WO2024056077A1 - Modified proteins and protein binders and degraders - Google Patents

Modified proteins and protein binders and degraders Download PDF

Info

Publication number
WO2024056077A1
WO2024056077A1 PCT/CN2023/119126 CN2023119126W WO2024056077A1 WO 2024056077 A1 WO2024056077 A1 WO 2024056077A1 CN 2023119126 W CN2023119126 W CN 2023119126W WO 2024056077 A1 WO2024056077 A1 WO 2024056077A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
optionally substituted
alkyl
group
cycloalkyl
independently selected
Prior art date
Application number
PCT/CN2023/119126
Other languages
French (fr)
Inventor
Jing Liu
Michael Bruno Plewe
Xiaoran HAN
Jim Na
Matthew Randolph Lee
Chengwei Zhang
Ting Yang
Lihuai QIN
Jing Zhou
Original Assignee
Cullgen (Shanghai) , Inc.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Cullgen (Shanghai) , Inc. filed Critical Cullgen (Shanghai) , Inc.
Publication of WO2024056077A1 publication Critical patent/WO2024056077A1/en

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/54—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic compound
    • A61K47/55—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic compound the modifying agent being also a pharmacologically or therapeutically active agent, i.e. the entire conjugate being a codrug, i.e. a dimer, oligomer or polymer of pharmacologically or therapeutically active compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C233/00—Carboxylic acid amides
    • C07C233/64—Carboxylic acid amides having carbon atoms of carboxamide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings
    • C07C233/77—Carboxylic acid amides having carbon atoms of carboxamide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings having the nitrogen atom of at least one of the carboxamide groups bound to a carbon atom of a hydrocarbon radical substituted by amino groups
    • C07C233/78—Carboxylic acid amides having carbon atoms of carboxamide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings having the nitrogen atom of at least one of the carboxamide groups bound to a carbon atom of a hydrocarbon radical substituted by amino groups with the substituted hydrocarbon radical bound to the nitrogen atom of the carboxamide group by an acyclic carbon atom
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D205/00—Heterocyclic compounds containing four-membered rings with one nitrogen atom as the only ring hetero atom
    • C07D205/02—Heterocyclic compounds containing four-membered rings with one nitrogen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings
    • C07D205/04—Heterocyclic compounds containing four-membered rings with one nitrogen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings having no double bonds between ring members or between ring members and non-ring members
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D205/00—Heterocyclic compounds containing four-membered rings with one nitrogen atom as the only ring hetero atom
    • C07D205/12—Heterocyclic compounds containing four-membered rings with one nitrogen atom as the only ring hetero atom condensed with carbocyclic rings or ring systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D209/00—Heterocyclic compounds containing five-membered rings, condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom
    • C07D209/02—Heterocyclic compounds containing five-membered rings, condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom condensed with one carbocyclic ring
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D213/00—Heterocyclic compounds containing six-membered rings, not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom and three or more double bonds between ring members or between ring members and non-ring members
    • C07D213/02—Heterocyclic compounds containing six-membered rings, not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom and three or more double bonds between ring members or between ring members and non-ring members having three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members
    • C07D213/04—Heterocyclic compounds containing six-membered rings, not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom and three or more double bonds between ring members or between ring members and non-ring members having three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members having no bond between the ring nitrogen atom and a non-ring member or having only hydrogen or carbon atoms directly attached to the ring nitrogen atom
    • C07D213/60—Heterocyclic compounds containing six-membered rings, not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom and three or more double bonds between ring members or between ring members and non-ring members having three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members having no bond between the ring nitrogen atom and a non-ring member or having only hydrogen or carbon atoms directly attached to the ring nitrogen atom with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to ring carbon atoms
    • C07D213/78—Carbon atoms having three bonds to hetero atoms, with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals
    • C07D213/81—Amides; Imides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D401/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom
    • C07D401/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom containing two hetero rings
    • C07D401/04—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D401/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom
    • C07D401/14—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, at least one ring being a six-membered ring with only one nitrogen atom containing three or more hetero rings
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D403/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D401/00
    • C07D403/14—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D401/00 containing three or more hetero rings
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D413/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07D413/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings
    • C07D413/04—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D413/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07D413/14—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing three or more hetero rings
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D417/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00
    • C07D417/14—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing three or more hetero rings
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D471/00—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, at least one ring being a six-membered ring with one nitrogen atom, not provided for by groups C07D451/00 - C07D463/00
    • C07D471/02—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, at least one ring being a six-membered ring with one nitrogen atom, not provided for by groups C07D451/00 - C07D463/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D471/04—Ortho-condensed systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D471/00—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, at least one ring being a six-membered ring with one nitrogen atom, not provided for by groups C07D451/00 - C07D463/00
    • C07D471/02—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, at least one ring being a six-membered ring with one nitrogen atom, not provided for by groups C07D451/00 - C07D463/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D471/10—Spiro-condensed systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D487/00—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00
    • C07D487/02—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D487/04—Ortho-condensed systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D487/00—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00
    • C07D487/02—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D487/08—Bridged systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D487/00—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00
    • C07D487/02—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, not provided for by groups C07D451/00 - C07D477/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D487/10—Spiro-condensed systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D491/00—Heterocyclic compounds containing in the condensed ring system both one or more rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms and one or more rings having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by groups C07D451/00 - C07D459/00, C07D463/00, C07D477/00 or C07D489/00
    • C07D491/02—Heterocyclic compounds containing in the condensed ring system both one or more rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms and one or more rings having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by groups C07D451/00 - C07D459/00, C07D463/00, C07D477/00 or C07D489/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D491/04—Ortho-condensed systems
    • C07D491/044—Ortho-condensed systems with only one oxygen atom as ring hetero atom in the oxygen-containing ring
    • C07D491/048—Ortho-condensed systems with only one oxygen atom as ring hetero atom in the oxygen-containing ring the oxygen-containing ring being five-membered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D498/00—Heterocyclic compounds containing in the condensed system at least one hetero ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07D498/02—Heterocyclic compounds containing in the condensed system at least one hetero ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D498/10—Spiro-condensed systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D519/00—Heterocyclic compounds containing more than one system of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring system not provided for in groups C07D453/00 or C07D455/00

Definitions

  • the present invention relates to compounds, pharmaceutical compositions, modified proteins and protein-ligand complexes, and methods for binding or modulating a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein, which may be useful for biotechnology applications such as selective degradation of a target protein, molecular glues, or anti-microbial drugs.
  • DCAF1 DDB1-and CUL4-associated factor 1
  • the ubiquitin pathway plays a critical role in the regulation of most cellular processes via an enzymatic cascade, where E1 and E2 enzymes catalyze the activation and conjugation of ubiquitin, and E3s confer reaction specificity through substrate recruitment (Hershko and Ciechanover, 1998; Pickart, 2004) .
  • Cullin RING E3 ligases (CRLs) are the largest family of E3 ubiquitin ligases.
  • cullin serves as a scaffold to bind small RING finger protein ROC1 or ROC2 (RBX1 or RBX2) through a C-terminal domain and a linker-substrate receptor dimer or a substrate receptor directly through an N-terminal domain.
  • Mammalian cells express nine distinct cullins, including two cullin 4 (CUL4) proteins: CUL4A and CUL4B, which use DNA damage-binding protein 1 (DDB1) as the linker.
  • DDB1 bridges the interaction between CUL4 and a subset of DDB1 binding WD40 repeat proteins (DWD or DCAFs for DDB1 cullin associated factors) .
  • DWD or DCAFs for DDB1 cullin associated factors DDA1 binding WD40 repeat proteins
  • DCAF proteins function as substrate receptors to target specific substrates to the CRL4 E3 complexes (Jackson and Xiong, 2009) .
  • DCAF1 also known as VprBP
  • DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) is evolutionarily conserved in mammals, Drosophila, Xenopus, C. elegans, and Arabidopsis, but has no apparent homolog in yeast (Nakagawa et al., 2013; Schabla et al., 2019) . It is ubiquitously expressed in all tissues and organs that have been examined (Zhang et al., 2001) .
  • DCAF1 is an example of an E3 ubiquitin ligase.
  • DCAF1 was first identified as the HIV-1 accessory viral protein R (Vpr) binding protein (Zhang et al., 2001; Zhao et al., 1994) , and was subsequently shown to associate with a DDB1-CUL4- ROC1 E3 ubiquitin ligase (CRL4) (Angers et al., 2006; He et al., 2006; Jin et al., 2006) .
  • Vpr HIV-1 accessory viral protein R
  • CTL4 DDB1-CUL4- ROC1 E3 ubiquitin ligase
  • DCAF1 contains multiple functional domains, including a putative protein kinase-like domain (Kim et al., 2013) , a chromo domain functions as a mono-methylated substrate recognition pocket (Lee et al., 2012) , a putative LisH motif required for dimerization and interacting with H3 Tail (Ahn et al., 2011; Kim et al., 2012) , a promiscuous ⁇ -helical motif H-box required for binding to DDB1 (Fischer et al., 2011; Li et al., 2010) , a WD40 repeat region required for binding to DDB1, and an acidic-domain providing interactions with additional protein (Huang and Chen, 2008; Wang et al., 2016) .
  • DCAF1 ligands have the potential to be used as anti-viral agents.
  • CRL4 DCAF1 E3 ligase is required by targeting cellular substrates for proteasome-mediated degradation (Belzile et al., 2007; Hrecka et al., 2007; Le Rouzic et al., 2007; Tan et al., 2007; Wen et al., 2007) .
  • Vpx shares high similarity with Vpr, and binds to DCAF1 E3 ligase (Srivastava et al., 2008) .
  • Vpx was reported to reduce dNTP triphosphohydrolase SAMHD1 degradation through CRL4 DCAF1 E3 ligase (Hrecka et al., 2011; Laguette et al., 2011) . From structural analyses, viral proteins Vpr and Vpx bind to the C-terminal WD40 motifs of DCAF1 (Schwefel et al., 2014; Wu et al., 2016) .
  • DCAF1 ligands for binding or modifying proteins.
  • modified proteins and protein-ligand complexes are useful for biotechnology applications such as selective modulation of a protein.
  • DCAF1 DDB1-and CUL4-associated factor 1
  • Monofunctional compounds may be useful as synthetic intermediates for the preparation of heterobifunctional compounds comprising a DCAF1 binding moiety conjugated to a target protein binding moiety via a linker.
  • Heterobifunctional compounds may be useful for the targeted degradation of a protein of interest.
  • A is C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X 1 ;
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • E 1 and E 2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u -, - (C (R 9 ) 2 ) u -, -C (O) -, -C (O) N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t C (O) N (R 8 ) -, -C (O
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 ;
  • Q 2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z 1 , C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 ;
  • each R 1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 10 , SR 10 , N (R 10 ) 2 , C (O) R 10 , OC (O) R 10 , C (O) OR 10 , C (O) N (R 10 ) 2 , N (R 10 ) C (O) R 10 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 11 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 12 ;
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 13 , SR 13 , N (R 13 ) 2 , C (O) R 13 , OC (O) R 13 , C (O) OR 13 , C (O) N (R 13 ) 2 , N (R 13 ) C (O) R 13 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 14 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 15 ;
  • each R 3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 16 , SR 16 , N (R 16 ) 2 , C (O) R 16 , OC (O) R 16 , C (O) OR 16 , C (O) N (R 16 ) 2 , N (R 16 ) C (O) R 16 , C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R 17A ;
  • each R 4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, C 3 -C 6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E 3 -C 3 -
  • each E 3 is independently selected from the group consisting of -N (R 20 ) -, - (C (R 21 ) 2 ) y -N (R 20 ) -, -N (R 20 ) - (C (R 21 ) 2 ) y -, -O-, - (C (R 21 ) 2 ) y -O-, -O- (C (R 21 ) 2 ) y -, and - (C (R 21 ) 2 ) z -;
  • R 5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 22 , N (R 22 ) 2 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • R 5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e , or two R 9 taken together are oxo;
  • each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 17A and R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, C 1 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, C 1 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocycly
  • each R 19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more R e , or two R 21 taken together are oxo;
  • R 22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R a , R b , and R c is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R d is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • each R e is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • n is an integer from 0 to 6;
  • t is an integer from 1 to 4.
  • u is an integer from 1 to 5;
  • y is an integer from 1 to 3;
  • z is an integer from 1 to 4.
  • Z 1 is selected from the group consisting of L 1 -P, L 1 -G, and Z 2 , wherein:
  • L 1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker
  • P is a target protein binding moiety
  • G is a reactive functional group
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting group
  • the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 .
  • Each Q 1 may be a monocyclic, spirocyclic, fused or bridged C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R 3 and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y 3 , having the structure of Formula (IV) :
  • Y 3 is N, C (R 3 ) or C (R 4 ) ;
  • r is an integer from 0 to 4.
  • s is an integer from 0 to 2.
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , Formula (IVb) and Formula (IVc) :
  • Y 3 is N, C (R 3 ) or C (R 4 ) ;
  • Y 4 is N (R 3 ) , N (R 4 ) , C (R 3 ) 2 , C (R 3 ) (R 4 ) or C (R 4 ) 2 ;
  • each A 1 , B 1 , C 1 and D 1 is independently selected from the group consisting of null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2 , N (R 3 ) , N (R 4 ) , C (R 3 ) 2 , C (R 3 ) (R 4 ) and C (R 4 ) 2 ;
  • r is an integer from 0 to 4.
  • s is an integer from 0 to 2;
  • each v 1 , w 1 , v 2 , w 2 , v 3 , w 3 , v 4 , and w 4 is independently an integer from 0 to 5.
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVb) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVc) .
  • Y 3 is N. In some embodiments, Y 3 is C (R 3 ) or C (R 4 ) . In some embodiments, Y 4 is N (R 4 ) . In some embodiments, Y 4 is N (R 3 ) . In some embodiments, Y 4 is C (R 3 ) 2 , C (R 3 ) (R 4 ) or C (R 4 ) 2 .
  • Y 3 is N and Y 4 is N (R 4 ) . In some embodiments, Y 3 is N and Y 4 is N (R 3 ) . In some embodiments, Y 3 is N and Y 4 is C (R 3 ) 2 , C (R 3 ) (R 4 ) or C (R 4 ) 2 . In some embodiments, Y 3 is C (R 3 ) or C (R 4 ) , and Y 4 is N (R 4 ) . In some embodiments, Y 3 is C (R 3 ) or C (R 4 ) , and Y 4 is N (R 3 ) .
  • Y 3 is C (R 3 ) or C (R 4 )
  • Y 4 is C (R 3 ) 2 , C (R 3 ) (R 4 ) or C (R 4 ) 2.
  • each A 1 , B 1 , C 1 and D 1 is independently C (R 3 ) 2 , C (R 3 ) (R 4 ) or C (R 4 ) 2 .
  • one or more of A 1 , B 1 , C 1 and D 1 is independently null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2 , N (R 3 ) , or N (R 4 ) .
  • r is an integer from 0 to 1.
  • s is an integer from 0 to 1.
  • each v 1 , w 1 , v 2 , w 2 , v 3 , w 3 , v 4 , and w 4 is independently an integer from 1 to 2.
  • v 1 is 1 and w 1 is 2.
  • v 1 is 1 and w 1 is 1.
  • v 1 is 2 and w 1 is 2.
  • v 2 is 1 and w 2 is 2.
  • v 2 is 1 and w 2 is 1.
  • v 2 is 2 and w 2 is 2.
  • the sum of v 1 and w 1 is 2 to 4.
  • the sum of v 2 and w 2 is 2 to 4.
  • v 3 is 1 and w 3 is 2.
  • v 3 is 1 and w 3 is 1.
  • v 3 is 0 and w 3 is 2.
  • v 4 is 1 and w 4 is 2.
  • v 4 is 1 and w 4 is 1.
  • v 4 is 0 and w 4 is 2.
  • v 4 is 2 and w 4 is 1.
  • v 4 is 2 and w 4 is 0.
  • Q 2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z 1 , C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Each Q 2 may be a monocyclic, spirocyclic, fused or bridged C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R 2 and optionally further substituted with Z 1 .
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 8 cycloalkyl and 3-to 8-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 8 cycloalkyl and 3-to 8-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Z 1 is L 1 -P.
  • Z 1 is L 1 -G.
  • Z 1 is Z 2 .
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 2 and substituted with Z 1 wherein Z 1 is L 1 -P.
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 2 andsubstituted with Z 1 wherein Z 1 is L 1 -G.
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 2 andsubstituted with Z 1 wherein Z 1 is Z 2 .
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (Va) , Formula (Vb) and Formula (Vc) :
  • Y 1 is C (R 6 ) or N;
  • Y 1 is O and Z 1 is null
  • Y 2 is C (R 7 ) or N;
  • R 6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 23 , N (R 23 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • R 7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 24 , N (R 24 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • R 23 and R 24 are independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R d is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • each A 2 , B 2 , C 2 and D 2 is independently selected from the group consisting of null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2 , N (R 2 ) , and C (R 2 ) 2 ;
  • n is an integer from 0 to 4.
  • each v 5 , w 5 , v 6 , w 6 , v 7 , w 7 , v 8 , and w 8 is independently an integer from 0 to 5.
  • Y 1 is N. In some embodiments, Y 1 is C (R 6 ) . In some embodiments, Y 1 is O . In some embodiments, Y 2 is N. In some embodiments, Y 2 is C (R 7 ) . In some embodiments, Y 1 is N and Y 2 is N. In some embodiments, Y 1 is N and Y 2 is C (R 7 ) . In some embodiments, Y 1 is C (R 6 ) and Y 2 is N.
  • Y 1 is C (R 6 ) and Y 2 is C (R 7 ) . In some embodiments, Y 1 is O and Y 2 is C (R 7 ) . In some embodiments, Y 1 is O and Y 2 is N. In some embodiments, each A 2 , B 2 , C 2 and D 2 is independently C (R 2 ) 2 . In some embodiments, one or more of A 2 , B 2 , C 2 and D 2 is independently null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2 or N (R 2 ) . In some embodiments, n is an integer from 0 to 1. In some embodiments, n is 0. In some embodiments, n is 1.
  • each v 5 , w 5 , v 6 , w 6 , v 7 , w 7 , v 8 , and w 8 is independently an integer from 1 to 3.
  • v 5 is 1 and w 5 is 1.
  • v 5 is 1 and w 5 is 2.
  • v 5 is 2 and w 5 is 1.
  • v 5 is 2 and w 5 is 2.
  • v 5 is 0 or 1 and w 5 is 3.
  • v 5 is 3 and w 5 is 0 or 1.
  • v 5 is 0 and w 5 is 4.
  • v 5 is 4 and w 5 is 0.
  • v 6 is 1 and w 6 is 1. In some embodiments, v 6 is 1 and w 6 is 2. In some embodiments, v 6 is 2 and w 6 is 1. In some embodiments, v 6 is 2 and w 6 is 2. In some embodiments, v 6 is 0 or 1 and w 6 is 3. In some embodiments, v 6 is 3 and w 6 is 0 or 1. In some embodiments, v 6 is 0 and w 6 is 4. In some embodiments, v 6 is 4 and w 6 is 0. In some embodiments, the sum of v 5 and w 5 is 2 to 4. In some embodiments, the sum of v 6 and w 6 is 2 to 4. In some embodiments, v 7 is 1 and w 7 is 1.
  • v 7 is 1 and w 7 is 2. In some embodiments, v 7 is 2 and w 7 is 1. In some embodiments, v 7 is 0 and w 7 is 2 or 3. In some embodiments, v 7 is 2 or 3 and w 7 is 0. In some embodiments, v 8 is 1 and w 8 is 1. In some embodiments, v 8 is 1 and w 8 is 2. In some embodiments, v 8 is 2 and w 8 is 1. In some embodiments, v 8 is 0 and w 8 is 2 or 3. In some embodiments, v 8 is 2 or 3 and w 8 is 0. In some embodiments, the sum of v 7 and w 7 is 2 to 3. In some embodiments, the sum of v 8 and w 8 is 2 to 3.
  • Q 2 is selected from the group consisting of C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Q 2 is C 3 -C 11 cycloalkyl optionally substituted with one or more R 2 and optionally further substituted with Z 1 .
  • Q 2 is 3-to 11-membered heterocycle optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Z 1 is L 1 -P.
  • Z 1 is L 1 -G.
  • Z 1 is Z 2 .
  • Q 2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, and CN.
  • Q 2 is Z 1 .
  • Z 1 is L 1 -P.
  • Z 1 is L 1 -G.
  • Z 1 is Z 2 .
  • A is C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X 1 ;
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • Y 1 is C (R 6 ) or N;
  • Y 1 is O and Z 1 is null
  • Y 2 is C (R 7 ) or N;
  • E 1 and E 2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u -, - (C (R 9 ) 2 ) u -, -C (O) -, -C (O) N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t C (O) N (R 8 ) -, -C (O
  • Y 3 is N, C (R 3 ) or C (R 4 ) ;
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 ;
  • Q 2 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 ;
  • each R 1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 10 , SR 10 , N (R 10 ) 2 , C (O) R 10 , OC (O) R 10 , C (O) OR 10 , C (O) N (R 10 ) 2 , N (R 10 ) C (O) R 10 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 11 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 12 ;
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR 13 , SR 13 , N (R 13 ) 2 , C (O) R 13 , OC (O) R 13 , C (O) OR 13 , C (O) N (R 13 ) 2 , N (R 13 ) C (O) R 13 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 14 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 15 ;
  • each R 3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 16 , SR 16 , N (R 16 ) 2 , C (O) R 16 , OC (O) R 16 , C (O) OR 16 , C (O) N (R 16 ) 2 , N (R 16 ) C (O) R 16 , C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R 17A ;
  • each R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) - (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) - (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, C 3 -C 6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E 3 -C 3 -C 6 cycloalkyl, and E 3 -3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R 17B , each said C 6 -C
  • each E 3 is independently selected from the group consisting of -N (R 20 ) -, - (C (R 21 ) 2 ) y -N (R 20 ) -, -N (R 20 ) - (C (R 21 ) 2 ) y -, -O-, - (C (R 21 ) 2 ) y -O-, -O- (C (R 21 ) 2 ) y -, and - (C (R 21 ) 2 ) z -;
  • R 5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 22 , N (R 22 ) 2 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • R 5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • R 6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 23 , N (R 23 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • R 7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 24 , N (R 24 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e , or two R 9 taken together are oxo;
  • each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 17A and R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more R e , or two R 21 taken together are oxo;
  • each R 22 , R 23 and R 24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R a , R b , and R c is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R d is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • each R e is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • n is an integer from 0 to 6;
  • n is an integer from 0 to 4.
  • p is an integer from 0 to 3;
  • q is an integer from 1 to 3;
  • r is an integer from 0 to 4.
  • s is an integer from 0 to 2;
  • t is an integer from 1 to 4.
  • u is an integer from 1 to 5;
  • y is an integer from 1 to 3;
  • z is an integer from 1 to 4.
  • Z 1 is selected from the group consisting of L 1 -P, L 1 -G, and Z 2 , wherein:
  • L 1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker
  • P is a target protein binding moiety
  • G is a reactive functional group
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting
  • the compound of Formula (II) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  • A is C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X 1 .
  • Ring A may be monocyclic or may form part of a fused C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl. In each case, A is optionally substituted with one or more R 1 as described herein.
  • A is C 6 -C 10 aryl or 5-to 6-membered heteroaryl comprising X 1 , optionally substituted with one or more R 1 .
  • A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X 1 , optionally substituted with one or more R 1 .
  • A is a 6-membered heteroaryl comprising X 1 , optionally substituted with one or more R 1 .
  • ring A is a 6- membered heteroaryl comprising X 1 , selected from pyridine, pyrimidine, pyrazine, pyridazine, or triazine, optionally substituted with one or more R 1 .
  • A is pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X 1 is C (R 5A ) or N. In some embodiments, X 1 is C (R 5A ) or N, and the ring comprising X 1 is a 6-membered heteroaryl. In some embodiments, X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S, and the ring comprising X 1 is a 5-membered heteroaryl.
  • Each said 5-membered or 6-membered heteroaryl comprising X 1 may be monocyclic (i.e., A is a 5-membered or 6-membered heteroaryl, respectively) , or may form part of a fused 5-to 10-membered heteroaryl, in each case wherein A is optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine, pyrimidine, pyrazine, or triazine, and each said 6-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine or pyrimidine, each optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine optionally substituted with one or more R 1 . In some such embodiments, X 1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyrimidine optionally substituted with one or more R 1 . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X 1 is C (R 5A ) , and A is a 6-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine, pyrimidine, pyridazine or triazine, and each said 6-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine, pyrimidine, or pyridazine.
  • X 1 is C (R 5A ) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine or pyrimidine optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine optionally substituted with one or more R 1 . In some such embodiments, X 1 is C (R 5A ) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyrimidine optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S, and A is a 5-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S
  • A is a 5-membered heteroaryl selected from pyrrole, pyrazole, imidazole, thiophene, thiazole, isothiazole, furan, oxazole, isoxazole, thiadiazole, and oxadiazole, and each said 5-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 1 .
  • A is a C 6 -C 10 aryl or 5-to 6-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
  • X 1 is C (R 5A ) or N;
  • each of X 2 , X 3 , and X 4 is independently C (R 5A ) or N;
  • X 1 , X 2 , X 3 , or X 4 is not C (R 5A ) ; or
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • each of X 2 and X 3 is independently C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • X 1 , X 2 , or X 3 is not C (R 5A ) ;
  • X 1 is C (R 5A ) ;
  • each of X 2 , X 3 , and X 4 is independently C (R 5A ) ;
  • each said C 6 -C 10 aryl and 5-to 6-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 1 .
  • A is a 9-to 10-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R 1 .
  • A is a 9-to 10-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
  • X 1 is C (R 5A ) or N;
  • X 2 , X 3 and X 4 are independently C, C (R 5A ) or N;
  • each X 5 is independently C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • each X 6 is independently C (R 5A ) or N, provided at least one X 6 is C (R 5A ) ;
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • X 2 and X 3 are independently C or N;
  • each X 6 is independently C (R 5A ) or N, provided at least one X 6 is C (R 5A ) ;
  • X 1 , X 2 , X 3 , X 4 , X 5 , or X 6 is not C (R 5A ) ;
  • each said 9-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 1 .
  • X 1 is C (R 5A ) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X 1 is N. In some embodiments, X 1 is N (R 5B ) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X 1 is O or S. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , one or more of X 1 , X 2 , X 3 , X 4 , X 5 , or X 6 is C (R 5A ) .
  • one or more of X 1 , X 2 , X 3 , X 4 , X 5 , or X 6 is N. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , two or more of X 1 , X 2 , X 3 , X 4 , X 5 , or X 6 is N.
  • R 5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 22 , N (R 22 ) 2 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e .
  • R 5A is hydrogen.
  • R 22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, and C 1 -C 6 fluoroalkyl. In some embodiments, R 22 is hydrogen.
  • R 5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6- membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e .
  • R 5B is hydrogen or C 1 -C 6 alkyl.
  • R 5B is hydrogen or C 1 -C 4 alkyl.
  • A is a C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
  • each said C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 1 .
  • each R a , R b , and R c is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl.
  • each R a , R b , and R c is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • each R d is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 .
  • each R e is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 .
  • m is an integer from 0 to 6. In some embodiments, m is an integer from 0 to 4. In some embodiments, m is an integer from 0 to 2. In some embodiments, m is an integer from 0 to 1. In frequent embodiments of Formula (I) or Formula (II) , m is 0.In compounds of Formula (II) , n is an integer from 0 to 4. In some embodiments, n is an integer from 0 to 2. In some embodiments, n is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , n is 0. In some embodiments of Formula (II) , m is an integer from 0 to 1 and n is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , m is 0 and n is 0.
  • each R 1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 10 , SR 10 , N (R 10 ) 2 , C (O) R 10 , OC (O) R 10 , C (O) OR 10 , C (O) N (R 10 ) 2 , N (R 10 ) C (O) R 10 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 11 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 12 .
  • m is 0 (i.e., R 1 is absent) .
  • R 1 is independently selected from the group consisting of halogen, OR 10 , N (R 10 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl.
  • R 1 is halogen (preferably fluoro) or C 1 -C 6 alkyl.
  • R 1 is C 1 -C 6 alkyl.
  • R 1 is halogen (preferably fluoro) .
  • m is an integer from 0 to 1.
  • m is 1.
  • m is 1 and R 1 is independently selected from the group consisting of halogen, OR 10 , N (R 10 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl.
  • each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • each R 11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e .
  • each R 11 is independently selected from the group consisting of fluoro, OR a , and N (R a ) 2 .
  • each R a is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • each R 12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d .
  • each R 12 is independently selected from the group consisting of fluoro, OR a , N (R a ) 2 and C 1 -C 6 alkyl. In some such embodiments, each R a is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • Q 2 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Q 2 is C 3 -C 8 cycloalkyl or 3-to 8-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 8 cycloalkyl and 3-to 8-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 .
  • Z 1 is L 1 -P.
  • Z 1 is L 1 -G.
  • Z 1 is Z 2 .
  • Ring Q 2 of Formula (II) comprises ring atoms Y 1 and Y 2 , defined as described herein.
  • Y 1 is C (R 6 ) or N; or Y 1 is O and Z 1 is null.
  • Y 2 is C (R 7 ) or N.
  • Y 1 is C (R 6 ) or N.
  • Y 1 is N and Y 2 is N.
  • one of Y 1 and Y 2 is N, and the other is C (R 6 ) or C (R 7 ) , respectively.
  • Y 1 is C (R 6 ) and Y 2 is N.
  • Y 1 is N and Y 2 is C (R 7 ) .
  • Y 1 is C (R 6 ) and Y 2 is C (R 7 ) .
  • Y 1 is C (R 6 ) and Y 2 is C (R 7 ) .
  • R 6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 23 , N (R 23 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d .
  • R 6 is hydrogen.
  • R 7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 24 , N (R 24 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d .
  • R 7 is hydrogen.
  • each of R 6 and R 7 is hydrogen.
  • each R 23 and R 24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, and C 1 -C 6 fluoroalkyl. In some embodiments, each R 23 and R 24 is hydrogen.
  • Y 1 is O, with the proviso that the compound is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  • Z 1 is Z 2 and Z 2 is absent .
  • Y 1 is not O.
  • p is an integer from 0 to 3. In some embodiments, p is an integer from 0 to 2. In compounds of Formula (II) , q is an integer from 1 to 3. In some embodiments, q is an integer from 1 to 2. In some embodiments of Formula (II) , the sum of p and q is an integer from 3 to 4, such that the ring comprising Y 1 and Y 2 is a C 5 -C 6 cycloalkyl or 5-to 6-membered heterocyclyl ring, optionally substituted with one or more R 2 . In some such embodiments, n is 0.
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 13 , SR 13 , N (R 13 ) 2 , C (O) R 13 , OC (O) R 13 , C (O) OR 13 , C (O) N (R 13 ) 2 , N (R 13 ) C (O) R 13 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 - C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 14 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 15 .
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, OR 13 , N (R 13 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl optionally substituted with one or more R 14 .
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 13 , SR 13 , N (R 13 ) 2 , C (O) R 13 , OC (O) R 13 , C (O) OR 13 , C (O) N (R 13 ) 2 , N (R 13 ) C (O) R 13 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 14 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 15 .
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, OR 13 , N (R 13 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl optionally substituted with one or more R 14 .
  • n is 0. In some embodiments of Formula (II) , n is 1 and each R 2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, OR 13 , N (R 13 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl optionally substituted with one or more R 14 . In some such embodiments, each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl and C 1 -C 4 fluoroalkyl. In some embodiments, each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 13 is hydrogen.
  • each R 14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e .
  • each R 14 is independently selected from the group consisting of fluoro, OR b , and N (R b ) 2 .
  • each R b is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • each R 15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d .
  • each R 15 is independently selected from the group consisting of fluoro, OR b , N (R b ) 2 and C 1 -C 6 alkyl. In some such embodiments, each R b is independently selected from the group consisting of hydrogen and C 1 -C 4 alkyl.
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 , as described.
  • Q 1 is represented as a cyclic moiety comprising Y 3 , having the structure of Formula (IV) :
  • Y 3 is N, C (R 3 ) or C (R 4 ) ;
  • r is an integer from 0 to 4.
  • s is an integer from 0 to 2.
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y 3 , wherein Y 3 is the ring atom attached to E 1 .
  • Y 3 is N, C (R 3 ) or C (R 4 ) .
  • Each Q 1 may be a monocyclic, spirocyclic, fused or bridged C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R 3 and optionally further substituted with one or more R 4 , as further described herein.
  • Y 3 is N.
  • Y 3 is C (R 3 ) .
  • Y 3 is C (R 4 ) .
  • E 1 and E 2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u - , - (C (R 9 ) 2 ) u -, -C (O) -, -C (O) N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t C (O) N (R 8 ) -, - (C
  • E 1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u -and - (C (R 9 ) 2 ) u -.
  • E 1 is selected from the group consisting of a bond , -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • t is an integer from 1 to 4. In some embodiments, t is an integer from 1 to 2. In compounds of Formula (I) or Formula (II) , u is an integer from 1 to 5. In some embodiments, u is an integer from 1 to 3. In some embodiments, t is an integer from 1 to 2 and u is an integer from 1 to 3. In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each t and u (when present as part of E 1 and/or E 2 ) is independentlyselected.
  • E 1 is a bond. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E 1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • E 1 is selected from the group consisting of -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • E 1 is -N (R 8 ) -.
  • E 1 is -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • E 1 is a bond, -NH-, -NHCH 2 -or -NH (CH 2 ) 2 -.
  • each R 8 is hydrogen.
  • each R 9 is hydrogen, or two R 9 taken together are oxo. In some such embodiments, each R 9 is hydrogen. In some such embodiments, each R 8 and R 9 is hydrogen.
  • E 1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH-and -NH (CH 2 ) t -, and t is an integer from 1 to 4.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u -and - (C (R 9 ) 2 ) u -.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • each R 8 is hydrogen.
  • each R 9 is hydrogen.
  • each R 8 and R 9 is hydrogen.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH-and -NH (CH 2 ) t -, and t is an integer from 1 to 4.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, -C (O) N (R 8 ) -and -N (R 8 ) C (O) -.
  • E 2 is a bond.
  • E 2 is selected from the group consisting of -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -. In other embodiments, E 2 is selected from the group consisting of -C (O) N (R 8 ) -and -N (R 8 ) C (O) -. In some such embodiments, each R 8 is hydrogen. In some embodiments, each R 9 is hydrogen. In some embodiments, two R 9 taken together are oxo. In some such embodiments, each R 8 and R 9 is hydrogen.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH-, -NH (CH 2 ) t -, -C (O) NH-and -NHC (O) -and t is an integer from 1 to 4.
  • each R 8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e .
  • each R 9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e , or two R 9 taken together are oxo.
  • each R 8 is hydrogen.
  • each R 9 is hydrogen.
  • each R 8 and R 9 is hydrogen.
  • E 1 is a bond
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle optionally substituted by one or more R 3 , and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • E 1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, and Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted by one or more R 3 , and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • E 1 is selected from the group consisting of -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, and Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted by one or more R 3 , and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R 4 , and optionally further substituted with one or more R 3 . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R 3 , and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl substituted with R 4 , and optionally further substituted with one or more R 3 .
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl substituted with R 3 , and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R 3 , wherein R 3 is C 1 -C 6 alkyl optionally further substituted with R 17A .
  • each R 17A is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl substituted with R 3 , wherein R 3 is C 1 -C 6 alkyl optionally further substituted with R 17A .
  • each R 17A is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R 4 , wherein R 4 is independently selected from the group consisting of C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, and E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, and each said C 6 -C 10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted with one or more R 18 .
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, OR c , andN (R c ) 2 .
  • R 18 is halogen, preferably fluoro.
  • R 18 is C 1 -C 6 alkyl, preferably methyl.
  • R 18 is C 1 -C 6 heteroalkyl, preferably hydroxymethyl.
  • E 3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH 2 ) y -NH-, -NH- (CH 2 ) y and - (CH 2 ) z -.
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R 4 , wherein R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R 17B .
  • R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl substituted with R 4 , wherein R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R 17B .
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl substituted with R 4 , wherein R 4 is independently selected from the group consisting of C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, and E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, and each said C 6 -C 10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted with one or more R 18 .
  • each R 17A and R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e .
  • each R 17A is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • each R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c andN (R c ) 2 .
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, C 1 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, C 1 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycl
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, OR c , N (R c ) 2 , C 1 -C 6 alkyl, and C 1 -C 6 heteroalkyl.
  • R 18 is halogen, preferably fluoro.
  • R 18 is C 1 -C 6 alkyl.
  • R 18 is C 1 -C 6 heteroalkyl.
  • E 1 is a bond
  • Y 3 is N
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle comprising Y 3 , optionally substituted with one or more R 3 and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • Q 1 is selected from the group consisting of:
  • E 1 is a bond.
  • Q 1 is selected from the group consisting of:
  • E 1 is -N (R 8 ) -
  • Y 3 is C (R 3 )
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y 3 , optionally substituted with one or more R 3 and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • R 8 is hydrogen and R 3 is hydrogen.
  • E 1 is -N (R 8 ) -
  • Q 1 is a C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle optionally substituted by one or more R 3 and optionally further substituted with one or more R 4 .
  • Q 1 is selected from the group consisting of:
  • E 1 is -N (R 8 ) -, preferably -NH-.
  • E 1 is a bond, -NH-or -NHCH 2 -;
  • Q 1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R 4 , and optionally further substituted with one or more R 3 .
  • r is an integer from 0 to 4. In some embodiments, r is an integer from 0 to 1. In compounds of Formula (II) , s is an integer from 0 to 2. In some embodiments, s is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , r is 0 (i.e., R 3 is absent) . In some embodiments of Formula (II) , r is 1 (i.e., R 3 is present) . In some embodiments of Formula (II) , s is 0 (i.e., R 4 is absent) . In some embodiments of Formula (II) , s is 1 (i.e., R 4 is present) .
  • r is 0 (i.e., R 3 is absent) and s is 1 (i.e., R 4 is present) .
  • r is an integer 1 and s is an integer from 0 to 1.
  • s is an integer 1 and r is an integer from 0 to 1.
  • r is an integer 1 and s is an integer 0.
  • each R 3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 16 , SR 16 , N (R 16 ) 2 , C (O) R 16 , OC (O) R 16 , C (O) OR 16 , C (O) N (R 16 ) 2 , N (R 16 ) C (O) R 16 , C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R 17A .
  • each R 16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each R 16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and C 1 -C 4 fluoroalkyl.
  • each R 4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, C 3 -C 6 cycloalkyl, 3-to 6-membere
  • each R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and - (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , wherein each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R 17B .
  • each R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • each R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R 17B .
  • R 4 is C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) .
  • R 4 is N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) .
  • each R 4 is independently selected from the group consisting of C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, and E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, wherein each said C 6 -C 10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 18 .
  • R 4 is C 6 -C 10 aryl or E 3 -C 6 -C 10 aryl, wherein each said C 6 -C 10 aryl is optionally substituted with one or more R 18 .
  • R 4 is 5-to 10-membered heteroaryl or E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, wherein each said 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R 18 .
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, C 1 -C 6 alkyl, OR c , andN (R c ) 2 .
  • R 18 is halogen or C 1 -C 6 alkyl.
  • R 18 is halogen, preferably fluoro.
  • R 18 is C 1 -C 6 alkyl, preferably methyl.
  • R 18 is C 1 -C 6 heteroalkyl, preferably hydroxymethyl
  • each R 4 is independently selected from the group consisting of C 3 -C 6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E 3 -C 3 -C 6 cycloalkyl, and E 3 -3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 19 .
  • R 4 is C 3 -C 6 cycloalkyl or E 3 -C 3 -C 6 cycloalkyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl is optionally substituted with one or more R 19 .
  • R 4 is 3-to 6-membered heterocyclyl or E 3 -3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 19 .
  • each R 19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d .
  • each R 19 is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • each E 3 is independently selected from the group consisting of -N (R 20 ) -, - (C (R 21 ) 2 ) y -N (R 20 ) -, -N (R 20 ) - (C (R 21 ) 2 ) y -, -O-, - (C (R 21 ) 2 ) y -O-, -O- (C (R 21 ) 2 ) y -, and - (C (R 21 ) 2 ) z -.
  • E 3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH 2 ) y -NH-, -NH- (CH 2 ) y and - (CH 2 ) z -.
  • Z 1 is L 1 -P, wherein L 1 is a bond or a bivalent chemical linker (e.g., a linker of Formula - (J) x -or Formula (III) ) , and P is a target protein binding moiety.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x -.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula (III) .
  • Z 1 is L 1 -G, wherein L 1 is a bond or a bivalent chemical linker (e.g., a linker of Formula - (J) x -or Formula (III) ) , and G is a reactive functional group.
  • G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester.
  • G is a reactive functional group selected from NH 2 , COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x -.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula (III) .
  • reactive functional group refers to atoms, or associated groups of atoms, that are intended, or may reasonably be expected, to undergo chemical reaction.
  • reactive functional groups include, but are not limited to, moieties comprising: ⁇ , ⁇ -unsaturated amides, ⁇ , ⁇ -unsaturated ketones, ⁇ , ⁇ -unsaturated acids, and ⁇ , ⁇ -unsaturated esters; ⁇ -halo amides, ⁇ -halo ketones, ⁇ -halo acids, and ⁇ -halo esters; protected or unprotected primary or secondary amines; carboxylic acids or derivatives thereof (e.g., carboxylate esters, acyl halides, acid anhydrides, Weinreb amides, activated esters, etc.
  • aldehydes, ketones, imines, or acetals alkyl moieties substituted with halo, hydroxy, alkoxy, amide, ketone, carboxylic acid, carboxylic acid ester, sulfonate ester, boronic acid, boronate ester, etc.; protected or unprotected thiols thioethers, disulfides; halo substituted heteroaryls; azides; nitriles; alkenes or alkynes; epoxides, aziridines, and the like.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker. In some embodiments, L 1 is a bond. In some embodiments, L 1 is a bivalent chemical linker. In some such embodiments, L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x -. In some such embodiments, L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula (III) .
  • each R 25 is hydrogen. In some embodiments, each R 26 is hydrogen. In some such embodiments, each R 25 and R 26 is hydrogen. In some embodiments, x is an integer from 1 to 20. In some embodiments, x is an integer from 1 to 12. In some embodiments, x is an integer from 1 to 10. In some embodiments, x is an integer from 1 to 8. In some embodiments, x is an integer from 1 to 6.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -, wherein each -J-is independently selected from the group consisting of -N (R 25 ) -, -C (R 26 ) 2 -, and -O-; each R 25 and R 26 is hydrogen; and x is an integer from 1 to 20.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -selected from [-C (R 26 ) 2 -] 1-12 or [- (C (R 26 ) 2 ) 2 O-] 1-6 .
  • each R 26 is hydrogen.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -selected from [-CH 2 -] 1-10 or [- (CH 2 ) 2 O-] 1-6 .
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -selected from [-C (R 26 ) 2 -] 1-10 , [- (C (R 26 ) 2 ) 2 O-] 1-6 , C 3 -C 11 cycloalkyl, 3-to 11-membered heterocyclyl, [-C (R 26 ) 2 -] 1-6 -C 3 -C 11 cycloalkyl, [-C (R 26 ) 2 -] 1-6 -3-to 11-membered heterocyclyl, C 3 -C 11 cycloalkyl- [-C (R 26 ) 2 -] 1-6 , 3-to 11-membered heterocyclyl- [-C (R 26 ) 2 -] 1-6 , [-C (R 26 ) 2 -] 1-6 -C 3 -C 11 cycloalkyl- [- C (R 26 )
  • each R 26 is hydrogen.
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -selected from [-CH 2 -] 1-10 , [- (CH 2 ) 2 O-] 1-6 , C 3 -C 11 cycloalkyl, 3-to 11-membered heterocyclyl, [-CH 2 -] 1-6 -C 3 -C 11 cycloalkyl, [-CH 2 -] 1-6 -3-to 11-membered heterocyclyl, C 3 -C 11 cycloalkyl- [-CH 2 -] 1-6 , 3-to 11-membered heterocyclyl- [-CH 2 -] 1-6 , [-CH 2 -] 1-6 -C 3 -C 11 cycloalkyl- [-CH 2 -] 1-6 or [-CH 2 -] 1- 6 -3-to 11-membered heterocyclyl- [-CH 2 -] 1- 6 -3-to 11-member
  • L 1 is an optionally substituted C 1 -C 20 alkylene or 1-to 20-membered heteroalkylene linker (i.e., a C 1 -C 20 alkylene moiety wherein 1-5 carbon atoms have been replaced by O, NH, N (C 1 -C 4 alkyl) , S (O) , S (O) 2 or C (O) moieties) , provided no two O atoms are contiguous.
  • L 1 is an optionally substituted C 1 -C 12 alkylene or 1-to 12-membered heteroalkylene linker.
  • L 1 is an optionally substituted C 1 -C 10 alkylene or 1-to 10-membered heteroalkylene linker. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L 1 is an optionally substituted C 1 -C 8 alkylene or 1-to 8-membered heteroalkylene linker. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L 1 is an optionally substituted C 1 -C 6 alkylene or 1-to 6-membered heteroalkylene linker.
  • one or more groups -J-of - (J) x - are sequentially arranged in a pattern of repeating polyethylene glycol (PEG) units comprising - (CH 2 ) (CH 2 ) (O) -.
  • PEG polyethylene glycol
  • one or more -J-of - (J) x - are sequentially arranged in a pattern of alternating polyethylene glycol (PEG) units comprising – (CH 2 ) (CH 2 ) (O) -and carboxamide units comprising -C (O) -N (R 25 ) -.
  • PEG polyethylene glycol
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting group.
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting group; or Z 2 is absent when Y 1 is O.
  • Z 1 is Z 2 , wherein: Z 2 is hydrogen or C 1 -C 4 alkyl when bound to a ring carbon atom; or Z 2 is hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, or an amine protecting group when bound to a ring nitrogen atom.
  • Z 1 is Z 2 , wherein: Z 2 is hydrogen or C 1 -C 4 alkyl when Y 1 is C (R 6 ) ; Z 2 is hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, or an amine protecting group when Y 1 is N; or Z 2 is absent when Y 1 is O, with the proviso that the compound is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  • compositions comprising a compound of Formula (I) or Formula (II) , or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable excipient.
  • methods of treatment comprising administering a compound of Formula (I) or Formula (II) , or a pharmaceutically acceptable salt or pharmaceutical composition thereof, to a subject in need thereof.
  • compounds of Formula (I) or Formula (II) or pharmaceutically acceptable salts or pharmaceutical compositions thereof, for use in treating a disease or disorder in a subject in need of such treatment.
  • a compound of Formula (I) or Formula (II) or a pharmaceutically acceptable salt or pharmaceutical composition thereof, for treating a disease or disorder in a subject in need of such treatment.
  • a compound of Formula (I) or Formula (II) or a pharmaceutically acceptable salt, for the manufacture of a medicament for treating a disease or disorder.
  • the target protein comprises a transcription factor, CBP, p300, a kinase, a receptor, a tyrosine receptor kinase, TrkA, TrkB, TrkC, a cyclin dependent kinase, CDK4, CDK6, CDK9, a cyclin, or cyclin D, or a combination thereof.
  • the target protein comprises CDK4 or a cyclin D.
  • the target protein comprises CDK4.
  • the target protein comprises cyclin D.
  • the target protein comprises cyclin D3.
  • administering the compound or composition to the cell comprises administering the compound or composition to a subject comprising the cell.
  • Some embodiments relate to a method of treatment, comprising administering an effective amount of the compound or composition to a subject in need thereof.
  • the subject is a human.
  • the subject has cancer.
  • the cancer is breast cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, cervical cancer, uterine cancer, bladder cancer, biliary tract cancer, prostate cancer, lung cancer (e.g., NSCLC, SCLC, squamous cell carcinoma or adenocarcinoma) , bone cancer, central nervous system cancer, oral cancer, esophageal cancer, head and neck cancer, colorectal cancer, kidney cancer, liver cancer, pancreatic cancer, gastric cancer, thyroid cancer, melanoma, or hematopoietic or lymphoid cancer (e.g., lymphoma, myeloma or leukemia) .
  • the in vivo modified or engineered protein may include a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein directly bound to a ligand at a binding region of the DCAF1 protein, wherein the ligand comprises a compound of Formula (I) or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
  • the binding region comprises a WD40 domain.
  • the binding region on the DCAF1 protein comprises one or more of the following DCAF1 residues: THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329 or PHE1355.
  • the ligand binds the DCAF1 protein non-covalently. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein covalently.
  • the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd ⁇ 40 ⁇ M. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd > 40 and ⁇ 70 ⁇ M. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd > 70 and ⁇ 100 ⁇ M. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd > 100 ⁇ M.
  • the in vivo modified or engineered protein may include a DCAF1 protein comprising a non-naturally occurring covalent modification at a cysteine of the DCAF1.
  • the DCAF1 comprises an amino acid sequence at least 80%identical to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF1 comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1.
  • the covalent modification is at cysteine 1227 with regard to SEQ ID NO: 1.
  • the covalent modification is at cysteine 1113 with regard to SEQ ID NO: 1.
  • the covalent modification is formed by a Michael addition reaction.
  • FIG. 1 shows a docking model of an exemplary compound bound to a binding region of a DCAF1 protein.
  • FIG. 2 shows Surface Plasmon Resonance (SPR) binding data of compounds B-072, B-124 and B-151 to purified DCAF1 (1058-1396) .
  • FIG. 3 shows mass spectroscopic analysis of covalent binders B-007, B-008, B-020, B-092, B-099 and B-103 to purified DCAF1 (1058-1396) .
  • FIG. 4 shows example data confirming CDK4 protein levels were reduced in MOLT-4 cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
  • FIG. 5A-5B show example data confirming BRD4 protein levels were reduced in MV4; 11 cells in a concentration-dependent and time-dependent manners by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
  • FIG. 6 shows example data confirming cell viabilities of MV4; 11 cells were suppressed in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds targeting BRD4, in accordance with some embodiments.
  • FIG. 7A-7B show example data confirming cyclin D1 and CDK4 protein levels were reduced in T47D (A) or Calu-1 (B) cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
  • FIG. 8 shows example data confirming cyclin D1 and CDK4 protein levels were reduced in T47D cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
  • FIG. 9 shows example data confirming cyclin D1 and CDK4 protein levels were reduced in MDA-MB-157 cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
  • DCAF1 DDB1-and CUL4-associated factor 1
  • the DCAF1 protein may be a mammalian DCAF1 protein.
  • the DCAF1 protein may be a human DCAF1 protein.
  • the DCAF1 protein may be encoded by a DCAF1 gene such as NCBI Gene ID: 9730 (updated on January 29, 2021) .
  • the DCAF1 protein may include an amino acid sequence.
  • An example of a DCAF1 amino acid sequence is included at UniProt ref. Q9Y4B6 (sequence last modified May 15, 2007) .
  • the DCAF1 protein contains 1507 amino acids, or has a mass of 169 kDa.
  • the DCAF1 comprises any aspect described at UniProt. org under accession no. Q9Y4B6 (last modified February 23, 2022) .
  • DCAF1 comprises the following amino acid sequence: MTTVVVHVDS KAELTTLLEQ WEKEHGSGQD MVPILTRMSQ LIEKETEEYRKGDPDPFDDR HPGRADPECM LGHLLRILFK NDDFMNALVN AYVMTSREPPLNTAACRLLL DIMPGLETAV VFQEKEGIVE NLFKWAREAD QPLRTYSTGL LGGAMENQDI AANYRDENSQ LVAIVLRRLR ELQLQEVALR QENKRPSPRK LSSEPLLPLD EEAVDMDYGD MAVDVVDGDQ EEASGDMEIS FHLDSGHKTS SRVNSTTKPE DGGLKKNKSA KQGDRENFRK AKQKLGFSSS DPDRMFVELSNSSWSEMSPW VIGTNYTLYP MTPAIEQRL
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 70%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 80%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 90%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 91%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 92%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 93%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 94%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 95%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 96%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 97%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 98%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.1%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.2%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.3%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.5%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.6%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.7%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.8%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 70%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 80%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 90%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 91%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 92%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 93%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 94%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 95%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 96%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 97%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 98%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.1%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.2%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.3%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.4%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.5%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.6%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.7%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.8%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.9%identical to SEQ ID NO: 1.
  • the modified protein comprises an in vivo modified protein.
  • the modified protein comprises an in vitro modified protein.
  • the modified protein comprises a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein.
  • DCAF1 DDB1-and CUL4-associated factor 1
  • the modified protein comprises an in vivo modified DCAF1 protein.
  • the DCAF1 protein is bound to a compound described herein.
  • the DCAF1 protein is directly bound to the compound.
  • the DCAF1 protein is bound to a ligand.
  • the ligand may be a compound described herein, for example a compound of any of Tables 1-5 or Formula (I) or Formula (II) .
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound is covalent. In some embodiments, the modified protein may be used in a method described herein. In some embodiments, the ligand is bound to a DCAF1 fragment. In some embodiments, the ligand is bound to a full-length DCAF1 protein.
  • the ligand-protein complex comprises a DCAF1 protein.
  • the DCAF1 protein is bound to a ligand.
  • the ligand may be a compound described herein, for example a compound of Tables 1-5, or Formula (I) or Formula (II) .
  • the DCAF1 protein is directly bound to the compound.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound is non-covalent.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound is covalent.
  • the ligand-protein complex may be formed in vivo.
  • the ligand-protein complex may be formed in vitro.
  • the ligand-protein complex may be used in a method described herein.
  • the ligand is bound to a DCAF1 fragment.
  • the ligand is bound to a full-length DCAF1 protein.
  • modified proteins or ligand-protein complexes that include a compound described herein bound to a DCAF1 protein.
  • the DCAF1 protein comprises a binding region.
  • the compound is bound to the binding region of the DCAF1 protein.
  • the binding region comprises a WD40 domain.
  • a DCAF1 fragment comprises a WD40 domain.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises an alanine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises an arginine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a cysteine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a histidine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a lysine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a proline. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a threonine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a tyrosine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a valine.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more amino acids after amino acid position 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, or 1500 of the DCAF1 protein. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more amino acids before amino acid position 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, or 1500 of the DCAF1 protein. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more amino acids between amino acid positions 1095 and 1355 of the DCAF1 protein.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more of the following DCAF1 residues: THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329 or PHE1355.
  • the binding region may include THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329, or PHE1355.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises THR1097.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises ALA1137.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises THR1139.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises HIS1140.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises THR1155.
  • the binding region of the DCAF1 protein comprises HIS1180. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises TYR1181. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ARG1225. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises CYS1227. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ILE1262. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises VAL1265. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ARG1298. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises VAL1299. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises VAL1300. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises LYS1327. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises PRO1329. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises PHE1355.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises one or more of a salt-bridge, a hydrogen bond, a stereoelectronic interaction, and a dispersion contact. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a salt-bridge. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises one or more hydrogen bonds. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a stereoelectronic interaction. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a dispersion contact.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with an equilibrium dissociation constant (K d ) below 1500 ⁇ M, a K d below 1250 ⁇ M, a K d below 1000 ⁇ M, a K d below 750 ⁇ M, a K d below 500 ⁇ M, a K d below 450 ⁇ M, a K d below 400 ⁇ M, a K d below 350 ⁇ M, a K d below 300 ⁇ M, a K d below 250 ⁇ M, a K d below 200 ⁇ M, a K d below 150 ⁇ M, a K d below 100 ⁇ M, a K d below 90 ⁇ M, a K d below 80 ⁇ M, a K d below 70 ⁇ M, a K d below 60 ⁇ M, below 50 ⁇ M, a K d below 45 ⁇ M, a K d below 40 ⁇ M, a K d below
  • the K d is 100 ⁇ M or less. In some embodiments, the K d is 70 ⁇ M or less. In some embodiments, the K d is 40 ⁇ M or less. In some embodiments, the K d is about 100 ⁇ M or less. In some embodiments, the K d is about 70 ⁇ M or less. In some embodiments, the K d is about 40 ⁇ M or less.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a K d above 1250 ⁇ M, a K d above 1000 ⁇ M, a K d above 750 ⁇ M, a K d above 500 ⁇ M, a K d above 450 ⁇ M, a K d above 400 ⁇ M, a K d above 350 ⁇ M, a K d above 300 ⁇ M, a K d above 250 ⁇ M, a K d above 200 ⁇ M, a K d above 150 ⁇ M, a K d above 100 ⁇ M, a K d above 90 ⁇ M, a K d above 80 ⁇ M, a K d above 70 ⁇ M, a K d above 60 ⁇ M, above 50 ⁇ M, a K d above 45 ⁇ M, a K d above 40 ⁇ M, a K d above 35 ⁇ M, a K d above 30 ⁇ M, a binding affinity with
  • the K d is greater than 100. In some embodiments, the K d is greater than 70. In some embodiments, the K d is greater than 40. In some embodiments, the K d is greater than about 100. In some embodiments, the K d is greater than about 70. In some embodiments, the K d is greater than about 40.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a K d ⁇ 40 ⁇ M, a K d > 40 and ⁇ 70 ⁇ M, a K d > 70 and ⁇ 100 ⁇ M, or a K d > 100 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a K d ⁇ 40 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a K d > 40 and ⁇ 70 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a K d > 70 and ⁇ 100 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a K d > 100 ⁇ M.
  • the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring modification. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification. In some embodiments, the in vivo engineered protein is DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at a cysteine of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at an amino acid of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at more than one amino acid of DCAF1.
  • the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at a cysteine (CYS) of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at more than one CYS of DCAF1.
  • the DCAF1 comprises the amino acids of SEQ ID NO: 1.
  • the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1113 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1227 with regard to SEQ ID NO: 1.
  • the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1227 or CYS1113 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and an amino acid of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and more than one amino acid of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and a CYS of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and more than one CYS of DCAF1.
  • the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1227 or CYS1113 with regard to SEQ ID NO: 1.
  • a sulfur atom at the CYS residue undergoes the Michael reaction with a double bond of the compound.
  • the sulfur atom of the CYS residue is a Michael donor.
  • the compound is a Michael acceptor.
  • the compound is an exogenous Michael acceptor.
  • the compound may be or include a DCAF1 ligand.
  • the compound may comprise a DCAF1 binding moiety.
  • the compound may comprise a linker.
  • the compound may comprise a target protein binding moiety.
  • the ligand may be a heterobifunctional compound.
  • the heterobifunctional compound may comprise a DCAF1 binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety.
  • the compound may comprise a ligand.
  • the ligand may comprise a DCAF1 binding moiety.
  • the ligand may comprise a linker.
  • the ligand may comprise a target protein binding moiety.
  • the DCAF1 binding moiety may be connected via the linker to the target protein binding moiety.
  • the ligand may be a heterobifunctional compound.
  • the heterobifunctional compound may comprise a DCAF1 binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety.
  • the ligand may include a small molecule.
  • An example of a small molecule is an organic compound having a molecular weight of less than 900 daltons.
  • the ligand may have a molecular weight below 2500 daltons, below 2250 daltons, below 2000 daltons, below 1750 daltons, below 1500 daltons, or below 1250 daltons.
  • the ligand may have a molecular weight below 1000 daltons, below 900 daltons, below 800 daltons, below 700 daltons, below 600 daltons, or below 500 daltons.
  • the ligand may have a molecular weight greater than 2500 daltons, greater than 2250 daltons, greater than 2000 daltons, greater than 1750 daltons, greater than 1500 daltons, or greater than 1250 daltons.
  • the ligand may have a molecular weight greater than 1000 daltons, greater than 900 daltons, greater than 800 daltons, greater than 700 daltons, greater than 600 daltons, or greater than 500 daltons.
  • ⁇ are compounds for use in a method such as a method of treatment. Some embodiments include a compound for use in a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein or a target protein. The compound may be or include a compound described herein. Some embodiments include a method of making a compound disclosed herein.
  • administering the compound or composition to a cell comprises administering the compound or composition to a subject comprising the cell.
  • Some embodiments relate to a method of treatment, comprising administering an effective amount of the compound or composition to a subject in need thereof.
  • the subject is a human.
  • the subject has cancer.
  • Described herein are compounds comprising a DCAF binding moiety. Some such compounds may be useful as an antiviral drug, as a DCAF1 protein level or function modulator, as part of a molecular glue, or as part of a targeted protein degrader. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is included as part of a heterobifunctional compound.
  • the DCAF1 binding moiety binds to a DCAF1 protein.
  • the DCAF1 binding moiety is bound to a DCAF1 protein.
  • the compound binds to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety.
  • the compound is bound to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety.
  • a DCAF binding moiety comprises a compound of Formula (I) without including the linker or target protein binding moiety of Formula (I) .
  • a DCAF binding moiety is included in a compound of Formula (I) .
  • the compound or the DCAF1 binding moiety does not inhibit DCAF1 function.
  • a DCAF1 binding moiety is a small molecule.
  • the binding moiety comprises a compound of Table 1.
  • the compounds in Table 1 may be used as DCAF1 binders on their own or may be included in another compound as a DCAF1 binding moiety.
  • the compounds in Table 1 may be included as part of a heterobifunctional molecule that includes a DCAF1 binding moiety linked to a target protein binding moiety.
  • analogs of the DCAF1 binding moieties in Table 1 that permit further modification, e.g., as a point of attachment to a linker and/or a protein binding moiety.
  • Representative analogs of the DCAF1 binders in Table 1 include compounds wherein (a) a morpholino moiety is replaced by a piperazine (which can serve as a point of attachment to a linker) , or another suitable cycloalkyl or heterocyclyl ring; (b) a carboxamide moiety is modified to install a linker (e.g., C (O) NHMe is replaced by (e.g., C (O) NH-linker-) ; or (c) an alkyl, halo or OH moiety is modified to install a linker; which in each case may serve as the site of attachment to Z 1 (e.g., L 1 -P or L 1 -G) .
  • a linker e.g., C (O) NHMe is replaced by (e.g., C (O) NH-linker-)
  • an alkyl, halo or OH moiety is modified to install a linker; which in each case may serve
  • a DCAF1 binding moiety shown in Table 2 may be used as DCAF1 binders on their own or may be included in another compound as a DCAF1 binding moiety.
  • the compounds in Table 2 may be included as part of a heterobifunctional molecule that includes a DCAF1 binding moiety linked to a target protein binding moiety.
  • a compound of Table 2 is capped with a capping group to simulate a linker.
  • capping group comprises a substituted amino group.
  • a capping group comprises an N-alkyl or N-dialkyl group, an acetamide, an alkyl or haloalkyl group, a lactam, an aminofuran, or an aminopyran group.
  • capping groups are used to approximate the effect on activity from a similar linker.
  • the compounds of Table 1 may also include a capping group.
  • analogs of the DCAF1 binding moieties in Table 2 that permit further modification, e.g., as a point of attachment to a linker and/or a protein binding moiety.
  • Representative analogs of the DCAF1 binders in Table 2 include compounds wherein (a) a morpholino moiety is replaced by a piperazine analog (wherein the additional nitrogen atom can serve as a point of attachment) ; (b) a carboxamide moiety is modified to install a linker; or (c) an alkyl, halo or OH moiety is modified to install a linker; which in each case may serve as the site of attachment to L 1 -P or L 1 -G.
  • ligands comprising a DCAF1 binding moiety that binds or is bound to a DCAF1 protein.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with an equilibrium dissociation constant (Kd) below 100 ⁇ M, a Kd below 90 ⁇ M, a Kd below 80 ⁇ M, a Kd below 70 ⁇ M, a Kd below 60 ⁇ M, below 50 ⁇ M, a Kd below 45 ⁇ M, a Kd below 40 ⁇ M, a Kd below 35 ⁇ M, a Kd below 30 ⁇ M, a Kd below 25 ⁇ M, a Kd below 20 ⁇ M, a Kd below 15 ⁇ M, a Kd below 14 ⁇ M, a Kd below 13 ⁇ M, a Kd below 12 ⁇ M, a Kd below 11 ⁇ M, a Kd below 10 ⁇ M, a Kd below 9 ⁇
  • Kd equilibrium dissociation constant
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd value of about 100 ⁇ M, about 90 ⁇ M, about 80 ⁇ M, about 70 ⁇ M, about 60 ⁇ M, about 50 ⁇ M, about 45 ⁇ M, about 40 ⁇ M, about 35 ⁇ M, about 30 ⁇ M, about 25 ⁇ M, about 20 ⁇ M, about 15 ⁇ M, about 14 ⁇ M, about 13 ⁇ M, about 12 ⁇ M, about 11 ⁇ M, about 10 ⁇ M, about 9 ⁇ M, about 8 ⁇ M, about 7 ⁇ M, about 6 ⁇ M, about 5 ⁇ M, about 4 ⁇ M, about 3 ⁇ M, about 2 ⁇ M, or about 1 ⁇ M, or a range of Kd values defined by any two of the aforementioned Kd values.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd value of 100 ⁇ M, 90 ⁇ M, 80 ⁇ M, 70 ⁇ M, 60 ⁇ M, 50 ⁇ M, 45 ⁇ M, 40 ⁇ M, 35 ⁇ M, 30 ⁇ M, 25 ⁇ M, 20 ⁇ M, 15 ⁇ M, 14 ⁇ M, 13 ⁇ M, 12 ⁇ M, 11 ⁇ M, 10 ⁇ M, 9 ⁇ M, 8 ⁇ M, 7 ⁇ M, 6 ⁇ M, 5 ⁇ M, 4 ⁇ M, 3 ⁇ M, 2 ⁇ M, or 1 ⁇ M, or a range of Kd values defined by any two of the aforementioned Kd values.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 100 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 90 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 80 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 70 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 60 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 50 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 45 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 40 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 35 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 30 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 25 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 20 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 15 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 14 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 13 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 12 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 11 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 10 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 9 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 8 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 7 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 6 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 5 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 4 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 3 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 2 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 1 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 100 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 90 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 80 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 70 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 60 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 50 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 45 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 40 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 35 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 30 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 25 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 20 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 15 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 14 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 13 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 12 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 11 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 10 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 9 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 8 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 7 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 6 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 5 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 4 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 3 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 2 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 1 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd ⁇ 20 ⁇ M, a Kd from 20-100 ⁇ M, or a Kd > 100 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd ⁇ 20 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd from 20-100 ⁇ M. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd > 100 ⁇ M.
  • the binding between the DCAF1 binding moiety and DCAF1 is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and DCAF1 is covalent.
  • the linker is terminated with a reactive functional group (e.g., NH 2 , COOH, halogen, OH, OMs, OTs, or the like) which can serve as a point for further modification of the linker or attachment to a protein binding moiety.
  • a compound comprising an aspect of a molecule shown in Table 3 is bound to DCAF1 via the DCAF1 binding moiety.
  • the linker is covalently connected to a DCAF1 binding moiety described herein.
  • the linker is covalently connected to a target protein binding moiety described herein.
  • the linker is covalently connected to a DCAF1 binding moiety and to a target protein binding moiety.
  • the linker is incorporated into a ligand described herein.
  • each of the linkers described in this section may be included in a compound of Formula (I) or Formula (II) (i.e., as the linker L 1 ) , or Formula (X) (i.e., as the linker L 2 ) .
  • a linker is a bond.
  • a linker includes more than a bond.
  • the linker comprises optionally substituted polyethylene glycol (PEG) .
  • the linker comprises an optionally substituted alkyl chain.
  • the linker is a straight chain alkane.
  • the linker comprises optionally substituted C 2 -C 30 , C 2 -C 25 , C 3 -C 25 , C 4 -C 10 , C 6 -C 12 , C 6 -C 18 , or C 4 -C 20 alkyl units.
  • the linker comprises an optionally substituted carbocycle ring.
  • the linker comprises an optionally substituted heterocycle ring. In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted aryl ring. In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted heteroaryl ring. In some embodiments, the linker comprises one or more ethers. In some embodiments, the linker comprises a C 2 -C 30 , C 2 -C 25 , C 3 -C 25 , C 4 -C 10 , C 6 -C 12 , C 6 -C 18 , or C 4 -C 20 alkylether units.
  • the PEG is optionally substituted 1-5, 2-7, 2-10, 2-20, 5-25, or 4-30 - (O-CH 2 CH 2 ) -units in length.
  • the linker comprises amines.
  • the linker comprises a C 2 -C 30 , C 2 -C 25 , C 3 -C 25 , C 4 -C 10 , C 6 -C 12 , C 6 -C 18 , or C 4 -C 20 alkylamino units.
  • the linker comprises optionally substituted 1-5, 2-7, 2-10, 2-20, 5-25, or 4-30 - (NH-CH 2 CH 2 ) -units.
  • the linker comprises amides. In some embodiments, the linker comprises sulfonamides. In some embodiments, the linker comprises carbamides. In some embodiments, the linker comprises carbamates. In some embodiments, the linker comprises carbonates. In some embodiments, a compound comprises a DCAF1 binding moiety, a linker, and/or a target protein binding moiety.
  • the linker e.g., L 1 or L 2
  • the linker is a bivalent moiety of Formula (III) :
  • U, W 1 , W 2 , and V are bivalent moieties independently selected from the group consisting of null, R’-R”, R’COR”, R’CO 2 R”, R’C (O) N (R x ) R”, R’C (S) N (R x ) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (R x ) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO 2 R”, R’SO 2 N (R x ) R”, R’N (R x ) R”, R’N (R x ) COR”, R’N (R x ) C (O) OR”, R’N (R x ) CON (R y ) R”, R’N (R x ) C (S) R”, R’N (R x ) S (O) R”, R’N (R x ) 2 R”, R’N (R x ) S (O) 2 R”, R’N (R
  • R’and R are independently selected from null, R r , optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r (preferably, CH 2 -R r ) , optionally substituted R r - (C 1 -C 8 alkylene) , optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r - (C 1 -C 8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkylene, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyC 1 -C 8 alkylene,
  • R r at each occurrence, is selected from optionally substituted C 3 -C 13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
  • R x and R y are independently selected from the group consisting of hydrogen, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 3 -C 13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
  • j is an integer from 0 to 15.
  • the linker of Formula (III) may be included as L 1 in a compound of Formula (I) or Formula (II) .
  • the linker of Formula (III) may be included as L 2 in a compound of Formula (X) .
  • U is (CH 2 ) 0-12
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is null
  • V is null.
  • U is (CH 2 ) 0-12 N (R x )
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is null
  • V is null .
  • U is (CH 2 ) 0-12 C (O) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is null, and V is null.
  • U is (CH 2 ) 0-12 OC (O) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is null, and V is null .
  • U is (CH 2 ) 0- 12 N (R x ) C (O)
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is null
  • V is null
  • U is (CH 2 ) 0-12 C (O) O
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is null
  • V is null.
  • linker of Formula (III) U is (CH 2 ) 0-12 C (O) N (R x ) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is null, and V is null.
  • j is an integer from 0 to 10. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 2 to 7. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 5 to10.
  • U is (CH 2 ) 0-12
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is O
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 N (R x )
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is O
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0- 12 C (O) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is O, and V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 OC (O) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is O, and V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 N (R x ) C (O)
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is O
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 C (O) O
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is O
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • linker of Formula (III) U is (CH 2 ) 0-12 C (O) N (R x ) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is O, and V is C 1 -C 8 alkylene .
  • j is an integer from 0 to 12. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 2 to 7. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 5 to 12.
  • U is (CH 2 ) 0-12
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is N (R y )
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 N (R x )
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is N (R y )
  • V is C 1 -C 8 alkylene .
  • U is (CH 2 ) 0-12 C (O)
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is N (R y )
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 OC (O)
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is N (R y )
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 N (R x ) C (O)
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is N (R y )
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • U is (CH 2 ) 0-12 C (O) O
  • W 1 at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene
  • W 2 is N (R y )
  • V is C 1 -C 8 alkylene.
  • linker of Formula (III) U is (CH 2 ) 0- 12 C (O) N (R x ) , W 1 , at each occurrence, is independently selected from C 1 -C 8 alkylene, W 2 is N (R y ) , and V is C 1 -C 8 alkylene.
  • j is an integer from 0 to 12. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 2 to 7. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 5 to 12.
  • the linker is of Formula (IIIa) :
  • R s , R t , R u and R v are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxy, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylamino, and optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered
  • R s and R t or R u and R v , together with the atom to which they are connected optionally form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
  • U, W, and V at each occurrence, are independently selected from null, or bivalent moiety selected from R’-R”, R’COR”, R’CO 2 R”, R’C (O) N (R x ) R”, R’C (S) N (R x ) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (R x ) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO 2 R”, R’SO 2 N (R x ) R”, R’N (R x ) R”, R’N (R x ) COR”, R’N (R x ) C (O) OR”, R’N (R x ) CON (R y ) R”, R’N (R x ) C (S) R”, R’N (R x ) S (O) R”, R’N (R x ) S (O) 2 R”, R’N (R x ) S (O) 2 N (R y )
  • R’and R are independently selected from null, optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r (preferably, CH 2 -R r ) , optionally substituted R r - (C 1 -C 8 alkylene) , optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r - (C 1 -C 8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkylene, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyC 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 1 -C 8
  • R r at each occurrence, is selected from optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
  • R x and R y are independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; or
  • R’and R”, R x and R y , R’and R x , R’and R y , R” and R x , R” and R 6 together with the atom to which they are connected form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
  • k 0 to 15;
  • l at each occurrence, is 0 to 15;
  • o 0 to 15.
  • the linker is of Formula (IIIb) :
  • R s and R t are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, and optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxy, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxy C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylamino, C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted C 1
  • R s and R t together with the atom to which they are connected form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
  • U and V are independently selected from null, or bivalent moiety selected R’-R”, R’COR”, R’CO 2 R”, R’C (O) N (R x ) R”, R’C (S) N (R x ) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (R x ) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO 2 R”, R’SO 2 N (R x ) R”, R’N (R x ) R”, R’N (R x ) COR”, R’N (R x ) C (O) OR”, R’N (R x ) CON (R y ) R”, R’N (R x ) C (S) R”, R’N (R x ) S (O) R”, R’N (R x ) S (O) 2 R”, R’N (R x ) S (O) 2 N (R y ) R”, optionally
  • R’and R are independently selected from null, optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r (preferably, CH 2 -R r ) , optionally substituted R r - (C 1 -C 8 alkylene) , optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r - (C 1 -C 8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkylene, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyC 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 1 -C 8
  • R s and R t are independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; or
  • R’and R”, R s and R t , R’and R s , R’and R t , R” and R s , R” and R t together with the atom to which they are connected optionally form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
  • each k is 0 to 15;
  • o 0 to 15.
  • the linker is of Formula (IIIc) :
  • X at each occurrence, is selected from O, NH, and NR aa ;
  • R s , R t , R u , R v , R w and R z are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxy, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxy C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylamino, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -
  • U and V are independently selected from null, or bivalent moiety selected from R’-R”, R’COR”, R’CO 2 R”, R’C (O) N (R x ) R”, R’C (S) N (R x ) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (R x ) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO 2 R”, R’SO 2 N (R x ) R”, R’N (R x ) R”, R’N (R x ) COR”, R’N (R x ) C (O) OR”, R’N (R x ) CON (R y ) R”, R’N (R x ) C (S) R”, R’N (R x ) S (O) R”, R’N (R x ) S (O) 2 R”, R’N (R x ) S (O) 2 N (R y ) R”, optionally substituted C 1
  • R’ and R” are independently selected from null, optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r (preferably, CH 2 -R r ) , optionally substituted R r - (C 1 -C 8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkylene, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyC 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 1 -C 8 halo
  • R r at each occurrence, is selected from optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
  • R aa , R x and R y are independently selected from hydrogen, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; or
  • R’ and R” , R x and R y , R’ and R x , R’ and R y , R” and R x , R” and R y together with the atom to which they are connected optionally form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
  • k at each occurrence, is 0 to 15;
  • i at each occurrence, is 0 to 15;
  • l is 0 to 15;
  • o 0 to 15.
  • the linker is of Formula (IIId) :
  • U, W 1 , W 2 , and V are bivalent moieties independently selected from the group consisting of null, R’ -R” , R’ COR” , R’ CO 2 R” , R’ C (O) N (R x ) R” , R’ C (S) N (R x ) R” , R’ OR” , R’ OC (O) R” , R’ OC (O) OR” , R’ OCON (R x ) R” , R’ SR” , R’ SOR” , R’ SO 2 R” , R’ SO 2 N (R x ) R” , R’ N (R x ) R” , R’ N (R x ) COR” , R’ N (R x ) C (O) OR” , R’ N (R x ) CON (R y ) R” , R’ N (R x ) C (S) R” , R’ N N (R x
  • R’ and R” are independently selected from null, R r , optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r (preferably, CH 2 -R r ) , optionally substituted R r - (C 1 -C 8 alkylene) , optionally substituted (C 1 -C 8 alkylene) -R r - (C 1 -C 8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C 1 -C 8 alkylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 alkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenylene, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynylene, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkylene, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyC 1 -C 8 alkylene, optionally substituted
  • R r at each occurrence, is selected from optionally substituted C 3 -C 10 cycloalkyl, optionally substituted 3-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
  • R x and R y are independently selected from the group consisting of hydrogen, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 3 -C 10 cycloalkyl, optionally substituted 3-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
  • the linker of Formula (IIIa) , (IIIb) , (IIIc) , or (IIId) may be included as the bivalent chemical linker L 1 in a compound of Formula (I) or Formula (II) .
  • the linker of Formula (IIIa) , (IIIb) , (IIIc) , or (IIId) may be included as the bivalent chemical linker L 2 in a compound of Formula (X) .
  • U and V are independently selected from null, CO, NH, NH-CO, CO-NH, CH 2 -NH-CO, CH 2 -CO-NH, NH-CO-CH 2 , CO-NH-CH 2 , CH 2 -NH-CH 2 -CO-NH, CH 2 -NH-CH 2 -NH-CO, -CO-NH, CO-NH-CH 2 -NH-CH 2 , CH 2 -NH-CH 2 .
  • the linker comprises a ring selected from the group consisting of a 3 to 13 membered ring, a 3 to 13 membered fused ring, a 3 to 13 membered bridged ring, and a 3 to 13 membered spiro ring.
  • the linker comprises one or more rings selected from the group consisting of Formula (IIIC1a) , Formula (IIIC2a) , Formula (IIIC3a) , Formula (IIIC4a) and Formula (IIIC5a)
  • X’ and Y’ are independently selected from N, CR bb ;
  • a 1 , B 1 , C 1 and D 1 are independently selected from null, O, CO, SO, SO 2 , NR bb , and CR bb R cc ;
  • a 2 , B 2 , C 2 , and D 2 at each occurrence, are independently selected from N, and CR bb ;
  • a 3 , B 3 , C 3 , D 3 , and E 3 at each occurrence, are independently selected from N, O, S, NR bb , and CR bb ;
  • R bb and R cc are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, optionally substituted C 1 -C 8 alkyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 alkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 heteroalkyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkenyl, optionally substituted C 2 -C 8 heteroalkynyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxy, optionally substituted C 1 -C 8 alkoxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 haloalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 hydroxyalkyl, optionally substituted C 1 -C 8 alkylamino, and optionally substituted C 1 -C 8 alkylaminoC 1 -C 8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optional
  • n 1 , o 1 and p 1 are independently selected from 0, 1, 2, 3, 4 and 5.
  • the linker comprises one or more rings selected from the group consisting of Formula (IIIC1) , Formula (IIIC2) , Formula (IIIC3) , Formula (IIIC4) and Formula (IIIC5) :
  • the linker comprises one or more rings selected from:
  • the linker of Formula (IIIC1a) , (IIIC2a) , (IIIC3a) , (IIIC4a) , (IIIC5a) may be included as the linker L 1 of Formula (I) .
  • the linker of Formula (IIIC1a) , (IIIC2a) , (IIIC3a) , (IIIC4a) , (IIIC5a) may be included as the linker L 1 of Formula (II) .
  • the linker of Formula (IIIC1a) , (IIIC2a) , (IIIC3a) , (IIIC4a) , (IIIC5a) may be included as the linker L 2 of Formula (X) .
  • a linker has the structure - (CH 2 ) 1-12 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 ) 1 -, - (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 ) 3 -, - (CH 2 ) 4 -, - (CH 2 ) 5 -, - (CH 2 ) 6 -, - (CH 2 ) 7 -, - (CH 2 ) 8 -, - (CH 2 ) 9 -, - (CH 2 ) 10 -, - (CH 2 ) 11 -, or - (CH 2 ) 12 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 ) 0-12 NH (CH 2 ) 1-12 -.
  • a linker has the structure -NH (CH 2 ) -, -NH (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 ) 3 -, -NH (CH 2 ) 4 -, -NH (CH 2 ) 5 -, -NH (CH 2 ) 6 -, -NH (CH 2 ) 7 -, -NH (CH 2 ) 8 -, -NH (CH 2 ) 9 -, -NH (CH 2 ) 10 -, -NH (CH 2 ) 11 -, or -NH (CH 2 ) 12 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 ) 0-12 (CH 2 CH 2 O) 1-12 (CH 2 ) 0-12 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 CH 2 O) 1-12 (CH 2 ) 0-12 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 CH 2 O) 1-12 (CH 2 ) 2 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 CH 2 O) (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 2 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 3 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 4 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 5 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 6 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 7 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 8 (CH 2 ) 2-, - (CH 2 CH 2 O) 9 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 10 (CH 2 ) 2 -, - (CH 2 CH 2 O) 11 (CH 2 ) 2 -, or - (CH 2 CH 2 O) 12 (CH 2 ) 2 -.
  • a linker has the structure - (CH 2 ) 0-12 NH (CH 2 CH 2 O) 1-12 (CH 2 ) 2 -.
  • a linker has the structure -NH (CH 2 CH 2 O) (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 2 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 3 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 4 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 5 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 6 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 7 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 8 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 9 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 10 (CH 2 ) 2 -, -NH (CH 2 CH 2 O) 11 (CH 2 ) 2 -, or -NH (CH 2 CH 2 O) 12 (CH 2 ) 2 -.
  • a target protein comprises a transcription factor.
  • a target protein comprises an epigenetic modulator.
  • a target protein comprises p300 or CBP (CREB binding protein) .
  • a target protein comprises p300.
  • a target protein comprises CBP.
  • a target protein comprises a bromodomain-containing protein.
  • a target protein comprises bromodomain-containing protein 4 (BRD4) .
  • a target protein comprises a kinase. In some embodiments, a target protein comprises a cyclin-dependent kinase (CDK) . In some embodiments, a target protein comprises cyclin-dependent kinase 4 (CDK4) or cyclin-dependent kinase 6 (CDK6) . In some embodiments, a target protein comprises CDK4. In some embodiments, a target protein comprises CDK6. In some embodiments, a target protein comprises CDK9. In some embodiments, a target protein comprises CDK, CDK1, CDK2, CDK3, CDK4, CDK6, CDK7, CDK8, CDK9, CDK10, CDK11, CDK12, or CDK13.
  • a target protein comprises a tyrosine receptor kinase. In some embodiments, a target protein comprises a tropomyosin receptor kinase (Trk) . In some embodiments, a target protein comprises TrkA. In some embodiments, a target protein comprises TrkB. In some embodiments, a target protein comprises TrkC. In some embodiments, a target protein comprises mitogen-activated protein kinase kinase (MKK or MEK) . In some embodiments, a target protein comprises MEK1. In some embodiments, a target protein comprises MEK2. In some embodiments, the target protein may include a cyclin. In some embodiments, the cyclin is a cyclin D.
  • the cyclin D may include cyclin D1.
  • the cyclin D may include cyclin D2.
  • the cyclin D may include cyclin D3.
  • the heterobifunctional compound degrades the cyclin.
  • Some examples of cyclins include cyclin A, cyclin B, cyclin C, cyclin D, cyclin D1, cyclin D2, cyclin D3, cyclin E, cyclin H, cyclin K, cyclin T, or cyclin T1.
  • the heterobifunctional compound degrades the target protein.
  • target proteins include any one of B7.1, B7, TINFRlm, TNFR2, NADPH oxidase, a partner in an apoptosis pathway, BclIBax, C5a receptor, HMG-CoA reductase, PDE V phosphodiesterase type, PDE IV phosphodiesterase type 4, PDE I, PDEII, PDEIII, squalene cyclase inhibitor, CXCR1, CXCR2, nitric oxide (NO) synthase, cyclo-oxygenase 1, cyclo-oxygenase 2, a receptor, a 5HT receptor, a dopamine receptor, a G-protein (e.g.
  • Gq a histamine receptor, 5-lipoxygenase, tryptase serine protease, thymidylate synthase, purine nucleoside phosphorylase, GAPDH, a trypanosomal protein, glycogen phosphorylase, carbonic anhydrase, a chemokine receptor, JAK, STAT, RXR, RAR, HIV 1 protease, HIV 1 integrase, influenza, neuraminidase, hepatitis B reverse transcriptase, sodium channel, multi drug resistance (MDR) , protein P-glycoprotein, MRP, a tyrosine kinase, CD23, CD124, tyrosine kinase p56 lck, CD4, CD5, IL-2 receptor, IL-1 receptor, TNF-alphaR, ICAM1, a Ca+channel, VCAM, an integrin, a VLA-4 integrin, a selectin, CD40,
  • P2Y1, P2Y2, P2Y4, P2Y6, or P2X1-7) a farnesyltransferase, geranylgeranyl transferase, a Trk, a receptor for NGF, beta-amyloid, tyrosine kinase, Flk-IIKDR, vitronectin receptor, an integrin receptor, Her2 neu, telomerase inhibition, cytosolic phospholipaseA2, EGF receptor tyrosine kinase, ecdysone 20-monooxygenase, ion channel of the GABA gated chloride channel, acetylcholinesterase, voltage-sensitive sodium channel protein, calcium release channel, a chloride channel, acetyl-CoA carboxylase, adenylosuccinate synthase, protoporphyrinogen oxidase, enolpyruvylshikimate-phosphate synthase, an HSP, Hs
  • a target protein comprises a protein associated with a disease state.
  • the target protein may be present or upregulated in the disease state.
  • a target protein comprises a pathogen protein.
  • a target protein comprises a viral protein.
  • a target protein comprises a bacterial protein.
  • Target proteins are numerous in kind and are selected from proteins that are expressed in a cell such that at least a portion of the sequences is found in the cell and may bind to a target protein binding moiety.
  • the term “protein” may include oligopeptides and polypeptide sequences of sufficient length that they can bind to a target protein binding moiety. Any protein in a eukaryotic system or a microbial system, including a virus, bacteria, or fungus, as otherwise described herein, may be a target protein for ubiquitination mediated by the compounds according to the present disclosure.
  • the target protein may be a eukaryotic protein.
  • target proteins may include, for example, structural proteins, receptors, enzymes, cell surface proteins, proteins pertinent to the integrated function of a cell, including proteins involved in catalytic activity, aromatase activity, motor activity, helicase activity, metabolic processes (anabolism and catabolism) , antioxidant activity, proteolysis, biosynthesis, proteins with kinase activity, oxidoreductase activity, transferase activity, hydrolase activity, lyase activity, isomerase activity, ligase activity, enzyme regulator activity, signal transducer activity, structural molecule activity, binding activity (protein, lipid carbohydrate) , receptor activity, cell motility, membrane fusion, cell communication, regulation of biological processes, development, cell differentiation, response to stimulus, behavioral proteins, cell adhesion proteins, proteins involved in cell death, proteins involved in transport (including protein transporter activity, nuclear transport,
  • Proteins of interest can include proteins from eukaryotes and prokaryotes including humans as targets for drug therapy, other animals, including domesticated animals, microbials for the determination of targets for antibiotics and other antimicrobials and plants, and even viruses, among numerous others.
  • a target protein comprises any of Hsp90, a kinase, MDM2, a Human BET Bromodomain-containing protein, an HDAC, a lysine methyltransferase, an angiogenesis protein, an immunomodulatory protein, or aryl hydrocarbon receptor (AHR) .
  • a target protein comprises a heat shock protein (HSP) such as HSP90.
  • HSP heat shock protein
  • a target protein comprises a kinase or a phosphatase.
  • the target protein includes a kinase.
  • the kinase is a tyrosine kinase.
  • the kinase is VEGFR3. In some embodiments, the kinase is an aurora kinase. In some embodiments, the kinase is ALK. In some embodiments, the kinase is JAK2. In some embodiments, the kinase is Alk. In some embodiments, the kinase is Met. In some embodiments, the kinase is Abl. In some embodiments, the kinase is B-Raf or Mek. In some embodiments, a target protein comprises a phosphatase. In some embodiments, the phosphatase is a protein tyrosine phosphatase.
  • the phosphatase includes a SHP-2 domain.
  • a target protein comprises an MDM.
  • the MDM is MDM2.
  • a target protein comprises an HDAC.
  • a target protein comprises a methyltransferase such as a lysine methyltransferase.
  • a target protein comprises an angiogenesis.
  • a target protein comprises an immunomodulatory or immunosuppressive protein.
  • a target protein comprises an aryl hydrocarbon receptor (AHR) .
  • a target protein comprises RAF receptor
  • a target protein comprises FKBP.
  • the target protein comprises estrogen receptor or an androgen receptor. In some embodiments, a target protein comprises an androgen receptor. In some embodiments, a target protein comprises an estrogen receptor. In some embodiments, a target protein comprises a thyroid hormone receptor. In some embodiments, a target protein comprises an HIV protein such as an HIV protease or an HIV integrase. In some embodiments, a target protein comprises an HCV protein such as an HCV protease. In some embodiments, a target protein comprises acyl-protein thioesterase-1 or -2.
  • a ligand described herein may include a target protein binding moiety.
  • the target protein binds to or is bound by a target protein binding moiety.
  • the target protein binding moiety binds to a target protein.
  • the binding of the ligand to the target protein in a cell results in the degradation of the target protein.
  • the ligand may increase ubiquitin mediated target protein degradation, or proteasomal degradation of the target protein.
  • the target protein binding moiety can be any molecule that binds to a target protein.
  • the target protein binding moiety can be any small molecule known to bind to a target protein.
  • Z 1 is L 1 -P
  • P comprises a target protein binding moiety that binds to CBP, p300, TrkA, TrkB, TrkC, CDK4, CDK6, CDK9, or cyclin D, or a combination thereof.
  • DCAF1 binding moiety binds to a DCAF1 protein.
  • the DCAF1 binding moiety is bound to a DCAF1 protein.
  • the compound binds to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety.
  • the compound is bound to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety.
  • the DCAF1 binding moiety is incorporated into a ligand described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is part of a modified protein described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is part of a ligand-protein complex described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is attached to a linker such as a linker described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is covalently connected through the linker to a target protein binding moiety described herein. In some embodiments, the target protein binding moiety is incorporated into a molecular structure or formula disclosed herein. For example, the target protein binding moiety may be included in a compound of Formula (I) . The target protein binding moiety may be included in a compound of Formula (II) .
  • Non-limiting examples of small molecule target protein binding moieties include Hsp90 inhibitors, kinase inhibitors, MDM2 inhibitors, compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins, HDAC inhibitors, human lysine methyltransferase inhibitors, angiogenesis inhibitors, immunosuppressive compounds, and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) , among numerous others.
  • Hsp90 inhibitors kinase inhibitors
  • MDM2 inhibitors compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins
  • HDAC inhibitors human lysine methyltransferase inhibitors
  • angiogenesis inhibitors angiogenesis inhibitors
  • immunosuppressive compounds and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) , among numerous others.
  • the protein binding moiety is a haloalkane (preferably a C 1 -C 10 alkyl group which is substituted with at least one halo group, preferably a halo group at the distal end of the alkyl group (i.e., away from the linker or DCAF1 binding moiety) , which may covalently bind to a dehalogenase enzyme in a patient or subject or in a diagnostic assay.
  • a haloalkane preferably a C 1 -C 10 alkyl group which is substituted with at least one halo group, preferably a halo group at the distal end of the alkyl group (i.e., away from the linker or DCAF1 binding moiety) , which may covalently bind to a dehalogenase enzyme in a patient or subject or in a diagnostic assay.
  • Target protein binding moieties may include any moiety which binds to a protein specifically (e.g. binds to a target protein) and may include the following non-limiting examples of small molecule target protein moieties: Hsp90 inhibitors, kinase inhibitors, MDM2 inhibitors, compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins, HDAC inhibitors, human lysine methyltransferase inhibitors, angiogenesis inhibitors, immunosuppressive compounds, and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) , among numerous others.
  • Compositions described herein exemplify some of the members of these types of small molecule target protein binding moieties.
  • Such small molecule target protein binding moieties also include pharmaceutically acceptable salts, enantiomers, solvates and polymorphs of these compositions, as well as other small molecules that may target a protein of interest. These binding moieties may be linked to a DCAF1 binding moiety through a linker to present a target protein (to which the protein target moiety is bound) in proximity to the ubiquitin ligase for ubiquitination and degradation.
  • the target protein binding moiety includes a haloalkyl group, wherein said alkyl group generally ranges in size from about 1 or 2 carbons to about 12 carbons in length, often about 2 to 10 carbons in length, often about 3 carbons to about 8 carbons in length, more often about 4 carbons to about 6 carbons in length.
  • the haloalkyl groups are generally linear alkyl groups (although branched-chain alkyl groups may also be used) and are end-capped with at least one halogen group, preferably a single halogen group, often a single chloride group.
  • Haloalkyl target protein binding moieties for use in the present disclosure may be represented by the chemical structure– (CH 2 ) v-Halo where v is any integer from 2 to about 12, often about 3 to about 8, more often about 4 to about 6.
  • Halo may be any halogen, but is preferably Cl or Br, more often Cl.
  • the target protein binding moiety is a group, where w is 0 to 3, preferably 1 or 2.
  • This group may bind selectively to a target protein comprising an estrogen receptor and may be useful for treating diseases which are modulated through estrogen receptors, and in particular cancers, such as breast cancer, endometrial cancer, ovarian cancer, and uterine cancer, among others.
  • Target protein binding moieties include, for example, haloalkane halogenase inhibitors, Hsp90 inhibitors, kinase inhibitors, MDM2 inhibitors, compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins, HDAC inhibitors, human lysine methyltransferase inhibitors, angiogenesis inhibitors, immunosuppressive compounds, and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) .
  • Some compositions described below exemplify some of the members of these types of small molecule target protein binding moieties.
  • Such small molecule target protein binding moieties also include pharmaceutically acceptable salts, enantiomers, solvates and polymorphs of these compositions, as well as other small molecules that may target a protein of interest.
  • the target protein binding moiety includes a heat shock protein (HSP; e.g. HSP90) binder or inhibitor.
  • HSP90 inhibitors as used herein include, but are not limited to: N- [4- (3H-imidazo [4, 5-C] pyridin-2-yl) -9H-fluoren-9-yl] -succinamide, 8- [ (2, 4-dimethylphenyl) sulfanyl] -3-pent-4-yn-1-yl-3H-purin-6-amine, 5- [2, 4-dihydroxy-5- (1-methylethyl) phenyl] -N-ethyl-4- [4- (morpholin-4-ylmethyl) phenyl] isoxazole-3-carboxamide, PU3, or (4E, 6Z, 8S, 9S, 10E, 12S, 13R, 14S, 16R) -13-hydroxy-8, 14, 19-trimethoxy-4, 10, 12, 16-tetramethyl-3, 20,
  • N- [4- (3H-imidazo [4, 5-C] pyridin-2-yl) -9H-fluoren-9-yl] -succinamide is attached via its terminal amide group to a linker described herein.
  • 8- [ (2, 4-dimethylphenyl) sulfanyl] -3-pent-4-yn-1-yl-3H-purin-6-amine is attached via its terminal acetylene group to a linker described herein.
  • 5- [2, 4-dihydroxy-5- (1-methylethyl) phenyl] -N-ethyl-4- [4- (morpholin-4-ylmethyl) phenyl] isoxazole-3-carboxamide is attached via its amide group (e.g. at the amine or at the alkyl group on the amine) to a linker described herein.
  • PU3 is attached via its butyl group to a linker described herein.
  • (4E, 6Z, 8S, 9S, 10E, 12S, 13R, 14S, 16R) -13-hydroxy-8, 14, 19-trimethoxy-4, 10, 12, 16-tetramethyl-3, 20, 22-trioxo-2-azabicyclo [16.3.1] or any of its derivatives are attached by an amide group to a linker described herein.
  • the target protein binding moiety includes a kinase inhibitor or a phosphatase inhibitor. In some embodiments, the target protein binding moiety includes a kinase inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a tyrosine kinase inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a VEGFR3 inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an aurora kinase inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an ALK inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a JAK2 inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an Alk inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a Met inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an Abl inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a B-Raf/Mek inhibitor.
  • Non-limiting examples of kinase inhibitors include any one of erlotinib, sunitinib, sorafenib, dasatinib, lapatinib, U09-CX-5279, Y1W, Y1X, 1-ethyl-3- (2- ⁇ [3- (1-methylethyl) [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] pyridin-6-yl] sulfanyl ⁇ benzyl) urea, a 2, 6-naphthyridine, 07U, YCF, XK9, NXP, N- ⁇ 4- [ (1E) -N- (N-hydroxycarbamimidoyl) ethane-hydrazonoyl] phenyl ⁇ -7-nitro-1H-indole-2-carboxamide, afatinib, fostamatinib, gefitinib, lenvatinib, vandetanib, vemur
  • erlotinib is attached via its ether group to a linker described herein.
  • sunitinib is attached via its pyrrole moiety to a linker described herein.
  • sorafenib is attached via its phenyl moiety to a linker described herein.
  • dasatinib is attached via its pyrimidine to a linker described herein.
  • lapatinib is attached via its terminal methyl of its sulfonyl methyl group to a linker described herein.
  • U09-CX-5279 is attached via its amine (aniline) , carboxylic acid or amine alpha to cyclopropyl group, or cyclopropyl group to a linker described herein.
  • 1-ethyl-3- (2- ⁇ [3- (1-methylethyl) [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] pyridin-6-yl] sulfanyl ⁇ benzyl) urea is attached via its propyl group to a linker described herein.
  • Y1W is attached via its propyl or butyl group to a linker described herein.
  • 6TP is attached via a terminal methyl group bound to an amide moiety to a linker described herein.
  • 07U is attached via its secondary amine or terminal amino group to a linker described herein.
  • YCF is attached via either of its terminal hydroxyl groups to a linker described herein.
  • XK9 is attached via its terminal hydroxyl group to a linker described herein.
  • NXP is attached via its terminal hydrazone group (NXP) to a linker described herein.
  • afatinib is attached via its aliphatic amine group to a linker described herein.
  • fostamatinib is attached via its methoxy group to a linker described herein.
  • gefitinib is attached via its methoxy group or its ether group to a linker described herein.
  • lenvatinib is attached via its cyclopropyl group to a linker described herein.
  • vandetanib is attached via its methoxy group or hydroxyl group to a linker described herein.
  • vemurafenib is attached via its sulfonyl propyl group to a linker described herein.
  • imatinib is attached via its amide group or via its aniline amine group to a linker described herein.
  • pazopanib is attached via its phenyl moiety or via its aniline amine group to a linker described herein.
  • AT-9283 is attached via its phenyl moiety to a linker described herein.
  • TAE684 is attached via its phenyl moiety to a linker described herein.
  • nilotinib is attached via its phenyl moiety or via its aniline amine group to a linker described herein.
  • crizotinib is attached via its phenyl moiety or diazole group to a linker described herein. In some embodiments, crizotinib is attached via its phenyl moiety or diazole group to a linker described herein. In some embodiments, JNJ FMX is attached via its phenyl moiety to a linker described herein.
  • the target protein binding moiety includes a phosphatase inhibitor.
  • the phosphatase inhibitor is a protein tyrosine phosphatase inhibitor.
  • the phosphatase inhibitor is an inhibitor of a SHP-2 domain of a tyrosine phosphatase.
  • a non-limiting example of a phosphatase inhibitors includes PTP1B.
  • Non-limiting examples of phosphatase inhibitors are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes an MDM inhibitor.
  • the MDM inhibitor is an MDM2 inhibitor.
  • MDM2 inhibitors include any one of nutlin-3, nutlin-2, nutlin-1, or trans-4-iodo-4'-boranyl-chalcone.
  • nutlin-3, nutlin-2, or nutlin-1 is attached via a methoxy group or hydroxyl group to a linker described herein.
  • trans-4-iodo-4'-boranyl-chalcone is attached via its hydroxyl group to a linker described herein.
  • MDM2 inhibitors are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets a human BET bromodomain-containing protein.
  • the compound that targets a human BET bromodomain-containing protein is a 3, 5-dimethylisoxazole.
  • Non-limiting examples of compounds that target a human BET bromodomain-containing protein are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that inhibits an HDAC.
  • Non-limiting examples of compounds that inhibit an HDAC are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that inhibits a methyltransferase such as a lysine methyltransferase.
  • the methyltransferase is a human lysine methyltransferase.
  • the lysine methyltransferase inhibitor is azacytidine.
  • azacytidine is attached via a hydroxy or amino group to a linker described herein.
  • the lysine methyltransferase inhibitor is decitabine.
  • decitabine is attached via a hydroxy or amino group to a linker described herein.
  • Non-limiting examples of lysine methyltransferase inhibitors are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes an angiogenesis inhibitor.
  • angiogenesis inhibitors include GA-1, estradiol, testosterone, DHT, ovalicin, or fumagillin.
  • the target protein binding moiety includes an immunosuppressive compound.
  • immunosuppressive compounds include AP21998, a glucocorticoid (e.g., hydrocortisone, prednisone, prednisolone, or methylprednisolone) , beclomethasone dipropionate, methotrexate, ciclosporin, tacrolimus, rapamycin, or actinomycin.
  • the glucocorticoid is attached via a hydroxyl to a linker described herein.
  • the beclomethasone dipropionate is attached via a propionate to a linker described herein.
  • methotrexate is attached via either of its terminal hydroxyls to a linker described herein.
  • ciclosporin is attached via a butyl group to a linker described herein.
  • tacrolimus is attached via a methoxy group to a linker described herein.
  • rapamycin is attached via a methoxy group to a linker described herein.
  • actinomycin is attached via an isopropyl group to a linker described herein.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets an aryl hydrocarbon receptor (AHR) .
  • AHR aryl hydrocarbon receptor
  • Non-limiting examples of compounds that target an AHR include apigenin, SR1, or LGC006.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets a RAF receptor.
  • a compound that target a RAF receptor is included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets FKBP.
  • a compound that target FKBP is included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets an androgen receptor.
  • compounds that target an androgen receptor include any one of RU59063, SARM, DHT, MDV3100, ARN-509, a hexahydrobenzisoxazole, or a tetramethylcyclobutane.
  • Non-limiting examples of compounds that target an androgen receptor are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets an estrogen receptor. A non-limiting example of a compound that targets an estrogen receptor is included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets a thyroid hormone receptor.
  • a compound that target a thyroid hormone receptor is included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that inhibits an HIV protease.
  • Non-limiting examples of compounds that inhibit an HIV protease are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that inhibits an HIV integrase.
  • Non-limiting examples of compounds that inhibit an HIV integrase are included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets an HCV protease.
  • a compound that targets an HCV protease is included in Table 4.
  • the target protein binding moiety includes a compound that targets acyl-protein thioesterase-1 and/or -2.
  • a compound that targets acyl-protein thioesterase-1 and/or -2 is included in Table 4.
  • compounds comprising a target protein binding moiety are shown in Table 4.
  • “R” or a wavy line indicates an optional point of attachment to a linker or other molecule such as a DCAF1 binding moiety.
  • heterobifunctional compounds Such compounds may be useful for a variety of purposes, including use as molecular glues or targeted protein degraders for a protein of interest.
  • the heterobifunctional compound may be a small molecule.
  • the heterobifunctional compound may be included in a method of treatment or use as described herein.
  • the heterobifunctional compound may be included in a pharmaceutical composition and administered to a subject.
  • a "subject” refers to a human or non-human animal subject. Examples of subjects include humans and other mammals, such as dogs, cats, cattle, mice, rats, monkeys or other non-human primates. In some preferred embodiments, the subject is a human. Subjects may include, e.g., human or veterinary patients, or human or veterinary subjects participating in clinical trials.
  • treat means to administer a compound, salt or composition, as described herein, to a subject having a disease or disorder, such as cancer, to achieve at least one positive therapeutic effect. Such therapeutic effects may include reversing, relieving, alleviating, or slowing the progression of, or any damage associated with any symptoms of the disease or disorder.
  • treatment refers to the act of treating as “treating” as defined above.
  • a heterobifunctional compound comprising a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) binding moiety as described herein, a linker, and a target protein binding moiety.
  • DCAF1 binding moiety is a natural product.
  • a DCAF1 binding moiety is a synthetic product.
  • the DCAF1 binding moiety binds covalently to DCAF1.
  • the DCAF1 binding moiety binds noncovalently to DCAF1.
  • a target protein binding moiety is configured to bind a target protein.
  • Heterobifunctional compounds of Formula (I) , Formula (II) , or Formula (X) may comprise a DCAF1 binding moiety according to any of the embodiments described herein.
  • Heterobifunctional compounds of Formula (I) , Formula (II) , or Formula (X) may comprise a linker according to any of the embodiments described herein.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of the compounds in Table 1, Table 3 or Table 5, or a salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is a monofunctional intermediate comprising a compound in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof. In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a monofunctional intermediate selected from the compounds in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound comprising a monofunctional intermediate comprising a compound in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof. In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound comprising a monofunctional intermediate selected from the compounds in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound comprising a monofunctional intermediate comprising a compound in Table 2, or an analog or salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound selected from the group consisting of the compounds in Table 5, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises CPD-001, CPD-004, CDP-005, CPD-006, CPD-008, CPD-009, CPD-011, CPD-012, CPD-013, CPD-014, CPD-016, CPD-017, CPD-018, CPD-019, CPD-043, CPD-044, CPD-045, CPD-048, CPD-049, CPD-051, CPD-052, CPD-053, CPD-056, CPD-059, CPD-065, CPD-076, CPD-084, CPD-087, CPD-088, CPD-090, CPD-093, CPD-094, CPD-095, CPD-098, CPD-099, or CPD-105, or an analog or heterobifunctional derivative thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises B-053, B-072, B-074, B-087, B-089, B-108, B-122, B-122, B-123, B-124, B-127, B-130, B-135, B-145, B-148, B-151, B-159, B-164, B-165, B-166, B-172, B-177, B-198, B-202, B-206, or B-210, or an analog or heterobifunctional derivative thereof.
  • analogs are compounds wherein (a) a morpholino moiety has been replaced by a piperazine analog; (b) a carboxamide moiety has been modified to install a linker; or (c) a halo or OH moiety has been modified to install a linker; which in each case can act as the site of attachment to L 1 -P or L 1 -G.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of:
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of: D-079, D-080, D-081, or D-082, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of: D-025, D-028, D-043, D-044, D-046, D-047, or D-048, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of: D-201, D-202, D-203, or D-208, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
  • T 1 is a target protein binding moiety
  • L 2 is a bivalent chemical linker
  • T 2 is a DCAF1 binding moiety.
  • the compound of Formula (X) may comprise a compound of Formula (I) or Formula (II) .
  • the heterobifunctional compound may include a compound of Formula (I) or Formula (II) .
  • the heterobifunctional compound may include a compound of Formula (X) .
  • Each of the embodiments described herein for use as a linker, including for use as the linker L 1 in compounds of Formula (I) or Formula (II) may be suitable for use herein as the linker L 2 in compounds of Formula (X) .
  • target protein binding moiety including as the target protein binding moiety P in compounds of Formula (I) or Formula (II) , may be suitable for use herein as the target protein binding moiety T 1 compounds of Formula (X) .
  • a heterobifunctional compound may include any aspect of a compound shown in Table 5, such as a DCAF1 binding moiety, a linker, a target protein binding moiety, or a combination thereof.
  • the heterobifunctional compounds present in Table 5 are referred to as heterobifunctional compounds.
  • compounds comprising a DCAF1 binding moiety, a linker and a target protein binding moiety are referred to as heterobifunctional compounds.
  • the compounds described herein may be useful for binding DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) , binding and/or degrading target proteins, for inducing subsequent cellular effects, and/or for inhibiting microbes such as a virus or a bacteria.
  • DCAF1 DDB1-and CUL4-associated factor 1
  • the compound is used as an antiviral drug.
  • a compound such as compound comprising a ligand described herein may compete with one or more viral proteins.
  • the compound is used as an antiparasitic drug.
  • the compound is used as a molecular glue, for example, to hold two molecules together such as DCAF1 proteins and/or target proteins.
  • the compound is used as a degrader.
  • a heterobifunctional compound described herein may be used as targeted protein degrader.
  • the compounds used in the chemical reactions described herein may be made according to organic synthesis techniques known to those skilled in this art, starting from commercially available chemicals and/or from compounds described in the chemical literature.
  • “Commercially available chemicals” are obtained from standard commercial sources including Acros Organics (Pittsburgh, PA) , Aldrich Chemical (Milwaukee, WI, including Sigma Chemical and Fluka) , Apin Chemicals Ltd. (Milton Park, UK) , Avocado Research (Lancashire, U.K. ) , BDH Inc. (Toronto, Canada) , Bionet (Cornwall, U.K. ) , Chemservice Inc. (West Chester, PA) , Crescent Chemical Co.
  • the compounds described herein may be prepared using the general methods in the art of organic synthesis, as described in the Examples section. Alternative synthetic methods are also used to generate the compounds described herein.
  • DCAF1 functions as a substrate recruiting receptor for a DDB1-CUL4-ROC1 E3 ubiquitin ligase (CRL4) .
  • DCAF1 is often hijacked by viral proteins to degrade cellular proteins for creating favorable condition to viruses.
  • Binding affinities of specific exemplary compounds to DCAF1 (1058-1396) which is a fragment of a DCAF1 protein that includes amino acid residues A1058 to E1396 were determined by a surface plasmon resonance (SPR) assay.
  • SPR surface plasmon resonance
  • biotinylated avi-tagged DCAF1 (1058-1396) proteins were immobilized at a density of 9,000-10,000 resonance units (RUs) on a SA (Streptavidin) sensor chip. Sensorgrams were recorded at different concentrations of compounds in multi-cycle kinetic format. Data were analyzed using a steady state affinity model through Biacore Evaluation Software to provide equivalent dissociation constants (K d ) . Data showed that the exemplary compounds bound to DCAF1 in a concentration-dependent manner, and some binding affinities (K d ) ranged from 10 ⁇ M to 100 ⁇ M (Table 6 and Table 7, FIG. 2) .
  • Some compounds are expected to covalently bind to DCAF1.
  • the covalent bonding may be accomplished by Michael Addition, where Cysteine (CYS) residues of DCAF1 such as CYS1227 or CYS1113 act as Michael donors to the compounds of Table 1 or Table 3 that may act as Michael acceptors the reaction.
  • Covalent binding of compounds to DCAF1 were determined by an intact mass spectrometry analysis. Briefly, purified DCAF1 (1058-1396) proteins (5 ⁇ M) were incubated with 40 molar excess of the putative DCAF1 ligands (200 ⁇ M) for 8 h at rt. The resulting samples were separated using a UPLC and analyzed using a high-performance Mass Spectrometer equipped. The molecular weight of the DCAF1 protein incubated with solvent was tested as a control. Data showed that some exemplary compounds could readily covalently react with DCAF1 (Table 8, FIG. 3) .
  • heterobifunctional compounds were designed targeting different target proteins, by conjugating DCAF1 ligands with different substrate ligands (warheads) , such as TL13-87 (a pan-kinase inhibitor, targeting many CDKs; Huang et al., 2018) , JQ-1 (a BRD4 inhibitor) , PF-06873600 (a CDK2/4/6 inhibitor; Freeman-Cook, K.D.
  • substrate ligands such as TL13-87 (a pan-kinase inhibitor, targeting many CDKs; Huang et al., 2018) , JQ-1 (a BRD4 inhibitor) , PF-06873600 (a CDK2/4/6 inhibitor; Freeman-Cook, K.D.
  • Heterobifunctional compounds using TL13-87 as warhead were characterized in MOLT-4 cells. Cells were treated with selected heterobifunctional compounds at indicated concentrations for 8 hours. Cells were collected, lysed and subject to immunoblotting using an antibody specific to CDK4 proteins. GAPDH or tubulin was included as the loading control. DMSO treatment was used as the negative control.
  • CDK4 protein levels in MOLT-4 cells were significantly decreased in a concentration-dependent manner, while E3 ligand CYCA-117-70 (N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine) and warhead TL13-87 didn’ t affect CDK4 proteins levels dramatically (FIG. 4, Table 9) .
  • Exemplary heterobifunctional compounds using JQ-1 as warhead were characterized in MV4; 11 cells. Following treatment of heterobifunctional compounds for 8 hours, BRD4 protein levels were significantly decreased at 10 ⁇ M treated samples (FIG. 5A, Table 10) . In addition, MV4; 11 cells were treated with 10 ⁇ M D-025, or D-028 for indicated period. Significant degradation of BRD4 were readily detected as early as 4 hours following administration of the compounds (FIG. 5B) . It has been demonstrated that targeting BRD4 using ligands to their bromodomains domains compromises cancer cell proliferation and survival.
  • MV4 11 AML cells seeded in 96-well plates were treated with 10 ⁇ M selected heterobifunctional compounds, following a 11-point 3-fold serial dilution. Three days after treatment, cell viability was determined using the CellTiter-Glo Kit. Cell viability was normalized to the mean values of 3 replicates of untreated cells. Dose-dependent response was analyzed following the least-squares non-linear regression method using the GraphPad Prism software. Heterobifunctional compounds dose-dependently suppressed viability of MV4; 11 cells (FIG. 6, Table 10) .
  • heterobifunctional compounds using PF-06873600 as warhead were characterized in ER+ breast cancer T47D cells and NSCLC Calu-1 cells. Following a 16-hour treatment, heterobifunctional compounds significantly decrease cyclin D1 and CDK4 protein levels and inhibited downstream Rb phosphorylation in a concentration-dependent manner (FIG. 7A-7B, Table 11) . The warhead PF-06873600 didn’ t affect cyclin D1 and CDK4 protein levels at indicated concentrations.
  • heterobifunctional compounds using palbociclib as warhead were characterized in ER+ breast cancer T47D cells. Following treatment of heterobifunctional compounds at indicated concentrations for 16 hours, cyclin D1 protein levels were significantly decreased in 5 ⁇ M treated samples, while downstream Rb phosphorylation and cyclin A2 protein levels were also inhibited in a concentration-dependent manner (FIG. 8) .
  • the warhead palbociclib didn’ t affect cyclin D1 protein levels dramatically.
  • Exemplary heterobifunctional compounds using PF-07220060 as warhead were characterized in breast cancer MDA-MB-157 cells. Following a 16-hour treatment of heterobifunctional compounds, cyclin D1 protein levels were significantly decreased in 5 ⁇ M treated samples, while warhead PF-07220060 didn’ t affect cyclin D1 proteins levels dramatically (FIG. 9) .
  • Exemplary heterobifunctional compounds using lasofoxifene as warhead were characterized in ER+ breast cancer T47D cells. Following a 24-hour treatment of representative heterobifunctional compounds in in serum-free condition, ER ⁇ protein levels were significantly decreased in 1 ⁇ M treated samples, while warhead lasofoxifene didn’ t affect ER ⁇ protein levels at 1 ⁇ M significantly (Table 12) .
  • DCAF1 ligands conjugated with different target protein binding moieties can modulate the cellular target protein levels of proteins of interest, including for example, CDK4, cyclin D1, BRD4, and ER ⁇ .
  • the results support the use of DCAF1 ligands in targeted protein degradation technology.
  • a compound described herein is used to bind a DCAF1 protein.
  • the compound may include a compound of Tables 1, 2, 3, or 5.
  • a compound described herein is used to modulate a DCAF1 protein.
  • a compound described herein is used to inhibit a DCAF1 protein.
  • Some embodiments include contacting a DCAF1 protein with a compound described herein.
  • the contact may include administration of the compound to a subject comprising the DCAF1 protein.
  • the contact may include administration of the compound to a cell comprising the DCAF1 protein.
  • the contact may include administration of the compound to a sample comprising the DCAF1 protein.
  • the contact may include administration of the compound to a solution comprising the DCAF1 protein.
  • the contact may be in vivo.
  • the contact may be in vitro.
  • the compound may bind to the DCAF1 protein with a binding affinity described herein.
  • contacting the compound with the DCAF1 protein comprises contacting the compound with a binding region on the DCAF1 protein, the binding region comprising a WD40 domain.
  • the binding region on the DCAF1 protein comprises one or more of the following DCAF1 residues: THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329, or PHE1355.
  • a compound described herein binds a DCAF1 protein such as a full-length DCAF1 protein. In some embodiments, a compound described herein binds a DCAF1 fragment.
  • a compound described herein is used to treat a subject. Some embodiments include administering a compound described herein to a subject, for example administering a compound included in any of Tables 1-5 or Formula (I) or Formula (II) to a subject. Some embodiments include administering a compound that comprises a DCAF1 binding moiety to the subject. Some embodiments include administering a heterobifunctional compound that comprises a DCAF1 binding moiety to the subject. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 1. Some embodiments include administering a compound of Table 1. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 2. Some embodiments include administering a compound of Table 2. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 3.
  • Some embodiments include administering a compound of Table 3. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 4. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 5. Some embodiments include administering a compound of Table 5. Some embodiments include administering a compound that comprises an aspect such as a DCAF1 binding moiety of Formula (I) . Some embodiments include administering a compound of Formula (I) . Some embodiments include administering a compound of Formula (II) . Some embodiments include administering a compound described herein to a subject in need thereof. Some embodiments include administering a pharmaceutical composition comprising the compound to a subject. Some embodiments include providing a compound or pharmaceutical composition described herein for administration to a subject.
  • a modified protein disclosed herein is formed in vivo upon administration of the compound or pharmaceutical composition to the subject.
  • a ligand-protein complex disclosed herein is formed by administration of the compound or pharmaceutical composition to the subject.
  • the compound as described herein is administered as a pure chemical.
  • the compound described herein is combined with a pharmaceutically suitable or acceptable carrier (also referred to herein as a pharmaceutically suitable (or acceptable) excipient, physiologically suitable (or acceptable) excipient, or physiologically suitable (or acceptable) carrier) selected on the basis of a chosen route of administration and standard pharmaceutical practice as described, for example, in Remington: The Science and Practice of Pharmacy (Gennaro, 21 st Ed. Mack Pub. Co., Easton, PA (2005) ) .
  • a pharmaceutical composition comprising a compound described herein, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable excipient.
  • a pharmaceutical composition comprising at least one compound described herein, or a stereoisomer, pharmaceutically acceptable salt, or N-oxide thereof, together with one or more pharmaceutically acceptable carriers.
  • the carrier (s) or excipient (s) ) is acceptable or suitable if the carrier is compatible with the other ingredients of the composition and not deleterious to the recipient (i.e., the subject or patient) of the composition.
  • the excipient comprises a buffer or solution.
  • the pharmaceutical composition is sterile.
  • a compound described herein is substantially pure, in that it contains less than about 5%, or less than about 1%, or less than about 0.1%, of other organic small molecules, such as unreacted intermediates or synthesis by-products that are created, for example, in one or more of the steps of a synthesis method.
  • Some embodiments include use of a compound described herein, use of a ligand-DCAF1 complex, or use of an in vivo modified DCAF1 protein.
  • the use may include a use as an anti-viral drug.
  • the use may include a use as a molecule glue.
  • the use may include a use as a targeted protein degrader.
  • the use comprises administration of the compound to a subject.
  • the use comprises contact of a sample with the compound.
  • a method for degrading a target protein in a subject includes administering, to the subject, a ligand described herein. Some embodiments include administering, to the subject, a ligand comprising a DNA damage-binding protein 1 (DCAF1) binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety.
  • DCAF1 DNA damage-binding protein 1
  • the subject is a subject in need of administration of the ligand or treatment with the ligand.
  • Some embodiments include a method of modulating a target protein, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof.
  • the target protein is decreased in the subject, relative to a baseline measurement.
  • a target protein measurement may be decreased in a tissue sample or fluid sample from the subject, relative to a baseline target protein measurement in a first tissue sample or fluid sample from the subject.
  • Some embodiments include obtaining a baseline measurement of a target protein.
  • the baseline measurement may be obtained in a first sample obtained prior to administration of a compound described herein to a subject.
  • the first sample may comprise a fluid sample.
  • the first sample may comprise a tissue sample.
  • the baseline measurement may be obtained directly in the subject.
  • the baseline measurement may include a concentration.
  • the baseline measurement may be normalized, for example to a sample weight, to a sample volume, to a total sample protein measurement, or to a housekeeping protein measurement.
  • Some embodiments include obtaining a measurement of a target protein.
  • the measurement may be obtained in a second sample obtained after to administration of a compound described herein to a subject.
  • the measurement may be obtained in a second sample obtained during to administration of a compound described herein to a subject.
  • the second sample may comprise a fluid sample.
  • the second sample may comprise a tissue sample.
  • the measurement may be obtained directly in the subject.
  • the measurement may be normalized, for example to a sample weight, to a sample volume, to a total sample protein measurement, or to a housekeeping protein measurement.
  • Measurements or baseline measurements of target proteins may include any method known in the art.
  • a measurement or baseline measurements may be obtained using an assay such as an immunoassay, a colorimetric assay, a lateral flow assay, a fluorescence assay, a proteomics assay, or a cell-based assay.
  • the immunoassay may include an immunoblot such as a western blot or a dot blot, an enzyme-linked immunosorbent assay, or immunostaining.
  • the proteomics assay may include mass spectrometry.
  • a measurement or baseline measurements may be obtained using flow cytometry.
  • a measurement or baseline measurements may be obtained using chromatography, for example high performance liquid chromatography.
  • the target protein may be or include any target protein included herein, as well as other target proteins not named.
  • Some embodiments include a method of degrading a cyclin dependent kinase (CDK) .
  • Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising a CDK.
  • Some examples of such cyclin dependent kinases include, but are not limited to, CDK4 or CDK6.
  • Some embodiments include a method of modulating a CDK, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof.
  • the CDK is decreased in the subject, relative to a baseline measurement.
  • Some embodiments include measuring a decrease in the CDK following the administration.
  • Some embodiments include a method of degrading a cyclin. Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising a cyclin. Some examples of such cyclins include cyclin D such as cyclin D1, or cyclin D2, cyclin D3, or cyclin E. Some embodiments include a method of modulating a cyclin, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. Some embodiments include a method of modulating Cyclin D, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. In some embodiments, the cyclin is decreased in the subject, relative to a baseline measurement. Some embodiments include measuring a decrease in the cyclin following the administration.
  • Some embodiments include a method of degrading a transcription factor.
  • transcription factors include CBP and P300.
  • Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising CBP or P300.
  • Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising CBP.
  • Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising P300.
  • Some embodiments include a method of modulating a transcription factor, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof.
  • the transcription factor is decreased in the subject, relative to a baseline measurement.
  • Some embodiments include measuring a decrease in the transcription factor following the administration. Additional examples of target proteins are included herein.
  • subjects include vertebrates, animals, mammals, dogs, cats, cattle, rodents, mice, rats, primates, monkeys, and humans.
  • the subject is a mammal. In some embodiments, the subject is a human.
  • administering the ligand to the subject comprises administering an effective amount of the ligand sufficient to degrade the target protein.
  • the target protein upon administration of the ligand to the subject, is ubiquitinated to form a ubiquitinated target protein.
  • the administration is intravenous.
  • the administration comprises an injection.
  • the administration comprises cutaneous administration.
  • the administration comprises subcutaneous administration.
  • the administration comprises intraperitoneal administration.
  • the administration comprises oral administration.
  • the route of administration is intravenous, oral, subcutaneous, intraperitoneal, ocular, intraocular, intramuscular, interstitial, intraarterial, intracranial, intraventricular, intrasynovial, transepithelial, transdermal, by inhalation, ophthalmic, sublingual, buccal, topical, dermal, rectal, nasal, by insufflation, or by nebulization.
  • the administration is intramuscular.
  • the administration is intrathecal.
  • the administration is subcutaneous.
  • the administration is oral.
  • the administration is sublingual.
  • the administration is buccal.
  • the administration is rectal.
  • the administration is vaginal. In some embodiments, the administration is ocular. In some embodiments, the administration is otic. In some embodiments, the administration is nasal. In some embodiments, the administration is inhalation. In some embodiments, the administration is nebulization. In some embodiments, the administration is cutaneous. In some embodiments, the administration is topical. In some embodiments, the administration is transdermal. In some embodiments, the administration is systemic.
  • a method for degrading a target protein in a sample Some embodiments include contacting a target protein with a ligand described herein. Some embodiments include contacting a target protein with a ligand comprising a DNA damage-binding protein 1 (DCAF1) binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety.
  • DCAF1 DNA damage-binding protein 1
  • the sample is a biological sample.
  • the biological sample comprises a tissue, a cell, or a biological fluid.
  • the contact is in vitro. In some embodiments, the contact is in vivo.
  • the target protein upon being contacted with the ligand, is ubiquitinated to form a ubiquitinated target protein.
  • the ubiquitinated target protein upon administration or contact, is degraded. In some embodiments, the ubiquitinated target protein is degraded. In some embodiments, the degradation of the target protein is specific to the target protein. In some embodiments, the target protein comprises proteasomal degradation. In some embodiments, the target protein is degraded by a proteasome.
  • the ligand upon administration or contact, binds to a DCAF1 protein to form a ligand-DCAF1 complex. In some embodiments, the ligand directly binds to the DCAF1 protein through the DCAF1 binding moiety of the ligand. In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and the DCAF1 protein is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and the DCAF1 protein is covalent. In some embodiments, the target protein is ubiquitinated by a ubiquitin E3 ligase complex comprising the DCAF1 protein. In some embodiments, the ligand (e.g.,
  • a DCAF1 ligand recruits the ubiquitin E3 ligase complex to the target protein via the DCAF1 binding moiety.
  • the ligand is a small molecule.
  • the ligand comprises a targeted protein degrader.
  • the ligand is synthetic.
  • the ligand comprises a ligand described herein.
  • the target protein to degraded using a method described herein may be or include any target protein described herein.
  • the target protein comprises any one of a transcription factor, CBP, p300, a kinase, a receptor, a TRK, TrkA, TrkB, TrkC, a cyclin dependent kinase, CDK4, or CDK6.
  • Some embodiments include multiple target proteins, such as a combination of any two or more of the target proteins disclosed herein.
  • a compound such as a compound comprising a DCAF1 binding moiety
  • a compound may be useful 1) as an antiviral drug; 2) as a DCAF1 protein level modulator (e.g. increasing or decreasing DCAF1 protein levels) ; 3) as a DCAF1 function modulator (e.g. activating or inhibiting DCAF1) ; 4) as a molecular glue (e.g.
  • a compound described herein may be useful for treating a disease or disorder.
  • the compound may be administered to a subject having the disease or disorder.
  • the administration may reduce the severity of the disease or disorder in the subject, relative to a baseline measurement.
  • the compound may bind a target protein involved in the disease or disorder, resulting in inhibition or degradation of the target protein.
  • the compound may be a heterobifunctional compound and comprise a DCAF1 binding moiety and a target protein binding moiety, wherein the target protein is involved in the disease or disorder.
  • the target protein may exacerbate the disease or disorder.
  • the target protein may prevent or decrease inhibition of the disease or disorder.
  • a compound described herein is used as an antimicrobial drug.
  • the compound may be administered to a subject having a microbial infection.
  • the administration may reduce the severity of the microbial infection in the subject, relative to a baseline measurement.
  • the compound may bind a target protein involved in the microbial infection, resulting in inhibition or degradation of the target protein.
  • the microbial infection may include a virus infection.
  • the microbial infection may include a bacterial infection.
  • the compound may be a heterobifunctional compound and comprise a DCAF1 binding moiety and a target protein binding moiety, wherein the target protein is a microbial protein.
  • the microbial protein may include a viral protein.
  • the microbial protein may include a bacterial protein.
  • the target protein may be a non-microbial protein that exacerbates the microbial infection.
  • the target protein may be a non-microbial protein that prevents or decreases inhibition of the microbial infection.
  • the compound enters a cell of the subject, binds to a microbial protein in the cell via its target protein binding moiety, binds DCAF1 via its DCAF1 binding moiety, and induces ubiquitin-mediated degradation of the microbial protein. Such an action may be useful against microbes such as bacteria or viruses that infect or reside within the cell.
  • a compound described herein may be useful for modulating DCAF1 protein levels.
  • the compound may be used to increase or decrease DCAF1 protein levels.
  • a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein is used to increase DCAF1 protein levels.
  • the compound may bind to DCAF1 and prevent its degradation.
  • a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein is used to decrease DCAF1 protein levels.
  • the compound may bind to DCAF1 and increase its degradation.
  • the compound may be a heterobifunctional compound and include a DCAF1 binding moiety coupled to (directly or through a linker) a second moiety that increases degradation of the DCAF1 protein, or that decreases degradation of the DCAF1 protein.
  • the second moiety may accomplish this by binding to a target protein.
  • the target protein may include an E3 ubiquitin ligase protein that enhances degradation of the DCAF1 protein.
  • the compound is not a heterobifunctional compound.
  • the compound comprises or consists of a DCAF1 binding moiety.
  • the compound comprises, consists essentially of, or consists of, the structure of Formula (I) or Formula (II) , an aspect thereof such as a DCAF1 binding moiety, or a compound provided in Table 1, Table 2, or a derivative or salt thereof.
  • the compound is administered to a subject to increase a DCAF1 protein level in the subject.
  • the administration may increase DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement.
  • the compound is administered to a subject to decrease a DCAF1 protein level in the subject.
  • the administration may decrease DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement.
  • a compound described herein may be useful for modulating DCAF1 function.
  • the compound may be used to activate or inhibit DCAF1.
  • a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein is used to increase DCAF1 activity.
  • the compound may bind to DCAF1 and activate DCAF1.
  • the compound may allosterically activate DCAF1.
  • the compound may activate DCAF1 by binding to a protein binding site on DCAF1.
  • a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein is used to decrease DCAF1 activity.
  • the compound may bind to DCAF1 and inhibit DCAF1.
  • the compound may allosterically inhibit DCAF1.
  • the compound may inhibit DCAF1 by binding to an active site of DCAF1.
  • the compound may inhibit DCAF1 by binding to a protein binding site on DCAF1.
  • the compound may be a heterobifunctional compound and include a DCAF1 binding moiety coupled to (directly or through a linker) a second moiety that increases activity of the DCAF1 protein, or that decreases activity of the DCAF1 protein.
  • the second moiety may accomplish this by binding to a target protein.
  • the compound is administered to a subject to increase DCAF1 activity in the subject.
  • the administration may increase DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement.
  • the compound is administered to a subject to decrease DCAF1 activity in the subject.
  • the administration may decrease DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement.
  • a compound described herein may be useful as a molecular glue.
  • the compound may bind multiple molecules and hold them together.
  • the molecular glue binds DCAF1 and a target protein.
  • the compound may accomplish this as a heterobifunctional compound that comprises a DCAF1 binding moiety and a target protein binding moiety.
  • the compound may increase a protein-protein interaction between DCAF1 and a target protein.
  • the compound may act as a molecular glue to modulate an activity or amount of the target protein.
  • the compound may decrease an amount of the target protein.
  • the compound may increase an amount of the target protein.
  • the compound may decrease activity of the target protein.
  • the compound may increase activity of the target protein.
  • the compound may increase activity of the target protein.
  • the method may include degrading the target protein through direct binding of an intermediate protein (e.g., a first protein) that interacts with the target protein. This may be referred to as bridged degradation.
  • Some embodiments include administering a binding molecule to a cell, such as a cancer cell.
  • the binding molecule may include a ligand or compound disclosed herein.
  • the ligand may be a heterobifunctional compound.
  • the binding molecule may bind a first protein that interacts with the target protein.
  • the target protein may be degraded before the first protein. In some embodiments, the first protein is not degraded.
  • Some embodiments include administering, to the cell, a binding molecule that binds a first protein that interacts with the target protein, thereby degrading target protein, wherein the target protein is degraded before the first protein or wherein the first protein is not degraded. Some embodiments include measuring the target protein in the cell. Some embodiments include measuring the first protein in the cell. In some embodiments include measuring the first protein in the cell. In some embodiments, the interaction between the target protein and the first protein is binding. In some embodiments, the interaction between the target protein and the first protein is dimerization.
  • the target protein may include a target protein described herein.
  • the first protein may include another target protein described herein. In some embodiments, the target protein comprises a cyclin. In some embodiments, the target protein comprises Cyclin D.
  • the Cyclin D comprises Cyclin D1, Cyclin D2, or Cyclin D3.
  • the cyclin D may include Cyclin D1.
  • the cyclin D may include Cyclin D2.
  • the cyclin D may include Cyclin D3.
  • the first protein comprises a cyclin-dependent kinase (CDK) .
  • the CDK may include CDK4.
  • the CDK may include CDK6.
  • the first protein comprises CDK4 or CDK6.
  • the binding molecule reduces viability of the cell.
  • the cell is a eukaryotic cell.
  • the cell is a mammalian cell.
  • the cell is a human cell.
  • the cell is a cancer cell.
  • administering the binding molecule to the cell comprises administering the binding molecule to a subject comprising the cell.
  • the binding molecule recruits a ubiquitin E3 ligase that ubiquitinates the target protein.
  • the E3 ubiquitin ligase comprises DNA damage-binding protein 1 (DCAF1) or Von Hippel–Lindau tumor suppressor (VHL) .
  • the E3 ubiquitin ligase may include DCAF1.
  • the E3 ubiquitin ligase may include VHL.
  • the binding molecule comprises a heterobifunctional compound comprising an E3 ubiquitin ligase-binding moiety covalently connected through a linker to a first protein binding moiety.
  • the first protein binding moiety may include a target protein binding moiety disclosed herein.
  • the binding molecule comprises a structure disclosed herein.
  • the binding molecule comprises a heterobifunctional compound comprising an E3 ubiquitin ligase-binding moiety covalently connected through a linker to a CDK binding moiety.
  • the E3 ubiquitin ligase-binding moiety comprises a chemical structure disclosed herein.
  • the CDK binding moiety comprises a target protein binding moiety disclosed herein.
  • the binding molecule comprises a ligand disclosed herein.
  • subjects include vertebrates, animals, mammals, dogs, cats, cattle, rodents, mice, rats, primates, monkeys, and humans.
  • the subject is a mammal. In some embodiments, the subject is a human.
  • administering the compound to a subject comprises administering an effective amount of the compound.
  • the administration is intravenous.
  • the administration comprises an injection.
  • the administration is local.
  • the administration is systemic.
  • the sample is a biological sample.
  • the biological sample comprises a tissue, a cell, or a biological fluid.
  • the contact is in vitro. In some embodiments, the contact is in vivo.
  • Amino refers to the —NH 2 radical.
  • Niro refers to the -NO 2 radical.
  • Oxa refers to the -O-radical.
  • Alkyl refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical consisting solely of carbon and hydrogen atoms, containing no unsaturation, having from one to fifteen carbon atoms (e.g., C 1 -C 15 alkyl) .
  • an alkyl comprises one to thirteen carbon atoms (e.g., C 1 -C 13 alkyl) .
  • an alkyl comprises one to eight carbon atoms (e.g., C 1 -C 8 alkyl) .
  • an alkyl comprises one to five carbon atoms (e.g., C 1 -C 5 alkyl) .
  • an alkyl comprises one to four carbon atoms (e.g., C 1 -C 4 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one to three carbon atoms (e.g., C 1 -C 3 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one to two carbon atoms (e.g., C 1 -C 2 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one carbon atom (e.g., C 1 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises five to fifteen carbon atoms (e.g., C 5 -C 15 alkyl) .
  • an alkyl comprises five to eight carbon atoms (e.g., C 5 -C 8 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises two to five carbon atoms (e.g., C 2 -C 5 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises three to five carbon atoms (e.g., C 3 -C 5 alkyl) .
  • the alkyl group is selected from methyl, ethyl, 1-propyl (n-propyl) , 1-methylethyl (iso-propyl) , 1-butyl (n-butyl) , 1-methylpropyl (sec-butyl) , 2-methylpropyl (iso-butyl) , 1, 1-dimethylethyl (tert-butyl) , 1-pentyl (n-pentyl) .
  • the alkyl is attached to the rest of the molecule by a single bond.
  • an alkyl group is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, R a , -OR a , -SR a , -OC (O) -R a , -N (R a ) 2 , -C (O) R a , -C (O) OR a , -C (O) N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) OR a , -OC (O) -N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) R a , -N (R a ) S (O) t R a (where t is 1 or 2) , -S (O) t OR a (where t is 1 or 2) , -
  • Alkoxy refers to a radical bonded through an oxygen atom of the formula –O-alkyl, where alkyl is an alkyl chain as defined above.
  • Haloalkyl refers to an alkyl group that is substituted with one or more halogens.
  • exemplary haloalkyl groups include trifluoromethyl, difluoromethyl, trichloromethyl, 2, 2, 2-trifluoroethyl, 1,2-difluoroethyl, 3-bromo-2-fluoropropyl, and 1, 2-dibromoethyl.
  • Heteroalkyl refers to substituted or unsubstituted alkyl, alkenyl and alkynyl groups which respectively have one or more skeletal chain atoms selected from an atom other than carbon.
  • Exemplary skeletal chain atoms selected from an atom other than carbon include, e.g., O, N, P, Si, S, or combinations thereof, wherein the nitrogen, phosphorus, and sulfur atoms may optionally be oxidized and the nitrogen heteroatom may optionally be quaternized. If given, a numerical range refers to the chain length in total.
  • a 3-to 8-membered heteroalkyl has a chain length of 3 to 8 atoms. Connection to the rest of the molecule may be through either a heteroatom or a carbon in the heteroalkyl, heteroalkenyl or heteroalkynyl chain. Unless stated otherwise specifically in the specification, a heteroalkyl, heteroalkenyl, or heteroalkynyl group is optionally substituted with one or more substituents such as those substituents described herein.
  • Alkenyl refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical group consisting solely of carbon and hydrogen atoms, containing at least one carbon-carbon double bond, and having from two to twelve carbon atoms. In certain embodiments, an alkenyl comprises two to eight carbon atoms. In other embodiments, an alkenyl comprises two to four carbon atoms. The alkenyl is attached to the rest of the molecule by a single bond, for example, ethenyl (i.e., vinyl) , prop-1-enyl (i.e., allyl) , but-1-enyl, pent-1-enyl, penta-1, 4-dienyl, and the like.
  • ethenyl i.e., vinyl
  • prop-1-enyl i.e., allyl
  • pent-1-enyl penta-1, 4-dienyl, and the like.
  • an alkenyl group is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, R a , -OR a , -SR a , -OC (O) -R a , -N (R a ) 2 , -C (O) R a , -C (O) OR a , -C (O) N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) OR a , -OC (O) -N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) R a , -N (R a ) S (O) t R a (where t is 1 or 2) , -S (O) t OR a (where t is 1 or 2) ,
  • Alkynyl refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical group consisting solely of carbon and hydrogen atoms, containing at least one carbon-carbon triple bond, having from two to twelve carbon atoms.
  • an alkynyl comprises two to eight carbon atoms.
  • an alkynyl comprises two to six carbon atoms.
  • an alkynyl comprises two to four carbon atoms.
  • the alkynyl is attached to the rest of the molecule by a single bond, for example, ethynyl, propynyl, butynyl, pentynyl, hexynyl, and the like.
  • an alkynyl group is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, R a , -OR a , -SR a , -OC (O) -R a , -N (R a ) 2 , -C (O) R a , -C (O) OR a , -C (O) N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) OR a , -OC (O) -N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) R a , -N (R a ) S (O) t R a (where t is 1 or 2) , -S (O) t OR a (where t is 1 or 2) ,
  • Alkylene or "alkylene chain” refers to a straight or branched divalent hydrocarbon chain linking the rest of the molecule to a radical group, consisting solely of carbon and hydrogen, containing no unsaturation and having from one to twelve carbon atoms, for example, methylene, ethylene, propylene, n-butylene, and the like.
  • the alkylene chain is attached to the rest of the molecule through a single bond and to the radical group through a single bond.
  • the points of attachment of the alkylene chain to the rest of the molecule and to the radical group are through one carbon in the alkylene chain or through any two carbons within the chain.
  • an alkylene comprises one to eight carbon atoms (e.g., C 1 -C 8 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to five carbon atoms (e.g., C 1 -C 5 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to four carbon atoms (e.g., C 1 -C 4 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to three carbon atoms (e.g., C 1 -C 3 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to two carbon atoms (e.g., C 1 -C 2 alkylene) .
  • an alkylene comprises one carbon atom (e.g., C 1 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises five to eight carbon atoms (e.g., C 5 -C 8 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises two to five carbon atoms (e.g., C 2 -C 5 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises three to five carbon atoms (e.g., C 3 -C 5 alkylene) .
  • an alkylene chain is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, R a , -OR a , -SR a , -OC (O) -R a , -N (R a ) 2 , -C (O) R a , -C (O) OR a , -C (O) N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) OR a , -OC (O) -N (R a ) 2 , -N (R a ) C (O) R a , -N (R a ) S (O) t R a (where t is 1 or 2) , -S (O) t OR a (where t is 1 or 2) , -
  • Aryl refers to a radical derived from an aromatic monocyclic or multicyclic hydrocarbon ring system by removing a hydrogen atom from a ring carbon atom.
  • the aromatic monocyclic or multicyclic hydrocarbon ring system contains only hydrogen and carbon from five to eighteen carbon atoms, where at least one of the rings in the ring system is fully unsaturated, i.e., it contains a cyclic, delocalized (4n+2) ⁇ –electron system in accordance with the Hückel theory.
  • the ring system from which aryl groups are derived include, but are not limited to, groups such as benzene, fluorene, indane, indene, tetralin and naphthalene.
  • aryl or the prefix “ar-” (such as in “aralkyl” ) is meant to include aryl radicals optionally substituted by one or more substituents independently selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, R a , -R b -OR a , -R b -OC (O) -R a , -R b -OC (O) -OR a , -R b
  • Alkyl refers to a radical of the formula -R c -aryl where R c is an alkylene chain as defined above, for example, methylene, ethylene, and the like.
  • the alkylene chain part of the aralkyl radical is optionally substituted as described above for an alkylene chain.
  • the aryl part of the aralkyl radical is optionally substituted as described above for an aryl group.
  • Cycloalkyl refers to a stable non-aromatic monocyclic or polycyclic hydrocarbon radical consisting solely of carbon and hydrogen atoms, which includes fused or bridged ring systems, having from three to fifteen carbon atoms. In certain embodiments, a cycloalkyl comprises three to ten carbon atoms. In other embodiments, a cycloalkyl comprises five to seven carbon atoms. The cycloalkyl is attached to the rest of the molecule by a single bond. Cycloalkyl is saturated (i.e., containing single C-C bonds only) or unsaturated (i.e., containing one or more double bonds or triple bonds) .
  • a fully saturated cycloalkyl radical is also referred to as "carbocyclyl.
  • monocyclic cycloalkyls include, e.g., cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, and cyclooctyl.
  • An unsaturated cycloalkyl is also referred to as “cycloalkenyl.
  • Examples of monocyclic cycloalkenyls include, e.g., cyclopentenyl, cyclohexenyl, cycloheptenyl, and cyclooctenyl.
  • Polycyclic cycloalkyl radicals include, for example, adamantyl, norbornyl (i.e., bicyclo [2.2.1] heptanyl) , norbornenyl, decalinyl, 7, 7-dimethyl-bicyclo [2.2.1] heptanyl, and the like.
  • cycloalkyl is meant to include cycloalkyl radicals that are optionally substituted with one or more substituents independently selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, oxo, thioxo, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, R a , -R b -OR a , -R b -OC (O) -R a , -R b -OC (O) -OR a , -R b -OR a , -R b
  • Carbocyclylalkyl and “cycloalkylalkyl” refer to a radical of the formula –R c -cycloalkyl where R c is an alkylene chain as defined above.
  • R c is an alkylene chain as defined above.
  • the alkylene chain and the cycloalkyl radical are optionally substituted as defined above.
  • Halo or halogen refers to bromo, chloro, fluoro or iodo substituents.
  • Fluoroalkyl refers to an alkyl radical, as defined above, that is substituted with one or more fluoro radicals, as defined above, for example, trifluoromethyl, difluoromethyl, fluoromethyl, 2, 2, 2-trifluoroethyl, 1-fluoromethyl-2-fluoroethyl, and the like.
  • the alkyl part of the fluoroalkyl radical is optionally substituted as defined above for an alkyl group.
  • Heterocyclyl refers to a stable 3-to 18-membered non-aromatic ring radical that comprises two to twelve carbon atoms and from one to six heteroatoms selected from nitrogen, oxygen, and sulfur. Unless stated otherwise specifically in the specification, the heterocyclyl radical is a monocyclic, bicyclic, tricyclic, or tetracyclic ring system, which optionally includes fused or bridged ring systems. The heteroatoms in the heterocyclyl radical are optionally oxidized. One or more nitrogen atoms, if present, are optionally quaternized. The heterocyclyl radical is partially or fully saturated. The heterocyclyl is attached to the rest of the molecule through any atom of the ring (s) .
  • heterocyclyl radicals include, but are not limited to, dioxolanyl, thienyl [1, 3] dithianyl, decahydroisoquinolyl, imidazolinyl, imidazolidinyl, isothiazolidinyl, isoxazolidinyl, morpholinyl, octahydroindolyl, octahydroisoindolyl, 2-oxopiperazinyl, 2-oxopiperidinyl, 2-oxopyrrolidinyl, oxazolidinyl, piperidinyl, piperazinyl, 4-piperidonyl, pyrrolidinyl, pyrazolidinyl, quinuclidinyl, thiazolidinyl, tetrahydrofuryl, trithianyl, tetrahydropyranyl, thiomorpholinyl, thiamorpholinyl, 1-oxo-thiomorph
  • heterocyclyl is meant to include heterocyclyl radicals as defined above that are optionally substituted with one or more substituents selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, thioxo, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, R a , -R b -OR a , -R b -OC (O) -R a , -R b -OC (O) -OR a , -R b -OC (O) -OR a , -R b
  • N-heterocyclyl or “N-attached heterocyclyl” refers to a heterocyclyl radical as defined above containing at least one nitrogen and where the point of attachment of the heterocyclyl radical to the rest of the molecule is through a nitrogen atom in the heterocyclyl radical.
  • An N-heterocyclyl radical is optionally substituted as described above for heterocyclyl radicals. Examples of such N-heterocyclyl radicals include, but are not limited to, 1-morpholinyl, 1-piperidinyl, 1-piperazinyl, 1-pyrrolidinyl, pyrazolidinyl, imidazolinyl, and imidazolidinyl.
  • C-heterocyclyl or “C-attached heterocyclyl” refers to a heterocyclyl radical as defined above containing at least one heteroatom and where the point of attachment of the heterocyclyl radical to the rest of the molecule is through a carbon atom in the heterocyclyl radical.
  • a C-heterocyclyl radical is optionally substituted as described above for heterocyclyl radicals. Examples of such C-heterocyclyl radicals include, but are not limited to, 2-morpholinyl, 2-or 3-or 4-piperidinyl, 2-piperazinyl, 2-or 3-pyrrolidinyl, and the like.
  • Heteroaryl refers to a radical derived from a 3-to 18-membered aromatic ring radical that comprises two to seventeen carbon atoms and from one to six heteroatoms selected from nitrogen, oxygen, and sulfur.
  • the heteroaryl radical is a monocyclic, bicyclic, tricyclic, or tetracyclic ring system, wherein at least one of the rings in the ring system is fully unsaturated, i.e., it contains a cyclic, delocalized (4n+2) ⁇ –electron system in accordance with the Hückel theory.
  • Heteroaryl includes fused or bridged ring systems.
  • the heteroatom (s) in the heteroaryl radical is optionally oxidized.
  • heteroaryl is attached to the rest of the molecule through any atom of the ring (s) .
  • heteroaryls include, but are not limited to, azepinyl, acridinyl, benzimidazolyl, benzindolyl, 1, 3-benzodioxolyl, benzofuranyl, benzooxazolyl, benzo [d] thiazolyl, benzothiadiazolyl, benzo [b] [1, 4] dioxepinyl, benzo [b] [1, 4] oxazinyl, 1, 4-benzodioxanyl, benzonaphthofuranyl, benzoxazolyl, benzodioxolyl, benzodioxinyl, benzopyranyl, benzopyranonyl, benzofuranyl, benzofuranonyl, benzothienyl (benzo
  • heteroaryl is meant to include heteroaryl radicals as defined above which are optionally substituted with one or more substituents selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, haloalkenyl, haloalkynyl, oxo, thioxo, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, R a , -R b -OR a , -R b -OC (O) -R a ,
  • N-heteroaryl refers to a heteroaryl radical as defined above containing at least one nitrogen and where the point of attachment of the heteroaryl radical to the rest of the molecule is through a nitrogen atom in the heteroaryl radical.
  • An N-heteroaryl radical is optionally substituted as described above for heteroaryl radicals.
  • C-heteroaryl refers to a heteroaryl radical as defined above and where the point of attachment of the heteroaryl radical to the rest of the molecule is through a carbon atom in the heteroaryl radical.
  • a C-heteroaryl radical is optionally substituted as described above for heteroaryl radicals.
  • the compounds disclosed herein in some embodiments, contain one or more asymmetric centers and thus give rise to enantiomers, diastereomers, and other stereoisomeric forms that are defined, in terms of absolute stereochemistry, as (R) -or (S) -. Unless stated otherwise, it is intended that all stereoisomeric forms of the compounds disclosed herein are contemplated by this disclosure. When the compounds described herein contain alkene double bonds, and unless specified otherwise, it is intended that this disclosure includes both E and Z geometric isomers (e.g., cis or trans. ) Likewise, all possible isomers, as well as their racemic and optically pure forms, and all tautomeric forms are also intended to be included.
  • geometric isomer refers to E or Z geometric isomers (e.g., cis or trans) of an alkene double bond.
  • positional isomer refers to structural isomers around a central ring, such as ortho-, meta-, and para-isomers around a benzene ring.
  • a "tautomer” refers to a molecule wherein a proton shift from one atom of a molecule to another atom of the same molecule is possible.
  • the compounds disclosed herein are used in different enriched isotopic forms, e.g., enriched in the content of 2 H, 3 H, 11 C, 13 C and/or 14 C.
  • the compound is deuterated in at least one position.
  • deuterated forms can be made by the procedure described in U.S. Patent Nos. 5,846,514 and 6,334,997. As described in U.S. Patent Nos. 5,846,514 and 6,334,997, deuteration can improve the metabolic stability and or efficacy, thus increasing the duration of action of drugs.
  • structures depicted herein are intended to include compounds which differ only in the presence of one or more isotopically enriched atoms.
  • compounds having the present structures except for the replacement of a hydrogen by a deuterium or tritium, or the replacement of a carbon by 13 C-or 14 C-enriched carbon are within the scope of the present disclosure.
  • the compounds of the present disclosure optionally contain unnatural proportions of atomic isotopes at one or more atoms that constitute such compounds.
  • the compounds may be labeled with isotopes, such as for example, deuterium ( 2 H) , tritium ( 3 H) , iodine-125 ( 125 I) or carbon-14 ( 14 C) .
  • isotopes such as for example, deuterium ( 2 H) , tritium ( 3 H) , iodine-125 ( 125 I) or carbon-14 ( 14 C) .
  • Isotopic substitution with 2 H, 11 C, 13 C, 14 C, 15 C, 12 N, 13 N, 15 N, 16 N, 16 O, 17 O, 14 F, 15 F, 16 F, 17 F, 18 F, 33 S, 34 S, 35 S, 36 S, 35 Cl, 37 Cl, 79 Br, 81 Br, 125 I are all contemplated. All isotopic variations of the compounds of the present invention, whether radioactive or not,
  • the compounds disclosed herein have some or all the 1 H atoms replaced with 2 H atoms.
  • the methods of synthesis for deuterium-containing compounds are known in the art and include, by way of non-limiting example only, the following synthetic methods.
  • Deuterium substituted compounds are synthesized using various methods such as described in: Dean, Dennis C.; Editor. Recent Advances in the Synthesis and Applications of Radiolabeled Compounds for Drug Discovery and Development. [In: Curr., Pharm. Des., 2000; 6 (10) ] 2000, 110 pp; George W.; Varma, Rajender S. The Synthesis of Radiolabeled Compounds via Organometallic Intermediates, Tetrahedron, 1989, 45 (21) , 6601-21; and Evans, E. Anthony. Synthesis of radiolabeled compounds, J. Radioanal. Chem., 1981, 64 (1-2) , 9-32.
  • Deuterated starting materials are readily available and are subjected to the synthetic methods described herein to provide for the synthesis of deuterium-containing compounds.
  • Large numbers of deuterium-containing reagents and building blocks are available commercially from chemical vendors, such as Aldrich Chemical Co.
  • references to compounds herein include references to salts (including pharmaceutically acceptable salts) , solvates (including hydrates) , and complexes thereof, as well as to solvates and complexes of the salts thereof, and isotopically labelled versions thereof.
  • Salts include both acid and base addition salts of the compounds described herein and encompass both pharmaceutically acceptable salts and non-pharmaceutically acceptable salts. While pharmaceutically acceptable salts are utilized for therapeutic or medicinal uses, non-pharmaceutically acceptable salts may be useful as synthetic intermediates, or for purification, isolation, chiral resolution, solubility, handling and the like.
  • “Pharmaceutically acceptable salts” are salts that retain the biological effectiveness and properties of the free base compound that are suitable for administration to a subject.
  • Reference to “a pharmaceutically acceptable salt” includes both acid and base addition salts.
  • a pharmaceutically acceptable salt of any one of the compounds described herein is intended to encompass all pharmaceutically suitable salt forms.
  • Preferred pharmaceutically acceptable salts of the compounds described herein are pharmaceutically acceptable acid addition salts and pharmaceutically acceptable base addition salts.
  • “Pharmaceutically acceptable acid addition salt” refers to those salts which retain the biological effectiveness and properties of the free bases, which are not biologically or otherwise undesirable, and which are formed with inorganic acids such as hydrochloric acid, hydrobromic acid, sulfuric acid, nitric acid, phosphoric acid, hydroiodic acid, hydrofluoric acid, phosphorous acid, and the like. Also included are salts that are formed with organic acids such as aliphatic mono-and dicarboxylic acids, phenyl-substituted alkanoic acids, hydroxy alkanoic acids, alkanedioic acids, aromatic acids, aliphatic and. aromatic sulfonic acids, etc.
  • acetic acid trifluoroacetic acid, propionic acid, glycolic acid, pyruvic acid, oxalic acid, maleic acid, malonic acid, succinic acid, fumaric acid, tartaric acid, citric acid, benzoic acid, cinnamic acid, mandelic acid, methanesulfonic acid, ethanesulfonic acid, p-toluenesulfonic acid, salicylic acid, and the like.
  • Exemplary salts thus include sulfates, pyrosulfates, bisulfates, sulfites, bisulfites, nitrates, phosphates, monohydrogenphosphates, dihydrogenphosphates, metaphosphates, pyrophosphates, chlorides, bromides, iodides, acetates, trifluoroacetates, propionates, caprylates, isobutyrates, oxalates, malonates, succinate suberates, sebacates, fumarates, maleates, mandelates, benzoates, chlorobenzoates, methylbenzoates, dinitrobenzoates, phthalates, benzenesulfonates, toluenesulfonates, phenylacetates, citrates, lactates, malates, tartrates, methanesulfonates, and the like.
  • salts of amino acids such as arginates, gluconates, and galacturonates (see, for example, Berge S.M. et al., “Pharmaceutical Salts, " Journal of Pharmaceutical Science, 66: 1-19 (1997) ) .
  • Acid addition salts of basic compounds are, in some embodiments, prepared by contacting the free base forms with a sufficient amount of the desired acid to produce the salt according to methods and techniques with which a skilled artisan is familiar.
  • “Pharmaceutically acceptable base addition salt” refers to those salts that retain the biological effectiveness and properties of the free acids, which are not biologically or otherwise undesirable. These salts are prepared from addition of an inorganic base or an organic base to the free acid. Pharmaceutically acceptable base addition salts are, in some embodiments, formed with metals or amines, such as alkali and alkaline earth metals or organic amines. Salts derived from inorganic bases include, but are not limited to, sodium, potassium, lithium, ammonium, calcium, magnesium, iron, zinc, copper, manganese, aluminum salts and the like.
  • Salts derived from organic bases include, but are not limited to, salts of primary, secondary, and tertiary amines, substituted amines including naturally occurring substituted amines, cyclic amines and basic ion exchange resins, for example, isopropylamine, trimethylamine, diethylamine, triethylamine, tripropylamine, ethanolamine, diethanolamine, 2-dimethylaminoethanol, 2-diethylaminoethanol, dicyclohexylamine, lysine, arginine, histidine, caffeine, procaine, N, N-dibenzylethylenediamine, chloroprocaine, hydrabamine, choline, betaine, ethylenediamine, ethylenedianiline, N-methylglucamine, glucosamine, methylglucamine, theobromine, purines, piperazine, piperidine, N-ethylpiperidine, polyamine resins and the like. See Berge et al
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following selected features:
  • Z 1 is L 1 -P, wherein L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -, as further defined herein, and P is a target protein binding moiety;
  • E 1 is selected from the group consisting of -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -;
  • E 2 is selected from the group consisting of -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -;
  • each R 8 is hydrogen;
  • each R 9 is hydrogen or two R 9 taken together are oxo;
  • R 1 is
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following selected features, provided they are not inconsistent:
  • A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X 1 , optionally substituted with one or more R 1 ;
  • A is a 6-membered heteroaryl comprising X 1 , selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R 1 ;
  • X 1 is C (R 5A ) or N;
  • Z 1 is L 1 -P;
  • P is a target protein binding moiety;
  • Z 1 is L 1 -G or Z 2 ;
  • Z 1 is L 1 -G ;
  • Z 1 is Z 2 ;
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x -, of any of the embodiments described herein;
  • G is a reactive functional group;
  • G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary
  • the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following preferred features, provided they are not inconsistent:
  • Z 1 is L 1 -P;
  • P is a target protein binding moiety;
  • Z 1 is L 1 -G or Z 2 ;
  • L 1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula -(J) x -, of any of the embodiments described herein;
  • G is a reactive functional group;
  • G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester;
  • G is a reactive functional group selected from NH 2 , COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs;
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting group;
  • Z 2 is hydrogen;
  • E 1 is a bond;
  • Preferred embodiments include embodiments E1 to E45, in each case including salts (including pharmaceutically acceptable salts) thereof.
  • A is C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X 1 ;
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • E 1 and E 2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u -, - (C (R 9 ) 2 ) u -, -C (O) -, -C (O) N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t C (O) N (R 8 ) -, -C (O
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 ;
  • Q 2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z 1 , C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 ;
  • each R 1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 10 , SR 10 , N (R 10 ) 2 , C (O) R 10 , OC (O) R 10 , C (O) OR 10 , C (O) N (R 10 ) 2 , N (R 10 ) C (O) R 10 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 11 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 12 ;
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 13 , SR 13 , N (R 13 ) 2 , C (O) R 13 , OC (O) R 13 , C (O) OR 13 , C (O) N (R 13 ) 2 , N (R 13 ) C (O) R 13 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 14 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 15 ;
  • each R 3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 16 , SR 16 , N (R 16 ) 2 , C (O) R 16 , OC (O) R 16 , C (O) OR 16 , C (O) N (R 16 ) 2 , N (R 16 ) C (O) R 16 , C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R 17A ;
  • each R 4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, C 3 -C 6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E 3 -C 3 -
  • each E 3 is independently selected from the group consisting of -N (R 20 ) -, - (C (R 21 ) 2 ) y -N (R 20 ) -, -N (R 20 ) - (C (R 21 ) 2 ) y -, -O-, - (C (R 21 ) 2 ) y -O-, -O- (C (R 21 ) 2 ) y -, and - (C (R 21 ) 2 ) z -;
  • R 5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 22 , N (R 22 ) 2 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • R 5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e , or two R 9 taken together are oxo;
  • each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 17A and R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, C 1 -C 6 alkenyl, C 2 -C 6 alkynyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 heteroalkyl, C 1 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocycly
  • each R 19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more R e , or two R 21 taken together are oxo;
  • R 22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R a , R b , and R c is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R d is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • each R e is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • n is an integer from 0 to 6;
  • t is an integer from 1 to 4.
  • u is an integer from 1 to 5;
  • y is an integer from 1 to 3;
  • z is an integer from 1 to 4.
  • Z 1 is selected from the group consisting of L 1 -P, L 1 -G, and Z 2 , wherein:
  • L 1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker
  • P is a target protein binding moiety
  • G is a reactive functional group
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting group
  • the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  • A is a 6-membered heteroaryl comprising X 1 , selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R 1 .
  • E5 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E4, wherein: E 1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) - and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • E6 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E5, wherein: E 1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH- and -NH (CH 2 ) t -.
  • E8 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E6, wherein: E 1 is -NH-.
  • E9 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E8, wherein: E 2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, -C (O) N (R 8 ) -, and -N (R 8 ) C (O) -.
  • E10 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E8, wherein: E 2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH-, -NH (CH 2 ) t -, -C (O) NH-and -NHC (O) -.
  • R 4 is independently selected from the group consisting of C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, and E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, and each said C 6 -C 10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted by one or more R 18 .
  • R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted by one or more R 17B .
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, C 1 -C 6 alkyl, OR c , andN (R c ) 2 .
  • E27 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E26, wherein: E 3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH 2 ) y -NH-, -NH- (CH 2 ) y and - (CH 2 ) z -.
  • each R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester; preferably, G is a reactive functional group selected from NH 2 , COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs.
  • E34 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E29, E32 or E33, wherein: Z 2 is hydrogen.
  • E36 The compound or salt of any one of embodiments E1 to E28 or E35, wherein: P is a target protein binding moiety that binds to CBP, p300, TrkA, TrkB, TrkC, CDK4, CDK6, CDK9, cyclin D, BRD4, ER ⁇ , or a combination thereof.
  • a pharmaceutical composition comprising the compound or salt of any one of embodiments E1 to E28 or E35 to E37 and a pharmaceutically acceptable excipient.
  • a method of treatment comprising administering an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments E1 to E37, or the pharmaceutical composition of embodiment E38 to a subject in need thereof.
  • a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell comprising contacting the cell with an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments E1 to E37, or the pharmaceutical composition of embodiment E38 to the cell (wherein the cell may be in a subject) .
  • E41 The method of E40, wherein the cell is a cancer cell (wherein the cancer cell may be in a subject) .
  • E44 A compound or salt of any one of embodiment E43, wherein the cell is a cancer cell (wherein the cancer cell may be in a subject) .
  • a method of making a heterobifunctional compound comprising conjugating a compound or salt of any one of embodiments E1 to E34 to a target protein binding moiety via a linker.
  • Additional preferred embodiments include embodiments F1 to F47, in each case including salts (including pharmaceutically acceptable salts) thereof.
  • A is C 6 -C 10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X 1 ;
  • X 1 is C (R 5A ) , N, N (R 5B ) , O or S;
  • Y 1 is C (R 6 ) or N;
  • Y 1 is O and Z 1 is null
  • Y 2 is C (R 7 ) or N;
  • E 1 and E 2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) u -, -O-, - (C (R 9 ) 2 ) t O-, -O- (C (R 9 ) 2 ) t -, - (C (R 9 ) 2 ) t O (C (R 9 ) 2 ) u -, - (C (R 9 ) 2 ) u -, -C (O) -, -C (O) N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t C (O) N (R 8 ) -, -C (O
  • Y 3 is N, C (R 3 ) or C (R 4 ) ;
  • Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 ;
  • Q 2 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C 3 -C 11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R 2 andoptionally further substituted with Z 1 ;
  • each R 1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 10 , SR 10 , N (R 10 ) 2 , C (O) R 10 , OC (O) R 10 , C (O) OR 10 , C (O) N (R 10 ) 2 , N (R 10 ) C (O) R 10 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 11 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 12 ;
  • each R 2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR 13 , SR 13 , N (R 13 ) 2 , C (O) R 13 , OC (O) R 13 , C (O) OR 13 , C (O) N (R 13 ) 2 , N (R 13 ) C (O) R 13 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R 14 , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R 15 ;
  • each R 3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR 16 , SR 16 , N (R 16 ) 2 , C (O) R 16 , OC (O) R 16 , C (O) OR 16 , C (O) N (R 16 ) 2 , N (R 16 ) C (O) R 16 , C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl, C 2 -C 6 alkenyl, and C 2 -C 6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R 17A ;
  • each R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) - (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) - (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, C 3 -C 6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E 3 -C 3 -C 6 cycloalkyl, and E 3 -3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted with one or more R 17B , each said C 6 -C
  • each E 3 is independently selected from the group consisting of -N (R 20 ) -, - (C (R 21 ) 2 ) y -N (R 20 ) -, -N (R 20 ) - (C (R 21 ) 2 ) y -, -O-, - (C (R 21 ) 2 ) y -O-, -O- (C (R 21 ) 2 ) y -, and - (C (R 21 ) 2 ) z -;
  • R 5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR 22 , N (R 22 ) 2 , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • R 5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • R 6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 23 , N (R 23 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • R 7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR 24 , N (R 24 ) 2 , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e , or two R 9 taken together are oxo;
  • each R 10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR a , SR a , N (R a ) 2 , C (O) R a , OC (O) R a , C (O) OR a , C (O) N (R a ) 2 , N (R a ) C (O) , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR b , SR b , N (R b ) 2 , C (O) R b , OC (O) R b , C (O) OR b , C (O) N (R b ) 2 , N (R b ) C (O) R b , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R 17A and R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6- membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR c , SR c , N (R c ) 2 , C (O) R c , OC (O) R c , C (O) OR c , C (O) N (R c ) 2 , N (R c ) C (O) R c , and C 1 -C 6 alkyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d ;
  • each R 20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more R e ;
  • each R 21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C 1 -C 6 alkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C 1 -C 6 alkyl is optionally substituted with one or more R d , and each said C 3 -C 6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more R e , or two R 21 taken together are oxo;
  • each R 22 , R 23 and R 24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 6 alkyl, C 1 -C 6 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R a , R b , and R c is independently selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 3 -C 6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
  • each R d is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • each R e is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C 1 -C 4 alkyl, C 1 -C 4 fluoroalkyl, C 1 -C 4 alkoxy, oxo, NH 2 , NH (C 1 -C 4 alkyl) and N (C 1 -C 4 alkyl) 2 ;
  • n is an integer from 0 to 6;
  • n is an integer from 0 to 4.
  • p is an integer from 0 to 3;
  • q is an integer from 1 to 3;
  • r is an integer from 0 to 4.
  • s is an integer from 0 to 2;
  • t is an integer from 1 to 4.
  • u is an integer from 1 to 5;
  • y is an integer from 1 to 3;
  • z is an integer from 1 to 4.
  • Z 1 is selected from the group consisting of L 1 -P, L 1 -G, and Z 2 , wherein:
  • L 1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker
  • P is a target protein binding moiety
  • G is a reactive functional group
  • Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen, C 1 -C 4 alkyl, and an amine protecting group; or Z 2 is absent when Y 1 is O;
  • the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  • A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X 1 , optionally substituted with one or more R 1 ;
  • A is a 6-membered heteroaryl comprising X 1 , selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R 1 .
  • E 1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) - and -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -.
  • F6 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F5, wherein: E 1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH- and -NH (CH 2 ) t -.
  • F8 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F6, wherein: E 1 is -NH-.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R 8 ) -, - (C (R 9 ) 2 ) t N (R 8 ) -, -N (R 8 ) (C (R 9 ) 2 ) t -, -C (O) N (R 8 ) -, and -N (R 8 ) C (O) -.
  • E 2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH 2 ) t NH-, -NH (CH 2 ) t -, -C (O) NH-and -NHC (O) -.
  • F16 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F15, wherein: Q 1 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y 3 , each optionally substituted with one or more R 3 andoptionally further substituted with one or more R 4 .
  • F17 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F16, wherein: Y 3 is N.
  • F18 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F16, wherein: Y 3 is C (R 3 ) or C (R 4 ) .
  • Q 1 is optionally substituted by one or more R 3 .
  • F20 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F19, wherein: Q 2 is C 3 -C 11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R 2 and substituted with Z 1 .
  • R 4 is independently selected from the group consisting of C 6 -C 10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E 3 -C 6 -C 10 aryl, and E 3 -5-to 10-membered heteroaryl, and each said C 6 -C 10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted by one or more R 18 .
  • R 4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkenyl) , C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , (C 1 -C 6 alkylene) -N (R 16 ) C (O) (C 2 -C 6 alkynyl) , and each said C 2 -C 6 alkenyl and C 2 -C 6 alkynyl is optionally substituted by one or more R 17B .
  • each R 18 is independently selected from the group consisting of halogen, C 1 -C 6 alkyl, OR c , andN (R c ) 2 .
  • F29 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F28, wherein: E 3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH 2 ) y -NH-, -NH- (CH 2 ) y and – (CH 2 ) z -.
  • each R 17B is independently selected from the group consisting of fluoro, OR c , andN (R c ) 2 .
  • F31 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F30, wherein: Z 1 is L 1 -G or Z 2 ; and G is a reactive functional group.
  • G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester; preferably G is a reactive functional group selected from NH 2 , COOH, halogen, hydroxy, Oms, or OTs.
  • F35 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F31 or F34, wherein: Z 2 is selected from the group consisting of hydrogen and an amine protecting group.
  • F36 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F31, F34 or F35, wherein: Z 2 is hydrogen.
  • F38 The compound or salt of any one of embodiments F1 to F30 or F37, wherein: P is a target protein binding moiety that binds to CBP, p300, TrkA, TrkB, TrkC, CDK4, CDK6, CDK9, cyclin D, BRD4, ER ⁇ , or a combination thereof.
  • a pharmaceutical composition comprising the compound or salt of any one of embodiments F1 to F39 and a pharmaceutically acceptable excipient.
  • a method of treatment comprising administering an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments F1 to F39, or the pharmaceutical composition of embodiment F40 to a subject in need thereof.
  • a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell comprising contacting the cell with an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments F1 to F39, or the pharmaceutical composition of embodiment F40 to the cell (wherein the cell may be in a subject) .
  • a method of making a heterobifunctional compound comprising conjugating a compound or salt of any one of embodiments F1 to F36 to a target protein binding moiety via a linker.
  • Non-limiting examples of compound synthesis schemes are provided below.
  • reaction mixture was stirred at 100 °C for 6 h under N 2 . After cooling down to rt, the reaction mixture was quenched with water (10 mL) and extracted with brine (10 mL ⁇ 3) . The combined organic layers were dried over Na 2 SO 4 , filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (29.3 mg, 14%yield) as a yellow oil in FA salt form.
  • Example B6 1- (6- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-007)

