RU97104205A - Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая мутантный или полиморфный brca1 - Google Patents
Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая мутантный или полиморфный brca1Info
- Publication number
- RU97104205A RU97104205A RU97104205/13A RU97104205A RU97104205A RU 97104205 A RU97104205 A RU 97104205A RU 97104205/13 A RU97104205/13 A RU 97104205/13A RU 97104205 A RU97104205 A RU 97104205A RU 97104205 A RU97104205 A RU 97104205A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- brca1
- polypeptide
- specified
- sequence
- gene
- Prior art date
Links
- 102000036638 BRCA1 Human genes 0.000 title claims 36
- 108010042977 BRCA1 Protein Proteins 0.000 title claims 36
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims 7
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims 7
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims 26
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 22
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 13
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 9
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 5
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 claims 4
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims 4
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims 4
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 claims 4
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims 4
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 3
- 229920001405 Coding region Polymers 0.000 claims 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 2
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 claims 2
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 claims 2
- 230000003902 lesions Effects 0.000 claims 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 2
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 claims 1
- 210000000481 Breast Anatomy 0.000 claims 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims 1
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims 1
- 210000001672 Ovary Anatomy 0.000 claims 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims 1
- 230000000890 antigenic Effects 0.000 claims 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 claims 1
- 230000000295 complement Effects 0.000 claims 1
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 claims 1
- 102000037240 fusion proteins Human genes 0.000 claims 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 claims 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 claims 1
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 claims 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 claims 1
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 claims 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 claims 1
- 230000003362 replicative Effects 0.000 claims 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 1
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 claims 1
Claims (30)
1. Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая мутантный или полиморфный полипептид BRCA1, причем указанная нуклеиновая кислота содержит, по сравнению с кодирующей BRCA1 полипептид последовательностью, приведенной в SEQ ID NO: 1, одну или более мутаций или полиморфизмов, приведенных в таблицах 12, 12A и 14 и полиморфизмы, приведенные в таблицах 18 и 19.
2. Выделенная нуклеиновая кислота по п. 1, которая представляет собой ДНК, кодирующую мутантный BRCA1 полипептид, причем, по сравнению с последовательностью, кодирующей BRCA1 полипептид, приведенной в SEQ ID NO:1, указанная ДНК содержит одну или более мутаций, приведенных в таблицах 12, 12A и 14.
3. Выделенная нуклеиновая кислота по п. 1, которая представляет собой ДНК, кодирующую полиморфный полипептид BRCA1, причем, по сравнению с последовательностью, кодирующей BRCA1 полипептид, приведенной в SEQ ID NO:1, указанная ДНК содержит одну или более полиморфизмов, приведенных в таблицах 18 и 19.
4. Зонд нуклеиновой кислоты, характеризующийся тем, что нуклеотидная последовательность является частью нуклеиновой кислоты по любому из пунктов от 1 до 3, включающей мутацию и полиморфизм, выбранные из мутаций, приведенных в таблицах 12, 12A и 14 и полиморфизмов, приведенных в таблицах 18 и 19, и сопоставимой с нуклеотидной последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:1.
5. Репликативный клонирующий вектор, который содержит выделенную ДНК по любому из пунктов от 1 до 4 и репликон, работающий в клетке-хозяине указанного вектора.
6. Экспрессирующий вектор, представляющий собой выделенную ДНК по любому из пунктов от 1 до 4, характеризующуюся тем, что последовательность, кодирующая указанный мутантный или полиморфный BRCA1 полипептид, функционально связана с промоторной последовательностью, способной направлять экспрессию указанной кодирующей последовательности в клетке-хозяине указанного вектора.
7. Клетки-хозяева, трансформированные вектором по п. 5 или 6.
8. Способ получения мутантного или полиморфного BRCA1 полипептида, сопоставимого с BRCA1 полипептидом с аминокислотной последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:2, который включает (i) культивирование клеток-хозяев по пункту 7, содержащих экспрессирующий вектор, кодирующий указанный полипептид в условиях, пригодных для получения указанного полипептида и (ii) регенерацию указанного полипептида.
9. Способ по п. 8, который дополнительно включает мечение регенерируемого полипептида.
10. Способ получения полипептида, практически свободного от других белков, причем указанный полипептид является мутантным или полиморфным BRCA1 полипептидом, сопоставимым с BRCA1 полипептидом, аминокислотная последовательность которого приведена в SEQ ID NO:2, который получается экспрессией кодирующей нуклеотидной последовательности, образованной из нуклеотидной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1, включением одной или более мутаций или полиморфизмов, выбранных из мутаций, приведенных в таблицах 12, 12A и 14 и полиморфизмов, приведенных в таблицах 18 и 19.
