WO2011135141A4 - Modified oligonucleotides as regulators of gene expression - Google Patents

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Abstract

The invention relates to a compound of pARNi and a group R, where R is selected from alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl and heteroaryl and to the synthesis processes thereof. The invention also relates to pharmaceutical compositions comprising the compounds according to the invention, and to the uses thereof in medicine.

Claims

REIVINDICACIONES MODIFICADAS  MODIFIED CLAIMS
recibidas por la oficina Internacional el 16 de noviembre de 201 1 (16.1 1 .201 1 ) received by the International Office on November 16, 201 1 (16.1 1,201 1)
1. - Un compuesto de pARNi y un grupo R unidos covalentemente entre si representados por la siguiente fórmula (I): 1. - A compound of pARNi and a group R covalently linked to each other represented by the following formula (I):
5  5
Y-X-R  Y-X-R
Fórmula (I) donde:  Formula (I) where:
10 Y es un dúplex de pARNi unido mediante un enlace tipo fosfato a X;  Y is a pRNA duplex bound by a phosphate-to-X bond;
R se selecciona entre alquilo, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, estando R opcionalmente sustituido con al menos un grupo seleccionado entre halógeno (F, Cl, Br, I), haloalquilo, alquilo, C2-C5 alquenilo, heterocicloalquilo, -N02, -CN, -C02Ra, -CORb, -SRC) -CONRaRe, -R is selected from alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, and heteroaryl, wherein R is optionally substituted with at least one group selected from halogen (F, Cl, Br, I), haloalkyl, alkyl, C 2 -C 5 alkenyl, heterocycloalkyl, - N0 2 , -CN, -C0 2 R a , -COR b , -SR C) -CONR a Re, -
15 NRfRg, -ORh y -SOzNRjRj, donde Ra, Rb, e, Rd, e, Rf, Rg, Rh, R¡ y R,, se seleccionan independientemente entre H, metilo, etilo, propilo, ¡sopropilo, butilo e isobutilo; 15 NR f R g , -OR h and -SOzNRjRj, where R a , R b , e, R d , e, R f , R g, R h , R i and R, are independently selected from H, methyl, ethyl , propyl, butyl, butyl and isobutyl;
X es una molécufa puente unida al dúplex de pARNi (Y) mediante el enlace tipo fosfato a la posición 3' de la cadena guía o acompañante.  X is a bridge molecule bound to the duplex of pRNA (Y) by the phosphate linkage to the 3 'position of the guide or companion chain.
20  twenty
2. - El compuesto de pARNi según la reivindicación anterior, caracterizado porque R es metilo, etilo, propilo, isopropiío, butilo o isobutilo.  2. - The pARNi compound according to the preceding claim, characterized in that R is methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl or isobutyl.
3. - El compuesto de pARNi según la reivindicación anterior, caracterizado 25 porque R es metilo o etilo, preferiblemente es metilo. 3. The pARNi compound according to the preceding claim, characterized in that R is methyl or ethyl, preferably methyl.
4 - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el grupo X-R está unido a la posición terminal 3' de la cadena gufa. 4 - The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the group X-R is attached to the 3 'terminal position of the leader chain.
30  30
5.- El compuesto de pARNi según la reivindicación 1 , caracterizado porque R es ciclobutilo, ciclopentilo o ciclohexilo. 5. The pARNi compound according to claim 1, characterized in that R is cyclobutyl, cyclopentyl or cyclohexyl.
6.- El compuesto de pARNi según la reivindicación 1 , caracterizado porque R es fenilo, naftilo, antracilo o pireno. 6. The pARNi compound according to claim 1, characterized in that R is phenyl, naphthyl, anthracyl or pyrene.
7 - El compuesto de pARNi según la reivindicación anterior, caracterizado porque R es fenilo o naftilo, preferiblemente fenilo. 7 - The pARNi compound according to the preceding claim, characterized in that R is phenyl or naphthyl, preferably phenyl.
