UA140754U - СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ - Google Patents

СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ Download PDF

Info

Publication number
UA140754U
UA140754U UAU201908673U UAU201908673U UA140754U UA 140754 U UA140754 U UA 140754U UA U201908673 U UAU201908673 U UA U201908673U UA U201908673 U UAU201908673 U UA U201908673U UA 140754 U UA140754 U UA 140754U
Authority
UA
Ukraine
Prior art keywords
amplification
fragment
polymerase chain
gene
identification
Prior art date
Application number
UAU201908673U
Other languages
English (en)
Inventor
Вікторія Костянтинівна Зезекало
Костянтин Федорович Почерняєв
Original Assignee
Інститут Свинарства І Агропромислового Виробництва Наан
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Інститут Свинарства І Агропромислового Виробництва Наан filed Critical Інститут Свинарства І Агропромислового Виробництва Наан
Priority to UAU201908673U priority Critical patent/UA140754U/uk
Publication of UA140754U publication Critical patent/UA140754U/uk

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Спосіб визначення ДНК бактерій Са. Piscichlamydia salmonis шляхом ампліфікації фрагмента гена, що кодує 16S рРНК. Ампліфікацію консервативної за нуклеотидним складом ділянки фрагмента гена 16S рРНК здійснюють за допомогою пари праймерів.

