UA126564C2 - Спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя - Google Patents
Спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя Download PDFInfo
- Publication number
- UA126564C2 UA126564C2 UAA201901152A UAA201901152A UA126564C2 UA 126564 C2 UA126564 C2 UA 126564C2 UA A201901152 A UAA201901152 A UA A201901152A UA A201901152 A UAA201901152 A UA A201901152A UA 126564 C2 UA126564 C2 UA 126564C2
- Authority
- UA
- Ukraine
- Prior art keywords
- marker
- markers
- allele
- nucleotide position
- rnmoi
- Prior art date
Links
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 title claims abstract description 92
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 66
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 title abstract description 49
- 235000016383 Zea mays subsp huehuetenangensis Nutrition 0.000 title abstract description 31
- 235000009973 maize Nutrition 0.000 title abstract description 31
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims abstract description 125
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 46
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 53
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 53
- 241001057636 Dracaena deremensis Species 0.000 claims description 27
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 26
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 abstract description 110
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 78
- 239000000203 mixture Substances 0.000 abstract description 12
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 161
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 62
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 59
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 42
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 38
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 28
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 26
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 23
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 22
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 21
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 20
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 20
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 18
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 18
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 17
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 16
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 15
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 15
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 15
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 15
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 15
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 14
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 14
- 230000021121 meiosis Effects 0.000 description 14
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 13
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 13
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 12
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 12
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 12
- 241000894007 species Species 0.000 description 12
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 11
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 11
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 10
- 230000009418 agronomic effect Effects 0.000 description 9
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 8
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 8
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 8
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 8
- 208000024191 minimally invasive lung adenocarcinoma Diseases 0.000 description 8
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 7
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 7
- 239000000463 material Substances 0.000 description 7
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 7
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 7
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 7
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 6
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 6
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 6
- 108010044467 Isoenzymes Proteins 0.000 description 5
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 5
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 5
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 5
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 5
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 5
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 5
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 4
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 4
- -1 crop rotation Substances 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 3
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 3
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 3
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 3
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 3
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 3
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 3
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 3
- 230000017260 vegetative to reproductive phase transition of meristem Effects 0.000 description 3
- JLIDBLDQVAYHNE-YKALOCIXSA-N (+)-Abscisic acid Chemical compound OC(=O)/C=C(/C)\C=C\[C@@]1(O)C(C)=CC(=O)CC1(C)C JLIDBLDQVAYHNE-YKALOCIXSA-N 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012935 Averaging Methods 0.000 description 2
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 241000221785 Erysiphales Species 0.000 description 2
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 2
- 101100042271 Mus musculus Sema3b gene Proteins 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 241001246312 Otis Species 0.000 description 2
- 241000022563 Rema Species 0.000 description 2
- 241001669494 Rice stripe mosaic virus Species 0.000 description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 2
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 239000004009 herbicide Substances 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 2
- 230000010152 pollination Effects 0.000 description 2
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 230000010153 self-pollination Effects 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 2
- 229910001415 sodium ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 230000003313 weakening effect Effects 0.000 description 2
- LDVVMCZRFWMZSG-OLQVQODUSA-N (3ar,7as)-2-(trichloromethylsulfanyl)-3a,4,7,7a-tetrahydroisoindole-1,3-dione Chemical compound C1C=CC[C@H]2C(=O)N(SC(Cl)(Cl)Cl)C(=O)[C@H]21 LDVVMCZRFWMZSG-OLQVQODUSA-N 0.000 description 1
- PPDBOQMNKNNODG-NTEUORMPSA-N (5E)-5-(4-chlorobenzylidene)-2,2-dimethyl-1-(1,2,4-triazol-1-ylmethyl)cyclopentanol Chemical compound C1=NC=NN1CC1(O)C(C)(C)CC\C1=C/C1=CC=C(Cl)C=C1 PPDBOQMNKNNODG-NTEUORMPSA-N 0.000 description 1
- PGOOBECODWQEAB-UHFFFAOYSA-N (E)-clothianidin Chemical compound [O-][N+](=O)\N=C(/NC)NCC1=CN=C(Cl)S1 PGOOBECODWQEAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TUBQDCKAWGHZPF-UHFFFAOYSA-N 1,3-benzothiazol-2-ylsulfanylmethyl thiocyanate Chemical compound C1=CC=C2SC(SCSC#N)=NC2=C1 TUBQDCKAWGHZPF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PXMNMQRDXWABCY-UHFFFAOYSA-N 1-(4-chlorophenyl)-4,4-dimethyl-3-(1H-1,2,4-triazol-1-ylmethyl)pentan-3-ol Chemical compound C1=NC=NN1CC(O)(C(C)(C)C)CCC1=CC=C(Cl)C=C1 PXMNMQRDXWABCY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PZBPKYOVPCNPJY-UHFFFAOYSA-N 1-[2-(allyloxy)-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]imidazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1C(OCC=C)CN1C=NC=C1 PZBPKYOVPCNPJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KHWCHTKSEGGWEX-RRKCRQDMSA-N 2'-deoxyadenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 KHWCHTKSEGGWEX-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- NCMVOABPESMRCP-SHYZEUOFSA-N 2'-deoxycytosine 5'-monophosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NCMVOABPESMRCP-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- MNHVNIJQQRJYDH-UHFFFAOYSA-N 2-[2-(1-chlorocyclopropyl)-3-(2-chlorophenyl)-2-hydroxypropyl]-1,2-dihydro-1,2,4-triazole-3-thione Chemical compound N1=CNC(=S)N1CC(C1(Cl)CC1)(O)CC1=CC=CC=C1Cl MNHVNIJQQRJYDH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZOCSXAVNDGMNBV-UHFFFAOYSA-N 5-amino-1-[2,6-dichloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-4-[(trifluoromethyl)sulfinyl]-1H-pyrazole-3-carbonitrile Chemical compound NC1=C(S(=O)C(F)(F)F)C(C#N)=NN1C1=C(Cl)C=C(C(F)(F)F)C=C1Cl ZOCSXAVNDGMNBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GOFJDXZZHFNFLV-UHFFFAOYSA-N 5-fluoro-1,3-dimethyl-N-[2-(4-methylpentan-2-yl)phenyl]pyrazole-4-carboxamide Chemical compound CC(C)CC(C)C1=CC=CC=C1NC(=O)C1=C(F)N(C)N=C1C GOFJDXZZHFNFLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RDUORFDQRFHYBF-UHFFFAOYSA-N 6-methoxy-1-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1h-pyrido[3,4-b]indole Chemical compound CC1NCCC2=C1NC1=CC=C(OC)C=C12 RDUORFDQRFHYBF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005660 Abamectin Substances 0.000 description 1
- KLSJWNVTNUYHDU-UHFFFAOYSA-N Amitrole Chemical compound NC1=NC=NN1 KLSJWNVTNUYHDU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005878 Azadirachtin Substances 0.000 description 1
- 241000589941 Azospirillum Species 0.000 description 1
- 239000005730 Azoxystrobin Substances 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- PXQAMVFVNSKEFN-NGCHAASRSA-N CCCCCC\C=C/CCCCCCCCCC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]2[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]3[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](NC(C)=O)C=O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]3O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]1O Chemical compound CCCCCC\C=C/CCCCCCCCCC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]2[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]3[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](NC(C)=O)C=O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]3O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](NC(C)=O)[C@H]1O PXQAMVFVNSKEFN-NGCHAASRSA-N 0.000 description 1
- 239000005745 Captan Substances 0.000 description 1
- 240000004385 Centaurea cyanus Species 0.000 description 1
- 235000005940 Centaurea cyanus Nutrition 0.000 description 1
- 229920001661 Chitosan Polymers 0.000 description 1
- 239000005888 Clothianidin Substances 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 101100292361 Colletotrichum gloeosporioides CAP5 gene Proteins 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010011732 Cyst Diseases 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 239000005760 Difenoconazole Substances 0.000 description 1
- 208000035240 Disease Resistance Diseases 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 241000283074 Equus asinus Species 0.000 description 1
- 241000238558 Eucarida Species 0.000 description 1
- 239000005899 Fipronil Substances 0.000 description 1
- 102000004150 Flap endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108090000652 Flap endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 239000005781 Fludioxonil Substances 0.000 description 1
- 239000005785 Fluquinconazole Substances 0.000 description 1
- UKSLKNUCVPZQCQ-UHFFFAOYSA-N Fluxofenim Chemical compound C=1C=C(Cl)C=CC=1C(C(F)(F)F)=NOCC1OCCO1 UKSLKNUCVPZQCQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000482313 Globodera ellingtonae Species 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 240000005979 Hordeum vulgare Species 0.000 description 1
- 235000007340 Hordeum vulgare Nutrition 0.000 description 1
- 239000005795 Imazalil Substances 0.000 description 1
- 239000005906 Imidacloprid Substances 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- 239000005796 Ipconazole Substances 0.000 description 1
- 201000002531 Karyomegalic interstitial nephritis Diseases 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 239000005802 Mancozeb Substances 0.000 description 1
- 239000005807 Metalaxyl Substances 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 239000005868 Metconazole Substances 0.000 description 1
- GXCLVBGFBYZDAG-UHFFFAOYSA-N N-[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]-N-methylprop-2-en-1-amine Chemical compound CN(CCC1=CNC2=C1C=CC=C2)CC=C GXCLVBGFBYZDAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 241001079606 Paches Species 0.000 description 1
- 239000005815 Penflufen Substances 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical group OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005818 Picoxystrobin Substances 0.000 description 1
- 239000005825 Prothioconazole Substances 0.000 description 1
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N Purine Natural products N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005869 Pyraclostrobin Substances 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013616 RNA primer Substances 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 1
- 208000027066 STING-associated vasculopathy with onset in infancy Diseases 0.000 description 1
- 206010039792 Seborrhoea Diseases 0.000 description 1
- 208000019802 Sexually transmitted disease Diseases 0.000 description 1
- 240000006394 Sorghum bicolor Species 0.000 description 1
- 235000011684 Sorghum saccharatum Nutrition 0.000 description 1
- 239000005839 Tebuconazole Substances 0.000 description 1
- 239000005941 Thiamethoxam Substances 0.000 description 1
- 239000005843 Thiram Substances 0.000 description 1
- 239000005845 Tolclofos-methyl Substances 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 239000005846 Triadimenol Substances 0.000 description 1
- 241000223259 Trichoderma Species 0.000 description 1
- 239000005857 Trifloxystrobin Substances 0.000 description 1
- 239000005859 Triticonazole Substances 0.000 description 1
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 description 1
- 244000098338 Triticum aestivum Species 0.000 description 1
- 241001178076 Zaga Species 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001133 acceleration Effects 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N adenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 210000004436 artificial bacterial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000010165 autogamy Effects 0.000 description 1
- RRZXIRBKKLTSOM-XPNPUAGNSA-N avermectin B1a Chemical compound C1=C[C@H](C)[C@@H]([C@@H](C)CC)O[C@]11O[C@H](C\C=C(C)\[C@@H](O[C@@H]2O[C@@H](C)[C@H](O[C@@H]3O[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](OC)C3)[C@@H](OC)C2)[C@@H](C)\C=C\C=C/2[C@]3([C@H](C(=O)O4)C=C(C)[C@@H](O)[C@H]3OC\2)O)C[C@H]4C1 RRZXIRBKKLTSOM-XPNPUAGNSA-N 0.000 description 1
- AKNQMEBLVAMSNZ-UHFFFAOYSA-N azaconazole Chemical compound ClC1=CC(Cl)=CC=C1C1(CN2N=CN=C2)OCCO1 AKNQMEBLVAMSNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229950000294 azaconazole Drugs 0.000 description 1
- VEHPJKVTJQSSKL-UHFFFAOYSA-N azadirachtin Natural products O1C2(C)C(C3(C=COC3O3)O)CC3C21C1(C)C(O)C(OCC2(OC(C)=O)C(CC3OC(=O)C(C)=CC)OC(C)=O)C2C32COC(C(=O)OC)(O)C12 VEHPJKVTJQSSKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FTNJWQUOZFUQQJ-IRYYUVNJSA-N azadirachtin A Natural products C([C@@H]([C@]1(C=CO[C@H]1O1)O)[C@]2(C)O3)[C@H]1[C@]23[C@]1(C)[C@H](O)[C@H](OC[C@@]2([C@@H](C[C@@H]3OC(=O)C(\C)=C/C)OC(C)=O)C(=O)OC)[C@@H]2[C@]32CO[C@@](C(=O)OC)(O)[C@@H]12 FTNJWQUOZFUQQJ-IRYYUVNJSA-N 0.000 description 1
- FTNJWQUOZFUQQJ-NDAWSKJSSA-N azadirachtin A Chemical compound C([C@@H]([C@]1(C=CO[C@H]1O1)O)[C@]2(C)O3)[C@H]1[C@]23[C@]1(C)[C@H](O)[C@H](OC[C@@]2([C@@H](C[C@@H]3OC(=O)C(\C)=C\C)OC(C)=O)C(=O)OC)[C@@H]2[C@]32CO[C@@](C(=O)OC)(O)[C@@H]12 FTNJWQUOZFUQQJ-NDAWSKJSSA-N 0.000 description 1
- WFDXOXNFNRHQEC-GHRIWEEISA-N azoxystrobin Chemical compound CO\C=C(\C(=O)OC)C1=CC=CC=C1OC1=CC(OC=2C(=CC=CC=2)C#N)=NC=N1 WFDXOXNFNRHQEC-GHRIWEEISA-N 0.000 description 1
- 210000003578 bacterial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000003899 bactericide agent Substances 0.000 description 1
- 238000012742 biochemical analysis Methods 0.000 description 1
- 229940117949 captan Drugs 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 210000005056 cell body Anatomy 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000003967 crop rotation Methods 0.000 description 1
- 208000031513 cyst Diseases 0.000 description 1
- IERHLVCPSMICTF-XVFCMESISA-N cytidine 5'-monophosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O1 IERHLVCPSMICTF-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N dTMP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- FCRACOPGPMPSHN-UHFFFAOYSA-N desoxyabscisic acid Natural products OC(=O)C=C(C)C=CC1C(C)=CC(=O)CC1(C)C FCRACOPGPMPSHN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- LMBWSYZSUOEYSN-UHFFFAOYSA-N diethyldithiocarbamic acid Chemical compound CCN(CC)C(S)=S LMBWSYZSUOEYSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BQYJATMQXGBDHF-UHFFFAOYSA-N difenoconazole Chemical compound O1C(C)COC1(C=1C(=CC(OC=2C=CC(Cl)=CC=2)=CC=1)Cl)CN1N=CN=C1 BQYJATMQXGBDHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 229950004394 ditiocarb Drugs 0.000 description 1
- 230000024346 drought recovery Effects 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 229960002125 enilconazole Drugs 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- 235000015114 espresso Nutrition 0.000 description 1
- KQTVWCSONPJJPE-UHFFFAOYSA-N etridiazole Chemical compound CCOC1=NC(C(Cl)(Cl)Cl)=NS1 KQTVWCSONPJJPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 229940013764 fipronil Drugs 0.000 description 1
- MUJOIMFVNIBMKC-UHFFFAOYSA-N fludioxonil Chemical compound C=12OC(F)(F)OC2=CC=CC=1C1=CNC=C1C#N MUJOIMFVNIBMKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N fluquinconazole Chemical compound C=1C=C(Cl)C=C(Cl)C=1N1C(=O)C2=CC(F)=CC=C2N=C1N1C=NC=N1 IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000035784 germination Effects 0.000 description 1
- RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N guanosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O RQFCJASXJCIDSX-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- 230000002363 herbicidal effect Effects 0.000 description 1
- 239000003815 herbicide antidote Substances 0.000 description 1
- 229940056881 imidacloprid Drugs 0.000 description 1
- YWTYJOPNNQFBPC-UHFFFAOYSA-N imidacloprid Chemical compound [O-][N+](=O)\N=C1/NCCN1CC1=CC=C(Cl)N=C1 YWTYJOPNNQFBPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 239000002917 insecticide Substances 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- QTYCMDBMOLSEAM-UHFFFAOYSA-N ipconazole Chemical compound C1=NC=NN1CC1(O)C(C(C)C)CCC1CC1=CC=C(Cl)C=C1 QTYCMDBMOLSEAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930013032 isoflavonoid Natural products 0.000 description 1
- 150000003817 isoflavonoid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 235000012891 isoflavonoids Nutrition 0.000 description 1
- 238000009533 lab test Methods 0.000 description 1
- 235000021374 legumes Nutrition 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- YKSNLCVSTHTHJA-UHFFFAOYSA-L maneb Chemical compound [Mn+2].[S-]C(=S)NCCNC([S-])=S YKSNLCVSTHTHJA-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229920000940 maneb Polymers 0.000 description 1
- WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L manganese(2+);methyl n-[[2-(methoxycarbonylcarbamothioylamino)phenyl]carbamothioyl]carbamate;n-[2-(sulfidocarbothioylamino)ethyl]carbamodithioate Chemical compound [Mn+2].[S-]C(=S)NCCNC([S-])=S.COC(=O)NC(=S)NC1=CC=CC=C1NC(=S)NC(=O)OC WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000013011 mating Effects 0.000 description 1
- 230000007758 mating behavior Effects 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- ZQEIXNIJLIKNTD-GFCCVEGCSA-N metalaxyl-M Chemical compound COCC(=O)N([C@H](C)C(=O)OC)C1=C(C)C=CC=C1C ZQEIXNIJLIKNTD-GFCCVEGCSA-N 0.000 description 1
- XWPZUHJBOLQNMN-UHFFFAOYSA-N metconazole Chemical compound C1=NC=NN1CC1(O)C(C)(C)CCC1CC1=CC=C(Cl)C=C1 XWPZUHJBOLQNMN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZQEIXNIJLIKNTD-UHFFFAOYSA-N methyl N-(2,6-dimethylphenyl)-N-(methoxyacetyl)alaninate Chemical compound COCC(=O)N(C(C)C(=O)OC)C1=C(C)C=CC=C1C ZQEIXNIJLIKNTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000003750 molluscacide Substances 0.000 description 1
- 230000002013 molluscicidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 1
- 239000005645 nematicide Substances 0.000 description 1
- 210000002445 nipple Anatomy 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000008775 paternal effect Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 150000002972 pentoses Chemical class 0.000 description 1
- 229960000490 permethrin Drugs 0.000 description 1
- RLLPVAHGXHCWKJ-UHFFFAOYSA-N permethrin Chemical compound CC1(C)C(C=C(Cl)Cl)C1C(=O)OCC1=CC=CC(OC=2C=CC=CC=2)=C1 RLLPVAHGXHCWKJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IBSNKSODLGJUMQ-SDNWHVSQSA-N picoxystrobin Chemical compound CO\C=C(\C(=O)OC)C1=CC=CC=C1COC1=CC=CC(C(F)(F)F)=N1 IBSNKSODLGJUMQ-SDNWHVSQSA-N 0.000 description 1
- 239000005962 plant activator Substances 0.000 description 1
- 238000003976 plant breeding Methods 0.000 description 1
- 239000005648 plant growth regulator Substances 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- IGFXRKMLLMBKSA-UHFFFAOYSA-N purine Chemical compound N1=C[N]C2=NC=NC2=C1 IGFXRKMLLMBKSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- HZRSNVGNWUDEFX-UHFFFAOYSA-N pyraclostrobin Chemical compound COC(=O)N(OC)C1=CC=CC=C1COC1=NN(C=2C=CC(Cl)=CC=2)C=C1 HZRSNVGNWUDEFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- 239000001397 quillaja saponaria molina bark Substances 0.000 description 1
- 235000008001 rakum palm Nutrition 0.000 description 1
- 229940108461 rennet Drugs 0.000 description 1
- 108010058314 rennet Proteins 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 208000008742 seborrheic dermatitis Diseases 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000004460 silage Substances 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000000123 temperature gradient gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000004308 thiabendazole Substances 0.000 description 1
- WJCNZQLZVWNLKY-UHFFFAOYSA-N thiabendazole Chemical compound S1C=NC(C=2NC3=CC=CC=C3N=2)=C1 WJCNZQLZVWNLKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004546 thiabendazole Drugs 0.000 description 1
- 235000010296 thiabendazole Nutrition 0.000 description 1
- NWWZPOKUUAIXIW-FLIBITNWSA-N thiamethoxam Chemical compound [O-][N+](=O)\N=C/1N(C)COCN\1CC1=CN=C(Cl)S1 NWWZPOKUUAIXIW-FLIBITNWSA-N 0.000 description 1
- KUAZQDVKQLNFPE-UHFFFAOYSA-N thiram Chemical compound CN(C)C(=S)SSC(=S)N(C)C KUAZQDVKQLNFPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960002447 thiram Drugs 0.000 description 1
- OBZIQQJJIKNWNO-UHFFFAOYSA-N tolclofos-methyl Chemical compound COP(=S)(OC)OC1=C(Cl)C=C(C)C=C1Cl OBZIQQJJIKNWNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BAZVSMNPJJMILC-UHFFFAOYSA-N triadimenol Chemical compound C1=NC=NN1C(C(O)C(C)(C)C)OC1=CC=C(Cl)C=C1 BAZVSMNPJJMILC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ONCZDRURRATYFI-TVJDWZFNSA-N trifloxystrobin Chemical compound CO\N=C(\C(=O)OC)C1=CC=CC=C1CO\N=C(/C)C1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 ONCZDRURRATYFI-TVJDWZFNSA-N 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- DJJCXFVJDGTHFX-XVFCMESISA-N uridine 5'-monophosphate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DJJCXFVJDGTHFX-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000004330 variable angle spinning Methods 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 238000005303 weighing Methods 0.000 description 1
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H1/00—Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
- A01H1/04—Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection
- A01H1/045—Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection using molecular markers
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H5/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their plant parts; Angiosperms characterised otherwise than by their botanic taxonomy
- A01H5/10—Seeds
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H6/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their botanic taxonomy
- A01H6/46—Gramineae or Poaceae, e.g. ryegrass, rice, wheat or maize
- A01H6/4684—Zea mays [maize]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
Винахід стосується способу ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя, де вказаний спосіб включає виявлення в рослині маїсу алеля QTL та відбір вказаної рослини маїсу, яка має алель QTL. У способі застосовуються молекулярні генетичні маркери в межах ділянки QTL, розташованої на хромосомі 4, для ідентифікації та відбору рослин із підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя.
