WO2022066032A1 - Method for predicting the effectiveness of treatment for rheumatoid arthritis using olokizumab - Google Patents

Method for predicting the effectiveness of treatment for rheumatoid arthritis using olokizumab Download PDF

Info

Publication number
WO2022066032A1
WO2022066032A1 PCT/RU2020/000502 RU2020000502W WO2022066032A1 WO 2022066032 A1 WO2022066032 A1 WO 2022066032A1 RU 2020000502 W RU2020000502 W RU 2020000502W WO 2022066032 A1 WO2022066032 A1 WO 2022066032A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
polymorphisms
olokizumab
rheumatoid arthritis
rsl
treatment
Prior art date
Application number
PCT/RU2020/000502
Other languages
French (fr)
Russian (ru)
Inventor
Андрей Александрович ЗАМЯТНИН
Дмитрий Сергеевич МИХАЙЛЕНКО
Марина Вячеславовна НЕМЦОВА
Ирина Владимировна БУРЕ
Екатерина Борисовна КУЗНЕЦОВА
Мария Степановна ЛЕМАК
Вадим Владимирович Тарасов
Original Assignee
федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский университет)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский университет) filed Critical федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский университет)
Publication of WO2022066032A1 publication Critical patent/WO2022066032A1/en

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing

Definitions

  • the invention relates to medicine, namely to genetics and rheumatology, and can be used to predict the effectiveness of treatment with olokizumab in patients with rheumatoid arthritis.
  • Rheumatoid arthritis is a chronic systemic inflammatory disease of the connective tissue with progressive joint damage and autoimmune disorders.
  • autoimmune arthritis reaches almost 1% of the world's population, which makes it an urgent problem of modern healthcare [Scherer, H.U.; Haupl, T.; Burmester, G.R. The etiology of rheumatoid arthritis. J. Autoimmun. 2020, 110, 102400].
  • a characteristic feature of rheumatoid arthritis is a pronounced clinical polymorphism, which consists in a wide variability in symptoms and clinical forms.
  • rheumatoid arthritis is considered as a multifactorial disease that develops in the presence of a genetic predisposition and provoking environmental factors [Karami, J.; Aslani, S.; Jamshidi, A.; Garshasbi, M.; Mahmoudi, M. Genetic implications in the pathogenesis of rheumatoid arthritis; an updated review. Gene 2019, 702, 8-16].
  • HLA-DRB1 alleles which encode unfavorable variants of the SE epitope and are associated with the development of rheumatoid arthritis with a high level of anticitrulline antibodies (ACA-positive rheumatoid arthritis). These alleles account for 18% of the hereditary component of ACA-positive rheumatoid arthritis and only 2.4% of ACA-negative rheumatoid arthritis.
  • HLA-DRB1 SE epitope occurs in 64-70% of patients with rheumatoid arthritis, 55% of their healthy relatives, but only in 35% of individuals on average in the population [Castro-Santos, R.; Diaz-Pena, R. Genetics of rheumatoid arthritis: a new boost is needed in Latin American populations. Rev. Bras. Reumatol. (English Ed. 2016, 56, 171-177.].
  • HLA-DRB1 sequencing showed that in European populations in patients with rheumatoid arthritis, alleles *04:01 and *04:04 predominate in frequency, in East Asia - *04:05. Alleles *04:02 and 04:03 are protective.
  • amino acid substitutions at positions 11 and 13 of DR4 are also associated with rheumatoid arthritis (alleles *04:01/*04:04/*04:05 vs. DR1 *01:01) [Okada, Y.; Kim, K.; Han, W.; Pillai, N.E.; Ong, RT-H.; Saw, W.-Y.; Luo, M.; Jiang, L.; Yin, J.; Bang, S.-Y.; et al. Risk for ACPA-positive rheumatoid arthritis is driven by shared HLA amino acid polymorphisms in Asian and European populations. Hum. Mol. Genet. 2014, 23, 6916-6926].
  • Each of the 100 non-HLA genomic loci shown to be associated with rheumatoid arthritis in genomic association studies contains, on average, four potential candidate genes (377 genes in total). Of these, only 19 candidate genes as markers of predisposition demonstrate alleles associated with amino acid substitutions that can affect the functional activity of the protein they encode.
  • PTPN22 and CTLA4 were identified as the main candidate genes in Caucasians, PADI4 in Asians, and the odds ratio in statistical analysis of 1.4 or more was shown for the ILF3, TYK2, IL20RB, TNFAIP3 and some other genes [Korczowska I. Rheumatoid arthritis susceptibility genes : An overview (2014) World J Orthop; 5(4): 544-549].
  • the first line of therapy for rheumatoid arthritis in most cases includes methotrexate.
  • it may be advisable to use pharmacogenetic tests to select an individual dosage and reduce the likelihood of toxic effects [Smolen, JS; Landewe, R.B.M.; Bijlsma, JWJ; Burmester, G. R.; Dougados, M.; Kerschbaumer, A.; McInnes, I. B.; Sepriano, A.; van Vollenhoven, RF; de Wit, M.; et al. EULAR recommendations for the management of rheumatoid arthritis with synthetic and biological disease-modifying antirheumatic drugs: 2019 update. Ann. Rheum. Dis.
  • DMARD drugs can be prescribed as second and third lines of therapy: inhibitors of tumor necrosis factor, interleukin 6, CD-20 B-lymphocytes, as well as costimulatory factors.
  • the feasibility of using DMARDs alone or in combination is determined based on the severity of symptoms of the disease after 3 and 6 months from the start of use according to clinical rating scales [Singh, JA; Saag, KG; Bridges, S.L.; Akl, E.A.; Bannuru, R.
  • sensitivity to tocilizumab may differ, for example, due to the replacement of asparagine by alanine in codon 358 of the IL6R gene, which shifts the balance and increases the relative concentration of the soluble form of the receptor by 35% [Maldonado-Montoro, M.; Canadas-Garre, M.; Gonzalez-Utrilla, A.; Angel Calleja-Hemandez, M. Influence of IL6R gene polymorphisms in the effectiveness to treatment with tocilizumab in rheumatoid arthritis. Pharmacogenomics J. 2018, 18, 167-172.].
  • loci polymorphisms
  • Olokizumab is a monoclonal antibody that blocks the assembly of the IL6/IL6R ligand-receptor complex [Serio I, Tovoli F. Rheumatoid arthritis: new monoclonal antibodies. Drugs Today (Bare). 2018 Mar;54(3):219-230.].
  • SNPs polymorphisms
  • 41 SNPs were characterized as a marker system associated with erosive joint damage.
  • Steroid hormone-related polymorphisms associate with the development of bone erosions in rheumatoid arthritis and help to predict disease progression: Results from the REPAIR consortium. sci rep. 2019 Oct 15;9(1): 14812. doi: 10.1038/s41598-019-51255-0.].
  • the disadvantage of this method is the presence in the system of only hormone genes and their receptors without taking into account other candidate genes, limited predictive value (low odds ratio) and applicability only to patients with seropositive rheumatoid arthritis.
  • Genotyping is carried out using the PCR method and subsequent extension of internal primers with the detection of reaction products on a capillary sequencer in fragment analysis mode
  • the disadvantage of this method is a limited set of polymorphisms, the absence of association markers for other types of DMARD drugs successfully used to treat rheumatoid arthritis, in particular, olokizumab.
  • genotyping of alleles of the DRB1 locus is carried out by the method of multiprimer allele-specific real-time PCR (RU No. FSR 2008/03891 of 09/27/2017).
  • a study using this set of reagents consists of the stages of DNA extraction (sample preparation) and real-time PCR amplification. DNA probes are introduced into the reaction mixture for amplification, each of which carries a fluorescent label and a fluorescence quencher.
  • the kit of reagents includes reaction mixtures for typing 13 groups of DRB1 alleles: *01, *03, *04, *07, *08, *09, *10, *11, *12, *13, *14, *15, *16.
  • the amount of DNA analyzed should be at least 1 ng, the time of amplification takes from 2.5 hours. As a result, it is possible to identify alleles, in particular *04, associated with rheumatoid arthritis and other autoimmune diseases.
  • the disadvantage of this method is the analysis of only the DRB1 locus, which does not allow to determine unfavorable alleles that are not related to HLA, but nevertheless associated with the development, clinical course and response to therapy of rheumatoid arthritis.
  • Closest to the proposed invention is a method for predicting the effectiveness of treatment of rheumatoid arthritis with monoclonal antibodies to TNF-alpha based on the allelic polymorphism of the TNF gene promoter (patent RU 2 485 511 C2). The method is based on the genotyping of the polymorphism at position -857 of the TNFA gene. If the T allele in a homo- or heterozygous state is detected in a patient, a high probability of the effectiveness of therapy with infliximab is predicted, in contrast to patients with the C/C genotype.
