SU721452A1 - Method of preparing oligonucleotide 5'-mono- or polyphosphate amides at terminal phosphate group - Google Patents
Method of preparing oligonucleotide 5'-mono- or polyphosphate amides at terminal phosphate group Download PDFInfo
- Publication number
- SU721452A1 SU721452A1 SU772491732A SU2491732A SU721452A1 SU 721452 A1 SU721452 A1 SU 721452A1 SU 772491732 A SU772491732 A SU 772491732A SU 2491732 A SU2491732 A SU 2491732A SU 721452 A1 SU721452 A1 SU 721452A1
- Authority
- SU
- USSR - Soviet Union
- Prior art keywords
- mmol
- oligonucleotides
- mono
- amides
- reaction
- Prior art date
Links
Landscapes
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Description
Изобретение относится к усовершенствованному способу получения амидов Si-моно- или полифосфатов олигонуклеотидов по концевой фосфатной группе, которые находят широкое применение в молекулярной биологии для исследования матричных реакций, особенно комплементарно адресованной модификации нуклеиновых кислот, а также в качестве аффинных реагентов.The invention relates to an improved method for producing amides of Si mono- or polyphosphates of oligonucleotides at the terminal phosphate group, which are widely used in molecular biology for the study of matrix reactions, especially for complementary targeted modifications of nucleic acids, as well as affinity reagents.
( Известны способы получения амидов 5-монофосфатов олигонуклеотидов по концевой фосфатной группе с помощью дициклогексилкарбодиимида [1] или дифенилхлор— фосфата . ( Known methods for producing amides of 5-monophosphates of oligonucleotides at the terminal phosphate group using dicyclohexylcarbodiimide [1] or diphenylchlorophosphate.
Оба способа сопровождаются значительной побочной реакцией по межнуклеотидным фосфатным группам, возрастающей с увеличением длины олигонуклеотида.Both methods are accompanied by a significant adverse reaction in internucleotide phosphate groups, increasing with increasing length of the oligonucleotide.
Известен также способ получения амидов 5—моно— или полифосфатов олигонуклеотидов [з], основанный на активации концевой фосфатной группы 5-моно— Фосфатов олиго нуклеотидов превоащениемThere is also a method of producing amides of 5-mono- or polyphosphates of oligonucleotides [h], based on the activation of the terminal phosphate group of 5-mono-phosphates of oligonucleotides by conversion
......' ‘ ее в смешанный ангидрид при действии избытка хлорангидрвда 2,4,6—триметилбензойной кислоты в сухом пиридине в течение 20-30 мин и последующем взаимодействии смешанного ангидрида с аминами в течение 2-Зх суток в воде или 18—20 ч в сухом диметилформамиде. Выходы как смешанных ангидридов, так и 5—амидов олигонуклеотидов составляют 60-90 %. Синтезированные амиды выделяют хроматографией на бумаге. Но синтез 51-амвдов олигонуклеотидов - двухстадийный процесс в разных растворителях, продолжительность реакции смешанных ангидридов олигонуклеотидов с аминами в воде 2-3 суток, в диметилформамиде 18-20 ч, т.е. значительная, к тому же синтез осложняется побочной реакцией по межнуклеотидным фосфатным группам, приводящей в рибо—серии к внутримолекулярному фосфорилированию...... '' it into mixed anhydride by the action of an excess of 2,4,6-hlorangidrvda trimetilbenzoynoy acid in dry pyridine for 20-30 minutes and subsequently reacting the mixed anhydride with amines for 2-W x days in water or 18-20 hours in dry dimethylformamide. The yields of both mixed anhydrides and 5-amides of oligonucleotides are 60-90%. The synthesized amides are isolated by paper chromatography. But the synthesis of 51-amvd oligonucleotides is a two-stage process in different solvents, the reaction time of mixed oligonucleotide anhydrides with amines in water is 2-3 days, in dimethylformamide 18-20 hours, i.e. significant, moreover, the synthesis is complicated by a side reaction of internucleotide phosphate groups, leading to intramolecular phosphorylation in the ribo-series
2-гидроксила, а затем к изомеризации или разрывам межнуклеотидной связи.2-hydroxyl, and then to isomerization or rupture of the internucleotide bond.