Description
Галузь техніки, до якої належить даний винахід
Даний винахід стосується композицій і способів, застосовних для підвищення стійкості до сірої плямистості листя у рослин маїсу.
Перехресне посилання на споріднені заявки
Дана заявка є продовженням попередньої заявки на патент США Мо 62/360585, поданої 11 липня 2016 року, уміст якої включено в даний документ за допомогою посилання в усій своїй повноті.
Посилання на перелік послідовностей, наданий у вигляді текстового файлу за допомогою
ЕЕБ-ЖМер
Офіційна копія переліку послідовностей подана одночасно з описом за допомогою ЕЕЗ-Мер у вигляді текстового файлу відповідно до Американського стандартного коду обміну інформацією (АЗСІЇ), що має назву файлу, ВВ2457УМОРСТ Зедиепсеїївіпд 51251, дату створення 22 травня 2017 року і розмір 14,1 кбайт. Перелік послідовностей, поданий за допомогою ЕЕ5-УМер, є частиною опису і таким чином включений у даний документ за допомогою посилання в усій своїй повноті.
Передумови винаходу
Маїс є одним із найважливіших харчових джерел для людей і тварин. Багато стрес-факторів навколишнього середовища впливають на рослини маїсу, здійснюючи вплив на одержання й доступність маїсу. Наприклад, культури маїсу часто сильно уражені сірою плямистістю листя (615), спричиненою грибним патогеном Сегсозрога 76ав-таудіє або Сегсозрога 7єїпа (що називаються в даному документі як Сегсозрога 5рр.).
СІ 5 являє собою глобальну проблему, яка розповсюджена в Африці, Північній, Центральній і Південній Америці й Азії. Сегсоврога 5рр. зимує в залишках рослин на полях і для розповсюдження своїх спор і зараження маїсу потребує вологи зазвичай у вигляді сильного туману, роси або дощу. Зараження маїсу Сегсозрога зрр. спричиняє збільшення виділення ресурсів рослини для захисту від ушкодженої тканини листя, що призводить до підвищення ризику виникнення кореневої і стеблової гнилі та до зниження виділення ресурсів на наповнення зерна, що в кінцевому підсумку призводить до ще більших утрат врожаю. Зазвичай симптоми включають подовжені осередки ушкодження сірого кольору, ширина яких становить приблизно 1-3 мм, а довжина від 5 до 70 мм, що виникають на матеріалі листя. Також було відзначено, що в разі випадків сильного зараження осередки ушкодження виникають на стеблах. Крім того, зараження Сегсозрога 5рр. знижує врожай зерна й якість силосу. І 5 може призводити аж до 6895 утрати врожаю. Отже, ясна річ, важливе значення має зниження сприйнятливості маїсу до СІ 5.
Деякими загальновживаними способами контролю сі 5 є фунгіциди, сівозміна, підготовка грунту і санітарна обробка полів. Деякі недоліки даних способів полягають у тому, що вони відносно дорогі, неефективні або шкідливі для навколишнього середовища. У той же час найбільш ефективним і найбільш переважним способом контролю сі 5 є розведення стійких гібридів.
Застосування відбору за фенотипом для інтрогресії ознаки стійкості до СІ 5 зі стійкого сорту у сприйнятливий сорт може бути тривалим і трудомістким. І 5 чутлива до умов навколишнього середовища й потребує високої вологості та підвищеної зволоженості листя. Ця чутливість ускладнює достовірний відбір на стійкість до сі 5 щороку виключно на основі фенотипу (ГептепзієК єї а), Тнеог Аррі. Сепеї. 103:797-803 (2001)). Спеціалізовані ділянки для проведення скринінгу щодо захворювань можуть бути дорогими в експлуатації, і рослини повинні бути вирощені до зрілості, щоб класифікувати рівень стійкості
Відбір із застосуванням молекулярних маркерів, асоційованих зі стійкістю до 15, має перевагу, яка дозволяє проводити щонайменше певний відбір виключно на основі набору генів потомків. Таким чином, стійкість до БІ 5 можна вимірювати в життєвому циклі рослини дуже рано, навіть на стадії насінини. Підвищена швидкість відбору, якої можна досягти завдяки застосуванню молекулярних маркерів, асоційованих з ознакою стійкості до сі 5, означає, що селекція рослин на стійкість до СІ 5 може відбуватися з більшою швидкістю і що комерційно прийнятні рослини, стійкі до СІ 5, можна розробити швидше.
Існує потреба в комерційно прийнятних гібридних та інбредних лініях, що виявляють відносно високий рівень стійкості до Сі 5, асоційованої з Сегсо5рога 7еіпа.
Таким чином, становлять інтерес способи ідентифікації рослин маїсу зі стійкістю до 01 5, за допомогою яких можна подолати або щонайменше звести до мінімуму вищевказані недоліки.
Також становлять інтерес молекулярні генетичні маркери для скринінгу рослин маїсу, які виявляють рівні стійкості до І 5, що варіюють. бо Короткий опис винаходу
У даному документі представлено композиції та способи ідентифікації й/або відбору (тобто одержання) рослин маїсу, які характеризуються підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя.
В одному варіанті здійснення в даному документі представлено спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу з підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя, причому спосіб передбачає стадії: (а) проведення скринінгу популяції за допомогою маркера, розташованого на хромосомі 4 у межах інтервалу, що містить і фланкований РНМб6764-7 і РНМ289-1, для визначення того, чи містять одна або декілька рослин маїсу з популяції алель ОТІ, асоційований із підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя, де алель ОТІ містить "С" у
РИМ 1963-15 і одне або декілька з наступного: "7" у РНМ521-8; "5" у РНМ12024-9; "Т" у
РНМІ199-23; "ГТ" у РНМОЇ 5 01; "С" у РНМОЇ 5 07; "С" у РНМОЇІ 5 14; "С" у РНМОЇІ 5 19; "С" у
РНМОЇ 5 21; "С"у РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСО0О1ТМАК; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "А" у
РНМ15534-13; "з" у РНМІ18451-2 і "С" у РНМ289-20; і (Б) відбору з указаної популяції щонайменше однієї рослини маїсу, яка містить алель ОТ. Маркер може розташовуватися на хромосомі 4 у межах інтервалу, що містить і фланкований РНМ521-8 і РНМ18451-2. Спосіб може додатково передбачати: (с) схрещування рослини маїсу із другою рослиною маїсу і (а) одержання рослини-потомка, яка має сприятливий алель ОТІ. Спосіб може включати проведення відбору рослини маїсу з програми селекції якщо алель ОТЇ виявлено, або проведення негативного відбору рослини маїсу, якщо алель ОТ. не виявлено. В одному аспекті алель ОТ, асоційований із підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя, містить: "т" у
РНМ521-8; "5" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "ГТ" у РНМОЇІ З 01; "С" у РНМОЇІ 5 07; "0" у
РНМОЇ 5 14; "С"у РНМОЇ 5 19;"С"у РНМОЇ 5 21; "С" у РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСОО1УАК; "С" у
РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у РНМ15534-13; "с" у РНМ18451-2 і "С" у
РНМ289-20.
В іншому варіанті здійснення в даному документі представлено спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя. Спосіб передбачає стадії (а) виявлення в рослині маїсу алеля маркерного локусу, де вказаний маркерний локус розташований на хромосомі 4 у межах хромосомного інтервалу, що містить і фланкований РНМб6764-7 і РНМ289-1, і при цьому вказаний алель асоційований із гаплотипом,
Зо що містить: "Т" у РНМ521-8; "с" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "Т" у РНМОЇ 5 01; "С" у
РНМОЇ З 07;"с" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ 5 19; "С" у РНМОЇ 5 21; "С" у РНМОЇ 5 45; "А" у
РНМОСО0О1УАЕ; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у РНМ15534-13; "с" у
РНМІ18451-2 і "С" у РНМ289-20; і (5) відбору рослини маїсу, яка має алель маркерного локусу, асоційований із гаплотипом, що містить: "Т" у РНМ521-8; "с" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "Г"УРНМОЇ З 01;"С"у РНМОЇ З 07; "С" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ 5 19; "С" у РНМОЇІ 5 21; "С"у РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСО0О1УАК; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у РНМ15534-13; "5" у РНМ18451-2 і "С" у РНМ289-20. Положення маркерного локусу на хромосомі 4 можна додатково уточнити щодо хромосомного інтервалу, який містить і фланкований РНМ521-8 і РНМ18451-2. Спосіб може додатково передбачати: (с) схрещування рослини маїсу з другою рослиною маїсу і (4) одержання рослини-потомка, яка має алель, асоційований із гаплотипом, що містить: "Т" у РНМ521-8; "с" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "Г"УРНМОЇ З 01;"С"у РНМОЇ З 07; "С" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ 5 19; "С" у РНМОЇІ 5 21; "С"у РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСО0О1УАК; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у РНМ15534-13772" у РНМ18451-2 і "С" у РНМ289-20.
В іншому варіанті здійснення в даному документі представлено спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя. Спосіб передбачає стадії (а) виявлення в рослині маїсу алеля ОТІ.,, що містить "С" у РНМ1963-15 і одне або декілька з наступного: "Т" у РНМ521-8; "б" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "т" у
РНМОЇ З 01;"С"у РНМОЇ 5 07;"с" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ 5 19; "С" у РНМОІ 5 21; "С" у
РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСО0О1УАК; "С" у РНМ5013-12; "Т" у РНМ586-10; "А" у РНМ15534-13; "с" у
РНМ18451-2 і "С" у РНМ289-20; де вказаний алель ОТІ розташований на хромосомі 4 в інтервалі, що є заданим і включає РНМб6764-7 і РНМ289-1; і (Б) відбору рослини маїсу, яка має алель ОТ. Алель ОТІ може бути розташований на хромосомі 4 в інтервалі, що с заданим і включає РНМ521-8 і РНМ18451-2. Спосіб може додатково передбачати: (с) схрещування рослини маїсу з другою рослиною маїсу і (4) одержання рослини-потомка, яка має алель ОТІ.
Алель ОТІ. може додатково містити "Т" у РНМ521-8; "с" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "Т" у
РНМОЇ З 01;"С"у РНМОЇ 5 07;"с" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ 5 19; "С" у РНМОІ 5 21; "С" у
РНМОЇ 545; "А" у РНМСОО1ТУАК; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у
РНМ15534-13; "с" у РНМ18451-2 і "С" у РНМ289-20.
В іншому варіанті здійснення в даному документі представлено спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя. Спосіб передбачає стадії (а) виявлення в рослині маїсу "7" у РНМ521-8; "5" у РНМ12024-9; "Т" у
РНМІ199-23; "ГТ" у РНМОЇ 5 01; "С" у РНМОЇ 5 07; "С" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ З 19; "С" у
РНМОЇ 5 21; "С" у РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСООТУАК; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у
РНМІ1963-15; "А" у РНМ15534-13;"5" у РНМ18451-2 ї "С" у РНМ289-20 і (Б) відбору рослини маїсу, яка має "т" у РНМ521-8; "с" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "Т" у РНМОЇІ 5 01; "С" у
РНМОЇ З 07;"с" у РНМОЇ 5 14; "С" у РНМОЇ 5 19; "С" у РНМОЇ 5 21; "С" у РНМОЇ 5 45; "А" у
РНМОСО0О1УАЕ; "С" у РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у РНМ15534-13; "с" у
РНМ18451-2 їі "С" у РНМ289-20, де вказана рослина маїсу характеризується підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя. Спосіб може додатково передбачати: (с) схрещування рослини маїсу з другою рослиною маїсу і (4) одержання рослини-потомка, яка має "т" у
РНМ521-8; "5" у РНМ12024-9; "т" у РНМ199-23; "ГТ" у РНМОЇІ З 01; "С" у РНМОЇІ 5 07; "0" у
РНМОЇ 5 14; "С"у РНМОЇ 5 19;"С"у РНМОЇ 5 21; "С" у РНМОЇ 5 45; "А" у РНМСОО1УАК; "С" у
РНМ5013-12; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "А" у РНМ15534-13; "с" у РНМ18451-2 і "С" у
РНМ289-20.
Також представлено рослини, ідентифіковані та/або відібрані із застосуванням способів, описаних у даному документі.
Короткий опис переліку послідовностей
Даний винахід можна більш повно зрозуміти з наступного докладного опису й переліку послідовностей, який становить частину даної заявки.
Описи послідовностей і перелік послідовностей, включені в даний документ у вигляді додатку, відповідають правилам, що регулюють розкриття нуклеотидних і/або амінокислотних послідовностей у патентних заявках, як викладено в 5 1.821 1.825 розділу 37 С.Е.К. У переліку послідовностей передбачено однобуквений код для позначень нуклеотидних послідовностей і трибуквені коди для амінокислот, як визначено відповідно до стандартів ІШРАС-ІШВМВ, описаних у Мисієїс Асіаб5 Нев. 13:3021-3030 (1985) і в Віоспетісаї 9. 219 (2):345-373 (1984), які включено в даний документ за допомогою посилання. Символи й формат, застосовувані для цих нуклеотидних і амінокислотних послідовностей, відповідають правилам, викладеним у
Зо 51.822 розділу 37 С.Р.К.
ЗЕО ІЮ МО: 1 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ6764-7.
ЗЕО ІЮ МО: 2 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ16360-9.
ЗЕО ІЮ МО: З являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ521-8.
ЗЕО ІЮ МО: 4 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ586-10.
ЗЕО ІЮ МО: 5 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ289-20.
ЗЕО ІЮ МО: 6 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ 12024-9.
ЗЕО ІЮ МО: 7 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ 199-23.
ЗЕО ІЮ МО: 8 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ1963-15.
ЗЕО ІЮ МО: 9 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ18451-2.
ЗЕО ІЮ МО: 10 являє собою еталонну послідовність для маркера РЛЕ-104068674.
ЗЕО ІЮ МО: 11 являє собою еталонну послідовність для маркера 5УМ25809.
ЗЕО ІЮ МО: 12 являє собою еталонну послідовність для маркера РЛЕ-104069351.
ЗЕО ІЮ МО: 13 являє собою еталонну послідовність для маркера РЛЕ-104069548.
ЗЕО ІЮ МО: 14 являє собою еталонну послідовність для маркера РЛЕ-104069570.
ЗЕО ІЮ МО: 15 являє собою еталонну послідовність для маркера РЛЕ-104069652.
ЗЕО ІЮ МО: 16 являє собою еталонну послідовність для маркера 5УМ21168.
ЗЕО ІЮ МО: 17 являє собою еталонну послідовність для маркера 5УМ4720.
ЗЕО ІЮ МО: 18 являє собою еталонну послідовність для маркера ЗУМА4714.
ЗЕО ІЮ МО: 19 являє собою еталонну послідовність для маркера РЛЕ-104070450.
ЗЕО ІЮ МО: 20 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМОЇ 5 01.
ЗЕО ІЮ МО: 21 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМОЇ 5 07.
ЗЕО ІЮ МО: 22 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМОЇ 5 14.
ЗЕО ІЮ МО: 23 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМОЇ 5 19.
ЗЕО ІЮ МО: 24 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМОЇ 5 21.
ЗЕО ІЮ МО: 25 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМОЇ З 45.
ЗЕО ІЮ МО: 26 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМСОО0О1МУАК.
ЗЕО ІЮ МО: 27 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ5013-12.
ЗЕО ІЮ МО: 28 являє собою еталонну послідовність для маркера РНМ15534-13.
Докладний опис винаходу
У даному документі представлені маркерні локуси маїсу, які демонструють статистично значущу косегрегацію з ознакою стійкості до сірої плямистості листя. Виявлення цих локусів або додаткових зчеплених локусів можна застосовувати під час відбору за допомогою маркерів у рамках програми селекції маїсу для одержання рослин маїсу, які характеризуються стійкістю до сірої плямистості листя.
Наступні визначення представлено для сприяння розумінню даного винаходу.
Слід розуміти, що даний винахід не обмежується конкретними варіантами здійснення, які звичайно можна змінювати. Також слід розуміти, що термінологія, яка застосовується в даному документі, призначена лише для опису конкретних варіантів здійснення й не передбачається як обмежувальна. Використовувані в даному описі та в доданій формулі винаходу терміни в однині та форми однини, наприклад, включають об'єкти в множині, якщо тільки значення явно не передбачає інше. Таким чином, наприклад, посилання на "рослину", "певну рослину" або "деяку рослину" також включає декілька рослин; також у залежності від контексту застосування терміну "рослина" може також включати генетично подібних або ідентичних потомків такої рослини; застосування терміну "нуклеїнова кислота" необов'язково на практиці включає багато копій такої молекули нуклеїнової кислоти; аналогічним чином термін "зонд" необов'язково (і, як правило) охоплює багато подібних або ідентичних молекул зондів.
Якщо не зазначено інше, нуклеїнові кислоти записані зліва направо в орієнтації від 5'- до 3'- кінця. Числові діапазони, перелічені в описі, охоплюють числа, що задають діапазон і включають кожне ціле число або будь-яке дробове число в межах заданого діапазону. Якщо не зазначено інше, усі технічні й наукові терміни, що застосовуються в даному документі, мають таке саме значення, яке звичайно зрозуміло фахівцю в галузі техніки, до якої належить даний винахід. Хоча під час тестуванні об'єкта який згадується в даному винаході, можна застосовувати будь-які способи й матеріали, подібні або еквівалентні описаним у даному документі, переважні матеріали та способи описані в даному документі. При описі й заявлянні об'єкта даного винаходу буде застосовуватися нижченаведена термінологія відповідно до викладених нижче визначень.
Термін "алель" стосується однієї з двох або більше різних нуклеотидних послідовностей, які розташовані в певному локусі.
Зо "Частота алеля" стосується частоти (частки або відсоткової частки), за якої алель наявний у локусі в межах особини, у межах лінії або в межах популяції ліній. Наприклад, у випадку алеля "А" диплоїдні особини з генотипом "АА", "Аа" або "аа" характеризуються значеннями частоти алеля, що становлять 1,0, 0,5 або 0,0 відповідно. Частоту алеля в межах лінії можна оцінювати шляхом усереднення значень частоти алеля у вибірці особин із цієї лінії. Аналогічним чином частоту алеля в межах популяції з ліній можна розраховувати шляхом усереднення значень частоти алеля в лініях, які складають цю популяцію. У випадку популяції з обмеженою кількістю особин або ліній частоту алеля можна виражати як число особин або ліній (або будь-який іншої вказаної групи), які містять даний алель. "Амплікон" являє собою ампліфіковану нуклеїнову кислоту, наприклад, нуклеїнову кислоту, отриману шляхом ампліфікації матричної нуклеїнової кислоти за допомогою будь-якого доступного способу ампліфікації (наприклад, РСК, І СЕ, транскрипції тощо).
