RU2818358C1 - Способ прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей - Google Patents
Способ прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей Download PDFInfo
- Publication number
- RU2818358C1 RU2818358C1 RU2023129329A RU2023129329A RU2818358C1 RU 2818358 C1 RU2818358 C1 RU 2818358C1 RU 2023129329 A RU2023129329 A RU 2023129329A RU 2023129329 A RU2023129329 A RU 2023129329A RU 2818358 C1 RU2818358 C1 RU 2818358C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- newborn
- weight
- shmt1
- mtr
- mmp7
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 26
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 19
- 102100030417 Matrilysin Human genes 0.000 claims abstract description 27
- 102100030416 Stromelysin-1 Human genes 0.000 claims abstract description 27
- 101000990912 Homo sapiens Matrilysin Proteins 0.000 claims abstract description 26
- 101000990915 Homo sapiens Stromelysin-1 Proteins 0.000 claims abstract description 26
- 230000037396 body weight Effects 0.000 claims abstract description 15
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 8
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims abstract description 5
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims abstract description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 208000018773 low birth weight Diseases 0.000 description 10
- 231100000533 low birth weight Toxicity 0.000 description 10
- 208000001362 Fetal Growth Retardation Diseases 0.000 description 6
- 206010070531 Foetal growth restriction Diseases 0.000 description 6
- 208000030941 fetal growth restriction Diseases 0.000 description 6
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 5
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 5
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 230000009984 peri-natal effect Effects 0.000 description 4
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 4
- 101150019878 F13a1 gene Proteins 0.000 description 3
- 206010067508 Low birth weight baby Diseases 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 3
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 3
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 102100031551 Methionine synthase Human genes 0.000 description 2
- 208000005107 Premature Birth Diseases 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 2
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 2
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000032696 parturition Effects 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VKUYLANQOAKALN-UHFFFAOYSA-N 2-[benzyl-(4-methoxyphenyl)sulfonylamino]-n-hydroxy-4-methylpentanamide Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1S(=O)(=O)N(C(CC(C)C)C(=O)NO)CC1=CC=CC=C1 VKUYLANQOAKALN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 108010023321 Factor VII Proteins 0.000 description 1
- 206010020880 Hypertrophy Diseases 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 208000002720 Malnutrition Diseases 0.000 description 1
- 108090000855 Matrilysin Proteins 0.000 description 1
- 208000034702 Multiple pregnancies Diseases 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000002787 Pregnancy Complications Diseases 0.000 description 1
- 101710108790 Stromelysin-1 Proteins 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 206010046798 Uterine leiomyoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 239000003181 biological factor Substances 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004578 fetal growth Effects 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 210000004392 genitalia Anatomy 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 238000010562 histological examination Methods 0.000 description 1
- 208000012442 inherited thrombophilia Diseases 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 201000010260 leiomyoma Diseases 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000036244 malformation Effects 0.000 description 1
- 235000000824 malnutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000001071 malnutrition Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000002483 medication Methods 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 208000030212 nutrition disease Diseases 0.000 description 1
- 208000015380 nutritional deficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 235000003715 nutritional status Nutrition 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000005868 ontogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 201000011461 pre-eclampsia Diseases 0.000 description 1
- 208000012113 pregnancy disease Diseases 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000003558 thrombophilic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002792 vascular Effects 0.000 description 1
- 208000019553 vascular disease Diseases 0.000 description 1
- ABDKAPXRBAPSQN-UHFFFAOYSA-N veratrole Chemical compound COC1=CC=CC=C1OC ABDKAPXRBAPSQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу прогнозирования веса новорожденного. Указанный способ основан на генетических данных матерей русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона РФ, и включает выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ полиморфных локусов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 и прогнозирование высокого риска рождения детей с низкой массой тела при выявлении комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR АА - rs1979277 SHMT1 СС - rs11568818 - ММР7 ТТ - rs3025058 ММР3 6А6А. Настоящее изобретение обеспечивает прогнозирование веса новорожденного на основе генетических данных матерей. 4 ил., 4 пр.
