WO2016020573A1 - Método de monitorización de tratamiento antipsicótico - Google Patents

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WO2016020573A1
WO2016020573A1 PCT/ES2015/070608 ES2015070608W WO2016020573A1 WO 2016020573 A1 WO2016020573 A1 WO 2016020573A1 ES 2015070608 W ES2015070608 W ES 2015070608W WO 2016020573 A1 WO2016020573 A1 WO 2016020573A1
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treatment
detection
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PCT/ES2015/070608
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English (en)
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Jseús Vicente SAINZ MAZA
Benedicto CRESPO FACORRO
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Consejo Superior de Investigaciones Cientificas CSIC
Universidad de Cantabria
Fundacion Instituto de Investigacion Marques de Valdecilla
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Consejo Superior de Investigaciones Cientificas CSIC
Universidad de Cantabria
Fundacion Instituto de Investigacion Marques de Valdecilla
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids

Definitions

  • the present invention relates to a method for monitoring an antipsychotic treatment in a subject diagnosed with psychosis comprising the detection and / or quantification of the expression of the RPPH1 gene. Therefore, the present invention could be framed in the field of medicine. STATE OF THE TECHNIQUE
  • Psychotic diseases also called psychotic disorders, have common pathological and symptomatic features, with psychosis. These diseases include schizophrenia, bipolar disorder, depression, alcoholism, drug addiction and alcohol or drug withdrawal syndrome, with schizophrenia considered as representative of this group.
  • Schizophrenia is a serious mental illness characterized by positive (hallucinations, delusions, behavioral alterations) and negative symptoms (flattened affection, alogia, anergy, associability), and cognitive malfunction already from the initial stages of the disease (Pelayo-Terán JM et al. Eariyinterv. Psychiatry 2008 2: 178-187).
  • all these manifestations are associated with very negative effects on the functioning and personality of the affected individual.
  • the onset of symptoms normally occurs in young adulthood, with a lifetime prevalence of around 0.3-0.7%. (van Os J et al.
  • RNA ribonucleic acid
  • CHRNA7 7-acetylcholine receptor
  • a method for the monitoring of antipsychotic treatments is described as well as to indicate the clinical response to said treatment in individuals with psychosis.
  • This invention identifies new genetic markers that are useful for monitoring an antipsychotic treatment and / or indicate the favorable or not response to the treatment of patients with psychosis, including patients with schizophrenia.
  • genes with significant differential expression are identified between individuals with psychosis and control individuals and also between individuals with psychoses treated and not treated with antipsychotics (cases / controls; medicated / non-medicated). Genes have been identified, among which RPPH1 stands out, whose expression is altered due to the effects of antipsychotic drugs.
  • mRNA messenger RNA
  • group 1 healthy controls
  • group 2 patients with disease without medication (have never received any antipsychotic treatment)
  • group 3 those same patients in group 2 after three months of treatment and with changes in their clinical symptoms
  • the differential expression profiles performed have allowed us to characterize new genes involved in the therapeutic action of antipsychotics that have not been detected using others.
  • RPPH1 the genes that demonstrate its usefulness for the monitoring of antipsychotic treatments as well as to indicate the clinical response to such treatment in individuals with psychosis is the RPPH1 gene and also its combination with any of the genes ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • a first aspect of the present invention relates to a method of obtaining useful data for the monitoring of an antipsychotic treatment in a subject diagnosed with psychosis comprising the detection and / or quantification of the expression of the RPPH1 gene in a isolated biological sample from said subject before and after the administration of antipsychotic treatment and / or to indicate the favorable clinical response or not to an antipsychotic treatment.
  • first method of the invention we will refer to this as the "first method of the invention”.
  • Monitoring of a treatment means the indication of whether the patient is properly medicated with said treatment; i.e. who is following the prescribed medication properly (abandonment of treatment is common in these patients).
  • RPPH 1 is understood as the gene known by its identification number 85495 (Gene ID of the NCBI) [Ribonuclease P RNA Component H1).
  • Treatment means the set of means used to cure or alleviate a disease.
  • Antipsychotic treatment means the measures known by the person skilled in the art taken to alleviate psychosis, preferably the administration of antipsychotic drugs, such as, but not limited to, clozapine (Clorazil®), risperidone (Risperdal®), olanzapine (Zyprexa®), quetiapine (Seroquel®), ziprasidone (Geodon®), aripiprazole (Abilify®), paliperidone (Invega®), asenapine, iloperidone (Zomaril®), zotepine, amisulpride, chlorpromazine (Largapine®) , fluphenazine (Prolixin®), haloperidol (Aldol®, Serenace®), loxapine (Loxapac®, Loxitane®), perphenazine, pi
  • the term "subject”, “individual” and “patient” are used interchangeably.
  • the subject is a human.
  • Psychosis means any psychopathological condition in which symptoms appear as hallucinations, delusions and behavioral alterations that are associated with an alteration of the reality judgment and without altering the level of consciousness.
  • biological sample in the present invention refers to any sample that makes it possible to detect and / or quantify the expression of the gene or genes of the individual from which said sample was obtained, and includes, but is not limited to, any of the biological fluids of an individual, obtained by any method known to a person skilled in the art that serves this purpose.
  • the biological sample comprises RNA and / or protein, preferably messenger RNA.
  • the biological sample could be, for example, but not limited to, a sample of fluid, such as blood, plasma, serum, saliva, urine, synovial fluid or lymph. It can also be a tissue sample.
  • the biological sample can also come from routine extractions in analyzes that can be performed periodically to patients.
  • the biological sample in the present invention can be fresh, frozen, fixed, or fixed and embedded in paraffin.
  • the method further comprises the detection and / or quantification of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4 , OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2, or any combination thereof.
  • the genes are ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • ALPL alkaline phosphatase, liver / bone / kidney, referred to the identification number gene or geneID 249), CRISP3 ⁇ cysteine-rich secretor / protein 3, geneID 10321), ABCA13 ⁇ ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 13, geneID 154664), CEACAM8 (carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8, geneID 1088), MMP8 (matrix metallopeptidase 8 (neutrophil collagenase), geneID 4317) , OLFM4 (olfactomedin 4, geneID 10562), OLR1 (oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1, geneID 4973), LTF (lactotransferrin, geneID 4057), GPER (G protein-coupled estrogen receptor 1, geneID 2852), MIR3198 ⁇ microRNA 3198-1, geneID 100423025), ADAMTS2 ⁇
  • identification numbers are those of the NCBI database ⁇ National Center for Biotechnology Information).
  • the method further comprises the detection and / or quantification of the expression of the ALPL gene.
  • the method further comprises the detection and / or quantification of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198, or any combination thereof.
  • the genes are CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198.
  • the method further comprises the detection and / or quantification of ADAMTS2 gene expression.
  • the method further comprises the detection and / or quantification of the expression of the UNC45B gene. In another even more preferred embodiment, the method further comprises the detection and / or quantification of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2 or any combination thereof. Preferably the genes are CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • a second aspect of the present invention relates to an in vitro method for the monitoring of an antipsychotic treatment and / or the indication of the clinical response to an antipsychotic treatment in a subject diagnosed with psychosis comprising: a. detecting and / or quantifying the levels of an RPPH1 gene expression product in an isolated biological sample from said subject before the administration of the treatment;
  • step (b) detecting and / or quantifying the level of the gene expression product described in step (a) in an isolated biological sample from the same subject after the administration of the treatment;
  • in vitro refers to the method of the invention being performed outside the subject's body.
  • the levels of the expression product in the present invention may be previously normalized.
  • “Favorable response” means the significant reduction, for example of 40%, of the symptoms of the psychosis of the patient according to the Brief Phsychiatric Rating Scale (BPRS) scale (Overall, JE and Gorham, DR (1962) The Brief Psychiatric Rating Scale. Psychol Rep 10: 799-812).
  • BPRS Brief Phsychiatric Rating Scale
  • the method further comprises the detection and / or quantification of the expression in step (a) and in step (b) is at least one of the genes that are selected from the list that It includes: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2, or any combination thereof; preferably the genes are ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2; and where in step (d) a significant decrease in the expression of RPPH1 and a significant decrease in the expression of ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2; and where in step (d)
  • step (d) a significant decrease in the expression of RPPH1 is associated, ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2; and a significant increase in the expression of CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 and LTF, with the follow-up of the treatment and / or a favorable response to the antipsychotic treatment.
  • the method further comprises the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) of the expression of the ALPL gene; and in step (d) the association of a significant decrease in ALPL expression with treatment follow-up and / or a favorable response to antipsychotic treatment.
  • the method further comprises the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198, or any combination thereof; and in step (d) a significant decrease in the expression of GPER, MIR3198, is associated; or a significant increase in the expression of CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 or LTF, or any combination thereof, with treatment follow-up and / or a favorable response to antipsychotic treatment.
  • the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) is of the genes CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198; and in step (d) a significant decrease in the expression of GPER and MIR3198 is associated; or a significant increase in the expression of CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 and LTF, with the follow-up of the treatment and / or a favorable response to the antipsychotic treatment.
  • the method further comprises the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) of ADAMTS2 gene expression; and in step (d) the association of a significant decrease in ADAMTS2 expression with treatment follow-up and / or a favorable response to antipsychotic treatment.
  • the method further comprises the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) of the level of expression of the UNC45B gene; and in step (d) the association of a significant decrease in the expression of UNC45B with the follow-up of the treatment and / or a favorable response to the antipsychotic treatment.
  • step (a) also comprises the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2 or any combination thereof; and in step (d) the association of a significant decrease in the expression of the CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2 genes, or any combination thereof, with the follow-up of the treatment and / or a favorable response to the antipsychotic treatment.
  • the detection and / or quantification in step (a) and in step (b) is of the CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2 genes; and in step (d) a significant decrease in the expression of CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2 is associated with treatment follow-up and / or a favorable response to antipsychotic treatment.
  • the detection and / or quantification in the present invention can be carried out by any technique known to the person skilled in the art, for example by sequencing, amplification by polymerase chain reaction (PCR), microarray or SAGE. Detection can be carried out using primers and / or probes.
  • PCR polymerase chain reaction
  • Detection can be carried out using primers and / or probes.
  • the detection and / or quantification is carried out by sequencing, PCR, microarray or by serial analysis of gene expression (SAGE).
  • sequencing refers to the determination of the nucleotides of a template nucleic acid and its order.
