WO2016162149A1 - Method for identifying microorganisms - Google Patents

Method for identifying microorganisms Download PDF

Info

Publication number
WO2016162149A1
WO2016162149A1 PCT/EP2016/054629 EP2016054629W WO2016162149A1 WO 2016162149 A1 WO2016162149 A1 WO 2016162149A1 EP 2016054629 W EP2016054629 W EP 2016054629W WO 2016162149 A1 WO2016162149 A1 WO 2016162149A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
nucleic acid
rna
vertebrate
microorganisms
disease
Prior art date
Application number
PCT/EP2016/054629
Other languages
German (de)
French (fr)
Inventor
Andreas Keller
Cord Friedrich Stähler
Nikola Marga Diana Koch
Christina Backes
Petra LEIDINGER
Eckart Meese
Original Assignee
Siemens Aktiengesellschaft
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Siemens Aktiengesellschaft filed Critical Siemens Aktiengesellschaft
Publication of WO2016162149A1 publication Critical patent/WO2016162149A1/en

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids

Definitions

  • the present invention relates to methods for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, and method for detecting, preferably early detection, a non-infectious disease, which is preferably selected from neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and multiple sclerosis, and computer program products and devices for carrying out the methods.
  • microorganisms Most diseases whose causes are known are based on genetic predisposition, environmental factors or pathogens such as microorganisms.
  • various methods are available, such as a diagnosis of the patient's symptoms, a culture of Mikroorganis ⁇ men, or the identification of separate microorganisms products as delivered by the microorganism enzymes, or by the body in response products delivered to the microorganism, such as antibodies.
  • the first procedural ⁇ ren is generally non-specific, the other two methods use generally requires some knowledge of to diagnos ⁇ tilingerden microorganism or microorganisms to this either to cultivate or to analyze the products.
  • RNA ribonucleic acid
  • NGS sequenzing
  • non-coding RNA which, for example, transfer RNA
  • Transfer RNA Transfer RNA
  • t-RNA ribosomal RNA
  • miRNA micro RNA
  • siRNA small interfering RNA
  • bacterial sRNA which is analogous to miRNA, where miRNA is not expressed in bacteria
  • snRNA small nuclear RNA
  • the invention relates to a method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, comprising
  • RNA nucleic acid
  • RNA nucleic acid, in particular RNA, of the vertebrate genome from the detected nucleic acid, in particular particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the first data set;
  • nucleic acid remaining in the first data set in particular RNA
  • nucleic acid in particular
  • RNA from microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
  • the present inventions relates to a method for detecting dung, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ⁇ finally a human, comprising
  • nucleic acid particularly RNA
  • RNA nucleic acid
  • the present invention relates to a computer program product adapted to perform these methods. Furthermore, one aspect of the present invention is directed to the use of the computer program product for determining microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human or for detecting a disease of the vertebrate.
  • another aspect of the present invention relates to an apparatus for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human having
  • a detection unit that is adapted to nucleic ⁇ ynoic acid, particularly RNA, from a supplied blood ⁇ sample of the vertebrate using a sequencing method in a first data set;
  • the invention relates to a method for detecting diseases, in particular non-infectious diseases, of a vertebrate including a human
  • RNA nucleic acid
  • RNA nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the first data set;
  • nucleic acid remaining in the first data set in particular RNA
  • nucleic acid, in particular RNA of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses for determining the microorganisms in the blood sample
  • the present OF INVENTION ⁇ dung relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ⁇ finally a human, comprising
  • nucleic acid in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set
  • RNA nucleic acid, in particular RNA
  • Yet another aspect of the present invention is directed to a method for detecting of non-infectious diseases, especially neurodegenerative diseases, of a vertebrate including a human, comprising a Analy ⁇ Sieren a supplied blood sample of the vertebrate to microorganisms for which a statistically relevant correlation between the occurrence of microorganisms and the non-infectious disease has been found to detect the disease.
  • FIG. 1 shows a comparison of the occurrence of RNA from unbremoved Sulfuricurvum RIFRC 1 in individuals with multiple sclerosis and those who do not have multiple sclerosis. in accordance with an exemplary embodiment of the present invention.
  • microorganism includes the term microbe.
  • the type of micro Orga ⁇ mechanism is presently not particularly limited, unless otherwise stated or apparent, and includes, for example bacteria, viruses and fungi, microscopic Al ⁇ gen and protozoa, and combinations thereof.
  • the reference to a microorganism or microorganisms in the present specification includes both a reference to only one microorganism and a reference to a multi ⁇ number of microorganisms, so for example, two, three, four, five, six or more microorganisms.
  • a method according to the invention for detecting microorganisms only one microorganism or even two, three, four or more microorganisms can be detected.
  • different types of microorganisms can be detected simultaneously, for example, at the same time bacteria, viruses and / or fungi.
  • Vertebrates are understood to be within the present animals which have a spine that includes mammals including humans, birds, reptiles, amphibians and fish.
  • the present invention prop ⁇ net, therefore, not only in human medicine but also for veterinary medicine.
  • nucleic acid comprises any nucleic acid which may be present in the blood sample, in particular DNA, for example non-coding DNA (noncoding DNA, nc-DNA) or c-DNA, and RNA, in particular RNA.
  • DNA for example non-coding DNA (noncoding DNA, nc-DNA) or c-DNA
  • RNA in particular RNA.
  • the methods of the invention can be carried out efficiently.
  • RNA includes both whole RNA strands and RNA fragments, for example non-coding RNA (ncRNA) such as t-RNA, rRNA, miRNA, siRNA, bacterial sRNA and snRNA, and also cRNA, which may be coding or non-coding.
  • ncRNA non-coding RNA
  • the fragments are not particularly limited according to the invention insofar as they do not represent an entire RNA strand.
  • RNA fragments 10 to 1000 nucleotides preferably 10 to 700 nucleotides, more preferably 15 to 600 nucleotides, in particular 15 to 50 nuc ⁇ leotide, particularly preferably 18 to 27 nucleotides. Entspre ⁇ accordingly can also be carried out with DNA fragments, RNA fragments are preferred. Fragments of 18 to 27 nucleotides typically include miRNA in particular.
  • the blood sample according to the invention is not particularly limited, and includes both an untreated or non-refined further alsbe- blood sample as well as, for example, fractions of these blood sample prepared in the usual manner Kgs ⁇ NEN.
  • the present invention relates to a method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human um ⁇ captive
  • RNA nucleic acid
  • nucleic acid remaining in the first data set in particular RNA
  • nucleic acid in particular RNA
  • the method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human being comprises a detecting RNA fragments from a supplied blood sample of the vertebrate using a sequencing method, preferably with ⁇ means of high-throughput sequencing, in a first data set; identifying the RNA fragments of the genome of the fluidized ⁇ animal from the detected RNA fragments and removing the RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first Since ⁇ cost rate; and comparing the RNA fragments remaining in the first data set with RNA or RNA fragments of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
  • a sequencing method preferably with ⁇ means of high-throughput sequencing
  • the method here is non-invasive, in particular the loading ⁇ riding provide the blood sample, and the sequencing procedure set out in certain embodiments, instead of in vitro.
  • the detection of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, according to the invention is not particularly limited and may include conventional methods for detecting nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments.
  • a sequencing method in this case is any Sequenzie ⁇ approximation method, but especially those which a plurality ⁇ number of samples with a plurality of sample components, such as a blood sample acid with a variety of nucleic particular RNAs or RNA fragments, both of a
  • Vertebrates as well as contained therein microorganisms as well as fragments or parts thereof, can analyze within a short time.
  • sequencing can be carried out by means of PCR (polymerase chain reaction), in particular multiplex PCR, or high-throughput sequencing, preferably by means of high-throughput sequencing RNA and RNA fragments of vertebrate animals, including humans as well as nucleic acids, particularly RNA and RNA fragments of the microorganisms and optionally other nucleic ⁇ acid, in particular RNA, of unknown origin can be detected.
  • the detected nucleic acid, particularly RNA, micro Orga ⁇ mechanisms here is not particularly limited and may ncRNA as miRNA and sRNA comprise the microorganisms, but also unknown nucleic acid such as RNA or RNA fragments of the micro ⁇ organisms which previously could not be assigned.
  • the special ⁇ RNA, RNA fragments can be detected in the detecting the nucleic acid.
  • the data for the sequencing in the first data may be in any data format, such as fastq or Fasta, wel ⁇ che are commonly used for storing biological sequences such as amino acid sequences.
  • Identifying the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the genome of the we ⁇ beltieres from the first data set can be done in usual manner, for example by data reconciliation with the genome of the vertebrate, for example from one or more Da ⁇ tenbanken or with any other record. For example, this can be a computer-aided subtraction
  • a reference genome of the vertebrate such as the human genome, and excluding the matched sequences, thereby drastically reducing the size of the first data set
  • one or more databases as part of a database or otherwise Versions of the reference genome can be used.
  • Bowtie2 available, with Bowtie2 particularly distinguished in that no database research must be carried out, a Refe ⁇ ence genome can easily be entered quickly and accurately and for short sequences of nucleic acid example ⁇ as RNA or RNA fragments, is easy to use.
  • the data remaining after alignment can then be read out separately and the reference genome data of the vertebrate can be discarded.
  • a pre-processing of the data can take place prior to identifying the nucleic acid, in particular RNA or the RNA fragments, of the genome of the vertebrate.
  • the sequence of an adapter that is ligated to a nucleic acid, in particular an RNA or a RNA fragment are ent ⁇ removed from the data set.
  • duplicates in the record can be removed.
  • various pre-processing tools may be used, such as FASTX-toolkit, Trimmomatic, Scythe, Btrim, or Cutadapt, which are commercially available and can be used for FastQ data, preferably FASTX-toolkit and Cutadapt, which are available for FastQ and Fasta.
  • data can be used, in particular FASTX-toolkit (containing fastx_clipper which Adap ⁇ ter-sequences removed and fastx_collapser which also duplicates removed). Also comparing the remaining in the first record
  • Nucleic acid, particularly RNA and RNA fragments, mechanisms with nucleic ⁇ ynoic acid, in particular RNA or RNA fragments of micro orga ⁇ such as fungi, bacteria and / or viruses, for determining the microorganisms in the blood sample can be obtained by comparison with the nucleic acid data, in particular RNA data, the microorganisms, which may be stored for example in one or more databases done.
  • the nucleic acid data in particular RNA data
  • the microorganisms which may be stored for example in one or more databases done.
  • several databases are combined with nucleic acid data, in particular RNA data, of various microorganisms in a third data set, with which the comparison with the remaining nucleic acid data, in particular RNA data, of the first data set can then take place.
  • the balancing can in turn be carried out, for example, by aligning the sequences on one or more genomes of the microorganisms, which in turn may also be present in different datasets, databases and / or parts thereof, or otherwise in turn Bowtie2
  • the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments which are identical to the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses can be read out and optionally stored
  • Stored data of such identical nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments can then also be used, for example for creating a second set of nucleic acid, in particular RNA and / or RNA fragments, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate at least one, especially not ⁇ infectious, He and nucleic acid, in particular RNA and / or RNA fragments, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate, which do not
  • this method further comprises
  • RNA nucleic ⁇ acid, particularly RNA, from microorganisms of a variety of Individuals of the vertebrate who do not have this disease;
  • the disease of the vertebrate, including man can be concluded.
  • the method comprises
  • RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, particularly not ⁇ infectious disease, and RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have the disease;
  • RNA fragments remaining in the first data set before or after the comparison with RNA fragments of microorganisms with the correlated RNA fragments of the second data set.
  • the creation of the second data set of nucleic acid into ⁇ particular RNA and / or RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate which comprises at least one, in particular non-infectious, disease ha ⁇ ben, and nucleic acid, particularly RNA, and / or RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have this disease is not particularly limited, and may for example by ei ⁇ ne sequencing of the nucleic acid, particularly RNA, in a blood drop of a variety of diseased and healthy individu- of the vertebrate, for example of humans, whereby the sequencing can be carried out as above, for example by means of high-throughput sequencing.
  • the disease is not particularly limited but includes, in particular, non-infectious diseases for which detection of the disease is more difficult.
  • a plurality of individuals in this case comprises at least 10 individuals per group, ie the group with (disease) and the group without disease (control), in particular at least 15 individuals per group, preferably at least 19 or 20 individuals per group to be ⁇ Sonders significant results to achieve at one
  • Significance level (error level) of, for example 0.05 or less, for example 0.05, preferably 0.01 or klei ⁇ ner.
  • Correlating the nucleic acid, particularly RNA, or the RNA fragments of the second set of data with the at least ei ⁇ NEN disease can be carried out in the usual way and is not particularly limited.
  • the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, which determines microorganisms in the respective samples Associated with disease and compared with the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, the healthy individuals, so that in the comparison, the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, üb ⁇ rig remain, which are present only in the diseased individuals.
  • These can then be statistically analyzed for their relevance.
  • the statistical evaluation of the correlation of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments of the two ⁇ th record is not particularly limited and can be carried out depending on the amount of data and the data volume to various Wei ⁇ se, for example by analysis of variance (ANOVA, analysis of variance) or t-test (Student's t-test). game, with a number n of individuals of at least 10, especially at least 15, preferably at least 19 or 20, at a significance level (error level) of at ⁇ play, 0.05 or less, for example 0.05, preferably 0.01 or smaller.
  • ANOVA analysis of variance
  • t-test Student's t-test
  • a mean value including Standardab ⁇ deviation can be calculated for example for each Grup ⁇ pe (disease and control), and these are evaluated by means of the Analyseme ⁇ Thode, depending on the size of the group and number, crizoswei ⁇ se ANOVA or t-test.
  • the determined p-values may, according to certain embodiments, be adjusted for sources of error such as a false detection rate, for example by means of a Benjamin-Hochberg procedure or FDR or an adapted Kolmogorow-Smirnow test.
  • Comparing the nucleic acid remaining in the first data set before or after the comparison with nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms, in particular RNA or RNA fragments, with the correlated nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the two ⁇ th record is not particularly limited and can be done in any manner, for example by di ⁇ rect balance, as also described above for the determination of microorganisms.
  • the present OF INVENTION ⁇ dung relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate finally once a human, comprising
  • nucleic acid particularly RNA
