TW202014217A - 標靶gpr35以治療發炎性腸病症的組合物及方法 - Google Patents
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Abstract
本文揭示用於治療個體之發炎性腸病的方法、套組及組合物。此等方法、套組及組合物可尤其適用於編碼G蛋白偶聯受體35 (GPR35)之基因座具有單核苷酸多形現象之個體。
Description
數百萬人受到發炎疾病或病症影響。顯著的發炎疾病為發炎性腸病(IBD)。IBD具有兩種常見形式:克羅恩氏病(Crohn's disease,CD)及潰瘍性結腸炎(UC),其為胃腸道之慢性、復發性發炎病症。此等形式中之每一者具有存在於CD及UC患者之亞群中的各種亞病症。一些CD及UC患者經歷亞病症之快速發作,而其他人的經歷相對延遲。
可供罹患IBD之患者利用的治療選項幾乎沒有。另外,每位個體預後之不可預測性使選擇對於任何個別患者在其疾病之任何指定階段適當的療法複雜化。當前治療方案包括消炎藥物(例如皮質類固醇)及免疫調節療法(例如抗TNF療法)中之一或多者。然而,經抗TNF療法治療之所有患者中近一半對該療法之誘導無反應,或在一段時間之後對治療的反應減少,在此期間,疾病嚴重程度已顯著進展。因此,對回應於IBD之潛在免疫發病機制的有效靶向治療選項仍存在顯著的需求。
G蛋白偶聯受體35 (GPR35)與發炎調控有關,例如藉由受體存在於免疫特異性細胞表面上,及藉由促效劑活化,引起免疫反應變化。在一些態樣中,本發明提供GPR35基因型(例如GPR35包含單核苷酸多形現象(SNP)之基因型)與其發炎疾病、病症或其亞臨床表現型之間的關聯。本文描述所提供之基因型與臨床及亞臨床表型之發生之間的關係在某些個體群體中的實際應用。舉例而言,本發明之基因型可用於預測個體將產生發炎疾病、病症或亞臨床表型之風險。基因型亦適用於預測診斷患有發炎疾病之一些形式之患者是否會產生疾病的嚴重形式,諸如亞臨床表型。在一些情況下,本文所揭示之基因型與GPR35表現之變化有關,在一些情況下,此意謂基因型可以用於鑑別可適於用靶向GPR35療法治療的患者(例如攜帶與GPR35減少有關之基因型的患者可適於用GPR35活化劑治療)。在一些情況下,若在獲自個體之樣品中偵測到本文所揭示之基因型,則向個體投與治療劑(例如GPR35調節劑)。本文中與基因型及/或療法相關之發炎疾病的非限制性實例包括發炎性腸病,諸如克羅恩氏病疾病(CD)及潰瘍性結腸炎(UC)。亞臨床表型之非限制性實例包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病(Bechterew's disease))。本文所揭示之其他實際應用包括基於實驗室之偵測本發明基因型之方法,諸如定量PCR (qPCR)及其他基於雜交之分析,以及測序方法。其他例示性應用包括基於基因型之存在或不存在來選擇適當療法(例如GPR35調節劑),及監測治療。
在一些態樣中,本文中之方法包含用GPR35活性或表現調節劑(諸如式I-XXVI化合物)治療發炎疾病或病症。其他態樣包含在確定患者包含某種GPR35基因型(例如患者的GPR35基因座包含單核苷酸多形現象(SNP))之後選擇患者進行治療。
在一些態樣中,本文揭示一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自個體之生物樣品中之GPR35基因型的存在,其中GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP);及(b)若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。在一些態樣中,本文揭示一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:若已測定來自該個體之生物樣品包含GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑,其中該GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP)。在一些實施例中,發炎疾病或病症包含發炎性腸病(IBD)。在一些實施例中,發炎疾病或病症包含指示產生發炎性腸病之亞臨床表型的病症。在一些實施例中,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。在一些實施例中,測定或已測定包含對來自個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。在一些實施例中,基因分型分析包含使核酸探針與來自個體的生物樣品發生特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在,其中核酸探針與選自SEQ ID NO: 63-124的序列特異性雜交。
在一些態樣中,本文揭示一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中核酸包含選自SEQ ID NO: 63-124之序列;且其中引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。在一些實施例中,核苷酸變異體包含:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因。在一些實施例中,核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。
在一些態樣中,本文揭示一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內的核苷酸變異體,其中偵測係基於與核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因;且其中該探針包含可偵測標記。
在一些態樣中,本文揭示一種核酸探針,其包含選自SEQ ID NO: 63-124的序列及可偵測標記。在一些態樣中,本文揭示一種核酸探針,其包含選自SEQ ID NO: 32-124之序列中的至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記。
在一些態樣中,本文揭示一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP)。在一些實施例中,測定包含對來自個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。在一些實施例中,基因分型分析包含使核酸探針與來自個體的生物樣品特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與選自SEQ ID NO: 63-124的序列特異性雜交。在一些實施例中,發炎疾病或病症包含發炎性腸病(IBD)。在一些實施例中,發炎疾病或病症包含指示產生發炎性腸病之亞臨床表型的病症。在一些實施例中,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
在一些態樣中,本文揭示選自式I-XXVI之化合物用於治療經確定包含指示產生發炎性腸病亞臨床表型之病症之個體的用途,其中該亞臨床表型包含狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛、脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。
在一些態樣中,本文揭示選自式I-XXVI之化合物用於治療包含GPR35基因型之個體的用途,該基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP)。
在一些態樣中,本文揭示一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i)rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648、rs78571781,或包含與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象的基因型;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列;或(v)或(i)-(iv)之組合;及(b)若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。在一些實施例中,發炎疾病或病症包含發炎性腸病、克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎,或發炎性腸病、克羅恩氏病或潰瘍性結腸炎之亞臨床表型。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。在一些實施例中,測定或已測定包含對來自個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。在一些實施例中,基因分型分析包含使核酸探針與來自個體的生物樣品發生特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下發生特異性雜交:(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列,或(v)或(i)-(iv)之組合。
在一些態樣中,本文揭示一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增該靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之相應野生型核酸,其中該核酸包含(i)選自SEQ ID NO: 32-62之序列、(ii)選自SEQ ID NO: 63-101之序列、(iii)選自SEQ ID NO: 102-124之序列,或(iv)或(i)-(iii)之組合;且其中引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。在一些實施例中,核苷酸變異體包含:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因。在一些實施例中,核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。
在一些態樣中,本文揭示一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內的核苷酸變異體,其中偵測係基於與核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因;且其中該探針包含可偵測標記。
在一些態樣中,本文揭示一種核酸探針,其包含選自SEQ ID NO: 32-124的序列及可偵測標記。
在一些態樣中,本文揭示一種核酸探針,其包含選自SEQ ID NO: 32-124之序列中的至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記。
在一些態樣中,本文揭示一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35活性或表現調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648、rs78571781,或包含與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象的基因型;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列;或(v)或(i)-(iv)之組合。在一些實施例中,測定包含對來自個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。在一些實施例中,基因分型分析包含使核酸探針與來自個體的生物樣品發生特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下發生特異性雜交:(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列,或(v)或(i)-(iv)之組合。在一些實施例中,發炎疾病或病症包含發炎性腸病、克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎,或發炎性腸病、克羅恩氏病或潰瘍性結腸炎之亞臨床表型。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。在一些實施例中,GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
在一些態樣中,本文揭示選自式I-XXVI之化合物用於治療發炎性腸病之亞臨床表型的用途,其中該亞臨床表型包含狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛、脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。
在一些態樣中,本文揭示選自式I-XXVI之化合物用於治療包含GPR35基因型之個體的用途,該基因型包含:(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648、rs78571781,或包含與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象的基因型;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列;或(v)或(i)-(iv)之組合。
交叉參考
本申請案主張2018年4月27日申請之美國臨時申請案第62/663,800號及2019年1月24日申請之美國臨時申請案第62/796,471號的權益,兩者均以全文引用之方式併入本文中。序列表
本申請案含有序列表,該序列表已以ASCII格式、以電子方式提交且以全文引用的方式併入本文中。該ASCII複本於2019年4月25日建立,名稱為52388-739_601_SL.txt且大小為27,000個位元組。
雖然本文中已展示且描述本發明之較佳實施例,但對於熟習此項技術者顯而易見的是,此類實施例僅為了舉例而提供。熟習此項技術者現將想到不背離本發明的諸多變化、變更及取代。應理解,本文所述的本發明實施例之各種替代例可用於實施本發明。希望以下申請專利範圍限定本發明之範疇,且從而涵蓋此申請專利範圍及其等效物之範疇內的方法及結構。 某些術語
在以下描述中,依序闡述某些特定細節以便徹底理解各種實施例。然而,熟習此項技術者將理解,所提供的實施例可以在無此等細節的情況下實施。除非上下文另外要求,否則在通篇說明書及隨後申請專利範圍中,詞語「包含(comprise)」及其變化形式(諸如「包含(comprises/comprising)」)應視為開放的、包括性的含義,亦即「包括但不限於」。除非上下文另外明確指示,否則如本說明書及所附申請專利範圍中所使用,單數形式「一(a/an)」及「該(the)」包括複數個提及物。亦應注意,除非上下文另外明確指示,否則術語「或」一般以其包括「及/或」之含義使用。另外,本文中所提供之標題僅為方便起見且不解釋所主張之實施例之範疇或含義。
如本文所用,C1
-Cx
包括C1
-C2
、C1
-C3
...C1
-Cx
。C1
-Cx
係指構成其表示之部分(排除視情況存在之取代基)的碳原子數。
「烷基」係指脂族烴基。烷基可包括或可不包括不飽和單元。烷基部分可為「飽和烷基」,此意謂其不含任何不飽和單元(亦即,碳碳雙鍵或碳碳參鍵)。烷基亦可為「不飽和烷基」部分,此意謂其含有至少一個不飽和單元。不論飽和或不飽和,烷基部分可為分支鏈、直鏈或環狀。
「烷基」可具有1至6個碳原子(每當其在本文中出現時,諸如「1至6」之數值範圍係指指定範圍內之各整數;例如「1至6個碳原子」意謂烷基可由1個碳原子、2個碳原子、3個碳原子等直至且包括6個碳原子組成,但本發明定義亦涵蓋其中未指定數值範圍之術語「烷基」之存中)。本文所述之化合物之烷基可命名為「C1
-C6
烷基」或類似名稱。僅舉例而言,「C1
-C6
烷基」指示烷基鏈中存在一至六個碳原子,亦即,烷基鏈係選自由以下組成之群:甲基、乙基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、第二丁基、第三丁基、正戊基、異戊基、新戊基、己基、丙烯-3-基(烯丙基)、環丙基甲基、環丁基甲基、環戊基甲基、環己基甲基。烷基可經取代或未經取代。視結構而定,烷基可為單價基團或二價基團(亦即,伸烷基)。
「烷氧基」係指「-O-烷基」基團,其中烷基如本文中所定義。
術語「烯基」係指烷基的一種類型,其中烷基中之前兩個原子形成不為芳族基之一部分的雙鍵。亦即,烯基始於原子-C(R)=CR2
,其中R係指烯基之剩餘部分,其可相同或不同。烯基之非限制性實例包括-CH=CH2
、-C(CH3
)=CH2
、-CH=CHCH3
、-CH=C(CH3
)2
及-C(CH3
)=CHCH3
。烯基部分可為分支鏈、直鏈或環狀(在此情況下,其亦稱為「環烯基」)。烯基可具有2至6個碳。烯基可經取代或未經取代。視結構而定,烯基可為單價基團或二價基團(亦即,伸烯基)。
術語「炔基」係指烷基的一種類型,其中烷基中之前兩個原子形成參鍵。亦即,炔基始於原子-C≡C-R,其中R係指炔基之剩餘部分。炔基之非限制性實例包括-C≡CH、-C≡CCH3
、-C≡CCH2
CH3
及-C≡CCH2
CH2
CH3
。炔基部分之「R」部分可為分支鏈、直鏈或環狀。炔基可具有2至6個碳。炔基可經取代或未經取代。視結構而定,炔基可為單價基團或二價基團(亦即,伸炔基)。
「胺基」係指-NH2
基團。
術語「烷基胺」或「烷基胺基」係指-N(烷基)x
Hy
基團,其中烷基如本文所定義且x及y係選自群組x=1,y=1及x=2,y=0。當x=2時,烷基與其所連接之氮一起可視情況形成環狀環系統。「二烷基胺基」係指-N(烷基)2
基團,其中烷基如本文中所定義。
術語「芳族」係指具有非定域π電子系統之平面環,該系統含有4n+2π個電子,其中n為整數。芳族環可由五個、六個、七個、八個、九個或超過九個原子形成。芳族可以視情況經取代。術語「芳族」包括芳基(例如苯基、萘基)與雜芳基(例如吡啶基、喹啉基)。
如本文所用,術語「芳基」係指其中形成環之每個原子為碳原子之芳族環。芳基可視情況經取代。芳基之實例包括(但不限於)苯基及萘基。視結構而定,芳基可為單價基團或二價基團(亦即,伸芳基)。
「羧基」係指-CO2
H。在一些實施例中,羧基部分可經「羧酸生物電子等排物體」置換,羧酸生物電子等排物體係指展現與羧酸部分類似之物理及/或化學特性的官能基或部分。羧酸生物電子等排物體具有與羧酸基團類似之生物特性。具有羧酸部分之化合物可以具有與羧酸生物電子等排物體交換的羧酸部分,且相較於含羧酸之化合物,具有類似的物理及/或生物特性。舉例而言,在一個實施例中,羧酸生物電子等排物體在生理pH值下電離至與羧酸基團大致相同之程度。羧酸之生物電子等排物體之實例包括(但不限於) 及其類似物。
術語「環烷基」係指單環或多環非芳族自由基,其中形成環之各原子(亦即,骨架原子)為碳原子。環烷基可為飽和或部分不飽和。環烷基可與芳族環稠合(在此情況下,環烷基經由非芳族環碳原子鍵結)。環烷基包括具有3至10個環原子之基團。
術語「雜芳基」或「雜芳族」係指包括一或多個選自氮、氧及硫之環雜原子之芳基。含N
「雜芳族」或「雜芳基」部分係指其中環之至少一個骨架原子為氮原子的芳族基團。
「雜環烷基」或「雜脂環」基係指環烷基,其中至少一個骨架環原子為選自氮、氧及硫之雜原子。基團可與芳基或雜芳基稠合。術語雜脂環亦包括碳水化合物之所有環形式,包括(但不限於)單醣、雙醣及寡醣。除非另外指出,否則雜環烷基在環中具有2至10個碳。應瞭解當提及雜環烷基中之碳原子數目時,雜環烷基中之碳原子數目與構成雜環烷基之原子(亦即,雜環烷基環之骨架原子)的總數(包括雜原子)不相同。
術語「鹵基」或「鹵素」意謂氟、氯、溴及碘。
術語「鹵烷基」係指經一或多個鹵素取代之烷基。鹵素可相同或其可不同。鹵烷基之非限制性實例包括-CH2
Cl、-CF3
、-CHF2
、-CH2
CF3
、-CF2
CF3
及其類似物。
術語「氟烷基」及「氟烷氧基」分別包括經一或多個氟原子取代之烷基及烷氧基。氟烷基之非限制性實例包括-CF3
、-CHF2
、-CH2
F、-CH2
CF3
、-CF2
CF3
、-CF2
CF2
CF3
、-CF(CH3
)3
及其類似物。氟烷氧基之非限制性實例包括-OCF3
、-OCHF2
、-OCH2
F、-OCH2
CF3
、-OCF2
CF3
、-OCF2
CF2
CF3
、-OCF(CH3
)2
及其類似物。
術語「雜烷基」係指其中一或多個骨架鏈原子選自除碳外之原子(例如氧、氮、硫、磷、矽或其組合)的烷基。雜原子可位於雜烷基之任何內部位置。實例包括(但不限於)-CH2
-O-CH3
、-CH2
-CH2
-O-CH3
、-CH2
-NH-CH3
、-CH2
-CH2
-NH-CH3
、-CH2
-N(CH3
)-CH3
、-CH2
-CH2
-NH-CH3
、-CH2
-CH2
-N(CH3
)-CH3
、-CH2
-S-CH2
-CH3
、-CH2
-CH2
-S(O)-CH3
、-CH2
-CH2
-S(O)2
-CH3
、-CH2
-NH-OCH3
、-CH2
-O-Si(CH3
)3
、-CH2
-CH=N-OCH3
及-CH=CH-N(CH3
)-CH3
。另外,至多兩個雜原子可以是相連的,諸如-CH2
-NH-OCH3
及-CH2
-O-Si(CH3
)3
。除雜原子數目外,「雜烷基」可具有1至6個碳原子。
術語「鍵」或「單鍵」係指當鍵連的原子被認為是較大子結構之一部分時,兩個原子或兩個部分之間的化學鍵。
術語「部分」係指分子之特定片段或官能基。化學部分通常為嵌入或附接至分子之已識別化學實體。
如本文所用,單獨出現且無數目標識之取代基「R」係指選自烷基、鹵烷基、雜烷基、烯基、環烷基、芳基、雜芳基(經由環碳鍵結)及雜環烷基之取代基。
「視情況(Optional/optionally)」意謂隨後描述之事件或狀況可能發生或可能不發生,且說明書包括該事件或狀況發生時之情形及該事件或狀況沒發生時之情形。
術語「視情況經取代」或「經取代」意謂所提及之基團可經一或多個個別且獨立地選自以下之其他基團取代:烷基、環烷基、芳基、雜芳基、雜環烷基、-OH、烷氧基、芳基氧基、烷硫基、芳基硫基、烷基亞碸、芳基亞碸、烷基碸、芳基碸、-CN、炔、C1
-C6
烷基炔、鹵基、醯基、醯氧基、-CO2
H、-CO2
-烷基、硝基、鹵烷基、氟烷基及胺基,包括單取代及二取代之胺基(例如-NH2
、-NHR、-N(R)2
)及其經保護之衍生物。舉例而言,視情況存在之取代基可為Ls
Rs
,其中各Ls
獨立地選自一鍵、-O-、-C(=O)-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2
-、-NH-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、S(=O)2
NH-、-NHS(=O)2
、-OC(O)NH-、-NHC(O)O-、-(C1
-C6
烷基)-,或-(C2
-C6
烯基)-;且各Rs
獨立地選自H、(C1
-C6
烷基)、(C3
-C8
環烷基)、芳基、雜芳基、雜環烷基及C1
-C6
雜烷基。形成以上取代基之保護衍生物之保護基發現於諸如上文Greene及Wuts之來源中。
「醫藥學上可接受之鹽」包括酸加成鹽與鹼加成鹽。本文所述之吡唑化合物中之任一者的醫藥學上可接受之鹽意欲涵蓋任何及所有醫藥學上適合之鹽形式。本文所述化合物之較佳醫藥學上可接受之鹽為醫藥學上可接受之酸加成鹽及醫藥學上可接受之鹼加成鹽。
「醫藥學上可接受之酸加成鹽」係指保持游離鹼之生物有效性及特性,在生物學上或其他方面無不良效應之彼等鹽,且其由無機酸(諸如鹽酸、氫溴酸、硫酸、硝酸、磷酸、氫碘酸、氫氟酸、亞磷酸及其類似酸)形成。亦包括由有機酸形成之鹽,有機酸諸如脂族單羧酸及二羧酸、經苯基取代之烷酸、羥基烷酸、烷二酸、芳族酸、脂族及芳族磺酸等,且包括例如乙酸、三氟乙酸、丙酸、乙醇酸、丙酮酸、乙二酸、順丁烯二酸、丙二酸、丁二酸、反丁烯二酸、酒石酸、檸檬酸、苯甲酸、肉桂酸、杏仁酸、甲烷磺酸、乙烷磺酸、對甲苯磺酸、水楊酸及其類似物。因此,例示性鹽包括硫酸鹽、焦硫酸鹽、硫酸氫鹽、亞硫酸鹽、亞硫酸氫鹽、硝酸鹽、磷酸鹽、磷酸一氫鹽、磷酸二氫鹽、偏磷酸鹽、焦磷酸鹽、氯化物、溴化物、碘化物、乙酸鹽、三氟乙酸鹽、丙酸鹽、辛酸鹽、異丁酸鹽、草酸鹽、丙二酸鹽、丁二酸鹽、辛二酸鹽、癸二酸鹽、反丁烯二酸鹽、順丁烯二酸鹽、扁桃酸鹽、苯甲酸鹽、氯苯甲酸鹽、甲基苯甲酸鹽、二硝基苯甲酸鹽、鄰苯二甲酸鹽、苯磺酸鹽、甲苯磺酸鹽、苯乙酸鹽、檸檬酸鹽、乳酸鹽、蘋果酸鹽、酒石酸鹽、甲烷磺酸鹽及其類似物。亦涵蓋胺基酸之鹽,諸如精胺酸鹽、葡糖酸鹽及半乳糖醛酸鹽(參見例如Berge S.M.等人,「Pharmaceutical Salts」,Journal of Pharmaceutical Science
, 66:1-19 (1997))。鹼性化合物之酸加成鹽係藉由使游離鹼形式與足量的所需酸接觸而產生鹽來製備。
「醫藥學上可接受之鹼加成鹽」係指保持游離酸之生物有效性及特性,在生物學上或其他方面無不良效應之彼等鹽。此等鹽由無機鹼或有機鹼與游離酸加成而製備。在一些實施例中,醫藥學上可接受之鹼加成鹽係由金屬或胺形成,諸如鹼金屬及鹼土金屬或有機胺。衍生自無機鹼之鹽包括(但不限於)鈉鹽、鉀鹽、鋰鹽、銨鹽、鈣鹽、鎂鹽、鐵鹽、鋅鹽、銅鹽、錳鹽、鋁鹽及其類似鹽。衍生自有機鹼之鹽包括(但不限於)以下各者之鹽:一級胺、二級胺及三級胺、經取代之胺(包括天然存在之經取代之胺)、環胺及鹼性離子交換樹脂,例如異丙胺、三甲胺、二乙胺、三乙胺、三丙胺、乙醇胺、二乙醇胺、2-二甲胺基乙醇、2-二乙胺基乙醇、二環己胺、離胺酸、精胺酸、組胺酸、咖啡鹼、普魯卡因(procaine)、N , N
-二苯甲基乙二胺、氯普魯卡因、海卓胺(hydrabamine)、膽鹼、甜菜鹼、乙二胺、伸乙基二苯胺、N
-甲基還原葡糖胺、葡糖胺、甲基還原葡糖胺、可可豆鹼、嘌呤、哌嗪、哌啶、N
-乙基哌啶、聚胺樹脂及其類似物。參見Berge等人,同上。
術語「約(about)」或「大約(approximately)」意謂在如一般熟習此項技術者所測定之特定值之可接受誤差範圍內,其將部分取決於如何量測或測定該值,亦即量測系統之侷限性。舉例而言,根據指定值之實務,「約」可意謂在1或大於1個標準差內。在申請案及申請專利範圍描述特定值的情況下,除非另有說明,否則應假設術語「約」意謂特定值之可接受誤差範圍。
當用於定義組合物及方法時,「基本上由……組成」應意謂就所述目的而言,組合中不包括有任何基本意義的其他元素。因此,基本上由如本文所定義之元素組成的組合物不排除不會實質上影響本發明之基本及新穎特徵的其他材料或步驟,諸如用於治療皮膚病症(如痤瘡、濕疹、牛皮癬及紅斑痤瘡)的組合物。
如本文所用,術語「同源」或「同源百分比」當在本文中用於相對於參考序列描述胺基酸序列或核酸序列時,可以使用Karlin及Altschul (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 2264-2268, 1990, 如在Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877, 1993中所修改)所述的式測定。此類式併入Altschul等人(J. Mol. Biol. 215: 403-410, 1990)之鹼基局部比對搜尋工具(BLAST)程式中。截至本申請案之申請日,序列同源性百分比可以使用BLAST之最近版本測定。
術語「經增加(increased)」或「增加(increase)」在本文中通常用於意謂以統計顯著量增加。在一些實施例中,術語「增加(increased)」或「增加(increase)」意謂相較於參考水準增加至少10%,例如相較於參考水準、標準或對照,增加至少約10%、至少約20%或至少約30%或至少約40%或至少約50%或至少約60%或至少約70%或至少約80%或至少約90%或直至(並包括)增加100%,或10-100%之間的任何增加。「增加」之其他實例包括相較於參考水準增加至少2倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少50倍、至少100倍、至少1000倍或更多倍。
術語「減少(decreased)」或「減少(decrease)」在本文中通常用於意謂以統計顯著量減少。在一些實施例中,「減少(decreased)」或「減少(decrease)」意謂相較於參考水準減少至少10%,例如減少至少約20%或至少約30%或至少約40%或至少約50%或至少約60%或至少約70%或至少約80%或至少約90%或直至(且包括)減少100% (例如相較於參考水準,不存在的水準或不可偵測的水準),或相較於參考水準,10-100%之間的任何減少。在標記物或症狀之上下文中,此等術語意謂此類水準出現統計顯著的降低。降低可為例如至少10%、至少20%、至少30%、至少40%或更高,且較佳降至無指定疾病之個體之正常範圍內接受的水準。
在一些實施例中,術語「患者」或「個體」在本文中可互換地使用,且涵蓋哺乳動物。哺乳動物之非限制性實例包括哺乳動物類別的任何成員:人類、非人類靈長類動物(諸如黑猩猩及其他猿及猴物種);農畜,諸如牛、馬、綿羊、山羊、豬;家畜,諸如兔、狗及貓;實驗室動物,包含嚙齒動物,諸如大鼠、小鼠及天竺鼠,以及其類似動物。在一個態樣中,哺乳動物為人類。如本文所用,術語「動物」包含人類及非人類動物。在一個實施例中,「非人類動物」為哺乳動物,例如嚙齒動物,諸如大鼠或小鼠。
「生物樣品」之非限制性實例包括可自其獲得核酸及/或蛋白質的任何生物材料。作為非限制性實例,該術語涵蓋全血、周邊血液、血漿、血清、唾液、黏液、尿液、精液、淋巴、糞便提取物、臉頰拭子、細胞或其他體液或組織,包括(但不限於)經由手術活檢或手術切除獲得之組織。在各種實施例中,樣品包含來自大腸及/或小腸之組織。在各種實施例中,大腸樣品包含盲腸、結腸(升結腸、橫結腸、降結腸及乙狀結腸)、直腸及/或肛管。在一些實施例中,小腸樣品包含十二指腸、空腸及/或迴腸。或者,可經由原發患者來源的細胞株,或呈保藏樣品形式之存檔患者樣品或新鮮冷凍樣品來獲得樣品。
如本文所用,「治療(treatment)」及「治療(treating)」係指治療性治療以及防治性或預防性措施,其中目標為預防或減緩(減輕)目標病理性病症、預防病理性病症、得到或獲得良好的總存活率,或降低個體產生病症之幾率(即使治療最終不成功)。在本文提供的一些態樣中,需要治療之個體包括已患有疾病或病症之個體以及容易產生疾病或病症之個體或待預防疾病或病症之個體。
在一些實施例中,如本文所用,術語「基因」係指編碼個別蛋白質或RNA的核酸區段(亦稱為「編碼序列」或「編碼區」),視情況以及相關調控區域,諸如啟動子、操縱子、終止子及其類似物,其可位於編碼序列之上游或下游。
在一些實施例中,如本文所揭示,術語「基因型」係指個體基因組內之聚核苷酸序列的化學組成。在一些實施例中,基因型包含單核苷酸變異體(SNV)、單核苷酸多形現象(SNP),或/及插入缺失(聚核苷酸序列內之核鹼基的插入或缺失)。在一些實施例中,特定SNV、SNP或插入缺失之基因型為異型接合。在一些實施例中,特定SNV、SNP或插入缺失之基因型為同型接合。
在一些實施例中,如本文所揭示的術語「單核苷酸變異體」或「單核苷酸變異」或SNV係指聚核苷酸序列內之單核苷酸的變異。SNV之變異可以具有多種不同形式。SNV之單一形式稱為「對偶基因」。SNV可為單對偶基因、二對偶基因、三對偶基因或四對偶基因。SNV可以包括「風險對偶基因」、「保護性對偶基因」或兩者皆不包括。舉例而言,讀取5'至3'的參考聚核苷酸序列為TTACG。(5'-TTACG-3')之對偶基因位置3處的SNV包含參考對偶基因「A」取代為非參考對偶基因「C」。若SNV之「C」對偶基因與產生表型性狀之機率增加相關,則該對偶基因視為「風險」對偶基因。然而,相同SNV亦可包含位置3處之「A」對偶基因取代為「T」對偶基因。若SNV之T對偶基因與產生表型性狀之機率降低相關,則,該對偶基因視為「保護性」對偶基因。SNV可以包含單核苷酸多形現象(SNP),在一些情況下,其為在至少1%之指定群體中觀測到的SNV。在一些實施例中,SNV由「rs」編號表示,其係指截至本專利申請案之申請日,dbSNP生物資訊資料庫中之一種以上所提交SNV之參考叢集的寄存號,且其包括於包含5'至3'之核鹼基之總數目的序列內。在一些實施例中,SNV可藉由dbSNP序列內之SNV (核鹼基)位置進一步定義,其位置始終參照序列之5'長度+1。在一些實施例中,SNV定義為參考基因組中之基因組位置及對偶基因變化(例如在參考人類基因組構建37中,位置234、123、567處之染色體7自G對偶基因變為A對偶基因)。在一些實施例中,SNV定義為表 30
之序列(例如SEQ ID NO: 1-31)中用[括號]標識的基因組位置。
在一些實施例中,如本文所揭示,術語「插入缺失」係指聚核苷酸序列內之核鹼基的插入或缺失。插入缺失可為單對偶基因、二對偶基因、三對偶基因或四對偶基因。插入缺失就表型性狀而言,可為「風險」、「保護性」或兩者皆不是。在一些實施例中,插入缺失由「rs」編號表示,其係指截至本專利申請案之申請日,dbSNP生物資訊資料庫中之一種以上所提交插入缺失之參考叢集的寄存號,且其包括於包含5'至3'之核鹼基之總數目的序列內。在一些實施例中,插入缺失可藉由dbSNP序列內之插入/缺失位置進一步定義,其位置始終參照序列之5'長度+1。在一些實施例中,插入缺失定義為參考基因組中之基因組位置及對偶基因變化。在一些實施例中,插入缺失定義為表30
之序列(例如SEQ ID NO: 1-31)中用[括號]標識的基因組位置。
在一些實施例中,如本文所用,「單倍型」涵蓋一組一或多種基因型、SNV、SNP或插入缺失,其傾向於一起遺傳於參考群體中。在一些實施例中,單倍型包含特定的SNV、SNP或插入缺失,及與其處於連鎖不平衡的任何SNV、SNP或插入缺失。
在一些實施例中,如本文所用,「連鎖不平衡」或「LD」係指所指定群體中之不同基因座之對偶基因或插入缺失的非隨機關聯。LD可由D'值定義,該D'值對應於該群體之所觀測對偶基因或插入缺失頻率與所預期之對偶基因或插入缺失頻率之間的差異(D=Pab-PaPb),其根據D之理論最大值按比例調整。LD可由r2
值定義,該值對應於群體之所觀測風險頻率單位與所預期之風險頻率單位之間的差異(D=Pab-PaPb),其根據不同基因座之個別頻率按比例調整。在一些實施例中,D'至少包含0.20。在一些實施例中,r2
至少包含0.70。
在一些實施例中,如本文所用,術語「血清標記物」係指血清中所發現且與疾病病理學有關或涉及疾病病理學的生物標記物。生物標記物之非限制性實例包括在個體中具有生理功能之蛋白質、核酸或其他化合物。在一些實施例中,血清標記物包含針對微生物抗原的抗體或自體抗體。包含抗體之血清標記物之非限制性實例包括抗釀酒酵母(ASCA)抗昆布二糖苷(ALCA)、抗殼二糖苷(ACCA)、抗甘露二糖苷(AMCA)、抗昆布糖(抗L)及抗甲殼素(抗C)、抗外膜孔蛋白C (抗OmpC)、抗Cbir1鞭毛蛋白及抗I2抗體,及抗嗜中性球細胞質自體抗體(pANCA)。
在一些實施例中,如本文所揭示,術語對療法「無反應」係指個體對療法之誘導無反應(初始無反應),或在療法成功誘導之後的維持期間,反應減少(反應之二次減少)。在一些實施例中,療法之誘導包含1、2、3、4或5次劑量之療法。在一些實施例中,反應減少係以初始對療法有反應之後再次出現與紅腫一致之症狀為特徵。療法之非限制性實例包括抗腫瘤壞死因子(TNF) α療法、抗a4-b7療法(維多珠單抗(vedolizumab))、抗IL12p40療法(優特克單抗(ustekinumab))、沙立度胺(Thalidomide)及細胞毒素(Cytoxin)。向已確定為對抗任何上述療法「無反應」之個體投與的療法在本文中可稱為「第二」或「二線」療法。
在一些實施例中,如本文所用,術語「抗腫瘤壞死因子(TNF)無反應」係指個體對抗TNF療法之誘導無反應(初始無反應)或在抗TNF療法成功誘導之後維持期間的反應減少(反應之二次減少)。在一些實施例中,抗TNF療法之誘導包含1、2、3、4或5次劑量之療法。在一些實施例中,反應減少係以初始對抗TNF療法有反應之後再次出現與紅腫一致之症狀為特徵。
在一些實施例中,如本文所用,術語「醫學難治性」或「難治性」係指標準療法不能誘導誘導疾病緩解。在一些實施例中,疾病包含本文中所揭示之發炎疾病。難治性發炎疾病之非限制性實例包括難治性克羅恩氏病及難治性潰瘍性結腸炎(例如mrUC)。發炎疾病之標準療法之非限制性實例包括糖皮質激素類固醇、抗TNF療法、抗a4-b7療法(維多珠單抗(vedolizumab))、抗IL12p40療法(優特克單抗(ustekinumab))、沙立度胺(Thalidomide)及細胞毒素。
本申請案提供用於治療IBD之套組、組合物及方法。應理解,本文中所揭示之套組及組合物可根據本文所述之方法使用或用於本文所述之方法。反之本文所揭示之方法可以適當地使用本文所揭示之組合物。方法
發炎疾病或病症
在一些態樣中,本文揭示治療個體之發炎疾病或病症的方法或確定靶向GPR35之治療劑是否適於治療個體之發炎疾病或病症的方法。在一些實施例中,個體為哺乳動物。在一些實施例中,個體為人類。在一些實施例中,發炎病症或疾病包含與病原體、病毒、外來體或過度活化免疫反應所引起之身體慢性炎症有關之病症。在一些實施例中,發炎疾病包含發炎性腸病(IBD)。IBD之原發形式為克羅恩氏病(CD)及潰瘍性結腸炎(UC)。然而,其他IBD包括顯微鏡下結腸炎、改道性結腸炎、白塞氏疾病(Behçet's disease)及不確定型結腸炎。CD可以影響胃腸道之幾乎任何部分。UC通常影響肛門及直腸。IBD之非限制性症狀包括腹瀉、腹痛、體重減輕及貧血。值得注意的是,對於任何指定IBD而言存在廣泛的預後,使得難以決定任何指定患者之標準或最佳治療過程。
發炎疾病或病症之其他非限制性實例包括(但不限於)類風濕性關節炎、多發性硬化症、牛皮癬、慢性結腸炎、胰臟炎、白血球減少症及慢性哮喘。在一些實施例中,個體出現纖維化或纖維狹窄疾病。纖維化或纖維狹窄疾病之非限制性實例包括結腸纖維化、肺纖維化、原發性硬化性膽管炎、漸進式全身性硬化症,或小腸及/或大腸之纖維狹窄。在一些實施例中,個體容易發生或罹患硫代嘌呤毒性,或由硫代嘌呤毒性引起之疾病(諸如胰臟炎或白細胞減少症)。在所提供之其他實施例中,個體對包含抗TNFα療法、抗-a4-b7療法(維多珠單抗)、抗IL12p40療法(優特克單抗)、沙立度胺或細胞毒素之療法無反應。
個體
在一些實施例中,本文揭示治療、診斷、預後或監測個體之發炎疾病或病症的方法。在一些實例中,個體係哺乳動物。在一些實施例中,個體包含小鼠、大鼠、天竺鼠、兔、黑猩猩或農場動物。在一些情況下,個體為人類。在一些情況下,個體診斷患有本文揭示之疾病或病症。使用現有指數及評分系統診斷的非限制性方法包括克羅恩氏病活動指數(CDAI)、潰瘍性結腸炎疾病活動指數(UCDAI)、美國胃腸病學院(American College of Gastroenterology,ACG)指南及歐洲克羅恩氏及結腸炎組織(European Crohn's and Colitis Organization,ECCO)、患者報導的結果(PRO-2)、哈維-布拉德肖指數(Harvey-Bradshaw Index)、凡海絲指數(Van Hess Index)、肛周疾病活動指數(PDAI)、拉奇米勒韋茲分數(Rachmilewitz score)、梅歐分數(Mayo score)、鮑威爾-塔克指數(Powell-Tuck index)、患者簡單臨床結腸炎活動指數(P-SCCAI)、力奇泰格指數(Lichtiger index)、賽歐指數(Seo index)、發炎性腸病調查表(IBDQ)、曼尼托巴IBD指數、克羅恩氏病嚴重程度內視鏡指數(CDEIS)、克羅恩氏病之簡單內視鏡分數(SES-CD)、路易斯分數(膠囊內視鏡)、路特吉爾分數(Rutgeert's Score)及蒙特利爾分類(Montreal Classification),及IBD調查表。在一些情況下,個體經診斷未患疾病或病症。在一些情況下,個體罹患與本文所揭示之疾病或病症有關的症狀(例如腹痛、痙攣、腹瀉、直腸出血、發熱、體重減輕、疲乏、食慾不振、脫水及營養不良、貧血或潰瘍)。
在一些實施例中,個體容易發生或罹患硫代嘌呤毒性,或由硫代嘌呤毒性引起之疾病(諸如胰臟炎或白細胞減少症)。在所提供之其他實施例中,個體對標準療法無反應(例如抗TNFα療法、抗a4-b7療法(維多利珠單抗)、抗IL12p40療法(優特克單抗)、沙立度胺或細胞毒素)或懷疑無反應。在一些情況下,個體對該療法之誘導無反應。在一些情況下,在治療期間,在一段時間之後,個體對該標準療法失去反應。
G
蛋白質偶聯受體
35
(
GPR35
)
G蛋白偶聯受體35 (GPR35)為犬尿酸(色胺酸代謝路徑之中間物)受體。GPR35介導鈣移動及肌醇磷酸酯產生。GPR35及編碼GPR35之核酸以NCBI Entrez基因ID 2859為特徵。研究表明GPR35因免疫特異性細胞表面上存在該受體或藉由促效劑活化、引起免疫反應變化而與發炎調控有關。因此,假設GPR35及編碼GPR35之核酸在發炎疾病病理學方面起作用,使得GPR35成為治療發炎疾病或病症之吸引人的治療標靶。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析生物樣品之GPR35基因座之單核苷酸多形現象(SNP)的存在。在一些情況下,本文所揭示之方法包含偵測GPR35基因座中之SNP之存在。在一些情況下,本文所揭示之方法包含偵測GPR35基因座中之SNP之不存在。在一些情況下,本文所揭示之方法用於治療患有發炎疾病或病症之個體。
GPR35
單核苷酸多形現象
(
GPR35
SNP
)
在一些態樣中,本文揭示的方法包含自個體獲得生物樣品;分析選自表 1
之GPR35基因座之單核苷酸多形現象(SNP)或與其處於連鎖不平衡之SNP的存在。在一些情況下,方法進一步包含若確定SNP存在,則投與調節GPR35表現及GPR35活性中之至少一者的治療劑。本文所揭示之偵測方法適用於確定SNP之存在。SNP可處於GPR35之編碼區(例如外顯子)中。SNP可處於GPR35之非編碼區(例如內含子)中。SNP可處於非編碼基因調控區中,藉此影響GPR35表現/活性。與GPR35 SNP處於連鎖不平衡的SNP與GPR35 SNP一起遺傳。處於連鎖不平衡的SNP可不位於GPR35基因座中。在一些實施例中,SNP定義為表 30
中所示之SEQ ID NO: 1-31中之任一者之聚核苷酸序列中用[括號]標識的基因組位置。
在一些實施例中,本文揭示與患有或產生疾病或病症之風險有關的GPR35 SNP。獲自個體之樣品中存在表 1
中之一或多個SNP表示該個體患有或將產生疾病或病症。在一些情況下,本文揭示的GPR35 SNP與發炎性腸病(IBD)有關。在一些情況下,本文揭示的GPR35 SNP與克羅恩氏病(CD)相關。在一些情況下,本文所揭示之GPR35 SNP與潰瘍性結腸炎(UC)相關。在一些情況下,本文所揭示的GPR35 SNP與狹窄相關。狹窄可描述為腸存在狹窄或縮窄區。狹窄可以包含疤痕組織。在一些情況下,本文所揭示的GPR35 SNP與穿透相關。穿透可描述為存在瘺。腸道之各區段之間或腸道與皮膚之間可能會發生瘺。在一些情況下,狹窄、穿透及/或狹窄及穿透疾病定域於腸之迴腸、結腸或迴腸結腸區域中。在一些情況下,GPR35 SNP與狹窄、穿透相關且/或狹窄及穿透疾病定域於腸之迴腸、結腸或迴腸結腸區域中。在一些情況下,本文揭示的GPR35 SNP與肛周克羅恩氏病相關。肛周CD典型地涉及肛門周圍的發炎。肛周CD可為CD或其自身病症之亞病症。在一些情況下,本文所揭示的GPR35 SNP與全結腸炎相關。全結腸炎可描述為定域於整個大腸(右結腸、左結腸、橫結腸、降結腸及直腸)的UC。在一些情況下, GPR35 SNP與關節痛相關。關節痛之非限制性實例包括骨關節炎、類風濕性關節炎、脊椎炎、痛風、創傷後關節炎、遷移性關節炎、滑囊炎及神經性關節病。在一些情況下,GPR35 SNP與醫學難治性疾病相關,其特徵為標準療法無法誘導個體之疾病緩解。在一些實施例中,疾病包含本文中所揭示之發炎疾病。難治性發炎疾病之非限制性實例包括難治性克羅恩氏病(mrCD)及難治性潰瘍性結腸炎(例如mrUC)。
在一些實施例中,本文揭示與亞臨床表型有關的GPR35 SNP。在一些情況下,亞臨床表型與本文所揭示之一或多種疾病或病症相關。在一些實施例中,獲自個體之樣品中存在表 1
中之一或多個SNP表示該個體患有或將產生亞臨床表型。亞臨床表型可為特定的可診斷疾病或病症,或量測疾病進展之度量標準,該疾病進展的特徵為疾病之嚴重或異常形式。IBD亞臨床表型之非限制性實例包括(但不限於)非狹窄疾病、狹窄疾病、狹窄及穿透疾病,及肛周克羅恩氏病(pCD)。進展至初次手術的時間及進展至二次手術的時間為用於鑑別個體處於嚴重疾病形式之風險中的亞臨床表型。在發炎性腸病之情形下,進展至初次手術的時間可為發炎性腸病症狀至手術之時間。進展至初次手術之時間可為IBD初次診斷至初次手術時間。進展至二次手術之時間可為初次手術時間至二次手術的時間。初次及/或二次手術可以包含針對個體之胃腸道之至少一部分的手術。非限制性手術包括腸切除術、結腸切除術、肛周手術及狹窄成形術。症狀可為本文所述之症狀。胃腸道之該部分可選自肛門、結腸、大腸、小腸、胃及食道。
在一些實施例中,相較於不攜帶GPR35 SNP之個體,本文揭示與較快進展至手術相關之GPR35 SNP。較快進展至手術表示疾病複雜,通常具抗治療性。在一些實施例中,獲自個體之樣品中存在表 1
之一或多個SNP表示該個體患有或將產生以較快進展至初次及/或二次手術為特徵的複雜疾病行為。如本文所揭示,「初次手術」係指對個體之本文所述疾病或病症進行的初次手術治療。如此處所使用,「二次手術」係指對個體之相同疾病或病症進行的二次手術治療。在一些情況下,本文所揭示之GPR35 SNP與發炎性腸病之第一症狀至初次手術的第一時間相關。在一些情況下,本文所揭示之GPR35 SNP與發炎性腸病診斷至初次手術的第一時間相關。在一些情況下,本文所揭示之GPR35 SNP與年齡至初次手術的時間相關。第一時間可為約一年至約十五年。第一時間可為約兩年至約十二年。第一時間可為約四年至約十年。第一時間可為約四年至約八年。
在一些情況下,本文所揭示之GPR35 SNP與初次手術至二次手術的第二時間相關。第二時間可為約一年至約十五年。第二時間可為約兩年至約十二年。第二時間可為約四年至約十年。第二時間可為約四年至約八年。攜帶風險對偶基因之患者進展至初次手術的時間可為約三年至約九年。攜帶風險對偶基因之患者進展至初次手術的時間可為約四年至約八年。攜帶風險對偶基因之患者進展至初次手術的時間可為約三年至約九年。攜帶風險對偶基因之患者進展至初次手術的時間可為約七年。針對非風險次要對偶基因為同型接合之患者進展至初次手術的時間可為約十年。針對非風險次要對偶基因為同型接合之患者進展至初次手術的時間可大於約十年。針對非風險次要對偶基因為同型接合之患者進展至初次手術的時間可為至少約十年。
在一些實施例中,本文揭示與對標準療法無反應或反應減少有關之GPR25 SNP。在一些實施例中,獲自個體之樣品中存在表 1
之一或多個SNP表明個體對標準療法不具有或不產生反應或反應減少。發炎疾病之標準療法之非限制性實例包括糖皮質激素類固醇、抗TNF療法、抗a4-b7療法(維多珠單抗)、抗IL12p40療法(優特克單抗)、沙立度胺及細胞毒素。在一些情況下,本文所揭示之GPR35 SNP與IBD、CD、UC、mrUC、mrCD、狹窄、穿透、肛周CD、關節痛、對標準療法無反應及全結腸炎之組合相關。
在一些實施例中,本文揭示與血清標記物之表現相關的GPR35 SNP。在一些實施例中,獲自個體之樣品中存在表 1
之一或多個SNP表明該個體患有或將產生與微生物組之存在有關的疾病或病症或該疾病或病症之亞型。血清標記物之非限制性實例包括抗釀酒酵母(ASCA)抗昆布二糖苷(ALCA)、抗殼二糖苷(ACCA)、抗甘露二糖苷(AMCA)、抗昆布糖(抗L)及抗甲殼素(抗C)、抗外膜孔蛋白C (抗OmpC)、抗Cbir1鞭毛蛋白及抗I2抗體,及抗嗜中性球細胞質自體抗體(pANCA)。在一些情況下,GPR35 SNP與本文所揭示之發炎疾病或病症之相關血清標記物之間的關係比單獨GPR35 SNP之間的關係更強。在一些情況下,血清標記物與GPR35 SNP組合的存在可預測發炎疾病或病症。表 1 . GPR35 單核苷酸多形現象
在一些實施例中,若OR<1,則次要對偶基因與患者展現相應表型之風險減小相關。在一些實施例中,若OR>1,則次要對偶基因與患者展現相應表型之風險增加相關。
在一些情況下,SNP發生於表現數量性狀基因座(eQTL)中。表現數量性狀基因座為影響mRNA或蛋白質表現的基因組基因座。在一些情況下,eQTL中之SNP引起GPR35表現增加。在一些情況下,eQTL中之SNP引起GPR35表現減少。在一些情況下,eQTL為局部eQTL,例如位於基因座內。在一些情況下,eQTL為遠端eQTL,例如基因座外部。在一些情況下,eQTL位於不同於GPR35基因座的染色體上,在本文中稱為反式eQTL。在一些情況下,eQTL位於與GPR35基因座相同的染色體上,在本文中稱為順式eQTL。在一些情況下,eQTL不依賴於組織。在一些情況下,eQTL依賴於組織。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析或偵測直腸組織eQTL中之SNP。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析或偵測肛門組織eQTL中之SNP。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析或偵測結腸組織eQTL中之SNP。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析或偵測腸組織eQTL中之SNP。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析或偵測胃組織eQTL中之SNP。在一些情況下,本文所揭示之方法包含分析或偵測食道組織eQTL中之SNP。QTL定位可藉由變異數分析(ANOVA)、標準區間定位、複合區間定位及基於家族之家譜定位來進行。
