RU96105072A - Варианты днк-полимеразы семейства в, способы секвенирования днк, способ идентификации и выделения варианта днк-полимераз т4 - Google Patents
Варианты днк-полимеразы семейства в, способы секвенирования днк, способ идентификации и выделения варианта днк-полимераз т4Info
- Publication number
- RU96105072A RU96105072A RU96105072/13A RU96105072A RU96105072A RU 96105072 A RU96105072 A RU 96105072A RU 96105072/13 A RU96105072/13 A RU 96105072/13A RU 96105072 A RU96105072 A RU 96105072A RU 96105072 A RU96105072 A RU 96105072A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- variant
- dna polymerase
- polymerase
- dna
- coli
- Prior art date
Links
- 101700011961 DPOM Proteins 0.000 title claims 40
- 101710029649 MDV043 Proteins 0.000 title claims 40
- 101700061424 POLB Proteins 0.000 title claims 40
- 101700054624 RF1 Proteins 0.000 title claims 40
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 title claims 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 title claims 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims 14
- 102000010567 DNA Polymerase II Human genes 0.000 claims 10
- 108010063113 DNA Polymerase II Proteins 0.000 claims 10
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 claims 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 8
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 claims 5
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 claims 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 5
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 4
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 3
- 239000004474 valine Substances 0.000 claims 3
- 230000006269 (delayed) early viral mRNA transcription Effects 0.000 claims 2
- OAKPWEUQDVLTCN-NKWVEPMBSA-N 2',3'-Dideoxyadenosine-5'-Triphosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1CC[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 OAKPWEUQDVLTCN-NKWVEPMBSA-N 0.000 claims 2
- 101710030546 2.5 Proteins 0.000 claims 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N D-serine Chemical compound OC[C@@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N 0.000 claims 2
- 108009000097 DNA Replication Proteins 0.000 claims 2
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 claims 2
- 102000016928 DNA-Directed DNA Polymerase Human genes 0.000 claims 2
- 108010014303 DNA-Directed DNA Polymerase Proteins 0.000 claims 2
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims 2
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 2
- HDRRAMINWIWTNU-NTSWFWBYSA-N [[(2S,5R)-5-(2-amino-6-oxo-3H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1CC[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HDRRAMINWIWTNU-NTSWFWBYSA-N 0.000 claims 2
- 101710031367 gV-1 Proteins 0.000 claims 2
- 101710028401 gene 5 Proteins 0.000 claims 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims 2
- 229960005261 Aspartic Acid Drugs 0.000 claims 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 claims 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N Deoxyguanosine triphosphate Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 claims 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 claims 1
- 108010010677 Phosphodiesterase I Proteins 0.000 claims 1
- 108060009497 WRNexo Proteins 0.000 claims 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 claims 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-J dATP(4-) Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-J 0.000 claims 1
- -1 dSTP Chemical compound 0.000 claims 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 claims 1
Claims (31)
1. Вариант ДНК-полимеразы семейства В, отличающийся тем, что не обладает 3'- 5'- экзонуклеазной активностью, причем полимераза выбрана из группы, включающей вариант ДНК-полимеразы Т4, вариант ДНК-полимеразы II Е. соli, вариант ДНК-полимеразы Т2 и вариант ДНК-полимеразы Т6.
2. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 50 кодона расположен лейцин.
3. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 82 расположена аспарагиновая кислота.
4. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 213 расположен серин.
5. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 255 расположен серин.
6. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 417 расположен валин.
7. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 737 расположен валин.
8. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 743 расположен валин.
9. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 112 расположен аланин.
10. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 114 расположен лейцин.
11. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 219 расположен аланин.
12. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы Т4 в положении 324 расположен аланин.
13. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы II E.соli в положении 156 расположен аланин.
14. Вариант ДНК-полимеразы по п. 1, отличающийся тем, что в варианте ДНК-полимеразы II Е.соli в положении 158 расположен аланин.
15. Способ секвенирования ДНК, отличающийся тем, что включает контактирование полимеразы, выбранной из варианта ДНК-полимеразы Т4, варианта ДНК-полимеразы II E. соli, варианта ДНК-полимеразы Т2 и варианта ДНК-полимеразы Т6, с примированной цепью секвенируемой ДНК в присутствии dАТР, dGТР, dСТР, dТТР и первого нуклеотида-терминатора цепи, выбранного из группы ddАТР и 3'-амино-2', 3'-дидезокси-АТР, второго нуклеотида-терминатора цепи, выбранного из группы ddGТР и 3'-амино-2', 3'-дидезокси-GТР, третьего нуклеотида-терминатора цепи, выбранного из группы аrа-СТР и 3'-амино-2', 3'-дидезокси-СТР, и четвертого нуклеотида-терминатора цепи, выбранного из группы аrа-UТР и 3'-амино-2', 3'-дидезокси-ТТР, а также дальнейшее взаимодействие при условиях реакции поддерживающих полимеразную активность в течение времени, достаточного для получения информации о последовательности ДНК.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что первым нуклеотидом-терминатором цепи является ddАТР, вторым - ddGТР, третьим - аrа-СТР и четверым - аrа-UТР.
17. Способ по п. 15, отличающийся тем, что полимеразой является вариант полимеразы Т4.
18. Способ по п. 17, отличающийся тем, что дополнительно включает по меньшей мере один вспомогательный белок, который образует комплекс с вариантом полимеразы Т4 для увеличения продуктивности варианта полимеразы Т4.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что вспомогальный белок выбран из группы, включающей продукты гена Т4 фага 32, 41, 45 или комплекс 44/62.
20. Способ по п. 15, отличающийся тем, что вариант полимеразы является вариантом ДНК полимеразы II Е.соli.