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Plural Heterocyclic Compounds (AREA)

Abstract

Provided herein are compounds, pharmaceutical compositions, and methods for binding or modulating a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein. In some aspects, the compound induces proteasomal degradation of a target protein.

Description

MODIFIED PROTEINS AND PROTEIN BINDERS AND DEGRADERS
CROSS-REFERENCE
This application claims the benefit of PCT Application No. PCT/CN2022/119083, filed September 15, 2022, which application is incorporated herein by reference in its entirety.
SEQUENCE LISTING
The instant application contains a Sequence Listing which has been submitted electronically in XML file format and is hereby incorporated by reference in its entirety. Said XML copy is entitled 54922_712_602_SL. xml, was created on September 11, 2023 and is 2,985 bytes in size.
BACKGROUND OF THE INVENTION
The present invention relates to compounds, pharmaceutical compositions, modified proteins and protein-ligand complexes, and methods for binding or modulating a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein, which may be useful for biotechnology applications such as selective degradation of a target protein, molecular glues, or anti-microbial drugs.
The ubiquitin pathway plays a critical role in the regulation of most cellular processes via an enzymatic cascade, where E1 and E2 enzymes catalyze the activation and conjugation of ubiquitin, and E3s confer reaction specificity through substrate recruitment (Hershko and Ciechanover, 1998; Pickart, 2004) . Cullin RING E3 ligases (CRLs) are the largest family of E3 ubiquitin ligases. In the CRL ligase complexes, cullin serves as a scaffold to bind small RING finger protein ROC1 or ROC2 (RBX1 or RBX2) through a C-terminal domain and a linker-substrate receptor dimer or a substrate receptor directly through an N-terminal domain. Mammalian cells express nine distinct cullins, including two cullin 4 (CUL4) proteins: CUL4A and CUL4B, which use DNA damage-binding protein 1 (DDB1) as the linker. DDB1 bridges the interaction between CUL4 and a subset of DDB1 binding WD40 repeat proteins (DWD or DCAFs for DDB1 cullin associated factors) . These DCAF proteins function as substrate receptors to target specific substrates to the CRL4 E3 complexes (Jackson and Xiong, 2009) . One of the most abundant DCAF proteins is DCAF1 (also known as VprBP) .
DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) is evolutionarily conserved in mammals, Drosophila, Xenopus, C. elegans, and Arabidopsis, but has no apparent homolog in yeast (Nakagawa et al., 2013; Schabla et al., 2019) . It is ubiquitously expressed in all tissues and organs that have been examined (Zhang et al., 2001) . Genetic analyses revealed an essential function of DCAF1 during embryonic development in plants, flies, and mammals, resulting in developmental arrest at the globular stage of Arabidopsis (Zhang et al., 2008) , late pupal stage in Drosophila (Tamori et al., 2010) and early embryonic lethality in mice (McCall et al., 2008) , respectively. DCAF1 is an example of an E3 ubiquitin ligase.
DCAF1 was first identified as the HIV-1 accessory viral protein R (Vpr) binding protein (Zhang et al., 2001; Zhao et al., 1994) , and was subsequently shown to associate with a DDB1-CUL4- ROC1 E3 ubiquitin ligase (CRL4) (Angers et al., 2006; He et al., 2006; Jin et al., 2006) . DCAF1 contains multiple functional domains, including a putative protein kinase-like domain (Kim et al., 2013) , a chromo domain functions as a mono-methylated substrate recognition pocket (Lee et al., 2012) , a putative LisH motif required for dimerization and interacting with H3 Tail (Ahn et al., 2011; Kim et al., 2012) , a promiscuous α-helical motif H-box required for binding to DDB1 (Fischer et al., 2011; Li et al., 2010) , a WD40 repeat region required for binding to DDB1, and an acidic-domain providing interactions with additional protein (Huang and Chen, 2008; Wang et al., 2016) . DCAF1 ligands have the potential to be used as anti-viral agents.
Many viral proteins exploit the ubiquitin ligase activity of CRL4 to degrade cellular proteins for creating favorable condition to viruses (Viswanathan et al., 2010) . Viral hijacking of DCAF1 is most extensively studied. HIV-1 accessory protein Vpr has been shown to cause G2 cell cycle arrest in host cells, and several studies revealed that CRL4DCAF1 E3 ligase is required by targeting cellular substrates for proteasome-mediated degradation (Belzile et al., 2007; Hrecka et al., 2007; Le Rouzic et al., 2007; Tan et al., 2007; Wen et al., 2007) . Multiple anti-viral factors were identified as the substrates for Vpr-directed degradation through CRL4DCAF1 E3 ligase, including uracil DNA glycosylases UNG2 and SMUG1 (single-strand-selective monofunctional uracil-DNA glycosylase 1) (Ahn et al., 2010; Schrofelbauer et al., 2005) , transcriptional regulators ZIP and sZIP (Maudet et al., 2013) , dsRNA endoribonuclease Dicer (Casey Klockow et al., 2013) , DNA endonuclease MUS81 (Laguette et al., 2014) , DNA deaminase APOBEC3G (Zhou et al., 2015) , DNA replication factor MCM10 (Romani et al., 2015) , HLTF (Helicase-like transcription factor) (Zhou et al., 2017) , and Methylcytosine dioxygenase TET2 (Lv et al., 2018) . HIV-2 and related SIV encode another accessory protein, Vpx. Vpx shares high similarity with Vpr, and binds to DCAF1 E3 ligase (Srivastava et al., 2008) . Vpx was reported to reduce dNTP triphosphohydrolase SAMHD1 degradation through CRL4DCAF1 E3 ligase (Hrecka et al., 2011; Laguette et al., 2011) . From structural analyses, viral proteins Vpr and Vpx bind to the C-terminal WD40 motifs of DCAF1 (Schwefel et al., 2014; Wu et al., 2016) .
Small molecules that bind to DCAF1 have recently been reported and interest in using DCAF1 binders for targeted protein degradation has been described. See, e.g., International Publication No. WO 2022/194087, published Sept. 22, 2022; Cyclica/Structural Genomics Consortium (SGC) , Designing chemical probes for DCAF1 using MatchMakerTM, dated Apr. 28, 2022, available at https: //cyclicarx. com/wp-content/uploads/2022/06/Cyclica_case_DCAF1. pdf (describing N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (CYCA-117-70) and N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine (CYCA-117-113) , and co-crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with CYCA-117-70 (PDB code: 7SSE, released Dec. 15, 2021) ; A.S.M. Li et al., Discovery of Nanomolar DCAF1 Small Molecule Ligands, J. Med. Chem. (2023) , 66: 5041-5060; M. Shroder et al., Reinstating targeted protein degradation with DCAF1 PROTACs in CRBN PROTAC resistant settings, bioRxiv, posted Apr. 9, 2023, doi: https: //doi. org/10.1101/2023.04.09.536153; A. Vulpetti et al., Discovery of New Binders of DCAF1, an Emerging Ligase Target in the Targeted Protein Degradation Field, ACS Med. Chem. Lett. (2023) , 14: 949- 954; X. Han &Y. Sun, PROTACS: A novel strategy for cancer discovery and development, MedComm (2020) , 2023 May 29; 4: e290, doi: 10.1002/mco2.290.
There remains a need to discover DCAF1 ligands for binding or modifying proteins. A need exists in the medicinal arts for compounds and compositions capable of selective modulation or targeted degradation of proteins.
SUMMARY OF THE INVENTION
Described herein are modified proteins and protein-ligand complexes. The modified proteins and protein-ligand complexes of some embodiments are useful for biotechnology applications such as selective modulation of a protein.
Described herein are ligands that can bind to DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) . The DCAF1 binding ligands are useful for biotechnology applications such as selective modulation of DCAF1.
Further described herein are monofunctional and heterobifunctional compounds comprising a DCAF1 binding ligand. Monofunctional compounds may be useful as synthetic intermediates for the preparation of heterobifunctional compounds comprising a DCAF1 binding moiety conjugated to a target protein binding moiety via a linker. Heterobifunctional compounds may be useful for the targeted degradation of a protein of interest.
In one aspect, provided herein is a compound of Formula (I) ,
or a salt thereof, wherein:
A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1;
X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-, - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) -, - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) -, -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t-, and  - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-;
Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4;
Q2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z1, C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1;
each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12;
each R2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15;
each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A;
each R4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19;
each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-;
R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted  with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo;
each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R14is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R15is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, C2-C6 alkynyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more Re;
each R21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more Re, or two R21 taken together are oxo;
R22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
m is an integer from 0 to 6;
t is an integer from 1 to 4;
u is an integer from 1 to 5;
y is an integer from 1 to 3;
z is an integer from 1 to 4; and 
Z1 is selected from the group consisting of L1-P, L1-G, and Z2, wherein:
L1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker;
P is a target protein binding moiety;
G is a reactive functional group; and
Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group;
with the proviso that the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
In compounds of Formula (I) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4. Each Q1 may be a monocyclic, spirocyclic, fused or bridged C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R3 and optionally further substituted with one or more R4.
In some embodiments of Formula (I) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, having the structure of Formula (IV) :
wherein:
*is the point of attachment to E1;
Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
r is an integer from 0 to 4; and
s is an integer from 0 to 2.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , Formula (IVb) and Formula (IVc) :
wherein:
*is the point of attachment to E1;
Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
Y4 is N (R3) , N (R4) , C (R3) 2 , C (R3) (R4) or C (R4) 2;
each A1, B1, C1 and D1 is independently selected from the group consisting of null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2, N (R3) , N (R4) , C (R3) 2 , C (R3) (R4) and C (R4) 2;
r is an integer from 0 to 4;
s is an integer from 0 to 2; and
each v1, w1, v2, w2, v3, w3, v4, and w4 is independently an integer from 0 to 5.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVb) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVc) .
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , compounds comprising a moiety of Formula (IVa) , Formula (IVb) or Formula (IVc) have 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following selected features, provided they are not inconsistent. In some embodiments, Y3 is N. In some embodiments, Y3 is C (R3) or C (R4) . In some embodiments, Y4 is N (R4) . In some embodiments, Y4 is N (R3) . In some embodiments, Y4 is C (R3) 2, C (R3) (R4) or C (R4) 2. In some embodiments, Y3 is N and Y4 is N (R4) . In some embodiments, Y3 is N and Y4 is N (R3) . In some embodiments, Y3 is N and Y4 is C (R3) 2, C (R3) (R4) or C (R4) 2. In some embodiments, Y3 is C (R3) or C (R4) , and Y4 is N (R4) . In some embodiments, Y3 is C (R3) or C (R4) , and Y4 is N (R3) . In some embodiments, Y3 is C (R3) or C (R4) , and Y4 is C (R3) 2, C (R3) (R4) or C (R4) 2. In some embodiments, each A1, B1, C1 and D1 is independently C (R3) 2, C (R3) (R4) or C (R4) 2. In some embodiments, one or more of A1, B1, C1 and D1 is independently null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2, N (R3) , or N (R4) . In some embodiments, r is an integer from 0 to 1. In some embodiments, s is an integer from 0 to 1. In some embodiments, each v1, w1, v2, w2, v3, w3, v4, and w4 is independently an integer from 1 to 2. In some embodiments, v1 is 1 and w1 is 2. In some embodiments, v1 is 1 and w1 is 1. In some embodiments, v1 is 2 and w1 is 2. In some embodiments, v2 is 1 and w2 is 2. In some embodiments, v2 is 1 and w2 is 1. In  some embodiments, v2 is 2 and w2 is 2. In some embodiments, the sum of v1 and w1 is 2 to 4. In some embodiments, the sum of v2 and w2 is 2 to 4. In some embodiments, v3 is 1 and w3 is 2. In some embodiments, v3 is 1 and w3 is 1. In some embodiments, v3 is 0 and w3 is 2. In some embodiments, v4 is 1 and w4 is 2. In some embodiments, v4 is 1 and w4 is 1. In some embodiments, v4 is 0 and w4 is 2. In some embodiments, v4 is 2 and w4 is 1. In some embodiments, v4 is 2 and w4 is 0.
In compounds of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z1, C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1.
In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1. Each Q2 may be a monocyclic, spirocyclic, fused or bridged C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R2 and optionally further substituted with Z1. In some embodiments, Q2 is selected from the group consisting of C3-C8 cycloalkyl and 3-to 8-membered heterocycle, wherein each said C3-C8 cycloalkyl and 3-to 8-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1. In some such embodiments, Z1 is L1-P. In some such embodiments, Z1 is L1-G. In other such embodiments, Z1 is Z2.
In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1 wherein Z1 is L1-P. In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 andsubstituted with Z1 wherein Z1 is L1-G. In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 andsubstituted with Z1 wherein Z1 is Z2.
In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (Va) , Formula (Vb) and Formula (Vc) :
wherein:
#is the point of attachment to E2;
Y1 is C (R6) or N; or
Y1 is O and Z1 is null;
Y2 is C (R7) or N;
R6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR23, N (R23) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
R7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR24, N (R24) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
R23 and R24 are independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
each A2, B2, C2 and D2 is independently selected from the group consisting of null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2, N (R2) , and C (R2) 2;
n is an integer from 0 to 4; and
each v5, w5, v6, w6, v7, w7, v8, and w8 is independently an integer from 0 to 5.
In some embodiments of Formula (I) , compounds comprising a moiety of Formula (Va) , Formula (Vb) or Formula (Vc) have 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following selected features, provided they are not inconsistent. In some embodiments, Y1 is N. In some embodiments, Y1 is C (R6) . In some embodiments, Y1 is O . In some embodiments, Y2 is N. In some embodiments, Y2 is C (R7) . In some embodiments, Y1 is N and Y2 is N. In some embodiments, Y1 is N and Y2 is C (R7) . In some embodiments, Y1 is C (R6) and Y2 is N. In some embodiments, Y1 is C (R6) and Y2 is C (R7) . In some embodiments, Y1 is O and Y2 is C (R7) . In some embodiments, Y1 is O and Y2 is N. In some embodiments, each A2, B2, C2 and D2 is independently C (R2) 2. In some embodiments, one or more of A2, B2, C2 and D2 is independently null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2 or N (R2) . In some embodiments, n is an integer from 0 to 1. In some embodiments, n is 0. In some embodiments, n is 1. In some embodiments, each v5, w5, v6, w6, v7, w7, v8, and w8 is independently an integer from 1 to 3. In some embodiments, v5 is 1 and w5 is 1. In some embodiments, v5 is 1 and w5 is 2. In some embodiments, v5 is 2 and w5 is 1. In some embodiments, v5 is 2 and w5 is 2. In some embodiments, v5 is 0 or 1 and w5 is 3. In some embodiments, v5 is 3 and w5 is 0 or 1. In some embodiments, v5 is 0 and w5 is 4. In some embodiments, v5 is 4 and w5 is 0. In some embodiments, v6 is 1 and w6 is 1. In some embodiments, v6 is 1 and w6 is 2. In some embodiments, v6 is 2 and w6 is 1. In some embodiments, v6 is 2 and w6 is 2. In some embodiments, v6 is 0 or 1 and w6 is 3. In some embodiments, v6 is 3 and w6 is 0 or 1. In some embodiments, v6 is 0 and w6 is 4. In some embodiments, v6 is 4 and w6 is 0. In some embodiments, the sum of v5 and w5 is 2 to 4. In some embodiments, the sum of v6 and w6 is 2 to 4. In some embodiments, v7 is 1 and w7 is 1. In some embodiments, v7 is 1 and w7 is 2. In some embodiments, v7 is 2 and w7 is 1. In some embodiments, v7 is 0 and w7 is 2 or 3. In some embodiments, v7 is 2 or 3 and w7 is 0. In some embodiments, v8 is 1 and w8 is 1. In some embodiments, v8 is 1 and w8 is 2. In some embodiments, v8 is 2 and w8 is 1. In some embodiments, v8 is 0 and w8 is 2 or 3. In some embodiments, v8 is 2 or 3 and w8 is 0. In some embodiments, the sum of v7 and w7 is 2 to 3. In some embodiments, the sum of v8 and w8 is 2 to 3.
In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered  heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1. In some embodiments of Formula (I) , Q2 is C3-C11 cycloalkyl optionally substituted with one or more R2 and optionally further substituted with Z1. In some embodiments of Formula (I) , Q2 is 3-to 11-membered heterocycle optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1. In some such embodiments, Z1 is L1-P. In some such embodiments, Z1 is L1-G. In other such embodiments, Z1 is Z2.
In some embodiments of Formula (I) , Q2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, and CN.
In some embodiments of Formula (I) , Q2 is Z1. In some such embodiments, Z1 is L1-P. In some such embodiments, Z1 is L1-G. In other such embodiments, Z1 is Z2.
In another aspect, provided herein is a compound of Formula (II) ,
or a salt thereof, wherein:
A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1;
X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
Y1 is C (R6) or N; or
Y1 is O and Z1 is null;
Y2 is C (R7) or N;
E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-, - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) -, - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) -, -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t-, and - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-;
Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4;
Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1;
each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more  R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12;
each R2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15;
each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A;
each R4 is independently selected from the group consisting of C (O) - (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) - (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19;
each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-;
R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
R6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR23, N (R23) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
R7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR24, N (R24) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted  with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo;
each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R14is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R15is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more Re;
each R21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more Re, or two R21 taken together are oxo;
each R22, R23 and R24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
m is an integer from 0 to 6;
n is an integer from 0 to 4;
p is an integer from 0 to 3;
q is an integer from 1 to 3;
r is an integer from 0 to 4;
s is an integer from 0 to 2;
t is an integer from 1 to 4;
u is an integer from 1 to 5;
y is an integer from 1 to 3;
z is an integer from 1 to 4; and
Z1 is selected from the group consisting of L1-P, L1-G, and Z2, wherein:
L1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker;
P is a target protein binding moiety;
G is a reactive functional group; and
Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting
group; or Z2 is absent when Y1 is O;
with the proviso that the compound of Formula (II) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1. Ring A may be monocyclic or may form part of a fused C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl. In each case, A is optionally substituted with one or more R1 as described herein. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , A is C6-C10 aryl or 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , A is a 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , ring A is a 6- membered heteroaryl comprising X1, selected from pyridine, pyrimidine, pyrazine, pyridazine, or triazine, optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, A is pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R1.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is C (R5A) or N. In some embodiments, X1 is C (R5A) or N, and the ring comprising X1 is a 6-membered heteroaryl. In some embodiments, X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S, and the ring comprising X1 is a 5-membered heteroaryl. Each said 5-membered or 6-membered heteroaryl comprising X1 may be monocyclic (i.e., A is a 5-membered or 6-membered heteroaryl, respectively) , or may form part of a fused 5-to 10-membered heteroaryl, in each case wherein A is optionally substituted with one or more R1.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine, pyrimidine, pyrazine, or triazine, and each said 6-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine or pyrimidine, each optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is N, and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyrimidine optionally substituted with one or more R1. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is C (R5A) , and A is a 6-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is C (R5A) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine, pyrimidine, pyridazine or triazine, and each said 6-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is C (R5A) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine, pyrimidine, or pyridazine. In some such embodiments, X1 is C (R5A) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine or pyrimidine optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is C (R5A) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyridine optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is C (R5A) , and A is a 6-membered heteroaryl selected from pyrimidine optionally substituted with one or more R1.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S, and A is a 5-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S, and A is a 5-membered heteroaryl selected from pyrrole, pyrazole, imidazole, thiophene, thiazole, isothiazole, furan, oxazole, isoxazole, thiadiazole, and oxadiazole, and each said 5-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R1.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , A is a C6-C10 aryl or 5-to 6-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
or a tautomeric form thereof, wherein:
*is the point of attachment to E1;
#is the point of attachment to E2;
when the ring comprising X1 is a 6-membered heteroaryl:
X1 is C (R5A) or N; and
each of X2, X3, and X4 is independently C (R5A) or N;
provided at least one of X1, X2, X3, or X4 is not C (R5A) ; or
when the ring comprising X1 is a 5-membered heteroaryl:
X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S; and
each of X2 and X3 is independently C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
provided at least one of X1, X2, or X3 is not C (R5A) ; or
when the ring comprising X1 is a C6-C10 aryl:
X1 is C (R5A) ; and
each of X2, X3, and X4 is independently C (R5A) ; and
each said C6-C10 aryl and 5-to 6-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R1.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , A is a 9-to 10-membered heteroaryl optionally substituted with one or more R1. In some such embodiments, A is a 9-to 10-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
or a tautomeric form thereof, wherein:
*is the point of attachment to E1;
#is the point of attachment to E2;
when the ring comprising X1 is a 6-membered heteroaryl:
X1 is C (R5A) or N;
X2, X3 and X4 are independently C, C (R5A) or N;
each X5 is independently C (R5A) , N, N (R5B) , O or S; and 
each X6 is independently C (R5A) or N, provided at least one X6 is C (R5A) ;
when the ring comprising X1 is a 5-membered heteroaryl:
X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
X2 and X3 are independently C or N; and
each X6 is independently C (R5A) or N, provided at least one X6 is C (R5A) ; and
provided at least one of X1, X2, X3, X4, X5, or X6 is not C (R5A) ; and
each said 9-to 10-membered heteroarylis optionally substituted with one or more R1.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is C (R5A) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is N. In some embodiments, X1 is N (R5B) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , X1 is O or S. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , one or more of X1, X2, X3, X4, X5, or X6 is C (R5A) . In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , one or more of X1, X2, X3, X4, X5, or X6 is N. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , two or more of X1, X2, X3, X4, X5, or X6 is N.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re. In some embodiments, R5A is hydrogen. In some embodiments, R22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, and C1-C6 fluoroalkyl. In some embodiments, R22 is hydrogen.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6- membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re. In some embodiments, R5B is hydrogen or C1-C6 alkyl. In some embodiments, R5B is hydrogen or C1-C4 alkyl.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , A is a C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
or a tautomeric form thereof, wherein:
*is the point of attachment to E1;
#is the point of attachment to E2; and 
each said C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R1.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , m is an integer from 0 to 6. In some embodiments, m is an integer from 0 to 4. In some embodiments, m is an integer from 0 to 2. In some embodiments, m is an integer from 0 to 1. In frequent embodiments of Formula (I) or Formula (II) , m is 0.In compounds of Formula (II) , n is an integer from 0 to 4. In some embodiments, n is an integer from 0 to 2. In some embodiments, n is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , n is 0. In some embodiments of Formula (II) , m is an integer from 0 to 1 and n is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , m is 0 and n is 0.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12. In some embodiments, m is 0 (i.e., R1 is absent) . In some embodiments, R1 is independently selected from the group consisting of halogen, OR10, N (R10) 2, and C1-C6 alkyl. In some embodiments, R1 is halogen (preferably fluoro) or C1-C6 alkyl. In some embodiments, R1 is C1-C6 alkyl. In some embodiments, R1 is halogen (preferably fluoro) . In some embodiments, m is an integer from 0 to 1. In some embodiments, m is 1. In some such embodiments, m is 1 and R1 is independently selected from the group consisting of halogen, OR10, N (R10) 2, and C1-C6 alkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C6 alkyl. In some embodiments, each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re. In some embodiments, each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, ORa, and N (Ra) 2. In some such embodiments, each Ra is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd. In some embodiments, each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, ORa, N (Ra) 2 and C1-C6 alkyl. In some such embodiments, each Ra is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (II) , Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1. In frequent embodiments of Formula (II) , Q2 is C3-C8 cycloalkyl or 3-to 8-membered heterocycle, wherein each said C3-C8 cycloalkyl and 3-to 8-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1. In some embodiments, Z1 is L1-P. In other embodiments, Z1 is L1-G. In further embodiments, Z1 is Z2.
Ring Q2 of Formula (II) comprises ring atoms Y1 and Y2, defined as described herein. In compounds of Formula (II) , Y1 is C (R6) or N; or Y1 is O and Z1 is null. In compounds of Formula (II) , Y2 is C (R7) or N. In frequent embodiments of Formula (II) , Y1 is C (R6) or N. In some embodiments, Y1 is N and Y2 is N. In some embodiments, one of Y1 and Y2 is N, and the other is C (R6) or C (R7) , respectively. In some embodiments, Y1 is C (R6) and Y2 is N. In some embodiments, Y1 is N and Y2 is C (R7) . In some embodiments, Y1 is C (R6) and Y2 is C (R7) .
In some embodiments of Formula (II) , R6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR23, N (R23) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd. In frequent embodiments, R6 is hydrogen. In some embodiments of Formula (II) , R7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR24, N (R24) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd. In frequent embodiments, R7 is hydrogen. In some embodiments, each of R6 and R7 is hydrogen. In some such embodiments, each R23 and R24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, and C1-C6 fluoroalkyl. In some embodiments, each R23 and R24 is hydrogen.
In some embodiments of Formula (II) , Y1 is O, with the proviso that the compound is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine. In embodiments of Formula (II) when Y1 is O, Z1 is Z2 and Z2 is absent . In some embodiments of Formula (II) , Y1 is not O.
In compounds of Formula (II) , p is an integer from 0 to 3. In some embodiments, p is an integer from 0 to 2. In compounds of Formula (II) , q is an integer from 1 to 3. In some embodiments, q is an integer from 1 to 2. In some embodiments of Formula (II) , the sum of p and q is an integer from 3 to 4, such that the ring comprising Y1 and Y2 is a C5-C6 cycloalkyl or 5-to 6-membered heterocyclyl ring, optionally substituted with one or more R2. In some such embodiments, n is 0.
In compounds of Formula (I) , each R2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1- C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15. In some embodiments of Formula (I) , each R2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, OR13, N (R13) 2, and C1-C6 alkyl optionally substituted with one or more R14.
In compounds of Formula (II) , each R2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15. In some embodiments of Formula (II) , each R2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, OR13, N (R13) 2, and C1-C6 alkyl optionally substituted with one or more R14.
In some embodiments of Formula (II) , n is 0. In some embodiments of Formula (II) , n is 1 and each R2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, OR13, N (R13) 2, and C1-C6 alkyl optionally substituted with one or more R14. In some such embodiments, each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl and C1-C4 fluoroalkyl. In some embodiments, each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl. In some embodiments, R13 is hydrogen.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R14is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re. In some embodiments, each R14 is independently selected from the group consisting of fluoro, ORb, and N (Rb) 2. In some such embodiments, each Rb is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R15is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd. In some embodiments, each R15 is independently selected from the group consisting of fluoro, ORb, N (Rb) 2 and C1-C6 alkyl. In some such embodiments, each Rb is independently selected from the group consisting of hydrogen and C1-C4 alkyl.
In compounds of Formula (II) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4, as described. In compounds of Formula (II) , Q1 is represented as a cyclic moiety comprising Y3, having the structure of Formula (IV) :
wherein:
*is the point of attachment to E1;
Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
r is an integer from 0 to 4; and
s is an integer from 0 to 2.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, wherein Y3 is the ring atom attached to E1. In some embodiments, Y3 is N, C (R3) or C (R4) . Each Q1 may be a monocyclic, spirocyclic, fused or bridged C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R3 and optionally further substituted with one or more R4, as further described herein. In some embodiments, Y3 is N. In some embodiments, Y3 is C (R3) . In some embodiments, Y3 is C (R4) .
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u- , - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) - , - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) - , -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t- , and - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-and - (C (R9) 2) u-. In some embodiments, E1 is selected from the group consisting of a bond , -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , t is an integer from 1 to 4. In some embodiments, t is an integer from 1 to 2. In compounds of Formula (I) or Formula (II) , u is an integer from 1 to 5. In some embodiments, u is an integer from 1 to 3. In some embodiments, t is an integer from 1 to 2 and u is an integer from 1 to 3. In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each t and u (when present as part of E1 and/or E2) is independentlyselected.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is a bond. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is selected from the group consisting of -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-. In some embodiments, E1 is -N (R8) -. In some embodiments, E1 is -N (R8) (C (R9) 2) t-. In some embodiments, E1 is a bond, -NH-, -NHCH2-or -NH (CH2) 2-. In some such embodiments, each R8 is hydrogen. In some embodiments, each R9 is hydrogen, or two R9 taken together are oxo. In some such embodiments, each R9 is hydrogen. In some such embodiments, each R8 and R9 is hydrogen. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-and -NH (CH2) t-, and t is an integer from 1 to 4.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-and - (C (R9) 2) u-. In some embodiments, E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-.
In some such embodiments, each R8 is hydrogen. In some such embodiments, each R9 is hydrogen. In some such embodiments, each R8 and R9 is hydrogen. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-and -NH (CH2) t-, and t is an integer from 1 to 4.
In other embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, -C (O) N (R8) -and -N (R8) C (O) -. In some embodiments, E2 is a bond. In some embodiments, E2 is selected from the group consisting of -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-. In other embodiments, E2 is selected from the group consisting of -C (O) N (R8) -and -N (R8) C (O) -. In some such embodiments, each R8 is hydrogen. In some embodiments, each R9 is hydrogen. In some embodiments, two R9 taken together are oxo. In some such embodiments, each R8 and R9 is hydrogen. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -and t is an integer from 1 to 4.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo. In some such embodiments, each R8 is hydrogen. In some such embodiments, each R9 is hydrogen. In some such embodiments, each R8 and R9 is hydrogen.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is a bond, and Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle optionally substituted by one or more R3, and optionally further substituted with one or more R4.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-, and Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted by one or more R3, and optionally further substituted with one or more R4. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is selected from the group consisting of -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-, and Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted by one or more R3, and optionally further substituted with one or more R4.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R4, and optionally further substituted with one or more R3. In some embodiments of  Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R3, and optionally further substituted with one or more R4.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a C3-C11 cycloalkyl substituted with R4, and optionally further substituted with one or more R3. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a C3-C11 cycloalkyl substituted with R3, and optionally further substituted with one or more R4.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R3, wherein R3 is C1-C6 alkyl optionally further substituted with R17A. In some such embodiments, each R17A is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a C3-C11 cycloalkyl substituted with R3, wherein R3 is C1-C6 alkyl optionally further substituted with R17A. In some such embodiments, each R17A is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R4, wherein R4 is independently selected from the group consisting of C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, and E3-5-to 10-membered heteroaryl, and each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted with one or more R18 . In some such embodiments, each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, ORc, andN (Rc) 2. In some such embodiments, R18 is halogen, preferably fluoro. In some such embodiments, R18 is C1-C6 alkyl, preferably methyl. In some such embodiments, R18 is C1-C6 heteroalkyl, preferably hydroxymethyl. In some such embodiments, E3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH2) y-NH-, -NH- (CH2) y and - (CH2) z-.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R4, wherein R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B. In some such embodiments, each R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a C3-C11 cycloalkyl substituted with R4, wherein R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is a C3-C11 cycloalkyl substituted with R4, wherein R4 is independently selected from the group consisting of C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, and E3-5-to 10-membered heteroaryl, and each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted with one or more R18.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc,  C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re. In some embodiments, each R17A is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2. In some such embodiments, each R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc andN (Rc) 2.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, C2-C6 alkynyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re. In some embodiments, each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, N (Rc) 2, C1-C6 alkyl, and C1-C6 heteroalkyl. In some such embodiments, R18 is halogen, preferably fluoro. In some such embodiments, R18 is C1-C6 alkyl. In some such embodiments, R18 is C1-C6 heteroalkyl.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is a bond, Y3 is N, and Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, optionally substituted with one or more R3 and optionally further substituted with one or more R4.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is selected from the group consisting of:

