TWI623620B - 一種預測長效型干擾素合倂雷巴威林於治療ｃ型肝炎病人療效的方法 - Google Patents

一種預測長效型干擾素合倂雷巴威林於治療ｃ型肝炎病人療效的方法 Download PDF

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Abstract

本發明提供一種長效型干擾素合併雷巴威林於治療一週時預測一個體罹患慢性C型肝炎之療效的方法，包括：(a)檢測該個體血液樣品中基因的表現量，基因包括RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60，其中該個體係感染C型肝炎病毒基因型第一型之患者；及(b)根據該基因表現量的累積倍數變化計算一基因分數，當該基因分數等於或高於一臨界值時，該方法預測長效型干擾素合併雷巴威林可成功治療該個體的慢性C型肝炎。

Description

一種預測長效型干擾素合併雷巴威林於治療C型肝炎病人療效的方法
本發明涉及一種預測長效型干擾素合併雷巴威林之療效於罹患慢性C型肝炎個體的方法。
C型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)影響全世界1.8億人，且是導致肝硬化的主因，大約1%-4%的肝硬化患者可能進展為肝癌，全世界有六種C型肝炎病毒基因型(genotypes)和50種以上的亞型(subtypes)。在台灣最常見的C型肝炎病毒基因型是基因型1b、2a、2b和3a。合併長效型干擾素(peglyated interferon,pegIFN)和雷巴威林(ribavirin)的療法無法達到很理想的持續病毒學反應(sustained virolgical response,SVR)且會導致難以忍受的副作用。施以48週長效型干擾素併雷巴威林的療程，在C型肝炎病毒基因型第1型感染的患者可達到40%-70%的持續病毒學反應率。相較之下，以24週長效型干擾素及雷巴威林治療C型肝炎病毒第2型或第3型患者，持續病毒學反應率為約90%。新一代直接作用抗病毒藥物(directing-acting antiviral agents,DAAs)副作用少，且大幅提高對C型肝炎病毒第1型的持續病毒學反應率至90%。然而，直接作用抗病毒藥物的高成本限制了其臨床應用。因 此，長效型干擾素合併雷巴威林療法仍然是開發中國家C型肝炎病毒治療的主流。
許多病毒和宿主因子參與了C型肝炎病毒感染的致病機制，C型肝炎病毒基因型(Fried MW,Shiffman ML,Reddy KR,Smith C,Marinos G,Goncales FL,Jr.,Haussinger D,Diago M,Carosi G,Dhumeaux D,Craxi A,Lin A,et al.Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection.N Engl J Med.2002；347：975-982)、病毒量(Moreno C,Deltenre P,Pawlotsky JM,Henrion J,Adler M,Mathurin P.Shortened treatment duration in treatment-naive genotype 1 HCV patients with rapid virological response：a meta-analysis.J Hepatol.2010；52：25-31)、IL-28B基因多樣性(Ge D,Fellay J,Thompson AJ,Simon JS,Shianna KV,Urban TJ,Heinzen EL,Qiu P,Bertelsen AH,Muir AJ,Sulkowski M,McHutchison JG,Goldstein DB.Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance.Nature.2009；461：399-401)，及快速病毒學反應(rapid virological response,RVR)(Ferenci P,Fried MW,Shiffman ML,Smith CI,Marinos G,Goncales FL,Jr.,Haussinger D,Diago M,Carosi G,Dhumeaux D,Craxi A,Chaneac M,et al.Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis C patients treated with peginterferon alfa-2a(40KD)/ribavirin.J Hepatol.2005；43：425-433)已知是長效型干擾素合併雷巴威林治療效果的重要預測因子，然而，部分患者以長效型干擾素合併雷巴威林治療失敗的原因仍不清楚。雖然C型肝炎病毒主要在肝細胞中複製，但有證據顯示周邊血液單核球細胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)可以作為C型肝炎病毒肝外複製的所在(Di Lello FA,Culasso AC,Parodi C,Bare P,Campos RH,Garcia G.New evidence of replication of hepatitis C virus in short-term peripheral blood mononuclear cell cultures.Virus Res.2014；191：1-9)。此外，周邊血液單核球細胞也可以產生 干擾素以抵抗病毒侵襲。
除非另有說明，否則“a”或“an”是指“一個或多個”。
本發明旨在建立一基因模式，用以預測長效型干擾素合併雷巴威林於C型肝炎病毒基因型第1型感染患者的治療反應。藉著探討在長效型干擾素合併雷巴威林治療期間的C型肝炎患者周邊血液單核球細胞基因表現動態，找出與C型肝炎病毒患者治療效果相關的目標基因。我們選擇8個目標基因(RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60)作為第一週時評分方法的主要組成因子，用以預測C型肝炎病毒患者的治療效果。該預測模式可以在長效型干擾素合併雷巴威林治療一週時，準確的區分治療有反應或無反應的患者(預測持續性病毒反應的接收者操作特徵曲線(receiver-operating characteristic curve,ROC)下面積(area under the ROC curve,AUC)=0.89，p=0.007；預測完全早期病毒學反應(complete early virological response,cEVR)的AUC=0.95，p=0.003)，尤其是具有適治型IL28B rs8099917 TT基因型的患者(持續病毒學反應的AUC=0.89，p=0.002；cEVR的AUC=1.0，p=0.008)。這種基因預測模式的效果優於傳統的預測因子，如快速病毒學反應、病毒載量和IL28B rs8099917基因型。該預測模式可幫助臨床醫師提早為慢性C型肝炎病毒基因型第1型患者採取適當的治療策略。
在本發明中，我們建立一套可以早期區分對於長效型干擾素合併雷巴威林治療有反應者和無反應者的分子預測模式，尤其是具有適治型IL28B rs8099917 TT基因型的患者。該基因模式的效果優於傳統的預測因 子，例如快速病毒學反應、病毒載量和IL28B基因型。與快速病毒學反應相比，本發明可提早至長效型干擾素合併雷巴威林治療治療後一週，即可預測該患者能否達到持續病毒學反應，可幫助臨床醫師對C型肝炎病毒基因型第1型感染的患者提早採取適當的治療策略。
本發明提供一種長效型干擾素合併雷巴威林於治療一週時預測一個體罹患慢性C型肝炎之療效的方法，包括：(a)檢測該個體之一血液樣品之包括RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60基因的基因表現量，其中該個體係感染C型肝炎病毒基因型第一型之患者；及(b)根據該基因表現量的累積倍數變化計算一基因分數，當該基因分數等於或高於一臨界值時，該方法預測長效型干擾素合併雷巴威林於該個體成功治療慢性C型肝炎。
在本發明的一個優選實施方案中，其中該基因分數是RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60基因的累積倍數變化。在本發明的更優選實施方案中，該RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60基因的累積倍數變化是藉由倍數變化的總和(RSAD2+LOC26010+HERC5+HERC6+IFI44+SERPING1+IFITM3+DDX60)計算所得，其中倍數變化(fold change)=2-ddCt，其中dCt=Ct(基因X)-Ct(GADPH)和ddCt=dCt-dCt平均值(非持續性病毒學反應患者的基因X)。
在本發明的一個優選實施方案中，其中該臨界值是利用一接收者操作特徵(receiver-operating characteristic curve,ROC)曲線上，靈敏度和特異性達到其最大值之和來判定。在本發明的更優選實施方案中，其 中該臨界值為8。
