TW202409277A - 用於製備反義寡核苷酸之結晶單體及其製備方法及用途 - Google Patents
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Abstract
本文提供了通式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體:
Description
實施方式可以關於結晶穩定的手性單體,其可以包括腺嘌呤 (A)、胞嘧啶 (C)、鳥嘌呤 (G)、胸腺嘧啶 (T)、尿嘧啶 (U) 或該等核苷之一的類似物,以及其製備方法和用途,包括用於合成具有非鏡像異構物純的磷醯二醯胺鍵的反義寡核苷酸。
手性磷鍵的存在使得非鏡像異構物純的磷醯二醯胺寡核苷酸的合成被顯著複雜化。這與例如不具有手性磷的磷酸二酯鍵形成對比。
手性磷的存在對關於一系列磷醯二醯胺核苷酸的連接的合成途徑提出了重大挑戰。能夠使磷醯二醯胺鍵的立體特異性形成的立體化學純試劑(模板、亞基、構建單元)的缺乏導致在所得化合物的磷手性可能不受控制的立體中心處的反應。
對於足夠長的寡核苷酸,手性不受控制的偶聯可以導致許多非鏡像異構物的不均勻混合物。這可能產生對敏感分離技術的需求,並且對於更長的寡核苷酸,可能無法或幾乎無法分離成立體異構物,同時消耗原材料以產生大量的立體異構物上不期望的化合物。
具有穩定的、立體編碼單體用於在製備具有非鏡像異構物純的磷醯二醯胺鍵(包括立體純的PMO)的反義寡核苷酸中使用將是可用的。
已經報導了反義寡核苷酸在藥物產品中之用途,例如在Crooke, 等人, 「Antisense Technology: A Review [反義技術:綜述],」
J. Biol. Chem. [ 生物化學雜誌 ](2021) 296, 100416中。
如本揭露中所報告的實施方式提供了可以用於製備活化立體編碼單體的立體編碼結晶單體。該等活化立體編碼單體轉而又可以用於製備立體純低聚物。實施方式可以包括例如以下。
實施方式可以提供立體編碼化合物,其係式 (I) 的𠰌啉代單體
(I)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
3係𠰌啉代氮的保護基團;R
4係氫或C1-C6烷基,鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11;R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;並且R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。
在一些實施方式中,化合物係結晶。在另外的實施方式中,R
1和R
2獨立地是視需要取代的C1-C6烷基。在還另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在又還另外的實施方式中,R
1和R
2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。在另外的實施方式中,R
3選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基和磺醯基。在一些實施方式中,R
3選自由三苯甲基、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、甲氧基苄基、二甲氧基苄基、二苯基甲基、硝基苯磺醯基和二硝基苯磺醯基組成之群組。在一些實施方式中,R
4係H或甲基。在一些實施方式中,R
1和R
2係甲基,R
3係三苯甲基,並且R
4係H或甲基。在另外的實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是:(a) -NHC(O)R
11,其中R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基,或 (b) -NHC(O)OR
11,其中R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或芳基。在一些實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是
或
。在一些實施方式中,R
9選自由氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基、2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。另外的實施方式提供以下化合物:
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
和
,
其中*指示(R)或(S)立體化學,或其混合物,以及
R
4係H或甲基。
一些實施方式提供了一種製備式 (II) 的立體編碼活化單體
(II)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11,R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基;
其包括以下步驟:(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體的硫烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
其中R
4係C1-C6烷基;(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體。
在前述方法的一些實施方式中,R
4係甲基。在一些實施方式中,R
1和R
2獨立地是C1-C6烷基。在一些實施方式中,R
1和R
2係甲基。在另外的實施方式中,R
1和R
2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。在又還另外的實施方式中,R
3選自由三苯甲基、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、甲氧基苄基、二甲氧基苄基、二苯基甲基、硝基苯磺醯基和二硝基苯磺醯基組成之群組。在還另外的實施方式中,R
3係三苯甲基。在另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基,R
3係三苯甲基,並且R
4係H或甲基。在又還另外的實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是 (a) -NHC(O)R
11,其中R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基,或 (b) -NHC(O)OR
11,其中R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或芳基。在一些實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是
或
。在一些實施方式中,其中R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基、2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。在一些實施方式中,氯化劑係SO
2Cl
2或四甲基氯代烯胺。在另外的實施方式中,步驟 (c) 在鹼的存在下進行。在還另外的實施方式中,R
4係H,並且氯化劑係四甲基氯代烯胺。
一些實施方式提供了一種藉由本文所述之方法製備的立體編碼活化單體。
另外的實施方式提供了一種用於製備式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;R
4係氫或C1-C6烷基;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11,並且R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基;
其包括以下步驟:使式 (III) 的化合物
(III),其中R
3和鹼如以上所定義,
與式 (IV) 的手性試劑
(IV),其中R
1和R
2如以上所定義;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、或芳基;或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環,在鹼的存在下反應以獲得式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體。
在前述方法的一些實施方式中,R
1和R
2係甲基。在一些實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、或芳基。在另外的實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18係H,或R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H,或R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H;或R
15係苯基並且R
16、R
17、R
18係H,或R
16係苯基,並且R
15、R
17、R
18係H。在還另外的實施方式中,式 (IV) 的手性劑選自
、
、
、
、
和
。在又還另外的實施方式中,鹼選自由NaH、DBU、三級戊酸鈉(sodium tert-amyulate)、三級戊醇鈉、NaOtBu、KOtBu、三級戊醇鉀和NaHMDS組成之群組。在還另外的實施方式中,反應在室溫下在選自由THF、乙腈、2-MeTHF、1,6-二㗁𠮿和DME組成之群組的極性溶劑中進行。在另外的實施方式中,式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體係結晶。在另外的實施方式中,de/ee比率/立體選擇性係至少90%、95%或98%。
另外的實施方式可以提供一種藉由以上所述之方法製備的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體。
另外的實施方式提供了一種式 (IV) 的手性試劑
(IV) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是-H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基,或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環。在另外的實施方式中,R
1和R
2係C1-C6烷基。在還另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在又還另外的實施方式中,R
1和R
2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。在還另外的實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H或芳基。在另一實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18係H,或R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H,或R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H。在另一實施方式中,R
15係苯基並且R
16、R
17、R
18係H,或R
16係苯基,並且R
15、R
17、R
18係H。在另外的實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18係H。在還另外的實施方式中,式 (IV) 的手性試劑選自以下結構
、
、
和
。
另外的實施方式提供了一種手性試劑,其中
R
15係甲基;R
16和R
17一起形成
;並且R
18係H。又在另一實施方式中,R
16係甲基;R
15和R
18一起形成
;並且R
17係H。在另外的實施方式中,手性試劑係
或
。
另外的實施方式提供了一種製備
((
R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物)、和/或
((
S)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物)之方法,
其包括藉由手性超臨界流體層析法(SFC)或手性HPLC分離外消旋2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物。
另外的實施方式提供了一種製備式 (IV) 的手性試劑
(IV) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地是H或C1-C6烷基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉、哌𠯤、吡咯啶和氮雜環丁烷;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基;或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環,其包括:
使式 (V) 的化合物
(V),其中X係選自取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一種或多種取代的苯基、吡啶基、萘基,與NHR
1R
2在有機鹼的存在下反應以獲得式 (IV) 的手性試劑,其中R
1和R
2如以上所定義。
在以上方法的另外的實施方式中,Ar選自苯基、五氟苯基、4-溴苯基、單硝基苯基或二硝基苯基和2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。在還另外的實施方式中,有機鹼選自由1,8-二氮雜雙環[5.4.0]十一碳-7-烯、咪唑、三乙胺、胡寧氏鹼(Hunig’s base)、盧剔啶(lutidine)、吡啶及其組合組成之群組。在還另外的實施方式中,式 (IV) 的手性試劑選自
、
、
、
、
,和
。
在還另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,式 (IV) 的手性試劑係
,並且式 (V) 的化合物係
。在又還另外的實施方式中,式 (IV) 的手性試劑係
,並且式 (V) 的化合物係
。在另一實施方式中,式 (IV) 的手性試劑係
,並且式 (V) 的化合物係
。在另外的實施方式中,式 (IV) 的手性試劑係
,並且式 (V) 的化合物係
。
在還另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。
在還另外的實施方式中,以上方法的de/立體選擇性係至少90%、95%或98%。
另外的實施方式提供了一種藉由以上所報告之方法製備的式 (IV) 的手性試劑。
另外的實施方式提供了一種製備式 (IVa) 的手性試劑之方法
(IVa),其中*和P*各自表示立構中心,該立構中心獨立地呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地是H或C1-C6烷基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基;
其包括以下步驟:使式 (VI) 的化合物
(VI)
或其鹽,其中X係選自取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一種或多種取代的苯基、吡啶基、萘基,與手性氧化苯乙烯在氯乙酸的存在下反應以獲得式 (IVa) 的手性試劑。
在如以上所述之另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,Ar選自苯基、五氟苯基、4-溴苯基、單硝基苯基或二硝基苯基和2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。在又還另外的實施方式中,式 (IVa) 的手性試劑具有以下結構:
,並且手性氧化苯乙烯係(S)-氧化苯乙烯。在另一實施方式中,式 (IVa) 的手性試劑具有以下結構:
,並且手性氧化苯乙烯係(R)-氧化苯乙烯。在另外的實施方式中,式 (VI) 的鹽係三乙胺鹽。
另外的實施方式提供了一種藉由以上所報告之方法製備的式 (IVa) 的手性試劑。
又還另外的實施方式提供了一種製備式 (VIa) 的化合物
(VIa) 或其鹽之方法,其包括以下步驟:使式 (VII) 的化合物
(VII)
與2,3,4,5,6-五氟苯硫酚反應以獲得式 (VIa) 的化合物或其鹽。
在另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,式 (VIa) 的鹽係三乙胺鹽。
一些實施方式提供了一種式 (V) 的手性試劑
(V),具有至少90% ee。
在式 (V) 中,P*指示(R)或(S)組態,R
15、R
16、R
17和R
18係H,X係選自取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基。
在一些實施方式中,X係-S-Ar,並且Ar係苯基、4-溴苯基、4-硝基苯基、五氟苯基、二硝基苯基、或2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。在一些實施方式中,式 (V) 的手性化合物係:
、
、
、
、
、或
,
在另外的實施方式中,式 (V) 的ee手性化合物係至少92%、至少95%、至少98%、或至少99%。
本文還揭露了一種用於製備式 (V) 的手性化合物之方法
(V),具有至少90% ee。
在式 (V) 中,P*指示(R)或(S)組態,R
15、R
16、R
17和R
18係H,X係選自取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基。
在一些實施方式中,該方法包括藉由手性SFC或手性HPLC分離
的混合物的步驟,
在一些實施方式中,式 (V) 的手性化合物,X係-S-Ar,並且Ar係苯基、4-溴苯基、4-硝基苯基、五氟苯基、二硝基苯基、或2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。在一些實施方式中,式 (V) 的手性化合物係:
、
、
、
、
、或
,
在一些實施方式中,式 (V) 的手性化合物的ee係至少92%、至少95%、至少98%、或至少99%。
另外的實施方式提供了一種製備式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體
(VIII) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地是H或C1-C6烷基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉、哌𠯤、吡咯啶和氮雜環丁烷;R
3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21時,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11,並且R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個係-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個係-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基;並且R
19係H、保護基團或與固體載體的連接基;
其包括以下步驟
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體的硫烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I),
其中R
4係C1-C6烷基;(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體
(II);(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (II) 的立體編碼活化化合物;(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (II) 的立體編碼活化化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX),以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體。
在前述方法的另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,R
3係三苯甲基。在一些實施方式中,R
19選自H或矽基、醯基、視需要取代的三苯甲基。在又還另外的實施方式中,R
19係H、TBS、TBDPS、苯甲醯基或DMTr。
另一實施方式提供了一種藉由以上所報告之方法製備的式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體。
另外的實施方式提供了一種製備式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物
(X),或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示呈(R)或(S)組態的立體中心,R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH
2、-NO
2、-CH
2-NH-CH
3、-OCH
2CH
2CH
3、或OCH(CH
3)
2的取代基取代;其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH
2、-NO
2、-CH
2-NH-CH
3、-OCH
2CH
2CH
3、或OCH(CH
3)
2的取代基取代;R
19係H或羥基的保護基團、或與固體載體的連接基,其包括以下步驟:
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);其中R
3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體硫-烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
其中R
4係C1-C6烷基;(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體
(II);(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (II) 的立體編碼活化化合物;(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (II) 的化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX)
以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體
(VIII),
其中R
19係羥基的合適的保護基團或與固體載體的連接基;(f) 將式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體去保護以獲得式 (X) 的中間體低聚物
(X),
其中n係1;(g) 將步驟 (i) 和步驟 (ii) 重複低於m次,其中m係從0至28(包含端值)的整數:(i) 使式 (X) 的中間體低聚物
(X),其中n係從1至28(包含端值)的整數,
與式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體反應
(I),
其中R
4係H或C1-C6烷基,以提供式 (XI) 的中間體:
(XI),其中n係從1至29(包含端值)的整數;以及 (ii) 將來自步驟 (i) 的式 (XI) 的中間體去保護以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物:
(X);其中n係從1至29(包含端值)的整數;(h) 當R
19係羥基的合適保護基團或與固體載體的連接基時,視需要將來自步驟 (g) 的步驟 (ii) 的式 (X) 的中間體低聚物中的R
19基團去除,以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物:
(X),其中R
19係H。
在如以上所報告的另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,R
3係三苯甲基。在又還另外的實施方式中,R
19作為式 (IX)、(VIII)、(IX) 和 (X) 中的羥基保護基團選自H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、或DMTr。
實施方式提供了一種藉由如以上所述之方法製備的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物。
另外的實施方式提供了式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;R
4係氫或C1-C6烷基,
在製備式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體
(VIII)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽中之用途,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;
R
3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;R
19係羥基的保護基團,其中立體選擇性或非鏡像立體選擇性係至少90%、95%、或98%。
在以上所報告之用途的一些實施方式中,式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體選自:
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
,
、
、
、
、
和
,
其中*指示(R)或(S)立體化學,或其混合物,並且R
4係H或甲基。
一些實施方式提供了式 (IV) 的手性試劑
(IV),其中P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心;R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基,或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環,在製備式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽中之用途,其中或其非鏡像異構物或鏡像異構物,其中P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;R
4係氫或C1-C6烷基;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11;R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基;其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH
2、-NO
2、-CH
2-NH-CH
3、-OCH
2CH
2CH
3、或OCH(CH
3)
2的取代基取代;其中立體選擇性或非鏡像立體選擇性係至少90%、95%、或98%。
在以上所報告之用途的一些實施方式中,手性試劑選自
、
、
、
、
和
。
另外的實施方式提供了一種立體編碼化合物,其係式 (Id) 的單體
(Id)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
22係羥基的保護基團;R
4係氫或C1-C6烷基;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11;R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基。
在以上所報告的化合物的另外的實施方式中,化合物係結晶。在另外的實施方式中,R
1和R
2獨立地是視需要取代的C1-C6烷基。在還另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在又還另外的實施方式中,R
1和R
2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。在另外的實施方式中,R
22選自由H、三烷基矽基(其中烷基相同或不同並且是C1-C6烷基)、三苯甲基、取代的三苯甲基、對甲氧基苯基二苯基甲基、三苯甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃和乙氧基乙基組成之群組。R
22可以是H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃和乙氧基乙基。在還另外的實施方式中,R
22係TBS或TBDPS。在另一實施方式中,R
4係H或甲基。在另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基,R
22係TBS或TBDPS,並且R
4係H或甲基。在另外的實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是:(a) -NHC(O)R
11,其中R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基,或
(b) -NHC(O)OR
11,其中R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或芳基。在又還另外的實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是
或
。在還另外的實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。在還另外的實施方式中,如以上所報告的化合物選自以下化合物:
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
和
,
其中*指示(R)或(S)立體化學,或其混合物,以及
R
4係H或甲基。
另外的實施方式提供了一種製備式 (IId) 的立體編碼活化單體
(IId) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心;R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
22係羥基氧的保護基團;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基;
其包括以下步驟:
(a) 提供式 (Iad) 的立體編碼單體
(Id);(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Iad) 的立體編碼單體的硫烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼單體
(Id);其中R
4係C1-C6烷基;(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼單體或來自步驟 (b) 的式 (I) 的立體編碼單體與氯化劑反應以得到式 (IId) 的立體編碼活化單體。
在以上所報告之方法的另外的實施方式中,R
4係甲基。在另外的實施方式中,R
1和R
2獨立地是C1-C6烷基。在還另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在又還另外的實施方式中,R
1和R
2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。在另外的實施方式中,R
22選自由H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基組成之群組。在另外的實施方式中,R
22係TBS或TBDPS。在另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基,R
22係TBS或TBDPS,並且R
4係H或甲基。在還另外的實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是 (a) -NHC(O)R
11,其中R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基,或 (b) -NHC(O)OR
11,其中R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或芳基。在另外的實施方式中,R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是
或
。在還另外的實施方式中,其中R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。在又還另外的實施方式中,氯化劑係SO
2Cl
2。在另一實施方式中,步驟 (b) 進一步包括與2,4,6-三甲基吡啶反應。還另外的實施方式提供了其中R
4係H並且氯化劑係四甲基氯代烯胺。
實施方式可以提供一種藉由以上所報告之方法製備的立體編碼活化單體。
另外的實施方式可以提供一種用於製備式 (Id) 的立體編碼單體
(Id);或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心;
R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環;R
22係羥基氧的保護基團;R
4係氫或C1-C6烷基;鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基;其包括以下步驟
使式 (IIId) 的化合物
(IIId),其中R
22和鹼如以上所定義,
與式 (IV) 的手性試劑
(IV),
其中R
1和R
2如以上所定義;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基,
或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環,
在鹼的存在下反應以獲得式 (Id) 的立體編碼單體。
在以上所報告之方法的另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、或芳基。在還另外的實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18係H;或R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H;或R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H;或R
15係苯基並且R
16、R
17、R
18係H;或R
16係苯基,並且R
15、R
17、R
18係H。在還另外的實施方式中,式 (IV) 的手性劑選自
、
、
、
、
和
。
在前述方法的另外的實施方式中,鹼選自由NaH、DBU、三級戊酸鈉、三級戊醇鈉、NaOtBu、KOtBu、三級戊醇鉀和NaHMDS組成之群組。在另外的實施方式中,反應在室溫下在選自由THF、乙腈、2-MeTHF、1,6-二㗁𠮿和DME組成之群組的極性溶劑中進行。在另外的實施方式中,式 (Id) 的立體編碼單體係結晶。在還另外的實施方式中,de/ee比率/立體選擇性係至少90%、95%或98%。
另外的實施方式提供了一種如以上所報告的製備的式 (Id) 的立體編碼單體。
一些實施方式提供了一種製備式 (Xd) 的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA低聚物
(Xd)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中每個P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心,n係在1與7之間(包含端值)的整數,R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,並且其中每種鹼可以相同或不同並且選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基;或其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;或其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14;或其中R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;並且其中R
9選自由H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯和矽基組成之群組;R
19和R
22相同或不同並且獨立地是H或羥基的保護基團、或與固體載體的連接基,其包括以下步驟:
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);其中R
3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體硫-烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
其中R
4係C1-C6烷基;(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體
(II);(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (II) 的立體編碼活化化合物;(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (II) 的化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX)
以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體
(VIII),其中R
19係羥基的合適的保護基團;(f) 將式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體去保護以獲得式 (X) 的中間體低聚物
(X),其中n係1;(g) 將步驟 (i) 和步驟 (ii) 重複低於m次,其中m係從0至6(包含端值)的整數:
(i) 使式 (X) 的中間體低聚物
(X),
其中n係從1至7(包含端值)的整數,與由式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體藉由步驟 (a) 至 (d) 所製備的式 (II) 的立體編碼活化化合物反應
(I),
其中R
4係H或C1-C6烷基,以提供式 (XI) 的中間體:
(XI),
其中n係從1至7(包含端值)的整數;以及 (ii) 將來自步驟 (i) 的式 (XI) 的中間體去保護以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物:
(X);其中n係從1至7(包含端值)的整數;
(h) 提供式 (Iad) 的立體編碼DNA單體
(Iad);其中R
22係羥基的保護基團;(j) 視需要將步驟 (h) 中式 (Iad) 的立體編碼DNA單體硫-烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼DNA單體
(Id)
其中R
4係C1-C6烷基;(k) 使來自步驟 (h) 的式 (Iad) 的立體編碼DNA單體或來自 (j) 的式 (Id) 的立體編碼DNA單體與氯化劑反應以得到式 (IId) 的立體編碼活化單體
(IId);(l) 視需要從步驟 (k) 分離式 (IId) 的立體編碼活化化合物;(m) 使來自步驟 (k) 或 (l) 的式 (IId) 的化合物與來自步驟 (g) 的式 (X) 的化合物偶聯:
(X)
其中n係從1至7(包含端值)的整數;以提供式 (Xd) 的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA低聚物:
(Xd)
(n) 視需要,將式 (Xd) 的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA低聚物中的R
22基團和/或R
19基團去除,以提供式 (Xd) 的PMO-DNA雜低聚物:
(Xd),其中n係從1至7(包含端值),並且R
19和R
22獨立地是H或羥基保護基團、或與固體載體的連接基,其可以相同或不同。
在以上方法的另外的實施方式中,R
1和R
2係甲基。在還另外的實施方式中,R
3係三苯甲基。在還另外的實施方式中,其中R
19和R
22獨立地選自H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基、或與固體載體的連接基。
另外的實施方式可以提供一種藉由以上所報告之方法製備的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA雜低聚物。
本文提供了結晶穩定的立體編碼(即,手性)單體,其可以包括腺嘌呤 (A)、胞嘧啶 (C)、鳥嘌呤 (G)、尿嘧啶 (U) 和胸腺嘧啶 (T) 之一或其類似物,以及其製備方法和用途,包括用於合成立體純的多𠰌啉代低聚物。實施方式進一步提供了立體特異性活化單體之方法。一些實施方式提供了結晶穩定的手性𠰌啉代單體。其他實施方式進一步提供了結晶穩定的立體編碼DNA單體。
A. 定義
根據本揭露可用作活性劑的化合物包括以上和以下總體上描述的那些,並且由本文所揭露的實施方式、子實施方式和物質進一步說明。如本文所用,除非另外指出,否則以下定義將適用。
如本文所用的「活化單體」係已經被立體編碼並且製備用於合成二聚體或低聚物的單體。
如本文所用的「立體編碼」或「立體異構編碼」單體係當根據本揭露中所呈現之方法使用時將製備立體特異性二聚體或低聚物的單體。
如本文所描述的,本發明之化合物可以視需要被一個或多個取代基取代,諸如本文總體上說明的那些,或如本發明之特定類別、亞類和物種所舉例說明的。通常,術語「取代的」係指用指定的取代基替換給定結構中的氫。除非另有說明,否則取代的基團可以在該基團的每個可取代的位置處具有取代基,並且當任何給定結構中的一個以上位置可被選自指定基團的一個以上取代基取代時,該取代基在每個位置處可以是相同或不同的。由本揭露所設想的取代基的組合較佳的是導致形成穩定化合物的那些。
「視需要取代的」部分係可以是未取代的、或可以被取代的部分。如果沒有指示視需要的取代的具體選擇,則應理解,化合物可以被C1-C6烷基、C2-C8烯基、C2-C6炔基、C1-C6烷氧基(諸如,例如,但不限於,-OCH
2CH
2CH
3、或-OCH(CH
3)
2)、C1-C8胺基、C3-C10雜環基、C5-C15芳基、-OH、-NH
2、-F、-Cl、-Br、-SO
3、-CN、-NO
2、-CF
3、-CH
2-NH-CH
3中的一種或多種取代。視需要的取代基中與碳或氮相鄰的任何氫可以被諸如-OH、-NH
2、-F、-Cl、-Br、-SO
3、-CN、-NO
2、-CF
3、-CH
2-NH-CH的基團進一步取代。如果視需要取代的部分係環狀的,則視需要的取代可以是環中兩個原子之間的伸烷基橋。諸如「視需要取代的基團1、基團2和基團3」的描述意指所有基團視需要被取代,即,視需要取代的基團1、視需要取代的基團2和視需要取代的基團3。
如本文所用的「穩定的」係指化學上可行的化合物,其係在在水分或其他化學反應性條件不存在的情況下保持在40°C或更低的溫度下持續至少一週時實質上不改變的化合物。
如熟悉該項技術者應理解的,如本文所用,「H」係氫,「C」係碳,「N」係氮,「S」係硫,並且「O」係氧。
