例如，用病毒载体转导)、洗涤和/或孵育)的样品。生物样品可以是直接从生物来源获得的样品或经过加工的样品。生物样品包括但不限于体液(诸如血液、血浆、血清、脑脊液、滑液、尿液和汗液)、组织和器官样品，包括由源自其的加工样品。
在一些方面，细胞从其中来源或分离的样品是血液或血液来源的样品，或者是或源自单采术或白细胞单采术产物。示例性样品包括全血、外周血单个核细胞(PBMC)、白细胞、骨髓、胸腺、组织活检、肿瘤、白血病、淋巴瘤、淋巴结、肠相关淋巴组织、粘膜相关淋巴组织、脾、其他淋巴组织、肝、肺、胃、肠、结肠、肾、胰腺、乳房、骨、前列腺、子宫颈、睾丸、卵巢、扁桃体或其他器官和/或由源自其的细胞。在细胞疗法(例如，过继细胞疗法)的情况下，样品包括来自自体和同种异体来源的样品。
在一些实施方案中，所述细胞源自细胞系，例如T细胞系。在一些实施方案中，所述细胞获自异种来源，例如获自小鼠、大鼠、非人灵长类动物和猪。
在一些实施方案中，细胞的分离包括一个或多个制备步骤和/或非基于亲和力的细胞分离步骤。在一些例子中，将细胞在存在一种或多种试剂的情况下洗涤、离心和/或孵育，例如以去除不需要的组分、针对所希望组分进行富集、裂解或去除对特定试剂敏感的细胞。在一些例子中，基于一种或多种特性(诸如密度、粘附特性、尺寸、对特定组分的敏感性和/或抗性)分离细胞。
在一些例子中，例如通过单采术或白细胞单采术获得来自受试者的循环血液的细胞。在一些方面，样品含有淋巴细胞(包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞)、其他有核白细胞、红细胞和/或血小板，并且在一些方面含有除红细胞和血小板之外的细胞。在一些实施方案中，在选择和/或富集细胞之前，在进一步处理步骤之前，可以静息或保持样品或样品中的细胞。在一些实施方案中，将样品维持在或保持在为或为约2℃至8℃的温度下长达48小时，诸如长达12小时、24小时或36小时。在某些实施方案中，在使细胞与一种或多种核酸接触之前不选择和/或富集细胞。在一些实施方案中，在将细胞与一种或多种核酸接触或一起孵育之前，可以将样品或细胞静置或保持。在某些实施方案中，在将细胞与一种或多种核酸接触或一起孵育之前，将样品维持在或保持在从或从约2℃至8℃的温度下长达48小时，诸如长达12小时、24小时或36小时。
在一些实施方案中，洗涤从受试者收集的血细胞以例如去除血浆级分，并且将所述细胞置于适当缓冲液或介质中以用于后续的处理步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤所述细胞。在一些实施方案中，洗涤溶液缺乏钙和/或镁和/或许多或所有二价阳离子。在一些方面，根据制造商的说明书，通过半自动“流通式”离心机(例如，Cobe2991细胞处理器，Baxter)完成洗涤步骤。在一些方面，根据制造商的说明书，通过切向流过滤(TFF)完成洗涤步骤。在一些实施方案中，洗涤后将细胞重悬于多种生物相容性缓冲液(例如像不含Ca++/Mg++的PBS)中。在某些实施方案中，去除血细胞样品的组分并且将所述细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，所述方法包括基于密度的细胞分离方法，诸如通过裂解红细胞并通过Percoll或Ficoll梯度离心而从外周血制备白细胞。
在一些实施方案中，分离方法包括基于一种或多种特定分子(诸如表面标记物(例如，表面蛋白)、胞内标记物或核酸)在细胞中的表达或存在来分离不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用任何已知的基于此类标记物的分离方法。在一些实施方案中，分离是基于亲和力或基于免疫亲和力的分离。例如，在一些方面，分离包括基于细胞的一种或多种标记物(典型地为细胞表面标记物)的表达或表达水平来分离细胞和细胞群体，例如通过和与此类标记物结合的抗体或结合配偶体一起孵育，然后通常是洗涤步骤和从那些未与所述抗体或结合配偶体结合的细胞中分离已结合所述抗体或结合配偶体的细胞。
此类分离步骤可以基于阳性选择(其中保留已经结合所述试剂的细胞以供进一步使用)和/或阴性选择(其中保留未与所述抗体或结合配偶体结合的细胞)。在一些例子中，保留两种级分以供进一步使用。在一些方面，在没有可用于鉴定异质群体中的细胞类型的抗体的情况下，阴性选择可能特别有用，使得最好基于由除所希望群体之外的细胞表达的标记物进行分离。
所述分离不需要导致100％富集或去除特定细胞群体或表达特定标记物的细胞。例如，针对特定类型的细胞(诸如表达标记物的那些)的阳性选择或富集是指增加此类细胞的数量或百分比，但不需要导致不表达所述标记物的细胞的完全不存在。同样地，特定类型的细胞(诸如表达标记物的那些)的阴性选择、去除或耗尽是指减少此类细胞的数量或百分比，但不需要导致所有此类细胞的完全去除。
在一些例子中，进行多轮分离步骤，其中来自一个步骤的阳性或阴性选择的级分经受另一个分离步骤，诸如随后的阳性或阴性选择。在一些例子中，单个分离步骤可以同时耗尽表达多种标记物的细胞，诸如通过将细胞与多种抗体或结合配偶体(每种抗体或结合配偶体对被靶向用于阴性选择的标记物具特异性)一起孵育。同样地，通过将细胞与在各种细胞类型上表达的多种抗体或结合配偶体一起孵育，可以同时阳性选择多种细胞类型。
例如，在一些方面，T细胞的特定亚群(诸如对一种或多种表面标记物呈阳性或高水平表达的细胞(例如，CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+和/或CD45RO+ T细胞))通过阳性或阴性选择技术来分离。
例如，可以使用CD3/CD28缀合的磁珠(例如，
Figure BDA0003776503090000421
M-450CD3/CD28 T细胞扩增器)对CD3+、CD28+ T细胞进行阳性选择。在特定实施方案中，在使细胞与一种或多种核酸接触之前，使细胞与抗CD3/抗CD28缀合的磁珠(例如，
Figure BDA0003776503090000431
M-450 CD3/CD28T细胞扩增剂)接触以扩增CD3+,CD28+ T细胞。在某些实施方案中，在使细胞与一种或多种核酸接触之前，细胞不与抗CD3/抗CD28缀合的磁珠接触。
在一些实施方案中，通过经由阳性选择富集特定细胞群，或经由阴性选择耗尽特定细胞群体来进行分离。在一些实施方案中，通过以下方式完成阳性或阴性选择：将细胞与结合至一种或多种表面标记物的一种或多种抗体或其他结合剂一起孵育，所述一种或多种表面标记物分别在阳性或阴性选择的细胞上表达(标记物+)或以相对较高的水平表达(标记物高)。
在一些实施方案中，通过阴性选择在非T细胞(诸如B细胞、单核细胞或其他白细胞，诸如CD14)上表达的标记物，将T细胞与PBMC样品分离。在一些方面，CD4+或CD8+选择步骤用于分离CD4+辅助T细胞和CD8+细胞毒性T细胞。通过对在一种或多种幼稚、记忆和/或效应T细胞亚群上表达或以相对较高程度表达的标记物的阳性或阴性选择，可以将此类CD4+和CD8+群体进一步分类成亚群。
在一些实施方案中，诸如通过基于与相应亚群相关的表面抗原进行阳性或阴性选择，将CD8+细胞针对幼稚、中央记忆、效应子记忆和/或中央记忆干细胞进一步富集或耗尽。在一些实施方案中，针对中央记忆T(TCM)细胞进行富集以增加功效，诸如以改善施用后的长期存活、扩增和/或植入，这在一些方面在此类亚群中特别稳健。参见Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。在一些实施方案中，富含TCM的CD8+ T细胞与CD4+ T细胞的组合进一步增强功效。
在实施方案中，记忆T细胞存在于CD8+外周血淋巴细胞的CD62L+和CD62L-两个子集中。可以将PBMC针对CD62L-CD8+和/或CD62L+CD8+级分进行富集或耗尽，诸如使用抗CD8和抗CD62L抗体。
在一些实施方案中，中央记忆T(TCM)细胞的富集是基于CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3和/或CD 127的阳性或高表面表达；在一些方面，它是基于对表达或高度表达CD45RA和/或颗粒酶B的细胞的阴性选择。在一些方面，通过表达CD4、CD14、CD45RA的细胞的耗尽和表达CD62L的细胞的阳性选择或富集来进行富含TCM细胞的CD8+群体的分离。在一个方面，中央记忆T(TCM)细胞的富集从基于CD4表达所选择的阴性细胞级分开始进行，所述阴性细胞级分基于CD14和CD45RA的表达进行阴性选择且基于CD62L进行阳性选择。在一些方面这种选择是同时进行的，而在其他方面以任何顺序依序进行。在一些方面，用于制备CD8+细胞群体或亚群的相同的基于CD4表达的选择步骤也用于生成CD4+细胞群体或亚群，使得来自基于CD4的分离的阳性和阴性级分被保留并且用于所述方法的后续步骤中，任选地在一个或多个其他阳性或阴性选择步骤之后。
在特定例子中，使PBMC样品或其他白细胞样品经历CD4+细胞的选择，其中保留阴性和阳性两种级分。然后使阴性级分经历基于CD14和CD45RA的表达的阴性选择和基于中央记忆T细胞所特有的标记物(诸如CD62L或CCR7)的阳性选择，其中阳性和阴性选择是以任何顺序进行的。
通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群体，将CD4+ T辅助细胞分类为幼稚、中央记忆和效应细胞。CD4+淋巴细胞可以通过标准方法获得。在一些实施方案中，幼稚CD4+ T淋巴细胞是CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+ T细胞。在一些实施方案中，中央记忆CD4+细胞是CD62L+且CD45RO+。在一些实施方案中，效应CD4+细胞是CD62L-且CD45RO-。
在一个例子中，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体混合剂典型地包括针对CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR和CD8的抗体。在一些实施方案中，所述抗体或结合配偶体与固体支持物或基质(诸如磁珠或顺磁珠)结合，以允许细胞分离以用于阳性和/或阴性选择。例如，在一些实施方案中，使用免疫磁性(或亲和磁性)分离技术来分开或分离细胞和细胞群体(综述于以下文献中：Methods in Molecular Medicine,第58卷:MetastasisResearch Protocols,第2卷:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,第17-25页S.A.Brooks和U.Schumacher编辑
Figure BDA0003776503090000441
Humana Press Inc.,新泽西州托托瓦)。
在一些方面，将待分离的细胞的样品或组合物与小的可磁化或磁响应材料(诸如磁响应颗粒或微粒，诸如顺磁珠(例如像Dynabeads或MACS珠))一起孵育。磁响应材料(例如，颗粒)通常直接或间接地附接至结合配偶体(例如，抗体)，所述结合配偶体结合至需要分离(例如，需要进行阴性或阳性选择)的一种细胞、多种细胞或细胞群体上存在的分子(例如，表面标记物)。
在一些实施方案中，所述磁性颗粒或珠包含与特异性结合成员(诸如抗体或其他结合配偶体)结合的磁响应材料。有许多在磁分离方法中使用的熟知的磁响应材料。合适的磁性颗粒包括在Molday,美国专利号4,452,773和欧洲专利说明书EP 452342B中所述的那些，将所述专利通过引用特此并入。胶体大小的颗粒(诸如在Owen美国专利号4,795,698；和Liberti等人的美国专利号5,200,084中所述的那些)是其他的例子。
孵育通常在这样的条件下进行，由此抗体或结合配偶体或者与附接至磁性颗粒或珠的此类抗体或结合配偶体结合的分子(诸如二抗或其他试剂)与细胞表面分子(如果存在于所述样品内的细胞上的话)结合。
在一些方面，将样品置于磁场中，并且具有附接至其上的磁响应或可磁化颗粒的那些细胞将被吸引到磁体并与未标记的细胞分离。对于阳性选择，保留被磁体吸引的细胞；对于阴性选择，保留未被吸引的细胞(未标记的细胞)。在一些方面，在同一选择步骤期间进行阳性和阴性选择的组合，其中保留阳性和阴性级分并且进一步处理或经受另外的分离步骤。
在某些实施方案中，磁响应颗粒被包被在一抗或其他结合伴侣、二抗、凝集素、酶或链霉亲和素中。在某些实施方案中，所述磁性颗粒通过特异于一种或多种标记物的一抗的包被而附接至细胞。在某些实施方案中，用一抗或结合配偶体标记细胞而不是珠，然后添加细胞类型特异性二抗或其他结合配偶体(例如，链霉亲和素)包被的磁粒。在某些实施方案中，将链霉亲和素包被的磁性颗粒与生物素化的一抗或二抗结合使用。
在一些实施方案中，磁响应颗粒保持附接至细胞，随后将细胞孵育，培养和/或工程化；在一些方面，所述颗粒保持附接至细胞以用于施用患者。在一些实施方案中，从细胞中去除可磁化或磁响应颗粒。从细胞中去除可磁化颗粒的方法是已知的，并且包括例如使用竞争性非标记抗体和与可切割接头缀合的可磁化颗粒或抗体。在一些实施方案中，可磁化颗粒是可生物降解的。
在一些实施方案中，基于亲和力的选择是经由磁激活细胞分选(MACS)(MiltenyiBiotec，加利福尼亚州奥本)进行的。磁激活细胞分选(MACS)系统能够高纯度选择附接有磁化颗粒的细胞。在某些实施方案中，MACS以这样的模式操作，其中在施加外部磁场之后依序洗脱非靶标和靶标种类。也就是说，附接至磁化颗粒的细胞保持在适当的位置，而未附接的种类被洗脱。然后，在完成第一次洗脱步骤之后，以某种方式释放捕获在磁场中并且阻止被洗脱的种类，使得可以将其洗脱和回收。在某些实施方案中，所述非靶细胞被标记并且从异质细胞群体中耗尽。
在某些实施方案中，使用系统、装置或设备进行分离或分开，所述系统、装置或设备进行所述方法的分离、细胞制备、分开、处理、孵育、培养和/或制备步骤中的一个或多个。在一些方面，所述系统用于在封闭或无菌环境中进行这些步骤中的每一个，例如以使错误、用户操作和/或污染降至最低。在一个例子中，所述系统是如国际专利申请公开号WO 2009/072003或US 20110003380 A1中所述的系统。在一个例子中，所述系统是如国际公开号WO2016/073602中所述的系统。
在一些实施方案中，所述系统或设备在集成或独立系统中和/或以自动化或可编程方式进行分离、处理、工程化和配制步骤中的一个或多个(例如，全部)。在一些方面，所述系统或设备包括与所述系统或设备通信的计算机和/或计算机程序，其允许用户对处理、分离、工程化和配制步骤的各个方面进行编程、控制、结局评估和/或调整。
在一些方面，使用CliniMACS系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤，例如以用于在封闭和无菌系统中在临床规模水平上自动分离细胞。部件可以包括集成微计算机、磁分离单元、蠕动泵和各种夹管阀。在一些方面，集成计算机控制所述仪器的所有部件并且指示所述系统按标准化顺序执行重复程序。在一些方面，磁分离单元包括可移动的永磁体和用于选择柱的支架。蠕动泵控制整个管组的流速，并且与夹管阀一起确保缓冲液通过所述系统的受控流动和细胞的连续悬浮。
在一些方面，CliniMACS系统使用在无菌无热原溶液中供应的、抗体偶联的可磁化颗粒。在一些实施方案中，在用磁性颗粒标记细胞后，洗涤细胞以去除过量颗粒。然后将细胞制备袋连接到管组，再将所述管组连接到含有缓冲液的袋和细胞收集袋。所述管组由预装配的无菌管(包括预柱和分离柱)组成，并且仅供一次性使用。在启动分离程序后，系统将细胞样品自动上样到分离柱上。标记的细胞保留在柱内，而未标记的细胞通过一系列洗涤步骤去除。在一些实施方案中，用于与本文所述方法一起使用的细胞群体是未标记的并且不保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文所述方法一起使用的细胞群体被标记并且保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文所述方法一起使用的细胞群体在去除磁场后从柱中洗脱，并且收集在细胞收集袋内。
在某些实施方案中，使用CliniMACS Prodigy系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤。在一些方面，CliniMACS Prodigy系统配备有细胞处理单元，其允许自动洗涤和通过离心来分级分离细胞。CliniMACS Prodigy系统还可以包括机载相机和图像识别软件，其通过辨别源细胞产物的宏观层来确定最佳的细胞分级分离终点。例如，外周血自动分离成红细胞、白细胞和血浆层。CliniMACS Prodigy系统还可以包括集成细胞培育室，其实现细胞培养方案，例如像细胞分化和扩增、抗原负载和长期细胞培养。输入端口可允许无菌移除和补充培养基，并且可以使用集成显微镜监测细胞。参见例如，Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651-660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；以及Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，经由流式细胞术收集并且富集(或耗尽)本文所述的细胞群体，其中流体流中携载针对多种细胞表面标记物染色的细胞。在一些实施方案中，经由制备规模(FACS)分选来收集和富集(或耗尽)本文所述的细胞群体。在某些实施方案中，通过使用微机电系统(MEMS)芯片与基于FACS的检测系统的组合来收集和富集(或耗尽)本文所述的细胞群体(参见例如，WO 2010/033140；Cho等人(2010)Lab Chip 10,1567-1573；以及Godin等人(2008)J Biophoton.1(5):355-376)。在两种情况下，可以用多种标记物来标记细胞，从而允许以高纯度分离明确定义的T细胞子集。
在一些实施方案中，用一种或多种可检测标记物来标记抗体或结合配偶体，以促进用于阳性和/或阴性选择的分离。例如，分离可以基于与荧光标记的抗体的结合。在一些例子中，基于对一种或多种细胞表面标记物具有特异性的抗体或其他结合配偶体的结合来分离细胞携载于流体流中，诸如通过荧光激活细胞分选(FACS)(包括制备规模(FACS))和/或微机电系统(MEMS)芯片，例如与流式细胞检测系统组合。此类方法允许同时基于多种标记物进行阳性和阴性选择。
在一些实施方案中，制备方法包括在分离、孵育和/或工程化之前或之后冷冻(例如，冷冻保存)细胞的步骤。在一些实施方案中，冷冻和后续解冻步骤去除细胞群体中的粒细胞，并且在一定程度上去除单核细胞。在一些实施方案中，例如在洗涤步骤后将细胞悬浮在冷冻溶液中以去除血浆和血小板。在一些方面，可以使用多种已知的冷冻溶液和参数中的任何一种。一个例子包括使用含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS，或其他合适的细胞冷冻培养基。然后将其用培养基进行1:1稀释，使得DMSO和HSA的最终浓度分别为10％和4％。然后通常将细胞以1°/分钟的速率冷冻至-80℃并且储存在液氮储罐的气相中。
在一些实施方案中，在基因工程化之前或结合基因工程化来孵育和/或培养细胞。孵育步骤可以包括培养、培育、刺激、激活和/或繁殖。孵育和/或工程化可以在培养容器中进行，所述培养容器是诸如单元、室、孔、柱、管、管组、阀、小瓶、培养皿、袋或其他用于培养或培育细胞的容器。在一些实施方案中，在存在刺激条件或刺激剂的情况下孵育组合物或细胞。此类条件包括设计为诱导群体中细胞的增殖、扩增、激活和/或存活，模拟抗原暴露和/或引发细胞用于基因工程化(诸如用于引入重组抗原受体)的那些。
所述条件可以包括以下中的一种或多种：特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子(诸如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶性受体和旨在激活细胞的任何其他药剂))。
在一些实施方案中，刺激条件或刺激剂包括能够激活TCR复合物的胞内信号传导结构域的一种或多种药剂(例如，配体)。在一些方面，所述药剂在T细胞中开启或启动TCR/CD3胞内信号传导级联。此类药剂可以包括抗体，诸如对于TCR具有特异性的那些，例如抗CD3。在一些实施方案中，刺激条件包括一种或多种药剂，例如配体，其能够刺激共刺激受体，例如抗CD28。在一些实施方案中，此类药剂和/或配体可以与固体支持物(诸如珠)和/或一种或多种细胞因子结合。任选地，扩增方法可以进一步包括向培养基中(例如，以至少约0.5ng/ml的浓度)添加抗CD3和/或抗CD28抗体的步骤。在一些实施方案中，刺激剂包括IL-2、IL-15和/或IL-7。在一些方面，IL-2浓度为至少约10单位/mL。
在一些方面，孵育是根据多种技术来进行，诸如以下文献中所述的那些技术：Riddell等人的美国专利号6,040,1 77；Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651-660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82，和/或Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，通过以下方式扩增T细胞：向培养起始组合物中添加饲养细胞(诸如非分裂外周血单个核细胞(PBMC))(例如，使得对于要扩增的初始群体中的每个T淋巴细胞，所得细胞群体含有至少约5、10、20或40个或更多个PBMC饲养细胞)；以及孵育培养物(例如，持续足以扩增T细胞数量的时间)。在一些方面，非分裂饲养细胞可以包含γ辐射的PBMC饲养细胞。在一些实施方案中，用约3000至3600拉德范围内的γ射线辐射PBMC以防止细胞分裂。在一些方面，在添加T细胞群体之前将饲养细胞添加到培养基中。
在一些实施方案中，刺激条件包括适合于人T淋巴细胞生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常为至少约30摄氏度，并且通常在为或约37摄氏度。任选地，孵育可以进一步包括添加非分裂的EBV转化的类淋巴母细胞(LCL)作为饲养细胞。可以用约6000至10,000拉德范围内的γ射线辐射LCL。在一些方面，LCL饲养细胞以任何合适的量(诸如LCL饲养细胞与初始T淋巴细胞的比率为至少约10:1)提供。
III.组合物
还提供了包含如本文所提供的结合分子(诸如抗独特型抗体或其抗原结合片段)的组合物，包括药物组合物和配制品。还提供了包含如本文所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段的组合物，包括药物组合物和配制品。所述组合物和配制品通常包含一种或多种任选的可接受的载体或赋形剂。
术语“药物配制品”是指这样的制剂，其呈使得其中所含活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对施用配制品的受试者具有不可接受的毒性的另外的组分。
“药学上可接受的载体”是指药物配制品中除了活性成分之外对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
在一些方面中，载体的选择部分地由特定细胞、结合分子和/或抗体和/或由施用方法决定。因此，存在多种合适的配制品。例如，所述药物组合物可以含有防腐剂。合适的防腐剂可以包括例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠和苯扎氯铵。在一些方面，使用两种或更多种防腐剂的混合物。所述防腐剂或其混合物典型地以按总组合物的重量计约0.0001％至约2％的量存在。载体描述于例如Remington’sPharmaceuticalSciences第16版,Osol,A.编辑(1980)。药学上可接受的载体在所用剂量和浓度下通常对接受者无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲氯铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；烷基对羟基苯甲酸酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如，锌-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。
在一些方面，所述组合物中包含缓冲剂。合适的缓冲剂包括例如柠檬酸、柠檬酸钠、磷酸、磷酸钾和各种其他酸和盐。在一些方面，使用两种或更多种缓冲剂的混合物。所述缓冲剂或其混合物典型地以按总组合物的重量计约0.001％至约4％的量存在。用于制备可施用的药物组合物的方法是已知的。示例性方法更详细地描述于例如Remington:TheScience and Practice of Pharmacy,Lippincott Williams&Wilkins；第21版(2005年5月1日)中。
在一些方面，所述组合物可以含有防腐剂。合适的防腐剂可以包括例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠和苯扎氯铵。在一些方面，使用两种或更多种防腐剂的混合物。所述防腐剂或其混合物典型地以按总组合物的重量计约0.0001％至约2％的量存在。载体描述于例如Remington’s Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编辑(1980)。可接受的载体包括但不限于：缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲氯铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；烷基对羟基苯甲酸酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如，锌-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。
抗体配制品可以包括冻干配制品和水溶液。
在一些实施方案中，组合物作为无菌液体制剂提供，例如等渗水溶液、混悬液、乳剂、分散体或粘性组合物，在一些方面可以将其缓冲至选择的pH。液体制剂通常比凝胶、其他粘性组合物和固体组合物更容易制备。另外，液体组合物稍微更方便施用，尤其是通过注射。另一方面，粘性组合物可以在适当的粘度范围内配制，以提供与特定组织的更长的接触时间。液体或粘性组合物可以包含载体，所述载体可以是溶剂或分散介质，所述溶剂或分散介质含有例如水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、多元醇(例如，甘油、丙二醇、液体聚乙二醇)及其合适的混合物。
无菌可注射溶液可以通过将结合分子掺入溶剂中来制备，诸如与合适的载体、稀释剂或赋形剂(诸如无菌水、生理盐水、葡萄糖、右旋糖等)掺合。所述组合物也可以是冻干的。所述组合物可以含有辅助物质，诸如润湿剂、分散剂或乳化剂(例如，甲基纤维素)、pH缓冲剂、胶凝或粘度增强添加剂、防腐剂、调味剂、颜料等，这取决于施用途径和所需的制剂。在一些方面，可以参考标准文本来制备合适的制剂。
可以添加各种增强所述组合物的稳定性和无菌性的添加剂，包括抗微生物防腐剂、抗氧化剂、螯合剂和缓冲剂。防止微生物的作用可以通过不同的抗细菌和抗真菌剂(例如，对羟基苯甲酸酯、三氯叔丁醇、苯酚、抗坏血酸等)来确保。可以通过使用延迟吸收的药剂(例如，单硬脂酸铝和明胶)实现可注射药物形式的延长吸收。
所述组合物也可以是冻干的。组合物可以含有辅助物质，诸如润湿剂、分散剂或乳化剂(例如，甲基纤维素)、pH缓冲剂、胶凝或粘度增强添加剂、防腐剂、颜料等。在一些方面，可以参考标准文本来制备合适的制剂。
用于体内施用的配制品通常是无菌的。可以例如通过经无菌滤膜过滤容易地实现无菌性。
IV.方法和用途
在一些实施方案中，本文提供了涉及使用一种或多种抗独特型抗体的方法。在一些方面，本文提供了用于测量或检测靶抗体(诸如CAR或表达CAR的细胞)的方法，以及用于改变靶抗体的活性(诸如CAR的活性或表达CAR的细胞的活性)的方法。在一些方面，本文提供了用于测量或检测靶抗体(诸如CAR或表达CAR的细胞)的方法。在某些实施方案中，所述一种或多种抗独特型抗体结合、检测、鉴定、纯化、选择和/或定量CAR和/或表达CAR的细胞。在一些方面，本文还提供了用于改变靶抗体的活性(诸如CAR的活性或表达CAR的细胞的活性)的方法。在一些实施方案中，本文提供的方法提供了使一种或多种抗独特型抗体与含有或被认为含有表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞的细胞或样品接触和/或孵育中的一个或多个步骤。在一些实施方案中，将抗独特型抗体在允许形成抗独特型抗体与靶抗体(例如，CAR)之间的复合物的条件下处理、孵育和/或与组合物或样品接触。在一些方面，所述复合物可以用于检测、分离和/或测量CAR。在一些实施方案中，所述复合物的形成改变了靶抗体(例如，CAR)的活性，诸如通过刺激受体信号传导活性，或在一些实施方案中通过阻止CAR与抗原的缔合来拮抗靶抗体(例如，CAR)的活性。在一些实施方案中，所述CAR是表达如本文(例如，章节I)所述靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的CAR。
A.检测/分离方法
在一些实施方案中，提供了涉及使用一种或多种抗独特型抗体和/或含有一种或多种此类抗独特型抗体的分子(诸如缀合物和复合物)检测、结合、选择和/或分离抗体(例如，靶抗体)的方法。在某些实施方案中，所述方法提供了将一种或多种抗独特型抗体与样品和/或组合物接触、孵育和/或暴露的一个或多个步骤。
在一些实施方案中，所述方法包括(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段(例如，靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)的组合物与结合至或识别靶抗体或其抗原结合片段的本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段或本文提供的抗独特型抗体免疫缀合物接触，以及(b)检测与靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述方法包括(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段(例如，靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)的CAR的细胞与结合至或识别靶抗体或其抗原结合片段的本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段或本文提供的抗独特型抗体免疫缀合物接触，以及(b)检测与靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述方法包括(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR(例如，靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)的细胞群体或与靶抗体或其抗原结合片段(例如，靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)结合的细胞与结合至或识别靶抗体或其抗原结合片段的本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段或本文提供的抗独特型抗体免疫缀合物接触，以及(b)选择与抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
在一些实施方案中，所述样品和/或组合物具有、可能具有和/或疑似具有被一种或多种抗独特型抗体结合和/或识别的靶抗体和/或其抗原结合片段。在某些实施方案中，被一种或多种抗独特型抗体结合或识别的抗体或其抗原结合片段含有一个或多个融合结构域和/或是融合蛋白。在某些实施方案中，靶抗体和/或其抗原结合片段是CAR。在某些实施方案中，抗独特型抗体结合和/或识别抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，包括含有此类抗GPRC5D抗体(例如，抗体片段)的嵌合分子或缀合物，包括CAR。在某些实施方案中，抗独特型抗体结合和/或识别多个一种抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，包括含有此类抗GPRC5D抗体(例如，抗体片段)的嵌合分子或缀合物，包括CAR。
在一些实施方案中，抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段与细胞结合或在细胞表面上表达。在一些实施方案中，抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段含在嵌合抗原受体(CAR)(诸如在细胞表面上表达的CAR)中。在一些实施方案中，所述细胞是干细胞，例如iPSC，或免疫细胞。在一些实施方案中，所述免疫细胞是T细胞。T细胞可以包括CD4+T细胞或CD8+ T细胞，或其任何子集。例如，T细胞可以是幼稚T(TN)细胞、效应T细胞(TEFF)、记忆T细胞、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、未成熟T细胞、成熟T细胞、辅助T细胞、细胞毒性T细胞、粘膜相关不变T(MAIT)细胞、天然存在和适应性调节性T(Treg)细胞、辅助T细胞，诸如TH1细胞、TH2细胞、TH3细胞、TH17细胞、TH9细胞、TH22细胞、滤泡辅助T细胞、α/βT细胞和/或δ/γT细胞。在一些实施方案中，所述细胞来自组织，例如心脏、脉管系统、唾液腺、食道、胃、肝脏、胆囊、胰腺、肠、结肠、直肠、下丘脑、垂体、松果体、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、肾脏、输尿管、膀胱、尿道、淋巴系统、皮肤、肌肉、脑、脊髓、神经、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、咽、喉、气管、支气管、肺、隔膜、骨、软骨、韧带或肌腱。