11. Способ получения полипептида по п. 10, который является мутантным BRCA1 полипептидом, получаемым экспрессией нуклеотидной кодирующей последовательности, образованной из нуклеотидной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1 включением мутации, приведенной в таблицах 12, 12A и 14.
12. Способ получения полипептида, практически свободного от других белков, причем указанный полипептид является антигенным фрагментом полипептида по п. 10 или п. 11, имеющим мутацию или полиморфизм, сопоставимого с полипептидом BRCA1 с аминокислотной последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:2.
13. Способ получения по любому из пп. от 10 до 12, характеризующийся тем, что полипептид является меченым.
14. Полипептид по любому из пп. от 10 до 12, который находится в форме слитого белка.
15. Применение полипептида по любому из пп. от 10 до 12 и 14 в качестве иммуногена для получения антитела.
16. Применение по п. 15, характеризующееся тем, что одно или более полученных антител является в значительной степени меченым или связано с твердой подложкой.
17. Способ диагностики предрасположенности к раку молочной железы или яичников у человека, который состоит в определении, является ли это изменение последовательности зародышевой линии BRCA1 гена в образце ткани указанного субъекта сопоставимым с нуклеотидной последовательностью, приведенной в SEQ ID NO: 1, или с его аллельным вариантом дикого типа, причем указанное изменение, говорящее о предрасположенности к указанному раку, выбирается из мутаций, представленных в таблицах 12, 12A и 14.
18. Способ диагностики поражения молочной железы или яичников у человека на неоплазию, ассоциированную с локусом гена BRCA1, который состоит в определении, является ли мутация в последовательности гена BRCA1 г в образце из указанного поражения сопоставимой с нуклеотидной последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:1, или с его аллельным вариантом дикого типа, причем указанная мутация выбирается из мутаций, приведенных в таблицах 12, 12A и 14.
19. Способ по п. 17 или 18, который состоит в анализировании мРНК или белка указанного образца с целью определения, присутствует ли продукт экспрессии, являющийся показателем экспрессии мутантного BRCA1 аллеля по п. 1.
20. Способ по п. 19, характеризующийся тем, что в указанном образце исследуется мРНК, кодируемая геном BRCA1.
21. Способ по п. 20, характеризующийся тем, что мРНК из указанного образца контактирует с зондом гена BRCA1 в условиях, пригодных для гибридизации указанного зонда с РНК, соответствующей указанному BRCA1 гену, и изучается гибридизация указанного зонда.
22. Способ по п. 17 или 18, характеризующийся тем, что зонд BRCA1 гена контактирует с геномной ДНК, выделенной из указанного образца в условиях, пригодных для гибридизации указанного зонда с указанным геном, и изучается гибридизация указанного зонда.
23. Способ по п. 21 или 22, характеризующийся тем, что указанный зонд является аллель-специфическим зондом для мутантного BRCA1 аллеля по п. 1.
24. Способ по п. 17 или 18, который состоит в определении, происходит ли мутация в BRCA1 гене данного образца, с помощью наблюдения за сдвигом электрофоретической подвижности одноцепочечной ДНК из указанного образца на неденатурированных полиакриламидных гелях.
25. Способ по п. 17 или 18, характеризующийся тем, что целый или часть BRCA1 гена в указанном образце амплифицируют и определяют последовательность указанной амплифицированной последовательности.
26. Способ по п. 17 или 18, характеризующийся тем, что для определения, присутствует ли указанный аллель в указанном образце амплификацией нуклеиновой кислоты, применяют олигонуклеотидные праймеры, которые являются специфическими для мутантного BRCA1 аллеля по п. 1.
27. Способ по п. 17 или 18, характеризующийся тем, что целый (весь) или часть гена BRCA1 в указанном образце клонируют для получения клонированной последовательности и определяют последовательность указанной клонированной последовательности.
28. Способ по любому пункту от 17 до 20, который заключается в определении, происходит ли ошибочное спаривание между молекулами (1) геномной ДНК гена BRCA1, или мРНК BRCA1, выделенными из указанного образца, и (2) зондом нуклеиновой кислоты, комплементарной ДНК гена BRCA1 дикого типа человека, когда молекулы (1) и (2) гибридизуются друг с другом, образуя дуплекс.
29. Способ по любому пункту от 17 до 20, характеризующийся тем, что проводят амплификацию последовательностей гена BRCA1 в указанном образце и определяют гибридизацию амплифицированных последовательностей с одним или более зондов нуклеиновой кислоты, которые содержат последовательность BRCA1 гена дикого типа или последовательность мутантного гена BRCA1 по п. 1.