Термін "здійснення ампліфікації" у контексті ампліфікації нуклеїнової кислоти являє собою будь-який процес, за допомогою якого одержують додаткові копії вибраної нуклеїнової кислоти (або її транскрибованої форми). Типові способи ампліфікації включають способи реплікації на основі різних полімераз, зокрема полімеразну ланцюгову реакцію (РСК), лігаза-опосередковані способи, такі як лігазна ланцюгова реакція (СК), і способи ампліфікації на основі РНК- полімерази (наприклад, за допомогою транскрипції).
Термін "складання" застосовується щодо ВАС та їх здатностей до об'єднання з утворенням безперервних відрізків ДНК. ВАС "складається" у контиг на підставі вирівнювання послідовності, якщо ВАС секвенують, або шляхом вирівнювання фінгерпринту даної ВАС із фінгерпринтами інших ВАС. Загальнодоступні складання можна знайти із використанням Маї7е бСепоте Вгому/зег, який наявний у відкритому доступі в мережі Інтернет.
Алель є "асоційованим з" ознакою, якщо він є частиною послідовності ДНК або алеля, які впливають на експресію ознаки, або зчеплений з ними. Наявність алеля є показником того, як ознака буде експресуватися. "ВАС", або штучна бактеріальна хромосома, являє собою вектор клонування, одержаний із природного Е-фактора ЕзвсПегіспіа соїї, який власне є елементом ДНК, що може існувати у вигляді кільцевої плазміди або може бути інтегрований у бактеріальну хромосому. ВАС допускають можливість уведення великих вставок із послідовності ДНК. У випадку маїсу цілий бо ряд ВАС, кожна з яких містить велику вставку геномної ДНК маїсу з інбредної лінії маїсу В7З,
був складений у контиги (безперервні генетичні фрагменти, що перекриваються, або "безперервна ДНК"), і це складання наявне у відкритому доступі в мережі Інтернет.
Фінгерпринт ВАС являє собою засіб аналізу подібності між декількома зразками ДНК, виходячи з наявності або відсутності специфічних сайтів рестрикції (сайти рестрикції являють собою нуклеотидні послідовності, що розпізнаються ферментами, які розрізують або "здійснюють рестрикцію" ДНК). Зразки двох або більше ВАС розщеплюють за допомогою одного набору рестриктаз і порівнюють розміри утворених фрагментів із застосуванням зазвичай розділення на гелі. "Зворотне схрещування" стосується способу, під час якого гібридних потомків багаторазово схрещують з однією з батьківських форм. У схемі зворотного схрещування "донорна" батьківська форма стосується батьківської рослини з необхідними геном/генами, локусом/локусами або специфічним фенотипом, які мають бути інтрогресованими. "Реципієнтна" батьківська форма (використовується один або декілька раз) або "рекурентна" батьківська форма (використовується два або більше раз) стосується батьківської рослини, в яку інтрогресують ген або локус. Наприклад, див. Кадої, М. еї аІЇ. (1995) МагКег-аззівівй раскстов5віпд: а ргасіїса! ехатріє, іп Тесппідниез еї ШШіваїоп5 де5 Магдиєшг5 Моіесиіаїкгев5 І е5
СоПодиев, Мої. 72, рр. 45-56, і Ореп5Ппам еї аї., (1994) МагКег-азвівівєд Зеїесіп іп ВасКег о55
Вгеєдіпо, Апаїузіє ої МоїІесшаг МаїКег Вага, рр. 41-43. Первинне схрещування призводить до виникнення покоління Е:; у такому разі термін "ВСі" стосується другого застосування рекурентної батьківської форми, "ВС" стосується третього застосування рекурентної батьківської форми тощо. "Сантиморганіда" ("СМ") являє собою одиницю вимірювання частоти рекомбінації. Одна см дорівнює 1 95 вірогідності того, що маркер в одному генетичному локусі буде відокремлений від маркера в другому локусі внаслідок кросинговера в одному поколінні.
Використовуваний у даному документі термін "хромосомний інтервал" означає безперервну лінійну ділянку геномної ДНК, яка розташована іп ріапіа на одній хромосомі. Генетичні елементи або гени, розташовані в одному хромосомному інтервалі, є фізично зчепленими. Розмір хромосомного інтервалу особливо ніяк не обмежений. У деяких аспектах генетичні елементи, розташовані в межах одного хромосомного інтервалу, є генетично зчепленими, як правило, із
Зо відстанню генетичної рекомбінації, наприклад, меншою від або що дорівнює 20 СМ або, як альтернатива, меншою від або що дорівнює 10 СМ. Тобто два генетичні елементи в межах одного хромосомного інтервалу зазнають рекомбінації з частотою меншою від або що дорівнює 20 95 або 10 95. "Хромосома" являє собою окрему одиницю спіральної ДНК, яка містить багато генів, які виконують свою функцію й переміщуються як єдине ціле під час поділу клітини й, отже, можна сказати - є зчепленими. її також можна назвати "групою зчеплення".
У випадку даної заявки фраза "близькозчеплені" означає, що рекомбінація між двома зчепленими локусами відбувається з частотою, що дорівнює або менша від приблизно 10 95 (тобто вони розділені на генетичній карті не більше ніж 10 СМ). Інакше кажучи, близькозчеплені локуси косегрегують у щонайменше 90 95 випадків. Маркерні локуси особливо застосовні щодо об'єкта даного винаходу, коли вони демонструють значну ймовірність косегрегації (зчеплення) із необхідною ознакою (наприклад, стійкістю до сірої плямистості листя). Близькозчеплені локуси, такі як маркерний локус і другий локус, можуть виявляти частоту міжлокусної рекомбінації, що становить 1095 або менше, переважно приблизно 995 або менше, ще більш переважно приблизно 895 або менше, навіть білош переважно приблизно 7 95 або менше, ще більш переважно приблизно 6 95 або менше, навіть більш переважно приблизно 5 95 або менше, ще більш переважно приблизно 4 95 або менше, навіть більш переважно приблизно З 95 або менше і ще більш переважно приблизно 2 95 або менше. В особливо переважних варіантах здійснення відповідні локуси виявляють частоту рекомбінації, що становить приблизно 1 95 або менше,
БО наприклад, приблизно 0,75 96 або менше, більш переважно приблизно 0,5 956 або менше або навіть більш переважно приблизно 0,25 95 або менше. Стосовно двох локусів, які локалізовані на одній і тій самій хромосомі і на такій відстані, що рекомбінація між двома цими локусами відбувається з частотою, що становить менше від 10 95 (наприклад, приблизно 9 95, 8 95, 7 9, боб, 5, 490, З с, 2 о, 1 Ус, 0,75 95, 0,5 95, 0,25 95 або менше), також говорять, що вони "розташовані близько" один до одного. У деяких випадках два різні маркери можуть характеризуватися однаковими координатами на генетичній карті. У цьому разі два маркери розташовані настільки близько один до одного, що рекомбінація відбувається між ними з настільки низькою частотою, яку неможливо виявити.
Вираз "комплементарна послідовність" стосується нуклеотидної послідовності, яка комплементарна вказаній нуклеотидній послідовності, тобто послідовності відповідають одна одній згідно з правилами спарювання основ Уотсона-Кріка.
Термін "безперервна ДНК" стосується відрізка геномної ДНК, який не переривається, представленого одиницями, що частково перекриваються, або контигами.
У випадку посилання на взаємозв'язок між двома генетичними елементами, такими як генетичний елемент, що робить внесок у стійкість до сірої плямистості листя, і близький маркер, зчеплення у фазі "притягання" означає стан, за якого "сприятливий" алель у локусі стійкості до сірої плямистості листя фізично асоційований на одній і тій самій нитці хромосоми із "сприятливим" алелем відповідного зчепленого маркерного локусу. У фазі "притягання" обидва сприятливих алелі спільно успадковуються потомками, які успадковують таку хромосомну нитку.
Термін "схрещений" або "схрещування" стосується статевого схрещування і включає злиття двох гаплоїдних гамет шляхом запилення з одержанням диплоїдних потомків (наприклад, клітин, насіння або рослин). Термін охоплює як запилення однієї рослини іншою, так і самозапліднення (або самозапилення, наприклад, якщо пилок і насіннєвий зачаток походять із тієї ж рослини).
Рослина, що називається в даному документі "диплоїдною", має два набори (геноми) хромосом.
Рослину, що називається в даному документі "подвоєним гаплоїдом", одержують шляхом подвоєння гаплоїдного набору хромосом (тобто половини нормальної кількості хромосом).
Рослина-подвоєний гаплоїд має два ідентичні набори хромосом, і всі локуси вважаються гомозиготними. "Елітна лінія" являє собою будь-яку лінію, яка була одержана на основі селекції й відбору за найкращим агрономічним показником. "Екзотична лінія маїсу" або "екзотична зародкова плазма маїсу" являє собою лінію, одержану від рослини маїсу, яка не належить до доступної елітної лінії або лінії зародкової плазми маїсу. У контексті схрещування двох рослин або ліній зародкової плазми маїсу екзотична зародкова плазма не є близькоспорідненою за походженням з елітною зародковою плазмою, з якою її схрещують. Найчастіше екзотична зародкова плазма не походить від жодної відомої елітної лінії маїсу, а навпаки, вибрана для введення нових генетичних елементів (як правило, нових алелей) у програму селекції. "Сприятливий алель" являє собою алель у конкретному локусі (маркер, ОТ. тощо), який забезпечує або робить внесок у необхідний для агрономії фенотип, наприклад, стійкість до сірої плямистості листя, і який забезпечує можливість ідентифікації рослин із необхідним для агрономії фенотипом. Сприятливий алель маркера являє собою маркерний алель, який сегрегує зі сприятливим фенотипом.
Мається на увазі, що "фрагмент" означає частину нуклеотидної послідовності. Фрагменти можна застосовувати як гібридизаційні зонди або праймери для РСК у разі застосування способів, розкритих у даному документі. "Генетична карта", що являє собою опис взаємозв'язків генетичного зчеплення локусів на одній або декількох хромосомах (або групах зчеплення) у вказаного виду, зазвичай представлена у вигляді діаграми або таблиці. У випадку кожної генетичної карти відстані між локусами вимірюються відповідно до того, наскільки часто їх алелі з'являються разом у популяції (відповідно до їхніх частот рекомбінації). Алелі можна виявляти із застосуванням ДНК- або білкових маркерів або спостережуваних фенотипів. Генетична карта є відображенням результату картування популяції, типів застосовуваних маркерів і потенціалу поліморфізму кожного маркера в різних популяцій. Генетичні відстані між локусами на різних генетичних картах можуть відрізнятися. Однак інформацію на різних картах можна привести у відповідність із застосуванням спільних маркерів. Фахівець у даній галузі може використовувати розташування спільних маркерів для ідентифікації розташування маркерів та інших локусів, що становлять інтерес, на кожній окремій генетичній карті. Порядок розташування локусів на різних картах не повинен змінюватися, хоча часто трапляються невеликі зміни в порядку розташування маркерів, зумовлені, наприклад, маркерами, які виявляють альтернативні дуплікатні локуси в різних популяціях, відмінностями у статистичних підходах, застосовуваних для визначення порядку розташування маркерів, новою мутацією або помилкою під час лабораторних досліджень. "Місцерозташування на генетичній карті" являє собою місцерозташування на генетичній карті щодо оточувальних генетичних маркерів у тій же групі зчеплення, в якій указаний маркер можна виявити в межах указаного виду.
"Генетичне картування" являє собою спосіб визначення взаємозв'язків зчеплення локусів за рахунок застосування генетичних маркерів, популяцій, що сегрегують за маркерами, і стандартних генетичних принципів частоти рекомбінації. "Генетичні маркери" являють собою нуклеїнові кислоти, які Є поліморфними в популяції, і водночас їх алелі можна виявляти й розпізнавати за допомогою одного або декількох аналітичних способів, наприклад, аналізів КЕРІ Р, АРІ Р, ізоферментного, ЗМР, 55К тощо. Цей термін також стосується послідовностей нуклеїнової кислоти, комплементарних геномним послідовностям, таким як нуклеїнові кислоти, що застосовують як зонди. Маркери, що відповідають генетичним поліморфізмам серед представників популяції, можна виявляти за допомогою способів, загальноприйнятних у цій галузі. Вони включають, наприклад, способи специфічної щодо послідовності ампліфікації на основі РСК, виявлення поліморфізмів довжин рестрикційних фрагментів (КЕР), виявлення ізоферментних маркерів, виявлення полінуклеотидних поліморфізмів за допомогою алель-специфічної гібридизації (АЗН), виявлення ампліфікованих варіабельних послідовностей геному рослини, виявлення самопідтримувальної реплікації послідовностей, виявлення простих повторів послідовності (З55К), виявлення однонуклеотидних поліморфізмів (ЗМР) або виявлення поліморфізмів довжини ампліфікованих фрагментів (АРІ Р). Також відомі загальноприйняті способи виявлення міток експресованих послідовностей (Е5Т) і маркерів 595К, одержаних із послідовностей Е5Т, і довільно ампліфікованих поліморфних ДНК (КАРОЮ). "Частота генетичної рекомбінації" являє собою частоту явища кросинговера (рекомбінації) між двома генетичними локусами. Частоту рекомбінації можна визначати за наступною сегрегацією маркерів та/або ознак після мейозу. "Геном" стосується загальної ДНК або повного набору генів, які несе хромосома або хромосомний набір.
Термін "генотип" являє собою генетичний склад особини (або групи особин) за одним або декількома генетичними локусам. Генотип визначає алель(алелі) одного або декількох відомих локусів, які особина успадкувала від своїх батьківських форм. Термін "генотип" можна застосовувати для позначення генетичної будови особини за окремим локусом, за декількома локусами, або в ширшому сенсі термін "генотип" можна застосовувати для позначення
Зо генетичного складу особини щодо всіх генів у її геномі. "Зародкова плазма" стосується генетичного матеріалу особини (наприклад, рослини), групи особин (наприклад, лінії, сорту або родини рослин) або клону, одержаного з лінії, сорту, виду або культури, або в ширшому сенсі всіх особин у межах виду або декількох видів (наприклад, колекція зародкової плазми маїсу або колекція зародкової плазми Анд), або одержаного з них.
Зародкова плазма може бути частиною організму або клітини, або може бути виділена з організму або клітини. Загалом зародкова плазма передбачає генетичний матеріал зі специфічним молекулярним складом, який забезпечує фізичну основу для деяких або всіх спадкових властивостей організму або клітинної культури. Використовувана в даному документі зародкова плазма включає клітини, насіння або тканини, з яких можна виростити нові рослини, або частини рослин, такі як листя, стебла, пилок або клітини, які можна культивувати з одержанням цілої рослини.
Рослина, що називається в даному документі "гаплоїдною", має один набір (геном) хромосом. "Гаплотип" являє собою генотип особини за декількома генетичними локусами, тобто комбінацію алелей. Зазвичай генетичні локуси, описувані гаплотипом, є фізично й генетично зчепленими, тобто розташовані в одному й тому ж хромосомному сегменті.
Термін "гетерогенність" застосовують для позначення того, що особини в межах групи відрізняються генотипом за одним або декількома специфічними локусами.
Гетерозисну відповідь матеріалу або "гетерозис" можна визначити за показником, який перевищує середні показники батьківських форм (або батьківської форми з високим показником) у разі схрещування з іншими несхожими або неспорідненими групами. "Гетерозисна група" передбачає набір генотипів, які показують відповідні результати в разі схрещування з генотипами з іншої гетерозисної групи (Наїйацег еї аї. (1998) Согп Бгеєдіпод, р. 463-564. Іп б. Р. Зргадие і 9. МУ. ОиаІеу (еа.) Согп і сот ітргометепо). Інбредні лінії відносять до певних гетерозисних груп і додатково підрозділяють на родини в межах гетерозисної групи на підставі декількох критеріїв, таких як родовід, асоціації на основі молекулярних маркерів і показники в гібридних комбінаціях (Зптійп еї аї. (1990) Тнеог. Аррі. Сеп. 80:833-840). Дві найбільш широко використовувані гетерозисні групи в Сполучених Штатах називаються "Ісула БИ ак
Зупіпеїїс" (також називана в даному документі як "Бій егаїЇКк") і " апсавіег" або "І апсазіег Зиге 60 Стор" (іноді називана М55 або поп-5ійї егаїК).
Деякі гетерозисні групи мають ознаки, які необхідні жіночій батьківській формі, а інші мають ознаки для чоловічої батьківській формі. Наприклад, у випадку маїсу, врожайність загальнодоступних інбредів, виділених із популяції, називаної В555 (популяція Іом/ла БІ 8аїКк
Зупійпеїіс), призвела до того, що ці інбреди та їхні похідні стали пулом жіночих особин у центральному кукурудзяному поясі. Інбреди В5З55 були схрещені з іншими інбредами, наприклад, 5О 105 і Маї7 Атагоо, і ця загальна група матеріалів стала відомою як БІЙ еаїк зЗупіпеїйсв (555), незважаючи навіть на те, що не всі інбреди походять із вихідної популяції вз55 (Мікеї ії ЮОиаІеу (2006) Стор 5сі: 46:1193-1205). За загальним принципом усі інші інбреди, які добре поєднуються з інбредами 555, віднесли до пулу чоловічих особин, який за відсутності кращої назви позначили як М55, тобто Моп-ЗІЙ гак. Ця група включає декілька головних гетерозисних груп, таких як І апсазіег Зигесгор, Іодепі і І еагпіпуд Согп.
Особина є "гетерозиготною" у тому випадку, якщо в цьому локусі наявний більше за один тип алеля (наприклад, диплоїдна особина з однієї копією кожного з двох різних алелей).
Термін "гомогенність" означає, що представники групи мають однаковий генотип за одним або декількома специфічними локусами.
Особина є "гомозиготною" у тому випадку, якщо особина має тільки один тип алеля в цьому локусі (наприклад, диплоїдна особина має копію того ж алеля в локусі для кожної з двох гомологічних хромосом).
Термін "гібрид" стосується потомків, одержаних у разі схрещування щонайменше двох генетично різнорідних батьківських форм. "Гібридизація" або "гібридизація нуклеїнової кислоти" стосується спарювання комплементарних ниток РНК ї ДНК, а також спарювання комплементарних одинарних ниток
ДНК.
Термін "гібридизується" означає утворення пар основ між комплементарними ділянками ниток нуклеїнової кислоти.
Термін "генетична карта ІВМ" може стосуватися будь-якої з наступних карт: ІВМ, ІВМ2, ІВМ2 пеідпрог5, ІВМ2 ЕРСОБ507, ІВМ2 2004 пеідпброгх, ІВМ2 2005 пеідпрогх, ІВМ2 2005 пеідпрог5 їтате,
ІВМ2 2008 пеідпрогх, ІВМ2 2008 пеіїдпроге їтате або останньої версії на веб-сайті таїіедар.
Генетичні карти ІВМ грунтуються на популяції ВУЗ х Мо17, в якій потомків первинного
Зо схрещування піддавали випадковому схрещуванню протягом декількох поколінь перед конструюванням рекомбінантних інбредних ліній для картування. Новіші версії відображають додавання генетичних і ВАС-картованих локусів, а також поліпшену деталізацію карти, обумовлену включенням інформації, отриманої з інших генетичних карт або фізичних карт, уточнених даних або застосування нових алгоритмів.
Термін "інбредний" стосується лінії яка була виведена для забезпечення генетичної однорідності.
Термін "вставка/делеція" стосується вставки або делеції, причому одна лінія може розглядатися як така, що має вставлений нуклеотид або ділянку ДНК порівняно з другою лінією, або друга лінія може розглядатися як така, що має видалений нуклеотид або ділянку ДНК порівняно з першою лінією.
Термін "інтрогресія" стосується передачі необхідного алеля генетичного локусу з одного генетичного фону в інший. Наприклад, інтрогресія необхідного алеля за вказаним локусом може передаватися щонайменше одному потомку шляхом статевого схрещування між двома батьківськими формами одного виду, якщо принаймі одна з батьківських форм має необхідний алель у своєму геномі. Як альтернатива, наприклад, передача алеля може відбуватися шляхом рекомбінації між двома донорними геномами, наприклад, у злитому протопласті, якщо принаймі один із донорних протопластів має необхідний алель у своєму геномі. Наприклад, необхідний алель можна виявляти за допомогою маркера, що асоційований із фенотипом, ОТ, трансгеном тощо. У будь-якому разі можна проводити багаторазові зворотні схрещування потомства, яке містить необхідний алель, з лінією, що має необхідний генетичний фон, і проводити відбір щодо необхідного алеля, який призводить до того, що алель закріплюється у вибраному генетичному фоні.