在一些实施方案中，所述细胞是从来自受试者(例如，人类受试者)的样品中分离或选择的T细胞，并且经工程化以表达在其胞外抗原结合结构域中含有抗GPRC5D靶抗体的靶CAR。例如，在一些实施方案中，可以通过包括以下的方法生产CAR表达T细胞的组合物：从来自受试者(例如，人类受试者)的单采术或白细胞单采术样品中分离或选择T细胞(例如，CD3+或CD4+和/或CD8+ T细胞)，激活分离或选择的T细胞(例如，用抗CD3/抗CD28试剂，诸如抗CD3/抗CD28珠(例如，Dynabeads)，并且然后将激活的细胞用编码在其胞外抗原结合结构域中含有抗GPRC5D靶抗体的靶抗GPRC5D CAR的载体转导。在一些情况下，可以在CAR表达T细胞的增殖或扩增的条件下在一种或多种刺激试剂(例如，重组IL-2、IL-7和/或IL-15)的存在下进一步孵育或培养转导的T细胞。在一些实施方案中，提供的方法可以包括使含有靶抗GPRC5D CAR表达T细胞的T细胞组合物与提供的抗独特型抗体或抗原结合片段接触，并且检测或选择与抗独特型抗体或抗原结合片段结合的T细胞。在一些实施方案中，所提供的方法可以用于定量或确定T细胞组合物中靶抗GPRC5D CAR表达T细胞的数量，作为与组合物中总细胞或总T细胞相比的百分比或数量。
在特定的实施方案中，靶抗体(例如，CAR)不结合或含在细胞内，例如，在一些实施方案中，靶抗体是分泌的。在某些实施方案中，抗体已从细胞表面脱离、去除和/或裂解。
在一些实施方案中，所述方法包括将含有或疑似含有靶抗体的样品和/或组合物与抗独特型抗体一起孵育、处理和/或接触。在某些实施方案中，孵育在允许抗独特型抗体与组合物中存在的靶抗体结合的条件下进行，例如以形成含有抗独特型抗体和靶抗体的复合物。
在一些实施方案中，所述方法包括将含有或疑似含有靶抗GPRC5D抗体或含有靶抗体的靶抗GPRC5D CAR的样品和/或组合物与抗独特型抗体一起孵育、处理和/或接触。例如，所述样品或组合物可以包括已知或疑似含有表达靶抗GPRC5D CAR的细胞的细胞(诸如T细胞)组合物。在某些实施方案中，孵育在允许抗独特型抗体与组合物中存在的靶抗GPRC5D抗体结合的条件下进行，例如以形成含有抗独特型抗体和靶抗GPRC5D抗体的复合物。
在一些实施方案中，所述样品和/或组合物含有或疑似含有靶抗体，例如CAR。在某些实施方案中，所述样品和/或组合物含有或疑似含有表达靶抗体(例如，CAR)的细胞。在特定的实施方案中，所述细胞是T细胞，所述T细胞表达具有含有靶抗GPRC5D抗体的胞外抗原结合结构域的CAR。在一些实施方案中，所述T细胞是CD3+ T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞是CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞是CD4+ T细胞。在一些实施方案中，所述组合物含有表达靶抗GPRC5D CAR的T细胞，包括CD4+和CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述样品或组合物是用靶抗GPRC5D CAR离体产生或工程化的T细胞样品，例如从来自受试者的生物样品(例如，单采术或白细胞单采术样品)中分离的T细胞。在一些实施方案中，所述样品或组合物是已知或疑似含有靶抗GPRC5D CAR表达T细胞的样品，所述T细胞直接获自受试者的样品，例如，先前已施用一剂含有靶抗GPRC5D CAR表达T细胞的治疗组合物的受试者。在某些实施方案中，所述样品是生物样品。在特定的实施方案中，所述样品是血清样品或血液样品。在一些实施方案中，所述生物样品含有一种或多种免疫细胞。在一些实施方案中，所述生物样品是或源自组织，诸如结缔组织、肌肉组织、神经组织或上皮组织。在特定的实施方案中，所述生物样品是或源自心脏、脉管系统、唾液腺、食道、胃、肝脏、胆囊、胰腺、肠、结肠、直肠、下丘脑、垂体、松果体、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、肾脏、输尿管、膀胱、尿道、淋巴系统、皮肤、肌肉、脑、脊髓、神经、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、咽、喉、气管、支气管、肺、隔膜、骨、软骨、韧带或肌腱。在特定的实施方案中，所述生物样品是从人类受试者取得、收集和/或获得的。在某些实施方案中，所述样品含有活的和/或完整的细胞。在一些实施方案中，所述样品是或含有已被破坏和/或裂解的匀浆和/或细胞。在一些实施方案中，所述生物样品含有已从血液、血清和/或组织中分离的蛋白质和/或抗体。
在特定的实施方案中，抗独特型抗体形成或能够形成与靶抗体的复合物，例如CAR。在特定的实施方案中，抗独特型抗体形成或能够形成与靶抗体(例如，CAR中所含的靶抗体)的复合物。在特定的实施方案中，检测、测量、定量和/或评估复合物，例如，以允许检测、鉴定、测量和/或定量例如组合物或样品中的靶抗体。在某些实施方案中，所述方法包括检测抗独特型抗体与样品中的靶抗体之间是否形成复合物和/或检测这种结合的存在或不存在或水平。在一些实施方案中，所述复合物含有可检测标记。在特定的实施方案中，所述抗独特型抗体是含有可检测标记的免疫缀合物。在某些实施方案中，所述抗独特型抗体含有、缀合、结合和/或附接至可检测标记。在一些实施方案中，所述复合物含有结合至和/或识别抗独特型抗体的抗体，例如缀合、结合和/或附接至可检测标记的二抗。
在一些实施方案中，用于检测、定量、检测和/或评估例如样品或组合物中的靶抗体的方法包括检测靶抗体和抗独特型抗体的复合物。在一些实施方案中，所述复合物含有可检测标记。在一些实施方案中，本文提供的抗体可以直接或间接与能够检测的部分缀合。在一些例子中，一种或多种抗体被修饰以允许检测结合。例如，抗体可以与允许直接检测或通过二级药剂检测的可检测分子缀合。在一些实施方案中，所述标记是可检测标记(例如，荧光染料标记)。在一些实施方案中，所述标记是亲和标记(例如，生物素标记)。将标记直接或间接附接到抗体的方法是本领域众所周知的。标记和标记试剂盒是可商购的，诸如来自加利福尼亚州卡尔斯巴德的Invitrogen Corp。在一些实施方案中，所述标记相容于在检测测定中的使用。在一些实施方案中，所述标记相容于在诊断测定中的使用。本文考虑的标记包括但不限于荧光染料、荧光蛋白、放射性同位素、生色团、金属离子、金颗粒(例如，胶体金颗粒)、银颗粒、具有强光散射特性的颗粒、磁性颗粒(例如，磁性珠颗粒，诸如
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磁珠)、多肽(例如，FLAGTM标签、人流感血凝素(HA)标签等)、酶诸如过氧化物酶(例如，辣根过氧化物酶)或磷酸酶(例如，碱性磷酸酶)、链霉亲和素、生物素、发光化合物(例如，化学发光底物)、寡核苷酸、特异性结合对的成员(例如，配体及其受体)和本领域众所周知用于在直接或间接附接至抗体时可视化或检测所述抗体的其他标记。在一些实施方案中，所述标记是辣根过氧化物酶，其可以通过添加适当的底物来检测，所述底物在辣根过氧化物酶的存在下产生颜色变化。在一些实施方案中，所述标记是胶体金颗粒，其可以通过检测溶液中由于金颗粒的聚集而发生的颜色变化来检测。用于检测金颗粒标记的抗体的其他方法是本领域众所周知的(参见Dykman等人(2011)Acta Naturae.3(2):34-55)。在一些例子中，抗体可以使用二级试剂检测，诸如通过与如本文提供的一抗结合并且偶联至可检测蛋白质(诸如荧光探针或可检测酶，诸如辣根过氧化物酶)的二抗试剂。
在某些实施方案中，复合物被可检测标记探测和/或与可检测标记接触。在一些实施方案中，复合物通过任何合适的方法或手段检测，诸如但不限于流式细胞术、免疫细胞化学、免疫组织化学、蛋白质印迹分析和ELISA。在一些实施方案中，与抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞通过基于亲和力的分离(例如，基于免疫亲和力的分离)来选择。在一些实施方案中，所述基于亲和力的分离是通过流式细胞术的。在一些实施方案中，所述基于亲和力的分离是通过磁性激活细胞分选的。在一些实施方案中，所述基于亲和力的分离是通过亲和色谱法的。在一些实施方案中，所述基于亲和力的分离是通过亲和色谱法的，并且所述抗独特型抗体或其抗原结合片段可逆地结合或固定至支持物或固定相。
在一些实施方案中，将样品或组合物与在固体支持物或包含固体支持物的装置的存在下或在其之上或之中的抗独特型抗体或抗原结合片段混合。在一些实施方案中，将样品或组合物与一种或多种抗独特型抗体或抗原结合片段混合以产生混合物，并且随后将混合物应用于固体支持物或包含固体支持物的装置。在本文的一些实施方案中，抗独特型抗体或抗原结合片段直接或间接附接至固体支持物。在一些实施方案中，接触包括样品或组合物与抗独特型抗体或抗原结合片段的孵育。一次或多次孵育的时间可以适合于允许样品接触一种或多种抗体，诸如在样品与如本文所述的一种或多种抗体接触后至少为或至少约30秒、1分钟、5分钟、10分钟、15分钟、20分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、3小时、6小时或12小时或更久但不超过约24小时。在一些实施方案中，接触在从或从约0℃至约50℃，诸如典型地2℃至8℃或23℃至28℃或37℃至42℃的温度下进行。在一些实施方案中，方法可以包括在将结合的抗独特型抗体或抗原结合片段保留在固体支持物上和/或将复合物与不是复合物的一部分的样品部分分离的条件下接触或孵育之后的一个或多个洗涤步骤。
在一些实施方案中，在形成复合物的条件下进行接触，所述复合物包含与(例如，由组合物中的细胞表达的CAR中所含的)抗GPRC5D靶抗体结合的抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，结合检测可以通过本领域中通常已知用于检测蛋白质靶标与结合剂(例如，抗体)之间的结合的检测技术来实现，所述检测技术诸如但不限于分光光度法、高效液相色谱法(HPLC)、免疫测定诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)、蛋白质印迹、自动成像、免疫组织化学、流式细胞术、阵列(诸如微阵列或纳米阵列)的高通量筛选和表面等离子共振。在一些实施方案中，本文提供的抗体可以使用本领域技术人员已知的任何结合测定或免疫测定检测(例如，由组合物中的细胞表达的CAR中所含的)抗GPRC5D靶抗体，所述结合测定或免疫测定检测包括但不限于酶联免疫吸附测定(ELISA)或其他类似的免疫测定，包括夹心ELISA或竞争性ELISA；免疫组织化学(IHC)；流式细胞仪或蛋白质印迹。
在一些实施方案中，所提供的用于检测、定量和/或评估例如样品或组合物中的靶抗体的方法是使用基于筒柱的流动方法进行的(参见例如，WO 2011/128893、WO 2014/097286、WO 2014/097287、US 2014/0170678、US 2015/0330971，将其内容通过引用以其整体并入)。在一些实施方案中，使用基于筒柱的流动方法使用微流体装置进行，例如包括微流体筒柱和筒柱处理单元的装置。在某些方面，使用基于筒柱的流动方法消除了对筒柱处理单元中鞘液的特殊清洁、维护或使用的需要。在一些实施方案中，此类方法可以用作制造、分析和/或质量控制方法的一部分，例如，与表达含有由本文提供的抗独特型抗体识别的抗体或其片段的重组多肽(例如，CAR)的细胞疗法的产生相关。在一些实施方案中，此类方法可以用于测试目的，包括检测、测定和/或确认工程化受体的表达，例如，在经工程化用于个体疗法的细胞中。在一些实施方案中，此类方法用于确定待施用于个体的CAR-T细胞的剂量。在某些实施方案中，可以在产生CAR表达T细胞的过程中的任何阶段测试细胞组合物。在特定的实施方案中，可以在过程的任何阶段从细胞组合物中收集细胞样品并且储存(例如，通过冷冻和/或冷冻保存)用于以后的测试和/或分析。所测试的组合物可以是药物组合物，例如，包括含有细胞和药学上可接受的受体和/或冷冻保存剂的那些组合物。
在一些实施方案中，使用基于筒柱的流动方法是自动化方法(例如，需要最少操作员输入的自动化方法)。在某些方面，自动化方法降低了与操作员和/或昂贵设备相关的成本。在某些方面，自动化方法比使用传统测定(例如，流式细胞术测定)的那些方法更容易执行并且更快。在某些方面，自动化方法减少样品的处理时间，例如降低至约30至40分钟/个样品。在一些实施方案中，与使用传统测定的方法相比，所述自动化方法更加一致且稳健。
在一些实施方案中，微流体装置是台式仪器。在某些方面，微流体装置的较小占地面积允许将装置直接部署在细胞处理或测试室中。在某些方面，需要在房间和/或实验室之间移动的样品的量减少，从而减少了与转移样品相关的身份链和/或监管链问题。
在一些实施方案中，微流体筒柱含有样品组合物室。在一些实施方案中，微流体筒柱含有泡罩隔室。在一些实施方案中，微流体筒柱含有适于流体混合的处理隔室，所述处理隔室与样品组合物室和泡罩流体连通。在一些实施方案中，微流体筒柱含有评估室，所述评估室包括读取区，其中评估室与处理室流体连通。在一些实施方案中，读取区允许在样品通过读取区时对其进行分析。
在一些实施方案中，将样品放置在样品组合物室内。在一些实施方案中，泡罩含有本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，抗独特型抗体或其抗原结合片段缀合至可检测标记(例如，荧光标签)。在一些实施方案中，微流体筒柱插入筒柱处理单元中。在一些实施方案中，筒柱处理单元将样品与处理隔室中的抗独特型抗体或其抗原结合片段接触和/或混合。在一些实施方案中，接触和/或混合导致形成靶抗体(例如，CAR)与抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物。
在其他实施方案中，将样品添加到含有干燥的抗独特型抗体或其抗原结合片段的管中。在一些实施方案中，抗独特型抗体或其抗原结合片段缀合至可检测标记(例如，荧光标签)。在一些实施方案中，管进一步含有其他干燥的试剂，例如其他标记的抗体、染料或裂解剂。在一些实施方案中，将管涡旋以混合和/或再水合干燥的试剂。在一些实施方案中，将混合后的样品放置在样品组合物室内。在一些实施方案中，微流体筒柱插入筒柱处理单元中。
在一些实施方案中，筒柱处理单元使样品的单独细胞流过读取区。在一些实施方案中，筒柱处理单元测量来自与靶抗体(例如，CAR)结合的抗独特型抗体或其抗原结合片段的荧光信号。在一些实施方案中，使用光电子单元测量荧光信号。在一些实施方案中，使用光谱分析来分析荧光信号。
在一些实施方案中，靶抗体或抗原结合片段与细胞结合或在细胞表面上表达。在特定的实施方案中，靶抗体(例如，CAR)不结合或含在细胞内，例如，在一些实施方案中，靶抗体是分泌的。在某些实施方案中，抗体已从细胞表面脱离、去除和/或裂解。
在一些实施方案中，靶抗体或抗原结合片段含在嵌合抗原受体(CAR)(诸如在细胞表面上表达的CAR)中。在一些实施方案中，所述细胞是干细胞，例如iPSC，或免疫细胞。在一些实施方案中，所述免疫细胞是T细胞，例如CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、幼稚T(TN)细胞、效应T细胞(TEFF)、记忆T细胞、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、未成熟T细胞、成熟T细胞、辅助T细胞、细胞毒性T细胞、粘膜相关不变T(MAIT)细胞、天然存在和适应性调节性T(Treg)细胞、辅助T细胞，诸如TH1细胞、TH2细胞、TH3细胞、TH17细胞、TH9细胞、TH22细胞、滤泡辅助T细胞、α/βT细胞和/或δ/γT细胞。在一些实施方案中，所述细胞来自组织，例如心脏、脉管系统、唾液腺、食道、胃、肝脏、胆囊、胰腺、肠、结肠、直肠、下丘脑、垂体、松果体、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、肾脏、输尿管、膀胱、尿道、淋巴系统、皮肤、肌肉、脑、脊髓、神经、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、咽、喉、气管、支气管、肺、隔膜、骨、软骨、韧带或肌腱。
在任何此类实施方案中的一些中，靶抗体是抗GPRC5D抗体。在任何此类实施方案中的一些中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，例如，如章节I所述。
在任何此类实施方案中的一些中，抗独特型抗体或其抗原结合片段是结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体或其抗原结合片段，诸如如本文(例如，章节I中)所述的任何此类抗独特型抗体或其抗原结合片段。
B.用于细胞刺激
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段是激动剂和/或展现出刺激表达靶抗体(包括含有其的缀合物或嵌合受体，诸如抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段)的细胞的特定活性。在一些实施方案中，提供了涉及使用所提供的抗独特型抗体以及含有一种或多种此类抗独特型抗体的分子(诸如缀合物和复合物)刺激或激活CAR表达细胞或其他嵌合受体表达细胞诸如T细胞的方法。在一些方面，所述CAR或其他受体包含靶抗体诸如抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可以与制备基因工程化T细胞的方法结合使用，诸如扩增其中已引入编码包含靶抗体的嵌合受体(诸如CAR)的核酸分子(例如，通过转染、转导或核酸转移的非病毒手段，诸如基于转座子的方法)的基因工程化T细胞或其他细胞的方法。在一些方面，所述靶抗体是抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段。在特定的实施方案中，靶抗体是或含有CAR，例如抗GPRC5D CAR。在特定的实施方案中，抗GPRC5D CAR含有来自和/或源自抗GPRC5D抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)的scFv。
在一些实施方案中，所述方法包括将包含用CAR转导的T细胞的样品与抗独特型抗体一起孵育。在某些实施方案中，所述方法进一步包括检测CAR T细胞是否被激活或刺激，诸如通过评估CAR T细胞中激活标记物的活力、增殖和/或表达。在一些实施方案中，靶抗体是抗GPRC5D抗体。在一些实施方案中，靶抗体是或源自靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，提供了一种模拟细胞的方法，所述方法包括将包含表达包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段)的CAR的细胞的输入组合物与结合至或识别靶抗体的本文所述抗独特型抗体或其抗原结合片段一起孵育，从而产生包含受刺激细胞的输出组合物。在一些实施方案中，所述孵育在所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至所述CAR的条件下进行，从而在所述输入组合物中的一个或多个细胞中诱导或调节信号。在一些实施方案中，所述细胞包括T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞包括CD4+和/或CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，本文提供了一种通过将含有表达CAR的细胞的输入组合物与结合至和/或识别CAR的抗ID抗体一起孵育来刺激或扩增表达CAR的细胞的方法。在一些实施方案中，抗ID抗体与CAR之间的结合诱导表达CAR的细胞的扩增，从而产生包含扩增细胞的输出组合物。
在一些实施方案中，本文提供了一种纯化抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与结合至或识别靶抗体或其抗原结合片段的本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段或如本文提供的免疫缀合物接触，以及(b)分离包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物。在一些实施方案中，所述包含抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物通过基于亲和力的分离来分离。在一些实施方案中，所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是基于磁性的分离。在任何此类实施方案中的一些中，所述基于亲和力的分离是亲和色谱法。
在一些实施方案中，将抗独特型抗体与一种或多种细胞的输入组合物接触或孵育以产生输出组合物。在某些实施方案中，输入细胞和/或输入组合物是在一定条件下被或希望被处理、孵育或接触的组合物和/或多个细胞，所述条件将产生输入组合物的至少一部分细胞的一种或多种变化，从而将输入组合物转换成输出组合物。在一些实施方案中，输入细胞是免疫细胞的组合物，例如含有表达CAR的细胞的T细胞组合物。在特定实施方案中，通过实践所提供的方法，在所产生的输出组合物中输入组合物中的至少一部分细胞得以激活、扩增和/或富集。
在某些实施方案中，抗独特型抗体扩增或富集输入组合物的CAR表达细胞。在一些实施方案中，输入组合物包含真核细胞，诸如哺乳动物细胞。在某些实施方案中，输入组合物含有人细胞。在一些实施方案中，输入组合物含有源自血液、骨髓、淋巴或淋巴器官的细胞。在特定实施方案中，输入组合物含有免疫系统的细胞，即先天免疫或适应性免疫的细胞，例如骨髓或淋巴样细胞(包括淋巴细胞，典型地为T细胞和/或NK细胞)。在一些实施方案中，输入组合物含有干细胞，诸如多潜能干细胞和多能干细胞，包括诱导多能干细胞(iPSC)。在特定实施方案中，输入组合物含有CD3+细胞。在某些实施方案中，输入组合物含有CD4+细胞。在一些实施方案中，输入组合物含有CD8+细胞。在一些实施方案中，输入组合物是CD4+细胞的组合物。在特定的实施方案中，输入组合物是CD8+细胞的组合物。
在一些实施方案中，所述方法和药剂能够刺激缺乏或已下调一种或多种天然信号传导分子(诸如一种或多种共刺激受体或抗原受体或细胞因子受体)但表达由抗ID抗体识别的嵌合受体(例如，CAR)的T细胞。在一些实施方案中，输入组合物的细胞的CD28或其他共刺激分子或其他信号传导分子的表面表达低或呈阴性。因此，在一些实施方案中，与可能需要或依赖于CD28或其他内源性信号传导分子的表面表达的某些其他激活或刺激剂或方法相比，所提供的药剂和方法具有某些优点，以提供所希望的信号和/或全范围的此类信号，例如以提供共刺激信号和/或实现完全激活。在一些实施方案中，与抗CD3/抗CD28试剂(例如，珠)相比，所提供的药剂和方法在这些方面是有利的；在一些方面，所提供的抗ID抗体有利于能够刺激或实现所希望的作用，诸如CD28或其他天然信号传导分子呈低或阴性的细胞的激活或增殖。在一些方面，通过用抗ID抗体刺激而经由CAR的信号传导导致仅使用单一试剂就产生经由CAR的初级和次级(共刺激)信号两者。在一些实施方案中，输入组合物包含表达低水平的CD28或其他内源信号传导分子的CD3+细胞。在一些实施方案中，输入组合物包含呈CD28阴性或呈其他内源信号传导分子阴性的CD3+细胞。在一些实施方案中，抗ID抗体刺激表达低水平的CD28的细胞或呈CD28阴性的细胞的激活和/或扩增。在一些实施方案中，使细胞与固定或结合到固体支持物的抗独特型抗体或抗原结合片段接触。在一些实施方案中，固体支持物是珠。在一些实施方案中，固体支持物是孔或板(例如，细胞培养板)的表面。在一些例子中，抗ID抗体是可溶性的。在某些实施方案中，在使细胞与抗独特型抗体或抗原结合片段接触之前，不使细胞与抗CD3/抗CD28缀合的试剂接触。
在某些实施方案中，将抗独特型抗体应用于、接触或与已用编码CAR的核苷酸转导或转染的细胞的输入组合物一起孵育。在特定的实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触输入细胞导致表达CAR的细胞的扩增和/或富集。在特定的实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触输入细胞不会导致不表达CAR的细胞的扩增和/或富集。在特定的实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触输入细胞导致不表达CAR的细胞的扩增和/或富集比表达CAR的细胞的扩增和/或富集少至少50％、至少75％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％、至少99.9％或至少99.99％。在一些实施方案中，本文提供的抗独特型抗体用于扩增经历低转导和/或转染效率和/或含有低量CAR表达细胞的输入组合物的CAR表达细胞。在某些实施方案中，抗独特型抗体选择性地扩增和/或富集表达CAR的细胞。
一些实施方案考虑了，与通过多克隆刺激(例如，抗CD3和/或抗CD28抗体刺激)扩增和/或富集细胞相比，抗独特型抗体更有效地扩增和/或富集具有低转导或转染效率和/或表达CAR的细胞量低的输入组合物的细胞。在特定的实施方案中，多克隆刺激导致输入组合物中表达CAR的细胞和不表达CAR的细胞的扩增，并且因此，在一些实施方案中，可能无法富集CAR表达细胞，特别是当输入组合物具有低数量的CAR表达细胞。相比之下，在一些实施方案中，与抗独特型抗体孵育导致CAR表达细胞的选择性扩增，并且因此，在某些实施方案中，将导致CAR表达细胞的选择性扩增和/或富集。在一些实施方案中，与通过多克隆刺激相比，用抗独特型抗体孵育、接触和/或处理输入细胞导致CAR表达细胞更大的富集和/或扩增。
在特定的实施方案中，与通过多克隆刺激扩增和/或富集的输入细胞相比，将抗独特型抗体与用更低的病毒颗粒量、病毒载体颗粒与细胞的拷贝比和/或感染单位(IU)转染和/或转导的输入细胞一起孵育，将抗独特型抗体应用于其和/或与其接触。例如，在一些实施方案中，与通过多克隆刺激扩增和/或富集的输入组合物相比，由以少或少至少0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50或60IU/个细胞转导的细胞产生与抗独特型抗体一起孵育的输入组合物。在一些实施方案中，与通过多克隆刺激扩增和/或富集的输入组合物相比，由以病毒载体颗粒滴度少或少至少1x105IU/mL、5x105IU/mL、1x106IU/mL、5x106IU/mL、6x106IU/mL、7x106IU/mL、8x106IU/mL、9x106IU/mL或1x107IU/mL转导的细胞产生与抗独特型抗体一起孵育的输入组合物。
在特定实施方案中，用高IU/细胞来转导细胞将导致高的转导效率，但是在一些实施方案中，也可能导致具有高载体拷贝数(VCN)的转染细胞，这可能存在安全风险并且可能不符合监管标准。在特定实施方案中，降低转导细胞所用的IU/细胞将降低转导效率，但将降低VCN。在特定实施方案中，增加转导细胞所用的IU/细胞将增加转导效率，但也将增加VCN。
在一些实施方案中，输入组合物含有已用一种或多种编码由抗独特型抗体结合或识别的CAR的核酸转导或转染的细胞或从已用其转导或转染的细胞衍生的细胞的群体。在一些实施方案中，输入组合物含有的少于80％、少于75％、少于70％、少于65％、少于60％、少于55％、少于50％、少于45％、少于40％、少于35％、少于30％、少于25％、少于20％、少于15％、少于10％、少于5％或少于1％的细胞是CAR表达细胞。在特定的实施方案中，来自输入组合物的细胞已如章节II中所述转染或转导。在某些实施方案中，输入细胞含有已用一种或多种编码抗GPRC5D CAR(诸如含有来自和/或源自抗GPRC5D抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)的scFv的抗GPRC5D CAR)的核酸转导或转染的细胞或从已用其转导或转染的细胞衍生的细胞的群体。
在特定的实施方案中，在细胞的刺激、扩增和/或激活的条件下进行用抗独特型抗体对来自输入组合物的细胞的孵育、接触或处理，所述条件可以包括以下中的一种或多种：特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子，诸如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶性受体和经设计以激活细胞的任何其他药剂)。
在一些实施方案中，输入组合物的细胞已用一种包含编码CAR的基因的核酸转染或转导，并且将细胞与结合至或识别重组受体的抗独特型抗体接触、孵育或处理。在一些实施方案中，在细胞转导或转染编码CAR的核酸之后，将输入组合物的细胞用抗独特型抗体进行处理、孵育或接触。在特定的实施方案中，在输入组合物的细胞已被转导或转染后约1分钟内、约5分钟内、约30分钟内、约1小时内、约2小时内、约4小时内、约6小时内、约8小时内、约12小时内、约24小时内、约2天内、约3天内、约4天内、约5天内、约6天内、约1周内、约2周内、约3周内、约4周内、约5周内或约6周内立即用抗独特型抗体处理、孵育或接触输入组合物的细胞。
在一些实施方案中，将输入组合物的细胞用可溶性抗独特型抗体处理、孵育和/或接触，与未交联的抗体接触和/或与未结合或附接至固体支持物的抗体接触。
在一些实施方案中，所述方法导致表达由抗Id抗体识别的嵌合受体(诸如CAR)的细胞的增殖、激活、刺激、细胞因子释放或其他功能结果，诸如激活标记物上调或细胞因子释放或产生。在一些方面，在此类细胞中以类似于或大于通过将细胞与刺激T细胞增殖的药剂和/或条件(诸如抗CD3/CD28珠和/或交联的抗CD3)一起孵育而诱导的程度诱导这种增殖或其他功能性反应或读数。在一些方面，所述方法不涉及抗独特型抗体的交联。在任何实施方案的一些方面，抗独特型药剂能够诱导特定的增殖或功能结果或其程度，而无需交联抗独特型抗体。在一些方面，本文的抗独特型剂的优点是其能够刺激或引起表达靶受体的T细胞或其他免疫细胞的特定功能结果，而无需交联抗Id抗体或使用第二药剂。在一些方面，结果是通过抗独特型抗体的可溶性或板结合形式实现的。在一些方面，结果是通过与珠偶联的抗独特型抗体实现的。
在特定的实施方案中，以在10pg/ml与100μg/ml之间、在1pg/ml与1ng/ml之间、在1ng/ml与1μg/l之间、在100ng/ml与1.0μg/ml之间、在1ng/ml与100ng/ml之间、在10ng/ml与1.0μg/ml之间、在100ng/ml与10pg/ml之间、在250ng/ml与10μg/ml之间、在250pg/ml与1ng/ml之间、在1μg/ml与10μg/ml之间、在250ng与约2.5μg/ml之间或在1μg/ml与10μg/ml之间处理、孵育和/或接触输入组合物的细胞。
在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至固体支持物，所述固体支持物任选地包含或缀合到试剂，所述试剂包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。在一些实施方案中，固体支持物是板或孔的表面。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至可溶性试剂，所述可溶性试剂任选地是或包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。在一些实施方案中，所述试剂包括链霉亲和素突变蛋白。在一个示例性实施方案中，抗独特型抗体包含能够与存在于或固定在可溶性试剂上的链霉亲和素或链霉亲和素突变蛋白分子结合的链霉亲和素结合肽或其他链霉亲和素结合部分，所述结合在一些情况下可以在竞争物质(诸如生物素)的存在下被解离。此类系统的例子包括在PCT公开专利申请号WO2015/158868中描述的那些。
在特定的实施方案中，将输入组合物的细胞用附接、结合、包被和/或缀合至固体表面或支持物(例如，板或孔)的抗独特型抗体进行处理、孵育和/或接触。在某些实施方案中，通过将固体表面或支持物与一定浓度的抗独特型抗体一起孵育，已将抗独特型抗体附接、结合、包被和/或缀合至固体表面或支持物。在特定的实施方案中，将固体表面或支持物与在10ng/ml与100μg/ml之间、在100ng/ml与1.0μg/ml之间、在250ng/ml与10μg/ml之间、在250ng/ml与1μg/ml之间、在1μg/ml与10μg/ml之间、在250ng与2.5μg/ml之间或在1μg/ml与10μg/ml之间的抗独特型抗体一起孵育。在一些实施方案中，以在250ng/ml与10μg/ml之间孵育固体表面或支持物。在某些实施方案中，将固体表面或支持物与为或约0.25μg/ml、0.5μg/ml、1.0μg/ml、1.25μg/ml、2μg/ml、2.5μg/ml、5μg/ml或10μg/ml的抗独特型抗体一起孵育。
在一些实施方案中，所述孵育持续至少或约至少5分钟、10分钟、30分钟、60分钟、2小时、6小时、12小时、24小时、36、48小时、72小时或96小时。在一些实施方案中，所述输入组合物包含作为占所述组合物中的总细胞的百分比少于或少于约60％、少于或少于约50％、少于或少于约40％、少于或少于约30％、少于或少于约20％或者少于或少于约10％的CAR表达细胞。在一些实施方案中，所述输出组合物中CAR表达细胞的数量与所述输入组合物中CAR表达细胞的数量相比增加了大于1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、10倍或更多；和/或与所述组合物中的总细胞相比，所述输出组合物中CAR表达细胞的百分比增加了大于10％、20％、40％、50％、60％、70％、80％或更多。在一些实施方案中，在孵育之前，不针对CAR表达细胞进行细胞的选择或富集。