如本文所用,「烷基(alkyl)」或「烷基(alkyl group)」意指完全飽和的直鏈(即,非支鏈)、或支鏈烴鏈。在一些實施方式中,烷基具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個或更多個碳原子。在某些實施方式中,烷基含有1-10個碳原子(C1-C10烷基)。在某些實施方式中,烷基含有1-6個碳原子(C1-C6烷基)。在某些實施方式中,烷基含有1-4個碳原子(C1-C4烷基)。在某些實施方式中,烷基含有1-3個碳原子(C1-C3烷基)。在還其他實施方式中,烷基含有2-3個碳原子(C2-C3烷基),並且在又其他實施方式中,烷基含有1-2個碳原子(C1-C2烷基)。
如本文所用,「烯基(alkenyl)」或「烯基(alkenyl group)」係指具有一個或多個雙鍵的直鏈(即,非支鏈)、或支鏈烴鏈。在一些實施方式中,烯基具有2、3、4、5或6個碳原子。在某些實施方式中,烯基含有2-12個碳原子(C2-C12烯基)。在某些實施方式中,烯基含有2-6個碳原子(C2-C6烯基)。在還其他實施方式中,烯基含有3-4個碳原子(C3-C4
4烯基),並且在又其他實施方式中,烯基含有2-3個碳原子(C2-C3烯基)。根據另一方面,術語烯基係指具有兩個雙鍵的直鏈烴,也稱為「二烯」。示例性烯基的非限制性實例包括-CH=CH
2、-CH
2CH=CH
2、-CH=CHCH
3、-CH
2CH
2CH=CH
2、-CH
2CH=CHCH
3、-CH=CHCH
2CH
3和-CH=CHCH=CH
2。
如本文所用的「炔基(alkynyl)」或「炔基(alkynyl group)」係指具有一個或多個三鍵的直鏈(即,非支鏈)或支鏈烴鏈。在一些實施方式中,炔基具有2、3、4、5或6個碳原子。在某些實施方式中,炔基含有2-8個碳原子(C2-C8炔基)。在某些實施方式中,炔基含有2-6個碳原子(C2-C6炔基)。在還其他實施方式中,炔基含有3-4個碳原子(C3-C4炔基),並且在又其他實施方式中,炔基含有2-3個碳原子(C2-C3炔基)。
「Ar」或「芳基」係指具有一個或多個閉合環的芳族碳環部分。實例包括但不限於苯基、萘基、蒽基、菲基、聯苯基和芘基。除非另有說明,否則「Ar」或「芳基」包括如以下所描述的雜芳基。
「醯基」係指衍生自從含氧酸去除一個或多個羥基的部分。實例包括但不限於甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。
「鹵素」係指氯(Cl)、氟(F)、溴(Br)或碘(I)。提及「鹵素」取代基包括用「鹵素」取代。
「鹵化物」係指鹵素脫離基。
「雜芳基」係指具有一個或多個閉合環,在該等環的至少一個中具有一個或多個雜原子(氧、氮或硫)的雜環部分,其中該等環的至少一個係芳族環,並且其中該一個或多個環可以獨立地是稠合和/或橋連的。實例包括但不限於喹啉基、異喹啉基、吲哚基、呋喃基、吡啶基、噻吩基、吡唑基、喹㗁啉基、吡咯基、吲唑基、噻吩并[2,3-c]吡唑基、苯并呋喃基、吡唑并[1,5-a]吡啶基、噻吩基吡唑基、苯并噻吩基、苯并噻唑基、噻唑基、2-苯基噻唑基、咪唑基、吡咯基、呋喃基、噻吩基、吡啶基、嘧啶基、吡𠯤基、吲哚基、喹啉基和異㗁唑基。
「-OR」或「氧基」係指藉由氧原子附加至母體分子部分的R基團,其中R係H、烷基、烯基、炔基等。
「磺醯基」係指通式R-S(=O)2-R’的基團。磺醯基的實例包括但不限於對甲苯磺醯基、對溴苯磺醯基、鄰硝基苯磺醯基、對硝基苯磺醯基、甲烷磺醯基、三氟甲烷磺醯基、2,2,2-三氟乙基-1-磺醯基和5-(二甲基胺基)萘-1-磺醯基。
「烷氧基」係指藉由氧(「烷氧基」)原子附接至主碳鏈的如本文所定義的烷基。「烷氧基」的代表性實例包括但不限於甲氧基、乙氧基、丙氧基、苯氧基、2-丙氧基、丁氧基、三級丁氧基、戊氧基、己氧基等。
「羥基(Hydroxy)」或「羥基(hydroxyl)」係指-OH基團。
「羰基」係具有雙鍵鍵合至氧原子的碳原子的基團(C=O),通常在化學式中描描繪為C(O)。
「胺」或「胺基」係指基團-NH
2,其中該等氫中的沒有一個、一個或兩個可以被如本文所描述的合適的取代基(諸如烷基、烯基、炔基等)替代。
「醯胺」或「醯胺基」係指具有鍵合至氮原子的羰基的基團,諸如-C(O)NH
2,其中該等氫中的沒有一個、一個或兩個可以被如本文所描述的合適的取代基(諸如烷基、烯基、炔基等)替代。
「苄基」係附接至亞甲基的苯環,即C
6H
5CH
2-
如本文所用的「環烷基」係指含有從3至8個或更多個碳的飽和環烴基團。環烷基的代表性實例包括但不限於環丙基、環丁基、環戊基、環己基、環庚基和環辛基。
如本文所用的「環烯基」係指含有從3至8個或更多個碳並且具有一個或多個雙鍵的不飽和環烴基團。
如本文所用的「環炔基」係指含有從3至8個或更多個碳並且具有一個或多個三鍵的不飽和環烴基團。
如本文所用的「α-β-不飽和醯胺」或「不飽和醯胺」係指包含直接鍵合至醯胺羰基的烯烴或炔烴的醯胺,並且由結構
表示,其中R
'係氫或烷基。
「雜原子」係指O、S或N。
如本文所用的「雜環」或「雜環基」意指在環中含有至少一個雜原子的單環雜環、雙環雜環、或三環雜環。
單環雜環係含有至少一個獨立地選自由O、N和S組成之群組的雜原子的3員、4員、5員、6員、7員、或8員環。在一些實施方式中,雜環係含有一個選自由O、N和S組成之群組的雜原子的3員或4員環。在一些實施方式中,雜環係含有零個、一個或兩個雙鍵和一個、兩個、三個、或四個選自由O、N和S組成之群組的雜原子的5員環。在一些實施方式中,雜環係含有零個、一個、兩個、三個或四個雙鍵和一個、兩個、三個或四個選自由O、N和S組成之群組的雜原子的6員、7員、或8員環。單環雜環的代表性實例包括但不限於氮雜啶基、氮雜環庚烷基、氮丙啶基、二氮雜環庚烷基、1,3-二㗁𠮿基、1,3-二氧戊環基、二氫哌喃基(包括3,4-二氫-2H-哌喃-6-基)、1,3-二硫戊環基、1,3-二噻𠮿基、咪唑啉基、咪唑啶基、異噻唑啉基、異四氫噻唑基、異㗁唑啉基、異㗁唑啶基、𠰌啉基、氧雜、㗁二唑啉基、㗁二唑啶基、㗁唑啉基、㗁唑啶基、哌𠯤基、哌啶基、哌喃基、吡唑啉基、吡唑啶基、吡咯啉基、吡咯啶基、四氫呋喃基、四氫哌喃基(包括四氫-2H-哌喃-4-基)、四氫噻吩基、噻二唑啉基、噻二唑啶基、噻唑啉基、四氫噻唑基、硫代𠰌啉基、1,1-二氧橋硫代𠰌啉基(硫代𠰌啉碸)、硫代哌喃基和三噻𠮿基。
雙環雜環可以藉由與芳基基團稠合的單環雜環、或與單環環烷基稠合的單環雜環、或與單環環烯基稠合的單環雜環、或與單環雜環稠合的單環雜環來例示。雙環雜環的代表性實例包括但不限於3,4-二氫-2H-哌喃基、1,3-苯并間二氧雜環戊烯基、1,3-苯并二硫雜環戊烯基、2,3-二氫-1,4-苯并二㗁𠯤基、2,3-二氫-1-苯并呋喃基、2,3-二氫-1-苯并噻吩基、2,3-二氫-1H-吲哚基、3,4-二氫喹啉-2(1H)-酮和1,2,3,4-四氫喹啉基。
三環雜環係與芳基基團稠合的雙環雜環,或與單環環烷基稠合的雙環雜環,或與單環環烯基稠合的雙環雜環,或與單環雜環稠合的雙環雜環。三環雜環的代表性實例包括但不限於2,3,4,4a,9,9a-六氫-1H-咔唑基、5a,6,7,8,9,9a-六氫二苯并[b,d]呋喃基和5a,6,7,8,9,9a-六氫二苯并[b,d]噻吩基。
在上述雜芳基和雜環中,氮或硫原子可視需要被氧化成各種氧化態。在具體實例中,基團S(O)
0-2分別是指-S-(硫化物)、-S(O)-(亞碸)和-SO
2-(碸)。為方便起見,氮,尤其但非排他地,定義為環狀芳族氮的那些,意指包括那些相應的N-氧化物形式。
如本文所用的「鹽」係指本揭露中化合物的酸加成鹽或鹼加成鹽。鹽包括但不限於金屬錯合物以及無機酸和羧酸兩者的鹽。鹽還包括金屬鹽,諸如鋁鹽、鈣鹽、鐵鹽、鎂鹽、錳鹽和錯合鹽。另外,鹽包括但不限於,酸性鹽諸如乙酸鹽、天冬胺酸鹽、烷基磺酸鹽、芳基磺酸鹽、醋氧乙(axetil)鹽、苯磺酸鹽、苯甲酸鹽、碳酸氫鹽、雙硫酸(bisulfuric)鹽、雙酒石酸鹽(bitartaric)、丁酸鹽、依地酸鈣鹽、樟腦磺酸鹽、碳酸鹽、氯苯甲酸鹽、檸檬酸鹽、依地酸鹽、乙二磺酸(edisylic)鹽、十二烷基磺酸(estolic)鹽、乙磺醯(esyl)鹽、乙磺酸(esylic)鹽、甲酸鹽、富馬酸鹽、葡庚糖酸(gluceptic)鹽、葡萄糖酸鹽、麩胺酸鹽、乙醇酸鹽、羥乙醯基對胺苯砷酸(glycolylarsanilic)鹽、環乙磺酸(hexamic)鹽、己基雷鎖辛酸(hexylresorcinoic)鹽、海巴酸(hydrabamic)鹽、氫溴酸鹽、鹽酸鹽、氫碘酸鹽、羥基萘甲酸鹽、羥乙磺酸鹽、乳酸鹽、乳糖酸鹽、馬來酸鹽、蘋果酸鹽、丙二酸鹽、苦杏仁酸鹽、甲磺酸鹽、甲基硝酸鹽、甲基硫酸鹽、黏酸鹽、黏康酸(muconic)鹽、萘磺酸(napsylic)鹽、硝酸鹽、草酸鹽、對硝基甲磺酸鹽、撲酸(pamoic)鹽、泛酸鹽、磷酸鹽、磷酸氫鹽、磷酸二氫鹽、鄰苯二甲酸鹽、多聚半乳糖醛酸鹽、丙酸鹽、水楊酸鹽、硬脂酸鹽、琥珀酸鹽、胺基磺酸鹽、對胺基苯磺酸鹽、磺酸鹽、硫酸鹽、鞣酸鹽、酒石酸鹽、茶氯酸(teoclic)鹽、甲苯磺酸鹽等。鹽可以衍生自胺基酸,包括但不限於半胱胺酸。用於製備作為鹽的化合物之方法係熟悉該項技術者已知的(
參見例如,Stahl等人, Handbook of Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use [藥用鹽手冊:特性、選擇和用途], Wiley-VCH;Verlag Helvetica Chimica Acta [瑞士化學學報], Zurich, 2002;Berge等人,
J. Pharm. Sci. [ 藥學雜誌 ]66: 1, 1977)。
除非另有說明,否則如本文所用的用於描述化學基團或部分的命名法遵循以下慣例:從左至右讀取名稱,與分子其餘部分的連接點在名稱的右側。例如,基團「芳基C1-C6烷基」在烷基末端處附接至分子的其餘部分。
除非另有說明,否則在化學基團由其化學式(包括由「-」表示的末端鍵部分)描述的情況下,應理解,附接係從左到右讀取的。例如,-C(O)C1-C6烷基在羰基末端處附接至分子的其餘部分。
除非另有說明,否則本文所描繪的結構還意在包括結構的所有鏡像異構、非鏡像異構和幾何(或構象)形式;例如,每個不對稱中心的R和S組態,(Z)和(E)雙鍵異構物以及(Z)和(E)構象異構物。因此,本化合物的單一立體化學異構物以及鏡像異構、非鏡像異構和幾何(或構象)混合物都在本發明之範圍內。除非另有說明,否則本發明之化合物的所有互變異構形式都在本發明之範圍內。另外,除非另有說明,否則本發明之化合物的所有旋轉異構物形式都在本發明之範圍內。除非另有說明,否則本文所描繪的結構還意在包括僅在一個或多個同位素富集的原子存在下不同的化合物。例如,具有所呈現結構(除了氫被氘或氚替代,或者碳被
13C-或
14C-富集的碳替代)的化合物在本發明之範圍內。此類化合物可用作例如生物測定中的分析工具或探針。
「異構物」係指具有相同數量和種類的原子並且因此具有相同的分子量,但在原子的排列或組態方面不同的化合物。然而,應理解,一些異構物或外消旋物或其他異構物的混合物可以比其他異構物展現出更大的活性。「立體異構物」係指僅在空間中原子排列不同的異構物。「非鏡像異構物(diastereoisomer)」或「非鏡像異構物(diastereomer)」係指不是彼此的鏡像的立體異構物。「鏡像異構物」係指彼此為不能重疊的鏡像的立體異構物。
在一些實施方式中,本文所教導的鏡像異構化合物可以是「鏡像異構物純的」異構物,其基本上包含單個鏡像異構物,例如大於或等於90%、92%、95%、98%、或99%,或等於100%的單個鏡像異構物。
在一些實施方式中,本文所教導的鏡像異構化合物可以是立體異構物純的。如本文所用的「立體異構物純的」意指包含化合物的一種立體異構物並且實質上不含該化合物的其他立體異構物的化合物或其組成物。例如,具有一個手性中心的化合物的立體異構物純的組成物將實質上不含該化合物的相反鏡像異構物。具有兩個手性中心的化合物的立體異構物純的組成物將基本上不含化合物的非鏡像異構物,並且基本上不含相反鏡像異構物。典型的立體異構物純的化合物包含按重量計大於約80%的化合物的一種立體異構物和按重量計小於約20%的化合物的其他立體異構物、更較佳的是按重量計大於約90%的化合物的一種立體異構物和按重量計小於約10%的化合物的其他立體異構物、甚至更較佳的是按重量計大於約95%的化合物的一種立體異構物和按重量計小於約5%的化合物的其他立體異構物、並且最較佳的是按重量計大於約97%的化合物的一種立體異構物和按重量計小於約3%的化合物的其他立體異構物。參見,例如,美國專利案號7,189,715。
作為描述異構物的術語的「R」和「S」係在不對稱取代的碳原子上的立體化學組態的描述符。將不對稱取代的碳原子指定為「R」或「S」係藉由應用Cahn-Ingold-Prelog優先規則完成的,如熟悉該項技術者所熟知的,並描述於有機化學命名法.E部分,立體化學的國際純粹與應用化學聯合會(IUPAC)規則中。
鏡像異構物的「鏡像異構物過量」(ee)係[(主要鏡像異構物的莫耳分數)減去(次要鏡像異構物的莫耳分數)] × 100。
B. 式 (IV) 的手性試劑
實施方式可以提供一種式 (IV) 的手性試劑,其可以用於本文進一步描述的立體選擇性合成:
(IV)
實施方式還可以提供其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽。在式 (IV) 中,P*表示立構中心,該立構中心呈(R)或(S)組態。R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。視需要取代的雜環的實例包括𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。在一些實施方式中,R
1和R
2皆為C1-C6烷基。在一些另外的實施方式中,R
1和R
2皆為甲基。
R
15、R
16、R
17和R
18可以獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、或芳基。R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起可以形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環。
在一些實施方式中,R
15、R
16、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H,或R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
15係苯基並且R
16、R
17和R
18係H,或R
16係苯基,並且R
15、R
17和R
18係H。在一些實施方式中,R
15和R
16係甲基或形成環己基環,並且R
17和R
18係H。
在另外的實施方式中,R
15係甲基;R
16和R
17一起形成
或
;並且R
18係H。
式 (IV) 的化合物的非限制性實例示出於以下表1中。
[表1]
C. 製備式 (IV) 的手性試劑之方法 C1. 製備式 (IV) 的手性試劑的一種方法
化合物編號 | 化合物 |
1 | |
2 | |
3 | |
4 | |
5 | |
6 | |
7 | |
8 | |
9 | |
10 |
實施方式可以提供一種製備式 (IV) 的手性試劑:
(IV)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地是H或C1-C6烷基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。在一些實施方式中,R
1和R
2皆為C1-C6烷基。在一些另外的實施方式中,R
1和R
2皆為甲基。
R
15、R
16、R
17和R
18可以獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、或芳基。在一些實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起可以形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環。
在一些實施方式中,R
15、R
16、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H,或R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
15係苯基並且R
16、R
17和R
18係H,或R
16係苯基,並且R
15、R
17和R
18係H。
在另外的實施方式中,R
15係甲基;R
16和R
17一起形成
或
;並且R
18係H。
在一個實施方式中,製備式 (IV) 的化合物之方法包括以下步驟:使式 (V) 的化合物
(V),
其中X係選自取代的-S-芳基、-O-芳基或鹵化物的脫離基,其中芳基係視需要被烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、萘基,與NHR
1R
2在有機鹼的存在下反應以獲得式 (IV) 的手性試劑。
在一些實施方式中,脫離基X係-S-Ar或-O-Ar,其中Ar係苯基、五氟苯基、4-溴苯基、單硝基苯基、或二硝基苯基之一。
在一些實施方式中,有機鹼係1,8-二氮雜雙環[5.4.0]十一碳-7-烯,通常稱為DBU、咪唑、三乙胺、胡寧氏鹼、盧剔啶、吡啶及其任何組合。
可以根據該方法製備的化合物的非限制性實例係以上表1中所示的那些。
C2. 製備式 (IV) 的手性試劑的另一種方法
以下提供了製備式 (IV) 的手性試劑的亞屬、稱為式 (IVa) 的另外之方法。
(IVa)
其中C*和P*各自表示獨立地呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地是H或C1-C6烷基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。
該實施方式包括以下步驟:使式 (VI) 的化合物
(VI),
或其鹽,與手性氧化苯乙烯(即S-氧化苯乙烯或R-氧化苯乙烯)在氯乙酸的存在下反應以獲得式 (IVa) 的手性試劑。在一些實施方式中,X係脫離基,例如,取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物。在一些實施方式中,Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基。在一些實施方式中,Ar係五氟苯基或4-溴苯基。在一些實施方式中,式 (VI) 的化合物係鹽。在一些實施方式中,式 (VI) 的化合物係三乙胺或胡寧氏鹼的鹽;即,陽離子可以是例如三乙胺或胡寧氏鹼。
一種製備式 (VIa) 的化合物
(VIa) 或其鹽諸如三甲胺鹽之方法,包括以下步驟:使式 (VII) 的化合物
(VII)
與2,3,4,5,6-五氟苯硫酚反應。在一些實施方式中,R
1和R
2係甲基。
C3. 製備式 (IV) 的手性試劑的另外之方法
根據一些實施方式,本文提供了用於由式 (V) 的手性化合物製備式 (IV) 的手性試劑
(V),具有至少90% ee。
在式 (V) 中,P*指示(R)或(S)組態,R
15、R
16、R
17和R
18係H,X係選自取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基。
例如,X可以是-S-Ar,並且Ar係苯基、4-溴苯基、4-硝基苯基、五氟苯基、二硝基苯基、或2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。在一些實施方式中,式 (V) 的手性化合物係:
、
、
、
、
、或
,
式 (V) 的ee手性化合物可以是至少92%、至少95%、至少98%、或至少99%。
本文還揭露了一種用於製備式 (V) 的手性化合物之方法
(V),具有至少90% ee。
在式 (V) 中,P*指示(R)或(S)組態,R
15、R
16、R
17和R
18係H,X係選自取代的-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基。
揭露了一種製備式 (V) 的手性試劑之方法,其包括藉由手性SFC或手性HPLC分離
的外消旋混合物的步驟,
對於式 (V) 的手性化合物,X係-S-Ar,並且Ar係苯基、4-溴苯基、4-硝基苯基、五氟苯基、二硝基苯基、或2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。例如,式 (V) 的手性化合物可以是:
、
、
、
、
、或
,
式 (V) 的手性化合物的ee可以是至少92%、至少95%、至少98%、或至少99%。
D. 式 (I) 的 𠰌 啉代單體化合物和式 (Id) 的 DNA 單體化合物1. 式 (I) 的𠰌啉代單體化合物
根據一些實施方式,本文提供了一種式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體:
(I)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽。
在式 (I) 中,P*表示呈(R)或(S)組態的磷立構中心。R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。在一些實施方式中,R
1和R
2皆為甲基。在一些實施方式中,由R
1和R
2一起形成的視需要取代的雜環係視需要取代的𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。
R
3係𠰌啉代氮的保護基團。𠰌啉代氮的合適的保護基團包括例如但不限於視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)、3,4-二甲氧基苄基、二苯基甲基(DPM)、或磺醯基。磺醯基可以是例如2-硝基苯磺醯基、4-硝基苯磺醯基、或2,4-二硝基苯磺醯基。在一些實施方式中,R
3係三苯甲基。
R
4係氫或C1-C6烷基。在一些具體實施方式中,R
4係甲基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。
在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
在一些實施方式中,式 (I) 的化合物、其非鏡像異構物、鏡像異構物、或其鹽係結晶。
以下表2中示出了式 (I) 的化合物的一些實施方式。
[表2]
(R
4= H或甲基,用*標記的手性中心可以是
R、
S或
R和
S的混合物。)
2. 式 (Id) 的DNA單體化合物
化合物編號 | 化合物* |
11 | |
12 | |
13 | |
14 | |
15 | |
16 | |
17 | |
18 | |
19 | |
20 | |
21 | 用*標記的手性中心可以是 R、 S或 R和 S的混合物。 |
22 | 用*標記的手性中心可以是 R、 S或 R和 S的混合物。 |
23 | |
24 | |
25 | |
26 | |
27 | |
28 | |
29 | |
30 | |
31 | |
32 | |
33 | |
34 | |
35 | |
36 | |
37 | |
38 | |
39 | |
40 |
根據一些實施方式,本文提供了一種式 (Id) 的立體編碼DNA單體:
(Id)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽。
在式 (Id) 中,P*表示呈(R)或(S)組態的磷立構中心。R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。在一些實施方式中,R
1和R
2皆為甲基。在一些實施方式中,由R
1和R
2一起形成的視需要取代的雜環係視需要取代的𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。
R
22係羥基氧的保護基團。羥基氧的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基二甲基矽基(TBS))、三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基。
R
4係氫或C1-C6烷基。在一些具體實施方式中,R
4係甲基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
在一些實施方式中,式 (Id) 的化合物、其非鏡像異構物、鏡像異構物、或其鹽係結晶。
以下表3中示出了式 (Id) 的化合物的一些實施方式。
[表3]
(R
4= H或甲基)
E. 製備式 (I) 的結晶 𠰌 啉代單體和式 (Id) 的 DNA 單體之方法1.
製備式 (I) 的結晶𠰌啉代單體之方法
化合物編號 | 化合物* |
41 | |
42 | |
43 | |
44 | |
45 | |
46 | |
47 | |
48 | |
49 | |
50 | |
51 | 用*標記的手性中心可以是 R、 S或 R和 S的混合物。 |
52 | 用*標記的手性中心可以是 R、 S或 R和 S的混合物。 |
53 | |
54 | |
55 | |
56 |
還另外的實施方式提供了一種用於製備式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體:
(I)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。
在式 (I) 中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。在一些實施方式中,R
1和R
2皆為甲基。在一些實施方式中,由R
1和R
2一起形成的視需要取代的雜環係視需要取代的𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。
R
3係𠰌啉代氮的保護基團。𠰌啉代氮的合適的保護基團包括例如但不限於視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)、3,4-二甲氧基苄基、二苯基甲基(DPM)、或磺醯基。磺醯基可以是例如2-硝基苯磺醯基、4-硝基苯磺醯基、或2,4-二硝基苯磺醯基。在一些實施方式中,R
3係三苯甲基。
R
4係氫或C1-C6烷基。在一些具體實施方式中,R
4係甲基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
該方法可以提供以下步驟:
使式 (III) 的化合物:
(III),
其中R
3和鹼如以上所定義,與具有式 (IV) 的結構的手性試劑:
(IV),
其中R
1和R
2如以上所定義;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基,
或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環,在鹼的存在下反應以獲得式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體。
在一些實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18係H。在一些實施方式中,R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H。在某些實施方式中,R
15係苯基並且R
16、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
16係苯基,並且R
15、R
17、R
18係H。不受限制地,式 (IV) 的手性試劑可以是表1中的實例之一。在一些實施方式中,式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體係結晶。
在其存在下進行反應的鹼可以是例如氫氧化鈉、氫化鈉(NaH)、1,8-二氮雜雙環[5.4.0]十一碳-7-烯(DBU)、戊酸鈉、三級丁醇鉀、三級戊醇鉀和雙(三甲基矽基)醯胺鈉(NaHMDS)中的任一種。
在一個方面,以上所報告的反應在室溫下進行。在一個方面,它們在極性溶劑中進行。該極性溶劑可以是例如四氫呋喃(THF)、乙腈、2-MeTHF、1,6-二㗁𠮿和DME。
在一些實施方式中,所得立體編碼𠰌啉代單體的非鏡像異構物過量/鏡像異構物過量比率(de/ee比率/立體選擇性)係至少90%、至少95%、至少98%、或至少99%。
2. 製備式 (Id) 的DNA單體之方法
還另外的實施方式提供了一種用於製備式 (Id) 的立體編碼DNA單體:
(Id)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。
在式 (Id) 中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。在一些實施方式中,R
1和R
2皆為甲基。在一些實施方式中,由R
1和R
2一起形成的視需要取代的雜環係視需要取代的𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基。
R
22係羥基氧的保護基團。羥基氧的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基(二甲基)矽基(TBS))、三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基。
R
4係氫或C1-C6烷基。在一些具體實施方式中,R
4係甲基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21時,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11,並且R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
該方法可以提供以下步驟:
使式 (IIId) 的化合物:
(IIId),
其中R
22和鹼如以上所定義,與具有式 (IV) 的結構的手性試劑:
(IV),
其中R
1和R
2如以上所定義;R
15、R
16、R
17和R
18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基,
或R
15、R
16、R
17和R
18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環,在鹼的存在下反應以獲得式 (Id) 的立體編碼DNA單體。
在一些實施方式中,R
15、R
16、R
17和R
18係H。在一些實施方式中,R
15係C1-C10烷基或芳基,並且R
16、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
16係C1-C10烷基或芳基,並且R
15、R
17、R
18係H。在某些實施方式中,R
15係苯基並且R
16、R
17、R
18係H。在一些實施方式中,R
16係苯基,並且R
15、R
17、R
18係H。不受限制地,式 (IV) 的手性試劑可以是表1中的實例之一。在一些實施方式中,式 (Id) 的立體編碼DNA單體係結晶。
在其存在下進行反應的鹼可以是例如氫氧化鈉、氫化鈉(NaH)、1,8-二氮雜雙環[5.4.0]十一碳-7-烯(DBU)、戊酸鈉、三級丁醇鉀、三級戊醇鉀和雙(三甲基矽基)醯胺鈉(NaHMDS)中的任一種。
在一個方面,以上所報告的反應在室溫下進行。在一個方面,它們在極性溶劑中進行。該極性溶劑可以是例如四氫呋喃(THF)、乙腈、2-MeTHF、1,6-二㗁𠮿和DME。
在一些實施方式中,所得立體編碼DNA單體的非鏡像異構物過量/鏡像異構物過量比率(de/ee比率/立體選擇性)係至少90%、至少95%、至少98%、或至少99%。
F. 式 (V) 的手性試劑和其他試劑在製備其他單體中的應用
式 (V) 的手性試劑
(V),
可以用於具有硫代磷酸鍵的立體純單體和立體純寡核苷酸的合成中。
在其他實施方式中,具有式 (V’) 的手性試劑
(V’)
也可以用於具有磷酸二酯鍵的單體和寡核苷酸的合成中。
在式 (V) 和 (V’) 中,*指示呈(R)或(S)組態的立體中心,X係選自取代的-S-芳基、-O-芳基或鹵化物的脫離基。例如,芳基可以是視需要被烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、萘基。R
15、R
16、R
17和R
18係H,
由式 (V) 和 (V’) 的手性試劑製備的手性單體可以包括例如以下所示出的化合物:
以及其非鏡像異構物和鏡像異構物。
A係O或S;當A係S時,*指示呈(R)或(S)組態的立體中心;R
3係H或𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基和磺醯基;R
19係H或羥基的保護基團。
在一些實施方式中,R
23係F、或OR
25,其中R
25係C1-C6烷基、(C1-C6烷氧基)烷基或羥基的保護基團,諸如甲基或-OCH
2CH
2OMe;並且R
24係H。在其他實施方式中,R
23和R
24一起產生視需要取代的環以形成鎖核酸(LNA)、2’-胺基-LNA、2’-
S-限制的乙基(cEt)或2’-
O, 4’-
C-伸乙基-橋連的核酸(ENA)。
鹼可以例如選自:
、
、
、
、
、
和
;
R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14;其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11,並且R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基;
當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11時,R
11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基;
當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR
11時,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基;R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基,或
R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
G. 製備式 (II) 的立體編碼活化單體和式 (IId) 的立體編碼活化單體之方法1. 製備式 (II) 的立體編碼活化單體之方法
另外的實施方式提供了一種製備式 (II) 的立體編碼活化單體
(II)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。在式 (II) 中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。在一些實施方式中,R
1和R
2係甲基。
R
3係𠰌啉代氮的保護基團。𠰌啉代氮的合適的保護基團包括例如但不限於視需要取代的烷基、苄基、三苯甲基和磺醯基。取代的三苯甲基可以是例如包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)。取代的苄基可以是4-甲氧基苄基(PMB或MPM)、3,4-二甲氧基苄基、或二苯基甲基(DPM)。磺醯基可以是例如2-硝基苯磺醯基、4-硝基苯磺醯基、或2,4-二硝基苯磺醯基。在一些實施方式中,R
3係三苯甲基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中當R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21時,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11,並且R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
反應可以包括以下步驟:
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia)
(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體的硫烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
其中R
4係C1-C6烷基;
(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體。
在一些實施方式中,烷基化藉由向式 (Ia) 的化合物添加三乙胺和碘甲烷來進行。在一些實施方式中,氯化劑係硫醯氯。在其中使用式 (Ia) 的實施方式中,氯化劑可以是四甲基氯代烯胺。在一些實施方式中,步驟 (c) 在鹼的存在下進行。鹼可以是三甲基吡啶,諸如2,4,6-三甲基吡啶(也稱為2,4,6-三甲基吡啶(2,4,6-collidine))與氯化劑一起包含。
2. 製備式 (IId) 的立體編碼活化單體之方法
另外的實施方式提供了一種製備式 (IId) 的立體編碼活化單體
(IId)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。在式 (IId) 中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。
R
22係羥基氧的保護基團。羥基氧的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基(二甲基)矽基(TBS))、三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、苄基或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
反應可以包括以下步驟:
(a) 提供式 (Iad) 的立體編碼DNA單體
(Iad)
其中R
22係羥基氧的保護基團。羥基氧的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基(二甲基)矽基(TBS))、三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基。
(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Iad) 的立體編碼DNA單體的硫烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼DNA單體
(Id)
其中R
4係C1-C6烷基;
(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Iad) 的立體編碼DNA單體或來自步驟 (b) 的式 (Id) 的立體編碼DNA單體與氯化劑反應以得到式 (IId) 的立體編碼活化單體。
在一些實施方式中,烷基化藉由向式 (Iad) 的化合物添加三乙胺和碘甲烷來進行。在一些實施方式中,氯化劑係硫醯氯。在其中使用式 (Iad) 的實施方式中,氯化劑可以是四甲基氯代烯胺。在一些實施方式中,2,4,6-三甲基吡啶(也稱為三甲基吡啶(collidine))與氯化劑一起包含。
H. 用於由活化 𠰌 啉代單體製備 𠰌 啉代二聚體之方法
實施方式可以提供一種製備式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體,
(VIII)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,使用如本文所報告的立體編碼活化單體。
在式 (VIII)中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心;R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,諸如𠰌啉、哌𠯤、吡咯啶和氮雜環丁烷。在一些實施方式中,R
1和R
2係甲基。R
3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基。在一些實施方式中,R
3係三苯甲基。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
R
19係羥基的合適的保護基團。在一些實施方式中,保護基團選自矽基、醯基和視需要取代的三苯甲基。
在具體實施方式中,R
19可以是例如H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基。
在一個方面,如所揭露之方法至少包括以下步驟:
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);
(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體的硫烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I),
其中R
4係C1-C6烷基;
(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體:
(II);
(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (II) 的立體編碼活化化合物;
(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (II) 的立體編碼活化化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX),
以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體。R
19可以是例如H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基,並且可以是通常被用於將𠰌啉代單體衍生物連接至固體載體/樹脂的「連接基」。實例包括琥珀醯基、琥珀醯基-3-胺基丙醯基、十二烷基肌胺酸鈉(sarcosyl)和琥珀醯基十二烷基肌胺酸鈉。式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體的實例在以下示出:
。
在另外的實施方式中,PMO-DNA雜二聚體可以藉由使式 (IId) 的立體編碼活化化合物
(IId)
與式 (IX) 的手性試劑偶聯來製備:
(IX),
式 (IId) 的立體編碼活化化合物可以藉由以下步驟由式 (Iad) 的立體編碼DNA單體來製備。
(a) 提供式 (Iad) 的立體編碼DNA單體
(Iad);
其中R
22係羥基氧的保護基團。羥基氧的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基(二甲基)矽基(TBS))或三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基;
(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Iad) 的立體編碼DNA單體硫-烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼DNA單體
(Id)
其中R
4係C1-C6烷基;
(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Iad) 的立體編碼DNA單體或來自 (b) 的式 (Id) 的立體編碼DNA單體與氯化劑反應以得到式 (IId) 的立體編碼活化單體
(IId)。
(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (IId) 的立體編碼活化化合物;
然後可以使式 (IId) 的活化單體與式 (IX) 的化合物偶聯:
(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (IId) 的立體編碼活化化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX),
以得到PMO-DNA雜二聚體 (XIId)。
R
19可以是例如TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基,並且可以是通常被用於將𠰌啉代單體衍生物連接至固體載體/樹脂的「連接基」。實例包括琥珀醯基、琥珀醯基-3-胺基丙醯基、十二烷基肌胺酸鈉(sarcosyl)和琥珀醯基十二烷基肌胺酸鈉。
式 (XIId) 的PMO-DNA雜二聚體的實例在以下示出:
(XIId),
其中鹼、R
1和R
2如以上所定義,R
19、R
22可以獨立地是如以上所定義的保護基團、或與固體載體的連接基、或H(在本領域已知的條件下將保護基團去除或將連接基從固體載體裂解之後)。
I. 用於由 𠰌 啉代二聚體製備低聚物之方法1.
由𠰌啉代二聚體製備低聚物
如本文所報告的方面可以提供一種製備式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物
(X)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。在式 (X) 的化合物中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心。R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。
鹼選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
在一些實施方式中,R
19係H或羥基的合適的保護基團。合適的保護基團諸如但不限於TBS、TBDPS、苯甲醯基、或DMTr。在一些實施方式中,R
19可以是通常被用於將𠰌啉代單體衍生物連接至固體載體/樹脂的與固體載體的「連接基」。與固體載體的連接基的實例包括琥珀醯基、琥珀醯基-3-胺基丙醯基、十二烷基肌胺酸鈉(sarcosyl)和琥珀醯基十二烷基肌胺酸鈉。
該方法包括以下步驟:
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);
其中R
3係視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;
(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體硫-烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
其中R
4係C1-C6烷基;
(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體
(II);
(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (II) 的立體編碼活化化合物;
(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (II) 的化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX)
以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體
(VIII),
其中R
19係H或羥基的合適的保護基團;或R
19可以是通常被用於將𠰌啉代單體衍生物連接至固體載體/樹脂的「連接基」。實例包括3-胺基丙基、琥珀醯基、2,2′-二橋伸乙基磺醯基和長鏈烷基胺基。
(f) 將式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體去保護以獲得式 (X) 的中間體低聚物
(X),
其中n係1;
(g) 將步驟 (i) 和步驟 (ii) 重複低於m次,其中m係從0至28(包含端值)的整數:
(i) 使式 (X) 的中間體低聚物
(X),
其中n係從1至28(包含端值)的整數,
與式 (II) 的立體編碼活化化合物反應
(II)
由式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體藉由步驟 (a) 至 (d) 來製備
(I),
其中R
4係H或C1-C6烷基,
以提供式 (XI) 的中間體:
(XI),
其中n係從1至29(包含端值)的整數;以及
(ii) 將來自步驟 (i) 的式 (XI) 的中間體去保護以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物:
(X);
其中n係從1至29(包含端值)的整數;
(h) 當R
19係羥基的合適的保護基團時、或當R
19係與固體載體/樹脂的連接基時,視需要將來自步驟 (g) 的步驟 (ii) 的式 (X) 的中間體低聚物中的R
19基團去除。這提供了式 (XIII) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物:
(XIII),
其中n係從1至29(包含端值)。
可以將R
19保護基團或連接基藉由標準去保護條件,例如,在甲醇中的7N氨或氨水與水、甲醇、乙醇、異丙醇和該等溶劑的混合物在50°C - 65°C下去除。
2. 用於製備PMO-DNA雜低聚物之方法
如本文所報告的方面可以提供一種製備式 (Xd) 的PMO-DNA雜低聚物:
(Xd)
或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法。在式 (Xd) 的化合物中,P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心,並且每個P*不需要係相同的。在式 (Xd) 中,n係在1與7之間(包含端值)的整數。R
1和R
2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R
1和R
2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環。
每種鹼可以相同或不同並且選自由以下組成之群組:
、
、
、
、
、
和
。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10獨立地是-NR
20R
21或-N=CR
12-NR
13R
14。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-NR
20R
21,R
20和R
21獨立地選自-H、-C(O)R
11和-C(O)OR
11。R
11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)R
11,R
11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基。在一些實施方式中,其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10係-NHC(O)OR
11,R
11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基。
其中R
5、R
6、R
7、R
8和R
10中的任一個獨立地是-N=CR
12-NR
13R
14,在一些實施方式中,R
12、R
13和R
14獨立地是C1-C6烷基。在其他實施方式中,R
12和R
13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環。例如,當示出具有相鄰的氮時,R
12、R
13和R
14可以是以下之一:
或
。
R
9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。醯基取代基的實例包括例如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、丙烯醯基、巴豆醯基和苯甲醯基。在一些實施方式中,R
9選自由H、氰基乙基、(
R)和/或(
S) α-甲基氰基乙基、(
R)和/或(
S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
R
19係H或羥基的合適的保護基團、或與固體載體的連接基。合適的保護基團包括但不限於TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基組成的組。
R
22係H、羥基的合適的保護基團、或與固體載體的連接基。羥基的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基(二甲基)矽基(TBS))、三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基。
該方法包括以下步驟:
(a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體
(Ia);
其中R
3係視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基;
(b) 視需要將步驟 (a) 中式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體硫-烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體
(I)
其中R
4係C1-C6烷基;
(c) 使來自步驟 (a) 的式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自 (b) 的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體
(II);
(d) 視需要從步驟 (c) 分離式 (II) 的立體編碼活化化合物;
(e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的式 (II) 的化合物與式 (IX) 的化合物偶聯
(IX)
以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體
(VIII),
其中R
19係羥基的合適的保護基團;並且可以是通常被用於將𠰌啉代單體衍生物連接至固體載體/樹脂的「連接基」。實例包括3-胺基丙基、琥珀醯基、2,2′-二橋伸乙基磺醯基和長鏈烷基胺基;
(f) 將式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體去保護以獲得式 (X) 的中間體低聚物
(X),
其中n係1;
(g) 將步驟 (i) 和步驟 (ii) 重複低於m次,其中m係從0至6(包含端值)的整數:
(i) 使式 (X) 的中間體低聚物
(X),
其中n係從1至7(包含端值)的整數,
與由式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體藉由步驟 (a) 至 (d) 所製備的式 (II) 的立體編碼活化化合物反應
(I),
其中R
4係H或C1-C6烷基,
以提供式 (XI) 的中間體:
(XI),
其中n係從1至4(包含端值)的整數;以及
(ii) 將來自步驟 (i) 的式 (XI) 的中間體去保護以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物:
(X);
其中n係從1至7(包含端值)的整數;
(h) 提供式 (Iad) 的立體編碼DNA單體
(Iad);
其中R
22係羥基氧的保護基團。羥基氧的合適的保護基團包括例如但不限於三烷基矽基(其中烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基,諸如三級丁基(二甲基)矽基(TBS))、三級丁基二苯基矽基、三苯基矽基、三苯甲基、取代的三苯甲基,包括MMTr(對甲氧基苯基二苯基甲基)和DMTr(4,4’-二甲氧基三苯基甲基)、苄基、4-甲氧基苄基(PMB或MPM)和酸不穩定保護基團,包括例如2-四氫哌喃基或1-乙氧乙基;
(j) 視需要將步驟 (h) 中式 (Iad) 的立體編碼DNA單體硫-烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼DNA單體
(Id)
其中R
4係C1-C6烷基;
(k) 使來自步驟 (h) 的式 (Iad) 的立體編碼DNA單體或來自 (j) 的式 (Id) 的立體編碼DNA單體與氯化劑反應以得到式 (IId) 的立體編碼活化單體
(IId);
(l) 視需要從步驟 (k) 分離式 (IId) 的立體編碼活化化合物;
(m) 使來自步驟 (k) 或 (l) 的式 (IId) 的化合物與來自步驟 (g) 的式 (X) 的化合物偶聯:
(X)
其中n係從1至7(包含端值)的整數;
以提供式 (Xd) 的中間體:
(Xd)
(n) 視需要,將R
22基團和/或R
19基團去除,以提供式 (Xd) 的PMO-DNA雜低聚物:
(Xd),
其中n係從1至7(包含端值)的整數。P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心,並且每個P*不需要係相同的。
R
1、R
2、鹼如以上所定義。R
19、R
22可以獨立地是如以上所定義的保護基團、或H(在本領域已知的條件下將保護基團或連接基去除之後)。當R
19係連接基時,可以將其在本領域已知的條件下裂解。
使得可以更充分地理解本揭露,包括以下實例。該等實例僅出於說明性目的而不應解釋為限制。
實例
定義:以下縮寫具有所指示的含義:
ACN:乙腈
aq.:水溶液
Boc
2O:二碳酸二三級丁酯
Brettphos:2-(二環己基膦基)-3,6-二甲氧基-2',4',6'-三異丙基-1,1'-聯苯
tBuONa:三級丁醇鈉
Bz:苯甲醯基
CH
2Cl
2:二氯甲烷
CH
3I:碘甲烷
Cs
2CO
3:碳酸銫
DCC:N,N’-二環己基碳二亞胺
DCM:二氯甲烷
DIEA:N,N-二異丙基乙胺
DIPEA:N,N-二異丙基乙胺
DMAP:4-(二甲基胺基)吡啶
DME:二甲氧基乙烷
DMF:二甲基甲醯胺
DMSO:二甲基亞碸
EGTA:乙二醇四乙酸
ESI-MS:電灑電離 - 質譜法
EtOH:乙醇
EtOAc:乙酸乙酯
h:小時
HATU:1-[雙(二甲基胺基)亞甲基]-1H-1,2,3-三唑并[4,5-b]吡啶鎓3-氧化物六氟磷酸鹽
H
2SO
4:硫酸
胡寧氏鹼:N,N-二異丙基乙胺
iPrOH:異丙醇
K
2CO
3:碳酸鉀
KHMDS:雙(三甲基矽基)醯胺鉀
KOH:氫氧化鉀
LCMS:液相層析法 - 質譜分析法
MeOH:甲醇
MgSO
4:硫酸鎂
min:分鐘
MsCl:甲烷磺醯氯
NaBH
3CN:氰基硼氫化鈉
NaBH(OAc)
3:三乙醯氧基硼氫化鈉
NaHCO
3:碳酸氫鈉
NH
4Cl:氯化銨
NH
4HCO
3:碳酸氫銨
NaI:碘化鈉
NaNO
3:硝酸鈉
NaOAc:乙酸鈉
nBuOH:正丁醇
製備型HPLC:製備型高效液相層析法
製備型TLC:製備型薄層層析法
TBAF:四丁基氟化銨
TBDMS-CL:三級丁基二甲基矽基氯化物
TBSCl:三級丁基二甲基矽基氯化物
TBSOTf:三氟甲磺酸三級丁基二甲基矽基酯
TEA:三乙胺
TESCl:三乙基氯矽烷
TFA:三氟乙酸
THF:四氫呋喃
Ti(O
iPr)
4:異丙醇鈦
TLC:薄層層析法
PPTS:對甲苯磺酸吡啶鎓
PE:石油醚
PEG:聚(乙二醇)
PtO
2:二氧化鉑
Pd/C:碳鈀(0)
Pd
2(dba)
3:三(二亞苄基丙酮)二鈀(0)
Pd(dppf)
2Cl
2:[1,1'-雙(二苯基膦基)二茂鐵]二氯化鈀(II)
RT:室溫
Ruphos:2-二環己基膦基-2',6'-二異丙氧基聯苯
sat.:飽和的
SFC:超臨界流體層析法
𠮿(Xantphos):4,5-雙(二苯基膦基)-9,9-二甲基𠮿 實例 1 - (2
R,4
S)-2-(
二甲基胺基 )-4- 苯基 -1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的製備:
向在甲苯(20 mL)中的2,4-雙(二甲基胺基)-1,3,2,4-二硫雜二膦烷2,4-二硫化物 (
3)(使用文獻程序製備:
Z. anorg. Allg. Chemie. [ 有機與無機化學雜誌 ] 1973,
397, 225 - 320和
Eur. J. Inorg. Chem. [ 歐洲無機化學雜誌 ] 2004, 3842 - 3845,兩者均藉由引用併入本文)(1.00 g,3.59 mmol)添加2,3,4,5,6-五氟苯硫酚(1.44 g,7.18 mmol)。藉由吹氮氣10 min使反應燒瓶惰性化。經30 min的時間段添加三乙胺(2.0 mL,14 mmol)。將溶液在室溫下攪拌過夜(
31P NMR譜圖分析指示起始材料被消耗)。將反應混合物在真空下濃縮以得到呈黏性液體的鹽
4,將其直接用於下一步驟而無需進一步純化。
將鹽
4(以上所製備的)懸浮在甲苯(20 mL)中並且用(
R)-氧化苯乙烯(0.65 g,5.4 mmol)處理,隨後用氯乙酸(1.69 g,18.0 mmol)處理。將混合物在室溫下攪拌過夜。將反應混合物倒入水(20 mL)中並且用EtOAc(30 mL)稀釋。層分離之後,將有機層用10% K
2HPO
4的水溶液洗滌,經Na
2SO
4乾燥,過濾並且真空濃縮。將殘餘物溶解於EtOAc(5 mL)中,並且然後用正庚烷(30 mL)處理以使呈黃色固體的化合物
Xa沈澱。化合物
Xa的
1H和
31P NMR譜圖與先前製備的化合物
Xa的譜圖相匹配。
實例 1A - (2
R,4
S)-2-(
二甲基胺基 )-4- 苯基 -1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的替代性製備:
合成:在0°C下,向(2
S,4
S)-2-((全氟苯基)硫代)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(30.0 g,72.4 mmol)在無水THF(400 mL)中的溶液中添加二甲胺(91.0 mL,181 mmol)(2.0 M,在THF中),隨後添加胡寧氏鹼(12.7 mL,72.4 mmol),並且在室溫下攪拌過夜。將反應混合物濃縮大約至100 mL,並且然後用NaHCO
3水溶液(200 mL)和EtOAc(300 mL)稀釋。將有機層分離,用NaHCO
3水溶液(200 mL)和鹽水(2 × 200 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,過濾並且蒸發。將粗材料重新溶解於EtOAc(200 mL)中,並且藉由矽藻土(celite)墊過濾以去除任何固體。將濾液濃縮並且藉由矽膠柱層析法(CH
2Cl
2/正庚烷 = 0%至100%)純化以得到黏性液體。
沈澱:將以上純化的化合物溶解於EtOAc(50 mL)中,用正庚烷(200 mL)緩慢處理,並且然後在室溫下攪拌2 h。將所得固體過濾,用正庚烷(50 mL)洗滌,並且在真空下乾燥18 h以得到呈白色固體的(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(12.4 g,66%收率)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 7.36 - 7.24 (m, 5H), 5.12 (dt,
J= 4.9, 8.3 Hz, 1H), 4.62 - 4.49 (m, 1H), 4.22 (ddd,
J= 8.3, 9.8, 14.5 Hz, 1H), 2.87 (s, 3H), 2.84 (s, 3H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 102.9;ESI-MS
m/z: 針對[C
10H
14NOPS
2+H]
+的計算值260.03;實測值260.08。
實例 1C - (2
S,4
R)-2-(
二甲基胺基 )-4- 苯基 -1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的製備:
使用與實例1中的(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物的製備相同的程序和相同當量,20.0 g的(2
R,4
R)-2-((全氟苯基)硫代)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物得到呈白色固體的標題化合物(8.4 g,67%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 7.35 - 7.22 (m, 5H), 5.14 - 5.08 (m, 1H), 4.59 - 4.48 (m, 1H), 4.32 (ddd,
J= 8.5, 9.6, 14.7 Hz, 1H), 2.85 (s, 3H), 2.82 (s, 3H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 102.9;ESI-MS
m/z: 針對[C
10H
14NOPS
2+H]
+的計算值260.03;實測值260.17。
實例 2 - 結晶 𠰌 啉代單體 O -(((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
S)-
二甲基硫代磷醯胺酯的製備:
實例 2A : 使用苯乙烯 -PSI-NMe
2 :
使用冰浴,將
N-(1-((2
R,6
S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(1.00 g,1.74 mmol)和(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.68 g,2.62 mmol)在THF(17.5 mL)中的溶液冷卻至0°C。經20 min逐滴添加三級丁醇鉀(5.2 mL,5.24 mmol)(1.0 M,在THF中)。在0°C下攪拌2 h之後,藉由添加AcOH(0.6 mL,10.5 mmol)將反應淬滅並且在室溫下攪拌1 h。將反應混合物用10% NaH
2PO
4水溶液(20 mL)和EtOAc(30 mL)稀釋。將有機層分離,用鹽水(3 × 20 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,過濾並且濃縮至最終大約5 mL的體積。將殘餘物用正庚烷(25 mL)稀釋,並且攪拌30 min以使呈白色固體的二甲基硫代磷醯胺酯(thioate)沈澱。將固體過濾,用正庚烷(10 mL)洗滌,並且在真空下乾燥過夜以得到標題化合物(950 mg,78%)。
將少量的化合物藉由矽膠柱層析法(THF/正庚烷 = 0%至100%)純化以記錄譜圖數據。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 11.59 (br s, 1H), 8.01 (br d,
J= 7.3 Hz, 2H), 7.65 - 7.38 (m, 10H), 7.36 - 7.14 (m, 10H), 6.12 (br d,
J= 8.5 Hz, 1H), 4.47 - 4.31 (m, 1H), 3.99 - 3.85 (m, 1H), 3.65 - 3.54 (m, 1H), 3.49 (br d,
J= 11.0 Hz, 1H), 3.15 - 3.03 (m, 1H), 3.03 - 2.94 (m, 6H), 2.74 - 2.66 (m, 1H), 1.37 - 1.13 (m, 2H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 65.1;ESI-MS
m/z: 針對[C
37H
38N
5O
5PS+H]
+的計算值696.24;實測值696.30。
實例 2B : 使用手性 2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物:
2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的合成:
在0°C下,向三氯磷烷(33.5 mL,384 mmol)在甲苯(400 mL)中的溶液中添加吡啶(62.1 mL,768 mmol)。20 min之後,在0°C下,將2-巰基乙-1-醇(30.0 g,384 mmol)逐滴添加至反應混合物中持續30 min(
提醒:在劇烈攪拌下將反應溫度維持在0°C下。使氯化吡啶鎓作為白色固體沈澱)。在添加完成之後,將反應混合物升溫至室溫並且繼續攪拌另外1 h。將固體過濾,洗滌甲苯(100 mL),並且將濾液在減壓下濃縮至大約300 mL的體積(在20 mm汞柱下維持水浴溫度30°C)。
在0°C下,向殘餘甲苯溶液中添加胡寧氏鹼(101 mL,575 mmol),隨後添加二甲胺(384 mL,767 mmol,2.0 M,在THF中)。在室溫下攪拌6 h之後,藉由過濾去除二異丙胺鹽酸鹽固體,將溶劑在減壓下蒸發,並且將產物蒸餾(在室內真空下105°C-110°C)。
在0°C下,向P(III)-NMe
2在甲苯(200 mL)中的溶液中添加分子硫(18.47 g,576 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌1 h,在室溫下攪拌過夜。將反應通過矽藻土墊過濾,用EtOAc(100 mL)洗滌,將濾液濃縮並且將粗材料使用矽膠柱層析法(EA/正庚烷 = 0%至50%)純化以得到呈淡黃色油的2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(23.5 g,128 mmol,33%收率)。
1H NMR (400 MHz, 二氯甲烷-
d 2) δ 4.42 - 4.58 (m, 1 H), 4.29 (tdd,
J= 10.22, 10.22, 5.69, 4.88 Hz, 1 H), 3.50 - 3.58 (m, 1 H), 3.38 - 3.48 (m, 1 H), 2.87 - 2.90 (m, 3 H), 2.83 - 2.85 (m, 3 H);
31P NMR (162 MHz, 二氯甲烷-
d 2) δ 102.05 (s, 1 P)。
使外消旋混合物2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物經受以下手性SFC條件以分離產物的(
R)和(
S)-立體異構物:
分析型條件:
柱:ChiralCel OD-H 4.6 x 100 mm
流動相:10%異丙醇,在CO2中
流速:2.5 mL/min
樣本:1.0 mg/mL
進樣:5 uL
檢測:220 nm
製備型條件:
柱:ChiralCel OD-H 21 x 250 mm
流動相:10%異丙醇,在CO2中
流速:60 mL/min
樣本:500 mg溶解於16.6 mL異丙醇 + 16.6 mL二氯甲烷
進樣:1.0 mL
檢測:220 nm
(
R)-2-(
二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物: 峰1(保留時間 = 1.48 min)
1H NMR (400 MHz, 二氯甲烷-
d 2) δ 4.43 - 4.60 (m, 1 H), 4.25 - 4.35 (m, 1 H), 3.49 - 3.59 (m, 1 H), 3.39 - 3.49 (m, 1 H), 2.87 - 2.92 (m, 3 H), 2.81 - 2.85 (m, 3 H);
31P NMR (162 MHz, 二氯甲烷-
d 2) δ 102.05 (s, 1 P)。
(S)-2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物:
峰2(保留時間 = 1.81 min)
1H NMR (400 MHz, 二氯甲烷-
d 2) δ 4.43 - 4.60 (m, 1 H), 4.25 - 4.35 (m, 1 H), 3.49 - 3.59 (m, 1 H), 3.39 - 3.49 (m, 1 H), 2.87 - 2.92 (m, 3 H), 2.81 - 2.85 (m, 3 H);
31P NMR (162 MHz, 二氯甲烷-
d 2) δ 102.05 (s, 1 P)。
使用冰浴,將
N-(1-((2
R,6
S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(100 mg,0.17 mmol)和2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(48 mg,0.26 mmol)(由2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物的手性SFC分離為峰1)在THF(1.8 mL)中的溶液冷卻至0°C。經5 min逐滴添加三級丁醇鉀(0.52 mL,0.52 mmol)(1.0 M,在THF中)。在0°C下攪拌1 h之後,藉由添加AcOH(0.06 mL,1.05 mmol)將反應淬滅並且在室溫下攪拌30 min。將反應混合物用10% NaH
2PO
4水溶液(5 mL)和EtOAc(10 mL)稀釋。將有機層分離,用鹽水(2 × 5 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥,過濾並且濃縮。將粗殘餘物溶解在EtOAc(2 ml)上,用正庚烷(8 mL)緩慢稀釋,並且攪拌30 min以使呈白色固體的二甲基硫代磷醯胺酯(thioate)沈澱。將固體過濾,用正庚烷(10 mL)洗滌,並且在真空下乾燥過夜以得到標題化合物(94 mg,77%)。
實例 3 - 結晶 𠰌 啉代單體 O -(((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
R)-
二甲基硫代磷醯胺酯的製備:
根據對於
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(在實例4中)所報告的程序,使用
N-(1-((2
R,6
S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(0.5 g,0.87 mmol)和(2
S,4
R)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.34 g,1.31 mmol),得到呈白色固體的標題化合物(0.53 g,87%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.85 (br s, 1H), 8.00 (br d,
J= 7.5 Hz, 2H), 7.72 (br d,
J= 7.5 Hz, 1H), 7.62 - 7.37 (m, 9H), 7.33 - 7.05 (m, 10H), 6.16 (br. d,
J= 8.7 Hz, 1H), 4.42 (br s, 1H), 4.21 - 4.00 (m, 2H), 3.53 (br d,
J= 10.8 Hz, 1H), 3.14 (br d,
J= 11.5 Hz, 1H), 2.81 (s, 3H), 2.80 (s, 3H), 1.59 - 1.40 (m, 1H), 1.37 - 1.25 (m, 2H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 63.3;ESI-MS
m/z: 針對[C
37H
38N
5O
5PS+H]
+的計算值696.24;實測值696.15。
實例 4 - 結晶 𠰌 啉代單體 O -(((2
S,6
R)-6-(5-
甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
S)-
二甲基硫代磷醯胺酯的製備:
將1-((2
R,6
S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1
H,3
H)-二酮(0.50 g,1.03 mmol)、(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.40 g,1.55 mmol)在THF(8.0 mL)中的溶液冷卻至0°C,並且經20 min逐滴添加三級丁醇鉀(3.1 mL,3.10 mmol)(1.0 M,在THF中)。在0°C下攪拌2 h之後,藉由添加AcOH(0.35 mL,6.21 mmol)將反應混合物淬滅並且在室溫下攪拌1 h。將反應混合物用10% NaH
2PO
4水溶液(20 mL)和EtOAc(30 mL)稀釋。將有機層分離,用鹽水(3 × 20 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,過濾並且濃縮至最終大約5 mL的體積。將殘餘物用正庚烷(25 mL)稀釋,並且攪拌30 min以使呈白色固體的二甲基硫代磷醯胺酯(thioate)沈澱。將固體過濾,用正庚烷(10 mL)洗滌,並且在真空下乾燥過夜以得到標題化合物(0.54 g,87%)
將少量的化合物藉由矽膠柱層析法(THF/正庚烷 = 0%至100%)純化以記錄譜圖數據。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 9.58 - 9.31 (br s, 1H), 7.55 - 7.41 (m, 6H), 7.38 - 7.25 (m, 6H), 7.25 - 7.12 (m, 3H), 6.12 (d,
J= 9.3 Hz, 1H), 4.45 - 4.37 (m, 1H), 4.22 - 4.12 (m, 1H), 4.12 - 4.00 (m, 1H), 3.77 (t,
J= 6.3 Hz, 1H), 3.38 (d,
J= 10.5 Hz, 1H), 3.14 (d,
J= 11.3 Hz, 1H), 2.74 (s, 3H), 2.70 (s, 3H), 1.90 - 1.85 (m, 1H), 1.83 (s, 3H), 1.54 - 1.41 (m, 1H), 1.36 - 1.25 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 65.0;ESI-MS
m/z: 針對[C
31H
35N
4O
5PS+Na]
+的計算值629.19;實測值629.4。
實例 5 - 結晶 𠰌 啉代單體 O -(((2
S,6
R)-6-(6-
苯甲醯胺基 -9
H-
嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
S)-
二甲基硫代磷醯胺酯的製備:
將
N-(9-((2
R,6
S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-9
H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(0.50 g,0.84 mmol)和(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.26 g,1.01 mmol)在THF(8.4 mL)中的溶液冷卻至0°C,並且用三級丁醇鉀(2.51 mL,2.51 mmol)(1.0 M,在THF中)逐滴處理10 min,並且在相同溫度下攪拌2 h。將反應用AcOH(0.3 mL,5.03 mmol)淬滅,並且在0°C下攪拌30 min並在室溫下攪拌30 min。將反應混合物用1.0 N NaH
2PO
4水溶液(20 mL)和EtOAc(30 mL)稀釋。將有機層分離,用鹽水(3 × 15 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,過濾並且在真空下濃縮至最終大約5 mL的體積。將殘餘物用正庚烷(25 mL)稀釋,並且攪拌30 min以使呈白色固體的二甲基硫代磷醯胺酯(thioate)沈澱。將固體過濾,用正庚烷(10 mL)洗滌,在真空下乾燥過夜以得到標題化合物(0.48 g,80%)。
1H NMR (THF-d8, 400 MHz) δ 10.02 - 10.33 (m, 1 H), 8.54 - 8.68 (m, 1 H), 8.15 - 8.28 (m, 1 H), 7.96 - 8.08 (m, 2 H), 7.42 - 7.71 (m, 9 H), 7.10 - 7.41 (m, 10 H), 6.43 - 6.53 (m, 1 H), 4.47 - 4.61 (m, 1 H), 3.89 - 4.12 (m, 2 H), 3.80 - 3.89 (m, 1 H), 3.31 - 3.42 (m, 1 H), 2.57 - 2.58 (m, 6 H), 1.99 - 2.11 (m, 1 H), 1.63 - 1.71 (m, 1 H);
31P NMR (THF-d8, 162 MHz) δ 71.9;ESI-MS
m/z: 針對[C
38H
38N
7O
4PS+H]
+的計算值720.25;實測值720.21。
實例 6 - 結晶 𠰌 啉代單體 O -(((2
S,6
R)-6-(2-
異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
S)-
二甲基硫代磷醯胺酯的製備:
將
N-(9-((2
R,6
S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-6-側氧基-6,9-二氫-1
H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(0.50 g,0.86 mmol)和(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.45 g,1.72 mmol)在THF(8.6 mL)中的溶液冷卻至0°C,經20 min用三級丁醇鉀(3.5 mL,3.46 mmol)(1.0 M,在THF中)逐滴處理,並且在相同溫度下攪拌2 h。將反應用AcOH(0.4 mL,6.91 mmol)淬滅,並且在0°C下攪拌30 min並在室溫下攪拌30 min。將反應混合物用1.0 N NaH
2PO