or a stereoisomer thereof, wherein: *is the point of attachment to E1 ; and Q1 is optionally further substituted with one or more R3. In some such embodiments, E1 is a bond.
In some such embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is selected from the group consisting of:
or a stereoisomer thereof, wherein: *is the point of attachment to E1; and Q1 is optionally further substituted with one or more R3.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is -N (R8) -, Y3 is C (R3) , and Q1 is a C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, optionally substituted with one or more R3 and optionally further substituted with one or more R4. In some such embodiments, R8 is hydrogen and R3 is hydrogen.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , E1 is -N (R8) -, and Q1 is a C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle optionally substituted by one or more R3 and optionally further substituted with one or more R4.
In some such embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Q1 is selected from the group consisting of:
or a stereoisomer thereof, wherein: *is the point of attachment to E1; and Q1 is optionally further substituted with one or more R3. In some such embodiments, E1 is -N (R8) -, preferably -NH-.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , the moiety:
is selected from the group consisting of:
or a stereoisomer thereof, wherein:
is the point of attachment to A;
E1 is a bond, -NH-or -NHCH2-; and
Q1 is a 3-to 11-membered heterocycle substituted with R4, and optionally further substituted with one or more R3.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , the moiety:
is selected from the group consisting of:
or a stereoisomer thereof, wherein:
is the point of attachment to A.
In compounds of Formula (II) , r is an integer from 0 to 4. In some embodiments, r is an integer from 0 to 1. In compounds of Formula (II) , s is an integer from 0 to 2. In some embodiments, s is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , r is 0 (i.e., R3 is absent) . In some embodiments of Formula (II) , r is 1 (i.e., R3 is present) . In some embodiments of Formula (II) , s is 0 (i.e., R4 is absent) . In some embodiments of Formula (II) , s is 1 (i.e., R4 is present) . In some embodiments of Formula (II) , r is 0 (i.e., R3 is absent) and s is 1 (i.e., R4 is present) . In some embodiments of Formula (II) , r is an integer 1 and  s is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , s is an integer 1 and r is an integer from 0 to 1. In some embodiments of Formula (II) , r is an integer 1 and s is an integer 0.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl. In some embodiments, each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and C1-C4 fluoroalkyl.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , each R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and - (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B. In some such embodiments, each R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2. In some embodiments, each R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , and each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B. In some such embodiments, R4 is C (O) (C2-C6 alkenyl) . In some such embodiments, R4 is N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) .
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , each R4 is independently selected from the group consisting of C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, and E3-5-to 10-membered heteroaryl, wherein each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18. In some such embodiments, R4 is C6-C10 aryl or E3-C6-C10 aryl, wherein each said C6-C10 aryl is optionally substituted with one or more R18. In some such embodiments, R4 is 5-to 10-membered heteroaryl or E3-5-to 10-membered heteroaryl, wherein each said 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18. In some such embodiments, each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, C1-C6 alkyl, ORc, andN (Rc) 2. In some such embodiments, R18 is halogen or C1-C6 alkyl. In some such embodiments, R18 is halogen, preferably fluoro.  In some such embodiments, R18 is C1-C6 alkyl, preferably methyl. In some such embodiments, R18 is C1-C6 heteroalkyl, preferably hydroxymethyl
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , each R4 is independently selected from the group consisting of C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19. In some such embodiments, R4 is C3-C6 cycloalkyl or E3-C3-C6 cycloalkyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl is optionally substituted with one or more R19. In some such embodiments, R4 is 3-to 6-membered heterocyclyl or E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd. In some such embodiments, each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , (when present) each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-. In some embodiments, E3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH2) y-NH-, -NH- (CH2) y and - (CH2) z-.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Z1 is L1-P, wherein L1 is a bond or a bivalent chemical linker (e.g., a linker of Formula - (J) x-or Formula (III) ) , and P is a target protein binding moiety. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x-. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula (III) .
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , Z1 is L1-G, wherein L1 is a bond or a bivalent chemical linker (e.g., a linker of Formula - (J) x-or Formula (III) ) , and G is a reactive functional group. In some such embodiments, G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester. In some such embodiments, G is a reactive functional group selected from NH2, COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x-. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula (III) .
As used herein, the term “reactive functional group” refers to atoms, or associated groups of atoms, that are intended, or may reasonably be expected, to undergo chemical reaction. Examples of reactive functional groups include, but are not limited to, moieties comprising: α, β-unsaturated amides, α, β-unsaturated ketones, α, β-unsaturated acids, and α, β-unsaturated esters; α-halo amides, α-halo ketones, α-halo acids, and α-halo esters; protected or unprotected primary or secondary amines; carboxylic acids or derivatives thereof (e.g., carboxylate esters, acyl halides, acid anhydrides, Weinreb amides, activated esters, etc. ) ; aldehydes, ketones, imines, or acetals; alkyl moieties substituted with halo, hydroxy, alkoxy, amide, ketone, carboxylic acid, carboxylic acid ester, sulfonate ester, boronic acid, boronate ester, etc.;  protected or unprotected thiols thioethers, disulfides; halo substituted heteroaryls; azides; nitriles; alkenes or alkynes; epoxides, aziridines, and the like.
In compounds of Formula (I) or Formula (II) , L1 is a bond or a bivalent chemical linker. In some embodiments, L1 is a bond. In some embodiments, L1 is a bivalent chemical linker. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x-. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of Formula (III) .
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-, wherein each -J-is independently selected from the group consisting of -N (R25) -, -C (R26) 2-, -O-, -C (O) -, -C (=N (R25) ) -, -C (S) -, -C (R26) =C (R26) -, -C≡C-, -S-, -S (O) -, -S (O) 2-, C3-C11 cycloalkyl optionally substituted with R27, and 3-to 11-membered heterocyclyl optionally substituted with R27, provided two -O-and/or -S-are not contiguous; each R25 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg; each R26 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg; each R27 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, and oxo, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg; each Rf is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2; each Rg is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2; and x is an integer from 1 to 30. In some embodiments, each R25 is hydrogen. In some embodiments, each R26 is hydrogen. In some such embodiments, each R25 and R26 is hydrogen. In some embodiments, x is an integer from 1 to 20. In some embodiments, x is an integer from 1 to 12. In some embodiments, x is an integer from 1 to 10. In some embodiments, x is an integer from 1 to 8. In some embodiments, x is an integer from 1 to 6.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-, wherein each -J-is independently selected from the group consisting of -N (R25) -, -C (R26) 2-, and -O-; each R25 and R26 is hydrogen; and x is an integer from 1 to 20.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-selected from [-C (R26) 2-] 1-12 or [- (C (R26) 2) 2O-] 1-6. In some such embodiments, each R26 is hydrogen. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-selected from [-CH2-] 1-10 or [- (CH2) 2O-] 1-6.
In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-selected from [-C (R26) 2-] 1-10, [- (C (R26) 2) 2O-] 1-6, C3-C11 cycloalkyl, 3-to 11-membered heterocyclyl, [-C (R26) 2-] 1-6-C3-C11 cycloalkyl, [-C (R26) 2-] 1-6-3-to 11-membered heterocyclyl, C3-C11 cycloalkyl- [-C (R26) 2-] 1-6, 3-to 11-membered heterocyclyl- [-C (R26) 2-] 1-6, [-C (R26) 2-] 1-6-C3-C11 cycloalkyl- [- C (R26) 2-] 1-6 or [-C (R26) 2-] 1-6-3-to 11-membered heterocyclyl- [-C (R26) 2-] 1-6, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocyclyl moiety is optionally substituted with R27. In some such embodiments, each R26 is hydrogen. In some such embodiments, L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-selected from [-CH2-] 1-10 , [- (CH2) 2O-] 1-6, C3-C11 cycloalkyl, 3-to 11-membered heterocyclyl, [-CH2-] 1-6-C3-C11 cycloalkyl, [-CH2-] 1-6-3-to 11-membered heterocyclyl, C3-C11 cycloalkyl- [-CH2-] 1-6, 3-to 11-membered heterocyclyl- [-CH2-] 1-6, [-CH2-] 1-6-C3-C11 cycloalkyl- [-CH2-] 1-6 or [-CH2-] 1- 6-3-to 11-membered heterocyclyl- [-CH2-] 1-6, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocyclyl moiety is optionally substituted with R27. In some such embodiments, each R27 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, and oxo.
In some such embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is an optionally substituted C1-C20 alkylene or 1-to 20-membered heteroalkylene linker (i.e., a C1-C20 alkylene moiety wherein 1-5 carbon atoms have been replaced by O, NH, N (C1-C4 alkyl) , S (O) , S (O) 2 or C (O) moieties) , provided no two O atoms are contiguous. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is an optionally substituted C1-C12 alkylene or 1-to 12-membered heteroalkylene linker. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is an optionally substituted C1-C10 alkylene or 1-to 10-membered heteroalkylene linker. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is an optionally substituted C1-C8 alkylene or 1-to 8-membered heteroalkylene linker. In some embodiments of Formula (I) or Formula (II) , L1 is an optionally substituted C1-C6 alkylene or 1-to 6-membered heteroalkylene linker.
In some embodiments, one or more groups -J-of - (J) x-are sequentially arranged in a pattern of repeating polyethylene glycol (PEG) units comprising - (CH2) (CH2) (O) -. In some embodiments, one or more groups -J-are sequentially arranged in a pattern of repeating carboxamide units comprising -C (O) -N (R25) -. In some embodiments, one or more -J-of - (J) x-are sequentially arranged in a pattern of alternating polyethylene glycol (PEG) units comprising – (CH2) (CH2) (O) -and carboxamide units comprising -C (O) -N (R25) -.
In compounds of Formula (I) , Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group. In compounds of Formula (II) , Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group; or Z2 is absent when Y1 is O.
In some embodiments of Formula (I) , Z1 is Z2, wherein: Z2 is hydrogen or C1-C4 alkyl when bound to a ring carbon atom; or Z2 is hydrogen, C1-C4 alkyl, or an amine protecting group when bound to a ring nitrogen atom.
In some embodiments of Formula (II) , Z1 is Z2, wherein: Z2 is hydrogen or C1-C4 alkyl when Y1 is C (R6) ; Z2 is hydrogen, C1-C4 alkyl, or an amine protecting group when Y1 is N; or Z2 is absent when Y1 is O, with the proviso that the compound is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
In another aspect are provided pharmaceutical compositions comprising a compound of Formula (I) or Formula (II) , or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable excipient.
In some embodiments are provided methods of treatment comprising administering a compound of Formula (I) or Formula (II) , or a pharmaceutically acceptable salt or pharmaceutical composition thereof, to a subject in need thereof.
In some embodiments are provided compounds of Formula (I) or Formula (II) , or pharmaceutically acceptable salts or pharmaceutical compositions thereof, for use in treating a disease or disorder in a subject in need of such treatment.
In some embodiments are provided use of a compound of Formula (I) or Formula (II) , or a pharmaceutically acceptable salt or pharmaceutical composition thereof, for treating a disease or disorder in a subject in need of such treatment.
In some embodiments are provided use of a compound of Formula (I) or Formula (II) , or a pharmaceutically acceptable salt, for the manufacture of a medicament for treating a disease or disorder.
Some embodiments relate to methods of degrading a target protein in a cell, comprising administering the compound or composition to a cell, such as a cancer cell. In some embodiments, the target protein comprises a transcription factor, CBP, p300, a kinase, a receptor, a tyrosine receptor kinase, TrkA, TrkB, TrkC, a cyclin dependent kinase, CDK4, CDK6, CDK9, a cyclin, or cyclin D, or a combination thereof. In some embodiments, the target protein comprises CDK4 or a cyclin D. In some embodiments, the target protein comprises CDK4. In some embodiments, the target protein comprises cyclin D. In some embodiments, the target protein comprises cyclin D3. In some embodiments, administering the compound or composition to the cell comprises administering the compound or composition to a subject comprising the cell. Some embodiments relate to a method of treatment, comprising administering an effective amount of the compound or composition to a subject in need thereof. In some embodiments, the subject is a human.
In some embodiments, the subject has cancer. In some such embodiments, the cancer is breast cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, cervical cancer, uterine cancer, bladder cancer, biliary tract cancer, prostate cancer, lung cancer (e.g., NSCLC, SCLC, squamous cell carcinoma or adenocarcinoma) , bone cancer, central nervous system cancer, oral cancer, esophageal cancer, head and neck cancer, colorectal cancer, kidney cancer, liver cancer, pancreatic cancer, gastric cancer, thyroid cancer, melanoma, or hematopoietic or lymphoid cancer (e.g., lymphoma, myeloma or leukemia) .
Disclosed herein, in some embodiments, are in vivo modified proteins or in vivo engineered proteins. The in vivo modified or engineered protein may include a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein directly bound to a ligand at a binding region of the DCAF1 protein, wherein the ligand comprises a compound of Formula (I) or a pharmaceutically acceptable salt thereof. In some embodiments, the binding region comprises a WD40 domain. In some embodiments, the binding region on the DCAF1 protein comprises one or more of the following DCAF1 residues: THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329 or PHE1355. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein non-covalently. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein covalently.
In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd ≤ 40 μM. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd > 40 and ≤ 70 μM. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd > 70 and ≤ 100 μM. In some embodiments, the ligand binds the DCAF1 protein with a Kd > 100 μM.
The in vivo modified or engineered protein may include a DCAF1 protein comprising a non-naturally occurring covalent modification at a cysteine of the DCAF1. In some embodiments, the DCAF1 comprises an amino acid sequence at least 80%identical to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF1 comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is at cysteine 1227 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is at cysteine 1113 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction.
Any of the embodiments described herein may be combined with one or more other embodiments with which it is not inconsistent.
All publications, patents, and patent applications mentioned in this specification are herein incorporated by reference for the specific purposes identified herein.
BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS
FIG. 1 shows a docking model of an exemplary compound bound to a binding region of a DCAF1 protein.
FIG. 2 shows Surface Plasmon Resonance (SPR) binding data of compounds B-072, B-124 and B-151 to purified DCAF1 (1058-1396) .
FIG. 3 shows mass spectroscopic analysis of covalent binders B-007, B-008, B-020, B-092, B-099 and B-103 to purified DCAF1 (1058-1396) .
FIG. 4 shows example data confirming CDK4 protein levels were reduced in MOLT-4 cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
FIG. 5A-5B show example data confirming BRD4 protein levels were reduced in MV4; 11 cells in a concentration-dependent and time-dependent manners by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
FIG. 6 shows example data confirming cell viabilities of MV4; 11 cells were suppressed in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds targeting BRD4, in accordance with some embodiments.
FIG. 7A-7B show example data confirming cyclin D1 and CDK4 protein levels were reduced in T47D (A) or Calu-1 (B) cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
FIG. 8 shows example data confirming cyclin D1 and CDK4 protein levels were reduced in T47D cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
FIG. 9 shows example data confirming cyclin D1 and CDK4 protein levels were reduced in MDA-MB-157 cells in a concentration-dependent manner by heterobifunctional compounds, in accordance with some embodiments.
DETAILED DESCRIPTION
Provided herein are compounds, pharmaceutical compositions, and methods for binding or modulating a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein. Further provided herein are ligand-DCAF1 complexes or in vivo modified DCAF1 proteins.
The DCAF1 protein may be a mammalian DCAF1 protein. The DCAF1 protein may be a human DCAF1 protein. The DCAF1 protein may be encoded by a DCAF1 gene such as NCBI Gene ID: 9730 (updated on January 29, 2021) . The DCAF1 protein may include an amino acid sequence. An example of a DCAF1 amino acid sequence is included at UniProt ref. Q9Y4B6 (sequence last modified May 15, 2007) . In some embodiments, the DCAF1 protein contains 1507 amino acids, or has a mass of 169 kDa.
In some embodiments, the DCAF1 comprises any aspect described at UniProt. org under accession no. Q9Y4B6 (last modified February 23, 2022) . In some embodiments, DCAF1 comprises the following amino acid sequence: MTTVVVHVDS KAELTTLLEQ WEKEHGSGQD MVPILTRMSQ LIEKETEEYRKGDPDPFDDR HPGRADPECM LGHLLRILFK NDDFMNALVN AYVMTSREPPLNTAACRLLL DIMPGLETAV VFQEKEGIVE NLFKWAREAD QPLRTYSTGL LGGAMENQDI AANYRDENSQ LVAIVLRRLR ELQLQEVALR QENKRPSPRK LSSEPLLPLD EEAVDMDYGD MAVDVVDGDQ EEASGDMEIS FHLDSGHKTS SRVNSTTKPE DGGLKKNKSA KQGDRENFRK AKQKLGFSSS DPDRMFVELSNSSWSEMSPW VIGTNYTLYP MTPAIEQRLI LQYLTPLGEY QELLPIFMQLGSRELMMFYI DLKQTNDVLL TFEALKHLAS LLLHNKFATE FVAHGGVQKLLEIPRPSMAA TGVSMCLYYL SYNQDAMERV CMHPHNVLSD VVNYTLWLMECSHASGCCHA TMFFSICFSF RAVLELFDRY DGLRRLVNLI STLEILNLEDQGALLSDDEI FASRQTGKHT CMALRKYFEA HLAIKLEQVK QSLQRTEGGILVHPQPPYKA CSYTHEQIVE MMEFLIEYGP AQLYWEPAEV FLKLSCVQLL LQLISIACNW KTYYARNDTV RFALDVLAIL TVVPKIQLQL AESVDVLDEAGSTVSTVGIS IILGVAEGEF FIHDAEIQKS ALQIIINCVC GPDNRISSIGKFISGTPRRK LPQNPKSSEH TLAKMWNVVQ SNNGIKVLLS LLSIKMPITDADQIRALACK ALVGLSRSST VRQIISKLPL FSSCQIQQLM KEPVLQDKRS DHVKFCKYAA ELIERVSGKP LLIGTDVSLA RLQKADVVAQ SRISFPEKEL LLLIRNHLIS KGLGETATVL TKEADLPMTA ASHSSAFTPV TAAASPVSLP RTPRIANGIA TRLGSHAAVG ASAPSAPTAH PQPRPPQGPL ALPGPSYAGN SPLIGRISFI RERPSPCNGR KIRVLRQKSD HGAYSQSPAI KKQLDRHLPS PPTLDSIITE YLREQHARCK NPVATCPPFS LFTPHQCPEP KQRRQAPINF TSRLNRRASF PKYGGVDGGC FDRHLIFSRF RPISVFREAN EDESGFTCCA FSARERFLML GTCTGQLKLY NVFSGQEEAS YNCHNSAITH LEPSRDGSLL LTSATWSQPL SALWGMKSVF DMKHSFTEDH YVEFSKHSQD RVIGTKGDIA HIYDIQTGNK LLTLFNPDLA NNYKRNCATF NPTDDLVLND GVLWDVRSAQ AIHKFDKFNM NISGVFHPNG LEVIINTEIW DLRTFHLLHT VPALDQCRVV FNHTGTVMYG AMLQADDEDD  LMEERMKSPF GSSFRTFNAT DYKPIATIDV KRNIFDLCTD TKDCYLAVIE NQGSMDALNM DTVCRLYEVG RQRLAEDEDE EEDQEEEEQE EEDDDEDDDD TDDLDELDTD QLLEAELEED DNNENAGEDG DNDFSPSDEE LANLLEEGED GEDEDSDADE EVELILGDTD SSDNSDLEDD IILSLNE (SEQ ID NO: 1) .
In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 70%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 80%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 90%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 91%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 92%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 93%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 94%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 95%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 96%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 97%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 98%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.1%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.2%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.3%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.5%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.6%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.7%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.8%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence at least 99.9%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 70%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 80%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 90%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 91%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 92%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 93%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 94%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 95%identical to SEQ  ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 96%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 97%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 98%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.1%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.2%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.3%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.4%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.5%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.6%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.7%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.8%identical to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the DCAF protein includes an amino acid sequence no greater than 99.9%identical to SEQ ID NO: 1.
Modified Proteins and Ligand-Protein Complexes
Disclosed herein, in some embodiments, are modified proteins. In some embodiments, the modified protein comprises an in vivo modified protein. In some embodiments, the modified protein comprises an in vitro modified protein. In some embodiments, the modified protein comprises a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) protein. In some embodiments, the modified protein comprises an in vivo modified DCAF1 protein. In some embodiments, the DCAF1 protein is bound to a compound described herein. In some embodiments, the DCAF1 protein is directly bound to the compound. In some embodiments, the DCAF1 protein is bound to a ligand. The ligand may be a compound described herein, for example a compound of any of Tables 1-5 or Formula (I) or Formula (II) . In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound is covalent. In some embodiments, the modified protein may be used in a method described herein. In some embodiments, the ligand is bound to a DCAF1 fragment. In some embodiments, the ligand is bound to a full-length DCAF1 protein.
Disclosed herein, in some embodiments, are ligand-protein complexes. In some embodiments, the ligand-protein complex comprises a DCAF1 protein. In some embodiments of the ligand-protein complex, the DCAF1 protein is bound to a ligand. The ligand may be a compound described herein, for example a compound of Tables 1-5, or Formula (I) or Formula (II) . In some embodiments, the DCAF1 protein is directly bound to the compound. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound is covalent. The ligand-protein complex may be formed in vivo. The ligand-protein complex may be formed in vitro. The ligand-protein complex may be used in a method described herein. In some  embodiments, the ligand is bound to a DCAF1 fragment. In some embodiments, the ligand is bound to a full-length DCAF1 protein.
Disclosed herein, in some embodiments, are modified proteins or ligand-protein complexes that include a compound described herein bound to a DCAF1 protein. In some embodiments, the DCAF1 protein comprises a binding region. In some embodiments, the compound is bound to the binding region of the DCAF1 protein. In some embodiments, the binding region comprises a WD40 domain. In some embodiments, a DCAF1 fragment comprises a WD40 domain.
In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises an alanine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises an arginine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a cysteine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a histidine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a lysine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a proline. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a threonine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a tyrosine. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises a valine.
In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more amino acids after amino acid position 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, or 1500 of the DCAF1 protein. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more amino acids before amino acid position 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, or 1500 of the DCAF1 protein. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more amino acids between amino acid positions 1095 and 1355 of the DCAF1 protein.
In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises one or more of the following DCAF1 residues: THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329 or PHE1355. The binding region may include THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329, or PHE1355. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises THR1097. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ALA1137. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises THR1139. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises HIS1140. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises THR1155. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises HIS1180. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises TYR1181. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ARG1225. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises CYS1227. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ILE1262. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises VAL1265. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises ARG1298. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises VAL1299. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises  VAL1300. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises LYS1327. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises PRO1329. In some embodiments, the binding region of the DCAF1 protein comprises PHE1355.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises one or more of a salt-bridge, a hydrogen bond, a stereoelectronic interaction, and a dispersion contact. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a salt-bridge. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises one or more hydrogen bonds. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a stereoelectronic interaction. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a dispersion contact.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with an equilibrium dissociation constant (Kd) below 1500 μM, a Kd below 1250 μM, a Kd below 1000 μM, a Kd below 750 μM, a Kd below 500 μM, a Kd below 450 μM, a Kd below 400 μM, a Kd below 350 μM, a Kd below 300 μM, a Kd below 250 μM, a Kd below 200 μM, a Kd below 150 μM, a Kd below 100 μM, a Kd below 90 μM, a Kd below 80 μM, a Kd below 70 μM, a Kd below 60 μM, below 50 μM, a Kd below 45 μM, a Kd below 40 μM, a Kd below 35 μM, a Kd below 30 μM, a Kd below 25 μM, or a Kd below 20 μM. In some embodiments, the Kd is 100 μM or less. In some embodiments, the Kd is 70 μM or less. In some embodiments, the Kd is 40 μM or less. In some embodiments, the Kd is about 100 μM or less. In some embodiments, the Kd is about 70 μM or less. In some embodiments, the Kd is about 40 μM or less.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 1250 μM, a Kd above 1000 μM, a Kd above 750 μM, a Kd above 500 μM, a Kd above 450 μM, a Kd above 400 μM, a Kd above 350 μM, a Kd above 300 μM, a Kd above 250 μM, a Kd above 200 μM, a Kd above 150 μM, a Kd above 100 μM, a Kd above 90 μM, a Kd above 80 μM, a Kd above 70 μM, a Kd above 60 μM, above 50 μM, a Kd above 45 μM, a Kd above 40 μM, a Kd above 35 μM, a Kd above 30 μM, a Kd above 25 μM, a Kd above 20 μM, or a Kd above 15 μM. In some embodiments, the Kd is greater than 100. In some embodiments, the Kd is greater than 70. In some embodiments, the Kd is greater than 40. In some embodiments, the Kd is greater than about 100. In some embodiments, the Kd is greater than about 70. In some embodiments, the Kd is greater than about 40.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a Kd ≤ 40 μM, a Kd > 40 and ≤ 70 μM, a Kd > 70 and ≤ 100 μM, or a Kd > 100 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a Kd ≤ 40 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a Kd > 40 and ≤ 70 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a Kd > 70 and ≤ 100 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the compound comprises a binding affinity with a Kd > 100 μM.
Described herein are various embodiments of an in vivo engineered protein. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring modification. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification. In some embodiments, the in vivo engineered protein is DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at a cysteine of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at an amino acid of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at more than one amino acid of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at a cysteine (CYS) of DCAF1. In some embodiments the in vivo engineered protein consists of a non-naturally occurring covalent modification at more than one CYS of DCAF1. In some embodiments, the DCAF1 comprises the amino acids of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1113 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1227 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1227 or CYS1113 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and an amino acid of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and more than one amino acid of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and a CYS of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between a compound and more than one CYS of DCAF1. In some embodiments, the covalent modification is formed by a Michael addition reaction between the compound and the CYS1227 or CYS1113 with regard to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, a sulfur atom at the CYS residue undergoes the Michael reaction with a double bond of the compound. In some embodiments, the sulfur atom of the CYS residue is a Michael donor. In some embodiments, the compound is a Michael acceptor. In some embodiments, the compound is an exogenous Michael acceptor.
Compounds
Disclosed herein, in some embodiments, are compounds. The compound may be or include a DCAF1 ligand. The compound may comprise a DCAF1 binding moiety. The compound may comprise a linker. The compound may comprise a target protein binding moiety. The ligand may be a heterobifunctional compound. The heterobifunctional compound may comprise a DCAF1 binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety. The compound may comprise a ligand. The ligand may comprise a DCAF1 binding moiety. The ligand may comprise a linker. The ligand may comprise a target protein binding moiety. The DCAF1 binding moiety may be connected via the linker to the target protein binding moiety. The ligand may be a heterobifunctional compound. The  heterobifunctional compound may comprise a DCAF1 binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety.
Disclosed herein, in some embodiments, are DCAF1 ligands. The ligand may include a small molecule. An example of a small molecule is an organic compound having a molecular weight of less than 900 daltons. The ligand may have a molecular weight below 2500 daltons, below 2250 daltons, below 2000 daltons, below 1750 daltons, below 1500 daltons, or below 1250 daltons. The ligand may have a molecular weight below 1000 daltons, below 900 daltons, below 800 daltons, below 700 daltons, below 600 daltons, or below 500 daltons. The ligand may have a molecular weight greater than 2500 daltons, greater than 2250 daltons, greater than 2000 daltons, greater than 1750 daltons, greater than 1500 daltons, or greater than 1250 daltons. The ligand may have a molecular weight greater than 1000 daltons, greater than 900 daltons, greater than 800 daltons, greater than 700 daltons, greater than 600 daltons, or greater than 500 daltons.
Disclosed herein, in some embodiments, are compounds for use in a method such as a method of treatment. Some embodiments include a compound for use in a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein or a target protein. The compound may be or include a compound described herein. Some embodiments include a method of making a compound disclosed herein.
In some embodiments, administering the compound or composition to a cell, such as a cancer cell, comprises administering the compound or composition to a subject comprising the cell.
Some embodiments relate to a method of treatment, comprising administering an effective amount of the compound or composition to a subject in need thereof. In some embodiments, the subject is a human. In some embodiments, the subject has cancer.
DCAF1 Binding Moieties
Described herein are compounds comprising a DCAF binding moiety. Some such compounds may be useful as an antiviral drug, as a DCAF1 protein level or function modulator, as part of a molecular glue, or as part of a targeted protein degrader. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is included as part of a heterobifunctional compound.
Described herein are compounds comprising a DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety binds to a DCAF1 protein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is bound to a DCAF1 protein. In some embodiments, the compound binds to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the compound is bound to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety. In some instances, a DCAF binding moiety comprises a compound of Formula (I) without including the linker or target protein binding moiety of Formula (I) . In some instances, a DCAF binding moiety is included in a compound of Formula (I) . In some embodiments, the compound or the DCAF1 binding moiety does not inhibit DCAF1 function. In some embodiments, a DCAF1 binding moiety is a small molecule.
Described herein are compounds comprising a DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the binding moiety comprises a compound of Table 1. The compounds in Table 1 may be used as DCAF1 binders on their own or may be included in another compound as a DCAF1 binding moiety. For example, the compounds in Table 1 may be included as part of a heterobifunctional molecule that includes a DCAF1  binding moiety linked to a target protein binding moiety. Also included herein are analogs of the DCAF1 binding moieties in Table 1 that permit further modification, e.g., as a point of attachment to a linker and/or a protein binding moiety. Representative analogs of the DCAF1 binders in Table 1 include compounds wherein (a) a morpholino moiety is replaced by a piperazine (which can serve as a point of attachment to a linker) , or another suitable cycloalkyl or heterocyclyl ring; (b) a carboxamide moiety is modified to install a linker (e.g., C (O) NHMe is replaced by (e.g., C (O) NH-linker-) ; or (c) an alkyl, halo or OH moiety is modified to install a linker; which in each case may serve as the site of attachment to Z1 (e.g., L1-P or L1-G) .
Table 1: Examples of DCAF1 binders


























In some embodiments, provided herein is a DCAF1 binding moiety shown in Table 2. The compounds in Table 2 may be used as DCAF1 binders on their own or may be included in another compound as a DCAF1 binding moiety. For example, the compounds in Table 2 may be included as part of a heterobifunctional molecule that includes a DCAF1 binding moiety linked to a target protein binding moiety.
Table 2. Additional examples of DCAF1 binders















In some embodiments, a compound of Table 2 is capped with a capping group to simulate a linker. In some instances, capping group comprises a substituted amino group. In some instances, a capping group comprises an N-alkyl or N-dialkyl group, an acetamide, an alkyl or haloalkyl group, a lactam, an aminofuran, or an aminopyran group. Without being bound by theory, in some instances capping groups are used to approximate the effect on activity from a similar linker. The compounds of Table 1 may also include a capping group.
Also included herein are analogs of the DCAF1 binding moieties in Table 2 that permit further modification, e.g., as a point of attachment to a linker and/or a protein binding moiety. Representative analogs of the DCAF1 binders in Table 2 include compounds wherein (a) a morpholino moiety is replaced by a piperazine analog (wherein the additional nitrogen atom can serve as a point of attachment) ; (b) a carboxamide moiety is modified to install a linker; or (c) an alkyl, halo or OH moiety is modified to install a linker; which in each case may serve as the site of attachment to L1-P or L1-G.
Disclosed herein, in some embodiments, are ligands comprising a DCAF1 binding moiety that binds or is bound to a DCAF1 protein. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with an equilibrium dissociation constant (Kd) below 100 μM, a Kd below 90 μM, a Kd below 80 μM, a Kd below 70 μM, a Kd below 60 μM, below 50 μM, a Kd below 45 μM, a Kd below 40 μM, a Kd below 35 μM, a Kd below 30 μM, a Kd below 25 μM, a Kd below 20 μM, a Kd below 15 μM, a Kd below 14 μM, a Kd below 13 μM, a Kd below 12 μM, a Kd below 11 μM, a Kd below 10 μM, a Kd below 9 μM, a Kd below 8 μM, a Kd below 7 μM, a Kd below 6 μM, a Kd below 5 μM, a Kd below 4 μM, a Kd below 3 μM, a Kd below 2 μM, or a Kd below 1 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd value of about 100 μM, about 90 μM, about 80 μM, about 70 μM, about 60 μM, about 50 μM, about 45 μM, about 40 μM, about 35 μM, about 30 μM, about 25 μM, about 20 μM, about 15 μM, about 14 μM, about 13 μM, about 12 μM, about 11 μM, about 10 μM, about 9 μM, about 8 μM, about 7 μM, about 6 μM, about 5 μM, about 4 μM, about 3 μM, about 2 μM, or about 1 μM, or a range of Kd values defined by any two of the aforementioned Kd values. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd value of 100 μM, 90 μM, 80 μM, 70 μM, 60 μM, 50 μM, 45 μM, 40 μM, 35 μM, 30 μM, 25 μM, 20 μM, 15 μM, 14 μM, 13 μM, 12 μM, 11 μM, 10 μM, 9 μM, 8 μM, 7  μM, 6 μM, 5 μM, 4 μM, 3 μM, 2 μM, or 1 μM, or a range of Kd values defined by any two of the aforementioned Kd values.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 100 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 90 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 80 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 70 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 60 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 50 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 45 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 40 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 35 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 30 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 25 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 20 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 15 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 14 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 13 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 12 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 11 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 10 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 9 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 8 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 7 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 6 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 5 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 4 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 3 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 2 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd below 1 μM.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 100 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein  and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 90 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 80 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 70 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 60 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 50 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 45 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 40 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 35 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 30 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 25 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 20 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 15 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 14 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 13 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 12 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 11 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 10 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 9 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 8 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 7 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 6 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 5 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 4 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 3 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 2 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd above 1 μM.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd < 20 μM, a Kd from 20-100 μM, or a Kd > 100 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd < 20 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd from 20-100 μM. In some embodiments, the binding between the DCAF1 protein and the ligand comprises a binding affinity with a Kd > 100 μM.
In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and DCAF1 is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and DCAF1 is covalent.
Described herein are compounds of Table 3 comprising a DCAF1 binding moiety and a linker. In frequent embodiments, the linker is terminated with a reactive functional group (e.g., NH2, COOH, halogen, OH, OMs, OTs, or the like) which can serve as a point for further modification of the linker or attachment to a protein binding moiety. In some embodiments, a compound comprising an aspect of a molecule shown in Table 3 is bound to DCAF1 via the DCAF1 binding moiety.
Table 3: Examples of DCAF1 binders connected to linkers









Linkers
Described herein are compounds comprising a bivalent chemical linker. In some embodiments, the linker is covalently connected to a DCAF1 binding moiety described herein. In some embodiments, the linker is covalently connected to a target protein binding moiety described herein. In some embodiments, the linker is covalently connected to a DCAF1 binding moiety and to a target protein binding moiety. In some embodiments, the linker is incorporated into a ligand described herein. For example, each of the linkers described in this section may be included in a compound of Formula (I) or Formula (II) (i.e., as the linker L1) , or Formula (X) (i.e., as the linker L2) . In some embodiments, a linker is a bond. In some embodiments a linker includes more than a bond.
Described herein are compounds comprising a DCAF1 binding moiety and a linker (e.g., L1 or L2) . In some embodiments, the linker comprises optionally substituted polyethylene glycol (PEG) . In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted alkyl chain. In some embodiments, the linker is a straight chain alkane. In some embodiments, the linker comprises optionally substituted C2-C30,  C2-C25, C3-C25, C4-C10, C6-C12, C6-C18, or C4-C20 alkyl units. In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted carbocycle ring. In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted heterocycle ring. In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted aryl ring. In some embodiments, the linker comprises an optionally substituted heteroaryl ring. In some embodiments, the linker comprises one or more ethers. In some embodiments, the linker comprises a C2-C30, C2-C25, C3-C25, C4-C10, C6-C12, C6-C18, or C4-C20 alkylether units. In some embodiments, the PEG is optionally substituted 1-5, 2-7, 2-10, 2-20, 5-25, or 4-30 - (O-CH2CH2) -units in length. In some embodiments, the linker comprises amines. In some embodiments, the linker comprises a C2-C30, C2-C25, C3-C25, C4-C10, C6-C12, C6-C18, or C4-C20 alkylamino units. In some embodiments, the linker comprises optionally substituted 1-5, 2-7, 2-10, 2-20, 5-25, or 4-30 - (NH-CH2CH2) -units. In some embodiments, the linker comprises amides. In some embodiments, the linker comprises sulfonamides. In some embodiments, the linker comprises carbamides. In some embodiments, the linker comprises carbamates. In some embodiments, the linker comprises carbonates. In some embodiments, a compound comprises a DCAF1 binding moiety, a linker, and/or a target protein binding moiety.
In some embodiments of Formula (I) , Formula (II) or Formula (X) , the linker (e.g., L1 or L2) is a bivalent moiety of Formula (III) :
FORMULA (III) ,
wherein:
U, W1, W2, and V, at each occurrence, are bivalent moieties independently selected from the group consisting of null, R’-R”, R’COR”, R’CO2R”, R’C (O) N (Rx) R”, R’C (S) N (Rx) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (Rx) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO2R”, R’SO2N (Rx) R”, R’N (Rx) R”, R’N (Rx) COR”, R’N (Rx) C (O) OR”, R’N (Rx) CON (Ry) R”, R’N (Rx) C (S) R”, R’N (Rx) S (O) R”, R’N (Rx) S (O) 2R”, R’N (Rx) S (O) 2N (Ry) R”, optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted C3-C13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, wherein 
R’and R”, at each occurrence, are independently selected from null, Rr, optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr (preferably, CH2-Rr) , optionally substituted Rr- (C1-C8 alkylene) , optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr- (C1-C8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally  substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C3-C13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heteroalkyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rr, at each occurrence, is selected from optionally substituted C3-C13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rx and Ry, at each occurrence, are independently selected from the group consisting of hydrogen, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkyl, optionally substituted C3-C13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
R’and R”, Rx and Ry, R’and Rx, R’and Ry, R” and Rx, or R” and Ry together with the atom (s) to which they are connected optionally form a C3-C20 cycloalkyl or 3-20 membered heterocyclyl ring; and
j is an integer from 0 to 15.
The linker of Formula (III) may be included as L1 in a compound of Formula (I) or Formula (II) . The linker of Formula (III) may be included as L2 in a compound of Formula (X) .
In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12, W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12N (Rx) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null . In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12OC (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null . In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0- 12N (Rx) C (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null . In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) O, W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) N (Rx) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is null, and V is null. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 0 to 10. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 2 to 7. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 5 to10.
In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12, W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12N (Rx) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0- 12C (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8  alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12OC (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12N (Rx) C (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) O, W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) N (Rx) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is O, and V is C1-C8 alkylene . In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 0 to 12. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 2 to 7. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 5 to 12.
In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12, W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12N (Rx) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene . In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12OC (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12N (Rx) C (O) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0-12C (O) O, W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , U is (CH2) 0- 12C (O) N (Rx) , W1, at each occurrence, is independently selected from C1-C8 alkylene, W2 is N (Ry) , and V is C1-C8 alkylene. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 0 to 12. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 2 to 7. In some embodiments of linker of Formula (III) , j is an integer from 5 to 12.
In some embodiments, the linker is of Formula (IIIa) :
wherein
Rs, Rt, Ru and Rv, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxy, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8 alkylamino, and optionally substituted C1-C8 alkylaminoC1-C8  alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 3-8 membered cycloalkoxy, optionally substituted 3-10 membered cycloalkylamino, optionally substituted 4-8 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, or
Rs and Rt, or Ru and Rv, together with the atom to which they are connected optionally form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
U, W, and V, at each occurrence, are independently selected from null, or bivalent moiety selected from R’-R”, R’COR”, R’CO2R”, R’C (O) N (Rx) R”, R’C (S) N (Rx) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (Rx) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO2R”, R’SO2N (Rx) R”, R’N (Rx) R”, R’N (Rx) COR”, R’N (Rx) C (O) OR”, R’N (Rx) CON (Ry) R”, R’N (Rx) C (S) R”, R’N (Rx) S (O) R”, R’N (Rx) S (O) 2R”, R’N (Rx) S (O) 2N (Ry) R”, optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, wherein
R’and R”, at each occurrence, are independently selected from null, optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr (preferably, CH2-Rr) , optionally substituted Rr- (C1-C8 alkylene) , optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr- (C1-C8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rr, at each occurrence, is selected from optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rx and Ry, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkyl, optionally substituted  3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; or
R’and R”, Rx and Ry, R’and Rx, R’and Ry, R” and Rx, R” and R6 together with the atom to which they are connected form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
k is 0 to 15;
l, at each occurrence, is 0 to 15; and
o is 0 to 15.
In some embodiments, the linker is of Formula (IIIb) :
wherein
Rs and Rt, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, and optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxy, optionally substituted C1-C8 alkoxy C1-C8 alkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8 alkylamino, C1-C8alkylaminoC1-C8alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 3-8 membered cycloalkoxy, optionally substituted 3-10 membered cycloalkylamino, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, or
Rs and Rt together with the atom to which they are connected form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
U and V, at each occurrence, are independently selected from null, or bivalent moiety selected R’-R”, R’COR”, R’CO2R”, R’C (O) N (Rx) R”, R’C (S) N (Rx) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (Rx) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO2R”, R’SO2N (Rx) R”, R’N (Rx) R”, R’N (Rx) COR”, R’N (Rx) C (O) OR”, R’N (Rx) CON (Ry) R”, R’N (Rx) C (S) R”, R’N (Rx) S (O) R”, R’N (Rx) S (O) 2R”, R’N (Rx) S (O) 2N (Ry) R”, optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, wherein
R’and R”, at each occurrence, are independently selected from null, optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr (preferably, CH2-Rr) , optionally substituted Rr- (C1-C8 alkylene) , optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr- (C1-C8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C1-C8 alkylene,  optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rs and Rt, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; or
R’and R”, Rs and Rt , R’and Rs, R’and Rt, R” and Rs, R” and Rt together with the atom to which they are connected optionally form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
each k is 0 to 15; and
o is 0 to 15.
In some embodiments, the linker is of Formula (IIIc) :
wherein
X, at each occurrence, is selected from O, NH, and NRaa;
Rs, Rt, Ru, Rv , Rw and Rz, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxy, optionally substituted C1-C8 alkoxy C1-C8 alkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8 alkylamino, optionally substituted C1-C8 alkylaminoC1-C8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 3-8 membered cycloalkoxy, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
U and V are independently selected from null, or bivalent moiety selected from R’-R”, R’COR”, R’CO2R”, R’C (O) N (Rx) R”, R’C (S) N (Rx) R”, R’OR”, R’OC (O) R”, R’OC (O) OR”, R’OCON (Rx) R”, R’SR”, R’SOR”, R’SO2R”, R’SO2N (Rx) R”, R’N (Rx) R”, R’N (Rx) COR”, R’N (Rx) C (O) OR”, R’N (Rx) CON (Ry) R”, R’N (Rx) C (S) R”, R’N (Rx) S (O) R”, R’N (Rx) S (O) 2R”, R’N (Rx) S (O) 2N (Ry) R”, optionally substituted C1-C8  alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, wherein
R’ and R” , at each occurrence, are independently selected from null, optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr (preferably, CH2-Rr) , optionally substituted Rr- (C1-C8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rr , at each occurrence, is selected from optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Raa, Rx and Ry, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 4-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; or
R’ and R” , Rx and Ry, R’ and Rx, R’ and Ry, R” and Rx, R” and Ry together with the atom to which they are connected optionally form a 3-20 membered cycloalkyl or 4-20 membered heterocyclyl ring;
k, at each occurrence, is 0 to 15;
i, at each occurrence, is 0 to 15;
l is 0 to 15; and
o is 0 to 15.
In some embodiments, the linker is of Formula (IIId) :
FORMULA (IIId) ,
wherein
U, W1, W2, and V, at each occurrence, are bivalent moieties independently selected from the group consisting of null, R’ -R” , R’ COR” , R’ CO2R” , R’ C (O) N (Rx) R” , R’ C (S) N (Rx) R” , R’ OR” , R’ OC (O) R” , R’ OC (O) OR” , R’ OCON (Rx) R” , R’ SR” , R’ SOR” , R’ SO2R” , R’ SO2N (Rx) R” , R’ N (Rx) R” , R’ N (Rx) COR” , R’ N (Rx) C (O) OR” , R’ N (Rx) CON (Ry) R” , R’ N (Rx) C (S) R” , R’ N (Rx) S (O) R” , R’ N (Rx) S (O) 2R” , R’ N (Rx) S (O) 2N (Ry) R” , optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted C3-C13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl, wherein 
R’ and R” , at each occurrence, are independently selected from null, Rr, optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr (preferably, CH2-Rr) , optionally substituted Rr- (C1-C8 alkylene) , optionally substituted (C1-C8 alkylene) -Rr- (C1-C8 alkylene) , or a bivalent moiety comprising of optionally substituted C1-C8 alkylene, optionally substituted C2-C8 alkenylene, optionally substituted C2-C8 alkynylene, optionally substituted C1-C8 heteroalkylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkenylene, optionally substituted C2-C8 heteroalkynylene, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkylene, optionally substituted C1-C8alkoxyC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkylene, optionally substituted C1-C8 haloalkylene, optionally substituted C3-C13 cycloalkyl, optionally substituted 3-13 membered, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rr, at each occurrence, is selected from optionally substituted C3-C10 cycloalkyl, optionally substituted 3-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
Rx and Ry, at each occurrence, are independently selected from the group consisting of hydrogen, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8alkylaminoC1-C8alkyl, optionally substituted C3-C10 cycloalkyl, optionally substituted 3-10 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl;
R’ and R” , Rx and Ry, R’ and Rx, R’ and Ry, R” and Rx, or R” and Ry together with the atom (s) to which they are connected optionally form a C3-C20 cycloalkyl or 3-20 membered heterocyclyl ring; and o is 0 to 15.
The linker of Formula (IIIa) , (IIIb) , (IIIc) , or (IIId) may be included as the bivalent chemical linker L1 in a compound of Formula (I) or Formula (II) . The linker of Formula (IIIa) , (IIIb) , (IIIc) , or (IIId) may be included as the bivalent chemical linker L2 in a compound of Formula (X) .
In some embodiments, U and V, at each occurrence, are independently selected from null, CO, NH, NH-CO, CO-NH, CH2-NH-CO, CH2-CO-NH, NH-CO-CH2, CO-NH-CH2, CH2-NH-CH2-CO-NH, CH2-NH-CH2-NH-CO, -CO-NH, CO-NH-CH2-NH-CH2, CH2-NH-CH2. In some embodiments, o is 0 to 5.In some embodiments, the linker comprises a ring selected from the group consisting of a 3 to 13  membered ring, a 3 to 13 membered fused ring, a 3 to 13 membered bridged ring, and a 3 to 13 membered spiro ring.
In some embodiments, the linker comprises one or more rings selected from the group consisting of Formula (IIIC1a) , Formula (IIIC2a) , Formula (IIIC3a) , Formula (IIIC4a) and Formula (IIIC5a)
wherein
X’ and Y’ are independently selected from N, CRbb;
A1, B1, C1 and D1, at each occurrence, are independently selected from null, O, CO, SO, SO2, NRbb, and CRbbRcc;
A2, B2, C2, and D2, at each occurrence, are independently selected from N, and CRbb;
A3, B3, C3, D3, and E3, at each occurrence, are independently selected from N, O, S, NRbb, and CRbb;
Rbb and Rcc, at each occurrence, are independently selected from hydrogen, halogen, hydroxyl, amino, cyano, nitro, optionally substituted C1-C8 alkyl, optionally substituted C2-C8 alkenyl, optionally substituted C2-C8 alkynyl, optionally substituted C1-C8 heteroalkyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkenyl, optionally substituted C2-C8 heteroalkynyl, optionally substituted C1-C8 alkoxy, optionally substituted C1-C8 alkoxyalkyl, optionally substituted C1-C8 haloalkyl, optionally substituted C1-C8 hydroxyalkyl, optionally substituted C1-C8 alkylamino, and optionally substituted C1-C8 alkylaminoC1-C8 alkyl, optionally substituted 3-10 membered cycloalkyl, optionally substituted 3-8 membered cycloalkoxy, optionally substituted 3-10 membered cycloalkylamino, optionally substituted 4-8 membered heterocyclyl, optionally substituted aryl, and optionally substituted heteroaryl; and
m1, n1, o1 and p1 are independently selected from 0, 1, 2, 3, 4 and 5.
In some embodiments, the linker comprises one or more rings selected from the group consisting of Formula (IIIC1) , Formula (IIIC2) , Formula (IIIC3) , Formula (IIIC4) and Formula (IIIC5) :
In some embodiments, the linker comprises one or more rings selected from:
The linker of Formula (IIIC1a) , (IIIC2a) , (IIIC3a) , (IIIC4a) , (IIIC5a) , may be included as the linker L1 of Formula (I) . The linker of Formula (IIIC1a) , (IIIC2a) , (IIIC3a) , (IIIC4a) , (IIIC5a) , may be included as the linker L1 of Formula (II) . The linker of Formula (IIIC1a) , (IIIC2a) , (IIIC3a) , (IIIC4a) , (IIIC5a) , may be included as the linker L2 of Formula (X) .
In preferred embodiments, the linker L1 of Formula (I) or Formula (II) is a bond or a bivalent chemical linker of Formula - (J) x-, wherein each -J-is independently selected from the group consisting of -N (R25) -, -C (R26) 2-, -O-, -C (O) -, -C (N (R25) ) -, -C (S) -, -C (R26) =C (R26) -, -C≡C-, -S-, -S (O) -, -S (O) 2-, C3-C6 cycloalkyl optionally substituted with R27, and 3-to 6-membered heterocyclyl optionally substituted with R27, provided two -O-and/or -S-are not contiguous; each R25 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg; each R26 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg; each R27 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, and oxo, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg; each Rf is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2; each Rg is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2; and x is an integer from 1 to 30.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 1-12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 1-, - (CH2) 2-, - (CH2) 3-, - (CH2) 4-, - (CH2) 5-, - (CH2) 6-, - (CH2) 7-, - (CH2) 8-, - (CH2) 9-, - (CH2) 10-, - (CH2) 11-, or - (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) (CH2) 1-12-.
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) (CH2) -, -C (=O) (CH2) 2-, -C (=O) (CH2) 3-, -C (=O) (CH2) 4-, -C (=O) (CH2) 5-, -C (=O) (CH2) 6-, -C (=O) (CH2) 7-, -C (=O) (CH2) 8-, -C (=O (CH2) 9-, -C (=O) (CH2) 10-, -C (=O) (CH2) 11-, or -C (=O) (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12NH (CH2) 1-12-.
In some embodiments, a linker has the structure -NH (CH2) -, -NH (CH2) 2-, -NH (CH2) 3-, -NH (CH2) 4-, -NH (CH2) 5-, -NH (CH2) 6-, -NH (CH2) 7-, -NH (CH2) 8-, -NH (CH2) 9-, -NH (CH2) 10-, -NH (CH2) 11-, or -NH (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12NHC (=O) (CH2) 1-12-.
In some embodiments, a linker has the structure -NHC (=O) (CH2) -, -NHC (=O) (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2) 3-, -NHC (=O) (CH2) 4-, -NHC (=O) (CH2) 5-, -NHC (=O) (CH2) 6-, -NHC (=O) (CH2) 7-, -NHC (=O) (CH2) 8-, -NHC (=O) (CH2) 9-, -NHC (=O) (CH2) 10-, -NHC (=O) (CH2) 11-, or-NHC (=O) (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) -, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 3-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 4-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 5-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 6-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 7-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 8-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 9-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 10-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 11-, or - (CH2) 2NHC (=O) (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure – (CH2) 0-12C (=O) NH (CH2) 1-12-,
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) NH (CH2) -, -C (=O) NH (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2) 3-, -C (=O) NH (CH2) 4-, -C (=O) NH (CH2) 5-, -C (=O) NH (CH2) 6-, -C (=O) NH (CH2) 7-, -C (=O) NH (CH2) 8-, -C (=O) NH (CH2) 9-, -C (=O) NH (CH2) 10-, -C (=O) NH (CH2) 11-or -C (=O) NH (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) C (=O) NH- (CH2) -, - (CH2) C (=O) NH- (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 3-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 4-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 5-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 6-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 7-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 8-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 9-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 10-, - (CH2) C (=O) NH (CH2) 11-, or – (CH2) C (=O) NH (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) -, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 3-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 4-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 5-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 6-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 7-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 8-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 9-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 10-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 11-, or- (CH2) 2C (=O) NH (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) -, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 3-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 4-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 5-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 6-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 7-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 8-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 9-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 10-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 11-, or - (CH2) 3C (=O) NH (CH2) 12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12 (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 0-12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 0-12-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2CH2O) (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, - (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or - (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12C (=O) (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 0-12-.
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 0-12-.
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) (CH2CH2O) (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, -C (=O) (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or -C (=O) (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12NH (CH2CH2O) 1-12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure -NH (CH2CH2O) (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, -NH (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or -NH (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12NHC (=O) (CH2CH2O) 1- 12(CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure -NHC (=O) (CH2CH2O) (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, -NHC (=O) (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or -NHC (=O) (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or - (CH2) 2NHC (=O) (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-12C (=O) NH (CH2CH2O) 1- 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 0-2C (=O) NH (CH2CH2O) 1- 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure -C (=O) NH (CH2CH2O) (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, -C (=O) NH (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or -C (=O) NH (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or - (CH2) C (=O) NH (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or - (CH2) 2C (=O) NH (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
In some embodiments, a linker has the structure - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 2 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 3 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 4 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 5 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 6 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 7 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 8 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 9 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 10 (CH2) 2-, - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 11 (CH2) 2-, or - (CH2) 3C (=O) NH (CH2CH2O) 12 (CH2) 2-.
Target Proteins
Disclosed herein, in some embodiments, are target proteins. In some embodiments, a target protein comprises a transcription factor. In some embodiments, a target protein comprises an epigenetic modulator. In some embodiments, a target protein comprises p300 or CBP (CREB binding protein) . In some embodiments, a target protein comprises p300. In some embodiments, a target protein comprises CBP. In some embodiments, a target protein comprises a bromodomain-containing protein. In some embodiments, a target protein comprises bromodomain-containing protein 4 (BRD4) .
In some embodiments, a target protein comprises a kinase. In some embodiments, a target protein comprises a cyclin-dependent kinase (CDK) . In some embodiments, a target protein comprises cyclin-dependent kinase 4 (CDK4) or cyclin-dependent kinase 6 (CDK6) . In some embodiments, a target protein comprises CDK4. In some embodiments, a target protein comprises CDK6. In some embodiments, a target protein comprises CDK9. In some embodiments, a target protein comprises CDK, CDK1, CDK2, CDK3, CDK4, CDK6, CDK7, CDK8, CDK9, CDK10, CDK11, CDK12, or CDK13. In some embodiments, a target protein comprises a tyrosine receptor kinase. In some embodiments, a target protein comprises a tropomyosin receptor kinase (Trk) . In some embodiments, a target protein comprises TrkA. In some embodiments, a target protein comprises TrkB. In some embodiments, a target protein comprises TrkC. In some embodiments, a target protein comprises mitogen-activated protein kinase kinase (MKK or  MEK) . In some embodiments, a target protein comprises MEK1. In some embodiments, a target protein comprises MEK2. In some embodiments, the target protein may include a cyclin. In some embodiments, the cyclin is a cyclin D. The cyclin D may include cyclin D1. The cyclin D may include cyclin D2. The cyclin D may include cyclin D3. In some embodiments, the heterobifunctional compound degrades the cyclin. Some examples of cyclins include cyclin A, cyclin B, cyclin C, cyclin D, cyclin D1, cyclin D2, cyclin D3, cyclin E, cyclin H, cyclin K, cyclin T, or cyclin T1. In some embodiments, the heterobifunctional compound degrades the target protein.
Some additional non-limiting examples of target proteins include any one of B7.1, B7, TINFRlm, TNFR2, NADPH oxidase, a partner in an apoptosis pathway, BclIBax, C5a receptor, HMG-CoA reductase, PDE V phosphodiesterase type, PDE IV phosphodiesterase type 4, PDE I, PDEII, PDEIII, squalene cyclase inhibitor, CXCR1, CXCR2, nitric oxide (NO) synthase, cyclo-oxygenase 1, cyclo-oxygenase 2, a receptor, a 5HT receptor, a dopamine receptor, a G-protein (e.g. Gq) , a histamine receptor, 5-lipoxygenase, tryptase serine protease, thymidylate synthase, purine nucleoside phosphorylase, GAPDH, a trypanosomal protein, glycogen phosphorylase, carbonic anhydrase, a chemokine receptor, JAK, STAT, RXR, RAR, HIV 1 protease, HIV 1 integrase, influenza, neuraminidase, hepatitis B reverse transcriptase, sodium channel, multi drug resistance (MDR) , protein P-glycoprotein, MRP, a tyrosine kinase, CD23, CD124, tyrosine kinase p56 lck, CD4, CD5, IL-2 receptor, IL-1 receptor, TNF-alphaR, ICAM1, a Ca+channel, VCAM, an integrin, a VLA-4 integrin, a selectin, CD40, CD40L, a neurokinin, a neurokinin receptor, inosine monophosphate dehydrogenase, p38 MAP Kinase, Ras, Raf, Mek, Erk, interleukin-1 converting enzyme, a caspase, HCV, NS3 protease, HCV NS3 RNA helicase, glycinamide ribonucleotide formyl transferase, rhinovirus 3C protease, herpes simplex virus-1 (HSV-I) , a protease, cytomegalovirus (CMV) protease, poly (ADP-ribose) polymerase, a cyclin dependent kinase (CDK) , vascular endothelial growth factor, oxytocin receptor, microsomal transfer protein inhibitor, bile acid transport inhibitor, a 5 alpha reductase inhibitor, angiotensin II, a glycine receptor, a noradrenaline reuptake receptor, an endothelin receptor, neuropeptide Y, a neuropeptide Y receptor, an estrogen receptor, an androgen receptor, an adenosine receptor, an adenosine kinase, AMP deaminase, a purinergic receptor (e.g. P2Y1, P2Y2, P2Y4, P2Y6, or P2X1-7) , a farnesyltransferase, geranylgeranyl transferase, a Trk, a receptor for NGF, beta-amyloid, tyrosine kinase, Flk-IIKDR, vitronectin receptor, an integrin receptor, Her2 neu, telomerase inhibition, cytosolic phospholipaseA2, EGF receptor tyrosine kinase, ecdysone 20-monooxygenase, ion channel of the GABA gated chloride channel, acetylcholinesterase, voltage-sensitive sodium channel protein, calcium release channel, a chloride channel, acetyl-CoA carboxylase, adenylosuccinate synthase, protoporphyrinogen oxidase, enolpyruvylshikimate-phosphate synthase, an HSP, Hsp90, a kinase, an MDM, MDM2, a Human BET Bromodomain-containing protein, an HDAC, a lysine methyltransferase, an angiogenesis protein, an immunomodulatory protein, AHR, VEGFR3, Alk, Abl, a Janus kinase, JAK2, Met, B Raf, a phosphatase, FKBP, a thyroid hormone receptor, acyl-protein thioesterase-1, acyl-protein thioesterase-2, an HIV protein, an HIV protease, an HIV integrase, an HCV protein, or an HCV protease.. The target protein may include p25 or p35.
In some embodiments, a target protein comprises a protein associated with a disease state. For example, the target protein may be present or upregulated in the disease state. In some embodiments, a target protein comprises a pathogen protein. In some embodiments, a target protein comprises a viral protein. In some embodiments, a target protein comprises a bacterial protein.
Target proteins are numerous in kind and are selected from proteins that are expressed in a cell such that at least a portion of the sequences is found in the cell and may bind to a target protein binding moiety. The term “protein” may include oligopeptides and polypeptide sequences of sufficient length that they can bind to a target protein binding moiety. Any protein in a eukaryotic system or a microbial system, including a virus, bacteria, or fungus, as otherwise described herein, may be a target protein for ubiquitination mediated by the compounds according to the present disclosure. The target protein may be a eukaryotic protein.
Any protein, which can bind to a protein target moiety and acted on or degraded by a ubiquitin ligase may be a target protein. In general, target proteins may include, for example, structural proteins, receptors, enzymes, cell surface proteins, proteins pertinent to the integrated function of a cell, including proteins involved in catalytic activity, aromatase activity, motor activity, helicase activity, metabolic processes (anabolism and catabolism) , antioxidant activity, proteolysis, biosynthesis, proteins with kinase activity, oxidoreductase activity, transferase activity, hydrolase activity, lyase activity, isomerase activity, ligase activity, enzyme regulator activity, signal transducer activity, structural molecule activity, binding activity (protein, lipid carbohydrate) , receptor activity, cell motility, membrane fusion, cell communication, regulation of biological processes, development, cell differentiation, response to stimulus, behavioral proteins, cell adhesion proteins, proteins involved in cell death, proteins involved in transport (including protein transporter activity, nuclear transport, ion transporter activity, channel transporter activity, carrier activity, permease activity, secretion activity, electron transporter activity, pathogenesis, chaperone regulator activity, nucleic acid binding activity, transcription regulator activity, extracellular organization and biogenesis activity, translation regulator activity. Proteins of interest can include proteins from eukaryotes and prokaryotes including humans as targets for drug therapy, other animals, including domesticated animals, microbials for the determination of targets for antibiotics and other antimicrobials and plants, and even viruses, among numerous others.
In some embodiments, a target protein comprises any of Hsp90, a kinase, MDM2, a Human BET Bromodomain-containing protein, an HDAC, a lysine methyltransferase, an angiogenesis protein, an immunomodulatory protein, or aryl hydrocarbon receptor (AHR) . In some embodiments, a target protein comprises a heat shock protein (HSP) such as HSP90. In some embodiments, a target protein comprises a kinase or a phosphatase. In some embodiments, the target protein includes a kinase. In some embodiments, the kinase is a tyrosine kinase. In some embodiments, the kinase is VEGFR3. In some embodiments, the kinase is an aurora kinase. In some embodiments, the kinase is ALK. In some embodiments, the kinase is JAK2. In some embodiments, the kinase is Alk. In some embodiments, the kinase is Met. In some embodiments, the kinase is Abl. In some embodiments, the kinase is B-Raf or Mek. In some embodiments, a target protein comprises a phosphatase. In some embodiments, the phosphatase is a protein tyrosine  phosphatase. In some embodiments, the phosphatase includes a SHP-2 domain. In some embodiments, a target protein comprises an MDM. In some embodiments, the MDM is MDM2. In some embodiments, a target protein comprises an HDAC. In some embodiments, a target protein comprises a methyltransferase such as a lysine methyltransferase. In some embodiments, a target protein comprises an angiogenesis. In some embodiments, a target protein comprises an immunomodulatory or immunosuppressive protein. In some embodiments, a target protein comprises an aryl hydrocarbon receptor (AHR) . In some embodiments, a target protein comprises RAF receptor In some embodiments, a target protein comprises FKBP. In some embodiments, the target protein comprises estrogen receptor or an androgen receptor. In some embodiments, a target protein comprises an androgen receptor. In some embodiments, a target protein comprises an estrogen receptor. In some embodiments, a target protein comprises a thyroid hormone receptor. In some embodiments, a target protein comprises an HIV protein such as an HIV protease or an HIV integrase. In some embodiments, a target protein comprises an HCV protein such as an HCV protease. In some embodiments, a target protein comprises acyl-protein thioesterase-1 or -2.
Target Protein Binding Moieties
Disclosed herein, in some embodiments, are target protein binding moieties. For example, a ligand described herein may include a target protein binding moiety. In some embodiments, the target protein binds to or is bound by a target protein binding moiety. In some embodiments, the target protein binding moiety binds to a target protein. In some embodiments, the binding of the ligand to the target protein in a cell results in the degradation of the target protein. For example, the ligand may increase ubiquitin mediated target protein degradation, or proteasomal degradation of the target protein. The target protein binding moiety can be any molecule that binds to a target protein. For example, the target protein binding moiety can be any small molecule known to bind to a target protein.
In some embodiments, Z1 is L1-P, and P comprises a target protein binding moiety that binds to CBP, p300, TrkA, TrkB, TrkC, CDK4, CDK6, CDK9, or cyclin D, or a combination thereof.
Disclosed herein, in some embodiments, are compounds comprising a DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety binds to a DCAF1 protein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is bound to a DCAF1 protein. In some embodiments, the compound binds to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the compound is bound to a DCAF1 protein via the DCAF1 binding moiety.
In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is incorporated into a ligand described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is part of a modified protein described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is part of a ligand-protein complex described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is attached to a linker such as a linker described herein. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety is covalently connected through the linker to a target protein binding moiety described herein. In some embodiments, the target protein binding moiety is incorporated into a molecular structure or formula disclosed herein. For example, the target protein binding moiety may be included in a compound of Formula (I) . The target protein binding moiety may be included in a compound of Formula (II) .
Non-limiting examples of small molecule target protein binding moieties include Hsp90 inhibitors, kinase inhibitors, MDM2 inhibitors, compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins, HDAC inhibitors, human lysine methyltransferase inhibitors, angiogenesis inhibitors, immunosuppressive compounds, and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) , among numerous others. By coupling a DCAF1 binding moiety to a target protein binding moiety, the target protein may be ubiquitinated and/or degraded by a proteasome.
In certain aspects, the protein binding moiety is a haloalkane (preferably a C1-C10 alkyl group which is substituted with at least one halo group, preferably a halo group at the distal end of the alkyl group (i.e., away from the linker or DCAF1 binding moiety) , which may covalently bind to a dehalogenase enzyme in a patient or subject or in a diagnostic assay.
Target protein binding moieties according to the present disclosure may include any moiety which binds to a protein specifically (e.g. binds to a target protein) and may include the following non-limiting examples of small molecule target protein moieties: Hsp90 inhibitors, kinase inhibitors, MDM2 inhibitors, compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins, HDAC inhibitors, human lysine methyltransferase inhibitors, angiogenesis inhibitors, immunosuppressive compounds, and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) , among numerous others. Compositions described herein exemplify some of the members of these types of small molecule target protein binding moieties. Such small molecule target protein binding moieties also include pharmaceutically acceptable salts, enantiomers, solvates and polymorphs of these compositions, as well as other small molecules that may target a protein of interest. These binding moieties may be linked to a DCAF1 binding moiety through a linker to present a target protein (to which the protein target moiety is bound) in proximity to the ubiquitin ligase for ubiquitination and degradation.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a haloalkyl group, wherein said alkyl group generally ranges in size from about 1 or 2 carbons to about 12 carbons in length, often about 2 to 10 carbons in length, often about 3 carbons to about 8 carbons in length, more often about 4 carbons to about 6 carbons in length. The haloalkyl groups are generally linear alkyl groups (although branched-chain alkyl groups may also be used) and are end-capped with at least one halogen group, preferably a single halogen group, often a single chloride group. Haloalkyl target protein binding moieties for use in the present disclosure may be represented by the chemical structure– (CH2) v-Halo where v is any integer from 2 to about 12, often about 3 to about 8, more often about 4 to about 6. Halo may be any halogen, but is preferably Cl or Br, more often Cl.
In some embodiments, the target protein binding moiety is a  group, where w is 0 to 3, preferably 1 or 2. This group may bind selectively to a target protein comprising an estrogen receptor and may be useful for treating diseases which are modulated through estrogen receptors, and in particular cancers, such as breast cancer, endometrial cancer, ovarian cancer, and uterine cancer, among others.
Target protein binding moieties according to the present disclosure include, for example, haloalkane halogenase inhibitors, Hsp90 inhibitors, kinase inhibitors, MDM2 inhibitors, compounds targeting human BET bromodomain-containing proteins, HDAC inhibitors, human lysine methyltransferase inhibitors, angiogenesis inhibitors, immunosuppressive compounds, and compounds targeting the aryl hydrocarbon receptor (AHR) . Some compositions described below exemplify some of the members of these types of small molecule target protein binding moieties.
Such small molecule target protein binding moieties also include pharmaceutically acceptable salts, enantiomers, solvates and polymorphs of these compositions, as well as other small molecules that may target a protein of interest.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a heat shock protein (HSP; e.g. HSP90) binder or inhibitor. HSP90 inhibitors as used herein include, but are not limited to: N- [4- (3H-imidazo [4, 5-C] pyridin-2-yl) -9H-fluoren-9-yl] -succinamide, 8- [ (2, 4-dimethylphenyl) sulfanyl] -3-pent-4-yn-1-yl-3H-purin-6-amine, 5- [2, 4-dihydroxy-5- (1-methylethyl) phenyl] -N-ethyl-4- [4- (morpholin-4-ylmethyl) phenyl] isoxazole-3-carboxamide, PU3, or (4E, 6Z, 8S, 9S, 10E, 12S, 13R, 14S, 16R) -13-hydroxy-8, 14, 19-trimethoxy-4, 10, 12, 16-tetramethyl-3, 20, 22-trioxo-2-azabicyclo [16.3.1] or any of its derivatives (e.g. 17-alkylamino-17-desmethoxygeldanamycin.
In some embodiments, N- [4- (3H-imidazo [4, 5-C] pyridin-2-yl) -9H-fluoren-9-yl] -succinamide is attached via its terminal amide group to a linker described herein. In some embodiments, 8- [ (2, 4-dimethylphenyl) sulfanyl] -3-pent-4-yn-1-yl-3H-purin-6-amine is attached via its terminal acetylene group to a linker described herein. In some embodiments, 5- [2, 4-dihydroxy-5- (1-methylethyl) phenyl] -N-ethyl-4- [4- (morpholin-4-ylmethyl) phenyl] isoxazole-3-carboxamide is attached via its amide group (e.g. at the amine or at the alkyl group on the amine) to a linker described herein. In some embodiments, PU3 is attached via its butyl group to a linker described herein. In some embodiments, (4E, 6Z, 8S, 9S, 10E, 12S, 13R, 14S, 16R) -13-hydroxy-8, 14, 19-trimethoxy-4, 10, 12, 16-tetramethyl-3, 20, 22-trioxo-2-azabicyclo [16.3.1] or any of its derivatives are attached by an amide group to a linker described herein.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a kinase inhibitor or a phosphatase inhibitor. In some embodiments, the target protein binding moiety includes a kinase inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a tyrosine kinase inhibitor. In some embodiments, the kinase  inhibitor is a VEGFR3 inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an aurora kinase inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an ALK inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a JAK2 inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an Alk inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a Met inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is an Abl inhibitor. In some embodiments, the kinase inhibitor is a B-Raf/Mek inhibitor.
Non-limiting examples of kinase inhibitors include any one of erlotinib, sunitinib, sorafenib, dasatinib, lapatinib, U09-CX-5279, Y1W, Y1X, 1-ethyl-3- (2- { [3- (1-methylethyl) [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] pyridin-6-yl] sulfanyl} benzyl) urea, a 2, 6-naphthyridine, 07U, YCF, XK9, NXP, N- {4- [ (1E) -N- (N-hydroxycarbamimidoyl) ethane-hydrazonoyl] phenyl} -7-nitro-1H-indole-2-carboxamide, afatinib, fostamatinib, gefitinib, lenvatinib, vandetanib, vemurafenib, imatinib, pazopanib, AT-9283, TAE684, nilotinib, NVP-BSK805, crizotinib, JNJ FMX, or foretinib.
In some embodiments, erlotinib is attached via its ether group to a linker described herein. In some embodiments, sunitinib is attached via its pyrrole moiety to a linker described herein. In some embodiments, sorafenib is attached via its phenyl moiety to a linker described herein. In some embodiments, dasatinib is attached via its pyrimidine to a linker described herein. In some embodiments, lapatinib is attached via its terminal methyl of its sulfonyl methyl group to a linker described herein. In some embodiments, U09-CX-5279 is attached via its amine (aniline) , carboxylic acid or amine alpha to cyclopropyl group, or cyclopropyl group to a linker described herein. In some embodiments, 1-ethyl-3- (2- { [3- (1-methylethyl) [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] pyridin-6-yl] sulfanyl} benzyl) urea is attached via its propyl group to a linker described herein. In some embodiments, Y1W is attached via its propyl or butyl group to a linker described herein. In some embodiments, 6TP is attached via a terminal methyl group bound to an amide moiety to a linker described herein. In some embodiments, 07U is attached via its secondary amine or terminal amino group to a linker described herein. In some embodiments, YCF is attached via either of its terminal hydroxyl groups to a linker described herein. In some embodiments, XK9 is attached via its terminal hydroxyl group to a linker described herein. In some embodiments, NXP is attached via its terminal hydrazone group (NXP) to a linker described herein. In some embodiments, afatinib is attached via its aliphatic amine group to a linker described herein. In some embodiments, fostamatinib is attached via its methoxy group to a linker described herein. In some embodiments, gefitinib is attached via its methoxy group or its ether group to a linker described herein. In some embodiments, lenvatinib is attached via its cyclopropyl group to a linker described herein. In some embodiments, vandetanib is attached via its methoxy group or hydroxyl group to a linker described herein. In some embodiments, vemurafenib is attached via its sulfonyl propyl group to a linker described herein. In some embodiments, imatinib is attached via its amide group or via its aniline amine group to a linker described herein. In some embodiments, pazopanib is attached via its phenyl moiety or via its aniline amine group to a linker described herein. In some embodiments, AT-9283 is attached via its phenyl moiety to a linker described herein. In some embodiments, TAE684 is attached via its phenyl moiety to a linker described herein. In some embodiments, nilotinib is attached via its phenyl moiety or via its aniline amine group to a linker described herein. In some embodiments, crizotinib is attached via its phenyl moiety or diazole group to a  linker described herein. In some embodiments, crizotinib is attached via its phenyl moiety or diazole group to a linker described herein. In some embodiments, JNJ FMX is attached via its phenyl moiety to a linker described herein.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a phosphatase inhibitor. In some embodiments, the phosphatase inhibitor is a protein tyrosine phosphatase inhibitor. In some embodiments, the phosphatase inhibitor is an inhibitor of a SHP-2 domain of a tyrosine phosphatase. A non-limiting example of a phosphatase inhibitors includes PTP1B. Non-limiting examples of phosphatase inhibitors are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes an MDM inhibitor. In some embodiments, the MDM inhibitor is an MDM2 inhibitor. Non-limiting examples of MDM2 inhibitors include any one of nutlin-3, nutlin-2, nutlin-1, or trans-4-iodo-4'-boranyl-chalcone. In some embodiments, nutlin-3, nutlin-2, or nutlin-1 is attached via a methoxy group or hydroxyl group to a linker described herein. In some embodiments, trans-4-iodo-4'-boranyl-chalcone is attached via its hydroxyl group to a linker described herein. Non-limiting examples of MDM2 inhibitors are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets a human BET bromodomain-containing protein. In some embodiments, the compound that targets a human BET bromodomain-containing protein is a 3, 5-dimethylisoxazole. Non-limiting examples of compounds that target a human BET bromodomain-containing protein are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that inhibits an HDAC. Non-limiting examples of compounds that inhibit an HDAC are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that inhibits a methyltransferase such as a lysine methyltransferase. In some embodiments, the methyltransferase is a human lysine methyltransferase. In some embodiments, the lysine methyltransferase inhibitor is azacytidine. In some embodiments, azacytidine is attached via a hydroxy or amino group to a linker described herein. In some embodiments, the lysine methyltransferase inhibitor is decitabine. In some embodiments, decitabine is attached via a hydroxy or amino group to a linker described herein. Non-limiting examples of lysine methyltransferase inhibitors are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes an angiogenesis inhibitor. Non-limiting examples of angiogenesis inhibitors include GA-1, estradiol, testosterone, DHT, ovalicin, or fumagillin.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes an immunosuppressive compound. Non-limiting examples of immunosuppressive compounds include AP21998, a glucocorticoid (e.g., hydrocortisone, prednisone, prednisolone, or methylprednisolone) , beclomethasone dipropionate, methotrexate, ciclosporin, tacrolimus, rapamycin, or actinomycin. In some embodiments, the glucocorticoid is attached via a hydroxyl to a linker described herein. In some embodiments, the beclomethasone dipropionate is attached via a propionate to a linker described herein. In some embodiments, methotrexate is attached via either of its terminal hydroxyls to a linker described herein. In some embodiments, ciclosporin is attached via a butyl group to a linker described herein. In some  embodiments, tacrolimus is attached via a methoxy group to a linker described herein. In some embodiments, rapamycin is attached via a methoxy group to a linker described herein. In some embodiments, actinomycin is attached via an isopropyl group to a linker described herein.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets an aryl hydrocarbon receptor (AHR) . Non-limiting examples of compounds that target an AHR include apigenin, SR1, or LGC006.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets a RAF receptor. A non-limiting example of a compound that target a RAF receptor is included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets FKBP. A non-limiting example of a compound that target FKBP is included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets an androgen receptor. Non-limiting examples of compounds that target an androgen receptor include any one of RU59063, SARM, DHT, MDV3100, ARN-509, a hexahydrobenzisoxazole, or a tetramethylcyclobutane. Non-limiting examples of compounds that target an androgen receptor are included in Table 4. In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets an estrogen receptor. A non-limiting example of a compound that targets an estrogen receptor is included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets a thyroid hormone receptor. A non-limiting example of a compound that target a thyroid hormone receptor is included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that inhibits an HIV protease. Non-limiting examples of compounds that inhibit an HIV protease are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that inhibits an HIV integrase. Non-limiting examples of compounds that inhibit an HIV integrase are included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets an HCV protease. A non-limiting example of a compound that targets an HCV protease is included in Table 4.
In some embodiments, the target protein binding moiety includes a compound that targets acyl-protein thioesterase-1 and/or -2. A non-limiting example of a compound that targets acyl-protein thioesterase-1 and/or -2is included in Table 4.
In some embodiments, compounds comprising a target protein binding moiety are shown in Table 4. In the table, “R” or a wavy line indicates an optional point of attachment to a linker or other molecule such as a DCAF1 binding moiety.
Table 4: Representative target protein binding moieties














Heterobifunctional compounds
Described herein are heterobifunctional compounds. Such compounds may be useful for a variety of purposes, including use as molecular glues or targeted protein degraders for a protein of interest. The heterobifunctional compound may be a small molecule. The heterobifunctional compound may be included in a method of treatment or use as described herein. For example, the heterobifunctional compound may be included in a pharmaceutical composition and administered to a subject.
As used herein, a "subject" refers to a human or non-human animal subject. Examples of subjects include humans and other mammals, such as dogs, cats, cattle, mice, rats, monkeys or other non-human primates. In some preferred embodiments, the subject is a human. Subjects may include, e.g., human or veterinary patients, or human or veterinary subjects participating in clinical trials.
The terms "treat" or "treating" as used herein means to administer a compound, salt or composition, as described herein, to a subject having a disease or disorder, such as cancer, to achieve at least one positive therapeutic effect. Such therapeutic effects may include reversing, relieving, alleviating, or slowing the progression of, or any damage associated with any symptoms of the disease or disorder. The  term "treatment" , as used herein, unless otherwise indicated, refers to the act of treating as "treating" as defined above.
Provided herein in some embodiments are heterobifunctional compounds of Formula (I) or Formula (II) wherein Z1 is L1-P, or compounds of Formula (X) , and pharmaceutically acceptable salts and pharmaceutical compositions comprising said compounds and salts. In some embodiments provided is a heterobifunctional compound comprising a DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) binding moiety as described herein, a linker, and a target protein binding moiety. In some embodiments, a DCAF1 binding moiety is a natural product. In some embodiments, a DCAF1 binding moiety is a synthetic product. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety binds covalently to DCAF1. In some embodiments, the DCAF1 binding moiety binds noncovalently to DCAF1. In some embodiments, a target protein binding moiety is configured to bind a target protein.
Heterobifunctional compounds of Formula (I) , Formula (II) , or Formula (X) may comprise a DCAF1 binding moiety according to any of the embodiments described herein. Heterobifunctional compounds of Formula (I) , Formula (II) , or Formula (X) may comprise a linker according to any of the embodiments described herein.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of the compounds in Table 1, Table 3 or Table 5, or a salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a monofunctional intermediate comprising a compound in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof. In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a monofunctional intermediate selected from the compounds in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound comprising a monofunctional intermediate comprising a compound in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof. In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound comprising a monofunctional intermediate selected from the compounds in Table 1 or Table 3, or an analog or salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound comprising a monofunctional intermediate comprising a compound in Table 2, or an analog or salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is a heterobifunctional compound selected from the group consisting of the compounds in Table 5, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises CPD-001, CPD-004, CDP-005, CPD-006, CPD-008, CPD-009, CPD-011, CPD-012, CPD-013, CPD-014, CPD-016, CPD-017, CPD-018, CPD-019, CPD-043, CPD-044, CPD-045, CPD-048, CPD-049, CPD-051, CPD-052, CPD-053, CPD-056, CPD-059, CPD-065, CPD-076, CPD-084, CPD-087, CPD-088, CPD-090, CPD-093, CPD-094, CPD-095, CPD-098, CPD-099, or CPD-105, or an analog or heterobifunctional derivative thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises B-053, B-072, B-074, B-087, B-089, B-108, B-122, B-122, B-123, B-124, B-127, B-130, B-135, B-145, B-148, B-151, B-159, B-164, B-165, B-166, B-172, B-177, B-198, B-202, B-206, or B-210, or an analog or heterobifunctional derivative thereof. In frequent embodiments, analogs are compounds wherein (a) a morpholino moiety has been replaced by a piperazine analog; (b) a carboxamide moiety has been modified to install a linker; or (c) a halo or OH moiety has been modified to install a linker; which in each case can act as the site of attachment to L1-P or L1-G.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of:
(R) -2- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) acetamide (D-003) ;
(R) -1- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propan-1-one (D-006) ;
(R) -2- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) acetamide (D-067) ;
(R) -2- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butyl) acetamide (D-068) ;
(R) -2- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octyl) acetamide (D-069) ;
(R) -2- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethyl) acetamide (D-070) ; and
(R) -1- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -3- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propan-1-one (D-076) ;
or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of: D-079, D-080, D-081, or D-082, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of: D-025, D-028, D-043, D-044, D-046, D-047, or D-048, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) is selected from the group consisting of: D-201, D-202, D-203, or D-208, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
In a further aspect, described herein is a compound of Formula (X) :
T1-L2-T2
Formula (X) ,
wherein:
T1 is a target protein binding moiety;
L2 is a bivalent chemical linker; and
T2 is a DCAF1 binding moiety.
The compound of Formula (X) may comprise a compound of Formula (I) or Formula (II) . The heterobifunctional compound may include a compound of Formula (I) or Formula (II) . The heterobifunctional compound may include a compound of Formula (X) . Each of the embodiments described herein for use as a linker, including for use as the linker L1 in compounds of Formula (I) or Formula (II) , may be suitable for use herein as the linker L2 in compounds of Formula (X) . Each of the embodiments described herein for use as target protein binding moiety, including as the target protein binding moiety P in compounds of Formula (I) or Formula (II) , may be suitable for use herein as the target protein binding moiety T1 compounds of Formula (X) .
A heterobifunctional compound may include any aspect of a compound shown in Table 5, such as a DCAF1 binding moiety, a linker, a target protein binding moiety, or a combination thereof. In some examples, the heterobifunctional compounds present in Table 5 are referred to as heterobifunctional compounds. In some examples, compounds comprising a DCAF1 binding moiety, a linker and a target protein binding moiety are referred to as heterobifunctional compounds.
Table 5: DCAF1-based heterobifunctional compounds




















