30. Способ по пп. от 17 или 18, который состоит в определении in situ гибридизации BRCA1 гена в указанном образце с одним или более зондов нуклеиновой кислоты, которые содержат последовательность либо BRCA1 гена дикого типа, либо мутантного BRCA1 гена по п. 1.
Applications Claiming Priority (7)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/289,221 | 1994-08-12 | ||
| US08/300,266 | 1994-09-02 | ||
| US08/308,104 | 1994-09-16 | ||
| US08/348,824 | 1994-11-29 | ||
| US08/409,305 | 1995-03-24 | ||
| US08/480,784 | 1995-06-07 | ||
| US08/483,553 | 1995-06-07 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU97104205A true RU97104205A (ru) | 1999-05-20 |
Family
ID=
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7355011B2 (en) | 2002-05-02 | 2008-04-08 | Ucb Pharma S.A. | Biological products |
| RU2470998C2 (ru) * | 2006-06-22 | 2012-12-27 | Ян Любински | Определение предрасположенности к раку путем идентификации генотипических комбинаций специфичных вариантов генов cyp1b1, brca2 и снек2 |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7355011B2 (en) | 2002-05-02 | 2008-04-08 | Ucb Pharma S.A. | Biological products |
| US8895714B2 (en) | 2002-05-02 | 2014-11-25 | Ucb Pharma S.A. | Biological products |
| RU2470998C2 (ru) * | 2006-06-22 | 2012-12-27 | Ян Любински | Определение предрасположенности к раку путем идентификации генотипических комбинаций специфичных вариантов генов cyp1b1, brca2 и снек2 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Bronner et al. | Mutation in the DNA mismatch repair gene homologue hMLH 1 is associated with hereditary non-polyposis colon cancer | |
| Pulkkinen et al. | Mutations in the γ2 chain gene (LAMC2) of kalinin/laminin 5 in the junctional forms of epidermolysis bullosa | |
| US6191268B1 (en) | Compositions and methods relating to DNA mismatch repair genes | |
| US5756294A (en) | Susceptibility mutation for breast and ovarian cancer | |
| CA2162150A1 (en) | Germline mutations in the mts gene and method for detecting predisposition to cancer at the mts gene | |
| CA1340483C (en) | Diagnosis of retinoblastoma | |
| CA2336236A1 (en) | Mutations in and genomic structure of herg - a long qt syndrome gene | |
| Neophytou et al. | Detection of a novel nonsense mutation and an intragenic polymorphism in the PKD1 gene of a Cypriot family with autosomal dominant polycystic kidney disease | |
| Wong et al. | Detection of mitochondrial DNA mutations using temporal temperature gradient gel electrophoresis | |
| Prochazka et al. | Molecular and linkage analysis of type-1 protein phosphatase catalytic beta-subunit gene: lack of evidence for its major role in insulin resistance in Pima Indians | |
| CA2357758A1 (en) | Dna encoding canine von willebrand factor and methods of use | |
| US6617104B2 (en) | Predisposition to breast cancer by mutations at the ataxia-telangiectasia genetic locus | |
| WO2003054167A2 (en) | Identification of novel polymorphic sites in the human mglur8 gene and uses thereof | |
| RU97104205A (ru) | Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая мутантный или полиморфный brca1 | |
| JP2007513616A (ja) | メラノーマ細胞の悪性度の決定のためのｂｒａｆ遺伝子中における突然変異の使用 | |
| KR101624357B1 (ko) | 신규한 ＧＰＩＩＩａ 유전자 | |
| KR20080112551A (ko) | 유방암 및 난소암의 예측 또는 진단에 유용한 ｂｒｃａ1,ｂｒｃａ2 유전자 돌연변이 | |
| JP2002521045A5 (ru) | ||
| KR20130057760A (ko) | 유방암 또는 난소암의 유전성 소인 예측에 유용한 ｂｒｃａ1, ｂｒｃａ2 유전자 돌연변이 | |
| US20040209254A1 (en) | Diagnostic polymorphisms for the tgf-beta1 promoter | |
| US6492109B1 (en) | Susceptibility mutation 6495delGC of BRCA2 | |
| Seifert et al. | Isolation and characterization of new microsatellites at the nm23-H1 and nm23-H2 gene loci and application for loss of heterozygosity (LOH) analysis | |
| Kamio et al. | Direct determination of MUC5B promoter haplotypes based on the method of single-strand conformation polymorphism and their statistical estimation | |
| CA2283758A1 (en) | Spinocerebellar ataxia type 8 and methods of detection | |
| JP2014530013A (ja) | Ｓｆ３ｂ１遺伝子における変異および慢性リンパ性白血病 |