SU1041547A1 - Process for removing cyanethyl protective group from derivatives of mono- and dinucleotides - Google Patents
Process for removing cyanethyl protective group from derivatives of mono- and dinucleotides Download PDFInfo
- Publication number
- SU1041547A1 SU1041547A1 SU813362826A SU3362826A SU1041547A1 SU 1041547 A1 SU1041547 A1 SU 1041547A1 SU 813362826 A SU813362826 A SU 813362826A SU 3362826 A SU3362826 A SU 3362826A SU 1041547 A1 SU1041547 A1 SU 1041547A1
- Authority
- SU
- USSR - Soviet Union
- Prior art keywords
- mono
- derivatives
- cyanethyl
- dinucleotides
- protective group
- Prior art date
Links
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Saccharide Compounds (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
Abstract
СПОСОБ УДАЛЕНИЯ ЦИАНЭТИЛЬНОЙ ЗАЩИТНОЙ ГРУППЫ С ПРОИЗВОДНЫХ МОНОИ ДИНУКЛЕОТИДОВ общей формулы ОО IIII R-d(К О-Р-О ) О-Р-О-СН СНjCN, I OR OR где N - защищенный по гетероциклическому дру нуклеозид,R - монометркситритильна или диметокситритильна 5-0защитна группа; хлорфенильна группа; или 1 путем обработки их органическим основанием в среде органического растворител , отличающийс тем, что, с целью интенсификации процесса, в качестве органического основани используют 2%-ный раствор пентаметилгуанидина в безводном диок .сане.METHOD OF REMOVING A CYANETHYL PROTECTIVE GROUP WITH DERIVATIVE MONOUS DYNUCLEOTIDES OF THE GENERAL FORM OO IIII Rd (K O-RO-O) O-RO-O-CH CHjCN, I OR OR 0 protected group; chlorophenyl group; or 1 by treating them with an organic base in an organic solvent medium, characterized in that, in order to intensify the process, a 2% solution of pentamethylguanidine in anhydrous diode is used as an organic base.
Description
СПSP
« vi Изобретение относитс к химическому синтезу фрагментов нуклеиновых кислот, а именно к усовершенствован ному способу удалени концевой циан этильной защитной группы фосфата с производных моно- и динуклеотидов общей формулы 0 О ( -О) N -0-/i-0-CH 1 I 22 OR OR (i; где M - заищщенный no гетероцикли ческому дру нуклеозид,R- монс5метокситритильна или диметокситритИльна 5-0защитна группа;. R - хлорфенильна группа. или 1. Известен способ удалени циан-этильной защитной группы, основанны на обработке производных моно-.и олигонуклеотидов растворами неоргани . ческих оснований в безводных и водных органических растворител х. Однако этот способ может привести к частичному удалению других защитны групп и гидролизу лабильных св зей, поэтому требует хроматографической очистки целевого продукта. Наиболее близким к предлагаемому по технической сущности и достигаемс му положительному эффекту вл етс Способ удалени цианэтильной группы заключаю1дайс в обработке моно- и олигонуклеотидов формулы (1) органи ческим основанием в среде органичес кого растворител , 50%-ный раствор триэтиламина в ацетонитриле. Выход количественный . Врем проведени процесса 1 ч при комнатной температу ре, Недостатком этого способа вл ет (с продолжительность процесса. Цель изобретени - интенсификаци процесса. Поставленна цель достигаетс тем, что согласно способу удалени цианэтильной защитной группы с производных моно- и динуклеотидов общей формулы (I) путем обработки их органическим основанием в срёДе органического растворител , в качестве органического основани используют 2%-нь1й раствор пентаметилгуанидина в безводном, диоксане. Выход количественный. Врем прове дени процесса 3 мин. Пример 1. Получение з-О-ди метокситритил-Н-бенз оилДеэокСицитидин-3-О- (п-хлорфенил Лфосфата. К 40 мкмоль 5-0-диметокситритил-N-бензоилдезоксицитидин-З -0-(п-хло фенил)цианэтилфосфата в 1 мл безводного диоксана добавл ют 20 Мкл чисто го пентаметилгуанидина. Смесь выдерживают при комнатной температуре 3 мин и упаривают