  • Conditions under which sequencing is performed generally include (a) contacting a template nucleic acid with a polymerase in a mixture that further comprises a primer, a bivalent cation (eg, Mg 2+ ), and nucleotides, generally, dNTPs and at least one ddNTP (dideoxynucleotidotrifostat), and (b) subjecting said mixture to a temperature sufficient for the polymerase to initiate the incorporation of the nucleotides into the primer by complementing bases with the template nucleic acid, and giving rise to a population of complementary DNA molecules of different sizes.
  • the separation of said population from complementary DNA molecules generally, by electrophoresis, allows the nucleotide sequence to be determined.
  • amplification refers to the increase in the number of copies of a template nucleic acid.
  • the conditions in which amplification is performed generally include (a) contacting a template nucleic acid with a polymerase in a mixture that further comprises at least one primer (usually two primers), a bivalent cation (eg, Mg 2+ ), and nucleotides, generally, dNTPs, and (b) subjecting said mixture to a temperature sufficient for the polymerase to initiate the incorporation of the nucleotides into the primer by complementing bases with the template nucleic acid, and giving rise to a population of complementary DNA molecules Usually the same size.
  • the PCR can also be quantitative real-time PCR.
  • template nucleic acid refers to a single or double stranded nucleic acid molecule that is to be amplified or sequenced.
  • primer also called “first” or “oligo”
  • oligo refers to an oligonucleotide capable of acting as the starting point of DNA synthesis when hybridized with the template nucleic acid.
  • the primer is a deoxyribose oligonucleotide.
  • Primers can be prepared by any suitable method, including, but not limited to, cloning and restriction of appropriate sequences and direct chemical synthesis.
  • the primers can be designed to hybridize with specific nucleotide sequences in the template nucleic acid (specific primers) or can be synthesized at random (arbitrary primers).
  • a "primer” can be labeled or labeled by techniques well known in the state of the art.
  • Detectable labels include, for example, radioactive isotopes, fluorescent labels, chemiluminescent labels, bioluminescent labels or enzymatic labels.
  • microarray or “chip” in the present invention refers to a solid support to which the RNA or protein is bound for gene expression analysis by hybridization with probes or antibody detection.
  • SAGE refers to the detection and quantification of gene expression by RNA measurement.
  • the variants can be used SAGE known to those skilled in the art, such as SuperSAGE, MicroS AGE and LongSAGE.
  • a third aspect of the present invention relates to the use of the expression of the RPPH1 gene as a biomarker for monitoring an antipsychotic treatment and / or the indication of the clinical response to said antipsychotic treatment in a subject diagnosed with psychosis.
  • a preferred embodiment of the third aspect of the invention further comprises the use of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2, or any combination thereof.
  • the genes are RPPH 1, ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • Another preferred embodiment of the third aspect of the invention further comprises the use of ALPL gene expression. More preferably it also includes the use of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198 or any combination thereof; preferably the genes are CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198.
  • Another preferred embodiment of the third aspect of the invention further comprises the use of ADAMTS2 gene expression. More preferably it also comprises the use of the expression of the UNC45B gene. Even more preferably it also comprises the use of the expression at least one of the genes that are selected from the list comprising: CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2, or any combination thereof; preferably from CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • psychosis is caused by at least one of the diseases that are selected from the list comprising: schizophrenia, bipolar disorder, depression, alcoholism, drug addiction and withdrawal syndrome of alcohol or drugs.
  • the disease is schizophrenia.
  • "Schizophrenia” means that disease in which there is a sensory and perceptual alteration that lasts more than six months without other psychopathological alterations (affective and level of consciousness) that are associated with the appearance of the picture. Its duration must be at least six months (according to the American Psychiatric Association, DSM-V).
  • the antipsychotic treatment is selected from the list comprising: clozapine, risperidone, olanzapine, quetiapine, ziprasidone, aripiprazole, paliperidone, asenapine, iloperidone, zotepine, amisulpride, Chlorpromazine, fluphenazine, haloperidol, loxapine, perphenazine, pimozide and zuclopenthixol.
  • the expression is of RNA and / or protein.
  • the RNA can be messenger RNA (mRNA) or a microRNA.
  • the present invention also relates to the use of the expression of the genes described in the present invention (RPPH1; RPPH1 and at least ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 or ENTPD2, or any combination thereof; RPPH1, ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTP2; ALPL; RPPH1, ALPL and at least CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER,
  • a fourth aspect of the present invention relates to a kit comprising primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of the expression of the RPPH1 gene.
  • the kit further comprises primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2, or any combination thereof.
  • the kit comprises primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of the expression of the RPPH1, ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177 genes , RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • the kit further comprises primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of the expression of the ALPL gene.
  • it also comprises primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF , GPER and MIR3198 or any combination thereof; preferably from CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1, LTF, GPER and MIR3198.
  • the kit further comprises primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of ADAMTS2 gene expression. In an even more preferred embodiment, it also comprises primers, probes or antibodies specific for the detection and / or quantification of the expression of the UNC45B gene. More preferably, the kit also comprises specific primers, probes or antibodies for the detection and / or quantification of the expression of at least one of the genes that are selected from the list comprising: CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2, or any combination thereof ; preferably the genes are CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2.
  • the kit consists of specific primers, probes or antibodies for the detection and / or quantification of the expression of the genes and combinations described previously.
  • a fifth aspect of the present invention relates to the use of the kit of the fourth aspect of the invention for the monitoring of an antipsychotic treatment and / or the indication of the clinical response favorable or not to an antipsychotic treatment in a subject diagnosed with psychosis.
  • psychosis is caused by at least one of the diseases that are selected from the list comprising: schizophrenia, bipolar disorder, depression, alcoholism, drug addiction and alcohol or drug withdrawal syndrome.
  • the disease is schizophrenia.
  • the antipsychotic treatment is selected from the list comprising: clozapine, risperidone, olanzapine, quetiapine, ziprasidone, aripiprazole, paliperidone, asenapine, iloperidone, zotepine, amisulpride, chlorpromazine, fluphenazine, fluphenazine, fluphenazine, fluphenazine, fluphenazine, fluphenazine , perphenazine, pimozide and zuclopenthixol.
  • FIG. 1 Graph representing the level of expression, obtained by massive sequencing of the transcritptoma, of ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 and UNC45B.
  • the level of expression of the untreated cases "1" was obtained in our previous study of a group of 36 patients with schizophrenia, the levels of the untreated cases "2" correspond to the subsequent study with data from 22 of the treated patients previously.
  • Example 1 Differential expression in 22 patients with unmedicated schizophrenia (have never previously received treatment) and medicated (those same patients after being treated for three months).
  • the transcriptome of 22 of the 36 schizophrenia patients analyzed in said previous study before and after antipsychotic medication was analyzed.
  • the decreased expression genes are the genes: RPPH1, ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 and ENTPD2; while the genes whose expression is The genes are increased: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 and LTF.
  • Six genes of these 17 genes have significantly greater expression in schizophrenics than in control individuals according to the publication of Sainz J et al.
  • ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2, UNC45B genes with differential expression are common with the document by Sainz J et al. 2013 among non-medicated / medicated schizophrenics, they also have differential expression in non-medicated schizophrenics / healthy controls. Specifically, in patients six of the genes that have altered expression in schizophrenia, their expression is reverted back to levels of expression of control subjects, when they take antipsychotic medication (Table 3).
  • Schizophrenia is considered as a combination of genetic variants that in each individual case causes the disease uniquely. That is why the analysis of the values of genes with differential expression characteristic of schizophrenia (table 3) must be accompanied by the assessment of the genes altered by the medication (table 2) in order to better identify the patient's adherence to treatment. In this sense, the genes in table 2 that best identify the patients who follow the treatment are RPPH1 and ALPL (with 81% of the patients identified with these genes).
  • the combination of ALPL with any of the genes identified in Table 3 is the least informative since there is at least one patient (identified as 51 1) that would only have higher values before the medication later in one of the genes (UNC45B) and not in the others, when said decrease caused by the treatment is key in all these genes: RPPH1, ALPL, ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 and UNC45B (Table 1 ); therefore, the combination ALPL, ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 and UNC45B could underrepresent the follow-up of the treatment and its effects on the progress of the schizophrenic patient.
  • the RRPH1 combination together with the genes identified in Table 3 does identify at least two genes whose expression decreases with treatment, improving the information obtained with the combination mentioned above. ;
  • the present invention demonstrates the usefulness of the expression of the RPPH1 gene for the monitoring of an antipsychotic treatment and / or for knowing the clinical response to an antipsychotic treatment, as well as that of its combination with the expression of the genes described in the present invention for the same purpose.
  • Example 3 Genes with reversed expression by antipsychotics
  • BaseMean is the average expression of the individuals in the group.
  • BaseMean No med is the mean expression in non-medicated individuals in the case / control study.
  • BaseMean No med2 is the mean expression in non-medicated individuals in the medicated / non-medicated study.
  • BaseMeanMed is the mean expression in medicated individuals Example 4. Enrichment in Gene Ontoloqy categories
  • the GWAS catalog includes associations to traits / diseases for 4,828 genes of the 22,278 we have analyzed in our expression studies, or a fraction equivalent to 21.67% of the total.
  • the fraction of genes with differential expression noted in GWAS is somewhat higher (35.29%), therefore we observe an enrichment, although not significant, of genes associated with diseases in genes whose expression is modulated by antipsychotics.
  • ABCA13 has been related to schizophrenia (although it has not been related to the therapeutic effect of antipsychotic drugs), bipolar disorder and depression (Knight HM et al. Am. J. Hum. Genet. 200985 (6): 833-46) and the LTF and OLR1 genes with the immune system in several studies (Guillen C et al. J Immunol. 2002 168 (8): 3950 -7; Huang D et al. J. Cardiovasc. Pharmacol. 2012 60: 133-9), LTF with wound response (Engelmayer J et al. J. Surg. Res.
  • the patients recruited in this study were obtained from a consecutive sample of non-affective psychotic patients enrolled in the program of first episode of psychosis (PAFIP) from May 2010 to May 2012. Patients had to meet the following criteria: 1) age 15-60 years, 2) live in the catchment area, 3) that was his first episode of psychosis 4) never having been treated with antipsychotic medications, 5) meet the DSM-IV criteria for short-term psychosis, disorder schizophreniform, schizophrenia, or schizoaffective disorder, 6) who have understood the nature of the study and signed an informed consent document.
  • PAFIP program of first episode of psychosis
  • the antipsychotic drugs with which patients were treated are second generation antipsychotics that are characterized by having a common action of antagonism at the level of 5-HT2 and D2 receptors and represent the Most of the second generation antipsychotics used today.