  • the disadvantage of the prototype is the absence in the test system of other significant polymorphisms and candidate genes for rheumatoid arthritis, in addition, the method is not intended to predict the effectiveness of other targeted drugs, in particular olokizumab.
  • the technical problem to be solved by the invention is to determine the predictors of the development of an effective clinical response to treatment with olokizumab in patients with rheumatoid arthritis, which would allow individualization of therapy.
  • the technical result of the proposed invention is the possibility of predicting the effectiveness of the drug olokizumab in the treatment of rheumatoid arthritis based on the results of molecular genetic analysis.
  • the specified technical result is achieved by implementing a method according to which genotyping of 27 polymorphisms in 18 genes is carried out: rsl 143623, rsl 143634 and rsl6944 ILlBp, rs3784864 (AVSSG), rsl0987742 (FPGS), rs2228145 ⁇ IL6R , rs767455 and rsl28000).
  • rsl7602729 AMPD1 rs874881, rs2240336, rsl748032, rs2240335, rsl 1203367 and rs2301888
  • PADI4 rs5744174 (TLR5)
  • rs2032582 ABS1
  • rsl 974226 (1L17A
  • rs6920220 TNFAIP3
  • rs3213422 DHODH
  • rs419598 IL1RN
  • rs3218253 IL2RB
  • rs360722 and rs360718 IL18
  • rs7574865 STAT4
  • rs7 IL2RA distribute polymorphisms into three groups, the first of which includes polymorphisms rsl 143623 (IL1B), rsl6944 (IL1B), rs3784864 (ABCC1), rslO987742 (FPGS), rs2228145
  • rsl 143634 (IL1B), rsl7602729 (AMPD1), rs360718 (IL18), rsl974226 (IL17A), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE), rs2104286 (IL2RA), rs874881 (PADI4), rs2240335 (PADI4), rsl 1203367 (PADI4) associated with hepatotoxicity.
  • Genotypes are determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states is assessed in accordance with the scoring scale, assigning scores in accordance with Table 1.
  • the sums of KI, K2 and KZ scores are calculated for each of the three groups of polymorphisms, accordingly, both with the obtained values of K1>6 or K2>7 and with the value of KZ ⁇ 5, a high efficiency of treatment with olokizumab is predicted.
  • the method can be used to evaluate the effectiveness of drug treatment in Caucasian individuals, in particular, Russian patients.
  • genomic DNA is isolated in an amount of at least 10 ng / ⁇ l using one of the sets that have a registration certificate, for example, DNA-sorb-B (Federal Scientific Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor ), Proba-Ficoll (DNA technology).
  • concentration of the received DNA preparation is measured on a fluorimeter, for example, Qubit 2.0/3.0 using a reagent kit designed for low concentrations of double-stranded DNA, for example, Qubit dsDNA HS Assay.
  • the chips are prepared and loaded at the Ion ChefTM Instrument automatic station, high-throughput sequencing of the obtained amplification library is carried out on the Ion S5TM System semiconductor sequencer (ThermoFisherScientific).
  • the feature of the proposed method lies in the fact that non-HLA genes (polymorphisms) are genotyped, which are grouped depending on a specific prognostic clinical criterion.
  • the first group includes the polymorphisms rsl 143623 and rsl6944 (ILIB), rs3784864 (ABCC), rsl0987742 (FPGS), rs2228145 (IL6R), rs767455 (TNFRSF1A), rsl7602729 (AMPD1), rs2240336 (PADI4), rs5744174 (TLR2AB2), ) and rsl 974226 (IL17A), which showed an association with an early response to olokizumab at week 12 of the drug.
  • IB polymorphisms rsl 143623 and rsl6944
  • ABCC rs3784864
  • FPGS rsl0987742
  • IL6R rs2228145
  • rs767455 TNFRSF1A
  • AMPD1A rsl7602729
  • AMPD1A rs2240336
  • the second group consists of polymorphisms associated with a late response to olokizumab at week 24 of treatment with this drug: rsl974226 (IL17A), rs5744174 (TLR5), rsl6944 and rsl 143634 (ILIB), rs3784864 (ABSH), rs6920220 (TNFAIP3), rs2032582 (ABCB1), rs3213422 (DHODH), rs419598 (IL1RN), rs3218253 (IL2RB), rs360722 (IL18), rsl 748032 and rs2301888 (PADI4), rsl 800692 (TNFRSF1A).
  • rsl974226 IL17A
  • TLR5 rs5744174
  • rsl6944 and rsl 143634 rs3784864
  • ABSH rs6920220
  • TNFAIP3
  • the third group of polymorphisms is designed to assess the risk of side effects (safety) of olokizumab and includes loci associated with hepatotoxicity: rsl 143634 (IL1B), rsl7602729 (AMPD1), rs360718 (IL18), rsl974226 (IL17A), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE ), rs2104286 (IL2RA), as well as rs874881, rs2240335 and rsl 1203367 (PADI4).
  • rsl 143634 IL1B
  • AMPD1 rsl7602729
  • IL18 rs360718
  • rsl974226 IL17A
  • STAT4 rs7574865
  • rs760426 AIRE
  • rs2104286 IL2RA
  • PADI4 rs874881, rs22403
  • the polymorphisms included in the groups for evaluating prognostic criteria were selected based on a preliminary study of 125 DNA samples obtained from olokizumab-treated patients with rheumatoid arthritis after progression on the background of methotrexate treatment (these subgroups partially overlap).
  • 1 point is assigned to the homozygous associated genotype, and 0 points for other genotypes. If the classifier is the occurrence of an allele, then in the presence of an associated allele, 1 point is assigned, in the absence - 0 points.
  • Table 1 shows the composition of the groups of tested polymorphisms associated with the clinical characteristics of genotypes and their conditional scores for calculating the prediction of the effectiveness of olokizumab.
  • genotyping allows the selection of patients with progression of rheumatoid arthritis after methotrexate treatment and a high probability of effective use of olokizumab relative to the average population level.
  • Diagnostic sensitivity was defined as the proportion of patients belonging to the group of presumably high efficacy of olokizumab based on the results of the proposed method and showing an improvement in the condition according to the DAS28 and/or ACR20/50 scales in the absence of signs of hepatotoxicity, to the total number of patients with a decrease in the intensity of rheumatoid arthritis according to the DAS28 and /or ACR20/50 in the absence of signs of hepatotoxicity by the 24th week of olokizumab use. Diagnostic sensitivity was 87%.
  • Diagnostic specificity was defined as the proportion of samples belonging to the group of presumably population-average efficacy of olokizumab and/or an increased risk of hepatotoxicity based on the results of the proposed method and which did not show improvement on the DAS28 scales (ACR20/50) and/or signs of hepatotoxicity, to the total number of patients with no a significant decrease in the intensity of rheumatoid arthritis according to the DAS28 (and / or ACR20 / 50) scales, as well as an increase in the level of liver enzymes and signs of hepatotoxicity by the 24th week of olokizumab use. Diagnostic specificity was 72%.
  • the present invention is illustrated by specific examples of implementation, demonstrating the possibility of achieving the desired technical result.
  • Example 1 Patient K., aged 54, diagnosed with seropositive rheumatoid arthritis M.05.08, progression during treatment with methotrexate.
  • genotypes were determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and an assessment was made of the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states in accordance with the scoring scale presented in Table 1.
  • Example 2 Patient N., aged 59, diagnosed with seropositive rheumatoid arthritis M.05.08, progression during treatment with methotrexate.
  • genotypes were determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and an assessment was made of the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states in accordance with the scoring scale presented in Table 1.
  • Example 3 Patient R., aged 35, diagnosed with seropositive rheumatoid arthritis M.05.08, progression during treatment with methotrexate.
  • Table 4 associated with early and late response to treatment with olokizumab, respectively, did not exceed the threshold value, and the sum of scores for the group of polymorphisms associated with hepatotoxicity was equal to the threshold value, and therefore the efficacy of olokizumab therapy was predicted, not exceeding the average population characteristics.
  • the use of the proposed method makes it possible to predict the clinical response to treatment with olokizumab.
  • This method can be used for personalized selection of therapy for patients with rheumatoid arthritis, in particular, in the Russian population.