eQTL及SNP與IBD之間關係的組合可允許確定基因表現與疾病風險相關的程度。作為非限制性實例,rs3749171具有eQTL及與IBD之關係。eQTL表明次要對偶基因編碼小腸組織中之GPR35 mRNA上調且該關係表明次要對偶基因為UC、IBD及CD之風險。在其他情況下,次要對偶基因可以編碼基因上調,但主要對偶基因可能為風險對偶基因。
治療發炎疾病或病症之方法
在一些實施例中,本文揭示治療個體之發炎疾病或病症或發炎疾病或病症之症狀的方法,其包含向該個體投與治療有效量之一或多種治療劑。在一些實施例中,一或多種治療劑單獨投與個體(例如獨立療法)。在一些實施例中,一或多種治療劑與額外藥劑組合投與。在一些實施例中,治療劑為疾病或病症之一線療法。在一些實施例中,治療劑為疾病或病症之二線、三線或四線療法。
在一些實施例中,基於在獲自個體之樣品中所偵測之一或多種單核苷酸多形現象(SNP)之存在,選擇待用治療劑治療之個體進行治療。在一些實施例中,一或多個SNP包含位於GPR35基因或基因座之SNP。在一些實施例中,一或多個SNP包含與rs3749171處於連鎖不平衡的SNP,如根據至少約0.70、約0.75、約0.80、約0.85、約0.85、約0.90或約1.0之r2
所確定。在一些實施例中,SNP包含以下中之一或多者:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648及/或rs78571781。在一些實施例中,SNP包含表 30
中所示之任一者或SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35基因型包含SNP。在一些實施例中,使用本文所述之一或多種偵測方法偵測獲自個體之生物樣品中的SNP。
治療劑
本文所揭示之組合物、套組及方法可包含治療劑或其用途。本文所揭示之治療劑適用於治療發炎疾病或病症,或本文所揭示之發炎疾病或病症之症狀。用於治療本文所揭示之發炎疾病或病症之治療劑類別之非限制性實例包括消炎介體(例如小分子及大分子)、類固醇及腫瘤壞死因子(TNF)抑制劑。用於治療IBD之治療劑之非限制性實例包括硫唑嘌呤(硫唑嘌呤)、甲胺喋呤(methotrexate)、6-巰基嘌呤、潑尼松(prednisone)、美沙拉嗪(mesalazine)及布地奈德(budesonide)。
包含使用治療劑之本文所揭示方法可用基於營養之療法、基於天然之療法或基於膳食療法取代或補充治療劑之使用。舉例而言,患有貧血之個體可受益於非經腸鐵補充。在一些情況下,方法包含投與B維生素、脂溶性維生素、必需脂肪酸、鎂、鋅、硒或其組合。在一些情況下,方法包含投與車前子(Plantago ovata
)、薑黃素、洋艾草或其組合。在一些情況下,方法包含投與抗生素。反之,在一些情況下,方法包含投與微生物,例如糞便微生物群移植體。
本文中所揭示之組合物、套組及方法可包含及/或利用治療劑或其用途,其中治療劑有效地調節GPR35之表現及/或活性(例如GPR35之調節劑)。調節GPR35之表現及/或活性的治療劑在本文中亦可被稱作GPR35靶向劑。或者或另外,本文所揭示之組合物、套組及方法可包含及/或利用治療劑或其用途,其中治療劑調節在涉及GPR35之路徑上游或下游起作用之蛋白質的表現及/或活性。在一些實施例中,GPR35調節劑有效增強或活化個體中之GPR35活性或表現(例如促效劑或部分促效劑)。在一些實施例中,GPR35調節劑有效減少或降低GPR35活性或表現(例如拮抗劑或部分拮抗劑)。
在一些情況下,治療劑為GPR35拮抗劑。在一些情況下,拮抗劑充當反向促效劑。反向促效劑之非限制性實例為ML145及ML144。在一些情況下,治療劑為GPR35異位調節劑。本文所揭示之方法可包含單獨投與GPR35靶向劑。在其他情況下,本文所揭示之方法可包含將GPR35靶向劑與本文所揭示之另一治療劑、基於營養之療法、基於天然之療法、基於膳食之療法或其組合一起投與。
在一些情況下,個體具有與GPR35表現增強相關或引起GPR35表現增強的SNP。在一些情況下,個體具有與GPR35活性增強相關或引起GPR35活性增強的SNP。在一些情況下,SNP與GPR35表現增強相關或引起GPR35表現增強。在一些情況下,SNP與GPR35活性增強相關或引起GPR35活性增強。在此等情況下,使用GPR35拮抗劑使GPR35活性恢復至正常水準(例如無該個體之IBD的人員之水準)可為適合的。
在一些情況下,個體具有與GPR35表現減少相關或引起GPR35表現減少的SNP。在一些情況下,個體具有與GPR35活性減少相關或引起GPR35活性減少的SNP。在一些情況下,SNP與GPR35表現減少相關或引起GPR35表現減少。在一些情況下,SNP與GPR35活性減少相關或引起GPR35活性減少。在此等情況下,使用GPR35促效劑使GPR35活性恢復至正常水準(例如無該個體之IBD的人員之水準)可為適合的。
在一些情況下,治療劑為小分子藥物。作為非限制性實例,小分子藥物可為化合物。在一些情況下,小分子之分子量小於約1,000 Da,或小於約900 Da,或小於約800 Da。在一些情況下,小分子之分子量為約50 Da至約1,000 Da。在一些情況下,治療劑為大分子藥物。大分子藥物一般包含肽或核酸。作為非限制性實例,大分子藥物可包含抗體或抗原結合抗體片段。在一些情況下,治療劑包含小分子及大分子。作為非限制性實例,治療劑可包含抗體-藥物結合物。
在一些情況下,治療劑為結合GPR35之小分子。在一些情況下,結合GPR35之小分子為GPR35促效劑。在一些情況下,結合GPR35之小分子為GPR35部分促效劑。在一些情況下,結合GPR35之小分子為GPR35促效劑。在一些情況下,結合GPR35之小分子為GPR35部分促效劑。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(I)化合物:
式(I);
其中:
X1
及X2
獨立地選自N及CR14
;
R1
為-CH2
R4
、-CN、-B(OH)2
、-N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-C(O)OH、-CH2
C(O)OH、-C(O)N(R10
)2
、-C(O)NHS(O)2
N(R10
)2
、-C1 - 6
烷基-OH、C3 - 8
環烷基、、或視情況經一個、兩個或三個R8
基團取代之5或6員雜芳基;
R2
為H、-OH、-N(R10
)2
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)N(R10
)2
、OC(O)N(R10
)2
、-O-C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R4
為;
各R5
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)NHS(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、-C1 - 6
烷基-C(O)OR10
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C1 - 6
鹵烷基-OH、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基及C1 - 9
雜芳基;其中苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C1 - 9
雜芳基視情況經一個、兩個或三個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及C2 - 9
雜環烷基之基團取代;且其中C2 - 9
雜環烷基視情況經一個、兩個或三個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基及側氧基之基團取代;
R6
為-C(O)OR7
、-C(O)NHS(O)2
N(R10
)2
、;
各R7
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R8
獨立地選自鹵素、-OH、-OR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)NHS(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、-C1 - 6
烷基-C(O)OR10
、C1 - 6
鹵烷基、C1 - 6
鹵烷基-OH、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基及C1 - 9
雜芳基;其中苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C1 - 9
雜芳基視情況經一個、兩個或三個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及C2 - 9
雜環烷基的基團取代;且其中C2 - 9
雜環烷基視情況經一個、兩個或三個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基及側氧基的基團取代;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基、-N(R11
)2
及-C(O)OR12
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
各R14
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;
n為0、1、2或3;
p為0、1、2、3、4或5;且
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(II)化合物:
式(II);
其中:
X1
、X2
、Y1
及Y2
獨立地選自O、NR13
及C(R14
)2
;
R1
及R2
獨立地選自-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1-6
alkyl、-C1-6
烷基-OH、-C1-6
烷基-OR9
及-C1-6
烷基-N(R10
)2
;
R3
係選自-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R4
及R5
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R13
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基;
各R14
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;
m為1、2、3、4或5;
n為1、2、3、4或5;
p為0、1、2或3;且
q為0、1、2或3;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(III)化合物:
式(III);
其中:
X1
及X2
獨立地選自O、NR13
及C(R14
)2
;
R1
及R2
獨立地選自-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1-6
烷基、-C1-6
烷基-OH、-C1-6
烷基-OR9
及-C1-6
烷基-N(R10
)2
;
R3
及R4
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R13
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基;及
各R14
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(IV)化合物:
式(IV);
其中:
X1
及X2
獨立地選自O、NR13
及C(R14
)2
;
R1
及R2
獨立地選自-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1-6
烷基、-C1-6
烷基-OH、-C1-6
烷基-OR9
及-C1-6
烷基-N(R10
)2
;
R3
及R4
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R13
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基;及
各R14
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(V)化合物:
式(V);
其中:
R1
及R2
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(VI)化合物:
式(VI);
其中:
X係選自O、NR13
及C(R14
)2
;
R1
及R2
獨立地選自-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1-6
烷基、-C1-6
烷基-OH、-C1-6
烷基-OR9
及-C1-6
烷基-N(R10
)2
;
R3
及R4
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R5
及各R6
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
各R14
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;
p為0、1、2、3或4;且
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(VII)化合物:
式(VII);
R1
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
R2
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
及各R4
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
p為0、1、2、3或4;且
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(VIII)化合物:
式(VIII);
其中:
X係選自-O-、-S-及-SO2
-;
R1
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
各R2
及各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R4
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
R5
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
p為0、1、2、3或4;且
q為0、1、2或3;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(IX)化合物:
式(IX);
其中:
X係選自-O-及-S-;
R1
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R2
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、NO2
、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(X)化合物:
式(X);
其中:
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R2
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、NO2
、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XI)化合物:
式(XI);
其中:
X係選自-O-、-S-及-SO2
-;
R1
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R2
及各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
p為0、1、2、3或4;且
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XII)化合物:
式(XII);
其中:
X係選自-O-、-S-、-NR13
-及-C(R14
)2
-;
各R1
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R2
係選自H及C1 - 6
烷基;
各R3
及各R4
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
R14
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;
p為0、1、2、3或4;且
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XIII)化合物:
式(XIII);
其中:
X1
及X2
獨立地為-O-、-S-或-NR13
-;
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
R2
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;及
p為0、1或2;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XIV)化合物:
式(XIV);
其中:
R1
及R2
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XV)化合物:
式(XV);
其中:
X係選自-O-、-S-及-SO2
-;
Y為N或CR2
;
R1
為-C(O)OH、-C(O)OR10
、;
各R2
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XVI)化合物:
式(XVI);
其中:
X係選自-O-、-S-及-NR13
-;
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R2
及各R7
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R3
及R4
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R5
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
R6
獨立地為H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
p為0、1、2或3;且
q為0、1、2或3;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XVII)化合物:
式(XVII);
其中:
X係選自-O-、-S-及-SO2
-;
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R2
及各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
p為0、1、2或3;且
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XVIII)化合物:
式(XVIII);
其中:
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
R2
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XIX)化合物:
式(XIX);
其中:
X係選自-O-、-S-及-NR13
-;
R1
係選自H及C1 - 6
烷基;
R2
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R3
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R4
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XX)化合物:
式(XX);
其中:
X係選自-O-及-C(R14
)2
-;
R1
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R2
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
及各R4
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R14
獨立地選自H、鹵素、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基,及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基;及
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XXI)化合物:
式(XXI);
其中:
X1
及X2
獨立地選自-O-及-S-;
各R1
及各R2
獨立地選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
R13
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
p為0、1、2或3;
q為0、1、2或3;及
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XXII)化合物:
式(XXII);
其中:
X係選自-O-及-S-;
R1
、R2
及R3
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R4
係選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XXIII)化合物:
式(XXIII);
其中:
各X獨立地選自-O-及-S-;
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R2
係選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R3
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
各R4
及各R5
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R6
係選自C3 - 8
環烷基、C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及苯基,其中C3 - 8
環烷基、C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及苯基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XXIV)化合物:
式(XXIV);
其中:
X係選自-O-及-S-;
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R2
係選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R3
係選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R4
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基及C3 - 8
環烷基;
R5
係選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基;
R6
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;及
p為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XXV)化合物:
式(XXV);
其中:
X係選自CR2
或N;
R1
係選自C3 - 8
環烷基、C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及苯基,其中C3 - 8
環烷基、C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及苯基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R2
及各R6
係選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
R3
及R4
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R5
獨立地選自H、鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
p為0、1、2、3、4、5或6;及
q為0、1、2、3或4;
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子為式(XXVI)化合物:
式(XXVI);
其中:
R1
係選自-C(O)OH、-C(O)OR10
、 ;
各R2
係選自鹵素、-CN、-OH、-OR9
、-SR9
、-N(R10
)2
、-S(O)R9
、-S(O)2
R9
、-NHS(O)2
R9
、-S(O)2
N(R10
)2
、-C(O)R9
、-C(O)OR10
、-OC(O)R9
、-C(O)N(R10
)2
、-OC(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)N(R10
)2
、-NR10
C(O)R9
、-NR10
C(O)OR9
、C1 - 6
烷基、-C1 - 6
烷基-OH、-C1 - 6
烷基-OR9
、-C1 - 6
烷基-N(R10
)2
、C2 - 6
烯基、C2 - 6
炔基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基,及-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基;
各R9
獨立地選自C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、C2 - 9
雜環烷基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基、-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜環烷基、C2 - 9
雜芳基及-C1 - 6
烷基-C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自以下的基團取代:C1 - 6
烷基、-OR11
、-N(R11
)2
、C1 - 6
烷基、C3 - 8
環烷基、-C(O)R12
及-C(O)OR12
;
各R10
獨立地選自H、C1 - 6
烷基、C1 - 6
鹵烷基、C3 - 8
環烷基、-C1 - 6
烷基-C3 - 8
環烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基,及C2 - 9
雜芳基,其中C1 - 6
烷基、苯基、-C1 - 6
烷基-苯基及C2 - 9
雜芳基視情況經一或兩個獨立地選自鹵素、C1 - 6
烷基及-N(R11
)2
的基團取代;或兩個R10
與其所連接之氮原子組合形成5或6員雜環烷基環,該雜環烷基環視情況經一個、兩個或三個獨立地選自C1 - 6
烷基、側氧基及-C(O)OH的基團取代;
各R11
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
各R12
獨立地選自H及C1 - 6
烷基;
p為0、1、2、3或4;且
或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。
在一些情況下,結合GPR35之小分子係選自敏喘寧(zaprinast)、洛度沙胺(lodoxamide)、丁夫羅林(bufrolin)、TC-G 1001、奈多羅米(nedocromil)、PSB-13253、6-溴-7-羥基-8-硝基-3-(1H-四唑-5-基)-2H-苯并哌喃-2-酮、6-溴-7-羥基-8-硝基-2-側氧基-2H-苯并哌喃-3-甲酸、7-去氫焦鳥金蛋白-4-甲酸(DCA)、桑色素(morin)、色甘酸(cromolyn)、T3
、逆T3
、YE-210、色甘酸(cromoglicic acid)、奈多羅米(nedocromil)、雙羥萘酸(pamoic acid)及泰福斯汀-51 (tyrphostin-51)。
在一些情況下,結合GPR35的小分子係選自雙羥萘酸(pamoic acid)、胺來呫諾(amlexanox)、呋喃苯胺酸(furosemide)、多先曲唑(doxantrazole)、犬尿酸(kynurenic acid)、DHICA、環單磷酸鳥苷(cGMP)、2,3,5-THB、土耳其鞣酸(ellagic acid)、LPA物種及YE120。
在一些情況下,結合GPR35的小分子係選自ML-145、ML-194及ML-144。
一般而言,本文所述之治療劑係以醫藥組合物形式提供。醫藥組合物可以包含一或多種醫藥學上可接受之鹽、賦形劑或媒劑。醫藥學上可接受之鹽、賦形劑或媒劑包括(但不限於)載劑、賦形劑、稀釋劑、抗氧化劑、防腐劑、著色劑、調味劑及稀釋劑、乳化劑、懸浮劑、溶劑、填充劑、增積劑、緩衝液、遞送媒劑、張力劑、共溶劑、濕潤劑、錯合劑、緩衝劑、抗微生物劑及界面活性劑。與血清白蛋白混合之中性緩衝生理鹽水或生理鹽水為例示性適當載劑。
組合物可包括抗氧化劑,諸如抗壞血酸;低分子量多肽;蛋白質,諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白;親水性聚合物,諸如聚乙烯吡咯啶酮;胺基酸,諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、精胺酸或離胺酸;單醣、雙醣及其他碳水化合物,包括葡萄糖、甘露糖或糊精;螯合劑,諸如EDTA;糖醇,諸如甘露糖醇或山梨糖醇;成鹽相對離子,諸如鈉;及/或非離子界面活性劑,諸如吐溫(Tween)、普朗尼克(pluronics)或聚乙二醇(PEG)。亦舉例而言,適合的張力增強劑包括鹼金屬鹵化物(較佳為氯化鈉或氯化鉀)、甘露糖醇、山梨糖醇及其類似物。適合防腐劑包括苯紮氯銨(benzalkonium chloride)、硫柳汞(thimerosal)、苯乙醇(phenethyl alcohol)、對羥基苯甲酸甲酯、對羥基苯甲酸丙酯、氯己定(chlorhexidine)、山梨酸及其類似物。過氧化氫亦可用作防腐劑。適合之共溶劑包括甘油、丙二醇及PEG。適合的錯合劑包括咖啡鹼(caffeine)、聚乙烯吡咯啶酮、β-環糊精或羥基-丙基-β-環糊精。適合的界面活性劑或濕潤劑包括去水山梨醇酯、聚山梨醇酯(諸如聚山梨醇酯80)、緩血酸胺、卵磷脂、膽固醇、泰洛沙泊(tyloxapal)及其類似物。緩衝劑可為習知緩衝劑,諸如乙酸鹽、硼酸鹽、檸檬酸鹽、磷酸鹽、碳酸氫鹽或Tris-HCl。乙酸鹽緩衝液可為約pH 4-5.5,且Tris緩衝液可為pH 7-8.5。其他藥劑闡述於Remington's Pharmaceutical Sciences, 第18版, A. R. Gennaro編, Mack Publishing Company, 1990中。
組合物可以呈液體形式、凍乾形式或冷凍乾燥形式。組合物可以包括一或多種凍乾保護劑、賦形劑、界面活性劑、高分子量結構添加劑及/或增積劑(參見例如美國專利第6,685,940號、第6,566,329號及第6,372,716號)。在一個實施例中,包括凍乾保護劑,其為諸如蔗糖、乳糖或海藻糖之非還原糖。一般包括凍乾保護劑之量使得在復原之後,所得調配物具等張性,但高張或稍微低張的調配物亦可為適合的。另外,凍乾保護劑之量應足以防止在凍乾之後蛋白質之降解及/或聚集之量不可接受。凍乾前調配物中之糖類(例如蔗糖、乳糖、海藻糖)之例示性凍乾保護劑濃度為約10 mM至約400 mM。在另一實施例中,包括界面活性劑,諸如非離子界面活性劑及離子界面活性劑,諸如聚山梨醇酯(例如聚山梨醇酯20、聚山梨醇酯80);泊洛沙姆(例如泊洛沙姆188);聚(乙二醇)苯醚(例如曲拉通(Triton));十二烷基硫酸鈉(SDS);月桂基硫酸鈉;辛基糖苷鈉;月桂基-、肉豆蔻基-、亞油烯基-或硬脂基-磺基甜菜鹼;月桂基-、肉豆蔻基-、亞油烯基-或硬脂基-肌胺酸;亞油烯基、肉豆蔻基-或鯨蠟基-甜菜鹼;月桂醯胺基丙基-、椰油醯胺基丙基-、亞油醯胺基丙基-、肉豆蔻醯胺基丙基-、棕櫚醯胺基丙基-或異硬脂醯胺基丙基-甜菜鹼(例如月桂醯胺基丙基);肉豆蔻醯胺基丙基-、棕櫚醯胺基丙基-或異硬脂醯胺基丙基-二甲胺;甲基椰油醯基鈉或甲基油醇基-牛磺酸二鈉;及MONAQUAT™系列(Mona Industries, Inc.,Paterson, N.J.)、聚乙二醇、聚丙二醇,及伸乙二醇與丙二醇之共聚物(例如普朗尼克(Pluronics),PF68等)。可存在於凍乾前調配物中之界面活性劑之例示量為約0.001-0.5%。高分子量結構添加劑(例如填充劑、黏合劑)可包括例如阿拉伯膠、白蛋白、褐藻酸、磷酸氫鈣、纖維素、羧甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、羥乙基纖維素、羥丙基纖維素、羥丙基甲基纖維素、微晶纖維素、聚葡萄糖、糊精、葡萄糖結合劑、蔗糖、甲基纖維素、預膠凝化澱粉、硫酸鈣、直鏈澱粉、甘胺酸、膨潤土、麥芽糖、山梨糖醇、乙基纖維素、磷酸氫二鈉、磷酸二鈉、焦亞硫酸二鈉、聚乙烯醇、明膠、葡萄糖、瓜爾膠(guar gum)、液態葡萄糖、可壓縮糖、矽酸鎂鋁、麥芽糊精、聚環氧乙烷、聚甲基丙烯酸酯、聚維酮(povidone)、褐藻酸鈉、黃蓍微晶纖維素、澱粉及玉米蛋白。高分子量結構添加劑之例示性濃度為0.1 wt%至10 wt%。在其他實施例中,可包括增積劑(例如甘露糖醇、甘胺酸)。
組合物可適於非經腸投與。例示性組合物適合於藉由可供熟習此項技術者使用的任何途徑注射或輸注至動物中,諸如關節內、皮下、靜脈內、肌肉內、腹膜內、腦內(腦實質內)、腦室內、肌肉內、眼內、動脈內或病灶內途徑。非經腸調配物典型地為無菌、無熱原質的等張水溶液,視情況含有醫藥學上可接受之防腐劑。
非水性溶劑之實例為丙二醇、聚乙二醇、植物油(諸如橄欖油)及可注射有機酯(諸如油酸乙酯)。水性載劑包括水、醇性/水性溶液、乳液或懸浮液,包括生理鹽水及緩衝介質。非經腸媒劑包括氯化鈉溶液、林格氏右旋糖(Ringer's dextrose)、右旋糖及氯化鈉、乳酸化林格氏液或不揮發性油。靜脈內媒劑包括流體及營養補充劑、電解質補充劑(諸如基於林格氏右旋糖的彼等物),及其類似物。亦可存在防腐劑及其他添加劑,例如抗微生物劑、抗氧化劑、螯合劑、惰性氣體及其類似物。大體參見Remington's Pharmaceutical Science, 第16版, Mack Eds., 1980,該文獻以全文引用的方式併入。
本文所述之醫藥組合物可經調配以便以提供產物(例如藥團、儲槽式效應)之局部濃度及/或在特定局部環境中增強穩定性或半衰期的方式達成可控或持續遞送。組合物可包含聚合物化合物(諸如聚乳酸、聚乙醇酸等)之微粒製劑,以及諸如以下之藥劑:生物可降解基質、可注射微球體、微膠囊顆粒、微膠囊、生物溶蝕性顆粒珠粒、脂質體,及提供活性劑之可控或持續釋放、接著可以儲槽式注射遞送的可植入遞送裝置。用於調配此類持續或可控遞送構件之技術為已知的,且已開發多種聚合物且其用於藥物之可控釋放及遞送。此類聚合物典型地為可生物降解的及生物相容的。聚合物水凝膠(包括藉由對映異構體聚合物或多肽區段複合而形成的彼等物)及具有溫度或pH敏感特性的水凝膠可為提供藥物儲槽式效應所需的,原因為捕集生物活性蛋白質藥劑牽涉到溫和的水性條件。參見例如WO 93/15722中關於遞送醫藥組合物之可控釋放多孔聚合物微米顆粒的描述。適用於此目的之材料包括聚乳酸交酯(參見例如美國專利第3,773,919號)、聚-(a-羥基羧酸)(諸如聚-D-(-)-3-羥基丁酸)之聚合物(EP 133,988A)、L-麩胺酸與L-麩胺酸γ乙酯之共聚物(Sidman等人, Biopolymers, 22: 547-556 (1983))、聚(甲基丙烯酸2-羥乙酯)(Langer等人, J. Biomed. Mater. Res., 15: 167-277 (1981),及Langer, Chem. Tech., 12: 98-105 (1982))、乙烯乙酸乙烯酯,或聚-D(-)-3-羥基丁酸。其他可生物降解聚合物包括聚(內酯)、聚(縮醛)、聚(原酸酯)及聚(原碳酸酯)。持續釋放組合物亦可包括可藉由此項技術中已知之若干方法中之任一者製備之脂質體(參見例如Eppstein等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688-92 (1985))。載劑本身或其降解產物對靶組織應無毒且不應進一步加重病症。此可藉由對目標病症之動物模型進行常規篩選來確定,或者若此類模型不可獲得,則利用正常動物確定。持續釋放之重組蛋白之微膠囊化已成功地用人類生長激素(rhGH)、干擾素-(rhIFN-)、介白素-2及MN rgp120進行。Johnson等人, Nat. Med., 2:795-799 (1996);Yasuda, Biomed. Ther., 27:1221-1223 (1993);Hora等人, Bio/Technology. 8:755-758 (1990);Cleland, "Design and Production of Single Immunization Vaccines Using Polylactide Polyglycolide Microsphere Systems", 於Vaccine Design: The Subunit and Adjuvant Approach, Powell and Newman編, (Plenum Press: New York, 1995), 第439-462頁;WO 97/03692、WO 96/40072、WO 96/07399;及美國專利第5,654,010號。此等蛋白質之持續釋放調配物係使用聚乳酸-共乙醇酸(PLGA)聚合物開發,原因為其生物相容性及寬範圍之可生物降解特性。PLGA、乳酸及乙醇酸之降解產物可以快速地在人體內清除。另外,此聚合物之可降解性可以視其分子量及組成而定。Lewis, "Controlled release of bioactive agents from lactide/glycolide polymer", 於: M. Chasin and R. Langer (編), Biodegradable Polymers as Drug Delivery Systems (Marcel Dekker: New York, 1990), 第1-41頁。持續釋放組合物之其他實例包括例如EP 58,481A;美國專利第3,887,699號;EP 158,277A;加拿大專利第1176565號;U. Sidman等人, Biopolymers 22, 547 [1983];R. Langer等人, Chem. Tech. 12, 98 [1982];Sinha等人, J. Control. Release 90, 261 [2003];Zhu等人, Nat. Biotechnol. 18, 24 [2000];及Dai等人, Colloids Surf B Biointerfaces 41, 117 [2005]。
亦預期生物黏著聚合物用於本發明之組合物或與本發明之組合物一起使用。生物黏著劑為能夠黏著至生物受質延長之時段之合成及天然存在之材料。舉例而言,卡波莫(Carbopol)與聚卡波非(polycarbophil)均為聚(丙烯酸)之合成交聯衍生物。基於天然存在之物質的生物黏著遞送系統包括例如玻糖醛酸,亦稱為玻尿酸。玻糖醛酸為天然存在之黏多醣,其由D-葡糖醛酸及N-乙醯基-D-葡糖胺之殘基組成。玻糖醛酸發現於脊椎動物之細胞外組織基質中,包括結締組織以及滑液以及眼玻璃體及眼房液。玻糖醛酸之酯化衍生物已用於產生供遞送用的微球體,其具有生物相容性及可生物降解性(參見例如Cortivo等人, Biomaterials (1991) 12:727-730;EP 517,565;WO 96/29998;Illum等人, J . Controlled Rel. (1994) 29:133-141)。
可生物降解與不可生物降解聚合物基質均可以用於遞送本發明之組合物,且此類聚合物基質可以包含天然或合成聚合物。較佳為可生物降解基質。釋放發生之時間段係基於聚合物之選擇。典型地,在幾個小時與三至十二個月之間的範圍內之時段內釋放為最需要的。可以用於形成可生物降解遞送系統之例示性合成聚合物包括:乳酸與乙醇酸之聚合物、聚醯胺、聚碳酸酯、聚伸烷基、聚烷二醇、聚環氧烷、聚對苯二甲酸烷二酯、聚乙烯醇、聚乙烯醚、聚乙烯酯、聚乙烯鹵化物、聚乙烯吡咯啶酮、聚乙交酯、聚矽氧烷、聚酸酐、聚胺基甲酸酯及其共聚物、聚(丁酸)、聚(戊酸)、烷基纖維素、羥基烷基纖維素、纖維素醚、纖維素酯、硝基纖維素、丙烯酸類及甲基丙烯酸酯之聚合物、甲基纖維素、乙基纖維素、羥丙基纖維素、羥丙基甲基纖維素、羥丁基甲基纖維素、乙酸纖維素、丙酸纖維素、乙酸丁酸纖維素、乙酸鄰苯二甲酸纖維素、羧乙基纖維素、三乙酸纖維素、纖維素硫酸鈉鹽、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(甲基丙烯酸乙酯)、聚(甲基丙烯酸丁酯)、聚(甲基丙烯酸異丁酯)、聚(甲基丙烯酸己酯)、聚(甲基丙烯酸異癸酯)、聚(甲基丙烯酸月桂酯)、聚(甲基丙烯酸苯脂)、聚(丙烯酸甲酯)、聚(丙烯酸異丙酯)、聚(丙烯酸異丁酯)、聚(丙烯酸十八烷酯)、聚乙烯、聚丙烯、聚(乙二醇)、聚(環氧乙烷)、聚(對苯二甲酸乙二酯)、聚(乙烯醇)、聚乙酸乙烯酯、聚氯乙烯、聚苯乙烯及聚乙烯吡咯啶酮。例示性天然聚合物包括褐藻酸鹽及其他多醣,包括聚葡萄糖及纖維素、膠原蛋白、其化學衍生物(取代、添加化學基團,例如烷基、伸烷基、羥基化、氧化及熟習此項技術者常規進行之其他修飾)、白蛋白及其他親水性蛋白質、玉米蛋白及其他醇溶蛋白及疏水性蛋白質、共聚物及其混合物。一般而言,此等材料藉由活體內酶水解或暴露於水、藉由表面或本體侵蝕而降解。聚合物視情況呈水凝膠形式(參見例如WO 04/009664、WO 05/087201;Sawhney等人, Macromolecules, 1993, 26, 581-587),其在水中可以吸收多達其重量之約90%且視情況進一步與多價離子或其他聚合物交聯。
遞送系統亦包括非聚合物系統,其為脂質,包括固醇,諸如膽固醇、膽固醇酯及脂肪酸;或中性脂肪,諸如單酸甘油酯、二酸甘油酯及三酸甘油酯;水凝膠釋放系統;矽橡膠系統;基於肽之系統;蠟塗層;使用習知黏合劑及賦形劑之壓縮錠劑;部分融合之植入物;及其類似物。特定實例包括(但不限於):(a)侵蝕系統,其中產物容納於基質內之形式中,諸如美國專利第4,452,775號、第4,675,189號及第5,736,152號及(b)擴散系統,其中產物以可控速率自聚合物滲透,諸如美國專利第3,854,480號、第5,133,974號及第5,407,686號所述。含有產物之脂質體可藉由已知方法製備,諸如(DE 3,218,121;Epstein等人,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688-3692 (1985);Hwang等人,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77: 4030-4034 (1980);EP 52,322;EP 36,676;EP 88,046;EP 143,949;EP 142,641;JP 83-118008;美國專利第4,485,045號及第4,544,545號;及EP 102,324)。
或者或另外,組合物可經由植入其中已吸收或囊封本文所揭示之治療劑之膜、海綿或其他適當材料之影響區域中而局部投與。在使用植入裝置的情況下,可將裝置植入任何適合的組織或器官中,且本文中所揭示之治療劑可經由利用推注的裝置直接遞送,或經由連續投與或經由使用連續輸注的導管來遞送。
含有本文所揭示之治療劑的調配物可經口投與。以此方式投與之調配物可用或不用通常用於混配固體劑型(諸如錠劑及膠囊)之彼等載劑來調配。舉例而言,膠囊可經設計以使調配物之活性部分在胃腸道之某處釋放,此時生物可用性最大化且到達全身前的降解最小化。可包括其他藥劑以促進選擇性結合劑之吸收。亦可使用稀釋劑、調味劑、低熔點蠟、植物油、潤滑劑、懸浮劑、錠劑崩解劑及黏合劑。
另一種製劑可以包括有效量之本文所揭示治療劑與適於製造錠劑之無毒性賦形劑的混合物。藉由將錠劑溶解於無菌水或另一適當媒劑中,可以單位劑型製備溶液。適合賦形劑包括(但不限於)惰性稀釋劑,諸如碳酸鈣、碳酸鈉或碳酸氫鈉、乳糖或磷酸鈣;或黏合劑,諸如澱粉、明膠或阿拉伯膠;或潤滑劑,諸如硬脂酸鎂、硬脂酸或滑石。
視預定投藥途徑、遞送形式及所需劑量而定,可依據本發明及調配技術之常識來確定適合及/或較佳的醫藥調配物。無論投藥方式,可根據患者體重、體表面積或器官大小計算有效劑量。用於確定本文所述之各種調配物所涉及之治療之適當劑量的計算在此項技術中以常規方式進一步改進且在此項技術常規執行之任務範圍內。適當劑量可經由使用適當的劑量反應資料來確定。
一般而言,本文所揭示之方法包含藉由口服投與治療劑。然而,在一些情況下,方法包含藉由腹膜內注射投與治療劑。在一些情況下,方法包含投與呈肛門栓劑形式之治療劑。在一些情況下,方法包含藉由靜脈內(「i.v.」)投藥投與治療劑。可設想亦可藉由其他途徑投與本文所揭示之治療劑,諸如皮下注射、肌肉內注射、皮內注射、經皮投藥、鼻內投藥及淋巴管內注射。
選擇及治療個體
在一些實施例中,本文揭示基於自個體獲得之生物樣品中之單核苷酸多形現象(SNP)之存在來選擇個體;及用本文所述之治療劑(例如GPR35調節劑)治療個體的方法。在一些實施例中,使用本文所述之偵測方法偵測SNP。在一些實施例中,根據本文所述之治療方法治療個體。在一些實施例中,SNP包含本文(包括(但不限於)表 1 - 29
)所述之SNP中之任一者或組合。
在一些態樣中,本文揭示的方法包含自個體獲得生物樣品;分析至少一個SNP之存在,該SNP包含以下處之風險對偶基因:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或與其處於連鎖不平衡(LD)的SNP;及投與調節GPR35表現及GPR35活性中之至少一者的治療劑。在一些實施例中,LD係根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值確定。在一些實施例中,SNP包含SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124的序列內。在一些實施例中,GPR35基因型包含SNP。在一些實施例中,rs113435444處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs3749171處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676406處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676399處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs2975782處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs3749172處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs79844648處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676402處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975780處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676396處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6735672處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34228697處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676401處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975786處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676346處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6437356處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6745185處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs4676407處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953156處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4335944處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs73999973處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676410處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676405處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953154處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs6732874處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55862430處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs12621598處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55919442處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs74991608處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34826997處之風險對偶基因包含「T」。在一些實施例中,rs6437364處之風險對偶基因包含「A」。