在本發明的一個優選實施方案中，該個體是感染C型肝炎病毒基因型第1型的患者。
基於本發明，該血液樣品包含周邊血液單核球細胞。
在本發明的一個優選實施方案中，應用小於8的臨界值，能夠可靠地鑑定出對長效型干擾素合併雷巴威林治療預期治療無效的C型肝炎病毒基因型第1型患者。在總體病例中，不論是預測持續病毒學反應或完全早期病毒學反應，其敏感性、特異性、陽性預測值和陰性預測值皆分別為93.8%、57.1%、83.3%和80.0%。在IL28B rs8099917 TT基因型的亞群中，預測持續病毒學反應的靈敏度、特異性、陽性預測值和陰性預測值分別為92.9%、75.0%、92.9%和75.0%；在具有IL28B TT基因型的患者中，預測完全早期病毒學反應的靈敏度、特異性、陽性預測值和陰性預測值分別為93.3%、100%、100%和75.0%。使用ROC曲線分析發現該預測方法效果優於傳統的預測因子，如快速病毒學反應、病毒載量和IL28B基因型。
在C型肝炎病毒基因型第1型患者中，48週長效型干擾素合併標準劑量的雷巴威林療程可達到44%-79%的持續病毒學反應率。無法達成完全早期病毒學反應的C型肝炎病毒基因型第1型患者，只有低於1.6%的機會可達成持續病毒學反應，即使將治療時間從48週延長到72週，具有部分早期病毒學反應(partial early virologic response,pEVR)的C型肝炎病毒基因型第1型患者，其持續病毒學反應率僅為38%；而未達成完全早期病毒學反應(cEVR)的患者則僅有5%有機會達到持續性病毒學反應。目前的治療指引建議，在第12週未能達到早期病毒學反應的C型肝炎病毒基因型第1型 患者應停止長效型干擾素合併雷巴威林治療。本發明方法具有可靠的準確性來預測持續病毒學反應和完全早期病毒學反應(cEVR)，特別是具有IL28B rs8099917 TT基因型的患者。在治療後第1週評分預測為無法達到完全早期病毒學反應(non-cEVR)的患者應停止長效型干擾素合併雷巴威林治療，並等待使用直接作用抗病毒藥劑(DAAs)。在該預測模式的指引下，臨床醫生可以儘快制定個人化治療策略。對於C型肝炎病毒治療上所面臨的困境，這種方法提供了一個考量成本效益的解決方案，並可避免以干擾素為主的處方下不必要的副作用。
圖1顯示在第1週時，有達到持續病毒學反應組(SVR)和未達成持續性病毒學反應組(non-SVR)之間有表現差異的基因。圖中列出以即時聚合酶鏈鎖反應(real-time PCR)檢測後具有顯著差異的基因(p值<0.05)，長條代表倍數變化(fold change)的平均值±標準誤(standard error,SE)。相對表現量的倍數變化是以內生的GADPH來標準化。
圖2顯示在第4週時，SVR組和non-SVR組之間有表現差異的基因。圖中列出以即時聚合酶鏈鎖反應(real-time PCR)檢測後具有顯著差異的基因(p值<0.05)，長條代表倍數變化(fold change)的平均值±標準誤(standard error,SE)，相對表現量的倍數變化是以內生的GADPH來標準化。
圖3a顯示在整體病例中，持續病毒學反應(SVR)預測因子的比較。
圖3b顯示在整體病例中，完全早期病毒學反應(cEVR)預測因子的比較。
圖4a顯示在具有IL-28B rs8099917 TT基因型的受試者中，持續病毒學反應 (SVR)預測因子的比較。
圖4b顯示具有IL-28B rs8099917 TT基因型的受試者中，完全早期病毒學反應(cEVR)預測因子的比較。
受試者
本研究共收集27名來自高雄醫學大學附設醫院未曾接受治療的慢性C型肝炎患者。收案條件如下：(a)年滿18歲的成年人，持續六個月以上anti-HCV陽性及C型肝炎病毒RNA陽性患者；(b)感染C型肝炎病毒基因型第1型患者；和(c)血清ALT(丙胺酸轉胺脢)超過正常值的1.5倍。排除標準如下：同時感染B型肝炎、D型肝炎或人類免疫缺乏病毒和存在代償不全肝硬化、原發性膽汁性肝硬化、自身免疫性肝炎、硬化性膽管炎、α1-抗胰蛋白酶缺乏症、威爾森氏症、精神病症、目前或過去有酗酒歷史(每日20g)、曾經接受肝移植手術、肝癌或其他惡性腫瘤。本研究恪遵赫爾辛基宣言及臨床試驗規範，並經高雄醫學大學附設醫院臨床試驗審查委員會所核准，且所有受試者皆簽署知情同意書。
療效評估