Abstract

The invention relates to medicine, more particularly to genetics and rheumatology, and can be used for predicting the effectiveness of treatment with olokizumab in patients suffering from rheumatoid arthritis. The method comprises genotyping 27 polymorphisms in 18 genes, allocating said polymorphisms to three groups, determining genotypes for each of the polymorphisms and evaluating the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states using a scoring scale. The conclusion about the effectiveness of the olokizumab treatment is based on the results of a comparison between the score total for each group of polymorphisms and threshold values.

Description

СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ ЛЕЧЕНИЯ РЕВМАТОИДНОГО АРТРИТА ПРЕПАРАТОМ ОЛОКИЗУМАБ METHOD FOR PREDICTING THE EFFICACY OF TREATMENT OF RHEUMATOID ARTHRITIS WITH OLOKIZUMAB
Область техники, к которой относится изобретение The technical field to which the invention belongs
Изобретение относится к медицине, а именно к генетике и ревматологии, и может быть использовано для прогнозирования эффективности лечения препаратом олокизумаб у пациентов с ревматоидным артритом. The invention relates to medicine, namely to genetics and rheumatology, and can be used to predict the effectiveness of treatment with olokizumab in patients with rheumatoid arthritis.
Уровень техники State of the art
Ревматоидный артрит представляет собой хроническое системное воспалительное заболевание соединительной ткани с прогрессирующим поражением суставов и аутоиммунными нарушениями. В настоящее время число больных аутоиммунными артритами достигает почти 1% населения мира, что делает его актуальной проблемой современного здравоохранения [Scherer, H.U.; Haupl, Т.; Burmester, G.R. The etiology of rheumatoid arthritis. J. Autoimmun. 2020, 110, 102400.]. Характерной особенностью ревматоидного артрита является выраженный клинический полиморфизм, заключающийся в широкой вариабельности симптомов и клинических форм. В настоящее время ревматоидный артрит рассматривают как мультифакториальное заболевание, которое развивается при наличии генетической предрасположенности и провоцирующих факторов внешней среды [Karami, J.; Aslani, S.; Jamshidi, A.; Garshasbi, M.; Mahmoudi, M. Genetic implications in the pathogenesis of rheumatoid arthritis; an updated review. Gene 2019, 702, 8-16]. Rheumatoid arthritis is a chronic systemic inflammatory disease of the connective tissue with progressive joint damage and autoimmune disorders. Currently, the number of patients with autoimmune arthritis reaches almost 1% of the world's population, which makes it an urgent problem of modern healthcare [Scherer, H.U.; Haupl, T.; Burmester, G.R. The etiology of rheumatoid arthritis. J. Autoimmun. 2020, 110, 102400]. A characteristic feature of rheumatoid arthritis is a pronounced clinical polymorphism, which consists in a wide variability in symptoms and clinical forms. Currently, rheumatoid arthritis is considered as a multifactorial disease that develops in the presence of a genetic predisposition and provoking environmental factors [Karami, J.; Aslani, S.; Jamshidi, A.; Garshasbi, M.; Mahmoudi, M. Genetic implications in the pathogenesis of rheumatoid arthritis; an updated review. Gene 2019, 702, 8-16].
На данный момент наиболее изучен вклад аллелей системы HLA в генетическую предрасположенность к развитию ревматоидного артрита, на основании которой можно выделять группы повышенного риска развития заболевания. В первую очередь это аллели HLA-DRB1, которые кодируют неблагоприятные варианты SE-эпитопа и связаны с развитием ревматоидного артрита с высоким уровнем антицитруллиновых антител (АЦА-позитивный ревматоидный артрит). Эти аллели обуславливают 18% наследственной компоненты АЦА-позитивного ревматоидного артрита и лишь 2,4% АЦА-негативного ревматоидного артрита. Патологические аллели SE-эпитопа HLA-DRB1 встречаются у 64-70% пациентов с ревматоидным артритом, 55% их здоровых родственников, но только у 35% индивидуумов в среднем в популяции [Castro-Santos, Р.; Diaz-Pena, R. Genetics of rheumatoid arthritis: a new boost is needed in Latin American populations. Rev. Bras. Reumatol. (English Ed. 2016, 56, 171-177.]. Секвенирование HLA-DRB1 показало, что в европейских популяциях у больных ревматоидным артритом по частоте преобладают аллели *04:01 и *04:04, в восточной Азии - *04:05. Аллели *04:02 и 04:03 имеют протективное значение. Кроме этого эпитопа, аминокислотные замены в позициях 11 и 13 DR4 также ассоциированы с ревматоидным артритом (аллели *04:01/*04:04/*04:05 в сравнении с DR1 *01:01) [Okada, Y.; Kim, К.; Han, В.; Pillai, N.E.; Ong, R.T.-H.; Saw, W.-Y.; Luo, M.; Jiang, L.; Yin, J.; Bang, S.-Y.; et al. Risk for ACPA-positive rheumatoid arthritis is driven by shared HLA amino acid polymorphisms in Asian and European populations. Hum. Mol. Genet. 2014, 23, 6916— 6926]. В каждом из 100 геномных локусов, не относящихся к HLA и показавшим ассоциацию с ревматоидным артритом по результатам геномных ассоциативных исследований, находится, в среднем, четыре потенциальных гена-кандидата (суммарно 377 генов). Из них лишь 19 генов-кандидатов в качестве маркеров предрасположенности демонстрируют аллели, связанные с аминокислотными заменами, которые могут влиять на функциональную активность кодируемого ими белка. В качестве основных генов-кандидатов у европеоидов идентифицированы PTPN22 и CTLA4, у азиатов - PADI4, также отношение шансов при статистическом анализе 1,4 и более показано для генов ILF3, TYK2, IL20RB, TNFAIP3 и некоторых других [Korczowska I. Rheumatoid arthritis susceptibility genes: An overview (2014) World J Orthop; 5(4): 544-549.]. Существенное количество ассоциированных с ревматоидным артритом полиморфизмов выявлено в генах интерлейкинов и их рецепторов. Исследователями в различных странах мира проведена значительная экспериментальная и биоинформатическая работа для выяснения генетических причин развития ревматоидного артрита. Однако с точки зрения практической ревматологии не менее важным представляется вопрос о том, могут ли генетические детерминанты помочь в персонализации и увеличении эффективности лекарственного лечения этого заболевания. At the moment, the contribution of HLA system alleles to the genetic predisposition to the development of rheumatoid arthritis has been most studied, on the basis of which it is possible to identify groups at an increased risk of developing the disease. First of all, these are HLA-DRB1 alleles, which encode unfavorable variants of the SE epitope and are associated with the development of rheumatoid arthritis with a high level of anticitrulline antibodies (ACA-positive rheumatoid arthritis). These alleles account for 18% of the hereditary component of ACA-positive rheumatoid arthritis and only 2.4% of ACA-negative rheumatoid arthritis. Pathological alleles of the HLA-DRB1 SE epitope occur in 64-70% of patients with rheumatoid arthritis, 55% of their healthy relatives, but only in 35% of individuals on average in the population [Castro-Santos, R.; Diaz-Pena, R. Genetics of rheumatoid arthritis: a new boost is needed in Latin American populations. Rev. Bras. Reumatol. (English Ed. 2016, 56, 171-177.]. HLA-DRB1 sequencing showed that in European populations in patients with rheumatoid arthritis, alleles *04:01 and *04:04 predominate in frequency, in East Asia - *04:05. Alleles *04:02 and 04:03 are protective. In addition to this epitope, amino acid substitutions at positions 11 and 13 of DR4 are also associated with rheumatoid arthritis (alleles *04:01/*04:04/*04:05 vs. DR1 *01:01) [Okada, Y.; Kim, K.; Han, W.; Pillai, N.E.; Ong, RT-H.; Saw, W.-Y.; Luo, M.; Jiang, L.; Yin, J.; Bang, S.-Y.; et al. Risk for ACPA-positive rheumatoid arthritis is driven by shared HLA amino acid polymorphisms in Asian and European populations. Hum. Mol. Genet. 2014, 23, 6916-6926]. Each of the 100 non-HLA genomic loci shown to be associated with rheumatoid arthritis in genomic association studies contains, on average, four potential candidate genes (377 genes in total). Of these, only 19 candidate genes as markers of predisposition demonstrate alleles associated with amino acid substitutions that can affect the functional activity of the protein they encode. PTPN22 and CTLA4 were identified as the main candidate genes in Caucasians, PADI4 in Asians, and the odds ratio in statistical analysis of 1.4 or more was shown for the ILF3, TYK2, IL20RB, TNFAIP3 and some other genes [Korczowska I. Rheumatoid arthritis susceptibility genes : An overview (2014) World J Orthop; 5(4): 544-549]. A significant number of polymorphisms associated with rheumatoid arthritis were found in the genes of interleukins and their receptors. Researchers around the world have carried out significant experimental and bioinformatic work to elucidate the genetic causes of rheumatoid arthritis. However, from the point of view of practical rheumatology, the question of whether genetic determinants can help in personalizing and increasing the effectiveness of drug treatment of this disease is no less important.
Первая линия терапии при ревматоидном артрите в большинстве случаев включает метотрексат. Уже на первой линии терапии может быть целесообразно применение фармакогенетических тестов для подбора индивидуальной дозировки и снижения вероятности токсических эффектов [Smolen, J.S.; Landewe, R.B.M.; Bijlsma, J.W.J.; Burmester, G.R.; Dougados, M.; Kerschbaumer, A.; Mclnnes, I.B.; Sepriano, A.; van Vollenhoven, R.F.; de Wit, M.; et al. EULAR recommendations for the management of rheumatoid arthritis with synthetic and biological disease-modifying antirheumatic drugs: 2019 update. Ann. Rheum. Dis. 2020, annrheumdis-2019-216655.]. Однако к концу второго года терапии у 45% пациентов с ревматоидным артритом развивается резистентность к метотрексату. При достижении резистентности к метотрексату в качестве второй и третьей линий терапии могут быть назначены таргетные DMARD-препараты: ингибиторы фактора некроза опухолей, интерлейкина 6, CD-20 В-лимфоцитов, а также костимулирующие факторы. Целесообразность применения DMARD-препаратов в монорежиме или в сочетании определяется на основе выраженности симптомов заболевания по истечении 3 и 6 месяцев с начала применения по клиническим оценочным шкалам [Singh, J.A.; Saag, K.G.; Bridges, S.L.; Akl, E.A.; Bannuru, R.R.; Sullivan, M.C.; Vaysbrot, E.; McNaughton, C.; Osani, M.; Shmerling, R.H.; et al. 2015 American College of Rheumatology Guideline for the Treatment of Rheumatoid Arthritis. Arthritis Care Res. (Hoboken). 2016, 68, 1- 25.]