Спосіб "інтрогресії" часто називають "здійсненням зворотного схрещування", якщо спосіб повторюють два або більше раз. "Лінія" або "штам" являє собою групу особин від ідентичних батьківських форм, які зазвичай до певного ступеню є інбредними, і які зазвичай є гомозиготними й гомогенними за більшістю локусів (ізогенними або майже ізогенними). "Сублінія" стосується інбредної підмножини потомків, які є генетично відмінними від інших подібних інбредних підмножин, що походять від того ж предка.
Використовуваний у даному документі термін "зчеплення" застосовується для опису ступеня, з яким один маркерний локус асоційований з іншим маркерним локусом або будь-яким іншим локусом. Взаємозв'язок зчеплення між молекулярним маркером і локусом, що впливає на фенотип, наведено як "імовірність" або "скоригована ймовірність". Зчеплення можна виражати у вигляді необхідних межі або діапазону. Наприклад, у деяких варіантах здійснення будь-який маркер зчеплений (генетично й фізично) із будь-яким іншим маркером, якщо маркери розділені менше ніж 50, 40, 30, 25, 20 або 15 одиницями картування (або СМ) на карті одноразового мейозу (генетичній карті, що грунтується на популяції, яка пройшла один раунд мейозу, такий як, наприклад, Ег2; при цьому карти ІВМ2 передбачають декілька мейозів). У деяких аспектах переважним є визначення обмежувального діапазону зчеплення, наприклад, від 10 до 20 СМ, від 10 до 30 СМ або від 10 до 40 СМ. Чим ближчою є відстань, на якій маркер зчеплений із другим локусом, тим кращим індикатором для другого локусу стає цей маркер. Таким чином, "близькозчеплені локуси", такі як маркерний локус і другий локус, виявляють частоту міжлокусної рекомбінації, що становить 10 95 або менше, переважно приблизно 9 95 або менше, ще більш переважно приблизно 8 95 або менше, навіть білош переважно приблизно 7 95 або менше, ще більш переважно приблизно 6 95 або менше, навіть більш переважно приблизно 5 95 або менше, ще більш переважно приблизно 4 95 або менше, навіть більш переважно приблизно
З 96 або менше і ще більш переважно приблизно 2 95 або менше. В особливо переважних варіантах здійснення відповідні локуси виявляють частоту рекомбінації, що становить приблизно 195 або менше, наприклад, приблизно 0,7595 або менше, більш переважно приблизно 0,595 або менше або навіть більш переважно приблизно 0,25 95 або менше.
Стосовно двох локусів, які локалізовані на одній і тій самій хромосомі і на такій відстані, що рекомбінація між двома цими локусами відбувається з частотою, що становить менше від 10 95 (наприклад, приблизно 9 95, 8 У, 7 У, б У, 5 о, 4 90, З Зо, 2 Зо, 1 У, 0,75 У, 0,5 У, 0,25 96 або менше), також говорять, що вони "розташовані близько" один до одного. Оскільки одна СМ являє собою відстань між двома маркерами, для яких показана частота рекомбінації 1 95, будь- який маркер є близькозчепленим (генетично й фізично) з будь-яким іншим маркером, що знаходиться у безпосередній близькості, наприклад, віддаленим на 10 СМ або менше. Два близькозчеплених маркера на одній і тій самій хромосомі можуть розташовуватися на відстані
Зо 9, 8, 7,6, 5, 4, 3, 2, 1, 0,75, 0,5 або 0,25 СМ або менше один від одного.
Термін "нерівноважне зчеплення" стосується невипадкової сегрегації генетичних локусів або ознак (або їх обох). У будь-якому разі нерівноважне зчеплення означає, що відповідні локуси розташовані в межах достатньої фізичної близькості вздовж довжини хромосоми, щоб вони сегрегували разом із частотою, вищою, ніж випадкова (тобто невипадково). Маркери, які демонструють нерівноважне зчеплення, вважаються зчепленими. Зчеплені локуси косегрегують у більше за 50 95 випадків, наприклад, від приблизно 51 95 до приблизно 100 95 випадків. Інакше кажучи, два маркери, які косегрегують, характеризуються частотою рекомбінації, що становить менше від 50 95 (і, за визначенням, розділені менше за 50 СМ на одній і тій самій групі зчеплення). Використовуване в даному документі зчеплення може відбуватися між двома маркерами або альтернативно між маркером і локусом, що впливає на фенотип. Маркерний локус може бути "асоційованим з" (зчепленим із) ознакою. Ступінь зчеплення маркерного локусу й локусу, що впливає на фенотипову ознаку, вимірюється, наприклад, як статистична ймовірність косегрегації цього молекулярного маркера з фенотипом (наприклад, статистичний
Е-критерій або І ОЮО-показник).
Нерівноважне зчеплення найчастіше оцінюють із застосуванням критерію гг, який розраховують із застосуванням формули, описаної в Ні, МУ. (5. і Кобрегізоп, А, Тпеог. Аррі.
Сепеї. 38:226-231(1968). Якщо 1--1, то між двома маркерними локусами існує повне ГО, тобто це означає, що маркери не зазнали роз'єднання за рахунок рекомбінації й характеризуються однаковою алельною частотою. Значення г- буде залежати від використовуваної популяції.
Значення 1: вищі за 1/3 вказують на досить сильне І 0, що є застосовним для картування (Агаїїе еї аі., Маїшге Вемієм5 Сіепеїїс5 3:299-309 (2002)). Отже, алелі перебувають у нерівноважному зчепленні тоді, коли значення І?" між парою маркерних локусів більші за або дорівнюють 0,33, 0,4,0,5,0,6,0,7, 0,8, 0,9, або 1,0.
Використовуваний у даному документі термін "рівноважне зчеплення" описує ситуацію, у разі якої два маркери сегрегують незалежно, тобто розподіляються серед потомків випадковим чином. Маркери, які демонструють рівноважне зчеплення, вважаються незчепленими (незалежно від того, чи розташовані вони на одній і тій самій хромосомі). "Локус" являє собою положення на хромосомі, наприклад, де локалізовані нуклеотид, ген, послідовність або маркер.
"Значення логарифма шансів (ГО0)" або "ГП ОО-показник" (Кізсі, 5сіепсе 255:803-804 (1992)) застосовують під час картування генетичного інтервалу для опису ступеня зчеплення між двома маркерними локусами. ГОЮ-показник для двох маркерів, що становить три, вказує на те, що зчеплення в 1000 раз більш імовірне, ніж відсутність зчеплення, водночас І ОЮО-показник, що становить два, вказує на те, що зчеплення в 100 раз більш імовірне, ніж відсутність зчеплення.
Для виявлення зчеплення можна застосовувати ГОЮО-показники більші або рівні двом. ГО0- показники також можна застосовувати для демонстрації сили асоціації між маркерними локусами й кількісними ознаками у картуванні "локусів кількісних ознак". У такому випадку величина І ОО-показника залежить від наближеності маркерного локусу до локусу, що впливає на кількісну ознаку, а також від величини ефекту кількісної ознаки. "Маїс" означає рослину 7єа тауз Г.. 55р. таувз, яка також відома як "кукурудза".
Термін "рослина маїсу" включає цілі рослини маїсу, клітини рослини маїсу, протопласт рослини маїсу, клітинну або тканинну культуру рослини маїсу, з якої можуть бути регенеровані рослини маїсу, калюси рослини маїсу, скупчення клітин рослини маїсу й клітини рослини маїсу, які є інтактними в рослинах маїсу або частинах рослин маїсу, таких як насіння маїсу, стрижні качанів маїсу, квітки маїсу, сім'ядолі маїсу, листя маїсу, стебла маїсу, бруньки маїсу, корені маїсу, кореневі кінчики маїсу тощо. "Маркер" являє собою засіб для визначення розташування на генетичній або фізичній карті або зчеплення між маркерами або локусами ознак (локусів, що впливають на ознаки).
Положення, яке виявляють за допомогою маркера, можна дізнатись шляхом виявлення поліморфних алелей та їх генетичного картування, або ж шляхом гібридизації, пошуку збігу послідовностей або ампліфікації послідовності, яку піддавали фізичному картуванню. Маркер може являти собою ДНК-маркер (за допомогою якого виявляють ДНК-поліморфізми), білок (за допомогою якого виявляють варіацію в кодованому поліпептиді) або фенотип, що успадковується за моногенною системою (такий як фенотип "маху"). ДНК-маркер також можна розробити на основі геномної нуклеотидної послідовності або на основі експресованих нуклеотидних послідовностей (наприклад, сплайсованої РНК або кДНК). Залежно від технології
ДНК-маркера, маркер буде складатися з комплементарних праймерів, що фланкують локус, або комплементарних зондів, які гібридизуються з поліморфними алелями в локусі. ДНК-
Зо маркер або генетичний маркер також можна використовувати для опису гена, послідовності
ДНК або нуклеотиду в хромосомі як таких (а не компонентів, що використовуються для виявлення гена або послідовності ДНК), і це часто використовується тоді, коли ДНК-маркер пов'язаний із певною ознакою в генетиці людини (наприклад, маркер раку молочної залози).
Терміном "маркерний локус" позначають локус (ген, послідовність або нуклеотид), який виявляють за допомогою маркера.
Маркери, за допомогою яких виявляють генетичні поліморфізми у представників популяції, є загальноприйнятими в цій галузі. Маркери можна визначити за типом поліморфізму, який вони дозволяють виявити, а також за технологією маркера, використаною для виявлення поліморфізму. Типи маркерів включають без обмеження, наприклад, виявлення поліморфізмів довжин рестрикційних фрагментів (КРІР), виявлення ізоферментних маркерів, випадково ампліфіковані поліморфні ДНК (КАРБО), поліморфізми довжини ампліфікованих фрагментів (АРІ/Р), виявлення простих повторів послідовностей (595К), виявлення ампліфікованих варіабельних послідовностей генома рослини, виявлення самопідтримувальної реплікації послідовностей або виявлення однонуклеотидних поліморфізмів (ЗМР). ЗМР можна виявляти, наприклад, за допомогою секвенування ДНК, способів специфічної щодо послідовності ампліфікації на основі РСК, виявлення поліонуклеотидних поліморфізмів за допомогою алель- специфічної гібридизації (АБН), динамічної алель-специфічної гібридизації (САЗН), молекулярних маяків, гібридизації на мікрочіпах, олігонуклеотид-лігазних аналізів, флеп- ендонуклеаз, 5-ендонуклеаз, подовження праймера, одноланцюгового конформаційного поліморфізму (55СР) або гель-електрофорезу з температурним градієнтом (ТОСЕ).
Секвенування ДНК, таке як технологія піросеквенування, має перевагу в тому, що з його допомогою можна виявляти серії зчеплених алелей 5МР, які складають гаплотип. Гаплотипи, здебільшого, більш інформативні (виявляють вищий рівень поліморфізму), ніж ЗМР. "Маркерний алель", як альтернатива "алель маркерного локусу", може стосуватись однієї з декількох поліморфних нуклеотидних послідовностей, виявлених у маркерному локусі в популяції. "Відбір за допомогою маркерів" (МА5) являє собою спосіб, в якому окремі рослини відбирають на основі маркерних генотипів.
"Негативний відбір за допомогою маркера" являє собою спосіб, в якому маркерні генотипи застосовують для ідентифікації рослин, які не будуть відібрані, що дозволяє виключити їх із програми селекції або розведення. "Маркерний гаплотип" стосується комбінації алелей у маркерному локусі. "Маркерний локус" являє собою специфічне місце розташування на хромосомі в геномі виду, в якого може бути виявлений специфічний маркер. Маркерний локус можна використовувати для відстеження наявності другого зчепленого локусу, наприклад, такого, який впливає на експресію фенотипової ознаки. Наприклад, маркерний локус можна застосовувати для відстеження сегрегації алелей у генетично або фізично зчепленому локусі. "Маркерний зонд" являє собою послідовність або молекулу нуклеїнової кислоти, які можна застосовувати для ідентифікації наявності маркерного локусу, наприклад, зонд на основі нуклеїнової кислоти, який є комплементарним послідовності маркерного локусу, шляхом гібридизації нуклеїнових кислот. Маркерні зонди, що містять 30 або більше суміжних нуклеотидів маркерного локусу ("усієї або частини" послідовності маркерного локусу), можна використовувати для гібридизації нуклеїнових кислот. Як альтернатива, у деяких аспектах маркерний зонд стосується зонда будь-якого типу, здатного розпізнати (тобто визначити генотип) конкретний алель, який наявний у маркерному локусі.
Термін "молекулярний маркер" можна застосовувати для позначення генетичного маркера, який визначено вище, або кодованого ним продукту (наприклад, білка), що застосовують як орієнтир під час ідентифікації зчепленого локусу. Маркер також може бути одержаний із геномних нуклеотидних послідовностей, або з експресованих нуклеотидних послідовностей (наприклад, із сплайсованої РНК, кКДНК тощо), або з кодованого поліпептиду. Цей термін також стосується послідовностей нуклеїнової кислоти, комплементарних маркерним послідовностям, таким як нуклеїнові кислоти, застосовні як зонди, або пари праймерів, здатних до ампліфікації маркерної послідовності, або що фланкують їх. "Молекулярний маркерний зонд" являє собою послідовність або молекулу нуклеїнової кислоти, які можна використовувати для ідентифікації наявності маркерного локусу, наприклад, зонд на основі нуклеїнової кислоти, який є комплементарним послідовності маркерного локусу. Як альтернатива, у деяких аспектах маркерний зонд стосується зонда будь-якого типу, здатного розпізнати (тобто визначити
Зо генотип) конкретний алель, який наявний у маркерному локусі. Нуклеїнові кислоти є "комплементарними", коли вони специфічним чином гібридизуються в розчині, наприклад, згідно з правилами спарювання основ Уотсона-Кріка. Деякі маркери, описані в даному документі, також називають гібридизаційними маркерами, якщо вони розташовані на ділянці вставки/делеції, такій як неколінеарна ділянка, описана в даному документі. Це пов'язано з тим, що ділянка вставки являє собою, за визначенням, поліморфізм щодо рослини без вставки.
Таким чином, маркер повинен тільки показати, чи наявна або відсутня ділянка вставки/делеції.
Для ідентифікації такого гібридизаційного маркера можна застосовувати будь-яку придатну технологію виявлення маркера, зокрема у прикладах, наведених у даному документі, застосовують технологію ЗМР.
Алель "негативно" корелює з ознакою, якщо він зчеплений із нею, і якщо наявність алеля є індикатором того, що необхідна ознака або форма ознаки не буде спостерігатися в рослини, що містить даний алель. "Нуклеотидна послідовність", "полінуклеотид", "послідовність нуклеїнової кислоти" і "фрагмент нуклеїнової кислоти" використовуються взаємозамінно і стосуються полімеру РНК або ДНК, який є одно- або двонитковим, необов'язково містить синтетичні нуклеотидні основи, що не є природними, або змінені синтетичні нуклеотидні основи. "Нуклеотид" являє собою мономерну ланку, з якої сконструйовані полімери ДНК або РНК, і вона складається з пуринової або піримідинової основи, пентози й групи фосфорної кислоти. Нуклеотиди (які зазвичай мають форму своїх 5'-«монофосфатів) називають згідно з їхнім однобуквеним позначенням, як зазначено нижче: "А" для аденілату або дезоксіаденілату (для РНК або ДНК відповідно), "С" для цитидилату або дезоксицитидилату, "с" для гуанілату або дезоксигуанілату, "О" для уридилату, "т" для дезокситимідилату, "К" для пуринів (А або с), "У" для піримідинів (С або Т), "К"' для С або Т, "Н" для А, або С, або Т, "І" для інозину та "М" для будь-якого нуклеотиду.
Термін "фенотип", "фенотипова ознака" або "ознака" можуть стосуватися спостережуваної експресії гена або ряду генів. Фенотип може спостерігатися неозброєним оком або за допомогою будь-яких інших способів оцінки, відомих із рівня техніки, наприклад, зважування, підрахунку, вимірювання (довжини, ширини, кутів тощо), мікроскопії, біохімічного аналізу або електромеханічного аналізу. У деяких випадках фенотип безпосередньо контролюється одним геном або генетичним локусом, тобто є "ознакою, контрольованою одним геном" або "ознакою, бо успадкованою за моногенною системою". У разі відсутності високих рівнів мінливості під впливом навколишнього середовища ознаки, контрольовані одним геном, можуть сегрегувати в популяції з утворенням "якісного" або "дискретного" розподілення, тобто фенотипи розподілені за окремими класами. В інших випадках фенотип є результатом взаємодії декількох генів, і його можна вважати "ознакою, контрольованою декількома генами" або "складною ознакою". Ознаки, контрольовані декількома генами, сегрегують у популяції з утворення "кількісного" або "безперервного" розподілення, тобто фенотипи не можна розділити на окремі класи. Як ознаки, контрольовані одним геном, так і ознаки, контрольовані декількома генами, можуть зазнавати впливу навколишнього середовища, в якому вони експресуються, але ознаки, контрольовані декількома генами, здебільшого зазнають більшого впливу навколишнього середовища. "Фізична карта" геному являє собою карту, на якій показано лінійний порядок орієнтирів, що можна ідентифікувати, (включно з генами, маркерами тощо) на хромосомній ДНК. Однак, на відміну від генетичних карт, відстані між орієнтирами є абсолютними (наприклад, виміряними в парах основ або виділених і суміжних генетичних фрагментів, що перекриваються), а не базуються на генетичній рекомбінації (яка може відрізнятися в різних популяціях). "Рослина" може бути цілою рослиною, будь-якою її частиною або клітинною або тканинною культурою, одержаною з рослини. Таким чином, термін "рослина" може стосуватися будь-чого із цілих рослин, рослинних компонентів або органів (наприклад, листя, стебел, коріння тощо), рослинних тканин, насіння, рослинних клітин та/або їхніх потомків. Рослинна клітина являє собою клітину рослини, яку взято з рослини або одержану шляхом культивування з клітини, яку взято з рослини.
Рослина маїсу, "одержана з інбреду в популяції Б ЗаїкК Зупіпеїїіс", може бути гібридом. "Поліморфізм" являє собою варіацію в ДНК між двома або більше особинами в межах популяції. Поліморфізм у популяції переважно характеризується частотою щонайменше 1 9р.
Застосовний поліморфізм може включати однонуклеотидний поліморфізм (5МР), простий повтор послідовності (З5К) або поліморфізм за типом вставки/делеції, який також називається в даному документі "вставка/делеція".
Алель "позитивно" корелює з ознакою, якщо він зчеплений із нею, і якщо наявність алеля є індикатором того, що необхідна ознака або форма ознаки буде спостерігатися в рослини, яка містить цей алель.
Зо "Значення ймовірності" або "р-значення" являє собою статистичну ймовірність того, що конкретна комбінація фенотипу й наявності або відсутності конкретного маркерного алеля є випадковою. Таким чином, чим нижчий показник імовірності, тим вища ймовірність того, що локус і фенотип асоційовані. На показник імовірності може впливати близькість першого локусу (зазвичай маркерного локусу), а також локусу, що впливає на фенотип, плюс величина фенотипового ефекту (змінювання фенотипу, спричинене заміщенням алеля). У деяких аспектах показник імовірності вважається "значущим" або "незначущим". У деяких варіантах здійснення показник імовірності 0,05 (р-0,05 або 595 імовірність) випадкового відбору вважається значущим показником наявності асоціації. Однак прийнятною ймовірністю може бути будь-яка ймовірність менше від 50 95 (р-0,5). Наприклад, значуща ймовірність може становити менше від 0,25, менше від 0,20, менше від 0,15, менше від 0,1, менше від 0,05, менше від 0,01 або менше від 0,001. "Маркер одержання" або "5МР-маркер одержання" являє собою маркер, який було розроблено з метою високої продуктивності. ЗМР-маркери одержання розробляють для виявлення специфічних поліморфізмів, і вони сконструйовані для використання в ряді хімічних аналізів і платформ. Використовувані в даному документі назви маркерів починаються з префікса РНМ, що позначає "Ріопеег Ні-Вгей МагКег", за яким іде число, яке визначається послідовністю, з якої він був розроблений, після якого йде "." або "-" а потім суфікс, що визначає поліморфізм ДНК. Потім також може йти версія маркера (А, В, С тощо), яка позначає версію маркера, сконструйованого для цього специфічного поліморфізму.