8.- El compuesto de pAR i según la reivindicación 1 , caracterizado porque cuando R es heteroarílo se selecciona del grupo formado por acridinilo, quindolinilo, quinolinilo, tienilo, pirrolilo, oxazolilo, tiazolilo, ¡midazolilo, pirazolilo, isoxazolilo, isotiazolilo, oxadiazolilo, triazolilo, tiadiazolilo, tia-4H- pirazolilo, benzofuranilo, benzotienilo, benzoxazolilo, benzimidazolilo, benzotriazolílo, indazolilo, indolilo, isoindolilo, piridilo, píridazinilo, pirimidilo, pirazinilo, triazinilo, isoquinolinilo, azocinílo, indolizinilo, purínilo, cinnolinilo, ftalazinilo, quinazolinilo, quinoxalinilo, naftapiridinilo, pteridinilo, carbazolilo, fenazinilo, fenotiazinilo, fenoxazinilo, xantenilo y oxapinilo. 8. The compound of pAR i according to claim 1, characterized in that when R is heteroaryl it is selected from the group consisting of acridinyl, quindolinyl, quinolinyl, thienyl, pyrrolyl, oxazolyl, thiazolyl, midazolyl, pyrazolyl, isoxazolyl, isothiazolyl, oxadiazolyl, triazolyl, thiadiazolyl, thia-4H-pyrazolyl, benzofuranyl, benzothienyl, benzoxazolyl, benzimidazolyl, benzotriazole, indazolyl, indolyl, isoindolyl, pyridyl, pyridazinyl, pyrimidyl, pyrazinyl, triazinyl, isoquinolinyl, azocinyl, indolizinyl, purinyl, cinnolinyl, phthalazinyl, quinazolinyl, quinoxalinyl, naphthapyridinyl, pteridinyl, carbazolyl, phenazinyl, phenothiazinyl, phenoxazinyl, xanthenyl and oxapinyl.
9 - El compuesto de pARNi según la reivindicación anterior, caracterizado porque cuando R es heteroarílo se selecciona del grupo formado por acridinilo, quindolinilo, quinolinilo, isoquinolinilo, pteridilo y ftalazinilo. 9 - The pARNi compound according to the preceding claim, characterized in that when R is heteroaryl it is selected from the group consisting of acridinyl, quindolinyl, quinolinyl, isoquinolinyl, pteridyl and phthalazinyl.
10. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones 5 a 9, caracterizado porque el grupo X-R está unido a la posición terminal 3' de la cadena guía. 10. The pARNi compound according to any of claims 5 to 9, characterized in that the group X-R is attached to the terminal 3 'position of the guide chain.
11. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones 5 a 9, caracterizado porque el grupo X-R está unido a la posición terminal 3' de la cadena acompañante. 11. The pARNi compound according to any of claims 5 to 9, characterized in that the group X-R is attached to the 3 'terminal position of the accompanying chain.
12. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque R está sustituido con al menos un grupo seleccionado entre F, Cl, Br, I y C1-C3 haloalquilo. 12. - The pARNi compound according to any of the claims above, characterized in that R is substituted with at least one group selected from F, Cl, Br, I and C1-C3 haloalkyl.
13. - El compuesto de pARNí según la reivindicación anterior, caracterizado porque R está sustituido con al menos un grupo seleccionado entre F, Cl,13. - The pRNA compound according to the preceding claim, characterized in that R is substituted with at least one group selected from F, Cl,
Br, I, -CHsF, -CHF2, -CF3, -CCIs -CBre. Br, I, -CHsF, -CHF2, -CF3, -CCIs -CBre.
14, - El compuesto de pARNt según la reivindicación anterior, caracterizado porque R está sustituido con al menos un grupo seleccionado entre F, - CH2F, -CHF2 y -CF3, preferiblemente F y -CFs. 14, - The pARNt compound according to the preceding claim, characterized in that R is substituted with at least one group selected from F, - CH2F, -CHF2 and -CF3, preferably F and -CFs.
15 - El compuesto de pARNi según la reivindicación anterior, caracterizado porque R es un grupo C1-C6 alquilo sustituido con al menos un grupo F, preferiblemente un grupo C1-C3 alquilo sustituido con al menos un grupo F, más preferiblemente R es un grupo -CF3. 15 - The pARNi compound according to the preceding claim, characterized in that R is a C1-C6 alkyl group substituted with at least one group F, preferably a C1-C3 alkyl group substituted with at least one group F, more preferably R is a group -CF3
16. - El compuesto de pARNi según la reivindicación anterior, caracterizado porque R es un grupo arilo sustituido al menos con un grupo F o -CF3, preferiblemente un grupo fenilo sustituido con un grupo F o -CF3, y más preferiblemente R es 4-fluorofenilo o 4-trifluorometilfenilo. 16. - The pARNi compound according to the preceding claim, characterized in that R is an aryl group substituted with at least one group F or -CF3, preferably a phenyl group substituted with a group F or -CF3, and more preferably R is 4- fluorophenyl or 4-trifluoromethylphenyl.