4水溶液(20 mL)和EtOAc(30 mL)稀釋。將有機層分離,用鹽水(3 × 15 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,過濾並且在真空下濃縮至最終大約5 mL的體積。將殘餘物用正庚烷(25 mL)稀釋並且攪拌30 min以使呈白色固體的二甲基硫代磷醯胺酯(thioate)沈澱。將固體過濾,用正庚烷(10 mL)洗滌,並且在真空下乾燥過夜以得到標題化合物(0.38 g,64%)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 12.41 - 12.13 (m, 1H), 10.27 - 9.93 (m, 1H), 7.86 - 7.66 (m, 1H), 7.55 - 7.36 (m, 5H), 7.36 - 7.23 (m, 10H), 6.07 - 5.84 (m, 1H), 4.51 - 4.34 (m, 1H), 4.32 - 4.12 (m, 1H), 4.11 - 3.91 (m, 1H), 3.48 - 3.29 (m, 1H), 3.22 - 3.06 (m, 1H), 2.93 - 2.70 (m, 7H), 2.69 - 2.57 (m, 1H), 1.92 - 1.66 (m, 1H), 1.65 - 1.48 (m, 1H), 1.34 - 1.07 (m, 6H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 64.0;ESI-MS
m/z: 針對[C
35H
40N
7O
5PS+H]
+的計算值702.26;實測值702.18。
實例 7 - ((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (
R)-
二甲基磷醯胺基氯化物的製備:
將
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.65 g,0.93 mmol)在無水CH
2Cl
2(10 mL)中的溶液冷卻至0°C。添加1-氯-
N,
N,2-三甲基丙-1-烯-1-胺(0.25 mL,1.86 mmol),並且將混合物在室溫下攪拌1 h。將反應用飽和NaHCO
3水溶液(20 mL)淬滅,並且用CH
2Cl
2(30 mL)稀釋。分離兩個層,並且將水層用CH
2Cl
2(3 × 20 mL)萃取。將合併的有機層經MgSO
4乾燥、過濾、濃縮並且使用矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 10%至100%)純化以得到呈灰白色固體的((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(chloridate)(0.43 g,67%收率)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 8.75 - 8.65 (m, 1H), 7.93 - 7.86 (m, 2H), 7.78 - 7.74 (m, 1H), 7.66 - 7.29 (m, 16H), 7.27 - 7.16 (m, 3H), 6.30 (dd,
J= 9.1, 1.9 Hz, 1H), 4.50 - 4.42 (m, 1H), 4.25 - 4.10 (m, 2H), 3.63 (br d,
J= 11.3 Hz, 1H), 3.19 (br d,
J= 11.7 Hz, 1H), 2.68 (s, 3H), 2.65 (s, 3H), 1.62 - 1.51(m, 1H), 1.37 - 1.24 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 18.4 (
Sp異構物), 18.1 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
37H
37ClN
5O
5P+H]
+的計算值698.23;實測值698.22。
非鏡像異構比率:> 200(
Rp異構物): 1(
Sp異構物)(
31P NMR)。
實例 8 - ((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (
S)-
二甲基磷醯胺基氯化物的製備:
實例 8A :使用 SO
2Cl
2/2,4,6-
三甲基吡啶的一步法程序:
在0°C下,向
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
R)-二甲基硫代磷醯胺酯(50 mg,0.07 mmol)在無水CH
2Cl
2(0.5 mL)中的溶液中添加2,4,6-三甲基吡啶(87 mg,0.72 mmol)。10 min之後,添加磺醯氯(30 mg,0.22 mmol)(0.5 M,在甲苯中)並且在0°C下攪拌30 min。將反應藉由添加NaHCO
3水溶液(2.0 mL)淬滅,升溫至室溫,用CH
2Cl
2(2.0 mL)稀釋。將水層用CH
2Cl
2(3 × 2 mL)萃取。將合併的有機層經Na
2SO
4乾燥、過濾、濃縮並且藉由使用矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 10%至100%)純化以得到標題化合物(33 mg,66%)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 8.67 - 8.42 (m, 1H), 7.89 - 7.79 (m, 1H), 7.70 - 7.60 (m, 1H), 7.60 - 7.47 (m, 1H), 7.44 - 7.27 (m, 8H), 7.27 - 7.17 (m, 6H), 7.17 - 7.07 (m, 3H), 6.28 - 6.16 (m, 1H), 4.42 - 4.28 (m, 1H), 4.12 - 3.90 (m, 2H), 3.57 - 3.49 (m, 1H), 3.19 - 3.09 (m, 1H), 2.59 (s, 3H), 2.56 (s, 3H), 1.51 - 1.41 (m, 1H), 1.34 - 1.17 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 18.4 (
Sp異構物), 18.1 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
37H
37ClN
5O
5P+H]
+的計算值698.23;實測值698.29。
非鏡像異構比率:5(Sp異構物): 1(Rp異構物)(
31P NMR積分)。
實例 8B :兩步法程序:
將
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
R)-二甲基硫代磷醯胺酯(1.0 g,1.43 mmol)溶解在THF(10.0 mL)中。向懸浮液中添加三乙胺(0.41 mL,2.87 mmol),隨後添加碘甲烷(0.18 mL,2.87 mmol)。將反應用水淬滅,用EtOAc(30 mL)萃取。將有機層用鹽水(20 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,濃縮並且藉由矽膠層析法(MeOH/DCM = 0%至20%)純化以得到
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-甲基 (
R)-二甲基硫代磷醯胺酯。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 9.13 - 8.92 (m, 1H), 8.01 - 7.90 (m, 2H), 7.86 - 7.79 (m, 1H), 7.67 - 7.44 (m, 10H), 7.36 - 7.29 (m, 6H), 7.24 - 7.16 (m, 3H), 6.32 - 6.23 (m, 1H), 4.49 - 4.38 (m, 1H), 4.14 - 3.99 (m, 2H), 3.65 - 3.57 (m, 1H), 3.22 - 3.16 (m, 1H), 2.71 (s, 3H), 2.68 (s, 3H), 2.23 - 2.17 (d,
J= 12.0 Hz, 3H), 1.62 - 1.50 (m, 1H), 1.38 - 1.28 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 37.7 (
Sp異構物), 37.4 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
38H
40N
5O
5P+H]
+的計算值710.25;實測值710.05。
非鏡像異構比率:1(
Sp異構物): 10(
Rp異構物)(
31P NMR積分)
向燒瓶裝入在甲苯(2.0 mL)中的
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-甲基 (
R)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.1 g,0.14 mmol)並且冷卻至0°C。將反應混合物用2,4,6-三甲基吡啶(0.2 mL,1.41 mmol)處理,隨後用磺醯氯(0.34 mL,0.17 mmol)(0.5 M溶液,在甲苯中)處理並且在相同溫度下攪拌30 min。將反應混合物用NaHCO
3水溶液(5 mL)淬滅。將水層用EtOAc(3 × 5 mL)萃取,並且將合併的有機層經Na
2SO
4乾燥,過濾,濃縮。
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 18.5 (
Sp異構物), 18.1 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
37H
37ClN
5O
5P+H]
+的計算值698.23;實測值698.01。
非鏡像異構比率:9(
Sp異構物): 1(
Rp異構物)(
31P NMR積分)
實例 9 - ((2
S,6
R)-6-(5-
甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (
R)-
二甲基磷醯胺基氯化物的製備:
在0°C下,向
O-(((2
S,6
R)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.65 g,1.07 mmol)在CH
2Cl
2(10.0 mL)中的溶液中添加1-氯-
N,
N,2-三甲基丙烯基胺(0.21 mL,1.61 mmol)。在相同溫度下攪拌1 h之後,將反應混合物用飽和NaHCO
3水溶液(20 mL)淬滅,然後用CH
2Cl
2(30 mL)稀釋。分離這兩個層,並且將水層用CH
2Cl
2(3 × 20 mL)萃取。將合併的有機層經MgSO
4乾燥、過濾、濃縮並且使用矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 10%至100%)純化以得到呈白色固體的純((2
S,6
R)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(0.36 g,55%收率)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 8.06 - 8.02 (m, 1H), 7.53 - 7.44 (m, 5H), 7.36 - 7.29 (m, 6H), 7.25 - 7.18 (m, 3H), 7.07 (s, 1H), 6.15 (dd,
J= 9.5, 2.3 Hz, 1H), 4.46 - 4.38 (m, 1H), 4.17 - 4.10 (m, 2H), 3.42 - 3.36 (m, 1H), 3.21 - 3.15 (m, 1H), 2.69 (s, 3H), 2.66 (s, 3H), 1.85 (s, 3H), 1.56 - 1.38 (m, 2H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 18.4 (
Sp異構物), 18.1 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
31H
34ClN
4O
5P+Na]
+的計算值631.18;實測值631.17。
非鏡像異構比率:1(Sp異構物): 116(Rp異構物)(
31P NMR積分)。
實例 10A - ((2
S,6
R)-6-(6-
苯甲醯胺基 -9
H-
嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (
R)-
二甲基 - 磷醯胺基氯酸酯的製備:
一步法方案:
在0°C下,向
O-(((2
S,6
R)-6-(6-苯甲醯胺基-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.1 g,0.14 mmol)在CH
2Cl
2(2.0 mL)中的溶液中添加1-氯-
N,
N,2-三甲基丙烯基胺(30 µL,0.21 mmol)。在相同溫度下攪拌1 h之後,將反應用飽和NaHCO
3水溶液(2 mL)淬滅,然後用CH
2Cl
2(5 mL)稀釋。分離兩個層,並且將水層用CH
2Cl
2(3 × 5 mL)萃取。將合併的有機層經MgSO
4乾燥、過濾、濃縮並且使用矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 0%至100%)純化以得到呈白色固體的純((2
S,6
R)-6-(6-苯甲醯胺基-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基-磷醯胺基氯酸酯(68 mg,67%收率)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 9.12 - 8.97 (m, 1H), 8.84 - 8.81 (m, 1H), 8.07 - 8.01 (m, 3H), 7.66 - 7.59 (m, 1H), 7.57 - 7.48 (m, 7H), 7.37 - 7.31 (m, 6H), 7.27 - 7.21 (m, 3H), 6.46 - 6.41 (m, 1H), 4.59 - 4.50 (m, 1H), 4.19 - 4.12 (m, 2H), 3.61 - 3.53 (m, 1H), 3.31 - 3.25 (m, 1H), 2.67 (s, 3H), 2.64 (s, 3H), 1.89 - 1.81 (m, 1H), 1.72 - 1.60 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 18.5 (
Sp異構物),18.1 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
38H
37ClN
7O
4P+H]
+的計算值723.18;實測值724.61。
非鏡像異構比率:1(
Sp異構物): 20(
Rp異構物)(
31P NMR)。
兩步法方案:
在0°C下,向
O-(((2
S,6
R)-6-(6-苯甲醯胺基-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(100 mg,0.14 mmol)在THF(2.0 mL)中的溶液中添加三乙胺(60 µL,0.42 mmol)和碘甲烷(20 µL 0.21 mmol)。在0°C下攪拌30 min之後,將反應用NH
4Cl水溶液(2 mL)淬滅並且用EtOAc(5 mL)稀釋。分離兩個層,並且將水層用EtOAc(2 × 5 mL)萃取。將有機層合併,用鹽水(5 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥,濃縮並且藉由矽膠柱層析法(THF/正庚烷 = 0%至100%)純化以得到
O-(((2
S,6
R)-6-(6-苯甲醯胺基-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-甲基 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(63 mg,62%收率)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 8.98 - 8.88 (m, 1H), 8.71 (s, 1H), 7.98 - 7.88 (m, 3H), 7.55 - 7.34 (m, 8H), 7.31 - 7.20 (m, 6H), 7.16 - 7.07 (m, 3H), 6.34 (dd,
J= 9.6, 1.9 Hz, 1H), 4.47 - 4.37 (m, 1H), 3.99 - 3.92 (m, 2H), 3.70 - 3.63 (m, 1H), 3.45 (br d,
J= 11.3 Hz, 1H), 3.18 (br d,
J= 11.8 Hz, 1H), 2.56 (s, 3H), 2.54 (s, 3H), 2.08 (d,
J= 14.5 Hz, 3H), 1.81 - 1.69 (m, 1H), 1.59 - 1.50 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz,) δ 37.6 (
Sp異構物), 37.4 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
39H
40N
7O
4PS+H]
+的計算值734.27;實測值734.41。
非鏡像異構比率:24(
Sp異構物): 1(
Rp異構物)(
31P NMR)。
使用冰浴,將
O-(((2
S,6
R)-6-(6-苯甲醯胺基-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-甲基 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.068 g,0.09 mmol)在無水甲苯(1.0 mL)中的溶液冷卻至0°C。將溶液用磺醯氯(0.28 mL,0.14 mmol)(0.5 M,在甲苯中)處理,隨後用2,4,6-三甲基吡啶(0.13 mL,0.93 mmol)處理,並且在0°C下攪拌30 min。將反應用NaHCO
3水溶液(2.0 mL)淬滅並且用EtOAc(5.0 mL)稀釋。將有機層分離,經Na
2SO
4乾燥、過濾、濃縮並且藉由矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 0%至100%)純化以得到((2
S,6
R)-6-(6-苯甲醯胺基-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基-氯酸酯(48 mg,72%收率)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 8.98 - 8.88 (m, 1H), 8.74 - 8.70 (m, 1H), 7.96 - 7.88 (m, 3H), 7.56 - 7.47 (m, 1H), 7.47 - 7.37 (m, 7H), 7.29 - 7.21 (m, 6H), 7.17 - 7.10 (m, 3H), 6.38 - 6.32 (m, 1H), 4.50 - 4.39 (m, 1H), 4.13 - 4.02 (m, 2H), 3.52 - 3.44 (m, 1H), 3.22 - 3.15 (m, 1H), 2.56 (s, 3H), 2.53 (s, 3H), 1.82 - 1.73 (m, 1H), 1.63 - 1.53 (m, 1H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz,) δ 18.4 (
Sp異構物), 18.1 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
38H
37N
7O
4P+H]
+的計算值723.18;實測值723.52。
非鏡像異構比率:10(
Rp異構物): 1(
Sp異構物)(
31P NMR)。
實例 10B - ((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (R)- 二甲基磷醯胺基氯化物和 ((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (S)- 二甲基磷醯胺基氯化物的製備 ((2S,6R)-6-(6- 胺基 -9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲醇:
向N-(9-((2R,6S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(5.00 g,8.38 mmol)在MeOH(50.0 mL)中的懸浮液中添加氫氧化銨水溶液(50.0 mL,372 mmol)。將混合物用55°C沙浴攪拌1天,並且然後冷卻至室溫。將固體藉由過濾收集,並且用水沖洗三次。將固體在真空下乾燥以得到產物(4.04 g,98%)
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 8.20 (s, 1H), 8.07 (s, 1H), 7.51 (m, 6H), 7.29 (m, 6H), 7.17 (m, 3H), 6.30 (d,
J= 9.6 Hz, 1H), 4.29 (m, 1H), 3.53 (m, 2H), 3.42 (br d,
J= 11.2 Hz, 1H), 3.24 (br d,
J= 12.0 Hz, 1H), 1.92 (dd,
J= 10.8, 10.4 Hz, 1H), 1.65 (dd,
J= 11.2, 11.2 Hz, 2H);ESI-MS
m/z: 針對[C
29H
28N
6O
2+H]
+的計算值493.2;實測值493.3。
((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲醇:
使((2S,6R)-6-(6-胺基-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲醇(4.50 g,9.14 mmol)在N,N-二甲基乙醯胺(22.5 ml,242.763 mmol)中的溶液在旋轉蒸發器上經受用無水甲苯(50 mL × 3)進行的共沸蒸發,然後將其在室溫下用2,2-二乙氧基-1-甲基吡咯啶(2.30 g,13.3 mmol)處理過夜。將反應用水(0.45 ml,25 mmol)淬滅,並且將其攪拌10 min,然後添加更多水(45 mL)。將懸浮液超音波處理,並且然後攪拌30 min。將固體藉由過濾收集,用水沖洗兩次,並且用MeCN沖洗兩次以得到產物(3.92 g,75%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.60 (s, 1H), 7.83 (s, 1H), 7.51 (m, 6H), 7.32 (m, 6H), 7.21 (m, 3H), 6.41 (d,
J= 9.2 Hz, 1H), 4.37 (m, 1H), 3.71-3.56 (m, 2H), 3.54-3.42 (m, 3H), 3.18 (m, 1H), 3.15 (s, 3H), 2.94 (m, 2H), 2.06 (m, 2H), 1.94 (m, 1H), 1.64 (m, 1H);ESI-MS
m/z: 針對[C
34H
35N
7O
2+H]
+的計算值574.3;實測值574.3。
O-(((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (S)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將((2S,6R)-6-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲醇(1.0 g,1.7 mmol)和(2R,4S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.678 g,2.62 mmol)的混合物藉由與無水THF/MeCN共沸蒸發、然後與無水MeCN共沸蒸發來乾燥,然後將其溶解於THF(10.0 mL)中,在0°C下,經5 min,向其中逐滴添加三級丁醇鉀在THF(1 M,5.22 mL)中的溶液。將其在冰浴下保持攪拌1 h,然後將其用EtOAc稀釋並且在0°C下用乙酸(0.599 mL,10.5 mmol)淬滅,隨後添加磷酸二氫鈉水溶液(50.2 mL,10 wt%)。將混合物用EtOAc(150 mL X 2)萃取。隨後將合併的有機層用水洗滌兩次、用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。然後將所得殘餘物重新溶解於THF(33 mL)和EtOAc(33 mL)的混合物中,向其中添加正庚烷(330 mL)。將沈澱物藉由過濾收集,用EtOAc(20 mL)在正庚烷(100 mL)中的溶液沖洗。將固體在真空下乾燥在N
2流下過夜以得到產物(1.0 g,84%)。
1H NMR (400 MHz, THF-d
8) δ 8.46 (s, 1H), 7.97 (s, 1H), 7.57 (m, 6H), 7.30 (m, 6H), 7.17 (m, 3H), 6.40 (d,
J= 10.0 Hz, 1H), 4.54 (m, 1H), 4.05-3.95 (m, 1H), 3.86-3.78 (m, 1H), 3.51 (m, 3H), 3.34 (m, 1H), 3.09 (s, 3H), 2.97 (m, 2H), 2.65 (s, 3H), 2.62 (s, 3H), 2.10-1.90 (m, 3H), 1.65 (dd,
J= 11.2, 10.8 Hz, 1H);
31P NMR (162 MHz, THF-d
8) δ 73.3;ESI-MS
m/z: 針對[C
36H
41N
8O
3PS+H]
+的計算值697.3;實測值697.5。
((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (R)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
在0°C下,向O-(((2S,6R)-6-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基) S-氫 (S)-二甲基硫代磷醯胺酯(232 mg,0.333 mmol)在DCM(3000 µL)中的溶液中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(176 µL,1.33 mmol)。添加之後,將反應混合物在0°C下攪拌2 h,然後將其用DCM(50 mL)稀釋,並且然後用飽和NaHCO
3水溶液(50 mL)淬滅。將其用DCM萃取兩次,並且將合併的DCM層(125 mL)用半飽和鹽水(100 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥,濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的0%至100%的THF洗脫來純化以得到產物(144 mg,62%)。藉由
31P NMR將非鏡像異構比率確定為99 : 1。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.51 (s, 1H), 7.78 (s, 1H), 7.41 (m, 6H), 7.23 (m, 6H), 7.12 (m, 3H), 6.31 (d,
J= 9.6 Hz, 1H), 4.43 (m, 1H), 4.05 (m, 2H), 3.42 (m, 3H), 3.16 (d,
J= 11.6 Hz, 1H), 3.06 (s, 3H), 2.86 (m, 2H), 2.56 (s, 3H), 2.53 (s, 3H), 2.04-1.84 (m, 3H), 1.54 (dd,
J= 11.2, 11.2 Hz, 1H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.1;ESI-MS
m/z: 針對[C
36H
40ClN
8O
3P+H]
+的計算值699.3;實測值699.5。
O-(((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (R)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將((2S,6R)-6-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲醇(53.2 mg,0.093 mmol)和(2S,4R)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(74.5 mg,0.287 mmol)的混合物藉由與THF/MeCN共蒸發、然後與MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於THF(1000 µl,12.204 mmol)中。在0°C下,向溶液中逐滴添加三級丁醇鉀在THF(278 µl,0.278 mmol)中的溶液。添加之後,將反應混合物在0°C下攪拌1.5 h,然後添加另外的三級丁醇鉀溶液(93 µL,0.093 mmol)。將其在0°C下再保持攪拌1 h,然後將其用乙酸(42.5 µl,0.742 mmol)淬滅。向混合物中添加磷酸氫二鈉(6.58 mL,10%)的水溶液,並且然後用EtOAc萃取兩次。隨後將有機層用水、半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將殘餘物重新溶解於THF(2 mL)和EtOAc(2 mL)的混合物中,然後向其中添加正庚烷(20 mL)。將固體藉由過濾收集,用正庚烷和EtOAc的混合物(12 mL,5 : 1 v/v)沖洗,並且在室溫下在N2流下在真空下乾燥過夜以得到標題產物(56.4 mg,87%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.84 (s, 1H), 7.86 (s, 1H), 7.51 (m, 6H), 7.34 (m, 6H), 7.22 (m, 3H), 6.31 (d,
J= 9.2 Hz, 1H), 4.67 (m, 1H), 4.10-3.90 (m, 2H), 3.61 (m, 2H), 3.47 (m, 1H), 3.25 (m, 1H), 3.14 (s, 3H), 3.05-2.85 (m, 2H), 2.66 (s, 3H), 2.63 (s, 3H), 2.26-2.02 (m, 2H), 1.68 (dd,
J= 10.8, 10.0 Hz, 1H), 1.55 (dd,
J= 11.2, 10.8 Hz, 1H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 66.7;ESI-MS
m/z: 針對[C
36H
41N
8O
3PS+H]
+的計算值697.3;實測值697.1。
((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (S)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
在0°C下,向O-(((2S,6R)-6-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基) S-氫 (R)-二甲基硫代磷醯胺酯(56.4 mg,0.081 mmol)在DCM(729 µL,11.326 mmol)中的溶液中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(53.5 µL,0.405 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2 h,然後將其用DCM稀釋,並且然後用飽和NaHCO
3水溶液淬滅。相分離之後,將其用DCM反萃取一次。將合併的DCM層用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥,濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的0%至100%的THF洗脫來純化以得到標題產物(55 mg,97%)。藉由
31P NMR將非鏡像異構比率確定為99.4 : 0.6。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.53 (s, 1H), 7.80 (s, 1H), 7.41 (m, 6H), 7.23 (m, 6H), 7.12 (m, 3H), 6.32 (d,
J= 9.2 Hz, 1H), 4.44 (m, 1H), 4.04 (m, 2H), 3.41 (m, 3H), 3.16 (d,
J= 12.0 Hz, 1H), 3.05 (s, 3H), 2.87 (m, 2H), 2.54 (s, 3H), 2.51 (s, 3H), 2.04-1.84 (m, 3H), 1.52 (dd,
J= 11.2, 10.8 Hz, 1H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.5;ESI-MS
m/z: 針對[C
36H
40ClN
8O
3P+H]
+的計算值699.3;實測值699.3。
O-(((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (S)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將((2S,6R)-6-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲醇(500 mg,0.872 mmol)和(R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(188 mg,1.03 mmol)的混合物藉由與無水MeCN共蒸發來乾燥,然後將其懸浮於THF(5000 µL)中,然後在0°C下,經10 min,向其中逐滴添加三級戊醇鈉(784 µL,2.62 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌1 h,然後添加另外的(R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(43 mg,0.23 mmol),並且將其在0°C下保持攪拌1 h。將其用EtOAc在0°C下稀釋,並且用NaH
2PO
4溶液(水溶液,10%)淬滅。相分離之後,將其用EtOAc反萃取一次。隨後將合併的有機層(100 mL)用水(20 mL)和半飽和鹽水(20 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料重新溶解於THF(10 mL)和EtOAc(10 mL)的混合物中,然後向其中添加正庚烷(100 mL)。將所得固體藉由過濾收集,用EtOAc(10 mL)在正庚烷(50 mL)中的溶液沖洗,並且在室溫下在N
2流下在真空下乾燥過夜以得到標題產物(306 mg,50%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.61 (s, 1H), 7.93 (s, 1H), 7.52 (m, 6H), 7.34 (m, 6H), 7.23 (m, 3H), 6.17 (d,
J= 9.2 Hz, 1H), 4.57 (m, 1H), 4.45-4.35 (m, 1H), 3.90-3.80 (m, 1H), 3.75-3.58 (m, 2H), 3.51 (d,
J= 11.2 Hz, 1H), 3.18 (m, 1H), 3.16 (s, 3H), 3.14-3.02 (m, 1H), 2.88-2.73 (m, 1H), 2.70 (s, 3H), 2.67 (s, 3H), 2.19 (m, 2H), 1.55 (m, 2H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 67.7;ESI-MS
m/z: 針對[C
36H
41N
8O
3PS+H]
+的計算值697.3;實測值697.4。
((2S,6R)-6-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (R)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
將O-(((2S,6R)-6-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基) S-氫 (S)-二甲基硫代磷醯胺酯(128 mg,0.184 mmol)藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於DCM(1.65 mL)中。然後在0°C下向溶液中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(97 µL,0.74 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2 h,然後將其用EtOAc稀釋,並且然後用飽和NaHCO
3(水溶液)淬滅。相分離之後,將其用EtOAc反萃取一次。將合併的有機層(60 mL)用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的0%至100%的THF洗脫來純化以得到標題產物(101 mg,79%)。藉由
31P NMR將非鏡像異構比率確定為99.4 : 0.6。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.50 (s, 1H), 7.76 (s, 1H), 7.41 (m, 6H), 7.23 (m, 6H), 7.12 (m, 3H), 6.30 (dd,
J= 10.0, 2.4 Hz, 1H), 4.42 (m, 1H), 4.05 (m, 2H), 3.41 (m, 3H), 3.16 (d,