Термін "потомки" стосується потомства, одержаного за рахунок схрещування. "Рослина-потомок" являє собою рослину, одержану за рахунок схрещування двох рослин.
Термін "локус кількісної ознаки" або "ОТ!" стосується ділянки ДНК, яка асоційована з диференціальною експресією кількісної фенотипової ознаки у щонайменше одному генетичному фоні, наприклад, у щонайменше одній селекційній популяції. Ділянка ОТ. охоплює ген або гени, які впливають на ознаку, що розглядається, або є близькозчепленим з ними. "Еталонна послідовність" або "консенсусна послідовність" являє собою задану послідовність, що використовується як основа для порівняння послідовностей. Еталонну послідовність для РНМ-маркера одержують шляхом секвенування низки ліній у локусі, вирівнювання нуклеотидних послідовностей у програмі для вирівнювання послідовностей 60 (наприклад, Зедцепспег), а потім одержання найбільш загальної нуклеотидної послідовності з вирівнювання. Поліморфізми, які виявляють в окремих послідовностях, анотуються в консенсусній послідовності. Еталонна послідовність зазвичай не є точною копією якоїсь окремої послідовності ДНК, а являє собою поєднання доступних послідовностей і застосовна для розробки праймерів і зондів для поліморфізмів у межах послідовності.
У разі зчеплення у фазі "відштовхування" "сприятливий" алель у локусі, що становить інтерес, фізично зчеплений із "несприятливим" алелем на близькому маркерному локусі, і два "сприятливих" алеля не успадковуються разом (тобто два локуси розташовані "у протифазі" один щодо одного).
Фраза "сіра плямистість листя" або "| 5" стосується захворювання злаків, що викликане грибним патогеном Сегсозрога 7є6ае-таудіє, який характеризується утворенням довгих, прямокутних, сірувато-коричневих ушкоджень на листі, що проходять паралельно жилці листка. "Стійкість, що надається вперше", або "поліпшена стійкість", або "підвищена стійкість" у рослини маїсу щодо Сі 5 є показником того, що рослина маїсу зазнає меншого впливу на врожайність і/або виживаність або інші відповідні агрономічні показники після проникнення збудників такого захворювання, наприклад, Сегсозрога 7еає-тауадівє. "Підвищена стійкість" вказує на те, що заражена рослина дає кращий урожай маїсу, ніж інша більш сприйнятлива рослина, що зазнала аналогічного впливу. Іншими словами, умови викликають зменшене зниження виживаності маїсу та/(або врожайності рослини маїсу за підвищеної стійкості (або толерантності) порівняно зі сприйнятливою рослиною маїсу.
Фахівцеві буде зрозуміло, що стійкість рослин маїсу до СІ 5 варіюється в широких межах, тобто вона може передбачати цілий спектр із більш стійких або менш стійких фенотипів і може варіюватися в залежності від тяжкості зараження. Однак шляхом простого спостереження фахівець може визначати відносну стійкість або сприйнятливість різних рослин, ліній рослин або родин рослин до 15 і, крім того, також буде розпізнавати фенотипові градації "стійкості".
Наприклад, можна застосовувати візуальне ранжування від 1 до 9, що вказує на рівень стійкості до СІ 5. Більш високий показник указує на більш високу стійкість. Дані слід збирати лише за існування достатнього тиску відбору в експерименті з вимірюваннями. "Топкросний тест" являє собою тест, здійснюваний шляхом схрещування кожної особини (наприклад, відібраної особини, особини з інбредної лінії, клону або потомка) із тим самим запильником або "тестером", зазвичай гомозиготної лінії.
Фраза "у жорстких умовах" стосується умов, за яких зонд або полінуклеотид будуть гібридизуватися зі специфічною послідовністю нуклеїнової кислоти, що як правило, перебуває у складній суміші нуклеїнових кислот, але фактично не буде гібридизуватися з іншими послідовностями. Жорсткі умови залежать від послідовності та будуть відрізнятися за різних обставин. Довші послідовності специфічно гібридизуються за більш високих температур.
Зазвичай жорсткі умови вибирають таким чином, щоб вони були на приблизно 5-10 "С нижче за температурну точку плавлення (Тт) для специфічної послідовності за певних іонної сили, рН.
Тт являє собою температуру (за певних іонної сили, рН і концентрації нуклеїнової кислоти), за якої 50 96 комплементарних із мішенню зондів гібридизуються із цільовою послідовністю у стані рівноваги (оскільки цільові послідовності є наявними в надлишку, при Тт 5095 зондів є зайнятими у стані рівноваги). Жорсткі умови будуть являти собою умови, за яких концентрація солі становить менше від приблизно 1,0 М іонів натрію, як правило, концентрація іонів натрію (або інших солей) становить від приблизно 0,01 до 1,0 М при рН 7,0-8,3, а температура становить щонайменше приблизно 30 С у випадку коротких зондів (наприклад, 10-50 нуклеотидів) і щонайменше приблизно 60 "С у випадку довгих зондів (наприклад, більше 50 нуклеотидів). Жорстких умов також можна досягати за допомогою додавання дестабілізувальних засобів, таких як формамід. У випадку селективної або специфічної гібридизації позитивний сигнал у щонайменше вдвічі перевищує фонову гібридизацію, переважно в 10 раз перевищує фонову гібридизацію. Найчастіше ілюстративні жорсткі умови гібридизації є наступними: 50 95 формаміду, 5х З5С і 1 95 505, інкубація при 42 "С, або 5х 55С, 1 956 505, інкубація при 65 "С, із відмиванням у 0,2х З5С і 0,1 95 505 при 65 "С. У випадку РОК типова температура для ампліфікації за умов низької жорсткості становить приблизно 36 "С, хоча температури відпалу можуть варіюватися від приблизно 32 "С до 48 "С в залежності від довжини праймера. Додаткові вказівки для визначення параметрів гібридизації наведено в багатьох літературних джерелах. "Несприятливий алель" маркера являє собою маркерний алель, який сегрегує з несприятливим фенотипом рослини, тобто таким чином він забезпечує перевагу в ідентифікації рослин, які можна вилучити з програми селекції або розведення.
Термін "урожайність" стосується продуктивності на одиницю площі для конкретного бо рослинного продукту з комерційною цінністю. Наприклад, урожайність маїсу зазвичай вимірюють у бушелях насіння на акр або в метричних тоннах насіння на гектар за сезон. На врожайність впливають і генетичні фактори, і фактори навколишнього середовища. "Агрономічні параметри", "агрономічні ознаки" і "агрономічні показники" стосуються ознак (і генетичних елементів, що лежать у їхній основі) певного сорту рослин, які роблять внесок у врожайність протягом вегетаційного періоду. Окремі агрономічні ознаки включають потужність сходів, потужність вегетації, стресостійкість, стійкість або толерантність до захворювань, стійкість до гербіцидів, гілкування, цвітіння, закладення насіння, розмір насіння, щільність насіння, стійкість до вилягання, здатність до обмолочування тощо. Таким чином, урожайність є найбільш важливою з усіх агрономічних ознак.
Вирівнювання послідовностей і підрахунки відсотка ідентичності можна здійснювати із застосуванням різних способів порівняння, розроблених для виявлення гомологічних послідовностей, включаючи без обмеження програму МЕСАГІОМОЕ із комплекту біоїнформаційних обчислювальних програм ГАБЕКСОЕМЕФ (ОМАБЗТАКФ Іпс., Мадісон,
Вісконсин). Якщо не зазначено інше, множинне вирівнювання послідовностей, представлених у даному документі, здійснювали з використанням способу вирівнювання СІ О5ТАЇ. М (Ніддіпз і
Зпагр, САВІО5. 5:151 153 (1989)) зі стандартними параметрами (ЗАР РЕМА! ТУ-10, АР
ГЕМОТН РЕМАСТУ-10). Стандартні параметри для парних вирівнювань і розрахунку відсотка ідентичності білкових послідовностей із використанням способу СГОЗТАЇ М являють собою наступні: КТОРІЕ-1Ї, БАР РЕМА! ТУ-3, УММООУУ-5 і БІАСОМА! З ЗАМЕЮО-5. У випадку нуклеїнових кислот ці параметри являють собою наступні: КТОРІЕ-2, БАР РЕМАЇ ТУ-5,
УММООУУ-4 і СІАСОМАЇ 5 ЗАМЕЮО-4. Після вирівнювання послідовностей із використанням програми СГОБТАЇ М можна одержати значення "відсотка ідентичності" і "дивергенції" за допомогою перегляду таблиці "відстані між послідовностями" у тій же програмі; якщо не зазначено інше, представлені й заявлені в даному документі показники відсотка ідентичності й дивергенції розраховані таким способом.
Застосовувані в даному документі стандартні методики рекомбінантних ДНК і молекулярного клонування добре відомі в даній галузі та більш повно описані в затрьгоок, 5.,
Етіїбси, Е. Е. і Мапіаїі5, Т. МоІесшаг Сіопіпд: А І абогаїтгу Мапиаї!; Соїд бргіпд Натог І арогаюгу
Рге55: Соїа 5ргіпуд Нагброг, 1989 (далі в даному документі "Затбгоок").
Зо Генетичне картування
Уже досить давно було визнано, що специфічні генетичні локуси, які корелюють із конкретними фенотипами, такими як стійкість до сірої плямистості листя, можна картувати в геномі організму. Селекціонер рослин може з успіхом застосовувати молекулярні маркери для ідентифікації необхідних особин шляхом виявлення маркерних алелей, які демонструють статистично значущу ймовірність косегрегації з необхідним фенотипом, що проявляється як нерівноважне зчеплення. Під час ідентифікації молекулярного маркера або кластерів молекулярних маркерів, які косегрегують із ознакою, що становлять інтерес, селекціонер може швидко відбирати необхідний фенотип шляхом відбору щодо належного молекулярного маркерного алеля (спосіб, який називають відбором за допомогою маркера, або МА5).
Різні способи, добре відомі з рівня техніки, доступні для виявлення молекулярних маркерів або кластерів молекулярних маркерів, які косегрегують з ознакою, що становить інтерес, такою як ознака стійкості до сірої плямистості листя. Основна ідея, що лежить в основі цих способів, полягає у виявленні маркерів, в яких альтернативні генотипи (або алелі) мають значущо відмінні усереднені фенотипи. Таким чином, для маркерних локусів здійснюють порівняння за величиною відмінності альтернативних генотипів (або алелей) або за рівнем значущості цієї відмінності. Можна дійти висновку, що гени ознаки повинні розташовуватися найближче до маркера(маркерів), який(які) характеризується(характеризуються) найбільшою асоційованою генотиповою відмінністю. Двома такими способами, застосовуваними для виявлення локусів ознак, що становлять інтерес, є наступні: 1) аналіз асоціацій на популяційній основі (тобто асоціативне картування) і 2) традиційний аналіз зчеплення.
Асоціативне картування
Розуміння ступеня й паттернів нерівноважного зчеплення (І 0) у геномі є необхідною умовою для розробки ефективних асоціативних підходів для ідентифікації й картування локусів кількісних ознак (ОТ). Нерівноважне зчеплення (І 0) стосується невипадкової асоціації алелей у сукупності особин. Якщо І О спостерігається в алелей у зчеплених локусах, то його вимірюють як ослаблення ГО у межах специфічної ділянки хромосоми. Ступінь ГО є відображенням рекомбінаційної історії в даній ділянці. Середня швидкість ослаблення ЇО у геномі може допомогти передбачити кількість і щільність маркерів, які необхідні для проведення повногеномного пошуку асоціацій, і дає оцінку роздільної здатності, яку можна очікувати.
Метою асоціативного або І О-картування є ідентифікація значущих асоціацій генотип- фенотип. Його використовували як потужний інструмент для точного картування таких аутбредних видів, як людина (Согаег еї аї. (1994) "Ргоїесіїме еїМесі ої ароїїроргоївіп-Е їуре-2 аїїеїе
Тог Іаібе-оп5еї АІ2Пеїтег-дієєазе", Маї Сепеї 7:180-184; Навірбаска єї аї. (1992) "ШПиКаде аізедиййгішт тарріпа іп ізоїаїед Тоипаег роршіайоп5: аіавігорпіс дувзріавзіа іп Ріпії", Маї Сепеї 2:204-211; Кегет еї аї. (1989) "Ідепійісайоп ої їйе сувіїс Прго5іб5 депе: депеїїйс апаїувів", Зсіепсе 245:1073-1080) і маїс (Кептіпдоп еї аї., (2001) "Бігисіиге ої ІпКаде аїізедиййгішт і рпепоїуре авзвосіайопе іп Ше таїіге депоте", Ргос Майї! Асадосі ОБА 98:11479-11484; Тногпере!ту 6ї аї. (2001) "Ожанпв роїутогрпібзтв авззосіаїє м/йй магіайоп іп Помегіпуд те", Маї Сепеї 28:286-289; огляд у Ріїпі-Сагсіа єї аї. (2003) "Зігистиге ої ПпКаде аізедиїйїргшт іп ріапів", Аппи Вем Ріапі Віо!. 54:357-374), в яких рекомбінація в гетерозиготах є частою та призводить до швидкого ослаблення І 0. В інбредних видів, в яких рекомбінацію в гомозиготних генотипах неможливо визначити генетично, ступінь І.О вища (тобто більші блоки зчеплених маркерів успадковуються разом), і це значно підвищує потужність виявлення під час асоціативного картування (Маї і
Ригйснага (2003) "Наріоїуре Біоскз і ІпКкаде аізедийігішт іп Ще питап депоте", Маї Вем Сепеї 4:587-597).
Рекомбінаційна й мутаційна історія популяції залежить від особливостей спаровувальної поведінки, а також від ефективного розміру й віку популяції. Великі розміри популяції забезпечують кращі можливості для виявлення рекомбінації у той же час вищі рівні поліморфізму зазвичай асоційовані зі старшими популяціями, обидві ці ознаки роблять внесок у помітне прискорення швидкості ослаблення І 0. З іншого боку, популяції з меншим ефективним розміром, наприклад, такі, які нещодавно зазнали генетичного ефекту "пляшкової шийки", здебільшого демонструють повільнішу швидкість ослаблення І О, що призводить до збереження розширеного гаплотипу (Ріїіпі-Сагсіа єї а! (2003) "Зігистиге ої ІпКаде дізедийїрпт іп ріапів", Аппи
ВНем Ріапі Віої. 54:357-374).
Елітні селекційні лінії забезпечують коштовну відправну точку для аналізів асоціацій.
Кількісні фенотипові показники (наприклад, толерантність щодо захворювання, оцінювана від одного до дев'яти для кожної лінії маїсу) застосовуються в аналізі під час проведення аналізів асоціацій (на відміну від розгляду лише розподілення частот толерантних і стійких алелей у
Зо типах аналізу міжгрупового розподілення алелей). Наявність детальних даних щодо фенотипових характеристик, зібраних у програмах селекції протягом багатьох років і за багатьох умов навколишнього середовища для великої кількості елітних ліній, забезпечує цінний набір даних для аналізу асоціативного картування генетичних маркерів. Це прокладає шлях до ефективної інтеграції між дослідженням і застосуванням і використовує переваги накопичених у минулому наборів даних. Водночас розуміння взаємозв'язку між поліморфізмом і рекомбінацією застосовне під час розробки придатних стратегій для ефективного отримання максимальної інформації з таких ресурсів.
Цей тип аналізу асоціацій не генерує і не вимагає будь-яких даних на основі карти, а є незалежним від положення на карті. У цьому аналізі порівнюють фенотипову оцінку рослин із генотипами в різних локусах. Згодом можна необов'язково застосувати будь-яку придатну карту маїсу (наприклад, комбіновану карту) для сприяння у вивченні розподілення ідентифікованих маркерів ОТ! і/або кластеризації маркерів ОТІЇ із застосуванням визначених раніше місцерозташувань маркерів на карті.
Традиційний аналіз зчеплення
Ті ж самі принципи лежать в основі традиційного аналізу зчеплення; однак ГО одержують за рахунок створення популяції з невеликої кількості засновників. Засновників відбирають таким чином, щоб максимально підвищити рівень поліморфізму в межах сконструйованої популяції, і при цьому поліморфні сайти оцінюють щодо рівня їх косегрегації із певним фенотипом. Ціла низка статистичних способів використовувалася для ідентифікації значущих асоціацій маркер- ознака. Одним таким способом є підхід інтервального картування (Гіег і Воївієвїп, Сепеїіс5 121:185-199 (1989)), відповідно до якого кожне з багатьох розташувань уздовж генетичної карти (припустимо, з інтервалами в 1 СМ) тестують щодо ймовірності того, що ген, який контролює ознаку, яка становить інтерес, розташований у цьому положенні. Дані щодо генотипу/фенотипу застосовують для розрахунку ГОО-показника (логарифму відношення ймовірності) для кожного тестованого розташування. Якщо ГОЮО-показник перевищує граничне значення, то існує значущий доказ розташування гена, що контролює ознаку, яка становить інтерес, у даному положенні на генетичній карті (яке буде розташовуватися між двома конкретними маркерними локусами).
У даному документі представлені маркерні локуси маїсу, які демонструють статистично бо значущу косегрегацію з ознакою стійкості до сірої плямистості листя, що визначено за допомогою традиційного аналізу зчеплення й повногеномного аналізу асоціацій. Виявлення цих локусів або додаткових зчеплених локусів можна застосовувати в програмах селекції маїсу за допомогою маркера для одержання рослин, які характеризуються стійкістю до сірої плямистості листя.
Дії в програмах селекції маїсу за допомогою маркера можуть включати без обмеження: відбір з-поміж нових селекційних популяцій для ідентифікації того, яка з популяцій характеризується вищою частотою сприятливих послідовностей нуклеїнової кислоти на підставі історичного генотипу й асоціацій агрономічних ознак, відбір сприятливих послідовностей нуклеїнової кислоти серед потомства в селекційних популяціях, відбір серед батьківських ліній на підставі прогнозу характеристики потомків і просування ліній у діях, спрямованих на поліпшення зародкової плазми, на підставі наявності сприятливих послідовностей нуклеїнової кислоти.
Місцерозташування ОТ.
ОТГ. на хромосомі 4 ідентифікували як асоційований з ознакою стійкості до сірої плямистості листя із застосуванням традиційного картування зчеплення, а потім підтвердили (приклади 1 і 2). Хоча цей ОТІ перебуває в тому самому місцерозташуванні, що й описаний у 05 2009172845, аналіз маркерів і дослідження ідентичності за походженням показали, що алель
ОТІ,, описаний у даному документі, походить з іншого джерела.
Хромосомні інтервали
Представлено хромосомні інтервали, які корелюють з ознакою стійкості до сірої плямистості листя. Для ідентифікації хромосомних інтервалів доступні різноманітні способи, добре відомі з рівня техніки. Межі таких хромосомних інтервалів наносять таким чином, щоб вони охоплювали маркери, які будуть зчеплені з геном(генами), що контролюють ознаку, яка становить інтерес.
Інакше кажучи, хромосомний інтервал наносять таким чином, що будь-який маркер, який розташований у межах такого інтервалу (включно з кінцевими маркерами, які задають межі інтервалу), можна застосовувати як маркер для ознаки стійкості до сірої плямистості листя. У таблицях 1 і З ідентифіковані маркери в межах ділянки ОТІ хромосоми 4, які, як показано в даному документі, асоційовані з ознакою стійкості до сірої плямистості листя, і які зчеплені з геном(генами), що контролюють стійкість до сірої плямистості листя. Еталонні послідовності для
Зо кожного з маркерів представлено під 5ЕО ІЮ МО: 1-9.
Кожний інтервал містить щонайменше один ОТІ,, і, крім того, у дійсності може містити більш за одного ОТІ. Безпосередня близькість декількох ОТІ. на одному інтервалі може ускладнити визначення кореляції конкретного маркера з конкретним ОТ, тому що один маркер може демонструвати зчеплення більш ніж з одним ОТ. | навпаки, наприклад, якщо два маркери в безпосередній близькості демонструють косегрегацію з необхідною фенотиповою ознакою, то іноді незрозуміло, чи ідентифікує кожний із цих маркерів той самий ОТІ або два різні ОТ.
Незалежно від цього, розуміння того, скільки ОТ. розташовується у конкретному інтервалі, не є необхідним для одержання або застосування на практиці того, що представлено в даному винаході.