17. - El compuesto de pARNi según la reivindicación 1, caracterizado porque R se selecciona de entre uno de los siguientes grupos: 17. The pARNi compound according to claim 1, characterized in that R is selected from one of the following groups:
Figure imgf000006_0001
Figure imgf000006_0001
18 - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el compuesto de fórmula (I) comprende un compuesto de fórmula (II): 18 - The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the compound of formula (I) comprises a compound of formula (II):
Figure imgf000006_0002
Fórmula (II)
Figure imgf000006_0002
Formula (II)
Donde:  Where:
W es grupo opcional, y es uno, o varios, sustituyentes que puede haber en cada unidad de metilenc y se selecciona, o seleccionan independientemente, entre H, C1-C3 alquilo o Z3; W is optional group, and is one, or several, substituents that may be in each methylen unit and is selected, or independently selected, from H, C 1 -C 3 alkyl or Z 3 ;
Z\ Z2 y Z3 se seleccionan independientemente entre -OH, -O-R, - NHC(=0)R y -NH2; R1 y R2 se seleccionan independientemente entre H y Ci-C6-alquilo; Z \ Z 2 and Z 3 are independently selected from -OH, -OR, -NHC (= 0) R and -NH 2 ; R 1 and R 2 are independently selected from H and Ci-C 6 -alkyl;
n es un número entero que se selecciona entre 1 , 2, 3, 4 y 5; n is an integer that is selected from 1, 2, 3, 4 and 5;
m es un número entero que se selecciona entre 0, 1 , 2, 3 y 4; m is an integer that is selected from 0, 1, 2, 3 and 4;
Y es según se ha definido en las reivindicaciones anteriores: And it is as defined in the preceding claims:
R se selecciona independientemente entre los R definidos reivindicaciones anteriores. R is independently selected from the R defined above claims.
19.- El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque presenta la fórmula (III): 19. The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that it has the formula (III):
Figure imgf000007_0001
Figure imgf000007_0001
Fórmula (III) Formula (III)
Donde: Y, R, Z2, R , R2, W, n y m son según se han definido en las reivindicaciones anteriores. Where: Y, R, Z 2 , R, R 2 , W, n and m are as defined in the preceding claims.
20. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las dos reivindicaciones anteriores, caracterizado porque n es un número entero que se selecciona entre , 2 y 3, preferiblemente n es 1. 20. The pARNi compound according to any of the two preceding claims, characterized in that n is an integer that is selected between, 2 and 3, preferably n is 1.
21. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las dos reivindicaciones anteriores, caracterizado porque m es un número entero que se selecciona entre 0, 1 y 2, preferiblemente m es 0. 21. The pARNi compound according to any of the two preceding claims, characterized in that m is an integer that is selected between 0, 1 and 2, preferably m is 0.
22. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las tres reivindicaciones anteriores, caracterizado porque Ri y Rz se seleccionan independientemente entre H y Ci-Cs-alquilo, preferiblemente entre H y metilo. 22. The pARNi compound according to any of the three preceding claims, characterized in that Ri and Rz are selected independently between H and Ci-Cs-alkyl, preferably between H and methyl.
23.- El compuesto de pARNi según cualquiera de las tres reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el compuesto puente proviene de una molécula de treoninol, glicerol, 2-amino-1 ,3-propandiol, 2-amino-1 ,4- butandiol, 3-amino-1 ,4-butand¡ol, 3,-amino-1 ,2-propandiol, hidroxiprolinol o serinol, preferiblemente proviene de treoninol, 24.- El compuesto de pARNi según cualquiera de las cinco reivindicaciones anteriores, caracterizado porque comprende alguna de las siguientes estructuras: 23. The pARNi compound according to any of the three preceding claims, characterized in that the bridging compound is derived from a molecule of threoninol, glycerol, 2-amino-1,3-propandiol, 2-amino-1,4-butanediol, 3 amino-1, 4-butanediol, 3, -amino-1,2-propanediol, hydroxyprinolin or serinol, preferably comes from threoninol, 24. The pARNi compound according to any of the five preceding claims, characterized in that it comprises of the following structures:
Figure imgf000008_0001