в вакууме. Выход., полученного хроматографически чистого продукта количественный. Продукт анализируют методом жидкостной хро матографии на силанизированном силикагеле в системе 30-60%-ный водный ацетонитрил в 0,05 М ацетате триэтиламмони . П р и м е-р 2. Децианэтилирование полимер-5-0-диметокситритилдезокситимидин-з -0-(п-хлорфенил)цианэтилфосфата . К 200 мг полистирольного полимера, содержащего 40 мкмоль ковалентно св занного 5-0-диметркситритилдезок- ситимидин-З-О- (м-хлорфенил)цианэтилфосфата , добавл ют 1 мл безводного диоксана, дегазируют раствор и прибавл ют 20 мкл чистого пентаметил- о гуанидина. Через 3 мин полимер отфильтровывают . Дл . проверки полноты децианэтилировани полимер-нуклеотид обрабатывают. 1%-ным раствором трифторуксусной кислоты в хлороформе (2-20 мл, 2 мин), промывают диоксаном (310 мл). Объединённые выт жки упаривают , раствор ют в 10 мл 1р%-ного диоксана -и хроматографируют на силанизированном силикагеле в системе 15-50%-ный водный ацетонитрил .в 0,05 М ацетате триэтиламмони . Выход дезокситимидин-3-0-(п -хлорфенил)фосфата количественный.. П р и м е р 3. Получение 5 -0-мо- . нометокситритилдезокситимидилил (3 - 5 )дeзoкcимитидин-3-0-(n-xлopфeнил фосфата. .К 40 мкмоль Б-О-мономётокситритилдезокситимидилилСЗ- 5 ) дезокситимидин-3 -О-(h-хлорфенил)цйанэтилфосфа:та в 1 мл безводного прибавл ют 20 мкл чистого пентаг етил гуанидина. Реакционную смесь выдер- живают при комнатной температуре. 3 мин, разбавл ют 20 мл 0,05 ..М ацртата триэтиламмони и анализиру1Ьт методом жидкостной хроматографии .в системе 30-60%-ный водный ацетонитрил в 0,05 М ацетате триэтиламмони . Выход продукта дeциaнэтиJ иpoвaни количественный .. Пример 4. Децианэтилирование 5-0-диметокситритилдезоксицитидилил (3 - 5)дeзoкcиaдeнoзин-3-0-(n-xлopфeннл )циaнэтилфocфaтa. Смесь 30 мкмоль 5-0-диметокситритилдезоксицитидилилСЗ 5) дезокси-i аденозин-3-0-(п -хлорфенил)цйанэтилфрсфата , 0,75 мл безводного диоксайа и 15 мкл чистого пентаметилгуанидина выдерживают 3 мин, разбавл ют 20 мл 0,05 М ацетата триэтиламмони и хроматографируют на силанизированном си-г ликагеле в системе 30-60%-ный водный ацетонитрил в 0,05 М ацетате зфиэтиламмони . Выход 5-0-диметокситритилдезоксицитидилил (3 - 5)дeзoкcиaдeн6зин-3-0- (h-хлорфенил)фосфата 98,7%."Vi The invention relates to the chemical synthesis of nucleic acid fragments, namely to an improved method for removing the terminal cyan ethyl protective phosphate group from derivatives of mono and dinucleotides of the general formula 0 O (-O) N -0- / i-0-CH 1 I 22 OR OR (i; where M is a nucleoside that is protected by a heterocyclic nucleus; R-Mons5 methoxytrityl or dimethoxytritol; 5-0 protective group; R is a chlorophenyl group or 1. A method is known for removing the cyanoethyl protective group based on the treatment of mono- .and oligonucleotides inorganic solutions base in anhydrous and aqueous organic solvents. However, this method can lead to partial removal of other protective groups and hydrolysis of labile bonds, and therefore requires chromatographic purification of the target product. The closest to the proposed technical essence is achieved The method of removing the cyanoethyl group involves the treatment of mono- and oligonucleotides of formula (1) with an organic base in organic solvent, 50% solution of triethylamine in a cetonitrile. The output is quantitative. The duration of the process is 1 hour at room temperature. The disadvantage of this method is (with the duration of the process. The purpose of the invention is to intensify the process. The goal is achieved by the method of removing the cyanoethyl protecting group from the mono and dinucleotide derivatives of the general formula (I) by processing