The compounds described herein may be useful for binding DDB1-and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) , binding and/or degrading target proteins, for inducing subsequent cellular effects, and/or for inhibiting microbes such as a virus or a bacteria. In some embodiments, the compound is used as an antiviral drug. For example, a compound such as compound comprising a ligand described herein may compete with one or more viral proteins. In some embodiments, the compound is used as an antiparasitic drug. In some embodiments, the compound is used as a molecular glue, for example, to hold two molecules together such as DCAF1 proteins and/or target proteins. In some embodiments, the compound is used as a degrader. For example, a heterobifunctional compound described herein may be used as targeted protein degrader.
Preparation of Compounds
The compounds used in the chemical reactions described herein may be made according to organic synthesis techniques known to those skilled in this art, starting from commercially available chemicals and/or from compounds described in the chemical literature. "Commercially available chemicals" are obtained from standard commercial sources including Acros Organics (Pittsburgh, PA) , Aldrich Chemical (Milwaukee, WI, including Sigma Chemical and Fluka) , Apin Chemicals Ltd. (Milton Park, UK) , Avocado Research (Lancashire, U.K. ) , BDH Inc. (Toronto, Canada) , Bionet (Cornwall, U.K. ) , Chemservice Inc. (West Chester, PA) , Crescent Chemical Co. (Hauppauge, NY) , Eastman Organic Chemicals, Eastman Kodak Company (Rochester, NY) , Fisher Scientific Co. (Pittsburgh, PA) , Fisons Chemicals (Leicestershire, UK) , Frontier Scientific (Logan, UT) , ICN Biomedicals, Inc. (Costa Mesa, CA) , Key Organics (Cornwall, U.K. ) , Lancaster Synthesis (Windham, NH) , Maybridge Chemical Co. Ltd. (Cornwall, U.K. ) , Parish Chemical Co. (Orem, UT) , Pfaltz &Bauer, Inc. (Waterbury, CN) , Polyorganix (Houston, TX) , Pierce Chemical Co. (Rockford, IL) , Riedel de Haen AG (Hanover, Germany) , Spectrum Quality Product, Inc. (New Brunswick, NJ) , TCI America (Portland, OR) , Trans World Chemicals, Inc. (Rockville, MD) , and Wako Chemicals USA, Inc. (Richmond, VA) .
Suitable reference books and treatise that detail the synthesis of reactants useful in the preparation of compounds described herein, or provide references to articles that describe the preparation, include for example, "Synthetic Organic Chemistry" , John Wiley &Sons, Inc., New York; S.R. Sandler et al., "Organic Functional Group Preparations, " 2nd Ed., Academic Press, New York, 1983; H. O. House, "Modern Synthetic Reactions" , 2nd Ed., W.A. Benjamin, Inc. Menlo Park, Calif. 1972; T.L. Gilchrist, "Heterocyclic Chemistry" , 2nd Ed., John Wiley &Sons, New York, 1992; J. March, "Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms and Structure" , 4th Ed., Wiley-Interscience, New York, 1992. Additional suitable reference books and treatise that detail the synthesis of reactants useful in the preparation of compounds described herein, or provide references to articles that describe the preparation, include for example, Fuhrhop, J. and Penzlin G. "Organic Synthesis: Concepts, Methods, Starting Materials" , Second, Revised and Enlarged Edition (1994) John Wiley &Sons ISBN: 3-527-29074-5; Hoffman, R.V. "Organic Chemistry, An Intermediate Text" (1996) Oxford University Press, ISBN 0-19-509618-5; Larock, R.C. "Comprehensive Organic Transformations: A Guide to Functional Group Preparations" 2nd Edition (1999) Wiley-VCH, ISBN: 0-471-19031-4; March, J. "Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure" 4th Edition (1992) John Wiley &Sons, ISBN: 0-471-60180-2; Otera, J. (editor) "Modern Carbonyl Chemistry" (2000) Wiley-VCH, ISBN: 3-527-29871-1; Patai, S. "Patai's 1992 Guide to the Chemistry of Functional Groups" (1992) Interscience ISBN: 0-471-93022-9; Solomons, T.W.G. "Organic Chemistry" 7th Edition (2000) John Wiley &Sons, ISBN: 0-471-19095-0; Stowell, J.C., "Intermediate Organic Chemistry" 2nd Edition (1993) Wiley-Interscience, ISBN: 0-471-57456-2; "Industrial Organic Chemicals: Starting Materials and Intermediates: An Ullmann's Encyclopedia" (1999) John Wiley &Sons, ISBN: 3-527-29645-X, in 8 volumes; "Organic Reactions" (1942-2000) John Wiley &Sons, in over 55 volumes; and "Chemistry of Functional Groups" John Wiley &Sons, in 73 volumes.
Alternatively, specific and analogous reactants can be identified through the indices of known chemicals and reactions prepared by the Chemical Abstract Service of the American Chemical Society, which are available in most public and university libraries, as well as through on-line databases (contact the American Chemical Society, Washington, D.C. for more details) . Chemicals that are known but not commercially available in catalogs are optionally prepared by custom chemical synthesis houses, where many of the standard chemical supply houses (e.g., those listed above) provide custom synthesis services. A reference for the preparation and selection of pharmaceutical salts of the compound described herein is P.H. Stahl &C.G. Wermuth "Handbook of Pharmaceutical Salts" , Verlag Helvetica Chimica Acta, Zurich, 2002.
The compounds described herein may be prepared using the general methods in the art of organic synthesis, as described in the Examples section. Alternative synthetic methods are also used to generate the compounds described herein.
Characterization of Exemplary Compounds
DCAF1 functions as a substrate recruiting receptor for a DDB1-CUL4-ROC1 E3 ubiquitin ligase (CRL4) . DCAF1 is often hijacked by viral proteins to degrade cellular proteins for creating favorable condition to viruses. Structural analyses revealed that the WD40 repeat region (1058-1396) of DCAF1 is the viral protein binding site and highly druggable pocket for developing ligands. Binding affinities of specific exemplary compounds to DCAF1 (1058-1396) , which is a fragment of a DCAF1 protein that includes amino acid residues A1058 to E1396 were determined by a surface plasmon resonance (SPR) assay. Briefly, biotinylated avi-tagged DCAF1 (1058-1396) proteins were immobilized at a density of 9,000-10,000 resonance units (RUs) on a SA (Streptavidin) sensor chip. Sensorgrams were recorded at different concentrations of compounds in multi-cycle kinetic format. Data were analyzed using a steady state affinity model through Biacore Evaluation Software to provide equivalent dissociation constants (Kd) . Data showed that the exemplary compounds bound to DCAF1 in a concentration-dependent manner, and some binding affinities (Kd) ranged from 10 μM to 100 μM (Table 6 and Table 7, FIG. 2) .
Some compounds are expected to covalently bind to DCAF1. The covalent bonding may be accomplished by Michael Addition, where Cysteine (CYS) residues of DCAF1 such as CYS1227 or CYS1113 act as Michael donors to the compounds of Table 1 or Table 3 that may act as Michael acceptors the reaction. Covalent binding of compounds to DCAF1 were determined by an intact mass spectrometry analysis. Briefly, purified DCAF1 (1058-1396) proteins (5 μM) were incubated with 40 molar excess of the putative DCAF1 ligands (200 μM) for 8 h at rt. The resulting samples were separated using a UPLC and analyzed using a high-performance Mass Spectrometer equipped. The molecular weight of the DCAF1 protein incubated with solvent was tested as a control. Data showed that some exemplary compounds could readily covalently react with DCAF1 (Table 8, FIG. 3) .
Specific exemplary heterobifunctional compounds were designed targeting different target proteins, by conjugating DCAF1 ligands with different substrate ligands (warheads) , such as TL13-87 (a pan-kinase inhibitor, targeting many CDKs; Huang et al., 2018) , JQ-1 (a BRD4 inhibitor) , PF-06873600 (a CDK2/4/6 inhibitor; Freeman-Cook, K.D. et al., J Med Chem 2021, 64 (13) , 9056-9077) , palbociclib (a  selective CDK4/6 inhibitor) , PF-07220060 (a selective CDK4 inhibitor; US 2019330196A1, 2019) , and lasofoxifene (a selective estrogen receptor modulator (SERM) ) . Heterobifunctional compounds using TL13-87 as warhead were characterized in MOLT-4 cells. Cells were treated with selected heterobifunctional compounds at indicated concentrations for 8 hours. Cells were collected, lysed and subject to immunoblotting using an antibody specific to CDK4 proteins. GAPDH or tubulin was included as the loading control. DMSO treatment was used as the negative control. Following treatment of various heterobifunctional compounds, CDK4 protein levels in MOLT-4 cells were significantly decreased in a concentration-dependent manner, while E3 ligand CYCA-117-70 (N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine) and warhead TL13-87 didn’ t affect CDK4 proteins levels dramatically (FIG. 4, Table 9) .
Exemplary heterobifunctional compounds using JQ-1 as warhead were characterized in MV4; 11 cells. Following treatment of heterobifunctional compounds for 8 hours, BRD4 protein levels were significantly decreased at 10 μM treated samples (FIG. 5A, Table 10) . In addition, MV4; 11 cells were treated with 10 μM D-025, or D-028 for indicated period. Significant degradation of BRD4 were readily detected as early as 4 hours following administration of the compounds (FIG. 5B) . It has been demonstrated that targeting BRD4 using ligands to their bromodomains domains compromises cancer cell proliferation and survival. MV4; 11 AML cells seeded in 96-well plates were treated with 10 μM selected heterobifunctional compounds, following a 11-point 3-fold serial dilution. Three days after treatment, cell viability was determined using the CellTiter-Glo Kit. Cell viability was normalized to the mean values of 3 replicates of untreated cells. Dose-dependent response was analyzed following the least-squares non-linear regression method using the GraphPad Prism software. Heterobifunctional compounds dose-dependently suppressed viability of MV4; 11 cells (FIG. 6, Table 10) .
Exemplary heterobifunctional compounds using PF-06873600 as warhead were characterized in ER+ breast cancer T47D cells and NSCLC Calu-1 cells. Following a 16-hour treatment, heterobifunctional compounds significantly decrease cyclin D1 and CDK4 protein levels and inhibited downstream Rb phosphorylation in a concentration-dependent manner (FIG. 7A-7B, Table 11) . The warhead PF-06873600 didn’ t affect cyclin D1 and CDK4 protein levels at indicated concentrations.
Exemplary heterobifunctional compounds using palbociclib as warhead were characterized in ER+ breast cancer T47D cells. Following treatment of heterobifunctional compounds at indicated concentrations for 16 hours, cyclin D1 protein levels were significantly decreased in 5 μM treated samples, while downstream Rb phosphorylation and cyclin A2 protein levels were also inhibited in a concentration-dependent manner (FIG. 8) . The warhead palbociclib didn’ t affect cyclin D1 protein levels dramatically.
Exemplary heterobifunctional compounds using PF-07220060 as warhead were characterized in breast cancer MDA-MB-157 cells. Following a 16-hour treatment of heterobifunctional compounds, cyclin D1 protein levels were significantly decreased in 5 μM treated samples, while warhead PF-07220060 didn’ t affect cyclin D1 proteins levels dramatically (FIG. 9) .
Exemplary heterobifunctional compounds using lasofoxifene as warhead were characterized in ER+ breast cancer T47D cells. Following a 24-hour treatment of representative heterobifunctional  compounds in in serum-free condition, ERα protein levels were significantly decreased in 1 μM treated samples, while warhead lasofoxifene didn’ t affect ERα protein levels at 1 μM significantly (Table 12) .
As described herein, DCAF1 ligands conjugated with different target protein binding moieties can modulate the cellular target protein levels of proteins of interest, including for example, CDK4, cyclin D1, BRD4, and ERα. The results support the use of DCAF1 ligands in targeted protein degradation technology.
Methods of Binding or Modulating DCAF1
In some embodiments, a compound described herein is used to bind a DCAF1 protein. The compound may include a compound of Tables 1, 2, 3, or 5. In some embodiments, a compound described herein is used to modulate a DCAF1 protein. In some embodiments, a compound described herein is used to inhibit a DCAF1 protein. Some embodiments include contacting a DCAF1 protein with a compound described herein. The contact may include administration of the compound to a subject comprising the DCAF1 protein. The contact may include administration of the compound to a cell comprising the DCAF1 protein. The contact may include administration of the compound to a sample comprising the DCAF1 protein. The contact may include administration of the compound to a solution comprising the DCAF1 protein. The contact may be in vivo. The contact may be in vitro. The compound may bind to the DCAF1 protein with a binding affinity described herein.
In some embodiments, contacting the compound with the DCAF1 protein comprises contacting the compound with a binding region on the DCAF1 protein, the binding region comprising a WD40 domain. In some embodiments, the binding region on the DCAF1 protein comprises one or more of the following DCAF1 residues: THR1097, ALA1137, THR1139, HIS1140, THR1155, HIS1180, TYR1181, ARG1225, CYS1227, ILE1262, VAL1265, ARG1298, VAL1299, VAL1300, LYS1327, PRO1329, or PHE1355.
In some embodiments, a compound described herein binds a DCAF1 protein such as a full-length DCAF1 protein. In some embodiments, a compound described herein binds a DCAF1 fragment.
Methods of Treatment and Pharmaceutical Compositions
In certain embodiments, a compound described herein is used to treat a subject. Some embodiments include administering a compound described herein to a subject, for example administering a compound included in any of Tables 1-5 or Formula (I) or Formula (II) to a subject. Some embodiments include administering a compound that comprises a DCAF1 binding moiety to the subject. Some embodiments include administering a heterobifunctional compound that comprises a DCAF1 binding moiety to the subject. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 1. Some embodiments include administering a compound of Table 1. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 2. Some embodiments include administering a compound of Table 2. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 3. Some embodiments include administering a compound of Table 3. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 4. Some embodiments include administering a compound that comprise a structure in Table 5. Some embodiments include administering a compound  of Table 5. Some embodiments include administering a compound that comprises an aspect such as a DCAF1 binding moiety of Formula (I) . Some embodiments include administering a compound of Formula (I) . Some embodiments include administering a compound of Formula (II) . Some embodiments include administering a compound described herein to a subject in need thereof. Some embodiments include administering a pharmaceutical composition comprising the compound to a subject. Some embodiments include providing a compound or pharmaceutical composition described herein for administration to a subject.
In some embodiments, a modified protein disclosed herein is formed in vivo upon administration of the compound or pharmaceutical composition to the subject. In some embodiments, a ligand-protein complex disclosed herein is formed by administration of the compound or pharmaceutical composition to the subject.
In certain embodiments, the compound as described herein is administered as a pure chemical. In other embodiments, the compound described herein is combined with a pharmaceutically suitable or acceptable carrier (also referred to herein as a pharmaceutically suitable (or acceptable) excipient, physiologically suitable (or acceptable) excipient, or physiologically suitable (or acceptable) carrier) selected on the basis of a chosen route of administration and standard pharmaceutical practice as described, for example, in Remington: The Science and Practice of Pharmacy (Gennaro, 21st Ed. Mack Pub. Co., Easton, PA (2005) ) . One embodiment provides a pharmaceutical composition comprising a compound described herein, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable excipient.
Provided herein is a pharmaceutical composition comprising at least one compound described herein, or a stereoisomer, pharmaceutically acceptable salt, or N-oxide thereof, together with one or more pharmaceutically acceptable carriers. The carrier (s) (or excipient (s) ) is acceptable or suitable if the carrier is compatible with the other ingredients of the composition and not deleterious to the recipient (i.e., the subject or patient) of the composition. In some embodiments, the excipient comprises a buffer or solution. In some embodiments, the pharmaceutical composition is sterile.
In certain embodiments, a compound described herein is substantially pure, in that it contains less than about 5%, or less than about 1%, or less than about 0.1%, of other organic small molecules, such as unreacted intermediates or synthesis by-products that are created, for example, in one or more of the steps of a synthesis method.
Some embodiments include use of a compound described herein, use of a ligand-DCAF1 complex, or use of an in vivo modified DCAF1 protein. The use may include a use as an anti-viral drug. The use may include a use as a molecule glue. The use may include a use as a targeted protein degrader. In some embodiments, the use comprises administration of the compound to a subject. In some embodiments, the use comprises contact of a sample with the compound.
Provided herein, in some embodiments, is a method for degrading a target protein in a subject. Some embodiments include administering, to the subject, a ligand described herein. Some embodiments include administering, to the subject, a ligand comprising a DNA damage-binding protein 1 (DCAF1)  binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety. In some embodiments, the subject is a subject in need of administration of the ligand or treatment with the ligand. Some embodiments include a method of modulating a target protein, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. In some embodiments, the target protein is decreased in the subject, relative to a baseline measurement. Following administration of a heterobifunctional compound described herein to a subject, a target protein measurement may be decreased in a tissue sample or fluid sample from the subject, relative to a baseline target protein measurement in a first tissue sample or fluid sample from the subject. Some embodiments include measuring a decrease in the CDK following the administration.
Some embodiments include obtaining a baseline measurement of a target protein. The baseline measurement may be obtained in a first sample obtained prior to administration of a compound described herein to a subject. The first sample may comprise a fluid sample. The first sample may comprise a tissue sample. The baseline measurement may be obtained directly in the subject. The baseline measurement may include a concentration. The baseline measurement may be normalized, for example to a sample weight, to a sample volume, to a total sample protein measurement, or to a housekeeping protein measurement.
Some embodiments include obtaining a measurement of a target protein. The measurement may be obtained in a second sample obtained after to administration of a compound described herein to a subject. The measurement may be obtained in a second sample obtained during to administration of a compound described herein to a subject. The second sample may comprise a fluid sample. The second sample may comprise a tissue sample. The measurement may be obtained directly in the subject. The measurement may be normalized, for example to a sample weight, to a sample volume, to a total sample protein measurement, or to a housekeeping protein measurement.
Measurements or baseline measurements of target proteins may include any method known in the art. For example, a measurement or baseline measurements may be obtained using an assay such as an immunoassay, a colorimetric assay, a lateral flow assay, a fluorescence assay, a proteomics assay, or a cell-based assay. The immunoassay may include an immunoblot such as a western blot or a dot blot, an enzyme-linked immunosorbent assay, or immunostaining. The proteomics assay may include mass spectrometry. A measurement or baseline measurements may be obtained using flow cytometry. A measurement or baseline measurements may be obtained using chromatography, for example high performance liquid chromatography.
The target protein may be or include any target protein included herein, as well as other target proteins not named. Some embodiments include a method of degrading a cyclin dependent kinase (CDK) . Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising a CDK. Some examples of such cyclin dependent kinases include, but are not limited to, CDK4 or CDK6. Some embodiments include a method of modulating a CDK, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. In some embodiments, the CDK is decreased in the subject, relative to a baseline measurement. Some embodiments include measuring a decrease in the CDK following the administration.
Some embodiments include a method of degrading a cyclin. Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising a cyclin. Some examples of such cyclins include cyclin D such as cyclin D1, or cyclin D2, cyclin D3, or cyclin E. Some embodiments include a method of modulating a cyclin, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. Some embodiments include a method of modulating Cyclin D, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. In some embodiments, the cyclin is decreased in the subject, relative to a baseline measurement. Some embodiments include measuring a decrease in the cyclin following the administration.
Some embodiments include a method of degrading a transcription factor. Non-limiting examples of transcription factors include CBP and P300. Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising CBP or P300. Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising CBP. Some embodiments include a method of degrading a target protein comprising P300. Some embodiments include a method of modulating a transcription factor, comprising administering a therapeutically effective amount of a compound described herein (e.g., a heterobifunctional compound) , to a subject in need thereof. In some embodiments, the transcription factor is decreased in the subject, relative to a baseline measurement. Some embodiments include measuring a decrease in the transcription factor following the administration. Additional examples of target proteins are included herein.
Examples of subjects include vertebrates, animals, mammals, dogs, cats, cattle, rodents, mice, rats, primates, monkeys, and humans. In some embodiments, the subject is a mammal. In some embodiments, the subject is a human.
In some embodiments, administering the ligand to the subject comprises administering an effective amount of the ligand sufficient to degrade the target protein. In some embodiments, upon administration of the ligand to the subject, the target protein is ubiquitinated to form a ubiquitinated target protein. In some embodiments, the administration is intravenous. In some embodiments, the administration comprises an injection. In some embodiments, the administration comprises cutaneous administration. In some embodiments, the administration comprises subcutaneous administration. In some embodiments, the administration comprises intraperitoneal administration. In some embodiments, the administration comprises oral administration. In some embodiments, the route of administration is intravenous, oral, subcutaneous, intraperitoneal, ocular, intraocular, intramuscular, interstitial, intraarterial, intracranial, intraventricular, intrasynovial, transepithelial, transdermal, by inhalation, ophthalmic, sublingual, buccal, topical, dermal, rectal, nasal, by insufflation, or by nebulization. In some embodiments, the administration is intramuscular. In some embodiments, the administration is intrathecal. In some embodiments, the administration is subcutaneous. In some embodiments, the administration is oral. In some embodiments, the administration is sublingual. In some embodiments, the administration is buccal. In some embodiments, the administration is rectal. In some embodiments, the administration is vaginal. In some embodiments, the administration is ocular. In some embodiments, the administration is otic. In some  embodiments, the administration is nasal. In some embodiments, the administration is inhalation. In some embodiments, the administration is nebulization. In some embodiments, the administration is cutaneous. In some embodiments, the administration is topical. In some embodiments, the administration is transdermal. In some embodiments, the administration is systemic.
Provided herein, in some embodiments, is a method for degrading a target protein in a sample. Some embodiments include contacting a target protein with a ligand described herein. Some embodiments include contacting a target protein with a ligand comprising a DNA damage-binding protein 1 (DCAF1) binding moiety covalently connected through a linker to a target protein binding moiety.
In some embodiments, the sample is a biological sample. In some embodiments, the biological sample comprises a tissue, a cell, or a biological fluid. In some embodiments, the contact is in vitro. In some embodiments, the contact is in vivo. In some embodiments, upon being contacted with the ligand, the target protein is ubiquitinated to form a ubiquitinated target protein.
In some embodiments, upon administration or contact, the ubiquitinated target protein is degraded. In some embodiments, the ubiquitinated target protein is degraded. In some embodiments, the degradation of the target protein is specific to the target protein. In some embodiments, the target protein comprises proteasomal degradation. In some embodiments, the target protein is degraded by a proteasome.
In some embodiments, upon administration or contact, the ligand binds to a DCAF1 protein to form a ligand-DCAF1 complex. In some embodiments, the ligand directly binds to the DCAF1 protein through the DCAF1 binding moiety of the ligand. In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and the DCAF1 protein is non-covalent. In some embodiments, the binding between the DCAF1 binding moiety and the DCAF1 protein is covalent. In some embodiments, the target protein is ubiquitinated by a ubiquitin E3 ligase complex comprising the DCAF1 protein. In some embodiments, the ligand (e.g. a DCAF1 ligand) recruits the ubiquitin E3 ligase complex to the target protein via the DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the ligand is a small molecule. In some embodiments, the ligand comprises a targeted protein degrader. In some embodiments, the ligand is synthetic. In some embodiments, the ligand comprises a ligand described herein.
The target protein to degraded using a method described herein may be or include any target protein described herein. In some embodiments, the target protein comprises any one of a transcription factor, CBP, p300, a kinase, a receptor, a TRK, TrkA, TrkB, TrkC, a cyclin dependent kinase, CDK4, or CDK6. Some embodiments include multiple target proteins, such as a combination of any two or more of the target proteins disclosed herein.
A compound (such as a compound comprising a DCAF1 binding moiety) described herein may be useful 1) as an antiviral drug; 2) as a DCAF1 protein level modulator (e.g. increasing or decreasing DCAF1 protein levels) ; 3) as a DCAF1 function modulator (e.g. activating or inhibiting DCAF1) ; 4) as a molecular glue (e.g. increasing a protein-protein interaction between DCAF1 and a second protein) ; 5) for affecting activity or protein levels of the second protein via the molecule glue function; 6) for decreasing protein levels of the second protein via the molecule glue function; 7) for increasing protein levels of the  second protein via the molecule glue function; 8) for decreasing activity of the second protein via the molecule glue function; or 9) for increasing activity of the second protein via the molecule glue function.
A compound described herein may be useful for treating a disease or disorder. For example, the compound may be administered to a subject having the disease or disorder. The administration may reduce the severity of the disease or disorder in the subject, relative to a baseline measurement. The compound may bind a target protein involved in the disease or disorder, resulting in inhibition or degradation of the target protein. The compound may be a heterobifunctional compound and comprise a DCAF1 binding moiety and a target protein binding moiety, wherein the target protein is involved in the disease or disorder. The target protein may exacerbate the disease or disorder. The target protein may prevent or decrease inhibition of the disease or disorder.
In some embodiments, a compound described herein is used as an antimicrobial drug. For example, the compound may be administered to a subject having a microbial infection. The administration may reduce the severity of the microbial infection in the subject, relative to a baseline measurement. The compound may bind a target protein involved in the microbial infection, resulting in inhibition or degradation of the target protein. The microbial infection may include a virus infection. The microbial infection may include a bacterial infection. The compound may be a heterobifunctional compound and comprise a DCAF1 binding moiety and a target protein binding moiety, wherein the target protein is a microbial protein. The microbial protein may include a viral protein. The microbial protein may include a bacterial protein. The target protein may be a non-microbial protein that exacerbates the microbial infection. The target protein may be a non-microbial protein that prevents or decreases inhibition of the microbial infection. In some embodiments, the compound enters a cell of the subject, binds to a microbial protein in the cell via its target protein binding moiety, binds DCAF1 via its DCAF1 binding moiety, and induces ubiquitin-mediated degradation of the microbial protein. Such an action may be useful against microbes such as bacteria or viruses that infect or reside within the cell.
A compound described herein may be useful for modulating DCAF1 protein levels. For example, the compound may be used to increase or decrease DCAF1 protein levels. In some embodiments, a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein, is used to increase DCAF1 protein levels. For example, the compound may bind to DCAF1 and prevent its degradation. In some embodiments, a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein, is used to decrease DCAF1 protein levels. For example, the compound may bind to DCAF1 and increase its degradation. The compound may be a heterobifunctional compound and include a DCAF1 binding moiety coupled to (directly or through a linker) a second moiety that increases degradation of the DCAF1 protein, or that decreases degradation of the DCAF1 protein. The second moiety may accomplish this by binding to a target protein. In some such embodiments, the target protein may include an E3 ubiquitin ligase protein that enhances degradation of the DCAF1 protein. In some embodiments, the compound is not a heterobifunctional compound. In some embodiments, the compound comprises or consists of a DCAF1 binding moiety. In some embodiments, the compound comprises, consists essentially of, or consists of, the structure of Formula (I) or Formula (II) , an aspect thereof such as a DCAF1 binding moiety, or a compound provided in Table 1, Table 2, or  a derivative or salt thereof. In some embodiments, the compound is administered to a subject to increase a DCAF1 protein level in the subject. The administration may increase DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement. In some embodiments, the compound is administered to a subject to decrease a DCAF1 protein level in the subject. The administration may decrease DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement.
A compound described herein may be useful for modulating DCAF1 function. For example, the compound may be used to activate or inhibit DCAF1. In some embodiments, a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein, is used to increase DCAF1 activity. For example, the compound may bind to DCAF1 and activate DCAF1. The compound may allosterically activate DCAF1. The compound may activate DCAF1 by binding to a protein binding site on DCAF1. In some embodiments, a compound comprising a DCAF1 binding moiety described herein, is used to decrease DCAF1 activity. For example, the compound may bind to DCAF1 and inhibit DCAF1. The compound may allosterically inhibit DCAF1. The compound may inhibit DCAF1 by binding to an active site of DCAF1. The compound may inhibit DCAF1 by binding to a protein binding site on DCAF1. The compound may be a heterobifunctional compound and include a DCAF1 binding moiety coupled to (directly or through a linker) a second moiety that increases activity of the DCAF1 protein, or that decreases activity of the DCAF1 protein. The second moiety may accomplish this by binding to a target protein. In some embodiments, the compound is administered to a subject to increase DCAF1 activity in the subject. The administration may increase DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement. In some embodiments, the compound is administered to a subject to decrease DCAF1 activity in the subject. The administration may decrease DCAF1 activity in the subject, relative to a baseline measurement.
A compound described herein may be useful as a molecular glue. For example, the compound may bind multiple molecules and hold them together. In some embodiments, the molecular glue binds DCAF1 and a target protein. The compound may accomplish this as a heterobifunctional compound that comprises a DCAF1 binding moiety and a target protein binding moiety. The compound may increase a protein-protein interaction between DCAF1 and a target protein. The compound may act as a molecular glue to modulate an activity or amount of the target protein. As a molecular glue, the compound may decrease an amount of the target protein. As a molecular glue, the compound may increase an amount of the target protein. As a molecular glue, the compound may decrease activity of the target protein. As a molecular glue, the compound may increase activity of the target protein.
Disclosed herein, in some embodiments, are methods for degrading a target protein in a cell. The method may include degrading the target protein through direct binding of an intermediate protein (e.g., a first protein) that interacts with the target protein. This may be referred to as bridged degradation. Some embodiments include administering a binding molecule to a cell, such as a cancer cell. The binding molecule may include a ligand or compound disclosed herein. The ligand may be a heterobifunctional compound. The binding molecule may bind a first protein that interacts with the target protein. The target protein may be degraded before the first protein. In some embodiments, the first protein is not degraded. Some embodiments include administering, to the cell, a binding molecule that binds a first protein that  interacts with the target protein, thereby degrading target protein, wherein the target protein is degraded before the first protein or wherein the first protein is not degraded. Some embodiments include measuring the target protein in the cell. Some embodiments include measuring the first protein in the cell. In some embodiments, the interaction between the target protein and the first protein is binding. In some embodiments, the interaction between the target protein and the first protein is dimerization. The target protein may include a target protein described herein. The first protein may include another target protein described herein. In some embodiments, the target protein comprises a cyclin. In some embodiments, the target protein comprises Cyclin D. In some embodiments, the Cyclin D comprises Cyclin D1, Cyclin D2, or Cyclin D3. The cyclin D may include Cyclin D1. The cyclin D may include Cyclin D2. The cyclin D may include Cyclin D3. In some embodiments, the first protein comprises a cyclin-dependent kinase (CDK) . The CDK may include CDK4. The CDK may include CDK6. In some embodiments, the first protein comprises CDK4 or CDK6.
In some embodiments, the binding molecule reduces viability of the cell. In some embodiments, the cell is a eukaryotic cell. In some embodiments, the cell is a mammalian cell. In some embodiments, the cell is a human cell. In some embodiments, the cell is a cancer cell. In some embodiments, administering the binding molecule to the cell comprises administering the binding molecule to a subject comprising the cell. In some embodiments, the binding molecule recruits a ubiquitin E3 ligase that ubiquitinates the target protein. In some embodiments, the E3 ubiquitin ligase comprises DNA damage-binding protein 1 (DCAF1) or Von Hippel–Lindau tumor suppressor (VHL) . The E3 ubiquitin ligase may include DCAF1. The E3 ubiquitin ligase may include VHL. In some embodiments, the binding molecule comprises a heterobifunctional compound comprising an E3 ubiquitin ligase-binding moiety covalently connected through a linker to a first protein binding moiety. The first protein binding moiety may include a target protein binding moiety disclosed herein. In some embodiments, the binding molecule comprises a structure disclosed herein.
In some embodiments, the binding molecule comprises a heterobifunctional compound comprising an E3 ubiquitin ligase-binding moiety covalently connected through a linker to a CDK binding moiety. In some embodiments, the E3 ubiquitin ligase-binding moiety comprises a chemical structure disclosed herein. In some embodiments, the CDK binding moiety comprises a target protein binding moiety disclosed herein. In some embodiments, the binding molecule comprises a ligand disclosed herein.
Examples of subjects include vertebrates, animals, mammals, dogs, cats, cattle, rodents, mice, rats, primates, monkeys, and humans. In some embodiments, the subject is a mammal. In some embodiments, the subject is a human.
In some embodiments, administering the compound to a subject comprises administering an effective amount of the compound. In some embodiments, the administration is intravenous. In some embodiments, the administration comprises an injection. In some embodiments, the administration is local. In some embodiments, the administration is systemic.
In some embodiments, the sample is a biological sample. In some embodiments, the biological sample comprises a tissue, a cell, or a biological fluid. In some embodiments, the contact is in vitro. In some embodiments, the contact is in vivo.
Definitions
As used herein and in the appended claims, the singular forms "a, " "and, " and "the" include plural referents unless the context clearly dictates otherwise. Thus, for example, reference to "an agent" includes a plurality of such agents, and reference to "the cell" includes reference to one or more cells (or to a plurality of cells) and equivalents thereof known to those skilled in the art, and so forth.
When ranges are used herein for physical properties, such as molecular weight, or chemical properties, such as chemical formulae, all combinations and sub-combinations of ranges and specific embodiments therein are intended to be included.
The term "about" when referring to a number or a numerical range means that the number or numerical range referred to is an approximation within experimental variability (or within statistical experimental error) , and thus the number or numerical range, in some instances, will vary between 1%and 15%of the stated number or numerical range.
The term "comprising" (and related terms such as "comprise" or "comprises" or "having" or "including" ) is not intended to exclude that in other certain embodiments, for example, an embodiment of any composition of matter, composition, method, or process, or the like, described herein, "consist of" or "consist essentially of" the described features.
As used in the specification and appended claims, unless specified to the contrary, the following terms have the meaning indicated below.
"Amino" refers to the –NH2 radical.
"Cyano" refers to the -CN radical.
"Nitro" refers to the -NO2 radical.
"Oxa" refers to the -O-radical.
"Oxo" refers to the =O radical.
"Thioxo" refers to the =S radical.
"Imino" refers to the =N-H radical.
"Oximo" refers to the =N-OH radical.
"Hydrazino" refers to the =N-NH2 radical.
"Alkyl" refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical consisting solely of carbon and hydrogen atoms, containing no unsaturation, having from one to fifteen carbon atoms (e.g., C1-C15 alkyl) . In certain embodiments, an alkyl comprises one to thirteen carbon atoms (e.g., C1-C13 alkyl) . In certain embodiments, an alkyl comprises one to eight carbon atoms (e.g., C1-C8 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one to five carbon atoms (e.g., C1-C5 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one to four carbon atoms (e.g., C1-C4 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one to three carbon atoms (e.g., C1-C3 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one to two carbon  atoms (e.g., C1-C2 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises one carbon atom (e.g., C1 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises five to fifteen carbon atoms (e.g., C5-C15 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises five to eight carbon atoms (e.g., C5-C8 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises two to five carbon atoms (e.g., C2-C5 alkyl) . In other embodiments, an alkyl comprises three to five carbon atoms (e.g., C3-C5 alkyl) . In other embodiments, the alkyl group is selected from methyl, ethyl, 1-propyl (n-propyl) , 1-methylethyl (iso-propyl) , 1-butyl (n-butyl) , 1-methylpropyl (sec-butyl) , 2-methylpropyl (iso-butyl) , 1, 1-dimethylethyl (tert-butyl) , 1-pentyl (n-pentyl) . The alkyl is attached to the rest of the molecule by a single bond. Unless stated otherwise specifically in the specification, an alkyl group is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, Ra, -ORa, -SRa, -OC (O) -Ra, -N (Ra) 2, -C (O) Ra, -C (O) ORa, -C (O) N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) ORa, -OC (O) -N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) Ra, -N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -S (O) tORa (where t is 1 or 2) , -S (O) tRa (where t is 1 or 2) and -S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) .
"Alkoxy" refers to a radical bonded through an oxygen atom of the formula –O-alkyl, where alkyl is an alkyl chain as defined above.
“Haloalkyl” refers to an alkyl group that is substituted with one or more halogens. Exemplary haloalkyl groups include trifluoromethyl, difluoromethyl, trichloromethyl, 2, 2, 2-trifluoroethyl, 1,2-difluoroethyl, 3-bromo-2-fluoropropyl, and 1, 2-dibromoethyl.
“Heteroalkyl” , “heteroalkenyl” and “heteroalkynyl” refer to substituted or unsubstituted alkyl, alkenyl and alkynyl groups which respectively have one or more skeletal chain atoms selected from an atom other than carbon. Exemplary skeletal chain atoms selected from an atom other than carbon include, e.g., O, N, P, Si, S, or combinations thereof, wherein the nitrogen, phosphorus, and sulfur atoms may optionally be oxidized and the nitrogen heteroatom may optionally be quaternized. If given, a numerical range refers to the chain length in total. For example, a 3-to 8-membered heteroalkyl has a chain length of 3 to 8 atoms. Connection to the rest of the molecule may be through either a heteroatom or a carbon in the heteroalkyl, heteroalkenyl or heteroalkynyl chain. Unless stated otherwise specifically in the specification, a heteroalkyl, heteroalkenyl, or heteroalkynyl group is optionally substituted with one or more substituents such as those substituents described herein.
"Alkenyl" refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical group consisting solely of carbon and hydrogen atoms, containing at least one carbon-carbon double bond, and having from two  to twelve carbon atoms. In certain embodiments, an alkenyl comprises two to eight carbon atoms. In other embodiments, an alkenyl comprises two to four carbon atoms. The alkenyl is attached to the rest of the molecule by a single bond, for example, ethenyl (i.e., vinyl) , prop-1-enyl (i.e., allyl) , but-1-enyl, pent-1-enyl, penta-1, 4-dienyl, and the like. Unless stated otherwise specifically in the specification, an alkenyl group is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, Ra, -ORa, -SRa, -OC (O) -Ra, -N (Ra) 2, -C (O) Ra, -C (O) ORa, -C (O) N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) ORa, -OC (O) -N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) Ra, -N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -S (O) tORa (where t is 1 or 2) , -S (O) tRa (where t is 1 or 2) and -S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) .
"Alkynyl" refers to a straight or branched hydrocarbon chain radical group consisting solely of carbon and hydrogen atoms, containing at least one carbon-carbon triple bond, having from two to twelve carbon atoms. In certain embodiments, an alkynyl comprises two to eight carbon atoms. In other embodiments, an alkynyl comprises two to six carbon atoms. In other embodiments, an alkynyl comprises two to four carbon atoms. The alkynyl is attached to the rest of the molecule by a single bond, for example, ethynyl, propynyl, butynyl, pentynyl, hexynyl, and the like. Unless stated otherwise specifically in the specification, an alkynyl group is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, Ra, -ORa, -SRa, -OC (O) -Ra, -N (Ra) 2, -C (O) Ra, -C (O) ORa, -C (O) N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) ORa, -OC (O) -N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) Ra, -N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -S (O) tORa (where t is 1 or 2) , -S (O) tRa (where t is 1 or 2) and -S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) .
"Alkylene" or "alkylene chain" refers to a straight or branched divalent hydrocarbon chain linking the rest of the molecule to a radical group, consisting solely of carbon and hydrogen, containing no  unsaturation and having from one to twelve carbon atoms, for example, methylene, ethylene, propylene, n-butylene, and the like. The alkylene chain is attached to the rest of the molecule through a single bond and to the radical group through a single bond. The points of attachment of the alkylene chain to the rest of the molecule and to the radical group are through one carbon in the alkylene chain or through any two carbons within the chain. In certain embodiments, an alkylene comprises one to eight carbon atoms (e.g., C1-C8 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to five carbon atoms (e.g., C1-C5 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to four carbon atoms (e.g., C1-C4 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to three carbon atoms (e.g., C1-C3 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one to two carbon atoms (e.g., C1-C2 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises one carbon atom (e.g., C1 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises five to eight carbon atoms (e.g., C5-C8 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises two to five carbon atoms (e.g., C2-C5 alkylene) . In other embodiments, an alkylene comprises three to five carbon atoms (e.g., C3-C5 alkylene) . Unless stated otherwise specifically in the specification, an alkylene chain is optionally substituted with one or more of the following substituents: halo, cyano, nitro, oxo, thioxo, imino, oximo, trimethylsilanyl, Ra, -ORa, -SRa, -OC (O) -Ra, -N (Ra) 2, -C (O) Ra, -C (O) ORa, -C (O) N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) ORa, -OC (O) -N (Ra) 2, -N (Ra) C (O) Ra, -N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -S (O) tORa (where t is 1 or 2) , -S (O) tRa (where t is 1 or 2) and -S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) .
"Aryl" refers to a radical derived from an aromatic monocyclic or multicyclic hydrocarbon ring system by removing a hydrogen atom from a ring carbon atom. The aromatic monocyclic or multicyclic hydrocarbon ring system contains only hydrogen and carbon from five to eighteen carbon atoms, where at least one of the rings in the ring system is fully unsaturated, i.e., it contains a cyclic, delocalized (4n+2) π–electron system in accordance with the Hückel theory. The ring system from which aryl groups are derived include, but are not limited to, groups such as benzene, fluorene, indane, indene, tetralin and naphthalene. Unless stated otherwise specifically in the specification, the term "aryl" or the prefix "ar-" (such as in "aralkyl" ) is meant to include aryl radicals optionally substituted by one or more substituents independently selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, Ra, -Rb-ORa, -Rb-OC (O) -Ra, -Rb-OC (O) -ORa, -Rb-OC (O) -N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) 2,  -Rb-C (O) Ra, -Rb-C (O) ORa, -Rb-C (O) N (Ra) 2, -Rb-O-Rc-C (O) N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) C (O) ORa, -Rb-N (Ra) C (O) Ra, -Rb-N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tORa (where t is 1 or 2) and -Rb-S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) , where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , each Rb is independently a direct bond or a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and Rc is a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and where each of the above substituents is unsubstituted unless otherwise indicated.
"Aralkyl" refers to a radical of the formula -Rc-aryl where Rc is an alkylene chain as defined above, for example, methylene, ethylene, and the like. The alkylene chain part of the aralkyl radical is optionally substituted as described above for an alkylene chain. The aryl part of the aralkyl radical is optionally substituted as described above for an aryl group.
"Cycloalkyl" refers to a stable non-aromatic monocyclic or polycyclic hydrocarbon radical consisting solely of carbon and hydrogen atoms, which includes fused or bridged ring systems, having from three to fifteen carbon atoms. In certain embodiments, a cycloalkyl comprises three to ten carbon atoms. In other embodiments, a cycloalkyl comprises five to seven carbon atoms. The cycloalkyl is attached to the rest of the molecule by a single bond. Cycloalkyl is saturated (i.e., containing single C-C bonds only) or unsaturated (i.e., containing one or more double bonds or triple bonds) . A fully saturated cycloalkyl radical is also referred to as "carbocyclyl. " Examples of monocyclic cycloalkyls include, e.g., cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, and cyclooctyl. An unsaturated cycloalkyl is also referred to as "cycloalkenyl. " Examples of monocyclic cycloalkenyls include, e.g., cyclopentenyl, cyclohexenyl, cycloheptenyl, and cyclooctenyl. Polycyclic cycloalkyl radicals include, for example, adamantyl, norbornyl (i.e., bicyclo [2.2.1] heptanyl) , norbornenyl, decalinyl, 7, 7-dimethyl-bicyclo [2.2.1] heptanyl, and the like. Unless otherwise stated specifically in the specification, the term "cycloalkyl" is meant to include cycloalkyl radicals that are optionally substituted with one or more substituents independently selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, oxo, thioxo, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, Ra, -Rb-ORa, -Rb-OC (O) -Ra, -Rb-OC (O) -ORa, -Rb-OC (O) -N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) 2, -Rb-C (O) Ra, -Rb-C (O) ORa, -Rb-C (O) N (Ra) 2, -Rb-O-Rc-C (O) N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) C (O) ORa, -Rb-N (Ra) C (O) Ra, -Rb-N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tORa (where t is 1 or 2) and -Rb-S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) , where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with  halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , each Rb is independently a direct bond or a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and Rc is a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and where each of the above substituents is unsubstituted unless otherwise indicated.
"Carbocyclylalkyl" and "cycloalkylalkyl" refer to a radical of the formula –Rc-cycloalkyl where Rc is an alkylene chain as defined above. The alkylene chain and the cycloalkyl radical are optionally substituted as defined above.
"Halo" or "halogen" refers to bromo, chloro, fluoro or iodo substituents.
"Fluoroalkyl" refers to an alkyl radical, as defined above, that is substituted with one or more fluoro radicals, as defined above, for example, trifluoromethyl, difluoromethyl, fluoromethyl, 2, 2, 2-trifluoroethyl, 1-fluoromethyl-2-fluoroethyl, and the like. In some embodiments, the alkyl part of the fluoroalkyl radical is optionally substituted as defined above for an alkyl group.
"Heterocyclyl" refers to a stable 3-to 18-membered non-aromatic ring radical that comprises two to twelve carbon atoms and from one to six heteroatoms selected from nitrogen, oxygen, and sulfur. Unless stated otherwise specifically in the specification, the heterocyclyl radical is a monocyclic, bicyclic, tricyclic, or tetracyclic ring system, which optionally includes fused or bridged ring systems. The heteroatoms in the heterocyclyl radical are optionally oxidized. One or more nitrogen atoms, if present, are optionally quaternized. The heterocyclyl radical is partially or fully saturated. The heterocyclyl is attached to the rest of the molecule through any atom of the ring (s) . Examples of such heterocyclyl radicals include, but are not limited to, dioxolanyl, thienyl [1, 3] dithianyl, decahydroisoquinolyl, imidazolinyl, imidazolidinyl, isothiazolidinyl, isoxazolidinyl, morpholinyl, octahydroindolyl, octahydroisoindolyl, 2-oxopiperazinyl, 2-oxopiperidinyl, 2-oxopyrrolidinyl, oxazolidinyl, piperidinyl, piperazinyl, 4-piperidonyl, pyrrolidinyl, pyrazolidinyl, quinuclidinyl, thiazolidinyl, tetrahydrofuryl, trithianyl, tetrahydropyranyl, thiomorpholinyl, thiamorpholinyl, 1-oxo-thiomorpholinyl, and 1, 1-dioxo-thiomorpholinyl. Unless stated otherwise specifically in the specification, the term "heterocyclyl" is meant to include heterocyclyl radicals as defined above that are optionally substituted with one or more substituents selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, thioxo, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, Ra, -Rb-ORa, -Rb-OC (O) -Ra, -Rb-OC (O) -ORa, -Rb-OC (O) -N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) 2, -Rb-C (O) Ra, -Rb-C (O) ORa, -Rb-C (O) N (Ra) 2, -Rb-O-Rc-C (O) N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) C (O) ORa, -Rb- N (Ra) C (O) Ra, -Rb-N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tORa (where t is 1 or 2) and -Rb-S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) , where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , each Rb is independently a direct bond or a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and Rc is a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and where each of the above substituents is unsubstituted unless otherwise indicated.
"N-heterocyclyl" or “N-attached heterocyclyl” refers to a heterocyclyl radical as defined above containing at least one nitrogen and where the point of attachment of the heterocyclyl radical to the rest of the molecule is through a nitrogen atom in the heterocyclyl radical. An N-heterocyclyl radical is optionally substituted as described above for heterocyclyl radicals. Examples of such N-heterocyclyl radicals include, but are not limited to, 1-morpholinyl, 1-piperidinyl, 1-piperazinyl, 1-pyrrolidinyl, pyrazolidinyl, imidazolinyl, and imidazolidinyl.
"C-heterocyclyl" or “C-attached heterocyclyl” refers to a heterocyclyl radical as defined above containing at least one heteroatom and where the point of attachment of the heterocyclyl radical to the rest of the molecule is through a carbon atom in the heterocyclyl radical. A C-heterocyclyl radical is optionally substituted as described above for heterocyclyl radicals. Examples of such C-heterocyclyl radicals include, but are not limited to, 2-morpholinyl, 2-or 3-or 4-piperidinyl, 2-piperazinyl, 2-or 3-pyrrolidinyl, and the like.
"Heteroaryl" refers to a radical derived from a 3-to 18-membered aromatic ring radical that comprises two to seventeen carbon atoms and from one to six heteroatoms selected from nitrogen, oxygen, and sulfur. As used herein, the heteroaryl radical is a monocyclic, bicyclic, tricyclic, or tetracyclic ring system, wherein at least one of the rings in the ring system is fully unsaturated, i.e., it contains a cyclic, delocalized (4n+2) π–electron system in accordance with the Hückel theory. Heteroaryl includes fused or bridged ring systems. The heteroatom (s) in the heteroaryl radical is optionally oxidized. One or more nitrogen atoms, if present, are optionally quaternized. The heteroaryl is attached to the rest of the molecule through any atom of the ring (s) . Examples of heteroaryls include, but are not limited to, azepinyl, acridinyl, benzimidazolyl, benzindolyl, 1, 3-benzodioxolyl, benzofuranyl, benzooxazolyl, benzo [d] thiazolyl, benzothiadiazolyl, benzo [b] [1, 4] dioxepinyl, benzo [b] [1, 4] oxazinyl, 1, 4-benzodioxanyl, benzonaphthofuranyl, benzoxazolyl, benzodioxolyl, benzodioxinyl, benzopyranyl, benzopyranonyl, benzofuranyl, benzofuranonyl, benzothienyl (benzothiophenyl) , benzothieno [3, 2-d] pyrimidinyl, benzotriazolyl, benzo [4, 6] imidazo [1, 2-a] pyridinyl, carbazolyl, cinnolinyl, cyclopenta [d] pyrimidinyl, 6, 7-dihydro-5H-cyclopenta [4, 5] thieno- [2, 3-d] pyrimidinyl, 5, 6-dihydrobenzo [h] quinazolinyl,  5, 6-dihydrobenzo [h] cinnolinyl, 6, 7-dihydro-5H-benzo [6, 7] cyclohepta [1, 2-c] pyridazinyl, dibenzofuranyl, dibenzothiophenyl, furanyl, furanonyl, furo [3, 2-c] pyridinyl, 5, 6, 7, 8, 9, 10-hexahydrocycloocta [d] pyrimidinyl, 5, 6, 7, 8, 9, 10-hexahydro-cycloocta [d] pyridazinyl, 5, 6, 7, 8, 9, 10-hexahydrocycloocta [d] pyridinyl, isothiazolyl, imidazolyl, indazolyl, indolyl, indazolyl, isoindolyl, indolinyl, isoindolinyl, isoquinolyl, indolizinyl, isoxazolyl, 5, 8-methano-5, 6, 7, 8-tetrahydroquinazolinyl, naphthyridinyl, 1, 6-naphthyridinonyl, oxadiazolyl, 2-oxoazepinyl, oxazolyl, oxiranyl, 5, 6, 6a, 7, 8, 9, 10, 10a-octahydrobenzo [h] quinazolinyl, 1-phenyl-1H-pyrrolyl, phenazinyl, phenothiazinyl, phenoxazinyl, phthalazinyl, pteridinyl, purinyl, pyrrolyl, pyrazolyl, pyrazolo [3, 4-d] pyrimidinyl, pyridinyl, pyrido [3, 2-d] pyrimidinyl, pyrido [3, 4-d] pyrimidinyl, pyrazinyl, pyrimidinyl, pyridazinyl, pyrrolyl, quinazolinyl, quinoxalinyl, quinolinyl, isoquinolinyl, tetrahydroquinolinyl, 5, 6, 7, 8-tetrahydroquinazolinyl, 5, 6, 7, 8-tetrahydrobenzo [4, 5] thieno [2, 3-d] pyrimidinyl, 6, 7, 8, 9-tetrahydro-5H-cyclohepta [4, 5] thieno- [2, 3-d] pyrimidinyl, 5, 6, 7, 8-tetrahydropyrido [4, 5-c] pyridazinyl, thiazolyl, thiadiazolyl, triazolyl, tetrazolyl, triazinyl, thieno [2, 3-d] pyrimidinyl, thieno [3, 2-d] pyrimidinyl, thieno [2, 3-c] pridinyl, and thiophenyl (i.e. thienyl) . Unless stated otherwise specifically in the specification, the term "heteroaryl" is meant to include heteroaryl radicals as defined above which are optionally substituted with one or more substituents selected from alkyl, alkenyl, alkynyl, halo, fluoroalkyl, haloalkenyl, haloalkynyl, oxo, thioxo, cyano, nitro, optionally substituted aryl, optionally substituted aralkyl, optionally substituted aralkenyl, optionally substituted aralkynyl, optionally substituted cycloalkyl, optionally substituted cycloalkylalkyl, optionally substituted heterocyclyl, optionally substituted heterocyclylalkyl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted heteroarylalkyl, Ra, -Rb-ORa, -Rb-OC (O) -Ra, -Rb-OC (O) -ORa, -Rb-OC (O) -N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) 2, -Rb-C (O) Ra, -Rb-C (O) ORa, -Rb-C (O) N (Ra) 2, -Rb-O-Rc-C (O) N (Ra) 2, -Rb-N (Ra) C (O) ORa, -Rb-N (Ra) C (O) Ra, -Rb-N (Ra) S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tRa (where t is 1 or 2) , -Rb-S (O) tORa (where t is 1 or 2) and -Rb-S (O) tN (Ra) 2 (where t is 1 or 2) , where each Ra is independently hydrogen, alkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , fluoroalkyl, cycloalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , cycloalkylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , aralkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heterocyclylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , heteroaryl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , or heteroarylalkyl (optionally substituted with halogen, hydroxy, methoxy, or trifluoromethyl) , each Rb is independently a direct bond or a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and Rc is a straight or branched alkylene or alkenylene chain, and where each of the above substituents is unsubstituted unless otherwise indicated.
"N-heteroaryl" refers to a heteroaryl radical as defined above containing at least one nitrogen and where the point of attachment of the heteroaryl radical to the rest of the molecule is through a nitrogen atom in the heteroaryl radical. An N-heteroaryl radical is optionally substituted as described above for heteroaryl radicals.
"C-heteroaryl" refers to a heteroaryl radical as defined above and where the point of attachment of the heteroaryl radical to the rest of the molecule is through a carbon atom in the heteroaryl radical. A C-heteroaryl radical is optionally substituted as described above for heteroaryl radicals.
The compounds disclosed herein, in some embodiments, contain one or more asymmetric centers and thus give rise to enantiomers, diastereomers, and other stereoisomeric forms that are defined, in terms of absolute stereochemistry, as (R) -or (S) -. Unless stated otherwise, it is intended that all stereoisomeric forms of the compounds disclosed herein are contemplated by this disclosure. When the compounds described herein contain alkene double bonds, and unless specified otherwise, it is intended that this disclosure includes both E and Z geometric isomers (e.g., cis or trans. ) Likewise, all possible isomers, as well as their racemic and optically pure forms, and all tautomeric forms are also intended to be included. The term “geometric isomer” refers to E or Z geometric isomers (e.g., cis or trans) of an alkene double bond. The term “positional isomer” refers to structural isomers around a central ring, such as ortho-, meta-, and para-isomers around a benzene ring.
A "tautomer" refers to a molecule wherein a proton shift from one atom of a molecule to another atom of the same molecule is possible. The compounds presented herein, in certain embodiments, exist as tautomers. In circumstances where tautomerization is possible, a chemical equilibrium of the tautomers will exist. The exact ratio of the tautomers depends on several factors, including physical state, temperature, solvent, and pH. Some examples of tautomeric equilibrium include:
The compounds disclosed herein, in some embodiments, are used in different enriched isotopic forms, e.g., enriched in the content of 2H, 3H, 11C, 13C and/or 14C. In one embodiment, the compound is deuterated in at least one position. Such deuterated forms can be made by the procedure described in U.S. Patent Nos. 5,846,514 and 6,334,997. As described in U.S. Patent Nos. 5,846,514 and 6,334,997, deuteration can improve the metabolic stability and or efficacy, thus increasing the duration of action of drugs.
Unless otherwise stated, structures depicted herein are intended to include compounds which differ only in the presence of one or more isotopically enriched atoms. For example, compounds having the present structures except for the replacement of a hydrogen by a deuterium or tritium, or the replacement of a carbon by 13C-or 14C-enriched carbon are within the scope of the present disclosure.
The compounds of the present disclosure optionally contain unnatural proportions of atomic isotopes at one or more atoms that constitute such compounds. For example, the compounds may be labeled with isotopes, such as for example, deuterium (2H) , tritium (3H) , iodine-125 (125I) or carbon-14 (14C) . Isotopic substitution with 2H, 11C, 13C, 14C, 15C, 12N, 13N, 15N, 16N, 16O, 17O, 14F, 15F, 16F, 17F, 18F, 33S, 34S, 35S, 36S, 35Cl, 37Cl, 79Br, 81Br, 125I are all contemplated. All isotopic variations of the compounds of the present invention, whether radioactive or not, are encompassed within the scope of the present invention.
In certain embodiments, the compounds disclosed herein have some or all the 1H atoms replaced with 2H atoms. The methods of synthesis for deuterium-containing compounds are known in the art and include, by way of non-limiting example only, the following synthetic methods.
Deuterium substituted compounds are synthesized using various methods such as described in: Dean, Dennis C.; Editor. Recent Advances in the Synthesis and Applications of Radiolabeled Compounds for Drug Discovery and Development. [In: Curr., Pharm. Des., 2000; 6 (10) ] 2000, 110 pp; George W.; Varma, Rajender S. The Synthesis of Radiolabeled Compounds via Organometallic Intermediates, Tetrahedron, 1989, 45 (21) , 6601-21; and Evans, E. Anthony. Synthesis of radiolabeled compounds, J. Radioanal. Chem., 1981, 64 (1-2) , 9-32.
Deuterated starting materials are readily available and are subjected to the synthetic methods described herein to provide for the synthesis of deuterium-containing compounds. Large numbers of deuterium-containing reagents and building blocks are available commercially from chemical vendors, such as Aldrich Chemical Co.
Unless indicated otherwise, all references to compounds herein include references to salts (including pharmaceutically acceptable salts) , solvates (including hydrates) , and complexes thereof, as well as to solvates and complexes of the salts thereof, and isotopically labelled versions thereof.
"Salts" include both acid and base addition salts of the compounds described herein and encompass both pharmaceutically acceptable salts and non-pharmaceutically acceptable salts. While pharmaceutically acceptable salts are utilized for therapeutic or medicinal uses, non-pharmaceutically acceptable salts may be useful as synthetic intermediates, or for purification, isolation, chiral resolution, solubility, handling and the like.
"Pharmaceutically acceptable salts" are salts that retain the biological effectiveness and properties of the free base compound that are suitable for administration to a subject. Reference to “a pharmaceutically acceptable salt” includes both acid and base addition salts. A pharmaceutically acceptable salt of any one of the compounds described herein is intended to encompass all pharmaceutically suitable salt forms. Preferred pharmaceutically acceptable salts of the compounds described herein are pharmaceutically acceptable acid addition salts and pharmaceutically acceptable base addition salts.
"Pharmaceutically acceptable acid addition salt" refers to those salts which retain the biological effectiveness and properties of the free bases, which are not biologically or otherwise undesirable, and which are formed with inorganic acids such as hydrochloric acid, hydrobromic acid, sulfuric acid, nitric acid, phosphoric acid, hydroiodic acid, hydrofluoric acid, phosphorous acid, and the like. Also included are salts that are formed with organic acids such as aliphatic mono-and dicarboxylic acids, phenyl-substituted alkanoic acids, hydroxy alkanoic acids, alkanedioic acids, aromatic acids, aliphatic and. aromatic sulfonic acids, etc. and include, for example, acetic acid, trifluoroacetic acid, propionic acid, glycolic acid, pyruvic acid, oxalic acid, maleic acid, malonic acid, succinic acid, fumaric acid, tartaric acid, citric acid, benzoic acid, cinnamic acid, mandelic acid, methanesulfonic acid, ethanesulfonic acid, p-toluenesulfonic acid, salicylic acid, and the like. Exemplary salts thus include sulfates, pyrosulfates, bisulfates, sulfites, bisulfites, nitrates, phosphates, monohydrogenphosphates, dihydrogenphosphates, metaphosphates, pyrophosphates, chlorides, bromides, iodides, acetates, trifluoroacetates, propionates, caprylates, isobutyrates, oxalates, malonates, succinate suberates, sebacates, fumarates, maleates, mandelates, benzoates, chlorobenzoates, methylbenzoates, dinitrobenzoates, phthalates, benzenesulfonates, toluenesulfonates, phenylacetates, citrates, lactates, malates, tartrates, methanesulfonates, and the like. Also contemplated are salts of amino acids, such as arginates, gluconates, and galacturonates (see, for example, Berge S.M. et al., "Pharmaceutical Salts, " Journal of Pharmaceutical Science, 66: 1-19 (1997) ) . Acid addition salts of basic compounds are, in some embodiments, prepared by contacting the free base forms with a sufficient amount of the desired acid to produce the salt according to methods and techniques with which a skilled artisan is familiar.
"Pharmaceutically acceptable base addition salt" refers to those salts that retain the biological effectiveness and properties of the free acids, which are not biologically or otherwise undesirable. These salts are prepared from addition of an inorganic base or an organic base to the free acid. Pharmaceutically acceptable base addition salts are, in some embodiments, formed with metals or amines, such as alkali and alkaline earth metals or organic amines. Salts derived from inorganic bases include, but are not limited to, sodium, potassium, lithium, ammonium, calcium, magnesium, iron, zinc, copper, manganese, aluminum salts and the like. Salts derived from organic bases include, but are not limited to, salts of primary, secondary, and tertiary amines, substituted amines including naturally occurring substituted amines, cyclic amines and basic ion exchange resins, for example, isopropylamine, trimethylamine, diethylamine, triethylamine, tripropylamine, ethanolamine, diethanolamine, 2-dimethylaminoethanol, 2-diethylaminoethanol, dicyclohexylamine, lysine, arginine, histidine, caffeine, procaine, N, N-dibenzylethylenediamine, chloroprocaine, hydrabamine, choline, betaine, ethylenediamine, ethylenedianiline, N-methylglucamine, glucosamine, methylglucamine, theobromine, purines, piperazine, piperidine, N-ethylpiperidine, polyamine resins and the like. See Berge et al., supra.
Where an “optionally substituted” aspect is described, it is contemplated that the aspect may be included without the optional substitution, i.e., it may be substituted or unsubstituted.
In some embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following selected features: Z1 is L1-P, wherein L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-, as further defined herein, and P is a target protein binding moiety; E1 is selected  from the group consisting of -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-; E2 is selected from the group consisting of -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-; each R8 is hydrogen; each R9 is hydrogen or two R9 taken together are oxo; R1 is absent (m is 0) ; R2 is absent; in Formula (I) , Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, having the structure of Formula (IV) ; Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1 wherein Z1 is L1-P; in Formula (II) , s is 1 and R4 is present; in Formula (II) , r is 0 and R3 is absent; and in Formula (II) , Y1 is N or C (R6) .
In some preferred embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following selected features, provided they are not inconsistent: A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1; A is a 6-membered heteroaryl comprising X1, selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R1; X1 is C (R5A) or N; Z1 is L1-P; P is a target protein binding moiety; Z1 is L1-G or Z2 ; Z1 is L1-G ; Z1 is Z2 ; L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-, of any of the embodiments described herein; G is a reactive functional group; G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester; G is a reactive functional group selected from NH2, COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs; Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group ; Z2 is hydrogen; E1 is selected from the group consisting of a bond , -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) - and -N (R8) (C (R9) 2) t-; E1 is selected from the group consisting of -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) - and -N (R8) (C (R9) 2) t-; E1 is a bond; E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, -C (O) N (R8) -and -N (R8) C (O) -; E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -; E2 is a bond; E1 is -NH-and E2 is a bond; E1 is a bond and E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -; each R8 is hydrogen; each R9 is hydrogen or two R9 taken together are oxo; t is an integer from 1 to 4; t is an integer from 1 to 2; m is 0; Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, having the structure of Formula (IV) ; Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , (IVb) or (IVc) ; Q1 is 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , (IVb) or (IVc) ; Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1; Q2 is 3-to 11-membered heterocycle, optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1; in Formula (I) , Q2 is Z1; in Formula (II) , s is 1; in Formula (II) , r is 0; in Formula (II) , Y1 is N or C (R6) ; A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1; A is a 6-membered heteroaryl comprising X1, selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R1; X1 is C (R5A) or N.
In some preferred embodiments, the compound of Formula (I) or Formula (II) comprises 1, 2, 3, 4, or more than 4 of the following preferred features, provided they are not inconsistent: Z1 is L1-P; P is a target protein binding moiety; Z1 is L1-G or Z2; L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula -(J) x-, of any of the embodiments described herein; G is a reactive functional group; G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid,  carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester; G is a reactive functional group selected from NH2, COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs; Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group; Z2 is hydrogen; E1 is a bond; E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, -C (O) N (R8) -and -N (R8) C (O) -; E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -; each R8 is hydrogen; each R9 is hydrogen or two R9 taken together are oxo; t is an integer from 1 to 4; or t is an integer from 1 to 2.
Selected Embodiments
Preferred embodiments include embodiments E1 to E45, in each case including salts (including pharmaceutically acceptable salts) thereof.
E1. A compound of Formula (I) ,
or a salt thereof, wherein:
A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1;
X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-, - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) -, - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) -, -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t-, and - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-;
Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4;
Q2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z1, C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1;
each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12;
each R2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with  one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15;
each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A;
each R4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19;
each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-;
R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo;
each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, C2-C6 alkynyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more Re;
each R21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more Re, or two R21 taken together are oxo;
R22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
m is an integer from 0 to 6;
t is an integer from 1 to 4;
u is an integer from 1 to 5;
y is an integer from 1 to 3;
z is an integer from 1 to 4; and 
Z1 is selected from the group consisting of L1-P, L1-G, and Z2, wherein:
L1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker;
P is a target protein binding moiety;
G is a reactive functional group; and
Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group;
with the proviso that the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
E2. The compound or salt of embodiment E1, wherein: A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1;
E3. The compound or salt of embodiment E1 or E2, wherein: A is a 6-membered heteroaryl comprising X1, selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R1.
E4. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E3, wherein: X1 is C (R5A) or N.
E5. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E4, wherein: E1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) - and -N (R8) (C (R9) 2) t-.
E6. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E5, wherein: E1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH- and -NH (CH2) t-.
E7. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E6, wherein: E1 is a bond.
E8. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E6, wherein: E1 is -NH-.
E9. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E8, wherein: E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, -C (O) N (R8) -, and -N (R8) C (O) -.
E10. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E8, wherein: E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -.
E11. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E10, wherein: E2 is a bond.
E12. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E11, wherein: each R8 is hydrogen.
E13. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E12, wherein: each R9 is hydrogen or two R9 taken together are oxo.
E14. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E13, wherein: t is an integer from 1 to 2.
E15. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E14, wherein: m is 0.
E16. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E15, wherein: Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, having the structure of Formula (IV) , each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4.
E17. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E15, wherein: Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , (IVb) or (IVc) , each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4.
E18. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E17, wherein: Q1 is 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , (IVb) or (IVc) , each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4.
E19. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E18, wherein: Q1 is selected from the group consisting of:
or a stereoisomer thereof, wherein: *is the point of attachment to E1; and Q1 is optionally further substituted with one or more R3.
E20. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E19, wherein: Q1 is :
or a stereoisomer thereof, wherein: *is the point of attachment to E1; and Q1 is optionally further substituted with one or more R3.
E21. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E20, wherein: Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1.
E22. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E21, wherein: Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (Va) , Formula (Vb) and Formula (Vc) .
E23. The compound or salt of any one of embodiments E1 or E3 to E21, wherein: Q2 is Z1.
E24. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E23, wherein: R4 is independently selected from the group consisting of C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, and E3-5-to 10-membered heteroaryl, and each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted by one or more R18.
E25. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E23, wherein: R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted by one or more R17B.
E26. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E25, wherein: each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, C1-C6 alkyl, ORc, andN (Rc) 2.
E27. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E26, wherein: E3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH2) y-NH-, -NH- (CH2) y and - (CH2) z-.
E28. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E27, wherein: each R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2.
E29. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E28, wherein: Z1 is L1-G or Z2 ; and G is a reactive functional group.
E30. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E29, wherein: Z1 is L1-G.
E31. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E30, wherein: G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester; preferably, G is a reactive functional group selected from NH2, COOH, halogen, hydroxy, OMs, or OTs.
E32. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E29, wherein: Z1 is Z2 .
E33. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E29 or E32, wherein: Z2 is selected from the group consisting of hydrogen and an amine protecting group.
E34. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E29, E32 or E33, wherein: Z2 is hydrogen.
E35. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E28, wherein: Z1 is L1-P.
E36. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E28 or E35, wherein: P is a target protein binding moiety that binds to CBP, p300, TrkA, TrkB, TrkC, CDK4, CDK6, CDK9, cyclin D, BRD4, ERα, or a combination thereof.
E37. The compound or salt of any one of embodiments E1 to E31, E35 or E36, wherein: L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula - (J) x-, of any of the embodiments described herein.
E38. A pharmaceutical composition comprising the compound or salt of any one of embodiments E1 to E28 or E35 to E37 and a pharmaceutically acceptable excipient.
E39. A method of treatment comprising administering an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments E1 to E37, or the pharmaceutical composition of embodiment E38 to a subject in need thereof.
E40. A method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell, comprising contacting the cell with an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments E1 to E37, or the pharmaceutical composition of embodiment E38 to the cell (wherein the cell may be in a subject) .
E41. The method of E40, wherein the cell is a cancer cell (wherein the cancer cell may be in a subject) .
E42. A compound or salt of any one of embodiments E1 to E37, or the pharmaceutical composition of embodiment E38, for use in a method of treatment.
E43. A compound or salt of any one of embodiments E1 to E37, or the pharmaceutical composition of embodiment E38, for use in a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein a protein in a cell (wherein the cell may be in a subject) .
E44. A compound or salt of any one of embodiment E43, wherein the cell is a cancer cell (wherein the cancer cell may be in a subject) .
E45. A method of making a heterobifunctional compound comprising conjugating a compound or salt of any one of embodiments E1 to E34 to a target protein binding moiety via a linker.
Additional preferred embodiments include embodiments F1 to F47, in each case including salts (including pharmaceutically acceptable salts) thereof.
F1. A compound of Formula (II) ,
or a salt thereof, wherein:
A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1;
X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
Y1 is C (R6) or N; or
Y1 is O and Z1 is null;
Y2 is C (R7) or N;
E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-, - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) -, - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) -, -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t-, and  - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-;
Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4;
Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1;
each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12;
each R2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15;
each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A;
each R4 is independently selected from the group consisting of C (O) - (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) - (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19;
each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-;
R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
R6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR23, N (R23) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
R7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR24, N (R24) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo;
each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6- membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
each R20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more Re;
each R21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more Re, or two R21 taken together are oxo;
each R22, R23 and R24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
m is an integer from 0 to 6;
n is an integer from 0 to 4;
p is an integer from 0 to 3;
q is an integer from 1 to 3;
r is an integer from 0 to 4;
s is an integer from 0 to 2;
t is an integer from 1 to 4;
u is an integer from 1 to 5;
y is an integer from 1 to 3;
z is an integer from 1 to 4; and 
Z1 is selected from the group consisting of L1-P, L1-G, and Z2, wherein:
L1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker;
P is a target protein binding moiety;
G is a reactive functional group; and
Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group; or Z2 is absent when Y1 is O;
with the proviso that the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
F2. The compound or salt of embodiment F1, wherein: A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1;
F3. The compound or salt of embodiment F1 or F2, wherein: A is a 6-membered heteroaryl comprising X1, selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R1.
F4. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F3, wherein: X1 is C (R5A) or N.
F5. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F4, wherein: E1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) - and -N (R8) (C (R9) 2) t-.
F6. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F5, wherein: E1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH- and -NH (CH2) t-.
F7. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F6, wherein: E1 is a bond.
F8. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F6, wherein: E1 is -NH-.
F9. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F8, wherein: E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, -C (O) N (R8) -, and -N (R8) C (O) -.
F10. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F8, wherein: E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -.
F11. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F10, wherein: E2 is a bond.
F12. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F11, wherein: each R8 is hydrogen.
F13. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F12, wherein: each R9 is hydrogen or two R9 taken together are oxo.
F14. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F13, wherein: t is an integer from 1 to 2.
F15. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F14, wherein: m is 0.
F16. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F15, wherein: Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4.
F17. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F16, wherein: Y3 is N.
F18. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F16, wherein: Y3 is C (R3) or C (R4) .
F19. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F18, wherein: Q1 is selected from the group consisting of:
or a stereoisomer thereof, wherein:
*is the point of attachment to E1; and 
Q1 is optionally substituted by one or more R3.
F20. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F19, wherein: Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1.
F21. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F20, wherein: Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (Va) , Formula (Vb) and Formula (Vc) .
F22. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F21 wherein: Y1 is N.
F23. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F21 wherein: Y1 is C (R6) .
F24. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F23 wherein: Y2 is N;
F25. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F23 wherein: Y2 is C (R7) .
F26. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F25, wherein: R4 is independently selected from the group consisting of C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, and E3-5-to 10-membered heteroaryl, and each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted by one or more R18.
F27. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F25, wherein: R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted by one or more R17B.
F28. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F27, wherein: each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, C1-C6 alkyl, ORc, andN (Rc) 2.
F29. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F28, wherein: E3 is independently selected from the group consisting of -NH-, - (CH2) y-NH-, -NH- (CH2) y and – (CH2) z-.
F30. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F29, wherein: each R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, ORc, andN (Rc) 2.
F31. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F30, wherein: Z1 is L1-G or Z2 ; and G is a reactive functional group.
F32. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F31, wherein: Z1 is L1-G.
F33. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F32, wherein: G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester; preferably G is a reactive functional group selected from NH2, COOH, halogen, hydroxy, Oms, or OTs.
F34. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F31, wherein: Z1 is Z2 .
F35. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F31 or F34, wherein: Z2 is selected from the group consisting of hydrogen and an amine protecting group.
F36. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F31, F34 or F35, wherein: Z2 is hydrogen.
F37. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F30, wherein: Z1 is L1-P.
F38. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F30 or F37, wherein: P is a target protein binding moiety that binds to CBP, p300, TrkA, TrkB, TrkC, CDK4, CDK6, CDK9, cyclin D, BRD4, ERα, or a combination thereof.
F39. The compound or salt of any one of embodiments F1 to F33, F37 or F38, wherein: L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula – (J) x-, of any of the embodiments described herein.
F40. A pharmaceutical composition comprising the compound or salt of any one of embodiments F1 to F39 and a pharmaceutically acceptable excipient.
F41. A method of treatment comprising administering an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments F1 to F39, or the pharmaceutical composition of embodiment F40 to a subject in need thereof.
F42. A method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell, comprising contacting the cell with an effective amount of the compound or salt of any one of embodiments F1 to F39, or the pharmaceutical composition of embodiment F40 to the cell (wherein the cell may be in a subject) .
F43. The method of embodiment F42, wherein the cell is a cancer cell (wherein the cancer cell may be in a subject) .
F44. A compound or salt of any one of embodiments F1 to F39, or the pharmaceutical composition of embodiment F40, for use in a method of treatment.
F45. A compound or salt of any one of embodiments F1 to F39, or the pharmaceutical composition of embodiment F38, for use in a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell (wherein the cell may be in a subject) .
F46. The compound of salt of embodiment F45, wherein the cell is a cancer cell (wherein the cancer cell may be in a subject) .
F47. A method of making a heterobifunctional compound comprising conjugating a compound or salt of any one of embodiments F1 to F36 to a target protein binding moiety via a linker.
EXAMPLES
The following examples are set forth to illustrate more clearly the principle and practice of instances disclosed herein to those skilled in the art and are not to be construed as limiting the scope of any claimed instances. Unless otherwise stated, all parts and percentages are on a weight basis.
Non-limiting examples of compound synthesis schemes are provided below.
Synthesis of binders
Example B1. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6- (4-methylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-amine (B-002)
Step 1. Synthesis of tert-butyl N- [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] carbamate
To a mixture of tert-butyl N- [ (3R) -3-piperidyl] carbamate (48.0 g, 240 mmol) and (3-fluorophenyl) boronic acid (50.0 g, 357 mmol) in dichloromethane (1 L) were added TEA (48.0 g, 66 mL, 474 mmol) and copper acetate (44.0 g, 242 mmol) at rt under air. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After the reaction was cooled down to rt, the second portion of (3-fluorophenyl) boronic acid (35.0 g, 250 mmol) was added. The reaction mixture was continued to stir at 80 ℃ for 1 h. Then the third portion of (3-fluorophenyl) boronic acid (35.0 g, 250 mmol) was added to the mixture. The resulting mixture was stirred at 80 ℃ for another 2 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was filtered, and the filter cake was washed with dichloromethane/MeOH (10: 1) . The filtrate was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel flash chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 100: 1 to 20: 1) to provide the desired product (9.20 g, 13%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 295.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (3R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine
To a solution of tert-butyl N- [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] carbamate (9.20 g, 31.3 mmol) in DCM (50 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 200 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 3 h, it was concentrated under reduced pressure to provide the desired crude product (9.80 g) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.05-7.18 (m, 1H) , 6.88-7.02 (m, 2H) , 6.58-6.70 (m, 1H) , 3.33-3.48 (m, 2H) , 3.07-3.19 (m, 3H) , 1.66-1.88 (m, 3H) , 1.42-1.57 (m, 1H) .
Step 3. Synthesis of 6-chloro-N- [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine
To a mixture of (3R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (7.80 g, 29.2 mmol) and 4, 6-dichloropyrimidine (4.60 g, 30.9 mmol) in EtOH (80 mL) was added DIEA (13.4 g, 18 mL, 103 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (300 mL) and extracted with ethyl acetate (200 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (100 mL × 3) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure to provide the desired product (9.20 g) as a brown oil. This compound was used in the next step directly without further purification. MS (ESI) m/z = 307.1 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6- (4-methylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-amine
To a mixture of 6-chloro-N- [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (0.20 g, 0.65 mmol) and 1-methylpiperazine (72 mg, 0.72 mmol) in DMSO (2 mL) was added DIEA (445 mg, 0.6 mL, 3.44 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (156 mg, 63%yield) as a brown solid in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.28-8.44 (m, 1H) , 8.01-8.13 (m, 1H) , 7.13-7.23 (m, 1H) , 6.74-6.79 (m, 1H) , 6.66-6.73 (m, 1H) , 6.43-6.54 (m, 1H) , 5.72-5.79 (m, 1H) , 3.92-4.05 (m, 1H) , 3.63-3.72 (m, 5H) , 3.43-3.49 (m, 1H) , 2.92-2.99 (m, 1H) , 2.77-2.88 (m, 5H) , 2.66 (s, 1H) , 2.59 (s, 3H) , 1.95-2.02 (m, 1H) , 1.83-1.91 (m, 1H) , 1.71-1.80 (m, 1H) , 1.52-1.61 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 371.1 [M+H] +.
Example 2. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine (B-003)
To a mixture of (3R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (100 mg, 0.374 mmol) and 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (90 mg, 0.451 mmol) in DMSO (2 mL) was added DIEA (445 mg, 0.6 mL, 3.44 mmol) at rt under N2. After stirring at 120 ℃ for 24 h, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (14.8 mg, 75%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.78 (d, J = 6.1 Hz, 1H) , 7.25-7.11 (m, 1H) , 6.73 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 6.65 (d, J = 12.4 Hz, 1H) , 6.56-6.39 (m, 1H) , 6.06 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 4.00 (s, 1H) , 3.78 (d, J = 14.4 Hz, 1H) , 3.74-3.70 (m, 4H) , 3.63-3.59 (m, 4H) , 3.53-3.48 (m, 1H) , 2.98-2.88 (m, 1H) , 2.80-2.70 (m, 1H) , 2.03-1.94 (m, 1H) , 1.90-1.82 (m, 1H) , 1.79-1.69 (m, 1H) , 1.63-1.54 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 358.1 [M+H] +.
Example B3. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyridin-2-amine (B-004)
Step 1. Synthesis of 4- (6-chloro-2-pyridyl) morpholine
To a solution of 2, 6-dichloropyridine (1.00 g, 6.76 mmol) and K3PO4 (5.74 g, 27.0 mmol) in dioxane (10 mL) was added morpholine (693 mg, 0.7 mL, 7.95 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 20 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was quenched with water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by column chromatography on silica gel (petroleum ether /ethyl acetate = 50: 1 to 5: 1) to provide the desired product (0.40 g, 30%yield) as a colorless oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.42 (t, J = 7.9 Hz, 1H) , 6.65 (d, J = 7.5 Hz, 1H) , 6.49 (d, J = 8.4 Hz–1H) , 3.83 -3.78 (m, 4H) , 3.56 -3.48 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 199.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyridin-2-amine
To a solution of 4- (6-chloro-2-pyridyl) morpholine (100 mg, 0.503 mmol) and (3R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (140 mg, 0.524 mmol) in toluene (2 mL) were added Pd (OAc) 2 (46.0 mg, 0.205 mmol) , t-BuONa (146 mg, 1.52 mmol) and [1- (2-diphenylphosphanyl-1-naphthyl) -2-naphthyl] -diphenyl-phosphane (126 mg, 0.202 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 6 h under N2. After cooling down to rt, the reaction mixture was quenched with water (10 mL) and extracted with brine (10 mL × 3) . The combined organic layers were dried over Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (29.3 mg, 14%yield) as a yellow oil in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.17 (s, 1H) , 7.36 (t, J = 8.1 Hz, 1H) , 7.22 -7.14 (m, 1H) , 6.69 (dd, J = 2.0, 8.3 Hz, 1H) , 6.61 (td, J = 2.3, 12.4 Hz, 1H) , 6.52 (dt, J = 2.1, 8.1 Hz, 1H) , 5.91 (dd, J = 8.1, 15.6 Hz, 2H) , 3.93 -3.79 (m, 5H) , 3.73 (dd, J = 3.6, 12.1 Hz, 1H) , 3.51 -3.46 (m, 4H) , 3.44 -3.37 (m, 1H) , 2.98 (m, 1H) , 2.84 (dd, J = 8.3, 12.1 Hz, 1H) , 2.06 -1.96 (m, 2H) , 1.94 -1.84 (m, 1H) , 1.81 -1.69 (m, 1H) , 1.66 -1.55 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 357.1 [M+H] +.
Example B4. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -2-morpholinopyrimidin-4-amine (B-005)
B-005 (75.9 mg, 56%yield) was synthesized following the procedure for preparing B-003 as a yellow oil in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.37 (s, 1H) , 7.66 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 7.20 -7.14 (m, 1H) , 6.74 (dd, J = 2.0, 8.4 Hz, 1H) , 6.65 (td, J = 2.4, 12.4 Hz, 1H) , 6.48 (dt, J = 2.0, 8.4 Hz, 1H) , 5.99 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 4.22 -4.06 (m, 1H) , 3.83 (d, J = 11.6 Hz, 1H) , 3.76-3.72 (m, 4H) , 3.71 -3.67 (m, 4H) , 3.59 -3.52 (m, 1H) , 2.98 -2.89 (m, 1H) , 2.80 -2.74 (m, 1H) , 2.06 -1.96 (m, 1H) , 1.92 -1.81 (m, 1H) , 1.80 -1.68 (m, 1H) , 1.65 -1.53 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 358.3 [M+H] +.
Example B5.. (S) -1- (3- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) pyrrolidin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-006)
Step 1. Synthesis of 1- (6-chloro-2-pyridyl) -4-ethyl-piperazine
To a solution of 2, 6-dichloropyridine (2.0 g, 13.5 mmol) in dioxane (20 mL) were added K3PO4 (12.0 g, 56.5 mmol) and 1-ethylpiperazine (1.62 g, 14.2 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 20 h. After cooling down to rt, the mixture was filtered, and the filter cake was washed with ethyl acetate (30 mL) . The filtrate was collected and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel column chromatography (dichloromethane /MeOH = 100: 1 to 10: 1) to provide the desired product (1.50 g, 49%yield) as a brown oil. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.53 (t, J = 7.8 Hz, 1H) , 6.76 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.64 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 3.50 -3.42 (m, 4H) , 2.44 -2.39 (m, 4H) , 2.34 (q, J = 7.2 Hz, 2H) , 1.02 (t, J = 7.2 Hz, 3H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl (3S) -3- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] amino] pyrrolidine-1-carboxylate
To a mixture of 1- (6-chloro-2-pyridyl) -4-ethyl-piperazine (0.22 g, 0.98 mmol) and tert-butyl (3S) -3-aminopyrrolidine-1-carboxylate (200 mg, 1.07 mmol) in toluene (5 mL) were added [1- (2-diphenylphosphanyl-1-naphthyl) -2-naphthyl] -diphenyl-phosphane (300 mg, 0.48 mmol) , t-BuONa (380 mg, 3.95 mmol) and diacetoxypalladium (60 mg, 0.27 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 6 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into ice-water (20 mL) and stirred for 5 min. The aqueous phase was extracted with ethyl acetate (50 mL × 5) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by flash silica gel chromatography (dichloromethane /methanol = 10: 1) to provide the desired product (0.24 g, 52%yield) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 376.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -N- [ (3S) -pyrrolidin-3-yl] pyridin-2-amine
To a solution of tert-butyl (3S) -3- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] amino] pyrrolidine-1-carboxylate (0.24 g, 0.505 mmol) in dichloromethane (5 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 3.95 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 5 h, it was concentrated under reduced pressure to provide the crude product (0.22 g) as a yellow solid. This compound was used in the next step directly without further purification.
Step 4. Synthesis of (S) -1- (3- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) pyrrolidin-1-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of 6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -N- [ (3S) -pyrrolidin-3-yl] pyridin-2-amine (80.0 mg, 0.257 mmol) in dichloromethane (4 mL) was added K2CO3 (215 mg, 1.56 mmol) in H2O (0.6 mL) at 0  ℃. After stirring at 0 ℃ for 20 min, prop-2-enoyl chloride (22 mg, 0.243 mmol) in dichloromethane (0.3 mL) was added dropwise to the reaction mixture. The resulting mixture was stirred at 0 ℃ for additional 40 min, before it was poured into water (10 mL) and extracted with dichloromethane (10 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (11.91 mg, 14%yield) as a yellow gum in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.45 (brs, 1H) , 7.21-7.34 (m, 1H) , 6.47-6.72 (m, 1H) , 6.18-6.35 (m, 1H) , 6.00-6.09 (m, 1H) , 5.90-5.99 (m, 1H) , 5.66-5.82 (m, 1H) , 4.37-4.56 (m, 1H) , 3.78-4.01 (m, 1H) , 3.43-3.99 (m, 7H) , 3.00-3.19 (m, 6H) , 2.18-2.34 (m, 1H) , 1.94-2.10 (m, 1H) , 1.29-1.35 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 330.3 [M+H] +.
Example B6. 1- (6- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-007)
B-007 (5.4 mg, 3.7%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for steps 2 to 4 of B-006 as a yellow gum in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.47 (s, 1H) , 7.27 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.23-6.32 (m, 2H) , 6.02 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.88 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.67-5.78 (m, 1H) , 4.32-4.40 (m, 1H) , 4.21-4.26 (m, 1H) , 4.08-4.17 (m, 2H) , 3.96-4.02 (m, 1H) , 3.60-3.77 (m, 4H) , 3.11-3.22 (m, 4H) , 3.03-3.10 (m, 2H) , 2.62-2.70 (m, 2H) , 2.09-2.18 (m, 2H) , 1.32 (t, J = 7.6 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 356.2 [M+H] +.
Example B7. 1- (7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-008)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate
The title compound (160 mg, 87%yield) was synthesized following the procedure for step 2 of B-006 as a brown solid. MS (ESI) m/z = 416.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 7- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane
The title compound (100 mg, crude) was synthesized following the procedure for step 3 of B-006.
Step 3. Synthesis of 1- (7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of 7- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane (50 mg, 0.142 mmol) and TEA (73 mg, 0.72 mmol) in dichloromethane (2 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (20 mg, 0.16 mmol) dropwise at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, it was poured into H2O (5 mL) and extracted with dichloromethane (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (15 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (15 mg, 11%yield over 2 steps) as a green gum in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.43 (brs, 1H) , 7.39 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.42 -6.32 (m, 1H) , 6.27 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.24 -6.20 (m, 1H) , 6.14 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.74 (dd, J = 2.0, 10.2 Hz, 1H) , 4.05 (s, 2H) , 3.80 (s, 2H) , 3.72 -3.70 (m, 4H) , 3.56 -3.47 (m, 4H) , 3.23 -3.14 (m, 4H) , 3.08 (q, J = 7.2 Hz, 2H) , 1.87 -1.79 (m, 4H) , 1.33 (t, J = 7.2 Hz, 3H) , MS (ESI) m/z = 370.2 [M+H] +.
Example B8. 1- (2- ( (6- (4-Ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -6, 7-dihydropyrazolo [1, 5-a] pyrazin-5 (4H) -yl) prop-2-en-1-one (B-009)
Step 1. Synthesis of 1- (6-bromo-2-pyridyl) -4-ethyl-piperazine
To a mixture of 2-bromo-6-fluoro-pyridine (2.00 g, 11.4 mmol) and 1-ethylpiperazine (1.35 g, 11.8 mmol) in dioxane (20 mL) was added K3PO4 (7.30 g, 34.4 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 16 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was filtered, and the organic phase was concentrated in vacuum. The residue was purified by silica gel column chromatography (dichloromethane/methanol = 10: 1) to provide the desired product (2.52 g, 82%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.27 (t, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.73 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.50 (d, J = 8.0 Hz, 1H) ,  3.56 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 2.52 (t, J = 5.6 Hz, 4H) , 2.46 (q, J = 7.2 Hz, 2H) , 1.12 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 272.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 2- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] amino] -6, 7-dihydro-4H-pyrazolo [1, 5-a] pyrazine-5-carboxylate
To a solution of 1- (6-bromo-2-pyridyl) -4-ethyl-piperazine (100 mg, 0.37 mmol) in toluene (2 mL) were added tert-butyl 2-amino-6, 7-dihydro-4H-pyrazolo [1, 5-a] pyrazine-5-carboxylate (90.0 mg, 0.378 mmol) , Pd (OAc) 2 (10.0 mg, 0.044 mmol) , BINAP (50.0 mg, 0.08 mmol) and t-BuONa (120 mg, 1.25 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 6 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (110 mg, 67%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 428.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -4, 5, 6, 7-tetrahydropyrazolo [1, 5-a] pyrazin-2-amine
To a solution of tert-butyl 2- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] amino] -6, 7-dihydro-4H-pyrazolo [1, 5-a] pyrazine-5-carboxylate (0.11 g, 0.247 mmol) in DCM (2 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 1 mL) at rt. The reaction mixture was stirred at rt for 2 h. Then the reaction mixture was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (90 mg, 99%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 328.3 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- [2- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] amino] -6, 7-dihydro-4H-pyrazolo [1, 5-a] pyrazin-5-yl] prop-2-en-1-one
To a solution of N- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -4, 5, 6, 7-tetrahydropyrazolo [1, 5-a] pyrazin-2-amine (90 mg, 0.275 mmol) and TEA (291 mg, 2.87 mmol) in DCM (2 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (20 mg, 0.16 mmol) dropwise at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h. The reaction mixture was filtered. The filtrate was concentrated and purified by prep-HPLC to provide the desired product (20.2 mg, 18%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.93 (t, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.98 -6.76 (m, 1H) , 6.63 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.55 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.31 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.01 (s, 1H) , 5.86 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 5.03 -4.88 (m, 4H) , 4.36 -4.24 (m, 4H) , 4.22 -4.18 (m, 2H) , 3.84 (d, J = 11.6 Hz, 2H) , 3.76 -3.65 (m, 2H) , 3.37 -3.33 (m, 2H) , 1.45 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 382.2 [M+H] +.
Example B9. 1- (2- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 8-diazaspiro [4.5] decan-8-yl) prop-2-en-1-one (B-010)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decane-8-carboxylate
The title compound (80 mg, 28%yield) was synthesized following the procedure for step 2 of B-006 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 430.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decane-8-carboxylate
To a solution of tert-butyl 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decane-8-carboxylate (80 mg, 0.186 mmol) in EtOAc (1 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 1 mL) at rt under N2. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (75 mg, crude) as a brown solid which was used in the next step directly.
Step 3. Synthesis of 1- (2- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 8-diazaspiro [4.5] decan-8-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decane (75 mg, 0.205 mmol) and TEA (109 mg, 1.08 mmol) in dichloromethane (1 mL) was added prop-2-enoyl chloride (22 mg, 0.245 mmol) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, it was poured into H2O (5 mL) and extracted with dichloromethane (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (4 mg, 5.6%yield over 2 steps) as a yellow solid in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.48 (brs, 1H) , 7.34 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.78 (dd, J = 10.8, 16.8 Hz, 1H) , 6.19 (dd, J = 2.0, 17.0 Hz, 1H) , 6.04 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.87 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.74 (dd, J = 2.0, 10.6 Hz, 1H) , 3.68 (dt, J = 6.2, 12.0 Hz, 8H) , 3.50 (t, J = 7.0 Hz, 2H) , 3.36 (s, 2H) , 3.08-3.04 (m, 4H) , 3.01 -2.94 (m, 2H) , 1.95 (t, J = 7.0 Hz, 2H) , 1.68 -1.60 (m, 4H) , 1.30 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 384.5 [M+H] + .
Example B10. 1- (2- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) prop-2-en-1-one (B-011)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
The title compound (80 mg, 29%yield) was synthesized following the procedure for step 2 of B-006 as a brown solid. MS (ESI) m/z = 430.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane
To a solution of tert-butyl 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -2-pyridyl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (80 mg, 0.193 mmol) in dichloromethane (2 mL) was added TFA (308 mg, 2.70 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (100 mg, crude) as a yellow oil. This compound was used in the next step directly without further purification.
Step 3. Synthesis of 1- (2- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) prop-2-en-1-one
B-011 (40 mg, 56%yield over 2 steps) was synthesized following the procedure for step 3 of B-008 as a green gum in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.46 (brs, 1H) , 7.37 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.78 (dd, J = 10.6, 17.0 Hz, 1H) , 6.19 (dd, J = 2.0, 17.0 Hz, 1H) , 6.12 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.82 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.74 (dd, J = 2.0, 10.8 Hz, 1H) , 3.73 -3.60 (m, 12H) , 3.10 -3.08 (m, 4H) , 3.00 (q, J = 7.2 Hz, 2H) , 1.89 -1.78 (m, 4H) , 1.31 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 370.2 [M+H] +.
Example B11. ( (S) -1- (3- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) amino) pyrrolidin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-018)
B-018 (17 mg, 4.7%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for steps 2 to 3 of B-006 and step 3 of B-008 as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.04 (s, 1H) , 6.70 -6.50 (m, 1H) , 6.33 -6.20 (m, 1H) , 5.79 -5.66 (m, 2H) , 4.54 -4.39 (m, 1H) , 4.01 -3.70 (m, 2H) , 3.63 -3.41 (m, 6H) , 2.59 -2.43 (m, 6H) , 2.36 -2.18 (m, 1H) , 2.12 -1.89 (m, 1H) , 1.14 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 331.2 [M+H] +.
Example B12. 1- (2- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 8-diazaspiro [4.5] decan-8-yl) prop-2-en-1-one (B-019)
Step 1. Synthesis of 4-chloro-6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidine
To a solution of 4, 6-dichloropyrimidine (2.00 g, 13.4 mmol) in DMSO (20 mL) were added DIPEA (5.94 g, 45.9 mmol) and 1-ethylpiperazine (1.60 g, 14.0 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 16 h, before it was poured into H2O (60 mL) and extracted with EtOAc (50 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL × 3) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated to provide the desired product (3.00 g, crude) as a brown solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.32 (s, 1H) , 6.95 (s, 1H) , 3.63 (brs, 4H) , 2.42 -2.31 (m, 6H) , 1.01 (t, J = 7.2 Hz, 3H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decane-8-carboxylate
To a solution of 4-chloro-6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidine (150 mg, 0.66 mmol) in DMSO (2 mL) were added tert-butyl 2, 8-diazaspiro [4.5] decane-8-carboxylate (160 mg, 0.66 mmol) and DIPEA (371 mg, 2.87 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 110 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL × 2) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated to provide the desired product (200 mg, crude) as a brown solid. This compound was used in the next step directly without further purification. MS (ESI) m/z = 431.4 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decane
The title compound (160 mg, crude) was synthesized following the procedure for step 3 of B-006 as a yellow solid. This compound was used in the next step directly without further purification. MS (ESI) m/z = 331.3 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- [2- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] -2, 8-diazaspiro [4.5] decan-8-yl] prop-2-en-1-one
B-019 (17 mg, 12.6%yield over 4 steps) was synthesized following the procedure for step 3 of B-010 as a yellow solid in FA salt form. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.38 (brs, 1H) , 8.06 (d, J = 0.8 Hz, 1H) , 6.78 (dd, J = 10.6, 16.8 Hz, 1H) , 6.19 (dd, J = 1.8, 16.8 Hz, 1H) , 5.74 (dd, J = 1.8, 10.6 Hz, 1H) , 5.63 (s, 1H) , 3.78 -3.69 (m, 5H) , 3.66 -3.50 (m, 5H) , 3.39 (brs, 2H) , 2.94 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 2.86 (q, J = 7.2 Hz, 2H) , 1.98 (t, J = 7.0 Hz, 2H) , 1.70 -1.60 (m, 4H) , 1.26 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 385.2 [M+H] +.
Example B13. 1- (4- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-020)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] amino] piperidine-1-carboxylate
The title compound (40 mg, 12%yield) was synthesized following the procedure for step 2 of B-019 as a brown oil. MS (ESI) m/z = 391.5 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 6- (4-ethylpiperazin-1-yl) -N- (4-piperidyl) pyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl 4- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] amino] piperidine-1-carboxylate (40 mg, 0.095 mmol) in dichloromethane (2 mL) was added TFA (154 mg, 1.35 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was concentrated under vacuum to provide the desired product (40 mg, crude) as a brown oil. This compound was used in the next step directly without further purification.
Step 3. Synthesis of 1- [4- [ [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] amino] -1-piperidyl] prop-2-en-1-one
B-020 (10 mg, 28%yield over 2 steps) was synthesized following the procedure for step 4 of B-006 as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.01 (s, 1H) , 6.79 (dd, J = 10.6, 16.8 Hz, 1H) , 6.19 (dd, J = 1.8, 16.8 Hz, 1H) , 5.74 (dd, J = 1.8, 10.8 Hz, 1H) , 5.66 (s, 1H) , 4.47 (d, J = 13.8 Hz, 1H) , 4.17 -3.89 (m, 2H) , 3.57 -3.50 (m, 4H) , 3.02 -2.92 (m, 1H) , 2.58 -2.44 (m, 7H) , 2.11 -1.96 (m, 2H) , 1.48 -1.34 (m, 2H) , 1.14 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 345.2 [M+H] +.
Example B14. N- ( (1- (7- (4-Ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridin-5-yl) azetidin-3-yl) methyl) acrylamide (B-023)
Step 1. Synthesis of 6-chloro-2- (2-triisopropylsilylethynyl) pyridin-3-ol
To a degassed solution of 6-chloro-2-iodo-pyridin-3-ol (5.00 g, 19.6 mmol) and TEA (21.8 g, 215 mmol) in dioxane (30.0 mL) were added ethynyl (triisopropyl) silane (4.64 g, 25.5 mmol) , CuI (225 mg, 1.18 mmol) and Pd (PPh3) 2Cl2 (417 mg, 0.59 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 45 ℃ for 0.5 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 1: 0 to 3: 1) to provide the desired product (4.85 g, 80%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 310.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (5-chlorofuro [3, 2-b] pyridin-2-yl) -triisopropyl-silane
To a solution of 6-chloro-2- (2-triisopropylsilylethynyl) pyridin-3-ol (4.85 g, 15.7 mmol) in MeOH (30 mL) were added K2CO3 (1.00 g, 7.24 mmol) and AgOTf (260 mg, 1.01 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 50 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 1: 0 to 3: 1) to provide the desired product (3.49 g, 72%yield) as a light-yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.70 -7.73 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 7.19 -7.21 (d, J = 12.0 Hz, 1H) , 7.14 (s, 1 H) , 1.38 -1.46 (m, 3H) , 1.13 -1.16 (m, 18H) . MS (ESI) m/z = 310.8 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (5-chloro-7-iodo-furo [3, 2-b] pyridin-2-yl) -triisopropyl-silane 
To a solution of (5-chlorofuro [3, 2-b] pyridin-2-yl) -triisopropyl-silane (3.49 g, 11.3 mmol) in THF (50 mL) was added n-BuLi (2.5 M, 5.40 mL) dropwise at -70 ℃ for 40 min. A solution of I2 (4.29 g, 16.9 mmol) in THF (10.0 mL) was added dropwise. The reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 3 h. After warming to rt, the reaction mixture was quenched with NH4Cl (50 mL) , followed by a solution of Na2S2O3 (30 mL) . The resulting solution was extracted with ethyl acetate (50 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure to provide the desired product (4.82 g, 98%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.61 (s, 1H) , 7.22 (s, 1H) , 1.37 -1.47 (m, 3H) , 1.15 -1.19 (m, 18 H) . MS (ESI) m/z = 436.3 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 5-chloro-7-iodo-furo [3, 2-b] pyridine
To a solution of (5-chloro-7-iodo-furo [3, 2-b] pyridin-2-yl) -triisopropyl-silane (4.82 g, 11.1 mmol) in THF (10 mL) was added TBAF (1.0 M, 15 mL) at rt. After stirring at rt for 1 h, the reaction mixture was quenched with NH4Cl (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 1: 0 to 10: 1) to provide the desired product (3.0 g, 97%yield) as a light-yellow solid. MS (ESI) m/z = 279.9 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of 5-chloro-7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridine
To a mixture of 5-chloro-7-iodo-furo [3, 2-b] pyridine (200 mg, 0.716 mmol) and 1-ethylpiperazine (89.9 mg, 0.787 mmol) in t-BuOH (4 ml) were added XPhos (36.0 mg, 0.075 mmol) ,  K2CO3 (300 mg, 2.17 mmol) and Pd2 (dba) 3 (36.0 mg, 0.039 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (10 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-TLC (dichloromethane/methanol = 10: 1) to provide the desired product (130 mg, 36%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.71 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.83 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.53 (s, 1H) , 3.69 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 2.65-2.48 (m, 6H) , 1.16 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 266.0 [M+H] +.
Step 6. Synthesis of tert-butyl N- [ [1- [7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridin-5-yl] azetidin-3-yl] methyl] carbamate
To a mixture of 5-chloro-7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridine (50 mg, 0.19 mmol) and tert-butyl N- (azetidin-3-ylmethyl) carbamate (70.0 mg, 0.376 mmol) in dioxane (2 mL) were added RuPhos-Pd-G4 (16.0 mg, 0.019 mmol) and Cs2CO3 (185 mg, 0.57 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (10 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-TLC (dichloromethane/methanol = 10: 1) to provide the desired product (37.0 mg, 35%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 416.2 [M+H] +.
Step 7. Synthesis of [1- [7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridin-5-yl] azetidin-3-yl] methanamine
To a solution of tert-butyl N- [ [1- [7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridin-5-yl] azetidin-3-yl] methyl] carbamate (37.0 mg, 0.066 mmol) in DCM (3 mL) was added HCl (4 M in dioxane, 3 mL) at rt. The reaction mixture was stirred at rt for 5 h. The reaction mixture was concentrated in vacuum to provide the desired product (25 mg, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 316 [M+H] +.
Step 8. Synthesis of N- [ [1- [7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridin-5-yl] azetidin-3-yl] methyl] prop-2-enamide
To a solution of [1- [7- (4-ethylpiperazin-1-yl) furo [3, 2-b] pyridin-5-yl] azetidin-3-yl] methanamine (25 mg, 0.071 mmol) and TEA (65.2 mg, 0.64 mmol) in DCM (1 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (5.4 mg, 0.043 mmol) dropwise at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h. After warming to rt, the reaction mixture was filtered. The filtrate was concentrated and purified by prep-HPLC to provide the desired product (10.3 mg, 38%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.03 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 7.04 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.32 -6.23 (m, 2H) , 5.88 (s, 1H) , 5.73 -5.69 (m, 1H) , 4.33 -4.27 (m, 1H) , 4.00 -3.94 (m, 1H) , 3.81 (t, J = 5.2 Hz, 4 H) , 3.60 -3.55 (m, 1H) , 3.47 -3.38 (m, 2H) , 3.30 -3.24 (m, 2H) , 2.67 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 2.56 -2.50 (m, 2H) , 1.18 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 370.2 [M+H] +.
Example B15. 1- (8- (7- (4-ethylpiperazin-1-yl) -3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-5-yl) -2, 8-diazaspiro [4.5] decan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-027)
Step 1. Synthesis of 2- [ (5, 7-dichloroimidazo [4, 5-b] pyridin-3-yl) methoxy] ethyl-trimethyl-silane
To a solution of 5, 7-dichloro-3H-imidazo [4, 5-b] pyridine (500 mg, 2.66 mmol) in THF (10 mL) was added NaH (110 mg, 2.75 mmol, 60%in mineral oil) portion wise at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at rt for 30 min, before SEMCl (509 mg, 0.54 mL, 3.05 mmol) was added dropwise at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at rt for another 16 h, it was quenched with aqueous NH4Cl (10 mL) slowly. The aqueous phase was extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (40 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum to provide the desired product (800 mg, 95%yield) as a brown oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.18-8.27 (m, 1H) , 7.32-7.34 (m, 1H) , 7.34 (d, J = 9.00 Hz, 1H) , 5.63-5.77 (m, 2H) , 3.56-3.66 (m, 2 H) , 0.93 (d, J = 8.40 Hz, 2H) , 0.03 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of 2- [ [5-chloro-7- (4-ethylpiperazin-1-yl) imidazo [4, 5-b] pyridin-3-yl] methoxy] ethyl-trimethyl-silane
To a mixture of 2- [ (5, 7-dichloroimidazo [4, 5-b] pyridin-3-yl) methoxy] ethyl-trimethyl-silane (400 mg, 1.26 mmol) and 1-ethylpiperazine (135 mg, 1.18 mmol) in DMF (4 mL) was added K2CO3 (370 mg, 2.68 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 70 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 4) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL × 2) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by flash silica gel chromatography (dichloromethane/methanol = 10: 1) to provide the desired product (180 mg, 36%yield) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 396.1 [M+H] +.
The remaining steps were performed according to the procedures for steps 2 to 3 of B-006 and step 3 of B-008 to provide the desired product (3.1 mg, 1%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.81 (s, 1H) , 6.64-6.58 (m, 1H) , 6.29 (dd, J = 2.0, 4.0 Hz, 1H) , 6.03 (s, 1H) , 5.76-5.73 (m, 1H) , 3.42-3.79 (m, 12H) , 2.78-2.93 (m, 4H) , 2.63-2.73 (m, 2H) , 1.96 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 1.90 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 1.70-1.67 (m, 4H) , 1.21 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 424.2 [M+H] +.
Example B16. 1- (4- (4- (4-ethylpiperazin-1-yl) -1, 3, 5-triazin-2-yl) hexahydropyrrolo [3, 2-b] pyrrol-1 (2H) -yl) prop-2-en-1-one (B-028)
Step 1. Synthesis of 2-chloro-4- (4-ethylpiperazin-1-yl) -1, 3, 5-triazine
To a solution of 2, 4-dichloro-1, 3, 5-triazine (500 mg, 3.33 mmol) in dioxane (10 mL) were added DIPEA (965 mg, 7.46 mmol) and 1-ethylpiperazine (400 mg, 3.50 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 50 ℃ for 1 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated to provide the desired product (650 mg, 86%yield) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.32 (s, 1H) , 3.88 (td, J = 5.2, 10.8 Hz, 4H) , 2.51 -2.46 (m, 4H) , 2.46 -2.41 (m, 2H) , 1.10 (t, J = 7.2 Hz, 3H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 1- [4- (4-ethylpiperazin-1-yl) -1, 3, 5-triazin-2-yl] -2, 3, 3a, 5, 6, 6a-hexahydropyrrolo [3, 2-b] pyrrole-4-carboxylate
To a solution of 2-chloro-4- (4-ethylpiperazin-1-yl) -1, 3, 5-triazine (55 mg, 0.24 mmol) and tert-butyl 2, 3, 3a, 5, 6, 6a-hexahydro-1H-pyrrolo [3, 2-b] pyrrole-4-carboxylate (60 mg, 0.28 mmol) in dioxane (4 mL) was added K2CO3 (60 mg, 0.44 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated to provide the desired product (100 mg, crude) as a yellow solid. This compound was used in the next step directly without further purification. MS (ESI) m/z = 404.2 [M+H] +.
The remaining steps were performed according to the procedures for step 3 of B-006 and step 3 of B-008 to provide the desired product (10 mg, 11.6%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.10 (s, 1H) , 6.75 -6.59 (m, 1H) , 6.30 (m, 1H) , 5.84 -5.70 (m, 1H) , 4.79 -4.62 (m, 2H) , 4.12 -3.71 (m, 7H) , 2.60 -2.40 (m, 7H) , 2.36 -2.06 (m, 4H) , 1.14 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 358.1 [M+H] +.
Example B17. (R) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-037)
To a solution of N- [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] -6-piperazin-1-yl-pyrimidin-4-amine (100 mg, 0.28 mmol) and TEA (100 mg, 0.99 mmol) in dichloromethane (3 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (36 mg, 0.29 mmol) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, it was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (54.5 mg, 41%yield) as a white solid. HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.80 (s, 1H) , 8.06 (s, 1H) , 7.86-7.65 (m, 1H) , 7.59-7.46 (m, 1H) , 7.24-7.10 (m, 1H) , 6.64-6.45 (m, 2H) , 6.40-6.31 (d, J = 16.8 Hz, 1 H) , 5.78 (d, J = 10.8 Hz, 1 H) , 5.07 (s, 1H) , 4.18-3.42 (m, 13H) , 2.51 (s, 1H) , 2.35-2.03 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 411.3 [M+H] +.
Example B18. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholino-1, 3, 5-triazin-2-amine (B-038)
Step 1. Synthesis of 4- (4-chloro-1, 3, 5-triazin-2-yl) morpholine
To a solution of 2, 4-dichloro-1, 3, 5-triazine (500 mg, 3.33 mmol) and morpholine (292 mg, 3.33 mmol) in EtOH (5 mL) was added DIEA (860 mg, 6.66 mmol) . The mixture was stirred at rt for 4 h, before it was diluted with water and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated, and purified by silica gel chromatography (EtOAc/petroleum ether = 5: 1) to afford the title compound (280 mg, 42%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 201.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholino-1, 3, 5-triazin-2-amine
To a solution of 4- (4-chloro-1, 3, 5-triazin-2-yl) morpholine (100 mg, 0.5 mmol) and (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (97 mg, 0.5 mmol) in DMSO (3 mL) was added DIEA (129 mg, 0.5 mmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O) to afford the title compound (20 mg, 11%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 359.3 [M+H] +.
Example B19. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyridin-2-amine (B-039)
Step 1. Synthesis of 4- (2-chloropyridin-4-yl) morpholine
To a solution of 2, 4-dichloropyridine (500 mg, 3.38 mmol) and morpholine (292 mg, 3.38 mmol) in DMSO (6 mL) was added K2CO3 (933 mg, 6.76 mmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 7 h, before it was diluted with water and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated, and purified by silica gel chromatography (EtOAc/petroleum ether = 2: 1) to afford the title compound (250 mg, 37%yield) as a brown solid. MS (ESI) m/z = 199.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyridin-2-amine
To a solution of 4- (2-chloropyridin-4-yl) morpholine (100 mg, 0.5 mmol) , t-BuONa (96 mg, 1.0 mmol) and (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (98 mg, 0.5 mmol) in toluene (5 mL) were added BINAP (61 mg, 0.1 mmol) and Pd (OAc) 2 (12 mg, 0.05 mmol) . The mixture was stirred at 85 ℃ under Ar for 16 h, before it was concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O) to afford the title compound (38 mg, 21%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 357.1 [M+H] +.
Example B20. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyridazin-4-amine (B-040)
Step 1. Synthesis of (R) -6-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyridazin-4-amine
To a solution of 3, 5-dichloropyridazine (500 mg, 3.35 mmol) and (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (651 mg, 3.35 mmol) in DMSO (6 mL) was added K2CO3 (926 mg, 6.70 mmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was diluted with water and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated, and purified by silica gel chromatography (EtOAc/petroleum ether = 2: 1) to afford the title compound (208 mg, 20%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 307.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyridazin-4-amine
To a solution of (R) -6-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyridazin-4-amine (153 mg, 0.5 mmol) , t-BuONa (96 mg, 1.0 mmol) and morpholine (87 mg, 1.0 mmol) in toluene (5 mL) were added BINAP (61 mg, 0.1 mmol) and Pd (OAc) 2 (12 mg, 0.05 mmol) . The mixture was stirred at 85 ℃ under Ar for 16 h, before it was concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O) to afford the title compound (34 mg, 19%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 358.2 [M+H] +.
Example B21. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -5-morpholinopyridazin-3-amine (B-041)
Step 1. Synthesis of 4- (6-chloropyridazin-4-yl) morpholine
To a solution of 3, 5-dichloropyridazine (500 mg, 3.35 mmol) and morpholine (292 mg, 3.35 mmol) in DCE (5 mL) was added K2CO3 (926 mg, 6.70 mmol) . The mixture was stirred at 85 ℃ for 7 h, before it was diluted with water and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated, and purified by silica gel chromatography (EtOAc/petroleum ether = 5: 1) to afford the title compound (100 mg, 14%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 200.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -5-morpholinopyridazin-3-amine
B-041 (8 mg, 9%yield) was synthesized following the procedure for step 2 of B-040 as a white solid. MS (ESI) m/z = 358.1 [M+H] +.
Example B22. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -2-morpholinopyridin-4-amine (B-042)
Step 1. Synthesis of (R) -2-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyridin-4-amine
To a solution of 4-bromo-2-chloropyridine (500 mg, 2.60 mmol) , t-BuONa (499 mg, 5.2 mmol) and (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (504 mg, 2.60 mmol) in toluene (10 mL) were added xantphos (300 mg, 0.52 mmol) and Pd2 (dba) 3 (236 mg, 0.26 mmol) . The mixture was stirred at 85 ℃ under Ar for 16 h, before it was concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O) to afford the title compound (250 mg, 31%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 306.1 [M+H] + .
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -2-morpholinopyridin-4-amine
B-042 (35 mg, 30%yield) was synthesized following the procedure for step 2 of B-040 as a white solid. MS (ESI) m/z = 357.2 [M+H] +.
Example B23. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -7-morpholino-3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-5-amine (B-043)
Step 1. Synthesis of 4- (5-chloro-3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-7-yl) morpholine
A mixture of 5, 7-dichloro-3H-imidazo [4, 5-b] pyridine (350 mg, 1.86 mmol) in morpholine (1.5 mL) was stirred at 120 ℃ for 1 h, before it was diluted with EtOAc. The mixture was washed with water and brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated to afford the title compound (350 mg, 78%yield) as a grey solid. MS (ESI) m/z = 239.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 4- (5-chloro-3- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-7-yl) morpholine
To a solution of 4- (5-chloro-3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-7-yl) morpholine (150 mg, 0.63 mmol) and TEA (195 mg, 1.89 mmol) in DMF (2 mL) was added SEMCl (157 mg, 0.94 mmol) . The mixture was stirred at rt for 1 h, before it was quenched with H2O, and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with water and brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated, and purified by silica gel chromatography (petroleum ether/EtOAc = 20: 1) to afford the title compound (184 mg, 79%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 369.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -7-morpholino-3- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-5-amine
To a solution of 4- (5-chloro-3- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-7-yl) morpholine (94 mg, 0.25 mmol) , Cs2CO3 (164 mg, 0.5 mmol) and (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (49 mg, 0.25 mmol) in dioxane (5 mL) were added xantphos (29 mg, 0.05 mmol) and Pd2 (dba) 3 (24 mg, 0.025 mmol) . The mixture was stirred at 110 ℃ under Ar for 20 h, before it was concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O) to afford the title compound (32 mg, 24%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 527.5 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -7-morpholino-3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-5-amine
To a solution of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -7-morpholino-3- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -3H-imidazo [4, 5-b] pyridin-5-amine (32 mg, 0.06 mmol) in MeOH (2 mL) was added HCl solution (3 M in MeOH, 0.2 mL) . The mixture was stirred at rt for 2 h, before it was concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%TFA in H2O) to afford the title compound (20 mg, 83%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 397.2 [M+H] +.
Example B24. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholino-9H-purin-2-amine (B-044)
Step 1. Synthesis of 4- (2-chloro-9H-purin-6-yl) morpholine
To a solution of 2, 6-dichloro-9H-purine (1.0 g, 5.29 mmol) and morpholine (460 mg, 5.29 mmol) in isopropanol (10 mL) was added DIEA (1.36 g, 10.6 mmol) . The mixture was stirred at 75 ℃ for 16 h before filtration. The solid was washed with water and dried to afford the title compound (1.2 g, 96%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 240.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholino-9H-purin-2-amine
To a solution of (4- (2-chloro-9H-purin-6-yl) morpholine (100 mg, 0.42 mmol) and (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (244 mg, 1.26 mmol) in n-BuOH (3 mL) was added TFA (48 mg, 0.42 mmol) . The mixture was stirred at 170 ℃ for 4 h under microwave irradiation. The mixture was concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O) to afford the title compound (25 mg, 15%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 398.2 [M+H] +.
Example B25. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -5-morpholino- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-7-amine (B-045)
Step 1. Synthesis of 4- (7-chloro- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-5-yl) morpholine
To a solution of 5, 7-dichloro- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridine (100 mg, 0.53 mmol) and morpholine (93 mg, 1.06 mmol) in dioxane (3 mL) was added DIEA (137 mg, 1.06 mmol) . The mixture was stirred at 50 ℃ for 16 h, before it was diluted with EtOAc. The mixture was washed with water and brine, dried over sodium sulfate, filtered, concentrated to afford the title compound (120 mg, 95%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 239.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -5-morpholino- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-7-amine
B-045 (28 mg, 14%yield) was synthesized following the procedure for step 3 of B-043 as a grey solid. MS (ESI) m/z = 397.2 [M+H] +.
Example B26. 1- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenylazetidin-3-amine (B-046)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 3- (phenylamino) azetidine-1-carboxylate
To a mixture of bromobenzene (0.5 g, 3.18 mmol) , BINAP (800 mg, 1.28 mmol) , t-BuONa (1g, 10.41 mmol) and tert-butyl 3-aminoazetidine-1-carboxylate (850 mg, 4.94 mmol) in toluene (30 mL) was added Pd2 (dba) 3 (300 mg, 327.61 μmol) at 20 ℃ under N2. The mixture was stirred at 110 ℃ for 10 h. The mixture was filtered and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (FA condition, column: Phenomenex luna C18 150 *25 mm *10 μm; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; B%: 45%-75%, 10 min) to provide the title compound (300 mg, 38%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.09 (t, J = 8.40 Hz, 2H) , 6.59 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.48 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.21 (d, J = 6.00 Hz, 1H) , 4.09 –4.16 (m, 3H) , 3.60 –3.62 (m, 2H) , 1.38 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of N-phenylazetidin-3-amine
To a solution of tert-butyl 3- (phenylamino) azetidine-1-carboxylate (300 mg, 1.21 mmol) in DCM (5 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 5 mL) at 20 ℃ under N2. The mixture was stirred at 20 ℃ for 10 h. The reaction mixture was concentrated in vacuo to provide the title compound (300 mg, crude) as a yellow solid.
Step 3. Synthesis of 1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenyl-azetidin-3-amine
To a mixture of N-phenylazetidin-3-amine (100 mg, 674.74 μmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (100 mg, 500.91 μmol) in DMSO (2 mL) was added DIPEA (371.00 mg, 2.87 mmol) at 20 ℃ under N2. The mixture was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation. Then the mixture was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex C18 150 *25 mm *10 μm; mobile phase: [water (NH4HCO3) -ACN] ; B%: 20%-50%, 8 min) to provide the title compound (18.22 mg, 11%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.06 (s, 1H) , 7.11 (t, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.60 (t, J = 7.60 Hz, 1H) , 6.53 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.28 (d, J = 5.20 Hz, 1H) , 5.55 (s, 1H) , 4.25 –4.34 (m, 3H) , 3.71 (d, J = 4.00 Hz, 2H) , 3.59 –3.65 (m, 4H) , 3.43 –3.49 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 312.3 [M+H] +.
Example B27. N- ( (1- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl) methyl) aniline (B-047)
B-047 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (150 mg, 13%yield over 3 steps) as a red solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.14 (s, 1H) , 8.04 (s, 1H) , 7.07 (t, J = 7.20 Hz, 2H) , 6.58 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.51 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 5.70 –5.72 (m, 1H) , 5.53 (s, 1H) , 3.57 –3.70 (m, 4H) , 3.42 –3.49 (m, 4H) , 3.10 –3.20 (m, 1H) , 2.99 –3.08 (m, 2H) , 2.56 –2.72 (m, 4H) , 2.05 –2.16 (m, 1H) , 1.69 –1.80 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 340.2 [M+H] +.
Example B28. 2- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenyl-2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine (B-048)
B-048 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (25 mg, 5%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.23 (s, 1H) , 8.04 (s, 1H) , 7.05 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.47 –6.56 (m, 3H) , 5.83 (s, 1H) , 5.47 (s, 1H) , 4.00 (s, 2H) , 3.88 (s, 2H) , 3.70 –3.73 (m, 1H) , 3.60 –3.65 (m, 4H) , 3.42 –3.48 (m, 4H) , 2.58 –2.70 (m, 2H) , 1.97 –2.09 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 352.2 [M+H] +.
Example B29. 4- (6- (6-Phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-049)
B-049 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (21.3 mg, 5%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.06 (s,  1H) , 7.10 –7.23 (m, 2H) , 6.69 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.44 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 5.54 (s, 1H) , 4.10-4.14 (m, 4H) , 3.94-3.98 (m, 4H) , 3.59 –3.66 (m, 4H) , 3.44 –3.51 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 338.2 [M+H] +.
Example B30. 9- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) -4-phenyl-1-oxa-4, 9-diazaspiro [5.5] undecane (B-050)
B-050 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (55 mg, 23%yield over 3 steps) as a yellow gum. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.08 (s, 1H) , 7.17 –7.23 (m, 2H) , 6.94 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.78 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 5.93 (s, 1H) , 3.99 (d, J = 13.6 Hz, 2H) , 3.80 (t, J = 5.60 Hz, 2H) , 3.60 –3.69 (m, 4H) , 3.47 –3.52 (m, 4H) , 3.21 –3.27 (m, 2H) , 3.09 (t, J = 5.20 Hz, 2H) , 3.01 (s, 2H) , 1.88 (d, J = 13.6 Hz, 2H) , 1.51 –1.63 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 396.3 [M+H] +.
Example B31. 4- (6- (1-Phenylhexahydropyrrolo [3, 4-b] pyrrol-5 (1H) -yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-051)
B-051 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (144.8 mg, 42%yield over 3 steps) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.28 (s, 1H) , 7.20 (t, J = 7.60 Hz, 2 H) , 6.67 (d, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.56 (t, J = 8.00 Hz, 2H) , 5.81 (s, 1H) , 4.31 –4.38 (m, 1H) , 3.82 –3.92 (m, 1H) , 3.70 –3.77 (m, 1H) , 3.60-3.74 (m, 8H) , 3.44 –3.57 (m, 3H) , 3.25 –3.35 (m, 1H) , 3.15 –3.25 (m, 1H) , 2.03 –2.25 (m, 1H) , 1.70 –1.98 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 352.5 [M+H] +
Example B32. 4- (6- (2-Phenyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-052)
B-052 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (28.3 mg, 5%yield over 3 steps) as a brown solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.22 –8.34 (m, 1H) , 7.17 (t, J = 8.40 Hz, 2H) , 6.70 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.45 (t, J = 7.60 Hz, 2H) , 5.73 –5.85 (m, 1H) , 3.76 –3.82 (m, 3H) , 3.76 –3.76 (m, 1H) , 3.73 (s, 2H) , 3.62-3.70 (m, 8H) , 3.50 –3.59 (m, 2H) , 2.21 –2.31 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 352.5 [M+H] +
Example B33. 1- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenylpyrrolidin-3-amine (B-053)
B-053 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (103 mg, 33%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (s, 1H) , 7.08 (t, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.61 (d, J = 8.00 Hz, 1H) , 6.53 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 5.82 (d, J = 6.00 Hz, 1H) , 5.56 (s, 1H) , 4.06 (s, 1H) , 3.66 –3.69 (m, 1H) , 3.61 –3.65 (m, 4H) , 3.50 –3.53 (m, 1H) , 3.43 –3.49 (m, 4H) , 3.25 –3.36 (m, 3H) , 2.19 –2.24 (m, 1H) , 1.86 –1.98 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 326.2 [M+H] +.
Example B34. 1- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenylazepan-3-amine (B-054)
B-054 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (5 mg, 2%yield over 3 steps) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.10 (s, 1H) , 7.07 (t, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.67 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.51 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 5.51 (d, J = 8.00 Hz, 1H) , 4.12 –4.20 (m, 1H) , 3.68 –3.77 (m, 1H) , 3.62 –3.64 (m, 5H) , 3.40 –3.47 (m, 5H) , 1.74 – 1.85 (m, 3H) , 1.57 –1.67 (m, 1H) , 1.40 –1.54 (m, 1H) , 1.20 –1.38 (m, 2H) , 1.05 (t, J = 6.80 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 354.3 [M+H] +.
Example B35. (S) -1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenylpiperidin-3-amine (B-055)
B-055 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (131.4 mg, 35%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.09 (s, 1H) , 7.07 (t, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.64 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.52 (t, J = 6.80 Hz, 1H) , 5.84 (s, 1H) , 5.52 (d, J = 8.00 Hz, 1H) , 4.43 (d, J = 12.4 Hz, 1H) , 4.07 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 3.56 –3.66 (m, 4H) , 3.39 –3.50 (m, 5H) , 3.16 –3.24 (m, 1H) , 2.96 –3.08 (m, 1H) , 2.71 (dd, J = 12.8, 9.20 Hz, 1H) , 2.01 (d, J = 3.20 Hz, 1H) , 1.67 –1.78 (m, 1H) , 1.50 –1.51 (m, 1H) , 1.48 (t, J = 9.20 Hz, 2H) . MS (ESI) m/z = 340.2 [M+H] +.
Example B36. Trans-N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N3-phenylcyclobutane-1, 3-diamine (B-056)
B-056 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (2.4 mg, 1%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.16 (d, J = 6.80 Hz, 1H) , 7.03 –7.09 (m, 2H) , 6.53 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.46 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 5.94 (d, J = 5.60 Hz, 1H) , 5.37 –5.54 (m, 1H) , 4.08 –4.44 (m, 1H) , 3.80 –3.91 (m, 1H) , 3.61 –3.65 (m, 4H) , 3.40 (t, J = 4.80 Hz, 4H) , 2.19 –2.27 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 326.2 [M+H] +.
Example B37. 4- (6- (5-Phenylhexahydropyrrolo [3, 4-b] pyrrol-1 (2H) -yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-057)
B-057 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (135.8 mg, 16%yield over 3 steps) as an off-White solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.32 (s, 1H) , 7.17 (t, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.65 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.59 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 5.80 (s, 1H) , 4.65 (s, 1H) , 3.53 –3.73 (m, 11H) , 3.17 –3.42 (m, 4H) , 2.11 –2.26 (m, 1H) , 1.89 –2.03 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 352.3 [M+H] +
Example B38. 4- (6- ( (1R, 4R) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptan-2-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-058)
B-058 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (81 mg, 18%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.13 (t, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.52 –6.66 (m, 3H) , 5.36 –5.77 (m, 1H) , 4.80 –5.09 (m, 1H) , 4.61 (s, 1H) , 3.58 –3.62 (m, 4H) , 3.56 –3.57 (m, 1H) , 3.41 –3.45 (m, 6H) , 2.94 (d, J = 8.80 Hz, 1H) , 1.92 –2.08 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 338.2 [M+H] +.
Example B39. 4- (6- (6-Phenyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-059)
B-059 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (20 mg, 3%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.29 (s, 1H) ,  7.24 –7.29 (m, 1H) , 6.78 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.62 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 6.14 –6.30 (m, 3H) , 5.11 (s, 1H) , 4.09 –4.41 (m, 4H) , 3.75 –3.80 (m, 4H) , 3.64 –3.73 (m, 4H) , 3.58 (s, 2H) , 3.45 (t, J = 7.20 Hz, 2H) , 2.33 (t, J = 7.20 Hz, 2H) . MS (ESI) m/z = 352.4 [M+H] +
Example B40. N- ( (1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) azetidin-3-yl) methyl) aniline (B-060)
B-060 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (12.4 mg, 2%yield over 3 steps) as a colorless gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (s, 1H) , 7.06 (dd, J = 8.40, 7.20 Hz, 2H) , 6.40 –6.69 (m, 3H) , 5.73 (t, J = 5.20, 1H) , 5.48 (s, 1H) , 4.01 (t, J = 8.40 Hz, 1H) , 3.61 –3.74 (m, 7H) , 3.42 –3.49 (m, 4H) , 3.24 –3.30 (m, 2H) , 2.88 –2.99 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 326.2 [M+H] +.
Example B41. 4- (6- (7-Phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-061)
B-061 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (39.3 mg, 14%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (s, 1H) 7.15 (t, J = 8.40 Hz, 2H) , 6.58 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 6.52 (d, J = 8.00 Hz, 2H) , 5.57 (s, 1H) , 3.58 –3.66 (m, 4H) , 3.43 –3.53 (m, 6H) , 3.33 –3.42 (m, 4H) , 3.23 (s, 2H) , 1.92 –2.05 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 366.4 [M+H] +.
Example B42. 6-Morpholino-N- (1-phenylpiperidin-4-yl) pyrimidin-4-amine (B-062)
B-062 was synthesized following the procedure for step 3 of B-046 to provide the title compound (10 mg, 39%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 10.43 (s, 1H) , 8.07 (s, 1H) , 7.83 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 7.49 (t, J = 7.60 Hz, 2H) , 7.40 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 5.49 (s, 1H) , 3.97 –4.03 (m, 3H) , 3.60 –3.90 (m, 8H) , 3.47 (d, J = 12.4 Hz, 2H) , 2.78 (t, J = 10.4Hz, 2H) , 2.01 (d, J = 14.0 Hz, 2H) . MS (ESI) m/z = 340.4 [M+H] +
Example B43. 6-Morpholino-N- ( (1-phenylazetidin-3-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-063)
B-063 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (15.5 mg, 4%yield over 3 steps) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.33 (s, 1H) , 7.09 (t, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.64 (d, J = 7.60 Hz, 2H) , 6.57 (t, J = 7.20 Hz, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 4.21 (t, J = 8.80 Hz, 2H) , 3.82 –3.92 (m, 2H) , 3.71 –3.77 (m, 1H) , 3.67 (s, 6H) , 3.31 (t, J = 7.20 Hz, 2H) , 2.98 –3.09 (m, 1H) , 2.54 (s, 2H) . MS (ESI) m/z = 326.3 [M+H] +.
Example B44. (3, 4-Dichlorophenyl) (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) methanone (B-064)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate
A mixture of tert-butyl 2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate (610 mg, 2.70 mmol) , bromobenzene (1.27 g, 8.09 mmol) , xantphos (156 mg, 0.270 mmol) , Pd2 (dba) 3 (256 mg, 0.270 mmol) and Cs2CO3 (1.76 g, 5.39 mmol) in toluene (6 mL) was stirred at 100 ℃ for 2 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether/EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (450 mg, 55%yield) as a colorless oil. MS (ESI) m/z = 325.2 [M+Na] +.
Step 2. Synthesis of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane
A solution of tert-butyl 7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate (450 mg, 1.49 mmol) and TFA (1.5 mL) in DCM (1.5 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo  to provide the title compound (crude, 450 mg) as a colorless oil, which was used in the next step directly. MS (ESI) m/z = 203.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (3, 4-dichlorophenyl) (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) methanone
To a solution of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (100 mg, 0.494 mmol) , HATU (376 mg, 0.989 mmol) and DIEA (128 mg, 0.989 mmol) in DMF (1 mL) was added 3, 4-dichlorobenzoic acid (94.4 mg, 0.494 mmol) . The mixture was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (25.4 mg, 14%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.84 –7.57 (m, 2H) , 7.54 (dd, J = 19.2, 8.4 Hz, 1H) , 7.18 –7.12 (m, 2H) , 6.61 –6.47 (m, 3H) , 3.63 –3.42 (m, 4H) , 3.31 –3.16 (m, 4H) , 2.11 –1.90 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 375.1 [M+H] +.
Example B45. N- (trans-4-acrylamidocyclohexyl) -3, 4-dichlorobenzamide (B-065)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (trans-4-acrylamidocyclohexyl) carbamate
A solution of tert-butyl (trans-4-aminocyclohexyl) carbamate (100 mg, 0.467 mmol) , acryloyl chloride (50 mg, 0.559 mmol) and Et3N (141 mg, 1.40 mmol) in DCM (1 mL) was stirred at 0 ℃ for 1 h, before it was diluted with water (50 mL) and extracted with EtOAc (50 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (74 mg, 59%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 213.0 [M-56+H] +.
Step 2. Synthesis of N- (trans-4-aminocyclohexyl) acrylamide
A solution of tert-butyl (trans-4-acrylamidocyclohexyl) carbamate (37 mg, 0.138 mmol) and TFA (2 mL) in DCM (2 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was filtered and concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 23 mg) as a yellow oil, which was used in the next step directly. MS (ESI) m/z = 169.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N- (trans-4-acrylamidocyclohexyl) -3, 4-dichlorobenzamide
To a solution of 3, 4-dichlorobenzoic acid (26 mg, 0.137 mmol) , DIEA (35 mg, 0.274 mmol) and HATU (104 mg, 0.274 mmol) in DMF (2 mL) was added N- (trans-4-aminocyclohexyl) acrylamide (crude, 23 mg) . The mixture was stirred at rt for 2 h, before it was concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (4.32 mg, 9%yield) as a white solid. 1HNMR  (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.44 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 8.08 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 8.00 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 7.82 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1H) , 7.74 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.24 –6.17 (m, 1H) , 6.06 (dd, J = 16.8, 2.4 Hz, 1H) , 5.56 (dd, J = 10.0, 2.4 Hz, 1H) , 3.78 –3.70 (m, 1H) , 3.63 –3.54 (m, 1H) , 1.86 (d, J = 10.8 Hz, 4H) , 1.46 –1.23 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 341.1 [M+H] +.
Example B46. N-methyl-2- ( (trans-3- (phenylamino) cyclobutyl) amino) isonicotinamide (B-066)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (trans-3- (phenylamino) cyclobutyl) carbamate
A mixture of tert-butyl (trans-3-aminocyclobutyl) carbamate (100 mg, 0.537 mmol) , iodobenzene (329 mg, 1.61 mmol) , Xantphos (31 mg, 0.0536 mmol) , Pd2 (dba) 3 (49 mg, 0.0536 mmol) and Cs2CO3 (525 mg, 1.61 mmol) in toluene (1 mL) was stirred at 100 ℃ for 5 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc =3: 1) to provide the title compound (73 mg, 52%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 263.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of trans-N1-phenylcyclobutane-1, 3-diamine
A solution of trans-N1-phenylcyclobutane-1, 3-diamine (73 mg, 0.278 mmol) and TFA (3 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 70 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 163.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N-methyl-2- ( (trans-3- (phenylamino) cyclobutyl) amino) -isonicotinamide
A mixture of trans-N1-phenylcyclobutane-1, 3-diamine (crude, 70 mg) , 2-chloro-N-methylisonicotinamide (57 mg, 0.334 mmol) , Xantphos (16 mg, 0.028 mmol) , Pd2 (dba) 3 (25 mg, 0.028 mmol) and Cs2CO3 (272 mg, 0.834 mmol) in toluene (1 mL) was stirred at 100 ℃for 3 h, before it was cooled to rt. The resulting mixture was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (FA salt, 8.12 mg, 9%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.45 –8.44 (m, 1H) , 8.04 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 7.10 –7.05 (m, 3H) , 6.82 –6.77 (m, 2H) , 6.55 –6.47 (m, 3H) , 5.96 (d, J = 5.6 Hz, 1H) , 4.40 –4.35 (m, 1H) , 3.92 -3.87 (m, 1H) , 2.76 (d, J = 4.8 Hz, 3H) , 2.30 –2.20 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 297.2 [M+H] +.
Example B47. Synthesis of (3, 4-dichlorophenyl) (1-phenyl-1, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) methanone (B-067)
B-067 (16.6 mg, 10%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-064 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.75 –7.71 (m, 2H) , 7.46 (t, J = 6.0 Hz, 1H) , 7.14 –7.11 (m, 2H) , 6.63 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.51 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 4.58 –4.44 (m, 1H) , 3.65 –3.62 (m, 2H) , 3.52 –3.44 (m, 1H) , 3.09 –3.05 (m, 1H) , 2.78 –2.73 (m, 1H) , 2.18 –2.10 (m, 4H) , 1.77 –1.64 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 375.0 [M+H] +.
Example B48 and B49.3, 4-Dichloro-N- ( (1-phenylazetidin-3-yl) methyl) benzamide (B-068) and 3, 4-Dichloro-N- (3-hydroxy-2- ( (phenylamino) methyl) propyl) benzamide (B-069)
B-068 and B-069 were synthesized following the procedures for preparing B-064.
B-068 (12.1 mg, 2%yield over 3 steps) was obtained as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.82 (t, J = 5.6 Hz, 1H) , 8.06 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.82 (dd, J = 8.4, 2.0 Hz, 1H) , 7.76 (d, J =8.4 Hz, 1H) , 7.17 –7.13 (m, 2H) , 6.65 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.40 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 3.85 (d, J = 7.2 Hz, 2H) , 3.57 –3.53 (m, 4H) , 2.91 –2.88 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 335.1 [M+H] +.
B-069 (14.4 mg, 2%yield over 3 steps) was obtained as a grey solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.20 –8.12 (m, 1H) , 7.93 (d, J = 8.4Hz, 1H) , 7.83 (d, J = 8.4Hz, 1H) , 7.20 (brs, 2H) , 7.11 –7.05 (m, 2H) , 6.61 (d, J =8.0 Hz, 1H) , 6.53 (t, J =7.6 Hz, 1H) , 5.80 (brs, 1H) , 4.36 (d, J = 4.8 Hz, 2H) , 3.20 (s, 3H) , 2.98 (s, 2H) , 2.39 –2.30 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 353.0 [M+H] +.
Example B50. N-methyl-2- (2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) isonicotinamide (B-070)
B-070 (FA salt, 2.85 mg, 2%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-066 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.51 (s, 1H) , 8.15 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 7.19 –7.15 (m, 2H) , 6.88 (d, J = 5.2 Hz, 2H) , 6.80 (s, 1H) , 6.68 (t, J = 7.2 Hz, 2H) , 6.45 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 3.78 (s, 4H) , 3.65 (s, 2H) , 3.52 –3.48 (m, 2H) , 2.76 (s, 3H) , 2.26 –2.23 (m, 2H) . MS (ESI) m/z =323.3 [M+H] +.
Example B51. (4-Chloro-3-hydroxyphenyl) (2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) methanone (B-071)
B-071 (28.1 mg, 31%yield) was synthesized following the procedure for step 3 of preparing B-064 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 10.4 (s, 1H) , 7.38 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.17 -7.09 (m, 3H) , 6.97 (s, 1H) , 6.71 –6.63 (m, 1H) , 6.44 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.39 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 3.85 –3.63 (m, 4H) , 3.61 –3.47 (m, 4H) , 2.20 –2.07 (m, 2H) , MS (ESI) m/z = 343.0 [M+H] +.
Example B52. N-methyl-2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (B-072)
Step 1. Synthesis of 2-chloro-N-methylisonicotinamide
To a solution of 2-chloroisonicotinic acid (3.00 g, 19.0 mmol) , HATU (10.9 g, 28.6 mmol) and DIEA (12.3 g, 95.2 mmol) in DMF (30 mL) was added methanamine hydrochloride (3.86 g, 57.1 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (150 mL) and extracted with EtOAc (150 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (300 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%TFA) to provide the title compound (750 mg, 23%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 171.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N-methyl-2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of 2-chloro-N-methylisonicotinamide (50 mg, 0.297 mmol) , 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (50 mg, 0.247 mmol) , Xantphos (14 mg, 0.0247 mmol) , Pd2 (dba) 3 (23 mg, 0.0247 mmol) and Cs2CO3 (161 mg, 0.494 mmol) in toluene (1 mL) was stirred at 100℃ for 2 h, before it was cooled to rt. The mixture was concentrated in vacuo. The residue was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (4.90 mg, 6%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.72 (s, 1H) , 8.10 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 7.18 –7.12 (m, 3H) , 7.03 –7.02 (m, 1H) , 6.59 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.53 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 3.66 (t, J = 6.4 Hz, 2H) , 3.57 –3.50 (m, 2H) , 3.39 –3.32 (m, 2H) , 3.25 (d, J = 9.2 Hz, 2H) , 2.79 (s, 3H) , 2.13 –2.04 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 337.2 [M+H] +.