  • the method relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ⁇ finally a human, comprising
  • RNA fragments from a sample of blood of the vertebrate provided by means of a driving Sequenzierungsver ⁇ , preferably by means of high-throughput sequencing, in a first data set;
  • RNA fragments of the genome of the vertebrate ⁇ animal from the detected RNA fragments and removing the RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first Da ⁇ tensatz;
  • RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, particularly not ⁇ infectious disease, and RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have the disease;
  • a pre- processing of the data takes place before the identification of the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate. For example, the sequence of an adapter ligated to an RNA fragment may be removed from the data set, and / or duplicates in the data set may be removed.
  • Detection, preferably early detection, of the disease takes place here by comparison with data from individuals in whom the disease has already been diagnosed and in which a corresponding correlated occurrence of nucleic acid, in particular RNA, is statically secured by microorganisms, as a result of which the nucleic acid, in particular RNA, of such microorganisms can be concluded on the occurrence or later emergence of the disease.
  • the disease here includes non-infectious diseases for which ei ⁇ ne diagnosis is difficult and especially neurodegenera ⁇ tive disease such as Alzheimer's and multiple sclerosis, for which a diagnosis is difficult or impossible.
  • early detection refers to the detection of the disease before it breaks out.
  • this method further comprises a step of comparing the remaining in the first record nucleic acid, particularly RNA, with nucleic ⁇ acid, in particular RNA, micro-organisms such as fungi, bacteria-and / or viruses for the determination of microorganisms in the blood sample after Identifying the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate, wherein comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set before or after the comparison with the nucleic acid, in particular RNA, of the microorganisms he follows.
  • This step again corresponds to the step mentioned above in the method of detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human.
  • a correlation is obtained for values of p ⁇ 0.3 and values of p> 0.7, where 0 -S p -S 1), for example with a number n of individuals of at least 10 , especially at least 15, preferably at least 19 or 20, at a significance level (error level) of, for example 0.05 or less, for example 0.05, before Trains t ⁇ 0.01 or smaller.
  • the disease is Alzheimer's.
  • the present OF INVENTION ⁇ dung relates to a computer program product which is adapted to the above-described method according to the invention to recognize NEN of microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human or the above-described ⁇ inventive method for detecting, preferably for early detection, a disease, especially neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and multiple sclerosis, a vertebrate including a human perform.
  • the Computerprogrammpro ⁇ domestic product is one that is stored on the program instructions of a Computerpro ⁇ program for executing said methods.
  • the Computerpro ⁇ program product is a data carrier.
  • Another aspect of the present invention relates to the use of the computer program product of the invention for determining microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, or for detecting a disease of the vertebrate.
  • another aspect of the present invention is directed to an apparatus for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, having
  • a detection unit that is adapted to nucleic ⁇ ynoic acid, particularly RNA, from a supplied blood sample of the vertebrate using a sequencing method in a first data set;
  • the device is a device for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human, pointing to ⁇
  • RNA detection unit designed to detect RNA
  • Fragments from a provided blood sample of the vertebrate ⁇ res by means of a sequencing method, preferably by means of high-throughput sequencing, to detect in a first record;
  • RNA fragments of the genome of the vertebrate To identify RNA fragments of the genome of the vertebrate from the detected RNA fragments and the RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first record to entfer ⁇ NEN;
  • a first alignment unit adapted to compare the RNA fragments remaining in the first data set with RNA or RNA fragments of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
  • the detection unit is not particularly limited and comprises, for example, data acquisition units which acquire data from the sequencing method and record it in a first data record.
  • the identification unit is not limited and can be a unit that undertakes a data comparison of the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the genome of the vertebrate with the first data record and removes the identical data from the first data record.
  • the first matching unit is also not particularly be ⁇ limited and includes, for example a unit comprising a data comparison of the remaining nucleic acid, particularly RNA, or the remaining RNA fragments, the first data set with nucleic acid, particularly RNA and / or RNA fragments of microorganisms and the result nis may of identical nucleic acid, particularly RNA or identical tables ⁇ RNA fragments spend.
  • the device according to the invention continues
  • a data generation unit that is configured to a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, in particular non-infectious disease, and of nucleic acid, insbeson ⁇ particular RNA, micro-organisms a Variety of individuals of the vertebrate, which do not have this disease, he to represent ⁇ ;
  • an evaluation unit which is adapted to correlate the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with at least one disease, and perform a statistical ⁇ specific evaluation of a correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with at least one disease;
  • a second matching unit which is adapted to compare the first data set before or after the compare with nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms verblei ⁇ Bende nucleic acid, particularly RNA, with the correlated nucleic acid, particularly RNA, the second data set on.
  • the device according to the invention continues to detect RNA fragments
  • a data generation unit adapted to generate a second set of RNA fragments of microorganisms of a plurality of vertebrate individuals having at least one, especially non-infectious, disease and RNA fragments of microorganisms of a plurality of vertebrate individuals; who do not have this disease;
  • an evaluation unit which is adapted to the RNA fragments of the second data set with the at least one Correlate disease and perform a statistical evaluation of a correlation of the RNA fragments of the second data set with the at least one disease
  • the data generation unit is not particularly limited and may include any entity having a second set of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate having at least one, especially non-infectious, disease, and of nucleic acid insbeson ⁇ particular RNA or RNA fragments, can of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have this disease, create, for example, from the data from a device for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human.
  • the evaluation unit is not limited and may include a ⁇ units to correlate the data and can analyze statistically.
  • the second adjustment unit is not limited and may be similar or the same as the first adjustment unit out ⁇ staltet.
  • the present invention includes a
  • An apparatus for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ⁇ finally a human, comprising
  • a detection unit that is adapted to nucleic ⁇ ynoic acid, particularly RNA, from a sample of blood provided sample of the vertebrate by means of a sequencing method in a first record to capture;
  • an identification unit which is designed to identify nucleic acid, in particular RNA, of the vertebrate genome from the detected RNA and to remove the nucleic acid, in particular RNA, of the vertebrate genome from the first data record;
  • a data generation unit which is designed to generate a second data set of nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate, which have at least one, in particular noninfectious , disease, and of nucleic acid, in particular RNA, of a plurality of microorganisms To create individuals of the vertebrate who do not have this disease;
  • an evaluation unit which is adapted to correlate the nuc ⁇ lein Textre, in particular RNA, the second data set with at least one disease and statistical ⁇ specific evaluation of a correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with at least one disease perform;
  • a second matching unit which is designed to compare the nucleic acid, in particular RNA, remaining in the first data set before or after the comparison with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data record.
  • the various units meet here for the above mentioned device for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a Men ⁇ rule.
  • the detection unit, the identification unit and the first adjustment unit, as well as possibly the er thoroughlysein ⁇ unit , the evaluation and the second adjustment unit - or the detection unit, the identification unit, the Data creation unit, the evaluation unit and the second adjustment unit - may in this case be present in the device as kom ⁇ compact unit, but may also be present as separate units, which may be spatially spaced.
  • the present OF INVENTION ⁇ dung relates to a method for the detection of diseases, in particular non-infectious diseases, of a vertebrate, including a human, comprising
  • RNA preferably RNA fragments
  • RNA be ⁇ vorzugt RNA fragments of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, particularly RNA, preferably the detected RNA fragments, and removing the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, the genome of the vertebrate from the first record;
  • RNA preferably RNA fragments with nuc ⁇ lein Textre, in particular RNA or RNA fragments of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses, for determining the microorganisms in the blood sample;
  • RNA or RNA fragments of microorganisms in the first set of identified microorganisms.
  • the blood sample is not particularly limited, insofar as it is non-invasive.
  • the blood sample can be brought by a laboratory driver to write it in an analytical laboratory, where the can be performed present Ver drive ⁇ .
  • the blood sample can also be prepared further and, for example, in fractions. be separated, in which case, for example, only one fraction can be provided as a blood sample.
  • Analyzing the blood sample by means of the driving Sequenzierungsver- is not particularly limited, and may be performed as above from ⁇ .
  • the steps of detecting nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, from the blood sample of the vertebrate animal in a first data set, identifying the nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid , in particular ⁇ special RNA, preferably the detected RNA fragments, and removing the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first record, and comparing the remaining nucleic acid in the first record, in particular RNA, preferably RNA fragments, mechanisms with nucleic ⁇ ynoic acid, in particular RNA or RNA fragments of micro orga ⁇ such as fungi, bacteria and / or viruses, for determining the microorganisms in the blood sample can be prepared analogously to the corresponding steps in the above method for detecting microorganisms in a blood sample a vertebrate are confining ⁇ Lich performed a human being.
  • the recognition of a disease of the vertebrate on the basis of the comparison with the nucleic acid, in particular RNA or the RNA fragments, of microorganisms identified in the first set of microorganisms is not particularly limited and can, for example, automatically by a corresponding output of data from diseases that with the identified microorganisms are connected take place.
  • the method comprises the steps of:
  • RNA preferably RNA fragments
  • RNA fragments of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate
  • these steps being performed prior to the step of recognizing a He ⁇ incidence of the vertebrate on the basis of the identified in the comparison with the nucleic acid, particularly RNA, or the RNA fragments of microorganisms in the first record microorganisms.
  • RNA preferably of RNA fragments
  • nucleic acid, in particular RNA preferably of RNA fragments, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate, which do not have or have this disease
  • the present inventions relates to a method for detecting dung, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ⁇ finally a human, comprising
  • nucleic acid in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set
  • the method relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ⁇ finally a human, comprising
  • RNA fragments from the blood sample of the vertebrate in a first set of data Detecting RNA fragments from the blood sample of the vertebrate in a first set of data
  • RNA fragments of the vertebrate genome from the detected RNA fragments and remove the RNA fragments
  • RNA fragments of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which have at least one, especially non-infectious, disease, and RNA fragments of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which do not have this disease ;
  • the steps are analogous to the steps in vorste ⁇ described method for detecting diseases, especially non-infectious diseases, a vertebrate including a human.
  • the present invention also relates according to a bestimm ⁇ th aspect, a method for detecting non-infectious diseases, in particular neurodegenerative diseases, for example, multiple sclerosis and / or Alzheimer's, a vertebrate including a human, comprising
  • a statistically relevant correlation between the occurrence of the microorganisms and the non-infectious disease results here, for example, for an evaluation of data sets of n samples and comparison samples with a p
  • determining the statistically significant correlation between the occurrence of the microorganisms and the non-infectious disease comprises creating a data set of nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which at least one, in particular non-infectious,
  • RNA preferably ⁇ RNA fragments, of microorganisms of a variety of individuals of the vertebrate, which do not have this disease
  • correlating the nucleic acid, particularly RNA, preferably RNA fragments of the data set with the at least one He ⁇ incidence and statistical evaluation of the correlation of the nuc lein Textre comprises, in particular RNA, preferably RNA fragments of the Da ⁇ tensatzes.
  • the non-infectious disease is multiple sclerosis and the microorganisms comprise at least one microorganism selected from the group comprising non-bred Sulfuricurvum RIFRC1, Faecalibacterium prausnitzii, Methanoculleus strengensis MS2, Halorhabdus tiamatea SARL4B, Sinorhizobium fredii HH103, Thermus thermophilic JL 18, Halalkalicoccus jeotgali B3, Chitinophaga pinensis DSM 2588, Halogeometricum borinquense DSM 11551, Frateuria aurantia DSM 6220, Shigella flexneri 2002017, Burkholderia cenocepacia HI2424, Escherichia coli PMV 1, Escherichia coli APEC Ol, Escherichia coli 0157 H7 EC4115, Shigella dysenteriae Sdl97 , Rho
  • Escherichia coli 055 H7 CB9615 Escherichia coli IHE3034, Pseudomonas putida W619, Escherichia coli 55989, Burkholderia cenocepacia MCO3, Escherichia coli Xuzhou21, Escherichia coli 0157 H7 Sakai, Escherichia coli 0157 H7 TW14359, Gamma proteobacterium HdN1, Shigella dysenteriae
  • a Python-based computer program was created in which the FASTX-toolkit and Bowtie2 programs were integrated and stored in a computer program product.
  • RNA data of RNA fragments of 18 to 27 nucleotides were recorded in Fasta format in a first dataset, and the FASTX-toolkit was used to remove adapter sequences and duplicates from the first dataset.
  • Clusters in specific disease classes sought. These various statistical and bioinformatic tech ⁇ techniques were used. An analysis of variance (significance level (- error level) of 0.05) was used to find bacteria / fungi / viruses that have shown a higher or lower concen ⁇ tion in patients with disease compared to the control.
  • the data have been verified, and the verified data are shown in Table 1, wherein the Mik ⁇ -organisms, the respective statistically analyzing measurements in patients with multiple sclerosis and in control patients, as well as the statistical measure how well the distributions un ⁇ differ (values under the curve "AUC") specified.
  • AUC the statistical measure how well the distributions un ⁇ differ
  • 9 141 Escherichia coli 0157 H7 16, 025706 167, 571337 0, 91288 EC4115 9 566 uid59091_NC_011353.
  • FIG. 1 shows a comparison of the occurrence of RNA from non-bred for clarification
  • Sulfuricurvum RIFRC which is exemplified in Table 1, in individuals with multiple sclerosis and those who do not have multiple sclerosis.
  • the normalized counts N for the control group ⁇ C (left) and the diseased group MS shows (right) is ⁇ , the differences in the counts are clearly visible.
  • the other microorganisms analog data arise.
  • the present invention provides a process for disposal can be determined with the micro-organisms in blood samples of vertebrates in a simple manner and can be contacted with Erkran ⁇ diseases, in particular neurodegenerative diseases, in conjunction, whereby a new method for the diagnosis or for Early detection of such diseases can be provided, which can be easily performed, for example on the basis of blood samples.