21. Способ по п. 20, отличающийся тем, что дополнительно включает по меньшей мере один вспомогательный белок, который образует комплекс с вариантом ДНК полимеразы II Е.соli для увеличения продуктивности варианта ДНК полимеразы II Е.соli.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что вспомогательный белок является комбинацией β белка, Y комплекса и SSВ-белка.
23. Способ по п. 15, отличающийся тем, что первым нуклеотидом - терминатором цепи является 3'-амино-2', 3'-дидезокси-АТР, вторым - 3'-амино-2', 3'-дидезокси-GТР, третьим - 3'-амино-2', 3'-дидезокси-СТР, а четвертым - 3'-амино-2', 3'- дидезокси-ТТР.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что полимераза выбрана из группы, включающей полимеразу Т4 и вариант полимеразы Т4.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что дополнительно включает по меньшей мере один вспомогательный белок, который образует комплекс с полимеразой Т4 или вариантом полимеразы Т4 для увеличения продуктивности полимеразы Т4 или варианта полимеразы Т4.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что вспомогательный белок выбран из группы продуктов гена Т4 32, 41, 45 и комплекса 44/62.
27. Способ по п. 23, отличающийся тем, что вариантом полимеразы является ДНК полимераза II Е.соli и вариант ДНК полимеразы II Е.соli.
28. Способ по п. 27, отличающийся тем, что дополнительно включает по меньшей мере один вспомогательный белок, который образует комплекс с ДНК полимеразой II Е. соli или вариантом ДНК полимеразы II Е.соli для увеличения продуктивности ДНК полимеразы II Е.соli или варианта ДНК полимеразы II Е. соli.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что вспомогательный белок является комбинацией β белка, Y комплекса и SSВ-белка.
30. Способ секвенирования ДНК, отличающийся тем, что включает контактирование варианта ДНК полимеразы Т4, не обладающей 3'->5'-экзонуклеазной активностью, с примированной цепью секвенируемой ДНК в присутствии стандартных нуклеотидов, причем концентрация одного из них много меньше, чем концентрация других, и дальнейшее их взаимодействие при условиях реакции, поддерживающих полимеразную активность в течение времени, достаточного для получения информации о последовательности ДНК.
31. Способ идентификации и выделения варианта ДНК-полимераз Т4, отличающийся тем, что включает идентификацию штаммов Т4, обладающих вариантами ДНК-полимераз Т4 с различными дефектами в репликации ДНК, дальнейшее выделение модифицированных форм упомянутых вариантов ДНК-полимеразы Т4 селекцией в хозяине Е. соli орt А1, выделение штаммов Т4, которые содержат варианты ДНК-полимераз Т4, имеющих по меньшей мере одну дополнительную мутацию, которая корректирует или компенсирует дефект в репликации ДНК, идентификацию дополнительной корректирующей/компенсирующей мутации в вариантах ДНК-полимераз Т4, введение идентифицированной корректирующей/компенсирующей мутации ДНК-полимераз Т4 в фаг Т4 или векторы экспрессии ДНК-полимеразы Т4.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/101,593 | 1993-08-02 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU96105072A true RU96105072A (ru) | 1998-06-27 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Sanger | Determination of nucleotide sequences in DNA | |
| US5547859A (en) | Chain-terminating nucleotides for DNA sequencing methods | |
| Yamada et al. | Nucleotide sequence of the structural gene for colicin E1 and predicted structure of the protein. | |
| US20110117544A1 (en) | Method for producing an amplified polynucleotide sequence | |
| EP0745140A1 (en) | Circularizing nucleic acid probe able to interlock with a target sequence through catenation | |
| JPH10295400A (ja) | Ｄｎａ分子の直接的な指数関数的増幅および配列決定のための方法並びにその用途 | |
| WO1998005765A1 (en) | Double-stranded dna with cohesive end(s), and method of shuffling dna using the same | |
| US6204025B1 (en) | Efficient linking of nucleic acid segments | |
| EP0875582B1 (en) | Process for HLA Class 1 DNA typing using PCR amplification | |
| Smith et al. | Nucleotide sequence of nine protein-coding genes and 22 tRNAs in the mitochondrial DNA of the sea star Pisaster ochraceus | |
| EP0585660A2 (en) | Exonuclease decontamination method | |
| RU96105072A (ru) | Варианты днк-полимеразы семейства в, способы секвенирования днк, способ идентификации и выделения варианта днк-полимераз т4 | |
| AU2001273977A1 (en) | Novel nucleotide sequences coding for the glbo gene | |
| US20090061488A1 (en) | Method of synthesizing a target polynucleotide encoding a protein | |
| WO2002022666A3 (en) | Nucleotide sequences which code for the gora gene | |
| Sugimoto et al. | Relative roles of T7 RNA polymerase and gene 4 primase for the initiation of T7 phage DNA replication in vivo. | |
| WO2002022814A3 (en) | Nucleotide sequences which code for the atr43 gene | |
| AU2001293698A1 (en) | Nucleotide sequences which code for the cita gene | |
| WO2002012291A3 (en) | Novel nucleotide sequences coding for the luxr gene and a process for the production of l-amino acids | |
| WO2002022633A3 (en) | Nucleotide sequences which code for the atr61 gene | |
| WO1998005764A1 (en) | Nucleic acid pool and method for producing the same | |
| WO2002022843A3 (en) | Nucleotide sequences which code for the dep34 gene | |
| EP1106622A3 (de) | Neue für das pfkA-Gen codierende Nukleotidsequenzen | |
| WO2002020572A3 (en) | Nucleotide sequences coding for the chrs gene | |
| ATE321862T1 (de) | Coryneforme bakterien transformiert mit dem pknd- gen kodierenden nukleotidsequenzen und deren verwendung zur herstellung von l -aminosäuren |