Целью изобретения является упрощение процесса.The aim of the invention is to simplify the process.
Поставленная цель достигается тем, что амиды 5-моно— или полифосфатов олигонуклеотидов по концевой фосфатной группе получают при проведении реакции в смеси три— или тетраалкиламмониевой соли 5-моно- или полифосфатов олигонуклеотидов в сухом полярном апротонном растворителе (диметилформамид, диметилсульфоксид, пиридин), 3-5-кратного избытка конденсирующего агента трифенилфосфина-2,2' -дипиридилдисульфида, и 5-10-кратного избытка амина (рКа>5). Процесс обычно идет в течение 2-4 ч при комнатной температуре. Целевые продукты выделяют обычными приемами; осаждением реакционной смеси в эфир или ионнообменной хроматографией. Выход целевого продукта в обоих случаях не менее 80%.This goal is achieved in that the amides of 5-mono- or polyphosphates of oligonucleotides at the terminal phosphate group are obtained by reaction in a mixture of tri- or tetraalkylammonium salts of 5-mono- or polyphosphates of oligonucleotides in a dry polar aprotic solvent (dimethylformamide, dimethyl sulfoxide, pyridine), 3 A 5-fold excess of a triphenylphosphine-2,2'-dipyridyl disulfide condensing agent; and a 5-10-fold excess of an amine (pKa> 5). The process usually takes 2-4 hours at room temperature. Target products are distinguished by conventional methods; precipitation of the reaction mixture in ether or ion exchange chromatography. The yield of the target product in both cases is not less than 80%.
Пример 1. Синтез 5—пиперидида тридезокситимидилата.Example 1. Synthesis of 5-piperidide trideoxythymidylate.
210 ОЕгб7 (7,1 мкмоль) триэтил—* аммониевой соли (dpT растворяют в 0,2 мл сухого пиридина, добавляют к раствору 4 мкл (50 ммоль) пиперидина, 8 мг (30 ммоль) трифенилфосфина,210 OE GB7 (7.1 μmol) of triethyl * ammonium salt (dpT is dissolved in 0.2 ml of dry pyridine, 4 μl (50 mmol) of piperidine, 8 mg (30 mmol) of triphenylphosphine are added to the solution,
6,6 Мг (30 ммоль) 2,2*—дипиридилди— сульфида и выдерживают в течение 3 ч при комнатной температуре. Реакционную смесь добавляют к 10 мл эфира, осадок отделяют центрифугированием, промывают эфиром (3x5 мл), высушивают в вакууме. Выход 170 ОЕ2б7 (88%). По данным микроколоночной хроматографии на ДЭАЭ-целлюлозе в системе ТомлинсонаТенера препарат содержит 96% целевого продукта и 4% (dpT)3; по данным тонкослойной хроматографии на целлюлозных пластинках Eastman-kodak в системе изопропанол:аммиак:вода - 7:1:2 препарат содержит два вещества с Rf 0,75 (целевой продукт) и Rf 0,41 (dpT3, следы).6.6 Mg (30 mmol) of 2.2 * dipyridyldi sulfide and incubated for 3 hours at room temperature. The reaction mixture was added to 10 ml of ether, the precipitate was separated by centrifugation, washed with ether (3x5 ml), dried in vacuum. Yield 170 OE 2b7 (88%). According to microcolumn chromatography on DEAE cellulose in the TomlinsonTener system, the preparation contains 96% of the target product and 4% (dpT) 3 ; according to thin-layer chromatography on Eastman-kodak cellulose plates in the isopropanol: ammonia: water - 7: 1: 2 system, the preparation contains two substances with Rf 0.75 (target product) and Rf 0.41 ( d pT 3 , traces).
