TWI570243B - 噬菌體之篩選裝置及方法 - Google Patents
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Description
本揭露是關於噬菌體之篩選裝置及方法,且特別是關於可自動分選噬菌體之篩選裝置及方法。
生物分子(例如,抗體、抗原、蛋白質、酵素、代謝物、核酸、小分子以及藥物等)之間的相互作用及其特性之研究,在許多領域的研究中(例如,藥物開發、基因工程、生物化學、生物技術及分子生物學等)均為不可或缺的核心關鍵。
噬菌體顯示(phage display)為被廣泛使用的技術之一,其主要的優點在於噬菌體提供了表現型(phenotype)與其所屬的基因型(genotype)的一個實質物理連結,並可快速且大量地生產。例如,可將欲測試的蛋白質之DNA序列與噬菌體本身的外殼蛋白之DNA序列連接,當欲測試的蛋白質隨著外殼蛋白成功地表現在噬菌體表面後,欲測試的蛋白質便可隨著噬菌體一同被篩選。
目前最常使用的篩選方法係將抗原固定在固體表面、管柱或生物感測晶片(例如,Biacore sensor chips)上,抗原可抓住陽性株噬菌體而去除陰性株噬菌體。但以現有的方法若要達到50%以上的分選效率及分選出對抗原具有高親合力之陽性株噬菌體,至少需進行3至5輪重覆的吸附、沖脫及擴增之篩選過程,
也就是生物掏洗(biopanning)的過程,或許方可達成,但其需要花費的時間可能是一個月以上。
承前述,由於目前噬菌體的篩選方法中需經過多次生物掏洗及後續酵素免疫分析法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)及定序進行結果評估,需耗費相當多的時間及金錢才能獲得特定所需之噬菌體。因此,發展一個簡單、快速及高效率之篩選噬菌體的平台是相當重要的。
本發明一實施例提供一種噬菌體之篩選裝置,包括:一承載基板;一入口單元,設置於承載基板上,用以注入一生物樣品於噬菌體之篩選裝置中;一多孔材料,設置於承載基板上且鄰接入口單元,其中多孔材料包括對目標噬菌體具有專一性之一抗原,用以篩選噬菌體;以及一出口單元,設置於承載基板上且鄰接多孔材料,用以輸出經篩選之噬菌體。
根據本發明一實施例,上述噬菌體之篩選裝置,更包括:一電場提供單元,設置於承載基板之外部,用以施加一第一電場及一第二電場於多孔材料,其中第一電場之方向不同於第二電場之方向。
本發明另一實施例提供一種噬菌體之篩選方法,包括:提供一包含噬菌體之生物樣品;以一多孔材料篩選生物樣品中的目標噬菌體,其中多孔材料包括對目標噬菌體具有專一性之一抗原;以及以一電場提供單元施加一第一電場及一第二電場於多孔材料,以分離噬菌體,其中第一電場之方向不同於第二電場
之方向。
10‧‧‧噬菌體之篩選裝置
12‧‧‧承載基板
14‧‧‧入口單元
16‧‧‧多孔材料
18‧‧‧出口單元
20‧‧‧覆蓋基板
22‧‧‧電場提供裝置
30‧‧‧生物樣品
142‧‧‧注入口
142a‧‧‧入口通道
182‧‧‧微流道元件
182a‧‧‧微流道元件之通道
200‧‧‧噬菌體之篩選方法
201~207‧‧‧噬菌體之篩選方法的步驟
E1‧‧‧第一電場
E2‧‧‧第二電場
以下將配合所附圖式詳述本發明之實施例,應注意的是,以下圖示並未按照比例繪製,事實上,可能任意的放大或縮小元件的尺寸以便清楚表現出本發明的特徵,而在說明書及圖式中,同樣或類似的元件將以類似的符號表示。
第1A圖係根據本發明一些實施例之噬菌體之篩選裝置之爆炸圖;第1B圖係根據本發明一些實施例之噬菌體之篩選裝置之示意圖;第2圖係根據本發明一些實施例之噬菌體之篩選方法的流程圖;第3A及3B圖係根據本發明一些實施例,以奈米顆粒追蹤分析法測定經篩選之噬菌體數目的結果;第4A及4B圖係根據本發明一些實施例,以酵素結合免疫吸附分析法測定經篩選之噬菌體數目的結果。