在一些態樣中,本文揭示治療個體之IBD的方法,該方法包含若該個體具有增加或降低的GPR35含量,如藉由在獲自該個體之樣品中偵測所測定,則投與治療有效量之靶向GPR35信號傳導的治療劑,該個體在與IBD有關之GPR35基因座之SNP處具有風險對偶基因,包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或與其處於連鎖不平衡之SNP。在一些實施例中,SNP包含如表 30
中所示之SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35基因型包含SNP。在一些實施例中,rs113435444處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs3749171處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676406處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676399處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs2975782處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs3749172處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs79844648處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676402處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975780處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676396處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6735672處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34228697處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676401處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975786處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676346處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6437356處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6745185處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs4676407處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953156處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4335944處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs73999973處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676410處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676405處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953154處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs6732874處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55862430處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs12621598處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55919442處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs74991608處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34826997處之風險對偶基因包含「T」。在一些實施例中,rs6437364處之風險對偶基因包含「A」。IBD可以包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎或肛周克羅恩氏病。樣品中所偵測之GPR35含量可以相對於無IBD之對照個體中之GPR35含量增加或減少。
在一些態樣中,本文揭示治療患有克羅恩氏病之個體的方法,該個體經預測會產生肛周克羅恩氏病,方法包含向該個體投與治療有效治療劑,限制條件為在獲自該個體之樣品中偵測到與肛周克羅恩氏病有關之GPR35基因座處之SNP,該SNP包含以下處之風險對偶基因:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或與其處於連鎖不平衡之SNP。在一些實施例中,SNP包含如表 30
中所示之SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35基因型包含SNP。在一些實施例中,rs113435444處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs3749171處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676406處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676399處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs2975782處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs3749172處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs79844648處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676402處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975780處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676396處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6735672處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34228697處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676401處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975786處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676346處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6437356處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6745185處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs4676407處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953156處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4335944處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs73999973處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676410處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676405處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953154處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs6732874處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55862430處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs12621598處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55919442處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs74991608處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34826997處之風險對偶基因包含「T」。在一些實施例中,rs6437364處之風險對偶基因包含「A」。
在一些態樣中,本文揭示治療患有發炎性腸病(IBD)之個體的方法,方法包含若該個體具有增加或減少之GPR35含量,如藉由使獲自個體之樣品與靶向與IBD有關之GPR35基因座處之SNP探針(例如寡核苷酸引子或探針)接觸且偵測SNP與探針之間之結合所測定,則投與治療有效量之靶向GPR35信號傳導之治療劑,其中SNP包含以下處之風險對偶基因:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或與其處於連鎖不平衡(LD)的SNP。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35基因型包含SNP。在一些實施例中,rs113435444處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs3749171處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676406處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676399處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs2975782處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs3749172處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs79844648處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676402處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975780處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676396處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6735672處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34228697處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676401處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs2975786處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4676346處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6437356處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs6745185處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs4676407處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953156處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs4335944處之風險對偶基因包含「C」。在一些實施例中,rs73999973處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676410處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs4676405處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs2953154處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs6732874處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55862430處之風險對偶基因包含「G」。在一些實施例中,rs12621598處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs55919442處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs74991608處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,rs34826997處之風險對偶基因包含「T」。在一些實施例中,rs6437364處之風險對偶基因包含「A」。在一些實施例中,LD係根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值測定。探針之非限制性實例係以SEQ ID NO: 32-124提供。在一些實施例中,SNP包含如表 30
中所示之SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。
在一些態樣中,本文揭示治療患有發炎性腸病(IBD)之個體的方法,方法包含若該個體具有增加或減少之GPR35含量,如藉由使獲自個體之樣品與靶向與IBD有關之GPR35基因座處之SNP的探針接觸且偵測SNP與探針之間之結合所測定,則投與治療有效量之靶向GPR35信號傳導之治療劑,其中SNP包含以下處之風險對偶基因:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或與其處於連鎖不平衡(LD)的SNP。在一些實施例中,LD係根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值測定。在一些實施例中,SNP包含如表 30
中所示之SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35基因型包含SNP。
診斷及預後方法
在一些實施例中,本文揭示治療個體之發炎疾病或病症的方法。在一些情況下,發炎疾病或病症包含發炎疾病、纖維狹窄疾病及/或纖維化疾病。發炎疾病之非限制性實例包括胃腸道、肝臟、膽囊及關節之疾病。在一些情況下,發炎疾病為發炎性腸病(IBD)、克羅恩氏病(CD)、潰瘍性結腸炎(UC)、全身性紅斑性狼瘡症(SLE)或類風濕性關節炎。在一些實施例中,疾病或病症包含單獨或與發炎疾病組合的纖維化、纖維狹窄或纖維化疾病。例示性纖維化疾病為PSC。在一些實施例中,個體診斷有疾病或病症之亞型。IBD亞型之非限制性實例包括狹窄疾病、穿透疾病、狹窄及穿透疾病、阻塞性疾病、難治性疾病,或IBD之另一種複雜形式。在一些情況下,個體經診斷患有或經預測產生一種疾病或病症、兩種疾病或病症、三種疾病或病症,或更多種。
在一些實施例中,本文揭示診斷個體之疾病或病症的方法,方法包含:(a)自個體獲得生物樣品;(b)對該樣品進行分析,該分析經組態以偵測GPR35風險基因型之存在、不存在或含量;(c)若在獲自個體的樣品中偵測到GPR35風險基因型之存在、不存在或含量,則診斷該個體患有該疾病或病症。在一些實施例中,使用本文所揭示之一或多種偵測方法、套組及/或組合物偵測GPR35風險基因型。在一些實施例中,若個體經診斷患有該疾病或病症,則藉由向該個體投與治療有效量之治療劑及/或本文所揭示之其他藥劑(例如GPR35活化劑)來治療個體。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A,或與其處於連鎖不平衡(LD)的任何單核苷酸多形現象(SNP)。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含一或多個與rs79844648G處於連鎖不平衡之SNP,如根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值所測定。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含至少約1個單核苷酸多形現象(SNP)、約2個SNP、約3個SNP、約4個SNP、約5個SNP、約6個SNP、約7個SNP、約8個SNP、約9個SNP、約10個SNP、約11個SNP或更多。在一些實施例中,基因型包含表1 - 29
中之任一者中所提供的一或多個SNP。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。
在一些實施例中,本文揭示預測個體是否將產生發炎疾病、疾病或病症的方法,方法包含:(a)自個體獲得樣品;(b)對該樣品進行分析,該分析經組態以偵測GPR35風險基因型之存在、不存在或含量;(c)若在獲自該個體的樣品中偵測到GPR35風險基因型之存在、不存在或含量,則預測該個體將產生該疾病或病症。在一些實施例中,使用本文所揭示之一或多種偵測方法、套組及/或組合物偵測GPR35風險基因型。在一些實施例中,若預測該個體產生該疾病或病症,則藉由向該個體投與治療有效量之治療劑(例如GPR35活化劑)及/或本文所揭示之另一藥劑來治療個體。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T,及/或rs6437364A,或與其處於連鎖不平衡(LD)的任何單核苷酸多形現象(SNP)。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含一或多個與rs79844648G處於連鎖不平衡之SNP,如根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值所測定。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含至少約1個單核苷酸多形現象(SNP)、約2個SNP、約3個SNP、約4個SNP、約5個SNP、約6個SNP、約7個SNP、約8個SNP、約9個SNP、約10個SNP、約11個SNP或更多。在一些實施例中,基因型包含表 1 - 29
中之任一者中所提供的一或多個SNP。在一些情況下,發炎疾病或病症包含纖維狹窄疾病及/或纖維化疾病。發炎疾病之非限制性實例包括胃腸道、肝臟、膽囊及關節之疾病。在一些情況下,發炎疾病為IBD、CD、UC、全身性紅斑性狼瘡症(SLE)或類風濕性關節炎。在一些實施例中,疾病或病症包含單獨或與發炎疾病組合的纖維化、纖維狹窄或纖維化疾病。例示性纖維化疾病為PSC。
表徵疾病或病症之亞型的方法
在一些實施例中,本文揭示表徵疾病或病症或疾病或病症之亞型的方法。在一些情況下,發炎疾病或病症包含發炎疾病、纖維狹窄疾病及/或纖維化疾病。發炎疾病之非限制性實例包括胃腸道、肝臟、膽囊及關節之疾病。在一些情況下,發炎疾病為IBD、CD、UC、全身性紅斑性狼瘡症(SLE)或類風濕性關節炎。在一些實施例中,疾病或病症包含單獨或與發炎疾病組合的纖維化、纖維狹窄或纖維化疾病。例示性纖維化疾病為PSC。IBD亞型之非限制性實例包括狹窄疾病、穿透疾病、狹窄及穿透疾病、阻塞性疾病、難治性疾病,或IBD之另一種複雜形式。
在一些實施例中,本文揭示鑑定疾病或病症或疾病或病症之亞型的方法,方法包含:(a)自個體獲得樣品;(b)對該樣品進行分析,該分析經組態以偵測GPR35風險基因型之存在、不存在或含量;(c)若在獲自個體的樣品中偵測到GPR35風險基因型之存在、不存在或含量,則鑑定該疾病或病症為嚴重、複雜或難治性疾病。在一些實施例中,使用本文所揭示之一或多種偵測方法、套組及/或組合物偵測GPR35風險基因型。在一些實施例中,若該個體之疾病或病症經鑑定為嚴重、複雜或難治性疾病,則藉由向該個體投與治療有效量之治療劑及/或本文所揭示之另一種藥劑來治療該個體。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T,及/或rs6437364A,或與其處於連鎖不平衡(LD)的任何單核苷酸多形現象(SNP)。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,GPR35風險基因型與個體患有或將產生發炎性腸病(IBD)、克羅恩氏病(CD)或潰瘍性結腸炎(UC)之風險相關,如根據以下P值所確定:至多約1.0×10- 6
、約1.0×10- 7
、約1.0×10- 8
、約1.0×10- 9
、約1.0×10- 10
、約1.0×10- 20
、約1.0×10- 30
、約1.0×10- 40
、約1.0×10- 50
、約1.0×10- 60
、約1.0×10- 70
、約1.0×10- 80
、約1.0×10- 90
或約1.0×10- 100
。在一些實施例中,GPR35風險基因型與個體具有或將產生該疾病或病症之亞臨床表型或亞型的風險相關,如根據以下P值所確定:至多約1.0×10- 6
、約1.0×10- 7
、約1.0×10- 8
、約1.0×10- 9
、約1.0×10- 10
、約1.0×10- 20
、約1.0×10- 30
、約1.0×10- 40
、約1.0×10- 50
、約1.0×10- 60
、約1.0×10- 70
、約1.0×10- 80
、約1.0×10- 90
或約1.0×10- 100
。克羅恩氏病之亞型及/或亞臨床表型之非限制性實例包括狹窄、穿透、狹窄及穿透、疾病表型、對標準療法(例如皮質類固醇、抗TNF療法、硫代嘌呤療法)治療無反應或反應減少、肛周克羅恩氏病,及較快進展至初次手術或二次手術。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含一或多個與rs79844648G處於連鎖不平衡之SNP,如根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值所測定。在一些實施例中,GPR35風險基因型包含至少約1個單核苷酸多形現象(SNP)、約2個SNP、約3個SNP、約4個SNP、約5個SNP、約6個SNP、約7個SNP、約8個SNP、約9個SNP、約10個SNP、約11個SNP或更多。在一些實施例中,基因型包含表 1 - 29
中之任一者中所提供的一或多個SNP。
偵測方法
在一些情況下,方法包含分析本文所揭示之SNP於獲自個體之生物樣品中之存在。在一些實施例中,本文揭示偵測基因型或生物標記物於獲自個體之樣品中之存在、不存在或含量的方法。在一些情況下,本文所揭示之偵測方法適用於診斷、預後、監測疾病進展、選擇治療、監測治療及/或治療本文所揭示之發炎性腸病(例如克羅恩氏病(CD)、潰瘍性結腸炎(UC)及其類似疾病)。
在一些情況下,個體呈現本文所述之發炎疾病或病症(例如IBD、CD、UC)之症狀。IBD症狀之非限制性實例包括腹部疼痛、腹瀉、嘔吐、體重減輕、發熱、貧血、皮疹、關節炎及眼部發炎。在一些情況下,個體呈現IBD之至少兩種症狀。在一些情況下,個體呈現IBD之至少三種症狀。在一些情況下,方法包含分析本文所揭示之SNP於具有IBD之家族病史(至少一個家族成員)之個體之樣品中的存在。在一些情況下,個體已診斷患有IBD。在一些情況下,IBD包含麩質不耐受。在一些情況下,IBD包含麩質過敏。針對麩質不耐受及過敏之測試在此項技術中已知(例如針對IgA抗麥膠蛋白抗體之存在的測試)。作為非限制性實例,IBD包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、顯微鏡下結腸炎、改道性結腸炎及白塞氏疾病。在一些情況下,難以診斷IBD,且IBD可以稱為不確定型結腸炎。
在一些情況下,本文所揭示之方法包含自個體獲得生物樣品。在一些情況下,生物樣品直接獲自個體(例如在照護點直接獲自個體)。在一些情況下,生物樣品間接獲自個體(例如在生物庫(biobank)、健康照護機構直接獲自個體)。生物樣品可以包含DNA。生物樣品可以包含RNA。生物樣品可以包含游離核酸。生物樣品可以包含肽。生物樣品可為生物體液。生物樣品可為含有核酸的生物體液。適用於本文所揭示之方法之生物體液的非限制性實例是全血、血清、血漿、尿液及唾液。其他生物體液(例如眼液、竇液、淋巴液、腦脊髓液)可想像地用於本文所揭示之方法。在一些情況下,生物樣品包含全細胞。作為非限制性實例,生物樣品可包含頰黏膜拭子或皮膚拭子。在一些情況下,生物樣品為非體液。舉例而言,生物樣品可包含毛髮或毛囊。
生物樣品、樣品製備及基因表現偵測
本文所揭示之方法、套組及系統通常適於分析獲自個體之生物樣品。生物樣品可以經由手術活檢或手術切除來獲得。在一些情況下,可以利用針活檢抽吸自個體收集生物樣品。生物樣品可以藉由體液抽取、拭子或體液收集來獲得。生物樣品可經由患者源初代細胞株或呈FFPE (福馬林(Formalin)固定、石蠟包埋)樣品形式之存檔患者樣品或新鮮冷凍樣品獲得。生物樣品可以包含全血、周邊血液、血漿、血清、唾液、臉頰拭子或其他體液或組織。樣品可包含來自大腸及/或小腸之組織。大腸樣品可包含盲腸、結腸(升結腸、橫結腸、降結腸及乙狀結腸)、直腸及/或肛管。小腸樣品可以包含十二指腸、空腸及/或迴腸。樣品亦可包含血液樣品。樣品可包含血清。樣品可包含組織及血液。
在一些實施例中,重要的是自生物樣品之正常組織及/或細胞中富集及/或純化異常組織及/或異常細胞。在一些實施例中,在提取供本發明之方法中使用的基因組核酸或前RNA之前,將異常組織及/或細胞樣品顯微解剖以減少正常組織污染的量。此類富集及/或純化可根據諸如以下之方法完成,例如針顯微解剖、雷射顯微解剖、螢光活化細胞分選及免疫細胞分選。
核酸偵測
在提取核酸的某些實施例中,使用不干擾隨後分析的任何技術提取核酸。在某些實施例中,此技術係利用使用乙醇、甲醇或異丙醇進行的醇法沈澱。在某些實施例中,此技術係利用苯酚、氯仿或其任何組合。在某些實施例中,此技術係使用氯化銫。在某些實施例中,此技術係使用沈澱DNA所常用的乙酸鈉、乙酸鉀或乙酸銨或任何其他鹽。在某些實施例中,此技術利用基於管柱或樹脂之核酸純化方案,諸如商業上通常出售之彼等方案,一個非限制性實例為可購自Sigma Aldrich之GenElute細菌基因組DNA套組。在某些實施例中,在提取之後,在後續分析之前,將核酸儲存於水、Tris緩衝液或Tris-EDTA緩衝液中。在一個例示性實施例中,核酸材料於水中提取。在一些情況下,萃取不包含核酸純化。在某些實施例中,可使用RNA提取技術自細胞提取RNA,包括例如使用酸酚/胍異硫氰酸鹽提取(RNAzol B;Biogenesis)、RNeasy RNA製備套組(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix, Switzerland)。
在一些實施例中,偵測基因型或生物標記物於獲自個體之樣品中之存在、不存在或含量的方法包括偵測核酸序列。在一些情況下,核酸序列包含去氧核糖核酸(DNA)。在一些情況下,核酸序列包含變性DNA分子或其片段。在一些情況下,核酸序列包含選自以下之DNA:基因組DNA、病毒DNA、粒線體DNA、質體DNA、經擴增之DNA、環狀DNA、循環DNA、游離DNA或胞外體DNA。在一些情況下,DNA為單股DNA (ssDNA)、雙股DNA、變性雙股DNA、合成DNA及其組合。環狀DNA可以裂解或片段化。在一些情況下,核酸序列包含核糖核酸(RNA)。在一些情況下,核酸序列包含片段化RNA。在一些情況下,核酸序列包含部分降解的RNA。在一些情況下,核酸序列包含微RNA或其一部分。在一些情況下,核酸序列包含RNA分子或片段化RNA分子(RNA片段),其選自:微RNA (miRNA)、前miRNA、初級miRNA、mRNA、前mRNA、病毒RNA、類病毒RNA、擬病毒RNA、環狀RNA (circRNA)、核糖體RNA (rRNA)、轉移RNA (tRNA)、前tRNA、長非編碼RNA (lncRNA)、小核RNA (snRNA)、循環RNA、游離RNA、胞外體RNA、載體表現的RNA、RNA轉錄物、合成RNA及其組合。
在一些實施例中,本文揭示所分析(例如使用本文所述之方法偵測)之核酸包含本文所揭示之至少一個SNP。在一些情況下,方法包含分析本文所揭示之至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含分析本文所揭示之至少三個SNP。在一些情況下,方法包含分析本文所揭示之至少四個SNP。在一些情況下,方法包含分析本文所揭示之所有SNP。在一些情況下,方法揭示偵測本文所揭示之至少一個SNP之存在。在一些情況下,方法包含偵測本文所揭示之至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含偵測本文所揭示之至少三個SNP。任何兩個SNP可以同步或依序分析或偵測。在一些實施例中,所分析之SNP包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或其任何組合。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。在一些實施例中,使用本文所述方法偵測的基因型包含rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A。在一些實施例中,所偵測之基因型包含與一或多個上述SNP處於連鎖不平衡(LD)的SNP。在一些實施例中,LD係根據至少約0.80、約0.85、約0.90、約0.95或約1.0之r2
值測定。在一些實施例中,基因型包含如表 30
中所示之SEQ ID NO: 1-31內用[括號]提供的風險對偶基因。
在一些實施例中,本文中揭示藉由對獲自個體之樣品進行基於核酸之偵測分析來偵測基因型或生物標記物。在一些情況下,基於核酸之偵測分析包含定量聚合酶鏈反應(qPCR)、凝膠電泳(包括例如北方或南方墨點)、免疫化學、原位雜交(諸如螢光原位雜交(FISH))、細胞化學或測序。在一些實施例中,測序技術包含下一代測序。在一些實施例中,方法包括雜交分析,諸如螢光qPCR (例如TaqMan™、SYBR綠、SYBR綠I、SYBR綠II、SYBR金、溴化乙錠、亞甲基藍、派洛寧Y (Pyronin Y)、DAPI、吖啶橙(acridine orange)、Blue View或藻紅素),其包括利用特定引子對進行核酸擴增反應,及使經擴增的核酸探針雜交,該等核酸探針包含對靶核酸序列具有特異性的可偵測部分或分子。在一些情況下,qPCR分析中用於偵測靶核酸之擴增循環數目為約5至約30個循環。在一些情況下,用於偵測靶核酸之擴增循環數目為至少約5個循環。在一些情況下,用於偵測靶核酸之擴增循環數目為至多約30個循環。在一些情況下,用於偵測靶核酸之擴增循環數目為約5至約10、約5至約15、約5至約20、約5至約25、約5至約30、約10至約15、約10至約20、約10至約25、約10至約30、約15至約20、約15至約25、約15至約30、約20至約25、約20至約30,或約25或約30個循環。對於TaqMan™方法而言,探針可為包含螢光團及抑止劑之可水解探針,該可水解探針當與靶核酸雜交時被DNA聚合酶水解。在一些情況下,當達到臨限值之擴增循環數小於30、29、28、27、26、25、24、23、22、21或20個循環時,確定靶核酸存在。在一些情況下,雜交可以在標準雜交溫度下發生,例如在標準PCR緩衝液中在約35℃與約65℃之間發生。
另一種基於核酸的例示性偵測分析包含使用結合於或以其他方式固著於珠粒、多孔盤或其他受質上的核酸探針,其中核酸探針經組態以與靶核酸序列雜交。在一些情況下,使用對本文所揭示之一或多種基因變異體具有特異性之核酸探針。在一些情況下,對SNP或SNV具有特異性之核酸探針包含與所關注之風險或保護對偶基因充分互補之核酸探針序列,使得雜交對風險或保護對偶基因具有特異性。在一些情況下,對插入缺失具有特異性之核酸探針包含與聚核苷酸序列內之核鹼基插入充分互補的核酸探針序列,該探針序列側接該插入,使得雜交對插入缺失具有特異性。在一些情況下,對插入缺失具有特異性的核酸探針包含與聚核苷酸序列充分互補的探針序列,該探針序列側接該聚核苷酸序列內之核鹼基缺失,使得雜交對插入缺失具有特異性。在一些情況下,對生物標記物具有特異性之核酸探針包含與生物標記物之聚核苷酸序列充分互補的核酸探針序列。在一些情況下,生物標記物包含經轉錄之聚核苷酸序列(例如RNA、cDNA)。在一些實施例中,核酸探針可為例如全長cDNA或其一部分,諸如長度為至少約7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50個核苷酸且足以在標準雜交條件下與靶核酸序列特異性雜交之寡核苷酸。在一些實施例中,使靶核酸序列固著於固體表面上且與探針接觸,例如藉由使經分離之靶核酸序列在瓊脂糖凝膠上運作且將靶核酸序列自凝膠轉移至膜(諸如硝化纖維素)上。在一些實施例中,探針固著於固體表面上,例如Affymetrix基因晶片陣列,且使探針與靶核酸序列接觸。可以在個別反應中或在單一反應中偵測多個對偶基因(「多工」分析)。
本發明提供可與靶核酸序列雜交的例示性探針,該靶核酸序列包含位於以下處之風險對偶基因:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997或rs6437364,及/或選自SEQ ID NO: 1-124之序列內的風險對偶基因。本發明提供SEQ ID NO: 32-124中所提供的例示性探針。在一些實施例中,探針包含至少約10個、至少約15個、至少約20個、至少約25個、至少約30個、約10個、約15個、約20個、約25個、約30個、約35個、約40個、約45個、約50個、約10個至約50個核鹼基。在一些實施例中,探針包含的序列包含選自SEQ ID NO: 1-124之核酸之不超過約1、約2或約3個核鹼基取代、插入或缺失。在一些實施例中,關於核酸之術語「探針」係指能夠選擇性地結合至經特定預定之靶核酸序列的任何核酸分子。在一些情況下,探針經特定設計以用例如放射性標記、螢光標記、酶、化學發光標籤、比色標籤或此項技術中已知之其他標記或標籤加以標記。在一些情況下,螢光標記包含螢光團。在一些情況下,螢光團為芳族或雜芳族化合物。在一些情況下,螢光團為芘、蒽、萘、吖啶、芪、苯并噁唑、吲哚、苯并吲哚、噁唑、噻唑、苯并噻唑、花青、羰花青、水楊酸鹽、鄰胺基苯甲酸鹽、二苯并哌喃染料、香豆素。例示性二苯并哌喃染料包括例如螢光素及若丹明(rhodamine)染料。螢光素及若丹明染料包括(但不限於) 6-羧基螢光素(FAM)、2',7'-二甲氧基-4',5'-二氯-6-羧基螢光素(JOE)、四氯螢光素(TET)、6-羧基若丹明(R6G)、N,N,N;N'-四甲基-6-羧基若丹明(TAMRA)、6-羧基-X-若丹明(ROX)。適合的螢光探針亦包括在α或β位置具有胺基之萘胺染料。舉例而言,萘胺基化合物包括1-二甲基胺基萘基-5-磺酸鹽、1-苯胺基-8-萘磺酸鹽及2-對甲苯胺基-6-萘磺酸鹽、5-(2'-胺基乙基)胺基萘-1-磺酸(EDANS)。例示性香豆素包括例如3-苯基-7-異氰酸基香豆素;吖啶,諸如9-異硫氰酸基吖啶及吖啶橙;N-(對-(2-苯并噁唑基)苯基)順丁烯二醯亞胺;花青,諸如吲哚二羰花青3 (Cy3)、吲哚二羰花青5 (Cy5)、吲哚二羰花青5.5 (Cy5.5)、3-(-羧基-戊基)-3'-乙基-5,5'-二甲基氧雜羰花青(CyA);1H,5H,11H,15H-二苯并哌喃[2,3,4-ij:5,6,7-i'j']二喹嗪-18-鎓、9-[2(或4)-[[[6-[2,5-二側氧基-1-吡咯啶基)氧基]-6-側氧基己基]胺基]磺醯基]-4 (或2)-磺基苯基]-2,3,6,7,12,13,16,17-八氫-內鹽(TR或德克薩斯紅);或BODIPYTM染料。在一些情況下,探針包含FAM作為染料標記。
在一些實施例中,本文揭示藉由對自個體獲得之生物樣品進行核酸擴增分析來偵測基因型或生物標記物。在一些情況下,擴增分析包含聚合酶鏈反應(PCR)、qPCR、自動維持序列擴增、轉錄擴增系統、Q-Beta複製酶、滾環複製或任何適合之其他核酸擴增技術。適合的核酸擴增技術經組態以擴增包含本文所揭示之一或多種基因風險變異體之核酸序列區域。在一些情況下,擴增分析需要引子。本文已知或提供之基因風險變異體及/或基因的核酸序列足以使熟習此項技術者能夠選擇引子來擴增基因或基因變異體之任何部分。適用作引子之DNA樣品可例如藉由聚合酶鏈反應(PCR)擴增基因組DNA、基因組DNA片段、連接至接附子序列或經選殖序列之基因組DNA片段來獲得。熟習此項技術者利用電腦程式設計具有所需特異性及最佳擴增特性的引子,諸如Oligo 7.0版(National Biosciences)。可控機器人系統適用於分離及擴增核酸且可以使用。
適用於偵測基因型之存在或不存在之其他核酸偵測分析的非限制性實例包括限制性片段長度多形現象(RFLP)分析、異雙螺旋遷移率分析(HMA)、單股構形、多形現象(SSCP)、變性梯度膠凝電泳(DGGE)及核糖核酸酶錯配技術。如本文所用,限制性片段長度多形現象分析為利用限制酶區分基因多形現象之方法,該限制酶為催化核酸降解且識別特定鹼基序列(通常為回文或反向重複序列)之核酸內切酶。熟習此項技術者應理解,RFLP分析之使用視在多形位點處可區分兩個對偶基因之酶而定。HMA適用於偵測多形序列之存在,原因為帶有錯配之DNA雙螺旋在聚丙烯醯胺凝膠中的遷移率相較於鹼基完美成對之雙螺旋之遷移率減小。SSCP可基於單股DNA之二級結構差異而用於偵測突變,該單股DNA在非變性凝膠電泳時產生改變之電泳遷移率。多形片段係藉由比較測試片段與含有已知對偶基因之相應標準片段之電泳圖案來偵測。在DGGE中,雙股DNA在含有濃度遞增之變性劑的凝膠中進行電泳;由錯配對偶基因構成之雙股片段具有解鏈更快之區段,使得此類片段的遷移不同於完全互補的序列。
在一些實施例中,偵測個體之生物標記物或基因型包含對獲自個體生物樣品之遺傳物質進行測序。測序可利用任何適當的測序技術進行,包括(但不限於)單分子即時(SMRT)測序、Polony測序、藉由連接測序、可逆終止子測序、質子偵測測序、離子半導體測序、奈米孔測序、電子測序、焦磷酸測序、Maxam-Gilbert測序、鏈終止(例如Sanger)測序、+S測序,或藉由合成測序。測序方法亦包括下一代測序,例如現代測序技術,諸如Illumina測序(例如Solexa)、Roche 454測序、離子激流測序及SOLiD測序。在一些情況下,下一代測序涉及高通量測序方法。亦可採用可供熟習此項技術者使用的其他測序方法。
在一些情況下,測序的核苷酸數目為至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、200、300、400、500、2000、4000、6000、8000、10000、20000、50000、100000或超過100000個核苷酸。在一些情況下,所測序之核苷酸之數目範圍為約1至約100000個核苷酸、約1至約10000個核苷酸、約1至約1000個核苷酸、約1至約500個核苷酸、約1至約300個核苷酸、約1至約200個核苷酸、約1至約100個核苷酸、約5至約100000個核苷酸、約5至約10000個核苷酸、約5至約1000個核苷酸、約5至約500個核苷酸、約5至約300個核苷酸、約5至約200個核苷酸、約5至約100個核苷酸、約10至約100000個核苷酸、約10至約10000個核苷酸、約10至約1000個核苷酸、約10至約500個核苷酸、約10至約300個核苷酸、約10至約200個核苷酸、約10至約100個核苷酸、約20至約100000個核苷酸、約20至約10000個核苷酸、約20至約1000個核苷酸、約20至約500個核苷酸、約20至約300個核苷酸、約20至約200個核苷酸、約20至約100個核苷酸、約30至約100000個核苷酸、約30至約10000個核苷酸、約30至約1000個核苷酸、約30至約500個核苷酸、約30至約300個核苷酸、約30至約200個核苷酸、約30至約100個核苷酸、約50至約100000個核苷酸、約50至約10000個核苷酸、約50至約1000個核苷酸、約50至約500個核苷酸、約50至約300個核苷酸、約50至約200個核苷酸,或約50至約100個核苷酸。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs2975780。在一些情況下,rs2975780與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2975780與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs2975780與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2975780與減少之GPR35活性相關。rs2975780可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs2975780之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 9。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676396。在一些情況下,rs4676396與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676396與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676396與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676396與減少之GPR35活性相關。rs4676396可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs4676396之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 10。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs6735672。在一些情況下,rs6735672與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6735672與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs6735672與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6735672與減少之GPR35活性相關。rs6735672可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs6735672之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 11。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs34228697。在一些情況下,rs34228697與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs34228697與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs34228697與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs34228697與減少之GPR35活性相關。rs34228697可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs34228697之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 12。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676401。在一些情況下,rs4676401與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676401與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676401與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6735672與減少之GPR35活性相關。rs4676401可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs4676401之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 13。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs2975786。在一些情況下,rs2975786與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2975786與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs2975786與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2975786與減少之GPR35活性相關。rs2975786可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs2975786之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 14。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676346。在一些情況下,rs4676346與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676346與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676346與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676346與減少之GPR35活性相關。rs4676346可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs4676346之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 15。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs6437356。在一些情況下,rs6437356與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6437356與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs6437356與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6437356與減少之GPR35活性相關。