Example B53. (3, 4-Dichlorophenyl) ( (1R, 5S) -6-phenyl-3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) methanone (B-073)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (1R, 5S) -3- (3, 4-dichlorobenzoyl) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptane-6-carboxylate
To a solution of 3, 4-dichlorobenzoic acid (482 mg, 2.52 mmol) , HATU (1.92 g, 5.05 mmol) and DIEA (977 mg, 7.57 mmol) in DMF (1 mL) was added tert-butyl (1R, 5S) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptane-6-carboxylate (500 mg, 2.52 mmol) . The mixture was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (20 mL) and extracted with EtOAc (20 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (40 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (600 mg, 64%yield) as a colourless oil. MS (ESI) m/z = 315.0 [M+H-56] +.
Step 2. Synthesis of ( (1R, 5S) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) (3, 4-dichlorophenyl) methanone
A solution of tert-butyl (1R, 5S) -3- (3, 4-dichlorobenzoyl) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptane-6-carboxylate (600 mg, 1.62 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 600 mg) as a colorless oil, which was used in the next step directly. MS (ESI) m/z = 270.9 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (3, 4-dichlorophenyl) ( (1R, 5S) -6-phenyl-3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) methanone
A solution of ( (1R, 5S) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) (3, 4-dichlorophenyl) methanone (crude, 100 mg) , bromobenzene (233 mg, 1.48 mmol) , Xantphos (22 mg, 0.038 mmol) , Pd2 (dba) 3 (34 mg, 0.0372 mmol) and Cs2CO3 (362 mg, 1.11 mmol) in toluene (1 mL) was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (8.35 mg, 9%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.64 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.22 –7.12 (m, 2H) , 7.04 –7.01 (m, 1H) , 7.53 (t, J = 13.6, 2 Hz, 1H) , 3.68 (dd, J = 12, 2.4 Hz, 1H) , 6.59 –6.57 (m, 2H) , 4.37 –4.35 (m, 1H) , 4.22 –4.20 (m, 1H) , 4.99 (dd, J = 8.4 Hz, 1H) , 3.71 –3.52 (m, 2H) , 3.44 –3.37 (m, 2H) , 2.66 –2.57 (m, 1H) , 1.65 (d, J = 8.4 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 347.0 [M+H] +.
Example B54. (3, 4-Dichlorophenyl) (6- (phenylamino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) methanone (B-074)
B-074 (1.45 mg, 3%yield) was synthesized following the procedure for step 3 of preparing B-071 as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.83 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 7.75 –7.70 (m, 1H) , 7.62 –7.58 (m, 1H) , 7.07 –7.03 (m, 2H) , 6.54 –6.46 (m, 2H) , 5.82 –5.79 (m, 1H) , 4.41 (s, 1H) , 4.29 (s, 1H) , 4.13 (s, 1H) , 4.01 (s, 1H) , 3.72 –3.67 (m, 1H) , 2.70 –2.60 (m, 2H) , 2.03 –1.99 (m, 2H) . MS (ESI) m/z =402.2 [M+H+CH3CN] +.
Example B55. N-methyl-2- ( (trans-4- (phenylamino) cyclohexyl) amino) isonicotinamide (B-075)
B-075 (TFA salt, 6.97 mg, 2%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-066 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.97 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 7.27 –7.23 (m,3H) , 7.03 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 6.90 –6.88 (m, 3H) , 3.53 –3.51 (m, 1H) , 3.36 –3.33 (m, 1H) , 2.79 (s, 3H) , 2.03 –2.01 (m, 4H) , 1.46 –1.33 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 325.1 [M+H] +.
Example B56. N-methyl-2- (4-phenyl-1-oxa-4, 9-diazaspiro [5.5] undecan-9-yl) isonicotinamide (B-076)
B-076 (6.43 mg, 1%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-066 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.54 (d, J = 4.4 Hz, 1H) , 8.42 (s, 1H) , 8.18 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 7.22 –7.16 (m, 3H) , 6.96 –6.92 (m, 3H) , 6.79 –6.76 (m, 1H) , 3.98 –3.95 (m, 2H) , 3.83 –3.81 (m, 2H) , 3.26 –3.25 (m, 2H) , 3.10 –3.08 (m, 2H) , 3.03 (s, 2H) , 2.77 (d, J = 4.4 Hz, 3H) , 1.93 (d, J =13.6 Hz, 2H) , 1.67 –1.60 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 367.2 [M+H] +.
Example B57. (3, 4-Dichlorophenyl) (4-phenyl-1-oxa-4, 9-diazaspiro [5.5] undecan-9-yl) methanone (B-077)
B-077 (11.2 mg, 11%yield) was synthesized following the procedure for step 3 of preparing B-064 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.73 –7.68 (m, 2H) , 7.40 (dd, J = 8.4 Hz, 1.6 Hz, 1H) , 7.22 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.93 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.79 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 4.21 –4.11 (m, 1H) , 3.83 –3.75 (m, 2H) , 3.37 –3.34 (m, 2H) , 3.20 –3.17 (m, 1H) , 3.08 –3.06 (m, 2H) , 3.02 –3.00 (m, 2H) , 2.04 –1.97 (m, 1H) , 1.93 –1.80 (m, 1H) , 1.66 –1.54 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 405.2 [M+H] +.
Example B58. N- (trans-3-acrylamidocyclobutyl) -3, 4-dichlorobenzamide (B-078)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (trans-3-acrylamidocyclobutyl) carbamate
To a solution of tert-butyl (trans-3-aminocyclobutyl) carbamate (100 mg, 0.537 mmol) and Et3N (162 mg, 1.60 mmol) in DCM (1 mL) was added acryloyl chloride (58 mg, 0.641 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at this temperature for 1 h, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (80 mg, 62%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 263.2 [M+Na] +.
Step 2. Synthesis of N- (trans-3-aminocyclobutyl) acrylamide
A solution of tert-butyl (trans-3-acrylamidocyclobutyl) carbamate (80 mg, 0.333 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 80 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 141.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N- (trans-3-acrylamidocyclobutyl) -3, 4-dichlorobenzamide
To a solution of 3, 4-dichlorobenzoic acid (55 mg, 0.288 mmol) , HATU (103 mg, 0.271 mmol) and DIEA (220 mg, 1.71mmol) in DMF (1 mL) was added N- (trans-3-aminocyclobutyl) acrylamide (crude, 80 mg) . The mixture was stirred at rt for 2 h, before it was diluted with water (3 mL) and extracted with EtOAc (3 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (6 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (0.83 mg, 1%yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.93 (d, J =6.8 Hz, 1H) , 8.52 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 8.12 (s, 1H) , 7.86 –7.75 (m, 2H) , 6.24 –6.06 (m, 3H) , 5.61 –5.58 (m, 2H) , 2.41 –2.23 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 313.0 [M+H] +.
Example B59. (3, 4-Dichlorophenyl) ( (1R, 4R) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptan-2-yl) methanone (B-079)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (1R, 4R) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptane-2-carboxylate
A solution of tert-butyl (1R, 4R) -2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptane-2-carboxylate (140 mg, 0.706 mmol) , bromobenzene (433 mg, 2.82 mmol) , Xantphos (41 mg, 0.071 mmol) , Pd2 (dba) 3 (65 mg, 0.071 mmol) and t-BuONa (203 mg, 2.11 mmol) in toluene (1 mL) was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (120 mg, 62%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z =573.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (1R, 4R) -2-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptane
A solution of tert-butyl (1R, 4R) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptane-2-carboxylate (120 mg, 0.437 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h. The mixture was concentrated in high vacuum to give a residue, which was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to give the title compound (50 mg, 66%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 175.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (3, 4-dichlorophenyl) ( (1R, 4R) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptan-2-yl) methanone
To a solution of 3, 4-dichlorobenzoic acid (27 mg, 0.141 mmol) , HATU (109 mg, 0.287 mmol) , DIEA (55 mg, 0.426 mmol) in DMF (1 mL) was added (1R, 4R) -2-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptane (25 mg, 0.143 mmol) . The mixture was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (14 mg, 28%yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.59 –8.56 (m, 2H) , 7.51 –7.45 (m, 1H) , 7.20 –7.08 (m, 2H) , 6.66 –6.54 (m, 3H) , 4.86 –4.39 (m, 2H) , 3.71 –3.52 (m, 2H) , 3.42 –3.39 (m, 1H) , 3.22 –3.13 (m, 1H) , 1.24 –1.19 (m, 2H) . MS (ESI) m/z =347.0 [M+H] +.
Example B60. N-Methyl-2- ( (1R, 4R) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptan-2-yl) isonicotinamide (B-080)
A solution of (1R, 4R) -2-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptane (TFA salt, 200 mg, 0.694 mmol) , 2-fluoro-N-methylisonicotinamide (107 mg, 1.14 mmol) and Et3N (70.0 mg, 0.693 mmol) in DMSO (1 mL) was stirred at 100 ℃for 16 h, before it was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (15.5 mg, 7%yield) as a pale-yellow oil. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.58 (brs, 1H) , 8.70 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 7.23 (s, 1H) , 7.15 –7.10 (m, 2H) , 6.97 (s, 1H) , 6.91 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 6.61 –6.58 (m, 2H) , 4.96 (s, 1H) , 4.68 (s, 1H) , 3.65 –3.60 (m, 2H) , 3.39 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 3.03 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 2.76 (d, J = 4.8 Hz, 3H) , 2.12 –2.05 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 309.2 [M+H] +.
Example B61. N-Methyl-2- ( ( (1-phenylazetidin-3-yl) methyl) amino) pyrimidine-4-carboxamide (B-081)
B-081 (17.9 mg, 10%yield) was synthesized following the procedure for B-080 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.59 (brs, 1H) , 8.46 (s, 1H) , 7.61 (brs, 1H) , 7.14 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 7.05 (d, J = 4.8 Hz, 1H) , 6.64 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.39 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 3.84 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 3.66 (brs, 2H) , 3.56 (t, J = 5.2 Hz, 2H) , 2.99 –2.89 (m, 1H) , 2.80 (d, J = 4.8 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z =298.3 [M+H] +.
Example B62. N-Methyl-2- ( (1R, 5S) -6-phenyl-3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) isonicotinamide (B-082)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (1R, 5S) -3- (4- (methylcarbamoyl) pyridin-2-yl) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptane-6-carboxylate
A solution of tert-butyl (1R, 5S) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptane-6-carboxylate (100 mg, 0.504 mmol) , 2-fluoro-N-methylisonicotinamide (78 mg, 0.506 mmol) and Et3N (153 mg, 1.51 mmol) in DMSO (2 mL) was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt, and diluted with water (10 mL) . The mixture was extracted with EtOAc (20 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (40 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (60 mg, 36%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 333.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 2- ( (1R, 5S) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) -N-methylisonicotinamide
A solution of tert-butyl (1R, 5S) -3- (4- (methylcarbamoyl) pyridin-2-yl) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptane-6-carboxylate (60 mg, 0.731 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 60 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 233.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N-methyl-2- ( (1R, 5S) -6-phenyl-3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) isonicotinamide
A solution of 2- ( (1R, 5S) -3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) -N-methylisonicotinamide (crude, 30 mg) , phenylboronic acid (15 mg, 0.124 mmol) , Cu (OAc) 2 (6 mg, 0.033 mmol) and Et3N (13 mg, 0.129 mmol) in DCE (2 mL) was stirred at 65 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt. The mixture was filtered and concentrated in vacuo, and the resulted residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (2.20 mg, 18%yield) as a pale-yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ8.50 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 8.10 (d, J = 4.8 Hz, 1H) , 7.12 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.88 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 6.82 (s, 1H) , 6.29 (d, J = 7.2 Hz, 3H) , 4.47 (d, J = 5.2 Hz, 2H) , 3.91 (d, J = 15.6 Hz, 2H) , 3.43 (d, J = 12 Hz, 2H) , 2.74 (d, J = 4.4 Hz, 3H) , 2.71 -2.68 (m, 1H) , 1.66 (d, J = 8.4 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 309.2 [M+H] +.
Example B63. N-methyl-2- (6- (phenylamino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) isonicotinamide (B-083)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6- (phenylamino) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
A mixture of bromobenzene (300 mg, 1.91 mmol) , tert-butyl 6-amino-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (406 mg, 1.91 mmol) , Pd2 (dba) 3 (175 mg, 0.191 mmol) , Xantphos (111 mg, 0.191 mmol) and Cs2CO3 (1.87 g, 5.73 mmol) in toluene (3 mL) was stirred at 100 ℃ for 5 h, before it was cooled to rt, diluted with water (20 mL) and extracted with DCM (10 mL × 3) . The organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (290 mg, 53%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 289.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N-phenyl-2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine
A solution of tert-butyl 6- (phenylamino) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (290 mg, 1.01 mmol) and TFA (3 mL) in DCM (3 mL) was stirred at rt for 2 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 290 mg) as a colorless oil. MS (ESI) m/z = 189.1 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N-methyl-2- (6- (phenylamino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) isonicotinamide
A solution of N-phenyl-2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine (crude, 250 mg) in toluene (5 mL) were added 2-chloro-N-methylisonicotinamide (148 mg, 1.01 mmol) and Et3N (263 mg, 3.03 mmol) . The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and purified by prep-HPLC (0.1%NH4OH) to provide the title compound (38.0 mg, 12%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO- d6) δ 8.52 (d, J = 4.0 Hz, 1H) , 8.13 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 7.08 –7.04 (m, 2H) , 6.94 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 6.69 (s, 1H) , 6.54 –6.49 (m, 3H) , 5.84 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 4.04 (s, 2H) , 3.92 (s, 2H) , 3.79 –3.73 (m, 1H) , 2.76 (d, J = 4.4 Hz, 3H) , 2.69 –2.63 (m, 2H) , 2.08 –2.03 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 323.2 [M+H] +.
Example B64. N-Methyl-2- (6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) isonicotinamide (B-084)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
A solution of tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (300 mg, 1.51 mmol) , bromobenzene (355 mg, 2.26 mmol) , BINAP (94.0 mg, 0.151 mmol) , Pd2 (dba) 3 (55 mg, 0.0602 mmol) , Et3N (244 mg, 2.41 mmol) and t-BuONa (723 mg, 7.53 mmol) in toluene (3 mL) was stirred at 120 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (200 mg, 48%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 275.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane
A solution of tert-butyl 6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (50 mg, 0.182 mmol) and TFA (3 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 50 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 175.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N-methyl-2- (6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) isonicotinamide 
A solution of 2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane (crude, 50 mg) , 2-fluoro-N-methylisonicotinamide (28 mg, 0.182 mmol) and Et3N (55 mg, 0.546 mmol) in DMSO (1 mL) was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (15.8 mg, 28%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.57 –8.56 (m, 1H) , 8.16 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 7.18 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.99 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 6.76 (s, 1H) , 6.69 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.45 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 4.17 (s, 4H) , 3.99 (s, 4H) , 2.77 (d, J = 4.8 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 309.2 [M+H] +.
Example B65. (3, 4-Dichlorophenyl) ( (1S, 4S) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptan-2-yl) methanone (B-085)
B-085 (17.9 mg, 9%yield over 3 steps) as synthesized following the procedures for preparing B-079 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.76 –7.74 (m, 1H) , 7.64 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.48 (t, J = 10.0 Hz, 1H) , 7.18 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 7.11 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.65 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.60 –6.56 (m, 1H) , 4.86 –4.59 (m, 1H) , 4.55 –4.39 (m, 1H) , 3.70 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 3.61 –3.52 (m, 2H) , 3.22 –3.13 (m, 1H) , 2.07 –1.92 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 347.0 [M+H] +.
Example B66. N-Methyl-2- ( (1S, 4S) -5-phenyl-2, 5-diazabicyclo [2.2.1] heptan-2-yl) isonicotinamide (B-086)
B-086 (10.4 mg, 12%yield) was synthesized following the procedures for preparing B-080 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.48 –8.47 (m, 1H) , 8.09 (d, J = 5.6 Hz, 1H) , 7.12 (t, J =7.6 Hz, 2H) , 6.85 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 6.78 (s, 1H) , 6.59 –6.56 (m, 3H) , 4.89 (s, 1H) , 4.63 (s, 1H) , 3.62 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 3.55 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 3.43 –3.40 (m, 1H) , 2.98 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 2.74 (d, J = 4.4 Hz, 3H) , 2.08 –2.03 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 309.2 [M+H] +.
Example B67. 3, 4-Dichloro-N- ( (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) benzamide (B-087)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (1R, 5S, 6s) -6- ( ( (benzyloxy) carbonyl) amino) -3-azabicyclo [3.1.0] hexane-3-carboxylate
A solution of tert-butyl (1R, 5S, 6s) -6-amino-3-azabicyclo [3.1.0] hexane-3-carboxylate (200 mg, 1.01 mmol) , CbzCl (189 mg, 1.11 mmol) and DIEA (390 mg, 3.02 mmol) in DCM (2 mL) was stirred at rt for 4 h, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (160 mg, 49%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 333.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of benzyl ( (1R, 5S, 6s) -3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) carbamate
A solution of tert-butyl (1R, 5S, 6s) -6- ( ( (benzyloxy) carbonyl) amino) -3-azabicyclo [3.1.0] hexane-3-carboxylate (160 mg, 0.731 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 160 mg) as a white solid, which was used in the next step without further purification. MS (ESI) m/z = 233.0 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of benzyl ( (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) carbamate
A mixture of benzyl ( (1R, 5S, 6s) -3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) carbamate (crude, 160 mg, ) , phenylboronic acid (167 mg, 1.38 mmol) , Cu (OAc) 2 (25 mg, 0.138 mmol) and Et3N (130 mg, 1.29 mmol) in DCE (2 mL) was stirred at 65 ℃ for 16 h under O2 atmosphere, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc =3: 1) to provide the title compound (20 mg, 14%yield over 2 steps) as a pale-yellow solid. MS (ESI) m/z =309.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-amine
A solution of benzyl ( (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) carbamate (20 mg, 0.731 mmol) , Pd/C (10 mg, 0.896 mmol) in MeOH (2 mL) was stirred at rt for 16 h under H2 atmosphere, before it was filtered and concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 20 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 175.2 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of 3, 4-dichloro-N- ( (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) benzamide
To a solution of 3, 4-dichlorobenzoic acid (24 mg, 0.126 mmol) , HATU (69 mg, 0.126 mmol) and DIEA (48 mg, 0.372 mmol) in DMF (2 mL) was added (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-amine (crude, 20 mg) . The reaction mixture was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (1.0 mg, 4%yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.75 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 8.10 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 7.90 –7.68 (m, 3H) , 7.18 –7.14 (m, 2H) , 6.65 –6.55 (m, 3H) , 3.61 (d, J = 9.6 Hz, 2H) , 3.21 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 2.01 –1.93 (m, 1H) , 1.27 –1.16 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 251.0 [M+H] +.
Example B68. N-methyl-2- ( ( (1R, 5S, 6s) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-yl) amino) isonicotinamide (B-088)
B-088 (59.2 mg, 18%yield) was synthesized following the procedures for preparing B-080 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.56 (s, 1H) , 7.39 –7.30 (m, 4H) , 7.16 –7.12 (m, 2H) , 6.63 –6.60 (m, 1H) , 6.53 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 3.52 (d, J = 9.6 Hz, 2H) , 3.17 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 2.33 (s, 1H) , 1.80 (s, 2H) , 1.24 (s, 3H) . MS (ESI) m/z = 309.1 [M+H] +.
Example B69. 4- (6- ( (1R, 5S) -6-phenyl-3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-089)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
A mixture of tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (300 mg, 1.51 mmol) , bromobenzene (100 mg, 0.637 mmol) , BINAP (45 mg, 0.0723 mmol) , Pd2 (dba) 3 (30 mg, 0.0328 mmol) , t-BuONa (355 mg, 3.70 mmol) and Et3N (355 mg, 3.51 mmol) in toluene (4 mL) was stirred at 120 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (230 mg, 55%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 275.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane
A solution of tert-butyl 6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (230 mg, 0.838 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 230 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 175.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (4-chloro-3-hydroxyphenyl) (6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) methanone
To a solution of 4-chloro-3-hydroxybenzoic acid (125 mg, 0.727 mmol) , HATU (380 mg, 0.991 mmol) , DIEA (256 mg, 1.98 mmol) in DMF (1 mL) was added 2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptane (crude, 115 mg) . The mixture was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (7.80 mg, 4%yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 10.54 (brs, 1H) , 7.39 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 7.25 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.18 –7.14 (m, 2H) , 7.07 –7.04 (m, 1H) , 6.70 –6.63 (m, 1H) , 3.76 –3.70 (m, 4H) , 6.42 (d, J = 7.6 Hz, 2H) 4.41 (s, 2H) , 4.22 (s, 2H) , 3.94 (d, J = 2.8 Hz, 4H) . MS (ESI) m/z = 329.0 [M+H] +.
Example B70. 1- (6- (2- (piperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-090)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- (4- (6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyrimidin-2-yl) piperazine-1-carboxylate
A solution of tert-butyl 4- (4-chloropyrimidin-2-yl) piperazine-1-carboxylate (70 mg, 0.235 mmol) , 1- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (36 mg, 0.235 mmol) and HCl (2 M in 1, 4-dioxane, 1 drop) in EtOH (2 mL) was stirred at 90 ℃ for 3 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 0: 1) to provide the title compound (35 mg, 36%yield) as a pale-yellow solid. MS (ESI) m/z = 415.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 1- (6- (2- (piperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one
A solution of tert-butyl 4- (4- (6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyrimidin-2-yl) piperazine-1-carboxylate (50 mg, 0.085 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (FA salt, 4.4 mg, 15%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CD3OD-d4) δ 7.79 –7.75 (m, 1H) , 6.36 –6.26 (m, 2H) , 6.11 –6.07 (m, 1H) , 5.77 –5.74 (m, 1H) , 4.52 (s, 2H) , 4.44 –4.41 (m, 4H) , 4.26 (s, 2H) , 3.99 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 3.37 (t, J = 5.2 Hz, 4H) . MS (ESI) m/z = 315.3 [M+H] +.
Example B71. 1- (6- (4-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-091)
Step 1. Synthesis of 4- (2-chloropyridin-4-yl) morpholine
A solution of 2, 4-dichloropyridine (1.00 g, 6.76 mmol) , morpholine (706 mg, 8.11 mmol) and Et3N (2.05 g, 20.3 mmol) in EtOH (10 mL) was stirred at rt for 4 h, before it was concentrated in vacuo and purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (400 mg, 30%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 199.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 6- (4-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
A solution of 4- (2-chloropyridin-4-yl) morpholine (220 mg, 1.11 mmol) , tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (264 mg, 1.33 mmol) , Xantphos (64 mg, 0.0111mmol) , Pd2 (dba) 3 (101 mg, 0.111 mmol) and Cs2CO3 (1.08 g, 3.32 mmol) in 1, 4-dioxane (10 mL) was stirred at 100 ℃ for 5 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (100 mg, 25%yield) as a pale-yellow solid. MS (ESI) m/z = 361.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 4- (2- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyridin-4-yl) morpholine
A solution of tert-butyl 6- (4-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (100 mg, 0.228 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 100 mg) as a pale-yellow solid, which was used in the next step without further purification. MS (ESI) m/z = 261.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (6- (4-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of 4- (2- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyridin-4-yl) morpholine (50 mg, crude) and Et3N (58 mg, 0.577 mmol) in DCM (1 mL) was added acryloyl chloride (21 mg, 0.232 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (10 mg, 23%yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.68 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.06 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.33 –6.26 (m, 1H) , 6.13 –6.08 (m, 1H) , 5.70 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 5.70 –5.67 (m, 3H) , 4.43 (s, 2H) , 4.27 (s, 4H) , 4.14 (s, 2H) , 3.70 –3.68 (m, 4H) , 3.54 –3.52 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 315.2 [M+H] +.
Example B72. 1- (6- (6-Morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-092)
B-092 (0.61 mg, 0.03%yield over 4 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-097 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.31 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.32 –6.25 (m, 1H) , 6.12 –6.05 (m, 2H) , 5.72 –5.66 (m, 2H) , 4.38 (s, 2H) , 4.09 (s, 2H) , 3.99 (s, 6H) , 3.66 (t, J = 4.4 Hz, 6H) . MS (ESI) m/z = 315.2 [M+H] +.
Example B73. N- (1- (2-Morpholinopyrimidin-4-yl) azetidin-3-yl) acrylamide (B-093)
B-093 (3 mg, 3%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for step 1, steps 3 and 4 of B-091 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.84 –8.83 (m, 1H) , 7.87 –7.86 (m, 1H) , 6.25 –6.11 (m, 2H) , 5.92 –5.91 (m, 1H) , 5.67 –5.65 (m, 1H) , 4.66 (s, 1H) , 4.35 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 3.94 (s, 2H) , 3.64 (s, 8H) . MS (ESI) m/z = 290.2 [M+H] +.
Example B74. 1- (4- (6-Morpholinopyridin-2-yl) piperazin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-094)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- (6-chloropyridin-2-yl) piperazine-1-carboxylate
A solution of 2, 6-dichloropyridine (1.00 g, 6.76 mmol) , tert-butyl piperazine-1-carboxylate (1.26 g, 6.76 mmol) and Cs2CO3 (6.60 g, 20.3 mmol) in DMSO (10 mL) was stirred at 110 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (400 mg, 20%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 298.1 [M+H] +.
Steps 2 to 4. Synthesis of 1- (4- (6-morpholinopyridin-2-yl) piperazin-1-yl) prop-2-en-1-one
B-094 was synthesized following the procedures for steps 2 to 4 of B-091 (7.03 mg, 2%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.36 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.87 –6.80 (m, 1H) , 6.15 –6.09 (m, 3H) , 5.71 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 3.69 –3.64 (m, 12H) , 3.45 (s, 4H) . MS (ESI) m/z =303.2 [M+H] +.
Example B75. 1- (6- (4-Morpholinopyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-095)
B-095 was synthesized following the procedures for step 1, steps 3 and 4 of B-091 (31.1 mg, 2%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.91 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.53 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.32 –6.25 (m, 1H) , 6.09 (dd, J = 16.8, 2.4 Hz, 1H) , 5.67 (dd, J = 10.0, 2.4 Hz, 1H) , 4.41 (s, 2H) , 4.30 (s, 4H) , 4.12 (s, 2H) , 3.75 (s, 4H) , 3.68 –3.66 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 316.2 [M+H] +.
Example B76. N- (1- (5-Morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-yl) azetidin-3-yl) acrylamide (B-096)
Step 1. Synthesis of 4- (3-chloro-1, 2, 4-thiadiazol-5-yl) morpholine 
A solution of 3, 5-dichloro-1, 2, 4-thiadiazole (500 mg, 3.23 mmol) , morpholine (281 mg, 3.23 mmol) and Et3N (979 mg, 9.69 mmol) in EtOH (5 mL) was stirred at rt for 16 h, before it was diluted with water (200 mL) and extracted with EtOAc (100 mL × 3) . The organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 1: 1) to provide the title compound (400 mg, 60%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z =205.8 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl (1- (5-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-yl) azetidin-3-yl)carbamate
A solution of 4- (3-chloro-1, 2, 4-thiadiazol-5-yl) morpholine (400 mg, 1.94 mmol) , tert-butyl azetidin-3-ylcarbamate (401 mg, 2.33 mmol) and DIEA (752 mg, 5.82 mmol) in NMP (4 mL) was stirred at 100℃ for 2 h, before it was cooled to rt. The mixture was diluted with water (50 mL) and extracted with EtOAc (50 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (250 mg, 38%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 342.1 [M+H] +.
Steps 3 to 4. Synthesis of N- (1- (5-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-yl) azetidin-3-yl) acrylamide
B-096 (4.7 mg, 0.8%yield over 2 steps) was synthesized following the procedures for steps 3 to 4 of B-091 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.73 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 6.23 –6.08 (m, 2H) , 5.64 (dd, J = 10.0, 2.4 Hz, 1H) , 4.64 –4.59 (m, 1H) , 4.20 (t, J = 8.0 Hz, 2 H) , 3.80 (dd, J = 8.4, 5.6 Hz, 2H) , 3.66 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.37 (t, J = 4.8 Hz, 4H) . MS (ESI) m/z = 296.2 [M+H] +.
Example B77. N- (1- (6-morpholinopyridin-2-yl) azetidin-3-yl) acrylamide (B-097)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (1- (6-chloropyridin-2-yl) azetidin-3-yl) carbamate
To a solution of 2, 6-dichloropyridine (2.00 g, 13.5 mmol) , bromobenzene (2.33 g, 13.5 mmol) and DIEA (3.49 g, 27.0 mmol) in DMF (20 mL) was stirred at 80 ℃ for 2 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc =10:1) to provide the title compound (1.10 g, 29%yield) as a white solid.
Step 2. Synthesis of tert-butyl (1- (6-morpholinopyridin-2-yl) azetidin-3-yl) carbamate
A solution of tert-butyl (1- (6-chloropyridin-2-yl) azetidin-3-yl) carbamate (100 mg, 0.352 mmol) , morpholine (61 mg, 0.705 mmol) , Xantphos (20 mg, 0.035 mmol) , Pd2 (dba) 3 (32 mg, 0.352 mmol) and Cs2CO3 (344 mg, 1.06 mmol) in 1, 4-dioxane (1 mL) was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt, diluted with water (50 mL) and extracted with EtOAc (50 mL × 3) . The organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (86 mg, 73%yield) as a white solid.
Step 3. Synthesis of 1- (6-morpholinopyridin-2-yl) azetidin-3-amine
A solution of tert-butyl (1- (6-morpholinopyridin-2-yl) azetidin-3-yl) carbamate (40 mg, 0.120 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (3 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 40 mg) as a pale-yellow solid, which was used in the next step directly. MS (ESI) m/z = 235.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of N- (1- (6-morpholinopyridin-2-yl) azetidin-3-yl) acrylamide
To a solution of 1- (6-morpholinopyridin-2-yl) azetidin-3-amine (crude, 40 mg) and Et3N (52 mg, 0.447 mmol) in DCM (1 mL) was added acryloyl chloride (15 mg, 0.149 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, before it was concentrated in vacuo and purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (1.5 mg, 4%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.74 –8.72 (m, 1H) , 7.32 (t, J = 9.6 Hz, 1H) , 6.20 –6.06 (m, 3H) , 5.75 –5.62 (m, 2H) , 4.65 –4.60 (m, 1H) , 4.14 (t, J = 9.2 Hz, 4H) , 3.66 –3.42 (m, 8H) . MS (ESI) m/z = 289.2 [M+H] +.
Example B78. 1- (4- (4-Morpholinopyrimidin-2-yl) -1, 4-diazepan-1-yl) prop-2-en-1-one (B-098)
Step 1. Synthesis of 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine
A solution of 2, 4-dichloropyrimidine (5.00 g, 33.8 mmol) , morpholine (1.62 g, 18.6 mmol) and Et3N (6.83 g, 67.6 mmol) in EtOH (50 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (500 mL) and extracted with EtOAc (200 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine (200 mL × 2) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (2.0 g, 54%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 200.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 4- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -1, 4-diazepane-1-carboxylate
A solution of 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (1.00 g, 5.03 mmol) , tert-butyl 1, 4-diazepane-1-carboxylate (1.01 g, 5.03 mmol) and Et3N (1.02 g, 10.1 mmol) in EtOH (10 mL) was stirred at 70 ℃ for 1 h, before it was diluted with water (300 mL) and extracted with EtOAc (100 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine (200 mL × 2) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 10: 1) to provide the title compound (1.00 g, 55%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 364.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 4- (2- (1, 4-diazepan-1-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine
A solution of tert-butyl 4- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -1, 4-diazepane-1-carboxylate (500 mg, 1.38 mmol) in DCM (3 mL) and TFA (3 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 500 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 264.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (4- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -1, 4-diazepan-1-yl) prop-2-en-1-one 
A solution of 4- (2- (1, 4-diazepan-1-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (200 mg, 0.760 mmol) , acryloyl chloride (137 mg, 1.52 mmol) and Et3N (154 mg, 1.52 mmol) in DCM (2 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3 . H2O) to provide the title compound (17.0 mg, 7%yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.88 (dd, J = 8.0, 6.0 Hz, 1H) , 6.77 –6.65 (m, 1H) , 6.15 –5.97 (m, 2H) , 5.59 (dd, J = 10.4, 2.0 Hz, 1H) , 3.80 –3.77 (m, 2H) , 3.76 –3.61 (m, 8H) , 3.49 –3.42 (m, 6H) , 1.80 –1.74 (m, 2H) . MS (ESI) m/z =318.2 [M+H] +.
Example B79. Synthesis of 1- (6- (4-morpholino-1, 3, 5-triazin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-099)
B-099 (118.79 mg, 36%yield over 4 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-098 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.14 (s, 1H) , 6.31 –6.24 (m, 1H) , 6.13 –6.10 (m, 1H) , 5.68 –5.66 (m, 1H) , 4.39 (s, 2H) , 4.24 (s, 4H) , 4.11 (s, 2H) , 3.68 (t, J = 4.0 Hz, 4H) , 3.49 (t, J = 4.0 Hz, 4H) . MS (ESI) m/z = 317.2 [M+H] +.
Example B80. N- (1- (3-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-5-yl) azetidin-3-yl) acrylamide (B-100) 
B-100 (0.74 mg, 0.1%yield over 4 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-098 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.87 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 6.23 –6.10 (m, 2H) , 5.66 (d, J = 9.6 Hz, 1H) , 4.78 –4.75 (m, 1H) , 4.33 (t, J = 8.4 Hz, 4H) , 3.94 (t, J = 6.4 Hz, 4H) , 3.63 –3.61 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 296.2 [M+H] +.
Example B81. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -5-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-amine (B-101)
Step 1. Synthesis of 4- (3-chloro-1, 2, 4-thiadiazol-5-yl) morpholine
To a solution of 3, 5-dichloro-1, 2, 4-thiadiazole (500 mg, 3.22 mmol) in DCM (5 mL) was added morpholine (280 mg, 3.22 mmol) and DIEA (830 mg, 6.44 mmol) . The mixture was stirred at rt for 2 h, before it was diluted with DCM. The resulting solution was washed with water and brine, dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (EtOAc /petroleum ether = 0-20%) to provide the title compound (600 mg, 91%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 206.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -5-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-amine
To a solution of 4- (3-chloro-1, 2, 4-thiadiazol-5-yl) morpholine (200 mg, 0.97 mmol) in toluene (3 mL) were added (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (190 mg, 0.97 mmol) , Pd (OAc) 2 (23 mg, 0.01 mmol) , BINAP (125 mg, 0.02 mmol) and t-BuONa (188 mg, 1.94 mmol) . The mixture was stirred at 85 ℃for 16 h under N2, before it was diluted with water and extracted with EtOAc, washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O/CH3CN) to provide the title compound (65 mg, 18%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 364.1 [M+H] +.
Example B82. (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -3-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-5-amine (B-102)
Step 1. Synthesis of (R) -3-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -1, 2, 4-thiadiazol-5-amine
To a solution of 3, 5-dichloro-1, 2, 4-thiadiazole (400 mg, 2.58 mmol) in DCM (5 mL) was added (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (320 mg, 2.58 mmol) and DIEA (532 mg, 5.16 mmol) . The mixture was stirred at 40 ℃ for 7 h, before it was diluted with DCM. The obtained solution was washed with water and brine, dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (EtOAc /petroleum ether = 0-30%) to provide the title compound (600 mg, 94%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 313.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -3-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-5-amine
To a solution of (R) -3-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -1, 2, 4-thiadiazol-5-amine (300 mg, 0.96 mmol) in DMF (4 mL) were added morpholine (167 mg, 1.92 mmol) and K2CO3 (265 mg, 1.92 mmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h, before it was diluted with water and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.1%NH4HCO3 in H2O and ACN) to provide the title compound (105 mg, 30%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 364.1 [M+H] +.
Example B83. 1- (2- (4-morpholinofuro [3, 2-d] pyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (B-103)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octane-2-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (3 g, 14.13 mmol) and DIEA (5.57 g, 43.06 mmol) in DCM (30 mL) was added prop-2-enoyl chloride (2 g, 22.10 mmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. Then the mixture was washed with water (50 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo to provide the desired product as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 6.29 -6.35 (m, 2H) , 5.58 -5.66 (m, 1H) , 3.74 -3.83 (m, 4H) , 3.61 (s, 2H) , 3.52 (t, J = 6.8 Hz, 2H) , 2.11 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 2.01 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 1.38 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of 1- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one
A solution of tert-butyl 6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (0.05 g, 187.73 μmol) in DCM (0.5 mL) was added TFA (154.00 mg, 1.35 mmol) dropwise at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h. Then the mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (50 mg, crude, TFA) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 6.33 -6.59 (m, 1H) , 6.02 -6.10 (m, 1H) , 5.54 -5.68 (m, 1H) , 4.03 -3.77 (m, 4H) , 3.70 (s, 1H) , 3.50 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 3.35 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 2.15 (t, J = 6.4 Hz, 1H) , 2.05 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 1.25 -1.18 (m, 2H) .
Step 3. Synthesis of 2-chloro-4-morpholinofuro [3, 2-d] pyrimidine
To a mixture of 2, 4-dichlorofuro [3, 2-d] pyrimidine (250 mg, 1.32 mmol) and morpholine (148.50 mg, 1.70 mmol, 150 μL) in iproheptine (3 mL) were added K2CO3 (550 mg, 3.98 mmol) , XPhos (50 mg, 104.88 μmol) and Pd2 (dba) 3 (80 mg, 87.36 μmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 100 ℃for 12 h, it was poured into water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layer were concentrated in vacuo to provide the desired product (200 mg, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 240.0 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (2- (4-morpholinofuro [3, 2-d] pyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one
A mixture of 1- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (700 mg, 2.50 mmol) and 2-chloro-4-morpholino-furo [3, 2-d] pyrimidine (0.2 g, 834.52 μmol) in DMSO (5 mL) was added K2CO3 (600 mg, 4.34 mmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 100 ℃ for 2 h, it was filtered, and filtrate was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (6.18 mg, 2%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.73 (t, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.47 -6.60 (m, 1H) , 6.11 -6.16 (m, 1H) , 5.65 -5.69 (m, 1H) , 3.82 -3.93 (m, 8H) , 3.69 -3.75 (m, 4H) , 3.61 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 3.56 (s, 1H) , 3.41 -3.45 (m, 2H) , 2.15 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 2.05 (t, J = 6.8 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 370.2 [M+H] +.
Example B84. 1- (2- (4- (piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (B-104)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- (2-chloropyridin-4-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of 4-bromo-2-chloro-pyridine (0.5 g, 2.60 mmol) and tert-butyl piperazine-1-carboxylate (500 mg, 2.68 mmol) in toluene (10 mL) were added sodium tert-butoxide (300 mg, 3.12 mmol) , Xantphos (100 mg, 172.83 μmol) and Pd2 (dba) 3 (50 mg, 146.75 μmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 85 ℃ for 12 h, it was poured into water (30 mL) and extracted with EtOAc (15 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo to give a crude residue, which was purified by flash silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 100: 1 to 1: 1) to provide the desired product (270 mg, 35%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 298.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 4- (2- (6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) pyridin-4-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 4- (2-chloropyridin-4-yl) piperazine-1-carboxylate (200 mg, 671.64 μmol) and 1- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (800 mg, 2.03 mmol) in dioxane (6 mL) were added Ruphos Pd G4 (100.00 mg, 117.59 μmol) and Cs2CO3 (1.50 g, 4.60 mmol) at 20 ℃ under N2. After the mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h, it was poured into water (50 mL) and extracted with EtOAc (15  mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (20 mg, 7%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 428.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 1- (2- (4- (piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of tert-butyl 4- (2- (6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) pyridin-4-yl) piperazine-1-carboxylate (20 mg, 46.78 μmol) in DCM (2 mL) was added TFA (46.20 mg, 405.18 μmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (66.7 mg, 93%yield) as a yellow gum. 1 HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 9.30 (s, 2H) , 7.76 -7.78 (m, 1H) , 6.61 -6.68 (m, 2H) , 6.12 -6.17 (m, 1H) , 5.84 -5.87 (m, 1H) , 5.66 -5.71 (m, 1H) , 4.08 -4.10 (m, 4H) , 3.71 -3.77 (m, 4H) , 3.61 -3.63 (m, 2H) , 3.41 -3.47 (m, 2H) , 3.15 -3.22 (m, 4H) , 2.21 -2.24 (m, 1H) , 2.12 -2.15 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 328.2 [M+H] +.
Example B85. 1- (2- (4- (piperazin-1-yl) pyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (B-105)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of 2, 4-dichloropyrimidine (0.5 g, 3.36 mmol) and tert-butyl piperazine-1-carboxylate (1 g, 5.37 mmol) in DCM (5 mL) was added DIEA (1.30 g, 10.05 mmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 20 ℃ for 12 h, it was poured into water (30 mL) and extracted with EtOAc (15 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by flash silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 100: 1 to 5: 1) to provide the desired product (700 mg, 69%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 299.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 4- (2- (6-acryloyl-2, 6-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) pyrimidin-4-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) piperazine-1-carboxylate (200 mg, 669.42 μmol) and 1- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (800 mg, 2.03 mmol) in DMSO (8 mL) was added K2CO3 (600 mg, 4.34 mmol) at 20 ℃. After the mixture was stirring at 100 ℃ for 2 h, it was filtered, and the filtrate was purified by reverse phase chromatography (0.1%TFA in H2O) to afford a crude residue. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (60 mg, 21%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 429.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 1- (2- (4- (piperazin-1-yl) pyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of tert-butyl 4- [2- (7-prop-2-enoyl-2, 7-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) pyrimidin-4-yl]piperazine-1-carboxylate (60 mg, 140.01 μmol) in DCM (1 mL) was added TFA (115.50 mg, 1.01  mmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (176 mg, 88%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 9.35 (s, 2H) , 7.92 -8.12 (m, 1H) , 6.42 -6.71 (m, 2H) , 6.05 -6.21 (m, 1H) , 5.56 -5.74 (m, 1H) , 4.09 -4.17 (m, 4H) , 3.90 -4.03 (m, 4H) , 3.77 -3.83 (s, 1H) , 3.58 -3.68 (m, 2H) , 3.38 -3.47 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 3.12 -3.23 (m, 4H) , 2.21 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 2.12 (t, J = 6.8 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 329.2 [M+H] +.
Example B86. 4- (6- (4-phenylhexahydropyrrolo [3, 2-b] pyrrol-1 (2H) -yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-106)
B-106 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (35.0 mg, 16%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.10 (s, 1H) , 7.19 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.61 -6.64 (m, 3H) , 5.65 (s, 1H) , 4.64 (s, 1H) , 4.38 -4.42 (m, 1H) , 3.40 -3.65 (m, 5H) , 3.45 -3.52 (m, 4H) , 3.22 -3.29 (m, 2H) , 1.96 -2.33 (m, 5H) . MS (ESI) m/z = 352.4 [M+H] +.
Example B87. 6-morpholino-N- (2- (1-phenylazetidin-3-yl) ethyl) pyrimidin-4-amine (B-107)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 3- (2- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) ethyl) azetidine-1-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 3- (2-aminoethyl) azetidine-1-carboxylate (1.00 g, 4.99 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (1.50 g, 7.49 mmol) in EtOH (30 mL) was added TEA (2.53 g, 24.9 mmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h, it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (120 mg, 7%yield) as an off-white oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.25 (s, 1H) , 8.02 (s, 1H) , 5.63 (s, 1H) , 4.02 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 3.74 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.59 (t, J = 5.2 Hz, 2H) , 3.51 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 3.26 (t, J = 7.2 Hz, 2H) , 2.62 -2.66 (m, 1H) , 1.85 -1.90 (m, 2H) , 1.42 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of N- (2- (azetidin-3-yl) ethyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl 3- (2- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) ethyl) azetidine-1-carboxylate (50 mg, 137 μmol) in DCM (2 mL) was added TFA (154 mg, 1.35 mmol, 0.1 mL) at 20 ℃. The reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 12 h, before it was concentrated in vacuo to provide the desired product (60 mg, crude, TFA) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 9.02 (s, 1H) , 8.57 (s, 1H) , 8.07 (s, 1H) , 5.42 (s, 1H) , 4.14 -4.37 (m, 4H) , 3.97 -3.98 (m, 2H) , 3.81 (s, 5H) , 3.05 -3.30 (m, 4H) , 2.02 -2.13 (m, 2H) , 0.07 -0.12 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 264.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 6-morpholino-N- (2- (1-phenylazetidin-3-yl) ethyl) pyrimidin-4-amine 
A mixture of N- (2- (azetidin-3-yl) ethyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (50 mg, 133 μmol, TFA) , bromobenzene (29.8 mg, 190 μmol, 20 μL) , Pd2 (dba) 3 (15 mg, 16.4 μmol) , BINAP (25 mg, 40.2 μmol) and t-BuONa (40 mg, 416 μmol) in toluene (2 mL) was degassed and purged with N2 for 3 times at 20 ℃. After the mixture was stirred at 110 ℃ for 12 h under N2 atmosphere, it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (10.4 mg, 23%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.13 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.77 (t, J = 5.2 Hz, 1H) , 6.64 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.38 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 5.58 (s, 1H) , 3.90 (t, J = 7.2 Hz, 2H) , 3.64 (t, J =4.8 Hz, 4 H) , 3.40 -3.47 (m, 6H) , 3.20 -3.22 (m, 2H) , 2.70 -2.74 (m, 1H) , 1.79 -1.84 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 340.3 [M+H] +.
Example B88. 6-morpholino-N- ( (1-phenylpiperidin-4-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-108)
B-108 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-107 to provide the title compound (2.63 mg, 3%yield over 3 steps) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.18 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.91 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.84 (s, 1H) , 6.73 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.61 (s, 1H) , 3.59 -3.73 (m, 7H) , 3.00 -3.12 (m, 4H) , 2.56 -2.64 (m, 2H) , 1.72 -1.80 (m, 2H) , 1.59 -1.69 (m, 1H) , 1.19 -1.31 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 354.2 [M+H] +.
Example B89. 4- (6- (6-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-109)
B-109 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-107 to provide the title compound (4.46 mg, 3%yield over 3 steps) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.05 (s, 1H) , 7.19 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.98 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.77 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.52 (s, 1 H) , 3.70 -3.73 (m, 2H) , 3.61 -3.65 (m, 6H) , 3.41 -3.46 (m, 4H) , 3.21 (s, 2H) , 3.03 (t, J = 4.8 Hz, 2H) , 1.65 -1.74 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 366.3 [M+H] +.
Example B90. 4- (6- (2-phenyl-2, 6-diazaspiro [3.5] nonan-6-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-110) 
B-110 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (3.55 mg, 2%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.06 (s, 1H) , 7.11 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.63 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.39 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 5.96 (s, 1H) , 3.78 (s, 2 H) , 3.62 -3.70 (m, 4H) , 3.54 -3.61 (m, 2H) , 3.46 -3.53 (m, 6H) , 3.33 -3.48 (m, 2H) , 1.82 (t, J = 5.6 Hz, 2H) , 1.55 -1.56 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 365.22 [M+H] +.
Example B91. (1S, 3S) -N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N3-phenylcyclopentane-1, 3-diamine (B-111)
B-111 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (3.74 mg, 1%yield over 3 steps) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.05 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.88 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.54 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.49 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.57 (s, 2H) , 4.23 (s, 1H) , 3.83 (s, 1H) , 3.59 -3.68 (m, 4H) , 3.36 -3.44 (m, 5H) , 2.04 -2.17 (m, 2H) , 1.83 (t, J = 6.4 Hz, 2H) , 1.39 -1.53 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 340.3 [M+H] +.
________________________________
Example B92. (1R, 5S, 6s) -N- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -3-phenyl-3-azabicyclo [3.1.0] hexan-6-amine (B-112)
B-112 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (10 mg, 10%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.08 -7.19 (m, 3H) , 6.05 -6.64 (m, 3H) , 5.70 (s, 1H) , 3.61 -3.71 (m, 7H) , 3.20 -3.31 (m, 4H) , 3.21 -3.30 (m, 1H) , 1.85 (s, 2 H) , 1.19 -1.30 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 338.2 [M+H] +.
Example B93. N- ( (2- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2-azaspiro [3.3] heptan-6-yl) methyl) aniline (B-113)
B-113 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (10 mg, 13%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.03 (s, 1H) , 7.04 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.47 -6.55 (m, 3H) , 5.53 (t, J = 8.4 Hz, 1H) , 5.46 (s, 1H) , 3.94 (s, 2H) , 3.86 (s, 2H) , 3.61 -3.64 (m, 4H) , 3.42 -3.46 (m, 4H) , 2.99 (t, J = 6.4 Hz, 2H) , 2.38 -2.43 (m, 1H) , 2.27 -2.32 (m, 2H) , 1.91 -1.97 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 366.3 [M+H] +.
Example B94. 6-morpholino-N- (2- (1-phenylpyrrolidin-3-yl) ethyl) pyrimidin-4-amine (B-114)
B-114 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (7.88 mg, 4%yield over 3 steps) as a brown gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.20-8.44 (m, 2H) , 7.14 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.57 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.51 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 5.88 (s, 1H) , 3.94 -4.08 (m, 7H) , 3.22 -3.47 (m, 6H) , 3.15 -3.24 (m, 1H) , 2.89 (t, J = 8.8 Hz, 1H) , 2.24 -2.39 (m, 1H) , 2.08 -2.20 (m, 1H) , 1.60 -1.78 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 354.4 [M+H] +.
Example B95. 2- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenyloctahydrocyclopenta [c] pyrrol-4-amine (B-115)
B-115 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-046 to provide the title compound (100 mg, 20%yield over three steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (s, 1H) , 7.06 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.48 -6.57 (m, 3H) , 5.69 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 5.59 (s, 1 H) , 3.61 -3.66 (m, 4H) , 3.56 -3.61 (m, 1H) , 3.49 -3.55 (m, 2H) , 3.44 -3.49 (m, 4H) , 3.37 -3.41 (m, 1H) , 3.28 -3.30 (m, 1H) , 2.75 -2.86 (m, 1H) , 2.54 -2.60 (m, 1H) , 1.98 -2.16 (m, 2H) , 1.41-1.55 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 366.1 [M+H] +
Example B96. 1- (6- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-116)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 6-amino-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (0.34 g, 1.60 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (0.3 g, 1.50 mmol) in DMSO (2 mL) was added DIEA (742.00 mg, 5.74 mmol, 1 mL) at rt. After the mixture was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation, it was poured into water (50 mL) and extracted with EtOAc (20 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (100 mg, 17%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 376.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine
To a solution of tert-butyl 6- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (90 mg, 239.70 μmol) in DCM (1 mL) was added TFA (154 mg, 1.35 mmol) . The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the desired product (50 mg, crude, TFA) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 276.1 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 1- (6- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a mixture of N- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine (50 mg, 181.59 μmol) and TEA (72.70 mg, 718.46 μmol) in DCM (2 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (20 mg, 158.59 μmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h, before it was poured into water (20 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (26 mg, 43%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.22 (s, 1H) , 7.99 (s, 1H) , 7.01 (t, J = 6.4 Hz, 1H) , 6.17 -6.34 (m, 1H) , 6.01 -6.12 (m, 1H) , 5.59 -5.70 (m, 1H) , 5.50 (s, 1H) , 4.26 (s, 1H) , 4.14 (s, 1H) , 4.02 -4.12 (m, 1H) , 3.97 (s, 1H) , 3.85 (s, 1H) , 3.59 -3.72 (m, 5H) , 3.44 -3.59 (m, 3H) , 2.53 -2.61 (m, 2H) , 2.02 -2.11 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 330.2 [M+H] +.
Example B97. 1- (6- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-117)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 6-amino-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (400 mg, 1.88 mmol) and 4-chloro-6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidine (428 mg, 1.89 mmol) in DMSO (4 mL) was added DIPEA (1.19 g, 9.19 mmol) at 20 ℃ under N2. The mixture was stirred at 150 ℃ for 2 h under microwave irradiation. Then the reaction mixture was purified by Prep-HPLC to provide the desired product (50 mg, 7%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.96 (s, 1H) , 6.92 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.48 (s, 1H) , 3.95 -4.13 (m, 1H) , 3.89 (s, 2H) , 3.76 (s, 2H) , 3.42 (s, 4H) , 2.50 -2.55 (m, 1H) , 2.27 -2.47 (m, 7H) , 1.98 -2.03 (m, 2H) , 1.36 (s, 9H) , 1.01 (t, J = 7.2 Hz, 3H) .
Step 2. Synthesis of N- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine
To a solution of tert-butyl 6- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (50 mg, 124.21 μmol) in DCM (1 mL) was added TFA (770 mg, 6.75 mmol, 0.5 mL) at 20 ℃. The reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 12 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (50 mg, crude, TFA) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 303.4 [M+H] +
Step 3. Synthesis of 1- (6- ( (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) amino) -2-azaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one 
To a mixture of N- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2-azaspiro [3.3] heptan-6-amine (50 mg, 143 μmol) and TEA (58.16 mg, 575 μmol, 80 μL) in DCM (2 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (14 mg, 111 μmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h, before it was poured into water (20 mL) and extracted with DCM (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (6.8 mg, 11%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.16 (s, 1H) , 7.97 (s, 1H) , 6.96 (t, J = 6.4 Hz, 1H) , 6.22 -6.30 (m, 1H) , 6.04 -6.07 (m, 1H) , 5.62 -5.67 (m, 1H) , 5.50 (s, 1H) , 4.26 (s, 1H) , 4.13 (s, 1H) , 3.97 (s, 1H) , 3.85 (s, 1H) , 3.43 -3.45  (m, 5H) , 2.53 -2.58 (m, 2H) , 2.32 -2.44 (m, 6H) , 2.00 -2.08 (m, 2H) , 1.00 -1.07 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 357.2 [M+H] +.
Example B98. 1- (4- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-118) 
B-118 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-116 to provide the title compound (19.16 mg, 20%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.10 (s, 1H) , 6.77 -6.92 (m, 1H) , 6.70 -6.77 (m, 1H) , 6.09 (dd, J = 2.4, 16.8 Hz, 1H) , 5.66 (dd, J = 2.4, 10.4 Hz, 1H) , 5.60 (s, 1H) , 4.29 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 3.82 -4.08 (m, 2H) , 3.60 -3.67 (m, 4H) , 3.46 -3.60 (m, 1H) , 3.40 -3.45 (m, 2H) , 3.05 -3.24 (m, 2H) , 2.85 (t, J = 11.6 Hz. 1H) , 1.79 -1.95 (m, 2H) , 1.20 -1.35 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 318.2 [M+H] +.
Example B99. 1- (7- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-119)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate
To a solution of 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (300 mg, 1.50 mmol) , tert-butyl 2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate (0.3 g, 1.33 mmol) in DMSO (3 mL) was added DIEA (742.0 mg, 5.74 mmol) at 20 ℃. The mixture was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation, before it was poured into water (20 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc =100: 1 to 10: 1) to provide the desired product (0.3 g, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 390.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 4- (6- (2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine
To a mixture of tert-butyl 7- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate (0.3 g, 770.24 μmol) in DCM (2 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 6.0 mL) dropwise at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h. Then the mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (0.5 g, crude, HCl) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 9.56 (s, 2H) , 8.27 (s, 1H) , 6.13 (s, 1H) , 3.71 -3.95 (m, 8H) , 3.53 -3.68 (m, 8H) , 1.74 -1.97 (m, 4H) .
Step 3. Synthesis of 1- (7- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a mixture of 4- [6- (2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) pyrimidin-4-yl] morpholine (0.5 g, 1.73 mmol) and DIEA (223.31 mg, 1.73 mmol) in DCM (2 mL) was added prop-2-enoyl chloride (166.50 mg, 1.84 mmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-TLC (DCM /MeOH = 10: 1) to provide the desired product (156.9 mg, 26%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.07 (s, 1H) , 6.20 -6.40 (m, 1H) , 6.02 -6.17 (m, 1H) , 5.84 (s, 1H) , 5.65 (dd, J = 2.4, 10.4 Hz, 1H) , 3.95 (s, 2H) , 3.60 -3.73 (m, 6H) , 3.54 -3.58 (m, 8H) , 1.58 -1.76 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 344.2 [M+H] +.
Example B100. 1- (7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-120)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate
To a mixture of 4-chloro-6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidine (340 mg, 1.50 mmol) , tert-butyl 2,7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate (0.3 g, 1.33 mmol) in DMSO (3 mL) was added DIEA (742.00 mg, 5.74 mmol) at 20 ℃. The mixture was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation, before it was poured into water (20 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc =100: 1 to 10: 1) to provide the desired product (0.5 g, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 417.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane 
To a mixture of tert-butyl 7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane-2-carboxylate (0.5 g, 1.20 mmol) in DCM (2 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 3.0 mL) dropwise at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h. Then the mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (0.5 g, HCl) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz,  DMSO-d6) δ 11.61 (s, 1H) , 9.49 (s, 2H) , 8.32 (s, 1H) , 6.26 (s, 1H) , 5.76 (s, 1H) , 4.58 (d, J = 12.8Hz, 2H) , 3.64 -3.85 (m, 10H) , 3.25 -3.37 (m, 2H) , 3.08 -3.17 (m, 2H) , 2.94 -3.08 (m, 2H) , 1.80 -1.90 (m, 4H) , 1.28 (t, J = 7.2 Hz, 3H) .
Step 3. Synthesis of 1- (7- (6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 7-diazaspiro [3.5] nonan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a mixture of 7- [6- (4-ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl] -2, 7-diazaspiro [3.5] nonane (0.5 g, 1.42 mmol, HCl) and DIEA (1.48 g, 11.48 mmol) in DCM (2 mL) was added prop-2-enoyl chloride (166.50 mg, 1.84 mmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (182.6 mg, 34%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.05 (s, 1H) , 6.24 -6.40 (m, 1H) , 6.05 -6.15 (m, 1H) , 5.93 (s, 1H) , 5.62 -5.71 (m, 1H) , 3.96 (s, 2H) , 3.67 (s, 2H) , 3.48 -3.60 (m, 8H) , 2.32 -2.43 (m, 6H) , 1.60 -1.78 (m, 4H) , 1.02 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 371.2 [M+H] +.
Example B101. 1- (8- (6- (4-Ethylpiperazin-1-yl) pyrimidin-4-yl) -2, 8-diazaspiro [4.5] decan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-121)
B-121 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-120 to provide the title compound (0.136 g, 23%yield over 3 steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.05 (s, 1H) , 6.49 -6.66 (m, 1H) , 6.06 -6.21 (m, 1H) , 5.89 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 5.54 -5.72 (m, 1H) , 3.59 -3.64 (m, 3H) , 3.42 -3.57 (m, 4H) , 2.32 -2.41 (m, 5H) , 3.28 -3.29 (m, 1H) , 2.31 -2.42 (m, 6H) , 1.84 (t, J = 7.2Hz, 1H) , 1.75 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 1.42 -1.56 (m, 3H) , 1.02 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 385.3 [M+H] +.
Example B102. N- (1-Cyclopentylpiperidin-4-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-122)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidine-1-carboxylate
To a solution of 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (1.0 g, 5.0 mmol) in DMSO (10 mL) were added DIEA (3.0 g, 23.0 mmol) and tert-butyl 4-aminopiperidine-1-carboxylate (1.0 g, 5.0 mmol) at rt.The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. The solution was poured into water (100 mL) and extracted with ethyl acetate (40 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (100 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 20: 1 to 1: 1) to provide the desired product (200 mg, 8.5%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.02 (s, 1H) , 6.92 (s, 1H) , 5.64 (s, 1H) , 4.02 (d, J = 13.2 Hz, 2H) , 3.91 -3.80 (m, 1H) , 3.79 -3.67 (m, 4H) , 3.54 -3.35 (m, 4H) , 3.03 -2.83 (m, 2H) , 2.21 (s, 1H) , 1.93 (dd, J = 2.80, 12.8 Hz, 2H) , 1.46 (s, 10H) . MS (ESI) m/z = 364.8 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 6-morpholino-N- (piperidin-4-yl) pyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl 4- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] piperidine-1-carboxylate (200 mg, 0.55 mmol) in DCM (4 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 4 mL) at 0 ℃. After stirring at rt for 3 h, the reaction mixture was concentrated to provide the desired product (100 mg, crude) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 264.1 [M+H] +.
Step 3. Synthesis ofN- (1-cyclopentylpiperidin-4-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- (4-piperidyl) pyrimidin-4-amine (30.0 mg, 0.113 mmol) in CH3CN (2 mL) were added K2CO3 (47.0 mg, 0.34 mmol) and bromocyclopentane (18.0 mg, 0.12 mmol) at rt. After stirring at 80 ℃ for 5 h, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (5.91 mg, 15%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.05 (s, 1H) , 5.68 (s, 1H) , 4.01 -3.98 (m, 1H) , 3.80 -3.69 (m, 4H) , 3.64 -3.44 (m, 7H) , 3.13 (s, 2H) , 2.29 -2.10 (m, 4H) , 1.91 -1.63 (m, 8H) . MS (ESI) m/z = 332.4 [M+H] +.
Example B103. (R) -N- (1- (5-Methyl-1, 3, 4-oxadiazol-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-123)
Step 1. (R) -tert-butyl 3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidine-1-carboxylate
To a solution of tert-butyl (3R) -3-aminopiperidine-1-carboxylate (11.0 g, 54.9 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (10.0 g, 50.0 mmol) in DMSO (100 mL) was added DIEA (32.3 g, 250 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. The mixture was poured into water (500 mL) and extracted with ethyl acetate (200 mL × 3) . The combined organic layers were washed with  brine (500 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 20: 1 to 1: 1) to provide the desired product (2.10 g, 11%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.03 (s, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 3.76 -3.71 (m, 5H) , 3.53 -3.44 (m, 5H) , 2.02 -1.99 (m, 1H) , 1.79 -1.75 (m, 1H) , 1.59 -1.50 (m, 2H) , 1.49 -1.44 (m, 3H) , 1.40 -1.36 (m, 9H) . MS (ESI) m/z = 364.6 [M+H] +.
Step 2. (R) -6-morpholino-N- (piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] piperidine-1-carboxylate (2.10 g, 5.72 mmol) in DCM (20 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 14.3 mL) at 0 ℃.After stirring at rt for 3 h, the reaction mixture was concentrated to provide the desired product (2.0 g, crude) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.24 (s, 1H) , 6.06 (s, 1H) , 4.24 (s, 1H) , 3.78 (s, 8H) , 3.54 (dd, J = 2.8, 9.2 Hz, 1H) , 3.42 -3.34 (m, 1H) , 3.09 -2.92 (m, 2H) , 2.20 -2.05 (m, 2H) , 2.00 -1.90 (m, 1H) , 1.81 -1.69 (m, 1H) .
Step 3. (R) -N- (1- (5-methyl-1, 3, 4-oxadiazol-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.19 mmol) and 2-bromo-5-methyl-1, 3, 4-oxadiazole (31.0 mg, 0.19 mmol) in DMF (2 mL) was added K2CO3 (131 mg, 0.95 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 50 ℃ for 5 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (23.0 mg, 35%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ8.04 (s, 1H) , 5.73 (s, 1H) , 4.01 -3.86 (m, 2H) , 3.76 -3.71 (m, 4H) , 3.69 -3.64 (m, 1H) , 3.51 -3.46 (m, 4H) , 3.29 -3.22 (m, 1H) , 3.12 (dd, J = 8.0, 12.0 Hz, 1H) , 2.35 (s, 3H) , 2.09 -1.99 (m, 1H) , 1.96 -1.85 (m, 1H) , 1.77 -1.58 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 346.4 [M+H] +.
Example B104. (R) -6-Morpholino-N- (1- (pyrimidin-2-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-124)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.19 mmol) and 2-fluoropyrimidine (20.0 mg, 0.20 mmol) in isopropanol (2 mL) was added TEA (72.7 mg, 0.72 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 5 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (28.5 mg, 43%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.29 (d, J = 4.8 Hz, 2H) , 8.00 (s, 1H) , 6.57 (t, J = 4.8 Hz, 1H) , 5.78 (s, 1H) , 4.63 (d, J = 12.4 Hz, 1H) , 4.39 (d, J = 12.8 Hz, 1H) , 3.81 -3.73 (m, 4H) , 3.73 -3.63 (m, 1H) , 3.55 -3.47 (m, 4H) , 3.23 -3.19 (m, 1H) , 3.04 (dd, J = 3.6, 12.8 Hz, 1H) , 2.13 -2.03 (m, 1H) , 1.88 -1.78 (m, 1H) , 1.72 -1.57 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 342.5 [M+H] +.
Example B105. (R) -N- (1- (6-Amino-5-fluoropyrimidin-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-125)
To a mixture of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.19 mmol) and 6-chloro-5-fluoro-pyrimidin-4-amine (28.0 mg, 0.119 mmol) in n-BuOH (1 mL) was added DIEA (76.0 mg, 0.59 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (20.1 mg, 28%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.03 (s, 1H) , 7.75 (s, 1H) , 5.79 (s, 1H) , 4.27 (d, J = 12.8 Hz, 1H) , 4.01 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 3.86 -3.78 (m, 1H) , 3.77 -3.74 (m, 4H) , 3.56 -3.51 (m, 4H) , 3.29 -3.25 (m, 1H) , 3.15 -3.05 (m, 1H) , 2.11 -2.02 (m, 1H) , 1.90 -1.79 (m, 1H) , 1.72 -1.62 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 375.2 [M+H] +.
Example B106. (R) -N- (1- (5-Methylpyrimidin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-126)
To a mixture of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.19 mmol) and 2-chloro-5-methyl-pyrimidine (25.0 mg, 0.19 mmol) in CH3CN (3 mL) was added K2CO3 (79.0 mg, 0.57 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (10.62 mg, 16%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.16 (s, 2H) , 8.02 (s, 1H) , 5.79 (s, 1H) , 4.55 (d, J = 12.0 Hz, 1H) , 4.31 (d, J = 12.8 Hz, 1H) , 3.78 -3.74 (m, 4H) , 3.74 -3.65 (m, 1H) , 3.56 -3.51 (m, 4H) , 3.25 -3.15 (m, 1H) , 3.05 (dd, J = 9.2, 12.8 Hz, 1H) , 2.13 (s, 3H) , 2.10 -2.02 (m, 1H) , 1.85 -1.76 (m, 1H) , 1.68 -1.58 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 356.2 [M+H] +.
Example B107. (R) -6-Morpholino-N- (1- (pyrazin-2-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-127)
To a mixture of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.166 mmol) and 2-chloropyrazine (21.0 mg, 0.18 mmol) in DMSO (2 mL) was added Cs2CO3 (163 mg, 0.5 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to give the desired product (14.5 mg, 24%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.22 (s, 1H) , 8.20 (s, 1H) , 8.10 -8.01 (m, 2H) , 7.73 (d, J = 2.8 Hz, 1H) , 5.76 (s, 1H) ,  4.33 (d, J = 12.0 Hz, 1H) , 4.09 -3.99 (m, 1H) , 3.88 -3.78 (m, 1H) , 3.77 -3.72 (m, 4H) , 3.55 -3.48 (m, 4H) , 3.29 -3.22 (m, 1H) , 3.08 (dd, J = 8.8, 12.8 Hz, 1H) , 2.13 -2.03 (m, 1H) , 1.92 -1.82 (m, 1H) , 1.73 -1.64 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 342.2 [M+H] +.
Example B108. (R) -5- (3- ( (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyrazine-2-carbonitrile (B-128)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.19 mmol) in DMA (2 mL) were added DIEA (74.2 mg, 0.57 mmol) and 5-chloropyrazine-2-carbonitrile (27 mg, 0.19 mmol) at rt. The mixture was heated at 150 ℃ for 90 min under microwave irradiation. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (25.0 mg, 36%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.37 (s, 1H) , 8.25 (s, 1H) , 8.07 (s, 1H) , 5.73 (s, 1H) , 4.33 (d, J = 12.4 Hz, 1H) , 4.12 -4.02 (m, 1H) , 3.93 -3.84 (m, 1H) , 3.77 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.54 -3.49 (m, 4H) , 3.39 (dd, J = 13.2, 8.4 Hz, 2H) , 2.18 -2.05 (m, 1H) , 1.98 -1.86 (m, 1H) 1.80 -1.65 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 367.1 [M+H] +.
Example B109. (R) -N- (1- (6-Methylpyrimidin-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-129)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.19 mmol) in dioxane (2 mL) were added DIEA (74.2 mg, 0.57 mmol) and 4-chloro-6-methyl-pyrimidine (27 mg, 0.21 mmol) at rt. The reaction mixture was heated at 120 ℃ for 30 min under microwave irradiation. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (6.5 mg, 10%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.31 (s, 1H) , 8.05 (s, 1H) , 6.65 (s, 1H) , 5.72 (s, 1H) , 4.36 (d, J = 8.8 Hz, 1 H) , 4.05 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 3.82 -3.77 (s, 1H) , 3.76 -3.72 (m, 4H) , 3.53 -3.45 (m, 4H) , 3.38 -3.32 (m, 1H) , 3.15 (dd, J = 8.8, 12.8 Hz, 1H) , 2.28 (s, 3H) , 2.13 -2.04 (m, 1H) , 1.87 -1.84 (m, 1H) , 1.57 -1.73 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 356.1 [M+H] +.
Example B110. (R) -6-Morpholino-N- (1-phenylpiperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-130)
To a mixture of bromobenzene (27 mg, 0.17 mmol) , 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.17 mmol) in toluene (2 mL) were added t-BuONa (50 mg, 0.52 mmol) , BINAP (21 mg, 0.034 mmol) and Pd2 (dba) 3 (16 mg, 0.018 mmol) at rt. Then the reaction mixture was heated at 115 ℃ for 3 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (13.0 mg, 23%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.04 (s, 1H) , 7.24 -7.17 (m, 2H) , 7.00 -6.96 (m, 2H) , 6.86 -6.78 (m, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 3.99 (s, 1H) , 3.74 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.62 -3.58 (m, 1H) , 3.48 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 3.41 -3.36 (m, 1H) , 2.96 -2.88 (m, 1H) , 2.80 -2.74 (m, 1H) , 1.99 -1.86 (m, 2H) , 1.81 -1.73 (m, 1H) , 1.59 -1.51 (m, 1H) MS (ESI) m/z = 340.8 [M+H] +.
Example B111. (R) -N- (1-Cyclohexylpiperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-131)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.19 mmol) in CH3CN (2 mL) were added K2CO3 (78.0 mg, 0.56 mmol) , KI (31.0 mg, 0.19 mmol) and bromocyclohexane (30.0 mg, 0.18 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (7.3 mg, 11%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.07 (s, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 4.15 (t, J = 9.2 Hz, 1H) , 3.77 -3.71 (m, 4H) , 3.57 -3.50 (m, 1H) , 3.50 -3.45 (m, 4H) , 3.14 -3.03 (m, 1H) , 3.01 -2.90 (m, 1H) , 2.86 -2.68 (m, 1H) , 2.08 -2.03 (m, 4H) , 1.94 -1.90 (m, 3H) , 1.70 (d, J = 13.6 Hz, 1H) , 1.65 -1.48 (m, 1H) , 1.52 -1.27 (m, 5H) , 1.27 -1.16 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 346.1 [M+H] +.
Example B112. (R) -N- (1-Cyclopentylpiperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-132)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (60 mg, 0.2 mmol) and bromocyclopentane (36.1 mg, 0.24 mmol) in CH3CN (2 mL) was added K2CO3 (138 mg, 1.0 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 5 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (25 mg, 38%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.06 (s, 1H) , 5.72 (s, 1H) , 4.23 -4.04 (m, 1H) , 3.73 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.57 -3.42 (m, 5H) , 3.41 -3.32 (m, 2H) , 2.98 -2.59 (m, 2H) , 2.19 -1.95 (m, 4H) , 1.93 -1.75 (m, 3H) , 1.74 -1.49 (m, 5H) . MS (ESI) m/z = 332.1 [M+H] +.
Example B113. N- (1-Cyclohexylpiperidin-4-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-133)
To a solution of 6-morpholino-N- (4-piperidyl) pyrimidin-4-amine (45.0 mg, 0.17 mmol) in CH3CN (3 mL) were added bromocyclohexane (27.8 mg, 0.17 mmol) , K2CO3 (70.0 mg, 0.50 mmol) and NaI (51.0 mg, 0.34 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (2.3 mg, 4%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.05 (s, 1H) , 5.68 (s, 1H) , 3.98 (s, 1H) , 3.74 (t, J = 4.4 Hz, 4H) , 3.55 -3.42 (m, 6H) , 3.19 -3.14 (m, 3H) , 2.24 (d, J = 12.4 Hz, 2H) , 2.10 (d, J = 11.6 Hz, 2H) , 1.95 (d, J = 12.8 Hz, 2H) , 1.87 -1.64 (m, 3H) , 1.57 -1.33 (m, 4H) , 1.29 -1.16 (m, 1H) . MS (ESI) m/z =346.5 [M+H] +.
Example B114. (R) -2-Amino-6- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyrimidin-4-ol (B-134)
To a mixture of 2-amino-6-chloro-pyrimidin-4-ol (25 mg, 0.17 mmol) and 6-morpholino-N-[(3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.17 mmol) in EtOH (2 mL) was added DIEA (107 mg, 0.83 mmol) at rt. Then the reaction mixture was heated at 100 ℃ for 16 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated under vacuum. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (7.4 mg, 12%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.03 (s, 1H) , 5.73 (s, 1H) , 5.68 (s, 1H) , 4.23 (d, J = 12.0 Hz, 1H) , 3.95 (d, J = 11.6 Hz, 1H) , 3.74 (t, J = 4.4 Hz, 5H) , 3.48 (t, J = 4.4 Hz, 4H) , 3.17 -3.12 (m, 1H) , 3.05 -2.97 (m, 1H) , 2.09 -1.98 (m, 1H) , 1.84 -1.73 (m, 1H) , 1.63 -1.58 (d, J = 8.8 Hz, 2H) . MS (ESI) m/z = 373.1 [M+H] +.
Example B115. (R) -N- (1- (3, 5-Difluoropyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-135)
To a solution of 2, 3, 5-trifluoropyridine (28 mg, 0.21 mmol) in DMSO (2 mL) were added DIEA (74.2 mg, 0.57 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.19 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 5 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (0.93 mg, 1%yield) as a white solid. 1HNMR  (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.00 (s, 1 H) , 7.93 (d, J = 2.8 Hz, 1H) , 7.48 -7.31 (m, 1H) , 5.74 (s, 1H) , 4.02 -3.89 (m, 1H) , 3.86 -3.80 (m, 1H) , 3.78 -3.70 (m, 4H) , 3.62 -3.57 (m, 1H) , 3.54 -3.46 (m, 4H) , 3.15 -3.05 (m, 1H) , 2.94 (dd, J = 8.4, 12.0 Hz, 1H) , 2.06 -1.97 (m, 1H) , 1.92 -1.82 (m, 1H) , 1.77 -1.58 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 377.3 [M+H] +.
Example B116. (R) -N- (1- (1, 3-Dimethyl-1H-pyrazol-5-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-136)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.17 mmol) and 5-bromo-1, 3-dimethyl-pyrazole (43.0 mg, 0.24 mmol) in dioxane (3 mL) were added [1, 3-bis (2, 6-di-3-pentylphenyl) imidazol-2-ylidene] (3-chloropyridyl) dichloro palladium (II) (13.0 mg, 0.013 mmol) and t-BuONa (72.0 mg, 0.75 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 90 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (6.3 mg, 10%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.03 (s, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 5.66 (s, 1H) , 4.05 (s, 1H) , 3.73 (s, 4H) , 3.62 (s, 3H) , 3.48 (s, 4H) , 3.19 (d, J = 10.8 Hz, 1H) , 2.98 -2.95 (m, 1H) , 2.76 (t, J = 9.2 Hz, 1H) , 2.64 (t, J = 9.2 Hz, 1H) , 2.13 (s, 3H) , 1.99 -1.85 (m, 2H) , 1.80 -1.77 (m, 1H) , 1.56 -1.52 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 358.2 [M+H] +.
Example B117. (R) -N- (1- (2-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-137)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.167 mmol) in CH3CN (5 mL) were added Cu (OAc) 2 (43.0 mg, 0.236 mmol) and (2-fluorophenyl) boronic acid (35.0 mg, 0.025 mmol) and TEA (72.7 mg, 0.718 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated, diluted with water (10 mL) , and extracted with ethyl acetate (8 mL ×3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (1.6 mg, 3%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.01 (s, 1H) , 7.12 -6.91 (m, 4H) , 5.71 (s, 1H) , 4.05 -3.88 (m, 1H) , 3.74 (s, 4H) , 3.49 (s, 4H) , 3.40 (d, J = 11.2 Hz, 1H) , 3.22 -3.16 (m, 1H) , 2.90 -2.86 (m, 1H) , 2.78 -2.70 (m, 1H) , 1.99 -1.87 (m, 2H) , 1.82 -1.78 (m, 1H) , 1.60 -1.55 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 358.4 [M+H] +.
Example B118. (R) -N- (1- (2, 5-Dimethylphenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine  (B-138)
A mixture of 2-bromo-1, 4-dimethyl-benzene (34.0 mg, 0.183 mmol) , 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.19 mmol) , BINAP (28.0 mg, 0.045 mmol) , Pd2 (dba) 3 (17.0 mg, 0.019 mmol) and t-BuONa (55.0 mg, 0.057 mmol) in toluene (3 mL) was stirred at 110 ℃ for 2 h under N2 atmosphere. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by pre-HPLC to provide the desired product (16.6 mg, 23%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.03 (s, 1H) , 7.02 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.84 (s, 1H) , 6.76 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.73 (s, 1H) , 4.08 -3.93 (m, 1H) , 3.83 -3.68 (m, 4H) , 3.57 -3.47 (m, 4H) , 3.22 -3.16 (m, 1H) , 2.99 -2.86 (m, 1H) , 2.82 -2.58 (m, 2H) , 2.26 (d, J = 4.0 Hz, 6H) , 2.08 -1.67 (m, 3H) , 1.64 -1.51 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 368.2 [M+H] +.
Example B119. (R) -N- (1- (3-Fluorophenyl) pyrrolidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-139)
Step 1. Synthesis of (R) -tert-butyl 3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) pyrrolidine-1-carboxylate
To a solution of 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (535 mg, 2.68 mmol) in DMSO (5 mL) were added DIEA (1.48 g, 11.4 mmol) and tert-butyl (3R) -3-aminopyrrolidine-1-carboxylate (500 mg, 2.68 mmol) at rt. The mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 20: 1 to 1: 1) to provide the desired product (120 mg, 10%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 350.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -6-morpholino-N- (pyrrolidin-3-yl) pyrimidin-4-amine 
To a solution of tert-butyl (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] pyrrolidine-1-carboxylate (120 mg, 0.26 mmol) in EtOAc (3 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 4 mL) at 0  ℃.The reaction mixture was stirred at rt for 5 h, before it was concentrated to provide the desired product (50.0 mg, 77%yield) as a yellow solid.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) pyrrolidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of (3-fluorophenyl) boronic acid (42.0 mg, 0.3 mmol) in CH3CN (5 mL) were added TEA (72.7 mg, 0.72 mmol) , 6-morpholino-N- [ (3R) -pyrrolidin-3-yl] pyrimidin-4-amine (50.0 mg, 0.2 mmol) and Cu (OAc) 2 (52.0 mg, 0.286 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. After removing of CH3CN under vacuum, the residue was poured into water (10 mL) and extracted with ethyl acetate (8 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The crude product was purified by pre-HPLC to provide the desired product (1.22 mg, 2%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.05 (s, 1H) , 7.12 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.41 -6.20 (m, 3H) , 5.70 (s, 1H) , 3.73 (brs, 4H) , 3.66 -3.57 (m, 4H) , 3.47 (brs, 4H) , 3.20 -3.12 (m, 1H) , 2.42 -2.29 (m, 1H) , 2.09 -1.98 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 344.4 [M+H] +.
Example B120. (R) -N- (1- (4-Aminopyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-140)
To a solution of 2-chloropyridin-4-amine (50 mg, 0.39 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (120 mg, 0.40 mmol) in NMP (4 mL) was added DIEA (222 mg, 1.72 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 200 ℃ under microwave irradiation for 4 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (35.9 mg, 24%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.03 (s, 1H) , 7.58 (d, J = 5.6 Hz, 1H) , 6.72 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 5.90 -5.89 (m, 2H) , 5.70 -5.66 (m, 3H) , 4.14 (s, 1H) , 3.92 (d, J = 12.8 Hz, 1H) , 3.66 -3.63 (m, 4H) , 3.43 -3.36 (m, 4H) , 3.32 -3.28 (m, 1H) , 2.79 (t, J = 10.8 Hz, 1H) , 2.60 -2.55 (m, 1H) , 1.92 -1.89 (m, 1H) , 1.71 -1.68 (m, 1H) , 1.51 -1.43 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 356.4 [M+H] +.
Example B121. (R) -N- (1- (4-Amino-2-bromophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-141)
Step 1. Synthesis of (R) -N- (1- (2-bromo-4-nitrophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50.4 mg, 0.168 mmol) and 1-fluoro-2-methyl-4-nitro-benzene (35.0 mg, 0.225 mmol) in dioxane (4 mL) were added Cs2CO3 (219 mg, 0.672 mmol) , Pd (OAc) 2 (6.0 mg, 0.027 mmol) and (5-diphenylphosphanyl-9, 9-dimethyl-xanthen-4-yl) -diphenyl-phosphane (15.0 mg, 0.026 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 110 ℃ for 8 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by pre-HPLC to provide the desired product (20.0 mg, 19%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 463.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (4-amino-2-bromophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of N- [ (3R) -1- (2-bromo-4-nitro-phenyl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (20.0 mg, 0.043 mmol) in MeOH (3 mL) were added iron powder (4.0 mg, 0.072 mmol) and aq. HCl solution (1 M, 0.1 mL) . The reaction mixture was stirred at rt for 2 h. The solution was concentrated and purified by prep-HPLC to provide the desired product (1.38 mg, 7%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.99 (s, 1H) , 6.99 -6.91 (m, 2H) , 6.66 (dd, J = 2.0, 8.4 Hz, 1H) , 5.69 (s, 1H) , 4.01 -3.90 (m, 1H) , 3.74 (t, J = 4.4 Hz, 4H) , 3.50 (d, J = 4.4 Hz, 4H) , 3.18 -3.10 (m, 1H) , 3.00 -2.91 (m, 1H) , 2.77 -2.73 (m, 1H) , 2.71 -2.61 (m, 1H) , 1.98 -1.83 (s, 2H) , 1.79 -1.70 (m, 1H) , 1.67 -1.56 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 433.3 [M+H] +.
Example B122. (R) -N- (1- (1H-1, 2, 4-Triazol-3-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-142)
Step 1. Synthesis of 3-bromo-1- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -1H-1, 2, 4-triazole
To a solution of 3-bromo-1H-1, 2, 4-triazole (2.00 g, 13.5 mmol) in DMF (30 mL) was added NaH (650 mg, 16.3 mmol, 60 wt%in mineral oil ) at 0 ℃. After the reaction was stirred at rt for 0.5 h, SEMCl (2.70 g, 16.2 mmol) was added at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at rt for additional 8 h. The reaction was quenched with saturated aq. NH4Cl solution (50 mL) at 0 ℃ slowly and extracted with ethyl acetate (100 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (100 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /Ethyl acetate = 5: 1) to provide the desired product (956 mg, 26%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.92 (s, 1H) , 5.50 (s, 2H) , 3.66 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 0.93 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 0.00 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of (R) -6-morpholino-N- (1- (1- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (100 mg, 0.38 mmol) and 2- [ (3-bromo-1, 2, 4-triazol-1-yl) methoxy] ethyl-trimethyl-silane (110 mg, 0.395 mmol) in DMSO (2 mL) was added TEA (116 mg, 1.15 mmol) at rt. The reaction mixture was heated at 150 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (60 mg, 34%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.43 (s, 1H) , 8.09 (s, 1H) , 7.50 (s, 1H) , 5.96 (s, 1H) , 5.32 (dd, J = 7.2, 19.6 Hz, 2H) , 3.97 -3.89 (m, 1H) , 3.88 -3.83 (m, 1H) , 3.83 -3.77 (m, 5H) , 3.77 -3.72 (m, 2H) , 3.71 -3.65 (m, 5H) , 3.33 -3.24 (m, 1H) , 3.04 -2.97 (m, 1H) , 2.09 -2.03 (m, 1H) , 1.90 -1.83 (m, 1H) , 1.79 -1.65 (m, 2H) , 0.98 -0.87 (m, 2H) , 0.00 (s, 9H) . MS (ESI) m/z =461.9 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -1- [1- (2-trimethylsilylethoxymethyl) -1, 2, 4-triazol-3-yl]-3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.11 mmol) in DCM (1 mL) was added TFA (770 mg, 6.75 mmol) at rt. After stirring at rt for 1 h, the reaction mixture was concentrated under vacuum to provide the desired product (38.1 mg, 76%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ8.21 (s, 1H) , 8.14 (s, 1H) , 5.97 (s, 1H) , 3.95 -3.87 (m, 2H) , 3.77 (s, 8H) , 3.69 -3.60 (m, 1H) , 3.39 -3.34 (m, 1H) , 3.27 -3.17 (m, 1H) , 2.16 -2.01 (m, 1H) , 1.97 -1.87 (m, 1H) , 1.82 -1.68 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 331.1 [M+H] +.
Example B123. (R) -N- (1- (5-Methoxypyrazin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-143)
To a mixture of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (0.07 g, 0.23 mmol) and 2-chloro-5-methoxy-pyrazine (35 mg, 0.24 mmol) in toluene (2 mL) were added t-BuONa (105 mg, 1.09 mmol) , Pd2 (dba) 3 (21 mg, 0.023 mmol) and 1, 1'-bis (diphenylphosphino) ferrocene (28 mg, 0.051 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL × 3) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-TLC (dichloromethane/methanol = 10: 1) and prep-HPLC to provide the desired product (11 mg, 11%yield) , as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ8.03 (s, 1H) , 7.79 (d, J = 5.2 Hz, 2H) , 5.73 (s, 1H) , 4.11 -4.04 (m, 1H) , 3.94 -3.78 (m, 5H) , 3.77 -3.72 (m, 4H) , 3.52 -3.46 (m, 4H) , 3.13 -3.05 (m, 1H) , 2.92 (dd, J = 8.8, 12.4 Hz, 1H) , 2.06 -1.99 (m, 1H) , 1.90 -1.82 (m, 1H) , 1.77 -1.55 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 372.1 [M+H] +.
Example B124. (R) -N- (1- (6-Methylpyrazin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-144)
To a solution of 2-chloro-6-methyl-pyrazine (40 mg, 0.31 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (80 mg, 0.267 mmol) in toluene (8 mL) were added t-BuONa (120 mg, 1.25 mmol) , dicyclohexyl- [2- (2, 6-dimethoxyphenyl) phenyl] phosphane (24 mg, 0.051 mmol) and Pd2 (dba) 3 (40 mg, 0.044 mol) at rt. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h under N2. After cooling down to rt, the mixture was poured into H2O (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 2) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (13 mg, 14%yield) as an off-white solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.05 (s, 1H) , 7.98 (s, 1H) , 7.61 (s, 1H) , 5.68 (s, 1H) , 4.22 (d, J = 3.2, 16.0 Hz, 1H) , 4.04 -3.98 (m, 1H) , 3.93 -3.82 (m, 2H) , 3.76 -3.72 (m, 4H) , 3.50 -3.46 (m, 4H) , 3.17 (dd, J = 8.8, 13.2 Hz, 1H) , 2.32 (s, 3H) , 2.10 -2.03 (m, 1H) , 1.91 -1.84 (m, 1H) , 1.70 -1.62 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 356.2 [M+H] +.
Example B125. (R) -N- (1- (5-Methylpyrazin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-145)
To a mixture of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (0.10 g, 0.334 mmol) and 2-bromo-5-methyl-pyrazine (70 mg, 0.405 mmol) in toluene (2 mL) were added t-BuONa (150 mg, 1.56 mmol) , Pd2 (dba) 3 (30 mg, 0.033 mmol) and 1, 1'-bis (diphenyl phosphino) ferrocene (40 mg, 0.071 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (10 mL × 2) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-TLC (dichloromethane/methanol = 10: 1) and prep-HPLC to provide the desired product (12.5 mg, 10%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.12 (s, 1H) , 8.04 (s, 1H) , 7.96 (s, 1H) , 5.73 (s, 1H) , 4.25 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 4.02 -3.94 (m, 1H) , 3.90 -3.78 (m, 1H) , 3.78 -3.73 (m, 4H) , 3.52 -3.47 (m, 4H) , 3.24 -3.16 (m, 1H) , 3.06 -2.97 (m, 1H) , 2.36 (s, 3H) , 2.12 -2.01 (m, 1H) , 1.90 -1.82 (m, 1H) , 1.73 -1.61 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 356.1 [M+H] +.
Example B126. (R) -N- (1- (4-Aminophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine  (B-146)
Step 1. Synthesis of (R) -6-morpholino-N- (1- (4-nitrophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine 
To a mixture of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.19 mmol) and 1-fluoro-4-nitrobenzene (27 mg, 0.19 mmol) in CH3CN (2 mL) was added DIEA (123 mg, 0.95 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 8 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated under vacuum and purified by prep-TLC (petroleum ether/ethyl acetate = 1: 1) to provide the desired product (52 mg, 71%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ8.22 (s, 1H) , 8.12 (d, J = 9.6 Hz, 2H) , 6.88 (d, J = 9.6 Hz, 2H) , 5.44 (s, 1H) , 5.06 -4.85 (m, 1H) , 3.93 (d, J = 10.8 Hz, 2H) , 3.79 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 3.61 -3.68 (m, 1H) , 3.58 -3.52 (m, 4H) , 3.31 -3.24 (m, 1H) , 3.17 -3.10 (m, 1H) , 2.12 -2.01 (m, 1H) , 1.96 -1.86 (m, 1H) , 1.74 -1.80 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 385.5 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (4-aminophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -1- (4-nitrophenyl) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (72 mg, 0.187 mmol) in MeOH (1 mL) was added Pd/C (10%, 30 mg) under N2. The suspension was degassed under vacuum and purged with H2 for 3 times. The reaction mixture was stirred at rt for 5 h under H2 (15 psi) . The reaction mixture was filtered through celite and washed with MeOH (5 mL × 3) . The combined filtrate was concentrated and purified by prep-HPLC to provide the desired product (17.1 mg, 25%yield) as a black gum. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.16 (s, 1H) , 7.00 -6.81 (m, 2H) , 6.65 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 5.49 (s, 1H) , 3.99 -3.86 (m, 1H) , 3.80 -3.77 (m, 4H) , 3.55 -3.59 (m, 4H) , 3.33 -3.26 (m, 1H) , 3.09 -2.89 (m, 3H) , 1.85 -1.95 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 355.1 [M+H] +.
Example B127. (R) -5- (3- ( (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-3-ol (B-147)
Step 1. Synthesis of 1- (benzyloxy) -3-bromobenzene
To a solution of 5-bromopyridin-3-ol (1.0 g, 5.75 mmol) in DMF (10 mL) were added K2CO3 (1.60 g, 11.6 mmol) and BnBr (1.47 g, 8.62 mmol, 1.02 mL) at rt. The reaction mixture was stirred at 80  ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was poured into water (50 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether/ethyl acetate = 1: 1) to provide the desired product (800 mg, 53% yield) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 266.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N- [ (3R) -1- (5-benzyloxy-3-pyridyl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (150 mg, 0.57 mmol) in toluene (2 mL) were added t-BuONa (165 mg, 1.72 mmol) , Pd2 (dba) 3 (54.0 mg, 0.059 mmol) , 3-benzyloxy-5-bromo-pyridine (151 mg, 0.57 mmol) and BINAP (72.0 mg, 0.116 mmol) . The mixture was heated at 110 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (5 mL) and extracted with EtOAc (5 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The crude product was purified by prep-TLC (petroleum ether/ethyl acetate = 0: 1) to provide the desired product (60 mg, 24%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 447.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 5- [ (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] -1-piperidyl] pyridin-3-ol 
To a solution of N- [ (3R) -1- (5-benzyloxy-3-pyridyl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (60 mg, 0.135 mmol) in MeOH (5 mL) was added Pd/C (10%, 5 mg) under N2 atmosphere. The suspension was degassed and purged with H2 for 3 times. The mixture was stirred at rt for 2 h under H2 (15 Psi) . The suspension was filtered through a pad of celite. The combined filtrate was concentrated to dryness to give the desired product (54.4 mg, 92%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.05 (s, 1H) , 7.67 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 7.51 (d, J = 2.0 Hz, 1H) , 6.77 (s, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 3.98 (s, 1H) , 3.77 -3.72 (m, 4H) , 3.67 (dd, J = 2.8, 12.0 Hz, 1H) , 3.49 -3.45 (m, 5H) , 3.03 -2.89 (m, 1H) , 2.79 (dd, J = 8.4, 12.0 Hz, 1H) , 2.06 -1.93 (m, 1H) , 1.93 -1.82 (m, 1H) , 1.81 - 1.68 (m, 1H) , 1.62 - 1.50 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 357.2 [M+H] +.
Example B128. Trans-N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N4-phenylcyclohexane-1, 4-diamine (B-148)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (trans-4- (phenylamino) cyclohexyl) carbamate
A mixture of tert-butyl (trans-4-aminocyclohexyl) carbamate (600 mg, 2.80 mmol) , bromobenzene (1.32 g, 8.41 mmol) , Cs2CO3 (1.83 g, 5.61 mmol) , Pd2 (dba) 3 (266 mg, 0.280 mmol) and  Xantphos (162 mg, 0.280 mmol) in toluene (6 mL) was stirred at 100 ℃ for 2 h, before it was cooled to rt, diluted with water (100 mL) , and extracted with EtOAc (100 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (400 mg, 49%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 291.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of trans-N1-phenylcyclohexane-1, 4-diamine
A solution of tert-butyl (trans-4- (phenylamino) cyclohexyl) carbamate (400 mg, 1.38 mmol) and TFA (1 mL) in DCM (1 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was concentrated in vacuo to provide the title compound (crude, 300 mg) as a white solid. MS (ESI) m/z = 191.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of trans-N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N4-phenylcyclohexane-1, 4-diamine
A mixture of trans-N1-phenylcyclohexane-1, 4-diamine (crude, 50 mg) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (54 mg, 0.315 mmol) , Cs2CO3 (171 mg, 0.526 mmol) , Pd2 (dba) 3 (25 mg, 0.027 mmol) and Xantphos (15 mg, 0.027 mmol) in toluene (1 mL) was stirred at 100 ℃ for 3 h, before it was cooled to rt, and purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (7.82 mg, 10% yield over 2 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.04 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.65 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.55 (d, J =8.0 Hz, 2H) , 6.47 (t, J= 7.2 Hz, 1H) , 5.59 (s, 1H) , 5.34 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 3.64 (t, J = 4.4 Hz, 4H) , 3.38 (s, 4H) , 3.15 (s, 2H) , 2.00 – 1.91 (m, 4H) , 1.32 – 1.20 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 354.3 [M+H] +.
Example B129. 4- (6- (1-Phenyl-1, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-149)
Step 1 to 2. Synthesis of 1-phenyl-1, 7-diazaspiro [3.5] nonane
The title compound was synthesized following the procedures for steps 1 to 2 of B-148 (35 mg, crude) as a brown solid. MS (ESI) m/z = 203.0 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 4- (6- (1-phenyl-1, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine
A solution of 1-phenyl-1, 7-diazaspiro [3.5] nonane (35 mg, 0.141 mmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (33 mg, 0.165 mmol) , and DIEA (96 mg, 0.744 mmol) in NMP (1 mL) was stirred at 150 ℃for 1 h in the microwave reactor, before it was cooled to rt and purified by prep-HPLC (0.1 %FA) to provide the title compound (1.73 mg, 1%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.09 (s, 1H) , 7.09 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.59 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.38 (d, J = 7.6 Hz, 2H) ,  5.97 (s, 1H) , 4.45 – 4.41 (m, 2H) , 3.67 – 3.63 (m, 4H) , 3.50 – 3.47 (m, 4H) , 2.81 – 2.74 (m, 2H) , 2.67 (s, 2H) , 2.21 (s, 2H) , 2.04 –1.98 (m, 2H) , 1.74 – 1.71 (m, 2H) , 1.23 – 1.22 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 366.3 [M+H] +.
Example B130. 4- (6- ( (1R, 5S) -6-Phenyl-3, 6-diazabicyclo [3.1.1] heptan-3-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine (B-150)
B-150 was synthesized following the procedures for preparing B-082 (3.16 mg, 2%yield over 3 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.01 (s, 1H) , 7.14 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.67 –6.57 (m, 3H) , 5.58 (s, 1H) , 4.42 (d, J = 6.0 Hz, 2H) , 4.00 – 3.94 (m, 2H) , 3.87 – 3.83 (m, 1H) , 3.76 – 3.70 (m, 4H) , 3.62 –3.56 (m, 6H) , 3.11 – 2.66 (m, 1H) , 1.01 (d, J = 8.4 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 309.2 [M+H] +.
Example B131. N- (2-Fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-151)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 3- (2-ethoxy-1-fluoro-2-oxoethylidene) azetidine-1-carboxylate
To a solution of tert-butyl 3-oxoazetidine-1-carboxylate (4.00 g, 23.4 mmol) and ethyl 2- (diethoxyphosphoryl) -2-fluoroacetate (5.66 g, 23.4 mmol) in THF (40 mL) was added DBU (5.34 g, 35.1 mmol) dropwise. The reaction mixture was stirred at rt for 2 h, before it was quenched with saturated  NH4Cl solution (200 mL) and extracted with DCM (100 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (3.00 g, 50%yield) as a colorless oil. MS (ESI) m/z = 204.1 [M-56+H] +.
Step 2. Synthesis of ethyl 2- (azetidin-3-ylidene) -2-fluoroacetate
A solution of tert-butyl 3- (2-ethoxy-1-fluoro-2-oxoethylidene) azetidine-1-carboxylate (3.00 g, 11.6 mmol) and HCl (4 M in 1, 4-dioxane, 15 mL) in 1, 4-dioxane (15 mL) was stirred at rt for 4 h, before it was lyophilized directly to provide the title compound (crude, 2.50 g) as a colorless oil, which was used in the next step without further purification. MS (ESI) m/z = 160.0 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of ethyl 2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) acetate
A mixture of ethyl 2- (azetidin-3-ylidene) -2-fluoroacetate (crude, 2.50 g) , phenylboronic acid (4.25 g, 34.8 mmol) , Cu (OAc) 2 (3.15 g, 17.4 mmol) and DIEA (2.24 g, 17.4 mmol) in 1, 2-DCE (30 mL) was stirred at 60℃ for 2 h under inert atmosphere, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (400 mg, 15%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 236.3 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethan-1-ol
To a solution of ethyl 2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) acetate (400 mg, 1.70 mmol) in anhydrous toluene (4 mL) was added DIBAL (1 M in toluene, 4 mL, 4.00 mmol) dropwise at -78 ℃. The mixture was stirred at this temperature for 1 h, before it was quenched with saturated NH4Cl solution (20 mL) and extracted with EtOAc (20 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 1: 1) to provide the title compound (200 mg, 61% yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 194.1 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of 2- (2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethyl) isoindoline-1, 3-dione
A solution of 2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethan-1-ol (200 mg, 1.04 mmol) , phthalimide (305 mg, 2.07 mmol) , triphenylphosphine (272 mg, 1.04 mmol) and DIAD (210 mg, 1.04 mmol) in THF (2 mL) was stirred at rt for 1 h, before it was diluted with water (20 mL) and extracted with EtOAc (20 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 2: 1) to provide the title compound (200 mg, 60%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 322.9 [M+H] +.
Step 6. Synthesis of 2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethan-1-amine
A solution of 2- (2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethyl) isoindoline-1, 3-dione (200 mg, 0.621 mmol) and hydrazinium hydroxide solution (311 mg, 6.21 mmol) in MeOH (2 mL) was stirred at 60 ℃ for 1 h, before it was cooled to rt, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (DCM /MeOH = 20: 1) to provide the title compound (100 mg, 84%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 193.2 [M+H] +.
Step 7. Synthesis of N- (2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
A solution of 2-fluoro-2- (1-phenylazetidin-3-ylidene) ethan-1-amine (100 mg, 0.521 mmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (156 mg, 0.781 mmol) and DIEA (134 mg, 1.04 mmol) in NMP (1 mL) was heated at 140 ℃for 2 h in the microwave reactor, before it was cooled to rt, diluted with water (20 mL) , and extracted with EtOAc (20 mL × 2) . The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3 . H2O) to provide the title compound (54.1 mg, 29%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.07 (s, 1H) , 7.10 –7.06 (m, 2H) , 6.60 – 6.54 (m, 3H) , 5.86 (t, J = 5.6 Hz, 1H) , 5.57 (s, 1H) , 4.25 (s, 2H) , 4.12 (s, 2H) , 3.85 (d, J = 5.6 Hz, 2H) , 3.63 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.48 (t, J = 4.8 Hz, 4H) . MS (ESI) m/z = 356.1 [M+H] +.
Example B132. 1- (6- (6-Morpholinopyridazin-4-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-152)
Step 1 to 3. Synthesis of 4- (5- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyridazin-3-yl) morpholine
The title compound (crude, 210 mg) was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of B-097 as a pale-yellow solid, which was used in the next step directly. MS (ESI) m/z = 262.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (6- (6-morpholinopyridazin-4-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of 4- (5- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyridazin-3-yl) morpholine (80 mg, 0.305 mmol) in MeCN (2 mL) and aq. NaHCO3 solution (1.0 M, 1 mL) was added acryloyl chloride (41 mg, 0.457 mmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at this temperature for 15 min, before it was diluted with water (5 mL) and extracted with EtOAc (5 mL × 3) . The organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH4HCO3) to provide the title compound (3.90 mg, 0.7%yield over 4 steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.93 (s, 1H) , 6.32 –6.25 (m, 2H) , 5.93 (d, J = 1.6 Hz, 1H) , 5.74 (dd, J = 10.0, 2.0 Hz, 1H) , 4.51 (s, 2H) , 4.25 (s, 2H) , 4.21 (s, 4H) , 3.78 (t, J = 4.8 Hz, 6H) , 3.49 (t, J = 4.8 Hz, 6H) . MS (ESI) m/z = 316.2 [M+H] +.
Example B133. 1- (3- ( ( (4-Morpholinopyrimidin-2-yl) amino) methyl) azetidin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-153)
Step 1 to 2. Synthesis of N- (azetidin-3-ylmethyl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine
The title compound was synthesized following the procedures for steps 2 to 3 of B-098 (100 mg, 40%yield over 2 steps) as a white solid.
Step 3. Synthesis of 1- (3- ( ( (4-Morpholinopyrimidin-2-yl) amino) methyl) azetidin-1-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of N- (azetidin-3-ylmethyl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine (40 mg, 0.160 mmol) and Et3N (49 mg, 0.482 mmol) in EtOH (1 mL) was added acrylic anhydride (10 mg, 0.080 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at this temperature for 0.5 h, before it was concentrated in vacuo and purified by prep-HPLC (0.1%TFA) to provide the title compound (9.72 mg, 20%yield) as a colorless oil. 1HNMR (400 MHz, MeOD-d6) δ 7.60 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.46 (d, J =8.0 Hz, 1H) , 6.25 – 6.23 (m, 2H) , 5.72 –5.69 (m, 1H) , 4.12 – 4.08 (m, 1H) , 3.91 (s, 2H) , 3.85 – 3.80 (m, 1H) , 3.73 – 3.65 (m, 6H) , 3.57 –3.53 (m, 1H) , 3.40 – 3.33 (m, 2H) , 3.31 – 3.23 (m, 1H) , 2.44 – 2.41 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 304.0 [M+H] +.
Example B134. N- ( (1- (5- (4-Ethylpiperazin-1-yl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) azetidin-3-yl) methyl) acrylamide (B-029)
Step 1. Synthesis of tert-butyl ( (1- (5- (4-ethylpiperazin-1-yl) -4- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) azetidin-3-yl) methyl) carbamate
To a solution of 2- [ [3-bromo-5- (4-ethylpiperazin-1-yl) -1, 2, 4-triazol-4-yl] methoxy] ethyl-trimethyl-silane (100 mg, 0.0256 mmol) and tert-butyl N- (azetidin-3-ylmethyl) carbamate (96 mg, 0.515 mmol) in dioxane (5 mL) were added Cs2CO3 (250 mg, 0.77 mmol) and [1, 3-bis (2, 6-di-3-pentylphenyl) imidazol-2-ylidene] (3-chloropyridyl) dichloropalladium (II) (30 mg, 0.031 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at 90 ℃ for 16 h, it was concentrated under vacuum. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (110 mg, 87% yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.35 (s, 1H) , 5.12 (s, 2H) , 4.75 (s, 1H) , 4.03 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 3.76 - 3.70 (m, 2H) , 3.58 (t, J = 5.2 Hz, 2H) , 3.62 -3.52 (m, 4H) , 3.46 -3.35 (m, 2H) , 2.95 -2.85 (m, 4H) , 2.85 - 2.80 (m, 1H) , 2.79 -2.73 (m, 2H) , 1.45 (s, 9H) , 1.26 (t, J = 7.2 Hz, 3H) , 0.92 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 0.012 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 496.6 [M+H] +
Step 2. Synthesis of (1- (5- (4-ethylpiperazin-1-yl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) azetidin-3-yl) methanamine
A solution of tert-butyl N- [ [1- [5- (4-ethylpiperazin-1-yl) -4- (2-trimethylsilylethoxymethyl) -1, 2, 4-triazol-3-yl] azetidin-3-yl] methyl] carbamate (110 mg, 0.22 mmol) in DCM (1 mL) and TFA (1 mL) was stirred at rt for 2 h. The reaction mixture was concentrated under vacuum to provide the desired product (50 mg, crude) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 4.20 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 4.05 - 3.98 (m, 1H) , 3.89 -3.79 (m, 2H) , 3.67 -3.54 (m, 2H) , 3.50 -3.34 (m, 2H) , 3.30 -3.17 (m, 6H) , 3.13 - 3.00 (m, 2H) , 1.37 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 266.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N- ( (1- (5- (4-ethylpiperazin-1-yl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) azetidin-3-yl) methyl) acrylamide
To a solution of [1- [5- (4-ethylpiperazin-1-yl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl] azetidin-3-yl] methanamine (38 mg, 0.143 mmol) and TEA (130 mg, 1.28 mmol) in DCM (1 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (19 mg, 0.15 mmol) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h, it was concentrated under vacuum. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (3.3 mg, 7%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 6.25 - 6.21 (m, 2H) , 5.68 - 5.64 (m, 1H) , 4.04 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 3.76 -3.63 (m, 2H) , 3.52 (d, J = 6.8 Hz, 2H) , 3.37 - 3.32 (m, 4H) , 3.00 - 2.87 (m, 1H) , 2.63 -2.54 (m, 4H) , 2.53 -2.44 (m, 2H) , 1.13 (t, J = 7.2 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 320.4 [M+H] +.
Example B135. (R) -4- (3- ( (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-2-ol (B-154)
Step 1. Synthesis of (R) -N- (1- (2- (benzyloxy) pyridin-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (150 mg, 0.57 mmol ) in toluene (2 mL) were added Pd2 (dba) 3 (53.0 mg, 0.058 mmol) , 2-benzyloxy-4-bromo-pyridine (151 mg, 0.57 mmol) , Xantphos (66.0 mg, 0.114 mmol) and t-BuONa (111 mg, 1.16 mmol) at rt. The reaction mixture was heated at 110 ℃ under microwave irradiation for 2 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into H2O (5 mL) and extracted with EtOAc (4 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The crude product was purified by prep-TLC (petroleum ether /ethyl acetate = 0: 1) to give the desired product (50 mg, 20%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 447.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-2-ol
To a solution of N- [ (3R) -1- (2-benzyloxy-4-pyridyl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (50 mg, 0.11 mmol) in MeOH (5 mL) was added Pd/C (10%, 5 mg) under N2. The suspension was degassed and purged with H2 for 3 times. The mixture was stirred at rt under H2 (15 Psi) for 2 h. The suspension was filtered through a pad of celite. The combined filtrates were concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC to give the desired product (5.9 mg, 15% yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.08 (s, 1H) , 7.19 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.24 (dd, J = 2.4, 7.6 Hz, 1H) , 5.74 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 5.67 (s, 1H) , 4.01 -3.83 (m, 2H) , 3.74 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.72 - 3.66 (m, 1H) , 3.50 -3.44 (m, 4H) , 3.20 -3.09 (m, 1H) , 3.06 - 2.96 (m, 1H) , 2.19 - 1.98 (m, 1H) , 1.94 - 1.78 (m, 1H) , 1.76 -1.53 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 357.2 [M+H] +.
Example B136. (R) -N- (1- (5-Methyl-1, 2, 4-oxadiazol-3-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-155)
Step 1. Synthesis of (R) -3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidine-1-carbonitrile
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (100 mg, 0.38 mmol) in DCM (3 mL) was added NaHCO3 (160 mg, 1.90 mmol) in H2O (3 mL) . Then carbononitridic bromide (50.0 mg, 0.47 mmol) was added dropwise at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was diluted with saturated NaHCO3 solution (10 mL) and extracted with CH2Cl2 (15 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue  was purified by prep-TLC (petroleum ether /ethyl acetate = 0: 1) to provide the desired product (50.0 mg, 40%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 289.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N-hydroxy-3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidine-1-carboximidamide
To a solution of (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] piperidine-1-carbonitrile (50.0 mg, 0.17 mmol) in EtOH (3 mL) and H2O (0.5 mL) were added K2CO3 (72.0 mg, 0.52 mmol) and hydroxylamine hydrochloride (24.0 mg, 0.35 mmol) . The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was concentrated to remove EtOH and extracted with ethyl acetate (5 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated to provide the desired product (20.0 mg, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 322.4 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (5-methyl-1, 2, 4-oxadiazol-3-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of (3R) -N-hydroxy-3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] piperidine-1-carboxamidine (20 mg, 0.062 mmol) in pyridine (3 mL) was added Ac2O (6.0 mg, 0.059 mmol) . The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 3 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated and purified by prep-HPLC to provide the desired product (3.43 mg, 16%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.02 (s, 1H) , 5.76 (s, 1H) , 3.96 (d, J = 2.8, 1H) , 3.83 (s, 1H) , 3.77 -3.71 (m, 5H) , 3.54 -3.49 (m, 4H) , 3.05 -3.17 (m, 1H) , 2.92 (dd, J = 8.8, 12.4 Hz, 1H) , 2.43 (s, 3H) , 2.07 -2.00 (m, 1H) , 1.90 -1.77 (m, 1H) , 1.75 -1.66 (m, 1H) , 1.65 -1.56 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 346.4 [M+H] +.
Example B137. (R) -N- (1- (4-Ethynylphenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-156)
Step 1. Synthesis of (R) -4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) benzaldehyde
To a solution of (4-formylphenyl) boronic acid (427 mg, 2.85 mmol) in MeCN (10 mL) were added TEA (384 mg, 3.79 mmol) , Cu (OAc) 2 (517 mg, 2.85 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (500 mg, 1.90 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h  under N2. After cooling down to rt, the reaction was quenched with H2O (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 1: 1 to 1: 5) to provide the desired product (100 mg, 13%yield) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 368.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (4-ethynylphenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 4- [ (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] -1-piperidyl] -benzaldehyde (100 mg, 0.27 mmol) in THF (0.5 mL) and MeOH (0.5 mL) were added potassium carbonate (75 mg, 0.54 mmol) and dimethyl (1-diazo-2-oxopropyl) phosphonate (78 mg, 0.41 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h under N2, it was quenched with H2O (5 mL) and extracted with DCM (5 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (3 mL × 2) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (NH3·H2O condition) to provide the desired product (3.38 mg, 3%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.04 (s, 1H) , 7.30 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 6.91 (d, J = 9.2 Hz, 2H) , 5.68 (s, 1H) , 3.96 (s, 1H) , 3.81 - 3.66 (m, 5H) , 3.63 -3.42 (m, 6H) , 3.04 -2.90 (m, 1H) , 2.85 -2.80 (m, 1H) , 2.06 - 1.94 (m, 1H) , 1.88 - 1.83 (m, 1H) , 1.77 -1.72 (m, 1H) , 1.64 -1.47 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 368.1 [M+H] +.
Example B138. (R) -N- (1- (5-Amino-4-methylpyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-157)
Step 1. Synthesis of (R) -N- (1- (4-methyl-5-nitropyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 2-chloro-4-methyl-5-nitro-pyridine (100 mg, 0.58 mmol) in DMF (3 mL) were added Cs2CO3 (567 mg, 1.74 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (174 mg, 0.58 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 8 h under N2. After cooling down to rt, the reaction was quenched with H2O (10 mL) and extracted with DCM (8 mL × 3) . The combined organic  layers were washed with brine (5 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure to provide the desired product (200 mg, 86%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 400.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -N- (1- (5-amino-4-methylpyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of N- [ (3R) -1- (4-methyl-5-nitro-2-pyridyl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (200 mg, 0.50 mmol) in EtOH (5 mL) and water (5 mL) were added aq. HCl solution (6 M, 1 mL, 6 mmol) and iron powder (278 mg, 4.98 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was filtered, concentrated under reduced pressure to provide the desired product (180 mg, 97%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 370.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of tert-butyl (R) - (4-methyl-6- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-3-yl) carbamate
To a solution of N- [ (3R) -1- (5-amino-4-methyl-2-pyridyl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (180 mg, 0.44 mmol) in THF (3 mL) and H2O (3 mL) were added sodium carbonate (117 mg, 1.10 mmol) and (Boc) 2O (96 mg, 0.44 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at rt for 12 h. The precipitate was collected by filtration and dried to provide the desired product (100 mg, 45% yield) as a brown solid. MS (ESI) m/z = 470.1 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of (R) -N- (1- (5-amino-4-methylpyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl N- [4-methyl-6- [ (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] -1-piperidyl] -3-pyridyl] carbamate (30 mg, 0.64 mmol) in DCM (1 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 10 mL) at rt. The reaction mixture was stirred at rt for 12 h, before it was concentrated under reduced pressure. The residue was slurried by ethyl acetate (2 mL) at rt to provide the desired product (8.73 mg, 33%yield) as a brown solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.23 (s, 1H) , 7.44 (s, 1H) , 7.21 (s, 1H) , 5.93 (s, 1H) , 3.96 (d, J = 12.0 Hz, 2H) , 3.85 -3.59 (m, 9H) , 3.17 -3.09 (m, 2H) , 2.36 (s, 3H) , 2.13 - 2.07 (m, 1H) , 2.04 -1.91 (m, 1H) , 1.87 -1.69 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 370.2 [M+H] +.
Example B139. (R) -3- (3- ( (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) phenol (B-158)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (200 mg, 0.76 mmol) in MeCN (6 mL) were added TEA (290 mg, 2.87 mmol) , (3-hydroxyphenyl) boronic acid (124 mg, 0.90 mmol) and Cu (OAc) 2 (204 mg, 1.12 mmol) . The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 3 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL ×3) . The combined organic layer was washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and  concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (3.35 mg, 1%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.05 (s, 1H) , 7.02 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.47 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.42 (s, 1H) , 6.28 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 5.71 (s, 1H) , 3.93 (s, 1H) , 3.74 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.64 -3.59 (m, 1H) , 3.54 -3.47 (m, 4H) , 3.39 -3.35 (m, 1H) , 2.96 -2.85 (m, 1H) , 2.79 - 2.74 (m, 1H) , 2.02 - 1.92 (m, 1H) , 1.91 -1.82 (m, 1H) , 1.81 -1.69 (m, 1H) , 1.62 -1.49 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 356.3 [M+H] +.
Example B140. (R) - (6- (3- ( (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-3-yl) methanol (B-159)
Step 1. Synthesis of (R) -6- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) nicotinaldehyde
To a solution of 6-fluoropyridine-3-carbaldehyde (100 mg, 0.80 mmol) in DMSO (3 mL) were added NaHCO3 (402 mg, 4.79 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (210 mg, 0.70 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 110 ℃ for 8 h. After cooling down to rt, the mixture was poured into water (10 mL) and extracted with DCM (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated to provide the desired product (280 mg, 95%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 369.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) - (6- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-3-yl) methanol
To a solution of 6- [ (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] -1-piperidyl] pyridine-3-carbaldehyde (110 mg, 0.30 mmol) in THF (2 mL) and EtOH (2 mL) was added NaBH4 (14.0 mg, 0.37 mmol) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at rt for 2 h, it was quenched with aqueous NH4Cl solution (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (26.9 mg, 24%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.08 -7.95 (m, 2H) , 7.55 (dd, J = 2.0, 8.8 Hz, 1H) , 6.85 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 5.75 (s, 1H) , 4.47 (s, 2H) , 4.27 (d, J = 12.4 Hz, 1H) , 3.94 (d, J = 13.2 Hz, 1H) , 3.82 -3.78 (m, 1H) , 3.77 -3.72 (m, 4H) , 3.52 - 3.47 (m, 4H) , 3.18 -3.08 (m, 1H) , 2.96 -2.90 (m, 1H) , 2.06 -2.02 (m, 1H) , 1.87 - 1.79 (m, 1H) , 1.71 - 1.57 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 371.4 [M+H] +.
Example B141. 1- (4- (5- (7-Phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) -1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) piperazin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-160)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate (1.00 g, 4.42 mmol) and iodobenzene (1.83 g, 8.97 mmol) in toluene (10 mL) were added t-BuOK (2.00 g, 17.8 mmol) , BINAP (550 mg, 0.88 mmol) and Pd (PPh3) 4 (250 mg, 0.22 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (50 mL) and extracted with ethyl acetate (50 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (100 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 50: 1 to 10: 1) to provide the desired product (0.40 g, 30%yield) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 303.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane
To a mixture of tert-butyl 7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate (0.40 g, 1.32 mmol) in DCM (3 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 3 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was concentrated in vacuum to provide the desired product (320 mg, crude) as a green oil. MS (ESI) m/z = 203.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 3, 5-dibromo-4- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -4H-1, 2, 4-triazole
To a mixture of 3, 5-dibromo-4H-1, 2, 4-triazole (5 g, 22.0 mmol) in THF (50 mL) was added NaH (1.00 g, 25.0 mmol, 60 wt%in mineral oil) in portions at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at rt for 1 h. SEM-Cl (3.77 g, 22.6 mmol) was added dropwise to the above mixture at 0 ℃ under N2. After the reaction mixture was stirred at rt for additional 12 h, it was quenched with aq. NH4Cl (50 mL) and extracted with ethyl acetate (50 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (100 mL) , dried over  anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 200: 1) to provide the desired product (5.70 g, 72% yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 5.45 (s, 2H) , 3.67 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 0.96 - 0.91 (m, 2H) , 0.01 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 356 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of tert-butyl 4- (5-bromo-4- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of 2- [ (3, 5-dibromo-1, 2, 4-triazol-4-yl) methoxy] ethyl-trimethyl-silane (2.00 g, 5.60 mmol) and tert-butyl piperazine-1-carboxylate (0.90 g, 4.83 mmol) in DMF (20 mL) was added K2CO3 (1.60 g, 11.6 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (100 mL) and extracted with ethyl acetate (100 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (200 mL × 3) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum to provide the desired product (2.40 g, 93%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 5.26 (s, 2H) , 3.79 -3.71 (m, 2H) , 3.56 -3.53 (m, 4H) , 3.38 - 3.36 (m, 4H) , 1.48 (s, 9H) , 0.93 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 0.01 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 464.3 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of tert-butyl 4- (5- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) -4- ( (2- (trimethylsilyl) ethoxy) methyl) -4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 4- [5-bromo-4- (2-trimethylsilylethoxymethyl) -1, 2, 4-triazol-3-yl] piperazine-1-carboxylate (0.15 g, 0.32 mmol) and 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (150 mg, 0.63 mmol) in dioxane (4 mL) were added 1, 3-bis [2, 6-bis (1-propylbutyl) phenyl] -4, 5-dichloro-2H-imidazol-1-ium-2-ide; 3-chloropyridine; dichloropalladium (75.0 mg, 0.077 mmol) and Cs2CO3 (350 mg, 1.07 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 90 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated in vacuum. The residue was purified prep-TLC (petroleum ether /ethyl acetate = 2: 1) to provide the desired product (0.085 g, 45%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.25 - 7.19 (m, 2H) , 6.67 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.54 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 5.15 (s, 2H) , 3.81 - 3.71 (m, 2H) , 3.59 - 3.50 (m, 6H) , 3.48 -3.37 (m, 4H) , 3.34 -3.25 (m, 6H) , 2.12 -1.93 (m, 4H) , 1.48 (s, 9H) , 1.26 (s, 1H) , 0.94 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 0.01 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 584.5 [M+H] +.
Step 6. Synthesis of 2-phenyl-7- (3- (piperazin-1-yl) -1H-1, 2, 4-triazol-5-yl) -2, 7-diazaspiro [4.4] nonane
To a solution of tert-butyl 4- [5- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) -4- (2-trimethylsilylethoxymethyl) -1, 2, 4-triazol-3-yl] piperazine-1-carboxylate (0.085 g, 0.146 mmol) in DCM (1 mL) was added TFA (1 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 2 h, it was concentrated in vacuum to provide the desired product (0.12 g, crude) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 354.3 [M+H] +.
Step 7. Synthesis of 1- (4- (5- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) -1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) piperazin-1-yl) prop-2-en-1-one
To a mixture of 7-phenyl-2- (5-piperazin-1-yl-4H-1, 2, 4-triazol-3-yl) -2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (0.12 g, 0.34 mmol) and TEA (343 mg, 3.4 mmol) in DCM (2 mL) was added prop-2-enoyl prop-2-enoate (15 mg, 0.12 mmol) dropwise at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 0.5 h, it was poured into ice-water (10 mL) and extracted with DCM (20 mL × 3) . The combined organic  phase was washed with brine (50 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (12.1 mg, 9% yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.16 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.83 - 6.75 (m, 1H) , 6.61 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.58 -6.53 (m, 2H) , 6.25 -6.18 (m, 1H) , 5.79-5.74 (m, 1H) , 3.73 (s, 4H) , 3.54 (t, J = 6.8 Hz, 2H) , 3.43 -3.39 (m, 4H) , 3.38 -3.36 (m, 4H) , 3.28 -3.25 (m, 2H) , 2.12 -2.04 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 408.3 [M+H] +.
Example B142. (R) -N- (1- (6-Ethynylpyrimidin-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-161)
Step 1. Synthesis of (R) -N- (1- (6-iodopyrimidin-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (300 mg, 1.14 mmol) in dioxane (15 mL) were added K3PO4 (1.20 g, 5.65 mmol) and 4-fluoro-6-iodo-pyrimidine (300 mg, 1.34 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was concentrated under reduced pressure. The residue was poured into water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (130 mg, 24%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.08 (s, 2H) , 7.22 (s, 1H) , 5.69 (s, 1H) , 4.25 -4.11 (m, 1H) , 3.98 -3.92 (m, 1H) , 3.82 -3.80 (m, 1H) , 3.77 - 3.73 (m, 4H) , 3.51 - 3.48 (m, 4H) , 3.45 -3.39 (m, 1H) , 3.26 (d, J = 4.4 Hz, 1H) , 2.11 -2.03 (m, 1H) , 1.90 -1.83 (m, 1H) , 1.73 - 1.59 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 468.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -6-morpholino-N- (1- (6- ( (trimethylsilyl) ethynyl) pyrimidin-4-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine
To a solution of N- [ (3R) -1- (6-iodopyrimidin-4-yl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (120 mg, 0.25 mmol) and ethynyl (trimethyl) silane (53.0 mg, 0.54 mmol) in MeCN (4 mL) were added TEA (40.0 mg, 0.40 mmol) , CuI (6.0 mg, 0.032 mmol) and Pd (PPh3) 2Cl2 (23.0 mg, 0.033 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was quenched with water (10 mL) and extracted with ethyl acetate (5 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (15 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether /ethyl acetate = 0: 1) to provide the desired product (40.0 mg, 35%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 438.5 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (6-ethynylpyrimidin-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -1- [6- (2-trimethylsilylethynyl) pyrimidin-4-yl] -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (40.0 mg, 0.089 mmol) in MeOH (2 mL) and THF (2 mL) was added K2CO3 (18.0 mg, 0.13 mmol) . The reaction mixture was stirred at rt for 12 h. The reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (8.74 mg, 26%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.40 (s, 1H) , 8.04 (s, 1H) , 6.99 (s, 1H) , 6.80 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.67 (s, 1H) , 4.41 (s, 1H) , 4.17 -4.03 (m, 1H) , 3.79 -3.68 (m, 1H) , 3.70 -3.64 (m, 4H) , 3.43 -3.39 (m, 4H) , 3.17 - 3.13 (m, 1H) , 3.04 -2.90 (m, 1H) , 1.99 -1.88 (m, 1H) , 1.81 -1.71 (m, 1H) , 1.62 -1.44 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 366.4 [M+H] +.
Example B143. (R) -N- (1- (6-Ethynylpyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-162)
B-162 (4.1 mg, 1%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-161 as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO- d6) δ 8.04 (s, 1H) , 7.49 (t, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.87 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.76 (d, J = 6.8 Hz, 2H) , 5.65 (s, 1H) , 4.24 -4.20 (m, 1H) , 4.14 - 4.08 (m, 1H) , 4.04 (d, J = 12.0 Hz, 1H) , 3.83 -3.71 (m, 1H) , 3.68 -3.61 (m, 4H) , 3.42 -3.37 (m, 4H) , 3.00 - 2.91 (m, 1H) , 2.81 -2.74 (m, 1H) , 1.97 -1.90 (m, 1H) , 1.77 -1.73 (m 1H) , 1.52 -1.47 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 365.2 [M+H] +.
Example B144. (R) -N- (1- (6-Ethynylpyridazin-3-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-163)
B-163 (19.2 mg, 3%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-161 as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (s, 1H) , 7.46 (d, J = 9.6 Hz, 1H) , 7.23 (d,  J = 9.6 Hz, 1H) , 6.82 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 5.79 (s, 1H) , 4.56 - 4.39 (m, 1H) , 4.38 (s, 1H) , 4.13 (d, J = 13.6 Hz, 1H) , 3.81 -3.68 (m, 1H) , 3.65 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.45 -3.41 (m, 4H) , 3.22 -3.13 (m, 1H) , 2.98 - 2.88 (m, 1H) , 2.00 -1.93 (m, 1H) , 1.82 -1.75 (m, 1H) , 1.64 -1.50 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 366.5 [M+H] +.
Example B145. (R) -6-Morpholino-N- (1- (pyridin-3-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-164)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (345 mg, 1.15 mmol) in toluene (3 mL) were added 4-bromopyridine (200 mg, 1.27 mmol) , Pd2 (dba) 3 (105 mg, 0.115 mmol) , XPhos (109 mg, 0.23 mmol) and Cs2CO3 (1.12 g, 3.45 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h under microwave irradiation under N2. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (29.1 mg, 7%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.25 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 8.06 (s, 1H) , 7.94 (d, J = 4.0 Hz, 1H) , 7.44 -7.40 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 7.26 (dd, J = 4.8, 8.8 Hz, 1H) , 5.69 (s, 1H) , 4.03 -4.00 (s, 1H) , 3.77 -3.70 (m, 5H) , 3.58 - 3.43 (m, 5H) , 3.32 - 2.99 (m, 1H) , 2.87 - 2.83 (m, 1H) , 2.04 -1.86 (m, 2H) , 1.82 -1.71 (m, 1H) , 1.66 -1.40 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 341.2 [M+H+] .
Example B146. (R) -6-Morpholino-N- (1- (pyridin-4-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-165)
B-165 (32.8 mg, 8%yield) was synthesized following the procedures for preparing B-164 as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.08 -8.06 (m, 3H) , 6.85 (d, J = 6.8 Hz, 2H) , 5.67 (s, 1H) , 3.99 -3.72 (m, 2H) , 3.84 -3.65 (m, 5H) , 3.55 -3.38 (m, 4H) , 3.18 - 3.09 (m, 1H) , 3.02 - 2.99 (m, 1H) , 2.08 -2.04 (m, 1H) , 1.94 -1.80 (m, 1H) , 1.77 -1.57 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 341.2 [M+H+] .
Example B147. 1- (6- (4-Morpholinopyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) propan-1-one (B-166)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To a solution of tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (72 mg, 0.25 mmol) in CH3CN (2 mL) were added KOH (70 mg, 1.25 mmol) and 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (50 mg, 0.25 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h under N2. The mixture was filtered and the filter cake was washed with CH3CN to provide the desired product (90 mg, 89%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 362.3 [M+H+] .
Step 2. Synthesis of 4- (2- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine
To a solution of tert-butyl 6- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (90 mg, 0.25 mmol) in DCM (2 mL) was added TFA (141 mg, 1.24 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at rt for 12 h. The solution was concentrated under reduce pressure to provide the desired product (65 mg, 63%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 262.3 [M+H+] .
Step 3. Synthesis of 1- (6- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) propan-1-one
To a solution of propanoyl propanoate (65 mg, 0.50 mmol) in DCM (4 mL) were added DIEA (160 mg, 1.24 mmol) and 4- [2- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyrimidin-4-yl] morpholine (65 mg, 0.25 mmol) . The reaction mixture was stirred at rt for 12 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (41.7 mg, 50%yield) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.78 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 6.23 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 4.38 (s, 2H) , 4.24 (s, 4H) , 4.15 (s, 2H) , 3.84 - 3.65 (m, 8H) , 2.37 - 2.12 (m, 2H) , 1.14 -1.06 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 318.1 [M+H+] .
Example B148. 1- (3- ( ( (5-Morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-yl) amino) methyl) azetidin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-167)
Steps 1-3. Synthesis of N- (azetidin-3-ylmethyl) -5-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-amine
The title compound (267.7 mg, 26%yield over 3 steps) was synthesized following the procedures of step 1 to 3 for preparing B-098 as a colorless oil. MS (ESI) m/z = 256.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (3- ( ( (5-morpholino-1, 2, 4-thiadiazol-3-yl) amino) methyl) azetidin-1-yl) prop-2-en-1-one
B-167 was synthesized following the procedure of step 4 for preparing B-168 (40 mg, 34%yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.39 (s, 1H) , 6.32 -6.25 (m, 1H) , 6.10 - 6.05 (m, 1H) , 5.66 -5.63 (m, 1H) , 4.26 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 3.98 -3.90 (m, 2H) , 3.66 - 3.60 (m, 5H) , 3.44 - 3.32 (m, 6H) , 2.88 -2.86 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 310.2 [M+H] +.
Example B149. 1- (6- (6-Morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one(B-168)
Step 1. Synthesis of 4- (6-chloropyridazin-4-yl) morpholine
A solution of 3, 5-dichloropyridazine (1.0 g, 6.71 mmol) , morpholine (876 mg, 10.1 mmol) and Et3N (2.03 g, 20.1 mmol) in DMSO (10 mL) was stirred at 80 ℃ for 16 h, before it was cooled to rt, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (800 mg, 60%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 200.0 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 6- (5-morpholinopyridazin-3-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
A solution of 4- (6-chloropyridazin-4-yl) morpholine (800 mg, 4.02 mmol) , tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (1.59 g, 8.04 mmol) , xantphos (465 mg, 0.804 mmol) , Pd2 (dba) 3 (736 mg, 0.804 mmol) and Cs2CO3 (3.93 g, 12.1 mmol) in 1, 4-dioxane (10 mL) was stirred at 100 ℃ for 4 h, before it was cooled to rt and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (DCM /MeOH = 40 : 1) to provide the title compound (260 mg, 18%yield) as a pale yellow solid. MS (ESI) m/z = 362.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 4- (6- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyridazin-4-yl) morpholine
A solution of tert-butyl 6- (5-morpholinopyridazin-3-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (260 mg, 0.720 mmol) and formic acid (2 mL) in DCM (2 mL) was stirred at rt for 2 h, before  it was concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (70 mg, 37%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 262.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (6- (6-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a solution of 4- (6- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) pyridazin-4-yl) morpholine (30 mg, 0. 115 mmol) and aq. NaHCO3 (1N, 0.5 mL) in acetonitrile (1 mL) was added acryloyl chloride (10 mg, 0.103 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at this temperature for 15 min, before it was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%FA) to provide the title compound (4.08 mg, 11% yield) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.32 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.36 - 6.22 (m, 2H) , 5.97 (d, J = 2.8 Hz, 1H) , 5.77 -5.74 (m, 1H) , 4.52 (s, 2H) , 4.38 (s, 4H) , 4.27 (s, 2H) , 3.80 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.57 (t, J = 4.8 Hz, 4H) . MS (ESI) m/z = 316.0 [M+H] +.
Example B150. 1- (6- (6-Morpholinopyrimidin-4-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-169)
B-169 (40.1 mg, 21%yield over 4 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-168 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.23 (s, 1H) , 6.28 -6.25 (m, 1H) , 6.12 -6.11 (m, 1H) , 5.69 -5.65 (m, 2H) , 4.42 (s, 2H) , 4.23 (s, 4H) , 4.13 (s, 2H) , 3.66 - 3.61 (m, 4H) , 3.56 - 3.50 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 316.2 [M+H] +.
Example B151. N- (1- (4-Morpholinopyrimidin-2-yl) azetidin-3-yl) acrylamide (B-170)
B-170 (15.4 mg, 3%yield over 4 steps) was synthesized following the procedures for preparing B-168 as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.73 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 7.88 (d, J = 6.0 Hz, 1H) ,  6.19 -6.13 (m, 3H) , 5.64 -5.61 (m, 1H) , 4.62 -4.55 (m, 1H) , 4.20 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 3.80 - 3.76 (m, 2H) , 3.64 -3.62 (m, 4H) , 3.50 -3.49 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 290.2 [M+H] +.
Example B152. (R) -2- ( (- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) -N-methylisonicotinamide (B-171)
Step 1. Synthesis of methyl (R) -2- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) isonicotinate
To a solution of (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (50 mg, 0.26 mmol) in toluene (2 mL) were added methyl 2-chloroisonicotinate (53 mg, 0.31 mmol) , palladium acetate (5.8 mg, 0.026 mmol) , 1.1'-binaphthyl-2.2'-diphemyl phosphine (19 mg, 0.031 mmol) and cesium carbonate (167.5 mg. 0.51 mmol) . The mixture was stirred at 90 ℃ for 16 h under Ar, before it was filtered and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (DCM /MeOH = 20: 1) to provide the tittle compound (50 mg, 59%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 330.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -2- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) -N-methylisonicotinamide
A mixture of methyl (R) -2- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) isonicotinate (50 mg, 0.152 mmol) and methylamine (40 %wt. in ethanol, 1 mL) was stirred at rt for 16 h, before it was concentrated. The residue was purified by prep-TLC (DCM /MeOH = 20: 1) to provide the title compound (12 mg, 24%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 329.2 [M+H] +.
Example B153. (R) -6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) -N-methylpyrimidine-4-carboxamide (B-172)
Step 1. Synthesis of 4- (6- (1-phenyl-1, 7-diazaspiro [3.5] nonan-7-yl) pyrimidin-4-yl) morpholine
To a solution of (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (50 mg, 0.26 mmol) in MeCN (2 mL) were added DIEA (133 mg, 1.03 mmol) and methyl 6-chloropyrimidine-4-carboxylate (44.4 mg, 0.26 mmol) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 16 h, before it was filtered and concentrated. The residue was  purified by silica gel chromatography (DCM /MeOH = 20: 1) to provide the title compound (40 mg, 47%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 331.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) -N-methylpyrimidine-4-carboxamide
To a mixture of methyl (R) -6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidine-4-carboxylate (40 mg, 0.12 mmol) in EtOH (2 mL) was added CH3NH2 (40 %wt. in ethanol, 1 mL) . The mixture was stirred at rt overnight before it was quenched with water and extracted with EtOAc. The organic phase was washed with water and brine, dried over Na2SO4, purified by prep-TLC (DCM /MeOH = 20: 1) to provide the title compound (16 mg, 41%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 330.3 [M+H] +.
Example B154. 4- (2- (7-Phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) morpholine (B-173)
Step 1. Synthesis of 4- (2-chloropyridin-4-yl) morpholine
To a mixture of 2, 4-dichloropyridine (200 mg, 1.35 mmol) and morpholine (118 mg, 1.35 mmol) in DMSO (5 mL) was added K2CO3 (374 mg, 2.70 mmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 7 h, before it was diluted with EtOAc. The organic phase was washed with water and brine, dried over Na2SO4, and purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (100 mg, 37%yield) as a white solid.
Step 2. Synthesis of 4- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) morpholine
To a mixture of 4- (2-chloropyridin-4-yl) morpholine (100 mg, 0.50 mmol) and 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (101.8 mg, 0.50mmol) in toluene (5 mL) were added Pd (OAc) 2 (11.3 mg, 0.05mmol) , Cs2CO3 (328 mg, 1.0mmol) and BINAP (62.7 mg, 0.05 mmol) . The mixture was stirred at 90 ℃ under N2 atmosphere overnight. After cooling down to rt, the mixture was diluted with EtOAc, washed with water and brine, dried over Na2SO4, and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether /EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (5.85 mg, 3%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 365.3 [M+H] +.
Example B155. N-Methyl-6- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyrimidine-4-carboxamide (B-174)
The title compound (16 mg, 19%yield over 2 steps) was synthesized following the procedures for B-172 as a white solid. MS (ESI) m/z = 338.3 [M+H] +.
Example B156. N-Methyl-2- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenyl-5-oxa-2-azaspiro [3.4] octan-7-amine (B-175)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7- (phenylamino) -5-oxa-2-azaspiro [3.4] octane-2-carboxylate
To a solution of tert-butyl 7-oxo-5-oxa-2-azaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (0.25 g, 1.1 mmol) and aniline (153.0 mg, 1.6 mmol) in acetic acid (5 mL) was added a solution of NaBH (OAc) 3 (470 mg, 2.2 mmol) in acetic acid (2 mL) dropwise at 0 ℃. After the mixture was stirred at rt for 10 h under N2, it was filtered and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (100 mg, 30%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 305.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl 7- (methyl (phenyl) amino) -5-oxa-2-azaspiro [3.4] octane-2-carboxylate
To a mixture of NaH (80 mg, 2 mmol, 60 wt%in mineral oil) in anhydrous DMF (5 mL) was added tert-butyl 7- (phenylamino) -5-oxa-2-azaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (100 mg, 0.33 mmol) in DMF (2 mL) dropwise at rt under nitrogen. The reaction was stirred at rt for 30 min, before CH3I (456.0 mg, 3.3 mmol) was added at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 10 h, it was quenched with ice-water (50 mL) slowly and extracted with EtOAc (50 mL × 4) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL × 3) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (0.1 g, 95% yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 319.4 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N-methyl-N-phenyl-5-oxa-2-azaspiro [3.4] octan-7-amine
To a mixture of tert-butyl 7- (methyl (phenyl) amino) -5-oxa-2-azaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (100 mg, 0.31 mmol) in DCM (2 mL) was added TFA (179 mg, 1.6 mmol) at rt under N2. After the reaction mixture was stirred at rt for 1 h, it was concentrated under reduced pressure. The crude product was used in the next step without further purification.
Step 4. Synthesis of N-methyl-2- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenyl-5-oxa-2-azaspiro [3.4] octan-7-amine
A mixture of 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (25 mg, 0.12 mmol) , N-methyl-N-phenyl-5-oxa-2-azaspiro [3.4] octan-7-amine (10 mg, 0.04 mmol) and DIPEA (30 mg, 0.23 mmol) in DMSO (1 mL) was heated at 140 ℃ under microwave irradiation for 1 h. The reaction was quenched by ice-water (10 mL) slowly and then extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (10 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (10 mg, 49%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.35 (s, 1H) , 8.04 (s, 1H) , 7.20 -7.24 (m, 2H) , 6.92 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.78 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 5.49 (s, 1H) , 4.48 -4.51 (m, 1H) , 4.15 (dd, J = 9.2, 20.0 Hz, 2H) , 4.01 - 4.03 (m, 3H) , 3.90 - 3.97 (m, 1H) , 3.74 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.53 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 2.81 (s, 3H) , 2.52 (dd, J = 7.6, 13.6 Hz, 1H) , 2.25 (dd, J = 5.6, 13.6 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 382.2 [M+H] +.
Example B157. 1- (6- (8-Morpholino- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-6-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) prop-2-en-1-one (B-176)
Step 1. Synthesis of 4- (6-chloro- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-8-yl) morpholine
A mixture of 8-bromo-6-chloro- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridine (200 mg, 0.86 mmol) and morpholine (148.50 mg, 1.70 mmol) in DMSO (2 mL) was added DIEA (371.0 mg, 2.87 mmol) at rt. The mixture was stirred at 150 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the mixture was poured into water (40 mL) and extracted with EtOAc (20 mL × 3) . The combined organic layer was  concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (150 mg, 73%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 239.1 [M+H] +
Step 2. Synthesis of tert-butyl 6- (8-morpholino- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-6-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octane-2-carboxylate
To a mixture of 4- (6-chloro- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-8-yl) morpholine (100 mg, 0.4 mmol) and tert-butyl 2, 7-diazaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (125.0 mg, 0.59 mmol) in dioxane (3 mL) were added Cs2CO3 (400.0 mg, 1.2 mmol) and Ruphos Pd G4 (200.0 mg) at rt. The mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was quenched with water and extracted with ethyl acetate. The organic phase was washed with brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether /EtOAc = 1: 1) to provide the desired product (70 mg, 40%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 415.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 4- (6- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) - [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-8-yl) morpholine
To a solution of tert-butyl 6- (8-morpholino- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-6-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octane-2-carboxylate (30 mg, 0.072 mmol) in DCM (1 mL) was added TFA (60 μL) at rt. The reaction mixture was stirred at rt for 2 h. Then the mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (22 mg, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 315.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 1- (6- (8-morpholino- [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-6-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-2-yl) prop-2-en-1-one
To a mixture of 4- (6- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) - [1, 2, 4] triazolo [1, 5-a] pyridin-8-yl) morpholine (22 mg, 0.07 mmol) and TEA (100 μL) in DCM (2 mL) was added 2-oxobut-3-enyl prop-2-enoate (8.0 mg, 0.06 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 1 h. before it was poured into water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layers were concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (2.95 mg, 11%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.16 (s, 1H) , 7.59 (s, 1H) , 6.38 (s, 1H) , 6.29 - 6.34 (m, 1H) , 6.07 -6.14 (m, 1H) , 5.68 (dd, J = 2.0, 10.4 Hz, 1H) , 4.16 -4.24 (m, 2H) , 3.87 - 3.96 (m, 2H) , 3.77 - 3.82 (m, 4H) , 3.49 -3.56 (m, 6H) , 3.29 -3.32 (m, 2H) , 2.16 -2.28 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 369.2 [M+H] +.
Example B158. 6-morpholino-N- (2- (3- (phenylamino) cyclobutyl) ethyl) pyrimidin-4-amine (B-177)
Step 1. Synthesis of benzyl (3- (cyanomethylene) cyclobutyl) carbamate
To a mixture of LiBr (2.00 g, 23 mmol) and TEA (7.50 mL) in THF (10 mL) was added 2-diethoxyphosphorylacetonitrile (5.50 g, 31 mmol) dropwise at 0 ℃. The mixture was stirred at rt for 1.5 h. Then benzyl (3-oxocyclobutyl) carbamate (2.5 g, 11 mmol) in THF (10 mL) was added dropwise to the mixture at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at 0 ℃ for additional 11.5 h. The mixture was quenched with aq. NH4Cl (200 mL) and extracted with EtOAc (200 mL × 3) . The combined organic layer was washed with brine (50 mL × 2) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /EtOAc = 100: 1 to 10: 1) to provide the desired product (2.7 g, crude) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 265.2 [M+Na] +.
Step 2. Synthesis of benzyl (3- (2-aminoethyl) cyclobutyl) carbamate
To a mixture of benzyl (3- (cyanomethylene) cyclobutyl) carbamate (2.4 g, 10 mmol) and ammonium hydroxide (15 mL) in MeOH (25 mL) was added Raney Ni (0.3 g) at rt. The mixture was stirred at rt for 6 h under H2 (50 psi) . The mixture was filtered, and the filtrate was concentrated in vacuo to provide the desired product (3 g, crude) as an off-white oil. MS (ESI) m/z = 249.1 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of benzyl (3- (2- ( (tert-butoxycarbonyl) amino) ethyl) cyclobutyl) carbamate
To a mixture of benzyl (3- (2-aminoethyl) cyclobutyl) carbamate (1.5 g, 6 mmol) and TEA (2.5 mL, 18 mmol) in dichloromethane (15 mL) was added Boc2O (1.4 g, 6.5 mmol) at rt. After the mixture was stirred at rt for 2 h, it was adjusted to pH 3 with aq. HCl solution (1M) and extracted with dichloromethane. The combined organic layers were washed with brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo to provide the desired product (1.9 g, 90%yield) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.28 -7.38 (m, 5H) , 5.07 (s, 2H) , 4.05 -4.15 (m, 1H) , 3.36 - 3.45 (m, 1H) , 2.95 - 3.13 (m, 2H) , 2.42 -2.57 (m, 1H) , 1.88 -2.06 (m, 4H) , 1.49 -1.55 (m, 2H) , 1.43 (s, 9H) .
Step 4. Synthesis of tert-butyl (2- (3-aminocyclobutyl) ethyl) carbamate 
To a suspension of Pd/C (0.1 g) in MeOH (10 mL) was added benzyl (3- (2- ( (tert-butoxycarbonyl) amino) ethyl) cyclobutyl) carbamate (1 g, 2.87 mmol) at rt. The mixture was stirred at rt for 3 h. The mixture was filtered, and the filter cake was washed with methanol (10 mL) . The filtration was concentrated in vacuo to provide the desired product (0.6 g, crude) as an off-white oil.
Step 5. Synthesis of tert-butyl (2- (3- (phenylamino) cyclobutyl) ethyl) carbamate
To a mixture of tert-butyl (2- (3-aminocyclobutyl) ethyl) carbamate (0.3 g, 1.4 mmol) , phenylboronic acid (258.0 mg, 2.1 mmol) and TEA (0.39 mL, 2.8 mmol) in MeCN (6 mL) was added Cu (OAc) 2 (270.0 mg, 1.3 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (90 mg, 22%yield) as a purple solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.14 -7.22 (m, 2H) , 6.67 -6.77 (m, 1H) , 6.50 - 6.58 (m, 2H) , 3.05 -3.16 (m, 2H) , 2.59 -2.68 (m, 2H) , 1.97 -2.19 (m, 3H) , 1.68 -1.74 (m, 1H) , 1.59-1.65 (m, 1H) , 1.45 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 291.1 [M+H] +.
Step 6. Synthesis of N- (3- (2-aminoethyl) cyclobutyl) aniline
To a solution of tert-butyl (2- (3- (phenylamino) cyclobutyl) ethyl) carbamate (110 mg, 0.38 mmol) in DCM (1 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 1.80 mL) at rt. After the mixture was stirred at rt for 1 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (100 mg, crude) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.94 (s, 2H) , 7.35 - 7.42 (m, 2H) , 7.10 - 7.30 (m, 3H) , 2.65 - 2.73 (m, 2H) , 2.25 -2.42 (m, 3H) , 1.90 -2.01 (m, 2H) , 1.70 -1.78 (m, 2H) .
Step 7. Synthesis of 6-morpholino-N- (2- (3- (phenylamino) cyclobutyl) ethyl) pyrimidin-4-amine
To a mixture of N- (3- (2-aminoethyl) cyclobutyl) aniline (60 mg, 0.31 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (60 mg, 0.31 mmol) in DMSO (3 mL) was added DIEA (600 μL, 3.4 mmol) at rt. The mixture was stirred at 150 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (24 mg, 21%yield) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.99 (s, 1H) , 6.96 - 7.11 (m, 2H) , 6.70 (s, 1H) , 6.36 - 6.59 (m, 3H) , 5.66 -5.88 (m, 1H) , 5.55 (d, J = 4.0 Hz, 1H) , 3.81 -3.94 (m, 1H) , 3.60 - 3.66 (m, 4H) , 3.36 - 3.52 (m, 4H) , 3.04 -3.21 (m, 2H) , 2.30-2.38 (m, 1H) , 1.91 -2.08 (m, 3H) , 1.66 -1.75 (m, 1H) , 1.53 -1.64 (m, 1H) , 1.35 -1.48 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 354.2 [M+H] +.
Example B159. 1- (2- (6-Morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (B-178)
Step 1. Synthesis of 4- (6-fluoropyridin-2-yl) morpholine
To a mixture of 2, 6-difluoropyridine (819.0 mg, 7.1 mmol) and morpholine (500 μL, 5.7 mmol) in MeCN (8 mL) was added K2CO3 (2.33 g, 16.9 mmol) at rt under N2. The mixture was stirred at 80 ℃ for 10 h. After cooling down to rt, the residue was poured into ice-water (50 mL) and extracted with EtOAc (50 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL) , dried over anhydrous  Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The crude product was used in the next step without further purification. MS (ESI) m/z = 183.4 [M+H] +
Step 2. Synthesis of 1- (2- (6-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one
To a mixture of 4- (6-fluoro-2-pyridyl) morpholine (0.35 g, 1.9 mmol) and 1- (2, 6-diazaspiro [3.4] octan-6-yl) prop-2-en-1-one (1.1 g, 4.7 mmol) in DMSO (3 mL) was added K2CO3 (1.40 g, ) at rt under N2. The reaction mixture was heated at 140 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the mixture was poured into ice-water (20 mL) and extracted with EtOAc (20 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (30 mg, 5%yield) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.31 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.51 - 6.60 (m, 1H) , 6.04 -6.16 (m, 2H) , 5.64 -5.73 (m, 2H) , 3.75 -3.83 (m, 5H) , 3.55 - 3.66 (m, 7H) , 3.42 - 3.46 (m, 4H) , 2.16 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 2.06 (t, J = 6.8 Hz, 1H) . MS (ESI) m/z = 329.4 [M+H] +.
Example B160. 6-Morpholino-N- ( (7-phenyl-7-azaspiro [3.5] nonan-2-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-191)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 2-cyano-7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
NaCN (378.00 mg, 7.71 mmol) was added into a mixture of tert-butyl 2- ( (methylsulfonyl) oxy) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (1.4 g, 4.38 mmol) and potassium iodide (73 mg, 439.75 μmol) in DMF (7 mL) at 20 ℃. The mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. After cooling to rt, the mixture was dropped into sat. aq. NaHCO3 (70 mL) and extracted with EtOAc (20 mL*3) . The organic layer was washed with brine and concentrated in vacuo to give the crude. The crude was purified by flash silica gel chromatography (petroleum ether: EtOAc = 100: 1 to 5: 1) to give the desired product (400 mg, yield: 36%) as colorless oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 3.36 – 3.29 (m, 4H) , 3.14 – 3.02 (m, 1H) , 2.31 –2.12 (m, 4H) , 1.70 – 1.62 (m, 2H) , 1.59 – 1.52 (m, 2H) , 1.45 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 2- (aminomethyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
Raney-Ni (0.1 g, 1.17 mmol) was added into a mixture of NH3. H2O (12.13 g, 207.73 mmol, 13.33 mL) and tert-butyl 2-cyano-7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (400 mg, 1.60 mmol) in MeOH (8 mL) at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 12 h. The mixture was filtered and the filtrate was concentrated in vacuo to give the desired product (300 mg, yield: 74%) as an off white oil.
Step 3. Synthesis of tert-butyl 2- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
A mixture of tert-butyl 2- (aminomethyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (0.1 g, 393.13 μmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (80 mg, 400.73 μmol) and DIEA (148.40 mg, 1.15 mmol, 200 μL) in DMSO (2 mL) was stirred at 150 ℃ for 2 h under microwave irradiation. The crude was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex Luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; B%: 15%-45%, 12min) to give the desired product (250 mg, yield: 72%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 418.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of N- ( (7-azaspiro [3.5] nonan-2-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
HCl /dioxane (4 M, 1.05 mL) was added into a mixture of tert-butyl 2- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (0.25 g, 598.74 μmol) in DCM (2 mL) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 12 h, before it was concentrated in vacuo to give the desired product (150 mg, crude) as yellow solid.
Step 5. Synthesis of 6-morpholino-N- ( (7-phenyl-7-azaspiro [3.5] nonan-2-yl) methyl) pyrimidin-4-amine
Cu (OAc) 2 (60.00 mg, 330.33 μmol) was added into a mixture of N- ( (7-azaspiro [3.5] nonan-2-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (120 mg, 378.04 μmol) , phenylboronic acid (60.00 mg, 492.09 μmol) and TEA (130.86 mg, 1.29 mmol, 180.00 μL) in CH3CN (3 mL) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After cooling to rt, the mixture was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; B%: 0%-28%, 10min) to give the desired product (20 mg, yield: 13%) as yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.08 (s, 1H) , 7.27 – 7.20 (m, 2H) , 6.94 (d, J=8.0 Hz, 2 H) , 6.83 (t, J=7.2 Hz, 1H) , 5.35 (s, 1H) , 3.82 – 3.76 (m, 4H) , 3.64 – 3.57 (m, 4H) , 3.21 (d, J=6.4 Hz, 3H) , 3.16 – 3.12 (m, 2H) , 3.10 – 3.04 (m, 2H) , 2.65 – 2.57 (m, 1H) , 2.11 – 2.02 (m, 2H) , 1.82 –1.76 (m, 2H) , 1.71 – 1.65 (m, 2H) , 1.61 –1.52 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 394.3 [M+H] +.
Example B161. N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N3-phenylcyclohexane-1, 3-diamine (B-192)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) cyclohexyl) carbamate
A mixture of tert-butyl (3-aminocyclohexyl) carbamate (500 mg, 2.33 mmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (600 mg, 3.01 mmol) and DIEA (1.48 g, 11.5 mmol) in DMSO (5 mL) was stirred at 150 ℃ for 4 h under microwave irradiation. After cooling to rt, the mixture was filtered, the  filtrate was purified by Prep-HPLC (FA condition) to provide the desired product (300 mg, yield: 34%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 378.5 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) cyclohexane-1, 3-diamine