以下公開許多不同的實施方法或是例子來實行本發明之不同特徵,以下描述具體的元件及其排列的例子以闡述本發明。當然這些僅是例子且不該以此限定本發明的範圍。例如,在描述中提及第一個元件形成於一第二個元件上時,其可以包括第
一個元件直接位於第二個元件上的實施例,也可以包括有其他元件形成於第一個元件與第二個元件之間的實施例。此外,在不同實施例中可能使用重複的標號或標示,這些重複僅為了簡單清楚地敘述本揭露,不代表所討論的不同實施例及/或結構之間有特定的關係。
此外,其中可能用到與空間相關的用詞,像是“在...之下”、“下方”、“在...之上”、“上方”、“在...之間”及類似的用詞,這些關係詞係為了便於描述圖示中一個(些)元件或特徵與另一個(些)元件或特徵之間的關係,這些空間關係詞包括使用中或操作中的裝置之不同方位,以及圖示中所描述的方位。裝置可能被轉向不同方位(旋轉90度或其他方位),則其中使用的空間相關形容詞也可相同地照著解釋。應理解的是,在方法進行之前、當中或之後可能具有額外的操作步驟,且所述的一些操作步驟可能在另一些實施例之方法中被取代或刪除。
再者,本發明中“垂直”一詞意指角度大致上(substantially)為90度,可能代表90±10度的情況。在一些實施例中,可代表角度為90±5度的情況。
本發明提供一種噬菌體之篩選裝置及其使用方法,係將對目標噬菌體具有專一性的抗原固定於一多孔材料上,並藉由交替地施加兩個大致上相互垂直且大小相異之電場,篩選出對抗原具有高親和力之陽性株噬菌體。且經篩選之陽性株噬菌體可依其與抗原之親和力強弱進一步被分選於篩選裝置之微流道的不同通道中。
再者,本發明之噬菌體之篩選裝置可連續地篩選目
標噬菌體且單一循環所需之時間短。篩選出的噬菌體可供直接應用,不需額外的實驗(例如,酵素結合免疫吸附分析法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA))進行後續檢測及評估。
第1A及1B圖分別顯示本發明一些實施例中噬菌體之篩選裝置之爆炸圖及示意圖。如第1A及1B圖所示,噬菌體之篩選裝置10包含:承載基板12、入口單元14、多孔材料16以及出口單元18。
承載基板12的材料可為玻璃基板、矽基板、塑膠基板或上述之組合,但不限於此。入口單元14設置於承載基板12上,用以將生物樣品30注入噬菌體之篩選裝置10中。在一些實施例中,生物樣品30可為噬菌體庫(phage library)或含有噬菌體之任意溶液。
再者,如第1B圖所示,入口單元14可包含注入孔142,注入孔142具有入口通道142a。在一些實施例中,入口通道142a的長可為300μm、寬可為100μm、高可為100μm。應注意的是,在其它實施例中,所屬技術領域中具有通常知識者可依實際應用所需調整注入孔142及入口通道142a的尺寸。
入口單元14的材料可為二甲基矽氧烷(poly-dimethylsiloxane,PDMS),但不限於此。在一些實施例中,入口單元14可藉由,例如:微影製程、蝕刻製程、光刻技術或上述之組合加以形成。
承前述,多孔材料16設置於承載基板12上且與入口單元14鄰接。多孔材料16包括對目標噬菌體具有專一性之抗原,
用以篩選目標噬菌體。多孔材料16可為瓊脂膠(agarose gel)、聚丙烯醯胺凝膠(polyacrylamide gel)、濾紙、硝化纖維素(nitrocellulose)或上述之組合。在一些實施例中,多孔材料16可為0.5wt%至20wt%之瓊脂膠,例如,0.75wt%之瓊脂膠。
再者,添加於多孔材料16中的抗原濃度可為1μg/mL至10μg/mL或4μg/m至8μg/mL,例如可為8μg/mL。在一些實施例中,可藉由交聯劑使抗原固定於多孔材料16中。在一些實施例中,交聯劑可為兩端分別為肽反應及光反應的交聯劑,例如:sulfo-SANPAH、sulfo-SAND、sulfo-SFAD、sulfo-HSAB、sulfo-NHS-LC-ASA、sulfo-SASD、sulfo-SBED、sulfo-SAED、sulfo-SADP或上述之組合。
