SU1538126A1 - Method of detecting nucleic acids - Google Patents
Method of detecting nucleic acids Download PDFInfo
- Publication number
- SU1538126A1 SU1538126A1 SU884387532A SU4387532A SU1538126A1 SU 1538126 A1 SU1538126 A1 SU 1538126A1 SU 884387532 A SU884387532 A SU 884387532A SU 4387532 A SU4387532 A SU 4387532A SU 1538126 A1 SU1538126 A1 SU 1538126A1
- Authority
- SU
- USSR - Soviet Union
- Prior art keywords
- label
- nucleic acids
- nucleic acid
- cost
- detection
- Prior art date
Links
Abstract
Изобретение относитс к молекул рной биологии и генетике и может быть использовано в других област х биологии и медицины дл нерадиоактивного лечени нуклеиновых кислот. Цель изобретени - упрощение и удешевление способа нерадиоактивного лечени и детекции нуклеиновых кислот. Сущность изобретени состоит в том, что в качестве метки к нуклеиновой кислоте присоедин ют гидразид общей формулы R - CO - NH - NH2, где R : HH2-NH-The invention relates to molecular biology and genetics and can be used in other areas of biology and medicine for the non-radioactive treatment of nucleic acids. The purpose of the invention is to simplify and reduce the cost of the method of non-radioactive treatment and detection of nucleic acids. The essence of the invention is that, as a label, a hydrazide of the general formula R - CO - NH - NH 2 is added to the nucleic acid, where R: HH 2 -NH-
NH2-NH-CO-(CH2)N-NH 2 -NH-CO- (CH 2 ) N -
N3 - @ - и дл детекции метки провод т обработку модифицированной нуклеиновой кислоты ферментом-гликопротеидом, предварительно окисленным перииодатом натри с последующим определением образующегос продукта ферментативной реакции.N 3 - @ - and for the detection of the label, the modified nucleic acid is treated with a glycoprotein enzyme previously oxidized with sodium periiodate, followed by determination of the resulting product of the enzymatic reaction.
Description
лот определ ют по интенсивности окрашивани образовавшегос продукта. Аналогичным образом определ ют гомологичные нуклеиновые кислоты после их предварительной гибридизации с меченой), ферментом нуклеиновой кислотой .The lot is determined by the intensity of staining of the resulting product. Homologous nucleic acids are determined in a similar way after their preliminary hybridization with a labeled nucleic acid enzyme.
Пример 1. Введение гидразид- ной метки в нуклеиновую кислоту.Example 1. Introduction of a hydrazide label into a nucleic acid.
А. Включение по положению С-4 цитозина. 10 мкг денатурированной ДНК раствор ют в 50 мкл воды и добавл ют 50 мкл водного раствора ди- гидразида адипиновон кислоты (концентраци 160 мг/мл) в смеси с бисульфитом натри (380 мг/мл) или водного раствора карбазида (360 мг/ /мл) с бисульфитом натри (380 мг/ /мл),Реакционную смесь инкубируют 2 ч при 37°С и провод т очистку с помощью гель-фильтрации на сефадексе G-25.A. Inclusion at the C-4 position of cytosine. 10 µg of denatured DNA is dissolved in 50 µl of water and 50 µl of an aqueous solution of adipic acid dihydrazide (concentration of 160 mg / ml) is added, mixed with sodium bisulfite (380 mg / ml) or an aqueous solution of carbazide (360 mg / ml ) with sodium bisulfite (380 mg / / ml), the reaction mixture is incubated for 2 hours at 37 ° C and purified using gel filtration on Sephadex G-25.
Б. Включение с помощью фотореагента . 10 мкг ДНК раствор ют в 50 мкл воды и добавл ют 10 мкл 0,001 М раствора гидразида А-азидо-2-нитробензой ной кислоты. Смесь облучают видимым светом в течение 30 мин и провод т гель-фильтрацию на сефадексе G-25.B. Turning on with photoreagent. 10 µg of DNA was dissolved in 50 µl of water and 10 µl of a 0.001 M solution of A-azido-2-nitrobenzoic acid hydrazide was added. The mixture is irradiated with visible light for 30 minutes and gel filtered on Sephadex G-25.