  • a relatively potent action of serotonin 5-HT2A receptor antagonism associated with a milder antagonism of D2 dopamine receptors is the common central feature of second generation antipsychotics.
  • the only one of those drugs used that has a differentiated action is aripiprazole that has an associated action of partial agonist of the high affinity D2 dopamine receptors.
  • BPRS Brief Psychiatric Rating Scale
  • CDSS Calgary Depression Scale for Schizophrenia
  • SANS Scale of the Assessment of Negative Symptoms
  • SAPS Scale of the Assessment of Positive Symptom
  • CGI Clinical Global Impression
  • Mean average. SD, standard deviation.
  • Venous blood samples were obtained under the same conditions with people (patients and controls) fasting and were collected between 08: 00-10: 00 a.m. This extraction protocol was similar in the initial (baseline) extraction and three months later. The patients were without antipsychotic treatment at the time of blood collection from baseline.
  • a key factor is that the RNA is as intact as possible, that is, with the least possible degradation.
  • the "IntegrityNumber RNA” was obtained using a Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA). Samples with an RIN of ⁇ 6.9 were selected. The set of selected samples have RINs ranging from 6.9 to 9.4 with an average of 8.4. Next generation sequencing RNA ("next generation sequencinq").
  • Sequences (readings) of single fragments of 35 nucleotides were obtained using the GenomeAnalyzerlIx mass sequencing platform (lllumina Inc.). The sequences obtained were filtered using quality criteria (reliability of the reading of each base provided by the software of the platform used, llluminallx). The quality filters passed an average of 76% of the readings obtained. The sequence readings that passed the quality filters were aligned with the human reference genome [hg19, February 2009 human referencesequence (GRCh37), Genome Reference Consortium] obtained from UCSC Genome Bioinformatics. The alignment of the readings was carried out using the ⁇ Ilumina Casava 1 .8.1 software package, with software specifically configured to process RNA-Seq data.
  • the length of the sequences read varies between 35 base pairs (bp) to 38bp, so the alignment was configured to mask the sequences until a uniform length of 35 nucleotides was obtained. This masking was done in order to avoid the alignment biases in the genome that we observed when the sequences analyzed varied in length.
  • the Bedtools 2.15.0 (“bedtoolscoverage”) tool was used to compute the amount of readings (sequences) assigned to each gene.
  • the DESeq 1 .9.6 package (Anders S and Huber JS Genome Biology 2010 1 1: R106)) for R in Bioconductor was used to analyze the differential expression of the human reference genes (22,278 RefSeqs) according to the computed number of sequences obtained for each gene
  • the "fit-only" configuration was used as the adjustment method.
  • Casava 1 .8.1 was used to calculate RPKMs (readings per kilobase per million readings mapped in the reference genome). RPKM values allow comparison of gene expression data obtained in different experiments and of different genes when normalized.

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Abstract

La presente invención se refiere a un método de monitorización de tratamiento antipsicótico y/o de indicación de respuesta al mismo en un sujeto diagnosticado con psicosis que comprende al menos la detección y/o cuantificación de la expresión del gen RPPH1. También se refiere al uso de la expresión del gen RPPH1 como biomarcador para el mismo fin. Además, también se refiere a un kit para la detección de la expresión del gen RPPH1 y el uso del mismo para los fines descritos.

Description

MÉTODO DE MONITORIZACIÓN DE TRATAMIENTO ANTIPSICÓTICO
DESCRIPCIÓN La presente invención se refiere a un método para la monitorización de un tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis que comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen RPPH1 . Por lo tanto, la presente invención podría encuadrarse en el campo de la medicina. ESTADO DE LA TÉCNICA
Las enfermedades psicóticas, también denominados trastornos psicóticos, presentan rasgos comunes etiopatológicos y sintomáticos, cursando con psicosis. Entre dichas enfermedades destacan la esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadicción y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas, siendo la esquizofrenia considerada como representativa de este grupo.
La esquizofrenia es una enfermedad mental grave caracterizada por síntomas positivos (alucinaciones, delirios, alteraciones de conducta) y negativos (afecto aplanado, alogia, anergia, asociabilidad), y un mal funcionamiento cognitivo ya desde las fases iniciales de la enfermedad (Pelayo-Terán JM et al. Eariyinterv. Psychiatry 2008 2: 178-187). Además de esta evidente disparidad psicopatológica con síntomas psicóticos, afectivos, cognitivos, etc., todas estas manifestaciones se asocian con efectos muy negativos sobre el funcionamiento y la personalidad del individuo afectado. El inicio de los síntomas se produce normalmente en la edad adulta joven, con una prevalencia a lo largo de la vida de alrededor del 0,3-0,7%. (van Os J et al. Lancet 2009 374(9690): 635-45; van Os J et al., Psychol. Med. 2009 Feb;39(2): 179- 95). Generalmente, los primeros síntomas de la enfermedad se producen en la adolescencia o en la edad adulta temprana, y raramente en niños; la edad de presentación se ha calculado entre los 15 y los 35 años (50% por debajo de los 25 años), siendo infrecuente después de los 40 años. La incidencia de esquizofrenia es ligeramente mayor en hombres que en mujeres (1 ,6:1 ). Un número considerable de pacientes presenta un grado importante de discapacidad durante los primeros años de evolución de la enfermedad. La expectativa de vida de las personas con la enfermedad se reduce una media de 10 años. Aunque los síntomas y el desarrollo de la esquizofrenia son variables, en general, las personas afectadas suelen tener condiciones mórbidas adicionales como la depresión mayor y trastornos de ansiedad. Además de todo ello, al ser una enfermedad crónica conlleva un importante deterioro en la calidad de vida del paciente y por extensión también a las familias de las personas afectadas. De este modo la atención a esta patología se considera de máxima relevancia.
Históricamente se ha perseguido demostrar el papel de diversos factores (genéticos, biológicos y ambientales) como causantes o precipitantes de la esquizofrenia; pero ninguna teoría ha obtenido una aceptación plena, de tal manera que las hipótesis actuales defienden la existencia de mecanismos etiopatogénicos multifactoriales. La genética, los factores ambientales, la neurobiología, y procesos psicológicos y sociales son factores que parecen influir de manera necesaria en la aparición de la enfermedad. Los estudios epidemiológicos y genéticos han demostrado que una combinación de factores genéticos y ambientales contribuye a la aparición y desarrollo de la esquizofrenia. Según estudios realizados en parejas de gemelos, hay una transmisión compleja con un fuerte componente hereditario estimado en entre 80% - 85% (Tandon R et al. Schizophr. Res. 2008 102 (1 -3): 1-18; Cardno AG et al. Arch. Gen. Psychiatry 1999 Feb;56(2): 162-8). Se ha propuesto un modelo poligénico, con un número indefinido de genes con efecto aditivo, para explicar el componente genético en el desarrollo de la enfermedad.
Dada la ausencia de marcadores específicos definidos el diagnóstico se realiza mediante la observación del comportamiento del paciente y la descripción que el propio paciente hace de sus experiencias. El tratamiento en las etapas iniciales de la enfermedad es crucial para mejorar el pronóstico de la enfermedad. En la actualidad los fármacos antipsicóticos disponibles (con una acción principal de bloqueo de receptores dopaminérgicos) mejoran los síntomas positivos (alucinaciones, delirios, alteraciones de conducta) pero tienen un efecto muy limitado sobre los síntomas negativos (afecto aplanado, abulia, anergia, asocialidad, etc.) y déficits cognitivos (déficits de atención, memoria de trabajo, memoria visual) que sufren los pacientes. A pesar de que la medicación disminuye o mejoran los síntomas positivos solamente el 50-60% de los pacientes presentan una mejoría marcada (respondedores) (Crespo- Facorro B et al. Psychopharmacology 2012 Jan; 219(1 ): 225-33). Un inicio temprano de la enfermedad, problemas en la adaptación del individuo previos al inicio de la enfermedad, así como un retraso en el uso de un tratamiento efectivo parece estar relacionado con una peor respuesta al tratamiento (Marshall M et al. Arch. Gen. Psychiatry. 2005 Sep;62(9): 975-83; Crespo-Facorro B et al. J. Psychiatr. Res. 2007 Oct;41 (8): 659-66). La caracterización de los factores predictivos de una respuesta adecuada al tratamiento farmacológico es una de las áreas importantes para la investigación y el tratamiento de la esquizofrenia. Determinar, antes del tratamiento, la probabilidad de obtener una respuesta favorable al tratamiento neuroléptico (antipsicótico) ayudaría en la práctica clínica para seleccionar tratamientos apropiados y mejorar el pronóstico. Sin embargo, aún no hay indicadores biológicos (biomarcadores) claros que permitan a los médicos predecir la respuesta del paciente individual a los fármacos antipsicóticos. Las razones para el éxito o el fracaso terapéutico de los fármacos antipsicóticos no están claramente establecidas, aunque se postula que la variabilidad de ciertos factores genéticos contribuye a determinar la respuesta que un individuo tendrá al tratamiento antipsicótico.