再者,出口單元18設置於承載基板12上且鄰接多孔材料16,用以輸出經篩選之噬菌體。出口單元18的材料可為二甲基矽氧烷(poly-dimethylsiloxane,PDMS),但不限於此。出口單元18可藉由,例如:微影製程、蝕刻製程、光刻技術或上述之組合加以形成。
如第1B圖所示,出口單元18可更包含微流道元件182。微流道元件182具有複數個通道182a,用以收集經篩選之噬菌體。在一些實施例中,微流道元件182之通道182a的長可為5mm、寬可為1.6mm、高可為0.1mm。應注意的是,在其它實施例中,所屬技術領域中具有通常知識者可依實際應用所需調整微流道元件182之通道182a的尺寸。
在一些實施例中,微流體元件182可由下述方法形成:首先,形成一圖案化之母模基材。在一些實施例中,藉由黃
光微影技術圖案化母模基材,使其具有預先設計之微流體圖案,微流體圖案可由電腦繪圖軟體先行繪製。此外,微流體元件182之母模基材可為矽晶圓、玻璃、塑膠或上述之組合,但不限於此。
在一些實施例中,前述之入口單元14及出口單元18可藉由氧電漿製程(oxygen plasma process)進行表面改質,使入口單元14及出口單元18與承載基板12貼合。
此外,如第1A及1B圖所示,噬菌體之篩選裝置10可更包含設置於多孔材料16上的覆蓋基板20,用以防止多孔材料16及其中之抗原、生物樣品等受外界干擾。
再者,噬菌體之篩選裝置10可更包含設置於承載基板12外部之電場提供單元22,用以施加第一電場E1及第二電場E2於多孔材料16。在一些實施例中,電場提供單元22可為電泳槽。在一些實施例中,第一電場E1之方向不同於第二電場E2之方向。在一些實施例中,第一電場E1之方向大致上(substantially)垂直於第二電場E2之方向。
在一些實施例中,第一電場E1及第二電場E2之強度相異。在一些實施例中,第一電場E1之強度小於第二電場E2之強度。在一些實施例中,第一電場E1及第二電場E2之強度差異為0.1V/cm至20V/cm或0.5V/cm至10V/cm,例如,2V/cm。
應注意的是,在其它實施例中,所屬技術領域中具有通常知識者可依照其欲篩選之噬菌體與抗原之結合力大小,調整第一電場E1及第二電場E2之強度,以提高分選效果。
再者,電場提供單元22可以交替的方式施加第一電場E1及第二電場E2於多孔材料16。在一些實施例中,第一電場E1
及第二電場E2交替之頻率可為0.1至5次/分或0.5至1.5次/分鐘,例如,1次/分鐘。
如第1B圖所示,在一些實施例中,電場提供單元22交替地施加方向大致上為垂直且強度相異(例如,E1<E2)之第一電場E1及第二電場E2於多孔材料16,可將未與抗原結合或對抗原親和力較弱之陰性株噬菌體沿強度較小之第一電場E1之方向驅離至噬菌體之篩選裝置10之外。再者,可將對抗原具有高親和力之陽性株噬菌體(目標噬菌體)沿強度較大之第二電場E2之方向輸送至微流道元件182中。
值得注意的是,上述陽性株噬菌體(目標噬菌體)可依照其與抗原之親和力強弱,沿第一電場E1的方向,被分選至微流道元件182之不同的通道182a中。例如,在此實施例中,如第1B圖所示,通道182a中的陽性株噬菌體對於抗體之親和力由x至x’逐漸減少。
由上述可知,噬菌體之篩選裝置10可連續且分別地收集對抗原親和力不同之目標噬菌體。且獲得之目標噬菌體不需再進行複製及確認評估的步驟,可直接供後續應用。
以下將以第1A及1B圖所示之噬菌體之篩選裝置10說明在一些實施例中,噬菌體之篩選方法200。第2圖顯示本發明一些實施例中噬菌體之篩選方法200的流程圖。