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

The present invention relates to methods for identifying microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, and to a method for the detection thereof, preferably the early detection, of a non-infectious disease which is preferably selected from neurodegenerative diseases such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis. The invention also relates to computer program products and devices for carrying out said method.

Description

Beschreibung description
Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen Die vorliegende Erfindung betrifft Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres, ein¬ schließlich eines Menschen, und Verfahren zur Erkennung, bevorzugt Früherkennung, einer nicht-infektiösen Erkrankung, die bevorzugt ausgewählt ist aus neurodegenerativen Erkran- kungen wie Alzheimer und multipler Sklerose, sowie Computerprogrammprodukte und Vorrichtungen zur Durchführung der Verfahren . The present invention relates to methods for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, and method for detecting, preferably early detection, a non-infectious disease, which is preferably selected from neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and multiple sclerosis, and computer program products and devices for carrying out the methods.
Stand der Technik State of the art
Die meisten Erkrankungen, deren Ursachen bekannt sind, basieren auf genetischer Prädisposition, Umweltfaktoren oder Pa- thogenen wie Mikroorganismen. Für die Erkennung bzw. Diagnose von Mikroorganismen stehen verschiedene Methoden zur Verfügung, wie eine Diagnose der Symptome des Patienten, eine Kultivierung von Mikroorganis¬ men, oder die Identifikation der von Mikroorganismen abgesonderten Produkte, wie vom Mikroorganismus abgegebenen Enzyme, oder der vom Körper als Reaktion auf den Mikroorganismus abgegebenen Produkte, wie Antikörper. Während das erste Verfah¬ ren im Allgemeinen unspezifisch ist, setzen die beiden anderen Verfahren generell eine gewisse Kenntnis des zu diagnos¬ tizierenden Mikroorganismus bzw. der Mikroorganismen voraus, um dieses entweder kultivieren zu können oder die Produkte analysieren zu können. Most diseases whose causes are known are based on genetic predisposition, environmental factors or pathogens such as microorganisms. For the detection or diagnosis of microorganisms, various methods are available, such as a diagnosis of the patient's symptoms, a culture of Mikroorganis ¬ men, or the identification of separate microorganisms products as delivered by the microorganism enzymes, or by the body in response products delivered to the microorganism, such as antibodies. While the first procedural ¬ ren is generally non-specific, the other two methods use generally requires some knowledge of to diagnos ¬ tizierenden microorganism or microorganisms to this either to cultivate or to analyze the products.
Eine weitere Methode stellt die Detektion des Genoms des Mik¬ roorganismus dar, beispielsweise als RNA (Ribonukleinsäure) Sequenz, welche durch in jüngster Zeit eingefügte Verfahren wie die Hochdurchsatz-Sequenzierung („next generation Another method is the detection of the genome of Mik ¬ roorganismus, for example, as RNA (ribonucleic acid) sequence, which by recently introduced methods such as high-throughput sequencing ("next generation
sequenzing", „NGS") an Bedeutung gewonnen hat, und durch wel- che eine größere Zahl der Genome von Mikroorganismen erfasst werden konnte. sequenzing "," NGS ") has gained in importance, and by a larger number of genomes of microorganisms could be detected.
Bei der Erkennung von Erkrankungen wurde jüngst auch ver- sucht, eine Verknüpfung von Mikroorganismen und Erkrankung auf Genomebene herzustellen. So wurden beispielsweise Ände¬ rungen von Expressionsniveaus nichtkodierender RNA („non- coding RNA",ncRNA), welche beispielsweise Transfer-RNA In the detection of diseases, an attempt has recently also been made to link microorganisms and disease at the genome level. So amendments ¬ conclusions of non-coding RNA expression levels were, for example ( "non-coding RNA" ncRNA), which, for example, transfer RNA
(„transfer RNA", t-RNA) , ribosomale RNA (rRNA) wie auch Mik- ro-RNA (miRNA) , siRNA („small interfering RNA"), bakterielle sRNA („bacterial sRNA", welche analog zu miRNA ist, wobei miRNA in Bakterien nicht exprimiert wird) und snRNA („small nuclear RNA") umfasst, mit verschiedenen Krankheiten wie Krebs, Autismus und Alzheimer in Verbindung gebracht. ("Transfer RNA", t-RNA), ribosomal RNA (rRNA) as well as micro RNA (miRNA), siRNA ("small interfering RNA"), bacterial sRNA ("bacterial sRNA", which is analogous to miRNA, where miRNA is not expressed in bacteria) and snRNA ("small nuclear RNA") is associated with various diseases such as cancer, autism and Alzheimer's.
Es besteht ein Bedarf an einfachen und effizienten Verfahren zur Erkennung von Mikroorganismen und durch diese verursachten Erkrankungen in Wirbeltieren, einschließlich Menschen. Zusammenfassung der Erfindung There is a need for simple and efficient methods of detecting microorganisms and diseases caused thereby in vertebrates, including humans. Summary of the invention
Die Erfinder haben herausgefunden, dass eine einfache und effiziente Erkennung von Mikroorganismen im Blut von Wirbeltieren, einschließlich Menschen, anhand von Nukleinsäure, insbe- sondere der RNA, der Mikroorganismen durchgeführt werden kann, wobei durch Herausfiltern der Daten des Wirbeltiergenoms eine Verfahrensvereinfachung - und -straffung sowie eine effizientere Nutzung der Ressourcen erzielt werden kann. Gemäß einem ersten Aspekt betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend The inventors have found that a simple and efficient detection of microorganisms in the blood of vertebrates, including humans, on the basis of nucleic acid, in particular the RNA, the microorganisms can be performed, by filtering out the data of the vertebrate genome a procedural simplification and tightening and more efficient use of resources. According to a first aspect, the invention relates to a method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, comprising
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Se- quenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, from a provided blood sample of the vertebrate by means of a sequencing method in a first data record;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins- besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; und Identifying the nucleic acid, in particular RNA, of the vertebrate genome from the detected nucleic acid, in particular particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the first data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukle- insäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular
RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe. RNA, from microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
Gemäß einem weiteren Aspekt betrifft die vorliegende Erfin- dung ein Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend According to a further aspect, the present inventions relates to a method for detecting dung, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Se¬ quenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz; Detecting nucleic acid, particularly RNA, from a supplied blood sample of the vertebrate using a Se ¬ quenzierungsverfahrens in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid into ¬ special RNA, and removing the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the first data;
Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbeson¬ dere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nuklein- säure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht aufweisen; Create a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate having at least one, insbeson ¬ particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate who do not have this disease;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und  Correlating the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set with the at least one disease and statistically evaluating the correlation of the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zum Erkennen der Erkrankung des Wirbeltieres. Zudem betrifft die vorliegende Erfindung gemäß einem weiteren Aspekt ein Computerprogrammprodukt, das dazu ausgelegt ist, diese Verfahren durchzuführen. Weiterhin ist ein Aspekt der vorliegenden Erfindung auf die Verwendung des Computerprogrammprodukts zum Bestimmen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen oder zum Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres gerichtet. Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set for recognizing the disease of the vertebrate. Moreover, in another aspect, the present invention relates to a computer program product adapted to perform these methods. Furthermore, one aspect of the present invention is directed to the use of the computer program product for determining microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human or for detecting a disease of the vertebrate.
Darüber hinaus betrifft ein weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung eine Vorrichtung zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, aufweisend In addition, another aspect of the present invention relates to an apparatus for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human having
eine Erfassungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukle¬ insäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blut¬ probe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz zu erfassen; to detect a detection unit that is adapted to nucleic ¬ ynoic acid, particularly RNA, from a supplied blood ¬ sample of the vertebrate using a sequencing method in a first data set;
eine Identifizierungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, zu identi¬ fizieren und die Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz zu entfernen; und eine erste Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz verbleibende Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zu vergleichen, um die Mikroorganismen in der Blutprobe zu bestimmen. Zudem betrifft die Erfindung gemäß einem weiteren Aspekt ein Verfahren zum Erkennen von Erkrankungen, insbesondere nichtinfektiösen Erkrankungen, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend to remove an identifying unit that is configured to nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, particularly RNA, to identi ¬ fy and the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the first data; and a first matching unit, which is designed to compare the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses in order to determine the microorganisms in the blood sample. In addition, according to a further aspect, the invention relates to a method for detecting diseases, in particular non-infectious diseases, of a vertebrate including a human
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens ; Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz; Analyzing the blood sample by means of a sequencing procedure ¬; Detecting nucleic acid, in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins- besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz;  Identifying the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the first data set;
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe; und  Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses for determining the microorganisms in the blood sample; and
Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres anhand der bei dem Vergleich mit der RNA von Mikroorganismen im ersten Datensatz identifizierten Mikroorganismen. Gemäß einem weiteren Aspekt betrifft die vorliegende Erfin¬ dung ein Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend Recognizing a disease of the vertebrate on the basis of the microorganisms identified in the comparison with the RNA of microorganisms in the first data set. According to a further aspect, the present OF INVENTION ¬ dung relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens ; Analyzing the blood sample by means of a sequencing procedure ¬;
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Identifying the nucleic acid, in particular RNA, of the
Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbe- sondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht auf- weisen; Genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in ¬ particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA, the genome of the vertebrate from the first record; Creating a second set of nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which have at least one, in particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate do not have this disease;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und Correlating the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set with the at least one disease and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroor- ganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zum Erkennen der Erkrankung.  Compare the nucleic acid remaining in the first data set before or after the comparison with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set for recognizing the disease.
Noch ein weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung ist auf ein Verfahren zum Erkennen von nicht-infektiösen Erkrankungen, insbesondere neurodegenerativen Erkrankungen, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend ein Analy¬ sieren einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres auf Mikroorganismen, für die eine statistisch relevante Korrela- tion zwischen dem Auftreten der Mikroorganismen und der nicht-infektiösen Erkrankung festgestellt wurde, zum Erkennen der Erkrankung gerichtet. Yet another aspect of the present invention is directed to a method for detecting of non-infectious diseases, especially neurodegenerative diseases, of a vertebrate including a human, comprising a Analy ¬ Sieren a supplied blood sample of the vertebrate to microorganisms for which a statistically relevant correlation between the occurrence of microorganisms and the non-infectious disease has been found to detect the disease.
Weitere Aspekte der vorliegenden Erfindung sind den abhängi- gen Ansprüchen und der detaillierten Beschreibung zu entnehmen . Further aspects of the present invention can be found in the dependent claims and the detailed description.
Die beiliegenden Zeichnungen sollen Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung veranschaulichen und ein weiteres Ver- ständnis dieser vermitteln. Im Zusammenhang mit der Beschreibung dienen sie der Erklärung von Konzepten und Prinzipien der Erfindung. Andere Ausführungsformen und viele der genannten Vorteile ergeben sich im Hinblick auf die Zeichnungen. Die Elemente der Zeichnungen sind nicht notwendigerweise maß- stabsgetreu zueinander dargestellt. Gleiche, funktionsgleiche und gleich wirkende Elemente, Merkmale und Komponenten sind in den Figuren der Zeichnungen, sofern nichts anderes ausgeführt ist, jeweils mit denselben Bezugszeichen versehen. Figur 1 zeigt einen Vergleich des Auftretens von RNA von nicht-gezüchtetem Sulfuricurvum RIFRC 1 in Individuen mit multipler Sklerose und solchen, welche nicht multiple Sklero- se haben, gemäß einer beispielhaften Ausführungsform der vorliegenden Erfindung. The accompanying drawings are intended to illustrate embodiments of the present invention and to provide further understanding thereof. In the context of the description, they serve to explain concepts and principles of the invention. Other embodiments and many of the stated advantages will become apparent with reference to the drawings. The elements of the drawings are not necessarily shown to scale to each other. Identical, functionally identical and identically acting elements, features and components are in the figures of the drawings, unless otherwise stated, each provided with the same reference numerals. FIG. 1 shows a comparison of the occurrence of RNA from unbremoved Sulfuricurvum RIFRC 1 in individuals with multiple sclerosis and those who do not have multiple sclerosis. in accordance with an exemplary embodiment of the present invention.
Detaillierte Beschreibung der Erfindung Detailed description of the invention
Innerhalb der vorliegenden Beschreibung umfasst der Begriff Mikroorganismus den Begriff Mikrobe. Die Art des Mikroorga¬ nismus ist vorliegend nicht besonders beschränkt, sofern nicht anderweitig angegeben oder ersichtlich, und umfasst beispielsweise Bakterien, Viren und Pilze, mikroskopische Al¬ gen und Protozoen, sowie Kombinationen davon. Within the present description, the term microorganism includes the term microbe. The type of micro Orga ¬ mechanism is presently not particularly limited, unless otherwise stated or apparent, and includes, for example bacteria, viruses and fungi, microscopic Al ¬ gen and protozoa, and combinations thereof.
Der Bezug auf einen Mikroorganismus oder Mikroorganismen in der vorliegenden Beschreibung umfasst sowohl einen Bezug auf nur einen Mikroorganismus als auch einen Bezug auf eine Viel¬ zahl von Mikroorganismen, also beispielsweise zwei, drei, vier, fünf, sechs oder mehr Mikroorganismen. Beispielsweise können also bei einem erfindungsgemäßen Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen nur ein Mikroorganismus oder auch zwei, drei, vier oder mehr Mikroorganismen erkannt werden. Hierbei können auch verschiedene Arten von Mikroorganismen gleichzeitig erkannt werden, beispielsweise also gleichzeitig Bakterien, Viren und/oder Pilze. Als Wirbeltiere (Vertebrata) sind innerhalb der vorliegenden Tiere zu verstehen, die eine Wirbelsäule besitzen, welche Säugetiere einschließlich Menschen, Vögel, Reptilien, Amphibien und Fische einschließen. Die vorliegende Erfindung eig¬ net sich daher nicht nur für die Humanmedizin sondern auch für die Tiermedizin. The reference to a microorganism or microorganisms in the present specification includes both a reference to only one microorganism and a reference to a multi ¬ number of microorganisms, so for example, two, three, four, five, six or more microorganisms. For example, in a method according to the invention for detecting microorganisms, only one microorganism or even two, three, four or more microorganisms can be detected. In this case, different types of microorganisms can be detected simultaneously, for example, at the same time bacteria, viruses and / or fungi. Vertebrates are understood to be within the present animals which have a spine that includes mammals including humans, birds, reptiles, amphibians and fish. The present invention prop ¬ net, therefore, not only in human medicine but also for veterinary medicine.
Nukleinsäure umfasst im Rahmen der vorliegenden Erfindung jegliche Nukleinsäure, die in der Blutprobe vorkommen kann, insbesondere DNA, beispielsweise nichtkodierende DNA (non- coding DNA, nc-DNA) bzw. c-DNA, und RNA, insbesondere RNA. Mit RNA können die erfindungsgemäßen Verfahren effizient durchgeführt werden. Als RNA sind im Rahmen der vorliegenden Erfindung sowohl ganze RNA-Stränge wie auch RNA-Fragmente, beispielsweise nicht- kodierende RNA (ncRNA) wie t-RNA, rRNA, miRNA, siRNA, bakte- rielle sRNA und snRNA, sowie auch cRNA umfasst, wobei diese kodierend oder nicht kodierend sein können. Umfasst sind also auch kodierende RNA-Fragmente, welche Teile von Genen dar¬ stellen. Die Fragmente sind erfindungsgemäß nicht besonders beschränkt, insoweit sie keinen ganzen RNA-Strang darstellen. Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfassen RNA-Fragmente 10 bis 1000 Nukleotide, bevorzugt 10 bis 700 Nukleotide, weiter bevorzugt 15 bis 600 Nukleotide, insbesondere 15 bis 50 Nuk¬ leotide, besonders bevorzugt 18 bis 27 Nukleotide. Entspre¬ chend kann auch mit DNA-Fragmenten gearbeitet werden, wobei RNA-Fragmente bevorzugt sind. Bei Fragmenten mit 18 bis 27 Nukleotiden wird insbesondere typischerweise miRNA umfasst. For the purposes of the present invention, nucleic acid comprises any nucleic acid which may be present in the blood sample, in particular DNA, for example non-coding DNA (noncoding DNA, nc-DNA) or c-DNA, and RNA, in particular RNA. With RNA, the methods of the invention can be carried out efficiently. For the purposes of the present invention, RNA includes both whole RNA strands and RNA fragments, for example non-coding RNA (ncRNA) such as t-RNA, rRNA, miRNA, siRNA, bacterial sRNA and snRNA, and also cRNA, which may be coding or non-coding. Including coding RNA fragments which parts of genes are encompassed make ¬. The fragments are not particularly limited according to the invention insofar as they do not represent an entire RNA strand. According to certain embodiments include RNA fragments 10 to 1000 nucleotides, preferably 10 to 700 nucleotides, more preferably 15 to 600 nucleotides, in particular 15 to 50 nuc ¬ leotide, particularly preferably 18 to 27 nucleotides. Entspre ¬ accordingly can also be carried out with DNA fragments, RNA fragments are preferred. Fragments of 18 to 27 nucleotides typically include miRNA in particular.
Die Blutprobe ist erfindungsgemäß nicht besonders beschränkt und umfasst sowohl eine unbehandelte bzw. nicht weiter aufbe- reitete Blutprobe wie auch beispielsweise Fraktionen dieser Blutprobe, die auf gewöhnliche Weise hergestellt werden kön¬ nen . The blood sample according to the invention is not particularly limited, and includes both an untreated or non-refined further aufbe- blood sample as well as, for example, fractions of these blood sample prepared in the usual manner Kgs ¬ NEN.
Gemäß einem ersten Aspekt betrifft die vorliegende Erfindung ein Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, um¬ fassend According to a first aspect, the present invention relates to a method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human um ¬ captive