所有受試者接受48週皮下注射長效型甲型干擾素(peginterferon-α2a)(180μg/週)合併依體重調整劑量的雷巴威林(ribavirin)(體重<75kg者1000mg/天和體重75kg者1200mg/天)的治療。所有受試者皆達到48週的長效型干擾素併雷巴威林療程的80/80/80治療順從性，定義為接受>80%的干擾素、>80%的雷巴威林和>80%的療程持續時間。持續性病毒學反應(SVR)定義為在治療完成後24週檢測不到的C型肝炎病毒RNA；完全早期病毒學反應 (cEVR)定義為在治療第12週時檢測不到C型肝炎病毒RNA；部分早期病毒學反應(pEVR)定義為在治療第12週時C型肝炎病毒RNA比治療前下降超過2 log10 IU/ml；快速病毒學反應(RVR)定義為治療4週後血清中C型肝炎病毒RNA轉為陰性；無法達成持續性病毒學反應(non-SVR)的族群包括復發或對治療無反應的患者。
細胞製備及RNA萃取
收集治療前、治療後第1週和第4週受試者之週邊血液，藉由Ficoll-Hypaque Plus(Amersham Biosciences,Uppsala,Sweden)密度梯度分離技術從白血球中分離周邊血液單核球細胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)，使用RIBOPURETM試劑組(Ambion,Applied Biosystems,Foster City,CA,USA)依原廠步驟從PBMCs中純化RNA，利用瓊脂電泳來評估RNA完整性，微陣列檢測(microarray)中所使用的RNA樣本必須符合A260：280吸光度比值>1.8，接著利用ThermoScript RT-PCR系統以萃取出的RNA作為模板進行一輪反轉錄以產生cDNA。
C型肝炎病毒檢測
使用第三代市售可得的酵素連結免疫吸附分析(enzyme-linked immunosorbent assay)試劑組(Abbott Laboratories,Chicago,IL,USA)檢測C型肝炎病毒抗體(anti-HCV)。血清中C型肝炎病毒RNA定量是採用即時聚合酶鏈鎖反應測定(real-time PCR)(Vermehren J,Yu ML,Monto A,Yao JD,Anderson C,Bertuzis R,Schneider G,Sarrazin C.Multi-center evaluation of the Abbott RealTime HCV assay for monitoring patients undergoing antiviral therapy for chronic hepatitis C.J Clin Virol.2011；52：133-137)(RealTime HCV；Abbott Molecular,Des Plaines IL,USA；測試下限：50IU/ml)。C型肝炎病毒基因型鑑定則採用Okamoto學者提出的方法(Okamoto H,Tokita H,Sakamoto M,Horikita M,Kojima M,Iizuka H,Mishiro S.Characterization of the genomic sequence of type V(or 3a)hepatitis C virus isolates and PCR primers for specific detection.J Gen Virol.1993；74：2385-2390)。
單核苷酸多型性基因型鑑定
全基因組關聯(genome-wide association study)和再驗證研究發現在亞洲族群中，IL28B rs8099917基因型與長效型干擾素合併雷巴威林治療的治療反應有顯著相關(Tanaka Y,Nishida N,Sugiyama M,Kurosaki M,Matsuura K,Sakamoto N,Nakagawa M,Korenaga M,Hino K,Hige S,Ito Y,Mita E,Tanaka E,et al.Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C.Nat Genet.2009；41：1105-1109)。rs8099917基因型鑑定遵照原廠步驟，採用ABI TAQMAN®的單核苷酸多型性基因型鑑定方法及客製化的引子和探針(ABI Assay ID：C_11710096_10)(Applied Biosystems,CA,USA)。
微陣列數據分析