Description

Корисна модель належить до молекулярної біології, біотехнології та ветеринарної медицини. Він може бути використаний для діагностики та дослідницьких робіт. Одним із способів діагностики хвороб, що викликаються мікроорганізмами, є визначення останніх за унікальністю фрагментів дезоксирибонуклеїнової кислоти, оснований на ампліфікації ДНК у полімеразній ланцюговій реакції (ПЛР) з наступним електрофоретичним визначенням.
Сапаїдатше Рівзсісніатудіа заітопіх5, збудник епітеліоцистистозу (еріїйпеїїосувії5), захворювання зябер та шкіри риби, яке характеризується наявністю специфічних "включень" в епітеліальних клітинах зябер. Епітеліоцистоз у риб може проявлятися гіпертрофією та запаленням епітеліальної тканини зябер та шкіри і затримкою росту риб, респіраторним дистресом, трапляються випадки повного знищення молодих аквакультур На сьогоднішній день захворювання риб, асоційованих з хламідійними інфекціями, було виявлено у більш ніж 90 видів прісноводних і морських риб по всьому світу, включаючи як дикі види, так і ті, що є об'єктом аквакультури. Са. Різсіспіатуаїйа заітопіх може викликати епителіоцистоз комерційно важливих видів риб аквакультури України (1, 21.
На сьогоднішній день в арсеналі лікарів іхтіопатологів та лабораторій ветеринарної медицини України не існує ПЛР -тест-системи використання якої дозволяло б виявляти і диференціювати такі хламідієподібні бактерії, Са. Різсіспіатуаїйа заІтопі5. Метою нашої роботи була розробка ПЛР -тест-системи для ідентифікації та видової диференціації Са. Різсіспіатуаїйа ваІтопів.
Відомим аналогом є спосіб виявлення ДНК бактерій Са. Рівзсіспіатуайа заїтопі5 у полімеразній ланцюговій реакції у реальному часі, шляхом ампліфікації фрагменту гена 165 рРНК з використанням специфічних праймерів ЗСВП-Е (5-2сОС:1ИІ5ТА,СССОСАТАТСТТСАААСТ-3)),
ЗСН-В (5-СССАТОАЛДО,СССаСтТоТСтТеотТ-3) та ТадмапеЕАМ м зонд (Гат-5'- тосттСасаАССТТАС-3-МаВ) (ЗІ.
Недоліком аналога є висока вартість способу, який потребує залучення обладнання та реактивів для геа!-їте РОСА.
Задачею корисної моделі є спосіб дослідження з залученням методу ПЛР, що забезпечує видову ідентифікації Сапаїідатшв Різсіснатуаїйа заІтопіх, з використанням обладнання, що не вимагає великих матеріальних затрат.
Найбільш близьким до запропонованого є спосіб виявлення ДНК бактерії Спіатуаїйа 5ців5 у полімеразній ланцюговій реакції шляхом ампліфікації фрагмента гена головного білка мембрани (МОМР).
Спосіб індикації ДНК бактерій Сніатуаіа зціє у полімеразній ланцюговій реакції шляхом ампліфікації фрагмента гена головного білка мембрани передбачає ампліфікацію консервативної за нуклеотидним складом ділянки фрагмента гена МОМР СпНіатуаїйа в5иців та здійснюється за допомогою пари праймерів: прямого: СпиБи МОМРІ: 5-
ТСТТТасСААТОСТастадА-З та зворотного: СпиЗи МОМРЕ: 5 - АТСААДаСсттастосАаАСО- 3, з одержанням фрагмента гена розміром 215 пар нуклеотидів бактерій Спіатуаіа 5ців 4).
Створення олігонуклеотидних праймерів для визначення хламідійних інфекцій риб, що пов'язані з Сапаїдайв5 Різсісніатудіа заІтопіз у полімеразній ланцюговій реакції передбачало пошук специфічних ділянок гену 165 рРНК бактерії Сапаїідацв Різсіспіатуаіа заІтопів, що не зустрічаються у будь-яких бактерій порядку СпіатуаїйаІевз, інших організмів та за розмірами продукту ПЛР зручних для електрофоретичного визначення.
Для цього, з бази даних СепВапкК були проаналізовані первинні послідовності наступних геномів. УмМадайа сНпопагорніа: СРОО1928, МА 074886, МА 028697; бітКапіа педемепвів:
МА 074932, МА 074932.1, МА 074932.1, МА 029194; ВАВнпардаосніатуаїйа сгазвзіїсапе: СВІВОТ,
АУЗ28092.1; Ргогоспіатудіа паеєдієтіорніа: 0О632609.1; Рагаспіатудіа асапіпатоерває:
Ен8В72580(2), ЕНВ72580, ЕНВ8В72580, А.7У15410.1, Ауу15410, АБЕЗ66365.1, МА 0263571,
МА 026357.1; Меоспіатудіа пайтаппеПає: МА 025037.1; Ев5ігеПа Іайзаппепвіб: ЕЄОО74225.1; Стпіріатуадіа зедоапепвіб: МА 115696.1; Спіатуайїа рзінасі:
АВО01803.1, СРОО2804, СРОО2586, СРОО2549, СРОО2807, СРОО2806, СРОО2805; Спіатуайа рпеитопіає: СРОО1713, ВА0О0008, АЕО0О1363, АЕО02161; СНіатуадіа ресогит: СРОО260О8;
СНіатуайа їєїїв: 085707.1, АРООБ6861; Спіатуайіа саміає: МА 036833.1, АЕО15925; Спіатуаїйа аропив: ЕР486855.1, ЕР486857.1, ЕР486856.1, ШШУ6710.2, АВО01783.1, СА848038; Спіатуаїа|ев
Басієйцйт: КС469550.1; Спіатуаіа ігаспотаїів: ЕМ652779, ЕМб52779(2), ЕМб652779, СРООгО2г4,