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Se- quenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, from a provided blood sample of the vertebrate by means of a sequencing method in a first data record;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; und Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid into ¬ special RNA, and removing the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the first data; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe. Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular RNA, from microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfasst das Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen ein Erfassen von RNA- Fragmenten aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsverfahrens, bevorzugt mit¬ tels Hochdurchsatz-Sequenzierung, in einem ersten Datensatz; ein Identifizieren der RNA-Fragmente des Genoms des Wirbel¬ tieres aus den erfassten RNA-Fragmenten und Entfernen der RNA-Fragmente des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Da¬ tensatz; und ein Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden RNA-Fragmente mit RNA oder RNA-Fragmenten von Mikroor- ganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe. According to certain embodiments, the method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human being comprises a detecting RNA fragments from a supplied blood sample of the vertebrate using a sequencing method, preferably with ¬ means of high-throughput sequencing, in a first data set; identifying the RNA fragments of the genome of the fluidized ¬ animal from the detected RNA fragments and removing the RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first Since ¬ cost rate; and comparing the RNA fragments remaining in the first data set with RNA or RNA fragments of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
Das Verfahren ist hierbei nicht-invasiv, insbesondere das Be¬ reitstellen der Blutprobe, und das Sequenzierungsverfahren findet gemäß bestimmten Ausführungsformen in vitro statt. The method here is non-invasive, in particular the loading ¬ riding provide the blood sample, and the sequencing procedure set out in certain embodiments, instead of in vitro.
Das Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA- Fragmenten, ist erfindungsgemäß nicht besonders beschränkt und kann übliche Verfahren zum Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, umfassen. Als Sequenzierungsverfahren eignet sich hierbei jegliches Sequenzie¬ rungsverfahren, insbesondere jedoch solche, welche eine Viel¬ zahl an Proben mit einer Vielzahl an Probenbestandteilen, wie beispielsweise eine Blutprobe mit einer Vielzahl an Nuklein- säure, insbesondere RNAs bzw. RNA-Fragmenten, sowohl einesThe detection of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, according to the invention is not particularly limited and may include conventional methods for detecting nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments. As a sequencing method in this case is any Sequenzie ¬ approximation method, but especially those which a plurality ¬ number of samples with a plurality of sample components, such as a blood sample acid with a variety of nucleic particular RNAs or RNA fragments, both of a
Wirbeltieres wie auch darin enthaltener Mikroorganismen sowie auch Fragmenten bzw. Teilen davon, innerhalb kurzer Zeit analysieren können. Beispielsweise kann eine Sequenzierung mittels PCR ( Polymerase-Kettenreaktion, „Polymerase chain reaction") , insbesondere Multiplex PCR, oder Hochdurchsatz- Sequenzierung erfolgen, bevorzugt mittels Hochdurchsatz- Sequenzierung. Hierbei können die Nukleinsäuren, insbesondere RNA und RNA-Fragmente , von Wirbeltieren einschließlich Menschen wie auch die Nukleinsäuren, insbesondere RNA und RNA- Fragmente, der Mikroorganismen sowie ggf. weitere Nukleinsäu¬ re, insbesondere RNA, unbekannten Ursprungs erfasst werden. Die erfasste Nukleinsäure, insbesondere RNA, der Mikroorga¬ nismen ist hierbei nicht besonders beschränkt und kann ncRNA wie miRNA und sRNA der Mikroorganismen umfassen, aber auch unbekannte Nukleinsäure wie RNA bzw. RNA-Fragmente der Mikro¬ organismen, welche bisher nicht zugeordnet werden konnte. Beispielsweise können bei dem Erfassen der Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, RNA-Fragmente erfasst werden. Die Daten der Sequenzierung im ersten Datensatz können in einem beliebigen Datenformat vorliegen, beispielsweise FastQ oder Fasta, wel¬ che üblicherweise zum Speichern biologischer Sequenzen wie Aminosäuresequenzen verwendet werden. Vertebrates as well as contained therein microorganisms as well as fragments or parts thereof, can analyze within a short time. For example, sequencing can be carried out by means of PCR (polymerase chain reaction), in particular multiplex PCR, or high-throughput sequencing, preferably by means of high-throughput sequencing RNA and RNA fragments of vertebrate animals, including humans as well as nucleic acids, particularly RNA and RNA fragments of the microorganisms and optionally other nucleic ¬ acid, in particular RNA, of unknown origin can be detected. The detected nucleic acid, particularly RNA, micro Orga ¬ mechanisms here is not particularly limited and may ncRNA as miRNA and sRNA comprise the microorganisms, but also unknown nucleic acid such as RNA or RNA fragments of the micro ¬ organisms which previously could not be assigned. For example, the special ¬ RNA, RNA fragments can be detected in the detecting the nucleic acid. The data for the sequencing in the first data may be in any data format, such as fastq or Fasta, wel ¬ che are commonly used for storing biological sequences such as amino acid sequences.
Das Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäu- re, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, des Genoms des Wir¬ beltieres aus dem ersten Datensatz kann auf gewöhnliche Art erfolgen, beispielsweise durch Datenabgleich mit dem Genom des Wirbeltieres, beispielsweise aus einer oder mehreren Da¬ tenbanken oder mit einem sonstigen Datensatz. Beispielsweise kann hierfür eine computergestützte Subtraktion Identifying the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the genome of the we ¬ beltieres from the first data set can be done in usual manner, for example by data reconciliation with the genome of the vertebrate, for example from one or more Da ¬ tenbanken or with any other record. For example, this can be a computer-aided subtraction
(„computational subtraction" ) verwendet werden, wie sie von Meyerson et al . 2002 entwickelt wurde. Das Identifizieren und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA- Fragmente, des Wirbeltier-Genoms kann durch Ausrichten  ("Computational subtraction"), as developed by Meyerson et al., 2002. The identification and removal of the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the vertebrate genome can be achieved by alignment
(„aligning") der Sequenzen an einem Referenzgenom des Wirbeltiers, beispielsweise des humanen Genoms, und Ausschließen der übereinstimmenden Sequenzen erfolgen, wodurch der erste Datensatz drastisch in seiner Größe reduziert werden kann. Das Referenzgenom ist hierbei nicht besonders beschränkt, und kann auf verschiedene Weise, beispielsweise in einem vierten Datensatz, einer oder mehreren Datenbanken, als Teil einer Datenbank oder anders vorliegen. Auch können verschiedene Versionen des Referenz-Genoms verwendet werden. Für das Aus¬ richten der Sequenzen an einem Referenzgenom stehen wiederum verschiedene Alignment-Werkzeuge wie Bowtie2 zur Verfügung, wobei Bowtie2 sich insbesondere dadurch auszeichnet, dass keine Datenbankrecherche durchgeführt werden muss, ein Refe¬ renzgenom einfach eingegeben werden kann, schnell und akkurat ist und auch für kurze Sequenzen von Nukleinsäure, beispiels¬ weise RNA oder RNA-Fragmenten, einfach anwendbar ist. Die nach der Ausrichtung verbleibenden Daten können dann separat ausgelesen und die Referenzgenomdaten des Wirbeltiers verworfen werden. "Aligning" the sequences to a reference genome of the vertebrate, such as the human genome, and excluding the matched sequences, thereby drastically reducing the size of the first data set, is not particularly limited, and can be accomplished in a variety of ways For example, in a fourth record, one or more databases, as part of a database or otherwise Versions of the reference genome can be used. For the From ¬ the sequences to a reference genome addressed in turn are different alignment tools such Bowtie2 available, with Bowtie2 particularly distinguished in that no database research must be carried out, a Refe ¬ ence genome can easily be entered quickly and accurately and for short sequences of nucleic acid example ¬ as RNA or RNA fragments, is easy to use. The data remaining after alignment can then be read out separately and the reference genome data of the vertebrate can be discarded.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen kann vor dem Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der RNA- Fragmente, des Genoms des Wirbeltieres ein Vorprozessieren der Daten erfolgen. Hierbei kann beispielsweise die Sequenz eines Adapters, der an eine Nukleinsäure, insbesondere eine RNA bzw. ein RNA-Fragment ligiert ist, aus dem Datensatz ent¬ fernt werden. Auch können Duplikate im Datensatz entfernt werden. Hierzu können beispielsweise verschiedene Werkzeuge zum Vorprozessieren verwendet werden, beispielsweise FASTX- toolkit, Trimmomatic, Scythe, Btrim oder Cutadapt, welche kommerziell erhältlich sind und für FastQ-Daten verwendet werden können, bevorzugt FASTX-toolkit und Cutadapt, welche für FastQ- und Fasta-Daten verwendet werden können, insbesondere FASTX-toolkit (enthaltend fastx_clipper, welches Adap¬ ter-Sequenzen entfernt, und fastx_collapser, welches auch Duplikate entfernt) . Auch das Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibendenAccording to certain embodiments, prior to identifying the nucleic acid, in particular RNA or the RNA fragments, of the genome of the vertebrate, a pre-processing of the data can take place. Here, for example, the sequence of an adapter that is ligated to a nucleic acid, in particular an RNA or a RNA fragment are ent ¬ removed from the data set. Also, duplicates in the record can be removed. For example, various pre-processing tools may be used, such as FASTX-toolkit, Trimmomatic, Scythe, Btrim, or Cutadapt, which are commercially available and can be used for FastQ data, preferably FASTX-toolkit and Cutadapt, which are available for FastQ and Fasta. data can be used, in particular FASTX-toolkit (containing fastx_clipper which Adap ¬ ter-sequences removed and fastx_collapser which also duplicates removed). Also comparing the remaining in the first record
Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, mit Nukle¬ insäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, von Mikroorga¬ nismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe kann durch Abgleich mit den Nukleinsäuredaten, insbesondere RNA-Daten, der Mikroorganismen, welche beispielsweise in einer oder mehreren Datenbanken hinterlegt sein können, erfolgen. Gemäß bestimmten Ausfüh- rungsformen werden mehrere Datenbanken mit Nukleinsäuredaten, insbesondere RNA-Daten, verschiedener Mikroorganismen in einem dritten Datensatz vereinigt, mit dem dann der Abgleich mit den verbleibenden Nukleinsäuredaten, insbesondere RNA- Daten, des ersten Datensatzes erfolgen kann. Das Abgleichen kann wiederum beispielsweise durch Ausrichten („aligning") der Sequenzen an einem oder mehreren Genomen der Mikroorganismen erfolgen, wobei diese auch wiederum in verschiedenen Datensätzen, Datenbanken und oder Teilen davon, oder ander- weitig vorliegen können. Als Programm hierzu eignet sich beispielsweise wiederum Bowtie2. Nach dem Vergleichen können die mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren identischen Nukleinsäuren, insbesondere RNAs bzw. RNA- Fragmente, ausgelesen werden und ggf. gespeichert werden. Ge¬ speicherte Daten von solchen identischen Nukleinsäuren, insbesondere RNAs bzw. RNA-Fragmenten, können dann auch weiterverwendet werden, beispielsweise zum Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA und/oder RNA- Fragmente, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht¬ infektiöse, Erkrankung haben, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA und/oder RNA-Fragmente, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkran- kung nicht haben. Nucleic acid, particularly RNA and RNA fragments, mechanisms with nucleic ¬ ynoic acid, in particular RNA or RNA fragments of micro orga ¬ such as fungi, bacteria and / or viruses, for determining the microorganisms in the blood sample can be obtained by comparison with the nucleic acid data, in particular RNA data, the microorganisms, which may be stored for example in one or more databases done. In accordance with certain In some embodiments, several databases are combined with nucleic acid data, in particular RNA data, of various microorganisms in a third data set, with which the comparison with the remaining nucleic acid data, in particular RNA data, of the first data set can then take place. The balancing can in turn be carried out, for example, by aligning the sequences on one or more genomes of the microorganisms, which in turn may also be present in different datasets, databases and / or parts thereof, or otherwise in turn Bowtie2 After the comparison, the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, which are identical to the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses can be read out and optionally stored Stored data of such identical nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, can then also be used, for example for creating a second set of nucleic acid, in particular RNA and / or RNA fragments, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate at least one, especially not ¬ infectious, He and nucleic acid, in particular RNA and / or RNA fragments, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate, which do not have this disease.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfasst dieses Verfahren weiter In accordance with certain embodiments, this method further
ein Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäu- re, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbe¬ sondere nicht-infektiöse, Erkrankung haben, und von Nuklein¬ säure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben; re a creating a second data set of nucleic, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, comprising at least one, in particular ¬ sondere non-infectious, have disease, and of nucleic ¬ acid, particularly RNA, from microorganisms of a variety of Individuals of the vertebrate who do not have this disease;
ein Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und a correlation of the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set with the at least one disease and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set; and
ein Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mik- roorganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes.  comparing the nucleic acid remaining in the first data set before or after the comparison with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set.
Hierbei kann dann auf die Erkrankung des Wirbeltiers ein- schließlich des Menschen geschlossen werden. In this case, the disease of the vertebrate, including man, can be concluded.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfasst das Verfahren According to certain embodiments, the method comprises
ein Erstellen eines zweiten Datensatzes von RNA- Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht¬ infektiöse, Erkrankung haben, und von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben; a creating a second data set of RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, particularly not ¬ infectious disease, and RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have the disease;
ein Korrelieren der RNA-Fragmente des zweiten Datensat- zes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches correlating the RNA fragments of the second data set with the at least one disease and statistical
Auswerten der Korrelation der RNA-Fragmente des zweiten Datensatzes; und Evaluating the correlation of the RNA fragments of the second data set; and
ein Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit RNA-Fragmenten von Mikroorganismen ver- bleibenden RNA-Fragmente mit den korrelierten RNA-Fragmenten des zweiten Datensatzes.  comparing the RNA fragments remaining in the first data set before or after the comparison with RNA fragments of microorganisms with the correlated RNA fragments of the second data set.
Das Erstellen des zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA und/oder RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung ha¬ ben, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA und/oder RNA- Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben, ist nicht besonders beschränkt, und kann beispielsweise durch ei¬ ne Sequenzierung der Nukleinsäure, insbesondere RNA, in einem Bluttropfen einer Vielzahl von kranken und gesunden Individu- en des Wirbeltiers, beispielsweise von Menschen, erfolgen, wobei die Sequenzierung wie oben durchgeführt werden kann, beispielsweise mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung. Die Erkrankung ist nicht besonders beschränkt, umfasst insbesondere jedoch nicht-infektiöse Erkrankungen, für die ein Erkennen der Erkrankung schwieriger ist. Eine Vielzahl von Individuen umfasst hierbei mindestens 10 Individuen pro Gruppe, also der Gruppe mit (Erkrankung) und der Gruppe ohne Erkrankung (Kontrolle) , insbesondere mindestens 15 Individuen pro Gruppe, bevorzugt mindestens 19 oder 20 Individuen pro Gruppe, um be¬ sonders signifikante Ergebnisse zu erzielen bei einem The creation of the second data set of nucleic acid into ¬ particular RNA and / or RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate which comprises at least one, in particular non-infectious, disease ha ¬ ben, and nucleic acid, particularly RNA, and / or RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have this disease is not particularly limited, and may for example by ei ¬ ne sequencing of the nucleic acid, particularly RNA, in a blood drop of a variety of diseased and healthy individu- of the vertebrate, for example of humans, whereby the sequencing can be carried out as above, for example by means of high-throughput sequencing. The disease is not particularly limited but includes, in particular, non-infectious diseases for which detection of the disease is more difficult. A plurality of individuals in this case comprises at least 10 individuals per group, ie the group with (disease) and the group without disease (control), in particular at least 15 individuals per group, preferably at least 19 or 20 individuals per group to be ¬ Sonders significant results to achieve at one
Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von beispielsweise 0,05 oder kleiner, beispielsweise 0,05, bevorzugt 0,01 oder klei¬ ner . Significance level (error level) of, for example 0.05 or less, for example 0.05, preferably 0.01 or klei ¬ ner.
Das Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der RNA Fragmente, des zweiten Datensatzes mit der mindestens ei¬ nen Erkrankung kann auf gewöhnliche Weise erfolgen und ist nicht besonders beschränkt. So können in den einzelnen Daten- Sätzen eines jeden Individuums mittels des obigen Verfahrens zum Bestimmen von Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA- Fragmenten, von Mikroorganismen die Nukleinsäuren, insbesondere RNAs bzw. RNA-Fragmente, der Mikroorganismen in den jeweiligen Proben bestimmt, der Erkrankung zugeordnet und mit den Nukleinsäuren, insbesondere RNAs bzw. RNA-Fragmenten, der gesunden Individuen verglichen werden, so dass beim Vergleich die Nukleinsäuren, insbesondere RNAs bzw. RNA-Fragmente, üb¬ rig bleiben, die nur bei den erkrankten Individuen vorliegen. Diese können dann statistisch auf ihre Relevanz untersucht werden. Correlating the nucleic acid, particularly RNA, or the RNA fragments of the second set of data with the at least ei ¬ NEN disease can be carried out in the usual way and is not particularly limited. Thus, in the individual data sets of each individual by means of the above method for determining nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms, the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, which determines microorganisms in the respective samples, Associated with disease and compared with the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, the healthy individuals, so that in the comparison, the nucleic acids, in particular RNAs or RNA fragments, üb ¬ rig remain, which are present only in the diseased individuals. These can then be statistically analyzed for their relevance.
Ebenso ist das statistische Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, des zwei¬ ten Datensatzes nicht besonders beschränkt und kann abhängig von der Datenmenge und dem Datenvolumen auf verschiedene Wei¬ se erfolgen, beispielsweise mittels Varianzanalyse (ANOVA, analysis of variance) oder t-Test (Student 's t-test) , bei- spielsweise mit einer Anzahl n an Individuen von mindestens 10, insbesondere mindestens 15, bevorzugt mindestens 19 oder 20, bei einem Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von bei¬ spielsweise 0,05 oder kleiner, beispielsweise 0,05, bevorzugt 0,01 oder kleiner. Hierbei kann beispielsweise für jede Grup¬ pe (Erkrankung und Kontrolle) ein Mittelwert samt Standardab¬ weichung berechnet werden, und diese mittels der Analyseme¬ thode, abhängig von der Gruppengröße und -zahl, beispielswei¬ se ANOVA oder t-Test ausgewertet werden. Die ermittelten p- Werte können gemäß bestimmten Ausführungsformen bezüglich von Fehlerquellen wie einer falschen Erkennungsrate angepasst werden, beispielsweise mittels einer Benj amini-Hochberg- Prozedur bzw. False Rate Discovery (FDR) oder einem angepass- ten Kolmogorow-Smirnow-Test . Likewise, the statistical evaluation of the correlation of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments of the two ¬ th record is not particularly limited and can be carried out depending on the amount of data and the data volume to various Wei ¬ se, for example by analysis of variance (ANOVA, analysis of variance) or t-test (Student's t-test). game, with a number n of individuals of at least 10, especially at least 15, preferably at least 19 or 20, at a significance level (error level) of at ¬ play, 0.05 or less, for example 0.05, preferably 0.01 or smaller. Here, a mean value including Standardab ¬ deviation can be calculated for example for each Grup ¬ pe (disease and control), and these are evaluated by means of the Analyseme ¬ Thode, depending on the size of the group and number, beispielswei ¬ se ANOVA or t-test. The determined p-values may, according to certain embodiments, be adjusted for sources of error such as a false detection rate, for example by means of a Benjamin-Hochberg procedure or FDR or an adapted Kolmogorow-Smirnow test.