. Вторая линия терапии предполагает использование дорогостоящих препаратов, при этом доля резистентных случаев оценивается на уровне 30-40%. Вместе с тем, индивидуальные генетические особенности пациента могут влиять на фармакогенетику и фармакодинамику DMARD-препаратов, выраженность ответа на терапию и развитие побочных эффектов при лечении ревматоидного артрита. В настоящее время уже 18 белков, кодируемых ассоциированными с ревматоидным артритом генами, являются мишенями для одобренных регулирующими государственными органами препаратов, которые предназначены для лечения аутоиммунных заболеваний [Yarwood, A.; Eyre, S.; Worthington, J. Genetic susceptibility to rheumatoid arthritis and its implications for novel drug discovery. Expert Opin. Drug Discov. 2016, 11, 805-13.]. Сигнальный путь, запускаемый интерлейкином 6, является одним из основных провоспалительных каскадов при ревматоидном артрите и его ингибирование препаратами тоцилизумаб, сарилюмаб и некоторыми другими приводит к выраженному терапевтическому эффекту. Однако чувствительность к тоцилизумабу может различаться, например, вследствие замены аспарагина на аланин в 358 кодоне гена IL6R, который сдвигает равновесие и увеличивает относительную концентрацию растворимой формы рецептора на 35% [Maldonado-Montoro, М.; Canadas-Garre, М.; Gonzalez-Utrilla, A.; Angel Calleja- Hemandez, М. Influence of IL6R gene polymorphisms in the effectiveness to treatment with tocilizumab in rheumatoid arthritis. Pharmacogenomics J. 2018, 18, 167-172.]. При определении локусов (полиморфизмов), связанных с ревматоидным артритом, необходимо учитывать популяционные особенности частот аллелей и генотипов, их ассоциации с клиническими параметрами, присутствующими в рекомендациях профильных медицинских ассоциаций. The first line of therapy for rheumatoid arthritis in most cases includes methotrexate. Already in the first line of therapy, it may be advisable to use pharmacogenetic tests to select an individual dosage and reduce the likelihood of toxic effects [Smolen, JS; Landewe, R.B.M.; Bijlsma, JWJ; Burmester, G. R.; Dougados, M.; Kerschbaumer, A.; McInnes, I. B.; Sepriano, A.; van Vollenhoven, RF; de Wit, M.; et al. EULAR recommendations for the management of rheumatoid arthritis with synthetic and biological disease-modifying antirheumatic drugs: 2019 update. Ann. Rheum. Dis. 2020, annrheumdis-2019-216655.]. However, by the end of the second year of therapy, 45% of patients with rheumatoid arthritis develop resistance to methotrexate. When resistance to methotrexate is achieved, targeted DMARD drugs can be prescribed as second and third lines of therapy: inhibitors of tumor necrosis factor, interleukin 6, CD-20 B-lymphocytes, as well as costimulatory factors. The feasibility of using DMARDs alone or in combination is determined based on the severity of symptoms of the disease after 3 and 6 months from the start of use according to clinical rating scales [Singh, JA; Saag, KG; Bridges, S.L.; Akl, E.A.; Bannuru, R. R.; Sullivan, M.C.; Vaysbrot, E.; McNaughton, C.; Osani, M.; Shmerling, RH; et al. 2015 American College of Rheumatology Guideline for the Treatment of Rheumatoid Arthritis. Arthritis Care Res. (Hoboken). 2016, 68, 1-25]. The second line of therapy involves the use of expensive drugs, while the proportion of resistant cases is estimated at 30-40%. However, the individual genetic characteristics of the patient may affect the pharmacogenetics and pharmacodynamics of DMARD drugs, the severity of response to therapy and the development of side effects in the treatment of rheumatoid arthritis. Currently, 18 proteins encoded by rheumatoid arthritis-associated genes are targets for drugs approved by regulatory authorities for the treatment of autoimmune diseases [Yarwood, A.; Eyre, S.; Worthington, J. Genetic susceptibility to rheumatoid arthritis and its implications for novel drug discovery. Expert Opin. drug discov. 2016, 11, 805-13]. The signaling pathway triggered by interleukin 6 is one of the main pro-inflammatory cascades in rheumatoid arthritis, and its inhibition by drugs tocilizumab, sarilumab, and some others leads to a pronounced therapeutic effect. However, sensitivity to tocilizumab may differ, for example, due to the replacement of asparagine by alanine in codon 358 of the IL6R gene, which shifts the balance and increases the relative concentration of the soluble form of the receptor by 35% [Maldonado-Montoro, M.; Canadas-Garre, M.; Gonzalez-Utrilla, A.; Angel Calleja-Hemandez, M. Influence of IL6R gene polymorphisms in the effectiveness to treatment with tocilizumab in rheumatoid arthritis. Pharmacogenomics J. 2018, 18, 167-172.]. When determining the loci (polymorphisms) associated with rheumatoid arthritis, it is necessary to take into account the population characteristics of the frequencies of alleles and genotypes, their associations with clinical parameters present in the recommendations of specialized medical associations.
Одним из эффективных ингибиторов сигнального пути IL6/IL6R является олокизумаб (Olokizumab). Препарат разработан в рамках лицензионного соглашения с бельгийской фармацевтической компанией UCB Pharma S.A. и выведен российской группой компаний «Р-Фарм» на международный уровень. Олокизумаб — моноклональное антитело, которое блокирует сборку лиганд-рецепторного комплекса IL6/IL6R [Serio I, Tovoli F. Rheumatoid arthritis: new monoclonal antibodies. Drugs Today (Bare). 2018 Mar;54(3):219-230.]. В настоящее время проходят испытания III фазы CREDO (Clinical Rheumatoid Arthritis Development for Olokizumab) в России, Европе, США и Азии. Среди опубликованных источников не обнаружены данные о возможных генетических предикторах ответа на олокизумаб или побочных эффектов препарата. One of the effective inhibitors of the IL6/IL6R signaling pathway is olokizumab (Olokizumab). The drug was developed under a license agreement with the Belgian pharmaceutical company UCB Pharma S.A. and brought by the Russian group of companies "R-Pharm" to the international level. Olokizumab is a monoclonal antibody that blocks the assembly of the IL6/IL6R ligand-receptor complex [Serio I, Tovoli F. Rheumatoid arthritis: new monoclonal antibodies. Drugs Today (Bare). 2018 Mar;54(3):219-230.]. CREDO (Clinical Rheumatoid Arthritis Development for Olokizumab) phase III trials are currently underway in Russia, Europe, the USA and Asia. Among the published sources, data were not found on possible genetic predictors of response to olokizumab or side effects of the drug.
Известен способ одновременного генотипирования десятков полиморфизмов (SNP), ассоциированных с тяжестью клинического проявления ревматоидного артрита и лабораторными показателями при этом заболевании. Так, 41 SNP были охарактеризованы как система маркеров, ассоциированная с эррозивным поражением суставов. Из них полиморфизмы в генах CYP1B1, CYP2C9, ESR2, FCGR3A и SHBG чаще встречались у пациентов с высоким уровнем ревматоидного фактора. Они были ассоциированы с тяжестью поражения суставов как по данным мета-анализа (р = 0.004, 0.0007, 0.0002, 0.013 и 0.015), так и по данным регистра DREAM (р = 0.000081, 0.0022, 0.00074, 0.0067 и 0.0087). Три гаплотипа гена ESR1 имели в этой системе протективное значение (р = 0.009, 0.002 и 0.002). Таким образом, была предложена система SNP, ассоциированная с тяжестью поражения суставов у больных серопозитивным ревматоидным артритом [Sanchez-Maldonado JM, Caliz R, Canet L, Horst RT, Bakker O, den Breeder AA, Martinez-Bueno M, Canhao H, Rodriguez-Ramos A, Lupianez CB, Soto-Pino MJ, Garcia A, Perez-Pampin E, Gonzalez-Utrilla A, Escudero A, Segura-Catena J, Netea-Maier RT, Ferrer MA, Collantes- Estevez E, Lopez Nevot MA, Li Y, Jurado M, Fonseca JE, Netea MG, Coenen MJH, Sainz J. Steroid hormone-related polymorphisms associate with the development of bone erosions in rheumatoid arthritis and help to predict disease progression: Results from the REPAIR consortium. Sci Rep. 2019 Oct 15;9(1): 14812. doi: 10.1038/s41598-019-51255- 0.]. Недостатком данного метода является присутствие в системе только генов гормонов и их рецепторов без учета других генов-кандидатов, ограниченная предиктивная ценность (низкое отношение шансов) и применимость только к больным серопозитивным ревматоидным артритом. A known method of simultaneous genotyping of dozens of polymorphisms (SNPs) associated with the severity of clinical manifestations of rheumatoid arthritis and laboratory parameters in this disease. Thus, 41 SNPs were characterized as a marker system associated with erosive joint damage. Of these, polymorphisms in the CYP1B1, CYP2C9, ESR2, FCGR3A, and SHBG genes were more common in patients with high levels of rheumatoid factor. They were associated with the severity of joint damage both according to the meta-analysis (p = 0.004, 0.0007, 0.0002, 0.013 and 0.015) and according to the DREAM registry (p = 0.000081, 0.0022, 0.00074, 0.0067 and 0.0087). Three haplotypes of the ESR1 gene were protective in this system (p = 0.009, 0.002, and 0.002). Thus, the SNP system associated with the severity of joint damage in patients with seropositive rheumatoid arthritis was proposed [Sanchez-Maldonado JM, Caliz R, Canet L, Horst RT, Bakker O, den Breeder AA, Martinez-Bueno M, Canhao H, Rodriguez- Ramos A, Lupianez CB, Soto-Pino MJ, Garcia A, Perez-Pampin E, Gonzalez-Utrilla A, Escudero A, Segura-Catena J, Netea-Maier RT, Ferrer MA, Collantes-Estevez E, Lopez Nevot MA, Li Y, Jurado M, Fonseca JE, Netea MG, Coenen MJH, Sainz J. Steroid hormone-related polymorphisms associate with the development of bone erosions in rheumatoid arthritis and help to predict disease progression: Results from the REPAIR consortium. sci rep. 2019 Oct 15;9(1): 14812. doi: 10.1038/s41598-019-51255-0.]. The disadvantage of this method is the presence in the system of only hormone genes and their receptors without taking into account other candidate genes, limited predictive value (low odds ratio) and applicability only to patients with seropositive rheumatoid arthritis.
Известен способ определения генетических полиморфизмов для прогнозирования ответа на препараты - ингибиторы фактора некроза опухолей. Способ опробован на 755 пациентах, получавших ифликсимаб (п = 397), этанерцепт (п = 155) и адалимумаб (п = 203). В качестве прогностического фактора ответа на этанерцепт выступает полиморфизм rs2378945 в гене NUBPL, ассоциированный с неблагоприятным прогнозом (р = 0.003), для других препаратов - rs2378945, rsl2142623, и rs4651370. Генотипирование осуществляется с помощью метода ПЦР и последующего удлинения внутренних праймеров с детекцией продуктов реакции на капиллярном секвенаторе в режиме фрагментного анализа [Ferreiro-Iglesias А., Montes A., Perez-Pampin Е., Canete J.D., Raya Е., Magro-Checa С., Vasilopoulos Y., Caliz R., Ferrer M.A., Joven B., Carreira P., Balsa A., Pascual-Salcedo D., Blanco F.J., Moreno-Ramos M.J., Manrique-Arija S., Ordonez M.D., Alegre-Sancho J. J., Narvaez J., Navarro-Sarabia F., Moreira V., Valor L., Garcia-Portales R., Marquez A., Gomez-Reino J.J., Martin J., Gonzalez A. Evaluation of 12 GWAS-drawn SNPs as biomarkers of rheumatoid arthritis response to TNF inhibitors. A potential SNP association with response to etanercept. PLoS One. 2019; 14(2): e0213073. doi: 10.1371/joumal.pone.0213073.]. A known method of determining genetic polymorphisms to predict response to drugs - inhibitors of tumor necrosis factor. The method was tested on 755 patients who received ifliximab (n = 397), etanercept (n = 155), and adalimumab (n = 203). The rs2378945 polymorphism in the NUBPL gene, which is associated with an unfavorable prognosis (p = 0.003), was used as a prognostic factor for response to etanercept; for other drugs, rs2378945, rsl2142623, and rs4651370. Genotyping is carried out using the PCR method and subsequent extension of internal primers with the detection of reaction products on a capillary sequencer in fragment analysis mode [Ferreiro-Iglesias A., Montes A., Perez-Pampin E., Canete JD, Raya E., Magro-Checa C ., Vasilopoulos Y., Caliz R., Ferrer MA, Joven B., Carreira P., Balsa A., Pascual-Salcedo D., Blanco FJ, Moreno-Ramos MJ, Manrique-Arija S., Ordonez MD, Alegre- Sancho JJ, Narvaez J., Navarro-Sarabia F., Moreira V., Valor L., Garcia-Portales R., Marquez A., Gomez-Reino JJ, Martin J., Gonzalez A. Evaluation of 12 GWAS-drawn SNPs as biomarkers of rheumatoid arthritis response to TNF inhibitors. A potential SNP association with response to etanercept. PLOS One. 2019; 14(2): e0213073. doi:10.1371/joumal.pone.0213073.].