П р и м е р 2. ДНК, содержащую - гидразидные группы и контрольную немеченую ДНК, нанос т на нитроцеллю лозный фильтр в количестве 1нг-1пг и 25 нг соответственно. Фильтры прогревают 2 ч при 80°С. Далее выдерживают в буфере А (0,01М ацетат натри , рН 4,3, 0,1% твин-20) в течение . 20 мин и обрабатывают предварительно окисленной или неокисленной пер- оксидазой в течение 10 мин в буфере А без твин-20 при комнатной температуре . Окисление пероксидазы провод т обработкой периодатом натри (4 мг/мл) в течение 5 мин, после че5PRI mme R 2. DNA containing - hydrazide groups and control unlabeled DNA is applied to a nitrocellulose filter in an amount of 1ng-1pg and 25 ng, respectively. Filters are heated for 2 hours at 80 ° C. Next, incubated in buffer A (0.01 M sodium acetate, pH 4.3, 0.1% Tween-20) for. 20 min and treated with preoxidized or non-oxidized peroxidase for 10 min in buffer A without tween-20 at room temperature. The oxidation of peroxidase is carried out by treatment with sodium periodate (4 mg / ml) for 5 minutes after 5
00
5five
люлоэный фипьтр с образцами ДНК, гомологичной меченой, нанесенной в количестве 1-20 пг, и негомологичной ДНК (25 пг) обрабатывают буфером 0 Б (0,6 М NaCl, 0,002 мг/мл поливинил- пироллидон, 0,07 М натрий-фосфатный буфер, рН 7,5, 10 мкг/мл РНК,50% фор- мамид) в течение 1 ч при 37 °С. Далее провод т гибридизацию в буфере Б, содержащем ДНК, меченую- гидрази- дом (пример IA) (100 нг/мл) при 37°С в течение 16 ч. Далее фильтр отмывают буфером В (0,07 М натрий-фосфат , 0,1 М NaCl, 0,5% додецилсульфат натри , рН 7,5) при комнатной температуре 3 раза по 10 мин и буфером В, содержащим NaCl в концентрации 0,05 М при 48°С в течение 1 ч. Затем фильтры выдерживают в буфере А, содержащем 0,1 М NaCl, в течение 30 мин и обрабатывают ферментом, как описано выше..Чувствительность определени составл ет 20-50 пг при отсутствии сигнала на негомологичнойThe luloene filter with DNA samples homologous labeled, applied in an amount of 1-20 pg, and non-homologous DNA (25 pg) is treated with 0 B buffer (0.6 M NaCl, 0.002 mg / ml polyvinyl pyrrolidone, 0.07 M sodium phosphate buffer, pH 7.5, 10 μg / ml RNA, 50% formamide) for 1 hour at 37 ° C. Next, hybridization is carried out in buffer B containing DNA labeled with hydrazide (example IA) (100 ng / ml) at 37 ° C for 16 h. Next, the filter is washed with buffer B (0.07 M sodium phosphate, 0 , 1 M NaCl, 0.5% sodium dodecyl sulfate, pH 7.5) at room temperature 3 times for 10 minutes and buffer B containing NaCl at a concentration of 0.05 M at 48 ° C for 1 hour. Then the filters are kept in Buffer A containing 0.1 M NaCl for 30 minutes and treated with an enzyme as described above .. The detection sensitivity is 20-50 pg with no signal on the non-homologous
0 ДНК.0 DNA.