Ein Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA- Fragmenten, von Mikroorganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, des zwei¬ ten Datensatzes ist ebenfalls nicht besonders beschränkt und kann auf beliebige Weise erfolgen, beispielsweise durch di¬ rekten Abgleich, wie auch oben beschrieben bei der Bestimmung der Mikroorganismen. Comparing the nucleic acid remaining in the first data set before or after the comparison with nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms, in particular RNA or RNA fragments, with the correlated nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the two ¬ th record is not particularly limited and can be done in any manner, for example by di ¬ rect balance, as also described above for the determination of microorganisms.
Gemäß einem weiteren Aspekt betrifft die vorliegende Erfin¬ dung ein Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein- schließlich eines Menschen, umfassend According to a further aspect, the present OF INVENTION ¬ dung relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate finally once a human, comprising
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Se¬ quenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz; Detecting nucleic acid, particularly RNA, from a supplied blood sample of the vertebrate using a Se ¬ quenzierungsverfahrens in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbeson¬ dere nicht-infektiöse, Erkrankung haben, und von Nukleinsäu- re, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht ha¬ ben; Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid into ¬ special RNA, and removing the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the first data; Create a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, insbeson ¬ particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which does not ha ¬ ben this disease;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und  Correlating the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set with the at least one disease and statistically evaluating the correlation of the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zum Erkennen der Erkrankung des Wirbeltieres.  Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set for recognizing the disease of the vertebrate.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen betrifft das Verfahren ein Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend According to certain embodiments, the method relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Erfassen von RNA-Fragmenten aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsver¬ fahrens, bevorzugt mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung, in einem ersten Datensatz; Detecting RNA fragments from a sample of blood of the vertebrate provided by means of a driving Sequenzierungsver ¬, preferably by means of high-throughput sequencing, in a first data set;
Identifizieren der RNA-Fragmente des Genoms des Wirbel¬ tieres aus den erfassten RNA-Fragmenten und Entfernen der RNA-Fragmente des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Da¬ tensatz; Identifying the RNA fragments of the genome of the vertebrate ¬ animal from the detected RNA fragments and removing the RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first Da ¬ tensatz;
Erstellen eines zweiten Datensatzes von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht¬ infektiöse, Erkrankung haben, und von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben; Create a second data set of RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, particularly not ¬ infectious disease, and RNA fragments of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have the disease;
Korrelieren der RNA-Fragmente des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswer- ten der Korrelation der RNA-Fragmente des zweiten Datensatzes; und Correlation of the RNA fragments of the second data set with the at least one disease and statistical evaluation the correlation of the RNA fragments of the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden RNA- Fragmente mit den korrelierten RNA-Fragmenten des zweiten Da- tensatzes zum Erkennen der Erkrankung des Wirbeltieres.  Comparing the RNA fragments remaining in the first data set with the correlated RNA fragments of the second data record for detecting the disease of the vertebrate.
Hierbei entsprechen die genannten Verfahrensschritte beim Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen den oben beim Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen genannten. Auch hier kann vor dem Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres ein Vorprozessie¬ ren der Daten erfolgen. Es kann beispielsweise die Sequenz eines Adapters, der an ein RNA-Fragment ligiert ist, aus dem Datensatz entfernt werden, und/oder es können Duplikate im Datensatz entfernt werden. In this case, correspond to the process steps mentioned in the method for detecting preferred for early detection of a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human said above, in the method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human , Again, before the identification of the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate, a pre- processing of the data takes place. For example, the sequence of an adapter ligated to an RNA fragment may be removed from the data set, and / or duplicates in the data set may be removed.
Das Erkennen, bevorzugt die Früherkennung, der Erkrankung erfolgt hierbei durch den Vergleich mit Daten von Individuen, bei denen die Erkrankung schon festgestellt wurde und bei de- nen entsprechend ein korreliertes Auftreten von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen statisch gesichert ist, wodurch durch Auffinden der Nukleinsäure, insbesondere RNA, solcher Mikroorganismen auf ein Auftreten oder späteres Entstehen der Krankheit geschlossen werden kann. Die Erkrankung umfasst hierbei nicht-infektiöse Erkrankungen, für welche ei¬ ne Diagnostik schwierig ist, und insbesondere neurodegenera¬ tiven Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, für die eine Diagnostik kaum oder nicht möglich ist. Die Früherkennung betrifft hierbei beispielsweise die Erkennung der Er- krankung vor deren Ausbrechen. Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfasst dieses Verfahren weiter einen Schritt des Vergleichens der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäu¬ re, insbesondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakte- rien und/oder Viren zur Bestimmung der Mikroorganismen in der Blutprobe nach dem Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres, wobei das Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes vor oder nach dem Vergleichen mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA, der Mikroorganismen erfolgt. Dieser Schritt entspricht wiederum dem oben beim Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen genannten Schritt. Detection, preferably early detection, of the disease takes place here by comparison with data from individuals in whom the disease has already been diagnosed and in which a corresponding correlated occurrence of nucleic acid, in particular RNA, is statically secured by microorganisms, as a result of which the nucleic acid, in particular RNA, of such microorganisms can be concluded on the occurrence or later emergence of the disease. The disease here includes non-infectious diseases for which ei ¬ ne diagnosis is difficult and especially neurodegenera ¬ tive disease such as Alzheimer's and multiple sclerosis, for which a diagnosis is difficult or impossible. For example, early detection refers to the detection of the disease before it breaks out. According to certain embodiments, this method further comprises a step of comparing the remaining in the first record nucleic acid, particularly RNA, with nucleic ¬ acid, in particular RNA, micro-organisms such as fungi, bacteria-and / or viruses for the determination of microorganisms in the blood sample after Identifying the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate, wherein comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set before or after the comparison with the nucleic acid, in particular RNA, of the microorganisms he follows. This step again corresponds to the step mentioned above in the method of detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen wird in diesem Verfahren beim statistischen Auswerten eine Korrelation erhalten für Werte von p < 0,3 und Werte von p > 0,7, wobei 0 -S p -S 1), beispielsweise mit einer Anzahl n an Individuen von mindestens 10, insbesondere mindestens 15, bevorzugt mindestens 19 oder 20, bei einem Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von beispielsweise 0,05 oder kleiner, beispielsweise 0,05, bevor¬ zugt 0,01 oder kleiner. Gemäß bestimmten Ausführungsformen ist die Erkrankung hierbei Alzheimer. According to certain embodiments, in this method, in statistical evaluation, a correlation is obtained for values of p <0.3 and values of p> 0.7, where 0 -S p -S 1), for example with a number n of individuals of at least 10 , especially at least 15, preferably at least 19 or 20, at a significance level (error level) of, for example 0.05 or less, for example 0.05, before Trains t ¬ 0.01 or smaller. In certain embodiments, the disease is Alzheimer's.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen ist p -S 0,1 und/oder p > 0,9, bevorzugt p -S 0,1, und die Erkrankung multiple Sklero¬ se) , beispielsweise mit einer Anzahl n an Individuen von min- destens 10, insbesondere mindestens 15, bevorzugt mindestens 19 oder 20, bei einem Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von beispielsweise 0,05 oder kleiner, beispielsweise 0,05, bevor¬ zugt 0,01 oder kleiner. Gemäß einem weiteren Aspekt betrifft die vorliegende Erfin¬ dung ein Computerprogrammprodukt, das dazu ausgelegt ist, das vorstehend beschriebene erfindungsgemäße Verfahren zum Erken- nen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen bzw. das vorstehend beschriebe¬ ne erfindungsgemäße Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenera- tiven Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen durchzuführen. Gemäß bestimmten Ausführungsformen ist das Computerprogrammpro¬ dukt ein solches, auf dem Programmbefehle eines Computerpro¬ gramms zum Ausführen der genannten Verfahren gespeichert sind. Gemäß bestimmten Ausführungsformen ist das Computerpro¬ grammprodukt ein Datenträger. According to certain embodiments, p -S 0.1 and / or p> 0.9, preferably p -S 0.1, and the disease is multiple sclero ¬ s), for example with a number n of individuals of at least 10, in particular at least 15, preferably at least 19 or 20, at a significance level (error level) of, for example 0.05 or less, for example 0.05, before Trains t ¬ 0.01 or smaller. According to a further aspect, the present OF INVENTION ¬ dung relates to a computer program product which is adapted to the above-described method according to the invention to recognize NEN of microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human or the above-described ¬ inventive method for detecting, preferably for early detection, a disease, especially neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and multiple sclerosis, a vertebrate including a human perform. According to certain embodiments, the Computerprogrammpro ¬ domestic product is one that is stored on the program instructions of a Computerpro ¬ program for executing said methods. According to certain embodiments, the Computerpro ¬ program product is a data carrier.
Ein weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung betrifft die Verwendung des erfindungsgemäßen Computerprogrammprodukts zum Bestimmen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen oder zum Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres. Another aspect of the present invention relates to the use of the computer program product of the invention for determining microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, or for detecting a disease of the vertebrate.
Zudem ist ein weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung auf eine Vorrichtung zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen gerichtet, aufweisend In addition, another aspect of the present invention is directed to an apparatus for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a human, having
eine Erfassungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukle¬ insäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blut- probe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz zu erfassen; to detect a detection unit that is adapted to nucleic ¬ ynoic acid, particularly RNA, from a supplied blood sample of the vertebrate using a sequencing method in a first data set;
eine Identifizierungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, zu identi- fizieren und die Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz zu entfernen; und eine erste Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz verbleibende Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zu vergleichen, um die Mikroorganismen in der Blutprobe zu bestimmen. Gemäß bestimmten Ausführungsformen ist die Vorrichtung eine Vorrichtung zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, auf¬ weisend an identification unit which is designed to identify nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in particular RNA, and to remove the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the first data record; and a first matching unit, which is designed to compare the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses in order to determine the microorganisms in the blood sample. According to certain embodiments, the device is a device for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human, pointing to ¬
eine Erfassungseinheit, die dazu ausgebildet ist, RNA- a detection unit designed to detect RNA
Fragmente aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltie¬ res mittels eines Sequenzierungsverfahrens, bevorzugt mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung, in einem ersten Datensatz zu erfassen; Fragments from a provided blood sample of the vertebrate ¬ res by means of a sequencing method, preferably by means of high-throughput sequencing, to detect in a first record;
eine Identifizierungseinheit, die dazu ausgebildet ist, an identification unit designed to
RNA-Fragmente des Genoms des Wirbeltieres aus den erfassten RNA-Fragmenten zu identifizieren und die RNA-Fragmente des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz zu entfer¬ nen; und To identify RNA fragments of the genome of the vertebrate from the detected RNA fragments and the RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first record to entfer ¬ NEN; and
eine erste Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz verbleibenden RNA-Fragmente mit RNA oder RNA-Fragmenten von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zu vergleichen, um die Mikroorganismen in der Blutprobe zu bestimmen. a first alignment unit adapted to compare the RNA fragments remaining in the first data set with RNA or RNA fragments of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
Die Erfassungseinheit ist hierbei nicht besonders beschränkt und umfasst beispielsweise Datenerfassungseinheiten, welche Daten aus der Sequenzierungsverfahren erfasst und in einen ersten Datensatz aufnimmt. In this case, the detection unit is not particularly limited and comprises, for example, data acquisition units which acquire data from the sequencing method and record it in a first data record.
Ebenso ist die Identifizierungseinheit nicht beschränkt und kann eine Einheit sein, die einen Datenabgleich der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, des Genoms des Wirbeltieres mit dem ersten Datensatz unternimmt und die identischen Daten aus dem ersten Datensatz entfernt. Likewise, the identification unit is not limited and can be a unit that undertakes a data comparison of the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the genome of the vertebrate with the first data record and removes the identical data from the first data record.
Die erste Abgleicheinheit ist ebenfalls nicht besonders be¬ schränkt und umfasst beispielsweise eine Einheit, die einen Datenabgleich der verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der verbleibenden RNA-Fragmente, des ersten Datensatzes mit Nukleinsäure, insbesondere RNA und/oder RNA- Fragmenten, von Mikroorganismen vornehmen kann und das Ergeb- nis von identischer Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. iden¬ tischen RNA-Fragmenten, ausgeben kann. The first matching unit is also not particularly be ¬ limited and includes, for example a unit comprising a data comparison of the remaining nucleic acid, particularly RNA, or the remaining RNA fragments, the first data set with nucleic acid, particularly RNA and / or RNA fragments of microorganisms and the result nis may of identical nucleic acid, particularly RNA or identical tables ¬ RNA fragments spend.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen weist die erfindungsgemäße Vorrichtung weiter According to certain embodiments, the device according to the invention continues
eine Datenerstellungseinheit, die dazu ausgebildet ist, einen zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht- infektiöse, Erkrankung haben, und von Nukleinsäure, insbeson¬ dere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben, zu er¬ stellen; a data generation unit that is configured to a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, in particular non-infectious disease, and of nucleic acid, insbeson ¬ particular RNA, micro-organisms a Variety of individuals of the vertebrate, which do not have this disease, he to represent ¬ ;
eine Auswerteeinheit, die dazu ausgebildet ist, die Nuk- leinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung zu korrelieren und eine statisti¬ sche Auswertung einer Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung durchzuführen; und an evaluation unit which is adapted to correlate the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with at least one disease, and perform a statistical ¬ specific evaluation of a correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with at least one disease; and
eine zweite Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen verblei¬ bende Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zu vergleichen, auf. a second matching unit, which is adapted to compare the first data set before or after the compare with nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms verblei ¬ Bende nucleic acid, particularly RNA, with the correlated nucleic acid, particularly RNA, the second data set on.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen weist die erfindungsgemäße Vorrichtung bei der Erfassung von RNA-Fragmenten weiter According to certain embodiments, the device according to the invention continues to detect RNA fragments
eine Datenerstellungseinheit, die dazu ausgebildet ist, einen zweiten Datensatzes von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung haben, und von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben, zu erstellen;  a data generation unit adapted to generate a second set of RNA fragments of microorganisms of a plurality of vertebrate individuals having at least one, especially non-infectious, disease and RNA fragments of microorganisms of a plurality of vertebrate individuals; who do not have this disease;
eine Auswerteeinheit, die dazu ausgebildet ist, die RNA- Fragmente des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung zu korrelieren und eine statistische Auswertung einer Korrelation der RNA-Fragmente des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung durchzuführen; und an evaluation unit which is adapted to the RNA fragments of the second data set with the at least one Correlate disease and perform a statistical evaluation of a correlation of the RNA fragments of the second data set with the at least one disease; and
eine zweite Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit RNA-Fragmenten von Mikroorganismen verbleibenden RNA- Fragmente mit den korrelierten RNA-Fragmenten des zweiten Datensatzes zu vergleichen, auf. Die Datenerstellungseinheit ist nicht besonders beschränkt und kann jegliche Einheit umfassen, die einen zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA- Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht- infektiöse, Erkrankung haben, und von Nukleinsäure, insbeson¬ dere RNA bzw. RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben, erstellen kann, beispielsweise aus den Daten aus einer Vorrichtung zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen. a second matching unit adapted to compare the RNA fragments remaining in the first data set before or after comparing with RNA fragments of microorganisms with the correlated RNA fragments of the second data set. The data generation unit is not particularly limited and may include any entity having a second set of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate having at least one, especially non-infectious, disease, and of nucleic acid insbeson ¬ particular RNA or RNA fragments, can of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate that does not have this disease, create, for example, from the data from a device for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human.