25,- El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el oligonucleótido de pARNi (Y) tiene entre 15 y 40 nucleótidos.
Figure imgf000008_0001
25, - The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the oligonucleotide of pARNi (Y) has between 15 and 40 nucleotides.
26.- El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el dúplex de pARNi (Y) tiene entre 15 y 40 nucleótidos por cadena. 27.- El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el dúplex de pARNi (Y) tiene entre 19 y 25 nucleótidos por cadena. 26. The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the duplex of pARNi (Y) has between 15 and 40 nucleotides per chain. 27. The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the duplex of pARNi (Y) has between 19 and 25 nucleotides per chain.
28. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el dúplex de pARNi comprende al menos una sustitución seleccionada entre 2'-0-metilo-ribonucleótido, 2'- desoxirribonucleótido, 2'-metoxietil-ribonucleótido, 2' fluoro- desoxirribonucleótido, 2'-fluoro-arabinonucleótido, ARN con enlaces fosforotioato, residuos abásicos, ribitoles, 5-metilcitosina, 5-metiluracilo, 4- alquinilcitosina, 5-alquiniluracilo, 5-halogenocitosina, 5-halogenouracilo, 7- deazaadenina, 7-deazaguanina o hipoxantina. 28. - The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the pRNA duplex comprises at least one substitution selected from 2'-0-methyl-ribonucleotide, 2'-deoxyribonucleotide, 2'-methoxyethyl-ribonucleotide, 2 '. fluoro-deoxyribonucleotide, 2'-fluoro-arabinonucleotide, RNA with phosphorothioate linkages, abasic residues, ribitoles, 5-methylcytosine, 5-methyluracil, 4-alkynylcytosine, 5-alkynyluracil, 5-halogenocytosine, 5-halogenouracil, 7- deazaadenine, -dezaguanina or hypoxanthine.
29. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque dicho dúplex de siARN (Y) inhibe/silencia, total o parcialmente, la expresión de al menos uno de los siguientes genes factor de necrosis tumoral alfa (TNFot), factor de crecimiento endotelial y vascular (VEGF), receptor de VEGF (VEGF R1/2), factor supresor de colonias de granulocitos (GM-CSF-1) y de macrófagos (M-CSF-1 ), angiopoietina (ANGPT), apolípoprotelna (ApoB), neovascularización vascular (CNV), carboxiquinasa fosfoenol piruvato (PEPCK), receptor del factor de crecimiento epidérmico humano (HER2), proteína inflamatoria de macrófagos (MIP2), receptor de N-metil-D aspartato (N DA), citoquina derivadas de los keratocitos (KC), receptor opio de delta (DOR), receptor del dominio de discordina (DDR1), gen de la fosfoproteína PIV (PIV-P), oxigenase hemo (HMOX1), caveloina, transportador de dopamina, proteína fluorescente verde y proteina del sarcoma de Swing (EWS-FLJ1). 29. - The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that said siRNA (Y) duplex inhibits / silences, totally or partially, the expression of at least one of the following tumor necrosis factor alpha (TNFot) genes, endothelial and vascular growth factor (VEGF), VEGF receptor (VEGF R1 / 2), granulocyte colony suppressor factor (GM-CSF-1) and macrophage (M-CSF-1), angiopoietin (ANGPT), apolipoprotein (ApoB), vascular neovascularization (CNV), carboxykinase phosphoenol pyruvate (PEPCK), human epidermal growth factor receptor (HER2), inflammatory protein of macrophages (MIP2), N-methyl-D aspartate receptor (N DA), cytokine Derivatives of keratocytes (KC), delta opio receptor (DOR), discordin domain receptor (DDR1), PIV phosphoprotein gene (PIV-P), heme oxygenase (HMOX1), caveloin, dopamine transporter, fluorescent protein Green and Swing Sarcoma Protein (EWS-FLJ1).
30. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el dúplex de pARNi (Y) inhibe/silencia, total o parcialmente, al menos uno de los siguientes genes factor de necrosis tumoral alfa (TNFa), factor de crecimiento endotelial y vascular (VEGF), receptor de VEGF (VEGF R1/2), factor supresor de colonias de granulocitos (GM-CSF-1) y de macrofagos (M-CSF-1), 30. The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the duplex of pARNi (Y) inhibits / silences, totally or partially, at least one of the following genes: tumor necrosis factor alpha (TNFa), growth factor endothelial and vascular (VEGF), VEGF receptor (VEGF R1 / 2), granulocyte colony suppressor factor (GM-CSF-1) and macrophages (M-CSF-1),