在某些实施方案中，将抗独特型抗体用来自输入组合物(例如，包含表达CAR的细胞的输入组合物)的细胞接触或孵育一定量的时间以扩增输入组合物的一种或多种细胞，诸如以扩增输入组合物的表达重组受体的细胞。在特定的实施方案中，将来自输入组合物的细胞用抗独特型抗体接触、孵育或处理至少约12小时、至少约24小时、至少约2天、至少约3天、至少约4天、至少约5天、至少约6天、至少约7天、至少约8天、至少约9天、至少约10天、至少约11天、至少约12天、至少约13天、至少约14天、至少约3周或至少约4周。在特定的实施方案中，将来自输入组合物的细胞用抗独特型抗体接触、孵育或处理少于约1天、少于约2天、少于约3天、少于约4天、少于约5天、少于约6天、或少于或约12天。在一些实施方案中，将来自输入组合物的细胞用抗独特型抗体接触、孵育或处理在约1天与约14天之间、在约3天与7天之间、或在4天与6天之间。
在特定的实施方案中，在高于室温的温度下将来自输入组合物(例如，包含表达CAR的细胞)的细胞用抗独特型抗体孵育、接触或处理以扩增输入组合物的表达重组受体的细胞。在一些实施方案中，处理、孵育或接触是在大于约25℃(诸如通常大于或大于约32℃、35℃或37℃)的温度下进行。在一些实施方案中，处理、孵育或接触是在为或约37℃±2℃的温度下，诸如在为或约37℃的温度下进行。
在一些实施方案中，输入组合物的细胞的至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少97％、至少99％、至少99.9％、约100％、或100％表达CAR。
在特定的实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触的输出组合物中表达CAR的细胞的数量比输入组合物中表达CAR的细胞的数量多至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少95％、至少100％、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、至少20倍、至少25倍、至少50倍、或至少100倍。
在特定的实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触的输出组合物中表达CAR的细胞的百分比比输入组合物中表达CAR的细胞的数量多至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少95％、至少100％、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、至少20倍、至少25倍、至少50倍、或至少100倍。
在一些实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触的输出组合物中表达CAR的细胞的数量比输出组合物中接受用抗CD3和抗CD28抗体的多克隆刺激、孵育的细胞的数量多至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少95％、至少100％、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、至少20倍、至少25倍、至少50倍、或至少100倍。
在某些实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触的输出组合物中表达CAR的细胞的百分比比输出组合物中接受用抗CD3和抗CD28抗体的多克隆刺激、孵育的细胞的数量多至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少95％、至少100％、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍、至少20倍、至少25倍、至少50倍、或至少100倍。
在一些实施方案中，用抗独特型抗体孵育、处理和/或接触的输出组合物中表达CAR的细胞含有比输出组合物中接受用抗CD3和抗CD28抗体的多克隆刺激(例如，孵育)的细胞低至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少95％或至少99％的VCN。在一些实施方案中，输出组合物的CAR表达细胞的平均VCN为不大于或不大于约10、5、4、2.5、1.5或1。
在一些实施方案中，此类方法可以用作制造、分析和/或质量控制方法的一部分，例如与表达含有由抗独特型抗体识别的抗体或其片段的重组多肽的细胞疗法(诸如CAR T细胞)的产生结合，用于测试目的，包括测试工程化受体的表达和/或效力，例如，在经工程化用于个体疗法的细胞中。在某些实施方案中，可以在产生CAR表达T细胞的过程中的任何阶段测试细胞组合物。在特定的实施方案中，可以在过程的任何阶段从细胞组合物中收集细胞样品并且储存(例如，通过冷冻和/或冷冻保存)用于以后的测试和/或分析。所测试的组合物可以是药物组合物，例如，包括含有细胞和药学上可接受的受体和/或冷冻保存剂的那些组合物。
在一些实施方案中，抗独特型抗体在体内刺激表达靶抗体(例如，CAR)的细胞。特定的实施方案考虑了CAR-T细胞疗法有效治疗癌症以及其他疾病和障碍。然而，在某些情境下，CAR-T细胞疗法的可行方法可能不始终完全令人满意。例如，在一些实施方案中，受试者中表达CAR的细胞的暴露和持久性随时间减少或下降。再者，观察表明，在一些情况下，CAR表达细胞的暴露的增加可以改善CAR-T细胞疗法中的功效和治疗结果。因此，在一些实施方案中，施用抗独特型抗体以提高、加强和/或增加CAR表达细胞的持久性和/或扩增。
在某些实施方案中，将抗独特型抗体施用于受试者，诸如先前已施用含有CAR表达细胞的治疗性细胞组合物的受试者。在一些实施方案中，向受试者施用抗独特型抗体促进受试者中表达CAR的细胞的再扩增，这在一些情况下可能达到或超过施用抗独特型抗体之前的初始峰值扩增水平。在一些实施方案中，当CAR表达细胞的水平下降或不可检测时的时间，施用抗独特型抗体以调节CAR表达细胞的扩增和/或持久性。在一些实施方案中，由抗独特型抗体重新扩增的表达CAR的细胞在施用它的受试者中展现出增加的效力，例如，与施用抗独特型抗体之前的效力相比。
在某些实施方案中，抗独特型抗体的施用增加或增强受试者中表达CAR的细胞的持久性。在一些实施方案中，在施用抗独特型抗体后为或至少7天、14天、21天、28天、35天、42天、49天、56天、63天、2月、3月、4月、5月、6月、或多于6个月，在受试者中可检测到CAR表达细胞。在一些方面，增加的受试者对细胞的暴露包括细胞的扩增和/或增加的扩增。
在一些实施方案中，在施用抗独特型抗体后，CAR表达细胞在受试者中扩增。在特定的实施方案中，施用抗独特型抗体导致受试者的血液或血清或其他体液或器官或组织中的最大浓度为至少100、500、1000、1500、2000、5000、10,000或15,000个拷贝的编码CAR的核酸/微克DNA或者至少0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8或0.9个CAR表达细胞/微升。在一些实施方案中，表达CAR的细胞被检测为占受试者血液中总PBMC的至少10％、20％、30％、40％、50％或60％，和/或在施用抗独特型抗体后在这样的水平下持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、24、36、48或52周或在施用抗独特型抗体后持续1、2、3、4或5或更多年。在一些方面，施用抗独特型抗体导致例如在受试者的血清、血浆、血液或组织(例如，肿瘤样品)中，编码重组受体(例如，CAR)的核酸的拷贝/微克DNA增加至少2倍、至少4倍、至少10倍或至少20倍。在特定的实施方案中，施用抗独特型抗体导致受试者中循环的CAR表达细胞的数量增加至少2倍、至少4倍、至少10倍或至少20倍。
在一些方面，在受试者或其体液、血浆、血清、组织或隔室中，诸如在血液(例如，外周血)或患病部位中可检测到或存在至少约1x102、至少约1x103、至少约1x104、至少约1x105或至少约1x106或至少约5x106或至少约1x107或至少约5x107或至少约1x108个CAR表达细胞和/或至少10、25、50、100、200、300、400或500或1000个CAR表达细胞/微升(例如，至少10/微升)。在一些实施方案中，在施用抗独特型抗体后至少约20天、至少约40天、或至少约60天、或至少约3、4、5、6、7、8、9、10、11或12月或至少2或3年内，在受试者中可检测到这样的细胞数量或浓度。
各种递送系统是已知的并且可以用于施用抗独特型抗体。在某些实施方案中，抗独特型抗体通过封装在脂质体、微颗粒和微囊中和/或附接至脂质体、微颗粒和微囊中来施用。施用抗独特型抗体的方法包括但不限于皮内、肌内、腹膜内、静脉内、皮下、鼻内、硬膜外和口服途径。抗独特型抗体可以通过任何方便的途径施用，例如通过输注、通过团注、通过经由上皮或粘膜皮肤内层(例如，口腔、直肠和肠粘膜等)吸收，并且可以与其他生物活性剂一起施用。施用可以是全身的或局部的。也可以采用肺部施用，例如，通过使用吸入器或雾化器以及用气雾化剂的配制品。在某些实施方案中，在囊泡、特别是脂质体(Langer,1990,Science 249:1527-1533)，例如阳离子脂质体(WO 98140052)中递送抗独特型抗体。
在一些实施方案中，提供了一种生产细胞组合物的方法，所述方法包括将编码CAR的核酸分子引入细胞，从而产生输入组合物，并且将输入组合物与结合至或识别CAR的抗原结合结构域的抗独特型抗体或其抗原结合片段一起孵育，从而产生细胞组成物。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是如本文提供的免疫缀合物，其包含抗独特型抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，所述CAR包含结合至或识别GPRC5D的靶抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，靶抗体是靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是本文所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是CAR的激动剂。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是CAR的拮抗剂。在一些实施方案中，所述引入包括通过病毒转导、转座、电穿孔或化学转染将核酸分子引入细胞中。在一些实施方案中，所述引入包括通过用包含核酸分子的逆转录病毒载体转导、通过用包含核酸分子的慢病毒载体转导、通过用包含核酸分子的转座子转座、或通过电穿孔或转染包含核酸分子的载体将核酸分子引入细胞中。
在一些实施方案中，所述方法进一步包括在引入编码CAR的核酸分子之前刺激或激活细胞的步骤。在一些实施方案中，细胞的激活包括使细胞与CD3激动剂和任选地CD28激动剂接触。在一些实施方案中，细胞的激活包括使细胞与包含激动性抗CD3和抗CD28抗体的试剂接触。在一些此类实施方案中，在与抗CD3/抗CD28接触的至少一部分期间和/或在引入编码CAR的核酸的至少一部分期间，所述方法包括将细胞与抗独特型抗体或其抗原结合片段孵育或接触。在一些实施方案中，所述孵育在所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至所述CAR的条件下进行，从而在所述输入组合物中的一个或多个细胞中诱导或调节信号。在一些实施方案中，所述细胞包括T细胞。
在一些此类实施方案中，所述T细胞包括CD4+和/或CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至固体支持物，所述固体支持物任选地包含或缀合到试剂，所述试剂包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至可溶性试剂，所述可溶性试剂任选地是或包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。在一些实施方案中，所述试剂包括链霉亲和素突变蛋白。在一个示例性实施方案中，抗独特型抗体包含能够与存在于或固定在可溶性试剂上的链霉亲和素或链霉亲和素突变蛋白分子结合的链霉亲和素结合肽或其他链霉亲和素结合部分，所述结合在一些情况下可以在竞争物质(诸如生物素)的存在下被解离。此类系统的例子包括在PCT公开专利申请号WO 2015/158868中描述的那些。在一些实施方案中，所述孵育持续至少或约至少5分钟、10分钟、30分钟、60分钟、2小时、6小时、12小时、24小时、36、48小时、72小时或96小时。在一些实施方案中，所述输入组合物包含作为占所述组合物中的总细胞的百分比少于或少于约60％、少于或少于约50％、少于或少于约40％、少于或少于约30％、少于或少于约20％或者少于或少于约10％的CAR表达细胞。在一些实施方案中，所述输出组合物中CAR表达细胞的数量与所述输入组合物中CAR表达细胞的数量相比增加了大于1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、10倍或更多；和/或与所述组合物中的总细胞相比，所述输出组合物中CAR表达细胞的百分比增加了大于10％、20％、40％、50％、60％、70％、80％或更多。在一些实施方案中，在孵育之前，不针对CAR表达细胞进行细胞的选择或富集。
在一些实施方案中，提供了一种监测包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段的CAR的活性的方法，所述方法包括以下步骤：将用CAR转导的T细胞的样品与靶向或结合CAR的激动性抗独特型抗体或其抗原结合片段一起孵育；和/或确定CAR T细胞的激活、刺激和/或扩增的存在、不存在或量，从而监测CAR-T细胞的活性。在一些实施方案中，此类方法可以用于验证CAR，在这种情况下，所述方法可以包括c)基于CAR-T细胞的激活、刺激和/或扩增的水平验证CAR。
在一些实施方案中，CAR T细胞的激活、刺激和/或扩增通过在与抗独特型抗体一起孵育一段时间后确定CAR T细胞中T细胞激活标记物的活力、增殖和/或表达来评估。在一些实施方案中，CAR T细胞的活力通过计算与抗独特型抗体一起孵育后用CAR转导的活T细胞占总T细胞的百分比来评估。在一些实施方案中，CAR T细胞的增殖通过在与抗独特型抗体一起孵育之前将用于染色CAR T细胞的染料进行染料稀释来评估。在一些实施方案中，T细胞激活标记物的表达通过流式细胞术来评估，其中针对识别T细胞激活标记物的抗体染色。在一些实施方案中，T细胞激活标记物选自CD25、CD26、CD27、CD28、CD30、CD69、CD71、CD134、CD137和CD154。在一些实施方案中，孵育时间段为从约1至约10天(诸如约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10天中的任一个，包括这些值之间的任何范围)。
在一些实施方案中，提供了一种监测CAR T细胞制剂的方法，其中CAR包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，所述方法包括：a)将制剂的一部分与靶向或结合CAR的激动性抗独特型抗体或其抗原结合片段一起孵育；以及b)确定CAR T细胞的激活、刺激和/或扩增的存在、不存在或量。在一些实施方案中，CAR-T细胞制剂可以是在测试所希望的特定条件下生产或制造的细胞。在一些实施方案中，与释放测定结合进行监测，诸如用于在施用于受试者之前验证细胞。在一些方面，所述方法进一步包括c)基于CAR T细胞的激活水平验证制剂。在一些实施方案中，制剂中CAR T细胞的激活通过在与抗独特型抗体一起孵育一段时间后确定CAR T细胞中T细胞激活标记物的活力、增殖和/或表达来评估。在一些实施方案中，CAR T细胞的活力通过计算与抗独特型抗体一起孵育后用CAR转导的活T细胞占总T细胞的百分比来评估。在一些实施方案中，CAR T细胞的增殖通过在与抗独特型抗体一起孵育之前将用于染色CAR T细胞的染料进行染料稀释来评估。在一些实施方案中，T细胞激活标记物的表达通过流式细胞术来评估，其中针对识别T细胞激活标记物的抗体染色。在一些实施方案中，T细胞激活标记物选自CD25、CD26、CD27、CD28、CD30、CD69、CD71、CD134、CD137和CD154。在一些实施方案中，孵育时间段为从约1至约10天(诸如约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10天中的任一个，包括这些值之间的任何范围)。
在一些实施方案中，靶抗体是抗GPRC5D抗体。在任何此类实施方案中的一些中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，例如，如章节I.A所述。
在任何此类实施方案中的一些中，抗独特型抗体或其抗原结合片段是结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体或其抗原结合片段，诸如如本文(例如，章节I.A中)所述的任何此类抗独特型抗体或其抗原结合片段。
C.用于细胞失活/耗尽
在一些实施方案中，所提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段是拮抗剂和/或展现出抑制、消融和/或耗尽(例如，经由抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)杀伤)表达靶抗体(诸如抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体))或其抗原结合片段的细胞的特定活性。还提供了涉及使用所提供的抗独特型抗体和含有一种或多种此类抗独特型抗体的分子(诸如缀合物和复合物)失活、消融和/或耗尽CAR T细胞的方法，其中CAR包含靶抗体(诸如抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体))或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述方法包括将包含用CAR转导的T细胞的组合物和/或样品用抗独特型抗体处理、接触和/或孵育。在某些实施方案中，所述方法进一步包括检测CAR T细胞是否失活，诸如通过评估CAR T细胞中激活标记物的活力、增殖和/或表达。在一些实施方案中，所述方法与包括施用CAR T细胞的疗法相关。在一些实施方案中，所述方法包括向个体施用抗独特型抗体。在一个实施方案中，抗独特型抗体或缀合物用于消融和/或耗尽(诸如杀伤)个体中的CAR T细胞。在一些实施方案中，靶抗体是抗GPRC5D抗体。在一些实施方案中，靶抗体是或源自靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，施用抗独特型抗体以耗尽、减少和/或降低受试者中CAR表达细胞的数量。在特定的实施方案中，抗独特型抗体的施用使CAR表达细胞(例如，循环的CAR-T细胞)的量耗尽、减少和/或降低至少25％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少99％、至少99.9％、100％或约100％。在某些实施方案中，所述耗尽、减少和/或降低与在施用抗独特型抗体之前受试者中CAR表达细胞的量相关。在特定的实施方案中，所述耗尽、减少和/或降低与未施用抗独特型抗体的受试者中CAR表达细胞的量相关。在一些实施方案中，在施用抗独特型抗体后在受试者中不可检测到CAR表达细胞。在特定的实施方案中，抗独特型抗体是人或人源化抗体。
在一些实施方案中，提供了一种使CAR T细胞失活的方法，其中CAR包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，所述方法包括将包含CAR T细胞的样品与靶向CAR的拮抗性抗独特型抗体或其抗原结合片段一起孵育，从而使样品中的CAR T细胞失活。在一些实施方案中，抗独特型抗体的使用量足以减弱样品中CAR T细胞的激活。在一些实施方案中，抗独特型抗体的使用量足以使样品中的CAR T细胞显著失活。在一些实施方案中，与抗独特型抗体一起孵育导致样品中CAR T细胞的消融和/或耗尽。
在一些实施方案中，抗独特型抗体的使用量足以导致样品中CAR T细胞的清除。
在一些实施方案中，施用抗独特型抗体以耗尽、减少和/或降低受试者中CAR和/或CAR表达细胞的活性。在特定的实施方案中，抗独特型抗体的施用使CAR和/或CAR表达细胞的刺激和/或激活减少和/或降低至少25％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少99％、至少99.9％、100％或约100％。在某些实施方案中，所述减少和/或降低与在施用抗独特型抗体之前受试者中CAR和/或CAR表达细胞的刺激和/或活性相关。在特定的实施方案中，所述减少和/或降低与未施用抗独特型抗体的受试者中CAR和/或CAR表达细胞的刺激和/或活性相关。在一些实施方案中，所述活性和/或刺激是指CAR受体或CAR T细胞活性的一个或多个方面，并且可以通过任何合适的已知手段，包括通过本文提供的任何手段来评估。在一些实施方案中，在施用抗独特型抗体后在受试者中不可检测到CAR和/或CAR表达细胞的活性和/或刺激。在特定的实施方案中，抗独特型抗体是人或人源化抗体。
在一些实施方案中，施用抗独特型抗体以预防、减少和/或降低CAR和/或CAR表达细胞与抗原的结合和/或结合能力。在特定的实施方案中，抗独特型抗体的施用使CAR和/或CAR表达细胞的抗原结合减少和/或降低至少25％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少99％、至少99.9％、100％或约100％。在某些实施方案中，所述减少和/或降低与在施用抗独特型抗体之前受试者中CAR和/或CAR表达细胞的抗原结合和/或抗原结合能力相关。在特定的实施方案中，所述减少和/或降低与未施用抗独特型抗体的受试者中CAR和/或CAR表达细胞的抗原结合和/或抗原结合能力相关。在特定的实施方案中，抗独特型抗体是人或人源化抗体。
在一些实施方案中，提供了一种消融和/或耗尽(诸如杀伤)CAR T细胞的方法，其中CAR包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，所述方法包括将包含CAR T细胞的样品与靶向CAR的抗独特型抗体或其抗原结合片段一起孵育，从而消融和/或耗尽样品中的CAR T细胞。在一些实施方案中，通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)进行消融和/或耗尽。在一些实施方案中，抗独特型抗体的使用量足以导致样品中基本上所有的CART细胞的消融和/或耗尽。
在一些实施方案中，提供了一种调节个体的CAR T细胞疗法的方法，其中CAR包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，所述方法包括向个体施用靶向CAR的拮抗性抗独特型抗体或其抗原结合片段，从而使CAR T细胞失活。在一些实施方案中，抗独特型抗体的施用量足以减弱个体中CAR T细胞的激活。在一些实施方案中，抗独特型抗体的施用量足以使个体中的CAR T细胞显著失活。在一些实施方案中，抗独特型抗体的施用导致个体中CAR T细胞的消融和/或耗尽。在一些实施方案中，抗独特型抗体的施用量足以导致个体中CAR T细胞的清除。
在一些实施方案中，提供了一种调节个体的CAR T细胞疗法的方法，其中CAR包含靶抗体(诸如靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段，所述方法包括向个体施用靶向CAR的抗独特型抗体免疫缀合物，其中所述抗独特型抗体免疫缀合物包含细胞毒性剂。在一些实施方案中，抗独特型抗体免疫缀合物的施用量足以减弱个体的CAR T细胞疗法。在一些实施方案中，抗独特型抗体免疫缀合物的施用量足以显著停止个体的CAR T细胞疗法。在一些实施方案中，抗独特型抗体免疫缀合物的施用量足以导致个体中CAR T细胞的清除。在一些实施方案中，细胞毒性剂选自化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白质毒素，细菌、真菌、植物或动物来源的酶促活性毒素或其片段))和放射性同位素。
在一些实施方案中，提供了一种耗尽细胞的方法，所述方法包括向受试者施用组合物，所述组合物包含结合至或识别靶抗体或其抗原结合片段(例如，靶抗GPRC5D抗体)的如本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段或如本文提供的免疫缀合物，其中所述受试者已被施用表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。在一些实施方案中，所述耗尽是通过抗体介导的细胞毒性(ADCC)进行的。
在一些实施方案中，靶抗体是抗GPRC5D抗体。在任何此类实施方案中的一些中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，例如，如章节I.A所述。
在任何此类实施方案中的一些中，抗独特型抗体或其抗原结合片段是结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体或其抗原结合片段，诸如如本文(例如，章节I.A中)所述的任何此类抗独特型抗体或其抗原结合片段。
D.用于结合测定或方法
本文提供了用于评估样品中与嵌合抗原受体(CAR)(诸如CAR的胞外结构域)或与其含有抗原结合结构域的部分结合的分子的存在或不存在的方法。在一些实施方案中，所述方法可以用于评估受试者中对所施用的包含嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法的体液反应或抗体反应的存在或不存在。在一些实施方案中，所述嵌合抗原受体包含靶抗体，所述靶抗体是靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，结合至或识别CAR(诸如本文所述的任一种)的胞外结构域的抗独特型抗体或其抗原结合片段可以在所述方法中用作阳性对照。
在特定的实施方案中，所述方法包括使样品与结合至或识别CAR的胞外结构域的抗独特型抗体或其抗原结合片段接触，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的浓度为在10ng/ml与100μg/ml之间、在100ng/ml与1.0μg/ml之间、在250ng/ml与10μg/ml之间、在250ng/ml与1μg/ml之间、在1μg/ml与10μg/ml之间、在250ng与2.5μg/ml、或在1μg/ml与10μg/ml之间的抗独特型抗体。在一些实施方案中，抗独特型抗体的浓度在250ng/ml与10μg/ml之间。在某些实施方案中，抗独特型抗体的浓度为约0.1μg/ml、0.25μg/ml、0.5μg/ml、1.0μg/ml、1.25μg/ml、2μg/ml、2.5μg/ml、或5μg/ml的抗独特型抗体。
在一些方面，过继细胞疗法可能与受试者对所施用的细胞和/或构建体的免疫反应的发展相关。例如，在一些情况下，暴露于嵌合受体可能受到针对由所施用细胞表达的重组受体的宿主免疫反应的限制，所述宿主免疫反应可能过早地消除细胞。观察到，即使在某些患有B细胞恶性肿瘤的受试者中，所述受试者通常是免疫功能低下的，也可以检测到免疫反应，所述免疫反应特异于过继细胞疗法中施用的细胞所表达的受体的区域。例如，施用CAR基因工程化细胞的受试者(例如，人类受试者)可以对嵌合区域的免疫原性区域(包括可能包含非人类序列的区域(例如，鼠scFv))和或对含有在嵌合受体的两个结构域或部分之间的连接部分的区域(例如，CAR的跨膜和共刺激结构域)产生特异性免疫反应。
在一些实施方案中，提供了涉及以下的方法：将结合试剂与来自已施用包含用嵌合抗原受体工程化的细胞的细胞疗法的受试者的样品接触或孵育，其中结合试剂是蛋白质，所述蛋白质包含含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR胞外结构域或其部分。在一些实施方案中，所述方法进一步包括检测结合试剂与存在于样品中的分子(例如，结合分子，诸如抗体)之间是否形成复合物，和/或检测这种结合的存在或不存在或水平。在某些实施方案中，所述接触或孵育是在允许结合试剂与来自受试者的样品中存在的分子结合的条件下进行的。在某些方面，所述方法可以进一步在含有结合至或识别CAR(诸如如所述的任一种)的抗独特型抗体或其抗原结合片段的阳性对照样品上进行。在一些实施方案中，分子与结合试剂的结合的存在、不存在或结合水平的确定可以包括将所述结合或检测与阳性对照样品与结合试剂的结合或检测进行比较。
在一些实施方案中，所述细胞疗法是或包含含有靶抗体的表达抗GPRC5DCAR的基因工程化细胞，所述靶抗体是靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段，其中结合试剂包含含有靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的CAR胞外结构域或其部分。在一些实施方案中，阳性对照包括如章节I.A所述的抗独特型抗体。
在一些实施方案中，所述方法包括检测结合试剂与存在于样品中的分子(例如，结合分子，诸如抗体)之间是否形成复合物，和/或检测这种结合的存在或不存在或水平。在某些实施方案中，所述接触或孵育是在允许结合试剂与来自受试者的样品中存在的分子结合的条件下进行的。在一些方面，通过免疫测定，任选地夹心测定或桥式测定来检测复合物。例如，免疫测定是酶联免疫吸附测定(ELISA)、化学发光、电化学发光、基于表面等离子共振(SPR)的生物传感器(例如，BIAcore)、流式细胞术或蛋白质印迹。在一些实施方案中，免疫测定是或或包括meso scale discovery。
在一些方面，免疫测定是夹心测定或桥式测定。在夹心测定或桥式测定中，结合试剂是第一结合试剂，并且分子或包含分子的复合物的存在或不存在的检测包括使在第一结合试剂与分子之间形成的复合物与第二结合试剂接触，其中第二结合试剂是能够结合与第一结合试剂相同或相似的分子的药剂。在一些实施方案中，第二结合试剂包含CAR胞外结构域或其部分。在一些方面，第一结合剂和第二结合剂的CAR胞外结构域或其部分相同或基本相同。
在一些实施方案中，结合试剂(诸如第一结合试剂和/或第二结合试剂)被可检测地标记或能够产生可检测信号。结合试剂(诸如第一结合试剂和/或第二结合试剂)直接或间接地连接至可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记是或包括荧光标记、化学发光标记、电致发光标记、比色标记、生物发光标记或放射性标记。在一些实施方案中，结合试剂(诸如第一结合试剂和/或第二结合试剂)直接或间接地连接至SULFO-标签。在一些实施方案中，第一结合试剂和第二结合试剂中的至少一种被可检测地标记或能够产生可检测信号，并且第一结合试剂和第二结合试剂中的另一种被附接或固定至固体支持物。在一些方面，第一结合试剂被附接或固定至固体支持物或能够被附接或固定至固体支持物。用于将结合试剂直接或间接地附接至固体支持物的方法是本领域众所周知的。附接方法通常包括将结合试剂非特异性吸附到固体支持物或将结合试剂共价附接(典型地通过游离胺基团)至固体支持物上的化学反应基团，诸如活化的羧基、羟基或醛基。附接方法还包括将结合试剂间接附接至固体支持物，诸如通过将固体支持物用捕获试剂(诸如链霉亲和素)包被并且将亲和标记的结合试剂(诸如生物素标记的试剂)添加到固体支持物，使得亲和标记(例如，生物素)与捕获试剂(例如，链霉亲和素)之间的相互作用将结合试剂连接到固体支持物。在一些实施方案中，第一结合试剂直接或间接地连接至生物素。在一些例子中，第一可溶性试剂结合至用链霉亲和素包被的固体支持物。在一些实施方案中，第二结合试剂直接或间接地连接至可检测标记，任选地SULFO-标签。
在特定的实施方案中，使样品与第一结合试剂接触，第一结合试剂附接、结合、包被和/或缀合至固体表面或支持物，例如板或孔。在某些实施方案中，第一结合试剂已通过以下方式附接、结合、包被和/或缀合至固体表面或支持物：将结合试剂间接附接至固体支持物，诸如通过将固体支持物用捕获试剂(诸如链霉亲和素)包被并且将亲和标记的结合试剂(诸如生物素标记的试剂)添加到固体支持物，使得亲和标记(例如，生物素)与捕获试剂(例如，链霉亲和素)之间的相互作用将结合试剂连接到固体支持物。在一些实施方案中，将样品与直接或间接地连接至SULFO-标签的第二结合试剂接触。在特定的实施方案中，第一结合试剂和/或第二结合试剂的使用浓度在10ng/ml与100μg/ml之间、在100ng/ml与1.0μg/ml之间、在250ng/ml与10μg/ml之间、在250ng/ml与1μg/ml之间、在1μg/ml与10μg/ml之间、在250ng与2.5μg/ml、或在1μg/ml与10μg/ml的抗独特型抗体。在一些实施方案中，以在250ng/ml与10μg/ml之间孵育固体表面或支持物。在某些实施方案中，将固体表面或支持物在为或约0.25μg/ml、0.5μg/ml、1.0μg/ml、1.25μg/ml、2μg/ml、2.5μg/ml、5μg/ml、或10μg/ml下孵育。
在一些实施方案中，来自已施用包含用嵌合抗原受体工程化的细胞的细胞疗法的受试者的样品是或包括来自受试者的任何体液样品。在一些方面，样品是或包括血液、血清或血浆。在一些实施方案中，在开始施用细胞疗法或细胞剂量后的在或约在1小时至1年内，诸如在或约在6小时、12小时、24小时、一周、两周、三周、一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月、七个月、八个月、九个月、十个月、十一个月或十二个月内，从受试者获得样品。在一些方面，在开始施用细胞疗法之后的从或约从1个月至6个月，诸如2个月至6个月或2个月至4月，例如在开始施用细胞疗法的之后的约或大约2月、3月、4月、5个月或6个月，从受试者获得样品。