rs6437356可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs6437356之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 16。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs6745185。在一些情況下,rs6745185與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6745185與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs6745185與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6745185與減少之GPR35活性相關。rs6745185可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。包括rs6745185之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 17。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676407。在一些情況下,rs4676407與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676407與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676407與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676407與減少之GPR35活性相關。rs4676407可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs4676407之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 18。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs2953156。在一些情況下,rs2953156與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2953156與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs2953156與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2953156與減少之GPR35活性相關。rs2953156可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs2953156之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 19。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4335944。在一些情況下,rs4335944與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4335944與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4335944與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4335944與減少之GPR35活性相關。rs4335944可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。包括rs4335944之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 20。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs73999973。在一些情況下,rs73999973與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs73999973與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs73999973與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs73999973與減少之GPR35活性相關。rs73999973可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs73999973之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 21。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676410。在一些情況下,rs4676410與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676410與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676410與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676410與減少之GPR35活性相關。rs4676410可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs4676410之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 22。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676405。在一些情況下,rs4676405與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676405與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676405與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676405與減少之GPR35活性相關。rs4676405可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs4676405之序列的非限制性實例包含SEQ ID NO: 23。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs2953154。在一些情況下,rs2953154與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2953154與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs2953154與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2953154與減少之GPR35活性相關。rs2953154可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs2953154之序列的非限制性實例包含SEQ ID NO: 24。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs6732874。在一些情況下,rs6732874與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6732874與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs6732874與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6732874與減少之GPR35活性相關。rs6732874可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs6732874之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 25。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs55862430。在一些情況下,rs55862430與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs55862430與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs55862430與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs55862430與減少之GPR35活性相關。rs55862430可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs55862430之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 26。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs12621598。在一些情況下,rs12621598與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs12621598與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs12621598與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs12621598與減少之GPR35活性相關。rs12621598可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs12621598之序列的非限制性實例包含SEQ ID NO: 27。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs55919442。在一些情況下,rs55919442與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs55919442與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs55919442與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs55919442與減少之GPR35活性相關。rs55919442可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs55919442之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 28。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs74991608。在一些情況下,rs74991608與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs74991608與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs74991608與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs74991608與減少之GPR35活性相關。rs74991608可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs74991608之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 29。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs34826997。在一些情況下,rs34826997與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs34826997與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs34826997與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs34826997與減少之GPR35活性相關。rs34826997可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有T之風險對偶基因。包括rs34826997之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 30。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs6437364。在一些情況下,rs6437364與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6437364與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs6437364與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs6437364與減少之GPR35活性相關。rs6437364可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs6437364之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 31。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs113435444。在一些情況下,rs113435444與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs113435444與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs113435444與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs113435444與減少之GPR35活性相關。rs113435444可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs113435444之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 1。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs3749171。在一些情況下,rs3749171與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs3749171與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs3749171與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs3749171與減少之GPR35活性相關。rs3749171可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs3749171之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 2。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676406。在一些情況下,rs4676406與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676406與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676406與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676406與減少之GPR35活性相關。rs4676406可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs4676406之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 3。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676399。在一些情況下,rs4676399與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676399與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676399與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676399與減少之GPR35活性相關。rs4676399可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。包括rs4676399之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 4。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs2975782。在一些情況下,rs2975782與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2975782與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs2975782與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs2975782與減少之GPR35活性相關。rs2975782可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs2975782之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 5。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs3749172。在一些情況下,rs3749172與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs3749172與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs3749172與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs3749172與減少之GPR35活性相關。rs3749172可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。包括rs3749172之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 6。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs79844648。在一些情況下,rs79844648與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs79844648與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs79844648與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs79844648與減少之GPR35活性相關。rs79844648可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。包括rs79844648之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 7。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中SNP為rs4676402。在一些情況下,rs4676402與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676402與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,rs4676402與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,rs4676402與減少之GPR35活性相關。rs4676402可以在編碼GPR35之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。包括rs4676402之序列之非限制性實例包含SEQ ID NO: 8。
在一些情況下,方法包含分析或偵測SNP,其中該SNP係選自表 1
。在一些情況下,SNP與增加之GPR35表現相關。在一些情況下,SNP與增加之GPR35活性相關。在一些情況下,SNP與減少之GPR35表現相關。在一些情況下,SNP與減少之GPR35活性相關。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP的個體。在一些實施例中,該兩個SNP包含選自表 1
之兩個SNP。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 32-124之序列內。該兩個SNP可為rs113435444及rs3749171。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676406。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676399。該兩個SNP可為rs113435444及rs2975782。該兩個SNP可為rs113435444及rs3749172。該兩個SNP可為rs113435444及rs79844648。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676402。該兩個SNP可為rs113435444及rs2975780。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676396。該兩個SNP可為rs113435444及rs6735672。該兩個SNP可為rs113435444及rs34228697。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676401。該兩個SNP可為rs113435444及rs2975786。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676346。該兩個SNP可為rs113435444及rs6437356。該兩個SNP可為rs113435444及rs6745185。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676407。該兩個SNP可為rs113435444及rs2953156。該兩個SNP可為rs113435444及rs4335944。該兩個SNP可為rs113435444及rs73999973。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676410。該兩個SNP可為rs113435444及rs4676405。該兩個SNP可為rs113435444及rs2953154。該兩個SNP可為rs113435444及rs6732874。該兩個SNP可為rs113435444及rs55862430。該兩個SNP可為rs113435444及rs12621598。該兩個SNP可為rs113435444及rs55919442。該兩個SNP可為rs113435444及rs74991608。該兩個SNP可為rs113435444及rs34826997。該兩個SNP可為rs113435444及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676406。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676399。該兩個SNP可為rs3749171及rs2975782。該兩個SNP可為rs3749171及rs3749172。該兩個SNP可為rs3749171及rs79844648。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676402。該兩個SNP可為rs3749171及rs2975780。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676396。該兩個SNP可為rs3749171及rs6735672。該兩個SNP可為rs3749171及rs34228697。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676401。該兩個SNP可為rs3749171及rs2975786。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676346。該兩個SNP可為rs3749171及rs6437356。該兩個SNP可為rs3749171及rs6745185。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676407。該兩個SNP可為rs3749171及rs2953156。該兩個SNP可為rs3749171及rs4335944。該兩個SNP可為rs3749171及rs73999973。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676410。該兩個SNP可為rs3749171及rs4676405。該兩個SNP可為rs3749171及rs2953154。該兩個SNP可為rs3749171及rs6732874。該兩個SNP可為rs3749171及rs55862430。該兩個SNP可為rs3749171及rs12621598。該兩個SNP可為rs3749171及rs55919442。該兩個SNP可為rs3749171及rs74991608。該兩個SNP可為rs3749171及rs34826997。該兩個SNP可為rs3749171及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中的至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676399。該兩個SNP可為rs4676406及rs2975782。該兩個SNP可為rs4676406及rs3749172。該兩個SNP可為rs4676406及rs79844648。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676402。該兩個SNP可為rs4676406及rs2975780。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676396。該兩個SNP可為rs4676406及rs6735672。該兩個SNP可為rs4676406及rs34228697。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676401。該兩個SNP可為rs4676406及rs2975786。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676346。該兩個SNP可為rs4676406及rs6437356。該兩個SNP可為rs4676406及rs6745185。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676407。該兩個SNP可為rs4676406及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676406及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676406及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676406及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676406及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676406及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676406及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676406及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676406及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676406及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676406及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676406及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs4676399及rs2975782。該兩個SNP可為rs4676399及rs3749172。該兩個SNP可為rs4676399及rs79844648。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676402。該兩個SNP可為rs4676399及rs2975780。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676396。該兩個SNP可為rs4676399及rs6735672。該兩個SNP可為rs4676399及rs34228697。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676401。該兩個SNP可為rs4676399及rs2975786。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676346。該兩個SNP可為rs4676399及rs6437356。該兩個SNP可為rs4676399及rs6745185。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676407。該兩個SNP可為rs4676399及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676399及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676399及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676399及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676399及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676399及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676399及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676399及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676399及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676399及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676399及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676399及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中的至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs2975782及rs3749172。該兩個SNP可為rs2975782及rs79844648。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676402。該兩個SNP可為rs2975782及rs2975780。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676396。該兩個SNP可為rs2975782及rs6735672。該兩個SNP可為rs2975782及rs34228697。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676401。該兩個SNP可為rs2975782及rs2975786。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676346。該兩個SNP可為rs2975782及rs6437356。該兩個SNP可為rs2975782及rs6745185。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676407。該兩個SNP可為rs2975782及rs2953156。該兩個SNP可為rs2975782及rs4335944。該兩個SNP可為rs2975782及rs73999973。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676410。該兩個SNP可為rs2975782及rs4676405。該兩個SNP可為rs2975782及rs2953154。該兩個SNP可為rs2975782及rs6732874。該兩個SNP可為rs2975782及rs55862430。該兩個SNP可為rs2975782及rs12621598。該兩個SNP可為rs2975782及rs55919442。該兩個SNP可為rs2975782及rs74991608。該兩個SNP可為rs2975782及rs34826997。該兩個SNP可為rs2975782及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs3749172及rs79844648。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676402。該兩個SNP可為rs3749172及rs2975780。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676396。該兩個SNP可為rs3749172及rs6735672。該兩個SNP可為rs3749172及rs34228697。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676401。該兩個SNP可為rs3749172及rs2975786。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676346。該兩個SNP可為rs3749172及rs6437356。該兩個SNP可為rs3749172及rs6745185。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676407。該兩個SNP可為rs3749172及rs2953156。該兩個SNP可為rs3749172及rs4335944。該兩個SNP可為rs3749172及rs73999973。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676410。該兩個SNP可為rs3749172及rs4676405。該兩個SNP可為rs3749172及rs2953154。該兩個SNP可為rs3749172及rs6732874。該兩個SNP可為rs3749172及rs55862430。該兩個SNP可為rs3749172及rs12621598。該兩個SNP可為rs3749172及rs55919442。該兩個SNP可為rs3749172及rs74991608。該兩個SNP可為rs3749172及rs34826997。該兩個SNP可為rs3749172及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中的至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676402。該兩個SNP可為rs79844648及rs2975780。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676396。該兩個SNP可為rs79844648及rs6735672。該兩個SNP可為rs79844648及rs34228697。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676401。該兩個SNP可為rs79844648及rs2975786。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676346。該兩個SNP可為rs79844648及rs6437356。該兩個SNP可為rs79844648及rs6745185。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676407。該兩個SNP可為rs79844648及rs2953156。該兩個SNP可為rs79844648及rs4335944。該兩個SNP可為rs79844648及rs73999973。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676410。該兩個SNP可為rs79844648及rs4676405。該兩個SNP可為rs79844648及rs2953154。該兩個SNP可為rs79844648及rs6732874。該兩個SNP可為rs79844648及rs55862430。該兩個SNP可為rs79844648及rs12621598。該兩個SNP可為rs79844648及rs55919442。該兩個SNP可為rs79844648及rs74991608。該兩個SNP可為rs79844648及rs34826997。該兩個SNP可為rs79844648及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs4676402及rs2975780。該兩個SNP可為rs4676402及rs4676396。該兩個SNP可為rs4676402及rs6735672。該兩個SNP可為rs4676402及rs34228697。該兩個SNP可為rs4676402及rs4676401。該兩個SNP可為rs4676402及rs2975786。該兩個SNP可為rs4676402及rs4676346。該兩個SNP可為rs4676402及rs6437356。該兩個SNP可為rs4676402及rs6745185。該兩個SNP可為rs4676402及rs4676407。該兩個SNP可為rs4676402及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676402及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676402及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676402及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676402及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676402及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676402及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676402及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676402及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676402及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676402及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676402及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676402及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中的至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs2975780及rs4676396。該兩個SNP可為rs2975780及rs6735672。該兩個SNP可為rs2975780及rs34228697。該兩個SNP可為rs2975780及rs4676401。該兩個SNP可為rs2975780及rs2975786。該兩個SNP可為rs2975780及rs4676346。該兩個SNP可為rs2975780及rs6437356。該兩個SNP可為rs2975780及rs6745185。該兩個SNP可為rs2975780及rs4676407。該兩個SNP可為rs2975780及rs2953156。該兩個SNP可為rs2975780及rs4335944。該兩個SNP可為rs2975780及rs73999973。該兩個SNP可為rs2975780及rs4676410。該兩個SNP可為rs2975780及rs4676405。該兩個SNP可為rs2975780及rs2953154。該兩個SNP可為rs2975780及rs6732874。該兩個SNP可為rs2975780及rs55862430。該兩個SNP可為rs2975780及rs12621598。該兩個SNP可為rs2975780及rs55919442。該兩個SNP可為rs2975780及rs74991608。該兩個SNP可為rs2975780及rs34826997。該兩個SNP可為rs2975780及rs6437364。該兩個SNP可為rs4676396及rs6735672。該兩個SNP可為rs4676396及rs34228697。該兩個SNP可為rs4676396及rs4676401。該兩個SNP可為rs4676396及rs2975786。該兩個SNP可為rs4676396及rs4676346。該兩個SNP可為rs4676396及rs6437356。該兩個SNP可為rs4676396及rs6745185。該兩個SNP可為rs4676396及rs4676407。該兩個SNP可為rs4676396及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676396及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676396及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676396及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676396及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676396及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676396及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676396及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676396及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676396及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676396及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676396及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676396及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs6735672及rs34228697。該兩個SNP可為rs6735672及rs4676401。該兩個SNP可為rs6735672及rs2975786。該兩個SNP可為rs6735672及rs4676346。該兩個SNP可為rs6735672及rs6437356。該兩個SNP可為rs6735672及rs6745185。該兩個SNP可為rs6735672及rs4676407。該兩個SNP可為rs6735672及rs2953156。該兩個SNP可為rs6735672及rs4335944。該兩個SNP可為rs6735672及rs73999973。該兩個SNP可為rs6735672及rs4676410。該兩個SNP可為rs6735672及rs4676405。該兩個SNP可為rs6735672及rs2953154。該兩個SNP可為rs6735672及rs6732874。該兩個SNP可為rs6735672及rs55862430。該兩個SNP可為rs6735672及rs12621598。該兩個SNP可為rs6735672及rs55919442。該兩個SNP可為rs6735672及rs74991608。該兩個SNP可為rs6735672及rs34826997。該兩個SNP可為rs6735672及rs6437364。該兩個SNP可為rs34228697及rs4676401。該兩個SNP可為rs34228697及rs2975786。該兩個SNP可為rs34228697及rs4676346。該兩個SNP可為rs34228697及rs6437356。該兩個SNP可為rs34228697及rs6745185。該兩個SNP可為rs34228697及rs4676407。該兩個SNP可為rs34228697及rs2953156。該兩個SNP可為rs34228697及rs4335944。該兩個SNP可為rs34228697及rs73999973。該兩個SNP可為rs34228697及rs4676410。該兩個SNP可為rs34228697及rs4676405。該兩個SNP可為rs34228697及rs2953154。該兩個SNP可為rs34228697及rs6732874。該兩個SNP可為rs34228697及rs55862430。該兩個SNP可為rs34228697及rs12621598。該兩個SNP可為rs34228697及rs55919442。該兩個SNP可為rs34228697及rs74991608。該兩個SNP可為rs34228697及rs34826997。該兩個SNP可為rs34228697及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs4676401及rs2975786。該兩個SNP可為rs4676401及rs4676346。該兩個SNP可為rs4676401及rs6437356。該兩個SNP可為rs4676401及rs6745185。該兩個SNP可為rs4676401及rs4676407。