依原廠步驟，先以萃取出的RNA製備互補RNA(complementary RNA,cRNA)，再與Affymetrix人類基因1.0 ST微陣列晶片(28869個探針組，Affymetrix,Santa Clara,CA,USA)進行雜交。使用AFFYMETRIX GENECHIP® scanner 3000掃描雜交後的微陣列晶片。透過AFFYMETRIX GENECHIP® Operating Software(GCOS)對微陣列圖像進行初始定量。接著使用R套裝統計軟體(http：//www.r-project.org)(Irizarry RA,Hobbs B,Collin F,Beazer-Barclay YD,Antonellis KJ,Scherf U,Speed TP.Exploration, normalization,and summaries of high density oligonucleotide array probe level data.Biostatistics.2003；4：249-264)分析數據，並執行訊號標準化程序、計算基因的表現量，並判定是否具統計學上的顯著性。具有顯著表現差異基因的閾值設定為表現強度差異達2倍以上變化(fold change2)和Benjamini-Hochberg方法的錯誤發現率(false discovery rate,FDR)<0.05(Benjamini Y,Hochberg Y.Controlling the false discovery rate：a practical and powerful approach to multiple testing.Journal of the Royal Statistical Society,Series B.1995；57：289-300)。
定量聚合酶連鎖反應
從微陣列分析所得到差異表現基因利用定量聚合酶連鎖反應進行驗證。先以mRNA合成cDNA，再使用TAQMAN®基因表現法(TAQMAN® gene expression assay,Applied Biosystems)進行測定，客製化的引子及探針組源自萊富生技(Life Technologies)。加入TAQMAN® Gene Expression Master Mix(Applied Biosystems)後便可在即時聚合酶連鎖反應系統(7500 Real-Time PCR System,Applied Biosystems)內進行反應，反應條件為95℃ 10分鐘以活化聚合酶，然後是40個循環的95℃ 15秒和60℃ 60秒。候選基因的表現量是以內生性GADPH進行標準化。使用△△Ct方法計算基因相對表現量。
統計分析
用學生t檢定(student’s t-test)分析連續變項。使用卡方(X2)檢定(Chi-square test)或費雪精確檢定(Fisher’s exact test)來評估類別變項。使用接收者操作特徵分析(receiver-operating characteristics,ROC)計算曲線下面積(area under the curve,AUC)，並用於評估各種預測模式的能力。透過Yauden指數計算劃 分風險層的最佳臨界值。使用Hanley和McNeil方法比較兩個預測模式間的AUC值之顯著性(Hanley JA,McNeil BJ.A method of comparing the areas under receiver operating characteristic curves derived from the same cases.Radiology.1983；148：839-843)。雙尾p值<0.05視為具統計上顯著差異。所有統計分析係使用社會科學統計套裝程式(SPSS version 13.0 for windows,SPSS Inc.,Chicago,IL,USA)。
原始受試者人口統計學特性
研究對象的人口統計特徵顯示於表1中。在本研究中共招募27個用長效型干擾素合併雷巴威林治療48週的C型肝炎病毒基因型第1型患者(篩選組n=7；驗證組n=20)。篩選研究中有4名(57.1%)患者及驗證研究中有12名(60.0%)患者可達到持續病毒學反應(SVR)。在整體病例中，適治型IL28B rs8099917 TT基因型的比率為83.3%。所有具有非適治型IL28B rs8099917 GT基因型(n=4)的患者皆未能達到持續病毒學反應。在篩選和驗證組中，性別、年齡、天冬胺酸轉胺酶(glutamate oxaloacetate transaminase,GOT)、丙氨酸轉氨酶(glutamate-pyruvate transaminase,GPT)、病毒載量和IL28B rs8099917基因型無顯著差異。篩選和驗證組之間的原始人口統計特徵亦無差異。
微陣列分析