在一些实施方案中，靶抗体是抗GPRC5D抗体。在任何此类实施方案中的一些中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，例如，如章节I.A所述。
在任何此类实施方案中的一些中，抗独特型抗体或其抗原结合片段是结合至或识别靶抗GPRC5D抗体的抗独特型抗体或其抗原结合片段，诸如如本文(例如，章节I.A中)所述的任何此类抗独特型抗体或其抗原结合片段。
V.制品或试剂盒
还提供了含有所提供的抗独特型抗体和/或组合物的制品或试剂盒。在一些实施方案中，提供了包含抗独特型抗体或其抗原结合片段的制品。在一些情况下，抗独特型抗体结合抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段或者包含抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的嵌合抗原受体。在一些例子中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，如例如章节1.A中所述。在一些方面，在制品或试剂盒中提供了含有本文所述抗独特型抗体的缀合物。
在一些实施方案中，所述试剂盒或制品包含抗独特型抗体或其抗原结合片段和结合试剂，所述结合试剂含有抗独特型抗体结合(诸如特异性结合)或识别的嵌合抗原受体(CAR)的胞外结构域或胞外结构域的一部分。在一些实施方案中，CAR的胞外结构域是或包含抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体)或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述试剂盒或制品包含抗独特型抗体或其抗原结合片段，和使用抗独特型抗体或其抗原结合片段进行以下项目的说明书：(i)检测靶抗体或其抗原结合片段或包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR；和/或(ii)从细胞群体中选择或富集表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的工程化细胞；和/或(iii)刺激输入组合物，所述输入组合物包含表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
在一些实施方案中，所述试剂盒或制品包含结合试剂，所述结合试剂包含含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR的胞外结构域，所述胞外结构域或其部分包含所述靶抗体或其抗原结合片段；以及如本文提供的抗独特型抗体或其抗原结合片段或免疫缀合物。
在一些实施方案中，结合试剂是第一结合试剂并且试剂盒或制品另外包含第二结合试剂。在这样的例子中，第二结合试剂是能够结合至与第一结合试剂相同或相似的分子的药剂。在一些实施方案中，第二结合试剂包含CAR胞外结构域或其部分。在一些方面，第一结合剂和第二结合剂的CAR胞外结构域或其部分相同或基本相同。
在一些实施方案中，结合试剂或者第一结合试剂和第二结合试剂中的至少一种附接至标记(例如，可检测标记)，诸如本文所述标记。在一些实施方案中，第一结合试剂和第二结合试剂中的至少一种附接至固体支持物或能够连接至固体支持物，诸如本文所述的固体支持物。在一些方面，第一结合试剂和第二结合试剂被可检测地标记或能够产生可检测信号，并且第一结合试剂和第二结合试剂中的另一种被附接或固定至固体支持物。在一些实施方案中，结合试剂作为试剂盒或作为如本文别处所述的系统的一部分提供，用于与免疫测定(例如，夹心测定或桥式测定)结合使用。在一些实施方案中，第一结合试剂结合至固体支持物，任选地链霉亲和素包被的固体支持物。在一些实施方案中，第二可溶性蛋白直接或间接地连接至可检测标记，诸如SULFO-标签。
在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包含抗独特型抗体或抗原结合片段。在一些方面，抗独特型抗体结合抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段或者包含抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的嵌合抗原受体。在一些例子中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，如例如章节I.A中所述。在一些实施方案中，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段作为阳性对照样品提供。在一些例子中，阳性对照样品与第一和第二可溶性蛋白或试剂形成复合物，所述第一和第二可溶性蛋白或试剂含有嵌合抗原受体(CAR)的胞外结构域的区域，所述区域包含抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述试剂盒或制品包含筒柱装置，例如用于在章节IV.A中所述的任何方法中使用。在一些实施方案中，微流体筒柱含有样品组合物室。在一些实施方案中，微流体筒柱含有泡罩隔室。在一些实施方案中，微流体筒柱含有适于流体混合的处理隔室，所述处理隔室与样品组合物室和泡罩流体连通。在一些实施方案中，微流体筒柱含有评估室，所述评估室包括读取区，其中评估室与处理室流体连通。在一些实施方案中，读取区允许在样品通过读取区时对其进行分析。
在一些实施方案中，泡罩含有抗独特型抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，抗独特型抗体缀合至可检测标记(例如，荧光标记)。在一些方面，抗独特型抗体结合抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段或者包含抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的嵌合抗原受体。在一些例子中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，如例如章节I.A中所述。
在一些实施方案中，所述试剂盒或制品包含干燥的抗独特型抗体或其抗原结合片段，例如用于在章节IV.A中所述的任何方法中使用。在一些实施方案中，所述干燥的抗独特型抗体缀合至可检测标记(例如，荧光标记)。在一些方面，所述干燥的抗独特型抗体结合抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段或者包含抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的嵌合抗原受体。在一些例子中，抗GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体，如例如章节I.A中所述。在一些实施方案中，所述干燥的抗独特型抗体或其抗原结合片段包含在管中。在一些实施方案中，管进一步含有其他干燥的试剂，例如其他标记的抗体、染料或细胞裂解剂。
在一些实施方案中，所述试剂盒或制品包含用于实施所提供的任何方法的试剂或组分。在一些实施方案中，所述制品或试剂盒包含从商业、治疗和用户角度上所希望的一种或多种试剂或其他材料，包括二抗、亲和标签、捕获试剂、缓冲剂、稀释剂、信号检测剂、过滤器、针、注射筒、毛细管、和具有使用说明书的包装插页。
在一些实施方案中，所述试剂盒可以作为制品提供，所述制品包含用于包装抗体或其组合物或一种或多种另外的试剂(例如，结合试剂或组分)的包装材料。例如，所述试剂盒可以含有容器、瓶、管、小瓶以及适合用于分离或组织试剂盒的组件的任何包装材料。
在一些实施方案中，所述试剂盒含有一个或多个容器。合适的容器包括例如瓶、小瓶(例如双室小瓶)、注射器(诸如单室或双室注射器)和试管。所述一个或多个容器可以由多种材料(诸如玻璃或塑料)形成。所述一个或多个容器容纳用于所述方法的包含抗体或其他试剂(例如，结合试剂)的组合物。本文的制品或试剂盒可以包含在单独的容器中或在同一个容器中的抗体或试剂。在一些实施方案中，容纳所述组合物的一个或多个容器可以是单用式小瓶或多使用式小瓶，其在一些情况下可以允许重构组合物的重复使用。
在一些实施方案中，所述制品或试剂盒可以进一步包含第二容器，所述第二容器包含合适的稀释剂。所述制品或试剂盒可以进一步包含从商业、治疗和用户的角度上所希望的其他材料，包括其他缓冲液、稀释剂、过滤器、针、注射筒、治疗剂和/或具有使用说明书的包装插页。
所述制品可以包含容器和在所述容器上或与所述容器相关的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、小瓶、注射器、IV溶液袋等。容器可以由各种材料(诸如玻璃或塑料)形成。在一些实施方案中，所述容器容纳含有如本文提供的抗独特型抗体的组合物，所述组合物自身或与另一种组合物组合地有效治疗、预防和/或诊断疾病或病症。在一些实施方案中，所述容器具有无菌接入端口。示例性容器包括静脉内溶液袋、小瓶，包括具有可被注射用针刺穿的塞子的那些。所述制品可以包含第一容器，所述第一容器中含有组合物，其中所述组合物包含抗独特型抗体。可替代地或另外地，所述制品可以进一步包含另一种或相同的容器，所述另一种或相同的容器包含可接受的缓冲剂。所述容器可以进一步包含其他材料，诸如其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针和/或注射筒。
在一些实施方案中，所述制品或试剂盒包含固体支持物，包括由以下形成的固体支持物：玻璃(例如，受控孔玻璃)、多糖(例如，琼脂糖)、聚丙烯酰胺、聚苯乙烯、聚乙烯醇、硝化纤维素、纤维素、尼龙、有机硅和在用于直接或间接附接如所述的结合试剂的固体支持物中使用的本领域众所周知的其他材料。包含在本文提供的制品或试剂盒中的固体支持物包括但不限于珠、柱(例如，色谱柱等)、阵列(例如，微阵列、纳米阵列等)、测定板、筒柱、棒、过滤器、条或本文所述的任何其他固体支持物。
在一些实施方案中，所述制品或试剂盒可以进一步包含第二容器，所述第二容器包含合适的稀释剂。所述制品或试剂盒可以进一步包含从商业、治疗和用户的角度上所希望的其他材料，包括其他缓冲液、稀释剂、过滤器、针、注射筒、治疗剂和/或具有使用说明书的包装插页。
在一些实施方案中，所述试剂盒可以任选地包含说明书。说明书典型地包括有形表达，所述有形表达描述了抗体以及任选地在试剂盒中包含的其他组分(例如，结合试剂)以及使用所述抗体和/或其他组分或将所述抗体和/或其他组分与如所述的任何用途或方法结合使用的方法。在一些实施方案中，所述说明书作为标签或包装插页提供，所述标签或包装插页在容器上或与容器相关。在一些实施方案中，所述说明书可以指示重构和/或使用组合物的指导。
在一些实施方案中，提供了使用抗独特型抗体检测靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段或包含靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段的嵌合抗原受体(诸如与如所述的任何方法或测定相符或与其结合)的说明书。在一些例子中，提供了使用抗独特型抗体从细胞群体中选择或富集表达嵌合抗原受体(CAR)的工程化细胞的说明书，所述嵌合抗原受体包含靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。在一些例子中，提供了使用抗独特型抗体刺激输入组合物的说明书，所述输入组合物包含表达嵌合抗原受体的细胞，所述嵌合抗原受体包含靶抗GPRC5D抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，提供了使用所提供的试剂盒检测与细胞疗法的嵌合抗原受体结合的分子(诸如抗体，例如通过对嵌合抗原受体(CAR)的体液免疫反应产生的抗体)的说明书。在一些实施方案中，提供了用于使结合试剂与来自已施用细胞疗法的受试者的样品接触的说明书，所述细胞疗法包含用CAR工程化的细胞，所述CAR包含靶抗体或其抗原结合片段，所述靶抗体是抗GPRC5D抗体(例如，靶抗GPRC5D抗体如例如在章节I.A中所述)，其中结合试剂包含CAR的胞外结构域或所述胞外结构域的包含靶抗体或其抗原结合片段的部分。在一些方面，所述说明书还指定检测包含结合试剂和来自样品的与第一结合试剂和第二结合试剂两者结合的分子的复合物的存在或不存在，任选地其中所述分子是或包含抗体。在一些方面，GPRC5D抗体是靶抗GPRC5D抗体。
VI.定义
除非另外定义，否则本文使用的所有领域术语、符号和其他技术和科学术语或命名旨在具有与所要求保护的主题所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。在一些情况下，为了清楚和/或为了便于参考而在本文中定义具有通常理解的含义的术语，并且本文中包含的此类定义不应被解释为表示与本领域通常理解的实质性差异。
如本文所用，提及抗体的“相应形式”意指当比较两种抗体的特性或活性时，使用相同形式的抗体来比较特性。例如，如果声明抗体与第一抗体的相应形式的活性相比具有更高的活性，则意味着特定形式(诸如所述抗体的scFv)与第一抗体的scFv形式相比具有更高的活性。
如本文所用，叙述核苷酸或氨基酸位置“对应于”所公开序列中的核苷酸或氨基酸位置(诸如序列表中所示)是指，在使用标准比对算法(诸如GAP算法)与所公开序列比对以使同一性最大化之后，所鉴定的核苷酸或氨基酸位置。通过比对序列，本领域技术人员可以例如使用保守和相同的氨基酸残基作为指导来鉴定相应的残基。一般来说，为了鉴定对应位置，将氨基酸序列比对以使得获得最高阶匹配(参见例如：Computational MolecularBiology,Lesk,A.M.编辑,Oxford University Press,纽约,1988；Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.编辑,Academic Press,纽约,1993；Computer Analysis of Sequence Data,Part I,Griffin,A.M.和Griffin,H.G.编辑,Humana Press,新泽西州,1994；Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987；及Sequence Analysis Primer,Gribskov,M.和Devereux,J.编辑,M Stockton Press,纽约,1991；Carrillo等人(1988)SIAM J Applied Math 48:1073)。
“效应子功能”是指可归因于抗体Fc区的那些生物活性，其随抗体同种型的变化而变化。抗体效应子功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如，B细胞受体)的下调；和B细胞激活。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的含有恒定区的至少一部分的C末端区。所述术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区从Cys226或从Pro230延伸至重链的羧基末端。然而，Fc区的C末端赖氨酸(Lys447)可以存在或可以不存在。除非本文另有说明，否则Fc区或恒定区中氨基酸残基的编号是根据EU编号系统(也称为EU索引)，如Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,马里兰州贝塞斯达,1991中所述。
术语“全长抗体”、“完整抗体”和“全抗体”在本文中可互换地使用以指代具有与天然抗体结构基本上类似的结构或具有含有如本文所定义的Fc区的重链的抗体。
“分离的”抗体是已经与其天然环境的组分分开的抗体。在一些实施方案中，如通过例如电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或色谱法(例如，离子交换或反相HPLC)确定的，将抗体纯化至大于95％或99％的纯度。关于评估抗体纯度的方法的综述，参见例如Flatman等人,J.Chromatogr.B 848:79-87(2007)。
“分离的”核酸是指已经与其天然环境的组分分开的核酸分子。分离的核酸包括细胞中含有的核酸分子，所述细胞通常含有所述核酸分子，但所述核酸分子存在于染色体外或存在于不同于其天然染色体位置的染色体位置。
“编码抗独特型抗体的分离的核酸”是指编码抗体重链和轻链(或其片段)的一种或多种核酸分子，包括在单个载体或单独载体中这样的一种或多种核酸分子、以及在宿主细胞中的一个或多个位置存在的这样的一种或多种核酸分子。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且是指已引入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“转化细胞”，其包括原代转化细胞和源自其的后代，不考虑传代次数。后代的核酸含量可能与亲代细胞不完全相同，但可能含有突变。本文包括如在初始转化细胞中所筛选或选择，具有相同功能或生物活性的突变体后代。
如本文所用，在关于氨基酸序列(参考多肽序列)使用时，“氨基酸序列同一性百分比(％)”和“同一性百分比”定义为，在比对序列并在必要时引入空位以实现最大序列同一性百分比并且不将任何保守取代视作序列同一性的一部分之后，候选序列(例如，主题抗体或片段)中与参考多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。用于确定氨基酸序列同一性百分比的目的的比对可以以本领域熟知的多种方式来实现，例如，使用公众可获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以确定用于比对序列的适当参数，包括为了在所比较的序列的全长上实现最大比对所需要的任何算法。
氨基酸取代可以包括用另一种氨基酸替代多肽中的一个氨基酸。所述取代可以是保守氨基酸取代或非保守氨基酸取代。可以将氨基酸取代引入目的结合分子(例如，抗体)和针对所希望的活性(例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性或改善的ADCC或CDC)筛选的产物中。
通常可以根据以下常见的侧链特性将氨基酸进行分组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。
在一些实施方案中，保守取代可能涉及将这些类别之一的成员交换为同一类别的另一个成员。在一些实施方案中，非保守氨基酸取代可能涉及将这些类别之一的成员交换为另一个类别。
如本文所用，术语“载体”是指能传播其所连接的另一种核酸分子的核酸分子。所述术语包括作为自我复制核酸结构的载体以及掺入已引入其的宿主细胞基因组中的载体。某些载体能够指导它们可操作地连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗产品的商业包装中的说明书，所述说明书含有关于使用此类治疗产品的适应症、用法、剂量、施用、组合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
除非上下文明确指示其他含义，否则如本文所用的单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指示物。例如，“一种/个(a或an)”意指“至少一种/个”或“一种/个或多种/个”。应理解，本文描述的方面和变化包括“由方面和变化组成”和/或“基本上由方面和变化组成”。
贯穿本公开文本，所要求保护的主题的各个方面以范围形式呈现。应当理解，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，并且不应被解释为对所要求保护的主题的范围的僵硬限制。因此，应当认为范围的描述具体公开了所有可能的子范围以及所述范围内的各个数值。例如，在提供一系列值的情况下，应当理解，在所述范围的上限和下限之间的每个中间值以及在所述范围内的任何其他所述或中间值包含在所要求保护的主题内。这些较小范围的上限和下限可以独立地被包括在该较小范围内，并且也涵盖在所要求保护的主题内，受制于在所陈述范围内任何确切排除的限制。在所陈述范围包括限制中的一者或两者的情况下，排除了那些包括的限制中的任一者或两者的范围也包括在所要求保护的主题内。无论范围的广度如何，这都适用。
如本文所用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应值的常用误差范围。本文中提及“约”某一值或参数时包括(并且描述)涉及该值或参数本身的实施方案。例如，涉及“约X”的描述包括“X”的描述。
术语“多肽”与“蛋白质”可互换使用以指代氨基酸残基的聚合物，并且不限于最小长度。多肽(包括所提供的抗体和抗体链以及其他肽(例如接头))可以包括含有天然和/或非天然氨基酸残基的氨基酸残基。所述术语还包括多肽的表达后修饰，例如糖基化、唾液酸化、乙酰化、磷酸化等。在一些方面，多肽可以含有关于自然或天然序列的修饰，只要蛋白质维持所需活性即可。这些修饰可能是故意的(例如通过定点诱变)，或者可能是偶然的(诸如通过产生所述蛋白质的宿主的突变或由于PCR扩增引起的错误)。
如本文所用，组合物是指两种或更多种产物、物质或化合物(包括细胞)的任何混合物。其可以是溶液、混悬剂、液体、散剂、糊剂、水性、非水性或其任何组合。
如本文所用，细胞或细胞群体对特定标记物呈“阳性”的陈述是指特定标记(典型地是表面标记物)在细胞上或细胞中的可检测的存在。当提及表面标记时，所述术语是指如通过流式细胞术检测到的，表面表达的存在，例如通过用结合至标记物(例如，特异性结合至标记物)的抗体进行染色并且检测所述抗体，其中所述染色通过流式细胞术以如下水平是可检测的，所述水平基本上高于在其他方面相同的条件下用同种型匹配对照进行相同程序检测到的染色，和/或所述水平基本上与已知呈所述标记阳性的细胞的水平相似，和/或所述水平基本上高于已知呈所述标记阴性的细胞的水平。
如本文所用，细胞或细胞群体对特定标记物呈“阴性”的陈述是指特定标记物(典型地是表面标记物)在细胞上或细胞中不存在实质上可检测的存在。当提及表面标记时，所述术语是指如通过流式细胞术检测到的，表面表达的不存在，例如通过用结合至标记物(例如，特异性结合至标记物)的抗体进行染色并且检测所述抗体，其中所述染色通过流式细胞术以如下水平没有检测到，所述水平基本上高于在其他方面相同的条件下用同种型匹配对照进行相同程序检测到的染色，和/或所述水平基本上低于已知呈所述标记阳性的细胞的水平，和/或所述水平与已知呈所述标记阴性的细胞的水平相比是基本上相似的。
术语“核酸分子”、“核酸”和“多核苷酸”可以互换使用，并且是指核苷酸的聚合物。核苷酸的此类聚合物可以含有天然和/或非天然核苷酸，并且包括但不限于DNA、RNA和PNA。“核酸序列”是指构成核酸分子或多核苷酸的核苷酸的线性序列。
VII.示例性实施方案
所提供的实施方案包括：
1.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的重链互补决定区1(CDR-H1)、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及
VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的轻链互补决定区1(CDR-L1)、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
2.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:25中所含的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3氨基酸序列；以及
VL区，所述VH区包含CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:26中所含的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。
3.根据实施方案1或实施方案2所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
4.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
VL区，所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
5.根据实施方案2-4中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及
所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
6.根据实施方案1-5中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列；以及
所述VL区包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列。
7.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的重链可变(VH)区；以及
包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的轻链可变(VL)区。
8.根据实施方案1-7中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含重链和/或轻链的免疫球蛋白恒定区的至少一部分。
9.根据实施方案8所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含含有Fc区或所述Fc的包含CH2和CH3结构域的部分的重链恒定区和/或含有CL结构域的轻链恒定区。
10.根据实施方案8或实施方案9所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定区来自IgG，任选地IgG1。
11.根据实施方案9或实施方案10所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述轻链恒定区来自κ轻链。
12.根据实施方案8-11中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是完整抗体或全长抗体。
13.根据实施方案1-12中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
重链，所述重链包含与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
14.根据实施方案1-13中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
包含SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列的重链；以及
包含SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列的轻链。
15.根据实施方案1-11中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是抗原结合片段。
16.根据实施方案15所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗原结合片段选自Fab片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、scFv和单结构域抗体。
17.根据实施方案1-16中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是人源化的。
18.根据实施方案1-17中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是重组的。
19.根据实施方案1-18中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是单克隆的。
20.根据实施方案1-19中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段结合至或识别人G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)。
21.根据实施方案1-20中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
22.根据实施方案21所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
23.根据实施方案22所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述单链片段包含定位在所述VH区与所述VL区之间的柔性接头。
24.根据实施方案23所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列。
25.根据实施方案22-24中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段的单链片段是单链可变片段(scFv)。
26.根据实施方案25所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
27.根据实施方案1-26中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段结合至或识别所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的互补决定区(CDR)内的表位或包括其全部或部分。
28.根据实施方案1-27中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段在或包含在嵌合抗原受体(CAR)的胞外部分的抗原结合结构域中；和/或
所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合包括在或包含在CAR的胞外部分的抗原结合结构域中的所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
29.根据实施方案25-27中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述scFv在或包含在CAR的胞外部分中；和/或
所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合包括或包含在CAR的胞外部分中的所述scFv。
30.根据实施方案28或实施方案29所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述CAR进一步包含经由间隔子与所述抗原结合结构域连接的跨膜结构域。
31.根据实施方案30所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述间隔子是免疫球蛋白间隔子，任选地其中所述间隔子包含SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列。
32.根据实施方案30或实施方案31所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述跨膜结构域包含CD28的跨膜部分，所述CD28任选地是人CD28。
33.根据实施方案30-32中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至所述CAR的间隔子结构域中的表位。
34.根据实施方案1-33中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合或不特异性结合至CD28或其部分，所述CD28任选地是人CD28。
35.根据实施方案1-34中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至Fc结构域中的表位，所述Fc结构域任选地是人IgG1Fc结构域。
36.根据实施方案1-35中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合至所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
37.根据实施方案1-36中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段与所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM。
38.根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是包含所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的CAR的激动剂。
39.根据实施方案38所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中当在溶液中时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂。
40.根据实施方案38所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中当被固定至支持物或固定相时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂，任选地其中所述支持物或固定相是板或珠。
41.一种缀合物，所述缀合物包含根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段和异源分子或部分。