Недостатком данного способа является ограниченный набор полиморфизмов, отсутствие ассоциативных маркеров на другие типы DMARD-препаратов, успешно применяемых для лечения ревматоидного артрита, в частности, олокизумаб. The disadvantage of this method is a limited set of polymorphisms, the absence of association markers for other types of DMARD drugs successfully used to treat rheumatoid arthritis, in particular, olokizumab.
Известен также способ генотипирования пациентов из группы риска по развитию ревматоидного артрита, реализованный в тест-системе HLA-ДНК-ТЕХ. В этой технологии осуществляется генотипирование аллелей локуса DRB1 методом мультипраймерной аллель-специфичной ПЦР в реальном времени (РУ № ФСР 2008/03891 от 27.09.2017 г.). Исследование с использованием данного комплекта реагентов состоит из этапов выделения ДНК (пробоподготовки) и ПЦР- амплификации в режиме реального времени. В реакционную смесь для амплификации введены ДНК-зонды, каждый из которых несет флуоресцентную метку и гаситель флуоресценции. При образовании специфичного продукта ДНК- зонд разрушается, действие гасителя прекращается, что ведет к возрастанию уровня флуоресценции. Уровень флуоресценции пропорционален количеству специфических ампликонов и измеряется на каждом цикле ПЦР. Комплект реагентов включает реакционные смеси для типирования 13 групп аллелей DRB1 : *01, *03, *04, *07, *08, *09, *10, *11, *12, *13, *14, *15, *16. Количество анализируемой ДНК должно быть не менее 1 нг, время проведения амплификации занимает от 2,5 часов. В результате удается выявить аллели, в частности, *04, ассоциированные с ревматоидным артритом и другими аутоиммунными заболеваниями. There is also known a method of genotyping patients at risk for the development of rheumatoid arthritis, implemented in the test system HLA-DNA-TEX. In this technology, genotyping of alleles of the DRB1 locus is carried out by the method of multiprimer allele-specific real-time PCR (RU No. FSR 2008/03891 of 09/27/2017). A study using this set of reagents consists of the stages of DNA extraction (sample preparation) and real-time PCR amplification. DNA probes are introduced into the reaction mixture for amplification, each of which carries a fluorescent label and a fluorescence quencher. When a specific product is formed, the DNA probe is destroyed, the quencher action stops, which leads to an increase in the fluorescence level. The level of fluorescence is proportional to the number of specific amplicons and is measured at each PCR cycle. The kit of reagents includes reaction mixtures for typing 13 groups of DRB1 alleles: *01, *03, *04, *07, *08, *09, *10, *11, *12, *13, *14, *15, *16. The amount of DNA analyzed should be at least 1 ng, the time of amplification takes from 2.5 hours. As a result, it is possible to identify alleles, in particular *04, associated with rheumatoid arthritis and other autoimmune diseases.
Недостатком данного способа является анализ только локуса DRB1, что не позволяет определить неблагоприятные аллели, не относящиеся к HLA, но тем не менее связанные с развитием, клиническим течением и ответом на терапию ревматоидного артрита. The disadvantage of this method is the analysis of only the DRB1 locus, which does not allow to determine unfavorable alleles that are not related to HLA, but nevertheless associated with the development, clinical course and response to therapy of rheumatoid arthritis.
Наиболее близким к предлагаемому изобретению является способ прогнозирования эффективности лечения ревматоидного артрита моноклональными антителами к ФНО-альфа на основе аллельного полиморфизма промотора гена ФНО (патент RU 2 485 511 С2). Способ основан на генотипировании полиморфизма в позиции -857 гена TNFA. При выявлении у пациента аллеля Т в гомо- или гетерозиготном состоянии прогнозируют высокую вероятность эффективности терапии препаратом инфликсимаб, в отличие от пациентов с генотипом С/С. Closest to the proposed invention is a method for predicting the effectiveness of treatment of rheumatoid arthritis with monoclonal antibodies to TNF-alpha based on the allelic polymorphism of the TNF gene promoter (patent RU 2 485 511 C2). The method is based on the genotyping of the polymorphism at position -857 of the TNFA gene. If the T allele in a homo- or heterozygous state is detected in a patient, a high probability of the effectiveness of therapy with infliximab is predicted, in contrast to patients with the C/C genotype.
Недостатком прототипа является отсутствие в тест-системе других значимых полиморфизмов и генов-кандидатов ревматоидного артрита, кроме того, способ не предназначен для прогноза эффективности иных таргетных препаратов, в частности, олокизумаба. The disadvantage of the prototype is the absence in the test system of other significant polymorphisms and candidate genes for rheumatoid arthritis, in addition, the method is not intended to predict the effectiveness of other targeted drugs, in particular olokizumab.
Технической проблемой, на решение которой направлено изобретение, является определение предикторов развития эффективного клинического ответа на лечение олокизумабом у больных ревматоидным артритом, что позволило бы индивидуализировать терапию. The technical problem to be solved by the invention is to determine the predictors of the development of an effective clinical response to treatment with olokizumab in patients with rheumatoid arthritis, which would allow individualization of therapy.
Раскрытие сущности изобретения Disclosure of the essence of the invention
Техническим результатом предложенного изобретения является возможность прогнозирования эффективности применения препарата олокизумаб при лечении ревматоидного артрита на основании результатов молекулярно-генетического анализа. The technical result of the proposed invention is the possibility of predicting the effectiveness of the drug olokizumab in the treatment of rheumatoid arthritis based on the results of molecular genetic analysis.
Указанный технический результат достигается за счет реализации способа, согласно которому осуществляют генотипирование 27 полиморфизмов в 18 генах: rsl 143623, rsl 143634 и rsl6944 ILlBp, rs3784864 (АВССГ), rsl0987742 (FPGS), rs2228145 {IL6R , rs767455 и rsl800692 (TNFRSF1A). rsl7602729 AMPD1), rs874881, rs2240336, rsl748032, rs2240335, rsl 1203367 и rs2301888 (PADI4), rs5744174 (TLR5), rs2032582 (ABCB1), rsl 974226 (1L17A), rs6920220 (TNFAIP3), rs3213422 (DHODH), rs419598 (IL1RN), rs3218253 (IL2RB), rs360722 и rs360718 (IL18), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE), rs2104286 (IL2RA), распределяют полиморфизмы по трем группам, первая из которых включает полиморфизмы rsl 143623 (IL1B), rsl6944 (IL1B), rs3784864 (ABCC1), rslO987742 (FPGS), rs2228145 (IL6R), rs767455 (TNFRSF1A), rsl7602729 (AMPD1), rs2240336 (PADI4), rs5744174 (TLR5), rs2032582 (ABCB1), rsl974226 (IL17A), ассоциированные с ранним ответом на лечение олокизумабом, вторая - полиморфизмы rsl974226 (IL17A), rs5744174 (TLR5), rsl6944 (IL1B), rs3784864 (ABCC1), rs6920220 (TNFAIP3), rs2032582 (ABCB1), rs3213422 (DHODH), rs419598 (IL1RN), rs3218253 (IL2RB), rs360722 (IL18), rsl748032 (PADI4), rsl800692 (TNFRSF1A), rs2301888 (PADI4), rsl 143634 (1L1B), ассоциированные с поздним ответом на лечение олокизумабом и третья - полиморфизмы rsl 143634 (IL1B), rsl7602729 (AMPD1), rs360718 (IL18), rsl974226 (IL17A), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE), rs2104286 (IL2RA), rs874881 (PADI4), rs2240335 (PADI4), rsl 1203367 (PADI4), ассоциированные с гепатотоксичностью. Определяют генотипы для каждого из указанных полиморфизмов исследуемых генов и проводят оценку встречаемости ассоциированных аллелей в гомозиготном и гетерозиготном состояниях в соответствии с балльной шкалой, присваивая значения баллов в соответствии с таблицей 1. Рассчитывают суммы баллов KI, К2 и КЗ для каждой из трех групп полиморфизмов, соответственно, и при полученных значениях К1>6 или К2>7 и при значении КЗ <5, прогнозируют высокую эффективность лечения препаратом олокизумаб. The specified technical result is achieved by implementing a method according to which genotyping of 27 polymorphisms in 18 genes is carried out: rsl 143623, rsl 143634 and rsl6944 ILlBp, rs3784864 (AVSSG), rsl0987742 (FPGS), rs2228145 {IL6R , rs767455 and rsl28000). rsl7602729 AMPD1), rs874881, rs2240336, rsl748032, rs2240335, rsl 1203367 and rs2301888 (PADI4), rs5744174 (TLR5), rs2032582 (ABCB1), rsl 974226 (1L17A), rs6920220 (TNFAIP3), rs3213422 (DHODH), rs419598 (IL1RN), rs3218253 (IL2RB), rs360722 and rs360718 (IL18), rs7574865 (STAT4), rs7 IL2RA), distribute polymorphisms into three groups, the first of which includes polymorphisms rsl 143623 (IL1B), rsl6944 (IL1B), rs3784864 (ABCC1), rslO987742 (FPGS), rs2228145 (IL6R), rs767455 (TNFRSF1A), rsl7602729 (AMPD1), rs2240336 (PADI4), rs5744174 (TLR5), rs2032582 (ABCB1), rsl974226 (IL17A) associated with early response to olokizumab treatment, the second - polymorphisms rsl974226 (IL17A), rs5744174 (TLR5), rsl6944 (IL1B), rs37848 . ) associated with a late response to olokizumab treatment and the third - polymorphisms rsl 143634 (IL1B), rsl7602729 (AMPD1), rs360718 (IL18), rsl974226 (IL17A), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE), rs2104286 (IL2RA), rs874881 (PADI4), rs2240335 (PADI4), rsl 1203367 (PADI4) associated with hepatotoxicity. Genotypes are determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states is assessed in accordance with the scoring scale, assigning scores in accordance with Table 1. The sums of KI, K2 and KZ scores are calculated for each of the three groups of polymorphisms, accordingly, both with the obtained values of K1>6 or K2>7 and with the value of KZ <5, a high efficiency of treatment with olokizumab is predicted.