請同時參照第1B圖及第2圖,首先,於步驟201中,提供包含噬菌體之生物樣品30。生物樣品30可為噬菌體庫(phage library)或含有噬菌體之任意溶液。在一些實施例中,可藉由入口單元14將生物樣品30注入噬菌體之篩選裝置10中。
再者,於步驟203中,以多孔材料16篩選生物樣品30中的目標噬菌體,多孔材料16包括對目標噬菌體具有專一性之抗原。多孔材料16可為瓊脂膠(agarose gel)、聚丙烯醯胺凝膠(polyacrylamide gel)、濾紙、硝化纖維素(nitrocellulose)或上述之組合。在一些實施例中,多孔材料16可為0.5wt%至20wt%之瓊脂膠,例如,0.75wt%之瓊脂膠。
再者,添加於多孔材料16中的抗原濃度可為1μg/mL至10μg/mL或4μg/mL至8μg/mL,例如可為8μg/mL。在一些實施例中,可藉由交聯劑使抗原固定於多孔材料16中。在一些實施例中,交聯劑可為兩端分別為肽反應及光反應的交聯劑,如sulfo-SANPAH、sulfo-SAND、sulfo-SFAD、sulfo-HSAB、sulfo-NHS-LC-ASA、sulfo-SASD、sulfo-SBED、sulfo-SAED、sulfo-SADP或上述之組合。
接著,於步驟205中,以電場提供單元22施加第一電場E1及第二電場E2於多孔材料16以分離噬菌體。上述第一電場E1之方向不同於第二電場E2之方向。
在一些實施例中,第一電場E1之方向不同於第二電場E2之方向。在一些實施例中,第一電場E1之方向大致上(substantially)垂直於第二電場E2之方向。
在一些實施例中,第一電場E1及第二電場E2之強度相異。在一些實施例中,第一電場E1之強度小於第二電場E2之強度。在一些實施例中,第一電場E1及第二電場E2之強度差異為0.1V/cm至20V/cm或0.5V/cm至10V/cm,例如,2V/cm。
應注意的是,在其它實施例中,所屬技術領域中具
有通常知識者可依照其欲篩選之噬菌體與抗原之結合力大小,調整第一電場E1及第二電場E2之強度,以提高分選效果。
再者,電場提供單元22可以交替的方式施加第一電場E1及第二電場E2於多孔材料16。在一些實施例中,第一電場E1及第二電場E2交替之頻率可為0.1至5次/分或0.5至1.5次/分鐘,例如,1次/分鐘。
接著,於步驟207中,以微流道元件182收集經篩選之噬菌體。請同時參照第1B圖,在一些實施例中,電場提供單元22交替地施加大致上垂直且強度相異(例如,E1<E2)之第一電場E1及第二電場E2於多孔材料16,可將未與抗原結合或對抗原親和力較弱之陰性株噬菌體沿強度較小之第一電場E1之方向驅離至噬菌體之篩選裝置10之外。再者,可將對抗原具有高親和力之陽性株噬菌體(目標噬菌體)沿強度較大之第二電場E2之方向輸送至微流道元件182中。
在此實施例中,目標噬菌體可依照其與抗原之親和力強弱,沿第一電場E1的方向,被分選至微流道元件182之不同的通道182a中。例如,通道182a中的目標噬菌體對於抗體之親和力由x至x’逐漸減少(請參照第1B圖)。
在一些實施例中,實行噬菌體之篩選方法200所需時間約為40分鐘/循環(即,生物樣品30被注入於噬菌體之篩選裝置10至其被收集於微流道元件182之間的時間)。相較於所需之時間約為3天/循環之習知的生物淘洗(biopanning)技術,本發明提供之噬菌體之篩選方法具有快速省時之優勢。
綜上所述,本發明提供之噬菌體之篩選裝置及方法
可高通量、快速且連續地篩選出目標噬菌體,且可將目標噬菌體依其與抗原之親和力強弱進一步分選,藉此提升分選之精確度。
藉由本發明提供之噬菌體之篩選裝置及方法取得之目標噬菌體不需再進行後續之分析(例如ELISA),可直接進行後續應用,例如,直接應用於製造抗體、疫苗或是藥物開發之標靶分子等。再者,微流道之設計亦可節省相關試劑用量,降低生產生本。
以下進一步以實施例具體說明本發明,然其並非用以限定本揭露之內容。