42.根据实施方案41所述的缀合物，其中所述异源分子或部分是标记。
43.根据实施方案42所述的缀合物，其中所述标记选自荧光染料、荧光蛋白、放射性同位素、发色团、金属离子、金颗粒、银颗粒、磁性颗粒、多肽、酶、链霉亲和素、生物素、发光化合物和寡核苷酸。
44.根据实施方案42所述的缀合物，其中所述异源分子或部分是蛋白质、肽、核酸或小分子，其任选地是或包含毒素或Strep-标签。
45.一种或多种核酸分子，其编码根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段的重链和/或轻链。
46.根据实施方案45所述的核酸分子，所述核酸分子包含：
编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:25中所示的重链可变区，(ii)与SEQ IDNO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链可变区，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及
编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:26中所示的轻链可变区，(v)与SEQ IDNO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链可变区，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
47.根据实施方案45所述的核酸分子，所述核酸分子包含：
编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:27中所示的重链，(ii)与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及
编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:28中所示的轻链，(v)与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
48.根据实施方案45-47中任一项所述的一种或多种核酸分子，其中编码所述重链和/或所述轻链的所述一种或多种核酸分子包含信号序列。
49.根据实施方案45-48中任一项所述的一种或多种核酸分子，其中所述一种或多种核酸分子包含选自SEQ ID NO:29-32的一个或多个核苷酸序列。
50.一种载体，所述载体包含根据实施方案45-49中任一项所述的一种或多种核酸分子。
51.一种细胞，所述细胞包含根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据实施方案45-49中任一项所述的核酸分子或根据实施方案50所述的载体。
52.一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
在合适的宿主细胞中表达由根据实施方案45-49中任一项所述的一种或多种核酸分子或根据实施方案50所述的载体编码的重链和/或轻链；以及
回收或分离所述抗体。
53.一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
在表达所述重链和/或轻链的条件下培养根据实施方案51所述的细胞；以及
回收或分离所述抗体。
54.一种由根据实施方案52或实施方案53所述的方法产生的抗独特型抗体或其抗原结合片段。
55.一种组合物，所述组合物包含根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物或根据实施方案51所述的细胞。
56.根据实施方案55所述的组合物，所述组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
57.一种试剂盒，所述试剂盒包含根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物、根据实施方案45-49中任一项所述的一种或多种核酸分子中的一种或多种以及任选地使用说明书。
58.根据实施方案57所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于固定所述抗独特型抗体或其抗原结合片段或所述缀合物的试剂或支持物，其中所述试剂或支持物是珠、柱、微孔、棒、过滤器、条或可溶性寡聚链霉亲和素突变蛋白试剂。
59.一种检测靶抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)检测与所述靶抗体或其抗原结合片段结合的所述抗独特型抗体。
60.根据实施方案59所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段与细胞结合或在细胞表面上表达，并且(b)中的检测包括检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
61.根据实施方案60所述的方法，其中所述细胞在其表面上表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR。
62.一种检测包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的方法，所述方法包括：
(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
63.根据实施方案62所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段被直接或间接标记用于检测。
64.一种从细胞群体中选择细胞的方法，所述方法包括：
(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞群体或与靶抗体或其抗原结合片段结合的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
65.根据实施方案64所述的方法，其中通过基于亲和力的分离来选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的所述细胞。
66.根据实施方案65所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。
67.根据实施方案65或实施方案66所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是通过流式细胞术的。
68.根据实施方案65或实施方案66所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是通过磁性激活细胞分选的。
69.根据实施方案65或实施方案66所述的方法，其中所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
70.根据实施方案68或实施方案69所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段可逆地结合或固定至支持物或固定相。
71.一种刺激细胞的方法，所述方法包括将包含表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞的输入组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物一起孵育，从而产生包含受刺激细胞的输出组合物。
72.一种生产细胞组合物的方法，所述方法包括：
(a)向细胞中引入一种或多种编码CAR的核酸分子，从而产生输入组合物；以及
(b)将所述输入组合物与特异性结合至所述CAR的抗原受体的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物一起孵育，从而产生所述细胞组合物。
73.根据实施方案72所述的方法，其中(a)中的引入包括通过病毒转导、转座、电穿孔或化学转染将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
74.根据实施方案72或实施方案73所述的方法，其中(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的病毒载体转导将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中，任选地其中所述病毒载体是逆转录病毒载体或慢病毒载体。
75.根据实施方案72或实施方案73所述的方法，其中(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的转座子转座将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
76.根据实施方案72或实施方案73所述的方法，其中(a)中的引入包括通过电穿孔或转染包含所述一种或多种核酸分子的载体将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
77.根据实施方案72-76中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在步骤(a)之前激活所述细胞的步骤。
78.根据实施方案77所述的方法，其中所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与CD3激动剂和任选地CD28激动剂接触。
79.根据实施方案78所述的方法，其中所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与包含激动性抗CD3和抗CD28抗体的试剂接触。
80.根据实施方案72-79中任一项所述的方法，其中所述孵育在所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至所述CAR的条件下进行，从而在所述输入组合物中的一个或多个细胞中诱导或调节信号。
81.根据实施方案72-80中任一项所述的方法，其中所述细胞包括T细胞。
82.根据实施方案81所述的方法，其中所述T细胞包括CD4+和/或CD8+ T细胞。
83.根据实施方案72-82中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至固体支持物，所述固体支持物任选地包含或缀合到试剂，所述试剂包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。
84.根据实施方案72-82中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至可溶性试剂，所述可溶性试剂任选地是或包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。
85.根据实施方案83或实施方案84所述的方法，其中所述试剂包括链霉亲和素突变蛋白。
86.根据实施方案72-85中任一项所述的方法，其中所述孵育持续至少或约至少5分钟、10分钟、30分钟、60分钟、2小时、6小时、12小时、24小时、36、48小时、72小时或96小时。
87.根据实施方案72-86中任一项所述的方法，其中所述输入组合物包含作为占所述组合物中的总细胞的百分比少于或少于约60％、少于或少于约50％、少于或少于约40％、少于或少于约30％、少于或少于约20％或者少于或少于约10％的CAR表达细胞。
88.根据实施方案72-87中任一项所述的方法，其中：
所述输出组合物中CAR表达细胞的数量与所述输入组合物中CAR表达细胞的数量相比增加了大于1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、10倍或更多；和/或
与所述组合物中的总细胞相比，所述输出组合物中CAR表达细胞的百分比增加了大于10％、20％、40％、50％、60％、70％、80％或更多。
89.根据实施方案72-88中任一项所述的方法，其中在所述引入和/或所述孵育之前，不针对CAR表达细胞进行所述细胞的选择或富集。
90.一种纯化抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)分离包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物。
91.根据实施方案90所述的方法，其中包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的所述复合物通过基于亲和力的分离来分离。
92.根据实施方案91所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。
93.根据实施方案92所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于磁性的分离。
94.根据实施方案92所述的方法，其中所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
95.一种耗尽细胞的方法，所述方法包括向受试者施用包含特异性结合至靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物的组合物，其中所述受试者已被施用表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
96.根据实施方案95所述的方法，其中所述耗尽是通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)进行的。
97.根据实施方案59-96中任一项所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
98.根据实施方案97所述的方法，其中所述单链片段包括scFv。
99.根据实施方案59-98中任一项所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
100.根据实施方案99所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。
101.根据实施方案100所述的方法，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
102.一种制品，所述制品包含根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物以及使用所述抗独特型抗体或其抗原结合片段进行以下项目的说明书：
检测靶抗体或其抗原结合片段或包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR；和/或
从细胞群体中选择或富集表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的工程化细胞；和/或
刺激输入组合物，所述输入组合物包含表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
103.一种制品，所述制品包含：
结合试剂，所述结合试剂包含含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR的胞外结构域，所述胞外结构域或其部分包含所述靶抗体或其抗原结合片段；以及
根据实施方案1-40中任一项所述的抗独特型抗体或抗原结合片段或根据实施方案41-44中任一项所述的缀合物。
104.根据实施方案103所述的制品，其中所述结合试剂是第一结合试剂，并且所述制品进一步包含第二结合试剂，所述第二结合试剂包含所述CAR的胞外结构域或其部分。
105.根据实施方案103或实施方案104所述的制品，其中所述第一结合试剂和第二结合试剂的CAR或其部分的胞外结构域相同。
106.根据实施方案103-105中任一项所述的制品，所述制品进一步包含使用所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和第二结合试剂以使用免疫测定来测定样品中的与所述结合试剂结合的分子的存在或不存在的说明书，任选地其中所述免疫测定是桥式免疫测定或夹心免疫测定，任选地其中所述样品来自已被施用细胞疗法的受试者，所述细胞疗法包含用包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR工程化的细胞。
107.根据实施方案103-106中任一项所述的制品，其中所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和/或第二结合试剂被可检测地标记或能够产生可检测信号。
108.根据实施方案104-107中任一项所述的制品，其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一附接至固体支持物或能够附接至固体支持物，并且所述第一结合试剂和第二结合试剂中的另一个被可检测地标记或能够产生可检测信号。
109.根据实施方案108所述的制品，其中所述制品进一步包含固体支持物，任选地其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一直接或间接与生物素连接，并且所述固体支持物包含链霉亲和素包被的表面。
110.根据实施方案102-109中任一项所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
111.根据实施方案110所述的制品，其中所述单链片段包括scFv。
112.根据实施方案102-111中任一项所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
113.根据实施方案112所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。
114.根据实施方案113所述的制品，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
所提供的实施方案包括：
1.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含：
包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的重链可变(VH)区；以及
包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的轻链可变(VL)区。
2.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
VL区，所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
3.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的重链互补决定区1(CDR-H1)、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及
VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的轻链互补决定区1(CDR-L1)、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
4.一种结合至或识别抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:25中所含的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3氨基酸序列；以及
VL区，所述VH区包含CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:26中所含的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。
5.根据实施方案1、2和4中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及
所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
6.根据实施方案3-5中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
7.根据实施方案3-6中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列；以及
所述VL区包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列。
8.根据实施方案1-7中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
重链，所述重链包含与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
9.根据实施方案1-8中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
包含SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列的重链；以及
包含SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列的轻链。
10.根据实施方案1-9中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
11.根据实施方案10所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
12.根据实施方案11所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述单链片段包含定位在所述VH区与所述VL区之间的柔性接头。
13.根据实施方案12所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列。
14.根据实施方案11-13中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段的单链片段是单链可变片段(scFv)。
15.根据实施方案14所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
16.根据实施方案1-15中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至或识别所述抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段的互补决定区(CDR)内的表位或包括其全部或部分。
17.根据实施方案1-16中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段在或包含在嵌合抗原受体(CAR)的胞外部分的抗原结合结构域中；和/或
所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合包括在或包含在CAR的胞外部分的抗原结合结构域中的所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
18.根据实施方案14-16中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述scFv在或包含在CAR的胞外部分中；和/或
所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合包括或包含在CAR的胞外部分中的所述scFv。
19.根据实施方案17或实施方案18所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述CAR进一步包含经由间隔子与所述抗原结合结构域连接的跨膜结构域。
20.根据实施方案19所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述间隔子是免疫球蛋白间隔子，任选地其中所述间隔子包含SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列。
21.根据实施方案19或实施方案20所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述跨膜结构域包含CD28的跨膜部分，所述CD28任选地是人CD28。
22.根据实施方案19-21中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至所述CAR的间隔子结构域中的表位。
23.根据实施方案1-22中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合或不特异性结合至CD28或其部分，所述CD28任选地是人CD28。
24.根据实施方案1-23中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至Fc结构域中的表位，所述Fc结构域任选地是人IgG1Fc结构域。
25.根据实施方案1-24中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段结合至或识别人G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)。
26.根据实施方案1-25中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是包含所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的CAR的激动剂。
27.根据实施方案26所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中当被固定至支持物或固定相时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂，任选地其中所述支持物或固定相是板或珠。
28.根据实施方案1-27中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段与所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的结合亲和力(EC50)和/或解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM。
29.根据实施方案1-28中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是人源化的。
30.根据实施方案1-29中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是重组的。
31.根据实施方案1-30中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是单克隆的。
32.根据实施方案1-31中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是抗原结合片段。
33.根据实施方案32所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗原结合片段选自Fab片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、scFv或单结构域抗体。
34.根据实施方案1-33中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含免疫球蛋白恒定区的至少一部分。
35.根据实施方案34所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中免疫球蛋白恒定区的所述至少一部分包含Fc区或所述Fc的包含CH2和CH3结构域的部分。
36.根据实施方案34或实施方案35所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定区源自人IgG。
37.根据实施方案34-36中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是完整抗体或全长抗体。
38.一种缀合物，所述缀合物包含根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段和异源分子或部分。
39.根据实施方案38所述的缀合物，其中所述异源分子或部分是标记。
40.根据实施方案39所述的缀合物，其中所述标记选自荧光染料、荧光蛋白、放射性同位素、发色团、金属离子、金颗粒、银颗粒、磁性颗粒、多肽、酶、链霉亲和素、生物素、发光化合物或寡核苷酸。
41.根据实施方案39所述的缀合物，其中所述异源分子或部分是蛋白质、肽、核酸或小分子，其任选地是或包含毒素或Strep-标签。
42.一种或多种核酸分子，其编码根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段的重链和/或轻链。
43.根据实施方案42所述的核酸分子，所述核酸分子包含：
编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:25中所示的重链可变区，(ii)与SEQ IDNO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链可变区，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及
编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:26中所示的轻链可变区，(v)与SEQ IDNO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链可变区，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
44.根据实施方案42所述的核酸分子，所述核酸分子包含：
编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:27中所示的重链，(ii)与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及
编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:28中所示的轻链，(v)与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
45.根据实施方案42-44中任一项所述的一种或多种核酸分子，其中编码所述重链和/或所述轻链的核苷酸序列包含信号序列。
46.根据实施方案42-45中任一项所述的一种或多种核酸分子，其中所述一种或多种核酸分子包含选自SEQ ID NO:29-32的一个或多个核苷酸序列。
47.一种载体，所述载体包含根据实施方案42-46中任一项所述的一种或多种核酸分子。
48.一种细胞，所述细胞包含根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据实施方案42-46中任一项所述的核酸分子或根据实施方案47所述的载体。
49.一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在合适的宿主细胞中表达由根据实施方案42-45中任一项所述的一种或多种核酸分子或根据实施方案47所述的载体编码的重链和/或轻链；以及回收或分离所述抗体。
50.一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在表达所述重链和/或轻链的条件下培养根据实施方案48所述的细胞；以及回收或分离所述抗体。
51.一种由根据实施方案49或实施方案50所述的方法产生的抗独特型抗体或其抗原结合片段。
52.一种组合物，所述组合物包含根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物或根据实施方案48所述的细胞。
53.根据实施方案52所述的组合物，所述组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
54.一种试剂盒，所述试剂盒包含根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物、根据实施方案42-45中任一项所述的一种或多种核酸分子中的一种或多种以及任选地使用说明书。
55.根据实施方案54所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于固定所述抗独特型抗体或其抗原结合片段或所述缀合物的试剂或支持物，其中所述试剂或支持物是珠、柱、微孔、棒、过滤器、条或可溶性寡聚链霉亲和素突变蛋白试剂。
56.一种检测靶抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)检测与所述靶抗体或其抗原结合片段结合的所述抗独特型抗体。
57.根据实施方案56所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段与细胞结合或在细胞表面上表达，并且(b)中的检测包括检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
58.根据实施方案57所述的方法，其中所述细胞在其表面上表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR。