Способ может применяться для оценки эффективности лечения препаратом у индивидов европеоидной расы, в частности, российских пациентов. The method can be used to evaluate the effectiveness of drug treatment in Caucasian individuals, in particular, Russian patients.
Осуществление изобретения Implementation of the invention
Ниже представлено более детальное описание реализации заявляемого изобретения, которое не ограничивает объем притязаний заявляемого изобретения, а демонстрирует возможность осуществления изобретения с достижением заявляемого технического результата. Below is a more detailed description of the implementation of the claimed invention, which does not limit the scope of the claims of the claimed invention, but demonstrates the possibility of carrying out the invention with the achievement of the claimed technical result.
На этапе пробоподготовки из образца периферической крови пациента с диагностированным ревматоидным артритом (объемом 1 -4 мл) выделяют геномную ДНК в количестве не менее 10 нг/мкл одним из наборов, имеющих регистрационное удостоверение, например, ДНК-сорб-В (ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора), Проба-Фиколл (ДНК-технология). Концентрацию полученного препарата ДНК измеряют на флуориметре, например, Qubit 2.0/3.0 с помощью набора реагентов, предназначенного для малых концентраций двухцепочной ДНК, например, Qubit dsDNA HS Assay. Далее проводят амплификацию библиотек с пулами праймеров, специфичных к анализируемым генам IL1B, АВСС1, FPGS, IL6R, TNFRSF1A, AMPD1, PADI4, TLR5, АВСВ1, IL17A, TNFAIP3, DHODH, IL1RN, IL2RB, IL18, STAT4, AIRE, IL2RA, и комплектом реагентов Ion AmpliSeq™ Library Kit Plus, Ion Xpress™ Barcode Adapters 1-96 Kit согласно протоколам производителя (ThermoFisherScientific). Далее проводят подготовку и загрузку чипов на автоматической станции Ion Chef™ Instrument, высокопроизводительное секвенирование полученной амплификационной библиотеки осуществляют на полупроводниковом секвенаторе Ion S5™ System (ThermoFisherScientific). При этом особенность заявляемого способа заключается в том, что генотипируют не-HLA гены (полиморфизмы), которые собраны в группы в зависимости от конкретного прогностического клинического критерия. Первая группа включает полиморфизмы rsl 143623 и rsl6944 (ILIB), rs3784864 (АВССГ), rsl0987742 (FPGS), rs2228145 (IL6R), rs767455 (TNFRSF1A), rsl7602729 (AMPD1), rs2240336 (PADI4), rs5744174 (TLR5), rs2032582 (ABCB1) и rsl 974226 (IL17A), показавшие ассоциацию с ранним ответом на олокизумаб на 12-ой неделе применения препарата. Вторая группа состоит из полиморфизмов, ассоциированных с поздним ответом на олокизумаб на 24-ой неделе лечения этим препаратом: rsl974226 (IL17A), rs5744174 (TLR5), rsl6944 и rsl 143634 (ILIB), rs3784864 (АВССГ), rs6920220 (TNFAIP3), rs2032582 (ABCB1), rs3213422 (DHODH), rs419598 (IL1RN), rs3218253 (IL2RB), rs360722 (IL18), rsl 748032 и rs2301888 (PADI4), rsl 800692 (TNFRSF1A). Третья группа полиморфизмов предназначена для оценки риска побочных эффектов (безопасности) олокизумаба и включает локусы, ассоциированные с гепатотоксичностью: rsl 143634 (IL1B), rsl7602729 (AMPD1), rs360718 (IL18), rsl974226 (IL17A), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE), rs2104286 (IL2RA), а также rs874881, rs2240335 и rsl 1203367 (PADI4). Полиморфизмы, включенные в группы для оценки прогностических критериев, выбраны на основе предварительного исследования 125 образцов ДНК, полученных от пролеченных олокизумабом больных ревматоидным артритом после прогрессирования на фоне лечения метотрексатом (частично эти подгруппы перекрываются). Для расчета относительного риска при рецессивной модели наследования присваивают 1 балл гомозиготному ассоциированному генотипу, при других генотипах - 0 баллов. Если классифицирующим признаком является встречаемость аллеля, то при наличии ассоциированного аллеля присваивают 1 балл, при отсутствии - 0 баллов. Для каждой из совокупности полиморфизмов в группе раннего, позднего ответа и в группе по гепатотоксичности определен пороговый балл, при сравнении с которым делают вывод об эффективности терапии олокизумабом. В таблице 1 приведен состав групп тестируемых полиморфизмов, ассоциированных с клиническими характеристиками генотипов и их условные баллы для расчета прогноза эффективности олокизумаба. At the stage of sample preparation, from a peripheral blood sample of a patient diagnosed with rheumatoid arthritis (volume 1-4 ml), genomic DNA is isolated in an amount of at least 10 ng / μl using one of the sets that have a registration certificate, for example, DNA-sorb-B (Federal Scientific Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor ), Proba-Ficoll (DNA technology). The concentration of the received DNA preparation is measured on a fluorimeter, for example, Qubit 2.0/3.0 using a reagent kit designed for low concentrations of double-stranded DNA, for example, Qubit dsDNA HS Assay. Next, amplification of libraries with primer pools specific to the analyzed genes IL1B, ABCC1, FPGS, IL6R, TNFRSF1A, AMPD1, PADI4, TLR5, ABCB1, IL17A, TNFAIP3, DHODH, IL1RN, IL2RB, IL18, STAT4, AIRE, IL2RA, and a set Ion AmpliSeq™ Library Kit Plus, Ion Xpress™ Barcode Adapters 1-96 Kit reagents according to manufacturer's protocols (ThermoFisherScientific). Next, the chips are prepared and loaded at the Ion Chef™ Instrument automatic station, high-throughput sequencing of the obtained amplification library is carried out on the Ion S5™ System semiconductor sequencer (ThermoFisherScientific). At the same time, the feature of the proposed method lies in the fact that non-HLA genes (polymorphisms) are genotyped, which are grouped depending on a specific prognostic clinical criterion. The first group includes the polymorphisms rsl 143623 and rsl6944 (ILIB), rs3784864 (ABCC), rsl0987742 (FPGS), rs2228145 (IL6R), rs767455 (TNFRSF1A), rsl7602729 (AMPD1), rs2240336 (PADI4), rs5744174 (TLR2AB2), ) and rsl 974226 (IL17A), which showed an association with an early response to olokizumab at week 12 of the drug. The second group consists of polymorphisms associated with a late response to olokizumab at week 24 of treatment with this drug: rsl974226 (IL17A), rs5744174 (TLR5), rsl6944 and rsl 143634 (ILIB), rs3784864 (ABSH), rs6920220 (TNFAIP3), rs2032582 (ABCB1), rs3213422 (DHODH), rs419598 (IL1RN), rs3218253 (IL2RB), rs360722 (IL18), rsl 748032 and rs2301888 (PADI4), rsl 800692 (TNFRSF1A). The third group of polymorphisms is designed to assess the risk of side effects (safety) of olokizumab and includes loci associated with hepatotoxicity: rsl 143634 (IL1B), rsl7602729 (AMPD1), rs360718 (IL18), rsl974226 (IL17A), rs7574865 (STAT4), rs760426 (AIRE ), rs2104286 (IL2RA), as well as rs874881, rs2240335 and rsl 1203367 (PADI4). The polymorphisms included in the groups for evaluating prognostic criteria were selected based on a preliminary study of 125 DNA samples obtained from olokizumab-treated patients with rheumatoid arthritis after progression on the background of methotrexate treatment (these subgroups partially overlap). To calculate the relative risk for a recessive inheritance model, 1 point is assigned to the homozygous associated genotype, and 0 points for other genotypes. If the classifier is the occurrence of an allele, then in the presence of an associated allele, 1 point is assigned, in the absence - 0 points. For each of the set of polymorphisms in the group of early, late response and in the group for hepatotoxicity, a threshold score was determined, by comparison with which a conclusion is made about the effectiveness of olokizumab therapy. Table 1 shows the composition of the groups of tested polymorphisms associated with the clinical characteristics of genotypes and their conditional scores for calculating the prediction of the effectiveness of olokizumab.
Таблица 1. Полиморфизмы, тестируемые для прогноза эффективности лечения олокизумабом у больных ревматоидным артритом на второй линии терапии.
Figure imgf000010_0001
Figure imgf000011_0001
Table 1. Polymorphisms tested to predict the efficacy of olokizumab treatment in second-line patients with rheumatoid arthritis.
Figure imgf000010_0001
Figure imgf000011_0001
Пациентов, имеющих сумму баллов К1 в группе раннего ответа на олокизумаб и/или сумму баллов К2 в группе позднего ответа на олокизумаб выше порогового балла (значения), относят к группе предположительно высокой эффективности терапии олокизумабом при условии, что сумма баллов КЗ в группе полиморфизмов, ассоциированных с гепатотоксичностью, меньше порогового балла и соблюдении действующих клинических рекомендаций профессиональных медицинских ассоциаций по назначению DMARD-препаратов. Patients with a K1 score in the early response group to olokizumab and/or a K2 score in the late response group to olokizumab above the cut-off score (value) are classified as presumably highly effective on olokizumab therapy, provided that the sum of the KZ scores in the group of polymorphisms, associated with hepatotoxicity, less than the cut-off score, and adherence to current professional medical association clinical guidelines for prescribing DMARDs.
Использование в клинической практике заявляемого способа позволяет достичь прогностического результата: генотипирование позволяет отобрать пациентов с прогрессией ревматоидного артрита после лечения метотрексатом и высокой вероятностью эффективного применения олокизумаба относительно среднепопуляционного уровня. The use of the proposed method in clinical practice makes it possible to achieve a prognostic result: genotyping allows the selection of patients with progression of rheumatoid arthritis after methotrexate treatment and a high probability of effective use of olokizumab relative to the average population level.
Аналитические чувствительность и специфичность способа определяли путем сравнения генотипов 100 больных ревматоидным артритом, резистентных к метотрексату и получающих олокизумаб, с результатами генотипирования методом секвенирования по Сэнгеру («золотым стандартом» определения герминальных полиморфизмов/мутаций). Для расчета нижней границы интервала, в котором находится «истинное» значение анализируемого показателя с доверительной вероятностью С = 90% использовалась следующая формула: (1-С/100)1/п *100%, где: п - общее число исследуемых проб с истинно положительными (отрицательными) результатами реализации предложенного способа, подтвержденные с помощью секвенирования по Сэнгеру, С - доверительная вероятность, в данном исследовании принята равной 90%. Аналитические чувствительность и специфичность составили 100% (90% ДИ 97,72-100). Analytical sensitivity and specificity of the method was determined by comparing the genotypes of 100 patients with methotrexate-resistant rheumatoid arthritis and receiving olokizumab, with the results of genotyping by Sanger sequencing (the "gold standard" for determining germline polymorphisms/mutations). To calculate the lower limit of the interval in which the “true” value of the analyzed indicator is located with a confidence probability С = 90%, the following formula was used: (1-С/100) 1/p * 100%, where: positive (negative) results of the proposed method, confirmed by Sanger sequencing, C - confidence probability, in this study is taken equal to 90%. Analytical sensitivity and specificity were 100% (90% CI 97.72-100).