Ebenso ist die Auswerteeinheit nicht beschränkt und kann Ein¬ heiten umfassen, die Daten korrelieren und statistisch auswerten können. Also, the evaluation unit is not limited and may include a ¬ units to correlate the data and can analyze statistically.
Zudem ist die zweite Abgleicheinheit nicht beschränkt und kann ähnlich oder gleich wie die erste Abgleicheinheit ausge¬ staltet sein. Gemäß einem Aspekt umfasst die vorliegende Erfindung eineIn addition, the second adjustment unit is not limited and may be similar or the same as the first adjustment unit out ¬ staltet. In one aspect, the present invention includes a
Vorrichtung zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, aufweisend An apparatus for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
eine Erfassungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukle¬ insäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blut- probe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz zu erfassen; a detection unit that is adapted to nucleic ¬ ynoic acid, particularly RNA, from a sample of blood provided sample of the vertebrate by means of a sequencing method in a first record to capture;
eine Identifizierungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten RNA zu identifizieren und die Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz zu entfernen;  an identification unit which is designed to identify nucleic acid, in particular RNA, of the vertebrate genome from the detected RNA and to remove the nucleic acid, in particular RNA, of the vertebrate genome from the first data record;
eine Datenerstellungseinheit, die dazu ausgebildet ist, einen zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht¬ infektiöse, Erkrankung haben, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben, zu er- stellen; a data generation unit which is designed to generate a second data set of nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate, which have at least one, in particular noninfectious , disease, and of nucleic acid, in particular RNA, of a plurality of microorganisms To create individuals of the vertebrate who do not have this disease;
eine Auswerteeinheit, die dazu ausgebildet ist, die Nuk¬ leinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung zu korrelieren und eine statisti¬ sche Auswertung einer Korrelation der Nukleinsäure, insbeson- dere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung durchzuführen; und an evaluation unit which is adapted to correlate the nuc ¬ leinsäure, in particular RNA, the second data set with at least one disease and statistical ¬ specific evaluation of a correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with at least one disease perform; and
eine zweite Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen verblei- bende Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zu vergleichen .  a second matching unit, which is designed to compare the nucleic acid, in particular RNA, remaining in the first data set before or after the comparison with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data record.
Die verschiedenen Einheiten entsprechen hierbei den oben ge- nannten der Vorrichtung zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Men¬ schen . The various units meet here for the above mentioned device for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate, including a Men ¬ rule.
Die Erfassungseinheit, die Identifizierungseinheit und die erste Abgleicheinheit, wie auch ggf. die Datenerstellungsein¬ heit, die Auswerteeinheit und die zweite Abgleicheinheit - oder die Erfassungseinheit, die Identifizierungseinheit, die Datenerstellungseinheit, die Auswerteeinheit und die zweite Abgleicheinheit - können hierbei in der Vorrichtung als kom¬ pakte Einheit vorliegen, können aber auch als getrennte Einheiten vorliegen, die räumlich beabstandet sein können. The detection unit, the identification unit and the first adjustment unit, as well as possibly the Datenerstellungsein ¬ unit , the evaluation and the second adjustment unit - or the detection unit, the identification unit, the Data creation unit, the evaluation unit and the second adjustment unit - may in this case be present in the device as kom ¬ compact unit, but may also be present as separate units, which may be spatially spaced.
Gemäß einem weiteren Aspekt betrifft die vorliegende Erfin¬ dung ein Verfahren zum Erkennen von Erkrankungen, insbesondere nicht-infektiösen Erkrankungen, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend According to a further aspect, the present OF INVENTION ¬ dung relates to a method for the detection of diseases, in particular non-infectious diseases, of a vertebrate, including a human, comprising
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens ; Analyzing the blood sample by means of a sequencing procedure ¬;
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmenten, aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, from the blood sample of the vertebrate in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, be¬ vorzugt RNA-Fragmente, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt den er- fassten RNA-Fragmenten, und Entfernen der Nukleinsäure, ins- besondere RNA bzw. RNA-Fragmente, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; Identifying the nucleic acid, particularly RNA, be ¬ vorzugt RNA fragments of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, particularly RNA, preferably the detected RNA fragments, and removing the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, the genome of the vertebrate from the first record;
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmente, mit Nuk¬ leinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, von Mikroor- ganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe; und Comparing the first data set remaining in the nucleic acid, particularly RNA, preferably RNA fragments with nuc ¬ leinsäure, in particular RNA or RNA fragments of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses, for determining the microorganisms in the blood sample; and
Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres anhand der bei dem Vergleich mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. den RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen im ersten Datensatz iden- tifizierten Mikroorganismen.  Recognizing a disease of the vertebrate on the basis of the comparison with the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms in the first set of identified microorganisms.
Das Bereitstellen der Blutprobe ist hierbei nicht besonders beschränkt, insofern es nicht-invasiv. Beispielsweise kann die Blutprobe durch einen Laborfahrer gebracht werden, der diese bei einem Analytiklabor abgibt, wo das vorliegende Ver¬ fahren durchgeführt werden kann. Auch kann die Blutprobe wei¬ ter aufbereitet sein und beispielsweise in Fraktionen ge- trennt sein, wobei dann auch beispielsweise nur eine Fraktion als Blutprobe bereitgestellt werden kann. The provision of the blood sample is not particularly limited, insofar as it is non-invasive. For example, the blood sample can be brought by a laboratory driver to write it in an analytical laboratory, where the can be performed present Ver drive ¬. The blood sample can also be prepared further and, for example, in fractions. be separated, in which case, for example, only one fraction can be provided as a blood sample.
Das Analysieren der Blutprobe mittels des Sequenzierungsver- fahrens ist nicht besonders beschränkt und kann wie oben aus¬ geführt werden. Analyzing the blood sample by means of the driving Sequenzierungsver- is not particularly limited, and may be performed as above from ¬.
Die Schritte des Erfassens von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmenten, aus der Blutprobe des Wirbel- tieres in einem ersten Datensatz, des Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmente, des Ge¬ noms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, bevorzugt den erfassten RNA-Fragmenten, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmente, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz, und des Vergleichens der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmente, mit Nukle¬ insäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, von Mikroorga¬ nismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe können analog den entsprechenden Schritten im obigen Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschlie߬ lich eines Menschen durchgeführt werden. Das Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres anhand der bei dem Vergleich mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. den RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen im ersten Datensatz identifizierten Mikroorganismen ist nicht besonders beschränkt und kann beispielsweise automatisch durch eine entsprechende Ausgabe von Daten von Erkrankungen, die mit den identifizierten Mikroorganismen in Verbindung stehen, erfolgen. The steps of detecting nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, from the blood sample of the vertebrate animal in a first data set, identifying the nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid , in particular ¬ special RNA, preferably the detected RNA fragments, and removing the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first record, and comparing the remaining nucleic acid in the first record, in particular RNA, preferably RNA fragments, mechanisms with nucleic ¬ ynoic acid, in particular RNA or RNA fragments of micro orga ¬ such as fungi, bacteria and / or viruses, for determining the microorganisms in the blood sample can be prepared analogously to the corresponding steps in the above method for detecting microorganisms in a blood sample a vertebrate are confining ¬ Lich performed a human being. The recognition of a disease of the vertebrate on the basis of the comparison with the nucleic acid, in particular RNA or the RNA fragments, of microorganisms identified in the first set of microorganisms is not particularly limited and can, for example, automatically by a corresponding output of data from diseases that with the identified microorganisms are connected take place.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfasst das Verfahren die Schritte : According to certain embodiments, the method comprises the steps of:
Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt von RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, wel- che mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkran¬ kung haben bzw. aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt von RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkran- kung nicht haben bzw. aufweisen; Preparation of a second set of nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, wel at least one, in particular non-infectious Erkran ¬ kung, and of nucleic acid, in particular RNA, preferably of RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which do not have or have this Erkran- kung;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der RNA-Fragmente, des zweiten Datensatzes mit der mindestens ei¬ nen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der RNA-Fragmente, des zweiten Datensatzes; und Correlating the nucleic acid, particularly RNA, or the RNA fragments of the second set of data with the at least ei ¬ NEN disease and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA- Fragmenten, von Mikroorganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt der verbleibenden RNA-Fragmente, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. den korrelierten RNA-Fragmenten, des zweiten Datensatzes;  Compare the nucleic acid remaining in the first data set before or after comparing with nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of microorganisms, in particular RNA, preferably the remaining RNA fragments, with the correlated nucleic acid, in particular RNA or the correlated RNA fragments , the second record;
wobei diese Schritte vor dem Schritt des Erkennens einer Er¬ krankung des Wirbeltieres anhand der bei dem Vergleich mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. den RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen im ersten Datensatz identifizierten Mikroorganismen durchgeführt werden. these steps being performed prior to the step of recognizing a He ¬ incidence of the vertebrate on the basis of the identified in the comparison with the nucleic acid, particularly RNA, or the RNA fragments of microorganisms in the first record microorganisms.
Auch hier können die Schritte des Erstellens eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt von RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung haben bzw. aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt von RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbel- tiers, welche diese Erkrankung nicht haben bzw. aufweisen, des Korrelierens der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der RNA-Fragmente, des zweiten Datensatzes mit der mindestens ei¬ nen Erkrankung und des statistischen Auswertens der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. der RNA- Fragmente, des zweiten Datensatzes, und des Vergleichens der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. RNA-Fragmenten, von Mikroorga- nismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt der verbleibenden RNA-Fragmente, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA bzw. den korrelierten RNA- Fragmenten, des zweiten Datensatzes analog den entsprechenden Schritten im obigen Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich ei¬ nes Menschen durchgeführt werden. Again, the steps of creating a second set of nucleic acid, in particular RNA, preferably of RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, in particular non-infectious, disease or of nucleic acid, and nucleic acid, in particular RNA, preferably of RNA fragments, of microorganisms of a large number of individuals of the vertebrate, which do not have or have this disease, of correlating the nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, of the second data set with the at least one egg ¬ NEN disease and statistical evaluating the correlation of nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments, the second data set, and comparing the first data set before or after the compare with nucleic acid, in particular RNA or RNA fragments of micro orga - Nucleic acid remaining remaining, in particular RNA, preferably the remaining RNA fragments, with the correlated nucleic acid, in particular RNA or the correlated RNA fragments, the second data set analogous to the corresponding steps in the above method for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including egg A human being.
Gemäß einem weiteren Aspekt betrifft die vorliegende Erfin- dung ein Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend According to a further aspect, the present inventions relates to a method for detecting dung, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens ; Analyzing the blood sample by means of a sequencing procedure ¬;
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individu- en des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung haben, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht ha¬ ben; Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid into ¬ special RNA, and removing the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the first data; Create a second data set of nucleic acid, in particular ¬ sondere RNA of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate which comprises at least one, in particular non-infectious, have disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which does not ha ¬ ben this disease;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und  Correlating the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set with the at least one disease and statistically evaluating the correlation of the nucleic acid, in particular RNA, of the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroor¬ ganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zum Erkennen der Erkrankung. Comparing the first data set before or after the compare with nucleic acid, particularly RNA, from Mikroor ¬ organisms remaining nucleic acid, particularly RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set for recognizing the disease.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen betrifft das Verfahren ein Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend According to certain embodiments, the method relates to a method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens, bevorzugt mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung; Analyzing the blood sample by means of a sequencing ¬ method, preferably by means of high-throughput sequencing;
Erfassen von RNA-Fragmenten aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz;  Detecting RNA fragments from the blood sample of the vertebrate in a first set of data;
Identifizieren der RNA-Fragmente des Genoms des Wirbel- tieres aus den erfassten RNA-Fragmenten und Entfernen der Identify the RNA fragments of the vertebrate genome from the detected RNA fragments and remove the RNA fragments
RNA-Fragmente des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Da¬ tensatz; RNA fragments of the genome of the vertebrate from the first Since ¬ cost rate;
Erstellen eines zweiten Datensatzes von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltie- res, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung haben, und von RNA-Fragmenten von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben;  Creating a second set of RNA fragments of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one, especially non-infectious, disease, and RNA fragments of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which do not have this disease ;
Korrelieren der RNA-Fragmente des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswer¬ ten der Korrelation der RNA-Fragmente des zweiten Datensatzes; und Correlating the RNA fragments of the second set of data with the at least one disease and statistical Auswer ¬ th of the correlation of the RNA fragments of the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit RNA-Fragmenten von Mikroorganismen verblei- benden RNA-Fragmente mit den korrelierten RNA-Fragmenten des zweiten Datensatzes zum Erkennen der Erkrankung.  Compare the RNA fragments remaining in the first data set before or after comparison with RNA fragments of microorganisms with the correlated RNA fragments of the second data set for recognizing the disease.
Hierbei sind die Schritte analog zu den Schritten im vorste¬ hend beschriebenen Verfahren zum Erkennen von Erkrankungen, insbesondere nicht-infektiösen Erkrankungen, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen. Die vorliegende Erfindung betrifft zudem gemäß einem bestimm¬ ten Aspekt ein Verfahren zum Erkennen von nicht-infektiösen Erkrankungen, insbesondere neurodegenerativen Erkrankungen, beispielsweise multiple Sklerose und/oder Alzheimer, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend Here, the steps are analogous to the steps in vorste ¬ described method for detecting diseases, especially non-infectious diseases, a vertebrate including a human. The present invention also relates according to a bestimm ¬ th aspect, a method for detecting non-infectious diseases, in particular neurodegenerative diseases, for example, multiple sclerosis and / or Alzheimer's, a vertebrate including a human, comprising
Analysieren einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres auf Mikroorganismen, für die eine statistisch relevante Korrelation zwischen dem Auftreten der Mikroorganismen und der nicht-infektiösen Erkrankung festgestellt wurde, zum Erkennen der Erkrankung.  Analyzing a provided blood sample of the vertebrate for microorganisms for which a statistically significant correlation between the occurrence of the microorganisms and the non-infectious disease has been found to detect the disease.
Eine statistisch relevante Korrelation zwischen dem Auftreten der Mikroorganismen und der nicht-infektiösen Erkrankung ergibt sich hierbei beispielsweise für eine Auswertung von Datensätzen von n Proben und Vergleichsproben mit einem p-A statistically relevant correlation between the occurrence of the microorganisms and the non-infectious disease results here, for example, for an evaluation of data sets of n samples and comparison samples with a p
Wert von p < 0,3 und Werte von p > 0,7, wobei 0 -S p -S 1), be¬ vorzugt p -S 0,1 und/oder p > 0,9, bevorzugt p -S 0,1, bei¬ spielsweise mit einer Anzahl n an Individuen von mindestens 10, insbesondere mindestens 15, bevorzugt mindestens 19 oder 20, bei einem Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von bei¬ spielsweise 0,05 oder kleiner, beispielsweise 0,05, bevorzugt 0,01 oder kleiner. Value of p <0.3 and values of p> 0.7, where 0 -S p -S 1), preferably ¬ p -S 0.1 and / or p> 0.9, preferably p -S 0, 1, wherein ¬ play, with a number n of individuals of at least 10, especially at least 15, preferably at least 19 or 20, at a significance level (error level) of at ¬ play, 0.05 or less, for example 0.05, preferably 0.01 or smaller.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen umfasst in diesem Verfah- ren das Feststellen der statistisch relevanten Korrelation zwischen dem Auftreten der Mikroorganismen und der nichtinfektiösen Erkrankung ein Erstellen eines Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltie- res, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse,In accordance with certain embodiments, in this method, determining the statistically significant correlation between the occurrence of the microorganisms and the non-infectious disease comprises creating a data set of nucleic acid, in particular RNA, preferably RNA fragments, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which at least one, in particular non-infectious,
Erkrankung haben, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, be¬ vorzugt RNA-Fragmenten, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht haben; und Disease, and of nucleic acid, in particular RNA, preferably ¬ RNA fragments, of microorganisms of a variety of individuals of the vertebrate, which do not have this disease; and