31. - El compuesto de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque la secuencia de pARNi se selecciona entre SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 1. 31. - The pARNi compound according to any of the preceding claims, characterized in that the sequence of pARNi is selected from SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 2 and SEQ ID NO: 1.
32. - Un compuesto de fórmula (I): 32. - A compound of formula (I):
Y-X-R  Y-X-R
Fórmula (I)  Formula (I)
Donde: Where:
Y es una cadena sencilla de pARNi unida medíante un enlace tipo fosfato aAnd it is a simple chain of pARNi linked by a phosphate-type bond to
X; X;
R se selecciona entre alquilo, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, estando R opcionalmente sustituido con al menos un grupo seleccionado entre halógeno (F, Cl, Br, I), haloalquilo, alquilo, C2-C5 alquenilo, heterocicloalquilo, -NO2, -CN, -COsRa, -CORt-, -SRc, -CONRdRo, - NRfRg, -ORh, -S02NRiRj¡ donde Ra, Rb, Re, Rd, Ro, Rf, Rg, Rh, R¡ y R,, se seleccionan independientemente entre H, metilo, etilo, propilo, ísopropilo, butilo e ¡sobutilo; R is selected from alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, aryl, and heteroaryl, wherein R is optionally substituted with at least one group selected from halogen (F, Cl, Br, I), haloalkyl, alkyl, C2-C5 alkenyl, heterocycloalkyl, -NO2, -CN, -COsRa, -CORt-, -SRc, -CONRdRo, -NRfRg, -ORh, -S02NRiRj¡ where Ra, Rb, Re, Rd, Ro, Rf, R g , Rh, R, and R ,, are independently selected from H, methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl and isobutyl;
X es una molécula puente unida a la cadena sencilla de pARNi (Y) mediante el enlace tipo fosfato a la posición 3'.  X is a bridged molecule attached to the single strand of pARNi (Y) by the phosphate bond at the 3 'position.
33. - Un proceso para la síntesis en fase sólida de los compuestos según se definen en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 31 , caracterizado porque comprende las siguientes etapas: 60 33. - A process for the synthesis in solid phase of the compounds as defined in any of claims 1 to 31, characterized in that it comprises the following steps: 60
i) enlazar covalentemente el grupo R y el puente; i) covalently linking the R group and the bridge;
ii) unir el compuesto obtenido en el paso (i) a un soporte sólido; ii) joining the compound obtained in step (i) to a solid support;
iii) ensamblar de manera secuencial una de las cadenas de pARNi sobre la molécula X-R unida al soporte sólido; iii) sequentially assembling one of the siRNA chains on the X-R molecule bound to the solid support;
iv) romper el enlace entre el soporte sólido y el producto y eliminar los grupos protectores obteniéndose una de las cadenas del pARNi conteniendo el grupo X-R; iv) breaking the bond between the solid support and the product and eliminating the protecting groups, obtaining one of the chains of the siRNA containing the group X-R;
v) mezclar cantidades equivalentes de las cadenas guia y acompañante para generar el dúplex de pARNL v) mixing equivalent amounts of the guide and companion chains to generate the pARNL duplex
34. · El proceso según la reivindicación anterior, caracterizado porque el soporte sólido se selecciona entre vidrio, gel de sílice, vidrio poroso, óxido de silicio, poliestireno, polietilenglicol, poliestireno-polietilenglicol, poliamida, poliacrilamida, cloruro de polivinilo, teflón, papel y celulosa. 34. The process according to the preceding claim, characterized in that the solid support is selected from glass, silica gel, porous glass, silicon oxide, polystyrene, polyethylene glycol, polystyrene-polyethylene glycol, polyamide, polyacrylamide, polyvinyl chloride, Teflon, paper and cellulose.
35. - El proceso según cualquiera de las dos reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el grupo R es unido a un soporte sólido a través de una molécula puente y al menos una de las cadenas del pARNi es sintetizada utilizando el procedimiento de síntesis en fase sólida utilizando el soporte sólido funcionalizado con el grupo R. 35. - The process according to any of the two preceding claims, characterized in that the R group is attached to a solid support through a bridging molecule and at least one of the pARNi chains is synthesized using the solid phase synthesis method using the solid support functionalized with the group R.