在長效型干擾素合併雷巴威林治療期間，從PBMC樣品的微陣列圖譜(SVR n=4；non-SVR n=3)發現43個有表現差異的基因。這43個具有表現差異的基因中，相較於non-SVR組，SVR組有16個基因在第1週和23個基因在第4週表現顯著上升。相反的，與non-SVR組相較下，SVR組有4個基因在第4 週表現顯著下降。共有43個候選基因需利用即時聚合酶連鎖反應進行驗證。
即時聚合酶連鎖反應驗證
在治療前的PBMC基因表現特徵，在治療有效者和無效者之間無顯著差異。SVR組相較於non-SVR組，有13個基因在第1週(圖1)和24個基因在第4週(圖2)表現顯著增加。與non-cEVR組相比，cEVR組中有25個基因在第1週和27個基因在第4週表現顯著上升。定量聚合酶連鎖反應顯示在治療前、治療後第1週及第4週無任何表現顯著下降的基因。
建立基因預測模式
我們嚐試建立一個基因模式來預測長效型干擾素合併雷巴威林對C型肝炎病毒患者的治療結果。我們推測與療效相關的基因在長效型干擾素合併雷巴威林治療期間會持續表現。預測模式的目標基因需符合以下條件：(1)SVR和non-SVR組之間有顯著差異的的基因必須同時存在於第1週和第4週，其倍數變化須超過1.7倍且p值<0.05。(2)在可精確預測治療結果的前提下選擇最少的目標基因。我們選擇了8個在第1週和4週都有表現的目標基因(RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60)作為預測模式的主要構成要素。這些目標基因在細胞中的定位及功能列於表2中。基因分數(gene score)定義為候選基因的累積倍數變化(即基因分數=倍數變化的總和(RSAD2+LOC26010+HERC5+HERC6+IFI44+SERPING1+IFITM3+DDX60)，其中倍數變化=2-ddCt，其中dCt=Ct(基因X)-Ct(GADPH)和ddCt=dCt-dCt平均值(非持續病毒學反應組的基因X)。候選基因的表現以內生性GADPH來標準化。候選基因的相對表現量是與non-SVR組的dCt平均值進行比較。
基因預測模式之效力
整體研究群體
為了評價該評分方法與長效型干擾素合併雷巴威林治療反應之間的關聯，我們把受試者分為高和低基因分數組。藉由進行ROC分析，我們設定第1週的基因分數的臨界值為8。具有高基因分數(8)患者的持續性病毒學反應比率顯著高於低基因分數(<8)的患者(83.3% vs.20.0%,OR=4.8,95% C.I=1.56-14.74,p=0.017)。同樣地，與高基因分數患者相比，低基因分數患者顯著地具有較高的風險無法達到完全早期病毒學反應(80.0% vs.16.7%,OR=4.8,95% C.I=1.56-14.74,p=0.017)(表3)。
長效型干擾素合併雷巴威林治療結果的重要預測因子包括快速病毒學反應、病毒載量和IL28B基因型。快速病毒學反應是廣為人知的 持續性病毒學反應最佳單一預測因子(Yu ML,Dai CY,Huang JF,Chiu CF,Yang YH,Hou NJ,Lee LP,Hsieh MY,Lin ZY,Chen SC,Hsieh MY,Wang LY,Chang WY,et al.Rapid virological response and treatment duration for chronic hepatitis C genotype 1 patients：a randomized trial.Hepatology.2008；47：1884-1893)。我們藉由計算ROC曲線下面積(AUC)來比較該評分方法和傳統預測因子對整體病例的預測成效。對於持續性病毒學反應的預測(圖3a)，第1週基因分數的AUC值(AUC=0.89,p=0.0074)明顯高於快速病毒學反應的AUC值(AUC=0.81,p=0.032)。對於預測完全早期病毒學反應，第1週基因分數的AUC值(AUC=0.95,p=0.003)亦明顯高於快速病毒學反應的AUC值(AUC=0.90,p=0.0088)(圖3b)。然而，兩者差異均未達到統計學意義。(RVR vs.基因分數：SVR的p=0.2998；cEVR的p=0.4384)(表4)。
IL28B TT基因型亞群
因為IL28B rs8099917 TT基因型是持續性病毒學反應之有利預測因子，我們根據IL28B基因型對研究群體進行分層分析。我們分析在IL28B TT亞群間，第1週基因分數與治療反應的關聯性，在帶有TT基因型的患者中，第1週高分組比第1週低分組，持續性病毒學反應率有顯著提高(92.9% vs.25.0%,OR=10.5,95% C.I=1.46-75.4,p=0.019)。另外，在IL28B TT亞群間，具有第1週高分的患者較第1週低分的患者，具有顯著較高的完全早期病毒學反應率(100% vs.25%,p=0.005)(表5)。