Description
Изобретение относится к области медицины, а именно к акушерству и гинекологии, и может быть использовано для прогнозирования риска рождения детей с низкой массой тела на основе генетических данных матерей.
Начальный этап онтогенеза организма человека, включающий его внутриутробное развитие и имеющий ключевое значение в дальнейшей жизни организма, непосредственно зависит от тех условий, в которых развивается эмбрион и плод [Turco, M. Y. Development of the human placenta / M. Y. Turco, A. Moffett. - DOI: 10.1242/dev.163428 // Development. - 2019. - Vol. 146, № 22. - Art. dev163428. - URL: https://dev.biologists.org/ content/develop/146/22/dev163428.full.pdf]. Возникновение различных нарушений гестации негативно сказывается на состоянии развивающегося организма (эмбриона, плода), обусловливая высокие показатели перинатальной заболеваемости и смертности новорожденных и приводя к неблагоприятным последствиям в дальнейшей их жизни (высокая заболеваемость в период детства и во взрослом возрасте и др.), [Ярыгина, Т. А. Задержка (замедление) роста плода: все, что необходимо знать практикующему врачу / Т. А. Ярыгина, А. И. Гус // Акушерство и гинекология. - 2020. - № 12. - С. 14-24].
В структуре новорожденных ежегодно регистрируется увеличение числа детей с низкой, очень низкой и экстремально низкой массой тела при рождении. Известно, что маловесные дети являются группой риска по перинатальной и младенческой смертности, а также развитию тяжелых инвалидизирующих состояний [Ancel PY. Epidemiology of preterm births. (In French). Rev Prat. 2012;62(3):362-365]. Кроме того, низкая масса тела при рождении сопряжена с трудностями диспансеризации и реабилитации таких пациентов в различные возрастные периоды жизни.
Поиск факторов, ассоциированных с рождением маловесных детей до 2500 г, необходим для фокусного формирования групп диспансерного наблюдения женщин, планирующих беременность [Soll R.F. Progress in the care of extremely preterm infants. JAMA. 2015; 314(10):1007-1008. doi: 10.1001/jama.2015.10911].
В настоящее время опубликовано достаточное количество исследований, посвященных анализу различных факторов риска преждевременных родов, которые показали связь рождения маловесного ребенка не только с биологическим анамнезом матери, но и с ее социальными характеристиками [Деев И.А., Куликова К.В., Куликов Е.С. и др. Анализ факторов риска рождения ребенка с очень низкой и экстремально низкой массой тела при рождении // Мать и дитя в Кузбассе. - 2016. - №2. - С. 10-15].
Согласно данным литературы важное значение в формировании антропометрических характеристик новорожденного (вес, рост) имеют материнские факторы (сосудистые и метаболические заболевания, тромбофилические состояния, нарушения питания, лекарственные препараты и др.), [Fetal growth restriction: current knowledge.Nardozza / L. M. M., Caetano, A. C. R., Zamarian, A. C. P., Mazzola, J. B., Silva, C. P., Marçal, V. M. G. et al.// Arch. Gynecol. Obstet. 2017. 295, 1061-1077] и в том числе генетические детерминанты материнского организма [Genetic markers for inherited thrombophilia are associated with fetal growth retardation in the population of Central Russia / Reshetnikov E, Zarudskaya O, Polonikov A, Bushueva O, Orlova V, Krikun E, Dvornyk V, Churnosov M.// J. Obstet. Gynaecol. Res.// 2017;43(7):1139-1144].
В исследованиях последних лет (в том числе выполненных на полногеномном уровне) показана связь полиморфизма ряда генов-кандидатов «материнского» генома с ростом и весом новорожденного [Genomewide associations for birth weight and correlations with adult disease / Horikoshi M. et al.// Nature. 2016. 538(7624): 248-252].
С практической точки зрения представляется крайне необходимым выделение критериев индивидуального прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей на основе исследованных полиморфных вариантов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3, а так же других возможных факторов риска с целью выявления низкого веса новорожденного. В Российской Федерации исследования о вовлеченности генетических комбинаций генотипов, включающие следующие полиморфные варианты: rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 в формирование предрасположенности к риску рождения детей с низкой массой тела отсутствуют.
Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2023 гг. Анализ документов производился по направлению: способ прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей в зависимости от полиморфных вариантов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3.
Источники информации: сайты Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей на основе данных о полиморфных вариантах rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3.
Из области техники известен патент RU № 2472446 (опубл. 20.01.2013), в котором описан способ прогнозирования массы тела новорожденного. Изобретение относится к области профилактической медицины, в частности к педиатрии, и может быть использовано для профилактики различных форм гипотрофии и гипертрофии новорожденных. Определяют медико-биологические факторы, алиментарный статус, профессиональный риск и качественные показатели образа жизни родителей в формировании физических показателей новорожденных. Массу тела новорожденного определяют по математической формуле. Способ позволяет повысить достоверность прогноза массы тела новорожденного за счет учета факторов риска, оказывающих влияние на родителей. Недостатками данного способа являются: учет большого количества критериев, что является сложным и дорогостоящим процессом; способ не включает генетические маркеры, что исключает раннюю диагностику и проведение профилактических мероприятий по предотвращению рождения детей с низкой массой тела.
Известен патент RU № 2557952 (опубл. 27.07.2015), в котором описан способ прогнозирования веса новорожденного с учетом полиморфных вариантов локуса 10976 G/A FVII. Способ включает выделение ДНК из периферической венозной крови и проведение анализа полиморфизма генов VII фактора коагуляции 10976G/A FVII. Вес тела новорожденного определяют при рождении на сроке 37 и более недель беременности. У женщин, рожающих не в первый раз, вес тела новорожденного определяют по уравнению: y=6123,431-25,579x1+0,267x2+205,739x3, где y - прогнозируемый вес новорожденного, x1- рост женщины в сантиметрах; x2- вес ребенка в предыдущих родах в граммах, x3- генетический вариант локуса 10976G/A FVII, при этом x3=1 для генотипа 10976 GG FVII, x3=2 для генотипов 10976 GA и 10976 AA FVII. У первородящих женщин вес тела новорожденного определяют по уравнению: y= 6278,037-21,739x1+232,170x2, где x1- рост женщины в сантиметрах; x2- генетический вариант локуса 10976 G/A FVII, при этом x2=1 для генотипа 10976 GG FVII, x2=2 для генотипов 10976 GA и 10976 AA FVII. Недостатком способа является невозможность прогнозирования веса новорожденного на ранних сроках беременности у женщин, которые относятся к группе высокого риска по рождению детей с низкой массой тела, не учитываются другие полиморфные локусы.
Известен патент RU №2741861 (опубл. 29.01.2021), в котором описан способ прогнозирования веса новорожденного у беременных с преэклампсией в сочетании с синдромом задержки роста плода. Способ включает выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ полиморфизма rs5985 гена F13A1, прогнозирование нормального веса новорожденного при выявлении аллеля Т полиморфного локуса rs5985 гена F13A1, прогнозирование низкого веса новорожденного при выявлении аллеля G полиморфизма гена F13A1.
Задачей настоящего изобретения является расширение арсенала методов диагностики, а именно создание способа прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей на основе данных о полиморфных вариантах rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3.
Технический результат использования изобретения - получение критериев оценки веса новорожденного на основе генетических данных матерей, уроженок Центрально - Черноземного региона РФ, на основе данных о полиморфных вариантах rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3, включающий:
- выделение ДНК из периферической венозной крови;
- анализ полиморфных локусов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3;
- прогнозирование высокого риска рождения детей с низким весом на основе генетических данных матерей при выявлении комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR AA - rs1979277 SHMT1 CC - rs11568818 - MMP7 TT - rs3025058 MMP3 6A6A.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогнозирования высокого риска развития низкого веса новорожденного на основе данных о комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR AA - rs1979277 SHMT1 CC - rs11568818 - MMP7 TT - rs3025058 MMP3 6A6A.
Способ осуществляют следующим образом:
Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции [Miller, S. A. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells/ S. A. Miller, D. D. Dykes, H. F. Polesky // Nucleic. Acids. Res. - 1988. - Vol. 16, № 3. - P. 1215] в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25мл лизирующего буфера, содержащего 320мМсахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об./мин. в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов. На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин в течение 10 мин. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при -200С.