J= 112.0 Hz, 1H), 3.06 (s, 3H), 2.85 (m, 2H), 2.56 (s, 3H), 2.53 (s, 3H), 2.04-1.84 (m, 3H), 1.54 (dd,
J= 11.2, 11.2 Hz, 1H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.1;ESI-MS
m/z: 針對[C
36H
40ClN
8O
3P+H]
+的計算值699.3;實測值699.1。
實例 11A - ((2
S,6
R)-6-(2-
異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (
R)-
二甲基磷醯胺基氯化物的製備:
在0°C下,向
O-(((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.500 g,0.71 mmol)在CH
2Cl
2(7.0 mL)中的溶液中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(0.19 mL,1.43 mmol)。在室溫下攪拌1 h之後,將反應用飽和NaHCO
3水溶液(10 mL)淬滅並且用CH
2Cl
2(15 mL)稀釋。分離兩個層,並且將水層用CH
2Cl
2(3 × 10 mL)萃取。將合併的有機層經MgSO
4乾燥、過濾、濃縮並且使用矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 0%至100%,然後MeOH/CH
2Cl
2= 0%至10%)純化以得到((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(230 mg,46%收率)。
1H NMR (CDCl
3, 400 MHz) δ 12.0 (s, 1H), 9.59 - 9.38 (m, 1H), 7.60 (m, 1H), 7.57 - 7.37 (m, 3H), 7.37 - 7.15 (m, 10H), 7.16 - 7.09 (m, 2H), 6.09 - 5.95 (m, 1H), 4.42 - 4.34 (m, 1H), 4.09 - 4.02 (m, 1H), 3.40 - 3.34 (m, 1H), 3.19 - 3.12 (m, 1H), 2.68 - 2.60 (m, 1H), 2.58 (s, 3H), 2.54 (s, 3H), 1.69 - 1.61 (m, 1H), 1.53 - 1.43 (m, 1H), 1.17 (d,
J= 6.5 Hz, 3H), 1.05 (d,
J= 6.7 Hz, 3H);
31P NMR (CDCl
3,162 MHz) δ 18.6 (
Sp異構物), 18.3 (
Rp異構物);ESI-MS
m/z: 針對[C
35H
39ClN
7O
5P+H]
+的計算值704.25;實測值723.52。
非鏡像異構比率:14(
Rp異構物): 1(
Sp異構物)(
31P NMR)。
實例 11B - 雙重保護的 PMO-G 活化單體的製備 N-(9-((2R,6S)-6-((( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 ) 甲基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 )-6- 側氧基 -6,9- 二氫 -1H- 嘌呤 -2- 基 ) 異丁醯胺:
在室溫下,向N-(9-((2R,6S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-6-側氧基-6,9-二氫-1H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(5.0 g,8.6 mmol)和咪唑(3.5 g,51 mmol)在DMF(50 mL)中的懸浮液添加TBDPS-Cl(4.44 mL,17.3 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌2.5 h,然後將其用MTBE稀釋,並且然後在室溫下用水(100 mL)淬滅。將混合物用EtOAc萃取兩次。隨後將合併的有機層(350 mL)用飽和NaHCO
3水溶液(80 mL)、飽和鹽水(50 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在正庚烷中的55%至85%的EtOAc洗脫來純化以得到標題產物(6.77 g,96%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 11.87 (s, 1H), 7.87 (brs, 1H), 7.45-7.60 (m, 10H), 7.45-7.38 (m, 3H), 7.38-7.29 (m, 10H), 7.26-7.19 (m, 2H), 6.99 (d,
J= 9.2 Hz, 1H), 4.30 (m, 1H), 3.77 (dd,
J= 10.8, 4.8 Hz, 1H), 3.61 (dd,
J= 10.4, 5.6 Hz, 1H), 3.43 (br d,
J= 11.6 Hz, 1H), 3.33 (br d,
J= 11.6 Hz, 1H), 2.64 (m, 1H), 1.75 (dd,
J= 10.8, 10.4 Hz, 1H), 1.58 (dd,
J= 11.2, 10.8 Hz, 1H), 1.35 (d,
J= 7.2 Hz, 1H), 1.34 (d,
J= 6.8 Hz, 1H), 0.97 (s, 9H);ESI-MS
m/z: 針對[C
49H
52N
6O
4Si+H]
+的計算值817.4;實測值817.2。
N-(9-((2R,6S)-6-((( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 ) 甲基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 )-6-((4- 甲基苄基 ) 氧基 )-9H- 嘌呤 -2- 基 ) 異丁醯胺:
在室溫下,向N-(9-((2R,6S)-6-(((三級丁基二苯基矽基)氧基)甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-6-側氧基-6,9-二氫-1H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(6.77 g,8.29 mmol)在DCM(95 mL)中的溶液添加DMAP(0.202 g,1.66 mmol)、三乙胺(4.16 mL,29.8 mmol)和2,4,6-三異丙基苯磺醯氯(4.52 g,14.9 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌1天,然後將其在冰浴中冷卻,並且然後用磷酸二氫鈉水溶液(252 mL,10%)淬滅。將其用DCM萃取兩次。將合併的有機層用半飽和鹽水(250 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥,並且濃縮以得到粗中間體。
然後將三分之一的粗中間體藉由與甲苯共蒸發三次來乾燥,然後將其溶解於DCM(30 mL)中。在室溫下,向溶液中添加(4-甲基苯基)甲醇(0.677 g,5.54 mmol)、DBU(1.25 mL,8.31 mmol)和N-甲基吡咯啶(0.432 mL,4.15 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌1天,然後將其用EtOAc稀釋,並且然後在室溫下用磷酸二氫鈉水溶液(100 mL,10%)淬滅。將其用EtOAc萃取兩次,並且隨後將合併的有機層用飽和NaHCO
3水溶液、飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在正庚烷中的25%至40%的EtOAc洗脫來純化以得到標題產物(2.44 g,84%,經2個步驟)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 7.79 (brs, 1H), 7.66 (s, 1H), 7.60-7.45 (m, 10H), 7.45-7.37 (m, 5H), 7.36-7.27 (m, 10H), 7.25-7.18 (m, 2H), 7.16 (d,
J= 8.0 Hz, 2H), 6.21 (dd,
J= 10.0, 2.4 Hz, 1H), 5.62 (d,
J= 12.0 Hz, 1H), 5.55 (d,
J= 12.0 Hz, 1H), 4.33 (m, 1H), 3.77 (dd,
J= 10.8, 4.8 Hz, 1H), 3.60 (dd,
J= 10.4, 5.6 Hz, 1H), 3.42 (br d,
J= 11.2 Hz, 1H), 3.34 (br d,
J= 11.6 Hz, 1H), 3.31 (m, 1H), 2.35 (s, 3H), 1.71 (dd,
J= 10.8, 10.4 Hz, 1H), 1.59 (dd,
J= 11.6, 11.6 Hz, 1H), 1.36 (d,
J= 6.8 Hz, 1H), 1.34 (d,
J= 6.8 Hz, 1H), 0.97 (s, 9H);ESI-MS
m/z: 針對[C
57H
60N
6O
4Si+H]
+的計算值921.4;實測值921.2。
N-(9-((2R,6S)-6-( 羥基甲基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 )-6-((4- 甲基苄基 ) 氧基 )-9H- 嘌呤 -2- 基 ) 異丁醯胺:
在室溫下,向N-(9-((2R,6S)-6-(((三級丁基二苯基矽基)氧基)甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-6-((4-甲基苄基)氧基)-9H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(2.44 g,2.65 mmol)在DCM(23.9 mL)中的溶液逐滴添加吡啶(12.0 mL,148 mmol)、三乙胺(24.0 mL,172 mmol)和三乙胺三氫氟酸鹽(3.02 mL,18.5 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌過夜,然後添加另外的三乙胺(4.8 mL,34.4 mmol)和三乙胺三氫氟酸鹽(0.61 mL,3.7 mmol)。將其在室溫下再攪拌一天,然後在室溫下添加三甲基甲氧基矽烷(14.6 mL,106 mmol)。將其在室溫下再攪拌一天,然後將其濃縮以得到粗材料。然後將其重新溶解於THF(20 mL)和EtOAc(20 mL)的混合物中,並且藉由過濾去除一些不溶性顆粒,用EtOAc(2 mL)洗滌。然後向濾液中添加正庚烷(500 mL),並且將所得固體藉由過濾收集,用正庚烷沖洗兩次,並且然後在真空下經N
2流乾燥以得到標題產物(1.15 g,64%)。
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 8.08 (s, 1H), 7.66 (s, 1H), 7.58-7.45 (m, 6H), 7.40-7.35 (m, 2H), 7.34-7.26 (m, 6H), 7.20-7.12 (m, 5H), 6.56 (dd,
J= 9.6, 2.0 Hz, 1H), 5.55 (m, 2H), 4.58 (brs, 1H), 4.30 (m, 1H), 3.53 (m, 2H), 3.45 (m, 1H), 3.22 (m, 1H), 2.90 (m, 1H), 2.30 (s, 3H), 1.82 (dd,
J= 10.8, 10.4 Hz, 1H), 1.62 (dd,
J= 11.6, 10.4 Hz, 1H), 1.28 (d,
J= 6.8 Hz, 6H);ESI-MS
m/z: 針對[C
41H
42N
6O
4+H]
+的計算值683.3;實測值683.1。
O-(((2S,6R)-6-(2- 異丁醯胺基 -6-((4- 甲基苄基 ) 氧基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (S)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將N-(9-((2R,6S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-6-((4-甲基苄基)氧基)-9H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(120 mg,0.176 mmol)和(R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(48.7 mg,0.266 mmol)的混合物藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其懸浮於THF(1.20 mL,14.6 mmol)中,在0°C下,向其中添加在甲苯中的三級戊醇鈉(158 µL,0.527 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌5 h,然後將其用乙酸(60 µL,1.0 mmol)在0°C下淬滅,用EtOAc稀釋。向混合物中添加磷酸二氫鈉水溶液(10.1 mL,10%),並且然後將其用EtOAc(50 mL X 2)萃取。將合併的有機層用半飽和鹽水(20 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將殘餘物重新溶解於EtOAc(5 mL)中,向其中添加正庚烷(20 mL)。將所得固體藉由過濾收集,用正庚烷-EtOAc(25 mL,4 : 1 v/v)的混合物沖洗,並且在室溫下在N
2流下在真空下乾燥過週末以得到標題產物(106 mg,75%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.30 (brs, 1H), 7.90 (brs, 1H), 7.58-7.39 (m, 6H), 7.39-7.34 (m, 2H), 7.34-7.22 (m, 6H), 7.22-7.06 (m, 5H), 6.16 (d,
J= 9.6 Hz, 1H), 5.57 (m, 2H), 4.37 (brs, 1H), 4.16 (m, 1H), 4.00 (m, 1H), 3.46 (d,
J= 10.4 Hz, 1H), 3.17 (d,
J= 11.2 Hz, 2H), 2. 66 (s, 3H), 2.63 (s, 3H), 2.50 (m, 1H), 2.35 (s, 3H), 1.76 (dd,
J= 10.8, 10.4 Hz, 1H), 1.57 (dd,
J= 11.2, 10.8 Hz, 1H), 1.37 (d,
J= 6.8 Hz, 3H), 1.34 (d,
J= 6.8 Hz, 3H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 65.3;ESI-MS
m/z: 針對[C
43H
47N
7O
5PS+H]
+的計算值806.3;實測值806.1。
((2S,6R)-6-(2- 異丁醯胺基 -6-((4- 甲基苄基 ) 氧基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (R)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
將O-(((2S,6R)-6-(2-異丁醯胺基-6-((4-甲基苄基)氧基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基) S-氫 (S)-二甲基硫代磷醯胺酯(90 mg,0.11 mmol)藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於DCM(1.0 mL)中,然後在0°C下向其中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(59 µL,0.45 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌3 h,然後將其用EtOAc稀釋,並且然後在0°C下用飽和碳酸氫鈉水溶液(7.5 mL)淬滅。將混合物用EtOAc萃取兩次,並且將合併的有機層(80 mL)用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥,濃縮。將粗材料藉由柱層析法用在正庚烷中的70%至100%的EtOAc洗脫來純化以得到標題產物(70 mg,78%)。藉由
31P NMR將非鏡像異構比率確定為95.9 : 4.1。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 7.79 (s, 2H), 7.58-7.42 (m, 6H), 7.39 (d,
J= 8.0 Hz, 2H), 7.36-7.29 (m, 6H), 7.25-7.19 (m, 3H), 7.16 (d,
J= 8.0 Hz, 2H), 6.25 (dd,
J= 10.0, 2.4 Hz, 1H), 5.58 (m, 2H), 4.50 (m, 1H), 4.13 (m, 2H), 3.49 (br d,
J= 11.2 Hz, 1H), 3.35-3.20 (m, 2H), 2.67 (s, 3H), 2.63 (s, 3H), 2.65-2.60 (m, 1H), 2.35 (s, 3H), 1.78 (dd,
J= 10.4, 10.0 Hz, 1H), 1.60 (dd,
J= 11.6, 10.8 Hz, 1H), 1.37 (d,
J= 6.8 Hz, 3H), 1.35 (d,
J= 6.8 Hz, 3H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.1;ESI-MS
m/z: 針對[C
43H
46ClN
7O
5P+H]
+的計算值808.3;實測值808.0。
O-(((2S,6R)-6-(2- 異丁醯胺基 -6-((4- 甲基苄基 ) 氧基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (R)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將N-(9-((2R,6S)-6-(羥基甲基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)-6-((4-甲基苄基)氧基)-9H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(120 mg,0.176 mmol)和(S)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(48.4 mg,0.264 mmol)藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於THF(1.20 mL)中,向其中添加在甲苯中的三級戊醇鈉(158 µL,0.527 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌7 h,然後添加另外的(S)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(12 mg,0.066 mmol)。將混合物在0°C下攪拌1 h,然後將其用乙酸(60.4 µL,1.05 mmol)在0°C下淬滅。將混合物用EtOAc稀釋,並且用磷酸二氫鈉水溶液(10.0 mL,10%)處理,然後將其用EtOAc(50 mL X 2)萃取。將合併的有機層用半飽和鹽水(20 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料溶解於EtOAc(5 mL)中,然後向其中添加正庚烷(20 mL)。將固體藉由過濾收集,用正庚烷-EtOAc(25 mL,4 : 1 v/v)的混合物沖洗,並且在室溫下在N
2流下在真空下乾燥過週末以得到標題產物(107 mg,76%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.67 (brs, 1H), 7.84 (s, 1H), 7.56-7.39 (m, 6H), 7.38-7.33 (m, 2H), 7.33-7.24 (m, 6H), 7.24-7.16 (m, 3H), 7.13 (d,
J= 8.0 Hz, 2H), 6.20 (d,
J= 8.0 Hz, 1H), 5.58 (m, 2H), 4.32 (m, 1H), 4.14 (m, 1H), 4.05 (m, 1H), 3.41 (d,
J= 11.2 Hz, 1H), 3.21 (m, 1H), 3.12 (d,
J= 11.6 Hz, 1H), 2. 64 (s, 3H), 2.613 (s, 3H), 2.56 (m, 1H), 2.34 (s, 3H), 1.77 (dd,
J= 10.8, 10.8 Hz, 1H), 1.60 (dd,
J= 11.2, 11.2 Hz, 1H), 1.35 (d,
J= 6.8 Hz, 3H), 1.32 (d,
J= 6.8 Hz, 3H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 65.2;ESI-MS
m/z: 針對[C
43H
47N
7O
5PS+H]
+的計算值806.3;實測值806.0。
((2S,6R)-6-(2- 異丁醯胺基 -6-((4- 甲基苄基 ) 氧基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (S)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
將O-(((2S,6R)-6-(2-異丁醯胺基-6-((4-甲基苄基)氧基)-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基) S-氫 (R)-二甲基硫代磷醯胺酯(90 mg,0.11 mmol)藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於DCM(1.0 mL)中,在0°C下向其中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(59 µL,0.45 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2 h,然後將其用飽和碳酸氫鈉水溶液(0.75 mL)在0°C下淬滅,並且用EtOAc(10 mL)稀釋。將混合物用EtOAc萃取兩次,並且將合併的有機層(80 mL)用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥,濃縮。將粗材料藉由柱層析法用在正庚烷中的70%至100%的EtOAc洗脫來純化以得到標題產物(56 mg,62%)。藉由
31P NMR將非鏡像異構比率確定為95.5 : 4.5。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 7.80 (brs, 1H), 7.78 (s, 1H), 7.58-7.42 (m, 6H), 7.39 (d,
J= 8.0 Hz, 2H), 7.36-7.29 (m, 6H), 7.25-7.19 (m, 3H), 7.16 (d,
J= 8.0 Hz, 2H), 6.26 (dd,
J= 9.6, 2.4 Hz, 1H), 5.58 (m, 2H), 4.50 (m, 1H), 4.13 (m, 2H), 3.48 (br d,
J= 11.2 Hz, 1H), 3.36-3.18 (m, 2H), 2.68-2.63 (m, 1H), 2.65 (s, 3H), 2.61 (s, 3H), 2.35 (s, 3H), 1.77 (dd,
J= 10.4, 10.4 Hz, 1H), 1.60 (dd,
J= 11.6, 10.8 Hz, 1H), 1.37 (d,
J= 7.2 Hz, 3H), 1.35 (d,
J= 6.8 Hz, 3H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.5;ESI-MS
m/z: 針對[C
43H
46ClN
7O
5P+H]
+的計算值808.3;實測值808.1。
實例 12 - 使用肽合成儀固相合成立體純 PMO
實例 12A - Sar-Wang 樹脂上 Fmoc 的去保護:
允許Fmoc-SAR-Wang樹脂(1.0 mmol,購自Aapptec公司,RWG103,批次編號9953380,0.65 mmol/g,110-200目)在DMF(8體積)中溶脹2 h並且排出DMF。用在DMF(6體積)中的20%哌啶處理樹脂,振盪3 min,收集溶劑並且在N
2氣體下乾燥5 min(重複相同序列4次)。最後,用DMF(5體積 × 5次)、用CH
2Cl
2(5體積 × 5次)洗滌樹脂,並且使用N
2氣體氣氛在真空下乾燥過夜。
樹脂負載的計算:向以上所收集的哌啶溶液中添加在DMF中的20%哌啶以使最終體積為大約40體積。然後,取0.1 mL的溶液並且用DMF稀釋至100體積,並且測量Fmoc基團/克在301 nm處的UV吸光度。
UV 測量的條件溶劑:DMF中的20%哌啶
波長:301 nm
ɛ = 7800
實例 12B - 用於固相合成 PMO 的一般程序:
(a) 全-Sp-PMO的合成計畫
(b) 全-Rp-PMO的合成計畫
將Fmoc去保護樹脂(1 mmol)轉移到肽合成儀反應容器中,用CH
2Cl
2(20體積 × 5次)、用乙腈(20體積 × 5次)洗滌,並且乾燥樹脂。向樹脂燒瓶中添加立體純胞嘧啶二甲基磷醯胺基氯化物(1 mmol)、無水1,3-二甲基-2-咪唑啶酮(DMI,5.0體積)和1,2,2,6,6-五甲基-哌啶(PMP,10.0體積),並且在室溫下振盪20 h。記錄等分試樣的LCMS以確認單體在樹脂上的完全負載。然後,按順序進行表4的步驟5-9。
[表4]:固相PMO合成的步驟
步驟 | 反應 | 試劑 | |
1 | 脫三苯甲基化 | 2% 3-氰基吡啶-TFA,0.9% EtOH,20% TFE/DCM,然後CH 2Cl 2洗滌 | 7次循環 |
2 | 中和 | 在NMP中的10% Hunig鹼 | 4次 |
3 | 洗滌 | 1,3-二甲基-2-咪唑啶酮洗滌(2次) MeCN洗滌(10次), CH 2Cl 2洗滌(15次) | |
4 | 偶聯 | 單體(1.3當量)、DMI(0.05 M)、PMP(10當量) | 20 h |
5 | 洗滌 | 用MeCN(10次), 用CH 2Cl 2(10次) | |
6 | 封端 | 2,6-盧剔啶(30%,在MeCN中)和Ac 2O(20%,在MeCN中) | 3次 |
7 | 洗滌 | 用CH 2Cl 2(10次) | |
8 | Ac 2O去除 | NMP中的10%𠰌啉 | 4次 |
9 | 洗滌 | 用CH 2Cl 2(10次) |
在樹脂上負載第一單體之後,重複如表4所示的合成循環(去保護、中和、偶聯和封端)以獲得所需的寡核苷酸長度。在每個合成循環中,添加所需的單體(使用之前藉由HPLC-Mass確認單體的純度)以獲得標題核苷酸序列。
在每個合成循環中,偶聯反應(步驟4,表4)之後,將少量的樹脂處理至裂解條件(0.1 mL的7 N NH
3/MeOH),並且記錄RP HPLC-Mass以記錄偶聯效率。
實例 12C - 從樹脂上裂解和鹼去保護:
完成期望長度的寡核苷酸之後,乾燥樹脂,然後轉移到離心瓶中,添加7 N NH
3/MeOH(100體積)並且在50°C - 55°C下攪拌。過濾固體,並且用甲醇洗滌樹脂。將濾液在減壓下濃縮至初始體積的¼,通過0.45微米膜過濾器過濾,濃縮並且乾燥產物。將粗產物重新溶解在Et
3NHOAc/MeCN(1/1)的1/1(v/v)混合物中並且摻有Et
3N(0.1%)。使用反相HPLC柱條件純化粗產物。
實例 12D - 最終脫三苯甲基化:
將含有3’-N-Tr-PMO(1當量)的燒瓶冷卻至0°C,添加新製備的0.1 M磷酸水溶液(20當量)並且在室溫下攪拌混合物。反應完成後(藉由RP-LCMS確認),用28%氫氧化銨(40當量)使反應混合物鹼化,在室溫下攪拌2小時,通過膜過濾器(0.45 µ)過濾固體,用水洗滌。使用反相HPLC純化化合物。分析每種HPLC級分,濃縮含有級分的產物,並且冷凍乾燥以獲得期望的寡核苷酸。
實例 13 - 二聚體合成:
((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲基 (
S)-
P-((2
S,6
R)-2-(((
三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 ) 甲基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉代 )-
N,
N-
二甲基膦醯胺酸酯:
向燒瓶裝入
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-甲基 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.060 g,0.085 mmol),然後添加甲苯(1.2 mL)。在室溫下攪拌10 min之後,反應形成澄清溶液。將反應混合物冷卻至0°C,用2,4,6-三甲基吡啶(0.11 mL,0.84 mmol)和磺醯氯(0.17 mL,0.085 mmol)(0.5 M溶液,在甲苯中)處理,並且在0°C下攪拌1 h。
向另一燒瓶裝入1-((2
R,6
S)-6-(((三級丁基二苯基矽基)氧基)甲基)𠰌啉-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1
H,3
H)-二酮(0.049 g,0.10 mmol)、乙腈(0.6 mL)和1,2,2,6,6-戊甲基哌啶(0.066 g,0.42 mmol)。將混合物用氯化物的溶液(以上所製備的)處理並且在室溫下攪拌2 h。將反應混合物在真空下濃縮並且使用矽膠柱層析法(MeOH/EtOAc = 0%至10%)純化以得到標題產物(48 mg,50%收率)。
31P NMR (CDCl
3, 162 MHz) δ 16.1 (期望的), 16.4 (不期望的);ESI-MS
m/z: 針對[C
63H
69N
8O
9PSi+H]
+的計算值1141.47;實測值1141.2。
13P NMR示出約1 : 6非鏡像異構立體選擇性(不期望的相對於期望的)。
原位偶聯:
將
O-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(100 mg,0.14 mmol)溶解在無水CH
2Cl
2(1.5 mL)中並且冷卻至0°C。將混合物用1-氯-
N,
N,2-三甲基丙-1-烯-1-胺(29 mg,0.26 mmol)處理並且在0°C下攪拌1 h。活化完成之後(藉由LCMS監測),將混合物用1-((2
R,6
S)-6-(((三級丁基二苯基矽基)氧基)甲基)𠰌啉-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1
H,3
H)-二酮(62 mg,0.13 mmol)和1,2,2,6,6-五甲基哌啶(0.26 mL,1.4 mmol)在MeCN(1.5 mL)中的溶液處理,並且在室溫下攪拌4 h。將反應用10%檸檬酸水溶液(5 mL)淬滅並且用EtOAc(5 mL)稀釋。分離兩個層,並且將水層用EtOAc(2 × 5 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(5 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥、過濾、濃縮並且使用矽膠柱層析法(EtOAc/正庚烷 = 20%至100%,然後MeOH/DCM = 0%至20%)純化以得到標題化合物(106 mg,72%收率)。
31P NMR (CDCl
3, 162 MHz) δ 16.1 (期望的), 16.4 (不期望的);ESI-MS
m/z: 針對[C
63H
69N
8O
9PSi+H]
+的計算值1141.47;實測值1141.2。
13P NMR示出 > 99 : 1
dr。
實例 14 - 2’- 去氧核糖核苷活化單體的製備
O -(((2
R,3
S,5
R)-3-((
三級丁基二甲基矽基 ) 氧基 )-5-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
R)-
二甲基硫代磷醯胺酯:在0°C下,向1-((2
R,4
S,5
R)-4-((三級丁基二甲基矽基)氧基)-5-(羥基甲基)四氫呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2,4(1
H,3
H)-二酮(1.0 g,2.8 mmol)在THF(14 mL)中的溶液添加三級丁氧化鉀(8.4 mL,在THF中,8.4 mmol),隨後添加(2
S,4
R)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(1.1 g,4.2 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2 h,然後添加另外的(2
S,4
R)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.51 g,1.9 mmol),隨後在0°C下添加三級丁醇鉀(2.8 mL,在THF中,2.8 mmol)。將混合物再保持攪拌30 min,然後在0°C下添加另外的三級丁醇鉀(0.7 mL,在THF中,0.7 mmol)。將其在0°C下再攪拌20 min,並且將反應用乙酸(1.4 mL,24 mmol)淬滅。將反應用EtOAc(100 mL)和磷酸二氫鈉水溶液(50 mL,10%)處理。將水層用EtOAc(100 mL)反萃取。將有機層合併,隨後用水(50 mL)和飽和鹽水(50 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥,並且濃縮至約25 mL,向其中添加正庚烷(150 mL),並且將上清液傾析。將黏性材料重新溶解於EtOAc(20 mL)中,並且然後向溶液中添加正庚烷(120 mL)。將所得懸浮液離心,並且將固體用EtOAc/正庚烷(v/v 1 : 6,49 mL)的混合物沖洗。將固體藉由與THF和MeCN的混合物共蒸發來乾燥以得到標題化合物(1.29 g,96%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 8.76 - 8.89 (m, 1 H), 7.36 - 7.45 (m, 1 H), 6.13 - 6.27 (m, 1 H), 4.33 - 4.43 (m, 2 H), 4.22 - 4.32 (m, 1 H), 3.98 - 4.07 (m, 1 H), 2.86 (s, 3 H), 2.84 (s, 3 H), 2.20 - 2.28 (m, 2 H), 1.95 (s, 3 H), 0.89 (s, 9 H), 0.09 (s, 6 H)
31P NMR (162 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 65.03 (br s, 1 P)
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C18H34N3O6PSSi的計算值480.2;實測值480.0
((2
R,3
S,5
R)-3-((
三級丁基二甲基矽基 ) 氧基 )-5-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 (
S)-
二甲基磷醯胺基氯化物 :在0°C下,向
O-(((2
R,3
S,5
R)-3-((三級丁基二甲基矽基)氧基)-5-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)四氫呋喃-2-基)甲基)
S-氫 (
R)-二甲基硫代磷醯胺酯(1.29 g,2.69 mmol)在DCM(13.5 mL)中的溶液中逐滴添加1-氯-
N,
N,2-三甲基丙烯基胺(0.53 mL,4.0 mmol)。添加之後,將反應混合物在0°C下攪拌30 min,然後添加更多的1-氯-
N,
N,2-三甲基丙烯基胺(0.18 mL,1.3 mmol)。將混合物在0°C下再攪拌20 min,然後將其用EtOAc(100 mL)稀釋,並且然後在0°C下用飽和NaHCO
3(水溶液)淬滅。相分離之後,將水層用EtOAc(100 mL)反萃取。將合併的有機層用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在正庚烷中的60% EtOAc洗脫來純化以得到標題化合物(0.75 g,58%),並且藉由HPLC將非鏡像異構比率確定為99.5 : 0.5。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 8.23 (s, 1 H), 7.32 (s, 1 H), 6.24 - 6.32 (m, 1 H), 4.44 (dt,
J= 6.4, 3.1 Hz, 1 H), 4.22 - 4.37 (m, 2 H), 4.04 - 4.10 (m, 1 H), 2.77 (s, 3 H), 2.73 (s, 3H), 2.23 - 2.41 (m, 1 H), 1.99 - 2.08 (m, 1 H), 1.94 (s, 3 H), 0.89 (s, 9 H), 0.10 (s, 6 H)