Інтервал на хромосомі 4 може охоплювати будь-який із маркерів, ідентифікованих у даному документі як асоційовані з ознакою стійкості до сірої плямистості листя, зокрема: РНМб6764-7,
РНМІ16360-9, РНМ521-86, РНМ586-10, РНМ289-20, РНМ12024-9, РНМ199-23, РНМОІ 5 01,
РНМаІ 5 07, РНМОЇ 5 14, РНМОЇІ 5 19, РНМОІ 5 21, РНМОЇ 5 45, РНМСО0О1МАВ, РНМ5О13- 12, РНМ1963-15 і РНМ18451-2. Інтервал на хромосомі 4 може бути заданим маркерами
РНМб6764-7 і РНМ289-1 (приклад 1), які розділені найбільшою відстанню на фізичній карті.
Підінтервал цієї ділянки може додатково бути заданим маркерами РНМ521-8 і РНМ185451-2.
Будь-який маркер, розташований у межах цих інтервалів, можна застосовувати як маркер стійкості до сірої плямистості листя і можна застосовувати в контексті способів, наведених у даному документі, для ідентифікації та/або відбору рослин маїсу, які характеризуються стійкістю до сірої плямистості листя, незалежно від того, чи є вона такою, що надається вперше або поліпшеною порівняно з контрольною рослиною.
Хромосомні інтервали також можуть бути задані маркерами, які зчеплені (демонструють нерівноважне зчеплення) із маркером ОСТІ, а гг являє собою загальновживаний показник нерівновагого зчеплення (0) у контексті досліджень асоціацій. Якщо значення г- для ГО між маркерним локусом на хромосомі 4, наведеним в даному документі, та іншим маркерним локусом на хромосомі 4, що розташовані в безпосередній близькості, перевищує 1/3 (Агайїе еї аІм,, Майте Вемієм5 (зепеїйсв 3:299-309 (2002)), то локуси перебувають у нерівноважному зчепленні один з одним.
Маркери і взаємозв'язки зчеплення
Звичайним показником зчеплення є частота, з якою ознаки косегрегують. Вона може бути виражена як відсоткова частка косегрегації (частоти рекомбінації) або у сантиморганідах (СМ).
Одницею вимірювання частоти генетичної рекомбінації є СМ. Одна СМ дорівнює 1 95 ймовірності того, що ознака в одному генетичному локусі буде відокремлена від ознаки в іншому локусі внаслідок кросинговера в одному поколінні (це означає, що ознаки сегрегують разом у 99 95 випадків). Оскільки хромосомна відстань приблизно пропорційна частоті явищ кросинговера між ознаками, то існує приблизна фізична відстань, яка корелює з частотою рекомбінації.
Власне маркерні локуси є ознаками, та їх можна оцінювати згідно зі стандартним аналізом зчеплення шляхом відстеження маркерних локусів під час сегрегації. Таким чином, одна см дорівнює 1 95 імовірності того, що маркерний локус буде відокремлений від іншого локусу внаслідок кросинговера в одному поколінні.
Чим ближчим є розташування маркера до гена, що контролює ознаку, яка становить інтерес, тим більш ефективно і корисно цей маркер виконує функцію індикатора для необхідної ознаки.
Близькозчеплені локуси виявляють частоту міжлокусного кросинговера, що становить приблизно 10 95 або менше, переважно приблизно 995 або менше, ще більш переважно приблизно 895 або менше, навіть більш переважно приблизно 795 або менше, ще більш переважно приблизно 6 95 або менше, навіть більш переважно приблизно 5 95 або менше, ще більш переважно приблизно 4 95 або менше, навіть більш переважно приблизно З 95 або менше і ще більш переважно приблизно 2 95 або менше. В особливо переважних варіантах здійснення відповідні локуси (наприклад, маркерний локус і цільовий локус) виявляють частоту рекомбінації, що становить приблизно 195 або менше, наприклад, приблизно 0,75 95 або менше, більш переважно приблизно 0,5 96 або менше або навіть більш переважно приблизно 0,25 95 або менше. Таким чином, локуси розташовані на відстані, що становить приблизно 10
СМ, 9сСМ, 8СсМ, 7сСМ, 6бСсСМ, 5 СМ, 4 СМ, З СМ, 2 СМ, 1 СМ, 0,75 сМ, 0,5 сМ або 0,25 сМ або менше.
Інакше кажучи, стосовно двох локусів, які локалізовані на одній і тій самій хромосомі й на такій відстані, що рекомбінація між цими двома локусами відбувається з частотою, яка становить менше від 10 95 (наприклад, приблизно 9 95, 895, 7 90, б 95, 5 0, 495, З Ус, 2 о, 1 90, 0,75 90, 0,5 9, 0,25 95 або менше), кажуть, що вони "розташовані поблизу" один від одного.
Хоча конкретні маркерні алелі можуть косегрегувати з ознакою стійкості до сірої плямистості листя, важливо відзначити, що даний маркерний локус не обов'язково є відповідальним за експресію фенотипу, стійкого до сірої плямистості листя. Наприклад, те, щоб маркерна полінуклеотидна послідовність була частиною гена, який є відповідальним за фенотип, стійкий до сірої плямистості листя (наприклад, частиною відкритої рамки зчитування гена), не є необхідною умовою. Асоціація між специфічним маркерним алелем і ознакою стійкості до сірої плямистості листя зумовлена вихідним зчепленням у фазі "притягання" між маркерним алелем і цим алелем у предкової лінії маїсу, з якої походить цей алель. У підсумку в разі повторюваної рекомбінації, явища кросинговера між маркером і генетичним локусом можуть змінити таку орієнтацію. Через цю причину сприятливий маркерний алель може змінюватися залежно від фази зчеплення, спостережуваної в межах батьківської форми, що характеризується стійкістю до сірої плямистості листя, яку застосовують для створення популяцій, що сегрегують. Це не змінює того факту, що маркер можна застосовувати для відстеження сегрегації фенотипу. Це змінює лише те, який маркерний алель уважається сприятливим у цієї популяції, що сегрегує.
Способи, представлені в даному документі, включають виявлення наявності одного або декількох маркерних алелей, асоційованих зі стійкістю до сірої плямистості листя у рослини маїсу, а потім ідентифікацію та/або відбір рослин маїсу, які мають сприятливі алелі в таких маркерних локусах. Маркери, перераховані в таблицях 1, 2 і 3, були ідентифіковані в даному документі як асоційовані з ознакою стійкості до сірої плямистості листя, отже, їх можна застосовувати для прогнозування стійкості до сірої плямистості листя у рослини маїсу. Будь- який маркер, який розташований у межах 50 СМ, 40 сМ, 30 сМ, 20 сМ, 15 СМ, 10 СМ, 9 сМ, 8 СМ, 7 СМ,6 СМ, 5 СМ, 4 СМ, З СМ, 2 СМ, 1 сМ, 0,75 сМ, 0,5 сМ або 0,25 СМ (виходячи з генетичної карти одноразового мейозу) від будь-якого з маркерів у таблицях 1 і 3, також можна застосовувати для прогнозування стійкості до сірої плямистості листя у рослини маїсу.
Відбір за допомогою маркерів
Молекулярні маркери можна застосовувати в різноманітних напрямках селекції рослин (наприклад, див. Зїацб еї аї. (1996) Нопвсієпсе 31: 729-741; ТапК5ієу (1983) Ріапі Моїесша"г
Віоїоду Неропег. 1: 3-8). Одним із головних напрямків, що становлять інтерес, є підвищення ефективності зворотного схрещування й інтрогресії генів із застосуванням відбору за допомогою маркера (МА5). Молекулярний маркер, який демонструє зчеплення з локусом, що впливає на необхідну фенотипову ознаку, забезпечує корисний інструмент для відбору ознаки в бо популяції рослин. Це особливо актуально в тому випадку, коли фенотип складно аналізувати.
Оскільки аналізи ДНК-маркерів є менш трудомісткими й потребують менше фізичного простору, ніж фенотипування в польових умовах, можна аналізувати набагато більші популяції, що підвищує ймовірність виявлення рекомбінанту, в якого цільовий сегмент із донорної лінії перенесений у реципієнтну лінію. Чим щільніше зчеплення, тим більш застосовним є маркер, оскільки між цим маркером і геном, що зумовлює ознаку, із меншою ймовірністю відбудеться рекомбінація, яка може призводити до хибнопозитивних результатів. Наявність фланкувальних маркерів знижує ймовірність хибнопозитивного відбору, оскільки буде потрібна подія подвійної рекомбінації. Ідеальною ситуацією є наявність маркера в самому гені для того, щоб рекомбінація між маркером і геном не могла відбуватися. Такий маркер називають "ідеальним маркером".
Якщо інтрогресія гена здійснюється за допомогою МА5, то наявним є не лише ген, який уводиться, але також фланкувальні ділянки (Серіб5. (2002). Стор Зсі; 42: 1780-1790). Це називається "шлейф зчеплення". У тому випадку, коли донорна рослина має дуже низький ступінь спорідненості з реципієнтною рослиною, ці фланкувальні ділянки несуть додаткові гени, які можуть кодувати небажані з для агрономії ознаки. Такий "шлейф зчеплення" також може призводити до зниження врожайності або до інших негативних агрономічних характеристик навіть після декількох циклів зворотного схрещування з елітною лінією маїсу. Він також іноді називається "шлейф щодо врожайності". Розмір фланкувальної ділянки можна знижувати за допомогою додаткового зворотного схрещування, хоча це не завжди є успішним, оскільки селекціонери не можуть контролювати розмір ділянки або точкові розриви під час рекомбінації (Уоипу еї аї. (1998) Сепеїйсв 120:579-585). У разі класичної селекції звичайним є те, що рекомбінації, які роблять внесок у зменшення розміру донорного сегменту, відбираються виключно випадково (Тапкзієу єї аї. (1989). Віотесппоіоду 7: 257-264). Навіть після 20 зворотних схрещувань у беккросів цього типу можна очікувати виявлення того, що ділянка донорної хромосоми значних розмірів як і раніше зчеплена з геном, за яким проводять відбір. Однак за допомогою маркерів можна відбирати ті рідкі особини, у яких відбулася рекомбінація поряд із геном, що становить інтерес. У випадку 150 рослин-беккросів існує 95 95 імовірність того, що принаймні в однієї рослини відбудеться кросинговер у межах 1 СМ від гену з урахуванням відстані на карті одноразового мейозу. Маркери будуть забезпечувати однозначну
Зо ідентифікацію таких особин. У випадку одного додаткового зворотного схрещування 300 рослин буде 95 95 імовірність кросинговера в межах відстані 1 СМ за картою однократного мейозу з іншої сторони гена, що призведе до сегмента навколо цільового гена, що становить менше за 2
СМ з урахуванням відстані на карті одноразового мейозу. Цього можна досягти за два покоління за допомогою маркерів, тоді як без маркерів було б потрібно в середньому 100 поколінь (див.
ТапкеІеу еї аіІ., вище). Якщо відоме точне положення гена, то фланкувальні маркери, які оточують ген, можна використовувати для відбору щодо рекомбінацій при різних розмірах популяцій. Наприклад, у випадку популяцій меншого розміру можна очікувати рекомбінації, розташовані далі від гена, тому більш віддалені фланкувальні маркери будуть потрібні для виявлення рекомбінації.
Доступність інтегрованих карт зчеплення генома маїсу, що містять загальнодоступні маркери маїсу, щільність яких постійно зростає, полегшили генетичне картування маїсу та МА5.
Див., наприклад, карти ІВМ2 Меїдпбог»5, які доступні онлайн на веб-сайті МаіїгеСОВ.
Ключові компоненти реалізації МА5 являю собою: (ї) визначення популяції, у межах якої будуть визначати асоціацію маркер-ознака, яка може являти собою популяцію, що сегрегує, або випадкову, або структуровану популяцію; (ії) відстеження сегрегації або асоціації поліморфних маркерів з ознакою й визначення зчеплення або асоціації із застосуванням статистичних способів; (ії) визначення набору необхідних маркерів на підставі результатів статистичного аналізу та (ім) застосування й/або екстраполяція такої інформації на наявний набір селекційної зародкової плазми для забезпечення рішень щодо відбору на основі маркерів, які слід прийняти. Маркери, описані в даному документі, а також інші типи маркерів, такі як 55К і БІ Р, можна застосовувати в протоколах відбору за допомогою маркерів.
ЗЗК можуть визначатися як порівняно короткі серії тандемно повторюваної ДНК довжиною б п.о. або менше (Тація (1989) Мисівїс Асій Незеєагсй 17: 6463-6471; Мапо еї аї. (1994) Тнеогеїсаї! і
Арріїєд Сепеїїісв, 88:1-6). Поліморфізми виникають внаслідок варіації в кількості повторюваних ланок, що, імовірно, обумовлено проковзуванням під час реплікації ДНК (ІГеміпзоп і Сбштап (1987) Мої! Віо! ЕмоїЇ 4: 203-221). Варіацію довжини повторів можна виявити за допомогою конструювання РСК-праймерів для консервативних неповторюваних фланкувальних ділянок (Уебег і Мау (1989) Ат .) Нит Сієпеї. 44:388-396). 55К найкраще підходять для картування й
МА5, оскільки вони є мультиалельними, кодомінантними, відтворюваними й доступними для високопродуктивної автоматичної обробки (Каїаї5кКі еї а. (1996) Сепегайіпа і ивіпд ОМА тагкеге іп ріапів5. Іп: Моп-таттаїап депотіс апаїувзів: а ргасіїса! диїде. Асадетіс ргевзв, рр 75-135).
Можна створити різні типи 55К-маркерів, і 55К-профілі можна одержувати за допомогою гель-електрофорезу продуктів ампліфікації. Оцінка маркерного генотипу грунтується на розмірі ампліфікованого фрагменту. Сервіс для роботи з 55К маїсу є загальнодоступним на договірній основі від компанії ОМА ГІ ітагк5 у Сен-Жан-сюр-Рішельє, Квебек, Канада.
Також можна створювати різні типи РІ Р-маркерів. Найчастіше для одержання поліморфізмів довжин фрагментів застосовують праймери для ампліфікації. Такі РІ Р-маркери за багатьма параметрами подібні 55К-маркерам, за винятком того, що ділянка, яка ампліфікується за допомогою праймерів, здебільшого не є ділянкою з високою частотою повторів. Одночасно ампліфікована ділянка або амплікон будуть характеризуватися достатньою мінливістю в зародковій плазмі, найчастіше внаслідок вставок або делецій, унаслідок чого фрагменти, одержані за допомогою праймерів для ампліфікації, можуть відрізнятися у поліморфних особин, і, як відомо, такі вставки/делеції часто виникають у маїсу (Впайгатаккі єї аї. (2002). Ріапі Мої
Віо! 48, 539-547; Катїаї5Кі (20025), вище).
ЗМР-маркери виявляють заміни нуклеотиду в одній парі основ. Із-поміж усіх типів молекулярних маркерів 5МР є найпоширенішими, отже, потенційно вони можуть забезпечити найвищу роздільну здатність генетичної карти (Впайгатаккі еї а. 2002 Ріапі МоїІесшаг Віоіоду 48:539-547). БМР можна аналізувати навіть із вищою продуктивністю, ніж З9К, у так званому "надвисокопродуктивному" способі, оскільки для них не потрібні великі кількості ДНК, а автоматизація аналізу може бути нескладною. Також у перспективі 5МР будуть відносно недорогими системами. Разом три ці фактори роблять ЗМР найбільш привабливими для застосування в МА5. Для генотипування 5МР доступні декілька способів, зокрема без обмеження гібридизація, елонгація праймера, лігування олігонуклеотидів, розщеплення нуклеазами, мінісеквенування й кодувальні сфери. Огляд таких способів було наведено в: си (2001) Нит Мшаї 17 рр. 475-492; Ні (2001) Сіп Снет 47, рр. 164-172; КмжоКк (2000)
Рпаптасодепотісз 1, рр. 95-100; і Впацгатаккі і Кагаї5Кі (2001) Оізсомегу і арріїсацноп ої зіпдіе писіеоїіде роїутогрпізт таке іп ріапіб. Іп: А. у. Непгу, Ед, Ріапі Сепоїуріпд: Те ОМА
Еіпдегргіпііпу ої Ріапіз, САВІ Рибіїзпіпо, Умаїїїпотога. Ці та інші способи докладного дослідження
Зо ЗМР використовуються в широкому спектрі комерційно доступних технологій, зокрема
Маззсоде. ТМ. (Оіадеп), ІММАОЕКФ). (Тпіга УМаме Тесппоїодієв) і Іпмадег РГОБО, 5МАРЗНОТО). (Арріїєа Віозузіетв), ТАЛОМАМОФ). (Арріїеа Віозуз(етв) і ВЕАОАККАУБЗО). (Шитіпа).
Певну кількість ЗМР разом у межах послідовності або у різних пов'язаних послідовностях можна застосовувати для опису гаплотипу будь-якого конкретного генотипу (Спіпо еї аї. (2002),
ВМС Сепеї. 3:19 рр, Сиріа еї аї. 2001, Кагаї5Кі (200260), Ріапі Зсієпсе 162:329-333). Гаплотипи можуть бути більш інформативними, ніж одиночні 5МР, і можуть краще описувати будь-який конкретний генотип. Наприклад, одиночний ЗМР може являти собою алель Т' у специфічної лінії або сорту зі стійкістю до сірої плямистості листя, однак алель "Г може також існувати в селекційній популяції маїсу, використовуваній як рекурентні батьківські форми. У цьому випадку гаплотип, наприклад, комбінація апелів у зчеплених 5МР-маркерах, може бути більш інформативним. Після того як донорній хромосомній ділянці був приписаний унікальний гаплотип, такий гаплотип можна застосовувати в такій популяції або будь-якій її підмножині для визначення того, чи має особина конкретний ген. Див., наприклад, документ М/О 2003054229.
Застосування високопродуктивних автоматизованих платформ для виявлення маркера, відомих фахівцям у даній галузі, робить даний спосіб надзвичайно продуктивним та ефективним.
Багато з РНМ-маркерів, представлених у даному документі, із легкістю можуть застосовуватися як РІ Р-маркери для відбору локусів генів на хромосомі 4 унаслідок наявності поліморфізмів на основі вставки/делеції Праймери для РНМ-маркерів також можна застосовувати для перетворення цих маркерів у ЗМР або інші структурно подібні або функціонально еквівалентні маркери (55К, САР, вставки/делеції тощо) у тих самих ділянках.
Один високопродуктивний підхід для перетворення в ЗМР описаний у Каїаї5Кі (2002а) Ситепі оріпіоп іп ріапі ріоіоду 5 (2): 94-100, а також у Кагаї5Кі (20025) Ріапі Зсієпсе 162: 329-333. У ході
РСЕ праймери застосовують для ампліфікації сегментів ДНК від особин (переважно інбредних), які відображають різноманітність у популяції, що становить інтерес. Продукти РОК секвенують безпосередньо в одному або обох напрямках. Одержані послідовності вирівнюють і поліморфізми ідентифікують. Поліморфізми не обмежуються однонуклеотидними поліморфізмами (ЗМР), але також включають вставки/делеції, САР5, ЗК і ММТК (кількість тандемних повторів, що варіює). Так, з урахуванням інформації точної карти, описаної в даному документі, можна легко застосовувати інформацію, представлену в даному документі, для бо одержання додаткових поліморфних 5МР (та інших маркерів) у межах ділянки, ампліфікованої за допомогою праймерів, наведених у даному винаході. Маркери в межах описаної ділянки карти можна гібридизувати з ВАС або іншими геномними бібліотеками, або за допомогою електронних засобів вирівнювати з геномними послідовностями, щоб знайти нові послідовності в тому самому приблизному місцерозташуванні, що й описані маркери.
Додатково до 59К, ЕРГР ї 5МР, описуваних вище, також широко застосовуються інші типи молекулярних маркерів, зокрема без обмеження маркери експресованих послідовностей (Е5Т),
ЗОА-маркери, одержані з послідовностями ЕЗТ, випадково ампліфіковані поліморфні ДНК (КАР) та інші маркери на основі нуклеїнової кислоти.
Ізоферментні профілі й пов'язані морфологічні характеристики в деяких випадках також можуть опосередковано застосовуватись як маркери. Хоча вони безпосередньо не виявляють відмінності в ДНК, на них часто впливають специфічні генетичні відмінності. Проте маркери, які виявляють варіацію ДНК, набагато більш численні й поліморфні, ніж ізоферменти або морфологічні маркери (Тапкзіву (1983) Ріапі МоїІесшціаг Віоіоду Неропег" 1:3-8).