36. - El proceso según cualquiera de las tres reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el grupo R es unido a un soporte sólido y al menos una de las cadenas del pARNi es sintetizada por adición sucesiva de derivados de los nucleósidos que constituyen la secuencia de la cadena incluyendo los fosforamiditos, los M-fosfonatos, los fosfatos diéster y los fosfatos monoéster. 36. - The process according to any of the three preceding claims, characterized in that the R group is attached to a solid support and at least one of the pARNi chains is synthesized by successive addition of derivatives of the nucleosides constituting the sequence of the chain including phosphoramidites, M-phosphonates, diester phosphates and monoester phosphates.
37 - El proceso según cualquiera de las cuatro reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el grupo R es unido a un soporte sólido y al menos una de las cadenas del pARNi es sintetizada por adición sucesiva de los fosforamiditos de (os nucleósidos que constituyen la secuencia de la cadena. 61 37. The process according to any one of the four preceding claims, characterized in that the R group is attached to a solid support and at least one of the pARNi chains is synthesized by successively adding the phosphoramidites of the nucleosides that constitute the sequence of the chain. 61
38. - Una composición farmacéutica que comprende cualquiera de los compuestos de pARNi como se describen en las reivindicaciones 1 a 32 y al menos un excipiente o vehículo farmacéuticamente aceptable. 38. A pharmaceutical composition comprising any of the pARNi compounds as described in claims 1 to 32 and at least one pharmaceutically acceptable excipient or carrier.
39. - La composición farmacéutica según la reivindicación anterior, caracterizada porque comprende un agente de transfección. 39. - The pharmaceutical composition according to the preceding claim, characterized in that it comprises a transfection agent.
40. - La composición farmacéutica según la reivindicación anterior, caracterizada porque el agente de transfección se selecciona entre uno o mezclas de los siguientes compuestos lipofectina, liptofectamina, oligofectamina, effectene, cellfectina, DOTAP, DOPE, fugene, polietilenglicol, colesterol, polietílenimida (PEI), Jet-polietilenimida, péptidos de penetración celular, péptidos .royanos, péptido TAT, penetrativa, oligoarginina, poli-lisina, glicoproteína del virus de la rabia, nanoparticulas de oro, dendrímeros, nanotubos de carbono, lipidos catión icos y/o liposomas. 40. - The pharmaceutical composition according to the preceding claim, characterized in that the transfection agent is selected from one or mixtures of the following compounds lipofectin, liptofectamine, oligofectamine, effectene, cellfectin, DOTAP, DOPE, fugene, polyethylene glycol, cholesterol, polyethylene imide (PEI) ), Jet-polyethyleneimide, cell penetration peptides, .royanos peptides, TAT peptide, penetrative, oligoarginine, poly-lysine, rabies virus glycoprotein, gold nanoparticles, dendrimers, carbon nanotubes, cation lipids icos and / or liposomes .
41. - El uso de los compuestos de pARNi según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 32 o de las composiciones según cualquiera de las tres reivindicaciones anteriores para la preparación de un medicamento. 41. The use of the pARNi compounds according to any of claims 1 to 32 or of the compositions according to any of the three preceding claims for the preparation of a medicament.
42. - El uso según la reivindicación anterior para la preparación de un medicamento para el silenciamiento génico. 42. The use according to the preceding claim for the preparation of a medicament for gene silencing.
43. - El uso según cualquiera de las dos reivindicaciones anteriores para la preparación de un medicamento para el tratamiento del cáncer, inflamación, colitis, colitis ulcerativa, enfermedad de Crohn y/o artritis reumatoides. 43. The use according to any of the two preceding claims for the preparation of a medicament for the treatment of cancer, inflammation, colitis, ulcerative colitis, Crohn's disease and / or rheumatoid arthritis.