Анализ полиморфных маркеров rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 осуществлялся методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System (Bio-Rad) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов (синтезированы в ООО «Синтол» (Москва)).
Амплификация геномной ДНК производилась в реакционной смеси, суммарным объемом 10 мкл, включающей смесь для ПЦР rs1805087 MTR или rs1979277 SHMT1 или rs11568818 - MMP7 или rs3025058 MMP3 - 4 мкл, Taq-полимеразу - 2 мкл, исследуемый образец (~30 нг ДНК/мкл) - 1 мкл, деионизированная вода - 3мкл.
Генотипирование исследуемых образцов осуществлялось с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции (ОЕФ) (фиг. 1, фиг. 2, фиг. 3, фиг. 4).
Изобретение характеризуется фигурами:
фигура 1 - Визуализация дискриминации генотипов rs1805087 МTR 2756 A>G (-GG, -AA, - AG, - отриц. контр.);
фигура 2 - Визуализация дискриминации генотипов rs1979277 SHMT1 1420 C>T (- CC, - ТТ, - CT, - отриц. контр.);
фигура 3 - Визуализация дискриминации генотипов rs11568818 ММР-7 (- СС, - ТТ, - ТС, - отриц. контр.);
фигура 4 - Визуализация дискриминации генотипов rs3025058 ММР-3 (- 5A/5A, - 6A/6A, - 6A/5A, - отриц. контр.).
Для изучения SNP×SNP взаимодействий, ассоциированных с весом и ростом новорожденного, использовалась модификация метода Multifactor Dimensionality Reduction (MDR) - MB-MDR [Mbmdr: an R package for exploring gene-gene interactions associated with binary or quantitative traits / M. L. Calle, V. Urrea, N. Malats, K. van Steen // Bioinformatics. - 2010. - Vol. 26, № 17. - P. 2198-2199.]. Для кодирования генотипов SNPs применялась кодоминантная схема [Lower-order effects adjustment in quantitative traits model-based multifactor dimensionality reduction / J. J. Mahachie, T. Cattaert, F. Van Lishout [et al.]. - DOI: 10.1371/journal.pone.0029594 // PLoS One. - 2012. - Vol. 7, № 1. - Art. e29594. - URL: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0029594]. В работе рассматривались наиболее значимые (имеют максимальные статистики Вальда) модели SNP×SNP взаимодействий (в среднем по 2-3 модели 2-х, 3-х и 4-х локусных взаимодействий). Коррекция на множественные сравнения выполнялась пермутационными процедурами (проводилось не менее 1000 пермутаций). При pperm<0,01 результаты считались статистически значимыми. Выполнение MB-MDR и пермутационного теста проводилось в одноименной программе (версия 2.6) в среде R.
SNPs, показавшие значимые ассоциации в изучаемыми фенотипами (самостоятельные эффекты, в составе SNP×SNP взаимодействий), визуализировались методом MDR (виде графа и дендрограммы), имплементированном в одноименной программе (версия 3.0.2), (доступ-http://www. multifactordimensionalityreduction.org/).
Возможность использования предложенного способа для оценки прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей подтверждает анализ результатов наблюдений 694 матерей и их новорожденных детей (использовались трансформированные значения веса и роста новорожденного).
При формировании выборки были определены критерии исключения: наличие патологии матки (аномалии развития внутренних половых органов, фибромиома матки), некоторые осложнения беременности (аномалии расположения и прикрепления плаценты, изосенсибилизация по резус-фактору), а также плодовые причины (генетические болезни, врожденные пороки развития), наличие многоплодной беременности. Диагностика задержки роста плода (ЗРП) проводилась врачами акушерами-гинекологами Перинатального Центра Белгородской областной клинической больницы согласно общепринятым стандартам. Степень ЗРП была подтверждена результатами измерений роста и веса новорожденного. Также учитывались результаты гистологического исследования последа после родоразрешения.