以瓊脂膠粉末及無菌水配製出1%瓊脂膠溶液,從中取100μL的1%瓊脂膠溶液加入35μL的sulfo-SANPAH(50μg/mL),均勻混合,接著加至入口單元及出口單元之間的承載基板上,並蓋上覆蓋基板。待瓊脂膠溶液凝固後,以365nm的紫外線光照射3分鐘活化sulfo-SANPAH以形成鍵結於瓊脂膠上。sulfo-SANPAH的一端會固定於瓊脂膠上,而另一端則可與蛋白質鍵結,因此能將抗原固定於瓊脂膠上。接著移除覆蓋基板,取100μL的抗原(8μg/mL)滴於瓊脂膠上,最後於4℃下反應24小時,使抗原與sulfo-SANPAH反應而與瓊脂膠產生鍵結。
將已知序列之陽性株噬菌體(以螢光標定)及陰性株
噬菌體以1:10(109:1010CFU/mL)的比例混合後,以第1B圖所示之噬菌體之篩選裝置進行篩選。使用電場提供裝置交替地(每分鐘交替一次)施加縱向電場5V/cm及橫向電場3V/cm於篩選裝置。
1.利用奈米顆粒追蹤分析法(nanoparticle tracking analysis,NTA)測定經篩選後之陽性株噬菌體及陰性株噬菌體的數量
第3A及3B圖顯示以奈米顆粒追蹤分析法測定經篩選之噬菌體數目的結果(圖中M-表示陰性株噬菌體,M+表示陽性株噬菌體)。由第3A圖的結果可知,經篩選後之陽性株噬菌體大量集中在微流道元件的通道1(可對應於第1B圖中,最靠近x之通道;相似地,通道9則可對應於第1B圖中,最靠近x’之通道)。
再者,經篩選後之陽性株噬菌體與陰性株噬菌體可被清楚地分開。如第3A圖所示,微流道元件的通道3之噬菌體濃度已低於奈米顆粒追蹤分析的可偵測範圍。此外,由第3B圖可知,經篩選後之陽性株噬菌體的總回收率可達85%以上。
2.利用酵素結合免疫吸附分析法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)測定經篩選後之陽性株噬菌體及陰性株噬菌體的數量
第4A及4B圖顯示以酵素結合免疫吸附分析法測定重覆使用同一篩選裝置連續輸入五次噬菌體並進行篩選循環中經篩選之噬菌體數目的結果(圖中M-表示陰性株噬菌體,M+表示陽性株噬菌體)。如第4A及4B圖所示,在連續的五個循環中,噬菌體篩選裝置持續且有效地進行篩選。由此可知,本發明之噬菌體篩選裝置可高通量且連續地分選特定之噬菌體。
3.檢測經篩選之噬菌體之DNA序列
表1顯示經篩選裝置篩選後之噬菌體的DNA定序結果。詳細而言,是將篩選後之噬菌體感染大腸桿菌後、進行塗盤、接著挑選單一菌落進行定序。如表1所示,通道1(可對應於第1B圖中,最靠近x之通道)的10個單一菌落中均顯示受陽性株噬菌體感染,而通道2、通道3及通道6的9個單一菌落中,也有8個顯示受陽性株噬菌體感染。由此可知,本發明已建立精準篩選陽性株噬菌體之條件。
承前述,本發明之噬菌體之篩選裝置及方法具有高達85%之回收率,且其中陽性株噬菌體所佔之比例約為100%。
前述內文概述了許多實施例的特徵,使本技術領域中具有通常知識者可以更佳的了解本發明的各個方面。本技術領域中具有通常知識者應該可理解,他們可以很容易的以本
發明為基礎來設計或修飾其它製程及結構,並以此達到相同的目的及/或達到與本發明介紹的實施例相同的優點。本技術領域中具有通常知識者也應該了解這些相等的結構並不會背離本發明的發明精神與範圍。本發明可以作各種改變、置換、修改而不會背離本發明的發明精神與範圍。
雖然本發明已以數個較佳實施例揭露如上,然其並非用以限定本發明,任何所屬技術領域中具有通常知識者,在不脫離本發明之精神和範圍內,當可作任意之更動與潤飾,因此本發明之保護範圍當視後附之申請專利範圍所界定者為準。
10‧‧‧噬菌體之篩選裝置
12‧‧‧承載基板
14‧‧‧入口單元
16‧‧‧多孔材料
18‧‧‧出口單元
20‧‧‧覆蓋基板
22‧‧‧電場提供裝置
30‧‧‧生物樣品
142‧‧‧注入口
142a‧‧‧入口通道
182‧‧‧微流道元件