62  62

DECLARACION SEGUN EL ARTICULO 19 (1 ) DECLARATION ACCORDING TO ARTICLE 19 (1)

(1 ) Se aporta una serie completa de reivindicaciones que reemplazan a las reivindicaciones iniciatmente presentadas, como sigue: (1) A complete series of claims is presented that replace the claims presented initially, as follows:

A) hojas sustitutivas 49, 50 y 51 , que corresponden a las páginas originales de la memoria con la misma numeración en las que están incluidas las reivindicaciones 1 a 16 y parte de la reivindicación 1 7; y  A) substitute sheets 49, 50 and 51, corresponding to the original pages of the memory with the same numbering in which claims 1 to 16 and part of claim 1 7 are included; Y

B) nuevas hojas 52 a 58 de memoria, en las que se ha modificado el juego de reivindicaciones añadiendo las nuevas reivindicaciones 17 (parte omitida) a 43, junto con hoja 59 renumerada, que corresponde al Resumen (antigua hoja 52).  B) new sheets 52 to 58 of memory, in which the set of claims has been modified by adding the new claims 17 (part omitted) to 43, together with renumbered sheet 59, corresponding to the Summary (former sheet 52).

(2) Las reivindicaciones 1 a 16 sustitutivas corresponden a las reivindicaciones originales con la misma numeración, por lo que tienen apoyo en la memoria tal cual se presentó. (2) Substitute claims 1 to 16 correspond to the original claims with the same numbering, so they have support in the memory as it was presented.

(3) La parte omitida de la reivindicación 17, así como el contenido de las nuevas reivindicaciones 1 8 a 43 tienen soporte en la memoria original, como sigue:  (3) The omitted part of claim 17, as well as the content of the new claims 1 to 43 are supported in the original memory, as follows:

- La reivindicación 1 7 completada: desde página 8, linee 28 a página 9.  - Claim 1 7 completed: from page 8, line 28 to page 9.

- La nueva reivindicación 8: desde página 9, línea 1 3 a página 10, línea 1 6, - The new claim 8: from page 9, line 1 3 to page 10, line 1 6,

- La nueva reivindicación 1 9: página 1 1 , líneas 1 -9. - The new claim 1 9: page 1 1, lines 1 -9.

- La nueva reivindicación 20: página 1 1 , líneas 1 1 - 1 3.  - The new claim 20: page 1 1, lines 1 1 - 1 3.

- La nueva reivindicación 21 : página 1 1 , líneas 1 3-14.  - The new claim 21: page 1 1, lines 1 3-14.

- La nueva reivindicación 22: página 1 1 , líneas 1 6-1 7.  - The new claim 22: page 1 1, lines 1 6-1 7.

■ La nueva reivindicación 23: página 1 1 , líneas 19-23. ■ The new claim 23: page 1 1, lines 19-23.

- Le nueva reivindicación 24: desde página 1 1 , línea 26 a página 1 2.  - The new claim 24: from page 1 1, line 26 to page 1 2.