Пример 2. Синтез р -морфолида 5-пирофосфата тридезокситимидилата.Example 2. Synthesis of p-morpholide 5-pyrophosphate trideoxythymidylate.
100 ОЕ (3 ммоль) триэтиламмо^ниевой соли 5 —пирофосфата тридезокситимидилата (dppTpTpT) растворяют в 0,1 мл диметилсульфоксида, добавляют к раствору 2 мкл (25 ммоль) морфолина, 5,4 мг (20 ммоль) трифенилфосфина, 4,4 мг (20 ммоль) 2,2'-дипиридилсульфида и выдерживают в течение 2 ч при комнатной температуре. Реакционную смесь разбавляют водой до 3 мл и100 OE (3 mmol) of triethylammonium salt of 5-trideoxythymidylate pyrophosphate (dppTpTppT) is dissolved in 0.1 ml of dimethyl sulfoxide, 2 μl (25 mmol) of morpholine, 5.4 mg (20 mmol) of triphenylphosphine, 4.4 mg are added to the solution (20 mmol) of 2,2'-dipyridyl sulfide and incubated for 2 hours at room temperature. The reaction mixture was diluted with water to 3 ml and
721452 А экстрагируют эфиром (6x2 мл). Аликвоту водного слоя анализируют хроматографией на бумаге в системе этанол-1М аиетат аммония, pH 7,5 (7;3). Сбнару— 5 жено два пятна с RI 0,24 (целевой продукт) и R1 0,08 (dppTpTpT, следы). По данным микроколоночной хроматографии на ДЭАЭ-целлюлозе в системе Томлинсона-Тенера препарат (водный Ю .слой) содержит 95% целевого продукта.721452 A was extracted with ether (6x2 ml). An aliquot of the aqueous layer is analyzed by paper chromatography in the ethanol-1M ammonium aietate system, pH 7.5 (7; 3). Sbnaru — 5 wife with two spots with RI 0.24 (target product) and R1 0.08 (dppTpTpT, traces). According to microcolumn chromatography on DEAE-cellulose in the Tomlinson-Tenera system, the preparation (aqueous Yu. Layer) contains 95% of the target product.
Выход 82 OEt6? (82%).Output 82 OE t6? (82%).
Пример 3 . Синтез 5^-бензиламида дидеэокситимидилата.Example 3 Synthesis of 5 ^ -benzylamide dideoxythymidylate.
100 мг (0,11 ммоль) триэтиламмо— ,нийной соли (dpT)4 растворяют в 1 мл сухого пиридина, добавляют к раствору 100 мкл (0,9 ммоль) бензиламина, 66 мг (0,3 ммоль) 2,2-дипиридилди— 20 сульфида, 78 мг (0,3 ммоль) трифенилфосфина и выдерживают в течение 2 ч при комнатной температуре. В спектре ЯМР—реакционной смеси наблюдаются сигналы с химсдвигами + 1,9 м.д.100 mg (0.11 mmol) of triethylammonium, niya salt (dpT) 4 is dissolved in 1 ml of dry pyridine, 100 μl (0.9 mmol) of benzylamine are added to the solution, 66 mg (0.3 mmol) of 2,2-dipyridyldi - 20 sulfide, 78 mg (0.3 mmol) of triphenylphosphine and incubated for 2 hours at room temperature. In the NMR spectrum of the reaction mixture, signals with chemical shifts of + 1.9 ppm are observed.
25 (межнуклеотидный фосфат) и -7,1 м.д. (5'-концевой амидоэфирный фосфат), соотношение интенсивностей 1:1, а также сигнал трифенилфосфинокиси (-25,7 м.д.) Реакционную смесь добавляют к 25 мл 30 эфира, осадок отделяют центрифугированием, промывают эфиром (4x10 мл), высушивают в вакууме. Выход 100 мг (100%). Гомогенность препарата подтверждается ГСХ на пластинке SifufoP в системе CHjCN - Н^О (4:1), 0,33. 25 (internucleotide phosphate) and -7.1 ppm (5'-terminal amide ester phosphate), intensity ratio 1: 1, as well as triphenylphosphine oxide signal (-25.7 ppm). The reaction mixture was added to 25 ml of 30 ether, the precipitate was separated by centrifugation, washed with ether (4x10 ml), dried in a vacuum. Yield 100 mg (100%). The homogeneity of the drug is confirmed by GC on a SifufoP plate in the system CHjCN - H ^ O (4: 1), 0.33.