182a‧‧‧微流道元件之通道
E1‧‧‧第一電場
E2‧‧‧第二電場
Claims (17)
- 一種噬菌體之篩選裝置,包括:一承載基板;一入口單元,設置於該承載基板上,用以注入一生物樣品於該噬菌體之篩選裝置中;一多孔材料,設置於該承載基板上且鄰接該入口單元,其中該多孔材料包括對目標噬菌體具有專一性之一抗原,用以篩選噬菌體;一出口單元,設置於該承載基板上且鄰接該多孔材料,用以輸出經篩選之噬菌體;以及一電場提供單元,設置於該承載基板之外部,用以施加一第一電場及一第二電場於該多孔材料,其中該第一電場之方向不同於該第二電場之方向,該第一電場及該第二電場之強度相異。
- 如申請專利範圍第1項所述之噬菌體之篩選裝置,其中該第一電場之方向大致上垂直於該第二電場之方向。
- 如申請專利範圍第1項所述之噬菌體之篩選裝置,其中該第一電場及該第二電場之強度差異為0.1V/cm至20V/cm。
- 如申請專利範圍第1項所述之噬菌體之篩選裝置,其中該第一電場及該第二電場之強度差異為0.5V/cm至10V/cm。
- 如申請專利範圍第1項所述之噬菌體之篩選裝置,更包括:一覆蓋基板,設置於該多孔材料上。
- 如申請專利範圍第1項所述之噬菌體之篩選裝置,其中該出口單元更包括: 一微流道元件,具有複數個通道,用以收集經篩選之噬菌體。
- 如申請專利範圍第1項所述之噬菌體之篩選裝置,其中該多孔材料包括:瓊脂膠、聚丙烯醯胺凝膠(polyacrylamide gel)、濾紙、硝化纖維素(nitrocellulose)或上述之組合。
- 一種噬菌體之篩選方法,包括:提供一包含噬菌體之生物樣品;以一多孔材料篩選該生物樣品中的目標噬菌體,其中該多孔材料包括對目標噬菌體具有專一性之一抗原;以及以一電場提供單元施加一第一電場及一第二電場於該多孔材料,以分離噬菌體,其中該第一電場之方向不同於該第二電場之方向,該第一電場及該第二電場之強度相異。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,其中該多孔材料包括:瓊脂膠、聚丙烯醯胺凝膠(polyacrylamide gel)、濾紙、硝化纖維素(nitrocellulose)或上述之組合。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,其中該第一電場之方向大致上垂直於該第二電場之方向。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,其中該第一電場及該第二電場之強度差異為0.1V/cm至20V/cm。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,其中該第一電場及該第二電場之強度差異為0.5V/cm至10V/cm。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,其中該電場提供單元係以交替的方式施加該第一電場及該第二電場於該多孔材料。
- 如申請專利範圍第13項所述之噬菌體之篩選方法,其中該第一電場及該第二電場交替之頻率為0.1至5次/分鐘。
- 如申請專利範圍第13項所述之噬菌體之篩選方法,其中該第一電場及該第二電場交替之頻率為0.5至1.5次/分鐘。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,更包括:以一微流道元件收集經篩選之噬菌體,其中經篩選之噬菌體依其與該抗原之親和力強弱,被分選至該微流道元件之複數個通道中。
- 如申請專利範圍第8項所述之噬菌體之篩選方法,其中該第一電場之強度小於該第二電場之強度,其中未與該抗原結合之噬菌體沿該第一電場之方向,被驅離至該多孔材料外。
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