To a solution of tert-butyl (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) cyclohexyl) carbamate (300 mg, 794 μmol) in DCM (3 mL) was added TFA (2.30 g, 20.2 mmol, 1.5 mL) at 20 ℃, the mixture stirred at 20 ℃ for 2 h. The reaction mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (550 mg, crude, TFA) as a yellow gum. MS (ESI) m/z = 278.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N3-phenylcyclohexane-1, 3-diamine
To a solution of N1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) cyclohexane-1, 3-diamine (450 mg, 1.62 mmol) , phenylboronic acid (595 mg, 4.88 mmol) and TEA (821 mg, 8.11 mmol) in DCM (4.5 mL) was added Cu (OAc) 2 (295 mg, 1.62 mmol) at 25 ℃, the mixture stirred at 80 ℃ for 3 h. After cooling to rt, the reaction mixture was poured into water (50 mL) , extracted with EtOAc (40 mL *3) . The combined organic layer was washed with brine (100 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by Prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 0%-29%B over 10 min) and lyophilized to provide the desired product (19 mg, yield: 3%) as an off-white solid. 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ8.45 –7.86 (m, 1H) , 7.12 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 6.7 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.62 (t, J = 7.2 Hz, 1 H) , 5.88 – 5.43 (m, 1H) , 4.05 –3.85 (m, 1H) , 3.83 – 3.57 (m, 6H) , 3.41 – 3.36 (m, 2H) , 2.15 – 2.04 (m, 1H) , 1.95 – 1.50 (m, 7H) , 1.20 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , MS (ESI) m/z = 354.4 [M+H] +.
Example B162. 6-Morpholino-N- ( (3- (phenylamino) cyclopentyl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-193)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (3-carbamoylcyclopentyl) carbamate
To a solution of 3- ( (tert-butoxycarbonyl) amino) cyclopentane-1-carboxylic acid (900 mg, 3.93 mmol) in DMF (9 mL) was added HATU (1.65 g, 4.33 mmol) , DIEA (1.52 g, 11.9 mmol) and NH4Cl (630 mg, 11.78 mmol) at 20 ℃, the mixture stirred at 60 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was poured into water (10 mL) and extracted with EtOAc (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel flash chromatography (dichloromethane : MeOH = 10: 1) to provide the desired product (430 mg, yield: 48%) as a white solid, 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.26 (s, 1H) , 6.83 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.63 (s, 1H) , 3.90 –3.68 (m, 1H) , 2.59 (d, J = 8.0 Hz, 1H) , 2.04 – 1.88 (m, 1H) , 1.78 – 1.762 (m, 3H) , 1.55 –1.41 (m, 2H) , 1.37 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl (3- (aminomethyl) cyclopentyl) carbamate
To a solution of tert-butyl (3-carbamoylcyclopentyl) carbamate (150 mg, 657 μmol) in THF (2 mL) was added BH3. THF (1 M, 6.60 mL) at 20 ℃, the mixture was stirred at 20 ℃ for 14 h. The residue was diluted with MeOH (20 mL) at 0 ℃ and stirred at 0 ℃ for 20 min, then it was stirred at 20 ℃ for 1 h. The reaction mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (165 mg, crude) as an off-white oil.
Step 3. Synthesis of tert-butyl (3- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) cyclopentyl) carbamate
A mixture of tert-butyl (3- (aminomethyl) cyclopentyl) carbamate (180 mg, 839 μmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (151 mg, 756 μmol) and DIEA (324 mg, 2.51 mmol) in DMSO (2 mL) was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation. After cooling to rt, the crude product was purified by reversed-phase HPLC (FA condition) to provide the desired product (77 mg, yield: 24%) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 378.3 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of N- ( (3-aminocyclopentyl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl (3- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) cyclopentyl) carbamate (77.0 mg, 204 μmol) in DCM (2 mL) was added TFA (1.23 g, 10.7 mmol, 0.8 mL) and the mixture was stirred at 25 ℃ for 2 h. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (50 mg, yield: 88%) as yellow oil.
Step 5. Synthesis of 6-morpholino-N- ( (3- (phenylamino) cyclopentyl) methyl) pyrimidin-4-amine
A mixture of N- ( (3-aminocyclopentyl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (40 mg, 144 μmol) , phenylboronic acid (53 mg, 434.68 μmol) , TEA (73 mg, 721 μmol) and Cu (OAc) 2 (26 mg, 143 μmol) in DCM (3 mL) was degassed and purged with N2 for 3 times at 20 ℃. The mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h under N2 atmosphere. After cooling down to rt, the reaction mixture was filtered, collection of mother liquor. The residue was purified by Prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 1%-30%B over 8 min) and lyophilized to provide the desired product (16.2 mg, yield: 32%) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.33 – 8.00 (m, 1H) , 7.10 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.75 – 6.62 (m, 3H) , 5.74 (s, 1H) , 3.91 – 3.80 (m, 1H) , 3.75 – 3.72 (m, 4H) , 3.67 –3.56 (m, 4H) , 3.32 – 3.25 (m, 2H) , 2.44 – 2.28 (m, 2H) , 2.13 – 2.01 (m, 1H) , 1.97 – 1.86 (m, 1H) , 1.71 –1.49 (m, 2H) , 1.31 – 1.21 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 354.3 [M+H] +.
Example B163. 6-Morpholino-N- ( (7-phenyl-7-azaspiro [3.5] nonan-2-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-194)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) -2-azabicyclo [2.2.1] heptane-2-carboxylate
A mixture of tert-butyl 6-amino-2-azabicyclo [2.2.1] heptane-2-carboxylate (230 mg, 1.08 mmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (195 mg, 977 μmol) and DIEA (426 mg, 3.30 mmol) in DMSO (2 mL) was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation. The reaction mixture was cooled to rt, the reaction mixture was poured into H2O (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic layer was washed with brine (15 mL × 2) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography to provide the desired product (177 mg, yield: 43%) as white gum. MS (ESI) m/z = 376.6 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2-azabicyclo [2.2.1] heptan-6-amine
To a solution of tert-butyl 6- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) -2-azabicyclo [2.2.1] heptane-2-carboxylate (157 mg, 418 μmol) in DCM (2 mL) was added HCl/dioxane (4 M, 104 μL) . The mixture was stirred at 25 ℃ for 2 h. The reaction mixture was concentrated to provide the desired product (195 mg, crude, HCl) as white solid. MS (ESI) m/z = 276.6 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 2- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -N-phenyl-2-azabicyclo [2.2.1] heptan-6-amine
A mixture of N- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) -2-azabicyclo [2.2.1] heptan-6-amine (195 mg, 625 μmol, HCl) , phenylboronic acid (228 mg, 1.87 mmol) , TEA (312 mg, 3.09 mmol, 430 μL) and Cu (OAc) 2 (116 mg, 638.65 μmol) in DCM (15 mL) was degassed and purged with N2 for 3 times at 20 ℃, and then the mixture was stirred at 80 ℃ for 3 h under N2. After cooling to rt, the reaction mixture was filtered, the filtrate was purified by Prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150 *25mm*10 um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 9%-39%B over 11 min) and lyophilized to provide the desired product (72.21 mg, yield: 33%) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.16 (m, 1H) , 7.93 (s, 1H) , 7.05 (t, J = 8.0 Hz, 2 H) , 6.59 – 6.48 (m, 3H) , 5.83 – 5.47 (m, 1H) , 5.16 – 4.93 (m, 1H) , 4.59 – 4.32 (m, 1H) , 3.94 –3.85 (m, 1H) , 3.76 – 3.49 (m, 2H) , 3.23 – 2.91 (m, 4H) , 2.83 – 2.54 (m, 4H) , 2.30 – 2.15 (m, 1H) , 1.78 –1.60 (m, 2H) , 1.20 – 1.07 (m, 1 H) . MS (ESI) m/z = 352.5 [M+H] +.
Example B164. N- ( (3- (3-fluorophenyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptan-7-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-195)
Step 1. Synthesis of 3- (tert-butyl) 7-ethyl 3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3, 7-dicarboxylate
Tert-butyl 3, 6-dihydropyridine-1 (2H) -carboxylate (2.0 g, 10.91 mmol) , Rhodium (II) acetate (450 mg, 2.04 mmol) was added into DCE (20 mL) at 25 ℃. Ethyl 2-diazoacetate (1.47 g, 12.87 mmol, 1.35 mL) in DCE (10 mL) was added dropwise to the mixture at 40 ℃. The mixture was stirred at 50 ℃ for 12 h. After cooling to rt, ice water (10 ml) was added dropwise to the mixture and extracted with dichloromethane (10 mL*3) . The organic layer was concentrated in vacuo. The crude was purified by flash silica gel chromatography (petroleum ether: EtOAc = 100: 1 to 3: 1) to give the desired compound (0.3 g, yield: 10%) as yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4.13 – 4.11 (m, 2H) , 4.02 – 3.81 (m, 2H) , 3.55 –3.46 (m, 2H) , 3.05 – 2.91 (m, 2H) , 1.98 – 1.95 (m, 1H) , 1.82 – 1.77 (m, 1H) , 1.71 – 1.69 (m, 1H) , 1.46 (s, 9H) , 1.28 –1.26 (m, 3H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 7- (hydroxymethyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate
LiAlH4 (2.5 M, 750.00 μL) was added dropwise to a mixture of 3- (tert-butyl) 7-ethyl 3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3, 7-dicarboxylate (500 mg, 1.86 mmol) in THF (6 mL) at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. Aq. potassium sodium tartrate (3 ml) was added dropwise to the mixture at 0 ℃ and filtered. The layer was extracted with EtOAc (10 mL*3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether: EtOAc = 5: 1) to give the desired product (200 mg, yield: 47%) as yellow oil.
Step 3. Synthesis of tert-butyl 7- ( (phosphaneyl-t) methyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate
DIAD (78.22 mg, 386.85 μmol, 75 μL) was added into a mixture of tert-butyl 7- (hydroxymethyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate (50 mg, 219.97 μmol) , isoindoline-1, 3-dione (40 mg, 271.87 μmol) and PPh3 (98 mg, 373.64 μmol) in THF (10 mL) at 0 ℃. The mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. The mixture was concentrated in vacuo. The residue was diluted with water (10 mL) and extracted with EtOAc (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether: EtOAc = 5: 1) to give the desired product (50 mg, yield: 64%) as yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.85 –7.84 (m, 2H) , 7.73 – 7.71 (m, 2H) , 3.93 – 3.81 (m, 2H) , 3.58 – 3.55 (m, 2H) , 3.32 – 3.17 (m, 2H) , 1.93 –1.88 (m, 2H) , 1.73 – 1.71 (m, 1H) , 1.67 – 1.62 (m, 1H) , 1.41 (s, 9H) , 1.26 – 1.23 (m, 1H) .
Step 4. Synthesis of tert-butyl 7- (aminomethyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate
NH2NH2 . H2O (103 mg, 2.02 mmol, 0.1 mL) was added dropwise into the mixture of tert-butyl 7- ( (phosphaneyl-t) methyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate (50 mg, 140.29 μmol) in EtOH (3 mL) at 20 ℃. The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After cooling to rt, the mixture was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether: EtOAc = 5: 1) to give the desired product (32 mg, crude) as yellow oil.
Step 5. Synthesis of tert-butyl 7- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate
A mixture of tert-butyl 7- (aminomethyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate (32 mg, 141.40 μmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (60 mg, 300.55 μmol) and DIEA (745 mg, 5.74 mmol, 1 mL) in DMSO (2 mL) was stirred at 150 ℃ for 2 h under microwave irradiation. The mixture was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 20%-50%B over 10 min) to give the desired product (5 mg, yield: 9%) as yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.09 (s, 1H) , 5.34 (s, 1H) , 3.91 – 3.74 (m, 5H) , 3.61 – 3.53 (m, 4H) , 3.53 – 3.46 (m, 1H) , 3.41 –3.31 (m, 2H) , 3.31 – 3.00 (m, 4H) , 2.98 – 2.91 (m, 1H) , 2.04 – 1.87 (m, 1H) , 1.44 (s, 9H) , 1.02 –0.88 (m, 2H) .
Step 6. Synthesis of N- ( (3-azabicyclo [4.1.0] heptan-7-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
HCl/dioxane (4 M, 1 mL) was added into a mixture of tert-butyl 7- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptane-3-carboxylate (5 mg, 12.84 μmol) in DCM (1 mL) . The mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h before it was concentrated in vacuo to give the desired product (4 mg, crude) as yellow solid.
Step 7. Synthesis of N- ( (3- (3-fluorophenyl) -3-azabicyclo [4.1.0] heptan-7-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
Cu (OAc) 2 (3 mg, 16.52 μmol) was added into the mixture of N- ( (3-azabicyclo [4.1.0] heptan-7-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (4 mg, 13.82 μmol) , (3-fluorophenyl) boronic acid (3 mg, 21.44 μmol) and TEA (7.27 mg, 71.85 μmol, 10 μL) in CH3CN (1 mL) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. After cooling to rt, the mixture was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 18%-48%B over 10 min) to give the desired product (2 mg, yield: 37%) as yellow gum. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 7.99 (s, 1H) , 7.14 (q, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.87 – 6.77 (m, 1H) , 6.63 –6.52 (m, 2H) , 6.45 – 6.31 (m, 1H) , 5.58 (s, 1H) , 3.66 – 3.61 (m, 4H) , 3.51 –3.47 (m, 2H) , 3.40 – 3.35 (m, 4H) , 3.12 – 3.08 (m, 2H) , 3.04 – 2.99 (m, 1H) , 2.02 – 1.93 (m, 1H) , 1.83 –1.73 (m, 1H) , 1.14 – 0.84 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 384.4 [M+H] +.
Example B165. 6-Morpholino-N- ( (2-phenyl-2-azaspiro [3.3] heptan-5-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-196)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 3-cyclopropylideneazetidine-1-carboxylate
To the solution of 3-bromopropyl (triphenyl) phosphoniumbromide (44.7 g, 96.4 mmol) in toluene (390 mL) was added NaHMDS (1 M, 204 mL) dropwise at -30 ℃ under N2. The mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h, then the tert-butyl 3-oxoazetidine-1-carboxylate (15.0 g, 87.6 mmol) in THF (66 mL) was slowly added dropwise to the reaction mixture at -78 ℃. The mixture was stirred at -78 ℃ for 1 h, slowly warmed up to 20 ℃, then the mixture was stirred at 120 ℃ for 3 h. The reaction mixture was slowly poured into cold NH4Cl (aq., 300 mL) and stirred for 20 min. The aqueous phase was extracted with EtOAc (300 mL *2) . The combined organic phase was dried with anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by column chromatography (SiO2, petroleum ether: EtOAc = 1: 0 to 100: 1; TLC (petroleum ether/ethyl acetate = 10/1, Rf = 0.54) ) to afford the desired compound (11.8 g, yield: 34%) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4.56 – 4.53 (m, 4H) , 1.47 (s, 9H) , 1.09 – 1.06 (m, 4H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 8-oxa-6-azadispiro [2.0.34.13] octane-6-carboxylate
To the solution of tert-butyl 3-cyclopropylideneazetidine-1-carboxylate (11.8 g, 60.4 mmol) in DCM (415 mL) was added m-CPBA (15.9 g, 78.6 mmol) in ten batches at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 8 h. After the reaction was completed, the reaction mixture was washed with 10% Na2SO3 solution (300 mL × 2) and NaHCO3 (aq., 300 mL) . The organic layer was dried over by Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure to provide the desired product (14.5 g, crude) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4.35 – 4.31 (m, 2H) , 4.25 – 4.21 (m, 2H) , 1.47 (s, 9H) , 1.18 – 1.15 (m, 2H) , 1.04 –1.00 (m, 2H) .
Step 3. Synthesis of tert-butyl 5-oxo-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To the solution of tert-butyl 8-oxa-6-azadispiro [2.0.34.13] octane-6-carboxylate (14.5 g, 41.2 mmol) in THF (175 mL) was added LiI (2.78 g, 20.8 mmol) at 20 ℃ under N2. The mixture was stirred at 50 ℃ for 6 h. After the reaction was completed, the mixture was poured into the water (300 mL) , extracted with EtOAc (200 mL *2) . The combined organic layers were washed with brine (200 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by column chromatography (SiO2, petroleum ether: EtOAc = 100: 1 to 6: 1; TLC (petroleum ether/ethyl acetate = 5/1, Rf = 0.29) ) to afford the desired compound (5.8 g, yield: 67%) as a white solid. 1H NMR (400 MHz,  CDCl3) δ 4.19 (d, J = 9.2 Hz, 2H) , 3.93 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 3.02 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 2.28 (t, J = 8.8 Hz, 2H) , 1.42 (s, 9H) .
Step 4. Synthesis of tert-butyl 5-cyano-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To the solution of tert-butyl 5-oxo-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (3.60 g, 17.0 mmol) and 1- (isocyanomethylsulfonyl) -4-methyl-benzene (3.34 g, 17.1 mmol) in DME (50 mL) was added t-BuOK (5.76 g, 51.3 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 6 h. After the reaction was completed, the mixture was poured into the water (50 mL) , extracted with EtOAc (30 mL *2) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by column chromatography (SiO2, petroleum ether: EtOAc = 100: 1 to 5: 1; TLC (petroleum ether: EtOAc = 5/1, Rf = 0.39) ) to afford the desired compound (500 mg, yield: 13%) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4.34 (d, J = 9.6 Hz, 1H) , 3.96 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 3.93 – 3.87 (m, 2H) , 3.20 – 3.16 (m, 1H) , 2.33 – 2.28 (m, 3H) , 2.28 –2.17 (m, 1H) , 1.44 (s, 9H) .
Step 5. Synthesis of tert-butyl 5- (aminomethyl) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To the solution of Raney-Ni (10 mg, 117 μmol) and NH3·H2O (33 mg, 282 μmol) in MeOH (2 mL) was added tert-butyl 5-cyano-2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (30 mg, 135 μmol) at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ under H2 (50 Psi) for 2 h. The reaction mixture was filtered, the filtrate was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (30 mg, yield: 98%) as a gray solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.19 – 7.25 (m, 2H) , 3.98 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 3.82 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 3.70 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 3.58 (d, J = 9.2 Hz, 1H) , 3.07 – 3.02 (m, 1H) , 2.83 – 2.71 (m, 1H) , 2.45 (s, 1H) , 2.05 –2.09 (m, 2H) , 2.04 – 1.90 (m, 1H) , 1.61 – 1.59 (m, 1H) , 1.36 (s, 9H) .
Step 6. Synthesis of tert-butyl 5- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To the solution of tert-butyl 5- (aminomethyl) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (30 mg, 133 μmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (26 mg, 130 μmol) in DMSO (1 mL) was added DIPEA (51 mg, 395 μmol) at 20 ℃ under N2. The mixture was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150 *25mm *10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 12%-42%B over 8 min) to provide the desired product (10 mg, yield: 19%) as a green solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.35 (s, 1H) , 8.04 (s, 1H) , 5.34 (s, 1H) , 4.09 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 3.95 – 3.89 (m, 2H) , 3.85 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 3.83 – 3.78 (m, 4H) , 3.74 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 3.68 – 3.64 (m, 3H) , 3.38 –3.26 (m, 1H) , 3.21 – 3.08 (m, 1H) , 2.69 – 2.58 (m, 1H) , 2.18 – 2.05 (m, 3H) , 1.41 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 390.4 [M+H] +.
Step 7. Synthesis of N- ( (2-azaspiro [3.3] heptan-5-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To the solution of tert-butyl 5- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -2-azaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (130 mg, 334 μmol) in DCM (2 mL) was added TFA (1.54 g, 13.5 mmol) at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 0.5 h. The reaction mixture was concentrated under  reduced pressure to provide the desired product (190 mg, yield: 70%) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 290.2 [M+H] +.
Step 8. Synthesis of 6-morpholino-N- ( (2-phenyl-2-azaspiro [3.3] heptan-5-yl) methyl) pyrimidin-4-amine
To the solution of N- ( (2-azaspiro [3.3] heptan-5-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (190 mg, 471 μmol, TFA) and phenylboronic acid (58 mg, 476 μmol) in CH3CN (2 mL) was added Cu (OAc) 2 (114 mg, 628 μmol) and TEA (152 mg, 1.50 mmol) at 20 ℃. The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h under N2. The reaction mixture was filtered, the filtrate was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150 *25mm *10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 12%-42%B over 8 min) to provide the desired product (16 mg, yield: 8%) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.21 – 7.93 (m, 1H) , 7.23 (t, J = 8.0 Hz, 3H) , 6.77 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.49 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 5.45 – 5.25 (m, 1H) , 4.07 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 3.83 – 3.74 (m, 6H) , 3.68 (d, J = 7.2 Hz, 1H) , 3.55 (d, J = 4.0 Hz, 4H) , 3.44 – 3.35 (m, 2H) , 2.69 – 2.62 (m, 1H) , 2.20 –2.12 (m, 3H) , 1.71 – 1.62 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 366.2 [M+H] +.
Example B166. 6-Morpholino-N- ( (7-phenyl-7-azaspiro [3.5] nonan-1-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-197)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 1-cyano-7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
To a suspension of tert-butyl 1-oxo-7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (1.0 g, 4.18 mmol) and1- (isocyanomethylsulfonyl) -4-methyl-benzene (816 mg, 4.18 mmol) in DME (10 mL) was added t-BuOK (1.41 g, 12.54 mmol) at 20 ℃, the mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h. After the reaction was completed, the reaction mixture was poured into water (30 mL) , extracted with EtOAc (40 mL *3) . The combined organic layer was washed with brine (80 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by column chromatography (SiO2, petroleum ether: EtOAc = 30: 1 to 0: 1) to provide the desired product (260 mg, yield: 25%) as an off-white oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 3.85 –3.73 (m, 1H) , 3.69 – 3.58 (m, 1H) , 3.17 – 3.00 (m, 2H) , 2.81 (t, J = 8.4 Hz, 1H) , 2.42 – 2.21 (m, 2H) , 2.07 –1.95 (m, 1H) , 1.90 – 1.79 (m, 3H) , 1.68 – 1.60 (m, 2H) , 1.46 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 1- (aminomethyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
Tert-butyl 3-cyano-7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (260 mg, 1.04 mmol) was added into a mixture of Raney-Ni (20 mg, 233 μmol) and NH3. H2O (36.40 g, 311 mmol, 40 mL, 30% purity) in MeOH (8 mL) at 20 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h under H2 (15 psi) . The mixture was filtered and the cake was washed with methanol (20 mL) . The organic layer was concentrated in vacuo to provide the desired product (260 mg, crude) as a yellow oil. HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 3.91 – 3.65 (m, 2H) , 3.01 –2.73 (m, 2H) , 2.19 –2.07 (m, 1H) , 1.96 –1.95 (m, 1H) , 1.77 – 1.51 (m, 6H) , 1.46 (s, 9H) , 1.37 – 1.16 (m, 2H) , 0.98 –0.79 (m, 1H) .
Step 3. Synthesis of tert-butyl 1- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate
A mixture of tert-butyl 1- (aminomethyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (260 mg, 1.02 mmol) , 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (163 mg, 816 μmol) , DIEA (397 mg, 3.07 mmol) in DMSO (2 mL) was stirred at 150 ℃ for 1 h under microwave irradiation. After cooling to rt, the residue was purified by Prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 17%-47%B over 8 min and lyophilized to provide the desired product (80 mg, yield: 19%) . MS (ESI) m/z = 418.6 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of N- ( (7-azaspiro [3.5] nonan-1-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of tert-butyl 1- ( ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) methyl) -7-azaspiro [3.5] nonane-7-carboxylate (80 mg, 191 μmol) in DCM (1 mL) was added TFA (767 mg, 6.73 mmol, 0.5 mL) at 20 ℃, the mixture stirred at 20 ℃ for 2 h. The reaction mixture was concentrated in vacuo to provide the desired product (80 mg, yield: 96%) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 318.3 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of 6-morpholino-N- ( (7-phenyl-7-azaspiro [3.5] nonan-1-yl) methyl) pyrimidin-4-amine
Cu (OAc) 2 (26 mg, 143 μmol) was added to the solution of N- ( (7-azaspiro [3.5] nonan-1-yl) methyl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (60 mg, 139 μmol) , phenylboronic acid (21 mg, 172 μmol) , TEA (43.62 mg, 431.07 μmol, 60 μL) in CH3CN (2 mL) at 20 ℃. The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h under N2. The reaction mixture was filtered, the filtrate was purified by Prep-HPLC (column: Phenomenex luna C18 150*25mm*10 um; mobile phase: [water (FA) -ACN] ; gradient: 0%-27%B over 10 min) and lyophilized to provide the desired product (23 mg, yield: 42%) as a yellow gum. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.00 (s, 1H) , 7.24 –7.11 (m, 2H) , 6.93 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.74 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.65 –6.55 (m, 1H) , 5.70 –5.45 (m, 1H) , 3.64 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.52 – 3.41 (m, 3H) , 3.29 – 3.12 (m, 4H) , 2.79 –2.68 (m, 2H) , 2.26 –2.17 (m, 1H) , 2.00 – 1.92 (m, 1H) , 1.85 – 1.53 (m, 8H) . MS (ESI) m/z = 394.4 [M+H] +.
Example B167. (R) - (4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) thiazol-5-yl) methanol (B-198)
Step 1. Synthesis of methyl (R) -4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) thiazole-5-carboxylate
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (500 mg, 1.90 mmol) in toluene (10 mL) were added Cs2CO3 (1.85 g, 5.68 mmol) and methyl 4-bromothiazole-5-carboxylate (430 mg, 1.94 mmol) . The mixture was stirred at 110 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction was quenched with water (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (40.0 mg, 5%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 405.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) - (4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) thiazol-5-yl) methanol
To a solution of methyl 4- [ (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] -1-piperidyl] thiazole-5-carboxylate (40.0 mg, 0.099 mmol) in THF (3 mL) was added LiAlH4 (2.5 M in THF, 0.17 mL) at 0 ℃. The mixture was stirred at 25 ℃ for 1 h. The reaction was quenched with saturated aq. NH4Cl solution (10 mL) slowly and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (11.8 mg, 29.1%yield) as a yellow gum. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.70 (s, 1H) , 8.00 (s, 1H) , 5.73 (s, 1H) , 4.75 (s, 2H) , 3.99 (s, 1H) , 3.76 -3.71 (m, 4H) , 3.52 - 3.47 (m, 4H) , 3.45 -3.41 (m, 1H) , 3.24 -3.16 (m, 1H) , 3.04 -2.96 (m, 1H) , 2.84 (dd, J = 8.0, 11.6 Hz, 1H) , 1.99 - 1.92 (m, 1H) , 1.90 -1.83 (m, 1H) , 1.79 -1.75 (m, 1H) , 1.61 -1.50 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 377.4 [M+H] +.
Example B168. (R) -6- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyrazin-2-ol (B-199)
Step 1. Synthesis of (R) -N- (1- (6- (benzyloxy) pyrazin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of 2-benzyloxy-6-chloro-pyrazine (200 mg, 0.906 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (238 mg, 0.903 mmol) in toluene (5 mL) were added t-BuONa (261 mg, 2.72 mmol) , BINAP (113 mg, 0.181 mmol) and Pd2 (dba) 3 (83.0 mg, 0.091 mmol) . The reaction mixture was stirred at 110 ℃ for 4 h. The mixture was poured into water (15 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The crude product was purified by prep-HPLC to provide the desired product (25.0 mg, 6%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 448.5 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -6- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) pyrazin-2-ol
A solution of N- [ (3R) -1- (6-benzyloxypyrazin-2-yl) -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (20.0 mg, 0.045 mmol) in TFA (2 mL) was stirred at 60 ℃ for 1 h. The reaction mixture was concentrated to give a crude. The crude was dissolved in CH3CN and adjusted pH to 7 with saturated aq. NaHCO3. Then the mixture was purified by reverse-phase column to provide the desired product (8.75 mg, 49%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.17 (s, 1H) , 7.80 (s, 1H) , 7.59 (s, 1H) , 5.50 (s, 1H) , 3.95 -3.80 (m, 2H) , 3.72 -3.66 (m, 4H) , 3.59 -3.54 (m, 1H) , 3.42 - 3.38 (m, 4H) , 3.36 - 3.31 (m, 1H) , 2.89 -2.84 (m, 1H) , 2.02 -1.97 (m, 2H) , 1.89 - 1.83 (m, 1H) , 1.73 -1.56 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 358.4 [M+H] +.
Example B169. (R) -5- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) -1, 3, 4-thiadiazole-2-carbonitrile (B-200)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (832 mg, 3.16 mmol) in dioxane (15 mL) were added DIEA (1.22 g, 9.47 mmol) and 5-bromo-1, 3, 4-thiadiazole-2-carbonitrile (600 mg, 3.16 mmol) . After the reaction mixture was stirred at rt for 2 h, it was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC (neutral condition) to provide the desired product (495 mg, 42%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.06 (s, 1H) , 6.91 (d, J = 7.2 Hz, 1H) ,  5.69 (s, 1H) , 3.99 -3.95 (m, 2H) , 3.75 -3.63 (m, 1H) , 3.66 -3.62 (m, 4H) , 3.54 - 3.45 (m, 1H) , 3.42 - 3.38 (m, 4H) , 3.30 -3.24 (m, 1H) , 1.99 -1.83 (m, 2H) , 1.70 -1.53 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 373.0 [M+H] +.
Example 170. (R) -N- (1- (5-methylpyridin-2-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-201)
To a solution of 2-bromo-5-methyl-pyridine (200 mg, 1.16 mmol) in toluene (5 mL) were added 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (285 mg, 0.95 mmol) , Pd2 (dba) 3 (96.8 mg, 0.106 mmol) , DavePhos (83.2 mg, 0.21 mmol) and t-BuONa (305 mg, 3.17 mmol) at rt. The reaction mixture was degassed and purged with N2 for 3 times, then stirred at 100 ℃ for 12 h under N2. After cooling down to rt, the reaction was quenched with water (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to provide the desired product (36.2 mg, 9.3%yield) as an off-white solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.02 (s, 1H) , 7.89 (s, 1H) , 7.40 (dd, J = 2.0, 8.8 Hz, 1H) , 6.79 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 5.74 (s, 1H) , 4.14 (d, J = 11.6 Hz, 1H) , 3.90 - 3.79 (m, 2H) , 3.78 -3.72 (m, 4H) , 3.54 -3.45 (m, 4H) , 3.11 -3.07 (m, 1H) , 2.94 - 2.87 (m, 1H) , 2.18 (s, 3H) , 2.05 -2.02 (m, 1H) , 1.87 -1.79 (m, 1H) , 1.74 -1.55 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 355.2 [M+H+] .
Example 171. (R) -6-morpholino-N- (1- (pyridin-2-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-202)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (300 mg, 1.00 mmol) in DMSO (2 mL) were added 2-fluoropyridine (340 mg, 3.50 mmol) , DIEA (646 mg, 5.00 mmol) at rt. The reaction mixture was degassed and purged with N2 for 3 times, then stirred at 100 ℃ for 12 h under N2. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure and purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to provide the desired product (59.0 mg, 17%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.07 -8.00 (m, 2H) , 7.56 -7.50 (m, 1H) , 6.85 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 6.66 - 6.61 (m, 1H) , 5.75 (s, 1H) , 4.25 (d, J = 11.2 Hz, 1H) , 3.96 -3.88 (m, 1H) , 3.82 (brs, 1H) , 3.79 - 3.71 (m, 4H) , 3.57 - 3.43 (m, 4H) , 3.17 -3.08 (m, 1H) , 2.97 -2.93 (m, 1H) , 2.07 - 2.03 (m, 1H) , 1.89 - 1.78 (m, 1H) , 1.75 - 1.56 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 341.2 [M+H+] .
Example 172. (R) -6-morpholino-N- (1- (pyrimidin-5-yl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (B-203)
To a solution of 5-bromopyrimidine (100 mg, 0.63 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (170 mg, 0.646 mmol) in toluene (3 mL) were added Pd2 (dba) 3 (60 mg, 0.066 mmol) , t-BuONa (120 mg, 1.25 mmol) and BINAP (80 mg, 0.128 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 85 ℃ under N2 for 20 h. The reaction mixture was diluted with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (15.1 mg, 7%yield) as a yellow gum. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.69 (s, 1H) , 8.40 (s, 2H) , 8.19 (s, 1H) , 5.44 (s, 1H) , 5.11 (s, 1H) , 3.99 (s, 1H) , 3.79 -3.75 (m, 4H) , 3.70 - 3.65 (m, 1H) , 3.54 -3.51 (m, 4H) , 3.43 -3.35 (m, 1H) , 3.15 -3.06 (m, 1H) , 3.01 - 2.95 (m, 1H) , 2.00 - 1.96 (m, 2H) , 1.93 -1.90 (m, 1H) , 1.81 -1.64 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 342.5 [M+H] +.
Example 173. (R) - (4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) phenyl) methanol (B-204)
Step 1. Synthesis of methyl (R) -4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) benzoate
To a solution of methyl 4-bromobenzoate (300 mg, 1.40 mmol) and 6-morpholino-N- [ (3R) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (390 mg, 1.48 mmol) in toluene (5 mL) were added Pd2 (dba) 3 (130 mg, 0.142 mmol) , XPhos (140 mg, 0.294 mmol) and Cs2CO3 (1.36 g, 4.19 mmol) at rt under N2. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h under N2. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel flash chromatography (dichloromethane /MeOH = 10: 1) to provide the desired product (185 mg, 33%yield) as a brown solid. MS (ESI) m/z = 398.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) - (4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) phenyl) methanol
To a solution of methyl 4- [ (3R) -3- [ (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino] -1-piperidyl] benzoate (85 mg, 0.214 mmol) in THF (1 mL) was added LiAlH4 (2.5 M in THF, 0.25 mL) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at rt for 2 h, it was quenched with aq. NH4Cl (20 mL) slowly and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over by anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to provide the desired product (13.8 mg, 17%yield) as a brown solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.17 (s, 1H) , 7.29 (s, 1H) , 7.27 (s, 1H) , 6.94 (d, J = 8.4 Hz, 2H) , 5.45 (s, 1H) , 4.61 (s, 2H) , 3.90 - 3.86 (m, 1H) , 3.80 -3.77 (m, 4H) , 3.59 -3.55 (m, 4H) , 3.53 -3.51 (m, 1H) , 3.28 - 3.24 (m, 1H) , 3.11 - 3.07 (m, 1H) , 3.02 -2.97 (m, 1H) , 1.94 -1.88 (m, 4H) , 1.70 -1.67 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 370.1 [M+H] +.
Example B174. (R) - (2-fluoro-4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) phenyl) methanol (B-205)
B-205 was synthesized following the procedures for preparing B-204 (4.9 mg, 5% yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.15 (s, 1H) , 7.27 - 7.23 (m, 1H) , 6.71 - 6.59 (m, 2H) , 5.44 (s, 1H) , 4.66 (s, 2H) , 3.81 -3.78 (m, 5H) , 3.65 -3.57 (m, 5H) , 3.41 - 3.37 (m, 1H) , 3.10 - 3.06 (m, 1H) , 2.99 -2.93 (m, 1H) , 2.02 -1.97 (m, 2H) , 1.91 -1.86 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 388.5 [M+H] +.
Example B175. (R) - (6- (3- ( (4-morpholinopyrimidin-2-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-3-yl) methanol (B-206)
Step 1. Synthesis of methyl (R) -6- (3- ( (tert-butoxycarbonyl) amino) piperidin-1-yl) nicotinate
To a solution of tert-butyl N- [ (3R) -3-piperidyl] carbamate (1.00 g, 4.99 mmol) and methyl 6-fluoropyridine-3-carboxylate (800 mg, 5.16 mmol) in MeCN (10 mL) was added K2CO3 (1.38 g, 9.99 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 6 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated to provide desired product (1.50 g, 90%yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 336.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of methyl (R) -6- (3-aminopiperidin-1-yl) nicotinate
To a solution of methyl 6- [ (3R) -3- (tert-butoxycarbonylamino) -1-piperidyl] pyridine-3-carboxylate (1.50 g, 4.47 mmol) in DCM (5 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 11.18 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 0.5 h, it was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (1.82 g, crude, HCl salt) as a white solid. MS (ESI) m/z = 236.1 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of methyl (R) -6- (3- ( (4-morpholinopyrimidin-2-yl) amino) piperidin-1-yl) nicotinate
To a solution of methyl 6- [ (3R) -3-amino-1-piperidyl] pyridine-3-carboxylate (200 mg, 0.734 mmol) in MeCN (4 mL) were added 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (150 mg, 0.751 mmol) and DIEA (742 mg, 5.74 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at 70 ℃ for 6 h, it was concentrated under reduced pressure and purified by prep-HPLC to provide the desired product (28 mg, 10% yield) as a white solid. MS (ESI) m/z = 399.0 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of (R) - (6- (3- ( (4-morpholinopyrimidin-2-yl) amino) piperidin-1-yl) pyridin-3-yl) methanol
To a solution of methyl 6- [ (3R) -3- [ (4-morpholinopyrimidin-2-yl) amino] -1-piperidyl] pyridine-3-carboxylate (28 mg, 0.07 mmol) in THF (2 mL) was added LiAlH4 (2.5 M in THF, 0.084 mL) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at rt for 2 h, it was quenched with aq. NH4Cl (20 mL) slowly and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to provide the desired product (8.37 mg, 31%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.11 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 7.86 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 7.51 -7.48 (m, 1H) , 6.70 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 5.89 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 4.55 (s, 2H) , 4.28 -4.21 (m, 1H) , 4.00 - 3.94 (m, 2H) , 3.78 - 3.75 (m, 4H) , 3.63 -3.60 (m, 4H) , 3.22 -3.18 (m, 1H) , 3.08 -3.04 (m, 1H) , 2.06 -2.01 (m, 1H) , 1.89 - 1.83 (m, 1H) , 1.65 - 1.61 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 371.1 [M+H] +.
Example B176. (6- ( (1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl) amino) pyridin-3-yl) methanol (B-207)
Step 1. Synthesis of methyl 6- [ (1-tert-butoxycarbonylpyrrolidin-3-yl) amino] pyridine-3-carboxylate
To a solution of tert-butyl 3-aminopyrrolidine-1-carboxylate (130 mg, 0.70 mmol) in DMSO (2 mL) were added DIEA (299 mg, 2.30 mmol) and methyl 6-fluoropyridine-3-carboxylate (100 mg, 0.645 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the mixture was poured into water (10 mL) and stirred for 2 min. The aqueous phase was extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (10 mL × 3) , dried with anhydrous Na2SO4,  filtered and concentrated in vacuum to get the desired product (200 mg, 97%yield) as a brown solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.76 (s, 1H) , 8.01 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.39 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 5.18 - 5.00 (m, 1H) , 4.56 -4.33 (m, 1H) , 3.88 (s, 3H) , 3.75 -3.71 (m, 1H) , 3.56 -3.42 (m, 2H) , 3.37 - 3.20 (m, 1H) , 2.33 -2.18 (m, 1H) , 2.00 -1.87 (m, 1H) , 1.47 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of methyl 6- (pyrrolidin-3-ylamino) pyridine-3-carboxylate
To a solution of methyl 6- [ (1-tert-butoxycarbonylpyrrolidin-3-yl) amino] pyridine-3-carboxylate (200 mg, 0.622 mmol) in DCM (2 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 2 mL) . The mixture was stirred at rt for 1 h. The reaction mixture was concentrated under vacuum to get the desired product (150 mg, 94%yield, HCl salt) as a black brown solid. MS (ESI) m/z = 222.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of Methyl 6- [ [1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl] amino] pyridine-3-carboxylate
To a solution of methyl 6- (pyrrolidin-3-ylamino) pyridine-3-carboxylate (50.0 mg, 0.194 mmol) in DMSO (1 mL) were added DIEA (74.2 mg, 0.574 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (35.0 mg, 0.175 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 11.5 h. After cooling to rt, the mixture was poured into water (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (10 mL × 2) , dried with anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated in vacuum to get the desired product (70.0 mg, 94%yield) as a black brown solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.40 (s, 1H) , 8.25 (s, 1H) , 8.06 -8.04 (m, 1H) , 6.50 (s, 1H) , 6.44 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 5.33 (s, 1H) , 3.88 (s, 1H) , 3.88 (s, 3H) , 3.82 -3.75 (m, 8H) , 3.65 (d, J = 4.4 Hz, 4H) , 3.57 - 3.55 (m, 2H) , 2.62 (s, 2H) .
Step 4. Synthesis of [6- [ [1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl] amino] -3-pyridyl] methanol
To a solution of methyl 6- [ [1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl] amino] pyridine-3-carboxylate (70.0 mg, 0.182 mmol) in THF (2 mL) was added LiAlH4 (2.5 M in THF, 0.15 mL) at 0 ℃.  The reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 2 h. Then H2O (0.15 mL) , 15%NaOH (0.15 mL) and H2O (4.5 mL) were added to the mixture. After the mixture was stirred at rt for 15 min, it was filtered and the filter cake was washed with EtOAc (5 mL) . The filtrate was extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic phase was washed with brine (10 mL) , dried with anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated in vacuum. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to get the desired product (1.40 mg, 2%yield) as a yellow gum solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.24 (s, 1H) , 8.08 (s, 1H) , 7.52 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 6.47 (d, J = 8.8 Hz, 1H) , 5.33 (s, 1H) , 5.00 -4.78 (m, 1H) , 4.57 (s, 2H) , 4.53 -4.50 (m, 1H) , 3.89 -3.81 (m, 1H) , 3.81 -3.76 (m, 4H) , 3.70 - 3.58 (m, 2H) , 3.56 - 3.50 (m, 4H) , 3.49 -3.31 (m, 2H) , 2.45 -2.33 (m, 1H) , 2.10 -2.01 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 357.0 [M+H] +.
Example B177. N- (1- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) pyrrolidin-3-yl) acetamide (B-208)
To a solution of 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (0.10 g, 0.501 mmol) and N-pyrrolidin-3-ylacetamide (70 mg, 0.546 mmol) in MeCN (3 mL) was added K2CO3 (140 mg, 1.01 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 6 h. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (20.9 mg, 14%yield) as a yellow gum. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.90 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 6.35 (s, 1H) , 6.83 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 4.53 -4.50 (m, 1H) , 3.76 -3.70 (m, 5H) , 3.63 -3.46 (m, 6H) , 3.43 (s, 1H) , 2.34 -2.14 (m, 1H) , 1.97 -1.91 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 292.5 [M+H] +.
Example B178. N-methyl-6- (3- (phenylamino) pyrrolidin-1-yl) pyrimidine-4-carboxamide (B-209)
To a solution of N-phenylpyrrolidin-3-amine (120 mg, 0.604 mmol) in DMSO (2 mL) were added DIEA (445 mg, 3.44 mmol) and 6-chloro-N-methyl-pyrimidine-4-carboxamide (0.10 g, 0.583 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to provide the desired product (75 mg, 43%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.53 (s, 1H) , 8.03 (s, 1H) , 7.24 - 7.20 (m, 3H) , 6.78 (t, J = 6.8 Hz, 1H) , 6.65 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 4.26 -4.23 (m, 1H) 3.98 – 3.40 (m, 5H) , 3.15 (d, J = 4.8 Hz, 3H) , 2.42 -2.38 (m, 1H) , 2.15 -2.11 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 298.0 [M+H] +.
Example B179. 1- (4-morpholinopyrimidin-2-yl) -N-phenylpyrrolidin-3-amine (B-210)
To a solution of N-phenylpyrrolidin-3-amine (50 mg, 0.25 mmol) in MeCN (2 mL) were added KOH (70 mg, 1.25 mmol) and 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (50 mg, 0.25 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. The reaction mixture was filtered and concentrated under vacuum. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (20 mg, 24% yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.78 (d, J = 6.4 Hz, 1H) , 7.12 (t, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.73 -6.58 (m, 3H) , 6.13 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 4.20 -4.13 (m, 1H) , 3.89 - 3.83 (m, 1H) , 3.74 - 3.71 (m, 4H) , 3.69 -3.62 (m, 5H) , 3.50 -3.41 (m, 2H) , 2.38 -2.25 (m, 1H) , 2.10 - 1.96 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 326.4 [M+H] +.
Example B180. N-methyl-6- ( ( (1-phenylpiperidin-4-yl) methyl) amino) pyrimidine-4-carboxamide (B-211)
To a solution of (1-phenyl-4-piperidyl) methanamine (200 mg, 882 μmol) in DMSO (5 mL) were added 6-chloro-N-methyl-pyrimidine-4-carboxamide (160 mg, 932 μmol) and DIEA (742 mg, 5.74 mmol, 1.00 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h, it was purified by prep-HPLC to provide the desired product (109 mg, 37%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.43 (s, 1H) , 7.22 (t, J = 6.8 Hz, 2H) , 7.20 (s, 1H) , 7.00 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.84 (t, J = 6.8 Hz, 2H) , 3.68 (d, J = 12.0 Hz, 2H) , 3.60 -3.55 (m, 2H) , 2.93 (s, 3H) , 2.72 -2.62 (m, 2H) , 1.92 -1.77 (m, 3H) , 1.45 -1.40 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 326.4 [M+H] +.
Example B181. 1- (6- (4-morpholinopyridin-2-yl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) propan-1-one (B-212)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6- (4-morpholino-2-pyridyl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate
To a solution of 4- (2-chloro-4-pyridyl) morpholine (200 mg, 1.01 mmol) and tert-butyl 2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (200 mg, 1.01 mmol) in dioxane (5 mL) were added Pd2 (dba) 3 (100 mg, 0.109 mmol) , DavePhos (80 mg, 0.203 mmol) and t-BuOK (300 mg, 2.67 mmol) at rt under N2. The mixture was stirred at 100 ℃ for 2 h under N2. The reaction mixture was diluted with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (20 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (20 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel column chromatography (dichloromethane /MeOH = 10: 1) to provide the desired product (330 mg, 91%yield) as a red solid. MS (ESI) m/z = 361.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 4- [2- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) -4-pyridyl] morpholine
To a solution of tert-butyl 6- (4-morpholino-2-pyridyl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptane-2-carboxylate (330 mg, 0.916 mmol) in DCM (4 mL) was added TFA (209 mg, 1.83 mmol) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 1 h, it was concentrated under reduced pressure to provide the desired product (500 mg, crude, TFA salt) as a red solid. MS (ESI) m/z = 261.5 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 1- [6- (4-morpholino-2-pyridyl) -2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl] propan-1-one
To a solution of 4- [2- (2, 6-diazaspiro [3.3] heptan-2-yl) -4-pyridyl] morpholine (250 mg, 0.401 mmol) and TEA (122 mg, 1.20 mmol) in DCM (2 mL) was added propanoyl propanoate (50 mg, 0.384 mmol) in DCM (2 mL) slowly at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at rt for 2 h. Then the reaction mixture was diluted with H2O (10 mL) and extracted with dichloromethane (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by prep-HPLC to provide the desired product (53.3 mg, 41%yield) as a gray solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.91 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 6.25 - 6.22 (m, 1H) , 5.45 (s, 1H) , 4.31 -4.22 (m, 6H) , 4.17 (s, 2H) , 3.83 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 3.33 (t, J = 5.2 Hz, 4H) , 2.11 (q, J = 7.6 Hz, 2H) , 1.32 (t, J = 7.6 Hz, 3H) . MS (ESI) m/z = 317.5 [M+H] +.
Example B182. 1- (4- (6- (3- (phenylamino) pyrrolidin-1-yl) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) prop-2-en-1-one (B-213)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 4- [6- (3-anilinopyrrolidin-1-yl) pyrimidin-4-yl] piperazine-1-carboxylate
To a solution of N-phenylpyrrolidin-3-amine (0.15 g, 755 μmol) in DMSO (2 mL) were added DIEA (519 mg, 4.02 mmol) and tert-butyl 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) piperazine-1-carboxylate (230 mg, 770 μmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. The reaction was quenched with H2O (10 mL) and extracted with ethyl acetate (10 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (10 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether /ethyl acetate = 1: 2) to provide the desired product (0.11 g, 34%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.25 (s, 1H) , 7.21 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.76 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.64 (d, J = 7.6 Hz, 2H) , 5.33 (s, 1H) , 4.22 -4.20 (m, 1H) , 3.84 - 3.82 (m, 1H) , 3.64 -3.43 (m, 11H) , 2.39 - 2.30 (m, 1H) , 2.10 -2.08 (m, 1H) , 1.83 -1.74 (m, 1H) , 1.49 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of N-phenyl-1- (6-piperazin-1-ylpyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-amine
To a solution of tert-butyl 4- [6- (3-anilinopyrrolidin-1-yl) pyrimidin-4-yl] piperazine-1-carboxylate (0.11 g, 259 μmol) in DCM (3 mL) was added HCl solution (4M in EtOAc, 2 mL) at rt. After the reaction mixture was stirred at rt for 12 h, it was concentrated under vacuum to provide the desired product (0.10 g, crude, HCl) as a brown solid.
Step 3. Synthesis of 1- [4- [6- (3-anilinopyrrolidin-1-yl) pyrimidin-4-yl] piperazin-1-yl] prop-2-en-1-one
To a solution of N-phenyl-1- (6-piperazin-1-ylpyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-amine (0.08 g, 221 μmol) in DCM (2 mL) was added TEA (109 mg, 1.08 mmol) at 0 ℃, then prop-2-enoyl prop-2-enoate  (20.0 mg, 159 μmol) was added dropwise to the mixture at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 0 ℃ for 15 min, it was quenched with H2O (5 mL) and extracted with DCM (10 mL × 2) . The combined organic layer was washed with brine (20 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-HPLC (0.1%NH3·H2O) to provide the desired product (30.0 mg, 36%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.25 (s, 1H) , 7.21 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.76 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.66 -6.63 (m, 2H) , 6.60 -6.56 (m, 1H) , 6.35 (dd, J = 1.6, 16.8 Hz, 1H) , 5.76 (dd, J = 2.0, 10.8 Hz, 1H) , 5.34 (s, 1H) , 4.22 (s, 1H) , 3.80 -3.71 (m, 6H) , 3.67 -3.57 (m, 6H) , 3.44 -3.40 (m, 1H) , 2.39 -2.31 (m, 1H) , 2.11 -2.05 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 379.2 [M+H] +.
Example B183. N- (1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl) -1H-indol-6-amine (B-214)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 6-bromo-1H-indole-1-carboxylate
To a solution of 6-bromo-1H-indole (1.00 g, 5.10 mmol) in DCM (10 mL) were added DMAP (62.0 mg, 507 μmol) , TEA (1.55 g, 15.3 mmol) and Boc2O (1.45 g, 6.63 mmol) at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at rt for 4 h under N2. The reaction was quenched with water (30 mL) and extracted with dichloromethane (50 mL × 3) . The combined organic layer was washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 25: 1 to 10: 1) to provide the desired product (1.50 g, 99%yield) as a red solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.37 (s, 1H) , 7.56 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 7.44 -7.40 (m, 1H) , 7.37 -7.33 (m, 1H) , 6.54 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 1.68 (s, 9H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl 6- ( (1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl) amino) -1H-indole-1-carboxylate
To a solution of tert-butyl 6-bromoindole-1-carboxylate (500 mg, 1.69 mmol) and 1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-amine (500 mg, 1.75 mmol) in dioxane (10 mL) were added Cs2CO3 (1.67 g, 5.12 mmol) , Xphos (166 mg, 348umol) and Pd2 (dba) 3 (166 mg, 181 μmol) under N2. The  reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h under N2. The reaction was quenched with H2O (20 mL) and extracted with ethyl acetate (15 mL × 3) . The combined organic layer was washed with brine (30 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 3: 1 to 1: 1) to provide the desired product (200 mg, 23%yield) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.25 (s, 1H) , 7.54 (s, 1H) , 7.38 (d, J = 3.2 Hz, 1H) , 7.34 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.59 (dd, J = 2.0, 8.4 Hz, 1H) , 6.44 (d, J = 3.6 Hz, 1H) , 5.33 (s, 1H) , 4.35 -4.27 (m, 1H) , 3.87 -3.83 (m, 1H) , 3.80 -3.75 (m, 4H) , 3.69 -3.57 (m, 2H) , 3.56 -3.51 (m, 4H) , 3.49 -3.40 (m, 1H) , 2.42 -2.31 (m, 1H) , 2.14 -2.08 (m, 1H) , 1.66 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 465.4 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of N- (1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl) -1H-indol-6-amine
To a solution of tert-butyl 6- [ [1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl] amino] indole-1-carboxylate (180 mg, 387 μmol) in DCM (4 mL) and was added TFA (1.54 g, 13.4 mmol) . The reaction mixture was stirred at rt for 12 h. Then the reaction mixture was adjusted pH to 6 with aq. NH3·H2O. The solution was concentrated and purified by pre-HPLC to provide the desired product (35.8 mg, 25.0%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.19 (s, 1H) , 7.64 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 7.39 (d, J = 1.2 Hz, 1H) , 7.32 (s, 1H) , 7.01 -6.97 (m, 1H) , 6.50 (d, J = 3.2 Hz, 1H) , 5.72 (s, 1H) , 4.52 -4.46 (m, 1H) , 3.91 -3.83 (m, 2H) , 3.82-3.80 (m, 1H) , 3.79 -3.75 (m, 4H) , 3.74 -3.70 (m, 4H) , 3.68 -3.62 (m, 1H) , 2.57 -2.45 (m, 1H) , 2.43 -2.33 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 365.4 [M+H] +.
Example B184. 4-morpholino-N- ( (1-phenylpiperidin-4-yl) methyl) pyrimidin-2-amine (B-215)
To a mixture of (1-phenyl-4-piperidyl) methanamine (100 mg, 441 μmol, HCl salt) in DMSO (2 mL) were added 4- (2-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (88 mg, 441 μmol) and DIEA (311 mg, 2.41 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 12 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated and purified by prep-HPLC to provide the desired product (17.0 mg, 4%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 7.76 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 7.25 -7.17 (m, 2H) , 6.98 (d, J = 8.0 Hz, 2H) , 6.82 (t, J = 7.2 Hz, 1H) , 6.01 (d, J = 6.0 Hz, 1H) , 3.74 -3.70 (m, 4H) , 3.68 -3.64 (m, 2H) , 3.62 -3.57 (m, 4H) , 3.26 (d, J = 6.4 Hz, 2H) , 2.71 -2.62 (m, 2H) , 1.91 -1.82 (m, 2H) , 1.80 -1.69 (m, 1H) , 1.46 -1.35 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 354.4 [M+H] +.
Example B185. (R) -N- (1- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-216)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (R) - (1- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) carbamate
To a solution of 4-iodo-1-methyl-pyrazole (1.00 g, 4.81 mmol) and tert-butyl N- [ (3R) -3-piperidyl] carbamate (9.60 g, 47.9 mmol) in DMSO (15 mL) were added K2CO3 (3.97 g, 28.7 mmol) , L-Proline (233 mg, 2.02 mmol) and CuI (200 mg, 1.05 mmol) . The reaction mixture was stirred at 60 ℃ for 12 h under N2. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with water (60 mL) and extracted with ethyl acetate (30 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (100 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether /ethyl acetate = 0: 1) to provide the desired product (200 mg, 11%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 281.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -1- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-amine
To a solution of tert-butyl N- [ (3R) -1- (1-methylpyrazol-4-yl) -3-piperidyl] carbamate (200 mg, 713 μmol) in EtOAc (4 mL) was added HCl solution (4 M in EtOAc, 5 mL) at 0 ℃. The mixture was stirred at rt for 12 h. The reaction mixture was concentrated to provide the desired product (120 mg, crude) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 181.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of (3R) -1- (1-methylpyrazol-4-yl) piperidin-3-amine (70.0 mg, 388 μmol) in DMSO (1 mL) were added DIEA (150 mg, 1.16 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (80.0  mg, 400 μmol) . The reaction mixture was stirred 140 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by prep-HPLC to provide the desired product (7.99 mg, 6%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.20 (s, 1H) , 7.34 (s, 1H) , 7.29 (s, 1H) , 5.89 (s, 1H) , 3.99 -3.95 (m, 1H) , 3.81 (s, 3H) , 3.78 -3.74 (m, 8H) , 3.28 -3.26 (m, 1H) , 3.11 -3.03 (m, 1H) , 2.97 -2.79 (m, 2H) , 1.96 -1.87 (m, 2H) , 1.85 -1.75 (m, 1H) , 1.69 -1.59 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 344.4 [M+H] +.
Example B186.6-morpholino-N- ( (1- (pyrimidin-4-yl) piperidin-4-yl) methyl) pyrimidin-4-amine (B-217)
To a solution of (1-pyrimidin-4-yl-4-piperidyl) methanamine (250 mg, 1.30 mmol) in DMSO (1 mL) were added DIEA (742 mg, 5.74 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (260 mg, 1.30 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred 140 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the reaction mixture was purified by pre-HPLC to provide the desired product (80.5 mg, 17%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.78 (s, 1H) , 8.37 (s, 1H) , 8.32 -8.27 (m, 2H) , 7.22 (d, J = 7.6 Hz, 1H) , 5.88 (s, 1H) , 4.00 -3.50 (m, 10H) , 3.25 -3.10 (m, 4H) , 2.01 -1.97 (m, 1H) , 1.91 -1.87 (m, 2H) , 1.30 -1.17 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 356.4 [M+H] +.
Example 187. (R) -N- (1- (1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-218)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (R) - (1- (1- (4-methoxybenzyl) -1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) carbamate
To a solution of 4-iodo-1- [ (4-methoxyphenyl) methyl] pyrazole (4.00 g, 12.7 mmol) and tert-butyl (R) -piperidin-3-ylcarbamate (26.0 g, 129 mmol) in DMSO (40 mL) was added K2CO3 (5.28 g, 38.20 mmol) , L-proline (600 mg, 5.21 mmol) and CuI (520 mg, 2.73 mmol) at rt under N2. The mixture was stirred at 60 ℃ for 12 h. The reaction mixture was diluted with water (200 mL) and extracted with ethyl acetate (100 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (100 mL) , dried over Na2SO4,  filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 20: 1 to 15: 1) to provide the desired product (4.20 g, 77%yield) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.22 (s, 1H) , 7.16 (d, J = 8.4 Hz, 2H) , 6.89 -6.84 (m, 3H) , 5.13 (s, 2H) , 4.95 (d, J =7.2 Hz, 1H) , 3.80 (s, 3H) , 3.08 -3.01 (m, 1H) , 2.85 -2.70 (m, 2H) , 1.84 -1.62 (m, 6H) , 1.45 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 387.7 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -1- (1- (4-methoxybenzyl) -1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-amine
To a solution of tert-butyl N- [ (3R) -1- [1- [ (4-methoxyphenyl) methyl] pyrazol-4-yl] -3-piperidyl] carbamate (4.20 g, 10.87 mmol) in DCM (20 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 20 mL) at 0 ℃. The mixture was stirred at rt for 2 h. The reaction mixture was concentrated to provide the desired product (3.00 g, 96%yield) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 287.4 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -N- (1- (1- (4-methoxybenzyl) -1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
To a solution of (3R) -1- [1- [ (4-methoxyphenyl) methyl] pyrazol-4-yl] piperidin-3-amine (2.00 g, 6.98 mmol) and 4- (6-chloropyrimidin-4-yl) morpholine (1.40 g, 7.01 mmol) in DMSO (5 mL) was added DIEA (2.97 g, 22.9 mmol) at rt. The reaction mixture was stirred at 140 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with water (40 mL) and extracted with ethyl acetate (50 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (50 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The crude product was purified by prep-HPLC to provide the desired product (200 mg, 6%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.33 (s, 1H) , 8.19 -8.00 (m, 1H) , 7.37 (s, 1H) , 7.22 (s, 1H) , 7.16 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 6.90 -6.86 (m, 2H) , 5.97 (s, 1H) , 5.10 (s, 2H) , 3.97 -3.93 (m, 4H) , 3.72 (s, 3H) , 3.67 (s, 5H) , 3.16 -3.14 (m, 1H) , 2.95 -2.93 (m, 1H) , 2.80 -2.61 (m, 2H) , 1.84 -1.71 (m, 2H) , 1.66 -1.62 (m, 1H) , 1.50 -1.46 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 450.4 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of (R) -N- (1- (1H-pyrazol-4-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine
A solution of N- [ (3R) -1- [1- [ (4-methoxyphenyl) methyl] pyrazol-4-yl] -3-piperidyl] -6-morpholino-pyrimidin-4-amine (200 mg, 444 μmol) in TFA (4 mL) was stirred at 80 ℃ for 2 h under microwave irradiation. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated and lyophilized to provide the desired product (140 mg, 92%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.20  (s, 1H) , 7.51 (s, 2H) , 5.92 (s, 1H) , 4.03 -4.01 (m, 1H) , 3.80 -3.72 (m, 8H) , 3.41 -3.37 (m, 1H) , 3.21 -3.14 (m, 1H) , 3.04 -2.89 (m, 2H) , 2.01 -1.93 (m, 2H) , 1.89 -1.79 (m, 1H) , 1.72 -1.61 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 330.4 [M+H] + .
Example B188. (R) -2- (4- (3- ( (6-morpholinopyrimidin-4-yl) amino) piperidin-1-yl) -1H-pyrazol-1-yl) acetonitrile (B-219)
To a solution of 6-morpholino-N- [ (3R) -1- (1H-pyrazol-4-yl) -3-piperidyl] pyrimidin-4-amine (100 mg, 294 μmol) and 2-chloroacetonitrile (25.0 mg, 331 μmol) in MeCN (3 mL) was added Cs2CO3 (242 mg, 742 μmol) at rt. The mixture was stirred at 50 ℃ for 3 h. The mixture was filtered and purified by prep-HPLC to provide the desired product (29.7 mg, 27%yield) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.04 (s, 1H) , 7.35 (d, J = 2.8 Hz, 2H) , 6.72 (d, J = 6.8 Hz, 1H) , 5.67 (s, 1H) , 5.31 (s, 2H) , 3.98 (s, 1H) , 3.69 -3.59 (m, 4H) , 3.41 -3.37 (m, 4H) , 3.17 -3.08 (m, 1H) , 2.54 (s, 1H) , 2.39 -2.34 (m, 1H) , 1.87 -1.71 (m, 2H) , 1.68 -1.57 (m, 1H) , 1.40 -1.28 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 369.2 [M+H] +.
Example B189. 1-methyl-N- (1- (6-morpholinopyrimidin-4-yl) pyrrolidin-3-yl) -1H-imidazol-2-amine (B-220)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 3- ( (1-methyl-1H-imidazol-2-yl) amino) pyrrolidine-1-carboxylate
To a solution of 2-bromo-1-methyl-1H-imidazole (2.00 g, 12.4 mmol) and tert-butyl 3-aminopyrrolidine-1-carboxylate (11.6 g, 62.2 mmol) in t-Amyl-OH (30 mL) were added Cs2CO3 (12.1 g, 37.2 mmol) and t-BuXPhos-Pd-G3 (1.00 g, 1.26 mmol) under N2. The mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h under N2. The reaction mixture was poured into H2O (150 mL) and extracted with ethyl acetate (80 mL × 3) . The combined organic layers were washed with brine (100 mL) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl  acetate = 1: 1 to 1: 5) to provide the desired product (300 mg, 10%yield) as a yellow oil. MS (ESI) m/z =267.4 [M+H] +.
The remaining steps were performed following the procedures for steps 2 to 3 of B-216 to provide the desired product (2.3 mg, 2%yield) as a yellow gum. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.06 (s, 1H) , 6.85 (d, J = 4.8 Hz, 2H) , 5.58 (s, 1H) , 3.86 -3.82 (m, 1H) , 3.77 -3.73 (m, 4H) , 3.67 -3.57 (m, 4H) , 3.55 -3.51 (m, 3H) , 3.47 (s, 2H) , 2.48 -2.36 (m, 1H) , 2.21 -2.15 (m, 1H) , 2.03 (s, 1H) , 1.20 -1.15 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 330.4 [M+H] +.
Example B190. (R) -N- (1- (3-cyclopropylisoxazol-5-yl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine (B-221)
Step 1. Synthesis of 5-chloro-3-cyclopropylisoxazole
To a solution of 3-cyclopropylisoxazol-5-ol (3.00 g, 23.98 mmol) in POCl3 (20 mL) was added TEA (2.42 g, 23.9 mmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 12 h. The reaction mixture was slowly added to H2O (200 mL) and extracted with ethyl acetate (50 mL × 3) . The combined organic layer was washed with brine (100 × 2) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated to provide the desired product (2.40 g, 63%yield) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 5.84 (s, 1H) , 2.03 -1.89 (m, 1H) , 1.09 -0.99 (m, 2H) , 0.84 -0.79 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 144.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl (R) - (1- (3-cyclopropylisoxazol-5-yl) piperidin-3-yl) carbamate
To a solution of 5-chloro-3-cyclopropyl-isoxazole (2.30 g, 16.0 mmol) and tert-butyl (R) -piperidin-3-ylcarbamate (16.1 g, 80.4 mmol) in DMSO (50 mL) was added Cs2CO3 (26.1 g, 80.2 mmol) at rt. The mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. The reaction mixture was poured into H2O (300 mL) and extracted with ethyl acetate (100 mL × 3) . The combined organic layer was washed with brine (100 mL ×2) , dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /ethyl acetate = 10: 1 to 5: 1) to provide the desired product (1.60 g, 33%yield) as a white solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4.74 -4.72 (m, 1H) , 4.68 (s, 1H) , 3.75 (s, 1H) , 3.46 (d, J = 11.2 Hz, 1H) , 3.33 -3.29 (m, 1H) , 3.18 -3.14 (m, 1H) , 3.04 -2.98 (m, 1H) , 1.88 -1.81 (m, 2H) ,  1.80 -1.71 (m, 1H) , 1.69 -1.60 (m, 1H) , 1.56 -1.50 (m, 1H) , 1.44 (s, 9H) , 0.98 -0.90 (m, 2H) , 0.78 -0.71 (m, 2H) .
The remaining steps were performed following the procedures for steps 2 to 3 of B-216 to provide the desired product (840 μg, 2%yield) as a gray gum. 1H NMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.04 (s, 1H) , 5.70 (s, 1H) , 4.91 (s, 1H) , 3.96 -3.87 (m, 1H) , 3.77 -3.72 (m, 4H) , 3.51 -3.47 (m, 4H) , 3.14 -3.08 (m, 1H) , 2.94 (dd, J = 8.8, 12.4 Hz, 1H) , 2.07 -1.96 (m, 2H) , 1.92 -1.77 (m, 2H) , 1.74 -1.66 (m, 1H) , 1.63 -1.53 (m, 2H) , 0.98 -0.96 (m, 1H) , 0.92 -0.87 (m, 2H) , 0.75 -0.72 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 371.4 [M+H] +
Synthesis of DCAF1 binders connected to linkers
Example H1: (R) -6- (4- (2-aminoethyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-001)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (R) - (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) carbamate
To a mixture of tert-butyl (R) -piperidin-3-ylcarbamate (48.0 g, 240 mmol) and (3-fluorophenyl) boronic acid (50.0 g, 357 mmol) in DCM (1 L) were added TEA (48.0 g, 474 mmol, 66 mL) and copper acetate (44.0 g, 242 mmol) at 20 ℃ under air. The reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After the reaction was cooled to 20 ℃, the second portion of (3-fluorophenyl) boronic acid (35.0 g, 250 mmol) was added in the reaction mixture. Then the reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After the reaction was cooled to 20 ℃, the third portion of (3-fluorophenyl) boronic acid (35.0 g, 250 mmol) was added in the mixture. Then the reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 2 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was filtered and washed with DCM/MeOH (10/1) . The filtrate was concentrated in vacuo. The residue was purified by flash silica gel chromatography (petroleum ether: ethyl acetate = 100: 1 to 20: 1) to provide the desired product (9.20 g, yield: 13%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 295.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine
To a mixture of tert-butyl (R) - (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) carbamate (9.20 g, 31.3 mmol) in DCM (50 mL) was added HCl/dioxane (4 M, 200 mL) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 3 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (9.80 g, crude) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CD3OD) δ 7.05 –7.18 (m, 1H) , 6.88 –7.02 (m, 2H) , 6.58 –6.70 (m, 1H) , 3.33 –3.48 (m, 2H) , 3.07 –3.19 (m, 3H) , 1.66 –1.88 (m, 3H) , 1.42 –1.57 (m, 1H) .
Step 3. Synthesis of (R) -6-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine
To a mixture of (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-amine (7.80 g, 29.2 mmol, 2HCl) and 4, 6-dichloropyrimidine (4.60 g, 30.9 mmol) in EtOH (80 mL) was added DIEA (13.4 g, 103 mmol, 18 mL) at 20 ℃. Then the reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h. After cooling to rt, the reaction mixture was poured into water (300 mL) and stirred for 5 min. The aqueous phase was extracted with ethyl acetate (200 mL×3) . The combined organic phase was washed with brine (300 mL×3) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo to provide the desired product (9.20 g, crude) as brown oil. MS (ESI) m/z = 307.1 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of tert-butyl (R) -4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazine-1-carboxylate
To a mixture of (R) -6-chloro-N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (8.50 g, 27.7 mmol) and tert-butyl piperazine-1-carboxylate (6.00 g, 32.2 mmol) in DMSO (90 mL) was added DIEA (14.8 g, 115 mmol, 20 mL) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h, it was stirred at 120 ℃ for 4 h. After cooling to 20 ℃, tert-butyl piperazine-1-carboxylate (2.60 g, 14.0 mmol) was added in the reaction mixture. Then the reaction mixture was stirred at 120 ℃ for 7 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was poured into water (200 mL) and stirred for 5 min. The aqueous phase was extracted with ethyl acetate (100 mL×3) . The combined organic phase was washed with brine (200 mL×2) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo. The residue was purified by flash silica gel chromatography (dichloromethane: methanol = 10: 1) to provide the desired product (6.70 g, yield: 53%) as a brown solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.14 –8.23 (m, 1H) , 7.12 –7.24 (m, 1H) , 6.66 –6.74 (m, 1H) , 6.58 –6.66 (m, 1H) , 6.49 –6.58 (m, 1H) , 5.42 –5.50 (m, 1H) , 5.27 –5.33 (m, 1H) , 4.98 –5.15 (m, 1H) , 3.81 –4.00 (m, 1H) , 3.48 –3.60 (m, 9H) , 3.24 –3.34 (m, 1H) , 3.08 –3.18 (m, 1H) , 2.94 –3.05 (m, 1H) , 1.83 –1.96 (m, 2H) , 1.79 (s, 2H) , 1.49 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 457.3 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6- (piperazin-1-yl) pyrimidin-4-amine
To a mixture of tert-butyl (R) -4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazine-1-carboxylate (6.70 g, 14.7 mmol) in DCM (70 mL) was added HCl/dioxane (4 M, 100 mL) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 5 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (6.00 g, crude, HCl salt) as a light brown solid. The crude material was poured into water (50 mL) and the resulting mixture was stirred for 5 min. The pH was adjusted to 10 with saturated Na2CO3 solution. The aqueous phase was extracted with ethyl acetate (30 mL×3) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo to provide the desired product as a light brown solid. 1HNMR (400 MHz, CD3OD) δ 7.88 –8.03 (m, 1H) ,  7.19 –7.46 (m, 3H) , 6.84 –7.01 (m, 1H) , 5.94 –6.11 (m, 1H) , 4.20 –4.42 (m, 1H) , 3.70 –3.83 (m, 4H) , 3.36 –3.50 (m, 2H) , 2.99 –3.05 (m, 4H) , 2.95 –2.97 (m, 2H) , 1.88 –1.95 (m, 2H) , 1.59 (d, J = 2.80 Hz, 1H) .
Step 6. Synthesis of tert-butyl (R) - (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) carbamate
To a mixture of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6- (piperazin-1-yl) pyrimidin-4-amine (0.30 g, 764 μmol, HCl salt) in acetone (4 mL) and TEA (145 mg, 1.44 mmol, 200 μL) were added KI (60 mg, 361 μmol) and K2CO3 (360 mg, 2.60 mmol) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃for 20 min, tert-butyl N- (2-bromoethyl) carbamate (175 mg, 781 μmol) was added in the reaction mixture, and the mixture was stirred at 70 ℃ for 12 h. After cooling to 20 ℃, the reaction mixture was concentrated in vacuo. The residue was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex C18 250×50 mm×10 μm, mobile phase: [water (ammonia hydroxide v/v) -acetonitrile] , B%: 40%-70%, 8 min) to provide the desired product (210 mg, yield: 55%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 500.2 [M+H] +.
Step 7. Synthesis of (R) -6- (4- (2-aminoethyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine
To a mixture of tert-butyl (R) - (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) carbamate (0.21 g, 420 μmol) in DCM (3 mL) was added HCl/dioxane (4 M, 6.56 mL) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 5 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (205 mg, yield: 95%) as a brown gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.62 –12.16 (m, 1H) , 8.49 –8.69 (m, 3H) , 8.44 (s, 1H) , 7.18 –7.32 (m, 1H) , 6.75 –6.96 (m, 2H) , 6.54 –6.69 (m, 1H) , 6.14 –6.29 (m, 1H) , 4.94 –5.66 (m, 6 H) , 4.31 –4.83 (m, 2H) , 4.02 –4.10 (m, 1H) , 3.53 –3.61 (m, 2H) , 3.30 –3.47 (m, 6H) , 2.94 –3.10 (m, 2H) , 1.81 –1.97 (m, 2H) , 1.53 –1.74 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 400.2 [M+H] +.
Example H2: (R) -6- (4- (4-aminobutyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-002)
H-002 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (66.80 mg, yield: 19%over two steps) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ7.95 –8.08 (m, 1H) , 7.10 –7.24 (m, 1H) , 6.64 –6.80 (m, 3H) , 6.40 –6.55 (m, 1H) , 5.53 –5.73 (m, 1H) , 3.49 –4.13 (m, 6H) , 2.57 –3.03 (m, 5H) , 2.21 –2.42 (m, 7H) , 1.31 –1.94 (m, 9H) . MS (ESI) m/z = 428.3 [M+H] +.
Example H3: (R) -6- (4- (5-aminopentyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-003)
H-003 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (448 mg, yield: 24%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.70 –11.98 (m, 1H) , 8.14 –8.81 (m, 5H) , 7.26 –7.33 (m, 1H) , 6.93 –7.07 (m, 2H) , 6.66 –6.77 (m, 1H) , 6.25 (s, 1H) , 4.09 –4.78 (m, 3H) , 3.42 –3.68 (m, 6H) , 3.03 –3.14 (m, 5H) , 2.69 –2.79 (m, 2H) , 1.23 –2.11 (m, 13H) . MS (ESI) m/z = 442.3 [M+H] +.
Example H4: (R) -6- (4- (6-aminohexyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-004)
H-004 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (582 mg, yield: 40%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.70 –11.98 (m, 1H) , 8.14 –8.81 (m, 5H) , 7.26 –7.33 (m, 1H) , 6.93 –7.07 (m, 2H) , 6.66 –6.77 (m, 1H) , 6.25 (s, 1H) , 4.09 –4.78 (m, 3H) , 3.42 –3.68 (m, 6H) , 3.03 –3.14 (m, 5H) , 2.69 –2.79 (m, 2H) , 1.23 –2.11 (m, 13H) . MS (ESI) m/z = 456.3 [M+H] +.
Example H5: (R) -6- (4- (8-aminooctyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-005)
H-005 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (209 mg, yield: 47%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.31 (s, 1H) , 7.74 –7.53 (m, 3H) , 7.24 (t, J = 7.6 Hz, 1H) , 6.38 (s, 1H) , 4.63 (s, 1H) , 3.85 –3.68 (m, 4H) , 3.67 –3.52 (m, 5H) , 3.25 –3.15 (m, 4H) , 2.93 (t, J = 7.6 Hz, 2H) , 2.32 –2.15 (m, 3H) , 2.01 –1.80 (m, 3H) , 1.72 –1.63 (m, 2H) , 1.43 (s, 9H) . MS (ESI) m/z = 484.5 [M+H] +.
Example H6: (R) -6- (4- (2- (2-aminoethoxy) ethyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-006)
H-006 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (201 mg, yield: 48%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.03 –11.31 (m, 1H) , 8.28 –8.74 (m, 4H) , 7.12 –7.37 (m, 1H) , 6.73 –7.07 (m, 2H) , 6.53 –6.71 (m, 1H) , 6.18 –6.29 (m, 1H) , 6.22 (s, 4H) , 4.00 –4.14 (m, 1H) , 2.97 –3.83 (m, 16H) , 1.44 –2.05 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 444.1 [M+H] +.
Example H7: (R) -6- (4- (2- (2- (2-aminoethoxy) ethoxy) ethyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-007)
H-007 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (224 mg, yield: 42%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.69  –11.92 (m, 1H) , 8.18 –8.65 (m, 4H) , 7.20 –7.35 (m, 1H) , 6.81 –7.10 (m, 2H) , 6.59 –6.76 (m, 1H) , 6.21 –6.30 (m, 1H) , 5.16 –6.03 (m, 5H) , 4.32 –4.86 (m, 2H) , 4.08 –4.17 (m, 1H) , 3.89 (t, J = 4.40 Hz, 2H) , 3.37 –3.77 (m, 12H) , 3.13 –3.25 (m, 2H) , 2.91 –3.08 (m, 3H) , 1.50 –2.03 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 488.2 [M+H] +.
Example H8: (R) -6- (4- (2- (2- (2- (2-aminoethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-008)
H-008 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (257 mg, yield: 35%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.66-11.87 (m, 1H) , 8.30 –8.84 (m, 2H) , 8.01 –8.27 (m, 3H) , 7.19 –7.29 (m, 1H) , 6.78 –6.92 (m, 2H) , 6.54 –6.67 (m, 1H) , 6.15 –6.27 (m, 1H) , 4.29 –4.86 (m, 9H) , 4.01 –4.09 (m, 1H) , 3.85 –3.92 (m, 2H) , 3.58 –3.69 (m, 9H) , 3.32 –3.46 (m, 3H) , 3.12 –3.22 (m, 2H) , 3.06 (s, 1H) , 2.90 –3.00 (m, 3H) , 1.78 –1.97 (m, 2H) , 1.48 –1.78 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 532.5 [M+H] +.
Example H9: (R) -6- (4- (14-amino-3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-009)
H-009 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (240 mg, yield: 48%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.63 –11.94 (m, 1H) , 8.44 (s, 4H) , 7.17 –7.34 (m, 1H) , 6.75 –7.00 (m, 2H) , 6.53 –6.71 (m, 1H) , 6.16 –6.28 (m, 1H) , 5.16 –5.76 (m, 5H) , 4.30 –4.80 (m, 2H) , 4.01 –4.11 (m, 1H) , 3.84 –3.93 (m, 2H) , 3.43 (d, J =9.60 Hz, 20H) , 3.18 (s, 2H) , 2.91 –3.04 (m, 3H) , 1.78 –2.01 (m, 2H) , 1.48 –1.77 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 576.5 [M+H] +.
Example H10: (R) -2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetic acid (H-010)
H-010 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (315 mg, yield: 49%over two steps) as an off-white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ8.48 –8.36 (m, 1H) , 7.24 (q, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.89 –6.78 (m, 2H) , 6.65 –6.55 (m, 1H) , 6.17 (s, 1H) , 4.25 –4.16 (m, 2H) , 4.11-3.93 (m, 2H) , 3.82 –3.18 (m, 8H) , 3.09 –2.89 (m, 2H) , 1.98 –1.49 (m, 4H) . MS (ESI) m/z = 415.2 [M+H] +.
Example H11: (R) -4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoic acid (H-011)
Step 1. Synthesis of ethyl (R) -4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoate
To a mixture of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6- (piperazin-1-yl) pyrimidin-4-amine (300 mg, 764 μmol, HCl salt) in acetone (5 mL) and TEA (400 mg, 3.95 mmol, 550 μL) were added KI (40 mg, 241 μmol) and K2CO3 (400 mg, 2.89 mmol) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 15 min, ethyl 4-bromobutanoate (150 mg, 769 μmol, 110 μL) was added in the reaction mixture. And the reaction mixture was stirred at 70 ℃ for 24 h. After cooling to rt, the mixture was diluted with 20 mL H2O and extracted with ethyl acetate (30 mL×3) . The combined organic layers were washed with brine (30 mL) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex C18 250×50 mm×10 μm; mobile phase: [water (ammonia hydroxide v/v) -acetonitrile] ; B%: 39%-69%, 8 min) to provide the desired product (170 mg, yield: 47%) as a colorless oil. MS (ESI) m/z = 471.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of (R) -4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoic acid
To a solution of ethyl (R) -4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoate (170 mg, 361 μmol) in acetonitrile (3 mL) were added LiOH·H2O (150 mg,  3.57 mmol) and NaOH (100 mg, 2.50 mmol) at 20 ℃. After stirring at 40 ℃ for 8 h, the mixture was adjusted to pH = 6～7 with 2 M HCl (1 mL) and concentrated under reduced pressure to give a residue. The residue was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex Luna C18 200×40 mm×10 μm; mobile phase: [water (FA) -acetonitrile] ; B%: 1%-30%, 10 min) to provide the desired product (165 mg, yield: 93%) as a yellow gum. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.18 –8.11 (m, 3H) , 8.06 –8.01 (m, 1H) , 7.23 –7.12 (m, 1H) , 6.79 –6.68 (m, 3H) , 6.54 –6.43 (m, 1H) , 5.68 –5.64 (m, 1H) , 3.94 –3.80 (m, 1H) , 3.77 –3.69 (m, 1H) , 3.59 (d, J = 12.4 Hz, 1H) , 3.43 (s, 4H) , 2.88 –2.78 (m, 1H) , 2.70 –2.58 (m, 2H) , 2.43 (t, J = 4.8 Hz, 4H) , 2.37 –2.31 (m, 2H) , 2.29 –2.21 (m, 2H) , 1.95 –1.84 (m, 1H) , 1.79 –1.64 (m, 3H) , 1.63 –1.38 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 443.3 [M+H] +.
Example H12: (R) -5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentanoic acid (H-012)
H-012 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (283 mg, yield: 39%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.45 –11.85 (m, 1H) , 8.19 –9.03 (m, 2H) , 7.19 –7.28 (m, 1H) , 6.77 –6.87 (m, 2H) , 6.54 –6.64 (m, 1H) , 6.12 –6.25 (m, 1H) , 3.89 –4.96 (m, 6H) , 3.32 –3.77 (m, 7H) , 2.90 –2.98 (m, 1H) , 2.24 –2.31 (m, 2H) , 1.40 –2.08 (m, 9H) . MS (ESI) m/z = 457.1 [M+H] +.
Example H13: (R) -6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexanoic acid (H-013)
H-013 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (92.79 mg, yield: 28%over two steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.36 –11.71 (m, 1H) , 8.19 –8.94 (m, 2H) , 7.15 –7.32 (m, 1H) , 6.72 –6.93 (m, 2H) , 6.52 –6.66 (m, 1H) , 6.10 –6.24 (m, 1H) , 4.16 –6.01 (m, 7H) , 4.02 (d, J = 3.60 Hz, 1H) , 3.31 –3.71 (m, 6H) , 2.88 –2.98 (m, 1H) , 2.23 (t, J = 7.20 Hz, 2H) , 1.38 –2.06 (m, 8H) , 1.31 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 471.2 [M+H] +.
Example H14: (R) -8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octanoic acid (H-014)
H-014 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-011 to provide the title compound (104 mg, yield: 38%over two steps) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.53 –12.36 (m, 1H) , 7.89 –8.13 (m, 1H) , 7.09 –7.29 (m, 1H) , 6.65 –6.85 (m, 3H) , 6.44 –6.54 (m, 1H) , 5.63 –5.76 (m, 1H) , 3.39 –4.08 (m, 8H) , 2.53 –2.91 (m, 7H) , 2.16 –2.22 (m, 2H) , 1.86 –1.93 (m, 1H) , 1.71 –1.78 (m, 1H) , 1.42 –1.63 (m, 6H) , 1.23 –1.31 (m, 6H) . MS (ESI) m/z = 499.2 [M+H] +.
Example H15: (R) -3- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propanoic acid (H-015)
H-015 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (161 mg, yield: 47%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ11.68 (s, 1H) , 8.74 –8.51 (m, 1H) , 8.44 (s, 1H) , 7.35 –7.15 (m, 1H) , 6.88 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 6.63 (t, J =7.6 Hz, 1H) , 6.20 (s, 1H) , 4.84 –4.21 (m, 1H) , 4.07 –4.00 (m, 1H) , 3.92 –3.80 (m, 2H) , 3.68 –3.54 (m, 8H) , 3.70 –3.26 (m, 1H) , 3.24 –2.89 (m, 4H) , 2.65 –2.56 (m, 2H) , 2.02 –1.78 (m, 2H) , 1.77 –1.48 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 473.3 [M+H] +.
Example H16: (R) -3- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propanoic acid (H-016)
H-016 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (0.21 g, yield: 47%over two steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ =11.53 (br d, J = 1.8 Hz, 1H) , 8.43 (s, 1H) , 7.29 –7.18 (m, 1H) , 6.86 –6.79 (m, 2H) , 6.59 (br t, J = 8.0 Hz, 1H) , 6.17 (br s, 1H) , 4.01 (br d, J = 4.0 Hz, 1H) , 3.90 –3.81 (m, 2H) , 3.72 –3.47 (m, 14H) , 3.47 –3.27 (m, 4H) , 3.22 –2.90 (m, 4H) , 2.45 (td, J = 3.2, 6.4 Hz, 2H) , 1.98 –1.78 (m, 2H) , 1.74 –1.50 (m, 2H) . MS m/z = 517.3 [M+H] +.
Example H17: (R) -3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propanoic acid (H-017)
H-017 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (149 mg, yield: 33%over two steps) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.54 –11.84 (m, 1H) , 8.21 –9.04 (m, 2H) , 7.19 –7.29 (m, 1H) , 6.85 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 6.56 –6.65 (m, 1H) , 6.14 –6.24 (m, 1H) , 4.26 –4.79 (m, 2H) , 3.99 –4.09 (m, 1H) , 3.83 –3.90 (m, 2H) , 3.29 –3.70 (m, 20H) , 2.99 (s, 2H) , 2.44 (t, J = 6.4 Hz, 2H) , 1.81 –1.96 (m, 2H) , 1.53 –1.72 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 561.2 [M+H] +.
Example H18: (R) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oic acid (H-018)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 1- (tosyloxy) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oate
To a mixture of tert-butyl 1-hydroxy-3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oate (0.30 g, 931 μmol) in TEA (538 mg, 5.32 mmol, 740 μL) and DCM (6 mL) was added 4-methylbenzenesulfonyl chloride (210 mg, 1.10 mmol) at 0 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 12 h, it was poured into water  (10 mL) and stirred for 5 min. The aqueous phase was extracted with dichloromethane (20 mL×3) . The combined organic phase was washed with brine (50 mL×2) , dried over anhydrous Na2SO4, filtered, and concentrated in vacuo to provide the desired product (0.45g, crude) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.76 –7.85 (m, 2H) , 7.30 –7.39 (m, 2H) , 3.58 –3.74 (m, 21H) , 2.48 –2.52 (m, 2H) , 2.43 –2.47 (m, 3H) , 1.44 –1.46 (m, 9H) .
Step 2. Synthesis of tert-butyl (R) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oate
To a mixture of (R) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6- (piperazin-1-yl) pyrimidin-4-amine (0.30 g, 764 μmol, HCl salt) in acetone (5 mL) and TEA (364 mg, 3.59 mmol, 500 μL) were added K2CO3 (300 mg, 2.17 mmol) and KI (60 mg, 361 μmol) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 20 min, Tert-butyl 1- (tosyloxy) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oate (435 mg, 913 μmol) was added in the reaction mixture. The reaction mixture was stirred at 70 ℃ for 40 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was concentrated in vacuo. The resulted residue was purified by prep-HPLC (column: Phenomenex C18 250×50 mm×10 μm; mobile phase: [water (ammonia hydroxide v/v) -acetonitrile] ; B%: 41%-71%, 8 min) to provide the desired product (0.30 g, yield: 60%) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 661.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oic acid
To a mixture of tert-butyl (R) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oate (0.30 g, 454 μmol) in DCM (5 mL) was added HCl/dioxane (4 M, 5 mL) at 20 ℃. After the reaction mixture was stirred at 20 ℃ for 6 h, it was concentrated in vacuo to provide the desired product (207 mg, yield: 73%) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.48 –11.76 (m, 1H) , 8.25 –8.91 (m, 2H) , 7.20 –7.29 (m, 1H) , 6.85 (d, J = 8.63 Hz, 2H) , 6.61 (t, J = 8.07 Hz, 1H) , 6.18 (s, 1H) , 3.99 –4.07 (m, 1H) , 3.82 –3.90 (m, 2H) , 3.27 –3.80 (m, 24H) , 2.90 –3.25 (m, 4H) , 2.41 –2.47 (m, 2H) , 1.78 –2.01 (m, 2H) , 1.52 –1.76 (m, 2H) . MS (ESI) m/z = 605.3 [M+H] +.
Example H19: (R) -6- (4- (3-aminopropyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-019)
H-019 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (503 mg, yield: 26%over two steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.86  (s, 1H) , 8.65 (s, 1H) , 8.63 (s, 1H) , 8.19 –8.23 (m, 3H) , 7.30 (dt, J = 7.60, 15.6 Hz, 1H) , 6.83 –7.10 (m, 2H) , 6.57 –6.77 (m, 1H) , 6.18 –6.30 (m, 1H) , 4.30 –4.80 (m, 2H) , 4.02 –4.16 (m, 1H) , 3.51 –3.74 (m, 5H) , 3.37 –3.50 (m, 1H) , 3.20 –3.29 (m, 2H) , 2.98 –3.20 (m, 4H) , 2.84 –2.97 (m, 2H) , 2.05 –2.17 (m, 2H) , 1.81 –2.00 (m, 2H) , 1.66 –1.79 (m, 1H) , 1.43 –1.65 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 414.2 [M+H] +.
Example H20: (R) -6- (4- (7-aminoheptyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-020)
H-020 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (408 mg, yield: 30%over two steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.77 (s, 1H) , 8.45 (s, 1H) , 8.43 (s, 1H) , 7.09 –7.12 (m, 3H) , 7.13 -7.37 (m, 1H) , 6.72 –6.92 (m, 2H) , 6.64 (t, J =7.2 Hz, 1H) , 6.21 (s, 1H) , 4.48 –4.59 (m, 1H) , 4.07 (s, 1H) , 3.49 –3.67 (m, 5H) , 3.06 –3.08 (m, 1H) , 2.88 –3.19 (m, 6H) , 2.67 –2.79 (m, 2H) , 1.72 –1.74 (m, 1H) , 1.56 –1.58 (m, 1H) , 1.65 –1.79 (m, 3H) , 1.50 –1.62 (m, 3H) , 1.22 –1.36 (m, 6H) . MS (ESI) m/z = 470.2 [M+H] +.
Example H21: (R) -6- (4- (17-amino-3, 6, 9, 12, 15-pentaoxaheptadecyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-021)
H-021 was synthesized following the procedures for steps 6 to 7 of H-001 to provide the title compound (242 mg, yield: 57%over two steps) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.80 (s, 1H) , 8.71 (s, 1H) , 8.68 (s, 1H) , 8.61 –8.65 (m, 3H) , 7.25 (dt, J = 8.0 Hz, 15.6 Hz, 1H) , 6.89 –7.09 (m, 2H) , 6.63 –6.76 (m, 1H) , 6.20 –6.27 (m, 1H) , 4.40 –4.72 (m, 2H) , 4.09 –4.17 (m, 1H) , 3.83 –3.92 (m, 2H) , 3.50 –3.69 (m, 21H) , 3.45 (d, J = 12.0 Hz, 1H) , 3.27 –3.78 (m, 2H) , 2.99 –3.27 (m, 4H) , 2.85 –2.98 (m, 2H) , 1.81 –2.03 (m, 4H) , 1.67 –1.81 (m, 1H) , 1.50 –1.66 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 620.4 [M+H] +.
Example H22: (R) -3- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) propanoic acid (H-022)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (R) -3- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) propanoate
To a mixture of N- [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] -6-piperazin-1-yl-pyrimidin-4-amine (0.7 g, 1.96 mmol) and tert-butyl 3-bromopropanoate (700 mg, 3.35 mmol, 560.00 μL) in dioxane (10 mL) were added NaI (140 mg, 933.99 μmol) and TEA (596.14 mg, 5.89 mmol, 820 μL) at 20 ℃. The mixture was stirred at 80 ℃ for 12 h. After cooling to 20 ℃, the mixture was purified by prep-HPLC (column: UniSil 10-120 C18 50×250 mm; mobile phase: [water (FA) -acetonitrile] ; B%: 8%-38%, 22 min) to provide the title compound (250 mg, yield: 26%) as a yellow solid. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.15 (s, 1H) , 7.11 –7.22 (m, 1H) , 6.66 –6.72 (m, 1H) , 6.58 –6.65 (m, 1H) , 6.48 –6.57 (m, 1H) , 5.62 (s, 1H) , 5.45 (s, 1H) , 3.83 (s, 1H) , 3.45 –3.66 (m, 6H) , 3.27 –3.41 (m, 1H) , 2.99 –3.14 (m, 1H) , 2.90 –2.98 (m, 1H) , 2.67 –2.75 (m, 2H) , 2.49 –2.57 (m, 4H) , 2.37 –2.48 (m, 2H) , 1.81 –2.01 (m, 2H) , 1.58 –1.81 (m, 2H) , 1.38 –1.52 (m, 9H) . MS (ESI) m/z = 485.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of ethyl (R) -3- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) propanoate
To a mixture of tert-butyl 3- [4- [6- [ [ (3R) -1- (3-fluorophenyl) -3-piperidyl] amino] pyrimidin-4-yl] piperazin-1-yl] propanoate (0.25 g, 515.88 μmol) in DCM (6 mL) was added HCl/EtOAc (4 M, 58.33 mL) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 20 ℃ for 12 h, it was concentrated in vacuo to provide the title compound (235 mg, crude) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 457.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -3- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) propanoic acid
To a diluted solution of HCl (12 M, 9.33 mL) in H2O (4 mL) was added ethyl (R) -3- (4- (6- ( (1-(3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) propanoate (235 mg, 514.72 μmol) at 20 ℃. After the mixture was stirred at 60 ℃ for 1 h, it was concentrated in vacuo to provide the title compound (914.6 mg, yield: 75%) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 12.01 (s, 1H) , 8.62  (s, 1H) , 8.58 (s, 1H) , 7.20 (dt, J = 2.8 Hz, 8.0 HZ, 1H) , 6.71 –6.91 (m, 2H) , 6.49 –6.62 (m, 1H) , 6.21 (s, 1H) , 4.26 –4.87 (m, 2H) , 4.10 (d, J = 7.2 Hz, 2H) , 3.43 (s, 3H) , 3.24 –3.35 (m, 3H) , 3.04 –3.20 (m, 3H) , 2.78 –3.01 (m, 4H) , 1.88 –1.98 (m, 1H) , 1.77 –1.88 (m, 1H) , 1.61 –1.74 (m, 1H) , 1.46 –1.60 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 429.2 [M+H] +.
Example H23: (R) -7- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) heptanoic acid (H-023)
H-023 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of H-022 to provide the title compound (915.4 mg, yield: 20%over 3 steps) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.85 (s, 1H) , 8.66 (s, 1H) , 8.42 (s, 1H) , 7.27 (dt, J = 7.2 Hz, 14.8Hz, 1H) , 6.78 –6.99 (m, 2H) , 6.65 (t, J = 7.6Hz, 1H) , 6.21 (s, 1H) , 4.31 –4.66 (m, 2H) , 3.97 –4.15 (m, 1H) , 3.49 –3.71 (m, 4H) , 3.36 –3.48 (m, 1H) , 2.90 –3.12 (m, 5H) , 2.51 –2.62 (m, 4H) , 2.08 –2.37 (m, 2H) , 1.89 –2.00 (m, 2H) , 1.83 (s, 3H) , 1.42 –1.56 (m, 2H) , 1.23 –1.34 (m, 3H) . MS (ESI) m/z = 485.3 [M+H] +.
Example H24: (R) -9- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) nonanoic acid (H-024)
H-024 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of H-022 to provide the title compound (914.6 mg, yield: 33%over 3 steps) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 11.72 (s,  1H) , 8.57 (s, 1H) , 8.42 (s, 1H) , 7.25 (dt, J = 7.6 Hz, 15.6 Hz, 1H) , 6.66 –6.71 (m, 2H) , 6.63 (t, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.50 –6.57 (t, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.19 (s, 1H) , 3.73 –3.89 (m, 1H) , 3.58 –3.69 (m, 5H) , 3.30 –3.43 (m, 1H) , 2.90 –3.12 (m, 6H) , 2.37 –2.50 (m, 2H) , 1.93 –2.04 (m, 3H) , 1.82 –1.92 (m, 3H) , 1.50 –1.62 (m, 3H) , 1.42 –1.49 (m, 8H) . MS (ESI) m/z = 513.3 [M+H] +.
Example H25: (R) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12, 15-pentaoxaoctadecan-18-oic acid (H-025)
H-025 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of H-022 to provide the title compound (251.48 mg, yield: 62%over 3 steps) as a yellow oil. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 11.79 (s, 1H) , 8.67 (s, 1H) , 8.65 (s, 1H) , 7.17 –7.32 (m, 1H) , 6.78 –6.99 (m, 2H) , 6.53 –6.74 (m, 1H) , 6.18 (s, 1H) , 4.31 –4.66 (m, 3H) , 4.12 –4.16 (m, 1H) , 3.97 –4.15 (m, 2H) , 3.49 –3.71 (m, 24H) , 3.36 –3.48 (m, 2H) , 2.90 –3.12 (m, 3H) , 2.51 –2.62 (m, 2H) , 1.89 –2.00 (m, 2H) , 1.42 –1.56 (m, 1H) , 1.23 –1.34 (m, 1H) . MS (ESI) m/z = 649.4 [M+H] +.
Example H26: N- (2-aminoethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-026)
Step 1. Synthesis of tert-butyl 7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate
To a mixture of tert-butyl 2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate (50 mg, 0.22 mmol) and phenylboronic acid (54 mg, 0.44 mmol) in DCM (5 mL) were added Cu (OAc) 2 (60 mg, 0.33 mmol) and DIEA (114 mg, 0.88 mmol) under O2. The mixture was stirred at rt for 16 h, before it was diluted with DCM, washed with water and brine. The organic layer was dried over Na2SO4, and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether : EtOAc) to provide the title compound (60 mg, yield: 90%) as a yellow oil.
Step 2. Synthesis of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane
To a solution of tert-butyl 7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane-2-carboxylate (60 mg, 0.2 mmol) in DCM (4 mL) was added TFA (1 mL) . The mixture was stirred at rt overnight, before it was concentrated to provide the title compound (crude, 40 mg, yield: 90%) as a brown oil. MS (ESI) m/z =203.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of methyl 2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinate
To a mixture of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (50 mg, 0.25 mmol) and methyl 2-chloroisonicotinate (51.2 mg, 0.230 mmol) in toluene (3 mL) were added Pd (OAc) 2 (5.5 mg, 0.025 mmol) , Cs2CO3 (161 mg, 0.50 mmol) and BINAP (18.4 mg, 0.03 mmol) . The mixture was stirred at 90 ℃ at N2 atmosphere overnight, before it was diluted with EtOAc, washed with water and brine. The organic layer was dried over Na2SO4, and concentrated. The residue was purified by prep-TLC (petroleum ether : EtOAc = 3: 1) to provide the title compound (40 mg, yield: 48%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 338.2 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of 2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinic acid
To a solution of methyl 2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinate (400 mg, 1.18 mmol) in MeOH/H2O (4: 1, 10 mL) was added LiOH (142 mg, 5.93 mmol) . The mixture was stirred at rt overnight before aq. HCl solution (1 M) was added to adjust pH to 3–4. The mixture was filtered to provide the tittle compound (350 mg, yield: 91%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 324.3 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of tert-butyl (2- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) ethyl) carbamate
To a solution of 2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinic acid (150 mg, 0.46 mmol) in DCM (5 mL) were added tert-butyl (2-aminoethyl) carbamate (149 mg, 0.93 mmol) , DIEA (240 mg, 1.85 mmol) and HATU (212 mg, 0.56 mmol) . The mixture was stirred at rt for 16 h, before it was quenched with water, extracted with EtOAc, washed with water and brine. The organic layer was dried over Na2SO4 and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether : EtOAc = 5: 1) to provide the title compound (140 mg, yield: 65%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 466.6 [M+H] +.
Step 6. Synthesis of N- (2-aminoethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of tert-butyl (2- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) ethyl) carbamate (140 mg, 0.30 mmol) in DCM (5 mL) was added TFA (1 mL) . The mixture was stirred at rt overnight, before it was concentrated to provide the title compound (TFA salt, 179 mg, yield: 100%) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 366.4 [M+H] +.
Example H27: N- (3-aminopropyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-027)
H-027 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (TFA salt, 155 mg, yield: 88%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 380.5 [M+H] +.
Example H28: N- (4-aminobutyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-028)
H-028 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (125 mg, yield: 78%over 2 steps) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 394.3 [M+H] +.
Example H29: N- (5-aminobutyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-029)
H-029 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (TFA salt, 186 mg, yield: 64%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 408.5 [M+H] +.
Example H30: N- (6-aminohexyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-030)
H-030 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (TFA salt, 240 mg, yield: 60%over 2 steps) as a yellow oil. MS (ESI) m/z = 422.3 [M+H] +.
Example H31: N- (7-aminohexyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-031)
H-031 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (203 mg, yield: 66%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 436.5 [M+H] +.
Example H32: N- (2- (2-aminoethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-032)
H-032 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (165 mg, yield: 56%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 410.5 [M+H] +.
Example H33: N- (2- (2- (2-aminoethoxy) ethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-033)
H-033 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (TFA salt, 273 mg, yield: 66%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 454.5 [M+H] +.
Example H34: N- (2- (2- (2- (2-aminoethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-034)
H-034 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (TFA salt, 241 mg, yield: 68%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 498.5 [M+H] +.
Example H35: N- (14-amino-3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-035)
H-035 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (TFA salt, 250 mg, yield: 70%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 542.6 [M+H] +.
Example H36: N- (17-amino-3, 6, 9, 12, 15-pentaoxaheptadecyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-036)
H-036 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (294 mg, yield: 79%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 586.7 [M+H] +.
Example H37: N- (20-amino-3, 6, 9, 12, 15, 18-hexaoxaicosyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-037)
H-037 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (247 mg, yield: 22%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 630.7 [M+H] +.
Example H38: (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinoyl) glycine (H-038)
H-038 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (420 mg, yield: 60%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 381.1 [M+H] +.
Example H39: 3- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) propanoic acid (H-039)
H-039 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (240 mg, yield: 25%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 395.1 [M+H] +.
Example 040: 4- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) butanoic acid (H-040)
H-040 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (430 mg, yield: 43%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 409.1 [M+H] +.
Example H41: 5- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) pentanoic acid (H-041)
Step 1. Synthesis ofmethyl 5- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) pentanoate
To a mixture of 2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinic acid (700 mg, 2.2 mmol) , methyl 5-aminopentanoate (727 mg, 4.3 mmol) and DIEA (839 mg, 6.5 mmol) in DMF (7 mL) was added HATU (1.63 g, 4.3 mmol) and stirred at rt for 12 h. The mixture was quenched by water, filtered, washed with water and MeOH, dried to afford the title compound (570 mg, yield: 60%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 437.2 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 5- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) pentanoic acid
To a solution of methyl 5- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) pentanoate (570 mg, 1.3 mmol) in THF/H2O (5 mL/1mL) was added LiOH (157 mg, 6.5 mmol) and stirred at rt overnight. The mixture was acidified by 1N HCl to pH～5, concentrated and purified by reverse phase chromatography (0.1%FA in H2O: MeCN) to afford the title compound (405 mg, yield: 73%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 423.2 [M+H] +.
Example H42: 6- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) hexanoic acid (H-042)
H-042 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (650 mg, yield: 79%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 437.2 [M+H] +.
Example H43: 7- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) heptanoic acid (H-043)
H-043 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (420 mg, yield: 86%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 451.2 [M+H] +.
Example H44: 9- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) nonanoic acid (H-045)
H-045 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (700 mg, yield: 53%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 479.2 [M+H] +.
Example H45: 3- (2- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) ethoxy) -propanoic acid (H-046)
H-046 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (520 mg, yield: 37%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 439.2 [M+H] +.
Example H46: 3- (2- (2- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamido) ethoxy) -ethoxy) propanoic acid (H-047)
H-047 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (430 mg, yield: 72%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 483.2 [M+H] +.
Example H47: 1-oxo-1- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) -5, 8, 11, 14-tetraoxa-2-azaheptadecan-17-oic acid (H-049)
H-049 was synthesized following the procedures for steps 5 to 6 of H-026 to provide the title compound (450 mg, yield: 70%over 2 steps) as a brown oil. MS (ESI) m/z = 571.2 [M+H] +.
Example H48: N- (2-hydroxyethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-050)
H-050 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (420 mg, yield: 74%) as a yellow solid . MS (ESI) m/z = 367.1 [M+H] +.
Example H49: N- (3-hydroxypropyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-051)
H-051 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (444.5 mg, yield: 54%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 381.1 [M+H] +.
Example H50: N- (4-hydroxybutyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-052)
H-052 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (550 mg, yield: 64%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 395.2 [M+H] +.
Example H51: N- (5-hydroxypentyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-053)
H-053 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (491.5 mg, yield: 65%) as a pink solid. MS (ESI) m/z = 409.2 [M+H] +.
Example H52: N- (6-hydroxyhexyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-054)
H-054 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (400 mg, yield: 61%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 423.2 [M+H] +.
Example H53: N- (7-hydroxyheptyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-055)
H-055 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (452 mg, yield: 56%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 437.3 [M+H] +.
Example H54: N- (8-hydroxyoctyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-056)
H-056 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (560 mg, yield: 80%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 451.2 [M+H] +.
Example H55: N- (2- (2-hydroxyethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-057)
H-057 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (380 mg, yield: 52%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 411.2 [M+H] +.
Example H56: N- (2- (2- (2-hydroxyethoxy) ethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-058)
H-058 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (430 mg, yield: 51%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 455.2 [M+H] +.
Example H57: N- (14-hydroxy-3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-060)
H-060 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (501 mg, yield: 60%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 543.2 [M+H] +.
Example H58: N- (17-hydroxy-3, 6, 9, 12, 15-pentaoxaheptadecyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-061)
H-061 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (520 mg, yield: 72%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 587.3 [M+H] +.
Example H59: N- (20-hydroxy-3, 6, 9, 12, 15, 18-hexaoxaicosyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (H-062)
H-061 was synthesized following the procedures for step 5 of H-026 to provide the title compound (1.1 g, yield: 83%) as yellow solid. MS (ESI) m/z = 631.2 [M+H] +.
Example H60: (2- (7- (3-fluorophenyl) -2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinoyl) glycine (H-076)
H-076 was synthesized following the procedures for steps 1 to 6 of H-026 to provide the title compound (17 mg, yield: 10%over 6 steps) as a white solid. MS (ESI) m/z = 400.4 [M+H] +.
Example H61: (6- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) picolinoyl) glycine (H-077)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (6-fluoropicolinoyl) glycinate
To a solution of 6-fluoropyridine-2-carboxylic acid (26.87 mg, 190.41 μmol) in DMSO were added tert-butyl 2-aminoacetate (24.98 mg, 190.41 μmol) , HATU (144.80 mg, 380.82 μmol) , DIPEA (73.83 mg, 571.23 μmol, 94.41 μL) . The mixture was stirred at rt for 2 h. The residue was purified by reverse phase chromatography to provide the title compound (25 mg, yield: 52%) as a white solid. MS(ESI) m/z = 199.4 [M-56+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl (6- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) picolinoyl) glycinate
To a solution of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (15 mg, 74.15 μmol) in DMSO (1 mL) were added tert-butyl (6-fluoropicolinoyl) glycinate (18.85 mg, 74.15 μmol) , DIPEA (28.75 mg,  222.45 μmol, 36.76 μL) . The mixture was stirred at 80 ℃ for 4 h. The residue was purified by reverse phase chromatography to provide the title compound (16 mg, yield: 49%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 437.4 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (6- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) picolinoyl) glycine
To a solution of tert-butyl (6- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) picolinoyl) glycinate (15 mg, 34.36 μmol) in DCM (1 mL) were added TFA (3.92 mg, 34.36 μmol) . The mixture was stirred at rt for 2 h. The mixture was concentrated in vacuo to provide the title compound (13 mg, yield: 99%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 381.3 [M+H] +.
Example H62: (4- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) picolinoyl) glycine (H-078)
H-078 was synthesized following the procedures for steps 3 to 6 of H-026 to provide the title compound (14 mg, yield: 20%over 4 steps) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 381.3 [M+H] +.
Example H63: (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyrimidine-4-carbonyl) glycine (H-079)
H-079 was synthesized following the procedures for steps 3 to 6 of H-026 to provide the title compound (14 mg, yield: 15%over 4 steps) as a white solid. MS (ESI) m/z = 382.2 [M+H] +.
Example H64: (R) - (2- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) isonicotinoyl) glycine (H-080)
H-080 was synthesized following the procedures for steps 3 to 6 of H-026 to provide the title compound (18 mg, yield: 23%over 4 steps) as a white solid. MS (ESI) m/z = 373.3 [M+H] +.
Example H65: 1- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) azetidine-3-carboxylic acid (H-081)
Step 1. Synthesis ofmethyl 1- (2-bromopyridin-4-yl) azetidine-3-carboxylate
To a solution of 2-bromo-4-fluoro-pyridine (40 mg, 227.29 μmol) in DMSO (1 mL) were added methyl azetidine-3-carboxylate (21.81 mg, 189.41 μmol) and DIPEA (24.48 mg, 189.41 μmol, 31.30 μL) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 14 h. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (27 mg, yield: 53%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 271.8 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of methyl 1- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) azetidine-3-carboxylate
To a solution of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (33.58 mg, 165.98 μmol) in dioxane (2 mL) were added methyl 1- (2-bromo-4-pyridyl) azetidine-3-carboxylate (30 mg, 110.66 μmol) , Pd-PEPPSI-IPentCl (10.76 mg, 11.07 μmol) , cesium carbonate (72.11 mg, 221.31 μmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 14 h. The mixture was extracted with EtOAc. The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated in vacuo. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (21 mg, yield: 48%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 393.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 1- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) azetidine-3-carboxylic acid
To a solution of methyl 1- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) azetidine-3-carboxylate (21 mg, 53.5 μmol) in THF (0.5 mL) and water (0.5 mL) was added LiOH (5.2 mg, 214 μmol) . The mixture was stirred at rt for 2 h. The mixture was quenched by TFA. The combined organic phase was extracted with EtOAc, washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated in vacuo. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (16.4 mg, yield: 81%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 379.3 [M+H] +.
Example H66: (1- (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) azetidin-3-yl) methanol (H-082)
To a solution of azetidin-3-ylmethanol (8 mg, 91.83 μmol) and DIPEA (35.60 mg, 275.48 μmol, 45.53 μL) in DMSO (2 mL) was added at rt. The reaction mixture was stirred at 150 ℃ for 4 h under microwave irradiation. Upon completion, the mixture was cooled to rt. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (24 mg, yield: 55%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 365.5 [M+H] +.
Example H67: 3- ( (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) amino) cyclobutan-1-ol (H-083)
Step 1. Synthesis of 2- (4-fluoropyridin-2-yl) -7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane
To a solution of 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (68.97 mg, 340.94 μmol) in dioxane (2 mL) were added 2-bromo-4-fluoro-pyridine (60 mg, 340.94 μmol) , Pd-PEPPSI-IPentCl (27.64 mg, 28.41 μmol) , cesium carbonate (185.14 mg, 568.23 μmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 4 h. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (61 mg, yield: 72%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 298.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 3- ( (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) amino) cyclobutan-1-ol
To a solution of 3-aminocyclobutanol (17.58 mg, 201.77 μmol) and DIPEA (39.12 mg, 302.65 μmol, 50.02 μL) in DMSO (1.5 mL) was added at rt. The reaction mixture was stirred at 150 ℃ for 5 h under microwave irradiation. Upon completion, the residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (21 mg, yield: 57%) as a yellowish solid. MS (ESI) m/z = 365.4 [M+H] +.
Example H68: (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) glycine (H-091)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (2-bromopyridin-4-yl) glycinate
To a solution of 2-bromo-4-fluoro-pyridine (50 mg, 284.11 μmol) in DMSO (2 mL) were added tert-butyl 2-aminoacetate (44.72 mg, 340.94 μmol) , DIPEA (110.16 mg, 852.34 μmol, 140.87 μL) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 14 h. The mixture was extracted with DCM. The combined organic phase was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated in vacuo. The residue was purified by silica gel chromatography (DCM: MeOH = 20: 1) to provide the title compound (45 mg, yield: 55%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 289.1 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of tert-butyl (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) glycinate
To a solution of tert-butyl 2- [ (2-bromo-4-pyridyl) amino] acetate (30 mg, 104.47 μmol) in dioxane (2 mL) were added 2-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonane (31.70 mg, 156.71 μmol) , Pd-PEPPSI-IPentCl (10.16 mg, 10.45 μmol) , cesium carbonate (68.08 mg, 208.95 μmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 14 h. The residue was purified by reverse phase chromatography (0.05%TFA in water: MeCN) to provide the title compound (28 mg, yield: 66%) as a white solid. MS (ESI) m/z =409.3 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) glycine
To a solution of tert-butyl 2- [ [2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) -4-pyridyl] amino] acetate (15 mg, 36.72 μmol) in DCM (1 mL) was added TFA (4.19 mg, 36.72 μmol) . The mixture was stirred at rt for 2 h. The mixture was concentrated in vacuo to provide the title compound (12 mg, yield: 70%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 353.3 [M+H] +.
Example H69: 3- ( (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) amino) propanoic acid (H-092)
H-092 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of H-091 to provide the title compound (13 mg, yield: 31%over 3 steps) as a white solid. MS (ESI) m/z = 367.3 [M+H] +.
Example H70: 5- ( (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) amino) pentanoic acid (H-094)
H-094 was synthesized following the procedures for steps 1 to 3 of H-091 to provide the title compound (17 mg, yield: 25%over 3 steps) as a white solid.
MS (ESI) m/z = 395.3 [M+H] +.
Example H71: 5- ( (2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridin-4-yl) amino) pentanoic acid (H-095)
H-095 was synthesized following the procedures for step 2 of H-083 to provide the title compound (19 mg, yield: 53%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 353.3 [M+H] +.
Synthesis of degraders:
Example 001. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-001)
The mixture of 2- (4- (4- ( (5-chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) acetic acid (10 mg, 18.35 μmol) , (R) -6- (4- (2- (2- (2- (2-amino-ethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) piperazin-1-yl) -N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) pyrimidin-4-amine (H-008, 9.75 mg, 18.35 μmol) , HOAT (3.72 mg, 27.52 μmol) , EDCI (5.28 mg, 27.52 μmol) and DIEA (11.74 mg, 91.73 μmol) in DMSO (0.5 mL) was stirred at 25 ℃ for 12 h. Then it was purified by ISCO reverse-phase chromatography (acetonitrile in 0.05%TFA water solution) to provide the title compound (10.5 mg, yield: 54%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 1058.2 [M+H] +.
Example 002. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexyl) acetamide (D-002)
D-002 (8 mg, yield: 44%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 982.3 [M+H] +.
Example 003. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) acetamide (D-003)
D-003 (12 mg, yield: 67%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 968.6 [M+H] +.
Example 004. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexan-1-one (D-004)
D-004 (11 mg, yield: 57%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 939.6 [M+H] +.
Example 005. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentan-1-one (D-005)
D-005 (12.2 mg, yield: 64%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 925.3 [M+H] +.
Example 006. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propan-1-one (D-006)
D-006 (12 mg, yield: 56%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 1029.6 [M+H] +.
Example 007. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) -5-isopropoxy-2-methylphenyl) piperidin-1-yl) -N- (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) acetamide (D-007)
D-007 (4.3 mg, yield: 23%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 520.52 [M/2+H] +.
Example 008. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) -5-isopropoxy-2-methylphenyl) piperidin-1-yl) -N- (6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexyl) acetamide (D-008)
D-008 (2.9 mg, yield: 15%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 527.66 [M/2+H] +.
Example 009. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) -5-isopropoxy-2-methylphenyl) piperidin-1-yl) -N- (2- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-009)
D-009 (4.7 mg, yield: 23%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 565.61 [M/2+H] +.
Example 010. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) -5-isopropoxy-2-methylphenyl) piperidin-1-yl) -5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentan-1-one (D-010)
D-010 (13.6 mg, yield: 68%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 499.15 [M/2+H] +.
Example 011. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) -5-isopropoxy-2-methylphenyl) piperidin-1-yl) -6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexan-1-one (D-011)
D-011 (11.1 mg, yield: 55%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 506.13 [M/2+H] +.
Example 012. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) -5-isopropoxy-2-methylphenyl) piperidin-1-yl) -3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propan-1-one (D-012)
D-012 (10.3 mg, yield: 47%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 551.11 [M/2+H] +.
Example 013. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-013)
D-013 (2.88 mg, yield: 31%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 977.7 [M+H] +.
Example 014. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-014)
D-014 (2.29 mg, yield: 22%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 963.7 [M+H] +.
Example 015. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-015)
D-015 (3.17 mg, yield: 28%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 1068.0 [M+H] +.
Example 016. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-016)
D-016 (11.8 mg, yield: 50%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 504.03 [M/2+H] +.
Example 017. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-017)
D-017 (12.9 mg, yield: 54%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 511.01 [M/2+H] +.
Example 018. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (14- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -2-oxo-6, 9, 12-trioxa-3-azatetradecyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-018)
D-018 (12.1 mg, yield: 48%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 548.93 [M/2+H] +.
Example 019. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) acetamide (D-019)
D-019 (3 mg, yield: 14%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a light yellow solid. MS (ESI) m/z = 929.7 [M+H] +.
Example 020. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexyl) acetamide (D-020)
D-020 (2.5 mg, yield: 12%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 943.7 [M+H] +.
Example 021. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-021)
D-021 (2.3 mg, yield: 10%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 1019.8 [M+H] +.
Example 022. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (6- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-022)
D-022 (3.1 mg, yield: 28%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 886.7 [M+H] +.
Example 023. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (5- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-023)
D-023 (3.0 mg, yield: 26%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 900.7 [M+H] +.
Example 024. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-024)
D-024 (4 mg, yield: 32%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 990.7 [M+H] +.
Example 025.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (5- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) acetamide (D-025)
D-025 (4 mg, yield: 17%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 824.7 [M+H] +.
Example 026.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (6- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexyl) acetamide (D-026)
D-026 (4.8 mg, yield: 20%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 838.7 [M+H] +.
Example 027.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (2- (2- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-027)
D-027 (3.0 mg, yield: 17%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 914.7 [M+H] +.
Example 028. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -5- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentanamide (D-028)
D-028 (4.25 mg, yield: 19%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 881.7 [M+H] +.
Example 029. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -6- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexanamide (D-029)
D-029 (5 mg, yield: 22%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 863.7 [M+H] +.
Example 030. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -3- (2- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propanamide (D-030)
D-030 (1.22 mg, yield: 15%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 985.7 [M+H] +.
Example 031. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) acetamide (D-031)
D-031 (5.0 mg, yield: 25%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 887.7 [M+H] +.
Example 032. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butyl) acetamide (D-032)
D-032 (6.33 mg, yield: 33%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 915.7 [M+H] +.
Example 033. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octyl) acetamide (D-033)
D-033 (5.77 mg, yield: 27%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 971.7 [M+H] +.
Example 034. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethyl) acetamide (D-034)
D-034 (4.83 mg, yield: 26%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 931.7 [M+H] +.
Example 035. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-035)
D-035 (5.31 mg, yield: 25%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 975.7 [M+H] +.
Example 036. (R) -2- (4- (6- ( (6-Acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazin-1-yl) -N- (14- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) acetamide (D-036)
D-036 (5.98 mg, yield: 26%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 1063.8 [M+H] +.
Example 037. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-037)
D-037 (4.0 mg, yield: 37%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 907.8 [M+H] +.
Example 038. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-038)
D-038 (4.0 mg, yield: 36%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 872.7 [M+H] +.
Example 039. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-039)
D-039 (4.0 mg, yield: 34%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 928.7 [M+H] +.
Example 040. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (3- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-040)
D-040 (4.0 mg, yield: 35%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 902.7 [M+H] +.
Example 041. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (3- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-041)
D-041 (1.02 mg, yield: 8%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 946.2 [M+H] +.
Example 042. (R) -6-Acetyl-8-cyclopentyl-2- ( (5- (4- (1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -5-methylpyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-042)
D-042 (5.0 mg, yield: 39%) was synthesized following the same procedure as D-001. MS (ESI) m/z = 1034.8 [M+H] +.
Example 043.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) acetamide (D-043)
D-043 (6.0 mg, yield: 33%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 392.0 [M/2+H] +.
Example 044.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (4- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butyl) acetamide (D-044)
D-044 (4.7 mg, yield: 25%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 406.06 [M/2+H] +.
Example 045.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (8- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octyl) acetamide (D-045)
D-045 (7.7 mg, yield: 39%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 433.97 [M/2+H] +.
Example 046.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethyl) acetamide (D-046)
D-046 (7.0 mg, yield: 7%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 414.06 [M/2+H] +.
Example 047.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (2- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-047)
D-047 (6.6 mg, yield: 34%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 436.08 [M/2+H] +.
Example 048.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (14- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) acetamide (D-048)
D-048 (5.1 mg, yield: 24%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 480.16 [M/2+H] +.
Example 049.2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) -N- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetamido) ethyl) acetamide (D-049)
D-049 (1.39 mg, yield: 8%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 420.48 [M/2+H] +.
Example 050. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -4- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanamide (D-050)
D-050 (3.35 mg, yield: 19%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 434.54 [M/2+H] +.
Example 051. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -8- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octanamide (D-051)
D-051 (2.4 mg, yield: 13%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 462.57 [M/2+H] +.
Example 052. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -3- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propanamide (D-052)
D-052 (2.6 mg, yield: 14%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 449.50 [M/2+H] +.
Example 053. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -3- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propanamide (D-053)
D-053 (1.74 mg, yield: 9%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 471.49 [M/2+H] +.
Example 054. N- (2- (2- ( (S) -4- (4-Chlorophenyl) -2, 3, 9-trimethyl-6H-thieno [3, 2-f] [1, 2, 4] triazolo [4, 3-a] [1, 4] diazepin-6-yl) acetamido) ethyl) -1- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-amide (D-054)
D-054 (1.66 mg, yield: 8%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 515.53 [M/2+H] +.
Example 055. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-055)
D-055 (11.1 mg, yield: 49%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 482.97 [M/2+H] +.
Example 056. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-056)
D-056 (11.8 mg, yield: 50%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 504.03 [M/2+H] +.
Example 057. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-057)
D-057 (11.0 mg, yield: 45%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 525.01 [M/2+H] +.
Example 058. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-058)
D-058 (11.3 mg, yield: 48%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 504.99 [M/2+H] +.
Example 059. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- ( (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethyl) amino) -2-oxoethyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-059)
D-059 (10.8 mg, yield: 44%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 526.98 [M/2+H] +.
Example 060. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (17- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -2-oxo-6, 9, 12, 15-tetraoxa-3-azaheptadecyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-060)
D-060 (7.6 mg, yield: 29%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 571.00 [M/2+H] +.
Example 061. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydroquinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-061)
D-061 (3.28 mg, yield: 33%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a light yellow solid. MS (ESI) m/z = 922.6 [M+H] +.
Example 062. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-062)
D-062 (2.60 mg, yield: 26%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 949.7 [M+H] +.
Example 063. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-063)
D-063 (2.94 mg, yield: 28%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 1005.8 [M+H] +.
Example 064. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (3- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-064)
D-064 (3.10 mg, yield: 33%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 979.5 [M+H] +.
Example 065. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydro-quinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (3- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-065)
D-065 (2.02 mg, yield: 19%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 1023.7 [M+H] +.
Example 066. (R) -3- (7- (Difluoromethyl) -6- (1-methyl-1H-pyrazol-4-yl) -3, 4-dihydroquinolin-1 (2H) -yl) -1- (1- (1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oyl) piperidin-4-yl) -N-methyl-1, 4, 6, 7-tetrahydro-5H-pyrazolo [4, 3-c] pyridine-5-carboxamide (D-066)
D-066 (3.15 mg, yield: 30%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 1112.1 [M+H] +.
Example 067. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) acetamide (D-067)
D-067 (7.6 mg, yield: 45%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 926.3 [M+H] +.
Example 068. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butyl) acetamide (D-068)
D-068 (9.4 mg, yield: 54%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 954.3 [M+H] +.
Example 069. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octyl) acetamide (D-069)
D-069 (8.6 mg, yield: 46%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 1010.4 [M+H] +.
Example 070. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethyl) acetamide (D-070)
D-070 (17.8 mg, yield: 45%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 970.6 [M+H] +.
Example 071. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethyl) acetamide (D-071)
D-071 (6.5 mg, yield: 35%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 1014.6 [M+H] +.
Example 072. (R) -2- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -N- (14- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) acetamide (D-072)
D-072 (9.6 mg, yield: 47%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 1102.3 [M+H] +.
Example 073. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethan-1-one (D-073)
D-073 (9.2 mg, yield: 51%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 883.4 [M+H] +.
Example 074. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butan-1-one (D-074)
D-074 (8.3 mg, yield: 44%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 911.5 [M+H] +.
Example 075. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octan-1-one (D-075)
D-075 (9.1 mg, yield: 46%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 967.3 [M+H] +.
Example 076. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -3- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propan-1-one (D-076)
D-076 (10.1 mg, yield: 52%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 941.3 [M+H] +.
Example 077. (R) -1- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -3- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propan-1-one (D-077)
D-077 (10.6 mg, yield: 52%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 985.3 [M+H] +.
Example 078. (R) -15- (4- (4- ( (5-Chloro-4- ( (2- (isopropylsulfonyl) phenyl) amino) pyrimidin-2-yl) amino) phenyl) piperazin-1-yl) -1- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-one (D-078)
D-078 (10.6 mg, yield: 48%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 1073.3 [M+H] +.
Example 079.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-079)
Step 1. Synthesis of 8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) -2- (methylsulfinyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one
To a mixture of 8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) -2- (methylthio) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one1 (6.7 g, 23 mmol) in 2-MeTHF (180 mL) and water (35 mL) was added oxone (20 g, 57.5 mmol) . The reaction mixture was stirred at rt for 3 h, before it was diluted with water and extracted with EtOAc. The combined organic layers were washed with brine, dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated. The resulting residue was purified by silica gel chromatography (petroleum  ether /EtOAc = 4: 1 to 1: 1) to provide the title compound (7.2 g, yield: 99%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 306.1 [M-2+H] +
Step 2. Synthesis of tert-butyl 4- ( (8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) -7-oxo -7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) piperidine-1-carboxylate
To a solution of 8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) -2- (methylsulfinyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (7.2 g, 23 mmol) in 2-MeTHF (120 mL) was added tert-butyl 4-aminopiperidine-1-carboxylate (9.4 g, 47 mmol) under Ar. The mixture was stirred at 60 ℃ for 20 h. After cooling down to rt, the reaction mixture was diluted with EtOAc and washed with brine. The organic phase was dried over sodium sulfate, filtered, and concentrated. The resulting residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 4: 1 to 2: 1) to provide the desired compound (8.4 g, yield: 82%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 441.9 [M-H] -.
Step 3. Synthesis of tert-butyl 4- ( (6- (difluoromethyl) -8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methyl-cyclopentyl) -7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) piperidine-1-carboxylate
To a solution of tert-butyl 4- ( (8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) -7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) piperidine-1-carboxylate (5.1 g, 11.5 mmol) in DMSO (200 mL) was added sodium difluoromethanesulfinate (8.9 g, 57.5 mmol) in portions, followed by Iron (III) chloride on silica gel (20 g of 5 wt %loading, to deliver 1.03 g FeCl3, 5.8 mmol) in portions. A solution of tert-butyl hydroperoxide solution (70 wt %in water, 8.3 g, 57.5 mmol) in DMSO (20 mL) was added dropwise to the above solution with a rate of 1 mL/min. The reaction mixture was stirred at rt for 3 h, before it was poured into saturated aqueous NaCl, and extracted with EtOAc. The combined organic layers were washed with brine, dried over sodium sulfate, and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether /EtOAc = 4: 1 to 1: 4) to provide the desired compound (2.3 g, yield: 40%) as a yellow foam. MS (ESI) m/z =492.2 [M-H] -
Step 4. Synthesis of 6- (difluoromethyl) -8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) -2- (piperidin-4-ylamino) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one
To a solution of tert-butyl 4- ( (6- (difluoromethyl) -8- ( (1R, 2R) -2-hydroxy-2-methyl-cyclopentyl) -7-oxo-7, 8-dihydropyrido [2, 3-d] pyrimidin-2-yl) amino) piperidine-1-carboxylate (100 mg, 0.2  mmol) in MeOH (3 mL) was added HCl solution (3M in MeOH, 1 mL, 3 mmol) at 0 ℃. The reaction mixture was stirred at rt for 20 h, before it was quenched by saturated NaHCO3 at 0 ℃ . The mixture was concentrated to afford crude product as an off-white solid. Then the crude product was slurried in DCM/MeOH (10: 1, 20 mL) , filtered and concentrated. The residue was purified by flash column chromatography (DCM/MeOH/NH3 = 100: 100: 1) to provide the title compound (33 mg, yield: 42%) as an off-white solid. MS (ESI) m/z = 392.2 [M-H] -
Step 5. Synthesis of 6- (difluoromethyl) -2- ( (1- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one
D-079 (1.36 mg, yield: 7%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 386.97 [M/2+H] +.
Example 080.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (4- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-080)
D-080 (8.7 mg, yield: 46%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 400.97 [M/2+H] +.
Example 081.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (5- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-081)
D-081 (11.3 mg, yield: 58%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 408.02 [M/2+H] +.
Example 082.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (6- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-082)
D-082 (10.0 mg, yield: 51%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 415.09 [M/2+H] +.
Example 083.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (8- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-083)
D-083 (11.4 mg, yield: 56%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 429.02 [M/2+H] +.
Example 084.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (3- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-084)
D-084 (5.0 mg, yield: 25%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 416.02 [M/2+H] +.
Example 085.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (3- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-085)
D-085 (7.2 mg, yield: 35%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 438.01 [M/2+H] +.
Example 086.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (3- (2- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-086)
D-086 (11.5 mg, yield: 53%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 460.01 [M/2+H] +.
Example 087.6- (Difluoromethyl) -2- ( (1- (1- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oyl) piperidin-4-yl) amino) -8- ( (1S, 2S) -2-hydroxy-2-methylcyclopentyl) pyrido [2, 3-d] pyrimidin-7 (8H) -one (D-087)
D-087 (8.7 mg, yield: 40%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 482.01 [M/2+H] +.
Example 088.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethan-1-one (D-088)
Step 1. Synthesis of tert-butyl (3R, 4R) -4- ( (5-chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidine-1-carboxylate
To a solution of 2- (6- (2, 5-dichloropyrimidin-4-yl) -4-fluoro-1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-2-yl) propan-2-ol2 (7.0 g, 18.3 mmol) and tert-butyl (3R, 4R) -4-amino-3-hydroxypiperidine-1-carboxylate (4.62 g, 18.3 mmol) in MeCN (30.0 mL) was added DIEA (8.26 g, 63.9 mmol, 11.1 mL) at 15 ℃. After the reaction mixture was stirred at 85 ℃ for 12 h, it was concentrated under reduced pressure. The residue was purified by silica gel column chromatography (petroleum ether /EtOAc = 1: 0 to 0: 1) to provide the desired product (4.0 g, yield: 39%) as a white solid.
Step 2. Synthesis of (3R, 4R) -4- ( (5-chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) piperidin-3-ol (R) -2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetate
To a solution of tert-butyl (3R, 4R) -4- ( (5-chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidine-1-carboxylate (4.0 g, 7.10 mmol) in dioxane (20.0 mL) was added HCl solution (4 M in dioxane, 20.0 mL, 80 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at 15 ℃ for 1 h. The precipitate was collected by filtration. The filter cake was washed with dioxane (50 mL × 3) and dried to provide the desired product (3.0 g, yield: 79%) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, MeOH-d4) δ 8.55 (s, 1H) , 8.40 (s, 1H) , 7.92 (d, J = 11.0 Hz, 1H) , 5.83 (td, J = 7.0, 14.0 Hz, 1H) , 4.19 (brs, 1H) , 4.06 (dt, J = 3.4, 7.3 Hz, 1H) , 3.54 -3.39 (m, 2H) , 3.18 (ddd, J = 3.6, 9.0, 12.8 Hz, 1H) , 3.06 (dd, J = 7.8, 12.8 Hz, 1H) , 2.41 (tdd, J = 3.8, 7.2, 14.4 Hz, 1H) , 2.06 -1.85 (m, 8H) , 1.82 (dd, J = 2.8, 6.8 Hz, 5H) . MS (ESI) m/z = 463.2 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of 1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethan-1-one
D-088 (6.3 mg, yield: 42%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 430.52 [M/2+H] +.
Example 089.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -4- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butan-1-one (D-089)
D-089 (9.8 mg, yield: 64%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 444.49 [M/2+H] +.
Example 090.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -5- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentan-1-one (D-090)
D-090 (4.5 mg, yield: 29%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 451.53 [M/2+H] +.
Example 091.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -6- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexan-1-one (D-091)
D-091 (7.0 mg, yield: 44%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 458.51 [M/2+H] +.
Example 092.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -8- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octan-1-one (D-092)
D-092 (5.3 mg, yield: 33%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 472.58 [M/2+H] +.
Example 093.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -3- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propan-1-one (D-093)
D-093 (6.4 mg, yield: 40%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 459.52 [M/2+H] +.
Example 094.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -3- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propan-1-one (D-094)
D-094 (3.4 mg, yield: 20%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 481.57 [M/2+H] +.
Example 095.1- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -3- (2- (2- (2- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propan-1-one (D-095)
D-095 (4.8 mg, yield: 28%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 503.40 [M/2+H] +.
Example 096.15- ( (3R, 4R) -4- ( (5-Chloro-4- (4-fluoro-2- (2-hydroxypropan-2-yl) -1-isopropyl-1H-benzo [d] imidazol-6-yl) pyrimidin-2-yl) amino) -3-hydroxypiperidin-1-yl) -1- (4- (6- ( ( (R) -1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-one (D-096)
D-096 (9.8 mg, yield: 54%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 525.67 [M/2+H] +.
Example 097. (R) -6- ( (5- ( (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4 -yl) piperazin-1-yl) ethyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-97)
Step 1. Synthesis of methyl 6- ( (5- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -6- ( (methyl-d3) carbamoyl) pyridazin-3-yl) amino) nicotinate
To a solution of 6-chloro-4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide3 (3 g, 7.96 mmol) , methyl 6-aminopyridine-3-carboxylate (2.42 g, 15.92 mmol) , Pd2 (dba) 3 (729.04 mg, 796.15 μmol) and dppf (882.74 mg, 1.59 mmol) in 1, 4-dioxane (3 mL) was added K3PO4 (5.07 g, 23.88 mmol) at rt under N2 atmosphere. The reaction mixture was stirred at 100 ℃ for 16 h. After cooling down to rt, the mixture was filtered and the filter cake was triturated with H2O and CH3OH. The residue was dried in vacuo to provide the desired product (3.2 g, yield: 82%) as a gray solid. MS (ESI) m/z = 493.6 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of 6- ( (5- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -6- ( (methyl-d3) carbamoyl) pyridazin-3-yl) amino) nicotinic acid
Asolution of methyl 6- ( (5- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -6- ( (methyl-d3) carbamoyl) pyridazin-3-yl) amino) nicotinate (3.3 g, 6.70 mmol) in conc. HCl (100 mL) was heated at 80 ℃ for 3 h. The resulting mixture was cooled to rt and filtered. The filter cake was dried in vacuo to provide the desired product (2.9 g, yield: 78%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 430.99 [M/2+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -6- ( (5- ( (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide
D-097 (10.2 mg, yield: 63%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 479.5 [M+H] +.
Example 098. (R) -6- ( (5- ( (4- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-098)
D-098 (10.2 mg, yield: 61%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 444.98 [M/2+H] +.
Example 099. (R) -6- ( (5- ( (5- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-099)
D-099 (8 mg, yield: 47%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 452.03 [M/2+H] +.
Example 100. (R) -6- ( (5- ( (6- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-100)
D-100 (9.2 mg, yield: 53%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 459.01 [M/2+H] +.
Example 101. (R) -6- ( (5- ( (8- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-101)
D-101 (11.2 mg, yield: 63%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 473.03 [M/2+H] +.
Example 102. (R) -6- ( (5- ( (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-102)
D-102 (12.5 mg, yield: 73%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 453.04 [M/2+H] +.
Example 103. (R) -6- ( (5- ( (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-103)
D-103 (11.5 mg, yield: 64%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 475.05 [M/2+H] +.
Example 104. (R) -6- ( (5- ( (2- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-104)
D-104 (10.2 mg, yield: 54%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 497.00 [M/2+H] +.
Example 105. (R) -6- ( (5- ( (14- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) carbamoyl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-105)
D-105 (11.3 mg, yield: 58%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 519.00 [M/2+H] +.
Example 106. (R) -6- ( (5- (4- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-106)
Step 1. Synthesis oftert-butyl 4- (6- ( (5- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -6- ( (methyl-d3) carbamoyl) pyridazin-3-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazine-1-carboxylate
Amixture of 6-chloro-4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide3 (4 g, 10.62 mmol) , tert-butyl 4- (6-amino-3-pyridyl) piperazine-1-carboxylate (5.91 g, 21.23 mmol) , Pd2 (dba) 3 (972.06 mg, 1.06 mmol) , 1, 1'-Bis (diphenylphosphino) ferrocene (1.18 g, 2.12 mmol) and potassium phosphate tribasic (9.01 g, 42.46 mmol) in dioxane (40 mL) was stirred at 100 ℃ under N2 for 2 h. After the mixture was cooled to r. t, the solid was filtered to provide the desired product (3.4 g, yield: 52%) . MS (ESI) m/z = 619.38 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of
4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) -6- ( (5- (piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) pyridazine-3-carboxamide
To a solution of tert-butyl 4- (6- ( (5- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -6- ( (methyl-d3) carbamoyl) pyridazin-3-yl) amino) pyridin-3-yl) piperazine-1-carboxylate (3.4 g, 5.5 mmol) in MeOH (20 mL) was added HCl (4M in dioxane, 6.8 mL, 27.5 mmol) . The reaction mixture was stirred at rt for 2 h. Then the mixture was concentrated to provide the desired product (2.9 g, yield: 95%) . MS (ESI) m/z = 519.26 [M+H] +.
Step 3. Synthesis of (R) -6- ( (5- (4- (2- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) acetyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide
D-106 (8.6 mg, yield: 49%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 458.53 [M/2+H] +.
Example 107. (R) -6- ( (5- (4- (4- (4- (6- ( (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) butanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-107)
D-107 (9.5 mg, yield: 52%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 472.54 [M/2+H] +.
Example 108. (R) -6- ( (5- (4- (5- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) pentanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1,2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-108)
D-108 (9.2 mg, yield: 50%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 479.55 [M/2+H] +.
Example 109. (R) -6- ( (5- (4- (6- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) hexanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-109)
D-109 (8.2 mg, yield: 44%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 486.56 [M/2+H] +.
Example 110. (R) -6- ( (5- (4- (8- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) octanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-110)
D-110 (8.4 mg, yield: 44%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 500.57 [M/2+H] +.
Example 111. (R) -6- ( (5- (4- (3- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) propanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-111)
D-111 (9.4 mg, yield: 50%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 487.54 [M/2+H] +.
Example 112. (R) -6- ( (5- (4- (3- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fuorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-112)
D-112 (8 mg, yield: 41%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 509.53 [M/2+H] +.
Example 113. (R) -6- ( (5- (4- (3- (2- (2- (2- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) ethoxy) ethoxy) ethoxy) propanoyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-113)
D-113 (9.2 mg, yield: 45%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 531.49 [M/2+H] +.
Example 114. (R) -6- ( (5- (4- (1- (4- (6- ( (1- (3-Fluorophenyl) piperidin-3-yl) amino) pyrimidin-4-yl) piperazin-1-yl) -3, 6, 9, 12-tetraoxapentadecan-15-oyl) piperazin-1-yl) pyridin-2-yl) amino) -4- ( (2-methoxy-3- (1-methyl-1H-1, 2, 4-triazol-3-yl) phenyl) amino) -N- (methyl-d3) pyridazine-3-carboxamide (D-114)
D-114 (10 mg, yield: 47%) was synthesized following the same procedure as D-001 as a white solid. MS (ESI) m/z = 553.49 [M/2+H] +.
Example 115. N- (2- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-201)
Step 1. Synthesis of 1- (4- (benzyloxy) phenyl) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-ol
To a solution of 1-benzyloxy-4-bromo-benzene (26.1 g, 99.4 mmol) in 2-methyltetrahydrofuran (300 mL) was added n-BuLi (2.5 M, 43.4 mL) dropwise at -70 ℃ under N2. The reaction mixture was stirred at -70 ℃ for 1 h. Then 6- [tert-butyl (dimethyl) silyl] oxytetralin-1-one (25.0 g, 90.4 mmol) in 2-methyltetrahydrofuran (100 mL) was added dropwise to the mixture at -70 ℃. The reaction mixture was stirred at -70 ℃ for 2 h. After that, the reaction mixture was added dropwise to saturated NH4Cl aqueous solution (700 mL) slowly and extracted with ethyl acetate (300 mL *3) . The combined organic phase was washed with brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated to provide the desired product (40.0 g, yield: 67%) as a yellow oil. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.49 -7.32 (m, 5H) , 7.28 -7.24 (m, 2H) , 6.99 -6.90 (m, 3H) , 6.66 -6.59 (m, 2H) , 5.07 (s, 2H) , 2.88 -2.79 (m, 2H) , 2.13 -2.06 (m, 2H) , 1.81 -1.70 (m, 2H) , 1.02 (s, 9H) , 0.23 (s, 6H) .
Step 2. Synthesis of 5- (4- (benzyloxy) phenyl) -7, 8-dihydronaphthalen-2-ol
To a solution of 1- (4-benzyloxyphenyl) -6- [tert-butyl (dimethyl) silyl] oxy-tetralin-1-ol (40.0 g, 60.7 mmol) in MeOH (200 mL) was added TsOH·H2O (1.16 g, 6.08 mmol) . The mixture was stirred at 60 ℃ for 1 h. The reaction was concentrated to remove MeOH. Then the mixture was poured into H2O  (300 mL) slowly and extracted with ethyl acetate (200 mL *3) . The combined organic phase was washed with saturated NaHCO3 aqueous solution and brine, dried over anhydrous Na2SO4, filtered and concentrated to provide the desired product (31.0 g, yield: 93.1%) as a red solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.28 -7.02 (m, 7H) , 6.81 -6.75 (m, 2H) , 6.74 -6.61 (m, 1H) , 6.56 -6.44 (m, 1H) , 6.36 (dd, J = 2.8, 8.4 Hz, 1H) , 5.69 (t, J = 4.8 Hz, 1H) , 4.87 (d, J = 9.2 Hz, 2H) , 2.68 (t, J = 6.0 Hz, 0.5H) , 2.57 (t, J = 8.0 Hz, 1H) , 2.44 -2.37 (m, 0.5H) , 2.14 (dt, J = 4.8, 7.8 Hz, 1H) , 1.93 -1.86 (m, 1H) .
Step 3. Synthesis of (5- (4- (benzyloxy) phenyl) -7, 8-dihydronaphthalen-2-yl) oxy) (tert-butyl) dimethylsilane
To a solution of 5- (4-benzyloxyphenyl) -7, 8-dihydronaphthalen-2-ol (31.0 g, 56.6 mmol) in DMF (300 mL) was added imidazole (9.64 g, 141 mmol) and TBSCl (10.2 g, 67.9 mmol) . The mixture was stirred at 20 ℃ for 2 h. The reaction mixture was poured into water (1200 mL) and extracted with ethyl acetate (300 mL *3) . The combined organic layer was washed with saturated NaHCO3 solution and brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether: ethyl acetate = 1: 0 to 100: 1 to 100: 2) to provide the desired product (19.5 g, yield: 72.3%) as a yellow solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.28 -7.14 (m, 5H) , 7.10 -7.06 (m, 2H) , 6.81 -6.77 (m, 2H) , 6.71 (d, J = 8.4 Hz, 1H) , 6.53 -6.36 (m, 2H) , 5.72 (t, J = 4.8 Hz, 1H) , 4.91 (s, 2H) , 2.59 (t, J = 8.0 Hz, 2H) , 2.17 (dt, J = 4.8, 7.8 Hz, 2H) , 0.81 (s, 9H) , 0.02 (s, 6H) . MS (ESI) m/z = 443.4 [M+H] +.
Step 4. Synthesis of ( (5- (4- (benzyloxy) phenyl) -6-bromo-7, 8-dihydronaphthalen-2-yl) oxy) (tert-butyl) dimethylsilane
To a solution of [5- (4-benzyloxyphenyl) -7, 8-dihydronaphthalen-2-yl] oxy-tert-butyl-dimethyl-silane (17.0 g, 38.4 mmol) in DCM (340 mL) was added TEA (7.77 g, 76.8 mmol) and pyridine hydrobromide (14.7 g, 46.0 mmol) at 0 ℃. The mixture was stirred at 20 ℃ for 1 h. The reaction mixture was poured into water and extracted with ethyl acetate (200 mL *2) . The combined organic layer was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether: ethyl acetate = 1: 0 to 100: 1 to 100: 2) to provide the desired product (18.0 g, yield: 83.2%) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.52 -7.39 (m, 5H) , 7.20 -7.15 (m, 2H) , 7.08 -7.03 (m, 2H) , 6.65 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.58 -6.47 (m, 2H) , 5.12 (s, 2H) , 2.99 -2.93 (m, 4H) , 0.99 (s, 9H) , 0.23 -0.17 (m, 6H) . MS (ESI) m/z = 523.4 [M+H] +.
Step 5. Synthesis of ( (5- (4- (benzyloxy) phenyl) -6-phenyl-7, 8-dihydronaphthalen-2-yl) oxy) (tert-butyl) dimethylsilane
To a solution of [5- (4-benzyloxyphenyl) -6-bromo-7, 8-dihydronaphthalen-2-yl] oxy-tert-butyl-dimethyl-silane (17.4 g, 33.3 mmol) in dioxane (180 mL) and H2O (36 mL) was added K2CO3 (13.8 g, 100 mmol) , phenylboronic acid (8.14 g, 66.7 mmol) and Pd (dppf) Cl2 (2.44 g, 3.33 mmol) under N2. The mixture was stirred at 80 ℃ for 1 h. After cooling down to room temperature, the reaction mixture was poured into water and extracted with ethyl acetate (200 mL *3) . The combined organic layer was washed with brine, dried over Na2SO4, filtered and concentrated. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether: ethyl acetate = 1: 0 to 100: 1 to 100: 2) to provide the desired product (15.0 g, yield: 78%) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.49 -7.37 (m, 5H) , 7.15 -7.00 (m, 7H) , 6.87 (d, J = 8.8 Hz, 2H) , 6.76 -6.68 (m, 2H) , 6.57 (dd, J = 2.4, 8.4 Hz, 1H) , 5.05 (s, 2H) , 2.98 -2.90 (m, 2H) , 2.85 -2.77 (m, 2H) , 1.03 (s, 9H) , 0.25 (s, 6H) .
Step 6. Synthesis of 4- ( (1R, 2S) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenol
To a solution of [5- (4-benzyloxyphenyl) -6-phenyl-7, 8-dihydronaphthalen-2-yl] oxy-tert-butyl-dimethyl-silane (7.50 g, 14.4 mmol) in THF (200 mL) was added Pd/C (1.54 g, 1.44 mmol, 10%purity) under N2 atmosphere. The suspension was degassed and purged with H2 for 3 times. The mixture was stirred under H2 (45 Psi) at 20 ℃ for 48 h. The mixture was filtered and the filtrate was concentrated. The crude was purified by prep-HPLC (column: Welch Ultimate XB-NH2 250*50*10um; mobile phase: [Hexane-EtOH] ; B%: 9%, isocratic elution mode) to provide the desired product (4.26 g, yield: 66.3%) as a white solid. 1HNMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.20 -7.15 (m, 3H) , 6.84 -6.80 (m, 3H) , 6.73 (d, J = 2.4 Hz, 1H) , 6.61 (dd, J = 2.4, 8.4 Hz, 1H) , 6.48 -6.44 (m, 2H) , 6.31 -6.26 (m, 2H) , 4.50 (s, 1H) , 4.24 (d, J = 5.2 Hz, 1H) , 3.41 -3.35 (m, 1H) , 3.07 -2.98 (m, 2H) , 2.24 -2.11 (m, 1H) , 1.86 -1.79 (m, 1H) , 1.03 -1.01 (s, 9H) , 0.24 (d, J = 1.6 Hz, 6H) . MS (ESI) m/z = 431.4 [M+H] +.
Step 7. Synthesis of tert-butyl (2- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) ethyl) carbamate
To a solution of 4- ( (1R, 2S) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenol (200 mg, 464.41 μmol) in DMSO (3 mL) were added tert-butyl (2-bromoethyl) carbamate (208.14 mg, 928.82 μmol) , potassium carbonate (128.37 mg, 928.82 μmol) . The mixture was stirred at 60 ℃ for 4 h. The residue was purified by reverse phase chromatography to provide the title product (69 mg, yield: 32%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 482.5 [M+H] +.
Step 8. Synthesis of (5R, 6S) -5- (4- (2-aminoethoxy) phenyl) -6-phenyl-5, 6, 7, 8-tetrahydronaphthalen-2-ol
To a solution of tert-butyl (2- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) ethyl) carbamate (36 mg, 78.33 μmol) in DCM (1.5 mL) were added TFA (0.5 mL) . The mixture was stirred at rt for 0.5 h. The mixture was concentrated in vacuo to give (5R, 6S) -5- (4- (2-aminoethoxy) phenyl) -6-phenyl-5, 6, 7, 8-tetrahydronaphthalen-2-ol (28 mg, yield: 99%) . MS (ESI) m/z = 360.6 [M+H] +.
Step 9. Synthesis of N- (2- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of (5R, 6S) -5- (4- (2-aminoethoxy) phenyl) -6-phenyl-5, 6, 7, 8-tetrahydronaphthalen-2-ol (5 mg, 13.91 μmol) in DMSO (1 mL) were added 2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridine-4-carboxylic acid (4.50 mg, 13.91 μmol) , BOP (12.30 mg, 27.82 μmol) , DIPEA (5.39 mg, 41.73 μmol, 6.90 μL) . The mixture was stirred at rt for 2 h, before it was purified by prep-HPLC (0.05%TFA in water: MeCN) to afford the title compound (4.86 mg, yield: 53%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 655.6 [M+H] +.
Example 116. N- (3- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) propyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-202)
Step 1. Synthesis of N- (3-iodopropyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of N- (3-hydroxypropyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridine-4-carboxamide (20 mg, 52.56 μmol) in THF (1 mL) were added iodine (26.68 mg, 105.13 μmol) , imidazole (1.79 mg, 26.28 μmol) . The mixture was stirred at rt for 2 h, before it was purified by silica gel chromatography (petroleum ether: EtOAc = 2: 3) to afford the title compound (12 mg, yield: 47%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 491.4 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N- (3- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) propyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of N- (3-iodopropyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (10 mg, 20.39 μmol) in DMF (1 mL) were added 4- ( (1R, 2S) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenol (10.54 mg, 24.47 μmol) and potassium carbonate (5.64 mg, 40.78 μmol) . The mixture was stirred at rt for 5 h, before it was purified by prep-HPLC (0.05%TFA in water: MeCN) to afford the title compound (0.57 mg, yield: 4%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 679.6 [M+H] +.
Example 117. N- (4- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) butyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-203)
Step 1. Synthesis of N- (4- (4- ( (1R, 2S) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) butyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of 4- ( (1R, 2S) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenol (25 mg, 58.05 μmol) in toluene (2 mL) were added N- (4-hydroxybutyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) pyridine-4-carboxamide (22.90 mg, 58.05 μmol) and cyanomethylenetributylphosphorane (21.02 mg, 87.08 μmol) . The mixture was stirred at 100 ℃ for 14 h. The residue was purified by silica gel chromatography (petroleum ether: EtOAc = 2: 3) to provide the title product (6 mg, yield: 13%) as a white solid. MS (ESI) m/z = 808.3 [M+H] +.
Step 2. Synthesis of N- (4- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) butyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide
To a solution of N- (4- (4- ( (1R, 2S) -6- ( (tert-butyldimethylsilyl) oxy) -2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) butyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (6 mg, 7.43 μmol) in DCM (1 mL) was added TFA (2 mL) . The mixture was stirred at rt for 3 h. The residue was purified by Prep-TLC (petroleum ether: EtOAc = 3: 1) to provide the title product (1.78 mg, yield: 35%) as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 693.7 [M+H] +.
Example 118. N- (5- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) pentyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-204)
D-204 (0.72 mg, yield: 4%over 2 steps) was synthesized following the same procedure as D-203 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 707.5 [M+H] +.
Example 119. N- (6- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) hexyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-205)
D-205 (1.66 mg, yield: 4%over 2 steps) was synthesized following the same procedure as D-203 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 721.6 [M+H] +.
Example 120. N- (2- (2- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) ethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-206)
D-206 (3.87 mg, yield: 9%over 2 steps) was synthesized following the same procedure as D-203 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 709.6 [M+H] +.
Example 121. N- (2- (2- (2- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) ethoxy) ethoxy) ethyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-207)
D-207 (9.02 mg, yield: 12%over 2 steps) was synthesized following the same procedure as D-203 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 753.7 [M+H] +.
Example 122. N- (14- (4- ( (1R, 2S) -6-hydroxy-2-phenyl-1, 2, 3, 4-tetrahydronaphthalen-1-yl) phenoxy) -3, 6, 9, 12-tetraoxatetradecyl) -2- (7-phenyl-2, 7-diazaspiro [4.4] nonan-2-yl) isonicotinamide (D-208)
D-208 (2.23 mg, yield: 3%over 2 steps) was synthesized following the same procedure as D-203 as a yellow solid. MS (ESI) m/z = 841.6 [M+H] +.
Example 123: Compound binding to DCAF1
Binding affinities of compounds to DCAF1 were determined by a surface plasmon resonance (SPR) assay. Purified biotinylated avi-tagged DCAF1 (1058-1396) proteins were immobilized on a SA (Streptavidin) sensor chip, and a dose range of compound solutions were injected in multi-cycle kinetic format. Data were analyzed using a steady state model to provide equivalent dissociation constants (Kd) .  The binding affinities (Kd values) of selected compounds are set forth in Table 6 and Table 7. The data showed that some compounds were able to bind DCAF1 in a concentration-dependent manner (FIG. 2) .
Table 6. Binding affinities