En relación a la variabilidad de la respuesta clínica al tratamiento con fármacos antipsicóticos, varios estudios han confirmado la importancia de las mutaciones funcionales detectadas en las enzimas metabólicas CYP (Ingelman-Sundberg M et al. Pharmacogenetics 2000 Feb;10(1 ): 91-3; Nebert DW et al. Pharmacology 2000 Sep;61 (3): 124-35) y en genes relacionados con la neurotransmisión dopaminérgica y serotoninérgica (Zhang JP et al. Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 201 1 Jan;7(1 ): 9- 37). Algunas de estas mutaciones se han asociado con el desarrollo de efectos secundarios y se ha sugerido que se puede utilizar para ajustar las dosis terapéuticas de los fármacos antipsicóticos y anti-depresivos. Las investigaciones que estudian genes relacionados con las vías de neurotransmisores, tradicionalmente implicados con la enfermedad, no han proporcionado grandes progresos para explicar la variabilidad observada en la respuesta al tratamiento con fármacos antipsicóticos. Otros genes y/o otros factores genéticos y genómicos, que aún no se ha caracterizado, pueden contribuir a causar la enfermedad y la respuesta a los fármacos. Con el fin de ser capaz de seleccionar la medicación antipsicótica más adecuada para cada paciente, y para generar terapias nuevas y más eficaces, es necesario identificar los componentes genómicos hoy desconocidos. Las alteraciones en la expresión y regulación génica pueden explicar los procesos por los que pasa la enfermedad, los mecanismos de acción de los tratamientos y los resultados obtenidos con el tratamiento. Estas alteraciones no son detectables a través de estudios clásicos de ligamiento y asociación genética. El uso de técnicas (secuenciación a gran escala) para medir las diferencias en la expresión génica con gran precisión puede ayudar a discernir los cambios que reflejan alteraciones bioquímicas u otros mecanismos causantes de la patología de la enfermedad (Konradi C.Brain Res. Rev. 2005 Dec 1 ;50(1 ): 142-55). Los estudios post-mortem de la expresión génica obtenidos en los cerebros de los pacientes con esquizofrenia se ven afectados por la variación en los niveles de ácido ribonucleico (ARN) dependiendo del fármaco utilizado y el tiempo de recolección de la muestra después de la muerte. Sin embargo, una alternativa viable es el análisis de los niveles de ARN en los linfocitos, libres de la variabilidad observada en estudios post-mortem (Czermak C et al. J. Neuroimmunol. 2004 May; 150(1 -2): 145-9). Otros trabajos han demostrado que el nivel de expresión de genes que codifican los receptores de neurotransmisores y otras proteínas es similar en linfocitos de sangre periférica y en el sistema nervioso central (Gladkevich A et al. Prog. Neuropsychopharmacol. Biol. Psychiatry 2004 May;28(3): 559-76; Glatt SJ et al. 2005 Proc. Nati. Acad. Sci. USA 2005 Oct 25;102(43): 15533-8). Confirmando esta alternativa, un estudio reciente en linfocitos de sangre periférica mostró que los niveles de ARN del receptor de dopamina 3 (D3) es mayor en los pacientes con esquizofrenia que en los sujetos control, y se ha sugerido el uso de esta medida como un marcador diagnóstico de la enfermedad (llani T et al. Proc. Nati. Acad. Sci. USA 2001 98(2): 625- 8; van der Weide J et al. Pharmacogenetics 2003 13(3): 169-72). En un estudio de 13 pacientes no tratados, éstos mostraron niveles incrementados expresión del gen codificante del receptor de la dopamina 2 (D2) y modulación de los genes codificantes de los canales de potasio (Zvara A et al. Dis. Markers 2005;21 (2): 61-9). Otro trabajo que analizaba 5 familias afectadas por la enfermedad y 9 controles utilizando microarrays para 1 128 genes expresados en el cerebro, reveló que la expresión de varios receptores de neuropéptidos y proteínas reguladoras se vio alterada en pacientes (Vawter MP et al. Schizophr. Res. 2002 Nov 1 ;58(1 ): 1 1 -20). Se observó una reducción en la expresión del receptor 7-acetilcolina (CHRNA7) en linfocitos de pacientes en comparación con los niveles medidos en los sujetos control (Perl O et al. FASEB J. 2003 Oct;17(13): 1948-50). Estos y otros estudios utilizan microarrays para caracterizar la expresión en esquizofrenia, pero la limitación de los microarrays es su poca reproducibilidad, lo cual ha propiciado su reemplazo por la secuenciación masiva para los análisis de expresión génica en esquizofrenia. Se hace por lo tanto necesario un método para la monitorización de los tratamientos antipsicóticos así como para la predicción de la respuesta clínica a dicho tratamiento en individuos con psicosis.
DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN
En la presente invención se describe un método para la monitorización de tratamientos antipsicóticos así como para indicar la respuesta clínica a dicho tratamiento en individuos con psicosis. Esta invención identifica nuevos marcadores genéticos que son útiles para monitorizar un tratamiento antipsicótico y/o indican la respuesta favorable o no al tratamiento de pacientes con psicosis, entre ellos, pacientes con esquizofrenia. En la presente invención se identifican genes con expresión diferencial significativa entre individuos con psicosis e individuos control y también entre individuos con psicosis tratados y no tratados con antipsicóticos (casos/controles; medicados/no-medicados). Se han identificación genes, entre los que destaca RPPH1 , cuya expresión está alterada debido a los efectos de los fármacos antipsicóticos. Para ello se ha empleado secuenciación a gran escala de ARN mensajero (ARNm) a partir de muestras clínicas sub-divididas en diferentes categorías: "grupo 1 : controles sanos; grupo 2: pacientes con enfermedad sin medicación (nunca han recibido tratamiento antipsicóticos alguno) y grupo 3: esos mismo pacientes del grupo 2 tras tres meses de tratamiento y con cambios en su sintomatología clínica. Los perfiles de expresión diferencial realizados han permitido caracterizar nuevos genes implicados en la acción terapéutica de los antipsicóticos que no han sido detectados identificados usando otros métodos, como los de asociación genómica. Entre los genes que se demuestra su utilidad para la monitorización de tratamientos antipsicóticos así como para indicar la respuesta clínica a dicho tratamiento en individuos con psicosis se encuentra el gen RPPH1 y también la combinación de éste con cualquiera de los genes ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2. Por lo tanto, un primer aspecto de la presente invención se refiere a un método de obtención de datos útiles para la monitorización de un tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis que comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen RPPH1 en una muestra biológica aislada procedente de dicho sujeto antes y después de la administración del tratamiento antipsicótico y/o para indicar la respuesta clínica favorable o no a un tratamiento antipsicótico. En adelante nos referiremos a éste como al "método primero de la invención".
Se entiende por "monitorización de un tratamiento" a la indicación de si el paciente se está medicando correctamente con dicho tratamiento; i.e. que está siguiendo adecuadamente la medicación pautada (el abandono del tratamiento es común en estos pacientes).
Se entiende por "indicación de la respuesta clínica" a determinar si el tratamiento antipsicótico tiene una respuesta favorable o no, es decir, que logra mejorar o disminuir los síntomas de la enfermedad o no.
Se entiende por RPPH 1 al gen conocido por su número de identificación 85495 (Gene ID del NCBI) [Ribonuclease P RNA Component H1).
Se entiende por "tratamiento" al conjunto de medios que se emplean para curar o aliviar una enfermedad. Se entiende por "tratamiento antipsicótico" a las medidas conocidas por el experto en la materia tomadas para paliar la psicosis, preferentemente la administración de fármacos antipsicóticos, como por ejemplo, pero sin limitarse, clozapina (Clorazil®), risperidona (Risperdal®), olanzapina (Zyprexa®), quetiapina (Seroquel®), ziprasidona (Geodon®), aripiprazol (Abilify®), paliperidona (Invega®), asenapina, iloperidona (Zomaril®), zotepina, amisulpride, clorpromazina (Largactil®, Thorapine®), flufenazina (Prolixin®), haloperidol (Aldol®, Serenace®), loxapina (Loxapac®, Loxitane®), perfenazina, pimozida (Orap®) y zuclopentixol (Clopixol®).
En la presente invención el término "sujeto", "individuo" y "paciente" se usan indistintamente. Preferiblemente el sujeto es un humano.
Se entiende por "psicosis" todo cuadro psicopatológico en el cual aparecen síntomas como alucinaciones, delirios y alteraciones conductuales que se asocian a una alteración del juicio de realidad y sin que se observe alteración del nivel de conciencia.
El término "muestra biológica" en la presente invención se refiere a cualquier muestra que permita detectar y/o cuantificar la expresión del gen o los genes del individuo del que se ha obtenido dicha muestra, e incluye, pero sin limitarnos, a cualquiera de los fluidos biológicos de un individuo, obtenidos mediante cualquier método conocido por un experto en la materia que sirva para tal fin. La muestra biológica comprende ARN y/o proteína, preferiblemente ARN mensajero. La muestra biológica podría ser, por ejemplo, pero sin limitarse, una muestra de fluido, como sangre, plasma, suero, saliva, orina, líquido sinovial o linfa. También puede ser una muestra de tejido. La muestra biológica además se puede provenir de extracciones realizadas de forma rutinaria en análisis que se pueden realizar periódicamente a los pacientes. La muestra biológica en la presente invención puede ser fresca, congelada, fijada, o fijada y embebida en parafina.
En una realización preferida del primer aspecto de la invención el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones. Preferiblemente los genes son ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
Los genes siguientes son los conocidos por el experto en la materia: ALPL (alkaline phosphatase, liver/bone/kidney, referido al gen de número de identificación o geneID 249), CRISP3 {cysteine-rich secretor/ protein 3, geneID 10321 ), ABCA13 {ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 13, geneID 154664), CEACAM8 (carcinoembryonic antigen-related cell adhesión molecule 8, geneID 1088), MMP8 (matrix metallopeptidase 8 (neutrophil collagenase), geneID 4317), OLFM4 (olfactomedin 4, geneID 10562), OLR1 (oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1, geneID 4973), LTF (lactotransferrin, geneID 4057), GPER (G protein- coupled estrogen receptor 1, geneID 2852), MIR3198 {microRNA 3198-1, geneID 100423025), ADAMTS2 {ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 2, genelD 9509), UNC45B {unc-45 homolog B (C. elegans), genelD 146862), CD177 (CD177 molecule, genelD 57126) RFX2 {regulatory factor X, 2 (influences HLA class II expression), genelD 5990), CNTNAP3 {contactin associated protein-like 3, genelD 79937), y ENTPD2 {ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2, genelD 954). Donde los número de identificación (o genelD) son los de la base de datos del NCBI {National Center for Biotechnology Information).
En una realización más preferida del primer aspecto de la invención el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen ALPL. En una realización aún más preferida el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198, o cualquiera de sus combinaciones. Preferiblemente, los genes son CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198. En otra realización más preferida del primer aspecto de la invención el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen ADAMTS2. En una realización aún más preferida, el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen UNC45B. En otra realización aún más preferida, el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2 o cualquiera de sus combinaciones. Preferiblemente los genes son CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
Un segundo aspecto de la presente invención se refiere a un método in vitro para la monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o la indicación de la respuesta clínica a un tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis que comprende: a. detectar y/o cuantificar los niveles de un producto de expresión del gen RPPH1 en una muestra biológica aislada procedente de dicho sujeto antes de la administración del tratamiento;
b. detectar y/o cuantificar el nivel del producto de expresión del gen descrito en el paso (a) en una muestra biológica aislada procedente del mismo sujeto después de la administración del tratamiento;
c. comparar los niveles obtenidos en los pasos (a) y (b); d. asociar una disminución significativa de la expresión del gen RPPH1 con el seguimiento adecuado del tratamiento antipsicótico y/o con una respuesta favorable al mismo.
En adelante nos referiremos a éste como al "método segundo de la invención".
El término "in vitro" se refiere a que el método de la invención se realiza fuera del cuerpo del sujeto.
Los niveles del producto de expresión en la presente invención pueden estar normalizados previamente.