59.一种检测包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的方法，所述方法包括：
(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
60.根据实施方案59所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段被直接或间接标记用于检测。
61.一种从细胞群体中选择细胞的方法，所述方法包括：
(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞群体或与靶抗体或其抗原结合片段结合的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
62.根据实施方案61所述的方法，其中通过基于亲和力的分离来选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的所述细胞。
63.根据实施方案62所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。
64.根据实施方案62或实施方案63所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是通过流式细胞术的。
65.根据实施方案62或实施方案63所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是通过磁性激活细胞分选的。
66.根据实施方案62或实施方案63所述的方法，其中所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
67.根据实施方案65或实施方案66所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段可逆地结合或固定至支持物或固定相。
68.一种刺激细胞的方法，所述方法包括将包含表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞的输入组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物一起孵育，从而产生包含受刺激细胞的输出组合物。
69.一种生产细胞组合物的方法，所述方法包括：
(a)向细胞中引入一种或多种编码CAR的核酸分子，从而产生输入组合物；以及
(b)将所述输入组合物与特异性结合至所述CAR的抗原受体的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物一起孵育，从而产生所述细胞组合物。
70.根据实施方案69所述的方法，其中(a)中的引入包括通过病毒转导、转座、电穿孔或化学转染将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
71.根据实施方案69或实施方案70所述的方法，其中(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的病毒载体转导将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中，任选地其中所述病毒载体是逆转录病毒载体或慢病毒载体。
72.根据实施方案69或实施方案70所述的方法，其中(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的转座子转座将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
73.根据实施方案69或实施方案70所述的方法，其中(a)中的引入包括通过电穿孔或转染包含所述一种或多种核酸分子的载体将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
74.根据实施方案69-73中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在步骤(a)之前激活所述细胞的步骤。
75.根据实施方案74所述的方法，其中所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与CD3激动剂和任选地CD28激动剂接触。
76.根据实施方案75所述的方法，其中所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与包含激动性抗CD3和抗CD28抗体的试剂接触。
77.根据实施方案69-76中任一项所述的方法，其中所述孵育在所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至所述CAR的条件下进行，从而在所述输入组合物中的一个或多个细胞中诱导或调节信号。
78.根据实施方案69-77中任一项所述的方法，其中所述细胞包括T细胞。
79.根据实施方案78所述的方法，其中所述T细胞包括CD4+和/或CD8+ T细胞。
80.根据实施方案69-79中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至固体支持物，所述固体支持物任选地包含或缀合到试剂，所述试剂包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。
81.根据实施方案69-79中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至可溶性试剂，所述可溶性试剂任选地是或包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。
82.根据实施方案80或实施方案81所述的方法，其中所述试剂包括链霉亲和素突变蛋白。
83.根据实施方案69-82中任一项所述的方法，其中所述孵育持续至少或约至少5分钟、10分钟、30分钟、60分钟、2小时、6小时、12小时、24小时、36、48小时、72小时或96小时。
84.根据实施方案69-83中任一项所述的方法，其中所述输入组合物包含作为占所述组合物中的总细胞的百分比少于或少于约60％、少于或少于约50％、少于或少于约40％、少于或少于约30％、少于或少于约20％或者少于或少于约10％的CAR表达细胞。
85.根据实施方案69-84中任一项所述的方法，其中：
所述输出组合物中CAR表达细胞的数量与所述输入组合物中CAR表达细胞的数量相比增加了大于1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、10倍或更多；和/或
与所述组合物中的总细胞相比，所述输出组合物中CAR表达细胞的百分比增加了大于10％、20％、40％、50％、60％、70％、80％或更多。
86.根据实施方案69-85中任一项所述的方法，其中在所述引入和/或孵育之前，不针对CAR表达细胞进行所述细胞的选择或富集。
87.一种纯化抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)分离包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物。
88.根据实施方案87所述的方法，其中包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的所述复合物通过基于亲和力的分离来分离。
89.根据实施方案88所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。
90.根据实施方案89所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于磁性的分离。
91.根据实施方案89所述的方法，其中所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
92.一种耗尽细胞的方法，所述方法包括向受试者施用包含特异性结合至靶抗体或其抗原结合片段的根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物的组合物，其中所述受试者已被施用表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
93.根据实施方案92所述的方法，其中所述耗尽是通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)进行的。
94.根据实施方案56-93中任一项所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
95.根据实施方案94所述的方法，其中所述单链片段包括scFv。
96.根据实施方案56-95中任一项所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
97.根据实施方案96所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。
98.根据实施方案97所述的方法，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
99.一种制品，所述制品包含根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物以及使用所述抗独特型抗体或其抗原结合片段进行以下项目的说明书：
检测靶抗体或其抗原结合片段或包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR；和/或
从细胞群体中选择或富集表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的工程化细胞；和/或
刺激输入组合物，所述输入组合物包含表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
100.一种制品，所述制品包含：
结合试剂，所述结合试剂包含含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR的胞外结构域，所述胞外结构域或其部分包含所述靶抗体或其抗原结合片段；以及
根据实施方案1-37中任一项所述的抗独特型抗体或抗原结合片段或根据实施方案38-41中任一项所述的缀合物。
101.根据实施方案100所述的制品，其中所述结合试剂是第一结合试剂，并且所述制品进一步包含第二结合试剂，所述第二结合试剂包含所述CAR的胞外结构域或其部分。
102.根据实施方案100或实施方案101所述的制品，其中所述第一结合试剂和第二结合试剂的CAR或其部分的胞外结构域相同。
103.根据实施方案100-102中任一项所述的制品，所述制品进一步包含使用所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和第二结合试剂以使用免疫测定来测定样品中的与所述结合试剂结合的分子的存在或不存在的说明书，任选地其中所述免疫测定是桥式免疫测定或夹心免疫测定，任选地其中所述样品来自已被施用细胞疗法的受试者，所述细胞疗法包含用包含靶抗体的CAR工程化的细胞，所述靶抗体是所述或其抗原结合片段。
104.根据实施方案100-103中任一项所述的制品，其中所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和/或第二结合试剂被可检测地标记或能够产生可检测信号。
105.根据实施方案101-104中任一项所述的制品，其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一附接至固体支持物或能够附接至固体支持物，并且所述第一结合试剂和第二结合试剂中的另一个是可检测标记或能够产生可检测信号。
106.根据实施方案105所述的制品，其中所述制品进一步包含固体支持物，任选地其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一直接或间接与生物素连接，并且所述固体支持物包含链霉亲和素包被的表面。
107.根据实施方案99-106中任一项所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
108.根据实施方案107所述的制品，其中所述单链片段包括scFv。
109.根据实施方案99-108中任一项所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
110.根据实施方案109所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。
111.根据实施方案110所述的制品，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
VIII.实施例
以下实施例被包括在内仅用于说明目的，并不旨在限制本发明的范围。
实施例1：针对抗GPRC5D嵌合抗原受体的抗独特型抗体的产生和评估
产生并且评估识别示例性抗GPRC5D嵌合抗原受体(CAR)的scFv部分的抗独特型抗体。产生的示例性抗独特型抗体的氨基酸序列(SEQ ID NO)列出于表E1中。
表E1.示例性抗独特型抗体克隆的氨基酸序列(SEQ ID NO)。
Figure BDA0003776503090000841
A.针对抗GPRC5D CAR的抗ID抗体
产生识别示例性抗GPRC5D抗体的scFv部分的抗独特型抗体(抗ID)。抗GPRC5D CAR含有抗GPRC5D scFv，其具有源自抗GPRC5D抗体的可变重链区和可变轻链区(具有被SEQ IDNO:10中所示的接头隔开的分别SEQ ID NO:8和7的可变轻区序列和可变重区序列；SEQ IDNO:9中所示的scFv序列)；人IgG源间隔子(SEQ ID NO:11)；人CD28源跨膜结构域(SEQ IDNO:12)；人4-1BB源胞内信号传导结构域(SEQ ID NO:13)；和人CD3ζ源信号传导结构域(SEQID NO:14)。
用与小鼠Fc融合的抗GPRC5D scFv免疫小鼠。从免疫小鼠的脾脏中分离出免疫细胞，并且将产生抗体的脾脏细胞与肿瘤细胞(例如，骨髓瘤细胞)融合以产生杂交瘤融合细胞。对杂交瘤细胞进行克隆扩增，并且通过ELISA针对与重组可溶性scFv-Fc的结合以及通过流式细胞术针对与抗GPRC5D CAR表达细胞的结合对上清液进行筛选。通过ELISA针对非靶scFv-Fc以及通过流式细胞术针对表达非靶CAR的细胞对来自杂交瘤克隆的上清液进行反筛选。扩增每个选定的杂交瘤克隆并且纯化抗体以进行进一步表征。
B.通过流式细胞术评估抗独特型抗体与抗GPRC5D CAR的结合
评估抗ID抗体克隆的与用抗GPRC5D CAR工程化的T细胞特异性结合的能力，以鉴定可适用于流式细胞术的候选克隆。将1x105个经工程化以表达抗GPRC5D CAR或特异于不同抗原的无关对照CAR(对照CAR)的Jurkat T细胞或者非工程化(亲本)Jurkat细胞与2.5μg/mL的10种缀合至Alexa
Figure BDA0003776503090000842
647荧光团的抗ID抗体克隆(克隆1、2、3、4、5、6、7、8、9和10)之一在4℃下孵育20分钟。将细胞用FACS缓冲液洗涤2次，重悬于150μL FACS缓冲液中，并且进行流式细胞术分析。克隆1是针对对照CAR的抗独特型抗体。
如图1A所示，在两个单独的实验(实验#1和实验#2)中确定平均荧光强度(MFI)，并且观察到在测试的克隆中，克隆7、8、9和10展现出最高的MFI。
如图1B中所示，观察到克隆8在所测试的克隆中对于抗GPRC5D CAR展现出最高MFI，并且观察到在所测试的克隆中对于对照CAR展现出最低的MFI。这证明克隆8展现出适用于特异性检测抗GPRC5D CAR的独特特征。
C.可溶性或板结合的抗独特型抗体的T细胞刺激激动活性的评估
使用报告细胞系测试上述各种抗ID抗体克隆对T细胞刺激的激动活性。
产生含有Nur77-tdTomato敲入报告物的报告细胞系，其中在内源Nur77基因座处敲入编码tdTomato荧光蛋白的核酸序列。孤儿核激素受体Nur77(也称为Nr4a1)是由来自T细胞受体和/或经由含有基于免疫受体酪氨酸的激活基序(ITAM)的分子的信号激活所诱导的立即早期反应基因。靶向编码tdTomato的核酸序列，以通过以下方式在终止密码子之前的最后一个外显子处框内整合内源Nur77基因：使用基因编辑引入基因破坏，并且靶向编码tdTomato的核酸序列以通过同源依赖修复(HDR)在接近基因破坏的位点处整合。
Nur77-tdTomato报告细胞系经工程化以表达抗GPRC5D CAR或对照CAR，并且在与可溶性抗ID抗体或板结合的抗ID抗体孵育之后评估报告物的表达。为了评估可溶性抗ID抗体，将多孔板用磷酸盐缓冲盐水(PBS)和10％胎牛血清(FBS)封闭过夜。将在含10％FBS的RPMI培养基中的2.5μg/mL的10种抗ID抗体克隆(克隆1、2、3、4、5、6、7、8、9和10)之一添加到板中。为了评估板结合的抗ID抗体，将多孔板用在PBS中的2.5μg/mL的一种抗ID抗体克隆在4℃下包被过夜或在37℃下包被4小时，然后用含10％FBS的RPMI培养基洗涤。将1x105个Nur77-tdTomato报告细胞添加到每个孔中并且在37℃下孵育20小时。将样品用4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色，并且通过流式细胞术评估DAPI染色和tdTomato荧光强度。
结果示出在图2A-2B中。如图2A所示，与每种板结合的抗ID克隆一起孵育导致高百分比的表达抗GPRC5D CAR的tdTomato+细胞，除了作为针对对照CAR的抗独特型抗体的克隆1之外。这证明除了克隆1之外，这些克隆中的每一种都以板结合形式展现出激动活性。与可溶性抗ID克隆一起孵育导致较小百分比的表达抗GPRC5D CAR的tdTomato+细胞，这证明这些克隆以可溶形式展现出相对较弱的激动活性。如图2B所示，板结合的克隆2、3、5、8和10展现出低百分比的表达对照CAR的tdTomato+细胞(观察到对于这些克隆中的每一种，观察到所述低百分比为少于大约5％的细胞)并且展现出高百分比的表达抗GPRC5D CAR的tdTomato+细胞(对于这些克隆中的每一种，观察到所述高百分比为大于大约85％的细胞)。
实施例2：在原代T细胞中评估候选抗独特型抗体的CAR结合
评估候选抗独特型抗体(克隆8)的与经工程化以表达实施例1中描述的示例性抗GPRC5D CAR的T细胞特异性结合的能力。为了产生抗GPRC5D CAR-T细胞，从全血中分离出原代人T细胞，并且在重组IL-2、IL-7和IL-15的存在下用抗CD3/抗CD28磁珠刺激72小时。在刺激后第2至3天通过用编码示例性抗GPRC5D CAR的病毒进行离心接种来转导T细胞，在扩增条件下培养，收获并且冷冻保存。
工程化后，通过流式细胞术分析来自五名健康供体的5x105个抗GPRC5DCAR-T或模拟物处理的T细胞的等分试样的CAR表达。为了测试抗ID克隆8对CAR结合的特异性，还评估克隆8与经转导以表达非靶抗BCMA CAR的原代T细胞的结合。非靶抗BCMA CAR含有抗BCMAscFv、免疫球蛋白间隔子、人CD28源跨膜结构域、人4-1BB源胞内信号传导结构域和人CD3ζ源信号传导结构域。
将细胞与1.25μg/mL的与Alexa Fluor 488缀合的克隆8一起孵育，并且在FACSymphony流式细胞仪(BD Biosciences，加利福尼亚州圣何塞)上收集流式细胞术事件。用FlowJo软件(Treestar Inc.，俄勒冈州亚什兰)分析数据。
图3示出了荧光团缀合的克隆8与抗GPRC5D CAR-T细胞、抗BCMA CAR-T细胞和模拟物处理的T细胞结合的流式细胞术结果。针对每个样品示出的数字指示与克隆8结合的细胞的百分比。如所示，克隆8结合高度特异于表达示例性抗GPRC5D CAR的T细胞。在所有样品中，超过60％的经工程化以表达抗GPRC5D CAR的细胞显示出通过抗ID克隆8的阳性标记。相比之下，少于0.5％的模拟物处理的T细胞或抗BCMA CAR-T细胞显示出阳性标记。
这些结果证明，抗ID克隆8能够特异性结合至表达示例性抗GPRC5D CAR的原代T细胞。
实施例3：在基于筒柱的流动系统中使用候选抗独特型抗体测量CAR表达
评估使用候选抗独特型抗体(克隆8)在基于筒柱的流动系统(Accellix)中测量抗GPRC5D CAR表达。为了测试特异性，分析克隆8对经转导以表达实施例1中描述的示例性抗GPRC5D CAR的原代T细胞以及经转导以表达非靶抗原受体(包括非GPRC5D靶向CAR(含有针对CD19或BCMA的scFv)或工程化TCR的原代T细胞的结合。为了在基于筒柱的流动系统中使用抗ID克隆8测试CAR检测频率的线性度，还制备并且分析表达示例性抗GPRC5D CAR的原代T细胞的系列稀释样品。
为了产生抗GPRC5D CAR-T细胞，从单采术材料中分离出原代人T细胞，并且在重组IL-2、IL-7和IL-15的存在下用抗CD3/抗CD28磁珠刺激24小时。在刺激后一天通过用编码示例性抗GPRC5D CAR的病毒进行离心接种来转导T细胞，在扩增条件下培养，收获并且冷冻保存。
为了制备用于测试的细胞样品，将含有冷冻保存的抗GPRC5D CAR-T细胞组合物的小瓶解冻，混合，并且使用基于筒柱的流动系统评估CAR表达。对于分析，将大约40μL细胞样品分配到含有荧光标记的抗ID克隆8的干燥试剂管中或分配到缺少作为荧光减一(fluorescence minus one，FMO)对照的荧光标记的抗ID克隆8抗体的干燥试剂管中。样品和FMO对照干燥试剂管两者还含有相同的另外的荧光标记的抗体，用于多色流式细胞术检测其他T细胞标记物(例如，CD3或CD45)以及对活细胞的染色。将试剂管脉冲涡旋两分钟，并且然后将15μL FMO样品转移到流动筒柱中。然后将筒柱插入Accellix台式仪器中以进行信号采集和光谱分析。
对于所有后续分析，对细胞进行门控以排除荧光质量控制珠和死细胞，并且将CD3和CAR表达测量为全染色样品中活CD45+细胞的百分比。将FMO样品用于设置CD3+CAR+门，对其进行调节，使得FMO样品中CAR表达的频率为大约0.07％-0.15％(亲本群体％)。
A.候选抗独特型抗体的结合特异性
为了测试克隆8对示例性抗GPRC5D CAR的结合特异性，如上所述制备和分析FMO和全染色样品。
结果显示，平均52.94％的经工程化以表达示例性抗GPRC5D CAR的活CD45+原代T细胞显示出在测试样品中，荧光团缀合的克隆8的阳性染色。相比之下，模拟物转导的或用非靶抗原受体转导的细胞显示出低于0.5％的CAR频率。这些结果证明抗ID克隆8对于检测示例性抗GPRC5D CAR的特异性。
B.使用候选抗独特型抗体的CAR检测频率的线性度
为了评估线性度，如上所述使用含有表达示例性抗GPRC5D CAR的原代T细胞的细胞样品制备和分析FMO和全染色样品。首先评估未稀释细胞样品的活CD45+细胞中CD3+和CD3+CAR+细胞的频率。基于此测量，计算了八个样品稀释点(90％、80％、70％、30％、10％、5％、2％和1％细胞样品)的预期CD3+和CD3+CAR+频率，之后将细胞样品稀释并且分析观察到的CD3+和CD3+CAR+频率。对于稀释，将CD3耗尽、非CAR表达、冷冻保存的单采术产物用作稀释剂基质。进行两个稀释系列，并且在随后的分析之前对观察到的频率进行平均。基于预期频率与观察频率的相关性评估CD3+和CD3+CAR+检测的线性度。
表E4示出了在活CD45+细胞中CD3+细胞的预期频率和观察频率。基于这些值，相关系数(r2)值为0.999，并且最佳拟合线的斜率为1.013并且y截距为-1.032。
Figure BDA0003776503090000861
Figure BDA0003776503090000871
表E5示出了在活CD45+细胞中CD3+CAR+细胞的预期频率和观察频率。基于这些值，r2值为0.996，并且最佳拟合线的斜率为0.9931并且y截距为0.2521。
Figure BDA0003776503090000872
总之，这些结果显示，使用候选抗独特型抗体(克隆8)允许特定且准确地评估在基于筒柱的流动系统中示例性抗GPRC5D CAR的表达。
实施例4：使用候选抗ID抗体在体内检测CAR-T细胞
评估候选抗独特型抗体(克隆8)在体内检测CAR-T细胞的能力。将来自OPM-2多发性骨髓瘤(MM)细胞系的细胞经工程化以表达绿色荧光蛋白和红移的意大利萤火虫荧光素酶。收获后，将2x106个工程化OPM-2细胞经由尾静脉静脉内注射到免疫缺陷小鼠中。十四天后，经由尾静脉向小鼠静脉内施用大约5x105、1x106或2x106个经工程化以表达示例性抗GPRC5D CAR的人CD4+和CD8+ T细胞。在CAR-T细胞治疗后的第7、14、21和28天，经由眶后窦从经过治疗的麻醉小鼠收集大约200μL血液。然后通过用抗体混合剂染色来评估血液样品中施用的CAR-T细胞的存在，所述抗体混合剂包含荧光团缀合的抗ID克隆8。在流式细胞仪上收集流式细胞术事件并且进行分析。
表E6示出了在CAR-T细胞治疗后第7、14、21或28天使用抗ID克隆8在血液中检测到的抗GPRC5D CAR表达细胞的平均计数/μL。对于每个治疗组，表E6中示出的值是四只动物中的平均值和标准偏差(SD)。
Figure BDA0003776503090000873
这些结果表明，候选抗独特型抗体克隆8可以用于检测和定量体内表达抗GPRC5DCAR的T细胞。
本发明不旨在限于具体公开的实施方案的范围，所提供的实施例例如是为了说明本发明的各个方面。根据本文的描述和传授，对组合物和方法的各种修改将变得清楚。可以在不背离本公开文本的真实范围和精神的情况下实践这些变化，并且这些变化旨在落入本公开文本的范围内。
序列
Figure BDA0003776503090000891
Figure BDA0003776503090000901
Figure BDA0003776503090000911
Figure BDA0003776503090000921
序列表
<110> 朱诺治疗学股份有限公司
<120> 针对GPRC5D靶结合结构域的抗独特型抗体以及相关组合物和方法
<130> 735042022640
<140> 尚未指定
<141> 同此一起
<150> US 63/945,064
<151> 2019-12-06
<150> US 63/061,757
<151> 2020-08-05
<160> 45
<170> 用于Windows 4.0版的FastSEQ
<210> 1
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H1 (Kabat)
<400> 1
Ser His Ser Met Asn
1 5
<210> 2
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H2 (Kabat)
<400> 2
Ser Ile Ser Ser Asp Ser Thr Tyr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 3
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H3 (Kabat)
<400> 3
Ser Gly Gly Gln Trp Lys Tyr Tyr Asp Tyr
1 5 10
<210> 4
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-L1 (Kabat)
<400> 4
Gln Gly Asp Ser Leu Arg Ser Tyr Tyr Ala Ser
1 5 10
<210> 5
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-L2 (Kabat)
<400> 5
Gly Lys Asn Asn Arg Pro Ser
1 5
<210> 6
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-L3 (Kabat)
<400> 6
Asn Ser Arg Asp Ser Ser Gly Asn Pro Pro Val Val
1 5 10
<210> 7
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗GPRC5D VH链
<400> 7
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val His Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Arg Ser His
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ser Ile Ser Ser Asp Ser Thr Tyr Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Ser Gly Gly Gln Trp Lys Tyr Tyr Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 8
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗GPRC5D VL链
<400> 8
Ser Ser Glu Leu Thr Gln Asp Pro Ala Val Ser Val Ala Leu Gly Gln
1 5 10 15
Thr Val Arg Ile Thr Cys Gln Gly Asp Ser Leu Arg Ser Tyr Tyr Ala
20 25 30
Ser Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Tyr
35 40 45
Gly Lys Asn Asn Arg Pro Ser Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Ser Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Thr Gly Ala Gln Ala Glu
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Asn Ser Arg Asp Ser Ser Gly Asn Pro
85 90 95
Pro Val Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly
100 105 110
<210> 9
<211> 250
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗GPRC5D scFv (VL-VH)
<400> 9
Ser Ser Glu Leu Thr Gln Asp Pro Ala Val Ser Val Ala Leu Gly Gln
1 5 10 15
Thr Val Arg Ile Thr Cys Gln Gly Asp Ser Leu Arg Ser Tyr Tyr Ala
20 25 30
Ser Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Tyr
35 40 45
Gly Lys Asn Asn Arg Pro Ser Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Ser Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Thr Gly Ala Gln Ala Glu
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Asn Ser Arg Asp Ser Ser Gly Asn Pro
85 90 95
Pro Val Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Ser Arg
100 105 110
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Leu
115 120 125
Glu Met Ala Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val His
130 135 140
Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe
145 150 155 160
Arg Ser His Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu
165 170 175
Glu Trp Val Ser Ser Ile Ser Ser Asp Ser Thr Tyr Thr Tyr Tyr Ala
180 185 190
Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn
195 200 205
Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val
210 215 220
Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser Gly Gly Gln Trp Lys Tyr Tyr Asp Tyr Trp
225 230 235 240
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
245 250
<210> 10
<211> 21
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 10