Диагностическую чувствительность определяли как долю пациентов, относящихся к группе предположительно высокой эффективности олокизумаба по результатам применения предложенного способа и показавших улучшение состояния по шкалам DAS28 и/или ACR20/50 при отсутствии признаков гепатотоксичности, к общему количеству пациентов со снижением интенсивности ревматоидного артрита по шкалам DAS28 и/или ACR20/50 при отсутствии признаков гепатотоксичности к 24-ой неделе применения олокизумаба. Диагностическая чувствительность составила 87%. Диагностическую специфичность определяли как долю образцов, относящихся к группе предположительно среднепопуляционной эффективности олокизумаба и/или повышенного риска гепатотоксичности по результатам применения предложенного способа и не показавших улучшение состояния по шкалам DAS28 (ACR20/50) и/или признаки гепатотоксичности, к общему количеству пациентов с отсутствием достоверного снижения интенсивности ревматоидного артрита по шкалам DAS28 (и/или ACR20/50), а также повышением уровня печеночных ферментов и признаками гепатотоксичности к 24-ой неделе применения олокизумаба. Диагностическая специфичность составила 72%. Diagnostic sensitivity was defined as the proportion of patients belonging to the group of presumably high efficacy of olokizumab based on the results of the proposed method and showing an improvement in the condition according to the DAS28 and/or ACR20/50 scales in the absence of signs of hepatotoxicity, to the total number of patients with a decrease in the intensity of rheumatoid arthritis according to the DAS28 and /or ACR20/50 in the absence of signs of hepatotoxicity by the 24th week of olokizumab use. Diagnostic sensitivity was 87%. Diagnostic specificity was defined as the proportion of samples belonging to the group of presumably population-average efficacy of olokizumab and/or an increased risk of hepatotoxicity based on the results of the proposed method and which did not show improvement on the DAS28 scales (ACR20/50) and/or signs of hepatotoxicity, to the total number of patients with no a significant decrease in the intensity of rheumatoid arthritis according to the DAS28 (and / or ACR20 / 50) scales, as well as an increase in the level of liver enzymes and signs of hepatotoxicity by the 24th week of olokizumab use. Diagnostic specificity was 72%.
Настоящее изобретение поясняется конкретными примерами выполнения, демонстрирующими возможность достижения требуемого технического результата. The present invention is illustrated by specific examples of implementation, demonstrating the possibility of achieving the desired technical result.
Пример 1. Пациент К., 54 лет, с диагнозом ревматоидный артрит серопозитивный М.05.08, прогрессирование на фоне лечения метотрексатом. Example 1. Patient K., aged 54, diagnosed with seropositive rheumatoid arthritis M.05.08, progression during treatment with methotrexate.
Метод исследования: высокопроизводительное секвенирование панели полиморфизмов, ассоциированных с эффективностью олокизумаба. Research method: high-throughput sequencing of a panel of polymorphisms associated with the effectiveness of olokizumab.
В результате исследования определены генотипы для каждого из указанных полиморфизмов исследуемых генов и проведена оценка встречаемости ассоциированных аллелей в гомозиготном и гетерозиготном состояниях в соответствии с балльной шкалой, представленной в таблице 1. As a result of the study, genotypes were determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and an assessment was made of the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states in accordance with the scoring scale presented in Table 1.
Определены следующие генотипы, представленные в Таблице 2. Таблица 2.
Figure imgf000012_0001
Figure imgf000013_0001
The following genotypes have been identified and are presented in Table 2. Table 2.
Figure imgf000012_0001
Figure imgf000013_0001
Заключение: сумма баллов К2 для группы полиморфизмов, ассоциированных с поздним ответом на лечение олокизумабом, превышала пороговое значение, и сумма баллов КЗ для группы полиморфизмов, ассоциированных с гепатотоксичностью, была меньше порогового значения, в связи с чем была спрогнозирована высокая эффективность терапии олокизумабом. Conclusion: the sum of K2 scores for the group of polymorphisms associated with a late response to treatment with olokizumab exceeded the threshold value, and the sum of K3 scores for the group of polymorphisms associated with hepatotoxicity was less than the threshold value, and therefore a high efficacy of olokizumab therapy was predicted.
Пациенту был назначен олокизумаб в дозировке 64 мг каждые 2 недели подкожно. К 16-ой неделе применения препарата была достигнута низкая активность заболевания (DAS28 < 3.2). Негативных явлений не наблюдалось. Пример 2. Пациентка Н., 59 лет, с диагнозом ревматоидный артрит серопозитивный М.05.08, прогрессирование на фоне лечения метотрексатом. The patient was prescribed olokizumab 64 mg subcutaneously every 2 weeks. By the 16th week of drug use, low disease activity was achieved (DAS28 < 3.2). No negative phenomena were observed. Example 2. Patient N., aged 59, diagnosed with seropositive rheumatoid arthritis M.05.08, progression during treatment with methotrexate.
Метод исследования: высокопроизводительное секвенирование панели полиморфизмов, ассоциированных с эффективностью олокизумаба. Research method: high-throughput sequencing of a panel of polymorphisms associated with the effectiveness of olokizumab.
В результате исследования определены генотипы для каждого из указанных полиморфизмов исследуемых генов и проведена оценка встречаемости ассоциированных аллелей в гомозиготном и гетерозиготном состояниях в соответствии с балльной шкалой, представленной в таблице 1. As a result of the study, genotypes were determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and an assessment was made of the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states in accordance with the scoring scale presented in Table 1.
Определены следующие генотипы, представленные в Таблице 3. The following genotypes have been identified and are shown in Table 3.
Таблица 3
Figure imgf000013_0002
Figure imgf000014_0001
Table 3
Figure imgf000013_0002
Figure imgf000014_0001
Заключение: сумма баллов К1 для группы полиморфизмов, ассоциированных с ранним ответом на лечение олокизумабом, превышала пороговое значение, и сумма баллов КЗ для группы полиморфизмов, ассоциированных с гепатотоксичностью, была меньше порогового значения, в связи с чем была спрогнозирована высокая эффективность терапии олокизумабом. Conclusion: the sum of K1 scores for the group of polymorphisms associated with early response to treatment with olokizumab exceeded the threshold value, and the sum of K3 scores for the group of polymorphisms associated with hepatotoxicity was less than the threshold value, and therefore a high efficacy of olokizumab therapy was predicted.
Пациенту был назначен олокизумаб в дозировке 64 мг каждые 2 недели подкожно. Выраженный эффект развивался через 12 недель от начала введения препарата и сохранялся на протяжении всего периода лечения (24 недели). В ходе лечения была достигнута низкая активность заболевания (DAS28 < 3.2). Пример 3. Пациентка Р., 35 лет, с диагнозом ревматоидный артрит серопозитивный М.05.08, прогрессирование на фоне лечения метотрексатом. The patient was prescribed olokizumab 64 mg subcutaneously every 2 weeks. A pronounced effect developed 12 weeks after the start of the drug administration and persisted throughout the entire treatment period (24 weeks). During treatment, low disease activity was achieved (DAS28 < 3.2). Example 3. Patient R., aged 35, diagnosed with seropositive rheumatoid arthritis M.05.08, progression during treatment with methotrexate.
Метод исследования: высокопроизводительное секвенирование панели полиморфизмов, ассоциированных с эффективностью олокизумаба. В результате исследования определены генотипы для каждого из указанных полиморфизмов исследуемых генов и проведена оценка встречаемости ассоциированных аллелей в гомозиготном и гетерозиготном состояниях в соответствии с балльной шкалой, представленной в таблице 1. Research method: high-throughput sequencing of a panel of polymorphisms associated with the effectiveness of olokizumab. As a result of the study, genotypes were determined for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and an assessment was made of the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states in accordance with the scoring scale presented in Table 1.
Определены следующие генотипы, представленные в Таблице 4. Таблица 4
Figure imgf000015_0001
Figure imgf000016_0002
Figure imgf000016_0001
ассоциированных с ранним и поздним ответом на лечение олокизумабом, соответственно, не превышала пороговое значение, и сумма баллов для группы полиморфизмов, ассоциированных с гепатотоксичностью, была равна пороговому значению, в связи с чем была спрогнозирована эффективность терапии олокизумабом, не превышающая среднепопуляционные характеристики. The following genotypes have been identified and are presented in Table 4. Table 4
Figure imgf000015_0001
Figure imgf000016_0002
Figure imgf000016_0001
associated with early and late response to treatment with olokizumab, respectively, did not exceed the threshold value, and the sum of scores for the group of polymorphisms associated with hepatotoxicity was equal to the threshold value, and therefore the efficacy of olokizumab therapy was predicted, not exceeding the average population characteristics.
Пациенту был назначен олокизумаб в дозировке 64 мг каждые 2 недели подкожно. Однако в ходе лечения лишь к 24 недели были достигнуты показатели, соответствующие умеренной активности заболевания (DAS28=3,5). The patient was prescribed olokizumab 64 mg subcutaneously every 2 weeks. However, during treatment, only by 24 weeks were achieved indicators corresponding to moderate disease activity (DAS28=3.5).
Таким образом, использование предлагаемого способа позволяет спрогнозировать клинический ответ на лечение олокизумабом. Данный способ может быть использован для персонализированного подбора терапии для больных ревматоидным артритом, в частности, в российской популяции. Thus, the use of the proposed method makes it possible to predict the clinical response to treatment with olokizumab. This method can be used for personalized selection of therapy for patients with rheumatoid arthritis, in particular, in the Russian population.