Se entiende por "respuesta favorable" la reducción significativa, por ejemplo de un 40%, de los síntomas de la psicosis del paciente de acuerdo con la escala Brief Phsychiatric Rating Scale (BPRS) (Overall, JE y Gorham, DR (1962) The Brief Psychiatric Rating Scale. Psychol Rep 10: 799-812).
Se entiende por "después de la administración del tratamiento" a un tiempo considerado por el experto en la materia como el necesario para que el tratamiento se considere efectivo, por ejemplo tras varios meses de tratamiento, preferiblemente tres meses.
En una realización preferida del segundo aspecto de la invención el método además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión en la etapa (a) y en la etapa (b) es al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; preferiblemente los genes son ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; y donde en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de RPPH1 y de una disminución significativa de la expresión de ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y/o ENTPD2; y/o un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y/o LTF, o cualquiera de sus combinaciones, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico. Preferiblemente en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de RPPH1 , ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; y un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y LTF, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
En otra realización preferida del segundo aspecto de la invención el método además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión del gen ALPL; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de ALPL con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico. En una realización aún más preferida el método además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198, o cualquiera de sus combinaciones; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de GPER, MIR3198; o un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 o LTF, o cualquiera de sus combinaciones, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico. Preferiblemente la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) es de los genes CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de GPER y MIR3198; o un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y LTF, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
En otra realización preferida del segundo aspecto de la invención el método además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión del gen ADAMTS2; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de ADAMTS2 con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico. En una realización aún más preferida el método además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) del nivel de la expresión del gen UNC45B; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de UNC45B con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico. Más preferiblemente además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2 o cualquiera de sus combinaciones; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de los genes CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico. Aún más preferiblemente la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) es de los genes CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2 con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
La detección y/o cuantificación en la presente invención puede realizarse mediante cualquier técnica conocida por el experto en la materia, por ejemplo por secuenciación, amplificación mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR), microarray o SAGE. La detección puede realizarse mediante el empleo de cebadores y/o sondas.
Por este motivo, en una realización aún más preferida del primer, segundo y tercer aspecto de la invención, la detección y/o cuantificación se realiza mediante secuenciación, PCR, microarray o mediante análisis en serie de la expresión génica (SAGE).
El término "secuenciación", tal y como se utiliza en la presente descripción, se refiere a la determinación de los nucleótidos de un ácido nucleico molde y de su orden. Las condiciones en las cuáles se realiza la secuenciación generalmente incluyen (a) poner en contacto un ácido nucleico molde con una polimerasa en una mezcla que además comprende un cebador, un catión bivalente (por ejemplo, Mg2+), y nucleótidos, generalmente, dNTPs y al menos, un ddNTP (dideoxinucleótidotrifostato), y (b) someter dicha mezcla a una temperatura suficiente para que la polimerasa inicie la incorporación de los nucleótidos al cebador mediante complementariedad de bases con el ácido nucleico molde, y de lugar a una población de moléculas de ADN complementario de diferente tamaño. La separación de dicha población de moléculas de ADN complementario, generalmente, mediante electroforesis, permite determinar la secuencia de nucleótidos.
El término "amplificación", tal y como se utiliza en la presente descripción, se refiere al aumento del número de copias de un ácido nucleico molde. Las condiciones en las cuáles se realiza la amplificación generalmente incluyen (a) poner en contacto un ácido nucleico molde con una polimerasa en una mezcla que además comprende al menos un cebador (siendo normalmente dos cebadores), un catión bivalente (por ejemplo, Mg2+), y nucleótidos, generalmente, dNTPs, y (b) someter dicha mezcla a una temperatura suficiente para que la polimerasa inicie la incorporación de los nucleótidos al cebador mediante complementariedad de bases con el ácido nucleico molde, y dé lugar a una población de moléculas de ADN complementario generalmente del mismo tamaño. La PCR también puede ser PCR cuantitativa en tiempo real.
El término "ácido nucleico molde" o "molde", tal y como se utiliza en la presente descripción, se refiere a una molécula de ácido nucleico de cadena simple o de doble cadena que va a ser amplificada o secuenciada. El término "cebador" (también denominado "primer" u "oligo"), como se utiliza aquí, se refiere a un oligonucleótido capaz de actuar como punto de inicio de la síntesis de ADN cuando híbrida con el ácido nucleico molde. Preferiblemente, el cebador es un oligonucleótido de desoxirribosa. Los cebadores pueden prepararse mediante cualquier método adecuado, incluyendo, por ejemplo, pero sin limitarse a, la clonación y restricción de secuencias apropiadas y la síntesis química directa. Los cebadores pueden diseñarse para hibridar con secuencias específicas de nucleótidos en el ácido nucleico molde (cebadores específicos) o pueden ser sintetizados al azar (cebadores arbitrarios). De acuerdo con la presente invención un "cebador" puede ser marcado o etiquetado mediante técnicas bien conocidas en el estado de la técnica. Etiquetas detectables incluyen, por ejemplo, isótopos radiactivos, etiquetas fluorescentes, etiquetas quimioluminiscentes, etiquetas bioluminiscentes o etiquetas enzimáticas. El término "microarray" (o "chip") en la presente invención se refiere un soporte sólido al que está unido el ARN o proteína para el análisis de expresión génica mediante hibridación con sondas o detección por anticuerpos.
El término "SAGE" se refiere a la detección y cuantificación de la expresión génica mediante medición de ARN. En la presente invención se pueden utilizar las variantes de SAGE conocidas por el experto en la materia como, por ejemplo, SuperSAGE, MicroS AGE y LongSAGE.
Un tercer aspecto de la presente invención se refiere al uso de la expresión del gen RPPH1 como biomarcador de monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o la indicación de la respuesta clínica a dicho tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis.
Una realización preferida del tercer aspecto de la invención además comprende el uso de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones. Preferiblemente los genes son RPPH 1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
Otra realización preferida del tercer aspecto de la invención además comprende el uso de la expresión del gen ALPL. Más preferiblemente además comprende el uso de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198 o cualquiera de sus combinaciones; preferiblemente los genes son CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198.
Otra realización preferida del tercer aspecto de la invención además comprende el uso de la expresión del gen ADAMTS2. Más preferiblemente además comprende el uso de la expresión del gen UNC45B. Aún más preferiblemente además comprende el uso de la expresión al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; preferiblemente de CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
En una realización aún más preferida del primer, segundo y tercer aspecto de la invención la psicosis es producida por al menos una de las enfermedades que se seleccionan de la lista que comprende: esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadicción y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas. Preferiblemente la enfermedad es esquizofrenia. Se entiende por "esquizofrenia" aquella enfermedad en la cual existe alteración sensoperceptiva y del pensamiento que dura más de seis meses sin que existan otras alteraciones psicopatológicas (afectivas y de nivel de conciencia) que se asocien a la aparición del cuadro. Su duración debe ser al menos de seis meses (según la Asociación Americana de Psiquiatría, DSM-V).
Los términos "trastorno bipolar", "depresión", "alcoholismo", "drogadicción", "síndrome de abstinencia" son los conocidos por el experto en la materia. En otra realización aún más preferida del primer, segundo y tercer aspecto de la invención, el tratamiento antipsicótico se selecciona de la lista que comprende: clozapina, risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona, aripiprazol, paliperidona, asenapina, iloperidona, zotepina, amisulpride, clorpromazina, flufenazina, haloperidol, loxapina, perfenazina, pimozida y zuclopentixol.
En otra realización aún más preferida del primer, segundo y tercer aspecto de la invención la expresión es de ARN y/o proteína. El ARN puede ser ARN mensajero (ARNm) o un microARN. La presente invención también se refiere al uso de la expresión de los genes descritos en la presente invención (RPPH1 ; RPPH1 y al menos ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 o ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; RPPH1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; RPPH1 y ALPL; RPPH1 , ALPL y al menos CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 o ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; RPPH1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; RPPH1 y ADAMTS2; RPPH1 , ADAMTS2 y UNC45B; RPPH1 , ADAMTS2, UNC45B y al menos CD177, RFX2, CNTNAP3 o ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; RPPH1 , ADAMTS2 y UNC45B; RPPH1 , ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2) para la evaluación del grado de eficacia y tolerabilidad de fármacos antipsicóticos. La evaluación puede ser realizada in vitro, ex vivo o en animales de experimentación. Un cuarto aspecto de la presente invención se refiere a un kit que comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión del gen RPPH1. En una realización preferida del cuarto aspecto de la invención el kit además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones. Preferiblemente el kit comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de los genes RPPH1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2. En otra realización preferida del cuarto aspecto de la invención el kit además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión del gen ALPL. En una realización aún más preferida además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198 o cualquiera de sus combinaciones; preferiblemente de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198.
En otra realización preferida del cuarto aspecto de la invención el kit además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión del gen ADAMTS2. En una realización aún más preferida además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión del gen UNC45B. Más preferiblemente el kit además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación déla expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; preferiblemente los genes son CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2. En una realización más preferida del cuarto aspecto de la invención el kit consiste en los primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de los genes y combinaciones descritos previamente. Un quinto aspecto de la presente invención se refiera al uso del kit del cuarto aspecto de la invención para la monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o la indicación de la respuesta clínica favorable o no a un tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis.
En una realización preferida del quinto aspecto de la invención la psicosis es producida por al menos una de las enfermedades que se seleccionan de la lista que comprende: esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadiccion y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas. Preferiblemente la enfermedad es esquizofrenia.
En otra realización preferida del quinto aspecto de la invención el tratamiento antipsicótico se selecciona de la lista que comprende: clozapina, risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona, aripiprazol, paliperidona, asenapina, iloperidona, zotepina, amisulpride, clorpromazina, flufenazina, haloperidol, loxapina, perfenazina, pimozida y zuclopentixol.
A lo largo de la descripción y las reivindicaciones la palabra "comprende" y sus variantes no pretenden excluir otras características técnicas, aditivos, componentes o pasos. Para los expertos en la materia, otros objetos, ventajas y características de la invención se desprenderán en parte de la descripción y en parte de la práctica de la invención. Los siguientes ejemplos y figuras se proporcionan a modo de ilustración y no se pretende que sean limitativos de la presente invención.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS FIG. 1 Gráfica que representa el nivel de expresión, obtenido mediante secuenciación masiva del transcritptoma, de ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 y UNC45B. El nivel de expresión de los casos no tratados "1 " fue obtenido en nuestro estudio anterior de un grupo de 36 pacientes con esquizofrenia, los niveles de los casos no tratados "2" corresponde al estudio posterior con los datos de 22 de los pacientes tratados previamente. EJEMPLOS
A continuación se ilustrará la invención mediante unos ensayos realizados por los inventores, que pone de manifiesto la efectividad de la invención.