Результати вирівнювання послідовностей або контиги також можна застосовувати для виявлення послідовностей вище або нижче від специфічних маркерів, перерахованих у даному документі. Такі нові послідовності, розташовані поблизу маркерів, описаних у даному документі, потім застосовують для пошуку й розробки функціонально еквівалентних маркерів. Наприклад, різні фізичні й/або генетичні карти вирівнюють, щоб локалізувати еквівалентні маркери, які не описані в межах даного винаходу, але розташовані в межах подібних ділянок. Такі карти можуть належати до карт для виду маїс або навіть інших видів, таких як рис, пшениця, ячмінь або сорго, водночас вони були генетично або фізично вирівняні з картами маїсу.
Зазвичай у МА5 застосовують поліморфні маркери, які були ідентифіковані як такі, що характеризуються значною ймовірністю косегрегації з ознакою, такою як ознака стійкості до сірої плямистості листя. Передбачається, що такі маркери розташовані на карті поряд із геном або генами, які надають рослині фенотип, стійкий до сірої плямистості листя, і вони вважаються індикаторами необхідного ознаки або маркерами. Рослини тестують щодо наявності необхідного алеля в маркері, і, очікується, що рослини, які містять необхідний генотип в одному або декількох локусах, передадуть необхідний генотип разом з необхідним фенотипом своїм потомками. Таким чином, за допомогою виявлення одного або декількох маркерних апелів можна відбирати рослини зі стійкістю до сірої плямистості листя і, крім того, також можна відбирати рослини-потомки, одержані від таких рослин. У результаті одержують рослину, яка містить необхідний генотип у вказаній хромосомній ділянці (тобто генотип, асоційований зі стійкістю до сірої плямистості листя), а потім схрещують її з іншою рослиною. Потомків від такого схрещування потім будуть оцінювати щодо генотипу із застосуванням одного або декількох маркерів, і рослини-нащадки з тим же генотипом у вказаній хромосомній ділянці можна потім відібрати як такі, що характеризуються стійкістю до сірої плямистості листя.
Шляхом застосування картування зчеплення й аналізу асоціацій ідентифікували маркери, асоційовані з ознакою стійкості до сірої плямистості листя. Еталонні послідовності для маркерів представлені під 5ЕО ІЮ МО:1-9. У межах маркерних послідовностей ідентифікують положення
ЗМР.
Способи ідентифікації та/або відбору рослин маїсу з підвищеною стійкістю до сірої плямистості листя можуть включати: (а) проведення скринінгу популяції за допомогою маркера в інтервалі ОТІ. для визначення того, чи має рослина маїсу з популяції алель ОТ, заданий у даному документі; (Б) виявлення рослини маїсу, яка має маркерний алель, асоційований із гаплотипом, заданим у даному документі; (с) виявлення рослини маїсу, яка має алель ОСТІ, де вказаний алель ОТЇ містить "С" у РНМ1963-15 і будь-який інший алель, передбачений у. даному документі; або (а) виявлення рослини маїсу, яка має "т" у РНМ521-8; "с" у РНМ12024-9; "т" У РНМ 199-23; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "5" у РНМ18451-2 і "С" у РНМ289-20.
Рослина маїсу, яка була ідентифікована, потім може бути відібрана для подальшої розробки, яка може включати схрещування з другою рослиною маїсу й одержання рослини-потомка.
Фахівцеві в даній галузі слід очікувати, що можлива наявність додаткових поліморфних сайтів у маркерних локусах, ідентифікованих у даному документі маркерів на хромосомі 4 і навколо них, де один або декілька поліморфних сайтів перебувають у нерівноважному зчепленні (0) з алелем в одному або декількох поліморфних сайтах у гаплотипі й, таким чином, їх можна буде застосовувати в програмі відбору за допомогою маркерів для інтрогресії алеля ОТ, що становить інтерес. Вважається, що два конкретні алеля в різних поліморфних сайтах розташовані в ГО, якщо наявність алеля в одному із сайтів у більшості випадків прогнозує наявність алеля в іншому сайті на одній і тій же хромосомі (5іїемеп5, Мої. Оіад. 4:309- 17 (1999)). Маркерні локуси можуть розташовуватися в межах 5 СМ, 2 СМ або 1 сМ (на бо генетичній карті одноразового мейозу) від ОСТІ. ознаки стійкості до сірої плямистості листя.
Фахівцеві в даній галузі буде зрозуміло, що алельна частота (і, отже, частота гаплотипу) може відрізнятися в різних пулах зародкової плазми. Пули зародкової плазми варіюють внаслідок відмінностей у дозріванні, гетерозисних угруповань, географічного поширення тощо.
Це призводить до того, що 5МР та інші поліморфізми можуть не бути інформативними для деяких пулів зародкової плазми.
Склади рослин
Рослини маїсу, ідентифіковані та/або відібрані за допомогою одного зі способів, описаних вище, також становлять інтерес. Мається на увазі будь-яка рослина виду 7єа тауз, яка має у своєму геномі на хромосомі 4 гаплотип, що містить: "т" у РНМ521-8; "5" у РНМ12024-9; "Т" у
РНМІ199-23; "т" у РНМ586-10; "С" у РНМ1963-15; "5" у РНМІ18451-2 і "С" у РНМ289-20; і проявляє стійкість до сірої плямистості листя (стійкість може бути такою, що надається вперше або поліпшеною) порівняно з рослиною маїсу, яка не має цього гаплотипу у своєму геномі.
Засоби для обробки насіння
Щоб захистити й підвищити врожай і поліпшити технології вдосконалення ознак, застосовуються способи обробки насіння, які можуть забезпечувати додаткову пристосовність культурних рослин і економічно ефективний контроль комах, бур'янів і захворювань, додатково поліпшуючи таким чином об'єкт, описаний у даному документі. Насіннєвий матеріал можна обробляти, зазвичай обробляти його поверхню, за допомогою композиції, що містить комбінації хімічних або біологічних гербіцидів, антидотів гербіцидів, інсектицидів, фунгіцидів, інгібіторів і підсилювачів проростання, живильних речовин, регуляторів й активаторів росту рослин, бактерицидних речовин, нематоцидів, авіцидів і/або молюскоцидів. Такі сполуки здебільшого складають разом із додатковими носіями, поверхнево-активними речовинами або допоміжними речовинами, що сприяють нанесенню, традиційно використовуваними в галузі одержання складів. Покриття можна наносити за допомогою просочування матеріалу для розмноження рідким складом або за допомогою покриття комбінованим вологим або сухим складом.
Приклади різних типів сполук, які можна застосовувати як засоби для обробки насіння, представлено у Те Ребвіїсіде Мапиа!: А УМогій Сотрепаїшт, С.О0.5. Тотіїп Еа., Рибіїзпей Бу
Віиййбй Стор Ргодисіюп Соипсії, що таким чином включений у даний документ за допомогою посилання.
Зо Деякі засоби для обробки насіння, які можна застосовувати щодо насіння сільськогосподарських культур, включають без обмеження одне або декілька з абсцизової кислоти, ацибензолар-в-метилу, авермектину, амітролу, азаконазолу, азоспіріллуму, азадирахтину, азоксистробіну, Васійи5 5рр. (включно з одним або декількома видами сегецв,
Тіппив5, тедаїегіит, ритіїї5, 5зрпаєгісив, 5!,ибійЇї5 і/або Шигіпдіепвів), Вгадугпігобішт 5рр. (включно з одним або декількома видами бБеїає, сапагіепзе, еїКапії, ііотоїепзе, |іаропісит, Іаопідепзе, распугпігі і/або ушцапітіпдепзе), каптану, карбоксину, хітозану, клотіанідину, міді, ціазипіру, дифеноконазолу, етидіазолу, фіпронілу, флудиоксонілу, флуквінконазолу, флуразолу, флуксофеніму, білка гарпіну, імазалілу, імідаклоприду, іпконазолу, ізофлавоноїдів, ліпохітоолігосахариду, манкозебу, марганцю, манебу, мефеноксаму, металаксилу, метконазолу,
РСМВ, пенфлуфену, пенщиллуму, пентіошраду, перметрину, пікоксистробіну, протіоконазолу, піраклостробіну, ринаксипіру, 5-метолахлору, сапоніну, седаксану, ТСМТВ, тебуконазолу, тіабендазолу, тіаметоксаму, тіокарбу, тіраму, толклофос-метилу, триадименолу, триходерми, трифлоксистробіну, тритіконазолу та/або цинку. Засіб для покриття насіння РСМВ із реєстраційним номером ЕРА 00293500419 містить квінтозен і терразол. ТСМТВ має назву 2- (тіоціанометилтіо)бензотіазол.
Насіння, яке продукують рослини зі специфічними ознаками (такими як стійкість до сірої плямистості листя), можна тестувати для того, щоб визначити, які способи обробки насіння і норми внесення можуть поєднуватися з такими рослинами для підвищення врожайності.
Наприклад, рослина з прийнятною потенційною врожайністю, але зі сприйнятливістю до курної сажки, може одержати перевагу від застосування засобу для обробки насіння, який забезпечує захист від курної сажки, рослина з прийнятною потенційною врожайністю, але зі сприйнятливістю щодо цистоутворювальної нематоди, може одержати перевагу від застосування засобу для обробки насіння, який забезпечує захист від цистоутворювальної нематоди тощо. До того ж, надійне вкорінення і рання поява сходів, які є результатом належного застосування засобу для обробки насіння, можуть призводити до більш ефективного використання азоту, кращої здатності до перенесення посухи й загального збільшення потенційного врожаю рослини або рослин, які мають певну ознаку, у разі комбінації із засобом для обробки насіння.
ПРИКЛАДИ
Наступні приклади передбачені для ілюстрації а не для обмеження об'єкта, що заявляється. Зрозуміло, що приклади й варіанти здійснення, описані в даному документі, призначені лише з метою ілюстрації, і що фахівці в даній галузі розпізнають різні реагенти або параметри, які можуть бути змінені без відступу від суті даного винаходу або обсягу формули винаходу, яка додається.
ПРИКЛАД 1.
Картування й підтвердження ОТІ,, пов'язаного зі стійкістю до сірої плямистості листя
У дослідженні з картуванням ОТ. виявили, що ділянка генома маїсу в положенні 100-115 СМ на хромосомі 4 на генетичній карті одноразового мейозу асоційована зі стійкістю до сірої плямистості листя. Щоб додатково дослідити ділянку ОТ, пропрієтарну інбредну лінію, сприйнятливу до сірої плямистості листя (називану в даному документі як "інбред В"), схрещували зі стійкою пропрієтарною інбредною лінією (називаною в даному документі як "Інбред А") з одержанням популяції ВСаЕг, що складається з -1600 рослин. Насіння збирали після самозапилення останнього беккросу, а потім висівали. Рослини інокулювали за допомогою насінин маїсу, заражених Сегсозрога 7еае-тауаїв, як носія. Інокуляції виконували, опускаючи по 5-10 заражених насінин у колотівки листя на стадії росту У5-6 і знову на стадії росту У8. Оцінку захворювання в балах проводили шляхом ранжування рослин за шкалою від 1 до 9, де 1 означає найгірше, а 9 означає найкраще. Контрольні графіки з відомою відповіддю на захворювання застосовували як настанову для найкращого часу для проведення оцінки й калібрування ранжування. Оцінювання проводили двічі. Також збирали дані щодо цвітіння, позначаючи дату, на яку в 50 95 кожної рослини виявлено шовк, із перерахуванням її в показник суми активних температур (ЗБИЗ5І К) на основі погодних даних у цьому місцерозташуванні.
Із 1633 рослин, вирощених у польових умовах, 1607 рослин генотипували за 5 маркерами в ділянці хромосоми 4; причому ці маркери являли собою РНМб6764-7 (94,78 СМ на генетичній карті одноразового мейозу), РНМ16360-9 (104,12 СМ), РНМ521-8 (108,38 СМ), РНМ586-10 (111,72 СМ) ї РНМ289-20 (113,94 СМ). Відмінності спостерігали між рослинами з однією або двома копіями алеля донорної батьківської форми й рослинами без копій алеля донорної батьківської форми (таблиця 1). Для двох копій алеля донорної батьківської форми показана відмінність, що становить 0,62 бала, а для однієї копії показана відмінність, що становить 0,79
Зо бала за шкалою від 1 до 9 (таблиця 2). Рослини без копій алеля донорної батьківської форми характеризувалися середнім показником, що становить 4,64 (таблиця 2). Між класами були відсутні відмінності в часі цвітіння.
Таблиця 1
Генотипи батьківських форм за маркерами РНМ6764-7, РНМ16360-9, РНМ521-8, РНМ586-10 і
РНМ289-20
Генетичне Рекурентна .| Донорна : Положення положення Генетичне | еталонної б тлу. | батьківська МР
Маркер (власна карта | положення | послідов- атьківсь форма В. : ка Форма т еталонній одноразового | (ІВМ2, СМ) ності ". " інбред . . - інбред А т послідовності мейозу, СМ) В
Таблиця 2
Показники в балах сірої плямистості листя для кожного генотипового класу в області ОТ. 11111111 Рослини, | ПоказникбіЗвбалах/З
ПРИКЛАД 2.
ДОДАТКОВЕ УТОЧНЕННЯ ОСТІ.
Ті самі способи застосовували для оцінки окремих рослин ВС», одержаних від З додаткових рекурентних батьківських форм (РНІ8Еб (див. О5 8766059), РНІ8О5, див. 5 8304633) і третя пропрієтарна інбредна лінія, позначувана в даному документі як "інбред С"), щоб визначити ефект донорної батьківської форми ("інбред А") у різних генетичних фонах. У всіх популяціях застосовували додаткові маркери в ділянці 108-114 СМ (299-331 СМ у випадку карти ІВМ2).
Застосовувані маркери і генотипи кожної рекурентної батьківської форми й донорної батьківської форми наведені в таблиці 3. Деякі з-поміж цих маркерів є мономорфними для деяких комбінацій донорна/рекурентна батьківська форма. Це тестування знову показало відмінності між рослинами з однією копією алеля донорної батьківської форми й рослинами з двома копіями алеля рекурентної батьківської форми (таблиця 4). Відмінності варіювалися в діапазоні від 1,5 бала до 2,5 бала за шкалою від 1 до 9. Сприйнятливі рекурентні батьківські форми характеризувалися показниками в діапазоні від 3,7 до 4,3.
Таблиця З
Маркери й генотипи донорних і рекурентних батьківських форм
Генетичне положення (власна |Генетичне| Номер ІО Подовження
Маркер карта поло- | еталонної |Інбред|Інбред| Б 8е6|РНІВО5| еталонній однора- ження послідов- А с послідов- зового |(ІВМ2,сМ)| ності до - ності мейозу,
СМ)
РНМ521-8 108,38 299,9. |ЗЕОЮ МОЗ
РНМІ12024-9 2 109,01 299,9 ІЗЕОІЮ МОЄЇ сп | С | С | с 1 790
РНМІ199-23 110,5 30403 |ЗЕОІЮМО7| ТТ | А | т | т | 243
РНМ586-10 | 111,72 30403 |ЗЕОІЮМОЯ| т | с | т | т | п4
РНМІ1963-15 111,72 30403 |ЗЕОІЮМОо8| с | с | т т | 7л
РНМ15534- ЗЕО І
РНМІ18451-2| 113,64 330,4 |(ЗЕ0ОІЮ Мою с | А | А | А | 233
РНМ289-20 | 113,94 331,3 |ЗЕОЮ МО:5
Таблиця 4
Показники в балах сірої плямистості листя для кожного генотипового класу в області ОТ. . Відмінність у .
Аплель РР у ділянці ие
Неї у ділянці 66 | щ25 5 щ | 1398
РНІВЕЄ«інбреда) нн
Аплель РР у ділянці 7837 77777777 1387
Неї у ділянці 139
РНІВО5-Цінбред А) нншнинннишишшшшш
Аплель РР у ділянці 743 | щЩщ(Б | 414
Неї у ділянці 141,9
ЕР:рекурентна батьківська форма
Нег-гетерозигота
Здійснювали додатковий аналіз ділянки навколо РНМ586-10, оскільки вона розташована близько до ОТІ, ідентифікованого в патентній заявці 5 2009172845. Інбред А і РНШЕР (у патентній заявці О5 2009172845) мають різні поліморфізми в РНМ1963-15 у положенні 111,72
СМ (власна карта, 304,3 СМ на карті ІВМ2). Крім того, додатковий аналіз маркерів поблизу пікового маркера (таблиця 5) показує, що інбред А і РНОЕР відрізняються в цій ділянці, вказуючи на те, що інбред А являє собою нове джерело стійкості.
Таблиця 5
Аналіз маркерів поряд із піковим маркером
Генетичне зва І МО положення Генетичне | Положення 5МР
Маркер еталонної (власна карта | положення в еталонній Інбред А| РНОЕР послідовності | одноразового | (ІВМ2, СМ) послідовності мейозу, СМ)
РЯЕ- , 5УМ25809 5ЕО І МО-11 111,52 304,3
РЯЕ- ,
РЯЕ- ,
РЯЕ- ,
РЯЕ- , 5УМ21168 5ЕО Ю МО:16 111,68 304,3
ЗУМА720 ЗЕОІЮМО17| 111,72 304,3
ЗУМА714 ЗЕОІЮМО18| 111,74 304,3
РЯЕ- ,
Таблиця 6
Маркерні гаплотипи в поточному інтервалі картування з показниками С 5 для кожного гаплотипу й рекомбінантів. о рослини | РНМС. |РНМСЇ. РНМСЇІ. РНМСЇ. | РНМОЇ. | РНМОСЇ. |РНМСО) РНМ5БО Положення и й 5801807) 514) 519) 521 | 545 |О1УАВ 13-12 | ХРОМОС згідно і Війр
Донорна батьківська т с а с с с А с форма
ІнбдедС | А | Т | А | т | т | т | а | т | - 86 | т | с | в 1 с | с | с | А | с | 508
Середнє значення 5,43 класу 1117-7171 -А11-1-11
Таблиця 6
Маркерні гаплотипи в поточному інтервалі картування з показниками С 5 для кожного гаплотипу й рекомбінантів. о рослини | РНМС. |РНМСЇ. РНМСЇІ. РНМСЇ. | РНМОЇ. | РНМОСЇ. |РНМСО) РНМ5БО Положення и й 501 507| 514 | 519) 521 | 545 О1МАВ | 1 3-12 | ХрРОМОС згідно і Війр 7.89 | А | т | А | т | т | т | а | т | 561
Середнє значення 4,35 класу «110» ПІОНІР ХАЙ-БРЕД ІНТЕРНЕШНЯЛ, ІНК. «120» Способи одержання маїсу, стійкого до сірої плямистості листя -130» ВВ2457-МО-РСТ -160» 28 -1505» 62/360585 -1515 2016/07/11 «170» РаїепіЧп версія 3.5 «-2105 1 «2115 374 -212» ДНК 213» Штучна «2020» «223» Еталонна послідовність РНМ6Є764-7 «2020» «221» іншаознака «222» (103)... (103) «223» п являє собою а, с, д абої «2020» «221» інша ознака
Зо «222» (210) .. (211) «223» п являє собою а, с, д абої «2020» «221» інша ознака «222» (222) .. (222) «223» п являє собою а, с, д абої «2020» «221» інша ознака «222» (238) .. (239)
«223» п являє собою а, с, уд абої «221» інша ознака «222» (316)... (316) «223» п являє собою а, с, д абої «4005 1 свиачтствос всеачекссвое азс бассовоЕКК Бессзбсвзае еосвоакчкх кв енуь чо Безе но діаловазво згзоасачВоє зспесиєаов сазкацваве 153 «казка бзсртосвав сачексовссх азаскоссву ссссававКо єбспассозЕк тежаспсіВ лес одно псзебзасс павсвсеє рес асве поостнуов вокааочска посазосеве зезоссавао сесзівотас сабо засо всавоаєтвУов вКасгрвчє песо нчосоє сесгсасаса сСзасЗвоаа ссачпачоЕ зок бо
БЕ
-21052 «2115 362 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ16360-9 «220» «221» інша ознака «2225 (15)... (15) «223» п являє собою а, с, уд абої «220» «221» інша ознака «222» (24) .. (24) «223» п являє собою а, с, д абої
Зо «220» «221» інша ознака «222» (108)... (108) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (172)... (173) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221»інша ознака «222» (179)... (179)
«223» п являє собою а, с, д абої «221» інша ознака «222» (187)... (187) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (346) .. (346) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (356) .. (356) «223» п являє собою а, с, д абої «4005 2 зачаксосточ ОвВвсзньвою соаавичосно вро сомрсвооак сессевостя бзпасюс восшясес Єеговосюсю ссозсас знов ск осмво деапшагіирнащ сао омана зЕесбоааї скоса липа сеялх чЧизссотоася посЗсчксеча со оззезав вто сови посмноенмі аа шиесисщсов скол сісжА свое Зо свссак сер ода чо воша осв цемлілявзіж Фіви БесосвКксв Бетті «смс мих хек о
Я З в:
ЕХО че г з
БУ
«2105 З «2115 395 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ521-8
Зо «4005» З Що «зви уаза пава сао пеоспекак осла состав чессцастов сссзасзоза ачочУссвза засососсе босі оссЕоє асвоцосазе хе Ї І піша опе коло вдазестосе сова впопаЗЗа ав кавсвссчееЕ госовсвеєну сацічеавоза іа сце гав ооо пет мсщ ЗМ р ТК сна Мт ВОК ШИ Дао сКВ ап поки я В уж и І Ки у и и ие усу у жу тати мВ ор суку аижиив им ше Вежі сади ками смс «рда лек Хо ТІМ КИ СМ ХУ МД дет
ОМ гіллі цалу ПЛ ах с Кр хм кн а о З я Іжа их Ми уж ще ВУ вуж у ул В жуйку М зивоаслевас піс сУє песто аИасасСовоа сосну хау утитоя
ЩЕ ка ев отютх В М их фкжех в хкї хм ож форм ие момамю м с пз уж режи ях тя дужими ро щита пкшсм сойпоУвекс Босак о боовсесиоя солод авто е чих
І
Еф сирі чих пуфики ю пені ик кі емо ік в ех мкихим р Ком ом веж В ожив оо юю уж иа пиши сн сх КМИН М с ВК о
Зх І ї І шо І
ХМ суттю ми с мий зок Уже ут сини гру Ви 0 пе свачетУ КЕ чи ге ук м их скирти мими соня о ша ПИ ИН
Ех
Не кети В и С куки ми и оди о и їх с НН в НН и в «ще Кс сумо и Ме Коник ЕН АЮ та ил сіток,
ЗО сичужний сивих пуеЕ зекчих кс К ги и и я о кими КИ ОМмякиаи ла сема хо и КС гом ке Ка С тм
ЛК іторхеІнтжие гу з ту
Бек и Ми ю МккюМм Ух
Ти веЯне печемо сема оо чив сома смниана оче сом -
М
Ух чу піки хім ка дрихиі суль і тіки Фе люушчіЗіВ Віки ихи опр і том Вл юр ек реж ож М Міла рама шив ЯКЕ МОХ См НЯ НК СКМ КК,
А
НК ку ее НН не кн в ВН я НН на нн и НН о НІ еамсидвмссх ОМС шва мою БАС иЯ КОМ и КН т
М пд що злошу 1 «ХО?