them with an organic base in the middle of an organic solvent, as an organic base, use a 2% solution of pentamethylguanidine in anhydrous dioxane. The yield is quantitative. process 3 min. Example 1. Preparation of 3-O-di-methoxytrityl-N-benz oyl Deoxo-Sicitidin-3-O- (p-chlorophenyl L-phosphate. To 40 µmol 5-0-dimethoxytrityl-N-benzoyldesoxycytidine-3 -0- (p- 20 μl of pure pentamethylguanidine is added to 1 ml of anhydrous dioxane in 1 ml of anhydrous dioxane. The mixture is kept at room temperature for 3 minutes and evaporated in vacuo. The yield of the chromatographically pure product is quantitative. The product is analyzed by liquid chromatography on silanized silica gel in a system 30 -60% aqueous acetonitrile in 0.05 M ac Tate triethylammonium. PRI m e-p 2. Decyanethylation of the polymer-5-0-dimethoxytrityldesoxythymidine-z -0- (p-chlorophenyl) cyanoethyl phosphate. To 200 mg of a polystyrene polymer containing 40 µmol of covalently bound 5-0-dimerxytrityl-desoxythymidine-3-O- (m-chlorophenyl) cyanoethyl phosphate, add 1 ml of anhydrous dioxane, degas the solution and add 20 µl of pure guanidine pentamethyl-dioxane . After 3 minutes, the polymer is filtered off. For checks on the completeness of decyanation of the polymer-nucleotide process. 1% solution triperoxonane acid in chloroform (2-20 ml, 2 min), washed with dioxane (310 ml). The combined extracts are evaporated, dissolved in 10 ml of 1p% dioxane, and chromatographed on silanized silica gel in the system with 15-50% aqueous acetonitrile. In 0.05 M triethylammonium acetate. The yield of deoxythymidine-3-0- (p-chlorophenyl) phosphate is quantitative .. Example 3. Preparation of 5-0-mo-. nomethoxytrityldesoxythymidilyl (3–5) desoximemitidine-3, 3-n (chlorophenyl phosphate. 20 μl of pure guanidine pentil etyl. The reaction mixture is aged at room temperature. 3 minutes, diluted with 20 ml of 0.05 .. M of triethylammonium and analyzed by liquid chromatography in the system 30-60% aqueous acetonitrile in 0.05 M triethylammonium acetate. The yield of the product decyanethyl is quantitative. Example 4. Decyanethylation of 5-0-dimethoxytrityl deoxycytidilyl (3–5) deosoxide anosine-3-0- (n-chlorophenyl) cyanethyl phosphate. A mixture of 30 µmol 5-0-dimethoxytrityl deoxycytidylylS3 5) deoxy-i adenosine-3-0- (p-chlorophenyl) cyanethylfrsfate, 0.75 ml of anhydrous dioxia and 15 µl of pure pentamethylguanidine is kept for 3 min, diluted with 20 ml of 0.05 M acetate triethylammonium and chromatographed on silanized blue glycol in the system 30-60% aqueous acetonitrile in 0.05 M zyethylammonium acetate. The yield of 5-0-dimethoxytrityl deoxycytidilyl (3–5) deoxy oxido 6-sin-3-0- (h-chlorophenyl) phosphate is 98.7%.
3. 1041547. 3. 1041547.
П р. и м е р 5. Получение 5 -0-ли- фата раствор ют в 0,75 мл безводного метокситритилдвзокситимидилил(З- 5) диоксана, прибавл ют 15 MKJT чистого деэоксигуанозин-3-0-(и-члорфенил) пентаметилгуанидина, выдерживают фосфата. .3 мин и анализируют методом жидкост30 мкмоль 5-0-диметокситритилде- ный водный ацетонитрил в 0,05 М ацезокситимидщлил (З - 5 ) дезоксигуа- тате триэтиламмони . Выход продукта нозйн-3-0-(и-хлорфенйл)цианэтилфос- децианэтилировани количественный.Etc. and measure 5. Preparation of 5 -0-lipata is dissolved in 0.75 ml of anhydrous methoxytrityl dophoxythymidyl (3-5) dioxane, 15 MKJT of pure deoxyguanosin-3-0- (i-chlorophenyl) pentamethylguanidine are added, the phosphate is kept . .3 min and 5-0-dimethoxytrityldehyde acetonitrile in 0.05 M aceoxythymidyl (3 - 5) triethylammonium deoxyguatate is analyzed by the method of liquid mol 30 μmol. The yield of the product nosine-3-0- (and-chlorofenyl) cyanoethylphosphate is quantitative.