Ejemplo 1. Expresión diferencial en 22 pacientes con esquizofrenia sin medicar (nunca han recibido tratamiento previamente) y medicados (esos mismos pacientes tras estar en tratamiento tres meses).
En un estudio previo (Sainz J et al. Mol. Psychiatry. 2013 Oct; 18(10): 1056-7) se describía la expresión diferencial entre 36 pacientes de esquizofrenia (nunca sometidos a tratamiento) y 40 controles sanos. Se caracterizaron 200 genes con expresión diferencial significativa entre los pacientes de esquizofrenia y los controles. Estos genes están significativamente enriquecidos en siete procesos biológicos categorizados en Gene Ontology incluyendo el procesamiento de proteínas, la respuesta inmune innata, la respuesta inflamatoria aguda y la respuesta a heridas. Sin embargo en dicho trabajo no se hace referencia a qué genes son útiles para el seguimiento de un tratamiento antipsicótico o nos indiquen si el paciente está respondiendo a un tratamiento antipsicótico.
En la presente invención se analizó el transcriptoma de 22 de los 36 pacientes de esquizofrenia analizados en dicho estudio previo antes y después de la medicación antipsicótica.
El análisis de expresión mediante secuenciación masiva de ARN en muestras de sangre de los 22,278 genes (RefSeqs) analizados reveló que 17 genes tenían una expresión diferencial estadísticamente significativa (PadjValue<0, 05, análisis estadístico DESEQ) después de corregir por tests múltiples (tabla 1 ). Los valores P, después de corregir por el número de tests realizados, oscilan entre 0,035 a 6,20E-40.
En diez de estos genes la expresión está disminuida en los pacientes medicados mientras que en los restantes siete genes está aumentada [ver tabla 1 columnas baseMeanA (sin medicar) y baseMeanB (medicados)]. Los genes de expresión disminuida son los genes: RPPH1 , ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; mientras que los genes cuya expresión está aumentada son los genes: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y LTF. Seis genes de estos 17 genes tienen expresión significativamente mayor en esquizofrénicos que en individuos controles según la publicación de Sainz J et al. 2013 Mol Psychiatry 18: 1056-1057 (ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2), y además estos 6 genes tienen una expresión significativamente menor después de medicar que antes de medicar. En la tabla 2 y 3 se proporciona la expresión individualizada por paciente.
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Ejemplo 2. Genes con expresión diferencial en pacientes de esquizofrenia y modulados por antipsicóticos
De los 17 genes identificados con expresión diferencial (ver ejemplo 1 , tabla 1 ) y comparándolo con los genes identificados con esquizofrenia en Sainz J et al. 2013, once de ellos no están relacionados previamente con el diagnóstico de esquizofrenia: RPPH1 , ALPL, GPER, CEACAM8, OLR1 , LTF, OLFM4, CRISP3, ABCA13, MMP8 y MIR3198 (tabla 2), por lo tanto, a la luz de los resultados encontrados, dicha expresión está moderada por la presencia de los fármacos antipsicóticos en el organismo. Dado que los fármacos antipsicóticos son comunes al tratamiento de diversos tipos de psicosis, la regulación de estos genes resulta un indicador fiable del correcto seguimiento del tratamiento por parte de los individuos; la adherencia a dicho seguimiento de la medicación es uno de los mayores problemas en estos pacientes, por lo que estos marcadores son útiles para controlar mejor la evolución de los mismos (tabla 2).
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Los otros seis genes (ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2, UNC45B) con expresión diferencial son comunes con el documento de Sainz J et al. 2013 entre esquizofrénicos sin medicar/medicados, también tienen expresión diferencial en esquizofrénicos sin medicar/controles sanos. Concretamente, en los pacientes seis de los genes que tienen expresión alterada en esquizofrenia, su expresión vuelve a ser revertida a niveles de expresión de sujetos control, cuando toman medicación antipsicótica (tabla 3). Estos 6 genes tienen expresión más alta en pacientes de esquizofrenia sin medicar y al ser medicados con antipsicóticos la expresión se disminuye hasta el nivel de los controles sanos y además su expresión está alterada en individuos con esquizofrenia (ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2, UNC45B). Estos 6 genes relacionados con esquizofrenia representan una fracción (35,29%) del total de los genes modulados por antipsicóticos del total significativamente más alta de la esperable (Test Chi; Valor P = 1 ,18971 E-50).
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Existe un gran desconocimiento de qué origina un brote psicótico en un paciente, y en determinados casos la remisión del brote psicótico se realiza sin intervención farmacológica. La esquizofrenia es considerada como una combinación de variantes genéticas que en cada caso individual origina la enfermedad de forma única. Es por ello que el análisis de los valores de los genes con expresión diferencial característicos de la esquizofrenia (tabla 3) debe acompañarse de la valoración de los genes alterados por la medicación (tabla 2) para poder identificar mejor la adhesión del paciente al tratamiento. En este sentido los genes de la tabla 2 que mejor identifican los pacientes que siguen el tratamiento son RPPH1 y ALPL (con un 81 % de los pacientes identificados con estos genes). La combinación de ALPL con cualquiera de los genes identificados en la tabla 3 (i.e. ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 y UNC45B) es la menos informativa ya que hay, al menos, un paciente (identificado como 51 1 ) que sólo tendría valores mayores antes de la medicación posteriormente en uno de los genes (UNC45B) y no en los demás, cuando dicha disminución provocada por el tratamiento es clave en todos estos genes: RPPH1 , ALPL, ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 y UNC45B (tabla 1 ); por tanto la combinación ALPL, ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 y UNC45B podría subrepresentar el seguimiento del tratamiento y sus efectos en el progreso del paciente esquizofrénico. La combinación RRPH1 junto con los genes identificados en la tabla 3 (ADAMTS2, CD177, CNTNAP3, ENTPD2, RFX2 y UNC45B), sin embargo, sí identifica al menos dos genes cuya expresión disminuye con el tratamiento mejorando la información obtenida con la combinación mencionada anteriormente; además el pval de RPPH1 es menor que el ALPL (ver tabla 1 , pval RRPH1 = 3.45E-07 vspval ALPL = 1 ,85E-06) lo que indica que la expresión diferencial de RPPH1 antes y después de la medicación es estadísticamente más significativa que la diferencia de expresión de ALPL.
Por lo tanto, en la presente invención se demuestra la utilidad de la expresión del gen RPPH1 para la monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o para conocer la respuesta clínica a un tratamiento antipsicótico, así como la de su combinación con la expresión de los genes descritos en la presente invención para el mismo fin. Ejemplo 3. Genes con expresión revertida por los antipsicóticos
Los seis genes comunes en las listas de expresión diferencial en caso/control y medicado/no medicado están significativamente sobre-expresados en los pacientes de esquizofrenia y la medicación disminuye la expresión hasta niveles de expresión de individuo no afectado por esquizofrenia (tabla 4) (figura 1 ).
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BaseMean es la media de expresión de los individuos del grupo. BaseMean No med es la media de expresión en individuos no medicados en el estudio caso/control. BaseMean No med2 es la media de expresión en individuos no medicados en el estudio medicado/no medicado. BaseMeanMed es la media de expresión en individuos medicados Ejemplo 4. Enriquecimiento en categorías de Gene Ontoloqy
Para determinar los procesos biológicos, la función molecular y la localización celular de los genes con expresión diferencial encontrados en la presente invención se utilizaron los datos del repositorio The Gene Ontology, conocido por el experto en la materia, mediante la herramienta FatiGO de la suite informática Babelomics. De los 17 genes con expresión diferencial entre medicados y no medicados, cuatro de ellos (ENTPD2, MMP8, ADAMTS2, CRISP3) localizan en las categorías "extracelular matrix" y "proteinaceous extracellular matrix". La fracción de genes en ambas categorías representa el 23,53% del total que comparada con las fracciones esperables, 1 ,49% y 1 ,59%, muestra un enriquecimiento significativo de genes en estas categorías, relacionadas con la comunicación inter-celular, después de corregir por los múltiples análisis realizados (valor Padj = 0,01541 ). Ejemplo 5. Funciones v relación con enfermedad de los genes con expresión diferencial
Analizando el "Genome Wide Association Studies Catalog" (GWAS, a fecha 18 de enero 2013) encontramos que 6 de los 17 genes encontrados en el análisis medicados/no medicados (LTF, OLFM4, ADAMTS2, RFX2, ALPL, ABCA13) han sido asociados a 17 rasgos/enfermedades que incluyen esquizofrenia y trastorno bipolar (OLFM4 y RFX2; estos genes aparecen en el catálogo de GWAS asociados a esquizofrenia en la categoría "mapped", pero no en la categoría "reported"), tiempo de aparición del déficit de atención con hiperactividad (ADAMTS2), isquemia (OLFM4, ADAMTS2), respuesta a anfetaminas (ABCA13), SIDA (LTF) y respuesta inmune a la vacuna del ántrax (OLFM4), entre otros (Troyer JL et al. J. Infect. Dis. 201 1 203: 1491- 502; Lasky-Su J et al. Am. J. Med. Genet. B. Neuropsychiatr. Genet. 2008 147B: 1355- 8; Wang KS et al. Schizophr. Res. 2010 124: 192-9; Pajewski NM et al. Vaccine 2012 30: 4778-84; Hart AB et al.. PLoS One. 2012 7(8):e42646; Matarín M et al. Lancet Neurol. 2007 6:414-20; Arning A et al. Blood. 2012 120: 5231-6) pero nunca antes se había descrito su relación con los fármacos antipsicóticos o con el tratamiento de la esquizofrenia. Por lo tanto, son nuevos genes y nuevas vías biológicas que se encuentran alteradas en las enfermedades psicóticas y que son revertidos por el tratamiento.
El catálogo de GWAS incluye asociaciones a rasgos/enfermedades para 4.828 genes de los 22.278 que hemos analizado en nuestros estudios de expresión, o una fracción equivalente al 21 ,67% del total. La fracción de genes con expresión diferencial anotados en GWAS es algo mayor (35,29%), por tanto observamos un enriquecimiento, aunque no significativo, de genes asociados a enfermedades en los genes cuya expresión es modulada por los antipsicóticos.