該兩個SNP可為rs4676401及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676401及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676401及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676401及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676401及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676401及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676401及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676401及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676401及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676401及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676401及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676401及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676401及rs6437364。該兩個SNP可為rs2975786及rs4676346。該兩個SNP可為rs2975786及rs6437356。該兩個SNP可為rs2975786及rs6745185。該兩個SNP可為rs2975786及rs4676407。該兩個SNP可為rs2975786及rs2953156。該兩個SNP可為rs2975786及rs4335944。該兩個SNP可為rs2975786及rs73999973。該兩個SNP可為rs2975786及rs4676410。該兩個SNP可為rs2975786及rs4676405。該兩個SNP可為rs2975786及rs2953154。該兩個SNP可為rs2975786及rs6732874。該兩個SNP可為rs2975786及rs55862430。該兩個SNP可為rs2975786及rs12621598。該兩個SNP可為rs2975786及rs55919442。該兩個SNP可為rs2975786及rs74991608。該兩個SNP可為rs2975786及rs34826997。該兩個SNP可為rs2975786及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs4676346及rs6437356。該兩個SNP可為rs4676346及rs6745185。該兩個SNP可為rs4676346及rs4676407。該兩個SNP可為rs4676346及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676346及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676346及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676346及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676346及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676346及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676346及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676346及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676346及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676346及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676346及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676346及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676346及rs6437364。該兩個SNP可為rs6437356及rs6745185。該兩個SNP可為rs6437356及rs4676407。該兩個SNP可為rs6437356及rs2953156。該兩個SNP可為rs6437356及rs4335944。該兩個SNP可為rs6437356及rs73999973。該兩個SNP可為rs6437356及rs4676410。該兩個SNP可為rs6437356及rs4676405。該兩個SNP可為rs6437356及rs2953154。該兩個SNP可為rs6437356及rs6732874。該兩個SNP可為rs6437356及rs55862430。該兩個SNP可為rs6437356及rs12621598。該兩個SNP可為rs6437356及rs55919442。該兩個SNP可為rs6437356及rs74991608。該兩個SNP可為rs6437356及rs34826997。該兩個SNP可為rs6437356及rs6437364。該兩個SNP可為rs6745185及rs4676407。該兩個SNP可為rs6745185及rs2953156。該兩個SNP可為rs6745185及rs4335944。該兩個SNP可為rs6745185及rs73999973。該兩個SNP可為rs6745185及rs4676410。該兩個SNP可為rs6745185及rs4676405。該兩個SNP可為rs6745185及rs2953154。該兩個SNP可為rs6745185及rs6732874。該兩個SNP可為rs6745185及rs55862430。該兩個SNP可為rs6745185及rs12621598。該兩個SNP可為rs6745185及rs55919442。該兩個SNP可為rs6745185及rs74991608。該兩個SNP可為rs6745185及rs34826997。該兩個SNP可為rs6745185及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs4676407及rs2953156。該兩個SNP可為rs4676407及rs4335944。該兩個SNP可為rs4676407及rs73999973。該兩個SNP可為rs4676407及rs4676410。該兩個SNP可為rs4676407及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676407及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676407及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676407及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676407及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676407及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676407及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676407及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676407及rs6437364。該兩個SNP可為rs2953156及rs4335944。該兩個SNP可為rs2953156及rs73999973。該兩個SNP可為rs2953156及rs4676410。該兩個SNP可為rs2953156及rs4676405。該兩個SNP可為rs2953156及rs2953154。該兩個SNP可為rs2953156及rs6732874。該兩個SNP可為rs2953156及rs55862430。該兩個SNP可為rs2953156及rs12621598。該兩個SNP可為rs2953156及rs55919442。該兩個SNP可為rs2953156及rs74991608。該兩個SNP可為rs2953156及rs34826997。該兩個SNP可為rs2953156及rs6437364。該兩個SNP可為rs4335944及rs73999973。該兩個SNP可為rs4335944及rs4676410。該兩個SNP可為rs4335944及rs4676405。該兩個SNP可為rs4335944及rs2953154。該兩個SNP可為rs4335944及rs6732874。該兩個SNP可為rs4335944及rs55862430。該兩個SNP可為rs4335944及rs12621598。該兩個SNP可為rs4335944及rs55919442。該兩個SNP可為rs4335944及rs74991608。該兩個SNP可為rs4335944及rs34826997。該兩個SNP可為rs4335944及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中的至少兩個SNP。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs73999973及rs4676410。該兩個SNP可為rs73999973及rs4676405。該兩個SNP可為rs73999973及rs2953154。該兩個SNP可為rs73999973及rs6732874。該兩個SNP可為rs73999973及rs55862430。該兩個SNP可為rs73999973及rs12621598。該兩個SNP可為rs73999973及rs55919442。該兩個SNP可為rs73999973及rs74991608。該兩個SNP可為rs73999973及rs34826997。該兩個SNP可為rs73999973及rs6437364。該兩個SNP可為rs4676410及rs4676405。該兩個SNP可為rs4676410及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676410及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676410及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676410及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676410及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676410及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676410及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676410及rs6437364。該兩個SNP可為rs4676405及rs2953154。該兩個SNP可為rs4676405及rs6732874。該兩個SNP可為rs4676405及rs55862430。該兩個SNP可為rs4676405及rs12621598。該兩個SNP可為rs4676405及rs55919442。該兩個SNP可為rs4676405及rs74991608。該兩個SNP可為rs4676405及rs34826997。該兩個SNP可為rs4676405及rs6437364。
在一些情況下,方法包含偵測編碼GPR35之基因中之至少兩個單核苷酸多形現象(SNP)。在一些情況下,方法包含將本文所揭示之治療劑投與編碼GPR35之基因中具有至少兩個SNP之個體。該兩個SNP可為rs2953154及rs6732874。該兩個SNP可為rs2953154及rs55862430。該兩個SNP可為rs2953154及rs12621598。該兩個SNP可為rs2953154及rs55919442。該兩個SNP可為rs2953154及rs74991608。該兩個SNP可為rs2953154及rs34826997。該兩個SNP可為rs2953154及rs6437364。該兩個SNP可為rs6732874及rs55862430。該兩個SNP可為rs6732874及rs12621598。該兩個SNP可為rs6732874及rs55919442。該兩個SNP可為rs6732874及rs74991608。該兩個SNP可為rs6732874及rs34826997。該兩個SNP可為rs6732874及rs6437364。該兩個SNP可為rs55862430及rs12621598。該兩個SNP可為rs55862430及rs55919442。該兩個SNP可為rs55862430及rs74991608。該兩個SNP可為rs55862430及rs34826997。該兩個SNP可為rs55862430及rs6437364。該兩個SNP可為rs12621598及rs55919442。該兩個SNP可為rs12621598及rs74991608。該兩個SNP可為rs12621598及rs34826997。該兩個SNP可為rs12621598及rs6437364。該兩個SNP可為rs55919442及rs74991608。該兩個SNP可為rs55919442及rs34826997。該兩個SNP可為rs55919442及rs6437364。該兩個SNP可為rs74991608及rs34826997。該兩個SNP可為rs74991608及rs6437364。該兩個SNP可為rs34826997及rs6437364。
蛋白質
/
多肽偵測
在一些實施例中,偵測獲自個體之樣品中之靶蛋白(例如生物標記物)之存在、不存在或含量的方法包括偵測蛋白質活性或表現。靶蛋白可以藉由使用基於抗體之分析來偵測,其中使用對靶蛋白具特異性的抗體。在一些實施例中,基於抗體之偵測方法係利用結合至靶蛋白之任何區域的抗體。例示性分析方法包含執行酶聯免疫吸附分析(ELISA)。ELISA分析可為夾心ELISA或直接ELISA。另一種例示性分析方法包含單分子陣列,例如Simoa。其他例示性偵測方法包括免疫組織化學及側流分析。用於偵測靶蛋白之其他例示性方法包括(但不限於)凝膠電泳、毛細電泳法、高效液相層析法(HPLC)、薄層層析法(TLC)、超擴散層析法及其類似方法,或各種免疫方法,諸如流體或凝膠沈澱反應、免疫擴散法(單或雙)、免疫電泳法、放射免疫分析(RIA)、免疫螢光分析及西方墨點法。在一些實施例中,抗體或抗體片段在諸如西方墨點或免疫螢光技術之方法中用於偵測所表現之蛋白質。抗體或蛋白質可以固著於固體載體上供西方墨點及免疫螢光技術用。適合的固相支撐物或載體包括能夠結合抗原或抗體之任何支撐物。例示性載體或運載體包括玻璃、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙烯、聚葡萄糖、耐綸(nylon)、澱粉酶、天然及經修飾之纖維素、聚丙烯醯胺、輝長岩(gabbros)及磁鐵礦。
在一些情況下,可藉由偵測靶蛋白與靶蛋白之結合搭配物之間的結合來偵測靶蛋白。在一些情況下,靶蛋白包含GPR35,或涉及GPR35的另一種蛋白質。蛋白質-蛋白質結合之例示性分析方法包含活體內或活體外或離體執行分析。在一些情況下,分析方法包含諸如以下之分析,共免疫沈澱(co-IP)、下拉、交聯蛋白相互作用分析、經標記之轉移蛋白相互作用分析或Far西方墨點分析、基於FRET之分析,包括例如FRET-FLIM、酵母雙雜交分析、BiFC或分離螢光素酶分析。
在一些實施例中,本文揭示偵測獲自個體之樣品中之一或多種血清學標記物之存在或含量的方法。在一些實施例中,血清學標記物可為核酸。核酸可以包含DNA。核酸可包含RNA。該核酸可為游離核酸。標記物可為蛋白質。該蛋白質在本文中亦可稱作「肽」。該蛋白質可為人類蛋白質。該蛋白質可為人類蛋白質。蛋白質可為抗體或抗體片段。在一些實施例中,抗體包含免疫球蛋白A (IgA)、免疫球蛋白G (IgG)、免疫球蛋白E (IgE)或免疫球蛋白M (IgM)、免疫球蛋白D (IgD),或其組合。抗體或抗體片段可以結合抗原,其中該抗原為細菌顆粒。抗體或抗體片段可以結合抗原,其中該抗原為酵母顆粒。抗體或抗體片段可以結合抗原,其中該抗原為病毒顆粒。術語「顆粒」可以指核酸、肽或其他細胞組分。抗體或抗體片段可以結合個體細胞上之抗原。作為非限制性實例,該蛋白質可為抗釀酒酵母抗體(ASCA)、抗嗜中性球細胞質抗體(ANCA)或大腸桿菌外膜孔蛋白蛋白C (OmpC)。用於偵測本文所揭示之靶蛋白或生物標記物的任何適合方法可以用於偵測血清學標記物之存在、不存在或含量。
在一些實施例中,本文揭示利用酶聯免疫吸附分析(ELISA)、單分子陣列(Simoa)、免疫組織化學、內轉錄間隔子(ITS)測序或其任何組合來偵測一或多種血清學標記物之存在或含量。在一些實施例中,ELISA為固定式白血球ELISA。在一些實施例中,ELISA為固定式嗜中性球ELISA。固定式白血球或嗜中性球ELISA可以適用於偵測某些血清學標記物,諸如以下文獻中所述之彼等物:Saxon等人, A distinct subset of antineutrophil cytoplasmic antibodies is associated with inflammatory bowel disease,J . Allergy Clin . Immuno .
86:2; 202-210 (1990年8月)。在一些實施例中,使用ELISA單元(EU)量測血清學標記物之存在或含量的陽性(例如血清陽性),其反映標準或參考值之百分比。在一些實施例中,標準物包含獲自充分表徵之患者群(例如診斷個體患有相同疾病或病症,或懷疑患有相同疾病或病症)的合併血清,該患者群經報導對所關注血清學標記物呈血清反應陽性。在一些實施例中,對照或參考值包含10、20、30、40、50、60、70、80、90或100 EU。在一些情況下,使用例如以下文獻中所報導之方法計算四分位數總和分數:Landers C J, Cohavy O, Misra R.等人, Selected loss of tolerance evidenced by Crohn's disease‐associated immune responses to auto‐ and microbial antigens. Gastroenterology (2002)123:689-699。
在一些情況下,方法包含量化個體生物樣品中之蛋白質。蛋白質量化方法之非限制性實例包括使用可偵測標記物(例如染料、螢光、發光)的免疫組織化學及免疫細胞化學。用於蛋白質量化之黃金標準為酶聯免疫吸附分析(ELISA)。在一些情況下,ELISA為固定式。在一些情況下,固定式ELISA包含固定式顆粒球。在一些情況下,方法包含量化該蛋白質以獲得蛋白質數量及將該蛋白質數量與參考蛋白質數量進行比較。在一些情況下,參考蛋白質數量為來自參考個體之相應生物樣品中的蛋白質數量。參考個體可以患有IBD。參考個體可以患有與該個體相同的IBD。參考個體可以患有與懷疑該個體所患之IBD相同的IBD。參考個體可不患有IBD。參考個體可不患有與該個體相同之IBD。參考個體可不患有與懷疑該個體所患之IBD相同的IBD。參考個體可為健康個體(經診斷未患任何疾病或病症)。參考個體可經診斷患有任何發炎病症。
在一些情況下,方法包含量化標記物(例如生物標記物、血清學標記物)數量及參考標記物數量及偵測標記物數量與參考數量之間的差異。在一些情況下,方法包含偵測標記物數量及偵測多種參考標記物數量及偵測該標記物數量屬於參考標記物數量範圍內。在一些情況下,方法包含偵測標記物數量及偵測多種參考標記物數量及偵測該標記物數量超出參考標記物數量範圍外。方法可以包含偵測標記物數量與一或多種參考數量之間的統計顯著差異。可藉由多種方法確定統計顯著性。套組及組合物
組合物
在一些實施例中,本文揭示適用於根據本文所述之方法偵測自個體獲得之樣品中之基因型或生物標記物的組合物。本文所揭示之態樣提供包含聚核苷酸序列或其反向互補序列之組合物,該聚核苷酸序列包含SEQ ID NO: 32-124中之任一者之至少10個、但小於50個鄰接核苷酸,其中該鄰接聚核苷酸序列包含可偵測分子。在一些實施例中,鄰接核苷酸適合於偵測包含以下之基因型:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T、rs6437364A及/或選自SEQ ID NO: 32-124之序列。在各種實施例中,可偵測分子包含螢光團。在其他實施例中,聚核苷酸序列進一步包含抑止劑。
本文亦揭示包含特異性結合至GPR35之抗體或抗原結合片段或其一部分的組合物,其中該抗體或抗原結合片段包含可偵測分子。在各種實施例中,該抗體包含單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體或雙特異性抗體。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段包含IgG抗體、IgM抗體及/或IgE抗體。在一些實施例中,可偵測分子包含螢光團。在一些實施例中,抗體或抗原結合片段與順磁性顆粒(例如珠粒)結合。
在一些實施例中,本文揭示適用於偵測本文所揭示之基因型及/或生物標記物的套組。在一些實施例中,本文所揭示之套組可以用於診斷及/或治療個體之疾病或病症;或選擇患者進行治療及/或監測本文所揭示之療法。在一些實施例中,該套組包含可以用於執行本文所述方法的本文所述組合物。套組包含材料或組分之組合,包括該等組合物中之至少一者。因此,在一些實施例中,該套組含有用於治療IBD之組合物,包括醫藥組合物。在其他實施例中,套組含有需要及/或足以執行偵測及量測IBD標記物之分析的所有組分,包括所有對照物、執行分析之說明書,及用於分析及呈現結果之任何所需軟體。
在一些情況下,本文所述之套組包含用於偵測本文所述之靶核酸及/或蛋白質之存在、不存在及/或數量的組分。在一些實施例中,套組進一步包含用於偵測本文所述之血清學標記物之存在、不存在及/或數量的組分。在一些實施例中,套組包含本文所述之組合物(例如引子、探針、抗體)。本發明提供適於分析(諸如酶聯免疫吸附分析(ELISA)、單分子陣列(Simoa)、PCR及qPCR)的套組。該套組中經組態之組分之確切性質視其預定目的而定。舉例而言,一些實施例經組態用於治療個體之本文所揭示之疾病或病症(例如IBD、CD、UC)的目的。在一個實施例中,該套組經組態尤其用於治療哺乳動物個體之目的。在一些實施例中,套組經組態尤其用於治療人類個體之目的。在其他實施例中,該套組經組態用於獸醫學應用,治療諸如但不限於農畜、家畜及實驗室動物的個體。在一些實施例中,套組經組態以選擇個體投與治療劑,諸如本文所揭示之彼等物。在一些實施例中,該套組經組態以選擇個體用GPR35活性或表現活化劑治療。
套組
在一些態樣中,本文揭示包含寡核苷酸集合的套組,該寡核苷酸集合用於偵測選自以下之單核苷酸多形現象之組合:rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648及rs78571781。在一些實施例中,SNP位於選自SEQ ID NO: 1-124之序列內。
在一些實施例中,本文揭示包含寡核苷酸集合的套組,該寡核苷酸集合用於偵測包含以下之基因型:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T、rs6437364A、選自SEQ ID NO: 1-124之序列,或其任何組合。在一些實施例中,基因型為異型接合或同型接合。套組可根據本文所揭示之方法使用。
在一些情況下,本文所揭示之套組包含微陣列晶片,其中該微陣列包含微陣列晶片上之寡核苷酸探針。探針之非限制性實例係以SEQ ID NO: 32-124提供。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針至少90%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針至少95%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針至少97%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針至少98%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針之補體至少90%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針之補體至少95%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針之補體至少97%一致。在一些情況下,探針與SEQ ID NO: 32-124中所提供之探針之補體至少98%一致。
在一些情況下,本文所揭示之套組包含能夠擴增GPR35基因座之一部分的寡核苷酸引子。在一些情況下,本文所揭示之套組包含能夠擴增GPR35基因座之一部分的寡核苷酸引子對。在一些情況下,本文所揭示之套組進一步包含適用於經由寡核苷酸引子執行Q-PCR之探針。寡核苷酸引子可與GPR35基因座之外顯子之一部分互補。寡核苷酸引子可與GPR35基因座之內含子之一部分互補。
在一些情況下,本文所揭示之套組包含用於蛋白質之探針。在一些情況下,探針為抗體或抗原結合抗體片段。在一些情況下,探針為抗原。在一些情況下,探針為包含抗原之抗原決定基之肽。在一些情況下,探針包含可結合蛋白質之小分子或肽。在一些情況下,探針用可偵測信號標記。在一些情況下,探針包含可偵測信號。在一些情況下,蛋白質為酶且探針為受質。方法可以包含在已藉由酶處理受質之後,偵測受質之組分。蛋白質可為血清學標記物。在一些情況下,血清學標記物為抗釀酒酵母抗體(ASCA)。在一些情況下,血清學標記物為抗嗜中性球細胞質抗體(ANCA)。在一些情況下,血清學標記物為大腸桿菌外膜孔蛋白蛋白C (OmpC)。套組可以包含酶聯免疫吸附分析(ELISA)或免疫組織化學試劑。對於ANCA而言,ELISA可以包含固定嗜中性球,如Saxon等人, J Allergy Clin Immunol 1990 86:202-210中所述,該文獻以引用之方式併入本文中。
套組與方法包含寡核苷酸或其用途。在一些情況下,寡核苷酸為探針。在一些情況下,探針包含SEQ ID NO: 32-124之序列或其補體。在一些情況下,探針包含與SEQ ID NO: 32-124之序列至少約85%一致的序列或其補體。在一些情況下,探針包含與SEQ ID NO: 32-124之序列至少約90%一致的序列或其補體。在一些情況下,探針包含與SEQ ID NO: 32-124之序列至少約95%一致的序列或其補體。在一些情況下,探針包含與SEQ ID NO: 32-124中所提供之序列中之至少約10個核苷酸、至少約15個核苷酸、至少約20個核苷酸、至少約25個核苷酸、至少約30個核苷酸、至少約35個核苷酸、至少約40個核苷酸或至少約45個核苷酸一致的序列或其補體。
在一些情況下,寡核苷酸為引子。在一些情況下,引子能夠擴增多形現象周圍之區域。在一些情況下,寡核苷酸能夠結合至多形現象周圍之核酸區域。在一些情況下,圍繞多形現象之區域為SEQ ID NO: 32-124中所提供的序列或其補體。在一些情況下,圍繞多形現象之區域與SEQ ID NO: 32-124中所提供之序列或其補體至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%或至少約98%一致。在一些情況下,圍繞多形現象之區域包含SEQ ID NO: 32-124中所提供之序列或其補體中的至少約20、至少約30、至少約40、至少約50、至少約60、至少約70、至少約80、至少約90或至少約100個鄰接核苷酸。
套組中可包括使用說明書。視情況,套組亦含有其他適用組分,諸如稀釋劑、緩衝劑、醫藥學上可接受之載劑、注射器、導管、施藥器、吸移或量測工具、繃帶材料或其他適用用品。可向從業者提供套組中組裝之材料或組分,其以保持其可操作性及效用的任何適宜及適合之方式儲存。舉例而言,組分可呈溶解、脫水或凍乾形式;其可在室溫、冷藏或冷凍溫度下提供。組分典型地容納於適合之封裝材料中。如本文所使用,片語「封裝材料」係指用於容納套組之內含物(諸如組合物及其類似物)之一或多種物理結構。封裝材料係藉由熟知方法構築,較佳提供無菌、無污染物環境的熟知方法來構築。套組中採用之封裝材料為基因表現分析及療法投與中常用的彼等材料。如本文所用,術語「封裝」係指能夠容納個別套組組分之適合固體基質或材料,諸如玻璃、塑膠、紙、箔及其類似物。因此,舉例而言,套裝可以是用於容納適量之醫藥組合物的玻璃瓶或預填充注射器。封裝材料具有外部標記,其指示套組及/或其組分之內容物及/或目的。系統
在一些實施例中,本文揭示用於偵測本文所揭示之基因型(例如一或多個SNP)的系統。在一些實施例中,本文亦揭示用於偵測個體對本文所揭示之治療劑之反應的系統。反應可為個體細胞中之基因表現之變化。相應地,在一些情況下,系統可經組態以分析獲自個體之生物樣品中之基因表現。反應可為蛋白質數量或蛋白質活性之變化。系統可經組態以量化RNA。系統可經組態以量化蛋白質。系統可經組態以評估蛋白質活性。該蛋白質可為GPR35。該蛋白質可為與GPR35相互作用的蛋白質。該蛋白質可為在GPR35下游發揮功能的蛋白質。該蛋白質可為在GPR35上游發揮功能的蛋白質。系統經組態以執行本發明中所述之方法,包括(但不限於)分析基因或來自個體基因之基因表現產物,以確定該個體對本文所揭示之治療劑是否無反應或不易反應。
在一些實施例中,本文揭示一種用於偵測來自個體之生物樣品中之本文揭示之SNP的系統,其包含:(a)電腦處理裝置,其視情況連接至電腦網路;及(b)軟體模組,其由電腦處理裝置執行以分析個體生物樣品中之GPR35
基因或基因表現產物。在一些實施例中,本文揭示一種用於偵測個體對本文所揭示之治療劑之反應的系統,其包含:(a)電腦處理裝置,其視情況連接至電腦網路;及(b)軟體模組,其由電腦處理裝置執行以分析個體生物樣品中之GPR35
的基因或基因表現產物。在一些實施例中,本文揭示一種用於偵測個體對本文所揭示之治療劑之反應的系統,其包含:(a)電腦處理裝置,其視情況連接至電腦網路;及(b)軟體模組,其由電腦處理裝置執行以分析個體生物樣品中的GPR35活性。在一些實施例中,本文揭示一種用於偵測個體對本文所揭示之治療劑之反應的系統,其包含:(a)電腦處理裝置,其視情況連接至電腦網路;及(b)軟體模組,其由電腦處理裝置執行以分析個體生物樣品中之GPR35與其他蛋白質的相互作用。在一些實施例中,本文揭示一種用於偵測個體對本文所揭示之治療劑之反應的系統,其包含:(a)視情況連接至電腦網路之電腦處理裝置;及(b)軟體模組,其由電腦處理裝置執行以分析個體生物樣品中在GPR35下游發揮功能的蛋白質。在GPR35下游發揮功能之蛋白質可包括胞內信號傳導路徑之組分。作為非限制性實例,G蛋白偶聯受體通常觸發涉及ρGTP酶、磷脂酶、ERK蛋白質、蛋白激酶及AKT的胞內信號傳導路徑。此類信號傳導亦可在細胞內產生一定量的cAMP、ATP、鈣等。
在一些情況下,系統包含中央處理單元(CPU)、記憶體(例如隨機存取記憶體、快閃記憶體)、電子儲存單元、電腦程式、與一或多種其他系統通信的通信介面,及其任何組合。在一些情況下,系統耦接至電腦網路,例如網際網路、與網際網路通信之企業內部網路及/或商際網路、電信或資料網路。在一些實施例中,系統包含儲存單元以儲存關於本發明中所述之方法之任何態樣的資料及資訊。系統之各種態樣為產品或物件或製品。
電腦程式之一特點包括指令序列,其可在數位處理裝置之CPU中執行,為了執行指定任務而寫入。在一些實施例中,電腦可讀指令以執行特定任務或執行特定抽象資料類型之程式模組形式執行,諸如功能、特點、應用程式設計介面(API)、資料結構及其類似物。根據本文中提供之揭示內容,熟習此項技術者將認識到,可以各種語言之各種版本編寫電腦程式。
電腦可讀指令之功能係根據各種環境中之需要而組合或分佈。在一些情況下,電腦程式包含一個指令序列或複數個指令序列。電腦程式可自一個位置提供。電腦程式可自複數個位置提供。在一些實施例中,電腦程式包括一或多個軟體模組。在一些實施例中,電腦程式部分或全部包括一或多種網路應用程式、一或多種行動應用程式、一或多種獨立應用程式、一或多種網頁瀏覽器外掛程式、擴展程式、加載項或載入項,或其組合。
網頁應用程式
在一些實施例中,電腦程式包括網頁應用程式。根據本文中所提供之揭示內容,熟習此項技術者將認識到,網頁應用程式可利用一或多種軟體構架及一或多種資料庫系統。舉例而言,網頁應用程式建立於軟體構架上,諸如Microsoft®.NET或Ruby on Rails (RoR)。在一些情況下,網頁應用程式利用一或多種資料庫系統,作為非限制性實例,包括關係、無關係、特徵定向、相關式及XML資料庫系統。作為非限制性實例,適合的關係資料庫系統包括Microsoft® SQL伺服器、mySQL™及Oracle®。熟習此項技術者亦將認識到,可以一或多種語言之一或多種版本編寫網頁應用程式。在一些實施例中,網頁應用程式係以一或多種標示語言、表示定義語言、用戶端腳本處理語言、伺服器端編碼語言、資料庫查詢語言或其組合來編寫。在一些實施例中,網頁應用程式在一定程度上以標示語言來編寫,諸如超文字標示語言(Hypertext Markup Language,HTML)、可擴展超文本標示語言(Extensible Hypertext Markup Language,XHTML)或可擴展標示語言(eXtensible Markup Language,XML)。在一些實施例中,網頁應用程式在一定程度上以表示定義語言來編寫,諸如階層式樣式表(Cascading Style Sheet,CSS)。在一些實施例中,網頁應用程式在一定程度上以用戶端腳本處理語言編寫,諸如Asynchronous Javascript及XML (AJAX)、Flash® Actionscript、Javascript或Silverlight®。在一些實施例中,網頁應用程式在一定程度上以伺服器端編碼語言來編寫,諸如動態伺服器網頁(Active Server Page,ASP)、ColdFusion®、Perl、Java™、JavaServer網頁(JSP)、Hypertext Preprocessor(PHP)、Python™、Ruby、Tcl、Smalltalk、WebDNA®或Groovy。在一些實施例中,網頁應用程式在一定程度上以資料庫查詢語言編寫,諸如結構化查詢語言(Structured Query Language,SQL)。網頁應用程式可整合企業伺服器產品,諸如IBM® Lotus Domino®。網頁應用程式可包括媒體播放器元件。媒體播放器元件可以利用許多適合多媒體技術中之一或多者,作為非限制性實例,包括Adobe® Flash®、HTML 5、Apple® QuickTime®、Microsoft® Silverlight®、Java™及Unity®。
行動應用程式
在一些情況下,電腦程式包括向行動數位處理裝置提供之行動應用程式。行動應用程式可在行動數位處理裝置製造時提供給行動數位處理裝置。行動應用程式可經由本文所述之電腦網路提供給行動數位處理裝置。
行動應用程式係使用此項技術中已知的硬體、語言及開發環境,藉由熟習此項技術者已知的技術建立。熟習此項技術者將認識到,可以若干種語言編寫行動應用程式。作為非限制性實例,適合的程式化語言包括C、C++、C#、Featureive-C、Java™、Javascript、Pascal、Feature Pascal、Python™、Ruby、VB.NET、WML,及具有或不具有CSS之XHTML/HTML,或其組合。
適合的行動應用程式開發環境可自若干來源獲得。作為非限制性實例,市售開發環境包括AirplaySDK、alcheMo、Appcelerator®、Celsius、Bedrock、Flash Lite、.NET Compact Framework、Rhomobile及WorkLight Mobile Platform。作為非限制性實例,其他可免費獲得之開發環境包括Lazarus、MobiFlex、MoSync及Phonegap。又,作為非限制性實例,行動裝置製造商分佈式軟體開發套件包括iPhone及iPad (iOS) SDK、Android™ SDK、BlackBerry® SDK、BREW SDK、Palm® OS SDK、Symbian SDK、webOS SDK及Windows® Mobile SDK。
熟習此項技術者將認識到,若干商業論壇可用於行動應用程式之分佈,作為非限制性實例,包括Apple®
App Store、Android™ Market、BlackBerry® App World、掌上型裝置之App Store、webOS之App Catalog、Mobile之Windows® Marketplace、Nokia®裝置之Ovi Store、Samsung® Apps及Nintendo® DSi Shop。
獨立應用程式
在一些實施例中,電腦程式包括獨立應用程式,其為可作為獨立電腦過程運作之程式,並非現有過程之載入項,例如並非外掛程式。熟習此項技術者將認識到,獨立應用程式有時經編譯。在一些實例中,編譯程式為將以程式設計語言編寫之原始碼轉換成二進制特徵碼(諸如組合語言或機器碼)之電腦程式。作為非限制性實例,適合的編譯程式化語言包括C、C++、Featureive-C、COBOL、Delphi、Eiffel、Java™、Lisp、Python™、Visual Basic及VB.NET或其組合。通常可至少部分地進行編譯以建立可執行程式。在一些情況下,電腦程式包括一或多種可執行編譯應用程式。
網頁瀏覽器外掛程式
在一些態樣中,電腦程式包括網頁瀏覽器外掛程式。運算時,在一些情況下,外掛程式為一或多種向較大軟體應用程式添加特定功能之軟體組件。軟件應用程式製造商可支持外掛程式使第三方開發者能夠建立擴展應用程式之能力、支持容易添加新特點及減小應用程式大小。受到支持時,外掛程式能夠定製軟體應用程式之功能。舉例而言,外掛程式通常用於網頁瀏覽器以播放視訊、產生互動性、掃描病毒及顯示特定檔案類型。熟習此項技術者熟悉若干網頁瀏覽器外掛程式,包括Adobe® Flash®播放器、Microsoft® Silverlight®及Apple® QuickTime®。工具列可包含一或多種網頁瀏覽器擴展程式、加載項或載入項。工具列可包含一或多個瀏覽器工具列、工具欄或桌面工具欄。
鑒於本文所提供之揭示內容,熟習此項技術者將認識到,可獲得若干外掛程式構架,其能夠以各種程式化語言開發外掛程式,作為非限制性實例,包括C++、Delphi、Java™、PHP、Python™及VB.NET或其組合。
在一些實施例中,網頁瀏覽器(亦稱為網際網路瀏覽器)為軟體應用程式,其經設計以便與網路連接數位處理裝置一起使用,用於檢索、呈現及遍歷全球資訊網上之資訊資源。作為非限制性實例,適合之網頁瀏覽器包括Microsoft®網際網路Explorer®、Mozilla® Firefox®、Google® Chrome、Apple® Safari®、Opera Software® Opera®及KDE Konqueror。在一些情況下,網頁瀏覽器為行動網頁瀏覽器。行動網頁覽器(亦稱為微瀏覽器、小型瀏覽器及無線瀏覽器)可經設計以用於行動數位處理裝置,作為非限制性實例,包括手持型電腦、平板電腦、迷你筆記型電腦、小型筆記本電腦、智慧型電話、音樂播放器、個人數位助理(PDA)及手持型視訊遊戲系統。作為非限制性實例,適合的行動網頁瀏覽器包括Google® Android®瀏覽器、RIM BlackBerry®瀏覽器、Apple® Safari®、Palm® Blazer、Palm® WebOS®瀏覽器、行動用的Mozilla® Firefox®Microsoft®網際網路Explorer® Mobile、Amazon® Kindle® Basic Web、Nokia®瀏覽器、Opera Software® Opera® Mobile及Sony® PSP™瀏覽器。
軟體模組
本文所揭示之媒體、方法及系統包含一或多種軟體、伺服器及資料庫模組,或其用途。鑒於本文所提供之揭示內容,可使用此項技術中已知的機器、軟體及語言,藉由熟習此項技術者已知的技術建立軟體模組。本文所揭示之軟體模組可以多種方式實施。在一些實施例中,軟體模組包含檔案、程式碼段、程式化特點、程式化結構或其組合。軟體模組可包含複數個檔案、複數個程式碼段、複數個程式化特點、複數個程式化結構或其組合。作為非限制性實例,該一或多種軟體模組包含網頁應用程式、行動應用程式及/或獨立應用程式。軟體模組可存在於一個電腦程式或應用程式中。軟體模組可存在於超過一個電腦程式或應用程式中。軟體模組可以一個機器為主機。軟體模組可以超過一個機器為主機。軟體模組可以雲計算平台為主機。軟體模組可以一個位置處的一或多個機器為主機。軟體模組可以超過一個位置處的一或多個機器為主機。
資料庫
本文中所揭示之媒體、方法及系統包含一或多種資料庫,或其用途。鑒於本文所提供之揭示內容,熟習此項技術者將認識到,許多資料庫適於儲存及檢索特許權擁有人之地質概況、操作者活動、所關注之部門,及/或聯繫人資訊。作為非限制性實例,適合的資料庫包括關係資料庫、無關係型資料庫、特徵定向資料庫、特點資料庫、實體關係模型資料庫、相關資料庫及XML資料庫。在一些實施例中,資料庫係基於網際網路。在一些實施例中,資料庫係基於網頁。在一些實施例中,資料庫係基於雲計算。資料庫可基於一或多個局域電腦儲存裝置。
資料傳輸
在某些態樣中,本文所述之標的,包括用於獲得及分析來自患有色素沉著皮膚病灶之個體之分子標記之方法、用於獲得色素沉著皮膚病灶之方法、相應資料傳輸,經組態以在一或多個位置處之一或多個機構中進行。機構位置不限於國家且包括任何國家或地域。在一些情況下,一或多個用於自樣品獲得分子標記之步驟係在與該方法之另一步驟不同的國家進行。在一些實例中,一或多個用於獲得樣品之步驟係在與用於自樣品獲得分子標記之一或多個步驟不同的國家進行。在一些實施例中,一或多個涉及電腦系統之方法步驟係在與本文所提供之方法中之另一步驟不同的國家進行。在一些實施例中,資料處理及分析係在與本文所述方法中之一或多個步驟不同的國家或位置進行。在一些實施例中,將一或多種物件、產物或資料自一或多個機構轉移至一或多個不同機構進行分析或進一步分析。物件包括(但不限於)一或多種獲自基因分型分析的組分、經處理的細胞材料、資料,及本文中作為物件或產品揭示的任何物件或產品。經處理之細胞材料包括(但不限於)自RNA逆轉錄之cDNA、經擴增之RNA、經擴增之cDNA、經測序之DNA、經分離及/或純化之RNA、經分離及/或純化之DNA以及經分離及/或純化之多肽。資料包括(但不限於)關於一或多種靶基因之基因表現譜之資訊、關於基因序列譜標記之資訊、關於蛋白質序列譜之資訊、關於色素沉著皮膚病灶(例如非黑色素瘤、原位黑色素瘤、侵襲性黑素瘤、1期黑色素瘤、2期黑色素瘤、3期黑色素瘤、4期黑色素瘤)之特徵之資訊,及由本文所揭示之方法產生之任何資料。在本文所述之方法及系統之一些實施例中,進行分析且隨後資料傳輸步驟將輸送或傳輸分析結果。關於色素沉著皮膚病灶之資訊包括(但不限於)黑色素瘤之鑑別、患有黑色素瘤之個體之治療成功可能性、黑色素瘤進展之鑑別、原位黑色素瘤之鑑別、侵襲性黑色素瘤之鑑別,及黑素瘤階段(例如0、1、2、3、4)之鑑別。
在一些實施例中,藉由電腦上之軟體程式或模組執行本文所述之任何方法之任何步驟。在額外或其他實施例中,將來自本文所述之任何方法之任何步驟之資料轉移至位於相同或不同國家內之機構及自該等機構轉移,包括在一個特定位置之一個機構中進行分析,及將資料運送至相同或不同國家內之另一位置或直接運送至個體。在額外或其他實施例中,將來自本文所述之任何方法之任何步驟之資料(包括原位黑色素瘤及/或侵襲性黑色素瘤之特徵、關於細胞材料(諸如DNA、RNA及蛋白質)之資訊以及來自細胞材料之經轉換之資料(例如分子標記))轉移至位於相同或不同國家內之機構及/或自該機構接收,包括在一個特定位置之一個機構中分析資料輸入(諸如細胞材料),及將相應資料傳輸至相同或不同位置或國家中之另一位置,或直接傳輸至個體,諸如與診斷、預後、對治療之反應相關之資料或其類似物。
其他系統實施例
(1)一種用於評估來自個體之樣品的電腦系統,該系統包含:a)中心計算環境;b)可操作地連接至該中心計算環境的輸入裝置,其中該輸入裝置經組態以接收與樣品中之疾病狀態相關之基因型的存在或不存在;c)由該中心計算環境執行的訓練算法,其中該訓練算法經組態以利用該基因型之存在或不存在將該樣品分類為疾病或正常樣品;及d)可操作地連接至該中心計算環境的輸出裝置,其中該輸出裝置經組態以向使用者提供關於分類之資訊。(2)如實施例1之電腦系統,其中該疾病狀態包含發炎疾病或病症。(3)如實施例1或實施例2之電腦系統,其中該疾病狀態為發炎性腸病或其亞臨床表型。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(4)如任一前述實施例之電腦系統,其中該樣品包含全血、血漿、血清或組織。(5)如任一前述實施例之電腦系統,其中該基因型包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648、rs78571781,或包含與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象的基因型,及/或選自SEQ ID NO: 1-124之序列。(6)如任一先前實施例之電腦系統,其中該基因型包含選自以下之至少一個多形現象:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因。(7)如前述實施例5至9中任一例之電腦系統,其中連鎖不平衡(LD)係根據至少0.80、0.85、0.90、0.95或1.0之r2
值定義。(8)如任一前述實施例之電腦系統,其中該基因型與個體具有或將產生疾病狀態之風險相關,依據為至多約1.0×10- 6
、約1.0×10- 7
、約1.0×10- 8
、約1.0×10- 9
、約1.0×10- 10
、約1.0×10- 20
、約1.0×10- 30
、約1.0×10- 40
、約1.0×10- 50
、約1.0×10- 60
、約1.0×10- 70
、約1.0×10- 80
、約1.0×10- 90
或約1.0×10- 100
之P值。(9)如任一前述實施例之電腦系統,其中該輸出裝置提供概述關於該分類之該資訊的報導。(10)如任一前述實施例之電腦系統,其中該報導包含該疾病狀態之治療建議。(11)如實施例10之電腦系統,其中該治療包含投與GPR35活性或表現調節劑。(12)如實施例11之電腦系統,其中該GPR35活性或表現調節劑包含抗體或抗原結合片段、肽或小分子。(13)如實施例11之電腦系統,其中該GPR35調節劑包含式I-XXVI化合物。(14)如任一前述實施例之電腦系統,其中該基因型係用包含以下之分析測定:聚合酶鏈反應(PCR)、定量逆轉錄PCR (qPCR)、自動化測序、基因型陣列或其組合。
(15)包含一或多種結合劑之組合物用於產生將來自個體之樣品分類為疾病或非疾病狀態之報導的用途,其中一或多種結合劑特異性結合至SEQ ID NO: 1-124中之至少一者。(16)如實施例15之用途,其中產生該報導進一步包含:(a)提供來自該個體之樣品;(b)分析來自該個體之樣品以偵測一或多種基因之一或多個多形現象之存在;(c)基於步驟(b)之結果產生該報導;及(d)基於步驟(b)之結果確定該個體是否患有或可能患有該疾病。(17)如實施例15或16之用途,其中該疾病狀態包含發炎性腸病或其亞臨床表型。(18)如實施例15至17之用途,其中該疾病狀態包含發炎性腸病(IBD)、克羅恩氏病(CD)、潰瘍性結腸炎(UC)或其亞臨床表型。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(19)如實施例15至18中任一例之用途,其中該樣品包含全血、血漿、血清或組織。(20)如實施例16之用途,其中步驟(b)之分析來自該個體之樣品以偵測一或多個多形現象之存在包含:(i)使該樣品與一或多種特異性結合至一或多個多形現象之結合劑接觸;及(ii)確定該樣品是否特異性結合至該一或多種結合劑,其中該樣品對該一或多種結合劑的結合表示該個體存在多形現象。(21)如實施例16之用途,其中步驟(b)之分析來自該個體之樣品以偵測一或多個多形現象之存在包含對該樣品進行測序。(22)如實施例16之用途,其中步驟(b)之分析來自該個體之樣品以偵測一或多個多形現象之存在包含量化包含SEQ ID NO: 1-124中之至少一者之DNA的量。(23)如實施例22之用途,其中該量化包含PCR。(24)如實施例23之用途,其中PCR包含即時PCR。(25)如實施例22之用途,其中該量化包含雜交。
(26)一種組合物,其包含一或多種特異性結合至以下中之至少一者的結合劑:(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列;或(v)或(i)-(iv)之組合;其中該一或多種結合劑經選擇以對將樣品分類為疾病或非疾病之疾病狀態。(27)如實施例26之組合物,其中該一或多種結合劑包含寡核苷酸。(28)如實施例27之組合物,其中該等寡核苷酸包含RNA或DNA。(29)如實施例27之組合物,其中該一或多種結合劑包含適體、抗體、肽核酸或哌喃糖基RNA。
(30)一種用於偵測發炎性疾病或病症之套組,該套組包含:(a)至少一種特異性結合至以下中之至少一者的結合劑:(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列;或(v)或(i)-(iv)之組合;其中該至少一種結合劑經選擇以偵測疾病或非疾病狀態;及(b)用於偵測該至少一種結合劑對來自該個體之DNA樣品之結合的試劑。(31)如實施例30之套組,其中該至少一種結合劑包含至少一種寡核苷酸。(32)如實施例30之套組,其中該至少一種結合劑包含至少一個適體、抗體、肽核酸或哌喃糖基RNA。(33)如實施例30至32之套組,其中該至少一種結合劑經可偵測標記加以標記。(34)如實施例30至33之套組,其中該至少一種結合劑固著於表面上。