31P NMR (162 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 19.04 (s, 1 P)
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C18H33ClN3O6PSi的計算值482.2;實測值482.0
O -(((2
R,3
S,5
R)-3-((
三級丁基二甲基矽基 ) 氧基 )-5-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 )
S-
氫 (
S)-
二甲基硫代磷醯胺酯:在0°C下,向
N-(9-((2
R,4
S,5
R)-4-((三級丁基二甲基矽基)氧基)-5-(羥基甲基)四氫呋喃-2-基)-6-側氧基-6,9-二氫-1
H-嘌呤-2-基)異丁醯胺(1.0 g,2.3 mmol)和(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.89 g,3.4 mmol)在THF(11.3 mL)中的溶液中逐滴添加三級丁醇鉀(6.8 mL,在THF中,6.8 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌40 min,然後添加另外的(2
R,4
S)-2-(二甲基胺基)-4-苯基-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.45 g,1.7 mmol)。將其在冰浴下保持攪拌過夜,並且將反應在0°C下用乙酸(0.78 mL,13.6 mmol)淬滅。將其用EtOAc(100 mL)和磷酸二氫鈉水溶液(40 mL,10%)處理。相分離之後,將水層用EtOAc(150 mL X 3)反萃取。將有機層合併,用半飽和鹽水(150 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮至殘餘物。將粗材料重新溶解於EtOAc(40 mL)中,然後向溶液中添加正庚烷(320 mL)。然後將懸浮液過濾,並且用EtOAc/正庚烷(v/v 1 : 8,90 mL)的混合物沖洗。將固體藉由與THF/MeCN的混合物共蒸發來乾燥以得到標題化合物(0.67 g,52%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 12.30 (s, 1 H), 11.34 (s, 1 H), 7.61 (s, 1 H), 5.87 - 6.01 (m, 1 H), 4.56 - 4.72 (m, 2 H), 4.42 - 4.56 (m, 1 H), 4.00 - 4.11 (m, 1 H), 2.99 (s, 3 H), 2.97 (s, 3 H), 2.84 - 3.11 (m, 2 H), 1.91 - 2.07 (m, 1 H), 1.37 (d,
J= 8.0 Hz, 3 H), 1.22 (d,
J= 4.0 Hz, 3 H), 0.89 (m, 9 H), 0.14 (s, 3 H), 0.09 (s, 3 H)
31P NMR (162 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 64.31 (s, 1 P)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C22H39N6O6PSSi的計算值575.2;實測值575.1
((2
R,3
S,5
R)-3-((
三級丁基二甲基矽基 ) 氧基 )-5-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 (
R)-
二甲基磷醯胺基氯化物:在0°C下,向
O-(((2
R,3
S,5
R)-3-((三級丁基二甲基矽基)氧基)-5-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)四氫呋喃-2-基)甲基)
S-氫 (
S)-二甲基硫代磷醯胺酯(0.67 g,1.2 mmol)在DCM(6.7 mL)中的溶液中逐滴添加1-氯-
N,
N,2-三甲基丙烯基胺(0.39 mL,2.9 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌45 min,然後將其用EtOAc(100 mL)稀釋,並且然後在0°C下用飽和NaHCO
3(水溶液)淬滅。相分離之後,將水層用EtOAc(100 mL)反萃取。將合併的有機層用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用EtOAc洗脫來純化以得到標題化合物(0.52 g,77%),並且藉由HPLC將非鏡像異構比率確定為93.4 : 6.6。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 12.16 (s, 1 H), 10.23 (s, 1 H), 7.66 (s, 1 H), 6.18 - 6.25 (m, 1 H), 5.19 - 5.29 (m, 1 H), 4.82 - 4.90 (m, 1 H), 4.26 - 4.37 (m, 1 H), 4.04 - 4.17 (m, 1 H), 3.15 - 3.28 (m, 1 H), 2.80 (s, 3 H), 2.76 (s, 3 H), 2.66 - 2.75 (m, 1 H), 2.27 - 2.38 (m, 1 H), 1.19 - 1.30 (m, 6 H), 0.90 (s, 9 H), 0.13 (s, 3 H), 0.12 (s, 3 H)
31P NMR (162 MHz, 氯仿-
d) δ ppm 19.67 (s, 1 P)
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C
22H
39ClN
6O
6PSi的計算值577.2;實測值577.1
(2R,3S,5R)-5-(6- 胺基 -9H- 嘌呤 -9- 基 )-2-(( 雙 (4- 甲氧基苯基 )( 苯基 ) 甲氧基 ) 甲基 ) 四氫呋喃 -3- 醇:
將(2R,3S,5R)-5-(6-胺基-9H-嘌呤-9-基)-2-(羥基甲基)四氫呋喃-3-醇(3.0 g,11.9 mmol)藉由與MeCN共蒸發兩次和與吡啶共蒸發一次來乾燥,然後將其懸浮於吡啶(70 mL)中。在室溫下,向混合物中添加4,4'-二甲氧基三苯甲基氯化物(4.45 g,13.1 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌2 h,然後將其用NaHCO
3水溶液(150 mL,5%)淬滅。將其用EtOAc(500 mL X 2)萃取。將合併的有機層用飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的13%至15%的MeOH洗脫來純化以得到標題產物(3.62 g,55%)。
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 8.21 (s, 1H), 8.13 (s, 1H), 7.38-7.33 (m, 2H), 7.26-7.13 (m, 7H), 6.80-6.73 (m, 4H), 6.43 (dd,
J= 6.4, 6.0 Hz, 1H), 4.64 (m, 1H), 4.57 (s, 1H), 4.12 (m, 1H), 3.75 (s, 6H), 3.33 (d,
J= 4.4 Hz, 2H), 2.92 (m, 1H), 2.50 (m, 1H);ESI-MS
m/z: 針對[C
31H
31N
5O
5+H]
+的計算值554.2;實測值554.0。
((2R,3S,5R)-5-(6- 胺基 -9H- 嘌呤 -9- 基 )-3-(( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲醇:
將(2R,3S,5R)-5-(6-胺基-9H-嘌呤-9-基)-2-((雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)四氫呋喃-3-醇(3.62 g,6.54 mmol)與MeCN共蒸發一次,然後將其溶解於在室溫水浴下的燒瓶中的DMF(37.5 mL)中。在室溫下,向溶液中添加咪唑(3.56 g,52.3 mmol)、Et
3N(3.65 mL,26.2 mmol)和TBDPS-Cl(3.36 mL,13.1 mmol),並且將反應混合物在室溫下攪拌1 h,然後添加另外的咪唑(1.78 g,26.2 mmol)、TBDPS-Cl(3.36 mL,13.1 mmol)和DMAP(0.799 g,6.54 mmol),並且將其保持在室溫下攪拌過夜。將反應用水(75 mL)淬滅,並且用MTBE(250 mL X 2)萃取。將合併的有機層用飽和NaHCO
3(水溶液)、飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在正庚烷中的90%至100%的EtOAc洗脫來純化以得到期望產物,將其直接用於下一步驟,假定100%收率。
在室溫下,向裝有9-((2R,4S,5R)-5-((雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-((三級丁基二苯基矽基)氧基)四氫呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-胺(5.18 g,6.54 mmol)的燒瓶中添加1,1,1,3,3,3-六氟-2-丙醇(21.4 mL)、2,2,2-三氟乙醇(10.6 mL)、DCM(40.0 mL)和三乙基矽烷(17.8 mL,111 mmol)的混合物。將其在室溫下攪拌30 min,然後將其在旋蒸上濃縮,並且與MeOH共蒸發一次。將粗材料懸浮於甲醇(52.9 mL)和DCM(53.0 mL)中,在室溫下向其中添加對甲苯磺酸一水合物(0.124 g,0.654 mmol),將其在室溫下保持攪拌30 min,然後添加三乙胺(0.182 mL,1.31 mmol),並且然後在旋蒸上濃縮。將殘餘物與THF共蒸發一次,然後將其在0°C下重新溶解於THF(37.0 mL)、水(9.31 mL)和TFA(1.51 mL,19.6 mmol)的混合物中。將反應混合物在冰浴下攪拌1 h,然後將其用EtOAc(250 mL)稀釋,並且用飽和碳酸氫鈉水溶液(54.9 mL)淬滅。將懸浮在EtOAc層中的固體藉由過濾收集,去用EtOAc沖洗以得到第1批的產物。濾液相分離之後,將水層用EtOAc(250 mL)和2-MeTHF(200 mL)的混合物萃取。將合併的有機層用飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。向所得殘餘物中添加DCM(30 mL)、MTBE(30 mL)和正庚烷(30 mL)的混合物,並且將固體藉由過濾收集,用MTBE沖洗以得到第2批的產物。將合併的固體在N
2流下經真空乾燥以得到標題產物(2.55 g,80%,經兩個步驟)。
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 8.23 (s, 1H), 8.11 (s, 1H), 7.79 (s, 2H), 7.70-7.65 (m, 4H), 7.48-7.37 (m, 6H), 6.51 (dd,
J= 8.8, 5.6 Hz, 1H), 4.64 (m, 1H), 4.52 (brs, 1H), 4.08 (m, 1H), 3.57 (dd,
J= 12.4, 2.4 Hz, 1H), 3.16 (dd,
J= 12.4, 2.8 Hz, 1H), 2.66 (m, 1H), 2.42 (m, 1H);ESI-MS
m/z: 針對[C
26H
31N
5O
3Si+H]
+的計算值490.2;實測值490.0。
((2R,3S,5R)-3-(( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 )-5-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲醇:
將((2R,3S,5R)-5-(6-胺基-9H-嘌呤-9-基)-3-((三級丁基二苯基矽基)氧基)四氫呋喃-2-基)甲醇(2.43 g,4.96 mmol)與無水MeCN共蒸發一次,然後將其懸浮於DMF(89 mL)中,然後將其在室溫下用2,2-二乙氧基-1-甲基吡咯啶(3.82 mL,19.9 mmol)處理1 h,然後添加水(0.89 mL,50 mmol)並且將其保持在室溫下攪拌30 min。然後將混合物用水(180 mL)稀釋並且用EtOAc(300 mL X 2)萃取。將合併的EtOAc層用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的5%至15%的MeOH洗脫來純化以得到標題產物(2.52 g,89%)。
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 8.39 (s, 2H), 7.69 (m, 4H), 7.50-7.36 (m, 6H), 6.57 (dd,
J= 12.4, 5.6 Hz, 1H), 4.66 (m, 1H), 4.09 (m, 1H), 3.56 (m, 3H), 3.21 (dd,
J= 12.4, 3.2 Hz, 1H), 3.11 (s, 3H), 2.81 (m, 2H), 2.69 (m, 1H), 2.46 (m, 1H), 2.04 (m, 2H), 1.12 (s, 9H);ESI-MS
m/z: 針對[C
31H
38N
6O
3Si+H]
+的計算值571.3;實測值571.1。
O-(((2R,3S,5R)-3-(( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 )-5-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (S)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將((2R,3S,5R)-3-((三級丁基二苯基矽基)氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)四氫呋喃-2-基)甲醇(157 mg,0.275 mmol)和(R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(76 mg,0.41 mmol)的混合物藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於THF(1.57 mL)中。然後在0°C下向溶液中逐滴添加在甲苯中的三級戊醇鈉溶液(4 M,247 µl,0.825 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2 h,然後將其用乙酸(94 µL,1.6 mmol)在0°C下淬滅。然後將其用EtOAc(10 mL)稀釋,並且添加磷酸二氫鈉水溶液(9.9 mL,10%)。將混合物用EtOAc(40 mL X 2)萃取。將合併的EtOAc層用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。然後將殘餘物重新溶解於THF(5 mL)和EtOAc(5 mL)的混合物中,向其中添加正庚烷(50 mL)。將固體藉由過濾收集固體,用正庚烷-EA(30 mL,5 : 1 v/v)沖洗,並且在N
2流下經真空乾燥過夜以得到標題產物(161 mg,84%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 9.08 (brs, 1H), 8.12 (brs, 1H), 7.72-7.62 (m, 4H), 7.52-7.36 (m, 6H), 6.55 (dd,
J= 9.6, 4.8 Hz, 1H), 4.60 (d,
J= 5.2 Hz, 1H), 4.21 (s, 1H), 4.18 (m, 1H), 3.98 (m, 1H), 3.73-3.55 (m, 2H), 3.44 (s, 3H), 3.34 (m, 1H), 2.82 (m, 1H), 2.76-2.62 (m, 1H), 2.54 (s, 3H), 2.51 (s, 3H), 2.36-2.22 (m, 2H), 2.10 (m, 1H), 1.12 (s, 9H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 65.7;ESI-MS
m/z: 針對[C
33H
44N
7O
4PSSi+H]
+的計算值694.3;實測值694.0。
((2R,3S,5R)-3-(( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 )-5-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 (R)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
將O-(((2R,3S,5R)-3-((三級丁基二苯基矽基)氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)四氫呋喃-2-基)甲基) S-氫 (S)-二甲基硫代磷醯胺酯(100 mg,0.143 mmol)藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於DCM(1.29 mL)中,在0°C下向其中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(76 µL,0.57 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2.5 h,然後添加另外的1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(19 µL,0.14 mmol)。將其在冰浴下攪拌30 min,然後將其用EtOAc稀釋,並且在0°C下用飽和碳酸氫鈉水溶液(9.6 mL)淬滅。相分離之後,將其用EtOAc反萃取一次。將合併的層(100 mL)用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的0%至100%的THF洗脫來純化以得到標題產物(132 mg)。藉由HPLC將非鏡像異構比率確定為95.5 : 4.5。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.44 (s, 1H), 7.91 (s, 1H), 7.64-7.56 (m, 4H), 7.44-7.30 (m, 6H), 6.46 (dd,
J= 6.8, 6.4 Hz, 1H), 4.58 (m, 1H), 4.18 (m, 1H), 4.10-3.75 (m, 2H), 3.48-3.41 (m, 2H), 3.08 (s, 3H), 2.92-2.82 (m, 2H), 2.51 (s, 3H), 2.48 (s, 3H), 2.44 (m, 1H), 2.10-1.70 (m, 3H), 1.05 (s, 9H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.5;ESI-MS
m/z: 針對[C
33H
43ClN
7O
4PSi+H]
+的計算值696.3;實測值696.1。
O-(((2R,3S,5R)-3-(( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 )-5-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 ) S- 氫 (R)- 二甲基硫代磷醯胺酯:
將((2R,3S,5R)-3-((三級丁基二苯基矽基)氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)四氫呋喃-2-基)甲醇(210 mg,0.368 mmol)和(S)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(101 mg,0.553 mmol)的混合物藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於THF(2.1 mL)中,然後在0°C下向其中逐滴添加三級戊醇鈉在甲苯中的溶液(0.33 mL,1.1 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌1 h,然後將其用乙酸(126 µL,2.21 mmol)淬滅。將混合物用EtOAc稀釋,並且然後添加NaH
2PO
4水溶液(25 mL,10%)。將混合物用EtOAc(40 mL X 2)萃取。將5%)合併的有機層用半飽和鹽水(30 mL)洗滌,經Na
2SO
4乾燥並且濃縮。將粗材料重新溶解於THF(6.5 mL)和EtOAc(6.5 mL)的混合物中,然後向溶液中添加正庚烷(65 mL)。將固體藉由過濾收集,用正庚烷-EA的混合物(40 mL,5 : 1 v/v)沖洗,並且在N
2流下在真空下乾燥過夜以得到標題產物(218 mg,85%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.48 (brs, 1H), 8.38 (brs, 1H), 7.62-7.56 (m, 4H), 7.42-7.28 (m, 6H), 6.45 (dd,
J= 8.8, 6.0 Hz, 1H), 4.53 (d,
J= 4.2 Hz, 1H), 4.18 (s, 1H), 4.12 (m, 1H), 3.60-3.42 (m, 2H), 3.13 (m, 1H), 3.09 (s, 3H), 2.80 (m, 1H), 2.53 (s, 3H), 2.50 (s, 3H), 2.48 (m, 1H), 2.30 (m, 1H), 2.15-1.95 (m, 2H), 1.04 (s, 9H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 65.8;ESI-MS
m/z: 針對[C
33H
44N
7O
4PSSi+H]
+的計算值694.3;實測值693.8。
((2R,3S,5R)-3-(( 三級丁基二苯基矽基 ) 氧基 )-5-(6-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-9H- 嘌呤 -9- 基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲基 (S)- 二甲基磷醯胺基氯化物:
將O-(((2R,3S,5R)-3-((三級丁基二苯基矽基)氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)四氫呋喃-2-基)甲基) S-氫 (R)-二甲基硫代磷醯胺酯(93 mg,0.13 mmol)藉由與無水MeCN共蒸發一次來乾燥,然後將其溶解於DCM(1.2 mL)中,在0°C下向其中添加1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(71 mL,0.54 mmol)。將反應混合物在0°C下攪拌2.5 h,然後添加另外的1-氯-N,N,2-三甲基丙烯基胺(18 µL,0.13 mmol)。將其攪拌30 min,然後將其用EtOAc稀釋,並且然後在0°C下用飽和碳酸氫鈉水溶液(9.0 mL)淬滅。相分離之後,將其用EtOAc反萃取一次。將合併的有機層(80 mL)用半飽和鹽水洗滌,經Na
2SO
4乾燥,濃縮。將粗材料藉由矽膠柱層析法用在EtOAc中的0%至100%的THF洗脫來純化以得到標題產物(124 mg)。藉由HPLC將非鏡像異構比率確定為96.5 : 3.5。
1H NMR (400 MHz, CDCl
3) δ 8.44 (s, 1H), 7.89 (s, 1H), 7.64-7.56 (m, 4H), 7.44-7.30 (m, 6H), 6.44 (dd,
J= 7.2, 6.4 Hz, 1H), 4.58 (m, 1H), 4.17 (m, 1H), 4.10-3.75 (m, 2H), 3.49-3.41 (m, 2H), 3.08 (s, 3H), 2.94-2.86 (m, 2H), 2.50 (s, 3H), 2.47 (s, 3H), 2.44 (m, 1H), 2.10-1.70 (m, 3H), 1.05 (s, 9H);
31P NMR (162 MHz, CDCl
3) δ 18.5;ESI-MS
m/z: 針對[C
33H
43ClN
7O
4PSi+H]
+的計算值696.3;實測值696.1。
實例 15 - 使用 𠰌 啉代核苷活化單體和 2’- 去氧核糖核苷活化單體溶液相製備低聚物 ((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-6-(2-
異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯:
向((2
S,6
R)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯2,2,2-三氟乙酸酯(1.40 g,3.05 mmol)在1,3-二甲基-2-咪唑啶酮(15.8 mL)和THF(21.0 mL)中的溶液中添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(2.16 mL,11.9 mmol)。將混合物冷卻至低於10°C,然後添加((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(2.10 g,2.98 mmol)。添加之後,然後將反應混合物在室溫下攪拌5 h。向混合物中添加MTBE(約20 mL)和正庚烷(60 mL)。將上清液傾析,並且將殘餘物藉由矽膠柱層析法用在DCM中的5%至15%的MeOH洗脫來純化以得到呈白色泡沫固體的產物(2.71 g)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C52H57N10O10P的計算值1013.4;實測值1013.3
((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-6-(2-
異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯 :
在室溫下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(2.71 g,2.68 mmol)在二氯甲烷(32.5 mL)中的溶液中添加乙醇(1.56 mL,26.8 mmol)和TFA(1.24 mL,16.0 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌1 h,然後添加MTBE(100 mL)。將懸浮液攪拌5 min,並且將固體藉由過濾收集,用MTBE沖洗,並且真空乾燥。
將所得固體重新溶解於DCM(30 mL)中,並且用1,2,2,6,6-五甲基哌啶(1.45 mL,8.03 mmol)在室溫下處理約10 min,然後添加MTBE(100 mL)。將固體藉由過濾收集,並且真空乾燥30 min以得到產物(2.30 g)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C33H43N10O10P的計算值771.3;實測值771.3
((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-6-(5-
甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯 :
向((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(2.30 g,2.69 mmol)在1,3-二甲基-2-咪唑啶酮(24.0 mL)中的溶液中添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(1.22 mL,6.71 mmol)和((2
S,6
R)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(1.88 g,3.09 mmol)。然後將反應混合物在室溫下攪拌過夜,然後添加MTBE(150 mL)。將上清液傾析,並且將所得黏性固體用MTBE沖洗,隨後用EtOAc(20 mL)和MTBE(60 mL)的混合物研磨以得到產物(3.82 g)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C64H76N14O15P2的計算值1343.5;實測值1343.5
((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-6-(5-
甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯 :
在室溫下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(3.82 g,2.67 mmol)在二氯甲烷(39.5 mL)中的溶液中添加乙醇(1.56 mL,26.7 mmol)和TFA(1.24 mL,16.0 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌45 min,然後添加MTBE(120 mL)。將懸浮液在室溫下攪拌15 min,然後將固體藉由過濾收集,用MTBE沖洗,並且真空乾燥。
然後將所得固體重新溶解於DCM(39.5 mL)中,並且用1,2,2,6,6-五甲基哌啶(1.94 mL,10.7 mmol)在室溫下處理10 min,然後添加MTBE(120 mL)。將固體藉由過濾收集,並且真空乾燥30 min以得到產物(2.98 g)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C45H62N14O15P2的計算值1101.4;實測值1101.4
((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-6-(2-
異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯 :
在室溫下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(2.98 g,2.71 mmol)在1,3-二甲基-2-咪唑啶酮(20.0 mL)中的溶液中添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(1.47 mL,8.12 mmol)和((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(2.29 g,3.25 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌過夜,然後添加𠰌啉(0.236 mL,2.71 mmol)。將混合物攪拌約20 min,然後添加EtOAc(60 mL),隨後添加MTBE(120 mL)。將固體藉由過濾收集,用EtOAc-MTBE(1 : 1,v/v)沖洗。將第二批也從濾液中收集,並且用MTBE-EtOAc(2 : 1,v/v)沖洗。使合併的固體用EtOAc(20 mL)漿化5 min,並且然後向漿料中添加MTBE(20 mL)。將固體藉由過濾收集,用EtOAc-MTBE(1 : 1,v/v)沖洗,真空乾燥30 min以得到產物(4.72 g)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C80H100N21O20P3的計算值1768.7;實測值1768.4
((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-4-((
S)-(
二甲基胺基 )(((2
S,6
R)-6-(2-
異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9H- 嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯 :
在室溫下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-4-((
S)--(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(4.72 g,2.67 mmol)在二氯甲烷(47.2 mL)中的溶液中添加乙醇(1.56 mL,26.7 mmol)和TFA(1.23 mL,16.0 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌20 min,然後添加EtOAc(80 mL),隨後添加MTBE(80 mL)。將懸浮液攪拌5 min,並且然後將固體藉由過濾收集,用EtOAc-MTBE沖洗(1 : 1,v/v),並且真空乾燥。
將所得固體重新溶解於二氯甲烷(47.2 mL)中,並且然後用1,2,2,6,6-五甲基哌啶(1.93 mL,10.7 mmol)在室溫下處理10 min,然後添加EtOAc(60 mL),隨後添加MTBE(100 mL)。將固體藉由過濾收集,並且真空乾燥30 min。將所得固體溶解於DCM(40 mL)和MeOH(2 mL)的混合物中,並且向溶液中添加EtOAc(40 mL)並且然後添加MTBE(80 mL)。將固體藉由過濾收集,並且真空乾燥過夜以得到呈白色固體的產物(3.46 g)。
MS (ESI) m/z:[M+H]
+針對C61H86N21O20P3的計算值1526.6;實測值1526.6
((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4- 三苯甲基 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯:
在室溫下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-4-((
S)-(二甲基胺基)(((2
S,6
R)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(302 mg,0.198 mmol)在1,3-二甲基-2-咪唑啶酮(3.01 mL)中的溶液中添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(107 µL,0.594 mmol),隨後添加((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲基(
R)-二甲基磷醯胺基氯化物(166 mg,0.237 mmol)。在室溫下攪拌反應混合物過夜。向混合物中添加EtOAc(30 mL),隨後添加MTBE(45 mL)。將固體藉由過濾收集,用EtOAc-MTBE(2 : 3,v/v)沖洗以得到產物(454 mg)。
31P NMR (162 MHz, CD3OD) δ ppm 17.25 (brs, 2 P), 16.97 (s, 1 P), 16.91 (s, 1 P)
MS (ESI) m/z:[M+2H]
2+針對C98H122N26O25P4的計算值1094.9;實測值1094.7
((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯:
在室溫下,向裝有((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-三苯甲基𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(433 mg,0.198 mmol)的燒瓶添加TFA(76 µL,0.99 mmol)、乙醇(116 µL,1.98 mmol)和DCM(4.33 mL)的混合物。將反應混合物在室溫下攪拌約1 h,然後添加EtOAc(26 mL)。將懸浮液離心,並且將上清液傾析。將所得固體在DCM-EtOAc(1 : 6,v/v,35 mL)的混合物中超音波處理2 min,然後離心。上清液的傾析得到TFA鹽,然後將其在室溫下用1,2,2,6,6-五甲基哌啶(362 µL,1.98 mmol)在DCM(8.53 mL)中的溶液處理5 min,然後向溶液中添加EtOAc(45 mL)和MTBE(38 mL)。將固體藉由過濾收集,用EtOAc(30 mL)和MTBE(26 mL)的混合物沖洗以得到產物(320 mg)。
MS (ESI) m/z:[M+2H]
2+針對C79H108N26O25P4的計算值973.4;實測值973.4
((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4-((
R)-(((2
R,3
S,5
R)-3-((
三級丁基二甲基矽基 ) 氧基 )-5-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9H- 嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯:
在室溫下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(320 mg,0.164 mmol)在1,3-二甲基-2-咪唑啶酮(3.20 mL)中的溶液中添加1,2,2,6,6-五甲基哌啶(89 µL,0.49 mmol),隨後添加((2