Kd values: A ≤ 40 μM; 40 < B ≤ 70 μM; 70 < C ≤ 100 μM; D > 100 μM
Table 7. Binding affinities


Kd values: A ≤ 25 μM; 25 < B ≤ 50 μM; 50 < C ≤ 100 μM; D > 100 μM
Example 124. Compound covalently binding to DCAF1
Some compounds are expected to covalently bind to DCAF1. The covalent bonding may be accomplished by Michael Addition, where Cysteine (CYS) residues of DCAF1 such as CYS1227 or CYS1113 act as Michael donors to the compounds of Table 1 or Table 3 that may act as Michael acceptors the reaction.
Covalent binding of compounds to DCAF1 were determined by an intact mass spectrometry analysis. Purified DCAF1 (1058-1396) proteins (5 μM) were incubated with 40 molar excess of the putative DCAF1 ligands (200 μM) for 8 h at rt. The resulting samples were separated using a UPLC and analyzed using a high-performance Mass Spectrometer equipped. The molecular weight of the DCAF1 protein incubated with solvent was tested as a control. The covalent binding of selected compounds are set forth in Table 8. The data showed that some compounds were able to covalently react with DCAF1 (FIG. 3) .
Table 8. Covalent binding


Y: reacted with DCAF1; N: not reacted with DCAF1
Example 125. Heterobifunctional compounds concentration dependently reduced CDK4 protein levels
MOLT-4 cells were treated with selected heterobifunctional compounds at concentrations as indicated in FIG. 4 for 8 hours. Immunoblotting data showed reduction of CDK4 proteins levels in a concentration-dependent manner.
The activities of selected compounds on CDK4 degradation (percentage degradation at 1 μM or 10 μM) in MOLT-4 cells are set forth in Table 9.
Table 9. CDK4 degradation