«2115 373 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ12024-9 «400» 6 «список вас чосв сзодедосва Боутсасотеє Сережки пав онх піч зле оча сесаааоччає еспрессо восени бокееєіфа в. г Й асцзсісаза ссоссчезу себе овсосї зовзовасов ваза годпоавораюля тазчасасєкця сабо екелоа бчбзкощове збоЗзбзаеУє зо чкя всі вока ччсвізосес восопссосзе асбоеоесв побвозсвек свобувосїяс сусло о
ЗО зчасзачакто Бобсвосссї чЧусазвсвов вето гасв садка пев
КО чив вн
А
-2105 7 «2115 350 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ199-23 «220» «221» інша ознака «222» (141) .. (141) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (144)... (144) «223» п являє собою а, с, д абої
Зо «220» «221» інша ознака «222» (198) .. (198) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (295) .. (295) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (326) .. (326)
«223» п являє собою а, с, д абої «400» 7 пВвоссщи ово оспшооЄ чевомимне соосмочооза часи сава пасок
Би шізковзча пгосошвааая ово човні дФезасанасо посвававча
Чечипачгса сосвазаачо повлпеозчса сс осв вЕрпаоссочаЄ сеча Кто 1ВЕ возсвовасс село саспає дозазисоао зососвазчцє впсСеосовсо совок стае вавайи сісавслиесоя весен зро свекств вереск зе вас Сі сУє Себорея сесія заасаев 350 -2105» 8 «2115» 361 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ1963-15 «220» «221» інша ознака «222» (9) .. (9) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (21) .. (21) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (125)... (125) «223» п являє собою а, с, д абої
Зо «220» «221» інша ознака «222» (185)... (185) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (201) .. (201) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (215)... (215) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака
Зо
«822» (301) .. (301) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (332) .. (335) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «Рог» (337) .. (337) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «822» (ЗАБ) .. (345) «223» п являє собою а, с, д абої «400» 8 засвоює округах хипавваван саше олова вові вита відео Зла Ковач оаня: Безе села, пості обєкт свовосасча відео тав теру хомї сечо см сянувонтх «сом ссваожво хмезскае Є Коен саше сочаво орпупоану єн згсзЗасчовізча свчасзавісс раза ава Бак ітенує баси нетееріая ем пови підніс жс бесокжннаом Сема Єтва зом летіщя беотнес Фобос зо «2105 9 «2115 363 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ18451-2 «400» 9 віажаваєвВосЗ гасло засос сеазосзивско звозвеоаве пз
Би зе свсзоев зва свУє зсоассоасе Сассашесво зве Кчксшс са застав вабспіньо бів звоччсова стовп часеч чеках т «МУХИ пса ее рр зієсосвесмв сала воєвну созсоерою сща г
Ех | Ї Ї Ї Ї Ї Ї Що ху воссектоеЕ сон дай стоо сеслсчовас сбссозесово воює садова т гсгссуакавс Ексмо Чо чратОє пеня вело
ЗЕД
МОМ ех
КЕ
210510 «2115101 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РЛЕ-104068674 «4005 10 шашнннимае сосен ешс шісшоссочая дасвосавіх діт оелоз кІсасепавВ шт хх писСсвайтоа всвокослив стизчаачеае чо сави жо
КОЛ, «2105 11 «2115 121 212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність БУМ25809 «400» 11 часа Всипте сита свосє воскова звис Оо схо свВе
І часов Зал лссоий спосо слсеювиє передо абс еаа
Ху хе «210512 «2115101 212» ДНК 213» Штучна
«223» Еталонна послідовність РЛЕ-104069351 «4005 12 зіжшесківек зЗзовоосоок вве опе посли оовОоВеко пи сссосе сс ессва Кавасаоочс зозвасоВ в
КАХ
2105 13 «2115101 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РЛЕ-104069548 «4005 13 ррувсопасоя зчоазвавсслево дописи СосоасевВеИЄ Бобостнис соц шинами Кн перс тятоВ ссчЄєвосс сао за 1 «2105 14 «2115101 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РЛЕ-104069570 «400» 14 сзажсокосоао дозована сорочок ос сторо а ваше свавусска шврссози срсзечоз зов сосВасЄ БСК В «210515 «2115101
Зо «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РЛЕ-104069652
З5 «4005 15 «щитки одеса Ко собеКоссвВе слова ссмя авось темо УВО ксеровсссяо веб оре го осн «2105 16 «2115 121 «212» ДНК 213» Штучна
«223» Еталонна послідовність 5УМ2116 8 «220» «221» інша ознака «222» (83) .. (83) «223» п являє собою а, с, д абої «400» 16 сешевисвотй себрососцеао беалоЗеао поаасносас возозоссас песесловня катсатоавис вапссвете дома беж чобевча ке дес 1 о «ххх «210517 «2115 121 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність 5УМ4720 «400» 17 писана сопе оа св ооо ах в'сзасвскв срзасзат соч квагососк спавсавосояє пече опа ощоє ес суто «210518 «2115 121 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність 5УМ4714
«400» 18 диссмю ше сровісе деайеочеасоок сиве сешензєеуєв бочці тксслязсЕ сроасссавосца соссасосца сс сисв зо залах «2105» 19 «2115101 «212» ДНК 213» Штучна
«223» Еталонна послідовність РЛЕ-104070450 «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої «4005 19 виш уч севсісасіа сс аснє своя скоса поса зівузсетсса зрос Сол еЗсееЄ еко я
МК
«2105» 20 «2115102 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМОЇ 5 01 «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої «400» 20 воску песопасоєюо павессоаКЕ сЕсобвеовВ спосо оає са сс зас ссаче еопоцавечча Божена зако о о; я «2105 21 «2115102 «212» ДНК
Зо «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМОЇ 5 07 «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої «4005» 21 пежазачса вес саєе вевевсон свассчсвенов совно ноя шипажаесіс сассачовах ссачосчса чесоаиВ «2105 22 «2115102 «212» ДНК 213» Штучна
«223» Еталонна послідовність РНМОЇ 5 14 «220» «221» інша-ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої «4005» 22 все ниюкн ЗоссачааовВе сазан остео зероовсево юс м
БИ засо зшніюєвиВ СрбщсопнМх сосок еоСе щу
МТК
«2105» 23 «2115102 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМОЇ 5 19 «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, уд абої «4005» 23 чазавсеаси сова хассеє Сов соавасв ока юсв соя то вести, меавлесассо аапазасвВвачс засачеєч бас ц с «210» 24 «2115102
Зо «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМОЇ 5 21
З5 «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої «400» 24 хасазсспат сеСозаоч ЗО скав зстозасваа оз освоевс печін часток ассі) ахсагагови Вісн фонах ех «2105 25 «2115102 «212» ДНК 213» Штучна
Зб
«223» Еталонна послідовність РНМОЇ 5 45 «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої «4005» 25 пеасосільи сс сончісавомме Ффобсвавксєвя зЗипсспЗававсо зессграс посада ее я і й заслеоскос повачосском порруєсс окре ос
ДО
«2105» 26 «2115101 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМСО0О1ХАК «220» «221» інша ознака «222» (5) .. (5) «223» п являє собою а, с, д абої «220» «221» інша ознака «222» (51) .. (51) «223» п являє собою а, с, д абої
Зо «400» 26 вислали зо саномтся УК ксоозавлсЗзаВ Вес сзсаловос пгоюауве шити нає паче зага чо «2105 27 «2115 99
З5 «212» ДНК 213» Штучна «220» «223» Еталонна послідовність РНМ5013-12 «220» «221» інша ознака «222» (50) .. (50) «223» п являє собою а, с, д абої «4005» 27 чесссовіопк сосрроозчо сеесссеааов соком сосен тт засо ашсклзчосіо взасос схіспосачос спозасоца
«2105» 28 «2115 99 «212» ДНК «213» Штучна «220» «223» Етапонна послідовність РНМ15534-13 «220» «221» інша ознака «222» (50) .. (50) «223» п являє собою а, с, д абої «400» 28 завсосксоває пакета севзевізо бобові сзва асбвасвссв реаовеіях
Claims (3)
1. Спосіб ідентифікації та/(або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя, причому вказаний спосіб передбачає: а) виявлення в рослині маїсу алеля ОТІ,, що містить: ї) "С" в нуклеотидному положенні 71 РНМ1963-15 (З5ЕО ІО МО: 8); її) "Т" в нуклеотидному положенні 244 РНМ521-8 (ЗЕО ІО МО: 3); ії) "с" в нуклеотидному положенні 190 РНМ12024-9 (5ЕО ІО МО: 6); їм) "Т" в нуклеотидному положенні 243 РНМ199-23 (ЗЕО І МО: 7); м) "т" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 01 (5ЕО І МО: 20); мі) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 07 (5ЕО ІЮ МО: 21); мії) "с" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 14 (5ЕО ІЮ МО: 22); Зо мії) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 19 (5ЕО ІЮ МО: 23); їх) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 21 (5ЕО ІЮ МО: 24); х)"С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ З 45 (5ЕО ІЮ МО: 25); хі) "Т" в нуклеотидному положенні 114 РНМ586-10 (ЗЕО ІО МО: 4); хії) "с" в нуклеотидному положенні 233 РНМ18451-2 (ЗЕО ІЮО МО: 9) і хії) "С" в нуклеотидному положенні 121 РНМ289-20 (З5ЕО ІО МО: 5), де вказаний алель ОТІ розташований на хромосомі 4 в інтервалі, що є заданим і включає РНМб764-7 (ЗЕО ІЮ МО: 1) і РНМ289-20 (5ЕО ІО МО: 5); і р) відбір вказаної рослини маїсу, яка має алель ОТІ.
2. Спосіб за п. 1, де вказаний алель ОТ розташований на хромосомі 4 в інтервалі, що є заданим і включає РНМ521-8 (ЗЕО ІЮ МО: 3) і РНМ18451-2 (5ЕО ІО МО: 9).
3. Спосіб за п. 1, де виявлення передбачає виявлення в рослині маїсу кожного з: ї) "т" в нуклеотидному положенні 244 РНМ521-8 (ЗЕО ІО МО: 3); її) "8" в нуклеотидному положенні 190 РНМ12024-9 (5ЕО ІО МО: 6); її) "Т" в нуклеотидному положенні 243 РНМ199-23 (ЗЕО ІО МО: 7); їм) "Т" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 01 (5ЕО ІЮ МО: 20); м) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 07 (5ЕО ІЮ МО: 21); мі) "с" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 14 (ЗЕО ІЮО МО: 22); мії) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 19 (5ЕО ІЮ МО: 23); мії) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 21 (5ЕО ІЮ МО: 24); їх) "С" в нуклеотидному положенні 51 РНМОЇ 5 45 (5ЕО І МО: 25); х)"Т" в нуклеотидному положенні 114 РНМ586-10 (5ЕО ІО МО: 4); хі) "С" в нуклеотидному положенні 71 РНМ1963-15 (5ЕО ІО МО: 8); хії) "8" в нуклеотидному положенні 233 РНМ18451-2 (ЗЕО ІО МО: 9) ;і хії) "С" в нуклеотидному положенні 121 РНМ289-20 (5ЕО ІЮ МО: 5).
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201662360585P | 2016-07-11 | 2016-07-11 | |
| PCT/US2017/039249 WO2018013323A1 (en) | 2016-07-11 | 2017-06-26 | Methods of making gray leaf spot resistant maize |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| UA126564C2 true UA126564C2 (uk) | 2022-11-02 |
Family
ID=60951842
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| UAA201901152A UA126564C2 (uk) | 2016-07-11 | 2017-06-26 | Спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US10947602B2 (uk) |
| EP (1) | EP3481176A4 (uk) |
| CN (1) | CN109688805B (uk) |
| BR (1) | BR112019000579A2 (uk) |
| CA (1) | CA3029819A1 (uk) |
| EA (1) | EA201990256A1 (uk) |
| UA (1) | UA126564C2 (uk) |
| WO (1) | WO2018013323A1 (uk) |
| ZA (1) | ZA201900149B (uk) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109705200A (zh) * | 2019-02-26 | 2019-05-03 | 中国农业大学 | 灰斑病抗性相关蛋白ZmWAK-RLK及其编码基因和应用 |
| CN109705202B (zh) * | 2019-03-04 | 2022-05-10 | 中国农业大学 | 一种培育抗灰斑病植物的方法 |
| US20220243287A1 (en) * | 2019-05-13 | 2022-08-04 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Drought tolerance in corn |
| CN116863998B (zh) * | 2023-06-21 | 2024-04-05 | 扬州大学 | 一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用 |
Family Cites Families (12)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20100293669A2 (en) | 1999-05-06 | 2010-11-18 | Jingdong Liu | Nucleic Acid Molecules and Other Molecules Associated with Plants and Uses Thereof for Plant Improvement |
| FR2833615A1 (fr) | 2001-12-14 | 2003-06-20 | Genoplante Valor | POLYMORPHISMES DU GENE CCoAOMT2 DE MAIS, ET LEURS UTILISATIONS POUR AMELIORER LA DIGESTIBILITE DES PLANTES |
| US20060141495A1 (en) * | 2004-09-01 | 2006-06-29 | Kunsheng Wu | Polymorphic markers and methods of genotyping corn |
| US8604272B2 (en) * | 2006-09-28 | 2013-12-10 | Monsanto Technology Llc | Resistance to gray leaf spot in maize |
| WO2008143993A2 (en) * | 2007-05-17 | 2008-11-27 | Monsanto Technology Llc | Corn polymorphisms and methods of genotyping |
| US20090064361A1 (en) * | 2007-08-29 | 2009-03-05 | Monsanto Technology Llc | Methods and Compositions for Haploid Mapping |
| US8367899B2 (en) * | 2007-12-31 | 2013-02-05 | E I Du Pont De Neumours And Company | Gray leaf spot tolerant maize and methods of production |
| US8304633B1 (en) | 2010-05-25 | 2012-11-06 | Pioneer Hi Bred International Inc | Inbred maize variety PH18G5 |
| BR112012032907A2 (pt) * | 2010-06-25 | 2017-06-13 | Du Pont | métodos para selecionar e identificar uma planta de mais e planta de mais |
| US8766059B1 (en) | 2012-02-21 | 2014-07-01 | Pioneer Hi Bred International Inc | Maize inbred PH18F6 |
| US20150167105A1 (en) * | 2013-12-17 | 2015-06-18 | Dow Agrosciences Llc | Genetic loci associated with gray leaf spot in maize |
| US20160340748A1 (en) * | 2013-12-20 | 2016-11-24 | University Of Pretoria | Markers for disease resistance in maize |
-
2017
- 2017-06-26 CA CA3029819A patent/CA3029819A1/en active Pending
- 2017-06-26 US US16/315,727 patent/US10947602B2/en active Active
- 2017-06-26 EP EP17828159.8A patent/EP3481176A4/en active Pending
- 2017-06-26 UA UAA201901152A patent/UA126564C2/uk unknown
- 2017-06-26 CN CN201780055016.4A patent/CN109688805B/zh active Active
- 2017-06-26 EA EA201990256A patent/EA201990256A1/ru unknown
- 2017-06-26 WO PCT/US2017/039249 patent/WO2018013323A1/en unknown
- 2017-06-26 BR BR112019000579A patent/BR112019000579A2/pt unknown
-
2019
- 2019-01-09 ZA ZA2019/00149A patent/ZA201900149B/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3481176A4 (en) | 2020-02-12 |
| CA3029819A1 (en) | 2018-01-18 |
| ZA201900149B (en) | 2019-08-28 |
| CN109688805B (zh) | 2023-01-06 |
| BR112019000579A2 (pt) | 2019-07-02 |
| US10947602B2 (en) | 2021-03-16 |
| EA201990256A1 (ru) | 2019-07-31 |
| EP3481176A1 (en) | 2019-05-15 |
| CN109688805A (zh) | 2019-04-26 |
| US20190300969A1 (en) | 2019-10-03 |
| WO2018013323A1 (en) | 2018-01-18 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Yang et al. | Rapid development of molecular markers by next-generation sequencing linked to a gene conferring phomopsis stem blight disease resistance for marker-assisted selection in lupin (Lupinus angustifolius L.) breeding | |
| US11219174B2 (en) | Methods for producing corn plants with northern leaf blight resistance and compositions thereof | |
| US20160340748A1 (en) | Markers for disease resistance in maize | |
| US20220142075A1 (en) | Methods of identifying and selecting maize plants with resistance to anthracnose stalk rot | |
| US20200063217A1 (en) | Compositions and methods for identifying and selecting maize plants with resistance to northern leaf blight | |
| UA126564C2 (uk) | Спосіб ідентифікації та/або відбору рослини маїсу, яка виявляє підвищену стійкість до сірої плямистості листя | |
| EP3080295B1 (en) | Methods for selecting maize plants with resistance to anthracnose stalk rot | |
| Imerovski et al. | Identification and validation of breeder-friendly DNA markers for Pl arg gene in sunflower | |
| US10316370B2 (en) | Compositions and methods for selecting maize plants with increased ear weight and increased yield | |
| US20240049666A1 (en) | Marker-assisted breeding in cannabis plants | |
| US9702015B2 (en) | Molecular markers associated with Mal de Rio Cuarto Virus in maize | |
| US9738940B2 (en) | Compositions and methods to select for reduced grain moisture in maize | |
| US20170137840A1 (en) | Compositions and methods for selecting maize plants with resistance to bacterial stalk rot |