ein Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmente, des Datensatzes mit der mindestens einen Er¬ krankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nuk- leinsäure, insbesondere RNA, bevorzugt RNA-Fragmente, des Da¬ tensatzes umfasst. correlating the nucleic acid, particularly RNA, preferably RNA fragments of the data set with the at least one He ¬ incidence and statistical evaluation of the correlation of the nuc leinsäure comprises, in particular RNA, preferably RNA fragments of the Da ¬ tensatzes.
Diese Schritte entsprechen hierbei den oben genannten. These steps correspond to the above.
Gemäß bestimmten Ausführungsformen ist die nicht-infektiöse Erkrankung multiple Sklerose und die Mikroorganismen umfassen mindestens einen Mikroorganismus, der ausgewählt ist aus der Gruppe, umfassend nicht-gezüchtetes Sulfuricurvum RIFRC 1, Faecalibacterium prausnitzii, Methanoculleus bourgensis MS2, Halorhabdus tiamatea SARL4B, Sinorhizobium fredii HH103, Thermus thermophiles JL 18, Halalkalicoccus jeotgali B3, Chitinophaga pinensis DSM 2588, Halogeometricum borinquense DSM 11551, Frateuria aurantia DSM 6220, Shigella flexneri 2002017, Burkholderia cenocepacia HI2424, Escherichia coli PMV 1, Escherichia coli APEC Ol, Escherichia coli 0157 H7 EC4115, Shigella dysenteriae Sdl97, Rhodoferax ferrireducens T118, Escherichia coli SMS 3 5, Salmonella enterica arizonae serovar 62 z4 z23, Escherichia coli O104 H4 2009EL 2071, Escherichia coli 055 H7 RM12579, Escherichia coli O104 H4According to certain embodiments, the non-infectious disease is multiple sclerosis and the microorganisms comprise at least one microorganism selected from the group comprising non-bred Sulfuricurvum RIFRC1, Faecalibacterium prausnitzii, Methanoculleus bourgensis MS2, Halorhabdus tiamatea SARL4B, Sinorhizobium fredii HH103, Thermus thermophilic JL 18, Halalkalicoccus jeotgali B3, Chitinophaga pinensis DSM 2588, Halogeometricum borinquense DSM 11551, Frateuria aurantia DSM 6220, Shigella flexneri 2002017, Burkholderia cenocepacia HI2424, Escherichia coli PMV 1, Escherichia coli APEC Ol, Escherichia coli 0157 H7 EC4115, Shigella dysenteriae Sdl97 , Rhodoferax ferrireducens T118, Escherichia coli SMS3 5, Salmonella enterica arizona serovar 62 z4 z23, Escherichia coli O104 H4 2009EL 2071, Escherichia coli 055 H7 RM12579, Escherichia coli O104 H4
2009EL 2050, Escherichia coli 055 H7 CB9615, Escherichia coli IHE3034, Pseudomonas putida W619, Escherichia coli 55989, Burkholderia cenocepacia MCO 3, Escherichia coli Xuzhou21, Escherichia coli 0157 H7 Sakai, Escherichia coli 0157 H7 TW14359, Gamma proteobacterium HdNl, Shigella dysenteriaeEscherichia coli 055 H7 CB9615, Escherichia coli IHE3034, Pseudomonas putida W619, Escherichia coli 55989, Burkholderia cenocepacia MCO3, Escherichia coli Xuzhou21, Escherichia coli 0157 H7 Sakai, Escherichia coli 0157 H7 TW14359, Gamma proteobacterium HdN1, Shigella dysenteriae
1617, Serratia plymuthica S13, Escherichia coli UTI89, Esche¬ richia coli ABU 83972, Polaromonas naphthalenivorans CJ2, Escherichia coli 083 Hl NRG 857C, Escherichia coli 0157 H7 EDL933, und Escherichia coli LF82, bevorzugt mindestens zwei Mikroorganismen, weiter bevorzugt mindestens drei Organismen, vier Mikroorganismen, fünf Mikroorganismen oder sechs 1617, Serratia plymuthica S13, Escherichia coli UTI89, ash ¬ richia coli ABU 83972, Polaromonas naphthalenivorans CJ2, Escherichia coli 083 Hl NRG 857C, Escherichia coli 0157 H7 EDL933, and Escherichia coli LF82, preferably at least two micro-organisms, more preferably at least three organisms, four microorganisms, five microorganisms or six
Mikroorganismen . Microorganisms.
Die obigen Ausführungsformen, Ausgestaltungen und Weiterbil- düngen lassen sich, sofern sinnvoll, beliebig miteinander kombinieren. Weitere mögliche Ausgestaltungen, Weiterbildungen und Implementierungen der Erfindung umfassen auch nicht explizit genannte Kombinationen von zuvor oder im Folgenden bezüglich der Ausführungsbeispiele beschriebenen Merkmalen der Erfindung. Insbesondere wird der Fachmann auch Einzelaspekte als Verbesserungen oder Ergänzungen zu der jeweiligen Grundform der vorliegenden Erfindung hinzufügen. The above embodiments, configurations and further training can be combined with each other, if appropriate. Other possible embodiments, developments and implementations of the invention also do not include explicitly mentioned combinations of features of the invention described above or below with respect to the exemplary embodiments. In particular, the person skilled in the art will also add individual aspects as improvements or additions to the respective basic form of the present invention.
Die Erfindung wird im Anschluss anhand einiger beispielhafter Ausführungsformen dargestellt, die diese jedoch nicht einschränken . The invention will be illustrated below with reference to some exemplary embodiments which, however, do not limit the same.
Beispiele Examples
Es wurde ein auf Python basiertes Computerprogramm erstellt, in welches die Programme FASTX-toolkit und Bowtie2 integriert wurden, und in einem Computerprogrammprodukt gespeichert. A Python-based computer program was created in which the FASTX-toolkit and Bowtie2 programs were integrated and stored in a computer program product.
Es wurden Blutproben von über 700 menschlichen Individuen bereitgestellt, die verschiedene Erkrankungen hatten (Multiple Sklerose, leichte kognitive Beeinträchtigung (Mild Cognitive Impairment) , Alzheimer, Akuten Myokardinfarkt, Thorax- Schmerz, Lymphome des zentralen Nervensystems) , sowie Kon¬ trollen, und gemäß dem erfindungsgemäßen Verfahren mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung analysiert. Für Multiple Sklerose wurden 82 erkrankte Individuen und 19 Individuen als Kont- rollgruppe getestet, und für Alzheimer 50 erkrankte Individu¬ en und 23 als Kontrollgruppe. Die RNA-Daten von RNA- Fragmenten mit 18 bis 27 Nukleotiden wurden im Fasta-Format in einem ersten Datensatz erfasst und mit dem FASTX-toolkit wurden Adaptersequenzen und Duplikate aus dem ersten Daten- satz entfernt. Mittels Bowtie2 wurde ein Abgleich mit dem Hu¬ mangenom vorgenommen und diese RNA-Daten aus dem ersten Datensatz entfernt. Es wurde ein Datensatz Mikroorganismen bereitgestellt und mittels Bowtie2 die RNA-Fragmente der Mikro¬ organismen im ersten Datensatz identifiziert und ausgegeben. Aus den Daten der erkrankten und gesunden Patienten sowie der RNA-Fragmente in deren Proben wurde eine Korrelation zwischen den Daten erstellt und eine statistische Analyse mittels ANOVA durchgeführt. There were blood samples provided by more than 700 human individuals, the various diseases had checks (multiple sclerosis, mild cognitive impairment (mild cognitive impairment), Alzheimer's disease, acute myocardial infarction, thoracic pain, lymphomas of the central nervous system) and Kon ¬, and according to the method according to the invention analyzed by means of high-throughput sequencing. Multiple Sclerosis 82 ill individuals and 19 individuals were tested as a control group, and ill for Alzheimer's 50 Individu ¬ s and 23 as a control group. The RNA data of RNA fragments of 18 to 27 nucleotides were recorded in Fasta format in a first dataset, and the FASTX-toolkit was used to remove adapter sequences and duplicates from the first dataset. Means Bowtie2 a comparison with the Hu ¬ mangenom was carried out and this RNA data removed from the first record. It has a record microorganisms provided and identified by Bowtie2 the RNA fragments of the micro-organisms in ¬ first record and output. From the data of the diseased and healthy patients as well as the RNA fragments in their samples a correlation between created the data and carried out a statistical analysis using ANOVA.
Je Patient wurden über 10 Millionen kleine RNA Fragmente aus- gelesen, insgesamt wurden so etwa 10 Milliarden Fragmente ge¬ nerier die bioinformatorisch analysiert wurden. Die Analyse bestand aus den folgenden Schritten: Per patient over 10 million small RNA fragments were read off, so total was about 10 billion fragments ge ¬ nerier analyzed bioinformatorisch. The analysis consisted of the following steps:
1) Zunächst wurde eine Vorprozessierung zum Entfernen der Adaptersequenzen und von Duplikaten unternommen.  1) First, preprocessing was done to remove the adapter sequences and duplicates.
2) Dann wurden aus den 10 Milliarden Fragmenten alle entfernt, die möglicherweise aus dem Genom des Menschen kommen. Dabei wurden über 90% der Fragmente aus der weiteren Analyse ausgeschlossen . 2) Then, out of the 10 billion fragments, all that may have come out of the human genome were removed. More than 90% of the fragments were excluded from further analysis.
3) Es wurde eine Datenbank bestehend aus a) allen veröf- fentlichten Pilz-Genomen b) Bakterien-Genomen und c) Virus- Genomen aufgebaut. Diese Datenbank hat mehr als 10,000 Genome beinhaltet, die teilweise Redundanz zeigen.  3) A database consisting of a) all published fungal genomes b) bacterial genomes and c) viral genomes was set up. This database has more than 10,000 genomes that show partial redundancy.
4) Alle Fragmente aus Schritt 2) wurden mit allen Genomen aus Schritt 3) verglichen und es wurden für bestimmte Bakterien4) All the fragments from step 2) were compared with all the genomes from step 3) and were used for certain bacteria
Anhäufungen in bestimmten Krankheitsklassen gesucht. Dazu wurden verschiedene statistische und bioinformatorische Tech¬ niken eingesetzt. Eine Varianzanalyse (Signifikanzniveau ( - Fehler-Level ) von 0,05) wurde verwendet, um Bakterien / Pilze / Viren zu finden, die eine höhere oder niedrigere Konzentra¬ tion in Patienten mit einer Erkrankung im Vergleich zur Kontrolle gezeigt haben. Clusters in specific disease classes sought. These various statistical and bioinformatic tech ¬ techniques were used. An analysis of variance (significance level (- error level) of 0.05) was used to find bacteria / fungi / viruses that have shown a higher or lower concen ¬ tion in patients with disease compared to the control.
Spezifische Paare, wie hier gezeigt beispielsweise Multiple Sklerose Patienten gegen Kontrollen, wurden mit dem t-Test (Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von 0,05) analysiert, um abzuschätzen wie signifikant die Unterschiede sind. Außerdem wurden Cutoff-freie Techniken basierend auf dem Kolmogorow- Smirnow-Test angewendet, um Anreicherung von bestimmten Erkrankungen im hohen bzw. niedrigen Konzentrationsbereich von Bakterien zu detektieren. Diese Analysen zeigten in vielen Fällen eine mögliche Korrelation zwischen sekundären Erkrankungen und Bakterien, wobei sich aus den Daten nicht erschließen lässt, ob die Erkrankung für die Änderung des Mikrobioms oder die Änderung des Mikro- bioms für die Erkrankung verantwortlich sind. Specific pairs, as shown here, for example, multiple sclerosis patients versus controls, were analyzed with the t-test (significance level (error level) of 0.05) to estimate how significant the differences are. In addition, cutoff-free techniques based on the Kolmogorow-Smirnow test were used to detect accumulation of certain diseases in the high or low concentration range of bacteria. In many cases, these analyzes showed a possible correlation between secondary diseases and bacteria, although it is not possible to deduce from the data whether the disease is responsible for the change in the microbiome or the change in the microbiome for the disease.
Für multiple Sklerose wurden die Daten verifiziert, und die verifizierten Daten sind in Tabelle 1 gezeigt, wobei die Mik¬ roorganismen, die jeweiligen, statistisch analysier Messungen in Patienten mit multipler Sklerose und in Kontrollpatienten, sowie das statistische Maß, wie gut sich die Verteilungen un¬ terscheiden (Werte unter der Kurve „AUC-Werte") , angegeben. Je näher der AUC-Wert an 0 bzw. 1 ist, umso besser ist die Korrelation, je näher er bei 0,5 ist, desto schlechter. For multiple sclerosis, the data have been verified, and the verified data are shown in Table 1, wherein the Mik ¬-organisms, the respective statistically analyzing measurements in patients with multiple sclerosis and in control patients, as well as the statistical measure how well the distributions un ¬ differ (values under the curve "AUC") specified. the closer the AUC value of 0 or 1, the better the correlation, the closer it is at 0.5, the worse.
Tabelle 1: Statistische Daten des Beispiels für MS Table 1: Statistical data of the example for MS
Mikroorganismus statisti- statisti¬ Werte sche Wer- sehe Werte unter te von der Kont- derMicroorganism statistical statistical ¬ values specific advertising see values below te of the of the continental
MS- rollgruppe KurveMS roll group curve
Patienten (Control (AUC) (MS reads ) Patient (Control (AUC) (MS reads)
reads )  reads)
Nicht-gezüchtetes 57, 670951 21, 972365 0,07773 Sulfuricurvum RIFRC 1 2 745 uidl93658_NC_020505.  Non-bred 57, 670951 21, 972365 0.07773 Sulfuricurvum RIFRC 1 2 745 uidl93658_NC_020505.
Faecalibacterium prausnitzii 57, 284061 21, 972365 0, 08862 uidl97157_NC_021020. 7 674 Methanoculleus bourgensis 56, 107969 21, 972365 0,07108 MS2 2 288 uidl71377_NC_018227. Faecalibacterium prausnitzii 57, 284061 21, 972365 0, 08862 uidl97157_NC_021020. 7 674 Methanoculleus bourgensis 56, 107969 21, 972365 0.07108 MS2 2 288 uidl71377_NC_018227.
Halorhabdus tiamatea SARL4B 56, 402313 21, 972365 0, 07592 uid214082_NC_021921. 6 257 Sinorhizobium fredii HH103 55, 670951 21, 972365 0, 07350 uid86865_NC_016815. 2 272 Thermus thermophiles JL 18 57, 375321 21, 972365 0, 08681 uidl62129_NC_017587. 3 186 Halalkalicoccus jeotgali B3 56, 757069 21, 972365 0, 09588 uid50305_NC_014297. 4 627 Chitinophaga pinensis DSM 59, 280205 21, 972365 0, 06987 2588 7 296 uid59113_NC_013132. Halorhabdus tiamatea SARL4B 56, 402313 21, 972365 0, 07592 uid214082_NC_021921. 6 257 Sinorhizobium fredii HH103 55, 670951 21, 972365 0, 07350 uid86865_NC_016815. 2 272 Thermus thermophiles JL 18 57, 375321 21, 972365 0, 08681 uidl62129_NC_017587. 3 186 Halalkalicoccus jeotgali B3 56, 757069 21, 972365 0, 09588 uid50305_NC_014297. 4,627 Chitinophaga pinensis DSM 59, 280205 21, 972365 0, 06987 2588 7 296 uid59113_NC_013132.
Halogeometricum borinquense 56, 508354 21, 972365 0, 07955 DSM 11551 8 233 uid54919_NC_014729. Halogeometricum borinquense 56, 508354 21, 972365 0, 07955 DSM 11551 8 233 uid54919_NC_014729.
Frateuria aurantia DSM 6220 16, 025706 83, 5347044 0, 92649 uid81775_NC_017033. 9 728 Shigella flexneri 2002017 16, 025706 165, 62982 0, 90411 uidl59233_NC_017328. 9 373 Burkholderia cenocepacia 16, 025706 81, 6670951 0, 91349 HI2424 9 062 uid58369_NC_008544. Frateuria aurantia DSM 6220 16, 025706 83, 5347044 0, 92649 uid81775_NC_017033. 9 728 Shigella flexneri 2002017 16, 025706 165, 62982 0, 90411 uidl59233_NC_017328. 9,373 Burkholderia cenocepacia 16, 025706 81, 6670951 0, 91349 HI2424 9 062 uid58369_NC_008544.
Escherichia coli PMV 1 16, 025706 156, 053985 0, 90139 uid219679_NC_022370. 9 141 Escherichia coli APEC Ol 16, 025706 156, 562339 0, 90139 uid58623_NC_008563. 9 141 Escherichia coli 0157 H7 16, 025706 167, 571337 0, 91288 EC4115 9 566 uid59091_NC_011353. Escherichia coli PMV 1 16, 025706 156, 053985 0, 90139 uid219679_NC_022370. 9 141 Escherichia coli APEC Ol 16, 025706 156, 562339 0, 90139 uid58623_NC_008563. 9 141 Escherichia coli 0157 H7 16, 025706 167, 571337 0, 91288 EC4115 9 566 uid59091_NC_011353.
Shigella dysenteriae Sdl97 16, 025706 155, 266067 0, 90169 uid58213_NC_007606. 9 389 Rhodoferax ferrireducens 16, 025706 121,347686 0, 91500 T118 9 302 uid58353_NC_007908. Shigella dysenteriae Sdl97 16, 025706 155, 266067 0, 90169 uid58213_NC_007606. 9 389 Rhodoferax ferrireducens 16, 025706 121.347686 0, 91500 T118 9 302 uid58353_NC_007908.
Escherichia coli SMS 3 5 16, 025706 163, 237789 0, 90199 uid58919_NC_010498. 9 637 Salmonella enterica arizonae 16, 025706 92, 533419 0, 90320 serovar 62 z4 z23 9 629 uid58191_NC_010067. Escherichia coli SMS 3 5 16, 025706 163, 237789 0, 90199 uid58919_NC_010498. 9 637 Salmonella enterica arizonae 16, 025706 92, 533419 0, 90320 serovar 62 z4 z23 9 629 uid58191_NC_010067.
Escherichia coli O104 H4 16, 025706 180, 365039 0, 90532 2009EL 2071 9 365 uidl76128_NC_018661. Escherichia coli O104 H4 16, 025706 180, 365039 0, 90532 2009EL 2071 9 365 uidl76128_NC_018661.
Escherichia coli 055 H7 16, 025706 168, 652956 0, 91530 RM12579 9 551 uidl62153_NC_017656. Escherichia coli 055 H7 16, 025706 168, 652956 0, 91530 RM12579 9 551 uidl62153_NC_017656.
Escherichia coli O104 H4 16, 025706 202, 178663 0, 90411 2009EL 2050 9 373 uidl75905_NC_018650. Escherichia coli O104 H4 16, 025706 202, 178663 0, 90411 2009EL 2050 9 373 uidl75905_NC_018650.
Escherichia coli 055 H7 16, 025706 168, 652956 0, 91470 CB9615 9 054 uid46655_NC_013941. Escherichia coli 055 H7 16, 025706 168, 652956 0, 91470 CB9615 9 054 uid46655_NC_013941.
Escherichia coli IHE3034 16, 025706 156, 053985 0, 90108 uidl62007_NC_017628. 9 893 Pseudomonas putida W619 16, 025706 81, 3830334 0, 90774 uid58651_NC_010501. 9 35 Escherichia coli 55989 16, 025706 184, 627249 0, 91591 uid59383_NC_011748. 9 047 Burkholderia cenocepacia MCO 16, 025706 81, 253856 0, 90320 3 9 629 uid58769_NC_010512. Escherichia coli IHE3034 16, 025706 156, 053985 0, 90108 uidl62007_NC_017628. 9,893 Pseudomonas putida W619 16, 025706 81, 3830334 0, 90774 uid58651_NC_010501. 9 35 Escherichia coli 55989 16, 025706 184, 627249 0, 91591 uid59383_NC_011748. 9 047 Burkholderia cenocepacia MCO 16, 025706 81, 253856 0, 90320 3 9 629 uid58769_NC_010512.
Escherichia coli Xuzhou21 16, 025706 167, 571337 0, 91500 uidl63995_NC_017906. 9 302 Escherichia coli 0157 H7 Sa- 16, 025706 167, 571337 0, 91258 kai 9 318 uid57781_NC_002695. Escherichia coli Xuzhou21 16, 025706 167, 571337 0, 91500 uidl63995_NC_017906. 9 302 Escherichia coli 0157 H7 Sa- 16, 025706 167, 571337 0, 91258 kai 9 318 uid57781_NC_002695.
Escherichia coli 0157 H7 16, 025706 167, 571337 0, 91288 TW14359 9 566 uid59235_NC_013008. Escherichia coli 0157 H7 16, 025706 167, 571337 0, 91288 TW14359 9 566 uid59235_NC_013008.
Gamma proteobacterium HdNl 16, 025706 83, 312982 0, 90683 uid51635_NC_014366. 9 606 Shigella dysenteriae 1617 16, 025706 153, 722365 0, 90199 uid229875_NC_022912. 9 637 Serratia plymuthica S13 16, 025706 85, 5694087 0, 91167 uid210642_NC_021659. 9 574 Escherichia coli UTI89 16, 025706 155, 655527 0, 90018 uid58541_NC_007946. 9 149 Escherichia coli ABU 83972 16, 025706 155, 854756 0, 90169 uidl61975_NC_017631. 9 389 Polaromonas naphthalenivo- 16, 025706 108, 366324 0, 92105 rans CJ2 9 263 uid58273_NC_008781. Gamma proteobacterium HdNl 16, 025706 83, 312982 0, 90683 uid51635_NC_014366. 9,606 Shigella dysenteriae 1617 16, 025706 153, 722365 0, 90199 uid229875_NC_022912. 9,637 Serratia plymuthica S13 16, 025706 85, 5694087 0, 91167 uid210642_NC_021659. 9 574 Escherichia coli UTI89 16, 025706 155, 655527 0, 90018 uid58541_NC_007946. 9,149 Escherichia coli ABU 83972 16, 025706 155, 854756 0, 90169 uidl61975_NC_017631. 9,389 Polaromonas naphthalenivo- 16, 025706 108, 366324 0, 92105 rans CJ2 9 263 uid58273_NC_008781.
Escherichia coli 083 Hl NRG 16,025706 156,562339 0,90623 857C 9 109 uidl61987_NC_017634. Escherichia coli 083 HI NRG 16.025706 156.562339 0.90623 857C 9 109 uidl61987_NC_017634.
Escherichia coli 0157 H7 16,025706 166,439589 0,90139 EDL933 9 141 uid57831_NC_002655. Escherichia coli 0157 H7 16,025706 166,439589 0,90139 EDL933 9,141 uid57831_NC_002655.
Escherichia coli LF82 16,025706 156,562339 0,90562 uidl61965 NC 011993. 9 613 Escherichia coli LF82 16.025706 156.562339 0.90562 uidl61965 NC 011993. 9 613
Wie in Tabelle 1 gezeigt konnte für eine Vielzahl an Mikroor¬ ganismen eine statistisch signifikante Korrelation As shown in Table 1 could be used for a variety of organisms Mikroor ¬ a statistically significant correlation
(Signifikanzniveau ( -Fehler-Level ) von 0,05) mit multipler Sklerose gezeigt werden. Bei Berechnungen ergab sich, das ei¬ ne Signifikanz für die MS-Werte ab einer Probengröße von n ca. 15 und für die Alzheimer-Patienten ab einer Probengröße von n ca. 20 gegeben war. In Figur 1 ist zur Verdeutlichung beispielhaft einen Vergleich des Auftretens von RNA von nicht-gezüchtetem (Significance level (error level) of 0.05) with multiple sclerosis. In calculations, ei ¬ ne significance for the MS data from a sample size of n 15 and for Alzheimer's patients from a sample size of n 20 resulted was given. By way of example, FIG. 1 shows a comparison of the occurrence of RNA from non-bred for clarification
Sulfuricurvum RIFRC 1, welches aus Tabelle 1 beispielhaft herangezogen wird, in Individuen mit multipler Sklerose und solchen, welche nicht multiple Sklerose haben, aufgezeigt. In der Figur sind die normalisierten Counts N für die Kontroll¬ gruppe C (links) und die erkrankte Gruppe MS (rechts) ange¬ zeigt, wobei die Unterschiede in den Counts deutlich zu sehen sind. Für die anderen Mikroorganismen ergeben sich analoge Daten . Sulfuricurvum RIFRC 1, which is exemplified in Table 1, in individuals with multiple sclerosis and those who do not have multiple sclerosis. In the figure, the normalized counts N for the control group ¬ C (left) and the diseased group MS shows (right) is ¬, the differences in the counts are clearly visible. For the other microorganisms analog data arise.
Die vorliegende Erfindung stellt ein Verfahren zur Verfügung, mit dem Mikroorganismen in Blutproben von Wirbeltieren auf einfache Weise bestimmt werden können und diese mit Erkran¬ kungen, insbesondere neurodegenerativen Erkrankungen, in Ver- bindung gebracht werden können, wodurch eine neue Methode zur Diagnose bzw. zur Früherkennung solcher Erkrankungen bereitgestellt werden kann, die einfach, beispielsweise anhand von Blutproben, durchgeführt werden kann. The present invention provides a process for disposal can be determined with the micro-organisms in blood samples of vertebrates in a simple manner and can be contacted with Erkran ¬ diseases, in particular neurodegenerative diseases, in conjunction, whereby a new method for the diagnosis or for Early detection of such diseases can be provided, which can be easily performed, for example on the basis of blood samples.