De acuerdo con la literatura científica depositada en el GeneRIF repository del National Center for Biotechnology Information (NCBI), ABCA13 ha sido relacionado con la esquizofrenia (aunque no se ha relacionado con el efecto terapéutico de los fármacos antipsicóticos), trastorno bipolar y depresión (Knight HM et al. Am. J. Hum. Genet. 200985(6):833-46) y los genes LTF y OLR1 con el sistema inmune en varios estudios (Guillén C et al. J Immunol. 2002 168(8):3950-7; Huang D et al. J. Cardiovasc. Pharmacol. 2012 60: 133-9), LTF con la respuesta a heridas (Engelmayer J et al. J. Surg. Res. 2008 149(2): 278-86), y ALPL, GPER, LTF, MMP8, 0LR1 y CRISP3 han sido relacionados con la respuesta inflamatoria en varios estudios (Filipowicz R et al. Clin. J. Am. Soc. Nephrol. 2013 8(1 ): 26-32; Chakrabarti S et al. PLoS One. 2012 7(12):e52357; Weinberg AD et al. Immunol Rev. 201 1 244(1 ): 218-31 ; Quintero PA et al. J. Immunol. 2010 184(3): 1575-88; Lubrano V et al. Lipids. 2008 43(10): 945-50; Plager DA et al. PLoS One. 2010 5(7):e1 1450). Es decir, 6 de los 17 genes con expresión diferencial en el análisis de expresión diferencial entre medicados/no medicados están relacionados con el sistema inmune, el sistema inflamatorio y la respuesta a heridas. Esto representa el 35,29% de los genes modulados por los antipsicóticos mientras que la fracción de genes humanos relacionados con estas categorías en GeneRIF es el 19,78% (3.083 genes de los 15.589 genes humanos anotados) lo muestra un enriquecimiento en genes de los sistemas de defensa e inflamación modulados por los antipsicóticos, lo que implica una relación de estos genes de respuesta inmune también en la esquizofrenia.
MATERIALES Y MÉTODOS
Diseño del estudio
Los datos de la presente investigación se obtuvieron a partir de un programa de intervención epidemiológica continua y longitudinal de tres años de un primer episodio de psicosis (PAFIP) que se llevó a cabo en la clínica ambulatoria y la unidad de hospitalización del Hospital Universitario Marqués de Valdecilla, (Santander, España). Cumpliendo con las normas internacionales de ética en la investigación, este programa fue aprobado por la junta de revisión institucional local. Los pacientes que cumplían los criterios de inclusión y sus familias por escrito el consentimiento informado para ser incluidos en el PAFIP.
Los pacientes reclutados en este estudio fueron obtenidos de una muestra consecutiva de pacientes psicóticos no afectivos inscritos en el programa de primer episodio de psicosis (PAFIP) a partir de mayo 2010 hasta mayo 2012. Los pacientes tenían que cumplir los siguientes criterios: 1 ) edad 15-60 años, 2) vivir en la zona de captación, 3) que fuera su primer episodio de psicosis 4) no haber sido tratados nunca con medicamentos antipsicóticos, 5) cumplir con los criterios DSM-IV para psicosis de duración breve, trastorno esquizofreniforme, esquizofrenia, o trastorno esquizoafectivo, 6) que hayan comprendido la naturaleza del estudio y firmado un documento de consentimiento informado.
Los pacientes fueron excluidos por alguna de las siguientes razones: 1 ) cumplir los criterios DSM-IV para la dependencia de drogas, 2) cumplir los criterios DSM-IV para el retraso mental, 3) tener una enfermedad grave. Los diagnósticos fueron confirmados según los criterios DSM-IV, utilizando la Entrevista Clínica Estructurada para el DSM- IV (SCID-I) (First, MB et a/.(2001 ) Structured Clinical Interview for Dsm-lv-Tr Axis I Disorders-Non-Patient Edition. Biometrics Research Department: New York) por un psiquiatra experto después de 6 meses del primer contacto.
Adicionalmente, un grupo de personas sanas (N=40) fueron también analizadas para servir como grupo control. Las personas sanas no tenían historia de enfermedad psiquiátrica (incluyendo la ausencia de dependencia a drogas), neurológica o medica general: No recibían tratamiento farmacológico alguno de manera habitual como mostraba la versión abreviada de la escala Comprehensive Assessment of Symptoms and History(CASH) (Andreasen NC, et al. The Comprehensive Assessment of Symptoms and History (CASH) an instrument for assessing diagnosis and psychopathology. Arch Gen Psychiatry 1992;49:615-623). La ausencia de historia familiar de psicosis entre los familiares de primer grado fue también evaluada por la historia médica y entrevista familiar. Después de una descripción detallada del protocolo los controles sanos dieron su consentimiento escrito para participar en el estudio acorde a las norma éticas internacionales. Las características demográficas y clínicas de los pacientes y controles se muestran en la tabla 5.
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Trast, trastorno. Mean, media. SD, desviación estándar. M, meses. F(df=1 ), análisis estadístico y grados de libertad. En el momento basal (momento inicial) de obtención de muestras de sangre, los pacientes analizados no habían recibido previamente ninguna dosis de tratamiento antipsicótico, aunque ciertas medicaciones concomitantes (lormetazepam y clonazepam) fueron permitidas para el tratamiento de la agitación, la ansiedad y/o insomnio.
Los fármacos antipsicóticos (risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona y aripiprazol) con los que los pacientes fueron tratados son antipsicóticos de segunda generación que se caracterizan por tener una acción común de antagonismo a nivel de los receptores 5-HT2 y D2 y representan a la mayoría de los antipsicóticos de segunda generación que se utilizan en la actualidad. Una acción relativamente potente de antagonismo de receptores de serotonina 5-HT2A asociado a un antagonismo más leve de receptores dopaminérgicos D2 es la característica central común de los antipsicóticos de segunda generación. El único de esos fármacos utilizados que tiene una acción diferenciada es el aripiprazol que tiene una acción asociada de agonista parcial de los receptores dopaminérgicos D2 de alta afinidad. (Schwartz TL y Stahl SM CNS Neurosci. Ther. 201 1 17(2): 1 10-7). Las escalas de gravedad "Clinical Global Impression (CGI) scale" (Guy W (1976) ECDEU Assessment Manual for Psychopharmacology. US Department of Health, Education, and Welfare publication ADM 76338. Washington, DC: National Institute of Mental Health; 217-222), "Brief Psychiatric Rating Scale" (BPRS), (Overall, J.E. y Gorham, D.R. (1962) The Brief Psychiatric Rating Scale. Psychol Rep 10: 799-812), "Scale for the Assessment of Positive symptoms" (SAPS), "Scale for the Assessment of Negative symptoms" (SANS) (Andreasen, N.C. (1983) Scale for the Assessment of Negative Symptoms (Sans). University of lowa: lowa City.; Andreasen, N.C. (1984) Scale for the Assessment of Positive Symptoms (Saps). University of lowa: lowa City, "Calgary Depression Scale for Schizophrenia" (CDSS) (Addington, D., Addington, J., and Maticka-Tyndale, E. (1993) Assessing Depression in Schizophrenia: The Calgary Depression Scale. Br J Psychiatry Suppl: 39-44.) y "Young Manía Rating Scale (YMRS)" (Young, R.C., Biggs, J.T., Ziegler, V.E., and Meyer, D.A. (1978) A Rating Scale for Manía: Reliability, Validity and Sensitivity. Br J Psychiatry 133: 429-435) se utilizaron para evaluar la sintomatología clínica. El mismo psiquiatra (Benedicto Crespo Facorro) completó todas las evaluaciones clínicas para asegurar la fiabilidad de las evaluaciones clínicas. La gravedad de la psicopatología al inicio del estudio se muestra en la Tabla 6.
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BPRS: Brief Psychiatric Rating Scale; CDSS: Calgary Depression Scale for Schizophrenia; SANS: Scale of the Assessment of Negative Symptoms; SAPS: Scale of the Assessment of Positive Symptom; CGI: Clinical Global Impression; Mean, media. SD, desviación estándar.
Evaluaciones de laboratorio.
Las muestras de sangre venosa se obtuvieron en las mismas condiciones con las personas (pacientes y controles) en ayuno y se recogieron entre 08:00-10:00 a.m. Este protocolo de extracción fue similar en la extracción inicial (basal) y a los tres meses después. Los pacientes estaban sin tratamiento antipsicótico en el momento de la extracción de sangre del momento basal.
Extracción de ARN.
El ARN total fue extraído a partir de sangre usando el sistema "Tempus™ Blood RNA Tube" con "Tempus™ Spin RNA Isolation Kit (AppliedBiosystems, Foster City, CA, USA)", utilizando los protocolos del fabricante. Para definir los perfiles de expresión, un factor clave es que el ARN esté lo más intacto posible, es decir con la menor degradación posible. Para seleccionar ARN de buena calidad, se obtuvo el "RNA IntegrityNumber" (RIN) utilizando un Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, EE.UU.). Las muestras con un RIN de≥ 6,9 fueron seleccionadas. El conjunto de las muestras seleccionadas tienen RINs que van desde 6,9 hasta 9,4 con una media de 8,4. ARN secuenciación de próxima generación ("next generación sequencinq").
Las secuencias (lecturas) de fragmentos únicos ("single-end") de 35 nucleótidos se obtuvieron usando la plataforma de secuenciación masiva GenomeAnalyzerlIx (lllumina Inc.). Las secuencias obtenidas se filtraron utilizando criterios de calidad (fiabilidad de la lectura de cada base proporcionada por el software de la plataforma usada, llluminallx). Pasaron los filtros de calidad una media de 76% de las lecturas obtenidas. Las lecturas de secuencia que pasaron los filtros de calidad fueron alineadas con el genoma humano de referencia [hg19, February 2009 human referencesequence (GRCh37), Genome Reference Consortium] obtenido de UCSC Genome Bioinformatics. La alineación de las lecturas se realizó utilizando el paquete informático ¡Ilumina Casava 1 .8.1 , con un software específicamente configurado para procesar los datos de RNA-Seq. La longitud de las secuencias leídas varía entre 35 pares de bases (bp) a 38bp, por lo que la alineación se configuró para enmascarar las secuencias hasta obtener una longitud uniforme de 35 nucleótidos. Este enmascaramiento se hizo con el fin de evitar los sesgos de alineamiento en el genoma que hemos observado cuando las secuencias analizadas variaban de longitud.
Análisis estadístico de expresión diferencial.