Degradation: A: ≥ 70%; 40%≤ B < 70%; 20%≤ C <40%; D < 20%.
Example 126. Heterobifunctional compounds concentration dependently reduced BRD4 protein levels and suppressed viability of MV4; 11 AML cancer cells
MV4; 11 cells were treated with selected heterobifunctional compounds at concentrations as indicated in FIG. 5A for 8 hours. Immunoblotting data showed reduction of BRD4 proteins levels in a concentration-dependent manner.
MV4; 11 cells were treated with selected heterobifunctional compounds at 10 μM for indicated period in FIG. 5B. Immunoblotting data showed reduction of BRD4 proteins as early as 4 hours following treatment.
MV4; 11 cells were treated with selected heterobifunctional compounds for 3 days at concentrations following a 3-fold serial dilution as indicated in FIG. 6. Data showed suppression of MV4; 11 cell viability in a concentration-dependent manner.
The activities of selected heterobifunctional compounds on cell viability inhibition (IC50 values) and BRD4 degradation (percentage degradation at 10 μM) in MV4; 11 cells are set forth in Table 10.
Table 10. Cell viability inhibition and BRD4 degradation


IC50: A ≤ 100 nM; 100 nM < B ≤ 300 nM; 300 nM < C ≤ 1000 nM; D > 1000 nM; 
Degradation: A: ≥ 70%; 40%≤ B < 70%; 20%≤ C <40%; D < 20%.
Example 127. Heterobifunctional compounds concentration dependently reduced CDK4 and Cyclin D protein levels
T47D (FIG. 7A) or Calu-1 (FIG. 7B) cells were treated with selected heterobifunctional compounds at concentrations as indicated for 16 hours. Immunoblotting data showed reduction of CDK4 and cyclin D1 proteins levels in a concentration-dependent manner.
The activities of selected compounds on CDK4 and cyclin D1 degradation (percentage degradation at 1 μM) in T47D cells are set forth in Table 11.
Table 11. Cyclin D1 and CDK4 degradation in T47D Cells

Degradation: A: ≥ 70%; 40%≤ B < 70%; 20%≤ C <40%; D < 20%.
Example 128. Heterobifunctional compounds reduced Cyclin D1 protein levels
T47D cells were treated with selected heterobifunctional compounds at concentrations as indicated in FIG. 8 for 16 hours. Immunoblotting data showed reduction of cyclin D1 proteins levels in 5 μM treated samples.
MDA-MB-157 cells were treated with selected heterobifunctional compounds at concentrations as indicated in FIG. 9 for 16 hours. Immunoblotting data showed reduction of cyclin D1 proteins levels in 5 μM treated samples.
Example 129. Heterobifunctional compounds reduced ERα protein levels
T47D cells were serum starved for 2 hours, followed by the treatment with selected heterobifunctional compounds at 1 μM for 24 hours in serum-free condition. The activities of selected compounds on ERα degradation (percentage degradation at 1 μM) in T47D cells are set forth in Table 12.
Table 12. ERα degradation in T47D Cells

Degradation: A: ≥ 70%; 40%≤ B < 70%; 20%≤ C <40%; D < 20%.
Example 130. General Methods
Materials and Methods
General Chemistry Methods: Chemicals and reagents were purchased from commercial suppliers and used without further purification. LCMS spectra for compounds were acquired using a Waters LC-MS AcQuity H UPLC class system. The Waters LC-MS AcQuity H UPLC class system comprising a pump (Quaternary Solvent Manager) with degasser, an autosampler (FTN) , a column oven (40 ℃, unless otherwise indicated) , a photo-diode array PDA detector. Chromatography was performed on an AcQuity UPLC BEH C18 (1.7 μm, 2.1 x 50 mm) with water containing 0.1%formic acid as solvent A and acetonitrile containing 0.1%formic acid as solvent B at a flow rate of 0.6 mL/min. Flow from the column was split to a MS spectrometer. The MS detector was configured with an electrospray ionization source. Nitrogen was used as the nebulizer gas. Data acquisition was performed with a MassLynx data system. Nuclear Magnetic Resonance spectra were recorded on a Bruker Avance Ⅲ400 spectrometer. Chemical shifts are expressed in parts per million (ppm) and reported as δ value (chemical shift δ) . Coupling constants are reported in units of hertz (J value, Hz; Integration and splitting patterns: where s = singlet, d = double, t = triplet, q = quartet, brs = broad singlet, m = multiple) . The purification of intermediates or final products were performed on Agilent Prep 1260 series with UV detector set to 254 nm or 220 nm. Samples were injected onto a Phenomenex Luna C18 column (5 μm, 30 x 75 mm, ) at room temperature. The flow rate was 40 mL/min. A linear gradient was used with either 10%or 50%MeOH in H2O containing 0.1 %TFA as solvent A and 100%of MeOH as solvent B. Alternatively, the products were purified onNextGen 300 system with UV detector set to 254 nm, 220 nm, or 280 nm. The flow rate was 40 mL/min. A linear gradient was used with H2O containing 0.05 %TFA as solvent A and  100%of MeOH containing 0.05 %TFA as solvent B. The compounds showed > 95%purity using the LCMS methods described herein.
Protein Expression and Purification: Human DCAF1 (1058-1396) (UniPro: Q9Y4B6) coding sequences were cloned into pFastBacHT vector and were expressed in Sf9 cells using Bac-to-Bac baculovirus expression system (Thermo Fisher Scientific) . The expression construct for DCAF1 (1058-1396) included a N-terminal His6-tag to facilitate the purification. DCAF1 (1058-1396) proteins were obtained from supernatants of cell lysates and purified through sequential application of Ni affinity chromatography (Ni-NTA column, Bio-Rad) , Tag removal using TEV protease, and size-exclusion chromatography (Superdex 200 column, GE Healthcare) . Avi-tagged DCAF1 (1058-1396) proteins were biotinylated in vivo followed by purification. The biotinylation modification on DCAF1 proteins was verified by mass spectrometry analysis.
Surface plasmon resonance (SPR) binding assays: SPR studies were performed on a Biacore X100 plus instrument (GE Healthcare) . Immobilization of purified biotinylated avi-tagged DCAF1 (1058-1396) was carried out at 25 ℃ using a SA (Streptavidin) sensor chip. The surface was pre-equilibrated in PBSP running buffer (PBS supplemented with 0.05%P20) , before being conditioned with three consecutive one-minute injections of 1 M NaCl in 50 mM NaOH. DCAF1 proteins were immobilized through streptavidin-biotin interaction to a density of 9,000-10,000 resonance units (RUs) on flow cell channel 2 (FC2) , whereas flow cell channel 1 (FC1) was used as reference. Both DCAF1 immobilized and reference surfaces were then blocked with 50 μM PEG-biotin.
Interaction experiments were performed at 25 ℃. The compounds were prepared and serially diluted in PBSP running buffer containing final 2%DMSO (6-point two-fold serial dilution, 100 μM -3.125 μM final concentration of compounds) . Compound Solutions were injected individually in multi-cycle kinetic format without regeneration (flow rate 30 μL/min, association time 60 s, dissociation time 120 s) . Sensorgrams from reference surfaces and blank injections were subtracted from the raw data (double-referenced) and the data was solvent-corrected prior to analysis. Data were analyzed using a steady state affinity model through Biacore Evaluation Software to provide equivalent dissociation constants (Kd) .
Mass spectrometry analysis for assessing the covalent binding: Purified DCAF1 proteins (5 μM) were incubated with 40 molar excess of the putative DCAF1 ligands (200 μM) for 8 h at rt before being quenched by adding 0.4%formic acid. The resulting samples were separated using a Waters ACQUITY UPLC I-Class and analyzed using a Waters MALDI SYNAPT G2-Si Mass Spectrometer equipped with an electrospray ionization source. The molecular weight of the DCAF1 protein incubated with solvent was tested as a control.
Cell Culture: MOLT-4, MV4; 11, T47D, Calu-1, MDA-MB-157 and other cells were cultured at 37℃ with 5%CO2 in DMEM or RPMI 1640 Medium supplemented with 10%fetal bovine serum. Cells were authenticated using the short tandem repeat (STR) assays. Mycoplasma test results were negative.
Antibodies and reagents: Anti-BRD4 (13440S) , anti-CDK4 (12790S) , anti-cyclin D1 (2978S) , anti-p-Rb (S807/811, 8516S) , anti-cyclin A2 (4656S) and anti-ERα (8644S) antibodies were purchased from Cell Signaling Technology. HRP-conjugated anti-α-tubulin, anti-β-actin and anti-GAPDH  antibodies were produced in house. Media and other cell culture reagents were purchased from Thermo Fisher Scientific. CellTiter-Glo Luminescent Assay kit was purchased from Promega.
Cell viability assay: Cells were seeded at a density of 3,000-5,000 cells per well in 96-well assay plates and treated with test compounds following a 11-point 3-fold serial dilution. Three days later, cell viability was determined using the CellTiter-Glo Assay Kit according to the manufacturer’s instructions. The dose-response curves were determined and IC50 values were calculated using the GraphPad Prism software following a nonlinear regression (least squares fit) method.
Immunoblotting: Cultured cells were washed with cold PBS once and lysed in cold RIPA buffer supplemented with protease inhibitors and phosphatase inhibitors (Beyotime Biotechnology) . The solutions were then incubated at 4 ℃ for 30 minutes with gentle agitation to fully lyse cells. Cell lysates were centrifuged at 13,000 rpm for 10 minutes at 4 ℃ and pellets were discarded. Total protein concentrations in the lysates were determined by BCA assays (Beyotime Biotechnology) . Cell lysates were mixed with Laemmli loading buffer to 1 X and heated at 99 ℃ for 5 min. Proteins were resolved on SDS-PAGE and visualized by chemiluminescence. Images were taken by a ChemiDoc MP Imaging system (Bio-Rad) . Protein bands were quantitated using the accompanied software provided by Bio-Rad.
While preferred embodiments of the present invention have been shown and described herein, it will be obvious to those skilled in the art that such embodiments are provided by way of example only. Numerous variations, changes, and substitutions will now occur to those skilled in the art without departing from the invention. Various alternatives to the embodiments of the invention described herein may be employed in practicing the invention. It is intended that the following claims define the scope of the invention and that methods and structures within the scope of these claims and their equivalents be covered thereby.

Claims (40)

  1. A compound of Formula (I) ,
    or a salt thereof, wherein:
    A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1;
    X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
    E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-, - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) -, - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) -, -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t-, and - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-;
    Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4;
    Q2 is selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, Z1, C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1;
    each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12;
    each R2 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15;
    each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A;
    each R4 is independently selected the group consisting of hydrogen, C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered  heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19;
    each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-;
    R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo;
    each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each R14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc, N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, C2-C6 alkynyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C1-C6 heteroalkyl, C1-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more Re;
    each R21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more Re, or two R21 taken together are oxo;
    R22 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
    each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
    m is an integer from 0 to 6;
    t is an integer from 1 to 4;
    u is an integer from 1 to 5;
    y is an integer from 1 to 3;
    z is an integer from 1 to 4; and
    Z1 is selected from the group consisting of L1-P, L1-G, and Z2, wherein:
    L1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker;
    P is a target protein binding moiety;
    G is a reactive functional group; and
    Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group;
    with the proviso that the compound of Formula (I) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  2. A compound of Formula (II) ,
    or a salt thereof, wherein:
    A is C6-C10 aryl or 5-to 10-membered heteroaryl comprising X1;
    X1 is C (R5A) , N, N (R5B) , O or S;
    Y1 is C (R6) or N; or
    Y1 is O and Z1 is null;
    Y2 is C (R7) or N;
    E1 and E2 are independently selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tN (R8) (C (R9) 2) u-, -O-, - (C (R9) 2) tO-, -O- (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tO (C (R9) 2) u-, - (C (R9) 2) u-, -C (O) -, -C (O) N (R8) -, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) -, -C (O) N (R8) (C (R9) 2) t-, - (C (R9) 2) tC (O) N (R8) (C (R9) 2) u-, -N (R8) C (O) -, - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) -, -N (R8) C (O) (C (R9) 2) t-, and - (C (R9) 2) tN (R8) C (O) (C (R9) 2) u-;
    Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
    Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R3 andoptionally further substituted with one or more R4;
    Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, wherein each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle is optionally substituted with one or more R2 andoptionally further substituted with Z1;
    each R1 is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR10, SR10, N (R10) 2, C (O) R10, OC (O) R10, C (O) OR10, C (O) N (R10) 2, N (R10) C (O) R10, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R11, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R12;
    each R2 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, OR13, SR13, N (R13) 2, C (O) R13, OC (O) R13, C (O) OR13, C (O) N (R13) 2, N (R13) C (O) R13, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more R14, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R15;
    each R3 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, oxo, thioxo, OR16, SR16, N (R16) 2, C (O) R16, OC (O) R16, C (O) OR16, C (O) N (R16) 2, N (R16) C (O) R16, C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl, wherein each said C1-C6 alkyl, C2-C6 alkenyl, and C2-C6 alkynyl moiety is optionally substituted with one or more R17A;
    each R4 is independently selected from the group consisting of C (O) - (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) - (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, E3-5-to 10-membered heteroaryl, C3-C6 cycloalkyl, 3-to 6-membered heterocyclyl, E3-C3-C6 cycloalkyl, and E3-3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted with one or more R17B, each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R18, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more R19;
    each E3 is independently selected from the group consisting of -N (R20) -, - (C (R21) 2) y-N (R20) -, -N (R20) - (C (R21) 2) y-, -O-, - (C (R21) 2) y-O-, -O- (C (R21) 2) y-, and - (C (R21) 2) z-;
    R5A is independently selected from the group consisting of hydrogen, halogen, CN, OR22, N (R22) 2, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    R5B is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    R6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR23, N (R23) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    R7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR24, N (R24) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R8 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R9 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re, or two R9 taken together are oxo;
    each R10 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each R11 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R12 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORa, SRa, N (Ra) 2, C (O) Ra, OC (O) Ra, C (O) ORa, C (O) N (Ra) 2, N (Ra) C (O) , and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R13 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each R14 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R15 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORb, SRb, N (Rb) 2, C (O) Rb, OC (O) Rb, C (O) ORb, C (O) N (Rb) 2, N (Rb) C (O) Rb, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R16 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each R17A and R17B is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc, N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R18 is independently selected from the group consisting of halogen, CN, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Re;
    each R19 is independently selected from the group consisting of fluoro, oxo, thioxo, ORc, SRc , N (Rc) 2, C (O) Rc, OC (O) Rc, C (O) ORc, C (O) N (Rc) 2, N (Rc) C (O) Rc, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    each R20 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more is optionally substituted with one or more Re;
    each R21 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted  with one or more Rd, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted one or more Re, or two R21 taken together are oxo;
    each R22, R23 and R24 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each Ra, Rb, and Rc is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
    each Re is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
    m is an integer from 0 to 6;
    n is an integer from 0 to 4;
    p is an integer from 0 to 3;
    q is an integer from 1 to 3;
    r is an integer from 0 to 4;
    s is an integer from 0 to 2;
    t is an integer from 1 to 4;
    u is an integer from 1 to 5;
    y is an integer from 1 to 3;
    z is an integer from 1 to 4; and
    Z1 is selected from the group consisting of L1-P, L1-G, and Z2, wherein:
    L1 is selected from a bond and a bivalent chemical linker;
    P is a target protein binding moiety;
    G is a reactive functional group; and
    Z2 is selected from the group consisting of hydrogen, C1-C4 alkyl, and an amine protecting group; or Z2 is absent when Y1 is O;
    with the proviso that the compound of Formula (II) is not N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -6-morpholinopyrimidin-4-amine or N- (1- (3-fluorophenyl) piperidin-3-yl) -4-morpholinopyrimidin-2-amine.
  3. The compound of claim 1 or 2, or a salt thereof, wherein A is a 5-to 6-membered heteroaryl comprising X1, optionally substituted with one or more R1.
  4. The compound of any one of claims 1 to 3, or a salt thereof, wherein A is a 6-membered heteroaryl comprising X1 selected from pyridine or pyrimidine, optionally substituted with one or more R1.
  5. The compound of any one of claims 1 to 4, or a salt thereof, wherein X1 is C (R5A) or N.
  6. The compound of any one of claims 1 to 3, or a salt thereof, wherein A is a 6-membered aryl or 5-to 10-membered heteroaryl selected from the group consisting of:
    or a tautomeric form thereof, wherein:
    *is the point of attachment to E1;
    #is the point of attachment to E2; and
    each said 6-membered aryl or 5-to 10-membered heteroaryl is optionally substituted with one or more R1.
  7. The compound of any one of claims 2 to 6, or a salt thereof, wherein Y1 is N.
  8. The compound of any one of claims 2 to 6, or a salt thereof, wherein Y1 is C (R6) .
  9. The compound of any one of claims 2 to 8, or a salt thereof, wherein Y2 is N.
  10. The compound of any one of claims 2 to 8, or a salt thereof, wherein Y2 is C (R7) .
  11. The compound of any one of claims 1 to 10, or a salt thereof, wherein E1 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -and -N (R8) (C (R9) 2) t-.
  12. The compound of claim 11, or a salt thereof, wherein E1 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH- and -NH (CH2) t-.
  13. The compound of any one of claims 1, or 3 to 12, or a salt thereof, wherein Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle comprising Y3, having the structure of Formula (IV) :
    wherein:
    *is the point of attachment to E1;
    Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
    r is an integer from 0 to 4; and
    s is an integer from 0 to 2.
  14. The compound of any one of claims 1 to 13, or a salt thereof, Q1 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (IVa) , Formula (IVb) and Formula (IVc) :
    wherein:
    *is the point of attachment to E1;
    Y3 is N, C (R3) or C (R4) ;
    Y4 is N (R3) , N (R4) , C (R3) 2 , C (R3) (R4) or C (R4) 2;
    each A1, B1, C1 and D1 is independently selected from the group consisting of null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2, N (R3) , N (R4) , C (R3) 2 , C (R3) (R4) and C (R4) 2;
    r is an integer from 0 to 4;
    s is an integer from 0 to 2; and
    each v1, w1, v2, w2, v3, w3, v4, and w4 is independently an integer from 0 to 5.
  15. The compound of any one of claims 1 to 14, or a salt thereof, wherein Q1 is selected from the group consisting of:
    or a stereoisomer thereof, wherein:
    *is the point of attachment to E1; and
    Q1 is optionally substituted by one or more R3.
  16. The compound of any one of claims 1 to 14, or a salt thereof, wherein Q1 is selected from the group consisting of:
    or a stereoisomer thereof, wherein:
    *is the point of attachment to E1; and
    Q1 is optionally substituted by one or more R3.
  17. The compound of any one of claims 1 to 16, or a salt thereof, wherein Q2 is C3-C11 cycloalkyl or 3-to 11-membered heterocycle, each optionally substituted with one or more R2 and substituted with Z1.
  18. The compound of any one of claims 1, or 3 to 17, or a salt thereof, wherein Q2 is selected from the group consisting of C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocycle having the structure of Formula (Va) , Formula (Vb) and Formula (Vc) :
    wherein:
    #is the point of attachment to E2;
    Y1 is C (R6) or N; or
    Y1 is O and Z1 is null;
    Y2 is C (R7) or N;
    R6 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR23, N (R23) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    R7 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, OR24, N (R24) 2, and C1-C6 alkyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rd;
    R23 and R24 are independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C1-C6 fluoroalkyl, C3-C6 cycloalkyl, and 3-to 6-membered heterocyclyl;
    each Rd is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
    each A2, B2, C2 and D2 is independently selected from the group consisting of null, O, C (O) , S (O) , S (O) 2, N (R2) , and C (R2) 2;
    n is an integer from 0 to 4; and
    each v5, w5, v6, w6, v7, w7, v8, and w8 is independently an integer from 0 to 5.
  19. The compound of any one of claims 1, or 3 to 16, or a salt thereof, wherein Q2 is Z1.
  20. The compound of any one of claims 1 to 19, or a salt thereof, wherein R4 is independently selected from the group consisting of C6-C10 aryl, 5-to 10-membered heteroaryl, E3-C6-C10 aryl, and E3-5-to 10-membered heteroaryl, and each said C6-C10 aryl and 5-to 10-membered heteroaryl is optionally further substituted by one or more R18.
  21. The compound of any one of claims 1 to 19, or a salt thereof, wherein R4 is independently selected from the group consisting of C (O) (C2-C6 alkenyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkenyl) , C (O) (C2-C6 alkynyl) , N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , (C1-C6 alkylene) -N (R16) C (O) (C2-C6 alkynyl) , and each said C2-C6 alkenyl and C2-C6 alkynyl is optionally substituted by one or more R17B.
  22. The compound of any one of claims 1 to 21, or a salt thereof, wherein E2 is selected from the group consisting of a bond, -N (R8) -, - (C (R9) 2) tN (R8) -, -N (R8) (C (R9) 2) t-, -C (O) N (R8) -, and -N (R8) C (O) -.
  23. The compound of any one of claims 1 to 22, or a salt thereof, wherein E2 is selected from the group consisting of a bond, -NH-, - (CH2) tNH-, -NH (CH2) t-, -C (O) NH-and -NHC (O) -.
  24. The compound of any one of claims 1 to 23, or a salt thereof, wherein each R8 is hydrogen.
  25. The compound of any one of claims 1 to 24, or a salt thereof, wherein each R9 is hydrogen or two R9 taken together are oxo.
  26. The compound of any one of claims 1 to 25, or a salt thereof, wherein Z1 is L1-G or Z2 .
  27. The compound of any one of claims 1 to 26, or a salt thereof, wherein G is a reactive functional group selected from a protected or unprotected primary or secondary amine, carboxylic acid, carboxylate ester, halogen, hydroxy or sulfonate ester.
  28. The compound of any one of claims 1 to 27, or a salt thereof, wherein Z2 is selected from the group consisting of hydrogen and an amine protecting group.
  29. The compound or salt of any one of claims 1 to 28, wherein the salt is a pharmaceutically acceptable salt.
  30. The compound of any one of claims 1 to 28, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein Z1 is L1-P.
  31. The compound or salt of any one of claims 1 to 30, wherein L1 is a bond or a bivalent chemical linker of formula – (J) x-, wherein:
    each -J-is independently selected from the group consisting of -N (R25) -, -C (R26) 2-, -O-, -C (O) -, -C (=N (R25) ) -, -C (S) -, -C (R26) =C (R26) -, -C≡C-, -S-, -S (O) -, -S (O) 2-, C3-C11 cycloalkyl optionally substituted with R27, and 3-to 11-membered heterocyclyl optionally substituted with R27, provided two -O-and/or -S-are not contiguous;
    each R25 is independently selected from the group consisting of hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C11 cycloalkyl and 3-to 11-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg;
    each R26 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg;
    each R27 is independently selected from the group consisting of hydrogen, fluoro, C1-C6 alkyl, and oxo, wherein each said C1-C6 alkyl is optionally substituted with one or more Rf, and each said C3-C6 cycloalkyl and 3-to 6-membered heterocyclyl is optionally substituted with one or more Rg;
    each Rf is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2;
    each Rg is independently selected from the group consisting of fluoro, hydroxy, C1-C4 alkyl, C1-C4 fluoroalkyl, C1-C4 alkoxy, oxo, NH2, NH (C1-C4 alkyl) and N (C1-C4 alkyl) 2; and
    x is an integer from 1 to 30.
  32. A pharmaceutical composition comprising the compound of any one of claims 1 to 31, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable excipient.
  33. A method of treatment comprising administering an effective amount of the compound or salt of any one of claims 1 to 31, or the pharmaceutical composition of claim 32 to a subject in need thereof.
  34. The method of claim 33, wherein the subject has cancer.
  35. The method of claim 34, wherein the subject is human.
  36. A method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell, comprising contacting the cell with an effective amount of the compound or salt of any one of claims 1 to 31, or the pharmaceutical composition of claim 32 to the cell.
  37. The method of claim 36, wherein the cell is a cancer cell.
  38. A compound or salt of any one of claims 1 to 31, or the pharmaceutical composition of claim 32, for use in a method of treatment.
  39. A compound or salt of any one of claims 1 to 31, or the pharmaceutical composition of claim 32, for use in a method of degrading, inhibiting, or modulating a protein in a cell.
  40. A method of making a heterobifunctional compound of Formula (I) or Formula (II) according to claim 1 or 2 wherein Z1 is L1-P, comprising conjugating a compound or salt of any one of claims 1 to 29, or 31, wherein Z1 is L1-G or Z2 to a target protein binding moiety P via a linker L1.
PCT/CN2023/119126 2022-09-15 2023-09-15 Modified proteins and protein binders and degraders WO2024056077A1 (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CNPCT/CN2022/119083 2022-09-15
CN2022119083 2022-09-15

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2024056077A1 true WO2024056077A1 (en) 2024-03-21

Family

ID=90274276

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/CN2023/119126 WO2024056077A1 (en) 2022-09-15 2023-09-15 Modified proteins and protein binders and degraders

Country Status (1)

Country Link
WO (1) WO2024056077A1 (en)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009051822A1 (en) * 2007-10-19 2009-04-23 Avila Therapeutics, Inc. Heteroaryl compounds and uses thereof
WO2018106870A1 (en) * 2016-12-08 2018-06-14 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Compositions and methods for treating cdk4/6-mediated cancer
WO2019201123A1 (en) * 2018-04-20 2019-10-24 四川科伦博泰生物医药股份有限公司 Multifunctional compound, preparation method therefor, and application thereof in pharmaceuticals

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009051822A1 (en) * 2007-10-19 2009-04-23 Avila Therapeutics, Inc. Heteroaryl compounds and uses thereof
WO2018106870A1 (en) * 2016-12-08 2018-06-14 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Compositions and methods for treating cdk4/6-mediated cancer
WO2019201123A1 (en) * 2018-04-20 2019-10-24 四川科伦博泰生物医药股份有限公司 Multifunctional compound, preparation method therefor, and application thereof in pharmaceuticals

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
DATABASE REGISTRY ANONYMOUS : "- Ethanone, 1-[4-[6-[[1-(3-fluorophenyl)-3-piperidinyl]amino]-4-pyrimidinyl]- 1-piperazinyl]- (CA INDEX NAME)", XP093147959, retrieved from STN *
DATABASE REGISTRY ANONYMOUS : "-5-Pyrimidinecarbonitrile, 4-[[1-(3-fluorophenyl)-3-piperidinyl]amino]-6methyl-(CA INDEX NAME) ", XP093147961, retrieved from STN *
KIMANI SERAH W., OWEN JULIE, GREEN STUART R., LI FENGLING, LI YANJUN, DONG AIPING, BROWN PETER J., ACKLOO SUZANNE, KUTER DAVID, YA: "Discovery of a Novel DCAF1 Ligand Using a Drug–Target Interaction Prediction Model: Generalizing Machine Learning to New Drug Targets", JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, AMERICAN CHEMICAL SOCIETY , WASHINGTON DC, US, vol. 63, no. 13, 10 July 2023 (2023-07-10), US , pages 4070 - 4078, XP093147954, ISSN: 1549-9596, DOI: 10.1021/acs.jcim.3c00082 *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10864202B2 (en) Inhibitors of lysine specific demethylase-1
US9944636B2 (en) Inhibitors of lysine specific demethylase-1
US20230159510A1 (en) Novel prmt5 inhibitors
KR101466412B1 (en) Pyrrolopyrimidine compounds and their uses
US20240190855A1 (en) Cdk inhibitors and methods of use thereof
KR101353857B1 (en) Pyrrolopyrimidine compounds as cdk inhibitors
JP2020504737A (en) Heterocyclic compounds as immunomodulators
JP2018150358A (en) Tank-binding kinase inhibitor compounds
KR20190111079A (en) Bicyclic Compounds as Allosteric SHP2 Inhibitors
KR20190033607A (en) Substituted thiazolo-pyridine compounds as MALT1 inhibitors
CN104910137B (en) CDK kinase inhibitor
US11584763B2 (en) Chromenopyridine derivatives as phosphatidylinositol phosphate kinase inhibitors
JP2024513554A (en) Ubiquitin-specific protease 1 (USP1) inhibitor
CA2996018A1 (en) Pyrazolo fused heterocyclic compounds as erk inhibitors
US20230167117A1 (en) Imidazo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-amine derivatives as tlr7 agonist
JP2021506978A (en) Aminopyridine derivative as phosphatidylinositol phosphate kinase inhibitor
JP2023552764A (en) Substituted thiadiazolyl derivatives as DNA polymerase theta inhibitors
AU2021363262A1 (en) Heterocyclic spiro compounds and methods of use
JP7556604B2 (en) Triazine compounds, compositions thereof and uses thereof
CA3159835A1 (en) 4-[[(7-aminopyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl)amino]methyl]piperidin-3-ol compounds and their therapeutic use
US20240124489A1 (en) Substituted bicyclic heteroaryl compounds
US20240124448A1 (en) Tyk2 inhibitors and compositions and methods thereof
US20200055847A1 (en) Modulators of hedgehog (hh) signalling pathway
US20240239797A1 (en) Akt1 modulators
WO2024056077A1 (en) Modified proteins and protein binders and degraders

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 23864806

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1