Claims (3)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SU772491732A SU721452A1 (en) | 1977-06-03 | 1977-06-03 | Method of preparing oligonucleotide 5'-mono- or polyphosphate amides at terminal phosphate group |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SU772491732A SU721452A1 (en) | 1977-06-03 | 1977-06-03 | Method of preparing oligonucleotide 5'-mono- or polyphosphate amides at terminal phosphate group |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
SU721452A1 true SU721452A1 (en) | 1980-03-15 |
Family
ID=20711395
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
SU772491732A SU721452A1 (en) | 1977-06-03 | 1977-06-03 | Method of preparing oligonucleotide 5'-mono- or polyphosphate amides at terminal phosphate group |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
SU (1) | SU721452A1 (en) |
-
1977
- 1977-06-03 SU SU772491732A patent/SU721452A1/en active
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2511005B2 (en) | In vitro oligonucleotide synthesis method and reagent used therefor | |
CA1268404A (en) | Polynucleotide assay reagent and method | |
US4321365A (en) | Oligonucleotides useful as adaptors in DNA cloning, adapted DNA molecules, and methods of preparing adaptors and adapted molecules | |
JP2710756B2 (en) | Novel nucleoside phosphoramidite and method for producing the same | |
US5714597A (en) | Use of carbocation scavenger during oligonucleotide synthesis | |
JP2000515546A (en) | Novel boronic acid-containing nucleic acids and their use as diagnostic agents | |
WO1990012020A1 (en) | Coumarin derivatives for use as nucleotide crosslinking reagents | |
CA2717107A1 (en) | Compounds and methods for detecting biomolecules | |
WO2002044196A1 (en) | Methods and reagents for introducing a sulfhydryl group into the 5'-terminus of rna | |
SU721452A1 (en) | Method of preparing oligonucleotide 5'-mono- or polyphosphate amides at terminal phosphate group | |
US4419509A (en) | Process for de-cyanoethylating blocked nucleotides | |
EP4282871A1 (en) | Method for modifying dna with glycosidase and oxylamine compound | |
US5004809A (en) | Nitroxide labeled nucleotides and nitroxide labeled hybridization probes | |
US5218102A (en) | Nucleic acid probe containing a terminal carbamyl linking non-radioactive labeling and preparating processes | |
JP4514330B2 (en) | Supramolecular pairing system, its manufacture and use | |
Legler et al. | Synthesis, from nojirimycin, of N1-alkyl-d-gluconamidines as potential glucosidase inhibitors | |
JPH07188278A (en) | Nucleoside for synthesizing oligonucleoside, and nucleoside derivative with protective group enzymatically cuttable | |
JPH01500353A (en) | Nucleic acid detection probe containing 2'-deoxyadenosine derivative | |
CA3141195A1 (en) | Process for the preparation of oligonucleotides using modified oxidation protocol. | |
US6211354B1 (en) | Optically active DNA probe having phosphonic diester linkage | |
US5859259A (en) | Activated esters of 1-phenylpyrazolin-5-one for labeling amine-functionalized molecules | |
US20040101839A1 (en) | Novel functional peptide nucleic acid monomer and process for producing the same | |
Stolze et al. | Synthesis of 3′‐Sugar‐and Base‐Modified Nucleotides and Their Application as Potent Chain Terminators in DNA Sequencing | |
Frieden et al. | Making cyclic RNAs easily available | |
SHIDA et al. | Chemical synthesis and properties of an oligodeoxyribonucleotide containing a 2-deoxyribosylformamide residue |