Claims

ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ CLAIM
Способ прогнозирования эффективности лечения ревматоидного артрита препаратом олокизумаб, характеризующийся тем, что осуществляют генотипирование 27 полиморфизмов в 18 генах: rsl 143623, rsl 143634 и rsl6944 {IL1B); rs3784864 {ABCC1), rsl 0987742 {FPGS), rs2228145 {IL6R), rs767455 и rsl 800692 (TNFRSF1A), rsl7602729 {AMPD1), rs874881, rs2240336, rsl748032, rs2240335, rsl 1203367 и rs2301888 {PADI4), rs5744174 {TLR5), rs2032582 {ABCB1), rsl974226 {IL17A), rs6920220 {TNFAIP3), rs3213422 {DHODH), rs419598 {IL1RN), rs3218253 {IL2RB), rs360722 и rs360718 (ZZ7S), rs7574865 {STAT4), rs760426 AIRE), rs2104286 {IL2RA), распределяют полиморфизмы по трем группам, первая из которых включает полиморфизмы rsl 143623 {IL1B), rsl6944 {IL1B), rs3784864 {ABCC1), rsl0987742 {FPGS), rs2228145 {IL6R), rs767455 {TNFRSF1A), rsl7602729 {AMPD1), rs2240336 {PADI4), rs5744174 {TLR5), rs2032582 {ABCB1), rsl974226 {IL17A), ассоциированные с ранним ответом на лечение олокизумабом, вторая - полиморфизмы rsl974226 {1L17A), rs5744174 {TLR5), rsl6944 {IL1B), rs3784864 {ABCC1), rs6920220 {TNFAIP3), rs2032582 {ABCB1), rs3213422 {DHODH), rs419598 {IL1RN), rs3218253 {IL2RB), rs360722 {1L18), rsl748032 {PADI4), rsl800692 {TNFRSF1A), rs2301888 {PADI4), rsl 143634 {IL1B), ассоциированные с поздним ответом на лечение олокизумабом и третья - полиморфизмы rsl 143634 {IL1B), rsl7602729 {AMPD1), rs360718 {IL18), rsl974226 {IL17A), rs7574865 {STAT4), rs760426 {AIRE), rs2104286 {IL2RA), rs874881 {PADI4), rs2240335 {PADI4), rsl 1203367 {PADI4), ассоциированные с гепатотоксичностью, определяют генотипы для каждого из указанных полиморфизмов исследуемых генов и проводят оценку встречаемости ассоциированных аллелей в гомозиготном и гетерозиготном состояниях в соответствии с балльной шкалой, присваивая значения баллов в соответствии с таблицей 1, рассчитывают суммы баллов KI, К2 и КЗ для каждой из трех групп полиморфизмов, соответственно, и при полученных значениях К1>6 или К2>7 и при значении КЗ <5, прогнозируют высокую эффективность лечения препаратом олокизумаб. A method for predicting the effectiveness of treatment of rheumatoid arthritis with olokizumab, characterized in that genotyping of 27 polymorphisms in 18 genes is carried out: rsl 143623, rsl 143634 and rsl6944 {IL1B); rs3784864 {ABCC1), rsl 0987742 {FPGS), rs2228145 {IL6R), rs767455 and rsl 800692 (TNFRSF1A), rsl7602729 {AMPD1), rs874881, rs2240336, rsl748032, rs2240335, rsl 1203367 and rs2301888 {PADI4), rs5744174 {TLR5), rs2032582 {ABCB1), rsl974226 {IL17A), rs6920220 {TNFAIP3), rs3213422 {DHODH), rs419598 {IL1RN), rs3218253 {IL2RB), rs360722 and rs360718 (ZZ7S), rs7574865 {STAT4), 41)AIRE82, rs76022 , distribute polymorphisms into three groups, the first of which includes polymorphisms rsl 143623 {IL1B), rsl6944 {IL1B), rs3784864 {ABCC1), rsl0987742 {FPGS), rs2228145 {IL6R), rs767455 {TNFRSF1A), rsl7602729 {AMPD03), 3 {rs224 PADI4), rs5744174 {TLR5), rs2032582 {ABCB1), rsl974226 {IL17A) associated with early response to olokizumab treatment, the second - polymorphisms rsl974226 {1L17A), rs5744174 {TLR5), rsl6944 {IL1B), rs3784864 {ABCC1), rsl6944 {IL1B), rs3784864 {ABCC1), rsl6944 {IL1B), rs3784864 {ABCC1), {TNFAIP3), rs2032582 {ABCB1), rs3213422 {DHODH), rs419598 {IL1RN), rs3218253 {IL2RB), rs360722 {1L18), rsl748032 {PADI4), rsl800692 {TNFRSF1A), rs 2301888 {PADI4), rsl 143634 {IL1B) associated with late response to treatment with olokizumab and the third - polymorphisms rsl 143634 {IL1B), rsl7602729 {AMPD1), rs360718 {IL18), rsl974226 {IL17A), rs7574865 {6042), {6 AIRE), rs2104286 {IL2RA), rs874881 {PADI4), rs2240335 {PADI4), rsl 1203367 {PADI4) associated with hepatotoxicity, determine the genotypes for each of the indicated polymorphisms of the studied genes and evaluate the occurrence of associated alleles in the homozygous and heterozygous states in accordance with a scoring scale, assigning scores in accordance with table 1, calculate the sum of KI, K2 and K3 scores for each of the three groups of polymorphisms, respectively, and with the obtained values of K1>6 or K2>7 and with a value of KZ <5, predict high effectiveness of treatment with olokizumab.
PCT/RU2020/000502 2020-09-28 2020-09-29 Method for predicting the effectiveness of treatment for rheumatoid arthritis using olokizumab WO2022066032A1 (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2020131970 2020-09-28
RU2020131970A RU2749247C1 (en) 2020-09-28 2020-09-28 Method for prediction of effectiveness of treatment of rheumatoid arthritis with drug olokizumab based on genotyping

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2022066032A1 true WO2022066032A1 (en) 2022-03-31

Family

ID=76301552

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/RU2020/000502 WO2022066032A1 (en) 2020-09-28 2020-09-29 Method for predicting the effectiveness of treatment for rheumatoid arthritis using olokizumab

Country Status (2)

Country Link
RU (1) RU2749247C1 (en)
WO (1) WO2022066032A1 (en)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2416799C1 (en) * 2010-02-02 2011-04-20 Людмила Петровна Сизякина Method for prediction of efficacy of infliximab inclusion in therapy of patients with rheumatoid arthritis
EA017815B1 (en) * 2007-06-08 2013-03-29 Байоджен Айдек Ма Инк. Biomarkers for predicting anti-tnf responsiveness or non-responsiveness
RU2485511C2 (en) * 2011-07-07 2013-06-20 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Научно-исследовательский институт клинической иммунологии" Сибирского отделения Российской академии медицинских наук (ФГБУ "НИИКИ" СО РАМН) Method for prediction of clinical effectiveness of rheumatoid arthritis by tnf-alpha monoclonal antibodies on basis of allelic polymorphism of tnf gene promoter

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EA017815B1 (en) * 2007-06-08 2013-03-29 Байоджен Айдек Ма Инк. Biomarkers for predicting anti-tnf responsiveness or non-responsiveness
RU2416799C1 (en) * 2010-02-02 2011-04-20 Людмила Петровна Сизякина Method for prediction of efficacy of infliximab inclusion in therapy of patients with rheumatoid arthritis
RU2485511C2 (en) * 2011-07-07 2013-06-20 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Научно-исследовательский институт клинической иммунологии" Сибирского отделения Российской академии медицинских наук (ФГБУ "НИИКИ" СО РАМН) Method for prediction of clinical effectiveness of rheumatoid arthritis by tnf-alpha monoclonal antibodies on basis of allelic polymorphism of tnf gene promoter

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ENEVOLD CHRISTIAN ET AL.: "lnterleukin-6-receptor polymorphisms rs12083537, rs2228145, and rs4329505 as predictors of response to tocilizumab in rheumatoid arthritis", PHARMACOGENETICS AND GENOMICS, vol. 24, no. 8, August 2014 (2014-08-01), pages 401 - 5, XP009182003, DOI: 10.1097/FPC.0000000000000071 *
GENOVESE MARK C, FLEISCHMANN ROY, FURST DANIEL, JANSSEN NAMIETA, CARTER JOHN, DASGUPTA BHASKAR, BRYSON JUDY, DUNCAN BENJAMIN, ZHU : "Efficacy and safety of olokizumab in patients with rheumatoid arthritis with an inadequate response to TNF inhibitor therapy: outcomes of a randomised Phase IIb study", ANNALS OF THE RHEUMATIC DISEASES, BRITISH MEDICAL ASSOCIATION, GB, vol. 73, no. 9, 1 September 2014 (2014-09-01), GB , pages 1607 - 1615, XP055931849, ISSN: 0003-4967, DOI: 10.1136/annrheumdis-2013-204760 *
MAGYARI LILI, VARSZEGI DALMA, KOVESDI ERZSEBET, SARLOS PATRICIA, FARAGO BERNADETT, JAVORHAZY ANDRAS, SUMEGI KATALIN, BANFAI ZSOLT,: "Interleukins and interleukin receptors in rheumatoid arthritis: Research, diagnostics and clinical implications", WORLD JOURNAL OF ORTHOPEDICS :WJO, BEIJING BAISHIDENG BIOMED SCIENTIFIC, CN, vol. 5, no. 4, 1 January 2014 (2014-01-01), CN , XP055931855, ISSN: 2218-5836, DOI: 10.5312/wjo.v5.i4.516 *

Also Published As

Publication number Publication date
RU2749247C1 (en) 2021-06-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Costantino et al. Genetics and functional genomics of spondyloarthritis
Gheita et al. Clinical significance of serum TNFα and-308 G/A promoter polymorphism in rheumatoid arthritis
Suzuki et al. Insight from genome-wide association studies in rheumatoid arthritis and multiple sclerosis
EP2167687A2 (en) Biomarkers for predicting anti-tnf responsiveness or non-responsiveness
JP2012503985A (en) Lupus treatment, diagnosis and monitoring methods
Vallet et al. Targeted sequencing of the Paget's disease associated 14q32 locus identifies several missense coding variants in RIN3 that predispose to Paget's disease of bone
US20170306401A1 (en) Methods for identification and prediction of multiple sclerosis disease and therapy response
WO2015184249A2 (en) Sle and sle-related disease-associated risk markers and uses thereof
US20080286876A1 (en) GENES ASSOCIATED WITH ALZHEIMER&#39;S DISEASE - Hltdip
EP3101142B1 (en) Method and device for assisting diagnosis of efficacy of methotrexate in patient with rheumatoid arthritis
RU2749247C1 (en) Method for prediction of effectiveness of treatment of rheumatoid arthritis with drug olokizumab based on genotyping
US20080108076A1 (en) Genes associated with unipolar depression
JP6128654B2 (en) Use of myelin basic protein as a novel genetic factor in rheumatoid arthritis
Hunt et al. Novel celiac disease genetic determinants related to the immune response
Wang et al. Genetic effects of B3GNT2 on ankylosing spondylitis susceptibility and clinical manifestations in Taiwanese
Garau et al. Altered DNA methylation and gene expression predict disease severity in patients with Aicardi-Goutieres syndrome
CN112410413A (en) Detection substance for ONFH (one-dimensional peptide binding) susceptibility related VDR (VDR), MMP2, MMP3 and MMP9 gene SNP and application
Tekaya et al. Interleukin-1 gene polymorphisms in axial spondyloarthritis Tunisian patients Etude des polymorphismes du gène codant pour l’interleukine-1 au cours de la spondyloarthrite axiale
EP1824994A1 (en) Methods for assessing the predisposition or susceptibility to copd
JP6516128B2 (en) Test method and kit for determining antithyroid drug-induced agranulocytosis risk
EP1881081A1 (en) Combinations of markers for increased accuracy of diagnosis of rheumatoid arthritis
JP2014514915A (en) Genetic association between rheumatoid arthritis and polymorphism of SSTR2 gene
RU2739890C1 (en) Method for assessing the risk of severe acne based on determining the expression of il1rn and il10 genes
Juda ASSOCIATION BETWEEN MYOSIN HEAVY CHAIN POLYMORPHISM AND PROGRESSION OF RENAL FAILURE.
US7771942B2 (en) Genetic marker for prostate cancer

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 20955407

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 20955407

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1