СРОО2024, АМ884177, СРОО1887, СРОО1930, СРО0О1888, СРОО1889, НЕб601805, НЕбО01804,
НЕб6О1801, СРОО1886, СРОО1890, СРОО2О54, СРОО2О52, АЕО01273, СРОО2401, СРООООБ1,
АМ884176; СПіатуадіа взиців: О73110.2; СНіатудіа типйдагпит: АЕОО02160; СНіатуаїйа іріаїів;
НОбб2955.1; Спіатуаїйа да пасеап: МА 1364251, 40398027.1, КХб60О3684.1; Спіатуаїйа амішт: 60 КЕЗ66260.1; Сапаідацв5 б5упдпатуаїйа мепегіа: КС 182514.1; Сапаїданв бітіїйсНіатуайіа Іаїгідісоїа:
КОС686678.1, КС469562.1; Сапаідаюв5 Виріди5є табввіїйєпвів: НОа7260471, Сапаідашв
Апарадоспіатуайіа рогсеїйПопіє: НЕ933203.1, АМ223862.1; Сапаїдацв5 Вепісніатуадіа Ішщапі: УМ 167597.1; Сапаїдаюше Ргоїоспіатудіа атоерорпіа: ВвХ908798(2), ВХ908798, КЕ924591, 40346728.1, 20346728; Сапаїідашвь Різсісніатуайа заітопіє: ЕОЗ26495, І М995857, І М995856, 1М995855, 1М995854, ІМ995853, НО416711, 90065096, 90065095, спО302988, спО302987,
АУ462244.1, АУ462244, АУ462243, 90065095; Сапаїдатшв Рапіспіатуайа: КТО30898; Сапаїдатшв
МеріипоспІатуаіа: І! С049073.1; Сапаїдацшв Меїаспіатуайа Іасивігів: (10221847.1; Сапаїдатшв
Мезоспіатуайа еєіодеає: ОМ112799.1; Сапаїдацв Рпйвзснєа епососсі: АМ140911.1; Сапаідатв5
Епїзсйєа Бетівзіає АМ140910.1; Сапаїдатше СіІамоспіатудіа заітопісоїа: ЕМ545852.1,
ЕРБ577392.1, УМ123362.1; Сапаїданв Атрпіріснпіатуадіа заїатапагає: 2М392919.1, 2М402380.1,
УМ402380.1.
Розроблені олігонуклеотидні праймери були перевірені на відсутність комплементарності з нуклеотидними послідовностями інших організмів за допомогою веб-додатку "Віаві".
Можливість здійснення корисної моделі, що заявляється, підтверджується власними дослідженнями. ПЛР ампліфікація з використанням розроблених олігонуклеотидних праймерів та контрольної ДНК Са. РізсіспІатуаіа заітопіз дозволяє виявити ДНК Са. РізсіспІатуаіа ваітопіхє шляхом ампліфікації фрагменту гена 165 рРНК з наступним електрофоретичним аналізом продуктів ПЛР як в агарозних, так і в поліакриламідних гелях.
Перевірка аналітичної специфічності виконана шляхом ампліфікації контрольної ДНК 9 видів, що входять до порядку Спіатуаіаез (У/адаїйа спопагорніїа, Рагаспіатуаїйа асапінатоебаєвє,
СіІахоснІіатуаїйа заІтопісоїа, СнІіатуаїйа амішт, Снпіатуаіа ресогит, Спіатуаіа аропив, Спіатуаіа реіШасі, Снпіатуаїйа 5ці5, Спіатуаіа саміає.) показала відсутність ПЛР продуктів фото 2. Етапи дослідження включають наступні пункти: 1. Отримання біоматеріалу - зіскоби епітелію зі статевих органів, 3 кон'юнктиви, з респіраторного тракту, синовіальну рідину, фекалії. 2. Виділення ДНК з біоматеріалу за будь-яким методом. 3. Здійснення ампліфікації фрагменту гена, що кодує 165 рРНК бактерій Са. Різсіспіатуаїйа ваітопіє за допомогою полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) з використанням специфічних праймерів:
РІСН5Е: 5-СТАаАСтТАала ТТ САдасвасцися-з"
РІСНОВА: 5-ИСТАСИасттаАаАСтТАаТстАС-зЗ"
Електрофоретичне розділення продуктів ПЛР у поліакриламідному або агарозному гелі дозволяє чітко визначати наявність ДНК збудника хламідіозу за розміром ампліфікованої фрагменту 207 пар нуклеотидів характерного для Са. Різсіспіатуаїйа заІтопів.
Джерела інформації: 1. Зсптіді-Розійаие Н. А паїшга! їевзпулаїег огідіп ог їмо сНіатуаїйа! 5ресіев5, сапаіїдатшв різсіспіатуаїйа заІтопів апа сапаїдат5 сіамоспіатуайа заІтопісоїа, саивіпд тіхей іпТесіопвз іп ла
Бгом/п іїгоці (зайто іга): 5єавзопа! еріїпеїйосувіїв іп Бгомуп їМШоці / Н. бсНтіаї-Ровінацйв, А.
РоїКіпапогпе, І. Митег, Геї а.) // Епмігоптепіа! Містобіоіоду. - 2012. - Мої. 14, Мо. 8. - Р. 2048 2057. 2. Віапагтога М. І. ЕріїНеїіосувіїв іп їїви: ап етегдіпд адоасиниге дівеазе улй а діобаї ітрасі / М.
І. Віапатога, А. Тауїог-Вгомл, Т. А. 5сНіаснег, (еї а! // Тгапвроипадагу апа Етегодіпу Оізеазев. - 2018. - Мої. 65, Мо. 6. - Р. 1436-1446. 3. Муїшпа 5. Спагасієгігайоп ої сапаідацшве зупдпатуайїйа заІтопів' (спіатуаїа|ев, вітКапіасеєає), а басіетцт аззосіаїей м/йй еріїнеїЇйосувіїв іп айапіїс заІтоп (заїто заїаг 1.) / 5. Муїшпа, А. зівідеп,
Е. Капзракк, Геї а.) // Ауспіме5 ої Містобіоіоду. -2015.-Мої. 197.-Р. 17-25. 4. Патент на корисну модель 117099 Україна. Спосіб індикації ДНК бактерії Сніатуайїйа 5ців у полімеразній ланцюговій реакції шляхом ампліфікації фрагмента і "на головного білка мембрани (МОМР) для її видової диференціації / Корнієнко М.В., Ксьонз І.М., Почерняєв К.Ф. Бюл. Мо 11: 12.06.2017.