Claims

Ansprüche claims
1. Verfahren zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend A method of detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human, comprising
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, from a provided blood sample of the vertebrate by means of a sequencing method in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz; und Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, particularly RNA, and removing the nucleic acid, in particular ¬ sondere RNA, the genome of the vertebrate from the first data; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukle- insäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular
RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe. RNA, from microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
2. Verfahren nach Anspruch 1, weiter umfassend 2. The method of claim 1, further comprising
Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, ins¬ besondere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Er¬ krankung nicht aufweisen; Create a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one from ¬ particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which He do not have these ¬ crane kung;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zwei¬ ten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und Correlating the nucleic acid, particularly RNA, the two ¬ th data set with the at least one disease, and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mik¬ roorganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes. Comparing the remaining in the first record before or after compare with nucleic acid, particularly RNA, from Mik-organisms ¬ nucleic acid, particularly RNA, with the correlated nucleic acid, particularly RNA, the second data set.
3. Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend 3. A method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungsverfahrens in einem ersten Datensatz;  Detecting nucleic acid, in particular RNA, from a provided blood sample of the vertebrate by means of a sequencing method in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz ; Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, particularly RNA, and removing the nucleic acid, in particular ¬ sondere RNA, the genome of the vertebrate from the first data;
Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, ins¬ besondere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Er¬ krankung nicht aufweisen; Create a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one from ¬ particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which He do not have these ¬ crane kung;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zwei¬ ten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und Correlating the nucleic acid, particularly RNA, the two ¬ th data set with the at least one disease, and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukle- insäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zum Er¬ kennen der Erkrankung des Wirbeltieres. Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, of the second data set for detecting the disease of the vertebrate.
4. Verfahren nach Anspruch 3, weiter umfassend einen 4. The method of claim 3, further comprising a
Schritt des Vergleichens der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zur Bestimmung der Mikroorganismen in der Blutprobe nach dem Identifizieren der Nukleinsäure, insbeson- dere RNA, des Genoms des Wirbeltieres, wobei das Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes vor oder nach dem Vergleichen mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA, der Mikroorganismen erfolgt . 5. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 4, wobei beim statistischen Auswerten eine Korrelation erhalten wird für Werte von p < 0,3 und Werte von p > 0,7, wobei 0 < p < 1. Step of comparing the first data set remaining in the nucleic acid, particularly RNA, with nucleic acid, in particular ¬ sondere RNA of micro-organisms such as fungi, bacteria and / or viruses for the determination of microorganisms in the blood sample after identifying the nucleic acid, particularly RNA, the Genome of the vertebrate, wherein comparing the remaining nucleic acid in the first record, in particular RNA, with the correlated nucleic acid, in particular RNA, the second data set before or after comparison with the nucleic acid, in particular RNA, of the microorganisms takes place. 5. The method according to any one of claims 2 to 4, wherein in the statistical evaluation, a correlation is obtained for values of p <0.3 and values of p> 0.7, where 0 <p <1.
6. Verfahren nach Anspruch 5, wobei die Erkrankung Alzhei- mer ist. 6. The method of claim 5, wherein the disease is Alzheimer.
7. Verfahren nach Anspruch 5, wobei p -S 0,1 und die Erkrankung multiple Sklerose ist. 8. Computerprogrammprodukt, das dazu ausgelegt ist, ein Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7 durchzuführen. The method of claim 5, wherein p is -S-0.1 and the disease is multiple sclerosis. A computer program product adapted to perform a method according to any one of claims 1 to 7.
9. Verwendung eines Computerprogrammprodukts nach Anspruch 8 zum Bestimmen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen oder zum Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres. Use of a computer program product according to claim 8 for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human or for detecting a disease of the vertebrate.
10. Vorrichtung zum Erkennen von Mikroorganismen in einer Blutprobe eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, aufweisend 10. An apparatus for detecting microorganisms in a blood sample of a vertebrate including a human having
eine Erfassungseinheit, die dazu ausgebildet ist, Nukle¬ insäure, insbesondere RNA, aus einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens in einem ersten Datensatz zu erfassen; a detection unit that is adapted to nucleic ¬ ynoic acid, in particular RNA, to detect from a supplied blood sample of the vertebrate using a sequencing ¬ method in a first data set;
eine Identifizierungseinheit, die dazu ausgebildet ist, an identification unit designed to
Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltie¬ res aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, zu identifizieren und die Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz zu entfernen; und To identify nucleic acid, particularly RNA, the genome of the Wirbeltie ¬ res from the detected nucleic acid, particularly RNA and to remove the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the first data; and
eine erste Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz verbleibende Nukleinsäure, insbeson- dere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikro¬ organismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zu vergleichen, um die Mikroorganismen in der Blutprobe zu bestimmen . a first matching unit, which is designed to store the nucleic acid remaining in the first data record, in particular to compare RNA, with nucleic acid, in particular RNA, micro ¬ organisms such as fungi, bacteria and / or viruses to determine the microorganisms in the blood sample.
Vorrichtung nach Anspruch 10, weiter aufweisend The device of claim 10, further comprising
eine Datenerstellungseinheit, die dazu ausgebildet ist, einen zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkran¬ kung nicht aufweisen, zu erstellen; a data generation unit adapted to generate a second set of nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms of a plurality of vertebrate individuals having at least one, in particular non-infectious, disease and of nucleic acid, in particular RNA, of a plurality of microorganisms Individuals of the vertebrate who do not have this Erkran ¬ kung to create;
eine Auswerteeinheit, die dazu ausgebildet ist, die Nuk¬ leinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung zu korrelieren und eine statistische Auswertung einer Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung durchzuführen; und an evaluation unit which is adapted to correlate the nuc ¬ leinsäure, in particular RNA, the second data set with at least one disease, and a statistical analysis of a correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set with the least carry out a disease; and
eine zweite Abgleicheinheit, die dazu ausgebildet ist, die im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen verbleibende Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korre¬ lierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Da¬ tensatzes zu vergleichen. a second matching unit, which is adapted to compare the first data set before or after the compare with nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms remaining nucleic acid, particularly RNA, with the corre ¬ profiled nucleic acid, particularly RNA, the second Da ¬ tensatzes.
12. Verfahren zum Erkennen von Erkrankungen, insbesondere nicht-infektiösen Erkrankungen, eines Wirbeltieres ein- schließlich eines Menschen, umfassend 12. A method for detecting diseases, in particular non-infectious diseases, of a vertebrate, including a human, comprising
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens ; Analyzing the blood sample by means of a sequencing procedure ¬;
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz; Detecting nucleic acid, in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set;
Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz ; Identifying the nucleic acid, in particular RNA, of the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, in particular RNA, and removing the nucleic acid, in particular ¬ sondere RNA, the genome of the vertebrate from the first data;
Vergleichen der im ersten Datensatz verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen wie Pilzen, Bakterien und/oder Viren zum Bestimmen der Mikroorganismen in der Blutprobe; und  Comparing the nucleic acid remaining in the first data set, in particular RNA, with nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms such as fungi, bacteria and / or viruses for determining the microorganisms in the blood sample; and
Erkennen einer Erkrankung des Wirbeltieres anhand der bei dem Vergleich mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen im ersten Datensatz identifizierten Mikroorganismen .  Recognizing a disease of the vertebrate on the basis of the comparison with the nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms identified in the first data set microorganisms.
13. Verfahren nach Anspruch 12, weiter umfassend die Schritte : 13. The method of claim 12, further comprising the steps of:
Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, ins¬ besondere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Er¬ krankung nicht aufweisen; Create a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one from ¬ particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which He do not have these ¬ crane kung;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zwei¬ ten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und Correlating the nucleic acid, particularly RNA, the two ¬ th data set with the at least one disease, and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mik¬ roorganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; Comparing the remaining in the first record before or after compare with nucleic acid, particularly RNA, from Mik-organisms ¬ nucleic acid, particularly RNA, with the correlated nucleic acid, particularly RNA, the second data set;
wobei diese Schritte vor dem Schritt des Erkennens einer Er¬ krankung des Wirbeltieres anhand der bei dem Vergleich mit der Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen im ersten Datensatz identifizierten Mikroorganismen durchgeführt werden . these steps being performed prior to the step of recognizing a He ¬ incidence of the vertebrate on the basis of the identified in the comparison with the nucleic acid, particularly RNA, of microorganisms in the first record microorganisms.
14. Verfahren zum Erkennen, bevorzugt zur Früherkennung, einer Erkrankung, insbesondere neurodegenerativen Erkrankung wie Alzheimer und multipler Sklerose, eines Wirbeltieres ein¬ schließlich eines Menschen, umfassend 14. A method for detecting, preferably for the early diagnosis, a disease, in particular neurodegenerative disease such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis, a vertebrate, a ¬ finally a human, comprising
Bereitstellen einer Blutprobe des Wirbeltieres;  Providing a blood sample of the vertebrate;
Analysieren der Blutprobe mittels eines Sequenzierungs¬ verfahrens ; Analyzing the blood sample by means of a sequencing procedure ¬;
Erfassen von Nukleinsäure, insbesondere RNA, aus der Blutprobe des Wirbeltieres in einem ersten Datensatz; Identifizieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus der erfassten Nukleinsäure, insbesondere RNA, und Entfernen der Nukleinsäure, insbe¬ sondere RNA, des Genoms des Wirbeltieres aus dem ersten Datensatz ; Detecting nucleic acid, in particular RNA, from the blood sample of the vertebrate in a first data set; Identifying the nucleic acid, particularly RNA, the genome of the vertebrate from the detected nucleic acid, particularly RNA, and removing the nucleic acid, in particular ¬ sondere RNA, the genome of the vertebrate from the first data;
Erstellen eines zweiten Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, ins¬ besondere nicht-infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Er¬ krankung nicht aufweisen; Create a second data set of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate, which have at least one from ¬ particular non-infectious, disease, and of nucleic acid, particularly RNA, from microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate which He do not have these ¬ crane kung;
Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zwei¬ ten Datensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statistisches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes; und Correlating the nucleic acid, particularly RNA, the two ¬ th data set with the at least one disease, and statistical evaluation of the correlation of the nucleic acid, particularly RNA, the second data set; and
Vergleichen der im ersten Datensatz vor oder nach dem Vergleichen mit Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mik¬ roorganismen verbleibenden Nukleinsäure, insbesondere RNA, mit der korrelierten Nukleinsäure, insbesondere RNA, des zweiten Datensatzes zum Erkennen der Erkrankung. Comparing the remaining in the first record before or after compare with nucleic acid, particularly RNA, from Mik-organisms ¬ nucleic acid, particularly RNA, with the correlated nucleic acid, particularly RNA, the second data set for detecting the disease.
15. Verfahren zum Erkennen von nicht-infektiösen Erkrankungen, insbesondere neurodegenerativen Erkrankungen, eines Wirbeltieres einschließlich eines Menschen, umfassend 15. A method for detecting non-infectious diseases, in particular neurodegenerative diseases, of a vertebrate including a human, comprising
Analysieren einer bereitgestellten Blutprobe des Wirbeltieres auf Mikroorganismen, für die eine statistisch relevante Korrelation zwischen dem Auftreten der Mikroorganismen und der nicht-infektiösen Erkrankung festgestellt wurde, zum Erkennen der Erkrankung. Analyzing a provided blood sample of the vertebrate on microorganisms, for which a statistically relevant correlation between the occurrence of microorganisms and the non-infectious disease has been found to detect the disease.
16. Verfahren nach Anspruch 15, wobei das Feststellen der statistisch relevanten Korrelation zwischen dem Auftreten der Mikroorganismen und der nicht-infektiösen Erkrankung ein Erstellen eines Datensatzes von Nukleinsäure, insbesondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltieres, welche mindestens eine, insbesondere nicht- infektiöse, Erkrankung aufweisen, und von Nukleinsäure, ins¬ besondere RNA, von Mikroorganismen einer Vielzahl von Individuen des Wirbeltiers, welche diese Erkrankung nicht aufwei¬ sen; und 16. The method of claim 15, wherein determining the statistically significant correlation between the occurrence of the microorganisms and the non-infectious disease comprises creating a data set of nucleic acid, in particular RNA, of microorganisms of a plurality of individuals of the vertebrate comprising at least one, in particular not - infectious, have disease, and of nucleic acid into ¬ specific RNA of microorganisms a plurality of individuals of the vertebrate which the disease not aufwei ¬ sen; and
ein Korrelieren der Nukleinsäure, insbesondere RNA, des Da- tensatzes mit der mindestens einen Erkrankung und statisti¬ sches Auswerten der Korrelation der Nukleinsäure, insbesonde¬ re RNA, des Datensatzes umfasst. correlating the nucleic acid, particularly RNA, the data set with the at least includes a disease and statistical ¬ ULTRASONIC evaluating the correlation of nucleic acid insbesonde ¬ re RNA, the data set.
17. Verfahren nach Anspruch 15 oder 16, wobei die nicht- infektiöse Erkrankung multiple Sklerose ist und die Mikroor¬ ganismen mindestens einen Mikroorganismus umfassen, der aus¬ gewählt ist aus der Gruppe, umfassend nicht-gezüchtetes 17. The method of claim 15 or 16, wherein the non-infectious disease is multiple sclerosis and the Mikroor ¬ organisms comprise at least one microorganism selected from ¬ from the group comprising non-cultured
Sulfuricurvum RIFRC 1, Faecalibacterium prausnitzii, Sulfuricurvum RIFRC 1, Faecalibacterium prausnitzii,
Methanoculleus bourgensis MS2, Halorhabdus tiamatea SARL4B, Sinorhizobium fredii HH103, Methanoculleus bourgensis MS2, Halorhabdus tiamatea SARL4B, Sinorhizobium fredii HH103,
Thermus thermophiles JL 18, Halalkalicoccus jeotgali B3, Chitinophaga pinensis DSM 2588, Halogeometricum borinquense DSM 11551, Frateuria aurantia DSM 6220, Shigella flexneri 2002017, Burkholderia cenocepacia HI2424, Escherichia coli PMV 1, Escherichia coli APEC Ol, Escherichia coli 0157 H7 Thermus thermophiles JL 18, Halalkalicoccus jeotgali B3, Chitinophaga pinensis DSM 2588, Halogeometricum borinquense DSM 11551, Frateuria aurantia DSM 6220, Shigella flexneri 2002017, Burkholderia cenocepacia HI2424, Escherichia coli PMV 1, Escherichia coli APEC Ol, Escherichia coli 0157 H7
EC4115, Shigella dysenteriae Sdl97, Rhodoferax ferrireducens T118, Escherichia coli SMS 3 5, Salmonella enterica arizonae serovar 62 z4 z23, Escherichia coli O104 H4 2009EL 2071, Escherichia coli 055 H7 RM12579, Escherichia coli O104 H4 2009EL 2050, Escherichia coli 055 H7 CB9615, Escherichia coli IHE3034, Pseudomonas putida W619, Escherichia coli 55989, Burkholderia cenocepacia MCO 3, Escherichia coli Xuzhou21, Escherichia coli 0157 H7 Sakai, Escherichia coli 0157 H7 TW14359, Gamma proteobacterium HdNl, Shigella dysenteriae 1617, Serratia plymuthica S13, Escherichia coli UTI89, Esche¬ richia coli ABU 83972, Polaromonas naphthalenivorans CJ2, Escherichia coli 083 Hl NRG 857C, Escherichia coli 0157 H7 EDL933, und Escherichia coli LF82. Escherichia coli O104 H4 2009EL 2071, Escherichia coli 055 H7 RM12579, Escherichia coli O104 H4 2009EL 2050, Escherichia coli 055 H7 CB9615, Escherichia coli O554 H4 2009EL 2071, Escherichia coli 055 H7 RM12579, Escherichia coli O104 H4 2009EL 2050, Escherichia coli O55 H7 CB9615, Escherichia coli O104 H4 Escherichia coli IHE3034, Pseudomonas putida W619, Escherichia coli 55989, Burkholderia cenocepacia MCO3, Escherichia coli Xuzhou21, Escherichia coli 0157 H7 Sakai, Escherichia coli 0157 H7 TW14359, gamma proteobacterium HDNL, Shigella dysenteriae 1617, Serratia plymuthica S13, Escherichia coli UTI89, ash ¬ richia coli ABU 83972, Polaromonas naphthalenivorans CJ2, Escherichia coli 083 Hl NRG 857C, Escherichia coli 0157 H7 EDL933, and Escherichia coli LF82.
PCT/EP2016/054629 2015-04-10 2016-03-04 Method for identifying microorganisms WO2016162149A1 (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102015206444.1A DE102015206444B3 (en) 2015-04-10 2015-04-10 Method for detecting microorganisms
DE102015206444.1 2015-04-10

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2016162149A1 true WO2016162149A1 (en) 2016-10-13

Family

ID=55586270

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/EP2016/054629 WO2016162149A1 (en) 2015-04-10 2016-03-04 Method for identifying microorganisms

Country Status (2)

Country Link
DE (1) DE102015206444B3 (en)
WO (1) WO2016162149A1 (en)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012101643A1 (en) * 2011-01-26 2012-08-02 Ramot At Tel-Aviv University Ltd. Detection of infection by a microorganism using small rna sequencing subtraction and assembly
WO2013188576A2 (en) * 2012-06-12 2013-12-19 Institute For Systems Biology Complex rna composition of bodily fluids
US20140249036A1 (en) * 2013-03-04 2014-09-04 Fry Laboratories, LLC Method and kit for characterizing microorganisms

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20130121968A1 (en) * 2011-10-03 2013-05-16 Atossa Genetics, Inc. Methods of combining metagenome and the metatranscriptome in multiplex profiles

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012101643A1 (en) * 2011-01-26 2012-08-02 Ramot At Tel-Aviv University Ltd. Detection of infection by a microorganism using small rna sequencing subtraction and assembly
WO2013188576A2 (en) * 2012-06-12 2013-12-19 Institute For Systems Biology Complex rna composition of bodily fluids
US20140249036A1 (en) * 2013-03-04 2014-09-04 Fry Laboratories, LLC Method and kit for characterizing microorganisms

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
LAURA MACCONAILL ET AL: "Adding pathogens by genomic subtraction", NATURE GENETICS, vol. 40, no. 4, 1 April 2008 (2008-04-01), pages 380 - 382, XP055026729, ISSN: 1061-4036, DOI: 10.1038/ng0408-380 *
RAWAT ARUN ET AL: "MetaGeniE: Characterizing Human Clinical Samples Using Deep Metagenomic Sequencing", PLOS ONE, vol. 9, no. 11, November 2014 (2014-11-01), XP055274371 *
WEBER GRIFFIN ET AL: "Identification of foreign gene sequences by transcript filtering against the human genome", NATURE GENETICS, vol. 30, no. 2, February 2002 (2002-02-01), pages 141 - 142, XP055274189, ISSN: 1061-4036 *

Also Published As

Publication number Publication date
DE102015206444B3 (en) 2016-05-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE102009032649B4 (en) Mass spectrometric identification of microbes by subspecies
EP1846757B1 (en) Method and system for mass spectrometry analysis
DE102010006450B4 (en) Stepped search for microbial spectra in reference libraries
DE102015216782B3 (en) Use of microRNAs circulating in the blood serum or blood plasma for identifying patients who are subject to biopsy and as markers for the differential diagnosis of individual non-ischemic cardiomyopathies or cardiac memory disorders
DE102010038014A1 (en) Method for characterizing a sample and a system
CN116741268A (en) Method, device and computer readable storage medium for screening key mutation of pathogen
CN111445991A (en) Method for clinical immune monitoring based on cell transcriptome data
EP3872186B1 (en) Method for spectrometric characterization of microorganisms
DE102012015446A1 (en) Mixture detection by mass spectrometric microbial identification
EP2978858B1 (en) In vitro method for the prognosis of successful implantation and/or transplantation
WO2016162149A1 (en) Method for identifying microorganisms
CN116913382A (en) Artificial intelligence model and method for predicting intestinal age index based on microbiome sequencing data
CN114496089B (en) Pathogenic microorganism identification method
CN114317725B (en) Crohn disease biomarker, kit and screening method of biomarker
Dahlmanns Development of quantitative functional analysis tools and models for neuroscientific applications
CN211578386U (en) Metagenome analysis device
Boos Non-suppurative encephalitis and encephalopathies of unknown origin in horses from Brazil
CN117012274B (en) Device for identifying gene deletion based on high-throughput sequencing
EP2613139B1 (en) Method for the analysis of samples and systems thereof
DE102008061774A1 (en) Indexing of nucleic acid populations
WO2023006175A1 (en) Method for classifying at least one nucleic acid sequence and apparatus, computer program, computer-readable storage medium and digital image
WO2022128787A1 (en) Method and device for training a classifier for molecular biological examinations
Biswa et al. Tameness selection pressure affects gut virome diversity in mice
WO2015150113A1 (en) Method for molecular diagnostics for concentrating a nucleic acid from a biological sample
Bampalikis Recognizing biological and technical differences in scRNAseq: A comparison of two protocols

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 16710690

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 16710690

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1