По каждой беременной, включенной в исследование, собирались медико-биологические, клинико-анамнестические, клинические данные, материалы клинико-лабораторного и клинико-инструментального обследования. Все беременные дали информированное согласие на включение в исследование. Работа выполнялась под контролем этической комиссии медицинского института НИУ «БелГУ» (протокол №39 от 22 мая 2014 года).
При расчете частот аллелей и анализе их ассоциаций у индивидуумов установлена связь с формированием низкого веса новорожденного, включающий полиморфные варианты rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3. Комбинация генотипов rs1805087 MTR AA - rs1979277 SHMT1 CC - rs11568818 - MMP7 TT - rs3025058 MMP3 6A6A, ассоциирована с низким весом новорожденного (β=-0,603, рperm=0,024).
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа приведено обследование русских пациенток, уроженок Центрально-Черноземного региона РФ и не являющихся родственницами между собой: проведено генетическое исследование по полиморфным вариантам rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3.
1. У женщины Э., русской национальности, уроженки Центрально-Черноземного региона РФ, на ранних сроках беременности была взята венозная кровь, при анализе вовлеченности полиморфных вариантов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 была выявлена комбинации генотипов у беременной rs1805087 MTR AA - rs1979277 SHMT1 CC - rs11568818 - MMP7 TT - rs3025058 MMP3 6A6A, что позволило отнести ее в группу беременных с высоким риском рождения детей с низкой массой тела. Дальнейшее наблюдение за данной пациенткой показало, что вес новорожденного, родившегося на сроке 38 недель, составил 1820 г.
2. У женщины Ч., при прегравидарной подготовке, была взята венозная кровь, при анализе вовлеченности полиморфных вариантов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 была выявлена комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR GG - rs1979277 SHMT1 CT - rs11568818 - MMP7 TT - rs3025058 MMP3 5A6A, что позволило отнести ее в группу беременных с низким риском рождения детей с низкой массой тела. Дальнейшее наблюдение за данной пациенткой показало, что вес новорожденного, родившегося на сроке 39 недель, составил 2800 г.
3. У беременной Б., русской национальности, уроженки Центрально-Черноземного региона РФ, на ранних сроках беременности была взята венозная кровь, при анализе вовлеченности полиморфных вариантов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 была выявлена комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR AA - rs1979277 SHMT1 CC - rs11568818 - MMP7 TT - rs3025058 MMP3 6A6A, что позволило отнести ее в группу беременных с высоким риском рождения детей с низкой массой тела. Дальнейшее наблюдение за данной пациенткой показало, что вес новорожденного, родившегося на сроке 38 недель, составил 1900 г.
4. У женщины И., русской национальности, уроженки Центрально-Черноземного региона РФ, при прегравидарной подготовке была взята венозная кровь. При анализе вовлеченности полиморфных вариантов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3 была выявлена комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR GG - rs1979277 SHMT1 CT - rs11568818 - MMP7 СС - rs3025058 MMP3 5A5A, что позволило отнести ее в группу беременных с низким риском рождения детей с низкой массой тела. Дальнейшее наблюдение за данной пациенткой показало, что вес новорожденного, родившегося на сроке 40-41 неделя, составил 3250 г.
Прогнозирование рождения детей с низкой массой тела поможет улучшить комплекс мероприятий, направленных на профилактику и лечение осложнений беременности, что позволит улучшить перинатальные исходы.