我們評估在具有IL28B TT基因型患者間，該評分方法和其 他預測因子之間的預測成效(表6)。以預測持續性病毒學反應而言，第1週基因分數(AUC=0.89,p=0.0195)之AUC值顯著高於快速病毒學反應之AUC值(AUC=0.77,p=0.1112)(RVR vs.基因分數：p=0.0413)(圖4a)。第1週基因分數對於完全早期病毒學反應具有卓越的預測成效(AUC=1.00,p=0.0077)，且優於快速病毒學反應(AUC=0.90,p=0.0330)，但兩者的差異僅達到邊界顯著性(RVR vs.基因分數：p=0.0614)(圖4b)。

Claims (5)

  1. 一種長效型干擾素合併雷巴威林於治療一週時預測一個體罹患慢性C型肝炎之療效的方法，包括：(a)檢測該個體之一血液樣品之包括RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60基因的基因表現量，其中該個體係感染C型肝炎病毒基因型第一型之患者；及(b)根據該基因表現量的累積倍數變化計算一基因分數，當該基因分數等於或高於一臨界值時，該方法預測長效型干擾素合併雷巴威林於該個體成功治療慢性C型肝炎。
  2. 如申請專利範圍第1項所述的方法，其中該RSAD2、LOC26010、HERC5、HERC6、IFI44、SERPING1、IFITM3和DDX60基因的累積倍數變化是藉由倍數變化的總和(RSAD2+LOC26010+HERC5+HERC6+IFI44+SERPING1+IFITM3+DDX60)計算所得，其中倍數變化=2-ddCt，其中dCt=Ct(基因X)-Ct(GADPH)和ddCt=dCt-dCt平均值(非持續性病毒學反應患者的基因X，X代表上述任一基因)。
  3. 如申請專利範圍第1項所述的方法，其中該臨界值是利用一接收者操作特徵(ROC)曲線上，靈敏度和特異性達到其最大值之和來判定。
  4. 如申請專利範圍第3項所述的方法，其中該臨界值為8。
  5. 如申請專利範圍第1項所述的方法，其中該血液樣品包含周邊血液單核球細胞。
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2008年11月05日，Cyclic changes in gene expression induced by Peg-interferon alfa-2b plus ribavirin in peripheral blood monocytes (PBMC) of hepatitis C patients during the first 10 weeks of treatment，Taylor MW，J Transl Med. 2008 Nov 5;6:66. doi: 10.1186/1479-5876-6-66.
2008年11月05日，Cyclic changes in gene expression induced by Peg-interferon alfa-2b plus ribavirin in peripheral blood monocytes (PBMC) of hepatitis C patients during the first 10 weeks of treatment，Taylor MW，J Transl Med. 2008 Nov 5;6:66. doi: 10.1186/1479-5876-6-66. 2010年10月，Hepatitis C: viral and host factors associated with non-response to pegylated interferon plus ribavirin，Asselah T，Liver Int. 2010 Oct;30(9):1259-69. *
2010年10月，Hepatitis C: viral and host factors associated with non-response to pegylated interferon plus ribavirin，Asselah T，Liver Int. 2010 Oct;30(9):1259-69.

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