(35)一種用於產生將樣品分類為疾病或非疾病之疾病狀態之報導的系統,其包含:(a)電腦系統,該電腦系統(i)基於至少一個多形現象或其補體之存在來產生DNA樣品之分子譜;及(ii)基於該分子譜產生對該樣品進行分類的報導;及(b)顯示該報導的電腦螢幕。(36)如實施例35之系統,其中該至少一個多形現象之存在係基於該DNA樣品之分析結果,將該結果輸入資料庫。(37)如實施例35或36之系統,其進一步包含該結果之輸入。(38)如實施例35至37之系統,其中該至少一個多形現象係選自(i) rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781;(ii)選自SEQ ID NO: 1-31之序列;(iii)選自SEQ ID NO: 32-62之序列;(iv)選自SEQ ID NO: 63-101之序列;(v)選自SEQ ID NO: 102-124之序列,或(v)或(i)-(iv)之組合。
標記
本文所揭示之系統及套組可包含以可偵測方式標記之蛋白質、多肽、核酸或其片段。類似地,本文所揭示之方法可包含標記蛋白質、多肽、核酸或其片段,或使用可偵測地標記之蛋白質、多肽、核酸或其片段。在一些情況下,蛋白質、多肽、核酸或其片段連接至接附子且接附子以可偵測方式標記。可偵測標記可以包含螢光標記,例如藉由併入核苷酸類似物。適用於本發明之其他標記包括(但不限於)生物素、亞胺基生物素、抗原、輔因子、二硝基苯酚、類脂酸、烯烴化合物、可偵測多肽、富含電子之分子、能夠藉由對受質之作用產生可偵測信號之酶,及放射性同位素。
在一些情況下,可偵測標記為放射性同位素。作為非限制性實例,放射性同位素包括32
P及14
C。適於本發明之螢光分子包括(但不限於)螢光素及其衍生物、若丹明及其衍生物、德克薩斯紅、5'羧基-螢光素(「FAM」)、2',7'-二甲氧基-4',5'-二氯-6-羧基-螢光素(「JOE」)、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基-若丹明(「TAMRA」)、6-羧基-X-若丹明(「ROX」)、HEX、TET、IRD40及IRD41。
適於本文所揭示之系統、套組及方法使用之螢光分子包括:氰胺染料,包括(但不限於) Cy2、Cy3、Cy3.5、CY5、Cy5.5、Cy7及FLUORX;BODIPY染料,包括(但不限於) BODIPY-FL、BODIPY-TR、BODIPY-TMR、BODIPY-630/650及BODIPY-650/670;及ALEXA染料,包括(但不限於) ALEXA-488、ALEXA-532、ALEXA-546、ALEXA-568及ALEXA-594;以及熟習此項技術者已知的其他螢光染料。適於本發明之態樣之富含電子之指示劑分子包括(但不限於)鐵蛋白、血氰蛋白及膠態金。
亦可使用雙色螢光標記及偵測方案(Shena等人, 1995, Science 270:467-470)。使用兩種或更多種標記可適用於偵測因實驗條件(例如雜交條件)較小差異引起之變化。在本發明的一些實施例中,可使用至少5、10、20或100種不同顏色之染料進行標記。此類標記亦允許同步分析多個樣品,此被本發明所涵蓋。
可使經標記之分子與複數個寡核苷酸探針在允許具有與探針互補之序列的樣品核酸與其雜交之條件下接觸(例如陣列或晶片)。視所用標記類型而定,可使用熟習此項技術者熟知的方法偵測雜交信號,包括(但不限於) X射線膜、磷光成像儀或CCD相機。當使用經螢光標記之探針時,可藉由掃描共焦雷射顯微術來偵測轉錄物陣列之各位點處之螢光發射。在一個實施例中,使用適當激發光線,針對所使用之兩種螢光團中之每一者進行各別掃描。在一些情況下,所用雷射允許在對兩種螢光團具特異性之波長下同時照射試樣且可同步分析兩種螢光團之發射(參見Shalon等人(1996)Genome Res.
6, 639-645)。在一些情況下,用具有電腦控制之X-Y載台及顯微鏡物鏡之雷射螢光掃描儀掃描陣列。用多重線、混合氣體雷射達成兩種螢光團之依序激發,且根據波長分離所發射之光且用兩個光電倍增管偵測。此類螢光雷射掃描裝置描述於例如Schena等人(1996)Genome Res.
6, 639-645。或者,可使用光纖束,諸如Ferguson等人(1996)Nat . Biotech .
14, 1681-1684所述之光纖束。接著可以利用電腦軟體分析所得信號以測定GPR35及管家基因之表現。
在其他實施例中,在利用限制性核酸內切酶將個體之基因組DNA片段化且在分析之前擴增的情況下,擴增可包含選殖個體基因組DNA之區域。在此類方法中,經由選殖過程達成DNA區域之擴增。舉例而言,表現載體可以經工程改造以表現個體之基因組DNA的大量特定片段(Sambrook及Russel,Molecular Cloning: A Laboratory Manual 第 4 版
, Cold Spring Harbor Laboratory Press (Cold Spring Harbor, NY 2012))。
在又其他實施例中,在使用限制性核酸內切酶將個體DNA片段化且在分析之前擴增的情況下,擴增包含表現編碼來自個體之基因之核酸或來自個體之基因及側接核酸之基因組區域。接著分離出包含整個轉錄物(包括內含子)之RNA (前信使RNA)且在本文所揭示之方法中用於分析及提供癌症之基因標誌。在某些實施例中,無需擴增。在此類實施例中,個體之基因組DNA或前RNA可利用限制性核酸內切酶或其他方法片段化。所得片段可與SNP探針雜交。典型地,需要分離之DNA的數量大於在擴增片段之情況下所需之DNA或前mRNA的數量。舉例而言,在不擴增個體之核酸的情況下,用於雜交之個體DNA樣品可為約400 ng、500 ng、600 ng、700 ng、800 ng、900 ng或1000 ng DNA或更多。或者,在其他實施例中,所用方法中需要供分析用之核酸的量極少,諸如小於400 ng、300 ng、200 ng、100 ng、90 ng、85 ng、80 ng、75 ng、70 ng、65 ng、60 ng、55 ng、50 ng或更少,諸如分子倒置探針(MIP)分析中所用的量。此等技術尤其適用於分析臨床樣品,諸如石蠟包埋型福馬林固定材料或小核心針活體組織切片,其特徵為容易獲得,但通常具有降低之DNA品質(例如小片段化DNA)及/或不提供大量核酸。
以下實例係為了說明本發明之各種實施例之目的而給出且不意欲以任何方式限制本發明。本發明實例連同本文中所述之方法一起,當前代表較佳實施例,具例示性且不希望限制本發明之範疇。熟習此項技術者將想到其中變化及其他用途,其涵蓋於如申請專利範圍之範疇所限定之本發明精神內。實例 實例 1 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及進展至初次手術之時間顯著相關
基因分型資料係由診斷患有克羅恩氏病(CD)、經歷初次手術(藉由CD初次診斷與初次手術之間的天數表徵)之希德斯-西奈(Cedars-Sinai)患者組(n=1091)及診斷患有克羅恩氏病、未經歷初次手術的患者產生。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium) p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。利用Cox比例危險回歸分析(PLINK)計算進展至初次手術及二次手術之時間。表 2
表明SNP與患有CD之個體之進展至初次手術之時間顯著相關。賦予rs113435444內之風險的對偶基因包含G。賦予rs4676406內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676399內之風險的對偶基因包含C。賦予rs2975782內之風險的對偶基因包含A。賦予rs3749172內之風險的對偶基因包含C。賦予rs79844648內之風險的對偶基因包含G。賦予rs6437356內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676346內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676401內之風險的對偶基因包含A。賦予rs2975786內之風險的對偶基因包含G。賦予rs6745185內之風險的對偶基因包含C。賦予rs4676407內之風險的對偶基因包含G。賦予rs2953156內之風險的對偶基因包含G。賦予rs4335944內之風險的對偶基因包含C。賦予rs4676396內之風險的對偶基因包含A。賦予rs6735672內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676402內之風險的對偶基因包含A。賦予rs2975780內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676405內之風險的對偶基因包含G。賦予rs2953154內之風險的對偶基因包含G。賦予rs6732874內之風險的對偶基因包含A。賦予rs55862430內之風險的對偶基因包含G。賦予rs12621598內之風險的對偶基因包含A。賦予rs55919442內之風險的對偶基因包含A。此等SNP被認為可預測CD之嚴重形式,其特徵為進展至初次手術比不表現SNP之個體快。表 2 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及初次手術之時間顯著相關 實例 2 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及進展至二次手術之時間顯著相關
基因分型資料亦由診斷患有CD、經歷二次手術(藉由初次手術與二次手術之間的月數表徵)的希德斯-西奈患者組(n=183)及診斷患有CD、未經歷二次手術的患者產生。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。基因分型資料係由診斷患有發炎性腸病(IBD)之希德斯-西奈患者組及未患IBD之健康患者產生,如實例1中所述(n=181)。表 3
表明SNP與患有CD之個體之二次手術顯著相關。賦予rs113435444內之風險的對偶基因包含G。賦予rs79844648內之風險的對偶基因包含G。賦予rs34228697內之風險的對偶基因包含A。賦予rs74991608內之風險的對偶基因包含A。賦予rs74991608內之風險的對偶基因包含G。此等SNP被認為可預測CD之嚴重形式,其特徵為進展至二次手術比不表現SNP之個體快。表 3 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及進展至二次手術之時間顯著相關 實例 3 . GPR35 SNP 與發炎性腸病 ( IBD ) 顯著相關
基因分型資料係由診斷患有發炎性腸病(IBD)之希德斯-西奈患者組(n=9365)及個案對照研究中之未患IBD之健康患者產生。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。表 4
表明SNP與IBD顯著相關。表 5
表明其他SNP與大國際IBD基因聯盟(IIBDGC)群組(n>200,000,000)中複製之IBD顯著相關。結果表明rs3749171A、rs73999973A及rs1368222G與發炎性腸病強烈有關。此等SNP一般可預測IBD。表 4 . GPR35 SNP 與發炎性腸病 ( IBD ) 顯著相關 ( 希德斯 - 西奈群組 ) 表 5 . GPR35 SNP 與發炎性腸病 ( IBD ) 顯著相關 ( IIBDGC 群組 )
基因分型資料係由診斷患有克羅恩氏病(CD)之希德斯西奈患者組(n=7,9669)及個案對照研究中之未患CD之健康患者產生。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。表 6
表明SNP與CD顯著相關。表 7
展示大國際IBD基因聯盟(IIBDGC)群組(n>200,000,000)中複製之希德斯-西奈群組資料。結果表明rs3749171A、rs73999973A、rs4676406A、rs2975786G、rs4676410A及rs34826997T與克羅恩氏病強烈相關。表 6 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病 ( CD ) 顯著相關 ( 希德斯 - 西奈群組 ) 表 7 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病 ( CD ) 顯著相關 ( IIBDGC 群組 )
基因分型資料係由診斷患有潰瘍性結腸炎(UC)之希德斯-西奈患者組(n=9862)及個案對照研究中之未患UC之健康患者產生。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。表 8
表明SNP與UC顯著相關。表 9
表明大國際IBD基因聯盟(IIBDGC)群組(n>200,000,000)中複製之希德斯-西奈群組資料。結果表明rs3749171A、rs73999973A、rs4676406A、rs2975786G、rs4676410A、rs6437364A、rs4676407G、rs6745185C、rs2953156G、rs6437356A及rs4335944C與潰瘍性結腸炎強烈相關。表 8 . GPR35 SNP 與潰瘍性結腸炎 ( UC ) 顯著相關 ( 希德斯 - 西奈 ) 表 9 . GPR35 SNP 與潰瘍性結腸炎 ( UC ) 顯著相關 ( IIBDGC 群組 ) 實例 4 . 小腸表現量性狀基因座定位 ( SB - eQTL )
基因分型資料係由來自診斷患有IBD之患者及未患IBD之健康患者之經切除之小腸組織樣品產生。對此等樣品執行eQTL定位。產生小腸組織之轉錄組資料。簡言之,鑑別100名個體之經福馬林固定、經石蠟包埋(FFPE)之小腸切除邊緣之未發炎組織,該等個體需要在希德斯-西奈醫學中心針對克羅恩氏病進行手術。自FFPE組織區段刮下全厚度迴腸組織,隨後使用RNeasy FFPE套組(Qiagen)、根據製造商說明書提取RNA。使用Transplex全轉錄組擴增套組(WTA2;Sigma)進行cDNA合成及擴增。隨後利用PCR純化套組(Qiagen)純化cDNA產品。使用Agilent生物分析儀證實樣品品質。對於通過品質控制之樣品而言,使用ULST螢光標記套組(Kreatech)進行Cy5標記且與完整人類基因組4x44k微陣列(Agilent)進行雜交(針對各樣品雙重複執行)。
使用Agilent特徵提取軟體提取的單通道微陣列表現資料來源於St. Louis之華盛頓大學(Washington University)之基因組技術接取中心(Genome Technology Access Center)。使用以R 3.2.2.版執行之LIMMA套裝程式將可供雙重複技術利用的原始表現資料標準化。表現資料預處理包括對表現資料進行背景校正,隨後進行log2轉換及分位數標準化。對表現資料使用無監督分級聚類以移除離群個體。eQTL定位係用Matrix eQTL R套裝程式、利用來自經歷小腸疾病手術之患者之n=85個獨立白種人樣品及n=24個UC直腸組織的可獲得表現及基因型資料來執行。基因型與探針表現量之間的相關性係使用線性回歸模型及相加性基因型效應執行。使用前兩種主分量,根據性別、年齡及群體子結構來調整所有相關性。使用圍繞指定基因之轉錄起始位置的1 Mb窗口界定基因邊界,如利用UCSC基因組瀏覽器所得。對於順式-eQTL定位而言,使用距基因邊界1 Mb的順式距離。順式-eQTL定義為位於距各基因邊界1 Mb內之SNP所產生的相關信號。使用Matrix eQTL,根據本傑明(Benjamini)及霍赫貝格(Hochberg)方法,估算假發現率(FDR)以對多次測試進行校正。應注意,matrix eQTL中之FDR計算不考慮SNP之間的「連鎖不平衡」且可能為過度嚴格的。負β值表示GPR35基因表現減少。正β值表示GPR35基因表現增加。結果表明rs3749171A (P =
8.00E-02;β=0.205302614)、rs4676399C (P =
7.47E-02;β=0.212280786)、rs2975782A (P =
9.50E-02;β=0.14199281)、rs3749172C (P =
9.50E-02;β=0.14199281)及rs4676396A (P =
7.45E-02;β=0.191332906)之間強烈相關,診斷患有IBD之患者之SB中的GPR35表現增加。結果亦表明rs79844648G (P =
9.30E-02;β=-0.262640037)與診斷患有IBD之患者之小腸中的GPR35表現減少相關。實例 5 . 直腸表現量性狀基因座定位
基因分型資料係由來自診斷患有UC之患者及未患UC之健康患者之經切除之直腸組織樣品產生。對此等樣品執行eQTL定位。SNP rs34228697與GPR35之表現減少相關。產生直腸組織之轉錄組資料。簡言之,鑑別100名個體之經福馬林固定、經石蠟包埋(FFPE)之直腸切除邊緣之未發炎組織,該等個體需要在希德斯-西奈醫學中心針對克羅恩氏病進行手術。自FFPE組織區段刮下全厚度直腸組織,隨後使用RNeasy FFPE套組(Qiagen)、根據製造商說明書提取RNA。使用Transplex全轉錄組擴增套組(WTA2;Sigma)進行cDNA合成及擴增。隨後利用PCR純化套組(Qiagen)純化cDNA產品。使用Agilent生物分析儀證實樣品品質。對於通過品質控制之樣品而言,使用ULST螢光標記套組(Kreatech)進行Cy5標記且與完整人類基因組4x44k微陣列(Agilent)進行雜交(針對各樣品雙重複執行)。
使用Agilent特徵提取軟體提取的單通道微陣列表現資料來源於St. Louis之華盛頓大學之基因組技術接取中心。使用以R 3.2.2.版執行之LIMMA套裝程式將可供雙重複技術利用的原始表現資料標準化。表現資料預處理包括對表現資料進行背景校正,隨後進行log2轉換及分位數標準化。對表現資料使用無監督分級聚類以移除離群個體。eQTL定位係用Matrix eQTL R套裝程式、利用來自經歷小腸疾病手術之患者之n=85個獨立白種人樣品及n=24個UC直腸組織的可獲得表現及基因型資料來執行。基因型與探針表現量之間的相關性係使用線性回歸模型及相加性基因型效應執行。使用前兩種主分量,根據性別、年齡及群體子結構來調整所有相關性。使用圍繞指定基因之轉錄起始位置的1 Mb窗口界定基因邊界,如利用UCSC基因組瀏覽器所得。對於順式-eQTL定位而言,使用距基因邊界1 Mb的順式距離。順式-eQTL定義為位於距各基因邊界1 Mb內之SNP所產生的相關信號。使用Matrix eQTL,根據本傑明及霍赫貝格方法,估算假發現率(FDR)以對多次測試進行校正。應注意,matrix eQTL中之FDR計算不考慮SNP之間的「連鎖不平衡」且可能為過度嚴格的。結果表明rs34228697A (P =
9.60E-3;β=-1.82892028)與自診斷患有IBD之患者獲得之直腸組織中之GPR35表現減少相關。實例 6 . GPR35 SNP 與潰瘍性結腸炎 ( UC ) 個體中之血清學標記物顯著相關
自患有潰瘍性結腸炎(UC)之希德斯-西奈患者組及未患UC之患者收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。另外,自所有患者獲得血清樣品且測試針對大腸桿菌外膜孔蛋白C之抗體(抗OmpC)及針對釀酒酵母之抗體(ASCA)的存在。結果表明抗OmpC及ASCA之存在與GPR35基因座中之SNP相關,如表 10
所示。負β值表示血清學標記物之表現減少。正β值表示血清學標記物之表現增加。除表 10
中之至少一個SNP之外,抗OmpC或ASCA之存在預測個體產生UC之風險。賦予rs3749171內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676399內之風險的對偶基因包含C。賦予rs2975782內之風險的對偶基因包含A。賦予rs3749172內之風險的對偶基因包含C。賦予rs4676402內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676346內之風險的對偶基因包含A。表 10 . GPR35 SNP 與潰瘍性結腸炎 ( UC ) 個體中之血清學標記物顯著相關 實例 7 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病個體中之血清學標記物顯著相關
自患有克羅恩氏病(CD)之希德斯-西奈患者組及未患CD之患者收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。另外,自所有患者獲得血清樣品且測試針對釀酒酵母之抗體(ASCA)及抗嗜中性球細胞質抗體(ANCA)之存在。結果表明ASCA及ANCA之存在與GPR35基因座中之SNP相關,如表 11
所示。除表 11
中之SNP之一之外,ASCA或ANCA之存在預測個體產生CD之風險。rs4676406內之風險對偶基因包含A。rs2975780內之風險對偶基因包含A。rs4676346內之風險對偶基因包含A。表 11 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病 ( CD ) 個體中之血清學標記物 ANCA 及 ASCA 顯著相關 實例 8 . GPR35 SNP 與全結腸炎及 / 或左側結腸炎顯著相關
自診斷患有潰瘍性結腸炎(UC)及全結腸炎或左側結腸炎之患者及未患全結腸炎或左側結腸炎之UC患者收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 12
及13
中所列之GPR35中的SNP分別與患有UC之個體的全結腸炎及/或左側結腸炎相關。賦予rs4676402內之風險的對偶基因包含A。賦予rs6735672內之風險的對偶基因包含A。賦予rs4676399內之風險的對偶基因包含C。賦予rs4676396內之風險的對偶基因包含A。表 12 . GPR35 SNP 與潰瘍性結腸炎 ( UC ) 個體之全結腸炎顯著相關 表 13 . GPR35 SNP 與 UC 個體之左側結腸炎顯著相關 實例 9 . GPR35 SNP 與抗 TNF 無反應顯著相關
自患有IBD (n=429)、UC (n=131)或CD (n=281)、對抗TNF療法之誘導初始無反應之患者及患有IBD、UC或CD、對抗TNF療法之誘導有反應之患者收集基因分型資料。自患有UC (n=99)或CD (n=243)、對抗TNF療法之反應遭遇二次減少之患者及患有IBD、UC或CD、對反應不遭遇反應減少的患者收集基因分型資料。抗TNF無反應係以初始無反應或二次無反應為特徵。初始無反應係指個體對抗TNF療法之誘導無反應。二次無反應或反應減少係指在抗TNF療法成功誘導之後,在維持期間的反應減少。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明表 14
及15
中所提供之GPR35基因座的SNP與抗腫瘤壞死因子(TNF)無反應相關。表 14 . GPR35 SNP 與抗 TNF 無反應 ( 初始無反應相對於初始反應 ) 顯著相關 表 15 . GPR35 SNP 與抗 TNF 無反應 ( 進展至 反應減少的時間 ) 顯著相關 實例 10 . SNP 與克羅恩氏病個體之關節痛相關
自診斷患有克羅恩氏病(CD)伴關節痛之希德斯-西奈患者組(n=99)收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明表 16
中所提供之GPR35基因座的SNP與CD患者之關節痛顯著相關。表 16 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及關節痛顯著相關 實例 11 . SNP 與狹窄或狹窄與穿透表型相關
自診斷患有克羅恩氏病(CD)伴狹窄(n=2905)及狹窄與穿透(n=6064)疾病之希德斯-西奈患者組收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 17 - 18
中所提供之GPR35基因座的SNP與狹窄疾病表型及狹窄與穿透疾病表型相關。表 17 - 18
中的SNP可預測CD患者之此等亞臨床表型。表 17 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病 ( CD ) 及狹窄表型顯著相關 表 18 . GPR35 SNP 與 CD 及狹窄與穿透表型顯著相關 實例 12 . SNP 與疾病位置相關
自診斷患有孤立於迴腸(n=3008)、結腸(n=5634)、腸之迴腸結腸區域(n=2126)及上胃腸(GI)道(n=2008)之克羅恩氏病(CD)的希德斯-西奈患者組收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 19 - 22
中所提供之GPR35基因座的SNP分別與迴腸、結腸、腸之迴腸結腸區域及上部胃腸道之孤立疾病顯著相關。表 19 . GPR35 SNP 與孤立於迴腸之克羅恩氏病 ( CD ) 顯著相關 表 20 . GPR35 SNP 與孤立於結腸之克羅恩氏病顯著相關 表 21 . GPR35 SNP 與孤立於迴腸結腸區域之克羅恩氏病顯著相關 表 22 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及上部 GI 疾病顯著相關 實例 13 . GPR35 SNP 與迴腸潘氏細胞 ( Paneth Cells ) 之形態缺陷顯著相關
自患有克羅恩氏病(CD)伴有迴腸潘氏細胞形態缺陷之患者收集基因分型資料,如利用以下文獻中所述的分類確定:VanDussen等人,「Genetic Variants Synthesize the Produce Paneth Cell Phenotypes That Define Subtypes of Crohn's Disease」Gastroenterology 2014; 146:200-209。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 23 中所
提供之GPR35基因座的SNP與CD個體中之迴腸潘氏細胞形態缺陷相關。表 23 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及迴腸潘氏細胞形態缺陷顯著相關 實例 14 . GPR35 SNP 與 CD 個體中之不良藥物代謝顯著相關
自診斷患有克羅恩氏病(CD)、受不良藥物代謝(PDM)困擾之患者收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 24
中所提供之GPR35基因座的SNP與不良藥物代謝相關。表 24 . GPR35 SNP 與克羅恩氏病及不良藥物代謝顯著相關 實例 15 . GPR35 SNP 與肛周克羅恩氏病 ( pCD ) 顯著相關
自患有肛周克羅恩氏病(pCD)之患者(n=10,738)收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 26
中所提供之GPR35基因座的SNP與pCD相關。賦予rs113435444內之風險的對偶基因包含G。賦予rs34228697內之風險的對偶基因包含A。表 25 . GPR35 SNP 與肛周克羅恩氏病顯著相關 實例 16 . GPR35 SNP 與醫學上難治性潰瘍性結腸炎 ( mrUC ) 顯著相關
自患有潰瘍性結腸炎(UC)伴有醫學上難治性潰瘍性結腸炎(mrUC)之患者及患有UC之無mrUC之個體(n=11,022)收集基因分型資料。mrUC係指標準物療法不能誘導UC緩解。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 26
中所提供之GPR35基因座的SNP與mrUC相關。表 26 . GPR35 SNP 與醫學上難治性潰瘍性結腸炎 ( mrUC ) 顯著相關 ( mrUC 相對於 非 mrUC )
自患有mrUC之患者收集基因分型資料,其中進展至初次結腸切除術的時間定義為初次診斷與初次結腸切除術之間的時間(n=6,326)。進展至初次結腸切除術的時間包含約20至65個月,月數較少表示複雜疾病行為之風險高。結果表明,表 27
中所提供之GPR35基因座的SNP與患有mrUC之個體進展至初次結腸切除術的時間相關,該時間比不表現表 28
中所提供之SNP的個體短。表 27 . GPR35 SNP 與醫學上難治性潰瘍性結腸炎 ( mrUC ) 及進展至初次結腸切除術的時間顯著相關
自患有mrUC之希德斯-西奈患者組(其中進展至初次結腸切除術的時間小於60個月)及患有mrUC之患者(進展至初次結腸切除術的時間超過60個月)(n=3,931)收集基因分型資料。結果表明,表 28
中所提供之GPR35基因座的SNP與自UC之初次診斷進展至初次結腸切除術的時間小於60個月相關,相比之下,小於60個月的患有UC之個體不需要結腸切除術。表 28 . GPR35 SNP 與 mrUC 及進展至初次結腸切除術的時間 (< 60 個 月相對於 > 60 個 月 ) 顯著相關 實例 17 . GPR35 SNP 與脊椎炎 ( 別赫捷列夫氏病 ) 相關
自患有克羅恩氏病(CD)、罹患脊椎炎之患者(n=1,797)收集基因分型資料。在希德斯-西奈醫學中心,利用Illumina Immuno-BeadChip陣列執行基因分型。基於:哈地-溫伯格平衡p≤10- 4
;SNP缺失>2%;次要對偶基因頻率<1%,自分析中排除標記物。利用同源一致性來鑑別相關個體(Pi-hat分數>0.25)且自分析(PLINK)排除。利用混合物針對所有個體產生族群比例估計。分析中僅包括混合式鑑別為白種人的個體(比例<0.75)。結果表明,表 29
中所提供之GPR35基因座的SNP與脊椎炎相關。表 29 . SNP 與克羅恩氏病及脊椎炎 ( 白塞氏疾病 ) 相關 實例 18 . 治療發炎性腸病
若個體經測定具有GPR35風險基因型,則該個體之中度至重度形式之發炎性腸病,包括克羅恩氏病及/或潰瘍性結腸炎,係用治療有效量之GPR35活性或表現活化劑治療。視情況,個體對某些療法(諸如抗TNF、類固醇或免疫調節劑,諸如本文所揭示之療法)無反應或不易發生反應。自個體獲得全血之樣品。在標準雜交條件下藉由Illumina ImmunoArray或聚合酶鏈反應(PCR)對獲自個體之樣品進行分析以偵測包含以下之GPR35風險基因型的存在或不存在:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A。
若在獲自個體之樣品中偵測到該基因型,則確定該個體適合於用GPR35活性或表現活化劑治療。若該個體經測定具有該基因型,則將治療有效量之GPR35活性或表現活化劑投與該個體。實例 19 . 1A 期臨床試驗
執行1A期臨床試驗以評估式 I - XXVI
中任一者之化合物在患有中度至重度活躍性克羅恩氏病之個體中的安全、耐受性、藥物動力學及藥效學。合格個體將為18歲及以上之男性及女性。視情況選擇兩組個體:(i)具有包含以下中之一或多者之基因型的個體:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A;及(ii)缺乏該基因型之個體。
納入準則 :
合格個體為18歲及以上的男性及女性。選擇兩組個體:(i)具有包含以下中之一或多者之基因型的個體:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A;及(ii)缺乏該基因型之個體。個體為患克羅恩氏病至少3個月持續時間之患者,如在過去任何時間藉由放射照相術、組織學及/或內視鏡所證實。具有生育潛能之女性患者在篩選時必須具有陰性高敏感性血清(β-人類絨毛膜促性腺激素[b-hCG])妊娠測試結果且在第0週具有陰性尿液妊娠測試結果。對於治療克羅恩氏病之伴隨藥物,個體必須依循以下要求,允許伴隨藥物的限制條件為滿足此等要求之劑量在基線(第0週)之前穩定或已停止至少3週(除非另有說明):a)口服5-胺基水楊酸(5-ASA)化合物;b)潑尼松等效劑量等於或低於40毫克/天(mg/天)的口服皮質類固醇,或9 mg/天的布地奈德(budesonide),或5 mg/天的倍氯米松二丙酸鹽(beclomethasone dipropionate);c)用作克羅恩氏病初始療法的抗生素;d)習知免疫調節劑(亦即,硫唑嘌呤(AZA)、6-巰基嘌呤(6-MP)或甲胺喋呤(MTX)):參與者必須已服用其至少12週且在基線之前以穩定劑量服用至少4週。患有或已患廣泛性結腸炎大於或等於(>=) 8年或限於結腸左側之疾病>=12年的個體必須在首次投與研究劑之前1年內進行結腸鏡檢查以評估發育不良之存在或在篩選問診時進行結腸鏡檢查以評估惡性疾病之存在,且無惡性疾病之證據。個體必須患有活躍性克羅恩氏病,其定義為基線克羅恩氏病活動指數(CDAI)分數>=220,但<=450。
實驗 ( 部分 I ) : 安慰劑。
個體在第0週、第2週、第4週及第6週接受安慰劑。第8週有臨床反應(克羅恩氏病活動指數(CDAI)相對於基線減少>=100點,或CDAI <150)的8週安慰劑治療個體自第8週至第12週每2週繼續接受安慰劑。第8週無臨床反應的安慰劑治療個體在第8週接受測試化合物(本文所述化合物)400 mg且接著自第10週至第12週每兩週接受測試化合物。
實驗 ( 部分 I ) : 安慰劑。測試化合物。
個體在第0週接受400毫克(mg)測試化合物,接著至第22週每兩週接受200 mg。
實驗 ( 部分 II ) : 安慰劑。
第0週、第2週、第4週及第8週,安慰劑。第8週有臨床反應(CDAI相對於基線減少>=100點,或CDAI <150)之第12週安慰劑治療個體在第8週、第10週及第12週繼續接受安慰劑。第8週無臨床反應之安慰劑治療個體在第8週接受150 mg測試化合物且接著在第10週及第12週接受75 mg測試化合物。
實驗 ( 部分 II ) : 高劑量測試化合物。
第0週,400 mg測試化合物;及第2、4、8及12週,200 mg測試化合物。
實驗 ( 部分 II ) 中劑量測試化合物。
第0週:150 mg測試化合物;及第2、4、8及12週:75 mg測試化合物。
實驗 ( 部分 II ) 低劑量測試化合物。
第0週:50 mg測試化合物;及第2、4、8及12週:25 mg測試化合物。
主要結果量度 :
部分I:第8週時之克羅恩氏病活動指數(CDAI)分數相對於基線的變化[時間範圍:基線至第8週] - CDAI將藉由收集關於8種不同克羅恩氏病相關變數之資訊來評估:外腸表現、腹部質量、體重、血容比、液體糞便總次數、腹痛/痙攣、止瀉藥及/或鴉片劑之使用,及大體健康。參與者在日記卡上對7天期間的最後4種變數評分。部分II:第8週時之克羅恩氏病活動指數(CDAI)分數相對於基線的變化[時間範圍:基線至第8週] - CDAI係藉由收集關於8種不同克羅恩氏病相關變數之資訊來評估:外腸表現、腹部質量、體重、血容比、液體糞便總次數、腹痛/痙攣、止瀉藥及/或鴉片劑之使用,及大體健康。參與者在日記卡上對7天期間的最後4種變數評分。
次要結果量度 :
部分II:第8週,臨床緩解,如根據克羅恩氏病活動指數所量測(CDAI<150)[時間範圍:第8週]。部分II:第8週有臨床反應,如根據CDAI所量測(CDAI相對於基線減少>=100點,或CDAI <150)[時間範圍:第8週]。部分II:第8週,患者報導結果(PRO)-2相對於基線的變化[時間範圍:基線至第8週] - PRO-2分數為CDAI分數中之腹痛與糞便頻率子分數之總和。部分II:第8週,臨床緩解,如根據PRO-2所量測(PRO-2 <75)[時間範圍:第8週]。部分II:第8週有臨床反應,如根據PRO-2所量測(PRO-2相對於基線減少>=50點,或PRO-2 <75)[時間範圍:第8週]。部分II:第12週,克羅恩氏病之簡單內視鏡分數(SES-CD)相對於基線的變化[時間範圍:基線至第12週] - SES-CD分數係基於跨越5個迴腸結腸區段之4種內視鏡分量(潰瘍之存在/大小、被潰瘍覆蓋之黏膜表面之比例、受任何其他病灶影響之黏膜表面之比例,及變窄/狹窄之存在/類型)的評價。針對各區段之各內視鏡分量依0至3評分,且總分由所有分量之分數的總和(範圍:0至56)推導。實例 20 : 1B 期臨床試驗
1B期臨床試驗係為了評估本文所述化合物(包含式I - XXVI
中之任一者之GPR35活性或表現活化劑)在患有中度至重度活躍性克羅恩氏病之參與者中之功效而執行,該等參與者具有包含以下中之一或多者的基因型:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A。
實驗。
將GPR35活性或表現活化劑投與10位對rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A呈陽性的患者。將GPR35活性或表現活化劑投與5-10位對rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A呈陰性的患者。即時監測患者。採用中心即用型內視鏡及活檢,其中讀者對治療之時間點及終點不知情。
納入準則 :
選擇兩組個體:(i)具有以下之個體:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A基因型;及(ii)缺乏以下之個體:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A基因型。
主要結果量度 :
克羅恩氏病(SESCD)、克羅恩氏病活動指數(CDAI)及患者報導之結果(PRO)之簡單內視鏡檢分數。若rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A基因型陽性組相對於基線展示至少20%的減少,則執行2a期臨床試驗。
納入準則
:PRO記入準則:腹痛分數為2或更高且/或糞便頻率分數為4或更高。主要結果是疼痛分數為0或1,且糞便頻率分數為3或更低,相對於基線無惡化。內視鏡記入準則:若涉及結腸,則SESCD迴腸僅在分數為4及6時記入。主要內視鏡結果為平均SESCD之40-50% Δ。實例 21 : 2A 期臨床試驗
2A期臨床試驗係為了評估式 I - XXVI
中任一者之化合物在具有包含以下之基因型之個體中的功效而執行:rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A,該等個體患有中度至重度活躍性克羅恩氏病。
實驗。
將GPR35活性或表現活化劑或安慰劑投與40位對rs113435444G、rs3749171A、rs4676406A、rs4676399C、rs2975782A、rs3749172C、rs79844648G、rs4676402A、rs2975780A、rs4676396A、rs6735672A、rs34228697A、rs4676401A、rs2975786G、rs4676346A、rs6437356A、rs6745185C、rs4676407G、rs2953156G、rs4335944C、rs73999973A、rs4676410A、rs4676405G、rs2953154G、rs6732874A、rs55862430G、rs12621598A、rs55919442A、rs74991608A、rs34826997T及/或rs6437364A呈陽性之患者(藥物及安慰劑組) 12週。每組20個患者以最高劑量治療之後進行中期分析,以在主要結果(SESCD、CDAI及PRO相對於基線減少至少20%)中找到安慰劑與治療組之間的40-50% Δ。
主要結果量度 :
克羅恩氏病(SESCD)之簡單內視鏡分數、克羅恩氏病活動指數(CDAI)及患者報導之結果(PRO)。
納入準則 :
PRO記入準則:腹痛分數為2或更高且/或糞便頻率分數為4或更高。主要結果是疼痛分數為0或1,且糞便頻率分數為3或更低,相對於基線無惡化。內視鏡記入準則:若涉及結腸,則SESCD迴腸僅在分數為4及6時記入。主要內視鏡結果為平均SESCD之40-50% Δ。其他實施例
(1)一種方法,其包含:(a)自個體獲得生物樣品;(b)分析生物樣品之核酸中之單核苷酸多形現象之存在,該單核苷酸多形現象包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因,或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象;及(c)投與調節GPR35表現及GPR35活性中之至少一者的治療劑。(2)如實施例1之方法,其包含偵測存在至少一個單核苷酸多形現象之存在。(3)如實施例1之方法,其中該個體呈現發炎性腸病之症狀。(4)如實施例1之方法,其中該個體已診斷患有發炎性腸病。(5)如實施例1之方法,其包含分析個體中之血清學標記物之存在。(6)如實施例5之方法,其中該血清學標記物係選自抗釀酒酵母抗體(ASCA)、抗嗜中性球細胞質抗體(ANCA)及大腸桿菌外膜孔蛋白蛋白C (OmpC)。(7)如實施例5或6之方法,其包含量化該血清學標記物以獲得數量。(8)如實施例7之方法,其中數量在統計上顯著偏離健康對照個體中之參考數量。(9)如實施例1之方法,其包含分析該等單核苷酸多形現象中之至少兩者之存在。(10)如實施例1之方法,其包含分析該等單核苷酸多形現象中之至少三者之存在。(11)如實施例1之方法,其包含分析所有該等單核苷酸多形現象之存在。(12)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs2975780。(13)如實施例12之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs2975780之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(14)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676396。(15)如實施例14之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676396之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(16)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs6735672。(17)如實施例16之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs6735672之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(18)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs34228697。(19)如實施例18之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs34228697之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(20)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676401。(21)如實施例20之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676401之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(22)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs2975786。(23)如實施例22之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs2975786之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(24)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676346。(25)如實施例24之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676346之DNA分子之有義股中具有A之對偶基因。(26)如實施例1之方法,其中該至少一種單核苷酸多形現象為rs6437356。(27)如實施例26之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs6437356之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(28)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs6745185。(29)如實施例28之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs6745185之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。
(30)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676407。(31)如實施例30之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676407之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(32)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs2953156。(33)如實施例32之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs2953156之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(34)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4335944。(35)如實施例34之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4335944之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。(36)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs73999973。(37)如實施例36之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs73999973之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(38)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676410。(39)如實施例38之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676410之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(40)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676405。(41)如實施例40之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676405之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(42)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs2953154。(43)如實施例42之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs2953154之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(44)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs6732874。(45)如實施例44之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs6732874之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(46)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs55862430。(47)如實施例46之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs55862430之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(48)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs12621598。(49)如實施例48之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs12621598之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(50)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs55919442。(51)如實施例50之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs55919442之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(52)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs74991608。(53)如實施例52之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs74991608之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(54)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs34826997。(55)如實施例54之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs34826997之DNA分子之有義股中具有T之風險對偶基因。(56)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs6437364。(57)如實施例56之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs6437364之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(58)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs113435444。(59)如實施例58之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs113435444之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(60)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs3749171。(61)如實施例60之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs3749171之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(62)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676406。(63)如實施例62之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676406之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(64)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676399。(65)如實施例64之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676399之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。(66)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs2975782。(67)如實施例66之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs2975782之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(68)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs3749172。(69)如實施例68之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs3749172之DNA分子之有義股中具有C之風險對偶基因。(70)如實施例1之方法,其中單核苷酸多形現象為rs79844648。(71)如實施例70之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs79844648之DNA分子之有義股中具有G之風險對偶基因。(72)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象為rs4676402。(73)如實施例72之方法,其中該單核苷酸多形現象在編碼rs4676402之DNA分子之有義股中具有A之風險對偶基因。(74)如實施例1之方法,其中該治療劑為GPR35之促效劑。(75)如實施例74之方法,其中該單核苷酸多形現象有效地減少GPR35表現或減少GPR35活性。(76)如實施例1之方法,其中該治療劑為GPR35拮抗劑。(77)如實施例76之方法,其中該單核苷酸多形現象引起GPR35之表現增加或GPR35之活性增加。(78)如實施例1之方法,其中該治療劑為GPR35之異位調節劑。(79)如實施例1之方法,其中該治療劑為結合GPR35之小分子。(80)如實施例79之方法,其中結合GPR35之小分子為GPR35促效劑。(81)如實施例79或實施例80之方法,其中該小分子係選自: 。