ной хроматографии в системе 30-60%Noah chromatography in the system 30-60%
Claims (1)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SU813362826A SU1041547A1 (en) | 1981-12-04 | 1981-12-04 | Process for removing cyanethyl protective group from derivatives of mono- and dinucleotides |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
SU813362826A SU1041547A1 (en) | 1981-12-04 | 1981-12-04 | Process for removing cyanethyl protective group from derivatives of mono- and dinucleotides |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
SU1041547A1 true SU1041547A1 (en) | 1983-09-15 |
Family
ID=20985628
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
SU813362826A SU1041547A1 (en) | 1981-12-04 | 1981-12-04 | Process for removing cyanethyl protective group from derivatives of mono- and dinucleotides |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
SU (1) | SU1041547A1 (en) |
-
1981
- 1981-12-04 SU SU813362826A patent/SU1041547A1/en active
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP0260032B1 (en) | Compounds for the cleavage at a specific position of RNA, oligomers employed for the formation of said compounds, and starting materials for the synthesis of said oligomers | |
Neilson et al. | Oligoribonucleotide Synthesis. II. Preparation of 2′-O-tetrahydropyranyl Derivatives of Adenosine and Cytidine Necessary for Insertion in Stepwise Synthesis | |
WO1990012020A1 (en) | Coumarin derivatives for use as nucleotide crosslinking reagents | |
Sparks et al. | Synthesis of potential inhibitors of hemagglutination by influenza virus: chemoenzymic preparation of N-5 analogs of N-acetylneuraminic acid. | |
EP0306190B1 (en) | Process for preparing intermediates useful in the preparation of 2',2'-difluoronucleosides | |
US5763587A (en) | Process for the synthesis of amikacin | |
Agrawal et al. | Protecting groups in oligonucleotide synthesis | |
JPH0665280A (en) | Fluorescent labeling compound and its preparation and use | |
SU1041547A1 (en) | Process for removing cyanethyl protective group from derivatives of mono- and dinucleotides | |
Horn et al. | Solid supported hydrolysis of apurinic sites in synthetic oligonudeotides for rapid and efficient purification on reverse-phase cartridges | |
Green et al. | The synthesis of oligoribonucleotides—VIII: The preparation of ribonucleoside 2′, 5′-bisketals | |
zu Reckendorf | Diaminosugars—IV: The synthesis of 2, 6-diamino-2, 6-dideoxy-l-idose | |
Bennett et al. | 2'-0-(α-Methoxyethyl) nucleoside 5'-diphosphates as single-addition substrates in the synthesis of specific oligoribonucleotides with polynucleotide phosphorylase | |
Kato et al. | Total synthesis of uracil polyoxin C | |
JPH0314319B2 (en) | ||
Murata et al. | Inhibition of ribosomal peptidyltransferase with 2'(3')-O-acetyl-2"(3")-O-glycyl-1, 2-di (adenosin-N6-yl) ethane and-1, 4-di (adenosin-N6-yl) butane. Effect of alkyl chain length | |
SU1759842A1 (en) | Method of producing 5ъ-0-dimethoxytrithylthymidene-3ъ-hydrophosphonate | |
US4992368A (en) | Novel process for producing oxetanocin G | |
SU809866A1 (en) | Method for removing cyanoethyl blocking group from derivatives of mono- and oligonucleotides | |
US4290972A (en) | Process for the production of 4-aminobutyric acid or its derivatives | |
KR100228606B1 (en) | Chemical synthesis of oligonucleotides | |
SU1705303A1 (en) | Method of glycopeptides synthesis | |
SU721004A3 (en) | Method of preparing dehydropenicillins | |
KR890002889B1 (en) | Process for the preparation of amino glycocide antibiotics derivatives | |
RU2086536C1 (en) | Method for production of 3,5,3',5'-tetramethylbenzidine |