П р и м е р 3. Фильтры с нанесен ной ДНК, содержащей гидразидные группы (0,01 пг - 1 нг) и немеченой ДНК - 50 нг, выдерживают в буфереPRI me R 3. Filters with applied DNA containing hydrazide groups (0.01 pg - 1 ng) and unlabelled DNA - 50 ng are kept in a buffer
5 Г (0,1 М ацетат натри , рН 5,2,5 g (0.1 M sodium acetate, pH 5.2,
0,5% твин-20) в течение I ч и обрабатывают предварительно окисленной /5-галактозидачой в течение 10 мин в буфере Г без твин-20 при комнатной температуре. Окисление галактозидазы провод т обработкой периодатом натри (4 мг/мл) в течение 5 мин в 0,1 М натрий-фосфатном буфере, рН 6,5; реакцию блокируют добавлением глюкозы. Далее фермент очищают гель-фильтрацией. Фильтры отмывают буфером Д (0,1 М натрий-фосфат, рН 7,5) с добавлением 0,05% твин-20 2 раза по 5 мин и однократно буфе00.5% tween-20) for I h and treated with pre-oxidized / 5-galactoside for 10 minutes in buffer G without tween-20 at room temperature. Galactosidase oxidation is carried out by treatment with sodium periodate (4 mg / ml) for 5 minutes in 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.5; the reaction is blocked by the addition of glucose. Next, the enzyme is purified by gel filtration. The filters are washed with buffer D (0.1 M sodium phosphate, pH 7.5) with the addition of 0.05% Tween-20, 2 times for 5 minutes each time and once
5five
ром Д (5 мин). Добавл ют смесь 5-бро мо -4-хлор-3-индолил-галактозид (0,3 мг/мл) и нитротетраэолевый синий (0,4 мг/мл) в буфере Д, Инкубируют 2-4 ч. Чувствительность определени меченой ДНК составл ет 0,1 ,пг при отсутствии сигнала на контрольной пробе (50 нг).rum D (5 min). A mixture of 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-galactoside (0.3 mg / ml) and nitro tetra-eole blue (0.4 mg / ml) in buffer D is added. Incubate for 2-4 hours. Sensitivity for determination of labeled DNA is 0.1, pg with no signal on the control sample (50 ng).
Выбор фермента-гликопротеида при использовании способа определ етс особенност ми решаемых задач и может быть св зан с такими характеристиками ферментов, как стоимость, стабильность , размеры, необходимые и доступные субстраты и т.д., а также необходимый и обеспечиваемый уровень чувствительности.The choice of the enzyme glycoprotein using the method is determined by the characteristics of the tasks being solved and may be associated with such characteristics of the enzymes as cost, stability, size, necessary and available substrates, etc., as well as the necessary and ensured level of sensitivity.
Предлагаемый способ позвол ет использовать в качестве метки нуклеиновой кислоты молекулу меньшую, чем биотин примерно в 8 раз. Поскольку гидразид может быть присоединен к нуклеиновой кислоте теми же способами , что и биотин, это уменьшает загрузку меченой нуклеиновой кислоты и, следовательно, изменение ее свойств, а также существенно удешевл ет спосо Например, стоимость эквивалентных количеств реагентов при мечении нук- леиновых кислот по положению С-4 ци- тозина с использованием в качестве метки гидразида уменьшаетс более чем в 100 раз по сравнению с мечени- ем биотипом (каталог фирмы Sigma, США, 1987, сравниваютс дигидразид адипиновой кислоты и гидразид биотина ). Эффект достигаетс и вследствие отказа от необходимости использовани комплекса стрептавидин- фермент. Так, стоимость конъюгата стрептавидин-пероксидаза и перокси- дазы при одинаковой активности соотнос тс как 20:1 (каталог фирмы Sigma, США, 1987). Присоединение стрептавидина к пероксидазе увеличивает молекул рную массу молекулы- детектора в 2,5 раза. Следовательно, в предлагаемом способе молекула-детектор имеет меньшие размеры, что обеспечивает улучшение возможностиThe proposed method allows the molecule to be used as a nucleic acid label less than biotin by about 8 times. Since a hydrazide can be attached to a nucleic acid by the same methods as biotin, this reduces the loading of labeled nucleic acid and, consequently, changes in its properties, and also significantly reduces the cost of methods. For example, the cost of equivalent amounts of reagents for labeling nucleic acids by position C-4 cytosine using a hydrazide as a label is reduced by more than 100 times as compared with biotype labeling (catalog of Sigma, USA, 1987, adipic acid dihydrazide and biotin hydrazide are compared). The effect is also achieved due to the rejection of the need to use the streptavidin-enzyme complex. Thus, the cost of the streptavidin-peroxidase conjugate and peroxidase conjugate with the same activity correlates as 20: 1 (Sigma catalog, USA, 1987). Attaching streptavidin to peroxidase increases the molecular weight of the detector molecule by 2.5 times. Therefore, in the proposed method, the molecule-detector has a smaller size, which provides improved opportunities
Редактор Н.ТупицаEditor N. Tupitsa
Составитель А. Техред М.ХоданCompiled by A. Tehred M. Khodan
ее проникновени к меченой нуклеиновой кислоте. Это преимущество имеет наибольшее значение при использовании меченых нуклеиновых кислот дл гибридизации insitu.its penetration to the labeled nucleic acid. This advantage is most important when using labeled nucleic acids for in situ hybridization.
Чувствительность, обеспечиваема предлагаемым способом, аналогична чувствительности при использовании в качестве метки биотина и конъюгата стрептавидин-пероксидаза дл детекции .The sensitivity provided by the proposed method is similar to the sensitivity when using biotin and streptavidin-peroxidase conjugate for detection as a label.
Claims (1)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SU884387532A SU1538126A1 (en) | 1988-03-03 | 1988-03-03 | Method of detecting nucleic acids |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SU884387532A SU1538126A1 (en) | 1988-03-03 | 1988-03-03 | Method of detecting nucleic acids |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
SU1538126A1 true SU1538126A1 (en) | 1990-01-23 |
Family
ID=21359322
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
SU884387532A SU1538126A1 (en) | 1988-03-03 | 1988-03-03 | Method of detecting nucleic acids |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
SU (1) | SU1538126A1 (en) |
-
1988
- 1988-03-03 SU SU884387532A patent/SU1538126A1/en active
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Viscidi, RP et al.s J.Clin. Microbiol, 1986, v.23,№ 2 p.311-317 * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US7064197B1 (en) | System, array and non-porous solid support comprising fixed or immobilized nucleic acids | |
EP0151492B1 (en) | Heterologous system for the detection of labeled DNA | |
Bayer et al. | A sensitive enzyme assay for biotin, avidin, and streptavidin | |
EP0138357A2 (en) | Labeled DNA | |
Roda et al. | Chemiluminescent flow sensor for the determination of Paraoxon and Aldicarb pesticides | |
ES8507177A1 (en) | Detection of bacteria by nucleic acid hybridization, labeled probes and test kit therefore. | |
KR920003057A (en) | Kit for Specific Analysis of Angiotensin II | |
Bandyopadhyay et al. | Fluorescence and chemical studies on the interaction of Escherichia coli DNA-binding protein with single-stranded DNA | |
Roffman et al. | Selective labeling of functional groups on membrane proteins or glycoproteins using reactive biotin derivatives and 125I-streptavidin | |
JPH09504505A (en) | Pterin derivative and its production and use | |
JP2607058B2 (en) | Method for labeling polynucleotides in vivo | |
CN113340863A (en) | Enzyme-free circulating amplification aptamer sensor and preparation method and application thereof | |
SU1538126A1 (en) | Method of detecting nucleic acids | |
Holzapfel-Pschorn et al. | Sensitive methods for the determination of microbial activities in water samples using fluorigenic substrates | |
McAllister et al. | Involvement of sulfhydryl groups in the binding of tRNA to reticulocyte ribosomes | |
US4546076A (en) | Enzymatic process for the determination of beta-lactam antibiotics | |
Subramani et al. | Ligand-promoted weakening of intersubunit bonding domains in aspartate transcarbamoylase | |
CN112697763B (en) | Method for detecting streptomycin based on dye GelRed label-free aptamer sensor and application | |
Vary | Triple-helical capture assay for quantification of polymerase chain reaction products | |
JPH02216055A (en) | Detection of compound containing carbohydrate | |
US6096508A (en) | Method of reducing background in biotin-based assays | |
EP0408463A1 (en) | Chemiluminescent compositions, chemiluminescent processes and their uses in analytical assays | |
Shapiro et al. | An assay for activity of arogenate dehydratase based upon the selective oxidation of arogenate | |
Johnson et al. | Affinity labeling of eukaryotic elongation factors using N ε-bromoacetyl-Lys-tRNA | |
Smith et al. | Use of 5-nitroindole-2′-deoxyribose-5′-triphosphate for labelling and detection of oligonucleotides |