Claims (1)

  1. ФОРМУЛА КОРИСНОЇ МОДЕЛІ Спосіб визначення ДНК бактерій Са.
    РізсіспнІатуадіа заітопіх, при якому шляхом ампліфікації фрагмента гена, що кодує 165 рРНК, який відрізняється тим, що ампліфікацію консервативної за нуклеотидним складом ділянки фрагмента гена 165 рРНК здійснюють за допомогою пари праймерів: РІСН5Е: 5-СТАЧАСтТАаАдаТаттсАдасае -3' РІСНЬВ: 5-ИСТАсСастталаАСстТАастАс -3' електрофоретичне розділення продуктів ПЛР у поліакриламідному або агарозному гелі дозволяє чітко визначати наявність ДНК збудника хламідіозу за розміром ампліфікованого фрагменту 207 пар нуклеотидів, характерну для Са.
    Різсіспіатуайа заІтопів, що є одним із видів збудників хламідіозів риб.
UAU201908673U 2019-07-18 2019-07-18 СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ UA140754U (uk)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
UAU201908673U UA140754U (uk) 2019-07-18 2019-07-18 СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
UAU201908673U UA140754U (uk) 2019-07-18 2019-07-18 СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ

Publications (1)

Publication Number Publication Date
UA140754U true UA140754U (uk) 2020-03-10

Family

ID=70108755

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
UAU201908673U UA140754U (uk) 2019-07-18 2019-07-18 СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ

Country Status (1)

Country Link
UA (1) UA140754U (uk)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Pantchev et al. New real-time PCR tests for species-specific detection of Chlamydophila psittaci and Chlamydophila abortus from tissue samples
Sachse et al. Comparison of various diagnostic methods for the detection of Mycoplasma bovis
Selim et al. Direct detection of Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis in bovine milk by multiplex Real-time PCR
Grudlewska-Buda et al. Comparison of the intensity of biofilm formation by Listeria monocytogenes using classical culture-based method and digital droplet PCR
Clothier et al. Effects of bacterial contamination of media on the diagnosis of Tritrichomonas foetus by culture and real-time PCR
Lamoth et al. Waddlia: an emerging pathogen and a model organism to study the biology of chlamydiae
KR101329114B1 (ko) 마이코플라즈마 하이오뉴모니에를 검출하기 위한 프라이머, 상기 프라이머를 이용한 마이코플라즈마 하이오뉴모니에 검출키트 및 방법, 및 상기 프라이머를 이용한 돼지 유행성 폐렴 진단키트 및 방법
UA140754U (uk) СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S pPНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ
UA141126U (uk) СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS PISCICHLAMYDIA SALMONIS ТА CANDIDATUS CLAVOCHLAMYDIA SALMONICOLA ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S рРНК У ОДИНОЧНІЙ ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ
UA141125U (uk) СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ CANDIDATUS CLAVOCHLAMYDIA SALMONICOLA ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S рРНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ
Jiao et al. Development of a lateral flow strip-based recombinase-aided amplification for active chlamydia psittaci infection
UA141128U (uk) СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ PARACHLAMYDIA ACANTHAMOEBAE ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S рРНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ
Fawzy et al. Improvement of sensitivity for Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) detection in bovine fecal samples by specific duplex F 57/IC real-time and conventional IS 900 PCRs after solid culture enrichment
Choudhary et al. Recent Trends in Diagnosis of Campylobacter Infection
RU2435852C1 (ru) ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ И СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ДНК Mycobacterium paratuberculosis - ВОЗБУДИТЕЛЯ ПАРАТУБЕРКУЛЕЗА МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ (ПЦР)
Cerioli et al. Metagenomics for Accelerated Discovery of Antimicrobial Compounds: A Review Focused on Bovine Mastitis
UA141127U (uk) СПОСІБ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ФРАГМЕНТА ДНК БАКТЕРІЙ WADDLIA CHONDROPHILA ШЛЯХОМ АМПЛІФІКАЦІЇ ДІЛЯНКИ ГЕНА 16S рРНК У ПОЛІМЕРАЗНІЙ ЛАНЦЮГОВІЙ РЕАКЦІЇ
CN109266763B (zh) 一种快速检测绿脓杆菌强毒力菌株的方法、检测试剂盒和应用
Kavitha et al. Standardization of loop-mediated isothermal amplification for detection of D. nodosus and F. necrophorum causing footrot in sheep and goats
UA123309U (uk) Спосіб індикації днк бактерії chlamydia felis у полімеразній ланцюговій реакції шляхом ампліфікації фрагмента гена головного білка мембрани (момр) для її видової диференціації
RU2332235C2 (ru) Способ контроля качества вакцинации цыплят против болезни марека
RU2378364C1 (ru) Способ молекулярного типирования chlamydia trachomatis
RU2551962C1 (ru) СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ БАКТЕРИИ Pasteurella multocida КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА СЕРОГРУПП A, B, D, E, F В МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ
UA148060U (uk) Спосіб детекції днк brucella ovis за допомогою полімеразної ланцюгової реакції у форматі реального часу
Srivastava et al. Histological changes in canine placenta during acute brucellosis