Claims (1)
- Способ прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона РФ, включающий выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ полиморфных локусов rs1805087 MTR - rs1979277 SHMT1 - rs11568818 - MMP7 - rs3025058 MMP3, прогнозирование высокого риска рождения детей с низкой массой тела при выявлении комбинации генотипов у матери rs1805087 MTR АА - rs1979277 SHMT1 СС - rs11568818 - ММР7 ТТ - rs3025058 ММР3 6А6А.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2818358C1 true RU2818358C1 (ru) | 2024-05-02 |
Family
ID=
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2557952C1 (ru) * | 2014-06-18 | 2015-07-27 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом полиморфных вариантов локуса 10976 g/afvii |
| RU2738685C1 (ru) * | 2020-08-11 | 2020-12-15 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного у беременных с преэклампсией и отягощенным семейным анамнезом по преэклампсии |
| RU2775436C1 (ru) * | 2021-12-20 | 2022-06-30 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом генетических факторов |
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2557952C1 (ru) * | 2014-06-18 | 2015-07-27 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом полиморфных вариантов локуса 10976 g/afvii |
| RU2738685C1 (ru) * | 2020-08-11 | 2020-12-15 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного у беременных с преэклампсией и отягощенным семейным анамнезом по преэклампсии |
| RU2786313C1 (ru) * | 2021-12-17 | 2022-12-20 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом полиморфного локуса гексокиназы 2, дифференциально экспрессирующегося в плаценте |
| RU2775436C1 (ru) * | 2021-12-20 | 2022-06-30 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом генетических факторов |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| БАБУШКИНА Н.П. и др., Генетическая подразделенность бурятского населения, Генетика, 2014, т. 50, N 3, стр. 330-340. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| MacLennan et al. | Cerebral palsy: causes, pathways, and the role of genetic variants | |
| Norwitz et al. | Noninvasive prenatal testing: the future is now | |
| Jones et al. | Differences in placental telomere length suggest a link between racial disparities in birth outcomes and cellular aging | |
| Norton et al. | Changing indications for invasive testing in an era of improved screening | |
| Bottillo et al. | Prenatal diagnosis and post-mortem examination in a fetus with thrombocytopenia-absent radius (TAR) syndrome due to compound heterozygosity for a 1q21. 1 microdeletion and a RBM8A hypomorphic allele: a case report | |
| RU2540928C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития хронической плацентарной недостаточности с синдромом задержки роста плода 2-3-ей степени у беременных | |
| AU2020428397A1 (en) | Method for predicting the likelihood of ectopic pregnancy (EP), viable intrauterine pregnancy (VIUP), or non-viable intrauterine pregnancy (NVIUP). | |
| Yaşa et al. | Assessment of fetal rhesus D and gender with cell-free DNA and exosomes from maternal blood | |
| Evangelista et al. | Prospective evalution of pregnant women with suspected acute toxoplasmosis treated in a reference prenatal care clinic at a university teaching hospital in Southern Brazil | |
| Sedrak et al. | Use of free fetal DNA in prenatal noninvasive detection of fetal RhD status and fetal gender by molecular analysis of maternal plasma | |
| Schmidt et al. | Noninvasive fetal RHD genotyping from maternal plasma in an admixed Brazilian population | |
| Gutiérrez et al. | Prenatal screening for fragile x: carriers, controversies, and counseling | |
| RU2818358C1 (ru) | Способ прогнозирования веса новорожденного на основе генетических данных матерей | |
| Kim et al. | Misdiagnosis of fetus-in-fetu as meconium peritonitis | |
| Ma et al. | Mitochondrial DNA sequence variation is largely conserved at birth with rare de novo mutations in neonates | |
| RU2557952C1 (ru) | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом полиморфных вариантов локуса 10976 g/afvii | |
| Cai et al. | Evaluation of chromosomal abnormalities and copy number variations in late trimester pregnancy using cordocentesis | |
| RU2775436C1 (ru) | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом генетических факторов | |
| RU2820498C1 (ru) | Способ прогнозирования роста новорожденных с использованием данных о генетическом полиморфизме матерей | |
| RU2786313C1 (ru) | Способ прогнозирования веса новорожденного с учетом полиморфного локуса гексокиназы 2, дифференциально экспрессирующегося в плаценте | |
| Blomme et al. | Routine noninvasive prenatal screening for fetal Rh D in maternal plasma—A 2‐year experience from a single center in Belgium | |
| RU2557944C1 (ru) | Способ прогнозирования уровня артериального давления у женщин в конце беременности | |
| Adams et al. | Postnatal genetic testing on cord blood for prenatally identified high‐probability cases | |
| RU2738685C1 (ru) | Способ прогнозирования веса новорожденного у беременных с преэклампсией и отягощенным семейным анамнезом по преэклампсии | |
| Denomme et al. | Fetal blood group genotyping |