Se utilizó la herramienta Bedtools 2.15.0 ("bedtoolscoverage") para computar la cantidad de lecturas (secuencias) asignada a cada gen. El paquete DESeq 1 .9.6 (Anders S y Huber JS Genome Biology 2010 1 1 :R106)) para R en Bioconductor se utilizó para analizar la expresión diferencial de los genes humanos de referencia (22.278 RefSeqs) según el número computado de secuencias obtenidas para cada gen. Se utilizó como método de ajuste la configuración "fit-only". Casava 1 .8.1 se utilizó para calcular los RPKMs (lecturas por kilobase por millón de lecturas mapeadas en el genoma de referencia). Los valores de RPKM permiten comparar los datos de expresión de genes obtenidos en experimentos diferentes y de diferentes genes al estar normalizados.
Validación de los datos de expresión mediante QRT-PCR.
Con el fin de validar los datos de expresión obtenidos por RNA-Seq, se realizó QRT- PCR ("Real-Time Quantitative Reverse Transcription PCR") en 10 genes seleccionados con muestras de 30 pacientes seleccionados al azar (15 casos y 15 controles). Se utilizaron sondas TaqMan pre-diseñadas (Life Technologies®) siguiendo las instrucciones del fabricante para los genes LAMP3 (Hs00180880_m1 ), RFX2 (Hs01 100925_m1 ), CTAG2 (Hs00535628_m1 ), GPR128 (Hs00262184_m1 ), IFI27 (Hs01086373_g1 ), ADAMTS2 (Hs010291 1 1_m1 ), BRS3 (Hs00179951_m1 ) , MSLN (Hs00245879_m1 ), RSAD2 (Hs00369813_m1 ) y IFI144L (Hs001 191 15_m1 ), utilizando el gen GADPH (Hs02758991_g1 ) como control interno. La relación de expresión obtenida a partir de cada gen en comparación con el control del gen "housekeeping" utilizado como control (GAPDH) se comparó, en cada muestra, con la relación de los mismos genes calculados a partir de los datos de RNA-Seq. Esta comparación se realizó calculando el coeficiente de correlación lineal producto-momento de Pearson entre los datos obtenidos en las dos plataformas (RNA-seq y QTR-PCR) utilizando el paquete estadístico Libre Office. En promedio, se obtuvo un coeficiente de correlación de 87,15% entre los datos obtenidos con las dos tecnologías, con relaciones de correlación de genes individuales que varían de 75% (CTAG2) a 99,9% (MSLN). Se han observado menores tasas de correlación de los genes poco expresados, probablemente debido a una menor sensibilidad de la plataforma de QRT-PCR en comparación con la de RNA-Seq. Aparte de esto, el alto grado de correlación observada entre los datos de QRT-PCR y de RNA-Seq apoya los datos de expresión obtenidos en la presente invención.

Claims

REIVINDICACIONES
1. Método de obtención de datos útiles para la monitorización de un tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis que comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen RPPH1 en una muestra biológica aislada procedente de dicho sujeto antes y después de la administración del tratamiento antipsicótico y/o para indicar la respuesta clínica a un tratamiento antipsicótico.
2. Método según la reivindicación 1 que además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones.
3. Método según la reivindicación 1 que además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen ALPL.
4. Método según la reivindicación 3 que además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 ,
LTF, GPER y MIR3198, o cualquiera de sus combinaciones.
5. Método según la reivindicación 4 donde los genes son CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198.
6. Método según la reivindicación 1 que además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen ADAMTS2.
7. Método según la reivindicación 6 que además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión del gen UNC45B.
8. Método según la reivindicación 7 que además comprende la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2 o cualquiera de sus combinaciones.
9. Método según la reivindicación 8 donde los genes son CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
10. Método según la reivindicación 2 donde los genes son ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B,
CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
1 1 . Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 donde la psicosis es producida por al menos una de las enfermedades que se seleccionan de la lista que comprende: esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadicción y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas.
12. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 1 1 donde el tratamiento antipsicótico se selecciona de la lista que comprende: clozapina, risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona, aripiprazol, paliperidona, asenapina, iloperidona, zotepina, amisulpride, clorpromazina, flufenazina, haloperidol, loxapina, perfenazina, pimozida, ziprasidone y zuclopentixol.
13. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12 donde la expresión es de ARN y/o proteína.
14. Método in vitro para la monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o la indicación de la respuesta clínica a dicho tratamiento en un sujeto diagnosticado con psicosis que comprende:
a. detectar y/o cuantificar los niveles de un producto de expresión del gen
RPPH1 en una muestra biológica aislada procedente de dicho sujeto antes de la administración del tratamiento;
b. detectar y/o cuantificar el nivel del producto de expresión del gen descrito en el paso (a) en una muestra biológica aislada procedente del mismo sujeto después de la administración del tratamiento;
c. comparar los niveles obtenidos en los pasos (a) y (b);
d. asociar una disminución significativa de la expresión del gen RPPH1 con el seguimiento adecuado del tratamiento antipsicótico y/o con una respuesta favorable al mismo.
15. Método según la reivindicación 14 donde además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y/o ENTPD2; y/o un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y/o LTF, o cualquiera de sus combinaciones, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
16. Método según la reivindicación 14 que además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión del gen ALPL; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de ALPL con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
17. Método según la reivindicación 16 que además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13,
CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198o cualquiera de sus combinaciones; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de GPER, MIR3198; o un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 o LTF, o cualquiera de sus combinaciones, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
18. Método según la reivindicación 17 donde la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) es de los genes CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de GPER y MIR3198; o un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y LTF, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
19. Método según la reivindicación 14 que además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión del gen ADAMTS2; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de ADAMTS2 con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
20. Método según la reivindicación 19 que además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) del nivel de la expresión del gen UNC45B; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de UNC45B con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
21 . Método según la reivindicación 20 que además comprende la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2 o cualquiera de sus combinaciones; y en el paso (d) la asociación de una disminución significativa de la expresión de los genes CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
22. Método según la reivindicación 21 donde la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) es de los genes CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2 con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
23. Método según la reivindicación 14 donde la detección y/o cuantificación en la etapa (a) y en la etapa (b) es de los genes RPPH1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; y en el paso (d) se asocia una disminución significativa de la expresión de RPPH1 , ALPL, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2; y un aumento significativo de la expresión de CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 y LTF, con el seguimiento del tratamiento y/o una respuesta favorable al tratamiento antipsicótico.
24. Método según cualquiera de las reivindicaciones 14 a 23 donde la psicosis es producida por al menos una de las enfermedades que se seleccionan de la lista que comprende: esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadicción y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas.
25. Método según cualquiera de las reivindicaciones 14 a 24 donde el tratamiento antipsicótico se selecciona de la lista que comprende: clozapina, risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona, aripiprazol, paliperidona, asenapina, iloperidona, zotepina, amisulpride, clorpromazina, flufenazina, haloperidol, loxapina, perfenazina, pimozida y zuclopentixol.
26. Método según cualquiera de las reivindicaciones 14 a 25 donde la expresión es de ARN mensajero y/o proteína.
27. Método según cualquiera de las reivindicaciones 14 a 26 donde la detección y/o cuantificación se realiza mediante secuenciación, PCR, microarray o SAGE.
28. Uso de la expresión del gen RPPH1 como biomarcador de monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o la indicación de la respuesta clínica a dicho tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis.
29. Uso según la reivindicación 28 que además comprende el uso de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones.
30. Uso según la reivindicación 29 donde el gen es ALPL.
31 . Uso según la reivindicación 30 que además comprende el uso de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198 o cualquiera de sus combinaciones.
32. Uso según la reivindicación 31 donde los genes son CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198.
33. Uso según la reivindicación 29 donde el gen es ADAMTS2.
34. Uso según la reivindicación 33 que además comprende el uso de la expresión del gen UNC45B.
35. Uso según la reivindicación 34 que además comprende el uso de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177,
RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones.
36. Uso según la reivindicación 35 donde los genes son CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
37. Uso según la reivindicación 29 donde los genes son ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
38. Uso según cualquiera de las reivindicaciones 28 a 37 donde la psicosis es producida por al menos una de las enfermedades que se seleccionan de la lista que comprende: esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadicción y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas.
39. Uso según cualquiera de las reivindicaciones 28 a 38 donde el tratamiento antipsicótico se selecciona de la lista que comprende: clozapina, risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona, aripiprazol, paliperidona, asenapina, iloperidona, zotepina, amisulpride, clorpromazina, flufenazina, haloperidol, loxapina, perfenazina, pimozida y zuclopentixol.
40. Uso según cualquiera de las reivindicaciones 28 a 39 donde la expresión es de ARN y/o proteína.
. Kit que comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión del gen RPPH1 .
42. Kit según la reivindicación 41 que además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones.
43. Kit según la reivindicación 42 donde el gen es ALPL.
44. Kit según la reivindicación 43 que además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198 o cualquiera de sus combinaciones.
45. Kit según la reivindicación 44 donde los genes son CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198.
46. Kit según la reivindicación 41 que consiste en primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: RPPH 1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER y MIR3198.
47. Kit según la reivindicación 42 donde el gen es ADAMTS2.
48. Kit según la reivindicación 47 que además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión del gen UNC45B.
49. Kit según la reivindicación 48 que además comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de al menos uno de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2, o cualquiera de sus combinaciones.
50. Kit según la reivindicación 49 donde los genes son CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
51 . Kit según la reivindicación 41 que consiste en primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de los genes que se seleccionan de la lista que comprende: RPPH1 , ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
52. Kit según la reivindicación 42 que comprende primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de los genes son RPPH1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
53. Kit según la reivindicación 41 que consiste en primers, sondas o anticuerpos específicos para la detección y/o cuantificación de la expresión de los genes son RPPH1 , ALPL, CRISP3, ABCA13, CEACAM8, MMP8, OLFM4, OLR1 , LTF, GPER, MIR3198, ADAMTS2, UNC45B, CD177, RFX2, CNTNAP3 y ENTPD2.
54. Uso del kit según cualquiera de las reivindicaciones 41 a 53 para la monitorización de un tratamiento antipsicótico y/o la indicación de la respuesta clínica a dicho tratamiento antipsicótico en un sujeto diagnosticado con psicosis.
55. Uso según la reivindicación 54 donde la psicosis es producida por al menos una de las enfermedades que se seleccionan de la lista que comprende: esquizofrenia, trastorno bipolar, depresión, alcoholismo, drogadicción y síndrome de abstinencia de alcohol o drogas.
56. Uso según cualquiera de las reivindicaciones 54 a 55 donde el tratamiento antipsicótico se selecciona de la lista que comprende: clozapina, risperidona, olanzapina, quetiapina, ziprasidona, aripiprazol, paliperidona, asenapina, iloperidona, zotepina, amisulpride, clorpromazina, flufenazina, haloperidol, loxapina, perfenazina, pimozida y zuclopentixol.
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