- Las nuevas reivindicaciones 25, 26 y 27: página 1 2, líneas 3-6. A este respecto, debe tenerse en cuente que esta parte del texto se refiere a "los compuestos de la invención". Estos se describen en la página 3, linea 22 a página 4, línea 1 1 de la memoria original, donde se afirma que "Y es un dúplex de pARNi", al igual que en la reivindicación 1 de la que dependen estas nuevas reivindicaciones 25-27, - The new claims 25, 26 and 27: page 1 2, lines 3-6. In this regard, it should be kept in mind that this part of the text refers to "the compounds of the invention". These are described on page 3, line 22 to page 4, line 1 1 of the original memory, where it is stated that "Y is a pRNA duplex", as in claim 1 on which these new claims depend. -27,

- La nueva reivindicación 28: página 1 2, línea 8-1 8. - The new claim 28: page 1 2, line 8-1 8.

- La nueva reivindicación 29: desde página 12, línea 20 a página 1 3, línea 1 1 . - The new claim 29: from page 12, line 20 to page 1 3, line 1 1.

- La nueva reivindicación 30: página 13, líneas 1 1 - 1 5. - The new claim 30: page 13, lines 1 1 - 1 5.

- La nueva reivindicación 31 : página 13, líneas 25-29.  - The new claim 31: page 13, lines 25-29.

- La nueva reivindicación 32: desde página 3, línea 22 a página 4, línea 1 1 .  - The new claim 32: from page 3, line 22 to page 4, line 1 1.

- La nueva reivindicación 33: página 4, lincas 6-30.  - The new claim 33: page 4, lines 6-30.

- La nueva reivindicación 34: página 14, líneas 5-8.  - The new claim 34: page 14, lines 5-8.

- La nueva reivindicación 35: página 14, líneas 10-14, 63 - The new claim 35: page 14, lines 10-14, 63

- La nueva reivindicación 36; página 1 , líneas 1 5-19. - The new claim 36; page 1, lines 1 5-19.

- La nueva reivindicación 37: página 14, líneas 21 -24.  - The new claim 37: page 14, lines 21 -24.

- La nueva reivindicación 38: página 5, líneas 1 -3 y página 1 6, líneas 2-4.  - The new claim 38: page 5, lines 1 -3 and page 1 6, lines 2-4.

- La nueva reivindicación 39: página 1 6, líneas 1 6-17.  - The new claim 39: page 1 6, lines 1 6-17.

- La nueva reivindicación 40: página 16, líneas 1 9-26.  - The new claim 40: page 16, lines 1 9-26.

- La nueva reivindicación 41 : página 5, líneas 5-7.  - The new claim 41: page 5, lines 5-7.

- La nueva reivindicación 42: página 17, líneas 1 -2.  - The new claim 42: page 17, lines 1 -2.

- La nueva reivindicación 43: página 16, líneas 28-31 .  - The new claim 43: page 16, lines 28-31.

(4) En vista del punto anterior, se considera que las modificaciones presentadas son aceptables de acuerdo con la Ley PCT y solventan la objeción/observación hecha por la Administración encargada respecto a la reivindicación 17 (incompleta). Asimismo, a la vista del Informe de Búsqueda Internacional y de la Opinión escrita emitidas por la OEPM como Administración encargada, en las que se otorga novedad y altura Inventiva a las reivindicaciones originales 1 a 16 (ver Recuadro V.1 del Informe de Búsqueda Internacional), se considera que modificaciones que se presentan son patentables.  (4) In view of the previous point, it is considered that the modifications presented are acceptable in accordance with the PCT Law and resolve the objection / observation made by the Administration in charge with respect to claim 17 (incomplete). Likewise, in view of the International Search Report and the written Opinion issued by the OEPM as the Responsible Administration, which grants novelty and inventiveness to the original claims 1 to 16 (see Box V.1 of the International Search Report). ), it is considered that modifications that are presented are patentable.

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CA2500224C (en) * 2002-09-25 2015-04-28 University Of Massachusetts In vivo gene silencing by chemically modified and stable sirna
GB0608838D0 (en) * 2006-05-04 2006-06-14 Novartis Ag Organic compounds

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