R,3
S,5
R)-3-((三級丁基二甲基矽基)氧基)-5-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)四氫呋喃-2-基)甲基(
S)-二甲基磷醯胺基氯化物(95 mg,0.20 mmol)。將反應混合物在室溫下攪拌過夜,然後添加EtOAc(16 mL),隨後添加MTBE(48 mL)。將固體藉由過濾收集,用EtOAc-MTBE(1 : 3,v/v)的混合物沖洗以得到產物(466 mg)。
31P NMR (162 MHz, CD3OD) δ ppm 17.25 (brs, 2 P), 17.03 (s, 1 P), 16.97 (s, 1 P), 16.92 (s, 1 P)
MS (ESI) m/z:[M+2H]
2+針對C97H140N29O31P5Si的計算值1196.4;實測值1196.2
((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-
苯甲醯胺基 -2- 側氧基嘧啶 -1(2
H)-
基 )-4-((
R)-(
二甲基胺基 )(((2
R,3
S,5
R)-3-
羥基 -5-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 四氫呋喃 -2- 基 ) 甲氧基 ) 磷醯基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(2- 異丁醯胺基 -6- 側氧基 -1,6- 二氫 -9
H-
嘌呤 -9- 基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 甲氧基 )( 二甲基胺基 ) 磷醯基 )-6-(5- 甲基 -2,4- 二側氧基 -3,4- 二氫嘧啶 -1(2
H)-
基 ) 𠰌 啉 -2- 基 ) 苯甲酸甲酯:
在室溫水浴下,向((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-4-((
S)-(((2
S,6
R)-6-(4-苯甲醯胺基-2-側氧基嘧啶-1(2
H)-基)-4-((
R)-(((2
R,3
S,5
R)-3-((三級丁基二甲基矽基)氧基)-5-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)四氫呋喃-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(2-異丁醯胺基-6-側氧基-1,6-二氫-9
H-嘌呤-9-基)𠰌啉-2-基)甲氧基)(二甲基胺基)磷醯基)-6-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2
H)-基)𠰌啉-2-基)苯甲酸甲酯(466 mg,0.195 mmol)在吡啶(3.70 mL,45.8 mmol)、TEA(3.72 mL,26.7 mmol)和DCM(3.72 mL)的混合物中的溶液中添加三乙胺三氫氟酸鹽(476 µL,2.92 mmol)。添加之後,移除水浴,並且將反應混合物在環境溫度下攪拌過夜。然後在0°C下向反應混合物中添加甲氧基三甲基矽烷(1.85 mL,13.4 mmol)。添加之後,將混合物在環境溫度下攪拌3 h,然後添加EtOAc(30 mL),隨後添加MTBE(15 mL)。將固體藉由過濾收集,用EtOAc(36 mL)和MTBE(18 mL)的混合物沖洗以得到產物(399 mg)。
MS (ESI) m/z:[M+2H]
2+針對C91H126N29O31P5的計算值1138.9;實測值1139.1
實例 16 - 製備手性 2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的另一實例 實例 16A : 手性 2-((4- 溴苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物和 (R)-2-((4- 溴苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的製備
2-((4- 溴苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物 。將三乙胺雙(4-溴苯基)四硫代磷酸酯(20.0 g,34.9 mmol)和2-溴乙醇(2.60 mL,36.6 mmol)在氯仿(160 mL)中的混合物在室溫下攪拌22 h。添加另外的2-溴乙醇(0.12 mL,0.05當量)並且在室溫下繼續再攪拌3 h。將反應混合物真空濃縮直至渾濁(大約20 mL),並且在攪拌的同時用水(50 mL)處理並且然後用正庚烷(50 mL)處理。將混合物用冰浴冷卻並且在0°C下攪拌1 h。將沈澱物過濾,並且用水(40 mL)和正庚烷(50 mL)洗滌以得到粗產物(9.8 g)。
將濾餅溶解於CH2CH2(80 mL)中並且去除水層。將有機層在真空中濃縮至大約40 mL並且用正庚烷(50 mL)處理。在室溫下攪拌20 min之後,將混合物真空濃縮至一半體積(大約40 mL)。將所得沈澱物過濾,用正庚烷(5 mL)洗滌,並且經N2吹掃乾燥2 h以得到標題化合物(8.7 g)。
對於重結晶,在加熱至60°C下將濾餅溶解於MTBE(160 mL)中。將不溶性殘餘物(藉由NMR確認的三乙基銨鹽)過濾掉並且將濾液真空濃縮直至沈澱。將懸浮液(大約130 mL)加熱至50°C並且用正庚烷(50 mL)處理。將渾濁混合物在60°C下攪拌30 min並且經12 h緩慢冷卻至室溫。劃破燒瓶壁以釋放固體,並且在室溫下再攪拌1 h。將沈澱物過濾,用正庚烷洗滌並且經N2吹掃乾燥以得到呈灰白色固體的標題化合物(7.48 g,66%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 7.57 - 7.52 (m, 2H), 7.52 - 7.47 (m, 2H), 4.46 - 4.34 (m, 1H), 4.28 - 4.13 (m, 1H), 3.34 - 3.20 (m, 1H), 2.69 (qd, J = 6.0, 13.9 Hz, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 111.81 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+H]+針對C8H9BrOPS3的計算值328.9;實測值328.8
(S)-2-((4- 溴苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物和 (R)-2-((4- 溴苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物。使2-((4-溴苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(10.4 g)經受製備型手性SFC分離以得到(S)-2-((4-溴苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(4.70 g,100% ee,保留時間:3.30 min)和(R)-2-((4-溴苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(4.32 g,99.8% ee,保留時間:3.66 min)。
對於(S)-異構物:
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 7.55 (d, J = 8.3 Hz, 2H), 7.49 (br d, J = 7.5 Hz, 2H), 4.40 (dtd, J = 4.9, 9.1, 13.9 Hz, 1H), 4.27 - 4.14 (m, 1H), 3.35 - 3.21 (m, 1H), 2.74 - 2.63 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 111.81 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+HCO2]-針對C9H9BrO3PS3的計算值372.9;實測值373.0
對於(R)-異構物:
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 7.55 (d, J = 8.3 Hz, 2H), 7.49 (br d, J = 8.5 Hz, 2H), 4.45 - 4.35 (m, 1H), 4.27 - 4.14 (m, 1H), 3.37 - 3.19 (m, 1H), 2.77 - 2.61 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 111.81 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+HCO2]-針對C9H9BrO3PS3的計算值372.9;實測值372.8
藉由手性SFC拆分:純化方法
柱:Chiralpak IC-H,21 x 250 mm,5 µ
流速:70 mL/min
流動相:20%異丙醇,在CO2中
梯度:等度
進樣體積:1 mL(將500 mg的外消旋化合物溶解於15 mL異丙醇和15 mL CH2Cl2的混合物中)
檢測:220 nm
分析型手性SFC
柱:Chiralpak IC-H,4.6 x 100 mm,5 µ
流速:2.5 mL/min
流動相:20%異丙醇,在CO2中
梯度:等度
進樣體積:5 uL(1 mg/mL)
檢測:220 nm
1-((2R,3R,4R,5R)-5-(( 雙 (4- 甲氧基苯基 )( 苯基 ) 甲氧基 ) 甲基 )-3-(2- 甲氧基乙氧基 )-4-(((S)-2- 硫橋 -1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 -2- 基 ) 氧基 ) 四氫呋喃 -2- 基 )-5- 甲基 -4-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 ) 嘧啶 -2(1H)- 酮。將1-((2R,3R,4R,5R)-5-((雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羥基-3-(2-甲氧基乙氧基)四氫呋喃-2-基)-5-甲基-4-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)嘧啶
-2(1H)-酮(200 mg,0.286 mmol)與乙腈(6 mL)共沸兩次。將殘餘物溶解於CH
2Cl
2(3 mL)中,用(S)-2-((4-溴苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(131 mg,0.401 mmol)處理,冷卻至0°C,並且用DBU(0.056 mL,0.37 mmol)處理。在0°C下攪拌3 h之後,將反應用10%磷酸二氫鈉(3 mL)淬滅並且用CH
2Cl
2(3 mL)稀釋。分離有機層,並用乙酸乙酯(5 mL)將水層萃取兩次。將有機層合併,用飽和NaHCO
3(5 mL)和鹽水(5 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,並且真空濃縮。將殘餘物藉由柱層析法(庚烷中的EA = 20%和100%,並且然後EA中的THF = 0%至100%)純化以得到標題化合物(205 mg,86%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 7.76 (s, 1H), 7.47 (br d,
J= 7.8 Hz, 2H), 7.37 (br d,
J= 6.3 Hz, 4H), 7.33 - 7.28 (m, 2H), 7.25 - 7.18 (m, 1H), 6.84 (br d,
J= 8.5 Hz, 4H), 6.14 (s, 1H), 5.37 - 5.26 (m, 1H), 4.60 - 4.47 (m, 1H), 4.45 - 4.31 (m, 2H), 4.26 (br s, 1H), 4.17 - 4.04 (m, 1H), 3.87 (br s, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.63 - 3.53 (m, 3H), 3.48 - 3.35 (m, 5H), 3.34 (s, 3H), 3.29 - 3.09 (m, 2H), 3.03 (s, 3H), 2.11 - 1.98 (m, 2H), 1.47 (s, 3H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 104.79 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+H]+針對C41H50N4O9PS2的計算值837.3;實測值837.1
2-((4- 溴苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 氧化物 。將2-((4-溴苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(1.17 g,3.56 mmol)在CH
2Cl
2(23 mL)中的溶液用二氧化硒(0.395 g,3.56 mmol)處理並且在室溫下攪拌2.5 h。添加兩種另外的二氧化硒(0.395 g,3.56 mmol)並且在室溫下繼續攪拌25 h。將反應混合物藉由乾燥矽膠(5 g)過濾並且用CH
2Cl
2洗滌。將濾液用10% NaH
2PO
4(12 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥並且真空濃縮。將殘餘物用正庚烷(13 mL)和MTBE(2 mL)處理。將黏性固體劃破並且將所得漿料在室溫下攪拌20 min。將沈澱物過濾,用正庚烷洗滌並且經N2吹掃乾燥以得到呈黃色固體的標題化合物(388 mg,35%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 7.53 (s, 4H), 7.38 (s, 1H), 4.49 - 4.32 (m, 1H), 4.11 - 3.95 (m, 1H), 3.45 - 3.23 (m, 1H), 2.88 - 2.70 (m, 1H), 1.25 (s, 1H), 0.88 (br s, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 66.26 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+H]+針對C8H9BrO2PS2的計算值310.9;實測值310.8
2-(((2R,3R,4R,5R)-2-(( 雙 (4- 甲氧基苯基 )( 苯基 ) 甲氧基 ) 甲基 )-4-(2- 甲氧基乙氧基 )-5-(4-(((E)-1- 甲基吡咯啶 -2- 亞基 ) 胺基 )-7H- 吡咯并 [2,3-d] 嘧啶 -7- 基 ) 四氫呋喃 -3- 基 ) 氧基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 氧化物。將(2R,3R,4R,5R)-2-((雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(2-甲氧基乙氧基)-5-(6-(((E)-1-甲基吡咯啶-2-亞基)胺基)-9H-嘌呤-9-基)四氫呋喃-3-醇(3.0 g,4.2 mmol)與乙腈(28 mL)共沸兩次。將殘餘物溶解於CH
2Cl
2(60 mL)中,用2-((4-溴苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(1.84 g,5.93 mmol)處理,冷卻至0°C並且用DBU(0.797 mL,5.291 mmol)處理。在0°C下攪拌3 h之後,將反應用10%磷酸二氫鈉(45 mL)淬滅並且用乙酸乙酯(45 mL)稀釋。分離有機層,並且用乙酸乙酯(45 mL)萃取水層。將合併的有機層用飽和NaHCO
3(45 mL)和鹽水(20 mL)洗滌,經MgSO
4乾燥,並且真空濃縮。將殘餘物藉由柱層析法(庚烷中的EA = 20%至100%,並且然後EA中的THF = 0%至100%)純化以得到呈灰白色泡沫的標題化合物(2.506 g,71.3%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 8.48 (s, 1H), 8.06 (two s, 1H), 7.41 (br d,
J= 7.5 Hz, 2H), 7.31 (br d,
J= 8.5 Hz, 4H), 7.28 - 7.17 (m, 3H), 6.79 (two d, 4H), 6.17 (two d,
J= 6.5, 7.0 Hz, 1H), 5.36 - 5.24 (m, 1.5H), 5.13 (t,
J= 5.63 Hz, 0.5H), 4.47 - 4.41 (m, 1H), 4.41 - 4.27 (m, 2H), 3.92 - 3.84 (m, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.75 - 3.67 (m, 1H), 3.57 - 3.41 (m, 7H), 3.41 - 3.32 (m, 1H), 3.22 (s, 1.5H), 3.15 (s, 4.5H), 3.03 - 2.89 (m, 2H), 2.07 (m, 2H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 45.49 (0.16P), 45.46 (s, 1P), 45.05 (0.07P), 44.94 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+H]+針對C41H48N6O9PS的計算值831.3;實測值831.2
實例 16B : (R) 和 (S)-2-((4- 硝基苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的製備
三乙基銨雙 (4- 硝基苯基 ) 四硫代磷酸鹽。將硫化磷(V)(20.0 g,90.0 mmol)和4-硝基硫代苯酚(27.9 g,180 mmol)在甲苯(160 mL)中的混合物用氮氣吹掃5 min,並且用三乙胺(26.3 mL,189 mmol)處理30 min,將內部溫度維持在低於43°C。在室溫下攪拌23 h之後,將溶液藉由傾析去除並且將黏性固體殘餘物溶解於甲醇(120 mL)中。將混合物用正庚烷(120 mL)處理,在室溫下攪拌20 min,並且用水(100 mL)處理。在室溫下攪拌1 h之後,將沈澱物轉移至具有甲醇和水的2 : 3混合物(總共120 mL)的玻璃過濾器中,用水(60.0 mL)洗滌兩次並且用正庚烷(30.0 mL)洗滌兩次。將濾餅在真空下在50°C下乾燥1天以得到呈灰白色固體的標題化合物(40 g,88%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 9.06 (br s, 1H), 8.21 (d,
J= 8.8 Hz, 4H), 7.88 - 7.84 (m, 4H), 3.32 - 3.22 (m, 6H), 1.41 (t,
J= 7.3 Hz, 9H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 96.38 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M-H]-針對C12H8N2O4PS4的計算值402.9;實測值402.9
2-((4- 硝基苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物 。將三乙胺雙(4-硝基苯基)四硫代磷酸酯(20.0 g,40.0 mmol)和2-溴乙-1-醇(3.09 mL,43.5 mmol)在氯仿(180 mL)中的溶液在室溫下攪拌21 h。將溶液傾析並且真空濃縮至大約60 mL。在攪拌的同時,將殘餘物用水(56 mL)處理並且然後用正庚烷(56 mL)處理。將混合物用冰浴冷卻並且在0°C下攪拌1 h。將沈澱物過濾,並且用水(44 mL)和正庚烷(44 mL)洗滌。將濾餅(17.7 g)用CH
2Cl
2(64mL)溶解並且將不溶性固體過濾掉。將濾液用正庚烷(100 mL)處理,在室溫下攪拌20 min,並且真空濃縮至一半體積。將所得沈澱物過濾,用正庚烷(5 mL)洗滌,並且經N2吹掃乾燥2 h以得到呈黃色固體的粗產物(10.7 g)。
將粗產物在加熱下溶解於乙酸乙酯(100 mL)和CH
2Cl
2(20 mL)的混合物中並且通過玻璃過濾器過濾以去除不溶性固體。將濾液加熱至60°C,並且用正庚烷(20 mL)處理。將所得溶液在60°C下攪拌20 min,經2 h緩慢冷卻至45°C並且在室溫下攪拌3 h。將所得沈澱物過濾,用正庚烷/EtOAc的2 : 1混合物洗滌並且經N2吹掃乾燥以得到呈灰白色固體的標題化合物(4.8 g,72 wt%,29.8%)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 8.26 (d,
J= 8.5 Hz, 2H), 7.80 (dd,
J= 2.0, 8.8 Hz, 2H), 4.57 - 4.45 (m, 1H), 4.41 - 4.27 (m, 1H), 3.49 - 3.37 (m, 1H), 3.04 - 2.93 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 109.53 (s, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+H]+針對C8H9NO3PS3的計算值293.9;實測值294.0
(
R)-2-((4-
硝基苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物和 (
S)-2-((4-
硝基苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物。使2-((4-硝基苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(303.9 mg)經受製備型手性SFC分離以得到(
S)-2-((4-硝基苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(99.1 mg,100% ee,保留時間:2.27 min)和(
R)-2-((4-硝基苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(96.1 mg,94.0% ee,保留時間:2.45 min)。
對於(S)-異構物:
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 8.26 (d,
J= 8.5 Hz, 2H), 7.80 (dd,
J= 2.0, 8.8 Hz, 2H), 4.57 - 4.45 (m, 1H), 4.41 - 4.27 (m, 1H), 3.49 - 3.37 (m, 1H), 3.04 - 2.93 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 109.50 (s, 1P)。
對於(R)-異構物:
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 8.26 (d,
J= 8.5 Hz, 2H), 7.80 (dd,
J= 2.0, 8.8 Hz, 2H), 4.57 - 4.45 (m, 1H), 4.41 - 4.27 (m, 1H), 3.49 - 3.37 (m, 1H), 3.04 - 2.93 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 109.50 (s, 1P)。
藉由手性 SFC 拆分:純化方法柱:ChiralCel OD-H,21 x 250 mm
流速:70 mL/min
流動相:25%甲醇,在CO
2中
梯度:等度
進樣體積:0.5 mL(將304 mg的外消旋化合物溶解於10 mL甲醇和10 mL CH
2Cl
2的混合物中)
檢測:220 nm
分析型手性 SFC柱:ChiralCel OD-H,4.6 x 100 mm
流速:2.5 mL/min
流動相:25%甲醇,在CO
2中
梯度:等度
進樣體積:5 uL
檢測:220 nm
實例 16C : (R) 和 (S)-2-(( 全氟苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物的製備
2-(( 全氟苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物 。將三乙胺雙(全氟苯基)四硫代磷酸酯(15.0 g,25.2 mmol;使用
Science [ 科學 ],
2018,
361, 1234中所報導的文獻程序製備)和2-溴乙-1-醇(2.1 mL,30.2 mmol)在氯仿(120 mL)中的溶液在室溫下攪拌21 h。將正庚烷(120 mL)添加至反應混合物中,在室溫下攪拌1 h,將固體通過矽藻土墊過濾。將濾液經Na
2SO
4乾燥,過濾,濃縮並且藉由使用矽膠柱層析法(0%至100% EtOAc/正庚烷)純化以得到呈黏性油的2-((全氟苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(3.8 g,11.2 mmol,44%)(在低溫下固化)。
1H NMR (400 MHz, 乙腈-d
3) δ = 4.64 - 4.51 (m, 1H), 4.48 - 4.34 (m, 1H), 3.68 - 3.54 (m, 1H), 3.33 - 3.23 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 乙腈-d
3) δ = 109.6 (m, 1P)。
LRMS (ESI) m/z: [M+H]+針對C8H5F5OPS3的計算值338.9;實測值338.8
(
S)-2-((
全氟苯基
)
硫代
)-1,3,2-
氧雜硫雜磷雜環戊烷
2-
硫化物和
(
R)-2-((
全氟苯基
)
硫代
)-1,3,2-
氧雜硫雜磷雜環戊烷
2-
硫化物。
使2-((全氟苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(531.5 mg)經受製備型手性SFC分離以得到(
S)-2-((全氟苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(173.3 mg,100% ee,保留時間:1.86 min)和(
R)-2-((全氟苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(174.6 mg,94.1% ee,保留時間:2.16 min)。
對於(
S)-異構物:
1H NMR (400 MHz, 乙腈-d
3) δ = 4.64 - 4.50 (m, 1H), 4.49 - 4.35 (m, 1H), 3.68 - 3.52 (m, 1H), 3.37 - 3.21 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 乙腈-d
3) δ = 109.6 (m, 1P)。
對於(
R)-異構物:
1H NMR (400 MHz, 乙腈-d
3) δ = 4.65 - 4.51 (m, 1H), 4.48 - 4.35 (m, 1H), 3.66 - 3.54 (m, 1H), 3.34 - 3.22 (m, 1H)。
31P NMR (162 MHz, 乙腈-d
3) δ = 109.6 (m, 1P)。
藉由手性 SFC 拆分 : 純化方法柱:ChiralCel OD-H,21 x 250 mm
流速:60 mL/min
流動相:10%異丙醇,在CO
2中
梯度:等度
進樣體積:0.5 mL(將531.5 mg的外消旋化合物溶解於20 mL異丙醇中)
檢測:220 nm
分析型手性 SFC柱:ChiralCel OD-H,4.6 x 100 mm
流速:2.5 mL/min
流動相:10%異丙醇,在CO
2中
梯度:等度
進樣體積:5 uL
檢測:220 nm
實例 16D :由 2-(( 全氟苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物製備 2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物 (2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物 )
將2-((全氟苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(2.6 g,7.68 mmol)在二甲胺(大約8%,在乙腈溶液中)(15 mL)中的溶液在0°C下攪拌2 h。將反應混合物在減壓下濃縮,並且將粗殘餘物藉由矽膠柱層析法(0%至100% EtOAc/正庚烷)純化以得到呈澄清油的2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(0.83 g,4.53 mmol,59%收率)(在更低溫度下固化)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 4.55 - 4.42 (m, 1H), 4.38 - 4.30 (m, 1H), 3.56 - 3.40 (m, 2H), 2.90 (s, 3H), 2.86 (s, 3H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 102.1 (s, 1P)。
實例 16E :由來自實例 14B 的 (S)-2-(( 全氟苯基 ) 硫代 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物製備 (R)-2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物
(R)-2-( 二甲基胺基 )-1,3,2- 氧雜硫雜磷雜環戊烷 2- 硫化物 。將(
S)-2-((全氟苯基)硫代)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(171 mg,0.51 mmol,100%
ee)在二甲胺(大約8%,在乙腈溶液中)(2 mL,39.48 mmol)中的溶液在0°C下攪拌2 h。將反應混合物在減壓下直接濃縮,並且將粗殘餘物藉由矽膠柱層析法(0%至100% EtOAc/正庚烷)純化以得到呈澄清油的(
R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物(48 mg,0.26 mmol,52%收率,98%
ee)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿-d) δ = 4.55 - 4.42 (m, 1H), 4.38 - 4.30 (m, 1H), 3.56 - 3.40 (m, 2H), 2.90 (s, 3H), 2.87 (s, 3H)。
31P NMR (162 MHz, 氯仿-d) δ = 102.1 (s, 1P)。
上述內容係本文所呈現的實施方式的說明性的,並且不應被解釋為對其的限制。本發明由以下請求項(其中包括該等請求項的等同物)限定。
本揭露中所提及的文獻藉由引用併入本文,如同在本文完整重寫一樣。如果所併入的文獻與本揭露中所寫內容之間存在任何抵觸,則以本揭露為准。
相關申請的交叉引用
本申請要求於2022年7月7日提交的美國臨時專利申請案號63/359,019;於2022年7月7日提交的美國臨時專利申請案號63/359,024;以及於2022年12月5日提交的美國臨時專利申請案號63/386,083的權益。所有前述申請均藉由引用併入本文。
Claims (138)
- 一種立體編碼化合物,其係式 (I) 的𠰌啉代單體 (I) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 3係𠰌啉代氮的保護基團; R 4係氫或C1-C6烷基, 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; R 11係視需要取代的C1-C6烷基,視需要取代的苄基,或視需要被一個或多個選自鹵素、硝基和烷氧基的取代基取代的芳基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR 11時,R 11係視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;以及 R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基。
- 如請求項1之化合物,其中,該化合物係結晶。
- 如請求項1或請求項2之化合物,其中,R 1和R 2獨立地是視需要取代的C1-C6烷基。
- 如請求項1至3中任一項之化合物,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項1至2中任一項之化合物,其中,R 1和R 2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。
- 如請求項1至5中任一項之化合物,其中,R 3選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基和磺醯基。
- 如請求項1至6中任一項之化合物,其中,R 3選自由三苯甲基、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、甲氧基苄基、二甲氧基苄基、二苯基甲基、硝基苯磺醯基和二硝基苯磺醯基組成之群組。
- 如請求項1至7中任一項之化合物,其中,R 4係H或甲基。
- 如請求項1至8中任一項之化合物,其中,R 1和R 2係甲基,R 3係三苯甲基,並且R 4係H或甲基。
- 如請求項1至9中任一項之化合物,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHBz或-NHC(O)iPr。
- 如請求項1至9中任一項之化合物,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是 或 。
- 如請求項1至11中任一項之化合物,其中,R 9選自由H、氰基乙基、( R)和/或( S) α-甲基氰基乙基、( R)和/或( S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基、2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
- 如請求項1之化合物,其選自以下化合物: 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 和 , 其中*指示(R)或(S)立體化學,或其混合物,以及 R 4係H或甲基。
- 一種製備式 (II) 的立體編碼活化單體 (II) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11, 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、或矽基; 其包括以下步驟: (a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體 (Ia) (b) 視需要將步驟 (a) 中的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體的硫烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I) 其中R 4係C1-C6烷基; (c) 使來自步驟 (a) 的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到該式 (II) 的立體編碼活化單體。
- 如請求項14之方法,其中,在步驟 (b) 中,R 4係甲基。
- 如請求項14或15之方法,其中,R 1和R 2獨立地是C1-C6烷基。
- 如請求項14至16中任一項之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項14至17中任一項之方法,其中,R 1和R 2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。
- 如請求項14至18中任一項之方法,其中,R 3選自由三苯甲基、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、甲氧基苄基、二甲氧基苄基、二苯基甲基、硝基苯磺醯基和二硝基苯磺醯基組成之群組。
- 如請求項14至19中任一項之方法,其中,R 3係三苯甲基。
- 如請求項14至20中任一項之方法,其中,R 1和R 2係甲基,R 3係三苯甲基並且步驟 (b) 不存在,或其中R 1和R 2係甲基,R 3係三苯甲基,並且在步驟 (b) 中R 4係甲基。
- 如請求項14至21中任一項之方法,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHBz或-NHC(O)iPr。
- 如請求項14至21中任一項之方法,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是 或 。