(82)如實施例79之方法,其中結合GPR35之小分子為GPR35部分促效劑。(83)如實施例79或實施例82之方法,其中該小分子係選自: 。
(84)如實施例79之方法,其中結合GPR35之小分子為GPR35促效劑。(85)如實施例79之方法,其中結合GPR35之小分子為GPR35反向促效劑。(86)如實施例79、84或85之方法,其中該小分子係選自: 。
(87)如實施例1之方法,其中該治療劑為GPR35結合抗體或GPR35結合抗體片段。(88)如實施例1之方法,其中該個體為人類。(89)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與發炎性腸病之初次症狀至初次手術的第一時間相關,其中該第一時間為約四至十年。(90)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與距離初次手術之第二時間相關,其中該第二時間為約2年(月)至約12年。(91)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與狹窄及穿透中之至少一者相關。(92)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與狹窄相關。(93)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與孤立之穿透相關。(94)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與肛周克羅恩氏病相關。(95)如實施例1之方法,其中該單核苷酸多形現象與全結腸炎相關。
(96)一種套組,其包含用於偵測單核苷酸多形現象之組合的寡核苷酸集合,該等單核苷酸多形現象包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因。(97)如實施例96之套組,其包含微陣列晶片,其中該等寡核苷酸為微陣列晶片上之探針。(98)如實施例96之套組,其中該等寡核苷酸為能夠擴增編碼GPR35之至少一種核酸之部分的引子,其中該等部分包含單核苷酸多形現象之組合。(99)如實施例96之套組,其包含選自以下之蛋白質之探針:抗釀酒酵母抗體(ASCA)、抗嗜中性球細胞質抗體(ANCA)及大腸桿菌外膜孔蛋白蛋白C (OmpC)。(100)如實施例96之套組,進一步包含酶聯免疫吸附分析(ELISA)或免疫組織化學試劑。(101)如實施例100之套組,其中該ELISA包含固定嗜中性球。
(102)一種治療個體之發炎性腸病(IBD)的方法,該方法包含若該個體具有增加或降低的GPR35含量,如藉由在獲自該個體之樣品中偵測所測定,則投與治療有效量之靶向GPR35信號傳導的治療劑,該個體在與IBD有關之GPR35基因座具有單核苷酸多形現象,其包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因,或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象。(103)如實施例102之方法,其中該IBD包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎或肛周克羅恩氏病。(104)如實施例102之方法,其中在該樣品中偵測之GPR35含量增加或減少係相對於未患IBD之對照個體中之GPR35含量。(105)如實施例102之方法,其中該個體患有潰瘍性結腸炎且預測會產生全結腸炎。(106)如實施例102之方法,其中該個體患有克羅恩氏病,且其中該單核苷酸多形現象與發炎性腸病之初次症狀至初次手術之第一時間約四年至約10年相關。
(107)一種治療患有克羅恩氏病之個體的方法,該個體經預測會產生肛周克羅恩氏病,該方法包含若在獲自該個體之樣品中偵測到與肛周克羅恩氏病有關之GPR35基因座處之單核苷酸多形現象,則向該個體投與治療有效治療劑,該單核苷酸多形現象包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因,或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象。
(108)一種方法,其包含:(a)自個體獲得生物樣品;分析該生物樣品之核酸中至少一個單核苷酸多形現象之存在,該單核苷酸多形現象包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因,或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象;及(b)分析血清或血漿樣品中之血清學標記物之存在,其中該血清學標記物包含ANCA、ASCA或OmpC。(109)如實施例108之方法,其中該生物樣品為組織樣品。(110)如實施例109之方法,其中該生物樣品包含胃腸道細胞。(111)如實施例109之方法,其中該生物樣品包含直腸細胞。(112)如實施例109之方法,其中該生物樣品包含結腸細胞。(113)如實施例108之方法,其中分析包含使用基因分型陣列。
(114)一種在患有或懷疑患有發炎性腸病之個體中調節GPR35活性或表現之方法,該方法包含:鑑別該個體為在單核苷酸多形現象為rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因之攜帶者,或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象;及向該個體投與治療有效量之調節GPR35活性或表現之治療劑。
(115)一種表徵個體之發炎性腸病的方法,該方法包含:分析來自該個體之遺傳物質以鑑別rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781內之風險對偶基因在單核苷酸多形現象或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象處的存在或不存在。
(116)一種表徵個體之發炎性腸病之方法,該方法包含:分析來自該個體之遺傳物質以鑑別包含SEQ ID NO: 1-124之序列的基因型或其補體的存在或不存在。
(117)一種用於偵測包含發炎性腸病之個體之所關注基因型的方法,該方法包含:(a)使來自該個體的遺傳物質與組合物接觸,該組合物與所關注之基因型充分互補且能夠與所關注之基因型雜交,該組合物包含:(1)包含SEQ ID NO: 32-124中所提供之序列或其補體的可偵測標記之寡核苷酸探針;(2)包含核酸序列的可偵測標記之寡核苷酸探針,該核酸序列不同於選自由以下組成之群之探針:(i)至多三個核鹼基,條件為可偵測標記之寡核苷酸探針(ii)與所關注之基因型雜交;(3)包含核酸序列的可偵測標記之寡核苷酸探針,該核酸序列與選自由(i)-(ii)組成之群之探針或選自由(i)-(ii)組成之群之探針組合互補;及(b)使用可偵測標記之寡核苷酸探針偵測遺傳物質與組合物雜交之存在或不存在,其中遺傳物質與組合物之雜交指示該個體中存在所關注之基因型。
(118)一種組合物,其包含SEQ ID NO: 32-124或其補體中所提供之序列的至少10個、但小於50個鄰接核鹼基殘基,其中該等鄰接核鹼基殘基連接至可偵測分子。(119)一種方法,其包含使來自個體之DNA與如實施例118之組合物在經組態以使組合物與DNA雜交之條件下接觸(若DNA包含與該組合物互補之序列)。(120)一種方法,其包含用GPR35活性或表現調節劑治療如實施例119之個體,其限制條件為來自該個體之DNA包含與該組合物互補之序列。
(121)一種使用GPR35活性或表現調節劑治療患者的方法,其中該患者罹患發炎性腸病,該方法包含以下步驟:如下確定該患者是否患有或將產生克羅恩氏病:(a)自該個體獲得或已獲得生物樣品;及(b)對該生物樣品執行或已執行基因分型分析,以確定該個體之GPR35基因是否具有SNP;及若該個體具有該SNP,則向該患者投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體不具有該SNP,則向該個體投與除GPR35活性或表現調節劑之外的治療劑。(122)一種使用GPR35活性或表現調節劑治療個體的方法,其中該個體罹患發炎性腸病,該方法包含以下步驟:(a)如下確定該個體是否患有或將產生潰瘍性結腸炎:自該個體獲得或已獲得生物樣品;及對該生物樣品執行或已執行基因分型分析以確定該個體之GPR35基因是否具有SNP;及(b)若該個體具有該SNP,則向該患者投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體不具有該SNP,則向該個體投與除GPR35活性或表現調節劑之外的治療劑。(123)一種使用GPR35活性或表現調節劑治療患者的方法,其中該患者罹患發炎性腸病,該方法包含以下步驟:(a)如下確定該患者是否患有或將產生全結腸炎:自該個體獲得或已獲得生物樣品;及對該生物樣品執行或已執行基因分型分析,以確定該個體之GPR35基因是否具有SNP;及(b)若該個體具有該SNP,則向該患者投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體不具有該SNP,則向該個體投與除GPR35活性或表現調節劑之外的治療劑。(124)一種治療個體之發炎性腸病的方法,包含若在獲自個體之生物樣品中偵測到SNP,則向該個體投與治療有效量之GPR35調節劑,其中該SNP與rs3749171處於連鎖不平衡,如根據至少約0.70、約0.75、約0.80、約0.85、約0.85、約0.90或約1.0之r2
所確定。(125)一種在罹患治療發炎性腸病之個體中調節GPR35活性或表現的方法,該方法包含若在獲自個體之生物樣品中偵測到SNP,則向該個體投與治療有效量之GPR35調節劑,其中該SNP與rs3749171處於連鎖不平衡,如根據至少約0.70、約0.75、約0.80、約0.85、約0.85、約0.90或約1.0之r2
確定。(126)如實施例121至126中任一例之方法,其中該SNP包含rs113435444、rs3749171、rs4676406、rs4676399、rs2975782、rs3749172、rs79844648、rs4676402、rs2975780、rs4676396、rs6735672、rs34228697、rs4676401、rs2975786、rs4676346、rs6437356、rs6745185、rs4676407、rs2953156、rs4335944、rs73999973、rs4676410、rs4676405、rs2953154、rs6732874、rs55862430、rs12621598、rs55919442、rs74991608、rs34826997、rs6437364、rs2011743、rs79086701、rs6744241、rs1368222、rs55970834、rs12477897、rs12468453、rs72996949、rs62186545、rs754329、rs10933621、rs111471799、rs2975785、rs113444107、rs4676403、rs4676404、rs754328、rs2975788、rs2975781、rs13019955、rs35155396、rs2060188、rs2060189、rs10933624、rs6760169、rs79222326、rs2975789、rs12468377、rs75497224、rs10804410、rs7556712、rs114041303、rs6749767、rs115286046、rs10198255、rs62187771、rs10203408、rs4676391、rs6753653、rs7587179、rs10933620、rs6724516、rs6708668、rs13023028、rs12622957、rs12478375、rs4676344、rs2975779、rs6754872、rs4676395、rs4676342、rs6437363、rs10169210、rs4676345、rs4676337、rs13385710、rs13035879、rs12987037、rs2060190、rs4387788、rs4530367、rs34930434、rs35230312、rs76999291、rs79278957、rs28819809、rs4413160、rs35523523、rs115684595、rs116803432、rs13016146、rs115661339、rs115490519、rs4676394、rs4676392、rs12474150、rs72996930、rs10933626、rs35390471、rs13010070、rs35039554、rs12999598、rs33978324、rs62187760、rs12468223、rs62187776、rs62187777、rs62187778、rs1133726、rs12468485、rs62187761、rs33986981、rs62187763、rs202172302、rs13428147、rs74512877、rs75047648、rs12474648或rs78571781,或與其處於連鎖不平衡之單核苷酸多形現象。(127)如實施例121至126中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35促效劑。(128)如實施例121至126中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35拮抗劑。(129)如實施例121至126中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35結合抗體或抗體片段。(130)如實施例121至126中任一例之方法,其中該GPR35活性或表現調節劑為GPR35結合小分子。(131)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與個體產生抗腫瘤壞死因子(TNF)無反應之風險相關。(132)如實施例131之方法,其中該抗TNF無反應包含初始無反應或二次無反應。
(133)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與個體產生關節痛之風險相關。(134)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與個體產生脊椎炎之風險相關。(135)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與個體產生不良藥物代謝之風險相關。(136)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與個體之迴腸潘氏細胞產生形態缺陷之風險相關。(137)如實施例91之方法,其中狹窄及穿透中之該至少一者相對於迴腸、腸之迴腸結腸區域或結腸為孤立的。(138)如實施例92之方法,其中該狹窄相對於迴腸、腸之迴腸結腸區域或結腸為孤立的。(139)如實施例93之方法,其中孤立之穿透相對於迴腸、迴腸結腸或結腸為孤立的。(140)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與醫學上難治的潰瘍性結腸炎(mrUC)相關。(141)如實施例140之方法,其中該mrUC之特徵為表現該單核苷酸多形現象之個體進展至初次結腸切除術的時間比不表現該單核苷酸多形現象的個體短。(142)如實施例140之方法,其中mrUC之特徵為表現該單核苷酸多形現象之個體進展至二次結腸切除術的時間比不表現該單核苷酸多形現象的個體短。(143)如前述實施例中任一例之方法,其中該單核苷酸多形現象與至少一種血清學標記物之表現相關。(144)如實施例140之方法,其中該至少一種血清學標記物包含抗釀酒酵母抗體(ASCA)、抗嗜中性球細胞質抗體(ANCA),或大腸桿菌外膜孔蛋白蛋白C (OmpC),或其組合。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)確定或已確定該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs113435444,(ii) SEQ ID NO: 1,(iii) SEQ ID NO: 32,(iv) SEQ ID NO: 63,(v) SEQ ID NO: 94,或(vi) (i)-(v)之組合;及若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs113435444、(ii) SEQ ID NO: 1、(iii) SEQ ID NO: 32、(iv) SEQ ID NO: 63、(v) SEQ ID NO: 94,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中核酸包含(i)SEQ ID NO: 32、(ii) SEQ ID NO: 63、(iii) SEQ ID NO: 94,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs113435444中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs113435444中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11) 包含SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 63或SEQ ID NO: 94及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 63或SEQ ID NO: 94之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs113435444、(ii) SEQ ID NO: 1、(iii) SEQ ID NO: 32、(iv) SEQ ID NO: 63、(v) SEQ ID NO: 94,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs113435444、(ii) SEQ ID NO: 1、(iii) SEQ ID NO: 32、(iv) SEQ ID NO: 63、(v) SEQ ID NO: 94,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs3749171,(ii) SEQ ID NO: 2,(iii) SEQ ID NO: 33,(iv) SEQ ID NO: 64,(v) SEQ ID NO: 95,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之該生物樣品特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs3749171,(ii) SEQ ID NO: 2,(iii) SEQ ID NO: 33,(iv) SEQ ID NO: 64,(v) SEQ ID NO: 95,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 33、(ii) SEQ ID NO: 64、(iii) SEQ ID NO: 95,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs3749171中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例18之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs3749171中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 64或SEQ ID NO: 95及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 64或SEQ ID NO: 95之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若該個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs3749171、(ii) SEQ ID NO: 2、(iii) SEQ ID NO: 33、(iv) SEQ ID NO: 64、(v) SEQ ID NO: 95、或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs3749171,(ii) SEQ ID NO: 2,(iii) SEQ ID NO: 33,(iv) SEQ ID NO: 64,(v) SEQ ID NO: 95,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的存在,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676406,(ii) SEQ ID NO: 3,(iii) SEQ ID NO: 34,(iv) SEQ ID NO: 65,(v) SEQ ID NO: 96,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676406,(ii) SEQ ID NO: 3,(iii) SEQ ID NO: 34,(iv) SEQ ID NO: 65,(v) SEQ ID NO: 96,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 34、(ii) SEQ ID NO: 65、(iii) SEQ ID NO: 96,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676406中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676406中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 65或SEQ ID NO: 96及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 65或SEQ ID NO: 96之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若該個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676406、(ii) SEQ ID NO: 3、(iii) SEQ ID NO: 34、(iv) SEQ ID NO: 65、(v) SEQ ID NO: 96,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676406,(ii) SEQ ID NO: 3,(iii) SEQ ID NO: 34,(iv) SEQ ID NO: 65,(v) SEQ ID NO: 96,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676399、(ii) SEQ ID NO: 4、(iii) SEQ ID NO: 35、(iv) SEQ ID NO: 66、(v) SEQ ID NO: 97,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676399,(ii) SEQ ID NO: 4,(iii) SEQ ID NO: 35,(iv) SEQ ID NO: 66,(v) SEQ ID NO: 97,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 35、(ii) SEQ ID NO: 66、(iii) SEQ ID NO: 97,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676399中之「C」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676399中之「C」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 66或SEQ ID NO: 97及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 66或SEQ ID NO: 97之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若該個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676399、(ii) SEQ ID NO: 4、(iii) SEQ ID NO: 36、(iv) SEQ ID NO: 66、(v) SEQ ID NO: 97,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676399、(ii) SEQ ID NO: 4、(iii) SEQ ID NO: 35、(iv) SEQ ID NO: 66、(v) SEQ ID NO: 97,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至16中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例15至18中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的存在,其中該GPR35基因型包含:(i) rs2975782,(ii) SEQ ID NO: 5,(iii) SEQ ID NO: 36,(iv) SEQ ID NO: 67,(v) SEQ ID NO: 98,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2975782,(ii) SEQ ID NO: 5,(iii) SEQ ID NO: 36,(iv) SEQ ID NO: 67,(v) SEQ ID NO: 98,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 36、(ii) SEQ ID NO: 67、(iii) SEQ ID NO: 98,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs2975782中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs2975782中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 67或SEQ ID NO: 98及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 67或SEQ ID NO: 98之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若該個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若該個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs2975782、(ii) SEQ ID NO: 5、(iii) SEQ ID NO: 36、(iv) SEQ ID NO: 67、(v) SEQ ID NO: 98,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之該生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2975782,(ii) SEQ ID NO: 5,(iii) SEQ ID NO: 36,(iv) SEQ ID NO: 67,(v) SEQ ID NO: 98,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病狀之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型之存在,其中該GPR35基因型包含:(i) rs3749172,(ii) SEQ ID NO: 6,(iii) SEQ ID NO: 37,(iv) SEQ ID NO: 68,(v) SEQ ID NO: 99,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至4中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至5中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs3749172,(ii) SEQ ID NO: 6,(iii) SEQ ID NO: 37,(iv) SEQ ID NO: 68,(v) SEQ ID NO: 99,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 37、(ii) SEQ ID NO: 68、(iii) SEQ ID NO: 99,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs3749172中之「C」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs3749172中之「C」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 68或SEQ ID NO: 99及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 68或SEQ ID NO: 99之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs3749172、(ii) SEQ ID NO: 6、(iii) SEQ ID NO: 37、(iv) SEQ ID NO: 68、(v) SEQ ID NO: 99,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs3749172,(ii) SEQ ID NO: 6,(iii) SEQ ID NO: 37,(iv) SEQ ID NO: 68,(v) SEQ ID NO: 99,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs79844648,(ii) SEQ ID NO: 7,(iii) SEQ ID NO: 38,(iv) SEQ ID NO: 69,(v) SEQ ID NO: 100,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs79844648、(ii) SEQ ID NO: 7、(iii) SEQ ID NO: 38、(iv) SEQ ID NO: 69、(v) SEQ ID NO: 100、或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 38、(ii) SEQ ID NO: 69、(iii) SEQ ID NO: 100,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs79844648中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs79844648中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 69或SEQ ID NO: 100及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 69或SEQ ID NO: 100之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs79844648、(ii) SEQ ID NO: 7、(iii) SEQ ID NO: 38、(iv) SEQ ID NO: 69、(v) SEQ ID NO: 100,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs79844648,(ii) SEQ ID NO: 7,(iii) SEQ ID NO: 38,(iv) SEQ ID NO: 69,(v) SEQ ID NO: 100,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病狀之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676402,(ii) SEQ ID NO: 8,(iii) SEQ ID NO: 39,(iv) SEQ ID NO: 70,(v) SEQ ID NO: 101,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676402,(ii) SEQ ID NO: 8,(iii) SEQ ID NO: 39,(iv) SEQ ID NO: 70,(v) SEQ ID NO: 101,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 39、(ii) SEQ ID NO: 70、(iii) SEQ ID NO: 101,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676402中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676402中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 70或SEQ ID NO: 101及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 70或SEQ ID NO: 101之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676402、(ii) SEQ ID NO: 8、(iii) SEQ ID NO: 39、(iv) SEQ ID NO: 70、(v) SEQ ID NO: 101,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676402,(ii) SEQ ID NO: 8,(iii) SEQ ID NO: 39,(iv) SEQ ID NO: 70,(v) SEQ ID NO: 101,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs2975780,(ii) SEQ ID NO: 9,(iii) SEQ ID NO: 40,(iv) SEQ ID NO: 71,(v) SEQ ID NO: 102,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2975780,(ii) SEQ ID NO: 9,(iii) SEQ ID NO: 40,(iv) SEQ ID NO: 71,(v) SEQ ID NO: 102,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 40、(ii) SEQ ID NO: 71、(iii) SEQ ID NO: 102,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs2975780中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs2975780中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 71或SEQ ID NO: 102及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 40、SEQ ID NO: 71或SEQ ID NO: 102之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs2975780、(ii) SEQ ID NO: 9、(iii) SEQ ID NO: 40、(iv) SEQ ID NO: 71、(v) SEQ ID NO: 102,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2975780,(ii) SEQ ID NO: 9,(iii) SEQ ID NO: 40,(iv) SEQ ID NO: 71,(v) SEQ ID NO: 102,(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676396,(ii) SEQ ID NO: 10,(iii) SEQ ID NO: 41,(iv) SEQ ID NO: 72,(v) SEQ ID NO: 103,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676396,(ii) SEQ ID NO: 10,(iii) SEQ ID NO: 41,(iv) SEQ ID NO: 72,(v) SEQ ID NO: 103,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 41、(ii) SEQ ID NO: 72、(iii) SEQ ID NO: 103,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676396中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676396中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 72或SEQ ID NO: 103及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 41、SEQ ID NO: 72或SEQ ID NO: 103之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676396、(ii) SEQ ID NO: 10、(iii) SEQ ID NO: 41、(iv) SEQ ID NO: 72、(v) SEQ ID NO: 103,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之該生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676396,(ii) SEQ ID NO: 10,(iii) SEQ ID NO: 41,(iv) SEQ ID NO: 72,(v) SEQ ID NO: 103,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs6735672、(ii) SEQ ID NO: 11、(iii) SEQ ID NO: 42、(iv) SEQ ID NO: 73、(v) SEQ ID NO: 104,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6735672,(ii) SEQ ID NO: 11,(iii) SEQ ID NO: 42,(iv) SEQ ID NO: 73,(v) SEQ ID NO: 104,或(vi)或(i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 42、(ii) SEQ ID NO: 73、(iii) SEQ ID NO: 104,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs6735672中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs6735672中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 73或SEQ ID NO: 104及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 73或SEQ ID NO: 104之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs6735672、(ii) SEQ ID NO: 11、(iii) SEQ ID NO: 42、(iv) SEQ ID NO: 73、(v) SEQ ID NO: 104,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6735672,(ii) SEQ ID NO: 11,(iii) SEQ ID NO: 42,(iv) SEQ ID NO: 73,(v) SEQ ID NO: 104,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs34228697,(ii) SEQ ID NO: 12,(iii) SEQ ID NO: 43,(iv) SEQ ID NO: 74,(v) SEQ ID NO: 105,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs34228697、(ii) SEQ ID NO: 12、(iii) SEQ ID NO: 43、(iv) SEQ ID NO: 74、(v) SEQ ID NO: 105,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 43、(ii) SEQ ID NO: 74、(iii) SEQ ID NO: 105,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中核苷酸變異體包含rs34228697中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs34228697中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 74或SEQ ID NO: 105及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 43、SEQ ID NO: 74或SEQ ID NO: 105之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs34228697、(ii) SEQ ID NO: 12、(iii) SEQ ID NO: 43、(iv) SEQ ID NO: 74、(v) SEQ ID NO: 105,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs34228697,(ii) SEQ ID NO: 12,(iii) SEQ ID NO: 43,(iv) SEQ ID NO: 74,(v) SEQ ID NO: 105,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676401,(ii) SEQ ID NO: 13,(iii) SEQ ID NO: 44,(iv) SEQ ID NO: 75,(v) SEQ ID NO: 106,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676401,(ii) SEQ ID NO: 13,(iii) SEQ ID NO: 44,(iv) SEQ ID NO: 75,(v) SEQ ID NO: 106,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 44、(ii) SEQ ID NO: 75、(iii) SEQ ID NO: 106,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676401中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676401中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 75或SEQ ID NO: 106及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 44、SEQ ID NO: 75或SEQ ID NO: 106之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676401、(ii) SEQ ID NO: 13、(iii) SEQ ID NO: 44、(iv) SEQ ID NO: 75、(v) SEQ ID NO: 106,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676401,(ii) SEQ ID NO: 13,(iii) SEQ ID NO: 44,(iv) SEQ ID NO: 75,(v) SEQ ID NO: 106,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs2975786,(ii) SEQ ID NO: 14,(iii) SEQ ID NO: 45,(iv) SEQ ID NO: 76,(v) SEQ ID NO: 107,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2975786,(ii) SEQ ID NO: 14,(iii) SEQ ID NO: 45,(iv) SEQ ID NO: 76,(v) SEQ ID NO: 107,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 45、(ii) SEQ ID NO: 76、(iii) SEQ ID NO: 107,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs2975786中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs2975786中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 76或SEQ ID NO: 107及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 45、SEQ ID NO: 76或SEQ ID NO: 107之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs2975786、(ii) SEQ ID NO: 14、(iii) SEQ ID NO: 45、(iv) SEQ ID NO: 76、(v) SEQ ID NO: 107,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2975786,(ii) SEQ ID NO: 14,(iii) SEQ ID NO: 45,(iv) SEQ ID NO: 76,(v) SEQ ID NO: 107,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676346,(ii) SEQ ID NO: 15,(iii) SEQ ID NO: 46,(iv) SEQ ID NO: 77,(v) SEQ ID NO: 108,(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676346,(ii) SEQ ID NO: 15,(iii) SEQ ID NO: 46,(iv) SEQ ID NO: 77,(v) SEQ ID NO: 108,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 46、(ii) SEQ ID NO: 77、(iii) SEQ ID NO: 108,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676346中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676346中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 77或SEQ ID NO: 108及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 46、SEQ ID NO: 77或SEQ ID NO: 108之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676346、(ii) SEQ ID NO: 15、(iii) SEQ ID NO: 46、(iv) SEQ ID NO: 77、(v) SEQ ID NO: 108,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之該生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676346,(ii) SEQ ID NO: 15,(iii) SEQ ID NO: 46,(iv) SEQ ID NO: 77,(v) SEQ ID NO: 108,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs6437356,(ii) SEQ ID NO: 16,(iii) SEQ ID NO: 47,(iv) SEQ ID NO: 78,(v) SEQ ID NO: 109,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6437356、(ii) SEQ ID NO: 16、(iii) SEQ ID NO: 47、(iv) SEQ ID NO: 78、(v) SEQ ID NO: 109,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 47、(ii) SEQ ID NO: 78、(iii) SEQ ID NO: 109,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs6437356中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs6437356中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 78或SEQ ID NO: 109及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 47、SEQ ID NO: 78或SEQ ID NO: 109之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs6437356、(ii) SEQ ID NO: 16、(iii) SEQ ID NO: 47、(iv) SEQ ID NO: 78、(v) SEQ ID NO: 109,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6437356、(ii) SEQ ID NO: 16、(iii) SEQ ID NO: 47、(iv) SEQ ID NO: 78、(v) SEQ ID NO: 109,或(vi) (i)-(v)之組合組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs6745185,(ii) SEQ ID NO: 17,(iii) SEQ ID NO: 48,(iv) SEQ ID NO: 79,(v) SEQ ID NO: 110,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6745185,(ii) SEQ ID NO: 17,(iii) SEQ ID NO: 48,(iv) SEQ ID NO: 79,(v) SEQ ID NO: 110,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 48、(ii) SEQ ID NO: 79、(iii) SEQ ID NO: 110,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs6745185中之「C」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs6745185中之「C」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 79或SEQ ID NO: 110及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 48、SEQ ID NO: 79或SEQ ID NO: 110之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs6745185、(ii) SEQ ID NO: 17、(iii) SEQ ID NO: 48、(iv) SEQ ID NO: 79、(v) SEQ ID NO: 110,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6745185,(ii) SEQ ID NO: 17,(iii) SEQ ID NO: 48,(iv) SEQ ID NO: 79,(v) SEQ ID NO: 110,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676407,(ii) SEQ ID NO: 18,(iii) SEQ ID NO: 49,(iv) SEQ ID NO: 80,(v) SEQ ID NO: 111,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676407,(ii) SEQ ID NO: 18,(iii) SEQ ID NO: 49,(iv) SEQ ID NO: 80,(v) SEQ ID NO: 111,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 49、(ii) SEQ ID NO: 80、(iii) SEQ ID NO: 111,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676407中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676407中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 80或SEQ ID NO: 111及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 49、SEQ ID NO: 80或SEQ ID NO: 111之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676407、(ii) SEQ ID NO: 18、(iii) SEQ ID NO: 49、(iv) SEQ ID NO: 80、(v) SEQ ID NO: 111,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676407,(ii) SEQ ID NO: 18,(iii) SEQ ID NO: 49,(iv) SEQ ID NO: 80,(v) SEQ ID NO: 111,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs2953156,(ii) SEQ ID NO: 19,(iii) SEQ ID NO: 50,(iv) SEQ ID NO: 81,(v) SEQ ID NO: 112,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2953156,(ii) SEQ ID NO: 19,(iii) SEQ ID NO: 50,(iv) SEQ ID NO: 81,(v) SEQ ID NO: 112,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 50、(ii) SEQ ID NO: 81、(iii) SEQ ID NO: 112,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs2953156中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs2953156中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 81或SEQ ID NO: 112及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 50、SEQ ID NO: 81或SEQ ID NO: 112之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs2953156、(ii) SEQ ID NO: 19、(iii) SEQ ID NO: 50、(iv) SEQ ID NO: 81、(v) SEQ ID NO: 112,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2953156,(ii) SEQ ID NO: 19,(iii) SEQ ID NO: 50,(iv) SEQ ID NO: 81,(v) SEQ ID NO: 112,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4335944,(ii) SEQ ID NO: 20,(iii) SEQ ID NO: 51,(iv) SEQ ID NO: 82,(v) SEQ ID NO: 113,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4335944,(ii) SEQ ID NO: 20,(iii) SEQ ID NO: 51,(iv) SEQ ID NO: 82,(v) SEQ ID NO: 113,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 51、(ii) SEQ ID NO: 82、(iii) SEQ ID NO: 113,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4335944中之「C」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4335944中之「C」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 82或SEQ ID NO: 113及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 51、SEQ ID NO: 82或SEQ ID NO: 113之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4335944、(ii) SEQ ID NO: 20、(iii) SEQ ID NO: 51、(iv) SEQ ID NO: 82、(v) SEQ ID NO: 113,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4335944、(ii) SEQ ID NO: 20、(iii) SEQ ID NO: 51、(iv) SEQ ID NO: 82、(v) SEQ ID NO: 113,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs73999973,(ii) SEQ ID NO: 21,(iii) SEQ ID NO: 52,(iv) SEQ ID NO: 83,(v) SEQ ID NO: 114,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs73999973,(ii) SEQ ID NO: 21,(iii) SEQ ID NO: 52,(iv) SEQ ID NO: 83,(v) SEQ ID NO: 114,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 52、(ii) SEQ ID NO: 83、(iii) SEQ ID NO: 114,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs73999973中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs73999973中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 52、SEQ ID NO: 83或SEQ ID NO: 114及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 52、SEQ ID NO: 83或SEQ ID NO: 114之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs73999973、(ii) SEQ ID NO: 21、(iii) SEQ ID NO: 52、(iv) SEQ ID NO: 83、(v) SEQ ID NO: 114,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs73999973,(ii) SEQ ID NO: 21,(iii) SEQ ID NO: 52,(iv) SEQ ID NO: 83,(v) SEQ ID NO: 114,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676410,(ii) SEQ ID NO: 22,(iii) SEQ ID NO: 53,(iv) SEQ ID NO: 84,(v) SEQ ID NO: 115,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676410,(ii) SEQ ID NO: 22,(iii) SEQ ID NO: 53,(iv) SEQ ID NO: 84,(v) SEQ ID NO: 115,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 53、(ii) SEQ ID NO: 84、(iii) SEQ ID NO: 115,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676410中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676410中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 53、SEQ ID NO: 84或SEQ ID NO: 115及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 53、SEQ ID NO: 84或SEQ ID NO: 115之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676410、(ii) SEQ ID NO: 22、(iii) SEQ ID NO: 53、(iv) SEQ ID NO: 84、(v) SEQ ID NO: 115,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676410,(ii) SEQ ID NO: 22,(iii) SEQ ID NO: 53,(iv) SEQ ID NO: 84,(v) SEQ ID NO: 115,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676405,(ii) SEQ ID NO: 23,(iii) SEQ ID NO: 54,(iv) SEQ ID NO: 85,(v) SEQ ID NO: 116,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676405,(ii) SEQ ID NO: 23,(iii) SEQ ID NO: 54,(iv) SEQ ID NO: 85,(v) SEQ ID NO: 116,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 54、(ii) SEQ ID NO: 85、(iii) SEQ ID NO: 116,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs4676405中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs4676405中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 85或SEQ ID NO: 116及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 54、SEQ ID NO: 85或SEQ ID NO: 116之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs4676405、(ii) SEQ ID NO: 23、(iii) SEQ ID NO: 54、(iv) SEQ ID NO: 85、(v) SEQ ID NO: 116,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs4676405,(ii) SEQ ID NO: 23,(iii) SEQ ID NO: 54,(iv) SEQ ID NO: 85,(v) SEQ ID NO: 116,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎性疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs2953154,(ii) SEQ ID NO: 24,(iii) SEQ ID NO: 55,(iv) SEQ ID NO: 86,(v) SEQ ID NO: 117,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35的基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2953154,(ii) SEQ ID NO: 24,(iii) SEQ ID NO: 55,(iv) SEQ ID NO: 86,(v) SEQ ID NO: 117,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 55、(ii) SEQ ID NO: 86、(iii) SEQ ID NO: 117,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs2953154中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs2953154中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 86或SEQ ID NO: 117及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 55、SEQ ID NO: 86或SEQ ID NO: 117之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs2953154、(ii) SEQ ID NO: 24、(iii) SEQ ID NO: 55、(iv) SEQ ID NO: 86、(v) SEQ ID NO: 117,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs2953154,(ii) SEQ ID NO: 24,(iii) SEQ ID NO: 55,(iv) SEQ ID NO: 86,(v) SEQ ID NO: 117,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs6732874,(ii) SEQ ID NO: 25,(iii) SEQ ID NO: 56,(iv) SEQ ID NO: 87,(v) SEQ ID NO: 118,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6732874,(ii) SEQ ID NO: 25,(iii) SEQ ID NO: 56,(iv) SEQ ID NO: 87,(v) SEQ ID NO: 118,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 56、(ii) SEQ ID NO: 87、(iii) SEQ ID NO: 118,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs6732874中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs6732874中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 87或SEQ ID NO: 118及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 56、SEQ ID NO: 87或SEQ ID NO: 118之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs6732874、(ii) SEQ ID NO: 25、(iii) SEQ ID NO: 56、(iv) SEQ ID NO: 87、(v) SEQ ID NO: 118,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6732874,(ii) SEQ ID NO: 25,(iii) SEQ ID NO: 56,(iv) SEQ ID NO: 87,(v) SEQ ID NO: 118,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs55862430,(ii) SEQ ID NO: 26,(iii) SEQ ID NO: 57,(iv) SEQ ID NO: 88,(v) SEQ ID NO: 119,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含特異性使核酸探針與來自該個體之生物樣品雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs55862430,(ii) SEQ ID NO: 26,(iii) SEQ ID NO: 57,(iv) SEQ ID NO: 88,(v) SEQ ID NO: 119,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 57、(ii) SEQ ID NO: 88、(iii) SEQ ID NO: 119,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs55862430中之「G」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs55862430中之「G」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 88或SEQ ID NO: 119及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 57、SEQ ID NO: 88或SEQ ID NO: 119之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs55862430、(ii) SEQ ID NO: 26、(iii) SEQ ID NO: 57、(iv) SEQ ID NO: 88、(v) SEQ ID NO: 119,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs55862430,(ii) SEQ ID NO: 26,(iii) SEQ ID NO: 57,(iv) SEQ ID NO: 88,(v) SEQ ID NO: 119,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs12621598,(ii) SEQ ID NO: 27,(iii) SEQ ID NO: 58,(iv) SEQ ID NO: 89,(v) SEQ ID NO: 120,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs12621598、(ii) SEQ ID NO: 27、(iii) SEQ ID NO: 58、(iv) SEQ ID NO: 89、(v) SEQ ID NO: 120,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 58、(ii) SEQ ID NO: 89、(iii) SEQ ID NO: 120,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs12621598中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs12621598中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 89或SEQ ID NO: 120及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 58、SEQ ID NO: 89或SEQ ID NO: 120之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs12621598、(ii) SEQ ID NO: 27、(iii) SEQ ID NO: 58、(iv) SEQ ID NO: 89、(v) SEQ ID NO: 120,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs12621598,(ii) SEQ ID NO: 27,(iii) SEQ ID NO: 58,(iv) SEQ ID NO: 89,(v) SEQ ID NO: 120,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs55919442,(ii) SEQ ID NO: 28,(iii) SEQ ID NO: 59,(iv) SEQ ID NO: 90,(v) SEQ ID NO: 121,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs55919442,(ii) SEQ ID NO: 28,(iii) SEQ ID NO: 59,(iv) SEQ ID NO: 90,(v) SEQ ID NO: 121,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 59、(ii) SEQ ID NO: 90、(iii) SEQ ID NO: 121,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異包含rs55919442中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs55919442中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 190或SEQ ID NO: 121及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 59、SEQ ID NO: 90或SEQ ID NO: 121之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs55919442、(ii) SEQ ID NO: 28、(iii) SEQ ID NO: 59、(iv) SEQ ID NO: 90、(v) SEQ ID NO: 121,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs55919442,(ii) SEQ ID NO: 28,(iii) SEQ ID NO: 59,(iv) SEQ ID NO: 90,(v) SEQ ID NO: 121,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs74991608、(ii) SEQ ID NO: 29、(iii) SEQ ID NO: 60、(iv) SEQ ID NO: 91、(v) SEQ ID NO: 122,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs74991608、(ii) SEQ ID NO: 29、(iii) SEQ ID NO: 60、(iv) SEQ ID NO: 91、(v) SEQ ID NO: 122,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 60、(ii) SEQ ID NO: 91、(iii) SEQ ID NO: 122,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs74991608中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs74991608中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 91或SEQ ID NO: 122及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 60、SEQ ID NO: 91或SEQ ID NO: 122之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs74991608、(ii) SEQ ID NO: 29、(iii) SEQ ID NO: 60、(iv) SEQ ID NO: 91、(v) SEQ ID NO: 122,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs74991608、(ii) SEQ ID NO: 29、(iii) SEQ ID NO: 60、(iv) SEQ ID NO: 91、(v) SEQ ID NO: 122,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs34826997,(ii) SEQ ID NO: 30,(iii) SEQ ID NO: 61,(iv) SEQ ID NO: 92,(v) SEQ ID NO: 123,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs34826997,(ii) SEQ ID NO: 30,(iii) SEQ ID NO: 61,(iv) SEQ ID NO: 92,(v) SEQ ID NO: 123,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 61、(ii) SEQ ID NO: 92、(iii) SEQ ID NO: 123,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs34826997中之「T」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs34826997中之「T」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 92或SEQ ID NO: 123及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 61、SEQ ID NO: 92或SEQ ID NO: 123之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs34826997、(ii) SEQ ID NO: 30、(iii) SEQ ID NO: 61、(iv) SEQ ID NO: 92、(v) SEQ ID NO: 123,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs34826997,(ii) SEQ ID NO: 30,(iii) SEQ ID NO: 61,(iv) SEQ ID NO: 92,(v) SEQ ID NO: 123,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
(1)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含:(i) rs6437364,(ii) SEQ ID NO: 31,(iii) SEQ ID NO: 62,(iv) SEQ ID NO: 93,(v) SEQ ID NO: 124,或(vi) (i)-(v)之組合;且若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。(2)如實施例1之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(3)如實施例1或2之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(4)如實施例1至3中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。(5)如實施例1至4中任一例之方法,其中測定或已測定包含對該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(6)如實施例5之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6437364,(ii) SEQ ID NO: 31,(iii) SEQ ID NO: 62,(iv) SEQ ID NO: 93,(v) SEQ ID NO: 124,或(vi) (i)-(v)之組合。(7)一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與靶核酸雜交且擴增靶核酸,但不擴增不包含核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該核酸包含(i) SEQ ID NO: 62、(ii) SEQ ID NO: 93、(iii) SEQ ID NO: 124,或(iv) (i)-(iii)之組合;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。(8)如實施例7之引子對,其中該核苷酸變異體包含rs6437364中之「A」對偶基因。(9)如實施例7或實施例8之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。(10)一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含rs6437364中之「A」對偶基因,且其中該探針包含可偵測標記。(11)包含SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 93或SEQ ID NO: 124及可偵測標記之核酸探針。(12)包含SEQ ID NO: 62、SEQ ID NO: 93或SEQ ID NO: 124之至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記的核酸探針。(13)一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中之GPR35基因型的缺乏來確定該個體是否達成治療益處;(c)若個體達成治療益處,則繼續投與GPR35活性或表現調節劑,且若個體未達成治療益處,則中斷投與GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含:(i) rs6437364、(ii) SEQ ID NO: 31、(iii) SEQ ID NO: 62、(iv) SEQ ID NO: 93、(v) SEQ ID NO: 124,或(vi) (i)-(v)之組合。(14)如實施例13之方法,其中該測定包含對來自該個體之生物樣品執行或已執行基因分型分析。(15)如實施例14之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體之生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與以下特異性雜交:(i) rs6437364,(ii) SEQ ID NO: 31,(iii) SEQ ID NO: 62,(iv) SEQ ID NO: 93,(v) SEQ ID NO: 124,或(vi) (i)-(v)之組合。(16)如實施例13至15中任一例之方法,其中該發炎疾病或病症為IBD、CD、UC,或指示產生IBD、CD或UC之亞臨床表型的病症。舉例而言,亞臨床表型包括狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置(例如迴腸、結腸、迴腸結腸、上GI、直腸)、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病),及其任何組合。(17)如實施例13至16中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。(18)如實施例13至17中任一例之方法,其中GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
Claims (27)
- 一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)測定或已測定來自該個體之生物樣品中存在GPR35基因型,其中該GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP);及(b)若該個體具有該GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑。
- 一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:若來自該個體之生物樣品已測定包含GPR35基因型,則向該個體投與GPR35活性或表現調節劑,其中該GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP)。
- 如請求項1或請求項2之方法,其中該發炎疾病或病症包含發炎性腸病(IBD)。
- 如請求項1或請求項2之方法,其中該發炎疾病或病症包含指示產生發炎性腸病之亞臨床表型的病症。
- 如請求項4之方法,其中該亞臨床表型包含以下中之至少一者:狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病(Bechterew's disease))。
- 如請求項5之方法,其中該疾病位置包含迴腸、結腸、迴腸結腸、上部GI及直腸中之至少一者。
- 如請求項1至6中任一項之方法,其中該GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。
- 如請求項1至7中任一項之方法,其中該GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
- 如請求項1至8中任一項之方法,其中測定或已測定包含對來自該個體之該生物樣品執行或已執行基因分型分析。
- 如請求項9之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體的該生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在,其中該核酸探針與選自SEQ ID NO: 63-124的序列特異性雜交。
- 一種引子對,其經設計以與包含核苷酸變異體之GPR35基因型中之靶核酸黏接,其中該引子對在核酸擴增分析中選擇性地與該靶核酸雜交且擴增該靶核酸,但不擴增不包含該核苷酸變異體之GPR35基因型中的相應野生型核酸,其中該靶核酸包含選自SEQ ID NO: 63-124之序列;且其中該引子對中之一或多個引子包含至少一個非天然存在之核鹼基、肽核酸或標記。
- 如請求項11之引子對,其中該核苷酸變異體包含:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因。
- 如請求項12或請求項13之引子對,其中該核酸擴增分析包含聚合酶鏈反應。
- 一種核酸探針,其經設計以偵測GPR35基因型內之核苷酸變異體,其中偵測係基於與該核苷酸變異體的特異性雜交,且其中該核苷酸變異體包含:(i) rs113435444中之「G」對偶基因、(ii) rs3749171中之「A」對偶基因、(iii) rs4676406中之「A」對偶基因、(iv) rs4676399中之「C」對偶基因、(v) rs2975782中之「A」對偶基因、(vi) rs3749172中之「C」對偶基因、(vii) rs79844648中之「G」對偶基因、(viii) rs4676402中之「A」對偶基因、(ix) rs2975780中之「A」對偶基因、(x) rs4676396中之「A」對偶基因、(xi) rs6735672中之「A」對偶基因、(xii) rs34228697中之「A」對偶基因、(xiii) rs4676401中之「A」對偶基因、(xiv) rs2975786中之「G」對偶基因、(xv) rs4676346中之「A」對偶基因、(xvi) rs6437356中之「A」對偶基因、(xvii) rs6745185中之「C」對偶基因、(xviii) rs4676407中之「G」對偶基因、(xix) rs2953156中之「G」對偶基因、(xx) rs4335944中之「C」對偶基因、(xxi) rs73999973中之「A」對偶基因、(xxii) rs4676410中之「A」對偶基因、(xxiii) rs4676405中之「G」對偶基因、(xxiv) rs2953154中之「G」對偶基因、(xxv) rs6732874中之「A」對偶基因、(xxvi) rs55862430中之「G」對偶基因、(xxvii) rs12621598中之「A」對偶基因、(xxviii) rs55919442中之「A」對偶基因、(xxix) rs74991608中之「A」對偶基因,或(xxx) rs34826997中之「T」對偶基因;且其中該探針包含可偵測標記。
- 一種核酸探針,其包含選自SEQ ID NO: 32-124之序列及可偵測標記。
- 一種核酸探針,其包含選自SEQ ID NO: 32-124之序列中的至少約10、15、20或25個鄰接核鹼基及可偵測標記。
- 一種治療患有發炎疾病或病症之個體的方法,該方法包含:(a)向該個體投與GPR35活性或表現調節劑;(b)藉由測定來自該個體之生物樣品中不存在GPR35基因型來確定該個體是否達成治療益處;(c)若該個體達成治療益處,則繼續投與該GPR35活性或表現調節劑,且若該個體未達成治療益處,則中斷投與該GPR35調節劑;其中該GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP)。
- 如請求項17之方法,其中該測定包含對來自該個體之該生物樣品執行或已執行基因分型分析。
- 如請求項18之方法,其中該基因分型分析包含使核酸探針與來自該個體的該生物樣品特異性雜交以偵測該GPR35基因型之存在或不存在,其中該核酸探針與選自SEQ ID NO: 63-124的序列特異性雜交。
- 如請求項17至19中任一項之方法,其中該發炎疾病或病症包含發炎性腸病(IBD)。
- 如請求項17至20中任一項之方法,其中該發炎疾病或病症包含指示產生發炎性腸病之亞臨床表型的病症。
- 如請求項21之方法,其中該亞臨床表型包含以下中之至少一者:狹窄、非狹窄、穿透、狹窄及穿透、對抗TNFα療法無反應、對TNFα療法的反應減少、進展至初次手術的時間、進展至二次手術的時間、疾病位置、肛周CD、醫學上難治性UC、全結腸炎、關節痛及脊椎炎(別赫捷列夫氏病)。
- 如請求項22之方法,其中該疾病位置包含迴腸、結腸、迴腸結腸、上部GI及直腸中之至少一者。
- 如請求項17至23中任一項之方法,其中該GPR35活性或表現調節劑為GPR35活化劑。
- 如請求項17至24中任一項之方法,其中該GPR35活性或表現調節劑包含選自式I-XXVI之化合物。
- 一種選自式I-XXVI之化合物用於治療個體的用途,該個體經測定包含指示產生發炎性腸病亞臨床表型之病症,其中該亞臨床表型包含以下中之一或多者:非狹窄疾病、狹窄疾病、狹窄及穿透疾病、穿透疾病、對抗TNFα療法之治療無反應、對抗TNFα療法的反應減少、肛周克羅恩氏病(pCD),及較快進展至手術。
- 一種選自式I-XXVI之化合物用於治療個體的用途,該個體包含的GPR35基因型包含位於選自SEQ ID NO: 63-124之序列中之核鹼基16處的單核苷酸多形現象(SNP)。
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