Ser Arg Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Glu Met Ala
20
<210> 11
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 间隔子
<400> 11
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 12
<211> 28
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CD28跨膜结构域
<400> 12
Met Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly Val Leu Ala Cys Tyr Ser
1 5 10 15
Leu Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe Trp Val
20 25
<210> 13
<211> 42
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 4-1BB源胞内共信号传导序列
<400> 13
Lys Arg Gly Arg Lys Lys Leu Leu Tyr Ile Phe Lys Gln Pro Phe Met
1 5 10 15
Arg Pro Val Gln Thr Thr Gln Glu Glu Asp Gly Cys Ser Cys Arg Phe
20 25 30
Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu
35 40
<210> 14
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CD3-ζ源胞内
<400> 14
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 15
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H1 (Kabat)
<400> 15
Asp Tyr Tyr Met Tyr
1 5
<210> 16
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H2 (Kabat)
<400> 16
Thr Ile Ser Asp Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 17
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H3 (Kabat, Chothia, AbM)
<400> 17
Asp Trp Asn Pro Tyr Tyr Gly Ser Gly Gly Gly Trp Phe Gly Tyr
1 5 10 15
<210> 18
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H1 (Chothia)
<400> 18
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
1 5
<210> 19
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H2 (Chothia)
<400> 19
Ser Asp Gly Gly Ser Tyr
1 5
<210> 20
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H1 (AbM)
<400> 20
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr Tyr Met Tyr
1 5 10
<210> 21
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-H2 (AbM)
<400> 21
Thr Ile Ser Asp Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr
1 5 10
<210> 22
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-L1 (Kabat, Chothia, AbM)
<400> 22
Lys Ala Ser Gln Ser Val Asp Tyr Asp Gly Asp Ser Tyr Met Asn
1 5 10 15
<210> 23
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-L2 (Kabat, Chothia, AbM)
<400> 23
Ala Ala Ser Asn Leu Glu Ser
1 5
<210> 24
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR-L3 (Kabat, Chothia, AbM)
<400> 24
Gln Gln Ser Asn Glu Asp Pro Phe Thr
1 5
<210> 25
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID VH链
<400> 25
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Tyr Trp Val Arg Gln Thr Pro Glu Lys Arg Leu Asp Trp Val
35 40 45
Ala Thr Ile Ser Asp Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Asn Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Ser Ser Leu Lys Ser Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Trp Asn Pro Tyr Tyr Gly Ser Gly Gly Gly Trp Phe Gly
100 105 110
Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Ala Ser Ala
115 120
<210> 26
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID VL链
<400> 26
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Gln Arg Ala Thr Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gln Ser Val Asp Tyr Asp
20 25 30
Gly Asp Ser Tyr Met Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro
35 40 45
Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Asn Leu Glu Ser Gly Ile Pro Ala
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Asn Ile His
65 70 75 80
Pro Val Glu Glu Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Asn
85 90 95
Glu Asp Pro Phe Thr Phe Gly Ser Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 27
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID重链
<400> 27
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Tyr Met Tyr Trp Val Arg Gln Thr Pro Glu Lys Arg Leu Asp Trp Val
35 40 45
Ala Thr Ile Ser Asp Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Asn Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Ser Ser Leu Lys Ser Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Trp Asn Pro Tyr Tyr Gly Ser Gly Gly Gly Trp Phe Gly
100 105 110
Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Ala Ser Ala Ala Lys Thr Thr
115 120 125
Ala Pro Ser Val Tyr Pro Leu Ala Pro Val Cys Gly Asp Thr Thr Gly
130 135 140
Ser Ser Val Thr Leu Gly Cys Leu Val Lys Gly Tyr Phe Pro Glu Pro
145 150 155 160
Val Thr Leu Thr Trp Asn Ser Gly Ser Leu Ser Ser Gly Val His Thr
165 170 175
Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Asp Leu Tyr Thr Leu Ser Ser Ser Val
180 185 190
Thr Val Thr Ser Ser Thr Trp Pro Ser Gln Ser Ile Thr Cys Asn Val
195 200 205
Ala His Pro Ala Ser Ser Thr Lys Val Asp Lys Lys Ile Glu Pro Arg
210 215 220
Gly Pro Thr Ile Lys Pro Cys Pro Pro Cys Lys Cys Pro Ala Pro Asn
225 230 235 240
Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Lys Ile Lys Asp
245 250 255
Val Leu Met Ile Ser Leu Ser Pro Ile Val Thr Cys Val Val Val Asp
260 265 270
Val Ser Glu Asp Asp Pro Asp Val Gln Ile Ser Trp Phe Val Asn Asn
275 280 285
Val Glu Val His Thr Ala Gln Thr Gln Thr His Arg Glu Asp Tyr Asn
290 295 300
Ser Thr Leu Arg Val Val Ser Ala Leu Pro Ile Gln His Gln Asp Trp
305 310 315 320
Met Ser Gly Lys Glu Phe Lys Cys Lys Val Asn Asn Lys Asp Leu Pro
325 330 335
Ala Pro Ile Glu Arg Thr Ile Ser Lys Pro Lys Gly Ser Val Arg Ala
340 345 350
Pro Gln Val Tyr Val Leu Pro Pro Pro Glu Glu Glu Met Thr Lys Lys
355 360 365
Gln Val Thr Leu Thr Cys Met Val Thr Asp Phe Met Pro Glu Asp Ile
370 375 380
Tyr Val Glu Trp Thr Asn Asn Gly Lys Thr Glu Leu Asn Tyr Lys Asn
385 390 395 400
Thr Glu Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Tyr Phe Met Tyr Ser Lys
405 410 415
Leu Arg Val Glu Lys Lys Asn Trp Val Glu Arg Asn Ser Tyr Ser Cys
420 425 430
Ser Val Val His Glu Gly Leu His Asn His His Thr Thr Lys Ser Phe
435 440 445
Ser Arg Thr Pro Gly Lys
450
<210> 28
<211> 218
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID轻链
<400> 28
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Gln Arg Ala Thr Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gln Ser Val Asp Tyr Asp
20 25 30
Gly Asp Ser Tyr Met Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro
35 40 45
Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Asn Leu Glu Ser Gly Ile Pro Ala
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Asn Ile His
65 70 75 80
Pro Val Glu Glu Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Asn
85 90 95
Glu Asp Pro Phe Thr Phe Gly Ser Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105 110
Ala Asp Ala Ala Pro Thr Val Ser Ile Phe Pro Pro Ser Ser Glu Gln
115 120 125
Leu Thr Ser Gly Gly Ala Ser Val Val Cys Phe Leu Asn Asn Phe Tyr
130 135 140
Pro Lys Asp Ile Asn Val Lys Trp Lys Ile Asp Gly Ser Glu Arg Gln
145 150 155 160
Asn Gly Val Leu Asn Ser Trp Thr Asp Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr
165 170 175
Tyr Ser Met Ser Ser Thr Leu Thr Leu Thr Lys Asp Glu Tyr Glu Arg
180 185 190
His Asn Ser Tyr Thr Cys Glu Ala Thr His Lys Thr Ser Thr Ser Pro
195 200 205
Ile Val Lys Ser Phe Asn Arg Asn Glu Cys
210 215
<210> 29
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID VH链
<400> 29
gaagtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttagtgaagc ctggagggtc cctgaaactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cactttcagt gactattaca tgtattgggt tcgccagact 120
ccggaaaaga ggctggactg ggtcgcaacc attagtgatg gtggtagtta cacctactat 180
ccagacagtg tgaaggggcg attcaccatc tccagagaca atgccaagaa caacctgtac 240
ctgcaaatga gcagtctgaa gtctgaggac acagccatgt attactgtgc aagagattgg 300
aacccctact acggtagtgg ggggggctgg tttggttact ggggccaagg gactctggtc 360
actgcctctg ca 372
<210> 30
<211> 334
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID VL链
<400> 30
gacattgtgc tgacccaatc tccagcttct ttggctgtgt ctctagggca gagggccacc 60
atctcctgca aggccagcca aagtgttgat tatgatggtg atagttatat gaactggtac 120
caacagaaac caggacagcc acccaaactc ctcatctatg ctgcatccaa tctagaatct 180
gggatcccag ccaggtttag tggcagtggg tctgggacag acttcaccct caacatccat 240
cctgtggagg aggaggatgc tgcaacctat tactgtcagc aaagtaatga ggatccattc 300
acgttcggct cggggacaaa gttggaaata aaac 334
<210> 31
<211> 1362
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID重链
<400> 31
gaagtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttagtgaagc ctggagggtc cctgaaactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cactttcagt gactattaca tgtattgggt tcgccagact 120
ccggaaaaga ggctggactg ggtcgcaacc attagtgatg gtggtagtta cacctactat 180
ccagacagtg tgaaggggcg attcaccatc tccagagaca atgccaagaa caacctgtac 240
ctgcaaatga gcagtctgaa gtctgaggac acagccatgt attactgtgc aagagattgg 300
aacccctact acggtagtgg ggggggctgg tttggttact ggggccaagg gactctggtc 360
actgcctctg cagccaaaac aacagcccca tcggtctatc cactggcccc tgtgtgtgga 420
gatacaactg gctcctcggt gactctagga tgcctggtca agggttattt ccctgagcca 480
gtgaccttga cctggaactc tggatccctg tccagtggtg tgcacacctt cccagctgtc 540
ctgcagtctg acctctacac cctcagcagc tcagtgactg taacctcgag cacctggccc 600
agccagtcca tcacctgcaa tgtggcccac ccggcaagca gcaccaaggt ggacaagaaa 660
attgagccca gagggcccac aatcaagccc tgtcctccat gcaaatgccc agcacctaac 720
ctcttgggtg gaccatccgt cttcatcttc cctccaaaga tcaaggatgt actcatgatc 780
tccctgagcc ccatagtcac atgtgtggtg gtggatgtga gcgaggatga cccagatgtc 840
cagatcagct ggtttgtgaa caacgtggaa gtacacacag ctcagacaca aacccataga 900
gaggattaca acagtactct ccgggtggtc agtgccctcc ccatccagca ccaggactgg 960
atgagtggca aggagttcaa atgcaaggtc aacaacaaag acctcccagc gcccatcgag 1020
agaaccatct caaaacccaa agggtcagta agagctccac aggtatatgt cttgcctcca 1080
ccagaagaag agatgactaa gaaacaggtc actctgacct gcatggtcac agacttcatg 1140
cctgaagaca tttacgtgga gtggaccaac aacgggaaaa cagagctaaa ctacaagaac 1200
actgaaccag tcctggactc tgatggttct tacttcatgt acagcaagct gagagtggaa 1260
aagaagaact gggtggaaag aaatagctac tcctgttcag tggtccacga gggtctgcac 1320
aatcaccaca cgactaagag cttctcccgg actccgggta aa 1362
<210> 32
<211> 654
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗ID轻链
<400> 32
gacattgtgc tgacccaatc tccagcttct ttggctgtgt ctctagggca gagggccacc 60
atctcctgca aggccagcca aagtgttgat tatgatggtg atagttatat gaactggtac 120
caacagaaac caggacagcc acccaaactc ctcatctatg ctgcatccaa tctagaatct 180
gggatcccag ccaggtttag tggcagtggg tctgggacag acttcaccct caacatccat 240
cctgtggagg aggaggatgc tgcaacctat tactgtcagc aaagtaatga ggatccattc 300
acgttcggct cggggacaaa gttggaaata aaacgggctg atgctgcacc aactgtatcc 360
atcttcccac catccagtga gcagttaaca tctggaggtg cctcagtcgt gtgcttcttg 420
aacaacttct accccaaaga catcaatgtc aagtggaaga ttgatggcag tgaacgacaa 480
aatggcgtcc tgaacagttg gactgatcag gacagcaaag acagcaccta cagcatgagc 540
agcaccctca cgttgaccaa ggacgagtat gaacgacata acagctatac ctgtgaggcc 600
actcacaaga catcaacttc acccattgtc aagagcttca acaggaatga gtgt 654
<210> 33
<211> 357
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 截短的EGFR (tEGFR)
<400> 33
Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro
1 5 10 15
Ala Phe Leu Leu Ile Pro Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly
20 25 30
Glu Phe Lys Asp Ser Leu Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe
35 40 45
Lys Asn Cys Thr Ser Ile Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala
50 55 60
Phe Arg Gly Asp Ser Phe Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu
65 70 75 80
Leu Asp Ile Leu Lys Thr Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile
85 90 95
Gln Ala Trp Pro Glu Asn Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu
100 105 110
Glu Ile Ile Arg Gly Arg Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala
115 120 125
Val Val Ser Leu Asn Ile Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu
130 135 140
Ile Ser Asp Gly Asp Val Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr
145 150 155 160
Ala Asn Thr Ile Asn Trp Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys
165 170 175
Thr Lys Ile Ile Ser Asn Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly
180 185 190
Gln Val Cys His Ala Leu Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu
195 200 205
Pro Arg Asp Cys Val Ser Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys
210 215 220
Val Asp Lys Cys Asn Leu Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu
225 230 235 240
Asn Ser Glu Cys Ile Gln Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met
245 250 255
Asn Ile Thr Cys Thr Gly Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala
260 265 270
His Tyr Ile Asp Gly Pro His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val
275 280 285
Met Gly Glu Asn Asn Thr Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His
290 295 300
Val Cys His Leu Cys His Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro
305 310 315 320
Gly Leu Glu Gly Cys Pro Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala
325 330 335
Thr Gly Met Val Gly Ala Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly
340 345 350
Ile Gly Leu Phe Met
355
<210> 34
<211> 41
<212> PRT
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<223> CD28 (P10747的氨基酸180-220)
<400> 34
Arg Ser Lys Arg Ser Arg Leu Leu His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr
1 5 10 15
Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro
20 25 30
Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser
35 40
<210> 35
<211> 41
<212> PRT
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<223> CD28 (LL至GG)
<400> 35
Arg Ser Lys Arg Ser Arg Gly Gly His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr
1 5 10 15
Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro
20 25 30
Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser
35 40
<210> 36
<211> 119
<212> PRT
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<223> 铰链-CH3间隔
<400> 36
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Gly Gln Pro Arg
1 5 10 15
Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys
20 25 30
Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp
35 40 45
Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys
50 55 60
Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser
65 70 75 80
Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser
85 90 95
Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser
100 105 110
Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
115
<210> 37
<211> 229
<212> PRT
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<223> 铰链-CH2-CH3间隔子
<400> 37
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe
1 5 10 15
Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr
20 25 30
Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val
35 40 45
Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val
50 55 60
Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser
65 70 75 80
Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu
85 90 95
Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser
100 105 110
Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro
115 120 125
Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln
130 135 140
Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala
145 150 155 160
Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr
165 170 175
Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu
180 185 190
Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser
195 200 205
Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser
210 215 220
Leu Ser Leu Gly Lys
225
<210> 38
<211> 24
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> T2A肽
<400> 38
Leu Glu Gly Gly Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp
1 5 10 15
Val Glu Glu Asn Pro Gly Pro Arg
20
<210> 39
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> P2A肽
<400> 39
Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val Glu Glu Asn
1 5 10 15
Pro Gly Pro
<210> 40
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> P2A肽
<400> 40
Gly Ser Gly Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val
1 5 10 15
Glu Glu Asn Pro Gly Pro
20
<210> 41
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> E2A肽
<400> 41
Gln Cys Thr Asn Tyr Ala Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val Glu Ser
1 5 10 15
Asn Pro Gly Pro
20
<210> 42
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> E2A肽
<400> 42
Gly Ser Gly Gln Cys Thr Asn Tyr Ala Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp
1 5 10 15
Val Glu Ser Asn Pro Gly Pro
20
<210> 43
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> F2A肽
<400> 43
Val Lys Gln Thr Leu Asn Phe Asp Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val
1 5 10 15
Glu Ser Asn Pro Gly Pro
20
<210> 44
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> F2A肽
<400> 44
Gly Ser Gly Val Lys Gln Thr Leu Asn Phe Asp Leu Leu Lys Leu Ala
1 5 10 15
Gly Asp Val Glu Ser Asn Pro Gly Pro
20 25
<210> 45
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> T2A肽
<400> 45
Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu Glu Asn Pro
1 5 10 15
Gly Pro

Claims (114)

1.一种结合至抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的重链互补决定区1(CDR-H1)、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及
VL区，所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的轻链互补决定区1(CDR-L1)、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
2.一种结合至抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:25中所含的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3氨基酸序列；以及
VL区，所述VH区包含CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3，其分别包含氨基酸序列SEQ ID NO:26中所含的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
4.一种结合至抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
VH区，所述VH区包含与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
VL区，所述VL区包含与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
5.根据权利要求2-4中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含含有SEQ ID NO:15中所示的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:16中所示的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:17中所示的氨基酸序列的CDR-H3；以及
所述VL区包含含有SEQ ID NO:22中所示的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:23中所示的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:24中所示的氨基酸序列的CDR-L3。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述VH区包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列；以及
所述VL区包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列。
7.一种结合至抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
包含SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列的重链可变(VH)区；以及
包含SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列的轻链可变(VL)区。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含重链和/或轻链的免疫球蛋白恒定区的至少一部分。
9.根据权利要求8所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段包含含有Fc区或所述Fc的包含CH2和CH3结构域的部分的重链恒定区和/或含有CL结构域的轻链恒定区。
10.根据权利要求8或权利要求9所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述免疫球蛋白恒定区来自IgG，任选地IgG1。
11.根据权利要求9或权利要求10所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述轻链恒定区来自κ轻链。
12.根据权利要求8-11中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是完整抗体或全长抗体。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
重链，所述重链包含与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列；以及
轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段包含：
包含SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列的重链；以及
包含SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列的轻链。
15.根据权利要求1-11中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是抗原结合片段。
16.根据权利要求15所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗原结合片段选自Fab片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、scFv和单结构域抗体。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是人源化的。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是重组的。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是单克隆的。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段结合至人G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)。
21.根据权利要求1-20中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
22.根据权利要求21所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
23.根据权利要求22所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述单链片段包含定位在所述VH区与所述VL区之间的柔性接头。
24.根据权利要求23所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列。
25.根据权利要求22-24中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗GPRC5D靶抗体或抗原结合片段的单链片段是单链可变片段(scFv)。
26.根据权利要求25所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述scFv包含SEQID NO:9中所示的氨基酸序列。
27.根据权利要求1-26中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或抗原结合片段结合至所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的互补决定区(CDR)内的表位或包括其全部或部分。
28.根据权利要求1-27中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段在或包含在嵌合抗原受体(CAR)的胞外部分的抗原结合结构域中；和/或
所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合包括在或包含在CAR的胞外部分的抗原结合结构域中的所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
29.根据权利要求25-27中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中：
所述scFv在或包含在CAR的胞外部分中；和/或
所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合包括或包含在CAR的胞外部分中的所述scFv。
30.根据权利要求28或权利要求29所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述CAR进一步包含经由间隔子与所述抗原结合结构域连接的跨膜结构域。
31.根据权利要求30所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述间隔子是免疫球蛋白间隔子，任选地其中所述间隔子包含SEQ ID NO:11中所示的氨基酸序列。
32.根据权利要求30或权利要求31所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述跨膜结构域包含CD28的跨膜部分，所述CD28任选地是人CD28。
33.根据权利要求30-32中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至所述CAR的间隔子结构域中的表位。
34.根据权利要求1-33中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合或不特异性结合至CD28或其部分，所述CD28任选地是人CD28。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段不结合至Fc结构域中的表位，所述Fc结构域任选地是人IgG1Fc结构域。
36.根据权利要求1-35中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段特异性结合至所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段。
37.根据权利要求1-36中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段与所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的解离常数为或约或者小于或小于约100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM或1nM。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是包含所述抗GPRC5D靶抗体或其抗原结合片段的CAR的激动剂。
39.根据权利要求38所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中当在溶液中时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂。
40.根据权利要求38所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段，其中当被固定至支持物或固定相时，所述抗独特型抗体或其抗原结合片段是所述CAR的激动剂，任选地其中所述支持物或固定相是板或珠。
41.一种缀合物，所述缀合物包含根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段和异源分子或部分。
42.根据权利要求41所述的缀合物，其中所述异源分子或部分是标记。
43.根据权利要求42所述的缀合物，其中所述标记选自荧光染料、荧光蛋白、放射性同位素、发色团、金属离子、金颗粒、银颗粒、磁性颗粒、多肽、酶、链霉亲和素、生物素、发光化合物和寡核苷酸。
44.根据权利要求42所述的缀合物，其中所述异源分子或部分是蛋白质、肽、核酸或小分子，其任选地是或包含毒素或Strep-标签。
45.一种或多种核酸分子，其编码根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段的重链和/或轻链。
46.根据权利要求45所述的核酸分子，所述核酸分子包含：
编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:25中所示的重链可变区，(ii)与SEQ ID NO:25中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链可变区，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及
编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:26中所示的轻链可变区，(v)与SEQ ID NO:26中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链可变区，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
47.根据权利要求45所述的核酸分子，所述核酸分子包含：
编码以下的核苷酸序列：(i)SEQ ID NO:27中所示的重链，(ii)与SEQ ID NO:27中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的重链，或(iii)(i)或(ii)的简并序列；以及
编码以下的核苷酸序列：(iv)SEQ ID NO:28中所示的轻链，(v)与SEQ ID NO:28中所示的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的轻链，或(vi)(iv)或(v)的简并序列。
48.根据权利要求45-47中任一项所述的一种或多种核酸分子，其中编码所述重链和/或所述轻链的所述一种或多种核酸分子包含信号序列。
49.根据权利要求45-48中任一项所述的一种或多种核酸分子，其中所述一种或多种核酸分子包含选自SEQ ID NO:29-32的一个或多个核苷酸序列。
50.一种载体，所述载体包含根据权利要求45-49中任一项所述的一种或多种核酸分子。
51.一种细胞，所述细胞包含根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据权利要求45-49中任一项所述的核酸分子或根据权利要求50所述的载体。
52.一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
在合适的宿主细胞中表达由根据权利要求45-49中任一项所述的一种或多种核酸分子或根据权利要求50所述的载体编码的重链和/或轻链；以及
回收或分离所述抗体。
53.一种生产抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
在表达所述重链和/或轻链的条件下培养根据权利要求51所述的细胞；以及
回收或分离所述抗体。
54.一种由根据权利要求52或权利要求53所述的方法产生的抗独特型抗体或其抗原结合片段。
55.一种组合物，所述组合物包含根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物或根据权利要求51所述的细胞。
56.根据权利要求55所述的组合物，所述组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
57.一种试剂盒，所述试剂盒包含根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段、根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物和根据权利要求45-49中任一项所述的一种或多种核酸分子中的一种或多种以及任选地使用说明书。
58.根据权利要求57所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于固定所述抗独特型抗体或其抗原结合片段或所述缀合物的试剂或支持物，其中所述试剂或支持物是珠、柱、微孔、棒、过滤器、条或可溶性寡聚链霉亲和素突变蛋白试剂。
59.一种检测靶抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)检测与所述靶抗体或其抗原结合片段结合的所述抗独特型抗体。
60.根据权利要求59所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段与细胞结合或在细胞表面上表达，并且(b)中的检测包括检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述细胞在其表面上表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR。
62.一种检测包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的方法，所述方法包括：
(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)检测与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段被直接或间接标记用于检测。
64.一种从细胞群体中选择细胞的方法，所述方法包括：
(a)使表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞群体或与靶抗体或其抗原结合片段结合的细胞与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的细胞。
65.根据权利要求64所述的方法，其中通过基于亲和力的分离来选择与所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合的所述细胞。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。
67.根据权利要求65或权利要求66所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是通过流式细胞术的。
68.根据权利要求65或权利要求66所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是通过磁性激活细胞分选的。
69.根据权利要求65或权利要求66所述的方法，其中所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
70.根据权利要求68或权利要求69所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段可逆地结合或固定至支持物或固定相。
71.一种刺激细胞的方法，所述方法包括将包含表达包含靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞的输入组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物一起孵育，从而产生包含受刺激细胞的输出组合物。
72.一种生产细胞组合物的方法，所述方法包括：
(a)向细胞中引入一种或多种编码CAR的核酸分子，从而产生输入组合物；以及
(b)将所述输入组合物与特异性结合至所述CAR的抗原受体的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物一起孵育，从而产生所述细胞组合物。
73.根据权利要求72所述的方法，其中(a)中的引入包括通过病毒转导、转座、电穿孔或化学转染将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
74.根据权利要求72或权利要求73所述的方法，其中(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的病毒载体转导将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中，任选地其中所述病毒载体是逆转录病毒载体或慢病毒载体。
75.根据权利要求72或权利要求73所述的方法，其中(a)中的引入包括通过用包含所述一种或多种核酸分子的转座子转座将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
76.根据权利要求72或权利要求73所述的方法，其中(a)中的引入包括通过电穿孔或转染包含所述一种或多种核酸分子的载体将所述一种或多种核酸分子引入所述细胞中。
77.根据权利要求72-76中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在步骤(a)之前激活所述细胞的步骤。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与CD3激动剂和任选地CD28激动剂接触。
79.根据权利要求78所述的方法，其中所述激活所述细胞的步骤包括使所述细胞与包含激动性抗CD3和抗CD28抗体的试剂接触。
80.根据权利要求72-79中任一项所述的方法，其中所述孵育在所述抗独特型抗体或其抗原结合片段结合至所述CAR的条件下进行，从而在所述输入组合物中的一个或多个细胞中诱导或调节信号。
81.根据权利要求72-80中任一项所述的方法，其中所述细胞包括T细胞。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述T细胞包括CD4+和/或CD8+T细胞。
83.根据权利要求72-82中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至固体支持物，所述固体支持物任选地包含或缀合到试剂，所述试剂包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。
84.根据权利要求72-82中任一项所述的方法，其中所述抗独特型抗体或其抗原结合片段固定至可溶性试剂，所述可溶性试剂任选地是或包含多个能够可逆地结合至所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的结合位点。
85.根据权利要求83或权利要求84所述的方法，其中所述试剂包括链霉亲和素突变蛋白。
86.根据权利要求72-85中任一项所述的方法，其中所述孵育持续至少或约至少5分钟、10分钟、30分钟、60分钟、2小时、6小时、12小时、24小时、36、48小时、72小时或96小时。
87.根据权利要求72-86中任一项所述的方法，其中所述输入组合物包含作为占所述组合物中的总细胞的百分比少于或少于约60％、少于或少于约50％、少于或少于约40％、少于或少于约30％、少于或少于约20％或者少于或少于约10％的CAR表达细胞。
88.根据权利要求72-87中任一项所述的方法，其中：
所述输出组合物中CAR表达细胞的数量与所述输入组合物中CAR表达细胞的数量相比增加了大于1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、10倍或更多；和/或
与所述组合物中的总细胞相比，所述输出组合物中CAR表达细胞的百分比增加了大于10％、20％、40％、50％、60％、70％、80％或更多。
89.根据权利要求72-88中任一项所述的方法，其中在所述引入和/或所述孵育之前，不针对CAR表达细胞进行所述细胞的选择或富集。
90.一种纯化抗独特型抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括：
(a)使包含靶抗体或其抗原结合片段的组合物与特异性结合至所述靶抗体或其抗原结合片段的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物接触；以及
(b)分离包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的复合物。
91.根据权利要求90所述的方法，其中包含所述抗独特型抗体或其抗原结合片段的所述复合物通过基于亲和力的分离来分离。
92.根据权利要求91所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于免疫亲和力的分离。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述基于亲和力的分离是基于磁性的分离。
94.根据权利要求92所述的方法，其中所述基于亲和力的分离包括亲和色谱法。
95.一种耗尽细胞的方法，所述方法包括向受试者施用包含特异性结合至靶抗体或其抗原结合片段的根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物的组合物，其中所述受试者已被施用表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
96.根据权利要求95所述的方法，其中所述耗尽是通过抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)进行的。
97.根据权利要求59-96中任一项所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
98.根据权利要求97所述的方法，其中所述单链片段是scFv。
99.根据权利要求59-98中任一项所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
100.根据权利要求99所述的方法，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。
101.根据权利要求100所述的方法，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
102.一种制品，所述制品包含根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或其抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物以及使用所述抗独特型抗体或其抗原结合片段进行以下项目的说明书：
检测靶抗体或其抗原结合片段或包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR；和/或
从细胞群体中选择或富集表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的工程化细胞；和/或
刺激输入组合物，所述输入组合物包含表达包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR的细胞。
103.一种制品，所述制品包含：
结合试剂，所述结合试剂包含含有靶抗体或其抗原结合片段的CAR的胞外结构域，所述胞外结构域或其部分包含所述靶抗体或其抗原结合片段；以及
根据权利要求1-40中任一项所述的抗独特型抗体或抗原结合片段或根据权利要求41-44中任一项所述的缀合物。
104.根据权利要求103所述的制品，其中所述结合试剂是第一结合试剂，并且所述制品进一步包含第二结合试剂，所述第二结合试剂包含所述CAR的胞外结构域或其部分。
105.根据权利要求103或权利要求104所述的制品，其中所述第一结合试剂和第二结合试剂的CAR或其部分的胞外结构域相同。
106.根据权利要求103-105中任一项所述的制品，所述制品进一步包含使用所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和第二结合试剂以使用免疫测定来测定样品中的与所述结合试剂结合的分子的存在或不存在的说明书，任选地其中所述免疫测定是桥式免疫测定或夹心免疫测定，任选地其中所述样品来自已被施用细胞疗法的受试者，所述细胞疗法包含用包含所述靶抗体或其抗原结合片段的CAR工程化的细胞。
107.根据权利要求103-106中任一项所述的制品，其中所述结合试剂、任选地所述第一结合试剂和/或第二结合试剂被可检测地标记或能够产生可检测信号。
108.根据权利要求104-107中任一项所述的制品，其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一附接至固体支持物或能够附接至固体支持物，并且所述第一结合试剂和第二结合试剂中的另一个被可检测地标记或能够产生可检测信号。
109.根据权利要求108所述的制品，其中所述制品进一步包含固体支持物，任选地其中所述第一结合试剂和第二结合试剂之一直接或间接与生物素连接，并且所述固体支持物包含链霉亲和素包被的表面。
110.根据权利要求102-109中任一项所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是单链片段。
111.根据权利要求110所述的制品，其中所述单链片段是scFv。
112.根据权利要求102-111中任一项所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:7中所示的氨基酸序列的VH区和含有SEQ ID NO:8中所示的氨基酸序列的VL区。
113.根据权利要求112所述的制品，其中所述靶抗体或其抗原结合片段是scFv，并且所述VH区和所述VL区通过柔性接头连接。
114.根据权利要求113所述的制品，其中所述柔性接头包含SEQ ID NO:10中所示的氨基酸序列，并且所述scFv包含SEQ ID NO:9中所示的氨基酸序列。
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