- 如請求項14至23中任一項之方法,其中,R 9選自由H、氰基乙基、( R)和/或( S) α-甲基氰基乙基、( R)和/或( S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
- 如請求項14至24中任一項之方法,其中,該氯化劑係SO 2Cl 2或四甲基氯代烯胺。
- 如請求項25之方法,其中,步驟 (c) 在鹼的存在下進行。
- 如請求項14至24和26中任一項之方法,其中,步驟 (b) 不存在並且該氯化劑係四甲基氯代烯胺。
- 一種由如請求項14至27中任一項之方法製備的立體編碼活化單體。
- 一種用於製備式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; R 4係氫或C1-C6烷基, 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基; 其包括以下步驟 使式 (III) 的化合物 (III), 其中R 3和鹼如以上所定義, 與式 (IV) 的手性試劑 (IV), 其中R 1和R 2如以上所定義; R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基 或R 15、R 16、R 17和R 18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環, 在鹼的存在下反應以獲得該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體。
- 如請求項29之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項29或30之方法,其中,R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基、或芳基。
- 如請求項29至31中任一項之方法,其中, R 15、R 16、R 17和R 18係H,或 R 15係C1-C10烷基或芳基,並且R 16、R 17、R 18係H,或 R 16係C1-C10烷基或芳基,並且R 15、R 17、R 18係H;或 R 15係苯基並且R 16、R 17、R 18係H,或 R 16係苯基,並且R 15、R 17、R 18係H。
- 如請求項29之方法,其中,該式 (IV) 的手性劑選自 、 、 、 、 和 。
- 如請求項29至33中任一項之方法,其中,該鹼選自由NaH、DBU、三級戊酸鈉、三級戊醇鈉、NaOtBu、KOtBu、三級戊醇鉀和NaHMDS組成之群組。
- 如請求項29至34中任一項之方法,其中,該反應在室溫下在選自由THF、乙腈、2-MeTHF、1,6-二㗁𠮿和DME組成之群組的極性溶劑中進行。
- 如請求項29至35中任一項之方法,其中,該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體係結晶。
- 如請求項29至36中任一項之方法,其中,該de/ee比率/立體選擇性係至少90%、95%或98%。
- 一種由如請求項29至37中任一項之方法製備的式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體。
- 一種式 (IV) 的手性試劑 (IV) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是-H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基, 或R 15、R 16、R 17和R 18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環。
- 如請求項39之手性試劑,其中,R 1和R 2係C1-C6烷基。
- 如請求項39或40之手性試劑,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項39或40之手性試劑,其中,R 1和R 2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。
- 如請求項39至42中任一項之手性試劑,其中,R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基或芳基。
- 如請求項39至43中任一項之手性試劑,其中, R 15、R 16、R 17和R 18係H,或 R 15係C1-C10烷基或芳基,並且R 16、R 17、R 18係H,或 R 16係C1-C10烷基或芳基,並且R 15、R 17、R 18係H。
- 如請求項39至44中任一項之手性試劑,其中, R 15係苯基並且R 16、R 17、R 18係H,或 R 16係苯基,並且R 15、R 17、R 18係H。
- 如請求項39至44中任一項之手性試劑,其中,R 15、R 16、R 17和R 18係H。
- 如請求項39之手性試劑,其選自以下結構 、 、 、 、 和 。
- 如請求項39至41中任一項之手性試劑,其中, (a) R 15係甲基; R 16和R 17一起形成 ;以及 R 18係H,或 (b) R 16係甲基;R 15和R 18一起形成 ;並且R 17係H。
- 如請求項39或48之手性試劑,其選自 和 。
- 一種製備 (( R)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物)、和/或 (( S)-2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物)之方法, 其包括 藉由超臨界流體層析法(SFC)或手性高效液相層析法(HPLC)分離外消旋2-(二甲基胺基)-1,3,2-氧雜硫雜磷雜環戊烷2-硫化物。
- 一種製備式 (IV) 的手性試劑 (IV) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地是H或C1-C6烷基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉、哌𠯤、吡咯啶和氮雜環丁烷; R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基, 或R 15、R 16、R 17和R 18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環, 其包括使式 (V) 的手性試劑 (V), 其中P*指示(R)或(S)組態,X係選自-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基, 與NHR 1R 2在有機鹼的存在下反應以獲得該式 (IV) 的手性試劑,其中R 1和R 2如以上所定義。
- 如請求項51之方法,其中,Ar選自苯基、五氟苯基、4-溴苯基、單硝基苯基或二硝基苯基和2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。
- 如請求項51或52之方法,其中,該有機鹼選自由1,8-二氮雜雙環[5.4.0]十一碳-7-烯、咪唑、三乙胺、胡寧氏鹼、盧剔啶、吡啶及其組合組成之群組。
- 如請求項51至53中任一項之方法,其中,該式 (IV) 的手性試劑選自 、 、 、 、 ,和 。
- 如請求項50至54中任一項之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項51之方法,其中,該式 (IV) 的手性試劑係 ,以及 該式 (V) 的化合物係 。
- 如請求項51之方法,其中,該式 (IV) 的手性試劑係 ,以及 該式 (V) 的化合物係 。
- 如請求項51之方法,其中,該式 (IV) 的手性試劑係 ,以及 該式 (V) 的化合物係 。
- 如請求項51之方法,其中,該式 (IV) 的手性試劑係 ,以及 該式 (V) 的化合物係 。
- 如請求項51至55中任一項之方法,其中,該de/立體選擇性係至少90%、95%、或98%。
- 一種如請求項51至60中任一項之方法製備的式 (IV) 的手性試劑。
- 一種製備式 (IVa) 的手性劑之方法 (IVa), 其中*和P*各自表示獨立地呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地是H或C1-C6烷基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基; 其包括以下步驟:使式 (VI) 的化合物 (VI) 或其鹽,其中X係選自-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基, 與手性氧化苯乙烯在氯乙酸的存在下反應以獲得式 (IVa) 的手性試劑。
- 如請求項62之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項62或63之方法,其中,Ar選自苯基、五氟苯基、4-溴苯基、單硝基苯基或二硝基苯基和2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。
- 如請求項62之方法,其中,該式 (IVa) 的手性試劑具有以下結構: ,並且該手性氧化苯乙烯係(S)-氧化苯乙烯。
- 如請求項62之方法,其中,該式 (IVa) 的手性試劑具有以下結構: ,並且該手性氧化苯乙烯係(R)-氧化苯乙烯。
- 如請求項62至66中任一項之方法,其中,該式 (VI) 的鹽係三乙胺鹽。
- 一種由如請求項62至67中任一項之方法製備的式 (IVa) 的手性試劑。
- 一種製備式 (VIa) 的化合物 (VIa) 或其鹽之方法,其包括以下步驟 使式 (VII) 的化合物 (VII) 與2,3,4,5,6-五氟苯硫酚反應以獲得該式 (VIa) 的化合物或其鹽。
- 如請求項69之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項69或70之方法,其中,該式 (VIa) 的鹽係三乙胺鹽。
- 一種式 (V) 的手性化合物 (V), 具有至少90% ee,其中 P*指示(R)或(S)組態, R 15、R 16、R 17和R 18係H, X係選自-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基。
- 如請求項72之式 (V) 的手性化合物,其中,X係-S-Ar,並且Ar係苯基、4-溴苯基、4-硝基苯基、五氟苯基、二硝基苯基、或2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。
- 如請求項72之式 (V) 的手性化合物,其中,該式 (V) 的化合物係: 、 、 、 、 、或 。
- 如請求項72至74之式 (V) 的手性化合物,其中,其ee係至少92%、95%、98%、或99%。
- 一種用於製備式 (V) 的手性化合物之方法 (V), 具有至少90% ee,其中 P*指示(R)或(S)組態, R 15、R 16、R 17和R 18係H, X係選自-S-Ar、-O-Ar或鹵化物的脫離基,其中Ar係視需要被C1-C6烷基、氰基、硝基或鹵素中的一個或多個取代的苯基、吡啶基、萘基 其包括藉由手性SFC或手性HPLC分離 (Va) 的外消旋混合物的步驟, 其中R 15、R 16、R 17和R 18以及X如以上所定義。
- 如請求項51或76之方法,其中,對於該式 (V) 的手性化合物,X係-S-Ar,並且Ar係苯基、4-溴苯基、4-硝基苯基、五氟苯基、二硝基苯基、或2,3,5,6-四氟吡啶-4-基。
- 如請求項51或76之方法,其中,該式 (V) 的手性化合物係: 、 、 、 、 、或 。
- 如請求項51或76之方法,其中,該式 (V) 的手性化合物的ee係至少92%、95%、98%、或99%。
- 一種製備式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體 (VIII) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地是H或C1-C6烷基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,該雜環選自𠰌啉、哌𠯤、吡咯啶和氮雜環丁烷; R 3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NR 20R 21時,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個係-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個係-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9選自由H、氰基乙基、( R)和/或( S) α-甲基氰基乙基、( R)和/或( S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組; R 19係H或羥基的保護基團、或與固體載體的連接基; 其包括以下步驟 (a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體 (Ia); (b) 視需要將步驟 (a) 中的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體的硫烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I), 其中R 4係C1-C6烷基; (c) 使來自步驟 (a) 的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體 (II); (d) 視需要從步驟 (c) 分離該式 (II) 的立體編碼活化化合物; (e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的該式 (II) 的立體編碼活化化合物與式 (IX) 的化合物偶聯 (IX), 以獲得該式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體。
- 如請求項80之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項80或81之方法,其中,R 3係三苯甲基。
- 如請求項80至82中任一項之方法,其中,R 19係H、TBS、TBDPS、苯甲醯基或DMTr、或與固體載體的連接基。
- 一種由如請求項80至83中任一項之方法製備的式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體。
- 一種製備式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物 (X), 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心, R 1和R 2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環, 其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH 2、-NO 2、-CH 2-NH-CH 3、-OCH 2CH 2CH 3、或OCH(CH 3) 2的取代基取代; R 19係H、羥基的保護基團、或與固體載體的連接基, 其包括以下步驟: (a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體 (Ia); 其中R 3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; (b) 視需要將步驟 (a) 中的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體硫-烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I) 其中R 4係C1-C6烷基; (c) 使來自步驟 (a) 的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自步驟 (b) 的該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體 (II); (d) 視需要從步驟 (c) 分離該式 (II) 的立體編碼活化化合物; (e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的該式 (II) 的化合物與式 (IX) 的化合物偶聯 (IX) 以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體 (VIII), 其中R 19係H、羥基的合適的保護基團、或與固體載體的連接基; (f) 將該式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體去保護以獲得式 (X) 的中間體低聚物 (X), 其中n係1; (g) 將步驟 (i) 和步驟 (ii) 重複低於m次,其中m係從0至28(包含端值)的整數: (i) 使該式 (X) 的中間體低聚物 (X), 其中n係從1至28(包含端值)的整數, 與式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體反應 (I), 其中R 4係H或C1-C6烷基, 以提供式 (XI) 的中間體: (XI), 其中n係從1至29(包含端值)的整數;以及 (ii) 將來自步驟 (i) 的該式 (XI) 的中間體去保護以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物: (X); 其中n係從1至29(包含端值)的整數; (h) 當R 19係羥基的合適保護基團或與固體載體的連接基時,視需要將來自步驟 (g) 的步驟 (ii) 的該式 (X) 的中間體低聚物中的R 19基團去除,以提供該式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物: (X), 其中R 19係H。
- 如請求項85之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項85或86之方法,其中,R 3係三苯甲基。
- 如請求項85至87中任一項之方法,其中,R 19作為式 (IX)、(VIII)、(IX) 和 (X) 中的羥基保護基團選自H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、或DMTr。
- 一種由如請求項85至88中任一項之方法製備的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物。
- 一種式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; R 4係氫或C1-C6烷基, 其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH 2、-NO 2、-CH 2-NH-CH 3、-OCH 2CH 2CH 3、或OCH(CH 3) 2的取代基取代; 在製備式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體 (VIII) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽中之用途,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; R 19係H,選自矽基、醯基、視需要取代的三苯甲基的羥基的保護基團,或與固體載體的連接基, 其中該立體選擇性或非鏡像異構立體選擇性係至少90%、95%、或98%。
- 如請求項90之用途,其中,該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體選自: 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 和 , 其中*指示(R)或(S)立體化學,或其混合物,以及 R 4係H或甲基。
- 一種式 (IV) 的手性試劑 (IV), P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基, 或R 15、R 16、R 17和R 18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環, 在製備式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽中之用途,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2如以上所定義; R 3係𠰌啉代氮的保護基團,其選自視需要取代的C1-C6烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; R 4係氫或C1-C6烷基, 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21時,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基; 其中該立體選擇性或非鏡像異構立體選擇性係至少90%、95%、或98%。
- 如請求項92之用途,其中該手性試劑選自 、 、 、 、 和 。
- 一種立體編碼化合物,其係式 (Id) 的單體 (Id) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 22係H或選自矽基、醯基、視需要取代的三苯甲基、苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基的羥基的保護基團,其中矽基係三烷基矽基,其中該烷基係相同或不同的並且是C1-C6烷基; R 4係H或C1-C6烷基, 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基; 其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH 2、-NO 2、-CH 2-NH-CH 3、-OCH 2CH 2CH 3、或OCH(CH 3) 2的取代基取代。
- 如請求項94之化合物,其中,該化合物係結晶。
- 如請求項94或請求項95之化合物,其中,R 1和R 2獨立地是視需要取代的C1-C6烷基。
- 如請求項94至96中任一項之化合物,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項94至95中任一項之化合物,其中,R 1和R 2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。
- 如請求項94至98中任一項之化合物,其中,R 22選自由H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基組成之群組。
- 如請求項94至99中任一項之化合物,其中,R 22係TBS或TBDPS。
- 如請求項94至100中任一項之化合物,其中,R 4係H或甲基。
- 如請求項94至101中任一項之化合物,其中,R 1和R 2係甲基,R 22係TBS或TBDPS,並且R 4係H或甲基。
- 如請求項94至102中任一項之化合物,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHBz或-NHC(O)iPr。
- 如請求項94至95中任一項之化合物,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是 或 。
- 如請求項94至104中任一項之化合物,其中,R 9選自由H、氰基乙基、( R)和/或( S) α-甲基氰基乙基、( R)和/或( S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基和2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
- 如請求項94之化合物,其選自以下化合物: 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 ,以及 其中*指示(R)或(S)立體化學,或其混合物,以及 R 4係H或甲基。
- 一種製備式 (IId) 的立體編碼活化單體 (IId) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 22係羥基氧的保護基團; 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基; 其中「視需要取代的」指示部分可以被一個或多個獨立地選自C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6烷氧基、-OH、-NH 2、-NO 2、-CH 2-NH-CH 3、-OCH 2CH 2CH 3、或OCH(CH 3) 2的取代基取代; 其包括以下步驟: (a) 提供式 (Iad) 的立體編碼單體 (Id) (b) 視需要將步驟 (a) 中的該式 (Iad) 的立體編碼單體的硫烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼單體 (Id) 其中R 4係C1-C6烷基; (c) 使來自步驟 (a) 的該式 (Ia) 的立體編碼單體或來自步驟 (b) 的該式 (I) 的立體編碼單體與氯化劑反應以得到該式 (IId) 的立體編碼活化單體。
- 如請求項107之方法,其中,R 4係甲基。
- 如請求項107或108之方法,其中,R 1和R 2獨立地是C1-C6烷基。
- 如請求項107至109中任一項之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項107至110中任一項之方法,其中,R 1和R 2與它們連接的氮一起形成選自𠰌啉基、哌𠯤基、吡咯啶基和氮雜啶基的雜環。
- 如請求項107至111中任一項之方法,其中,R 22選自由H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基組成之群組。
- 如請求項107至112中任一項之方法,其中,R 22係TBS或TBDMS。
- 如請求項107至113中任一項之方法,其中,R 1和R 2係甲基,R 22係TBS,並且R 4係H或甲基。
- 如請求項107至114中任一項之方法,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHBz或-NHC(O)iPr。
- 如請求項107至114中任一項之方法,其中,R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是 或 。
- 如請求項107至116中任一項之方法,其中,R 9選自由H、氰基乙基、( R)和/或( S) α-甲基氰基乙基、( R)和/或( S) β-甲基氰基乙基、異丁基、三級丁基、苄基、α-甲基苄基、4-甲基苄基、2,4-二甲基苄基、3,4-二甲基苄基、2,6-二甲基苄基、4-甲氧基苄基和4-新戊醯氧基苄基組成之群組。
- 如請求項107至117中任一項之方法,其中,該氯化劑係SO 2Cl 2。
- 如請求項112之方法,其中,步驟 (b) 進一步包括與2,4,6-三甲基吡啶反應。
- 如請求項107或109至117中任一項之方法,其中,R 4係H並且該氯化劑係四甲基氯代烯胺。
- 一種由如請求項107至120中任一項之方法製備的立體編碼活化單體。
- 一種用於製備式 (Id) 的立體編碼單體 (Id) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心; R 1和R 2獨立地選自-H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基和視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環; R 22係羥基氧的保護基團; R 4係氫或C1-C6烷基, 鹼選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 ; R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)R 11時,R 11選自甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基和4-硝基苯基; 當R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NHC(O)OR 11時,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環; R 9係H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯、氰基乙基、α-甲基氰基乙基、β-甲基氰基乙基、新戊醯氧基苄基、或矽基; 其包括以下步驟 使式 (IIId) 的化合物 (IIId), 其中R 22和鹼如以上所定義, 與式 (IV) 的手性試劑 (IV), 其中R 1和R 2如以上所定義; R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基、C2-C12烯基、芳基, 或R 15、R 16、R 17和R 18中的任何兩個與它們所附接的碳一起形成視需要被一個或多個C1-C10烷基或C2-C12烯基取代的環烷基或雜烷基環, 在鹼的存在下反應以獲得該式 (Id) 的立體編碼單體。
- 如請求項122之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項122或123之方法,其中,R 15、R 16、R 17和R 18獨立地是H、C1-C10烷基、或芳基。
- 如請求項122至124中任一項之方法,其中, R 15、R 16、R 17和R 18係H,或 R 15係C1-C10烷基或芳基,並且R 16、R 17、R 18係H,或 R 16係C1-C10烷基或芳基,並且R 15、R 17、R 18係H;或 R 15係苯基並且R 16、R 17、R 18係H,或 R 16係苯基,並且R 15、R 17、R 18係H。
- 如請求項122之方法,其中,該式 (IV) 的手性劑選自 、 、 、 、 和 。
- 如請求項122至126中任一項之方法,其中,該鹼選自由NaH、DBU、三級戊酸鈉、三級戊醇鈉、NaOtBu、KOtBu、三級戊醇鉀和NaHMDS組成之群組。
- 如請求項122至127中任一項之方法,其中,該反應在室溫下在選自由THF、乙腈、2-MeTHF、1,6-二㗁𠮿和DME組成之群組的極性溶劑中進行。
- 如請求項122至128中任一項之方法,其中,該式 (Id) 的立體編碼單體係結晶。
- 如請求項122至129中任一項之方法,其中,該de/ee比率/立體選擇性係至少90%、95%或98%。
- 一種由如請求項122至130中任一項之方法製備的式 (Id) 的立體編碼單體。
- 一種製備式 (Xd) 的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA低聚物 (Xd) 或其非鏡像異構物或鏡像異構物、或其鹽之方法,其中 每個P*表示呈(R)或(S)組態的立構中心, n係在1與7之間-包含端值-的整數, R 1和R 2獨立地是H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苯基、視需要取代的萘基,或R 1和R 2與它們連接的氮一起形成視需要取代的雜環,並且其中 每種鹼可以相同或不同並且選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 和 其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10獨立地是-NR 20R 21或-N=CR 12-NR 13R 14; 其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-NR 20R 21,R 20和R 21獨立地選自-H、-C(O)R 11和-C(O)OR 11;其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)R 11,R 11係甲基、乙基、異丙基、異丁基、苯基、4-甲氧基苯基、4-溴苯基、或4-硝基苯基;或其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10係-NHC(O)OR 11,R 11係C1-C6烷基、苄基、2,2,2-三氯乙基、或視需要取代的芳基; 或其中R 5、R 6、R 7、R 8和R 10中的任一個獨立地是-N=CR 12-NR 13R 14;或其中R 12、R 13和R 14獨立地是C1-C6烷基,或R 12和R 13一起與相鄰的C和N形成5或6員雜環;並且其中 R 9選自由H、視需要取代的C1-C6烷基、視需要取代的苄基、醯基、碳酸酯、胺基甲酸酯和矽基組成之群組; R 19和R 22相同或不同並且獨立地是H或羥基的保護基團、或與固體載體的連接基, 其包括以下步驟: (a) 提供式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體 (Ia); 其中R 3係視需要取代的烷基、三苯甲基、苄基、或磺醯基; (b) 視需要將步驟 (a) 中的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體硫-烷基化以得到式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體 (I) 其中R 4係C1-C6烷基; (c) 使來自步驟 (a) 的該式 (Ia) 的立體編碼𠰌啉代單體或來自 (b) 的該式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體與氯化劑反應以得到式 (II) 的立體編碼活化單體 (II); (d) 視需要從步驟 (c) 分離該式 (II) 的立體編碼活化化合物; (e) 使來自步驟 (c) 或 (d) 的該式 (II) 的化合物與式 (IX) 的化合物偶聯 (IX) 以獲得式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體 (VIII), 其中R 19係H、羥基的合適的保護基團、或與固體載體的連接基; (f) 將該式 (VIII) 的𠰌啉代二聚體去保護以獲得式 (X) 的中間體低聚物 (X), 其中n係1; (g) 將步驟 (i) 和步驟 (ii) 重複低於m次,其中m係從0至6(包含端值)的整數: (i) 使該式 (X) 的中間體低聚物 (X), 其中n係從1至7(包含端值)的整數, 與由式 (I) 的立體編碼𠰌啉代單體藉由步驟 (a) 至 (d) 所製備的式 (II) 的立體編碼活化化合物反應 (I), 其中R 4係H或C1-C6烷基, 以提供式 (XI) 的中間體: (XI), 其中n係從1至7(包含端值)的整數;以及 (ii) 將來自步驟 (i) 的該式 (XI) 的中間體去保護以提供式 (X) 的磷醯二醯胺𠰌啉代低聚物: (X); 其中n係從1至7(包含端值)的整數; (h) 提供式 (Iad) 的立體編碼DNA單體 (Iad); 其中R 22係H或羥基的保護基團; (j) 視需要將步驟 (h) 中的該式 (Iad) 的立體編碼DNA單體硫-烷基化以得到式 (Id) 的立體編碼DNA單體 (Id) 其中R 4係C1-C6烷基; (k) 使來自步驟 (h) 的該式 (Iad) 的立體編碼DNA單體或來自 (j) 的該式 (Id) 的立體編碼DNA單體與氯化劑反應以得到式 (IId) 的立體編碼活化單體 (IId); (l) 視需要從步驟 (k) 分離該式 (IId) 的立體編碼活化化合物; (m) 使來自步驟 (k) 或 (l) 的該式 (IId) 的化合物與來自步驟 (g) 的式 (X) 的化合物偶聯: (X) 其中n係從1至7--包含端值的整數; 以提供式 (Xd) 的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA低聚物: (Xd) (n) 視需要,將該式 (Xd) 的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA低聚物中的該R 22基團和/或該R 19基團去除,以提供式 (Xd) 的PMO-DNA雜低聚物: (Xd), 其中n係從1至7--包含端值,並且R 19和R 22獨立地是H或可以相同或不同的羥基保護基團、或與固體載體的連接基。
- 如請求項132之方法,其中,R 1和R 2係甲基。
- 如請求項132或133之方法,其中,R 3係三苯甲基。
- 如請求項132至134中任一項之方法,其中,R 19和R 22獨立地選自H、TBS、TBDPS、苯甲醯基、三苯甲基、DMTr、對甲氧基苯基二苯基甲基、苄基、4-甲氧基苄基、2-四氫哌喃基和乙氧基乙基、或與固體載體的連接基。
- 一種由如請求項132至135中任一項之方法製備的磷醯二醯胺𠰌啉代-DNA雜低聚物。
- 一種如請求項14至28的式 (II) 或如請求項107至120的式 (IId) 的立體編碼活化單體: (II); 式 (IId) (IId), 其選自: 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 和 。
- 一種立體編碼活化單體,其選自由以下組成之群組: 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 和 。
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